lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111 11111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111 55555555555555555555555555555555555 1111111 222
lowQualScore : 4 2 2 55 55 33 2 33 33 33 33 55555 22222 444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 2222222222 4 555 9999 66 555 3 44 2 2 2 55555 22222222222222222222222222222222222 2 777 33 0000000 666 7 2 2 000 33 1 33 55 2 2
lowQualScore : . . . .. .. .. . .. .. .. .. ..... ..... ... .................................................................. . .......... . ... .... .. ... . .. . . . ..... ................................... . ... .. ....... ... . . . ... .. . .. .. . .
lowQualScore : 2 7 5 44 99 44 5 44 44 44 44 66666 33333 777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 3333333333 0 999 4444 11 888 3 66 9 4 4 99999 44444444444444444444444444444444444 4 444 22 0000000 999 1 4 4 999 44 4 44 99 5 5
consensus : ATCCCCGA-GTA-CCC-T--A--AT-C--TTT--G--AA--A-----TTTT-----A---GGGG----GTGCGCGCNCCCCCCNANNACCNCCCNCCNNNNAGTCNGNGCGGCNCGCNTCGNNNNCNNCGTCTCTCTC-TT--T-------ATCCCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCTC---T-CT--CTCTCTCTCTCT-CTTTT-T-TT-----T----T------------------------A-----G-G---G--GGG-------C---G-T-ACG-CCCGGTA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( gi|9 ) : ATCCCTGA-GTA-CCC-T--A--AT-C--TTT--G--AA--A-----TTTT-----A---GGGGCA--GTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCTCTCTC-TT--T-------ATCCCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCTC---T-CT--CTCTCTCTCTCT-CTTTT-T-TT-----T----T------------------------A-----G-G---G--GGG-------C---G-T-ACG-CCGGATA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|3 : ATCCCTTA-GTA-CCC-T--A---T-C--TTT--G--AA--A-----TTTT-----A---GGGG------GCGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTC-TT--T-------ATCCCTCCATT-CAC-TATT---C
gi|5 : tATCCCCGG-GTA-CCC-T--A--AT-C--TTT--GAAAA--A-----TTTT-----A---GGGG------GCGTGCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NT--T-------ATCACTCCATT-CAC-TATC---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|27 : ATCC--GA-GTA-CC--T--A--AT-C--TTT--G--AA--A-----tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|8 : tatatTCCCCGA-ATA-CCC-TTTA--AT-C--TTTCTG--AA--A-----ATTT-----A---GGGGAC--GTTTGCGCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-TCTC-TT--T-------ATCCCTCCATT-CA--TATC---TT--CTC-----T-CT--CTCTCTCTCTCT-CTTTT-T-TT-----T----A------------------------A-----G-GGGAG--GGG-------CGCAG-T-ACG-CCCGGTA--CGCCTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTGatctga
gi|2 : TCCCCGA-GTA-CCC-T--A--AT-C--TTT--GA-AA--A-----TTTT-----AAGGGGGGC---GTGCGCCCCCCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NT--T-------ATCCCTCCAT
gi|22 : CCTCGA-GTA-CCC-T--A--AT-C--TTT--GA-AA--A-----TTTT-----A---GGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|10 : CCCGA-GTATCCC-T--A--AT-TCTTTT--G--AA--AA----TTTT-----A---GGGG------GGGGCCCCCTCTAAATCACAGCCATCTATCCTGGCAGCGCCGTCGCGCTG----------TCTCT-----T--T-------ATCCTCGCATT-CACTTCTC---TT--CTCTCCATT-CTTGCTCTCTCT-TCT-TTTTT-T-TT-----T----TCG----------------------G-----G-G---G--GGG-------G---G-T-ACGCCCGGTTA--CGCCTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCCcgtgcgcctcccacgcaccctctaaatccgcc
gi|6 : CCCGACGTA-CCCCT--T--AT-T--TTG--A--AA--A-----TTTTTCAGGG---GGGGCGTGGTGCCCTTACGCCCCTCATAACATCCGCCCAGTAGTATCGGTGGCGCGCTGCGGCGCTGTGCTCTCTCTCGTC--T-------TTTCCTCCATT-C-C-TATC---CT--TCTTC---TCCT--CTCTTTCTCTCTGCTCTC-T-TT-----T----T------------------------AAGG--G-G---G--GGG-------CG--G-T-ACG-CCCG-TA--GACCTTTCC--TTG--AA-TC-ctg
gi|14 : cagtCCCGA-GTA-CC--T--A--AT-C--TTT--G--AA--AA----TTTT-----A---GGGG----G-GCGTGCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTC-TT--T-------ATCCCTCCATC-C---TATC--------------------------TCTCTCT-CTTTT-cggccg
gi|25 : CCCGA-GTA-CC--T--A--ATTC--TTT--G--AA--AATT--TTTT-----A---AGGGcccctcatct
gi|11 : tCTGA-GTA-CCC-TT-A--AT-C--TTT--G--AA--A-----ATTT-----A---GGG-CA--GTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--CGTCTC-CTC-TT-------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCCTCCC---T-CT--CTCTCTCTCTCT-TTTTT-T-TT-----T----T------------------------A-----G-G---G--GGG-------C---GTT-ACG-CCCGGTA--CGCCTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCgggg
gi|1 : CCGA-GTA-CCC-T--AATAT-C--TTT--G--AA--AATAATCTCT-----A---GGGG
gi|7 : GA-GTA-CCCCT--A--AT-C--TTT--G--AATAA-----TTTTTAGG-G---GGGGGA--G-GCCGTCCGCCCCCCACAACCCCCCCTCTCAAAATCCGTCCAGCTCGCATCGTGCGCTGCGCCTCTCTC-TC--TCTTATTAATCCCTCC--------CATT---CT--CTCTC---T-CT--CTC-CTCTCTCT-CATTT-T-TT-----TAGCGG------------------------G-----G-G---G--GGG-------C---GCT-ACG-CCCGGTACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|20 : cA-GTA-CCC-A--A--AT-C--TTT--G--AA--A------ATT-----A---GGGG
gi|18 : caaA-GTA-CCC-T--A--AG-A--TTT--GT-GA--A-----TTTT-----A---GGGGtgggcgttgtgcgccccgcaccccttctaaatccgccag
gi|12 : cccgc-CCT-T--A--AT-C--TTT--GA-AA--A-----TTTT-----C---GGGGggcgtgcgcctcacccacagcacttcccccctctaaatccgccag
gi|13 : TCTCTCTC-TTCTT-------ATCCCTCCATT-CAC-TATC---TT--CTCTC---T-CT--CTCTCTCTCTCT-CTTTT-T-TT-----T----TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGGGGG-----G-G---G--GGG-------C---G-T-ACG-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGCggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|17 : tatcgtgcgcgctggctgTCTCTCTC-TT--T-------ATCC-TCCATT-CAC-TATC---TT--CTCTC---A-CT--C-CTCTCTC-------------T-----T----T------------------------A-----G-G---G--GGG-------
gi|15 : ttgtatcgtgcgcggtggcgctgtctctcC-TATC---TT--CTCTC---T-CT--TTTTTTTTTTTT-TTTTT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGG---------G-----G-G---G--GGG-------C---GTT-GCT-CCGG-TA--CCCCCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTGgggggg
gi|4 : cctcTCTT---T-TT--TTATGTTTTTTT-CTTTT-T-CTAGGGGT----T------------------------G-----G-G---G--GGG-------C---G-T-ACG-CCCGGTT--CGCCTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGC
gi|2 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTC---T-TT--TTTTTTTTTTTT-TTTTT-T-TT-----T----A------------------------G-----G-G---G--GGG-------C---G-T-ACG-CCGG-TA--CGCATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCC
gi|1 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTC---T-C---CTCTTTTTTTTT-TTTTTAT-TT-----T----T------------------------A-----G-G---GTGAGG-------C---G-T-ACG-CCTG-TA--CGCCTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|12 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatTTTTTTTTTTT-TTTTT-T-TT-----T----T------------------------AGGGGGG-G---G--GGG-------C---G-T-ACG-CCCGGTA---GCCTTT-C--TTG--AA-TG-CGCG
gi|19 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTT-CTTTA-TATT-----TAGG-T------------------------A-----G-G---G--GGGGGGTACAT---G-T-ACG-GCCGATA--CGCGTTT----TTG--AA-TC-CGCGC
gi|23 : gccctcttttatgtTT-T-TT-----T----T------------------------A-----G-G---G--GGGG------C---G-T-ACG-CCCGGTA--CGTGCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTG
gi|24 : -T-TT-----T----T------------------------G-----G-GAG-G--GGG-------C---G-T-ACG-CCCG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|21 : -T-TT-----T----T------------------------A-----GTG---G--GGG-------C---G-TCCCG-CC----A--CGCCCTTCT-------AA-TC-CG
gi|18 : cccgagtacccctatattttaaaaaa-TT-----T----T------------------------A-----G-G---G--GGG-------C---G-T-GCG-CCtcag
gi|26 : cccgcagtaccctaagatttgtgaa-T-ACG-CCCGGTA--CGCCTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGtcacccacagcacttcccccctctaaatccgccag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GTTCGTGCGCGCTGCGCCTGTCTCTCCTGCTTCTTTATCCCTCCATTTCACTATCCTCTCTTTCTTTCTTTCTTCTCTCTCTCTTCCTCTCTCTT
Alignments
lowQualScore : 11 22222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 1111111 1111111111111 111111111111111111 222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 33 2 33 33 44 33 00000 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 77777 2 1111111111 33 6 2 5555555 5555555555555 555 2 5 2 888888888888888888 2 2 55555 222222222222222222222222 2 777 33 55555 6666666 444 7 2 44 33 0 33 55 2 2
