lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111
lowQualScore : 11 33333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 333333333 111 11111 22222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11 3333333333 11 111 111 2222222222 1111 111111 22222222 1 1 11 3333 11111 111 11111 5555555555555 2222 1111 33333333333 333333333333333 222222222 11 1 1 11 1 55555555555 1111 555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111 11111111 11 777777777777777777777777777777777777 333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 1111 1111111111 1 22222 11 111 11 333 11111 222222222 222 11 22 2222 2 1 1 3333 1 11 11 0000000000
lowQualScore : 22 66666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0 4 00 4 1 2 555555555 3 2 3 0 99 5 1 000 55 5 1 88888 6 77 55 33333333 5 6 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 4 1 3 555 11 4444444444 6 0 00 111 0 3 111 0000000000 3 6 4444 888888 33333333 66 1 1 3 00 5 7777 3 4 55555 1 444 55555 1111111111111 6 8 6 8 3333 8 8 888888 0 9999 88888888888 3 111111111111111 0 66 777777777 5555 8 55 3 1 4 6 88 3 5 1 2 5 00 2 3 1 77 3 22222222222 44 555 0 77 88 1 2222 111111111111111111111111111111111111111111111 0 6 66666 111 99999999 6 22 333333333333333333333333333333333333 3 1 55 88 222222 22 99 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000 55 3 2222 77 0 5 77 9999999999 2 0 1 44444 0 2 3 5 2 11 0 777 0 8 11 6666 333 33333 8 7 444444444 66 777 33 7 00 1111 4 2 0 0 0 8 0 5555 1 0 55 33 2 33 6 4444444444 6
lowQualScore : .. ..... .......................................................................................................... . . . .. . . . ......... . . . . .. . . ... .. . . ..... . .. .. ........ . . .. ................................................................................. . . . . ... .. .......... . . .. ... . . ... .......... . . .... ...... ........ .. . . . .. . .... . . ..... . ... ..... ............. . . . . .... . . ...... . .... ........... . ............... . .. ......... .... . .. . . . . .. . . . . . .. . . . .. . ........... .. ... . .. .. . .... ............................................. . . ..... ... ........ . .. .................................... . . .. .. ...... .. .. . ............................................................................ ... .. . .... .. . . .. .......... . . . ..... . . . . . .. . ... . . .. .... ... ..... . . ......... .. ... .. . .. .... . . . . . . . .... . . .. .. . .. . .......... .
lowQualScore : 00 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 0 2 88 8 4 2 222222222 3 7 0 1 44 7 4 999 77 7 7 77777 3 99 00 55555555 3 7 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 8 2 333 55 3333333333 7 7 00 777 7 7 777 7777777777 7 7 2222 666666 11111111 00 4 4 0 33 2 5555 5 8 99999 4 222 44444 8888888888888 8 0 6 0 6666 0 0 666666 8 8888 00000000000 2 777777777777777 8 44 000000000 2222 0 77 3 7 2 7 88 7 7 9 3 7 77 0 7 7 99 3 33333333333 00 999 4 44 44 7 1111 333333333333333333333333333333333333333333333 6 7 77777 333 33333333 7 33 888888888888888888888888888888888888 5 0 33 33 000000 00 88 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000 99 0 1111 99 4 7 99 3333333333 1 7 4 44444 1 2 2 7 2 00 6 000 8 0 88 6666 000 88888 8 0 888888888 55 555 22 0 22 2222 0 5 2 0 0 8 0 2222 2 0 55 55 5 88 0 0000000000 0
