lowQualScore : 111 11 44444444444444444444 11 111 111 22222222 1 1 222 11 11 1 11 2222222 11 222222222 11111 444444444444 11 1 1 11 444444444444 111
lowQualScore : 555 5 2 3 33 888 66 33333333333333333333 88 2 5 2 2 88 555 5 77 333 2 000 2 6 88888888 3 3 5 4 99 3 3 6 3 333 1 6 44 6 44 77 1 3 77 5 4 4444444 00 111111111 5 33333 1 444444444444 5 5 77 55 77 5 9 1 7 0 5 99 0 555555555555 000 5 4
lowQualScore : ... . . . .. ... .. .................... .. . . . . .. ... . .. ... . ... . . ........ . . . . .. . . . . ... . . .. . .. .. . . .. . . ....... .. ......... . ..... . ............ . . .. .. .. . . . . . . .. . ............ ... . .
lowQualScore : 111 0 5 2 44 888 99 00000000000000000000 55 2 7 9 9 88 000 7 88 666 9 000 9 7 44444444 3 6 0 0 22 5 3 7 3 333 0 7 00 7 33 77 6 3 00 7 5 4444444 66 444444444 0 99999 4 777777777777 0 7 99 77 99 7 0 4 9 0 0 22 4 888888888888 111 7 3
consensus : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--NCATG-CTTCANTTTC-G---TTT--CAA-GCN-----T-AC------AAAA-GATAAAC-AA-G-A-NT---TTCTCGGTAAT-GAAAATNAA---GTT-TCGC---TTTC-G-TTT--CT--TGACNGGA-AGTT-ATGGTTCAGTNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGG-TTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGT--NTATTCCAG-TACAAAT--------ATA-TAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--GC-TGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Reference ( gi|1 ) : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTTT-G---TTT--CAA-GTG-----T-AC------AAAATGATAAAT-AA-G-A-CT---TTCTTGGTAAT-AAAAATCAA---GTT-TCAC---TTTC-G-TTT--AT--ACACAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CTGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGACCACTGGCCACGTT-ACACAGGTGGC-CAT--ATATTCCAG-TACAAAT--------ATA-TAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--GT-TGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGTGG----------CAGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGTT
gi|9 : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTTT-G---TTTTCCAA-GTGGTTTTT-AC------AAAATGATAAATAAA-G-A-CT---TTCTTGGTAATGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTTC-G-TTT--AT--ACACAGAA-AGTT-A
gi|4 : aacttataagcatgtccactgtgtactaaaggaatagaataagagCTTCGTAATGAAAAT--GCATG-CTTAAAATTC-G---TTT--CAA-GCA-----T------------------AAC-AA-T-A-TT---TTCTTAGTAAT-AAAAAGGAA---GTT-TTGC---TTTC-G-TTT--CT--TGATAGGA-
gi|2 : tttCTTCGTAA-GAAAAT--ACATGGCTTCAAATTC-G---TTT--CAG-CCA-----TTAC------ACAAT-----AT-TT-G--------TTCTTGGTAAT-AAAAACGAA---GTTGTCGC---TTTC-G-TTT--tcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacgtgttgggtaaggttttgagtggccgctggcggcgttacacaggtggcggtttattccagtacaaatacatagtgaaaatcatcggggggaattgagagtggccgctggtcgggagtggccgctggttccagtcggccactaggacaggtttgactgtatctt
gi|13 : gtttCTCAGTAATGAAAAT--TGATG-TTTCACTTTCGG---TTT--Ccttgatggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaaggccgtctattaacagtgtaattgacgtgtttgggtaaggtttttaagtgcgctggcccgttacacaggtggccgttcatttcccttacagtataatagtgaaaattgagggaatttgagagtttggccgctggtcgggagtggccgctggattccaggtggccgctttaggacaggtttgactgtatat
gi|8 : tgtttcactttcgttttattcaaaaataaataagagtttGTAATTGAAATCCACATG-CTTCACTTTG-GCGATAT--CACCGCT-----T-ACTTTTTTAAAAAAATAAAC-AA-GGA-GT---TTCTCGGTAAT-GAAATT--G---GTT-TCGC---TTTC-G-TTT--CTTGAC-CCGGA-AGTT-ATGttgaccggaagttatggttc
gi|11 : aatactcaagactattaagttcatttgtaagcaagaactagattgcgttgacacgatgtgattttgcctgttgacaagcccctgtaacattattaacctctaaacatgtcccaacgtactaaaaagtttgcttAATGAAAAT--CCATG-TTT--ATTTTCG---TTT--CAA-GCT-----T-ACTT----AAAAAAA-AAAT-AA-G-A-GT---TTCTCGG--A--GAAAATTAGT--GTT-TCAC---TT-C-G-TTTT-CT--TGACCGGA-AGTT-ATGGTTCAGTATCt
gi|12 : agagcttcttagtaAATGAAAAT---CATG-TTTGATTTTC-G---TTT--CAA-GCT-----T-ACTT----AAAA-AAAAAAT-AA-G-A-GT---TTCTCGTGATT-GAAAATTAGT--GTT-TCAC----TTC-GTTTT--CT--TGACCGGATAGTT-ATGGTTCAGTATC
gi|13 : tagtaTG-TTTCACTTTC-G---TTT--TA----------T-TC------AAAA--ATAAAT-AA-G-A-GT---TTCTCAGTAAT-GAAAATTGAT--GTT-TCAC---TTTCGG-TTT--CT--TGACCGGA-AGTT-ATGGTTC
gi|15 : -----T-AC------AAAAAGATAAAC-AA-C-A-CTATTTTCTTGGTAAT-AAAAACGAA---GTT-TCAT---TTTC-G-TTT--TT--TGATAGGA-
gi|3 : -AC------AAAATGATAAAT-AAAG-A-CT---TTCTTGGTAATGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTTC-G-TTT--AT--ACACAGAA-AGTTAATGATTCAATTTCA
