lowQualScore : 1111 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222 1 33333333333 11111 3333333333333333333 222 44444444 22 111111 11111111 111 111 222222222
lowQualScore : 4 2 6 77 2 2 4 2 2 0000 2 7 2 2 00 2 88888 555 2 2 777 4 444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000000000000 0 3 66666666666 777 66 11111 9999999999999999999 4 000 4 55555555 00 55 55 4 4 55 555555 9 44444444 111 4 888 66 8 4 666666666 4
lowQualScore : . . . .. . . . . . .... . . . . .. . ..... ... . . ... . ... .......................................................................................... ............ . . ........... ... .. ..... ................... . ... . ........ .. .. .. . . .. ...... . ........ ... . ... .. . . ......... .
lowQualScore : 2 1 3 77 0 2 4 2 4 0000 4 1 4 4 33 4 22222 777 4 4 444 7 444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 000000000000 0 3 11111111111 888 11 22222 0000000000000000000 4 222 4 44444444 66 55 55 0 0 55 555555 1 55555555 000 0 444 33 9 4 777777777 4
consensus : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-AC-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGATGA-GGAGG--TATTTA-TTATNT-TCTATTATTAT-TT-TAT-T-T--TATT--CTAT--TT-ATA-CG--TC---TNT---T----TT-GCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTTGAAAC--AC-AT---TTT---GTAAACAGATT--AAA--G-GA---AC-GA-----ATTA--CAAT-TCC-CCCA-AA-A-C--C-GCAG-T--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA------AACTTGT--------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
Reference ( gi|8 ) : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-AC-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGATGA-TGAAG--TATTTA-TCATGT-TCTATCATTAT-TT-TAT-T-T--TATT--CTAT--TT-AT--CT--TC---TAT---T----CT-GCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCCTTGAAA---AC-AG---TTT---GTAAACAGATT--AAA--G-GA---AC-GA-----ATTA-ACAAT-TCT-CCCA-AA-A-CAAA-GCAA-T--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA------AACGTGT--------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|25 : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAT-GCCT-GGCT-T-TA-
gi|24 : tCAAAGTACTGAATGTAT-T-GAAA-GCCT
gi|11 : ctatgataatAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCC-GGGCT-T-TA-CG-T----T-GC-A-T-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATATTT-T---C-A---AACTGA-GG--------TTA-TTATTTATTTATTATTA--TT-TAT-T-T--T
gi|17 : AAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT-GGCT-T-TA-CA-TTATGT-AC-A-T-ACT--C-A-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGATGA-GG--------TTA-TTAT----------TTA--TT-TAT-TAT--TAT----TAT--TT-AT--CT--TT---Ttcttgcagggaatggaaaaatcttttagaacaggaaatgttt
gi|10 : AAATACTGAATATAC-T-GAAA-ACC-GGGCT-T-TA-CA-T----T-AT-A-T-TCT--A-C-----AG-T-GG-CATGTTT-T---C-A---AGACGA-GG--------TTA-T--TAT-TCAATTATT-T-TT-TTT-T-T--CATT--CT
gi|22 : AAGTATTTAAAGTAC-T-GAAA-GCC-GGGTT-T-TA--A-G----T-AC-A-C-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATGTTT-T---C-A---Attcagggaatgcaaaaatcttttaagacatgaaatgtttta
gi|2 : AGTACTGAATGTAT-TTGAAA-GCCTGGGCT-TGTA-CACT----T-ACTA-T-ACT--A-CC----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-ACACAGAT-A-TGAAG--TATTT--TCATGTCTCTATCATTATATT-TATAT-TTATATT--CTAT--TTAATAACT--TC---TA---------CTAGCA-G--A---A---GT-TTTA
gi|3 : AGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT--GCT-T-TAGCA-T----T-AC-A-T-ACTA-A-C-----AGAA-GG-GAT-TTT-T---C-A---AGATGA-GG--T--TATTAA-TT-TGA-TCTATTATTAG-TT-TA--T-T--TA-T--CTAT--TT-ATAGCG--TC----AT---TTTTACT-GTA-A--A---T---GT-TTTAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcatttagtaaacagattaagggacacgagaggcagtgtcaattccaccaaaaacaaaagcaattagccagatcgtaaataaacgtgtaagcttattcaaaattataaa
gi|20 : GTACTGAATGTAC-T-AAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CG-T----T-AC-A-T-ACT--A-C-----AG-A-AA-GATGTTT-T---C-A---AGATGA-tacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttagaaacggatttttgtaaaatgattaaaaggcagattacaattcccccaaaacaccgcaagttagccagatcgtatataattgtaagcttattcaatgtaaatctgaacgtttaa
gi|7 : ACTGAATGTAC-T-GAA--GCCTGGCTT-T-TA-CA-TTATGT-AC-A-T-ACC--A-C-----AG-A--G-GATGTT------------AGATG---GAGG--T-TATA-TTA----TCTATTACGAT-T------------------TAT--TT-AT--CTAATT---TATACGT----TT-GCA-GGAA---A---GG-TTTAggttattattg
gi|12 : ACT-AATATAC-T-GAAA-GCCTGTGCA-T-TA-CA-T----TAAT-A-T-ATT--A-CTGTTAAG-A--G-GATGTTTGTTTAC-A---ACAT-A-TGAGGTATATTTA-T--TCT-TATATTGTTAT-AG-TGT-T-T--TATA--C--------AT--CA--TT---T-T---T----TT-GCA-G--GATTA---AT-TTTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctctgaacacaattttgagtaacagattgtaaaaggacggaatatacaattcccacacaaacacgcagtttagccagatcagtaaatagaacttgtaaactttattaataaactgaagctaaa
gi|1 : CTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCTGT-TA-CA-A----T-AC-A-TGACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-TAC-C-A---AGATGAGTTAAT--TATTTA-TC-TAT-TA-ATCATTA--TT-TA----------T--CTAT--TT-AT--
gi|14 : tacCTGAATGTAC-T-G-AA-GCCTGGCTC-T-TC-CA------T-AC---T-ACT--ACC-----AG-A-AG-AATGTTT-T---C-A--------G-TGAGGT-TATCTACTCTTAC-TCTATTATTA--TT-CAC-T-T--TATCCACTATAACT-A---CG--TC---TTT---T----C--GCA-G--G---AAATGT-TTTAaaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatccttgaaacacgattttataaacagattaaaatgacagaattaccaatgtccgcccaaaacacgcagttagccaaatcataaatttatacttgtaagctcgttattccaattaaactgttacgctaaatc
gi|23 : tagTGAATGTAC-T-TAAA-GCC-GGGC----TA-CG-T----T-GC-AGC-ATA--A-C-----AG-T-GGAGGTGTTT-T---C-
gi|15 : GAATGTAC-T-GAAG-GCCT-GGCT-TATA--A-T----T-AC-A-T-AC---A-C-----AG-AGGG-GATGTTC-T---T-C---AGAT---TGAGG-----TTA-TTATAT-ACT-TTATTA--TT-TA--T-T--TA-T--CTATG-TT-ATG-CG--TC---ATT---T----TT-GCA-G--G---A---
gi|5 : AGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-AAGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTTT-T---CTA---AGATGA-GG--------TTA-TTAT----TTATTATTTTATT-TAC-T-T--TAAT--CTAT--TT-ATA-CG--TCATGTTT---T----TT-GCAGG--A---A---ATGTTTAaatgtt
gi|4 : tgagaAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-AAGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTTT-T---CTA---AGATGA-GG--------TTA-TTAT----TTATTATTTTATT-TAC-T-T--TAAT--CTAT--TT-ATA-CG--TCATGTTT---T----TT-GCAGG--A---A---ATGTTTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|16 : tgagaAAAGTAA-T-GAAA-GCC-GGACT-T-GA-CG-T----T-GC-A-T-ACT--G-C-----AG-T-GG-GATATTT-C---C-A---AGCTGA-GG--------TTA-TCATTTATTTATCATTAT-TT-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|6 : cAC-T-GAAAAGCCGTGGCT-T-TA-CA-T----T-TC-A-T-ACTTAA-C-----AG-ATGG-GAT-TTT-T---G-A---AGAT---CGAGGTATATTTA-TCTTAT---TATC-TAAT-TTATAT-G-T--TA----CTA---TT-ATG-CG--TT---CAT---T----TT-GCA-G--A---ACATGT-TTTgccattcttgcagggaatggaa
gi|3 : TATCCTTAGAA---AC-GGATTTTT---GTAAAATGATT--AAA--A-GG----C-AG-----ATTA--CAAT-TCC-CCCA-AA-A-CACC-GCAAGT--TAGCC--AGA-TC-GTATA--TA------A--TTGT--------AAGC---TTATT-CAA-TGTAAAT-C-TG-AA---------C-GTTTAAtcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccttgaacaattttgtaaacagattaaaaagattcacagaattacaattcccccaaaacgcatggtagccagatcgtaaaaaatcttgcaacttattcaagtaaatctgaacgcgt
gi|5 : agtactgaatgtactgaaagcctgctttagcattacatactaacagaagggatttttcaagatgaggttattaatttgatctattattagtttatttatctatttatagcgtcatttttactgtaaatgttttatacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATCCTTGAAACTGAC--T---TTT---GTAAACAGATT--AA---G-GA---CA-GA-----CTT---CAAT-TC---CCA-AACA-C----GCA--T--TAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA------AACTTGT--------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATC
gi|4 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATCCTTGAAACTGAC--T---TTT---GTAAACAGATT--AA---G-GA---CA-GA-----CTT---CAAT-TC---CCA-AACA-C----GCA--T--TAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA------AACTTGT--------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATC
gi|7 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATCTCTGAAC---AC-AA---TTTTGAGTAA-CAGATTGTAAA--A-GG---AC-GG-----AATATACAAT-TCC-CACACAA-A-C-AC-GCAGTT--TAGCC--AGA-TCAGTAAA--TAG-----AACTTGT--------AAACT--TTATT--AA---TAAA--C-TG-AA-----------GCTAAA
