lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 1111 111 6666666666666666 3333 111111 111111111111111111111111111111111111 2222222 222222 222222 111 11 1111 1111111111111 11111 111111 22222222222 2222222 222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 3 6 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 888888888888888 66 5 2222 5 5 777 5 4444444444444444 8 1 8 4444 0 999999 5 333333333333333333333333333333333333 1111111 6 99 111111 6 222222 777 33 9999999 2 6666 2 22 2 33 33 2 3333 3 88888 3 3 77777 3 5 777777 6666666666666 33 3 22222 000000 7 3 66 7 3 33333333333 0 1111111 5 5 000000000000000000000000 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 33 88 55555 2 2 1 2 44 3 11111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 5 2 33 2 5
lowQualScore : . . ..................................................................................................... . . ............... .. . .... . . ... . ................ . . . .... . ...... . .................................... ....... . .. ...... . ...... ... .. ....... . .... . .. . .. .. . .... . ..... . . ..... . . ...... ............. .. . ..... ...... . . .. . . ........... . ....... . . ........................ ............................................................................................... . .. .. ..... . . . . .. . ........ ................................................................................................... . . . .. . .
lowQualScore : 5 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 666666666666666 99 0 1111 0 0 222 0 0000000000000000 9 1 9 2222 4 444444 0 333333333333333333333333333333333333 7777777 7 22 000000 0 000000 222 99 0000000 9 1111 9 88 9 99 99 9 2222 3 88888 3 3 22222 3 2 333333 4444444444444 88 3 55555 777777 3 6 55 3 6 44444444444 7 2222222 0 7 888888888888888888888888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 44 11 99999 4 4 1 5 22 6 88888888 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 7 9 99 9 0
consensus : AACCAGCTCTAA-TAGCNCCG--TC-TC--TTA--CA-G---CA-TCC-GAA--CCTN-CAGCT-GAGAAA------T--CA--G-CAACCAA---------GT-TTG-TG-TAG--TCCTTCAG-AAT-CAC-CCGAT-ACACCTT-CCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-G-A-CCCGT---T--A-AT-----TTTAGA-TATAACCACAA-TAGT--ACACTTGCTCC------A-AAA---------CTTTAAC-AG---CT------------AAC-------AT-C--CTT--A---TCTTCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTGCTCCAAAAAC----CTTTAA-C-CA--G-C---A-CT-AA----C-AN-CC-TT--A--TC-TT--C-TC-CA-G---C-A-TCC---GAA-AGCC---CTATGGCT----CAAG---A-TTC-AG--C-AT-TT---A-A-GT-CT-AT-GTAAT--TCCTTTCATTA----CC-C-CCAG-AA--G-C-A---CCA----T---C--CATG------------CA-A-GTT----TGGNG----AC---CAA---GTTA-AA----TA--G---T-AGATN-TAG--A--T-------CAAT--N-GC-AC--ACTTGCTTCC-----AA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG----------------------CCG--ACGC--CGAC----G-CGAGG-G-T-A-T-AG-C--A---T--A---AGCTCCCCCC---------------GACTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTAAAAAA
Reference ( gi|4 ) : AACCAGCTTTAA-TAGCAACAAATC-TC--TTA--CA-G---CAATCC-AAA--CCTAACAGCT-GAGAAATC--CAT--CA--G-CAACCAA---------GT-TTG-TG-TAGATCCCTTCAG-AAT-CAC-CCGGT-ACACCTTTCCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-G-A-CCCG----C--A-AT-----TTTAGA-TATAACCACAA-TAGTA-AGACTTGCTCC------A-AAA---------C------------CT------------AAC-------AT-C--CTT--A---TCTTCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGCTTGCTCCAAAAAC----CTTTAA-A-CA--G-C---A-CT-AA----C-AT-CC-TT--A--TC-TT--C-TC-CA-G---C-A-TCC---GAA-AGCC---CTATGGCT----CAAG---A-TTC-AG--T-AT-TT---A-A-GT-CT-AT-GTAAT--TCCTTTCATTA----AC-C-CCAG-AA--G-C-A---TCA----T---C--CATA------------CA-A-ATT----TGAAA----AC---CAA---GTTA-AA----TA--G---T-AGATT-TAG--A--T-------CAAT--T-GC-AC--ACTTGCTTCC-----AA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG----------------------CC---ACGC--TAAT----A-CAAGG-G-T-A-T-AG-C--A---T--A---AGCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCACGGACTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTAACAAAA
gi|2 : AACCATCTTCAA-TAGCACCA--TCCTC--TTATCCA-G---CA-TCG-AAA--CC--ACAGCT-G-GAGA-----AT--CA--G-CAACCAA---------GTGCTG-TG-T-GTTATCTTCAG-AAC-CACTTCGAT--CACCTTCCCATGC--A-AG--TTAG-GAC-AAT-TATC-A-CCCG----TCAA-ATTATAATTTAGACTATAA-CACAA-TATCA---ACTTGCTCC------A-AAA---------A------------CT------------
gi|6 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttAACCAGCTCTAAATAGCACC---TC-TC--TTA--CA-G---CA-TCC-GAA--ACTA-C-GAT-CAGAA-------T--CA--G--AACACA---------GT-T----G-TAG--TCCTTCAGCAAT-CAC-CCGAT-ACACCTT--CATGC--A-AGTTCCAGTGAC-AATATATA-A-CCCG----T--C-ATA----ATTAGATTAT-ACCACAA-TAG---ACACAT-CTCC------A-AAAACTTTAAAGC------------CT------------AAC-------AT-C--CTT--A---TCTTCCttaaaccagccacttaatcatccttattcgtcctccagcatccgaagcctattagctctcaaaatttcagcaacctttaaggtctgtctataatttccttcataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgctccaaaaaactttaaccagcactaacaaccttatctttcaccatcatccgaagaaagcctagctcagattctagattgaaggtactatgtattccttcatacccccagaagtcatcatccatacatgttggcaagtggaccagataagctaatatacgcatcaacaagcacacttgctccaaaaaacttaaaccaagactggtacgccgaacgccgacgccgaggtatatagcatattaagctccccccgacctcgttcgggagctgaaaaatg
gi|1 : tgctccaaaaactattaAACCATCTCTAA-TAGCATCA--TCGTC--TTA--CA-GAGCCATTCC-GAAACCCTAA--GCTTGAGAAATC--------A--GTCAACCAA---------GT-GTGGTGGTAG---TCTTCAG-AATGCAC-T---T-CCAACCTTCAATGC--ACAGTTT-AGTGAC-AAT-TA-A-A-CCCGTCA-T--A-AT-----TTTAGA-T-TAACCACAATTAGT--ACACTTGCTCCAAAAAAA-AAA---------CTTTAACCAGCA-CT------------AAC-------ATCC--CTT--A---TCTTCannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|3 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttAACC-GCTCTAA-TAGCCCC---TC-TCGTTCA--CAAG---CA--CG-AAA--CCTA-CAACT-GAAA-----------CA--G-CAACCAAAATGTGGGGGT-TGG-GG-TAAGTCCTTGCAA-AAT-CAC-CCGATGACA-ATTTTCATGC--A-TG-TTTAGTGAC-AAT-TA-GCA-CCAT----C--ATATCA---TTTAGA-TATAA-CACAA--AGCT-ACAT---CTCCA-----A-AAA---------C------------TT------------AACCAGCACTAC-CATCTT--AT--TCTTCCTtccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|11 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAACTAGCTCTAA-TATCTTTGA-TC-TC--TTC--CA-G---TA-TCTGAAA--CCTG-CAACT-GAGAA-------C--CA--A-CAAC-------------T-TTG-TT-TAG--TCCTTTAA-AAC-CAC-CCGAT-GCAC------------G-A----TAGTGAA-AAT-TA-A-A-ACAG----T--C-ATAG---TTTAGA-TAAAACCATAA-CAATA-tccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|19 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaactttAACCAGCTCTAA-TAGCGCT--ATC-TC--TTC--CA-G---CAcacctg
gi|25 : tagcaaacttgcttcaaaaacgttTC-TC--TTC--CA-G---CA-TCCGAAA--CCTT-CAGGT-GAGAA-------T--CA--G-CAAtcagaagccatcactaacatccttatct
gi|9 : tcggt-AAA--CCTTTCAGGT-G-GAAATCAGCATACCAAAG--AACCAA----------T-TTG-TG-TAG--TCCTTCAG-A---CAC----GT-ATCCCT--CCTTGCCAA-AGTTCTAGTGAT-GAT-TA-G-A-CCCGTTCAT--A-A-------TTAGA-TATAACCATAA-TAGTG-A-ACTTGCTCC------A-AAA---------CTTTAACCAGAAACT------------AAC-------AA-C--CTTAGA---TCTCC
gi|11 : catcttggttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAA---------GT-CTG-TG-TAGA--CCATTAG-AAT-CGT-CTGAT-AAACCAT-CGATGC--A-AAT---ACCGACCAAT-T---------G----T--A--T-----TTTAGA-TGTAACCAAAA-TAAT--ACACTTGCTTC------AGAAA---------CTTTAACTAGCT-CT------------AAT-------AT-C--TTT--GATCTCTTCCtctcacacaagaagcctatggtcagtcacatcttaagtctgtgtattc
gi|5 : CCTTC-G-AAT-CAC-T-GAT-ACACCTT-CCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-G-ACCCCGT---C--A-AA-----TTTAGA-TATAACCACAATTAGT--ACACTTGCTCC------A-AAA---------agtatctgaaacctgcaactgagaaccaacaactttgtttagtcctttaaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|8 : TAGA-TA-AACCACAA-TAGTACACATTTGCTCC------A-AAA---------A------------CTTTAACCAGGCACAAC-------AT-C--CTT--A---TCTTCatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|1 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACTTGCTCCAATAAA----CTTTAA-C-CA--T-C---T-CT-AA----T-AG-CA-TC--A--TC-GT--C-TTACA-GAGCC-ATTCC---GAA-A-CC---CTA-AGCT----TGAGA--A-ATC-AG--TCAA-CC---A-A-GT-GTGGTGGTAGT----CTT----------------CAG-AAT-G-C-ACTTCCAACCTT---C--AATG------------CACA-GTT----TAGTG----AC-----A---ATTA-AACCCGTC--A---T-AATTT-TAG--A--TTAACCA-CAAT--TAGT-AC--ACTTGC-TCCAAAAAAA-AA-ACTTTAACCA-atccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|3 : ccaattatagcaAACTTGCTCCAAAAAC------TTAA-C-CA--G-------CC-AG----C-AA-CC--T--A--TC-TTC-C-TC-CA-T---CAA-TCC---G-A-AGCC---C---AGC-----CAGC---A-TTC-AAGTT-AT-TT---ACA-GT-GTAAT-GTAA----CCTTTCATTANNNNNN-N-NNNN-NN--N-N-N---NNN----N---N--NNNN------------NN-N-NNN----NNNNN----NN---NNN---NNNN-NN----NN--N---N-NNNNN-NNN--N--N-------NNNN--N-NN-NC--ACTTGC-TCC-----AA-AA-AC---AA-CA-A--GA-TGG----G---A-G----------------------CCG--AGGC--T----------GAAG-G-T-ATT-AGCC--A---T--A---AGCTCCCCC----------------GCCTT-C-GTCTCC-G--TG-AGCTAAgcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|9 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttaaccgctctaatagcccctctcgttcacaagcacgaaacctacaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACTTGCTCCAAAA------CTTTAA-C-CA--GAA---A-CT-AA----C-AA-CC-TTAGA--TC-TC--C-TC-T------C-A-CAC---AAG-AAGC---CTATGG-T----CAG-------TC-A---C-ATCTT---A-A-GT-CT-GT-GT-AT--TCa
gi|19 : catcttggttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaacctttcaggtggaaatcagcataccaaagaaccaatttgtgtagtccttcagacacgtatccctccttgccaaagttctagtgatgattagacccgttcataattagatataaccataatagtgAACTTGCTTCAAAAAC----GTT-AA-C-CA--G-C---T-CT-AA----T-AG-CG-CT--A--TC-TC--T-TC-CA-G---C-A-TCA---G-A-AGCC---
gi|7 : tagcaAACTTGCTCCAGAAACCA--CTATAACA-CA--G-CTCTA-TT-AG----C-A---C-AT--A--TC-TTGACAGC-CA-G-------TCC---GAA-A--C---CT-CAGCT----CAAG---A-ATC-atcactaacatccttatct
gi|1 : tatgaccattatcgcaCTTGCTCCAAAAAAAAAACTTTAA-C-CA--G-C---A-CT-AA----C-AT-CCCTT--A--TC-TT--C-TC-CA-G---C-A-TCG---TGA-AGCC---CTATTGCT----GCAG---ATTTC-AG--C-AT-TT---A-A-GT-CT-AT-ATAGTCATCC-TTCATTA----gagcaagccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|5 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacaCTTGCTCCAAAAA------TTTAA-C-CAGTG-C---A-CTCAA----CAATGCC-TT--A--TC-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|8 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacaTTGCTCCAAAAAC-----TTTAA-C-CA--GGC---A-C--AA----C-AT-CC-TT--A--TC-TT--CATC-CA-G---C-A-TCC---G---AGCC---TGATGGCTCATGCAAG---A-TTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|2 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatTGCTCCAAAAAA----CTTTAA-C-CA--G-C---A-CT-AA----C-AA-CC-TT--A--TCTTT--C-AC-CA-T---C-A-TCCGAAGAA-AGCC------TAGCT----C-AG---A-TTCTAG----AT-TG---A-AGGTACT-AT-GT-AT--TCC-TTCA-TA----CC-C-CCAG-AA--GTC-A---TCA----T---C--CATA------------CA-T-GTT----GGCAAGTGGAC---CAG---ATAA-GC----TA--A---T-ATAC----GC-A--T-------CAACA-A-GC-AC--ACTTGCTCCA-----AA-AA-ACTTAAACCA-A--GACTGG----T---ACG----------------------CCGA-ACGC--CGAC----GCCGAGGTA-T-A-T-AG-C--ATATT--A---AGCTCCCCCC---------------GACCT-C-GT-TCG-G---G-AGCTGAAAAA
gi|6 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttaaccatcttcaatagcaccatcctcttatccagcatcgaaaccacagctggagaatcagcaaccaagtgctgtgtgttatcttcagaaccacttcgatcaccttcccatgcaagttaggacaattatcacccgtcaaattataatttagactataacacaatatcaacttgctccaaaaactttaaaccagccacttaatcatccttattcgtcctccagcatccgaagcctattagctctcaaaatttcagcaacctttaaggtctgtctataatttccttcataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacTGCTCCAAAAAC----TATTAA-ACCA--G-C---T-CT-AAATAGC-AC-C---------TC-TC--T-TA-CA-G---C-A-TCC---GAA-A------CTACGA-T----C-AG---A-ATC-AG--A-A---C---ACA-GT-----T-GTAGT----CCTTCAGCA----AT-CACCCG-AT--A-C-A---CC-----T---T--CATG------------CA-A-GTTCCAGTGACA----ATATATAACCCGTCATAA----T-------T-AGATTATAC--C--A-------CAAT--A-G--AC--ACAT--CTCC-----AA-AA-ACTTTAAtg
gi|13 : GCTCCAAAA------CTTTAA-C-CA--G-A---AACT-AA----C-AA-CC-TT--AGATC-TC--C-TC-TC-A---C-A---C---AAG-AAGC---CTATGG-T----CAG-------TC-A---C-ATCTT---A-A-GT-CT-GT-GT-AT--TCTTGCCATagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|18 : TCCAAAAAC-----TTTAA-C-CA--G-C---A-TT-AA----C-AT-CC-T---A--TC-TT--CCTC-CA-T---T-A-TC-----AATAGTC----TATGGCT----TA-G---A-TTC-AG--C-AT-TTTATA-A-GT-CT-AT-GC-AT--TCC-TTCTTTA----CC-C-CCAacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacttgctcaaaactt
gi|10 : ----CTTTAA-C-CA--G-C---A-C--AA----C-A--CC-TT--A--CT-TTTCC-TC-CAAG---C-A-GCT---GAA--GCCTTGCTCTAATC----CAAGTAAA-TTT-AG--T-AT------A-A-GC-TT-TT-TTAAC---CCATCCATTA----CCAC-CCAG-AACAG-C-AA--TCA----TAAAC--CATA------------CA-ACGTT----TGGG----------CAG---ATTG-AAC---CA--G---TCATAAT-TA---A--C-------CAA-----GC--T--ACCTG--GAC-----AA-AT-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----G---ACG----------------------CC---G------AAC---------GG-A-T-A-T-AG-C--A---T--A---CACTTCCCC
gi|12 : aa-CA--T-C---A-CT-AA----C-AT-CC-TT--A--TC-TT--C-aactgactttaacgtcatcggaaattgagtaaa
gi|20 : ATGGCT----CA-T---A-TTC-AG--T-AT-TT---A-A-GT-AT-AT-GTATT--ACCT--CATTA----CC-C-CCAG-AA--G-C-A---TCA----T---C--CATA------------CA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctctaaaatcttgaatcaagatgcaacgccgacaccgatgccggggatatagcataacctccccccgacttcctctcggtgaggtaaaaa
gi|15 : AG---A-TGC-AG--T-AT-TT---A-A-GT-CT-AT-GT-AT--TCC-CTCATTA----CC-C-CCAGAAA--G-CAA---TCA----A---CAACATAAACGTCTTGCGGCACG-ATT----TG--G----AC-----A---GTT---A----TA--G---C-TGATA-TAG--A--T-------CA----T-GCAAA--ACTT--CTCC-----AA-A----CTTAACCAGA--AA-TTG----GAGAACG----------------------TCCG-ACGC------------CGAGC-G-T---T-AG-C--AG--T--A---A-TTCCCCCCc
gi|5 : -C-A---CCT----T---C--CATG------------CA-A-GTT----TTAGT----GA---CAA----TTA-GA----CCCCG---TCAAATT-TAG--A--TATAACCACAAT--TAGT-AC--ACTTGC-TCC-----AA-AA-A-TTTAACCA-gactc
gi|17 : ccttcgaatcactgata----AC---CA----GT---AA----TA--GGCCT-AGATA-TAGGCA--T-------CCA-----GC-ACCAACTTGCACCA-----AA-AA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAG---ACA----------------------CCTG-ACGC--TAgtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|16 : tcaccacgcataaactgccatttcagcaagattgg---CAA---GT-A-AA----TA--ACC-T-AGATA-TAG--ACAT-------CAAA----GC-AC--ACTT-CCTCA-----AA-AA-ACTT--ACCA-C--GA-TGG----A---AGG----------------------CCG--ATGC------------CGACG-G-T-A-T-AG-C--A---T--A---A-------------CCTCCCCCA---ACTT-TGGTCTCG-G--TGAAGCTAAAAAtgtatat
gi|24 : G--A--T--------AAT--A-AC-AA--ACTAGCT-CC-----AA-AA-ACTTTAACCA-A--tgg
gi|8 : cc-------CAATAGT-AC-AC--ATTTGCT-CC-----AA-AA-ACTTTAACCA-G--Gctctaatag
gi|14 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaacca-GC-AC--ACTTGCT-CC-----AA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG----------------------CCG--ACGG--TATT----A---------------GG-C--A---T--A---AGCTCCCCCCGACCC----------GACTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTAAcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|19 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg-GC-AA--ACTTGCTT-C-----AA-AA-ACGTTAACCA-aa
gi|5 : ta-AC--ACTTGCT-CC-----AA-AA-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----G---ACG-----------------------C---AGAC--C---------CGAGG-G-T-A-TCAG-C--A---T--ATACAG-TCCCCCCC--------------GATTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTTAAAAAgctctaatagcgctatctcttccagcatcagaagccatcactaacatccttatct
gi|1 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC--ACTTGCTGCC-----AA-AAAACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN--NNNN----N-NNNGG-G-TAA-TGAG-C--A---TGAA---AGCTGCCCCCC--------------GACTTCC-GTCTCGTG--TG-AGCT
gi|12 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC--ACTTGCT-CT-----AA-AA-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----A---ACG----------------------CCG--ACAC--CGAT----G-CCGGG-GAT-A-T-AG-C--A---T--A---ACCTCCCCCC---------------GACTT-C-CTCTCG-G--TG-AGGTAAAAAtaata
gi|6 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCT-CC-----AATAA-AATTTAATCC-A--AA-TTG--------ACG----------------------CCGGAACGCCGTAACCGCGA-CGAAG-C-T-A-T--G-CTAA---T--A---AGCTGCCCCCC--------------GACTT-CGGTCTCG-G--TG-AGCTAAAAA
gi|21 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaGG----G---ACG----------------------CC---GAG----GGT----A-TA------T-A-T-AA-C--A---T--A---AGCTCCCCC----------------GACTT-C-GTCTTG-T--TA-AGCTAActat
gi|22 : aaaAGG-G-T-T-T-AG-C--A---TT-A---AGCTCCCCC----------------GACTT-C-GTTTCG-GCACG-AGCTaa
gi|23 : gacgctgGG-G-T-A-T-AG-C--A---T--A---AGCTCCCCC----------------GACTT-C-CTCTCG-G--TG-AGCTAAAAA
gi|26 : gg--A---T--A---AGCTCCCGCCGACCCCC--------GACTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTAAAAA
gi|27 : GACTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTAAAAA
gi|28 : cccGACTT-C-GTCTCG-G--TG-AGCTAAc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 11 1111 22222222222222222 111111 1111111 333333333333333 222222 7777777777777777777 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 1 11111111111111111 111111111 11111111111 111111111111 111111111 3333333333333333333333333333333333 111111111 111 1 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 5 5 6666666 8 66 9999 4 777 66 555 4 4 99 99 4 4 5 2222 4 4 0 33333333333333333 777 4 4 4 333333 4 3333333 4 4 99 0 44 88 55 4 777 4 4 9999 888888888888888 3 2 3 6 3 33 555 666 111111 88 3 1111111111111111111 3 3 3 7 55 55 000000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 666666 2 99999999 2 2 7 666 7 2 2 2 3 5 88 66 33 5555 55 66 0 2 666 2 2 9999999999 444 2 33 11111111111111111 5 555 66666 444 2 666666666 2 2 2 777 55555555555 777777777777 4 4 66 555 4 555555555 22 444 7777777777777777777777777777777777 1 666 333333333 444 2 6666666 2 33 9 4 2 1 2 44 3 11111111 2222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 4444444 66 777 66 444 5 5555555555555555555555555555 666 2 2 2 2 8888 2
lowQualScore : . . ....... . .. .... . ... .. ... . . .. .. . . . .... . . . ................. ... . . . ...... . ....... . . .. . .. .. .. . ... . . .... ............... . . . . . .. ... ... ...... .. . ................... . . . . .. .. ......... .................................................................................................................................... . . ...... . ........ . . . ... . . . . . . .. .. .. .... .. .. . . ... . . .......... ... . .. ................. . ... ..... ... . ......... . . . ... ........... ............ . . .. ... . ......... .. ... .................................. . ... ......... ... . ....... . .. . . . . . .. . ........ .............................................. . . ....... .. ... .. ... . ............................ ... . . . . .... .
