lowQualScore : 2 3 22 3333333 1 22 1 2222 111111111 111 222 111 22 1111111 11111 222222 1 1111 77777777777777777777 4
lowQualScore : 2 0 3 3 3 22 3 555 5555555 6 555 44 3 1 5 2 8 55 8 7 4 4 4 0000 999999999 5 444 5 66 5 0 333 5 5 000 5 77 9999999 44444 666666 5 5 5 5 0 66 5 88 55 0000 44 11111111111111111111 5 4 0 5 5 0
lowQualScore : . . . . . .. . ... ....... . ... .. . . . . . .. . . . . . .... ......... . ... . .. . . ... . . ... . .. ....... ..... ...... . . . . . .. . .. .. .... .. .................... . . . . . .
lowQualScore : 2 0 3 3 3 11 1 444 0000000 7 888 66 6 0 0 0 8 00 9 8 4 4 4 1111 555555555 0 555 0 99 0 7 666 7 7 000 4 66 0000000 11111 000000 7 0 0 0 1 99 0 44 11 6666 00 00000000000000000000 0 5 1 0 7 0
consensus : CGCCACGGTGTTTTCAGTA-CAA-AAGTCTGTT-TC-ACAG-T---GCTAAT-TTATTCTC-GATAAA---CC--G-CCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCGCGTTATTTTTACA-TTATAGA-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCAC-------GGAAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA---TT-T-GTGATGTTTAA---ACAAATAATC-ATG----TTAAAAAAA---TTT-----AAA-ATAAATT-T-ATTAC--A-GAAAA-TAT-TT----ACNT--G-A--TTA---T-TN---AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
Reference ( gi|4 ) : CGCCACGG-GTTTTCA-TA-CAA-AAGTCTGTT-TCAACAG-T---GCTAAT-TTATTCTC-GATAAA---CC--G-CCATGTACCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCACGTTCTCTGTAT--TTATAGA-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCAC-------AAAAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA---TT-T-GTGATGTTTAA---ACAAATAATCAATG----TTAAAAAAA---TTT-----AAA-ATAAA-T-T-ATTAC--A-GAAAA-TAT-TT----ACAT--G-A--TTG---T-TA---AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAA-GGCAGA
gi|11 : CGCC-CGT-GTTTTTAGTT-CAAGAAGTGTGTT-TCAAGAG-TTGGGCTAAT-ATATACTC-GATAAA---CC--G-CCATG
gi|5 : cattcgcccacGCCACGGTGTTTTCAGTA-CAA-AAGTCTGTT-TTA-CAG-T---GTTA-C-TTAT-CTC-GATAAA---CC--G-CCATG
gi|2 : GCCACGGTGTTTTCAGTA-CAA-A-GTCTGTT--CTTCAG-T---GCTAATATTA-TCTC-GATAAC---CG--G-CCATGggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgcgttatttttacattatagaaaacccctttcagtttaggtacgccttagccacagaagagagttcttttgagttttgaaaataaaaacgaaataattctgtgatgtttaaacatataatcatgttaaatttttttaaaaataagtttattacatgaattatgtaagcaaacatgaaaatagtagtaactctttttttacaaaatagcagaa
gi|3 : CCACGATGTATTCGGTA-CAA-AAGTCCATT-TCA-CAG-T---GTTAAT-T-AT-CTC-GATAAA---CC--G-CCATGgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgcacttatcttactattggtagacaaaccgtttcacgtttaggtacgcgcttggaccactcacgagagtttctgttgagtttcgaagattcaaaatggaaagggctttttgtatgtttaaacataatcatgcttattaaaaaaattaaataaatttattacagaaaaatatttacatgacattatataagcaaacagcggtaactctttttctacaaaatggcaga
gi|8 : CCACGGTGTTTTCAGTA-CCA-AAGTCTGTTCTTTACAG-T---GCTAATATTA-TCTC-GATACA---CCCGG-CCATGgtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgcgctatttttataatgatagacaacctgttcagtttaggtacagatagcacggaagagagttctttttgatttcgaagacaaaaaggaaggattttgtgatgtttaaacaaataatcatgttaaaaattttaaaaataatttatacagaaaatatttatatgagttatataagcaagacgtaaaagacagcggtaattctttttctacaatttggcggaa
gi|16 : CACGGAGTTTTAAGTA-CAA-AAGTCTGTT-TC-ACAG-T---Gggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcacttatcttacgatttagaaaacccgtttcagtttaggtacggcttactc
gi|1 : t-GTTTTCAGTA-CAA-ATGTCTGTT-TC-ACAG-T---GCTAA--TTA-TCTCAAATAAA---CC--A-CCATG
gi|6 : tacagt-GTTATCAGTA-CAA-AAGTCTGTT-TC-ACAG-C---GCTAA--TTA-TCTC-GATAAA---AC--G-CCACGggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacagaaaacccatttcagtttggtacggcttgtcgcgaggcggaaaagagagttctttagagtttcgaagataaacagtaggattttgatgtttaacaaataatatgttttaaaaagtttcaaataaatttattcagaaatatttttgaactttgaattatgtcaatcaaacatggaacagcggtaaactcttttttctacaaaatggcagg
gi|7 : ggt-GTTTTCAGTA-CAA-AAGTCTGTT-TC-ACAG-T---GTTAA--TTA-TCTC-GATACA---CC--G-CCATGggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgagttatctgtacattatagaaaacccgtttgagtttaggtacggcttgtccacaaaagagatttatttcgtagttcgatagataaaacagtaaaggatttttgtgtgtttaagacacatataattcatgtaaaaaatgttttaaaataaattataacaaagaaaacatcttacttgaatta
gi|14 : ggtTTTTCG-TA-CAA-AAGTCTGTT-TC-ACAA-T---ATTAA--TTA-TCTC-GA-AAA---TC--ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacattatttttacattgtagaaagcccgtttcaatttagatacggcttggccacggaagagagttcttttgagtttcaaagataaaaa
gi|15 : acggtgtTTCA-GAGCAA-AAGTCTGTT-TTA-CAG-T---GTTA---TTAT-CTC-GATAAA---CC--G-CCATGtca
