lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 111 6666666666666666 1 888888888888888888888888888888888888888888 11111 3333333333 1111 2222222222222 222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 444444444444444444444444 11
lowQualScore : 0 111 5555555555555555 5 111111111111111111111111111111111111111111 0 33333 55 8888888888 2 2 1 2222 1 6666666666666 3 6 444 33 444 111111111 777 1 0 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 000000000000000000000000 2 00 6
lowQualScore : . ... ................ . .......................................... . ..... .. .......... . . . .... . ............. . . ... .. ... ......... ... . . .. ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ........................ . .. .
lowQualScore : 8 888 2222222222222222 0 444444444444444444444444444444444444444444 5 00000 00 7777777777 9 9 4 5555 5 3333333333333 1 1 777 77 777 777777777 333 6 1 77 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 4 777777777777777777777777 8 55 0
consensus : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATCCCAA-ACC-TAAAGNNN-ATACATTCTTGTTGCA-ATGA-------CACC-A-GCTCTTTGT-CG--------TC-GTTTTC--CNTCCCCATTTG--CTNCTC--AA-GG-TGAAA-A-NGAAAATTCCGAAAAC-N----T-ATTGCACATC---T--ACAG---GACACCA-TC-AA--TCATC-TCCCAAAA--GATGAT-NTA-A---TT-G--TCTACTGCGTAAAA-TG--CAAGAGG-G-T-T-C--T--------G---------N-----G----------TTTTA------TGT-AGGAAA---TA--TCGC----TT--TTCG---A-------C--------CCCCA---N----TT--GG--CC-C-C--A-----G-GG-TGAA---AA---T---GAAAA-----T----TCCGAAAC--CTTA----TT--GC---AC--A---------------TC--T--AC------A-G----AC--A-C---CA-----CCGAN-CATCT---TCC-AAAA--G-AT-------G-AT-T-----TGGCTAC------T--GC----GTA---AAN-TGTAA-------GAGGAGTTC-TGGGAACCAG-GN-------TTT--T--------G-----TA-G--AAAA----N--CGT-CG-T-T--TT--C-------GA----------C-C--CC--A----T-T--T-------GGCCC-CCT--AGGGTGAA-AA-T-GAAAAT----TC-CG-AA-A-----------C------------CT-------TA----TTGCACATCT-------A-----C--A--G-GA-----CAC----CA-C-CG-ATC-ATCT-----TCCAA---------AA--G----------------A-----------T-------------------TG----C---GTA-AAATG-TA-------N------GAGGAGTTC-T--GGGAACCAGG---TTT---T--TTT----A---G-----GAAA--A-CGTCG----T---TTTTCAN-NC--------C--CN--ATT---T-----G-CC-C------C-GAGG---GT-A-A--------A----AT--T---GAA-A--CCTC--GTN--------GCACA-T---T-AC-AGGACACCACCNA-TCAT-NT-----TCCAGAA----GA---TTAACTTTA---TGGTTACTGCTT----TTAAA-ANANAAA--GAG--TTCGAGGAA-GAA-GGAAGT--GTG--ACAGACGGAC--GGAC---GA-CNAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
Reference ( gi|1 ) : ATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAA-GCC-TAAAGCCT-GTATATTCTTGGTGCA-ATGA------GCACC-A-GCTTTTTGT-CG--------TC-GTTTTC--CCTCCCCATTTG--CTACAC--AA-GG-TAAAA-A-AGAAAATTCTGTAAAC-G----T-ATTGCATATC---T--ACAG---GACACCA-TC-AG--TCACC-TCCCAAAA--GATGAT-TTATA---TTTG--TCTACTGCGTTAAA-TG--CAAGAGG-G-T-T-C--T--------G---------T-----G----------TTTTA-C----TGC-AGGAAA---TA--TCAC----TT--TTCA---A-------C--------CTCCA---A----TT--GG--CC-C-C--A-----G-GG-TGAA---AA---T---GAAAA-----T----TCTGAAAC--CTTA----TT--GC---AC--G---------------TC--T--AC------A-A----AC--A-C---AA-----CTAAA-CAGTT---TTC-AAAA--A-AT-------A-AT-T-----TGGCTGC------T--GC----ATG---AAT-TGTAA-------GAGGAGTTC-TGGAGACCAG-GA-------TTG--T--------G-----CA-G--AAAA----T--CGT-CG-T-T--TT--T-------GA----------T-C--CC--A----T-T--T-------AGCCC-CCT--AGGGTGAA-AA-T-GAAAAT----TC-C--AA-A-----------C------------CT-------TA----TTGTGCACCT-------A-----T--A--G-GA-----CAG----CA-C-CG-ATT-ATCT-----TCCAA---------AA--G----------------A-----------T-------------------TG----C---ATA-AAATG-TA-------T------GAGGAGTTC-T--GGAAACCAGG---TTTA--T--TTC----A---G-----GAAA--A-CGTCGGGGTT---TTTTTAA-AC--------C--CA--ATT---T-----G-CT-C------T-GAGG---GT-A-A--------A----AT--T---GAA-A--CCTA--GTA--------GCACA-T---T-AC-AGGGCACTACCTA-TCAC-AT-----TCCAGAA----GA---TTAACTTCA---TGGTTACTGCTTT---TTAAA-AGATAAA--GAG--TTTGGGGAA-AAACGGGAG---GTG--ACAGACGGAC--GGAC---GA-CAAGGGTAGCATCGATATACCCAGACTTTCTTTAGAAAGTGCGGATAAA
gi|2 : ATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAACACT-TCAAGCAA-ATATATTCTTGTTGCA--------------------CTTCTTGTTCG--------TC-GTTCTC--CA-CCCGATTTG--CCCCTC--AA-TG-TGAAA-A-AGAAAATTTCGAAAAC-T----T-ATTTCACATT---T--AAAG---GACACCA-TC-AA--TCTTC-TCCCAAAA--GATG-------A---TTTG--GCTACTCTATAAAA-CGTACAAG-GA-G-T-T-C--T--------A---------C-----GAAC-------TTTTA-TTTTATAT-AGAAAAC--CG--CCGT----TT--TTCA---A----------------CTCCA---A----TC--G
gi|5 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaACATTTTTCAGATCGTTTGAGATCCCA-----------TCC-ATACATTTTTGTTGCATATGACATAATGCACCGA-GCTC------CA-----------GGTGTC--CCGCCCCATTGG--TTCCTC--AA-TG-TGAAA-T-GGAACATCCTGGAACC-C----C-ATTGCACCTC---T-----------------T---G--TCATC-TCTCAAGATTGTTGCT-GTATAAAATGTAATTCCAGTAAG--GAA-TC--CAGGAGA-C-CAT-CATT--------T---------T-----T----------TTTTC-C----AAT-AGGAAAA--CG--TCGT----TT--TTCA---T-------C--------CCCCA---C----T-------CC-C-C--ACCCCCG-GG-TGAC---AA---T---AGAAA-----T-----CTGAAAC--CTTA----TT--GC---AC--A---------------TC--T--ATATGGGAA-A----AT--ATC---AA-----TT--A-TCTTTAGGTTC-AGAA--G-AT-------G-AT-T-----TGaacaccactatctacctttttaaagatgatttggctactgtgtaaaatgcaagaggatctgaaaagtcgggaaaatgtcatttttaaaaaaaaattattcagcccccaggttccaaaaacgtcttgcacatcgactggacaccgcaaattatcttccaaaagatgatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|25 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaATATCTTTGAAAT-GTTTGAGGTTCCAA-ACCTTAAAG----ATACACTCTTGTTGCA-A
gi|11 : tcagTACCTTTAAAAT-AGTTGAGATCCCAA--CC-TAAAGGTTGGGATATGCTTGTTGCACGTGA-------CACA-ATGCACTGAGT--A--------TCAGATTTT--CCACCCCGTTTG--CC-CCC--AATGG-TGAAA-A-GGAAAATTCCATAAAC-att
gi|12 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatccctttTGCA-CTAA-------CACC-A-ATTGTTTGT-TC--------TC-ATTTTC--CTTCT--AGTTC--CCTTA---AA-AG-TTAAC-A-AGAAAATTCCGAAAAC-T----T-ATTGCATATC---A--ATAGACAGACA-CA-TG-AA--T-ATC-TCCAAAAA--CATGATCCTAAA---TTAA--GTTACTGTATAAAG-TT--CAAGaaatacattatagacgaaagacaaca
gi|3 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaaACC-A-GGTCTTTGT-AGGAAAAAGGTC-CTTTTC--AACCCCCATTTG--GTTCTG--AG-GG-TAAAATACAGAAA----TGT----------T-ATTCTACACC---T--ACAA---AACAC--------------------AAAC--GATGAT-TT---------G--TCTATTCTGTTCAC-TG--TATGAAG-T-T-T-T--T--------G---------GAAACAG----------GTTTG-T----T-T-AGAAAAAACTA--TTAC----AT--TTTG---A-------C--------CTC-----A----TT--TG--CC-CGC--C-----G-GG-T-AA---AA---C---AAAAgag
gi|10 : tgagccaatgttccaaaacggcattttacgaacaacaggacattttatggaaggtgattttagtactgcatagaatgtaagaaaagttcttggaTTTGTTCG--------TC-GATTTC--CATTCC-ATTTG--TTGCTC--TA-GG-TGAAA-A-AGAAAAATCCAAAAAC-A----A-ATTGCAAATC---A--AAAG---AACACCC-TCTAA--TCGTC-TACCAAAA-----GAT-CTGAG---TTT--------TGGG--AAC-TA--------------T-C--T--------T---------T-----G----------TC--A------TGT-AGGAAA---GC--GCCC----TC--TTTG---A-------T--------TCCCA---C----TT--GG--TT-C-CT-A-----G-GT-TGAAG--AA---T---GAAAA-----T----TCTAAAAC--TTTA----TT--GC---ACAGA---------------TT--T--AT--------G----AC----C---AA-----TT--A-CCTCC---TT---AAA--G-AT-------G-AT-T-----TTGCGAC------TTCGCCACTATGTA-AAA-TGAAA-------AGGGAGTTC-TAGcccctttacatattttgaagatatcacctaccacaattatagagatacgactgtttacttcatggaaaggagaaactcaaggaagaagaaagtgttatagacagatggattaaggcaaaagcaatatagat
gi|9 : gtg-CG--------AC-GTTCTC--GACGCCCATTTG--ATCCTT--GA-AG-TAAAT----GAAAATTATG-ACACTT----T-ACTGTACATC---T--ACAA---GATACCACTG-AA--TCATT-TTCCAGA-------AT-CAAGA---TTGG--T-TA-TG---TAAATTG--TAAGAGGAG-T-T-C--T--------G---------c
gi|4 : ccattttctcctcaaagcgaaaaatgaaattccaaaactacttaacacctacaagactaagaattctgaatctataggacaccatcaatcattatccaaagatgagttggctactgcatataagggttctgggaacaaagtgtttgtataaaaa-CG--------TT-GTTTTCGACCTCT--ACTTG----ACCCTTAG-GG-TAAAA-C-TGGATATTTCGGAACT-C----T-CTTGCACCTC---T--ACAG---GGCAC----------TCCTA-TTCCAAAA--GATTAC-ATGTA----TCG--TTTACgaaaccagtgtg
gi|6 : gaagagttctggtgaccaggtttaagtagaaaaTCTCCATTTAGACTA-----AA-GGATGAAA-A-TGACA-TTCCA-AAAT-G----TTATTGCAAATC---T--ACAG---GACACCA--C-AAAATCATC-TTCCAAAA--GACAAT-ATA-A---CTT-------CTGCGAAAAA-TG--TAAAAGG-A-T-TTC--T--------GAAAA-----TCAG--G----------TTTT-------TGT-TGAAAA----A--CCG-----TT--TTCA---A-------CACACACCCCTCCACC-A----TTTCAC--CC-C-C--T-----G-GA-TGAA---AA---T---GAAAA-----T----TCTGAAAC--CCTA----TT--GT---AA--A---------------GC--T--AC------A-AG---AC--A-C---CA-----CCAAT-T--TC---TTCTATAA--G-AT-------C-AT-TTAAACTGGCTAT------T--GC----ATA---AAA-TGTAA-------AAGGGGTTC-TGG-GAGCAA-GG-------TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|7 : ctgtaagagttcagggaatcaaggtatttttttttaaagataaaatgttgttttaaggaC--AG-GG-TAACA-T-CGAAAATTCTGAAACC-A----T-ATTGCATATC---T--AC
gi|17 : acatcaataggacgccatcaaacatcattcaaaagatactctagctactgcacaaattataaagagttttccgaaccagtcgtttttcaactcatatttgggaccaaattgaaaatttcgaaaacttgtttttgggactcatttggccttatgagtgaaaattcagaaactacacgattctcccaatcattaattaagatattacgtaaaatgttctagttctgggaactctttttagctgtagaaaacacagagttttttacct--AA-AA-TAAAA-A-AAAAA--TC-GAAAAC-T----T-ATTGCACATT---T--ACAG---AACATC--CC-AA--TCATC-TTCCAAAA--GATGtgcatggctagaaatta
gi|8 : gtg-GG-TGAAT-A-TAAAAATTCTAAAACC-T----T-ATCACAGATC---T--ATAG---GACACCA-AC-GA--TTACC-TTCCAAAA--GATGAC-TTGGA-----------TACTGTGTAAAA-TG--TATTAGGAG-T-T-C--T------------------T-----GGAAACAGATTTTTTA-------------AAC---CA---CAA----TT--TTTT---A-------C--------CAGCA---A----TT--TG--CT-C-C--A-----G-AA-AAAA---AAAATC---GATAA-----T----TCAGAAAT--CTTA----AT--GC---AT--G---------------TA--T--AC------A-ctaagttgcaaaacatgtatatataagaggagcccccctccttcctcccccctt
gi|14 : cccggt-GG-TGAAA-A-TGAAAATTCTG-AAAC-AT---T-ATTGTACATC---T--ACAG---ggataccttctgtcatattccataggatgaataggttacagcttaaataaataggagattgaggaagaagagtgtgtaaaaaacgaacggacagaccagggtg
gi|13 : atcattttggctcgagg-GG-TGAAA-ATAAAAAATTC---AAA--GACTTT-AGTGCACATCATTTCAACAG---GACACCA-AC-GA--TCG---TCCAAAAA----------TATA---TGAG--TT--CTGAG---AA-C---C---AGG-G-T-T----------------------------------------TTTT---------C-AGAAAA---GA--ACAT----ATGATTTA---T-------A--------CTCCC---A----TT--GG--CCAC-C--G-----G-GG-TAAA---GG---T---GGAAatttcaaaagataaattggtagctgcttacaattaaaagagacatttcagaaagtagaaagtgtggcagacagatggacaaaccagattaacaacaacatacccaaacactcttaagaa
gi|7 : atcatttttcgacccccattaaaacccctgACATC---A--ATAG---GACGCCA-TC-AA--ACATC-ATTCAAAA--GATACT-CTA--------G---CTACTGCACAAAT-TA--TAA-AGA-G-T-T-T--T--------C---------C-----G-------------AA-C------C-AG-----------TCGT----TT--TTCA---A-------C--------TCATA---T----TT--GG--GA-C-C--A-----A-AT-TGAA---AA---TTTCGAAAACTTGTT----TTTGGGA---CTCA----TTTGGCCTTAT--G---------------AG--T--GA------A-A----AT--T-CAGAAA-----CTACA-CGATT---CTC-CCAATCA-TT-------A-AT-T-----AAGATAT------T--AC----GTA---AAA-TGT----------TCTAGTTC-TGGGAACTCT-TT-------TTAGCT--------G-----TA-G--AAAA----CA-CAG-AG-T-T--TT--T-------TA----------C-C--TC-------------------------------AGGGTAAC-AT-C-GAAAAT----TC-TG-AA-A-----------C------------CA-------TA----TTGCATATCT-------A-----
gi|9 : ATC---T--ATAG---GACACCA-TC-AA--TCATTATCC--AAA--GATGAG-TT---------G--GCTACTGCAT---A-TA------AGG-G-T-T-C--T--------GGGAACAAAGT-----G----------TTT---------GT-ATAAAA----A--CGACG---TT--CTCG---A-------C--------GCCCA---T----TT--GA--TC-C-T-------------TGAAGTAAA---T---GAAAA-----T----TATGACAC--TTTA----CT--GT---AC--A---------------TC--T--AC------A-AG---AT--A-C---CA-----CTGAATCATTT---TCC-AGAATCA-AG-------A----T-----TGGTTA-------T--GT----A-----AAT-TGTAA-------GAGGAGTTC-TGGAAACCAG-----------TG--T--------G-----ctgcatggctagaaatta