lowQualScore : 0 0 4444444 9 11 6666 4 888 11 333 4 0 00 00 0 0 8 5555 0 0 1 11111111111111111 444 0 0 0 666666 0 0000000 0 0 55 2 88 22 55 0 222 0 0 7777 000000000000000 6 2 6 7 3 88 111 444 444444 66 6 5555555555555555555 6 6 6 3 00 00 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 444444 5 11111111 5 5 5 444 5 5 5 5 4 0 44 99 44 3333 99 33 7 7 222 7 7 5555555555 777 7 77 11111111111111111 3 222 77777 777 7 000000000 7 7 7 000 11111111111 111111111111 0 4 11 333 7 999999999 88 777 1111111111111111111111111111111111 0 888 000000000 888 9 0000000 5 22 5 7 4 1 5 22 3 88888888 2222222222222222222222222222222222222222222222 9 9 1111111 33 333 33 777 3 1111111111111111111111111111 999 5 5 5 5 8888 5
consensus : AAC-CAGCTCTAA-TAGCAC-CA--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-C-CG-AA--CCTA-CAGCT-G-AGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G---T--CCTT-CA-------G-AAT-CAC--CCGAT-ACACCTT-CCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-GA-CCCGT--C-A-AT-----T-TTAGA-TATA-ACCACAA-TAG-TAC-AC--TTGCTC---C------A--AAACT-TTAAC-C----AG----C-----T-AA-C-AT-CC--TT--A---T-----CTTCCTGCATCCGAAGCCTAATCGCTCAGAAGTTCAGCCATTTAAGTCTATATATCCTTCATTAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAACTTGCT-C-CAAAAAC----CT-TTA--------AC-CA-G-C-A-C-TA-A-C-ANC-C--TT--A--T----C--TT--C-TC-C-A-GC-A-TCC---GAA-AGCC---CTA-TGG--CT----CAAG---A-T---TC-AG--CA---T-T---TA-A---------G-T-C-TA--TGTAAT--TCCTTTCATTAC------------C-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C-----CATACAA-GTTTGG-----GGAC-CAAGTTAAA-TAG---T-A-----GATATAG--A--T------CAAT-AGC-A----C--A-C--TTGCT-CCAA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-AT--A----GC--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Reference ( family-524 ) : AAC-CAGCTCTAA-TAGCNC-CG--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-C-CG-AA--CCTN-CAGCT-G-AGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-G---T--CCTT-CA-------G-AAT-CAC--CCGAT-ACACCTT-CCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-GA-CCCGT--T-A-AT-----T-TTAGA-TATA-ACCACAA-TAG-TAC-AC--TTGCTC---C------A--AAACT-TTAA--C----AG----C-----T-AA-C-AT-CC--TT--A---T-----CTTCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTGCT-C-CAAAAAC----CT-TTA--------AC-CA-G-C-A-C-TA-A-C-ANC-C--TT--A--T----C--TT--C-TC-C-A-GC-A-TCC---GAA-AGCC---CTA-TGG--CT----CAAG---A-T---TC-AG--CA---T-T---TA-A---------G-T-C-TA--TGTAAT--TCCTTTCATTAC------------C-CCCAG-A--AG-C-ACCAT---C-----CATGCAA-GTTTGG-----NGAC-CAAGTTAAA-TAG---T-A-----GATNTAG--A--T------CAAT-NGC-A----C--A-C--TTGCTTCCAA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-AT--A----GC--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
gi|1 : AT-AGC-A----A--A-C--TTGCT-CCAATAA-ACTTTAACCA-
gi|1 : ccaattA-TAG-CAA-AC--TTGCTC---C------AATAAACT-TTAAC-C----AT----CTCTAAT-AG-C-AT-CA--TC--G---T-----CTTtctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattAAC-CATCTCTAA-TAGCAT-CA--TCGTC--TT-A--CA-GAGCC--A-TTC-CG-AAACCCTA--AGCTTG-AGAAATC----AGTCA-ACCAA---------G-------T-G-TGGTGGTA-G---T--C-TT-CA-------G-AATGCACTTCCAA-----CCTT-CAATGC--ACAGTTT-AGTGAC-AAT-TA-AA-CCCGTCAT-A-AT-----T-TTAGA-T-TA-ACCACAATTAG-TAC-AC--TTGCTC---CAAAAAAA--AAACT-TTAAC-C----AGCA--C-----T-AA-C-ATCCC--TT--A---T-----CTTCacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttACTTGCT-C-CAAAAAAAAAACT-TTA--------AC-CA-G-C-A-C-TA-A-C-ATC-CC-TT--A--T----C--TT--C-TC-C-A-GC-A-TCG---TGA-AGCC---CTA-TTG--CT----GCAG---ATT---TC-AG--CA---T-T---TA-A---------G-T-C-TA--TATAGTCATCC-TTCATTAC------------tccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacAAC-CAGCACTAA-CATCCCTTA--TC-TT--CT-C--CA-G---C--A-T-CGTG-AAGCCCTA-TTGCT-GCAGATTTC----AG-CA-TTTAA---------G-------T-C-TA-TA-TA-GTCAT--CCTT-CATTACNNNN-NNN-NNN--NNNNN-NNNNNNN-NNNNNN--N-NNNNNNNNNNNN-NNN-NN-NN-NNNNN--N-N-NN-----N-NNNNN-NNNN-NNNNNNN-NNN-NNC-AC--GTGCTCATAA------A--AAACTGTTAAC-C----AG----CAACG-T-AA-C-AC-CTTGTT--A---T-----CTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttACGTGCT-CATAAAAAA----CTGTTA--------AC-CA-G-CAA-CGTA-A-C-ACC-TTGTT--A--T----C--TT--CATCGC-ATGCAA-TCC---CGA-AG-C---CTA-TGG--CT----CAGA---A-TTACTC-AG--TA---T-T---TA-A---------GAT-C-TA--TGT-AT--TC--TTCATTAC------------atcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc----C--A-C--TTGCTGCCAA-AAAACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNN-----NNN-N-NNGG-GTAATG-A----GC--A---TGAA---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTTC--C-G-TC-TCGTG----TG-AGCTTAAgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|10 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----CT-TTA--------AC-CA-G-C-A-C--A-A-C-A-C-C--TT--ACTT----T--TC--C-TC-CAA-GC-A-GCT---G-A-AGCCTTGCTC-TAA--TC----CAAGTAAA-T---TT-AG--TA---------TA-A---------G-C-T-TT--TTTAA---CCCATCCATTAC------------CACCCAG-AACAG-CAATCATAAAC-----CATACAACGTTTGG-----G----CAGATTGAACCAG---TCA-----TAATTA---A--C------CAA---GC------T--A-C--CTG--GACAA-AT-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----G---ACG---------------------CC-G--A----------AC------GG-AT-AT--A----GC--A---T--A---CACT-TCC-------CCAACT---------------GACTTTAAC-G-TCATCG-GAAATTG-AG-TAAAta
gi|11 : aaAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G---A--CCAT-TA-------G-AAT-CGT--CTGAT-AAACCAT-CGATGC--A-AAT---ACCGACCAAT-T--------GT------AT-----T-TTAGA-TGTA-ACCAAAA-TAA-TAC-AC--TTGCTT---C------AG-AAACT-TTAA--CT---AGCT--C-----T-AA-T-AT-CT--TT--GATCT-----CTTCC
gi|11 : AAC-TAGCTCTAA-TATCTT-TGA-TC-TC--TT-C--CA-G---T--A-T-C-TG-AAA-CCTG-CAACT-G-AGAA-CC----AA-CA-AC--------------------T-T-TG-TT-TA-G---T--CCTT-TA-------A-AAC-CAC--CCGAT-GCAC------------G-A----TAGTGAA-AAT-TA-AA-ACAGT--C-ATAG-----T-TTAGA-TAAA-ACCATAA-CAA-TAC-AC--CTGagtatctgaaacctgcaactgagaaccaacaactttgtttagtcctttaaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|12 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaacttt----C--A-C--TTGCT-CTAA-AA-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----A---ACG---------------------CC-G--ACACCG-----ATGCC-GGGG-AT-AT--A----GC--A---T--A---ACCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGGTAAAAA
gi|13 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCT-C-CAAAA------CT-TTA--------AC-CA-GAA-A-C-TA-A-C-AAC-C--TTAGA--T----C--TC--C-TC-T----C-A-CAC---AAG-AAGC---CTA-TGG---T----CAG----------TC-A---CA---TCT---TA-A---------G-T-C-TG--TGT-AT--TCTTGCCAT
gi|14 : GC-A----C--A-C--TTGCT-CCAA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--AC------------------G-GT-ATTAG----GC--A---T--A---AGCT-CCCCCCGA--C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacttgctcaaaactt
gi|15 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggAG---A-T---GC-AG--TA---T-T---TA-A---------G-T-C-TA--TGT-AT--TCC-CTCATTAC------------C-CCCAGAA--AG-C-A--AT---CAACAACATAAAC-GTCTTG-----CGGCACGATTTGGA-CAGT--T-ATAGCTGATATAG--A--T------CA---TGCAA----A--A-C--TT--CTCCAA-A----CTTAACCAGA--AA-TTG----GAGAACGT--------------------CC-G--ACGCCG-----A-G-C------GT--T--A----GC--AG--T--A---A-TT-CCC-------C---CC---------------GACT
gi|16 : -CAAGT-AAA-TAACC-T-A-----GATATAG--ACAT------CAA--AGC-A----C--A-C--TT-CCTCAAA-AA-ACTT--ACCA-C--GA-TGG----A---AGG---------------------CC-G--ATGCCG-----ACG--------GT-AT--A----GC--A---T--A---ACCT--CC-------C---CC---------------AACTT---TGG-TC-TCG-G----TGAAGCTAAAAAc
gi|17 : CCAT---TT----CA-GCAA-GATTGG-------AC-CA-GT--AA-TAGGCCT-A-----GATATAGGCA--T------CCA---GC-A----CCAA-C--TTGCACCAAA-AA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAG---ACA---------------------CCTG--ACGCtgg
gi|18 : tcaccacgcataaactgT-C-CAAAAAC-----T-TTA--------AC-CA-G-C-A-T-TA-A-C-ATC-C---T--A--T----C--TTC-C-TC-C-A-TT-A-TC-----AATAG-T---CTA-TGG--CT----T-AG---A-T---TC-AG--CA---T-TTTATA-A---------G-T-C-TA--TGC-AT--TCC-TTCTTTAC------------C-CCCAtatgtatat
gi|19 : AACTTGCT-T-CAAAAAC----GT-T-A--------AC-CA-G-C-T-C-TA-A-T-AGC-G--CT--A--T----C--TC--T-TC-C-A-GC-A-TCA---G-A-AGCC---
gi|2 : tagcaAAC-CATCTTCAA-TAGCAC-CA--TCCTC--TT-ATCCA-G---C--A-T-C-GA-AA--CC-A-CAGCT-G-GAGAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------TGC-TG-TG-T--G---TTATCTT-CA-------G-AAC-CACT-TCGAT--CACCTTCCCATGC--A-AG--TTAG-GAC-AAT-TATCA-CCCGT--CAA-ATTATAAT-TTAGACTATA-A-CACAA-TAT-CA--AC--TTGCTC---CA-----A--AAACT-TTAAACC----AG----CCACT-T-AATC-AT-CC--TT--AT--T-----CGTCCTatcactaacatccttatct
gi|2 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttAACTTGCT-C-CAAAAAC----TT-TAA--------AC-CA-GCC-A-CTTA-ATC-ATC-C--TT--A--T----TCGTC--C-TC-C-A-GC-A-TCC---GAA-G--C---CTATTAGCTCT----CAAA---ATT---TC-AG--CAACCT-T---TA-AG--------G-T-C-TGTCTATAAT--TTCCTTCATAACNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-N--NN-N-NNNNN---N-----NNNNNNN-NNNNNN-----NNNN-NNNNNNNNN-NNN---N-N-----NNNNNNN--N--N------NNNN-NNN-A----C--A-C---TGCTCCAAA-AA-ACTTTAACCA-ccagcatccgaagcctattagctctcaaaatttcagcaacctttaaggtctgtctataatttccttcataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacactgctccaaaaaactttaaccagcactaacaaccttatctttcaccatcatccgaagaaagcctagctcagattctagattgaaggtactatgtattccttcatacccccagaagtcatcatccatacatgttggcaagtggaccagataagctaatatacgcatcaacaagcacacttgctccaaaaaacttaaaccaagactggtacgccgaacgccgacgccgaggtatatagcatattaagctccccccgacctcgttcgggagctgaaaaatg
gi|2 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttaaccatcttcaatagcaccatcctcttatccagcatcgaaaccacagctggagaatcagcaaccaagtgctgtgtgttatcttcagaaccacttcgatcaccttcccatgcaagttaggacaattatcacccgtcaaattataatttagactataacacaatatcTGCT-C-CAAAAAA----CT-TTA--------AC-CA-G-C-A-C-TA-A-C-AAC-C--TT--A--T----CT-TT--C-AC-C-A-TC-A-TCCGAAGAA-AGCC-------TAG--CT----C-AG---A-T---TCTAG---A---T-T---GA-AG--------G-TAC-TA--TGT-AT--TCC-TTCA-TAC------------C-CCCAG-A--AGTC-ATCAT---C-----CATACAT-G-TTGGCAAGTGGAC-CAGATAAGC-TAA---T--------ATACGC--A--T------CAACAAGC-A----C--A-C--TTGCTCCAAA-AA-ACTTAAACCA-A--GACTGG----T---ACG---------------------CC-GA-ACGCCG-----ACGCC-GAGGTAT-AT--A----GC--ATATT--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACCT---C-G-T--TCG-G-----G-AGCTGAAAAAgcactaacaaccttatctttcaccatcatccgaagaaagcctagctcagattctagattgaaggtactatgtattccttcatacccccagaagtcatcatccatacatgttggcaagtggaccagataagctaatatacgcatcaacaagcacacttgctccaaaaaacttaaaccaagactggtacgccgaacgccgacgccgaggtatatagcatattaagctccccccgacctcgttcgggagctgaaaaatg
gi|20 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttaaccatcttcaatagcaccatcctcttatccagcatcgaaaccacagctggagaatcagcaaccaagtgctgtgtgttatcttcagaaccacttcgatcaccttcccatgcaagttaggacaattatcacccgtcaaattataatttagactataacacaatatcaacttgctccaaaaactttaaaccagccacttaatcatccttattcgtcctccagcatccgaagcctattagctctcaaaatttcagcaacctttaaggtctgtctataatttccttcataacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacA-TGG--CT----CA-T---A-T---TC-AG--TA---T-T---TA-A---------G-T-A-TA--TGTATT--ACCT--CATTAC------------C-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C-----CATACAtg
gi|21 : G-----ACG-CCGAGG-GT-AT--ATATAAC--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TC-TTG-T----TA-AGCTAAAAc
gi|22 : aaaggG-----ACG-CTGAGG-GT-TT--A----GC--A---TT-A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TT-TCG-GCA--CG-AGCT
gi|23 : -GGGG-GT-AT--A----GC--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|25 : --TC-TC--TT-C--CA-G---C--A-T-C-CGAAA--CCTT-CAGGT-G-AG-AATC----AG-CA-A
gi|26 : tcggt--A---T--A---AGCT-CCCGCCGACCC---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|27 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|28 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAc
gi|3 : AT-AGC-A----A--A-C--TTGTTTCCAG-AA--CTTTAACC
gi|3 : ctcattAAC-C-GCTCTAA-TAGCCC-C---TC-TCGTTC-A--CAAG---C--A-----CG-AAA-CCTA-CAACT-G-AAA---C----AG-CA-ACCAAAATGTGGGGG-------T-T-GG-GG-TAAG---T--CCTTGCA-------A-AAT-CAC--CCGATGACAATTT-TCATGC--A-TGTTT-AGTGAC-AAT-TA-GC-ACCAT--C-ATATCA---T-TTAGA-TATA-AC-ACAA--AGCTAC-AT-----CTC---C------A--AAAAC-TTAA--CC---AG----CAC---T-AC-C-AT-C---TT--A---TTCTTCCTTCCAGCATCCGAAGCCTAATCGCTCAGAAGTTCAGCCATTTAAGTCTATATATCCTTCATTAGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTTGCT-C-CAAAAAC-------TTA--------AC-CA-G-C-----CA-G-C-AAC-C--T---A--T----C--TT--CCTC-C-A-TC-AATCC---GAA--GCC---C----AG--C-----CAGC---A-T---TC-AAGTTA---T-T---TACA---------G-T-G-TAA-TGTAA----CCTTTCATTAN------------N-NNNNN-N--NN-N-NNNNN---N-----NNNNNNN-NNNNNN-----NNNN-NNNNNNNNN-NNN---N-N-----NNNNNNN--N--N------NNNN-NNN-NNNNNC--A-C--TTGCT-CCAA-AA-AC---AAC-A-A--GA-TGG----G---A-G---------------------CC-G--AGGCTG-----A-------AG-GT-ATT-A----GCC-A---T--A---AGCT-CCC-------C---C----------------GCCTT---C-G-TC-TCC-G----TG-AGCTAAAgctctaatagcccctctcgttcacaagcacgaaacctacaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|4 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAAC-CAGCTTTAA-TAGCAA-CAAATC-TC--TT-A--CA-G---C--AAT-C-CA-AA--CCTAACAGCT-G-AGAAATCCATCAG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-GAT-C--CCTT-CA-------G-AAT-CAC--CCGGT-ACACCTTTCCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-GA-CCCGC----A-AT-----T-TTAGA-TATA-ACCACAA-TAG-TAAGAC--TTGCTC---C------A--AAAC-------------------C-----T-AA-C-AT-CC--TT--A---T-----CTTCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGCTTGCT-C-CAAAAAC----CT-TTA--------AA-CA-G-C-A-C-TA-A-C-ATC-C--TT--A--T----C--TT--C-TC-C-A-GC-A-TCC---GAA-AGCC---CTA-TGG--CT----CAAG---A-T---TC-AG--TA---T-T---TA-A---------G-T-C-TA--TGTAAT--TCCTTTCATTAA------------C-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C-----CATACAA-ATTTGA-----AAAC-CAAGTTAAA-TAG---T-A-----GATTTAG--A--T------CAAT-TGC-A----C--A-C--TTGCTTCCAA-AA-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC----ACGCTA-----ATA-C-AAGG-GT-AT--A----GC--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CCCCCCCCCCCCCCACGGACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAACAAA
gi|5 : --CCTT-C--------G-AAT-CAC--T-GAT-ACACCTT-CCATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AAT-TA-GACCCCGT--C-A-AA-----T-TTAGA-TATA-ACCACAATTAG-TAC-AC--TTGCTC---C------A--AAAAT-TTAAC-C----AGTGCAC-----TCAA-CAATGCC--TT--A---T-----Ca
gi|5 : ACTTGCT-C-CAAAAAT----GT-TAA--------AC-CA-G-C-ATC-TATA-CAAAC-C--TT--A--T----C--Tgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|5 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcac-A----C--A-C--TTGCT-CCAA-AA-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CA-G--AC-C-----------C-GAGG-GT-ATC-A----GC--A---T--ATACAGTC-CCC-------C---CC---------------GATTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|6 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAC-CAGCTCTAAATAGCAC-C---TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-C-CG-AA--ACTA-C-GAT-C-AGAA-TC----AG--A-ACACA---------G-------T-T-----G-TA-G---T--CCTT-CA-------GCAAT-CAC--CCGAT-ACACCTT--CATGC--A-AGTTCCAGTGAC-AATATATAA-CCCGTCAT-A-A--------TTAGA-T-TATACCACAA-TAG--AC-AC--AT-CTC---CA-----A--AAACT-TTAA-------AGC---C-----T-AA-C-AT-CC--TT--A---T-----CTTCC
gi|6 : tgctccaaaaactatta--TTGCT-CCAATAA-AATTTAATCC-A--AA-TTG--------ACG---------------------CC-GGAACGCCGTAACCGCGAC-GAAG-CT-AT-------GCTAA---T--A---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTT---C-GGTC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|7 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaAACTTGCT-C-CAGAAACCA--CT-ATA--------ACACA-G-C-T-C-TA-T-T-AGCAC--AT--A--T----C--TTGACAGC-C-A-G----TCC---GAA-A--C---CT--CAG--CT----CAAG---A-A---TCGAG--CA---A-G---CC-A---------G-T-CGTG--TGTA-----------GCTAC------------C-CT--G-A--AA-G-ACTGT---C-----CAAGCAA-ctat
