lowQualScore : 1111 111111
lowQualScore : 8888 66666 2 5 2 2 2 2 33 5555 2 2 555 66666 444 999 33 111111 2
lowQualScore : .... ..... . . . . . . .. .... . . ... ..... ... ... .. ...... .
lowQualScore : 6666 22222 5 3 5 5 5 5 44 3333 5 5 222 22222 444 444 44 222222 6
consensus : TTTGAA-C--AA-----A-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCNAT
Reference ( gi|8 ) : TTTGAA-G--AA-----A-ATA-CA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAAA----TTGGCCAAT
gi|6 : TTTGAA-C--AA-----A-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTAT
gi|5 : TTTGAA-C--AA-----A-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATc
gi|7 : TTTGAA-GGAAA-----A-AAA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTGGCCc
gi|4 : gTTTGAA-C--AA-----A-ATA-CAGA-CA-AAAGTA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAAA----AT-GCCAAT
gi|14 : TTTGAACA--AA-----A-AAA-TA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACA----TTGG
gi|2 : TTGGAA-C--AA-----A-ATA-CA-ATCA-TA--TA----TGGA-C--AAA-----TATTTA---GCAGTTTTTT--GAAA----TTGGCCTAT
gi|9 : tTTCGAA-C--AA-----A-ATA-TA-A-CA-GA---A----TG-AAC--TAA-----ACTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCAccaga
gi|3 : gTTTGAACA--AA-----A-AAA-TA-A-CA-GA--TAATTATG-A-C--AAA-----TCTCTA---GTAG---TTT--AACG----TTGGCCA
gi|12 : gTTTGAA-C--AA-----A-GAA-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TTT--GA
gi|17 : caaagtgTTTGAA-C--AA-----ACAAA-TT-A-CA-GA--TA----CA-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--cc
gi|11 : aagagTTTGAA-G--AAGAAAAA-AGA-TA-A-TA-GA--TA----TG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TGT--GA
gi|13 : aggagTGAA-C--AA-----A-ATAATG-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTAGCCAc
gi|10 : TGAA-C--AA-----A-A-A-C----CA-GA--TA----CG-A-C--AAAATTAATCTTTA---GCAG---TTT--GCCG----TTGGCC
gi|1 : tgaTGAA-C--AA-----A-ATA-CA-A-CATAA--TA----TG-A-CCAAAA-----TCTTTATGCGCAC---TTTTGGAAAAAATTTGGCCTAT
gi|15 : AA-A--AA-----A-AAA-TA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG----TT--GACA----TT-GCCAca
gi|16 : aaca--AA-----A-ATG-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTCA---GCGG---TTT--GACC----TTGG
Alignments
lowQualScore : 33 2 3 7 2 2 2 33 5555 2 2 444 55555 444 888 33 777777 1
lowQualScore : .. . . . . . . .. .... . . ... ..... ... ... .. ...... .
lowQualScore : 22 4 3 1 4 4 4 22 0000 4 4 444 99999 111 888 22 555555 0
consensus : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
Reference ( family-550 ) : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCNAT
gi|1 : TGAAC--AAA-ATA-CA-A-CATAA--TA----TG-A-CCAAAA-----TCTTTATGCGCAC---TTTTGGAAAAAATTTGGCCTAT
gi|10 : TGAAC--AAA-A----A-C-CA-GA--TA----CG-A-C--AAAATTAATCTTTA---GCAG---TTT--GCCG----TTGGCCca
gi|11 : tgaGAA---AAA-AGA-TA-A-TA-GA--TA----TG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TGT--GAC
gi|12 : aggagtttgaagaaTTTGAAC--AAA-GAA-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TTT--GAC
gi|13 : caaagtgTGAAC--AAA-ATAATG-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTAGCCc
gi|14 : TTTGAAC--AAA-AAAATA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACA----TTGGa
gi|15 : AAA--AAA-AAA-TA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG----TT--GACA----TTG
gi|16 : aaca--AAA-ATG-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTCA---GCGG---TTT--GACC----TTGGcca
gi|17 : aagacaTTTGAAC--AAACAAA-TT-A-CA-GA--TA----CA-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--
gi|2 : aagagTTGGAAC--AAA-ATA-CA-ATCA-TA--TA----TGGA-C--AAA-----TATTTA---GCAGTTTTTT--GAAA----TTGGCCTAT
gi|3 : tTTTGAAC--AAA-AAAATA-A-CA-GA--TAATTATG-A-C--AAA-----TCTCTA---GTAG---TTT--AACG----TTGGCCccaga
gi|4 : gTTTGAAC--AAA-ATA-CAGA-CA-AAAGTA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAa
gi|5 : TTTGAAC--AAA-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATaaatgccaat
gi|6 : TTTGAAC--AAA-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATc
gi|7 : TTTGAAGGAAAA-AAA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTGGCCc
gi|8 : gTTTGAAG--AAA-ATA-CA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAAA----TTGGCCAAT
gi|9 : TTCGAAC--AAA-ATA-TA-A-CA-GA---A----TG-AAC--TAA-----ACTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCA
Alignments
lowQualScore : 33 2 3 7 2 2 2 33 5555 2 2 444 55555 444 888 33 777777
lowQualScore : .. . . . . . . .. .... . . ... ..... ... ... .. ......
