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Reference ( gi|14 )           :   GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-T-T-TTG-TT--AG--------A--GA--A-C------TATTT----T-GC-G--------TA-------A-A-----AAC-----G--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
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gi|4                          :   GTCT-TA-TAA--GTCTTTAATTTTA---AAGA-C-AAT-TTG-TT--AG--------A--G---A-C------TA-TT----T-GC-GTT------TA-------A-T-----AGC-----G--TTT----A--AAA--A---AAataag
gi|7                          :   GTCT-TACTAA--GT-TTCAATTTT-----------------G-TT--AG--------A--GA--AGCACTA--TATTT----T-GCGG--------TT-------T-A-----AAC-----G--TTT----T--AAA--A---tagttataag
gi|12                         :    TCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-T-T-TTG-TT--AG--------A--GA--A-C------TATTT----A-GC-G--------TA-------A-A-----AAC-----G--TTT----AATAAA--A---AAGTTTTtaaaaggtattagcc
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gi|21                         :    TCT-TA------GT-TTTAATTTTTTATAA-A-C-T-T-TTG-TT--TG--------A--GA--A-C------TATTT----T-GC-A--------TT-------T-A-----AAC-----G--TTT----A--AAA--a
gi|10                         : ttaTCT-TA-TAA--GT-TTT-----TT---AA-A-C-T-T-T-G-TT--AG--------A--GA--A-CTACATGTATTT----T-GC-G--------T--------T-T-----AAC-----G--TTTAA--A--AAA--A---AAGTTTT
gi|18                         :     CT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-T-T-TTG-TT--AG--------A--GA--A-C------TATTT----T-GC-G--------TT-------T-A-----AAC-----G--TTT----A--AAA--A---AAGTTaag
gi|16                         :      T-TA-TAA--GT-TTAAAATTTT---AA-A-C-G-T-TT--TT--AG--------A--GA----C------TATTT----TCGC-G--------TT-------T-A-----AAC-----G--TTT----A--AAA--T---AAGTT
gi|29                         :              --GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-A-T-TTG-TT--AG--------A--G---A-C------TATTT----T-GC-G--------TT-------T-A-----AAC-----ataa
gi|3                          :                ac-TTTAATTTTT---AA-A-C-T-T-TTG-TT--AG--------A--AC--A-C------TA-TT----T-GC-AT-------TT-------A-A-----AACGGGGTG--TTTAAA-A--AAA--A---AAGTTTT
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gi|19                         :                            t---AA-A-T-G-T-TTG-TT--AG--------CTCGA--A-C------TATTT----T-GC-GGAGTTCTCTA-------ACA-----AAC-----G--TTT----G--AAA--AGATAAGTT
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gi|28                         :                                      -T-T-TAG-TT--AG--------A--GA--G-C------TATTT----T-GC-G--------TT-------T-A-----AAC-----G--ATG----G--AAAATA---AAGTTgt
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gi|20                         :                                gcttataacatgTG-TT--AG--------G--GA--A-C------TATTT----T-GC-GGAGTTCTTTA-------ACA-----AAT-----G--CTT----A--AAA--A---AAat
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTGTTAGCTAGAAACTATTTAATGCGTCTCTAACAAATGTTTTAAAAATAAAATGTTTTAAGGCCAATATATTTAACAAATTTAAGTTATTTGATTATTT
Unaligned ( gi|9 ): TTATAACTTACTTTTTTTAAACGTTTGCTAGAGAAATCCGCAAATAAAGTTCGAGCTAAAAAACTTTTTTTAAAA
Unaligned ( gi|22 ): TTATAACTTAGTTTTTTAAACCTCCGCAAAACAGTTCGAGTTAACAAACGTTTTAATAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTAAATGTTTGTAAGCTCGAGCTATTTTTAACAAACGTTTAAAAATAAGTTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTTTTTGAAACATTTATTGTAGAGAACTGCGCAACATAGTTTGAGCTAACAAA
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Reference ( family-830 )      :             GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A-C------TATTT----T-GC---G------T------NNA--A---A------CGTTT----A--AAA--A---AAGTTTT
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gi|19                         :                               tatTTTTC---AA-A-C-GT-TTG-TT--AG--------A--GA--A-C------Tta
gi|2                          :   tataacttatcTCC-TA-TAA--GT-TTGAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TTCGAGAACAGTACA--GA--A-C------TATTT----T-GC---G------T------TTA--A---A------CGTTT----A--AAAT-T---AAGTTTTccgcaaaatagttcgagctaacaaacatttta
gi|20                         :                                                     TG-TT--AG--------G--GA--A-C------TATTT----T-GCGGAG------TTCTTTAACA--A---A------TGCTT----A--AAA--A---AAa
gi|21                         :    ttataacttaTCT-TA------GT-TTTAATTTTTTATAA-A-C-TT-TTG-TT--TG--------A--GA--A-C------TATTT----T-GC---A------T------TTA--A---A------CGTTT----A--AAA--tattgttaa