gi|12 : A-TG-CGG-ATGTCTGTT-TTCACAGAT---GCTAA--TCA-TCTCGGATAAATGTCC--GCCCATGggt
gi|17 : gtttttttagtACAG-T---GCTAAT-T-AT-CTC-GATAAA---CC--A-CCTTGggt
gi|3 : ttTCGCGCTATTTTTATAATGATAGACAA-CCTGTT-CA-GTTTAGGTA-CA-GATA-G--C-AC-------GGAAGAGAGTT-CTTTTT-GATTTCGA-AGAC--AAAA-AGGAAGGAT---TT-T-GTGATGTTTAA---ACAAATAATC-ATG----TTAAAAATT---TTA-----AAA-ATAAT-T-T-A-TAC--A-GAAAA-TAT-TT----ATAT--G-A----G---T-TATATAAGCAAGACGTAAAAGACAGCGGT-AATTC-TTTTTCTACAAgg
gi|5 : ccacgatgtattcggtacaaaagtccatttcacagtgttaattatctcgataaaccgccatggtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCGCGTTATTTTTACA-TTATAGA-AAACCCCTTTCA-GTTTAGGTA-CG-CCTTAG--CCAC-------AGAAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTTGA-AAAT--AAAA-ACGAAATAA---TTCT-GTGATGTTTAA---ACATATAATC-ATG----TT----AAA---TTTTTTTAAAA-ATAAGTT-T-ATTAC--ATGAA-------TT----A-----------TG---T------AAGCAA-ACAT-GAAAATAGTAGT-AACTC-TTTTTTTACAAAATAGCAGAtttggcggaa
gi|7 : gccacggtgttttcagtacaaaagtctgttttacagtgttacttatctcgataaaccgccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCACATTATTTTTACA-TTGTAGA-AAGCCCGTTTCA-ATTTAGATA-CG-GCTT-GG-CCAC-------GGAAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCAA-AGAT--AAAA-Aa
gi|6 : ggtgttttcagtacaaaagtctgtttcacagtgttaattatctcgatacaccgccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGTTATCTGTACA-TTATAGA-AAACCCGTTTGA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-GT-CCAC-------AAAAGAGATTT-ATTTCGTAG-TTCGATAGAT--AAAACAGTAAAGGATT-TT-T-GTG-TGTTTAAGACACATATAATTCATG----T--AAAAAATGTTTT-----AAA-ATAAA-T-T-ATAACAAA-GAAAA-CATCTT----ACTT--G-A--
gi|2 : ggtgttatcagtacaaaagtctgtttcacagcgctaattatctcgataaaacgccacgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgaTAT--TGGTAGACAA-ACCGTTTCACGTTTAGGTA-CGCGCTT-GGACCAC-------TCACGAGAGTTTCTGTTG-AGTTTCGA-AGATTCAAAA-TGGAAAGGGCTTTT-T-GT-ATGTTTAA---ACA--TAATCA-TGCTTATTAAAAAAA---TT-------AA-ATAAA-T-TTATTAC--A-GAAAAATAT-TT----ACAT--G-ACATTA---T-AT---AAGCAA-AC---------AGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCAGAatta
gi|1 : gccacggtgttttcagtacaaagtctgttcttcagtgctaatattatctcgataaccggccatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgcacttatcttacAC--TCACAGA-AAACCCATTTCA-GTTT-GGTA-CG-GCTT-G--TCGCGAGGCGGAAAAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAC-AGT--AGGA---TT-T--TGATGTTT-A---ACAAATAAT--ATGT---TTTAAAAAG---TTT-----CAA-ATAAATT-T-ATT-C--A-G-AAA-TAT-TTTTGAACTTTGA-A--TTA---TGTC---AATCAA-ACATGG--AACAGCGGTAAACTCTTTTTTCTACAAAATGGCAG
gi|8 : tacagtgttttcagtacaaatgtctgtttcacagtgctaattatctcaaataaaccaccatgggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaAT--TTAGA-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-A--Cg
gi|10 : ccacggtgttttcagtaccaaagtctgttctttacagtgctaatattatctcgatacacccggccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcacttatcttacgAAA-AA-CCTGTTTCA-GTTTAGGTAATG-GCTTCG--CGAC-------GGAAGAGAGTT-CTTTTG-CGTTTTGA-AGAT--AAAA-A-GAAAGGAT--TT-T-GTGATGTTTAA---ACAAATAATC-ATG----TT-AAAAGA---TTT-----AAAGATAAA-TCT-ATTAC--A-GAAAT-AAT-TT----ACTT--GAA--TTA---T-AT---AAGCAA-AGATGGAAAACAGCAGT-AACTtc
gi|9 : tcgtgttatttttacattgcaA-AA-CCTGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTAG--CCAC-------AGAAGAG--------------TTTTGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA---TT-TTATGATGTTTAA---ACAAATAATT-ATG----TTAAAAA------TTATA--AAA-ATAAATT-T-AGTAT--A-GAAAA-TAT-TT----ACAT--GAA--TTATATT-TAG--AAGCTA-ACATGGAAAACAGCGGT-GACTC-TTTTTTTACAAAATGGCGG
gi|13 : gcattaatttaccagtaaaaga-T-T-ATTAC--A-GAAA--TA--------ATAT--------------------AAGCAA-ACATTGAAAACAGCGGT-AAATA-ATTTTCTACAAAATGGCGGAga
gi|18 : t-ATATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTa
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 1 1111 1111111 222 1111111 22222 1111 333333
lowQualScore : 44 3 3 44 2 2 2 555 8888888 6 555 44 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 22222 3 222 77 4 8 6 4 4 4 7777 4444444 4 1 4 4 66 4 555 5 888 3 5 5 9999999 888 11111 5 1 66 777 4 9999 4 66 9999 111111 4 2 4 5
lowQualScore : .. . . .. . . . ... ....... . ... .. . ......................................................................................................................... . ..... . ... .. . . . . . . .... ....... . . . . .. . ... . ... . . . ....... ... ..... . . .. ... . .... . .. .... ...... . . . .
