lowQualScore : 222222 2222222222222222 11111111 2222222
lowQualScore : 2 2 4 3 1 3 44 666 444 22 0 999999 0000000000000000 3 1 99999999 7 8 4 4 4 4 9999999 6
lowQualScore : . . . . . . .. ... ... .. . ...... ................ . . ........ . . . . . . ....... .
lowQualScore : 1 1 5 5 7 5 11 444 888 44 7 666666 4444444444444444 6 8 00000000 6 3 0 4 4 4 7777777 0
consensus : TTTCGT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACA-GAANTTGAAAT-GG-AGGTCTA-TT-AC---A---GATTGAACGTCCGATCG
Reference ( gi|3 ) : TTTCGT-CGC-TGATTTCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACA-AAATTTGAAAT-GG-AGGTCTA-TT-AC---T---GATTGAACGTCCGGTCG
gi|7 : TTTCGT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--ATAAAA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAGA-----------------CC-G-C--------AAAACA-GAA-TTGAAAT-GG-AGGTCTA-TT-AC---A---GATTAAACATCCG
gi|1 : TTTCGT-CGC-TGATTTCCTTAAATTTC-TG-CTTTGGT-T--AT---A---AA--AATATATATG-TAAAACACACA-------------C--TC-A-CACACCCGCAAAACA-GAAATTGAAAT-GG-AGGTCTA-TT-ATACATGTAGATTGAACGTCCGATCG
gi|13 : tTTTCGT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGCT-T--AT---A---AA--AATATGAAT--T---AAAAAAA-------------C--CT-GCCG-------AAAACA-GAAATTG
gi|12 : cTTTCGT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATT
gi|11 : cTTTCGT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATT
gi|14 : cTTTCGT-CGC-TAGTCTCCTTCAAGTTC-TG-TTTTGGT-T--AT--AA---AA--AAAATA-----TAAATAAAAAA-------------C--CA-G-CA-------AAATAG-AAATT
gi|20 : tcTTTCGT-CGC-TGATTTCCTTCAAATTC-TG-GTTTGGT-TGAAT--AA---AATGAAAAAAAAT--GAAAAAAAAAA-------------g
gi|4 : tTTTCGTTCGC-T-ATATCCTGCAAGTTG-AGTATTTGCA-T--ATT-AA---AA--AATATAAAT------------ATCCCCCCCCCCCCC--CC-G-CA-------AA--CA-AAAATTGAAAT-GG-AGGTCTA-TT-AC---A---GATTGAACGaa
gi|25 : nnnTTTCGT-CGC-TAATTTCCTTCAATTTC-TG-GTTTGAT-T--AT-------AA--AATATAA
gi|6 : ttTTCGT-CGT-TGAATTCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AG---AA--AGTATAAAT-----AAAAAAAT-------------C--CC-A-GA-------AAAACA-AA--TTGAAAT-TG-AGGTCGA-TT-AC---A---GATTGAACGTCCGt
gi|5 : TTCGT-CGC-TGATTTCCTTCAAGTTC-TG-GTT-GGT-T---T--AA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAAAA-------------A--AT-G-C--------AAAACA-GAAATTGAATTGGG-GGGGTTA-TT-AC---A---GATTGAACGTCCGATCtccgat
gi|17 : TCGT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTC-TG--TTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CT-G-CA-------AAAACA-GAAT
gi|19 : TCGT-CGC-TTATTTCATTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT---T---AA--ATTATAAAT--T--TAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAa
gi|22 : TCGT-CGC-TGATTTCATTCAAGTCC-TG-ATTTGGT-T--AT--AA------------AAAT--T-----GAAAA-------------C--CCTG-C--------AAAACA-GAAttaga
gi|8 : GT-CGC-TAATTTCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGC-T--AT--AA---AG--AATATACAT-----AAAAAAAA-------------C--CC-G-C--------ATAACA-GAAATTGAAAT-GG-AGGTATA-TT-AC---A---GGTTAAACGCCCGATCa
gi|10 : T-CGCCTAATTTCCTTCAAGTTCTTG-GTTTGGT-T--AT---G---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CCAG-C--------AAAACAGAAATT
gi|18 : aattatctttacgacgctT-CGC-TAATTTTCTTAAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AA-ATAAAT--TTAAAAAAAA-----------------CC-G--G-------GAAACAGAAATTa
gi|16 : T-CGC-TAATTTTTTTCAAGTTT-TG-GTTTGGT-T--AT--AAC--AA--AA---AAAT------ATAAAAC-------------C--CC-G-GA-------AA---A-AAACCTGAAAT-
gi|21 : -CGC-TTAATTTCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------C--CT-G-C--------AAAACA-GAAATTGt
gi|2 : ATATCCT-CAAGTTC--G-GTTTGGT-TA-AT--AA---AA--AA-ATGG----TAGGTAAATAACCCCCCCCCC---C--CC-G-CA-------AAAACA-GGAATTGAAAT-GGCAGGTCTAGTTAAC---A---GATTGAACGGTCGATCG