gi|7 : tatgaccattatcgcaAACACAGCTCTAT-TAGCA--CA--TA-TC--TTGA--CA-G---CCAG-T-C-CG-AA--ACCT-CAGCT-C-AAGAATCG---AG-CA-AGCCA---------G-------T-CGTG-TG-TA-G---tacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|7 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactatTTGCTGC-CGAAAAA----CG-TTACGAGCCGTGC-TA-G-CCA-CGTA-A---ATC-CG-TT--A--TGCTTC--CT--C-TC-C-AAGT-A-TCC----AG-AGGC---CTA-TA---CTG---CAGG---A-TGT-CC-AG--TG---T-T---GA-ATTTCAGAACG-T-C-T---TGTATT--TCCTT-CATTActaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|8 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactataacacagctctattagcacatatcttgacagccagtccgaaacctcagctcaagaatcgagcaagccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgTATGA--A--C------CAAT-AGC-A----A--AAC--TTGCT--CAA-AA-ACTTTAACCA-
gi|8 : AACTTGCT-C--AAAAAC-----T-TTA--------AC-CA-T-C-T-C-TA-A-T-AGCAC--NN--N--N----N--NN--N-NN-N-N-NN-N-NNN---NNN-NNNN---NNN-NNN--NN----NNNN---N-N---NN-NN--NN---N-N---NN-N---------N-N-N-NN--NNNNNN--NNNNNNNNNNNN------------N-NNNNN-N--NN-N-NNNNN---N-----NNNNNNN-NNNNNN-----NNNN-NNNNNNNNN-NNN---N-N-----NNNNTAG--A--TAAACCACAAT-AGT-A----C--A-CATTTGCT-CCAA-AA-ACTTTAACCA-G--Gtctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaTAGA-TA-A-ACCACAA-TAG-TAC-ACATTTGCTC---CA-----A--AAACT-TTAA--CCA--GG----CA----C-AA-C-AT-CC--TT--A---T-----CTTCcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATTTGCT-C-CAAAAAC-----T-TTA--------AC-CAGG-C-A-C--A-A-C-ATC-C--TT--A--T----C--TT--CATC-C-A-GC-A-TCC---G---AGCC---TGA-TGG--CTCATGCAAG---A-T---Tatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|9 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacac-AA--CCTTTCAGGT-G--GAAATC----AG-CATACCAA---------AGAACCAAT-T-TG-TG-TA-G---T--CCTT-CA-------G-A---CAC-----GT-AT-CCCT-CCTTGCCAA-AGTTCTAGTGAT-GAT-TA-GA-CCCGT--T-C-AT-----AATTAGA-TATA-ACCATAA-TAG-TGA-AC--TTGCTC---C------A--AAACT-TTAA--CCAGAAA----C-----T-AA-C-AA-CC--TTAGA---T-----CTCC
gi|9 : catcttggttaaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaAACTTGCT-C-CAAAA------CT-TTA--------AC-CA-GAA-A-C-TA-A-C-AAC-C--TTAGA--T----C--TC--C-TC-T----C-A-CAC---AAG-AAGC---CTA-TGG---T----CAG----------TC-A---CA---TCT---TA-A---------G-T-C-TG--TGT-AT--TCtctcacacaagaagcctatggtcagtcacatcttaagtctgtgtattc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): CCGATAATAACAAACTAGCTCCAAAAACTTTAACCAACTCTAATAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 11 1111 333333333333333333333 111 1111 33333333333333333333333333333 11 111111111111 33333333333333333 11111111 11 222222 33333333333 1111111 222222222 3333333 11111 1 1111 222222 111 11111 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 111 11111 1111 1111 111111 222222222222222 11111 333333333333333333333333333333333333 111111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111 111111111111111
lowQualScore : 5 5 5 7777 0 66 8888 5 888 66 777 8 55 22 4 5 3333 4 4 222222222222222222222 4 4 4 88888 55 99 4 111 0000 4 66666666666666666666666666666 99 4 55 4 777 4 555555555555 55555555555555555 3 666 3 33333333 444 3 666 00 4 555555 4 4 777 4 99999999999 4 4 7777777 8 4 333333333 55 2222222 777 77777 0 6666 666666 5 000 5 44444 5 5 33333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 4 333 3 3 111 3 3 3 4 00000 55 3 9999 4 4444 888888 4 6 888888 000000 666 7 999 77777 4 4 4 4 4 444444444444444 8888 4 5 66 5 5 5 999999 11111 777777777777777777777777777777777777 555 55 111111111111 2 33 2 33 4 2 4 2 2 1 2 33 3 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 1111111 2 33 777 66 444 5 3333333 444 444444444444444 666 2 2 2 2 8888 2
lowQualScore : . . . .... . .. .... . ... .. ... . .. .. . . .... . . ..................... . . . ..... .. .. . ... .... . ............................. .. . .. . ... . ............ ................. . ... . ........ ... . ... .. . ...... . . ... . ........... . . ....... . . ......... .. ....... ... ..... . .... ...... . ... . ..... . . ..... ............................................................................................ . . . ... . . ... . . . . ..... .. . .... . .... ...... . . ...... ...... ... . ... ..... . . . . . ............... .... . . .. . . . ...... ..... .................................... ... .. ............ . .. . .. . . . . . . . .. . ........ .............................................. . . . ....... . .. ... .. ... . ....... ... ............... ... . . . . .... .
lowQualScore : 7 7 3 6666 0 99 9999 0 888 99 111 9 00 88 4 2 9999 4 4 111111111111111111111 4 4 4 88888 55 55 0 000 2222 0 55555555555555555555555555555 55 0 77 0 000 0 111111111111 22222222222222222 6 333 6 22222222 111 6 444 00 0 000000 0 0 000 0 00000000000 0 0 0000000 0 0 000000000 55 4444444 777 00000 0 9999 444444 7 000 7 33333 7 7 44444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 222 6 6 222 6 6 6 5 55555 00 6 7777 0 8888 222222 0 1 111111 222222 444 3 333 99999 0 0 0 0 0 888888888888888 5555 4 0 99 0 0 0 888888 22222 444444444444444444444444444444444444 333 00 666666666666 7 22 4 11 4 2 4 2 2 1 5 99 3 88888888 8888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 9 3333333 9 77 333 33 777 3 5555555 111 777777777777777 999 5 5 5 5 8888 5
consensus : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-AC--TTGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-G----C----T-AA-C-------AT-CC-TTA----T----CT--TCCN------GCATC-C-GAAGCCTA--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-T----ATCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Reference ( family-524 ) : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-AC--TTGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-G----C----T-AA-C-------AT-CC-TTA----T----CT--TCCT------GCATC-C-GAAGCCTA--ATCGCT-CAGAA-GTTCAGC----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-T----ATCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--CAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GGACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
gi|1 : AT--AGC-AA--A-C--TTGCT-CC-AATA-A-ACTTTAACCA-
gi|1 : ccaattAAC-CATCTCT-AATAGCATC-A--TCGTC--TT-A--CA-GAGCC--A-TTCCG-AAACCCTA--AGCTTGAGAAATC----AGTCA-ACCAA---------G-------T-G-TGGTGGTA-G--T--C---TT--CAG-AATG--CACTTC-CAA-----CC---------------------TT-CA---ATGC--ACAGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-A-A-C--CCGTC----ATAA----T--T-TTAGA-T---TA-AC-----C--ACAA-TTAG-TA-C-AC--TTGCT-CCAAAAAAA-AAA-CTTT---AA-CCA-GCA--C----T-AA-C-------ATCCC-TTA----T----CTTCTCCA------GCATCGT-GAAGCCCT--ATTGCTGCAG-A-TTTCAG-----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-TAGTCATCCTTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-AC-GTGCTCATAAAAAA--CTGTTAAC-CAGCAA-CGTA-AC-ACC-TTGTT--ATC-TT--CATCGCATGCAATCC---CGA-AG-C---CTATGGCTCAGA---ATTACTC-AG--TAT-T---TA-A-GAT-CT-ATGT-ATTC----------TTCATTA----Ctctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttC--A-C--TTGCTGCC-AA-A-AAACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNN-----NNN-N-NNGG-GTAA-TG-A----G-C--A---TGAA---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTTC--C-G-TC-TCGTG----TG-AGCTTAAgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|10 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT-TTAAC-CAGC-A-C--A-AC-A-C-C--TT--ACT-TTTCC-TC-CAAGC-AGCT---GAA--GCCTTGCTCTAATCCAAGTAAAT---TT-AG--TAT------A-A-G-C-TT-TTTTAAC-C--------CATCCATTA----CCACCCAG-AACAG-C-AATCATAAAC--CATACAACGT-TTG-G-----G---CA-------GATTGAACCAG---T---CATA---A--T------TAACCAAGC--T--A-C--CTGG--AC-AA-A-T-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----G---ACG---------------------CC-G--A----------ACG------G-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---CACT-TCC-------CCAACT---------------GACTTTAAC-G-TCATCG-GAAATTG-AG-TAAAta
gi|11 : aaAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--A--C--CAT--TAG-AAT---CGT--C-TGAT-AAACC---------------------AT-CG---ATGC--A-AAT---ACCGACCAA---T-T--------------GT--------A----T--T-TTAGA-TG--TA-AC-----C--AAAA-T-AA-TA-C-AC--TTGCT-TC------AGAAA-CTTT---AA-CTA-GCT--C----T-AA-T-------AT-CT-TTGATC-T----CT--TCCA------GTATC-T-GAAACCT
gi|11 : AAC-TAGCTCT-AATATCTTTGA--TC-TC--TT-C--CA-G---T--A-T-CTG-AAA-CCTG-CAACT-GAGAA-CC----AA-CA-AC--------------------T-T-TG-TT-TA-G--T--C--CTT--TAA-AAC---CAC--C-CGAT-GCAC------------------------------------G-A----TAGTGAA-AA---T-T---A-A-A-A--CAGTC----AT-A----G--T-TTAGA-TA--AA-AC-----C--ATAA-C-AA-TA-C-AC--CTGgcaactgagaaccaacaactttgtttagtcctttaaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|12 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaactttC--A-C--TTGCT-CT-AA-A-A-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----A---ACG---------------------CC-G--ACACCG-----ATG-CCGGGG-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGGTAAAAA
gi|13 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCTC-CAAAA----CT-TTAAC-CAGA-AAC-TA-AC-AAC-C--TTAGATC-TC--C-TC-T---C-ACAC---AAG-AAGC---CTATGG-TCAG---------TC-A---CATCT---TA-A-G-T-CT-GTGT-ATTCTTGCCATACTTNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNT-AC--A-C--TTGCT-C---A-A-A-ACTT
gi|14 : GC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--AC------------------G-GT-A-TTAG----G-C--A---T--A---AGCT-CCCCCCGA--C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAA
gi|15 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggAG---AT---GC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGT-ATTC--------C-CTCATTA----CC-CCCAGAAA--G-CAA-TCAA---CAACATAAAC-GTCTTGCG-----GCACGATTTGGACAGTT--AT-AG---CTGATATAG--A--T------C-AT---GCAAA--A-C--TT-CT-CC-AA-A-----CTTAACCAGA--AA-TTG----GAGAACGT--------------------CC-G--ACGCCG-----A-G-C------GT---T--A----G-C--AG--T--A---A-TT-CCC-------C---CC---------------GACT
gi|16 : CA-------AGT-AAAT-AACC-TAGATATAG--ACAT------CAA---AGC-AC--A-C--TTCCT-CA-AA-A-A-ACTT--ACCA-C--GA-TGG----A---AGG---------------------CC-G--ATGCCG-----ACG--------GT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT--CC-------C---CC---------------AACTT---TGG-TC-TCG-G----TGAAGCTAAAAAc
gi|17 : CAA-GA-TTG-G-------ACCA--------GT--AAT-AGGCCTAGATATAGGCA--T------C--C--AGC-ACCAA-C--TTGCA-CC-AA-AAA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAG---ACA---------------------CCTG--ACGCtgg
gi|18 : tcaccacgcataaactgccatttcagTC-CAAAAAC---T-TTAAC-CAGC-A-T-TA-AC-ATC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TT-ATC-----AATAG-T---CTATGGCTT-AG---AT---TC-AG--CAT-TTTATA-A-G-T-CT-ATGC-ATTC--------C-TTCTTTA----CC-CCCAtatgtatat
gi|19 : A-AC-TTGCTT-CAAAAAC--GT-T-AAC-CAGC-T-C-TA-AT-AGC-G--CT--ATC-TC--T-TC-CA-GC-ATCA---G-A-AGCC---
gi|2 : tagcaAAC-CATCTTC-AATAGCACC-A--TCCTC--TT-ATCCA-G---C--A-T-CGA-AA--CC-A-CAGCT-GGAGAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------TGC-TG-TG-T--G--T--TATCTT--CAG-AAC---CAC--TTCGAT--CACC---------------------TT-CCC--ATGC--A-AGTT--AG-GAC-AA---T-T---A-TCA-C--CCGTC----A--AATTATAAT-TTAGACTA--TA-AC--------ACAA-T-AT-CA---AC--TTGCT-CC------A-AAAACTTT---AAACCA-G----CCACTT-AATC-------AT-CC-TTA----TTCGTCC--TCCA------GCATC-C-GAAGCCTATTAGCTCT-CAAAA-TTTCAGCAA--CCT-TT---AA-GGTCTGTC-TATAAT----TTCCTTCATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACTGCTC-CAAAAAA--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-AAC-C--TT--ATCTTT--C-AC-CA-TC-ATCCGAAGAA-AGCC------TAGCTC-AG---AT---TCTAG---AT-T---GA-AGG-TACT-ATGT-ATTC--------C-TTCA-TA----CC-CCCAG-AA--GTC-A-TCAT---C--CATACAT-G--TTG-GCAAGTGGACCA-------GATAAGCT-AA---T--ATACGC--A--T------CAACA-AGC-AC--A-C--TTGCT-CCAAA-A-A-ACTTAAACCA-A--GACTGG----T---ACG---------------------CC-GA-ACGCCG-----ACGCC-GAGGTAT-A-T--A----G-C--ATATT--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACCT---C-G-T--TCG-G-----G-AGCTGAAAAAatcactaacatccttatct
gi|20 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttATGGCTCA-T---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-AT-ATGTATTAC--------CT--CATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAtg
gi|21 : G-----ACG-CCGAGG-GT-A-T--ATATAA-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TC-TTG-T----TA-AGCTAAAAc
gi|22 : aaaggG-----ACG-CTGAGG-GT-T-T--A----G-C--A---TT-A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TT-TCG-GCA--CG-AGCT
gi|23 : -GGGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|24 : G--A--T-------AAT--AAC-AA--A-C--TAGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--
gi|25 : cc--TC-TC--TT-C--CA-G---C--A-T-CCGAAA--CCTT-CAGGT-GAG-AATC----AG-CA-Actctaatag
gi|26 : tcggt--A---T--A---AGCT-CCCGCCGACCC---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|27 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|28 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAc
gi|3 : AT--AGC-AA--A-C--TTGTT-TC-CA-G-A-ACTTTAACC
gi|3 : ctcattAAC-C-GCTCT-AATAGCCCC----TC-TCGTTC-A--CAAG---C--A----CG-AAA-CCTA-CAACT-GAAA---C----AG-CA-ACCAAAATGTGGGGG-------T-T-GG-GG-TAAG--T--C--CTTG-CAA-AAT---CAC--C-CGATGACAAT---------------------TT-TC---ATGC--A-TGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-G-C-A--CCATC----AT-A----TCAT-TTAGA-TA--TA-AC--------ACAA---AGCTA-C-AT-----CT-CC------A-AAA-ACTT---AA-CCA-G----CAC--T-AC-C-------AT-C--TTA----TT---CT--TCCTTCCA--GCATC-C-GAAGCCTA--ATCGCT-CAGAA-GTTCAGC----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-T----ATCCTTCATTA------GTANNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-AC-TTGCTC-CAAAAAC-----TTAAC-CAG----C-CA-GC-AAC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TCAATCC---G-A-AGCC---C---AGC-CAGC---AT---TC-AAGTTAT-T---TACA-G-T-GTAATGTAA--C--------CTTTCATTANNNNNN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNN-NC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-AC---AA-CA-A--GA-TGG----G---A-G---------------------CC-G--AGGC-----------T-GAAG-GT-ATT--A----GCC--A---T--A---AGCT--CC-------C---CC---------------GCCTT---C-G-TC-TCC-G----TG-AGCTAAAgctctaatagcccctctcgttcacaagcacgaaacctacaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|4 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAAC-CAGCTTT-AATAGCAAC-AAATC-TC--TT-A--CA-G---C--AAT-CCA-AA--CCTAACAGCT-GAGAAATCCATCAG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-GATC--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGGT-ACACC---------------------TTTCC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCG-C----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-AGAC--TTGCT-CC------A-AAA-C------------------C----T-AA-C-------AT-CC-TTA----T----CT--TCCT------NNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-----NN-NNNN-N----NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-GC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAA-CAGC-A-C-TA-AC-ATC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----AC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-AT-TTG-A-----AAACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATTTAG--A--T------CAAT--TGC-AC--A-C--TTGCTTCC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC----ACGCTA-----ATA-C-AAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CCCCCCCCCCCCCCACGGACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAACAAA
gi|5 : --C--CTT--C-G-AAT---CAC--T--GAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-ACC--CCGTC----A--A----A--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAATT-AG-TA-C-AC--TTGCT-CC------A-AAA-ATTT---AA-CCA-GTGCAC----TCAA-CA------ATGCC-TTA----T----CG--TNNN------NNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-----NN-NNNN-N----NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCACAC-TTGCTC-CAAAAAT--GT-TAAAC-CAGC-ATC-TATACAAAC-C--TT--ATC-Ta
gi|5 : -AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CA-G--AC-C-----------C-GAGG-GT-A-TC-A----G-C--A---T--ATACAGTC-CCC-------C---CC---------------GATTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|6 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAC-CAGCTCTAAATAGCACC----TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--ACTA-C-GAT-CAG-AATC----AG--A-ACACA---------G-------T------TG-TA-G--T--C--CTT--CAGCAAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT--C---ATGC--A-AGTTCCAGTGAC-AA---TAT---ATA-A-C--CCGTC----A--T----A--A-TTAGA-T---TATAC-----C--ACAA-T-AG--A-C-AC--AT-CT-CCA-----A-AAA-CTTT---AA---A-GC---C----T-AA-C-------AT-CC-TTA----T----CT--TCC
gi|6 : tgctccaaaaactatta--TTGCT-CC-AATA-A-AATTTAATCC-A--AA-TTG--------ACG---------------------CC-GGAACGCCGTAACCGCGAC-GAAG-CT-A-T-------G-CTAA---T--A---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTT---C-GGTC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|7 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaA-AC-TTGCTC-CAGAAACCACT-ATAACACAGC-T-C-TA-TT-AGCAC--AT--ATC-TTGACAGC-CA-G---TCC---GAA-A--C---CT-CAGCTCAAG---AA---TCGAG--CActat
gi|7 : tatgaccattatcgcaAACACAGCTCT-ATTAGCA-C-A--TA-TC--TTGA--CA-G---CCAG-T-CCGAAA--CCT--CAGCT-CAAGAATCG---AG-CA-AGCCA---------G-------T-CGTG-TG-TA-G--CTAC--CCTGAAAG-ACTGTCCAA--G-CAAT-ACACCACACATGAAAATACCAACATATT-CCCCAATGCA-A-AGTTT--GTGAC-AAATGT-TAGCA-G-A-TCACCGTCATAAA--G----T--TGTTAAA-TAAGTA-ACGAATGCCAACAA-T--G-TAGC-ACCGTTGCTGCCGA----A-AAA-CGTTACGAG-CCGTG----C----T-AG-CCACGTAAAT-CCGTTA----TG---CT--TCCTCTCCAAGTATC-CAGAGGCCTA----TACTGCAGGATGTCCAGTGTTGAAT-TTCAGAACG-----TCTTGTA-T----TTCCTTCATTA------agccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|8 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactatTATGA--A--C------CAAT--AGC-AA--AAC--TTGCT-C--AA-A-A-ACTTTAACCA-
gi|8 : A-AC-TTGCTC--AAAAAC---T-TTAAC-CATC-T-C-TA-AT-AGCAC--NN--NNN-NN--N-NN-NN-NN-NNNN---NNN-NNNN---NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NN--NNN-N---NN-N-N-N-NN-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNTAG--A--TAAACCACAAT--AGT-AC--A-CATTTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-G--Gtctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaTAGA-TA---A-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-ACATTTGCT-CCA-----A-AAA-CTTT---AA-CCAGG----CA---C-AA-C-------AT-CC-TTA----T----CT--TCATCCA---GCATC-C-G-AGCCTG--ATGGCT-CAcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|9 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AA--CCTTTCAGGT-G-GAAATC----AG-CATACCAA---------AGAACCAAT-T-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-A-----CAC------GT-AT-CC---------------------CT-CC---TTGCCAA-AGTTCTAGTGAT-GA---T-T---A-G-A-C--CCGTT----C--A----T--AATTAGA-TA--TA-AC-----C--ATAA-T-AG-TG-A-AC--TTGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-GAAA-C----T-AA-C-------AA-CC-TTAGATCT----CC--TCTC------ACACA-A-GAAGCCTA----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-----TC-TGTG-T----ATTCtgcaagatt
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 11 1111 333333333333333333333 111 1111 33333333333333333333333333333 11 111111111111 33333333333333333 11111111 222222 444444444 1111111 2222222222 111 1111111 22222 33333333333333 1 11111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 111 11111 1111 1111 111111 222222222222222 11111 333333333333333333333333333333333333 111111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111 111111111111111
lowQualScore : 5 5 5 7777 0 66 8888 5 888 66 777 8 55 22 4 5 3333 4 4 222222222222222222222 4 4 4 88888 55 99 4 111 0000 4 66666666666666666666666666666 99 4 55 4 777 4 555555555555 55555555555555555 3 666 3 33333333 3 3 3 777 99 6 000000 3 3 555 3 6 000000000 3 3 4444444 3 6 3 9999999999 000 6666666 666 11111 8 33333333333333 0 888 5 22222 5 5 0000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 4 333 3 3 111 3 3 3 4 00000 55 3 9999 4 4444 888888 4 6 888888 000000 666 3 55 77777 4 4 4 4 4 444444444444444 8888 4 5 66 5 5 5 999999 11111 666666666666666666666666666666666666 555 55 333333333333 2 33 2 33 4 2 4 2 2 1 2 33 3 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 1111111 2 33 777 66 444 5 3333333 444 444444444444444 666 2 2 2 2 8888 2
lowQualScore : . . . .... . .. .... . ... .. ... . .. .. . . .... . . ..................... . . . ..... .. .. . ... .... . ............................. .. . .. . ... . ............ ................. . ... . ........ . . . ... .. . ...... . . ... . . ......... . . ....... . . . .......... ... ....... ... ..... . .............. . ... . ..... . . .... ....................................................................................... . . . ... . . ... . . . . ..... .. . .... . .... ...... . . ...... ...... ... . .. ..... . . . . . ............... .... . . .. . . . ...... ..... .................................... ... .. ............ . .. . .. . . . . . . . .. . ........ .............................................. . . . ....... . .. ... .. ... . ....... ... ............... ... . . . . .... .
lowQualScore : 7 7 3 6666 0 99 9999 0 888 99 111 9 00 88 4 2 9999 4 4 111111111111111111111 4 4 4 88888 55 55 0 000 2222 0 55555555555555555555555555555 55 0 77 0 000 0 111111111111 22222222222222222 6 333 6 22222222 3 3 3 111 22 7 888888 3 3 888 3 7 888888888 3 3 2222222 3 7 3 8888888888 444 4444444 777 33333 9 99999999999999 0 888 0 55555 0 0 6666 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 222 6 6 222 6 6 6 5 55555 00 6 7777 0 8888 222222 0 1 111111 222222 444 6 55 99999 0 0 0 0 0 888888888888888 5555 4 0 99 0 0 0 888888 22222 444444444444444444444444444444444444 333 00 333333333333 9 44 5 22 7 4 7 4 4 8 5 99 3 88888888 8888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 9 3333333 9 77 333 33 777 3 5555555 111 777777777777777 999 5 5 5 5 8888 5
consensus : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-AC--TTGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-GC---C----T-AA-C-------A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCTA--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-----TC-TGTA-T----ATCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Reference ( family-524 ) : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-AC--TTGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-G----C----T-AA-C-------A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------NGCATC-C-GAAGCCTA--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-T----ATCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
gi|1 : AT--AGC-AA--A-C--TTGCT-CC-AATA-A-ACTTTAACCA-
gi|1 : ccaattAAC-CATCTCT-AATAGCATC-A--TCGTC--TT-A--CA-GAGCC--A-TTCCG-AAACCCTA--AGCTTGAGAAATC----AGTCA-ACCAA---------G-------T-G-TGGTGGTA-G--T--C---TT--CAG-AATG--CACTTC-CAA-----CC---------------------TT-CA---ATGC--ACAGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-A-A-C--CCGTC----ATAA----T--T-TTAGA-T---TA-AC-----C--ACAA-TTAG-TA-C-AC--TTGCT-CCAAAAAAA-AAA-CTTT---AA-CCA-GCA--C----T-AA-C-------A-TCCC-TTA----T-----CTTC-TCC------AGCATCGT-GAAGCCCT--ATTGCTGCAG-A-TTTCAG-----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-TAGTCATCCTTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-AC-GTGCTCATAAAAAA--CTGTTAAC-CAGCAA-CGTA-AC-ACC-TTGTT--ATC-TT--CATCGCATGCAATCC---CGA-AG-C---CTATGGCTCAGA---ATTACTC-AG--TAT-T---TA-A-GAT-CT-ATGT-ATTC----------TTCATTA----Ctctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttC--A-C--TTGCTGCC-AA-A-AAACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNN-----NNN-N-NNGG-GTAA-TG-A----G-C--A---TGAA---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTTC--C-G-TC-TCGTG----TG-AGCTTAAgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|10 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT-TTAAC-CAGC-A-C--A-AC-A-C-C--TT--ACT-TTTCC-TC-CAAGC-AGCT---GAA--GCCTTGCTCTAATCCAAGTAAAT---TT-AG--TAT------A-A-G-C-TT-TTTTAAC-C--------CATCCATTA----CCACCCAG-AACAG-C-AATCATAAAC--CATACAACGT-TTG-G-----G---CA-------GATTGAACCAG---T---CATA---A--T------TAACCAAGC--T--A-C--CTGG--AC-AA-A-T-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----G---ACG---------------------CC-G--A----------ACG------G-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---CACT-TCC-------CCAACT---------------GACTTTAAC-G-TCATCG-GAAATTG-AG-TAAAta
gi|11 : aaAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--A--C--CAT--TAG-AAT---CGT--C-TGAT-AAACC---------------------AT-CG---ATGC--A-AAT---ACCGACCAA---T-T--------------GT--------A----T--T-TTAGA-TG--TA-AC-----C--AAAA-T-AA-TA-C-AC--TTGCT-TC------AGAAA-CTTT---AA-CTA-GCT--C----T-AA-T-------A-T-CT-TTGATC-T-----CT---TCC------AGTATC-T-GAAACCT
gi|11 : AAC-TAGCTCT-AATATCTTTGA--TC-TC--TT-C--CA-G---T--A-T-CTG-AAA-CCTG-CAACT-GAGAA-CC----AA-CA-AC--------------------T-T-TG-TT-TA-G--T--C--CTT--TAA-AAC---CAC--C-CGAT-GCAC------------------------------------G-A----TAGTGAA-AA---T-T---A-A-A-A--CAGTC----AT-A----G--T-TTAGA-TA--AA-AC-----C--ATAA-C-AA-TA-C-AC--CTGgcaactgagaaccaacaactttgtttagtcctttaaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|12 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaactttC--A-C--TTGCT-CT-AA-A-A-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----A---ACG---------------------CC-G--ACACCG-----ATG-CCGGGG-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGGTAAAAA
gi|13 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-GAAA-C----T-AA-C-------A-A-CC-TTAGATCT-----CC---TCT------CACACA-A-GAAGCCTA----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-----TC-TGTG-T----ATTCTT
gi|13 : GCTC-CAAAA----CT-TTAAC-CAGA-AAC-TA-AC-AAC-C--TTAGATC-TC--C-TC-T---C-ACAC---AAG-AAGC---CTATGG-TCAG---------TC-A---CATCT---TA-A-G-T-CT-GTGT-ATTCTTGCCATACTTNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNT-AC--A-C--TTGCT-C---A-A-A-ACTTgccatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacttgctcaaaactt
gi|14 : GC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--AC------------------G-GT-A-TTAG----G-C--A---T--A---AGCT-CCCCCCGA--C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAA
gi|15 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggAG---AT---GC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGT-ATTC--------C-CTCATTA----CC-CCCAGAAA--G-CAA-TCAA---CAACATAAAC-GTCTTGCG-----GCACGATTTGGACAGTT--AT-AG---CTGATATAG--A--T------C-AT---GCAAA--A-C--TT-CT-CC-AA-A-----CTTAACCAGA--AA-TTG----GAGAACGT--------------------CC-G--ACGCCG-----A-G-C------GT---T--A----G-C--AG--T--A---A-TT-CCC-------C---CC---------------GACT
gi|16 : CA-------AGT-AAAT-AACC-TAGATATAG--ACAT------CAA---AGC-AC--A-C--TTCCT-CA-AA-A-A-ACTT--ACCA-C--GA-TGG----A---AGG---------------------CC-G--ATGCCG-----ACG--------GT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT--CC-------C---CC---------------AACTT---TGG-TC-TCG-G----TGAAGCTAAAAAc
gi|17 : CAA-GA-TTG-G-------ACCA--------GT--AAT-AGGCCTAGATATAGGCA--T------C--C--AGC-ACCAA-C--TTGCA-CC-AA-AAA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAG---ACA---------------------CCTG--ACGCtgg
gi|18 : tcaccacgcataaactgccatttcagTC-CAAAAAC---T-TTAAC-CAGC-A-T-TA-AC-ATC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TT-ATC-----AATAG-T---CTATGGCTT-AG---AT---TC-AG--CAT-TTTATA-A-G-T-CT-ATGC-ATTC--------C-TTCTTTA----CC-CCCAtatgtatat
gi|19 : A-AC-TTGCTT-CAAAAAC--GT-T-AAC-CAGC-T-C-TA-AT-AGC-G--CT--ATC-TC--T-TC-CA-GC-ATCA---G-A-AGCC---
gi|2 : tagcaAAC-CATCTTC-AATAGCACC-A--TCCTC--TT-ATCCA-G---C--A-T-CGA-AA--CC-A-CAGCT-GGAGAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------TGC-TG-TG-T--G--T--TATCTT--CAG-AAC---CAC--TTCGAT--CACC---------------------TT-CCC--ATGC--A-AGTT--AG-GAC-AA---T-T---A-TCA-C--CCGTC----A--AATTATAAT-TTAGACTA--TA-AC--------ACAA-T-AT-CA---AC--TTGCT-CC------A-AAAACTTT---AAACCA-G----CCACTT-AATC-------A-T-CC-TTA----TTCGT-CC---TCC------AGCATC-C-GAAGCCTATTAGCTCT-CAAAA-TTTCAGCAA--CCT-TT---AA-GGTCTGTC-TATAAT----TTCCTTCATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACTGCTC-CAAAAAA--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-AAC-C--TT--ATCTTT--C-AC-CA-TC-ATCCGAAGAA-AGCC------TAGCTC-AG---AT---TCTAG---AT-T---GA-AGG-TACT-ATGT-ATTC--------C-TTCA-TA----CC-CCCAG-AA--GTC-A-TCAT---C--CATACAT-G--TTG-GCAAGTGGACCA-------GATAAGCT-AA---T--ATACGC--A--T------CAACA-AGC-AC--A-C--TTGCT-CCAAA-A-A-ACTTAAACCA-A--GACTGG----T---ACG---------------------CC-GA-ACGCCG-----ACGCC-GAGGTAT-A-T--A----G-C--ATATT--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACCT---C-G-T--TCG-G-----G-AGCTGAAAAAatcactaacatccttatct
gi|20 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttATGGCTCA-T---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-AT-ATGTATTAC--------CT--CATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAtg
gi|21 : G-----ACG-CCGAGG-GT-A-T--ATATAA-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TC-TTG-T----TA-AGCTAAAAc
gi|22 : aaaggG-----ACG-CTGAGG-GT-T-T--A----G-C--A---TT-A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TT-TCG-GCA--CG-AGCT
gi|23 : -GGGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|24 : G--A--T-------AAT--AAC-AA--A-C--TAGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--
gi|25 : cc--TC-TC--TT-C--CA-G---C--A-T-CCGAAA--CCTT-CAGGT-GAG-AATC----AG-CA-Actctaatag
gi|26 : tcggt--A---T--A---AGCT-CCCGCCGACCC---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|27 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|28 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAc
gi|3 : A-T-AG-CA-A-AC--TTGTTTCC------A-GAA-CTTT---AA-CC--GCT--C----T-AA-T-------AGC-CC-CTC----T-----CG---TTCACA---AGCA---C-GAAACCTA--
