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Reference ( gi|3 ) : CCCCATATTTCAGTGAAATT--TAA---TGGAGC--------CCCCCCCGCC-CCCC----CACT--C-T-TCA--------GTT-GTTT-------AAA------C----TTGATA--CTTT---T---T-TTTTTTT-----------TC-TT--------GC---T---TT-----A-C----A-T-AT-TA--CAT--T---T--T--TT-G--A-AGT--T-T-TG-CC--CC--------CCCC---AC---CCCC--C---CCCAC-TTT-C-A-G---T---TT-TGA-----A----TTA--TA--G-A-G--------TA-T------------T-------G---CC------ACCCC--CC-----C---C------T-TTC---------G---C---TGT-TC---TT--CGGAATGA----C--CTTTTT----TTT--------TCT----------------------TTTT-G--CTTGTC-AG-CAA-A--A-----A-ATT--------A---TT---G-A--A-G-T--TT-GCCCCACCACCCCC--A---CA-----CACAGCC-A--CACTC--T-C-TG-T--G-A---TTT-T--T----T--A--A--A-----G-TT------T-----G---------C---C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C-AA--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|1 : CCCCCCACTTCAGTAA---T--CAA---TAGAGCGTTTTGCCCCCCCCCCCC-CCCC----CACT--T-A-TTA--------GCT-GTTC-------AAT------A----TTGCC---CTTT---T---T-TTTTTTT-----------TT-TT--------TT---T---TT-----A--------------------------T--T--TT-A--A------T-T-TG-CT--TC--------TGTC---AC----------------AT-------A-A---T---TT-TGA-----C-------------G-A-G--------T--T------------T-------G---CCCCCA--ACCCC--CCACCCCCA--C------T-TTC---------G---TAAGTGT-TC---------AAAT-A----C--CTTTTT----TTT--------T------------------------TTTT-GGCCTTGT---A-CAC-AT-A-----A-ATT------------TT---G-A--AAG-T--TTCGCCCCCTC-CCCTC------------------CC-G--CACTT--T-C-TG-T--G-ATTTTTT-T--T----T--A--A--G-----GTTT------T-----G---------C---C-CC----C--CCCTCACCCCACCCCCCAC--T--------T-T-C-AA--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|6 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacttttttctcgacaaaacataccacaacattctagtgaagtgctttgcccgttacaCCCCAC-TTTCAGT--AATT--TAT---TAGAGG--------TTAT---GTG-CCCC----CACC--T-T-TCA--------GT--GTTC-------AAA------------TGA----CCGT---T---A-TTTTTTT-----------T--TT--------GC---TGGCTT-----G-C----G-------G--CAT--TAA-T--T--TG-G--A-AGT--T-T-CG-CC--CC--------
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gi|4 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccccccccgccccccatttcagtgttcaaaaggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcattgtcacagttagttacaagtgtgcccgccccccccccccCCCCAC-TTTCAGT-AAATCAATAA---GAGAGT--------TT-----GCCACCCC----CACTT-C-T-TAA--------GTTTGTTC-------AAA---------------TG--CTTT---T---T-TTTTTTT-----------TT-TT--------TT---T---TT-----cct
gi|21 : ttttctcgagtaacttttttcctgcaaaaatacacacaatttagaagttgttgccccccccccccccccccccccCCCCACTTTTT-TTGAAATT--TA-----GAAGT--------TTGCCTC-CC-CCTC----CCCT--A-T-TCA--------G-T-GTTC-------AAA------------TGACC--CCCC---T---T-TTTT-----------------TG--------GC---G---TT-----A-C----A-C-AT-TA---AT--T---T--ttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccccc
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gi|8 : --TAG---TGG-GC--------CTCCCCCCCC-TCTC----C-CT--C-TCTCA--------GTT-GTCC----------------C----TTGA-A--CGCT---T---A-TTTTTTT-----------GC-TT--------G--------TC-----A-C----AAT-AT-TA--CAG--T---A--T--TG-G--T-AGT--C-TCTG-AC--TT--------CCCC-----------C--C---CCCAC-TAT-C-T-G---T---GA-TTA-----C----TAA--TG--A-A-G--------T--T------------C-------C---CT------CCCCC--CC-----C---C------C-TTC---------tcaaataagtcctacgcctct
gi|2 : tttttttctttttctttgtttttggtcacataatttaatgcccccccccccccctttcaagttgatttatagC--------CCCCCCCGCC-CCCCATTTCAGT--G-T-TCAAAAGGACNNNN-NNNN-------NNN------N----NNNNNN--NNNN---N---N-NNNNNNN-----------NN-NN--------NN---N---NN-----G-C----A-TTGT-CA--CAG--T---TAGT--TA-C--A-AGT--G-T--G-CC--CG--------CCCC----C---CCCC--CCCCCCCAT-TTT-C-A-G---T--------A-----AT---TTA--TA--G-A-G--------T--T------------G-------G---CC------ACCCT--CC-----T---C----------C---------A---C---T-T-TCAGGTT--C-AAAGGA----CAGCTTTTT----TTT--------TTTTG--------------------TTTT-G--CTTGTT-A--C-A-A--A-----A-TTT--------GT--TT---T-A--A-G-T--TTGGCCCCCCCCCCCCT--A---CT-----TTCCGTT-G--GATTT--T-T-TT-T--------TTT-T--T----T----------------TT------T-----GGTGC-----C---C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T------------TCA--A----TC-CTT-C--G-CCTtaatattctcctacgtcctct
gi|11 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncC--------CCCCCCCCCC-CCCC----CACT----T-TCA--------G---G----------GAA--------------ATG--CTTG---T---G-GTTTTCT-----------T---T--------GC---T---TT-----GTC----A-C-AT--A--AAT--T---T--C--------A-AGT-------G-CC--CC--------CCCC-----------C--C---GCCAC-TTTTC-A-A---T--------A-----A----TT---TA--C-A-G--------TAGT------------T-------G---CC------CCCCC--CC-----C---CCCA---T-TTC---------A---C--------------------ATGA--------TGTTT----TTT--------TTT----------------------TT-----------------------------------------------------A--A-G-T--TT-GCCCCACCCCCCCC--
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gi|6 : --CTTT---T---T-TTTTTTTCTCAAGTTAATTT-TT--------GT---T---CT-----G-CTAAAA-T-AG-CA--CAC--AA--T--T--TT-G--A-AGT--G-G-TG----------------------------TCC--C---CCCAC-TTT-C-A-G---TAA-TT-T-------A----TTA--GA--G-G-T--------TA-TG-----------T-------G------------CCCC--CA-----C---C------T-TTC---------A---G---TGT-TC---------AAATGA----C--CGTTAT----TTT--------T-T----------------------TTTT-G--CTGGCT-TG-CGG-C--ATT---A-ATT------------TG---G-A--A-G-T--TTCGCCCCA------------------------------------C--T-C-TG-T--G-A---TTT-T--T----T--C--A--A-----G-TTA-----T-----G---------C---C-CC----C--CA----------------C--T--------T-T-C-AA--A--A-TCA--G----TC-CTA-CA-A-CCTC
gi|5 : taggggacgttgcctttcaaaagtttgggggtggggtggcaaaagtatatgttgtttgcccccccTTT---T---T-TTTTTTT-----------TT-CT--------GC---T---GT-------C----A-------A--CAT--TAAGT--T--TT-G--ATAGA--T-G-TG-CCACCC--------CCCT---CC---CCCC--C---CCCAC-TTT-T-C-A---T---T----A-----A----TTA--AA--G-A-GAAGACGTATG-T------------TAGACGACG---CCCGTCCAACACC--CC-----C---C------C-TCC---------A---C---TAT-TT---TTAGTGGTTTAAAC--C--CTTTTTGTTTTTT--------TTT----------------------TTTT-T--CTTGACTTG-CAC-A--A-----A-ACT--------AATTTT---G-A--A-GTT--TT-GTCCC----CCCCC--G---CG-----C----CC-A--CTTTC--T-C-TG-T--G-A---TCT-T--TCTTCT--A--A--ATGTCTG-TC------T-----G---------C---C-CC----C--CC----------------C--CATT-----T-T-C-AA--A--A-CTA--GTTAATC-CTA-C--G-CCT
gi|8 : attTTT---T---T-TTCTTTT-----------TCTTT--------GT---T---TTTGGTCA-C----A-T-A-------AT--T---T-----------A-A--------TG-CC--CC--------CCCC----C---CCCC----------C-TTT-CAA-G--------T-TGA-----T----TTA--TA--GTA-G--------TG--------------G-------G---CC------TCCCC--CC-----C---C------T-CTCCCTCTCTCAG---T---TGT-CC---CT--T-GAACG--------CTTATT-----------------T----------------------TTTT-G--CTTGTC-A--CAATATTA-----C-AGT--------A---TT---G-GT-A-G-T--CT---CTGACTTCCCCC------------------CC-C--CACTA--T-C-TG-T--G-A---TTA-C--TAA--T--G--A--A-----G-TTCCC---T-----C---------C---C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-CTAAT-A--T-TC--------TC-CTA-C--GTCCTCtgca
gi|15 : ---T-TTTTTTT-----------TC-TT---------T---T---TC-----G-C----C-T-GT-CA--CATGAT---T--T--TT-G--A-A-T--T-T-TG-CC--CT--------CCTC-------------------CCAC-TTC---------T---GT-TAA-----A----TTA---G--G-A-G--------T--T------------T-------G---CT------GGCCG--CC-----C---C------C-CCC---------A---A--------C---TTA-CAGGGT-------------TT----CAT--------TGG----------------------TTTT-G--TT---------AC-A--A-----A-ATT------------TT---A-A--A-G-C--TT-GCTTC-CCACCC----A---CA-----CACA----------TT--T-CTTG-TG-G-A---TTT-T--T----T--t
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gi|41 : ttttctcgagtaacAT--T---T--T--TT-A--A-AGT--T-TGTG-CC--CC--------CCTC-------------------CCAC-TTT-C-A-ttttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccccc
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gi|22 : g---T--T--TT-G--A-TGT--T-T--G-CC--CC--------CCCC---GCGGGCCCC--C---CCCTC-TTT-C--------------TGA-----ACATTTTT--TA--A-A-G--------TT-T------------TTGGG---G---CC------CCCCC--CC-----C---C------aaatcagtcctacgcctctg
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gi|16 : agtcacataa--TT-A--G-AGT--T-G-TG-CC--CC--------CCCCCCTCC---CCCC--C---CCCAC--TT-C-ATG---T---Tggcgttacacattaatttgatcctctccccct
gi|10 : -G--A-GGT--T-T-GG-CT--CC--------CCC------------C--C---CCCAC-TTT-T-A-G---T---GT-TCA-----A----Tcaaaggacctcttttttctttcttttttttttgcttgtcacacaaattcttgaagtttgttcccccacttaccgttgattttttttttagtgtgcccccctcccccactttcaaaatcaggttcctacggcctc
gi|18 : ccccccccccccactttcagtaatcaataccgcttcggcttctcccccccgaccctcccccccccactactttaagatagcttcaaatgcctttttttgctgtcacatatatactcgtcttgtttagtgatatgacccccccccgtcccacttttcagtactaaata-AGT--T-G-TG-CC--CC--------CC-------------C--C---CCCAC-TTT-C-A-G---T---TT-TCA-----A----aaaatgccc
gi|29 : ttcagtaattatatag--T-T-TGTCC--CC--------CCCC---TC---CCCC--C---CACAC-ACT-C-A-G---TA--TT-CGA-----A----T--------G-A-----------------------------------------------------CC-----C---C------T-TTT-------------------T-TC---TT------------------TTTCT----TTT--------TTT----------------------TCTT-G--CTTGTT-TA-CAA-A--A---------T--------A---TT---G-A--A-aggatcctttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccactttccgtgattttttttttagtttgccccccccccccactttcaaaataagtctacgcctct
gi|26 : gC---CTCC--C---CCCAG-TTT-C-A-G---T--------A-----AT---TTA--TA--G-G-G-----------G------------T-------G----C------ACCCC--CC-----CACAC------T-TTC---------C---G---TGT-TC---
gi|13 : tgatcacataatttagaagtgtgtTT-C-A-G---T--------A-----A----TT---TA--A-A-G--------TT-TG-----------T-------G---CC-------CCCC--CC-----A---C------T-TTA---------G-------TGT-T-----T--CAAAAGGAAACCT--CTTTTT----TTT--------TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTT-G--CTTGTC--------A--A-----A-ATT--------T---TT---G-A------T--TT-GCTCC-CC-CCCC-------------------------CACTT--T-C-CG-T--G-A---TTT-T--T----T--GT-T--A-----G-TG------T-----G---------C---C-CC----C--CC----------------C--CCCCCCTT-T-T-C--A--A--A-TAA--G----TC-CTA-C--G-CCTCaaacggttgtgtctgagtgttta