gi|15 : gctaaTCCTTCAAGTTCTTA-GTTT-GT-T--AT--GAAACAA--AATATAAA---TAAAAAAA-------------------CC-A-C--------AAAACA-GAAATTGA
gi|23 : ctgaagttaatcgAATTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------CT-CC-A-CG-------AAAGAG-AAATT
gi|9 : tttattTC-TA-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAA---------------CT-CC-G-CA-------AAA-CA-GAAATTGAAAT-GG-ATGTTCA-TT-AC---A---GATTGAATGTCCGATCGg
gi|24 : -------------C--CC-G-CA-------AAA-CA-GAAGTTGAAGT-GG-CGGTCTA-TT-AC---A---GATTGAACGTTCGATCgt
Alignments
lowQualScore : 222222 1111111111111111 11111111 111111
lowQualScore : 2 1 1 1 3 1 3 44 555 444 22 0 666666 9999999999999999 3 1 77777777 2 4 4 4 4 111111
lowQualScore : . . . . . . . .. ... ... .. . ...... ................ . . ........ . . . . . ......
lowQualScore : 0 8 8 8 3 7 3 00 888 666 33 3 777777 1111111111111111 5 7 88888888 9 0 0 0 0 555555
consensus : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
Reference ( family-805 ) : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAANTTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
gi|1 : TTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTAAATTTC-TG-CTTTGGT-T--AT---A---AA--AATATATATG-TAAAACACACA-------------C--TC-A-CACACCCGCAAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-ATACATGTAGATTGAACGTCCGATCG
gi|10 : tT-CGCCT-AATT-TCCTTCAAGTTCTTG-GTTTGGT-T--AT---G---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CCAG-C--------AAAACAGAAATT
gi|11 : aattatctttacgacgctTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATTa
gi|12 : cTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATT
gi|13 : cTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGCT-T--AT---A---AA--AATATGAAT--T---AAAAAAA-------------C--CT-GCCG-------AAAACAGAAATTG
gi|14 : cTTTCGT-CGC-T-AGTC-TCCTTCAAGTTC-TG-TTTTGGT-T--AT--AA---AA--AAAATA-----TAAATAAAAAA-------------C--CA-G-C--------AAAATAGAAATTG
gi|15 : tcGT-T-AATCGTCCTTCAAGTTCTTA-GTTT-GT-T--AT--GAAACAA--AATATAAA---TAAAAAAA-------------------CC-A-C--------AAAACAGAAATTGA
gi|16 : ctgaaT-CGC-T-AATT-TTTTTCAAGTTT-TG-GTTTGGT-T--AT--AAC--AA--AA---AAAT------ATAAAAC-------------C--CC-G-GA-------AAAA---AACCTGAAAT
gi|17 : TCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-T--GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CT-G-CA-------AAAACAGAAt
gi|18 : T-CGC-T-AATT-TTCTTAAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AA-ATAAAT--TTAAAAAAAA-----------------CC-G--G-------GAAACAGAAATTta
gi|19 : TCGT-CGC-T-TATT-TCATTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT---T---AA--ATTATAAAT--T--TAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AA
gi|2 : GC-T-AAAT-ATCCTCAAGTTC--G-GTTTGGT-TA-AT--AA---AA--AA-ATGG----TAGGTAAATAACCCCCCCCCC---C--CC-G-CA-------AAAACAGGAATTGAAATGGCAGGT-CTAGTTAA------CAGATTGAACGGTCGATCGttaga
gi|20 : TTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAATTC-TG-GTTTGGT-TGAAT--AA---AATGAAAAAAAAT--GAAAAAAAAAA-------------
gi|21 : t-CGC-TTAATT-TC-TTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------C--CT-G-C--------AAAACAGAAATTGaa
gi|22 : TCGT-CGC-T-GATT-TCATTCAAGTCC-TG-ATTTGGT-T--AT--AA------------AAAT--T-----GAAAA-------------C--CCTG-C--------AAAACAGAA
gi|23 : AATTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------CT-CC-A-CG-------AAAG-AGAAATTGa
gi|24 : tttatt-------------C--CC-G-CA-------AAA-CAGAAGTTGAAGTGG-CGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTTCGATC
gi|25 : aaaccTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAATTTC-TG-GTTTGAT-T--AT-------AA--AATATAA
