lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 2222 2222222 2222222 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111 11111111111111111111 11111111 111 11 111 22 333333333333333333333333333333 1111111 11 111111111111 333 11111 2 111 11111 222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 11 111 1111 7777777777777 11 11111 11111111111 11 1111111 1 1 1111111
lowQualScore : 6 6 777 6 3 3 4444 9 111 6 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8 0 8 8 8 6666 8 8 6666666 0 8888888 88 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 4 9 4 33 4 8 22222 3 4 88888888888888888888 33333333 3 3 6666 111 3 666 3 5 55 6 55 7 3 3 4 2 777 4 4 33 222 3 3 00 3 000000000000000000000000000000 5 2 5 33 4444444 2 88 2 33 33 2 33 4444 2 111111111111 000 2 77777 2 999 2 2 2 444 66 2 5 444 99 2 2 66666 2 33 444 2 2 5 2 11111 444 111111111111111 33 66 7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 6 3 44 2 888 2 5 2 2 2 2 33 66 33 3 555 3 5 9999 33 33 1 000 3 555 3 3 3333 3 44 6 3 3 7777777777777 3 3 3 55 666 00 6 11111 3 55555555555 6 44 0 6666 0 3 44 00 3 666 44 3 3 3333333 3 6 3 2 99 3 6 77 3 0 555 6 3 3 1111111 55 3 55 3
lowQualScore : . . ... . . . .... . ... . . ........................................................................................... . . . . . .... . . ....... . ....... .. . ................................................................ .. . . . .. . . ..... . . .................... ........ . . .... ... . ... . . .. . .. . . . . . ... . . .. ... . . .. . .............................. . . . .. ....... . .. . .. .. . .. .... . ............ ... . ..... . ... . . . ... .. . . ... .. . . ..... . .. ... . . . . ..... ... ............... .. .. .... ........................................................................... .. . . .. . ... . . . . . . .. .. .. . ... . . .... .. .. . ... . ... . . .... . .. . . . ............. . . . .. ... .. . ..... . ........... . .. . .... . . .. .. . ... .. . . ....... . . . . .. . . .. . . ... . . . ....... .. . .. .
lowQualScore : 7 7 777 7 5 3 2222 2 777 7 5 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 6 0 0 0 0000 0 0 0000000 8 8888888 66 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 4 7 0 55 0 0 77777 6 0 44444444444444444444 22222222 6 3 8888 222 6 444 6 1 55 8 00 3 6 3 0 8 000 0 0 00 888 6 6 00 3 111111111111111111111111111111 7 9 5 99 4444444 7 99 7 77 55 9 99 1111 9 555555555555 777 9 11111 5 333 5 5 7 999 33 7 3 777 00 7 5 22222 5 44 444 5 5 1 5 22222 888 222222222222222 77 33 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22 2 1 44 9 444 9 7 7 7 7 7 77 33 22 3 888 1 7 7777 44 88 0 888 3 888 3 8 4444 3 66 7 1 6 3333333333333 6 6 6 00 555 22 2 77777 3 88888888888 2 22 8 5555 5 1 22 55 3 888 66 3 3 2222222 3 7 1 7 44 3 7 99 3 0 888 7 3 6 8888888 00 6 00 6
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAGGTT---TCAGG-CGNACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT-A-------AT--ATTTTTT----TTT-----CAC-CTA-CA-TG-TT--AGCTTA-TA-ATTA-------ACACTATA-GTAC-ATGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCAT-TT--CC-CGCCTTCCAA-TTTGG-----G-CTGT-AGGG----C--C--------C-GGTG--------GC-TCCCTGGG-GT---CGGGA--CA-CTT---TT-CAGNCT-NTCGTATCT--CC-T-ACA-ATTTGG-GTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGG-GGA-C-AGGAA-GAGG-A-C-CT-----CG-C-----------AG-AG-TAT--C-CG----T-TTC-TA-T--CN-TA-CG--A--A-GAGGCCC-GA--G----G----AACTG--G-AAG--GG-ACA-TTT--TAGC-TCA-C-C-C-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-C--A---T-T-TGA-C-----ATC--A--A-----C------AT--AG--GG--TATAAAGGTNACTTNNNATNNNNNGGTCNCTNATGTGCATTCAAACAACTTTATCAGGAAGGTAAGGGTACACNTA----AGGAC--TA-T-CA-TT-TT--CCC-GCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA--GGGG-TACC-AC---CT-GGT-GG---CTCNCTGGG-GTCGGGG--CA-CTT---TT-CAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GGA-A-CAAAC-TAACA-CC-GGGGA-NAGGAAGAGGA-CCTC-----G-C-----------AG-AGTAT--CCG----TTTCT-AT--CA-TA-CG--A--AG-AGGCCC-GA--G----GAACTGGAAG-GGACAG-TTTA-GCTCA-CC-C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTT-T-T-------CAC--AT-TTTA--C-ATCAACAT
Reference ( gi|5 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAAGTT---TCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT----------A---ATTTTTT----TTT-----CAC-CTA-CA-TG-T---AGCTTA-TA-ATTA-------ACACTATA-GTACCATGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TAAT-TT--CC-CGCCTTCCAA-TTTGG-----G-CTGT-AG------------------C-GGTG--------GC-TCCCTGGG-GT---CGGGA--CA-CTT---TT-CAGGCT-TTTGTATCT--CC-T-ACA-ATTTGG-GTCGG---AGGA-A-CAAAT-TAACA-CTGG-GGA-C-TGGAA-GTGA-A-C-CT-----TG-C-----------AG-AG-TGT--C-TG----T-TTC-CA-T--CG-TA-CG--A--A-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---G-AAG--AA-ACATTTT--TAGC-TCA-C-C-T-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-C--A---T-T-TGA-C-----ATC--A--A-----C------AT--AG--GG--TGTAAAGGTAACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----AGGAC--TA-T-CA-TT-TT--CCC-GCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA--GGGG-TACC-AC---CT-GGT-GG---GTCAATGGG-GTCGGGA--CA-CTT---TT-CAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGA-GGA-A-CAAAC-TAACA-CC-GAGGA-GAGGAAGAGGA-CCTC-----G-C-----------AG-AGTAT--CCG----TTTCT-AT--CA-TA-CA--A--AG-AGGCCC-GA--G----GAACTGGAAG-GGACAG-TTTA-GTTCA-TC-C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTT-T-T-------CAC--AT-TTTA--C-ATCAACAT
gi|4 : ATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAAGTT---TC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT----------A---ATTTTTT----AT------CAC-C-A-CA-TG-T---AGCTTA-TAGATTA-------ACACTATA-GTACCATGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAAT-TTT-CC-CGCCTTCCAA-TT-GG-----G-CTGT-AG------------------C-GGTG--------GCCTCCCTGGA-GT---CGGGA--CA-CTT---TT-C-GGCT-TTGTTATCT--CC-TTACA-ATTTGG-GTCGGTCGAGGA-A-CAAAT--AACA-CTGG-GGATC-TGAA---TAA-----CT-----TG-C-----------AG-AG-TGT--C-TG----T-TTC--A-T--CG-TA-CG--A--A-GAGG-CC-GA--G----GA---AACTG--G-AAG--AA-ACA-TTT--TAGC-TCA-C-CTT-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-C--A---T-T-TGA-CT----ATTCAA--A-----C------AT--A---GG--T-TAAAGGTAACTT-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----AGGAC--TA-TGCA-TT-TT---TC-GCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA---GTG-TACC-AC---CT-GGT--G---GTCAATGGG-ATCGGGA--CA-CTT---TT-CAGGCTA--TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGA-TGA-AGCAAAC-TAACA--C-GAGGA-GAG--AGAGGACCCTC-----G-C-----------AG-AGTAT---CG----TTTCT--T--CATTA-CA--A--AG-AGGCCC-GA-------GAACTGGA---GGACAGTTTTACGTTCA-TC----AA--CTTT-GTTC---A---TT-T-T-------CAC--AT-TTTA--C-ATCAACA
gi|2 : tATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAGGTT---TCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT--------G---ATTTTTT----TTTTTCTTCAC-CTATCA-TGGT---TGCTTA-TA-ATTT-------ACATAATT-ATACAGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATAGTA-TCAT-TT--CC-CGCCTTCCAACTTTGG-----G-CTGTGAGGGGGTACCACCT------C-GGTG--------GC-TCCCTGGG-AT---CGGGA--CA-CTT---TTTCAGGCT-TTCGTATCT--CC-T-ACA-ATTGCG-GT-AG---AGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGG-GGA-CAAGGAA-G-GG-A-C-CTC----CG-C-----------AG-AG-TAT--C-CG----T-TTA-TA-T--CA-TA-CG--A--A-GAGGCCC-GA--G----G----AACTG--G-AAG--GG-ACA-GTT--TAGC-TCA-C-----GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-CATA---T-T-TTA-C-----ATC--A--A-----C------AT--AT--GG--TATAAAAGT--CCCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT---AGGAC--TA-A-CA--T-TT--CCC-GCCTTCCAA-T-TT--G-G-CTG--TAG-GGGG-TA---AC---CT-GGT-GG---CTCACT--G-GTCGGGG--CA-CTT---TT-CGAGCTAAATCC--ATCTT--CC-TACA-ATTTGG----CG-----AGAGGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGGAGCA-GA-GAAGAAGA-TCgtatggagtgcttcataaagatag
gi|1 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TA-GTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTT----------TTTTAGTTTTT----TTT-----CAC-C-A-CA-TG-TTG-CGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACTAT---TAC-ATGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TCAT-TTTCCC-CGCCTTCCAA-TTCGG-----G-CTGT-AGGGTACCGACC--------T-GGTG--------GC-TCCCTGGG-GG---CGG----CA-CTT---TT-CGAGCT-ATCGTATCT--CC-T-ACA-ATTTGG-GTCAG---AGGA-C-CAAAC-TAACA-ACGG-GGG-C-GGGAA-AAGG-A-C-CT-----TG-C-----------AG-AG-TAT--C--G----T-TTCTTA-T--C--TA-CG--A--AGGAGGCCC-GA--G----G----AACTG--G-AAG--GG-ACAATTT--TAGC-TCA-C-C-TCGAA--CTTT-GTTC---ATG-TTT-T-TC-----A-C--A---T-T-TTA-C-----ATC--A--A-----CATAGCTAT--AG--GG--TATAAAAGTCGCCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA------GAC--TA-T-CATTT-TT--CCC-GCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA--GG
gi|3 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAGGTT---TCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTTAA-------AT--ATTTTTTAGTTTTT-----CACACTA-CACTG-TTCGAGTATAATA-ATTA-------ACACT-TATGTAC-ATGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TCAT-TCA-CC-CGCCTTCCAA-TTCGG-----G-CTGT-GGGTACCACC----------T-GGTG---------C-TCCCTGGG-GT---CGGG---CA-CTT---TT-CAGGCTATCCGTATCT--CC-T-ACA-ATTTGG-GTCAG---AGGACA-CAAAC-TAACAACCGG-GG--C-AGGAAAGAGG-A-CGC-------G-C-----------AG-AG-TAT--C--G----T-TTC-TA-T--CAATA-CG--A--G-AAGGCC--GA--G----G----AACTG--G-AAG--GG-ACA-TTT--TAGC-TCA-C-C-C-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-C--A---T-T-TTA-CA----ATC--A--C-----C------AT--AG--AGGCTATAAAAA-GAGTCCCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAC--TACT-CA-TT-TTTCTCC-GCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTA--GGGG-t
gi|7 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAGGTT---TCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAACA---A----------TTT-----CAT-CTA-CA-TG-T---AACTTA-CA-TGTA-------ACACTATA--------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--Tctaagccggtag
gi|9 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAGGCT---TCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : tttacattaccattaacatttcttttaattgatttgtaagatacttactgcttaaacaaatcaagtgattattgccgatctcgcaggcagtgaaggtcacctgtattgataaaaatatgttatctagatgataaaaaatctcctaaaataatctttatctacaagtaatacattgtgtgtacaattcatgtcattatcaaataattattgaaacgattagcaactgtatcaaggaactatttcatttaaccccacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcataatattgattaatttatgtatcaatatctagtgtgcatacgtatgaaacatctagtgtaaatgggactTGGGAC--TA-TCAT-TC--CC-CGCCTTCTAA-TTTGG-----G-CTGT-AAGGATACCACC--------T-GGTG--------GC-TCCCTGGG-GT---GGGAG--CA-CTT---TT-CAGTCC-ATCGTATCT--CT-T-ACA-ATTTTG-GTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGG-GGA-C-AGAAA-GAGG-GTC-CTCTTTCTG-TCCCCGGTGTTAAG-AG-TAT--C-CG----T-TTC-CA-T--CT-TA-CG--A--A-GAGGCCC-GA--G----G----AACTG--G-AAG--GG-ACA-GTT--TAGC-TCA-C-C-C-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-C--A---A-T-TTA-T-----ATG--A--AGATAGCTATAA-AT--AG--GG--TATAAAGgtgtctaaggagtggggac
gi|12 : gactatccgtttccatcttgcgagttcgagttcctcactcgaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacatgaaacatagcgtataaaggtcacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactTAGTAC--TA-TCAT-TT--CC-CGCCTTCCACTTTTTG-----G-CTG
gi|18 : ggacctcggcagcagtatccactcattgctatgacatacaaagaggccccgacctctgaactggaagaggacagtctagctcaccccgaagctttagtcttttttttcacatttgacatcaacatagggtataaggctcacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGAAC--TA-TCAT-TT--CC-CGCCTT-CAG-GTTGG-----GTCTAT-AG------------------T-GGTA--------CC-ACCCGGTG-GTTCCCGGGaggc
gi|13 : gaagacaagacggaaagactatcagggcatggtacaccaccccAGGAC--TAATCAT-TT--CCACGCTTTCAGA-TTTGA-----G-CTGT-AGTGCTACCAC---------C-GGT---------GC-TCGCGGGGTGT---CGGA---------------CAGATT-TTCGCACCTTCCC-T-AC--ATTT