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTGTTAGCTAGAAACTATTTAATGCGTCTCTAACAAATGTTTTAAAAATAAAATGTTTTAAGGCCAATATATTTAACAAATTTAAGTTATTTGATTATTT
Unaligned ( gi|9 ): TTATAACTTACTTTTTTTAAACGTTTGCTAGAGAAATCCGCAAATAAAGTTCGAGCTAAAAAACTTTTTTTAAAA
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTAAATGTTTGTAAGCTCGAGCTATTTTTAACAAACGTTTAAAAATAAGTTAT
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Reference ( family-830 )      :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
gi|10                         :           TCT-TA-TAA--GT-TTT-----TT---AA-A-C-TT-T-G-TT--AG--------A--GA--A---CTACATGTAT--TT----T--GC---G------T-T------T----------A---A------CG--TTTAA--A--AAA--A---AAGTTTT
gi|11                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTCT---AA-A-C-AT-TTG-TT--CG-----------GA--A---C------TA---TT----T--AT---G------T-T------T----------A---A------CG--TTTTAAAA--AAA--A---AAGTTaag
gi|12                         :          gTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----A--GC---G------T-A------A---A------A---A------CG--TTT----AATAAA--A---AAGTTTTata
gi|13                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-GT-TTG-TT--AA--------A--GA--A---A------TAT--TT----T--GC---G------TAT------T---AATAATTA---A------CGCTTTT----A--AAA--
gi|14                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-A------A---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
gi|15                         :          GTCT-TA-TAT--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTGTTT--AC--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---GT-----T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAG
gi|16                         :             T-TA-TAA--GT-TTAAAATTTT---AA-A-C-GT-TT--TT--AG--------A--GA------C------TAT--TT----TC-GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--T---AAGTT
gi|17                         :                               TTTTT---AA-C-C-GT-TTA-TT--AG--------CTCGA--A---C------TAT--TT----T--GC---GTAGTTCT-C------T---A------ACTGA------CG--TTT----A--AAA--AAGTAAGTTataa
gi|18                         :           tCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTT
gi|19                         :                                    ---AA-A-T-GT-TTG-TT--AG--------CTCGA--A---C------TAT--TT----T--GCGGAG------T-TCTCTAAC---A------A---A------CG--TTT----G--AAA--AGATAAGTT
gi|2                          :        tatTCC-TA-TAA--GT-TTGAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TTCGAGAACAGTACA--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAAT-T---AAGTTTTta
gi|20                         :                                                  TG-TT--AG--------G--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---GGAGTTCT-T------TAACA------A---A------TG--CTT----A--AAA--A---AAa
gi|21                         : ttataacttaTCT-TA------GT-TTTAATTTTTTATAA-A-C-TT-TTG-TT--TG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---A------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--tattgttaa
gi|22                         :                              ttaTTA---AA-A-C-GT-TTG-TT--AA--------CTCGA--A---C------TGT--TT----T--GC---G--------------------------G---A------GG--TTT----A--AAA--AACTAAGTT
gi|23                         :                           ttatTTTTT---AA-A-T-GT-TTG-TA--AG--------CTCGA--G---C------TAT--TT----TTAAC-----------------------A------A---A------CG--TTT----A--AAA--AT--AAGTTtaa
gi|25                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--GT----T--at
gi|27                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-A-TTATTGTTT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--Gaaaaaaagg
gi|28                         :                                             -TT-TAG-TT--AG--------A--GA--G---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--ATG----G--AAAATA---AAGTTaaatt
gi|29                         :                   cg--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-AT-TTG-TT--AG--------A--G---A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------Cataag
gi|3                          :                       ac-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--AC--A---C------TA---TT----T--GC---A------T-T------T---A------A---AACGGGGTG--TTTAAA-A--AAA--A---AAGTTTT
gi|30                         :                                           -C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAA--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---aaaagtaggcca