gi|3 : ttTTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAAAATTTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CTGATTGAACGTCCGGTCGt
gi|4 : TTTCGTTCGC-T-A-TA-TCCTGCAAGTTG-AGTATTTGCA-T--ATT-AA---AA--AATATAAAT------------ATCCCCCCCCCCCCC--CC-G-CA-------AA--CAAAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACG
gi|5 : nnnTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTT-GGT-T---T--AA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAAAA-------------A--AT-G-CA-------AAA-CAGAAATTGAATTGG-GGGGGTTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATC
gi|6 : TTCGT-CGT-T-GAAT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AG---AA--AGTATAAAT-----AAAAAAAT-------------C--CC-A-GA-------AAAAC--AAATTGAAATTG-AGGT-CGA-TT-A------CAGATTGAACGTCCG
gi|7 : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--ATAAAA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAGA-----------------CC-G-C--------AAAACAGAA-TTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTAAACATCCGtccgat
gi|8 : GT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGC-T--AT--AA---AG--AATATACAT-----AAAAAAAA-------------C--CC-G-C--------ATAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-ATA-TT-A------CAGGTTAAACGCCCGATC
gi|9 : TC-TA-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAA---------------CT-CC-G-CA-------AAA-CAGAAATTGAAATGG-ATGT-TCA-TT-A------CAGATTGAATGTCCGATCG
Alignments
lowQualScore : 222222 1111111111111111 11111111 111111
lowQualScore : 2 1 1 1 3 1 3 44 555 444 22 0 666666 9999999999999999 3 1 77777777 4 4 4 4 111111
lowQualScore : . . . . . . . .. ... ... .. . ...... ................ . . ........ . . . . ......
lowQualScore : 0 8 8 8 3 7 3 00 888 666 33 3 777777 1111111111111111 5 7 88888888 0 0 0 0 555555
consensus : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
Reference ( family-805 ) : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
gi|1 : TTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTAAATTTC-TG-CTTTGGT-T--AT---A---AA--AATATATATG-TAAAACACACA-------------C--TC-A-CACACCCGCAAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-ATACATGTAGATTGAACGTCCGATCG
gi|10 : tT-CGCCT-AATT-TCCTTCAAGTTCTTG-GTTTGGT-T--AT---G---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CCAG-C--------AAAACAGAAATT
gi|11 : aattatctttacgacgctTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATTa
gi|12 : cTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATT
gi|13 : cTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGCT-T--AT---A---AA--AATATGAAT--T---AAAAAAA-------------C--CT-GCCG-------AAAACAGAAATTG
gi|14 : cTTTCGT-CGC-T-AGTC-TCCTTCAAGTTC-TG-TTTTGGT-T--AT--AA---AA--AAAATA-----TAAATAAAAAA-------------C--CA-G-C--------AAAATAGAAATTG
gi|15 : tcGT-T-AATCGTCCTTCAAGTTCTTA-GTTT-GT-T--AT--GAAACAA--AATATAAA---TAAAAAAA-------------------CC-A-C--------AAAACAGAAATTGA
gi|16 : ctgaaT-CGC-T-AATT-TTTTTCAAGTTT-TG-GTTTGGT-T--AT--AAC--AA--AA---AAAT------ATAAAAC-------------C--CC-G-GA-------AAAA---AACCTGAAAT
gi|17 : TCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-T--GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CT-G-CA-------AAAACAGAAt
gi|18 : T-CGC-T-AATT-TTCTTAAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AA-ATAAAT--TTAAAAAAAA-----------------CC-G--G-------GAAACAGAAATTta
gi|19 : TCGT-CGC-T-TATT-TCATTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT---T---AA--ATTATAAAT--T--TAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AA
gi|2 : GC-T-AAAT-ATCCTCAAGTTC--G-GTTTGGT-TA-AT--AA---AA--AA-ATGG----TAGGTAAATAACCCCCCCCCC---C--CC-G-CA-------AAAACAGGAATTGAAATGGCAGGT-CTAGTTAA------CAGATTGAACGGTCGATCGttaga