lowQualScore : 22 1 1 22 9 9 9 000 2222222 2 444 22 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55555 2 111 88 0 0 0 0 0 0 1111 4444444 4 1 4 4 11 4 666 0 888 6 0 0 4444444 888 22222 0 9 11 333 4 4444 1 11 3333 444444 4 9 4 0
consensus : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTCA-C-AG-T---GCTAAT-TTA-TCTC-GATAAA---CC--G-CCATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-A-TTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGAT--TT-TGTGATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---TTT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----ACNT--GAA--TTAT-N---TAAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
Reference ( family-828 ) : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTCA-C-AG-T---GCTAAT-TTATTCTC-GATAAA---CC--G-CCATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATTTTTAC-A-TTA-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA---TT-TGTGATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TTAAAAAAA---TTT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----ACNT--G-A--TTAT-T---NAAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|1 : ACAGTGTTTTCAGTA--CAA-ATGTCTG-T--TTCA-C-AG-T---GCTAA--TTA-TCTCAAATAAA---CC--A-CCATG
gi|1 : t-A-AA-CCCATTTCA-GTTT-GGTA-CG-GCTT-G--TCGCGAGGCGGAAAAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAC-AGT--AGGA---TT-T-TGATGTTT-A---ACAAATAA-T--ATGT---TTTAAAAAG---TTT-----CAA-ATAAATTTATT-C--AG-AAA-TAT-TTTTGAACTTTGA-A--TTATGT---CAATCAA-ACATGG--AACAGCGGTAAACTCTTTTTTCTACAAAATGGCAGggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacagaaaacccatttcagtttggtacggcttgtcgcgaggcggaaaagagagttctttagagtttcgaagataaacagtaggattttgatgtttaacaaataatatgttttaaaaagtttcaaataaatttattcagaaatatttttgaactttgaattatgtcaatcaaacatggaacagcggtaaactcttttttctacaaaatggcagg
gi|10 : tacagtgttttcagtacaaatgtctgtttcacagtgctaattatctcaaataaaccaccatgggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacaga-TCGTG-T-----TATTTTTAC-A-TTG-CAA-A-AAACCTGTTTCA-GTTTAGGTAATG-GCTTCG--CGACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-CGTTTTGA-AGAT--AAAA-A-GAAAGGAT--TT-TGTGATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAGA---TTT-----AAAGATAAATCTATTAC--AGAAAT-AAT-TT----ACTT--GAA--TTAT-A---TAAGCAA-AGATGGAAAACAGCAGT-AACTg
gi|11 : GTGTTTTTAGTT--CAAGAAGTGTG-T--TTCA-AGAG-TTGGGCTAAT-ATATACTC-GATAAA---CC--G-CCATG
gi|12 : cattcgcccaccgcccGTTTTTTTAGTATGCGG-ATGTCTGTT--TTCA-C-AGAT---GCTAA--TCA-TCTCGGATAAATGTCC--GCCCATG
gi|13 : TTTATTAC--AGAAA---------------T--A-A--T-AT------AAGCAA-ACATTGAAAACAGCGGT-AAATA-ATTTTCTACAAAATGGCGGAggt
gi|14 : ACGGTGTTTTTCGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTCA-C-AA-T---ATTAA--TTA-TCTC-GA-AAA---TC--a
gi|15 : TTCAGAG--CAA-AAGTCTG-T--TTTA-C-AG-T---GTTA---TTA-TCTC-GATAAA---CC--G-CCATGtca
gi|16 : CACGGAGTTTTAAGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTCA-C-AG-T---Gggt
gi|17 : tTTA-C-AG-T---GCTAAT-T-AT-CTC-GATAAA---CC--A-CCTTG
gi|18 : -ATATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTgg
gi|2 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-A-GTCTG-T--TCTT-C-AG-T---GCTAATATTA-TCTC-GATAAC---CG--G-CCATG
gi|2 : -TCGCACT-----TATCTT-ACTA-TTGGTAG-ACAA-ACCGTTTCACGTTTAGGTA-CGCGCTT-GGACCACTC-------ACGAGAGTTTCTGTTG-AGTTTCGA-AGATTCAAAA-TGGAAAGGGCTTTT-TGT-ATGTTTAA---ACA--TAA-TC-ATGCTTATTAAAAAAA---TT-------AA-ATAAATTTATTAC--AGAAAAATAT-TT----ACAT--G-ACATTAT-A---TAAGCAA-AC---------AGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCAGAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgcacttatcttactattggtagacaaaccgtttcacgtttaggtacgcgcttggaccactcacgagagtttctgttgagtttcgaagattcaaaatggaaagggctttttgtatgtttaaacataatcatgcttattaaaaaaattaaataaatttattacagaaaaatatttacatgacattatataagcaaacagcggtaactctttttctacaaaatggcaga
gi|3 : gccacggtgttttcagtacaaagtctgttcttcagtgctaatattatctcgataaccggccatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCACGATGTATTCGGTA--CAA-AAGTCCA-T--TTCA-C-AG-T---GTTAA--TTA-TCTC-GATAAA---CC--G-CCATG
gi|3 : -TCGCG-C-----TATTTTTAT-AATGA-TAG-ACAA-CCTGTT-CA-GTTTAGGTA-CA-GATA-G--C-ACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTT-GATTTCGA-AGAC--AAAA-AGGAAGGAT---TT-TGTGATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAT---TTT-----AAA-AATAATTTA-TAC--AGAAAA-TAT-TT----ATAT--G-AG-TTAT-A---TAAGCAAGACGTAAAAGACAGCGGT-AATTC-TTTTTCTACAATTTGGCGGAgtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgcgctatttttataatgatagacaacctgttcagtttaggtacagatagcacggaagagagttctttttgatttcgaagacaaaaaggaaggattttgtgatgtttaaacaaataatcatgttaaaaattttaaaaataatttatacagaaaatatttatatgagttatataagcaagacgtaaaagacagcggtaattctttttctacaatttggcggaa
gi|4 : ccacgatgtattcggtacaaaagtccatttcacagtgttaattatctcgataaaccgccatggtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCGCCACGG-GTTTTCA-TA--CAA-AAGTCTG-T--TTCAAC-AG-T---GCTAAT-TTATTCTC-GATAAA---CC--G-CCATGTACCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCACG-T-----TCTCTGTAT---TTA-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACAA-------AAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA---TT-TGTGATGTTTAA---ACAAATAA-TCAATG----TTAAAAAAA---TTT-----AAA-ATAAA-TTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----ACAT--G-A--TTGT-T---AAAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAA-GGCAGAa