gi|9 : actgaatgtactgaagcctggcttttacattatgtacataccacagaggatgttagatggaggttatattatctattacgatttatttatctaatttatacgtttgcaggaaaggtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACC--TGGTA---AC-AG---TTT---GGTATCAGAAT--TAA--G-GA---ACTGA-----ATTA-CCAAT-TCT---CA-AA-G-TTCC-GCAG-T--TAGCCCAAGATTC-GTAAA--TACTTACTAATATTTAAAGATTAAAGC---TTATC-TAATT-TAAGT-C-TG-AA---------CAACTAAATC
gi|1 : cagattcaggATCCTTGAAAC--ACGAT---TTT---ATAAACAGATT--AAA--A-TG---ACAGA-----ATTA-CCAATGTCCGCCCA-AA-A-CAC--GCAG-T--TAGCC--AAA-TC-ATAAATTTA------TACTTGT--------AAGCTCGTTATTCCAA-T-TAAA--C-TGTTA---------C-GCTAAATCa
gi|13 : tacctgaatgtactgaaagcctgggctgttacaatacatgactacagagggatgttttaccaagatgagttaattatttatctattaatcattatttatctatttataaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCCTTGAAA---A--AG---ATT---TTAAACAGATT--AAAACG-GACC-AC-GA-----ATTA--CAAT-TCC-CCCA-AA-A-ACAC-GCAC-T--TAGCC--AGA--C-ATAAA--CA------AACTTGT--------ATGC---TTATT-CAA-T-TAGATGC-TG-AAAAAAAACCCC-GCTAAATC
gi|6 : tCCTTGAAC---A--AT---TTT---GTAAACAGATT--AAA--AAGATTCACAGA-----ATTA--CAAT-TCC-CCCA-AA-A-C----GCA--TGGTAGCC--AGA-TC-GTAAA--AA------ATCTTGC--------AA-C---TTATT-CAA-G-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCa
gi|2 : actgaaaagccgtggctttacatttcatacttaacagatgggatttttgaagatcgaggtatatttatcttattatctaatttatatgttactattatgcgttcattttgcagaacatgtttttcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngC-AT---TTA---GTAAACAGATT--AAG--G-GAC--AC-GAGAGGCAGTG-TCAAT-TCC-ACCA-AA-AACAAAAGCAA-T--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA------AACGTGT--------AAGC---TTATT-CAA-gt
gi|21 : agtactgaatgtatttgaaagcctgggcttgtacacttactatactaccagagggatgttttcacacagatatgaagtattttcatgtctctatcattatatttatatttatattctatttaataacttctactagcagaagttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatAA-T--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA------AACGTGT--------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATCaattataaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGCAATACTCTCAGAATGCTTGTTATTATTCATTTATTTGTCATTCTTGCATGCAGGGAATAGAAAAATCTTTGAGAACAAGAAATGTT
Unaligned ( gi|19 ): CAGAATACAACTAGCCAGTTCCAAGTATAGGCCACCTGTACTTCACCTACAGCAAGGGACGTTTCAGTCTAAGTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555 111111 111 11 1 22222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222 2222222222222222222 3333333333 1111111111 111 111 222222222
lowQualScore : 4 2 6 4 4 2 4 2 2 4444 2 4444 6 2 2 99 2 77777 444 2 2 666 4 444 2 2 111111 666666 33 222 2 2 11 33 7 3 3 3 55 555 3 66666 55 7 5555555555 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 000000000 6666 0 777 5555555555555555555 4 555 8 4 4 7 4 55 3333333333 3 99 3 55 3 3 55 3 55 55 5555555555 000 3 555 44 8 4 444444444 4
lowQualScore : . . . . . . . . . .... . .... . . . .. . ..... ... . . ... . ... . . ...... ...... .. ... . . .. .. . . . . .. ... . ..... .. . .......... . .......................................................................................................................... . ......... .... . ... ................... . ... . . . . . .. .......... . .. . .. . . .. . .. .. .......... ... . ... .. . . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 4 0 1 2 1 2 7777 2 7777 7 2 2 77 2 88888 999 2 2 999 4 111 5 5 444444 333333 77 000 7 7 11 99 8 6 6 6 00 555 6 55555 00 3 1111111111 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 444444444 1111 8 000 2222222222222222222 0 777 0 0 0 5 0 55 5555555555 6 44 6 00 6 6 00 6 00 00 9999999999 000 6 777 88 0 0 000000000 0
consensus : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGA-TGAGG-G-TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT--T-T-TAT-TT--TA-TCTAT-T-T-A--T-A-CGT-C---TTTTT--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCA-AA--A--CA-C----GC-A-GTT-AGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
Reference ( family-646 ) : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGA-TGAGGAGGTATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT--T-T-TAT-TT--TATTCTAT-T-T-A--T-A-CGT-C---TNTTT--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCA-AA--A--C--C----GC-A-GTT-AGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|1 : CTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCTGT-TA-CA-A----T-A----C-A-TGACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-TAC-C-A---AGA-TGAG------TTAATTA-TTTATCTATTA----AT--CAT-TA--TT--TA-TCTAT-T-T-A--T-A-AATGC---ATTTT--TGCA-G--
gi|1 : tacATCCTT-GAAAC--ACGA-TTTT-A--TAAACAGATT---AAA--A-TG---ACAGA-----AT-T-A-CCAATGTCCGCCCA-AA--A--CA-C----GC-A-GTT-AGCC--AAA-TC-ATAAATTTA-T--ACT--TGT----------AAGCTCGTTATTCCAA-T-TAAA--C-TGTTA---------C-GCTAAATCggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatccttgaaacacgattttataaacagattaaaatgacagaattaccaatgtccgcccaaaacacgcagttagccaaatcataaatttatacttgtaagctcgttattccaattaaactgttacgctaaatc
gi|10 : tacctgaatgtactgaaagcctgggctgttacaatacatgactacagagggatgttttaccaagatgagttaattatttatctattaatcattatttatctatttataaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAATACTGAATATAC-T-GAAA-ACC-GGGCT-T-TA-CA-T----T-A----T-A-T-TCT--A-C-----AG-T-GG-CATGTTT-T---C-A---AGA-CGAGG------TTATTA---T-TCAATTATT---T--T-T-TTT-TT--CATTCT
gi|11 : AAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCC-GGGCT-T-TA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATATTT-T---C-A---AAC-TGAGG------TTATTA-TTTATTTATTATT--A---T-T-TAT-TT--Tttcagggaatgcaaaaatcttttaagacatgaaatgtttta
gi|12 : ACT-AATATAC-T-GAAA-GCCTGTGCA-T-TA-CA-T----TAA----T-A-T-ATT--A-CTGTTAAG-A--G-GATGTTTGTTTAC-A---ACA-T-ATGAGGTA--TATT--------TATTCTT--AT--A-T-TGT-TA--TAGTGT-T-T-T-A--T-A-CAT-CAT-TTTTT--TGCA-G--GATTA---AT-TTTAtcttgcagggaatggaaaaatcttttagaacaggaaatgttt
gi|13 : TCCTT-GAAAA--AG-A-TTTT-----AAACAGATT---AAAACG-GACC-AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCA-AA--AA-CA-C----GC-A-CTT-AGCC--AGA--C-ATAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA-T-TAGATGC-TG-AAAAAAAACCCC-GCTAAATC
gi|14 : CTGAATGTAC-T-G-AA-GCCTGGCTC-T-TC-CA------T-A----C---T-ACT--ACC-----AG-A-AG-AATGTTT-T---C-A-----G-TGAG--GTTATCTACTCTTAC-TCTATTATT--A---T-T-CAC-TT--TA-TCCAC-TAT-AACT-A-CGT-C---T-TTT--CGCA-G--G---AAATGT-TTTAa
gi|15 : tagGAATGTAC-T-GAAG-GCCT-GGCT-TATA--A-T----T-A----C-A-T-AC---A-C-----AG-AGGG-GATGTTC-T---T-C---AGATTGAGG------TTATTA-TAT-ACT-TTATT--A---T-T-TA--TT--TA-TCTATGT-T-A--T-G-CGT-C---ATTTT--TGCA-G--G---A---
gi|16 : AAAGTAA-T-GAAA-GCC-GGACT-T-GA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--G-C-----AG-T-GG-GATATTT-C---C-A---AGC-TGAGG------TTATCA-TTTATTTATCATT--AT--T-T-aatgtt
gi|17 : cAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-ATGTAC-A-T-ACT--C-A-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGA-TGAGG------TTATTA-TTTATTTATTATT--ATTAT-T-TAT-CT--Tgccattcttgcagggaatggaa
gi|2 : AGTACTGAATGTAT-TTGAAA-GCCTGGGCT-TGTA-CACT----T-A----CTA-T-ACT--A-CC----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-ACACAGA-T-ATGAAGTATTT-TCA-TGTCTCTATCATT--ATA-T-T-TATATTTATATTCTAT-T-TAA--TAA-CTT-C---TA-CT--AGCA-G--A---A---GT-TTTAtt
gi|2 : C-A-TTTA-G--TAAACAGATT---AAG--G-GAC--AC-GAGAGGCAG-T-GTC-AAT-TCC-ACCA-AA--A--A--CAAAAGC-A-ATT-AGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcatttagtaaacagattaagggacacgagaggcagtgtcaattccaccaaaaacaaaagcaattagccagatcgtaaataaacgtgtaagcttattcaaaattataaa
gi|20 : agtactgaatgtatttgaaagcctgggcttgtacacttactatactaccagagggatgttttcacacagatatgaagtattttcatgtctctatcattatatttatatttatattctatttaataacttctactagcagaagttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatGTACTGAATGTAC-T-AAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CG-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-AA-GATGTTT-T---C-A---AGA-TGAGG------TTATTA-Taattataaa
gi|21 : -A-ATT-AGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATCtg
gi|22 : AAGTATTTAAAGTAC-T-GAAA-GCC-GGGTT-T-TA--A-G----T-A----C-A-C-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATGTTT-T---C-A---A
gi|23 : TGAATGTAC-T-TAAA-GCC-GGGC----TA-CG-T----T-G----C-AGC-ATA--A-C-----AG-T-GGAGGTGTTT-T---C-
gi|24 : CAAAGTACTGAATGTAT-T-GAAA-GCCT
gi|25 : ctatgataatCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAT-GCCT-GGCT-T-TA-
gi|3 : tAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT--GCT-T-TAGCA-T----T-A----C-A-T-ACTA-A-C-----AGAA-GG-GAT-TTT-T---C-A---AGA-TGAG--GTTATTAATT--TGA-TCTATTATT--AG--T-T-TA--TT--TA-TCTAT-T-T-A--T-AGCGT-CA--TTTTTACTGTA-A--A---T---GT-TTTA
