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Reference ( gi|10 )           :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGAGTA---T-TTG-T---TGT-A-AA---C-----AC-TTC-GTATAAAAATCGT
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Reference ( family-554 )      :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AANAC-TTC-GTNTAAAAATCGT
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Reference ( family-554 )      :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT
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gi|27                         :    TTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--TTC-GTATAtt
gi|28                         :     TACA-CACTGCC-ATTT-GGG--GGA------GTA---C-TTG-T--------------AAAAC--TTT-GTAT-AAAATCGTta
gi|29                         :      ACA-CAGT--T-ATTT--GG--GGA------GTA---T-TTG-T------------A-AAAAC--TTC-GTA-AAAAATCGT
gi|3                          :   TTTACA-CAATTCC-ATTT-CGA--GGA------GTA---TATTG-TTG--------T----AAAC--TTC-GTATAAAAATCaa
gi|30                         : tgTTTACA-CAATGCTGATTT-CTG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-tgta
gi|31                         :  tTTTACA-CAATGCTGATTT-CTG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-tactttcgtac
gi|32                         :          tACTGTC-ATTT--GA--GGA------GTA---C-----TTG--------T-A-AGAAT--TTC-GTAT-AAAATCGTtactttcgtac
gi|33                         :  tTTTACAACAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-aa
gi|34                         :              GCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--
gi|35                         :   TTTACA-CAATACC-ATTT-CGG--GGA------GTA---
gi|4                          : ttTTTACAGCAGTGCC-ATTT--GG--GGA------GTAT--C-TTG-TTG--------T-ATACAAC--TTC-GTTTTAAAGT
gi|5                          :   TTTACA-CAATGGC-ATTT-CTT--GGA------ATA---T-TTG-TTG--------G-A-AACAC--TTT-GTATAAGAATTGTtttg
gi|6                          :   tTTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-TTA-TTG--------TAA-AAAAG--TTC-GTTT-AAAATCGTa
gi|7                          :   TTTACAGCAGT-CC-ATTT-GGG--GAA------GTAGATC-TTG-TTG--------T-A-TAAAC--TTC-GTTTAAAgaa
gi|8                          :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTT---T-TTG-TTG--------T-A-AACTC--TTC-ATATAAAAATCGTgtttt
gi|9                          :    TTACA-CACTGCC-ACTC-CAG--GGA------ATG---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAG--TCA-ATAT-GAAATCGTa





Alignments
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lowQualScore                  :         3  1    2    22  11   333333   333 2   1   44444444 2 2     11   2  1 1        
lowQualScore                  :         .  .    .    ..  ..   ......   ... .   .   ........ . .     ..   .  . .        
lowQualScore                  :         6  0    3    66  66   333333   111 4   2   33333333 4 5     88   7  0 8        
consensus                     :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT
Reference ( family-554 )      :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT
gi|1                          :    TCACA-CACTGCC-ACTT--GG--GGA------GTA---CCTTG-TTGTAAAAAACT-A-AAAAC--TTC-GTTTAGA
gi|10                         :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--TTC-GTATAAAAATCGTgttgtga
gi|11                         :    TTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTGTTTG--------T-A-AACAC--TTCTTTATAAAAATCG
gi|12                         :    TTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-CTG-TTG--------T-A-TGAAC--TCC-ATTTAAA
gi|13                         :    TTACA-AACTGCC-ACTT-GGG--GGACTGTGTGTA---C-TTG-T------------A-AAAAT--TTC-GTTTAAAgttgtga
gi|14                         :     TACA-CACTGCC-ACTT-GGG--AGA------GTA---C-TTG-TTT--------T-A-AAAAC--TTC-GTTTgtga
gi|15                         :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-GGG--GGA------TTA---C-GTG-TTG--------T-A-AACAC--TTT-GTATAAGAGTgtagtcgtga
gi|16                         :     TACA-CACTGCC-ATTT--GG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAGC--TTC-ATA-GAAAATCGTt
gi|17                         :    TTACA-CACTGCC-ACTTGGGG--GGA------GTA---C-----TTG--------T-A-TACAC--TTC-GTTTAAAa
gi|18                         :    TTACA-CACTGCC-ACTG--GG--GGA------GTA---C-TAG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTTTAAAgttgtg
gi|19                         :    TTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-TAG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTTTAAAgtaa
gi|2                          :   TTTACA-CAAGGCC-ATTT-CGGGAGAA------GTG-----TCG-TTG--------T-ACAACAC--TTCTGTATGAAAGTCGTgta
gi|20                         :     tACA-GAATGTC-ATTT--GG--AGA------GCA---C-TTG-T------------A-AAAAT--TCC-GTTTAAAAA
gi|21                         :    TTACA-CACTACC-ACTA-CGG--GAA------TTA---C-TTG-T---------------AAACCGTTC-GTAT-ACAATCGTatcttaa
gi|22                         :    TCACA-CACTGCC-ACTT--GG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTa
gi|23                         :      ACA-CACTGCC-ATTT--GG--TGG------GCA---C-TTG-TCA--------T-A-AAAAG--TTC-GTTTAAAtagagttg