gi|6 : gctcaacctgaactttgtcatagttttgcaagtctgtcaagggataagacatggggattaaaaaacttgatagaaagctttaattctttacgaaagacgagtacgaattttacagggcggaaagaggcaaggtatacccccatcccactcGAT--TA-TATTCTT--CC-CGCCTTCC---TTTGGT----G-CTGT-AGGGACTACCACTGGCTGGTC-GGTG--------TG-TCAATGGG-GT---CGGGA--CA-CTT---TT-CAGCCT-CTCGTATCT--CC-T-ACA-AATTGG-GACAG---GGTA-A-CAAAC-TAACA-CCAT-TGA-C-AGGAA-GAGA-A-C-AT-----CA-G-----------AG-AG-TAT--C-CG----T-TTC-TA-T--TC-TA-CG--A--A-GAGGCCC-GA--G----G----AACTG--G-AAG--GG-ACA-GTT--TAGC-TCA-C-C-C-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTT-T-TC-----A-C--A---T-T-TGA-C-----ATC--A--A-----C------AT--AG--GG--TATAA--GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----AAGAC--TA-T-CA--T-TT--CCC-GCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TA--GGGG-TACC-AC---AT-GGT-
gi|16 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataT-TT--CC-CGCCTTTCAA-TTTGGCATTAG-GTAC-AC------------------CTGGTG--------GC-TCCCTGG-------TGGGATCCA-CTT---T--CAGTCT-ATCGTATCT--CC-T-ACA-ATTTTG-GTCAG---AGGA-AACAAAAATAACA-CCGG-G-A-C-AGGAA-GAGG-A-C-CT-----CG-C-----------AA-AA-TAT--C-CG----T-TTC-CA-T--CC-TA-CG--A--A-AAAGCCC-
gi|7 : atTTGG-----G--TGT-AG------------------G-GGTACCACCTGTGC-TCCCTGGT-G-----GGAG--CA-CTT---TT-CAGTCT-ATCATATCT--CCTT-ACA-ATT
gi|15 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG--------GC-TCATTGGG-AT----GGGA--CA-CTT---GT-CG---T-TTCGTATC----C-T-AAGGATGTTG-GTCG----AGG----CAAAC-TA-CA---GG-GGA----GGAA-G----A-C--T-----CG-C-----------CGTAG-TAT--C-TT----T-TAT-TA-T--CA-CC-C---A--A-GGGAC---GA--G----G----AAAT---G-GAG--AGGACAGTTT---AG--TCG-C-C-CAGAAATCTTT-G-TA---AT--TTT-T-TTTATTAA-C--ATATT-T-TGATC-----ATC--A--A-----CAA----AT--AGA-GG--TATGA
gi|14 : G-GT---TGGAG--CATCTTCTGTT-CAGCTT-TTCGTATCT--ATAC-ACA-ATTTGGAGTTAG----GGA-A--AAA---AACA---GGAGGA-T-AGGAA-GAGG-T-T-C------TG-C------------G-AG-TATGAC-CA----T-TTA-TA-T--TC-TA-CGTCA--A-GAGG--C-GAATG----G----AAGTG--G-AAG--GG-ACG---T--TAAG-TCA-C-C-C-AAA--TTTT-G-TCTTAGT--TTG-T-TT-----A-C--A---T-T---A-C-----ATC--AG-A-----CG-----AT--AGCCAG--AGTAAA
gi|17 : tggttggatcaatCA-ATTTGG-GTCAG---AGGA-A-CAAAC-TTACA-CCTG-GGG-C-AGGAA-GAGA-A-C-CT-----TG-C-----------AG-AG-TAT--C-AA----T-TGC-AA-T--CT-TA-AG--A--A-GAGGCCC-AA--G----G----AACTC--G-AAG--GG-ACA-TTT--TAGC-TCA-tataggtttatcgtataaa
gi|6 : -GGA-C--GGAA-GAGATA-G-TT-----T--------------AG-AGCTAT--CATT----TATTC-TAGT--CA-TA-CA--C--C-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGG-AAG--TG-ACAGTCTCCTAACATCA-C------GA--TTTC-G-T-----T--TTT-T-TC-----AAC--A---T-T-TGA-C------T------A-----G------AT--AG--GG--TAAAAAGGTCA--TTAAATTACTTAATCTTTAATGTGCATTCAAACAACTTTATCAGGAAGGTAAGGGTACACATA------GAT--TA-T--A-TTCTT--CCC-GCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TA--GGGACTACC-ACTGGCT-GGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGA--CA-CTT---TT-CAGCCT---CTCGTATC-T--CC-TACA-AATTGG-G---A----CAGG-GTA-A-CAAAC-TAACA-CC-ATTGA-CAGGAAGAGAA-CATC-----A-G-----------AG-AGTAT--CCG----TTTCT-AT--TC-TA-CG--A--AG-AGGCCC-GA--G----GAACTGGAAG-GGACAG-TTTA-GCTCA-CC-C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTT-T-T-------CAC--AT-TTGA--C-ATCAACAT
gi|23 : acaaaaatctcgatGGAA-GAGG-A-C-CT-----CG-C-----------AG-AG-TTT--C-CG----T-TTC-GA-T--CA-Tagggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|12 : GG-A-C-CT-----CGGC-----------AGCAG-TAT--C-CACTCAT-TGC-TA-TGACA-TA-CA--A--A-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT---GGAAG--AGGACAGTCT---AGC-TCA-C-C-CCGAAG-CTTTAG-TC---TT--TTTTT-TC-----A-C--A---T-T-TGA-C-----ATC--A--A-----C------AT--AG--GG--TATAAGGCTCACTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTAC--TA-T-CA--T-TT--CCC-GCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---A--GG
gi|8 : G-AC-TAT--C-CG----T-TTC-CA-T--CT-TG-CG--A-------GTTC-GA--G----TTCCTCACTC--G-AAG--GG-ACATTTT---AGC-TCA-C-C-C-GA---------------AC--TTT-G-TC-----A-T--T---T-T-T----------TC--A--------C------AT----------TTTACATGAAACATAGCGTATAAAGGTCACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTG-----GGAC--TA-T-CA-TT-C---CCC-GCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TA--AGGA-TACC-AC---CT-GGT-GG---CTCCCTGGG-GTGGGAG--CA-CTT---TT-CAGTCC---ATCGTATC-T--CT-TACA-ATTTTG-G-------TCAGA-GGA-A-CAAAC-TAACA-CC-GGGGA-CAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTG-TCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCG----TTTCC-AT--CT-TA-CG--A--AG-AGGCCC-GA--G----GAACTGGAAG-GGACAG-TTTA-GCTCA-CC-C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTT-T-T-------CAC--AA-TTTA--T-ATGAAGATc
gi|19 : -TTC-TA-T--TA-TATCG--ATAA-GAAGCCC-GAA-G----G----AACT---G-GAGTGGA-AGATT-----AG----A-CTC-C-GAA--CTGT-GATC---ATA-TTT-TATC-----A-C--A---TAT-TGA-C-----ATC--A--A-----C------Aagctataaatagggtataaag
gi|21 : agttcca---G-AAG--GG-ACATTTC---AGC-TCA-C-C-C-GAA--CTCT-A-TT---AT--TTT---------------------------C-----CTG--A--A-----C------AA--GG--GG--TGTAA
gi|20 : T--TAGC-TCA-C-C-C-GAA--CTTT-G-TC---AT--TTG-T-TC-----A-C--C---T-T-TTA-C-----TTG--A--A-----C------AT---G--AG--TATAAAAGTg
gi|13 : GC-TCAAC-C-T-GAA--CTTT-G-TC---ATAGTTT-T-GC-----A-A--G---T-C-TGT-CAAGGGATA--AG-A-----C------AT--GG--GG--ATTAAAA--AACTTc
gi|1 : -TT-----A-C--A---T-TGTAA-C-----ACT--ATTA-----C------ATGTAG--GG---GTAAAGAAGACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA----GGGAC--TA-T-CA-TT-TT--CCCCGCCTTCCAA-T-TC-GG-G-CTG--TA--GGG--TACCGAC---CT-GGT-GG---CTCCCTGGG-GGCGG----CA-CTT---TT-CGAGCT---ATCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG------A-GGA-C-CAAAC-TAACA-AC-GGGGG-CGGGAAAAGGA-CCTT-----G-C-----------AG-AGTAT--C-G----TTTCTTAT--C--TA-CG--A--AGGAGGCCC-GA--G----GAACTGGAAG-GGACAATTTTA-GCTCA-CCTC-GAA--CTTT-GTTC---ATGTTT-T-T-------CAC--AT-TTTA--C-ATCAACATgatagaaagctttaattctttacgaaagacgagtacgaattttacagggcggaaagaggcaaggtatacccccatcccactcaggactaatcatttccacgctttcagatttgagctgtagtgctaccaccggtgctcgcggggtgtcggacagattttcgcaccttccctacattt
gi|2 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactatagaattatcatgacaaacctatcttacatcaatatatagttatgttaggcgacccatttactggtgttcaggggtgaggacagttttttttagttttttttcaccacatgttgcgcttataa----AGGATAGTA-T-CA-TT-T---CCC-GCCTTCCAACT-TT-GG-G-CTG--TGAGGGGG-TACC-AC---CTCGGT-GG---CTCCCTGGG-ATCGGGA--CA-CTT---TTTCAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTGCG-GT--------AGA-GGA-A-CAAAC-TAACA-CC-GGGGACAAGGAAG-GGA-CCTCC----G-C-----------AG-AGTAT--CCG----TTTAT-AT--CA-TA-CG--A--AG-AGGCCC-GA--G----GAACTGGAAG-GGACAG-TTTA-GCTCA----C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTT-T-T-------CACATAT-TTTA--C-ATCAACATagctatagggtataaaagtcgccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactatcatttttcccgccttccaatttgggctgtaggt
gi|3 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactatagaattatcatgacaaatctatcttcacattaattataggtttcagggcgcaccaattactggtgttcaggggtgaggacagttttttgatttttttttttcttcacctatcatggttgcttataatttacataattatacagtgtaggggtaagcggactaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----AGGAC--TA-T-CA-TT-CA--CCC-GCCTTCCAA-T-TC-GG-G-CTG--T----GGG-TACC-AC---CT-GGT-GC----TCCCTGGG-GTCGGG---CA-CTT---TT-CAGGCTA--TCCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG------A-GGACA-CAAAC-TAACAACC-GGGGC-AGGAAAGAGGA-CG-C-----G-C-----------AG-AGTAT--C-G----TTTCT-AT--CAATA-CG--A--GA-AGGCC--GA--G----GAACTGGAAG-GGACAT-TTTA-GCTCA-CC-C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTT-T-T-------CAC--AT-TTTA--CAATCACCATatggtataaaagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataggactaacatttcccgccttccaatttggctgtagggggtaacctggtggctcactggtcggggcacttttcgagctaaatccatcttcctacaatttggcgagagggaacaaactaacaccggagcagagaagaagatc
gi|13 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt----AGGAC--TAAT-CA-TT-TC--CAC-GCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TA--GTGC-TACC-AC---C--GGT--G---CTCGCGGGGTGTCGGA---------------CAGATT---TTCGCACC-TTCCC-TAC--ATTTagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactactcatttttctccgccttccaatgttggggctgtttaggggctaagccggtag
gi|18 : gctcaacctgaactttgtcatagttttgcaagtctgtcaagggataagacatggggattaaaaaacttgatagaaagctttaattctttacgaaagacgagtacgaattttacagggcggaaagaggcaaggtatacccccatcccactc----AGAAC--TA-T-CA-TT-T---CCC-GCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TA--GTGG-TACC-AC---CC-GGT-GG---TTC
gi|16 : gaagacaagacggaaagactatcagggcatggtacaccacccctA-TT-TT--CCC-GCCTTTCAA-T-TT-GG-C-AT---TA--GG---TAC--AC---CT-GGT-GG---CTCCCTGG----TGGGATCCA-CTT---T--CAGTCT---ATCGTATC-T--CC-TACA-ATTTTG-GT-CAG----AG--GAA-A-CAAAAATAACA-CC-G-GGA-CAGGAAGAGGA-CCTC-----G-C-----------AA-AATAT--CCG----TTTCC-AT--CC-TA-CG--A--AA-AAGCCC-ccggg
gi|7 : -TT-GG-G--TG--TA--GGGG-TACC-AC---CT-G-T-GC----TCCCTGGT-G--GGAG--CA-CTT---TT-CAGTCT---ATCATATC-T--CCTTACA-ATT
gi|14 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT-GGTTGG---ATCAATGG---TTGGAG--CATCTTCTGTT-CAGCTT---TTCGTATC-T--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG--------GGA-A--AAA---AACA-G--GAGGA-TAGGAAGAGGT-TCT------G-C------------G-AGTATGACCA----TTTAT-AT--TC-TA-CGTCA--AG-AGGC---GAATG----GAAGTGGAAG-GGAC-G-TTAA-G-TCA-CC-C-AAA--TTTT-G-TCTTAGT-TTG-T-T-------TAC--A---TTA--C-ATCA
gi|15 : -GG---CTCATTGGG-AT-GGGA--CA-CTT---GT-CG---T---TTCGTATC-----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GA-GG----CAAAC-TA-----C--AGGG-GAGGAAGA-----CTC-----G-C-----------CGTAGTAT--CTT----TTATT-AT--CA-CC-CA--A--GG-GA---C-GA--G----GAAATGGAGA-GGACAG-TTTA-G-TCG-CC-CAGAAATCTTT-G-TA---AT-TTT-T-TTTATTAACAT--AT-TTTGATC-ATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|17 : CA-ATTTGG-GT-CAG------A-GGA-A-CAAAC-TTACA-CC-TGGGG-CAGGAAGAGAA-CCTT-----G-C-----------AG-AGTAT--CAA----TTGCA-AT--CT-TA-AG--A--AG-AGGCCC-AA--G----GAACTCGAAG-GGACAT-TTTA-GCTCA-aatagaggtatga
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----G-C-----------AG-AGTTT--CCG----TTTCG-AT--CA-T
gi|12 : GGA-CCTC-----GGC-----------AGCAGTAT--CCACTCATTGCT-ATGACA-TA-CA--A--AG-AGGCCCCGA--CCTCTGAACTGGAAGAGGACAG-TCTA-GCTCA-CC-CCGAAG-CTTTAG-TC---TT-TTTTT-T-------CAC--AT-TTGA--C-ATCAACAT
gi|19 : -AGT-T--CCA----TT-CT-AT--TA-TATCG--ATAAG-AAGCCC-GAA-G----GAACTGGAGT-GGA-AG-ATTA-G---ACTC-C-GAA--CTGT-GATC---ATATTT-TAT-------CAC--ATATTGA--C-ATCAACAagggtataaggctcacttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagtactatcatttcccgccttccactttttggctgaggc
gi|21 : GAAG-GGACAT-TTCA-GCTCA-CC-C-GAA--CTCT-A-TT---AT-TTT-
gi|20 : TTA-GCTCA-CC-C-GAA--CTTT-G-TC---AT-TTG-T-T-------CAC--CT-TTTA--C-TTGAACATcctgaacaaggggtgtaag
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555555 1111 111 222222 2222222 11 111 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111 999999999999999999999999999999 111111111 111 1111111 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 4444444444 1 1 3333333333333333333 11 1 1 111 1111111
lowQualScore : 5 5 333 5 1 1 2222 77 5 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1111111111111 4444 111 6 7 6 6 444444 6 6 1111111 6 66 555 44 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 5 4 5 66 222222 777 5 5 333 222222222222222222222222222222 5 999 5 0 1 1 5 5 888 5 5 66 5 88 4 55 4 4 3 3 7777 55 55 3 55 88 3 0 3 55 333333333 55 3 3 000 3 3 6 3 3 3 3 77 3 3 55 1 4444444 777 3 3 000000 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 3 88 3 666 3 3 3 3 3 44 3 4 777 4 9999 11 4 2 2 4 777 2 222 7777 8 4 6666 0000000000 5 5 1 5 6 0 1111111111111111111 5 0 66 0 55 5 999 77 4 33 2 5 5 6 5 5 77 1 000 5 5 8888888 77 77
lowQualScore : . . ... . . . .... .. . . .................................................. . ............. .... ... . . . . ...... . . ....... . .. ... .. ....................................................................... .. . . . .. ...... ... . . ... .............................. . ... . . . . . . ... . . .. . .. . .. . . . . .... .. .. . .. .. . . . .. ......... .. . . ... . . . . . . . .. . . .. . ....... ... . . ...... .. ..................................................................................................... . . .. . ... . . . . . .. . . ... . .... .. . . . . ... . ... .... . . .... .......... . . . . . . ................... . . .. . .. . ... .. . .. . . . . . . .. . ... . . ....... .. ..
