lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 8888888888 22 33333 555555 2 2222 99999999999999 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 444444444444444444444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222 1111 222222222 999999999999999999999999999999999999999999999 111 111 33333333333333
lowQualScore : 7777777777 77 11111 6 777777 0 6 8888 66666666666666 555 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 3 44 55555555 3 77 6 6 444444444444444444444 4 3 7777 666 3 99 5 3 7777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 3 555 3 3 55 3 3 5 222222 2 2 5555 5555 000000 4 2 55 2 6666 2 33 666 2 5555 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 2 33 666 666 33 2 3 2 77 11 777 3 5 77 4 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 6 5555555555555555 3 88 6666 55 999999999 55 7777 3 555555555555555555555555555555555555555555555 3 44 3 777 6 777 888 99 77777777777777 88
lowQualScore : .......... .. ..... . ...... . . .... .............. ... ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . .. ........ . .. . . ..................... . . .... ... . .. . . .... ........................................................................................................................................................................... .. . ... . . .. . . . ...... . . .... .... ...... . . .. . .... . .. ... . .... ................................................................................................................ . . .. ... ... .. . . . .. .. ... . . .. . . ................................................................... . . . ................ . .. .... .. ......... .. .... . ............................................. . .. . ... . ... ... .. .............. ..
lowQualScore : 5555555555 55 55555 0 555555 0 0 5555 00000000000000 000 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 88 3 66 44444444 3 99 7 2 000000000000000000000 0 6 7777 444 6 11 9 6 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1 444 1 1 88 1 1 7 888888 7 7 7777 7777 333333 7 4 66 4 9999 4 22 222 4 3333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 5 44 999 999 44 5 7 7 77 88 333 1 8 33 4 2 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 7 4444444444444444 3 00 1111 00 666666666 00 7777 6 333333333333333333333333333333333333333333333 6 22 6 222 9 000 333 77 33333333333333 00
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGGAAACCAGAANACATATAATTATATGTATATATAATCATATNCAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAGGATATGAATCANAACTAAGT-CGCA--TAAAATT----A------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-----GG-AAGGA-GGAGGGG--GG--GGGGGTGGT-AGC------------ACG--TG-CCC--------T-----CTCATTTCANTTTTG----GA--AGGGGGNG-G-----G-----G-----GGT--GNGT-----TTGTGCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGG-TTGAAAAAAAAT-CACTCAA--TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-T-CTCNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTGGATG--TACA-G---TA--TAACATAT-TTCTCCGA---AT-CC-------GTAT---AC-AT-TTTNTTAACGCCGAGNTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT--AATAAT--CATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TG-AA-TTT---C--AATT-A----T----T-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AA----TG-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAA--A--T--TG-----AC--AGC--CN-TTC-T-C--C----------GAC-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---AAC--TATC--GGA-CNT-TTG-AAC-TAA---AGAG-TCT-CTGGACTA-TCGGACC--TT-----------TG-GA-ATA--------TCG-G----------------AT--GG-TC-N---C-CGTA-TTT-GATA----------------GGA-AT-CGCT-GTG--TTAGGCG-C-G--T--A----CCCCC--------TCCCCC-C--ATC--------TCTCATTT----TTT-T-ATC-TC-TTATTG--CTTTGCA---ATTTTT---AT-GAAA---G--TGTCC---CCCCCCCCC
Reference ( gi|1 ) : CAGAGACATATGT----------TATATAG--AACCAGA-GACACATA------TGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCATCA-T---T-CGCA--TACAATT----A------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-----GA-AAGGG-GGAGGGGAAGGT-GGGAGTGGT-AGC------------ATG--TG-CCC-----A--T-----CTCATTTCATTTTTG----GA--AAGGGGTG-G-----G-----G-----GGT--GTGT-----TTGTGCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGG-TTAAAAAAAAAC-CACTCAA-ATT--TGAT-ATG-C----AGG---T-T-TTCCGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTGGATG--TACATG---TA--TAACATAT-TTCTTCGA---AT-CT-------GTAT---AC-AT-TTTTTTAATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAAT--CATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TG-AA-TTT---T--AATT-A----T----T-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AA----TG-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAA--A--T--TG-----AC--AGC--CG-TTC-T-C--C----------GAC-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---AAC--TATC--GGA-CGT-TTG-GAC-TAA---AGAG-TCT-GTGGATTA-TCGGACC--TTG--------CATG-GA-ATA--------TCA-G----------------AT--GG-TC-T---C-CGTA-TTT-GATA----------------GGA-AT-TGAT-GTG--TTAG--A-T-G--T--A----CCCCC--------TCCCCCCC--ATC--------TCTCATTT----TTTGT-ATC-TC-TTATTT--CTTTACA---ATTTTT---AT-AAAA---G--TGTTT---CCCATCCCC
gi|32 : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAG--AACC--A-TACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGG---T
gi|4 : T----------TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT---T-CGCAATTA-AATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTACAG-TGTACCAGAGAGAAGGT-GGAGAGGGGGGG-GGGAGTAGC-AACCGTTTTATTTTTATACTTG-CCTGCGTTA--T-----CTCATTTCATTTTTG----GA--A-GGGGAG-GTTCATG-----T-----AGTTAATGT-----TTGTGCC-CACA-TTT-CACTTT-------------TT-------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGG-TT-AAAAAAAAT-AACT-AA-----------ATG-C----AGG---T-T-CTCCGC-AG-CAAA----AC---AT----TTCGTTTGGATGACTGTAAGAAATA--TAACATTTATTCTTC-A---AT-C--------GCAT---ACAAT-TTTTTTAATGCC
gi|16 : AG---ATGAATCAGAA-TAAGTGCGGA--TAAAATT----AATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-----G--AAGGG-GGTGG----GGTGGGGGGTGGTAAGC------------ACG--TG-CCC-----AAGT-----CTCATTTTAATTTTT----GA--AGGGGGGGTG-----T-----G-----GGC--CTGT-----TT-TGCC-C----CTTGCACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGG-TT--AAAAAAAT-GACTAAACATT--TGATAATGCC----AGGGGATGT-CGCCGCAAGTCAAA----ACA--AT----TTCT-TTGGATC--TACttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|18 : -CGCA--TAAAATT----A------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA-----GA-A--------GGGGA---T-GG---TGGT-AGC------------ACG--TT-CCC-----C--T-----CTCATTTTA-------------------------------------------------T-----TTTTGCC-C----CTT-CACTTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGG-TTAAAAAA-----TACTCAA-TTC--TGAT-ATG-C----AGG---T-T-CTCCGC-AGTCATA----AC---AT----TTC--TTGGATG--TACAAGCA-TA--TAACTTAT-TTATTCGA---AT-CC-------ATAT---AC-AT-
gi|7 : CGAGCGTA-----TG-ACGAA-GGAGGGGGGGG--GGGGGTGA--GGC------------ATA--TG-CCC------------------TTACAGATTTG----AA--AGAAGGAA-G-----G-----GACATAGGT--GGGT-----CTGTG----------T-CATTTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTA-TTGAAAAAATGCTCACTCC---TT--T--T-ATG-C----AGG---T-T-CTAGGC-TGTCAAA----AC---GT----T------------------G--------AACATAT-TTCTCTGATCCATGCTCA-----GTAT---A-----TGTATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAATATCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TG-AA-TTT---C--AAAT-A----T----T-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AA----TG-T-------------------TTTAG----AA------T--TA-----A---------G-T-------------------GAG-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---AAC--AATC--GGG-CAT-CTG-AAC-AAA---AGAG-TTT-CTGGACTA-TTAGACC--TT-----------CG-GA-ATA--------TAG-G----------------AT--GA-TG-C---C-CGTA-TTT-GATA----------------GGA-AT-CGCT-CTG--TTAAGCA-T-G--T--A----CCCACATTGA---T---------ATA--------TCTCATTT----C---T-ATC-TC-CTATTG--CTTTGTA---ATT
gi|3 : CGAGCGTATGAC-GA-AAGGA-GGGGGGG--GG--GGGGGTGA--GGC------------ATA--TGGCCC--------------CTTA---CAGATTTGAGAAGA--AAGGAATG-G-----GACAAAG-----GAT--ATATGGGATCTGTGAT-C----ATT-TAC---------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTA-TTGAAAAAATGCTCACTC----CT--TTTT-ATG-C----AGG---T-T-CT-AGC-TGTCAAA----AC---GT----Tcat
gi|8 : GGGCGTA-----TG-ACGAA-GGAGGGG--GGG-GGGGGTGA--GGC------------ATA--TG-CCC------------------TTACAGATTTG----AA--AGAAGGAA-G-----G-----GACATAGGT--GGGT-----CTGTGGT-C----ATT-TAC---------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTA-TTGAAAAATGCT-CACTCC---TT--T--T-ATG-C----AGG---T-T-CTAGGC-TGTCAAA----AC---GT----T------------------G--------AACATAT-TTCTCTGA---AT-CCATGCTCAGTAT---A-----TGTATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAAT--CATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TG-AA-TTT---C--AAAT-A----T----T-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AA----TG-T-------------------TTTAG----AA------T--TA-----A---------G-T-------------------GAG-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---AAC--AATC--GGG-CAT-CTG-AAC-AAA---AGAG-TTT-CTGGACTA-TTAGACC--TT-----------CG-GA-ATA--------TAG-G----------------AT--GA-TG-C---C-CGTA-TTT-GATA----------------GGA-AT-CGCT-CTG--TTAAGCA-T-G--T--A----CCCACATTGA---T---------ATA--------TCTCATTT----C---T-ATC-TC-CTATTG--CTTTGTA---ATgaaatcatattatctctgtatccatgctcagtatatttaattaccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataataatcaatgagttcatttccaatgaaatttcaaatattcatcgaagtcactgctctccatgatgtgaaatgttttagaattaagtgagatcttgattcgaacaatcgggcaatctaacaaagagtttcctggactattagacctcggatataggatgactgcccgtatttggataggaatcgctctgttaagcatggttacccacaattgatatatctctaatttctattcctattgctttgtaattcattctgattaaaaaccaccacccccttct
gi|24 : GGACGTA-----GG-CAGGGTGGGGGGGCAG-------------AGC------------ACG--TG-CCCC----A--TTCCCTCTCTCTCCACTTTTG----GGCGAGGGGGCACA-----G-----G-----GG-----GT-----TTGTACC-C----C---CCCTTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC---------A--------A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA
gi|22 : -GGGAG-GGT-AAC------------AAG--TG-CCC-----C--T-----CTCATTTCATTTC--------------------------------------AT--TTGT-----TTGTGCC-C-----TT-CACTTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTG-TTAAAAAAAA---TACTCAA-TTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-T-CCCCGC-AGTCAAA----AC---A-----TTC--TTGGATG--CACA
gi|9 : C------------ACG--TG-CCC------------------CCTCACTTTTG----GG--AAGGGGCGCG-----G-----G-----GGG--GGGA-----GTGGGCA-CACAACCC-CACTTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGG-TTGAAAAA-----TACT-AA-ATTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATT--AT----TTC--TTACATG--TACAT---------AACATAT-TTCCCCGA---AC-CC-------GTATTATAC-AT-GTTTTGA---CCGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----ATAAT--CACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TG-AA-TTT---C--AATC-A----T----T-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AA----TG-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAA--A--T--TA-----AC--AGC--CC-TTC-T-C--C----------AAC-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---AAC--TATT--GGA-CCT-TTG-AAC-TAA---ACAG-TGT-TCGAACTA-TCGGACA--AT-----------TG-GA-ATA--------T
gi|27 : atatcatgggcgaaggacaatttaaagggaC------------ACG--TG-CCC------------------CCTCACTTTTA----GA--GTGGGG-G-G-----G-----G-----GGT------------CATACA-C----C---CACTTT-------------AAAAA----------------C-----ACA----GAA---------TG--T----A-------T---T-----T--GAAAA--------TA-TC--ATGC-TTAAAAAAatcgga
gi|2 : ggaGGGGTG-G-----T-----ACA---AGT--GGGT-----TTGTGTCTC----CCT-CCCTTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGG-T----AAAAAAT-TACTCAA-TTC--TGAC-ATG-C----AGG---T-T-CTCAGC-AGTCAAA----ACTGTAT----TTG--ATGGATG--T-----------------------CTCCGA---AT-CT-------GTAT---AC-AT-TTTT--GA--CCGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGATAAT--CATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TA-AA-TTT---C--AAAT-A----T----T-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AA----TA-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AAT--A--T---G-----AC--AGC--CC-ATC-T-C--C----------GAC-A-----------TCAATAACGTC--T--A-TT-C--A---ATC--TATC--GGA-CCT-TCG-AAC-TAA---AGAG-TTT-CTGGACTA-CCGGACCA-TTG---------GTG-GC-ATA--------TCC-G----------------AT--GG-TC-A---T-TGTA-TTT-AATA----------------GGA-AT-CGCT-GTG--TTAG--G-C-G--T--ATGACCCCCC--------TTCCCCCCCAATCACTCTATGTCTCATTT----TC--T-ATC-TC-TTATTG--CCTTGCA---ATTTTT---AT-tacta
gi|10 : agtg----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA---ACT-----TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-A-GTCAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TTT--TG--TAC--G---TA--GAA--TAT-TTTTGCCA---AT-CC-------GTGT---GC-AAATTTGTTGA--CCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAAT--CACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TG-AA-TTT---C--AATT-A----T----T-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AC----TG-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAA--A-----TG-----AC--AGC--CC-TTC-T-C--CAAAATAAAT-GAC-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---AAC--TATT--TGA-CCT-TTA-AAC-TAA---AGAG-TCT-GTGGACTA-TGGAACC--TT-----------TG-TA-ATA--------TTG-G----------------AT--AC-TC-G---A-CGTA-TTT--ATA----------------GGA-AA-CGCT-GTG--TTAG--G-C-G--TCAA----CCCCC---------CTCCCTT--A-C--------TCTC--TT----TTTAT-ATC-TC-TTATTG--CTTTGCA---TTTTAT---AT-GAAA---G--tattatgaaagtttgcacccctcccttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : ttattttttacataga-C----AGT---T-T-CTCAGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTAAAGG----CATG---TATCTAAC--AT-TTCT
gi|13 : --AATAA---CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TG-AACTTT---T--AATT-A----T----T-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AA----TG-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAA--A--A--TG-----ACGCAGC--CG-CTC-T-CACC----------AACCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---AAC--TATC--GGA-CGT-TTG-GACATAAG--AGAG-TCT-CTGGATTATTCCGACC---------------TG-GA-ATA--------TCC-GCGGAACGCCCCACGCCAT--GG-TA-----C-CGTA-TCT-TATA----------------GGA-ATATGACAGTG--TTAG--GCC-G--T--A----CCCCC---------CCCCCTC--ATT--------TC------------TGT-ACC-TCTTTATGG--CTTTGCA---ATTTCCA--AT-GAAA---G--TTTGTAACCCCCTCCCcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|3 : t--AATAAT--CA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TG-AAATTT---C--AAAT-A----T----TCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AA----TG-T-------------------TTTAG----AA------T--TA-----A---------G-T-------------------GAG-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---AAC--AATC--GGG-CAA-TCT-AAC--AA---AGAG-TTTCCTGGACTA-TTAGACC--TC--------------GG-ATA--------TAG-G----------------AT--GA--C-TGC-C-CGTA-TTTGGATA----------------GGA-AT-CGCT-CTG--TTAAGCA-T-GGTT--A----CCCACAATTGATAT---------ATC--------TCTAATTT----C---T-AT--TC-CTATTG--CTTTGTA---ATTttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|11 : cgagcgtatgacgaaaggaggggggggggggggtgaggcatatggccccttacagatttgagaagaaaggaatgggacaaaggatatatgggatctgtgatcatttacatatgaaaatgattataagagaaatatcattattgaaaaaatgctcactcctttttatgcaggttctagctgtcaaaacgttgaaatcatattatctctgtatccatgctcagtatatttaattaccgacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaat--AATAAT--CATA-T---T--CA-TTT-----------------------T-A----T----T-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGT--T--TG-----AT--AGCA-CT-TTCTT-C--C----------GAC-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--GA--AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGAC--GA---AGAGTTCT---------------CT--CTG-----------G-GA--TA--------TCG-G----------------AT--GGCTC-CA--C-CGCATTTT-GATAT---------------GGA-AT-CGCT--T---TTAG--A-T-GT-T--A----TGCCC--------TCCTTATT--A----------TATCA-TT----TCTGTAATCTTC-TCA-GT--GTTTGCAAATATTTTA---AT-GAAA---GTTTGTCC---CCCACCTCcattctgattaaaaaccaccacccccttct
gi|20 : taaactgaatctta--AATAAT--CATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TG-AA-TTT---C--AATT-A----TAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|17 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATAAT--CATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TG-AA-T-------------A----C------A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GA----AG-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAA--A--T--TG-----ACC-AGC--CC-TTC-T-C--CAACATCAATTGAC-A-----------TC-----------T----TT-C--G---AACACTATC--CGA---------GAC-------AGTG-T-T-GTGGAT-A-TCGGAATATTTG-----------G-AA-ATAGA------TCG-A----------------ATCAGT-TC-A---CTCGTA-TTT-GATA----------------AAA-AT-CGCTTGTG--TTAG----C-G--T--A----TCCCC--------TTCCCC-C--ATC--------TCTCATTT----TTTA--ATC-TC-GTATT
gi|23 : TAAT--CTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAA-TTT---TCAAATTCA----T----T-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AA----TA-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AAT--A--TAATG-----AC--AGC--CC-TTC-T-C--C----------GAT-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---AAC--TACC--GGA-C
gi|4 : AT--CGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATG-AA-TTT-------ATT-A----T----TTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AA----TG-G-C-Gctaagtgtttgccatcagacc
gi|15 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactAT--CATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TG-AA-TTTCTTT--ATTT-AGAGTC----T-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AA----TG-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAA--T--T--TG-----AC--AGC--TC-TTC-TCC--C----------GAC-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTATT--TAGT--GGA-C-C-TTG-AAG-TAA---AGAG-TGT-TTGGACTATTCGGACC--TT-----------T--GA-ATA--------TCC-GTT--------------AT--GG-TC-A---C-CACA---T-GAGA----------------GAA-AT-CACT-GT---TAAG--A-C-G--T--A----TCCCC---------CTCCCCT--ATC--------TCTCATGT----TTC-T-AAT-TC-TTATGC--TTTTGCA---A-TTTT---ATGAAAA---G--Tcatgtaa
gi|5 : tacA-TTT---T--A--T-A----T----T-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-----------------C-C-G--G-TAAATC-----TTT-T----TAA--A--T--TA-----A-----------------C--T----------GAC-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---AAC--AATC--AGG-CATCTTG------AA---AGAttgtgcccctc
gi|12 : attatcattgttcT---T--AATT-A----T----T--------TAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAA----TGAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAA--ATTT--TGTTAGTACTAAGCGACGCCTCAT-C--CACGATCAAT-GGC-G-----------TC-----------T--A--T-C--A---TAC--TATC--GGA-C-T-TTG-AAT-TAA---ATAG-----GTGATCTA-TTAAA----GTGATAAATATCATGTGACATA--------TTATG----------------AT--GG-TCATTAAT-CGGA-TTG-GATATAAGTCACACGAATATGGATAT-CGCT-GTGTTTTAG--G-TCG--T--A----TCC-----------TCCCTAC--ATC--------CCTGATCTTGCATTCCT-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCA---ATTTTTTAAGT-GAAATTTG--TGACC---CCCCCCCCCtataaagtattatgacatatttattctctggggttatcgtgggcggttggcaattataggtgttgaccccccgtttttgtgattagcagagaaataacttgtgggtttcaggcacatgcaccattaatatttctcattttctatcccttattgcttgcaattcatttctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|6 : AG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AA----TG-T-------------------TTTAG----AA------T--TA-----A---------G-T-------------------GAG-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---AAC--AATC--GGG-CAA-TCT-AAC--AA---AGAG-TTTCCTGGACTA-TTAGACC--TC--------------GG-ATA--------TAG-G----------------AT--GA--C-TGC-C-CGTA-TTTGGATA----------------GGA-AT-CGCT-CTG--TTAAGCA-T-GGTT--A----CCCACAATTGATAT---------ATC--------TCTAATTT----C---T-AT--TC-CTATTG--CTTTGTA---ATTtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AA----T----T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAA--A--T--AG-----AC--AA--------------------------GGC-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A----CGTC--AGACCTT-TTG-AAC-TAA---AGAcattctgattaaaaaccaccacccccttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|26 : c-C--G---AACAATATT--GGA-CCT-TTG-AAC-TATTTTAGAG-TCC-TTGGACTA-TCGGACC--TT-----------TG-GA-ATATCGAATGGTCA-A----------------AT--GG-TC-A---C-TGTA-TTA-GATA----------------GAA-AT-