gi|24                         :    TTACA-CACTGCC-GCTT-GGG--GGA------ATA---C-----TTG--------T-A-TAAAC--TTC-GTTTAAAgtcga
gi|25                         :      ACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GAA------GTA---C---G-TTG--------TTA-AAAAC--TTC-GTTTAAAgttgt
gi|26                         :         -CAATGCC-ATTT-GGG--GGA------TTA---C-GTG-TTG--------T-A-AACAC--TTT-GTATAAGAGTCgttga
gi|27                         :    TTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--TTC-GTATAtt
gi|28                         :     TACA-CACTGCC-ATTT-GGG--GGA------GTA---C-TTG-T--------------AAAAC--TTT-GTAT-AAAATCGTta
gi|29                         :      ACA-CAGT--T-ATTT--GG--GGA------GTA---T-TTG-T------------A-AAAAC--TTC-GTA-AAAAATCGT
gi|3                          :   TTTACA-CAATTCC-ATTT-CGA--GGA------GTA---TATTG-TTG--------T----AAAC--TTC-GTATAAAAATCaa
gi|30                         : tgTTTACA-CAATGCTGATTT-CTG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-tgta
gi|31                         :  tTTTACA-CAATGCTGATTT-CTG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-tactttcgtac
gi|32                         :          tACTGTC-ATTT--GA--GGA------GTA---C-----TTG--------T-A-AGAAT--TTC-GTAT-AAAATCGTtactttcgtac
gi|33                         :  tTTTACAACAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-aa
gi|34                         :              GCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--
gi|35                         :   TTTACA-CAATACC-ATTT-CGG--GGA------GTA---
gi|4                          : ttTTTACAGCAGTGCC-ATTT--GG--GGA------GTAT--C-TTG-TTG--------T-ATACAAC--TTC-GTTTTAAAGT
gi|5                          :   TTTACA-CAATGGC-ATTT-CTT--GGA------ATA---T-TTG-TTG--------G-A-AACAC--TTT-GTATAAGAATTGTtttg
gi|6                          :   tTTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-TTA-TTG--------TAA-AAAAG--TTC-GTTT-AAAATCGTa
gi|7                          :   TTTACAGCAGT-CC-ATTT-GGG--GAA------GTAGATC-TTG-TTG--------T-A-TAAAC--TTC-GTTTAAAgaa
gi|8                          :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTT---T-TTG-TTG--------T-A-AACTC--TTC-ATATAAAAATCGTgtttt
gi|9                          :    TTACA-CACTGCC-ACTC-CAG--GGA------ATG---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAG--TCA-ATAT-GAAATCGTa


blockSeqs                     :         A  A    G    GG  GA   CTGTGT   GAT A   T   .        T C     CG   T  A A
blockSeqs                     :         G  A    G    C   .    .        T   .   .   .        A T     .    T  A A
blockSeqs                     :         G  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  A    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A G
blockSeqs                     :         .  C    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  C    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T G
blockSeqs                     :         .  A    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  A    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T A
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  A    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  A    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A T
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  G    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  A    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A A
blockSeqs                     :         .  A    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T .
blockSeqs                     :         .  A    .    G   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A .
blockSeqs                     :         .  C    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T .
blockSeqs                     :         .  A    .    C   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  T .
blockSeqs                     :         .  A    .    .   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A .
blockSeqs                     :         .  G    .    .   .    .        .   .   .   .        . .     .    .  A  
blockSeqs                     :         .  A    .    .   .    .        .   .   .   .        . .     .    .     
blockSeqs                     :         .  C    .    .   .    .        .   .   .   .        . .     .          
blockSeqs                     :         .  G    .    .   .    .        .   .   .   .        . .                
blockSeqs                     :         .  A    .    .   .    .        .   .   .   .        .                  
blockSeqs                     :            C    .    .   .    .        .   .   .   .        .                  
blockSeqs                     :                 .    .   .    .        .                                       


blockSeqCons                  :                      C*                            ********
originalCons                  :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT
finalCons                     :   TTTACA-CANTGCC-ATTTC-GG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT





Alignments
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lowQualScore                  :         .  .    .    ..  ..   ......   ... .   .   ........ . .     ..   .  . .        