lowQualScore : . . . . .. .. . .. .. .. .. ..... . ......................................................................................................................... .. ..... . .......... .. . . ....... ............. ... . . . .................. . . ..... ........................ . ... .. ..... ....... ... . . .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 4 4 2 4 33 11 2 11 11 22 11 33333 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 11111 9 6666666666 99 2 9 4444444 7777777777777 000 9 0 5 444444444444444444 2 4 99999 999999999999999999999999 4 444 22 99999 8888888 444 1 4 55 22 7 22 66 4 4
consensus : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----TTTT-AGGGG-----------G-G-----CG---CG---CGC-----C---CC-CC----NANAACCNCCCNCCTCNNAATCCG-----------------NGCG-GCGCGCNNCGCNGGCTNCG-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC-------CTCTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TACGC--CTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( family-614 ) : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----TTTT-AGGGG-----------GTG-----CG---CG---CNC-----C---CC-CC----NANNACCNCCCNCCNNNNAGTCNG-----------------NGCG-GCNCGCNTCGNNNNCNNCG-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC-------CTCTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TACGC--CTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|1 : CCG-A-GTA-CCC-T--AATA-TC--TTT--G--AA--AATAATCTCT-AGGGGGGCATTTGGACGTG-----CG---CA---CAC-----CACACC-CC----T-----CTCCCTCTTCTAAATCCGTCCCGAGTGAGTTCTATTGCGTGCGCGCTTC-TGGGCGCTG-TTCTGTTCTTAC-----TC-TTTAT-------ATCCGCCTCCATT-CAC-TATC-------
gi|1 : T-------------C---TC--CTCTTTTTT-TTT-TTT------------------TTAT-TT-----T----T---------------A---G-G---GTGA-----GG-------C---G-TACGC-CTG--TACGC--CTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|10 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatCCCG-A-GTATCCC-T--A--A-TTCTTTT--G--AA--AA----TTTT-AGGGG-----------GGG-----------G---CCC-----C---CT-CT----AA--ATCACA-GCCATCTA-TCCT-----------------GGCA-GCGC-CGTCG-------CG------CTGT--C-----TC-TT--T-------ATC--CTCGCATT-CACTTCTC-------TTCTCT-------------CCATTC-TTGCTCTCTCTTCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TCG-------------G---G-G---G--G-----GG-------G---G-TACGC-CCGGTTACGC--CTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCC
gi|11 : CTG-A-GTA-CCC-TT-A--A-TC--TTT--G--AA--A-----ATTT-AGGGC-----------A-G-----TG---NN---NNN-----N---NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T----CTC---C-----TC-TT---------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCCTCCCT-------------C---T---CTCTCTCTC-TCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GG-------C---GTTACGC-CCGG-TACGC--CTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCctg
gi|12 : -CCT-T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTT-CGGGG-----------G
gi|12 : TTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--GGGGGGGG-------C---G-TACGC-CCGG-TA-GC--CTTT-C--TTG--AA-TG-CGCGgggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|13 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG-T----CTCT--C-----TC-TTCTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC-------TTCTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GGGGGGGG-C---G-TACGC-C-GG-TACGC--CTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGC
gi|14 : tatcgtgcgcgctggctCCCG-A-GTA-CC--T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTT-AGGGG-----------G-G-----CG---TG---CGT-----N---NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATC---C-TAT--------CTCTCT-------------C---TC-TTTTCCCCTCATCT-
gi|15 : C-TATC-------TTCTCT-------------C---TC-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGGG---G-G---G--G-----GG-------C---G-T-TGCTCCGG-TACCC--CCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTG
gi|16 : cctc-GCGCGCTGCGCCT-----G-T----CTCT--CCTGCTTC-TT--T-------ATC--CCTCCATTTCAC-TATC-------CTCTCTTTCTTTCTTTCTTC---TC-TCTCTCTTCC-TCT-CTC------------------TT-
gi|17 : gttcgtCGCTGTCTCTC-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--C-TCCATT-CAC-TATC-------TTCTCT-------------C---AC-TC-CTCTCTC--------------------------------T-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GG-------
gi|18 : ttgtatcgtgcgcggtggCCCGCA-GTA-CCC-T--A--A-GA--TTT--GT-GA--A-----TTTT-AGGGG-----------G-G-----CG---TG---CGC-----CTCACC-CA----CAGCACTTCCCCCCTCTAAATCCG-----------------gggggg
gi|19 : -TTT-CTT------------------TA-TATT-----TAGG-T---------------A---G-G---G--G-----GGGGGTACAT---G-TACGG-CCGA-TACGC--GTTT----TTG--AA-TC-CGCGCccag
gi|2 : gccctcttttatgtTCCCCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTT-AAGGG-----------GGG-----CG---TG---CGC-----C---CC-CCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNN--N-----NN-NT--T-------ATC--CCTCCAT
gi|2 : T-------------C---TT-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------G---G-G---G--G-----GG-------C---G-TACG--CCGG-TACGC--ATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|20 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-GTA-CCC-A--A--A-TC--TTT--G--AA--A------ATT-AGGGGTGGGCGTT---GTG-----CGCCCCG---CAC-----C---CCTTC----TAAATCCGCC
gi|21 : caaCCCG-A-GTA-CCC-C--T--A-TA--TTT--T--AA--AAAAT-TTTT-AGTGG-----------GGG-----CGTCCCG---CCA-----C---GC-CC----ag
gi|21 : -T-TT-----T----T---------------A---GTG---G--G-----GG-------C---G-T---C-CCGC-CACGC--CCTTCT-------AA-TC-CGttctaatccgtcag
gi|22 : cccgagtacccctatattttaaaaaaCCTCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTT-AGGGC-----------GTG-----CG---C----CTC-----C---Ctcag
gi|23 : ------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GGG------C---G-TACGC-CCGG-TACGT--GCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTGacgcaccctctaaatccgcc
gi|24 : -T-TT-----T----T---------------G---G-GAG-G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCG--TACGC--CTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|25 : CCCG-A-GTA--CC-T--A--ATTC--TTT--G--AA--AATT--TTTT-AAGGG-----------G
gi|26 : t-TACGC-CCGG-TACGC--CTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGggg
gi|27 : CCG-A-GTA-CC--T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----
gi|3 : tatatatATCCCTT-A-GTA-CCC-T--A----TC--TTT--G--AA--A-----TTTT-AGGGG-----------G-------CG---TG---TNN-----N---NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATT-------Catctga
gi|4 : tTCT-------------T---TT-TTTATGTTTT-TTT-CTT------------------TT-T-CTAGGGGT----T---------------G---G-G---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TTCGC--CTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATCCCCG-G-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--GAAAA--A-----TTTT-AGGGG-------------G-----CG---TG---CGC-----N---NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNN--N-----NN-NT--T-------ATC--ACTCCATT-CAC-TATC-------
gi|6 : CCCG-ACGTA-CCCCT--T--A-T---TTT--G--AA--AATT--TTTC-AGGGG-----------GGG-----CG---TGGTGCCCTTACGC---CC-CT----CATAAC-ATCCGCCCAGTAGTATC-----------------GGTG-GCGCGCTGCGGCG-CTGTGCT----CTCT--C-----TCGTC--T-------TTT--CCTCCATT-C-C-TATC-------CTTCTT-------------C---TCCTCTCTTTCTC-TCTGCTC------------------TC-T-TT-----T----T---------------AAGGG-G---G--G-----GG-------C---GGTACGC-CCG--TAGAC--CTTTCC--TTG--AA-TC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|7 : cagtCG-A-GTA-CCCCT--A--A-TC--TTT--G--AATAA-----TTTTTAGGGG-----------GGGGAGGCCG---TC---CGC-----C---CC-CC-----ACAACCCCCCCTCTCAAAATCCG-----------------TCCA-GCTCGCATCGTGCGCTGCG-C----CTCT--C-----TC-TC--TCTTATTAATC--CCTCC--------CATT-------CTCTCT-------------C---TC-TCTC-CTCTC-TCT-CAT------------------TT-T-TT-----TAGCGG---------------G---G-G---G--G-----GG-------C---GCTACGC-CCGG-TACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTcggccg
gi|8 : TCCCCG-A-ATA-CCC-TTTA--A-TC--TTTCTG--AA--A-----ATTT-AGGGGAC---------GTT-----TG---CG---CGN-----N---NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NT-T--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CA--TATCTTCT---CTCT-----------------------CTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------A---G-GGGAG--G-----GG-------CGCAG-TACGC-CCGG-TACGC--CTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|9 : ATCCCTG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----TTTT-AGGGGCA---------GTG-----NN---NN---NNN-----N---NN-NN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNCA-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC-------CTCTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---G-G---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CGGA-TACGC--CTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Alignments
lowQualScore : 11 11111 222222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111111111111111 111111111111111111 222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 33 2 33 33 11 33 88888 888 33 33 4 222222222222222222222222 2 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 77777 2 1111111111 33 6 2 555 55 777777777777777 555 2 5 2 888888888888888888 2 2 66666 555555555555555555555555 777 33 66666 7777777 444 7 2 33 33 1 33 55 2 2
lowQualScore : . . . . .. .. . .. .. .. .. ..... ... .. .. . ........................ . ................................................................................... .. ..... . .......... .. . . ... .. ............... ... . . . .................. . . ..... ........................ ... .. ..... ....... ... . . .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 4 4 2 4 33 11 2 11 11 99 11 66666 888 22 22 7 888888888888888888888888 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 11111 9 6666666666 99 2 9 000 00 999999999999999 000 9 0 5 444444444444444444 5 5 22222 555555555555555555555555 888 44 22222 8888888 777 5 5 99 44 4 44 99 5 5
consensus : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----TTTT---AGGG--G--G-G--------C--G-TG---------CGCCCC-CC----NACA--AC---CNC--CCNCCTCTAAAT-CCG-----------------TGCG-GCGCGCNNCGCNGGCTGCG-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT---------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( family-614 ) : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----TTTT---AGGG--G--G-G--------C--G-CG---------CGCCCC-CC----NANA--AC---CNC--CCNCCTCNNAAT-CCG-----------------NGCG-GCGCGCNNCGCNGGCTNCG-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT---------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|1 : CCG-A-GTA-CCC-T--AATA-TC--TTT--G--AA--AATAATCTCT---AGGG--G--G-GCATTTGGAC--G-TG---------CGCACA-CC-----ACA--CCCCTCTC--CCTCTTCTAAAT-CCGTCCCGAGTGAGTTCTATTGCGTGCGCGCTTC-TGGGCGCTG-TTCTGTTCTTAC-----TC-TTTAT-------ATCCGCCTCCATT-CAC-TATC---
gi|1 : T---------------C---TC--CTCTTTTTT-TTT-TTT------------------TTAT-TT-----T----T---------------A---GG---GTGA-----GG-------C---G-TACGC-CTG--TA--CGCCTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|10 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatCCCG-A-GTATCCC-T--A--A-TTCTTTT--G--AA--AA----TTTT---AGGG--G--G-G--------G--G-C------------CCCC-TC----TA-A--AT---CACAGCCATCT----AT-CCT-----------------GGCA-GCGC-CGTCGC--GCTG-----------T--C-----TC-TT--T-------ATC--CTCGCATT-CACTTCTC---TT--CTCT---------------CCATTC-TTGCTCTCTCTTCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TCG-------------G---GG---G--G-----GG-------G---G-TACGC-CCGGTTA--CGCCTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCC
gi|11 : CTG-A-GTA-CCC-TT-A--A-TC--TTT--G--AA--A-----ATTT---AGGG--C--A-G--------T--G-NN---------NNNNNN-NN----NNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNCG-T----CTC---C-----TC-TT---------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCCTCC---------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---GTTACGC-CCGG-TA--CGCCTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCctg
gi|12 : -CCT-T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTT---CGGG--G--G-G--------
gi|12 : TTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--GGGGGGGG-------C---G-TACGC-CCGG-TA---GCCTTT-C--TTG--AA-TG-CGCGggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|13 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTGCG-CGCTGGCT--G-T----CTCT--C-----TC-TTCTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---TT--CTCT---------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGGGGGGG-C---G-TACGC-C-GG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGC
gi|14 : tatCCCG-A-GTA-CC--T--A--A-TC--TTT--G--AA--AA----TTTT---AGGG--G--G-G--------C--G-TG---------CGTNNN-NN----NNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATC---C-TAT----CT--CTCT---------------C---TC-TTTTCCCCTCATCT-
gi|15 : C-TATC---TT--CTCT---------------C---TC-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGGG---GG---G--G-----GG-------C---G-T-TGCTCCGG-TA--CCCCCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTG
gi|16 : cctc-GCGCGCTGCGC---CT--G-T----CTCT--CCTGCTTC-TT--T-------ATC--CCTCCATTTCAC-TATC---CT--CTCTTTCTTTCTTTCTTCTC---TC-TCTCTTCCTC-TCT-CTT------------------
gi|17 : gttcgtCG-----------------TGCG--CG-GTGGCGCTGTCTCTC-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--C-TCCATT-CAC-TATC---TT--CTCT---------------C---AC-TC-CTCTCTC--------------------------------T-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------
gi|18 : ttgtatCCCGCA-GTA-CCC-T--A--A-GA--TTT--GT-GA--A-----TTTT---AGGG--G--G-G--------C--G-TG---------CGCCTCACC----CACAGCAC---TTC--CCCCCTCTAAAT-CCG-----------------gggggg
gi|19 : -TTT-CTT------------------TA-TATT-----TAGG-T---------------A---GG---G--G-----GGGGGTACAT---G-TACGG-CCGA-TA--CGCGTTT----TTG--AA-TC-CGCGCccag
gi|2 : gccctcttttatgtTCCCCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTTA--AGGG--G--G-G--------C--G-TG---------CGCCCC-CCCTNNNNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNN--N-----NN-NT--T-------ATC--CCTCCAT
gi|2 : T---------------C---TT-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACG--CCGG-TA--CGCATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|20 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-GTA-CCC-A--A--A-TC--TTT--G--AA--A------ATT---AGGGGTG--G-G--------C--GTTG---------TGCGCC-CC----G----------CAC--CC-CTTCTAAAT-CCG-----------------
gi|21 : caaCCCG-A-GTA-CCC-C--T--A-TA--TTT--T--AA--AAAAT-TTTT---AGTG--G--G-G--------------G---------CGTCCC-GC----CA---------CGC--CCTTCT---AAT-CCG-----------------ccag
gi|22 : CCTCG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--GA-AA--A-----TTTT---A-----G--G-G--------C--G-TG---------CGCCTC-CC----A----------CGC--AC-CCTCTAAAT-CCG-----------------tcag
gi|23 : ------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGG------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGTGCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTGcc
gi|24 : -T-TT-----T----T---------------G---GGAG-G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCG--TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|25 : CCCG-A-GTA--CC-T--A--ATTC--TTT--G--AA--AATT--TTTT---AAGG--G--G-G--------
gi|26 : t-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGgg
gi|27 : CCG-A-GTA-CC--T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----
gi|3 : tatatatATCCCTT-A-GTA-CCC-T--A----TC--TTT--G--AA--A-----TTTT---AGGG--G--G----------C--G-TG---------TNNNNN-NN----NNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATT---Catctga
gi|4 : tTCT---------------T---TT-TTTATGTTTT-TTT-CTT------------------TT-T-CTAGGGGT----T---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TT--CGCCTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATCCCCG-G-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--GAAAA--A-----TTTT---A-GG--G--G-G--------C--G-TG---------CGCNNN-NN----NNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NNNN--N-----NN-NT--T-------ATC--ACTCCATT-CAC-TATC---