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|25 ): CGGCTTAAAGAATAAACTTCCTATATGCAAACAGTCAGAAGCCAAAACATAACTTCCTTTTGTACGTAGCATATTTTTGCCAATCCGTGTGCAAATTTGTTGACCAA
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 33 222 555555 2 3333 222 11 22 222 4444444444 11 111 55555555555555555555555 11 22222222 1111 222222222222222 3333333 1111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 1 11111 2222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 33333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 11111 111111111111111 222222222222222222222222222 11111111111111 2222222222222222 111111 55555555555555555555555555 11111 22222222222 11 2222222
lowQualScore : 2222222222 00 111 1 888888 3 2222 111 88 77 111 0 0000000000 33 777 33333333333333333333333 33 55555555 6 11 5 66 5 6 1111 55 222222222222222 9999999 7 1 22 2222222 3 3 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 44 44444444 3 77 1 3 44444 6666666666666 3 3 6666 555 3 3 1 3 6666 8888888888888888888888888888888888888888888 2 3 3 6666666 00000 777 8 4 5 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 555 2 2 44 2 99 444 666 0000 666666 4 2 55 2 66 2 2 33 2 4 2 66666666666666666666666666 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 2 2 33 444 2 4 33 33 2 333 00000 999 555555555555555 5555 3 8 5555 2 66666 5 33 888888 2 33 2 2 33 333333333333333333333333333 33 22222222222222 2 99 888888 1111111111111111 2 2 2 99 6666 44 444444 3 1 66666666666666666666666666 2 555 99999 3 3 6 3 555 55555555555 22 3333333 66 0
lowQualScore : .......... .. ... . ...... . .... ... .. .. ... . .......... .. ... ....................... .. ........ . .. . .. . . .... .. ............... ....... . . .. ....... . . . ................................................................................................................................. . . .. ........ . .. . . ..... ............. . . .... ... . . . . .... ........................................... . . . ....... ..... ... . . . . ........................................................................................... . ... . . .. . .. ... ... .... ...... . . .. . .. . . .. . . . .......................... .... ............................................................................ .............. . . .. ... . . .. .. . ... ..... ... ............... .... . . .... . ..... . .. ...... . .. . . .. ........................... .. .............. . .. ...... ................ . . . .. .... .. ...... . . .......................... . ... ..... . . . . ... ........... .. ....... .. .
lowQualScore : 0000000000 33 000 0 777777 7 3333 000 55 55 000 7 0000000000 88 555 00000000000000000000000 88 55555555 1 22 0 99 0 1 3333 00 777777777777777 5555555 0 5 55 5555555 1 3 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 1 22 22222222 1 33 8 6 88888 5555555555555 3 1 5555 444 1 1 0 1 5555 6666666666666666666666666666666666666666666 2 6 6 0000000 00000 000 0 0 3 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 000 9 9 77 9 00 777 444 6666 000000 4 2 33 2 11 2 2 11 2 4 2 44444444444444444444444444 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 5 4 22 111 4 7 22 22 4 555 11111 444 666666666666666 7777 7 0 7777 7 66666 3 77 555555 7 77 7 7 77 444444444444444444444444444 99 55555555555555 9 66 222222 8888888888888888 9 9 9 44 5555 22 999999 1 5 22222222222222222222222222 3 444 77777 1 1 7 3 888 00000000000 22 1111111 99 2
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAG--AACCAG-AGACA------TATATGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCA-AA-T-A-T-CGCA--TAAA---ATTA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGTA--GCA--CG---------------TGCCC-------TCTCATTTCANTTTTG----G--AAGGGG-GNGG-----G-----G-----GGT-----GGGTTTGTGCC-C----CTT-CAC-TTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-------A---GT-TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTTGACG----------CCGAGNTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT--AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T-ACCCCC-----T-TCCCCC--ATC--------TCTCATTTT---TC--T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
Reference ( family-643 ) : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGGAAACCAGAANACATATAATTATATGTATATATAATCATATNCAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAGGATATGAATCANAACTAAGT-CGCA--TAAA---ATTA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGTGGTA--GCA--CG---------------TGCCC-------TCTCATTTCANTTTTG----G--AAGGGG-GNGG-----G-----G-----GGT-----GNGTTTGTGCC-C----CTT-CAC-TTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-------A---GTATAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTTAACG----------CCGAGNTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGT--AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCGCG--T-ACCCCC-----T-CCCCCC--ATC--------TCTCATTTT---TT--T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
gi|1 : CAGAGACATATGT----------TATATAG--AACCAG-AGACA------CATATGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCA----TCATT-CGCA--TACA---ATTA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GAAAGGGGG-AGGGGAAGGTGGGAGTGGTA--GCA--TG---------------TGCCCA------TCTCATTTCATTTTTG----G--AAAGGG-GTGG-----G-----G-----GGT-----GTGTTTGTGCC-C----CTT-CAC-TTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGGTTAAAAAAA-AACCACTCAA--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TTT-CCGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-------AT--GTATAACATAT-T-TCTTCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTTTTTAATG----------CCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTT---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CGT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-T---TA-TCG--GACC-TTGCATGG-A--A-T-A--T---CA--------G-------------AT--GG--T----CTC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-TG-AT-GTG----TT--AG--ATG--T-ACCCCC-----TCCCCCCC--ATC--------TCTCATTTT---TTG-T-ATC-TC-TTATTTC-TTTA-CA---ATTT------TT---ATAA--AA---G---TGT--TTCCCATCCCC
gi|10 : ----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA--ACT-------TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTAC-----------GTAGAA--TAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GC-AAATTTGTTGAC------------CAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-ACT----G-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAAA-----T---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--CAAAATAAATGA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--TGA-CCT-TTAAAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-C---TA-TGG--AACC-TT---TGT-A--A-T-A--T---TG--------G-------------AT--AC--T----CGA----CGTA-TTT---AT------A----------------GGA-AA-CG-CT-GTG----TT--AGGCGTC--A-ACCCCC-----C-TCCCTT--A-C--------TCTC-TTTT---TA--T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---TTTT------AT---ATGA--AA---G---
gi|11 : ttattttttacataga--AATAATCATA-T---T--CA-TTT-----------------------TA----TT-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGTT--T---------------GAT--AGCACTT-TCTTC--C---------GA-------C-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--G---A-AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGA----CGA---AG---------------AG----T-TC-T------------------------C-TC---TGG-G--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GGCTC----CAC----CGCATTTTG--AT------AT---------------GGA-AT-CG-CT--T-----TT--AGATGT---T-ATGCCC-----T---CCTT--ATTA-------TATCATTTC---TG--TAATCTTC-TCAGTG--TTTG-CAAATATTT------TA---ATGA--AA---GTT-TGT--CCCCCACCTC
gi|12 : taaactgaatcttaA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAAT----GAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAAA--T--TTTGTTAGTACTAAGCGAC---GC-CTCATCC-A--C---------GATCAATGGC-G-----------TC-----------T--A-T--C--A---T-A-C--TATC--GGA-C-T-TTGAAT----TAA---AT---------------AGGTGATCTA-TTAAAGTGA-TAAATA-TCA-------TG---TGA-C--A-T-A--T---TAT-------G-------------AT--GG--T----CATTAATCGGA-TTGG--AT------ATAAGTCACACGAATATGGATAT-CG-CT-GTG----TTTTAGGT-CG--T-ATCC-------T-CCCTAC--ATC--------CCTGATCTTGCATTCCT-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCA---ATTT------TTTAAGTGA--AATTTG---TGA--CCCCCCCCCCCagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|13 : ttaT--AATAA-CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TGAAC-TTTT---AA--TTA----TT-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AAT----G-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAAA--A--T---------------GACGCAGC-CGC-TCT-CACC---------AA-------CCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGACA---TAAG--AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-T---TATTCC--GACC------TGG-A--A-T-A--TCCGCG--------GAACGCCCCACGCCAT--GG--T-----AC----CGTA-TCTT--AT------A----------------GGA-ATATGACA-GTG----TT--AGGC-CG--T-ACCCCC-----C-CCC-----------------CTCATTTC---TG--T-ACC-TCTTTATGGC-TTTG-CA---ATTT------CCA--ATGA--AA---GTT-TGTAACCCCCTCCCtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|15 : ATCATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TGAA--TTTCTTTAT--TTAGAGTCT-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAAT--T--T---------------GAC--AGC-TCT-TCTCC--C---------GA-------C-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTA-T-T--TAGT--GGA-CC--TTGAAG----TAA---AG---------------AG----TGTT-T----G-GA-C---TATTCG--GACC-TT---T-G-A--A-T-A--T---CC--------GTT-----------AT--GG--T----CAC----CACA---TG--AG------A----------------GAA-AT-CA-C---TG----TT--AAG-ACG--T-ATCCCC-----C-TCCCCT--ATC--------TCTCATGTT---TC--T-AAT-TC-TTA-TGCTTTTG-CA---A-TT------TT---ATGA--AA---AGTTTGT--GCCCCTCttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|16 : tacATGAATCAGAA-TAAGTGCGGA--TAAA---ATTAATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------G-AAGGGGG-TGGGG--TG-GGGGGTGGTAA-GCA--CG---------------TGCCCAAG----TCTCATTTTAATTTTT----G--AAGGGG-GGGT-----GT----G-----GGC-----CTGTTT-TGCC-C----CTTGCAC-TTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGGTT--AAAAA-AATGACTA-AACA-TT--TGATAATGCC----AGGGGATGTCG-CCGCAAGTCAAA----ACA--AT----TTCT-TT---GG-ATCTAC-------
gi|17 : agATAATCATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TGAA--T------------A----C--A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GAA----G-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------GACC-AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-A-----------TC-----------A--A-TT----G---ACATC--TTTC--GAA-CAC-T--ATC----CGAG--AC---------------AG----TGTTGT----G-GA-----TA-TCG--GAATATT---TGG-A--AAT-AGAT---CG--------A-------------ATCAGT--T----CACT---CGTA-TTTG--AT------A----------------AAA-AT-CG-CTTGTG----TT--AG---CG--T-ATCCCC-----T-TCCCCC--ATC--------TCTCATTTT---TT--A-ATC-TC-GTATT
gi|18 : -CGCA--TAAA---ATTA------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA------GAA-----------G--GG-GATGGTGGTA--GCA--CG---------------TTCCCC------TCTCATTTTATTTTTG----------------------------------------------------CC-C----CTT-CAC-TTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGGTT---AAAA-AAT-ACTC-A--A-TTC-TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AGTCATA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-------AAGCATATAACTTAT-T-TATTCGAATCC-------ATA-----T---AC-AT-
gi|2 : GGGG-GTGG-----T-----ACA---AGT-----GGGTTTGTGTCTC----CCT-CCC-TTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGGT----AAAA-AATTACTC-A--A-TTC-TGAC-ATG-C----AGG---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----ACTGTAT----TTG--AT---GG-ATGT----------------------------CTCCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTT--TGAC------------CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTGATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TAAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AAT----A-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AATA-----T---------------GAC--AGC-CCA-TCT-C--C---------GA-------C-ATCAATAACG--TC-----------T--A-TT-C--A---A-T-C--TATC--GGA-CCT-TCGAAC----TAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-CCG--GACCATTGG-TGG-C--A-T-A--T---CC--------G-------------AT--GG--T----CAT----TGTA-TTTA--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCGTA--TGACCCCCCT---T-CCCCCCCAATCACTCTATGTCTCA-TTT---TC--T-ATC-TC-TTATTGC-CTTG-CA---ATTTTTATTATT---ATGA--AA---G---TTT--GCACCCCTCCC
gi|20 : agt-C----AGT---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTAAAGGCATGTA-------------TCTAAC--AT-T-TCTCttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : --AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTATAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|22 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAGGGTA--ACA--AG---------------TGCCCC------TCTCATTTCATTTC--------------------------------------AT-----TTGTTTGTGCC-C-----TT-CAC-TTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTGTT-AAAAAA-AAT-ACTC-A--ATTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-TCC-CCGC-AGTCAAA----AC---A-----TTC--TT---GG-ATGCAC-------A---
gi|23 : TAATCTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAATTTTC---AAATTCA----TT-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----A-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AATA--TAAT---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------GA-------T-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---A-A-C--TACC--GGA-CCT-
gi|24 : ------GGACGTAGGCAGGGT--GG-GGGGGCAG-A--GCA--CG---------------TGCCCCATTCCCTCTCTCTCCACTTTTG----GGCGAGGGG-GCAC-----A-----G-----G-------GGGTTTGTACC-C----C---CCC-TTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC-------------A----A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA-aagtgtttgccatcagacc
gi|25 : AT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTAC-------G------TAGCATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GCAAA-TTTGTTGAC
gi|26 : cggcttaaagaataaacttcct-C--G---A-A-CAATATT--GGA-CCT-TTGAAC----TATTTTAG---------------AG----TCCT-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CGAATGGTCAA-------------AT--GG--T----CAC----TGTA-TTAG--AT------A----------------GAA-AT-CT-CT-ATcaa
gi|27 : CA--CG---------------TGCCC-------CCTCA-----CTTTTA----G--AGTGGG-GGGG-----G-----G-----G-----------TCATACA-C----C---CAC-TTTAAAA---------A--------------------C-----ACA----GA-------------------A-------TGTAT-T---T--GAAAA--------TA-TC--ATGCTTAAAAAA
gi|3 : ggaCGAGCGTATGAC--GAAAGGAGG-GGGGG--GG-GGGGGTGA-G--GCA--TA---------------TGGCC-------CCTTA---CAGATTTGAGAAG--AAAGGA-ATGG-----GACAAAG-----GATATATGGGATCTGTGAT-C----ATT-TAC----------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C--T-TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT--AGC-TGTCAAA----AC---GT----T----------G-A------------A---AT----CATAT-TATCTCTGTATCC-------ATGCTCAGT---AT-AT-TTAATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT--AATAATCA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TGAAA-TTTC---AA--ATA----TTCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT-ACCCACAA---T-TGATAT--ATC--------TCTAA--TT---TC--T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtacta
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT--------T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--A---------------GAC--AA-----------------------GG-------C-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A------CGTC--AGACCTT-TTGAAC----TAA---AG---------------Attct
gi|32 : cCAGAGACATATGTTACAAATATATATATAG--AACC---ATACA------TATATGT-TATATAATCATATCT--CTGG
gi|4 : TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT---T-CGCAATTAAATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTAC-AGTGTACCAGAGAGAAGGTGG-AGAGG--GG-GGGGGGAGTA--GCAACCGTTTTATTTTTATACTTGCCTGCGTTA-TCTCATTTCATTTTTG----G--AA-GGG-GAGGTTCATG-----T-----AGTTA---ATGTTTGTGCC-CACA-TTT-CACTTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGGTT-AAAAAA-AATAACT--A--A----------ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AG-CAAA----AC---AT----TTCGTTT---GG-ATG-ACTGTAAGAA---ATATAACATTTAT-TCTTC-AAT-C-------GCA-----T---ACAAT-TTTTTTAATG----------CCt
gi|4 : tATCGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATGAA--TTT-----A--TTA----TTTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AAT----G-G-C-Gttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|5 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactA--TTTT---A----TA----TT-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-C-----------------C-G--G-TAAATC-----TTTTT----AAA---T--T---------------AAC-----------------T---------GA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---A-A-C--AATC--AGG-CATCTTGAAAGATATAA---AGTATTATGACATATTTAT----TCTC-T----G-GGGT---TA-TCGTGGGCG-GT---TGGCA--A-TTA--T---AG--------G--------------T--GT--TGACCCCC----CGTT-TTTGTGATTAGCAGA----------------GAA-AT-AA-CTTGTGGGTTTC--AGGCACA--T-GCACCA-----T-TAAT----ATT--------TCTCATTTT---CT----ATC-CC-TTATTGC--TTG-CA---ATTcatgtaa
gi|6 : attatcattgttcAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT-ACCCACAA---T-TGATAT--ATC--------TCTAA--TT---TC--T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCcatttctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|7 : CGAGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGG-GGTGAGGCA--TA---------------TGCCC-------T-----TACAGATTTG----A--AAGAAG-GAAG-----G-----GACATAGGT-----GGGTCTGTG----------T-CAT-TTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G---AACATAT-T-TCTCTGA-TCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACCGACN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAT--AATA-TCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T-ACCCACATTGAT---------ATA--------TCTCATTTC---T-----ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|8 : GGGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGGGTGAG--GCA--TA---------------TGCCC-------T-----TACAGATTTG----A--AAGAAG-GAAG-----G-----GACATAGGT-----GGGTCTGTGGT-C----ATT-TAC----------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAT-GCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G---AACATAT-T-TCTCTGAATCCATGCTCAGTA-----T---A-----TGTATTACCG----------ACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AATAATCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T-ACCCACATTGAT---------ATA--------TCTCATTTC---T-----ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATcat
gi|9 : CA--CG---------------TGCCC-------CCTCACTT----TTGG----G--AAGGGGCGCGG-----G-----G-----GG------GGGAGTGGGCA-CACAACCC-CAC-TTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGGTTGAAAAA-----TACTA-A--A-TTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATT--AT----TTC--TT---AC-ATGTAC-------A------TAACATAT-T-TCCCCGAACCC-------GTA-----TTATAC-AT-GTTTTGA-------------CCGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----ATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TCA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------AAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--GGA-CCT-TTGAAC----TAA---AC---------------AG----TGTT-C----G-AA-C---TA-TCG--GACA-AT---TGG-AATA-T-A--T---CG--------G-------------A
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 1 333333 1 11 222 11 11 222 666666666 11 111 55555555555555555555555 11 2222222 1 11111 222222222222222 3333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 1 11111 2222222222222 777777777777777777777777777777777777777777 2222222 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 33333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 11111 111111111111111 222222222222222222222222222 11111111111111 2222222222222222 1111111 11 33333333333333333333333333 11 22222222222 11 2222222