gi|14 : ------AAAATAATAATTTAA-G-AACT---TTCTTGGTAAT-GAAATTGAGGGCGTT-TCAC---TTTC-G-TTTTCAT--TGACGGGA-AGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggggctgtctttacagtgtattaaacatggttgggataaggatttgggtgaccactggccacgtttaccaggtggcgcatatattccgggtagcaatatatagggaaaatcatccggggaattgagagtggcccagtctgttcaggagtggccgctgatttgaagtgcagctaggacaaggtttgactgt
gi|6 : tttctttAAA-GATAAAC-AA-G-A-GT---TTCTTGGTAAT-AAAAATCAA---GTT-TCAC---TTTC-G-TTT--CT--TCACAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCAg
gi|7 : AC-AA-T-A-TT---TTCTTG-TAAT-AAAAG-CAA---GTT-TCGC---TTTC-gcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacatgttgggtaaggatttcagtggccgcgttacacaggtggctgtttattccagtacaaatatataggaaattgagagtggccgttgttcgggagtggccgctgattcaaagtggccgataggacaggtttgactgta
gi|5 : AC-AA-T-A-TT---TTCTTG-TAAT-AAAAG-CAA---GTT-TCGC---TTTC-cgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtata
gi|16 : -AA-G-A-GT---TTCTTGGTAAT-GAAATTGGT---GTT-TCAC---TTTC-GCTTT--CT--TGACCGGA-AGTT-cgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtatat
gi|3 : ACAAAATGGGGCTGTCT-TT-A-CAGT-GTATTAAA---CATGGTT-GGGATAAGGATTT-GGGTGACCACTGGCCACGTTTAC-CAGGTGGCGCAT--ATATTCCGGGTAGCAAT--------ATA-TAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CCCAGTCTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGT-G----------CAGC--TAGGACAAGGTTTGACTGT
gi|4 : acaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagttaatgattcaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGTTTT-GAGTGGCCGCTGGCGGCGTT-ACACAGGTGGC-GGT--TTATTCCAG-TACAAAT--------ACA-TAG-TGA-AAATCATCGGG---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--GC-TGGTCGGGAGTGG-CCGCT-GGTTCCAGTCGG----------CCAC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|6 : tttcttcgtaatgaaaatgcatgcttaaaattcgtttcaagcataacaatattttcttagtaataaaaaggaagttttgctttcgtttcttgataggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT--------CAGTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-TGT--TTATTCCAG-TACAAAT--------ATA-TA--------------------------GGAAATT-GAGAGT--GG--CC--GT-TGTTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCAAAGTGG----------CCGA--TAGGAC-AGGTTTGACTGTatctt
gi|2 : aaagataaacaagagtttcttggtaataaaaatcaagtttcactttcgtttcttcacaggaagttatgattcaatttcagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAAAA-GG--CCGTCTATT-AACAGT-GTAATTGA---CGTG-TTTGGG-TAAGGTTTTTAAGTG--CGCTGGCC-CGTT-ACACAGGTGGC-CGTTCAT-TTCCCT-TACAG-T--------ATAATAG-TGA-AAATTG----A---------GGGAATTTGAGAGTTTGG--CC--GC-TGGTCGGGAGTGG-CCGCTGGATTCCAGGTGG----------CCGCTTTAGGAC-AGGTTTGACTGTa
gi|7 : gtttcttcgtaagaaaatacatggcttcaaattcgtttcagccattacacaatatttgttcttggtaataaaaacgaagttgtcgctttcgtttcttgatggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TAGG--TTT-GAGTGGCTGCTGGC---GCT-ACACAG-TGGC---T--GTATTCCA--TACAAAT---------TA-TAGTGGAGAAATCATCATG---------GGGAA-T-GAAAGT--GGCTCC--GC-TTATC--GA-TGGCCCACT-GATCC-AGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTatat
gi|5 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TAGG--TTT-GAGTGGCTGCTGGC---GCT-ACACAG-TGGC---T--GTATTCCA--TACAAAT---------TA-TAGTGGAGAAATCATCATG---------GGGAA-T-GAAAGT--GGCTCC--GC-TTATC--GA-TGGCCCACT-GATCC-AGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTata
gi|10 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtGTGTCCTCTGGCCATGTT-ACACGAATGGT-CGC--CTACGCAAG-TACAAACATATACTGATA-TAG-GAA-AAATGATC-GGGGGGGGGGAGGGATTT-AAAAGT--GA--AC--TT-TAATTAGGATTGG-CCATT-GATTTCAGTTGA----------CCAC--TAAGAatat
gi|18 : AGGTGGC-CAT--TTATTCCAG-TACAAAT--------ATA-T
gi|17 : G-CCGCT-GATTCCAAGTGA----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 222222222222222 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222 11 1 11 111 111111111 1 1 222222222222 11 3333333333
lowQualScore : 6 66 5 2 1 66 5 66 3333333333 444444444444444 3 2 2 2 33 444 33 444 1 2 55 1 555 2 1 888 4 2 7 33 2 1 3 4 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 1 5 1 000 5 00 5 5 7 33 3 00 6666 5 2 111 1 4 88 4 888888888 0 0 2 555555555555 5 3 66 33 66 5 1 2 8 4 1 8888888888 888 5 2
lowQualScore : . .. . . . .. . .. .......... ............... . . . . .. ... .. ... . . .. . ... . . ... . . . .. . . . . . ..................................................................................................................................... .. . . . ... . .. . . . .. . .. .... . . ... . . .. . ......... . . . ............ . . .. .. .. . . . . . . .......... ... . .