gi|6 : CCCG-ACGTA-CCCCT--T--A-TT--TTG--A--AA--A-----TTTTTCAGGGG--G--G-G--------C--G-TGGTGCCCTTACGCCCC-TC-----ATA--AC----AT--CCGCCCAGTAGTATCG------------------GTG-GCGCGCTGCGGCG-CTGTGCT----CTCT--C-----TCGTC--T-------TTT--CCTCCATT-C-C-TATC---CT--TCTT---------------C---TCCTCTCTTTCTC-TCTGCTC------------------TC-T-TT-----T----T---------------AAGGGG---G--G-----GG-------C---GGTACGC-CCG--TA--GACCTTTCC--TTG--AA-TC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|7 : cagtCG-A-GTA-CCCCT--A--A-TC--TTT--G--AATAA-----TTTTT--AGGG--G--G-GGGAGGC--C--G-TC---------CGCCCC-CC-----ACA--AC---CCC--CCCTCTCAAAAT-CCG-----------------TCCA-GCTCGCATCGTGCGCTGCG-C----CTCT--C-----TC-TC--TCTTATTAATC--CCTCC--------CATT---CT--CTCT---------------C---TC-TCTC-CTCTC-TCT-CAT------------------TT-T-TT-----TAGCGG---------------G---GG---G--G-----GG-------C---GCTACGC-CCGG-TACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTcggccg
gi|8 : TCCCCG-A-ATA-CCC-TTTA--A-TC--TTTCTG--AA--A-----ATTT---AGGG--G--ACG--------TTTG-CG---------CGNNNN-NN----NNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N----NT-T--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CA--TATC---TT--CTC--------------------TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------A---GGGGAG--G-----GG-------CGCAG-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|9 : ATCCCTG-A-GTA-CCC-T--A--A-TC--TTT--G--AA--A-----TTTT---AGGG--GCAGTG--------N--N-NN---------NNNNNN-NN----NNNN--NN---NNN--NNNNNNNNNNNN-NNN-----------------NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNCA-T----CTCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT---------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CGGA-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 111111111111111 111111111111 33333333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111 111111111111111111 222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 2 33 33 33 8 33 11111 888 2 33 33 2 111111111111111 2 000000000000 2 2 55555555555555555 6 0 2 666666666666666666666666666666666666666666666666 33 77777 2 9999999 33 6 2 555 55 5555555555555 555 2 5 2 888888888888888888 2 2 66666 555555555555555555555555 777 33 66666 7777777 444 7 2 33 33 1 33 55 2 2
lowQualScore : . . . . .. . .. .. .. . .. ..... ... . .. .. . ............... . ............ . . ................. . . . ................................................ .. ..... . ....... .. . . ... .. ............. ... . . . .................. . . ..... ........................ ... .. ..... ....... ... . . .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 4 4 2 4 33 2 11 11 11 9 11 77777 888 4 22 22 4 666666666666666 7 888888888888 7 7 44444444444444444 2 1 7 777777777777777777777777777777777777777777777777 99 11111 9 3333333 99 2 9 000 00 7777777777777 000 9 0 5 444444444444444444 4 5 22222 555555555555555555555555 888 44 22222 8888888 777 5 5 99 44 4 44 99 5 5
consensus : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCN---CCCCCCTCTAA-ATCCG-----------------TGCG-GCGCGC-----GGCGCTG-GCTGCG-TCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( family-614 ) : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCN---CCCNCCTCTAA-ATCCG-----------------TGCG-GCGCGC-----NNCGCNG-GCTGCG-TCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|1 : CCG-A-GTA-CCC-T--AA-TATC--TTT--G-AA--AATAATCTCT---AG-GG--G--G-G------CATTTGGACG-T--G---------CGC-ACA-CC-----ACA--CCCCTCTCCCTCTTCTAA-ATCCGTCCCGAGTGAGTTCTATTGCGTGCGCGCTTCTGGGCGCTGTTCTGT--TCTTACTC-----TT-TAT-------ATCCGCCTCCATT-CAC-TATC---
gi|1 : T-------------C---TC--CTCTTTTTT-TTT-TTT------------------TTAT-TT-----T----T---------------A---GG---GTGA-----GG-------C---G-TACGC-CTG--TA--CGCCTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|10 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatCCCG-A-GTATCCC-T--AA-T--TCTTTT--G-AA--AA----TTTT---AG-GG--G--G-G---------------G----G---------C-C-CCC-TC----TA-A--ATCA---CAGCCATCTA---TCCT-----------------GGCA-GCGC-C-----GTCGC---GCTG---------TC-----TC-TTT-------ATC--CTCGCATT-CACTTCTC---TT--CTCT-------------CCATTC-TTGCTCTCTCTTCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TCG-------------G---GG---G--G-----GG-------G---G-TACGC-CCGGTTA--CGCCTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCC
gi|11 : CTG-A-GTA-CCC-TT-AA-T--C--TTT--G-AA--A-----ATTT---AG-GG--C--A-G------T--------G-N--N---------NNN-NNN-NN----NNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNCG-TCT--C-C-----TC-TT-------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCCTCC-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---GTTACGC-CCGG-TA--CGCCTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCctg
gi|12 : -CCT-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTT---CG-GG--G--G-G------
gi|12 : TTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--GGGGGGGG-------C---G-TACGC-CCGG-TA---GCCTTT-C--TTG--AA-TG-CGCGggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|13 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGTGC-----G-CGCTG-GCTGTC-TCT--CTC-----TT-CTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---TT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGGGGGGG-C---G-TACGC-C-GG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGC
gi|14 : tatCCCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G-AA--AA----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGT-NNN-NN----NNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNN--NTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATC---C-TAT----CT--CTCT-------------C---TC-TTTTCCCCTCATCT-
gi|15 : C-TATC---TT--CTCT-------------C---TC-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGGG---GG---G--G-----GG-------C---G-T-TGCTCCGG-TA--CCCCCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTG
gi|16 : cctc-GCGCGC-----TGCGC----CTG---TCT--CTCCTGCTTC-TTT-------ATC--CCTCCATTTCAC-TATC---CT--CTCTTTCTTTCTTTCTTC---TC-TCTCTCTTCC-TCT-CTC------------------TT-
gi|17 : gttcgtCG-----------------TGCG--CG-GT-----GGCGCTG-TCTCTC-TCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--C-TCCATT-CAC-TATC---TT--CTCT-------------C---AC-TC-CTCTCTC--------------------------------T-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------
gi|18 : ttgtatCCCGCA-GTA-CCC-T--AA-G--A--TTT--GTGA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CTCACC----CACAGCACTT---CCCCCCTCTAA-ATCCG-----------------gggggg
gi|19 : -TTT-CTT------------------TA-TATT-----TAGG-T---------------A---GG---G--G-----GGGGGTACAT---G-TACGG-CCGA-TA--CGCGTTT----TTG--AA-TC-CGCGCccag
gi|2 : gccctcttttatgtTCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTTA--AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CCCTNNNNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNN--NNN-----NN-NTT-------ATC--CCTCCAT
gi|2 : T-------------C---TT-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACG--CCGG-TA--CGCATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|20 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-GTA-CCC-A--AA-T--C--TTT--G-AA--A------ATT---AG-GGGTG--G-G------C--------GTT--G---------TGC-GCC-CC----G-------CA---CCC-CTTCTAA-ATCCG-----------------
gi|21 : caaCCCG-A-GTA-CCC-C--TA-T--A--TTT--T-AA--AAAAT-TTTT---AGTGG--G--G-G------C--------G-T--------------C-CCG-CC----A-------CG---CCCTTCT---A-ATCCG-----------------Tccag
gi|22 : CCTCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTT---A------G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CTC-CC----A-------CG---CAC-CCTCTAA-ATCCG-----------------cag
gi|23 : ------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGG------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGTGCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTGcc
gi|24 : -T-TT-----T----T---------------G---GGAG-G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCG--TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|25 : CCCG-A-GTA--CC-T--AATT--C--TTT--G-AA--AATT--TTTT---AA-GG--G--G-G------
gi|26 : t-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGgg
gi|27 : CCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----
gi|3 : tatatatATCCCTT-A-GTA-CCC-T--A--T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G--------C--------G-T--G---------TNN-NNN-NN----NNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNN--NTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATT---Catctga