lowQualScore : 22 4 3 1 4 4 4 22 0000 4 4 444 99999 111 888 22 555555
consensus : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
Reference ( family-550 ) : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
gi|1 : TGAAC--AAA-ATA-CA-A-CATAA--TA----TG-A-CCAAAA-----TCTTTATGCGCAC---TTTTGGAAAAAATTTGGCCTAT
gi|10 : TGAAC--AAA-A----A-C-CA-GA--TA----CG-A-C--AAAATTAATCTTTA---GCAG---TTT--GCCG----TTGGCCca
gi|11 : tgaGAA---AAA-AGA-TA-A-TA-GA--TA----TG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TGT--GAC
gi|12 : aggagtttgaagaaTTTGAAC--AAA-GAA-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TTT--GAC
gi|13 : caaagtgTGAAC--AAA-ATAATG-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTAGCCc
gi|14 : TTTGAAC--AAA-AAAATA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACA----TTGGa
gi|15 : AAA--AAA-AAA-TA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG----TT--GACA----TTG
gi|16 : aaca--AAA-ATG-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTCA---GCGG---TTT--GACC----TTGGcca
gi|17 : aagacaTTTGAAC--AAACAAA-TT-A-CA-GA--TA----CA-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--
gi|2 : aagagTTGGAAC--AAA-ATA-CA-ATCA-TA--TA----TGGA-C--AAA-----TATTTA---GCAGTTTTTT--GAAA----TTGGCCTAT
gi|3 : tTTTGAAC--AAA-AAAATA-A-CA-GA--TAATTATG-A-C--AAA-----TCTCTA---GTAG---TTT--AACG----TTGGCCccaga
gi|4 : gTTTGAAC--AAA-ATA-CAGA-CA-AAAGTA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAa
gi|5 : TTTGAAC--AAA-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATaaatgccaat
gi|6 : TTTGAAC--AAA-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATc
gi|7 : TTTGAAGGAAAA-AAA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTGGCCc
gi|8 : gTTTGAAG--AAA-ATA-CA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAAA----TTGGCCAAT
gi|9 : TTCGAAC--AAA-ATA-TA-A-CA-GA---A----TG-AAC--TAA-----ACTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCC
blockSeqs : GA C G A G T . AG ATTA G A A ATTAA . TTT . CG
blockSeqs : . . A A . . . . . . . A . . T . TG
blockSeqs : . . T A . . . . . . . A . . T . CA
blockSeqs : . . A . . . . . . . . A . . . . CA
blockSeqs : . . A . . . . . . . . A . . . . CC
blockSeqs : . . T . . . . . . . . A . . . . AA
blockSeqs : . . A . . . . . . . . A . . . . CG
blockSeqs : . . T . . . . . . . . A . . . . AA
blockSeqs : . . A . . . . . . . . A . . . . AA
blockSeqs : . . T . . . . . . . . A . . . . TG
blockSeqs : . . T . . . . . . . . A . . . . AA
blockSeqs : . . T . . . . . . . . A . . . . CG
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A** *** ** CG****
originalCons : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
finalCons : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-CA--AA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
Alignments
lowQualScore : 33 2 3 7 2 2 2 33 5555 2 2 444 55555 444 888 33 777777
lowQualScore : .. . . . . . . .. .... . . ... ..... ... ... .. ......
lowQualScore : 22 4 3 1 4 4 4 22 0000 4 4 444 99999 111 888 22 555555
consensus : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
Reference ( family-550 ) : TTTGAAC--AAA-ANA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCCTAT
gi|1 : TGAAC--AAA-ATA-CA-A-CATAA--TA----TG-A-CCAAAA-----TCTTTATGCGCAC---TTTTGGAAAAAATTTGGCCTAT
gi|10 : TGAAC--AAA-A----A-C-CA-GA--TA----CG-A-C--AAAATTAATCTTTA---GCAG---TTT--GCCG----TTGGCCca
gi|11 : tgaGAA---AAA-AGA-TA-A-TA-GA--TA----TG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TGT--GAC
gi|12 : aggagtttgaagaaTTTGAAC--AAA-GAA-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTTA---GCGG---TTT--GAC
gi|13 : caaagtgTGAAC--AAA-ATAATG-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTAGCCc
gi|14 : TTTGAAC--AAA-AAAATA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GACA----TTGGa
gi|15 : AAA--AAA-AAA-TA-G-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG----TT--GACA----TTG
gi|16 : aaca--AAA-ATG-TA-A-CA-GA--TA----CG-A-C---AA-----TCTTCA---GCGG---TTT--GACC----TTGGcca
gi|17 : aagacaTTTGAAC--AAACAAA-TT-A-CA-GA--TA----CA-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--
gi|2 : aagagTTGGAAC--AAA-ATA-CA-ATCA-TA--TA----TGGA-C--AAA-----TATTTA---GCAGTTTTTT--GAAA----TTGGCCTAT
gi|3 : tTTTGAAC--AAA-AAAATA-A-CA-GA--TAATTATG-A-C--AAA-----TCTCTA---GTAG---TTT--AACG----TTGGCCccaga
gi|4 : gTTTGAAC--AAA-ATA-CAGA-CA-AAAGTA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAa
gi|5 : TTTGAAC--AAA-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATaaatgccaat
gi|6 : TTTGAAC--AAA-ATA-CA-A-C--TA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAGT--TTT--GAAA----TTGGCCTATc
gi|7 : TTTGAAGGAAAA-AAA-TA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GATG----TTGGCCc
gi|8 : gTTTGAAG--AAA-ATA-CA-A-CA-GA--TA----TG-A-C--AAA-----TCTTTA---GCAG---TTT--GAAA----TTGGCCAAT
gi|9 : TTCGAAC--AAA-ATA-TA-A-CA-GA---A----TG-AAC--TAA-----ACTTTA---GCAG---TTT--GACG----TTGGCC