lowQualScore                  :                                     111111111       11111111                  111    44444444444                      22222222222222222222222222222222222222                     222222222                         4444444444444444444444444444                                                                                      11111111111111          2222222                   2222222222                                                              22222222222222                              11111111111                                 
lowQualScore                  :                66    22 1   1   1   666666666 1  33 44444444  1  22  55 44 7  333    77777777777    444444 33 22 1 22 99999999999999999999999999999999999999 1  55 3 1   55555   111111111   55  9999999 1  3  22  2222222222222222222222222222  5555555 4 2 33 4444 1 88888888888888 555555 4 66666666666 777  2 1 9999999 11 44444 00000000000000 1 1 11 1 4444444 2 22  22 1 11 1 1 2222222222  333 66666  22 22222 11 22 1 111 1  3333  1 1 1 2 11  6666 1 44444444444444 1 3333 333 555   44 2  44444 33333333333  33 5555  333 2  222 2 66       
lowQualScore                  :                ..    .. .   .   .   ......... .  .. ........  .  ..  .. .. .  ...    ...........    ...... .. .. . .. ...................................... .  .. . .   .....   .........   ..  ....... .  .  ..  ............................  ....... . . .. .... . .............. ...... . ........... ...  . . ....... .. ..... .............. . . .. . ....... . ..  .. . .. . . ..........  ... .....  .. ..... .. .. . ... .  ....  . . . . ..  .... . .............. . .... ... ...   .. .  ..... ...........  .. ....  ... .  ... . ..       
lowQualScore                  :                99    00 5   5   4   888888888 4  44 22222222  4  00  44 88 7  444    88888888888    555555 55 00 5 00 11111111111111111111111111111111111111 5  00 0 3   22222   999999999   77  1111111 5  1  00  9999999999999999999999999999  9999999 3 8 33 3333 4 11111111111111 999999 1 66666666666 666  8 4 5555555 99 99999 33333333333333 3 2 77 2 3333333 3 77  77 1 66 1 1 9999999999  444 66666  55 66666 44 55 1 888 1  7777  1 1 1 2 55  8888 1 33333333333333 1 9999 111 000   99 3  88888 11111111111  00 3333  222 8  444 8 22       
consensus                     :          AAAATA-NTTTT--G-ACC-CCT-TTC--G-G--C-C-CC--T-N---A--TT-TG--AA--G--GGCT-G-GCCCCTN--------AAAC--T---T-GA--T-A--T-----GGT-C---G-A---A--TA---GG--CC-TT-GT-CA--T-TATCT-----ACA--A---TT-TTT-GTT--C----T-AC-AA--TG--N--AT---A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----TA-A--T-A---T--A-T-AC----G-A-T-G--T-T--G---NA-T--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-A-A-A-G--GG---CG-A-C--G-T---A---A-G----A---C--AAAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
Reference ( gi|12 )           :          AAAATA-CTTTT--G-ACC-CCT-TTC--A-G--T-C-CT--T-T---A--TT-TG--AA--G--GACT-A-GCCCTTTT-------AAAC--T---T-GA--T-A--T-----GAT-C---A-A---A--TA---CG--CC-TA-GT-CA--T-TATCT-----ACA--A---TG-TTT-ATT--C----T-AC-AA--TG--A--AT---A------A--GA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----TA-A--T-A---T--A-T-AC----A-A-T-G--T-T--A---TA-T--TT--T-A--G-G-G----A--C--CA---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-A-A-A-G--GG---CG-A-T--G-C---G---A-G----A---C--AAAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|11                         :          AAAAAG-TTGTT--A-ACC-CCT-TTT----G--C-C-CC--T-T---A--TT-TA--AA--G--G--C-G-GCCCCTA--------AAAC--T---C--A--T-A--T-----GGT-A---AGA---A--TA---GG--GC-TT-GT-CAG-T-TATCT-----ACA--G---CT-TTG-TTT--C----T-AC-AA---G--A--AT---A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-G-----------T---TT-C-A----AG-A--T-A---T--A-T-AC----A-A-T-G--T-T--G----A-A--TT--T-A--G-G-G-------T--CA---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TTCCC----TT-A-A-A-G--GG---CG-A-C--G-T-------A-A----A---C--AAAA--TGTG-----G-----------AA--G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|22                         :          AAAATA-GTTTG--G---C-CCT-TTC--G------C-CC--T-A---A--TT-TG--AAACG--GGCT-G-GCTCA----------AAAC--G---T-CA--T-A--T-----GAC-C---G-A---A--TA---GG--CT-TT-GTTCA--T-CATCC-----ACA--G---GT-TTT-GTT--C----T-AC-AA--TG--T--AT---A------ACAGA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TTTC-A----AG-A--T-A---T--A-T-AC----A-A-T-G--T-T--G---AA-T--TT--T-A--G-G-G----GT-C--CA---T--T--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-A-A-A-G--GG---CG-A-C--G-T---A---A-G----A---C--AAAA--T-Tgagtc
gi|8                          :       tagAAAATA-GTTTT--G-ACC-CCT-TTT--G-G----C-CT--T-TGTAA--TT-TA--AA--A--G-CT---GTCCCCTA-------AAAC--T---TTGA--T-A--T-----GGG-C---A-A---A--TA---AGA-CT-TC-TT-CA--T-TATTA-----ACA--C---T--TTT-GCG--C----T-AC-AA--TG--T--ATTCCA------C--AC------AA---G---A-T-T--TC---T-T--------------A------GAT-----------T---TT-CTA----TG-A--T-A---T--A-T-AC----A-A-T-G--T-T--G---GA-T--TG--T-A--G-G-G-------T--CA---T--A--GC--C-----T--G--A-T--TT-TC----CT-C-A-A-A--GC---CG-A-T--G-T---A---A-G----A---C--AAAA--T-TT-----G-----------AA--G----A--G-G-CA---T-A--TTGTTC
gi|13                         :      ttagAAAATA-AGTTT--G-ACC-CCT-TT-----G--C-C-CC--T-A---A--TT-TA--AA--G--CGCTTG-GCCCTA---------AAAC--G---T-CA--T-A--T-----GGA-C---G-A---AATTA---GG--GC-TT-GT-CA--TGTATCT-----ACA--G---CT-TGT-GTT--C----T-AC-AA--TG--T--ATT--A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----AG-ATTT-A---T--A-A-AC----A-A-T-G--T-G--A----A-T--TT--TAA--G-G-G----G--T--CC---T--C--CC--C-----G--C--A-A--TT-CCCA--TT-A-A-G-G--GA---CG-A--------------A-G----A---C--AAAAT-T-TT-----G-----------AA--G----AT-GAG-CA---T-
gi|6                          :      ttagAAAATA-CTTTT--G-A-C-CCT-TTCGGG-G--G-C-CG--T-T---AATCT-TG--AA--G--GGCT-G-GCCC--CT-------AAAC--T---T-GA--T-T--T-----TTT-G---T-A---A--TA----G--CC-TCTGT-CAATT-TTCCT-----AAA--C---TT-TCT-GTT--C----T-ACAAA--TG--C--CT---T------A--CC------AA---TTACA-TAT--T----T-T--------------A------G-T-----------TG--TT-C-A----TA-A--T-A---TC-A-T--C----G-A-T-G--T-TG-G---TA----TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T--CT-CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-A-A-A-G--GG---AG-A-T--ATC---A---A-G----A---C--AAAAATC-TT-----G-----------AA--A----ATGG-G-CA---A-A--TTGTTCA
gi|1                          :       tcgAAAATA-ATTTT--G-ACC-CTT-CTC--A----C-C-CC--G-A---A--TT-TGCAAAT-G--GGCT-T-GGCCCCTA-------AAAC--T---T-GA--T-A--TC----GGC-G---A-A---A--TT---GG--CC-TT-GT-AAC-T-TATCT-----AGA--A---C--TTT-ATT--A----T-AC-AA--TG--T--AT---A------ACAAA------AA---T---A-T-T--T----T-TTAGACTGGGGCGAGA------G-TGCATCATGCTTT---TT-C-A----TA-A--T-A---T--A-T-AC----G-A-T-G--T-T--G---AA-TTGTT--T-A--G-GTG----GTTC--CACGTC--C--CC--C-----T--G--A-A--AT-CCTCCTTT-A-A-A-G--GG---AG-A-T--G-TA--A---A-G----A---C--AAAA--T-TT-----G-----------AA--GATTAAT-G-A-CA---T-A--TTGgggt
gi|9                          :      ttagAAAATA-CTTTTTGG-ACC-CCTCTTC--G-GGCC-C-CT--T-A---A--TA-CG--AA--G--GA-T-G-GCCCCTA--------AAAC--T---T--A--T-A--TTTTTCGGT-C---G-A---A--TA----G--CC-T--TT-CA--T-T-TCT-----A-A--A---TT-TTG-TTT--C----T-ACCAA--TG--C--TT---A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---T--C-T----TA-A--TCA---T--C-T-TC----GGA-T-G--T-T--G---TA-T--TT--T-A--G-G-----------------T--CT-CC--C-----T--G--A-A--TC-GC----TT-A-A-T-G--GG---AG-A-T--G-T---C---A-G----A---C--AAAAG-G-TT-----G-----------AA-------CT-A-G-CA---T-A--TTGCTCAattagagt
gi|30                         :         gAAAATA-CATTC--G-ACC-CCT-CTC--G-A--C-C-CT--T-T---A--TT-TG--AA--G--AACT-T-GTCCATAT-------AACA--T---T--A--T-A--T-----GGT-C---G-A---A--TA---CG--CC-TT-GT-CA--T-TAGCT-----ACA--A---TT-TTT-GTT--C----T-
gi|40                         :     tctaaAAAATA-CTTTT--T-ACC-CCT-CTC--A-G--C-C-TC--T-A---A--TT-TG--AA--G--
