lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1111111 22222 7777777777777777777777777777777777777777 111111 11 1 4444444444444444 333 55555555555 1111 333333333333 1 22222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33 3 222 222222222222222222222222 1111 222222 111111 666 111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 22222 222 111 11 9999999999999999999999999999999999 1111 2222222 44444444444444444444444 3333333333 11111 6666666666666 22 1 33333 1 1 111 11 2222222222 333333 11 22222222 2222222 111111 44444444444444 22 22
lowQualScore : 111 4 4 666 4 4 777 4 8 4 6666666 22222 66 7777777777777777777777777777777777777777 5 6666 111111 1 99 1 7 1111111111111111 5 5 555 5 5 00000000000 3333 4 66 222222222222 4 6 4 5 888 66 0 55555555555 77 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 44 4 5 8 2 4 55 4 77 4 888 4 777 4 3 000000000000000000000000 44 0000 3 999999 444444 88 44 444 3 555 3 555 55 4 999 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 6 6 88888 6 2 666 111 44 5 5 8888888888888888888888888888888888 4 4 8 4 8 2222 66 6666666 8 3 8 88888888888888888888888 2222222222 5 2 22222 5 3333333333333 2 5 8 11 99 333 3 0 33333 0 0 777 2 6 33 9999999999 8 3 8 111111 3 99 88888888 8888888 4 777 777 777777 4 99999999999999 4 7 99 4 99
lowQualScore : ... . . ... . . ... . . . ....... ..... .. ........................................ . .... ...... . .. . . ................ . . ... . . ........... .... . .. ............ . . . . ... .. . ........... .. ........................................................................................ . .. . . . . . .. . .. . ... . ... . . ........................ .. .... . ...... ...... .. .. ... . ... . ... .. . ... . ................................................... ... . . ..... . . ... ... .. . . .................................. . . . . . .... .. ....... . . . ....................... .......... . . ..... . ............. . . . .. .. ... . . ..... . . ... . . .. .......... . . . ...... . .. ........ ....... . ... ... ...... . .............. . . .. . ..
lowQualScore : 111 0 0 333 0 0 000 0 0 0 2222222 11111 99 1111111111111111111111111111111111111111 0 6666 000000 4 33 4 9 0000000000000000 7 7 333 7 7 66666666666 9999 4 11 666666666666 4 7 4 0 888 99 0 11111111111 99 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 99 0 6 0 6 0 55 0 99 0 555 0 000 0 0 111111111111111111111111 66 0000 3 777777 666666 22 66 111 3 888 3 666 00 7 444 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 7 7 33333 7 5 777 777 00 7 7 3333333333333333333333333333333333 4 4 9 4 9 8888 99 0000000 0 2 0 00000000000000000000000 1111111111 0 2 55555 0 4444444444444 6 0 0 88 44 222 0 0 88888 0 0 000 5 7 33 4444444444 0 2 0 000000 2 99 66666666 6666666 4 888 888 777777 4 66666666666666 0 3 00 0 00
consensus : AATGCT-TGCTCTCA-CA-C--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG-----AA--AA-TG---TTNGN------CGTT-C-GCAGAAAAT-------TCGTC-AG-A--A---ATAATAA--GA-TTGGGGGTTT--TTA----A------AT-ATTGAA-AATCCAAT-CAAG-GC-TTTAAG--A-TCGTT----TA-CAA--CTG-TCT-------TA-CGAAT-CTT-T---A--CGAGTG-CTT------G----CGAC--T----T------------------G-GAT---TC--TACGAAC-------TT----TT-----T-TTTTT-GCAATA-------A----TATA-AAGAA--TTTCT-TACAATCAATTTCTG-AATGA-TACA-A--A-T-GCC-TTTACGAC--C-C---TT-ACGAA-----------TG-----------CTT--GCG--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---TAT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCTACCAAAGATGACCAAAT---------GAAAAAAAAAACATAAACAAAAACGAC--AAAAAAAACG-AAAC---AGAAA-AGC-AA-N-A-A-ACCNAAG--CGGAAAT---AA-TAAA-T-TC-------------CTATGATTA-GGT--------GATTGAA-A-TCCGTGGACAA-TC-G-TG---AAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------A-ACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTG-CGAG---T---GCG-ACG-AGTN-ATA-AAAGGAATGTNT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTNTACGA-ATCAT-TGCGA-G-TGA-GCG-GC---GA---ATG---ACA-TTCTTGCGT--CAAT-CGCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TGT--GAGAGCAGCA
Reference ( gi|2 ) : AATGCT-TGCTCTCA-CA-C--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG-----AA--AA-T----TTGGC------CGTT-C-ACAGAAAAT-------TCGTC-AG-A--A---ATAACAA--GA-TTGGGGGTTT--CTA----A------AT-ATTGAA-AATCCCAT-CAAG-GC-ATAAAG--ACTCGTT----TA-CAA--CTGGTCT-------TA-CCAAT-CTT-T---A--CGAGTG-TTT------G----CGAC--T----T------------------G-GAT---T-----------------TT----TT-----T-TTTAT-GCAATA-------AAC--TATA-AAGAAACTTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGATTACA-A--A-T-ACC-TTTACGA---C-C---TT-ATGAA-----------TG-----------CTT--GTG--ATA-ATCAGT-CGC----A-AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACTAT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTAC-AAAGATGACCAAAT---------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAACC--AAC---AGAAA-AGC-AA-A-A-A-ACCCAAG--CGGAAAT---AA-TAAA-T-TC-------------C---------GAT--------GATTGAA-A-TCCGTGGACAA-TC-G-TG---GAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------A-ACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTG-C-AG---T---GTG-ACG-AGTA-ATA-AAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGA-ATCGT-TGCGA-AATGA-GCG-GC---GA---ATG---GCA-TTCTTATGT--CAAT-CG-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TGTG-GAGAGCAGTA
gi|10 : AATGCT--GCTCTCA-CA-C--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG-----AA--AAATG---TTGGC--------------------GT-------TCG-C-AG-A--A---ATAATAA--GA-TTGGGG--TT--TTA----A------ATTATTGAA-AATC--AT-CAAG-GC-TTAT-G--A-TCGTT----TT-CAA--CTG-TCT-------TA-CAAAT-CTT-T---A--CGAGTG-TTTT-----G----CGAC--T----TTAAT--------------G-AAT---TCCATACGAACC------TT----ATGAA--T-ATTTT-GCAATG-------A----TATA-AAAAAAAT--CT-TACAATAAATTTCTG-AATGA-TACA-A--A-T-GTC-TTTACGAC--C-C---TT-ACGAA-----------TG-----------CGT--GCG--ATA-ATT-GT-TAC----A-AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---TAT--CAATTA
gi|11 : gtAATGCT--GCTCTTA-CA-C--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG-----AA--AA------------------------AAATAGCAT-------TCG-C-AG-A--A---ATAATAA--GA-TTGGGTGTTT--A-A----A------AT-ATTGAA-AATC--AC-CAAG-GC-TTTGCG--AATC-TT----TA-CGA--TTGGTTTGCGAGTTTAACCAATTCCA-T---A--CGAA-------------------AC--T----T------------------ATGAT---T-----------------TT----T--------------GCAATA-------A----TATACAAGAA--TTTCT-TACAATTAACTTCTT-AATGA-TACA-A--A-T-GCC-TTTACGACC-C-C---TA-ACGAA-----------TG-----------CCT--G-----CA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---TGT--CATTCAGAA-T-AAAAca
gi|6 : tATGCT--GCTCTCA-CA-C---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG-----AA--AA-T----TTTGG------CGTT-C-GCAGAAAAT-------TCGTC-AC-A--A---CTAGTAA--GA-TT-GGGGTTT--TGA----A------AT-ATTGAA-AAT-CAAT-GAAG-GCTTTTAAG--A-TCGTT----TA-CAA--TT-ATCA-------TA-CGAAT-CTT-T---A--TGAGTGTTTT------G----CGAC--TTTAAT------------------G-AAT---TCTTTACGAACTTTATGATT----TT-----TGTTTTT-GCAATA-------A----TATA-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGA-TACA-A--A-T-GCC-ATTATGAC--C-C---TT-ACGAA-----------TG-----------CTT--GCG--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTGTA--AT--CAATTAGAATA-AAAACGAAT
gi|5 : tgATGCT--GCTCTCA-CA-C---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG-----AA--AA-T----TTTGG------CGTT-C-GCAGAAAAT-------TCGTC-AC-A--A---CTAGTAA--GA-TT-GGGGTTT--TGA----A------AT-ATTGAA-AAT-CAAT-GAAG-GCTTTTAAG--A-TCGTT----TA-CAA--TT-ATCA-------TA-CGAAT-CTT-T---A--TGAGTGTTTT------G----CGAC--TTTAAT------------------G-AAT---TCTTTACGAACTTTATGATT----TT-----TGTTTTT-GCAATA-------A----TATA-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGA-TACA-A--A-T-GCC-ATTATGAC--C-C---TT-ACGAA-----------TG-----------CTT--GCG--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTGTA--AT--CAATTAGAATA-AAAACGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|1 : tgATACT---CTCTCA-CAAC--TAT-GC-C---GG-AT-ATCC-TTGCG-------GATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|4 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaTGCT-T-CCCCGA-CA-CCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG-----AACAAA-T----TTTGATG----CGTTGCGACAGGAGATAGTTCTCTCGTCCAGCACCA---ATCACAAA-GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCAT-ATTGAA-AATGC-ATGCAAGTGC-TTTAAG--A-TCGTTCTTTTA-CAA--CTG-TCT-------TA-CCAAT-CTTGTAAAA--CGAGTG-CTT------ATTGCCCAC--T----TTTTAATAAATTCCATACCG-AAC---C-----------------TTGTGATT-----T-TTTTT-GCTATA-------A----TATA-AAG-AATTTTCTCTACAATTAATTTCTGAAATGA-TACATA--A-TGACCATTTACGAC--C-C---TT-ATGAA-----------TG-----------CTT--GCGGAATACATTAGT-TGC----ACAGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---TATGGCAGTTAGAA-T-AAAACGAaa
gi|1 : cgcTGCTGTCCTCGCAACA-C--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGA---AA--AA-TG---TTGGT------C--T-C-G---------------TCTTC--G-A--G---ATAATAAA-GACTTGGGGATTT--TTAGA--A------AT-TTTGAAGAATCATAC-TAAG-GC-TTAT-G--A-TCGTT----TTTCAA--CTGCTCT-------TA-CAAAT-CCT-T---ATACGAGTG-CTTTTTTAGG----CGACCTT----T------------------GAGATGAAT-----------------CC----ATACGAAC-CTTAT-GTAATATGTTGCCAATGATATA-AAAAAAA-ATCT-TACAA-AAATTTCTGAAATGA----A-ACTG-T-CTC-TCTACGA---C-C---TT-ATGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTC--GCG--ATA-ATAGGTGTGTTGTAA-AG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG----AT--CAAATACAA-T-AAAACGAAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|3 : -TGCTCTCA-CA-C--TAT-GC-C---GA-ATAATCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|12 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttat-TGCTCTCA-CA-C--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------ATTGACGCAAA--AA-TGTCATTCGC------CGCT-C-ACgta
gi|20 : tcgttaaaactcacgaacggaagagtgagtacgaatgtctagcgatagctatacgattattgcga-TACTCTCA-CA-C--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-Tgtataac
gi|14 : A--AA-T----TTGGCGTTGTCCGGC-C-A-AGAAAATGAT----TCGTC-AG-A--ACTTATAACAATGGA-TTTGGGGTTT---TA----A------AT-ATGGAA-AATTCAAT-CAAG-TC-TTTAAATCACCCGTTG---TA-CAAACCT--TCC-------TA-CAAAT-CTgtataaca
gi|15 : TAAAA--ATTTGCC----CA--AA--CT---TT-------CA-CGAAT-CCT-T---A--CGAATG-TTT------G----CGAG--T----T------------------G-
gi|8 : atccgtggacaaccgtgaaaaaaaattgacat----TA-CAA--CT-GCCT-------TA-ACACC-CTT-A---A--CGAATG-CTT------G----CAAtgacgagtgcatttaaggattgcattacgatcaatgcaaatggc
gi|7 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatga-GAT---T-----------------TT----TT-----T-T-----GCAATA-------A----T-TA-AAGG---TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGA-TAC--A--A-T-GCC-TTTCAGA---C-CTCGTT-ACGAAT----------TG-----------CTTTCG-G--AT--ATGTGC-TGC----A-AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---TAT--CAATTAGAATTCAAAACGAAgattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|8 : aac----TT-----T-TTT-T-GCAGTA-------A----TATACAATAA---TTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGA-TACA-A--C-T-GCC-TTAACAC---C-C---TTAACGAA-----------TG-----------CTT--GCA--AGA-TT--GT-TGC----A-AG-TT--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG----AT--CAATTAGAAgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|16 : tga-----T-TTTATTGCAATA---------C--TATACAATAA--TTTCT-TACAGT----------AATGAT-ACA-A--A-T-GCC-TTTACGA---CTC---TT-ACGA----------------------------------------TCGAT--GC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|17 : ttccatacgaaccttatgaTTTCT-TACAATTAACTTCTG-A-----TACA-A--ATT-ACT-TTTATGACCGC-C---TT-ACGAA-----------TG-----------CTT--GTG--ATA-TTC-GT-TGC----G-AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---TGT--CAATTAGAA-T-AAAA
gi|3 : GAA-----------TG-----------CTT--GTG--ATG-ATT-GT-TGC----A-AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---TAT--CAGTTAG-ATT-AAAACGAAT
gi|19 : GAA-----------TG-----------CTT--GCG--ATA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---TGT--CATTTAGGA-T-AAAACGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|6 : cTCCTACCAAAGATGACCAAA-----------AAAAAA
gi|5 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaCTACCAAAGATGACCAAA-----------AAAAAAtgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|3 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-AAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAAC---AGAAA-AGCCAATA-A-ATACCCAAG--CGAAAAT---AA----A-T-TC-------------C---------G-T---------ATTGAA-AATCCGTGGACAAGTC-GTTG---AAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------C-ACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCC-AGTATT---GTG-ACGCAGT--ATA-AAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGtgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttacC-AAAGATGACCAAAT---------GAA-----------------AAA---------AAAAATG--AAC---AGAAA-AGC-AA-ATA-A-ACCCAAA--GGGAAAT---AA----A-TGTC-------------C---------GAT--------GATTGAA-A-TCCGTGGCCAATTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGA-AAGA-ATGCATACG------GTG-TCT--C-A----------A-ATA-AATA-AAA-AAAAGAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|1 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttacC-AAAGTGGACCAAAT---------G---AAAAAAACATAAACAGAAAGAGC--AA
gi|6 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgacCAAAGATGACCAAAAAAAAATG--AGC---AGAAA-AGC-AA-T-ATA-ACCAAAG----GAAAT---AA-TAAA-T-CT-------------CTATGATTATGGT--------GATTGAA-A-TCCGTGGACAA-TC-G-TG---AAAAAAAA--taaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|5 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacCAAAGATGACCAAAAAAAAATG--AGC---AGAAA-AGC-AA-T-ATA-ACCAAAG----GAAAT---AA-TAAA-T-CT-------------CTATGATTATGGT--------GATTGAA-A-TCCGTGGACAA-TC-G-TG---AAAAAAAA--aaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|8 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacAAAACAA----ACAAAAATGGAAATGTAAGAAA-AGC-AATA-A-A-ACTAAAGAACGGAAAT---AAATAAAAT-TC-------------CTATGATTACGGT--------GATTGATTA-TCCGTGGACAA-TT-G-TG---GAAAAAAA--aaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|1 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccAAAAACATAAAC---AGAAAGAGC-AA-T-A-A-ACGCAAAT-CGGAAATTCCAA-TAAA-T-TCGTCCAATATTTAAC---------GATCCGGTAAAGATTGAA-A-T----GGACAA-AC-C-CG---AGAAAAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------A-ATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTG-CGAG---TTTGGGG-ACG-AGAT-GTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGaaaaaatgccaaaaac
