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lowQualScore                  :           555  2  33     22222222     222     1 11 1  33333 11  66666666666666666    1 8888888888 1        
lowQualScore                  :           ...  .  ..     ........     ...     . .. .  ..... ..  .................    . .......... .        
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Reference ( gi|5 )            :    CAGAATG---AC-AG--ACAGGGAC---CAAAAAA---CAATA-T--G-CC-----C--CC------C---GATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|4                          :    CAGAATG---AC-AG--ACAGG-AC-----AAAAA---CAACC-C--C-CCACCCAC--CC------C---GAT-C--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATA
gi|8                          :   aCAGA-TG---AC-AG--ACAGG-AC-----AAAAA---CAATA-T--G-CC-----G--CC------C------TCTGTTCG-ACT---CA-CGG-GGGCATAA
gi|13                         :    CAGAAAG---AC-AG--ACAGGAAC-----AAAAA---CGATA-T--G--A-----C--CC------C---GA-TC--TTCG-A-T---CA-TGG-GGGt
gi|12                         :    CAGAATG---AG-AG--A-AAGGAC-----AAAAA---CAATA-C--G-CC-----C--CC-----------AATC--TTCG-A-T---CA-C---GGGCATA
gi|9                          :    CAGAATG---AC-AG--AGAGG-AC-----AAAAA---CAATA-T--G-TC-----C--CT------T---GA-TC--TTTG-A-T---CA-TGT-GGACATA
gi|7                          :    CAGAATG---AC-AG--ACAGAGAT-----AATAA---CACCC-C--C-CC-----C--CC------C---CAATC--TTCA-A-T---CT-AGG-GGGCATAA
gi|1                          :    CAGAATG---ACCAG--ACAGGAA-----AAAAAAACCCAATA-TTAG-CT-----CTACC------C---GA-TC--TTCGCA-T---CA-CAGTGAGCATa
gi|2                          : agaCAGAATGTCGAT-AG--ACAGGAA-----AAAAAA---CAATA----A-CC-----C--CCAACCCTC---GA-TA--TTGG-A-T---CACCAG-TGGCAT
gi|3                          :  agaAGAATG---AC-AGTGACATGAATGGACAATAAA---TAATA-T--G-CC-----C--CC------C---GATCT--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|6                          :     AGATTG---AC-AG--ACAGG-AC---CAAAAAA---CAATA-T--G-CCT----C--CC------C---GATCA--TTCG-A-TTGACA-C-G-GGGCATa
gi|10                         :     AGAATG---AC-AG--ACGGG------CAAA------CAATA-C--C-CC-----C--CC------CCCCGAT-C--TTCG-A-T---CA-C-T-GGGCATA
gi|14                         :      GAATG---AC-AG--ACAGG-AC-----AAAAA---CAATA-T--G-CT-----C--CC------C---GA-TC--TTCG-A-T---CA-TGG-GTGC
gi|11                         :        ATG---AC-AG--ACAGG-AC-----AAAAA---CAATA-T--G-CC-----C--CC------T---GAT-C--TTCG-A-T---CA-CAG-GGGCATAA
gi|17                         :               C-AG--AGAGG-AC------AAAA---CAATA-T--G-CT-----C--CC------C---AA--C--TTCT-A-T---TG-CTG-GGGCATA
gi|34                         :               C-AG--AGAGG-AC-----AAAAA---CAATA-T--G-CC-----C--CC------C---GACT
gi|48                         :                -AG--ACAGG-AC-----AAAAA---CAATA-T--A--C-----C--CC------C---GA-TC--TTCG-A-tgattgtgt
gi|16                         :                -AG--ACAG--AC---CAGAA-----CAATA-T--G-CC-----C--AC------T---A--TC--TTCG-A-T---C--CCA-GGGCATGA
gi|29                         :                                 tAAAAA---CAATA-T--G-CC-----C--CC------T---GATT---TTCG-A-T---CA-AGG-TGGCATGAaa
gi|46                         :                                 cAAAAA---CAATA-T--G-TC-----C--C-------------TTT--TTCA--------A-GGG-GGGCATA
gi|41                         :                                 gcAAAA---CAATA-T--G-CC-----C--CC------C-----TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCATAA
gi|22                         :                                   AAAA---CAATATT--G-CC-----C--CT------C-----TTT--TTCA-A-T----A-GGG-GGGCATAa
gi|36                         :                             gattgcAAAA---CAATA-T--GTCC-----C--CT------C-----TTT--TTCA-A-T------GGG-GGGCATAA
gi|18                         :                                 gcAAAA---CAATA-T--G-CC-----C--CCT-----C-----TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCAT
gi|20                         :                         tggcccgtgcAAAG---CAATA-T--G-CC-----C--CT------C-----TTC--TTTG-A---------AG-GGACATAA
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gi|40                         :                    gactgatggttgcgatacA---CAATA-T--G-CC-----C--TC----------GAT-C--TTCG-A-T---CA-CGG-GGTCATAAgg
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15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCAGCAAAGCAATATCGCTGCACCCTTCTTCCAAAGGGGGGCA
Unaligned ( gi|23 ): CAGTTGATAAACAGCTTGTAGGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGG
Unaligned ( gi|25 ): GTTGCAAAACAATGTGCCCCGTTTTTCTAAAGGGGGCTAAAAA
Unaligned ( gi|26 ): GGTGTAAAACAATATGCACCCTTTTTTTCAAGGGGGGGGGCA
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Unaligned ( gi|28 ): TGGTACAAAACAATGTACCCACTCTTTGTGAAAGGGGGCCTA
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Unaligned ( gi|33 ): GCAAAGCAATATGATCCTCCTCTTTGAAGGGGGCATAATAA
Unaligned ( gi|35 ): AGTTGCAAAACAATATGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGAT
Unaligned ( gi|37 ): CAAAACAATATACCCCTTCTTTTTCAAAGGAGGGAGGGGG