gi|3 : TATCCTTAGAAAC--GG-A-TTTTTG--TAAAATGATT---AAA--A-GG----C-AG-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCA-AAACA--C--C----GCAA-GTT-AGCC--AGA-TC-GTATA--TA-A----T--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-TGTAAAT-C-TG-AA---------C-GTTTAAtacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttagaaacggatttttgtaaaatgattaaaaggcagattacaattcccccaaaacaccgcaagttagccagatcgtatataattgtaagcttattcaatgtaaatctgaacgtttaa
gi|4 : agtactgaatgtactgaaagcctgctttagcattacatactaacagaagggatttttcaagatgaggttattaatttgatctattattagtttatttatctatttatagcgtcatttttactgtaaatgttttatacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTTT-T---CTA---AGA-TGAGG------TTATTA-TTT-ATTATT-TT--AT--T-T--AC-TT--TAATCTAT-T-T-A--T-A-CGT-CATGTTTTT--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|4 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C----AA--A--CA-C----GC-A--TT-AGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|5 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTTT-T---CTA---AGA-TGAGG------TTATTA-TTT-ATTATT-TT--AT--T-T--AC-TT--TAATCTAT-T-T-A--T-A-CGT-CATGTTTTT--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|5 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C----AA--A--CA-C----GC-A--TT-AGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|6 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-T-GAAAAGCCGTGGCT-T-TA-CA-T----T-T----C-A-T-ACTTAA-C-----AG-ATGG-GAT-TTT-T---G-A---AGA-T--CGAGGTATAT-TTA-TCT---TATTATCTAAT--T-TATAT-GT--TA--CTA--T-T-A--T-G-CGT-T---CATTT--TGCA-G--A---ACATGT-TTT
gi|6 : CCTT-GAA-C--A--A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--AAGATTCACAGA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCA-AA--A-----C----GC-ATGGT-AGCC--AGA-TC-GTAAA--AA-A--TCT--TGC----------AA-C---TTATT-CAA-G-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCtcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccttgaacaattttgtaaacagattaaaaagattcacagaattacaattcccccaaaacgcatggtagccagatcgtaaaaaatcttgcaacttattcaagtaaatctgaacgcgt
gi|7 : actgaaaagccgtggctttacatttcatacttaacagatgggatttttgaagatcgaggtatatttatcttattatctaatttatatgttactattatgcgttcattttgcagaacatgtttttcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTGAATGTAC-T-GAA--GCCTGGCTT-T-TA-CA-TTATGT-A----C-A-T-ACC--A-C-----AG-A--G-GATGTT------------AGA-T--GGAGGT-TATATTA-----TCTATTACG--A---T-T-TA--TT--TATCTAAT-T-T-A--T-A-CG---------TT--TGCA-GGAA---A---GG-TTTAgt
gi|7 : TATCTCT-GAA-C--AC-AATTTT-GAGTAA-CAGATTGTAAAA--G-GA---CG-GA-----ATAT-A-C-AAT-TCC-CACACAA--A--CA-C----GC-A-GTTTAGCC--AGA-TCAGTAAA--TAGA--ACT--TGT----------AAACT--TTATT--AA---TAAA--C-TG-AA-----------GCTAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctctgaacacaattttgagtaacagattgtaaaaggacggaatatacaattcccacacaaacacgcagtttagccagatcagtaaatagaacttgtaaactttattaataaactgaagctaaa
gi|8 : actgaatgtactgaagcctggcttttacattatgtacataccacagaggatgttagatggaggttatattatctattacgatttatttatctaatttatacgtttgcaggaaaggtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTTT-T---C-A---AGA-TGATGAAGTATTTATCA-TGT-TCTATCATT--AT--T-T-TAT-TT--TATTCTAT-T-T-A--T---CTT-C---TATTC--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCCTT-GAAA---AC-A-GTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-TAA-C-AAT-TCT-CCCA-AA--A--CAAA----GC-A-ATT-AGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|9 : CCTG-GTAAC--A--G-TTTG-G--TAT-CAGAAT---TAA--G-GA---ACTGA-----AT-T-A-CCAAT-TCT-C--A-AA--GTTC--C----GC-A-GTT-AGCCCAAGATTC-GTAAA--TA-CTTACTAATATTTAAAGATTAAAGC---TTATC-TAATT-TAAGT-C-TG-AA---------CAACTAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGCAATACTCTCAGAATGCTTGTTATTATTCATTTATTTGTCATTCTTGCATGCAGGGAATAGAAAAATCTTTGAGAACAAGAAATGTT
Unaligned ( gi|19 ): CAGAATACAACTAGCCAGTTCCAAGTATAGGCCACCTGTACTTCACCTACAGCAAGGGACGTTTCAGTCTAAGTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444 1 11 11 111 2222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222 2222222222222222222 1111111111 111 111 222222222
lowQualScore : 4 2 6 4 4 2 4 2 2 4444 2 4444 6 2 2 99 2 77777 444 2 33 33 4 9999 33 2 111111 2 2 3 33 11 2 2 44 333 3 3 3 55 3 3 5555 55 55 7 5555555555 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 000000000 6666 0 777 5555555555555555555 4 555 8 4 4 999 4 555555 8888 3 99 55 3 3 55 3 55 55 5555555555 000 3 555 44 8 4 444444444 4
lowQualScore : . . . . . . . . . .... . .... . . . .. . ..... ... . .. .. . .... .. . ...... . . . .. .. . . .. ... . . . .. . . .... .. .. . .......... . .......................................................................................................................... . ......... .... . ... ................... . ... . . . ... . ...... .... . .. .. . . .. . .. .. .......... ... . ... .. . . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 4 0 1 2 1 2 7777 2 7777 7 2 2 77 2 88888 999 2 11 11 4 1111 44 5 777777 5 9 3 77 66 7 7 66 666 1 3 3 00 6 6 1111 00 00 3 1111111111 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 444444444 1111 8 000 2222222222222222222 0 777 0 0 0 000 0 999999 5555 6 44 00 6 6 00 6 00 00 9999999999 000 6 777 88 0 0 000000000 0
consensus : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-TGAGG---TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
Reference ( family-646 ) : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-TGAGG--GTATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|1 : CTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCTGT-TA-CA-A----T-A----C-A-TGACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TTACC-A----AG--A-TGAG------TTAATTA-TTTATCTATTA----AT-CAT-TA--TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-AATGC---ATTT--T--TGCA-G--
gi|1 : tacATCCTT-GAAAC--ACGA-TTTT-A--TAAACAGATT---AAA--A-TG---ACAGA-----AT-T-A-CCAATGTCCGCCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AAA-TC-ATAAATTTA-T--ACT--TGT----------AAGCTCGTTATTCCAA-T-TAAA--C-TGTTA---------C-GCTAAATCggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatccttgaaacacgattttataaacagattaaaatgacagaattaccaatgtccgcccaaaacacgcagttagccaaatcataaatttatacttgtaagctcgttattccaattaaactgttacgctaaatc
gi|10 : tacctgaatgtactgaaagcctgggctgttacaatacatgactacagagggatgttttaccaagatgagttaattatttatctattaatcattatttatctatttataaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAATACTGAATATAC-T-GAAA-ACC-GGGCT-T-TA-CA-T----T-A----T-A-T-TCT--A-C-----AG-T-GG-CATGTT--TT--C-A----AG--A-CGAGG------TTATTA---T-TCAATTATT---T-T-T-TTT-TTCA---T
gi|11 : AAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCC-GGGCT-T-TA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATATT--TT--C-A----AA--C-TGAGG------TTATTA-TTTATTTATTATT--A--T-T-TAT-TTT----TCT-tctttcagggaatgcaaaaatcttttaagacatgaaatgtttta
gi|12 : ACT-AATATAC-T-GAAA-GCCTGTGCA-T-TA-CA-T----TAA----T-A-T-ATT--A-CTGTTAAG-A--G-GATGTTTGTT--T-ACAACAT--A-TGAGGT-ATATTTAT---TCT-TATATTGTT--AT-A-G-TGT-------------T-T-TA--TA-CAT-CAT-TTTT--T--TGCA-G--GATTA---AT-TTTAtgcagggaatggaaaaatcttttagaacaggaaatgttt
gi|13 : TCCTT-GAAAA--AG-A-TTTT-----AAACAGATT---AAAACG-GACC-AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCAA-AAA--C-A-C----GC-AC-TTAGCC--AGA--C-ATAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA-T-TAGATGC-TG-AAAAAAAACCCC-GCTAAATC
gi|14 : CTGAATGTAC-T-G-AA-GCCTGGCTC-T-TC-CA------T-A----C---T-ACT--ACC-----AG-A-AG-AATGTT--TT--C-A--------G-TGAGG--TTATCTACTCTTAC-TCTATTATT--A--T-T-CAC-TTTA---TCC-AC-TATAACTA-CGT-C----TTT--T--CGCA-G--G---AAATGT-TTTAa
gi|15 : tagGAATGTAC-T-GAAG-GCCT-GGCT-TATA--A-T----T-A----C-A-T-AC---A-C-----AG-AGGG-GATGTT--CT--T-C----AG--ATTGAGG------TTATTA-TAT-ACT-TTATT--A--T-T-TA--TTTA---TCT-ATGT-TA--TG-CGT-C---ATTT--T--TGCA-G--G---A---
gi|16 : AAAGTAA-T-GAAA-GCC-GGACT-T-GA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--G-C-----AG-T-GG-GATATT--TC--C-A----AG--C-TGAGG------TTATCA-TTTATTTATCATT--AT-T-T-aatgtt
gi|17 : cAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-ATGTAC-A-T-ACT--C-A-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-TGAGG------TTATTA-TTTATTTATTATT--A----T-TA--TTTA---TCT--T-T-Tgccattcttgcagggaatggaa
