lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1111 444444444 3333333333333333333333333333333333333333333 11 1 888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444444444444444444444444444 222222222222 11111111 3333 111111 111 3333333333333 222222 22222222 11 11 000000000000000000000000000000000000000000000 11 3 111 444444 22 222 444444 111 333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 1111 111 11 888888888888888888888888888888888888 33 2222222 555 2
lowQualScore : 3 3 3 77 3333 666666666 3 3 3 3333333333333333333333333333333333333333333 44 1 3 2 3 3 111111111111111111111111111111111111111111111111 3 55 3 6 3 11111111111111111111111111111111111111111111 3 44 44 777777777777 88888 555 66666666 1111 555555 2 111 4 66 4 8 66 4 4 99999 8 777 4444444444444 66 777 5 555555 8 4 44444444 4 4 66 4 22 9 22 000000000000000000000000000000000000000000000 1 5 00 0 000 5 77 222222 88 5 1 5 5 5 33 888 0 555555 5 000 5 777777777777777777 5 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 3 3 00000 4444 888 666 11 4 4 999999999999999999999999999999999999 55 3 3 3333333 3 222 3 3 5 4
lowQualScore : . . . .. .... ......... . . . ........................................... .. . . . . . ................................................ . .. . . . ............................................ . .. .. ............ ..... ... ........ .... ...... . ... . .. . . .. . . ..... . ... ............. .. ... . ...... . . ........ . . .. . .. . .. ............................................. . . .. . ... . .. ...... .. . . . . . .. ... . ...... . ... . .................. . . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . . ..... .... ... ... .. . . .................................... .. . . ....... . ... . . . .
lowQualScore : 3 3 3 99 8888 999999999 1 1 1 7777777777777777777777777777777777777777777 66 3 3 7 3 3 999999999999999999999999999999999999999999999999 6 00 1 2 1 22222222222222222222222222222222222222222222 3 66 66 444444444444 33333 888 44444444 8888 000000 9 000 0 11 4 9 11 4 4 66666 9 888 6666666666666 11 888 6 333333 9 4 99999999 4 4 11 4 88 8 88 666666666666666666666666666666666666666666666 4 7 77 3 000 3 99 444444 44 7 4 7 7 7 11 000 1 111111 7 000 7 777777777777777777 7 5 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 6 6 00000 4444 000 111 11 4 0 111111111111111111111111111111111111 00 3 3 7777777 1 999 3 3 0 0
consensus : GGATA-T-CTA-T--ATT----GCGTGA--TTTG--A-TA-TT-T---G--CTC-TAA--TC-A-A-A--CG-A-GTT-GAA------ATGGTTGTATT-TTA-T-T----C----CGA-G--GGCTC-G-CCGA-G-C----GA-----A----AATA-A--ATAC-A-CCA-T---T-----TC-AA---C--G--NG-TTTG-A---TAG---AG-CA-AA--TA--TC-----A--AA--TC-----AC---GCAA--ATA-ATAG----ATAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTA---GT---T----TTG--AGA---TGA----T-CCC-AA-TACCA--AG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGTGTCAT-TCGCAG--G-C-----A-GT-TGTGATTGTT-CG---TG-T-CGTGTTCC-TA-CGC-GAG---AAAAAGAAA--TGCAATA-ANAATATTA-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-TATGAATTAA--AATATTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-ATTAA--A--CATAC-TAA-TTTTA---T---TTAAAT-T-CA-TTAAAT-N------------------------CTTGTAT-T--TCTTTTTA--AAAC-TTTA---CC------AGTA-TTGG--T-N--AC-G-AACAC-C-A--AT--GACG--TT----TGG----------CCTTG-AAANN----------GTTTTCG-TCGC-AGGAGTTT-TTG--AAA----TCA-C-TCAACGATCAAGGAC---AGTGGG-ATCG-----TGGA------CTAATATTA-------C-TT-CA-TA-NA-ATATAA--ACGGTG-TT-CAGG--A---AACAAAGT--TG-TTTGT----GAATGGAAGAATTACAA-----TG--CTTTC-CA--AA---ATTAAATTT-TCACGT--ATT-GTT--TT---GGATTATT--ATCGGA--TCG-ATGGG---------AAGA--A---TTC-----------------------A-NTT---C-----A-T-----GA----CATT---TTG-------ATGAGT-----------A-AAC----A--------AG--------GTAGG---------CCT-AA-ATATNTT-TTCAT-ATTCG---TTA-----CGT----C-TAGAATGN-CT-CT-----A---A-------A----G-AA---TGG------GA--------A-T-AGT--TTCC--TGCTATCTCA-G-C---A--T--GT---NCTC----AACAT-TTTTC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GAAGTTTGTGT-T-AAA---ATCA--A-----CT----A-CT--GNACTTGNACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTCG-G-TG-AGGCTC-TAGGA-CATTTTATC--A-ACGG-TCTAAATAGGACCTAGATT-ATGT-ATTTTGTG--TGAATAAACACTATA-G-CCTA--AA---CAAGTT-G-TTATC-G-TGTG-GCTTTA-AT-AANTA---TTGTTG-A--AAAAAGA------T-TTTT------CAACAAAAAAT-AA---TTATTTATAANC-A--G-AA--G-T----TA-GC-A-GG-GATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTAGT--TTC-GGA-CCG-GAAGCT--G---A-----TCTA-A-TC----------AAACGGGCGT-TTG-A-T-A-A--NCTATGGTTT-ATCAAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGGAAT-GAGATA
Reference ( gi|2 ) : GGATA-T-CTA-T--ATT----GCGTGACATTTG-GA-TA-TT-T---T--CTC-TAA--TC-A-A-A--CG-A-GTT-GAAG-----ATGGTTGTATT-TTA-T-T----C----CGA-G--GGCTT-G-CCGA-G-C----GAT---AA----AATA-A--ATAC-A-CCA-T-A-T-----TC-AA---C--G--AT-TTTG-A---TAG---AGGCA-AA--TA--TC-----A--A---TC-----AC---GCAA--ATA-ATAG---CATAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTA---AG---T----TTG--AGA---TAA----T-CCC-AA-TACAA--AG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-TCGAAG--GAC--A--A-GT-TGTGATTGTTTCG---TGTTATGTGTTCC-TA-CGCTGAG---AAAAAGAAA--TGCAATA-AAAATATTGCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCTATATAAATTAA--AATATTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-ATTAA--AG-CGTG--TAAGTTTTA---T---TTAAAT-T-CA-TTAAAT-T------------------------CTTGTAT-T--TCTTTTTT--AAAC-TTTA---CC------AGTA-TTGG--T-C--AC-T-AACA--C-A--AT--GACG--TT----TGG----------CCTT--ACATT----------GTTTTCGTTTGCTAGAAGTTT-TTG--A------TCA-C-TCAACGATCAAGGAC---AGT-G--ATC------TGGA------CTAATATTA-------C-TT-CA-TA-AA-AGATAA--ACGGTG-TT-CAGG--G---AACAGAGT--TG-TTTGT----AAATGGAAGAATTACAA-----TG--CTTTTCCA--AA---ATTAAATTTGTCACGT--ATT-GTTT-TTTCGGGATTATT--ATCGAA--TCG-ATGGG---------AAGAATA---TTC-----------------------A-TTT---C-----A-T-----GA----CATT---TTG-------A----------------A-AAC----A--------AG--------GTAGG---------CCT-AA-ATATTTT-TTCAT-ATTCG---TTA-----CGT----C-TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----G-AA---TGG------GA--------ATT-AGT--TTCC--TGCTATCTCA-G-C---G--T--GT---CCTC----AACAT-TTTTC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTTAAGTTTCTGT-TCAAA---ATCA--AA---CCT----A-CT--GTACTTGCACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTCA-G-TGCAGGCTC-TAGGACCATTTTGTC--ATACGGTTTTAAATAGGACCTAGATT-ATGTTATTTTGTGACTGAATAAACACTAT--G-CCTATTAA---CAAG-T-G-TTATC-GATGTG-ACTTTA-AT-AATTA---TTGTTG-ATTAAAAAAA------T-T---------CAACAAAAAATAAAAAATTATTTATAAAC-A--G-AA--G-T----TA-G--A-GG-AATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTAGT--TTC-GGA-CCG-GAAACT--G---A-----TCTA-A-TC------CA--AAACGGGCGCGTTG-A-T-A-A--TCTATGGTTT-ATCAAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGGAAT-GAGATAC
gi|1 : GGATAAT-CTAGT--ATTTCTTGCGTGATACTTG--A-TA-TTAT---G--CTCCTAGATTC-A-A-ATACG-A-GTT-GAAT-----ATTG--GTGTT-TTA-T-T----CG---CGA-GTTGCTTT-G-CCGA-G-C----GA-----A----AGTATA--ATACCA-CCA-T-G-TCAGTTTC-AAA--C--GTAGT-TATG-AA--TAG---AG-CA-AAAATA--TTTCAATA--A---TCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG---AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACC-ATTCA-C--TAC-TGAAACGCTAGTCGACTCTTTAGTTAT---T----TTGCAAGAATTTAAATCTT-CCC-AAATACAATAAGTAG-ACA-GC--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT--CGAAGACGCC--T--A-GG-GGT--TTGTTGGGGGATGCTCTGTGTTCCATAGCGC-GAG---ATAAAGCAG---ACAATGCAAAATATTAGCATCATATT-TC-TA-TTTATACCTTGATAAATTAA--CAT-TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-TG-----GAATGCATTAA--A--CATAC-TAGATTGTA---T---TTAAATATACATTTAAAT-A------------------------CTTGTTT-TTATCTTTTTTTAAAAC-TTTA---CCCGG---AGTATTTGG--T-TG-AC-G-AACAC-C-A--ATGAGACG--TT------G----------CC-T--ACAT
gi|3 : agGAATA-TGCTA-T--ATT----GCGTGA---TTGTGA-TA-TT-TGGCT--TAC-TTA--TC-A-G-A--CT-C-GTT-TGAA-----ATGG-TGCA---TTA-T-T----C------------GC---G-CCG--G-C----------AAGGCCAATA-A--ATAC-ACCCA-T---T-----TCAAA---C--T--GT-TTAG-A---T-G---ATACA-AT--TA--TCA----A--A---TC-----AC---GCAA--TTA-ctttgagaaacaaagtttcgttgcggttttgggaaagtgccacttgcagacggaatctgacgacgaagtgcacaggtgggatgcagatgagatctaatattttctttatagatatacaacaacggtgttacaggaacagagctgttaatttaaaaatggaatacgagatgagctctcaaattaaattttcacgtcaataagtctatcttggaaatatttatccaattgcatgggggataaacaaagaatattcatgtcatgaacattattttgaacaacgtgtagggtaggcctaaaatattttcatattcgttagcctacgtctaaaatgtctctaaagaatggaatagttcctgctatctcaggcatttgtcctcaacattttctgttatgaacatcttgctaagttgtgtcaaaatcaacctactgtacttgcacttgtttacagtcgttcagactcaggtgaggctctagaccattttgtcaaacggtctaaataggcctagttatgtattttgtgtgataaacactatagcctatacaagttgtttatcgtgtgactttaataattattgttgtaaaaaaaaaattcaacaaaaaattatttataaacaagaaagttgactagggaatattgaagcggggatgatctcaaaagtagttcggaccggaactgatctatcaaacgggcgtttgataaatctatggtttatcaaactagcgatatgcaccaccggaatgagataaa
gi|5 : gaggtatagatcGGATA-T--TA-T--ATTT---GCGTGA--TTTG--A-TA-TT-T---G--CTC-TAT--TC-A-AGA--CG-AAGTT-GAAA-----ATGGT-GTATT-T-A-T-TTTCGC----TGA-G--G-CTT-GGCCGA-GAC----GA-----------ATA-A--ATGC-A-CCA-T-T-T-----TC-AA---C--G--AGGTTTG-A---TAG---AG-CA-AA--TA--TC-----A--AG--TC-----AC---GC-A--ATACATAG----ATAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTCA-CAGT-C-TG---C-CTA-TC----CTTTT---AGTTTT----TTG--AGA---TGA------CCC-AA-TACTA------G-ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCTCGCAA--GGC--A--GTGT-TTTGATTGTT-----------TGTGTTCC-TA-AGCCGAGAGAAAAAAGAAA--TGCA--A-ATAATATTTGCA-CATATTGTC-TA-TTCAGAC---TAGAAATTAA-----ATTCA--TTTAA---AG-GA-CCTG----T-TTTG---GAATG-ATTTA--AGACATA---AACCCTCATGTT---TCAAAT-T-CA-TTAAA--T------------------------ATTGTAT-T--GTCTTTAA--AAAC-TTTA---ACTCGCGGAGTA--TGG--A-CGGGT-T-AACAC-C-A--ATG-GACG--GG----TGGGGCCTAGAATCCTTGAAAAAA----------GTTTTCGTTGGC---GAGTTT-TTG--GGAAATCTCC-C-TCAACGAT-AAGGACA--AGTGG--ATCGG----TGGAATAAAGCTAATATTA-------C-GT-CA-TA-AA-ATA-AA--ACGGTGTTT-TAGGAAA---AACA-AGTGATG-TGTG-----AAATGGAAT--TTACAAATAATTG--CTTTTTCATCAA---TTTAAAATTATT-CGG--ACA-GTCA-TT---GGATGCTTA-ATCGGA--TCA-ATGGG---------AAGA--A---TTC-----------------------AGGTT---C-----A-------GA----CATT---TTG-------ATGAGT-----------A-AATATA-A--------AG--------GTA------------CT-AA-A-ATAAT-TTCAC-Atatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatctaaatactatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|4 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtGAATA-T-C-A-T--AT-----GCGTGA--TTTG--A-TA-TT-T---A--CTC-TAC--T--A-A-A--CT-C-GTT-GAA------ATG-TTGCATTGTTA-T-T----CGCCTCGGCA--AGCTC-G-CCGA---------AT---AA----A-TA-A---TA--A-CCA-T-AGC-----TC-G--------------TTG-AA--TAG---AGCCA-AA--TA--TC-----A--A---TC-----AA---GCTA--AT--ATAG----ATAC------T-CTATtctattta
gi|15 : atGAATA-T-CTA-TT-ATT----GCGTGA--TTTG--A-TA-TT-T---G--CTC-T-A--TC-A-A-A--CT-C-TTT-GAA------ATGGTtatttatctcatcatctctgctatcactttagttttgaatgaccccataccaaacagtgataaaatttgttcatccaggcaattttatgttcgtgtcctcgcagaaaagatatcaataatatgaactatttctattctctatgaaatacaagttaattttaacgacttcttgaatgatcaaatatttcatgtattcaattcattaatttgtattttttaaatacttaccgaattatgacgtacacattatgttggctaatccttgaaaaagttttccgttgcgattttgaattcactcagatcaaggacttgcgtggaataagtaatattctttgctataattaaaactgtgtttagaaaacaaagttttggaagaattacatgctttcaaatttataaaattttcacgtattgtattatcgttcaatgggaataattcgtctgatcatttgattgtcagagtaatacaaggtagcctaacataatttctaattcacttggtctagaatttctattatgaatgaaagtccagctattcagaatttttgcttcttatctgttatgacattcgtgcgaactgtgttttaatcatgctgagatggaccatgtcgttcagaatcggtgaggcctagagattttgtcaatatctaaattgatgtaataaacatataacctaaagaagttgtttatggcctttatgaatgttgttgaaaagaattttttttcatcaaatatttatcagaaagttactaggattattgaagcgggatatctctaaaagtagttcgaccagcgactcgaccgaagtcttctatcaacacggcgttataactatgtttacaagtgcaatatgcccccgaatgagata
gi|12 : tGGATA-T-CTA-T--ATT----GCGTAA--TTTG--A-TA-TT-T------------------A-A-A---G-A-GTT-GAA------ATGGT-GTATT-T-A-T-T----CT---CGA-G--G-CTT-G-CCGA-G-C----G-----------AATA-A--ATAC-A-CCA-T---T-----TC-AA---tattttatatctcattcactctgcctatcacttaagttttgagatgatccccaataccaagaacagctgatagaaattgtgtcatcacaggcagttgtgggttattcatgttcctat
gi|22 : catagaGAATA-T-CTA-T--ATT----GCGTG--ATCT--GA-TA-TT-TAC-T--TTG-TAA--TT-A-A-----------T-GA------------TGTA-T-CTA-T-T----CG---CGA----GGCTT-G-TCGA-G-C----agtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|20 : taaagaGATA-T-CTA-T--ATT----GCGTG--ATTTG-AATTA-TT-T---G--CTC-T-A--TC-A-A-A--CG-A-GT-----G-----ATGGATGTATT-TCG-CGT----A----GGA-G--GCCTTGG-CCGA-ca
gi|5 : atatagaATA-T-CTA-TGTATT----GCGTGAC--TTG--A-TA-TT-T---G--CTC-TA---TC-A-A-A--CCTC-GTT-GAAA-----ATGGT-GCATT-T-A-T-T----C-----------GTCTC-GGCCAA-G-CCTCAGCG---AA----AATA-A--ATAC-A-CCA-T-T-T-----TC-AACTTC--G---T-CTTGAA---TAG---A-GCA-AA--TA--TCA----A--A---TC-----AC---GCAA--AT--ATAA---TATCC------T-CTATTT---A-
gi|4 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagttgtgaaattattttagtacctttatatttactcatcaaaatgtctgaacctgaattcttcccattgatccgattaagcatccaatgactgtccgaataattttaaattgatgaaaaagcaattatttgtaaattccatttcacacatcacttgtttttcctaaaacaccgttttattttatgacgtaatattagctttattccaccgatccacttgtccttatcgttgagggagatttcccaaaaactcgccaacgaaaacttttttcaaggattctaggccccacccgtccattggtgttaacccgtccatactccgcgagttaaagtttttaaagacaatacaatatttaatgaatttgaaacatgagggtttatgtcttaaatcattccaaaacaggtcctttaaatgaatttaatttctagtctgaatagacaatatgtgcaaatattatttgcatttcttttttctctcggcttaggaacacaaacaatcaaaacactgccttgcgagatgacacaaaattttatcagcctgtctagtattgggtcatctcaaaaaactaaaaggataggcagactgtgaattgagataaatagcaTA-T-CTA-T--ATTA---GCTTGA---TTG--A-TA-TT-T---GG-CTC-TAT--TC-A-A----CG-A-GCT----------ATGGTTATTAT-TTA-T-T----C----GGC-G--AGCTT-G-CCGA-GGC----GA-----------ATA-ACAATGC-A-ACA-T---T-----TC-AA---C--G--AG-TTTA-G---TAG---AG-TA-AA--TA--TC-----A--AA--TC-----AC---GCAT--ATG-ATA--------T------T-CTATTT---A-TCT--C-A-TCATC--T-C-TG-----CTA-TCA---CTTTA---GT---T----TTG--A-A---TGA----C-CCC--A-TACCA------A-ACA-G---TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-CC--AG--G-C--A--A------------TTTTA---TGTT-CGTG-TCC-T--CGC--AG----AAAAGATA--T-CAAT----AATATGA--A-C-TATT-TC-TA-TT-----CTCTATGAAATAC--AA-GTTAAT-TTT-A---AC-GA-C--T----TCTT-----GAATG-ATCAA--A--------TA--TTTCA---TGTATTCAAT-T-CA-TTAA----------------------------TTTGTA-------TTTTTT--AAATACTTA---CC-------GAA-TT-A--T-G--AC-G-TACA--C-ATTAT--G------T----TGGCTAAT-----CCTTG-AAAAA----------GTTTTCCGTTGC--GA---TT-TTG--AAT----TCA-C-TCA--GATCAAGGACTTGCGT-GGAAT---------AA------GTAATATTC-------T-TT-GC-TA-TA-ATTAAA--ACTGTG-TT-TAGA--A---AACAAAGT--T--T-----------TGGAAGAATTAC-A-----TG--CTTT--CA--AATTTATAAAATTT-TCACGT--ATT-G-------------TATT--ATCG-T--TCA-ATGGG---------AATA--A---TTC-----------------------G-TCT---G-----A-T-----------CATTTGATTGTCAGAGTA----------------A-TAC----A--------AG--------GTA-G---------CCT-AACATAATTT-CT-A--ATTCA---CTT-----GGT----C-TAGAATTT-CT-AT-----T---A-------T----G-AA---T--------GA--------A---AG----TCC--AGCTAT-TCA-G-A---A--T--TTTTGCTTC----------TTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-GAACTGTGTTT-T---A---ATCA---------T----G-CT--G-AGATGGAC-------CATGTCGTTCAGAA-TCG-G-TG-AGGC-C-TAGAG--ATTTTGTC-------------AAT---ATCTAAATTGATGT-------------AATAAACA-TATA-A-CCTA--AA---GAAGTT-G-TT------TATG-GCCTTT-AT-GAATG---TTGTTG----AAAAGAATTTTTTT-T---------CATCAAA-----------TATTTAT---C-A--GAAA--G-T----TACT--A-GG-ATTA-TTGAAGC-GG---------GATATCT-CTAAAAGTAGT--TC---GA-CCA-GCGACTC-G---A-----CCGA-AGTCTTCTATCA--ACACG---GCGTT--A-T-A-A---CTAT-GTTT-A-CAAG--T--GCAA-TA-TGC----CCCCGAAT-GAGATA
gi|3 : atatagagA-T-CTA----ATT----GCGTGA--TTTG--A-TAATT-G---T--ATC---A--TCTA-A-A--CA-G-TTT-GAA------ATGGGTGTATT-T-A-T-T-------------G--GCCTT-G-CCGGCG-C----GA-----------ATA-A---TGC-A-CCA-T---T-----TC-AAA--C--G--AG-TCTG-A---TAAGTAAGCCA-AA--TA--TC-----ACAA---TC-----AC---GCAA---TA--TAG---CATAT------T-CTATTTG--A-TCT--C-ATTCAAC--T-CCTG---C--TACTCA---CTTTA----G---TACCTTTG--AGA---TGA----T-CCCCAA-TACCA--AG--ACACA-GCAGTG-ATAGAAT-TGGTGTCAT-C---AG--CACCCAGCA-GT-TGTGATTGTT-CG---TA------GTTCC-T--CACCGAG---AAAAAAAAAGATGCA-TA-TAAATATTGCCA---TATT-TC-TA-TTT-TACCTATA--AATTAACCAAT---CAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAATGAATA-ATTAATCGG-CATACCTAAATTT-A---T---TTAAAT-T-CA-TTAAATAC------------------------CTTGTATAT--TCTGTTTA--AAAA-TTTATTGCC------GGTA-TTGGAATGC--ACGTAAACACTC-A--AT--GACGGATT----AGG----------GC-T--AGA--------------TTTCG-----AAAAAGTTTATTG---------------TCAACGATCAAGGACA--AGTGG--ATCG-----TGGA------CTAATATTAGATTAGCT-TT-CA-TA-AT-AAAT----ACAGTG-TT-CAGG--GACAAACAAAGT--GGATTTGT-----GATGG----ATAACAA-----TG--CTTT--CA--AA---TGTAATTTTG-CA-GC--GTT-ATT-------GGA-TATTAAATCGGATTTCG-ATGAA---------CAGA--A---TTC-----------------------A-GTTAGGCCTATAA-T-----GA----CATT---TTG-------GTGAGTAATTAATCAGTA-AAC----AAGAT----AG--------GTAGG---------CCTAAA-ATATTTC-TCCATCATTCGTCTTTA-----CGT----CTTAGAATAG-CTACT-----A---C-------ATACGA-AA---TGG------A-----------T-AGT--TTCCAAT-CTATCTCA-GAC---ATTT--GT---GC-C----AACATATTCTC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCGTAAG-TTGTGT-TAAAA---ATCATTAT---GCTGAGGA-CCGGGCCCTGGC-CTTGTTT-CA-GT-GTTCA-GACTCG-G--GTAGGCTCAGAGG---ATTTTATCA-AAACGA-TCTAAATA
gi|27 : gaggtatagA-T-CTA-T--ATT----GCGTG--ATTT--GA-TA-TT-T---G--TTC-C-A--TC-T-A-A--CG-A-GTT-GAA------ATGGTctatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|1 : agaggatatagA-TA-TT-T---TTGCTC-TAT--TC-ATA-A--CT-ACGTTTGAAACTGACATGGTGGTATT-ATACT-T----T----CG-------CTC-G-GCAAAG-C----AACTCGCG----AATA-A--A-AC-A-CCAAT-A-T-----TC-AA---CTCG--TA-TTTG-AATCTAG---GAGCATAA--TA--TC-----A--AGTATC-----AC---GCAA--GAA-ATAgt
gi|12 : agggataatctagTT-GAA------ATGGT-GTATT-T-A-T-T----C------------GCTC-G-GCAA-G-CCTC-GA-----G----AATA-A--ATAC-A-CCA-T---T-----TC-AA---C--T--CT-TT-----------------A-AA--TA--TCA----A--A---TT-----AC---GC-A--AT--ATAG----ATATCC----T-CTATttcaataatcttccaacagggcaaccacatatagagtgtcggtcctcaatgtaatctaccattcactactgaaacgctagtcgactctttagttattttgcaagaatttaaatcttcccaaatacaataagtagacagctggatggaaatcgctcatcgaagacgcctaggggtttgttgggggatgctctgtgttccatagcgcgagataaagcagacaatgcaaaatattagcatcatatttctatttataccttgataaattaacattgcatgtttaaaggacaaatcttggaatgcattaaacatactagattgtatttaaatatacatttaaatacttgtttttatctttttttaaaactttacccggagtatttggttgacgaacaccaatgagacgttgcctacatctttgagaaacaaagtttcgttgcggttttgggaaagtgccacttgcagacggaatctgacgacgaagtgcacaggtgggatgcagatgagatctaatattttctttatagatatacaacaacggtgttacaggaacagagctgttaatttaaaaatggaatacgagatgagctctcaaattaaattttcacgtcaataagtctatcttggaaatatttatccaattgcatgggggataaacaaagaatattcatgtcatgaacattattttgaacaacgtgtagggtaggcctaaaatattttcatattcgttagcctacgtctaaaatgtctctaaagaatggaatagttcctgctatctcaggcatttgtcctcaacattttctgttatgaacatcttgctaagttgtgtcaaaatcaacctactgtacttgcacttgtttacagtcgttcagactcaggtgaggctctagaccattttgtcaaacggtctaaataggcctagttatgtattttgtgtgataaacactatagcctatacaagttgtttatcgtgtgactttaataattattgttgtaaaaaaaaaattcaacaaaaaattatttataaacaagaaagttgactagggaatattgaagcggggatgatctcaaaagtagttcggaccggaactgatctatcaaacgggcgtttgataaatctatggtttatcaaactagcgatatgcaccaccggaatgagataaa
gi|20 : cA-A--ATAC-ATCCA-TCA-C-----TC-G-------------TTTG-A---TAG---AG-CA-AA--TAATTC-----A--AA--TC-----AC---GC-A--AT--ATAG----ATATC-----T-CTATagtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|27 : atAC-A-CCA-T---T-----TC-AA---C--T--CG-TTAG-A---TGG---AA-CA-AA--TA--TC-----A--AA--TC-----AC---GC-A--AT--ATAGATCTATAT------C-CTcgcgtaggaggccttggccga
gi|15 : ag-A-CCA-T---T-----TC-AA---A--G--AG-TTTG-A---TAG---AG-CA-AA--TA--TC-----A--AA--TC-----AC---GCAA---TA-ATAG----ATAT------T-CTATTTTATA-TCT--C-ATTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---C-TTA---AGT--T----TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TACCA--AG--A-ACA-GC--TG-ATAG-AAATTGTGTCA--TCACAG--G-C-----A-GT-TGTGGGTTATTCA---TGTT
gi|6 : tA--ATA-ATAG----ATAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTA---GT---T----TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TACCA--AG--A-ACA-GC--TG-AGAG-AAATCGTGTCA--TCGCAG--G-C-----A-TT-CGTGATTGTT-----------CGTGTTCC-TA-CGC-GAG---AAAAAAAAA--TGCAAC---AGCTATTA-CA-CATATT-TA-TA-TTCATACC--TATAAATTAA-----ATTCGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-ATT-A--AT-CATAC-CAA--TTTA---T---TTAGAT-T-CN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTTATAT-T--TC-TTTTA--AAAC-TTTA---TCG-----AGTA-TTGG--T-G--AC-GAAACAC-C-A--AT--GACG--TTAGCCTAGAT--------CCTTGAAAACC----------GTTTTCA-TTGCGAGA---TT-TTGAAA------TCACC-TCAACGATCAAGGAC---AGTGG--ATCGTGGAGTGGA------CTAATATTA-------CTTT-CA-T-------AT--------TC-TT-CAGG--A---AACAAAG---TG-TTTGT----GAATG---GAATCGTAA-----TG--CTTTC-----AA---ATTAAATTT-TCACG----TT-ATT-------GGA-TATT--ATCGGA--TCG-ATGGG---------AAAANNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATA-TTT---C-----AGTTCTTGGA----CATT---TTG-------A----------------A-AAC----A--------AAAGTTCGTCATAAGAGTGTGTTACCT-AA-A-ATTTCATTAAT-ATTCGTT-TTA-----CGTCGAAC-TAGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCA----G-AA---T-G------GA--------ATA-A----TTCC--TGCTATCTCAGG-C---ATTT--GT---CCTCCTAAAAC-T-CTTTCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-TAAG--TGTGT-TAAAAGATATCC--AATAGCCT----ATTT--GTAcctat
gi|14 : cA--ATA-ATAG----ATAT------T-CTATTT---A-TCT--T-ATTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTA---GT---T----TTG--AGA---TGA----TGCCC-AA-T----------A-ACA-GC--TG-ATA-AAAATCATGTCG--TCGCA---GAC-----A-GT-TGTGATTGTT-----------CGTGTTCC-TA-CGC-GAG---AAAGA-AAA--TGCAAT---TAATATTG-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACC--TATGAATGAA-----ATTCAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-TT-----GAATT-ATTt
gi|17 : tTGT------T-CTACAT---A-TTT--C-ATTCG-C--T-C-TT---T-TTA-TCA---CTTTG----G---C----TTG--AGA---TTA----T-CCCCAA-TACAAC-AA--A-ACA-GC--TG-ATctaaacat
gi|12 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTTA-C--A-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTA---GT---T----TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAACA--AG--A-ACA-GC--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-TCGCAT--G-C-----A-GTATGTGATTGTTCCG---TG--------TCC-TA-TGC-GAG---AAAAATAAA--TGCA--A-ATAATATTA-CA-CATATT-TCTTATTTCATAC---TATAA--TAA--AATtca
gi|9 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtactTGAATTAA--A---TTCAT-TTTAA---AG-GA------------------GAATG-ATTAA--A--CATAC-TAA--TTTA---T---C---AT-T--A-TTAAAT-A------------------------CTTGTAT-T--TCTTTTA---AAAC-TTTA---CCG-----AGTA-TTGT--T-G--ACGT-AACA--CCA--AT--GACG--TT-----GG----------CCT---AGATCCTTGAAAAAAGTTTCCGTT-GC---GAGTTT-TTG--AAA----TCA-C--CAACGATCAAGGAC---AGT-GG-ATCA-----TGCG------CTAATATTA-------C-TTTCA-TATAA-ATA-AA--ACGGTG-CT-CAGG--A---AACAAAG---TG-TTTGT----GAATG---GAATTACAA-----TG--CTTTC-----AA---ATTAAATTT-TCA-------T-GTTA-TT---GGATT-TT--ATCAGA--TCG-ATGGG---------AAGA--A---TTC-----------------------A-GTT---C-----A-T-----GA----CATT---TTG-------GTGAGT-----------A-AAC----AATTAAGGTAG--------GTAGG---------CCT-AA-A-ATATT-TTAAT-ATTCc
gi|7 : ----------GTTTTCGATCGC-ACGACTGT-TTG--AAA----TAA-TATTAACGATCTAGGAC---AGT-GG-ATCG-----TGAG------CTAATATTA-------C-TT-TAATG-TG-AATTAA--ACTATG-TT-TAGG--G---AACAAAGT---A-TTTGA----GAATGGAA---TTATAA-----TG--CTTTC-----AA---ATTGAATTT-TCACGT--ATC---TT-CTT--GGAT-ATT--ATCG------G-ATGGG---------AAGAATAATATTT-----------------------A-CTC---C-----A-T-----GA----CACT---TTG-------ATAAAT-----------A-AAC----A--------AG--------GTAGG---------C-T-AA-AT-TATT-TTCAT-ATTCG---TTA-----CGT----C-TAGAATGA-CT-CTAGGGGA---G-------A----G-AAAATTGGTCTATAGA--------A-T-AG---TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTT--T--GT---GCTC----AACA--TTTTC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-GAAGT---TGT-TTTAA---TTTA--A------T----G-CT--AAGATT-------TTTACT-GCCGTTCA-GACT------------------GAACGTTTTATCAGATACAGTTT-------------------------TTTGTG-----ATAAACACTATA-G-CCTA--AA---TAAATT-GTTTAT--GCTTTA-GATTCA-TT-AAATA---TTCTTG-----AAAAGA------TGT---------CTTTGAAAAATAAAA---TATTTATAAAC-AAGA-AA--G-T----CA-ACTATGG-AAAA-TTGAAGT-GGG-----GAT--TATCT-C-AAAAGTAGT--T
gi|1 : ggaaaaa------CTAATATTTT------C-TT-TA-TA-GATATACAACAACGGTG-TTACAGG------AACAGAGC--TG-TTAATTTAAAAATGGAA----TACGAGA---TGAGCTCTC-----AA---ATTAAATTT-TCACGTCAATAAGTCTATCTTGGAAATATTT-ATCCAA--TTGCATGGGGGATAAACAAAGAATA---TTC-----------------------A-TGT---C-----A-T-----GAACATTATT---TTG-------A----------------ACAACGTGTA--------GG--------GTAGG---------CCT-AA-A-ATATT-TTCAT-ATTCG---TTAGCCTACGT----C-TAAAATGT-CT-CT-----A---A-------A----G-AA---TGG------AA----------T-AGT--T-CC--TGCTATCTCA-GGC---A--TTTGT---CCTC----AACAT-TTT-C--TGTTATG-----AACA-TCTTGCT-AAGTT---GTGTCAAA---ATCA--A----CCT----A-CT--GTACTTGCACTTGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTC-TA-GACCATTTTGTC--AAACGG-TCTAAATAGG-CCTAG-TT-ATG-TATTTTGTG--TG-ATAAACACTATA-G-CCTAT--A---CAAGTT-GTTTATC-G-TGTG-ACTTTA-AT-AATTA---TTGTTGTAAAAAAAAAA------T-T---------CAAC-------AAAAAATTATTTATAAAC-AAGA-AA--G-TTGACTA-G----GG-AATA-TTGAAGC-GGG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTAG---TTC-GGA-CCG-G-AACT--G---A-----TCT--A-TC----------AAACGGGCGT-TTG-A-TAA-A--TCTATGGTTT-ATCAAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGGAAT-GAGATA
gi|8 : agggataatctagtatttcttgcgtgatacttgatattatgctcctagattcaaatacgagttgaatattggtgttttattcgcgagttgctttgccgagcgaaagtataataccaccatgtcagtttcaaacgtagttatgaatagagcaaaaatatttcaataatcttccaacagggcaaccacatatagagtgtcggtcctcaatgtaatctaccattcactactgaaacgctagtcgactctttagttattttgcaagaatttaaatcttcccaaatacaataagtagacagctggatggaaatcgctcatcgaagacgcctaggggtttgttgggggatgctctgtgttccatagcgcgagataaagcagacaatgcaaaatattagcatcatatttctatttataccttgataaattaacattgcatgtttaaaggacaaatcttggaatgcattaaacatactagattgtatttaaatatacatttaaatacttgtttttatctttttttaaaactttacccggagtatttggttgacgaacaccaatgagacgttgcctacatctttgagaaacaaagtttcgttgcggttttgggaaagtgccacttgcagacggaatctgacgacgaagtgcacaggtgggatgcagatgagatTTAT-ATTCG---TGA-----CGT----C-TGAAATGG-CT-CT-----A---G-------A----GGAA---AGA------GATGTGGCCTATTGAATACTCCC--CGCTA-CTTA-G-C---G--T--TT---TTGC----ATAAA-TTTTC--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-AAAGTTT-TGT-Taa
