lowQualScore : 111111 11111 2222 11 22 11
lowQualScore : 3 222222 3 999999 00000 3 3 3 1111 44 44 8 66 2 66 2 2 2 33 66 2 2 2 99 2 55 33 666 2 2 888 555 2 2 2 2 22 66 2 2 33 99 2 66666 66 5 2 66 2
lowQualScore : . ...... . ...... ..... . . . .... .. .. . .. . .. . . . .. .. . . . .. . .. .. ... . . ... ... . . . . .. .. . . .. .. . ..... .. . . .. .
lowQualScore : 3 999999 3 666666 44444 1 1 1 3333 22 22 6 88 9 33 7 7 7 77 99 4 5 5 55 5 99 77 999 9 9 999 000 9 9 9 9 55 77 7 7 77 00 7 77777 33 3 7 33 9
consensus : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG-A-AT-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAAA-GTGC-A-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
Reference ( gi|11 ) : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG-A-AA-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAAT-GTGT-A-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|7 : CCAACGGCT-AAATATATT-A------GTT-C---ATTGA-ACTCA-A-AT-T-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---C----G-C-CAAA-GTGC-A-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|8 : cCCAACGACC-AAA-----T-A------GT--C---ATTGA-ACTCG-A-AT-A-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-AA-T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-AT-GACGG--TC--ACAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAAA-GTGC-A-TCA-T--GAC--A-TGA-----T--TTA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataca
gi|2 : ttCCAACGGCC---------T-A------GTT-----ATTGA--CTCGTA-AACT-CTAATT--ACGTAAAACTAA-CGTA-A--T-TTCT-AA-AGTC--ACT--TCGTT-T-GTGCAC-GGTTC--ATAG--TTGCC-T---T---CA-G-G-C-CAA--GTGC-A-TCAGT--GTA--GCTGA-----T--TCA-TCAA-C--A-G-CAtttata
gi|15 : ttCCAACGGCT-AA------T-ATATTTAGTT-C---ATTGA-ACTCA-A-AT-T-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--gttttatacat
gi|1 : tcCCAA-AGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGACACTC-------T-C--ATT--ACACAAA-CTA--CCGC-A--TATTCT-AA-CGTCCAGCT--T-GTT-T-ATAATC-GT-TC--ACA---TCT-C-TCTCT---CG-GCG-CTCGA--GTTTCA-TCT-T--GTC--A-CGATACAGT--TCA-TCAA-C--ATG-CAA
gi|9 : ttcCAACGGCC-AA------T-A------ATT-C---CTTGA-ACTCG-A-AT-A-C--ATT--ATGTAAA-CAA--CGAA-C--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAAA-GTGC-A-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataccc
gi|5 : caCAACGCCG-AA------T-G------TTT-C---ATTGA-ACTCG-ACAA-T-C--ATT--ACGTAAAACTA--CGAAGA--T-TTCT-AA-CGTC--ACTGTT-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G---CAA--GTGC-A-TCC-T--GTAATG-TGA-----T--TCATTCAA-C--ATG-CAAGtttcata
gi|12 : AACGGCC-AA------TTA------GTT-C---ATTGA-ACTCG-A-AA-TAC--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---C--------------AT--TGT-A-C-----------G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGtttttataca
gi|3 : tttAACGGCCGAA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTCG-A-AAAT-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCTAAA-CGTC--ACTCCT-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG---TG-C-T---T---CA-G-GCC-CAAA-GTGC-ATTCA-T--GTA--G-T-A-----T--TCATTCAA-C--ATGACAAGtttttatac
gi|4 : ccaAACGGCC-AA------T-A------GTT-AGAAATTGA-ACTTG-G-AG-TGC--ATT--ACGTAAAGCCAGGCGAA-AAGT-TTCT-AAGCGTC--ACT--T-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-G-C---TATGCA-G-G-C-CAA--GTGC-A-TC--T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAAGC--ATG-ttcttata
gi|17 : caACGGCC-A-------T-A------GTT-A---ATTGA-ACTAG-A-AT-A-C--ATTGTACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTgcaggtttt
gi|6 : cGGCC-AA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTTT-A-AT-A-C--ATT--ACGT-AT-CTA--CAAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--A-T--T-GTTAT-GTTGAC-G--TCCAATAGT-TTG-C-CTA-T---CAGG-G-C-CAATAGTGC-A-TCA-T--GTAACG-TGA-----TG-TCA-TCAA-A--ATG-CA
gi|10 : caga---ATTGA-ACTCG-A-AT-A-C--AT---AAGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA---TC--ACT--T-GTT-TTGTGGTC-----C--ATAAGTTTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAAA-GTGC-A-TCA-TACGTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGgttttat
gi|13 : tctcacggcgtttaaaAA-CTA--CAAA-A--T-TCTT-AA-TGTC--ACT--G-GTG-T-GTC-AT-G--TC--ATAG--TTG---T---T---CA-G-G-C-CAAA-GTGC-A-TCA-T--GTATCG-TCA-----TTCTCA-TCAA-C--ATttttaat
gi|19 : ttc--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAaat
gi|16 : T--T-GTT-T-GT--AC-G--TC--ATA---TTG-CCT---T---CA-G-G-C-AAAA-GTGC-A-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TT--TCAA-C--ATG-CAAG
gi|14 : -GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAT--TTG-T-T---T---CA-G-G-T-CAAA-GTGC-A-TCA-T--GTA--G-TGT-----T--TCA-TCAA-CT-ATG-tttttata
gi|18 : -GTGC-A-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-CATATG-CAAGagtgtgcatcaacatgcatcgttttatac
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 22
lowQualScore : 3 111111 3 888888 88888 2 33 2 1111 33 33 8 66 2 55 2 2 2 33 66 2 2 2 77 2 55 33 66 2 2 888 444 2 2 2 2 2 2 2 33 00 2 66666 55 5 2 55 2
lowQualScore : . ...... . ...... ..... . .. . .... .. .. . .. . .. . . . .. .. . . . .. . .. .. .. . . ... ... . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. .
lowQualScore : 1 999999 1 888888 88888 9 99 9 8888 99 99 0 33 7 99 5 5 5 44 55 2 4 4 22 4 66 44 33 7 7 333 777 7 7 7 7 5 5 5 44 33 5 22222 99 0 5 99 7
consensus : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AN-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
Reference ( family-656 ) : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AT-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|1 : CCAA-AGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGACACTC--------T-C--ATT--ACACAAA-CTA--CCGC-A--TATTCT-AA-CGTCCAGCT--T-GTT-T-ATAATC-GT-TC--ACA---TCT-C-TCTCT---CG-GCG-CTCGA-GTTTCA-TCT-T--GTC--A-CGATACAGT--TCA-TCAA-C--ATG-CAA
gi|10 : ttc---ATTGA-ACTCG--A-AT-A-C--AT---AAGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA---TC--ACT--T-GTT-TTGTGGTC-----C--ATAAGTTTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-TACGTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataccc
gi|11 : tctcacggcgtttaaaCCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AA-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-TGTGTA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttaat
gi|12 : AACGGCC-AA------TTA------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AA-TAC--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T------------------------CA-T---T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|13 : tttAA-CTA--CAAA-A--T-TCTT-AA-TGTC--ACT--G-GTG-T-GTC-AT-G--TC--ATAG--TTG---T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTATCG-TCA-----TTCTCA-TCAA-C--ATtttttatac
gi|14 : ttc-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAT--TTG-T-T---T---CA-G-G-T-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGT-----T--TCA-TCAA-CT-ATG-aat
gi|15 : CCAACGGCT-AA------T-ATATTTAGTT-C---ATTGA-ACTCA--A-AT-T-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--agtgtgcatcaacatgcatcgttttatac
gi|16 : tcT--T-GTT-T-GT--AC-G--TC--ATA---TTG-CCT---T---CA-G-G-C-AAA-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TT--TCAA-C--ATG-CAAG
gi|17 : ACGGCC-A-------T-A------GTT-A---ATTGA-ACTAG--A-AT-A-C--ATTGTACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTtttttata
gi|18 : c-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-CATATG-CAAG
gi|19 : --T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAttttatacat
gi|2 : CCAACGGCC---------T-A------GTT-----ATTGA--CTCGTAA-AC-T-CTAATT--ACGTAAAACTAA-CGTA-A--T-TTCT-AA-AGTC--ACT--TCGTT-T-GTGCAC-GGTTC--ATAG--TTGCC-T---T---CA-G-G-C-C-A-AGTGCA-TCAGT--GTA--GCTGA-----T--TCA-TCAA-C--A-G-CA
gi|3 : ttAACGGCCGAA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTCG--A-AAAT-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCTAAA-CGTC--ACTCCT-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG---TG-C-T---T---CA-G-GCC-CAA-AGTGCATTCA-T--GTA--G-T-A-----T--TCATTCAA-C--ATGACAAGgttttatacat