gi|4 : tTCT-------------T---TT-TTTATGTTTT-TTT-CTT------------------TT-T-CTAGGGGT----T---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TT--CGCCTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATCCCCG-G-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--AAA---TTTT---AG-GG--G----G------C--------G-T--G---------CGC-NNN-NN----NNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNN--NNN-----NN-NTT-------ATC--ACTCCATT-CAC-TATC---
gi|6 : CCCG-ACGTA-CCCCT--TA-T--T--TTG--A-AA--A-----TTTTTCAGG-GG--G--G-G------C--------G-T--GGTGCCCTTACGC-CCC-TC-----ATA--ACAT---CCGCCCAGTAGTATCGG-----------------TG---GCGCGC-----TGCGGCG--CTGTGCTCT--CTC-----TCGTCT-------TTT--CCTCCATT-C-C-TATC---CT--TCTT-------------C---TCCTCTCTTTCTC-TCTGCTC------------------TC-T-TT-----T----T---------------AAGGGG---G--G-----GG-------C---GGTACGC-CCG--TA--GACCTTTCC--TTG--AA-TC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|7 : cagtCG-A-GTA-CCCCT--AA-T--C--TTT--G-AATAA-----TTTTT--AG-GG--G--G-GGGAGGCC--------G-T--C---------CGC-CCC-CC-----ACA--ACCC---CCCCTCTCAAA-ATCCG-----------------TCCA-GCTCGC-----ATCGTGC-GCTGCG-CCT--CTC-----TC-TCTCTTATTAATC--CCTCC--------CATT---CT--CTCT-------------C---TC-TCTC-CTCTC-TCT-CAT------------------TT-T-TT-----TAGCGG---------------G---GG---G--G-----GG-------C---GCTACGC-CCGG-TACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTcggccg
gi|8 : TCCCCG-A-ATA-CCC-TTTAA-T--C--TTTCTG-AA--A-----ATTT---AG-GG--G--A--------C--------G-TTTG---------CGCGNNN-NN----NNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNNN-NNN--TTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CA--TATC---TT--CTC------------------TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------A---GGGGAG--G-----GG-------CGCAG-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|9 : ATCCCTG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--GCAGTG------N--------N-N--N---------NNN-NNN-NN----NNNN--NNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNN-----------------NNNN-NNNNNN-----NNNNNNN-NNNNCA-TCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CGGA-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 111111111111111 111111111111 33333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 111111111111111111 222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 2 33 33 33 8 33 11111 888 2 33 33 2 111111111111111 2 000000000000 2 2 11111111111111 1 666666 333333333333333333333333333333333333333333333333 33 77777 2 9999999 33 6 2 555 55 5555555555555555555 555 2 5 2 999999999999999999 2 2 66666 555555555555555555555555 777 33 66666 7777777 444 7 2 33 33 1 33 55 2 2
lowQualScore : . . . . .. . .. .. .. . .. ..... ... . .. .. . ............... . ............ . . .............. . ...... ................................................ .. ..... . ....... .. . . ... .. ................... ... . . . .................. . . ..... ........................ ... .. ..... ....... ... . . .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 4 4 2 4 33 2 11 11 11 9 11 77777 888 4 22 22 4 666666666666666 7 888888888888 7 7 44444444444444 2 222222 222222222222222222222222222222222222222222222222 99 11111 9 3333333 99 2 9 000 00 8888888888888888888 000 9 0 7 777777777777777777 5 5 22222 555555555555555555555555 888 44 22222 8888888 777 5 5 99 44 4 44 99 5 5
consensus : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCNCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------TGCG-GCGC-GC-----GGCGCTG-GCTGCGTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( family-614 ) : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCNCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------TGCG-GCGC-GC-----GGCGCTG-GCTGCGTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|1 : CCG-A-GTA-CCC-T--AA-TATC--TTT--G-AA--AATAATCTCT---AG-GG--G--G-G------CATTTGGACG-T--G---------CGC-ACA-CC-----ACA--CCCCTCTCCCTCTTCTAA-ATCCGTCCCGAGTGAGTTCTATTGCGTGCGC-GCTTCTGGGCGCTGTTCTGT-TCTTACTC-----TT-TAT-------ATCCGCCTCCATT-CAC-TATC---
gi|1 : TC---TC--CTCTTTTTT-TTT-TTT------------------TTAT-TT-----T----T---------------A---GG---GTGA-----GG-------C---G-TACGC-CTG--TA--CGCCTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|10 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatCCCG-A-GTATCCC-T--AA-T--TCTTTT--G-AA--AA----TTTT---AG-GG--G--G-G---------------G----G---------C-C-CCC-TC----TA-A--ATCACAGCCATCT---A---TCCT-----------------GGCA-GCGC--C-----GTCGC---GCTG--------TC-----TC-TTT-------ATC--CTCGCATT-CACTTCTC---TT--C-------------------TCTCCATTC-TTGCTCTCTCTTCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TCG-------------G---GG---G--G-----GG-------G---G-TACGC-CCGGTTA--CGCCTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCC
gi|11 : CTG-A-GTA-CCC-TT-AA-T--C--TTT--G-AA--A-----ATTT---AG-GG--C--A-G------T--------G-N--N---------NNN-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNCGTCT--C-C-----TC-TT-------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCC-------------------TCCC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---GTTACGC-CCGG-TA--CGCCTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCctg
gi|12 : -CCT-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTT---CG-GG--G--G-G------
gi|12 : TTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--GGGGGGGG-------C---G-TACGC-CCGG-TA---GCCTTT-C--TTG--AA-TG-CGCGggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|13 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGT-GC-----G-CGCTG-GCTGTCTCT--CTC-----TT-CTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---TT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGGGGGGG-C---G-TACGC-C-GG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGC
gi|14 : tatCCCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G-AA--AA----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGT-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATC---C-TAT----CT--C-------------------TCTC---TC-TTTTCCCCTCATCT-
gi|15 : C-TATC---TT--C-------------------TCTC---TC-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGGG---GG---G--G-----GG-------C---G-T-TGCTCCGG-TA--CCCCCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTG
gi|16 : cctc-GCGC-GC-----TGCGC----CTG--TCT--CTCCTGCTTC-TTT-------ATC--CCTCCATTTCAC-TATC---CT--CTCTTTCTTTCTTTCTTCTCTCTC---TC-TTCCTCTCTC-T
gi|17 : gttcgtCG-----------------TGCG--CG--GT-----GGCGCTG-TCTCTCTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--C-TCCATT-CAC-TATC---TT--C-------------------TCTC---AC-TC-CTCTCTC--------------------------------T-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------t
gi|18 : ttgtatCCCGCA-GTA-CCC-T--AA-G--A--TTT--GTGA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CTCACC----CACAGCACTTCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------gggggg
gi|19 : -TTT-CTT------------------TA-TATT-----TAGG-T---------------A---GG---G--G-----GGGGGTACAT---G-TACGG-CCGA-TA--CGCGTTT----TTG--AA-TC-CGCGCccag
gi|2 : gccctcttttatgtTCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTTA--AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CCCTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NNN-----NN-NTT-------ATC--CCTCCAT
gi|2 : TC---TT-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACG--CCGG-TA--CGCATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|20 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-GTA-CCC-A--AA-T--C--TTT--G-AA--A------ATT---AG-GGGTG--G-G------C--------GTT--G---------TGC-GCC-CC----G-CA-------CCCCTTCT---AA-ATCCG-----------------
gi|21 : caaCCCG-A-GTA-CCC-C--TA-T--A--TTT--T-AA--AAAAT-TTTT---AGTGG--G--G-G------C--------G-T------------------C-CC----G------CCACGCCCTTCT----A-ATCCG-----------------Tccag
gi|22 : CCTCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTT---A------G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CTC-CC-----ACG-------CACCCTCT---AA-ATCCG-----------------cag