gi|2 : ccattttctcctcaaagcgaaaaatgaaattccaaaactacttaacacctacaagactaagaattctgaG---AACACCA-CT-AT--CTACC-TTTTTAAA--GATGAT-TT---------G--GCTACTGTGTAAAA-TG--CAAGAGG-A-T---C--T--------G---------AAAA--G----------T------------C-GGGAAAA--TG--TCAT----TT--TTAA---AAAAAAATT--------ATTCA------------GC--CC-C-C--A-----G-G----------------------------T----TCCAAAAA--CGTC----TT--GC---AC--A---------------TC--G--ACT-----G-G----AC--A-C---CG-----CAAAT-TATCT---TCC-AAAA--G-AT-------G-AT-T-----TCGATACAACATAT--GT----ACGTATAAC-TGTAA-------GAGGAATTC-GAGGAACC---GA-------TTT--T--------GATTTTTA-A--AAA--------CGT-TG-T-T--TT--C-------GAC---------C-C--CC--A----T-C--T-------GGGCC-CCC--AGGATGA
gi|3 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaactccaatcAA--GGTGAT-TT-TA------G--T--ACTGCATAGAA-TG--TAAGAAAAG-T-T-C--TTGGAACCAG---------------G----------TCTT-------TGT-AGGAAA---AAGGTC-C----TT--TTCA---A-------C--------CCCCA---T----TT--GG--TT-C-TG-A-----G-GG-T----------------AAAA-----T----ACAGAAAT--GTTA----TT--CT---AC--A---------------CC--T--AC------A-A----A---A-C---A----------------------C-AAAC--G-AT-------G-AT-T-----TGTCTAT------T--CT----GTT---CAC-TGTAT-------GAAG-TTTT-TGGAAA-CAG-GT-------TTG--T--------T-----TA-GAAAAAA----C--TAT-TA-CAT--TT--T-------GA----------C-C--TC--A----T-T--T--------GCCCGCC----GGGT-AA-AA-C-AAAA
gi|7 : tgagccaatgttccaaaacggcattttacgaacaacaggacattttatggTATTACGTAAAA-TGTTCTAG------T-T-C--T--------G---------G-----GAACTCT----TTTTAGC----TGT-AGAAAA--------CACAGAGTT--TTTT---A-------C--------CTC--------------------------A-----G-GG-TAAC---AT---C---GAAAA-----T----TCTGAAAC--CATA----TT--GC---AT--A---------------TC--T--AC------cccctttacatattttgaagatatcacctaccacaattatagagatacgactgtttacttcatggaaaggagaaactcaaggaagaagaaagtgttatagacagatggattaaggcaaaagcaatatagat
gi|22 : acatcaataggacgccatcaaacatcattcaaaagatactctagctactgcacaaattataaagagttttccgaaccagtcgtttttcaactcatatttgggaccaaattgaaaatttcgaaaacttgtttttgggactcatttggccttatgagtgaaaattcagaaactacacgattctcccaatcattaattaagaAA-TG--TAAGAGG-GGT-T-C--T--------G------------------------------A-A----AGCCAGGATA---T---TC-------T--TTCATTTA-------C--------CCCCATTAA----TA--GG--CC-C-C--A-----G-GA-TGAA---TA---T---GAAAA-----T----TCCAAAAT--GTTA----TT--GT---AC--A---------------TC--T--Atgcatggctagaaatta
gi|20 : AA-TG--TAAGAAGAG-T-T-C--C--------C---------G-----GAACCAT----TTTTG-T----TG--ATAAAA---TA--T--------T--TTCG--------------------CCCCA---TGTTTTT--GG--TC-T-C--A-----G-AA-TGAA---AA---T---GAATA-----C----TCT
gi|11 : ----TGC-ACTGAG---TA--TCAGA---TT--TTCC---A-------C--------C-CCG---T----TT--GC--CC-C-C--A-----ATGG-TGAA---AA---G---GAAAA-----T----TCtttctgcttctacaggaca
gi|6 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatcccttttacctttaaaatagttgagatcccaacctaaaggttgggatatgcttgttgcacgtgacacaaAAA---TG--TTG-----TT--TTAAGG-A-------T--------CTCCA---T----TT--AG--AC-T-A--A-----A-GGATGAA---AA---T---GACA------T----TCCAAAAT--GTTA----TT--GC---AA--A---------------TC--T--AC------AGG----AC--A-C---CA-----CAAAATCATCT---TCC-AAAA--G-AC-------A-AT-A-----TAACTTC------T--GC----GAA---AAA-TGTAA-------AAGGATTTC-TGAAAATCAG-GT-------TTT--T--------G-----TT-G--AAAA----A--C---CG-T-T--TT--C-------AACACACACCCCT-CCACC--A----T-T--T-------CACCC-CCT---GGATGAA-AA-T-GAAAAT----TC-TG-AA-A-----------C------------CC-------TA----TTGTAAAGCT-------A-----C--A--A-GA-----CAC----CA-C-CA-ATT--TCT-----TCTAT---------AA--GATCATTTAAACTGGCTA-----------T-------------------TG----C---ATA-AAATG-TA-------A------AAGGGGTTC-T--GGGAGCAAGG---TTcataaacaaatacattatagacgaaagacaaca
gi|13 : ctgtaagagttcagggaatcaaggtatttttttttaaagataA--TCAT----TT--TTCG---A-------C--------CCCCA--------TT--AAAACC-C-C--T-----G-GG-TGAA---AA---TA--AAAAA-----T----TCAAAGAC--TTTA----GT--GC---AC--A---------------TCATT--TC------A-ACAGGAC--A-C----------C--AA-CGATC---GTC-CAAA--A-AT-------A---------------------------T----AT-----------------------GAGTTC-TGAGAACCAG-GGT------TTT--T--------T-----CA-G--AAAA----GAACATATGAT-T--TA--T-------AC----------T-C--CC--A------T--T-------GGCCA-CC---GGGGTAAA-GG-T-GGAA
gi|12 : --TCA-----TT--TTC------------C--------TTCTA---G----TT------CC-C-TTAA-----A-AG-TTAA---CA---A---GAAAA-----T----TCCGAAAA--CTTA----TT--GC---AT--A---------------TCAATAGAC------A-G----AC--A-C---A-------TGAA-TA-TC---TCC-AAAA--ACATGATCCTAA-AT-T-----AAGTTAC------T--GT----ATA---AAG-TTCAA-------G
gi|19 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaatgcactaacaccaattgtttgttc----TT--TTGG---A-------C--------CCCCA---T----TTT-GA--CC-C-T--A-----G-GG-TGAA---AA---G---AAAAA-----T----TCTAAAAC--TTTA----TT--gag
gi|5 : ccctagggaccaggattttgtagaaaaaaagccggtgCCC---A----TT--GGTTCC-T-C--A-----A-TG-TGAA---AT---G---GAACA-----T----CCTGGAAC--CCCA----TT--GC---AC--C---------------TC--T-----------------------------------TGT--CATCT---CTC-AAGA------------------T-----TG-TTGC------T--GT----ATA---AAA-TGTAATTCCAGTAAGGAATCC-AGGAGACCAT-CA-------TTT--TTTTTTCCAA-----TA-G--GAAA----A--CGT-CG-T-T--TT--T-------CA----------T-C--CCCCA----C-T--C-------CCCAC-CCC--CGGGTGAC-AA-T-AGAAAT----CT-G--AA-A-----------C------------CT-------TA----TTGCACATCT-------A-----T--ATGG-GA-----AAA----TA-T-CA-ATT-ATCTTTAGGTTCAG---------AA--G----------------A-----------T-------------------ccgacaccactaattatcttcca
gi|14 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaacatttttcagatcgtttgagatcccatccatacatttttgttgcatatgacataatgcaccgagctccaggtgtcccgc----TT--GG--CT-C-G--A-----G-GGGTGAA---AA---T---GAAAA-----T----TCTGAAAC--ATTA----TT--GT---AC--A---------------TC--T--AC------A-G----A--------------------------T---TTC-AAAA--G-AT-------A-AA-T-----TGGTAGC------T--GC----TTAC--AAT-TAAAA-------GAGACATTT-CAGAAAGTAGAAA-------GTG--TG-------G-----CA-G--Agatttg
gi|15 : atcatt----TT--GC--CT-C-C--A-----G-GG-TTGC---AT---T---GACAA-----C----TCTGAAAC--ATTA----TT--GC---AC--A---------------TT--T--AC------T-A----CCTAG-T---AAATTGCCTACT-CATAT---TCC-AAAG--A-AT-------ACATAT-----TGGTTGC------T--TC----TTC---AAA-TGAAA-------GGGGAGTTcagatggacaaaccagattaacaacaacatacccaaacactcttaagaa
gi|9 : aatt--CC-T-C--A-----A-AG-CGAA---AAA--T---G-AAA-----T----TCCAAAACTACTTAACACCT--AC---AA--GACTAAGAATTCTGAATC--T--AT------AGG----AC--A-C---CA-----TCAAT-CA-TT---ATC-CAAA--G-AT-------G-AG-T-----TGGCTAC------T--GC----AT-----AT--------------AAGGGTTC-TGGGAACAAA-GT-------GTT--T--------G-----TA-T--AAAA----A--CGA-CG-T-T--CT--C-------GA----------CGC--CC--A----T-T--T--------GATC-CTT--GAAGT--A-AA-T-GAAAAT----TA-T--GACA-----------C------------TT-------TA----CTGTACATCT-------A-----C--A--A-GA-----TAC----CA-C-TGAATC-ATTT-----TCCAGAATC-----AA--G----------------A-----------T-------------------TGGTTAT---GTA-AATTG-TA-------A------GAGGAGTTC-T--GGAAACCAGtca
gi|8 : ccattttctC-C-C--G-----GTGG-TGAA---TA---T---AAAAA-----T----TCTAAAAC--CTTA----TC--AC---AG--A---------------TC--T--AT------AGG----AC--ACC---AA-----C-GAT-TACCT---TCC-AAAA--G-AT-------G-AC-T-----TGGATAC------T--GT----GTA---AAA-TGTAT-------TAGGAGTTCTTGGAAAC--A-GA-------TTT--T--------T-----T------AAA----C--CAC-AA-T-T--TT--T-------TA----------C-CAGCA--A----T-T--T--------GCTC-CAG--AAAAAAAA-AA-TCGATAAT----TCAG--AA-A-----------T------------CT-------TA------ATGCATGT-------A-----TACA--G-GA-----TAC----CT-T-CT-GTC-ATAT-----TCCAT---------AG--G----------------A-----------T-------------------tgtg
gi|21 : -----G-AG-TGCA---AA---T---GAAAT-----T----TCCGAAAC--CTCA----TT--GC---AC--A---------------TT--T--AC------A-GT---AC--G-C---CT-----CCATT-CATCT---TCC-AAAA--T-AT-------T-AT-T-----gaataggttacagcttaaataaataggagattgaggaagaagagtgtgtaaaaaacgaacggacagaccagggtg
gi|17 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaactG-TGAA---AA---T---AAAAA-----AAAAATC-GAAAA--CTTA----TT--GC---AC--A---------------TT--T--AC------AGA----AC--ATC----------CCAAT-CATCT---TCC-AAAA--G-AT---------GC-T-----AAGTTGCAA----A--AC----ATG---TATATATAA-------GAGGAG
gi|3 : ---------------TT--T--AC------G-A----AC--A------A-----CAGGA-CATTT---TAT-GGAA--G-GT-------G-AT-T-----TTAGTAC------T--GC----ATA---GAA-TGTAA-------GAAAAGTTC-TTGGAACCAG-GT-------CTT--T--------G-----TAGG--AAAA----A--GGT-CC-T-T--TT--C-------AAC---------C-C--CC--A----T-T--T-------GG-TT-CTG--AGGGT-AA-AA-T-ACAG------------AA-A-----------T------------GT-------TA----TTCTACACCT-------A-----C--A--A-AA-----CAC----AA-A-CG-ATG-ATTTG----TCT--------------------------------A-----------T-------------------TC----T---GTT-CACTG-TA-------T------GAAG-TTTT-T--GGAAA-CAGG---TTTG--T--TT-----A---G-----AAAA--A-ACT----ATTACATTTT--G-AC--------C--TC--ATT---T-----G-CC-C------G-CCGG---GT-A-A--------A----A---C---AAA-A--CCCC--TTT--------ACATA-T---T-TTGAAGATATCACCTA-CCACAAT-----TATAGAGATACGACTGTTTACTTCA---TGG---------------AAA-GGAGAAA-------CTCAAGGAA-GAA--GAAA---GTGTTATAGACAGAT--GGATTAAGG-CAAAAGCAATATAGATcccccctccttcctcccccctt
gi|2 : tgagccaatgttccaaaacggcatC------G-A----AC--A-C---CA-----CTATC-TACCT---TTT-TAAA--G-AT-------G-AT-T-----TGGCTAC------T--GT----GTA---AAA-TGCAA-------GAGGA--TC-TGAAAAGTCG-G-------------------------------G--AAAA----T---GT-CA-T-T--TT--TAAAAAAAAA----------T-----T--A----T-T--C-------AGCCC-CC---AGG----------------T----TC-CA-AA-A-----------A------------CG-------TC----TTGCACATCG-------A-----C--T--G-GA-----CAC----CG-C-AA-ATT-ATCT-----TCCAA---------AA--G----------------A-----------TGATTTCGATACAACATATGTA----C---GTATAACTG-TA-------A------GAGGAATTC-G--AGGAACCGAT---TTTGATT--TTT----A----------AAA--A-CGTTG--------TTTTCGA-CC--------C--CC--ATC---T-----G-
gi|7 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaactccaat----AC--G-C---CA-----TCAAA-CATCA---TTC-AAAA--G-AT-------A-CT-C-----TAGCTAC------T--GC----ACA---AAT-TATA---------AAGAGTTT-TCCGAACCA-------------------------------------------------GT-CG-T-T--TT--T-------CA----------A-C--TC--A----TAT--T---------------T--GGGACCAA-AT-T-GAAAAT----TT-CGAAA-A-----------CTTGTTTTTGGGACT-------CA----TTTGGC-CTT-------A-----TG-A--GTGAAAATTCAGAAACTA-CACG-AT---TCT-----CCCAATCATTAATTAA--GAT--------------A-----------T-------------------TA----C---GTA-AAATGTTC-------T----------AGTTC-T--GGGAAC-------TCT---T--TTT----A---GCTGTAGAAA--A-CA-CAGAGTT---TTTT----AC-----------------------------CT-C---------AGG---GT-A-A--------C----AT--C---GAA-AATTCTG--AAA--------CCATA-T---T-GC-A------TATCTA-CTGC-ATG----GCTAGAA-----A---TTAggcccccaggatga
gi|6 : acatcaatagg-TGTAA----------GAGTTC-AGGGAATCAA-GGTATTTTTTTT--T--------A-----AA-GATAAAA----T---GT-TG-T-T--TTAAG-------GA----------T-CT-CC--A----T-T--T-------AG----ACTAAAGGATGAA-AA-T-G-ACAT----TC-CA-AA-A-----------T------------GT-------TA----TTGCAAATCT-------A-----C--A--G-GA-----CAC----CA-CAAA-ATC-ATCT-----TCCAA---------AA--G----------------ACAATATAACTTC-------------------TG----C---GAA-AAATG-TA-------A------AAGGATTTC-T--GAAAATCAGG---TTT---T--TGT----T---G-----AAAA--A-C--CG--------TTTTCAACACACACCCCTC--CACCATT---TC----A-CC-CCCTGGAT-GAAA---ATGA-A--------A----ATTCT---GAA-AC-CCTATTGTA--------AAGC------T-AC-AAGACACCACCAA-TTTC--T-----TCTATAA----GA---TCA--TTTAAACTGGCTATTGC------ATAAA-ATGTAAAAGGGG--TTCTGGGA
gi|22 : c-TGTAA-------GAGGGGTTC-TGAAAGCCAG-GA-------T----------------------------A----T----T-CT-T-TCATT--T-------AC----------C-C--CC--A----T-TAAT-------AGGCC-CC---AGGATGAA-TA-T-GAAAAT----TC-CA-AA-A-----------T------------GT-------TA----TTGTACATCT-------A-----gcaaggtt