gi|10 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacac--T--GT---GCTC----AACAT-TCT-C--TGCTATG-----AACA-TTTTGCG-AAGTTG-TGT-T-AAA---ACCA--AT---GCTGAG-A-CT--GGGCCAGGCCTTGTTTACA-GTCGATCAG-ACTCG-GGTG-AGGCTC-TAG-AGGATTTTATC--A----------AAT--GATCTAAATT-GTGT-------------GATAAACACTAT--AACCTA--AA---GAAG-T----TGTT-TATGCGCACTTTA-GT-GAATA---TTGTTG-A----AAAGA------T-TTTTTTT---CAACAAAAAAT-------TATTTATAACA-A--G-AAA-G-T----TA-ACTG-GG-GATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATCTCT----AAAGTAG---TTC-GGA-CCG-CGACCG--G---AAG---TCT----TC------TATCAAACGGGCGT-TTG-A-TAA-A--GCTATGGTTT-ATCAAA--CTAGCAA-TA-Tatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|16 : ttACTCG-G-GG-AGGCTC-TAG-ACCA---------A-ACGGTCATGGATAGGCCTCAGTAT-ATGT-ATTTTGT-AGTGA-TAACCACTATAAG-CTAAT--A---CAAG-TTG-TTATC-G-TGTGGACTTTAGAT-AATTA---TTGTTG--TAAAAAAAA------T-T---------C---------------------TATAAACAA--G-AA--G-TTGACTA-G----GG-AATA-TTGAAGC-
gi|11 : TCTTGTGGTTGATTAAACACTAT--A-CCC--TAAAGGCAAG-G-G-TTGTTTAATGCGCACTTT---T-AGTTAGAATTTTTT-ATT-------------T-TTTTCC----CAATAAAAAA-----AAT-ATTTATA--C-G--A-AA--GGT----TA-CT-A-GG-GATA-T-GAAG--GGG-----GATGATCTCT---AAAAGTAGT--TCG-GGA-CCG-GTGACCCGG---AAGTCTTCTA----T------CA--AAACGGG-GCGTTG-ATT-A-A--GCTATGGTTTAATCGAAAACTAGCAA-TAGTGCA-CACCGGAAAT-GAGA
gi|3 : gtggcttcagaggatttaatcataaatgatatctaaaaaaaatatagtaaaacTAAATACTATCAG-CCTA--AA---CAAG-TTG-TT--------TA-GCTTTA-GTGAACTA---CTGTTG-A----AAAGA------T-TTTTTTTTTTCGACAAA---TCAA---TT-TTTATAACA-A--G-AATAG-T----TA-AT-A-GGTGATA-T-GAAGC-GGG-----GATG--ATCTGC-AAAAGTAGT--TCG-AGATCCGCGAAGTT--C---T-----TCT--A-TC----------AAACGGGTGT-TTG-A-T-A-AAGCTTATGGTTT-ATCAAAaaagat
gi|18 : gaggtatagatctaattgcgtgatttgataattgtatcatctaaacagtttgaaatgggtgtatttattggccttgccggcgcgaataatgcaccatttcaaacgagtctgataagtaagccaaatatcacaatcacgcaatatagcatattctatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatcTTTATAACA-A--G-AAA-G-T----TA-ACTA-AG-GATA-TTAAAGC-GGGCCAGGGAT--TATCT-C-AAAAGTAGT--TT--------G-GAAG-T--G---G-----T----A-TC----------AAACGGGCGT-TTG-A-TAA-A--GCAACGGTTT-ATCAAA--CTAGCGA-TA-TGCACCcc
gi|8 : -AA--A-C----TA-G--G-GG-G-CA-TTGGAGC-GTG-----GATGAT--CT-C-AAAAGTAG---TTC-GAA-CCG-GAAG-T--G---C-----TGT--A-TC------C----AACGGGTGT-TTG-A-T-A-
gi|13 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagc-AATAATTGAAGC-GGG-----GAT--TATCA-C-TTAAGTAG---TTC-GTA-CCG-AA---T--G----------CTATA-TT----------GAACGGGCGT-TTG-A-T-AGG--TTTTTGGTAT-ATCAAgagcta
gi|19 : cattcagattgaactttttttttccagatatactagtagttttgtggataaatactataaacaacttattgttatgcattcgattcataatattctagaaaagattttttgatttttttttcttaagcatcctgtcaatataaacgcgtaaatttaactggca-TTGAAGCGGGG-----GATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGTTCAGAA-CCG-G-AACT--A---G-----TCAT-A-TC----------AAACGGGCGT-TTGCA-TAA-A--GCTATGGTTT-ATCA----CTAGCGACTA--GCACCA--CGGAAT-GAGATA
gi|21 : CG-GAA--T--GTATA-----TCCA-A-TC---------------GGCGT-TTG-A-T-A-AA-TGTATGGCTT-ATCAAAG--TAGAGA-TA-TACATGA-CCGGAATGGAGATAa
gi|25 : acaCTATA-TC----------AATCGGGCGT-TTG-A-T-A-AA-TGTATGGCTT-ATCAAAG--TAGAGA-TA-TACATGA-CCGGAAT-GAGATAaatc
gi|23 : A--AAATGGGCGT-TTG-A-T-A-AA-GCTATGGTTT-ATCAAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGAAAT-GAGATA
gi|28 : tatatTATAGTTT-ACCAAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGGAAT-GAGATAaatgt
gi|29 : GGTTT-ATCAAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAGAAT-GAGATAaatt
gi|30 : A-TA-TGCACCACC-GGAAT-GAGATAaatca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA
Unaligned ( gi|26 ): AATGTCATTGGTGATACGTCAAGAAAATAAGTACTCGGTAAAATTTTAAAAGAAATACAAGTATTT
Alignments
lowQualScore : 2222 111111 1 11 2222222 11111111111 111111 1111111 11111 111 111111 111111 111 222222 11111111 1 111 111 11 4444444444444444444 111 33333 111 22222 333333 222222222222222222 111111 555555555555555555555555555 1111 333333 222222222222222 2222 6666666666666666666666666666666666666666666 1 333 22222222222222222222222222222222 2222222 1 444444 1111111 1 222222222222 333333 444 11111111 33 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 22222 111111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 1 111111111111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777 1 3333333333 1111 111 11111 111 1 11 555555555555555555555555555 11 11111111 1111111 2222222222222 66666666666666666666666666666666666666666 22222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 22222 1111 111 333333333333333333 11111111 44444444444444 1111111111
lowQualScore : 5 5 0000 66 66 5 66 5 66 999999 5 9999 5 0 5 00 1 7 6666666 77 0 5 77777777777 5 3 4 777777 4 5555555 5 5 888 5 5 66 66 5 77 44444 000 666666 8 4 000000 3 000 3 55 4 8 55 4 4 77777 8 777 777 777 55 55 777 111111 8 4 22222222 4 4 55 4 5 3 6 111 222 4 4 00 66 4 1 4 7777777777777777777 4 555 333 5 66 88 5 66 00000 333 5 5 5 5 00 22222 0 666666 5 888 5 777777777777777777 5 66 66 99999 222222 55 5 33 5 5 5 444444444444444444444444444 0000 5 6 5 888 888888 111111111111111 7777 5 5 66 5 9999999999999999999999999999999999999999999 0 5 0 2 5 777 5 88888888888888888888888888888888 1111111 2 7 888 111111 5 6666666 0 5 444444444444 1 666 9999 5 111111 0 0 4 222 66 22222222 4 66 44 66 5555 4 4 1 000000000000000000000000000000000000000000000000 44 66 4 99999 4 777777777 66666 66 444444444 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 5 5 1 5 4 999999999999 7777 66 5 6666666666666666666666666666666666666666666 5 4 0 77 0000000000 1 0 0000 111 5 66 22222 5 0 111 8 00 888888888888888888888888888 1 1 5 88 00000000 0 7777777 3333333333333 77777777777777777777777777777777777777777 999 55 4 55 888888 8 88888888 0 999 44 4 4 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 333333333333333333 88 66666 1111 3 3 99999 666 666 55 111111111111111111 4 3 33333333 22222222222222 44 3 3 3 3 3 6666666666 2 33 44 3 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .. . .. . .. ...... . .... . . . .. . . ....... .. . . ........... . . . ...... . ....... . . ... . . .. .. . .. ..... ... ...... . . ...... . ... . .. . . .. . . ..... . ... ... ... .. .. ... ...... . . ........ . . .. . . . . ... ... . . .. .. . . . ................... . ... ... . .. .. . .. ..... ... . . . . .. ..... . ...... . ... . .................. . .. .. ..... ...... .. . .. . . . ........................... .... . . . ... ...... ............... .... . . .. . ........................................... . . . . . ... . ................................ ....... . . ... ...... . ....... . . ............ . ... .... . ...... . . . ... .. ........ . .. .. .. .... . . . ................................................ .. .. . ..... . ......... ..... .. ......... . ................................................. . . ... . . . . . . ............ .... .. . ........................................... . . . .. .......... . . .... ... . .. ..... . . ... . .. ........................... . . . .. ........ . ....... ............. ......................................... ... .. . .. ...... . ........ . ... .. . . .. ....................................................... .. .................. .. ..... .... . . ..... ... ... .. .................. . . ........ .............. .. . . . . . .......... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 0 0 6666 99 99 0 99 0 44 444444 0 0000 0 0 0 99 7 3 8888888 99 7 0 99999999999 0 2 4 222222 4 5555555 0 0 888 0 0 99 99 7 99 33333 000 999999 9 0 555555 6 000 6 55 0 0 55 0 0 66666 0 000 000 000 55 55 000 999999 0 0 99999999 0 0 55 0 7 1 7 666 222 4 4 66 11 4 0 4 0000000000000000000 4 333 888 0 99 44 0 99 22222 555 0 0 0 0 44 88888 7 555555 0 888 0 222222222222222222 0 99 99 99999 444444 99 0 77 7 7 0 111111111111111111111111111 6666 0 5 0 888 111111 999999999999999 5555 0 0 99 0 3333333333333333333333333333333333333333333 1 0 0 0 0 444 0 88888888888888888888888888888888 5555555 5 0 999 222222 0 2222222 0 0 888888888888 4 000 6666 0 222222 1 5 4 888 11 77777777 4 11 88 11 6666 4 4 1 222222222222222222222222222222222222222222222222 77 11 4 77777 4 888888888 22222 00 444444444 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 888 0 0 5 0 0 4 777777777777 9999 77 7 3333333333333333333333333333333333333333333 7 1 1 99 3333333333 0 1 6666 999 0 99 55555 0 1 444 5 44 111111111111111111111111111 4 4 7 00 22222222 8 0000000 3333333333333 88888888888888888888888888888888888888888 666 55 0 55 222222 0 88888888 7 444 77 0 9 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 222222222222222222 66 99999 7777 3 3 11111 555 444 00 777777777777777777 0 6 22222222 00000000000000 22 1 1 1 1 1 6666666666 9 99 22 1 1 6 6 6
consensus : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC-TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTATT----C-CGAG--GGCTTGCCGAG-C---GA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-CAA-CGA-G-TT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----T-CCC-AA-TAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAAATCGTGTCAT-TCGCA---GG-C-AGT--T--GT-GATTG-TTCG----TG-T--C-GTGTTCC-T-A-CGC---GAGA-AAA--A-GA-AA--TGCAATAANAATATT-G-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTAA--AAT-TTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---A-CATA----C-TA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAATA------------------------C-TTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA---CCG-----AGTA------TTGG--TG-ACGT---AA-CAC-CAAT--G-ACG--TT----TGG-T--------CC-------TTGAA----AAA-GTTTT-CG-TTG-C-A-GAGTTT-TTG--AAA----TC--AC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC---A---GTGGGATCG-TGGA----A-CTAATA-TTA-------CTT-CA-TAT-A-A-TA-A--AACGGTGTT-C-AGG---AAACA-AAGTTG----TTTGTGAA-TGGAA---TTAC--AA-----T--GC-T--TTC--A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TG----TCATT----GG-AT-------------------TA-TT--A-TCGGA--TCG-ATGGG---------AAGAAT---ATTCAN-TT---C-----ATG-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCT-AA-ATATATT-TTCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C---GTTTGTNCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTG-GG-CTTGGACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTAGAG----CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGCG-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAGA------GA---TTTTT------CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT-------AAAC-A---G-AA--GTTAACTA-GG--G-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTAGT--T----C------C-G----GA-CCG-G--------AAG-CTG---ATCT--ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
Reference ( family-690 ) : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC-TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTATT----C-CGAG--GGCTCGCCGAG-C---GA--A-AATA-AATAC-ACCAT------TT-CAA-CGN-G-TT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----T-CCC-AA-TAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAAATCGTGTCAT-TCGCA---GG-C-AGT--T--GT-GATTG-TTCG----TG-T--C-GTGTTCC-T-A-CGC---GAGA-AAA--A-GA-AA--TGCAATAANAATATT-A-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATGAATTAA--AATATTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---A-CATA----C-TA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAATN------------------------C-TTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA---CC------AGTA------TTGG--TN-ACG----AA-CAC-CAAT--G-ACG--TT----TGG----------CC-------TTGAA----ANN-GTTTT-CG-TCG-C-AGGAGTTT-TTG--AAA----TC--AC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC---A---GTGGGATCG-TGGA------CTAATA-TTA-------CTT-CA-TAN-A-A-TATA--AACGGTGTT-C-AGG---AAACA-AAGTTG----TTTGTGAA-TGGAAGAATTAC--AA-----T--GC-T--TTCCAA--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TG----TT-TT----GG-AT-------------------TA-TT--A-TCGGA--TCG-ATGGG---------AAGA-----ATTCAN-TT---C-----ATG-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCT-AA-ATATNTT-TTCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGN-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C---A--TGTNCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTG-NA-CTTGNACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTAGGA----CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGTG-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAAA------GA---TTTTT------CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT-------AANC-A---G-AA--GTTAGC-A-GG--G-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTAGT--T----T------C-G----GA-CCG-G--------AAG-CTG---ATCTA-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|1 : GGATAATCTAGTATTTCTTGCGTGA--TACTTG-A--TATTATG-CTCCTAGATTC-AA-ATACGA-GTTGAATA-TTG--GTGTTTTATT----CGCGAGTTGCTTTGCCGAG-C---GA--A-AGTATAATACCACCATGTCAGTTT-CAAACGTAG-TTATGAATAG---AG-C-AAAAATATTTCA-ATAATCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG-AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACCA-TTCA-C--TAC-TGAAACGCTAGTCGACTCTTTAGT---TATTTT--GCAAGAATTTAAATCTT-CCC-AAATACAATAAGTAG-ACAG-C--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT--CGAA---GA-C-GCC--TAGGG-GTTTG-TTGGGGGATGCT--CTGTGTTCCAT-AGCGC---GAGATAAAGCA-GACAA--TGCAA----AATATT-AGCATCATATT-TC-TA-TTTATACCT-TGATAAATTAA--CAT-TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-TG-----GAATGCAT--T--AA---A-CATA----C-TAGATTGTATTTAAATATACATTTAAATA------------------------C-TTGTTTTTAT-CTTTTTTTAAA-ACTTTA---CCCGG---AGTAT-----TTGGT-TG-ACG----AA-CAC-CAATGAG-ACG--TT------G----------CCTACATCTTTGAGAAACAAA-G-TTT-CG-TTG-C----GGTTT-TGG--GAAAGTGCC--AC-TTGCAGACGGAATCTGACGACGAAGTGC---ACAGGTGGGAT-G-CAGATGAGATCTAATATTTT-------CTT-TA-TAG-ATA-TACAACAACGGTGTTAC-AGG----AACA-GAGCTGTTAATTTAAAAA-TGGAA----TACGAGA-----TGAGC-T--CTC--A--AATT----AAATT-T-TCACGTCAATAAGTCTA----TC-TT----GGAAA-------------------TATTT--A-TCCAA--TTGCATGGGGGATAAACAAAGAAT---ATTCAT-GT---C-----ATGAACATTATTTT-----G-----------AACAACGTG---------T---A--------GG-GTAGG---CCT-AA-A-ATATT-TTCAT-ATTCG---TTAGCCT--ACGTC----TAAAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------T-G------GAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCAGG-C---ATTTGTCCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-T-AAG-TTGTGTC-AAAATCA----AC-CT----ACTG-TA-CTTGCACTTGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTCTAGAC----CATTTTGTCA-A-A-CGG-TC-TAAATAGG-CCTAG-T----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TG-ATAAACACTAT-AGCCTA--T-A--CAA---G--TTGTTT--AT-CG-TGTG-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----GTAAA--AAAAA------AA------TT------CAACAAAA-------AATTATT--TAT-------AAAC-AAG-A-AA--GTTGACTA-GG--GAATA-TTGAAGC-GGG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTAG---T----T------C-G----GA-CCG-G--------AA--CTG---ATCT--ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-ATAA-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|10 : ag--TGTGCTC----AACAT-TCT--C--TGCTATG-----AACA-TTTTGC-G-AAGTT-GTGTT-AAAACCA----ATGCTGAG-ACTG-GG-CCAGGCCTTGTTTACA-GTCGATCAG-ACTC-GGGTG-AGGCTCTAGAG----GATTTTATC--A-AATGA-TC-TAAAT------------------------------TGT-G--TGA-TAAACACTAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT-----TA-TGCGCA-CTTTA-GT-GAATATT--GTT----G-------AAAA------GATTTTTTTT------CAACAAAA-------AATTATT--TAT-------AACA-A---GAAA--GTTAACTG-GG--G-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATCTCT----AAAGTAGT--TCGGAC------C-GC---GA-CCG-G--------AAGTCT-----TCT--ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-ATAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-Taa
gi|11 : ttGGCTTCAGAG----GATTTAATC--A----------TAAATGATATCTAAAAAAAATATAG-TAAAACTCTTGT-GGTTGATTAAACACTAT-ACCCTA--A-AGGCAA---GGGTTG-TTTAAT--G-CGCA-C-TTTTA-GT-TAGAATT--TTT----T---A------------------TTTTTTTCC--CAATAAAAAA-----AAT-ATT--TAT-------ACG--A---A-AG--GTTACT-A-GG--G-ATA-T-GAAG--GGG-----GATGATCTCT---AAAAGTAGT--T----C------G-G----GA-CCG-GTGACCCGGAAGTCT-----TCTA--TC--AA-AACGGGGCGT-T-G-ATTA-A--G-C-TATGGTTTAATCGAAAA--CTAGCAA-TAGTGCA-CA-CCGGAAAT-GAGA
gi|12 : gtGGATA-TCTA-TATT----GCGTAA--T--TTG-A--TATT-T--------------AA-A---GA-GTTGAA-A-TGG-TGTA-TTTATT----CTCGA---GGCTTGCCGAG-C---G-----AATA-AATAC-ACCAT------TT-CAA-aaagat
gi|12 : catagaT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTTA-C--A-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAA--CAAG--A-ACAG-C--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-TCGCA---TG-C-AGTA-T--GT-GATTG-TTC-----------C-GTG-TCC-T-A-TGC---GAGA-AAA--A-TA-AA--TGCA--AATAATATT-A-CA-CATATT-TCTTATTTCATAC---T-ATAA--TAA--AATagtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|13 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtact-G-TA----GTTT-T-G--TGGATAAATACTAT-A-------A-A--CAACTTA--TTG-TT--ATGCA-TTCG-A---TTC-AT-AA-TATT--CTA----G---A--AAAGATTTTTTGA---TTTTTTTTT--C--TTAAGCAT----C-CTGTCAATAT-------AAAC-GCGTA-AA--TTTAAC-T-GGCAA-ATAATTGAAGC-GGG-----GAT--TATCA-C-TTAAGTAGT--T-----------C-G----TA-CCG-A--------ATG-CT----AT----ATT--GA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-AGG--T-T-TTTGGTAT-ATC--AAc
gi|14 : cattcagattgaactttttttttccagatatactaA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--TA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TGCCC-AA-T----------A-ACAG-C--TG-ATA-AAAATCATGTCG--TCGCA---GA-C-AGT--T--GT-GATTG-T----------T--C-GTGTTCC-T-A-CGC---GAGA-AAG--A--A-AA--TGCAAT--TAATATT-G-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACC--T-ATGAATGAA-----ATTCAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-TT-----GAATT-ATTCT--AA---A-CAT
gi|15 : t-ACCAT------TT-CAA-AGA-G-TT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA---TA-ATAG-A-TAT------T-CTATTTTATA-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTAAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-ATAG-AAATTGTGTCA--TCACA---GG-C-AGT--T--GTGGGTTA-T----------T--C-ATGTTCC-T-A-
gi|16 : tACTC-GG-GG-AGGCTCTAGAC----CA---------A-A-CGG-TCATGGATAGGCCTCAGTA----TAT-G-TA----TTTTGTAG--TG-ATAACCACTAT-AAGCTA--ATA--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGTG-GACTTTAGAT-AATTATT--GTT----G---T--AA-----------------------------AAAAAAT---------TC--TAT-------AAACAA---G-AA--GTTGACTA-GG--GAATA-TTGAAGC-t
gi|17 : -AATA-AATGC-ATCAT------TT-CAC-CTC-A-TT-GGG-TAG---AG-C-AAA--GAT--
gi|17 : aaatacatgtattctaa-TGT------T-CTACAT---A-TTT--CA-TTCG-C--T-C-TT---T-TTA-TCA---CTTTGG----C---TT--G--AGA---TTA----TCCCC-AA-TACAACAA---A-ACAG-C--TG-ATcgcaaagtttgttctacatatttcattcgctctttttatcactttggcttgagattatccccaatacaacaaaacagctgattca
gi|18 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttTT--TAT-------AACA-A---G-AAA-GTTAACTA-AG--G-ATA-TTAAAGC-GGGCCAGGGAT--TATCT-C-AAAAGTAGT--T----T------------------G-G--------AAG--TG---GT----ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--AGC-AACGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCtca
gi|19 : -TTGAAGCGGGG-----GATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGT----T------CAG----AA-CCG-G--------AA--CTA---GTCAT-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTGCATAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC----A--CTAGCGACTA--GCACCA--CGG-AAT-GAGATA
gi|2 : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGACAT--TTGGA--TATT-TT-CTC-TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAAGA-TGGTTGTATTTTATT----C-CGAG--GGCTTGCCGAG-C---GATAA-AATA-AATAC-ACCATA-----TT-CAA-CGA-T-TT-TGA-TAG---AGGC-AAA--TAT--C--A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAGCA-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAAG---T---TT--G--AGA---TAA----T-CCC-AA-TAC--AAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-TCGAA---GGACAAGT--T--GT-GATTGTTTCG----TG-TTAT-GTGTTCC-T-A-CGCT--GAGA-AAA--A-GA-AA--TGCAATAAAAATATT-GCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCTAT-ATAAATTAA--AATATTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---AGCGTG----T-AA-GTTTTATTTAAAT-T-CATT-AAATT------------------------C-TTGT----AT-TTCTTTTTTAA-ACTTTA---CC------AGTA------TTGG--TC-ACT----AA-CA--CAAT--G-ACG--TT----TGG----------CC-------TT-AC----ATT-GTTTT-CGTTTG-CTAGAAGTTT-TTG----A----TC--AC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC---A---GT--GATC--TGGA------CTAATA-TTA-------CTT-CA-TAA-A-A-GATA--AACGGTGTT-C-AGG---GAACA-GAGTTG----TTTGTAAA-TGGAAGAATTAC--AA-----T--GCTT--TTCCAA--AATT----AAATT-TGTCACGT--AT-----TG----TT-TTTTCGGG-AT-------------------TA-TT--A-TCGAA--TCG-ATGGG---------AAGAAT---ATTCAT-TT---C-----ATG-ACATTTTGA---------------------AA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCT-AA-ATATTTT-TTCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAATTAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C---G--TGTCCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTT-AAGTTTCTGTTCAAAATCA----AACCT----ACTG-TA-CTTGCACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-AG-TGCAGGCTCTAGGAC---CATTTTGTC--ATA-CGGTTT-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-GTTA----TTTTGT-GACTGAATAAACACTAT--GCCTATTA-A--CAA---G---TG-TT--AT-CGATGTG-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----G---ATTAAAAA------AA------TT------CAACAAAAAATAAAAAATTATT--TAT-------AAAC-A---G-AA--GTTAG--A-GG--A-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTAGT--T----T------C-G----GA-CCG-G--------AAA-CTG---ATCTA-ATCCAAA-A-CGGG-CGCGTTG-AT-A-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGG-AAT-GAGATAa
gi|20 : GATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-AATTATT-TG-CTC-T-A--TC-AA-A--CGA-GT---G-A-TGGATGTATTTc
gi|21 : atatagaCG-G--------AA---TGTATATCCA-ATC---------GG-CGT-TTG-AT-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AATGGAGATAcgcgtaggaggccttggccga
gi|22 : aca--GGCTCGACAAG-CCTCGC--G-AATA-GATAC-ATCAT------T---AA--------T-T-A-CAA---AG-T-AAA--TAT--CA-G--ATC-----AC---GC-A--AT--ATAG-A-TAT------T-CTCTTT---A-aatc
gi|23 : -ATA--AA-A-TGGG-CGT-TTG-AT-A-A--AGC-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGA-AAT-GAGATAa
gi|25 : tatCTATATC--AA-T-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AAT-GAGATAaatgt
gi|26 : -AAATA------------------------C-TTGT----AT-TTC-TTTTAAA-ATTTTA---CCG-----AGTACTTATTTTCT--TG-ACGT---AT-CAC-CAAT--G-ACA--TT----
gi|27 : A-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-TTC-C-A--TC-TA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGT
gi|28 : agaggatatag-TATAGTTT-ACC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAgt
gi|29 : GGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAG-AAT-GAGATAaatt
gi|3 : A-TCTA--ATT----GCGTGA--T--TTG-A--TAAT-TG--TA-TCA--TCTAA-A--CAG-TTTGAA-A-TGGGTGTATTT-ATT---------G--GCCTTGCCG-G-C---GC--G-AATA-A-TGC-ACCAT------TT-CAAACGA-G-TC-TGA-TAAGTAAG-CCAAA--TAT--CACA--ATC-----AC---GCAA---TA--TAGCA-TAT------T-CTATTTG--A-TCT--CA-TTCAAC--T-CCTG---C--TACTCA---CTTTAGTACCT---TT--G--AGA---TGA----T-CCCCAA-TAC--CAAG--ACACAG-CAGTG-ATAGAAT-TGGTGTCAT-CAGCACCCAG-C-AGT--T--GT-GATTG-TTCG----TA--------GTTCC-TCA-C-C---GAGA-AAA--A-AA-AAGATGCA-TATAAATATT-G-C--CATATT-TC-TA-TTT-TACCT---ATAAATTAACCAAT---CAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAATGAATA-AT--T--AATCGG-CATA----CCTA-AATTTATTTAAAT-T-CATT-AAATA------------------------CCTTGT----ATATTCTGTTTAAA-AATTTATTGCC------GGTA------TTGGAATGCACGTA--AA-CACTCAAT--G-ACGGATT----AGG----------GC-------TAGA------------TT----TCG-A-AAAAGTTTATTG----------------T--CA-----------ACGATCAAGGACA--A---GT-GGATCG-TGGA------CTAATA-TTAGATTAGCTTT-CA-T---A-A-TAAA--TACAGTGTT-C-AGGGACAAACA-AAGTGGA---TTTGTG-A-TGG----ATAAC--AA-----T--GC-T--TTC--A--AATG----TAATT-T-T---GC--AG-----CG----TTATT----GG-A--------------------TA-TTAAA-TCGGATTTCG-ATGAA---------CAGA-----ATTCAG-TTAGGCCTATAATG-ACATTTTGGT-----GAGTAATTAATCAGTAA---A---------C---AAGAT----AG-GTAGG---CCTAAA-ATATTTC-TCCATCATTCGTCTT-----T--ACGTCT---TAGAATAG-CTACT-----A---C-------ATACGAAA--------TGG--------A-TAGTTTCCAAT-CTATCTCA-GAC---ATTTGTGC-C----AACATATTC-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GTAAG-TTGTGTTAAAAATCATTATG--CTGAGGACCG-GGCCCTGGCCTTGTTT-CA-GT-GTTCA-GACTC-GG-GT-AGGCTC-AGAG----GATTTTATCAAA-A-CGA-TC-TAAATAaatca
gi|3 : gaggtatagTAAATACTATCAGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT----------TA-G-CTTTA-GTGAACTACT--GTT----G---A--AAA--------GA---TTTTTTTTTTTCGACAAA---TC---AATT-TT--TAT-------AACA-A---G-AATAGTTAAT-A-GGT-G-ATA-T-GAAGC-GGG-----GATG--ATCTGC-AAAAGTAGT--T----C------G-A----GATCCGCG--------AAG-TTC---TTCT--ATC--AA-A-CGGG-TGT-TTG-AT-A-AAGC-T-TATGGTTT-ATC--AAA--Cctatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|30 : gaggtatagatctaattgcgtgatttgataattgtatcatctaaacagtttgaaatgggtgtatttattggccttgccggcgcgaataatgcaccatttcaaacgagtctgataagtaagccaaatatcacaatcacgcaatatagcatattctatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatcA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAc
gi|4 : aTA-TCTA-TATTA---GCTTGA--T--T-G-A--TATT-TGGCTC-TAT--TC-AA----CGA-GCT----A-TGGTTATTATTTATT----C-GGCG--AGCTTGCCGAGGC---GA--ATAACA-A-TGC-AACAT------TT-CAA-CGA-G-TT-TAG-TAG---AG-T-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAT--AT-----G-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA--TCATC--T-C-TG-----CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--A-A---TGA----C-CCC--A-TAC--CA----A-ACAG----TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-C--CA---GG-C-AAT--T--TT-A--TG-TTCG----TG----------TCC-T---CGC----AG--AAA--A-GA-TA--T-CAAT---AATATG-A--A-C-TATT-TC-TA-TT----CTC-T-ATGAAATAC--AA-GTTAAT-TTT-A---AC-GA-C--T----TCTT-----GAATG-AT--C--AA---A-TATT----T-CA---TGTATTC-AAT-T-CATT-AA---------------------------T-TTGT----AT----TTTTTAAATAC-TTA---CC-------GAA------TT-A--TG-ACG----TA-CAC---AT--T-ATG---T----TGGCTAAT-----CC-------TTGAA----AAA-GTTTTCCG-TTG-C---GA--TT-TTG--AAT----TC--AC-T--CA-------------GATCAAGGACTTGC---GTGGAAT-----AA------GTAATA-TTC-------TTT-GC-TAT-A-A-TTAA--AACTGTGTT-T-AGA---AAACA-AAGTT-----T--------TGGAAGAATTAC---A-----T--GC-T--TTC--A--AATTTATAAAATT-T-TCACGT--AT-----TG-------------------------------------TA-TT--A-TCGT---TCA-ATGGG---------AATA-----ATTCGT-CT---G-----AT---CA-TTTGATTGTCAG-----------AGTAAT--A---------C---A--------AG-GTA-G---CCT-AACATA-ATT-TCTA--ATTCA---C-----T--TGGTC----TAGAATTT-CT-AT-----T---A-------T----GAA--------T--------GAA--AG--TCC--AGCTAT-TCA-G-A---A--T-TTTT------GCTT-CTTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-G-AA--CTGTGTT-TTAATCA--------T----GCTGAGA---TGGAC-------CATGTCGTTCAGAA-TC-GG-TG-AGGC-CTA-GA----GATTTTGTC--A-A-T-A-TC-TAAAT----------T----GAT-G-T-----------------AATAAACA-TAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT--------TATG-G-CCTTT-AT-GAATGTT--GTT----G---A--AAAGA-------ATTTTTTTT------CATCAAA-----------TATT--TAT----------C-A---GAAA--GTTACT-A-GG--A-TTA-TTGAAGC-GG---------GATATCT-CTAAAAGTAGT--T----CGACCAGC-GACTCGA-CCG-A--------AGT-CT-----TCT--ATC--AACA-C-GG-CGT-T---AT-A-A----C-TAT-GTTT-A-C--AAG--T--GCAA-TA-TGC-CC--CC-G-AAT-GAGATAaatgcgtat
gi|5 : atatagagGGATA-T-TA-TATTT---GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC-TAT--TC-AAGA--CGAAGTTGAA-AATGGT-GTATTT-ATTTTCGC-TGAG--GCTTGGCCGAGAC---GA--A---TA-AATGC-ACCAT------TTTCAA-CGA-GGTT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--GTC-----AC---GCAA---TACATAG-A-TAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTCA-CAGT-C-TG---C-CTA-TCC---TTTTAGT---T---TTTTG--AGA---TGA------CCC-AA-TAC--TAG-----ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCTCGCAA--GG-C-AGTGTT--TT-GATTG-TTTG----TG-T--------TCC-T-A-AGCCGAGAGA-AAA--AAGA-AA--TGCAA--ATAATATTTG-CA-CATATTGTC-TA-TTCAGAC---T-AGAAATTAA--A---TTCAT-TT-AA---AG-GA-CCTG----T-TTTG---GAATG-AT--TTAAG---A-CATAAACCC-TC-ATGTT--TCAAAT-T-CATT-AAATA--------------------------TTGT----AT-TGTCTTTAAAA-ACTTTA---ACTCGCGGAGTA------T-GG-----ACGGGTTAA-CAC-CAAT--GGACG--GG----TGGGGCCTAGAATCC-------TTGAA----AAAAGTTTT-CG-TTGGC---GAGTTT-TTGGGAAA----TCTCCC-T--CA-----------ACGAT-AAGGAC---AA--GTGG-ATCGGTGGAATAAAGCTAATA-TTA-------CGT-CA-TAA-A-A-TA-A--AACGGTGTT-TTAGG---AAAAACAAGTGA----TGTGTGAAATGGAAT--TTAC--AAATAATT--GC-T--TTTTCATCAATTTA--AAATTAT-TC--GG--AC-----AG----TCATT----GG-AT-------------------GC-TT--AATCGGA--TCA-ATGGG---------AAGA-----ATTCAGGTT---C-----A-G-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------TATAA--------AG-GTA------CT-AA-A-ATAAT-TTCAC-A
gi|6 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----T-CCCCAA-TAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-AGAGAAA-TCGTGTCAT--CGCA---GG-C-ATT--C--GT-GATTG-TTCG----TG-T--------TCC-T-A-CGC---GAGA-AAA--A-AA-AA--TGCAACAGC--TATT-A-CA-CATATT-TA-TA-TTCATACCT---ATAAATTAA--A---TTCGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---T-CATA----C-CA-ATTT-ATTTAGAT-T-CNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-TTAT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA---TCG-----AGTA------TTGG--TG-ACG----AAACAC-CAAT--G-ACG--TTAGCCTAGAT--------CC-------TTGAA----AACCGTTTT-CA-TTG-C---GAGATT-TTG--AAA----TC--ACCT--CA-----------ACGATCAAGGAC---A---GTGG-ATCG-TGGAGTGGA-CTAATA-TTA-------CTTTCA-TAT----------------TCTT-C-AGG---AAACA-AAGT-G----TTTGTGAA-TGGAA---TCGT--AA-----T--GC-T--TTC--A--AATT----AAATT-T-TCACGTT-AT-----TGGATATTATC----GG-ATCGATGGGAAAANNNNNNNNNN-NN--N-NNNNN--NNN-NNNNG---------AATA-----TTTCAG-TT---C-----TTGGACATTTTGA------A-----------AACAA---AAGTTCGTCAT---A--------AGAGTGTGTTACCT-AA-A-ATTTCATTAAT-ATTCG---T-----TTTACGTCGAACTAGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCA----GAA--------TGG-------AA-TAATT-CC--TGCTATCTCAGG-C---ATTTGTCCTCCTAAAAC-T-CTT-TCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-T-AAG--TGTGTT-AAAAtctattta
gi|7 : cGAA----AAA-GTTTT-CGATCG-C-ACGACTGT-TTG--AAA----TA--ATAT--TA-----------ACGATCTAGGAC---A---GTGG-ATCG-TGAG------CTAATA-TTA-------CTT-TAATGTGA-A-T-TA--AACTATGTT-T-AGG---GAACA-AAGT-A----TTTGAGAA-TGGAA---TTAT--AA-----T--GC-T--TTC--A--AATT----GAATT-T-TCACGT--AT-----CT----TC-TT----GG-A--------------------TA-TT--A-TCG------G-ATGGG---------AAGAATAATATTTAC-TC---C-----ATG-ACACTTTGAT-----A-----------AATAA---A---------C---A--------AG-GTAGG----CT-AA-AT-TATT-TTCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGA-CT-CTAGGGGA---G-------A----GAAAAT-----TGGTCTATAGAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTT--TGTGCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-G-AAG-TTGTTTT--AATTTA----A---T----GCTA-AG-ATT-------TTTACT-GCCGTTCA-GACT----------------GAA----CGTTTTATC--A-----------------GA--TACA---------G-TT----TTTTGT-G-----ATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--TAA---A--TTGTTT--AT-GC-TTTA-G-ATTCA-TT-AAATATT--CTT----G---A--AAAGA------TG---TCTTT----------GAAAAATA---AAATATT--TAT-------AAAC-AAG-A-AA--GTCAACTATGG--A-AAA-TTGAAGT-GGG-----GAT--TATCT-C-AAAAGTAGT--T----gatatccaatagcctatttgtat
gi|8 : gAA-TGGAA---TTAC--AA-----TG-GA-TGGTTTCAA--A-----------T-T-TCACTT--GT-----TG----TC-TT----GG-A--------------------TA-TC--G-TCAGA----G-ATAGG---------A
gi|8 : ttctgcattattcTTAT-ATTCG---T-----G--ACGTC----TGAAATGG-CT-CT-----A---G-------A----GGAAAGAGATGTGGCCTATTGAA-TA-CTCCC--CGCTA-CTTA-G-C---G--TTTTTGC----ATAAA-TTT-TC--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-A-AAGTTT-TGTT-ATGGTT----------------TA-GA-CT---GCTTGTTTACA-GCC-TT----ACT---A-TT-GGAATTTTGGAGTTTCAATTTATA--A-A-CTA-TA-TAAACA--AATTA-AT----AAT-T-TA----TTGTTT-A--TGGTTTAA----AT-----TA--A-T--TAA---T--TTG-TT--AT-T--TATT-T-CTTTA-TT-TTTTGTTTTGTTTTTGG---A--AAAGA------TG---TTTTT--------ACAAAG--T----AATCATG--TATCCTATCCAAGC-A---A-A----CTAG----GG--G-GCA-TTGGAGC-GTG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTAG---T----T------C-G----AA-CCG-G--------AAG--TG---CTGT--ATC--CA-A-CGGG-TGT-TTG-AT-AGA--G-C-TActtcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|9 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacTGAATTAA--A---TTCAT-TTTAA---AG-GA------------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----C-TA-ATTT-ATC---AT-T--ATT-AAATA------------------------C-TTGT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA---CCG-----AGTA------TTGT--TG-ACGT---AA-CAC-CAAT--G-ACG--TTGGCCTAGAT--------CC-------TTGAA----AAAAGTTTC-CG-TTG-C---GAGTTT-TTG--AAA----TC--AC----CA-----------ACGATCAAGGAC---A---GTGG-ATCA-TGCG------CTAATA-TTA-------CTTTCA-TAT-A-AATA-A--AACGGTGCT-C-AGG---AAACA-AAGT-G----TTTGTGAA-TGGAA---TTAC--AA-----T--GC-T--TTC--A--AATT----AAATT-T-TCA------------TG----TTATT----GG-AT-------------------T--TT--A-TCAGA--TCG-ATGGG---------AAGA-----ATTCAG-TT---C-----ATG-ACATTTTGGT-----G-----------AGTAA---A---------C---AATTAAGGTAG-GTAGG---CCT-AA-A-ATATT-TTAAT-ATTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222 1111 11 1 2222222 1 11111 111111 111 1 11111 111 11 1 111111 111 11111 111111 222222 11111111 1 111 5555555555555555 11111 11111 22222 222 22222222222222222222 1111 1 444444444444444444444444 1111 22222 222222222222 11111 11 6666666666666666666 1111111 1 22222 1111 1111 22222222222 11111 222 111 33333333333333333 111111 11111111 222222 1111111111111 1111 22222222222222 1111 11 55555555555555555555555555555555555555555 111111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222 111111111111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1111 11111 111 1 111 5555555555555 11111111111111 11 11111 2222222222222 66666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777 22222222222222 11 555555555555555555555555555 333333 111111
lowQualScore : 4 4 8888 66 66 4 66 4 444 0000000 4 2222 4 99 4 00 2 5 6666666 999 5 5 5 1 55555 5 5 999999 5 5 5 5 5 5 5 000 1 77 77 6 99 66666 111 8888 33 0 4 111111 4 111 4 55 4 4 4 55 8 22222 8 777 000000 777 55 777 555555 4 4 33333333 4 4 55 4 99 0 6 111 4 777 4 4 66 4 66 4 1 4 0000000000000000 1 4 555 5 5 00000 66 3 5 66 33333 0 5 5 5 5 5 5 5 00 22222 66 777 5 888 5 77777777777777777777 5 66 66 99999 7777 55 2 33 5 5 5 888888888888888888888888 5 0000 5 6 5 11111 66 333333333333 5 44444 5 11 66 8888888888888888888 3333333 5 0 5 0 88888 5 66 5 7777 4444 33333333333 55555 000 5 222 88888888888888888 5 444444 5 9999 66 22222222 5 5 1 5 5 9999 5 888888 3 4 777 4 5555555555555 66 66 777 66 5555 4 4 1 77777777777777 777 4 5555 00 66 0 4 4 66666666666666666666666666666666666666666 888 5 66 444444444 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 111 66 777 4 999999999999 7777 77 5 6666666666666666666666666666666666666666666 5 4 0 77 1 5 88 1 0 0000 888 88 66 22222 5 0 111 8 000 8888888888888 22222222222222 1 5 88 77 6666 0 4 11111 3333333333333 77777777777777777777777777777777777777777 999 55 4 55 888888 4 555555555555555555 44 4 4 55 8888 777 55 66666666666666666666666666666666666666 55 00000000000000 22 0 3 3 3 7 3 3 99999 3 7777 666 333333333333333333333333333 3 111111 44 3 77 3 3 3 3 3 9 6 555555 2 33 44 3 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .. . .. . ... ....... . .... . .. . .. . . ....... ... . . . . ..... . . ...... . . . . . . . ... . .. .. . .. ..... ... .... .. . . ...... . ... . .. . . . .. . ..... . ... ...... ... .. ... ...... . . ........ . . .. . .. . . ... . ... . . .. . .. . . . ................ . . ... . . ..... .. . . .. ..... . . . . . . . . .. ..... .. ... . ... . .................... . .. .. ..... .... .. . .. . . . ........................ . .... . . . ..... .. ............ . ..... . .. .. ................... ....... . . . . ..... . .. . .... .... ........... ..... ... . ... ................. . ...... . .... .. ........ . . . . . .... . ...... . . ... . ............. .. .. ... .. .... . . . .............. ... . .... .. .. . . . ......................................... ... . .. ......... . ................................................. . . ... . ... .. ... . ............ .... .. . ........................................... . . . .. . . .. . . .... ... .. .. ..... . . ... . ... ............. .............. . . .. .. .... . . ..... ............. ......................................... ... .. . .. ...... . .................. .. . . .. .... ... .. ...................................... .. .............. .. . . . . . . . ..... . .... ... ........................... . ...... .. . .. . . . . . . . ...... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 4 4 3333 11 11 4 11 4 777 3333333 4 4444 4 77 4 22 6 0 4444444 444 6 0 0 4 55555 7 0 444444 0 0 0 7 7 7 7 000 4 99 99 7 22 77777 777 5555 22 0 4 555555 0 000 0 55 0 0 0 55 0 66666 0 000 888888 000 55 000 999999 0 0 88888888 0 0 55 0 22 6 7 666 4 888 4 4 11 4 11 4 0 4 7777777777777777 8 4 333 0 0 99999 99 4 0 99 22222 1 0 0 0 0 0 0 0 44 88888 11 000 0 888 0 22222222222222222222 0 99 99 99999 9999 99 0 77 7 7 0 111111111111111111111111 0 6666 0 5 0 22222 99 222222222222 0 11111 0 99 99 6666666666666666666 5555555 0 4 0 0 66666 0 99 1 5555 0000 88888888888 99999 000 0 111 66666666666666666 0 444444 0 2222 99 22222222 0 0 4 0 0 6666 0 111111 6 4 888 4 8888888888888 11 11 888 11 6666 4 4 1 88888888888888 888 4 6666 66 11 1 4 4 99999999999999999999999999999999999999999 888 0 00 444444444 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 888 0 999 99 888 4 777777777777 9999 33 7 3333333333333333333333333333333333333333333 7 1 1 99 4 7 44 0 4 6666 444 22 99 55555 0 1 444 5 888 0000000000000 00000000000000 4 7 00 55 2222 8 4 88888 3333333333333 88888888888888888888888888888888888888888 666 55 0 55 222222 0 888888888888888888 77 0 9 55 5555 000 55 99999999999999999999999999999999999999 00 55555555555555 33 5 6 6 6 3 6 3 11111 6 5555 444 000000000000000000000000000 6 000000 44 1 33 1 1 1 1 1 2 2 000000 9 99 22 1 1 6 6 6
consensus : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-C-A--GT-T--GT-GATTG-TTCG----TG-T--C-GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCAATAATAATA-TT-G-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTAA--AA--TTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TTGG--TG-ACG---T-AACAC-CAAT--GACG--TTGGC-T-G-G---------TCCTTG-AA----AAA-GTTTT-CG-TTGC-A-G-AGTTT-TT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C--GTG-GA----A-----C---TAATA-TTA------C-TT-CA-T--AT-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG----TTTGTG-AATG---GAA-TTAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GG-ATTA-TT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAGA------TA---TTTTTT---CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-AA--GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGCGGG-----G-ATGATATCT-C-AAAAGTAGTT----C------CG----GA--------CCG-GAAG-CTG-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
Reference ( family-690 ) : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----T-CCC-AA-TAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGTGTCAT-TCGC-A---GG-C-A--GT-T--GT-GATTG-TTCG----TG-T--C-GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCAATAANAATA-TT-G-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTAA--AAT-TTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TTGG--TG-ACG---T-AACAC-CAAT--GACG--TT----T-G-G---------TCCTTG-AA----AAA-GTTTT-CG-TTGC-A-G-AGTTT-TT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C--GTG-GA----A-----C---TAATA-TTA------C-TT-CA-T--AT-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG----TTTGTG-AATG---GAA-TTAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GG-ATTA-TT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTNCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAGA------GA---TTTTT----CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-AA--GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGCGGG-----G-ATGATATCT-C-AAAAGTAGTT----C------CG----GA--------CCG-GAAG-CTGATC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|1 : GGATAATCTAGTATTTCTTGCGTGA--TACTTG-A--TATTATG-CTCC-TAGATTC-AA-ATACGA-GTTGAATA-TTG--GTGTTTTAT-T----CGCGAGTTGCTTT-G-CCGAG-CGA--A-AGTATAATACCACCATGTCAGTTT-C-AAACGTAG-TTATGAATA---GAG-CAAAAATATTTCA-ATAATCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG-AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACC-ATTC-A-C--TACTGAAACGCTAGTCGACTCTTTAG--T---TATTTTGCAAGAATTTAAATCTT-CCC-AAATACAATAAGTAG-ACA-GC--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT--CGA-A---GA-C-G--CC-TAGGG-GTTTG-TTGGGGGATGCT--CTGTGTTCCAT-AGCG-C-GAG---ATAAAGCAGACA--ATGCAA----AATA-TTAG-CATCATATT-TC-TA-TTTATACCT-TGATAAATTAA--CAT-TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-T-----G--GAATGCAT--T--AA---A-CATA----CTAGATTGTATTTAAATATACATTTAAAT------------------------A-CTTGTTTTTAT-CTTTTTTTAAA-ACTTTA-----CCCGGAGTAT-----TTGGT-TG-ACG-----AACAC-CAATGAGACG--TTGCC-T-ACA---------TCTTTG-AGAAACAAA-G-TTT-CG-TTGC-----GGTTT-TG--GGAAAGTGCCAC-TTGCAGACGGAATCTGACGACGAAGTGC-ACAGGTGGGATGCAGATGAGA----T-----C---TAATATTTT------C-TT-TA-TAGAT-ATA-CA-ACA-ACGGTG-TTACAGG----AACA-GAGCTGTTAATTTAAA-AATG---GAA--TACGAG----A-----TGAGC--TCTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGTCAATAAGTCTATC-TT---GGAAATATTT--ATCCAA--TTGCAT-GGGGGATAAACAAA--------------------------GAATA---TT-CA-TGT---C-----ATGAACATTATTTT-----G-----------AACAACGTG---------T---A--------GG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TCAT-ATTCG---TTAGCCT--ACGTC----TAAAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------T-G------GAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-T-AAG-TTGTGTC-AAAATCA----AC-CT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTCTA-GAC---CATTTTGTCA-A-A-CGG-TC-TAAATAGG-CCTAG-T----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TG-ATAAACACTAT-AGCCTA--T-A--CAA---G--TTGTTT--AT-CG-TGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----GTAAA--AAAAA------AA------TT----CAACAAAA-------AATTATT--TAT---AAAC-AAG-A-AA--GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGCGGG-----G-ATG--ATCT-C-AAAAGTAGTT-----------CG----GA--------CCG-GAA--CTGATC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|10 : agTTTGTGCTC----AACAT-TCT--C--TGCTATG-----AACA-TTTTGC-G-AAGTT-GTGTT-AAAACCA----ATGCTGAG-ACTGGG-CCAGGCCT---TGTTTACA-GTCGATCAG-ACTC-GGGTG-AGGCTCTA-GAG---GATTTTATC--A-AATGA-TC-TAAAT------------------------------TGT-G--TGA-TAAACACTAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT-----TA-TGC---GCA-CTTTA-GT-GAATATT--GTT----G---A--AAAGA------TT---TTTTTT---CAACAAAAAAT-------TATT--TAT---AACA-A---G-AAA-GTTAACTG-G-G-G-A-TA-TTGAAGCGGG-----G-ATGATCTCT----AAAGTAGTTCGGAC------CGC---GA--------CCG-GAAGTCT--TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-Taa
gi|11 : GGCTTCA-GAG---GATTTAATC--A----------TAAATGATATCTAAAAAAAATATAG-TAAAACTCTTGT-GGTTGATTAAACACTAT-ACCCTA--A-AGGCAA---GGGTTG-TTTAAT--G-CGC---A-C-TTTTA-GT-TAGAATT--TTT----T---A------------------TTTTTTTCCCAATAAAAAA-----AAT-ATT--TAT---A--C-G---A-AA--GGTTACTA-G-G-G-A-TA-T-GAAG-GGG-----G-ATGATCTCT---AAAAGTAGTT----C------GG----GACCGGTGACCCG-GAAGTCT--TC-T-ATCA-AA-ACGGGGCG--TTG-ATT-A-A--G-C-TATGGTTTAATCGAAAA--CTAGCAA-TAGTGCA-CA-CCGGAAAT-GAGA
gi|12 : gtGGATA-TCTA-TATT----GCGTAA--T--TTG-A--TATT-T---------------AA-A---GA-GTTGAA-A-TGG-TGTA-TTTAT-T----CTCGA---GGCTT-G-CCGAG-CG-----AATA-AATAC-ACCAT------TT-C-AA-aaagat
gi|12 : catagaT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTT-A-C--A-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAA--CAAG--A-ACA-GC--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-TCGC-A---TG-C-A--GTAT--GT-GATTG-TTC-----------C-GTG-TCC-T-A-TG-C-GAG---A-AAA--ATA-A--ATGCA--AATAATA-TT-A-CA-CATATT-TCTTATTTCATAC---T-ATAA--TAA--AAT-agtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|13 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtact-G-TA----GTTT-T-G--TGGATAAATACTAT-A-------A-A--CAACTTA--TTG-TT--ATGCA-TTC---G-A---TTC-AT-AA-TATT--CTA----G---A--AAAGATTTTTTGA---TTTTTTTTTC--TTAAGCAT----C-CTGTCAATAT---AAAC-GCGTA-AA--TTTAACTG-GCA-A-A-TAATTGAAGCGGG-----G-AT--TATCA-C-TTAAGTAGTT----C-------G----TA--------CCG-AATG-CTA----T-ATT--GA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-AGG--T-T-TTTGGTAT-ATC--AAc
gi|14 : cattcagattgaactttttttttccagatatactaA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--T-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TGCCC-AA-T----------A-ACA-GC--TG-ATA-AAAATCATGTCG--TCGC-A---GA-C-A--GT-T--GT-GATTG-T----------T--C-GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAG--A-A-A--ATGCAAT--TAATA-TT-G-CA-CATATT-TC-TA-TTCATACC--T-ATGAATGAA--A---TTCAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-T-----T--GAATT-ATTCT--AA---A-CAT
gi|15 : t-ACCAT------TT-C-AA-AG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA---TA-ATAG-A-TAT------T-CTATTTTATA-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTAAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAG-AAATTGTGTCA--TCAC-A---GG-C-A--GT-T--GTGGGTTA-T----------T--C-ATGTTCC-T-A-
gi|16 : tACTC-GG-GG-AGGCTCTA-GAC---CA---------A-A-CGG-TCATGGATAGGCCTCAGTA----TAT-G-TA----TTTTGTAG--TG-ATAACCACTAT-AAGCTA--ATA--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGT---G-GACTTTAGAT-AATTATT--GTT----G---T--AA---------------------------AAAAAAT---------TC--TAT---AAACAA---G-AA--GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGCt
gi|17 : -AATA-AATGC-ATCAT------TT-C-AC-CT-CA-TT-GGG-TA---GAG-CAAA--GAT--
gi|17 : aaatacatgtattctaa-TGT------T-CTACAT---A-TTT--C-ATTC-G-C--T-CTT---T-TTA-TCA---CTTTGG------C---TTG--AGA---TTA----TCCCC-AA-TACAACAA---A-ACA-GC--TG-ATcgcaaagtttgttctacatatttcattcgctctttttatcactttggcttgagattatccccaatacaacaaaacagctgattca
gi|18 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttTT--TAT---AACA-A---G-AAA-GTTAACTA-A-G-G-A-TA-TTAAAGCGGGCCAGGG-AT--TATCT-C-AAAAGTAGTT----T------------------------G-GAAG--TGGT----ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-AACGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCtca
gi|19 : -TTGAAGCGGG-----GGATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGTT-C------AG----AA--------CCG-GAA--CTAGTCAT-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTGCA-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC----A--CTAGCGACTA--GCACCA--CGG-AAT-GAGATA
gi|2 : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGACAT--TTGGA--TATT-TT-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAAGA-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGATAA-AATA-AATAC-ACCATA-----TT-C-AA-CG-AT-TT-TGA-TA---GAGGCAAA--TAT--C--A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAGCA-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAA--G---T---TTG--AGA---TAA----T-CCC-AA-TAC--AAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-TCGA-A---GGACAA--GT-T--GT-GATTGTTTCG----TG-TTAT-GTGTTCC-T-A-CG-CTGAG---A-AAA--AGA-A--ATGCAATAAAAATA-TT-GCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCTAT-ATAAATTAA--AATATTCAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---AGCGTG----TAA-GTTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------T-CTTGT----AT-TTCTTTTTTAA-ACTTTA-----CC---AGTA------TTGG--TC-AC----T-AACA--CAAT--GACG--TT----T-G-G----------CCTT--AC----ATT-GTTTT-CGTTTGCTA-GAAGTTT-TT--G--A----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GT--GAT-C---TG-G-----A-----C---TAATA-TTA------C-TT-CA-T--AA-A-A-GATA-A-ACGGTG-TT-CAGG---GAACA-GAGTTG----TTTGTA-AATGGAAGAA-TTAC--A----A-----T--GC--TTTTCCAA--AATT----AAATT-TGTCACGT--AT-----TGTTTTTTCGGG-ATTA-TT--ATCGAA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-TTT---C-----ATG-ACATTTTGA---------------------AA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATTTT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAATTAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-G--TGTCCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTT-AAGTTTCTGTTCAAAATCA----AACCT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-AG-TGCAGGCTCTAGGAC---CATTTTGTC--ATA-CGGTTT-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-GTTA----TTTTGT-GACTGAATAAACACTAT--GCCTATTA-A--CAA---G---TG-TT--AT-CGATGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----G---ATTAAAAA------AA------TT----CAACAAAAAATAAAAAATTATT--TAT---AAAC-A---G-AA--GTTAG--A-G-G-A-A-TA-TTGAAGCGGG-----G-ATGATATCT-C-AAAAGTAGTT----T------CG----GA--------CCG-GAAA-CTGATC-TAATCCAAA-AC-GGGCGCGTTG-A-T-A-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGG-AAT-GAGATAa
gi|20 : GATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-AATTATT-TG-CTC--T-A--TC-AA-A--CGA-GT---G-A-TGGATGTATTTCGCGT----A-GGAG--GCCTTGG-CCGAc
gi|21 : atatagaCG-GAA---TG-TA-T-ATC--CA-AT-CGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AATGGAGATA
gi|22 : acaGAATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--CTG-A--TATT-TA-CTTTGTAA--TT-AA----------TGA--------TGTA-TCTAT-T----CGCGA---GGCTT-G-TCGAG-Caatc
gi|23 : taaaga-T-ATA--AA-AT-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGA-AAT-GAGATAca
gi|25 : ta-T-ATC--AA-TC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AAT-GAGATAaatgt
gi|26 : cta-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTC-TTTTAAA-ATTTTA-----CC--GAGTACTTATTTTCT--TG-ACG---T-ATCAC-CAAT--GACA--TT----
gi|27 : A-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-TTC--C-A--TC-TA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGT
gi|28 : agaggatatag-TATAGTTT-ACC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAgt
gi|29 : GGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAG-AAT-GAGATAaatt
gi|3 : A-TCTA--ATT----GCGTGA--T--TTG-A--TAAT-TG--TA--TCA--TCTAA-A--CAG-TTTGAA-A-TGGGTGTA-TTTAT-T---------G--GCCTT-G-CCG-G-CGC--G-AAT--AATGC-ACCAT------TT-CAAA-CG-AG-TC-TGA-TAAGTAAGCCAAA--TAT--CACA--ATC-----AC---GC-A--AT--ATAGCA-TAT------T-CTATTTG--A-TCT--C-ATTCAA-C--TCCTG-----CTACTCA---CTTTAG--TACCT---TTG--AGA---TGA----TCCCC-AA-TAC--CAAG--ACACA-GCAGTG-ATAG-AATTGGTGTCAT-CAGC-ACCCAG-C-A--GT-T--GT-GATTG-TTCG----TA--------GTTCC-TCA-C--C-GAG---A-AAA--AAA-AAGATGC-ATATAAATA-TT-G-C--CATATT-TC-TA-TTT-TACC--T-ATAAATTAACCAA---TCAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAAT--GAATA-AT--T--AATCGG-CATAC---CTA-AATTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------ACCTTGT----ATATTCTGTTTAAA-AATTTATTG--CC--G-GTA------TTGGAATGCACG---TAAACACTCAAT--GACGGATT----A-G-G---------GCT------------A-GATTT-CG---AA-A-A-AGTTTATT--G------------T--CA-----------ACGATCAAGGACAA---GT-GGAT-C--GTG-G-----A-----C---TAATA-TTAGATTAGC-TT-T--C--AT-A-A-TA-A-ATACAGTG-TT-CAGGGACAAACA-AAGTGGA---TTTGTG--ATG---G-A-TAAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATG----TAATT-T-T---GC--AG-----CGTTATT---GG-A-TA-TTAAATCGGATTTCG-AT-GAA---------CA--------------------------GA--A---TT-CA-GTTAGGCCTATAATG-ACATTTTGGT-----GAGTAATTAATCAGTAA---A---------C---AAGAT----AG-GTAGG---CCTAA-A-ATATTTCT---CCATCATTCGTCTT-----T--ACGTCT---TAGAATAG-CTACT-----A---C-------ATACGAAA--------TGG--------A-TAGTTTCCAAT-CTATCTCA-GAC-ATTTGTGC-C----AACATATTC-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GTAAG-TTGTGTTAAAAATCATTATG--CTGAGGACCGGGCCCTGGCCT---TGTTT-CA-GT-GTTCA-GACTC-GG-GT-AGGCTC-A-GAG---GATTTTATCAAA-A-CGA-TC-TAAATAaatca