lowQualScore : 7 7 999 7 7 4 1111 99 7 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777 7 8888888888888 2222 777 7 3 7 7 222222 7 7 7777777 7 88 000 00 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 7 3 0 99 666666 111 0 0 888 222222222222222222222222222222 0 333 7 1 0 0 7 7 888 0 0 44 0 11 4 44 0 0 6 6 7777 00 55 6 00 22 6 5 6 55 555555555 55 6 6 000 1 1 7 3 3 3 3 99 3 6 00 4 2222222 888 6 6 555555 00 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 6 00 6 333 6 3 3 3 3 66 3 0 888 0 7777 11 4 9 7 4 888 6 222 0000 9 4 7777 4444444444 7 7 4 7 6 0 0000000000000000000 0 4 99 4 22 7 666 99 3 66 3 7 7 0 7 7 99 4 000 7 7 6666666 44 99
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTA-----GGAC--TA-TCA-TT--T--C---CCGCCTTCCAA-T-TT-GG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGG-CTCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCC-TACAATTTGGGTCA---GAGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAAGGTNACT-TNAGATNGNNNGATCNTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGNGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
Reference ( family-821 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGNACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTA-----GGAC--TA-TCA-TT--T--C---CCGCCTTCCAA-T-TT-GG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGG-CTCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGNCTNT-CGTATCTCC-TACAATTTGGGTCA---GAGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAAGGTNACT-TNNNATNNNNNGGTCNCTNATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACN----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCNCTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
gi|1 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TAGTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTT------TT-TAGTTTTT----TTTC---AC-C-A-CA-TGTT--GCGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACT-AT--TAC-A-TGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG-----GGAC--TA-TCA-TT--TTCC---CCGCCTTCCAA-T-TC-GG-GCTGT---AGG----GTACCGA--C----C----------TGGTGG-CTCCCTGGGGGCGG----CACTTTT-CGAGCTAT-CGTATCTCC-TACAATTTGGGTCA---GAGGA-C-CAAAC-TAAC-AACGGGGGC-GGG-AAAAGG-ACCT-TG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TCTTA-T--C--TACGAAGGAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGACAA---TTTTAGC-TCA-CCTC-GAA-CTTT-GTTCATG-TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TC--A-A-CATAGCTATAGGG--TATAAAAGTCGCC-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTA-T-CATTT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GG
gi|12 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactGG-ACCT-CGGCAGCAG-TATCCACTCATT--GC-TA-TGAC-ATACAAA-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT--GGAAGAGGAC-A---GTCTAGC-TCA-CC-CCGAAGCTTTAG-TCTT--TTTTTTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAGGCTCACT-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NNNNNTAGTACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---A-GGt
gi|13 : GC-TCAACC-T-GAA-CTTT-G-TCATAGTTT-TGCA-A--GTCTGTC-AAGGGATA--AGA-C------ATGGGG--ATTAAAA--AACT-TG--ATAGAAAG--CTTTAAT-T-CTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTA-CAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTC----AGGACTAAT-CA-TT-TC--CACGCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TA-GTGC-TACCAC---C-GGT--GC---TCGCGGGGTGTCGGA------------CAGATT---TTCGCACC-TTCCC-TAC--ATTTc
gi|14 : G-GTTGGAGCATCTTCTGTTCAGCTT---TTCGTATC-T--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG--------GG-AA--AAA--AACA--GGAGGATAGGAAGAGGT-TCT------GC------------G-AGTATGACCATTTATATTC-TA-CGTCA--AGAGGC--GAATGGAAGTGGAAGGGAC-G-TTAA-G-TCAC-CC-AAA--TTTTG-TCTTAGT-TTGT-T-------TACA---TTA--CATCA
gi|15 : tggttggatcaat-GGC---TCATTGGG-AT-GGGACA-CTT---GTCG---T---TTCGTATC-----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GA-GG----CAAACTA-CA--GG-GGA--GGAAGA-----CTC-----GC-----------CGTAGTAT--CTTTTATTATCA-CC-C---A--AGGGAC--GA--GGAAATGGAGAGGACAG-TTTA-G-TCGC-CCAGAAATCTTTG-TA---AT-TTTT-TTTATTAACATAT-TTTGATCATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|16 : -TT--T--C---CCGCCTTTCAA-T-TT-GG-CAT-T---AGGTAC-A--------C----C----------TGGTGG-CTCCCTGG---TGGGATCCACTTT--CAGTCTAT-CGTATCTCC-TACAATTTTGGTCA---GAGGA-AACAAAAATAAC-ACCGGG-AC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAA-AA-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-CTACGAA-AAAGCCC-aatagaggtatga
gi|17 : atCAATTTGGGTCA---GAGGA-A-CAAAC-TTAC-ACCTGGGGC-AGG-AAGAGA-ACCT-TG-CAG-AG-TATCAA----TT--GC-AA-T--C-TTAAGAA-GAGGCCC-AA--G----G----AACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-
gi|18 : TATCAGG---GCA-T------GGTACACCACCCC-----TA-----GAACTA-T-CA-TT-T---CCCGCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TA-GTGG-TACCAC---CCGGT-GGT---TCCCGGG
gi|19 : gaagacaagacggaaagac-AGT-T--CCATT-CTATTA-TATCG--ATAAGAAGCCCGAA-GGAACTGGAGTGGA-AG-ATTA-G---ACTCC-GAA--CTGTGATC---ATATTTTAT-------CACATATTGA--CATCAACA
gi|2 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAG--GTTTCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT-----GA-TTTTTTTT----TTTCTTCAC-CTATCA-TGGT--T-GCTTA-TA-ATTT-------ACATA-ATTATAC-AGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----GGATAGTA-TCA-TT--T--C---CCGCCTTCCAACT-TT-GG-GCTGTG--AGG----GGGTACCACC----T----------CGGTGG-CTCCCTGGGATCGGGA--CACTTTTTCAGGCTTT-CGTATCTCC-TACAATTGCGGT-A---GAGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGACAAGG-AAG-GG-ACCTCCG-CAG-AG-TATCCG----TT--TA-TA-T--C-ATACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA----C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CATATTTTAC-A-----TC--A-A-C------ATATGG--TATAAAAGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NAT---AGGACTA-A-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT--G-G-CTG--TAGGGGG-TA--AC---CTGGT-GGC---TCACT--G-GTCGGGGCA-CTT---TTCGAGCTAAATCC--ATCTT--CC-TACA-ATTTGG----C-G----AGAGGG-AA-CAAACTAACACCGG-AGCAGAGAAGAAGA-TC
gi|20 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTG-TTCA-C--CTTTTAC-T-----TG--A-A-C------AT-GAG--TATAAAAGT
gi|21 : GAAG-GGAC-A---TTTCAGC-TCA-CC-C-GAA-CTCT-A-TTAT--TTT-c
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTTT--CCGTTTCGATCA-Tcctgaacaaggggtgtaag
gi|3 : ATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTT------AAATATTTTTTAGTTTTTC---ACACTA-CACTGTTCGA-GTATAATA-ATTA-------ACACTTAT-GTAC-A-TGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----GGAC--TA-TCA-TT--CA-C---CCGCCTTCCAA-T-TC-GG-GCTGT---GGGTACCA--------C----C----------TGGTG--CTCCCTGGGGTCGGG---CACTTTT-CAGGCTATCCGTATCTCC-TACAATTTGGGTCA---GAGGACA-CAAAC-TAACAACCGGGG-C-AGGAAAGAGG-A-CG-CG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TC-TA-T--CAATACGAG-AAGG-CC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTACAA-----TC--A-C-C------ATAGAGGCTATAAAAA-GAGT-CCCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NN----TAGACTACT-CA-TT-TTTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTA-GGGG-
gi|3 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatGAC--TACTCA-TT--T--TTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-GCTGTTTAGGG----G--------CTAAGC----------CGGTAG-ctaagccggtag
gi|4 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggactatcattcacccgccttccaattcgggctgtgggtaccacctggtgctccctggggtcgggcacttttcaggctatccgtatctcctacaatttgggtcagaggacacaaactaacaaccggggcaggaaagaggacgcgcagagtatcgtttctatcaatacgagaaggccgaggaactggaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacaatcaccatagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT-------AA-T---TTTT----TATC---AC-C-A-CA-TGT---A-GCTTA-TAGATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAATTT--T--C---CCGCCTTCCAA---TT-GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGCCTCCCTGGAGTCGGGA--CACTTTT-C-GGCTTT-GTTATCTCCTTACAATTTGGGTCGGTCGAGGA-A-CAAA--TAAC-ACTGGGGAT-CTG-AATAA----CT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC--A-T--C-GTACGAA-GAGG-CC-GA--G----GA---AACT--GGAAG-AAAC-A---TTTTAGC-TCA-CCTT-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGACTA-----TTCAA-A-C------ATA-GG--T-TAAAGGTAACT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-TGCA-TT-TT---TCGCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA--GTG-TACCAC---CTGGT-GG----TCAATGGG-ATCGGGACA-CTT---TTCAGGCTA--TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGA-TG-AAGCAAACTAACA-CGA-GGAGAG--AGAGGACCCTC-----GC-----------AG-AGTAT---CGTTTCT-TCATTA-CA--A--AGAGGCCCGA---GAACTGGA--GGACAGTTTTACGTTCAT-C---AA--CTTTGTTC---A---TTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACA
gi|5 : tATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT--------A--ATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGT---A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-----GGAC--TA-TAA-TT--T--C---CCGCCTTCCAA-T-TT-GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGG-CTCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTTT-TGTATCTCC-TACAATTTGGGTCG---GAGGA-A-CAAAT-TAAC-ACTGGGGAC-TGG-AAGTGA-ACCT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC-CA-T--C-GTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---GAAG-AAAC-AT--TTTTAGC-TCA-CC-T-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TGTAAAGGTAACT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGG---TCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGA-GG-AA-CAAACTAACACCGA-GGAGAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CA--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GTTCAT-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACATgtatggagtgcttcataaagatag
gi|6 : GGAC--GG-AAGAGATAGTT-T---AG-AGCTATCAT----TTATTC-TAGT--C-ATACACC-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGGAAG-TGAC-AGTCTCCTAACATCA-C-----GA-TTTC-G-T--T--TTT-TTCAAC--ATTTGAC-------T-----A-G------ATAGGG--TAAAAAGGTCA---TTAAATTACTTAATCTTTAATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACA----------TA------GATTA-T--A-TTCTT--CCCGCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TA-GGGACTACCACTGGCTGGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGCCT---CTCGTATC-T--CC-TACA-AATTGG-GA-CAG--------GGTAA-CAAACTAACACCAT-TGACAGGAAGAGAA-CATC-----AG-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATTC-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTGA--CATCAACAT
gi|6 : acaaaaatctcgatGAT--TA-T-A-TTCTT--C---CCGCCTTCC---T-TT-GGTGCTGT---AGG----GACTA----C----CACTGGCTGGTCGGTGT-GTCAATGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGCCTCT-CGTATCTCC-TACAAATTGGGACA---GGGTA-A-CAAAC-TAAC-ACCATTGAC-AGG-AAGAGA-ACAT-CA-GAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--T-CTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAA--GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA----A-GACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---ATGGT-agggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|7 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAG--GTTTCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAA-CA-----A----TTTC---AT-CTA-CA-TG-T--A-ACTTA-CA-TGTA-------ACACT-ATA--------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--T
gi|7 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggact-TT-GG-G--TG--TA-GGGG-TACCAC---CTG-T-G-C---TCCCTGGT-G--GGAGCA-CTT---TTCAGTCT---ATCATATC-T--CCTTACA-ATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-AC-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-TTGCGA-----GTTC-GA--G----TTCCTCACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TG--A-AAC------ATAGCG--TATAAAGGT-------------------CACTTNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNACT----------TG-----GGACTA-T-CA-TT-C---CCCGCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-AGGA-TACCAC---CTGGT-GGC---TCCCTGGG-GTGGGAGCA-CTT---TTCAGTCC---ATCGTATC-T--CT-TACA-ATTTTG-GT-C------AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGACAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTGTCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCGTTTCCATCT-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAA-TTTA--TATGAAGAT
gi|9 : ATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAG--GCTTCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------agctataaatagggtataaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555555 1111 111 222222 2222222 11 111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111 999999999999999999999999999999 111111111 111 1111111 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 4444444444 1 1 3333333333333333333 11 1 1 111 1111111
lowQualScore : 5 5 333 5 1 1 2222 77 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1111111111111 4444 111 6 7 6 6 444444 6 6 1111111 6 66 555 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 77 5 4 66 777777 5 5 55 5 333 222222222222222222222222222222 5 999 5 0 1 5 5 888 5 5 66 5 88 4 55 4 4 3 3 7777 55 55 3 55 88 3 0 3 55 333333333 55 3 3 000 3 3 6 3 3 3 3 77 3 3 55 1 4444444 777 3 3 000000 55 666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 3 88 3 666 3 3 3 3 3 44 3 4 777 7 0000 33 4 2 2 4 777 2 222 7777 8 4 6666 0000000000 5 5 1 5 6 0 1111111111111111111 5 0 66 0 55 5 999 77 4 33 2 5 5 6 5 5 77 1 000 5 5 8888888 77 77
lowQualScore : . . ... . . . .... .. . . .................................................. . ............. .... ... . . . . ...... . . ....... . .. ... .. ............................................................... . .. . . .. ...... . . .. . ... .............................. . ... . . . . . ... . . .. . .. . .. . . . . .... .. .. . .. .. . . . .. ......... .. . . ... . . . . . . . .. . . .. . ....... ... . . ...... .. ... ..................................................................................................... . . .. . ... . . . . . .. . . ... . .... .. . . . . ... . ... .... . . .... .......... . . . . . . ................... . . .. . .. . ... .. . .. . . . . . . .. . ... . . ....... .. ..