gi|4 : ccaAACGGCC-AA------T-A------GTT-AGAAATTGA-ACTTG--G-AG-TGC--ATT--ACGTAAAGCCAGGCGAA-AAGT-TTCT-AAGCGTC--ACT--T-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-G-C---TATGCA-G-G-C-CAA--GTGCA-TC--T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAAGC--ATG-ttcttata
gi|5 : caCAACGCCG-AA------T-G------TTT-C---ATTGA-ACTCG--ACAA-T-C--ATT--ACGTAAAACTA--CGAAGA--T-TTCT-AA-CGTC--ACTGTT-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C---A-AGTGCA-TCC-T--GTAATG-TGA-----T--TCATTCAA-C--ATG-CAAGgcaggtttt
gi|6 : GGCC-AA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTTT--A-AT-A-C--ATT--ACGTAT--CTA--CAAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--A-T--T-GTTAT-GTTGAC-G--TCCAATAGT-TTG-C-CTA-T---CAGG-G-C-CAATAGTGCA-TCA-T--GTAACG-TGA-----TG-TCA-TCAA-A--ATG-CAtttttataca
gi|7 : cagaCCAACGGCT-AAATATATT-A------GTT-C---ATTGA-ACTCA--A-AT-T-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---C----G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGgttttat
gi|8 : cCCAACGACC-AAA-----T-A------GT--C---ATTGA-ACTCG--A-AT-A-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-AA-T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-AT-GACGG--TC--ACAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GAC--A-TGA-----T--TTA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataca
gi|9 : ttCAACGGCC-AA------T-A------ATT-C---CTTGA-ACTCG--A-AT-A-C--ATT--ATGTAAA-CAA--CGAA-C--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGtttata
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 11 22
lowQualScore : 3 111111 3 888888 88888 2 33 2 0000 33 33 8 66 2 55 2 2 2 33 66 2 2 2 77 2 55 33 66 2 2 888 444 2 2 2 2 2 2 2 33 00 2 66666 55 5 2 55 2
lowQualScore : . ...... . ...... ..... . .. . .... .. .. . .. . .. . . . .. .. . . . .. . .. .. .. . . ... ... . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. .
lowQualScore : 1 999999 1 888888 88888 9 99 9 9999 99 99 0 33 7 99 5 5 5 44 55 2 4 4 22 4 66 44 33 7 7 333 777 7 7 7 7 5 5 5 44 33 5 22222 99 0 5 99 7
consensus : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AN-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
Reference ( family-656 ) : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AN-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|1 : CCAA-AGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGACACTC--------T-C--ATT--ACACAAA-CTA--CCGC-A--TATTCT-AA-CGTCCAGCT--T-GTT-T-ATAATC-GT-TC--ACA---TCT-C-TCTCT---CG-GCG-CTCGA-GTTTCA-TCT-T--GTC--A-CGATACAGT--TCA-TCAA-C--ATG-CAA
gi|10 : ttc---ATTGA-ACTCG--A-AT-A-C--AT---AAGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA---TC--ACT--T-GTT-TTGTGGTC-----C--ATAAGTTTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-TACGTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataccc
gi|11 : tctcacggcgtttaaaCCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AA-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-TGTGTA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttaat
gi|12 : AACGGCC-AA------TTA------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AA-TAC--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T------------------------CA-T---T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|13 : tttAA-CTA--CAAA-A--T-TCTT-AA-TGTC--ACT--G-GTG-T-GTC-AT-G--TC--ATAG--TTG---T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTATCG-TCA-----TTCTCA-TCAA-C--ATtttttatac
gi|14 : ttc-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAT--TTG-T-T---T---CA-G-G-T-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGT-----T--TCA-TCAA-CT-ATG-aat
gi|15 : CCAACGGCT-AA------T-ATATTTAGTT-C---ATTGA-ACTCA--A-AT-T-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--agtgtgcatcaacatgcatcgttttatac
gi|16 : tcT--T-GTT-T-GT--AC-G--TC--ATA---TTG-CCT---T---CA-G-G-C-AAA-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TT--TCAA-C--ATG-CAAG