gi|16                         :   atatcttgAAATA-ATTTT--G-ACG-CCT-CTC--A-G--C-C-CT--A-----A--TT-TG--AA--G--GGCT-G-GCC---TA-------AAAC--T---T-GAACT-A--T-----CGG-C---G-A---A--TT---GG--CC-TT-GT-AA--T-TATCT-----AGA--A---CT-TTT--TT------------AA--TC--ATTAT---A------A--CA------AA-------A-T-T--T----T----------------A------G-T-----------T---T--C-A----TA-A--T-----T--A-T-AC----G-A-T-G--T-T--G---AACT--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T--C--CC--------T--G--A-A--CT-CC----TT-A-A-A-G--GG---AG-A-T--G-T---A---A-G----A------ACAA--T-TT-----G-----------AA--G----ATAG-A-CA---T-A--TTG
gi|15                         : atatttgtagAAATA-ATTTT--G-AAC-CCT-CTC--AAG--C-C-CC--T-T---AA-TT-TG--AA--G--GGCT-G-GCCCCTA--------AAAC--T---T-GA--A-T--T-----GGT-C---G-A------TA---GG--CT-T--GT-AA--T-TATCT-----AGA--A---CT-TTT-ATT--A----T-AC-AA--TG--T--AT---A------AC-AA------AA---T---ATT-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----T--A--T-C---T----T-AC----G-A-T-G--T-T--G---AA-T--TT--T-A--A-G-G----G--G--CG---T--CATCC--C-----T--G----A--CT-CC-----T-A-A-A-G--GA----G-A-T--G-T-------A-A----A---C----AA--T-TT-----G-----------AA--G----AT---G-CA---T-AT-TTGTTTAat
gi|4                          :           AAATA-ATTTT--GTACCTCCT-TTC--G-G--T-C-CCC-T-T---A--TAACG--AA--G--GGAT-G-GCCCCTA--------AAAC--T---T-GA--T-GATT-----GTC-C---G-A---A--TA---CG--CC-TT-TT-CA--T-GTTCT-----ACA--A---TT-TTT-GTTCGC----T-AC--A--TG--C--CT---T------A--GATCCAATAA---T---A-TGT--T----T-C--------------A------GTT-----------T---TT-C-A----TA-A--T-AGTCT--T-T-CG----A-G-C-G--T-T--G---TA-C--TTTGT-A--G-G-G----------TA---TGCC--TC--C-----T--G--A-A--T--------TT-A-A-A-G--GG---AG-A-T--G-T---C---A-G----A---C--AAAAG-T-TT-----GA----------AA--G----AT-G-gagtc
gi|17                         :         tgAAATA-GTTTT--G-ACC-CCT-TTT----G--C-C-CT--T-A---A--TT-TA--AA--AC-GGCT-G-TCCC--TA-------AAAC--TC--T-GA--T-A--T-----GGCGC---G-A---A--TA---AG------A-TT-CT--T-TATCTATTTAACA--G---CT-CTT-GTT--C----T-AC--A--TG--T--ATTC-A------C--AC------AA---TA--A-T-T--T----T-T--------------A------GTT-----------T---TT-C-A----TG-A--T-A---T--A-TAAC----A-A-T-G--T-T---------------------------------------------------------T--G----A--TT-CC----TT-C-A-A-A--GG---C--A-T--G-TTAAG---C-G----A---CA-AAAA--T-TT-----G-----------AAC-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTaggataattgcactcaggtc
gi|20                         :         tagAATA-CTTTT--G-ACC-CCT-TTC--G-G--C-C-CT--T-A---A--TT-TG--AT--G--GGCT-A-GCCCCTA--------AAAC--G---T-GA--T-A--T-----GGT-C---G-A---A--TA---CG--CC-TT-GT-CA--T-CTTCT-----ACA--A---TT-TTT-GGT--T----T-CC-AA--TG--C--TT---A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----C-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----TA-A--T-A---T--C-T-TC----G-A-T-G--T----A---TA-T--T-----A--G-G-G----G--T--CA---T--A--CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-A-A-C-G--GG---AA-A-T--G-C---C---A-G----A---C--AAAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT-G-tcagagt
gi|10                         :         gatAATAGTTTTT--A-ACC-CCT-TT-----G--C-C-CT--T-A---A--TT-TA--AA--G--GGCT-G-GCCCTA---------AAACG-T---T-CA--T-A--T-----GG------A-AGACA--TA---GG--GC-T--TT-CA--TATATCT-----ACA--AGCTTG-TT--GTT--CA---T-AC-AA------G--AT---A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----TCT--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----AG-A--T-A---T--A-T-AC----A-AAT-G--T-T--G---AA-T--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---A--T--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-A-A-A-G--GG---CG-A-C--G-T---A---AGG----A---CA-AAAA--T-TT-----G-----------GA--A----AT-G-G-CA---T-A--
gi|5                          :       aaaacAATA-GTTTT--G-GCC-CCT-TTT--C-G--C-C-CC--TAT---AATCT-TA--AA--G--G-CT-G-GCC-TCTA-------AAAC--G---T-CA--T-A--T-----GGA-C---G-A---A--TA---GG--GC-TA--T-CA--T-CATCC-----ACA--G---GT-TTT-GTT--T----TTAC-AA--TG--T--AT---A------AC-AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----AG-A--TTA---T--A-TTAC----ACA-T-G--T-TG-A---AA-T--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T--C--CC--C-----T--A--A-T--TC-CC----TT-A-A-A-G--GG---CG-A----G-T---A---A-G----AC--C--AAAA--T-TTCAAAAGTTTCAGGTTTCAA--G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTT
gi|26                         :      tagaatAATA-CCTTT--G-ACC-CCC-TCT--T-G--A-CACT--T-T---A--TT-TG--AA--G--GACT-G-ACCC--TT-------AAA---------------A--C-----G-T-C---G-A---A--TA----G---------------------T-----ACA--A---CT-TTT-GTT--C----T-AC--A--TG--G--AC---ATTGTTTATCAA------AA---T---G-T-T--T----T-C--------------A------G-T-----------T---TT--------TA-A--C-A---A--A-T-ATTGGAA-A-T-G----C--A----G-T--TT--C-G--G-G-G----A--T--TA---T--C--CA--G-----T--G--A-A--TT-CC----
gi|29                         :    tatccagatATA-ATTTT--G-AAC-CCT-TTC--A-G--T-C-CT--T-A---A--TT--G--AA--G--GACTGA-ACCCTA---------AAAC--T---T-TA--T-T--T-----GGT-C---G-A---A--TA---GG--CC-TT-AT-CT--T-TTTCT-----ACA------TG-TTTTGTT--C----T-AC-AA--TG--gt
gi|3                          :           atATA-CTTTT--G-ACC-CCC-TTT--AGG--TGC-CTACC-T---A---T-CG--AAAGG--GAAT-G-GCCCCCCT-------AAATAAC---T-GA--T----T-----GTT-T---A-T---A--CG---TG--CCTTT-TT-CA--T-T-TCTA----ACC--ATT-TT-TTT-GTT--C----T-AC-AC--TG--GT-TT---A------A--AA------AATATT---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------TC--TT-C-A----TA-A--T-----T--T-T-CC----G-A-T-G--T-TTGG---TA-T--TTA-T-A--GCG-G----G--T--CC---T--C--CT--CAACCGT--GA-A-A--TG-CA----TT-A-A-T-ACTGG---AG-ACT--G-C---A---A-G----A---C--AAAT--T-TT-----G-----------AA--GA---AT-G-G-CA---T-GT-TTGCTCAcctgaaattact
gi|23                         :                acTTTT--G-ACC-TCT-TTC--G-G--T-C-CC--T-T------TT-TG--AA--GA-GGCT-G-GTCCCTA--------AAAC--T---T-GA--T-A--T-----AGT-T---G-C---A--TAGATCG--TC-T-----CA--T-TATCC-----ACA--AC--TG-TTT-A----A----C-AC-AA--TG---------------------------------------T-T--T----T-A--------------A------A-T-----------T---TT-G-A----GACA--T-T---T--A-T-AA----A-A-C-A--T-T--C---TG-T--TT--A-A--G-G-G----G--T--CA---T--C--CT--C-----T--G--A-A--GT-CC----TT-A-A-A-A--GG---GA-A-C--G-T---A---A-G----A---C---TAC--T-TT-----G-----------AA--G----AT-A-A-CA---T-A--TTGTTTAg
gi|2                          :                aaTTCT--G-ACT-CTC-GTC--A-G--A-C-CC--T-A---A--TT-TG--AA--G--GGCT-GCGCCCTGTA-------AAAC--T---T-GA--T-A--T-----TGT-------G---A--TA---CGGCCT-TA-GT-AA--T-TATCT-----AAG--AACTTG-TAT-A-T--A----T-AC-AGATTG--T--AT---A------A--CA------AA---T---A-T-TAGTTTTGT-T--------------A------G-T-----------T---TG-C-A----TA-A--TCA---T--A-T--C----C-A-T-G--T-T--G---AA-T--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T--TA-CC--C-----T--G--ATA--CT-CT----TG-A-A-A-A--GG---CGAA-T--G-T---A---A-GGGACA---C--ATAA--T-TG-----GTC---------AG--A----AT-G-G-CA---T-A--GTGTg
gi|14                         : atttagaaagtaatcgtTTTT--G-ACA-TCT-TTC----G--T-C-CC--T--------TT-TG--AA--GAAGGCT-G-GTCC-CTA-------AAAC--TGAAT-GA--T-A--G-----GTTGC---A-ATAGA--TT---CG--TC-----T-CA--T-TATCC-----ACAACA---TG-TTT-A----A----C-AC-AA--TG---------------------------------------T-T--T----T-A--------------A------A-A-----------T---TT-G-A----C--A--T-T---T--A-T-A-----A-A-T-GCAT-T--C---TG-T--TG--T-AATG-G-G----T--T--CA---T--C--CTG-C-----T--G--A-A--GT-TC----TT-A-A-A-A--AG---GG-A-CAGG-T---A---A-G----A---C--TAAC--T-TT-----GA----------AA--G----AT-A-A-CA---TAA--TTGTTggtattagatgtca
gi|21                         :                  aTTT--G-ACC-C-T-TTC--G-G--C-C-CT--T-A---A--TA--G--AA--G--GGAT---GCCCCTA--------AAAC--T---T-GA--T-A--T-----TGT-----G-A---A--TA---CG--CC-TT-TT-CA--T-TTTCT-----ACA--A---T--TTT-GTT--C----T-AC-A---TG--C--TT---G------A--AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----TA-A--T-A---C----T-TC------A-T-G--T-T--G---TA-T--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T------C--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-A-A-ATA--AG---AG-A-T--G-T---C---A-G----A---C---AAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT---G-CA---T-A--TTGCTCagattttca