lowQualScore : 7 7 999 7 7 4 1111 99 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777 7 8888888888888 2222 777 7 3 7 7 222222 7 7 7777777 7 88 000 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 99 7 3 99 666666 0 0 99 0 888 222222222222222222222222222222 7 333 7 1 0 7 7 888 0 0 44 0 11 4 44 0 0 6 6 7777 00 55 6 00 22 6 5 6 55 555555555 55 6 6 000 1 1 7 3 3 3 3 99 3 6 00 4 2222222 888 6 6 555555 00 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 00 6 333 6 3 3 3 3 66 3 0 888 3 2222 88 0 9 7 4 888 6 222 0000 9 4 7777 4444444444 7 7 4 7 6 0 0000000000000000000 0 4 99 4 22 7 666 99 3 66 3 7 7 0 7 7 99 4 000 7 7 6666666 44 99
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA-T-TC-GG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-TGAGATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
Reference ( family-821 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA-T-TT-GG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTNACT-TNAGATNGNNNGATCNTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGNGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
gi|1 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TAGTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTT------TT-TAGTTTTT----TTTC---AC-C-A-CA-TGTT--GCGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACT-AT--TAC-A-TGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TCATT--TTCC---CCGCCTTCCAA-T-TC-GG-GCTGT---AGG----GTACCGA--C----C----------TGGTGGC-TCCCTGGGGGCGG----CACTTTT-CGAGCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-C-CAAAC-TAAC-AACGGGGGC-GGG-AAAAGG-ACCT-TG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TCTTA-T--C--TACGAAGGAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGACAA---TTTTAGC-TCA-CCTC-GAA-CTTT-GTTCATG-TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TC--A-A-CATAGCTATAGGG--TATAAA---AGTCGCC-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTA-T-CATTT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GG
gi|12 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactGG-ACCT-CGGCAGCAG-TATCCACTCATT--GC-TA-TGAC-ATACAAA-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT--GGAAGAGGAC-A---GTCTAGC-TCA-CC-CCGAAGCTTTAG-TCTT--TTTTTTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAG---GCTCACT-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NNNNNTAGTACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---A-GGt
gi|13 : GC-TCAACC-T-GAA-CTTT-G-TCATAGTTT-TGCA-A--GTCTGTC-AAGGGATA--AGA-C------ATGGGG--ATTAAA---A--AACT-T--GATAGAAAG--CTTTAAT-T-CTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTA-CAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTC----AGGACTAAT-CA-TT-TC--CACGCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TA-GTGC-TACCAC---C-GGT--GC---TCGCGGGGTGTCGGA------------CAGATT---TTCGCACC-TTCCC-TAC--ATTTc
gi|14 : TGGTTGGA---TCAATGG---TTGGAGCATCTTCTGTTCAGCTT---TTCGTATC-T--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG--------GG-AA--AAA--AACA--GGAGGATAGGAAGAGGT-TCT------GC------------G-AGTATGACCATTTATATTC-TA-CGTCA--AGAGGC--GAATGGAAGTGGAAGGGAC-G-TTAA-G-TCAC-CC-AAA--TTTTG-TCTTAGT-TTGT-T-------TACA---TTA--CATCA
gi|15 : -GGC---TCATTGGG-AT-GGGACA-CTT---GTCG---T---TTCGTATC-----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GA-GG----CAAACTA-CA--GG-GGA--GGAAGA-----CTC-----GC-----------CGTAGTAT--CTTTTATTATCA-CC-C---A--AGGGAC--GA--GGAAATGGAGAGGACAG-TTTA-G-TCGC-CCAGAAATCTTTG-TA---AT-TTTT-TTTATTAACATAT-TTTGATCATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|16 : TT--T--C---CCGCCTTTCAA-T-TT-GG-CAT-T---AGGTAC-A--------C----C----------TGGTGGC-TCCCTGG---TGGGATCCACTTT--CAGTCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTTGGTCAG---AGGA-AACAAAAATAAC-ACCGGG-AC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAA-AA-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-CTACGAA-AAAGCCC-aatagaggtatga
gi|17 : atCAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TTAC-ACCTGGGGC-AGG-AAGAGA-ACCT-TG-CAG-AG-TATCAA----TT--GC-AA-T--C-TTAAGAA-GAGGCCC-AA--G----G----AACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-
gi|18 : TATCAGGGC----AT------GGTACACCACCCC-----TA-----GAACTA-T-CA-TT-T---CCCGCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TA-GTGG-TACCAC---CCGGT-GGT---TC-CCGGG-
gi|19 : gaagacaagacggaaagac-AGT-T--CCATT-CTATTA-TATCG--ATAAGAAGCCCGAA-GGAACTGGAGTGGA-AG-ATTA-G---ACTCC-GAA--CTGTGATC---ATATTTTAT-------CACATATTGA--CATCAACA
gi|2 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAG--GTTTCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT-----GA-TTTTTTTT----TTTCTTCAC-CTATCA-TGGT--T-GCTTA-TA-ATTT-------ACATA-ATTATAC-AGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATAGTA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAACT-TT-GG-GCTGTG--AGG----GGGTACCACC----T----------CGGTGGC-TCCCTGGGATCGGGA--CACTTTTTCAGGCTTT-CGTATCTCCT-ACAATTGCGGT-AG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGACAAGG-AAG-GG-ACCTCCG-CAG-AG-TATCCG----TT--TA-TA-T--C-ATACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA----C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CATATTTTAC-A-----TC--A-A-C------ATATGG--TATAAA---AGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NAT---AGGACTA-A-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT--G-G-CTG--TAGGGGG-TA--AC---CTGGT-GGC---TCACT--G-GTCGGGGCA-CTT---TTCGAGCTAAATCC--ATCTT--CC-TACA-ATTTGG----C-G----AGAGGG-AA-CAAACTAACACCGG-AGCAGAGAAGAAGA-TC
gi|20 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTG-TTCA-C--CTTTTAC-T-----TG--A-A-C------AT-GAG--TATAAA---AGT
gi|21 : GAAG-GGAC-A---TTTCAGC-TCA-CC-C-GAA-CTCT-A-TTAT--TTT-c
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTTT--CCGTTTCGATCA-Tcctgaacaaggggtgtaag
gi|3 : ATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTT------AAATATTTTTTAGTTTTTC---ACACTA-CACTGTTCGA-GTATAATA-ATTA-------ACACTTAT-GTAC-A-TGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TCATT--CA-C---CCGCCTTCCAA-T-TC-GG-GCTGT---GGGTACCA--------C----C----------TGGTG-C-TCCCTGGGGTCGGG---CACTTTT-CAGGCTATCCGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGACA-CAAAC-TAACAACCGGGG-C-AGGAAAGAGG-A-CG-CG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TC-TA-T--CAATACGAG-AAGG-CC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTACAA-----TC--A-C-C------ATAGAGGCTATAAAAAGAGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTACT-CA-TT-TTTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTA-GGGG-
gi|3 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatGAC--TACTCATT--T--TTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-GCTGTTTAGGG----G--------CTAAGC----------CGGTAGctaagccggtag
gi|4 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggactatcattcacccgccttccaattcgggctgtgggtaccacctggtgctccctggggtcgggcacttttcaggctatccgtatctcctacaatttgggtcagaggacacaaactaacaaccggggcaggaaagaggacgcgcagagtatcgtttctatcaatacgagaaggccgaggaactggaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacaatcaccatagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT-------AA-T---TTTT----TATC---AC-C-A-CA-TGT---A-GCTTA-TAGATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAATT--TT-C---CCGCCTTCCAA-T-T--GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGCCTCCCTGGAGTCGGGA--CACTTTT-C-GGCTTT-GTTATCTCCTTACAATTTGGGTCGGTCGAGGA-A-CAAA--TAAC-ACTGGGGAT-CTG-AATAA----CT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC--A-T--C-GTACGAA-GAGG-CC-GA--G----GA---AACT--GGAAG-AAAC-A---TTTTAGC-TCA-CCTT-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGACTA-----TTCAA-A-C------ATA-GG--T-TAAA---GGTAACT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-TGCA-TT-TT---TCGCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA--GTG-TACCAC---CTGGT-GG----TCAATGGG-ATCGGGACA-CTT---TTCAGGCTA--TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGA-TG-AAGCAAACTAACA-CGA-GGAGAG--AGAGGACCCTC-----GC-----------AG-AGTAT---CGTTTCT-TCATTA-CA--A--AGAGGCCCGA---GAACTGGA--GGACAGTTTTACGTTCAT-C---AA--CTTTGTTC---A---TTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACA
gi|5 : tATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT--------A--ATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGT---A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TAATT--T--C---CCGCCTTCCAA-T-TT-GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTTT-TGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCGG---AGGA-A-CAAAT-TAAC-ACTGGGGAC-TGG-AAGTGA-ACCT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC-CA-T--C-GTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---GAAG-AAAC-AT--TTTTAGC-TCA-CC-T-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TGTAAA---GGTAACT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGG---TCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGA-GG-AA-CAAACTAACACCGA-GGAGAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CA--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GTTCAT-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACATgtatggagtgcttcataaagatag
gi|6 : GGAC--GG-AAGAGATAGTT-T---AG-AGCTATCAT----TTATTC-TAGT--C-ATACACC-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGGAAG-TGAC-AGTCTCCTAACATCA-C-----GA-TTTC-G-T--T--TTT-TTCAAC--ATTTGAC-------T-----A-G------ATAGGG--TAAAAA---GGTCA---TTAAATTACTTAATCTTTAATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACA----------TA------GATTA-T--A-TTCTT--CCCGCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TA-GGGACTACCACTGGCTGGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGCCT---CTCGTATC-T--CC-TACA-AATTGG-GA-CAG--------GGTAA-CAAACTAACACCAT-TGACAGGAAGAGAA-CATC-----AG-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATTC-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTGA--CATCAACAT
gi|6 : acaaaaatctcgatGAT--TA-T-ATTCTT--C---CCGCCTTCC---T-TT-GGTGCTGT---AGG----GACTA----C----CACTGGCTGGTCGGTGTG-TCAATGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGCCTCT-CGTATCTCCT-ACAAATTGGGACAG---GGTA-A-CAAAC-TAAC-ACCATTGAC-AGG-AAGAGA-ACAT-CA-GAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--T-CTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAA-----GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA----A-GACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---ATGGT-agggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|7 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAG--GTTTCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAA-CA-----A----TTTC---AT-CTA-CA-TG-T--A-ACTTA-CA-TGTA-------ACACT-ATA--------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--T
gi|7 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggact-TT-GG-G--TG--TA-GGGG-TACCAC---CTG-T-G-C---TCCCTGGT-G--GGAGCA-CTT---TTCAGTCT---ATCATATC-T--CCTTACA-ATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-AC-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-TTGCGA-----GTTC-GA--G----TTCCTCACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TG--A-AAC------ATAGCG--TATAAA---GGTCAC-------------------TTNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNACT----------TG-----GGACTA-T-CA-TT-C---CCCGCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-AGGA-TACCAC---CTGGT-GGC---TCCCTGGG-GTGGGAGCA-CTT---TTCAGTCC---ATCGTATC-T--CT-TACA-ATTTTG-GT-C------AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGACAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTGTCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCGTTTCCATCT-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAA-TTTA--TATGAAGAT
gi|9 : ATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAG--GCTTCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------agctataaatagggtataaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555555 1111 111 222222 2222222 11 111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11 111 999999999999999999999999999999 111111111 111 1111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 11 33333333333333 1 1 3333333333333333333 11 1 1 111 1111111
lowQualScore : 5 5 333 5 1 1 2222 77 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1111111111111 4444 111 6 7 6 6 444444 6 6 1111111 6 66 555 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 77 5 4 66 777777 11 7 5 333 222222222222222222222222222222 5 999 5 0 1 5 5 888 5 5 66 5 88 4 55 444 3 3 2 7777 55 55 3 55 88 3 3 55 333333333 55 3 3 000 3 3 888 3 3 3 77 3 3 55 1 4444444 777 3 3 000000 55 666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 3 3 5 55 3 3 3 3 3 44 8 777 7 0000 33 66 2 2 4 777 2 222 00 8 4 99999999999999 5 5 1 5 6 0 1111111111111111111 5 0 66 0 55 5 999 77 4 33 2 5 5 6 5 5 77 1 000 5 5 8888888 77 77
lowQualScore : . . ... . . . .... .. . . .................................................. . ............. .... ... . . . . ...... . . ....... . .. ... .. ............................................................... . .. . . .. ...... .. . . ... .............................. . ... . . . . . ... . . .. . .. . .. ... . . . .... .. .. . .. .. . . .. ......... .. . . ... . . ... . . . .. . . .. . ....... ... . . ...... .. ... .................................................................................................... . . . . . .. . . . . . .. . ... . .... .. .. . . . ... . ... .. . . .............. . . . . . . ................... . . .. . .. . ... .. . .. . . . . . . .. . ... . . ....... .. ..