gi|20 : aa-TGTAA-------GAAGAGTTC-CCGGAACCAT-TT-------TTG--T--------T-----GA-T--AAAA----T-------A-T-T--TT--C-------G-----------C-C--CC--ATGTTT-T--T-------GGTCT-C----AGAATGAA-AA-T-GAATAC----T---------------------------------CT-------T-----TTCTGCTTCT-------A-----C--A--G-GA-----CA
gi|4 : aa-------GAAGAGTTC-TGGTGACCAG-GT-------TTA--A--------G-----TA-G--AAAA-------CGT-TG-T-T--TT--C-------GA----------C-CT-CT--A----C-T--T--------GACC-CTT--AGGGTAAA-AC-T-GGATAT----TT-CG-GA-A-----------C------------TC-------TC----TTGCACCTCT-------A-----C--A--G-GG-----CA-----CT-C-C----T-A--T-----TCCAA---------AA--G----------------A-----------T-------------------TA----C---AT
gi|10 : GAGTTT-TGGGAACTAT-CT-------TTG--TCAT-----G-----TA-G--GAAA----G--CGC-CC-T-C--TT--T-------GA----------TTC--CC--A----C-T--T-------GGTTC-C-T--AGGTTGAAGAA-T-GAAAAT----TC-TA-AA-A-----------C------------TT-------TA----TTGCACAGAT-------T-----T--A--T-G--------------A-C-CA-ATT-ACCT-----CCTTA---------AA--G----------------A-----------T-------------------gtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|19 : gtgtttgttcgtcgatttccattccatttgttgctctaggtgaaaaagaaaaatccaaaaacaaattgcaaatcaaaagaacaccctctaatcgtctaccaaaagatctC-TAGGGACCAG-GA-------TTT--T--------G-----TA-G--AAAAAAAGC--CGG-TG-T-T--TT--G-------GA----------C-C--CCC-A----T-T--T-------TGACC-C-T--AGGGTGAA-AA-G-AAAAAT----TC-TA-AA-A-----------C------------TT-------TA----TT-----CC----------------------GA-----CAC----CA-C-TA-ATT-ATCT-----TCCAgattttgcgacttcgccactatgtaaaatgaaaagggagttctagc
gi|2 : cc----T--CGT-CG-T-T--CT--C-------CA----------C-C--CG--A----T-T--T--------GCCC-CTC--AATGTGAA-AA-A-GAAAAT----TT-CG-AA-A-----------A------------CT-------TA----TTTCACATTT-------A-----A--A--G-GA-----CAC----CA-T-CA-ATC-TTCT-----CCCAA---------AA--G----------------A-----------TGATTTGGC-----------TA----CTCTATA-AAACG-TA-------C------AAGGAGTTC-T--ACGAACT------TTTA--T--TTT----ATATA-----GAAA--ACCGCCG----T---TTTTCAA-CT--------C--CA--AT
gi|10 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgt----T--CGT-CG-A-T--TT--C-------CA----------T-T--CC--A----T-T--T-------GTTGC-TCT--AGG-TGAA-AA-A-GAAAAA----TC-CA-AA-A-----------A------------CA-------AA----TTGCAAATCA-------A-----A--A--G-AA-----CAC----CCTC-TA-ATC-GTCT-----ACCAA---------AA--G----------------A-----------T-------------------C----------T---------------------------GAGTTT-T--GGGAACTATC---TTTG--TCATGT----A---G-----GAAA--G-CGCC----CT---CTTTGAT-TC--------C--CA--CTT---G-----G-TT-C------C-TAGG---TTGA-A--------G----AA--T---GAA-A--cgaacaccactatctacctttttaaagatgatttggctactgtgtaaaatgcaagaggatctgaaaagtcgggaaaatgtcatttttaaaaaaaaattattcagcccccaggttccaaaaacgtcttgcacatcgactggacaccgcaaattatcttccaaaagatgatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|13 : gtgtttgtT-CA-T-T--TT--TC------GA----------C-C--CCC-A----T-T--A-------AAACC-CCT---GGGTGAA-AA-T-AAAAAA----TT-C--AA-AGA---------C------------TT-------TA------GTGCACATCATTTCAA-----C--A--G-GA-----CAC----CA-A-CG-AT----CG-----TCCAA---------AA-------------------------------------------------------------------ATA-TA-------T------GAG---TTC-T--GAGAACCAGG---GTTT--T--TTC----A---G-----AAAAGAA-CATATGA--------TTTAT-ACT-------C--CC--ATT---G-----G-CCAC------C-G-GG---GT-A-A--------A----GG--T---GGA-A--attctaaaactttattgcacagatttatgaccaattacctccttaaagatgattttgcgacttcgccactatgtaaaatgaaaagggagttctagc
gi|11 : a-T-T--TT--C-------CA----------C-C--CC--G----T-T--T--------GCCC-CCA--ATGGTGAA-AA-G-GAAAAT----TC-C--A
gi|12 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatcccttttacctttaaaatagttgagatcccaacctaaaggttgggatatgcttgttgcacgtgacacaatgcactgagtatcaga--TT--T-------GT----------T-C--TC--A----T-T--TTCCTTCTAGTTC-CCTTAAAAGTTAA-CA-A-GAAAAT----TC-CG-AA-A-----------A------------CT-------TA----TTGCATATCA-------A-----T--A----GA-----CAGA---CA-CATG-AAT-ATC------TCCAA---------AA--taaacaaatacattatagacgaaagacaaca
gi|5 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaatgcactaacaccaattg-C--CC--A----T-T----------GGTTC-CTC--AATGTGAA-A--T-GGAACA----TC-CTGGA-A-----------C------------CC-------CA----TTG--CACCT-------C-----T--T--G------------------------TC-ATCT-----CTCAA---------GATTG----------------------------T-------------------TG----CTGTATA-AAATG-TAATTCCAGT------AAGGAATCC-A--GGAGACCATCATTTTTT--T--TTCCAATA---G-----GAAA--A-CGTCG----T---TTTTCAT-CC--------C--CC--ACTCCCC-----A-CC-CCCGGG-T-GACA---AT-AGA--------A----ATC-T---GAA-A--CCTT--ATT--------GCACA-TCTAT-AT-GGGAAAATATCAA-TTAT-CTTTAGGTTCAGAA----GA---Tacatgatcctaaattaagttactgtataaagttcaaggag
gi|9 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaacatttttcagatcgtttgagatcccatccatacatttttgttgcatatgacataatgcaccgagctccaggtgtcccgc--CC--A----T-T--T---------TCT-CCTC-AAAGCGAA-AAAT-GAAA-T----TC-C--AA-AACTACTTAACAC------------CTACAAGACTAAGAATTCTGAATCT-------A-----T--A--G-GA-----CAC----CA-T-CA-ATC-ATTA-----TCCAA---------AGATG----------------AG----------T-------------------TG----G---CTA-CTGCA-TA-------T------AAGG-GTTC-T--GGGAACAAAG---TGT---T--TGT----A---T-----AAAA--A-CGACG----T---TCTCGAC-GC--------C--CA---TT---T-----G-AT-CCT----T-GAAGTAAATGA-A--------A----AT--TAT-GAC-A--CTT----TACT------GTACA-TC--T-AC-AAGATACCACTGAATCAT-TT-----TCCAGAA----gatttg
gi|15 : --A----T-T--T-------TGCCT-CC---AGGGTTGC-AT-T-GACAAC----TC-TG-AA-A-----------C------------AT-------TA----TTGCACATTT-------ACTACCT--A--G-TA-----AAT----TG-C-CT-ACTCATAT-----TCCA----------AA--G----------------A-----------A-------------------TA----C---ATA-tcaagattggttatgtaaattgtaagaggagttctggaaaccagtgtg
gi|14 : aGGGTGAA-AA-T-GAAAAT----TC-TG-AA-A-----------C------------AT-------TA----TTGTACATCT-------A-----C--A--G-ttggttgcttcttcaaatgaaaggggagtttca
gi|21 : atcattttggctcgagGAGTGCA-AA-T-GAAATT----TC-CG-AA-A-----------C------------CT-------CA----TTGCACATTT-------A-----C--A--G-TA-----CGC----CT-C-CA-TTC-ATCT-----TCCAA---------AA--T----------------A-----------T-------------------Tatttcaaaagataaattggtagctgcttacaattaaaagagacatttcagaaagtagaaagtgtggcagacagatggacaaaccagattaacaacaacatacccaaacactcttaagaa
gi|8 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaactGGTGAA-TA-T-AAAAAT----TC-T--AA-AA----------C------------CT-------TA----TCACAGATCT-------A-----T--A--G-GA-----CAC----CA-A-CG-ATT-ACCT-----TCCAA---------AA--G----------------A-----------TGACTTGGATAC--------TG----T---GTA-AAATG-TA-------T------TAGGAGTTCTT--GGAAA-CAGA---TTT---T--TT-----------------AA--A-C--CACAATT---TTTT----AC--------CAGCA--ATT---T-----G-CT-C------CAGAAA---AA-A-AAAATCGATA----AT--TCA-GAA-A--TCT----TA--------ATGCA-TGTAT-AC-AGGATACCTTCTG-TCAT-AT-----TCCATAG----GA---TGAA---TA----GGTTACAGC------TTAAATAAAT-AG--GAG--ATTGAGGAA-GAA---GAGTGTGTA--AAAAACGAAC--GGACA--GA-CCAGGGTatt
gi|17 : cccggtGTGAA-AA-T-AAAAAAAAAATC-G--AA-A-----------A------------CT-------TA----TTGCACATTT-------A-----C--A--G-AA-----CAT----C--C-CA-ATC-ATCT-----TCCAA---------AA--G----------------ATGCTAAG----T-------------------TG----C---AAA-ACATG-TA-------TATATAAGAGGAGg
gi|2 : CCA-------A-----T--C--G-AA-----CAC----CA-C-TA-TCT-ACCT-----TTTTA---------AA--G----------------A-----------TGATTTGGCTAC--------TG----T---GTA-AAATG-CA-------A------GAGGA--TC-T--GAAA---AG--------------TC----G---G-----GAAA--A-TGTCA--------TTTTTAA-AA--------A--AA--AAT---TATTCAG-CC-C------C-CAGG---TT-C-C--------A----A--------AA-A--CGTC--TT---------GCACA-T---CGAC-TGGACACCGCAAA-TTAT-CT-----TCCAAAA----GA---Tcccccctccttcctcccccctt
gi|16 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaact-----CAT----CA-T-CA-ATT-TTCT-----ACCAA---------AA--G----------------A-----------TGTTTTTAGGGCTACT----CA----C---ATA-AGATG-TT-------A------GAGAAGTTT-TTTAAAAGCTGTC---TTTA--T--TTT----A---A-----GAAA--A-gatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|4 : acatctaatacat------GAAGAGTTC-T--GGTGACCAGG---TTTA------------A---GTA---GAAA--A-CGTTG--------TTTTCGA-CC--------T--CT--ACT---T-----GACC-C------T-TAGG---GT-A-A--------A----AC--T---GGATA--TTTC--GGAACTCTCTTGCACC-TC--T-AC-AGGGCACT-CCT-------AT-----TCCAAAA----GA---TTAttaccctcttttatcacccc
gi|14 : --ATT---TTG---G-CT-C------G-AGGG---GT-G-A--------A----AA--T---GAA-A--ATTC---TG--------AAACA-T---T-AT---TGTAC-ATCTA--CAG-AT-----TTCAAAA----GA---TAAATT-------GGTAGCTGCTTACAATTAAA-AGAGACA-------TTTCAGAAA-GTA-GAAAGT--GTG--GCAGACAGAT--GGAC---AAACCAGATTAACAACAACATACCCAAACACTCTTAAGAAcatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|21 : atc-C------T-GAGT---GC-A-A--------ATGAAAT--TTCCGAA-A--CCTC--ATT--------GCACATT---T-AC-AGTACGCCTCCAT-TCAT-CT-----TCCAAAA----TA---TTA
gi|17 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaa-A-A--------A----AT--C---GAA-A--ACTT--ATT--------GCACATT---T-AC-AGAACA-TCCCAA-TCAT-CT-----TCCAAAA----GA---Ttt
gi|4 : gtgaaaataaaaaaTTC---TTAAA-ATA-AAA--GAGCGTTAAAGGAAGAAAAAGGAG----TG--ATGGACGGAC--T-----------AGGGTAACAACAATATGCCTGAACTTTCTTTAAAGAGTGCAGGTAgctaagttgcaaaacatgtatatataagaggagcccccctccttcctcccccctt
gi|23 : gaagagttctggtgaccaggtttaagtagaaaacgttgttttcgacctctacttgacccttagggtaaaactggatatttcggaactctcttgcacctctacagggcactcctattccaaaagattacatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctAG--GAG--TTTGAGGAG-GAA-GAAAGT--ATG--ACAGACGAGCCTGGAT---AA-CAA---------CAATATACCCGTACTTCCTTTAGtaag
gi|26 : taaaacCAATATACTCGAGCTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACATATAAAGATAGAATATTTCGAAGGCAAGTGCTCAGGTGTTGTTCCAACCCCCATCATTCTTTCATTGCTCAAATATTTTTTTTTATAAATTTGTCGAGATTACAATCATAAAGCA
Unaligned ( gi|24 ): GTGTCATAGGACAATAGTATCCCCCAACATTTTTTGATTGTTGAAATATCTTTAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 11111 44444444444444444444 22 111 11 55555555555555 99999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111111 111111 111111 2222222222222222 555555555555555555555555555555 1111111111111 11111 11111111111 11111111 11111 1111111111 22222222222 111111111111 111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555 111111 11111 1111111 11 4444444444444444444444 333333333333333333333333 11 1 11 111 5555555555555 22222 11111111 33333333
lowQualScore : 8 1 999 8 0 99999 00000000000000000000 1 22 222 66 6 55 77 1 2 33 777 888 0 66 5 7 55555555555555 0 2 0 0 999 55555555555555555555555555555555555555555 1 77 1111 6 0000000000 1 0 5 444444 777777 55 6 666 9999 222222 7777777777777777 888888888888888888888888888888 0 3333333333333 00000 4 4 4 88888888888 0 66666666 4 4 2 22 1 00000 777 77 4 9999999999 7 7 00000000000 7 555555555555 555 00000 44 0 555 44 0 4 4 9999 666666666666666666666666666666666666666666666 666666 1 5 66666 8 9999999 11 1 6666666666666666666666 8 6 9999 3 6 333333333333333333333333 1 22 1 1 6 8 6 1 11 000 22 2222222222222 8 22222 1 99999999 4 6 3 3 22222222 1
lowQualScore : . . ... . . ..... .................... . .. ... .. . .. .. . . .. ... ... . .. . . .............. . . . . ... ......................................... . .. .... . .......... . . . ...... ...... .. . ... .... ...... ................ .............................. . ............. ..... . . . ........... . ........ . . . .. . ..... ... .. . .......... . . ........... . ............ ... ..... .. . ... .. . . . .... ............................................. ...... . . ..... . ....... .. . ...................... . . .... . . ........................ . .. . . . . . . .. ... .. ............. . ..... . ........ . . . . ........ .