lowQualScore : 6 99 0 5 0 99 0 99 8888888888 888888888888888 3 5 4 4 44 111 22 111 3 4 33 0 999 4 3 222 7 4 1 44 7 0 3 4 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 7 4 000 7 77 7 0 1 66 4 55 6666 0 9 000 0 4 33 4 000000000 0 0 5 999999999999 0 2 99 88 99 0 0 5 9 4 9 9999999999 000 0 5
consensus : TTTTCCCTCCGTAATGAAAATACA--TG-CTTCANTTT--CGTT-T--CAA-G-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-G-AN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT--GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGG-AATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Reference ( family-476 ) : TTTTCCCTCCGTAATGAAAATNCA--TG-CTTCANTTT--CGTT-T--CAA-G-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-G-AN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAGTNTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGG-TTT--GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGG-AATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|1 : TTTTCCCTCCGTAATGAAAATACA--TG-CTTCAATTT--TGTT-T--CAA-G-----TGTAC-------AAAATG--ATA-AAT-AA-G-AC-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTA--TACA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CTGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT--GAGTGACCACTGGCCACGTT-ACACAGGTGGC-CATATATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGG-AATTGAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGTGG----------CAGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|10 : GTGTCCTCTGGCCATGTT-ACACGAATGGT-CGCCTACG-CAAG-TACAA-ACATATACTGATATAG-GAA-AAATGATC-GGGGGGGGGGAGGG-ATTTAAAAGT--GA--AC--T-TTAATTAGGATTGG-CCATT-GATTTCAGTTGA----------CCAC--TAAGAt
gi|11 : A-G-AG-C---T--T---CTTAGTAAATG-AAAATCCAT--GTT-T-AT---TTT-C-G-TTTC--
gi|11 : AATGAAAATCCA--TG-TTT-ATTTT--CGTT-T--CAA-G-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-G-AG-T---T--T---CTCGG-A---G-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTCAGTATCaagcttacttaaaaaaaaaataagagtttctcggagaaaattagtgtttcacttcgttttcttgaccggaagttatggttcagtatc
gi|12 : agagcttcttagtaAATGAAAAT-CA--TG-TTTGATTTT--CGTT-T--CAA-G-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-G-AG-T---T--T---CTCGTGAT-TG-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGATAGTT-ATGGTTCAGTATC
gi|13 : tagta--TG-TTTCACTTT--CGTT-T--TA----------TTC-------AAAA----ATA-AAT-AA-G-AG-T---T--T---CTCAGTAA-TG-AAAATTGAT--GTT-TCAC---TTT-CGG-TTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTC
gi|14 : -AA-G-AACT---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGAGGGCGTT-TCAC---TTT-C-G-TTTTCATTGA-CGGGA-AG
gi|15 : tttctttaaaataataatttTAC-------AAAAAG--ATA-AAC-AA-C-AC-TATTT--T---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTT-TCAT---TTT-C-G-TTTT--TTGA-TAGGA-g
gi|16 : -AA-G-AG-T---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGGT---GTT-TCAC---TTT-C-GCTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-
gi|17 : G-CCGCT-GATTCCAAGTGA----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|18 : AGGTGGC-CATTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATag
gi|2 : CTTCGTAA-GAAAATACA--TGGCTTCAAATT--CGTT-T--CAG-C-----CAT------------------TA-CAC-AA-T-AT-T---TGTT---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTTGTCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TGG
gi|2 : gtttACAAAA-GG--CCGTCTATT-AACAGT-GTAATTGA---CGTG-TTTGGG-TAAGG-TTTTTAAGTG--CGCTGGCC-CGTT-ACACAGGTGGC-CGTTCATTTCCCT-TACAGTAT--------A-ATAG-TGA-AAAT--TG-AG---------GGA-ATTTGAGAGTTTGG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCTGGATTCCAGGTGG----------CCGCTTTAGGAC-AGGTTTGACTGTatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaaggccgtctattaacagtgtaattgacgtgtttgggtaaggtttttaagtgcgctggcccgttacacaggtggccgttcatttcccttacagtataatagtgaaaattgagggaatttgagagtttggccgctggtcgggagtggccgctggattccaggtggccgctttaggacaggtttgactgtatat
gi|3 : gtttcttcgtaagaaaatacatggcttcaaattcgtttcagccattacacaatatttgttcttggtaataaaaacgaagttgtcgctttcgtttcttgatggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-------AAAATG--ATA-AAT-AAAG-AC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTTAATGATTCAATTTCAatat
gi|3 : ACAAAATGGGGCTGTCT-TT-A-CAGT-GTATTAAA---CATGGTT-GGGATAAGGATTT--GGGTGACCACTGGCCACGTTTAC-CAGGTGGCGCATATATT-CCGGGTAGCA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGG-AATTGAGAGT--GG--CCCAGTCTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGT-G----------CAGC--TAGGACAAGGTTTGACTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggggctgtctttacagtgtattaaacatggttgggataaggatttgggtgaccactggccacgtttaccaggtggcgcatatattccgggtagcaatatatagggaaaatcatccggggaattgagagtggcccagtctgttcaggagtggccgctgatttgaagtgcagctaggacaaggtttgactgt
gi|4 : acaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagttaatgattcaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTCGTAATGAAAATGCA--TG-CTTAAAATT--CGTT-T--CAA-G-----CATA---------------------AC-AA-T-AT-T---T--T---CTTAGTAA-TA-AAAAGGAA---GTT-TTGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TAGGA-
gi|4 : tttACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGG-TTTT-GAGTGGCCGCTGGCGGCGTT-ACACAGGTGGC-GGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ACATAG-TGA-AAATCATC-GG---------GGGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCT-GGTTCCAGTCGG----------CCAC--TAGGAC-AGGTTTGACTGTtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacgtgttgggtaaggttttgagtggccgctggcggcgttacacaggtggcggtttattccagtacaaatacatagtgaaaatcatcggggggaattgagagtggccgctggtcgggagtggccgctggttccagtcggccactaggacaggtttgactgtatctt
gi|5 : tttcttcgtaatgaaaatgcatgcttaaaattcgtttcaagcataacaatattttcttagtaataaaaaggaagttttgctttcgtttcttgataggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-T-AT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-atctt
gi|5 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TA-GG-TTT--GAGTGGCTGCTG---GCGCT-ACACA-GTGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATCATG---------GGG-AA-TGAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtatat
gi|6 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAA-G--ATA-AAC-AA-G-AG-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTC--TTCA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCAatat
gi|6 : ACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT--CAGTGGC-------CGCGTT-ACACAGGTGGC-TGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATA--------------------------GGA-AATTGAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCAAAGTGG----------CCGA--TAGGAC-AGGTTTGACTGTgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacatgttgggtaaggatttcagtggccgcgttacacaggtggctgtttattccagtacaaatatataggaaattgagagtggccgttgttcgggagtggccgctgattcaaagtggccgataggacaggtttgactgta
gi|7 : aaagataaacaagagtttcttggtaataaaaatcaagtttcactttcgtttcttcacaggaagttatgattcaatttcagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-T-AT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-a
gi|7 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TA-GG-TTT--GAGTGGCTGCTG---GCGCT-ACACA-GTGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATCATG---------GGG-AA-TGAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtata
gi|8 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtGTAATTGAAATCCACATG-CTTCACTTTGGCGATAT--CACCG-----CTTACTTTTTTAAAAA-A--ATA-AAC-AA-GGAG-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAATTG-----GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGACCCGGA-AGTT-ATGata
gi|9 : aatactcaagactattaagttcatttgtaagcaagaactagattgcgttgacacgatgtgattttgcctgttgacaagcccctgtaacattattaacctctaaacatgtcccaacgtactaaaaagtttgctt-G-----TGTAC-------TAAA-GGAATAGAAT-AA-G-AG-T---T--TTCCCTCCGTAA-TG-AAAATACAT--GCT-TCAA---TTT-T-G-TTTt
gi|9 : aacttataagcatgtccactTTTTCCCTCCGTAATGAAAATACA--TG-CTTCAATTT--TGTT-TTCCAA-GTGGTTTTTAC-------AAAATG--ATA-AATAAA-G-AC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTT-Atccaagtggtttttacaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagtta
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111111 222222222222222 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222 11 11 111 111111111 1 1 333333333333 11 3333333333
lowQualScore : 111 5 2 1 66 5 66 4444444444 444444444444444 3 2 4 33 444 33 444 1 2 55 1 555 2 1 888 4 2 7 33 2 1 3 4 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 1 5 1 000 5 00 5 99 5 6 0 44 5 2 111 1 4 88 4 888888888 0 0 2 000000000000 3 66 33 66 5 1 2 8 4 1 8888888888 888 5 2
lowQualScore : ... . . . .. . .. .......... ............... . . . .. ... .. ... . . .. . ... . . ... . . . .. . . . . . ..................................................................................................................................... .. . . . ... . .. . .. . . . .. . . ... . . .. . ......... . . . ............ . .. .. .. . . . . . . .......... ... . .
lowQualScore : 444 0 5 0 99 0 99 3333333333 888888888888888 3 5 7 44 111 22 111 3 4 33 0 999 4 3 222 7 4 1 44 7 0 3 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 7 4 000 7 77 7 66 7 5 2 11 0 9 000 0 4 33 4 000000000 0 0 5 999999999999 2 99 88 99 0 0 5 9 4 9 9999999999 000 0 5
consensus : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Reference ( family-476 ) : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|1 : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTT--TG-TTT--CA-AG-----TGTAC-------AAAATG--ATA-AAT-AA-GAC-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTA--TACA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CTGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGACCACTGGCCACGTT-ACACAGGTGGC-CATATATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGTGG----------CAGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|10 : GTGTCCTCTGGCCATGTT-ACACGAATGGT-CGCCTACG-CAAG-TACAA-ACATATACTGATATAG-GAA-AAATGATC-GGGGGGGGGGAGGGATTTAAAAGT--GA--AC--T-TTAATTAGGATTGG-CCATT-GATTTCAGTTGA----------CCAC--TAAGAt
gi|11 : A-GAG-C---T--T---CTTAGTAAATG-AAAATCCAT--GTT-T-AT---TTT-C-G-TTTC--
gi|11 : AATGAAAAT--CCATG-TTT-ATTTT--CG-TTT--CA-AG-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCGG-A---G-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTCAGTATCaagcttacttaaaaaaaaaataagagtttctcggagaaaattagtgtttcacttcgttttcttgaccggaagttatggttcagtatc
gi|12 : agagcttcttagtaAATGAAAAT---CATG-TTTGATTTT--CG-TTT--CA-AG-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCGTGAT-TG-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGATAGTT-ATGGTTCAGTATC
gi|13 : tagtaTG-TTTCACTTT--CG-TTT--TA----------TTC-------AAAA----ATA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCAGTAA-TG-AAAATTGAT--GTT-TCAC---TTT-CGG-TTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTC
gi|14 : -AA-GAACT---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGAGGGCGTT-TCAC---TTT-C-G-TTTTCATTGA-CGGGA-AG
gi|15 : tttctttaaaataataatttTAC-------AAAAAG--ATA-AAC-AA-CAC-TATTT--T---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTT-TCAT---TTT-C-G-TTTT--TTGA-TAGGA-g
gi|16 : -AA-GAG-T---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGGT---GTT-TCAC---TTT-C-GCTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-
gi|17 : G-CCGCT-GATTCCAAGTGA----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|18 : AGGTGGC-CATTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATag
gi|2 : CTTCGTAA-GAAAAT--ACATGGCTTCAAATT--CG-TTT--CA-GC-----CAT------------------TA-CAC-AA-TAT-T---TGTT---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTTGTCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TGG
gi|2 : gtttACAAAA-GG--CCGTCTATT-AACAGT-GTAATTGA---CGTG-TTTGGG-TAAGGTTTTTAAGTG--CGCTGGCC-CGTT-ACACAGGTGGC-CGTTCATTTCCCT-TACAGTAT--------A-ATAG-TGA-AAAT--TG-AG---------GGAATTTGAGAGTTTGG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCTGGATTCCAGGTGG----------CCGCTTTAGGAC-AGGTTTGACTGTatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaaggccgtctattaacagtgtaattgacgtgtttgggtaaggtttttaagtgcgctggcccgttacacaggtggccgttcatttcccttacagtataatagtgaaaattgagggaatttgagagtttggccgctggtcgggagtggccgctggattccaggtggccgctttaggacaggtttgactgtatat
gi|3 : gtttcttcgtaagaaaatacatggcttcaaattcgtttcagccattacacaatatttgttcttggtaataaaaacgaagttgtcgctttcgtttcttgatggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-------AAAATG--ATA-AAT-AAAGAC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTTAATGATTCAATTTCAatat
gi|3 : ACAAAATGGGGCTGTCT-TT-A-CAGT-GTATTAAA---CATGGTT-GGGATAAGGATTT-GGGTGACCACTGGCCACGTTTAC-CAGGTGGCGCATATATT-CCGGGTAGCA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CCCAGTCTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGT-G----------CAGC--TAGGACAAGGTTTGACTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggggctgtctttacagtgtattaaacatggttgggataaggatttgggtgaccactggccacgtttaccaggtggcgcatatattccgggtagcaatatatagggaaaatcatccggggaattgagagtggcccagtctgttcaggagtggccgctgatttgaagtgcagctaggacaaggtttgactgt