gi|3 : gaggtatagTAAATACTATCAGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT----------T---A-G-CTTTA-GTGAACTACT--GTT----G---A--AAAGA------TT---TTTTTTTTTCGACAAA---TC---AATT-TT--TAT---AACA-A---G-AATAGTTAA-TA-G-GTG-A-TA-T-GAAGCGGG-----G-ATGAT--CTGC-AAAAGTAGTT----C------GA----GAT-------CCGCGAAG-TTCTTC-T-ATC--AA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-A-AAGC-T-TATGGTTT-ATC--AAA--Cctatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|30 : gaggtatagatctaattgcgtgatttgataattgtatcatctaaacagtttgaaatgggtgtatttattggccttgccggcgcgaataatgcaccatttcaaacgagtctgataagtaagccaaatatcacaatcacgcaatatagcatattctatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatcA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAc
gi|4 : aTA-TCTA-TATTA---GCTTGA--T--T-G-A--TATT-TGGCTC--TAT--TC-AA----CGA-GCT----A-TGGTTATTATTTAT-T----C-GGCG--AGCTT-G-CCGAGGCGA--ATAACA-A-TGC-AACAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TAG-TA---GAG-TAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAT--AT-----G-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-A-TC-ATC--T-CTG-----CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--A-A---TGA----C-CCC--A-TAC--CA----A-ACA-G---TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-C--C-A---GG-C-A--AT-T--TT-A--TG-TTCG----TG----------TCC-T---CG-C--AG-----AAA--AGA-T--AT-CAATAATA-----T-G-AA-C-TATT-TC-TA-TT----CTC-T-ATGAAATAC--AAG-TTAAT-TTT-A---AC-GA-C--T----TCT-----T--GAATG-AT--C--AA---A-TATT----TCA---TGTATTC-AAT-T-CATT-A---------------------------A-TTTGT----AT----TTTTTAAATAC-TTA-----CC--GA--A------TT-A--TG-ACG---T--ACAC---AT--TATG--TTGGC-T-A-A---------TCCTTG-AA----AAA-GTTTTCCG-TTGC---G-A--TT-TT--GAAT----TCAC-T--CA-------------GATCAAGGAC-----TTG-----C--GTG-GA----A-----TAAGTAATA-TTC------T-TT-GC-T--AT-A-ATTA-A-A-ACTGTG-TT-TAGA---AAACA-AAGT------TTTG-G-AA-----GAA-TTAC-------A-----T--GC--TTTC---A--AATTTATAAAATT-T-TCACGT--AT-----TG-------------TA-TT--ATCGT---TCA-AT-GGG---------AA--------------------------TA--A---TT-CG-TCT---G-----AT---CA-TTTGATTGTCAG-----------AGTAAT--A---------C---A--------AG-GTA-G---CCTAACATA-ATT--T---CTA--ATTCA---C-----T--TGGTC----TAGAATTT-CT-AT-----T---A-------T----GAA--------T--------GAA--AG--TCC--AGCTAT-TCA-G-A-ATTTTTGCT---------T-CTTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-G-AA--CTGTGTT-TTAATCA--------T----GCTGAG-A-TGGAC----------CATGTCGTTCAGAA-TC-GG-TG-AGGC-CTA-GAG----ATTTTGTC--A-A-T-A-TC-TAAAT----------T----GAT-G-T-----------------AATAAACA-TAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT--------TAT---G-G-CCTTT-AT-GAATGTT--GTT----G---A--AAAGA-------ATTTTTTTT----CATCAAA-----------TATT--TAT------C-A---GAAA--GTT-ACTA-G-G-A-T-TA-TTGAAGCGG----------GATATCT-CTAAAAGTAGTT----CGACCAGCGACTCGA--------CCG-AAGT-CT--TC-T-ATC--AACAC--GGCGT-T---A-T-A-A----C-TAT-GTTT-A-C--AAG--T--GCAA-TA-TGC-CC--CC-G-AAT-GAGATAaatgcgtat
gi|5 : atatagagGGATA-T-TA-TATTT---GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAT--TC-AAGA--CGAAGTTGAA-AATGGT-GTATTT-AT-TTTCGC-TGAG--G-CTT-GGCCGAGACGA--A---TA-AATGC-ACCAT------TTTC-AA-CG-AGGTT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--GTC-----AC---GC-A--ATACATAG-A-TAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTC-A-CAGT-CTG---C-CTA-TCC---TTTTAGTTT---T---TTG--AGA---TGA------CCC-AA-TAC--TA----G-ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCTCGCAA---GG-C-AGTGT-T--TT-GATTG-T----------T--T-GTGTTCC-T-A-AGCC-GAGAGAA-AAA--AGA-A--ATGCA--AATAATATTT-G-CA-CATATTGTC-TA-TTCAGAC---T-AGAAATTAA--A---TTCA--TTTAA---AG-GA-CCTG----T-T-----TTGGAATG-AT--TTAAG---A-CATAAACCCTC-ATGT--TTCAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A--TTGT----AT-TGTCTTTAAAA-ACTTTAACTCGCG--GAGTA-------TG----G-ACGGGTT-AACAC-CAATG-GACG--GG----T-G-GGGCCTAGAATCCTTGAAA----AAA-GTTTT-CG-TTGG-C-G-AGTTT-TTGGGAAATC--TCCC-T--CA-----------ACGAT-AAGGACAA---GT-GGAT-CG-GTG-GA----ATAAAGC---TAATA-TTA------C-GT-CA-T--AA-A-A-TA-A-A-ACGGTGTTT-TAGG---AAAAACAAGTGA----TGTGTGAAATG---GAATTTAC--A----AATAATT--GCTTTTTC---ATCAATTTA--AAATTAT-T--CGG--AC-----AGTCATT---GG-ATGC-TTA-ATCGGA--TCA-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CAGGTT---C-----A-G-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------TATAA--------AG-GTA------CTAA-A-ATAAT--T---TCAC-A
gi|6 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----T-CCCCAA-TAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-AGAGAAA-TCGTGTCAT--CGC-A---GG-C-A--TT-C--GT-GATTG-TTCG----TG-T--------TCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AAA-A--ATGCAACAGC--TA-TT-A-CA-CATATT-TA-TA-TTCATACCT---ATAAATTAA--A---TTCGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---T-CATA----CCA-ATTT-ATTTAGAT-T-CNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTTAT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----TC--GAGTA------TTGG--TG-ACG---A-AACAC-CAAT--GACG--TTAGCCT-A-GA--------TCCTTG-AA----AACCGTTTT-CA-TTGC---G-AGATT-TT--GAAA----TCACCT--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGG-AT-C--GTG-GAGTGGA-----C---TAATA-TTA------C-TTTCA-T--AT----------------TC-TT-CAGG---AAACA-AAGT-G----TTTGTG-AATG---GAA-TCGT--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT------------TATT---GG-AT-A-TT--ATCGGA--TCG-ATGGGA---------AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATA---TTTCA-GTT---C-----TTGGACATTTTGA------A-----------AACAA---AAGTTCGTCAT---A--------AGAGTGTGTTACCTAA-A---ATT--TCATTAAT-ATTCG---T-----TTTACGTCGAACTAGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCA----GAA--------TGG-------AA-TAATT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTCCTAAAAC-T-CTT-TCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-T-AAG--TGTGTT-AAAAtctattta
gi|7 : cG-AA----AAA-GTTTT-CGATCGC-ACG-ACTGT-TT--GAAA----TAATAT--TA-----------ACGATCTAGGAC-A---GTGG-AT-C--GTG--A----G-----C---TAATA-TTA------C-TT-TAAT--GTGA-A-TT-A-A-ACTATG-TT-TAGG---GAACA-AAGT-A----TTTGAG-AATG---GAA-TTAT--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----GAATT-T-TCACGT--AT-----CTTC-TT---GG-AT-A-TT--ATCGGA--T------GGG---------AA--------------------------GAATAATATT-TA-CTC---C-----ATG-ACACTTTGAT-----A-----------AATAA---A---------C---A--------AG-GTAGG----CTAA-AT-TATT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGA-CT-CTAGGGGA---G-------A----GAAAAT-----TGGTCTATAGAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTTTGTGCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-G-AAG-TTGTTTT--AATTTA----A---T----GCTAAG-ATT----------TTTACT-GCCGTTCA-GACT-----------------GAA---CGTTTTATC--A-----------------GA--TACA---------G-TT----TTTTGT-G-----ATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--TAA---A--TTG-T----T-TA-TGCTTTA-G-ATTCA-TT-AAATATT--CTT----G---A--AAAGA------TG---TCTTT--------GAAAAATA---AAATATT--TAT---AAAC-AAG-A-AA--GTCAACTATG-G-A-A-AA-TTGAAGTGGG-----G-AT--TATCT-C-AAAAGTAGTT----gatatccaatagcctatttgtat
gi|8 : g-AATG---GAA-TTAC--AATGGA-----T--GG--TTTC---A--AA----------T-T-TCACTT--GT-----TGTC-TT---GG-A-TA-TC--GTCAGA----G-AT-AGG---------A
gi|8 : ttctgcattattc---TTAT-ATTCG---T-----G--ACGTC----TGAAATGG-CT-CT-----A---G-------A----GGAAAGAGATGTGGCCTATTGAA-TA-CTCCC--CGCTA-CTTA-G-C-GTTTTTGCAT----AA-AT-TTT--C--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-A-AAGTTT-TGTT-A---------------------TGG--TTTAGACTGCTTGTTTACA-GCC-TT----ACT--AT-TG-GAATTTTG-GAGTTTCAATTTATA--A-A-CTA-TA-TAAACA--AATTA-AT----AAT-T-TA----TTGTTT-A--TGGTTTAA----AT-----TA--A-T--TAA---T--TTG-TT--AT-T--TAT---T-T-CTTTA-TT-TTTTGTTTTGTTTTTGG---A--AAAGA------TG---TTTTT------ACAAAG--T----AATCATG--TATCCTATCC-A------A--GCAAACTA-G-G-G-GGCA-TTGGAGCGTG-----G-ATGAT--CT-C-AAAAGTAGTT----C-------G----AA--------CCG-GAAG--TGCTG-T-ATC--CA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-AGA--G-C-TActtcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|9 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacTGAATTAA--A---TTCAT-TTTAA---AG-GA--------------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTT-ATC---AT-T--ATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TTGT--TG-ACG---T-AACAC-CAAT--GACG--TTGGCCTAG-A---------TCCTTGAAA----AAA-GTTTC-CG-TTGC---G-AGTTT-TT--GAAA----TCAC----CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GT-GGAT-C--ATGCG-----------C---TAATA-TTA------CTTT-CA-T--ATAA-A-TA-A-A-ACGGTG-CT-CAGG---AAACA-AAG-TG----TTTGTG-AATG---GAA-TTAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCA------------TGTTATT---GG-ATT--TT--ATCAGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CA-GTT---C-----ATG-ACATTTTGGT-----G-----------AGTAA---A---------C---AATTAAGGTAG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TAAT-ATTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222 1111 11 1 2222222 1 11111 111111 111 1 111 11111 111 11 1 111111 111 11111 11111111 111 11 5555555555555555 11111 222222 22222 22222222222222222222 1111 1 444444444444444444444444 1111 22222 222222222222 11111 11 33333333333333333 1 1111 3333333333333333333333333333333333333333333 11111 222 111 33333333333333333 111111 11111111 222222 111 1111111111111 1111 22222222222222 1111 11 55555555555555555555555555555555555555555 111111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222 111111111111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1111 11111 111 1 111 5555555555555 11111111111111 11 11111 2222222222222 66666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 11111111111 3333333333333333333333333333333333 22222222222222 11 33333333333333333 11111111 2222222222222 1111111111
lowQualScore : 4 4 8888 66 66 4 66 4 444 0000000 4 2222 4 99 4 00 2 5 6666666 999 5 5 5 1 55555 5 5 999999 5 5 5 5 5 5 5 000 1 77 77 6 000 66666 111 8888 33 0 4 111111 4 111 4 55 4 4 4 55 8 22222 8 777 777777 777 55 777 8888 2 33333333 4 4 55 4 5 9 1 6 111 4 777 4 00 4 66 4 1 5555555555555555 1 4 555 5 5 00000 66 3 5 66 000000 0 5 5 777 5 5 5 00 22222 2 4 66 3 66 5 5 888 5 77777777777777777777 5 66 66 99999 7777 55 2 33 5 5 5 888888888888888888888888 5 0000 5 6 5 11111 66 333333333333 5 44444 77 11 5 66 11111111111111111 0 0000 5 5 5 5 2222222222222222222222222222222222222222222 55555 000 5 222 88888888888888888 5 444444 5 9999 66 22222222 5 5 1 5 5 9999 5 888888 3 4 222 5555555555555 66 66 777 66 5555 4 4 1 77777777777777 777 4 5555 00 66 0 4 4 66666666666666666666666666666666666666666 888 5 66 444444444 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 111 66 777 4 999999999999 7777 77 5 6666666666666666666666666666666666666666666 5 4 0 77 1 5 88 0 0000 888 88 66 22222 5 0 111 8 000 8888888888888 22222222222222 1 5 88 77 6666 0 4 11111 3333333333333 77777777777777777777777777777777777777777 999 55 4 55 888888 4 555555555555555555 44 4 4 55 22222222222 4 8888888888888888888888888888888888 55 44444444444444 55 3 0 3 3 3 7 3 3 3 99999 00 666 666 66666666666666666 4 3 33333333 6666666666666 3 44 3 3 3 3 3 6666666666 2 33 44 3 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .. . .. . ... ....... . .... . .. . .. . . ....... ... . . . . ..... . . ...... . . . . . . . ... . .. .. . ... ..... ... .... .. . . ...... . ... . .. . . . .. . ..... . ... ...... ... .. ... .... . ........ . . .. . . . . . ... . ... . .. . .. . . ................ . . ... . . ..... .. . . .. ...... . . . ... . . . .. ..... . . .. . .. . . ... . .................... . .. .. ..... .... .. . .. . . . ........................ . .... . . . ..... .. ............ . ..... .. .. . .. ................. . .... . . . . ........................................... ..... ... . ... ................. . ...... . .... .. ........ . . . . . .... . ...... . . ... ............. .. .. ... .. .... . . . .............. ... . .... .. .. . . . ......................................... ... . .. ......... . ................................................. . . ... . ... .. ... . ............ .... .. . ........................................... . . . .. . . .. . .... ... .. .. ..... . . ... . ... ............. .............. . . .. .. .... . . ..... ............. ......................................... ... .. . .. ...... . .................. .. . . .. ........... . .................................. .. .............. .. . . . . . . . . . ..... .. ... ... ................. . . ........ ............. . .. . . . . . .......... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 4 4 3333 11 11 4 11 4 777 3333333 4 4444 4 77 4 22 6 0 4444444 444 6 0 0 4 55555 7 0 444444 0 0 0 7 7 7 7 000 4 99 99 7 888 77777 777 5555 22 0 4 555555 0 000 0 55 0 0 0 55 0 66666 0 000 444444 000 55 000 5555 5 88888888 0 0 55 0 7 7 9 7 666 4 888 4 66 4 11 4 0 1111111111111111 8 4 333 0 0 99999 99 4 0 99 555555 1 0 0 111 0 0 0 44 88888 0 4 11 6 11 0 0 888 0 22222222222222222222 0 99 99 99999 9999 99 0 77 7 7 0 111111111111111111111111 0 6666 0 5 0 22222 99 222222222222 0 11111 55 99 0 99 66666666666666666 0 6666 0 0 0 0 1111111111111111111111111111111111111111111 99999 000 0 111 66666666666666666 0 444444 0 2222 99 22222222 0 0 4 0 0 6666 0 111111 6 4 222 8888888888888 11 11 888 11 6666 4 4 1 88888888888888 888 4 6666 66 11 1 4 4 99999999999999999999999999999999999999999 888 0 00 444444444 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 888 0 999 99 888 4 777777777777 9999 33 7 3333333333333333333333333333333333333333333 7 1 1 99 4 7 44 4 6666 444 22 99 55555 0 1 444 5 888 0000000000000 00000000000000 4 7 00 55 2222 8 4 88888 3333333333333 88888888888888888888888888888888888888888 666 55 0 55 222222 0 888888888888888888 77 0 9 55 00000000000 0 9999999999999999999999999999999999 00 11111111111111 00 6 5 6 6 6 3 6 3 3 11111 11 444 444 55555555555555555 0 6 22222222 3333333333333 1 22 1 1 1 1 1 6666666666 9 99 22 1 1 6 6 6
consensus : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TTGG--TG-ACG---T-AACAC-CAAT--GAC-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AA----AAA-GTTTT-CG-TT-GC---GA-GTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C--GTG-GA----A-----C---TAATA-TTA------C-TT-CA-T--AT-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG----TTTGTG-AATGGAA---TTAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GG-ATTA-TT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-AT------NTTTTTT---CAACA-AAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA-CCG-G--------AA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
Reference ( family-690 ) : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TTGG--TG-ACG---T-AACAC-CAAT--GAC-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AA----AAA-GTTTT-CG-TT-GC-A-GA-GTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C--GTG-GA----A-----C---TAATA-TTA------C-TT-CA-T--AT-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG----TTTGTG-AATGGAA---TTAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GG-ATTA-TT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-AT------ATTTTTT---CAACA-AAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA-CCG-G--------AA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|1 : GGATAATCTAGTATTTCTTGCGTGA--TACTTG-A--TATTATG-CTCC-TAGATTC-AA-ATACGA-GTTGAATA-TTG--GTGTTTTAT-T----CGCGAGTTGCTTT-G-CCGAG-CGA--A-AGTATAATACCACCATGTCAGTTT-C-AAACGTAG-TTATGAATA---GAG-CAAAAATATTTCA-ATAATCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG-AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACC-ATTC-A-C--TACTGAAACGCTAGTCGACTCTTTAG--T---TATTTTGCAAGAATTTAAATCTTCCCAAATACAATAAGTAG-ACA-GC--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT--CGA-A---GA-CG--CC-TAGGG-GTTTGTT-GGGGGATGCTCT-GTGTTCCAT-AGCG-C-GAG---ATAAAGCAGACA--ATGCA-A----AATA-TTAGC-ATCATATT-TC-TA-TTTATACCT-TGATAAATTA-A--CAT--TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-T-----G--GAATGCAT--T--AA---A-CATA----CTAGATTGTATTTAAATATACATTTAAAT------------------------A-CTTGTTTTTAT-CTTTTTTTAAA-ACTTTA-----CCCGGAGTAT-----TTGGT-TG-ACG-----AACAC-CAATGAGAC-G--TT--GC---CT--ACA--TCTTTG-AGAAACAAA-G-TTT-CG-TT-GC----G-GTTTTG--GGAAAGTGCCAC-TTGCAGACGGAATCTGACGACGAAGTGC-ACAGGTGGGATGCAGATGAGA----T-----C---TAATATTTT------C-TT-TA-TAGAT-ATA-CA-ACA-ACGGTG-TTACAGG----AACA-GAGCTGTTAATTTAAA-AATGGAA----TACGAG----A-----TGAGC--TCTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGTCAATAAGTCTATC-TT---GGAAATATTT--ATCCAA--TTGCAT-GGGGGATAAACAAA--------------------------GAATA---TT-CA-TGT---C-----ATGAACATTATTTT-----G-----------AACAACGTG---------T---A--------GG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TCAT-ATTCG---TTAGCCT--ACGTC----TAAAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------T-G------GAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-T-AAG-TTGTGTC-AAAATCA----AC-CT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTCTA-GAC---CATTTTGTCA-A-A-CGG-TC-TAAATAGG-CCTAG-T----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TG-ATAAACACTAT-AGCCTA--T-A--CAA---G--TTGTTT--AT-CG-TGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----GTAAA--AAAA-AA------A----TT---CAACA-AAA-------AATTATT--TAT---AAAC-AAG-A-A--A-GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGC-GGG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTA---GTT-----------CG----GA-CCG-G--------AA-----CT-GATC-T-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-ATAA-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|10 : agTTTGTGCTC----AACAT-TCT--C--TGCTATG-----AACA-TTTTGC-G-AAGTT-GTGTT-AAAACCA----ATGCTGAG-ACTGGG-CCAGGCCT---TGTTTACA-GTCGATCAG-ACTC-GGGTG-AGGCTCTA-GAG---GATTTTATC--A-AATGA-TC-TAAAT------------------------------TGT-G--TGA-TAAACACTAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT-----TA-TGC---GCA-CTTTA-GT-GAATATT--GTT----G---A--AAAG-AT------TTTTTTT---CAACA-AAA-------AATTATT--TAT---AACA-A---GAA--A-GTTAACTG-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATCTCT----AAAGTA---GTTCGGAC------CGC---GA-CCG-G--------AA--G--TC-T-TC-T-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-ATAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-Taa
gi|11 : GGCTTCA-GAG---GATTTAATC--A----------TAAATGATATCTAAAAAAAATATAG-TAAAACTCTTGT-GGTTGATTAAACACTAT-ACCCTA--A-AGGCAA---GGGTTG-TTTAAT--G-CGC---A-C-TTTTA-GT-TAGAATT--TTT-----------------T------ATTTTTTTCCCAATA-AAAAA-----AAT-ATT--TAT---A--C-G---A-A--A-GGTTACTA-G-G-G-A-TA-T-GAAG--GGG-----GATGATCTCT---AAAAGTA---GTT----C------GG----GA-CCG-GTGACCCGGAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AA-AACGGGGCGT-T-G-ATTA-A--G-C-TATGGTTTAATCGAAAA--CTAGCAA-TAGTGCA-CA-CCGGAAAT-GAGA
gi|12 : gtGGATA-TCTA-TATT----GCGTAA--T--TTG-A--TATT-T---------------AA-A---GA-GTTGAA-A-TGG-TGTA-TTTAT-T----CTCGA---GGCTT-G-CCGAG-CG-----AATA-AATAC-ACCAT------TT-C-AA-aaagat
gi|12 : catagaT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTT-A-C--A-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAA--CAAG--A-ACA-GC--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-TCGC-A---TG-CA--GTAT--GT-GATTGTT-C---------C--GTG-TCC-T-A-TG-C-GAG---A-AAA--ATA-A--ATGCA---AATAATA-TT-AC-A-CATATT-TCTTATTTCATAC---T-ATAA--TA-A--AAT--agtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|13 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtact-G-TA----GTTT-T-G--TGGATAAATACTAT-A-------A-A--CAACTTA--TTG-TT--ATGCA-TTC---G-A---TTC-AT-AA-TATT--CTA----G---A--AAAG-ATTTTTTGATTTTTT---TTTCTTAAGCAT----C-CTGTCAATAT---AAAC-GCGTA-A--A-TTTAACTG-GCA-A-A-TAATTGAAGC-GGG-----GAT--TATCA-C-TTAAGTA---GTT----C-------G----TA-CCG-A--------AT--G--CT-A-T----ATT--GA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-AGG--T-T-TTTGGTAT-ATC--AAc
gi|14 : cattcagattgaactttttttttccagatatactaA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--T-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TGCCCAAT----------A-ACA-GC--TG-ATA-AAAATCATGTCG--TCGC-A---GA-CA--GT-T--GT-GATTGT-----------TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAG--A-A-A--ATGCA-AT--TAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACC--T-ATGAA-TG-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-T-----T--GAATT-ATTCT--AA---A-CAT
gi|15 : t-ACCAT------TT-C-AA-AG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA---TA-ATAG-A-TAT------T-CTATTTTATA-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTAAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAATT-GTGTCA--TCAC-A---GG-CA--GT-T--GTGGGTTAT-----------TC--ATGTTCC-T-A-
gi|16 : tACTC-GG-GG-AGGCTCTA-GAC---CA---------A-A-CGG-TCATGGATAGGCCTCAGTA----TAT-G-TA----TTTTGTAG--TG-ATAACCACTAT-AAGCTA--ATA--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGT---G-GACTTTAGAT-AATTATT--GTT----G---T--AA-------------------------A-AAAAAT---------TC--TAT---AAACAA---G-A--A-GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGC-t
gi|17 : -AATA-AATGC-ATCAT------TT-C-AC-CT-CA-TT-GGG-TA---GAG-CAAA--GAT--
gi|17 : aaatacatgtattctaa-TGT------T-CTACAT---A-TTT--C-ATTC-G-C--T-CTT---T-TTA-TCA---CTTTGG--C---T---T-G--AGA---TTA----TCCCCAATACAACAA---A-ACA-GC--TG-ATcgcaaagtttgttctacatatttcattcgctctttttatcactttggcttgagattatccccaatacaacaaaacagctgattca
gi|18 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttTT--TAT---AACA-A---G-A--AAGTTAACTA-A-G-G-A-TA-TTAAAGC-GGGCCAGGGAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----T-----------------G-G--------AA--G--TG-G-T----ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--AGC-AACGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCtca
gi|19 : -TTGAAGCGGGG-----GATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGTT----C------AG----AA-CCG-G--------AA-----CTAG-TCAT-ATC--AA-A-CGGG-CGT-TTGCATAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC----A--CTAGCGACTA--GCACCA--CGG-AAT-GAGATA
gi|2 : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGACAT--TTGGA--TATT-TT-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAAGA-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGATAA-AATA-AATAC-ACCATA-----TT-C-AA-CG-AT-TT-TGA-TA---GAGGCAAA--TAT--CA-A---TC-----AC---GCAA--ATA-ATAGCA-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAA--G---T---TTG--AGA---TAA----TCCC-AATAC--AAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-TCGA-A---GGACAA-GT-T--GT-GATTGTTTCG----TG-TTATGTGTTCC-T-A-CG-CTGAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAAAAATA-TT-GCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCTAT-ATAAATTA-A--AATATT-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---AGCGTG----TAA-GTTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------T-CTTGT----AT-TTCTTTTTTAA-ACTTTA-----CC---AGTA------TTGG--TC-AC----T-AACAC--AAT--GAC-G--TT--------T--G-G---CCTT--AC----ATT-GTTTT-CG-TTTGCTA-GAAGTTTTT--GA------TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTG--AT-C---TG-GA----------C---TAATA-TTA------C-TT-CA-T--AA-A-A-GATA-A-ACGGTG-TT-CAGG---GAACA-GAGTTG----TTTGTA-AATGGAAGAATTAC--A----A-----T--GC--TTTTCCAA--AATT----AAATT-TGTCACGT--AT-----TGTTTTTTCGGG-ATTA-TT--ATCGAA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-TTT---C-----ATG-ACATTTTGA---------------------AA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATTTT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAATTAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-G--TGTCCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTT-AAGTTTCTGTTCAAAATCA----AACCT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-AG-TGCAGGCTCTAGGAC---CATTTTGTC--ATA-CGGTTT-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-GTTA----TTTTGT-GACTGAATAAACACTAT--GCCTATTA-A--CAA---G---TG-TT--AT-CGATGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----G---ATTAAAA-AA------A----TT---CAACA-AAAAATAAAAAATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAG--A-G-G-A-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------CG----GA-CCG-G--------AA--A--CT-GATC-TAATCCAAA-A-CGGG-CGCGTTG-AT-A-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGG-AAT-GAGATAa
gi|20 : GATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-AATTATT-TG-CTC--T-A--TC-AA-A--CGA-GT---G-A-TGGATGTATTTCGCGT----A-GGAG--GCCTTGG-CCGAc
gi|21 : atatagaCG-G--------AA------T-G-TA-T-ATC--CA-A-TCGG-CGT-TTG-AT-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AATGGAGATA
gi|22 : acaGAATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--CTG-A--TATT-TA-CTTTGTAA--TT-AA----------TGA--------TGTA-TCTAT-T----CGCGA---GGCTT-G-TCGAG-Caatc
gi|23 : taaaga-T-ATA--AA-A-TGGG-CGT-TTG-AT-A-A--AGC-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGA-AAT-GAGATAca
gi|25 : ta-T-ATC--AA-T-CGGG-CGT-TTG-AT-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AAT-GAGATAaatgt
gi|26 : cta-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTC-TTTTAAA-ATTTTA-----CC--GAGTACTTATTTTCT--TG-ACG---T-ATCAC-CAAT--GAC-A--TT--
gi|27 : A-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-TTC--C-A--TC-TA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGT
gi|28 : agaggatatag-TATAGTTT-ACC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAgt
gi|29 : GGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAG-AAT-GAGATAaatt