gi|21 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaA-T-TA-------------C---------GGT--------GATTGAA-A-TCCGTGGACAA-TC-G-tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|9 : GAA-A-TC--TGG-CAA-TCTG-TG---AAAAAAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------A-TCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTG-CGAG---TCT-GTGCACG-AGTC-ATT-AAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGC
gi|15 : -A-TCCGTGGACAA-CC-G-TG---AAAAAAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC----------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTG-CGAGT--T---GTG-ACG-AGTGCATT-TAAGGATTGCAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta
gi|6 : TC--------ATACGA-ATCTTTATGA-----GTG-TTT---------T---GCG-AC
gi|5 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattaTC--------ATACGA-ATCTTTATGA-----GTG-TTT---------T---GCG-ACtttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|10 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaatta-ACAA-ATCTTTACGA-----GTG-TTT---------T---GCG-ACtttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|1 : gtaatgctgctctcacactatgccgaaaatccttgcgaatgaaaaatgttggcgttcgcagaaataataagattggggttttaaattattgaaaatcatcaaggcttatgatcgttttcaactgtcttGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACG--ATCA--TGC---AGTGA-GCG-GC---GAATTATA---ACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTGTGAGAGAGTAtttaatgaattccatacgaaccttatgaatattttgcaatgatataaaaaaaatcttacaataaatttctgaatgatacaaatgtctttacgacccttacgaatgcgtgcgataattgttacaagtaacgaattcttgcgagtatcaattaca
gi|3 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGT-TC-A-CGATAGCCT-ACG--ATCA--TGCGA-GATGA-GCGTGCGCTGA---ATG---ACATTTCTTATG----GAT----------TATTCGGCA-TAG-TGT--GAGAGCAGTAtaa
gi|9 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCTT-ATGATATCAT-TGCGATAGTGAAGCG-GC---GA---ATG---ACA-TTC-TGCGTTCCAAG-TGCAAGGATTATTC-GCAGTGG-T-TG-AAGAGCAGT
gi|12 : gaaatctggcaatctgtgaaaaaaaaagttggacgtcaaatttcatcgatatccttacgaatggtttgcgagtctgtgcacgagtcattaaggatgtcctacggatcaatgcaactggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctc-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACGA--TTAT-TGCGA-G-TGA-GCG-GC---GA---ATG---ACA-TTTTTGCGT--CAAT-CGCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TGT--GAGAGCAGTAta
gi|18 : tcgttaaaactcacgaacggaa-G---A----GTG-AGTACAA-ATGT-CAAG-CGATAGTTATACGA--TCAT-TGCGA-G-TTA-GCG-GG---GA---ATG---ACA-TCCTTATGT--CAAT-CGCAAGGA-----------TAG-TAT--GAGAGCAGTtaac
gi|6 : cgattacggaaTG-ACGA-ATTTTCTGCGA-A------CG-CC---AA---A-------A-TTTTCAT-------T-CGCAAGGA-TATTCAGCAT--G-TGT--GAGAGCAGCA
gi|5 : tgaTG-ACGA-ATTTTCTGCGA-A------CG-CC---AA---A-------A-TTTTCAT-------T-CGCAAGGA-TATTCAGCAT--G-TGT--GAGAGCAGCAcaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|10 : tga-GC---GA---ACGCCAACA-TTTTT------CATT-CGCAAGGA-TTTTCGGCA-TAG-TGTG--AGAGCAGCAcaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|11 : gtaa-GC---GA---ATG---CTA-TTTTT-T-T--CATT-TGCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TGT--AAGAGCAGCAagaaataataagattggggttttaaattattgaaaatcatcaaggcttatgatcgttttcaactgtcttacaaatctttacgagtgttttgcgactttaatgaattccatacgaaccttatgaatattttgcaatgatataaaaaaaatcttacaataaatttctgaatgatacaaatgtctttacgacccttacgaatgcgtgcgataattgttacaagtaacgaattcttgcgagtatcaattaca
gi|20 : taaAGGA-TATTCGGCA-TAG-TGT--GAGAGTAGTAagaaataataagattgggtgtttaaaatattgaaaatcaccaaggctttgcgaatctttacgattggtttgcgagtttaaccaattccatacgaaacttatgatttttgcaataatatacaagaatttcttacaattaacttcttaatgatacaaatgcctttacgacccctaacgaatgcctgcaatcgatgcgagtctaacgaattattgcgagtgtcattcagaataaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CTACTAAAGATGACCAAAAAACAAAATGGCAGACAAGCAATATCAGAGGAAATTATTTATTAAATTCTTATGTTGGTGTTGAATCAGTTGGACAATCGTGAAAATAAAGCAAACTTGCACGAAAAGGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111 11111 1111111 222 111 22222222222222222222222 1111 1111 11 1 11 222222222222222 22 11 1111 1111 111 111 33333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1 11111111111 11111111111 111 111111 11111 111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 111 111 222222 6666666666666666666 2222222 333333333 1111 1 222222222 111111111 3333333 11 22222 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111 33 111 111 1
lowQualScore : 555 5 222 5 00000 5 5 5 8888888 77 77 111 1 222 88888888888888888888888 0 55 1111 0000 11 0 22 777777777777777 5 5 11 5 99 0 5 0000 5555 55 5 000 2 5 777 5 1 88888888888 77 66666666666666666666666666666666666666666666666666 4 55 2 55 3 3 3 6 3 3 3 3 3 88 3 55 55 7 77777777777 44444444444 4444 3 333 3 555555 0 44 3 3 3 555 3 11111 44 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 22222 66 5 1 555 333 000000 5 1111111111111111111 777 4 3 3 3 3 3 7 777 55 1111111 6 1 6 222222222 2 4444 0 777777777 6 666666666 5 8888888 7 8 8 66 99 3 1 8 99999 8 8 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 0 0 3333333333 6 1 6 1 111 777 00 7 6 99 6 6 111 6 111 6 1 3 99 77 2 1 0 5 5 77 5 5 6
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . ....... .. .. ... . ... ....................... . .. .... .... .. . .. ............... . . .. . .. . . .... .... .. . ... . . ... . . ........... .. .................................................. . .. . .. . . . . . . . . . .. . .. .. . ........... ........... .... . ... . ...... . .. . . . ... . ..... .. ... .............................................................................................................................................. ........................................................ . ..... .. . . ... ... ...... . ................... ... . . . . . . . ... .. ....... . . . ......... . .... . ......... . ......... . ....... . . . .. .. . . . ..... . . ... ...................................................................................................................... . . . .......... . . . . ... ... .. . . .. . . ... . ... . . . .. .. . . . . . .. . . .
lowQualScore : 444 7 999 7 33333 7 7 7 6666666 99 99 333 0 888 44444444444444444444444 1 11 8888 6666 99 0 88 111111111111111 0 0 44 0 55 5 0 6666 6666 55 0 222 2 7 999 7 4 00000000000 99 11111111111111111111111111111111111111111111111111 0 55 0 00 6 6 6 4 6 6 6 6 6 66 6 00 00 3 77777777777 66666666666 3333 1 111 1 999999 2 22 1 1 1 444 1 22222 66 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 00000 99 0 0 666 888 888888 0 5555555555555555555 888 0 6 6 6 6 6 3 000 55 7777777 7 0 7 222222222 5 2222 8 333333333 7 777777777 0 0000000 8 0 0 88 44 2 0 0 00000 0 0 888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 0000000000 7 0 7 0 777 777 33 3 7 22 7 7 777 7 777 7 7 7 22 77 5 4 7 7 7 99 7 7 0
consensus : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTNGN--CGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACT-G-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGT-GTTTT-----G----CGAC--TTTAAC--G-AAT---TCCAT--A---CGAACCTTATGA---TTG--T----TTTTGC-AATAA--TATA-AAGAA--TT-T-CT-TACAATTAATTTCTG-AA-TGA-TACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-ACGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTACCAAAGATGACCAAAT---------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-T-A-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AAT-----AAAT-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGA-AA-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT--T-T-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACGA--TCATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Reference ( family-587 ) : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TGTTNGN--CGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACT-G-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGT-GCTT------G----CGAC--TT------G-GAT---TC--T--A---CGAACTTT-------TT---T----TTTTGC-AATAA--TATA-AAGAA--TT-T-CT-TACAATCAATTTCTG-AA-TGA-TACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-ACGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCTACCAAAGATGACCAAAT---------GAAAAAAAAAACATAAACAAAAACGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-N-A-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AAT-----AAAT-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGA-AA-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAG---T---GCG-ACG-AGT-NATA-AAAGGAATGTNT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTNTACGA-ATCATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGCA
gi|1 : TGCTGTCCTCGCAACAC--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGAAA--AA-TGTTGGT--C--T---CG------------------TCTTC--GAG---ATAAT----AAA-GACTTGGGGATTTT--TAGA--A------AT-TTTGAAGAATCATACTAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TTTC-AACT-GCTCTTACAAATCCT-TATA-CGAGT-GCTTTTTTAGG----CGACCTTT------GAGATGAATCCAT--A---CGAACCTTA------TG---TAATATGTTGCCAATGA--TATA-AAAAA--AAAT-CT-TACAA-AAATTTCTGAAA-TGA----A-ACT-GTCTC-TCTACGA-C--C--TT-ATGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTCGC-G--ATA-ATAGGTGTGTTGTAA-AG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG-----AT--CAAATACAA-T-AAAACGAA
gi|1 : ACCAAAGTGGACCAAAT---------GAAAAAAA---CATAAACAGAAA----------------------------GAGC-AA-T-A-AA--CGCAAAT--CGGAAATTCCAAT-----AAAT-TCGTCCAATATTTAACGATCC-GGTAAAGATTGA-AA-T-----GGACAA-A-C-C-CGAGAA---AAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------AATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTGCGAG---TTTGGGG-ACG-AGA-TGTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|1 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACGA--TCAT-GC--A--G-TGA-GCG---GC-GAATTATAACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTG--T-G-AGAGtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|10 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGCT--GCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AAATGTTGG---CGTT---CG--CA-GAAA-----------------------TAAT----AA--GA-TTGGGG--TTT--TA----A------ATTATTGAA-AATC--ATCAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TT-C-AACT-G-TCTTACAAATCTT-TA---CGAGT-GTTTT-----G----CGAC--TTTAAT--G-AAT---TCCAT--A---CGAACCTT-------ATGAATA---TTTTGC-AATGA--TATA-AAAAA--AA-T-CT-TACAATAAATTTCTG-AA-TGA-TACA-AAT-G--TC-TTTACGACC--C--TT-ACGAA-----------TG-----------CGTGC-G--ATA-ATT-GT-TAC----A-AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAagtataa
gi|11 : gtAATGCT--GCTCTTA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG--AA--AA-AAATAGC--------------------AT-------TCG-C-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGTG-TTT--AA----A------AT-ATTGAA-AATC--ACCAAG-GCT-----------------------------------TTGCGAATCTT-TA---CGATTGGTTT------G----CGAG--TTTAAC--C-AAT---TCCAT--A---CGAAACTT-------ATGA-T----TTTTGC-AATAA--TATACAAGAA--TT-T-CT-TACAATTAACTTCTT-AA-TGA-TACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--CTAACGAA-----------TG-----------CCTGC------A-ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---T-GT--CATTCAGAA-T-AAAAca
gi|12 : t-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACGA--TTATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTTTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGT
gi|13 : tcgttaaaactcacgaacggaaAAAGATGAC--CAAAAAA-C-AAAATGGCAGACAAGC-AA-T-A--------TCAG--AGGAAAT---TATTTATTAAAT-TCTT----------ATG-TT--GGT---G-TTGA-A--TCAGTTGGACAA-T-C-G-TGAAAA---TAAA--taac
gi|14 : ctactTTTGG--CGTTGTCCGGCCAAGAAAATGAT----TCGTC-AGAACTTATAAC----AATGGA-TTTGGGGTTTT---A----A------AT-ATGGAA-AATTCAATCAAG-TCTTT-AA-A-TCACCCGTTG---TA-CAAACC-T-TCCTACAAATCTgcaaacttgcacgaaaaggg
gi|15 : aaaA-TCCGT-GGACAA-C-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC---------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTGCGAGT--T---GTG-ACG-AGTGCATT-TAAGGATTGCAT-TAC-G---ATC-AAT-GC--AAATGGC
gi|16 : --T--A---CGAACCTTATGA---TT---T----TATTGC-AATAC--TATACAATAA--TT-T-CT-TACAGT----------AA-TGA-TACA-AAT-G--CC-TTTACGACT--C--TT-ACGA---------------------------------------TCGAT--GC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---
gi|17 : ttcca--TT-T-CT-TACAATTAACTTCTG-A------TACA-AATTA--CT-TTTATGACCGCC--TT-ACGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-TTCG-T-TGC----G-AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---T-GT--CAATTAGAA-T-AAAA
gi|18 : CGATTAC--G-G---AAGA-GTG-AGTACAA-ATGTCAA-G-CGATAGTTATACGA--TCATTGCG-A--G-TTA-GCG---GG-GAAT---GACA-TCCTTATGT--CAATC-GCAAGG----------A-TAG-TA--T-G-AGAGCAG
gi|19 : CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-GT--CATTTAGGA-T-AAAACGAt