gi|18 : TT-C-A-G---T--------A-----A----TTA--TATAG-A-G--------TT-G------------T-------G---CC------CCCCC--CC-----C---CAC----T-TTC---------A--------GT-T----TT--CA-AAGGA----T--CCTTTT----TNN--------NNN----------------------NNNN-N--NNNNNN-NN-NNN-N--N-----N-NNN--------N---NN---N-N--N-N-N--NN-NNNNNNNNNNCC---------------------------ACTT--T-C-CG-T--G-A---TTT-T--T----T--T--TTTA-----G-TT------T-----G---------C---C-CC----C--CC----------------C--CCCCACT--T-T-C-AA--A--A-TAA--G----T--CTA-C--G-CCTCt
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gi|19 : A-----A----TTAAATA--G-A-G--------GT-T------------T-------G---CC--------CCC--CC-----A---C------T-TTT---------A---G---TGT----------CAGAATG-----C--CTTTCC----TTT--------T-T----------------------TTNN-N--NNNNNN-NN-NNN-N--N-----N-NNN--------N---NN---N-N--N-N-N--NN-NNNNNNNNNNNNNN--N---NN-----CCC--CC-C--CACTT--T-C-TG-T--G-A---TTT-T--T----T--T--A--A-----G--T------T-----G---------C---C-CC----C--CC----------------C--CCCCACTT-T-T-C-AA--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTtttttttttttttttaaaattagtcctacgcctctgggctttcagttccc
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gi|25 : acttttccaaagtgAATG-----C--CTTTTT----TTT--------T------------------------TTTT-G----TGTC-A--CAT-A-----------TT------------TT---G-A--AAG-T--TT-GCCCC--CGCCCCC----------------------------T--T-C-TG-T--GGA---TTT-T--C----T--A--A--------G-TG------T-----G---------CG--C-CC----C--CC----------------C--T--------T-T-C-AA--A--AATCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCcccccccttttcaaaaa
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gi|30 : ta--CTTTTC-TG-CAT-A--A-----A-ATTCACATAATA---TA---G-A--A-G-T--TT-GCCACACCCCCCCC--AACCCAACCCCCACAAAC-A--CACT
gi|32 : ttttgtcaagtaacAA-A--A-----ATATT--------T---TT---GCATTA-G-TAGTT-GCGCCCCC-CCCCC------------------------CACTC--T-C-TG-T--G-A---TTT-TA-T----T--A--A--G-----C-TT------T-----G---------C---C-CCA---C--CC----------------C--T--------T-T-C-AA--A--A-TCT--G----TC-tcag
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|16 : ---CCT--C------C---------CC--C---CC---CCCAC-TTC---------A-T-G------TTC-AA-AGG------A-C--C------TCTTTTTTC----------TT-TCT-TTTTT------T-----------T--TT---------G-CT--TGTCA--CACA-A-----ATT---C-TT---G-A--A-G-T-TT-G-----TTCC-C---C-CAC------T---TA-----C-C----GT---TG-----ATTT--T----------------TTT-T-T----T--------A-----G--TG-------T-----GC-C-CC----C--CT----------------C-CCCCACT--T-T-C-A--------A--AA-TCA--GGT--TC-CTA-CG-G-CCTCtgttcaaaggacctcttttttctttcttttttttttgcttgtcacacaaattcttgaagtttgttcccccacttaccgttgattttttttttagtgtgcccccctcccccactttcaaaatcaggttcctacggcctc
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gi|2 : gtC-----------CCCCCC------CCGCCCCCCA---T-TTCAG-T-GTTCAAAAGGACNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN---NNNNNNNN-----------NNNN-N-NN-NN-G---C----ATTG----T---CA----------------CA---G--T---TAGT--TA-C--A-AG---T-G----TGCCCGC---CCCC---------C----C--CCCCC--CCCCATTT--TC-A------GT-------AATTTA--TA--G-A-G----------T-T------G----G---CCA--C------C---------CT--C---CT---C-------C---------ACT--TTCAGGTTC-AA-AGG------A-CAGC------T------------------TT-TTT-TTTTTTG----T-----------T--TT---------G-CT--TGT----TACA-A-----AATTTGT-TT---T-A--A-G-T-TT-G-----GCCC-C---C-CC------------------C-C----CC---CT-----ACTT--T----CCG-TTGG-A--TTT-T-T----T--T--T--T-----T--TTTTTTTGGT-----GC-C-CC----C--CC----------------C-C--------C-T-T----------------TCA--A----TC-CTT-C--G-CCT
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gi|29 : gC-----------CCCCCC------CTCCCCCCCACA-CACTCAG-T-ATTCGAA------------------T--GACCCCTTT---TTTCTTTT-----------TCTT-T-TT-TT-
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lowQualScore : .. . . .. . . ........... ...... .. ... .. ......................... ... .............................................................................. .. . . ......... . ... ... .............. .. .. . .. . ...... ........................................... ... .. ..... .. ...... ......... ... ................. . . ... . .................................................. . ...... .... ........ ............................ .. .. ............. ... ... . . .. . . . ....... . ..... . ....................................... ..... .. .... . .. . ... . . .. . ............................. ..... ........ . .... .. ................ . ........ . . .. ........ .. . .. .... . . .. .
lowQualScore : 22 2 0 00 5 8 88888888888 222222 33 333 22 5555555555555555555555555 000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 3 3 888888888 4 444 444 66666666666666 99 44 5 11 4 888888 8888888888888888888888888888888888888888888 333 66 77777 66 222222 111111111 222 77777777777777777 5 7 111 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999 7 888888 4444 00000000 3333333333333333333333333333 44 44 7777777777777 777 777 1 5 11 1 6 5 0000000 5 00000 5 111111111111111111111111111111111111111 77777 88 7777 5 99 2 999 1 1 55 1 00000000000000000000000000000 88888 99999999 1 3333 99 4444444444444444 1 88888888 1 1 66 00000000 66 3 55 0000 1 2 11 2
consensus : CCCCAC-TTTCAGT-AA-TTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT-CTTCAG-T-GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-TT-G---C----AT-A----T---CA----------------CA---T--T---T--T--TT-GA-AGT--T-T----TGCC---C---CCC---------C----C--CCCCC--CCCCAC-TT--TC-A------GT---TTT-AA-TTA--TA--G-A-G----------T-T------TG---C--C-----C--C------C---------CCC---CC--------C--------T-T-TC---AG-TGTTCTTC-GAAT---G---A-------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TTT------------T----------T--TTGCT--TG--TCA-CACA-A----AA---T---T-TTG-A--A-G-T-T-------T-G-----CCCC-C---C-CCC-------C---C-------C-C----CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-C--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
Reference ( family-784 ) : CCCCAC-TTTCAGT-AAATTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT-CTTCAG-T-GTTCAAA----------------CTT--GACGCTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-TT-G---C----AT-A----T---CA----------------CA---T--T---T--T--TT-GA-AGT--T-T----TGCC---C---CCC---------C----C--CCCCC--CCCCAC-TT--TC-A------GT---TTTGAA-TTA--TA--G-A-G----------T-T------TG---C--C-----C--C------C---------CCC---CC--------C--------T-T-TC---AG-TGTTCTTC-GAAT---G---A-------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TTT------------T----------T--TTGCT--TG--TCA-CACA-A----AA---T---T-TTG-A--A-G-T-T-------T-G-----CCCC-C---C-CCC-------C---CA------C-C----CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-C--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|1 : TTTTT-----------TCTC-GACA-AA-A---C----AT-A----C---CA----------------CAACAT--T---C--TA-GT-GA-AGTGCT-T----TGCC---C---GTT---------A----C--ACCCC--CC--AC-TT---C-A------GT-------AA-TCAA-TA--G-A-GCGT-------T-T------TG---C--C-----C--C------C---------CCC---CC--------CCCCCCCACT-TATT---AGCTGTTC-----AATATTG---C-------C--CT-------------------TT-TTTTTTTT----TTT--------TTT------------TTTTATTTTAAT--TTGCTTCTG--TCA-CAT-------AA---T---T-TTG-ACGA-G-T-T-------T-G-----CCCC-CAA-C-CCC-------C---CA--------C----CC---CC-----ACTT--T----C
gi|1 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacCCCCAC-TT-CAGT-AA--TCAATAGAGCGTTTTGCC---CCCCCC------CCCCCCCCCACT-TATTAGCT-GTTCAAT----------------ATT--GCC-CTTTT---TTTTTTTT-----------TTTT-T-TT-TT-----------------------------------------A---T--T---T--T------A-A----T-T----TGCT---T---CTG---------T----C-------------AC-AT-----A------AT---TTTGAC----------G-A-G----------T-T------TG---C--C-----C--C------CAACCCCCCACCC---CCA-------C--------T-T-TCGTAAG-TGTTC----AAAT-------A-------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TTT------------T----------T--GGCCT--TG--T-A-CACATA----AA---T---T-TTGAA--A-G-T-T-------TCG-----CCCC-C---T-CCC-------C-----------T-C----CC---GC-----ACTT--T----CTG-T--G-ATT-TTT-T-T--T-T--A--A------GGTT-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CCCTCACCCCACCCCCCAC-T--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCgtaagtgttcaaatacctttttttttttttggccttgtacacataaattttgaaagtttcgccccctcccctcccgcactttctgtgatttttttttaaggttttgcccccccctcaccccaccccccactttcaaaatcagtcctacgcctc
gi|10 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacttttttctcgacaaaacataccacaacattctagtgaagtgctttgcccgttacaccCCCCAC-TTTCAGT-AA--TCAATACCGCTTCGGCTTCTCCCCCCCGACCCTCCCCCCCCCACTACTTTAA-G-AT---AG----------------CTTCAAATGCCTTT---TTTT--------------------G-CTGTC-A---C----AT-A----TATACT----------------CG---T--C---T--T--GT-TT-AGTGAT-A----TGAC---C---CCC---------C----C--CCGTC--CCAC-T-TT--TC-A------GT---ACTAAA-T-----A--G-A-GG---------T-T------TGGCTC--C-----C--C------C---------CCC---CCA-------C--------T-T-TT---AG-TGTTC
gi|11 : ccccccccC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT--TTCAG-G-G----AA----------------------ATGCTTGT---GGTTTTCT-----------T--T-G-CT-TT-GTCAC----AT-AAATTT---CAAGTGCCCCCCCCCCGCCA---C--T---T--T--TC-AATAAT--T-TACAGTAGT---T---GCC---------C----C--CCCCC--CCCCA--TT--TC-ACATGATGT---TTTTTT-TTT--TA----A-G----------T-T------TG---C--C-----C--CACCCCCC---------CCC---CC--------C--------T-T-TC---Aaataaaatgccc
gi|12 : ---C--C-----C--C------C---------CCC---CC--------CACT-----T-T-TC---AG-TGTAC-----AAG---G---AA------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TNN------------N----------N--NNNNN--NN--NNN-NNNN-N----NN---N---N-NNN-N--N-N-N-N-------N-N-----NNNN-N---N-NNNNNNNNNNC---CC------C-C----CCTATCC-----ACTT--T----CAA----G-A---TTT-T-T--T-TTTC--A------G--T-----G-------T-----GC--------C-CC----C--CCCA--------------C-T--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TCACTA-C--G-CCTaaatatcagttctcctacgccc