lowQualScore : 66666666 7 3 888888 3 88 111 88 88 111 111111111 33 777 33333333333333333333333 33 9999999 6 11 5 66 5 1 11111 55 222222222222222 9999999 4 22 666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 3 44 44444444 3 77 1 3 44444 6666666666666 3 3 6666 555 3 3 1 3 6666 777777777777777777777777777777777777777777 3 3 6666666 00000 777 8 4 9 777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 555 2 2 44 2 99 444 666 0000 666666 4 2 55 2 66 2 2 33 2 4 2 66666666666666666666666666 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 2 2 33 444 2 4 33 33 2 333 00000 999 555555555555555 5555 3 8 5555 2 66666 5 33 888888 2 33 2 2 33 333333333333333333333333333 33 22222222222222 2 99 888888 1111111111111111 2 2 2 99 6666 44 4444444 44 6666 00 33333333333333333333333333 00 3 3 3 3 6 3 555 55555555555 22 3333333 66 0
lowQualScore : ........ . . ...... . .. ... .. .. ... ......... .. ... ....................... .. ....... . .. . .. . . ..... .. ............... ....... . .. ... ...................................................................................................................................................... . . .. ........ . .. . . ..... ............. . . .... ... . . . . .... .......................................... . . ....... ..... ... . . . ... ........................................................................................ . ... . . .. . .. ... ... .... ...... . . .. . .. . . .. . . . .......................... .... ............................................................................ .............. . . .. ... . . .. .. . ... ..... ... ............... .... . . .... . ..... . .. ...... . .. . . .. ........................... .. .............. . .. ...... ................ . . . .. .... .. ....... .. .... .. .......................... .. . . . . . . ... ........... .. ....... .. .
lowQualScore : 00000000 3 3 333333 3 33 000 55 00 000 333333333 88 555 00000000000000000000000 88 5555555 1 22 0 99 0 0 33333 00 777777777777777 5555555 7 55 444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 1 22 22222222 1 33 8 6 88888 5555555555555 3 1 5555 444 1 1 0 1 5555 888888888888888888888888888888888888888888 6 6 0000000 00000 000 0 0 7 888 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 000 9 9 77 9 00 777 444 6666 000000 4 2 33 2 11 2 2 11 2 4 2 44444444444444444444444444 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 5 4 22 111 4 7 22 22 4 555 11111 444 666666666666666 7777 7 0 7777 7 66666 3 77 555555 7 77 7 7 77 444444444444444444444444444 99 55555555555555 9 66 222222 8888888888888888 9 9 9 44 5555 22 3333333 22 5555 44 22222222222222222222222222 11 1 1 1 1 7 3 888 00000000000 22 1111111 99 2
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAAT---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG----GA--AGGGG-GCG-----GG-----G-----GGT-----GG-GTTTG---TGCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-A-G---------TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCCCT---ATC--------TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
Reference ( family-643 ) : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCA-AATA--T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG----GA--AGGGG-GNG-----GG-----G-----GGT-----GG-GTTTG---TGCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-A-GT--------TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCCCC---ATC--------TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
gi|1 : CAGAGACATATGT----------TATATAGAACCAGA-GACACATA------TGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCATCAT---T-CGCA--TACAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GAAAGGGGG-AGGGGAAGGTGGGAGTGGT-A--GCA--TGT---------------GCCCA------TCTCATTTCATTT---TTG----GA--AAGGG-GTG-----GG-----G-----GGT-----GT-GTTTG---TGCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGGTTAAAAAAA-AACCACTCAA--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TTT-CCGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTAC-ATGTA-------TAACATAT-T-TCTTCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTTTTT---AATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTT---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CGT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-T---TA-TCG--GACC-TTGCATGG-A--A-T-A--T---CA--------G-------------AT--GG--T----CTC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-TG-AT-GTG----TT--AG--ATG--T--A----CCC--CC--TC--CCCCCC---ATC--------TCTCATTTTTTGT-ATC-TC-TTATTTC-TTTA-CA---ATTT------TT---ATAA--AA---G---TGT--TTCCCATCCCC
gi|10 : ----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA--ACT-------TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTAC-G-----------TAGAATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GC-AAATTTGTT---GAC--CAAANNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-ACT----G-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAAA-----T---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--CAAAATAAATGA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--TGA-CCT-TTAAAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-C---TA-TGG--AACC-TT---TGT-A--A-T-A--T---TG--------G-------------AT--AC--T----CGA----CGTA-TTT---AT------A----------------GGA-AA-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--TCAA----CCC--CC--C---TCCCTT---A-C--------TCTC-TTTTTA-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---TTTT------AT---ATGA--AA---G---
gi|11 : ttattttttacatagaAATAATCATA-T---T--CA-TTT-----------------------TA----TT-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGTT--T---------------GAT--AGCACTT-TCTTC--C---------GA-------C-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--G---A-AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGA----CGA---AG---------------AG----T-TC-T------------------------C-TC---TGG-G--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GGCTC----CAC----CGCATTTTG--AT------AT---------------GGA-AT-CG-CT--T-----TT--AG--ATGT-T--A----TGC--CC--T-----CCTT---ATTA-------TATCATTTCTG-TAATCTTC-TCAGTG--TTTG-CAAATATTT------TA---ATGA--AA---GTT-TGT--CCCCCACCTC
gi|12 : taaactgaatcttaA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAAT----GAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAAA--T--TTTGTTAGTACTAAGCGAC---GC-CTCATCC-A--C---------GATCAATGGC-G-----------TC-----------T--A-T--C--A---T-A-C--TATC--GGA-C-T-TTGAAT----TAA---AT---------------AGGTGATCTA-TTAAAGTGA-TAAATA-TCA-------TG---TGA-C--A-T-A--T---TAT-------G-------------AT--GG--T----CATTAATCGGA-TTGG--AT------ATAAGTCACACGAATATGGATAT-CG-CT-GTG----TTTTAGGT-CG--T--A----TCCTCCC--TACATCCCTG---ATC--------TTGCATTC--C-T-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCA---ATTT------TTTAAGTGA--AATTTG---TGA--CCCCCCCCCCCagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|13 : ttaTAATAA-CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TGAAC-TTTT---AA--TTA----TT-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AAT----G-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAAA--A--T---------------GACGCAGC-CGC-TCT-CACC---------AA-------CCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGACA---TAAG--AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-T---TATTCC--GACC------TGG-A--A-T-A--TCCGCG--------GAACGCCCCACGCCAT--GG--T-----AC----CGTA-TCTT--AT------A----------------GGA-ATATGACA-GTG----TT--AGGC-CG--T--A----CCC--CC-------CCCC----------------CTCATTTCTG-T-ACC-TCTTTATGGC-TTTG-CA---ATTT------CCA--ATGA--AA---GTT-TGTAACCCCCTCCCtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|15 : ATCATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TGAA--TTTCTTTAT--TTAGAGTCT-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAAT--T--T---------------GAC--AGC-TCT-TCTCC--C---------GA-------C-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTA-T-T--TAGT--GGA-CC--TTGAAG----TAA---AG---------------AG----TGTT-T----G-GA-C---TATTCG--GACC-TT---T-G-A--A-T-A--T---CC--------GTT-----------AT--GG--T----CAC----CACA---TG--AG------A----------------GAA-AT-CA-C---TG----TT--AAG-ACG--T--A----TCC--CC--C---TCCCCT---ATC--------TCTCATGTTTC-T-AAT-TC-TTA-TGCTTTTG-CA---A-TT------TT---ATGA--AA---AGTTTGT--GCCCCTCttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|16 : tacATGAATCAGAATAAGTGCGGA--TAAAAT---TAATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-------GAAGGGGG-TGGGG--TG-GGGGGTGGTAA--GCA--CGT---------------GCCCAAG----TCTCATTTTAATT---TTT----GA--AGGG----G-----GG-----G-----TGT-----GG-GCCTGTTTTGCC-C----CTTGCACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGGTT--AAAAA-AATGACTA-AACA-TT--TGATAATGCC----AGGGGATGTCG-CCGCAAGTCAAA----ACA--AT----TTCT-TT---GG-ATCTAC-
gi|17 : agATAATCATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TGAA--T------------A----C--A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GAA----G-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------GACC-AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-A-----------TC-----------A--A-TT----G---ACATC--TTTC--GAA-CAC-T--ATC----CGAG--AC---------------AG----TGTTGT----G-GA-----TA-TCG--GAATATT---TGG-A--AAT-AGAT---CG--------A-------------ATCAGT--T----CACT---CGTA-TTTG--AT------A----------------AAA-AT-CG-CTTGTG----TT--AG---CG--T--A----TCC--CC--T---TCCCCC---ATC--------TCTCATTTTTT-A-ATC-TC-GTATT
gi|18 : -CGCA--TAAAAT---TA------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA------GAA-----------G--GG-GATGGTGGT-A--GCA--CGT---------------TCCCC------TCTCATTTTATTT---TTG--------------------------------------------------------CC-C----CTT-CACTTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGGTT---AAAA-AAT-ACTC-A--A-TTC-TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AGTCATA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTACAA-GCATA-----TAACTTAT-T-TATTCGAATCC-------ATA-----T---AC-AT-
gi|2 : GGGG-GTG-----GT-----ACA---AGT-----GG-GTTTG---TGTCTC----CCT-CCCTTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGGT----AAAA-AATTACTC-A--A-TTC-TGAC-ATG-C----AGG---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----ACTGTAT----TTG--AT---GG-ATGT---------------------------CTCCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTT--T---GAC--CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---------TGATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TAAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AAT----A-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AATA-----T---------------GAC--AGC-CCA-TCT-C--C---------GA-------C-ATCAATAACG--TC-----------T--A-TT-C--A---A-T-C--TATC--GGA-CCT-TCGAAC----TAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-CCG--GACCATTGG-TGG-C--A-T-A--T---CC--------G-------------AT--GG--T----CAT----TGTA-TTTA--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--T--ATGACCCC--CC--T---TCCCCCCCAATCACTCTATGTCTCA-TTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-CTTG-CA---ATTTTTATTATT---ATGA--AA---G---TTT--GCACCCCTCCC
gi|20 : agt-C----AGT---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTAAAGGCATGTAT----C--------TAAC--AT-T-TCTCttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTATAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|22 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAGGGT-A--ACA--AGT---------------GCCCC------TCTCATTTCATTTCATTTG-----------------------------------------------TTTG---TGCC-C-----TT-CACTTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTGTT-AAAAAA-AAT-ACTC-A--ATTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-TCC-CCGC-AGTCAAA----AC---A-----TTC--TT---GG-ATGCAC-A-
gi|23 : TAATCTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAATTTTC---AAATTCA----TT-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----A-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AATA--TAAT---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------GA-------T-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---A-A-C--TACC--GGA-CCT-
gi|24 : ------GGACGTAGGCAGGGT--GG-GGGGGCAG--A--GCA--CGT---------------GCCCCATTCCCTCTCTCTCCACTT---TTG----GGCGAGGGG-GCA-----CA-----G-----GG-------G-GTTTG---TACC-C----C---CCCTTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC-------------A----A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA-aagtgtttgccatcagacc
gi|25 : AT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAAC-TTCCTTT-------TGTAC-G-----------TAGCATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GCAAA-TTTGTT---GAC
gi|26 : cggcttaaagaataaacttcct-C--G---A-A-CAATATT--GGA-CCT-TTGAAC----TATTTTAG---------------AG----TCCT-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CGAATGGTCAA-------------AT--GG--T----CAC----TGTA-TTAG--AT------A----------------GAA-AT-CT-CT-ATcaa
gi|27 : CA--CGT---------------GCCC-------CC-----TCACTT---TTA----GA--GTGGG-GGG-----GG-----G-----G------------TCA---TACA-C----C---CACTTTAAAA---------A--------------------C-----ACA----GA-------------------A-------TGTAT-T---T--GAAAA--------TA-TC--ATGCTTAAAAAA
gi|3 : ggaCGAGCGTATGAC--GAAAGGAGG-GGGGG--GG-GGGGGTGA--G--GCA--TAT---------------GGCC-------CCTTA---CAGAT---TTGAGAAGA--AAGGA-ATG-----GGACAAAG-----GATATATGGG-ATCTG---TGAT-C----ATT-TAC---------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C--T-TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT--AGC-TGTCAAA----AC---GT----T----------G-A------A-AT-----------CATAT-TATCTCTGTATCC-------ATGCTCAGT---AT-AT-TTAATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATAATCA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TGAAA-TTTC---AA--ATA----TTCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGATAT---ATC--------TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtacta
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT--------T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--A---------------GAC--AA-----------------------GG-------C-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A------CGTC--AGACCTT-TTGAAC----TAA---AG---------------Attct
gi|32 : cCAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACC--A-TACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGG
gi|4 : TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT--T-CGCAATTAAATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTACAG-TGTACCAGAGAGAAGGTGG-AGAGG--GG-GGGGGGAGT-A--GCAACCGTTTTATTTTTATACTTGCCTGCGTTA-TCTCATTTCATTT---TTG----GA--AGGGG-AGGTTCATGT-----A-----GTT-----AATGTTTG---TGCC-CACA-TTT-CACTTT-------------TT-------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGGTT-AAAAAA-AATAACT--A--A----------ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AG-CAAA----AC---AT----TTCGTTT---GG-ATG-AC-T-GTAAGAAATATAACATTTAT-TCTTC-AAT-C-------GCA-----T---ACAAT-TTTTTT---AATGCCt
gi|4 : tATCGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATGAA--TTT-----A--TTA----TTTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AAT----G-G-C-Gttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|5 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactA--TTTT---A----TA----TT-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-C-----------------C-G--G-TAAATC-----TTTTT----AAA---T--T---------------AAC-----------------T---------GA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---A-A-C--AATC--AGG-CATCTTGAAAGATATAA---AGTATTATGACATATTTAT----TCTC-T----G-GGGT---TA-TCGTGGGCG-GT---TGGCA--A-TTA--T---AG--------G--------------T--GT--TGACCCCC----CGTT-TTTGTGATTAGCAGA----------------GAA-AT-AA-CTTGTGGGTTTC--AGGCACA--T--G----CAC--CA--T---TAAT-----ATT--------TCTCATTTT-C-T-ATC-CC-TTATTGC--TTG-CA---ATTcatgtaa
gi|6 : attatcattgttcAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGATAT---ATC--------TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCcatttctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|7 : CGAGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGG-GGT-GAGGCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG----AA--AGAAG-GAA-----GG-----GACATAGGT-----GG-GTCTG---TG----------T-CATTTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T---------------------G----------AACATAT-T-TCTCTGA-TCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAATA-TCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--GAT---ATA--------TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|8 : GGGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGGGTGA-G--GCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG----AA--AGAAG-GAA-----GG-----GACATAGGT-----GG-GTCTG---TGGT-C----ATT-TAC---------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAT-GCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T---------------------G----------AACATAT-T-TCTCTGAATCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAAT---CATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--GAT---ATA--------TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATcat
gi|9 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCACTT----T---TGG----GA--AGGGGCGCG-----GG-----G-----GG------GG-GAGTG---GGCA-CACAACCC-CACTTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGGTTGAAAAA-----TACTA-A--A-TTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATT--AT----TTC--TT---AC-ATGTAC-A-----------TAACATAT-T-TCCCCGAACCC-------GTA-----TTATAC-AT-GTT-TT---GAC--CGAGGNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NG--ATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TCA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------AAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--GGA-CCT-TTGAAC----TAA---AC---------------AG----TGTT-C----G-AA-C---TA-TCG--GACA-AT---TGG-AATA-T-A--T---CG--------G-------------A
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 1 333333 1 11 222 11 11 222 2222222 11 111 55555555555555555555555 11 22222222 1 1111 222222222222222 3333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 1 11111 2222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 33333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 11111 111111111111111 222222222222222222222222222 11111111111111 2222222222222222 1111111 11 3333333333333333333333 11 22222222222 11 2222222
lowQualScore : 66666666 7 3 888888 3 88 111 88 88 111 8888888 33 777 33333333333333333333333 33 55555555 6 11 5 66 5 1 1111 55 222222222222222 9999999 4 22 666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 3 44 44444444 3 77 1 3 44444 6666666666666 3 3 6666 555 3 3 1 3 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 6666666 00000 777 8 4 9 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 555 2 2 44 2 99 444 666 0000 666666 4 2 55 2 66 2 2 33 2 4 2 66666666666666666666666666 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 2 2 33 444 2 4 33 33 2 3 2 00000 999 555555555555555 5555 3 8 5555 2 66666 2 2 33 888888 2 33 2 2 33 333333333333333333333333333 33 22222222222222 2 99 888888 1111111111111111 2 2 2 77 6666 44 4444444 44 6666 00 4444444444444444444444 33 00 3 3 3 3 6 3 555 55555555555 22 3333333 66 0
lowQualScore : ........ . . ...... . .. ... .. .. ... ....... .. ... ....................... .. ........ . .. . .. . . .... .. ............... ....... . .. ... .......................................................................................................................................................... . . .. ........ . .. . . ..... ............. . . .... ... . . . . .... .............................................. . . ....... ..... ... . . . ... ........................................................................................ . ... . . .. . .. ... ... .... ...... . . .. . .. . . .. . . . .......................... .... ............................................................................ .............. . . .. ... . . .. .. . . . ..... ... ............... .... . . .... . ..... . . .. ...... . .. . . .. ........................... .. .............. . .. ...... ................ . . . .. .... .. ....... .. .... .. ...................... .. .. . . . . . . ... ........... .. ....... .. .