gi|17 : ACGGCC-A-------T-A------GTT-A---ATTGA-ACTAG--A-AT-A-C--ATTGTACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTtttttata
gi|18 : c-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-CATATG-CAAG
gi|19 : --T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAttttatacat
gi|2 : CCAACGGCC---------T-A------GTT-----ATTGA--CTCGTAA-AC-T-CTAATT--ACGTAAAACTAA-CGTA-A--T-TTCT-AA-AGTC--ACT--TCGTT-T-GTGCAC-GGTTC--ATAG--TTGCC-T---T---CA-G-G-C-C-A-AGTGCA-TCAGT--GTA--GCTGA-----T--TCA-TCAA-C--A-G-CA
gi|3 : ttAACGGCCGAA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTCG--A-AAAT-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCTAAA-CGTC--ACTCCT-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG---TG-C-T---T---CA-G-GCC-CAA-AGTGCATTCA-T--GTA--G-T-A-----T--TCATTCAA-C--ATGACAAGgttttatacat
gi|4 : ccaAACGGCC-AA------T-A------GTT-AGAAATTGA-ACTTG--G-AG-TGC--ATT--ACGTAAAGCCAGGCGAA-AAGT-TTCT-AAGCGTC--ACT--T-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-G-C---TATGCA-G-G-C-CAA--GTGCA-TC--T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAAGC--ATG-ttcttata
gi|5 : caCAACGCCG-AA------T-G------TTT-C---ATTGA-ACTCG--ACAA-T-C--ATT--ACGTAAAACTA--CGAAGA--T-TTCT-AA-CGTC--ACTGTT-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C---A-AGTGCA-TCC-T--GTAATG-TGA-----T--TCATTCAA-C--ATG-CAAGgcaggtttt
gi|6 : GGCC-AA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTTT--A-AT-A-C--ATT--ACGTAT--CTA--CAAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--A-T--T-GTTAT-GTTGAC-G--TCCAATAGT-TTG-C-CTA-T---CAGG-G-C-CAATAGTGCA-TCA-T--GTAACG-TGA-----TG-TCA-TCAA-A--ATG-CAtttttataca
gi|7 : cagaCCAACGGCT-AAATATATT-A------GTT-C---ATTGA-ACTCA--A-AT-T-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---C----G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGgttttat
gi|8 : cCCAACGACC-AAA-----T-A------GT--C---ATTGA-ACTCG--A-AT-A-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-AA-T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-AT-GACGG--TC--ACAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GAC--A-TGA-----T--TTA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataca
gi|9 : ttCAACGGCC-AA------T-A------ATT-C---CTTGA-ACTCG--A-AT-A-C--ATT--ATGTAAA-CAA--CGAA-C--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GT-GAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGtttata
blockSeqs : G ATATAT T TATTTA AGAA . TA C ATA TA GT A GG G AG . A G . CC C A T GG G GT CA GT C C TA ATG G . C . T T G AC TC C . TC T G AT A
blockSeqs : . A . . TC . . . AAT . . G A . A . . . . GT . . . GG . . . T . . . . . . . . . . . . AT . . G T . T .
blockSeqs : . . . . TC . . . GTG . . A . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . TA . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . AT . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . TT . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . TA . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . CT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . AT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . TA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . TT . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TA . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TN** ** G* ** *** *****
originalCons : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AN-T-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTGGAC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
finalCons : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-ATN--C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-GTT-T-GTG-AC-G--TC--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
Alignments
lowQualScore : 111111 22
lowQualScore : 3 111111 3 888888 88888 2 33 2 8888 33 33 8 66 2 55 2 2 2 33 66 2 2 2 2 444 2 77 2 33 66 2 2 888 444 2 2 2 2 1 2 2 2 33 00 2 66666 55 5 2 55 2
lowQualScore : . ...... . ...... ..... . .. . .... .. .. . .. . .. . . . .. .. . . . . ... . .. . .. .. . . ... ... . . . . . . . . .. .. . ..... .. . . .. .