gi|2 : AGTACTGAATGTAT-TTGAAA-GCCTGGGCT-TGTA-CACT----T-A----CTA-T-ACT--A-CC----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-ACAC-AGATA-TGA-A--GTATTT-TCA-TGTCTCTATCATT--ATAT-T-TATATTTATATTCT-AT-T-TA---A-TAA-C---TTCTACT--AGCA-G--A---A---GT-TTTA
gi|2 : C-A-TTTA-G--TAAACAGATT---AAG--G-GAC--AC-GAGAGGCAG-T-GTC-AAT-TCC-ACC-A-AAA----A-CAAAAGC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcatttagtaaacagattaagggacacgagaggcagtgtcaattccaccaaaaacaaaagcaattagccagatcgtaaataaacgtgtaagcttattcaaaattataaa
gi|20 : agtactgaatgtatttgaaagcctgggcttgtacacttactatactaccagagggatgttttcacacagatatgaagtattttcatgtctctatcattatatttatatttatattctatttaataacttctactagcagaagttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatGTACTGAATGTAC-T-AAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CG-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-AA-GATGTT--TT--C-A----AG--A-TGAGG------TTATTA-Taattataaa
gi|21 : -AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATCtg
gi|22 : AAGTATTTAAAGTAC-T-GAAA-GCC-GGGTT-T-TA--A-G----T-A----C-A-C-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATGTT--TT--C-A----A
gi|23 : TGAATGTAC-T-TAAA-GCC-GGGC----TA-CG-T----T-G----C-AGC-ATA--A-C-----AG-T-GGAGGTGTT--TT--C-
gi|24 : CAAAGTACTGAATGTAT-T-GAAA-GCCT
gi|25 : ctatgataatCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAT-GCCT-GGCT-T-TA-
gi|3 : tAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT--GCT-T-TAGCA-T----T-A----C-A-T-ACTA-A-C-----AGAA-GG-GAT-TT--TT--C-A----AG--A-TGAGG--TTATTAATT--TGA-TCTATTATT--AG-T-T-TA--TTTA---TCT-AT-T-TA--TAGCGT-CA--TTTT--TACTGTA-A--A---T---GT-TTTA
gi|3 : TATCCTTAGAAAC--GG-A-TTTTTG--TAAAATGATT---AAA--A-GG----C-AG-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-ACC----GCAAG-TTAGCC--AGA-TC-GTATA--TA-A----T--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-TGTAAAT-C-TG-AA---------C-GTTTAAtacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttagaaacggatttttgtaaaatgattaaaaggcagattacaattcccccaaaacaccgcaagttagccagatcgtatataattgtaagcttattcaatgtaaatctgaacgtttaa
gi|4 : agtactgaatgtactgaaagcctgctttagcattacatactaacagaagggatttttcaagatgaggttattaatttgatctattattagtttatttatctatttatagcgtcatttttactgtaaatgttttatacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----AG--A-TGAGG------TTATTA-TTT-ATTATT-TT--AT-T-T--AC-TTTAA--TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|4 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|5 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----AG--A-TGAGG------TTATTA-TTT-ATTATT-TT--AT-T-T--AC-TTTAA--TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|5 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|6 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-T-GAAAAGCCGTGGCT-T-TA-CA-T----T-T----C-A-T-ACTTAA-C-----AG-ATGG-GAT-TT--TT--G-A----AG--A-TCGAG--GTATAT-TTA-TCT---TATTATCTAAT-T-TATAT-GTTA----CT-A--T-TA--TG-CGT-T---CATT--T--TGCA-G--A---ACATGT-TTT
gi|6 : CCTT-GAA-C--A--A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--AAGATTCACAGA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-G-C----AT-GG--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--AA-A--TCT--TGC----------AA-C---TTATT-CAA-G-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCtcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccttgaacaattttgtaaacagattaaaaagattcacagaattacaattcccccaaaacgcatggtagccagatcgtaaaaaatcttgcaacttattcaagtaaatctgaacgcgt
gi|7 : actgaaaagccgtggctttacatttcatacttaacagatgggatttttgaagatcgaggtatatttatcttattatctaatttatatgttactattatgcgttcattttgcagaacatgtttttcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTGAATGTAC-T-GAA--GCCTGGCTT-T-TA-CA-TTATGT-A----C-A-T-ACC--A-C-----AG-A--G-GATGTT-------------AG--A-TGGAG--GT-TATATTA-----TCTATTACG--A--T-T-TA--TTTA---TCTAAT-T-TA--TA-CG---------T--T--TGCA-GGAA---A---GG-TTTAgt
gi|7 : TATCTCT-GAA-C--AC-AATTTT-GAGTAA-CAGATTGTAAAA--G-GA---CG-GA-----ATAT-A-C-AAT-TCC-CAC-ACAAA--C-A-C----GC-AGTTTAGCC--AGA-TCAGTAAA--TAGA--ACT--TGT----------AAACT--TTATT--AA---TAAA--C-TG-AA-----------GCTAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctctgaacacaattttgagtaacagattgtaaaaggacggaatatacaattcccacacaaacacgcagtttagccagatcagtaaatagaacttgtaaactttattaataaactgaagctaaa
gi|8 : actgaatgtactgaagcctggcttttacattatgtacataccacagaggatgttagatggaggttatattatctattacgatttatttatctaatttatacgtttgcaggaaaggtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-TGATGAAGTATTTATCA-TGT-TCTATCATT--AT-T-T-TAT-TTTAT--TCT-AT-T-TA--T--CTT-C---TATT--C--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCCTT-GAAA---AC-A-GTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-TAA-C-AAT-TCT-CCC-A-AAA--CAA-A----GC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|9 : CCTG-GTAAC--A--G-TTTG-G--TAT-CAGAAT---TAA--G-GA---ACTGA-----AT-T-A-CCAAT-TCT-C---A-AAGTTC---C----GC-AG-TTAGCCCAAGATTC-GTAAA--TA-CTTACTAATATTTAAAGATTAAAGC---TTATC-TAATT-TAAGT-C-TG-AA---------CAACTAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGCAATACTCTCAGAATGCTTGTTATTATTCATTTATTTGTCATTCTTGCATGCAGGGAATAGAAAAATCTTTGAGAACAAGAAATGTT
Unaligned ( gi|19 ): CAGAATACAACTAGCCAGTTCCAAGTATAGGCCACCTGTACTTCACCTACAGCAAGGGACGTTTCAGTCTAAGTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 1 11 11 111 2222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222 2222222222222222222 1111111111 111 111 222222222
lowQualScore : 4 2 6 4 4 2 4 2 2 4444 2 4444 6 2 2 99 2 77777 444 2 33 33 4 9999 444 33 2 5 33333 2 2 3 33 11 2 2 66 333 3 3 3 55 3 3 5555 55 55 7 5555555555 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 000000000 6666 0 777 5555555555555555555 4 555 8 4 4 999 4 555555 8888 3 99 55 3 3 55 3 55 55 5555555555 000 3 555 44 8 4 444444444 4
lowQualScore : . . . . . . . . . .... . .... . . . .. . ..... ... . .. .. . .... ... .. . . ..... . . . .. .. . . .. ... . . . .. . . .... .. .. . .......... . .......................................................................................................................... . ......... .... . ... ................... . ... . . . ... . ...... .... . .. .. . . .. . .. .. .......... ... . ... .. . . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 4 0 1 2 1 2 7777 2 7777 7 2 2 77 2 88888 999 2 11 11 4 1111 111 44 5 0 99999 5 9 3 77 66 7 7 33 666 1 3 3 00 6 6 1111 00 00 3 1111111111 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 444444444 1111 8 000 2222222222222222222 0 777 0 0 0 000 0 999999 5555 6 44 00 6 6 00 6 00 00 9999999999 000 6 777 88 0 0 000000000 0
consensus : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG-TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
Reference ( family-646 ) : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG-TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|1 : CTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCTGT-TA-CA-A----T-A----C-A-TGACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TTACC-A----A---G--A-T-GAGT-TA---ATTA-TTTATCTATTA----AT-CAT-TA--TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-AATGC---ATTT--T--TGCA-G--
gi|1 : tacATCCTT-GAAAC--ACGA-TTTT-A--TAAACAGATT---AAA--A-TG---ACAGA-----AT-T-A-CCAATGTCCGCCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AAA-TC-ATAAATTTA-T--ACT--TGT----------AAGCTCGTTATTCCAA-T-TAAA--C-TGTTA---------C-GCTAAATCggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatccttgaaacacgattttataaacagattaaaatgacagaattaccaatgtccgcccaaaacacgcagttagccaaatcataaatttatacttgtaagctcgttattccaattaaactgttacgctaaatc
gi|10 : tacctgaatgtactgaaagcctgggctgttacaatacatgactacagagggatgttttaccaagatgagttaattatttatctattaatcattatttatctatttataaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAATACTGAATATAC-T-GAAA-ACC-GGGCT-T-TA-CA-T----T-A----T-A-T-TCT--A-C-----AG-T-GG-CATGTT--TT--C-A----A---G--A-C-GAGG----TTATTA---T-TCAATTATT---T-T-T-TTT-TTCA---T
gi|11 : AAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCC-GGGCT-T-TA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATATT--TT--C-A----A---A--C-T-GAGG----TTATTA-TTTATTTATTATT--A--T-T-TAT-TTT----TCT-tctttcagggaatgcaaaaatcttttaagacatgaaatgtttta