gi|25                         :              aaaacTTT--G-ACC-C-T-TTC--G-G--C-C-CT--T-A---A--TA--G--AA--G--GGAT---GCCCCTA--------AAAC--T---T-GA--T-A--T-----TGT-----G-A---A--TA---CG--CC-TT-TT-CA--T-TTTCT-----ACA--A---T--TTT-GTT--C----T-AC-A---TG--C--TT---G------A--AA------AA---T---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----TA-A--T-A---C----T-TC------A-T-G--T-T--G---TA-T--TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---T------C--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-A-A-ATA--AG---AG-A-T--G-T---C---A-G----A---C---AAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT---G-CA---T-A--g
gi|19                         :               aaacTTT--G-ACC-CCT-TTT--G-G--C-C-CT--T-A---A--TT-TA--AA--A--GGCT-G-TCCCCTCA-------AAAC--T---T-GA--TAA--T-----GGG-CTG-C-A---A--TA---AG--AC-TT-CT-TA--T-TATTT-----ACA--G---CT-TTT-GTT--CCTTAC-AC-AA--TGTTT--AT---C------A--CA------CA-------A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-ATC--TG-A--T-A---T--A-T-ACA---A-A-T-G--T-T--G----A-T--TT----------------------------------C--C-----T--------------C----TC-A-A-A-----G---CG-ACT--G-T---A---A-G----A---C--AAAA--T-TT-----GGA---------AG--G----AT-G-GTCA---T-A--TTGTTCA
gi|7                          :               aaagTTT--G-GCA-CCT-CTC--A-G--C-C-CC--T-A---AA-TG-TG--GA--A--AA---A-GC--TTTTGGGCCCAAAAT--T---A-GA--T-A--T-----CGT-CCCCG-A---A--TA---GGGCCC-TT-GT-AT--T-TAACT-----AGA--A---TA-TTT-ATT-------T-AT-AA--TGT-A--AC---A------A--AA------AAA--T---A-T-T--T----T-T--------------AAG----A-T-----------T---TT-C-------A-A--T-A---A--ACT-AC----G-A-T-A--TCT--G---AA-T--TT--T-A--G-G-GCGGCC--C--CAAT-T--C--CC--T-----T--GTTG-A--CT-CC----TA-A-A-G-G--GG---AG-A-T--G-T---A---A-G--------C--AAAA--T-TT-----G-----------GA--gag
gi|24                         :       atttaagaaaaaaaa--G-AAC-CCT-CTC--AAG--C-C-CC--T-T---AA-TT-TG--AA--G--GGCT-G-GCCCCTA--------AAAC--T---T-GA--A-T--T-----GGT-C---G-A------TA---GG--CT-T--GT-AA--T-TATCT-----AGA--A---CT-TTT-ATT--A----T-AC-AA--TG--T--AT---A------AC-AA------AA---T---ATT-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----T--A--T-C---T----T-AC----G-A-T-G--T-T--G---AA-T--TT--T-A--A-G-G----G--G--CG---T--CATCC--C-----T--G----A--CT-CC-----T-A-A-A-G--GA----G-A-T--G-T-------A-A----A---C----AA--T-TT-----G-----------AA--G----AT---G-CA---T-A--TT
gi|18                         :                               CC-TTC--G-C--C-C-CT--T-A---A--TC-TT--AA--G--G-CT-G-ACCCA----------AAAC--G---T-CA--T-A--------G---C---G-A---A--TA---GG--CT-T--GT-CA--T-TATCT-----ACA--G---CGCTTT-GTT--CAG--T-AC-AA--TG--T--AT---AC-----A--CA------AA---A---A-T-T--T----T-T--------------A------G-T-----------GAGGTT-C-AAG--GA-A--T-A---TG-A-T-AC----A-A-T-G--T-T--G---AA-TG-TT--T-A--G-G-G----G--T--CA---C--A--CC--C-----T--G--A-A--T--CC----TT-A-A-A-G--GT---GG-A-C--G-T---AC--A-G----A---C--AAA-----TT-----G-----------AA--GG---AT-G-GGCA---T-A--TTGTT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                              aA--TA--A--AT---A------A--TC------AA---T---C-T-A--T----T-C--------------G------G-T-----------T---TAAC-A----AA-A--T-G---TTGA-T--C----G-A-T-T--T-C--AAGACA-T--GT--G-A--G-A-A----A--T--CA---T--C--CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-A-ACA-G--AG----G-A-C--G-C---A---A-G----A---C---AAG--T-TT-----G-----------AC--G----AT-G-G-CA---G-A--TTTTTtcaaggtca
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                      --GA------AA---T---AAT-C--T----T-T--------------ATTATGTG-T-----------TGGTTT-C-A----AA-A--T-A---T--T-T-ACC---G-A-T-A--T-TC-A---AG-C--TT--T-C--G-G-G----G--T--CA---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-TT----TT-A-A-A-A--GG---CG-A-T--T-A---GA--A-G----A---C---AAA--T-TT-----T-----------AG--G----TT-G-T-CA---T-T--TTGTTTAaacagt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                         A------AA---T---A-T-TG-T----C-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-AATGATA-A--T-A---T--AGT-CG----G-A-T-G--T-T--G---AACT--TT--T-A--G-G-G----G--CTCCA---T--T--CCACC-----T--G--A-AACCT-CC----TT-A-A-T-G--GG---CG-A-C--G-cgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                     actaaca-T--T----T-T--------------A------G-T-----------T---TT-C-A----AA-A--T-A---T--A-T-AC----G-A-T-G--C-T--T---GA-T--TT--T-A--G-G-G----G--C--CA---C--C--AC--T-----T--G--A-A--TT-CC----TT-G-A-A-G--GG---CG-A-T--G-G---A---A-G----A---C--AAAA--tt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -AC----A-A-TCA--T-C--A---AG-T--TT--T-A--G-G-G----G--C--CA---T--C--CC-------------------TT-CG----TT-ATA-A-G--GGGACCG-A-A--A-G---G---A-GGT--A---C--AAAA--T-T
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgaaat-T-G--T-T--G---AA-T--TT--T-A--G-C-G----G--T--CA---T--C--C---------T--G--A----TT-CC----TT-A-A-A-G--G---------C--T-C---G---T-A----A---C--AAAT--G-TT-----G-----------AA--G----AT-GCG-CATTTT-A--TTGTTCAccgaatacgccttttcatgttctacaatttttgttcgctacatgccttagatccaataatatgtttcagtttttcataatagtctttcgagcgttgtactttgtagggtatgcctcctgaatttaaagggagatgtcagacaaaagtttgaaagatgaggataattgcactcaggtc
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -G--T-T--G---GA-T--TT--T-A--T-G-G-------T--CA---T--C--CC--C-----TCTA--A-A--TT-CC----TT-A-G-A-A--GG---CA-A-C--A-TT--A---A-G----A---C--AAAA--TATT-----G-----------AAAAG----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTgagtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -T--TT--T-A--G-G-G-------T--CA---T--C--AC--C-----C--G--A-----T-TC----TT-A-A---G--GA---CG-A-C--G-T---A---A-G----A---T--AAAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCAtcaaggtc
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgac-T--CT--T-A--G-G-G-------T--CA---T--A--CC--C-----C--G--A-A--TT-CC----TT-A-A-T-G--GA---CG-A-C----C---GTTAA-G----A---T--AAAA--T-TT-----GA----------AA--G----AT-G-G-CA---T-AT-TTGTTCAga
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -T--TT--T-A--G-G-G----A--C--CA---G--C--C--------------------TT-CT----TC-A-A-A-A--GG----G-A-C--G-A---A---A-G----ATGTC--AAAA--T-gagtca
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --CA---T--C--CC--C-----T--T--A-A--TC-CT----TT-A-A-A-G--GG---CA-A-C--A-T-------A-G----A---CCAAAAA--T-TTTC---G-----------AA-------AT-G-G-CA---TGA--TTGTTCActgaatgataggttgcaatagattcgtctcattatccacaacatgtttaacacaatgttttaaaatttgacatttataaatgcattctgttgtaatgggttcatcctgctgaagttcttaaaaagggacaggtaagactaactttgaaagataacataattgttagattttca
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               t--CA---T--T--TC--C-----T--A--A-A--CT-CC----TT-A-A-A-A--GG---CG-A-------------------------C--AACA--T-TT-----G-----------AA--G----AT-G-A-CA---T-A--CTCTTgat
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttcaaaacatgt--C-----C--G--A-A--TT-CT----TTCA-A-A-G--GG---CG-A-T--G-T---A---A-G----A---T--AAAA--T-TT-----G-----------AA--G----AT-G-G-CA---T-AATTCGTTaaata

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                    111111111                                           111111111111111111111111            111111111111                 1111                                                                                                                                       11111111111                                
lowQualScore                  :                            1  1 1 33 1   1  1 1 1   77777     8888 4 1 1  33  33 44   1 4444 1    444 555  22  1 333 22 22 2  33333  777777 5 1 22  1  555    44 4  44 2 0   2 1   6666   22   1 8888888 1  1  33  111111111 222 2 3333 1 1 1 33 222 4444 2 1 11 1  11 777777777777777777777777  555  33 1 111111111111 33 33333 999 22 0000 2   1 11 55 4 22  1 1 1 1 1 33333 33 1 333 99999  22 22222 11 22 1 222 1  3333  1  1 2 11  3 1 7777 3 2 1 22 2222 1 555   55 2  44444 44444444444  2 3333  444 1  222 2 66       
lowQualScore                  :                            .  . . .. .   .  . . .   .....     .... . . .  ..  .. ..   . .... .    ... ...  ..  . ... .. .. .  .....  ...... . . ..  .  ...    .. .  .. . .   . .   ....   ..   . ....... .  .  ..  ......... ... . .... . . . .. ... .... . . .. .  .. ........................  ...  .. . ............ .. ..... ... .. .... .   . .. .. . ..  . . . . . ..... .. . ... .....  .. ..... .. .. . ... .  ....  .  . . ..  . . .... . . . .. .... . ...   .. .  ..... ...........  . ....  ... .  ... . ..       
