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Reference ( gi|2 ) : TAAATATGGATTGAAACGGGGGTGATGAGAAATGT-----------GAATT----ATGG-------------GCTGTTTATGC-AATTCAAGTTT---AACC--TNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGA-AAGAAAGT--ACAC-GTAT-C-C-CT---TG-AACATA-GACTTCAA---ATG---TT---A-CT------A----AT--T---------AATTAC------TTT------CCACAT-C-TACA--------C-----ATTTATG----AACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAA--TA-T-G----GTA---T-GC----ATCCTCTTTAAAA-TCAGACCG-AAATC--AGGCCCG--TACCAAGA--CTT-T-TG-AGGGGGA------------AGGTGC---GA--T-AT---ATTT--------GGC---AATCGT--GT--TTTTC-------C---GGGGGAGGGGGTA---AGAATGCA--CC-CTTCCCCA---CCCTCTTGTGTACGGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTAATACAAGGGTCA-TGGA---T--A-AATGAAATCCGT-AT-AAA-TTGCATCTT---------CAG-CAGATA-----TT---CTT--T----AA--ATT-CAA--AGA---T-----A-ATTT-------CCG---TAA-ATTACTAA-TT---AA-----TAGGC-AATATT-C-AG---AG-TAA-AA--CTTTA-----CTTT--AAT-AGCAG-AT---TTTGC-T-----TCTT-G--CA--------GGGAG-ATGCAA------ACGCA-------CA-CCT-T--CC-CC------T---AGGTACGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCG----GCATA-----A---C--GATTGAGAAAACAT----------TCGG--TTT-GTCATTGC---TGAGGTCGACAGGCCTTGTCT
gi|1 : TAAATGTGGATTGAAGCAGGGGTGATGAGAATTGC-----------GAATTCATGATGT-------------GCTGTGTTTGC-AAT-----------GACC--NNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCAAAGAGAA-GATAGA-AAGAATGT--ACAC-GTAC-C-C-CT---TC-AACATA-GACTTGAA---ATG---TT---A-TT------C----AT--T---------AATTAG------TTT------CCGCAT-C-TACA--------C-----ATTTTTG----AAAT-G-A-A----G---C----CATTG-T--AAA--TA-T-G----CTG---T-GC----ACCCTCTTCGAAA-TCAAACCG-AAATC--AGGCCTG--TACCCAGA--CTT-T-TG-AGGAGGA------------AGGCTT---GA--T-AT---TTTT--------GGC---AA
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gi|13 : tatctaaatccgcccatgcataTAAATATAAACTGAAGCGGTAGCAACGAAAAATAT------------AATA----AT-------------------TCTATG--AATT--A---T---GGGC--TGTGTTTGCG--------GGTTGCATGTGCATATTTTACTTTTGTTGCTCTGTAACATTGGTATATCAACATAGA-AAGAGACT--GCAC-CCTT-C-C-CTCCTTA-AACGTA-AACTTGAA---ATG---TT---G-TT------A----CTTCT---------AATTAC------TTTAATTTCCCA------TATA--------C-----ATTTCTG----AACT---A-A----A---CTGAACTGTG-T--TAC--TA-CAG----ACG---T-GC----ACTCTCTTCAAAAGGCAGGCTG-AAATgatgcaacattcgacatacatgtatgccgatttacaaaacacccagtttgccattgctgcggtcgacagatcccgcccagtatcatttgaatttgatgagattggaaaacaaattata
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gi|6 : TGTTT--GC-AATTCAAGTTT---AACC--TNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGA-AAAAAGGT--GCAC-GTTC-C-C-CT---TG-AACATA-GACTT--------------------------------AT--A---------AATTAC------TTT------CCGCAT-G-TACA--------C-----AGTTTTG----AAC-------------------------------A--TA-T-G----GTG---T-GC----ATCTTCTTTAAattgattaatatagtcaatgtacagagtgaaatctgccttttgtagggatgtgtgtggggtgcgaagtagcccccccccccccacccaccccggtgtacgttttatacaacggtcatggatacataaaatccgtattgattgcgtcttctgcagattttcttcaaattccaagagaatttctgtaaattgctaattaataggcaatattcagagtaaaatcttacttcaatagtacattttgcttcttc
gi|16 : tgcctgtggcgaagccttcggaggctcctgggagaggtcttttttgcagattgTGTATATGC-AATTTAAGTTT---TACA--TNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC----------ATAGT-AA-AAATTGAACAC----C-C-C-TT---TG-AACATA-AACTTAAA---ATA---TT---ATTT------ATC--AT--T---------AATTAC------TTT------CCG------TATA--------C-----TTTTA------AATC-G-A-G----G---C----CTTTG-T--AAA--TA--------GCACG-T-GCATTAATTCTCTTCAAAA-GCAACCCT-AAATgcaaattgattaatattcaatgtacatagtgaaatctgacagtgcaatttgcagaggggtgcgatgcacccatccctcccccgtgtacggtcccgaattgatacaacagtcagggcttcagcagattttcttcaaattcaatgagaatctctgtaaattactaataaataggcaatgagaatagtaaaatctt
gi|18 : TTGTGC-AATTCAAGTTT---AACC--ANNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGA-AAGAAGGT----------------------G-AACATA-GACTTGAA---ATG---TTGTTA-CT------C----GT--T---------AATTACCGGTACTTTGGAAA-CCGCAT-A-TATATGCATGTAC-----ATTAATGTTAGAACT-G-A-A----G---C----GTTTG-T--AAA--TA-T-G----GTG---T-GC----ACCCTCTTCAAAA-CCAGGCCG-ACATC--Aagtccagattcacaaaacactcggtttgacattgctgcggtcgacaggctccg
gi|21 : gGATAGA-AAGAAGGT--GCA----AC-C-C-TT---TG-AACAT--------------TG---CT---A-TT------C----AT--T---------AATTGC------TT-----------AT-T-TA-G--------C-----A--TATC----A------A-A----G---C----CTTTG-T--GAA--TA-T-G----ATG---T-AC----ACCCTCTTCAAAA-ACAGGCCG-AAATa
gi|55 : aatcaaGATCGA-AA-AAGGT--GCAT-GTAC-C-G-CT---AA-AACATA-GACTTTAA---ATG---TT---gatgtcacatgcgatatcctgatgtacaaaacactcgatttgtccttgctgcagtcgacaggccctgcctag
gi|14 : aATAGA-AAGAAGGT--AAAC-GTAT-C-C-TT---TG-ACCATA-GACTTGAA---ATG---TTTTTA-TT------C----AT--T---------AATTAT------TTT------CTACAT-C-TATA--------C-----AGTTTTG----AACT-G-A-A----A---G----CTTTG-T--AAA--TA-T-ACAATGTAATGC-GC----ACCCTTTTCAAAA-GCAGGCCG-GAATC--AGGCCCG--TACCCAAA--CCT-T-TG-TGGAGGG------------AG--GC---AT--T-AT---ATTTTA------GGC---AA
gi|47 : ATAGA-AATAAGTT--GCAC-GTAC-T-C-CA---TG-AAC-------TTGAA---ATG---TTGTTA-CT------C----AT--T---------AAT-AT-----------------ACAT-G-TGCA--------TTA---ATTTTTT----AACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAattgattaatatttaatgtaatgagtgaaatcttactagaacagtatattttgcacggggatgcgcgaatgaaaatgatgttc
gi|51 : ATAGA-AAGTG-GT--GCA----AC-CTC-CT---TA-AACGTA-GACTTGAA---ATG---TT---G-TT------ACTTTAT--C---------GATTAC------