gi|3 : A-TCTA--ATT----GCGTGA--T--TTG-A--TAAT-TG--TA--TCA--TCTAA-A--CAG-TTTGAA-A-TGGGTGTA-TTTAT-T---------G--GCCTT-G-CCG-G-CGC--G-AAT--AATGC-ACCAT------TT-CAAA-CG-AG-TC-TGA-TAAGTAAGCCAAA--TAT--CACA--ATC-----AC---GC-A--AT--ATAGCA-TAT------T-CTATTTG--A-TCT--C-ATTCAA-C--TCCTG-----CTACTCA---CTTTAG--TACCT---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--ACACA-GCAGTG-ATAG-AATTGGTGTCAT-CAGC-ACCCAG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TA-------GTTCC-TCA-C--C-GAG---A-AAA--AAA-AAGATGCATATA--AATA-TT-GC---CATATT-TC-TA-TTT-TACC--T-ATAAATTA-ACCAA---T-CAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAAT--GAATA-AT--T--AATCGG-CATAC---CTA-AATTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------ACCTTGT----ATATTCTGTTTAAA-AATTTATTG--CC--G-GTA------TTGGAATGCACG---TAAACACTCAAT--GAC-GGATTAGGG---CT--A-G--ATTTCG-AA----AAA-GTTT---A-TT-G----------------------------T--CA-----------ACGATCAAGGACAA---GT-GGAT-C--GTG-G-----A-----C---TAATA-TTAGATTAGC-TT-T--C--AT-A-A-TA-A-ATACAGTG-TT-CAGGGACAAACA-AAGTGGA---TTTGTG--ATGG-A---TAAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATG----TAATT-T-T---GC--AG-----CGTTATT---GG-A-TA-TTAAATCGGATTTCG-AT-GAA---------CA--------------------------GA--A---TT-CA-GTTAGGCCTATAATG-ACATTTTGGT-----GAGTAATTAATCAGTAA---A---------C---AAGAT----AG-GTAGG---CCTAA-A-ATATTTCT---CCATCATTCGTCTT-----T--ACGTCT---TAGAATAG-CTACT-----A---C-------ATACGAAA--------TGG--------A-TAGTTTCCAAT-CTATCTCA-GAC-ATTTGTGC-C----AACATATTC-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GTAAG-TTGTGTTAAAAATCATTATG--CTGAGGACCGGGCCCTGGCCT---TGTTT-CA-GT-GTTCA-GACTC-GG-GT-AGGCTC-A-GAG---GATTTTATCAAA-A-CGA-TC-TAAATAaatca
gi|3 : gaggtatagTAAATACTATCAGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT----------T---A-G-CTTTA-GTGAACTACT--GTT----G---A--AAAG-AT------TTTTTTT---TTTCG-ACAAATC---AATT-TT--TAT---AACA-A---G-AATA-GTTAA-TA-G-GTG-A-TA--TGAAGC-GGG-----GATG--ATCTGC-AAAAGTA---GTT----C------GA----GATCCGCG--------AA--GTTCT---TC-T-ATC--AA-A-CGGG-TGT-TTG-AT-A-AAGC-T-TATGGTTT-ATC--AAA--Cctatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|30 : gaggtatagatctaattgcgtgatttgataattgtatcatctaaacagtttgaaatgggtgtatttattggccttgccggcgcgaataatgcaccatttcaaacgagtctgataagtaagccaaatatcacaatcacgcaatatagcatattctatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatcA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAc
gi|4 : aTA-TCTA-TATTA---GCTTGA--T--T-G-A--TATT-TGGCTC--TAT--TC-AA----CGA-GCT----A-TGGTTATTATTTAT-T----C-GGCG--AGCTT-G-CCGAGGCGA--ATAACA-A-TGC-AACAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TAG-TA---GAG-TAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAT--AT-----G-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-A-TC-ATC--T-CTG-----CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--A-A---TGA----CCCC--ATAC--CA----A-ACA-G---TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-C--C-A---GG-CA--AT-T--TT-A--TGTT-CG----TG---------TCC-T---CG-C--AG-----AAA--AGA-T--AT-CA-ATAATA-----T-GA-A-C-TATT-TC-TA-TT----CTC-T-ATGAAATACA--AGT--T-AAT-TTT-A---AC-GA-C--T----TCT-----T--GAATG-AT--C--AA---A-TATT----TCA---TGTATTC-AAT-T-CATT-A---------------------------A-TTTGT----AT----TTTTTAAATAC-TTA-----CC--GA--A------TT-A--TG-ACG---T--ACAC---AT--TAT-G--TT--GG---CT--A-A--TCCTTG-AA----AAA-GTTTTCCG-TT-GC---GA---TTTT--GAAT----TCAC-T--CA-------------GATCAAGGAC-----TTG-----C--GTG-GA----A-----TAAGTAATA-TTC------T-TT-GC-T--AT-A-ATTA-A-A-ACTGTG-TT-TAGA---AAACA-AAGT------TTTG-G-AA--GAA---TTAC-------A-----T--GC--TTTC---A--AATTTATAAAATT-T-TCACGT--AT-----TG-------------TA-TT--ATCGT---TCA-AT-GGG---------AA--------------------------TA--A---TT-CG-TCT---G-----AT---CA-TTTGATTGTCAG-----------AGTAAT--A---------C---A--------AG-GTA-G---CCTAACATA-ATT--T---CTA--ATTCA---C-----T--TGGTC----TAGAATTT-CT-AT-----T---A-------T----GAA--------T--------GAA--AG--TCC--AGCTAT-TCA-G-A-ATTTTTGCT---------T-CTTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-G-AA--CTGTGTT-TTAATCA--------T----GCTGAG-A-TGGAC----------CATGTCGTTCAGAA-TC-GG-TG-AGGC-CTA-GAG----ATTTTGTC--A-A-T-A-TC-TAAAT----------T----GAT-G-T-----------------AATAAACA-TAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT--------TAT---G-G-CCTTT-AT-GAATGTT--GTT----G---A--AAAGAAT------TTTTTTT---CATCA-AA-----------TATT--TAT------C-A---GAA--A-GTT-ACTA-G-G-A-T-TA-TTGAAGC-GG---------GATATCT-CTAAAAGTA---GTT----CGACCAGCGACTCGA-CC--G--------AA--G--TC-T-TC-T-ATC--AACA-C-GG-CGT-T---AT-A-A----C-TAT-GTTT-A-C--AAG--T--GCAA-TA-TGC-CC--CC-G-AAT-GAGATAaatgcgtat
gi|5 : atatagagGGATA-T-TA-TATTT---GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAT--TC-AAGA--CGAAGTTGAA-AATGGT-GTATTT-AT-TTTCGC-TGAG--G-CTT-GGCCGAGACGA--A---TA-AATGC-ACCAT------TTTC-AA-CG-AGGTT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--GTC-----AC---GC-A--ATACATAG-A-TAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTC-A-CAGT-CTG---C-CTA-TCC---TTTTAGTTT---T---TTG--AGA---TGA------CCCAATAC--TA----G-ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCTCGCAA---GG-CAGTGT-T--TT-GATTGT-----------TT--GTGTTCC-T-A-AGCC-GAGAGAA-AAA--AGA-A--ATGCA---AATAATATTT-GC-A-CATATTGTC-TA-TTCAGAC---T-AGAAATT--A--AAT--T-CA--TTTAA---AG-GA-CCTG----T-T-----TTGGAATG-AT--TTAAG---A-CATAAACCCTC-ATGT--TTCAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A--TTGT----AT-TGTCTTTAAAA-ACTTTAACTCGCG--GAGTA-------TG----G-ACGGGTT-AACAC-CAATG-GACGG--GT--GGGGCCT--A-GAATCCTTGAAA----AAA-GTTTT-CG-TT-GG-C-GA-GTTTTTGGGAAATC--TCCC-T--CA-----------ACGAT-AAGGACAA---GT-GGAT-CG-GTG-GA----ATAAAGC---TAATA-TTA------C-GT-CA-T--AA-A-A-TA-A-A-ACGGTGTTT-TAGG---AAAAACAAGTGA----TGTGTGAAATGGAAT--TTAC--A----AATAATT--GCTTTTTC---ATCAATTTA--AAATTAT-T--CGG--AC-----AGTCATT---GG-ATGC-TTA-ATCGGA--TCA-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CAGGTT---C-----A-G-ACATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------TATAA--------AG-GTA------CTAA-A-ATAAT--T---TCAC-A
gi|6 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-AGAGAAA-TCGTGTCAT--CGC-A---GG-CA--TT-C--GT-GATTGTT-CG----TG-T-------TCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AAA-A--ATGCA-ACAGC--TA-TT-AC-A-CATATT-TA-TA-TTCATACCT---ATAAATTA-A--A-T--T-CGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---T-CATA----CCA-ATTT-ATTTAGAT-T-CNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTTAT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----TC--GAGTA------TTGG--TG-ACG---A-AACAC-CAAT--GAC-G--TT--AG---CCTAG-A--TCCTTG-AA----AACCGTTTT-CA-TT-GC---GA-GATTTT--GAAA----TCACCT--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGG-AT-C--GTG-GAGTGGA-----C---TAATA-TTA------C-TTTCA-T--AT----------------TC-TT-CAGG---AAACA-AAGT-G----TTTGTG-AATGGAA---TCGT--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT------------TATT---GG-AT-A-TT--ATCGGA--TCG-ATGGGA---------AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATA---TTTCA-GTT---C-----TTGGACATTTTGA------A-----------AACAA---AAGTTCGTCAT---A--------AGAGTGTGTTACCTAA-A---ATT--TCATTAAT-ATTCG---T-----TTTACGTCGAACTAGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCA----GAA--------TGG-------AA-TAATT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTCCTAAAAC-T-CTT-TCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-T-AAG--TGTGTT-AAAAtctattta
gi|7 : cG-AA----AAA-GTTTT-CGATC-GC-ACGA-CTGTTT--GAAA----TAATAT--TA-----------ACGATCTAGGAC-A---GTGG-AT-C--GTG--A----G-----C---TAATA-TTA------C-TT-TAAT--GTGA-A-TT-A-A-ACTATG-TT-TAGG---GAACA-AAGT-A----TTTGAG-AATGGAA---TTAT--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----GAATT-T-TCACGT--AT-----CTTC-TT---GG-AT-A-TT--ATCGGA--T------GGG---------AA--------------------------GAATAATATT-TA-CTC---C-----ATG-ACACTTTGAT-----A-----------AATAA---A---------C---A--------AG-GTAGG----CTAA-AT-TATT--T---TCAT-ATTCG---T-----T--ACGTC----TAGAATGA-CT-CTAGGGGA---G-------A----GAAAAT-----TGGTCTATAGAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTTTGTGCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-G-AAG-TTGTTTT--AATTTA----A---T----GCTAAG-ATT----------TTTACT-GCCGTTCA-GACT-----------------GAA---CGTTTTATC--A-----------------GA--TACA---------G-TT----TTTTGT-G-----ATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--TAA---A--TTG-T----T-TA-TGCTTTA-G-ATTCA-TT-AAATATT--CTT----G---A--AAAG-AT------GTCTTT--------G-AAAAATA---AAATATT--TAT---AAAC-AAG-A-A--A-GTCAACTATG-G-A-A-AA-TTGAAGT-GGG-----GAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----gatatccaatagcctatttgtat
gi|8 : g-AATGGAA---TTAC--AATGGA-----T--GG--TTTC---A--AA----------T-T-TCACTT--GT-----TGTC-TT---GG-A-TA-TC--GTCAGA----G-AT-AGG---------A
gi|8 : ttctgcattattc---TTAT-ATTCG---T-----G--ACGTC----TGAAATGG-CT-CT-----A---G-------A----GGAAAGAGATGTGGCCTATTGAA-TA-CTCCC--CGCTA-CTTA-G-C-GTTTTTGCAT----AA-AT-TTT--C--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-A-AAGTTT-TGTT-A---------------------TGG--TTTAGACTGCTTGTTTACA-GCC-TT----ACT--AT-TG-GAATTTTG-GAGTTTCAATTTATA--A-A-CTA-TA-TAAACA--AATTA-AT----AAT-T-TA----TTGTTT-A--TGGTTTAA----AT-----TA--A-T--TAA---T--TTG-TT--AT-T--TAT---T-T-CTTTA-TT-TTTTGTTTTGTTTTTGG---A--AAAG-AT------GTTTTT------ACA-AAG--T----AATCATG--TATCCTATCC-A--------A-GCAAACTA-G-G-G-GGCA-TTGGAGC-GTG-----GATGAT--CT-C-AAAAGTA---GTT----C-------G----AA-CCG-G--------AAGTG--CT-G----T-ATC--CA-A-CGGG-TGT-TTG-AT-AGA--G-C-TActtcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|9 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacTGAATTA-A--A-T--T-CAT-TTTAA---AG-GA--------------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTT-ATC---AT-T--ATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TTGT--TG-ACG---T-AACAC-CAAT--GAC-G--TT--GG---CCTAG-A--TCCTTGAAA----AAA-GTTTC-CG-TT-GC---GA-GTTTTT--GAAA----TCAC----CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GT-GGAT-C--ATGCG-----------C---TAATA-TTA------CTTT-CA-T--ATAA-A-TA-A-A-ACGGTG-CT-CAGG---AAACA-AAG-TG----TTTGTG-AATGGAA---TTAC--A----A-----T--GC--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCA------------TGTTATT---GG-ATT--TT--ATCAGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CA-GTT---C-----ATG-ACATTTTGGT-----G-----------AGTAA---A---------C---AATTAAGGTAG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TAAT-ATTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222 1111 11 1 2222222 1 11111 111111 111 1 111 11111 111 11 1 111111 111 11111 11111111 111 11 5555555555555555 11111 222222 22222 22222222222222222222 1111 1 444444444444444444444444 1111 22222 1111111111111 11111 33333333333333333 1 1111 11 1 111 111111 1111 22222222222 11111 222 1111 33333333333333333 111111 11111111111 111 11111 111 1111111111 1111 22222222222222 111 11 55555555555555555555555555555555555555555 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222 111 11111111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 11111 111 1 111 5555555555555 11111111111111 11 11111 2222222222222 66666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333333333333333 22222222222222 11 444444444444444444444444444 2222222222222 111111
lowQualScore : 4 4 8888 66 66 4 66 4 444 0000000 4 2222 4 99 4 00 2 5 6666666 999 5 5 5 1 55555 5 5 999999 5 5 5 5 5 5 5 000 1 77 77 6 000 66666 111 8888 33 0 4 111111 4 111 4 55 4 4 4 55 8 22222 8 777 777777 777 55 777 8888 2 33333333 4 4 55 4 5 9 1 6 111 4 777 4 00 4 66 4 1 5555555555555555 1 4 555 5 5 00000 66 3 5 66 000000 0 5 5 777 5 5 5 00 22222 2 4 66 3 66 5 5 888 5 77777777777777777777 5 66 66 99999 7777 55 2 33 5 5 5 888888888888888888888888 5 0000 5 6 5 11111 66 8888888888888 5 5 44444 77 5 66 5 66 11111111111111111 0 5555 00 5 0 555 222 66 777777 4444 33333333333 55555 000 5 2222 88888888888888888 999999 5 9999 66666666666 5 5 1 5 5 888 5 777 11111 4 222 1 7777777777 66 66 777 66 5555 4 4 1 77777777777777 777 666 55 66 0 4 4 66666666666666666666666666666666666666666 888 5 66 444444444 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 111 66 777 4 000 66666666 7777 77 5 6666666666666666666666666666666666666666666 5 888 77 1 5 88 0 0000 888 88 66 22222 5 0 111 8 000 8888888888888 22222222222222 1 5 88 77 6666 0 4 11111 3333333333333 77777777777777777777777777777777777777777 999 55 4 55 888888 4 555555555555555555 44 4 4 55 22222222222 4 999999999999999999999999999999999999 55 44444444444444 55 3 0 3 3 3 7 3 3 3 99999 00 666 666 666666666666666666666666666 3 6666666666666 3 77 3 3 3 3 3 9 6 555555 2 33 44 3 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .. . .. . ... ....... . .... . .. . .. . . ....... ... . . . . ..... . . ...... . . . . . . . ... . .. .. . ... ..... ... .... .. . . ...... . ... . .. . . . .. . ..... . ... ...... ... .. ... .... . ........ . . .. . . . . . ... . ... . .. . .. . . ................ . . ... . . ..... .. . . .. ...... . . . ... . . . .. ..... . . .. . .. . . ... . .................... . .. .. ..... .... .. . .. . . . ........................ . .... . . . ..... .. ............. . . ..... .. . .. . .. ................. . .... .. . . ... ... .. ...... .... ........... ..... ... . .... ................. ...... . .... ........... . . . . . ... . ... ..... . ... . .......... .. .. ... .. .... . . . .............. ... ... .. .. . . . ......................................... ... . .. ......... . . ................................................. . . ... . ... .. ... . ... ........ .... .. . ........................................... . ... .. . . .. . .... ... .. .. ..... . . ... . ... ............. .............. . . .. .. .... . . ..... ............. ......................................... ... .. . .. ...... . .................. .. . . .. ........... . .................................... .. .............. .. . . . . . . . . . ..... .. ... ... ........................... . ............. . .. . . . . . . . ...... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 4 4 3333 11 11 4 11 4 777 3333333 4 4444 4 77 4 22 6 0 4444444 444 6 0 0 4 55555 7 0 444444 0 0 0 7 7 7 7 000 4 99 99 7 888 77777 777 5555 22 0 4 555555 0 000 0 55 0 0 0 55 0 66666 0 000 444444 000 55 000 5555 5 88888888 0 0 55 0 7 7 9 7 666 4 888 4 66 4 11 4 0 1111111111111111 8 4 333 0 0 99999 99 4 0 99 555555 1 0 0 111 0 0 0 44 88888 0 4 11 6 11 0 0 888 0 22222222222222222222 0 99 99 99999 9999 99 0 77 7 7 0 111111111111111111111111 0 6666 0 5 0 22222 99 2222222222222 0 0 11111 55 0 99 0 99 66666666666666666 0 6666 11 0 0 666 999 99 999999 0000 88888888888 99999 000 0 1111 66666666666666666 444444 0 2222 66666666666 0 0 4 0 0 888 0 555 00000 4 222 0 7777777777 11 11 888 11 6666 4 4 1 88888888888888 888 444 00 11 1 4 4 99999999999999999999999999999999999999999 888 0 00 444444444 0 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 888 0 999 99 888 4 000 99999999 9999 33 7 3333333333333333333333333333333333333333333 7 777 99 4 7 44 4 6666 444 22 99 55555 0 1 444 5 888 0000000000000 00000000000000 4 7 00 55 2222 8 4 88888 3333333333333 88888888888888888888888888888888888888888 666 55 0 55 222222 0 888888888888888888 77 0 9 55 00000000000 0 777777777777777777777777777777777777 00 11111111111111 00 6 5 6 6 6 3 6 3 3 11111 11 444 444 666666666666666666666666666 6 3333333333333 1 33 1 1 1 1 1 2 2 000000 9 99 22 1 1 6 6 6
consensus : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AAAAA----GTTTT-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C-G--TG-GA----A-----C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--T-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GGAT-TATT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-ATNTTTT---------TT---CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
Reference ( family-690 ) : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AAAAA----GTTTT-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C-G--TG-GA----A-----C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--T-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GGAT-TATT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-ATNTTTT---------TT---CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|1 : GGATAATCTAGTATTTCTTGCGTGA--TACTTG-A--TATTATG-CTCC-TAGATTC-AA-ATACGA-GTTGAATA-TTG--GTGTTTTAT-T----CGCGAGTTGCTTT-G-CCGAG-CGA--A-AGTATAATACCACCATGTCAGTTT-C-AAACGTAG-TTATGAATA---GAG-CAAAAATATTTCA-ATAATCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG-AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACC-ATTC-A-C--TACTGAAACGCTAGTCGACTCTTTAG--T---TATTTTGCAAGAATTTAAATCTTCCCAAATACAATAAGTAG-ACA-GC--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT--CGA-A---GA-CG--CC-TAGGG-GTTTGTT-GGGGGATGCTCT-GTGTTCCAT-AGCG-C-GAG---ATAAAGCAGACA--ATGCA-A----AATA-TTAGC-ATCATATT-TC-TA-TTTATACCT-TGATAAATTA-A--CAT--TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-T-----G--GAATGCAT--T--AA---A-CATA----CTAGATTGTATTTAAATATACATTTAAAT------------------------A-CTTGTTTTTAT-CTTTTTTTAAA-ACTTTA-----CCCGGAGTA------TTTGG--TTG-ACG-----AACAC-CAAT-GAGAC-G--TT--GC---CT--ACA--TCTTTG-AGAAACAAAGTTT--CG-TT-GC---G-GTTTTG--GGAAAGTGCCAC-TTGCAGACGGAATCTGACGACGAAGTGC-ACAGGTGGGATGC-AGATGAGA----T-----C---TAATATTTT-----C-TT-TA-TAGAT-ATA-CA-ACA-ACGGTG-TTACAGG---AA-CA-GAGCTG-TTAATTTAAA-AATGGAA---T-ACG----AGA---TGAGC--TCTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGTCAATAAGTCTATC-TT---GGAAATATTT-ATCCAA--TTGCAT-GGGGGATAAACAAA--------------------------GAATA---TT-CA-TGT---C-----ATG-AACATTATTTT-----G-----------AACAACGTG---------T---A--------GG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--AGCCTACGTC----TAAAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG-------AA-TAGTT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-T-AAG-TTGTGTC-AAAATCA----AC-CT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTCTA-GAC---CATTTTGTCA-A-A-CGG-TC-TAAATAGG-CCTAG-T----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TG-ATAAACACTAT-AGCCTA--T-A--CAA---G--TTGTTT--AT-CG-TGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----GTAAA--AAAA-AAA-------------TT---CAACAAAA-------AATTATT--TAT---AAAC-AAG-A-A--A-GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGC-GGG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTA---GTT-----------CG----GA--------CCG-GAA-----CT-GATC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|10 : agTTTGTGCTC----AACAT-TCT--C--TGCTATG-----AACA-TTTTGC-G-AAGTT-GTGTT-AAAACCA----ATGCTGAG-ACTGGG-CCAGGCCT---TGTTTACA-GTCGATCAG-ACTC-GGGTG-AGGCTCTA-GAG---GATTTTATC--A-AATGA-TC-TAAAT------------------------------TGT-G--TGA-TAAACACTAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT-----TA-TGC---GCA-CTTTA-GT-GAATATT--GTT----G---A--AAAG-ATTTTTT---------TT---CAACAAAA-------AATTATT--TAT---AACA-A---GAA--A-GTTAACTG-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATCTCT----AAAGTA---GTTCGGAC------CGC---GA--------CCG-GAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-Taa
gi|11 : GGCTTCA-GAG---GATTTAATC--A----------TAAATGATATCTAAAAAAAATATAG-TAAAACTCTTGT-GGTTGATTAAACACTAT-ACCCTA--A-AGGCAA---GGGTTG-TTTAAT--G-CGC---A-C-TTTTA-GT-TAGAATT--TTT-----------------TATTTT---------TTTCCCAATAAAAAA-----AAT-ATT--TAT---A--C-G---A-A--A-GGTTACTA-G-G-G-A-TA-T-GAAG--GGG-----GATGATCTCT---AAAAGTA---GTT----C------GG----GACCGGTGACCCG-GAA--G--TC-T-TC-T-ATCA-AA-ACGGGGCG--TTG-ATT-A-A--G-C-TATGGTTTAATCGAAAA--CTAGCAA-TAGTGCA-CA-CCGGAAAT-GAGA
gi|12 : gtGGATA-TCTA-TATT----GCGTAA--T--TTG-A--TATT-T---------------AA-A---GA-GTTGAA-A-TGG-TGTA-TTTAT-T----CTCGA---GGCTT-G-CCGAG-CG-----AATA-AATAC-ACCAT------TT-C-AA-aaagat
gi|12 : catagaT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTT-A-C--A-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAA--CAAG--A-ACA-GC--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-TCGC-A---TG-CA--GTAT--GT-GATTGTT-C---------C--GTG-TCC-T-A-TG-C-GAG---A-AAA--ATA-A--ATGCA---AATAATA-TT-AC-A-CATATT-TCTTATTTCATAC---T-ATAA--TA-A--AAT--agtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|13 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtact-G-TA----GTTT-T-G--TGGATAAATACTAT-A-------A-A--CAACTTA--TTG-TT--ATGCA-TTC---G-A---TTC-AT-AA-TATT--CTA----G---A--AAAG-ATTTTTTGATTTTTTTTT---C--TTAAGCAT----C-CTGTCAATAT---AAAC-GCGTA-A--A-TTTAACTG-GCA-A-A-TAATTGAAGC-GGG-----GAT--TATCA-C-TTAAGTA---GTT----C-------G----TA--------CCG-AAT--G--CT-A-T----ATT--GA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-AGG--T-T-TTTGGTAT-ATC--AAc
gi|14 : cattcagattgaactttttttttccagatatactaA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--T-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TGCCCAAT----------A-ACA-GC--TG-ATA-AAAATCATGTCG--TCGC-A---GA-CA--GT-T--GT-GATTGT-----------TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAG--A-A-A--ATGCA-AT--TAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACC--T-ATGAA-TG-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-T-----T--GAATT-ATTCT--AA---A-CAT
gi|15 : t-ACCAT------TT-C-AA-AG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA---TA-ATAG-A-TAT------T-CTATTTTATA-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTAAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAATT-GTGTCA--TCAC-A---GG-CA--GT-T--GTGGGTTAT-----------TC--ATGTTCC-T-A-
gi|16 : tACTC-GG-GG-AGGCTCTA-GAC---CA---------A-A-CGG-TCATGGATAGGCCTCAGTA----TAT-G-TA----TTTTGTAG--TG-ATAACCACTAT-AAGCTA--ATA--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGT---G-GACTTTAGAT-AATTATT--GTT----G---T--AA----------------------------AAAAAAT---------TC--TAT---AAACAA---G-A--A-GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGC-t
gi|17 : -AATA-AATGC-ATCAT------TT-C-AC-CT-CA-TT-GGG-TA---GAG-CAAA--GAT--
gi|17 : aaatacatgtattctaa-TGT------T-CTACAT---A-TTT--C-ATTC-G-C--T-CTT---T-TTA-TCA---CTTTGG--C---T---T-G--AGA---TTA----TCCCCAATACAACAA---A-ACA-GC--TG-ATcgcaaagtttgttctacatatttcattcgctctttttatcactttggcttgagattatccccaatacaacaaaacagctgattca
gi|18 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttTT--TAT---AACA-A---G-A--AAGTTAACTA-A-G-G-A-TA-TTAAAGC-GGGCCAGGGAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------------------------G-GAA--G--TG-G-T----ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-AACGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCtca
gi|19 : -TTGAAGCGGGG-----GATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGTT----C------AG----AA--------CCG-GAA-----CTAG-TCAT-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTGCA-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC----A--CTAGCGACTA--GCACCA--CGG-AAT-GAGATA
gi|2 : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGACAT--TTGGA--TATT-TT-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAAGA-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGATAA-AATA-AATAC-ACCATA-----TT-C-AA-CG-AT-TT-TGA-TA---GAGGCAAA--TAT--CA-A---TC-----AC---GCAA--ATA-ATAGCA-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAA--G---T---TTG--AGA---TAA----TCCC-AATAC--AAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-TCGA-A---GGACAA-GT-T--GT-GATTGTTTCG----TG-TTATGTGTTCC-T-A-CG-CTGAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAAAAATA-TT-GCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCTAT-ATAAATTA-A--AATATT-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---AGCGTG----TAA-GTTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------T-CTTGT----AT-TTCTTTTTTAA-ACTTTA-----CC---AGTA------TT-GG--T-C-AC----T-AACAC--AAT-GA--C-G--TT--------T--G-G---CCTT--ACATT----GTTTT-CG-TTTGCTAGAAGTTTTT--GA------TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTG--AT-C----TG-GA----------C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--A-A-A-GATA-A-ACGGTG-TT-CAGG---GAACA-GAGTTG-TTTGT----A-AATGGAAGAATTACA----A-----TG--C--TTTTCCAA--AATT----AAATT-TGTCACGT--AT-----TGTTTTTTCGGGAT-TATT--ATCGAA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-TTT---C-----ATG-A-CATTTTGA---------------------AA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATTTT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAATTAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-G--TGTCCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTT-AAGTTTCTGTTCAAAATCA----AACCT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-AG-TGCAGGCTCTAGGAC---CATTTTGTC--ATA-CGGTTT-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-GTTA----TTTTGT-GACTGAATAAACACTAT--GCCTATTA-A--CAA---G---TG-TT--AT-CGATGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----G---ATTAAAA-AAA-------------TT---CAACAAAAAATAAAAAATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAG--A-G-G-A-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------CG----GA--------CCG-GAA--A--CT-GATC-TAATCCAAA-AC-GGGCGCGTTG-A-T-A-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGG-AAT-GAGATAa
gi|20 : GATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-AATTATT-TG-CTC--T-A--TC-AA-A--CGA-GT---G-A-TGGATGTATTTCGCGT----A-GGAG--GCCTTGG-CCGAc
gi|21 : atatagaCG-GAA------T-G-TA-T-ATC--CA-AT-CGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AATGGAGATA
gi|22 : acaGAATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--CTG-A--TATT-TA-CTTTGTAA--TT-AA----------TGA--------TGTA-TCTAT-T----CGCGA---GGCTT-G-TCGAG-Caatc
gi|23 : taaaga-T-ATA--AA-AT-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGA-AAT-GAGATAca
gi|25 : ta-T-ATC--AA-TC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AAT-GAGATAaatgt
gi|26 : cta-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTC-TTTTAAA-ATTTTA-----CC--GAGTACTTATTTT-CT--T-G-ACG---T-ATCAC-CAAT-GA--C-A--TT--
gi|27 : A-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-TTC--C-A--TC-TA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGT
gi|28 : agaggatatag-TATAGTTT-ACC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAgt
gi|29 : GGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAG-AAT-GAGATAaatt