gi|12 : ACT-AATATAC-T-GAAA-GCCTGTGCA-T-TA-CA-T----TAA----T-A-T-ATT--A-CTGTTAAG-A--G-GATGTTTGTT--T-ACAACA---T--A-T-GAGG-TA--TATT--TAT-TCTTATATT--GT-T-A-TAG-TGT---------T-T-TA--TA-CAT-CAT-TTTT--T--TGCA-G--GATTA---AT-TTTAtgcagggaatggaaaaatcttttagaacaggaaatgttt
gi|13 : TCCTT-GAAAA--AG-A-TTTT-----AAACAGATT---AAAACG-GACC-AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCAA-AAA--C-A-C----GC-AC-TTAGCC--AGA--C-ATAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA-T-TAGATGC-TG-AAAAAAAACCCC-GCTAAATC
gi|14 : CTGAATGTAC-T-G-AA-GCCTGGCTC-T-TC-CA------T-A----C---T-ACT--ACC-----AG-A-AG-AATGTT--TT--C-A-----------G-T-GAGGTTATCTACTCTTAC-TCTATTATT--A--T-T-CAC-TTTA---TCC-AC-TATAACTA-CGT-C----TTT--T--CGCA-G--G---AAATGT-TTTAa
gi|15 : tagGAATGTAC-T-GAAG-GCCT-GGCT-TATA--A-T----T-A----C-A-T-AC---A-C-----AG-AGGG-GATGTT--CT--T-C----A---G--ATT-GAGG----TTATTA-TAT-ACT-TTATT--A--T-T-TA--TTTA---TCT-ATGT-TA--TG-CGT-C---ATTT--T--TGCA-G--G---A---
gi|16 : AAAGTAA-T-GAAA-GCC-GGACT-T-GA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--G-C-----AG-T-GG-GATATT--TC--C-A----A---G--C-T-GAGG----TTATCA-TTTATTTATCATT--AT-T-T-aatgtt
gi|17 : cAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-ATGTAC-A-T-ACT--C-A-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG----TTATTA-TTTATTTATTATT--A----T-TA--TTTA---TCT--T-T-Tgccattcttgcagggaatggaa
gi|2 : AGTACTGAATGTAT-TTGAAA-GCCTGGGCT-TGTA-CACT----T-A----CTA-T-ACT--A-CC----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-ACAC-A---GATA-T-GAAG-TATTT-TCA-TGTCTCTATCATT--ATAT-T-TATATTTATATTCT-AT-T-TA---A-TAA-C---TTCTACT--AGCA-G--A---A---GT-TTTA
gi|2 : C-A-TTTA-G--TAAACAGATT---AAG--G-GAC--AC-GAGAGGCAG-T-GTC-AAT-TCC-ACC-A-AAA----A-CAAAAGC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcatttagtaaacagattaagggacacgagaggcagtgtcaattccaccaaaaacaaaagcaattagccagatcgtaaataaacgtgtaagcttattcaaaattataaa
gi|20 : agtactgaatgtatttgaaagcctgggcttgtacacttactatactaccagagggatgttttcacacagatatgaagtattttcatgtctctatcattatatttatatttatattctatttaataacttctactagcagaagttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatGTACTGAATGTAC-T-AAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CG-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-AA-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG----TTATTA-Taattataaa
gi|21 : -AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATCtg
gi|22 : AAGTATTTAAAGTAC-T-GAAA-GCC-GGGTT-T-TA--A-G----T-A----C-A-C-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATGTT--TT--C-A----A---
gi|23 : TGAATGTAC-T-TAAA-GCC-GGGC----TA-CG-T----T-G----C-AGC-ATA--A-C-----AG-T-GGAGGTGTT--TT--C-
gi|24 : CAAAGTACTGAATGTAT-T-GAAA-GCCT
gi|25 : ctatgataatCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAT-GCCT-GGCT-T-TA-
gi|3 : tAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT--GCT-T-TAGCA-T----T-A----C-A-T-ACTA-A-C-----AGAA-GG-GAT-TT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGGTTATTAATT--TGA-TCTATTATT--AG-T-T-TA--TTTA---TCT-AT-T-TA--TAGCGT-CA--TTTT--TACTGTA-A--A---T---GT-TTTA
gi|3 : TATCCTTAGAAAC--GG-A-TTTTTG--TAAAATGATT---AAA--A-GG----C-AG-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-ACC----GCAAG-TTAGCC--AGA-TC-GTATA--TA-A----T--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-TGTAAAT-C-TG-AA---------C-GTTTAAtacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttagaaacggatttttgtaaaatgattaaaaggcagattacaattcccccaaaacaccgcaagttagccagatcgtatataattgtaagcttattcaatgtaaatctgaacgtttaa
gi|4 : agtactgaatgtactgaaagcctgctttagcattacatactaacagaagggatttttcaagatgaggttattaatttgatctattattagtttatttatctatttatagcgtcatttttactgtaaatgttttatacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----A---G--A-T-GAGG-T---TATTA-TTT-ATTATT-TT--AT-T-T--AC-TTTAA--TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|4 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|5 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----A---G--A-T-GAGG-T---TATTA-TTT-ATTATT-TT--AT-T-T--AC-TTTAA--TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|5 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|6 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-T-GAAAAGCCGTGGCT-T-TA-CA-T----T-T----C-A-T-ACTTAA-C-----AG-ATGG-GAT-TT--TT--G-A----A---G--A-TCGAGG-TATAT-TTA-TCT---TATTATCTAAT-T-TATAT-GTTA----CT-A--T-TA--TG-CGT-T---CATT--T--TGCA-G--A---ACATGT-TTT
gi|6 : CCTT-GAA-C--A--A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--AAGATTCACAGA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-G-C----AT-GG--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--AA-A--TCT--TGC----------AA-C---TTATT-CAA-G-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCtcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccttgaacaattttgtaaacagattaaaaagattcacagaattacaattcccccaaaacgcatggtagccagatcgtaaaaaatcttgcaacttattcaagtaaatctgaacgcgt
gi|7 : actgaaaagccgtggctttacatttcatacttaacagatgggatttttgaagatcgaggtatatttatcttattatctaatttatatgttactattatgcgttcattttgcagaacatgtttttcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTGAATGTAC-T-GAA--GCCTGGCTT-T-TA-CA-TTATGT-A----C-A-T-ACC--A-C-----AG-A--G-GATGTT-------------A---G--A-TGGAGG-T-TATATTA-----TCTATTACG--A--T-T-TA--TTTA---TCTAAT-T-TA--TA-CG---------T--T--TGCA-GGAA---A---GG-TTTAgt
gi|7 : TATCTCT-GAA-C--AC-AATTTT-GAGTAA-CAGATTGTAAAA--G-GA---CG-GA-----ATAT-A-C-AAT-TCC-CAC-ACAAA--C-A-C----GC-AGTTTAGCC--AGA-TCAGTAAA--TAGA--ACT--TGT----------AAACT--TTATT--AA---TAAA--C-TG-AA-----------GCTAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctctgaacacaattttgagtaacagattgtaaaaggacggaatatacaattcccacacaaacacgcagtttagccagatcagtaaatagaacttgtaaactttattaataaactgaagctaaa
gi|8 : actgaatgtactgaagcctggcttttacattatgtacataccacagaggatgttagatggaggttatattatctattacgatttatttatctaatttatacgtttgcaggaaaggtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AGATG--A-T-GAAG-TATTTATCA-TGT-TCTATCATT--AT-T-T-TAT-TTTAT--TCT-AT-T-TA--T--CTT-C---TATT--C--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCCTT-GAAA---AC-A-GTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-TAA-C-AAT-TCT-CCC-A-AAA--CAA-A----GC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|9 : CCTG-GTAAC--A--G-TTTG-G--TAT-CAGAAT---TAA--G-GA---ACTGA-----AT-T-A-CCAAT-TCT-C---A-AAGTTC---C----GC-AG-TTAGCCCAAGATTC-GTAAA--TA-CTTACTAATATTTAAAGATTAAAGC---TTATC-TAATT-TAAGT-C-TG-AA---------CAACTAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGCAATACTCTCAGAATGCTTGTTATTATTCATTTATTTGTCATTCTTGCATGCAGGGAATAGAAAAATCTTTGAGAACAAGAAATGTT
Unaligned ( gi|19 ): CAGAATACAACTAGCCAGTTCCAAGTATAGGCCACCTGTACTTCACCTACAGCAAGGGACGTTTCAGTCTAAGTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333 1 11 11 111 2222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222 2222222222222222222 1111111111 111 111 222222222
lowQualScore : 4 2 6 4 4 2 4 2 2 4444 2 4444 6 2 2 99 2 77777 444 2 33 33 4 9999 444 33 2 5 33333 2 2 3 33 11 2 2 66 333 3 3 3 55 3 3 5555 55 55 7 5555555555 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 000000000 6666 0 777 5555555555555555555 4 555 8 4 4 999 4 555555 8888 3 99 55 3 3 55 3 55 55 5555555555 000 3 555 44 8 4 444444444 4
lowQualScore : . . . . . . . . . .... . .... . . . .. . ..... ... . .. .. . .... ... .. . . ..... . . . .. .. . . .. ... . . . .. . . .... .. .. . .......... . .......................................................................................................................... . ......... .... . ... ................... . ... . . . ... . ...... .... . .. .. . . .. . .. .. .......... ... . ... .. . . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 4 0 1 2 1 2 7777 2 7777 7 2 2 77 2 88888 999 2 11 11 4 1111 111 44 5 0 99999 5 9 3 77 66 7 7 33 666 1 3 3 00 6 6 1111 00 00 3 1111111111 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 444444444 1111 8 000 2222222222222222222 0 777 0 0 0 000 0 999999 5555 6 44 00 6 6 00 6 00 00 9999999999 000 6 777 88 0 0 000000000 0
consensus : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG-TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