gi|3 : ctcattAAC-C-GCTCT-AATAGCCCC----TC-TCGTTC-A--CAAG---C--A----CG-AAA-CCTA-CAACT-GAAA---C----AG-CA-ACCAAAATGTGGGGG-------T-T-GG-GG-TAAG--T--C--CTTG-CAA-AAT---CAC--C-CGATGACAAT---------------------TT-TC---ATGC--A-TGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-G-C-A--CCATC----AT-A----TCAT-TTAGA-TA--TA-AC--------ACAA---AGCTA-C-AT-----CT-CC------A-AAA-ACTT---AA-CCA-G----CAC--T-AC-C-------A-T-C--TTA----TTCTTCCT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCTA--ATCGCT-CAGAA-GTTCAGC----CAT-TT---AA-G-----TC-TATA-T----ATCCTTCATTA------GTANNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-AC-TTGCTC-CAAAAAC-----TTAAC-CAG----C-CA-GC-AAC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TCAATCC---G-A-AGCC---C---AGC-CAGC---AT---TC-AAGTTAT-T---TACA-G-T-GTAATGTAA--C--------CTTTCATTANNNNNN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNN-NC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-AC---AA-CA-A--GA-TGG----G---A-G---------------------CC-G--AGGC-----------T-GAAG-GT-ATT--A----GCC--A---T--A---AGCT--CC-------C---CC---------------GCCTT---C-G-TC-TCC-G----TG-AGCTAAAcaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|4 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAAC-CAGCTTT-AATAGCAAC-AAATC-TC--TT-A--CA-G---C--AAT-CCA-AA--CCTAACAGCT-GAGAAATCCATCAG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-GATC--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGGT-ACACC---------------------TTTCC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCG-C----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-AGAC--TTGCT-CC------A-AAA-C------------------C----T-AA-C-------A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------TNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-----NN-NNNN-N----NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-GC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAA-CAGC-A-C-TA-AC-ATC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----AC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-AT-TTG-A-----AAACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATTTAG--A--T------CAAT--TGC-AC--A-C--TTGCTTCC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC----ACGCTA-----ATA-C-AAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CCCCCCCCCCCCCCACGGACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAACAAA
gi|5 : --C--CTT--C-G-AAT---CAC--T--GAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-ACC--CCGTC----A--A----A--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAATT-AG-TA-C-AC--TTGCT-CC------A-AAA-ATTT---AA-CCA-GTGCAC----TCAA-CA------A-TGCC-TTA----T-----CG---TNN------NNNNNN-N-NNNNNNNN--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-----NN-NNNN-N----NNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCACAC-TTGCTC-CAAAAAT--GT-TAAAC-CAGC-ATC-TATACAAAC-C--TT--ATC-Ta
gi|5 : -AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CA-G--AC-C-----------C-GAGG-GT-A-TC-A----G-C--A---T--ATACAGTC-CCC-------C---CC---------------GATTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|6 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAC-CAGCTCTAAATAGCACC----TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--ACTA-C-GAT-CAG-AATC----AG--A-ACACA---------G-------T------TG-TA-G--T--C--CTT--CAGCAAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT--C---ATGC--A-AGTTCCAGTGAC-AA---TAT---ATA-A-C--CCGTC----A--T----A--A-TTAGA-T---TATAC-----C--ACAA-T-AG--A-C-AC--AT-CT-CCA-----A-AAA-CTTT---AA---A-GC---C----T-AA-C-------A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------
gi|6 : tgctccaaaaactatta--TTGCT-CC-AATA-A-AATTTAATCC-A--AA-TTG--------ACG---------------------CC-GGAACGCCGTAACCGCGAC-GAAG-CT-A-T-------G-CTAA---T--A---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTT---C-GGTC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|7 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaA-AC-TTGCTC-CAGAAACCACT-ATAACACAGC-T-C-TA-TT-AGCAC--AT--ATC-TTGACAGC-CA-G---TCC---GAA-A--C---CT-CAGCTCAAG---AA---TC-ctat
gi|7 : tatgaccattatcgcaAACACAGCTCT-ATTAGCA-C-A--TA-TC--TTGA--CA-G---CCAG-T-CCGAAA--CCT--CAGCT-CAAGAATCG---AG-CA-AGCCA---------G-------T-CGTG-TG-TA-G--CTAC--CCTGAAAG-ACTGTCCAA--G-CAAT-ACACCACACATGAAAATACCAACATATT-CCCCAATGCA-A-AGTTT--GTGAC-AAATGT-TAGCA-G-A-TCACCGTCATAAA--G----T--TGTTAAA-TAAGTA-ACGAATGCCAACAA-T--G-TAGC-ACCGTTGCTGCCGA----A-AAA-CGTTACGAG-CCGTG----C----T-AG-CCACGTAAA-T-CCGTTA----TG----CT---TCCTCTCCAAGTATC-CAGAGGCCTA----TACTGCAGGATGTCCAGTGTTGAAT-TTCAGAACG-----TCTTGTA-T----TTCCTTCATTA------gagcaagccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|8 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactatTATGA--A--C------CAAT--AGC-AA--AAC--TTGCT-C--AA-A-A-ACTTTAACCA-
gi|8 : A-AC-TTGCTC--AAAAAC---T-TTAAC-CATC-T-C-TA-AT-AGCAC--NN--NNN-NN--N-NN-NN-NN-NNNN---NNN-NNNN---NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NN--NNN-N---NN-N-N-N-NN-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNTAG--A--TAAACCACAAT--AGT-AC--A-CATTTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-G--Gtctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaTAGA-TA---A-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-ACATTTGCT-CCA-----A-AAA-CTTT---AA-CCAGG----CA---C-AA-C-------A-T-CC-TTA----T-----CTTCATCC------AGCATC-C-G-AGCCTG--ATGGCT-CAcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|9 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AA--CCTTTCAGGT-G-GAAATC----AG-CATACCAA---------AGAACCAAT-T-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-A-----CAC------GT-AT-CC---------------------CT-CC---TTGCCAA-AGTTCTAGTGAT-GA---T-T---A-G-A-C--CCGTT----C--A----T--AATTAGA-TA--TA-AC-----C--ATAA-T-AG-TG-A-AC--TTGCT-CC------A-AAA-CTTT---AA-CCA-GAAA-C----T-AA-C-------A-A-CC-TTAGATCT-----CC---TCT------CACACA-A-GAAGCCTA----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-----TC-TGTG-T----ATTCtgcaagatt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 11 1111 333333333333333333333 111 1111 33333333333333333333333333333 11 111111111111 33333333333333333 11111111 111111 11111111 2222222222 2222222222 111 111111 444444444444444444444444444444444 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 111 11111 1111 1111 111111 222222222222222 11111 333333333333333333333333333333333333 111111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111 111111111111111
lowQualScore : 5 5 5 7777 0 66 8888 5 888 66 777 8 55 22 4 5 3333 4 4 222222222222222222222 4 4 4 88888 55 99 4 111 0000 4 66666666666666666666666666666 99 4 55 4 777 4 555555555555 55555555555555555 3 666 3 33333333 3 3 3 777 3 88 6 999999 3 3 11111111 3 3 8888888888 333 3 6 3 9999999999 000 555555 666 000000000000000000000000000000000 777 4 4 4 66 77777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 4 333 3 3 111 3 3 3 4 00000 55 3 9999 4 4444 888888 4 6 888888 000000 666 3 55 77777 4 4 4 4 4 444444444444444 8888 4 5 66 5 5 5 999999 11111 666666666666666666666666666666666666 555 55 333333333333 2 33 2 33 4 2 4 2 2 1 2 33 3 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 1111111 2 33 777 66 444 5 3333333 444 444444444444444 666 2 2 2 2 8888 2
lowQualScore : . . . .... . .. .... . ... .. ... . .. .. . . .... . . ..................... . . . ..... .. .. . ... .... . ............................. .. . .. . ... . ............ ................. . ... . ........ . . . ... . .. . ...... . . ........ . . .......... ... . . . .......... ... ...... ... ................................. ... . . . .. ........ ...................................................................................... . . . ... . . ... . . . . ..... .. . .... . .... ...... . . ...... ...... ... . .. ..... . . . . . ............... .... . . .. . . . ...... ..... .................................... ... .. ............ . .. . .. . . . . . . . .. . ........ .............................................. . . . ....... . .. ... .. ... . ....... ... ............... ... . . . . .... .
lowQualScore : 7 7 3 6666 0 99 9999 0 888 99 111 9 00 88 4 2 9999 4 4 111111111111111111111 4 4 4 88888 55 55 0 000 2222 0 55555555555555555555555555555 55 0 77 0 000 0 111111111111 22222222222222222 6 333 6 22222222 1 1 1 777 1 55 2 222222 1 1 22222222 1 1 2222222222 777 1 7 3 8888888888 444 444444 777 222222222222222222222222222222222 888 4 4 4 11 88888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 0 222 6 6 222 6 6 6 5 55555 00 6 7777 0 8888 222222 0 1 111111 222222 444 6 55 99999 0 0 0 0 0 888888888888888 5555 4 0 99 0 0 0 888888 22222 444444444444444444444444444444444444 333 00 333333333333 9 44 5 22 7 4 7 4 4 8 5 99 3 88888888 8888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 9 3333333 9 77 333 33 777 3 5555555 111 777777777777777 999 5 5 5 5 8888 5
consensus : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Reference ( family-524 ) : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
gi|1 : AT--AGC-AA--A-C--TTGCT-CC-AATA-A-ACTTTAACCA-
gi|1 : ccaattAAC-CATCTCT-AATAGCATC-A--TCGTC--TT-A--CA-GAGCC--A-TTCCG-AAACCCTA--AGCTTGAGAAATC----AGTCA-ACCAA---------G-------T-G-TGGTGGTA-G--T--C---TT--CAG-AATG--CACTTC-CAA-----CC---------------------TT-CA---ATGC--ACAGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-A-A-C--CCGTC----ATAA----T--T-TTAGA-T---TA-AC-----C--ACAA-TTAG-TA-C-A-C--TTGCT-CCAAAAAAA-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----CAC---TAA-C-A-TCCC-TTA----T-----CTTC-TCC------AGCATCGT-GAAGCCC--T--ATTGCTGCAG-A-TTTCAG-----CAT-TT---AA-G-TC-TAT--ATAGTCA---TCCTTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-AC-GTGCTCATAAAAAA--CTGTTAAC-CAGCAA-CGTA-AC-ACC-TTGTT--ATC-TT--CATCGCATGCAATCC---CGA-AG-C---CTATGGCTCAGA---ATTACTC-AG--TAT-T---TA-A-GAT-CT-ATGT-ATTC----------TTCATTA----Ctctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttC--A-C--TTGCTGCC-AA-A-AAACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNN-----NNN-N-NNGG-GTAA-TG-A----G-C--A---TGAA---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTTC--C-G-TC-TCGTG----TG-AGCTTAAgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|10 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT-TTAAC-CAGC-A-C--A-AC-A-C-C--TT--ACT-TTTCC-TC-CAAGC-AGCT---GAA--GCCTTGCTCTAATCCAAGTAAAT---TT-AG--TAT------A-A-G-C-TT-TTTTAAC-C--------CATCCATTA----CCACCCAG-AACAG-C-AATCATAAAC--CATACAACGT-TTG-G-----G---CA-------GATTGAACCAG---T---CATA---A--T------TAACCAAGC--T--A-C--CTGG--AC-AA-A-T-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----G---ACG---------------------CC-G--A----------ACG------G-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---CACT-TCC-------CCAACT---------------GACTTTAAC-G-TCATCG-GAAATTG-AG-TAAAta
gi|11 : aaAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--A--C--CAT--TAG-AAT---CGT--C-TGAT-AAACC---------------------AT-CG---ATGC--A-AAT---ACCGACCAA---T-T--------------GT--------A----T--T-TTAGA-TG--TA-AC-----C--AAAA-T-AA-TA-C-A-C--TTGCT-TC------AGAAA-CTTTA--------A-CTA-G----CTC---TAA-T-A-T-CT-TTGATC-T-----CT---TCC------AGTATC-T-GAAACCTGCA--A---CT-GAGAA-C--CAAC-------------AA-C-TT-TGT--TT----AG--TCCTTTA
gi|11 : AAC-TAGCTCT-AATATCTTTGA--TC-TC--TT-C--CA-G---T--A-T-CTG-AAA-CCTG-CAACT-GAGAA-CC----AA-CA-AC--------------------T-T-TG-TT-TA-G--T--C--CTT--TAA-AAC---CAC--C-CGAT-GCAC------------------------------------G-A----TAGTGAA-AA---T-T---A-A-A-A--CAGTC----AT-A----G--T-TTAGA-TA--AA-AC-----C--ATAA-C-AA-TA-C-A-C--CTGaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|12 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaactttC--A-C--TTGCT-CT-AA-A-A-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----A---ACG---------------------CC-G--ACACCG-----ATG-CCGGGG-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGGTAAAAA
gi|13 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-GAA--A-C---TAA-C-A-A-CC-TTAGATCT-----CC---TCT------CACACA-A-GAAGCCT--A----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-TC-TGT--GT----A---TTCTT
gi|13 : GCTC-CAAAA----CT-TTAAC-CAGA-AAC-TA-AC-AAC-C--TTAGATC-TC--C-TC-T---C-ACAC---AAG-AAGC---CTATGG-TCAG---------TC-A---CATCT---TA-A-G-T-CT-GTGT-ATTCTTGCCATACTTNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNT-AC--A-C--TTGCT-C---A-A-A-ACTTgccatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacttgctcaaaactt
gi|14 : GC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--AC------------------G-GT-A-TTAG----G-C--A---T--A---AGCT-CCCCCCGA--C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAA
gi|15 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggAG---AT---GC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGT-ATTC--------C-CTCATTA----CC-CCCAGAAA--G-CAA-TCAA---CAACATAAAC-GTCTTGCG-----GCACGATTTGGACAGTT--AT-AG---CTGATATAG--A--T------C-AT---GCAAA--A-C--TT-CT-CC-AA-A-----CTTAACCAGA--AA-TTG----GAGAACGT--------------------CC-G--ACGCCG-----A-G-C------GT---T--A----G-C--AG--T--A---A-TT-CCC-------C---CC---------------GACT
gi|16 : CA-------AGT-AAAT-AACC-TAGATATAG--ACAT------CAA---AGC-AC--A-C--TTCCT-CA-AA-A-A-ACTT--ACCA-C--GA-TGG----A---AGG---------------------CC-G--ATGCCG-----ACG--------GT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT--CC-------C---CC---------------AACTT---TGG-TC-TCG-G----TGAAGCTAAAAAc
gi|17 : CAA-GA-TTG-G-------ACCA--------GT--AAT-AGGCCTAGATATAGGCA--T------C--C--AGC-ACCAA-C--TTGCA-CC-AA-AAA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAG---ACA---------------------CCTG--ACGCtgg
gi|18 : tcaccacgcataaactgccatttcagTC-CAAAAAC---T-TTAAC-CAGC-A-T-TA-AC-ATC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TT-ATC-----AATAG-T---CTATGGCTT-AG---AT---TC-AG--CAT-TTTATA-A-G-T-CT-ATGC-ATTC--------C-TTCTTTA----CC-CCCAtatgtatat
gi|19 : A-AC-TTGCTT-CAAAAAC--GT-T-AAC-CAGC-T-C-TA-AT-AGC-G--CT--ATC-TC--T-TC-CA-GC-ATCA---G-A-AGCC---
gi|2 : tagcaAAC-CATCTTC-AATAGCACC-A--TCCTC--TT-ATCCA-G---C--A-T-CGA-AA--CC-A-CAGCT-GGAGAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------TGC-TG-TG-T--G--T--TATCTT--CAG-AAC---CAC--TTCGAT--CACC---------------------TT-CCC--ATGC--A-AGTT--AG-GAC-AA---T-T---A-TCA-C--CCGTC----A--AATTATAAT-TTAGACTA--TA-AC--------ACAA-T-AT-CA---A-C--TTGCT-CC------A-AAAACTTTA--------AACCA-G----C-CACTTAATC-A-T-CC-TTA----TTCGT-CC---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--ATTAGCTCT-CAAAA-TTTCAGCAA--CCT-TT---AA-GGTC-TGTCTAT----AATTTCCTTCATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACTGCTC-CAAAAAA--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-AAC-C--TT--ATCTTT--C-AC-CA-TC-ATCCGAAGAA-AGCC------TAGCTC-AG---AT---TCTAG---AT-T---GA-AGG-TACT-ATGT-ATTC--------C-TTCA-TA----CC-CCCAG-AA--GTC-A-TCAT---C--CATACAT-G--TTG-GCAAGTGGACCA-------GATAAGCT-AA---T--ATACGC--A--T------CAACA-AGC-AC--A-C--TTGCT-CCAAA-A-A-ACTTAAACCA-A--GACTGG----T---ACG---------------------CC-GA-ACGCCG-----ACGCC-GAGGTAT-A-T--A----G-C--ATATT--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACCT---C-G-T--TCG-G-----G-AGCTGAAAAAatcactaacatccttatct
gi|20 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttATGGCTCA-T---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-AT-ATGTATTAC--------CT--CATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAtg
gi|21 : G-----ACG-CCGAGG-GT-A-T--ATATAA-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TC-TTG-T----TA-AGCTAAAAc
gi|22 : aaaggG-----ACG-CTGAGG-GT-T-T--A----G-C--A---TT-A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TT-TCG-GCA--CG-AGCT
gi|23 : -GGGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|24 : G--A--T-------AAT--AAC-AA--A-C--TAGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--
gi|25 : cc--TC-TC--TT-C--CA-G---C--A-T-CCGAAA--CCTT-CAGGT-GAG-AATC----AG-CA-Actctaatag
gi|26 : tcggt--A---T--A---AGCT-CCCGCCGACCC---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|27 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|28 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAc
gi|3 : A-T-AG-CA-A-A-C--TTGTTTCC------A-GAA-CTTTA--------A-CCG-C----T-C---TAA-T-AGC-CC-CTC----T-----CG---TTCACA---AGCA---C-GAAACCT--A--