gi|13 : atttataggagttgatcccccggccccccaT--TC-A------GT-------AA-TT---TA--A-A-G----------T-T------TG---T--G-----C--C------C---------CCC---CC--------A--------C-T-TT---AG-TGTT--TC-AAAA---GGAAA-------C--CTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T------T----TTT--------TTTTTTAA-------T----------T--TTGCT--TG--TCA----A-A----AT---T---T-TTG-A------T-T-------T-G-----CTCC-C---------------------------C-C----CC---CC-----ACTT--T----CCG-T--G-A---TTT-T-T--TGT--T--A------G--T-----G-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CCCCCCTT-T-T-C-----------A--AA-TAA--G----TC-CTA-C--G-CCTCtt
gi|15 : ---TTTTTTTT-----------TCTT---TT-TC-G---C----CT-G----T---CA----------------CA---TGAT---T--T--TT-GA-A-T--T-T----TG--------------------------C--CCTCC--TCCCAC-TT--C----------T---GTTAAA-TTA---G--G-A-G----------T-T------TG---C--TGGCCGC--C------C---------CCC---CCAA------C--------T-T-AC---AG-GGT--TTC--ATT---G---G------------------------------------------------------------------------T----------T--TTGTT-----------ACA-A----AA---T---T-TTA-A--A-G-C-T-------T-G-----CTTC-C---CACCC-------A---CA--------------C---AC-----ATTT--C----TTG-TG-G-A---TTT-T-T--T-T--T--A------T--T-----T-------T-----t
gi|16 : --TT-AG-AGT--T-G----TGCC---C---CCC---------CCCCTC--CCCCC--CCCCAC--T--TC-A------ttttt
gi|16 : ---C--C-----C--C------C---------CCC---CC--------A--------C-T-TC---A--TGTTC----AAAG---G---A-------C--CT-------------------CT-T------T----TTTCTTTCTTTTTT------------T----------T--TTGCT--TG--TCA-CACA-A----AT---T---C-TTG-A--A-G-T-T-------T-G-----T--------------------------------T-C----CC---CC-----ACTT--A----CCGTT--G-ATT-TTT-T-T--T-T--T--A------G--T-----G-------T-----GC--------C-CC----C--CT----------------C-CCCCACT--T-T-C--A--------A--AA-TCA--GGT--TC-CTA-CG-G-CCTCtgttcaaaggacctcttttttctttcttttttttttgcttgtcacacaaattcttgaagtttgttcccccacttaccgttgattttttttttagtgtgcccccctcccccactttcaaaatcaggttcctacggcctc
gi|17 : ttagagttgtgcccccccccctG---C--C-----T--C------C---------CACACACC--------A--------C-T-TC---AG-TGTTC----AAAT---G---A-------C--CT-------------------TC-T------T----TTT--------TAT------------T----------T--ATTTC--TA--TC--CGCA-T----AA---T---TGTTG-A--A-G-T-G-------T-G-----CCGT-C---A-CTC-------C---CA------C------------------ACTT--T----CTGAT--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----GT--------C-CC----C--CA----------------C-T--------C-T-C--A--------GATAA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|18 : agaggtttgcccccaccttcctcctcccT--TC-A------GT-------AA-TTA--TATAG-A-G----------T-TG-----TG---C--C-----C--C------C---------CCC---CC--------CAC------T-T-TC---AG-T---TTTC-AAAG---G---A-------T--CC-------------------TT-T------T----TNN--------NNN------------N----------N--NNNNN--NN--NNN-NNNN-N----NN---N---N-NNN-N--N-N-N-N-------N-N-----NNNN-N---N-NNN-------N---N-------------------CC-----ACTT--T----CCG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--TTTA------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CCCCACT--T-T-C--A--------A--AA-TAA--G----T--CTA-C--G-CCTC
gi|19 : AA-TTAAATA--G-A-GG---------T-T------TG------------C--C------C---------CCC---CA--------C--------T-T-TT---AG-TG----TCAGAAT---G-----------C--CT-------------------TT-C------C----TTT--------TTT------------T----------N--NNNNN--NN--NNN-NNNN-N----NN---N---N-NNN-N--N-N-N-N-------N-N-----NNNN-N---N-NNN-------N---NNNNNNNCC-C----CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--------T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CCCCACTT-T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTt
gi|2 : gtC-----------CCCCCC------CCGCCCCCCATT---TCAG-T-GTTCAAAAGGACNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN---NNNNNNNN-----------NNNN-N-NN-NN-G---C----ATTG----T---CA----------------CA---G--T---TAGT--TA-CA-AGT--G-T-----GCC---CGCCCCC---------C----C--CCCCC--CCCCAT-TT--TC-A------GT-------AATTTA--TA--G-A-G----------T-T------GG---C--CA----C--C------C---------TCC---TCCA------C--------T-T-TC---AG--G---TTC-AAAG---G---A-------CAGCT-------------------TT-T------T----TTT--------TTTTG----------T----------T--TTGCT--TG--T---TACA-A----AA---TTTGT-TTT-A--A-G-T-T-------T-G-----GCCC-C---C-CC--------------------C-C----CC---CT-----ACTT--T----CCG-TTGG-A---TTT-T-T--T-T--T--T------T--T-----TTTTTTGGT-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-C--------C-T-T-----------------TCA--A----TC-CTT-C--G-CCT
gi|20 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT---TTT----TTA---A--A-A-G----------T-T------TG---C--C-----C--T------C---------CCC---CT--------T--------T-T-AC---AG-TG----TC-GAAT---G---A-------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------ATTGGACAGTGGAAGT----------G--TCACT--TA--TT----CA-A-----------------G-A--A-G-T------------------------------C-------C---CA------C-C----CC---CC------CTT--T----TT-----------TTT-T-T--T-T-------------------------------------------------------------------------------------T-T-T--A--------A--AA-TTA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|21 : ----T---CA----------------CA---T--A---A--T--TTAGA-AGT--T-T----ACCC---C---TCC---------C----C--CCTCCTTCCCCAC-TT--T----------T---TTTGAA-ATT--TA--G-AAG----------T-T------TG---CCTC-----C--C------C---------CTC---CC--------C--------TAT-TC---AG-TG---TTC-AAAT---G---A-------C--C-----------------------C------C----CCT--------TTT------------T----------T--TGGC----G--TTA-CAC--------A---T---T--------A-A-T-T-------T-GAT---CCTC-T---C-CCC-------C---tgggctttcagttccc
gi|22 : agC--------T--------T-T-TCCAAAG-TGTTC----GAA----G---A-------C--CT-------------------TA-T------T----TCG--------TTT------------T----------G----GCC--AG--TCA-CA---A----AA---T---T-TTG-A--T-G-T-T-------T-G-----CCCC-C---C-CCG-------CGGGCC------C-C----CC---CC-----TCTT--T----CTG-A--ACA---TTT-T-T--T-A--A--A------G--T-----T-------TTTGGGGC--------C-CC----C--CC----------------C-C--------t
gi|23 : aC---CC--------C--------C-T-TC---AG-TGTTCT-----AT---T---A-------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TAT------------A----------T----GCT--TG--TCA-C-CA-T----TA---T---T--------A-G-T-T-------T-G-----CCCT-CCAAC-CCC-------C---CA------A-C----CC---CCGGCCAAATT--TGATACAG-T--G-A---ATT-T-T--A-G--A--A------G--T---------------------------------------------------------------------T-T-C--A--------A--AG-ACA--G----TC-CTA-C--G-CCTcccccccttttcaaaaa
gi|24 : AT---G---A-------C------------------------T-T------T----TTT--------TTT------------G----------G--TTGCT--TG--TCA-CATA-A---------T---T-TTG-A--A-G-C-T-------A-A-----CT------------------------A------T-C----CC---C--------TT--T----CTG-T--G-GG--TTT-T-T--T-T--A--AA-----G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----CAACC----------------C-CCTTTTT--T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----T--CTA-CCGG-CCTat
gi|25 : C-AAAT---G-----------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TTT------------T----------T----G----TG--TCA-CATA-----------T---T-TTG-A--AAG-T-T-------T-G-----CCCC-C---G-CCC-------C---C-----------------------------T--T----CTG-T--G-G---ATT-T-T--C-T--A--A------G--T-----G-------T-----GC--------G-CC----C--CC----------------C-C--------T-T-TCAA--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|26 : gta-CACA-T----AA---T---T-TAG-A--A-G-T-G-------T-G-----TCCT-C---C-CCC--------------------------------C-----AGTT--T----CAG-T--A-A-----T-T-T--A-T--A--G------G--G-----G-------T-----GC--------A-CC----C--CC----------------C-C--------
gi|26 : tgatCCCCAG-TTTCAGT-AATTT--ATAGGG-------------GTGCA------CCCCCCCACACT--TTCCG-T-GTTCAAA----------------Cacactttccgtgttcaaacggttgtgtctgagtgttta
gi|27 : tgatcacataatttagaagtgtgtcctcc----TTT--------TTT------------T----------T--TCGCT--TG--TCA-CAT-------AA---T---T-TAC-A--A-G-T-CAATAGTGT-G-----CCCC-C---ggttgtgtctgagtgttta
gi|27 : tgccccccactttcagC--CCCCACTTT--TT-A------GT-------AATTTA--TA--G-A-G----------T-TG-----TG---C--G-----C--C------C---------Cactttttagtaatttatagagttgtgcgcccc
gi|28 : tgccccccactttcagtttttttttcgcttgtcacataatttacaagtcaatagtgtgACA-T----AA---T---T-TGG-A--A-A-T-----------------CCCC-C---C-CCC-------C---CC------T-C----GA---TC-----AATT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--A-G--A--T------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----CTTTT----------------T-T--------T-T-C--A--------A--AA-TCAGTG----TC-TTA-C--T-CCTC
gi|29 : --T-T----TGTC---C---CCC---------C----C--CTCCC--CCCCAC-ACACTC-A------GTA--TTCGAA-T--------G-A---------------------------------------------------------C---CC--------C--------T-T-TT--------TTCTT-------------------------T-------------------TT-C------T----TTT--------TTT------------T----------C--TTGCT--TG--TT--TACA-A----AA---T---A-TTG-A--A-t
gi|3 : gCCCCATATTTCAGTGAAATTTAATGGAGC-----------CCCCCC------CGCCCCCCCACT-CTTCAG-TTGTTTAAA----------------CTT--GATACTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-TT-A---C----AT-A----T---TA----------------CA---T--T---T--T--TT-GA-AGT--T-T----TGCC---C---CCC---------C----CA-CCCCC--CCCCAC-TT--TC-A------GT---TTTGAA-TTA--TA--G-A-G----------TAT------TG---C--C-----A--C------C---------CCC---CC--------C--------T-T-TC---GC-TGTTCTTCGGAAT---G---A-------C--CT-------------------TT-T------T----TTT--------TCT------------T----------T--TTGCT--TG--TCAGCAAA-A----AA---T---TATTG-A--A-G-T-T-------T-G-----CCCCAC---CACCC-------C---CA------CACACAGCC---AC-----ACTC--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-A--A--A------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-C--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|31 : A-A----AA---T---T-TTG-A--A-G-T-T-------T-G-----CCCC-C---C-TC---------------------------------------ACTT--T----CTG-T--G-A---CTT-T-T--T-TAAA--A------G--T-----T-------C-----TC--------C-CC----CG-CC----------------C-C--------C-C-C--ACCACTTTCA--AA-TCC--G----T--CTA-C--
gi|32 : -T-------T-G-----CGCC-C---C-CCC-------C---C-------------------CC-----ACTC--T----CTG-T--G-A---TTT-T-A--T-T--A--A------GC-T-----T-------T-----GC--------C-CCA---C--CC----------------C-T--------T-T-C--A--------A--AA-TCT--G----TC-ctc