lowQualScore : 0 0 666 0 6 44444 44444444444444444444 4 77 888 55 7 22 77 0 2 22 777 888 7 44 7 9 99999999999999 1 7 1 3 666 00000000000000000000000000000000000000000 7 99 0000 3 7777777777 0 1 0 888888 222222 55 2 222 4444 888888 1111111111111111 555555555555555555555555555555 7 4444444444444 00000 0 0 0 22222222222 1 11111111 4 4 3 44 0 00000 000 77 0 2222222222 3 3 99999999999 3 444444444444 777 88888 55 7 444 22 9 0 0 4444 222222222222222222222222222222222222222222222 444444 0 7 77777 0 4444444 00 4 2222222222222222222222 8 7 7777 2 7 555555555555555555555555 4 88 0 4 0 0 0 0 88 888 22 2222222222222 0 66666 0 77777777 8 7 3 5 22222222 0
consensus : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAA-ACC-TAAA-GCCNATATATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTC--GTTTTCCNTCCCCATTTGCTCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNANAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATCT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-CG-TCGTTTTTC--GACCC---CCATTTGG-CCCCA-----GGG-TGAA-AA-TGAAAATTCCGAAAC--CTTA----TT------GCA------------C---ATCTA------------------C-----A---G-ACACCAC-CAA-T-CA----TCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTAC--------T-GCGTA-AAATGTAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--T-GGNCCCCTAGGGTGAAAATGAAAA-----TTCCGAAACCTTATTGCACATC---T--ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------A-------T-----------TG----CGTAAAATG------TANGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAGA---AA--AACGTA---CG----TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAA--------AANT--GA--------AACCTCATTGCACAT-TAC-AGGACACCACCTA-TCAC-ATTCCAGAAGATA---NAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GA-CTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-721 ) : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATCCCAA-ACC-TAAA-GNNNATACATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTC--GTTTTCCNTCCCCATTTGCTNCTCAA-GGTGAAAANGAAAATTCCGAAAACNTATTGCACATCTACAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATNT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-TA-TCGCTTTTC--GACCC---CCANTTGG-CCCCA-----GGG-TGAA-AA-TGAAAATTCCGAAAC--CTTA----TT------GCA------------C---ATCTA------------------C-----A---G-ACACCAC-CGA-N-CA----TCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTAC--------T-GCGTA-AANTGTAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-N----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--T-GGCCCCCTAGGGTGAAAATGAAAA-----TTCCGAAACCTTATTGCACATC---T--ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------A-------T-----------TG----CGTAAAATG------TANGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTTAGG---AA--AACGT----CG----TTTTTCANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAA--------AATT--GA--------AACCTCGTNGCACAT-TAC-AGGACACCACCNA-TCAT-NTTCCAGAAGAT----TAACTTTATGGTTACTGC-TT----TTAAAANANA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GGAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GA-CNAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : ATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAA-GCC-TAAA-GCCTGTATATTCTTGGTGCA-ATGAGCA-------CC-A-GCTTTTTGT-CGTC--GTTTTCCCTCCCCATTTGCTACACAA-GGTAAAAAAGAAAATTCTGTAAACGTATTGCATATCTACAG---GACACCATC-AGTC-ACCTCCCAAAAGATGATTT--ATATTT-GTCTACTGCGTTAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGTG------------TTTTACT---GCAGG--AAA-TA-TCACTTTTC--AACCT---CCAATTGG-CCCCA-----GGG-TGAA-AA-TGAAAATTCTGAAAC--CTTA----TT------GCA------------C---GTCTA------------------C-----A---A-ACACAAC-TAA-A-CA----GTT-----TTCAAAAAATA-A-T-TT---G-------GCTGC--------T-GCATG-AATTGTAAGAGGAGTTCTGGAGACCAGGATTG-----TG---CA-GA-AAA-T----CGTCGTTTTTGA-T-C-----------CC-AT----T--T-AGCCCCCTAGGGTGAAAATGAAAA-----TTCC-AAACCTTATTGTGCACC---T--ATAGGACAGCACCG-ATTATCT-TCCAA----AAG----------------A-------T-----------TG----CATAAAATG------TATGAGGAGTTCTGGAAACCA-GG-----TTTATTTCAGG---AA--AACGT----CGGGGTTTTTTTAAA---CCCAATTT-GCT-CT-GAGGG-TAA--------AATT--GA--------AACCTAGTAGCACAT-TAC-AGGGCACTACCTA-TCAC-ATTCCAGAAGAT----TAACTTCATGGTTACTGCTTT----TTAAAAGATA-A-AGAGTTTGGGGAAAAACGGGAG-GTGACAGACGGACGGAC-GA-CAAGGGTAGCATCGATATACCCAGACTTTCTTTAGAAAGTGCGGATA
gi|10 : TTTGTTCGTC--GATTTCCATTCC-ATTTGTTGCTCTA-GGTGAAAAAGAAAAATCCAAAAACAAATTGCAAATCAAAAG---AACACCCTCTAATC-GTCTACCAAAA---GATCT--G-A----GTTT--TGGG--AACTA------------------TCTTTG--------------TCA-T---GTAGG--AAA-GC-GCCCTCTTT--GATTC---CCACTTGGTTCCTA-----GGT-TGAAGAA-TGAAAATTCTAAAAC--TTTA----TT------GCA------------CAG-ATTTA------------------T-----G----------AC-CAA-T-TA----CCT-----CCTTAAAGATG-ATT-TT---GCGACTTCGCCAC--------T-ATGTA-AAATGAAAAGGGAGTTCTAGaa
gi|11 : gtgTACCTTTAAAAT-AGTTGAGATCCC-A-ACC-TAAAGGTTGGGATATGCTTGTTGCACGTGA-CA-------CA-ATGCACTGAGT--ATCAGATTTTCCA-CCCCGTTTGC-CCCCAATGGTGAAAAGGAAAATTCCATAAACAAAT---ACAT-TATAG---c
gi|12 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatccctttTGCA-CTAA-CA-------CC-A-ATTGTTTGT-TCTC--ATTTTCCTTCT--AGTT-CCCTTAAA-AGTTAACAAGAAAATTCCGAAAACTTATTGCATATCAATAGACAGACA-CATG-AAT--ATCTCCAAAAACATGATCCTAA-ATTAAGT-TACTGTATAAAGTT--CAA-------Gacgaaagacaaca
gi|13 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaaTTTTCGA-C-C-----------CCCAT----T--A-AAACCCCT-GGGTGAAAATAAAAAA----TTCAAAGACTTTAGTGCACATCATTTCAACAGGACACCAACG-ATCGTC----CAA----AA-------------------------------------------------ATA------TATGAG---TTCTGAGAACCAGGG-----TTT-TTTCAGA---AAAGAACATA---TG----ATTTATACT---CCC-ATTG-GCCACC-G-GGG-TAA--------AGGT--GG--------AAgag
gi|14 : atcatTTT-GGC-TC-GAGGGGTGA--------AAAT--GA--------AAATTC-TGAAACAT-TAT-TGTACATC---TA--CAG-ATTTCAAAAGAT----AAATT----GGTAGCTGC-TTACAATTAAAAGAGA-C-A---TTTCAGAAAGTA-GAAAGTGTGGCAGACAGATGGAC-AAACCAGATTAACAACAACATACCCAAACACTCTTAAGAA
gi|15 : atcatTTGC-CTCCA-----GGG-TTGC-AT-TGACAACTCTGAAAC--ATTA----TT------GCA------------C---ATTTA------------------CTACCTA---GTAAATTGC-CTACT-CA----TAT-----TCCAAAGAATACA-TATT---G-------GTTGC--------T-TCTTC-AAATGAAAGGGGAGTT
gi|16 : aattA------------C---ATCTA------------------------A---T-ACATCAT-C-A-T-CAATTTTCT-----ACCAAAAGATG-T-T-TTTAGG-------GCTAC--------TCACATA-AGATGTTAGAGAAGTTTTtca
gi|17 : GTGAAAATAAAAAAAAAAT--CGAAAACTTATTGCACATT---T--ACAGAACATC-CCA-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------ATGCTAAGT-----------TG----CAAAACATGTATATATAAGAGGAGttaaaagctgtctttattttaagaaaattaccctcttttatcacccc
gi|19 : CTAGGGACCAGGATTT-----TG---TA-GA-AAA-AAAGCCGGTGTTTTGGA-C-C-----------CCCAT----T--T-TGACCC-TAGGGTGAAAAGAAAAA-----TTCTAAAACTTTATTCC---------------GACACCACTA-ATTATCT-TCCAcccccctccttcctcccccctt
gi|2 : ccATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAACACT-TCAA-GCAAATATATTCTTGTTGCA---------------------CTTCTTGTTCGTC--GTTCTCCA-CCCGATTTGCCCCTCAA-TGTGAAAAAGAAAATTTCGAAAACTTATTTCACATTTAAAG---GACACCATC-AATC-TTCTCCCAAAAGATGAT-------TT--GGCTACTCTATAAAACGTACAA-------G-GAGTTCTACGAACTTTTA----TTTTA-T---ATAGA--AAACCG-CCGTTTTTC--AACTC---C
gi|2 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaG---AACACCA-C-TATCTACCTTTTTAAAGATGAT-------TT--GGCTACTGTGTAAAATG--CAA-------GAGGAT-CTGAA----------------A-A---GTCGGGAAAA-TG-TCATTTTTA--AAAAAAAATTATTCAG-CCCCC-----AGG-T--------------TCCAAAAA--CGTC----TT------GCA------------C---ATCGA------------------CT----G---G-ACACCGC-AAA-T-TA----TCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---C-------GATACAACATATGT-ACGTATAACTGTAAGAGGAATTCGAGGAACC--GATTT-----TGATTTT-TA-AAA-A----CGTTGTTTTCGACC-C-----------CC-AT----C--T-GGGCCCCCAGGATGAaatcgaacaccactatctacctttttaaagatgatttggctactgtgtaaaatgcaagaggatctgaaaagtcgggaaaatgtcatttttaaaaaaaaattattcagcccccaggttccaaaaacgtcttgcacatcgactggacaccgcaaattatcttccaaaagatgatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|20 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaactccaatcAATGTAAGAAGAGTTCCCGGAACCA--TTTT-----TG---TT-GATAAA-A----TAT---TTTCG--C-C-----------CC-ATGTTTT--T-GGTCTC--AGAATGAAAATGAATA-----CTC-------TT-TTCTGCTTC---T--ACAGGACA
gi|21 : GAGTGCAAATGAAAT-----TTCCGAAACCTCATTGCACATT---T--ACAGTACGCCTCCA-TTCATCT-TCCAA----AAT----------------A-------T-----------T
gi|22 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaactAATGTAAGAGGGGTTCTGAAAGCCAGGATAT-----TC---T---------------TTCATTTAC---C-C-----------CC-AT----TAATAGGCCCC--AGGATGAATATGAAAA-----TTCCAAAATGTTATTGTACATC---T--Aatt
gi|23 : TAAAACAG-----GAGTTTGAGGAGGAA-GAAAGTATGACAGACGAGC--------CT-GGATAACAACAATATACCCGTACTTCCTTTAG
gi|25 : ATATCTTTGAAAT-GTTTGAGGTTCCAA-ACCTTAAA-G---ATACACTCTTGTTGCA-A
gi|26 : tcagGTAAAAACAATATACTCGAGCTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTAatt
gi|3 : TTCCAAAAC--G---------------GCA------------T----TTTA------------------C-----G---A-ACAACA---GG-A-CA----TTT-----TATGGAAGGTG-A-T-TT---T-------AGTAC--------T-GCATA-GAATGTAAGAAAAGTTCTTGGAACCAGGTCTT-----TG---TAGGA-AAA-A----GGTCCTTTTCAACC-C-----------CC-AT----T--T-GG-TTCTGAGGGT-------AAAA-----TACAGAAATGTTATTCTACACC---T--ACAAAACACAAACG-ATGATTTGTCT-------------------------A-------T-----------TC----TGTTCACTG------TATGA--AGTTTTTGGAAACA-GG-----TTT-GTTTAGA---AA--AAACTATTACA----TTTT---GA---CCTCATTT-GCC-CG-CCGGG-TAA--------AA-C--AA--------AACCCCTTTACATAT-TTTGAAGATATCACCTA-CCACAATTATAG-AGATA---CGAC----TGTTTACTTC-AT----GGAAAGGAGA-A-A---CTCAAGGAAGAA-GAAAGTGTTATAGACAGATG----GA-TTAAGGCAAAAGCAATATAtaatgaaata
gi|4 : tgagccaatgGAAGAGTTCTGGTGACCAGGTTTA-----AG---TA-GA-AAA------CGTTGTTTTCGA-C-CT----------CT-AC----T--T-GA-CCCTTAGGGTAAAACTGGATA-----TTTCGGAACTCTCTTGCACCTC---T--ACAGGGCAC-------TCCTAT-TCCAA----AAG----------------A-------T-----------TA----CATgat
gi|4 : -TC----TTAAAATAAA-AGAGCGTTAAAGGAAGAA-AAAGGAGTGATGGACGGAC---------TAGGGTAACAACAATATGCCTGAACTTTCTTTAAAGAGTGCAGGTAgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|5 : gaagagttctggtgaccaggtttaagtagaaaacgttgttttcgacctctacttgacccttagggtaaaactggatatttcggaactctcttgcacctctacagggcactcctattccaaaagattacatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtcttACATTTTTCAGATCGTTTGAGATCCCA------------TCCATACATTTTTGTTGCATATGA-CATAATGCACCGA-GCTCCAGGT--GTC-------CCG-CCCCATTGGTTCCTCAA-TGTGAAATGGAACATCCTGGAACCCCATTGCACCTCT--------------T---GTC-ATCTCTCAAGA-------------TT--GT-TGCTGTATAAAATG--TAATTCCAGTAAGGAATCCAGGAGACCATCATTTTTTTT-TCCAATAGG--AAAACG-TCGTTTTTC--ATCCC---CCACT----CCCCACCCCCGGG-TGAC-AA-TAGAAAT-CTGAAAC--CTTA----TT------GCA------------C---ATCTA------------------T-----ATGGG-AAAATAT-CAA-T-TA----TCTTTAGGTTCAGAAGATG-A-T-TT---G-------taag
gi|6 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaAAGAGTTCAGGGAATCA-AGGTATTTTT-TTTTAAAGATAA--AATGT----TG----TTTT--AAGGATCTCCATTTAGAC-TA-AAGGA-TGA--------AAAT--GACATTCCAAAATGTTATTGCAAATCTAC-AGGACACCACAAAATCAT-CTTCCAAAAGACAATATAACTT
gi|6 : ctgt--AAA-TG-TTG-TTTTAAGGATCT---CCATTTAG-ACTAA-----AGGATGAA-AA-TGACA-TTCCAAAAT--GTTA----TT------GCA------------A---ATCTA------------------C-----A---GGACACCAC-AAA-ATCA----TCT-----TCCAAAAGACA-A-T-AT---A-------ACTTC--------T-GCGAA-AAATGTAAAAGGATTTCTGAAAATCAGGTTTT-----TG---TT-GA-AAA-A----C--CGTTTTCAA-CACACACCCCTCCACC-AT----T--T-CACCCCCT-GGATGAAAATGAAAA-----TTCTGAAACCCTATTGTAAAGC---T--ACAAGACACCACCA-ATT-TCT-TCTAT----AAGATCATTTAAACTGGCTA-------T-----------TG----CATAAAATG------TAAAAGGGGTTCTGGGAGCAA-GG-----TTctgcgaaaaatgtaaaaggatttctgaaaatcaggtttttgttgaaaaaccgttttcaacacacacccctccaccatttcaccccctggatgaaaatgaaaattctgaaaccctattgtaaagctacaagacaccaccaatttcttctataagatcatttaaactggctattgcataaaatgtaaaaggggttctgggagcaaggtt
gi|7 : ctgtaagagttcagggaatcaaggtatttttttttaaagataACATCAATAG---GACGCCATC-AAAC-ATCATTCAAAAGATACTCT--A-G------CTACTGCACAAATTA--TAA-------A--------GAG------------TTTTC-C---G------AAC-CAGTCGTTTTTC--AACTC---ATATTTGG-GACCA------------A-AT-TGAAAATTTCGAAAA--CTTG----TTTTTGGGACT------------C---ATTTGGCCTTATGAGTGAAAATTC-----A---G-AAACTACACGA-T-------TCT-----CCCAATCATTA-A-T-TA---A-------GATAT--------T-ACGTA-AAATGT---TCTAGTTCTGGGAACT---CTTTTTAGCTG---TA-GA-AAACA----CAGAGTTTTTTA-C-C-----------TC--------------------AGGGTAACATCGAAAA-----TTCTGAAACCATATTGCATATC---T--AC