gi|5 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTTA-C-AG-T---GTTA-C-TTAT-CTC-GATAAA---CC--G-CCATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCG-T-----TATTTTTAC-A-TTA-TAG-A-AAACCCCTTTCA-GTTTAGGTA-CG-CCTTAG--CCACAG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTTGA-AAAT--AAAA-ACGAAATAA---TTCTGTGATGTTTAA---ACATATAA-TC-ATG----TT----AAA---TTTTTTTAAAA-ATAAGTTTATTAC--A-------------------T--GAA--TTAT-G---TAAGCAA-ACAT-GAAAATAGTAGT-AACTC-TTTTTTTACAAAATAGCAGA
gi|6 : GGTGTTATCAGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTCA-C-AG-C---GCTAA--TTA-TCTC-GATAAA---AC--G-CCACGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNG-TCGAGTTATCTGTAC-A-TTA-TAGAA-AA-CCCGTTTGA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-GT-CCACAA-------AAGAGATTT-ATTTCGTAG-TTCGATAGAT--AAAACAGTAAAGGATT-TT-TGTG-TGTTTAAGACACATATAATTC-ATG----T--AAAAAATGTTTT-----AAA-ATAAA-TTATAACAAAGAAAA-CATCTT----ACTT--GAA--TTAa
gi|7 : GGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTG-T--TTCA-C-AG-T---GTTAA--TTA-TCTC-GATACA---CC--G-CCATG
gi|7 : -TCACA-T-----TATTTTTAC-A-TTG-TAG-A-AAGCCCGTTTCA-ATTTAGATA-CG-GCTT-GG-CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCAA-AGAT--AAAA-Aggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacattatttttacattgtagaaagcccgtttcaatttagatacggcttggccacggaagagagttcttttgagtttcaaagataaaaa
gi|8 : ggtgttttcagtacaaaagtctgtttcacagtgttaattatctcgatacaccgccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCACGGTGTTTTCAGTA--CCA-AAGTCTG-TTCTTTA-C-AG-T---GCTAATATTA-TCTC-GATACA---CCCGG-CCATG
gi|8 : -T-----TATCTT-ACGA-TT--TAG-A-AAACCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-A--Cggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcacttatcttacgatttagaaaacccgtttcagtttaggtacggcttactc
gi|9 : ccacggtgttttcagtaccaaagtctgttctttacagtgctaatattatctcgatacacccggccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcac-A-AA-CCTGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTAG--CCACAG-------AA-------------G-AGTTTTGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGAT--TT-TATGATGTTTAA---ACAAATAA-TT-ATG----TTAAAAA------TTATA--AAA-ATAAATTTAGTAT--AGAAAA-TAT-TT----ACAT--GAA--TTATATTTAGAAGCTA-ACATGGAAAACAGCGGT-GACTC-TTTTTTTACAAAATGGCGGtc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1 11 1 1111 1111111 1111 11111 11111111 1111
lowQualScore : 44 3 44 2 2 2 2 555 99 6 3 3 555 44 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 22222 3 0 22 4 8 6 4 4 4 7777 4444444 4 1 4 4 66 4 5 5 888 3 5 5 7777 5 888 5 22222 5 1 66 777 4 11111111 4 1 5555 4 2 4 5
lowQualScore : .. . .. . . . . ... .. . . . ... .. . .................................................................................................................. . ..... . . .. . . . . . . .... ....... . . . . .. . . . ... . . . .... . ... . ..... . . .. ... . ........ . . .... . . . .
lowQualScore : 22 1 22 9 9 9 9 000 00 2 1 1 444 22 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55555 2 0 22 0 0 0 0 0 0 1111 4444444 4 1 4 4 11 4 0 0 888 6 0 0 5555 0 888 0 55555 0 9 11 333 4 88888888 4 0 6666 4 9 4 0
consensus : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-NTGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
Reference ( family-828 ) : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-NTGA-ATTATNT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|1 : ACAGTGTTTTCAGTA--CAA-ATGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAA--TTAT-CTCAA-ATAAA---CC--ACC-ATGGGT
gi|1 : t-A-AA-CCCATTTCA-GTTT-GGTA-CG-GCTT-G--TCGCGAGGCGGAAAAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAC-AGT--AGGA-TTT--TG-ATGTTT-A---ACAAATAA-T--ATGTT--TT-AAAAAG---T-TT-----CAA-ATAAATTTATT-C--AG-AAA-TAT-TTTTGAACTTTGA-ATTATGTC---AATCAA-ACATGG--AACAGCGGTAAACTCTTTTTTCTACAAAATGGCAGacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacagaaaacccatttcagtttggtacggcttgtcgcgaggcggaaaagagagttctttagagtttcgaagataaacagtaggattttgatgtttaacaaataatatgttttaaaaagtttcaaataaatttattcagaaatatttttgaactttgaattatgtcaatcaaacatggaacagcggtaaactcttttttctacaaaatggcagg
gi|10 : tacagtgttttcagtacaaatgtctgtttcacagtgctaattatctcaaataaaccaccatgggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacaga-TCGTG-T-----TATTTTTAC-ATTG-CAA-A-AAACCTGTTTCA-GTTTAGGTAATG-GCTTCG--CGACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-CGTTTTGA-AGAT--AAAA-A-GAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAGA---T-TT-----AAAGATAAATCTATTAC--AGAAAT-AAT-TT----AC-TTGA-ATTATAT----AAGCAA-AGATGGAAAACAGCAGT-AACTg
gi|11 : GTGTTTTTAGTT--CAAGAAGTGTGT--TT-CA-AGAG-TTGGGCTAAT-ATATACTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATG
gi|12 : cattcgcccaccgcccGTTTTTTTAGTATGCGG-ATGTCTGT--TTTCA-C-AGAT---GCTAAT-C-AT-CTC-GGATAAATGTCC--GCCCATGGGT
gi|13 : TTTATTAC--AGAAA-------T----A----------ATAT----AAGCAA-ACATTGAAAACAGCGGT-AAATA-ATTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|14 : ACGGTGTTTTTCGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AA-T---ATTAA--TTAT-CTC-G-A-AAA---TC--a
gi|15 : TTCAGAG--CAA-AAGTCTGT--TT-TA-C-AG-T---GTTA---TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTtca
gi|16 : CACGGAGTTTTAAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---G