Reference ( family-646 ) : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG-TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|1 : CTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCTGT-TA-CA-A----T-A----C-A-TGACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TTACC-A----A---G--A-T-GAGT-TA---ATTA-TTTATCTATTA----AT-CAT-TA--TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-AATGC---ATTT--T--TGCA-G--
gi|1 : tacATCCTT-GAAAC--ACGA-TTTT-A--TAAACAGATT---AAA--A-TG---ACAGA-----AT-T-A-CCAATGTCCGCCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AAA-TC-ATAAATTTA-T--ACT--TGT----------AAGCTCGTTATTCCAA-T-TAAA--C-TGTTA---------C-GCTAAATCggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatccttgaaacacgattttataaacagattaaaatgacagaattaccaatgtccgcccaaaacacgcagttagccaaatcataaatttatacttgtaagctcgttattccaattaaactgttacgctaaatc
gi|10 : tacctgaatgtactgaaagcctgggctgttacaatacatgactacagagggatgttttaccaagatgagttaattatttatctattaatcattatttatctatttataaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAATACTGAATATAC-T-GAAA-ACC-GGGCT-T-TA-CA-T----T-A----T-A-T-TCT--A-C-----AG-T-GG-CATGTT--TT--C-A----A---G--A-C-GAGG----TTATTA---T-TCAATTATT---T-T-T-TTT-TTCA---T
gi|11 : AAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCC-GGGCT-T-TA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATATT--TT--C-A----A---A--C-T-GAGG----TTATTA-TTTATTTATTATT--A--T-T-TAT-TTT----TCT-tctttcagggaatgcaaaaatcttttaagacatgaaatgtttta
gi|12 : ACT-AATATAC-T-GAAA-GCCTGTGCA-T-TA-CA-T----TAA----T-A-T-ATT--A-CTGTTAAG-A--G-GATGTTTGTT--T-ACAACA---T--A-T-GAGG-TA--TATT--TAT-TCTTATATT--GT-T-A-TAG-TGT---------T-T-TA--TA-CAT-CAT-TTTT--T--TGCA-G--GATTA---AT-TTTAtgcagggaatggaaaaatcttttagaacaggaaatgttt
gi|13 : TCCTT-GAAAA--AG-A-TTTT-----AAACAGATT---AAAACG-GACC-AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCAA-AAA--C-A-C----GC-AC-TTAGCC--AGA--C-ATAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA-T-TAGATGC-TG-AAAAAAAACCCC-GCTAAATC
gi|14 : CTGAATGTAC-T-G-AA-GCCTGGCTC-T-TC-CA------T-A----C---T-ACT--ACC-----AG-A-AG-AATGTT--TT--C-A-----------G-T-GAGGTTATCTACTCTTAC-TCTATTATT--A--T-T-CAC-TTTA---TCC-AC-TATAACTA-CGT-C----TTT--T--CGCA-G--G---AAATGT-TTTAa
gi|15 : tagGAATGTAC-T-GAAG-GCCT-GGCT-TATA--A-T----T-A----C-A-T-AC---A-C-----AG-AGGG-GATGTT--CT--T-C----A---G--ATT-GAGG----TTATTA-TAT-ACT-TTATT--A--T-T-TA--TTTA---TCT-ATGT-TA--TG-CGT-C---ATTT--T--TGCA-G--G---A---
gi|16 : AAAGTAA-T-GAAA-GCC-GGACT-T-GA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--G-C-----AG-T-GG-GATATT--TC--C-A----A---G--C-T-GAGG----TTATCA-TTTATTTATCATT--AT-T-T-aatgtt
gi|17 : cAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-ATGTAC-A-T-ACT--C-A-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG----TTATTA-TTTATTTATTATT--A----T-TA--TTTA---TCT--T-T-Tgccattcttgcagggaatggaa
gi|2 : AGTACTGAATGTAT-TTGAAA-GCCTGGGCT-TGTA-CACT----T-A----CTA-T-ACT--A-CC----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-ACAC-A---GATA-T-GAAG-TATTT-TCA-TGTCTCTATCATT--ATAT-T-TATATTTATATTCT-AT-T-TA---A-TAA-C---TTCTACT--AGCA-G--A---A---GT-TTTA
gi|2 : C-A-TTTA-G--TAAACAGATT---AAG--G-GAC--AC-GAGAGGCAG-T-GTC-AAT-TCC-ACC-A-AAA----A-CAAAAGC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcatttagtaaacagattaagggacacgagaggcagtgtcaattccaccaaaaacaaaagcaattagccagatcgtaaataaacgtgtaagcttattcaaaattataaa
gi|20 : agtactgaatgtatttgaaagcctgggcttgtacacttactatactaccagagggatgttttcacacagatatgaagtattttcatgtctctatcattatatttatatttatattctatttaataacttctactagcagaagttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatGTACTGAATGTAC-T-AAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CG-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-AA-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG----TTATTA-Taattataaa
gi|21 : -AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATCtg
gi|22 : AAGTATTTAAAGTAC-T-GAAA-GCC-GGGTT-T-TA--A-G----T-A----C-A-C-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATGTT--TT--C-A----A---
gi|23 : TGAATGTAC-T-TAAA-GCC-GGGC----TA-CG-T----T-G----C-AGC-ATA--A-C-----AG-T-GGAGGTGTT--TT--C-
gi|24 : CAAAGTACTGAATGTAT-T-GAAA-GCCT
gi|25 : ctatgataatCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAT-GCCT-GGCT-T-TA-
gi|3 : tAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT--GCT-T-TAGCA-T----T-A----C-A-T-ACTA-A-C-----AGAA-GG-GAT-TT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGGTTATTAATT--TGA-TCTATTATT--AG-T-T-TA--TTTA---TCT-AT-T-TA--TAGCGT-CA--TTTT--TACTGTA-A--A---T---GT-TTTA
gi|3 : TATCCTTAGAAAC--GG-A-TTTTTG--TAAAATGATT---AAA--A-GG----C-AG-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-ACC----GCAAG-TTAGCC--AGA-TC-GTATA--TA-A----T--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-TGTAAAT-C-TG-AA---------C-GTTTAAtacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttagaaacggatttttgtaaaatgattaaaaggcagattacaattcccccaaaacaccgcaagttagccagatcgtatataattgtaagcttattcaatgtaaatctgaacgtttaa
gi|4 : agtactgaatgtactgaaagcctgctttagcattacatactaacagaagggatttttcaagatgaggttattaatttgatctattattagtttatttatctatttatagcgtcatttttactgtaaatgttttatacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----A---G--A-T-GAGG-T---TATTA-TTT-ATTATT-TT--AT-T-T--AC-TTTAA--TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|4 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|5 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----A---G--A-T-GAGG-T---TATTA-TTT-ATTATT-TT--AT-T-T--AC-TTTAA--TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|5 : tgagaTATCCTT-GAAACTGAC---TTTT-G--TAAACAGATT---AAG--G------AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|6 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-T-GAAAAGCCGTGGCT-T-TA-CA-T----T-T----C-A-T-ACTTAA-C-----AG-ATGG-GAT-TT--TT--G-A----A---G--A-TCGAGG-TATAT-TTA-TCT---TATTATCTAAT-T-TATAT-GTTA----CT-A--T-TA--TG-CGT-T---CATT--T--TGCA-G--A---ACATGT-TTT
gi|6 : CCTT-GAA-C--A--A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--AAGATTCACAGA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-G-C----AT-GG--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--AA-A--TCT--TGC----------AA-C---TTATT-CAA-G-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCtcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccttgaacaattttgtaaacagattaaaaagattcacagaattacaattcccccaaaacgcatggtagccagatcgtaaaaaatcttgcaacttattcaagtaaatctgaacgcgt
gi|7 : actgaaaagccgtggctttacatttcatacttaacagatgggatttttgaagatcgaggtatatttatcttattatctaatttatatgttactattatgcgttcattttgcagaacatgtttttcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTGAATGTAC-T-GAA--GCCTGGCTT-T-TA-CA-TTATGT-A----C-A-T-ACC--A-C-----AG-A--G-GATGTT-------------A---G--A-TGGAGG-T-TATATTA-----TCTATTACG--A--T-T-TA--TTTA---TCTAAT-T-TA--TA-CG---------T--T--TGCA-GGAA---A---GG-TTTAgt
gi|7 : TATCTCT-GAA-C--AC-AATTTT-GAGTAA-CAGATTGTAAAA--G-GA---CG-GA-----ATAT-A-C-AAT-TCC-CAC-ACAAA--C-A-C----GC-AGTTTAGCC--AGA-TCAGTAAA--TAGA--ACT--TGT----------AAACT--TTATT--AA---TAAA--C-TG-AA-----------GCTAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctctgaacacaattttgagtaacagattgtaaaaggacggaatatacaattcccacacaaacacgcagtttagccagatcagtaaatagaacttgtaaactttattaataaactgaagctaaa
gi|8 : actgaatgtactgaagcctggcttttacattatgtacataccacagaggatgttagatggaggttatattatctattacgatttatttatctaatttatacgtttgcaggaaaggtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AGATG--A-T-GAAG-TATTTATCA-TGT-TCTATCATT--AT-T-T-TAT-TTTAT--TCT-AT-T-TA--T--CTT-C---TATT--C--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCCTT-GAAA---AC-A-GTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-TAA-C-AAT-TCT-CCC-A-AAA--CAA-A----GC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|9 : CCTG-GTAAC--A--G-TTTG-G--TAT-CAGAAT---TAA--G-GA---ACTGA-----AT-T-A-CCAAT-TCT-C---A-AAGTTC---C----GC-AG-TTAGCCCAAGATTC-GTAAA--TA-CTTACTAATATTTAAAGATTAAAGC---TTATC-TAATT-TAAGT-C-TG-AA---------CAACTAAATC
blockSeqs : A T A T G . A G C TATG A TGTA T G . TA C TGTTA AG A TG . T CAAC GAT AT T C TTATC T T A TA TA . A TA TAT A G A AC G . ATGT AC AC G GAAAT G A ACTGAC GAG GTA GGACACGAGAGGC A GT C . . CCA C CAC AAAA A GT CA T A . G TT AA TTAAAGATTA T . TG TG G . AAAAAACCC A
blockSeqs : A . A T G . G . . . . . G . . A . C AA . . . T CAC . . . G TTATT . A A . T . . T A . . . . . . ATGT . . G AACAT G . ACTGAC TG . AAGATTCACAGA . AA . . . CC . CAA . . C . . . . . . . . . . TT T G . C .