gi|2 : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTGGC--CGTT---CA--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAA---ATAAC----AA--GA-TTGGGGGTTTC--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCCATCAAG-GCATA-AAGACT----CGTT----TA-C-AACTGG-TCTTACCAATCTT-TA---CGAGT-GTTT------G----CGAC--TT------G-GAT---T---------------TTT-------TT---T----TTATGC-AATAAACTATA-AAGAAACTT-T-CT-TACAATTAATTTCTG-AA-TGATTACA-AAT-A--CC-TTTACGA-C--C--TT-ATGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-ATCAGT-CGC----A-AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACT-AT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTA-CAAAGATGACCAAAT---------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAAC--CAA---CAGAAAAGC-AA-A-A-AA--C-CCAAG--CGGAAAT---AAT-----AAAT-TCC-------------------GAT---GATTGA-AA-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGGAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGC-AG---T---GTG-ACG-AGT-AATA-AAAGGAATGTAT-TAC-G---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGA-ATCGTTGCGAA--A-TGA-GCG---GC-GAAT---GGCA-TTCTTATGT--CAATC-G-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TG--TGG-AGAGCAGT
gi|20 : AGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGTAGT
gi|21 : ATTACGGT---GATTGA-AA-TCCGT-GGACAA-T-C-G-taaca
gi|3 : GAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATG-ATTG-T-TGC----A-AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAGTTAG-ATT-AAAACGAAT
gi|3 : CTTACCAAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAA---CAGAAAAGCCAA-T-A-AATAC-CCAAG--CGAAAAT---AA--------AT-TCC--------------------GT----ATTGA-AAATCCGT-GGACAAGT-C-GTTGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------CACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCCAGTATT---GTG-ACGCAGT--ATA-AAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|3 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGTTCA---CGATAGC-CTACGA--TCAT-GCG-A--GATGA-GCGTGCGCTGAAT---GACATTTCTT--------AT------GGATTATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|4 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcTGCT-T-CCCCGA-CACCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG--AACAAA-T-TTTGATGCGTTG--CGA-CA-GGAGATAGTTCTCTCGTCCAGCA---CCAATCACAAA--GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCAT-ATTGAA-AATGCATGCAAGTGCTTT-AAGA-T----CGTTCTTTTA-C-AACT-G-TCTTACCAATCTTGTAAAACGAGT-GCTT------ATTGCCCAC--TTTTTAATA-AAT---TC--C--ATACCGAACCTTGTGAT--TT---T----TTTTGC-TATAA--TATA-AAGAA--TT-TTCTCTACAATTAATTTCTG-AAATGA-TACATAAT-GA-CCATTTACGACC--C--TT-ATGAA-----------TG-----------CTTGC-GGAATACATTAGT-TGC----ACAGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---T-ATGGCAGTTAGAA-T-AAAACGA
gi|5 : cgcATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTTGG--CGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAA---CTAGT----AA--GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATT-A-TCATACGAATCTT-TA---TGAGT-GTTTT-----G----CGAC--TTTAAT--G-AAT---TC--TTTA---CGAACTTTATGATTTTTG--T----TTTTGC-AATAA--TATA-AAGAG--TT-T-CT-TACAATCAATTTCTA-AA-TGA-TACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-ACGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|5 : tgCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-T-ATAA--C-CAAAG----GAAAT---AAT-----AAAT-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGA-AA-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTTGG--CGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAA---CTAGT----AA--GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATT-A-TCATACGAATCTT-TA---TGAGT-GTTTT-----G----CGAC--TTTAAT--G-AAT---TC--TTTA---CGAACTTTATGATTTTTG--T----TTTTGC-AATAA--TATA-AAGAG--TT-T-CT-TACAATCAATTTCTA-AA-TGA-TACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-ACGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgTCCTACCAAAGATGACCAAA-----------AAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-T-ATAA--C-CAAAG----GAAAT---AAT-----AAAT-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGA-AA-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--tgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacT-------TT---T----TTTTGC-AATAA--T-TA-AAGG---TT-T-CT-TACAATTAATTTCTG-AA-TGA-TAC--AAT-G--CC-TTTCAGACC--TCGTT-ACGAAT----------TG-----------CTTTCGG--AT--ATGTGC-TGC----A-AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATTCAAAACGAAaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : aacgaCTTACCAAAGATGACCAAAT---------GAAAAAAAA--------------------------AAT-GAA----CAGAAAAGC-AA-ATA-AA--C-CCAAA--GGGAAAT---AA--------ATGTCC-------------------GAT---GATTGA-AA-TCCGT-GGCCAA-TTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGAAAGA-ATGCATACG------GTG-TCTgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgc-------TT---T----TTTTGC-AGTAA--TATACAATAA--TT---CT-TACAATCAATTTCTA-AA-TGA-TACA-ACT-G--CC-TTAAC-ACC--C--TTAACGAA-----------TG-----------CTTGC-A--AGA-TT--GT-TGC----A-AGT-T--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG-----AT--CAATTAGAAcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : tgaTCCTACCAAAGAT--CCAAA----------------------ACAAACAAAAATG--------GAAAT-GTA-----AGAAAAGC-AATA-A-AA--C-TAAAGAACGGAAATA--AATA----AAAT-TCCT----------ATGATTACGGT---GATTGATTA-TCCGT-GGACAA-T-T-G-TGGAAA---AAAA--attnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaaGA-AA-TC--T-GG-CAA-T-CTG-TGAAAA---AAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------ATCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTGCGAG---TCT-GTGCACG-AGT-CATT-AAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGCaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : GCTCCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCT-TATGATATCATTGCG-ATAG-TGAAGCG---GC-GAAT---GACA-TTC-TGCGTTCCAAGT-GCAAGGATTATTCG----CAG-TGGTT-GAAGAGCAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111 11111 1111111 111 1111111111 3333333333333 1111 1111 11 1 1 333333333333333 22 11 1111 1111 11 111 22222222 111 2222 1 11111111111 11111111111 11111 111111 11111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 2222222 6666666666666666666 2222222 333333333 1111 1 222222222 111111111 11111 11 22222 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111 111 111 1
lowQualScore : 555 5 222 5 00000 5 5 5 8888888 77 66 777 2 444 5555555555 2222222222222 0 55 1111 0000 11 0 0 000000000000000 5 5 11 5 66 3 5 0000 5555 55 5 00 2 2 5 777 00000000 5 777 5 0 5 4 9999 55 4 2 88 3 4 7 3 3 3 88 3 66666 3 3 77777777777 44444444444 4444 3 55555 555555 0 44 3 3 3 555 3 11111 44 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 33333 5 1 555 888 0000000 5 5 1111111111111111111 777 3 3 3 3 3 3 7 777 55 1111111 6 1 6 222222222 2 4444 0 777777777 6 666666666 5 66666 8 8 66 99 3 0 8 99999 8 8 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3333333333 6 1 6 1 111 1 7 6 99 7 6 99 6 6 111 6 111 6 1 3 99 77 2 1 0 5 5 77 5 5
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . ....... .. .. ... . ... .......... ............. . .. .... .... .. . . ............... . . .. . .. . . .... .... .. . .. . . . ... ........ . ... . . . . .... .. . . .. . . . . . . .. . ..... . . ........... ........... .... . ..... ...... . .. . . . ... . ..... .. ... ......................................................................................................................................... . .......................................................... . . ..... . . ... ... ....... . . ................... ... . . . . . . . ... .. ....... . . . ......... . .... . ......... . ......... . ..... . . .. .. . . . ..... . . ... ..................................................................................................................... . . . .......... . . . . ... . . . .. . . .. . . ... . ... . . . .. .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 444 7 999 7 33333 7 7 7 6666666 99 99 111 8 555 2222222222 8888888888888 1 11 8888 6666 99 0 8 000000000000000 0 0 44 0 55 6 0 6666 6666 55 0 22 4 2 7 999 11111111 7 999 0 5 0 0 7777 55 0 0 66 6 3 3 6 6 6 66 6 00000 6 3 77777777777 66666666666 3333 1 88888 999999 2 22 1 1 1 444 1 22222 66 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00000 0 0 666 888 8888888 0 0 5555555555555555555 888 6 6 6 6 6 6 3 000 55 7777777 7 0 7 222222222 5 2222 8 333333333 7 777777777 0 44444 0 0 22 44 2 6 0 00000 0 0 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 0000000000 7 0 7 0 777 0 3 7 22 3 7 22 7 7 777 7 777 7 7 7 22 77 5 4 7 7 7 99 7 7
consensus : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTTGG--CGTT---CG--CA-GAAA----AT-------TCGTC-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-ATT---NTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTANTCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Reference ( family-587 ) : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTNGN--CGTT---CG--CA-GAAA----AT-------TCGTC-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AACGAATTCCATAC-GAACCTTATG-ATT---GTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|1 : TGCTGTCCTCGCAACAC--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGAAA--AA-TGTTGGT--C--T---CG----------------------TCTTC--GAG---ATAAT----AAA-GACTTGGGGATTTT--TAGA--A------AT-TTTGAAGAATCATACTAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TTTC-AACTGCTCTTACAAATCCT-TATA-CGAGTGCTT--TTTTAGGCG-ACCTTTGAGATGAAT-CCATAC-GAACCTTATGTAAT---ATGTTGCCAATGA--TATAA-AAAAA--AATCT-TACAA-AAATTTCTGAAATGA----A-ACT-GTCTC-TCTACGA-C--C--TT-A-TGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTCGC-G--ATA-ATAGGTGTGTTGTAA-AG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG-----AT--CAAATACAA-T-AAAACGAA
gi|1 : TAGTCTGACCAAAGTGGACCAAAT-----------GAAAAAAA---CATAAACAGA----------------------------AAGAGC-AA-TA-AA--CGCAAAT--CGGAAATTCCAA-T-----AAA-T-TCGTCCAATATTTAACGATCC-GGTAAAGATTGAA-A-----T-GGACAA-A-C-C-CGAGAA---AAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------AATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTGCGAGT-TTGGGG-ACG-AGA-TGTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|1 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACG-AT--CAT-GC--A--G-TGA-GCG---GC-GAATTATAACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTG--T-G-AGAG-AGTAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|10 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGCT--GCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AAAT-GTTGG--CGTT---CG--CA-GAAA---------------------------TAAT----AA--GA-TTGGGG--TTT--TA----A------ATTATTGAA-AATC--ATCAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TT-C-AACTG-TCTTACAAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-AAT---A-TTTTGCAATGA--TAT-A-AAAAA--AATCT-TACAATAAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--TC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CGTGC-G--ATA-ATT-GT-TAC----A-AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAtaa
gi|11 : gtAATGCT--GCTCTTA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG--AA--AA-------------------------AAATAGCAT-------TCG-C-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGTGTTTA---A----A------AT-ATTGAA-AATC--ACCAAG-GCTTT-G---------------------------------CGAATCTT-TA---CGATTGGTT--T-----GCG-AGTTT---AACCAATTCCATAC-GAAACTTATG-ATT------TTTGCAATAA--TAT-ACAAGAA--TTTCT-TACAATTAACTTCTT-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--CTAA-CGAA-----------TG-----------CCTGC------A-ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---T-GT--CATTCAGAA-T-AAAAca
gi|12 : t-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--TATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTTTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|13 : tcgttaaaactcacgaacggaaCTACTAAAGATGACCAAAtaac
gi|13 : AAAGATGAC--CAAAAAA-C-AAAATGGCAGACAAGC-AA-TA--------TCAG--AGGAAAT---TA-TTTATTAAA-T-TCTT----------ATG-TT--GGT---G-TTGAA---TCAGTTGGACAA-T-C-G-TGAAAA---TAAA--aaacaaaatggcagacaagcaatatcagaggaaattatttattaaattcttatgttggtgttgaatcagttggacaatcgtgaaaataaagcaaacttgcacgaaaaggg
gi|14 : ctactA--AA-T-TTGG---CGTTGTCCGGCCAAGAAA----ATGAT----TCGTC-AGAACTTATAAC----AATGGA-TTTGGGGTTTT---A----A------AT-ATGGAA-AATTCAATCAAG-TCTTT-AA-A-TCACCCGTTG---TA-CAAACCT-TCCTACAAATCTgcaaacttgcacgaaaaggg
gi|15 : -A-TCCGT-GGACAA-C-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC---------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTGCGAG--TT-GTG-ACG-AGTGCATT-TAAGGATTGCAT-TAC-G---ATC-AAT-GC--AAATGGC
gi|16 : TTCCATAC-GAACCTTATG-ATT----TTATTGCAATAC--TAT-ACAATAA--TTTCT-TACAGT----------AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACT--C--TT-A-CG---------------------------------------ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---
gi|17 : --TTTCT-TACAATTAACTTCTG-A----T-ACA-AATTA--CT-TTTATGACCGCC--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-TTCG-T-TGC----G-AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---T-GT--CAATTAGAA-T-AAAA
gi|18 : CGATTAC--G-G---AAGA-GTG-AGTACAA-ATGTCAA-G-CGATAGTTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TTA-GCG---GG-GAAT---GACA-TCCTTATGT--CAATC-GCAAGG----------A-TAG-TA--T-G-AGAGCAGT
gi|19 : -CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-GT--CATTTAGGA-T-AAAACGA
gi|2 : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTGGC--CGTT---CA--CA-GAAA----AT-------TCGTC-AGAA---ATAAC----AA--GA-TTGGGGGTTTC--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCCATCAAG-GCATA-AAGACT----CGTT----TA-C-AACTGGTCTTACCAATCTT-TA---CGAGTGTTT--------GCG-ACTT-------GGATT------------TT-----TT---TTTTATGCAATAAACTAT-A-AAGAAACTTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGATTACA-AAT-A--CC-TTTACGACC-----TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-ATCAGT-CGC----A-AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACT-AT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTAC-AAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAAC-CAA----CAGAAAAGC-AA-AA-AA--C-CCAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGGAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGC-AGT----GTG-ACG-AGT-AATA-AAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGAAT--CGTTGCGAA--A-TGA-GCG---GC-GAAT---GGCA-TTCTTATGT--CAATC-G-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TG--TGG-AGAGCAGTA