gi|33 : aaaaatatttttgcattagtagA---T--T---T--TATTT-AA-AGT--T-T----TGCC---C---CCC---------C----C--C
gi|34 : g------T----TTA--------TTT------------T----------G--TGGCT--TG--TCA--ACA-A----CAGTTT---T-TTG-A--AAG-T-T-------T-G-----CTCC-C---C-CCC-------------------------------CC-----ACTT--T----CTG-G--G-A---TTT-T-T--T-tgctgccgcccgcgctccccgctgtccaaaatcagtcttagttcgttcctct
gi|35 : taCTTTTCAATTTTTTTT-----------TCTT-G--T-CT-A---C----AT-T----T--------------------------T--T---T--T--TA-GA-AGT--T-T-----GCC---C---CCC---------C----CCACCCCC--CCCCAC-CT--
gi|36 : aTT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--------T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CCCTCCATTT-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CC
gi|37 : ctT--T----CTT-A--G-A---TTT-T-T--T-T--A---------G--T-----T-------C-----CC--------C-CCACTCC--CC----------------C-C--------TAT-C--A--------A--AA--CA--G----TC-CTAGC--G-CCTCc
gi|38 : ---TTT-T-G--T-T--A--A---------T-----T-------T-----GCACCCCCCCC-CC----C--CC----------------C-CACT-----T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCtgat
gi|39 : gt-----ACTT--T----CTG-T--G-A---TTTAT-T--T-G--A--A------G--T-----T-------T-----GC--------C-CCC---C--CC----------------C-C--------T-T-T--C--------A--AA-TCA--G----AC-CTA-C--G-CCTtg
gi|4 : TTTTT-----------TCCT-G-C-----A---A----AA-A----TA--CA----------------CA---C--A---A--T--TTAGA-AGT--TGT----TGCC---C---CCCCCCCCCCCCC----C--CCCCC--CCCCAC-TT--TC-A------GTAAATC--AA-TAA--GA--G-A-G----------T-T------TG---C--C-----A--C------C---------CCC---AC--------T--------TCT-TA---AG-T-TTGTTC-AAAT---G--------------CT-------------------TT-T------T----TTT--------TTT------------T----------T--TTt
gi|40 : ttttctcgagtaacTT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-C--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCttttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccccc
gi|41 : G-T--G-A---TTT-T-T--T-A--A--A------G--T-----TTG-----T-----GC--------C-CC----C--CT----------------C-CCACT----T-T-C-----------A--AA-TAA--G----TC-CTA----G-CCT
gi|42 : --G-A---TTT-T-T--T-T------------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CCCCCT---T-T-C--A--------A--AAATCA--G----TT-CTA-C--G-CCTCtt
gi|43 : ---CC-----CCTT--T----CTG-T--G-A---TTT-T-T--T-T--A--A------G--TTTAAAT-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-T--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----tg
gi|44 : ---TTT-T-T--T-T--A--C---------T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CCTCTT---T-T-C--A--------A--AACTCA--G----TC-CTA-C--G-GCTC
gi|45 : TG-T--G-A---TTT-T-T--T-TT-A--A------G--T-----T-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------CAC--------T-T-C--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTtg
gi|46 : ---TTT-T-T--T-T--T--A------G--T-----G-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CACT-----T-T-C--A--------A--AA-TCA--GT---TC-CTA-C--G-CCT
gi|47 : at---TTT-T-T--T-T--T--A------G--T-----T-------T-----GC--------T-CC----C--CC----------------C-CCCCT----T-T-C--A--------C--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|48 : ---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A---TTA-T-T--------------------------------------------------------------C----------------A-C--------T-TAC--A--------A--AA-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCt
gi|49 : T--T----CTG-T--G-A---TTT-TAT--T-G--A--A------G--T-----T-------T-----GC--------CTCC----C--CC----------------T-T--------T-T-C--A--------A--AA-TCC--G----TT-CTtgtac
gi|5 : TTT---TTTTTTTT-----------TTTT----T-CT-G---C-----T-G----T---CAA---------------CA---T--TAAGT--T--TT-GATAGA--T-G----TGCCACCC---CCC---------T----C--CCCCC--CCCCAC-TT--TT-C------AT---T---AA-TTA--AA--G-A-GAAGACGTATGT-TAGACGACG---C--C-----CGTC------CAACA-----CCC---CC--------C--------C-T-CC---AC-TATTTTT---AGT---G---GTTTAAACC--CT-------------------TT-T------TGTTTTTT--------TTT------------T----------T--TTTCT--TGACTTG-CACA-AAACTAA---T---T-TTG-A--A-GTT-T-------T-G-----TCCC-C---C-CCC-------G---CG--------------C---CC-----ACTTTCT----CTG-T--G-ATCTTTC-T-T--C-T--A--AATGTCTG--T-----C-------T-----GC--------C-CC----C--CC----------------C-CATT-----T-T-C--A--------A--AA-CTA--GTTAATC-CTA-C--G-CCT
gi|51 : a------C---------CCC---CA--------C--------T-T-TT---AA-TGTTC----GAAT---G---A-------C--CT-------------------TT-T------T----Ttgca
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-784 ) : CCCCAC-TTTCAGT--AATTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT-CTTCAG-T-GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-TT-GC----AT-AT---CA-CA---T---T---T--T--TT-GA-AGT--T-T---TGCC---CCCC---------C----C--C-CCCC--CCCCAC-TT--T-CAGT--TTT--AA-TTA--TA--G-A-G----------T--T------TG--C--C-----C--CC---------CCC---CC--------C--------T-T-TC---AG-TGTTCTTC-GAAT---G------A-C--CT--------------------TT-T------TT---TT--------TTT------------T----------T--TTG--CT--TG--TCA-CACA-A----AA---T---T-TTG-A--A-G-T-TT----GCCCCC--C--CC--------C---C-------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
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gi|1 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacCCCCAC-TT-CAGT--AAT-CAATAGAGCGTTTTGCC---CCCCCC------CCCCCCCCCACT-TATTAGCT-GTTCAAT----------------ATT--GCC-CTTTT---TTTTTTTT-----------TTTT-T-TT-TT-------------------A---T---T---T--T------A-A----T-T---TGCT---TCTG---------T----C--------------AC-AT-----AAT--TTT--GA-C--------G-A-G----------T--T------TG--C--C-----C--CCAACCCCCCACCC---CCA-------C--------T-T-TCGTAAG-TGTTC----AAAT----------A-C--CT--------------------TT-T------TTTTT-------------------------T----------T--TTGGCCT--TG--T-A-CACATA----AA---T---T-TTGAA--A-G-T-TT----CGCCCC--C--TC--------C---C-------CT--C--------CC---GC-----ACTT--T----CTG-T--G-ATT----TTT-T-T--T-T--A--A------GGTT-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CCCTCACCCCACCCCCCAC--T--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCgtaagtgttcaaatacctttttttttttttggccttgtacacataaattttgaaagtttcgccccctcccctcccgcactttctgtgatttttttttaaggttttgcccccccctcaccccaccccccactttcaaaatcagtcctacgcctc
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|2 : gC-----------CCCCCC------CCGCCCCCCATT---TCAG-T-GTTCAAAAGGACNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNN---NNNNNNNN-----------NNNN-N-NN-N---N-GC----ATTGT---C---ACAG---T---TAGT--TA-CA-AGT--G-TGCCCG---CCCC---------CCC----C--CC--CC--CCCCAT-TT--TCAG-----T--AATTT-A--TA--G-A----------G---T--T------GG--C--CA----C--CC---------TCC---TCCA------C---T-T-TC---AG--G---TTC-AAA---GG------A-CAGCT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTTTG----------T----------------T--TTG--CT--TG--T---TACA-A----AA---TTTGT-TTT-A--A-G-T-TT----G---GC--C--CC--------C---C-------CC--C--------CC---CT-----ACTT--T----CCG-TTGG-A------TTT-T-T--T-T--T--T------T--T-----TTTTTTGGT-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------C-T-T-------------------TCA--A----TC-CTT-C--G-CCT
gi|20 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--TTT-----TT-A---A--A-A----------G---T--T------TG--C--C-----C--TC---------CCC---CT--------T---T-T-AC---AG-TG----TC-GAA---TG------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------ATTGGACAGTGGAAGT----------------G--TCA--CT--TA--TT----CA-A-----------------G-A--A-G-T--------CCCAC--C--CC--------C---C---------------------------------CTT--T----TT--------------TTT-T-T--T-T-----------------------------------------------------------------------------------------------T-T-T--A--------A--A--A-TTA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-784 ) : CCCCAC-TTTCAGT--AATTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT-CTTCAG-T-GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-T---T-GC----AT-GT---C---ACAT---T---T--T--TT-GA-AGT--T-T---TG---CCCC---------CCC----C--C-CCCC--CCCCAC-TT--TCAGT--TTT--AA-TT-A--TA--G-A----------G---T--T------TG--C--C-----C--CC---------CCC---CC--------C---T-T-TC---AG-TGTTCTTC-GAA---TG------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTT------------T----------------T--TTG--CT--TG--TCA-CACA-A----AA---T---T-TTG-A--A-G-T-TT----GCCCCC--C--CC--------C---C-------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|1 : TTTTT-----------TCTC-GACA-A---A-AC----AT-AC---CACAACAT---T---C--TA-GT-GA-AGTGCT-T---TG-----CC---------CGT----T--A-CACC--CCCCAC--T--TCAG-----T--AA-TCAA--TA--G-A----------GCGTT--T------TG--C--C-----C--CC---------CCC---CCCCCCCCCAC---T-TATT---AGCTGTTC-----AATATTG------C-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTT------------TTTTTTTTTTATTTTAAT--TTG--CTTCTG--TCA-CAT-------AA---T---T-TTG-ACGA-G-T-TT----GCCCCCAAC--CC--------C---C-------CA--C--------CC---CC-----ACTT--T----C
gi|1 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacCCCCAC-TT-CAGT--AAT-CAATAGAGCGTTTTGCC---CCCCCC------CCCCCCCCCACT-TATTAGCT-GTTCAAT----------------ATT--GCC-CTTTT---TTTTTTTT-----------TTTT-T-TT-T---T---------------------AT---T---T--T------A-A----T-T---TG---CTTC---------TGT----C--------------AC-AT----AAT--TTT--GA-C---------G-A----------G---T--T------TG--C--C-----C--CCAACCCCCCACCC---CCA-------C---T-T-TCGTAAG-TGTTC----AAA---T-------A-C--CT--------------------T-----T-TTTTTT-------------------------T----------------T--TTGGCCT--TG--T-A-CACATA----AA---T---T-TTGAA--A-G-T-TT----CGCCCC--C--TC--------C---C-------CT--C--------CC---GC-----ACTT--T----CTG-T--G-ATT----TTT-T-T--T-T--A--A------GGTT-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CCCTCACCCCACCCCCCAC--T--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCgtaagtgttcaaatacctttttttttttttggccttgtacacataaattttgaaagtttcgccccctcccctcccgcactttctgtgatttttttttaaggttttgcccccccctcaccccaccccccactttcaaaatcagtcctacgcctc