lowQualScore : 7 7 999 7 7 4 1111 99 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777 7 8888888888888 2222 777 7 3 7 7 222222 7 7 7777777 7 88 000 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 99 7 3 99 666666 99 4 0 888 222222222222222222222222222222 7 333 7 1 0 7 7 888 0 0 44 0 11 4 44 666 6 6 0 7777 00 55 6 00 22 6 6 55 555555555 55 6 6 000 1 1 222 3 3 3 99 3 6 00 4 2222222 888 6 6 555555 00 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 6 6 6 7 00 6 3 3 3 3 66 0 888 3 2222 88 55 9 7 4 888 6 222 66 9 4 44444444444444 7 7 4 7 6 0 0000000000000000000 0 4 99 4 22 7 666 99 3 66 3 7 7 0 7 7 99 4 000 7 7 6666666 44 99
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNTC-GTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGGGGACA-GGAA-GAGG-ACCTC-G-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--CN-TACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAAG---GTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TTCC--CGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TAGGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATCT--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGAGG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
Reference ( family-821 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNTC-GTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGGGGACA-GGAA-GAGG-ACCTC-G-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--CN-TACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAAG---GTCACC-TGAGATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TTCC--CGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TAGGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATCT--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGAGG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
gi|1 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TAGTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTT------TT-TAGTTTTT----TTTC---AC-C-A-CA-TGTT--GCGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACT-AT--TAC-A-TGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TCATT--TTCC---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----GTACCGA--C----C----------TGGTGGC-TCCCTGGGGGCGG----CACTTTT-CGAGCTATC-GTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-C-CAAAC-TAACA-ACGGGGGCG-GGAA-AAGG-ACCTT-G-CAG-AG-TAT-CG----TT--TCTTA-T--C--TACGAAGGAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGACAA---TTTTAGC-TCA-CCTC-GAA-CTTT-GTTCATG-TTT-TTCA-CAT--TTTAC-A-----TC--A-A-CATAGCTATAGGG--TATAAAA---GTCGCC-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTA-T-CATTT-TTCC--CGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TAGG
gi|12 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactGG-ACCTC-GGCAGCAG-TATCCACTCATT--GC-TA-TGACA-TACAAA-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT--GGAAGAGGAC-A---GTCTAGC-TCA-CC-CCGAAGCTTTAG-TCTT--TTTTTTCA-CAT--TTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAGG---CTCACT-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NNNNNTAGTACTA-T-CA--T-TTCC--CGCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---AGGt
gi|13 : GC-TCAACC-T-GAA-CTTT-G-TCATAGTTT-TGCA-AGT--CTGTC-AAGGGATA--AGA-C------ATGGGG--ATTAAAA---A--ACT-TGA--TAGAAAG--CTTTAAT-T-CTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTA-CAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTC----AGGACTAAT-CA-TT-TCCA--CGCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TAGTGC-TACCAC---C-GGT--GC---TCGCGGGGTGTCGGA------------CAGATT---TTCGCACCTTCCC-TAC--ATTTc
gi|14 : TGGTTGGA---TCAATGG---TTGGAGCATCTTCTGTTCAGCTT---TTCGTATCT--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG-------GG-AA--AAA--AACA--GGAGGATAGGAAGAGGT-TCT------GC------------G-AGTATGACCATTTATATTC-TA-CGTCA--AGAGGC--GAATGGAAGTGGAAGGGAC-G-TTAA-G-TCAC-CC-AAA--TTTTG-TCTTAGT-TTGT-T-------TACA---TTA--CATCA
gi|15 : -GGC---TCATTGGG-AT-GGGACA-CTT---GTCG---T---TTCGTATC----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GAGG----CAAACTA-CA--GG-GGA--GGAAGA-----CTC-----GC-----------CGTAGTAT--CTTTTATTATCA-CC-C---A--AGGGAC--GA--GGAAATGGAGAGGACAG-TTTA-G-TCGC-CCAGAAATCTTTG-TA---AT-TTTT-TTTATTAACATAT-TTTGATCATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|16 : TT--T--C---CCGCCTTTCAA--TTTGG-CAT-T---AGGTAC-A--------C----C----------TGGTGGC-TCCCTGG---TGGGATCCACTTT--CAGTCTATC-GTATCTCCT-ACAATTTTGGTCAG---AGGA-AACAAAAATAACA-CCGGG-ACA-GGAA-GAGG-ACCTC-G-CAA-AA-TATCCG----TT--TC-CA-T--CC-TACGAA-AAAGCCC-aatagaggtatga
gi|17 : atCAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TTACA-CCTGGGGCA-GGAA-GAGA-ACCTT-G-CAG-AG-TATCAA----TT--GC-AA-T--CT-TAAGAA-GAGGCCC-AA--G----G----AACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-
gi|18 : TATCAGGGC----AT------GGTACACCACCCC-----TA-----GAACTA-T-CA-TT-T-CC--CGCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TAGTGG-TACCAC---CCGGT-GGT---TC-CCGGG-
gi|19 : gaagacaagacggaaagac-AGT-T--CCATT-CTATTA-TATCG--ATAAGAAGCCCGAA-GGAACTGGAGTGGA-AG-ATTA-G---ACTCC-GAA--CTGTGATC---ATATTTTAT-------CACATATTGA--CATCAACA
gi|2 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAG--GTTTCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT-----GA-TTTTTTTT----TTTCTTCAC-CTATCA-TGGT--T-GCTTA-TA-ATTT-------ACATA-ATTATAC-AGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATAGTA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAAC-TTTGG-GCTGTG--AGG----GGGTACCACC----T----------CGGTGGC-TCCCTGGGATCGGGA--CACTTTTTCAGGCTTTC-GTATCTCCT-ACAATTGCGGT-AG---AGGA-A-CAAAC-TAACA-CCGGGGACAAGGAA-G-GG-ACCTCCG-CAG-AG-TATCCG----TT--TA-TA-T--CA-TACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-C----GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CATATTTTAC-A-----TC--A-A-C------ATATGG--TATAAAA---GTC--C-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NAT---AGGACTA-A-CA-TT-T-CC--CGCCTTCCAA-T-TT-GG---CTG--TAGGGGGTA--AC---CTGGT-GGC---TCACTGG---TCGGGGCA-CTT---TTCGAGCTAAATCC--ATCTT-CC-TACA-ATTTGGCG---AG----AG-GG-AA-CAAACTAACACCGG-AGCAGAGAAGAAGA-TC
gi|20 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTG-TTCA-CCT--TTTAC-T-----TG--A-A-C------AT-GAG--TATAAAA---GTC
gi|21 : GAAG-GGAC-A---TTTCAGC-TCA-CC-C-GAA-CTCT-A-TTAT--TTT-
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTTT--CCGTTTCGATCA-Tcctgaacaaggggtgtaag
gi|3 : ATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTT------AAATATTTTTTAGTTTTTC---ACACTA-CACTGTTCGA-GTATAATA-ATTA-------ACACTTAT-GTAC-A-TGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TCATT--CA-C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---GGGTACCA--------C----C----------TGGTG-C-TCCCTGGGGTCGGG---CACTTTT-CAGGCTATCCGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGACA-CAAAC-TAACAACCGGGG-CA-GGAAAGAGG-ACG-C-G-CAG-AG-TATC-G----TT--TC-TA-T--CAATACGAG-AAGGCC--GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTTAC-AA----TC--A-C-C------ATAGAGGCTATAAAAAGAGTC--C-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTACT-CA-TT-TTTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTAGGGG-
gi|3 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatGAC--TACTCATT--T--TTCTCCGCCTTCCAATGTTGGG-GCTGTTTAGGG----G--------CTAAGC----------CGGTAGctaagccggtag
gi|4 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggactatcattcacccgccttccaattcgggctgtgggtaccacctggtgctccctggggtcgggcacttttcaggctatccgtatctcctacaatttgggtcagaggacacaaactaacaaccggggcaggaaagaggacgcgcagagtatcgtttctatcaatacgagaaggccgaggaactggaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacaatcaccatagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT-------AA-T---TTTT----TATC---AC-C-A-CA-TGT---A-GCTTA-TAGATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAATT--TT-C---CCGCCTTCCAA--TT-GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGCCTCCCTGGAGTCGGGA--CACTTTT-C-GGCTTTG-TTATCTCCTTACAATTTGGGTCGGTCGAGGA-A-CAAA--TAACA-CTGGGGATC-TGAA-TAA----CTT-G-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC--A-T--CG-TACGAA-GAGG-CC-GA--G----GA---AACT--GGAAG-AAAC-A---TTTTAGC-TCA-CCTT-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTGACTA-----TTCAA-A-C------ATA-GG--T-TAAAG---GTAACT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-TGCA-TT-TT-T--CGCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA-GTG-TACCAC---CTGGT-GG----TCAATGGG-ATCGGGACA-CTT---TTCAGGCTA--TTCGTATCT--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGATG-AAGCAAACTAACA-CGA-GGAGAG--AGAGGACCCTC-----GC-----------AG-AGTAT---CGTTTCT-TCATTA-CA--A--AGAGGCCCGA---GAACTGGA--GGACAGTTTTACGTTCAT-C---AA--CTTTGTTC---A---TTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACA
gi|5 : tATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT--------A--ATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGT---A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TAATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTTGG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTTTT-GTATCTCCT-ACAATTTGGGTCGG---AGGA-A-CAAAT-TAACA-CTGGGGACT-GGAA-GTGA-ACCTT-G-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC-CA-T--CG-TACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---GAAG-AAAC-AT--TTTTAGC-TCA-CC-T-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TGTAAAG---GTAACT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-T-CA-TT-TTCC--CGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TAGGGG-TACCAC---CTGGT-GGG---TCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGGCT---TTCGTATCT--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGAGG-AA-CAAACTAACACCGA-GGAGAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CA--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GTTCAT-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACATgtatggagtgcttcataaagatag
gi|6 : GGAC--GGAA-GAGATAGTTT----AG-AGCTATCAT----TTATTC-TAGT--CA-TACACC-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGGAAG-TGAC-AGTCTCCTAACATCA-C-----GA-TTTC-G-T--T--TTT-TTCAACAT--TTGAC-------T-----A-G------ATAGGG--TAAAAAG---GTCA---TTAAATTACTTAATCTTTAATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACA----------TA------GATTA-T--A-TTCTTCC--CGCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TAGGGACTACCACTGGCTGGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGCCT---CTCGTATCT--CC-TACA-AATTGG-GA-CAG-------GGTAA-CAAACTAACACCAT-TGACAGGAAGAGAA-CATC-----AG-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATTC-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTGA--CATCAACAT
gi|6 : acaaaaatctcgatGAT--TA-T-ATTCTT--C---CCGCCTTCC----TTTGGTGCTGT---AGG----GACTA----C----CACTGGCTGGTCGGTGTG-TCAATGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGCCTCTC-GTATCTCCT-ACAAATTGGGACAG---GGTA-A-CAAAC-TAACA-CCATTGACA-GGAA-GAGA-ACATC-A-GAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--TC-TACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAA-----GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA----A-GACTA-T-CA--T-TTCC--CGCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TAGGGG-TACCAC---ATGGT-agggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|7 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAG--GTTTCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAA-CA-----A----TTTC---AT-CTA-CA-TG-T--A-ACTTA-CA-TGTA-------ACACT-ATA--------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--T
gi|7 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggact-TT-GG-G--TG--TAGGGG-TACCAC---CTG-T-G-C---TCCCTGGT-G--GGAGCA-CTT---TTCAGTCT---ATCATATCT--CCTTACA-ATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-AC-TATCCG----TT--TC-CA-T--CT-TGCGA-----GTTC-GA--G----TTCCTCACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CAT--TTTAC-A-----TG--A-AAC------ATAGCG--TATAAAG---GTCAC-------------------TTNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNACT----------TG-----GGACTA-T-CA-TT-C-CC--CGCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TAAGGA-TACCAC---CTGGT-GGC---TCCCTGGG-GTGGGAGCA-CTT---TTCAGTCC---ATCGTATCT--CT-TACA-ATTTTG-GT-C------AGAGG-AA-CAAACTAACACCGG-GGACAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTGTCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCGTTTCCATCT-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAA-TTTA--TATGAAGAT
gi|9 : ATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAG--GCTTCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------agctataaatagggtataaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555555 1111 111 222222 2222222 11 111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11 111 999999999999999999999999999999 111111111 111 1111111 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 4444444444 1 1 3333333333333333333 11 1 1 111 1111111
lowQualScore : 5 5 333 5 1 1 2222 77 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1111111111111 4444 111 6 7 6 6 444444 6 6 1111111 6 66 555 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 77 5 4 66 777777 11 7 5 333 222222222222222222222222222222 5 999 5 0 1 5 5 888 5 5 66 5 88 4 55 4 4 3 3 7777 55 55 3 55 88 3 0 3 55 333333333 55 3 3 000 3 3 6 3 3 3 3 77 3 3 55 1 4444444 777 3 3 000000 55 666 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 88 3 666 3 3 3 3 3 44 3 4 777 7 0000 33 4 2 2 4 777 2 222 7777 8 4 6666 0000000000 5 5 1 5 6 0 1111111111111111111 5 0 66 0 55 5 999 77 4 33 2 5 5 6 5 5 77 1 000 5 5 8888888 77 77
lowQualScore : . . ... . . . .... .. . . .................................................. . ............. .... ... . . . . ...... . . ....... . .. ... .. ............................................................... . .. . . .. ...... .. . . ... .............................. . ... . . . . . ... . . .. . .. . .. . . . . .... .. .. . .. .. . . . .. ......... .. . . ... . . . . . . . .. . . .. . ....... ... . . ...... .. ... . .................................................................................................. . . .. . ... . . . . . .. . . ... . .... .. . . . . ... . ... .... . . .... .......... . . . . . . ................... . . .. . .. . ... .. . .. . . . . . . .. . ... . . ....... .. ..