gi|4 : acaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagttaatgattcaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTCGTAATGAAAAT--GCATG-CTTAAAATT--CG-TTT--CA-AG-----CATA---------------------AC-AA-TAT-T---T--T---CTTAGTAA-TA-AAAAGGAA---GTT-TTGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TAGGA-
gi|4 : tttACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGTTTT-GAGTGGCCGCTGGCGGCGTT-ACACAGGTGGC-GGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ACATAG-TGA-AAATCATCGGG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCT-GGTTCCAGTCGG----------CCAC--TAGGAC-AGGTTTGACTGTtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacgtgttgggtaaggttttgagtggccgctggcggcgttacacaggtggcggtttattccagtacaaatacatagtgaaaatcatcggggggaattgagagtggccgctggtcgggagtggccgctggttccagtcggccactaggacaggtttgactgtatctt
gi|5 : tttcttcgtaatgaaaatgcatgcttaaaattcgtttcaagcataacaatattttcttagtaataaaaaggaagttttgctttcgtttcttgataggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-TAT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-atctt
gi|5 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TAGG--TTT-GAGTGGCTGCTGGC---GCT-ACACAG-TGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATCATG---------GGGAA-TGAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtatat
gi|6 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAA-G--ATA-AAC-AA-GAG-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTC--TTCA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCAatat
gi|6 : ACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-CAG-------TGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-TGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATA--------------------------GGAAATTGAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCAAAGTGG----------CCGA--TAGGAC-AGGTTTGACTGTgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacatgttgggtaaggatttcagtggccgcgttacacaggtggctgtttattccagtacaaatatataggaaattgagagtggccgttgttcgggagtggccgctgattcaaagtggccgataggacaggtttgactgta
gi|7 : aaagataaacaagagtttcttggtaataaaaatcaagtttcactttcgtttcttcacaggaagttatgattcaatttcagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-TAT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-a
gi|7 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TAGG--TTT-GAGTGGCTGCTGGC---GCT-ACACAG-TGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATCATG---------GGGAA-TGAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtata
gi|8 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtGTAATTGAAATCCACATG-CTTCACTTTGGCGATAT--CACCG-----CTTACTTTTTTAAAAA-A--ATA-AAC-AAGGAG-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAATTG-----GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGACCCGGA-AGTT-ATGata
gi|9 : aatactcaagactattaagttcatttgtaagcaagaactagattgcgttgacacgatgtgattttgcctgttgacaagcccctgtaacattattaacctctaaacatgtcccaacgtactaaaaagtttgcttG-----TGTAC-------TAAA-GGAATAGAAT-AA-GAG-T---T--TTCCCTCCGTAA-TG-AAAATACAT--GCT-TCAA---TTT-T-G-TTTt
gi|9 : aacttataagcatgtccactTTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTT--TG-TTTTCCA-AGTGGTTTTTAC-------AAAATG--ATA-AATAAA-GAC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTT-Atccaagtggtttttacaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagtta
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111111 222222222222222 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222 11 11 111 111111111 1 1 333333333333 11 3333333333
lowQualScore : 111 5 2 1 66 5 66 4444444444 444444444444444 3 2 4 33 444 33 444 1 2 55 1 555 2 1 888 4 2 7 33 2 1 3 4 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 1 5 1 000 5 00 5 99 5 6 0 44 5 2 111 1 4 88 4 888888888 0 0 2 000000000000 3 66 33 66 5 1 2 8 4 1 8888888888 888 5 2
lowQualScore : ... . . . .. . .. .......... ............... . . . .. ... .. ... . . .. . ... . . ... . . . .. . . . . . ..................................................................................................................................... .. . . . ... . .. . .. . . . .. . . ... . . .. . ......... . . . ............ . .. .. .. . . . . . . .......... ... . .
lowQualScore : 444 0 5 0 99 0 99 3333333333 888888888888888 3 5 7 44 111 22 111 3 4 33 0 999 4 3 222 7 4 1 44 7 0 3 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 7 4 000 7 77 7 66 7 5 2 11 0 9 000 0 4 33 4 000000000 0 0 5 999999999999 2 99 88 99 0 0 5 9 4 9 9999999999 000 0 5
consensus : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Reference ( family-476 ) : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|1 : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTT--TG-TTT--CA-AG-----TGTAC-------AAAATG--ATA-AAT-AA-GAC-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTA--TACA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CTGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGACCACTGGCCACGTT-ACACAGGTGGC-CATATATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGTGG----------CAGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|10 : GTGTCCTCTGGCCATGTT-ACACGAATGGT-CGCCTACG-CAAG-TACAA-ACATATACTGATATAG-GAA-AAATGATC-GGGGGGGGGGAGGGATTTAAAAGT--GA--AC--T-TTAATTAGGATTGG-CCATT-GATTTCAGTTGA----------CCAC--TAAGAt
gi|11 : A-GAG-C---T--T---CTTAGTAAATG-AAAATCCAT--GTT-T-AT---TTT-C-G-TTTC--
gi|11 : AATGAAAAT--CCATG-TTT-ATTTT--CG-TTT--CA-AG-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCGG-A---G-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTCAGTATCaagcttacttaaaaaaaaaataagagtttctcggagaaaattagtgtttcacttcgttttcttgaccggaagttatggttcagtatc
gi|12 : agagcttcttagtaAATGAAAAT---CATG-TTTGATTTT--CG-TTT--CA-AG-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCGTGAT-TG-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGATAGTT-ATGGTTCAGTATC
gi|13 : tagtaTG-TTTCACTTT--CG-TTT--TA----------TTC-------AAAA----ATA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCAGTAA-TG-AAAATTGAT--GTT-TCAC---TTT-CGG-TTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTC
gi|14 : -AA-GAACT---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGAGGGCGTT-TCAC---TTT-C-G-TTTTCATTGA-CGGGA-AG
gi|15 : tttctttaaaataataatttTAC-------AAAAAG--ATA-AAC-AA-CAC-TATTT--T---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTT-TCAT---TTT-C-G-TTTT--TTGA-TAGGA-g