gi|23 : ------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGG------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGTGCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTGcc
gi|24 : -T-TT-----T----T---------------G---GGAG-G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCG--TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|25 : CCCG-A-GTA--CC-T--AATT--C--TTT--G-AA--AATT--TTTT---AA-GG--G--G-G------
gi|26 : t-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGgg
gi|27 : CCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----
gi|3 : tatatatATCCCTT-A-GTA-CCC-T--A--T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G--------C--------G-T--G---------TNN-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATT---Catctga
gi|4 : t-------------------TCTT---TT-TTTATGTTTT-TTT-CTT------------------TT-T-CTAGGGGT----T---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TT--CGCCTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATCCCCG-G-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--AAA---TTTT---AG-GG--G----G------C--------G-T--G---------CGC-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NNN-----NN-NTT-------ATC--ACTCCATT-CAC-TATC---
gi|6 : CCCG-ACGTA-CCCCT--TA-T--T--TTG--A-AA--A-----TTTTTCAGG-GG--G--G-G------C--------G-T--GGTGCCCTTACGC-CCC-TC-----ATA--ACATCCGCCCAGT---AGTATCGG-----------------TGGC-GCGCTGC-----GGCGCTG---TGC-TCT--CTC-----TCGTCT-------TTT--CCTCCATT-C-C-TATC---CT--T-------------------CTTC---TCCTCTCTTTCTC-TCTGCTC------------------TC-T-TT-----T----T---------------AAGGGG---G--G-----GG-------C---GGTACGC-CCG--TA--GACCTTTCC--TTG--AA-TC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|7 : cagtCG-A-GTA-CCCCT--AA-T--C--TTT--G-AATAA-----TTTTT--AG-GG--G--G-GGGAGGCC--------G-T--C---------CGC-CCC-CC-----ACA--ACCCCCCCTCTCA---AA-ATCCG-----------------TCCA-GCTC-GC-----ATCG-TGCGCTGCGCCT--CTC-----TC-TCTCTTATTAATC--CCTCC--------CATT---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTC-CTCTC-TCT-CAT------------------TT-T-TT-----TAGCGG---------------G---GG---G--G-----GG-------C---GCTACGC-CCGG-TACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTcggccg
gi|8 : TCCCCG-A-ATA-CCC-TTTAA-T--C--TTTCTG-AA--A-----ATTT---AG-GG--G--A--------C--------G-TTTG---------CGCGNNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--TTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CA--TATC---TT--C-------------------TC-----TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------A---GGGGAG--G-----GG-------CGCAG-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|9 : ATCCCTG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--GCAGTG------N--------N-N--N---------NNN-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNCATCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CGGA-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Alignments
lowQualScore : 22222 111111111111111 111111111111 33333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222 111111111111111111 222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 2 33 33 33 8 33 11111 888 2 33 33 2 111111111111111 2 000000000000 2 2 11111111111111 1 666666 333333333333333333333333333333333333333333333333 33 77777 2 9999999 33 6 2 555 55 5555555555555555555 555 2 5 2 999999999999999999 2 2 66666 555555555555555555555555 777 33 66666 7777777 444 7 2 33 33 1 33 55 2 2
lowQualScore : . . . . .. . .. .. .. . .. ..... ... . .. .. . ............... . ............ . . .............. . ...... ................................................ .. ..... . ....... .. . . ... .. ................... ... . . . .................. . . ..... ........................ ... .. ..... ....... ... . . .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 4 4 2 4 33 2 11 11 11 9 11 77777 888 4 22 22 4 666666666666666 7 888888888888 7 7 44444444444444 2 222222 222222222222222222222222222222222222222222222222 99 11111 9 3333333 99 2 9 000 00 8888888888888888888 000 9 0 7 777777777777777777 5 5 22222 555555555555555555555555 888 44 22222 8888888 777 5 5 99 44 4 44 99 5 5
consensus : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCNCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------TGCG-GCGC-GC-----GGCGCTG-GCTGCGTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( family-614 ) : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCNCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------TGCG-GCGC-GC-----GGCGCTG-GCTGCGTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|1 : CCG-A-GTA-CCC-T--AA-TATC--TTT--G-AA--AATAATCTCT---AG-GG--G--G-G------CATTTGGACG-T--G---------CGC-ACA-CC-----ACA--CCCCTCTCCCTCTTCTAA-ATCCGTCCCGAGTGAGTTCTATTGCGTGCGC-GCTTCTGGGCGCTGTTCTGT-TCTTACTC-----TT-TAT-------ATCCGCCTCCATT-CAC-TATC---
gi|1 : TC---TC--CTCTTTTTT-TTT-TTT------------------TTAT-TT-----T----T---------------A---GG---GTGA-----GG-------C---G-TACGC-CTG--TA--CGCCTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|10 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatCCCG-A-GTATCCC-T--AA-T--TCTTTT--G-AA--AA----TTTT---AG-GG--G--G-G---------------G----G---------C-C-CCC-TC----TA-A--ATCACAGCCATCT---A---TCCT-----------------GGCA-GCGC--C-----GTCGC---GCTG--------TC-----TC-TTT-------ATC--CTCGCATT-CACTTCTC---TT--C-------------------TCTCCATTC-TTGCTCTCTCTTCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TCG-------------G---GG---G--G-----GG-------G---G-TACGC-CCGGTTA--CGCCTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCC
gi|11 : CTG-A-GTA-CCC-TT-AA-T--C--TTT--G-AA--A-----ATTT---AG-GG--C--A-G------T--------G-N--N---------NNN-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNCGTCT--C-C-----TC-TT-------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCC-------------------TCCC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---GTTACGC-CCGG-TA--CGCCTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCctg
gi|12 : -CCT-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTT---CG-GG--G--G-G------
gi|12 : TTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--GGGGGGGG-------C---G-TACGC-CCGG-TA---GCCTTT-C--TTG--AA-TG-CGCGggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|13 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGT-GC-----G-CGCTG-GCTGTCTCT--CTC-----TT-CTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---TT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGGGGGGG-C---G-TACGC-C-GG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGC
gi|14 : tatCCCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G-AA--AA----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGT-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATC---C-TAT----CT--C-------------------TCTC---TC-TTTTCCCCTCATCT-
gi|15 : C-TATC---TT--C-------------------TCTC---TC-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGGG---GG---G--G-----GG-------C---G-T-TGCTCCGG-TA--CCCCCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTG
gi|16 : cctc-GCGC-GC-----TGCGC----CTG--TCT--CTCCTGCTTC-TTT-------ATC--CCTCCATTTCAC-TATC---CT--CTCTTTCTTTCTTTCTTCTCTCTC---TC-TTCCTCTCTC-T
gi|17 : gttcgtCG-----------------TGCG--CG--GT-----GGCGCTG-TCTCTCTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--C-TCCATT-CAC-TATC---TT--C-------------------TCTC---AC-TC-CTCTCTC--------------------------------T-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------t
gi|18 : ttgtatCCCGCA-GTA-CCC-T--AA-G--A--TTT--GTGA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CTCACC----CACAGCACTTCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------gggggg
gi|19 : -TTT-CTT------------------TA-TATT-----TAGG-T---------------A---GG---G--G-----GGGGGTACAT---G-TACGG-CCGA-TA--CGCGTTT----TTG--AA-TC-CGCGCccag
gi|2 : gccctcttttatgtTCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTTA--AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CCCTNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NNN-----NN-NTT-------ATC--CCTCCAT