lowQualScore : 7 7 999 7 7 4 1111 99 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777 7 8888888888888 2222 777 7 3 7 7 222222 7 7 7777777 7 88 000 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 99 7 3 99 666666 99 4 0 888 222222222222222222222222222222 7 333 7 1 0 7 7 888 0 0 44 0 11 4 44 0 0 6 6 7777 00 55 6 00 22 6 5 6 55 555555555 55 6 6 000 1 1 7 3 3 3 3 99 3 6 00 4 2222222 888 6 6 555555 00 444 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 00 6 333 6 3 3 3 3 66 3 0 888 3 2222 88 0 9 7 4 888 6 222 0000 9 4 7777 4444444444 7 7 4 7 6 0 0000000000000000000 0 4 99 4 22 7 666 99 3 66 3 7 7 0 7 7 99 4 000 7 7 6666666 44 99
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
Reference ( family-821 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
gi|1 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TAGTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTT------TT-TAGTTTTT----TTTC---AC-C-A-CA-TGTT--GCGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACT-AT--TAC-A-TGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TCATT--TTCC---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----GTACCGA--C----C----------TGGTGGC-TCCCTGGGGGCGG----CACTTTT-CGAGCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-C-CAAAC-TAAC-AACGGGGGC-GGG-AAAAGG-ACCT-TG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TCTTA-T--C--TACGAAGGAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGACAA---TTTTAGC-TCA-CCTC-GAA-CTTT-GTTCATG-TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TC--A-A-CATAGCTATAGGG--TATAAA---AGTCGCC-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTA-T-CATTT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GG
gi|12 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactGG-ACCT-CGGCAGCAG-TATCCACTCATT--GC-TA-TGAC-ATACAAA-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT--GGAAGAGGAC-A---GTCTAGC-TCA-CC-CCGAAGCTTTAG-TCTT--TTTTTTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAG---GCTCACT-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NNNNNTAGTACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---A-GGt
gi|13 : GC-TCAACC-T-GAA-CTTT-G-TCATAGTTT-TGCA-A--GTCTGTC-AAGGGATA--AGA-C------ATGGGG--ATTAAA---AA--ACT-TGA--TAGAAAG--CTTTAAT-T-CTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTA-CAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTC----AGGACTAAT-CA-TT-TC--CACGCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TA-GTGC-TACCAC---C-GGT--GC---TCGCGGGGTGTCGGA------------CAGATT---TTCGCACC-TTCCC-TAC--ATTTc
gi|14 : TGGTTGGA---TCAATGG---TTGGAGCATCTTCTGTTCAGCTT---TTCGTATC-T--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG--------GG-AA--AAA--AACA--GGAGGATAGGAAGAGGT-TCT------GC------------G-AGTATGACCATTTATATTC-TA-CGTCA--AGAGGC--GAATGGAAGTGGAAGGGAC-G-TTAA-G-TCAC-CC-AAA--TTTTG-TCTTAGT-TTGT-T-------TACA---TTA--CATCA
gi|15 : -GGC---TCATTGGG-AT-GGGACA-CTT---GTCG---T---TTCGTATC-----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GA-GG----CAAACTA-CA--GG-GGA--GGAAGA-----CTC-----GC-----------CGTAGTAT--CTTTTATTATCA-CC-C---A--AGGGAC--GA--GGAAATGGAGAGGACAG-TTTA-G-TCGC-CCAGAAATCTTTG-TA---AT-TTTT-TTTATTAACATAT-TTTGATCATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|16 : TT--T--C---CCGCCTTTCAA--TTTGG-CAT-T---AGGTAC-A--------C----C----------TGGTGGC-TCCCTGG---TGGGATCCACTTT--CAGTCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTTGGTCAG---AGGA-AACAAAAATAAC-ACCGGG-AC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAA-AA-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-CTACGAA-AAAGCCC-aatagaggtatga
gi|17 : atCAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TTAC-ACCTGGGGC-AGG-AAGAGA-ACCT-TG-CAG-AG-TATCAA----TT--GC-AA-T--C-TTAAGAA-GAGGCCC-AA--G----G----AACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-
gi|18 : TATCAGGGC----AT------GGTACACCACCCC-----TA-----GAACTA-T-CA-TT-T---CCCGCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TA-GTGG-TACCAC---CCGGT-GGT---TC-CCGGG-
gi|19 : gaagacaagacggaaagac-AGT-T--CCATT-CTATTA-TATCG--ATAAGAAGCCCGAA-GGAACTGGAGTGGA-AG-ATTA-G---ACTCC-GAA--CTGTGATC---ATATTTTAT-------CACATATTGA--CATCAACA
gi|2 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAG--GTTTCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT-----GA-TTTTTTTT----TTTCTTCAC-CTATCA-TGGT--T-GCTTA-TA-ATTT-------ACATA-ATTATAC-AGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATAGTA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAAC-TTTGG-GCTGTG--AGG----GGGTACCACC----T----------CGGTGGC-TCCCTGGGATCGGGA--CACTTTTTCAGGCTTT-CGTATCTCCT-ACAATTGCGGT-AG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGACAAGG-AAG-GG-ACCTCCG-CAG-AG-TATCCG----TT--TA-TA-T--C-ATACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA----C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CATATTTTAC-A-----TC--A-A-C------ATATGG--TATAAA---AGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NAT---AGGACTA-A-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT--G-G-CTG--TAGGGGG-TA--AC---CTGGT-GGC---TCACT--G-GTCGGGGCA-CTT---TTCGAGCTAAATCC--ATCTT--CC-TACA-ATTTGG----C-G----AGAGGG-AA-CAAACTAACACCGG-AGCAGAGAAGAAGA-TC
gi|20 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTG-TTCA-C--CTTTTAC-T-----TG--A-A-C------AT-GAG--TATAAA---AGTC
gi|21 : GAAG-GGAC-A---TTTCAGC-TCA-CC-C-GAA-CTCT-A-TTAT--TTT-
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTTT--CCGTTTCGATCA-Tcctgaacaaggggtgtaag
gi|3 : ATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTT------AAATATTTTTTAGTTTTTC---ACACTA-CACTGTTCGA-GTATAATA-ATTA-------ACACTTAT-GTAC-A-TGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TCATT--CA-C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---GGGTACCA--------C----C----------TGGTG-C-TCCCTGGGGTCGGG---CACTTTT-CAGGCTATCCGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGACA-CAAAC-TAACAACCGGGG-C-AGGAAAGAGG-A-CG-CG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TC-TA-T--CAATACGAG-AAGG-CC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTACAA-----TC--A-C-C------ATAGAGGCTATAAAAAGAGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTACT-CA-TT-TTTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTA-GGGG-
gi|3 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatGAC--TACTCATT--T--TTCTCCGCCTTCCAATGTTGGG-GCTGTTTAGGG----G--------CTAAGC----------CGGTAGctaagccggtag
gi|4 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggactatcattcacccgccttccaattcgggctgtgggtaccacctggtgctccctggggtcgggcacttttcaggctatccgtatctcctacaatttgggtcagaggacacaaactaacaaccggggcaggaaagaggacgcgcagagtatcgtttctatcaatacgagaaggccgaggaactggaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacaatcaccatagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT-------AA-T---TTTT----TATC---AC-C-A-CA-TGT---A-GCTTA-TAGATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAATT--TT-C---CCGCCTTCCAA--TT-GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGCCTCCCTGGAGTCGGGA--CACTTTT-C-GGCTTT-GTTATCTCCTTACAATTTGGGTCGGTCGAGGA-A-CAAA--TAAC-ACTGGGGAT-CTG-AATAA----CT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC--A-T--C-GTACGAA-GAGG-CC-GA--G----GA---AACT--GGAAG-AAAC-A---TTTTAGC-TCA-CCTT-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGACTA-----TTCAA-A-C------ATA-GG--T-TAAA---GGTAACT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-TGCA-TT-TT---TCGCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA--GTG-TACCAC---CTGGT-GG----TCAATGGG-ATCGGGACA-CTT---TTCAGGCTA--TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGA-TG-AAGCAAACTAACA-CGA-GGAGAG--AGAGGACCCTC-----GC-----------AG-AGTAT---CGTTTCT-TCATTA-CA--A--AGAGGCCCGA---GAACTGGA--GGACAGTTTTACGTTCAT-C---AA--CTTTGTTC---A---TTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACA
gi|5 : tATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT--------A--ATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGT---A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TAATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTTGG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTTT-TGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCGG---AGGA-A-CAAAT-TAAC-ACTGGGGAC-TGG-AAGTGA-ACCT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC-CA-T--C-GTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---GAAG-AAAC-AT--TTTTAGC-TCA-CC-T-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TGTAAA---GGTAACT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGG---TCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGA-GG-AA-CAAACTAACACCGA-GGAGAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CA--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GTTCAT-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACATgtatggagtgcttcataaagatag
gi|6 : GGAC--GG-AAGAGATAGTT-T---AG-AGCTATCAT----TTATTC-TAGT--C-ATACACC-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGGAAG-TGAC-AGTCTCCTAACATCA-C-----GA-TTTC-G-T--T--TTT-TTCAAC--ATTTGAC-------T-----A-G------ATAGGG--TAAAAA---GGTCATT---AAATTACTTAATCTTTAATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACA----------TA------GATTA-T--A-TTCTT--CCCGCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TA-GGGACTACCACTGGCTGGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGCCT---CTCGTATC-T--CC-TACA-AATTGG-GA-CAG--------GGTAA-CAAACTAACACCAT-TGACAGGAAGAGAA-CATC-----AG-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATTC-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTGA--CATCAACAT
gi|6 : acaaaaatctcgatGAT--TA-T-ATTCTT--C---CCGCCTTCC----TTTGGTGCTGT---AGG----GACTA----C----CACTGGCTGGTCGGTGTG-TCAATGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGCCTCT-CGTATCTCCT-ACAAATTGGGACAG---GGTA-A-CAAAC-TAAC-ACCATTGAC-AGG-AAGAGA-ACAT-CA-GAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--T-CTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAA-----GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA----A-GACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---ATGGT-agggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|7 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAG--GTTTCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAA-CA-----A----TTTC---AT-CTA-CA-TG-T--A-ACTTA-CA-TGTA-------ACACT-ATA--------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--T
gi|7 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggact-TT-GG-G--TG--TA-GGGG-TACCAC---CTG-T-G-C---TCCCTGGT-G--GGAGCA-CTT---TTCAGTCT---ATCATATC-T--CCTTACA-ATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-AC-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-TTGCGA-----GTTC-GA--G----TTCCTCACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TG--A-AAC------ATAGCG--TATAAA---GGTCAC-------------------TTNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNACT----------TG-----GGACTA-T-CA-TT-C---CCCGCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-AGGA-TACCAC---CTGGT-GGC---TCCCTGGG-GTGGGAGCA-CTT---TTCAGTCC---ATCGTATC-T--CT-TACA-ATTTTG-GT-C------AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGACAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTGTCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCGTTTCCATCT-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAA-TTTA--TATGAAGAT
gi|9 : ATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAG--GCTTCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------agctataaatagggtataaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555555 1111 111 222222 2222222 11 111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11 111 999999999999999999999999999999 111111111 111 1111111 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 4444444444 1 1 3333333333333333333 11 1 1 111 1111111
lowQualScore : 5 5 333 5 1 1 2222 77 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1111111111111 4444 111 6 7 6 6 444444 6 6 1111111 6 66 555 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 77 5 4 66 777777 11 7 5 333 222222222222222222222222222222 5 999 5 0 1 5 5 888 5 5 66 5 88 4 55 4 4 3 3 7777 55 55 3 55 88 3 0 3 55 333333333 55 3 3 000 3 3 6 3 3 3 3 77 3 3 55 1 4444444 777 3 3 000000 55 666 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 88 3 666 3 3 3 3 3 44 3 4 777 7 0000 33 4 2 2 4 777 2 222 7777 8 4 6666 0000000000 5 5 1 5 6 0 1111111111111111111 5 0 66 0 55 5 999 77 4 33 2 5 5 6 5 5 77 1 000 5 5 8888888 77 77
lowQualScore : . . ... . . . .... .. . . .................................................. . ............. .... ... . . . . ...... . . ....... . .. ... .. ............................................................... . .. . . .. ...... .. . . ... .............................. . ... . . . . . ... . . .. . .. . .. . . . . .... .. .. . .. .. . . . .. ......... .. . . ... . . . . . . . .. . . .. . ....... ... . . ...... .. ... . .................................................................................................. . . .. . ... . . . . . .. . . ... . .... .. . . . . ... . ... .... . . .... .......... . . . . . . ................... . . .. . .. . ... .. . .. . . . . . . .. . ... . . ....... .. ..
lowQualScore : 7 7 999 7 7 4 1111 99 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777 7 8888888888888 2222 777 7 3 7 7 222222 7 7 7777777 7 88 000 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 99 7 3 99 666666 99 4 0 888 222222222222222222222222222222 7 333 7 1 0 7 7 888 0 0 44 0 11 4 44 0 0 6 6 7777 00 55 6 00 22 6 5 6 55 555555555 55 6 6 000 1 1 7 3 3 3 3 99 3 6 00 4 2222222 888 6 6 555555 00 444 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 00 6 333 6 3 3 3 3 66 3 0 888 3 2222 88 0 9 7 4 888 6 222 0000 9 4 7777 4444444444 7 7 4 7 6 0 0000000000000000000 0 4 99 4 22 7 666 99 3 66 3 7 7 0 7 7 99 4 000 7 7 6666666 44 99
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
Reference ( family-821 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
gi|1 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TAGTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTT------TT-TAGTTTTT----TTTC---AC-C-A-CA-TGTT--GCGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACT-AT--TAC-A-TGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TCATT--TTCC---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----GTACCGA--C----C----------TGGTGGC-TCCCTGGGGGCGG----CACTTTT-CGAGCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-C-CAAAC-TAAC-AACGGGGGC-GGG-AAAAGG-ACCT-TG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TCTTA-T--C--TACGAAGGAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGACAA---TTTTAGC-TCA-CCTC-GAA-CTTT-GTTCATG-TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TC--A-A-CATAGCTATAGGG--TATAAA---AGTCGCC-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTA-T-CATTT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GG
gi|12 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactGG-ACCT-CGGCAGCAG-TATCCACTCATT--GC-TA-TGAC-ATACAAA-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT--GGAAGAGGAC-A---GTCTAGC-TCA-CC-CCGAAGCTTTAG-TCTT--TTTTTTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAG---GCTCACT-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NNNNNTAGTACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---A-GGt
gi|13 : GC-TCAACC-T-GAA-CTTT-G-TCATAGTTT-TGCA-A--GTCTGTC-AAGGGATA--AGA-C------ATGGGG--ATTAAA---AA--ACT-TGA--TAGAAAG--CTTTAAT-T-CTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTA-CAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTC----AGGACTAAT-CA-TT-TC--CACGCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TA-GTGC-TACCAC---C-GGT--GC---TCGCGGGGTGTCGGA------------CAGATT---TTCGCACC-TTCCC-TAC--ATTTc