lowQualScore : 00000000 3 3 333333 3 33 000 55 00 000 7777777 88 555 00000000000000000000000 88 55555555 1 22 0 99 0 0 3333 00 777777777777777 5555555 7 55 444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 1 22 22222222 1 33 8 6 88888 5555555555555 3 1 5555 444 1 1 0 1 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 0000000 00000 000 0 0 7 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 000 9 9 77 9 00 777 444 6666 000000 4 2 33 2 11 2 2 11 2 4 2 44444444444444444444444444 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 5 4 22 111 4 7 22 22 4 3 4 11111 444 666666666666666 7777 7 0 7777 7 66666 7 7 77 555555 7 77 7 7 77 444444444444444444444444444 99 55555555555555 9 66 222222 8888888888888888 9 9 9 66 5555 22 3333333 22 5555 44 8888888888888888888888 22 11 1 1 1 1 7 3 888 00000000000 22 1111111 99 2
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGTA--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG----GA--AGGGG-G-GGG-----G-----G-----GT-----GG-----GTTTGT---GCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
Reference ( family-643 ) : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGTA--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG----GA--AGGGG-GCGGG-----G-----G-----GT-----GG-----GTTTGT---GCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
gi|1 : CAGAGACATATGT----------TATATAGAACCAGA-GACACATA------TGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCATCA-T---T-CGCA--TACAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GAAAGGGGG-AGGGGAAGGTGGGAGTGGTA--GCA--TGT---------------GCCCA------TCTCATTTCATTT---TTG----GA--AAGGG-GTGGG-----G-----G-----GT-----GT-----GTTTGT---GCC-C----CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGGTTAAAAAAA-AACCACTCAA--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TTT-CCGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----ATGT--A-----TAACATAT-T-TCTTCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTTTTT---AATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTT---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CGT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-T---TA-T-CG--GACC-TTGCATGG-A--A-T-A--T---CA--------G-------------AT--GG--T----CTC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-TG-AT-GTG----TT--AG--ATG--T--A----CCC--CC--TC--CCCC-----------CCATC-TCTCATTTTTTGT-ATC-TC-TTATTTC-TTTA-CA---ATTT------TT---ATAA--AA---G---TGT--TTCCCATCCCC
gi|10 : ----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA--ACT-------TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTA-C----------G-----TAGAATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GC-AAATTTGTT---GAC--CAAANNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-ACT----G-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAAA-----T---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--CAAAATAAATGA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--TGA-CCT-TTAAAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-C---TA-T-GG--AACC-TT---TGT-A--A-T-A--T---TG--------G-------------AT--AC--T----CGA----CGTA-TTT---AT------A----------------GGA-AA-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--TCAA----CCC--CC--C---TCCC-----------TTA-C-TCTC-TTTTTA-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---TTTT------AT---ATGA--AA---G---
gi|11 : ttattttttacatagaAATAATCATA-T---T--CA-TTT-----------------------TA----TT-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGTT--T---------------GAT--AGCACTT-TCTTC--C---------GA-------C-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--G---A-AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGA----CGA---AG---------------AG----T-TC-T-------------------------C-TC---TGG-G--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GGCTC----CAC----CGCATTTTG--AT------AT---------------GGA-AT-CG-CT--T-----TT--AG--ATGT-T--A----TGC--CC--T-----CC-----------TTATTATATCATTTCTG-TAATCTTC-TCAGTG--TTTG-CAAATATTT------TA---ATGA--AA---GTT-TGT--CCCCCACCTC
gi|12 : taaactgaatcttaA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAAT----GAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAAA--T--TTTGTTAGTACTAAGCGAC---GC-CTCATCC-A--C---------GATCAATGGC-G-----------TC-----------T--A-T--C--A---T-A-C--TATC--GGA-C-T-TTGAAT----TAA---AT---------------AGGTGATCTA-TTAAAGTGA-TAAATA-T-CA-------TG---TGA-C--A-T-A--T---TAT-------G-------------AT--GG--T----CATTAATCGGA-TTGG--AT------ATAAGTCACACGAATATGGATAT-CG-CT-GTG----TTTTAGGT-CG--T--A----TCCTCCC--TACATCCC-----------TGATC-TTGCATTC--C-T-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCA---ATTT------TTTAAGTGA--AATTTG---TGA--CCCCCCCCCCCagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|13 : ttaTAATAA-CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TGAAC-TTTT---AA--TTA----TT-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AAT----G-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAAA--A--T---------------GACGCAGC-CGC-TCT-CACC---------AA-------CCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGACA---TAAG--AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-T---TATT-CC--GACC------TGG-A--A-T-A--TCCGCG--------GAACGCCCCACGCCAT--GG--T-----AC----CGTA-TCTT--AT------A----------------GGA-ATATGACA-GTG----TT--AGGC-CG--T--A----CCC--CC-------CCC-----------C------CTCATTTCTG-T-ACC-TCTTTATGGC-TTTG-CA---ATTT------CCA--ATGA--AA---GTT-TGTAACCCCCTCCCtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|15 : ATCATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TGAA--TTTCTTTAT--TTAGAGTCT-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAAT--T--T---------------GAC--AGC-TCT-TCT-C--CC--------GA-------C-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTA-T-T--TAGT--GGA-CCT-T-GAAG----TAA---AG---------------AG----TGTT-T----G-GA-C---TA-TTCG--GACC-TT---TG--A--A-T-A--T---CC--------GTT-----------AT--GG--T----CAC----CACA-T--G--AG------A----------------GAA-AT-CA-CT-GT------T--AAG-ACG--T--A----TCC--CC--C---TCCC-----------CTATC-TCTCATGTTTC-T-AAT-TC-TTA-TGCTTTTG-CA---A-TT------TT---ATGA--AA---AGTTTGT--GCCCCTCttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|16 : tacATGAATCAGAA-TAAGTGCGGA--TAAAAT---TAATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------G-AAGGGGG-TGGGG--TG-GGGGGTGGTAA-GCA--CGT---------------GCCCAAG----TCTCATTTTAATT---TTT----GA--AGGGG-G---G-----G-----T-----GT-----GG-----GCCTGTTTTGCC-C----CTTGCACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGGTT--AAAAA-AATGACTA-AACA-TT--TGATAATGCC----AGGGGATGTCG-CCGCAAGTCAAA----ACA--AT----TTCT-TT---GG-ATCTA-C----
gi|17 : agATAATCATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TGAA--T------------A----C--A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GAA----G-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------GACC-AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-A-----------TC-----------A--A-TT----G---ACATC--TTTC--GAA-CAC-T--ATC----CGAG--AC---------------AG----TGTTGT----G-GA-----TA-T-CG--GAATATT---TGG-A--AAT-AGAT---CG--------A-------------ATCAGT--T----CACT---CGTA-TTTG--AT------A----------------AAA-AT-CG-CTTGTG----TT--AG---CG--T--A----TCC--CC--T---TCCC-----------CCATC-TCTCATTTTTT-A-ATC-TC-GTATT
gi|18 : -CGCA--TAAAAT---TA------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA------GAA-----------G--GG-GATGGTGGTA--GCA--CGT---------------TCCCC------TCTCATTTTATTT---TTG------------------------------------------------------------CC-C----CTT-CACTTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGGTT---AAAA-AAT-ACTC-A--A-TTC-TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AGTCATA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----AAGCATA-----TAACTTAT-T-TATTCGAATCC-------ATA-----T---AC-AT-
gi|2 : GGGG-GTGGT-----ACA---A-----GT-----GG-----GTTTGT---GTCTC----CCT-CCCTTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGGT----AAAA-AATTACTC-A--A-TTC-TGAC-ATG-C----AGG---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----ACTGTAT----TTG--AT---GG-ATGT-------------------------------CTCCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTT--T---GAC--CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---------TGATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TAAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AAT----A-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AATA-----T---------------GAC--AGC-CCA-TCT-C--C---------GA-------C-ATCAATAACG--TC-----------T--A-TT-C--A---A-T-C--TATC--GGA-CCT-TCGAAC----TAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-C-CG--GACCATTGG-TGG-C--A-T-A--T---CC--------G-------------AT--GG--T----CAT----TGTA-TTTA--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--T--ATGACCCC--CC--T---TCCCCCCCAATCACTCTATG-TCTCA-TTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-CTTG-CA---ATTTTTATTATT---ATGA--AA---G---TTT--GCACCCCTCCC
gi|20 : agt-C----AGT---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTAAAGGCATGTATC----------------TAAC--AT-T-TCTCttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTATAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|22 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAGGGTA--ACA--AGT---------------GCCCC------TCTCATTTCATTTCATTTG---------------------------------------------------TTTGT---GCC-C-----TT-CACTTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTGTT-AAAAAA-AAT-ACTC-A--ATTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-TCC-CCGC-AGTCAAA----AC---A-----TTC--TT---GG-ATGCA-C----A-----
gi|23 : TAATCTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAATTTTC---AAATTCA----TT-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----A-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AATA--TAAT---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------GA-------T-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---A-A-C--TACC--GGA-CCT-
gi|24 : ------GGACGTAGGCAGGGT--GG-GGGGGCAG-A--GCA--CGT---------------GCCCCATTCCCTCTCTCTCCACTT---TTG----GGCGAGGGG-GCACA-----G-----G-----G-------G-----GTTTGT---ACC-C----C---CCCTTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC-------------A----A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA-aagtgtttgccatcagacc
gi|25 : AT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTA-C----------G-----TAGCATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GCAAA-TTTGTT---GAC
gi|26 : cggcttaaagaataaacttcct-C--G---A-A-CAATATT--GGA-CCT-TTGAAC----TATTTTAG---------------AG----TCCT-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CGAATGGTCAA-------------AT--GG--T----CAC----TGTA-TTAG--AT------A----------------GAA-AT-CT-CT-ATcaa
gi|27 : CA--CGT---------------GCCC-------CC-----TCACTT---TTA----GA--------GTGGG-----G-----G-----G------GG-----GGTCAT---ACA-C----C---CACTTTAAAA---------A--------------------C-----ACA----GA-------------------A-------TGTAT-T---T--GAAAA--------TA-TC--ATGCTTAAAAAA
gi|3 : ggaCGAGCGTATGAC--GAAAGGAGG-GGGGG--GG-GGGGGTGA-G--GCA--TAT---------------GGCC-------CCTTA---CAGAT---TTGAGAAGA--AAGGA-ATGGGACAAAG-----G-----ATATATGGG-----ATCTGT---GAT-C----ATT-TAC---------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C--T-TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT--AGC-TGTCAAA----AC---GT----T----------G-A----------A-----A-----T--CATAT-TATCTCTGTATCC-------ATGCTCAGT---AT-AT-TTAATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATAATCA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TGAAA-TTTC---AA--ATA----TTCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATC-TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtacta
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT--------T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--A---------------GAC--AA-----------------------GG-------C-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A------CGTC--AGACCTT-TTGAAC----TAA---AG---------------Attct
gi|32 : cCAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACC--A-TACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGG
gi|4 : TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT---T-CGCAATTAAATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTACAG-TGTACCAGAGAGAAGGTGG-AGAGG--GG-GGGGGGAGTA--GCAACCGTTTTATTTTTATACTTGCCTGCGTTA-TCTCATTTCATTT---TTG----GA--AGGGG-A---------G-----GTTCATGT-----AGTTAATGTTTGT---GCC-CACA-TTT-CACTTT-------------TT-------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGGTT-AAAAAA-AATAACT--A--A----------ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AG-CAAA----AC---AT----TTCGTTT---GG-ATG-A-CTGTAA-----GAAATATAACATTTAT-TCTTC-AAT-C-------GCA-----T---ACAAT-TTTTTT---AATGCCt
gi|4 : tATCGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATGAA--TTT-----A--TTA----TTTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AAT----G-G-C-Gttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|5 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactA--TTTT---A----TA----TT-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-C-----------------C-G--G-TAAATC-----TTTTT----AAA---T--T---------------AAC-----------------T---------GA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---A-A-C--AATC--AGG-CATCTTGAAAGATATAA---AGTATTATGACATATTTAT----TCTC-T----G-GGGT---TA-T-CGTGGGCG-GT---TGGCA--A-TTA--T---AG--------G--------------T--GT--TGACCCCC----CGTT-TTTGTGATTAGCAGA----------------GAA-AT-AA-CTTGTGGGTTTC--AGGCACA--T--G----CAC--CA--T---TAA-------------TATT-TCTCATTTT-C-T-ATC-CC-TTATTGC--TTG-CA---ATTcatgtaa
gi|6 : attatcattgttcAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATC-TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCcatttctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|7 : CGAGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGG-GGTGAGGCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG----AA--AGAAG-GAAGG-----GACATAG-----GT-----GG-----GTCTGT---G----------T-CATTTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G------AACATAT-T-TCTCTGA-TCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAATA-TCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--G-----------ATATA-TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|8 : GGGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGGGTGAG--GCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG----AA--AGAAG-GAAGG-----GACATAG-----GT-----GG-----GTCTGT---GGT-C----ATT-TAC---------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAT-GCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G------AACATAT-T-TCTCTGAATCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAAT---CATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--G-----------ATATA-TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATcat
gi|9 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCACTT----T---TGG----GA--AGGGGCGCGGG-----G-----G-----G------GG-----GAGTGG---GCA-CACAACCC-CACTTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGGTTGAAAAA-----TACTA-A--A-TTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATT--AT----TTC--TT---AC-ATGTA-C----A-----------TAACATAT-T-TCCCCGAACCC-------GTA-----TTATAC-AT-GTT-TT---GAC--CGAGGNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NG--ATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TCA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------AAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--GGA-CCT-TTGAAC----TAA---AC---------------AG----TGTT-C----G-AA-C---TA-T-CG--GACA-AT---TGG-AATA-T-A--T---CG--------G-------------A
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 1 333333 1 11 222 11 11 222 2222222 11 111 55555555555555555555555 11 2222222 1 11111 222222222222222 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 1 11111 2222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 33333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 11111 111111111111111 222222222222222222222222222 11111111111111 2222222222222222 1111111 11 3333333333333333333333 11 22222222222 11 2222222
lowQualScore : 66666666 7 3 888888 3 88 111 88 88 111 8888888 33 777 33333333333333333333333 33 9999999 6 11 5 66 5 1 11111 55 222222222222222 9999999 7 1 22 666 666666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 3 44 44444444 3 77 1 3 44444 6666666666666 3 3 6666 555 3 3 1 3 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 6666666 00000 777 8 4 9 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 555 2 2 44 2 99 444 666 0000 666666 4 2 55 2 66 2 2 33 2 4 2 66666666666666666666666666 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 2 2 33 444 2 4 33 33 2 3 2 00000 999 555555555555555 5555 3 8 5555 2 66666 2 2 33 888888 2 33 2 2 33 333333333333333333333333333 33 22222222222222 2 99 888888 1111111111111111 2 2 2 77 6666 44 4444444 44 6666 00 4444444444444444444444 33 00 3 3 3 3 6 3 555 55555555555 22 3333333 66 0
lowQualScore : ........ . . ...... . .. ... .. .. ... ....... .. ... ....................... .. ....... . .. . .. . . ..... .. ............... ....... . . .. ... ...... ................................................................................................................................................... . . .. ........ . .. . . ..... ............. . . .... ... . . . . .... .............................................. . . ....... ..... ... . . . ... ........................................................................................ . ... . . .. . .. ... ... .... ...... . . .. . .. . . .. . . . .......................... .... ............................................................................ .............. . . .. ... . . .. .. . . . ..... ... ............... .... . . .... . ..... . . .. ...... . .. . . .. ........................... .. .............. . .. ...... ................ . . . .. .... .. ....... .. .... .. ...................... .. .. . . . . . . ... ........... .. ....... .. .