gi|8 : GGTGAATATAAAAA-----TTCTAAAACCTTATCACAGATC---T--ATAGGACACCAACG-ATTACCT-TCCAA----AAG----------------A-------TGACTTGGATACTG----TGTAAAATG------TATTAGGAGTTCTTGGAAACA-GA-----TTT-TTT-------AA--ACCAC----AA----TTTTTTACC---AGCAATTT-GCT-CCAGAAAA-AAAAAATCGATAATTCAGA--------AATCTTAATGCATGTATAC-AGGATACCTTCTG-TCAT-ATTCCATAGGAT----GAA---TA-GGTTACAGC-TT-------AAATAAATA-GGAGATTGAGGAAGAA-GAGTGTGTAAAAAACGAACGGACAGA-CCAGGGTtgcatggctagaaatta
gi|9 : cccggt-CCTCA-----AAG-CGAA-AAATGAAA-TTCCAAAACTACTTAACACCT------ACAAGACTAAGAATTCTGAATCTA------------------T-----A---GGACACCAT-CAA-T-CA----TTA-----TCCAAA-GATG-A-G-TT---G-------GCTAC--------T-GCATA------TAAGGG---TTCTGGGAACAAAGTGTT-----TG---TA-TA-AAA-A----CGACGTTCTCGA-CGC-----------CC-AT----T--T-GATCCT-TGAAGT--AAATGAAAA-----TTATGACACTTTACTGTACATC---T--ACAAGATACCACTGAATCATTT-TCCAGAATCAAG----------------A-------T-----------TGGTTATGTAAATTG------TAAGAGGAGTTCTGGAAACCA-Gg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACATATAAAGATAGAATATTTCGAAGGCAAGTGCTCAGGTGTTGTTCCAACCCCCATCATTCTTTCATTGCTCAAATATTTTTTTTTATAAATTTGTCGAGATTACAATCATAAAGCA
Unaligned ( gi|24 ): GTGTCATAGGACAATAGTATCCCCCAACATTTTTTGATTGTTGAAATATCTTTAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 44444444444444444444 22 111 11 55555555555555555 99999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111111 11111 222222 111111111111 2222222222222222 22222222222 11111111111 11111111 11111 1111111111 1 22222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22222222 11 444444444444 11111 3333333333333333333333 111 1 111 111 3333333 22222 111111 333333
lowQualScore : 8 1 333333333333333 00000000000000000000 1 22 222 66 6 3 77 1 22 1 2 888 0 66 5 0 44444444444444444 0 2 0 0 999 55555555555555555555555555555555555555555 1 77 1111 1111111111 0 0 5 5 11111 4 4 4 777 444444 555555555555 88888888 3333333333333333 3 77777777777 3 0 444 3 88888 44 3 3 77777777777 55 44444444 4 0 4 999999 22 1 00000 777 77 4 3333333333 0 7 00000000000 3 888888888 2 333 1 3 99 2 3 7777 2 5 33 0 5 333333333333333333333333333333333333333333333 66 3 5 66666 8 11111111 11 888888888888 6 66666 8 6 9999 3 6 9999999999999999999999 1 111 99 6 8 222 3 99 22 444 44 6666666 8 22222 1 999999 4 6 3 333333 0
lowQualScore : . . ............... .................... . .. ... .. . . .. . .. . . ... . .. . . ................. . . . . ... ......................................... . .. .... .......... . . . . ..... . . . ... ...... ............ ........ ................ . ........... . . ... . ..... .. . . ........... .. ........ . . . ...... .. . ..... ... .. . .......... . . ........... . ......... . ... . . .. . . .... . . .. . . ............................................. .. . . ..... . ........ .. ............ . ..... . . .... . . ...................... . ... .. . . ... . .. .. ... .. ....... . ..... . ...... . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 000000000000000 44444444444444444444 4 77 888 55 7 5 77 0 00 0 8 888 7 44 7 7 00000000000000000 1 7 1 3 666 00000000000000000000000000000000000000000 7 99 9999 6666666666 2 2 0 0 11111 0 0 0 000 000000 555555555555 66666666 0000000000000000 3 88888888888 3 2 333 3 33333 99 3 3 99999999999 55 55555555 0 5 0 666666 44 0 00000 000 77 0 8888888888 9 3 99999999999 6 555555555 3 555 0 6 00 6 6 7777 5 0 11 2 0 000000000000000000000000000000000000000000000 22 0 7 77777 0 22222222 00 444444444444 0 00000 8 7 7777 2 7 7777777777777777777777 4 444 44 0 0 222 8 44 22 000 88 0000000 0 66666 0 555555 8 7 5 222222 3
consensus : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAA-ACC-TAAAG-CCNATATATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTCG--TTTTCCNTCCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNATAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATCT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-C--GTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A---G-A-CACCAC-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--TGGNCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CGTAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG-A---AA--AAC--GTAC-G----TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GACTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-721 ) : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAA-ACC-TAAAG-CCNATATATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTCG--TTTTCCNTCCCCATTTGCTCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNANAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATCT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-C--GTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A---G-A-CACCAC-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--TGGNCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CGTAAAATGTANGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG-A---AA--AAC--GTAC-G----TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GACTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : ATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAA-GCC-TAAAG-CCTGTATATTCTTGGTGCA-ATGAGCA-------CC-A-GCTTTTTGT-CGTCG--TTTTCCCTCCCCATTTGCTACACAA-GGTAAAAAAGAAAATTCTGTAAACGTATTGCATATCTACAG---GACACCATC-AGTC-ACCTCCCAAAAGATGATTT--ATATTT-GTCTACTGCGTTAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGTG------------TTTTACT---GCAGG--AAA-T--ATCACTTTTCA-ACCT---CCAATTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCTGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---GTCTA-C-----A---A-A-CACAAC-T-AA-ACAGTT-----TTCAAAAAATA-A-T-TT---G-------GCTG--C--------T-GCATG-AATTG------TAAGAGGAGTTCTGGAGACCAGGATTG-----TG---CA-GA-AAA-T----CGTCGTTTTTGA-T-C-----------CC-AT----T--TAGCCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCC-AAACCTTATTGTGCACC-T----ATAGGACAGCACCG-ATTATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CATAAAATGTATGAGGAGTTCTGGAAACCA-GG-----TTTATTTCAG-G---AA--AAC--GT-C-GGGGTTTTTTTAAA---CCCAATTT-GCT-CT-GAGGG-TAAAATT----------GA--------AACCTAGTAGCA-CAT-TAC-AGGGCACTAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---AT-TAACTTCATGGTTACTGCTTT----TTAAAAGATA-A-AGAGTTTGGGGAAAAACGGGAG-GTGACAGACGGACGGAC-GACAAGGGTAGCATCGATATACCCAGACTTTCTTTAGAAAGTGCGGATA
gi|10 : TTTGTTCGTCG--ATTTCCATTCC-ATTTGTTGCTCTA-GGTGAAAAAGAAAAATCCAAAAACAAATTGCAAATCAAAAG---AACACCCTCTAATC-GTCTACCAAAAGAT---CT--G-A----GTTT--TGGG--AACTA------------------TCTTTG------------TC--A-T---GTAGG--AAAGC--GCCCTCTTT-G-ATTC---CCACTTGGTTC-CTA-----GGT-TGAAGAA-T---GAAAA-----TTCTAAAA---------C--TTTA----T---TGCA------------CAG-ATTTA-T-----G-----------AC-C-AA-TTACCT-----CCTTAAAGATG-ATT-TT---GCGACTTCGCCA--C--------T-ATGTA-AAATG------AAAAGGGAGTTCTAGaa
gi|11 : gtgTACCTTTAAAAT-AGTTGAGATCCCAA--CC-TAAAGGTTGGGATATGCTTGTTGCACGTGA-CA-------CA-ATGCACTGAGT--ATCAGATTTTCCA-CCCCGTTTGCCCC-CAATGGTGAAAAGGAAAATTCCATAAACAAAT---ACAT-TATAG---c
gi|12 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatccctttTGCA-CTAA-CA-------CC-A-ATTGTTTGT-TCTCA--TTTTCCTTCT--AGTT-CCCTTAAA-AGTTAACAAGAAAATTCCGAAAACTTATTGCATATCAATAGACAGACA-CATG-AAT--ATCTCCAAAAACATGATCCTAA-ATTAAGT-TACTGTATAAAGTT--CAA-------Gacgaaagacaaca
gi|13 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaaTTTTCGACC-C-----------CC-AT----T--AAAACCCCT-GGGTGAAAATAAAAAATTCAAAGACTTTAGTGCACATCATTTCAACAGGACACCAACG-ATCG----TCCA----------------------------------------------AAAATATAT---GAGTTCTGAGAACCAGGG-----TTT-TTTCAG-A---AAAGAAC--ATAT-G----ATTTATACT---CCC-ATTG-GCCACC-G-GGG-TAAAGGT----------GG--------AAgag
gi|14 : atcatTTT-GGC-TC-GAGGGGTGAAAAT----------GA--------AAATTC--TGAAACAT-TAT-TGTACATC----TA-CAG-ATTTCAAAAG---ATAAA---T--TGGTAGCTGC-TTACAATTAAAAGAGA-C-A---TTTCAGAAAGTA-GAAAGTGTGGCAGACAGATGGACAAACCAGATTAACAACAACATACCCAAACACTCTTAAGAA
gi|15 : atcatTTTGCCTC-C-A-----GGG-TTGC-AT-T---GACAA-----CTCTGAAA---------C--ATTA----T---TGCA------------C---ATTTA-CTACCTA---GTA-AATTGC-CTAC-TCATAT-----TCCAAAGAATACA-TATT---G-------GTTG--C--------T-TCTTC-AAATG------AAAGGGGAGTT
gi|16 : aatA------------C---ATCTAAT-----A---C-ATCATCAT-C-AA-TTTTCT-----ACCAAAAGATG-T-T-TTTAGG-------GCTA--C--------TCACATA-AGATG------TTAGAGAAGTTTTtca
gi|17 : G-TGAA-AA-T---AAAAAAAAAAT--CGAAA---------A--CTTA----T---TGCA------------C---ATTTA-C-----A---GAA-CATC-C-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGAT-------------------GCTAAGT--------T-GCAAA-ACATGTATATATAAGAGGAGttaaaagctgtctttattttaagaaaattaccctcttttatcacccc
gi|19 : CTAGGGACCAGGATTT-----TG---TA-GA-AAA-AAAGCCGGTGTTTTGGA-C-C-----------CCCAT----T--TTGACCC-TAGGGTGAAAAG-AAAAATTCTAAAACTTTATTCC---------------GACACCACTA-ATTATCT-TCCAcccccctccttcctcccccctt
gi|2 : ccATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAACACT-TCAAG-CAAATATATTCTTGTTGCA---------------------CTTCTTGTTCGTCG--TTCTCCA-CCCGATTTGCCCCTCAA-TGTGAAAAAGAAAATTTCGAAAACTTATTTCACATTTAAAG---GACACCATC-AATC-TTCTCCCAAAAGATGAT-------TT--GGCTACTCTATAAAACGTACAA-------G-GAGTTCTACGAACTTTTA----TTTTA-T---ATAGA--AAACC--GCCGTTTTTCA-ACTC---CAAT
gi|2 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaCAATCG---AACACCA-C-TATCTACCTTTTTAAAGATGAT-------TT--GGCTACTGTGTAAAATG--CAA-------GAGGAT-CTGAA----------------A-A---GTCGGGAAAA-T--GTCATTTTTAA-AAAAAAATTATTCAGCCC-C-C-----AGG-T----------------------TCCAAAA---------A--CGTC----T---TGCA------------C---ATCGA-CT----G---G-A-CACCGC-A-AA-TTATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---C-------GATA--CAACATATGT-ACGTATAACTG------TAAGAGGAATTCGAGGAACC--GATTT-----TGATTTT-TA-AAA-A----CGTTGTTTTCGACC-C-----------CC-AT----C--TGGGCCCCCAGGATGAcgaacaccactatctacctttttaaagatgatttggctactgtgtaaaatgcaagaggatctgaaaagtcgggaaaatgtcatttttaaaaaaaaattattcagcccccaggttccaaaaacgtcttgcacatcgactggacaccgcaaattatcttccaaaagatgatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|20 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaactcAATG------TAAGAAGAGTTCCCGGAACCA--TTTT-----TG---TT-GATAAA-A----TAT---TTTCG--C-C-----------CC-ATGTTTT--TGGTCTC--AGAATGAAAAT-GAATACTC-------TT-TTCTGCTTC-T----ACAGGACA
gi|21 : -----GAG-TGCA-AA-T---GAAAT-----TTCCGAAA---------C--CTCA----T---TGCA------------C---ATTTA-C-----A---GTA-CGCCTC-C-AT-TCATCT-----TCCAAAATATT-A-T-T
gi|22 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaactAATG------TAAGAGGGGTTCTGAAAGCCAGGATAT-----TC---T---------------TTCATTTAC---C-C-----------CC-AT----TAATAGGCCCC-AGGATGAATAT-GAAAATTCCAAAATGTTATTGTACATC-T----A
gi|23 : TAAAACAG-----GAGTTTGAGGAGGAA-GAAAGTATGACAGACGAGC-------CT-GGATAACAACAATATACCCGTACTTCCTTTAG
gi|25 : ATATCTTTGAAAT-GTTTGAGGTTCCAA-ACCTTAAAG----ATACACTCTTGTTGCA-A
gi|26 : tcagGTAAAAACAATATACTCGAGCTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTAatt
gi|3 : -----TTCCAAAA---------C--G------------GCA------------T----TTTA-C-----G---A-A-CAACAG-G-A---CATTT-----TATGGAAGGTG-A-T-TT---T-------AGTA--C--------T-GCATA-GAATG------TAAGAAAAGTTCTTGGAACCAGGTCTT-----TG---TAGGA-AAA-A----GGTCCTTTTCAACC-C-----------CC-AT----T--TGGT-TCTGAGGGT--------AAAATACAGAAATGTTATTCTACACC-T----ACAAAACACAAACG-ATGATTTGTCT-------------------------AT-----------TC----TGTTCACTGTATGA--AGTTTTTGGAAACA-GG-----TTT-GTTTAGAA---AA--AACTATTAC-A----TTTT---GA---CCTCATTT-GCC-CG-CCGGG-TAAAAC-----------AA--------AACCCCTTTACA-TAT-TTTGAAGATATCAC-CTACCACAATTATAG-AG---ATACGAC----TGTTTACTTC-AT----GGAAAGGAGA-A-A---CTCAAGGAAGAA-GAAAGTGTTATAGACAGATG----GATTAAGGCAAAAGCAATATAtaatgaaata
gi|4 : tgagccaatgGAAGAGTTCTGGTGACCAGGTTTA-----AG---TA-GA-AAA------CGTTGTTTTCGA-C-CT----------CT-AC----T--T-GACCCTTAGGGTAAAACT-GGATATTTCGGAACTCTCTTGCACCTC-T----ACAGGGCAC-------TCCTAT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TA----CATgat