gi|17 : tT-TA-C-AG-T---GCTAAT-T-AT-CTC-G-ATAAA---CC--ACC-TTGGG
gi|18 : -ATATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCT
gi|2 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--C-A-AAGTCTGT--TC-TT-C-AG-T---GCTAATATTAT-CTC-G-ATAAC---CG--GCC-ATGGAT
gi|2 : -TCGCACT-----TATCTT-ACTATTGGTAG-ACAA-ACCGTTTCACGTTTAGGTA-CGCGCTT-GGACCACTC-------ACGAGAGTTTCTGTTG-AGTTTCGA-AGATTCAAAA-TGGAAAGGG-CTTTTTGTATGTTTAA---ACA--TAA-TC-ATGCTTATT-AAAAAA---A-TT-----AAA--TAAATTTATTAC--AGAAAAATAT-TT----AC-ATGACATTATAT----AAGCAA-AC---------AGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgcacttatcttactattggtagacaaaccgtttcacgtttaggtacgcgcttggaccactcacgagagtttctgttgagtttcgaagattcaaaatggaaagggctttttgtatgtttaaacataatcatgcttattaaaaaaattaaataaatttattacagaaaaatatttacatgacattatataagcaaacagcggtaactctttttctacaaaatggcaga
gi|3 : gccacggtgttttcagtacaaagtctgttcttcagtgctaatattatctcgataaccggccatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCACGATGTATTCGGTA--CAA-AAGTCCAT--TT-CA-C-AG-T---GTTAA--TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGG
gi|3 : -TCGCG-C-----TATTTTTAT-AATGATAG-ACAA-CCTGTT-CA-GTTTAGGTA-CA-GATA-G--C-ACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTT-GATTTCGA-AGAC--AAAA-AGGAA-GGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAT---T-TT-----AAA-AATAATTTA-TAC--AGAAAA-TAT-TT----AT-ATGA-GTTATAT----AAGCAAGACGTAAAAGACAGCGGT-AATTC-TTTTTCTACAATTTGGCGGAtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgcgctatttttataatgatagacaacctgttcagtttaggtacagatagcacggaagagagttctttttgatttcgaagacaaaaaggaaggattttgtgatgtttaaacaaataatcatgttaaaaattttaaaaataatttatacagaaaatatttatatgagttatataagcaagacgtaaaagacagcggtaattctttttctacaatttggcggaa
gi|4 : ccacgatgtattcggtacaaaagtccatttcacagtgttaattatctcgataaaccgccatggtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCGCCACGG-GTTTTCA-TA--CAA-AAGTCTGT--TT-CAAC-AG-T---GCTAAT-TTATTCTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGTACCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCACG-T-----TCTCTGTAT--TTA-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACAA-------AAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA--TTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TCAATG----TTAAAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAA-TTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATG--ATTGTTA----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAA-GGCAGAa
gi|5 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-TA-C-AG-T---GTTA-C-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCG-T-----TATTTTTAC-ATTA-TAG-A-AAACCCCTTTCA-GTTTAGGTA-CG-CCTTAG--CCACAG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTTGA-AAAT--AAAA-ACGAAATAA-TTCTGTG-ATGTTTAA---ACATATAA-TC-ATG----TT----AAA---T-TTTTTTAAAA-ATAAGTTTATTAC--A--------------------TGA-ATTATGT----AAGCAA-ACAT-GAAAATAGTAGT-AACTC-TTTTTTTACAAAATAGCAGA
gi|6 : GGTGTTATCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-C---GCTAA--TTAT-CTC-G-ATAAA---AC--GCC-ACGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNG-TCGAGTTATCTGTAC-ATTA-TAGAA-AA-CCCGTTTGA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-GT-CCACAA-------AAGAGATTT-ATTTCGTAG-TTCGATAGAT--AAAACAGTAAAGGATTTTTGTG--TGTTTAAGACACATATAATTC-ATG-----T-AAAAAATGTT-TT-----AAA-ATAAA-TTATAACAAAGAAAA-CATCTT----AC-TTGA-ATTAa
gi|7 : GGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GTTAA--TTAT-CTC-G-ATACA---CC--GCC-ATGGGT
gi|7 : -TCACA-T-----TATTTTTAC-ATTG-TAG-A-AAGCCCGTTTCA-ATTTAGATA-CG-GCTT-GG-CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCAA-AGAT--AAAA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacattatttttacattgtagaaagcccgtttcaatttagatacggcttggccacggaagagagttcttttgagtttcaaagataaaaa
gi|8 : ggtgttttcagtacaaaagtctgtttcacagtgttaattatctcgatacaccgccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCACGGTGTTTTCAGTA--CCA-AAGTCTGTTCTT-TA-C-AG-T---GCTAATATTAT-CTC-G-ATACA---CCCGGCC-ATGGGT
gi|8 : -T-----TATCTT-ACGATT--TAG-A-AAACCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-A--Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcacttatcttacgatttagaaaacccgtttcagtttaggtacggcttactc
gi|9 : ccacggtgttttcagtaccaaagtctgttctttacagtgctaatattatctcgatacacccggccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcac-A-AA-CCTGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTAG--CCACAG-------AA-------------G-AGTTTTGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTATG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TT-ATG----TT-AAAAAT---TATA-----AAA-ATAAATTTAGTAT--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATGA-ATTATATTTAGAAGCTA-ACATGGAAAACAGCGGT-GACTC-TTTTTTTACAAAATGGCGGtc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1 11 1 1111 1111111 1111 11111 11111111 1111
lowQualScore : 44 3 44 2 2 2 2 555 99 6 3 3 555 44 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 22222 3 0 22 4 8 6 4 4 4 7777 4444444 4 1 4 4 66 4 5 5 888 3 5 5 7777 5 888 5 22222 5 1 66 777 4 11111111 4 5555 4 2 4 5
lowQualScore : .. . .. . . . . ... .. . . . ... .. . .................................................................................................................. . ..... . . .. . . . . . . .... ....... . . . . .. . . . ... . . . .... . ... . ..... . . .. ... . ........ . .... . . . .