gi|2 : TC---TT-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACG--CCGG-TA--CGCATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|20 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-GTA-CCC-A--AA-T--C--TTT--G-AA--A------ATT---AG-GGGTG--G-G------C--------GTT--G---------TGC-GCC-CC----G-CA-------CCCCTTCT---AA-ATCCG-----------------
gi|21 : caaCCCG-A-GTA-CCC-C--TA-T--A--TTT--T-AA--AAAAT-TTTT---AGTGG--G--G-G------C--------G-T------------------C-CC----G------CCACGCCCTTCT----A-ATCCG-----------------Tccag
gi|22 : CCTCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAA--A-----TTTT---A------G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CTC-CC-----ACG-------CACCCTCT---AA-ATCCG-----------------cag
gi|23 : ------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGG------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGTGCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTGcc
gi|24 : -T-TT-----T----T---------------G---GGAG-G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCG--TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|25 : CCCG-A-GTA--CC-T--AATT--C--TTT--G-AA--AATT--TTTT---AA-GG--G--G-G------
gi|26 : t-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGgg
gi|27 : CCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----
gi|3 : tatatatATCCCTT-A-GTA-CCC-T--A--T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G--------C--------G-T--G---------TNN-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATT---Catctga
gi|4 : t-------------------TCTT---TT-TTTATGTTTT-TTT-CTT------------------TT-T-CTAGGGGT----T---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TT--CGCCTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATCCCCG-G-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--AAA---TTTT---AG-GG--G----G------C--------G-T--G---------CGC-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--NNN-----NN-NTT-------ATC--ACTCCATT-CAC-TATC---
gi|6 : CCCG-ACGTA-CCCCT--TA-T--T--TTG--A-AA--A-----TTTTTCAGG-GG--G--G-G------C--------G-T--GGTGCCCTTACGC-CCC-TC-----ATA--ACATCCGCCCAGT---AGTATCGG-----------------TGGC-GCGCTGC-----GGCGCTG---TGC-TCT--CTC-----TCGTCT-------TTT--CCTCCATT-C-C-TATC---CT--T-------------------CTTC---TCCTCTCTTTCTC-TCTGCTC------------------TC-T-TT-----T----T---------------AAGGGG---G--G-----GG-------C---GGTACGC-CCG--TA--GACCTTTCC--TTG--AA-TC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|7 : cagtCG-A-GTA-CCCCT--AA-T--C--TTT--G-AATAA-----TTTTT--AG-GG--G--G-GGGAGGCC--------G-T--C---------CGC-CCC-CC-----ACA--ACCCCCCCTCTCA---AA-ATCCG-----------------TCCA-GCTC-GC-----ATCG-TGCGCTGCGCCT--CTC-----TC-TCTCTTATTAATC--CCTCC--------CATT---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTC-CTCTC-TCT-CAT------------------TT-T-TT-----TAGCGG---------------G---GG---G--G-----GG-------C---GCTACGC-CCGG-TACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTcggccg
gi|8 : TCCCCG-A-ATA-CCC-TTTAA-T--C--TTTCTG-AA--A-----ATTT---AG-GG--G--A--------C--------G-TTTG---------CGCGNNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNNNNNN--TTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CA--TATC---TT--C-------------------TC-----TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------A---GGGGAG--G-----GG-------CGCAG-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|9 : ATCCCTG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--GCAGTG------N--------N-N--N---------NNN-NNN-NN----NNNN--NNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNN-----------------NNNN-NNNN-NN-----NNNNNNN-NNNNCATCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CGGA-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
blockSeqs : C C T C TT T . CT CT A TA AAAT TCA T GT CA T GGAGGCC T GGTGCCCTTA G A CTNNNNNNNNNN G AGT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG . CTGCT G CTTATTA . T T TCT TC TCTTTCTTTCTTTCTTCTC CAT C T G TTTTTTTTTTTTTTTTTT . A AGGGG TTTTTTTTAGGGGGGGG GGA . GGGGG GGGTACA GCA T T GT CG C CG AT C G
blockSeqs : . . . C T . . . . T . ATT A . . . . T . TTG . . CACAGCACTT N NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . T . . . . . . A . . . . . AGCGGG AG . . GGGGGG . G . G . C . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . AA T . . . . C . G . . NNNNNNNN N NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGGTA . . . G . C . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . A . . . . . C . N . . NNNNNNNN C AA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAAGG . . . . . . . G . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . C . G . . NNNNNNNN N NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCGG . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . NNNNNNNN C AA TCCAGCTCGCATCGTGCGCTGCG . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . A . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . NNNNNNNN C AA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . NNNNNNNN A NN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . TAAATCA N NN TGCGCGGTGGCGCTGTCTCTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . ATAACAT N AA TGGCGCGCTGCGGCGCTGTGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . G . . ACAACCC G NN GGCAGCGCCGTCGCGCTG . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . C . . GCCA C NN . . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . G . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . N . N . . GCA N A . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACG N A . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***** C************** NCAACCN******* AA**** TCCAGCTCGCATCGTGCGCTGCG************************* ** ** ** G*
originalCons : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-G------C--------G-T--G---------CGC-CCC-CC----NACA--ACCNCCCCCCTCT---AA-ATCCG-----------------TGCG-GCGC-GC-----GGCGCTG-GCTGCGTCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
finalCons : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G-AA--A-----TTTT---AG-GG--G--G-GC--------------G-T--G---------CGC-CCC-CCNCAACCN-------CCCCCCTCTAA----ATCCGTCCAGCTCGCATCGTGCGCTGCG-------------------------TCT--CTC-----TC-TTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--C-------------------TCTC---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Alignments
lowQualScore : 11 11111 111111111111111 33333333333333333 111111111111111 4444444444444444444444444 1111111111 1111111111111 111111111111111111 222222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 2 2 2 4 55 2 33 33 33 11 33 88888 888 2 33 5555 111111111111111 2 777777 2 33333 00000000000000000 0 2 2 2 5 444444444444444 1 777777 9999999999999999999999999 555 33 77777 2 1111111111 33 6 2 555 55 5555555555555 555 2 5 2 888888888888888888 2 2 66666 555555555555555555555555 777 33 66666 7777777 444 7 2 33 33 1 33 55 2 2
lowQualScore : . . . . .. . .. .. .. .. .. ..... ... . .. .... ............... . ...... . ..... ................. . . . . . ............... . ...... ......................... ... .. ..... . .......... .. . . ... .. ............. ... . . . .................. . . ..... ........................ ... .. ..... ....... ... . . .. .. . .. .. . .
lowQualScore : 4 4 2 4 33 2 11 11 11 99 11 66666 888 4 22 0000 666666666666666 7 555555 7 99999 99999999999999999 1 7 2 7 8 444444444444444 3 111111 9999999999999999999999999 000 99 11111 9 6666666666 99 2 9 000 00 7777777777777 000 9 0 5 444444444444444444 4 5 22222 555555555555555555555555 888 44 22222 8888888 777 5 5 99 44 4 44 99 5 5
consensus : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G--AA--A-----TTTT---AG-GG--G----GG------C--------G-T----G-CG-C-CC--CCC-----GCA--AC---CNCCCCCCTC-TAA-ATCCGTCC------AGCTC----GCATCG----C-GCGC--T-----G--CG------------TC---TCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
Reference ( family-614 ) : ATCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G--AA--A-----TTTT---AG-GG--G----GG------C--------G-T----G-CG-C-CC--CCC-----NCA--AC---CNCCCCCCTC-TAA-ATCCGTCC------AGCTC----GCATCG----T-GCGC--T-----G--CG------------TC---TCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|1 : CCG-A-GTA-CCC-T--AA-TATC--TTT--G--AA--AATAATCTCT---AG-GG--G----GG------CATTTGGACG-T----G-CG-C-AC--ACC-----ACA--CCCCTCTCCCTCTTC-TAA-ATCCGTCCCGAGTGAGTTCTATTGCGT-G----C-GCGC--TTCTGGG--CGCTGT--------TCTGTTCTTAC-----TC-TTTAT-------ATCCGCCTCCATT-CAC-TATC---