gi|4                          :          GTCT-TA-TAA--GTCTTTAATTTTA---AAGA-CAAT-TTG-TT--AG--------A--G---A---C------TA---TT----T--GC---G------T-T------T---AAT----A---G------CG--TTT----A--AAA--A---AAgt
gi|5                          :          GTCTGTA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-AAC-AA-TTG-TT--AG--------A--GATAA---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------A---A------A---A------CG--TTC----G--AAA--A---AAtagttataag
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gi|7                          :          GTCT-TACTAA--GT-TTCAATTTT----------------G-TT--AG--------A--GA--AGCAC------TATATTT----T--GC---GG-----T-T------T---A------A---A------CG--TTT----T--AAA--A---aagttataa
gi|8                          :          GTCT-TA-TAA--G--TTTAATTTTT---AA-A-TGTT-GTG-TT--AG--------A--GA--A----------TAT--TTGTTCC--GC---G--------T------T---A------A---A------CT--TTT----A--AAA--A---AAGTtaaaaggtattagcc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTGTTAGCTAGAAACTATTTAATGCGTCTCTAACAAATGTTTTAAAAATAAAATGTTTTAAGGCCAATATATTTAACAAATTTAAGTTATTTGATTATTT
Unaligned ( gi|9 ): TTATAACTTACTTTTTTTAAACGTTTGCTAGAGAAATCCGCAAATAAAGTTCGAGCTAAAAAACTTTTTTTAAAA
Unaligned ( gi|24 ): GCTTATAACATGTTTGTTAGAGAATAATTTCTAACAAACGTTTAAAATAAGTTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTTTTTGAAACATTTATTGTAGAGAACTGCGCAACATAGTTTGAGCTAACAAA
Unaligned ( gi|31 ): GCCAAATATAACAATTAAGTTATTTGATTATTT






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Reference ( family-830 )      :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
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gi|2                          :        tatTCC-TA-TAA--GT-TTGAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TTCGAGAACAGTACA--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAAT-T---AAGTTTTta
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gi|6                          :         gGTCT-T--TAAACGT-TTTAATTTTT---AA-AACGTT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------AAT--TT-------GC---G------T-G------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAtatttat
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gi|8                          :          GTCT-TA-TAA--G--TTTAATTTTT---AA-A-TGTT-GTG-TT--AG--------A--GA--A----------TAT--TTGTTCC--GC---G--------T------T---A------A---A------CT--TTT----A--AAA--A---AAGTtaaaaggtattagcc


blockSeqs                     :              G  C   AC  C          TAT  G A AA A   T  CG  AACAGTACA    TA GCA .        AT  GTTC TA  GGA GAGTTCTTTAACA              CTG ACGGGG  CT   TAAA AT   AT AGT
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . A GT .   T  .   CTC          .  .   .        .   .    C   .   TATTAATAATT                .   .       .    AAA  .    T  GAT
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . GT .   .  .   CTC          .  .   .        .   .    .   .   TAGTTCTCTA                 .   .       .    .    .    .  ACT
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . A  .   .  .   CTC          .  .   .        .   .    .   .   TTCTCTAACA                 .   .       .    .    .    .  T  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . T  .   .  .   CTC          .  .   .        .   .    .   .   TTTAAT                     .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . G  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTTA                      .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   GTTTA                      .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TAAA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . G  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TAAA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . G  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . G  .   .  .   G            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . G  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :              .  .   .   .          .    . . G  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :                     .   .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :                         .          .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTAA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :                                    .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TGTA                       .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :                                    .    . . A  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTT                        .   .       .    .    .    .  .  