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Unaligned ( gi|52 ): CCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGGTATAAAAACA






Alignments
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lowQualScore                  :                  ...  .  ..   ..... . . . ..  .   ....     ... .. .  ..... ..  ..........  ..    . .........  .        
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consensus                     :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
Reference ( family-551 )      :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|1                          :           CAGAATG---ACCAG--ACA-----G-G-A-A--AA-AAAAACCCAATA---TTAG-CT-----CTACC------CGA-TC--TTCGCA-T---CA-CAGTGAGCAT
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gi|18                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCAT
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gi|29                         :                                    gttgc-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TGATT---TTCG-A-T---CA-AGG-TGGCATGAaagggagaaggg
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gi|33                         :                                       agggtgcA-AAG----CAATA---T--GATC-----C--TC------C---TC--TTTG-A------A--GG-GGGCATAA
gi|34                         :                    gcC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGACTtaa
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gi|36                         :                                        agttgcA-AAA----CAATA---T--GTCC-----C--CT------C--TTT--TTCA-A-T------GGG-GGGCATAAat
gi|39                         :                                                 gc----CAATA---T--G--C-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CAGCGG-GGGCATAA
gi|4                          :          gCAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAACC---C--C-CCACCCAC--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAtaa
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gi|41                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCATAAaa
gi|43                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC----------TC--TTT----T---CA-AAG-GGGa
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gi|46                         :                                        c-C--AA-AAA----CAATA---T--G-TC-----C--C----------TTT--TTCA--------A-GGG-GGGCATAta
gi|47                         :                                              g-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-CGG-GG
gi|48                         :                       -AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--A--C-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-ca
gi|49                         :                                                        AATA---T--G-CC-----T--CC------TGAT-C--TTCG-A-T---CA-CAG-GGGCATAA
gi|5                          :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-GGA-CCAAA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|6                          :            AGATTG---AC-AG--ACA-----G-G-A-CCAAA-AAA----CAATA---T--G-CCT----C--CC------CGATCA--TTCG-A-TTGACA-C-G-GGGCAT
gi|7                          :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----GAG-A-T--AA-TAA----CACCC---C--C-CC-----C--CC------CCAATC--TTCA-A-T---CT-AGG-GGGCATAA
gi|8                          :           CAGA-TG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----G--CC------C---TCTGTTCG-ACT---CA-CGG-GGGCATAAa
gi|9                          :           CAGAATG---AC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-TC-----C--CT------TGA-TC--TTTG-A-T---CA-TGT-GGACATAt
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCAGCAAAGCAATATCGCTGCACCCTTCTTCCAAAGGGGGGCA
Unaligned ( gi|23 ): CAGTTGATAAACAGCTTGTAGGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGG
Unaligned ( gi|25 ): GTTGCAAAACAATGTGCCCCGTTTTTCTAAAGGGGGCTAAAAA
Unaligned ( gi|26 ): GGTGTAAAACAATATGCACCCTTTTTTTCAAGGGGGGGGGCA
Unaligned ( gi|28 ): TGGTACAAAACAATGTACCCACTCTTTGTGAAAGGGGGCCTA
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGCAATATGCCCCCTCTTTTTCAAATGTGGGGATAGGG
Unaligned ( gi|32 ): GGTGCAAAGATATATGCCCCCTCTTTTTCAAGGGAAGGGGG
Unaligned ( gi|37 ): CAAAACAATATACCCCTTCTTTTTCAAAGGAGGGAGGGGG
Unaligned ( gi|38 ): CAGCGTGCAAAACAATATGCCCCCCTATTTTCAAAGGGAC
Unaligned ( gi|42 ): GCAAAACAATATGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGATAA
Unaligned ( gi|45 ): AGCTGCAAACCAATATGCCCCCTTTTTTTCAAGGGA
Unaligned ( gi|50 ): TATGCCCCCTCCTTTTCAAAGGGGGGCATACAAA
Unaligned ( gi|51 ): CATGCCCCCACTTTTTCAAAGGGGGGCATAAAA
Unaligned ( gi|52 ): CCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGGTATAAAAACA






Alignments
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lowQualScore                  :                  555  2  33   55555 2 4 2 55  1   2222     222 11 2  33333 11  7777777777  11    1 111111111  1        
lowQualScore                  :                  ...  .  ..   ..... . . . ..  .   ....     ... .. .  ..... ..  ..........  ..    . .........  .        