gi|1 : T-------------C---TC--CTCTTTTTT-TTT-TTT------------------TTAT-TT-----T----T---------------A---GG---GTGA-----GG-------C---G-TACGC-CTG--TA--CGCCTT-CC--TTG--AA-TC-CGCGCCTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatattctcctcttttttttttttttatttttagggtgaggcgtacgcctgtacgccttccttgaatccgcgcctg
gi|10 : ccgagtaccctaatatctttgaaaataatctctaggggggcatttggacgtgcgcacaccacacccctctccctcttctaaatccgtcccgagtgagttctattgcgtgcgcgcttctgggcgctgttctgttcttactctttatatccgcctccattcactatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacaatatCCCG-A-GTATCCC-T--AA-T--TCTTTT--G--AA--AA----TTTT---AG-GG--G----GG---------------G------G-C--C-CC--CTC-----TAA--AT---CACAGCCATC-T---ATCCTGGC------AG--C----GC--CG----TCGCGC--T-----G-----------------------T--C-----TC-TT--T-------ATC--CTCGCATT-CACTTCTC---TT--CTCT-------------CCATTC-TTGCTCTCTCTTCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TCG-------------G---GG---G--G-----GG-------G---G-TACGC-CCGGTTA--CGCCTTTCC--TTGATAA-TC-C-CGCC
gi|11 : CTG-A-GTA-CCC-TT-AA-T--C--TTT--G--AA--A-----ATTT---AG-GG--C----AG------T--------G-N----N-NN-N-NN--NNN-----NNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----NN-CG------------TC---TC---C-----TC-TT---------------CCTCCATTTCAC-TATCTCTCTTCCTCC-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---GTTACGC-CCGG-TA--CGCCTTTC----TG--AA-TC-CGCGCCctg
gi|12 : -CCT-T--AA-T--C--TTT--GA-AA--A-----TTTT---CG-GG--G----GG------
gi|12 : TTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--GGGGGGGG-------C---G-TACGC-CCGG-TA---GCCTTT-C--TTG--AA-TG-CGCGggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttttttttttttttagggggggggggcgtacgcccggtagcctttcttgaatgcgcg
gi|13 : ccttaatctttgaaaattttcggggggggggggcatgccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCG----T-GCGCGCT-----GGCTG------------TC---TCT--C-----TC-TTCTT-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---TT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGGGGGGG-C---G-TACGC-C-GG-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-TGCGC
gi|14 : tCCCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G--AA--AA----TTTT---AG-GG--G----GG------C--------G-T----G-CGTN-NN--NNN-----NNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----N--NN------------NN---NNT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATC---C-TAT----CT--CTCT-------------C---TC-TTTTCCCCTCATCT-
gi|15 : C-TATC---TT--CTCT-------------C---TC-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----TTTTTTTTAGGGGGGGG---GG---G--G-----GG-------C---G-T-TGCTCCGG-TA--CCCCCTTTC--TTG--AA-T---GCGCCTG
gi|16 : cctcTCG----T-GCGCGCT-----G--CGCCTG--------TC---TCT--CCTGCTTC-TT--T-------ATC--CCTCCATTTCAC-TATC---CT--CTCTTTCTTTCTTTCTTC---TC-TCTCTCTTCC-TCT-CTC------------------TT-
gi|17 : gtTT----GTATCG----T-GCGC--G-----G--TGGCGCTGTCTCTCTC---TCT--C-----TC-TT--T-------ATC--C-TCCATT-CAC-TATC---TT--CTCT-------------C---AC-TC-CTCTCTC--------------------------------T-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------
gi|18 : CCCGCA-GTA-CCC-T--AA-G--A--TTT--GT-GA--A-----TTTT---AG-GG--G----GG------C--------G-T----G-CG-C-CTCACCC-----ACAGCAC---TTCCCCCCTC-TAA-ATCCG-CC------AGgggggg
gi|19 : -TTT-CTT------------------TA-TATT-----TAGG-T---------------A---GG---G--G-----GGGGGTACAT---G-TACGG-CCGA-TA--CGCGTTT----TTG--AA-TC-CGCGC
gi|2 : gccctcttttatgtTCCCCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GA-AA--A-----TTTTA--AG-GG--G----GG------C--------G-T----G-CG-C-CC--CCCCTNNNNNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----N--NN------------NN---NNN--N-----NN-NT--T-------ATC--CCTCCAT
gi|2 : T-------------C---TT-TTTTTTTTTT-TTT-TTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACG--CCGG-TA--CGCATTTCC--TTGA-AA-TC-CGCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttttttttttttttttttttttttagggggggcgtacgccggtacgcatttccttgaaatccgcgcc
gi|20 : tccccgagtaccctaatctttgaaaattttaaggggggcgtgcgccccccctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatccctccatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-A-GTA-CCC-A--AA-T--C--TTT--G--AA--A------ATT---AG-GGGTG----GG------C--------GTT----G-TG-C-GC--CCC-----GCA----------CCCCTTC-TAA-ATCCG-CC------AG
gi|21 : caaCCCG-A-GTA-CCC-C--TA-T--A--TTT--T--AA--AAAAT-TTTT---AGTGG--G----GG------C--------G-T---------------CCC-----G-----C---CACGCCCTTC-T-A-ATCCGTC
gi|22 : CCTCG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GA-AA--A-----TTTT---A------G----GG------C--------G-T----G-CG-C-CT--CCC-----ACG----------CACCCTC-TAA-ATCCGCCag
gi|23 : ------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GGG------C---G-TACGC-CCGG-TA--CGTGCTTTC--TTG--AA-TCGCGCGCCTG
gi|24 : -T-TT-----T----T---------------G---GGAG-G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCG--TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|25 : CCCG-A-GTA--CC-T--AATT--C--TTT--G--AA--AATT--TTTT---AA-GG--G----GG------
gi|26 : t-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTTCA--TTG--AA-TC-CGCTCCTGgg
gi|27 : CCG-A-GTA-CC--T--AA-T--C--TTT--G--AA--A-----
gi|3 : tatatatATCCCTT-A-GTA-CCC-T--A--T--C--TTT--G--AA--A-----TTTT---A--GG--G----GG------C--------G-T----GTNN-N-NN--NNN-----NNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----N--NN------------NN---NNT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATT---Catctga
gi|4 : tTCT-------------T---TT-TTTATGTTTT-TTT-CTT------------------TT-T-CTAGGGGT----T---------------G---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CCGG-TT--CGCCTTTCCCGTTG--AACTC-CGCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt
gi|5 : atcgtgccctgcgcgcggcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATCCCCG-G-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--GAAAA--A-----TTTT---A--GG--G----GG------C--------G-T----G-CG-CNNN--NNN-----NNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----N--NN------------NN---NNN--N-----NN-NT--T-------ATC--ACTCCATT-CAC-TATC---
gi|6 : CCCG-ACGTA-CCCCT--TA-T--T--TTG--A--AA--A-----TTTTTCAGG-GG--G----GG------C--------G-T----GGTG-C-CC--TT-----------------ACGCCCCTCATAACATCCGCCC------AG-TA----GTATCGGTGGC-GCGC--T-----G--CGGCGCTGTGC---TC---TCT--C-----TCGTC--T-------TTT--CCTCCATT-C-C-TATC---CT--TCTT-------------C---TCCTCTCTTTCTC-TCTGCTC------------------TC-T-TT-----T----T---------------AAGGGG---G--G-----GG-------C---GGTACGC-CCG--TA--GACCTTTCC--TTG--AA-TC-tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctt
gi|7 : cagtCG-A-GTA-CCCCT--AA-T--C--TTT--G--AATAA-----TTTTT--AG-GG--G----GGGGAGGCC--------G-T----C-CG-C-CC--CCC-----ACA--AC---CCCCCCTCTC-AAA-ATCCGTCC------AGCTC----GCATCG----T-GCGC--T-----G--CG------------CC---TCT--C-----TC-TC--TCTTATTAATC--CCTC-------C-CATT---CT--CTCT-------------C---TC-TCTC-CTCTC-TCT-CAT------------------TT-T-TT-----TAGCGG---------------G---GG---G--G-----GG-------C---GCTACGC-CCGG-TACGCGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTcggccg
gi|8 : TCCCCG-A-ATA-CCC-TTTAA-T--C--TTTCTG--AA--A-----ATTT---AG-GG--G----A-------C--------G-TTTGCG-CG-N-NN--NNN-----NNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----N--NN------------NN---NTT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CA--TATC---TT--CTC------------------TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----A---------------A---GGGGAG--G-----GG-------CGCAG-TACGC-CCGG-TA--CGCCTTT-C--TTG--AA-TC-CGCGCCTG
gi|9 : ATCCCTG-A-GTA-CCC-T--AA-T--C--TTT--G--AA--A-----TTTT---AG-GG--GCAGTGN------N--------N-N----N-NN-N-NN--NNN-----NNN--NN---NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN------NNNNN----NNNNNN----N-NNNN--N-----N--CA------------TC---TCT--C-----TC-TT--T-------ATC--CCTCCATT-CAC-TATC---CT--CTCT-------------C---TC-TCTCTCTCTC-TCT-CTT------------------TT-T-TT-----T----T---------------A---GG---G--G-----GG-------C---G-TACGC-CGGA-TA--CGCCTTTCC--TTG--AA-TC-CGCGCCTG