gi|16 : -AA-GAG-T---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGGT---GTT-TCAC---TTT-C-GCTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-
gi|17 : G-CCGCT-GATTCCAAGTGA----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|18 : AGGTGGC-CATTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATag
gi|2 : CTTCGTAA-GAAAAT--ACATGGCTTCAAATT--CG-TTT--CA-GC-----CAT------------------TA-CAC-AA-TAT-T---TGTT---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTTGTCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TGG
gi|2 : gtttACAAAA-GG--CCGTCTATT-AACAGT-GTAATTGA---CGTG-TTTGGG-TAAGGTTTTTAAGTG--CGCTGGCC-CGTT-ACACAGGTGGC-CGTTCATTTCCCT-TACAGTAT--------A-ATAG-TGA-AAAT--TG-AG---------GGAATTTGAGAGTTTGG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCTGGATTCCAGGTGG----------CCGCTTTAGGAC-AGGTTTGACTGTatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaaggccgtctattaacagtgtaattgacgtgtttgggtaaggtttttaagtgcgctggcccgttacacaggtggccgttcatttcccttacagtataatagtgaaaattgagggaatttgagagtttggccgctggtcgggagtggccgctggattccaggtggccgctttaggacaggtttgactgtatat
gi|3 : gtttcttcgtaagaaaatacatggcttcaaattcgtttcagccattacacaatatttgttcttggtaataaaaacgaagttgtcgctttcgtttcttgatggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-------AAAATG--ATA-AAT-AAAGAC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTTAATGATTCAATTTCAatat
gi|3 : ACAAAATGGGGCTGTCT-TT-A-CAGT-GTATTAAA---CATGGTT-GGGATAAGGATTT-GGGTGACCACTGGCCACGTTTAC-CAGGTGGCGCATATATT-CCGGGTAGCA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-CG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CCCAGTCTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGT-G----------CAGC--TAGGACAAGGTTTGACTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggggctgtctttacagtgtattaaacatggttgggataaggatttgggtgaccactggccacgtttaccaggtggcgcatatattccgggtagcaatatatagggaaaatcatccggggaattgagagtggcccagtctgttcaggagtggccgctgatttgaagtgcagctaggacaaggtttgactgt
gi|4 : acaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagttaatgattcaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTCGTAATGAAAAT--GCATG-CTTAAAATT--CG-TTT--CA-AG-----CATA---------------------AC-AA-TAT-T---T--T---CTTAGTAA-TA-AAAAGGAA---GTT-TTGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TAGGA-
gi|4 : tttACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGTTTT-GAGTGGCCGCTGGCGGCGTT-ACACAGGTGGC-GGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ACATAG-TGA-AAATCATCGGG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCT-GGTTCCAGTCGG----------CCAC--TAGGAC-AGGTTTGACTGTtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacgtgttgggtaaggttttgagtggccgctggcggcgttacacaggtggcggtttattccagtacaaatacatagtgaaaatcatcggggggaattgagagtggccgctggtcgggagtggccgctggttccagtcggccactaggacaggtttgactgtatctt
gi|5 : tttcttcgtaatgaaaatgcatgcttaaaattcgtttcaagcataacaatattttcttagtaataaaaaggaagttttgctttcgtttcttgataggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-TAT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-atctt
gi|5 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TAGG--TTT-GAGTGGCTGCTGGC---GCT-ACACAG-TGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATCATG---------GGGAA-TGAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtatat
gi|6 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAA-G--ATA-AAC-AA-GAG-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTC--TTCA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCAatat
gi|6 : ACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-CAG-------TGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-TGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATA--------------------------GGAAATTGAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCAAAGTGG----------CCGA--TAGGAC-AGGTTTGACTGTgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacatgttgggtaaggatttcagtggccgcgttacacaggtggctgtttattccagtacaaatatataggaaattgagagtggccgttgttcgggagtggccgctgattcaaagtggccgataggacaggtttgactgta
gi|7 : aaagataaacaagagtttcttggtaataaaaatcaagtttcactttcgtttcttcacaggaagttatgattcaatttcagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-TAT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-a
gi|7 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TAGG--TTT-GAGTGGCTGCTGGC---GCT-ACACAG-TGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATCATG---------GGGAA-TGAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtata
gi|8 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtGTAATTGAAATCCACATG-CTTCACTTTGGCGATAT--CACCG-----CTTACTTTTTTAAAAA-A--ATA-AAC-AAGGAG-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAATTG-----GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGACCCGGA-AGTT-ATGata
gi|9 : aatactcaagactattaagttcatttgtaagcaagaactagattgcgttgacacgatgtgattttgcctgttgacaagcccctgtaacattattaacctctaaacatgtcccaacgtactaaaaagtttgcttG-----TGTAC-------TAAA-GGAATAGAAT-AA-GAG-T---T--TTCCCTCCGTAA-TG-AAAATACAT--GCT-TCAA---TTT-T-G-TTTt
gi|9 : aacttataagcatgtccactTTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTT--TG-TTTTCCA-AGTGGTTTTTAC-------AAAATG--ATA-AATAAA-GAC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTT-Atccaagtggtttttacaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagtta
blockSeqs : CCA G G T GG A TC AGTGGTTTT TTTTTTAAAAAA G A A AC ATT GT TCC T A GA C GGC G A ACT C G T CA C C T A A GG T A T AAC G TT A GT T T CA T A GCA C T GG T ATATACTGA T G G GGGGGGGGGGA T TT CT CA T A G C G T GGGGGGGGGA TTT A G
blockSeqs : C . C T . . . CCGCT TTAAAAA . . G G . . . C . GA T T . A ACT C . T . . C . . A . T . T AAC . T . GA . A CA . G CG T . G . A T G C GGG T . CT . . G G C . T GGGGGGGGGA T . G
blockSeqs : A . C C . . . AGCT TTAAAAA . . . G . . . C . G T T . A . . . C . . C . . T . . . . . . T . GT . G GG . G CA T . G . A . . C ATG T . . . . T G . . T . T . G
blockSeqs : G . A A . . . AGCT TAAAGGA . . . G . . . C . G T T . A . . . . . . G . . T . . . . . . T . GA . G CG . G CG A . T . A . . C ATG T . . . . G G . . T . T . G
blockSeqs : A . C A . . . GCCA AAAAAG . . . G . . . T . G G T . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . G C . G GG T . G . A . . C AG T . . . . A G . . T . T . G
blockSeqs : . . C C . . . AGCA AAAATG . . . C . . . T . G G T . A . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . G TG G . G . A . . . CG . . . . . T . . . T . T . .