gi|8 : cTAGA-AAGAAGCT--GCACCGT-C-C-C-CT---TGGAACATA-GACTTGAA---ATG---TT---G-TT------A----CCA-T---------AATTAC------TTT------CCGCAT-A-TATA--------C-----ATTTTTG----AACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T---AA--TA-T-G----GTG---TGGC----ACCATCTTCAAAA-GCGGGACGAAAATC--AGCCCTG--TACCCAGA--CTT-TCTT-TGGCAAATTGTTTAATAGTAGATGCACAGAG-TGAA---ATCT--------GACTGTAATAGT--GCAATTTGC-------A---GGGG-----GGTG---CGAATGCACCCC-CTCCCCCA---CCCCACTGTGTTCGGTCCTGACTTGATACAACGGTCGTGGATAAATAAATCCGTA---TTAAT---TGCGTCT-TCGG---C--A-GATT---TTCTT-G--AAA-TT-CA--------------AG-GAGA-A-----TT---TTTG-T----AA--ATTAC----------T-----A-ATTT-------------TAA-AT-----A-T--------------GC-AATATT-C-AG---AG-TAA-AA--TCTGA-----TATG--AAT-AGTAC-AT---TT
gi|37 : AGAGAAGAAGGT--GCAC-GTAC-C-G-CT---TA-AACATA-AACTTTAA---ATG---TTGTCA-CG------G----AA--T---------ATATAC------CTT------------------A--------------ATTTTTA----AATT-G-A-A----G---C----TTTTG-T--AAT--TA-T-G----GTA---T-GC----ACCCTCTTCAAA
gi|58 : AAAGTCTGCAT-GTAA-C-C-CT---TG-AACATA-GACTTGAA---A
gi|25 : aT---TG-GACGTG-GAATTGAA---ATGCTGTT---A-TT------T----AT--T---------AATCAC------TT--------------C-TTC---------------------G----AACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAA--TA-T-G----ACG---T-GC----ACCCTCTTCAAAA-GCAGGCCG-A
gi|35 : t-AACATA-GACTTGAA---ATG---TTGTTA-CTCATTTTA----AT--TTTAAGTTAAAACTAC------TTT------CCGCAT-A-TATA--------T-----AC--ATG----TAC------A----T---C----CTTTG-T--AAA--T-----------------GC----ACCCTCTACAAAA-GCAGGCCG-AAATC--AGGCgtaatgttactatcgaggtgcctaatttacaaataatcggtttgtcattgctgcgattgacagtccccgccta
gi|22 : ACATA-GATTTGAA---ATG---TT---G-TT------A----CT--TGTC------AATTAC------GTT------CCTCAT----ACA--------C-----TTTT-TT----AATT-G-A-A----G---C----TTTTG-T--AAA--TA-A-G----ATG---T-GC----ACCTTAATCAAAA-ACAGGCCG-A
gi|50 : TT------CCCCAT-A-TACA--------T-----TTTT-TG----AAC--G-T-A----A---C----CTTTG-T--AAA--TA-T-G----GCA---T-AC----ACCCTCTTCAAAA-GCATACCG-Agctgatgttgcattcgacatcccgatttacaaaacactcggtctgtcatttctgcggttaacaggctctg
gi|23 : CA--------C-----TTCTTCG----AACT-GGA-A----G---C----CTATG-T--AAATCTA-T-G----ACG---T-GC----ACCCTTCTCAAA
gi|12 : ttgaaatgctgttattgtattaatTTATG----A-CC-G-A-A----A---T----AGTTG-G--ATA--TGGT-G----GTG---T-GT----ACCCTCTTCAAAA-CCGGACCG-AAATC--AGtgagcagcgcgcgcagtaatgttacttatcgaggtggcctaatttacaaaataatcggttttgtcattgctgttgcgattgacagtccgccggcta
gi|34 : ----AACT-G-G-A----G---C----CTTTA-T--GAA--TA-T-G----ATG---T-GC----ACTCTCTTCAAAA-CGAGGCCG-AAATG--A-TCCCGATTTCCAAAA--Catcaatgttgcatagggtacgaatgcacccccttctgtgtacgaccctggcttgattatggtataacggtcaaggatagatgacattagtaatatttgcgttttcagcagatttttttttttcaaattcaaagagcgtttctgtaaattactaatttcaaataggcaataattaaagtaaaatctgactttaatagtacgctttgctttttccagagggggggggtgcaaacaaaccccatactctgggtacgggcctggaaatgacattca
gi|43 : ataaaaagaaggtgcactcgacttgaaatatttgctactctgcAA--TA---G----ATG---T-GC----A-CCTTTTCAAAA-GCAGGCCG-AAATacccggtttgtcg
gi|5 : cacgtgtggTC--GGGCCCGT-TACCAGGA--TTT-TGTG-GAGGGGA------------CGATAT---TA--T-ATGCAATTTAATTAATAGTC---AATAGTACAT--TTTGCATATTTGC---AGGGAAGGG--------CAACTCC--CCACCACCCCACCCCCCTCCTGTGTACGGCCgatgctacattcgacatcgattttacaaaataccagatgtcgaaggcccgtctag
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gi|1 : atgagtacataggT--TTTTG-------CATTGGGGGGGGGGGTGTGCAGA-TGCA--CC-CCTCCCCattgattaatagtcaatgtacagagttgaatctggcttaattaatgctttttgcaagggggggggataggtgtatcaacatgatataca
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gi|1 : ttatgaccgaaatagttggatatggtggtgtgtaccctcttcaaaaccggaccgaaatcagatcaatgttgcataCTTGATACAACGGTAA-TGGA---T--G-TATAAAATTCGT-AT-AAA-----ATCTT---------AAA-CAGAAT-----TT---CTT--TT---AA--ATT-CAA--AGA---A-----A-ATTT-------CTG---TAA-ATTA-----------A-----TAGGT-AATATT-C-AG---AG-TAA-AA--CCTGA-----TTTT--GAT-AATAC-AT---TTTCC-T-----TTTT-G--CATTGGGGGGGGGGGTGTGCAG------ATGCA-------CC-CCT-C--CC-CC------T---GGGTATGGGCCTGGAAATGATGTTACAT-TCG------AAA-----ACC-C--GATTGACAAAACAT----------TCGG--TTT-GTCATTGC---TGAGGTAGACAGGCCCTGTCTtggcttgattatggtataacggtcaaggatagatgacattagtaatatttgcgttttcagcagatttttttttttcaaattcaaagagcgtttctgtaaattactaatttcaaataggcaataattaaagtaaaatctgactttaatagtacgctttgctttttccagagggggggggtgcaaacaaaccccatactctgggtacgggcctggaaatgacattca
gi|5 : acgttacaataagtatggccacaagaaagggggctgctaaatccgcattatgcacataaatgtggattgaagcaggggtgatgagaattgcgaattcatgatgtgctgtgtttgcaatgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaaagagaagatagaaagaatgtacacgtaccccttcaacatagacttgaaatgttattcattaattagtttccgcatctacacatttttgaaatgaagccattgtaaatatgctgtgcaccctcttcgaaatcaaaccgaaatcaggcctgtacccagacttttgaggaggaaggcttgatatttttggcaaattgattgattgaCTTGATACAACAGACA-CCGA---T--A-AATGAAATCCTT-GT-TAA-TTGCGTCTT---------GAG-CAAAT------CT---CTT--------G--ATT-CAG--AGAATTT-----ATATTTGC-----CTG---TAA-ATTACTAA-TT---AA-----TAGTC-AATGTT-C-AGA--AG-TGA-AA--TCCGA-----CTTT--AAT-AACTGCAT---TTTCC-T-----TTTTGG--CA--------GGGagtacctgtatattcgaaaggaataagatgatttacaaacagatgatac
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-668 ) : TAAATGTGGACTGAAGCGGTGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GAATT----ATGG-------------GCTGTG-TNTGC-AATT-TAAGTTT---AACC---TNNGTTTNCGTATTGAATNTGNNNNTTNNNTT-TTNNNTNNCGNNNNNCNTNGNNANATAAAGATAGA-AAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-CCTTG-AACATA-GACTTGAAATG---T---T---A----T---TN---------AT--T---------AATTAC------TTT-----CCGCATN--TACA--------C-----ATT--TNT--GAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCCCGTACCCAGACTTTTG-NGG-G-------------GGGAGG--------TGC---GA--T-ATATTT----GGC---A-----------ATAGT--ACGT-----------T-----------------TTGC-------C-------GGG----GGGG----GGGGTGCGAA-TGCA-----CCCCNCCCC--ACCC--TNC--TGTGTACGGCCC--TG-ACT-TGATACAACGGTCG-TGGATA-AAT-AA-ATCCGTAC--TTNATACAACGGNC-ACGGA---T--AA--ATAAA--ATCCGT-ATN--------AA--TTGCGTCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAG-NCAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TTTT-G--CA-------GGGGG-GTG-CGA-A------CGC--G----CA-CCC-TCCCC---C-------------GGGTA---CGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCGACATN--C--------C-GA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGGTCGACAGGCCCT---GCCT
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consensus : TAAATGTGGACTGAA-GCGGTGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GAATT----A-TGGGCT-GT-G-TT-------------TGC-A-ATT-TAAGTTT---AACC---TATGTTTNCGTATTGAATNTGTNNNTTNNGTT-TTNNNTNNTNNNNNNCNTNGNNANA-TNAAGATAGA-AAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-CCTTG-AACATA-GACTTGAAATG---TT---G----TTA---------AT---T---------A-ATTAC------TTT-----CCGCATN--TACA--------C-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCCCGTACCCAGACTTTTG-NGG-G-------------GGGAGG--------TGC---GA-T-AT--ATTT----GGC---A-----------ATAGTCA-------------------CA-----------------TTTTGC--------GGG----GNGG----GGGGTGCGAA-TGCA-----CCCCCC-CC--CAC-----C--CC---C---CTGTGTACGGCCC--TG-ACTTG--ATACAACGGTCA-TGGA--TA-AAT-AA-ATCCGTAC--TTGATACAACGGNC-ACGGA---T--AA--ATAAA--ATCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGT-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TTTT-G--CA-------GGGGG-GTG-CGA-A------CGC--G----CA-CCC-TCCCC---C-------------GGGTA---CGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGGTCGACAGGCCCT---GCCT
Reference ( family-668 ) : TAAATGTGGACTGAA-GCGGTGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GAATT----A-TGGGCT-GT-G-TT-------------TGC-A-ATT-TAAGTTT---AACC---TNTGTTTNCGTATTGAATNTGTNNNTTNNGTT-TTNNNTNNTNNNNNNCNTNGNNANA-TNAAGATAGA-AAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-CCTTG-AACATA-GACTTGAAATG---TT---G----TTN---------AT---T---------A-ATTAC------TTT-----CCGCATN--TACA--------C-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCCCGTACCCAGACTTTTG-NGG-G-------------GGGAGG--------TGC---GA-T-AT--ATTT----GGC---A-----------ATAGTCA-------------------CG-----------------TTTTGC-------CGGG----GNGG----GGGGTGCGAA-TGCA-----CCCCCC-CC--CAC-----C--CC---C---CTGTGTACGGCCC--TG-ACTTG--ATACAACGGTCA-TGGA--TA-AAT-AA-ATCCGTAC--TTGATACAACGGNC-ACGGA---T--AA--ATAAA--ATCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGT-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TTTT-G--CA-------GGGGG-GTG-CGA-A------CGC--G----CA-CCC-TCCCC---C-------------GGGTA---CGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGGTCGACAGGCCCT---GCCT
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gi|10 : acgttacaataagtatggccacaagaaagggggctgctaaatccgcattatgcacataaatgtggattgaagcaggggtgatgagaattgcgaattcatgatgtgctgtgtttgcaatgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacgcaaagagaagatagaaagaatgtacacgtaccccttcaacatagacttgaaatgttattcattaattagtttccgcatctacacatttttgaaatgaagccattgtaaatatgctgtgcaccctcttcgaaatcaaaccgaaatcaggcctgtacccagacttttgaggaggaaggcttgatatttttggcaaattgattgattgTGGTGATGAGAAATG-----------TAACGATTCGATGAATT----A-CGGGTT-GT-G-TT-------------TGCTG-ACT----GCGT---ATCCAATTATGTTTT-ATATTGAATTT-TGACTTCCGTTGCTCTGTAACACTAATATTGGCAAAA-TAAACATAGA-GAGAAGGTGCAC-A-------C-CCTTG-AATGCA-TACTTGAAATG---TT---GCTA-CTT---------AT---T---------A-TCTAC------TTTAAAA-CCG-ACC--TAAA--------C-------------CTAAACT---A-A----GTTAT----CTATGAT--AAAT--A-T-G-------agtacctgtatattcgaaaggaataagatgatttacaaacagatgatac
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Reference ( family-668 ) : TAAATGTGGACTGAA-GCGGTGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GAATT----A-TGGGCT-GT-G-TT-------------TGC-A-ATT-TAAGTTT---AACC---TATGTTTNCGTATTGAATNTGTNNNTTNNGTT-TTNNNTNNTNNNNNNCNTNGNNANA-TNAAGATAGA-AAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-CCTTG-AACAT-AGACTTGAAATGTTGTT-A---------AT--T---------AAT------TAC-----TTT-----CCGCAT--NT--A--------CAC-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCCCGTACCCAGACTTTTG-NGG-G-------------GGGAGG--------TGC---GA-T-AT--ATTT----GGC---A-----------ATAGTC-----ACA-----------------TTTTGCGG----G-----GNGGGG-----GGTGCGAA-TGCA-----CCCCCC-CC--CAC-----C--CC---C---CTGTGTACGGCCC--TG-ACTTG--ATACAACGGTCA-TGGA--TA-AAT-AA-ATCCGTAC--TTGATACAACGGNC-ACGGA---TAA--ATAAA--ATCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGT-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TTTT-G--CA-------GGGGG-GTG-CGA-A------CGC--G----CA-CCC-TCCCC---C-------------GGGTA---CGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGGTCGACAGGCCCT---GCCT
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Reference ( family-668 ) : TAAATGTGGACTGAA-GCGGTGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GAATT----A-TGGGCT-GT-G-TT-------------TGC-A-ATT-TAAGTTT---AACC---TATGTTTNCGTATTGAATNTGTNNNTTNNGTT-TTNNNTNNTNNNNNNCNTNGNNANA-TNAAGATAGA-AAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-CCTTG-AACAT-AGACTTGAAATGTTGTT-A---------AT--T---------AAT------TAC-----TTT-----CCGCAT--NT--A--------CAC-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCCCGTACCCAGACTTTTG-NGG-G-------------GGGAGG--------TGC---GA-T-AT--ATTT----GGC---A-----------ATAGTC-----ACA-----------------TTTTGCAG----GGA-----G-GGG-----GGTGCGAA-TGCA-----CCCCCC-CC--CAC-----C--CC---C---CTGTGTACGGCCC--TG-ACTTG--ATACAACGGTCA-TGGA--TA-AAT-AA-ATCCGTAC--TTGATACAACGGNC-ACGGA---TAA--ATAAA--ATCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGT-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TTTT-G--CA-------GGGGG-GTG-CGA-A------CGC--G----CA-CCC-TCCCC---C-------------GGGTA---CGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGGTCGACAGGCCCT---GCCT
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Reference ( family-668 ) : TAAATGTGGACTGAA-GCGGTGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GAATT----A-TGGGCT-GT-G-TT-------------TGC-A-ATT-TAAGTTT---AACC---TATGTTTNCGTATTGAATNTGTNNNTTNNGTT-TTNNNTNNTNNNNNNCNTNGNNANA-TNAAGATAGA-AAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-CCTTG-AACAT-AGACTTGAAATGTTGTT-A---------AT--T---------AAT------TAC-----TTT-----CCGCAT--NT--A--------CAC-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCCCGTACCCAGACTTTTG-NGG-G-------------GGGAGG--------TGC---GA-T-AT--ATTT----GGC---A-----------ATAGTC-----ACA-----------------TTTTGCAG----GGA-----G-GGG-----GGTGCGAA-TGCA-----CCCCCC-CC--CAC-----C--CC---C---CTGTGTACGGCCC--TG-ACTTG--ATACAACGGTCA-TGGA--TA-AAT-AA-ATCCGTAC--TTGATACAACGGNC-ACGGA---TAA--ATAAA--ATCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGT-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TTTT-G--CA-------GGGGG-GTG-CGA-A------CGC--G----CA-CCC-TCCCC---C-------------GGGTA---CGGGCCTGAGAATGATGTTACAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGGTCGACAGGCCCT---GCCT
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gi|30 : tgtctgtggcgaaccctgggaagctcctgcccC--AGGCCCATACCCAGATTTTTT-TAG-G-------------AGGGTG--------TGT---GA-G-AT--TTTA----GGT---A-----------Acc
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gi|38 : ACAACGGAC-ACGAACATTAA--A-AAA--ATC--TATT--------AA--TTGCGTGTT---------CAGTA-----AATTT--------TCTT----C-ATA--ACTT-TAAAGA---GA-ATTTGTATTTGCTG-TAA-ATTAC
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gi|40 : gctgtgttcgcaatttaagtttaacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngataagaggttgcatgttacccttgaacatagacttgaaatgatgttattcattaattactttccgcatgtacacgttaatttttgaactgatatgcctttgtgcaaatatggtttgcaccctcttcaaaaccaggccgacatcagacccgtacccagacttttgaagagggaggtgcgataatttaggcaaattgattaatatagtcaatgtacagagtgaaatctgccttttgtagggatgtgtgtggggtgcgaagtagcccccccccccccacccaccccggtG-C----ACCCA-CTTTAAA--A-GCAGGTCAAAA-TC--Ac
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gi|43 : ctcggaAAT--A---G-------ATG-TG-C----ACCTT--TTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-Taggttagtttagtttaggcat
gi|43 : cacgtgtgg---CAGGCC-GA-AATGATGCTACAT-TCGACAT-----------CGATTTTACAAAATAC----------gatgctacattcgacatcgattttacaaaataccagatgtcgaaggcccgtctag
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gi|46 : gcgatgaaaatgtattgattcaaAATATGGACTGAA-GC-GTGGTGAT--GAAATGTATTGATTCGAT-----------GAA-T----A-TGGGGT-AT-GTTT-------------TGC-A-ATgtgtatgcaatttatattttaacattttaacttcgttgctctgt
gi|47 : tatatccgccttgcgcatATAGA-AATAAGTTGCAC-G--T--ACT-CCATG-AAC-------TTGAAATGTTGTT-ACTC------AT--T---------AATA-----TAC-----------------AT--GT--G--------CATTA---ATT----TTTTAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAagtgtgtgca
gi|48 : -------CTG-TGA-ATTACTA-ATT---GA-----TGAT-AAATATGCAAG---AGTAAAA-T--C-CGA--ATTT--AATCA-G-T-AAATAGTG-CA-----TTTT-G--C
gi|49 : GA-TTTACAAAACAC----------TGAG--TTTGTCATATT---TGCGTTGAACAGGTCCT---ACC
gi|5 : aatcaggctgaagtgatgctaGCTGCAC-TC--GGGCCCGTTACCAGGATTTTG-TGGAG-------------GGGACGATATTATATGC---AA-T-TT--AATTAATAGTC---A-----------ATAGT------ACA-----------------TTTTGCATATTTGCA-----G-GGA-----AGGGCAAC-TCCC-----CACCAC-CC--CAC-----C--CC---C---CT---------CC--TG----TG---TAC---GGCC--TGG--------------------C--TTGATACAACAGAC-ACCGA---TAA--ATGAA--ATCCTTGTT--------AA--TTGCGTCTT---------GAGCA-----AA-TC--------TCTT--------G--A-TT-CAGAGAATTTATATTTGC-----CTG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGT-CAATGTTC-AGA--AGTGAAA-T--C-CGA--CTTT--AAT-A-ACT-GCATTTTC-CT-----TTTTGG--CA-------GGG
gi|50 : accTT-----CCCCAT--AT--A--------CAT------TT----TTTGAAC--G-T-A----A---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GCA-TA-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCATACCGAtgtggtggggtggggtgggctcacagcgagacgcaaaactcccccccccccctttctcgccgggtactggcctaatactggaggtagcgtattatacccttattcaaacactgtatctgtgtattggaggtaga
gi|51 : ATAGA-AAGT-GGTGCA--------ACCTCCTTA-AACGT-AGACTTGAAATGTTGTT-ACTTT-----AT--C---------GAT------TAC-----
gi|52 : cGTTGCGT-TTGAC-----------------TTTACAAATCAC----------CCGG--TTTGTCGTTCT---TGCAGTCGACAGGCCC
gi|53 : cTG-TAT-ATTACTA-ATT---AA-----TACG-CAATATTC-AG---AGTACAATT--T-TG----TTC--AAT-A-
gi|54 : tctg--TTTACCATTGC---TGCGGTCAACAGACCC
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gi|56 : A-TGTACAAAACAC----------TTGGGGTTTGTCATTTC---TGCGGTCGAAAGGCCC
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gi|58 : ctaTGCAT-G--T--AAC-CCTTG-AACAT-AGACTTGAAAt
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gi|6 : tgcctgtggcgaagccttcggaggctcctgggagaggtcttttttgcagattgtgtttgcaattcaagtttaacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaaaaaaggtgcacgttccccttgaacatagacttataaattactttccgcatgtacacagttttgaacatatggtgtgcatcttctttaaCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAATGA---GA-ATCT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATA---AA-----TAGG-CAATG----AGAATAGTAAAA-T--C-Tagggcttcagcagattttcttcaaattcaatgagaatctctgtaaattactaataaataggcaatgagaatagtaaaatctt
gi|7 : tgcctgtggcgaagccttcggaggctcctgggagaggtcttttttgcagattgtgtttgcaattcaagtttaacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaaaaaaggtgcacgttccccttgaacatagacttataaattactttccgcatgtacacagttttgaacatatggtgtgcatcttctttaagcaaattgattaatattcaatgtacatagtgaaatctgacagtgcaatttgcagaggggtgcgatgcacccatccctcccccgtgtacggtcccgaattgatacaacagtcaggg-----CCCCCC-CC--CACACAGGC--TC---C--------TACCGCCCA-TG-A---G--ATACAACATACA-TGGATTTA-AAT-AG-ATCt