lowQualScore : 00000000 3 3 333333 3 33 000 55 00 000 7777777 88 555 00000000000000000000000 88 5555555 1 22 0 99 0 0 33333 00 777777777777777 5555555 0 5 55 444 000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 22 22222222 1 33 8 6 88888 5555555555555 3 1 5555 444 1 1 0 1 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 0000000 00000 000 0 0 7 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 000 9 9 77 9 00 777 444 6666 000000 4 2 33 2 11 2 2 11 2 4 2 44444444444444444444444444 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 5 4 22 111 4 7 22 22 4 3 4 11111 444 666666666666666 7777 7 0 7777 7 66666 7 7 77 555555 7 77 7 7 77 444444444444444444444444444 99 55555555555555 9 66 222222 8888888888888888 9 9 9 66 5555 22 3333333 22 5555 44 8888888888888888888888 22 11 1 1 1 1 7 3 888 00000000000 22 1111111 99 2
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
Reference ( family-643 ) : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
gi|1 : CAGAGACATATGT----------TATATAGAACCAGA-GACACATA------TGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCATCA-T---T-CGCA--TACAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GAAAGGGGG-AGGGGAAGGTGGGAGTGGT-A--GCA--TGT---------------GCCCA------TCTCATTTCATTT---TTG-GAAAGGG---GTG---G---G--G-----G------G-----TGT-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGGTTAAAAAAA-AACCACTCAA--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TTT-CCGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----ATGT--A-----TAACATAT-T-TCTTCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTTTTT---AATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTT---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CGT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-T---TA-T-CG--GACC-TTGCATGG-A--A-T-A--T---CA--------G-------------AT--GG--T----CTC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-TG-AT-GTG----TT--AG--ATG--T--A----CCC--CC--TC--CCCC-----------CCATC-TCTCATTTTTTGT-ATC-TC-TTATTTC-TTTA-CA---ATTT------TT---ATAA--AA---G---TGT--TTCCCATCCCC
gi|10 : ----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA--ACT-------TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTA-C----------G-----TAGAATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GC-AAATTTGTT---GAC--CAAANNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-ACT----G-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAAA-----T---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--CAAAATAAATGA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--TGA-CCT-TTAAAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-C---TA-T-GG--AACC-TT---TGT-A--A-T-A--T---TG--------G-------------AT--AC--T----CGA----CGTA-TTT---AT------A----------------GGA-AA-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--TCAA----CCC--CC--C---TCCC-----------TTA-C-TCTC-TTTTTA-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---TTTT------AT---ATGA--AA---G---
gi|11 : ttattttttacatagaAATAATCATA-T---T--CA-TTT-----------------------TA----TT-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGTT--T---------------GAT--AGCACTT-TCTTC--C---------GA-------C-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--G---A-AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGA----CGA---AG---------------AG----T-TC-T-------------------------C-TC---TGG-G--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GGCTC----CAC----CGCATTTTG--AT------AT---------------GGA-AT-CG-CT--T-----TT--AG--ATGT-T--A----TGC--CC--T-----CC-----------TTATTATATCATTTCTG-TAATCTTC-TCAGTG--TTTG-CAAATATTT------TA---ATGA--AA---GTT-TGT--CCCCCACCTC
gi|12 : taaactgaatcttaA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAAT----GAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAAA--T--TTTGTTAGTACTAAGCGAC---GC-CTCATCC-A--C---------GATCAATGGC-G-----------TC-----------T--A-T--C--A---T-A-C--TATC--GGA-C-T-TTGAAT----TAA---AT---------------AGGTGATCTA-TTAAAGTGA-TAAATA-T-CA-------TG---TGA-C--A-T-A--T---TAT-------G-------------AT--GG--T----CATTAATCGGA-TTGG--AT------ATAAGTCACACGAATATGGATAT-CG-CT-GTG----TTTTAGGT-CG--T--A----TCCTCCC--TACATCCC-----------TGATC-TTGCATTC--C-T-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCA---ATTT------TTTAAGTGA--AATTTG---TGA--CCCCCCCCCCCagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|13 : ttaTAATAA-CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TGAAC-TTTT---AA--TTA----TT-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AAT----G-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAAA--A--T---------------GACGCAGC-CGC-TCT-CACC---------AA-------CCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGACA---TAAG--AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-T---TATT-CC--GACC------TGG-A--A-T-A--TCCGCG--------GAACGCCCCACGCCAT--GG--T-----AC----CGTA-TCTT--AT------A----------------GGA-ATATGACA-GTG----TT--AGGC-CG--T--A----CCC--CC-------CCC-----------C------CTCATTTCTG-T-ACC-TCTTTATGGC-TTTG-CA---ATTT------CCA--ATGA--AA---GTT-TGTAACCCCCTCCCtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|15 : ATCATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TGAA--TTTCTTTAT--TTAGAGTCT-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAAT--T--T---------------GAC--AGC-TCT-TCT-C--CC--------GA-------C-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTA-T-T--TAGT--GGA-CCT-T-GAAG----TAA---AG---------------AG----TGTT-T----G-GA-C---TA-TTCG--GACC-TT---TG--A--A-T-A--T---CC--------GTT-----------AT--GG--T----CAC----CACA-T--G--AG------A----------------GAA-AT-CA-CT-GT------T--AAG-ACG--T--A----TCC--CC--C---TCCC-----------CTATC-TCTCATGTTTC-T-AAT-TC-TTA-TGCTTTTG-CA---A-TT------TT---ATGA--AA---AGTTTGT--GCCCCTCttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|16 : tacATGAATCAGAA-TAAGTGCGGA--TAAAAT---TAATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-------GAAGGGGG-TGGGG--TG-GGGGGTGGTAA--GCA--CGT---------------GCCCAAG----TCTCATTTTAATT---TTT-GAA--GG---G-G---G---G--G-----T------G-----TGG-----G-CCTGTTTTGCC-C---CTTGCACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGGTT--AAAAA-AATGACTA-AACA-TT--TGATAATGCC----AGGGGATGTCG-CCGCAAGTCAAA----ACA--AT----TTCT-TT---GG-ATCTA-C----
gi|17 : agATAATCATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TGAA--T------------A----C--A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GAA----G-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------GACC-AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-A-----------TC-----------A--A-TT----G---ACATC--TTTC--GAA-CAC-T--ATC----CGAG--AC---------------AG----TGTTGT----G-GA-----TA-T-CG--GAATATT---TGG-A--AAT-AGAT---CG--------A-------------ATCAGT--T----CACT---CGTA-TTTG--AT------A----------------AAA-AT-CG-CTTGTG----TT--AG---CG--T--A----TCC--CC--T---TCCC-----------CCATC-TCTCATTTTTT-A-ATC-TC-GTATT
gi|18 : -CGCA--TAAAAT---TA------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA------GAA-----------G--GG-GATGGTGGT-A--GCA--CGT---------------TCCCC------TCTCATTTTATTT---TTG--------------------------------------------------------------CC-C---CTT-CACTTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGGTT---AAAA-AAT-ACTC-A--A-TTC-TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AGTCATA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----AAGCATA-----TAACTTAT-T-TATTCGAATCC-------ATA-----T---AC-AT-
gi|2 : AGTGG---G-G---G---T--G-----GTACAA-G-----TGG-----G-TTTG---TGTCTC---CCT-CCCTTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGGT----AAAA-AATTACTC-A--A-TTC-TGAC-ATG-C----AGG---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----ACTGTAT----TTG--AT---GG-ATGT-------------------------------CTCCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTT--T---GAC--CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---------TGATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TAAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AAT----A-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AATA-----T---------------GAC--AGC-CCA-TCT-C--C---------GA-------C-ATCAATAACG--TC-----------T--A-TT-C--A---A-T-C--TATC--GGA-CCT-TCGAAC----TAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-C-CG--GACCATTGG-TGG-C--A-T-A--T---CC--------G-------------AT--GG--T----CAT----TGTA-TTTA--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--T--ATGACCCC--CC--T---TCCCCCCCAATCACTCTATG-TCTCA-TTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-CTTG-CA---ATTTTTATTATT---ATGA--AA---G---TTT--GCACCCCTCCC
gi|20 : -C----AGT---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTAAAGGCATGTATC----------------TAAC--AT-T-TCTCttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTATAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|22 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAGGGT-A--ACA--AGT---------------GCCCC------TCTCATTTCATTTCATTTG-----------------------------------------------------TTTG---TGCC-C----TT-CACTTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTGTT-AAAAAA-AAT-ACTC-A--ATTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-TCC-CCGC-AGTCAAA----AC---A-----TTC--TT---GG-ATGCA-C----A-----
gi|23 : TAATCTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAATTTTC---AAATTCA----TT-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----A-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AATA--TAAT---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------GA-------T-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---A-A-C--TACC--GGA-CCT-
gi|24 : ------GGACGTAGGCAGGGT--GG-GGGGGCAG--A--GCA--CGT---------------GCCCCATTCCCTCTCTCTCCACTT---TTG-GGCGAGG---G-G---GCACA--G-----G-------------GG-----G-TTTG---TACC-C---C---CCCTTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC-------------A----A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA-aagtgtttgccatcagacc
gi|25 : AT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTA-C----------G-----TAGCATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GCAAA-TTTGTT---GAC
gi|26 : cggcttaaagaataaacttcct-C--G---A-A-CAATATT--GGA-CCT-TTGAAC----TATTTTAG---------------AG----TCCT-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CGAATGGTCAA-------------AT--GG--T----CAC----TGTA-TTAG--AT------A----------------GAA-AT-CT-CT-ATcaa
gi|27 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCA-----CTT---TTA-GAGTGGG---G-G---G---G--G-----G------G----------------TCA---TACA-C---C---CACTTTAAAA---------A--------------------C-----ACA----GA-------------------A-------TGTAT-T---T--GAAAA--------TA-TC--ATGCTTAAAAAA
gi|3 : ggaCGAGCGTATGAC--GAAAGGAGG-GGGGG--GG-GGGGGTGA--G--GCA--TAT---------------GGCC-------CCTTA---CAGAT---TTGAGAAGAAA---G-GAATG---G--GACAAAG------GATATATGG-----GATCTG---TGAT-C---ATT-TAC---------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C--T-TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT--AGC-TGTCAAA----AC---GT----T----------G-A----------A-----A-----T--CATAT-TATCTCTGTATCC-------ATGCTCAGT---AT-AT-TTAATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATAATCA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TGAAA-TTTC---AA--ATA----TTCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATC-TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtacta
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT--------T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--A---------------GAC--AA-----------------------GG-------C-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A------CGTC--AGACCTT-TTGAAC----TAA---AG---------------Attct
gi|32 : cCAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACC--A-TACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGG
gi|4 : TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT---T-CGCAATTAAATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTACAG-TGTACCAGAGAGAAGGTGG-AGAGG--GG-GGGGGGAGT-A--GCAACCGTTTTATTTTTATACTTGCCTGCGTTA-TCTCATTTCATTT---TTG-GAAGGGG---A-G---G---TTCA-----T------G-----TAGTTAATG-TTTG---TGCC-CACATTT-CACTTT-------------TT-------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGGTT-AAAAAA-AATAACT--A--A----------ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AG-CAAA----AC---AT----TTCGTTT---GG-ATG-A-CTGTAA-----GAAATATAACATTTAT-TCTTC-AAT-C-------GCA-----T---ACAAT-TTTTTT---AATGCCt
gi|4 : tATCGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATGAA--TTT-----A--TTA----TTTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AAT----G-G-C-Gttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|5 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactA--TTTT---A----TA----TT-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-C-----------------C-G--G-TAAATC-----TTTTT----AAA---T--T---------------AAC-----------------T---------GA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---A-A-C--AATC--AGG-CATCTTGAAAGATATAA---AGTATTATGACATATTTAT----TCTC-T----G-GGGT---TA-T-CGTGGGCG-GT---TGGCA--A-TTA--T---AG--------G--------------T--GT--TGACCCCC----CGTT-TTTGTGATTAGCAGA----------------GAA-AT-AA-CTTGTGGGTTTC--AGGCACA--T--G----CAC--CA--T---TAA-------------TATT-TCTCATTTT-C-T-ATC-CC-TTATTGC--TTG-CA---ATTcatgtaa
gi|6 : attatcattgttcAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATC-TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCcatttctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|7 : CGAGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGG-GGT-GAGGCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG-AAAGAAG---G-A---A---G--G-----GACATAGG-----TGG-----G-TCTG---TG---------T-CATTTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G------AACATAT-T-TCTCTGA-TCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAATA-TCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--G-----------ATATA-TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|8 : GGGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGGGTGA-G--GCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG-AAAGAAG---G-A---A---G--G-----GACATAGG-----TGG-----G-TCTG---TGGT-C---ATT-TAC---------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAT-GCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G------AACATAT-T-TCTCTGAATCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAAT---CATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--G-----------ATATA-TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATcat
gi|9 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCACTT----T---TGG-GAAGGGGCGCG-G---G---G--G-----G------G-----GGA-----G-TGGG---CACA-CAA-CCC-CACTTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGGTTGAAAAA-----TACTA-A--A-TTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATT--AT----TTC--TT---AC-ATGTA-C----A-----------TAACATAT-T-TCCCCGAACCC-------GTA-----TTATAC-AT-GTT-TT---GAC--CGAGGNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NG--ATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TCA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------AAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--GGA-CCT-TTGAAC----TAA---AC---------------AG----TGTT-C----G-AA-C---TA-T-CG--GACA-AT---TGG-AATA-T-A--T---CG--------G-------------A
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 1 333333 1 11 222 11 11 222 2222222 11 111 55555555555555555555555 11 2222222 1 11111 222222222222222 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 1 11111 2222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 33333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 11111 111111111111111 222222222222222222222222222 11111111111111 2222222222222222 1111111 11 3333333333333333333333 11 22222222222 11 2222222
lowQualScore : 66666666 7 3 888888 3 88 111 88 88 111 8888888 33 777 33333333333333333333333 33 9999999 6 11 5 66 5 1 11111 55 222222222222222 9999999 7 1 22 666 666666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 3 44 44444444 3 77 1 3 44444 6666666666666 3 3 6666 555 3 3 1 3 6666 4444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 6666666 00000 777 8 4 9 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 555 2 2 44 2 99 444 666 0000 666666 4 2 55 2 66 2 2 33 2 4 2 66666666666666666666666666 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 2 2 33 444 2 4 33 33 2 3 2 00000 999 555555555555555 5555 3 8 5555 2 66666 2 2 33 888888 2 33 2 2 33 333333333333333333333333333 33 22222222222222 2 99 888888 1111111111111111 2 2 2 77 6666 44 4444444 44 6666 00 4444444444444444444444 33 00 3 3 3 3 6 3 555 55555555555 22 3333333 66 0
lowQualScore : ........ . . ...... . .. ... .. .. ... ....... .. ... ....................... .. ....... . .. . .. . . ..... .. ............... ....... . . .. ... ...... ................................................................................................................................................... . . .. ........ . .. . . ..... ............. . . .... ... . . . . .... .............................................. . . ....... ..... ... . . . ... ........................................................................................ . ... . . .. . .. ... ... .... ...... . . .. . .. . . .. . . . .......................... .... ............................................................................ .............. . . .. ... . . .. .. . . . ..... ... ............... .... . . .... . ..... . . .. ...... . .. . . .. ........................... .. .............. . .. ...... ................ . . . .. .... .. ....... .. .... .. ...................... .. .. . . . . . . ... ........... .. ....... .. .