lowQualScore                  :                            0  5 5 44 4   4  4 4 4   33333     6666 1 4 4  88  33 77   4 5555 4    000 222  00  4 999 11 00 9  66666  777777 7 4 00  4  999    88 3  88 9 9   9 4   9999   00   4 1111111 4  5  55  222222222 555 9 0000 4 4 4 44 555 9999 8 4 99 4  99 444444444444444444444444  000  22 3 333333333333 22 00000 222 44 5555 6   2 77 44 7 88  2 2 2 2 2 00000 11 1 555 22222  66 77777 55 66 1 111 1  8888  1  1 2 55  6 1 2222 3 2 1 77 4444 1 444   00 4  77777 44444444444  4 9999  000 3  333 7 00       
consensus                     :                      AAAATANTT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TCG-G---CCCCTA---A-T-T-TG--AA--G--GGC-T----G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----GGT-C---G-A-A--TA-GG---CCTT-GT-CA--T-TATCT-A-CAA--C-TTT--TGT-T--C----T-AC-AA--TGTA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC--G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
Reference ( family-537 )      :                      AAAATANTT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TCG-G---CCCCTN---A-T-T-TG--AA--G--GGC-T----G-GCCCC--T-N-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----GGT-C---G-A-A--TA-GG---CCTT-GT-CA--T-TATCT-A-CAA--T-TTT--TGT-T--C----T-AC-AA--TGNA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC--G-A-TGT-T--G-NA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|1                          :                      AAAATAATT-T-T--G-ACC-CT-T-C-TCA-----CCCCGA---A-T-T-TGCAAAT-G--GGC-TT---G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----CGG-C---GAA-A--TT-GG---CCTT-GT-AAC-T-TATCT-A-GAA----CTT--TAT-T--A----T-AC-AA--TGTA-------T---A-A----CAA-A-A--A---T--ATT-T-T--T-TA--GACTGGGGCGAGAGTGCATCATGCTTT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC--G-A-TGT-T--G-AA-TTGTT-T-A-G-GTG-G---TTCC-ACGTC--C--CC--C-----T--G--A-A--AT-CCTCCTTT-AA-A-G--GGAG-A-T--G-TAA-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-GATTAAT-G-A-CA---T-A--TTG
gi|10                         :                    ttagAATAGTT-T-TT-A-ACC-CC-T-T-T---G---CCCTTA---A-T-T-TA--AA--G--GGC-T----G-GCCC---T-A-AA--ACGT---T-CA--T-AT-----GGA-A---G-ACA--TA-GG---GCTT--T-CA--TATATCT-A-CAAGCT-TGT--TGT-T--CA---T-AC-AA----GA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--TCTA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----G-A--T-A---T-A-T-AC--A-AATGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---A--T--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-AG-G----A-CA-AAAA--T-TT-----G-----------GA-A----AT-G-G-CA---T-A--attagagt
gi|11                         :                 aaaacAAAA-AGTTGT-T--A-ACC-CC-T-T-TTG-----CCCCTT---A-T-T-TA--AA--G--G---C----G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---C--A--T-AT-----GGT-AA--G-A-A--TA-GG---GCTT-GT-CAG-T-TATCT-A-CAG--C-TTT--GTT-T--C----T-AC-AA---GAA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------GT---TT--C-A----A-----G-A--T-A---T-A-T-AC--A-A-TGT-T--G-AA-T--TT-----A-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TTCCC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A-------A-C--AAAA--TGTG-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|12                         :                      AAAATACTT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TCA-G---TCCTTT---A-T-T-TG--AA--G--GAC-T----A-GCCCT--T-TTAA--AC-T---T-GA--T-AT-----GAT-C---A-A-A--TA-CG---CCTA-GT-CA--T-TATCT-A-CAA--T-GTT--TAT-T--C----T-AC-AA--TGAA-------T---A-A------G-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC--A-A-TGT-T--A-TA-T--TT-T-A-G-G-G-A---C--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-T--G-C-G-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCAgagtc
gi|13                         :                      AAAATAAGT-T-T--G-ACC-CC-T-T-T---G---CCCCTA---A-T-T-TA--AA--G--CGC-T----T-GGCCC--T-A-AA--AC-G---T-CA--T-AT-----GGA-C---G-A-AATTA-GG---GCTT-GT-CA--TGTATCT-A-CAG--C-TTG--TGT-T--C----T-AC-AA--TGTAT------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----G-ATTT-A---T-A-A-AC--A-A-TG--T--G-AA-T--TT-TAA-G-G-G-G---T--C-C---T--C--CC--C-----G--C--A-A--TT-CCCA--TT-AA-G-G--GACG----------A-A--G----A-C--AAAAT-T-TT-----G-----------AA-G----AT-GAG-CA---T-
gi|14                         :                         ttagTT-T-T--G-ACA-TC-T-T-TCG-----TCCCT------T-T-TG--AA--GAAGGC-T----G-GTCCC--T-A-AA--AC-TGAAT-GA--T-A------GGT-T---GCA-A--TA-GAT--TCGT-CT-CA--T-TATCC-A-CAA--C------------------------A--TGTT-------T---A-A----C-A-C-A--A---T--G-T-T-T--T-AA--A------------------------AT---TTGAC-A----TTTATAA-A--T-G---C-A-T-TC------TGT-T--G-TA-A--T------G-G-G-T---T--C-A---T--C--CTG-C-----T--G--A-A--GT-TC----TT-AA-A-A--AGGG-A-CAGG-T-A-A--G----A-C--TAAC--T-TT-----GA----------AA-G----AT-A-A-CA---TAA--TTGTT
gi|15                         :                      aAAATAATT-T-T--G-AAC-CC-T-C-TCAAG---CCCCTT---AAT-T-TG--AA--G--GGC-T----G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--A-TT-----GGT-C---G-A----TA-GG---C-TT-GT-AA--T-TATCT-A-GAA--C-TTT--TAT-T--A----T-AC-AA--TGTA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--ATT-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-------A--T-C---T---T-AC--G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-A-G-G-G---G--C-G---T--CATCC--C-----T--G----A--CT-CC-----T-AA-A-G--GA-G-A-T--G-T-A-A-------A-C----AA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-AT-TTGTTTAagattttca
gi|16                         :                       AAATAATT-T-T--G-ACG-CC-T-C-TCA-G---CCC-TA---A-T-T-TG--AA--G--GGC-T----G-GCC----T-A-AA--AC-T---T-GAACT-AT-----CGG-C---G-A-A--TT-GG---CCTT-GT-AA--T-TATCT-A-GAA--C-TTT--T---T--T----A-AT-CA--T-TA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--------T--T-TA--G------------------------TT---T---C-A----T-----A-A--T-----T-A-T-AC--G-A-TGT-T--G-AACT--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T-----CC--C-----T--G--A-A--CT-CC----TT-AA-A-G--GGAG-A-T--G-T-A-A--G----A----ACAA--T-TT-----G-----------AA-G----ATAG-A-CA---T-A--TTGgagtc
gi|17                         :             atatttgtagAAATAGTT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TT--G---CCCTTA---A-T-T-TA--AA--AC-GGC-T------GTCCC--T-A-AA--AC-TC--T-GA--T-AT-----GGCGC---G-A-A--TA-AGATTCTTT-AT-C-----TATTTAA-CAG--C-TCT--TGT-T--C----T-AC--A--TGTAT------T---C-A----C-A-C-A--A---TA-A-T-T-T--T-TA--GT-----------------------TT---TT--C-A----T-----G-A--T-A---T-A-TAAC--A-A-TGT-T----------------------------------------------------T--G----A--TT-CC----TT-CA-A-A--GGC--A-T--GTT-A-AGCG----A-CA-AAAA--T-TT-----G-----------AACG----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTat
gi|18                         :                                         tagC-C-T-TCG-C---CCCTTA---A-T-C-TT--AA--G--G-C-T----G-ACCC-----A-AA--AC-G---T-CA--T-A-------G--C---G-A-A--TA-GG---C-TT-GT-CA--T-TATCT-A-CAG--CGCTT--TGT-T--CAG--T-AC-AA--TGTA-------T---ACA----C-A-A-A--A------A-T-T-T--T-TA--G------------------------TGAGGTT--C-AAG--G-----A-A--T-A---TGA-T-AC--A-A-TGT-T--G-AA-TG-TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---C--A--CC--C-----T--G--A-A--T--CC----TT-AA-A-G--GTGG-A-C--G-T-ACA--G----A-C--AAA-----TT-----G-----------AAGG----ATGG-G-CA---T-A--TTGTTtcagagt
gi|19                         :                             aT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TTG-G---CCCTTA---A-T-T-TA--AA--A--GGC-T----G-TCCCC--TCA-AA--AC-T---T-GA--TAAT-----GGG-CT--GCA-A--TA-AG---ACTT-CT-TA--T-TATTT-A-CAG--C-TTT--TGT-T--CCTTAC-AC-AA--TGTT-------T---A-T----C-A-C-A--C---A--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-ATC--T-----G-A--T-A---T-A-T-ACA-A-A-TGT-T--G--A-T--TT-------------------------------C--C-----T--------------C----TC-AA-A-----GCG-A-CT-G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----GGA---------AG-G----AT-G-GTCA---T-A--TTGTTCAtcaaggtca
gi|2                          :                    aaagAATCGTT-TCT--G-ACT-CT-C-G-TCA-G---ACCCTA---A-T-T-TG--AA--G--GGC-T----GCGCCCTG-T-A-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----TGT-------G-A--TACGG---CCTTAGT-AA--T-TATCTAA-GAA--C-TTG--TATAT--A----T-AC-AGATTGTA-------T---A-A----C-A-A-AT-A---TTAG-T-T-TTGT-TA--G------------------------TT---TG--C-A----T-----A-A--TCA---T-A-T--C--C-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--TA-CC--C-----T--G--ATA--CT-CT----TG-AA-A-A--GGCGAA-T--G-T-A-A--GGGACA-C--ATAA--T-TG-----GTC---------AG-A----AT-G-G-CA---T-A--GTGTgag