gi|7 : ccctGATACAACATAC-ATGGATT-TAA--AT-AG--ATCGTTATT--------AAACTTGCGTCTT---------AAGCA------AGGT--------TCTT-------------------AG----TA-TTTG-------CTG-TAG-ATTACTA-ATC---ACGTTCTTAGTCCAATATTC-AG---AGTTAAA-TC-C-CTA--CCTT--AAC-AGG-T-GCGTTTCC-AT-----ATTT-GATCA----------GG-GTG-C---A------CCC--A----C--CCC-TCCCgttattaaacttgcgtcttaagcaaggttcttagtatttgctgtagattactaatcacgttcttagtccaatattcagagttaaatccctaccttaacaggtgcgtttccatatttgatcagggtgcacccacccctcccaaaagttgaactttagtagggttttttattacaaacgaaaacgtatgattattagaatgtgaatttaaaacgcgggtgttatatatatattgaatttccccctgtttgtgacccccaccatgtgcgacacatccggtgaaatatcaaacccgatacgtaagcggtaaattttatttgggcgcgcgaacgcgcgggcgcgccgaatacaactagcct
gi|8 : ccctcccccccccacacaggctcctaccgcccatgaTAGA-AAGAAGCTGCACCG--T---CC-CCTTGGAACAT-AGACTTGAAATGTTGTT-A---------CCA-T---------AAT------TAC-----TTT-----CCGCAT--AT--A--------TAC-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AA-T--A-T-G-------GTG-TGGC----ACCAT-CTTCAAA--A-GCGGGACGAAAATC--AGCCCTGTACCCAGACTTTCT-TTG-GCAAATTGTTTAATAGTAGA--------TGCACAGAGTGAA--ATCT----GACTGTA-----------ATAGT------GCA-----------------ATTTGCAG----GG----------G-----GGTGCGAA-TGCA-----CCCCCT-CC--C-C-----C--AC---C---C---------CAC--TG----TG--TT----CGGTCC-TG--------------------AC--TTGATACAACGGTC-GTGGA---TAA--ATAAA---TCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CGGCA-----GATTT--------TCTT----G-A-A--A-TT-CAAGGA---GA-ATTT-------TTG-TAA-ATTACTA-ATTTTAAA-----TATG-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--TATG--AAT-A-G-T-ACATTTaaaagttgaactttagtagggttttttattacaaacgaaaacgtatgattattagaatgtgaatttaaaacgcgggtgttatatatatattgaatttccccctgtttgtgacccccaccatgtgcgacacatccggtgaaatatcaaacccgatacgtaagcggtaaattttatttgggcgcgcgaacgcgcgggcgcgccgaatacaactagcct
gi|9 : TAAATGTAGACTGAA-GCGGTGGTGATTCGAAATG-----------T------------AATG----A-TTCGAT-G-----------------------A-ATTGTGAG---------C---TATGTTTACGTACTGAGTATGTTGTTTAAGTT-TTACATTTTGACTTCCGTTGCTCTG-TAACG-TAGA-AAGAAAATGTAC--------CC-GCTAG-AACATAAGACTTGAAATGTTGTT-----------AC--T---------GAT------AAT-----TTC-----CCCCATGCAT--A--------AAC-----ATT----TCTGGTCT-C-G-A----G---C----CTTTT-T--AAAT--A-T-G-------ACG-TG-C----ATCCT-CTTC-AA--A-GCAGGCCGAAA-T
gi|9 : tatctaaatccgcccatgcata-A------CGT--G----CA-TCC-TCTTC---A-------------AAG-----CAGGCC-GA-AATGATGCAACAT-TCGACATA-CATGTATGCCGA-TTTACAAAACAC----------CCAG--TTTGCCATTGC---TGCGGTCGACAGATCCC---GCCgatgcaacattcgacatacatgtatgccgatttacaaaacacccagtttgccattgctgcggtcgacagatcccgcccagtatcatttgaatttgatgagattggaaaacaaattata
blockSeqs : A TAACGATTCGAT . T G C G T TGCAGACTGCATA T T AT C TAT AAT GC T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAGTA G CCTTC T G A T CTCGTTAATTACCGGTACTTTGGAAACCGCATATATATGCATGTACATTAATG TGG T TTAT TTA TGAA A GC CT C A CAATGTAAT C G ATTA A TG GG A CA TT GCAAATTGTTTAAT ATATTATA ACA GTG TA AGGCAAATTGATTAATATAGTCAATGTACAGAGTGAAATCTGCC GGATGGATGTGT GTAGCCCC A CG A CCTCTTGTGTACGGCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC A T CAT CA A GA CG TTGGGGAA AC GCAAAGAAT ATTAA T CAAGGAGA TTTTC T GG A A GAATTTGTATTTGC G G T T TCA GTTCT TC A AAT T CC A AT AA C G C G A A TTAAA G AT GAGGGG A C GAT ACGCCCCACCCAC . CGTCCCCAGCCTGTGG T GCG G TGGA A ACATGTATG T CGAGGCTCAC GG TGT CAG
blockSeqs : . TAATAATTCGAT . . G . . . G . . GT T T . NN G TGACTTCCGTTGCTCTGTAACACTAATATTGGCAAAATA . GTTTA T . . . CTCATTTTAATTTTAAGTTAAAACTACTTTCCGCATATATATACA TAG . T . . . GC . . . GT . . . . . C . . T AG A . T . AGGCAATTGATTCAATATAGTCACATTAAGAGTGAAAATCTC GGATGTGTGTGG GTTAA . . C CCACCCCGGTGTACGTTTTATACAACGGTCACTGGATACAATAAATCCGTA T . TT . G . AG . C . . T TGG C . . C . ATTTATATTTGCC . . C . TTA AT T . CT . C . . . . . . . C . . T . TG . . AA CGCAACCCCG . AAATGA G . A TGAG . GGC . . T . .
blockSeqs : . TATTGATTCGAT . . G . . . . . . T T . . NN N GCATATTTTACTTTTGTTGCTCTGTAACATTGGTATATC . GTA . . . . TTCATATTTACTTTCCGTATGAACACGTATAATT TG . . . . . T . . . AC . . . . . G . . A A . . G . AATAGTCAATAGTACA ATTTGCAGGGA CACA . . A CCACCCCGGTGTACGTTTTATACAACGGTCATGGATACATAAAATCCGTA A . . . A . TG . . . . T . C . . . . GCGTTTC . . C . . . G . A . . . . . . . . . T . . G . G . . AG CCCTTGCA . CCTGG T . G TGGA . GC . . . . .
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blockSeqs : . T . . G . . . . . . C T . . NN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . GTA . . . . CTTCTAATTACTTTAATTTCCCATATACATT TG . . . . . . . . . GT . . . . . C . . T G . . G . AGA TCCC . . A CACCCCACTGTGTTCGGTCCTGAC T . . . G . CG . . . . T . T . . . . TAATTTC . . G . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . G . . GA CAAACC . AAA T . G GAG . A . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . A . . . . TCATTAATCGCTTATTTTAGCATATC TG . . . . . . . . . AT . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TAATT . . C . . . T . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . CGTGCA . CGT T . T G . C . . . .
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blockSeqs : . A . . . . TCATTAATTACTTTCCGTATACT TG . . . . . . . . . GT . . . . . C . . . . . CATTC . . C . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . . . . CAC . C . . T . . . . . .
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gi|19 : C--TTGATACTAGGGAC-ACCGT---T--GACAATAAAGAATTGCTATTTTGGGGAAAAC-TTGTGTCTC---------C--CA-----GATTTCAAGGAGATCTT----T-A-A--AATT-C-------------TG-------CTA-TAA-ATTACTA-ATT---TA-----TAGT-CAATATTT-GG---AGTAAAA-TCCC-CTA--CTTTAAAAT-A-G-T-A-ATTTTG-CT-----TTTTGG--CA--------GAGG-ATGC----------CGA--A----CA-CCC-CCCCC---C--TTGATA-C-GGCCT-A-C-AATa