lowQualScore : 00000000 3 3 333333 3 33 000 55 00 000 7777777 88 555 00000000000000000000000 88 5555555 1 22 0 99 0 0 33333 00 777777777777777 5555555 0 5 55 444 000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 22 22222222 1 33 8 6 88888 5555555555555 3 1 5555 444 1 1 0 1 5555 0000000000000000000000000000000000000000000000 6 6 0000000 00000 000 0 0 7 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 000 9 9 77 9 00 777 444 6666 000000 4 2 33 2 11 2 2 11 2 4 2 44444444444444444444444444 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 5 4 22 111 4 7 22 22 4 3 4 11111 444 666666666666666 7777 7 0 7777 7 66666 7 7 77 555555 7 77 7 7 77 444444444444444444444444444 99 55555555555555 9 66 222222 8888888888888888 9 9 9 66 5555 22 3333333 22 5555 44 8888888888888888888888 22 11 1 1 1 1 7 3 888 00000000000 22 1111111 99 2
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
Reference ( family-643 ) : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
gi|1 : CAGAGACATATGT----------TATATAGAACCAGA-GACACATA------TGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCATCA-T---T-CGCA--TACAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GAAAGGGGG-AGGGGAAGGTGGGAGTGGT-A--GCA--TGT---------------GCCCA------TCTCATTTCATTT---TTG-GAAAGGG---GTG---G---G--G-----G------G-----TGT-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGGTTAAAAAAA-AACCACTCAA--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TTT-CCGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----ATGT--A-----TAACATAT-T-TCTTCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTTTTT---AATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTT---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CGT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-T---TA-T-CG--GACC-TTGCATGG-A--A-T-A--T---CA--------G-------------AT--GG--T----CTC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-TG-AT-GTG----TT--AG--ATG--T--A----CCC--CC--TC--CCCC-----------CCATC-TCTCATTTTTTGT-ATC-TC-TTATTTC-TTTA-CA---ATTT------TT---ATAA--AA---G---TGT--TTCCCATCCCC
gi|10 : ----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA--ACT-------TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTA-C----------G-----TAGAATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GC-AAATTTGTT---GAC--CAAANNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-ACT----G-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAAA-----T---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--CAAAATAAATGA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--TGA-CCT-TTAAAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-C---TA-T-GG--AACC-TT---TGT-A--A-T-A--T---TG--------G-------------AT--AC--T----CGA----CGTA-TTT---AT------A----------------GGA-AA-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--TCAA----CCC--CC--C---TCCC-----------TTA-C-TCTC-TTTTTA-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---TTTT------AT---ATGA--AA---G---
gi|11 : ttattttttacatagaAATAATCATA-T---T--CA-TTT-----------------------TA----TT-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGTT--T---------------GAT--AGCACTT-TCTTC--C---------GA-------C-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--G---A-AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGA----CGA---AG---------------AG----T-TC-T-------------------------C-TC---TGG-G--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GGCTC----CAC----CGCATTTTG--AT------AT---------------GGA-AT-CG-CT--T-----TT--AG--ATGT-T--A----TGC--CC--T-----CC-----------TTATTATATCATTTCTG-TAATCTTC-TCAGTG--TTTG-CAAATATTT------TA---ATGA--AA---GTT-TGT--CCCCCACCTC
gi|12 : taaactgaatcttaA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAAT----GAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAAA--T--TTTGTTAGTACTAAGCGAC---GC-CTCATCC-A--C---------GATCAATGGC-G-----------TC-----------T--A-T--C--A---T-A-C--TATC--GGA-C-T-TTGAAT----TAA---AT---------------AGGTGATCTA-TTAAAGTGA-TAAATA-T-CA-------TG---TGA-C--A-T-A--T---TAT-------G-------------AT--GG--T----CATTAATCGGA-TTGG--AT------ATAAGTCACACGAATATGGATAT-CG-CT-GTG----TTTTAGGT-CG--T--A----TCCTCCC--TACATCCC-----------TGATC-TTGCATTC--C-T-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCA---ATTT------TTTAAGTGA--AATTTG---TGA--CCCCCCCCCCCagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|13 : ttaTAATAA-CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TGAAC-TTTT---AA--TTA----TT-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AAT----G-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAAA--A--T---------------GACGCAGC-CGC-TCT-CACC---------AA-------CCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGACA---TAAG--AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-T---TATT-CC--GACC------TGG-A--A-T-A--TCCGCG--------GAACGCCCCACGCCAT--GG--T-----AC----CGTA-TCTT--AT------A----------------GGA-ATATGACA-GTG----TT--AGGC-CG--T--A----CCC--CC-------CCC-----------C------CTCATTTCTG-T-ACC-TCTTTATGGC-TTTG-CA---ATTT------CCA--ATGA--AA---GTT-TGTAACCCCCTCCCtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|15 : ATCATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TGAA--TTTCTTTAT--TTAGAGTCT-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAAT--T--T---------------GAC--AGC-TCT-TCT-C--CC--------GA-------C-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTA-T-T--TAGT--GGA-CCT-T-GAAG----TAA---AG---------------AG----TGTT-T----G-GA-C---TA-TTCG--GACC-TT---TG--A--A-T-A--T---CC--------GTT-----------AT--GG--T----CAC----CACA-T--G--AG------A----------------GAA-AT-CA-CT-GT------T--AAG-ACG--T--A----TCC--CC--C---TCCC-----------CTATC-TCTCATGTTTC-T-AAT-TC-TTA-TGCTTTTG-CA---A-TT------TT---ATGA--AA---AGTTTGT--GCCCCTCttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|16 : tacATGAATCAGAA-TAAGTGCGGA--TAAAAT---TAATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-------GAAGGGGG-TGGGG--TG-GGGGGTGGTAA--GCA--CGT---------------GCCCAAG----TCTCATTTTAATT---TTT-GAA--GG---G-G---G---G--G-----T------G-----TGG-----G-CCTGTTTTGCC-C---CTTGCACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGGTT--AAAAA-AATGACTA-AACA-TT--TGATAATGCC----AGGGGATGTCG-CCGCAAGTCAAA----ACA--AT----TTCT-TT---GG-ATCTA-C----
gi|17 : agATAATCATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TGAA--T------------A----C--A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GAA----G-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------GACC-AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-A-----------TC-----------A--A-TT----G---ACATC--TTTC--GAA-CAC-T--ATC----CGAG--AC---------------AG----TGTTGT----G-GA-----TA-T-CG--GAATATT---TGG-A--AAT-AGAT---CG--------A-------------ATCAGT--T----CACT---CGTA-TTTG--AT------A----------------AAA-AT-CG-CTTGTG----TT--AG---CG--T--A----TCC--CC--T---TCCC-----------CCATC-TCTCATTTTTT-A-ATC-TC-GTATT
gi|18 : -CGCA--TAAAAT---TA------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA------GAA-----------G--GG-GATGGTGGT-A--GCA--CGT---------------TCCCC------TCTCATTTTATTT---TTG--------------------------------------------------------------CC-C---CTT-CACTTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGGTT---AAAA-AAT-ACTC-A--A-TTC-TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AGTCATA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----AAGCATA-----TAACTTAT-T-TATTCGAATCC-------ATA-----T---AC-AT-
gi|2 : AGTGG---G-G---G---T--G-----GTACAA-G-----TGG-----G-TTTG---TGTCTC---CCT-CCCTTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGGT----AAAA-AATTACTC-A--A-TTC-TGAC-ATG-C----AGG---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----ACTGTAT----TTG--AT---GG-ATGT-------------------------------CTCCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTT--T---GAC--CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---------TGATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TAAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AAT----A-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AATA-----T---------------GAC--AGC-CCA-TCT-C--C---------GA-------C-ATCAATAACG--TC-----------T--A-TT-C--A---A-T-C--TATC--GGA-CCT-TCGAAC----TAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-C-CG--GACCATTGG-TGG-C--A-T-A--T---CC--------G-------------AT--GG--T----CAT----TGTA-TTTA--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGG--CG--T--ATGACCCC--CC--T---TCCCCCCCAATCACTCTATG-TCTCA-TTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-CTTG-CA---ATTTTTATTATT---ATGA--AA---G---TTT--GCACCCCTCCC
gi|20 : -C----AGT---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TTAAAGGCATGTATC----------------TAAC--AT-T-TCTCttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTATAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|22 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAGGGT-A--ACA--AGT---------------GCCCC------TCTCATTTCATTTCATTTG-----------------------------------------------------TTTG---TGCC-C----TT-CACTTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTGTT-AAAAAA-AAT-ACTC-A--ATTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-TCC-CCGC-AGTCAAA----AC---A-----TTC--TT---GG-ATGCA-C----A-----
gi|23 : TAATCTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAATTTTC---AAATTCA----TT-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----A-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AATA--TAAT---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------GA-------T-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---A-A-C--TACC--GGA-CCT-
gi|24 : ------GGACGTAGGCAGGGT--GG-GGGGGCAG--A--GCA--CGT---------------GCCCCATTCCCTCTCTCTCCACTT---TTG-GGCGAGG---G-G---GCACA--G-----G-------------GG-----G-TTTG---TACC-C---C---CCCTTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC-------------A----A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA-aagtgtttgccatcagacc
gi|25 : AT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC---ATAACTTCC--TT---T---TGTA-C----------G-----TAGCATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GCAAA-TTTGTT---GAC
gi|26 : cggcttaaagaataaacttcct-C--G---A-A-CAATATT--GGA-CCT-TTGAAC----TATTTTAG---------------AG----TCCT-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CGAATGGTCAA-------------AT--GG--T----CAC----TGTA-TTAG--AT------A----------------GAA-AT-CT-CT-ATcaa
gi|27 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCA-----CTT---TTA-GAGTGGG---G-G---G---G--G-----G------G----------------TCA---TACA-C---C---CACTTTAAAA---------A--------------------C-----ACA----GA-------------------A-------TGTAT-T---T--GAAAA--------TA-TC--ATGCTTAAAAAA
gi|3 : ggaCGAGCGTATGAC--GAAAGGAGG-GGGGG--GG-GGGGGTGA--G--GCA--TAT---------------GGCC-------CCTTA---CAGAT---TTGAGAAGAAA---G-GAATG---G--GACAAAG------GATATATGG-----GATCTG---TGAT-C---ATT-TAC---------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C--T-TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT--AGC-TGTCAAA----AC---GT----T----------G-A----------A-----A-----T--CATAT-TATCTCTGTATCC-------ATGCTCAGT---AT-AT-TTAATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATAATCA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TGAAA-TTTC---AA--ATA----TTCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATC-TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtacta
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT--------T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--A---------------GAC--AA-----------------------GG-------C-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A------CGTC--AGACCTT-TTGAAC----TAA---AG---------------Attct
gi|32 : cCAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACC--A-TACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGG
gi|4 : TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT---T-CGCAATTAAATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTACAG-TGTACCAGAGAGAAGGTGG-AGAGG--GG-GGGGGGAGT-A--GCAACCGTTTTATTTTTATACTTGCCTGCGTTA-TCTCATTTCATTT---TTG-GAAGGGG---A-G---G---TTCA-----T------G-----TAGTTAATG-TTTG---TGCC-CACATTT-CACTTT-------------TT-------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGGTT-AAAAAA-AATAACT--A--A----------ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AG-CAAA----AC---AT----TTCGTTT---GG-ATG-A-CTGTAA-----GAAATATAACATTTAT-TCTTC-AAT-C-------GCA-----T---ACAAT-TTTTTT---AATGCCt
gi|4 : tATCGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATGAA--TTT-----A--TTA----TTTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AAT----G-G-C-Gttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|5 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactA--TTTT---A----TA----TT-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-C-----------------C-G--G-TAAATC-----TTTTT----AAA---T--T---------------AAC-----------------T---------GA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---A-A-C--AATC--AGG-CATCTTGAAAGATATAA---AGTATTATGACATATTTAT----TCTC-T----G-GGGT---TA-T-CGTGGGCG-GT---TGGCA--A-TTA--T---AG--------G--------------T--GT--TGACCCCC----CGTT-TTTGTGATTAGCAGA----------------GAA-AT-AA-CTTGTGGGTTTC--AGGCACA--T--G----CAC--CA--T---TAA-------------TATT-TCTCATTTT-C-T-ATC-CC-TTATTGC--TTG-CA---ATTcatgtaa
gi|6 : attatcattgttcAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATC-TCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTCA-----TT---CTGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCcatttctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|7 : CGAGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGG-GGT-GAGGCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG-AAAGAAG---G-A---A---G--G-----GACATAGG-----TGG-----G-TCTG---TG---------T-CATTTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G------AACATAT-T-TCTCTGA-TCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAATA-TCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--G-----------ATATA-TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATTttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|8 : GGGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGGGTGA-G--GCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG-AAAGAAG---G-A---A---G--G-----GACATAGG-----TGG-----G-TCTG---TGGT-C---ATT-TAC---------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAT-GCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC---GT----T-----------------------------G------AACATAT-T-TCTCTGAATCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAAT---CATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-T-TA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---T--G-----------ATATA-TCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TA---ATcat
gi|9 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCACTT----T---TGG-GAAGGGGCGCG-G---G---G--G-----G------G-----GGA-----G-TGGG---CACA-CAA-CCC-CACTTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGGTTGAAAAA-----TACTA-A--A-TTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATT--AT----TTC--TT---AC-ATGTA-C----A-----------TAACATAT-T-TCCCCGAACCC-------GTA-----TTATAC-AT-GTT-TT---GAC--CGAGGNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NG--ATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TCA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------AAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--GGA-CCT-TTGAAC----TAA---AC---------------AG----TGTT-C----G-AA-C---TA-T-CG--GACA-AT---TGG-AATA-T-A--T---CG--------G-------------A
blockSeqs : TACAAATA A A ATTATA A AA AGA AA . GAT TAAGTG AT GAA TTGAATAAATTGCTA GA CCAGAGA A GG C . . T TGAG AC TTTATTTTTATACTT CATTCCC T T AT CAT AGAAGA GGGTGGTACAAGTGGGTTTGTGTCTCCCTCCCTTTTTTAATGCAAATTTCTTTTAAATGGAA A T AT TTAATTTG G AA C T TGCTC AAACATTTG A C ATGA GGA G T A A CATC ATTTCGTTTGGATGACTGTAAGAAATAT A A ATGCTCA CTCAG TAT A A G ACC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA A GAG T G CC A AT TTT ATT GAGT AAATA C T AC A TC G T GA T C T ACCGGAGTGAAAGCGGTT TAAT AATTTTGTTAGTACTAAGCGACGCCTCATCCACGATCAATGGCG AAATGACCTTGT C A AT TGT C A AA TA C C C GATAT TTT TATTATGACATATTT GTGA C G TAAA T TAAA T T TG ATTGG C AT A T GA CCGCGGAACGCCCCACGCC CA TCATTAAT T TG TAGCAG TAAGTCACACGAATAT T A A TG GGTT TT GCATGGT CA TGAC TC TTCCCCCCCAATCACTC TA TT . A T T A C AAT TTATTATT TT TTTG AA
blockSeqs : . . . . . CTT . . ATTGAATTGCTA . TGACG C TA . . . T TAA . . GCGTTA T T TT . GGCGA CGCGGGGGGGGGAGTGGGCACACAACCCCACTTTAAAAACCACAAATGTACATTAAATA T . . A . A C T TGCTC AAATTCTTA . . . . . . C . . ATTTCTTGGATGTACAAGCATAT . . ATGCTCA . . A . G . CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT . . . . G . C . T TAGT CA G . G . TC . . . . T . GCGCGAATAAAAGGGTT C TATAATGACAGCCCTTCTCCGATAATCAATAACTC TTG . . . . . T . . . C . AT G . . C C . . GT . . . ATT . . . . . CGAATGGTCAA . TGACCCCC . G . T . . . TG . . GCATGGT . . A TACATCCCT C TT . . . . T . . TTTAA TT AGTT .
blockSeqs : . . TTGA . G A GA . . . G TA . . AAG T T TT . GAGTG AGGTTCATGTAGTTAATGTTTGTGCCCACATTTCACTTTTTCTCATACTTA . . . . . . G A AATG CAATTCTG . . . . . . C . . ATTTCTTAAAGGCATGTATCT . . . . . . . A . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . C . A . T . TA . . . . . . . . . . . TCGTGCCTAATGG . AATTAACAGCCCTTCTCCAACATCAATGCCG TTG . . . . . . . . . G . T G . . C C . . C . . . TT . . . . . CCGTT . CTCCAC . G . . . . . G . . GCACA . . A AATTGATA C TT . . . . . . . CCA . GTT .