blockSeqs : . . A . . . . AAAATG . . . G . . . T . G G . . A . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : AAAA . . . T . . . T . A G . . G . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . T . G C . . A . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . T . . . T . A G . . G . . . . . . A .
blockSeqs : . . . T . . . T . A C . . G . . . . . . C .
blockSeqs : . . G . . . T . A C . . A . . . . . . A
blockSeqs : . . T . . . T . G C . . G . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . C . G G . . G . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . C . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . C . . . T . . C . . A . . . .
blockSeqCons : GG**********
originalCons : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-NG---------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
finalCons : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTATT-A-CAGT-GTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATCGG----------GGGAATTGAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111111 222222222222222 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222 11 111 111111111 1 1 3333333333333 11 3333333333
lowQualScore : 111 5 2 1 66 5 66 4444444444 444444444444444 3 2 4 33 444 33 444 1 2 55 1 555 2 1 888 4 2 7 33 2 1 3 4 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 1 5 1 000 5 00 5 5 2 5 6 0 2 2 5 2 111 1 4 88 4 888888888 0 0 0 3333333333333 3 5 66 33 66 5 1 2 8 4 1 8888888888 888 5 2
lowQualScore : ... . . . .. . .. .......... ............... . . . .. ... .. ... . . .. . ... . . ... . . . .. . . . . . ..................................................................................................................................... .. . . . ... . .. . . . . . . . . . . ... . . .. . ......... . . . ............. . . .. .. .. . . . . . . .......... ... . .
lowQualScore : 444 0 5 0 99 0 99 3333333333 888888888888888 3 5 7 44 111 22 111 3 4 33 0 999 4 3 222 7 4 1 44 7 0 3 4 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 7 4 000 7 77 7 0 7 7 5 2 5 2 0 9 000 0 4 33 4 000000000 0 0 1 5555555555555 2 0 99 88 99 0 0 5 9 4 9 9999999999 000 0 5
consensus : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTA-TTA-CAG-TGTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGNTTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-G-G---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
Reference ( family-476 ) : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCANTTT--CG-TTT--CA-AG-----CNTAC-------AAAA-G--ATA-AAC-AA-GAN-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAAATNAA---GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-CNGGA-AGTT-ATGGTTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CCGTCTA-TTA-CAG-TGTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGGCCGCTGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-CGTNTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-G-G---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--G-CTGNTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCCAGGTGG----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|1 : TTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTT--TG-TTT--CA-AG-----TGTAC-------AAAATG--ATA-AAT-AA-GAC-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTA--TACA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATGG--CTGTCTA-TTA-CAG-TGTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-GAGTGACCACTGGCCACGTT-ACACAGGTGGC-CATATATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-C-G---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGTGG----------CAGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|10 : GTGTCCTCTGGCCATGTT-ACACGAATGGT-CGCCTACG-CAAG-TACAA-ACATATACTGATATAG-GAA-AAATGATC-G-GGGGGGGGGAGGGATTT-AAAAGT--GA--AC--T-TTAATTAGGATTGG-CCATT-GATTTCAGTTGA----------CCAC--TAAGAt
gi|11 : A-GAG-C---T--T---CTTAGTAAATG-AAAATCCAT--GTT-T-AT---TTT-C-G-TTTC--
gi|11 : AATGAAAAT--CCATG-TTT-ATTTT--CG-TTT--CA-AG-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCGG-A---G-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTCAGTATCaagcttacttaaaaaaaaaataagagtttctcggagaaaattagtgtttcacttcgttttcttgaccggaagttatggttcagtatc
gi|12 : agagcttcttagtaAATGAAAAT---CATG-TTTGATTTT--CG-TTT--CA-AG-----CTTACTT-----AAAA-A--AAA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCGTGAT-TG-AAAATTAGT--GTT-TCAC----TT-C-GTTTTC--TTGA-CCGGATAGTT-ATGGTTCAGTATC
gi|13 : tagtaTG-TTTCACTTT--CG-TTT--TA----------TTC-------AAAA----ATA-AAT-AA-GAG-T---T--T---CTCAGTAA-TG-AAAATTGAT--GTT-TCAC---TTT-CGG-TTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-ATGGTTC
gi|14 : -AA-GAACT---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGAGGGCGTT-TCAC---TTT-C-G-TTTTCATTGA-CGGGA-AG
gi|15 : tttctttaaaataataatttTAC-------AAAAAG--ATA-AAC-AA-CAC-TATTT--T---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTT-TCAT---TTT-C-G-TTTT--TTGA-TAGGA-g
gi|16 : -AA-GAG-T---T--T---CTTGGTAA-TG-AAATTGGT---GTT-TCAC---TTT-C-GCTTTC--TTGA-CCGGA-AGTT-
gi|17 : G-CCGCT-GATTCCAAGTGA----------CCGC--TAGGAC-AGGTTTGACTGT