lowQualScore                  :                  000  2  11   66666 2 4 0 55  2   3333     999 44 1  77777 44  9999999999  55    1 444444444  1        
consensus                     :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
Reference ( family-551 )      :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|1                          :           CAGAATG---ACCAG--ACA-----G-G-A-A--AA-AAAAACCCAATA---TTAG-CT-----CTACC------CGA-TC--TTCGCA-T---CA-CAGTGAGCAT
gi|10                         :         agaAGAATG---AC-AG--AC------G-G-G-C-----AAA----CAATACCCC--C-CC-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-C-T-GGGCATA
gi|11                         :               ATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TGA-TC--TTCG-A-T---CA-CAG-GGGCATAA
gi|12                         :           CAGAATG---AG-AG--AAA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---C--G-CC-----C--CC--------AATC--TTCG-A-T---CA-C---GGGCATA
gi|13                         :           CAGAAAG---AC-AG--ACA-----G-G-AAC--AA-AAA----CGATA---T--G--A-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-TGG-GGG
gi|14                         :             GAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CT-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-TGG-GTGC
gi|15                         :                                                 AA----CAATA---T--G-CC-----C--CT------TCATTT--TTCA-A------A-AGG-GGG
gi|16                         :     gactgatggttgcgatac-AG--ACA-----G---A-C--CA-GAA----CAATA---T--G-CC-----C--AC------TA--TC--TTCG-A-T---C--CCA-GGGCATGAgg
gi|17                         :                     tC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AA-----CAATA---T--G-CT-----C--CC------CAA--C--TTCT-A-T---TG-CTG-GGGCATAaa
gi|18                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCAT
gi|2                          : tggcccgtgcCAGAATGTCGAT-AG--ACA-----G-GAA-A--AA-AAA----CAATA------A-CC-----C--CCAACCCTCGA-TA--TTGG-A-T---CACCAG-TGGCAT
gi|20                         :                                           agaA-AAG----CAATA---T--G-CC-----C--CT------C--TTC--TTTG-A---------AG-GGACATAA
gi|21                         :                                            gtA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TCTTTT--TTCA-A------A-GGG-GGGtaatggat
gi|22                         :                                         gttgcA-AAA----CAATAT--T--G-CC-----C--CT------C--TTT--TTCA-A-T----A-GGG-GGGCATAggggc
gi|24                         :                                        gattgcA-AAA----CAATG---T--G-CC-----C--TT------C--TTG--TTCA-A-T-------GG-GGGCTTAA
gi|27                         :                                          ttgcA-AAG----CAATA---T--G-CC-----C--CT------C--TTC--TTTG-A-gaa
gi|29                         :                                    gttgc-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TGATT---TTCG-A-T---CA-AGG-TGGCATGAaagggagaaggg
gi|3                          :            AGAATG---AC-AGTGACATGAATG-G-A-C--AATAAA----TAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATCT--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|31                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCa
gi|33                         :                                       agggtgcA-AAG----CAATA---T--GATC-----C--TC------C---TC--TTTG-A------A--GG-GGGCATAA
gi|34                         :                    gcC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGACTtaa
gi|35                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGtgattgtgt
gi|36                         :                                        agttgcA-AAA----CAATA---T--GTCC-----C--CT------C--TTT--TTCA-A-T------GGG-GGGCATAAat
gi|39                         :                                                 gc----CAATA---T--G--C-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CAGCGG-GGGCATAA
gi|4                          :          gCAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAACC---C--C-CCACCCAC--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAtaa
gi|40                         :                                                 aA----CAATA---T--G-CC-----C--TC-------GAT-C--TTCG-A-T---CA-CGG-GGTCATAA
gi|41                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCATAAaa
gi|43                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC----------TC--TTT----T---CA-AAG-GGGa
gi|44                         :                                        aggtgcA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A----------G-GGGCATg
gi|46                         :                                        c-C--AA-AAA----CAATA---T--G-TC-----C--C----------TTT--TTCA--------A-GGG-GGGCATAta
gi|47                         :                                              g-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-CGG-GG
gi|48                         :                       -AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--A--C-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-ca
gi|49                         :                                                        AATA---T--G-CC-----T--CC------TGAT-C--TTCG-A-T---CA-CAG-GGGCATAA
gi|5                          :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-GGA-CCAAA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|6                          :            AGATTG---AC-AG--ACA-----G-G-A-CCAAA-AAA----CAATA---T--G-CCT----C--CC------CGATCA--TTCG-A-TTGACA-C-G-GGGCAT