gi|3 : ctcattAAC-C-GCTCT-AATAGCCCC----TC-TCGTTC-A--CAAG---C--A----CG-AAA-CCTA-CAACT-GAAA---C----AG-CA-ACCAAAATGTGGGGG-------T-T-GG-GG-TAAG--T--C--CTTG-CAA-AAT---CAC--C-CGATGACAAT---------------------TT-TC---ATGC--A-TGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-G-C-A--CCATC----AT-A----TCAT-TTAGA-TA--TA-AC--------ACAA---AGCTA-C-A-T-----CT-CC------A-AAA-ACTTA--------A-CCA-G----CAC---TAC-C-A-T-C--TTA----TTCTTCCT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-GTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TAT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-AC-TTGCTC-CAAAAAC-----TTAAC-CAG----C-CA-GC-AAC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TCAATCC---G-A-AGCC---C---AGC-CAGC---AT---TC-AAGTTAT-T---TACA-G-T-GTAATGTAA--C--------CTTTCATTANNNNNN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNN-NC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-AC---AA-CA-A--GA-TGG----G---A-G---------------------CC-G--AGGC-----------T-GAAG-GT-ATT--A----GCC--A---T--A---AGCT--CC-------C---CC---------------GCCTT---C-G-TC-TCC-G----TG-AGCTAAAcaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|4 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAAC-CAGCTTT-AATAGCAAC-AAATC-TC--TT-A--CA-G---C--AAT-CCA-AA--CCTAACAGCT-GAGAAATCCATCAG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-GATC--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGGT-ACACC---------------------TTTCC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCG-C----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-AGA-C--TTGCT-CC------A-AAA-C-------------------------C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------TNNNNN-N-NNNNNNN--N--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-NN-NNN--NN----N---NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-GC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAA-CAGC-A-C-TA-AC-ATC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----AC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-AT-TTG-A-----AAACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATTTAG--A--T------CAAT--TGC-AC--A-C--TTGCTTCC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC----ACGCTA-----ATA-C-AAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CCCCCCCCCCCCCCACGGACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAACAAA
gi|5 : --C--CTT--C-G-AAT---CAC--T--GAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-ACC--CCGTC----A--A----A--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAATT-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-ATTTA--------A-CCA-GTGCAC-T---CAA-CAA-TGCC-TTA----T-----CG---TNN------NNNNNN-N-NNNNNNN--N--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-NN-NNN--NN----N---NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCACAC-TTGCTC-CAAAAAT--GT-TAAAC-CAGC-ATC-TATACAAAC-C--TT--ATC-Ta
gi|5 : -AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CA-G--AC-C-----------C-GAGG-GT-A-TC-A----G-C--A---T--ATACAGTC-CCC-------C---CC---------------GATTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|6 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAC-CAGCTCTAAATAGCACC----TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--ACTA-C-GAT-CAG-AATC----AG--A-ACACA---------G-------T------TG-TA-G--T--C--CTT--CAGCAAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT--C---ATGC--A-AGTTCCAGTGAC-AA---TAT---ATA-A-C--CCGTC----A--T----A--A-TTAGA-T---TATAC-----C--ACAA-T-AG--A-C-A-C--AT-CT-CCA-----A-AAA-CTTTA--------A---A-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------A
gi|6 : tgctccaaaaactatta--TTGCT-CC-AATA-A-AATTTAATCC-A--AA-TTG--------ACG---------------------CC-GGAACGCCGTAACCGCGAC-GAAG-CT-A-T-------G-CTAA---T--A---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTT---C-GGTC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|7 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaA-AC-TTGCTC-CAGAAACCACT-ATAACACAGC-T-C-TA-TT-AGCAC--AT--ATC-TTGACAGC-CA-G---TCC---GAA-A--C---CT-CAGCTCAAG---AA---TC-ctat
gi|7 : tatgaccattatcgcaAACACAGCTCT-ATTAGCA-C-A--TA-TC--TTGA--CA-G---CCAG-T-CCGAAA--CCT--CAGCT-CAAGAATCG---AG-CA-AGCCA---------G-------T-CGTG-TG-TA-G--CTAC--CCTGAAAG-ACTGTCCAA--G-CAAT-ACACCACACATGAAAATACCAACATATT-CCCCAATGCA-A-AGTTT--GTGAC-AAATGT-TAGCA-G-A-TCACCGTCATAAA--G----T--TGTTAAA-TAAGTA-ACGAATGCCAACAA-T--G-TAGC-A-CCGTTGCTGCCGA----A-AAA-CGTTACGAGCCGTG-CTA-G----C-CACGTAA---A-T-CCGTTA----TG----CT---TCCTCTCCAAGTATC-CAGAGGCCT--A----TACTGCAGGATGTCCAGTGTTGAAT-TTCAGAACG-TCTTGT--AT----T---TCCTTCATTA------gagcaagccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|8 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactatTATGA--A--C------CAAT--AGC-AA--AAC--TTGCT-C--AA-A-A-ACTTTAACCA-
gi|8 : CAA-T-AG-CA-A-AAC--TTGCT-CA------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-T----CTC---TAA-T-A-tctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaacA-AC-TTGCTC--AAAAAC---T-TTAAC-CATC-T-C-TA-AT-AGCAC--NN--NNN-NN--N-NN-NN-NN-NNNN---NNN-NNNN---NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NN--NNN-N---NN-N-N-N-NN-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNTAG--A--TAAACCACAAT--AGT-AC--A-CATTTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-G--Ggcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaTAGA-TA---A-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-CATTTGCT-CCA-----A-AAA-CTTTA--------A-CCAGG----C-A---CAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CTTCATCC------AGCATC-C-G-AGCCT--G--ATGGCT-CAcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|9 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AA--CCTTTCAGGT-G-GAAATC----AG-CATACCAA---------AGAACCAAT-T-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-A-----CAC------GT-AT-CC---------------------CT-CC---TTGCCAA-AGTTCTAGTGAT-GA---T-T---A-G-A-C--CCGTT----C--A----T--AATTAGA-TA--TA-AC-----C--ATAA-T-AG-TG-A-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-GAA--A-C---TAA-C-A-A-CC-TTAGATCT-----CC---TCT------CACACA-A-GAAGCCT--A----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-TC-TGT--GT----A---TTCtgcaagatt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 11 1111 333333333333333333333 111 1111 33333333333333333333333333333 11 111111111111 33333333333333333 11111111 111111 11111111 2222222222 2222222222 111 111111 444444444444444444444444444444444 11111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 111 11111 1111 1111 111111 222222222222222 11111 333333333333333333333333333333333333 111111111111 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 1111111 111111111111111
lowQualScore : 5 5 5 7777 0 66 8888 5 888 66 777 8 55 22 4 5 3333 4 4 222222222222222222222 4 4 4 88888 55 99 4 111 0000 4 66666666666666666666666666666 99 4 55 4 777 4 555555555555 55555555555555555 3 666 3 33333333 3 3 3 777 3 88 6 999999 3 3 11111111 3 3 8888888888 333 3 6 3 9999999999 000 555555 666 000000000000000000000000000000000 777 4 4 4 66 77777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 4 333 3 3 111 3 3 3 4 00000 55 3 9999 4 4444 888888 4 6 888888 000000 666 3 55 77777 4 4 4 4 4 444444444444444 8888 4 5 66 5 5 5 999999 11111 666666666666666666666666666666666666 555 55 333333333333 2 33 2 33 4 2 4 2 2 1 2 33 3 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 1111111 2 33 777 66 444 5 3333333 444 444444444444444 666 2 2 2 2 8888 2
lowQualScore : . . . .... . .. .... . ... .. ... . .. .. . . .... . . ..................... . . . ..... .. .. . ... .... . ............................. .. . .. . ... . ............ ................. . ... . ........ . . . ... . .. . ...... . . ........ . . .......... ... . . . .......... ... ...... ... ................................. ... . . . .. ........ ...................................................................................... . . . ... . . ... . . . . ..... .. . .... . .... ...... . . ...... ...... ... . .. ..... . . . . . ............... .... . . .. . . . ...... ..... .................................... ... .. ............ . .. . .. . . . . . . . .. . ........ .............................................. . . . ....... . .. ... .. ... . ....... ... ............... ... . . . . .... .
lowQualScore : 7 7 3 6666 0 99 9999 0 888 99 111 9 00 88 4 2 9999 4 4 111111111111111111111 4 4 4 88888 55 55 0 000 2222 0 55555555555555555555555555555 55 0 77 0 000 0 111111111111 22222222222222222 6 333 6 22222222 1 1 1 777 1 55 2 222222 1 1 22222222 1 1 2222222222 777 1 7 3 8888888888 444 444444 777 222222222222222222222222222222222 888 4 4 4 11 88888888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 0 222 6 6 222 6 6 6 5 55555 00 6 7777 0 8888 222222 0 1 111111 222222 444 6 55 99999 0 0 0 0 0 888888888888888 5555 4 0 99 0 0 0 888888 22222 444444444444444444444444444444444444 333 00 333333333333 9 44 5 22 7 4 7 4 4 8 5 99 3 88888888 8888888888888888888888888888888888888888888888 9 9 9 3333333 9 77 333 33 777 3 5555555 111 777777777777777 999 5 5 5 5 8888 5
consensus : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Reference ( family-524 ) : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
gi|1 : AT--AGC-AA--A-C--TTGCT-CC-AATA-A-ACTTTAACCA-
gi|1 : ccaattAAC-CATCTCT-AATAGCATC-A--TCGTC--TT-A--CA-GAGCC--A-TTCCG-AAACCCTA--AGCTTGAGAAATC----AGTCA-ACCAA---------G-------T-G-TGGTGGTA-G--T--C---TT--CAG-AATG--CACTTC-CAA-----CC---------------------TT-CA---ATGC--ACAGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-A-A-C--CCGTC----ATAA----T--T-TTAGA-T---TA-AC-----C--ACAA-TTAG-TA-C-A-C--TTGCT-CCAAAAAAA-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----CAC---TAA-C-A-TCCC-TTA----T-----CTTC-TCC------AGCATCGT-GAAGCCC--T--ATTGCTGCAG-A-TTTCAG-----CAT-TT---AA-G-TC-TAT--ATAGTCA---TCCTTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-AC-GTGCTCATAAAAAA--CTGTTAAC-CAGCAA-CGTA-AC-ACC-TTGTT--ATC-TT--CATCGCATGCAATCC---CGA-AG-C---CTATGGCTCAGA---ATTACTC-AG--TAT-T---TA-A-GAT-CT-ATGT-ATTC----------TTCATTA----Ctctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttC--A-C--TTGCTGCC-AA-A-AAACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNNN-----NNN-N-NNGG-GTAA-TG-A----G-C--A---TGAA---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTTC--C-G-TC-TCGTG----TG-AGCTTAAgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|10 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--CT-TTAAC-CAGC-A-C--A-AC-A-C-C--TT--ACT-TTTCC-TC-CAAGC-AGCT---GAA--GCCTTGCTCTAATCCAAGTAAAT---TT-AG--TAT------A-A-G-C-TT-TTTTAAC-C--------CATCCATTA----CCACCCAG-AACAG-C-AATCATAAAC--CATACAACGT-TTG-G-----G---CA-------GATTGAACCAG---T---CATA---A--T------TAACCAAGC--T--A-C--CTGG--AC-AA-A-T-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----G---ACG---------------------CC-G--A----------ACG------G-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---CACT-TCC-------CCAACT---------------GACTTTAAC-G-TCATCG-GAAATTG-AG-TAAAta
gi|11 : aaAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--A--C--CAT--TAG-AAT---CGT--C-TGAT-AAACC---------------------AT-CG---ATGC--A-AAT---ACCGACCAA---T-T--------------GT--------A----T--T-TTAGA-TG--TA-AC-----C--AAAA-T-AA-TA-C-A-C--TTGCT-TC------AGAAA-CTTTA--------A-CTA-G----CTC---TAA-T-A-T-CT-TTGATC-T-----CT---TCC------AGTATC-T-GAAACCTGCA--A---CT-GAGAA-C--CAAC-------------AA-C-TT-TGT--TT----AG--TCCTTTA
gi|11 : AAC-TAGCTCT-AATATCTTTGA--TC-TC--TT-C--CA-G---T--A-T-CTG-AAA-CCTG-CAACT-GAGAA-CC----AA-CA-AC--------------------T-T-TG-TT-TA-G--T--C--CTT--TAA-AAC---CAC--C-CGAT-GCAC------------------------------------G-A----TAGTGAA-AA---T-T---A-A-A-A--CAGTC----AT-A----G--T-TTAGA-TA--AA-AC-----C--ATAA-C-AA-TA-C-A-C--CTGaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|12 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaactttC--A-C--TTGCT-CT-AA-A-A-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----A---ACG---------------------CC-G--ACACCG-----ATG-CCGGGG-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGGTAAAAA
gi|13 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-GAA--A-C---TAA-C-A-A-CC-TTAGATCT-----CC---TCT------CACACA-A-GAAGCCT--A----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-TC-TGT--GT----A---TTCTT
gi|13 : GCTC-CAAAA----CT-TTAAC-CAGA-AAC-TA-AC-AAC-C--TTAGATC-TC--C-TC-T---C-ACAC---AAG-AAGC---CTATGG-TCAG---------TC-A---CATCT---TA-A-G-T-CT-GTGT-ATTCTTGCCATACTTNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNT-AC--A-C--TTGCT-C---A-A-A-ACTTgccatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacttgctcaaaactt
gi|14 : GC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--AC------------------G-GT-A-TTAG----G-C--A---T--A---AGCT-CCCCCCGA--C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAA
gi|15 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggAG---AT---GC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGT-ATTC--------C-CTCATTA----CC-CCCAGAAA--G-CAA-TCAA---CAACATAAAC-GTCTTGCG-----GCACGATTTGGACAGTT--AT-AG---CTGATATAG--A--T------C-AT---GCAAA--A-C--TT-CT-CC-AA-A-----CTTAACCAGA--AA-TTG----GAGAACGT--------------------CC-G--ACGCCG-----A-G-C------GT---T--A----G-C--AG--T--A---A-TT-CCC-------C---CC---------------GACT
gi|16 : CA-------AGT-AAAT-AACC-TAGATATAG--ACAT------CAA---AGC-AC--A-C--TTCCT-CA-AA-A-A-ACTT--ACCA-C--GA-TGG----A---AGG---------------------CC-G--ATGCCG-----ACG--------GT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT--CC-------C---CC---------------AACTT---TGG-TC-TCG-G----TGAAGCTAAAAAc
gi|17 : CAA-GA-TTG-G-------ACCA--------GT--AAT-AGGCCTAGATATAGGCA--T------C--C--AGC-ACCAA-C--TTGCA-CC-AA-AAA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAG---ACA---------------------CCTG--ACGCtgg
gi|18 : tcaccacgcataaactgccatttcagTC-CAAAAAC---T-TTAAC-CAGC-A-T-TA-AC-ATC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TT-ATC-----AATAG-T---CTATGGCTT-AG---AT---TC-AG--CAT-TTTATA-A-G-T-CT-ATGC-ATTC--------C-TTCTTTA----CC-CCCAtatgtatat
gi|19 : A-AC-TTGCTT-CAAAAAC--GT-T-AAC-CAGC-T-C-TA-AT-AGC-G--CT--ATC-TC--T-TC-CA-GC-ATCA---G-A-AGCC---
gi|2 : tagcaAAC-CATCTTC-AATAGCACC-A--TCCTC--TT-ATCCA-G---C--A-T-CGA-AA--CC-A-CAGCT-GGAGAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------TGC-TG-TG-T--G--T--TATCTT--CAG-AAC---CAC--TTCGAT--CACC---------------------TT-CCC--ATGC--A-AGTT--AG-GAC-AA---T-T---A-TCA-C--CCGTC----A--AATTATAAT-TTAGACTA--TA-AC--------ACAA-T-AT-CA---A-C--TTGCT-CC------A-AAAACTTTA--------AACCA-G----C-CACTTAATC-A-T-CC-TTA----TTCGT-CC---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--ATTAGCTCT-CAAAA-TTTCAGCAA--CCT-TT---AA-GGTC-TGTCTAT----AATTTCCTTCATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACTGCTC-CAAAAAA--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-AAC-C--TT--ATCTTT--C-AC-CA-TC-ATCCGAAGAA-AGCC------TAGCTC-AG---AT---TCTAG---AT-T---GA-AGG-TACT-ATGT-ATTC--------C-TTCA-TA----CC-CCCAG-AA--GTC-A-TCAT---C--CATACAT-G--TTG-GCAAGTGGACCA-------GATAAGCT-AA---T--ATACGC--A--T------CAACA-AGC-AC--A-C--TTGCT-CCAAA-A-A-ACTTAAACCA-A--GACTGG----T---ACG---------------------CC-GA-ACGCCG-----ACGCC-GAGGTAT-A-T--A----G-C--ATATT--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACCT---C-G-T--TCG-G-----G-AGCTGAAAAAatcactaacatccttatct
gi|20 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttATGGCTCA-T---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-AT-ATGTATTAC--------CT--CATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAtg
gi|21 : G-----ACG-CCGAGG-GT-A-T--ATATAA-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TC-TTG-T----TA-AGCTAAAAc
gi|22 : aaaggG-----ACG-CTGAGG-GT-T-T--A----G-C--A---TT-A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TT-TCG-GCA--CG-AGCT
gi|23 : -GGGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|24 : G--A--T-------AAT--AAC-AA--A-C--TAGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--
gi|25 : cc--TC-TC--TT-C--CA-G---C--A-T-CCGAAA--CCTT-CAGGT-GAG-AATC----AG-CA-Actctaatag
gi|26 : tcggt--A---T--A---AGCT-CCCGCCGACCC---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|27 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|28 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAc
gi|3 : A-T-AG-CA-A-A-C--TTGTTTCC------A-GAA-CTTTA--------A-CCG-C----T-C---TAA-T-AGC-CC-CTC----T-----CG---TTCACA---AGCA---C-GAAACCT--A--
gi|3 : ctcattAAC-C-GCTCT-AATAGCCCC----TC-TCGTTC-A--CAAG---C--A----CG-AAA-CCTA-CAACT-GAAA---C----AG-CA-ACCAAAATGTGGGGG-------T-T-GG-GG-TAAG--T--C--CTTG-CAA-AAT---CAC--C-CGATGACAAT---------------------TT-TC---ATGC--A-TGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-G-C-A--CCATC----AT-A----TCAT-TTAGA-TA--TA-AC--------ACAA---AGCTA-C-A-T-----CT-CC------A-AAA-ACTTA--------A-CCA-G----CAC---TAC-C-A-T-C--TTA----TTCTTCCT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-GTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TAT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-AC-TTGCTC-CAAAAAC-----TTAAC-CAG----C-CA-GC-AAC-C---T--ATC-TTC-C-TC-CA-TCAATCC---G-A-AGCC---C---AGC-CAGC---AT---TC-AAGTTAT-T---TACA-G-T-GTAATGTAA--C--------CTTTCATTANNNNNN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNNNN--N--N------NNNN--NNN-NC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-AC---AA-CA-A--GA-TGG----G---A-G---------------------CC-G--AGGC-----------T-GAAG-GT-ATT--A----GCC--A---T--A---AGCT--CC-------C---CC---------------GCCTT---C-G-TC-TCC-G----TG-AGCTAAAcaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|4 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAAC-CAGCTTT-AATAGCAAC-AAATC-TC--TT-A--CA-G---C--AAT-CCA-AA--CCTAACAGCT-GAGAAATCCATCAG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-GATC--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGGT-ACACC---------------------TTTCC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCG-C----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-AGA-C--TTGCT-CC------A-AAA-C-------------------------C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------TNNNNN-N-NNNNNNN--N--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-NN-NNN--NN----N---NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-GC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAA-CAGC-A-C-TA-AC-ATC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----AC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-AT-TTG-A-----AAACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATTTAG--A--T------CAAT--TGC-AC--A-C--TTGCTTCC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC----ACGCTA-----ATA-C-AAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CCCCCCCCCCCCCCACGGACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAACAAA
gi|5 : --C--CTT--C-G-AAT---CAC--T--GAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-ACC--CCGTC----A--A----A--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAATT-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-ATTTA--------A-CCA-GTGCAC-T---CAA-CAA-TGCC-TTA----T-----CG---TNN------NNNNNN-N-NNNNNNN--N--NNNNNN-NNNNN-NNNNNNN----NNN-NN---NN-N-NN-NNN--NN----N---NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCACAC-TTGCTC-CAAAAAT--GT-TAAAC-CAGC-ATC-TATACAAAC-C--TT--ATC-Ta
gi|5 : -AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CA-G--AC-C-----------C-GAGG-GT-A-TC-A----G-C--A---T--ATACAGTC-CCC-------C---CC---------------GATTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|6 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAC-CAGCTCTAAATAGCACC----TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--ACTA-C-GAT-CAG-AATC----AG--A-ACACA---------G-------T------TG-TA-G--T--C--CTT--CAGCAAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT--C---ATGC--A-AGTTCCAGTGAC-AA---TAT---ATA-A-C--CCGTC----A--T----A--A-TTAGA-T---TATAC-----C--ACAA-T-AG--A-C-A-C--AT-CT-CCA-----A-AAA-CTTTA--------A---A-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------A
gi|6 : tgctccaaaaactatta--TTGCT-CC-AATA-A-AATTTAATCC-A--AA-TTG--------ACG---------------------CC-GGAACGCCGTAACCGCGAC-GAAG-CT-A-T-------G-CTAA---T--A---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTT---C-GGTC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|7 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaA-AC-TTGCTC-CAGAAACCACT-ATAACACAGC-T-C-TA-TT-AGCAC--AT--ATC-TTGACAGC-CA-G---TCC---GAA-A--C---CT-CAGCTCAAG---AA---TC-ctat
gi|7 : tatgaccattatcgcaAACACAGCTCT-ATTAGCA-C-A--TA-TC--TTGA--CA-G---CCAG-T-CCGAAA--CCT--CAGCT-CAAGAATCG---AG-CA-AGCCA---------G-------T-CGTG-TG-TA-G--CTAC--CCTGAAAG-ACTGTCCAA--G-CAAT-ACACCACACATGAAAATACCAACATATT-CCCCAATGCA-A-AGTTT--GTGAC-AAATGT-TAGCA-G-A-TCACCGTCATAAA--G----T--TGTTAAA-TAAGTA-ACGAATGCCAACAA-T--G-TAGC-A-CCGTTGCTGCCGA----A-AAA-CGTTACGAGCCGTG-CTA-G----C-CACGTAA---A-T-CCGTTA----TG----CT---TCCTCTCCAAGTATC-CAGAGGCCT--A----TACTGCAGGATGTCCAGTGTTGAAT-TTCAGAACG-TCTTGT--AT----T---TCCTTCATTA------gagcaagccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|8 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactatTATGA--A--C------CAAT--AGC-AA--AAC--TTGCT-C--AA-A-A-ACTTTAACCA-
gi|8 : CAA-T-AG-CA-A-AAC--TTGCT-CA------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-T----CTC---TAA-T-A-tctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaacA-AC-TTGCTC--AAAAAC---T-TTAAC-CATC-T-C-TA-AT-AGCAC--NN--NNN-NN--N-NN-NN-NN-NNNN---NNN-NNNN---NNNNNNNNNNNN---NN---NN-NN--NNN-N---NN-N-N-N-NN-NNNNNNNNN--------NNNNNNNNN----NN-NNNNN-NN--N-N-N-NNNN---N--NNNNNNN-NN-NNN-N-----NNNNNN-------NNNNNNNN-NN---NNNNNNTAG--A--TAAACCACAAT--AGT-AC--A-CATTTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-G--Ggcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaTAGA-TA---A-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-CATTTGCT-CCA-----A-AAA-CTTTA--------A-CCAGG----C-A---CAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CTTCATCC------AGCATC-C-G-AGCCT--G--ATGGCT-CAcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|9 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AA--CCTTTCAGGT-G-GAAATC----AG-CATACCAA---------AGAACCAAT-T-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-A-----CAC------GT-AT-CC---------------------CT-CC---TTGCCAA-AGTTCTAGTGAT-GA---T-T---A-G-A-C--CCGTT----C--A----T--AATTAGA-TA--TA-AC-----C--ATAA-T-AG-TG-A-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-GAA--A-C---TAA-C-A-A-CC-TTAGATCT-----CC---TCT------CACACA-A-GAAGCCT--A----TGGT-CAG-----TCA------CATCTT---AA-G-TC-TGT--GT----A---TTCtgcaagatt
blockSeqs : A A T AAA C GT ATC A . CA AT A A AA . A CATC . T AATGTGGGGGTT . . A ATC AT GA C GTC TT G ACACATGAAAATACCAACATATTCCCCA CA . TT C ATG A AGCAGATCA AAATTATAAT C AAG T GAATGCCA T . C AG A CG T GA G A CGAGCCGT A G TGCACT TC G G G TTCTTC TCA TCTCCA CA ATTAGCTCTCAAAATTTCAGCAACCT CAG C G T CT AATT CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C A . CAC . A AA . T A A ACA AG T GACA . AGC CGAAGA T C TTGCTC AAGTAA . T GT TTTA C G . A A ATTCTTGCCATACT NNNN . A . T A . CAA CGTC CGGCACGATTTGGACAGTTATAGCT GGC CA AAACCACAAT A CA A AT G A T A A T G CG C CTAAG CCGGAACGCCGTAACCGCGACGA T . T ATATA C TA TAT T TAC G GCCGACC CAA CCCCCCCCCCCCACG TAA G G A . AAAT A
blockSeqs : . . C GA . . GA . . . T A A TT . G G . . AGAACCAATT . . . CTA . G . . C . TTCCC A . TT . . . ATCAC ATAAAGTTG . G . C . . . GC . AT G A . . . . . CCACT CA . . . GATCT . ACA T ATACTGCAGGATGTCCAGTGTTGAAT . . . . . AG GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . C . . AT . . . T ACN . . TCC . TCA TGA . G CTA AGC . . . CT . . . . . ATTACCT . . . . . . . N NNN GCAAGTGGACCAGATAAGCTAAT N . CAACA . . . . T . . . . T . . . GAGA CCGAACGCCGACGCCGA . . . TAG . . G . . . CCCGA . . . . . . . CA .
blockSeqs : . . C A . . C . . . T . . G . A . . . GTGC . . . A . . . . C . TTTCC . . CC . . . AGACC ATATCAT . A . C . . . C . . . A . . . . . CCACG T . . . TTCGT . . A AATCGCTCAGAAGTTCAGCCAT . . . . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . C . . A . . . G CT . . CC . TT CAA . C CTA AAG . . . T . . . . . AATTCCT . . . . . . . C AGA NNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . NNNN . . . . . . . . . G . . . G CCGACACCGATGCCGG . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A A . . C . . . T . . A . A . . . GTCG . . . T . . . . C . ATCG . . CT . . . ATAAC ATAGT . A . C . . . C . . . . . . . . . AAAC C . . . GATCT . . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . G . . A . . . A CT . . CC . GC CGA . C CTA AAG . . . T . . . . . NNNNNNN . . . . . . . C NNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . NNNN . . . . . . . . . T . . . A CCACGCTAATACAA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . A . . . T . . T . G . . . GTC . . . T . . . . C . TTTC . . T . . . AAAA CATAA . A . C . . . A . . . . . . . . . AAAC T . . . ATCT . . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . N . . . C . . T . . . A GC . . C . TC CGA . C NNN NNN . . . T . . . . . AACCCA . . . . . . . N AAT AAAACCAAGTTAAATAGTA C . CAAT . . . . . . . . . T . . . G TCCGACGCCGAGC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . T . . A . A . . . GTT . . . T . . . . T . TTCC . . T . . . AGCA AATT . A . C . . . C . . . . . . . . . CTC C . . . TG . . C GCAACTGAGAACCAAC . . . . . N . . . C . . A . . . T CT . . T . GC NNN . C CT AG . . . T . . . . . ATTCC . . . . . . . C NNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . CAAT . . . . . . . . . A . . . A CCGATGCCGACG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . A . . . . . TT . . . T . . . . C . CTCC . . T . . . AGAC AAAT . A . C . . . C . . . . . . . . . CAC C . . . T . . N ATGGTCAGTCACATC . . . . . T . . . G . . A . . . A CT . . C . NN AG . N C AG . . . T . . . . . ATTCC . . . . . . . N TG GACCAGTAATAGGCCTA N . CAT . . . . . . . . . T . . . T CCGAGGCTGA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GT . . . T . . . . G . TTC . . . . . . AGAC ATAA . A . C . . . C . . . . . . . . . CTC C . . . T . . N ATGGTCAGTCACATC . . . . . A . . . . T . . . G CT . . C . C CG . . . AG . . . N . . . . . ATTCC . . G . CAA . . . . . . . . . T . . . G CAGACCCGA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . ATT . A . . . . . A . . . . . . . . . TC T . . . T . . C . . . . T . . . G C . . N . G A . . AT . . . . . . . . . AACCT . A . AAT . . . . . . . . . T . . . G CCGAACG . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . CC C . . . T . . A . . . . . . . . C . . . . G . CC . . . . . . . . . T . . . G CCGAC . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . CA C . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : A*** *** T** ** *** C*** T* ATAAT************ A** ****** CAC******* *** C** AATGCTCAGAATTCAGCAT************** A******* N** CT*** C*** NC** AG**** *** ATTCC********** ** C***** AGN** AAAACCAAGTTAAATAGTA***************** G** CAAT******** CCGAACGCCGACGCCGA***************************** A****** ** ***
originalCons : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTTTAGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTC----A--A----T--T-TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-G----C-C---TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATC-C-GAAGCCT--A--ATCGCT-CAGAA-NTTCAGC----CAT-TT---AA-G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGC-A-C-TA-AC-ANC-C--TT--ATC-TT--C-TC-CA-GC-ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAAG---AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTAATTC--------CTTTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCAT---C--CATACAA-GT-TTG-G-----GNACCA-------AGTTAAAT-AG---TAGATATAG--A--T------CAAT--AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACG---------------------CC-G--ACGCCG-----ACG-C-GAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
finalCons : AAC-CAGCTCT-AATAGCACCA---TC-TC--TT-A--CA-G---C--AT--CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CACC---CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTT-AGTGAC-AA---T-T---A-G-A-C--CCGTCATAAT------------TTAGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC------A-AAA-CTTTA--------A-CCA-GCAC-------TAA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---TCC------AGCATCC--GAAGCCTAATGCTCAGAATTCAGCAT--------------TT---AA-G-TC-TGT--ATA-------TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAAC--CT-TTAAC-CAGCN--C-TA-AC-ANCCT---T--ATC-TTC---TC-CANC--ATCC---GAA-AGCC---CTATGGCTCAG----AT---TC-AG--TAT-T---TA-A-G-T-CT-ATGTATTCC----------TTCATTA----CC-CCCAG-AA--G-C-A-TCATC-----CATACAAGN--TTGAAAACCAAGTTAAATAGTA-----------------GATATAG--A--TCAAT--------AGC-AC--A-C--TTGCT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----G---ACGCCGAACGCCGACGCCGA-----------------------------GG-GT-A-TA------G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 11 1111 333333333333333333333 111 1111 33333333333333333333333333333 111 111111111111111 11111111 111111 11111111 111111111 3333333333 111 111111 2222222222 2222222 1111111 222222222 11111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 1 222222 111 22222222222222222 1111 1 111111 55555555555555555555555555555555555 111 333333333333333333333333333333333333 1111111 1111111 111111111111111
lowQualScore : 5 5 5 7777 0 66 8888 5 888 66 777 8 55 22 4 5 3333 4 4 222222222222222222222 4 4 4 88888 55 99 4 111 0000 4 66666666666666666666666666666 99 4 4 111 777 4 777 555 6666 4 666666666666666 3 3 555 3 11111111 2 2 2 888 2 77 5 66 2 6666 333333 00000000 2 2 333333333 2 5 2 2 888 3 2222222222 000 88888 555555 555 3 4444444444 8 4 0000000 4 6666666 000000000 5 5 66 99999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 5 4 5 4 9999 4 4 5 66 66 5 5 1 5 5 66 1 444444 5 777 88888888888888888 5 66 888 5 5 5 5 5 5 5 5 0000 5 6 99 6 3 222222 99999 11111111111111111111111111111111111 777 66 3 000 3 33 2 2 2 2 5 2 2 2 2 44 3 88888 0 999999999999999999999999999999999999 22 2 2 2 1111111 2 33 777 66 444 5 3333333 444 444444444444444 666 2 2 2 2 8888 2
lowQualScore : . . . .... . .. .... . ... .. ... . .. .. . . .... . . ..................... . . . ..... .. .. . ... .... . ............................. .. . . ... ... . ... ... .... . ............... . . ... . ........ . . . ... . .. . .. . .... ...... ........ . . ......... . . . . ... . .......... ... ..... ...... ... . .......... . . ....... . ....... ......... . . .. ........ ........................................................................................ . . . . . .... . . . .. .. . . . . . .. . ...... . ... ................. . .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . ...... ..... ................................... ... .. . ... . .. . . . . . . . . . .. . ..... . .................................... .. . . . ....... . .. ... .. ... . ....... ... ............... ... . . . . .... .