gi|20                         :             atttagaaagtAATACTT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TCG-G---CCCTTA---A-T-T-TG--AT--G--GGC-T----A-GCCCC--T-A-AA--AC-G---T-GA--T-AT-----GGT-C---G-A-A--TA-CG---CCTT-GT-CA--T-CTTCT-A-CAA--T-TTT--TGG-T--T----T-CC-AA--TGCT-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--C-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-C-T-TC--G-A-TGT-------A-T--AT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--A--CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-C-G--GGAA-A-T--G-C-C-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-ggtattagatgtca
gi|21                         :                        gatAACT-T-T--G-ACC-C--T-T-TCG-G---CCCTTA---A-T-A--G--AA--G--GGA-T----G--CCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----TGT-----G-A-A--TA-CG---CCTT-TT-CA--T-TTTCT-A-CAA--T-TTT---GT-T--C----T-AC-A---TGCT-------T---G-A------A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---C---T-TC----A-TGT-T--G-TA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T------C--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-ATA--AGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C---AAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-A--TTGCTC
gi|22                         :                    aaAAAATAGTT-T-G--G---C-CC-T-T-TCG------CCCTA---A-T-T-TG--AAACG--GGC-T----G-GCTC-----A-AA--AC-G---T-CA--T-AT-----GAC-C---G-A-A--TA-GG---CTTT-GTTCA--T-CATCC-A-CAG--G-TTT--TGT-T--C----T-AC-AA--TGTA-------T---A-A----C-AGA-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TTT-C-A----A-----G-A--T-A---T-A-T-AC--A-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--CCA---T--T--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-Tg
gi|23                         :                        tagAATT-T-T--G-ACC-TC-T-T-TCG-G---TCCCTT-----T-T-TG--AA--GA-GGC-T----G-GTCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----AGT-T---G-C-A--TA-GA---TCGT-CT-CA--T-TATCC-A-CAA------C--TGT-T---------------------------T---A-A----C-A-C-A--A---T--G-T-T-T--T-AA--A------------------------TT---TT--G-A----G-----ACA--T-T---T-A-T-AA--A-A-CAT-T--C-TG-T--TT-A-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CT--C-----T--G--A-A--GT-CC----TT-AA-A-A--GGGA-A-C--G-T-A-A--G----A-C---TAC--T-TT-----G-----------AA-G----AT-A-A-CA---T-A--TTGTTTA
gi|24                         :                                   --G-AAC-CC-T-C-TCAAG---CCCCTT---AAT-T-TG--AA--G--GGC-T----G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--A-TT-----GGT-C---G-A----TA-GG---C-TT-GT-AA--T-TATCT-A-GAA--C-TTT--TAT-T--A----T-AC-AA--TGTA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--ATT-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-------A--T-C---T---T-AC--G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-A-G-G-G---G--C-G---T--CATCC--C-----T--G----A--CT-CC-----T-AA-A-G--GA-G-A-T--G-T-A-A-------A-C----AA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-A--TTg
gi|25                         :                           AACT-T-T--G-ACC-C--T-T-TCG-G---CCCTTA---A-T-A--G--AA--G--GGA-T----G--CCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--T-AT-----TGT-----G-A-A--TA-CG---CCTT-TT-CA--T-TTTCT-A-CAA--T-TTT---GT-T--C----T-AC-A---TGCT-------T---G-A------A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---C---T-TC----A-TGT-T--G-TA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T------C--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-ATA--AGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C---AAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-A--
gi|26                         :                       aAATACCT-T-T--G-ACC-CC-C-TCTTG-A---CACTTT---A-T-T-TG--AA--G--GAC-T----G-ACCCT--T-A-AA--AC---------------------GT-C---G-A-A--TA-G----------------------T-A-CAA--C-TTT--TGT-T--C----T-AC--A--TGGACATTGTTT---A-T----C-A-A-A--A---T--G-T-T-T--T-CA--G------------------------TT---TT---------T-----A-A--C-A---A-A-T-ATTGG-A--AA-T--G-CAGT--TT-C-G-G-G-G-A---T--T-A---T--C--CA--G-----T--G--A-A--TT-CC----
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                             tatccagat-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--G-T-T-G--A-TC--G------------------------AT---TT--C-A-----------------------A-G-AC----A-TGT----G------------A-G-A-A-A---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AACA-G--AG-G-A-C--G-C-A-A--G----A-C---AAG--T-TT-----G-----------AC-G----AT-G-G-CA---G-A--TTTTTgt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          ataaataatcaatctattcggttT---TT--C-A----A-----A-A--T-A---T-T-T-ACC-G-A-TAT-T--C-AAGC--TT-T-C-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-TT----TT-AA-A-A--GGCG-A-TTAG---A-A--G----A-C---AAA--T-TT-----T-----------AG-G----TT-G-T-CA---T-T--TTGTTTAaacagt
gi|29                         : gaaataatctttattatgtgttggATAATT-T-T--G-AAC-CC-T-T-TCA-G---TCCTTA---A-T-T--G--AA--G--GAC-T----G-AACCC--T-A-AA--AC-T---T-TA--T-TT-----GGT-C---G-A-A--TA-GG---CCTT-AT-CT--T-TTTCT-A-CAT--G-TTT--TGT-T--C----T-AC-AA--TGcgt
gi|3                          :                       atATACTT-T-T--G-ACC-CCCT-T-TAG-G---TGCCTACCTA-T-C-GA--AA--G--GGAAT----G-GCCCCCCT-A-AATAAC-T-----GA--T--T-----GTT-T---A-T-A--CG-TG---CCTT-TTTCA--T-T-TCT-AACCA--T-TTTTTTGT-T--C----T-AC-AC--TGGT-------T---T-A----A-A-A-A--ATATT--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TTC--TT--C-A----T-----A-A--T-----T-T-T-CC--G-A-TGT-TTGG-TA-T--TTAT-A-GCG-G-G---T--C-C---T--C--CT--CAACCGT--GA-A-A--TG-CA----TT-AA-T-ACTGGAG-A-CT-G-C-A-A--G----A-C--AAAT--T-TT-----G-----------AA-GA---AT-G-G-CA---T-GT-TTGCTCAcctgaaattact
gi|30                         :                    acAAAATACAT-T-C--G-ACC-CC-T-C-TCG-A---CCCTTT---A-T-T-TG--AA--G--AAC-T----T-GTCCA--T-A-TA--AC-A---T-TA--T-AT-----GGT-C---G-A-A--TA-CG---CCTT-GT-CA--T-TAGCT-A-CAA--T-TTT--TGT-T--C----T-g
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                 tctaa-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-TGT--C-TA--G------------------------TT---TT--C-AATGAT-----A-A--T-A---T-AGT-CG--G-A-TGT-T--G-AACT--TT-T-A-G-G-G-G---CTCC-A---T--T--CCACC-----T--G--A-AACCT-CC----TT-AA-T-G--GGCG-A-C--G-T-
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              acGT-T--G-GA-T--TT-T-A-T-G-G-----T--C-A---T--C--CC--C-----TCTA--A-A--TT-CC----TT-AG-A-A--GGCA-A-C--ATT-A-A--G----A-C--AAAA--TATT-----GAA---------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTt
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -T--CT-T-A-G-G-G-----T--C-A---T--A--CC--C-----C--G--A-A--TT-CC----TT-AA-T-G--GACG-ACC--GTT-A-A--G----A-T--AAAA--T-TT-----GA----------AA-G----AT-G-G-CA---T-AT-TTGTTCAtcaaggtc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-C-G-G---T--C-A---T------C--C-----T--G----A--TT-CC----TT-AA-A-G--GCT----C--G-T-A---------A-C--AAAT--G-TT-----G-----------AA-G----AT-GCG-CATTTT-A--TTGTTCAgagtca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                           -T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----A-A--T-A---T-A-T-AC--G-A-TGC-T--T-GA-T--TT-T-A-G-G-G-G---C--C-A---C--C--AC--T-----T--G--A-A--TT-CC----TT-GA-A-G--GGCG-A-T--G-G-A-A--G----A-C--AAAA--gagtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -T--G-AC-T--TT-T-A-G-G-G-----T--C-A---T--C--AC--C-----C--G--A-----T-TC----TT-AA---G--GACG-A-C--G-T-A-A--G----A-T--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --C-----C--G--A-A--TT-CT----TTCAA-A-G--GGCG-A-T--G-T-A-A--G----A-T--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-AATTCGTTga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tcatttacgagca-G---T--C-A---T--T--TC--C-----T--A--A-A--CT-CC----TT-AA-A-A--GGC----------------G----A-C--AACA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-A-CA---T-A--CTCTTtcag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttcaaaacat---T--C-A---T--C--CC--C-----T--T--A-A--TC-CT----TT-AA-A-G--GGCA-A-C--A-T---A--G----A-CCAAAAA--T-TTTC---G-----------AA------AT-G-G-CA---TGA--TTGTTCAaaata