gi|4 : -TC----TTAAAATAAA-AGAGCGTTAAAGGAAGAA-AAAGGAGTGATGGACGGAC--------TAGGGTAACAACAATATGCCTGAACTTTCTTTAAAGAGTGCAGGTAgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|5 : gaagagttctggtgaccaggtttaagtagaaaacgttgttttcgacctctacttgacccttagggtaaaactggatatttcggaactctcttgcacctctacagggcactcctattccaaaagattacatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtcttACATTTTTCAGATCGTTTGAGATCCCA------------TCCATACATTTTTGTTGCATATGA-CATAATGCACCGA-GCTCCAGGT--GTC-------CCG-CCCCATTGGTTCCTCAA-TGTGAAATGGAACATCCTGGAACCCCATTGCACCTCT--------------T---GTC-ATCTCTCAAGA-------------TT--GT-TGCTGTATAAAATG--TAATTCCAGTAAGGAATCCAGGAGACCATCATTTTTTTT-TCCAATAGG--AAAAC--GTCGTTTTTCA-TCCC---CCACT---CCC-C-ACCCCCGGG-TGAC-AA-T---AGAAA-----T-CTGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-T-----ATGGG-A-AAATAT-C-AA-TTATCTTTAGGTTCAGAAGATG-A-T-TT---G-------taag
gi|6 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaAAGAGTTCAGGGAATCA-AGGTATTTTT-TTTTAA-AGATAA--AAT--GT--------TGTTTTAAGGATCTCCATTTAGAC-TA-AAGGA-TGAAAAT----------GACATTCCAAAATGTTATTGCA-AATCTAC-AGGACACCACAAAATCAT-CTTCCAAAAGACAATATAACTTC
gi|6 : ctgt--AAA-T--GTTGTTTTAAGGATCT---CCATTTAGACT-A-A-----AGGATGAA-AA-T---GACA------TTCCAAAA---------T--GTTA----T---TGCA------------A---ATCTA-C-----A---GGA-CACCAC-A-AAATCATCT-----TCCAAAAGACA-A-T-AT---A-------ACTT--C--------T-GCGAA-AAATG------TAAAAGGATTTCTGAAAATCAGGTTTT-----TG---TT-GA-AAA-A----C--CGTTTTCAA-CACACACCCCTCCACC-AT----T--TCACCCCCT-GGATGAAAAT-GAAAATTCTGAAACCCTATTGTAAAGC-T----ACAAGACACCACCA-ATT-TCT-TCTAT----AAGATCATTTAAACTGGCTAT-----------TG----CATAAAATGTAAAAGGGGTTCTGGGAGCAA-GG-----TTtgcgaaaaatgtaaaaggatttctgaaaatcaggtttttgttgaaaaaccgttttcaacacacacccctccaccatttcaccccctggatgaaaatgaaaattctgaaaccctattgtaaagctacaagacaccaccaatttcttctataagatcatttaaactggctattgcataaaatgtaaaaggggttctgggagcaaggtt
gi|7 : ctgtaagagttcagggaatcaaggtatttttttttaaagataACATCAATAG---GACGCCATC-AAAC-ATCATTCAAAAGATACTCT--A-G------CTACTGCACAAATTA--TAA-------A--------GAG------------TTTTC-C---G-------AA-CCAGTCGTTTTTCA-ACTC---ATATTTGGGAC-C-A-----AAT-TGAA-AA-TTTCGAAAACTTGTTTTTGGGACTCATTTGGC--CTTA----TGAGTGAA------------A---ATT---C-----A---G-A-AACTACAC-GA-T--TCT-----CCCAATCATTA-A-T-TA---A-------GATA--T--------T-ACGTA-AAATG------T---TCTAGTTCTGGGAACT---CTTTTTAGCTG---TA-GA-AAACA----CAGAGTTTTTTA-C-C-----------TC-------------------AGGGTAACATC-GAAAATTCTGAAACCATATTGCATATC-T----AC
gi|8 : GGTGAATAT-AAAAATTCTAAAACCTTATCACAGATC-T----ATAGGACACCAACG-ATTACCT-TCCAA----AAG----------------ATGACTTGGATACTG----TGTAAAATGTATTAGGAGTTCTTGGAAACA-GA-----TTT-TTT---------A--AAC---CACAA----TTTTTTACC---AGCAATTT-GCT-CCAGAAAA-AAAAAATCGATAATTCAGA--------AATCTTAATGCA-TGTATAC-AGGATACCTT-CTGTCAT-ATTCCATAGG---ATGAA----TA-GGTTACAGC-TT-------AAATAAATA-GGAGATTGAGGAAGAA-GAGTGTGTAAAAAACGAACGGACAGACCAGGGTtgcatggctagaaatta
gi|9 : cccggt---CCATTTTCTCCTC-A-----AAG-CGAA-AAAT---GAAA------TTCCAAAA---------CTACTTAACACC---TACAAGACTAAGAATTCTGAATCTA-T-----A---GGA-CACCAT-C-AA-TCATTA-----TCCAAA-GATG-A-G-TT---G-------GCTA--C--------T-GCATA------------TAAGGG---TTCTGGGAACAAAGTGTT-----TG---TA-TA-AAA-A----CGACGTTCTCGA-CGC-----------CC-AT----T--TGATCCT-TGAAGT--AAAT-GAAAATTATGACACTTTACTGTACATC-T----ACAAGATACCACTGAATCATTT-TCCAGAATCAAG----------------AT-----------TGGTTATGTAAATTGTAAGAGGAGTTCTGGAAACCA-Gg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACATATAAAGATAGAATATTTCGAAGGCAAGTGCTCAGGTGTTGTTCCAACCCCCATCATTCTTTCATTGCTCAAATATTTTTTTTTATAAATTTGTCGAGATTACAATCATAAAGCA
Unaligned ( gi|24 ): GTGTCATAGGACAATAGTATCCCCCAACATTTTTTGATTGTTGAAATATCTTTAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 44444444444444444444 22 111 11 55555555555555555 99999999999999999999999999999999999999999 2222 1111111111 11111 222222 111111111111 2222222222222222 22222222222 11111111111 11111111 11111 1111111111 1 22222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22222222 11 444444444444 11111 3333333333333333333333 111 1 111 111 3333333 22222 111111 333333
lowQualScore : 8 1 333333333333333 00000000000000000000 1 22 222 66 6 3 77 1 22 1 2 888 0 66 5 0 44444444444444444 0 2 0 0 999 55555555555555555555555555555555555555555 1 77 1111 1111111111 0 0 5 5 11111 4 4 4 777 444444 555555555555 88888888 3333333333333333 3 77777777777 3 0 444 3 88888 44 3 3 77777777777 55 44444444 4 0 4 999999 22 1 00000 777 77 4 3333333333 0 7 00000000000 3 888888888 2 333 1 3 99 2 3 7777 2 5 33 0 5 777777777777777777777777777777777777777777777 5 3 5 66666 8 11111111 11 888888888888 6 66666 8 6 9999 3 6 9999999999999999999999 1 111 99 6 8 222 3 99 22 444 44 6666666 8 22222 1 999999 4 6 3 333333 0
lowQualScore : . . ............... .................... . .. ... .. . . .. . .. . . ... . .. . . ................. . . . . ... ......................................... . .. .... .......... . . . . ..... . . . ... ...... ............ ........ ................ . ........... . . ... . ..... .. . . ........... .. ........ . . . ...... .. . ..... ... .. . .......... . . ........... . ......... . ... . . .. . . .... . . .. . . ............................................. . . . ..... . ........ .. ............ . ..... . . .... . . ...................... . ... .. . . ... . .. .. ... .. ....... . ..... . ...... . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 000000000000000 44444444444444444444 4 77 888 55 7 5 77 0 00 0 4 888 7 44 7 7 00000000000000000 1 7 1 3 666 00000000000000000000000000000000000000000 7 99 9999 6666666666 2 2 0 0 11111 0 0 0 000 000000 555555555555 66666666 0000000000000000 3 88888888888 3 2 333 3 33333 99 3 3 99999999999 55 55555555 0 5 0 666666 44 0 00000 000 77 0 8888888888 9 3 99999999999 6 555555555 3 555 0 6 00 6 6 7777 5 0 11 2 0 999999999999999999999999999999999999999999999 2 0 7 77777 0 22222222 00 444444444444 0 00000 8 7 7777 2 7 7777777777777777777777 4 444 44 0 0 222 8 44 22 000 88 0000000 0 66666 0 555555 8 7 5 222222 3
consensus : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAA-ACC-TAAAG-CCNATATATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTCG--TTTTCCNTCCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNATAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATCT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-C--GTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A---G-A-CACCAC-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--TGGNCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CGTAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG-A---AA--AAC--GTAC-G----TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GACTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-721 ) : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAA-ACC-TAAAG-CCNATATATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTCG--TTTTCCNTCCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNATAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATCT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-C--GTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A---G-A-CACCAC-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--TGGNCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CGTAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG-A---AA--AAC--GTAC-G----TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GACTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : ATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAA-GCC-TAAAG-CCTGTATATTCTTGGTGCA-ATGAGCA-------CC-A-GCTTTTTGT-CGTCG--TTTTCCCTCCCCATTTGCTACACAA-GGTAAAAAAGAAAATTCTGTAAACGTATTGCATATCTACAG---GACACCATC-AGTC-ACCTCCCAAAAGATGATTT--ATATTT-GTCTACTGCGTTAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGTG------------TTTTACT---GCAGG--AAA-T--ATCACTTTTCA-ACCT---CCAATTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCTGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---GTCTA-C-----A---A-A-CACAAC-T-AA-ACAGTT-----TTCAAAAAATA-A-T-TT---G-------GCTG--C--------T-GCATG-AATTG------TAAGAGGAGTTCTGGAGACCAGGATTG-----TG---CA-GA-AAA-T----CGTCGTTTTTGA-T-C-----------CC-AT----T--TAGCCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCC-AAACCTTATTGTGCACC-T----ATAGGACAGCACCG-ATTATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CATAAAATGTATGAGGAGTTCTGGAAACCA-GG-----TTTATTTCAG-G---AA--AAC--GT-C-GGGGTTTTTTTAAA---CCCAATTT-GCT-CT-GAGGG-TAAAATT----------GA--------AACCTAGTAGCA-CAT-TAC-AGGGCACTAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---AT-TAACTTCATGGTTACTGCTTT----TTAAAAGATA-A-AGAGTTTGGGGAAAAACGGGAG-GTGACAGACGGACGGAC-GACAAGGGTAGCATCGATATACCCAGACTTTCTTTAGAAAGTGCGGATA
gi|10 : TTTGTTCGTCG--ATTTCCATTCC-ATTTGTTGCTCTA-GGTGAAAAAGAAAAATCCAAAAACAAATTGCAAATCAAAAG---AACACCCTCTAATC-GTCTACCAAAAGAT---CT--G-A----GTTT--TGGG--AACTA------------------TCTTTG------------TC--A-T---GTAGG--AAAGC--GCCCTCTTT-G-ATTC---CCACTTGGTTC-CTA-----GGT-TGAAGAA-T---GAAAA-----TTCTAAAA---------C--TTTA----T---TGCA------------CAG-ATTTA-T-----G-----------AC-C-AA-TTACCT-----CCTTAAAGATG-ATT-TT---GCGACTTCGCCA--C--------T-ATGTA-AAATG------AAAAGGGAGTTCTAGaa
gi|11 : gtgTACCTTTAAAAT-AGTTGAGATCCCAA--CC-TAAAGGTTGGGATATGCTTGTTGCACGTGA-CA-------CA-ATGCACTGAGT--ATCAGATTTTCCA-CCCCGTTTGCCCC-CAATGGTGAAAAGGAAAATTCCATAAACAAAT---ACAT-TATAG---c
gi|12 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatccctttTGCA-CTAA-CA-------CC-A-ATTGTTTGT-TCTCA--TTTTCCTTCT--AGTT-CCCTTAAA-AGTTAACAAGAAAATTCCGAAAACTTATTGCATATCAATAGACAGACA-CATG-AAT--ATCTCCAAAAACATGATCCTAA-ATTAAGT-TACTGTATAAAGTT--CAA-------Gacgaaagacaaca
gi|13 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaaTTTTCGACC-C-----------CC-AT----T--AAAACCCCT-GGGTGAAAATAAAAAATTCAAAGACTTTAGTGCACATCATTTCAACAGGACACCAACG-ATCG----TCCA----------------------------------------------AAAATATAT---GAGTTCTGAGAACCAGGG-----TTT-TTTCAG-A---AAAGAAC--ATAT-G----ATTTATACT---CCC-ATTG-GCCACC-G-GGG-TAAAGGT----------GG--------AAgag
gi|14 : atcatTTT-GGC-TC-GAGGGGTGAAAAT----------GA--------AAATTC--TGAAACAT-TAT-TGTACATC----TA-CAG-ATTTCAAAAG---ATAAA---T--TGGTAGCTGC-TTACAATTAAAAGAGA-C-A---TTTCAGAAAGTA-GAAAGTGTGGCAGACAGATGGACAAACCAGATTAACAACAACATACCCAAACACTCTTAAGAA
gi|15 : atcatTTTGCCTC-C-A-----GGG-TTGC-AT-T---GACAA-----CTCTGAAA---------C--ATTA----T---TGCA------------C---ATTTA-CTACCTA---GTA-AATTGC-CTAC-TCATAT-----TCCAAAGAATACA-TATT---G-------GTTG--C--------T-TCTTC-AAATG------AAAGGGGAGTT
gi|16 : aatA------------C---ATCTAAT-----A---C-ATCATCAT-C-AA-TTTTCT-----ACCAAAAGATG-T-T-TTTAGG-------GCTA--C--------TCACATA-AGATG------TTAGAGAAGTTTTtca
gi|17 : G-TGAA-AA-T---AAAAAAAAAAT--CGAAA---------A--CTTA----T---TGCA------------C---ATTTA-C-----A---GAA-CATC-C-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGAT-------------------GCTAAGT--------T-GCAAA-ACATGTATATATAAGAGGAGttaaaagctgtctttattttaagaaaattaccctcttttatcacccc
gi|19 : CTAGGGACCAGGATTT-----TG---TA-GA-AAA-AAAGCCGGTGTTTTGGA-C-C-----------CCCAT----T--TTGACCC-TAGGGTGAAAAG-AAAAATTCTAAAACTTTATTCC---------------GACACCACTA-ATTATCT-TCCAcccccctccttcctcccccctt
gi|2 : ccATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCCAACACT-TCAAG-CAAATATATTCTTGTTGCA---------------------CTTCTTGTTCGTCG--TTCTCCA-CCCGATTTGCCCCTCAA-TGTGAAAAAGAAAATTTCGAAAACTTATTTCACATTTAAAG---GACACCATC-AATC-TTCTCCCAAAAGATGAT-------TT--GGCTACTCTATAAAACGTACAA-------G-GAGTTCTACGAACTTTTA----TTTTA-T---ATAGA--AAACC--GCCGTTTTTCA-ACTC---CAAT
gi|2 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaCAATCG---AACACCA-C-TATCTACCTTTTTAAAGATGAT-------TT--GGCTACTGTGTAAAATG--CAA-------GAGGAT-CTGAA----------------A-A---GTCGGGAAAA-T--GTCATTTTTAA-AAAAAAATTATTCAGCCC-C-C-----AGG-T----------------------TCCAAAA---------A--CGTC----T---TGCA------------C---ATCGA-CT----G---G-A-CACCGC-A-AA-TTATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---C-------GATA--CAACATATGT-ACGTATAACTG------TAAGAGGAATTCGAGGAACC--GATTT-----TGATTTT-TA-AAA-A----CGTTGTTTTCGACC-C-----------CC-AT----C--TGGGCCCCCAGGATGAcgaacaccactatctacctttttaaagatgatttggctactgtgtaaaatgcaagaggatctgaaaagtcgggaaaatgtcatttttaaaaaaaaattattcagcccccaggttccaaaaacgtcttgcacatcgactggacaccgcaaattatcttccaaaagatgatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|20 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaactcAATG------TAAGAAGAGTTCCCGGAACCA--TTTT-----TG---TT-GATAAA-A----TAT---TTTCG--C-C-----------CC-ATGTTTT--TGGTCTC--AGAATGAAAAT-GAATACTC-------TT-TTCTGCTTC-T----ACAGGACA