gi|10 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacttttttctcgacaaaacataccacaacattctagtgaagtgctttgcccgttacaccCCCCAC-TTTCAGT--AAT-CAATACCGCTTCGGCTTCTCCCCCCCGACCCTCCCCCCCCCACTACTTTAA-G-AT---AG----------------CTTCAAATGCCTTT---TTTT--------------------G-CTGT---C-AC----AT-ATATAC---TCGT---C---T--T--GT-TT-AGTGAT-A---TG---ACCC---------CCC----C--C-CGTC--CCAC-T-TT--TCAGT--ACT--AA----A--TA--G-A----------GG--T--T------TGGCT--C-----C--CC---------CCC---CCCA------C---T-T-TT---AG-TGTTC
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gi|16 : --TT-AG-AGT--T-G---TG---CCCC---------CCCCCCTC--C-CCCC--CCCCAC--T--TCAttttt
gi|16 : --C--C-----C--CC---------CCC---CC--------A---C-T-TC---A--TGTTC----AAA---GG------A-C--CT--------------------C-----T-TTT---TTCTTTCTTTTTT------------T----------------T--TTG--CT--TG--TCA-CACA-A----AT---T---C-TTG-A--A-G-T-TT----G--------------------------------TT--C--------CC---CC-----ACTT--A----CCGTT--G-ATT----TTT-T-T--T-T--T--A------G--T-----G-------T-----G---------C--------C-CC----C--CT----------------C--CCCCACT--T-T-C--A--------A--A--A-TCA--GGT--TC-CTA-CG-G-CCTCtgttcaaaggacctcttttttctttcttttttttttgcttgtcacacaaattcttgaagtttgttcccccacttaccgttgattttttttttagtgtgcccccctcccccactttcaaaatcaggttcctacggcctc
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gi|18 : agaggtttgcccccaccttcctcctcccT--TCAGT-------AA-TT-A--TATAG-A----------G---T--TG-----TG--C--C-----C--CC---------CCC---CC--------CAC-T-T-TC---AG-T---TTTC-AAA---GG------A-T--CC--------------------T-----T-TTT---NN--------NNN------------N----------------N--NNN--NN--NN--NNN-NNNN-N----NN---N---N-NNN-N--N-N-N-NN----NNNNNN--N--NN--------N---N-------NC--C--------------------ACTT--T----CCG-T--G-A------TTT-T-T--T-T--TTTA------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCCACT--T-T-C--A--------A--A--A-TAA--G----T--CTA-C--G-CCTC
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gi|20 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--TTT-----TT-A---A--A-A----------G---T--T------TG--C--C-----C--TC---------CCC---CT--------T---T-T-AC---AG-TG----TC-GAA---TG------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------ATTGGACAGTGGAAGT----------------G--TCA--CT--TA--TT----CA-A-----------------G-A--A-G-T--------CCCAC--C--CC--------C---C---------------------------------CTT--T----TT--------------TTT-T-T--T-T-----------------------------------------------------------------------------------------------T-T-T--A--------A--A--A-TTA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
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gi|22 : aC--------T---T-T-TCCAAAG-TGTTC----GAA----G------A-C--CT--------------------T-----A-TTT---CG--------TTT------------T----------------G----G--CC--AG--TCA-CA---A----AA---T---T-TTG-A--T-G-T-TT----GCCCCC--C--CCG-------CGGGC-------CC--C--------CC---CC-----TCTT--T----CTG-A--ACA------TTT-T-T--T-A--A--A------G--T-----T-------TTTGGGG---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------t
gi|23 : aC---CC--------C---C-T-TC---AG-TGTTCT-----A---TT------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TAT------------A----------------T----G--CT--TG--TCA-C-CA-T----TA---T---T--------A-G-T-TT----GCCCTC--CAACC--------C---C-------CCAAC--------CC---CCGGCCAAATT--TGATACAG-T--G-A------ATT-T-T--A-G--A--A------G--T-------------------------------------------------------------------------------T-T-C--A--------A--A--G-ACA--G----TC-CTA-C--G-CCTcccccccttttcaaaaa
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gi|25 : C-AAA---TG--------C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTT------------T----------------T----G------TG--TCA-CATA-----------T---T-TTG-A--AAG-T-TT----GCCCCC--G--CC--------C---C-------C---------------------------T--T----CTG-T--G-G------ATT-T-T--C-T--A--A------G--T-----G-------T-----G---------C--------G-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-TCAA--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|26 : gta-CACA-T----AA---T---T-TAG-A--A-G-T-GT----GTCCTC--C--CC--------C------------------------------C-----AGTT--T----CAG-T--A-A--------T-T-T--A-T--A--G------G--G-----G-------T-----G---------C--------A-CC----C--CC----------------C--C--------
gi|26 : tgatCCCCAG-TTTCAGT--AATTT-ATAGGG-------------GTGCA------CCCCCCCACACT--TTCCG-T-GTTCAAA----------------Cacactttccgtgttcaaacggttgtgtctgagtgttta
gi|28 : tgatcacataatttagaagtgtgtcctccACA-T----AA---T---T-TGG-A--A-A-T-C------CCCCC--C--CC--------C---C-------CT--C--------GA---TC-----AATT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--A-G--A--T------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----CTTTT----------------T--T--------T-T-C--A--------A--A--A-TCAGTG----TC-TTA-C--T-CCTCggttgtgtctgagtgttta
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gi|3 : gCCCCATATTTCAGTGAAATTTAATGGAGC-----------CCCCCC------CGCCCCCCCACT-CTTCAG-TTGTTTAAA----------------CTT--GATACTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-T---T-AC----AT-AT---T---ACAT---T---T--T--TT-GA-AGT--T-T---TG---CCCC---------CCC----CA-C-CCCC--CCCCAC-TT--TCAGT--TTTG-AA-TT-A--TA--G-A----------G---TA-T------TG--C--C-----A--CC---------CCC---CC--------C---T-T-TC---GC-TGTTCTTCGGAA---TG------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TCT------------T----------------T--TTG--CT--TG--TCAGCAAA-A----AA---T---TATTG-A--A-G-T-TT----GCCCCA--C--CA--------C---C-------CC--CACACACAGCC---AC-----ACTC--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T-A--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
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gi|33 : aaaaatatttttgcattagtagttgcgAT---T---T--TATTT-AA-AGT--T-T---TG---CCCC---------CCC----C--C-
gi|34 : gTT---TA--------TTT------------T----------------G--TGG--CT--TG--TCA--ACA-A----CAGTTT---T-TTG-A--AAG-T-TT----GCTCCC--C----------------------------C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-G--G-A------TTT-T-T--T-tgctgccgcccgcgctccccgctgtccaaaatcagtcttagttcgttcctct
gi|35 : taCTTTTCAATTTTTTTT-----------TCTT-G--T-C---T-AC----AT-TT----------T---T---T--T--TA-GA-AGT--T-T----G---CCCC---------CCC----CCAC-CCCC--CCCCAC-CT--
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gi|39 : gt-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTTAT-T--T-G--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CCC---C--CC----------------C--C--------T-T-T--C--------A--A--A-TCA--G----AC-CTA-C--G-CCTtg
gi|4 : TTTTT-----------TCCT-G-CA-AAAAT-AC----A-------C---ACAA---T---T--T--A--GA-AGT--TGT---TG---CCCCCCCCCCCCCCCC----C--C-CCCC--CCCCAC-TT--TCAGTAAATC--AA-TA-A--GA--G-A----------G---T--T------TG--C--C-----A--CC---------CCC---AC--------T---TCT-TA---AG-T-TTGTTC-AAA---TG-----------CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTT------------T----------------T--TTt
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gi|41 : G-T--G-A------TTT-T-T--T-A--A--A------G--T-----TTG-----T-----G---------C--------C-CC----C--CT----------------C--CCACT----T-T-C-----------A--A--A-TAA--G----TC-CTA----G-CCT
gi|42 : --G-A------TTT-T-T--T-T------------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCCCT---T-T-C--A--------A--A--AATCA--G----TT-CTA-C--G-CCTCtt
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gi|53 : cccccc---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CACT-----T-T-C--A--------A--A--AATCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|54 : -CC----C--CA----------------C--T--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--A----TC-CTA-C--G-CCTCtg
gi|6 : CTTTT---TTTTTTTTCTCAAGTTAATTTTT-G-TT-C---T-GCTAAAAT-AG---C---ACAC---AA--T--T--TT-GA-AGT--G-G---TG-----------------------------TCC--CCCCAC-TT--TCAGTAATTT---A-TT-A--GA--G------------G---T--TATG---TG--------------CC---------CCC---AC--------C---T-T-TC---AG-TG---TTC-AAA---TG------A-C--CG--------------------T-----TATTT---TT--------TTT------------T----------------TGCTGG--CT--TG--CGG-CAT--T----AA---T---T-TGG-A--A-G-T-TT--------------------------------------C--G--------CC---CC-----AC----T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T-C--A--A------G--T-----TA------T-----G---------C--------C-CC----C--CA----------------C--T--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-CA-A-CCTCtga
gi|8 : taggggacgttgcctttcaaaagtttgggggtggggtggcaaaagtatatgttgtttgcccccccTTTT---TTTCTTTT-----------TCTTTG-TT-T---TTG--------GT---C---ACAT---A---A--T--TT-AA------------TG---CCCC---------------------CCCC--CCCCCC-TT--TCAAG--TTG--AT-TT-A--TA--GTA----------G---T--G------GG--C--C-----T--CC---------CCC---CCCTCTCCCTC---T-C-TC---AGTTGTCCCTT-GAA---CG------------------------------------------CT---TA--------TTT------------T----------------T--TTG--CT--TG--TCA-C---------AA---T---A-TTA-C--A-G-TATTGGTAGTCTCTGAC--TT--------C---C-------CC--C--------CC---CC-----ACTA--T----CTG-T--G-A------TTA-C-TAAT-G--A--A------G--T-----TCCC----T-----C---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-CT-A--------AT-A--T-TC--------TC-CTA-C--GTCCTC
blockSeqs : TA T GA TTA TTCGGCTTCTC GACCCT AC TT TC AGGACNNNNNNNNNNNNNNN G CAA CTCAAGTTAATTTTTGTTCTGCTAAAATAGC TAAGTTTT T GTGCC CCAC CCCCCCCCC CCCT CAC G TT TT AC TTAATTAAAGAGAAGACGTATGTTAGACGA GC CT GGCCG GT AACCCCCCA ACA ACTTTAGTGTTTCAAAAGGAAACCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT TTTTG A TTT CTTTCTTT GGACAGTGGAAGTGT GC . AC TGCACAAAACTAA TTG G A . A T A GGTAGT GA AA NNNNNNNNCCCCCCCTATCC TC GATA T TG C TGTTTT A A AA G AAATGTCT C TTTTTTGG TTGGG CCCCACCCC ACCCCCCC T ACTC AA . AC CCTCCATT A A CA CCACTTTC AT AT A GT TTAA A G CG T
blockSeqs : C T . CA . . C G TC CTTCAA G . NNNNNNNNNGCATTGTC AAATTTC . GATA C . . CC G . A . TAATTTATTAGAGGTTATG . . A . AACA . CTCTCCCTCTCTCAGTTGTCCCTTGAACG . . . . TTAATTT . . . CAACAACAGTT . A . . A . . CG . . CCCCCACACACAGCCAC . . A G . TCT . . . . TTCA . TTAAAT . . . . A TT . A CCCCCTT . . T . T . C . TTC . . G .