gi|4                          :                       AAATAATT-T-T--GTACCTCC-T-T-TCG-GT--CCCCTT---A-T-AACG--AA--G--GGA-T----G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---T-GA--TGAT-----TGT-CC--G-A-A--TA-CG---CCTT-TT-CA--T-GTTCT-A-CAA--T-TTT--TGT-TCGC----T-AC--A--TGCC-------T---T-AGATCC-A-ATA--A---T--A-TGT-T--T-CA--GT-----------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-AGTCT---T-TC--G-AGCGT-T--G-TA-C--TT-T-GTA-G-G-G---T----A---TGCC--TC--C-----T--G--A-A--T--------TT-AA-A-G--GGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C--AAAAG-T-TT-----GA----------AA-G----AT-G-gat
gi|40                         :                    tgAAAATACTT-T-T--T-ACC-CC-T-C-TCA-G---CCTCTA---A-T-T-TG--AA--G--aggataattgcactcaggtc
gi|5                          :                atatcttgAATAGTT-T-T--G-GCC-CC-T-T-TTC-G---CCCCTATA-A-T-C-TT--AA--A--GGC-T----G-GCCTC--T-A-AA--AC-G---T-CA--T-AT-----GGA-C---G-A-A--TA-GG---GCT--AT-CA--T-CATCC-A-CAG--G-TTT--TGT-T--T----TTAC-AA--TGTA-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----G-AT-T-A---T-ATT-AC--ACA-TGT-T--GAAA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--A--A-T--TC-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A----G-T-A-A--G----ACC--AAAA--T-TTCAAAAGTTTCAGGTTTCAA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTT
gi|6                          :                tagaatAAAATACTT-T-T--G-ACC-C--T-T-TCG-GGGGCCGTTA---A-TCT-TG--AA--G--GGC-T----G-GCCCC--T---AA--AC-T---T-GA--T--T-----TTT-T---GTA-A--TA-GC---CTCT-GT-CAATT-TTCCT-A-AAC--T-TTC--TGT-T--C----T-AC-AAA-TGCC-------T---T-A----C-C-A-ATTA---C--A-TAT-T--T-TA--G------------------------TTG--TT--C-A----T-----A-A--T-A---TCA-T--C--G-A-TGT-T--G-GT-A--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--CT-CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-A-G--GGAG-A-T--A-TCA-A--G----A-C--AAAAATC-TT-----G-----------AA-A----ATGG-G-CA---A-A--TTGTTCA
gi|7                          :                   tcgAAAAAAAAT-T-T--G-GCA-CC-T-C-TCA-G---CCCCTA---AAT-G-TGGAAA--A--AGC-TTTTGG-GCCC-----A-AA--AT-T---A-GA--T-AT-----CGT-CCCCG-A-A--TA-GGGC-CCTT-GT-AT--T-TAACT-A-GAA--T-ATT--TAT-T-------T-AT-AA--TGTAA------C---A-A----A-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TAAGA------------------------TT---TT--C------------A-A--T-A---A-ACT-AC--G-A-TATCT--G-AA-T--TT-T-A-G-G-GCGGCCC--C-AAT-T--C--CC--T-----T--GTTG-A--CT-CC----TA-AA-G-G--GGAG-A-T--G-T-A-A--G------C--AAAA--T-TT-----G-----------GA-gggt
gi|8                          :               atttaagAAAATAGTT-T-T--G-ACC-CC-T-T-TTG-G---CCTTTGTA-A-T-T-TA--AA--A--G-C-T----G-TCCCC--T-A-AA--AC-T---TTGA--T-AT-----GGG-C---A-A-A--TA-AG---ACTT-CTTCA--T-TATTA-A-CA---C-TTT--TGC-G--C----T-AC-AA--TGTA-------TTCCACA----C-A-A-G--A---T----T-T-C--T-TA--GA-----------------------TT---TT--CTA----T-----G-A--T-A---T-A-T-AC--A-A-TGT-T--G-GA-T--TG-T-A-G-G-G-----T--C-A---T--A--GC--C-----T--G--A-T--TT-TC----CT-CA-A-A--GCCG-A-T--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----A--G-G-CA---T-A--TTGTTC
gi|9                          :                  ttagAAAATACTT-T-TTGG-ACC-CC-TCT-TCG-GGC-CCCTTA---A-T-A-CG--AA--G--GA--T----G-GCCCC--T-A-AA--AC-T---T--A--T-ATTTTTCGGT-C---G-A-A--TA-G----CCTT--T-CA--T-T-TCT-A--AA--T-TTT--GTT-T--C----T-ACCAA--TGCT-------T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---T---C-T----T-----A-A--TCA---T-C-T-TC--GGA-TGT-T--G-TA-T--TT-T-A-G-G-------T--C--------T--CC--C-----T--G--A-A--TC-GC----TT-AA-T-G--GGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C--AAAAG-G-TT-----G-----------AA------CT-A-G-CA---T-A--TTGCTCA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                              111111111111111111111111            111111111111                 111111                                                                                                                                       11111111111                                
lowQualScore                  :                            1  1 1 33 1 1  1   1 1   77777     888888  1 1  33  33 44  1  4444 1 22   22 1 1 22   55555 22 22 2  33333  777777 5 1 22  1  555  1  44 2  44 2 0   2    7777777  1 1   1 9999999 1  1 44444444 2  666 222 2 3333 1 1 1 33 222 4444 2 1 11 1  11 777777777777777777777777  555  33 1 111111111111 33 2 222 999 22 000000 2   1 11 33 3 22  1 1 1 1 1 33333 33 1 333 99999  22 22222 11 22 1 222 1  3333  1  1 2 11  3 1 7777 3 2 1 22 2222 1 555   55 2  44444 44444444444  2 3333  444 1  222 2 66       
lowQualScore                  :                            .  . . .. . .  .   . .   .....     ......  . .  ..  .. ..  .  .... . ..   .. . . ..   ..... .. .. .  .....  ...... . . ..  .  ...  .  .. .  .. . .   .    .......  . .   . ....... .  . ........ .  ... ... . .... . . . .. ... .... . . .. .  .. ........................  ...  .. . ............ .. . ... ... .. ...... .   . .. .. . ..  . . . . . ..... .. . ... .....  .. ..... .. .. . ... .  ....  .  . . ..  . . .... . . . .. .... . ...   .. .  ..... ...........  . ....  ... .  ... . ..       
lowQualScore                  :                            0  5 5 44 4 4  4   4 4   33333     444444  4 4  88  33 77  4  5555 4 00   11 4 4 00   11111 11 00 9  66666  777777 7 4 00  4  999  4  88 9  88 9 9   9    3333333  4 4   4 6666666 4  5 22222222 9  777 555 9 0000 4 4 4 44 555 9999 8 4 99 4  99 444444444444444444444444  000  22 3 333333333333 22 7 333 222 99 444444 6   2 77 77 5 88  2 2 2 2 2 00000 11 1 555 22222  66 77777 55 66 1 111 1  8888  1  1 2 55  6 1 2222 3 2 1 77 4444 1 444   00 4  77777 44444444444  4 9999  000 3  333 7 00       
consensus                     :                      AAAATANTT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TCG-G---CCCCT--A---AT-T-TG--AA--G--GG-CT----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----GGT---C-G-A-A--TA-GG---CC-TT-GT-CA--T-TATCT-ACAA-C-----TT-T-TGT-T--C----T-AC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC----G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
Reference ( family-537 )      :                      AAAATANTT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TCG-G---CCCCT--A---AT-T-TG--AA--G--GG-CT----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----GGT---C-G-A-A--TA-GG---CC-TT-GT-CA--T-TATCT-ACAA-C-----TT-T-TGT-T--C----T-AC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC----G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|1                          :                      AAAATAATT-T-T--G-A-CC-CTT-C-TCA-----CCCCG--A---AT-T-TGCAAAT-G--GG-CTT---G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----CGG---C-GAA-A--TT-GG---CC-TT-GT-AAC-T-TATCT-AGAA-C------T-T-TAT-T--A----T-AC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----CAA-A-A--A---T--ATT-T-T--T-TA--GACTGGGGCGAGAGTGCATCATGCTTT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC----G-A-TGT-T--G-AA-TTGTT-T-A-G-GTG-G---TTCC-ACGTC--C--CC--C-----T--G--A-A--AT-CCTCCTTT-AA-A-G--GGAG-A-T--G-TAA-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-GATTAAT-G-A-CA---T-A--TTG
gi|10                         :                    ttagAATAGTT-T-TT-A-A-CC-CCT-T-T---G---CCCTT--A---AT-T-TA--AA--G--GG-CT----G-G--CCC--T-A-A--AACGT---T-CA--T-AT-----GGA---A-G-ACA--TA-GG---GC-TT--T-CA--TATATCT-ACAAGC-----TTGT-TGT-T--CA---T-AC-A-----A----G--A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--TCTA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----G-A--T-A---T-A-T-AC----A-AATGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---A--T--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-AG-G----A-CA-AAAA--T-TT-----G-----------GA-A----AT-G-G-CA---T-A--attagagt
gi|11                         :                 aaaacAAAA-AGTTGT-T--A-A-CC-CCT-T-TTG-----CCCCT--T---AT-T-TA--AA--G--G---C----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---C--A--T-AT-----GGTA--A-G-A-A--TA-GG---GC-TT-GT-CAG-T-TATCT-ACAG-C-----TT-T-GTT-T--C----T-AC-A-----A----GA-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------GT---TT--C-A----A-----G-A--T-A---T-A-T-AC----A-A-TGT-T--G-AA-T--TT-----A-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TTCCC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A-------A-C--AAAA--TGTG-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|12                         :                      AAAATACTT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TCA-G---TCCTT--T---AT-T-TG--AA--G--GA-CT----A-G--CCCT-T-TTA--AAC-T---T-GA--T-AT-----GAT---C-A-A-A--TA-CG---CC-TA-GT-CA--T-TATCT-ACAA-T-----GT-T-TAT-T--C----T-AC-A-----A--T-GA-A-T---A-A------G-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-A-T-AC----A-A-TGT-T--A-TA-T--TT-T-A-G-G-G-A---C--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-T--G-C-G-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCAgagtc
gi|13                         :                      AAAATAAGT-T-T--G-A-CC-CCT-T-T---G---CCCCT--A---AT-T-TA--AA--G--CG-CT----T-G--GCCC-T-A-A--AAC-G---T-CA--T-AT-----GGA---C-G-A-AATTA-GG---GC-TT-GT-CA--TGTATCT-ACAG-C-----TT-G-TGT-T--C----T-AC-A-----A--T-GT-ATT---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----G-ATTT-A---T-A-A-AC----A-A-TG--T--G-AA-T--TT-TAA-G-G-G-G---T--C-C---T--C--CC--C-----G--C--A-A--TT-CCCA--TT-AA-G-G--GACG----------A-A--G----A-C--AAAAT-T-TT-----G-----------AA-G----AT-GAG-CA---T-
gi|14                         :                         ttagTT-T-T--G-A-CA-TCT-T-TCG-----TCCCT-------T-T-TG--AA--GAAGG-CT----G-G--TCCC-T-A-A--AAC-TGAAT-GA--T-A------GGT---T-GCA-A--TA-GAT--TC-GT-CT-CA--T-TATCC-ACAA-C---------------------------------A--T-GT-T-T---A-A----C-A-C-A--A---T--G-T-T-T--T-AA--A------------------------AT---TTGAC-A----TTTATAA-A--T-G---C-A-T-TC--------TGT-T--GTAA-T---------G-G-G-T---T--C-A---T--C--CTG-C-----T--G--A-A--GT-TC----TT-AA-A-A--AGGG-A-CAGG-T-A-A--G----A-C--TAAC--T-TT-----GA----------AA-G----AT-A-A-CA---TAA--TTGTT
gi|15                         :                      aAAATAATT-T-T--G-A-AC-CCT-C-TCAAG---CCCCTT-A---AT-T-TG--AA--G--GG-CT----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--A-TT-----GGT---C-G-A----TA-GG---C--TT-GT-AA--T-TATCT-AGAA-C-----TT-T-TAT-T--A----T-AC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--ATT-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-------A--T-C---T---T-AC----G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-A-G-G-G---G--C-G---T--CATCC--C-----T--G----A--CT-CC-----T-AA-A-G--GA-G-A-T--G-T-A-A-------A-C----AA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-AT-TTGTTTAagattttca
gi|16                         :                       AAATAATT-T-T--G-A-CG-CCT-C-TCA-G---CCC-T--A---AT-T-TG--AA--G--GG-CT----G-G--CC---T-A-A--AAC-T---T-GAACT-AT-----CGG---C-G-A-A--TT-GG---CC-TT-GT-AA--T-TATCT-AGAA-C-----TT-T-T---T--T----A-AT-C-----A--T--T-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--------T--T-TA--G------------------------TT---T---C-A----T-----A-A--T-----T-A-T-AC----G-A-TGT-T--G-AACT--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T-----CC--C-----T--G--A-A--CT-CC----TT-AA-A-G--GGAG-A-T--G-T-A-A--G----A----ACAA--T-TT-----G-----------AA-G----ATAG-A-CA---T-A--TTGgagtc
gi|17                         :             atatttgtagAAATAGTT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TT--G---CCCTT--A---AT-T-TA--AA--AC-GG-CT------G--TCCC-T-A-A--AAC-TC--T-GA--T-AT-----GGCG--C-G-A-A--TA-AGATTCT-TT-AT-C-----TATTTAACAG-C-----TC-T-TGT-T--C----T-AC-------A--T-GT-ATT---C-A----C-A-C-A--A---TA-A-T-T-T--T-TA--GT-----------------------TT---TT--C-A----T-----G-A--T-A---T-A-TAAC----A-A-TGT-T----------------------------------------------------T--G----A--TT-CC----TT-CA-A-A--GGC--A-T--GTT-A-AGCG----A-CA-AAAA--T-TT-----G-----------AACG----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTat
gi|18                         :                                          tagCC-T-TCG-C---CCCTT--A---AT-C-TT--AA--G--G--CT----G-A--CCC----A-A--AAC-G---T-CA--T-A-------G----C-G-A-A--TA-GG---C--TT-GT-CA--T-TATCT-ACAG-CG----CT-T-TGT-T--CAG--T-AC-A-----A--T-GT-A-T---ACA----C-A-A-A--A------A-T-T-T--T-TA--G------------------------TGAGGTT--C-AAG--G-----A-A--T-A---TGA-T-AC----A-A-TGT-T--G-AA-TG-TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---C--A--CC--C-----T--G--A-A--T--CC----TT-AA-A-G--GTGG-A-C--G-T-ACA--G----A-C--AAA-----TT-----G-----------AAGG----ATGG-G-CA---T-A--TTGTTtcagagt
gi|19                         :                             aT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TTG-G---CCCTT--A---AT-T-TA--AA--A--GG-CT----G-T--CCCC-TCA-A--AAC-T---T-GA--TAAT-----GGG---CTGCA-A--TA-AG---AC-TT-CT-TA--T-TATTT-ACAG-C-----TT-T-TGT-T--CCTTAC-AC-A-----A--T-GT-T-T---A-T----C-A-C-A--C---A--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-ATC--T-----G-A--T-A---T-A-T-ACA---A-A-TGT-T--G--A-T--TT-------------------------------C--C-----T--------------C----TC-AA-A-----GCG-A-CT-G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----GGA---------AG-G----AT-G-GTCA---T-A--TTGTTCAtcaaggtca
gi|2                          :                    aaagAATCGTT-TCT--G-A-CT-CTC-G-TCA-G---ACCCT--A---AT-T-TG--AA--G--GG-CT----GCG--CCCTGT-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----TGT-------G-A--TACGG---CC-TTAGT-AA--T-TATCTAAGAA-C-----TT-G-TATAT--A----T-AC-A-----GATT-GT-A-T---A-A----C-A-A-AT-A---TTAG-T-T-TTGT-TA--G------------------------TT---TG--C-A----T-----A-A--TCA---T-A-T--C----C-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--TA-CC--C-----T--G--ATA--CT-CT----TG-AA-A-A--GGCGAA-T--G-T-A-A--GGGACA-C--ATAA--T-TG-----GTC---------AG-A----AT-G-G-CA---T-A--GTGTgag
gi|20                         :             atttagaaagtAATACTT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TCG-G---CCCTT--A---AT-T-TG--AT--G--GG-CT----A-G--CCCC-T-A-A--AAC-G---T-GA--T-AT-----GGT---C-G-A-A--TA-CG---CC-TT-GT-CA--T-CTTCT-ACAA-T-----TT-T-TGG-T--T----T-CC-A-----A--T-GC-T-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--C-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---T-C-T-TC----G-A-TGT-------A-T--AT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--A--CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-C-G--GGAA-A-T--G-C-C-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-ggtattagatgtca
gi|21                         :                        gatAACT-T-T--G-A-CC-C-T-T-TCG-G---CCCTT--A---AT-A--G--AA--G--GG-AT----G----CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----TGT-----G-A-A--TA-CG---CC-TT-TT-CA--T-TTTCT-ACAA-------TT-T-TGT-T--C----T-AC-A--------T-GC-T-T---G-A------A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---C---T-TC------A-TGT-T--G-TA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T------C--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-ATA--AGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C---AAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-A--TTGCTC
gi|22                         :                    aaAAAATAGTT-T-G--G----C-CCT-T-TCG------CCCT--A---AT-T-TG--AAACG--GG-CT----G-G--CTC----A-A--AAC-G---T-CA--T-AT-----GAC---C-G-A-A--TA-GG---CT-TT-GTTCA--T-CATCC-ACAG-G-----TT-T-TGT-T--C----T-AC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----C-AGA-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TTT-C-A----A-----G-A--T-A---T-A-T-AC----A-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--CCA---T--T--CC--C-----T--G--A-A--TT-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A-C--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-Tg
gi|23                         :                        tagAATT-T-T--G-A-CC-TCT-T-TCG-G---TCCCT--T----T-T-TG--AA--GA-GG-CT----G-G--TCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----AGT---T-G-C-A--TA-GA---TC-GT-CT-CA--T-TATCC-ACAA-C----------TGT-T----------------------------T---A-A----C-A-C-A--A---T--G-T-T-T--T-AA--A------------------------TT---TT--G-A----G-----ACA--T-T---T-A-T-AA----A-A-CAT-T--C-TG-T--TT-A-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CT--C-----T--G--A-A--GT-CC----TT-AA-A-A--GGGA-A-C--G-T-A-A--G----A-C---TAC--T-TT-----G-----------AA-G----AT-A-A-CA---T-A--TTGTTTA
gi|24                         :                                   --G-A-AC-CCT-C-TCAAG---CCCCTT-A---AT-T-TG--AA--G--GG-CT----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--A-TT-----GGT---C-G-A----TA-GG---C--TT-GT-AA--T-TATCT-AGAA-C-----TT-T-TAT-T--A----T-AC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--ATT-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-------A--T-C---T---T-AC----G-A-TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-A-G-G-G---G--C-G---T--CATCC--C-----T--G----A--CT-CC-----T-AA-A-G--GA-G-A-T--G-T-A-A-------A-C----AA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-A--TTg