gi|21 : -----GAG-TGCA-AA-T---GAAAT-----TTCCGAAA---------C--CTCA----T---TGCA------------C---ATTTA-C-----A---GTA-CGCCTC-C-AT-TCATCT-----TCCAAAATATT-A-T-T
gi|22 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaactAATG------TAAGAGGGGTTCTGAAAGCCAGGATAT-----TC---T---------------TTCATTTAC---C-C-----------CC-AT----TAATAGGCCCC-AGGATGAATAT-GAAAATTCCAAAATGTTATTGTACATC-T----A
gi|23 : TAAAACAG-----GAGTTTGAGGAGGAA-GAAAGTATGACAGACGAGC-------CT-GGATAACAACAATATACCCGTACTTCCTTTAG
gi|25 : ATATCTTTGAAAT-GTTTGAGGTTCCAA-ACCTTAAAG----ATACACTCTTGTTGCA-A
gi|26 : tcagGTAAAAACAATATACTCGAGCTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTAatt
gi|3 : -----TTCCAAAA---------C--G------------GCA------------T----TTTA-C-----G---A-A-CAACAG-G-A---CATTT-----TATGGAAGGTG-A-T-TT---T-------AGTA--C--------T-GCATA-GAATG------TAAGAAAAGTTCTTGGAACCAGGTCTT-----TG---TAGGA-AAA-A----GGTCCTTTTCAACC-C-----------CC-AT----T--TGGT-TCTGAGGGT--------AAAATACAGAAATGTTATTCTACACC-T----ACAAAACACAAACG-ATGATTTGTCT-------------------------AT-----------TC----TGTTCACTGTATGA--AGTTTTTGGAAACA-GG-----TTT-GTTTAGAA---AA--AACTATTAC-A----TTTT---GA---CCTCATTT-GCC-CG-CCGGG-TAAAAC-----------AA--------AACCCCTTTACA-TAT-TTTGAAGATATCAC-CTACCACAATTATAG-AG---ATACGAC----TGTTTACTTC-AT----GGAAAGGAGA-A-A---CTCAAGGAAGAA-GAAAGTGTTATAGACAGATG----GATTAAGGCAAAAGCAATATAtaatgaaata
gi|4 : tgagccaatgGAAGAGTTCTGGTGACCAGGTTTA-----AG---TA-GA-AAA------CGTTGTTTTCGA-C-CT----------CT-AC----T--T-GACCCTTAGGGTAAAACT-GGATATTTCGGAACTCTCTTGCACCTC-T----ACAGGGCAC-------TCCTAT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TA----C-----ATGTATgat
gi|4 : -TC----TTAAAATAAA-AGAGCGTTAAAGGAAGAA-AAAGGAGTGATGGACGGAC--------TAGGGTAACAACAATATGCCTGAACTTTCTTTAAAGAGTGCAGGTAcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|5 : gaagagttctggtgaccaggtttaagtagaaaacgttgttttcgacctctacttgacccttagggtaaaactggatatttcggaactctcttgcacctctacagggcactcctattccaaaagattacatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtcttACATTTTTCAGATCGTTTGAGATCCCA------------TCCATACATTTTTGTTGCATATGA-CATAATGCACCGA-GCTCCAGGT--GTC-------CCG-CCCCATTGGTTCCTCAA-TGTGAAATGGAACATCCTGGAACCCCATTGCACCTCT--------------T---GTC-ATCTCTCAAGA-------------TT--GT-TGCTGTATAAAATG--TAATTCCAGTAAGGAATCCAGGAGACCATCATTTTTTTT-TCCAATAGG--AAAAC--GTCGTTTTTCA-TCCC---CCACT---CCC-C-ACCCCCGGG-TGAC-AA-T---AGAAA-----T-CTGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-T-----ATGGG-A-AAATAT-C-AA-TTATCTTTAGGTTCAGAAGATG-A-T-TT---G-------taag
gi|6 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaAAGAGTTCAGGGAATCA-AGGTATTTTT-TTTTAA-AGATAA--AAT--GT--------TGTTTTAAGGATCTCCATTTAGAC-TA-AAGGA-TGAAAAT----------GACATTCCAAAATGTTATTGCA-AATCTAC-AGGACACCACAAAATCAT-CTTCCAAAAGACAATATAACTTC
gi|6 : ctgt--AAA-T--GTTGTTTTAAGGATCT---CCATTTAGACT-A-A-----AGGATGAA-AA-T---GACA------TTCCAAAA---------T--GTTA----T---TGCA------------A---ATCTA-C-----A---GGA-CACCAC-A-AAATCATCT-----TCCAAAAGACA-A-T-AT---A-------ACTT--C--------T-GCGAA-AAATG------TAAAAGGATTTCTGAAAATCAGGTTTT-----TG---TT-GA-AAA-A----C--CGTTTTCAA-CACACACCCCTCCACC-AT----T--TCACCCCCT-GGATGAAAAT-GAAAATTCTGAAACCCTATTGTAAAGC-T----ACAAGACACCACCA-ATT-TCT-TCTAT----AAGATCATTTAAACTGGCTAT-----------TG----CATAAAATGTAAAAGGGGTTCTGGGAGCAA-GG-----TTtgcgaaaaatgtaaaaggatttctgaaaatcaggtttttgttgaaaaaccgttttcaacacacacccctccaccatttcaccccctggatgaaaatgaaaattctgaaaccctattgtaaagctacaagacaccaccaatttcttctataagatcatttaaactggctattgcataaaatgtaaaaggggttctgggagcaaggtt
gi|7 : ctgtaagagttcagggaatcaaggtatttttttttaaagataACATCAATAG---GACGCCATC-AAAC-ATCATTCAAAAGATACTCT--A-G------CTACTGCACAAATTA--TAA-------A--------GAG------------TTTTC-C---G-------AA-CCAGTCGTTTTTCA-ACTC---ATATTTGGGAC-C-A-----AAT-TGAA-AA-TTTCGAAAACTTGTTTTTGGGACTCATTTGGC--CTTA----TGAGTGAA------------A---ATT---C-----A---G-A-AACTACAC-GA-T--TCT-----CCCAATCATTA-A-T-TA---A-------GATA--T--------T-ACGTA-AAATG------T---TCTAGTTCTGGGAACT---CTTTTTAGCTG---TA-GA-AAACA----CAGAGTTTTTTA-C-C-----------TC-------------------AGGGTAACATC-GAAAATTCTGAAACCATATTGCATATC-T----AC
gi|8 : GGTGAATAT-AAAAATTCTAAAACCTTATCACAGATC-T----ATAGGACACCAACG-ATTACCT-TCCAA----AAG----------------ATGACTTGGATACTG----TGTAAAATGTATTAGGAGTTCTTGGAAACA-GA-----TTT-TTT---------A--AAC---CACAA----TTTTTTACC---AGCAATTT-GCT-CCAGAAAA-AAAAAATCGATAATTCAGA--------AATCTTAATGCA-TGTATAC-AGGATACCTT-CTGTCAT-ATTCCATAGG---ATGAA----TA-GGTTACAGC-TT-------AAATAAATA-GGAGATTGAGGAAGAA-GAGTGTGTAAAAAACGAACGGACAGACCAGGGTtgcatggctagaaatta
gi|9 : cccggt---CCATTTTCTCCTC-A-----AAG-CGAA-AAAT---GAAA------TTCCAAAA---------CTACTTAACACC---TACAAGACTAAGAATTCTGAATCTA-T-----A---GGA-CACCAT-C-AA-TCATTA-----TCCAAA-GATG-A-G-TT---G-------GCTA--C--------T-GCATA------------TAAGGG---TTCTGGGAACAAAGTGTT-----TG---TA-TA-AAA-A----CGACGTTCTCGA-CGC-----------CC-AT----T--TGATCCT-TGAAGT--AAAT-GAAAATTATGACACTTTACTGTACATC-T----ACAAGATACCACTGAATCATTT-TCCAGAATCAAG----------------AT-----------TGGTTATGTAAATTGTAAGAGGAGTTCTGGAAACCA-Gg
blockSeqs : C G ACACTTCAAGCAA TATGACATAATGCACCGA C TC AGA AT C T TG A AA A A ACA CT T GATCCTAAATTAAGT G TAC TTCCAGTAAGGAATCCAGGAGACCATCATTTTTTTTTCCA T GA CCA AAAAAAAAA T T CCCCC A G A TTC AAAAAA CTCATTTGGC ACACC AGACTAAGAATTCTGA A TACCTAGT T CT A TTAGG AC T A GCGACTTC AG AACATATG C T TATATA AG A TTAGC ATT AG T AAAGCCGGT C A ACACCCCTCCA C GTTTTTG A CCA G A AA T A TTCA A A CG G TAAGATCATTTAAACTGGCTATTGCA G A G GTATT . TAAAGAT AG TATTACA A AGGAT C A ACC A G ATCGATAATTCAGA A CTT AC C G ACA C CA AA ACA AA ACT . ACAAT G AGAGC T . T GGACAA
blockSeqs : . A ACCTAAAGGTTG CGTGACACAAT G TC G TT G T G T AA T T . G . GATTTGGC T C GGAGTTCTACGAACTTTTATTTTAT T . GC AGGATCT . . . . . . . ACTTGT CTA TGAG CAG . ATGGG . AC . . G . . TAGG . . . . . AG A . . A . CACAGA C G T . TAATA A TGA G . TA T . . C . TA . AAAGATGACTTGGATACTGTG A G . . . TAGAA . ATATG T CT C . CCA C . ATGACATTCCAA C TAT T A . AC T G AA . AC TT . G C TAGGA T . T GGACAG
blockSeqs : . T AACCTTAAAG CTAACACCA T T A A C T A A TT A T . C . GATTTGGC T C GAGGATCTGAAAA T . CC CAACTC . . . . . . . A C T C . AGA . C . . G . . G . . . . . AG T . . T . ACGTT C . . . TAA G TTA G . CA G . . A . GA . GAATCAAGATTGGTTATG T G . . . CAGA . CACAA T GA A . TC A . GTGG T TAA A . . TT T T TA . AT TA . T G CA C . T GG
blockSeqs : . T TCC . C . G A . T T A TT T A . C . ACTCTAGC T T TCTTTGTCAT T . AC CATCCC . . . . . . . A C T C . TGG . C . . G . . C . . . . . AG A . . T . AGGTC . . . . TTT T CT G . AG G . . C . CC . AAAGATTAC G G . . . . . GT . CC . . CG A . ATGA T C T . . . . T G . GA . . T GA A . A .
blockSeqs : . . G . . T G CC A T . C . CTGAGTT T T AGAGTTTTCC . . T CAACTC . . . . . . . T A T C . AGT . C . . T . . T . . . . . AG T . . A . ACGAC . . . . CTG G TA G . CG T . . A . TA . ATTCTG . . . . . TA . . CAA T AA T . T .
blockSeqs : T T . . . TTGT C . . T GATTC . . . . . . . A A T C . AGG . A . . G . . G . . . . . AA T . . T . ATAT . . . . TTG T CA A . TG C . . C . CA . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . C T C . AGG . C . . G . . A . . . . . A T . . A . CGTT . . . . TTC A CT G . TG C . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . C T T . AC . G . . A . . A . . . . . . C . . A . TTC . . . . TTG C TG A . TA C . .
blockSeqs : . . . . . C T C . GA . C . . A . . G . . . . . . T . . . . ACC . . . . TT T A G . TG T . .
blockSeqs : T . A . AG . A . . G . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : A . G . C . . . . . . .
blockSeqCons : ACCCCAAAG****** CTGACACA************ T* A* GATTTGGC********* GGAGTTCTGAATCGTCTTNT********************* C*** AGG******** CA* CG AAAGATATTGGTACTG***************************** CAG***** CGTAA******* AN NA**** GG****
originalCons : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAA-ACC-TAAAG-CCNATATATTCTTGTTGCA-ATGA-CA-------CC-A-GCTCTTTGT-CGTCG--TTTTCCNTCCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNATAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATCT--A-ATT--GTCTACTGCGTAAAATG--CAA-------GAGGGTTCTGNG------------TTTTA-T---GTAGG--AAA-C--GTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A---G-A-CACCAC-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--TGGNCCCCTAGGGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAA----AAG----------------AT-----------TG----CGTAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG-A---AA--AAC--GTAC-G----TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGA-A-AGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGGAC-GACTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
finalCons : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCCAACCCCAAAG------ATATATTCTTGTTGCACTGACACA------------GCTCTTTGTT-GTCG--TTTTCCA-CCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNATAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGATGATTTGGC---------TACTGCGTAAAATG--CAAGGAGTTCTGAATCGTCTTNT---------------------GTAGG--AAAC---GTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-CAGG--------A-CACCAC-C-AA-TCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--TGGNCCCCA-GGGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAAAAGATATTGGTACTG-----------------------------TAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG-----AA--AACCGTAA-------TTTTTTANN---CCCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGC-TT----TTAAAANAGANA----GTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGTGACAGACGGACGG----ACTAGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACATATAAAGATAGAATATTTCGAAGGCAAGTGCTCAGGTGTTGTTCCAACCCCCATCATTCTTTCATTGCTCAAATATTTTTTTTTATAAATTTGTCGAGATTACAATCATAAAGCA
Unaligned ( gi|24 ): GTGTCATAGGACAATAGTATCCCCCAACATTTTTTGATTGTTGAAATATCTTTAAAATGG
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444 5555555555555555555 22 111 11 33333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11111 222222 111111111111 2222222222222222 11111111111 11111111 11111 222222222222222 88888888888888888888888888888888 11111 333333333333333333333333 11111111 3333333333333333333333 111 1 111 111 3333333 222222222 111111 1111 22222222
lowQualScore : 8 1 8 4444444444444444444 7777777777777777777 7 33 222 22 3 77 1 22 1 55 777 1 5 5 0 66 66 22222222222222 9999 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 333 777 0 0 5 5 11111 4 4 4 777 444444 555555555555 7777 666 5555555555555555 3 9999999999 0 8888888 1 88888 44 3 3 77777777777 55 44444444 4 0 4 999999 22 1 00000 777 77 4 4 88888888 111111111111111 7 7777 77777 1 33 3 1 3 99 2 3 7777 2 5 33 0 5 44444444444444444444444444444444 5 3 5 66666 8 999999999999999999999999 5 99999999 1 6 9999 3 6 9999999999999999999999 1 111 99 6 8 222 3 99 22 444 44 6666666 999999999 6 1 222222 2 55 6 3 4444 1 1 55555555
lowQualScore : . . . ................... ................... . .. ... .. . .. . .. . .. ... . . . . .. .. .............. .... ...................................................................... . ... ... . . . . ..... . . . ... ...... ............ .... ... ................ . .......... . ....... . ..... .. . . ........... .. ........ . . . ...... .. . ..... ... .. . . ........ ............... . .... ..... . .. . . . .. . . .... . . .. . . ................................ . . . ..... . ........................ . ........ . . .... . . ...................... . ... .. . . ... . .. .. ... .. ....... ......... . . ...... . .. . . .... . . ........