gi|3 : A-TCTA--ATT----GCGTGA--T--TTG-A--TAAT-TG--TA--TCA--TCTAA-A--CAG-TTTGAA-A-TGGGTGTA-TTTAT-T---------G--GCCTT-G-CCG-G-CGC--G-AAT--AATGC-ACCAT------TT-CAAA-CG-AG-TC-TGA-TAAGTAAGCCAAA--TAT--CACA--ATC-----AC---GC-A--AT--ATAGCA-TAT------T-CTATTTG--A-TCT--C-ATTCAA-C--TCCTG-----CTACTCA---CTTTAG--TACCT---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--ACACA-GCAGTG-ATAG-AATTGGTGTCAT-CAGC-ACCCAG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TA-------GTTCC-TCA-C--C-GAG---A-AAA--AAA-AAGATGCATATA--AATA-TT-GC---CATATT-TC-TA-TTT-TACC--T-ATAAATTA-ACCAA---T-CAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAAT--GAATA-AT--T--AATCGG-CATAC---CTA-AATTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------ACCTTGT----ATATTCTGTTTAAA-AATTTATTG--CC--G-GTA------TT-GGAAT-GCACG---TAAACACTCAAT-GA--C-GGATTAGGG---CT--A-G--ATTTCG-AAAAA----GTTT---A-TT-G---------------------------T--CA-----------ACGATCAAGGACAA---GT-GGAT-C-G--TG-G-----A-----C---TAATATTAGATTAGC-TT-T--CA--T-A-A-TA-A-ATACAGTG-TT-CAGGGACAAACA-AAGTGGATTTGT----G--ATGG-A---TAACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATG----TAATT-T-T---GC--AG-----CGTTATT---GGA--TATTAAATCGGATTTCG-AT-GAA---------CA--------------------------GA--A---TT-CA-GTTAGGCCTATAATG-A-CATTTTGGT-----GAGTAATTAATCAGTAA---A---------C---AAGAT----AG-GTAGG---CCTAA-A-ATATTTCT---CCATCATTCGTCTTT--A-----CGTCT---TAGAATAG-CTACT-----A---C-------ATACGAAA--------TGG--------A-TAGTTTCCAAT-CTATCTCA-GAC-ATTTGTGC-C----AACATATTC-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GTAAG-TTGTGTTAAAAATCATTATG--CTGAGGACCGGGCCCTGGCCT---TGTTT-CA-GT-GTTCA-GACTC-GG-GT-AGGCTC-A-GAG---GATTTTATCAAA-A-CGA-TC-TAAATAaatca
gi|3 : gaggtatagTAAATACTATCAGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT----------T---A-G-CTTTA-GTGAACTACT--GTT----G---A--AAAG-ATTTTTT---------TT---TTTCGACAAATC---AATT-TT--TAT---AACA-A---G-AATA-GTTAA-TA-G-GTG-A-TA--TGAAGC-GGG-----GATG--ATCTGC-AAAAGTA---GTT----C------GA----GAT-------CCGCGAA--GTTCT---TC-T-ATC--AA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-A-AAGC-T-TATGGTTT-ATC--AAA--Cctatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|30 : gaggtatagatctaattgcgtgatttgataattgtatcatctaaacagtttgaaatgggtgtatttattggccttgccggcgcgaataatgcaccatttcaaacgagtctgataagtaagccaaatatcacaatcacgcaatatagcatattctatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatcA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAc
gi|4 : aTA-TCTA-TATTA---GCTTGA--T--T-G-A--TATT-TGGCTC--TAT--TC-AA----CGA-GCT----A-TGGTTATTATTTAT-T----C-GGCG--AGCTT-G-CCGAGGCGA--ATAACA-A-TGC-AACAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TAG-TA---GAG-TAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAT--AT-----G-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-A-TC-ATC--T-CTG-----CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--A-A---TGA----CCCC--ATAC--CA----A-ACA-G---TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-C--C-A---GG-CA--AT-T--TT-A--TGTT-CG----TG---------TCC-T---CG-C--AG-----AAA--AGA-T--AT-CA-ATAATA-----T-GA-A-C-TATT-TC-TA-TT----CTC-T-ATGAAATACA--AGT--T-AAT-TTT-A---AC-GA-C--T----TCT-----T--GAATG-AT--C--AA---A-TATT----TCA---TGTATTC-AAT-T-CATT-A---------------------------A-TTTGT----AT----TTTTTAAATAC-TTA-----CC--GA--A------TT--A--T-G-ACG---T--ACAC---AT-TA--T-G--TT--GG---CT--A-A--TCCTTG-AAAAA----GTTTTCCG-TT-GC---GA--TTTT--GAAT----TCAC-T--CA-------------GATCAAGGAC-----TTG-----C-G--TG-GA----A-----TAAGTAATATTC------T-TT-GC-TA--T-A-ATTA-A-A-ACTGTG-TT-TAGA---AAACA-AAGT---TTTG-----G-AA--GAA---TTAC-----A-----TG--C--TTTC---A--AATTTATAAAATT-T-TCACGT--AT-----TG-------------TATT--ATCGT---TCA-AT-GGG---------AA--------------------------TA--A---TT-CG-TCT---G-----AT----CA-TTTGATTGTCAG-----------AGTAAT--A---------C---A--------AG-GTA-G---CCTAACATA-ATT--T---CTA--ATTCA---CT--T-----GGTC----TAGAATTT-CT-AT-----T---A-------T----GAA--------T--------GAA--AG--TCC--AGCTAT-TCA-G-A-ATTTTTGCT---------T-CTTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-G-AA--CTGTGTT-TTAATCA--------T----GCTGAG-A-TGGAC----------CATGTCGTTCAGAA-TC-GG-TG-AGGC-CTA-GAG----ATTTTGTC--A-A-T-A-TC-TAAAT----------T----GAT-G-T-----------------AATAAACA-TAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT--------TAT---G-G-CCTTT-AT-GAATGTT--GTT----G---A--AAAGAATTTTTT---------TT---CATCAAA-----------TATT--TAT------C-A---GAA--A-GTT-ACTA-G-G-A-T-TA-TTGAAGC-GG---------GATATCT-CTAAAAGTA---GTT----CGACCAGCGACTCGA--------CC--GAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AACAC--GGCGT-T---A-T-A-A----C-TAT-GTTT-A-C--AAG--T--GCAA-TA-TGC-CC--CC-G-AAT-GAGATAaatgcgtat
gi|5 : atatagagGGATA-T-TA-TATTT---GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAT--TC-AAGA--CGAAGTTGAA-AATGGT-GTATTT-AT-TTTCGC-TGAG--G-CTT-GGCCGAGACGA--A---TA-AATGC-ACCAT------TTTC-AA-CG-AGGTT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--GTC-----AC---GC-A--ATACATAG-A-TAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTC-A-CAGT-CTG---C-CTA-TCC---TTTTAGTTT---T---TTG--AGA---TGA------CCCAATAC--TA----G-ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCTCGCAA---GG-CAGTGT-T--TT-GATTGT-----------TT--GTGTTCC-T-A-AGCC-GAGAGAA-AAA--AGA-A--ATGCA---AATAATATTT-GC-A-CATATTGTC-TA-TTCAGAC---T-AGAAATT--A--AAT--T-CA--TTTAA---AG-GA-CCTG----T-T-----TTGGAATG-AT--TTAAG---A-CATAAACCCTC-ATGT--TTCAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A--TTGT----AT-TGTCTTTAAAA-ACTTTAACTCGCG--GAGTA-------T-G-----G-ACGGGTT-AACAC-CAATGGA--CGG--GT--GGGGCCT--A-GAATCCTTGAAAAAA----GTTTT-CG-TTGGC---GAGTTTTTGGGAAATC--TCCC-T--CA-----------ACGAT-AAGGACAA---GT-GGAT-CGG--TG-GA----ATAAAGC---TAATATTA------C-GT-CA-TA--A-A-A-TA-A-A-ACGGTGTTT-TAGG---AAAAACAAGTGA-TGTGT----GAAATGGAAT--TTACA----AATAATTG--CTTTTTC---ATCAATTTA--AAATTAT-T--CGG--AC-----AGTCATT---GGAT-GCTTA-ATCGGA--TCA-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CAGGTT---C-----A-G-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------TATAA--------AG-GTA------CTAA-A-ATAAT--T---TCAC-A
gi|6 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-AGAGAAA-TCGTGTCAT--CGC-A---GG-CA--TT-C--GT-GATTGTT-CG----TG-T-------TCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AAA-A--ATGCA-ACAGC--TA-TT-AC-A-CATATT-TA-TA-TTCATACCT---ATAAATTA-A--A-T--T-CGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---T-CATA----CCA-ATTT-ATTTAGAT-T-CNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTTAT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----TC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---A-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--AG---CCTAG-A--TCCTTG-AAAACC---GTTTT-CA-TT-GC---GAGATTTT--GAAA----TCACCT--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGG-AT-C-G--TG-GAGTGGA-----C---TAATATTA------C-TTTCA-TA--T----------------TC-TT-CAGG---AAACA-AAGT-G-TTTGT----G-AATGGAA---TCGTA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT------------TATT---GGAT--ATT--ATCGGA--TCG-ATGGGA---------AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATA---TTTCA-GTT---C-----TTGGA-CATTTTGA------A-----------AACAA---AAGTTCGTCAT---A--------AGAGTGTGTTACCTAA-A---ATT--TCATTAAT-ATTCG---TTTTA-----CGTCGAACTAGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCA----GAA--------TGG-------AA-TAATT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTCCTAAAAC-T-CTT-TCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-T-AAG--TGTGTT-AAAAtctattta
gi|7 : cG-AAAAA----GTTTT-CGATC-GCAC-GACTGTTT--GAAA----TAATAT--TA-----------ACGATCTAGGAC-A---GTGG-AT-C-G--TG--A----G-----C---TAATATTA------C-TT-TAATG--TGA-A-TT-A-A-ACTATG-TT-TAGG---GAACA-AAGT-A-TTTGA----G-AATGGAA---TTATA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----GAATT-T-TCACGT--AT-----CTTC-TT---GGAT--ATT--ATCGGA--T------GGG---------AA--------------------------GAATAATATT-TA-CTC---C-----ATG-A-CACTTTGAT-----A-----------AATAA---A---------C---A--------AG-GTAGG----CTAA-AT-TATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGA-CT-CTAGGGGA---G-------A----GAAAAT-----TGGTCTATAGAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTTTGTGCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-G-AAG-TTGTTTT--AATTTA----A---T----GCTAAG-ATT----------TTTACT-GCCGTTCA-GACT-----------------GAA---CGTTTTATC--A-----------------GA--TACA---------G-TT----TTTTGT-G-----ATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--TAA---A--TTG-T----T-TA-TGCTTTA-G-ATTCA-TT-AAATATT--CTT----G---A--AAAG-ATGTCTT---------T--------GAAAAATA---AAATATT--TAT---AAAC-AAG-A-A--A-GTCAACTATG-G-A-A-AA-TTGAAGT-GGG-----GAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----gatatccaatagcctatttgtat
gi|8 : g-AATGGAA---TTACAATGGA-----TG--G--TTTC---A--AA----------T-T-TCACTT--GT-----TGTC-TT---GGA--TATC--GTCAGA----G-AT-AGG---------A
gi|8 : ttctgcattattc---TTAT-ATTCG---TG--A-----CGTC----TGAAATGG-CT-CT-----A---G-------A----GGAAAGAGATGTGGCCTATTGAA-TA-CTCCC--CGCTA-CTTA-G-C-GTTTTTGCAT----AA-AT-TTT--C--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-A-AAGTTT-TGTT-A---------------------TGG--TTTAGACTGCTTGTTTACA-GCC-TT----ACT--AT-TG-GAATTTTG-GAGTTTCAATTTATA--A-A-CTA-TA-TAAACA--AATTA-AT----AAT-T-TA----TTGTTT-A--TGGTTTAA----AT-----TA--A-T--TAA---T--TTG-TT--AT-T--TAT---T-T-CTTTA-TT-TTTTGTTTTGTTTTTGG---A--AAAG-ATGTTTT---------T------ACAAAG--T----AATCATG--TATCCTATCC-A--------A-GCAAACTA-G-G-G-GGCA-TTGGAGC-GTG-----GATGAT--CT-C-AAAAGTA---GTT----C-------G----AA--------CCG-GAAGTG--CT-G----T-ATC--CA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-AGA--G-C-TActtcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|9 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacTGAATTA-A--A-T--T-CAT-TTTAA---AG-GA--------------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTT-ATC---AT-T--ATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GT--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CCTAG-A--TCCTTGAAAAAA----GTTTC-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC----CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GT-GGAT-C-A--TGCG-----------C---TAATATTA------CTTT-CA-TA--TAA-A-TA-A-A-ACGGTG-CT-CAGG---AAACA-AAG-TG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCA------------TGTTATT---GGAT-T-TT--ATCAGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CA-GTT---C-----ATG-A-CATTTTGGT-----G-----------AGTAA---A---------C---AATTAAGGTAG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TAAT-ATTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222 1111 11 1 2222222 1 11111 111111 111 1 111 11111 111 11 1 111111 111 11111 11111111 111 11 5555555555555555 11111 222222 22222 22222222222222222222 1111 1 444444444444444444444444 1111 22222 1111111111111 11111 33333333333333333 1 1111 11 1 111 111111 1111 22222222222 11111 222 1111 33333333333333333 111111 11111111111 111 11111 111 1111111111 1111 22222222222222 111 11 55555555555555555555555555555555555555555 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 222 111 11111111 1111 7777777777777777777777777777777777777777777 1 1111 11111 111 1 111 5555555555555 11111111111111 11 11111 2222222222222 66666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 11111111111 333333333333333333333333333333333333 22222222222222 11 444444444444444444444444444 2222222222222 111111
lowQualScore : 4 4 8888 66 66 4 66 4 444 0000000 4 2222 4 99 4 00 2 5 6666666 999 5 5 5 1 55555 5 5 999999 5 5 5 5 5 5 5 000 1 77 77 6 000 66666 111 8888 33 0 4 111111 4 111 4 55 4 4 4 55 8 22222 8 777 777777 777 55 777 8888 2 33333333 4 4 55 4 5 9 1 6 111 4 777 4 00 4 66 4 1 5555555555555555 1 4 555 5 5 00000 66 3 5 66 000000 0 5 5 777 5 5 5 00 22222 2 4 66 3 66 5 5 888 5 77777777777777777777 5 66 66 99999 7777 55 2 33 5 5 5 888888888888888888888888 5 0000 5 6 5 11111 66 8888888888888 5 5 44444 77 5 66 5 66 11111111111111111 0 5555 00 5 0 555 222 66 777777 4444 33333333333 55555 000 5 2222 88888888888888888 999999 5 9999 66666666666 5 5 1 5 5 888 5 777 11111 4 222 1 7777777777 66 66 777 66 5555 4 4 1 77777777777777 777 666 55 66 0 4 4 66666666666666666666666666666666666666666 888 5 66 444444444 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 888 5 111 66 777 4 000 66666666 7777 77 5 6666666666666666666666666666666666666666666 5 888 77 1 5 88 0 0000 888 88 66 22222 5 0 111 8 000 8888888888888 22222222222222 1 5 88 77 6666 0 4 11111 3333333333333 77777777777777777777777777777777777777777 999 55 4 55 888888 4 555555555555555555 44 4 4 55 22222222222 4 999999999999999999999999999999999999 55 44444444444444 55 3 0 3 3 3 7 3 3 3 99999 00 666 666 666666666666666666666666666 3 6666666666666 3 77 3 3 3 3 3 9 6 555555 2 33 44 3 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .. . .. . ... ....... . .... . .. . .. . . ....... ... . . . . ..... . . ...... . . . . . . . ... . .. .. . ... ..... ... .... .. . . ...... . ... . .. . . . .. . ..... . ... ...... ... .. ... .... . ........ . . .. . . . . . ... . ... . .. . .. . . ................ . . ... . . ..... .. . . .. ...... . . . ... . . . .. ..... . . .. . .. . . ... . .................... . .. .. ..... .... .. . .. . . . ........................ . .... . . . ..... .. ............. . . ..... .. . .. . .. ................. . .... .. . . ... ... .. ...... .... ........... ..... ... . .... ................. ...... . .... ........... . . . . . ... . ... ..... . ... . .......... .. .. ... .. .... . . . .............. ... ... .. .. . . . ......................................... ... . .. ......... . . ................................................. . . ... . ... .. ... . ... ........ .... .. . ........................................... . ... .. . . .. . .... ... .. .. ..... . . ... . ... ............. .............. . . .. .. .... . . ..... ............. ......................................... ... .. . .. ...... . .................. .. . . .. ........... . .................................... .. .............. .. . . . . . . . . . ..... .. ... ... ........................... . ............. . .. . . . . . . . ...... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 4 4 3333 11 11 4 11 4 777 3333333 4 4444 4 77 4 22 6 0 4444444 444 6 0 0 4 55555 7 0 444444 0 0 0 7 7 7 7 000 4 99 99 7 888 77777 777 5555 22 0 4 555555 0 000 0 55 0 0 0 55 0 66666 0 000 444444 000 55 000 5555 5 88888888 0 0 55 0 7 7 9 7 666 4 888 4 66 4 11 4 0 1111111111111111 8 4 333 0 0 99999 99 4 0 99 555555 1 0 0 111 0 0 0 44 88888 0 4 11 6 11 0 0 888 0 22222222222222222222 0 99 99 99999 9999 99 0 77 7 7 0 111111111111111111111111 0 6666 0 5 0 22222 99 2222222222222 0 0 11111 55 0 99 0 99 66666666666666666 0 6666 11 0 0 666 999 99 999999 0000 88888888888 99999 000 0 1111 66666666666666666 444444 0 2222 66666666666 0 0 4 0 0 888 0 555 00000 4 222 0 7777777777 11 11 888 11 6666 4 4 1 88888888888888 888 444 00 11 1 4 4 99999999999999999999999999999999999999999 888 0 00 444444444 0 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 888 0 999 99 888 4 000 99999999 9999 33 7 3333333333333333333333333333333333333333333 7 777 99 4 7 44 4 6666 444 22 99 55555 0 1 444 5 888 0000000000000 00000000000000 4 7 00 55 2222 8 4 88888 3333333333333 88888888888888888888888888888888888888888 666 55 0 55 222222 0 888888888888888888 77 0 9 55 00000000000 0 777777777777777777777777777777777777 00 11111111111111 00 6 5 6 6 6 3 6 3 3 11111 11 444 444 666666666666666666666666666 6 3333333333333 1 33 1 1 1 1 1 2 2 000000 9 99 22 1 1 6 6 6
consensus : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AAAAA----GTTTT-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C-G--TG-GA----A-----C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--T-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GGAT-TATT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-ATNTTTT---------TT---CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
Reference ( family-690 ) : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AAAAA----GTTTT-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C-G--TG-GA----A-----C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--T-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GGAT-TATT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-ATNTTTT---------TT---CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|1 : GGATAATCTAGTATTTCTTGCGTGA--TACTTG-A--TATTATG-CTCC-TAGATTC-AA-ATACGA-GTTGAATA-TTG--GTGTTTTAT-T----CGCGAGTTGCTTT-G-CCGAG-CGA--A-AGTATAATACCACCATGTCAGTTT-C-AAACGTAG-TTATGAATA---GAG-CAAAAATATTTCA-ATAATCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG-AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACC-ATTC-A-C--TACTGAAACGCTAGTCGACTCTTTAG--T---TATTTTGCAAGAATTTAAATCTTCCCAAATACAATAAGTAG-ACA-GC--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT--CGA-A---GA-CG--CC-TAGGG-GTTTGTT-GGGGGATGCTCT-GTGTTCCAT-AGCG-C-GAG---ATAAAGCAGACA--ATGCA-A----AATA-TTAGC-ATCATATT-TC-TA-TTTATACCT-TGATAAATTA-A--CAT--TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-T-----G--GAATGCAT--T--AA---A-CATA----CTAGATTGTATTTAAATATACATTTAAAT------------------------A-CTTGTTTTTAT-CTTTTTTTAAA-ACTTTA-----CCCGGAGTA------TTTGG--TTG-ACG-----AACAC-CAAT-GAGAC-G--TT--GC---CT--ACA--TCTTTG-AGAAACAAAGTTT--CG-TT-GC---G-GTTTTG--GGAAAGTGCCAC-TTGCAGACGGAATCTGACGACGAAGTGC-ACAGGTGGGATGC-AGATGAGA----T-----C---TAATATTTT-----C-TT-TA-TAGAT-ATA-CA-ACA-ACGGTG-TTACAGG---AA-CA-GAGCTG-TTAATTTAAA-AATGGAA---T-ACG----AGA---TGAGC--TCTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGTCAATAAGTCTATC-TT---GGAAATATTT-ATCCAA--TTGCAT-GGGGGATAAACAAA--------------------------GAATA---TT-CA-TGT---C-----ATG-AACATTATTTT-----G-----------AACAACGTG---------T---A--------GG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--AGCCTACGTC----TAAAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG-------AA-TAGTT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-T-AAG-TTGTGTC-AAAATCA----AC-CT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTCTA-GAC---CATTTTGTCA-A-A-CGG-TC-TAAATAGG-CCTAG-T----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TG-ATAAACACTAT-AGCCTA--T-A--CAA---G--TTGTTT--AT-CG-TGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----GTAAA--AAAA-AAA-------------TT---CAACAAAA-------AATTATT--TAT---AAAC-AAG-A-A--A-GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGC-GGG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTA---GTT-----------CG----GA--------CCG-GAA-----CT-GATC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|10 : agTTTGTGCTC----AACAT-TCT--C--TGCTATG-----AACA-TTTTGC-G-AAGTT-GTGTT-AAAACCA----ATGCTGAG-ACTGGG-CCAGGCCT---TGTTTACA-GTCGATCAG-ACTC-GGGTG-AGGCTCTA-GAG---GATTTTATC--A-AATGA-TC-TAAAT------------------------------TGT-G--TGA-TAAACACTAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT-----TA-TGC---GCA-CTTTA-GT-GAATATT--GTT----G---A--AAAG-ATTTTTT---------TT---CAACAAAA-------AATTATT--TAT---AACA-A---GAA--A-GTTAACTG-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATCTCT----AAAGTA---GTTCGGAC------CGC---GA--------CCG-GAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-Taa
gi|11 : GGCTTCA-GAG---GATTTAATC--A----------TAAATGATATCTAAAAAAAATATAG-TAAAACTCTTGT-GGTTGATTAAACACTAT-ACCCTA--A-AGGCAA---GGGTTG-TTTAAT--G-CGC---A-C-TTTTA-GT-TAGAATT--TTT-----------------TATTTT---------TTTCCCAATAAAAAA-----AAT-ATT--TAT---A--C-G---A-A--A-GGTTACTA-G-G-G-A-TA-T-GAAG--GGG-----GATGATCTCT---AAAAGTA---GTT----C------GG----GACCGGTGACCCG-GAA--G--TC-T-TC-T-ATCA-AA-ACGGGGCG--TTG-ATT-A-A--G-C-TATGGTTTAATCGAAAA--CTAGCAA-TAGTGCA-CA-CCGGAAAT-GAGA
gi|12 : gtGGATA-TCTA-TATT----GCGTAA--T--TTG-A--TATT-T---------------AA-A---GA-GTTGAA-A-TGG-TGTA-TTTAT-T----CTCGA---GGCTT-G-CCGAG-CG-----AATA-AATAC-ACCAT------TT-C-AA-aaagat
gi|12 : catagaT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTT-A-C--A-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAA--CAAG--A-ACA-GC--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-TCGC-A---TG-CA--GTAT--GT-GATTGTT-C---------C--GTG-TCC-T-A-TG-C-GAG---A-AAA--ATA-A--ATGCA---AATAATA-TT-AC-A-CATATT-TCTTATTTCATAC---T-ATAA--TA-A--AAT--agtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|13 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtact-G-TA----GTTT-T-G--TGGATAAATACTAT-A-------A-A--CAACTTA--TTG-TT--ATGCA-TTC---G-A---TTC-AT-AA-TATT--CTA----G---A--AAAG-ATTTTTTGATTTTTTTTT---C--TTAAGCAT----C-CTGTCAATAT---AAAC-GCGTA-A--A-TTTAACTG-GCA-A-A-TAATTGAAGC-GGG-----GAT--TATCA-C-TTAAGTA---GTT----C-------G----TA--------CCG-AAT--G--CT-A-T----ATT--GA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-AGG--T-T-TTTGGTAT-ATC--AAc
gi|14 : cattcagattgaactttttttttccagatatactaA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--T-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TGCCCAAT----------A-ACA-GC--TG-ATA-AAAATCATGTCG--TCGC-A---GA-CA--GT-T--GT-GATTGT-----------TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAG--A-A-A--ATGCA-AT--TAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACC--T-ATGAA-TG-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-T-----T--GAATT-ATTCT--AA---A-CAT
gi|15 : t-ACCAT------TT-C-AA-AG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA---TA-ATAG-A-TAT------T-CTATTTTATA-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTAAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAATT-GTGTCA--TCAC-A---GG-CA--GT-T--GTGGGTTAT-----------TC--ATGTTCC-T-A-
gi|16 : tACTC-GG-GG-AGGCTCTA-GAC---CA---------A-A-CGG-TCATGGATAGGCCTCAGTA----TAT-G-TA----TTTTGTAG--TG-ATAACCACTAT-AAGCTA--ATA--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGT---G-GACTTTAGAT-AATTATT--GTT----G---T--AA----------------------------AAAAAAT---------TC--TAT---AAACAA---G-A--A-GTTGACTA-G-G-GAA-TA-TTGAAGC-t
gi|17 : -AATA-AATGC-ATCAT------TT-C-AC-CT-CA-TT-GGG-TA---GAG-CAAA--GAT--
gi|17 : aaatacatgtattctaa-TGT------T-CTACAT---A-TTT--C-ATTC-G-C--T-CTT---T-TTA-TCA---CTTTGG--C---T---T-G--AGA---TTA----TCCCCAATACAACAA---A-ACA-GC--TG-ATcgcaaagtttgttctacatatttcattcgctctttttatcactttggcttgagattatccccaatacaacaaaacagctgattca
gi|18 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttTT--TAT---AACA-A---G-A--AAGTTAACTA-A-G-G-A-TA-TTAAAGC-GGGCCAGGGAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------------------------G-GAA--G--TG-G-T----ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-AACGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCtca
gi|19 : -TTGAAGCGGGG-----GATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGTT----C------AG----AA--------CCG-GAA-----CTAG-TCAT-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTGCA-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC----A--CTAGCGACTA--GCACCA--CGG-AAT-GAGATA
gi|2 : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGACAT--TTGGA--TATT-TT-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAAGA-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGATAA-AATA-AATAC-ACCATA-----TT-C-AA-CG-AT-TT-TGA-TA---GAGGCAAA--TAT--CA-A---TC-----AC---GCAA--ATA-ATAGCA-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAA--G---T---TTG--AGA---TAA----TCCC-AATAC--AAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-TCGA-A---GGACAA-GT-T--GT-GATTGTTTCG----TG-TTATGTGTTCC-T-A-CG-CTGAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAAAAATA-TT-GCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCTAT-ATAAATTA-A--AATATT-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---AGCGTG----TAA-GTTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------T-CTTGT----AT-TTCTTTTTTAA-ACTTTA-----CC---AGTA------TT-GG--T-C-AC----T-AACAC--AAT-GA--C-G--TT--------T--G-G---CCTT--ACATT----GTTTT-CG-TTTGCTAGAAGTTTTT--GA------TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTG--AT-C----TG-GA----------C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--A-A-A-GATA-A-ACGGTG-TT-CAGG---GAACA-GAGTTG-TTTGT----A-AATGGAAGAATTACA----A-----TG--C--TTTTCCAA--AATT----AAATT-TGTCACGT--AT-----TGTTTTTTCGGGAT-TATT--ATCGAA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-TTT---C-----ATG-A-CATTTTGA---------------------AA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATTTT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAATTAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-G--TGTCCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTT-AAGTTTCTGTTCAAAATCA----AACCT----ACTGTA-CTTGCACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-AG-TGCAGGCTCTAGGAC---CATTTTGTC--ATA-CGGTTT-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-GTTA----TTTTGT-GACTGAATAAACACTAT--GCCTATTA-A--CAA---G---TG-TT--AT-CGATGT---G-A-CTTTA-AT-AATTATT--GTT----G---ATTAAAA-AAA-------------TT---CAACAAAAAATAAAAAATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAG--A-G-G-A-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------CG----GA--------CCG-GAA--A--CT-GATC-TAATCCAAA-AC-GGGCGCGTTG-A-T-A-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGG-AAT-GAGATAa
gi|20 : GATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-AATTATT-TG-CTC--T-A--TC-AA-A--CGA-GT---G-A-TGGATGTATTTCGCGT----A-GGAG--GCCTTGG-CCGAc
gi|21 : atatagaCG-GAA------T-G-TA-T-ATC--CA-AT-CGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AATGGAGATA
gi|22 : acaGAATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--CTG-A--TATT-TA-CTTTGTAA--TT-AA----------TGA--------TGTA-TCTAT-T----CGCGA---GGCTT-G-TCGAG-Caatc
gi|23 : taaaga-T-ATA--AA-AT-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGA-AAT-GAGATAca
gi|25 : ta-T-ATC--AA-TC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AAT-GAGATAaatgt
gi|26 : cta-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTC-TTTTAAA-ATTTTA-----CC--GAGTACTTATTTT-CT--T-G-ACG---T-ATCAC-CAAT-GA--C-A--TT--
gi|27 : A-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-TTC--C-A--TC-TA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGT
gi|28 : agaggatatag-TATAGTTT-ACC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAgt
gi|29 : GGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAG-AAT-GAGATAaatt
gi|3 : A-TCTA--ATT----GCGTGA--T--TTG-A--TAAT-TG--TA--TCA--TCTAA-A--CAG-TTTGAA-A-TGGGTGTA-TTTAT-T---------G--GCCTT-G-CCG-G-CGC--G-AAT--AATGC-ACCAT------TT-CAAA-CG-AG-TC-TGA-TAAGTAAGCCAAA--TAT--CACA--ATC-----AC---GC-A--AT--ATAGCA-TAT------T-CTATTTG--A-TCT--C-ATTCAA-C--TCCTG-----CTACTCA---CTTTAG--TACCT---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--ACACA-GCAGTG-ATAG-AATTGGTGTCAT-CAGC-ACCCAG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TA-------GTTCC-TCA-C--C-GAG---A-AAA--AAA-AAGATGCATATA--AATA-TT-GC---CATATT-TC-TA-TTT-TACC--T-ATAAATTA-ACCAA---T-CAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAAT--GAATA-AT--T--AATCGG-CATAC---CTA-AATTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------ACCTTGT----ATATTCTGTTTAAA-AATTTATTG--CC--G-GTA------TT-GGAAT-GCACG---TAAACACTCAAT-GA--C-GGATTAGGG---CT--A-G--ATTTCG-AAAAA----GTTT---A-TT-G---------------------------T--CA-----------ACGATCAAGGACAA---GT-GGAT-C-G--TG-G-----A-----C---TAATATTAGATTAGC-TT-T--CA--T-A-A-TA-A-ATACAGTG-TT-CAGGGACAAACA-AAGTGGATTTGT----G--ATGG-A---TAACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATG----TAATT-T-T---GC--AG-----CGTTATT---GGA--TATTAAATCGGATTTCG-AT-GAA---------CA--------------------------GA--A---TT-CA-GTTAGGCCTATAATG-A-CATTTTGGT-----GAGTAATTAATCAGTAA---A---------C---AAGAT----AG-GTAGG---CCTAA-A-ATATTTCT---CCATCATTCGTCTTT--A-----CGTCT---TAGAATAG-CTACT-----A---C-------ATACGAAA--------TGG--------A-TAGTTTCCAAT-CTATCTCA-GAC-ATTTGTGC-C----AACATATTC-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GTAAG-TTGTGTTAAAAATCATTATG--CTGAGGACCGGGCCCTGGCCT---TGTTT-CA-GT-GTTCA-GACTC-GG-GT-AGGCTC-A-GAG---GATTTTATCAAA-A-CGA-TC-TAAATAaatca
gi|3 : gaggtatagTAAATACTATCAGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT----------T---A-G-CTTTA-GTGAACTACT--GTT----G---A--AAAG-ATTTTTT---------TT---TTTCGACAAATC---AATT-TT--TAT---AACA-A---G-AATA-GTTAA-TA-G-GTG-A-TA--TGAAGC-GGG-----GATG--ATCTGC-AAAAGTA---GTT----C------GA----GAT-------CCGCGAA--GTTCT---TC-T-ATC--AA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-A-AAGC-T-TATGGTTT-ATC--AAA--Cctatcagcctaaacaagttgtttagctttagtgaactactgttgaaaagatttttttttttcgacaaatcaatttttataacaagaatagttaataggtgatatgaagcggggatgatctgcaaaagtagttcgagatccgcgaagttcttctatcaaacgggtgtttgataaagcttatggtttatcaaacc
gi|30 : gaggtatagatctaattgcgtgatttgataattgtatcatctaaacagtttgaaatgggtgtatttattggccttgccggcgcgaataatgcaccatttcaaacgagtctgataagtaagccaaatatcacaatcacgcaatatagcatattctatttgatctcattcaactcctgctactcactttagtacctttgagatgatccccaataccaagacacagcagtgatagaattggtgtcatcagcacccagcagttgtgattgttcgtagttcctcaccgagaaaaaaaaagatgcatataaatattgccatatttctattttacctataaattaaccaatcattttaacccagagacatttagaatgaataattaatcggcatacctaaatttatttaaattcattaaataccttgtatattctgtttaaaaatttattgccggtattggaatgcacgtaaacactcaatgacggattagggctagatttcgaaaaagtttattgtcaacgatcaaggacaagtggatcgtggactaatattagattagctttcataataaatacagtgttcagggacaaacaaagtggatttgtgatggataacaatgctttcaaatgtaattttgcagcgttattggatattaaatcggatttcgatgaacagaattcagttaggcctataatgacattttggtgagtaattaatcagtaaacaagataggtaggcctaaaatatttctccatcattcgtctttacgtcttagaatagctactacatacgaaatggatagtttccaatctatctcagacatttgtgccaacatattctctgttatgaacatcttgcgtaagttgtgttaaaaatcattatgctgaggaccgggccctggccttgtttcagtgttcagactcgggtaggctcagaggattttatcaaaacgatcA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAc
gi|4 : aTA-TCTA-TATTA---GCTTGA--T--T-G-A--TATT-TGGCTC--TAT--TC-AA----CGA-GCT----A-TGGTTATTATTTAT-T----C-GGCG--AGCTT-G-CCGAGGCGA--ATAACA-A-TGC-AACAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TAG-TA---GAG-TAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAT--AT-----G-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-A-TC-ATC--T-CTG-----CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--A-A---TGA----CCCC--ATAC--CA----A-ACA-G---TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-C--C-A---GG-CA--AT-T--TT-A--TGTT-CG----TG---------TCC-T---CG-C--AG-----AAA--AGA-T--AT-CA-ATAATA-----T-GA-A-C-TATT-TC-TA-TT----CTC-T-ATGAAATACA--AGT--T-AAT-TTT-A---AC-GA-C--T----TCT-----T--GAATG-AT--C--AA---A-TATT----TCA---TGTATTC-AAT-T-CATT-A---------------------------A-TTTGT----AT----TTTTTAAATAC-TTA-----CC--GA--A------TT--A--T-G-ACG---T--ACAC---AT-TA--T-G--TT--GG---CT--A-A--TCCTTG-AAAAA----GTTTTCCG-TT-GC---GA--TTTT--GAAT----TCAC-T--CA-------------GATCAAGGAC-----TTG-----C-G--TG-GA----A-----TAAGTAATATTC------T-TT-GC-TA--T-A-ATTA-A-A-ACTGTG-TT-TAGA---AAACA-AAGT---TTTG-----G-AA--GAA---TTAC-----A-----TG--C--TTTC---A--AATTTATAAAATT-T-TCACGT--AT-----TG-------------TATT--ATCGT---TCA-AT-GGG---------AA--------------------------TA--A---TT-CG-TCT---G-----AT----CA-TTTGATTGTCAG-----------AGTAAT--A---------C---A--------AG-GTA-G---CCTAACATA-ATT--T---CTA--ATTCA---CT--T-----GGTC----TAGAATTT-CT-AT-----T---A-------T----GAA--------T--------GAA--AG--TCC--AGCTAT-TCA-G-A-ATTTTTGCT---------T-CTTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-G-AA--CTGTGTT-TTAATCA--------T----GCTGAG-A-TGGAC----------CATGTCGTTCAGAA-TC-GG-TG-AGGC-CTA-GAG----ATTTTGTC--A-A-T-A-TC-TAAAT----------T----GAT-G-T-----------------AATAAACA-TAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT--------TAT---G-G-CCTTT-AT-GAATGTT--GTT----G---A--AAAGAATTTTTT---------TT---CATCAAA-----------TATT--TAT------C-A---GAA--A-GTT-ACTA-G-G-A-T-TA-TTGAAGC-GG---------GATATCT-CTAAAAGTA---GTT----CGACCAGCGACTCGA--------CC--GAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AACAC--GGCGT-T---A-T-A-A----C-TAT-GTTT-A-C--AAG--T--GCAA-TA-TGC-CC--CC-G-AAT-GAGATAaatgcgtat
gi|5 : atatagagGGATA-T-TA-TATTT---GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAT--TC-AAGA--CGAAGTTGAA-AATGGT-GTATTT-AT-TTTCGC-TGAG--G-CTT-GGCCGAGACGA--A---TA-AATGC-ACCAT------TTTC-AA-CG-AGGTT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--GTC-----AC---GC-A--ATACATAG-A-TAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTC-A-CAGT-CTG---C-CTA-TCC---TTTTAGTTT---T---TTG--AGA---TGA------CCCAATAC--TA----G-ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCTCGCAA---GG-CAGTGT-T--TT-GATTGT-----------TT--GTGTTCC-T-A-AGCC-GAGAGAA-AAA--AGA-A--ATGCA---AATAATATTT-GC-A-CATATTGTC-TA-TTCAGAC---T-AGAAATT--A--AAT--T-CA--TTTAA---AG-GA-CCTG----T-T-----TTGGAATG-AT--TTAAG---A-CATAAACCCTC-ATGT--TTCAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A--TTGT----AT-TGTCTTTAAAA-ACTTTAACTCGCG--GAGTA-------T-G-----G-ACGGGTT-AACAC-CAATGGA--CGG--GT--GGGGCCT--A-GAATCCTTGAAAAAA----GTTTT-CG-TTGGC---GAGTTTTTGGGAAATC--TCCC-T--CA-----------ACGAT-AAGGACAA---GT-GGAT-CGG--TG-GA----ATAAAGC---TAATATTA------C-GT-CA-TA--A-A-A-TA-A-A-ACGGTGTTT-TAGG---AAAAACAAGTGA-TGTGT----GAAATGGAAT--TTACA----AATAATTG--CTTTTTC---ATCAATTTA--AAATTAT-T--CGG--AC-----AGTCATT---GGAT-GCTTA-ATCGGA--TCA-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CAGGTT---C-----A-G-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------TATAA--------AG-GTA------CTAA-A-ATAAT--T---TCAC-A
gi|6 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-AGAGAAA-TCGTGTCAT--CGC-A---GG-CA--TT-C--GT-GATTGTT-CG----TG-T-------TCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AAA-A--ATGCA-ACAGC--TA-TT-AC-A-CATATT-TA-TA-TTCATACCT---ATAAATTA-A--A-T--T-CGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---T-CATA----CCA-ATTT-ATTTAGAT-T-CNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-CTTAT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----TC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---A-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--AG---CCTAG-A--TCCTTG-AAAACC---GTTTT-CA-TT-GC---GAGATTTT--GAAA----TCACCT--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGG-AT-C-G--TG-GAGTGGA-----C---TAATATTA------C-TTTCA-TA--T----------------TC-TT-CAGG---AAACA-AAGT-G-TTTGT----G-AATGGAA---TCGTA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT------------TATT---GGAT--ATT--ATCGGA--TCG-ATGGGA---------AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAATA---TTTCA-GTT---C-----TTGGA-CATTTTGA------A-----------AACAA---AAGTTCGTCAT---A--------AGAGTGTGTTACCTAA-A---ATT--TCATTAAT-ATTCG---TTTTA-----CGTCGAACTAGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCA----GAA--------TGG-------AA-TAATT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTCCTAAAAC-T-CTT-TCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-T-AAG--TGTGTT-AAAAtctattta
gi|7 : cG-AAAAA----GTTTT-CGATC-GCAC-GACTGTTT--GAAA----TAATAT--TA-----------ACGATCTAGGAC-A---GTGG-AT-C-G--TG--A----G-----C---TAATATTA------C-TT-TAATG--TGA-A-TT-A-A-ACTATG-TT-TAGG---GAACA-AAGT-A-TTTGA----G-AATGGAA---TTATA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----GAATT-T-TCACGT--AT-----CTTC-TT---GGAT--ATT--ATCGGA--T------GGG---------AA--------------------------GAATAATATT-TA-CTC---C-----ATG-A-CACTTTGAT-----A-----------AATAA---A---------C---A--------AG-GTAGG----CTAA-AT-TATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGA-CT-CTAGGGGA---G-------A----GAAAAT-----TGGTCTATAGAA-TAG-TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTTTGTGCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-G-AAG-TTGTTTT--AATTTA----A---T----GCTAAG-ATT----------TTTACT-GCCGTTCA-GACT-----------------GAA---CGTTTTATC--A-----------------GA--TACA---------G-TT----TTTTGT-G-----ATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--TAA---A--TTG-T----T-TA-TGCTTTA-G-ATTCA-TT-AAATATT--CTT----G---A--AAAG-ATGTCTT---------T--------GAAAAATA---AAATATT--TAT---AAAC-AAG-A-A--A-GTCAACTATG-G-A-A-AA-TTGAAGT-GGG-----GAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----gatatccaatagcctatttgtat
gi|8 : g-AATGGAA---TTACAATGGA-----TG--G--TTTC---A--AA----------T-T-TCACTT--GT-----TGTC-TT---GGA--TATC--GTCAGA----G-AT-AGG---------A
gi|8 : ttctgcattattc---TTAT-ATTCG---TG--A-----CGTC----TGAAATGG-CT-CT-----A---G-------A----GGAAAGAGATGTGGCCTATTGAA-TA-CTCCC--CGCTA-CTTA-G-C-GTTTTTGCAT----AA-AT-TTT--C--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-A-AAGTTT-TGTT-A---------------------TGG--TTTAGACTGCTTGTTTACA-GCC-TT----ACT--AT-TG-GAATTTTG-GAGTTTCAATTTATA--A-A-CTA-TA-TAAACA--AATTA-AT----AAT-T-TA----TTGTTT-A--TGGTTTAA----AT-----TA--A-T--TAA---T--TTG-TT--AT-T--TAT---T-T-CTTTA-TT-TTTTGTTTTGTTTTTGG---A--AAAG-ATGTTTT---------T------ACAAAG--T----AATCATG--TATCCTATCC-A--------A-GCAAACTA-G-G-G-GGCA-TTGGAGC-GTG-----GATGAT--CT-C-AAAAGTA---GTT----C-------G----AA--------CCG-GAAGTG--CT-G----T-ATC--CA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-AGA--G-C-TActtcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|9 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacTGAATTA-A--A-T--T-CAT-TTTAA---AG-GA--------------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTT-ATC---AT-T--ATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GT--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CCTAG-A--TCCTTGAAAAAA----GTTTC-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC----CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GT-GGAT-C-A--TGCG-----------C---TAATATTA------CTTT-CA-TA--TAA-A-TA-A-A-ACGGTG-CT-CAGG---AAACA-AAG-TG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCA------------TGTTATT---GGAT-T-TT--ATCAGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GA--A---TT-CA-GTT---C-----ATG-A-CATTTTGGT-----G-----------AGTAA---A---------C---AATTAAGGTAG-GTAGG---CCTAA-A-ATATT--T---TAAT-ATTC
blockSeqs : . . A CA . G AT . GGC TGTAA T GA A AG A TT T G TTCGCT G G G G G ATAA . . A T A . . G . . AGT G . . C A . . AA AC C . . G TAT . . A A T AG C C C . TACC . . . . C AACAA C G AG . T A C G TCT A CCC A GT A . G A TTCGTGTTATG T . CA C T AGAA . T . AG ATAAA T . CA G T T CTAT T C CC A AT . . CCC A CATTTAGAAT . TC TA TCGG AACC G T TA . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C . A T T ACTCG . CTTATTTTCT . C GGTT TC G . G GA GGGGCCTAGAAT A C TC A T TAG AGT GG AATC CT . AA GG . GG GAATAAAGC GATTAG T TCA AAAGAT . T G T . GAC C GGA T A GAA T AATAAT . TT CCA TC TATA A G C ATTGTTT TCG TT AA TT . G AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAAT ATA T GG AGGCCTATA G . TGAGTAATTAATCAGTAAACAAGAT A G TTA C TAT TC CAT C TCT TTA GAAC TA A AGGGGAGAGAAAATTGGTCTATAG T TTT AA G A TT CTAA ATA AT TG TGAGT T TT T CAA TTATGCTGAGG GTTTAGACTGCT A T GG C GTG G GTTTC ATACGGTTT GATATCTAAAAAAAATATAGTAAAACTCTTGTGGTTGAT CAG TT T GG CTTA . TTATGCTTTAG GA G A TT TTTGGA A TTTTTGATTTTTTTTTCTTAAGCATC AA AAACGCGTA AT A T C T A G A G CCAGG GA GC GTT CGACCAGCGACTCGA C CTAGTCA A CA C G G C T A G AGCT A GA AC C G C A G
blockSeqs : . . T . . . . . TC TAA . A . A . AT T . CTC G G . . A AAT . . . . . . . . . . . C . . . A . . AA A C . . . G . . . . . . . C . . TTT . . . . C CAAG . . . . G A C G TT . . . A . . . A TCGTGT T . A . . A . G . . ATAAT . . A . . . TCT T . . A . . . . . CCTGTTTTG . . . AG C A T TA . . . . . . . T . TTG . TTGGAA . . TA C . . . . AGGGCTAGA A . T . G AC AGT . AT AT . AA GG . G GAGTGGAC . . TAA TAATTA . . A . . . . TG T . T A ATGGA . . . . TA . . C AGCGTTA . TG A . . . AAGAAT . . T C . . AAACAAAAGTTCGTCATA . G . . AT . . . . A T T . AGAGGAAAGAGATGTGGCCTATTG . TTT . . . G . AT T . . . GT T AAA ATGCTGAG GGCCCTGGCCT A . GA C TGC . GG AAAACGATC AGGACCTAGATTATGTTATTTTGTGACTGAA AA . . . GGG . TAATGCGCAC G . G . GATT . ATTTTTTTCCCAATAAAAAAAA . AAACAAGA . . . . . . . . . . GA CT . CGGGACCGGTGAC . ACTGATC . A . . . . . A G AGC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GC TCA . A . G . GT A . CGC G C . . . CG . . . . . . . . . . . . . . . A . . AT A . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . C CAAG . . . . G T C G TT . . . . . . . G TCGTA T . A . . A . A . . ACAGC . . A . . . CT A . . A . . . . . GCATTT . . . A . A T CA . . . . . . . T . . . TTGG . . T C . . . . AGCCTAGAT . . T . . . AGA . AA T . A GG . G GAATAAG . . CA TGAATT . . T . . . . GA T . . T A . . . . . . . C ACAGTCA . TT . . . . AAGAAT . . G G . . TGAGTAAACAATTAAGGT . T . . TA . . . . A . G . ACTTATTCGTTCAGAATGG . CTC . . . A . AT T . . . G T AA AACCT GGCCAGGCCT A . G C GG . GG AAATGATC AGGCCTCAGTATATGTATTTTGTAGTGA AC . . . G . ATGCATTCGA G . T . GA . TTTTTTTTTTCGACAAATCAA . CCTATCCA . . . . . . . . . . GA C . CGGACCGCGA . GTTCTTC . . . . . . . . . ATG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AC TAT . A . A . TT T . CC G G . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . G . . A A . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . C AAAG . . . . G A G G TC . . . . . . . A TCGTG T . A . . A . G . . TATA . . A . . . CT T . . A . . . . . CTTCTT . . . A . A . TA . . . . . . . T . . . TTGG . . T C . . . . GGCCTAGAT . . T . . . ACT . AA T . A GG . G GAC . . GC TAAATA . . G . . . . TG T . . T A . . . . . . . C ATCTTC . T . . . . CAGA . . T C . . TTGTCAGAGTAATACA . G . . AT . . . . T . T . ACATACGAAATGG . TT . . . A . AT T . . . G . TT AT TACTTGCACT A . G C GT . CC AACGGTCA AAATTAATAATTTATTGTTTATGGT AA . . . G . ATCGTGTGGA A . T . GA . ATTCAACAAAAAATAAAAAA . AACAAGA . . . . . . . . . . GA C . CGAGAT . GTCTTC . . . . . . . . . AGC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GT TAT . A . A . T . . AG G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . C CAAG . . . . A T T G TC . . . . . . . A TCCG T . A . . A . G . . AAT . . A . . . CT T . . G . . . . . CATTT . . . A . A . C . . . . . . . A . . . TTGT . . T C . . . . GGCTAAT . . T . . . AGT . AA T . A GG . G GAC . . CA TAATA . . T . . . . G A . . C A . . . . . . . C GTTGTC . T . . . . AATA . . G C . . TGAGTAAATATAA . G . . TT . . . . A . A . AAAGAATGGG . TT . . . A . T T . . . T . AA T AGATGGAC . . G C TG . CC AACTATA GATACAGTTTTTTGTGA AA . . . G . ATCGATGTGA A . C . GT . TTTTTTTCAACAAAAAA . AAACAAG . . . . . . . . . . GA C . CAGAA . GTCTTC . . . . . . . . . ATG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GC TA . A . A . T . . CG . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . C CAAG . . . . G T T G T . . . . . . . A TCG . . A . . A . A . . ATT . . A . . . T T . . A . . . . . CATTT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TTA . . A . . . . . TGG . . C . . . A . . T . A G . A AGC . . CA AAATA . . G . . . . A T . . T A . . . . . . . C TGTTA . T . . . . AAGA . . C C . . TAAATAAACA . . . . AT . . . . A . G . TATGAATG . T . . . G . T . . . . G . A . AGATT . . . . TG . GG AATATC TGATGTAA AG . . . G . TATGCGCA G . A . GA . GTCTTTGAAAAATAAA . AACAAG . . . . . . . . . . GA C . TCGGA . GTCTTC . . . . . . . . . GC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G CA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . C CA . . . . . T C . T . . . . . . . A TCA . . A . . . . . . . AAT . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TG . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . CGC . . T T . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . ATTG . T . . . . AAGA . . G C . . AAACA . . . . . . . . . A . . . . A . A . . . AC A TGTGTGA A . . . G . ATTTATTT A . A . GA . GTTTTTACAAAGTAA . AAACAG . . . . . . . . . . G C . CGTA . GTGCTG . . . . . . . . . GC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TA . . . . . . . . T . . . . . . . . TTG . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . TA . T . . . . . . . G A G . . . A . TATGG T . T . GA . TTTTTTTCATCAAA . AACAAG . . . . . . . . . . . C . CGAA . GCTAT . . . . . . . . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . TAG T . . . . . AAAAAAT . ACGA . . . . . . . . . . . . . T . GTGGT . . . . . . . . . GC . . . . . . . .
blockSeqs : . CAGA . . . . . . . . . . . . . . TGTA . . . . . . . . . TC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GC . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : **** ** TAA**** A*** A* NT CGC**** G** ****** ** ** A** ***** *** AA** A* ****** ** C**** *** *** ** *** **** CAAG**** TT* ** TCGTG*********** A** A**** ** ATAAT* A** CT*** CATTT*************** A* **** ** TTGG********* T**** ** GGCCTAGAT******** **** T* AGT AA**** T*** *********** A**** GG* G*** GGC************** ****** TAAATN***** T**** A********* ** ATCGTTA******* T** ** AAGA************************************* TGAGTAAACAAA************************************* A******* AGAGAAAATGGCTATG*************************** TTT AT* ATGCTGAG***** C* GATTAATATATGTATTTTGTGGTGA**************** ATATGCGG********** GA********* TTTTTTTCAACAAAAAA******************* AACAAG******** GA
originalCons : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGTTGTATTTTAT-T----C-CGAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTG---C-CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-TCGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTT-CG----TG-TC--GTGTTCC-T-A-CG-C-GAG---A-AAA--AGA-A--ATGCA-ATAATAATA-TT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT-T-ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-T-----T--GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---T-AACAC-CAAT-GA--C-G--TT--GG---CT--G-G--TCCTTG-AAAAA----GTTTT-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCAC-T--CA-----------ACGATCAAGGAC-A---GTGGGAT-C-G--TG-GA----A-----C---TAATATTA------C-TT-CA-TA--T-A-A-TA-A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACA----A-----TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--AT-----TGTCATT---GGAT-TATT--ATCGGA--TCG-AT-GGG---------AA--------------------------GAATA---TT-CA-NTT---C-----ATG-A-CATTTTGAT-----G-----------AGTAA---A---------C---A--------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---TT--A-----CGTC----TAGAATGT-CT-CT-----A---A-------A----GAA--------TGG------GAA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCA----A--CT----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATAGGACCTAGAT----TAT-G-TA----TTTTGT-G--TGAATAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT-CG-TGC---G-G-CTTTA-AT-AANTATT--GTT----G---A--AAAG-ATNTTTT---------TT---CAACAAAAAAT----AATTATT--TAT---AAAC-A---G-A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
finalCons : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTCTAA----TC-AAA---CGA-GTTGAA-A-TGGNTGTATTTTAT-TCGC----GAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-C-AA-CG-AG-TT-TGA-TA---GAG-CAAA--TAT--CA-AA--TC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--C-ATTC-A-C--T-CTGC----CTA-TCA---CTTTAG--T---T---TTG--AGA---TGA----TCCCCAATACCAAG----A-ACA-GC--TG-ATAGAAANTCGTGTCATT-CGC-A---GG-CA--GT-T--GT-GATTGTTCGTG-----------TGTTCC-TA--CG-C-GAGA----AAA--AGA-A--ATGCAATAAT-AATA-TT-GCA--CATATT-TC-TA-TTCATACCT---ATAAATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GACATTT---------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----CTAA-TTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A-CTTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA-----CC--GAGTATTGG---------T-G-ACGT----AACAC-CAAT-GA--C-G--TTGGCCTAGAT--------CCTTG-AAAAA----GTTTT-CG-TT-GC---GAGTTTTT--GAAA----TCACT---CA-----------ACGATCAAGGACA----GTGG-AT-CG---TGGGC--------------TAATATTA------C-TT-CA-TATAAATN-----A-A-ACGGTG-TT-CAGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----G-AATGGAA---TTACAA---------TG--C--TTTC---A--AATT----AAATT-T-TCACGTATCGTTA-------TT---GGAT--ATT--ATCGGA--TCG-AT-GGGAAGA-------------------------------------A---TT-CA-NTT---C-----ATG-A-CATTTTGATGAGTAAACAAA-------------------------------------AG-GTAGG---CCTAA-ATATATT--T---TCAT-ATTCG---TTA-------CGTC----TAGAATGT-CT-CTAGAGAAAATGGCTATG---------------------------AA-TAGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAATCAATGCTGAG-----ACTGGG-CTTGGACT---TGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC--A-A-CGG-TC-TAAATGATTAATATATGTATTTTGTGGTGA----------------TAAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TTATATGCGG----------CTTTA-AT-AANTATT--GTTGA---------AAAG-ATTTTTTTTCAACAAAAAA-------------------TTATT--TATAACAAG--------A--A-GTTAACTA-G-G-G-A-TA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222222 1111 1 1 11111111111 1 11111 222222 1 111 111 11111 111 1111111 1 111111 111 11 11111 11111111 111 11 11111 11111111111 111 11111 11111111 1 222222222222222222 111111 444444444444444444444444444 1111 11111 111111111111111 1 2222 11111 1111111111111111111 11111 1111 55555555555555555555 2222222 1111111111 1111 11111 2222222222 1111 2222222222222222222222 44444444444444444444 11 111111111 11111 11 111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222 222 222222222222 1111 000000000000000000000000000000000000000000 111 1 1111 1111 11111 111 111 11 1111 3333333333 11 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333 1111111111 33333333333333333333333333333333 111 11111111111 1 11 444444444444444444444444444 2222222222222 111111
lowQualScore : 4 4 8888 66 66 4 55 4 4 0000000 4 0000 4 8 4 4 2 4 4 99999999999 5 5 1 66666 6 7 5 222222 5 1 6 6 6 6 111 6 6 99 99 6 000 66666 111 6666666 0 4 111111 4 111 4 55 4 8 55 4 4 777 55 8 777 777 777 55 55 777 8888 2 11 44444 4 55 4 5 9 1 6 88888888 66 222 4 4 00 55555 4 77777777777 4 555 333 5 22222 5 66 77777777 0 777 5 5 5 3 66 66 2 4 66 9 8888 5 888 5 777777777777777777 5 66 66 99999 222222 55 5 2 5 5 5 888888888888888888888888888 0000 5 22 6 5 888 99999 777777777777777 5 9999 55 77 5 66 66 5 0 77 5 4 5 6 5 0000 5 5 5 5 66666 222 8888888888888888888 5 66 5 99999 3 2222 00000000000000000000 1111111 5 777 6666666666 1 666 888 5 3333 11111 4 777 55 3333333333 66 66 777 66 5555 4 4 1 0000000000000000000000 66 00000000000000000000 00 66 99999 4 777777777 22222 33 66 444444444 5 0000 555555555555555555555555555555555555555555555555 000000000 5 111 888888 4 111111111111 2222 5 77 5 999999999999999999999999999999999999999999 5 000 0 0 77 5 3333 0 0000 888 88 66 22222 5 0 111 111 11 5 999 66 0000 7777777777 1 1 5 88 77 6666 0 4 11111 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 777 55 4 55 888888 4 99999999999999999 44 4 4 55 9999999999 4 22222222222222222222222222222222 999 000 55 44444444444 0 88 7 3 3 7 3 3 99999 00 666 666 666666666666666666666666666 3 6666666666666 3 77 3 3 3 3 3 9 6 555555 2 33 44 3 3 3 3 3
lowQualScore : . . .... .. .. . .. . . ....... . .... . . . . . . . ........... . . . ..... . . . ...... . . . . . . ... . . .. .. . ... ..... ... ....... . . ...... . ... . .. . . .. . . ... .. . ... ... ... .. .. ... .... . .. ..... . .. . . . . . ........ .. ... . . .. ..... . ........... . ... ... . ..... . .. ........ . ... . . . . .. .. . . .. . .... . ... . .................. . .. .. ..... ...... .. . . . . . ........................... .... . .. . . ... ..... ............... . .... .. .. . .. .. . . .. . . . . . .... . . . . ..... ... ................... . .. . ..... . .... .................... ....... . ... .......... . ... ... . .... ..... . ... .. .......... .. .. ... .. .... . . . ...................... .. .................... .. .. ..... . ......... ..... .. .. ......... . .... ................................................ ......... . ... ...... . ............ .... . .. . .......................................... . ... . . .. . .... . .... ... .. .. ..... . . ... ... .. . ... .. .... .......... . . . .. .. .... . . ..... . ............................................................. . ... .. . .. ...... . ................. .. . . .. .......... . ................................ ... ... .. ........... . .. . . . . . . ..... .. ... ... ........................... . ............. . .. . . . . . . . ...... . .. .. . . . . .