gi|14 : TGGTTGGA---TCAATGG---TTGGAGCATCTTCTGTTCAGCTT---TTCGTATC-T--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG--------GG-AA--AAA--AACA--GGAGGATAGGAAGAGGT-TCT------GC------------G-AGTATGACCATTTATATTC-TA-CGTCA--AGAGGC--GAATGGAAGTGGAAGGGAC-G-TTAA-G-TCAC-CC-AAA--TTTTG-TCTTAGT-TTGT-T-------TACA---TTA--CATCA
gi|15 : -GGC---TCATTGGG-AT-GGGACA-CTT---GTCG---T---TTCGTATC-----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GA-GG----CAAACTA-CA--GG-GGA--GGAAGA-----CTC-----GC-----------CGTAGTAT--CTTTTATTATCA-CC-C---A--AGGGAC--GA--GGAAATGGAGAGGACAG-TTTA-G-TCGC-CCAGAAATCTTTG-TA---AT-TTTT-TTTATTAACATAT-TTTGATCATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|16 : TT--T--C---CCGCCTTTCAA--TTTGG-CAT-T---AGGTAC-A--------C----C----------TGGTGGC-TCCCTGG---TGGGATCCACTTT--CAGTCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTTGGTCAG---AGGA-AACAAAAATAAC-ACCGGG-AC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAA-AA-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-CTACGAA-AAAGCCC-aatagaggtatga
gi|17 : atCAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TTAC-ACCTGGGGC-AGG-AAGAGA-ACCT-TG-CAG-AG-TATCAA----TT--GC-AA-T--C-TTAAGAA-GAGGCCC-AA--G----G----AACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-
gi|18 : TATCAGGGC----AT------GGTACACCACCCC-----TA-----GAACTA-T-CA-TT-T---CCCGCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TA-GTGG-TACCAC---CCGGT-GGT---TC-CCGGG-
gi|19 : gaagacaagacggaaagac-AGT-T--CCATT-CTATTA-TATCG--ATAAGAAGCCCGAA-GGAACTGGAGTGGA-AG-ATTA-G---ACTCC-GAA--CTGTGATC---ATATTTTAT-------CACATATTGA--CATCAACA
gi|2 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAG--GTTTCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT-----GA-TTTTTTTT----TTTCTTCAC-CTATCA-TGGT--T-GCTTA-TA-ATTT-------ACATA-ATTATAC-AGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATAGTA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAAC-TTTGG-GCTGTG--AGG----GGGTACCACC----T----------CGGTGGC-TCCCTGGGATCGGGA--CACTTTTTCAGGCTTT-CGTATCTCCT-ACAATTGCGGT-AG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGACAAGG-AAG-GG-ACCTCCG-CAG-AG-TATCCG----TT--TA-TA-T--C-ATACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA----C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CATATTTTAC-A-----TC--A-A-C------ATATGG--TATAAA---AGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NAT---AGGACTA-A-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT--G-G-CTG--TAGGGGG-TA--AC---CTGGT-GGC---TCACT--G-GTCGGGGCA-CTT---TTCGAGCTAAATCC--ATCTT--CC-TACA-ATTTGG----C-G----AGAGGG-AA-CAAACTAACACCGG-AGCAGAGAAGAAGA-TC
gi|20 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTG-TTCA-C--CTTTTAC-T-----TG--A-A-C------AT-GAG--TATAAA---AGTC
gi|21 : GAAG-GGAC-A---TTTCAGC-TCA-CC-C-GAA-CTCT-A-TTAT--TTT-
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTTT--CCGTTTCGATCA-Tcctgaacaaggggtgtaag
gi|3 : ATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTT------AAATATTTTTTAGTTTTTC---ACACTA-CACTGTTCGA-GTATAATA-ATTA-------ACACTTAT-GTAC-A-TGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TCATT--CA-C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---GGGTACCA--------C----C----------TGGTG-C-TCCCTGGGGTCGGG---CACTTTT-CAGGCTATCCGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGACA-CAAAC-TAACAACCGGGG-C-AGGAAAGAGG-A-CG-CG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TC-TA-T--CAATACGAG-AAGG-CC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTACAA-----TC--A-C-C------ATAGAGGCTATAAAAAGAGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTACT-CA-TT-TTTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTA-GGGG-
gi|3 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatGAC--TACTCATT--T--TTCTCCGCCTTCCAATGTTGGG-GCTGTTTAGGG----G--------CTAAGC----------CGGTAGctaagccggtag
gi|4 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggactatcattcacccgccttccaattcgggctgtgggtaccacctggtgctccctggggtcgggcacttttcaggctatccgtatctcctacaatttgggtcagaggacacaaactaacaaccggggcaggaaagaggacgcgcagagtatcgtttctatcaatacgagaaggccgaggaactggaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacaatcaccatagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT-------AA-T---TTTT----TATC---AC-C-A-CA-TGT---A-GCTTA-TAGATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAATT--TT-C---CCGCCTTCCAA--TT-GG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGCCTCCCTGGAGTCGGGA--CACTTTT-C-GGCTTT-GTTATCTCCTTACAATTTGGGTCGGTCGAGGA-A-CAAA--TAAC-ACTGGGGAT-CTG-AATAA----CT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC--A-T--C-GTACGAA-GAGG-CC-GA--G----GA---AACT--GGAAG-AAAC-A---TTTTAGC-TCA-CCTT-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGACTA-----TTCAA-A-C------ATA-GG--T-TAAA---GGTAACT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-TGCA-TT-TT---TCGCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA--GTG-TACCAC---CTGGT-GG----TCAATGGG-ATCGGGACA-CTT---TTCAGGCTA--TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGA-TG-AAGCAAACTAACA-CGA-GGAGAG--AGAGGACCCTC-----GC-----------AG-AGTAT---CGTTTCT-TCATTA-CA--A--AGAGGCCCGA---GAACTGGA--GGACAGTTTTACGTTCAT-C---AA--CTTTGTTC---A---TTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACA
gi|5 : tATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT--------A--ATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGT---A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCA-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TAATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTTGG-GCTGT---AG------------------------------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTTT-TGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCGG---AGGA-A-CAAAT-TAAC-ACTGGGGAC-TGG-AAGTGA-ACCT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC-CA-T--C-GTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---GAAG-AAAC-AT--TTTTAGC-TCA-CC-T-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TGTAAA---GGTAACT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGG---TCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGA-GG-AA-CAAACTAACACCGA-GGAGAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CA--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GTTCAT-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACATgtatggagtgcttcataaagatag
gi|6 : GGAC--GG-AAGAGATAGTT-T---AG-AGCTATCAT----TTATTC-TAGT--C-ATACACC-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGGAAG-TGAC-AGTCTCCTAACATCA-C-----GA-TTTC-G-T--T--TTT-TTCAAC--ATTTGAC-------T-----A-G------ATAGGG--TAAAAA---GGTCATT---AAATTACTTAATCTTTAATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACA----------TA------GATTA-T--A-TTCTT--CCCGCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TA-GGGACTACCACTGGCTGGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGCCT---CTCGTATC-T--CC-TACA-AATTGG-GA-CAG--------GGTAA-CAAACTAACACCAT-TGACAGGAAGAGAA-CATC-----AG-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATTC-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTGA--CATCAACAT
gi|6 : acaaaaatctcgatGAT--TA-T-ATTCTT--C---CCGCCTTCC----TTTGGTGCTGT---AGG----GACTA----C----CACTGGCTGGTCGGTGTG-TCAATGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGCCTCT-CGTATCTCCT-ACAAATTGGGACAG---GGTA-A-CAAAC-TAAC-ACCATTGAC-AGG-AAGAGA-ACAT-CA-GAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--T-CTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAA-----GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA----A-GACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---ATGGT-agggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|7 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAG--GTTTCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAA-CA-----A----TTTC---AT-CTA-CA-TG-T--A-ACTTA-CA-TGTA-------ACACT-ATA--------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--T
gi|7 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggact-TT-GG-G--TG--TA-GGGG-TACCAC---CTG-T-G-C---TCCCTGGT-G--GGAGCA-CTT---TTCAGTCT---ATCATATC-T--CCTTACA-ATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-AC-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-TTGCGA-----GTTC-GA--G----TTCCTCACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TG--A-AAC------ATAGCG--TATAAA---GGTCAC-------------------TTNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNACT----------TG-----GGACTA-T-CA-TT-C---CCCGCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-AGGA-TACCAC---CTGGT-GGC---TCCCTGGG-GTGGGAGCA-CTT---TTCAGTCC---ATCGTATC-T--CT-TACA-ATTTTG-GT-C------AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGACAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTGTCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCGTTTCCATCT-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAA-TTTA--TATGAAGAT
gi|9 : ATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAG--GCTTCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------agctataaatagggtataaag
blockSeqs : G A AA G A T ATTA . G GGTGTTCAGGGGTGAGGA C CGAAAAAAACA AGTT TTC A T T C TTCGA A G . T TA AG TT AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T AG C C CT TTCT TG T T TTA GGACTACCACTGGCTGGT C ATC T A C T TCG C A AA A AA A AT C G C C CTCA AT T G GA AA . C TT CTCTG AT A . GTC A A T C G A . AG T A AT G AAGGGA TCA G A . GC AAG C TTGATAGAAAGCTTTAATTCTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTACAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTCAG A G T C TTC T G G T T TT G C TGG T TGTG AA . T G T CTG C AAA TT A G GTA AGTCTCAGA T G C . A C TTTCTGTCCCCGGTGTTAA T . AT T G TA C A G T C T T A AT A . A A TTATTAA TA AT
blockSeqs : . . GA . A . . . . GATGTTCAGGGGTGAGGA . TTGATTT . . . T . . GTT . . . . AG CA T TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . C . AC C T . G GGGGTACCACCT . A . T . . . . . C . A . G . . . . . . C . . A . . . TTCCT . . . T . . . . . . . . . . . G AA C . . . . . C TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAG C . T . T . . . . . . . . . C A AT . C A . . G A T T . GT AGTCTAGA . . C . G T GCC . . A . A . C . G . . T . . . T . . . . T .
blockSeqs : . . GA . A . . . . GGTGTCCAGTGGTGGGGA . TAAATAT . . . T . . TA . . . . AG CA T ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . C . TC . C . . GTACCACC . A . A . . . . . C . A . G . . . . . . A . . C . . . GA . . . . . . . . . . . . . . . T TA A . . . . . A CCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAG . . T . C . . . . . . . . . . C AC . C G . . G . T . . GT GAGAG . . C . G . GCA . . A . A . C . A . . C . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A . A . . . . GA . AAT . . . T . . TA . . . . G A T ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . A . C . G . . GGCTAAGC . A . T . . . . . C . A . A . . . . . . T . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T A C . . . . . A TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAG . . T . T . . . . . . . . . . T AA . C A . . G . T . . GA AGA . . C . C . GCA . . A . G . C . A . . C . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A . T . . . . GA . AAT . . . . . . TA . . . . A . . . . A . C . T . . GTACACC . A . T . . . . . T . C . G . . . . . . T . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T A G . . . . . C CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAA . . T . T . . . . . . . . . . C AA . C A . . C . T . . GT GA . . . . C . GCA . . A . G . C . A . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . . . C . T . . . . . . C . . . . . C . T . G . . . . . . C . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G T C . . . . . C CCGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA . . T . T . . . . . . . . . . G AA . G A . . T . T . . . AG . . . . . . AGA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . A . A . . . . . . T . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G A C . . . . . C TAAATTACTTAATCTTTAATGTGCATTCAAACAACTTTATCAGGAAGGTAAGGGTACACATA . . T . T . . . . . . . . . . C CC . . G . . T . T . . . . . T
blockSeqs : . . A . . . . . . T . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G A C . . . . . . TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAG . . . . T . . . . . . . . . . C CC . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . C . . . G . . . . . . . . . . . . . . . G A G . . . . . . TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTGG . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A** ** CAACT******** TA**** ******* AG CG* T* C***** GGTACACC********************** A** T* N* ** ****** T* T*** GT** GCA**************** ** G** ** *** T*
originalCons : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA-TATTTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTT--A-GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-A-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGG----G--------C----C----------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
finalCons : ATAG-AATTATCA-TGACAA--CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTCAACT--------TTTTT----TTTC---AC-CTA-CA-TGTA----GCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCG-TGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--TC-----CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTGT---AGGGTACACC----------------------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TCT-A-T--CN-TACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CAT-T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATCT---CC-TACA-ATTTGGGT--CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTCGCA----------------G-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 1111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222 2222222 2222222 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11 5555555555555555555 111111111 111 1111111 111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 4444444444 1 1 3333333333333333333 11 1 1 111 1111111
lowQualScore : 5 5 333 5 1 1 2222 77 5 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 4444 6 7 6 6 6 000 6 6 1111111 6 0000000 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 77 5 4 66 777777 11 7 5 66 888 3333333333333333333 5 999 5 0 1 5 5 888 5 5 66 5 88 4 55 4 4 3 3 7777 55 55 3 55 88 3 0 3 55 333333333 55 3 3 000 3 3 6 3 3 3 3 77 3 3 55 1 4444444 777 3 3 000000 55 666 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 88 3 666 3 3 3 3 3 44 3 4 777 7 0000 33 4 2 2 4 777 2 222 7777 8 4 6666 0000000000 5 5 1 5 6 0 1111111111111111111 5 0 66 0 55 5 999 77 4 33 2 5 5 6 5 5 77 1 000 5 5 8888888 77 77
lowQualScore : . . ... . . . .... .. . . ......................................................................... .. .... . . . . . ... . . ....... . ....... .. ............................................................... . .. . . .. ...... .. . . .. ... ................... . ... . . . . . ... . . .. . .. . .. . . . . .... .. .. . .. .. . . . .. ......... .. . . ... . . . . . . . .. . . .. . ....... ... . . ...... .. ... . .................................................................................................. . . .. . ... . . . . . .. . . ... . .... .. . . . . ... . ... .... . . .... .......... . . . . . . ................... . . .. . .. . ... .. . .. . . . . . . .. . ... . . ....... .. ..