gi|2 : actccgtgcatatTAAATATGGATTGAA-ACGGGGGTGATGAGAAATG-----------T-----------GA--ATT----A-TGGGCT-GT-T-TA-TGC--A-ATT-CAAGTTT-AACCTNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNGATAGA-AAGAAAGTACAC-G--T--ATC-CCTTG-AACATA-GACTTCAAATGTTA-CTA---------AT--T---------AAT-TAC------TTT-----CCACATC--T--ACA--------C-----ATT----TATGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------GTA-TG-C----ATCCT-CTTTAAA--A-TCAGACCGAAA-TC--AGGCCCGTACCAAGACTTTTG-AGG-G-------------GGAAGG--------TGC---GA-T-AT--ATTT----GGC---A-----------ATCGT--------G-----------------TTTTTCCG----GGG-----GAGGG-----GGTAAGAA-TGCA-----CCCTTC-CC--CAC-----C--CT---C---TTGT--GTACGGCCCNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN-NNNN--NN-NNN-NN-NNNNNNNC--TTAATACAAGGGTC-ATGGA---T--AA--ATGAA--ATCCGTATA--------AA--TTGCATCTT---------CAGCA-----GATAT--------TCTT----T-A-A--A-TT-CAAAGA---TA-ATTT-------CCG-TAA-ATTACTA-ATT---AA-----TAGG-CAATATTC-AG---AGTAAAA-C--T-TTA--CTTT--AAT-A-G-C-AGATTTTG-CT-----TCTT-G--CA-------GGGAG-ATGCAA-A------CGC--A----CA-CCT-TCCCC---T--AGG-TA-CGGGCCT-G-AGAATGATGTTACAT-TCGGCAT--A-------ACGA-TTGAGAAAACAT----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGAGGTCGACAGGCCTT---GTCTataat
gi|20 : AA--ATCTGTTTC--------AA--TAGCACCTTGCAAAGAATCAGCAATTAAGTTTT--------TCTT----T-A-AGGA-TTATAAAGA---TA-ATT-------------AAGAATAGTA-ATT---AA-----TGGT-CAATATAC-TGCT-AGTAAAA-T--CAAGAATCTTT--AAC-A-A-TGGCATTTGG-CC-----TTTT-T--CA--------GGGG-ATGCAA-A------TGCA-G----C--CCC-CCCCC---C--G
gi|20 : -GGG-----GATGCAAA-TGCA-----GCCCCC-CC--CCCGT---C--CCCAGC---CTGTGGGTACGGtccccagcctgtgggtacgggctg
gi|21 : aaatctgtttcaatagcaccttgcaaagaatcagcaattaagtttttctttaaggattataaagataattaagaatagtaattaatggtcaatatactgctagtaaaatcaagaatctttaacaatggcatttggcctttttcaA-TCAAGATAGA-AAGAAGGTGCA--------ACC-CTTTG-AACAT-----------TGCTA-TTC---------AT--T---------AAT-TGC------TT----------ATT--T--A-G--------C-----AT----------ATC-A-A-A----G---C----CTTTG-T--GAAT--A-T-G-------ATG-TA-C----ACCCT-CTTCAAA--A-ACAGGCCGAAA-Tgctg
gi|21 : a-A------TGT--A----CA-CCC-TCTTC---A--AAA--A-CAGGCC--G-A-AATGATGTCACAT-GCGATAT--C-------CTGA-TGTACAAAACAC----------TCGA--TTTGTCCTTGC---TGCAGTCGACAGGCCCT---GCCTgatgtcacatgcgatatcctgatgtacaaaacactcgatttgtccttgctgcagtcgacaggccctgcctag
gi|22 : aatcaagatagaaagaaggtgcaaccctttgaacattgctattcattaattgcttatttagcatatcaaagcctttgtgaatatgACATA-GATTTGAAATGTTG-TTA---------CT--TGTC------AAT-TAC------GTT-----CCTCA----T--ACA--------C------TT----TTTTAATT-G-A-A----G---C----TTTTG-T--AAAT--A-A-G-------ATG-TG-C----ACCTT-AATCAAA--A-ACAGGCCGAag
gi|22 : A-CAGGCC--G-A-GCTGATGTTGCAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTTACAAAACAC----------TCGG--TCTGTCATTTC---TGCGGTTAACAGGCTCT---gctgatgttgcattcgacatcccgatttacaaaacactcggtctgtcatttctgcggttaacaggctctg
gi|23 : acatagatttgaaatgttgttacttgtcaattacgttcctcatacacttttttaattgaagcttttgtaaataagatgtgcaccttaatcaaaaTTGAAATGCTG-TTATTGT-----AT--T---------AAT-CAC------TTC-----------------------------------------TTCGAACT-GGA-A----G---C----CTATG-T--AAATCTA-T-G-------ACG-TG-C----ACCCT-TCTCAAATGA-GCAG
gi|23 : -A------CGT--G----CA-CCC-TTCTCAAAT--GAG-CAGCGCGC---G-C-AGTAATGTTACTTATCGAGGTGGC-------CTAA-TTTACAAAATAA----------TCGGT-TTTGTCATTGCTGTTGCGATTGACAGTCCcgcgcgcagtaatgttacttatcgaggtggcctaatttacaaaataatcggttttgtcattgctgttgcgattgacagtccgccggcta
gi|24 : ttgaaatgctgttattgtattaatcacttcttcgaactggaagcctatgtaaatctatgC-CC--CCC-----C--CC---C---CTGT--GTACGGTCC--TG-ACTTT--ATTCAACGGTCA-TGGA--TA-AAT-AACATCCGTgccggcta
gi|24 : AC--TTTATTCAACGGTC-ATGGA---T--AA--ATAAC--ATCCGTTGT--------AA------ATTTT---------CAAT--------TTT--------TCTT----T-A-A--A-TT-CAAAGA-------------------G-TAA-ATTACTA-ATC---AA-----TAGT---AT-TTC-AG---AGTAATG-A--C-TGA--CTGT--AAT-A-G-T-ACATTTTG-AT-----TTGT-G--CA-------GGGTG-GTGCtgtaaattttcaatttttctttaaattcaaagagtaaattactaatcaatagtatttcagagtaatgactgactgtaatagtacattttgatttgtgcagggtggtgca
gi|25 : ccccccccccctgtgtacggtcctgTTG-GACGTG-GAATTGAAATGCTG-TTA---------TT--T---------A-T-TA-------------------AT-------CA--------C-----TTC----TTCGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAAT--A-T-G-------ACG-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--A-GCAGGCCGAa
gi|25 : t-A------CGT--G----CA-CCC-TCTTC---A--AAA--G-CAGGCC----G-AGTAATGTTACTA-TCGAGGTG-C-------CTAA-TTTACAAA-TAA----------TCGG--TTTGTCATTGC---TGCGATTGACAGTCCCC---GCCTgtaatgttactatcgaggtgcctaatttacaaataatcggtttgtcattgctgcgattgacagtccccgccta
gi|26 : tttggacgtggaattgaaatgctgttatttattaatcacttcttcgaactgaagcctttgtaaatatgGA---TA-TTTT-------ATGGTAA---TATTA-ATT---AAAT---TAGT-CTACATAC-AG---A------------TG-----------T-G-G----CATTTTGACC-----TTTT-G--CA---------GAG-ACGCGA-AACGCCCCAC--C----CACCCC-TACCC---T--GTG-TA-CAAATCT-G-A-Aa
gi|26 : cccggtatccagaattttgtggaggggggatatttttagggggg-----ACC-----------------TTTTGCAG----AGA-----------------CGCGAA----A-----CGCCCCACC--CAC-----C--CCTACC---CTGT--GTACAAATC--TGAACTTG--AT-CAATGGcttgatcaatgga
gi|27 : cccggtatccagaattttgtggaggggggatatttttagggggggatattttatggtaatattaattaaattagtctacatacagatgtggcattttg-TAA--CTTT--AAT-A-G-T-AAATTTTG-CT-----TTTTTG--CAT------GGGGA-GTG----------------------------------------GG-TA-CCGGCTT-G-G-AA--ATGTTACAT-TCGACAT--A-------CCGA-TATACAAAACACCGAGGCTCACTCGG--TTTGTCATTGT---TGTGGTCTACAGGCGCT---GCCTa
gi|28 : tAACATTG-CTATC-------AT--T---------AAT-CGC------TT----------ATT--TTAGCA--------T-----ATC--------AAC-----------G---C----CTTTG-TT-GAAT--ACT-G-------ATGCTA-C----AGCCTACTTCAAA--A-ACAGG-CGAAatagagtaagactagttacatgcatt
gi|28 : gA-CAGGC-----G-AATGATGT-ACAG-TGGATAT--C-------CTGA-TGTACAAAACAC----------TCGA--TTTGTCCTTGC---TGCAGTCGACAGGCCtgatgtacagtggatatcctgatgtacaaaacactcgatttgtccttgctgcagtcgacaggccgc