lowQualScore : 4 4 3333 11 11 0 55 0 0 5555555 0 3333 0 0 0 1 9 4 4 33333333333 0 0 4 55555 7 3 7 111111 7 4 7 7 7 7 777 7 7 22 22 7 888 77777 777 4444444 0 4 555555 0 000 0 55 0 0 55 0 0 000 66 0 000 000 000 55 55 000 5555 5 00 33333 0 55 0 7 7 9 7 99999999 11 222 4 4 66 66666 4 00000000000 4 333 888 0 44444 0 99 88888888 0 111 0 0 0 2 99 11 0 4 11 0 2222 0 888 0 222222222222222222 0 99 99 99999 444444 99 0 3 7 7 0 666666666666666666666666666 6666 0 22 5 0 888 44444 222222222222222 0 1111 44 55 0 99 99 0 0 99 7 3 7 6 0 6666 1 0 0 0 99999 999 9999999999999999999 0 99 0 66666 2 1111 44444444444444444444 2222222 0 111 4444444444 4 000 888 0 5555 00000 4 888 44 1111111111 11 11 888 11 6666 4 4 1 6666666666666666666666 11 66666666666666666666 66 11 77777 4 888888888 55555 88 00 444444444 0 6666 888888888888888888888888888888888888888888888888 000000000 0 999 222222 4 333333333333 1111 7 33 7 999999999999999999999999999999999999999999 7 000 1 6 99 7 4444 4 6666 444 22 99 55555 0 1 444 555 55 0 333 44 9999 1111111111 4 4 7 00 55 2222 8 4 88888 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111 55 0 55 222222 0 22222222222222222 77 0 9 55 5555555555 0 44444444444444444444444444444444 333 444 00 44444444444 9 66 3 6 6 3 3 3 11111 11 444 444 666666666666666666666666666 6 3333333333333 1 33 1 1 1 1 1 2 2 000000 9 99 22 1 1 6 6 6
consensus : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGG-TGTATTT-TATTCG-C----GAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-CAA-CG-AG-TT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-T-----CGC--A---GG-CA-GT--TGT-----GATTGTT-CGTGT-----GTTCC-T-A-CGC---GAGA-AAA--A-GA-AA--TGCA-ATAATAATATT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT--ATA--AATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---A-CATA----C-TA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------AC-TTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA---CC-----GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---TAA-CAC-CAATG-A--CG--T-T-GG--CCT-AGA-TCCTTG-AAAAA----GTTTTC-G-TT-G-C---GAGTTTTTG--AAA----TC--AC-T--CA-ACG--ATC-AAGGAC---A-GTGGATC--G-TGG------G-------------CTAATATTA-------C-TT-C-ATA--TAAATAA-AACGGTGTT-C-AGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----GAA-TGGAA---TT-ACA----A-----TG--CTTT--C---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--ATC-G----T-TAT--T---GGA--T--------------------ATT--A--TCGGAT--CG-ATGGG---------AAGA-----AT--TCAN-TT----C----ATG-A----CATTTTGAT-----GAGTAA-----------ACA-A-----A----A--G------GTAGG---------CCTAA-ATATATTT---T--CAT-ATTCGT---T--A-----CGTC----T-AGAATGT-CT-CT-----A-------G---AGA--AAA------TGG--TA-T-GAA-T---AGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAA-TCA--AT-GCTGAG-ACTG-GCC-TGGACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC-A---A-CGG-T--C-TAAAC--GA---TTA-ATATAT--G-TA----T--TTTGTGG-T-G-AT-AAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT--ATGC---G-G-CTTTA-AT-AANTA--TTGTT----G-----AAAAG-ATTTTTT---------TT---C-AAC-------AAA-A-AAT--TATT--TA---T-A-A---CAAG-AA--GTTAACTA-G-G-G-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
Reference ( family-690 ) : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAA-A-TGGNTGTATTT-TATTCG-C----GAG--GGCTT-G-CCGAG-CGA--A-AATA-AATGC-ACCAT------TT-CAA-CG-AG-TT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAANTCGTGTCAT-T-----CGC--A---GG-CA-GT--TGT-----GATTGTT-CGTGT-----GTTCC-T-A-CGC---GAGA-AAA--A-GA-AA--TGCA-ATAATAATATT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT--ATA--AATTA-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---A-CATA----C-TA-ATTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------AC-TTGT----AT-TTCTTTTTAAA-ACTTTA---CC-----GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---TAA-CAC-CAATG-A--CG--T-T-GG--CCT-AGA-TCCTTG-AAAAA----GTTTTC-G-TT-G-C---GAGTTTTTG--AAA----TC--AC-T--CA-ACG--ATC-AAGGAC---A-GTGGATC--G-TGG------G-------------CTAATATTA-------C-TT-C-ATA--TAAATNA-AACGGTGTT-C-AGG---AAACA-AAGTTG-TTTGT----GAA-TGGAA---TT-ACA----A-----TG--CTTT--C---A--AATT----AAATT-T-TCACGT--ATC-G----T-TAT--T---GGA--T--------------------ATT--A--TCGGAT--CG-ATGGG---------AAGA-----AT--TCAN-TT----C----ATG-A----CATTTTGAT-----GAGTAA-----------ACA-A-----A----A--G------GTAGG---------CCTAA-ATATATTT---T--CAT-ATTCGT---T--A-----CGTC----T-AGAATGT-CT-CT-----A-------G---AGA--AAA------TGG-CTA-T-GAA-T---AGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-GTTTGTGCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-G-AAGTTTGTGTT-AAAA-TCA--AT-GCTGAG-ACTGGGCT-TGGACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-GG-TG-AGGCTCTA-GAG---CATTTTATC-A---A-CGG-T--C-TAAAT--GA---TTA-ATATAT--G-TA----T--TTTGTGG-T-G-AT-AAACACTAT-AGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT--AT--ATGC---G-G-CTTTA-AT-AANTA--TTGTT----G-----AAAAG-ATTTTTT---------TT---C-AAC-------AAA-A-AAT--TATT--TA---T-A-A---CAAG-AA--GTTAACTA-G-G-G-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----C------CG----GA--------CCG-GAA--G--CT-G-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--N-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|1 : GGATAATCTAGTATTTCTTGCGTGA--TACTTG-A--TATTATG-CTCC-TAGATTC-AA-ATACGA-GTTGAATA-TTGGTGT--TT-TATTCG-C----GAGTTGCTTT-G-CCGAG-CGA--A-AGTATAATACCACCATGTCAGTTT-CAAACGTAG-TTATGAATAG---AG-C-AAAAATATTTCA-ATAATCTTCCAACAGGGCAACCACATATAG-AGTGTCGGTCCT-CAATGT---AATCTACCA-TTCA-C--TAC-TGAAACGCTAGTCGACTCTTTAGT---TATTTT--GCAAGAATTTAAATCTTCCCAAATACAATAAGTAG-ACAG-C--TGGATGGAAA-TCGC-TCAT-CGAAGACGCCTA---GG-GG-TT--TGTTGGGGGAT-GCT-C-TGT-----GTTCCAT-AGCGC---GAGATAAAGCA-GACAA--TGCA-A----AATATTAGC-ATCATATT-TC-TA-TTTATACCTTGATA--AATTA-A--CAT--TGCATGTTTAA---AG-GA-C--AAATCT-TG-----GAATGCAT--T--AA---A-CATA----C-TAGATTGTATTTAAATATACATTTAAAT------------------------AC-TTGTTTTTAT-CTTTTTTTAAA-ACTTTA---CCCG---GAGTA------TTTGG--TTG-ACG----AA-CAC-CAATG-AGACG--T-T-G---CCT-ACA-TCTTTG-AGAAACAAAGTTT-C-G-TT-G-C---G-GTTTTGG--GAAAGTGCC--AC-TTGCAGACGGAATCTGACGACGA-A-GTGCA-CAGG-TGG------GATGCAGATGAGATCTAATATTTT------C-TT-T-ATAGATATACAACAACGGTGTTAC-AGG---AA-CA-GAGCTG-TTAATTTAAAAA-TGGAA---T--ACG----AGA---TGAGCTCT--C---A--AATT----AAATT-T-TCACGTCAATAAG----TCTATCTT---GGAAAT--------------------ATTT-A--TCCAAT--TGCATGGGGGATAAACAAAGA-----ATATTCAT-GT----C----ATG-AACATTATTTTGA-----------------------ACA-ACGTGTA----G--G------GTAGG---------CCTAA-A-ATATTT---T--CAT-ATTCGT---T--AGCCTACGTC----T-AAAATGT-CT-CT-----A-------A---AGA--A--------TGG--------AA-T---AGTT-CC--TGCTATCTCA-GGC-ATTTGTCCTC----AACAT-TTT--C--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-T-AAGTT-GTGTC-AAAA-TCA--AC--CT----ACTGTACT-TGCACTTGTTTACA-GTCGTTCA-GACTCAGG-TG-AGGCTCTA-GAC---CATTTTGTCAA---A-CGG-T--C-TAAATAGGC---CTA-GT-TAT--G-TA----T--TTTGT-G-T-G-AT-AAACACTAT-AGCCTA--T-A--CAA---G--TTGTTT--ATC-GTGT---G-A-CTTTA-AT-AATTA--TTGTT----GTAAAAAAAAA-A---------------TT---C-AAC-------AAA-A-AAT--TATT--TA---TAA-A---CAAGAAA--GTTGACTA-G-G-GAATA-TTGAAGC-GGG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTA---GTT-----------CG----GA--------CCG-GAA-----CT-GATC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|10 : agTTTGTGCTC----AACAT-TCT--C--TGCTATG-----AACA-TTTTGC-G-AAGTT-GTGTT-AAAA-CCA--AT-GCTGAG-ACTGGGCC-AGGCCTTGTTTACA-GTCGATCAG-ACTC-GGGTG-AGGCTCTA-GAG---GATTTTATC-A---AATGA-T--C-TAAAT--------------------------------TGTG--T-G-AT-AAACACTAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT---T--ATGC---GCA-CTTTA-GT-GAATA--TTGTT----G-----AAAAG-ATTTTTT---------TT---C-AAC-------AAA-A-AAT--TATT--TA---T-A-A---CAAGAAA--GTTAACTG-G-G-G-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATCTCT----AAAGTA---GTTCGGAC------CGC---GA--------CCG-GAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-Taa
gi|11 : GGCTTCA-GAG---GATTTAATC-ATAAA-TGA-TATC-TAAAA--AA-----A-ATATA---G-TAAAACT--CTTGTGG-TTG-ATTAAACACTAT-ACCCTA--A-AGGCAA---GGGTTG-TTTAAT--GCGC---A-C-TTTTA-GT-TAGAA--TTTTT----T-----A------TTTTTT---------TC---CCAAT-------AAA-A-AAAA-TATT--TA---T-A-----CGAA-AG--GTTA-CTA-G-G-G-ATA-T-GAAG--GGG-----GATGATCTCT---AAAAGTA---GTT----C------GG----GACCGGTGACCCG-GAA--G--TC-T-TC-T-ATCA-AA-ACGGGGCG--TTG-ATT-A-A--G-C-TATGGTTTAATCGAAAA--CTAGCAA-TAGTGCA-CA-CCGGAAAT-GAGA
gi|12 : gtGGATA-TCTA-TATT----GCGTAA--T--TTG-A--TATT-T---------------AA-A---GA-GTTGAA-A-TGG-TGTA-TT-TATTCT-C----GA---GGCTT-G-CCGAG-CG-----AATA-AATAC-ACCAT------TT-CAA-aaagat
gi|12 : catagaT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTTA-C--A-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCCAATAA--CAAG--A-ACAG-C--GG-ATATGAAATCAT-TCAT-T-----CGC--A---TG-CA-GTA-TGT-----GATTGTT-C-CGT-----G-TCC-T-A-TGC---GAGA-AAA--A-TA-AA--TGCA---AATAATATT-AC-A-CATATT-TCTTATTTCATA-CT--ATA--A--TA-A--AAT--agtactttctatttatctcatttacactgcctatcactttagttttgagatgatccccaataacaagaacagcggatatgaaatcattcattcgcatgcagtatgtgattgttccgtgtcctatgcgagaaaaataaatgcaaataatattacacatatttcttatttcatactataataaaatc
gi|13 : catagaggatatctatattgcgtaatttgatatttaaagagttgaaatggtgtatttattctcgaggcttgccgagcgaataaatacaccatttcaaagtact-ATATACTAG-TAG---T--TTTGTGG-----AT-AAATACTAT-A-------A-A--CAACTTA--TTG-TT--ATGCATTC---G-A---TTC-AT-AA-TA--TTCTA----G-----AAAAG-ATTTTTTGATTTTTTTTT---C---T-------TAA-G-CATCCTGTCAATA---T-A-AACGCGTA-AA--TTTAACTG-GCA-A-ATAATTGAAGC-GGG-----GAT--TATCA-C-TTAAGTA---GTT----C-------G----TA--------CCG-AAT--G--CT-A-T----ATT--GA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-AGG--T-T-TTTGGTAT-ATC--AAc
gi|14 : cattcagattgaactttttttttccagA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--TA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TGCCCAAT----------A-ACAG-C--TG-ATA-AAAATCATGTCG--T-----CGC--A---GA-CA-GT--TGT-----GATTGTT-C--GT-----GTTCC-T-A-CGC---GAGA-AAG--A--A-AA--TGCA-AT--TAATATT-GC-A-CATATT-TC-TA-TTCATACCT--ATG--AA-TG-A--AAT--T-CAT-TTTAA---AA-GAGC--A----T-TT-----GAATT-ATTCT--AA---A-CAT
gi|15 : t-ACCAT------TT-CAA-AG-AG-TT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAA---TA-ATAG-A-TAT------T-CTATTTTATA-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTAAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAATT-GTGTCA--T-----CAC--A---GG-CA-GT--TGTG----GGTTATT-C--AT-----GTTCC-T-A-
gi|16 : tACTC-GG-GG-AGGCTCTA-GAC---CA--------A---A-CGG-T--CATGGAT--AGGCCTCA-GTATAT--G-TA----T--TTTGTAG-T-G-AT-AACCACTAT-AAGCTA--ATA--CAA---G--TTG-TT--ATC-GTGT---G-GACTTTAGAT-AATTA--TTGTT----G-----TAA------------------------------------AAA-A-AAT--TCTA--TA-----A-A---CAAG-AA--GTTGACTA-G-G-GAATA-TTGAAGC-t
gi|17 : -A--TCTT-TG-CTC--T-A--CC-CA-A--TGA-GGTGAA-A-T-GATGCA-TT-TATTCG-C----AAA--G
gi|17 : aaatacatgtattctaa-TGT------T-CTACAT---A-TTT--CA-TTCG-C--T-C-TT---T-TTA-TCA---CTTTGGC---T---T---G--AGA---TTA----TCCCCAATACAACAA---A-ACAG-C--TG-ATtttgttctacatatttcattcgctctttttatcactttggcttgagattatccccaatacaacaaaacagctgattca
gi|18 : aaatacatgtattctaaatctttgctctacccaatgaggtgaaatgatgcatttattcgcaaagttTT--TA---T-A-A---CAAG-AAA-GTTAACTA-A-G-G-ATA-TTAAAGC-GGGCCAGGGAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------------------------G-GAA--G--TG-G-T----ATC--AA-AC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-AACGGTTT-ATC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCtca
gi|19 : -TTGAAGCGGGG-----GATGA-ATCT-C-AAAAGTAGTTGTT----C------AG----AA--------CCG-GAA-----CTAG-TCAT-ATC--AA-AC-GGGCGT-TTGCA-TAA-A--G-C-TATGGTTT-ATC----A--CTAGCGACTA--GCACCA--CGG-AAT-GAGATA
gi|2 : GGATA-TCTA-TATT----GCGTGACAT--TTGGA--TATT-TT-CTC--TAA--TC-AA-A--CGA-GTTGAAGA-TGGTTGTATTT-TATTC--C----GAG--GGCTT-G-CCGAG-CGATAA-AATA-AATAC-ACCATA-----TT-CAA-CG-AT-TT-TGA-TAG---AGGC-AAA--TAT--CA-A---TC-----AC---GCAA--ATA-ATAGCA-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAAG---T---TT--G--AGA---TAA----TCCC-AATAC--AAAG--A-ACAG-C--TG-ATAGAAAATCGCGTCAT-T-----CGA--A---GGACAAGT--TGT-----GATTGTTTCGTGTTATGTGTTCC-T-A-CGCT--GAGA-AAA--A-GA-AA--TGCA-ATAAAAATATT-GCCA-CATATT-TC-TA-TTCATACCT--ATATAAATTA-A--AATATT-CAT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---AGCGTG----T-AA-GTTTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------TC-TTGT----AT-TTCTTTTTTAA-ACTTTA---CC------AGTA------TT-GG--T-C-AC----TAA-CAC--AATG-A--CG--T-TTGG--CCTTACA-TT--------------GTTTTC-G-TTTG-CTAGAAGTTTTTG--A------TC--AC-T--CA-ACG--ATC-AAGGAC---A-GTG-ATC----TGG------A-------------CTAATATTA-------C-TT-C-ATA--AAAGATA-AACGGTGTT-C-AGG---GAACA-GAGTTG-TTTGT----AAA-TGGAAGAATT-ACA----A-----TG--CTTT--TCCAA--AATT----AAATT-TGTCACGT--ATT-G----T-TTT--TTCGGGA--TT-------------------ATT--A--TCGAAT--CG-ATGGG---------AAGA-----ATATTCAT-TT----C----ATG-A----CATTTTGA----------AA-----------ACA-A-------------G------GTAGG---------CCTAA-ATATTTTT---T--CAT-ATTCGT---T--A-----CGTC----T-AGAATGT-CT-CT-----A-------A---AG----AA------TGG-------GAATT---AGTTTCC--TGCTATCTCA-G-C-G--TGTCCTC----AACAT-TTT-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGCTT-AAGTTTCTGTTCAAAA-TCA--AA-CCT----ACTGTACT-TGCACTTGTTTACA-GTCGTTCAGGACTC-AG-TGCAGGCTCTAGGAC---CATTTTGTC-AT--A-CGGTT--T-TAAATAGGAC--CTAGAT-TAT--GTTA----T--TTTGTGACT-GAAT-AAACACTAT--GCCTATTA-A--CAA---G---TG-TT--ATCGATGT---G-A-CTTTA-AT-AATTA--TTGTT----GATTA-AAAAA-A---------------TT---C-AACAAAAAATAAA-A-AAT--TATT--TA---T-A-A---ACAG-AA--GTTAG--A-G-G-A-ATA-TTGAAGC-GGG-----GATGATATCT-C-AAAAGTA---GTT----T------CG----GA--------CCG-GAA--A--CT-GATC-TAATCCAAA-AC-GGGCGCGTTG-A-T-A-A--T-C-TATGGTTT-ATC--AAAACTTAGCGA-TA-TGCACCACCCGG-AAT-GAGATAa
gi|20 : GATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-AATTATT-TG-CTC--T-A--TC-AA-A--CGA-GT---G-A-TGGATGTAT-----TTCG-CGTAGGAG--GCCTTGG-CCGAc
gi|21 : atatagaCG-GAA------T-G-TA-T-ATC--CA-AT-CGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AATGGAGATA
gi|22 : acaGAATA-TCTA-TATT----GCGTGA--T--CTG-A--TATT-TA-CTTTGTAA--TT-AA----------TGA--------TGTA-TC-TATTCG-C----GA---GGCTT-G-TCGAG-Caatc
gi|23 : taaaga-T-ATA--AA-AT-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--AGC-TATGGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCGA-AAT-GAGATAca
gi|25 : ta-T-ATC--AA-TC-GGGCGT-TTG-A-T-A-A--A-TGTATGGCTT-ATC--AAA--GTAGAGA-TA-TACATGA-CCGG-AAT-GAGATAaatgt
gi|26 : cta-AAAT------------------------AC-TTGT----AT-TTC-TTTTAAA-ATTTTA---CC-----GAGTACTTATTTT-CT--T-G-ACG---TAT-CAC-CAATG-A--CA--T-T-
gi|27 : A-TCTA-TATT----GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-TTC--C-A--TC-TA-A--CGA-GTTGAA-A-TGG-TGT
gi|28 : agaggatatag-TATAGTTT-ACC--AAA--CTAGCGA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATA
gi|29 : GGTTT-ATC--AAA--CTAGCAA-TA-TGCACCA-CCAG-AAT-GAGATAaatt
gi|3 : A-TCTA--ATT----GCGTGA--T--TTG-A--TAAT-TG--TA--TCA--TCTAA-A--CAG-TTTGAA-A-TGGGTGTATTT--ATTGG-C-----------CTT-G-CCG-G-CGC--G-AATA-A-TGC-ACCAT------TT-CAAACG-AG-TC-TGA-TAAGTAAG-CCAAA--TAT--CACA--ATC-----AC---GCAA---TA--TAGCA-TAT------T-CTATTTG--A-TCT--CA-TTCAAC--T-CCTG---C--TACTCA---CTTTAGTACCT---TT--G--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--ACACAG-CAGTG-ATAGAA-TTGGTGTCAT-C-----AGC--ACCCAG-CA-GT--TGT-----GATTGTT-CGTA------GTTCC-TCA-C-C---GAGA-AAA--A-AA-AAGATGCATATAA--ATATT-GC---CATATT-TC-TA-TTT-TACCT--ATA--AATTA-ACCAAT----CAT-TTTAACCCAGAGA-C--A----T-TTAGAATGAATA-AT--T--AATCGG-CATA----CCTA-AATTTATTTAAAT-T-CATT-AAAT------------------------ACCTTGT----ATATTCTGTTTAAA-AATTTATTGCC-----G-GTA------TT-GGAAT-GCACG---TAAACACTCAATG-A--CGGAT-TAGG--GCT-AGA-TT-TCG-AAAAA----GTTT---A-TT-G------------------------------T--CA-ACG--ATC-AAGGAC---AAGTGGATC--G-TGG------A-------------CTAATATTAGATTAGCT-TT-C-ATAA-TAAAT----ACAGTGTT-C-AGGGACAAACA-AAGTGGATTTGT----GA--TGGA----TA-ACA----A-----TG--CTTT--C---A--AATG----TAATT-T-T---GC--AGC-G----T-TAT--T---GGA--T--------------------ATT--AAATCGGATTTCG-ATGAA---------CAGA-----AT--TCAG-TTAGGCCTATAATG-A----CATTTTGGT-----GAGTAATTAATCAGTAAACA-A-----G----ATAG------GTAGG---------CCTAA-A-ATATTT---CTCCATCATTCGTCTTT--A-----CGTC----TTAGAATAG-CTACT-----A-------C---ATACGAAA------TGG---------A-T---AGTTTCCAAT-CTATCTCA-GAC-ATTTGTGC-C----AACATATTC-TC--TGTTATG-----AACA-TCTTGC-GTAAGTT-GTGTT-AAAAATCATTAT-GCTGAGGACCGGGCCCTGGCCTTGTTT-CA-GT-GTTCAG-ACTC-GG-GT-AGGCTC-A-GAG---GATTTTATC-A---A------------AAC--GA---TC----------------------------------T-AAATACTATCAGCCTA--A-A--CAA---G--TTG-TT---T--A--------G-CTTTA-GTGAACTA--CTGTT----G-----AAAAG-ATTTTTT---------TTTTTC-GAC-------AAATC-AAT--T-TT--TA---T-A-A---CAAG-AATAGTTAA-TA-G-GTG-ATA-T-GAAGC-GGG-----GATGAT--CTGC-AAAAGTA---GTT----C------GA----GAT-------CCGCGAA--GTTCT---TC-T-ATC--AA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-A-AAGC-T-TATGGTTT-ATC--AAA--Caatca
gi|30 : gaggtatagA-TA-TGCACCA-CCGG-AAT-GAGATAc
gi|4 : aTA-TCTA-TATTA---GCTTGA--T--T-G-A--TATT-TGGCTC--TAT--TC-AA----CGA-GCT----A-TGGTTATTATT-TATTCGGC----GAG----CTT-G-CCGAGGCGA--ATAACA-A-TGC-AACAT------TT-CAA-CG-AG-TT-TAG-TAG---AG-T-AAA--TAT--CA-A--ATC-----AC---GCAT--AT-----G-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-T-CATC--T-C-TG---C--TA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--A-A---TGA----CCCC--ATAC--CAA-----ACAG----TG-ATA-AAATTTGT-TCAT-C-----C----A---GG-CA-AT--TTT-----A--TGTT-CGTGT--------CC-T---CGC----AGA-AAA----GA-TA--T-CA-ATAATA----T-GA-A-C-TATT-TC-TA-TTC---TCT--ATG--AAATACA--AGT--T-AAT-TTTAA---CG--A-C--T----TCTT-----GAATG-AT--C--AA---A-TATT----T-CA---TGTATTCAA-T-T-CATT-AA---------------------------T-TTGT----AT-TT---TTTAAATACTT-A---CC-----GA--A------TT-A---T-G-ACG---TA--CAC---ATT-A--TG--T-T-GG--C-T-A-A-TCCTTG-AAAAA----GTTTTCCG-TT-G-C---GA--TTTTG--AAT----TC--AC-T--CA---G--ATC-AAGGACTTGC-GTGGA----A-TAA------G--------------TAATATTC-------T-TT-G-CTA--TAATTAA-AACTGTGTT-T-AGA---AAACA-AAGTT---TTG-----GAA---GAA---TT-ACA----------TG--CTTT--C---A--AATTTATAAAATT-T-TCACGT--ATT-G----T------------------------------------ATT--A--TCGT-T--CA-ATGGG---------AATA-----AT--TCGT-CT----G----AT-------CATTT-GATTGTCAGAGTAAT----------ACA-A-------------G------GTAG----------CCTAACATA-ATTT---C--TA--ATTCAC---T--T-----GGTC----T-AGAATTT-CT---------------------------A------T----TA-T-GAA-TGAAAGT--CC--AGCTAT-TCA-G-A-ATTTTTGCT---------T-CTTATC--TGTTATG------ACATTCGTGC-G-AA--CTGTGTT-TTAA-TC---AT-GCTGAG-A--------TGGAC-------CATGTCGTTCAGAA-TC-GG-TG-AGGC-CTA-GAG----ATTTTGTC-A---A-T-A-T--C-TAA-----A---TTG-AT-----------------------G-T-A-AT-AAACA-TAT-AACCTA--A-A--GAA---G--TTG-TT---T--AT-----G-G-CCTTT-AT-GAATG--TTGTT----G-----AAAAGAATTTTTT---------TT---C-ATC-------AAA--------TATT--TA---T-------CAGA-AA--GTT-ACTA-G-G-A-TTA-TTGAAGC-GG---------GATATCT-CTAAAAGTA---GTT----CGACCAGCGACTCGA--------CC--GAA--G--TC-T-TC-T-ATC--AACAC--GGCGT-T---A-T-A-A----C-TAT-GTTT-A-C--AAG--T--GCAA-TA-TGC-CC--CC-G-AAT-GAGATAaatgcgtat
gi|5 : atatagagGGATA-T-TA-TATTT---GCGTGA--T--TTG-A--TATT-TG-CTC--TAT--TC-AAGA--CGAAGTTGAA-AATGG-TGTATTTATTTTCG-C----TGA--GGCTT-GGCCGAGACGA--A---TA-AATGC-ACCAT------TTTCAA-CG-AGGTT-TGA-TAG---AG-C-AAA--TAT--CA-A--GTC-----AC---GCAA---TACATAG-A-TAT------TGCTATTT---A-TCT--CAATTCA-CAGT-C-TG---C-CTA-TCC---TTTTAGT---T---TTTTG--AGA---TGA------CCCAATAC--TAG-----ACAGGC--TG-ATAAAATTTTGTGTCATCT-----CGC--AA--GG-CA-GTGTTTT-----GATTGTT---TGT-----GTTCC-T-A-AGCCGAGAGA-AAA--AAGA-AA--TGCA-A--ATAATATTTGC-A-CATATTGTC-TA-TTCAGAC-T--AGA--AATTA-A--A-T--T-CAT-TT-AA---AG-GA-CCTG----T-TTTG---GAATG-AT--TTAAG---A-CATAAACCC-TC-ATGTT--TCAAAT-T-CATT-AAAT------------------------A--TTGT----AT-TGTCTTTAAAA-ACTTTA---ACTCGCGGAGTA------T---G----G-ACGGGTTAA-CAC-CAATGGA--CG--GGT-GGGGCCT-AGAATCCTTG-AAAAAA---GTTTTC-G-TT-GGC---GAGTTTTTGGGAAA----TCTCCC-T--CA-ACG--AT--AAGGAC---AAGTGGATC--GGTGGAATAAAG-------------CTAATATTA-------C-GT-C-ATA---AAATAA-AACGGTGTT-TTAGG---AAAAACAAGTGA-TGTGT----GAAATGGAA---TTTACA----AATAATTG--CTTTTTC---ATCAATTTA--AAATTAT-TC--GG--ACA-G----T-CAT--T---GGA--T--------------------GCTTAA--TCGGAT--CA-ATGGG---------AAGA-----AT--TCAGGTT----C----A-G-A----CATTTTGAT-----GAGTAA-----------ATATA-----A----A--G------GTA------------CTAA-A-ATAATT---T--CAC-A
gi|6 : cattcaaaagatatttctagaaatagttcgtattgccaaatgaaaatttagtA--ATA-ATAG-A-TAT------T-CTATTT---A-TCT--CA-TTCA-C--T-C-TG---C-CTA-TCA---CTTTAGT---T---TT--G--AGA---TGA----TCCCCAATAC--CAAG--A-ACAG-C--TG-AGAGAAA-TCGTGTCAT-------CGC--A---GG-CA-TT--CGT-----GATTGTT-CGTGT-------TCC-T-A-CGC---GAGA-AAA--A-AA-AA--TGCA-ACAGC--TATT-AC-A-CATATT-TA-TA-TTCATACCT--ATA--AATTA-A--A-T--T-CGT-TTTAA---AG-GA-C--A----T-TT-----GAATG-AT--T--AA---T-CATA----C-CA-ATTT-ATTTAGAT-T-CNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-TTAT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA---TC-----GAGTA------TT-GG--T-G-ACG---AAA-CAC-CAATG-A--CG--T-T-AG--CCT-AGA-TCCTTG-AAAACC---GTTTTC-A-TT-G-C---GAGATTTTG--AAA----TC--ACCT--CA-ACG--ATC-AAGGAC---A-GTGGATC--G-TGG------AGTGGA--------CTAATATTA-------C-TTTC-ATA--T------------TCTT-C-AGG---AAACA-AAGT-G-TTTGT----GAA-TGGAA---TC-GTA----A-----TG--CTTT--C---A--AATT----AAATT-T-TCACGTT-ATT-GGATAT-TAT--C---GGA--TCGATGGGAAAANNNNNNNNNNNN--N--NNNNNN--NN-NNNNG---------AATA-----TT--TCAG-TT----C----TTGGA----CATTTTGA----------AA-----------ACA-A-----A----A--GTTCGTCATAAGAGTGTGTTACCTAA-A---ATTTCATT--AAT-ATTCGT---TTTA-----CGTCGAACT-AGAATGTACT-TT-----ACTTATTCGTTCAGA--A--------TGG--------AA-T---AATT-CC--TGCTATCTCAGG-C-ATTTGTCCTCCTAAAAC-T-CTT-TCTGTGTTATGTGAGTAACA-TC-TGC-T-AAG--TGTGTT-AAAA-tctattta
gi|7 : cG-AAAAA----GTTTTC-GATC-G-CAC-GACTGTTTG--AAA----TA--ATAT--TA-ACG--ATC-TAGGAC---A-GTGGATC--G-TGA------G-------------CTAATATTA-------C-TT-TAATG--TGAATTA-AACTATGTT-T-AGG---GAACA-AAG-TA-TTTGA----GAA-TGGAA---TT-ATA----A-----TG--CTTT--C---A--AATT----GAATT-T-TCACGT--ATC------T-TCT--T---GGA--T--------------------ATT--A--TCG------G-ATGGG---------AAGAATAATAT--TTAC-TC----C----ATG-A----CACTTTGAT-----AAATAA-----------AC--------A----A--G------GTAGG----------CTAA-AT-TATTT---T--CAT-ATTCGT---T--A-----CGTC----T-AGAATGA-CT-CTAGGGGA-------G---AGA--AAAT-----TGGTCTA-TAGAA-T---AG-TTCC--TGCTATCTCA-G-CTTTTTGTGCTC----AACA--TTT-TC--TGTTATG-----AATA-TCTTGC-G-AAG-TTGTTTT--AAT-TTA--AT-GCTAAG-ATT--------------TTTACT-GCCGTTCA-GACT-----------------GAA---CGTTTTATC-A----------------------------G-ATACA---G-TT----T--TTT---G-T-G-AT-AAACACTAT-AGCCTA--A-A--TAA---A--TTG-TT---T--ATGCTTTA-G-ATTCA-TT-AAATA--TTCTT----G-----AAAAG-ATGTCTT---------TG---A-AAA-------ATA-A-AA---TATT--TA---TAA-A---CAAGAAA--GTCAACTATG-G-A-AAA-TTGAAGT-GGG-----GAT--TATCT-C-AAAAGTA---GTT----gatatccaatagcctatttgtat
gi|8 : gAA-TGGAA---TT-ACAATGGA-----TG--GTTT--C---A--AA----------T-T-TCACTT--GTT-G----T-C-T--T---GGA--T--------------------ATC--G--TCAGA----G-ATAGG---------A
gi|8 : ttctgcattattc---T--TAT-ATTCGT---G--A-----CGTC----T-GAAATGG-CT-CT-----A-------G---AGG--AAAGAGATGTGGCCTATT-GAA-T---A-CTCCC--CGCTA-CTTA-G-C-GTTTTTGCAT----AA-A--TTT-TC--TGTTGTG-----GCCA-TTTTGC-A-AAGTTT-TGTT-----------ATGGTTTAG-ACTG---------CTTGTTTACA-GCC-TT----ACT--AT-TG-GAATTTTG-GAGTTTCAATTTATA-A---A-CTA-T--A-TAAACA-AA---TTA-ATA-AT--T-TA----TTGTTTATGG-T-T--T-AAA----------TTA--A-T--TAA---T--TTG-TT--AT--TTAT---T-T-CTTTA-TT-TTTTGTTTTGTTTTTGG-----AAAAG-ATGTTTT---------T-------AC-------AAA-GTAAT--CATG--TATCCT-ATC---CAAG-CA-----AACTAGG-G-G-GCA-TTGGAGC-GTG-----GATG--ATCT-C-AAAAGTA---GTT-----------CG----AA--------CCG-GAAGTG--CT-G----T-ATC--CA-AC-GGGTGT-TTG-A-T-AGA--G-C-TActtcttgcaagacacttatattcgtgacgtctgaaatggctctagaggaaagagatgtggcctattgaatactccccgctacttagcgtttttgcataaattttctgttgtggccattttgcaaagttttgttatggtttagactgcttgtttacagccttactattggaattttggagtttcaatttataaactatataaacaaattaataatttattgtttatggtttaaattaattaatttgttatttatttctttattttttgttttgtttttggaaaagatgtttttacaaagtaatcatgtatcctatccaagcaaactagggggcattggagcgtggatgatctcaaaagtagttcgaaccggaagtgctgtatccaacgggtgtttgatagagcta
gi|9 : ttctgcattattcaatggaattacaatggatggtttcaaatttcacttgttgtcttggatatcgtcagagataggacttcttgcaagacacTG--AATTA-A--A-T--T-CAT-TTTAA---AG-GA------------------GAATG-AT--T--AA---A-CATA----C-TA-ATTT-ATC---AT-T--ATT-AAAT------------------------AC-TTGT----AT-TTCTTTT-AAA-ACTTTA---CC-----GAGTA------TT-GT--T-G-ACG---TAA-CAC-CAATG-A--CG--T-T-GG--CCT-AGA-TCCTTGAAAAAA----GTTTCC-G-TT-G-C---GAGTTTTTG--AAA----TC--AC----CA-ACG--ATC-AAGGAC---A-GTGGATC--A-TGC------G-------------CTAATATTA-------CTTT-C-ATA--TAAATAA-AACGGTGCT-C-AGG---AAACA-AAG-TG-TTTGT----GAA-TGGAA---TT-ACA----A-----TG--CTTT--C---A--AATT----AAATT-T-TCA-------T-G----T-TAT--T---GGA--T--------------------TTT--A--TCAGAT--CG-ATGGG---------AAGA-----AT--TCAG-TT----C----ATG-A----CATTTTGGT-----GAGTAA-----------ACA-ATT---AAGGTA--G------GTAGG---------CCTAA-A-ATATTT---T--AAT-ATTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TGGGTCATCTCAAAAGTAGGTAGGATCCGAAGTGCTACATGTATACACAGTGTTTGATAAAGATATGTGCA