blockSeqs : G T . TT . . . G TT CTTG N . GCTGTCACATATATAC GATTTTT . TGT A . . AC T . T . TTTTGAAATTTAGAAGTT . . . . . . CCTCCACTATTTTTAGTGGTTTAAACCC . . . . TGTTT . . . CAGCAAAAAA . . . . . . . GC . . NNNNNNNNNCCCCCCC . . . . . TT . . . . TTTA . TCCC . . . . C G . . CCCACTT . . . . . . A . GT . . A .
blockSeqs : . . . T . . A . TCTTGCTTTACATATT TTAGTTA . TT C . . C C . T . TTTTGAATTATAGAGTAT . . . . . . CTTTCGCTGTTCTTCGGAATGACCT . . . . TTGCT . . . ACACATAAA . . . . . . . NN . . CCCCAACCCCCGGCCA . . . . . G . . . . AAAA . TTG . . . . . . . . CCCACT . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . TCCTGCAAAAATACAC TTTATTT . TT C . . C T . T . TAAATCAATAAGAGAGTT . . . . . . ACTTTCGTAAGTGTTCAAATACCT . . . . TTT . . . NNNNNNNNN . . . . . . . GC . . GCGGGCCCCCCCC . . . . . . . . . . AAA . TA . . . . . . . . CCCACT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TCTTTGTTTTTGGTC AATTTA . TG C . . C C . T . GTTGATTTATAGTAGTG . . . . . . CACTTTTCAGTGTACAAGGAACCT . . . . NNN . . . CACACAAAT . . . . . . . NN . . CCCTCCCGC . . . . . . . . . . TAA . T . . . . . . . . CTTTTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TCTTGTCTACATTT AATTTT . TT C . . C C . A . TAATTATATAGAGTTG . . . . . . CACTTTCAGGTTCAAAGGACAGCT . . . . TTT . . . NNNNNNNNN . . . . . . . NN . . CCCCCCCCC . . . . . . . . . . AA . G . . . . . . . . CCCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TTTTCTGCTGTCA CTTGT . TT T . . C C . T . TACTAAATAGAGGTT . . . . . . CACTTTCAGTTTTCAAAGGATCC . . . . TTT . . . NNNNNNNNN . . . . . . . GA . . CCCCCCCCC . . . . . . . . . . TA . G . . . . . . . . CTCTT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TTTCGCCTGTC TTTTT . TT C . . C C . C . TAATTTACAGTAGT . . . . . . TTTTCCAAAGTGTTCGAAGACCT . . . . TTA . . . CCGCATAA . . . . . . . GC . . CCCACACAC . . . . . . . . . . TA . T . . . . . . . . CACT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTGCTTTGTC TTTTA . TT C . . C C . T . TTAAATTAGGAGTT . . . . . . TTCTTAAGTTTGTTCAAATGCT . . . . NNN . . . CACCATTA . . . . . . . GC . . CCCCCCCCT . . . . . . . . . . TA . G . . . . . . . . CCCT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTTTTTTTT AATTT . TT C . . C T . T . TAATTTATAGAGTT . . . . . . ACTTCAGTGTTCAAATGACCT . . . . TNN . . . TTACAAAA . . . . . . . AC . . CCCTCGATC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTTA . TG C . . C C . T . TTTTTTAAAAGTT . . . . . . CTATTCAGTGTTCAAATGACC . . . . TTT . . . GGCATTAA . . . . . . . GC . . CCCCCCCCC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TTT . GG C . . . . . . . TTTTGACGAGTT . . . . . . CTTTTAATGTTCGAATGACCT . . . . GGT . . . TACAAAA . . . . . . . GT . . CCCGCGCCC . . . . . . . . . . TT . T . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TAATTTAAAGTT . . . . . . CTTTCAGTGTTCAAATGACCG . . . . TCT . . . CACAAAA . . . . . . . GC . . CCCCCCCCC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . ACT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TATTCGAATGA . . . . . . AACTTACAGGGTTTCATTGG . . . . TTT . . . CACATAA . . . . . . . GC . . CCCCCCCC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ACTTCATGTTCAAAGGACCT . . . . TGT . . . CAAAAT . . . . . . . GC . . TTCCCCC . . . . . . . . . . AA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTTACAGTGTCGAATGACCT . . . . TTT . . . ACAAAA . . . . . . . G . . CGCCCC . . . . . . . . . . AG . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . CCTTCAGTGTTCTATTACCT . . . . TTT . . . TACACA . . . . . . . G . . CCCAC . . . . . . . . . . AT . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . TTTTAGTGTCAGAATGCCT . . . . TTT . . . CACATA . . . . . . . G . . NNNCC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . CCCATTTCACATGATGT . . . . TG . . . CACAA . . . . . . . G . . CCCCC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CTTTTTTCTTT . . . . AT . . . TCAA . . . . . . . C . . CCC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . . . . C . . CC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . CC . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AC . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : *********** ** N** TCTTGCTTTGCATGTC***************************** TTTTT*********** TT****** C*** T* TAATTTATAGAGTT********************************** TTT****************************** ** CACAAAA*********** ** ** ****** ** ****************
originalCons : CCCCAC-TTTCAGT--AATTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT-CTTCAG-T-GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTT---TTTTTTTT-----------TCTT-G-CT-T---T-GC----AT-GT---C---ACAT---T---T--T--TT-GA-AGT--T-T---TG---CCCC---------CCC----C--C-CCCC--CCCCAC-TT--TCAGT--TTT--AA-TT-A--TA--G-A----------G---T--T------TG--C--C-----C--CC---------CCC---CC--------C---T-T-TC---AG-TGTTCTTC-GAA---TG------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTT------------T----------------T--TTG--CT--TG--TCA-CACA-A----AA---T---T-TTG-A--A-G-T-TT----GCCCCC--C--CC--------C---C-------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
finalCons : CCCCAC-TTTCAGT--AATTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT--TTCAGN--GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTT---TTTTTTTTTCTTGCTTTGCATGTC-----------------------------ACATTTTTT-----------GA-AGTTT------TGC---CCC---------CCC----C--C-CCCC--CCCCACT-T--TCAGTAATTTATAGAGTT----------------------------------TG--C--C-----C--CC---------CCC---CC--------C---T-T-TC---AG-TGTTCTTC-GAA---TG------A-C--CT--------------------T-----T-TTT---TT--------TTTTTT------------------------------TG--CT--TG--TCACAAAA-----------T---T-TTG-A--A-G-T-TT----GCCCCC--C--CC--------C---C-------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T-T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C--A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|9 ): ATGGGCGGTAGGAGCCTGTGTGGGGGGGGGAGGGGGGAGGGGGTAATGGGGGCACATCCCCCCCATTTCAAAAGTGGGGGGGGGGGCAGAAGTATTGGTTTTGCCTCCCCGCTCCCTTTTCCCCAGGTTTTTGTCCTCGAGTACTTTAAGTTTCTGGCAAAAATACCAAAAACAGATTAAGAAAAGTGTGCCCACCCCCCCCACTTCAGCAGATAAACTCAGAGGTT
Unaligned ( gi|14 ): GGCGGAAGAGGGAGGGAGGCACATGCCCTCAAACCCCACAACTTTCAAAAGTGAGTGGCTGGAAGGGTGAGGGCGGCAAAAGCTATATTTTTGCCCCCCCACCCCCACACTTTTCTTTAATTTAACTTCTTAATCACTGCATACAATAAACAAACAATTTGTAGAATTGTCCCCCCTACTTTCAGTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGCCCCCCACTTTCAGTTTTTTTTTCGCTTGTCACATAATTTACAAGTCAATAGTGTGCCCCCACTTTTTAGTAATTTATAGAGTTGTGCGCCCC
Unaligned ( gi|30 ): TTTTGTCAAGTAACCTTTTCTGCATAAAATTCACATAATATAGAAGTTTGCCACACCCCCCCCAACCCAACCCCCACAAACACACTTCAG
Unaligned ( gi|50 ): TAAGTTGTCCCCCCCCCCCATCCCTTTTCAAAATTGTCCTAGCCTCTG
Alignments
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lowQualScore : 3 7 88 3 77777777777 333333 55 6 5555555555555555555555555555555555 0000000000000000000000000000000000000000 3 111111111111111111 2 111111111 333 333 888888888 2 4444 55 1 33 33 4 1 22 9999 2 7777777777777777777777777777777 333 44 77777 22 111111111 000000 3 22222222 1 222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66666666 88888888888888888888 1 1 1 1 3 0000000000 222 0000000000000000 1 1 3 1 5 22 9999999999999999999999999999999999999999999999999 11 2222 2 22 1 777777 1 1 11 22 666666666666 22 8888888888888 22222 444444444 44444444 1 4444 33 6666666666666666 22 55555555 1 1 2 33333333 22 11 3 11 6666 1 1 44 1
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consensus : CCCCAC-TTTCAGT--AAT-CAATAGAGC-T---------CCCCCC------CCCCCCCCCACT--T-TCAGC-GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTTTTTTTTTT-----------TCTT-GCT-T---T-GC----AT-GT---C-ACAT---T---T--T--TT-G-A-AGT------T-TTG---CCC---C---------CC-C----C--CCCCC--CCC--CAC-TTTCA-G--T----AATT-TA-T---A-G-A----------G-T-T------TG---C--C-----C--CC---------CCCCC--C---T-TTC--------AGT-GTTCTTC-GAATG------A-C--C---------T---------------TT-TTTTT--------TTT------------T--T--TTG-CTTG-T-C-A-C--A-A----AA---TT------T---T-----G-A-A-G-TTTGCCCCCC--CC----------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