gi|25                         :                           AACT-T-T--G-A-CC-C-T-T-TCG-G---CCCTT--A---AT-A--G--AA--G--GG-AT----G----CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--T-AT-----TGT-----G-A-A--TA-CG---CC-TT-TT-CA--T-TTTCT-ACAA-------TT-T-TGT-T--C----T-AC-A--------T-GC-T-T---G-A------A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-A---C---T-TC------A-TGT-T--G-TA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T------C--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-ATA--AGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C---AAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT---G-CA---T-A--
gi|26                         :                       aAATACCT-T-T--G-A-CC-CCC-TCTTG-A---CACTT--T---AT-T-TG--AA--G--GA-CT----G-A--CCCT-T-A-A--AAC---------------------GT---C-G-A-A--TA-G-----------------------T-ACAA-C-----TT-T-TGT-T--C----T-AC-ATGGACA--TTGT-T-T---A-T----C-A-A-A--A---T--G-T-T-T--T-CA--G------------------------TT---TT---------T-----A-A--C-A---A-A-T-ATTGGAA-A-TGC------AG-T--TT-C-G-G-G-G-A---T--T-A---T--C--CA--G-----T--G--A-A--TT-CC----
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                    tatccagat-GT-T-T---A-A----C-A-A-A--A---T--G-T-T-G--A-TC--G------------------------AT---TT--C-A------------A--G-A---C-A-T-GT----G-A--------G-AA-----------------A---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AACA-G--AG-G-A-C--G-C-A-A--G----A-C---AAG--T-TT-----G-----------AC-G----AT-G-G-CA---G-A--TTTTTgt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataaataatcaatctattcgT---TT--C-A----A-----A-A--T-A---T-T-T-ACC---G-A-TAT-T--C-AAGC--TT-T-C-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--G--A-A--TT-TT----TT-AA-A-A--GGCG-A-TTAG---A-A--G----A-C---AAA--T-TT-----T-----------AG-G----TT-G-T-CA---T-T--TTGTTTAaacagt
gi|29                         : gaaataatctttattatgtgttggATAATT-T-T--G-A-AC-CCT-T-TCA-G---TCCTT--A---AT-T--G--AA--G--GA-CT----G-A--ACCC-T-A-A--AAC-T---T-TA--T-TT-----GGT---C-G-A-A--TA-GG---CC-TT-AT-CT--T-TTTCT-ACAT-G-----TT-T-TGT-T--C----T-AC-A-----A--T-Gcgt
gi|3                          :                       atATACTT-T-T--G-ACCC-CCT-T-TAG-G---TGCCT--ACCTAT-C-GA--AA--G--GGAAT----G-GCCCCCC-T-A-AATAAC-----T-GA--T--T-----GTT---T-A-T-A--CG-TG---CCTTT-TT-CA--T-T-TCT---AA-CCATTTTT-T-TGT-T--C----T-AC-A-----C--TGGT-T-T---A-A------A-A-A--ATATT--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TTC--TT--C-A----T-----A-A--T-----T-T-T-CC----G-A-TGT-TTGG-TA-T--TTAT-A-GCG-G-G---T--C-C---T--C--CT--CAACCGT--GA-A-A--TG-CA----TT-AA-T-ACTGGAG-A-CT-G-C-A-A--G----A-C--AAAT--T-TT-----G-----------AA-GA---AT-G-G-CA---T-GT-TTGCTCAcctgaaattact
gi|30                         :                    acAAAATACAT-T-C--G-A-CC-CCT-C-TCG-A---CCCTT--T---AT-T-TG--AA--G--AA-CT----T-G--TCCA-T-A-T--AAC-A---T-TA--T-AT-----GGT---C-G-A-A--TA-CG---CC-TT-GT-CA--T-TAGCT-ACAA-T-----TT-T-TGT-T--C----T-g
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                             tctaa-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-TGT--C-TA--G------------------------TT---TT--C-AATGAT-----A-A--T-A---T-AGT-CG----G-A-TGT-T--G-AACT--TT-T-A-G-G-G-G---CTCC-A---T--T--CCACC-----T--G--A-AACCT-CC----TT-AA-T-G--GGCG-A-C--G-T-
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acGT-T--G-GA-T--TT-T-A-T-G-G-----T--C-A---T--C--CC--C-----TCTA--A-A--TT-CC----TT-AG-A-A--GGCA-A-C--ATT-A-A--G----A-C--AAAA--TATT-----GAA---------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTt
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -T--CT-T-A-G-G-G-----T--C-A---T--A--CC--C-----C--G--A-A--TT-CC----TT-AA-T-G--GACG-ACC--GTT-A-A--G----A-T--AAAA--T-TT-----GA----------AA-G----AT-G-G-CA---T-AT-TTGTTCAtcaaggtc
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -TGT-T--G-AA-T--TT-T-A-G-C-G-G---T--C-A---T------C--C-----T--G----A--TT-CC----TT-AA-A-G--GCT----C--G-T-A---------A-C--AAAT--G-TT-----G-----------AA-G----AT-GCG-CATTTT-A--TTGTTCAgagtca
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                 -T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----A-A--T-A---T-A-T-AC----G-A-TGC-T--T-GA-T--TT-T-A-G-G-G-G---C--C-A---C--C--AC--T-----T--G--A-A--TT-CC----TT-GA-A-G--GGCG-A-T--G-G-A-A--G----A-C--AAAA--gagtc
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -T--G-AC-T--TT-T-A-G-G-G-----T--C-A---T--C--AC--C-----C--G--A-----T-TC----TT-AA---G--GACG-A-C--G-T-A-A--G----A-T--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTTCA
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --C-----C--G--A-A--TT-CT----TTCAA-A-G--GGCG-A-T--G-T-A-A--G----A-T--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-G-CA---T-AATTCGTTga
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tcatttacgagca-G---T--C-A---T--T--TC--C-----T--A--A-A--CT-CC----TT-AA-A-A--GGC----------------G----A-C--AACA--T-TT-----G-----------AA-G----AT-G-A-CA---T-A--CTCTTtcag
gi|39                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttcaaaacat---T--C-A---T--C--CC--C-----T--T--A-A--TC-CT----TT-AA-A-G--GGCA-A-C--A-T---A--G----A-CCAAAAA--T-TTTC---G-----------AA------AT-G-G-CA---TGA--TTGTTCAaaata
gi|4                          :                       AAATAATT-T-T--GTA-CCTCCT-T-TCG-GT--CCCCT--T---AT-AACG--AA--G--GG-AT----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T-GA--TGAT-----TGTC--C-G-A-A--TA-CG---CC-TT-TT-CA--T-GTTCT-ACAA-T-----TT-T-TGT-TCGC----T-AC-------A--T-GC-C-T---T-AGATCC-A-ATA--A---T--A-TGT-T--T-CA--GT-----------------------TT---TT--C-A----T-----A-A--T-AGTCT---T-TC----G-AGCGT-T--G-TA-C--TT-T-GTA-G-G-G---T----A---TGCC--TC--C-----T--G--A-A--T--------TT-AA-A-G--GGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C--AAAAG-T-TT-----GA----------AA-G----AT-G-gat
gi|40                         :                    tgAAAATACTT-T-T--T-A-CC-CCT-C-TCA-G---CCTCT--A---AT-T-TG--AA--G--aggataattgcactcaggtc
gi|5                          :                atatcttgAATAGTT-T-T--G-G-CC-CCT-T-TTC-G---CCCCT--ATA-AT-C-TT--AA--A--GG-CT----G-G--CCTC-T-A-A--AAC-G---T-CA--T-AT-----GGA---C-G-A-A--TA-GG---GC-T--AT-CA--T-CATCC-ACAG-G-----TT-T-TGT-T--T----TTAC-A-----A--T-GT-A-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---TT--C-A----A-----G-AT-T-A---T-ATT-AC----ACA-TGT-T--GAAA-T--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--C--CC--C-----T--A--A-T--TC-CC----TT-AA-A-G--GGCG-A----G-T-A-A--G----ACC--AAAA--T-TTCAAAAGTTTCAGGTTTCAA-G----AT-G-G-CA---T-A--TTGTT
gi|6                          :                tagaatAAAATACTT-T-T--G-A-CC-C-T-T-TCG-GGGGCCGTT--A---ATCT-TG--AA--G--GG-CT----G-G--CCCC-T-A-A--A-C-T---T-GA--T--T-----TTT---T-GTA-A--TA-GC---CT-CT-GT-CAATT-TTCCT-A-AA-C-----TT-TCTGT-T--C----T-AC-A-----AA-T-GC-C-T---T-A----C-C-A-ATTA---C--A-TAT-T--T-TA--G------------------------TTG--TT--C-A----T-----A-A--T-A---TCA-T--C----G-A-TGT-T--G-GT-A--TT-T-A-G-G-G-G---T--C-A---T--CT-CC--C-----T--G--A-A--AT-CC----TT-AA-A-G--GGAG-A-T--A-TCA-A--G----A-C--AAAAATC-TT-----G-----------AA-A----ATGG-G-CA---A-A--TTGTTCA
gi|7                          :                   tcgAAAAAAAAT-T-T--G-G-CA-CCT-C-TCA-G---CCCCTA-A---AT-G-TGGAAA--A--AG-CTTTTGG-G--CCC----A-A--AAT-T---A-GA--T-AT-----CGTCCCC-G-A-A--TA-GGGC-CC-TT-GT-AT--T-TAACT-AGAA-T-----AT-T-TAT-T-------T-AT-A-----A--T-GTAA-C---A-A----A-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TAAGA------------------------TT---TT--C------------A-A--T-A---A-ACT-AC----G-A-TATCT--G-AA-T--TT-T-A-G-G-GCGGCCC--C-AAT-T--C--CC--T-----T--GTTG-A--CT-CC----TA-AA-G-G--GGAG-A-T--G-T-A-A--G------C--AAAA--T-TT-----G-----------GA-gggt
gi|8                          :               atttaagAAAATAGTT-T-T--G-A-CC-CCT-T-TTG-G---CCTTTGTA---AT-T-TA--AA--A--G--CT----G-T--CCCC-T-A-A--AAC-T---TTGA--T-AT-----GGG---C-A-A-A--TA-AG---AC-TT-CTTCA--T-TATTA-ACA--C-----TT-T-TGC-G--C----T-AC-A-----A--T-GT-A-TTCCACA----C-A-A-G--A---T----T-T-C--T-TA--GA-----------------------TT---TT--CTA----T-----G-A--T-A---T-A-T-AC----A-A-TGT-T--G-GA-T--TG-T-A-G-G-G-----T--C-A---T--A--GC--C-----T--G--A-T--TT-TC----CT-CA-A-A--GCCG-A-T--G-T-A-A--G----A-C--AAAA--T-TT-----G-----------AA-G----A--G-G-CA---T-A--TTGTTC
gi|9                          :                  ttagAAAATACTT-T-TTGG-A-CC-CCTCT-TCG-GGC-CCCTT--A---AT-A-CG--AA--G--GA--T----G-G--CCCC-T-A-A--AAC-T---T--A--T-ATTTTTCGGT---C-G-A-A--TA-G----CC-TT--T-CA--T-T-TCT-A-AA-------TT-T-TGT-TT-C----T-ACCA-----A--T-GC-T-T---A-A----C-A-A-A--A---T--A-T-T-T--T-TA--G------------------------TT---T---C-T----T-----A-A--TCA---T-C-T-TC----GGA-TGT-T--G-TA-T--TT-T-A-G-G-------T--C--------T--CC--C-----T--G--A-A--TC-GC----TT-AA-T-G--GGAG-A-T--G-T-C-A--G----A-C--AAAAG-G-TT-----G-----------AA------CT-A-G-CA---T-A--TTGCTCA