lowQualScore : 1 999999 1 888888 88888 9 99 9 9999 99 99 0 33 7 99 5 5 5 44 55 2 2 4 4 888 4 99 5 44 33 7 7 333 777 7 7 7 7 7 5 5 5 44 33 5 22222 99 0 5 99 7
consensus : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-A-TN-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
Reference ( family-656 ) : CCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-A-TN-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|1 : CCAA-AGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGACACTC--------T-C--ATT--ACACAAA-CTA--CCGC-A--TATTCT-AA-CGTCCAGCT--T-G-TT-TA-T-A-ATCGT-T-C--ACA---TCT-C-TCTCT---CG-GCG-CTCGA-GTTTCA-TCT-T--GTC--A-CGATACAGT--TCA-TCAA-C--ATG-CAA
gi|10 : ttc---ATTGA-ACTCG--A-A-TA-C--AT---AAGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA---TC--ACT--T-GTTT-TG-T-G----G--TCC--ATAAGTTTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-TACGTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataccc
gi|11 : tctcacggcgtttaaaCCAACGGCC-AA------T-A------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-A-AT-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-TGG-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-TGTGTA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGttttaat
gi|12 : AACGGCC-AA------TTA------GTT-C---ATTGA-ACTCG--A-AATA-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-TGG-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T------------------------CA-T---T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAG
gi|13 : tttAA-CTA--CAAA-A--T-TCTT-AA-TGTC--ACT--G-G-TG-TG-T-C-A-TG--T-C--ATAG--TTG---T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTATCG-TCA-----TTCTCA-TCAA-C--ATtttttatac
gi|14 : ttc-G-TT-TG-T-GGA-CG--T-C--ATAT--TTG-T-T---T---CA-G-G-T-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGT-----T--TCA-TCAA-CT-ATG-aat
gi|15 : CCAACGGCT-AA------T-ATATTTAGTT-C---ATTGA-ACTCA--A-A-TT-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--agtgtgcatcaacatgcatcgttttatac
gi|16 : tcT--T-G-TT-TG-T---A-CG--T-C--ATA---TTG-CCT---T---CA-G-G-C-AAA-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TT--TCAA-C--ATG-CAAG
gi|17 : ACGGCC-A-------T-A------GTT-A---ATTGA-ACTAG--A-A-TA-C--ATTGTACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-Ttttttata
gi|18 : c-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-CATATG-CAAG
gi|19 : --T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAttttatacat
gi|2 : CCAACGGCC---------T-A------GTT-----ATTGA--CTCGTAA-A-CT-CTAATT--ACGTAAAACTAA-CGTA-A--T-TTCT-AA-AGTC--ACT--TCG-TT-TG-T-GCA-CGGTT-C--ATAG--TTGCC-T---T---CA-G-G-C-C-A-AGTGCA-TCAGT--GTA--GCTGA-----T--TCA-TCAA-C--A-G-CA
gi|3 : ttAACGGCCGAA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTCG--A-A-AATC--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-A--T-TTCTAAA-CGTC--ACTCCT-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG---TG-C-T---T---CA-G-GCC-CAA-AGTGCATTCA-T--GTA--G-T-A-----T--TCATTCAA-C--ATGACAAGgttttatacat
gi|4 : ccaAACGGCC-AA------T-A------GTT-AGAAATTGA-ACTTG--G-AGTG-C--ATT--ACGTAAAGCCAGGCGAA-AAGT-TTCT-AAGCGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG--TTG-G-C---TATGCA-G-G-C-C-A-AGTGCA-TC--T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAAGC--ATG-ttcttata
gi|5 : caCAACGCCG-AA------T-G------TTT-C---ATTGA-ACTCG--ACA-AT-C--ATT--ACGTAAAACTA--CGAAGA--T-TTCT-AA-CGTC--ACTGTT-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C---A-AGTGCA-TCC-T--GTAATG-TGA-----T--TCATTCAA-C--ATG-CAAGgcaggtttt
gi|6 : GGCC-AA------T-A------GTTTC---ATTGA-ACTTT--A-A-TA-C--ATT--ACGT-AT-CTA--CAAA-A--T-TTCT-AA-CGTC--A-T--T-G-TTATGTT-G-A-CG--T-CCAATAGT-TTG-C-CTA-T---CAGG-G-C-CAATAGTGCA-TCA-T--GTAACG-TGA-----TG-TCA-TCAA-A--ATG-CAtttttataca
gi|7 : cagaCCAACGGCT-AAATATATT-A------GTT-C---ATTGA-ACTCA--A-A-TT-C--ATT--ACGTTAA-CTG--CGAA-A--T-TTCC-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T---T---C----G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTA--G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGgttttat
gi|8 : cCCAACGACC-AAA-----T-A------GT--C---ATTGA-ACTCG--A-A-TA-C--ATT--ACGTAAA-CTA--CGAA-AA-T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TA-T-G-A-CGG-T-C--ACAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GAC--A-TGA-----T--TTA-TCAA-C--ATG-CAAGttttataca
gi|9 : ttCAACGGCC-AA------T-A------ATT-C---CTTGA-ACTCG--A-A-TA-C--ATT--ATGTAAA-CAA--CGAA-C--T-TTCT-AA-CGTC--ACT--T-G-TT-TG-T-G-A-CG--T-C--ATAG--TTG-C-T---T---CA-G-G-C-CAA-AGTGCA-TCA-T--GTAC-G-TGA-----T--TCA-TCAA-C--ATG-CAAGtttata