gi|20 : AGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGTAGTA
gi|21 : ATTACGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-taaca
gi|3 : GAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATG-ATTG-T-TGC----A-AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAGTTAG-ATT-AAAACGAAT
gi|3 : TCCTTACCAAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAA---CAGAAAAGCCAA-TA-AATAC-CCAAG--CGAAAAT---AA---------A-T-TCC--------------------GT----ATTGAA-AATCCGT-GGACAAGT-C-GTTGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------CACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCCAGTATT-GTG-ACGCAGT--ATA-AAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|3 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGTTCA---CGATAGCC-TACG-AT--CAT-GCG-A--GATGA-GCGTGCGCTGAAT---GACATTTCTT--------AT------GGATTATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|4 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcTGCT-T-CCCCGA-CACCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG--AACAAA-T-TTTGATGCGTTG--CGA-CA-GGAG----ATAGTTCTCTCGTCCAGCA---CCAATCACAAA--GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCAT-ATTGAA-AATGCATGCAAGTGCTTT-AAGA-T----CGTTCTTTTA-C-AACTG-TCTTACCAATCTTGTAAAACGAGTGCTTATT-----GCCCACTTTTT-AATAAATTCCATACCGAACCTTGTG-ATT---TTTTTTGCTATAA--TAT-A-AAGAAT-TTTCTCTACAATTAATTTCTGAAATGAT-ACATAAT-GA-CCATTTACGACC--C--TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGC-GGAATACATTAGT-TGC----ACAGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---T-ATGGCAGTTAGAA-T-AAAACGA
gi|5 : cgcATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTTGG--CGTT---CG--CA-GAAA----AT-------TCGTC-ACAA---CTAGT----AA--GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|5 : tgCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-T-TTTGG--CGTT---CG--CA-GAAA----AT-------TCGTC-ACAA---CTAGT----AA--GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgTCCTACCAAAGATGACCAAA-------------AAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--tgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacACG-ATT---TTTTTTGCAATAA--T-T-A-AAGG---TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-AC--AAT-G--CC-TTTCAGACC--TCGTT-A-CGAAT----------TG-----------CTTTCGG--AT--ATGTGC-TGC----A-AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATTCAAAACGAAaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : aCTTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--------------------------AAT-GAA----CAGAAAAGC-AAATA-AA--C-CCAAA--GGGAAAT---AA---------A-TGTCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGCCAA-TTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGAAAGA-ATGCATACG------GTG-TCTgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcTG-ATT----TTTTTGCAGTAA--TAT-ACAATAA--TT-CT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-ACT-G--CC-TTAAC-ACC--C--TT-AACGAA-----------TG-----------CTTGC-A--AGA-TT--GT-TGC----A-AGT-T--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG-----AT--CAATTAGAAcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : TAATCCTACCAAAGAT--CCAAA------------------------ACAAACAAAAATGG--------AAAT-GTAA-----GAAAAGC-AA-TA-AAA-C-TAAAGAACGGAAAT---AAAT-----AAAAT-TCCT----------ATGATTACGGT---GATTGATTA-TCCGT-GGACAA-T-T-G-TGGAAA---AAAA--attnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgGAA-A-TC--T-GG-CAA-T-CTG-TGAAAA---AAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------ATCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTGCGAGT-CT-GTGCACG-AGT-CATT-AAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGCaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : GCTCCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCT-TATG-ATATCATTGCG-ATAG-TGAAGCG---GC-GAAT---GACA-TTC-TGCGTTCCAAGT-GCAAGGATTATTCG----CAG-TGGTT-GAAGAGCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111 11111 1111111 111 11 44444444444444444444444 1111 11 1 1 333333333333333 22 11 1111 1111 11 111 22222222 111 111 1 1 11111111111 11111111111 11111 111111 11111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 2222222 6666666666666666666 2222222 333333333 1111 1 222222222 111111111 11111 11 22222 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111 111 111 1
lowQualScore : 555 5 222 5 00000 5 5 5 8888888 77 66 5 0 0 66 333 11 5 11111111111111111111111 0000 11 0 0 000000000000000 5 5 11 5 66 3 5 0000 5555 55 5 00 2 2 5 777 00000000 5 777 0 5 4 444 2 55 4 2 88 3 4 7 3 3 3 88 3 66666 3 3 77777777777 44444444444 4444 3 55555 555555 0 44 3 3 3 555 3 11111 44 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 33333 5 1 555 888 0000000 5 5 1111111111111111111 777 3 3 3 3 3 3 7 777 55 1111111 6 1 6 222222222 2 4444 0 777777777 6 666666666 5 66666 8 8 66 99 3 0 8 99999 8 8 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3333333333 6 1 6 1 111 1 7 6 99 7 6 99 6 6 111 6 111 6 1 3 99 77 2 1 0 5 5 77 5 5
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . ....... .. .. . . . .. ... .. . ....................... .... .. . . ............... . . .. . .. . . .... .... .. . .. . . . ... ........ . ... . . . ... . .. . . .. . . . . . . .. . ..... . . ........... ........... .... . ..... ...... . .. . . . ... . ..... .. ... ......................................................................................................................................... . .......................................................... . . ..... . . ... ... ....... . . ................... ... . . . . . . . ... .. ....... . . . ......... . .... . ......... . ......... . ..... . . .. .. . . . ..... . . ... ..................................................................................................................... . . . .......... . . . . ... . . . .. . . .. . . ... . ... . . . .. .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 444 7 999 7 33333 7 7 7 6666666 99 99 0 2 1 99 888 99 0 44444444444444444444444 6666 99 0 8 000000000000000 0 0 44 0 55 6 0 6666 6666 55 0 22 4 2 7 999 11111111 7 999 5 0 0 000 7 55 0 0 66 6 3 3 6 6 6 66 6 00000 6 3 77777777777 66666666666 3333 1 88888 999999 2 22 1 1 1 444 1 22222 66 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00000 0 0 666 888 8888888 0 0 5555555555555555555 888 6 6 6 6 6 6 3 000 55 7777777 7 0 7 222222222 5 2222 8 333333333 7 777777777 0 44444 0 0 22 44 2 6 0 00000 0 0 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 0000000000 7 0 7 0 777 0 3 7 22 3 7 22 7 7 777 7 777 7 7 7 22 77 5 4 7 7 7 99 7 7
consensus : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAA---NTAAT----AA--GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Reference ( family-587 ) : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAA---ATAAT----AA--GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTANTCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|1 : TGCTGTCCTCGCAACAC--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGAAA--AA-TGTTG--GT-CT---CG------------------TCTTC--GAG---ATAAT----AAA-GACTTGGGGATTTT--TAGA--A------AT-TTTGAAGAATCATACTAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TTTC-AACTGCTCTTACAAATCCT-TATA-CGAGTGCTT--TTTTAGGCG-ACCTTTGAGATGAAT-CCATAC-GAACCTTATGTA---ATATGTTGCCAATGA--TATAA-AAAAA--AATCT-TACAA-AAATTTCTGAAATGA----A-ACT-GTCTC-TCTACGA-C--C--TT-A-TGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTCGC-G--ATA-ATAGGTGTGTTGTAA-AG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG-----AT--CAAATACAA-T-AAAACGAA
gi|1 : TAGTCTGACCAAAGTGGACCAAAT-----------GAAAAAAA---CATAAACAGA----------------------------AAGAGC-AA-TA-AA--CGCAAAT--CGGAAATTCCAA-T-----AAA-T-TCGTCCAATATTTAACGATCC-GGTAAAGATTGAA-A-----T-GGACAA-A-C-C-CGAGAA---AAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------AATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTGCGAGT-TTGGGG-ACG-AGA-TGTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|1 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACG-AT--CAT-GC--A--G-TGA-GCG---GC-GAATTATAACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTG--T-G-AGAG-AGTAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|10 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGCT--GCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AAATGTTG--GCGTT---CG--CA-GAAA-----------------------TAAT----AA--GA-TTGGGG--TTT--TA----A------ATTATTGAA-AATC--ATCAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TT-C-AACTG-TCTTACAAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---ATA-TTTTGCAATGA--TAT-A-AAAAA--AATCT-TACAATAAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--TC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CGTGC-G--ATA-ATT-GT-TAC----A-AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAtaa
gi|11 : gtAATGCT--GCTCTTA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG--AA--AA-AAATA--GCATT---CG--CA-GAAA-----------------------TAAT----AA--GA-TTGGGTGTTTA---A----A------AT-ATTGAA-AATC--ACCAAG-GCTTT-G---------------------------------CGAATCTT-TA---CGATTGGTT--T-----GCG-AGTTT---AACCAATTCCATAC-GAAACTTATG-A---TT---TTTGCAATAA--TAT-ACAAGAA--TTTCT-TACAATTAACTTCTT-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--CTAA-CGAA-----------TG-----------CCTGC------A-ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---T-GT--CATTCAGAA-T-AAAAca
gi|12 : t-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--TATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTTTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|13 : tcgttaaaactcacgaacggaaCTACTAAAGATGACCAAAtaac
gi|13 : AAAGATGAC--CAAAAAA-C-AAAATGGCAGACAAGC-AA-TA--------TCAG--AGGAAAT---TA-TTTATTAAA-T-TCTT----------ATG-TT--GGT---G-TTGAA---TCAGTTGGACAA-T-C-G-TGAAAA---TAAA--aaacaaaatggcagacaagcaatatcagaggaaattatttattaaattcttatgttggtgttgaatcagttggacaatcgtgaaaataaagcaaacttgcacgaaaaggg
gi|14 : ctactA--AA-TTT-G--GCGTTGTCCGGCCAAGAAAATGAT----TCGTC-AGAACTTATAAC----AATGGA-TTTGGGGTTTT---A----A------AT-ATGGAA-AATTCAATCAAG-TCTTT-AA-A-TCACCCGTTG---TA-CAAACCT-TCCTACAAATCTgcaaacttgcacgaaaaggg
gi|15 : -A-TCCGT-GGACAA-C-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC---------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTGCGAG--TT-GTG-ACG-AGTGCATT-TAAGGATTGCAT-TAC-G---ATC-AAT-GC--AAATGGC
gi|16 : TTCCATAC-GAACCTTATG-A---TT-TTATTGCAATAC--TAT-ACAATAA--TTTCT-TACAGT----------AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACT--C--TT-A-CG---------------------------------------ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---
gi|17 : --TTTCT-TACAATTAACTTCTG-A----T-ACA-AATTA--CT-TTTATGACCGCC--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-TTCG-T-TGC----G-AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---T-GT--CAATTAGAA-T-AAAA
gi|18 : CGATTAC--G-G---AAGA-GTG-AGTACAA-ATGTCAA-G-CGATAGTTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TTA-GCG---GG-GAAT---GACA-TCCTTATGT--CAATC-GCAAGG----------A-TAG-TA--T-G-AGAGCAGT
gi|19 : -CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-GT--CATTTAGGA-T-AAAACGA
gi|2 : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTGG--CCGTT---CA--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAA---ATAAC----AA--GA-TTGGGGGTTTC--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCCATCAAG-GCATA-AAGACT----CGTT----TA-C-AACTGGTCTTACCAATCTT-TA---CGAGTGTTT--------GCG-ACTT-------GGATT------------TT--------TTTTTTATGCAATAAACTAT-A-AAGAAACTTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGATTACA-AAT-A--CC-TTTACGACC-----TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-ATCAGT-CGC----A-AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACT-AT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTAC-AAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAAC-CAA----CAGAAAAGC-AA-AA-AA--C-CCAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGGAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGC-AGT----GTG-ACG-AGT-AATA-AAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGAAT--CGTTGCGAA--A-TGA-GCG---GC-GAAT---GGCA-TTCTTATGT--CAATC-G-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TG--TGG-AGAGCAGTA
gi|20 : AGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGTAGTA
gi|21 : ATTACGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-taaca
gi|3 : GAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATG-ATTG-T-TGC----A-AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAGTTAG-ATT-AAAACGAAT
gi|3 : CTTACCAAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAA---CAGAAAAGCCAA-TA-AATAC-CCAAG--CGAAAAT---AA---------A-T-TCC--------------------GT----ATTGAA-AATCCGT-GGACAAGT-C-GTTGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------CACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCCAGTATT-GTG-ACGCAGT--ATA-AAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|3 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGTTCA---CGATAGCC-TACG-AT--CAT-GCG-A--GATGA-GCGTGCGCTGAAT---GACATTTCTT--------AT------GGATTATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|4 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcTGCT-T-CCCCGA-CACCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG--AACAAA-TTTTGATGCGTTG--CGA-CA-GGAGATAGTTCTCTCGTCCAGCA---CCAATCACAAA--GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCAT-ATTGAA-AATGCATGCAAGTGCTTT-AAGA-T----CGTTCTTTTA-C-AACTG-TCTTACCAATCTTGTAAAACGAGTGCTTATT-----GCCCACTTTTT-AATAAATTCCATACCGAACCTTGTG-A---TTTTTTTTGCTATAA--TAT-A-AAGAAT-TTTCTCTACAATTAATTTCTGAAATGAT-ACATAAT-GA-CCATTTACGACC--C--TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGC-GGAATACATTAGT-TGC----ACAGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---T-ATGGCAGTTAGAA-T-AAAACGA