gi|20 : TTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAATTC-TG-GTTTGGT-TGAAT--AA---AATGAAAAAAAAT--GAAAAAAAAAA-------------
gi|21 : t-CGC-TTAATT-TC-TTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------C--CT-G-C--------AAAACAGAAATTGaa
gi|22 : TCGT-CGC-T-GATT-TCATTCAAGTCC-TG-ATTTGGT-T--AT--AA------------AAAT--T-----GAAAA-------------C--CCTG-C--------AAAACAGAAA
gi|23 : AATTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------CT-CC-A-CG-------AAAG-AGAAATTG
gi|24 : tttatt-------------C--CC-G-CA-------AAA-CAGAAGTTGAAGTGG-CGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTTCGATC
gi|25 : aaaccTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAATTTC-TG-GTTTGAT-T--AT-------AA--AATATAA
gi|3 : ttTTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAAAATTTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CTGATTGAACGTCCGGTCGt
gi|4 : TTTCGTTCGC-T-A-TA-TCCTGCAAGTTG-AGTATTTGCA-T--ATT-AA---AA--AATATAAAT------------ATCCCCCCCCCCCCC--CC-G-CA-------AA--CAAAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACG
gi|5 : nnnTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTT-GGT-T---T--AA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAAAA-------------A--AT-G-CA-------AAA-CAGAAATTGAATTGG-GGGGGTTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATC
gi|6 : TTCGT-CGT-T-GAAT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AG---AA--AGTATAAAT-----AAAAAAAT-------------C--CC-A-GA-------AAAAC--AAATTGAAATTG-AGGT-CGA-TT-A------CAGATTGAACGTCCG
gi|7 : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--ATAAAA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAGA-----------------CC-G-C--------AAAACAG-AATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTAAACATCCGtccgat
gi|8 : GT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGC-T--AT--AA---AG--AATATACAT-----AAAAAAAA-------------C--CC-G-C--------ATAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-ATA-TT-A------CAGGTTAAACGCCCGATC
gi|9 : TC-TA-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAA---------------CT-CC-G-CA-------AAA-CAGAAATTGAAATGG-ATGT-TCA-TT-A------CAGATTGAATGTCCGATCG
blockSeqs : T C T G T T A GA AAA AAC TG AATAAA TCCCCCCCCCCCCC A C G C G G A .
blockSeqs : . . . . T . A A TA C . AATAAA CCCCCCCCCCC T . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TAAA CAA . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TAAA CAA . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TTAA CT . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . TAGG CT . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . GAAA C . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TAAA C . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TAAA C . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TAAA C . . A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TAAA C . . A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . TT C . . A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T C . . A
blockSeqs : . . . . . . . . A . . T C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . A C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : A** TAAA** A******* ******
originalCons : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
finalCons : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--ATA--A---AA--AATATAAATTAAA--AAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
Alignments
lowQualScore : 222222 1111111111111111 11111111 111111
lowQualScore : 2 1 1 1 3 1 3 44 555 444 22 0 666666 9999999999999999 3 1 77777777 4 4 4 4 111111
lowQualScore : . . . . . . . .. ... ... .. . ...... ................ . . ........ . . . . ......