blockSeqs : . . A T G . . . . . . . G . . T . . AT . . . . . . . . . TATT . A A . T . . T A . . . . . . ATT . . . GAAA . . AAAGA G . ACGGACCACGA . A . . . CC . TTC . . A . . . . . . . . . . T T . . C .
blockSeqs : . . . T C . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . . TATA . A C . T . . G T . . . . . . AT . . . GA . . ACGGA G . GGAACTGA . A . . . CC . CA . . A . . . . . . . . . . T T . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TATT . T . . G . . C . . . . . . . A . . . AA . . CACAA G . GGACGGA . T . . . AC . CA . . G . . . . . . . . . . G T . . . .
blockSeqs : . . . T A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TTA . T . . T . . C . . . . . . . T . . . AT . . AACA G . GGAACGA . T . . . CC . CA . . G . . . . . . . . . . T T . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TA . G . . T . . C . . . . . . . C . . . AA . . ACAG G . AGGCAG . A . . . . . CG . . A . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . G . . T . . T . . . . . . . T . . . AA . . CAA G . GACAG . A . . . . . CA . . G . . . . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . T . . T . . T . . . . . . . . . . . AA . . GACAG . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G G . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T C . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** T**** C* AA******** ACAN***** GGAACGA************ ** *** T*
originalCons : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGG-TATTTATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAT-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAAC--AC-A-TTTT-G--TAAACAGATT---AAA--G-GA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
finalCons : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----A---G--A-T-GAGGT----TATTA-TNT-TCTATTATT--AT-T-T-TAC-TTTA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-GAA--------GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-GAAACAN-----TTTT-G--TAAACAGATT---AAAGGAACGA------------AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGCAATACTCTCAGAATGCTTGTTATTATTCATTTATTTGTCATTCTTGCATGCAGGGAATAGAAAAATCTTTGAGAACAAGAAATGTT
Unaligned ( gi|19 ): CAGAATACAACTAGCCAGTTCCAAGTATAGGCCACCTGTACTTCACCTACAGCAAGGGACGTTTCAGTCTAAGTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 11 11111 2222 1111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 111 222222222222222222 1111111111 111 111 222222222
lowQualScore : 4 2 6 4 4 2 4 2 2 4444 2 4444 6 2 2 99 2 77777 444 2 33 33 4 9999 33 2 5 777777 5 2 99999999 1 77 33 88 2 2 99 33333 3 3 3 55 3 3 5555 55 55 7 5555555555 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 88 666 55 0 111 111111111111111111 4 555 8 4 4 999 4 555555 8888 3 99 55 3 3 55 3 55 55 5555555555 000 3 555 44 8 4 444444444 4
lowQualScore : . . . . . . . . . .... . .... . . . .. . ..... ... . .. .. . .... .. . . ...... . . ........ . .. .. .. . . .. ..... . . . .. . . .... .. .. . .......... . .......................................................................................................................... . . . .. ... .. . ... .................. . ... . . . ... . ...... .... . .. .. . . .. . .. .. .......... ... . ... .. . . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 4 0 1 2 1 2 7777 2 7777 7 2 2 77 2 88888 999 2 11 11 4 1111 44 5 0 222222 0 5 33333333 9 00 77 11 7 7 22 22222 1 3 3 00 6 6 1111 00 00 3 1111111111 9 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 4 33 555 55 8 000 222222222222222222 0 777 0 0 0 000 0 999999 5555 6 44 00 6 6 00 6 00 00 9999999999 000 6 777 88 0 0 000000000 0
consensus : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-T-GAGG------T-TAT-T---A----TTT--TCTATTATT--AT-T-T-TAC-TTT-A---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-G-AA-AC--AN--TTTTG--TAAACAGATT---AAA--GGA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
Reference ( family-646 ) : CAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-T-GAGG------T-TAT-T---A----TNT--TCTATTATT--AT-T-T-TAC-TTT-A---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-C---TTTT--T--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATCCTT-G-AA-AC--AN--TTTTG--TAAACAGATT---AAA--GGA---AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACT--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|1 : CTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCTGT-TA-CA-A----T-A----C-A-TGACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TTACC-A----AG--A-T-GAGT------T-AAT-T---A----TTTA-TCTATTA----AT-CAT-TA--TTT-A---TCT-AT-T-TA--TA-AATGC---ATTT--T--TGCA-G--
gi|1 : tacATCCTT-G-AA-AC--ACGATTTTA--TAAACAGATT---AAA--ATG---ACAGA-----AT-T-A-CCAATGTCCGCCC-A-AAA--C-A-C----GC-AG-TTAGCC--AAA-TC-ATAAATTTA-T--ACT--TGT----------AAGCTCGTTATTCCAA-T-TAAA--C-TGTTA---------C-GCTAAATCggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcatccttgaaacacgattttataaacagattaaaatgacagaattaccaatgtccgcccaaaacacgcagttagccaaatcataaatttatacttgtaagctcgttattccaattaaactgttacgctaaatc
gi|10 : tacctgaatgtactgaaagcctgggctgttacaatacatgactacagagggatgttttaccaagatgagttaattatttatctattaatcattatttatctatttataaatgcatttttgcagggaaaggtatttctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAATACTGAATATAC-T-GAAA-ACC-GGGCT-T-TA-CA-T----T-A----T-A-T-TCT--A-C-----AG-T-GG-CATGTT--TT--C-A----AG--A-C-GAGG------T-TAT-T---A------T--TCAATTATT--TT-T-T-T
gi|11 : AAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCC-GGGCT-T-TA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATATT--TT--C-A----AA--C-T-GAGG------T-TAT-T---A----TTTA-TTTATTATT--A--T-T-TAT-TTT-----TCT-tttcattctttcagggaatgcaaaaatcttttaagacatgaaatgtttta
gi|12 : ACT-AATATAC-T-GAAA-GCCTGTGCA-T-TA-CA-T----TAA----T-A-T-ATT--A-CTGTTAAG-A--G-GATGTTTGTT--T-ACAACAT--A-T-GAGG------TATAT-T--------TAT--TCTTATATT--GT-T-A-TAG-TGT----------T-T-TA--TA-CAT-CAT-TTTT--T--TGCA-G--GATTA---AT-TTTAtgcagggaatggaaaaatcttttagaacaggaaatgttt
gi|13 : TCCTT-G-AA-AA--AG--ATTT---TAAACAGATT---AAAACGGACC-AC-GA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCCAA-AAA--C-A-C----GC-AC-TTAGCC--AGA--C-ATAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA-T-TAGATGC-TG-AAAAAAAACCCC-GCTAAATC
gi|14 : CTGAATGTAC-T-G-AA-GCCTGGCTC-T-TC-CA------T-A----C---T-ACT--ACC-----AG-A-AG-AATGTT--TT--C-A--------G-T-GAGG------T-TATCT---ACTCTTAC--TCTATTATT--A--T-T-CAC-TTT-A---TCC-AC-TATAACTA-CGT-C----TTT--T--CGCA-G--G---AAATGT-TTTAa