gi|5 : cgcATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAA---CTAGT----AA--GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|5 : tgCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAA---CTAGT----AA--GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgAATCCTACCAAAGATGACCAAA-------------AAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--tgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacACG-A---TTTTTTTTGCAATAA--T-T-A-AAGG---TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-AC--AAT-G--CC-TTTCAGACC--TCGTT-A-CGAAT----------TG-----------CTTTCGG--AT--ATGTGC-TGC----A-AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATTCAAAACGAAaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : aCTTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--------------------------AAT-GAA----CAGAAAAGC-AAATA-AA--C-CCAAA--GGGAAAT---AA---------A-TGTCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGCCAA-TTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGAAAGA-ATGCATACG------GTG-TCTgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcTG-A---TT-TTTTTGCAGTAA--TAT-ACAATAA--TT-CT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-ACT-G--CC-TTAAC-ACC--C--TT-AACGAA-----------TG-----------CTTGC-A--AGA-TT--GT-TGC----A-AGT-T--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG-----AT--CAATTAGAAcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : TAATCCTACCAAAGAT--CCAAA------------------------ACAAACAAAAATGG--------AAAT-GTAA-----GAAAAGC-AA-TA-AAA-C-TAAAGAACGGAAAT---AAAT-----AAAAT-TCCT----------ATGATTACGGT---GATTGATTA-TCCGT-GGACAA-T-T-G-TGGAAA---AAAA--attnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgGAA-A-TC--T-GG-CAA-T-CTG-TGAAAA---AAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------ATCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTGCGAGT-CT-GTGCACG-AGT-CATT-AAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGCaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : GCTCCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCT-TATG-ATATCATTGCG-ATAG-TGAAGCG---GC-GAAT---GACA-TTC-TGCGTTCCAAGT-GCAAGGATTATTCG----CAG-TGGTT-GAAGAGCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111 11111 1111111 111 11 333333333 111111 1111 11111 1 1 333333333333333 22 11 1111 1111 11 111 22222222 111 111 1 1 11111111111 11111111111 11111 111111 11111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 2222222 6666666666666666666 2222222 333333333 1111 1 222222222 111111111 11111 11 22222 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111 111 111 1
lowQualScore : 555 5 222 5 00000 5 5 5 8888888 77 66 5 0 0 66 333 11 5 111111111 444444 0000 77777 0 0 000000000000000 5 5 11 5 66 3 5 0000 5555 55 5 00 2 2 5 777 00000000 5 777 0 5 4 444 2 55 4 2 88 3 4 7 3 3 3 88 3 66666 3 3 77777777777 44444444444 4444 3 55555 555555 0 44 3 3 3 555 3 11111 44 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 33333 5 1 555 888 0000000 5 5 1111111111111111111 777 3 3 3 3 3 3 7 777 55 1111111 6 1 6 222222222 2 4444 0 777777777 6 666666666 5 66666 8 8 66 99 3 0 8 99999 8 8 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3333333333 6 1 6 1 111 1 7 6 99 7 6 99 6 6 111 6 111 6 1 3 99 77 2 1 0 5 5 77 5 5
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . ....... .. .. . . . .. ... .. . ......... ...... .... ..... . . ............... . . .. . .. . . .... .... .. . .. . . . ... ........ . ... . . . ... . .. . . .. . . . . . . .. . ..... . . ........... ........... .... . ..... ...... . .. . . . ... . ..... .. ... ......................................................................................................................................... . .......................................................... . . ..... . . ... ... ....... . . ................... ... . . . . . . . ... .. ....... . . . ......... . .... . ......... . ......... . ..... . . .. .. . . . ..... . . ... ..................................................................................................................... . . . .......... . . . . ... . . . .. . . .. . . ... . ... . . . .. .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 444 7 999 7 33333 7 7 7 6666666 99 99 0 2 1 99 888 99 0 222222222 000000 6666 55555 0 8 000000000000000 0 0 44 0 55 6 0 6666 6666 55 0 22 4 2 7 999 11111111 7 999 5 0 0 000 7 55 0 0 66 6 3 3 6 6 6 66 6 00000 6 3 77777777777 66666666666 3333 1 88888 999999 2 22 1 1 1 444 1 22222 66 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00000 0 0 666 888 8888888 0 0 5555555555555555555 888 6 6 6 6 6 6 3 000 55 7777777 7 0 7 222222222 5 2222 8 333333333 7 777777777 0 44444 0 0 22 44 2 6 0 00000 0 0 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 0000000000 7 0 7 0 777 0 3 7 22 3 7 22 7 7 777 7 777 7 7 7 22 77 5 4 7 7 7 99 7 7
consensus : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAACTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Reference ( family-587 ) : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAANTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|1 : TGCTGTCCTCGCAACAC--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGAAA--AA-TGTTG--GT-CT---CG------------------TCTTC--GAGATAAT----AAA----GACTTGGGGATTTT--TAGA--A------AT-TTTGAAGAATCATACTAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TTTC-AACTGCTCTTACAAATCCT-TATA-CGAGTGCTT--TTTTAGGCG-ACCTTTGAGATGAAT-CCATAC-GAACCTTATGTA---ATATGTTGCCAATGA--TATAA-AAAAA--AATCT-TACAA-AAATTTCTGAAATGA----A-ACT-GTCTC-TCTACGA-C--C--TT-A-TGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTCGC-G--ATA-ATAGGTGTGTTGTAA-AG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG-----AT--CAAATACAA-T-AAAACGAA
gi|1 : TAGTCTGACCAAAGTGGACCAAAT-----------GAAAAAAA---CATAAACAGA----------------------------AAGAGC-AA-TA-AA--CGCAAAT--CGGAAATTCCAA-T-----AAA-T-TCGTCCAATATTTAACGATCC-GGTAAAGATTGAA-A-----T-GGACAA-A-C-C-CGAGAA---AAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------AATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTGCGAGT-TTGGGG-ACG-AGA-TGTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|1 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACG-AT--CAT-GC--A--G-TGA-GCG---GC-GAATTATAACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTG--T-G-AGAG-AGTAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|10 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGCT--GCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AAATGTTG--GCGTT---CG--CA-GAAA--------------------TAAT----AA-----GA-TTGGGG--TTT--TA----A------ATTATTGAA-AATC--ATCAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TT-C-AACTG-TCTTACAAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---ATA-TTTTGCAATGA--TAT-A-AAAAA--AATCT-TACAATAAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--TC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CGTGC-G--ATA-ATT-GT-TAC----A-AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAtaa
gi|11 : gtAATGCT--GCTCTTA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG--AA--AA-AAATA--GCATT---CG--CA-GAAA--------------------TAAT----AA-----GA-TTGGGTGTTTA---A----A------AT-ATTGAA-AATC--ACCAAG-GCTTT-G---------------------------------CGAATCTT-TA---CGATTGGTT--T-----GCG-AGTTT---AACCAATTCCATAC-GAAACTTATG-A---TT---TTTGCAATAA--TAT-ACAAGAA--TTTCT-TACAATTAACTTCTT-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--CTAA-CGAA-----------TG-----------CCTGC------A-ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---T-GT--CATTCAGAA-T-AAAAca
gi|12 : t-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--TATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTTTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|13 : tcgttaaaactcacgaacggaaCTACTAAAGATGACCAAAtaac
gi|13 : AAAGATGAC--CAAAAAA-C-AAAATGGCAGACAAGC-AA-TA--------TCAG--AGGAAAT---TA-TTTATTAAA-T-TCTT----------ATG-TT--GGT---G-TTGAA---TCAGTTGGACAA-T-C-G-TGAAAA---TAAA--aaacaaaatggcagacaagcaatatcagaggaaattatttattaaattcttatgttggtgttgaatcagttggacaatcgtgaaaataaagcaaacttgcacgaaaaggg
gi|14 : ctactA--AA-TTT-G--GCGTTGTCCGGCCAAGAAAATGAT----TCGTC-AGAACTTAT----AACAATGGA-TTTGGGGTTTT---A----A------AT-ATGGAA-AATTCAATCAAG-TCTTT-AA-A-TCACCCGTTG---TA-CAAACCT-TCCTACAAATCTgcaaacttgcacgaaaaggg
gi|15 : -A-TCCGT-GGACAA-C-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC---------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTGCGAG--TT-GTG-ACG-AGTGCATT-TAAGGATTGCAT-TAC-G---ATC-AAT-GC--AAATGGC
gi|16 : TTCCATAC-GAACCTTATG-A---TT-TTATTGCAATAC--TAT-ACAATAA--TTTCT-TACAGT----------AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACT--C--TT-A-CG---------------------------------------ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---
gi|17 : --TTTCT-TACAATTAACTTCTG-A----T-ACA-AATTA--CT-TTTATGACCGCC--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-TTCG-T-TGC----G-AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---T-GT--CAATTAGAA-T-AAAA
gi|18 : CGATTAC--G-G---AAGA-GTG-AGTACAA-ATGTCAA-G-CGATAGTTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TTA-GCG---GG-GAAT---GACA-TCCTTATGT--CAATC-GCAAGG----------A-TAG-TA--T-G-AGAGCAGT
gi|19 : -CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-GT--CATTTAGGA-T-AAAACGA
gi|2 : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTGG--CCGTT---CA--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAAATAAC----AA-----GA-TTGGGGGTTTC--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCCATCAAG-GCATA-AAGACT----CGTT----TA-C-AACTGGTCTTACCAATCTT-TA---CGAGTGTTT--------GCG-ACTT-------GGATT------------TT--------TTTTTTATGCAATAAACTAT-A-AAGAAACTTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGATTACA-AAT-A--CC-TTTACGACC-----TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-ATCAGT-CGC----A-AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACT-AT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTAC-AAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAAC-CAA----CAGAAAAGC-AA-AA-AA--C-CCAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGGAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGC-AGT----GTG-ACG-AGT-AATA-AAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGAAT--CGTTGCGAA--A-TGA-GCG---GC-GAAT---GGCA-TTCTTATGT--CAATC-G-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TG--TGG-AGAGCAGTA
gi|20 : AGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGTAGTA
gi|21 : ATTACGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-taaca
gi|3 : GAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATG-ATTG-T-TGC----A-AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAGTTAG-ATT-AAAACGAAT
gi|3 : CTTACCAAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAA---CAGAAAAGCCAA-TA-AATAC-CCAAG--CGAAAAT---AA---------A-T-TCC--------------------GT----ATTGAA-AATCCGT-GGACAAGT-C-GTTGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------CACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCCAGTATT-GTG-ACGCAGT--ATA-AAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|3 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGTTCA---CGATAGCC-TACG-AT--CAT-GCG-A--GATGA-GCGTGCGCTGAAT---GACATTTCTT--------AT------GGATTATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|4 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcTGCT-T-CCCCGA-CACCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG--AACAAA-TTTTGATGCGTTG--CGA-CA-GGAGATAGTTCTCTCGTCCAGCACCAATCACAAA-----GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCAT-ATTGAA-AATGCATGCAAGTGCTTT-AAGA-T----CGTTCTTTTA-C-AACTG-TCTTACCAATCTTGTAAAACGAGTGCTTATT-----GCCCACTTTTT-AATAAATTCCATACCGAACCTTGTG-A---TTTTTTTTGCTATAA--TAT-A-AAGAAT-TTTCTCTACAATTAATTTCTGAAATGAT-ACATAAT-GA-CCATTTACGACC--C--TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGC-GGAATACATTAGT-TGC----ACAGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---T-ATGGCAGTTAGAA-T-AAAACGA
gi|5 : cgcATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAACTAGT----AA-----GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|5 : tgCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAACTAGT----AA-----GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgAATCCTACCAAAGATGACCAAA-------------AAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--tgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacACG-A---TTTTTTTTGCAATAA--T-T-A-AAGG---TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-AC--AAT-G--CC-TTTCAGACC--TCGTT-A-CGAAT----------TG-----------CTTTCGG--AT--ATGTGC-TGC----A-AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATTCAAAACGAAaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : aCTTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--------------------------AAT-GAA----CAGAAAAGC-AAATA-AA--C-CCAAA--GGGAAAT---AA---------A-TGTCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGCCAA-TTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGAAAGA-ATGCATACG------GTG-TCTgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcTG-A---TT-TTTTTGCAGTAA--TAT-ACAATAA--TT-CT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-ACT-G--CC-TTAAC-ACC--C--TT-AACGAA-----------TG-----------CTTGC-A--AGA-TT--GT-TGC----A-AGT-T--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG-----AT--CAATTAGAAcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : TAATCCTACCAAAGAT--CCAAA------------------------ACAAACAAAAATGG--------AAAT-GTAA-----GAAAAGC-AA-TA-AAA-C-TAAAGAACGGAAAT---AAAT-----AAAAT-TCCT----------ATGATTACGGT---GATTGATTA-TCCGT-GGACAA-T-T-G-TGGAAA---AAAA--attnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgGAA-A-TC--T-GG-CAA-T-CTG-TGAAAA---AAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------ATCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTGCGAGT-CT-GTGCACG-AGT-CATT-AAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGCaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : GCTCCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCT-TATG-ATATCATTGCG-ATAG-TGAAGCG---GC-GAAT---GACA-TTC-TGCGTTCCAAGT-GCAAGGATTATTCG----CAG-TGGTT-GAAGAGCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111 11111 1111111 111 11 33333333333333333333 1111 11111 1 1 333333333333333 22 11 1111 1111 11 111 22222222 111 111 1 1 11111111111 11111111111 11111 111111 11111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 2222222 6666666666666666666 2222222 333333333 1111 1 222222222 111111111 11111 11 22222 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111 111 111 1