lowQualScore : 0 8 8 8 3 7 3 00 888 666 33 3 777777 1111111111111111 5 7 88888888 0 0 0 0 555555
consensus : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
Reference ( family-805 ) : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATCG
gi|1 : TTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTAAATTTC-TG-CTTTGGT-T--AT---A---AA--AATATATATG-TAAAACACACA-------------C--TC-A-CACACCCGCAAAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-ATACATGTAGATTGAACGTCCGATCG
gi|10 : tT-CGCCT-AATT-TCCTTCAAGTTCTTG-GTTTGGT-T--AT---G---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CCAG-C--------AAAACAGAAATT
gi|11 : aattatctttacgacgctTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATTa
gi|12 : cTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTA-TG-GTTTGGTAT--AA--AA---AA--AATATAAATAATAAAACAAAAA-------------CAACC-G-C--------AAAACAGAAATT
gi|13 : cTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGCT-T--AT---A---AA--AATATGAAT--T---AAAAAAA-------------C--CT-GCCG-------AAAACAGAAATTG
gi|14 : cTTTCGT-CGC-T-AGTC-TCCTTCAAGTTC-TG-TTTTGGT-T--AT--AA---AA--AAAATA-----TAAATAAAAAA-------------C--CA-G-C--------AAAATAGAAATTG
gi|15 : tcGT-T-AATCGTCCTTCAAGTTCTTA-GTTT-GT-T--AT--GAAACAA--AATATAAA---TAAAAAAA-------------------CC-A-C--------AAAACAGAAATTGA
gi|16 : ctgaaT-CGC-T-AATT-TTTTTCAAGTTT-TG-GTTTGGT-T--AT--AAC--AA--AA---AAAT------ATAAAAC-------------C--CC-G-GA-------AAAA---AACCTGAAAT
gi|17 : TCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-T--GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT------AAAAAAA-------------C--CT-G-CA-------AAAACAGAAt
gi|18 : T-CGC-T-AATT-TTCTTAAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AA-ATAAAT--TTAAAAAAAA-----------------CC-G--G-------GAAACAGAAATTta
gi|19 : TCGT-CGC-T-TATT-TCATTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT---T---AA--ATTATAAAT--T--TAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AA
gi|2 : GC-T-AAAT-ATCCTCAAGTTC--G-GTTTGGT-TA-AT--AA---AA--AA-ATGG----TAGGTAAATAACCCCCCCCCC---C--CC-G-CA-------AAAACAGGAATTGAAATGGCAGGT-CTAGTTAA------CAGATTGAACGGTCGATCGttaga
gi|20 : TTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAATTC-TG-GTTTGGT-TGAAT--AA---AATGAAAAAAAAT--GAAAAAAAAAA-------------
gi|21 : t-CGC-TTAATT-TC-TTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------C--CT-G-C--------AAAACAGAAATTGaa
gi|22 : TCGT-CGC-T-GATT-TCATTCAAGTCC-TG-ATTTGGT-T--AT--AA------------AAAT--T-----GAAAA-------------C--CCTG-C--------AAAACAGAAA
gi|23 : AATTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT-------AAAAAA-------------CT-CC-A-CG-------AAAG-AGAAATTG
gi|24 : tttatt-------------C--CC-G-CA-------AAA-CAGAAGTTGAAGTGG-CGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACGTTCGATC
gi|25 : aaaccTTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAATTTC-TG-GTTTGAT-T--AT-------AA--AATATAA
gi|3 : ttTTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAAAA-------------C--CC-G-CA-------AAAACAAAATTTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CTGATTGAACGTCCGGTCGt
gi|4 : TTTCGTTCGC-T-A-TA-TCCTGCAAGTTG-AGTATTTGCA-T--ATT-AA---AA--AATATAAAT------------ATCCCCCCCCCCCCC--CC-G-CA-------AA--CAAAAATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTGAACG
gi|5 : nnnTTCGT-CGC-T-GATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTT-GGT-T---T--AA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAAAA-------------A--AT-G-CA-------AAA-CAGAAATTGAATTGG-GGGGGTTA-TT-A------CAGATTGAACGTCCGATC
gi|6 : TTCGT-CGT-T-GAAT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--AT--AG---AA--AGTATAAAT-----AAAAAAAT-------------C--CC-A-GA-------AAAAC--AAATTGAAATTG-AGGT-CGA-TT-A------CAGATTGAACGTCCG
gi|7 : TTTCGT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGT-T--ATAAAA---AA--AATATGAAT--TAAAAAAAGA-----------------CC-G-C--------AAAACAG-AATTGAAATGG-AGGT-CTA-TT-A------CAGATTAAACATCCGtccgat
gi|8 : GT-CGC-T-AATT-TCCTTCAAGTTC-TG-GTTTGGC-T--AT--AA---AG--AATATACAT-----AAAAAAAA-------------C--CC-G-C--------ATAACAGAAATTGAAATGG-AGGT-ATA-TT-A------CAGGTTAAACGCCCGATC
gi|9 : TC-TA-GTTTGGT-T--AT--AA---AA--AATATAAAT--TAAAAAAAA---------------CT-CC-G-CA-------AAA-CAGAAATTGAAATGG-ATGT-TCA-TT-A------CAGATTGAATGTCCGATCG