lowQualScore : 22 1 22 9 9 9 9 000 00 2 1 1 444 22 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55555 2 0 22 0 0 0 0 0 0 1111 4444444 4 1 4 4 11 4 0 0 888 6 0 0 5555 0 888 0 55555 0 9 11 333 4 88888888 4 6666 4 9 4 0
consensus : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-NTGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
Reference ( family-828 ) : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-NTGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|1 : ACAGTGTTTTCAGTA--CAA-ATGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAA--TTAT-CTCAA-ATAAA---CC--ACC-ATGGGT
gi|1 : t-A-AA-CCCATTTCA-GTTT-GGTA-CG-GCTT-G--TCGCGAGGCGGAAAAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAC-AGT--AGGA-TTT--TG-ATGTTT-A---ACAAATAA-T--ATGTT--TT-AAAAAG---T-TT-----CAA-ATAAATTTATT-C--AG-AAA-TAT-TTTTGAACTTTGA-ATTATGTC---AATCAA-ACATGG--AACAGCGGTAAACTCTTTTTTCTACAAAATGGCAGacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacagaaaacccatttcagtttggtacggcttgtcgcgaggcggaaaagagagttctttagagtttcgaagataaacagtaggattttgatgtttaacaaataatatgttttaaaaagtttcaaataaatttattcagaaatatttttgaactttgaattatgtcaatcaaacatggaacagcggtaaactcttttttctacaaaatggcagg
gi|10 : tacagtgttttcagtacaaatgtctgtttcacagtgctaattatctcaaataaaccaccatgggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacaga-TCGTG-T-----TATTTTTAC-ATTG-CAA-A-AAACCTGTTTCA-GTTTAGGTAATG-GCTTCG--CGACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-CGTTTTGA-AGAT--AAAA-A-GAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAGA---T-TT-----AAAGATAAATCTATTAC--AGAAAT-AAT-TT----AC-TTGA-ATTATAT----AAGCAA-AGATGGAAAACAGCAGT-AACTg
gi|11 : GTGTTTTTAGTT--CAAGAAGTGTGT--TT-CA-AGAG-TTGGGCTAAT-ATATACTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATG
gi|12 : cattcgcccaccgcccGTTTTTTTAGTATGCGG-ATGTCTGT--TTTCA-C-AGAT---GCTAAT-C-AT-CTC-GGATAAATGTCC--GCCCATGGGT
gi|13 : TTTATTAC--AGAAA-------T----A----------ATAT----AAGCAA-ACATTGAAAACAGCGGT-AAATA-ATTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|14 : ACGGTGTTTTTCGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AA-T---ATTAA--TTAT-CTC-G-A-AAA---TC--a
gi|15 : TTCAGAG--CAA-AAGTCTGT--TT-TA-C-AG-T---GTTA---TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTtca
gi|16 : CACGGAGTTTTAAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---G
gi|17 : tT-TA-C-AG-T---GCTAAT-T-AT-CTC-G-ATAAA---CC--ACC-TTGGG
gi|18 : -ATATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCT
gi|2 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--C-A-AAGTCTGT--TC-TT-C-AG-T---GCTAATATTAT-CTC-G-ATAAC---CG--GCC-ATGGAT
gi|2 : -TCGCACT-----TATCTT-ACTATTGGTAG-ACAA-ACCGTTTCACGTTTAGGTA-CGCGCTT-GGACCACTC-------ACGAGAGTTTCTGTTG-AGTTTCGA-AGATTCAAAA-TGGAAAGGG-CTTTTTGTATGTTTAA---ACA--TAA-TC-ATGCTTATT-AAAAAA---A-TT-----AAA--TAAATTTATTAC--AGAAAAATAT-TT----AC-ATGACATTATAT----AAGCAA-AC---------AGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgcacttatcttactattggtagacaaaccgtttcacgtttaggtacgcgcttggaccactcacgagagtttctgttgagtttcgaagattcaaaatggaaagggctttttgtatgtttaaacataatcatgcttattaaaaaaattaaataaatttattacagaaaaatatttacatgacattatataagcaaacagcggtaactctttttctacaaaatggcaga
gi|3 : gccacggtgttttcagtacaaagtctgttcttcagtgctaatattatctcgataaccggccatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCACGATGTATTCGGTA--CAA-AAGTCCAT--TT-CA-C-AG-T---GTTAA--TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGG
gi|3 : -TCGCG-C-----TATTTTTAT-AATGATAG-ACAA-CCTGTT-CA-GTTTAGGTA-CA-GATA-G--C-ACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTT-GATTTCGA-AGAC--AAAA-AGGAA-GGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAT---T-TT-----AAA-AATAATTTA-TAC--AGAAAA-TAT-TT----AT-ATGA-GTTATAT----AAGCAAGACGTAAAAGACAGCGGT-AATTC-TTTTTCTACAATTTGGCGGAtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgcgctatttttataatgatagacaacctgttcagtttaggtacagatagcacggaagagagttctttttgatttcgaagacaaaaaggaaggattttgtgatgtttaaacaaataatcatgttaaaaattttaaaaataatttatacagaaaatatttatatgagttatataagcaagacgtaaaagacagcggtaattctttttctacaatttggcggaa
gi|4 : ccacgatgtattcggtacaaaagtccatttcacagtgttaattatctcgataaaccgccatggtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCGCCACGG-GTTTTCA-TA--CAA-AAGTCTGT--TT-CAAC-AG-T---GCTAAT-TTATTCTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGTACCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCACG-T-----TCTCTGTAT--TTA-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACAA-------AAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA--TTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TCAATG----TTAAAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAA-TTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATG--ATTGTTA----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAA-GGCAGAa
gi|5 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-TA-C-AG-T---GTTA-C-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCG-T-----TATTTTTAC-ATTA-TAG-A-AAACCCCTTTCA-GTTTAGGTA-CG-CCTTAG--CCACAG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTTGA-AAAT--AAAA-ACGAAATAA-TTCTGTG-ATGTTTAA---ACATATAA-TC-ATG----TT----AAA---T-TTTTTTAAAA-ATAAGTTTATTAC--A--------------------TGA-ATTATGT----AAGCAA-ACAT-GAAAATAGTAGT-AACTC-TTTTTTTACAAAATAGCAGA
gi|6 : GGTGTTATCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-C---GCTAA--TTAT-CTC-G-ATAAA---AC--GCC-ACGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNG-TCGAGTTATCTGTAC-ATTA-TAGAA-AA-CCCGTTTGA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-GT-CCACAA-------AAGAGATTT-ATTTCGTAG-TTCGATAGAT--AAAACAGTAAAGGATTTTTGTG--TGTTTAAGACACATATAATTC-ATG-----T-AAAAAATGTT-TT-----AAA-ATAAA-TTATAACAAAGAAAA-CATCTT----AC-TTGA-ATTAa
gi|7 : GGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GTTAA--TTAT-CTC-G-ATACA---CC--GCC-ATGGGT
gi|7 : -TCACA-T-----TATTTTTAC-ATTG-TAG-A-AAGCCCGTTTCA-ATTTAGATA-CG-GCTT-GG-CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCAA-AGAT--AAAA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacattatttttacattgtagaaagcccgtttcaatttagatacggcttggccacggaagagagttcttttgagtttcaaagataaaaa
gi|8 : ggtgttttcagtacaaaagtctgtttcacagtgttaattatctcgatacaccgccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCACGGTGTTTTCAGTA--CCA-AAGTCTGTTCTT-TA-C-AG-T---GCTAATATTAT-CTC-G-ATACA---CCCGGCC-ATGGGT
gi|8 : -T-----TATCTT-ACGATT--TAG-A-AAACCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-A--Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcacttatcttacgatttagaaaacccgtttcagtttaggtacggcttactc
gi|9 : ccacggtgttttcagtaccaaagtctgttctttacagtgctaatattatctcgatacacccggccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcac-A-AA-CCTGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTAG--CCACAG-------AA-------------G-AGTTTTGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTATG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TT-ATG----TT-AAAAAT---TATA-----AAA-ATAAATTTAGTAT--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATGA-ATTATATTTAGAAGCTA-ACATGGAAAACAGCGGT-GACTC-TTTTTTTACAAAATGGCGGtc
blockSeqs : TG G TC T A G A TGG TA A . G TGT CG C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG C CGAGT T T GG A C A C A C GGA . T T T T TC C T T GAC A T A CTTA A TGT A TTTTA G T AA AAT C ACT C TTAG G G . .