lowQualScore : 555 5 222 5 00000 5 5 5 8888888 77 66 5 0 0 66 333 66 5 00000000000000000000 0000 77777 0 0 000000000000000 5 5 11 5 66 3 5 0000 5555 55 5 00 2 2 5 777 00000000 5 777 0 5 4 444 2 55 4 2 88 3 4 7 3 3 3 88 3 66666 3 3 77777777777 44444444444 4444 3 55555 555555 0 44 3 3 3 555 3 11111 44 555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 33333 5 1 555 888 0000000 5 5 1111111111111111111 777 3 3 3 3 3 3 7 777 55 1111111 6 1 6 222222222 2 4444 0 777777777 6 666666666 5 66666 8 8 66 99 3 0 8 99999 8 8 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3333333333 6 1 6 1 111 1 7 6 99 7 6 99 6 6 111 6 111 6 1 3 99 77 2 1 0 5 5 77 5 5
lowQualScore : ... . ... . ..... . . . ....... .. .. . . . .. ... .. . .................... .... ..... . . ............... . . .. . .. . . .... .... .. . .. . . . ... ........ . ... . . . ... . .. . . .. . . . . . . .. . ..... . . ........... ........... .... . ..... ...... . .. . . . ... . ..... .. ... ......................................................................................................................................... . .......................................................... . . ..... . . ... ... ....... . . ................... ... . . . . . . . ... .. ....... . . . ......... . .... . ......... . ......... . ..... . . .. .. . . . ..... . . ... ..................................................................................................................... . . . .......... . . . . ... . . . .. . . .. . . ... . ... . . . .. .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 444 7 999 7 33333 7 7 7 6666666 99 99 0 2 1 99 888 99 0 44444444444444444444 6666 55555 0 8 000000000000000 0 0 44 0 55 6 0 6666 6666 55 0 22 4 2 7 999 11111111 7 999 5 0 0 000 7 55 0 0 66 6 3 3 6 6 6 66 6 00000 6 3 77777777777 66666666666 3333 1 88888 999999 2 22 1 1 1 444 1 22222 66 777 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00000 0 0 666 888 8888888 0 0 5555555555555555555 888 6 6 6 6 6 6 3 000 55 7777777 7 0 7 222222222 5 2222 8 333333333 7 777777777 0 44444 0 0 22 44 2 6 0 00000 0 0 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 0000000000 7 0 7 0 777 0 3 7 22 3 7 22 7 7 777 7 777 7 7 7 22 77 5 4 7 7 7 99 7 7
consensus : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAACTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Reference ( family-587 ) : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAACTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|1 : TGCTGTCCTCGCAACAC--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGAAA--AA-TGTTG--GT-CT---CGT-C-------T-------TCG---AGA--TAAT----AAA----GACTTGGGGATTTT--TAGA--A------AT-TTTGAAGAATCATACTAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TTTC-AACTGCTCTTACAAATCCT-TATA-CGAGTGCTT--TTTTAGGCG-ACCTTTGAGATGAAT-CCATAC-GAACCTTATGTA---ATATGTTGCCAATGA--TATAA-AAAAA--AATCT-TACAA-AAATTTCTGAAATGA----A-ACT-GTCTC-TCTACGA-C--C--TT-A-TGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTCGC-G--ATA-ATAGGTGTGTTGTAA-AG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG-----AT--CAAATACAA-T-AAAACGAA
gi|1 : TAGTCTGACCAAAGTGGACCAAAT-----------GAAAAAAA---CATAAACAGA----------------------------AAGAGC-AA-TA-AA--CGCAAAT--CGGAAATTCCAA-T-----AAA-T-TCGTCCAATATTTAACGATCC-GGTAAAGATTGAA-A-----T-GGACAA-A-C-C-CGAGAA---AAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------AATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTGCGAGT-TTGGGG-ACG-AGA-TGTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|1 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACG-AT--CAT-GC--A--G-TGA-GCG---GC-GAATTATAACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTG--T-G-AGAG-AGTAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|10 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGCT--GCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AAATGTTG--GCGTT---CG--CA-GAAA--------------------TAAT----AA-----GA-TTGGGG--TTT--TA----A------ATTATTGAA-AATC--ATCAAG-GCTT--ATGA-T----CGTT----TT-C-AACTG-TCTTACAAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---ATA-TTTTGCAATGA--TAT-A-AAAAA--AATCT-TACAATAAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--TC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CGTGC-G--ATA-ATT-GT-TAC----A-AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAtaa
gi|11 : gtAATGCT--GCTCTTA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG--AA--AA-AAATA--GCATT---CG--CA-GAAA--------------------TAAT----AA-----GA-TTGGGTGTTTA---A----A------AT-ATTGAA-AATC--ACCAAG-GCTTT-G---------------------------------CGAATCTT-TA---CGATTGGTT--T-----GCG-AGTTT---AACCAATTCCATAC-GAAACTTATG-A---TT---TTTGCAATAA--TAT-ACAAGAA--TTTCT-TACAATTAACTTCTT-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--CTAA-CGAA-----------TG-----------CCTGC------A-ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---T-GT--CATTCAGAA-T-AAAAca
gi|12 : t-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--TATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTTTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|13 : tcgttaaaactcacgaacggaaCTACTAAAGATGACCAAAtaac
gi|13 : AAAGATGAC--CAAAAAA-C-AAAATGGCAGACAAGC-AA-TA--------TCAG--AGGAAAT---TA-TTTATTAAA-T-TCTT----------ATG-TT--GGT---G-TTGAA---TCAGTTGGACAA-T-C-G-TGAAAA---TAAA--aaacaaaatggcagacaagcaatatcagaggaaattatttattaaattcttatgttggtgttgaatcagttggacaatcgtgaaaataaagcaaacttgcacgaaaaggg
gi|14 : ctactA--AA-TTT-G--GCGTTGTCCGGCCAAGAAAATGAT----TCGTC-AGAACTTAT----AACAATGGA-TTTGGGGTTTT---A----A------AT-ATGGAA-AATTCAATCAAG-TCTTT-AA-A-TCACCCGTTG---TA-CAAACCT-TCCTACAAATCTgcaaacttgcacgaaaaggg
gi|15 : -A-TCCGT-GGACAA-C-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC---------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTGCGAG--TT-GTG-ACG-AGTGCATT-TAAGGATTGCAT-TAC-G---ATC-AAT-GC--AAATGGC
gi|16 : TTCCATAC-GAACCTTATG-A---TT-TTATTGCAATAC--TAT-ACAATAA--TTTCT-TACAGT----------AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACT--C--TT-A-CG---------------------------------------ATCGA--TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---
gi|17 : --TTTCT-TACAATTAACTTCTG-A----T-ACA-AATTA--CT-TTTATGACCGCC--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-TTCG-T-TGC----G-AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---T-GT--CAATTAGAA-T-AAAA
gi|18 : CGATTAC--G-G---AAGA-GTG-AGTACAA-ATGTCAA-G-CGATAGTTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TTA-GCG---GG-GAAT---GACA-TCCTTATGT--CAATC-GCAAGG----------A-TAG-TA--T-G-AGAGCAGT
gi|19 : -CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGAT--GC----G-AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-GT--CATTTAGGA-T-AAAACGA
gi|2 : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTGG--CCGTT---CA--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAAATAAC----AA-----GA-TTGGGGGTTTC--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCCATCAAG-GCATA-AAGACT----CGTT----TA-C-AACTGGTCTTACCAATCTT-TA---CGAGTGTTT--------GCG-ACTT-------GGATT------------TT--------TTTTTTATGCAATAAACTAT-A-AAGAAACTTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGATTACA-AAT-A--CC-TTTACGACC-----TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-ATCAGT-CGC----A-AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACT-AT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTAC-AAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAAC-CAA----CAGAAAAGC-AA-AA-AA--C-CCAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGGAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGC-AGT----GTG-ACG-AGT-AATA-AAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGAAT--CGTTGCGAA--A-TGA-GCG---GC-GAAT---GGCA-TTCTTATGT--CAATC-G-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TG--TGG-AGAGCAGTA
gi|20 : AGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGTAGTA
gi|21 : ATTACGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-taaca
gi|3 : GAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATG-ATTG-T-TGC----A-AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAGTTAG-ATT-AAAACGAAT
gi|3 : CTTACCAAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAA---CAGAAAAGCCAA-TA-AATAC-CCAAG--CGAAAAT---AA---------A-T-TCC--------------------GT----ATTGAA-AATCCGT-GGACAAGT-C-GTTGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------CACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCCAGTATT-GTG-ACGCAGT--ATA-AAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|3 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGTTCA---CGATAGCC-TACG-AT--CAT-GCG-A--GATGA-GCGTGCGCTGAAT---GACATTTCTT--------AT------GGATTATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|4 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcTGCT-T-CCCCGA-CACCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG--AACAAA-TTTTGATGCGTTG--CGA-CA-GGAGATAGTTCTCTCGTCCAGCACCAATCACAAA-----GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCAT-ATTGAA-AATGCATGCAAGTGCTTT-AAGA-T----CGTTCTTTTA-C-AACTG-TCTTACCAATCTTGTAAAACGAGTGCTTATT-----GCCCACTTTTT-AATAAATTCCATACCGAACCTTGTG-A---TTTTTTTTGCTATAA--TAT-A-AAGAAT-TTTCTCTACAATTAATTTCTGAAATGAT-ACATAAT-GA-CCATTTACGACC--C--TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGC-GGAATACATTAGT-TGC----ACAGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---T-ATGGCAGTTAGAA-T-AAAACGA
gi|5 : cgcATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAACTAGT----AA-----GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|5 : tgCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacATGCT--GCTCTCA-CAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-ACAACTAGT----AA-----GA-TTGGGG-TTTT--GA----A------AT-ATTGAA-AATC-AATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GT-TGC------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgAATCCTACCAAAGATGACCAAA-------------AAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-T-CTCT----------ATGATTATGGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--tgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacACG-A---TTTTTTTTGCAATAA--T-T-A-AAGG---TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-AC--AAT-G--CC-TTTCAGACC--TCGTT-A-CGAAT----------TG-----------CTTTCGG--AT--ATGTGC-TGC----A-AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATTCAAAACGAAaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : aCTTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--------------------------AAT-GAA----CAGAAAAGC-AAATA-AA--C-CCAAA--GGGAAAT---AA---------A-TGTCC-------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGCCAA-TTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGAAAGA-ATGCATACG------GTG-TCTgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcTG-A---TT-TTTTTGCAGTAA--TAT-ACAATAA--TT-CT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-ACT-G--CC-TTAAC-ACC--C--TT-AACGAA-----------TG-----------CTTGC-A--AGA-TT--GT-TGC----A-AGT-T--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG-----AT--CAATTAGAAcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : TAATCCTACCAAAGAT--CCAAA------------------------ACAAACAAAAATGG--------AAAT-GTAA-----GAAAAGC-AA-TA-AAA-C-TAAAGAACGGAAAT---AAAT-----AAAAT-TCCT----------ATGATTACGGT---GATTGATTA-TCCGT-GGACAA-T-T-G-TGGAAA---AAAA--attnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgGAA-A-TC--T-GG-CAA-T-CTG-TGAAAA---AAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------ATCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTGCGAGT-CT-GTGCACG-AGT-CATT-AAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGCaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : GCTCCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCT-TATG-ATATCATTGCG-ATAG-TGAAGCG---GC-GAAT---GACA-TTC-TGCGTTCCAAGT-GCAAGGATTATTCG----CAG-TGGTT-GAAGAGCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta
blockSeqs : TG . CTT . CCAC T T A GCTGGTG . CA A AT GTC GC A ATAGTTCTCTCGTCCAGCAC CACA CAATG C G CCTACCGCACCGCCC T . CA T TT T C CACC CTTT T A GG T A G AAA ATT C TT C . TTT A AC . C AC C A A T T T A A GCC A A T . GGA C CGAT AC AG A A C CTT . GACT GG TTC T TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACAGGAA C A AATA . T AAC . TTTATT A G TATGATTAT . T A T G T T T AAA AG . G A A AT C CCAA C AGTGTGGGA T ATGG G TATT C C GC T G . GG A . A G AGCATC T G . C GA C A A AT T A TA A A TGC T . T T G TC C C T C . GT G A
blockSeqs : G . T . C . . . . . . . . G A . ATGATTCGTCAGAAC . . . G TAA . . CC . TT A . . G A . G C G . . T . . . . TTT T . . C T . T . . . . . . TCG . . . . GG . CAGT A . . . . . . TA . TT A TGAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAACAACAAAAACCAA . . TAA . C A . AT . . TATGATTAT . . . . . . . C . . . . G . AT C . C A . ATG C TCT . . A A G . G . . A G GAAGA . A . C G T A . . T . . . . . . . . T A . C C T . . . . .