gi|18 : AGGTGGC-CATTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATag
gi|2 : CTTCGTAA-GAAAAT--ACATGGCTTCAAATT--CG-TTT--CA-GC-----CAT------------------TA-CAC-AA-TAT-T---TGTT---CTTGGTAA-TA-AAAACGAA---GTTGTCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TGG
gi|2 : gtttACAAAA-GG--CCGTCTA-TTAACAG-TGTAATTGA---CGTG-TTTGGG-TAAGGTTTTTAAGTG--CGCTGGCC-CGTT-ACACAGGTGGC-CGTTCATTTCCCT-TACAGTAT--------A-ATAG-TGA-AAATT----G-A---------GGGAATTTGAGAGTTTGG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCTGGATTCCAGGTGG----------CCGCTTTAGGAC-AGGTTTGACTGTatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaaggccgtctattaacagtgtaattgacgtgtttgggtaaggtttttaagtgcgctggcccgttacacaggtggccgttcatttcccttacagtataatagtgaaaattgagggaatttgagagtttggccgctggtcgggagtggccgctggattccaggtggccgctttaggacaggtttgactgtatat
gi|3 : gtttcttcgtaagaaaatacatggcttcaaattcgtttcagccattacacaatatttgttcttggtaataaaaacgaagttgtcgctttcgtttcttgatggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-------AAAATG--ATA-AAT-AAAGAC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTTAATGATTCAATTTCAatat
gi|3 : ACAAAATGGGGCTGTCT--TTA-CAG-TGTATTAAA---CATGGTT-GGGATAAGGATTT-GGGTGACCACTGGCCACGTTTAC-CAGGTGGCGCATATATT-CCGGGTAGCA-AT--------ATATAG-GGA-AAATCATC-C-G---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CCCAGTCTGTTCAGGAGTGG-CCGCT-GATTTGAAGT-G----------CAGC--TAGGACAAGGTTTGACTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggggctgtctttacagtgtattaaacatggttgggataaggatttgggtgaccactggccacgtttaccaggtggcgcatatattccgggtagcaatatatagggaaaatcatccggggaattgagagtggcccagtctgttcaggagtggccgctgatttgaagtgcagctaggacaaggtttgactgt
gi|4 : acaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagttaatgattcaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTTCGTAATGAAAAT--GCATG-CTTAAAATT--CG-TTT--CA-AG-----CATA---------------------AC-AA-TAT-T---T--T---CTTAGTAA-TA-AAAAGGAA---GTT-TTGC---TTT-C-G-TTTC--TTGA-TAGGA-
gi|4 : tttACAAAATGG--CCGTCTA-TTA-CAG-TGTAATTAA---CGTG-TT-GGG-TAAGGTTTT-GAGTGGCCGCTGGCGGCGTT-ACACAGGTGGC-GGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ACATAG-TGA-AAATCATCGG-G---------GGGAATT-GAGAGT--GG--CC--G-CTGGTCGGGAGTGG-CCGCT-GGTTCCAGTCGG----------CCAC--TAGGAC-AGGTTTGACTGTtcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacgtgttgggtaaggttttgagtggccgctggcggcgttacacaggtggcggtttattccagtacaaatacatagtgaaaatcatcggggggaattgagagtggccgctggtcgggagtggccgctggttccagtcggccactaggacaggtttgactgtatctt
gi|5 : tttcttcgtaatgaaaatgcatgcttaaaattcgtttcaagcataacaatattttcttagtaataaaaaggaagttttgctttcgtttcttgataggatcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-TAT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-atctt
gi|5 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TA--GGTTT-GAGTGGCTGCTG---GCGCT-ACACA-GTGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATC-ATG---------GGGAA-T-GAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtatat
gi|6 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtAAA-G--ATA-AAC-AA-GAG-T---T--T---CTTGGTAA-TA-AAAATCAA---GTT-TCAC---TTT-C-G-TTTC--TTCA-CAGGA-AGTT-ATGATTCAATTTCAatat
gi|6 : ACAAAATGG--CCGTCTA-TTA-CAG-TGTAATTAA---CATG-TT-GGG-TAAGGATTT-CAG-------TGGCCGCGTT-ACACAGGTGGC-TGTTTATT-CCAG-TACAA-AT--------ATATA---------------------------GGAAATT-GAGAGT--GG--CC--G-TTGTTCGGGAGTGG-CCGCT-GATTCAAAGTGG----------CCGA--TAGGAC-AGGTTTGACTGTgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaatggccgtctattacagtgtaattaacatgttgggtaaggatttcagtggccgcgttacacaggtggctgtttattccagtacaaatatataggaaattgagagtggccgttgttcgggagtggccgctgattcaaagtggccgataggacaggtttgactgta
gi|7 : aaagataaacaagagtttcttggtaataaaaatcaagtttcactttcgtttcttcacaggaagttatgattcaatttcagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-AA-TAT-T---T--T---CTTG-TAA-T--AAAAGCAA---GTT-TCGC---TTTCC-G-ATTT--TTGA-a
gi|7 : ACAAAATGG--CCGTCTATTTA-CAGTTGTAATTAAAACCGTG-T---GG-TA--GGTTT-GAGTGGCTGCTG---GCGCT-ACACA-GTGGC---TGTATT-CCA--TACAA-AT---------TATAGTGGAGAAATCATC-ATG---------GGGAA-T-GAAAGT--GGCTCC--G-CTTATCG---ATGGCCCACT-GA-TCCAGGTGGGGGGGGGGGACCGC---AGGAC-A-GTTTCACTGTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacaaaatggccgtctatttacagttgtaattaaaaccgtgtggtaggtttgagtggctgctggcgctacacagtggctgtattccatacaaattatagtggagaaatcatcatggggaatgaaagtggctccgcttatcgatggcccactgatccaggtgggggggggggaccgcaggacagtttcactgtata
gi|8 : acaatattttcttgtaataaaagcaagtttcgctttccgatttttgatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtGTAATTGAAATCCACATG-CTTCACTTTGGCGATAT--CACCG-----CTTACTTTTTTAAAAA-A--ATA-AAC-AAGGAG-T---T--T---CTCGGTAA-TG-AAATTG-----GTT-TCGC---TTT-C-G-TTTC--TTGACCCGGA-AGTT-ATGata
gi|9 : aatactcaagactattaagttcatttgtaagcaagaactagattgcgttgacacgatgtgattttgcctgttgacaagcccctgtaacattattaacctctaaacatgtcccaacgtactaaaaagtttgcttG-----TGTAC-------TAAA-GGAATAGAAT-AA-GAG-T---T--TTCCCTCCGTAA-TG-AAAATACAT--GCT-TCAA---TTT-T-G-TTTt
gi|9 : aacttataagcatgtccactTTTTCCCTCCGTAATGAAAAT--ACATG-CTTCAATTT--TG-TTTTCCA-AGTGGTTTTTAC-------AAAATG--ATA-AATAAA-GAC-T---T--T---CTTGGTAA-TGAAAAATCAA---GTT-TCACACTTTT-C-G-TTTA--TACA-CAGAA-AGTT-Atccaagtggtttttacaaaatgataaataaagactttcttggtaatgaaaaatcaagtttcacacttttcgtttatacacagaaagtta