blockSeqs : G A GT . . . C TA . . C C C CT . GAAGG GGAATGGGACAAAGGATATATGGGATCTGTGATCATTTACATATGAAAA . . . . . . T G AATT CAATTCTG . . . . . . A . . ATAACTTCCTTTTGTACGT . . . . . . . T . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . G . . . T . A . . . . . . . . . . . GCCAGAACATAGG . AATGACAGCCCTTCTCCAAAATAAATGACG T . . . . . . . . . C . C . . . G . . . T . . . TC . . . . . TATG . TCACT . . . . . . . G . . GCATG . . . AATTGATA C TT . . . . . . . ATT . GTT .
blockSeqs : T C AA . . . T TA . . C T T CT . AAAGA TTTGTGCCCTTCACTTTTTTTTTTTTTTTTACAAATTGCTCATACTTA . . . . . . C G AATA CAATTTTG . . . . . . A . . ATAACTTCCTTTTGTACGT . . . . . . . A . CAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . G . . . A . A . . . . . . . . . . . GTCGAGTAGAGC . TATGACAGCCCATCTCCGACATCAATAACG T . . . . . . . . . A . T . . . G . . . C . . . TG . . . . . TGG . CTGCC . . . . . . . G . . GCATG . . . CTCCCT C TG . . . . . . . ATT . G .
blockSeqs : T C AA . . . G AG . . . C A GA . AAAGA GGGGGTGTGGGCCTGTTTTGCCCCTTGCACTTTTCTCATACTA . . . . . . T G GCTC CCTTTT . . . . . . C . . TATTTCTTACATGTACAT . . . . . . . A . CGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . G . . . T . A . . . . . . . . . . . GACCGAGATAAA . AAATGACGCAGCCGCTCTCACCAACCA T . . . . . . . . . C . T . . . T . . . C . . . TT . . . . . CGG . CTGCC . . . . . . . G . . ATGT . . . CTCCCC G TT . . . . . . . AT . G .
blockSeqs : . . . . . . G A . . . . A TT . GAAGG GGGCACAGGGGGTTTGTACCCCCCCTTTGCAAACACAATACAA . . . . . . T G TAA CCTTT . . . . . . A . . TGTATTTGATGGATGT . . . . . . . . . . . . . G . . . A . A . . . . . . . . . . . GCCGAGTAAAGG . ATGTTTGATAGCACTTTCTTCCGACA A . . . . . . . . . C . C . . . C . . . C . . . TT . . . . . CGA . TCGA . . . . . . . G . . GTCG . . . TTCCCC C TT . . . . . . . TA . A .
blockSeqs : . G . . . . T GA . GAA GAAGGGACATAGGTGGGTCTGTGGTCATTTACATATGAA . . . . . . T . AAT CCTTT . . . . . . A . . GTTGAAAT . . . . . . . . . . . . . G . . . T . A . . . . . . . . . . . AACGAGTATTGA . ATTTGACAGCTCTTCTCCCGACA A . . . . . . . . . C . T . . . T . . . C . . . TC . . . . . CCG . TCAC . . . . . . . A . . GCCG . . . TCCT T T . . . . . . . TT . A
blockSeqs : . . . . . GA . . GAAGGGACATAGGTGGGTCTGTGTCATTTACATATGAA . . . . . . C . AAT TCCT . . . . . . C . . GTTG . . . . . . . . . . . A . . . A . A . . . . . . . . . . . GCCAAGTAGATG . AATTGACCAGCCCTTCTCCAACA T . . . . . . . . . A . T . . . C . . . C . . . GT . . . . . AGG . TCAT . . . . . . . C . . GACG . . . CCCC C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CCCCTTCACTTTCTTTTAACACAATTTTCTTACTTA . . . . . . T . T AA . . . . . . G . . GTTG . . . . . . C . . . A . T . . . . . . . . . . . TGACGTAAAGG . AATAGACAAGGCA T . . . . . . . . . T . T . . . T . . . C . . . TC . . . . . AGG . TCAC . . . . . . . C . . GCG . . . TTAA A . . . . . . . .
blockSeqs : GGGGGGGTCATACACCCACTTTAAAAACACAGAA . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . . C . . . T . A . . . . . . . . . . . CGGTAAATC . ATTAACTGACG A . . . . . . . . . A . A . . . T . . . C . . . TT . . . . . AGG . TGCC . . . . . . . C . . GCG . . . TTGA A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . G . . . . . A . . . . . . . . . . . GT . TTAAGTGAGA T . . . . . . . . . A . A . . . T . . . C . . . TT . . . . . AGG . TGCC . . . . . . . C . . CG . . . TTGA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . GT . TTAAGTGAGA T . . . . . . . . . A . T . . . G . . . . . . . AT . . . . . AGG . TAC . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . GT . TTAAGTGAGA T . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GT . TTAAGTGAGA T . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ******* GTTTCTTGATGTACGT****************************** TT**** GCACG** TTNCCN**************** ATT********
originalCons : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC---AT----TTC--TT---GG-ATGTA-C----A-----G-----TAACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TCCC-----------CTATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTT------TT---ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
finalCons : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----ACGTTTCTTGATGTACGT------------------------------AACATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-T-CG--GACCTT----TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CCTTNCCN----------------TATC-TCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CA---ATTTATT--------ATGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333 1 333333 1 11 222 11 11 222 2222222 11 111 55555555555555555555555 11 2222222 1 11111 222222222222222 3333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 1 11111 2222222222222 555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 11111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 33333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 11111 111111111111111 222222222222222222222222222 11111111111111 2222222222222222 111111 11 11 3333333333333333333333 11 11 2222222
lowQualScore : 66666666 7 3 888888 3 88 111 88 88 111 8888888 33 777 33333333333333333333333 33 9999999 6 11 5 66 5 1 11111 55 222222222222222 9999999 7 1 22 666 666666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 3 44 44444444 3 77 1 3 44444 6666666666666 3 3 6666 555 3 3 1 3 6666 777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 3 6666666 00000 777 8 4 9 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 555 2 2 44 2 99 444 666 0000 666666 4 2 55 2 66 2 2 33 2 4 2 66666666666666666666666666 7777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444 2 2 33 444 2 4 33 33 2 333 00000 999 555555555555555 5555 3 8 5555 2 66666 5 33 888888 2 33 2 2 33 333333333333333333333333333 33 22222222222222 2 99 888888 1111111111111111 2 2 2 444444 6666 44 44 88 44 6666 00 4444444444444444444444 0 00 3 3 3 3 6 3 7777 88888 444 66 22 3333333 66 0
lowQualScore : ........ . . ...... . .. ... .. .. ... ....... .. ... ....................... .. ....... . .. . .. . . ..... .. ............... ....... . . .. ... ...... ................................................................................................................................................... . . .. ........ . .. . . ..... ............. . . .... ... . . . . .... ............................................. . . . ....... ..... ... . . . ... ........................................................................................ . ... . . .. . .. ... ... .... ...... . . .. . .. . . .. . . . .......................... .... ............................................................................ .............. . . .. ... . . .. .. . ... ..... ... ............... .... . . .... . ..... . .. ...... . .. . . .. ........................... .. .............. . .. ...... ................ . . . ...... .... .. .. .. .. .... .. ...................... . .. . . . . . . .... ..... ... .. .. ....... .. .
lowQualScore : 00000000 3 3 333333 3 33 000 55 00 000 7777777 88 555 00000000000000000000000 88 5555555 1 22 0 99 0 0 33333 00 777777777777777 5555555 0 5 55 444 000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 1 22 22222222 1 33 8 6 88888 5555555555555 3 1 5555 444 1 1 0 1 5555 666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 6 0000000 00000 000 0 0 7 888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9 000 9 9 77 9 00 777 444 6666 000000 4 2 33 2 11 2 2 11 2 4 2 44444444444444444444444444 8888 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 5 4 22 111 4 7 22 22 4 555 11111 444 666666666666666 7777 7 0 7777 7 66666 3 77 555555 7 77 7 7 77 444444444444444444444444444 99 55555555555555 9 66 222222 8888888888888888 9 9 9 111111 5555 22 55 55 22 5555 44 8888888888888888888888 4 11 1 1 1 1 7 3 1111 33333 444 11 22 1111111 99 2
consensus : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC-GT---TTC--TT--G-----A-----TGTAC------G-----TAA-CATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TNCC-----------NTATCTCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CAA----T-----TTATTA--TGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
Reference ( family-643 ) : CAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACCAGA-GACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGGAGATATAACCTAGTTTTAACTCAATTAACAGGATATAAATCATAA-T---T-CGCA--TAAAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GGAAGGAGG-AGGGG--GG-GGGGGCGGT-A--GCA--CGT---------------GCCC-------TCTCATTTCANTT---TTG-GAAGGGG---G-G---G---G--G-----G------G-----TGG-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-AT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACGGTTGAAAAAA-AATCACTC-A--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CNGC-AGTCAAA----AC-GT---TTC--TT--G-----A-----TGTAC------G-----TAA-CATAT-T-TCTCCGAATCC-------GTA-----T---AC-AT-TTTNTT---GACGCCGAGNTATCNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT-------AATAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CNT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CNT-TTGAAC----TAA---AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GG--T----CNC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----GTG----TT--AGGCACG--T--A----CCC--CC--T---TNCC-----------NTATCTCTCATTTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CAA----T-----TTATTA--TGA--AA---G---TGT--CCCCCCCCCCC
gi|1 : CAGAGACATATGT----------TATATAGAACCAGA-GACACATA------TGT-TATACAATCATATCT--CTGG---TAT--CCTAGTTTTAACTCAATTAACAG---ATAAATCATCA-T---T-CGCA--TACAAT---TA------TTG--A-----------CATGT--ACCACGGGCGTA------GAAAGGGGG-AGGGGAAGGTGGGAGTGGT-A--GCA--TGT---------------GCCCA------TCTCATTTCATTT---TTG-GAAAGGG---GTG---G---G--G-----G------G-----TGT-----G-TTTG---TGCC-C---CTT-CACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ATGGTTAAAAAAA-AACCACTCAA--A-TT--TGAT-ATG-C----AGG---T-TTT-CCGC-AGTCAAA----AC-AT---TTC--TTG-G-----A-----TGTACATGT--A-----TAA-CATAT-T-TCTTCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTTTTT---AATGCCNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTT---AA--TTA----TT-A----TCTAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--T---------------GAC--AGC-CGT-TCT-C--C---------GA-------C-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-T---TA-TCG--GACC-TTGCATGG-A--A-T-A--T---CA--------G-------------AT--GG--T----CTC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-TG-AT-----GTG----TT--AG--ATG--T--A----CCC--CC--TC--CCCC-----------CCATCTCTCATTTTTTGT-ATC-TC-TTATTTC-TTTA-CAA----T-----TT-TTA--TAA--AA---G---TGT--TTCCCATCCCC
gi|10 : ----A-------TG-AT-CAGAT--AAAAA--------TA-CC--ACGGCTTAAAGAATAA--ACT-------TC--CTAT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC-ATAACTTC--CT--T-----T-----TGTAC------G-----TAG-AATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GC-AAATTTGTT---GAC--CAAANNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNAATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTA----TT-A----TTCAAG-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-ACT----G-T-C-GA-G-TAGAGC-----TTTAATAATAAAA-----T---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--CAAAATAAATGA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--TGA-CCT-TTAAAC----TAA---AG---------------AG----TCTG-T----G-GA-C---TA-TGG--AACC-TT---TGT-A--A-T-A--T---TG--------G-------------AT--AC--T----CGA----CGTA-TTT---AT------A----------------GGA-AA-CG-CT-----GTG----TT--AGG--CG--TCAA----CCC--CC--C---TCCC-----------TTA-CTCTC-TTTTTA-T-ATC-TC-TTATTGC-TTTG-CAT----T-----TTA-TA--TGA--AA---G---
gi|11 : ttattttttacatagaAATAATCATA-T---T--CA-TTT-----------------------TA----TT-A----TCTAAGCTTAC-TG--CT-C--A-TT-G--ATC-ATGA-AATTCGTG-C-C------TAATGG-----TTTAA----ACATGTT--T---------------GAT--AGCACTT-TCTTC--C---------GA-------C-A-----------TCAAATGACCTTGT--ACTT-C--G---A-AAC--TATTTAAGA-CCT-TTGAGA----CGA---AG---------------AG----T-TC-T------------------------C-TC---TGG-G--A-T-A--T---CG--------G-------------AT--GGCTC----CAC----CGCATTTTG--AT------AT---------------GGA-AT-CG-CTTTTAGATG----TT--ATGC-------------CCT--CC--T---TATT-----------ATA----TCATTTCTG-TAATCTTC-TCAGTG--TTTG-CAAATATT-----TTA--A--TGA--AA---GTT-TGT--CCCCCACCTC
gi|12 : taaactgaatcttaA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--CTAC--A-AT-G--A-C-GTGATAAT----GAC-C-GA-GATAAA--------TTAT----AAAA--T--TTTGTTAGTACTAAGCGAC---GC-CTCATCC-A--C---------GATCAATGGC-G-----------TC-----------T--A-T--C--A---T-A-C--TATC--GGA-C-T-TTGAAT----TAA---AT---------------AGGTGATCTA-TTAAAGTGA-TAAATA-TCA-------TG---TGA-C--A-T-A--T---TAT-------G-------------AT--GG--T----CATTAATCGGA-TTGG--AT------ATAAGTCACACGAATATGGATAT-CG-CT-----GTG----TTTTAGGT-CG--T--A----TCCTCCC--TACATCCC-----------TGATCTTGCATTC--C-T-ATC-TC-TTATTGCACTTGCCAA----T-----TTTTTAAGTGA--AATTTG---TGA--CCCCCCCCCCCagctactttgttttttaagcccaggcttacatgaaagtttgccctcccccccactttttttaacctcatgctgtatgaaagtttgctccaacccccttccccccacaactttttagccactttatgaacgtgtgtgcccccc
gi|13 : ttaTAATAA-CATA-T---TT-CA-TTTC-AA-TGAAC-TTTT---AA--TTA----TT-AAATATCTAAT-TCAC-TG--CT-C--A-ATTG--A-CCGTTA-AAT----G-CGC-GA-A-TAAAAGGGTT-TTTAAC---AAAA--A--T---------------GACGCAGC-CGC-TCT-CACC---------AA-------CCA-----------CC-----------T--A-TT-C--A---A-A-C--TATC--GGA-CGT-TTGGACA---TAAG--AG---------------AG----TCTC-T----G-GA-T---TATTCC--GACC------TGG-A--A-T-A--TCCGCG--------GAACGCCCCACGCCAT--GG--T-----AC----CGTA-TCTT--AT------A----------------GGA-ATATGACA-----GTG----TT--AGGC-CG--T--A----CCC--CC--------CC---------------CCCTCATTTCTG-T-ACC-TCTTTATGGC-TTTG-CAA----T-----TTCCAA--TGA--AA---GTT-TGTAACCCCCTCCCtattattagcccaggctttatgtacgtttttgcccatcctcagtattttcttagt
gi|15 : ATCATA-T---TT-CA-TT-G-AA-TGAA--TTTCTTTAT--TTAGAGTCT-A----CCCAAG-TCAC-TG--TT-C--A-AT-G--A-TTGTGA-AAT----G-C-C-GA-G-TAAAGG-----TGTAA----AAAT--T--T---------------GAC--AGC-TCT-TCTCC--C---------GA-------C-A-----------TC-----------A--A-TGAC--GTGTA-T-T--TAGT--GGA-CC--TTGAAG----TAA---AG---------------AG----TGTT-T----G-GA-C---TATTCG--GACC-TT---T-G-A--A-T-A--T---CC--------GTT-----------AT--GG--T----CAC----CACA---TG--AG------A----------------GAA-AT-CA-C-------TG----TT--AAG-ACG--T--A----TCC--CC--C---TCCC-----------CTATCTCTCATGTTTC-T-AAT-TC-TTA-TGCTTTTG-CAA----T-----T--TTA--TGA--AA---AGTTTGT--GCCCCTCttttttcagcttcagctttatgcaaagttttggtggccctcc