lowQualScore : 7 7 3 6666 0 99 9999 0 888 99 111 9 00 88 4 2 9999 4 4 111111111111111111111 4 4 4 88888 55 55 0 000 2222 0 55555555555555555555555555555 55 0 0 888 000 0 000 333 1111 0 666666666666666 6 3 000 3 22222222 9 9 9 222 9 99 7 88 9 1111 999999 44444444 9 9 999999999 9 7 9 9 999 1 2222222222 444 33333 444444 777 6 6666666666 0 0 0000000 1 7777777 000000000 0 0 99 99999999 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 4 0 0 6666 0 0 3 99 99 0 7 4 7 7 77 4 333333 7 444 66666666666666666 0 99 888 0 0 0 0 0 0 0 0 6666 7 7 22 7 3 777777 88888 22222222222222222222222222222222222 444 11 0 999 3 99 9 7 7 7 3 7 7 5 7 22 3 88888 4 555555555555555555555555555555555555 22 9 9 9 3333333 9 77 333 33 777 3 5555555 111 777777777777777 999 5 5 5 5 8888 5
consensus : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AG-TT-T-AGTGACAA---T-T---A-G-A-C--CCG-TCA-----TA--A--T--TT-AGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC--A-AA----A------CTTTA--------A-C-CA--G-C---AC-T-AA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---T-----CC------AGCATC-C-GAAG-CCT--AAT-G---CT-C-AGAA--TT-CAGC-A---T-TTAA---------G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTAC-----GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAACCT-TTAACCAGC-NC-TA-AC-ANCC--TTA--TC-TT-C-TC-C-A-GC-ATCC---GAA-AGCCCTATGGCTC----------A-G----ATTC-AG--TATTT---A-A-G-T-CT-ATGTA-TTCC-TT-CATTA----CC-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C--CATACAA-G-TTTG-GAA----ACCA-------AGTTAAA-TAG---TAGATATAG--A--TCAAT--AGC-AC--A-CTTGC-T-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----GACG-------------------CCG-AACG-CCG-----ACGCCGAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
Reference ( family-524 ) : AAC-CAGCTCT-AATAGCACC-A--TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--CCTA-CAGCT-GAGAAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AG-TT-T-AGTGACAA---T-T---A-G-A-C--CCG-TCA-----TA--A--T--TT-AGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC--A-AA----A------CTTTA--------A-C-CA--G-C---AC-T-AA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---T-----CC------AGCATC-C-GAAG-CCT--AAT-G---CT-C-AGAA--TT-CAGC-A---T-TTAA---------G-TC-TGT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAATCA-AC-TTGCTC-CAAAAACCT-TTAACCAGC-NC-TA-AC-ANCC--TTA--TC-TT-C-TC-C-A-NC-ATCC---GAA-AGCCCTATGGCTC----------A-G----ATTC-AG--TATTT---A-A-G-T-CT-ATGTA-TTCC-TT-CATTA----CC-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C--CATACAA-G-NTTG-AAA----ACCA-------AGTTAAA-TAG---TAGATATAG--A--TCAAT--AGC-AC--A-CTTGC-T-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----GACG-------------------CCG-AACG-CCG-----ACGCCGAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAA
gi|1 : AT--AGC-AA--A-CTTGC-T-CC-AATA-A-ACTTTAACCA-
gi|1 : ccaattAAC-CATCTCT-AATAGCATC-A--TCGTC--TT-A--CA-GAGCC--A-TTCCG-AAACCCTA--AGCTTGAGAAATC----AGTCA-ACCAA---------G-------T-G-TGGTGGTA-G--T--C---TT--CAG-AATG--CACTTC-CAA-----CC---------------------TT-CA---ATGC--ACAG-TT-T-AGTGACAA---T-T---A-A-A-C--CCG-TCA-----TA--A--T--TTTAGA-T---TA-AC-----C--ACAA-TTAG-TA-C-A-C--TTGCT-CC--A-AA----AAAAAAACTTTA--------A-C-CA--G-C---AC-T-AA-C-A-TCCC-TTA----T-----CTTC-T-----CC------AGCATCGT-GAAGCCCT--ATT-G---CTGC-AGAT--TT-CAGC-A---T-TTAA---------G-TC-TAT--ATAGTCA---TCCTTCATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-AC-GTGCTCATAAAAAACTGTTAACCAGCAACGTA-AC-ACCTTGTTA--TC-TT-CATCGC-ATGCAATCC---CGA-AG-CCTATGGCTC----------A-GAATTACTC-AG--TATTT---A-A-GAT-CT-ATGTA-TT-C-TT-CATTA----Ctctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|1 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttC--A-CTTGC-TGCC-AA-A-AAACTTTAACCA-A--GA-TGG----GACGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNN-----NNNNNNNGG-GTAA-TG-A----G-C--A---TGAA---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTTC--C-G-TC-TCGTG----TG-AGCTTAAgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctgccaaaaaactttaaccaagatgggacgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggtaatgagcatgaaagctgccccccgacttccgtctcgtgtgagcttaata
gi|10 : ccaattatagcaaacttgctccaataaactttaaccatctctaatagcatcatcgtcttacagagccattccgaaaccctaagcttgagaaatcagtcaaccaagtgtggtggtagtcttcagaatgcacttccaaccttcaatgcacagtttagtgacaattaaacccgtcataattttagattaaccacaattagtacacttgctccaaaaaaaaaactttaaccagcactaacatcccttatcttctccagcatcgtgaagccctattgctgcagatttcagcatttaagtctatatagtcatccttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacgtgctcataaaaaactgttaaccagcaacgtaacaccttgttatcttcatcgcatgcaatcccgaagcctatggctcagaattactcagtatttaagatctatgtattcttcattacgctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCT-TTAACCAGC-AC--A-AC-A-CC--TTACTTT-TC-C-TC-CAA-GC-AGCT---G-A-AGCCTT---GCTCTAATCCAAGTA-A----ATTT-AG--TA--T---A-A-G-C-TT-TTTTA-ACCCATC-CATTA----CCACCCAG-AACAG-CAATCATAAAC--CATACAACG-TTTG-GG-------CA-------GATTGAACCAG---T---CATA---A--TTAACCAAGC--T--A-CCTG--G-AC-AA-A-T-A-TTTAACCA-ACGAA-CTG----GACG-------------------CCG-AAC-----------------GG-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---CACT-TCC-------CCAACT---------------GACTTTAAC-G-TCATCG-GAAATTG-AG-TAAAta
gi|11 : aaAA---------G-------T-C-TG-TG-TA-G--A--C--CAT--TAG-AAT---CGT--C-TGAT-AAACC---------------------AT-CG---ATGC--A-AA-T--------AC-----------C-G-A-C--CAA-TTG-----TA--T--T--TT-AGA-TG--TA-AC-----C--AAAA-T-AA-TA-C-A-C--TTGCT-TC--AGAA----A------CTTTA--------A-C-TA--G-C---TC-T-AA-T-A-T-CT-TTGATC-T-----CT---T-----CC------AGTATC-T-GAAA-CCTGCAA------CT-G-AGAA---C-CAAC---------AA---------C-TT-TGT--TT----AG--TCCTTTA
gi|11 : AAC-TAGCTCT-AATATCTTTGA--TC-TC--TT-C--CA-G---T--A-T-CTG-AAA-CCTG-CAACT-GAGAA-CC----AA-CA-AC--------------------T-T-TG-TT-TA-G--T--C--CTT--TAA-AAC---CAC--C-CGAT-GCAC------------------------------------G-A-----T-AGTGAAAA---T-T---A-A-A-A--CAG-TCA-----TA--G--T--TT-AGA-TA--AA-AC-----C--ATAA-C-AA-TA-C-A-C--CTGaaaccacccgatgcacgatagtgaaaattaaaacagtcatagtttagataaaaccataacaatacacctg
gi|12 : aagtctgtgtagaccattagaatcgtctgataaaccatcgatgcaaataccgaccaattgtattttagatgtaaccaaaataatacacttgcttcagaaactttC--A-CTTGC-T-CT-AA-A-A-TCTTGAATCA-A--GA-TGC----AACG-------------------CCG-A-CA-CCG-----ATGCCGGGG-AT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT-CCC-------C---CC---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGGTAAAAA
gi|13 : catcactaacatccttatcttcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCT-CC--A-AA----A------CTTTA--------A-C-CA--GAA---AC-T-AA-C-A-A-CC-TTAGATCT-----CC---T-----CT------CACACA-A-GAAG-CCT---AT-G---GT-C-AG-----T-CA-C-A---TCTTAA---------G-TC-TGT--GT----A---TTCTT
gi|14 : GC-AC--A-CTTGC-T-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----GACG-------------------CCG--------------AC------G-GT-A-TTAG----G-C--A---T--A---AGCT-CCCCCCGA--C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAgccatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacacttgctcaaaactt
gi|15 : tctttgtattcttcattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgg----------A-G----ATGC-AG--TATTT---A-A-G-T-CT-ATGTA-TTCC-CT-CATTA----CC-CCCAGAA--AG-CAATCAA---CAACATAAAC-GTCTTGCGGC----ACGATTTGGACAGTT--A-TAG---CTGATATAG--A--TC-AT---GCAAA--A-CTT-C-T-CC-AA-A-----CTTAACCAGA--AA-TTG----GA-----------------------G-AACGTCCG-----ACGCCGAGC-GT---T--A----G-C--AG--T--A---A-TT-CCC-------C---CC---------------GACT
gi|16 : CA-------AGT-AAA-TAACC-TAGATATAG--ACATCAA---AGC-AC--A-CTTCC-T-CA-AA-A-A-ACTT--ACCA-C--GA-TGG-------------------------------AAGG-CCG-----ATGCCGACG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---ACCT--CC-------C---CC---------------AACTT---TGG-TC-TCG-G----TGAAGCTAAAAAc
gi|17 : CAA-G-ATTG-GA------CCA--------GT--AA-TAGGCCTAGATATAGGCA--TC--C--AGC-ACCAA-CTTGC-A-CC-AA-AAA-ACTT-----A-A--GG-TGGCTAAGACA-------------------CCT-GACG-Ctgg
gi|18 : tcaccacgcataaactgccatttcagTC-CAAAAAC-T-TTAACCAGC-AT-TA-AC-ATCC--T-A--TC-TT-CCTC-C-A-TT-ATC-----AATAGTC-TATGGCTT----------A-G----ATTC-AG--CATTTTATA-A-G-T-CT-ATGCA-TTCC-TT-CTTTA----CC-CCCAtatgtatat
gi|19 : A-AC-TTGCTT-CAAAAACGT-T-AACCAGC-TC-TA-AT-AGCG--CTA--TC-TC-T-TC-C-A-GC-ATCA---G-A-AGCC
gi|2 : tagcaAAC-CATCTTC-AATAGCACC-A--TCCTC--TT-ATCCA-G---C--A-T-CGA-AA--CC-A-CAGCT-GGAGAATC----AG-CA-ACCAA---------G-------TGC-TG-TG-T--G--T--TATCTT--CAG-AAC---CAC--TTCGAT--CACC---------------------TT-CCC--ATGC--A-AG-TT---AG-GACAA---T-T---A-TCA-C--CCG-TCAAATTATA--A--T--TT-AGACTA--TA-AC--------ACAA-T-AT-CA---A-C--TTGCT-CC--A-AA----AA-----CTTTA--------AAC-CA--G-CC--AC-TTAATC-A-T-CC-TTA----TTCGT-CC---T-----CC------AGCATC-C-GAAG-CCT--ATT-AGCTCT-C-AAAA--TTTCAGC-AACCT-TTAA---------GGTC-TGTCTAT----AATTTCCTTCATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ACACTGCTC-CAAAAAACT-TTAACCAGC-AC-TA-AC-AACC--TTA--TCTTT-C-AC-C-A-TC-ATCCGAAGAA-AGCC---TAGCTC----------A-G----ATTCTAG---ATTG---A-AGG-TACT-ATGTA-TTCC-TT-CA-TA----CC-CCCAG-A--AGTC-ATCAT---C--CATACAT-G-TTGG-CAAGTGGACCA-------GATAAGC-TAA---T--ATACGC--A--TCAACA-AGC-AC--A-CTTGC-T-CCAAA-A-A-ACTTAAACCA-A--GACTGG----TACG-------------------CCG-AACG-CCG-----ACGCCGAGGTAT-A-T--A----G-C--ATATT--A---AGCT-CCC-------C---CC---------------GACCT---C-G-T--TCG-G-----G-AGCTGAAAAAatcactaacatccttatct
gi|20 : gaatatgacatatacaaaacttctccccaaaaacttttATGGCTC----------A-T----ATTC-AG--TATTT---A-A-G-T-AT-ATGTA-TTAC-CT-CATTA----CC-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C--CATACAtg
gi|21 : G-----ACGCCGAGG-GT-A-T--ATATAA-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TC-TTG-T----TA-AGCTAAAAc
gi|22 : aaaggG-----ACGCTGAGG-GT-T-T--A----G-C--A---TT-A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-G-TT-TCG-GCA--CG-AGCT
gi|23 : GGGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C----C---------------GACTT---C-C-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|24 : G--A--T-AAT--AAC-AA--A-CTAGC-T-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--
gi|24 : ccA-AC-TAGCTC-CAAAAAC-T-TTAACCAAC-TC-TA-AT-Actctaatag
gi|25 : ccgataataaca--TC-TC--TT-C--CA-G---C--A-T-CCGAAA--CCTT-CAGGT-GAG-AATC----AG-CA-Ag
gi|26 : tcggt--A---T--A---AGCT-CCCGCCGACCC---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|27 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAA
gi|28 : -------C---CC---------------GACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAAAAc
gi|3 : A-T-AG-CA-A-A-C--TTGTTTCC--A-GA----A------CTTTA--------A-C-C---G-C---TC-T-AA-T-AGC-CC-CTC----T-----CG---T-----TCACA---AGCA---C-GAAA-CCT--A
gi|3 : ctcattAAC-C-GCTCT-AATAGCCCC----TC-TCGTTC-A--CAAG---C--A----CG-AAA-CCTA-CAACT-GAAA---C----AG-CA-ACCAAAATGTGGGGG-------T-T-GG-GG-TAAG--T--C--CTTG-CAA-AAT---CAC--C-CGATGACAAT---------------------TT-TC---ATGC--A-TG-TT-T-AGTGACAA---T-T---A-G-C-A--CCA-TCA-----TATCA--T--TT-AGA-TA--TA-AC--------ACAA---AGCTA-C-A-T-----CT-CC--A-AA----A------ACTTA--------A-C-CA--G-C---AC-T-AC-C-A-T-C--TTA----TTCTTCCT---T-----CC------AGCATC-C-GAAG-CCT--AATCG---CT-C-AGAAG-TT-CAGCCA---T-TTAA---------G-TC-TAT--AT----A---TCCTTCATTA------GTANNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-AC-TTGCTC-CAAAAAC---TTAACCAGC-C---A-GC-AACC---TA--TC-TTCC-TC-C-A-TCAATCC---G-A-AGCCC---AGC-C----------A-GC---ATTC-AAGTTATTT---ACA-G-T-GTAATGTA-ACCT-TT-CATTANNNNNN-NNNNN-N--NN-N-NNNNN---N--NNNNNNN-N-NNNN-NNN----NNNN-------NNNNNNN-NNN---NNNNNNNNN--N--NNNNN--NNN-NC--A-CTTGC-T-CC-AA-A-A-AC---AA-CA-A--GA-TGG----GA----------------------------G-CCG-----AGGCTGAAG-GT-ATT--A----GCC--A---T--A---AGCT--CC-------C---CC---------------GCCTT---C-G-TC-TCC-G----TG-AGCTAAAcaactgaaacagcaaccaaaatgtgggggttggggtaagtccttgcaaaatcacccgatgacaattttcatgcatgtttagtgacaattagcaccatcatatcatttagatataacacaaagctacatctccaaaaacttaaccagcactaccatcttattcttccttccagcatccgaagcctaatcgctcagaagttcagccatttaagtctatatatccttcattagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaacttgctccaaaaacttaaccagccagcaacctatcttcctccatcaatccgaagcccagccagcattcaagttatttacagtgtaatgtaacctttcattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacttgctccaaaaacaacaagatgggagccgaggctgaaggtattagccataagctcccccgccttcgtctccgtgagctaaa
gi|4 : ctcattatagcaaacttgtttccagaactttAAC-CAGCTTT-AATAGCAAC-AAATC-TC--TT-A--CA-G---C--AAT-CCA-AA--CCTAACAGCT-GAGAAATCCATCAG-CA-ACCAA---------G-------T-T-TG-TG-TA-GATC--C--CTT--CAG-AAT---CAC--C-CGGT-ACACC---------------------TTTCC---ATGC--A-AG-TT-TTAGTGACAA---T-T---A-G-A-C--CCG-CAA-----T------T--TT-AGA-TA--TA-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-AGA-C--TTGCT-CC--A-AA----A------C---------------------------C-T-AA-C-A-T-CC-TTATCT-T-----CC---T-----NN------NNNNNN-N-NNNN-NNN--NNN-N---NN-N-NNNN--NN-NNNN-N---N-NNNN---------N-NN-NNN--NN----N---NNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA-GC-TTGCTC-CAAAAACCT-TTAAACAGC-AC-TA-AC-ATCC--TTA--TC-TT-C-TC-C-A-GC-ATCC---GAA-AGCCCTATGGCTC----------AAG----ATTC-AG--TATTT---A-A-G-T-CT-ATGTAATTCC-TTTCATTA----AC-CCCAG-A--AG-C-ATCAT---C--CATACAA-A-TTTG-AAA----ACCA-------AGTTAAA-TAG---TAGATTTAG--A--TCAAT--TGC-AC--A-CTTGCTT-CC-AA-A-A-ACTTTAACCA-A--GA-TGG----GACG-------------------CC---ACG-CTA-----ATA-CAAGG-GT-A-T--A----G-C--A---T--A---AGCT-CCC-------C---CCCCCCCCCCCCCCACGGACTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTAACAAA
gi|5 : --C--CTT--C-G-AAT---CAC--T--GAT-ACACC---------------------TT-CC---ATGC--A-AGTTT-T-AGTGACAA---T-T---A-G-ACC--CCG-TCA------A--A--T--TT-AGA-TA--TA-AC-----C--ACAATT-AG-TA-C-A-C--TTGCT-CC--A-AA----A------ATTTA--------A-C-CAGTG-C---AC-TCAA-CAA-TGCC-TTA----T-----Ca
gi|5 : AGAATCACAC-TTGCTC-CAAAAATGT-TAAACCAGCATC-TATACAAACC--TTA--TC-Tgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|5 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AC--A-CTTGC-T-CC-AA-A-A-ACTTTAATCA-A--GA-TGG----GACG-------------------C---A------G-----AC-CCGAGG-GT-A-TC-A----G-C--A---T--ATACAGTC-CCC-------C---CC---------------GATTT---C-G-TC-TCG-G----TG-AGCTTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacttgctccaaaaactttaatcaagatgggacgcagacccgagggtatcagcatatacagtcccccccgatttcgtctcggtgagcttaaaaa
gi|6 : ccttcgaatcactgatacaccttccatgcaagttttagtgacaattagaccccgtcaaatttagatataaccacaattagtacacttgctccaaaaatttaaccagtgcactcaacaatgccttatcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatcacacttgctccaaaaatgttaaaccagcatctatacaaaccttatctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAC-CAGCTCTAAATAGCACC----TC-TC--TT-A--CA-G---C--A-T-CCG-AA--ACTA-C-GAT-CAG-AATC----AG--A-ACACA---------G-------T------TG-TA-G--T--C--CTT--CAGCAAT---CAC--C-CGAT-ACACC---------------------TT--C---ATGC--A-AG-TTCC-AGTGACAA---TAT---ATA-A-C--CCG-TCA-----TA--A-----TT-AGA-T---TATAC-----C--ACAA-T-AG--A-C-A-C--AT-CT-CCA-A-AA----A------CTTTA--------A----A--G-C----C-T-AA-C-A-T-CC-TTA----T-----CT---T-----CC------A
gi|6 : tgctccaaaaactattaTTGC-T-CC-AATA-A-AATTTAATCC-A--AA-TTG-----ACG-------------------CCGGAACG-CCGTAACCGCGACGAAG-CT-A-T-------G-CTAA---T--A---AGCTGCCC-------C---CC---------------GACTT---C-GGTC-TCG-G----TG-AGCTAAAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncattgctccaataaaatttaatccaaattgacgccggaacgccgtaaccgcgacgaagctatgctaataagctgccccccgacttcggtctcggtgagctaaaaactat
gi|7 : tgctccaaaaactattaaaccagctctaaatagcacctctcttacagcatccgaaactacgatcagaatcagaacacagttgtagtccttcagcaatcacccgatacaccttcatgcaagttccagtgacaatatataacccgtcataattagattataccacaatagacacatctccaaaaactttaaagcctaacatccttatcttccannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnca-TA--TG-AC-----C--ATTA-T-CG-CA-A-A-C--TTGCT-CC--A-GAAACCA------CTATA--------A-CACA--G-CTCTAT-T-AG-C-A----C-ATA----T-----CT---TGACAGCC------AG--TC-C-GAAA-CCT--CA--G---CT-CAAGAA--TC-GAGC-A---ctat
gi|7 : AACACAGCTCT-ATTAGCA-C-A--TA-TC--TTGA--CA-G---CCAG-T-CCGAAA--CCT--CAGCT-CAAGAATCG---AG-CA-AGCCA---------G-------T-CGTG-TG-TA-G--CTAC--CCTGAAAG-ACTGTCCAA--G-CAAT-ACACCACACATGAAAATACCAACATATT-CCCCAATGCA-A-AG-TT-T--GTGACAAATGT-TAGCA-G-A-TCACCG-TCA-----TA--AAGTTGTT-AAA-TAAGTA-ACGAATGCCAACAA-T--G-TAGC-A-CCGTTGCTGCCGAA-AA----A------CGTTACGAGCCGTG-C-TA--GCC---ACGT-AA---A-T-CCGTTA----TG----CT---T-----CCTCTCCAAGTATC-CAGAGG-CCT---AT-A---CTGC-AGGATGTC-CAGT-G---T-TGAATTTCAGAACG-TCTTGT--AT----T---TCCTTCATTA------agccagtcgtgtgtagctaccctgaaagactgtccaagcaatacaccacacatgaaaataccaacatattccccaatgcaaagtttgtgacaaatgttagcagatcaccgtcataaagttgttaaataagtaacgaatgccaacaatgtagcaccgttgctgccgaaaaacgttacgagccgtgctagccacgtaaatccgttatgcttcctctccaagtatccagaggcctatactgcaggatgtccagtgttgaatttcagaacgtcttgtatttccttcatta
gi|8 : tatgaccattatcgcaaacttgctccagaaaccactatTATGA--A--CCAAT--AGC-AA--AACTTGC-T-C--AA-A-A-ACTTTAACCA-
gi|8 : CAA-T-AG-CA-A-AAC--TTGCT-CA--A-AA----A------CTTTA--------A-C-CA--T-C---TC-T-AA-T-A-tctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaacA-AC-TTGCTC--AAAAAC-T-TTAACCATC-TC-TA-AT-AGCgcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|8 : tatgaaccaatagcaaT-AGA-TA---A-AC-----C--ACAA-T-AG-TA-C-A-CATTTGCT-CC--A-AA----AA-----CTTTA--------A-C-CAG-G-C---AC---AA-C-A-T-CC-TTA----T-----CTTCAT-----CC------AGCATC-C-G-AG-CCT--GATGG---CT-C-Aacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataaaccacaatagtacacatttgctccaaaaactttaaccaggcacaacatccttatcttcatccagcatccgagcctgatggctcatgcaagatt
gi|9 : tatgaaccaatagcaaaacttgctcaaaaactttaaccatctctaatagcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AA--CCTTTCAGGT-G-GAAATC----AG-CATACCAA---------AGAACCAAT-T-TG-TG-TA-G--T--C--CTT--CAG-A-----CAC------GT-AT-CC---------------------CT-CC---TTGCCAA-AG-TTCT-AGTGATGA---T-T---A-G-A-C--CCGTTCA-----TA--A-----TT-AGA-TA--TA-AC-----C--ATAA-T-AG-TG-A-A-C--TTGCT-CC--A-AA----A------CTTTA--------A-C-CA--GAA---AC-T-AA-C-A-A-CC-TTAGATCT-----CC---T-----CT------CACACA-A-GAAG-CCT---AT-G---GT-C-AG-----T-CA-C-A---TCTTAA---------G-TC-TGT--GT----A---TTCtgcaagatt