lowQualScore : 0 0 0 4444444444444444444 8888888888888888888 5 22 888 33 5 77 0 00 0 66 888 4 0 0 2 99 99 55555555555555 5555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 888 888 2 2 0 0 11111 0 0 0 000 000000 555555555555 7777 444 0000000000000000 3 3333333333 4 0000000 6 33333 99 3 3 99999999999 55 55555555 0 5 0 666666 44 0 00000 000 77 0 0 99999999 555555555555555 3 7777 66666 0 66 3 0 6 00 6 6 7777 5 0 11 2 0 88888888888888888888888888888888 2 0 7 77777 0 666666666666666666666666 8 88888888 0 7 7777 2 7 7777777777777777777777 4 444 44 0 0 222 8 44 22 000 88 0000000 000000000 7 0 777777 5 88 7 5 2222 7 0 88888888
consensus : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCC-AACCC--TAA--AG---AT----ATATTCTTGTTGCAC-TGA-CACCAAT-------GCTCTTTGTT-GTCG--TTTTCCA-CCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNA-TAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGAT--GA--T------TT------GGCTACT-GCATAAAATG--C--AA---------G-GAG--TTCT---GAA-----NC-GTCTT--A-T------GTAGGAAA-----CGTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A--GGACACCAC-C-AATCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--T-GGNCCCC-AG-GGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAAAA--GAT-------A--TTGG-T-C--TG--TAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG--A---AA--AACGT-A----TNTTTTANA---C-CCCATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGCTT----TT---A-AAATA---GAGAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGT----GACAGACGGACGGAC----T---AGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
Reference ( family-721 ) : ATATCTTTAAAAT-GNTTGAGATTCC-AACCC--CAA--AG---AT----ATATTCTTGTTGCAC-TGA-CAC-A---------GCTCTTTGTT-GTCG--TTTTCCA-CCCCATTTGCCCCTCAA-GGTGAAAAAGAAAATTCCGNAAACNNATTGCACATCNA-TAG---GACACCATC-AATC-ATCTCCCAAAAGAT--GA--T------TT------GGCTACT-GCGTAAAATG--C--AA---------G-GAG--TTCT---GAA-----TC-GTCTT--N-T------GTAGGAAA-----CGTCGTTTTTCG-ACCC---CCATTTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCCGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-C-----A--GGACACCAC-C-AATCATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---G-------GCTA--C--------T-GCGTA-AAATG------TAAGAGGAGTTCTGGGAACCAGGNTTT-----TG---TA-GA-AAA-A----CGTCGTTTTCGA-C-C-----------CC-AT----T--T-GGNCCCC-AG-GGTGAAAAT-GAAAATTCCGAAACCTTATTGCACATC-T----ACAGGACACCACCG-ATCATCT-TCCAAAA--GAT-------A--TTGG-TAC--TG--TAAAATGTATGAGGAGTTCTGGGAACCA-GG-----TTT-TTTCAG--A---AA--ACCGTAA----TTTTTTANN---C-CCNATTT-GCC-CC-GAGGG-TAAAANT----------GA--------AACCTCATTGCA-CAT-TAC-AGGACACCAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---ATANAACTTCATGGTTACTGCTT----TT---A-AAANA---GANAGTTCGAGGAAGAA-GAAAGTGT----GACAGACGGACGGAC----T---AGGGTAACAACAATATACCCGAACTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTA
gi|1 : ATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCC-AAGCC--TAA--AGCCTGT----ATATTCTTGGTGCAA-TGAGCACCA---------GCTTTTTGTC-GTCG--TTTTCCCTCCCCATTTGCTACACAA-GGTAAAAAAGAAAATTCTGTAAACGTATTGCATATCTA-CAG---GACACCATC-AGTC-ACCTCCCAAAAGAT--GA--T------TTATATTTGTCTACT-GCGTTAAATG--C--AA---------GAGGG--TTCT---G--------T-GTTTT--ACT------GCAGGAAA-----TATCACTTTTCA-ACCT---CCAATTGGCCC-C-A-----GGG-TGAA-AA-T---GAAAA-----TTCTGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---GTCTA-C-----A--A-ACACAAC-T-AAACAGTT-----TTCAAAAAATA-A-T-TT---G-------GCTG--C--------T-GCATG-AATTG------TAAGAGGAGTTCTGGAGACCAGGATTG-----TG---CA-GA-AAA-T----CGTCGTTTTTGA-T-C-----------CC-AT----T--T-AGCCCCCTAG-GGTGAAAAT-GAAAATTCC-AAACCTTATTGTGCACC-T----ATAGGACAGCACCG-ATTATCT-TCCAAAA--G---------A--TTG-------CA--TAAAATGTATGAGGAGTTCTGGAAACCA-GG-----TTTATTTCAG--G---AA--AACGTCGGGGTTTTTTTAAA---C-CCAATTT-GCT-CT-GAGGG-TAAAATT----------GA--------AACCTAGTAGCA-CAT-TAC-AGGGCACTAC-CTATCAC-ATTCCAGAAG---AT-TAACTTCATGGTTACTGCTT----TTTAAA-AGATA---AAGAGTTTGGGGAAAAACGGGAG-GT----GACAGACGGACGGAC----GACAAGGGTAGCATCGATATACCCAGACTTTCTTTAGAAAGTGCGGATA
gi|10 : TTTGTTCGTCG--ATTTCCA-TTCCATTTGTTGCTCTA-GGTGAAAAAGAAAAATCCAAAAACAAATTGCAAATCAA-AAG---AACACCCTCTAATC-GTCTACCAAAAGATCTGAGTT------TT------GGGAACT-A---------------------------------TCT-----------TT-GTC----A-T------GTAGGAAAG----CGCCCTCTTT-G-ATTC---CCACTTGGTTC-CTA-----GGT-TGAAGAA-T---GAAAA-----TTCTAAAA---------C--TTTA----T---TGCA------------CAG-ATTTA-T-----G---------AC-C-AATTACCT-----CCTTAAAGATG-ATT-TT---GCGACTTCGCCA--C--------T-ATGTA-AAATG------AAAAGGGAGTTCTAGaa
gi|11 : gtgTACCTTTAAAAT-AGTTGAGATCCC-AACCT---AA--AG---GTTGGGATATGCTTGTTGCACGTGA-CAC-AAT-------GCACTGAGT--ATCAGATTTTCCA-CCCCGTTTGCCCC-CAATGGTGAAAAGGAAAATTCCATAAACAAAT---ACAT-TA-TAG---c
gi|12 : cctgcacatgtatcaatatgcatggagtattctgataggcaagtgctcctagggcaacccaatccctttTGCAC-TAA-CACCA---------ATTGTTTGTT-CTCA--TTTTCC--TTCTAGTT-CCCTTAAA-AGTTAACAAGAAAATTCCGAAAACTTATTGCATATCAA-TAGACAGACA-CATG-AAT--ATCTCCAAAAACAT--GA--TCCTAAATTA-----AGTTACT-GTATAAAGTT--C--AA---------G-GAG--acgaaagacaaca
gi|13 : tttgattggtcaaattttctaaaatcttagagtgtaacccttaaatcaatgcacatgacagaaTTTTCGA-C-C-----------CCCAT----T--A-AAACCCC-TG-GGTGAAAATAAAAAATTCAAAGACTTTAGTGCACATCATTTCAACAGGACACCAACG-ATCG----TCCA---------------------------------AAAATATAT---GAGTTCTGAGAACCAGGG-----TTT-TTTCAG--A---AAAGAACAT-A----TGATTTATA---CTCCCATTG-GCCACC-G-GGG-TAAAGGT----------GG--------AA
gi|14 : atcatTTT-GGC-TC-GAGGGGTGAAAAT----------GA--------AAATTC--TGAAACAT-TAT-TGTACATC----TA-CAG-ATTTCAAAAG---ATAAA---T--TGGTAGCTGCTTACAATT---A-AAAGA---GACATTTC-AGAAAGTA-GAAAGTGT----GGCAGACAGATGGACAAACC---AGATTAACAACAACATACCCAAACACTCTTAAGAA
gi|15 : atcatTTTGCCTC-C-A-----GGG-TTGC-AT-T---GACAA-----CTCTGAAA---------C--ATTA----T---TGCA------------C---ATTTA-CTACCTA--GTAAATTGC-CTACTCATAT-----TCCAAAGAATACA-TATT---G-------GTTG--C--------T-TCTTC-AAATG------AAAGGGGAGTT
gi|16 : aatA------------C---ATCTAAT-----A--CATCATCAT-C-AATTTTCT-----ACCAAAAGATG-T-T-TTTAGG-------GCTA--C--------TCACATA-AGATG------TTAGAGAAGTTTTtca
gi|16 : ACATCTAATAC---ATCATCATC-AATT-TTCTACCAAAAGAT--GT--T------TTTAG---GGCTACTCACATAAGATG--TTAGA---------G-AAG--TTTTTTAAAA-----GCTGTCTTTAT-T------TTAAGAAAATTACCCTCTTTTATC--ACCC---Cttaaaagctgtctttattttaagaaaattaccctcttttatcacccc
gi|17 : G-TGAA-AA-T---AAAAAAAAAAT--CGAAA---------A--CTTA----T---TGCA------------C---ATTTA-C-----A--GAACATC-C-C-AATCATCT-----TCCAAAAGAT-------------------GCTAAGT--------T-GCAAA-ACATGTATATATAAGAGGAG
gi|19 : CTAGGGACCAGGATTT-----TG---TA-GA-AAA-AAAGCCGGTGTTTTGGA-C-C-----------CCCAT----T--T-TGACCCT-AG-GGTGAAAAG-AAAAATTCTAAAACTTTATTCC---------------GACACCACTA-ATTATCT-TCCAcccccctccttcctcccccctt
gi|2 : ccATATCTTTAAAAT-GATTGAGATTCC-AACACTTCAAGCAA---AT----ATATTCTTGTTGCAC-T-------------------TCTT-GTTCGTCG--TTCTCCA-CCCGATTTGCCCCTCAA-TGTGAAAAAGAAAATTTCGAAAACTTATTTCACATTTA-AAG---GACACCATC-AATC-TTCTCCCAAAAGAT--GA--T------TT------GGCTACT-CTATAAAACGTAC--AA---------G-GAG--TTCTAC-GAACTT--TT-ATTTT--A-T------ATAGAAAAC----CGCCGTTTTTCA-ACTC---CAAT
gi|2 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaCAA-TCG---AACACCA-C-TATCTACCTTTTTAAAGAT--GA--T------TT------GGCTACT-GTGTAAAATG--C--AA---------G-AGG--ATCT---GAA-----AA-GTC-------------G-GGAAAA-----TGTCATTTTTAA-AAAAAAATTATTCAGCCC-C-C-----AGG-T----------------------TCCAAAA---------A--CGTC----T---TGCA------------C---ATCGA-C-----T--GGACACCGC-A-AATTATCT-----TCCAAAAGATG-A-T-TT---C-------GATA--CAACATATGT-ACGTATAACTG------TAAGAGGAATTCGAGGAACC--GATTT-----TGATTTT-TA-AAA-A----CGTTGTTTTCGACC-C-----------CC-AT----C--TGGGCCCCC-AG-GATGAcgaacaccactatctacctttttaaagatgatttggctactgtgtaaaatgcaagaggatctgaaaagtcgggaaaatgtcatttttaaaaaaaaattattcagcccccaggttccaaaaacgtcttgcacatcgactggacaccgcaaattatcttccaaaagatgatttcgatacaacatatgtacgtataactgtaagaggaattcgaggaaccgattttgatttttaaaaacgttgttttcgacccccatctgggcccccaggatga
gi|20 : atatcgagatagatcgtgtattctgatggacaagtgtcctgggtcatctatcccccacaatatttgattgttcaaatatctttaaaatgattgagattccaacacttcaagcaaatatattcttgttgcacttcttgttcgtcgttctccacccgatttgcccctcaatgtgaaaaagaaaatttcgaaaacttatttcacatttaaaggacaccatcaatcttctcccaaaagatgatttggctactctataaaacgtacaaggagttctacgaacttttattttatatagaaaaccgccgtttttcaactcAATG------TAAGAAGAGTTCCCGGAACCA--TTTT-----TG---TT-GATAAA-A----TAT---TTTCG--C-C-----------CC-ATGTTTT--T-GGTCTC--AG-AATGAAAAT-GAATACTC-------TT-TTCTGCTTC-T----ACAGGACA
gi|21 : -----GAG-TGCA-AA-T---GAAAT-----TTCCGAAA---------C--CTCA----T---TGCA------------C---ATTTA-C-----A--GTACGCCTC-C-ATTCATCT-----TCCAAAATATT-A-T-T
gi|22 : cctgttcttcgtctgcttcgatttataaactAATG------TAAGAGGGGTTCTGAAAGCCAGGATAT-----TC---T---------------TTCATTTAC---C-C-----------CC-AT----TAAT-AGGCCCC-AG-GATGAATAT-GAAAATTCCAAAATGTTATTGTACATC-T----A
gi|23 : T---A-AAACA---G-GAGTTTGAGGAGGAA-GAAAGTAT----GACAGACGAGC---C----T----GGATAACAACAATATACCCGTACTTCCTTTAG
gi|25 : ATATCTTTGAAAT-GTTTGAGGTTCCAAACCT--TAA--AG---AT----ACACTCTTGTTGCA
gi|26 : tcagGTAAAAACAATATACTCGAGCTTTCTTTAGAAAGTGCGGGTAaatt
gi|3 : -----TTCCAAAA---------C--GGCA----T---TTTA------------CG--AACAA-C-----A--GGACA------------TTT-----TATGGAAGGTG-A-T-TT---T-------AGTA--C--------T-GCATA-GAATG------TAAGAAAAGTTCTTGGAACCAGGTCTT-----TG---TAGGA-AAA-A----GGTCCTTTTCAACC-C-----------CC-AT----T--T-GGTTCTG-AG-GGT--------AAAATACAGAAATGTTATTCTACACC-T----ACAAAACACAAACG-ATGATTTGTC---------T-------A--TT-----C--TG--TTCACTGTATGA--AGTTTTTGGAAACA-GG-----TTT-GTTTAGAAA---AA--ACTATTA----CATTTT-GA---C-CTCATTT-GCC-CG-CCGGG-TAAAAC-----------AA--------AACCCCTTTACA-TAT-TTTGAAGATATCAC-CTACCACAATTATAG-AG---ATACGAC----TGTTTACTTCAT----GG---A-AAGGA---GAAA-CTCAAGGAAGAA-GAAAGTGT----TATAGACAGATGGAT----T---AAGGCAAAAGCAATATAtaatgaaata
gi|4 : tgagccaatgGAAGAGTTCTGGTGACCAGGTTTA-----AG---TA-G--AAA-A----CGTTGTTTTCGA-C-CT----------CT-AC----T--T-GACCCTT-AG-GGTAAAACT-GGATATTTCGGAACTCTCTTGCACCTC-T----ACAGGGCAC-------TCCTAT-TCCAAAA--GAT-------gat
gi|4 : TC----TT---A-AAATAAAAGAGCGTTAAAGGAAGAA-AAAGGAGT----GAT----GGACGGAC----T---AGGGTAACAACAATATGCCTGAACTTTCTTTAAAGAGTGCAGGTAtacatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtctttcttaaaataaaagagcgttaaaggaagaaaaaggagtgatggacggactagggtaacaacaatatgcctgaactttctttaaagagtgcaggtataag
gi|5 : gaagagttctggtgaccaggtttaagtagaaaacgttgttttcgacctctacttgacccttagggtaaaactggatatttcggaactctcttgcacctctacagggcactcctattccaaaagattacatgtatcgtttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctttgtcttACATTTTTCAGATCGTTTGAGATCCC-ATCC-------------AT----ACATTTTTGTTGCATATGA-CAT-AATGCACCGAGCTCCAGGT--GTC-------CCG-CCCCATTGGTTCCTCAA-TGTGAAATGGAACATCCTGGAACCCCATTGCACCTCT---------------T---GTC-ATCTCTCAA-------GA--T------T--------GTTGCT-GTATAAAATG--T--AATTCCAGTAAG-GAA--TCCA---GGAGACCATC-ATTTT--T-TTTTCCAATAGGAAAA----CGTCGTTTTTCA-TCCC---CCACT---CCC-C-ACCCCCGGG-TGAC-AA-T---AGAAA-----T-CTGAAA---------C--CTTA----T---TGCA------------C---ATCTA-T-----ATGGGAAAATAT-C-AATTATCTTTAGGTTCAGAAGATG-A-T-TT---G-------taag
gi|6 : tctaatgggtaagtgtctcgggtctcccgccccgtcattcaattaaattaattgtttaaAAGAGTTCAGGGAATCA-AGGTATTTTT-TTTTAA--AGATAA--AATGT------TGTTTTAAGGATC-TCCATTTAGAC-TA-AAGGA-TGAAAAT----------GACATTCCAAAATGTTATTGCA-AATCTAC-AGGACACCACAAAATCAT-CTTCCAAAAGACAATATAACTTC
gi|6 : ctgtAAA-----TGTTGTTTTAAGGATCT---CCATTTAGACT-A-A-----AGGATGAA-AA-T---GACA------TTCCAAAA---------T--GTTA----T---TGCA------------A---ATCTA-C-----A--GGACACCACAA-AATCATCT-----TCCAAAAGACA-A-T-AT---A-------ACTT--C--------T-GCGAA-AAATG------TAAAAGGATTTCTGAAAATCAGGTTTT-----TG---TT-GA-AAA-A----C--CGTTTTCAA-CACACACCCCTCCACC-AT----T--T-CACCCCC-TG-GATGAAAAT-GAAAATTCTGAAACCCTATTGTAAAGC-T----ACAAGACACCACCA-ATT-TCT-TCTATAA--GATCATTTAAA--CTGGCTAT--TGCATAAAATGTAAAAGGGGTTCTGGGAGCAA-GG-----TTtgcgaaaaatgtaaaaggatttctgaaaatcaggtttttgttgaaaaaccgttttcaacacacacccctccaccatttcaccccctggatgaaaatgaaaattctgaaaccctattgtaaagctacaagacaccaccaatttcttctataagatcatttaaactggctattgcataaaatgtaaaaggggttctgggagcaaggtt
gi|7 : ctgtaagagttcagggaatcaaggtatttttttttaaagataACATCAA-TAG---GACGCCATC-AAAC-ATCATTCAAAAGAT--AC--T------CT------AGCTACT-GCACAAATTA--T--AA---------A-GAGTTTTCC---GAA-----CC-A-----------------------------GTCGTTTTTCA-ACTC---ATATTTGGGAC-C-A-----AAT-TGAA-AA-TTTCGAAAACTTGTTTTTGGGACTCATTTGGC--CTTA----TGAGTGAA------------A---ATT---C-----A--GAA-ACTACAC-GAT--TCT-----CCCAATCATTA-A-T-TA---A-------GATA--T--------T-ACGTA-AAATG------T---TCTAGTTCTGGGAACT---CTTTTTAGCTG---TA-GA-AAACA----CAGAGTTTT----------------------T----T------ACCTC-AG-GGTAACATC-GAAAATTCTGAAACCATATTGCATATC-T----AC
gi|8 : CCC-GGTGGTGAATAT-AAAAATTCTAAAACCTTATCACAGATC-T----ATAGGACACCAACG-ATTACCT-TCCAAAA--GAT-------GACTTGGATACTGTG--TAAAATGTATTAGGAGTTCTTGGAAACA-GA-----TTT-TTT---------AA--ACCACAA----TTTTTTACC---A-GCAATTT-GCT-CCAGAAAA-AAAAAATCGATAATTCAGA--------AATCTTAATGCA-TGTATAC-AGGATACCTT-CTGTCAT-ATTCCATAGG---ATGAA----TA-GGTTACAGCTT----AA---ATAAATA---G-GAGATTGAGGAAGAA-GAGTGTGTAAAAAACGAACGGACAGAC----C---AGGGTtgcatggctagaaatta
gi|9 : ---CCATTTTCTCCTC-A-----AAG-CGAA-AAAT---GAAA------TTCCAAAA---------CTACTTAACACC---TACAAGACTAAGAATTCTGAATCTA-T-----A--GGACACCAT-C-AATCATTA-----TCCAAA-GATG-A-G-TT---G-------GCTA--C--------T-GCATA------------TAAGGG---TTCTGGGAACAAAGTGTT-----TG---TA-TA-AAA-A----CGACGTTCTCGA-CGC-----------CC-AT----T--T-GATCCTT-GA-AGT--AAAT-GAAAATTATGACACTTTACTGTACATC-T----ACAAGATACCACTGAATCATTT-TCCAGAATCAAG-------A--TTGG-TTA--TG--TAAATTGTAAGAGGAGTTCTGGAAACCA-Gg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ACATATAAAGATAGAATATTTCGAAGGCAAGTGCTCAGGTGTTGTTCCAACCCCCATCATTCTTTCATTGCTCAAATATTTTTTTTTATAAATTTGTCGAGATTACAATCATAAAGCA
Unaligned ( gi|24 ): GTGTCATAGGACAATAGTATCCCCCAACATTTTTTGATTGTTGAAATATCTTTAAAATGG