gi|16 : tacATGAATCAGAA-TAAGTGCGGA--TAAAAT---TAATTGAATTGCTA-----------CATGT--ACCACGGGCGTA-------GAAGGGGG-TGGGG--TG-GGGGGTGGTAA--GCA--CGT---------------GCCCAAG----TCTCATTTTAATT---TTT-GAA--GG---G-G---G---G--G-----T------G-----TGG-----G-CCTGTTTTGCC-C---CTTGCACTTT-------------T--------------------C-----TCA----TAC-------------T----A-------TGAAT-CAGAT--GAGAA--------TA-GCA-ACGGTT--AAAAA-AATGACTA-AACA-TT--TGATAATGCC----AGGGGATGTCG-CCGCAAGTCAAA----ACAAT---TTC--TTTGG-----A-----TCTAC------
gi|17 : agATAATCATA-T---TTTCA-TTTG-AA-TGAA--T------------A----C--A----TGTAAGGTCAC-TGG-CT-C--AGAT-G--A-C-GTGA-GAA----G-C-CAGA-A-CATAGG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------GACC-AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-A-----------TC-----------A--A-TT----G---ACATC--TTTC--GAA-CAC-T--ATC----CGAG--AC---------------AG----TGTTGT----G-GA-----TA-TCG--GAATATT---TGG-A--AAT-AGAT---CG--------A-------------ATCAGT--T----CACT---CGTA-TTTG--AT------A----------------AAA-AT-CG-CTT----GTG----TT--AG---CG--T--A----TCC--CC--T---TCCC-----------CCATCTCTCATTTTTT-A-ATC-TC-GTATT
gi|18 : -CGCA--TAAAAT---TA------TTG--AATAAATTGCTACATGT--ACCTTGGGCGTA------GAA-----------G--GG-GATGGTGGT-A--GCA--CGT---------------TCCCC------TCTCATTTTATTT---TTG--------------------------------------------------------------CC-C---CTT-CACTTTCTTTTAACACAATT--------------------T-----TCT----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGCA--------TA-TC--AGGGTT---AAAA-AAT-ACTC-A--A-TTC-TGAT-ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AGTCATA----AC-AT---TTC--TTG-G-----A-----TGTACAAGCATA-----TAA-CTTAT-T-TATTCGAATCC-------ATA-----T---AC-AT-
gi|2 : AGTGG---G-G---G---T--G-----GTACAA-G-----TGG-----G-TTTG---TGTCTC---CCT-CCCTTT-------------T--------------------T-----TAA----TGCAAATTTCTTT---T----AAATGGAATG-AT-TAGAT--GATAA--------TA-TC--ATGGT----AAAA-AATTACTC-A--A-TTC-TGAC-ATG-C----AGG---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----ACTGT---AT---TT--G-----A-----TGGAT------G-----T------------CTCCGAATCT-------GTA-----T---AC-AT-TTT--T---GAC--CGAGTTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATT---------TGATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TAAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TGGAAG-TCAT-TG--CT-C--A-GT-G--A-C-GTGA-AAT----A-A-C-GA-G-TATTGA-----TATAA----AATA-----T---------------GAC--AGC-CCA-TCT-C--C---------GA-------C-ATCAATAACG--TC-----------T--A-TT-C--A---A-T-C--TATC--GGA-CCT-TCGAAC----TAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-CCG--GACCATTGG-TGG-C--A-T-A--T---CC--------G-------------AT--GG--T----CAT----TGTA-TTTA--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----GTG----TT--AGG--CG--T--ATGACCCC--CC--T---TCCCCCCCAATCACTCTATGTCTCA-TTTTC-T-ATC-TC-TTATTGC-CTTG-CAA----TTTTTATTATTA--TGA--AA---G---TTT--GCACCCCTCCC
gi|20 : -C----AGT---T-TCT-CAGC-AGTCAAA----AC-AT---TTC--TT--AAAGGCA-----TGTAT------C-----TAA-C--AT-T-TCTCttttttttgcccagctggttgtgccccctcactttttttcgtcacttcaagttgt
gi|20 : AATAATCATA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TTATAGTTT-T----TCTAAG-TCAC-TG--GT-C--A-AT-G--G-A-GTGA-Aagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaataatcatatttcatttgaatgaatttcaattatagtttttctaagtcactggtcaatggagtgaa
gi|22 : cagtttctcagcagtcaaaacatttcttaaaggcatgtatctaacatttctcagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAGGGT-A--ACA--AGT---------------GCCCC------TCTCATTTCATTTCATTTG-----------------------------------------------------TTTG---TGCC-C----TT-CACTTT-------------TTTTTTTTTTTTTACAAATTGC-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GG-CAGAT--GAGAA--------TA-TC--ACTGTT-AAAAAA-AAT-ACTC-A--ATTT--TGAT-ATG-CATGAAGG---T-TCC-CCGC-AGTCAAA----AC-AT---TCT--TG--G-----A-----TGCAC------
gi|23 : TAATCTTA-T---TT-CT-TATG-AA-TGGAATTTTC---AAATTCA----TT-A----CTTAAG-TCAA-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----A-C-CGGA-G-TGAAAGCGGTTTTTAA----AATA--TAAT---------------GAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------GA-------T-AATCAATAACTCTC-----------T--A-TT----G---A-A-C--TACC--GGA-CCT-a
gi|24 : ------GGACGTAGGCAGGGT--GG-GGGGGCAG--A--GCA--CGT---------------GCCCCATTCCCTCTCTCTCCACTT---TTG-GGCGAGG---G-G---GCACA--G-----G-------------GG-----G-TTTG---TACC-C---C---CCCTTT-------------G--------------------CAAACACAA----TAC-------------A----A-------TG-AT-CAGAT--AAGAT--------TAGCC--ATGGGTTAAAAAA-aagtgtttgccatcagacc
gi|25 : AT-ATG-C----AAA---C-AGT-CAGA-AGCCAAA----AC-ATAACTTC--CT--T-----T-----TGTAC------G-----TAG-CATAT-T-TTTGCCAATCC-------GTG-----T---GCAAA-TTTGTT---GAC
gi|26 : cggcttaaagaataaacttcct-C--G---A-A-CAATATT--GGA-CCT-TTGAAC----TATTTTAG---------------AG----TCCT-T----G-GA-C---TA-TCG--GACC-TT---TGG-A--A-T-A--T---CGAATGGTCAA-------------AT--GG--T----CAC----TGTA-TTAG--AT------A----------------GAA-AT-CT-CT-----ATcaa
gi|27 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCA-----CTT---TTA-GAGTGGG---G-G---G---G--G-----G------G----------------TCA---TACA-C---C---CACTTTAAAA---------A--------------------C-----ACA----GA-------------------A-------TGTAT-T---T--GAAAA--------TA-TC--ATGCTTAAAAAA
gi|3 : ggaCGAGCGTATGAC--GAAAGGAGG-GGGGG--GG-GGGGGTGA--G--GCA--TAT---------------GGCC-------CCTTA---CAGAT---TTGAGAAGAAA---G-GAATG---G--GACAAAG------GATATATGG-----GATCTG---TGAT-C---ATT-TAC---------------------------------------------A----TA--------------TGAAAA-------TG-AT-TATAA--GAGAAA-------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C--T-TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT--AGC-TGTCAAA----AC-GT---T--------G-----A-----------------------AATCATAT-TATCTCTGTATCC-------ATGCTCAGT---AT-AT-TTAATTACCGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAATAATCA-A-TGAGTT-CA-TTTCCAA-TGAAA-TTTC---AA--ATA----TTCA----TCGAAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATCTCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TAA----T-----TCATTC--TGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtacta
gi|30 : G-TCAC-TG--CT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT--------T-GACG-TAAAGG-----TTTAA----AAAA--T--A---------------GAC--AA-----------------------GG-------C-A-----------TC-----------A--A-T-----G---A------CGTC--AGACCTT-TTGAAC----TAA---AG---------------Attct
gi|32 : cCAGAGACATATGTTACAAATATATATATAGAACC--A-TACATATA------TGT-TATATAATCATATCT--CTGG
gi|4 : TATATAAGAAACCAGAAGACATATAATTATATGTATATATAATCATATACAACTGGAGATATAATCTA--TTTAACTCAATTAACAAGATATAAATCATAACT---T-CGCAATTAAATTGAATA------TTG--A-----------AATATGAACTACAG-TGTACCAGAGAGAAGGTGG-AGAGG--GG-GGGGGGAGT-A--GCAACCGTTTTATTTTTATACTTGCCTGCGTTA-TCTCATTTCATTT---TTG-GAAGGGG---A-G---G---TTCA-----T------G-----TAGTTAATG-TTTG---TGCC-CACATTT-CACTTT-------------TT-------------------C-----TCA----TAC---------T---T----A-------TG-GT-CAGAT--GAGAATTAATTTGTA-TCAAACGGTT-AAAAAA-AATAACT--A--A----------ATG-C----AGG---T-TCT-CCGC-AG-CAAA----AC-AT---TTCGTTT--G-----GATGACTGTAA------GAAATATAA-CATTTAT-TCTTC-AAT-C-------GCA-----T---ACAAT-TTTTTT---AATGCCt
gi|4 : tATCGTAAT---TT-CAGTTTA-AAATGAA--TTT-----A--TTA----TTTA----TCTAAG-TCACTTGACCT-C--A-AT-GGAA-C-GTGA-AAT----G-G-C-Gttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactatcgtaatttcagtttaaaatgaatttattatttatctaagtcacttgacctcaatggaacgtgaaatggcgcatgtaa
gi|5 : ttatataagaaaccagaagacatataattatatgtatatataatcatatacaactggagatataatctatttaactcaattaacaagatataaatcataacttcgcaattaaattgaatattgaaatatgaactacagtgtaccagagagaaggtggagaggggggggggagtagcaaccgttttatttttatacttgcctgcgttatctcatttcatttttggaaggggaggttcatgtagttaatgtttgtgcccacatttcactttttctcatacttatggtcagatgagaattaatttgtatcaaacggttaaaaaaaataactaaatgcaggttctccgcagcaaaacatttcgtttggatgactgtaagaaatataacatttattcttcaatcgcatacaatttttttaatgccttataaggttgttttaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgtttgaactA--TTTT---A----TA----TT-------TTAAG-TCAC-TG--CT-C--C-AT-G--A-C-----------------C-G--G-TAAATC-----TTTTT----AAA---T--T---------------AAC-----------------T---------GA-------C-G-----------TC-----------T--A-TT-CATG---A-A-C--AATC--AGG-CATCTTGAAAGATATAA---AGTATTATGACATATTTAT----TCTC-T----G-GGGT---TA-TCGTGGGCG-GT---TGGCA--A-TTA--T---AG--------G--------------T--GT--TGACCCCC----CGTT-TTTGTGATTAGCAGA----------------GAA-AT-AA-CTT----GTGGGTTTC--AGGCACA--T--G----CAC--CA--T---TA-------------ATATTTCTCATTTT-C-T-ATC-CC-TTATTGC--TTG-CAA----T-----TCATTcatgtaa
gi|6 : attatcattgttcAG-TCAC-TG--CT-CTCC-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------TTGA-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAA-TCTAAC-----AA---AG---------------AG----TTTCCT----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TC-----G-G--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GAC-T----GCC----CGTA-TTTGG-AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----CTG----TT--AAGCATGGTT--A----CCC--ACAAT---TGAT-----------ATATCTCTAA--TTTC-T-AT--TC-CTATTGC-TTTG-TAA----T-----TCATTC--TGATTAA---A---AAC--CACCACCCCCtctttatatccaactatgaacggactgttagggagaagggaaggggggggggggctggttttaatcaattctctcctcgcgagtttgtgccccccaaaacccccttttttttataagcccagctatatgaaagttttttgccaccccttcctttttaagcgcagcttttataaaagtattgtgccaccctaacctttttaaggcccagctttattgatgttatgaaaggttttgccccttatttttttttagatcagttacgccattgtccaggcatggaattggtggagggtgttattcccacttttggggggtta
gi|7 : CGAGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGG-GGT-GAGGCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG-AAAGAAG---G-A---A---G--G-----GACATAGG-----TGG-----G-TCTG---TG---------T-CATTTA-----------------------------------------CA----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAATGCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC-GT---T-------------------------------G------AA-CATAT-T-TCTCTGA-TCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAATA-TCATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---TG-------------ATATATCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TAA----T-----TCATttctcaatatgacgacgaacagggagaggggggggggcctgttttaaatcagattaatttgtatttttattaagtttggggcgccccccccccccattaaaatttaagctcaagctttgtgaaagttttggtgtcaccttaactcttttttagtccagctttaatgaaagtttgtgtcccctatcgacttcattttttaggtcagtttacatcactgtccaggcatgggaattgtttgtggtggggtaattattccaactttggggggggggggtaatcttcctgttcttttgtaaatacatgcaacattggggttttttttttataaggaaagtaagatgttggtgatt
gi|8 : GGGCGTA------TGACGAAGG-AGGGG--GG-GGGGGGTGA-G--GCA--TAT---------------GCCC-------T-----TACAGAT---TTG-AAAGAAG---G-A---A---G--G-----GACATAGG-----TGG-----G-TCTG---TGGT-C---ATT-TAC---------------------------------------------A----TAT---------G---A----A-------TG-AT-TATAA--GAGAA--------TA-TC--ATTATTGAAAAAT-GCTCACTC-C----TT--T--T-ATG-C----AGG---T-TCT-AGGC-TGTCAAA----AC-GT---T-------------------------------G------AA-CATAT-T-TCTCTGAATCCATGCTCAGTA-----T---AT-GT-ATTACC---GACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------AATAAT---CATA-G---TT-CA-TTTC-AA-TGAA--TTTC---AA--ATA----TT-A----TCGAAG-TCAC-TG--CT-T--C-AT-G--A-T-GTGA-AAT----G-T-------------------TTTAG----AA----T--T---------------AA--------GT------------------GA-------G-A-----------TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--AATC--GGG-CAT-CTGAAC----AAA---AG---------------AG----TTTC-T----G-GA-C---TA-TTA--GACC-TT---CGG-A--A-T-A--T---AG--------G-------------AT--GA--T----GCC----CGTA-TTTG--AT------A----------------GGA-AT-CG-CT-----CTG----TT--AAGCATG--T--A----CCCA-CA--T---TG-------------ATATATCTCA--TTTC-T-ATC-TC-CTATTGC-TTTG-TAA----T-----
gi|9 : CA--CGT---------------GCCC-------CCTCACTT----T---TGG-GAAGGGGCGCG-G---G---G--G-----G------G-----GGA-----G-TGGG---CACA-CAA-CCC-CACTTTAAAAA--------C--------------------C-----ACAAATGTACAT-------TAAAT----A-------TG-TTTCAGATATGAGAA--------TA-TA--ATGGTTGAAAAA-----TACTA-A--A-TTCTTAAT-AT--C----AGG---T-TCTTCAGC-AGTCAAACATCATTAT---TTC--TT--AC----A-----TGTAC------A-----TAA-CATAT-T-TCCCCGAACCC-------GTA-----TTATAC-AT-GTT-TT---GAC--CGAGGNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NG--ATAATCACA-T---TT-CA-TTTG-AA-TGAA--TTTC---AA--TCA----TT-A----TTTAAG-TCAC-TG--AT-C--A-AT-G--A-C-GTGA-AAT----G-C-C-AA-G-TAGATG-----TTAAA----AAAA--T--T---------------AAC--AGC-CCT-TCT-C--C---------AA-------C-ATCAATGCCG--TC-----------T--A-TT-C--G---A-A-C--TATT--GGA-CCT-TTGAAC----TAA---AC---------------AG----TGTT-C----G-AA-C---TA-TCG--GACA-AT---TGG-AATA-T-A--T---CG--------G-------------A
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCAGATTATTTGTATTTTTATTAAGTTTGGGCGCCCCCCCCCCCCATTAATTTAAGCTCAGCTTTGTGAAAGTTTGTGTCACCTTACTTTTTTTAGTCCAGCTTTATGAAAGTTTGTGTCCCCTCTTTTTTAGGTCAGTTACATCACTGTCCAGGCATGGGAATTGTTGTGGTGGGGTATTATCTCCACTTTGGGGGGGGGGGTAATCTTCGCTGTTCTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|19 ): GATGGGCACGCAACCCCCCCCCCCCCCTATTTATGCCCAGCTTTATTTTGGGGGGGGGGGAACGTGTTGTGCGCCATTCCGCGTTATATTTTTTTAGCCTTTTTACTGAAACGGTTTGTGACCCTCCTCGTAATTTTTTTTTACTGCCCAATGCTTTATTGAAAGTTTTGCCCCCGTCCACCACTTTTTTAGCCCTAGCCTTTTTTGAAATTTTGTTCCCCCCCCT
Unaligned ( gi|21 ): CCTTACTTTTTTAGCCAAGCTTTATGAAAGGTTTTGCCCCTTTATTTTTTTAGGTCAGTTACGCTATTGTCCATGCATGAAAATTGGTGGAGGGGGTTATTCCCACTTTTCAGGGGTTACCGTTCACTGTTCTTTTGTAAATACATGTACATGTAAGATTGGTAATTTTTATATGGAGAGTAAGATGTTGGTGATT
Unaligned ( gi|28 ): CTGATTAAACACCAGCTTCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCTTGGGTTTTAATCAGATTGG
Unaligned ( gi|29 ): TTTATGAAAGTTTGTGCCACCTTACTTTTTAGTGCAGCTTTACAAAAGTTTGTGCCACCCTACCTTTTAGGTAGGCGACATCATT
Unaligned ( gi|31 ): TTCTGATTAAAACCACCACCCCCTTCTCATATGACGACGACAGGAGAGGGGGGGGGCTGGTTTTAATCA
Unaligned ( gi|33 ): CTTTTGTAAATACATGCAACATTGGGGTTTTTTTTTTATAAGGAAAGTAAGATGTTGGTGATTA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGATTAAAACCACCACCATTGTTGACAGGGGAAGGGAGGCTGGTTTTAATCAGAT
Unaligned ( gi|35 ): TAAAACTAGCCCCTTCTCCTATCGTCGTCAGGAGAAGGGGCTGGTTTTAATCAGAC