gi|29 : gaacattgctatcattaatcgcttattttagcatatcaacgcctttgttgaatactgatgctacagcctacttcaaaaGGCTGAAAGCGCTGATGATAAGAAATGTAATAATTCGAT-----------GA--ATT----ATTCGACTCGTGG-TT-TGT--A-ATTGCAAATgc
gi|3 : ctcccccctccgccctaaatcgcgctatacaattaatatgaagtgaagct-TGGGCT-GT-G-TT-CGC--A--TT-TAAGTTTTAACCTNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNGTA----AGA-GGTTCAT-G--TTTACC-C-TTG-AACATA-GACTTGAAATGATG-TTA---------TTCAT---------ATT-TAC------TTT-----CCGTATG--A--ACA--------CGTATAATT----TTTGAACTAG-G-ATTATG---C----CTTTG-TGCAAAT--A-T-G-------GTT-TG-C----ACCCC-TTTCAAA--A-CCAGGCCGACA-TTCAAGACCCGTACCCAGACTTTTG-AAG-A-------------GGGAGGA-------TGC---GA---ATTAATTTA---GGC---AATTGATTCAATATAGTC-----ACATTAAGAGTGAAAATCTCTTTTGTAG----GGA-----T-GGATGTGTGGTGCGAAGTTAA-----CCCCCC-CCCGCAC-----CCACC---C---CGGT--GTACG----------TTTT--ATACAACGGTCACTGGA--TACAAT-AA-ATCCGTA----TGATGC----GTCTTCTGA---C--AG--TT------TTC-T-TC--------AA--T------TC---------CAAGA-----GAATT--------TCTG----T-A-A--A-TT-----GC---TA-A------------------ATTAATA-GGC---AA-----TATT-CA--------G---AGTAAAA-T--C-TTA--CTTC--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TCTT-gcaattcaaatttgttgctctgtaacactg
gi|30 : tgtctgtggcgaaccctgggaagctcctgcccC--AGGCCCATACCCAGATTTTTT-TAG-G-------------AGGGTG--------TGT---GA-G-AT--TTTA----GGT---A-----------Acc
gi|30 : atgagtacataggAGA---T---TTT-------AGG-TAA-ATTG----ATT---AA-----TAGT-CAATGTAC-AG---AGTTGAA-T--C-TGG--C-TT--AAT-----T-A-A---TG-CT-----TTTT-G--CA-------AGGGG-Gattgattaatagtcaatgtacagagttgaatctggcttaattaatgctttttgcaagggggggggataggtgtatcaacatgatataca
gi|31 : atgagtacataggcaggcccatacccagatttttttaggagggtgtgtgTA-ATT---GA-----TAGT-CCGTGGTA-AC---AGTAAAA-T--C-TGA--CCTT--AAT-A-G-T-GCATTTTT-CTTTAAATTTT-G--CA-------TGAGG-GTACGA-A------CGC--AACCCCG-ACC-CCTCC---C--GTG-TA-CTGGTCT-G-ggggataggtgtatcaacatgatataca
gi|32 : attcattgaaatacctgcggaattttaggcgact-A-A--A-TT-CAA------CA---TT-------CT----A-ATGAATATATT---A------TAGT-CAATGTTC-AG---GATGAAA-T--C-CAA--CTTT--AAT-A-G-T-GATTTTTT-TT-----TTTT-G--CA-------GGGGGAGGGGGG-A------CCCTTG----CA-TCC--CCTT---T--GTG-TA-TAGGCCT-cttgat
gi|33 : ttttaagaattttgaa-ATTACTA-ATT---AA-----TAAG-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TTA--ATTT--AAT-A-A-T-ACATTT
gi|34 : ttgtATAAA-AAGAAGGTGCAC---------------------TC-GACTTGAAAT-----------------AT--T---------TGC-TAC------T-------CTGCA------------------------------------ACT-G-G-A----G---C----CTTTA-T--GAAT--A-T-G-------ATG-TG-C----ACTCT-CTTCAAA--A-CGAGGCCGAAA-Tatataaccaatgaagttttgtccttactatcaaagaacaccgttgcatcatattacccagaatgcaattattgc
gi|34 : -A------TGT--G----CA-CTC-TCTTC---A--AA---A-CGAGGCC-G-A-AATGAT-----------------C-------CCGA-TTTCCAAAACAC----------CCGG--TTTGTCgatcccgatttccaaaacacccggtttgtcg
gi|35 : ataaaaagaaggtgcactcgacttgaaatatttgctactctgcaactggagcctttatgaatatg-AACATA-GACTTGAAATGTTG-TTACTCATTTTAAT--TTTAAGTTAAAAC-TAC------TTT-----CCGCATA--T--ATA--------T-----ACA----TGT--AC------A----T---C----CTTTG-T--AAAT-------------------G-C----ACCCT-CTACAAA--A-GCAGGCCGAAA-TC--AGGCg
gi|36 : AAATGTGGATTGAA-GCAGGGGTGATGAAAAATG-----------T-----------GA--ATT----A-TGTGCT-GT-G-TT-TGC--A-ACT-GAAGTTT-AACCTTTG
gi|37 : gctaaatccgcctatgcacaaAGAGAAGAAGGTGCAC-G--T--ACC-GCTTA-AACATA-AACTTTAAATGTTG-TCA--------------------------------------------CGGAATA--T--ATA--------CCTTA-ATT----TTTAAATT-G-A-A----G---C----TTTTG-T--AATT--A-T-G-------GTA-TG-C----ACCCT-CTTCAAA--gacttcgttgctctgaaacat
gi|38 : ACAACGGAC-ACGAACATT--AA--A-AAA--ATC--TATT--------AA--TTGCGTGTT---------CAGTA-----AATTT--------TCTT----C-ATA--ACTT-TAAAGA---GA-ATTTGTATTTGCTG-TAA-ATTAC
gi|39 : ttgatacatgtcaA-ATT-TTA-A-----AA-----TAGG-CAATATTC-AG---AGTAAGA-T--T-TGA--CTTT--AAT-A-G-T-ATATTTTG-CT-----TTTT-G--CA--------------TAC-----------------------CCC-TCCCC---CCTGGT-TA-CTGGCCTGG-A-AATGATGTTACA
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gi|4 : GTACGTTTTATACAACGGTC-ATGGA---T--AC--ATAAA--ATCCGTATT--------GA--TTGCGTCTT---------CTGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CCAAGA---GA-ATTT-------CTG-TAA-ATTGCTA-ATT---AA-----TAGG-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TTA--CTTC--AAT-A-G-T-ACATTTTG-CT-----TCTT-tgcgtcttctgcagattttcttcaaattccaagagaatttctgtaaattgctaattaataggcaatattcagagtaaaatcttacttcaatagtacattttgcttcttc
gi|40 : gctgtgttcgcaatttaagtttaacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngataagaggttgcatgttacccttgaacatagacttgaaatgatgttattcattaattactttccgcatgtacacgttaatttttgaactgatatgcctttgtgcaaatatggtttgcaccctcttcaaaaccaggccgacatcagacccgtacccagacttttgaagagggaggtgcgataatttaggcaaattgattaatatagtcaatgtacagagtgaaatctgccttttgtagggatgtgtgtggggtgcgaagtagcccccccccccccacccaccccggtG-C----ACCCA-CTTTAAA--A-GCAGGTCAAAA-TC--Ac
gi|40 : gatcc-A-AATCATCTTCAAT-TCAACAT--C-------GCAG-TCCACAAATCAC----------TCAG--TTTGTAATTCC---TGTAGCCCCTGGGCCCT---GCCtcttcaattcaacatcgcagtccacaaatcactcagtttgtaattcctgtagcccctgggccctgccaag
gi|42 : gatccgcacccactttaaaagcaggtca-G-A-AATGATGCTACAT-TCGACAT--C-------CCGA-TTGACTAAGCAA----------TCGT--TTAGTTATTTC---TGAGGTCGACAGGTCCT---GTCTaag
gi|43 : ctcgAAT--A---G-------ATG-TG-C----ACCTT--TTCAAA--A-GCAGGCCGAAA-Taggttagtttagtttaggcat
gi|43 : cacgtgtgg-CAGGCC--G-A-AATGATGCTACAT-TCGACAT-----------CGATTTTACAAAATAC----------gatgctacattcgacatcgattttacaaaataccagatgtcgaaggcccgtctag
gi|44 : cacgtgtggaatagatgtgcaccttttcaaaag-CAGGCC--A-A-AATGATGTTACAT-TTGACAT--C-------CAGA-TATACAAAA-AT----------TTGG--TTTGCCATTGC---TGTGGTTGACAACCCCTCAGGCCTcagatgtcgaaggcccgtctag
gi|45 : tcaaaag-----------T-----------GA--ATT----A-TGGGTT-GT-G-TT-TGC--ATATT-gccta