lowQualScore                  :         6  0    3    66  66   333333   111 4   2   33333333 4 5     88   7  0 8        
consensus                     :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT
Reference ( family-554 )      :   TTTACA-CANTGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTNTAAAAATCGT
gi|1                          :    TCACA-CACTGCC-ACTT--GG--GGA------GTA---CCTTG-TTGTAAAAAACT-A-AAAAC--TTC-GTTTAGA
gi|10                         :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--TTC-GTATAAAAATCGTgttgtga
gi|11                         :    TTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTGTTTG--------T-A-AACAC--TTCTTTATAAAAATCG
gi|12                         :    TTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-CTG-TTG--------T-A-TGAAC--TCC-ATTTAAA
gi|13                         :    TTACA-AACTGCC-ACTT-GGG--GGACTGTGTGTA---C-TTG-T------------A-AAAAT--TTC-GTTTAAAgttgtga
gi|14                         :     TACA-CACTGCC-ACTT-GGG--AGA------GTA---C-TTG-TTT--------T-A-AAAAC--TTC-GTTTgtga
gi|15                         :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-GGG--GGA------TTA---C-GTG-TTG--------T-A-AACAC--TTT-GTATAAGAGTgtagtcgtga
gi|16                         :     TACA-CACTGCC-ATTT--GG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAGC--TTC-ATA-GAAAATCGTt
gi|17                         :    TTACA-CACTGCC-ACTTGGGG--GGA------GTA---C-----TTG--------T-A-TACAC--TTC-GTTTAAAa
gi|18                         :    TTACA-CACTGCC-ACTG--GG--GGA------GTA---C-TAG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTTTAAAgttgtg
gi|19                         :    TTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-TAG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTTTAAAgtaa
gi|2                          :   TTTACA-CAAGGCC-ATTT-CGGGAGAA------GTG-----TCG-TTG--------T-ACAACAC--TTCTGTATGAAAGTCGTgta
gi|20                         :     tACA-GAATGTC-ATTT--GG--AGA------GCA---C-TTG-T------------A-AAAAT--TCC-GTTTAAAAA
gi|21                         :    TTACA-CACTACC-ACTA-CGG--GAA------TTA---C-TTG-T---------------AAACCGTTC-GTAT-ACAATCGTatcttaa
gi|22                         :    TCACA-CACTGCC-ACTT--GG--GGA------GTA---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAC--TTC-GTa
gi|23                         :      ACA-CACTGCC-ATTT--GG--TGG------GCA---C-TTG-TCA--------T-A-AAAAG--TTC-GTTTAAAtagagttg
gi|24                         :    TTACA-CACTGCC-GCTT-GGG--GGA------ATA---C-----TTG--------T-A-TAAAC--TTC-GTTTAAAgtcga
gi|25                         :      ACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GAA------GTA---C---G-TTG--------TTA-AAAAC--TTC-GTTTAAAgttgt
gi|26                         :         -CAATGCC-ATTT-GGG--GGA------TTA---C-GTG-TTG--------T-A-AACAC--TTT-GTATAAGAGTCgttga
gi|27                         :    TTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--TTC-GTATAtt
gi|28                         :     TACA-CACTGCC-ATTT-GGG--GGA------GTA---C-TTG-T--------------AAAAC--TTT-GTAT-AAAATCGTta
gi|29                         :      ACA-CAGT--T-ATTT--GG--GGA------GTA---T-TTG-T------------A-AAAAC--TTC-GTA-AAAAATCGT
gi|3                          :   TTTACA-CAATTCC-ATTT-CGA--GGA------GTA---TATTG-TTG--------T----AAAC--TTC-GTATAAAAATCaa
gi|30                         : tgTTTACA-CAATGCTGATTT-CTG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-tgta
gi|31                         :  tTTTACA-CAATGCTGATTT-CTG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-tactttcgtac
gi|32                         :          tACTGTC-ATTT--GA--GGA------GTA---C-----TTG--------T-A-AGAAT--TTC-GTAT-AAAATCGTtactttcgtac
gi|33                         :  tTTTACAACAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-aa
gi|34                         :              GCC-ATTT-CGG--GGA------GTA---T-TTG-TTG--------T-A-AACAC--
gi|35                         :   TTTACA-CAATACC-ATTT-CGG--GGA------GTA---
gi|4                          : ttTTTACAGCAGTGCC-ATTT--GG--GGA------GTAT--C-TTG-TTG--------T-ATACAAC--TTC-GTTTTAAAGT
gi|5                          :   TTTACA-CAATGGC-ATTT-CTT--GGA------ATA---T-TTG-TTG--------G-A-AACAC--TTT-GTATAAGAATTGTtttg
gi|6                          :   tTTACA-CACTGCC-ACTT-GGG--GGA------GTA---C-TTA-TTG--------TAA-AAAAG--TTC-GTTT-AAAATCGTa
gi|7                          :   TTTACAGCAGT-CC-ATTT-GGG--GAA------GTAGATC-TTG-TTG--------T-A-TAAAC--TTC-GTTTAAAgaa
gi|8                          :   TTTACA-CAATGCC-ATTT-CGG--GGA------GTT---T-TTG-TTG--------T-A-AACTC--TTC-ATATAAAAATCGTgtttt
gi|9                          :    TTACA-CACTGCC-ACTC-CAG--GGA------ATG---C-TTG-TTG--------T-A-AAAAG--TCA-ATAT-GAAATCGTa