blockSeqs : G . T . C . . . . . . . . . . . ATTCGTCAGAAA . . . G TAA . . CA . T A . . . A . T T A . . T . . . . . T . . C . . T . . . . . . C . . . . G . TAGT G . . . . . . TA . TT A ACAAACAAAAATGGAAATGTAA . . TAA . C C . T . . TATGATTAC . . . . . . . . . . . . G . CT C . C C . GTG G TT . . C A A . G . . A T ATCCA . G . T G C A . . T . . . . . . . . T A . C C . . . . . .
blockSeqs : T . T . C . . . . . . . . . . . ATTCGTCACAAC . . . G GAA . . A . T A . . . A . G T C . . T . . . . . G . . . . . T . . . . . . C . . . . G . GTGC G . . . . . . T . TA TGAAAAAAAAAATGAA . . AAA . A C . T . . TATGTT . . . . . . . . . . . . G . A C . . A . TAG . T . . . T . . . . . . GA . G . C G C . . . T . . . . . . . . T G . T . . . . . . .
blockSeqs : G . . . T . . . . . . . . . . . ATTCGTCACAAC . . . . GAA . . A . A A . . . A . A A C . . T . . . . . G . . . . . T . . . . . . C . . . . G . TGT G . . . . . . T . TA . . AA . A G . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . GTG GA . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . T A . . . A . A A G . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . C . . . . G . CGA G . . . . . . T . T . . AA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . G . CGA A . . . . . . T . T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . G . CGT A . . . . . . T . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . C . . . . G . TGT A . . . . . . T . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . TGT A . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TGT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GT . . . . . . .
blockSeqCons : G** C**** ** ** ATTCGTCAAAC********* ***** NAA************ T* A* G* *** T******* *** ** *********** *********** CGT** G***** T**** T** AA*** *** TATGTT************* *** ******* AT******* GTG****** TT*** N* G**** A** GA******** G** *** C*
originalCons : AATGCT-TGCTCTCA-CAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTC-AGAACTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTT--TA----A------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGGT-TGC----G-AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCT----------ATGATTA-GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAGT-TT-GTG-ACG-AGT-CATA-AAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
finalCons : AATGCTG--CTCTCA-CAC--TAT-GCC----GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAATTCGTCAAAC---------TAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTTNAA------------AT-ATTGAA-AATCCAATCAAG-GCTTT-AAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTTT-------GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATCGT--TGCG-----AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGT----AT--CAATTAGAAT--AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TAAA---C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-T-TCCTATGTT-------------GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAAAT-------TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGAGTG------TTTGCGAGTT---GTG-ACG-AGT-CATN-AAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GCA--AATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTGGA--------GTG-AGTACGA-ATGTCTAG--CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 111 11111 1111111 111 11 444444444444444444444 1111 11111 1 222222222222222 111 1 1111 1111 11 111 22222222 111 111 1 1 11111111111 11111111111 1111111 11111 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 111 666666666666666666666666666666666666 2222222 333333333 1111 1 222222222 111111111 2222222 11 2222 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333333 111 111 111 1
lowQualScore : 5 000 222 5 00000 5 5 5 8888888 77 66 5 0 0 66 333 11 5 444444444444444444444 0000 77777 0 5 666666666666666 5 666 5 0 6 3 5 0000 5555 55 5 00 2 2 5 777 00000000 5 777 0 5 4 444 2 55 4 2 88 3 4 7 3 3 3 88 3 66666 3 3 77777777777 44444444444 4444 3 66 7777777 0 44 3 3 3 555 3 11111 44 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 33333 5 1 555 888 111111111111111111111111111111111111 777 3 3 3 3 3 3 7 777 55 1111111 6 1 6 222222222 2 4444 0 777777777 6 666666666 5 1111111 8 8 66 99 3 0 8 5555 8 8 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0 0 3333333333 6 1 6 1 111 1 7 6 99 7 6 99 6 6 111 6 111 6 1 3 99 77 2 1 0 5 5 77 5 5
lowQualScore : . ... ... . ..... . . . ....... .. .. . . . .. ... .. . ..................... .... ..... . . ............... . ... . . . . . .... .... .. . .. . . . ... ........ . ... . . . ... . .. . . .. . . . . . . .. . ..... . . ........... ........... .... . .. ....... . .. . . . ... . ..... .. .. ......................................................................................................................................... . .......................................................... . . ..... . . ... ... .................................... ... . . . . . . . ... .. ....... . . . ......... . .... . ......... . ......... . ....... . . .. .. . . . .... . . ... ..................................................................................................................... . . . .......... . . . . ... . . . .. . . .. . . ... . ... . . . .. .. . . . . . .. . .
lowQualScore : 7 000 999 7 33333 7 7 7 6666666 99 99 0 2 1 99 888 99 0 222222222222222222222 6666 55555 0 6 666666666666666 0 555 0 0 5 6 0 6666 6666 55 0 22 4 2 7 999 11111111 7 999 5 0 0 000 7 55 0 0 66 6 3 3 6 6 6 66 6 00000 6 3 77777777777 66666666666 3333 1 77 0000000 2 22 1 1 1 444 1 22222 66 55 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 00000 0 0 666 888 111111111111111111111111111111111111 888 6 6 6 6 6 6 3 000 55 7777777 7 0 7 222222222 5 2222 8 333333333 7 777777777 0 8888888 0 0 22 00 2 6 0 0000 0 0 888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8 8 0000000000 7 0 7 0 777 0 3 7 22 3 7 22 7 7 777 7 777 7 7 7 22 77 5 4 7 7 7 99 7 7
consensus : AATGCT-GCTCTC---ACAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTCA-A--ACTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTTN--A----A------ATATTGAA-AATCCAATCAAG-GC-TTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATC-GTTGCG------AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAAT--AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-TTCCT---ATGA-T-T---------GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAG--T-T--GTG-ACG-AGT-CAT-TAAAGGAATGTAT-TACGG---ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
Reference ( family-587 ) : AATGCT-GCTCTC---ACAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTCA-A--ACTAAT----AA-----GA-TTGGGGGTTTTN--A----A------ATATTGAA-AATCCAATCAAG-GC-TTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AACTG-TCTTACGAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---TTNTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAA--TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATC-GTTGCG------AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAAT--AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAATCCTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--CANAAACAAAGATGAC--AAAAAAAAC-GAAA---CAGAAAAGC-AA-TA-AA--C-CNAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-TTCCT---ATG--T-T---------GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGCGAG--T-T--GTG-ACG-AGT-CAT-NAAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCNACGATTACTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTCTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|1 : TGCT-GTCCTCGCAACAC--TATAGCTC---GA-AT-------T-CG-------AATGGAAA--AA-TGTTG--GT-CT---CG------------------TCTTCG-A--GATAAT----AAA----GACTTGGGGATTTTT--AGA--A------ATTTTGAAGAATCATACTAAG-GC-TT-ATGA-T----CGTT----TTTC-AACTGCTCTTACAAATCCT-TATA-CGAGTGCTT--TTTTAGGCG-ACCTTTGAGATGAAT-CCATAC-GAACCTTATGTA---ATATGTTGCCAATGA--TATAA-AAAAA--AATCT-TACAA-AAATTTCTGAAATGA----A-ACT-GTCTC-TCTACGA-C--C--TT-A-TGGAAACAGCGCAATTGGTAGTGGGAGACTCGC-G--ATA-ATA-GGTGTGTTGTAAAG--T--AAC-G---A---TTCTTGGCGAG-----AT--CAAATACAAT--AAAACGAA
gi|1 : TAGTCTGACCAAAGTGGACCAAAT-----------GAAAAAAA---CATAAACAGA----------------------------AAGAGC-AA-TA-AA--CGCAAAT--CGGAAATTCCAA-T-----AAA-TTCGTCCAATA--T-TTAACGATCCGGTAAAGATTGAA-A-T-----GGACAA-A-C-C-CGAGAA---AAAA--TAAAATAATG-AC-TC-AAATACATCATGTTG-CC----AAA-CTGTT--------AATGA-ATC--TACGATATCCGAT-TTTGCGAG--T-TTGGGG-ACG-AGA-TGTATATAGGAGTATCTCTACGGTTCATC-AATAGCATAAATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|1 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgGGCCACGAT-ACTTGAG---A----GTG-AGTACGAGATGTCTATG-CGATAG-TATACG-AT--CAT-GC--A--G-TGA-GCG---GC-GAATTATAACA-TTCCTGCGT--CAATCCGCAAGGA-TATCCGGCA-TAGTTG--T-G-AGAG-AGTAtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccacgatacttgagagtgagtacgagatgtctatgcgatagtatacgatcatgcagtgagcggcgaattataacattcctgcgtcaatccgcaaggatatccggcatagttgtgagagagtataa
gi|10 : tgctgtcctcgcaacactatagctcgaattcgaatggaaaaatgttggtctcgtcttcgagataataaagacttggggatttttagaaattttgaagaatcatactaaggcttatgatcgtttttcaactgctcttacaaatccttatacgagtgcttttttaggcgacctttgagatgaatccatacgaaccttatgtaatatgttgccaatgatataaaaaaaaatcttacaaaaatttctgaaatgaaactgtctctctacgaccttatggaaacagcgcaattggtagtgggagactcgcgataataggtgtgttgtaaagtaacgattcttggcgagatcaaatacaataaaacgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactgtagtctgaccaaagtggaccaaatgaaaaaaacataaacagaaagagcaataaacgcaaatcggaaattccaataaattcgtccaatatttaacgatccggtaaagattgaaatggacaaacccgagaaaaaataaaataatgactcaaatacatcatgttgccaaactgttaatgaatctacgatatccgattttgcgagtttggggacgagatgtatataggagtatctctacggttcatcaatagcataaatggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGCT-GCTCTC---ACAC--TAT-GC-C---GA-AA-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AAATGTTG--GCGTT---CG--CA-GAAA---------------------TAAT----AA-----GA-TTGGGG-TTTTA--A----A------TTATTGAA-AATC--ATCAAG-GC-TT-ATGA-T----CGTT----TT-C-AACTG-TCTTACAAATCTT-TA---CGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCCATAC-GAACCTTATG-A---ATATTTT-GCAATGA--TAT-A-AAAAA--AATCT-TACAATAAATTTCTG-AATGAT-ACA-AAT-G--TC-TTTACGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CGTGC-G--ATA-ATT-GTTACA------AG--T--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAtaa
gi|11 : gtAATGCT-GCTCTT---ACAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCA-------AATG--AA--AA-AAATA--GCATT---CG--CA-GAAA---------------------TAAT----AA-----GA-TTGGGTGTTT-A--A----A------ATATTGAA-AATC--ACCAAG-GC-TTTG---------------------------------CGAATCTT-TA---CGATTGGTT--T-----GCG-AGTTT---AACCAATTCCATAC-GAAACTTATG-A---TT---TTTGCAATAA--TAT-ACAAGAA--TTTCT-TACAATTAACTTCTT-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACC--C--CTAA-CGAA-----------TG-----------CCTGC------A-ATC-GATGCG------AGTCT--AAC-G-A-A---TTATT-GCGAG---T-GT--CATTCAGAAT--AAAAca
gi|12 : t-G---A----GTG-AGTACGA-ATGTCTA-G-CGATAGCTATACG-AT--TATTGCG-A--G-TGA-GCG---GC-GAAT---GACA-TTTTTGCGT--CAATC-GCAAGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTA
gi|13 : tcgttaaaactcacgaacggaaCTACTAAAGATGACCAAAtaac
gi|13 : AAAGATGAC--CAAAAAA-C-AAAATGGCAGACAAGC-AA-TA--------TCAG--AGGAAAT---TA-TTTATTAAA-TTCTT---ATG--T-T---------GGT---G-TTGAA---TCAGTTGGACAA-T-C-G-TGAAAA---TAAA--aaacaaaatggcagacaagcaatatcagaggaaattatttattaaattcttatgttggtgttgaatcagttggacaatcgtgaaaataaagcaaacttgcacgaaaaggg
gi|14 : ctactA--AA-TTT-G--GCGTTGTCCGGCCAAGAAAATGAT----TCGTCAGA--ACTTAT----AACAATGGA-TTTGGGGTTTT---A----A------ATATGGAA-AATTCAATCAAG-TC-TTTAA-A-TCACCCGTTG---TA-CAAACCT-TCCTACAAATCTgcaaacttgcacgaaaaggg
gi|15 : -A-TCCGT-GGACAA-C-C-G-TGAAAA---AAAA--T-------TG-ACATTAAAA---AT----TTGCCC----AAA-CTTTC---------ACGA-ATCCTTACGA-----ATG-TTTGCGAG--T-T--GTG-ACG-AGTGCAT-TTAAGGATTGCAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGC
gi|16 : TTCCATAC-GAACCTTATG-A---TT-TTATTGCAATAC--TAT-ACAATAA--TTTCT-TACAGT----------AATGAT-ACA-AAT-G--CC-TTTACGACT--C--TT-A-CG---------------------------------------ATC-GATGCG------AGTCT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAG---
gi|17 : --TTTCT-TACAATTAACTTCTG-A----T-ACA-AATTA--CT-TTTATGACCGCC--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-TTC-GTTGCG------AGTTT--AAT-T-A-A---TTCTT-GTGAG---T-GT--CAATTAGAAT--AAAA
gi|18 : CGATTAC--G-G---AAGA-GTG-AGTACAA-ATGTCAA-G-CGATAGTTATACG-AT--CATTGCG-A--G-TTA-GCG---GG-GAAT---GACA-TCCTTATGT--CAATC-GCAAGG----------A-TAG-TA--T-G-AGAGCAGT
gi|19 : -CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATC-GATGCG------AGTCT--ACG-G-A-A---TTCTT-GCGAG---T-GT--CATTTAGGAT--AAAACGA
gi|2 : AATGCTTGCTCTC---ACAC--TAT-GC-C---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTGG--CCGTT---CA--CA-GAAAAT-------TCGTCAGA--AATAAC----AA-----GA-TTGGGGGTTTCT--A----A------ATATTGAA-AATCCCATCAAG-GC-ATAAAGACT----CGTT----TA-C-AACTGGTCTTACCAATCTT-TA---CGAGTGTTT--------GCG-ACTT-------GGATT------------TT--------TTTTTTATGCAATAAACTAT-A-AAGAAACTTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGATTACA-AAT-A--CC-TTTACGACC-----TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATA-ATCAGTCGCA------AGTTT--AAC-G-A-A---TTCTT-GCGAGGACT-AT--CAGTTAGAATT-AAAACGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTCCTAC-AAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAAAACAACAACAAAAACAAC--AACAAAAAC-CAA----CAGAAAAGC-AA-AA-AA--C-CCAAG--CGGAAAT---AA-T-----AAA-TTCC---------------------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGGAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---AT----TTGCCC----AAACCTTTC--------AACGA-ATCCTTACGA-----GTG-TTTGC-AG----T--GTG-ACG-AGT-AAT-AAAAGGAATGTAT-TACG----ATC-AAT-GC--AAATGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGCGACGATTGCTTG-G---A----GTG-AGTACGA-ATGT-TA-G-CGATAGCTA-ACGAAT--CGTTGCGAA--A-TGA-GCG---GC-GAAT---GGCA-TTCTTATGT--CAATC-G-AAGGA-TATTCAGCACTAG-TG--TGG-AGAGCAGTA
gi|20 : AGGA-TATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGTAGTA
gi|21 : ---------GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-taaca
gi|3 : attacGAA-----------TG-----------CTTGT-G--ATG-ATT-GTTGCA------AGTCT--AAA-A-ACA---TTCTT-GCGAG---T-AT--CAGTTAGATT--AAAACGAAT
gi|3 : CTTACCAAAGATGAGCAAATTGNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNAAACAGGAA---CAGAAAAGCCAA-TA-AATAC-CCAAG--CGAAAAT---AA---------A-TTCC----------------------GT----ATTGAA-AATCCGT-GGACAAGT-C-GTTGAAAA---AAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---A------TGCCC----AAACCTTTT--------CACGA-ATCCTTACGA-----TAG-TTTGCCAGTAT-T--GTG-ACGCAGT--AT-AAAAGAGAAGTAT-TAC-----ATCAAAT-GC---AATGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|3 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtcGCGAC-ATTACTTG-A---GCATCGTG-AGTAC-A-ATGTTCA---CGATAGCC-TACG-AT--CAT-GCG-A--GATGA-GCGTGCGCTGAAT---GACATTTCTT--------AT------GGATTATTCGGCA-TAG-TG--T-G-AGAGCAGTAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgcgacattacttgagcatcgtgagtacaatgttcacgatagcctacgatcatgcgagatgagcgtgcgctgaatgacatttcttatggattattcggcatagtgtgagagcagta
gi|4 : gaatgcttgtgatgattgttgcaagtctaaaaacattcttgcgagtatcagttagattaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtccttaccaaagatgagcaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaggaacagaaaagccaataaatacccaagcgaaaataaattccgtattgaaaatccgtggacaagtcgttgaaaaaaaattgacgtcaaaatgcccaaaccttttcacgaatccttacgatagtttgccagtattgtgacgcagtataaaagagaagtattacatcaaatgcaatggtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcGCT-GCTTCCCCGACACCTTAT-GC-CCACGATATTATCCATTGCGGCTGGTGAATG--AACAAA-TTTTGATGCGTTG--CGA-CA-GGAGATAGTTCTCTCGTCC-AGCACCAATCACAAA-----GACTTGGGCGCTTTCCTACCGCACCGCCCATATTGAA-AATGCATGCAAGTGC-TTTAAGA-T----CGTTCTTTTA-C-AACTG-TCTTACCAATCTTGTAAAACGAGTGCTTATT-----GCCCACTTTTT-AATAAATTCCATACCGAACCTTGTG-A---TTTTTTTTGCTATAA--TAT-A-AAGAAT-TTTCTCTACAATTAATTTCTGAAATGAT-ACATAAT-GA-CCATTTACGACC--C--TT-A-TGAA-----------TG-----------CTTGC-GGAATACATTAGTTGCAC-----AGTCT--AAC-GAA-A---TTCTT-GCGAG---T-ATGGCAGTTAGAAT--AAAACGA
gi|5 : cATGCT-GCTCTC---ACAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTCACA--ACTAGT----AA-----GA-TT-GGGGTTTTG--A----A------ATATTGAA-AAT-CAATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GTTGC-------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtgagtcctagccaaaagatgaccaaattgaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaacatgaacagaaagcaataaa
gi|5 : tgCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-TCTCT---ATGATTAT---------GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctacATGCT-GCTCTC---ACAC---AT-GC-T---GA-AT-ATCC-TTGCG-------AATG--AA--AA-TTTTG--GCGTT---CG--CA-GAAAAT-------TCGTCACA--ACTAGT----AA-----GA-TT-GGGGTTTTG--A----A------ATATTGAA-AAT-CAATGAAG-GCTTTTAAGA-T----CGTT----TA-C-AATTA-TCATACGAATCTT-TA---TGAGTGTTT--T-----GCG-ACTTT---AATGAATTCTTTAC-GAACTTTATG-ATTTTTGTTTTTGCAATAA--TAT-A-AAGAG--TTTCT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-AAT-G--CC-ATTATGACC--C--TT-A-CGAA-----------TG-----------CTTGC-G--ATA-ATT-GTTGC-------AGTCT--AAC-A-A-A---TTCTT-GCGTG---TAAT--CAATTAGAATA-AAAACGAATaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgAATCCTACCAAAGATGACCAAA-------------AAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctaccaaagatgaccaaaaaaaaatgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|6 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAAGATGACCAAAAAAAAAT-GAG----CAGAAAAGC-AA-TATAA--C-CAAAG----GAAAT---AA-T-----AAA-TCTCT---ATGATTAT---------GGT---GATTGAA-A-TCCGT-GGACAA-T-C-G-TGAAAA---AAAA--tgagcagaaaagcaatataaccaaaggaaataataaatctctatgattatggtgattgaaatccgtggacaatcgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : tgatgctgctctcacacatgctgaatatccttgcgaatgaaaattttggcgttcgcagaaaattcgtcacaactagtaagattggggttttgaaatattgaaaatcaatgaaggcttttaagatcgtttacaattatcatacgaatctttatgagtgttttgcgactttaatgaattctttacgaactttatgatttttgtttttgcaataatataaagagtttcttacaatcaatttctaaatgatacaaatgccattatgacccttacgaatgcttgcgataattgttgcagtctaacaaattcttgcgtgtaatcaattagaataaaaacgaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatcctacACG-A---TTTTTTTTGCAATAA--T-T-A-AAGG---TTTCT-TACAATTAATTTCTG-AATGAT-AC--AAT-G--CC-TTTCAGACC--TCGTT-A-CGAAT----------TG-----------CTTTCGG--ATA-TGT-GCTGCA------AGTCTAGAAC-G-A-ACTTTCCTT-GCGAG---T-AT--CAATTAGAATTCAAAACGAAaaaaaaaaaacaaacttgcacgaatgggg
gi|7 : aCTTACCAAAGATGACCAAAT-----------GAAAAAAAA--------------------------AAT-GAA----CAGAAAAGC-AAATA-AA--C-CCAAA--GGGAAAT---AA-------------------ATG--T-CC--------GAT---GATTGAA-A-TCCGT-GGCCAA-TTC-GCTGAAAAAAAAAAA--T-------TG-ACGTC-AAA---CT----TTGCCCCCAAAAACCTTTCAGTGTGGGAAAGA-ATGCATACG------GTG-TCTgatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccttaccaaagatgaccaaatgaaaaaaaaaatgaacagaaaagcaaataaacccaaagggaaataaatgtccgatgattgaaatccgtggccaattcgctgaaaaaaaaaaattgacgtcaaactttgcccccaaaaacctttcagtgtgggaaagaatgcatacggtgtctcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : aacgattttttttgcaataattaaaggtttcttacaattaatttctgaatgatacaatgcctttcagacctcgttacgaattgctttcggatatgtgctgcaagtctagaacgaactttccttgcgagtatcaattagaattcaaaacgaagatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgcTG-A---TT-TTTTTGCAGTAA--TAT-ACAATAA--TT-CT-TACAATCAATTTCTA-AATGAT-ACA-ACT-G--CC-TTAAC-ACC--C--TT-AACGAA-----------TG-----------CTTGC-A--A-G-ATT-GTTGCA------AGT-T--AACAA-A-A---TTCTT-GCGTG-----AT--CAATTAGAAcaaataaataaaaaaaaga
gi|8 : TAATCCTACCAAAGAT--CCAAA------------------------ACAAACAAAAATGG--------AAAT-GTAA-----GAAAAGC-AA-TA-AAA-C-TAAAGAACGGAAAT---AAAT-----AAAATTCCT---ATGA-T-TAC-------GGT---GATTGATTA-TCCGT-GGACAA-T-T-G-TGGAAA---AAAA--attnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtaatcctaccaaagatccaaaacaaacaaaaatggaaatgtaagaaaagcaataaaactaaagaacggaaataaataaaattcctatgattacggtgattgattatccgtggacaattgtggaaaaaaaaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : tgatttttttgcagtaatatacaataattcttacaatcaatttctaaatgatacaactgccttaacacccttaacgaatgcttgcaagattgttgcaagttaacaaaattcttgcgtgatcaattagaaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgGAA-A-TC--T-GG-CAA-T-CTG-TGAAAA---AAAAAGT-------TGGACGTC-AAA------------------------TTTC--------ATCGATATCCTTACGA-----ATGGTTTGCGAG--TCT--GTGCACG-AGT-CAT-TAAGG--ATGTCC-TACGG---ATC-AAT-GC--AACTGGCaaaaaatgccaaaaac
gi|9 : GCTCCGATTACTTG-ATCCA----GTGTAGTACGA-ATGTCTA-GACGATAGCT-TATG-ATATCATTGCG-ATAG-TGAAGCG---GC-GAAT---GACA-TTC-TGCGTTCCAAGT-GCAAGGATTATTCG----CAG-TGGTT-GAAGAGCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgctccgattacttgatccagtgtagtacgaatgtctagacgatagcttatgatatcattgcgatagtgaagcggcgaatgacattctgcgttccaagtgcaaggattattcgcagtggttgaagagcagtta