gi|46 : gcgatgaaaatgtattgattcaaAATATGGACTGAA-GC-GTGGTGAT--GAAATGTATTGATTCGAT-----------GA--A-T----A-TGGGGT-AT-GTTT-TGC--A-ATgtgtatgcaatttatattttaacattttaacttcgttgctctgt
gi|47 : tatatccgccttgcgcatATAGA-AATAAGTTGCAC-G--T--ACT-CCATG-AAC-------TTGAAATGTTG-TTACTC------AT--T---------AATATAC------------------ATG--T--GCA--------TTA---ATT----TTTTAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AAagtgtgtgca
gi|48 : -------CTG-TGA-ATTACTA-ATT---GA-----TGAT-AAATATGCAAG---AGTAAAA-T--C-CGA--ATTT--AATCA-G-T-AAATAGTG-CA-----TTTT-G--C
gi|49 : CT-G-A-AGTGATGCTA-----------------------GA-TTTACAAAACAC----------TGAG--TTTGTCATATT---TGCGTTGAACAGGTCCT---ACC
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gi|51 : ATAGA-AAGT-GGTGCA--------ACCTCCTTA-AACGTA-GACTTGAAATGTTG-TTACTTT-----AT--C---------GAT-TAC------
gi|52 : cGTTGCGT-TTGAC-----------------TTTACAAATCAC----------CCGG--TTTGTCGTTCT---TGCAGTCGACAGGCCC
gi|53 : cTG-TAT-ATTACTA-ATT---AA-----TACG-CAATATTC-AG---AGTACAATT--T-TG----TTC--AAT-A-
gi|54 : tctg--TTTACCATTGC---TGCGGTCAACAGACCC
gi|55 : AGATCGA-AA-AAGGTGCAT-G--T--ACC-GCTAA-AACATA-GACTTTAAATGTTgaccaaagtagcatatttgttaatatt
gi|56 : A-TGTACAAAACAC----------TTGGGGTTTGTCATTTC---TGCGGTCGAAAGGCCC
gi|57 : cGA-TTTACAAAACAC----------TGAG--TTTGTCATTTC---TGCGGT
gi|58 : ctaTGCAT-G--T--AAC-CCTTG-AACATA-GACTTGAAAt
gi|6 : aaaagtcT-GT-G-TT-TGC--A-ATT-CAAGTTT-AACCTNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNGATAGA-AAAAAGGTGCAC-G--T--TCC-CCTTG-AACATA-GACTT----------------------AT--A---------AAT-TAC------TTT-----CCGCATG--T--ACA--------C-----AGT----TTTGAAC-------------------------------AT--A-T-G-------GTG-TG-C----ATCTT-CTTTAA
gi|6 : tgcctgtggcgaagccttcggaggctcctgggagaggtcttttttgcagatG-CAA-ATTG----ATT---AA-----TATT-CAATGTAC-AT---AGTGAAA-T--C-TGA--C---------A-G-T-GCA-------------ATTT-G--CA-------GAGGG-GTGCGATG------CAC--C----CATCCC-TCCCC---C--GTG-TA-CGGTCCC-G-A-ATTGATACAACAG-TCgcaaattgattaatattcaatgtacatagtgaaatctgacagtgcaatttgcagaggggtgcgatgcacccatccctcccccgtgtacggtcccgaattgatacaacagtcagggcttcagcagattttcttcaaattcaatgagaatctctgtaaattactaataaataggcaatgagaatagtaaaatctt
gi|6 : tgcctgtggcgaagccttcggaggctcctgggagaggtcttttttgcagattgtgtttgcaattcaagtttaacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaaaaaaggtgcacgttccccttgaacatagacttataaattactttccgcatgtacacagttttgaacatatggtgtgcatcttctttaaCTT---------CAGCA-----GATTT--------TCTT----C-A-A--A-TT-CAATGA---GA-ATCT-------CTG-TAA-ATTACTA-ATA---AA-----TAGG-CAATG----AGAATAGTAAAA-T--C-Tagggcttcagcagattttcttcaaattcaatgagaatctctgtaaattactaataaataggcaatgagaatagtaaaatctt
gi|7 : tgcctgtggcgaagccttcggaggctcctgggagaggtcttttttgcagattgtgtttgcaattcaagtttaacctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatagaaaaaaggtgcacgttccccttgaacatagacttataaattactttccgcatgtacacagttttgaacatatggtgtgcatcttctttaagcaaattgattaatattcaatgtacatagtgaaatctgacagtgcaatttgcagaggggtgcgatgcacccatccctcccccgtgtacggtcccgaattgatacaacagtcaggg-----CCCCCC-CC--CACACAGGC--TC---C----------TACCGCCCA-TG-A---G--ATACAACATACA-TGGATTTA-AAT-AG-ATCt
gi|7 : ccctGATACAACATAC-ATGGA---TTTAA--ATAGA---TCGTTATT--------AAACTTGCGTCTT---------AAGCA------AGGT--------TCTT-------------------AG----TA-TTTG-------CTG-TAG-ATTACTA-ATC---ACGTTCTTAGTCCAATATTC-AG---AGTTAAA-TC-C-CTA--CCTT--AAC-AGG-T-GCGTTTCC-AT-----ATTT-GATCA----------GG-GTGC---A------CCC--A----C--CCC-TCCCgttattaaacttgcgtcttaagcaaggttcttagtatttgctgtagattactaatcacgttcttagtccaatattcagagttaaatccctaccttaacaggtgcgtttccatatttgatcagggtgcacccacccctcccaaaagttgaactttagtagggttttttattacaaacgaaaacgtatgattattagaatgtgaatttaaaacgcgggtgttatatatatattgaatttccccctgtttgtgacccccaccatgtgcgacacatccggtgaaatatcaaacccgatacgtaagcggtaaattttatttgggcgcgcgaacgcgcgggcgcgccgaatacaactagcct
gi|8 : ccctcccccccccacacaggctcctaccgcccatgaTAGA-AAGAAGCTGCACCG--T---CC-CCTTGGAACATA-GACTTGAAATGTTG-TTA---------CCA-T---------AAT-TAC------TTT-----CCGCATA--T--ATA--------C-----ATT----TTTGAACT-G-A-A----G---C----CTTTG-T--AA-T--A-T-G-------GTG-TGGC----ACCAT-CTTCAAA--A-GCGGGACGAAAATC--AGCCCTGTACCCAGACTTTCT-TTG-GCAAATTGTTTAATAGTAGA--------TGCACAGAGTGAA--ATCT----GACTGTA-----------ATAGT------GCA-----------------ATTTGCAG----GG----------G-----GGTGCGAA-TGCA-----CCCCCT-CC--C-C-----C--AC---C---C-----------CAC--TG----TG--TT----CGGTCC-TG--------------------AC--TTGATACAACGGTC-GTGGA---T--AA--ATAAA---TCCGTATT--------AA--TTGCGTCTT---------CGGCA-----GATTT--------TCTT----G-A-A--A-TT-CAAGGA---GA-ATTT-------TTG-TAA-ATTACTA-ATTTTAAA-----TATG-CAATATTC-AG---AGTAAAA-T--C-TGA--TATG--AAT-A-G-T-ACATTTaaaagttgaactttagtagggttttttattacaaacgaaaacgtatgattattagaatgtgaatttaaaacgcgggtgttatatatatattgaatttccccctgtttgtgacccccaccatgtgcgacacatccggtgaaatatcaaacccgatacgtaagcggtaaattttatttgggcgcgcgaacgcgcgggcgcgccgaatacaactagcct
gi|9 : TAAATGTAGACTGAA-GCGGTGGTGATTCGAAATG-----------T-----------AATGATTCG--A-TGAATT-GT-G-----------------AG-------CTATGTTT------------ACGTACTGAGTATGTTGTTTAAGTTTTACATTTTGACTTCCGTTG-CTCTG-TAACG-TAGA-AAGAAAATGTAC--------CC-GCTAG-AACATAAGACTTGAAATGTTG-TTA----------C--T---------GAT-AAT------TTC-----CCCCATGCAT--AAA--------C-----ATT----TCTGGTCT-C-G-A----G---C----CTTTT-T--AAAT--A-T-G-------ACG-TG-C----ATCCT-CTTC-AA--A-GCAGGCCGAAA-T
gi|9 : tatctaaatccgcccatgcata-A------CGT--G----CA-TCC-TCTTC---A--AAG----CAGGCC--G-A-AATGATGCAACAT-TCGACATA-CATGTATGCCGA-TTTACAAAACAC----------CCAG--TTTGCCATTGC---TGCGGTCGACAGATCCC---GCCgatgcaacattcgacatacatgtatgccgatttacaaaacacccagtttgccattgctgcggtcgacagatcccgcccagtatcatttgaatttgatgagattggaaaacaaattata
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): ACACCAGTCCGCTGCCCCATACTTTTGTAGAGGAGCGTGCAGATTTTAGGCAAGTTACTTTAATAGCTAATGCATATCCAGAGCTGACAATCCTCGCCGTT