lowQualScore : 7 7 999 7 7 4 1111 99 7 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 2222 7 3 7 7 7 888 7 7 7777777 7 8888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 99 7 3 99 666666 99 4 0 99 888 0000000000000000000 7 333 7 1 0 7 7 888 0 0 44 0 11 4 44 0 0 6 6 7777 00 55 6 00 22 6 5 6 55 555555555 55 6 6 000 1 1 7 3 3 3 3 99 3 6 00 4 2222222 888 6 6 555555 00 444 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 00 6 333 6 3 3 3 3 66 3 0 888 3 2222 88 0 9 7 4 888 6 222 0000 9 4 7777 4444444444 7 7 4 7 6 0 0000000000000000000 0 4 99 4 22 7 666 99 3 66 3 7 7 0 7 7 99 4 000 7 7 6666666 44 99
consensus : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTT------AA----TTTTT--TTTTT----CAC-CTA-CA-TG-T---AGCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTAC-ATGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTG--TA---GGG--TACC-ACC-------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
Reference ( family-821 ) : ATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTTC------AA----CTTTT--TTTTT----CAC-CTA-CA-TG-T---AGCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCGTGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAGGAC--TA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTG--TA---GGG--TAC--ACC-------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTNT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGAC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--C-NTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAA---GGTCACC-CGAAATNGNNNGATCTTTNATGTGCNTT--------CGA--AC-AACTTTATCAGGGCGGNAAG------GGTACACC----------TA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGC---TCACTGGG-GTCGGGGCA-CTT---TTCAGNCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAG----AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGANAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACAT
gi|1 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AACCT-ATCTT-ACATCAATATA----TAGTTATGTTAGG-CGACCCATTTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTTTT---AG------TTT--TTTTT----CAC-C-A-CA-TG-TTG-CGCTTA-TA-ATTACATTGTAACACT-AT--TAC-ATGTAGGGGT--AAAGAAGACTG-C--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TCATT--TTCC---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTG--TA---GGG--TACCGACC-------TGGTGGC-TCCCTGGGGGCGG----CACTTTT-CGAGCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGA-C-CAAAC-TAAC-AACGGGGGC-GGG-AAAAGG-ACCT-TG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TCTTA-T--C--TACGAAGGAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGACAA---TTTTAGC-TCA-CCTC-GAA-CTTT-GTTCATG-TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TC--A-A-CATAGCTATAGGG--TATAAA---AGTCGCC-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTA-T-CATTT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GG
gi|12 : aaattcatccaaagtacgagagtactcgtcgacgataactgtttaccattaccatttaagcattcttttaaattaatttgttaaataattctaaattaaacagatcacgtaattattgccgatcttggacggcagtgaagtcactggagtgataaaatatgagctacattgtatctagagaataaaaagtccccgaaaaattattgtatctacaagtagcatacattgaatgttaattcatgtcattatcaaaatattttattaaaacgatttaggaactgtatgaggagctattttatttaacacctctcgcggcatttagtgttacaaaattattttattattaatcttaataataattatgtatcttaatatacatgtagtggacataaggataaacaaataattggactGG-ACCT-CGGCAGCAG-TATCCACTCATT--GC-TA-TGAC-ATACAAA-GAGGCCCCGA--CCTCTG----AACT--GGAAGAGGAC-A---GTCTAGC-TCA-CC-CCGAAGCTTTAG-TCTT--TTTTTTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAAG---GCTCACT-TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NNNNNTAGTACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCACTT-TT-TG-G-CTG---A-GGt
gi|13 : GC-TCAACC-T-GAA-CTTT-G-TCATAGTTT-TGCA-A--GTCTGTC-AAGGGATA--AGA-C------ATGGGG--ATTAAA---AA--ACT-TGA--TAGAAAG--CTTTAAT-T-CTTTACGAAAGACGAGTACGAATTTTA-CAGGGCGGAAAGAGGCAAGGTATACCCCCATCCCACTC----AGGACTAAT-CA-TT-TC--CACGCTTTCAGA-T-TT-GA-G-CTG--TA-GTGC-TACCAC---C-GGT--GC---TCGCGGGGTGTCGGA------------CAGATT---TTCGCACC-TTCCC-TAC--ATTTc
gi|14 : TGGTTGGA---TCAATGG---TTGGAGCATCTTCTGTTCAGCTT---TTCGTATC-T--ATACACA-ATTTGGAGT-TAG--------GG-AA--AAA--AACA--GGAGGATAGGAAGAGGT-TCT------GC------------G-AGTATGACCATTTATATTC-TA-CGTCA--AGAGGC--GAATGGAAGTGGAAGGGAC-G-TTAA-G-TCAC-CC-AAA--TTTTG-TCTTAGT-TTGT-T-------TACA---TTA--CATCA
gi|15 : -GGC---TCATTGGG-AT-GGGACA-CTT---GTCG---T---TTCGTATC-----C-TAAGGATGTTG-GT-C-------GA-GG----CAAACTA-CA--GG-GGA--GGAAGA-----CTC-----GC-----------CGTAGTAT--CTTTTATTATCA-CC-C---A--AGGGAC--GA--GGAAATGGAGAGGACAG-TTTA-G-TCGC-CCAGAAATCTTTG-TA---AT-TTTT-TTTATTAACATAT-TTTGATCATCAACAgacgatagccagagtaaatataggtttatcgtataaa
gi|16 : TT--T--C---CCGCCTTTCAA--TTTGG-CAT---TA---GG---TAC--ACC-------TGGTGGC-TCCCTGG---TGGGATCCACTTT--CAGTCTAT-CGTATCTCCT-ACAATTTTGGTCAG---AGGA-AACAAAAATAAC-ACCGGG-AC-AGG-AAGAGG-ACCT-CG-CAA-AA-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-CTACGAA-AAAGCCC-aatagaggtatga
gi|17 : atCAATTTGGGTCAG---AGGA-A-CAAAC-TTAC-ACCTGGGGC-AGG-AAGAGA-ACCT-TG-CAG-AG-TATCAA----TT--GC-AA-T--C-TTAAGAA-GAGGCCC-AA--G----G----AACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-
gi|18 : TATCAGGGC----AT------GGTACACCACCCC-----TA-----GAACTA-T-CA-TT-T---CCCGCCTT-CAG-G-TT-GG-GTCTA--TA-GTGG-TACCAC---CCGGT-GGT---TC-CCGGG-
gi|19 : gaagacaagacggaaagac-AGT-T--CCATT-CTATTA-TATCG--ATAAGAAGCCCGAA-GGAACTGGAGTGGA-AG-ATTA-G---ACTCC-GAA--CTGTGATC---ATATTTTAT-------CACATATTGA--CATCAACA
gi|2 : ATAG-AATTATCA-TGACA-AATCT-ATCTTCACATTAAT-TA----TAG--GTTTCAGGGCGCACCAATTACT----------------GGTGTTCAGGGGTGAGGA----------------C-AGTTTTTT-----GA----TTTTT--TTTTTTCTTCAC-CTATCA-TGGT---TGCTTA-TA-ATTT-------ACATA-ATTATACAGTGTAGGGGT---AAGCGGACTA-AATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGATAGTA-TCATT--T--C---CCGCCTTCCAAC-TTTGG-GCTG--TGAGGGGG--TACC-ACCT------CGGTGGC-TCCCTGGGATCGGGA--CACTTTTTCAGGCTTT-CGTATCTCCT-ACAATTGCGGT-AG---AGGA-A-CAAAC-TAAC-ACCGGGGACAAGG-AAG-GG-ACCTCCG-CAG-AG-TATCCG----TT--TA-TA-T--C-ATACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA----C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-CATATTTTAC-A-----TC--A-A-C------ATATGG--TATAAA---AGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NAT---AGGACTA-A-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT--G-G-CTG--TAGGGGG-TA--AC---CTGGT-GGC---TCACT--G-GTCGGGGCA-CTT---TTCGAGCTAAATCC--ATCTT--CC-TACA-ATTTGG----C-G----AGAGGG-AA-CAAACTAACACCGG-AGCAGAGAAGAAGA-TC
gi|20 : ttattgtcgattctttgaggcagtgaagctcaccttgattgaataaattatgctatctaaagaaaaaaatgttcccgaaaatatattatatatctaatagtatatacattgaatgcttaatattccatgtgtcattatcaaataattattaaaacgattaggcactgtatgaaggagctattttatttaaacccctgcgcgcggctatttagtgttataaaatattttattaatcttaataataatcttatttttattaataacatgtaatggacataaggtataacaaatagattggactTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTG-TTCA-C--CTTTTAC-T-----TG--A-A-C------AT-GAG--TATAAA---AGTC
gi|21 : GAAG-GGAC-A---TTTCAGC-TCA-CC-C-GAA-CTCT-A-TTAT--TTT-
gi|23 : GGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTTT--CCGTTTCGATCA-Tcctgaacaaggggtgtaag
gi|3 : ATAGGAATTATCAATGACAGA-TCTGATCTTCACAT-AATATAATTATAG--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------ATGTTCAGGGGTGAGGAC-AGTTTTT------AAATATTTTTTAGTTTTT----CACACTA-CACTG-TTCGAGTATAATA-ATTA-------ACACTTAT-GTAC-ATGTAGGGGTTTAAAGAAGACTGTN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TCATT--CA-C---CCGCCTTCCAA--TTCGG-GCTG--T----GGG--TACC-ACC-------TGGTG-C-TCCCTGGGGTCGGG---CACTTTT-CAGGCTATCCGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCAG---AGGACA-CAAAC-TAACAACCGGGG-C-AGGAAAGAGG-A-CG-CG-CAG-AG-TAT-CG----TT--TC-TA-T--CAATACGAG-AAGG-CC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTACAA-----TC--A-C-C------ATAGAGGCTATAAAAAGAGT--CC-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA------GACTACT-CA-TT-TTTCTCCGCCTTCCAA-TGTTGGG-G-CTGTTTA-GGGG-
gi|3 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatGAC--TACTCATT--T--TTCTCCGCCTTCCAATGTTGGG-GCTGTTTA---GGGGCTA---AGC-------CGGTAGctaagccggtag
gi|4 : attgataaaaaaaaaagctatctagagaataaaaatgtcctgaaaataatatttatctacaagtaatacgttgaatgtataattcatgtcattatcaaataattattaaaacgattaggaactgtatgaaggagctaatctatttaacccctcgcggcagttgtagtgtacaaatccattttatataacctcataagtaattatttatttagttaatacaatgtagtggcactaaggtatcaacaaatagatgacatataggaattatcaatgacagatctgatcttcacataatataattataggtttcaggcgcaccaattactgatgttcaggggtgaggacagtttttaaatattttttagtttttcacactacactgttcgagtataataattaacacttatgtacatgtaggggtttaaagaagactgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaggactatcattcacccgccttccaattcgggctgtgggtaccacctggtgctccctggggtcgggcacttttcaggctatccgtatctcctacaatttgggtcagaggacacaaactaacaaccggggcaggaaagaggacgcgcagagtatcgtttctatcaatacgagaaggccgaggaactggaagggacattttagctcacccgaactttgtcattttttcacattttacaatcaccatagaggctataaaaagagtcccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaATAG-A-TTATCA-TGACAGA-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTC-GG-C-CACCAAT-ACT----------------G----------------A----------------CCAGTTTT-------AA------TTT--TTTAT----CAC-C-A-CA-TG-T---AGCTTA-TAGATTA-------ACACT-ATAGTACCATGTAGGG-TT-AAA-AGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGGAC--TA-TAATT--TT-C---CCGCCTTCCAA--TT-GG-GCTG--TA---G-------------------CGGTGGCCTCCCTGGAGTCGGGA--CACTTTT-C-GGCTTT-GTTATCTCCTTACAATTTGGGTCGGTCGAGGA-A-CAAA--TAAC-ACTGGGGAT-CTG-AATAA----CT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC--A-T--C-GTACGAA-GAGG-CC-GA--G----GA---AACT--GGAAG-AAAC-A---TTTTAGC-TCA-CCTT-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGACTA-----TTCAA-A-C------ATA-GG--T-TAAA---GGTAACT------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-TGCA-TT-TT---TCGCCTTCCAT-T-TT-GG-G-CTG--TA--GTG-TACCAC---CTGGT-GG----TCAATGGG-ATCGGGACA-CTT---TTCAGGCTA--TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GTACAGTCT-AGA-TG-AAGCAAACTAACA-CGA-GGAGAG--AGAGGACCCTC-----GC-----------AG-AGTAT---CGTTTCT-TCATTA-CA--A--AGAGGCCCGA---GAACTGGA--GGACAGTTTTACGTTCAT-C---AA--CTTTGTTC---A---TTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACA
gi|5 : tATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCTTCACAT-AATATA----TAA--GTTTCAGG-CGCACCAATTACT----------------G----------------A----------------C-AGTTTT-------AA-----TTTT--TTTTT----CAC-CTA-CA-TG-T---AGCTTA-TA-ATTA-------ACACT-ATAGTACCATGTAGGGGTT-AAAGAGGACTG-A--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGGAC--TA-TAATT--T--C---CCGCCTTCCAA--TTTGG-GCTG--TA---G-------------------CGGTGGC-TCCCTGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGGCTTT-TGTATCTCCT-ACAATTTGGGTCGG---AGGA-A-CAAAT-TAAC-ACTGGGGAC-TGG-AAGTGA-ACCT-TG-CAG-AG-TGTCTG----TT--TC-CA-T--C-GTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT---GAAG-AAAC-AT--TTTTAGC-TCA-CC-T-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TGTAAA---GGTAACT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------NA----AGGACTA-T-CA-TT-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---CTGGT-GGG---TCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGGCT---TTCGTATC-T--CC-TACA-ATTTGG-GT-CAGTCTCAGA-GG-AA-CAAACTAACACCGA-GGAGAGGAAGAGGA-CCTC-----GC-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATCA-TA-CA--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GTTCAT-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTTA--CATCAACATgtatggagtgcttcataaagatag
gi|6 : GGAC--GG-AAGAGATAGTT-T---AG-AGCTATCAT----TTATTC-TAGT--C-ATACACC-GAGGCC--GATTG----G----AAATATGGAAG-TGAC-AGTCTCCTAACATCA-C-----GA-TTTC-G-T--T--TTT-TTCAAC--ATTTGAC-------T-----A-G------ATAGGG--TAAAAA---GGTCATT---AAATTACTTAATCTTTAATGTGCATT--------CAA--AC-AACTTTATCAGGAAGGTAAG------GGTACACA----------TA------GATTA-T--A-TTCTT--CCCGCCTTCC---T-TT-GGTG-CTG--TA-GGGACTACCACTGGCTGGTCGGTGTGTCAATGGG-GTCGGGACA-CTT---TTCAGCCT---CTCGTATC-T--CC-TACA-AATTGG-GA-CAG--------GGTAA-CAAACTAACACCAT-TGACAGGAAGAGAA-CATC-----AG-----------AG-AGTAT--CCGTTTCTATTC-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAT-TTGA--CATCAACAT
gi|6 : acaaaaatctcgatGAT--TA-T-ATTCTT--C---CCGCCTTCC----TTTGGTGCTG--TA---GGGACTACC-ACTGGCTGGTCGGTGTG-TCAATGGGGTCGGGA--CACTTTT-CAGCCTCT-CGTATCTCCT-ACAAATTGGGACAG---GGTA-A-CAAAC-TAAC-ACCATTGAC-AGG-AAGAGA-ACAT-CA-GAG-AG-TATCCG----TT--TC-TA-T--T-CTACGAA-GAGGCCC-GA--G----G----AACT--GGAAG-GGAC-A---GTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTGAC-A-----TC--A-A-C------ATAGGG--TATAA-----GTCCCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN----------TA----A-GACTA-T-CA--T-TT--CCCGCCTTCCAA-T-TT-GT-G-CTG--TA-GGGG-TACCAC---ATGGT-agggtataagtccccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaagactatcatttcccgccttccaatttgtgctgtaggggtaccacatggt
gi|7 : acaaaaatctcgatggacggaagagatagtttagagctatcatttattctagtcatacaccgaggccgattggaaatatggaagtgacagtctcctaacatcacgatttcgtttttttcaacatttgactagatagggtaaaaaggtcattaaattacttaatctttaatgtgcattcaaacaactttatcaggaaggtaagggtacacataATAG-AATTATCA-TGACA-A-CCT-ATCCTCTCAT-AATATG----TAG--GTTTCAGG-CGAACAAATTAGTGGTGTCCAGTGGTGGGG----------------A----------------C-AGTTTTCGAAAAAAA----C------AATTT----CAT-CTA-CA-TG-T---AACTTA-CA-TGTA-------ACACT-ATA-------ATAGGGGTT-AAAGATGACTG-G--T
gi|7 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggact-TT-GG-G--TG--TA-GGGG-TACCAC---CTG-T-G-C---TCCCTGGT-G--GGAGCA-CTT---TTCAGTCT---ATCATATC-T--CCTTACA-ATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattgggtgtaggggtaccacctgtgctccctggtgggagcacttttcagtctatcatatctccttacaatt
gi|8 : ttactgcttaaccaaatcatgtgattattgccgatctcggaggcagtgaagcttgcctggattgataaaaatatggtatctagagactaacaaattcccctaatgtaatatttatctacaagtaaaacattgtatgtataattcatgtcattatcaaattatcattgaaacgattaggaactgtatcaaggaaatatcttatttaacctcacacgggctttgaatgttacaaaatcattttattaatcttaataattatttatttatatacatgtagtttacataaggtataacaaggtaaatgggactatagaattatcatgacaacctatcctctcataatatgtaggtttcaggcgaacaaattagtggtgtccagtggtggggacagttttcgaaaaaaacaatttcatctacatgtaacttacatgtaacactataataggggttaaagatgactggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-AC-TATCCG----TT--TC-CA-T--C-TTGCGA-----GTTC-GA--G----TTCCTCACT--CGAAG-GGAC-A---TTTTAGC-TCA-CC-C-GAA-CTTT-G-TCAT--TTT-TTCA-C--ATTTTAC-A-----TG--A-AAC------ATAGCG--TATAAA---GGTCAC-------------------TTNNNNNNNNN--------NNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNACT----------TG-----GGACTA-T-CA-TT-C---CCCGCCTTCTAA-T-TT-GG-G-CTG--TA-AGGA-TACCAC---CTGGT-GGC---TCCCTGGG-GTGGGAGCA-CTT---TTCAGTCC---ATCGTATC-T--CT-TACA-ATTTTG-GT-C------AGA-GG-AA-CAAACTAACACCGG-GGACAGAAAGAGGGTCCTCTTTCTGTCCCCGGTGTTAAG-AGTAT--CCGTTTCCATCT-TA-CG--A--AGAGGCCCGA--GGAACTGGAAGGGACAG-TTTA-GCTCAC-CC-GAA--CTTTG-TC---AT-TTTT-T-------CACAA-TTTA--TATGAAGAT
gi|9 : ATGG-GATTATCA-TCACA-A-CCT-ATCCTC---T-CATATA----TAG--GCTTCAAG-CGAACCAATTAGT----------------G----------------agctataaatagggtataaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AAATTTCAATCAAAGTACTGAGAGTACTCATCGGACGATATACTTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTGTTAAATAATTACTATAATTAAACAAATCACGTAATTATGCCGATCTTCGAGGCCAGTGAAGTCACCTGGATTGATAAAATATTGCTATCTAGAGAATAAAAATGTCAATACATTAGAGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAATAATTGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCGGGCATTAGAAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTTAATATACATGTAGTCCACATAAGGTATACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|11 ): GAAAATTTTCATCAAATACTGAGAGTCTTCATCGACGTATACTGTTTACCTTGCCATTTAAGCATTTATTTTAATTAATTTTTAAATAATTACTTAATTAAACAATATCACGTAATTATTGCCGATCTTCGAGGCAGTGAAGCTCACCTGGATTGATAAAAATATTTGCTATCTAGAAATAAAAATGTCAAGTACATGGATGTATAAATTCATGTCATTATCAAGATAATGTTAAAACGATTAGAACTGTATGAAGGGAGGCTATTTCATTTAAACCGCTGGGCATTTAGAGTTACAAAATCATTTTTATTAATACTTAATTAATAATTAATTATTTATTATACTGTAGTCCAGCATAAGGGATAACAAATAATTGG
Unaligned ( gi|22 ): ATCTATAAGTAATACATTGAATGTATAATTCATGTCA