blockSeqs                     :                                    .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   TTA                        .   .       .    .    .    .     
blockSeqs                     :                                    .    . . T  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   A                          .   .       .    .    .    .     
blockSeqs                     :                                           . A  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .   .   .                          .   .                            
blockSeqs                     :                                             .  .   .  .   A            .  .   .        .   .    .                                                                   
blockSeqs                     :                                                    .  .   .            .  .   .        .   .    .                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                               ******                    TTTA**********************                  ****
originalCons                  :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
finalCons                     :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---GTTTA----------------------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTGTTAGCTAGAAACTATTTAATGCGTCTCTAACAAATGTTTTAAAAATAAAATGTTTTAAGGCCAATATATTTAACAAATTTAAGTTATTTGATTATTT
Unaligned ( gi|9 ): TTATAACTTACTTTTTTTAAACGTTTGCTAGAGAAATCCGCAAATAAAGTTCGAGCTAAAAAACTTTTTTTAAAA
Unaligned ( gi|24 ): GCTTATAACATGTTTGTTAGAGAATAATTTCTAACAAACGTTTAAAATAAGTTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTTTTTGAAACATTTATTGTAGAGAACTGCGCAACATAGTTTGAGCTAACAAA
Unaligned ( gi|31 ): GCCAAATATAACAATTAAGTTATTTGATTATTT






Alignments
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lowQualScore                  :              2  2   33  2          333  1 3 66 1   3  22  11111111111  22 222 444444   22  3333 33  222 55555555555555555555555555 222 444444  22   9999 22   44 111       
lowQualScore                  :              .  .   ..  .          ...  . . .. .   .  ..  ...........  .. ... ......   ..  .... ..  ... .......................... ... ......  ..   .... ..   .. ...       
lowQualScore                  :              4  4   11  1          000  7 3 77 6   1  11  22222222222  11 777 444444   11  3333 77  999 22222222222222222222222222 999 888888  44   1111 44   11 999       
consensus                     :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
Reference ( family-830 )      :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
gi|10                         :           TCT-TA-TAA--GT-TTT-----TT---AA-A-C-TT-T-G-TT--AG--------A--GA--A---CTACATGTAT--TT----T--GC---G------T-T------T----------A---A------CG--TTTAA--A--AAA--A---AAGTTTT
gi|11                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTCT---AA-A-C-AT-TTG-TT--CG-----------GA--A---C------TA---TT----T--AT---G------T-T------T----------A---A------CG--TTTTAAAA--AAA--A---AAGTTaag
gi|12                         :          gTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----A--GC---G------T-A------A---A------A---A------CG--TTT----AATAAA--A---AAGTTTTata
gi|13                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-GT-TTG-TT--AA--------A--GA--A---A------TAT--TT----T--GC---G------TAT------T---AATAATTA---A------CGCTTTT----A--AAA--
gi|14                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-A------A---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTTTT
gi|15                         :          GTCT-TA-TAT--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTGTTT--AC--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---GT-----T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAG
gi|16                         :             T-TA-TAA--GT-TTAAAATTTT---AA-A-C-GT-TT--TT--AG--------A--GA------C------TAT--TT----TC-GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--T---AAGTT