gi|7                          :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----GAG-A-T--AA-TAA----CACCC---C--C-CC-----C--CC------CCAATC--TTCA-A-T---CT-AGG-GGGCATAA
gi|8                          :           CAGA-TG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----G--CC------C---TCTGTTCG-ACT---CA-CGG-GGGCATAAa
gi|9                          :           CAGAATG---AC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-TC-----C--CT------TGA-TC--TTTG-A-T---CA-TGT-GGACATAt


blockSeqs                     :                  TCG  .  TG   TGAAT A A A CA  T   .        CCC .  A  ACCCA .   AACCCTCGA   TG    . TTGACAC    .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . G . CA  .   .        T   .  T  T     .   TCAT        .     . TCACC      .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   TCTT        .     . TCAGC      .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   TGAT        .     . CTCAC      .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGAT        .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGAC        .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   TGAT        .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGAT        .     . TCAT       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGAT        .     . TCAT       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CCAA        .     . TTGC       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . TCAA       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   TGA         .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                  .    .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                       .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                       .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   CAA         .     . TCAA       .
blockSeqs                     :                       .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   TCT         .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                       .  .    .     . . . .   .   .        .   .  .  .     .   TCT         .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                                         . .   .   .        .   .  .  .     .   TCT         .     . TCAC       .
blockSeqs                     :                                         . .   .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . TCTA       .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . TCAT       .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   GAT         .     . TCC        .
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blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . AA         .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   CGA         .     . AG         .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   TGA         .     . AG         .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   AA          .     . AG         .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   TA          .     . AG         .
blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   CT          .     . TG         .
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blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   CT          .     . T          .
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blockSeqs                     :                                               .   .        .   .  .  .     .   CT          .     . .          .
blockSeqs                     :                                                   .        .   .  .  .     .   C           .     . .          .
blockSeqs                     :                                                   .        .   .  .  .     .   T           .     .             
blockSeqs                     :                                                   .        .   .  .  .     .   C           .     .             
blockSeqs                     :                                                            .   .  .  .     .   .                               


blockSeqCons                  :                                                   ****         **          **
originalCons                  :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
finalCons                     :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCAGCAAAGCAATATCGCTGCACCCTTCTTCCAAAGGGGGGCA
Unaligned ( gi|23 ): CAGTTGATAAACAGCTTGTAGGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGG
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Unaligned ( gi|28 ): TGGTACAAAACAATGTACCCACTCTTTGTGAAAGGGGGCCTA
Unaligned ( gi|30 ): CAAAGCAATATGCCCCCTCTTTTTCAAATGTGGGGATAGGG
Unaligned ( gi|32 ): GGTGCAAAGATATATGCCCCCTCTTTTTCAAGGGAAGGGGG
Unaligned ( gi|37 ): CAAAACAATATACCCCTTCTTTTTCAAAGGAGGGAGGGGG
Unaligned ( gi|38 ): CAGCGTGCAAAACAATATGCCCCCCTATTTTCAAAGGGAC
Unaligned ( gi|42 ): GCAAAACAATATGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGATAA
Unaligned ( gi|45 ): AGCTGCAAACCAATATGCCCCCTTTTTTTCAAGGGA
Unaligned ( gi|50 ): TATGCCCCCTCCTTTTCAAAGGGGGGCATACAAA
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Alignments
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lowQualScore                  :                  ...  .  ..   ..... . . . ..  .   ....     ... .. .  ..... ..  ..........  ..    . .........  .        