gi|15 : tagGAATGTAC-T-GAAG-GCCT-GGCT-TATA--A-T----T-A----C-A-T-AC---A-C-----AG-AGGG-GATGTT--CT--T-C----AG--ATT-GAGG------T-TAT-T---A----TAT--ACT-TTATT--A--T-T-TA--TTT-A---TCT-ATGT-TA--TG-CGT-C---ATTT--T--TGCA-G--G---A---
gi|16 : AAAGTAA-T-GAAA-GCC-GGACT-T-GA-CG-T----T-G----C-A-T-ACT--G-C-----AG-T-GG-GATATT--TC--C-A----AG--C-T-GAGG------T-TAT-C---A----TTTA-TTTATCATT--AT-T-T-aatgtt
gi|17 : cAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-ATGTAC-A-T-ACT--C-A-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-T-GAGG------T-TAT-T---A----TTTA-TTTATTATT--A----T-TA--TTT-A---TCT--T-T-Tgccattcttgcagggaatggaa
gi|2 : AGTACTGAATGTAT-TTGAAA-GCCTGGGCT-TGTA-CACT----T-A----CTA-T-ACT--A-CC----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-ACAC-AGATA-T-GAAG--------TAT-TTTCA----TGTC-TCTATCATT--ATAT-T-TATATTT-ATATTCT-AT-T-TA---A-TAA-C---TTCTACT--AGCA-G--A---A---GT-TTTA
gi|2 : --TTTAG--TAAACAGATT---AAG--GGAC--AC-GAGAGGCAG-T-GTC-AAT-TCC-ACC-A-AAA----A-CAAAAGC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcatttagtaaacagattaagggacacgagaggcagtgtcaattccaccaaaaacaaaagcaattagccagatcgtaaataaacgtgtaagcttattcaaaattataaa
gi|20 : agtactgaatgtatttgaaagcctgggcttgtacacttactatactaccagagggatgttttcacacagatatgaagtattttcatgtctctatcattatatttatatttatattctatttaataacttctactagcagaagttttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgccagttacacacattggacaagatcaGTACTGAATGTAC-T-AAAA-GCCTGG-CT-T-TA-CG-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-AA-GATGTT--TT--C-A----AG--A-T-GAGG------T-TAT-T---A----Taattataaa
gi|21 : -AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATCtg
gi|22 : AAGTATTTAAAGTAC-T-GAAA-GCC-GGGTT-T-TA--A-G----T-A----C-A-C-ACT--A-C-----AG-T-GG-GATGTT--TT--C-A----A
gi|23 : TGAATGTAC-T-TAAA-GCC-GGGC----TA-CG-T----T-G----C-AGC-ATA--A-C-----AG-T-GGAGGTGTT--TT--C-
gi|24 : CAAAGTACTGAATGTAT-T-GAAA-GCCT
gi|25 : ctatgataatCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAT-GCCT-GGCT-T-TA-
gi|3 : tAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCT--GCT-T-TAGCA-T----T-A----C-A-T-ACTA-A-C-----AGAA-GG-GAT-TT--TT--C-A----AG--A-T-GAGG------T-TAT-TA--A----TTTGATCTATTATT--AG-T-T-TA--TTT-A---TCT-AT-T-TA--TAGCGT-CA--TTTT--TACTGTA-A--A---T---GT-TTTA
gi|3 : TATCCTTAG-AA-ACGGAT--TTTTG--TAAAATGATT---AAA--AGG----C-AG-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-ACC----GCAAG-TTAGCC--AGA-TC-GTATA--TA-A----T--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-TGTAAAT-C-TG-AA---------C-GTTTAAtacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttagaaacggatttttgtaaaatgattaaaaggcagattacaattcccccaaaacaccgcaagttagccagatcgtatataattgtaagcttattcaatgtaaatctgaacgtttaa
gi|4 : agtactgaatgtactgaaagcctgctttagcattacatactaacagaagggatttttcaagatgaggttattaatttgatctattattagtttatttatctatttatagcgtcatttttactgtaaatgttttatacttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----AG--A-T-GAGG------T-TAT-T---A----TTT--ATTATT-TT--A--T-T-TAC-TTTAA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|4 : tgagaTATCCTT-G-AA-ACTGAC--TTTTG--TAAACAGATT---AAG--G-----AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|5 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTGTACAT-GAAAAGCCTGG-CT-T-TA-CA-T----T-A----AGA-T-ACTT-A-C-----AG-A-GG--ATGTT--TT--CTA----AG--A-T-GAGG------T-TAT-T---A----TTT--ATTATT-TT--A--T-T-TAC-TTTAA---TCT-AT-T-TA--TA-CGT-CATGTTTT--T--TGCAGG--A---A---ATGTTTA
gi|5 : tgagaTATCCTT-G-AA-ACTGAC--TTTTG--TAAACAGATT---AAG--G-----AC-AG-----AC-T-T-C-AAT-TCC-C-----AAA--C-A-C----GC-A--TTAGCA--AGA-TC-GTAAA--CA-A--ACT--TGT----------ATGC---TTATT-CAA---TAAAT-TGTG-AAC--------C-GCTAAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatccttgaaactgacttttgtaaacagattaaggacagacttcaattcccaaacacgcattagcaagatcgtaaacaaacttgtatgcttattcaataaattgtgaaccgctaaatc
gi|6 : tgagaagtgtacatgaaaagcctggctttacattaagatacttacagaggatgttttctaagatgaggttattatttattattttatttactttaatctatttatacgtcatgttttttgcaggaaatgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-T-GAAAAGCCGTGGCT-T-TA-CA-T----T-T----C-A-T-ACTTAA-C-----AG-ATGG-GAT-TT--TT--G-A----AG--A-TCGAGG------TATAT-T--------TAT--CTTATTATCTAAT-T-TATAT-GTT-A----CT-A--T-TA--TG-CGT-T---CATT--T--TGCA-G--A---ACATGT-TTT
gi|6 : CCTT-G-AA--C--AA--TTTTG--TAAACAGATTA--AAA--AGATTCACAGA-----AT-T-A-C-AAT-TCC-CCC-A-AAA--C-G-C----AT-GG--TAGCC--AGA-TC-GTAAA--AA-A--TCT--TGC----------AA-C---TTATT-CAA-G-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCtcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngccttgaacaattttgtaaacagattaaaaagattcacagaattacaattcccccaaaacgcatggtagccagatcgtaaaaaatcttgcaacttattcaagtaaatctgaacgcgt
gi|7 : actgaaaagccgtggctttacatttcatacttaacagatgggatttttgaagatcgaggtatatttatcttattatctaatttatatgttactattatgcgttcattttgcagaacatgtttttcaagccaaaggtctatacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACTGAATGTAC-T-GAA--GCCTGGCTT-T-TA-CA-TTATGT-A----C-A-T-ACC--A-C-----AG-A--G-GATGTT-------------AG--A-TGGAGG------T-TA--T---A----TTA--TCTATTACG--A--T-T-TA--TTT-A---TCTAAT-T-TA--TA-CG---------T--T--TGCA-GGAA---A---GG-TTTAgt
gi|7 : TATCTCT-G-AACAC--AA--TTTTGAGTAA-CAGATTGTAAAA--GGA---CG-GA-----ATAT-A-C-AAT-TCC-CAC-ACAAA--C-A-C----GC-AGTTTAGCC--AGA-TCAGTAAA--TAGA--ACT--TGT----------AAACT--TTATT--AA---TAAA--C-TG-AA-----------GCTAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatctctgaacacaattttgagtaacagattgtaaaaggacggaatatacaattcccacacaaacacgcagtttagccagatcagtaaatagaacttgtaaactttattaataaactgaagctaaa
gi|8 : actgaatgtactgaagcctggcttttacattatgtacataccacagaggatgttagatggaggttatattatctattacgatttatttatctaatttatacgtttgcaggaaaggtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGTACTGAATGTAC-T-GAAA-GCCTGGGCT-T-TA-CA-T----T-A----C-A-T-ACT--A-C-----AG-A-GG-GATGTT--TT--C-A----AG--A-T-GATGAAGTATT-TAT-C---A----TGT--TCTATCATT--AT-T-T-TAT-TTT-AT--TCT-AT-T-TA--T--CTT-C---TATT--C--TGCA-G--A---A---GT-TTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACCCTT-GAAA-AC--AG---TTTG--TAAACAGATT---AAA--GGA---AC-GA-----AT-TAA-C-AAT-TCT-CCC-A-AAA--CAA-A----GC-AA-TTAGCC--AGA-TC-GTAAA--TA-A--ACG--TGT----------AAGC---TTATT-CAA-T-TAAAT-C-TG-AA---------C-GCTAAATC
gi|9 : CCTG-G-TA-AC--AG--TTTGG--TAT-CAGAAT---TAA--GGA---ACTGA-----AT-T-A-CCAAT-TCT-C---A-AAGTTC---C----GC-AG-TTAGCCCAAGATTC-GTAAA--TA-CTTACTAATATTTAAAGATTAAAGC---TTATC-TAATT-TAAGT-C-TG-AA---------CAACTAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GTGCAATACTCTCAGAATGCTTGTTATTATTCATTTATTTGTCATTCTTGCATGCAGGGAATAGAAAAATCTTTGAGAACAAGAAATGTT
Unaligned ( gi|19 ): CAGAATACAACTAGCCAGTTCCAAGTATAGGCCACCTGTACTTCACCTACAGCAAGGGACGTTTCAGTCTAAGTG