blockSeqs : . . . . . . . . TA T . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T G GA . C A . . . CG . . T . . . . . . . A . . . . . . . . T . TA . ACA . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . T . A . . G . . . AG . . T . . . . . . . A . . . . . . . . T . AT . ATA . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . T . A . . A . . . GT . . A . . . . . . . T . . . . . . . . T . AT . ACA . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . T . A . . . . . . GG . . T . . . . . . . T . . . . . . . . T . AC . ACT . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . AG . . C . . . . . . . A . . . . . . . . T . AT . ACA . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : GG** ******* **** ACA***** ****
originalCons : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTT-G--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-NTGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
finalCons : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTGG--CCACGG-------AAGAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TTACA-----TGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1 11 1 1111 1111 11111 1111
lowQualScore : 44 3 44 2 2 2 2 555 99 6 3 3 555 44 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 22222 3 0 22 4 8 6 4 4 4 4444 66 66 4 1 4 4 66 4 5 5 888 3 5 5 7777 5 888 5 22222 5 3 6 0 66 0 5 4 9999 4 4 5555 4 2 4 5
lowQualScore : .. . .. . . . . ... .. . . . ... .. . .................................................................................................................. . ..... . . .. . . . . . . .... .. .. . . . . .. . . . ... . . . .... . ... . ..... . . . . .. . . . .... . . .... . . . .
lowQualScore : 22 1 22 9 9 9 9 000 00 2 1 1 444 22 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55555 2 0 22 0 0 0 0 0 0 4444 11 11 4 1 4 4 11 4 0 0 888 6 0 0 5555 0 888 0 55555 0 2 2 1 99 1 0 4 4444 4 4 6666 4 9 4 0
consensus : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTG--G-CCA--CGGAA--GAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
Reference ( family-828 ) : CGCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAAT-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCGCG-T-----TATCTTTAC-ATTG-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTG--G-CCA--CGGAA--GAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAATTTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATGA-ATTATAT----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|1 : ACAGTGTTTTCAGTA--CAA-ATGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GCTAA--TTAT-CTCAA-ATAAA---CC--ACC-ATGGGT
gi|1 : t-A-AA-CCCATTTCA-GTTT-GGTA-CG-GCTTGTCG-CGAGGCGGAAAAGAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAC-AGT--AGGA-TTT--TG-ATGTTT-A---ACAAATAA-T--ATGTT--TT-AAAAAG---T-TT-----CAA-ATAAATTTATT-C--AG-AAA-TAT-TTTTGAACTTTGA-ATTATGTC---AATCAA-ACATGG--AACAGCGGTAAACTCTTTTTTCTACAAAATGGCAGacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacagaaaacccatttcagtttggtacggcttgtcgcgaggcggaaaagagagttctttagagtttcgaagataaacagtaggattttgatgtttaacaaataatatgttttaaaaagtttcaaataaatttattcagaaatatttttgaactttgaattatgtcaatcaaacatggaacagcggtaaactcttttttctacaaaatggcagg
gi|10 : tacagtgttttcagtacaaatgtctgtttcacagtgctaattatctcaaataaaccaccatgggtacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagttggaagttattagttcgtatagtattaactcacaga-TCGTG-T-----TATTTTTAC-ATTG-CAA-A-AAACCTGTTTCA-GTTTAGGTAATG-GCTTC--G-CGA--CGGAA--GAGAGTT-CTTTTG-CGTTTTGA-AGAT--AAAA-A-GAAAGGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAGA---T-TT-----AAAGATAAATCTATTAC--AGAAAT-AAT-TT----AC-TTGA-ATTATAT----AAGCAA-AGATGGAAAACAGCAGT-AACTg
gi|11 : GTGTTTTTAGTT--CAAGAAGTGTGT--TT-CA-AGAG-TTGGGCTAAT-ATATACTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATG
gi|12 : cattcgcccaccgcccGTTTTTTTAGTATGCGG-ATGTCTGT--TTTCA-C-AGAT---GCTAAT-C-AT-CTC-GGATAAATGTCC--GCCCATGGGT
gi|13 : -TT----AC-AGAA-ATAATAT----AAGCAA-ACATTGAAAACAGCGGT-AAATA-ATTTTCTACAAAATGGCGGA
gi|14 : tttaACGGTGTTTTTCGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AA-T---ATTAA--TTAT-CTC-G-A-AAA---TC--a
gi|15 : TTCAGAG--CAA-AAGTCTGT--TT-TA-C-AG-T---GTTA---TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTtca
gi|16 : CACGGAGTTTTAAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---G
gi|17 : tT-TA-C-AG-T---GCTAAT-T-AT-CTC-G-ATAAA---CC--ACC-TTGGG
gi|18 : -ATATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCT
gi|2 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--C-A-AAGTCTGT--TC-TT-C-AG-T---GCTAATATTAT-CTC-G-ATAAC---CG--GCC-ATGGAT
gi|2 : -TCGCACT-----TATCTT-ACTATTGGTAG-ACAA-ACCGTTTCACGTTTAGGTA-CGCGCTTG--GACCA--CTCAC--GAGAGTTTCTGTTG-AGTTTCGA-AGATTCAAAA-TGGAAAGGG-CTTTTTGTATGTTTAA---ACA--TAA-TC-ATGCTTATT-AAAAAA---A-TT-----AAA--TAAATTTATTAC--AGAAAAATAT-TT----AC-ATGACATTATAT----AAGCAA-AC---------AGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAATGGCAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatcgcacttatcttactattggtagacaaaccgtttcacgtttaggtacgcgcttggaccactcacgagagtttctgttgagtttcgaagattcaaaatggaaagggctttttgtatgtttaaacataatcatgcttattaaaaaaattaaataaatttattacagaaaaatatttacatgacattatataagcaaacagcggtaactctttttctacaaaatggcaga
gi|3 : gccacggtgttttcagtacaaagtctgttcttcagtgctaatattatctcgataaccggccatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCACGATGTATTCGGTA--CAA-AAGTCCAT--TT-CA-C-AG-T---GTTAA--TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGG
gi|3 : -TCGCG-C-----TATTTTTAT-AATGATAG-ACAA-CCTGTT-CA-GTTTAGGTA-CA-GATAG-----CA--CGGAA--GAGAGTT-CTTTTT-GATTTCGA-AGAC--AAAA-AGGAA-GGA-TTTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TC-ATG----TT-AAAAAT---T-TT-----AAA-AATAATTTA-TAC--AGAAAA-TAT-TT----AT-ATGA-GTTATAT----AAGCAAGACGTAAAAGACAGCGGT-AATTC-TTTTTCTACAATTTGGCGGAtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcgcgctatttttataatgatagacaacctgttcagtttaggtacagatagcacggaagagagttctttttgatttcgaagacaaaaaggaaggattttgtgatgtttaaacaaataatcatgttaaaaattttaaaaataatttatacagaaaatatttatatgagttatataagcaagacgtaaaagacagcggtaattctttttctacaatttggcggaa
gi|4 : ccacgatgtattcggtacaaaagtccatttcacagtgttaattatctcgataaaccgccatggtgtagaacatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCGCCACGG-GTTTTCA-TA--CAA-AAGTCTGT--TT-CAAC-AG-T---GCTAAT-TTATTCTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGTACCTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TCACG-T-----TCTCTGTAT--TTA-TAG-A-AA-CCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTG----CCA--CAAAA--GAGAGTT-CTTTAG-AGTTTCGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA--TTTGTG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TCAATG----TTAAAAAAA---T-TT-----AAA-ATAAA-TTATTAC--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATG--ATTGTTA----AAGCAA-ACATGGAAAACAGCGGT-AACTC-TTTTTCTACAAAA-GGCAGAa
gi|5 : GCCACGGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-TA-C-AG-T---GTTA-C-TTAT-CTC-G-ATAAA---CC--GCC-ATGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGCG-T-----TATTTTTAC-ATTA-TAG-A-AAACCCCTTTCA-GTTTAGGTA-CG-CCTTA--G-CCA--CAGAA--GAGAGTT-CTTTTG-AGTTTTGA-AAAT--AAAA-ACGAAATAA-TTCTGTG-ATGTTTAA---ACATATAA-TC-ATG----TT----AAA---T-TTTTTTAAAA-ATAAGTTTA-----------------TT----AC-ATGA-ATTATGT----AAGCAA-ACAT-GAAAATAGTAGT-AACTC-TTTTTTTACAAAATAGCAGA
gi|6 : GGTGTTATCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-C---GCTAA--TTAT-CTC-G-ATAAA---AC--GCC-ACGGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNG-TCGAGTTATCTGTAC-ATTA-TAGAA-AA-CCCGTTTGA-GTTTAGGTA-CG-GCTTG--T-CCA--CAAAA--GAGATTT-ATTTCGTAG-TTCGATAGAT--AAAACAGTAAAGGATTTTTGTG--TGTTTAAGACACATATAATTC-ATG-----T-AAAAAATGTT-TT-----AAA-ATAAA-TTATAACAAAGAAAA-CATCTT----AC-TTGA-ATTAa
gi|7 : GGTGTTTTCAGTA--CAA-AAGTCTGT--TT-CA-C-AG-T---GTTAA--TTAT-CTC-G-ATACA---CC--GCC-ATGGGT
gi|7 : -TCACA-T-----TATTTTTAC-ATTG-TAG-A-AAGCCCGTTTCA-ATTTAGATA-CG-GCTTG--G-CCA--CGGAA--GAGAGTT-CTTTTG-AGTTTCAA-AGAT--AAAA-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcacattatttttacattgtagaaagcccgtttcaatttagatacggcttggccacggaagagagttcttttgagtttcaaagataaaaa
gi|8 : ggtgttttcagtacaaaagtctgtttcacagtgttaattatctcgatacaccgccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCACGGTGTTTTCAGTA--CCA-AAGTCTGTTCTT-TA-C-AG-T---GCTAATATTAT-CTC-G-ATACA---CCCGGCC-ATGGGT
gi|8 : -T-----TATCTT-ACGATT--TAG-A-AAACCCGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcacttatcttacgatttagaaaacccgtttcagtttaggtacggcttactc
gi|9 : ccacggtgttttcagtaccaaagtctgttctttacagtgctaatattatctcgatacacccggccatgggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatgtctacattgtggtgtaacgcac-A-AA-CCTGTTTCA-GTTTAGGTA-CG-GCTTA--G-CCA--CAGAA---------------G-AGTTTTGA-AGAT--AAAA-AGGAAAGGA-TTTTATG-ATGTTTAA---ACAAATAA-TT-ATG----TT-AAAAAT---TATA-----AAA-ATAAATTTAGTAT--AGAAAA-TAT-TT----AC-ATGA-ATTATATTTAGAAGCTA-ACATGGAAAACAGCGGT-GACTC-TTTTTTTACAAAATGGCGGactc