Reference ( family-784 ) : CCCCAC-TTTCAGT--AATTCAATAGAGC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT--T-TCAGN-GTTCAAA----------------CTT--GATGCTTTTTTTTTTTT-----------TCTT-GCT-T---T-GC----AT-GT---C-ACAT---T---T--T--TT-G-A-AGT------T-TTG---CCC---C---------CC-C----C--CCCCC--CCC--CAC-TTTCA-G--T----AATT-TA-T---A-G-A----------G-T-T------TG---C--C-----C--CC---------CCCCC--C---T-TTC--------AGT-GTTCTTC-GAATG------A-C--C---------T---------------TT-TTTTT--------TTT------------T--T--TTG-CTTG-T-C-A-C--A-A----AA---TT------T---T-----G-A-A-G-TTTGCCCCCC--CC----------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|1 : CCCCAC-TT-CAGT--AAT-CAATAGAGCGTTTTGCC---CCCCCC------CCCCCCCCCACT--TATTAGCTGTTCAAT----------------ATT--GCC-CTTTTTTTTTTTT-----------TTTT-TTT-T---T-------------------AT---T---T--T-------A-A--------T-TTG---CTT---C------------------------------------TGTCACA--T----AATT-TT-G---ACG-A----------G-T-T------TG---C--C-----C--CCAACCCCCCACCCCCA-C---T-TTCGTA-----AGT-GTTC----AAAT-------A-C--C---------T---------------TT-TTTTT--------TTT------------T--T--GGC-CTTG-TAC-A-C--ATA----AA---TT------T---T-----G-A-AAG-TTTCGCCCCC--TC----------C---C---------CT--C--------CC---GC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--TTTT--A--A------GGTT-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CCCTCACCCCACCCCCCAC--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|10 : ggggcacgcaagaaggtatatttttgctccccccccatcccttttctcgctagtaacttttttctcgacaaaacataccacaacattctagtgaagtgctttgcccgttacaccCCCCAC-TTTCAGT--AAT-CAATACCGCTTCGGCTTCTCCCCCCCGACCCTCCCCCCCCCACTACT-TTAAG-AT---AG----------------CTTCAAATGCCTTTTTTT--------------------GCTGT---C-AC----AT-ATATAC-TCGT---C---T--T--GT-T-T-AGTGA----T-ATG---ACC---C---------CC-C----C--CCGTC--CCA--C-T-TTTCA-G--T----ACTA-AA-T---A-G-AG---------G-T-T------TGGCTC--C-----C--CC---------CCCCCA-C---T-TTT--------AGT-GTTC
gi|10 : cccccccc-G-A-GGT------T-TGG---CTC---C---------CC-C----C---------CCC--CAC-TTTTA-G--T----GTTC-AA-T---A-A-A----------A----------TG---C--C-----C--aataaaatgccc
gi|11 : ccccccccccccactttcagtaatcaataccgcttcggcttctcccccccgaccctcccccccccactactttaagatagcttcaaatgcctttttttgctgtcacatatatactcgtcttgtttagtgatatgacccccccccgtcccacttttcagtactaaataC-----------CCCCCC------CCCCCCCCCACT--T-TCAGG-G----AA----------------------ATGCTTGTGGTTTTCT-----------T--T-GCT-T---T-G---------T---C-ACATAAAT---T--T--C----A-AGT----------G---CCC---C---------CC-C----C--CCGCC--ACT------TTTCA-A--T----AATT-TA-C---A-GTA----------G-T-T-------G---C--C-----C--CC---------CCCCC--C---C---C--------A------TTTC-ACATG------A-T--G---------T---------------TT-TTTTT--------TTT--------------------------------------------------------------------A-A-G-TTTGCCCCAC--CC----------C---C---------CC--C--------CC---C-------CTT--T----C
gi|11 : CC--CC----------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ATTT--C----ACA-T--G-ATGTTTTTTT-T-T--T--T--A--A------G--T-----T-------T-----GCCCCACCCCC--------C-CC----C--CC----------------C--T--------T-T-C-A--------A--AATA-TCA--GTTC-TC-CTA-C--G-CCaaaatatcagttctcctacgccc
gi|12 : ccccccccccccccccactttcagggaaatgcttgtggttttctttgctttgtcacataaatttcaagtgccccccccccgccacttttcaataatttacagtagttgG---CCC---C---------CCAC----C--CCCCC--CCC--CACTTTTCA-G--T----c
gi|12 : atttataggagttgatcccccg---C--C-----C--CC---------CCCCC--CACTT-TTC--------AGT-GTAC-----AAGG------AAC--C---------T---------------TT-TTTTT--------TNN------------N--N--NNN-NNNN-N-N-N-N--N-N----NN---NN------N---N-----N-N-N-N-NNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNC---C---------CC--C--------CCTATCC-----ACTT--T----CAA----G-A------TTT-T-T--T--TTTC--A------G--T-----G-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------CACT--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TCACTA-C--G-CCTgtacaaggaacctttttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccccctatccactttcaagatttttttttcagtgtgccccccccactttcaaaatcagtcactacgccttt
gi|13 : atttataggagttgatcccccggccccccaTTCA-G--T----AATT-TA-------A-A----------G-T-T------TG---T--G-----C--CC---------CCCCC--A---C-TTT--------AGT-GTT--TC-AAAAGGAA---A-C--C---------TCTTTTTTTTTTTTTTTT-TTTTT--------TTTTTTTTTTAA---T--T--TTG-CTTG-T-C-A----A-A----AT---TT------T---T-----G-A-----TTTG--------CT----------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CCG-T--G-A------TTT-T-T--TG-T--T--A------G--T-----G-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCCCCTT-T-T-C----------A--A--A-TAA--G----TC-CTA-C--G-CCTCtt
gi|15 : TTTTTTTTTCTT-----------T------T-T---C-GC----CT-GT---C-ACATGA-T---T--T--TT-G-A-A-T------T-TTG---------------------------C--CCTCC--TCC--CAC-TTCTG-T--T----AAAT-TA-----G-G-A----------G-T-T------TG---C--TGGCCGC--CC---------CCCCCAAC---T-TAC--------AGG-GT--TTC--ATTG------G--------------T---------------T-----------------------------------------TTG-T-T-A-C--A-A----AA---TT------T---T-----A-A-A-G-CTTG-CTTCC--CA----------C---C---------CA--C--------AC---AC-----ATTT--C----TTG-TG-G-A------TTT-T-T--T--T--T--A------T--T-----T-------T-----t
gi|16 : --TT-A-G-AGT------T-GTG---CCC---C---------CC-CCCCTC--CCCCC--CCC--CAC--TTCA-ttttt
gi|16 : ---C--C-----C--CC---------CCCCC--A---C-TTC--------A-T-GTTC----AAAGG------A-C--C---------T---------------CT-TTTTTCTTTCTTTTTT------------T--T--TTG-CTTG-T-C-A-C--ACA----AA---TTC-----T---T-----G-A-A-G-TTTG----------------------------------TT--C--------CC---CC-----ACTT--A----CCGTT--G-ATT----TTT-T-T--T--T--T--A------G--T-----G-------T-----G---------C--------C-CC----C--CT----------------C--CCCCACT--T-T-C-A--------A--A--A-TCA--GGT--TC-CTA-CG-G-CCTCtgttcaaaggacctcttttttctttcttttttttttgcttgtcacacaaattcttgaagtttgttcccccacttaccgttgattttttttttagtgtgcccccctcccccactttcaaaatcaggttcctacggcctc
gi|17 : ttagagttgtgcccccccccct-AGG------T-TTG---CCC---C---------CA-C----CTTCCTCC--TCC--CGC-CT-------------------------------------------------------C--C-----C--AC---------ACACC--A---C-TTC--------AGT-GTTC----AAATG------A-C--C---------T---------------TC-TTTTT--------TAT------------T--TA-TTT-CTAT-C-C-G-C--A-T----AA---TTG-----T---T-----G-A-A-G-TGTGCCGTCA--CT----------C---C---------CA--C--------------------ACTT--T----CTGAT--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------T--------C-CC----C--CA----------------C--T--------C-T-C-A--------GATA--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|18 : agTTCA-G--T----AATTATA-T---A-G-A----------G-T-TG-----TG---C--C-----C--CC---------CCCCC--CAC-T-TTC--------AGT----TTTC-AAAGG------A-T--C---------C---------------TT-TTTNN--------NNN------------N--N--NNN-NNNN-N-N-N-N--N-N----NN---NN------N---N-----N-N-N-N-NNNNNNNNNN--NN----------N---N---------NN--N--------CC----------ACTT--T----CCG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--TTTA------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCCACT--T-T-C-A--------A--A--A-TAA--G----T--CTA-C--G-CCTC
gi|19 : -G--T----AATT-AAAT---A-G-A----------GGT-T------TG---C--C-----C--CC---------CCAC-------T-TTT--------AGT-GT----CAGAATG--------C--C---------T---------------TT-CCTTT--------TTT------------T--N--NNN-NNNN-N-N-N-N--N-N----NN---NN------N---N-----N-N-N-N-NNNNNNNNNN--NN----------N---NNNNNNNNNNCC--C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--------T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCCACTT-T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTt
gi|2 : C-----------CCCCCC------CCGCCCCCCA-T--T-TCAGT-GTTCAAAAGGACNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNN-NNN-N---N-GC----ATTGT---C-ACAG---T---TAGT--TA-C-A-AGT------G-T-G---CCCGCCC---------CC-C----C--CCCCC--CCC--CAT-TTTCA-G--T----AATT-TA-T---A-G-A----------G-T-T------GG---C--CAC---C--CT---------CCTCCA-C---T-TTC--------AG--GTTC----AAAGG------A-CAGC---------T---------------TT-TTTTT--------TTT------------TGTT--TTG-CTTG-T-T-A-C--A-A----AA---TT------TGTTT-----T-A-A-G-TTTGGCCCCC--CC-------------------------C--C--------CC---CT-----ACTT--T----CCG-TTGG-A------TTT-T-T--T--T--T--T------T--T-----TTTTTTGGT-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------C-T-T------------------TCA--A----TC-CTT-C--G-CCT
gi|20 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT-TA-----A-A-A----------G-T-T------TG---C--C-----C--TC---------CCCCT--T---T-TAC--------AGT-G----TC-GAATG------A-C--C---------T---------------TT-TTTTT--------ATTGGACAGTGGAAGT--G--TCA-CTTA-T-T---C--A-A---------------------------G-A-A-G-T---CCCACC--CC----------C---C-----------------------------------CTT--T----TT--------------TTT-T-T--T--T-----------------------------------------------------------------------------------------------T-T-T-A--------A--A--A-TTA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
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gi|22 : aC--T---T-TTCCAA-----AGT-GTTC----GAA-G------A-C--C---------T---------------TA-TTTCG--------TTT------------T--G----G-CCAG-T-C-A-C--A-A----AA---TT------T---T-----G-A-T-G-TTTGCCCCCC--CCG---------CGGGC---------CC--C--------CC---CC-----TCTT--T----CTG-A--ACA------TTT-T-T--T--A--A--A------G--T-----T-------TTTGGGG---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------t
gi|23 : aCCC--C---C-TTC--------AGT-GTTCT-----ATT------A-C--C---------T---------------TT-TTTTT--------TAT------------A--T----G-CTTG-T-C-A-C---------CA---TTA-----T---T---------A-G-TTTGCCCTCCAACC----------C---C---------CCAAC--------CC---CCGGCCAAATT--TGATACAG-T--G-A------ATT-T-T--A--G--A--A------G--T-------------------------------------------------------------------------------T-T-C-A--------A--A--G-ACA--G----TC-CTA-C--G-CCTcccccccttttcaaaaa