gi|17                         :                               TTTTT---AA-C-C-GT-TTA-TT--AG--------CTCGA--A---C------TAT--TT----T--GC---GTAGTTCT-C------T---A------ACTGA------CG--TTT----A--AAA--AAGTAAGTTataa
gi|18                         :           tCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAGTT
gi|19                         :                                    ---AA-A-T-GT-TTG-TT--AG--------CTCGA--A---C------TAT--TT----T--GCGGAG------T-TCTCTAAC---A------A---A------CG--TTT----G--AAA--AGATAAGTT
gi|2                          :        tatTCC-TA-TAA--GT-TTGAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TTCGAGAACAGTACA--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAAT-T---AAGTTTTta
gi|20                         :                                                  TG-TT--AG--------G--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---GGAGTTCT-T------TAACA------A---A------TG--CTT----A--AAA--A---AAa
gi|21                         : ttataacttaTCT-TA------GT-TTTAATTTTTTATAA-A-C-TT-TTG-TT--TG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--GC---A------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--tattgttaa
gi|22                         :                              ttaTTA---AA-A-C-GT-TTG-TT--AA--------CTCGA--A---C------TGT--TT----T--GC---G--------------------------G---A------GG--TTT----A--AAA--AACTAAGTT
gi|23                         :                           ttatTTTTT---AA-A-T-GT-TTG-TA--AG--------CTCGA--G---C------TAT--TT----TTAAC-----------------------A------A---A------CG--TTT----A--AAA--AT--AAGTTtaa
gi|25                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAT--GT----T--at
gi|27                         :          GTCT-TA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-A-A-TTATTGTTT--AG--------A--GA--A---C------TAT--TT----T--Gaaaaaaagg
gi|28                         :                                             -TT-TAG-TT--AG--------A--GA--G---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--ATG----G--AAAATA---AAGTTaaatt
gi|29                         :                   cg--GT-TTTAATTTTT---AA-A-C-AT-TTG-TT--AG--------A--G---A---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------Cataag
gi|3                          :                       ac-TTTAATTTTT---AA-A-C-TT-TTG-TT--AG--------A--AC--A---C------TA---TT----T--GC---A------T-T------T---A------A---AACGGGGTG--TTTAAA-A--AAA--A---AAGTTTT
gi|30                         :                                           -C-TT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------TAA--TT----T--GC---G------T-T------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---aaaagtaggcca
gi|4                          :          GTCT-TA-TAA--GTCTTTAATTTTA---AAGA-CAAT-TTG-TT--AG--------A--G---A---C------TA---TT----T--GC---G------T-T------T---AAT----A---G------CG--TTT----A--AAA--A---AAgt
gi|5                          :          GTCTGTA-TAA--GT-TTTAATTTTT---AA-AAC-AA-TTG-TT--AG--------A--GATAA---C------TAT--TT----T--GC---G------T-T------A---A------A---A------CG--TTC----G--AAA--A---AAtagttataag
gi|6                          :         gGTCT-T--TAAACGT-TTTAATTTTT---AA-AACGTT-TTG-TT--AG--------A--GA--A---C------AAT--TT-------GC---G------T-G------T---A------A---A------CG--TTT----A--AAA--A---AAtatttat
gi|7                          :          GTCT-TACTAA--GT-TTCAATTTT----------------G-TT--AG--------A--GA--AGCAC------TATATTT----T--GC---GG-----T-T------T---A------A---A------CG--TTT----T--AAA--A---aagttataa
gi|8                          :          GTCT-TA-TAA--G--TTTAATTTTT---AA-A-TGTT-GTG-TT--AG--------A--GA--A----------TAT--TTGTTCC--GC---G--------T------T---A------A---A------CT--TTT----A--AAA--A---AAGTtaaaaggtattagcc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TTTTGTTAGCTAGAAACTATTTAATGCGTCTCTAACAAATGTTTTAAAAATAAAATGTTTTAAGGCCAATATATTTAACAAATTTAAGTTATTTGATTATTT
Unaligned ( gi|9 ): TTATAACTTACTTTTTTTAAACGTTTGCTAGAGAAATCCGCAAATAAAGTTCGAGCTAAAAAACTTTTTTTAAAA
Unaligned ( gi|24 ): GCTTATAACATGTTTGTTAGAGAATAATTTCTAACAAACGTTTAAAATAAGTTAT
Unaligned ( gi|26 ): ATTTTTTGAAACATTTATTGTAGAGAACTGCGCAACATAGTTTGAGCTAACAAA
Unaligned ( gi|31 ): GCCAAATATAACAATTAAGTTATTTGATTATTT