lowQualScore                  :                  000  2  11   66666 2 4 0 55  2   3333     999 44 1  77777 44  9999999999  55    1 444444444  1        
consensus                     :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
Reference ( family-551 )      :           CAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATTC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|1                          :           CAGAATG---ACCAG--ACA-----G-G-A-A--AA-AAAAACCCAATA---TTAG-CT-----CTACC------CGA-TC--TTCGCA-T---CA-CAGTGAGCAT
gi|10                         :         agaAGAATG---AC-AG--AC------G-G-G-C-----AAA----CAATACCCC--C-CC-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-C-T-GGGCATA
gi|11                         :               ATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TGA-TC--TTCG-A-T---CA-CAG-GGGCATAA
gi|12                         :           CAGAATG---AG-AG--AAA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---C--G-CC-----C--CC--------AATC--TTCG-A-T---CA-C---GGGCATA
gi|13                         :           CAGAAAG---AC-AG--ACA-----G-G-AAC--AA-AAA----CGATA---T--G--A-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-TGG-GGG
gi|14                         :             GAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CT-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-TGG-GTGC
gi|15                         :                                                 AA----CAATA---T--G-CC-----C--CT------TCATTT--TTCA-A------A-AGG-GGG
gi|16                         :     gactgatggttgcgatac-AG--ACA-----G---A-C--CA-GAA----CAATA---T--G-CC-----C--AC------TA--TC--TTCG-A-T---C--CCA-GGGCATGAgg
gi|17                         :                     tC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AA-----CAATA---T--G-CT-----C--CC------CAA--C--TTCT-A-T---TG-CTG-GGGCATAaa
gi|18                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCAT
gi|2                          : tggcccgtgcCAGAATGTCGAT-AG--ACA-----G-GAA-A--AA-AAA----CAATA------A-CC-----C--CCAACCCTCGA-TA--TTGG-A-T---CACCAG-TGGCAT
gi|20                         :                                           agaA-AAG----CAATA---T--G-CC-----C--CT------C--TTC--TTTG-A---------AG-GGACATAA
gi|21                         :                                            gtA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TCTTTT--TTCA-A------A-GGG-GGGtaatggat
gi|22                         :                                         gttgcA-AAA----CAATAT--T--G-CC-----C--CT------C--TTT--TTCA-A-T----A-GGG-GGGCATAggggc
gi|24                         :                                        gattgcA-AAA----CAATG---T--G-CC-----C--TT------C--TTG--TTCA-A-T-------GG-GGGCTTAA
gi|27                         :                                          ttgcA-AAG----CAATA---T--G-CC-----C--CT------C--TTC--TTTG-A-gaa
gi|29                         :                                    gttgc-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------TGATT---TTCG-A-T---CA-AGG-TGGCATGAaagggagaaggg
gi|3                          :            AGAATG---AC-AGTGACATGAATG-G-A-C--AATAAA----TAATA---T--G-CC-----C--CC------CGATCT--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAA
gi|31                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCa
gi|33                         :                                       agggtgcA-AAG----CAATA---T--GATC-----C--TC------C---TC--TTTG-A------A--GG-GGGCATAA
gi|34                         :                    gcC-AG--AGA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------CGACTtaa
gi|35                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CCT-----C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGtgattgtgt
gi|36                         :                                        agttgcA-AAA----CAATA---T--GTCC-----C--CT------C--TTT--TTCA-A-T------GGG-GGGCATAAat
gi|39                         :                                                 gc----CAATA---T--G--C-----C--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CAGCGG-GGGCATAA
gi|4                          :          gCAGAATG---AC-AG--ACA-----G-G-A-C--AA-AAA----CAACC---C--C-CCACCCAC--CC------CGA-TC--TTCG-A-T---CA-CGG-GGGCATAtaa
gi|40                         :                                                 aA----CAATA---T--G-CC-----C--TC-------GAT-C--TTCG-A-T---CA-CGG-GGTCATAA
gi|41                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC------C--TTT--TTCA-A------A-GGG-GGGCATAAaa
gi|43                         :                                              A-AAA----CAATA---T--G-CC-----C--CC----------TC--TTT----T---CA-AAG-GGGa
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14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ACAGCAGCAAAGCAATATCGCTGCACCCTTCTTCCAAAGGGGGGCA
Unaligned ( gi|23 ): CAGTTGATAAACAGCTTGTAGGCCCCCTCTTTTTCAAAGGGGGG
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