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gi|25 : C-AAATG--------C--C---------T---------------T---TTTT--------TTT------------T--T--TTG---TG-T-C-A-C----A----TA---TT------T---T-----GAA-A-G-TTTGCCCCCG--CC----------C---C---------C---------------------------T--T----CTG-T--G-G------ATT-T-T--C--T--A--A------G--T-----G-------T-----G---------CG-------C-CC----C--CC----------------C--T--------T-T-CAA--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
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gi|26 : tga--CCTCC--CCC--CAG-TTTCA-G--T----AATT-TA-T---AGG-G----------G-T-G------CA---C--C-----C--CC---------CCACA--C---T-TTC--------CGT-GTTCacactttccgtgttcaaacggttgtgtctgagtgttta
gi|27 : tgatcacataatttagaagtgtgtCCCCCCACT--T-TCAG---------------------------------------TTTTTTTT-----------TC---GCT-T--------------GT---C-ACAT---A---A--T--TT-ACA-AGTCAATAGT-GTG---CCC---C---------CA-C----T------------------TTTTA-G--T----AATT-TA-T---A-G-A----------G-T-TG-----TG---C--G-----C--CC---------Caaacggttgtgtctgagtgttta
gi|28 : tg-A-C--A-T----AA---TT------T---G-----G-A-A-A-TC--CCCCCC--CC----------C---C---------CT--C--------GA---TC-----AATT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--A--G--A--T------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----CTTTT----------------T--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCAGTG----TC-TTA-C--T-CCTC
gi|29 : ------T-TTG---TCC---C---------CC-C----C--CTCCC--CCCCACAC-ACTCA-G--T-----ATT-C--------G-A----------A----------TG--------------------------ACCCC--T---T-TT--------------TTCTT----------------------------T---------------TT-CTTTT--------TTT------------T--C--TTG-CTTGTT-T-A-C--A-A----AA---TA------T---T-----G-A-A-t
gi|3 : gCCCCATATTTCAGTGAAATTTAATGGAGC-----------CCCCCC------CGCCCCCCCACTC-T-TCAGTTGTTTAAA----------------CTT--GATACTTTTTTTTTTTT-----------TCTT-GCT-T---T-AC----AT-AT---T-ACAT---T---T--T--TT-G-A-AGT------T-TTG---CCC---C---------CC-C----CA-CCCCC--CCC--CAC-TTTCA-G--TTTTGAA-T-TA-T---A-G-A----------G-TAT------TG---C--C-----A--CC---------CCCCC--C---T-TTC--------GCT-GTTCTTCGGAATG------A-C--C---------T---------------TT-TTTTT--------TCT------------T--T--TTG-CTTG-T-C-AGCAAA-A----AA---TTA-----T---T-----G-A-A-G-TTTGCCCCAC--CA----------C---C---------CC--CACACACAGCC---AC-----ACTC--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--A--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|31 : --A-A----AA---TT------T---T-----G-A-A-G-TTTGCCCCCC--TC-------------------------------------------------ACTT--T----CTG-T--G-A------CTT-T-T--T--TAAA--A------G--T-----T-------C-----T---------C--------C-CC----CG-CC----------------C--C--------C-C-C-ACCACTTTCA--A--A-TCC--G----T--CTA-C--
gi|32 : --CC----------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ACTC--T----CTG-T--G-A------TTT-T-A--T--T--A--A------GC-T-----T-------T-----G---------C--------C-CCA---C--CC----------------C--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCT--G----TC-ctc
gi|33 : aaaaatatttttgcattagtagttgcgAT---T---T--TATTT-A-A-AGT------T-TTG---CCC---C---------CC-C----C--C
gi|34 : gTTTA--------TTT------------T--G--TGG-CTTG-T-C-AAC--A-A----CAGTTTT------T---T-----G-A-AAG-TTTGCTCCCC--------------------------------C--------CC---CC-----ACTT--T----CTG-G--G-A------TTT-T-T--T--tgctgccgcccgcgctccccgctgtccaaaatcagtcttagttcgttcctct
gi|35 : ta--C---------T---------------TT-TCAAT--------TTT------------T--T--TTT-CTTG-T-CTA-C--A-----------TT------T---TTTTTAG-A-A-G-TTTGCCCCCC--CCCA--------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ACCT--
gi|36 : aTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--------T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCTCCATTT-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CC
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gi|38 : ------TTT-T-G--T--T--A--A---------T-----T-------T-----G---------CACCCCCCCC-CC----C--CC----------------C--CACT-----T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCtgat
gi|39 : gt-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTTAT-T--T--G--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CCC---C--CC----------------C--C--------T-T-T-C--------A--A--A-TCA--G----AC-CTA-C--G-CCTtg
gi|4 : TTTTT-----------TCCT-GCA-AAAAT-AC----A-------C-ACAA---T---T--T--A--G-A-AGT------TGTTG---CCC---CCCCCCCCCCCC-C----C--CCCCC--CCC--CAC-TTTCA-G--TA---AATC-AA-TAAGA-G-A----------G-T-T------TG---C--C-----A--CC---------CCCAC--T---TCTTA--------AGT--TTGTTC-AAATG-----------C---------T---------------TT-TTTTT--------TTT------------T--T--TTt
gi|40 : ttttctcgagtaacTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCttttttttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccccc
gi|41 : G-T--G-A------TTT-T-T--T--A--A--A------G--T-----TTG-----T-----G---------C--------C-CC----C--CT----------------C--CCACT----T-T-C----------A--A--A-TAA--G----TC-CTA----G-CCT
gi|42 : --G-A------TTT-T-T--T--T------------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCCCCT---T-T-C-A--------A--A--AATCA--G----TT-CTA-C--G-CCTCtt
gi|43 : ---CC-----CCTT--T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--T--A--A------G--TTTAAAT-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----tg
gi|44 : ------TTT-T-T--T--T--A--C---------T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CCTCTT---T-T-C-A--------A--A--ACTCA--G----TC-CTA-C--G-GCTC
gi|45 : TG-T--G-A------TTT-T-T--T--TT-A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------CA-C--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTtg
gi|46 : ------TTT-T-T--T--T--T--A------G--T-----G-------T-----G---------C--------C-CC----C--CC----------------C--CACT-----T-T-C-A--------A--A--A-TCA--GT---TC-CTA-C--G-CCT
gi|47 : at------TTT-T-T--T--T--T--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------T-CC----C--CC----------------C--CCCCT----T-T-C-A--------C--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTC
gi|48 : ---CC-----ACTT--T----CTG-T--G-A------TTA-T-T------------------------------------------------------------------------C----------------A--C--------T-TAC-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-C--G-CCTCt
gi|49 : T--T----CTG-T--G-A------TTT-TAT--T--G--A--A------G--T-----T-------T-----G---------C--------CTCC----C--CC----------------T--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCC--G----TT-CTtgtac
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gi|51 : aC---------CCCCA--C---T-TTT--------AAT-GTTC----GAATG------A-C--C---------T---------------TT-TTTtgca
gi|52 : ---------C--------C-CC----C--CC----------------C--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCC--G----TC-CTA-C--G-CCTCgtcagaaaatca
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gi|54 : -CC----C--CA----------------C--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--A----TC-CTA-C--G-CCTCtg
gi|6 : CTTTTTTTTTTTTCTCAAGTTAATTTTT-GTT-C---T-GCTAAAAT-AG---C-ACAC---AA--T--T--TT-G-A-AGT------G-GTG--------------------------------TCC--CCC--CAC-TTTCA-G--T----AATT-TATT---A-G-A----------G-G-T------TA---TG-T-----G--CC---------CCCAC--C---T-TTC--------AGT-G---TTC-AAATG------A-C--C---------G---------------TTATTTTT--------TTT------------T--TGCTGG-CTTG-C-G-G-C--ATT----AA---TT------T---G-----G-A-A-G-TTT------------------------------------C--G--------CC---CC-----AC----T----CTG-T--G-A------TTT-T-T--T--C--A--A------G--T-----TA------T-----G---------C--------C-CC----C--CA----------------C--T--------T-T-C-A--------A--A--A-TCA--G----TC-CTA-CA-A-CCTCtga
gi|8 : taggggacgttgcctttcaaaagtttgggggtggggtggcaaaagtatatgttgtttgcccccccTTTTTTTCTTTT-----------TCTTTGTT-T---TTG--------GT---C-ACAT---A---A--T--TT-A-A-------------TG---CCC---C---------CC-C----C--CCCCC--C--------TTTCA-AGTT----GATT-TA-T---A-GTA----------G-T-G------GG---C--C-----T--CC---------CCCCC--C---T-CTCCCTCTCTCAGTTGTCCCTT-GAACG-----------------------------------------CTTA--------TTT------------T--T--TTG-CTTG-T-C-A-C--A-A----TA---TTACAGTAT---T-----G-GTA-G-TCT--CTGAC--TT----------C---C---------CC--C--------CC---CC-----ACTA--T----CTG-T--G-A------TTA-C-TAAT--G--A--A------G--T-----TCCC----T-----C---------C--------C-CC----C--CC----------------C--C--------T-T-CTA--------AT-A--T-TC--------TC-CTA-C--GTCCTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): CAAAGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC
Unaligned ( gi|9 ): ATGGGCGGTAGGAGCCTGTGTGGGGGGGGGAGGGGGGAGGGGGTAATGGGGGCACATCCCCCCCATTTCAAAAGTGGGGGGGGGGGCAGAAGTATTGGTTTTGCCTCCCCGCTCCCTTTTCCCCAGGTTTTTGTCCTCGAGTACTTTAAGTTTCTGGCAAAAATACCAAAAACAGATTAAGAAAAGTGTGCCCACCCCCCCCACTTCAGCAGATAAACTCAGAGGTT
Unaligned ( gi|14 ): GGCGGAAGAGGGAGGGAGGCACATGCCCTCAAACCCCACAACTTTCAAAAGTGAGTGGCTGGAAGGGTGAGGGCGGCAAAAGCTATATTTTTGCCCCCCCACCCCCACACTTTTCTTTAATTTAACTTCTTAATCACTGCATACAATAAACAAACAATTTGTAGAATTGTCCCCCCTACTTTCAGTTT
Unaligned ( gi|30 ): TTTTGTCAAGTAACCTTTTCTGCATAAAATTCACATAATATAGAAGTTTGCCACACCCCCCCCAACCCAACCCCCACAAACACACTTCAG
Unaligned ( gi|50 ): TAAGTTGTCCCCCCCCCCCATCCCTTTTCAAAATTGTCCTAGCCTCTG