consensus : NNNNNNAGAGATGACAGAAACNGCCGTTGTGNGGTTGTAGCAAGAGAGCTTGCT-CCAGACGGCGAGGTCNGGCNTTATATATGTCT---TTTGGAACAACCCCNAATNCGNTAGTGAGGCTTTT-TGACG---CCNATG-GTAGCATT-GATCAGCCGCC--TGCAGA-AGGCTCTNCCAGG-NG-CAAC--GACCTTGCAAGCGAAGTTG-AGCA---GTCCAA--TAAGGGACTGCAG-TTNCTGGA-GTG--TGGCTTTT---TACT-GTGGAGAA---AAA--TTG-----A-----ATG---TGCTGTCT-GA-----TGGAATTT-GTT---T--T--TT-TTCNGTNGGTAG-TCGCATGGTCATA--TT-GAC--G-TATCGAATTCGATACC---CAAGAAGGTA---AG--GGTTGTT-GTAGGCT-CG----GTT-----GTTTTCTC----GANCGCGATGGGCA-CGCCGAN-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATC---A-GCGAG-G-GTG---GCGTTACAATTG-GTT-G--AACTAG-ATGGNCC-CA--NGAAA-AGGAAATC-GTC-TAGA-TAATGT-AGAATG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGC-AAACTTT-TCCCAC-GTAGCGCAACTTA-TGGATGC-NCCAA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTA---C---C--TTGAAA-T-TTGAAGCCG-AGCANGTCGAAG----TC---A-GATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCG-------GAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-C-----TA-G-TAG-G-GTTNCC-TGA-CCTAA---A--G-ANCTT-----A----T-CA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTGGGTC--NATGAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA----TGA--TGGA-TA--A--G---CCT-ANAGTC-CC--N--TCCTTTTTAGGNACAAGTCCTACT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGCAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTNNA---GCAACTGT-AGGATTTTTGGATATGC----TNTNAAGGTTATTGGCTTCCCTGAA-TCGCCT-TGGTCCTGCGTTAATGAAG-GCTGAAACC-NGACTNAAAACC--GTTG-TAATCTGA-AATTTCTGT
Reference ( gi|2 ) : GCATGAAGGAATGACAGAGACT-CCATT--AAAATT--AGCTAAAA---TTGTTTCCAAATGGTTAGGTCAGGCCTTA---ATG-CTGAGTTTGA--T----TCGAATTCGGTAGTGTGG----T-TGACGACCCCCATG-GTGGCATC-GATTAGCCGTC--T--AGATAAGCCCTCCCAGG-TG-CAAT--GACCCTGCAAGCGAAATTG-AGCA---TTCCGA--TAAGGGACTAAAA-TGACTAGA-GTG--TGGCTTTT--ATACT-GTCGAGAA---AAA--TTG-----A-----ATG---TGCTGTCT-GA-----TGGAATGT-ATT---T--T--TT-TTTTGTAGGTAG-TCGCATGACCATA--TT-GACC-G-TGTCAAACTCGATACC---CAGGAAGGTA---AG--GGTTGCT-GTAGGCT-CG----GTT-----GTTTTCTT----GAGCGCGATAGGCA-CGCCGAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAGTC---A-GCGAG-G-GTG---GCGTTACAATTG-GTTCG--AGTTAG-ATGGTCC-CA--TGAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGA-TAATGT-AAAATG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGC-AAACTTC-TCCCAT-GTAGCACAACTTA-TGGATGC-TCCGA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTA---T---T--TTGAAA-T-TTGAAGCCG-AGCAGATCGAAA----TC---A-GATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCA-------AAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTG-C-----TA-G-TAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----T-CA-T--GGC--GCAGCGTCATC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACT-G-CTGGGTC--TATGAAAT----G-ATATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA----TGA--TGGA-TA--A--G---CCT-AAAGTC-CC--C--TCCTTTTTAGGTACAAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATTTTT-GATATGC----TATGAAGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCT-TGGTCCT-TG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGT
gi|7 : AGAGATGACAGA-ATTGCCATTGTAAGATTGTAG--AAAG---TTGCT-CCAGACGGCAAGGTCTGATTTTA----TG-TT---TTTGG--TAACCCCGA-TTCGGTGATGAGG----CCTAGTGATGCCGATA-GTTGAATT-GATGAGACGACGGC--AAA-AAGCTCGTCCGTG-GG-CAAT--GACCTTACAAGCAACGTTG-AGTA---GTCCAA--TGAGCGACTGCAT-TTCCCGAA-GTG--TGACCTTT--TTGGT-G-CTACAA---AAA--T-------A-----ATG---TA--G--T-GA------GGACTTTAATTGGCT--TAATT-TTTTGTTGGGAG-TTGCATGGTTATA--TT-AATG-G-TATCCAATTCAATACC---TAAAAAAGTG---AG--AA----T-GTGGG-T-CG----GCTCCACAGTTTTTTC----ATGCGCAATGGGGA-CACCGAG-ATCAGCACATATGGATTTG---AAAACCTGAA-GGGAGTA-GTG---A-GTGACCA--G-A---G--AACCAG-GTGGGCCACA--AAACA-AAAAAATC-ATC-CAAA-TAGTG----AATG-----------
gi|3 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatACAGAAACA-CCGTT--GTAGTTG-AGCAAGAAAGCTTG---CCAGACAAAGAGGTCGAGCATTATATATGTCT---TTTGAAAC----CCTAATGCGTTAGTGAGGCTTTT-TGATG---CCAATG-GTAGCGTT-GATCAGTCGCC--TGCAGA-AGGCTCTGCCAGGAGG-CACT---ACTTTGCAAGCAAAGTTA-AGAA---GACCTA--TAAGGGATTGCAG-CTCCTGGA-GAG--TTATCTT------CT-TT---GAATCCAAA--GTG-----ACCCAAATGACTTGCTGT-------------AATTT-GAT---TAGT--TT-TTTAACCGATAA-TGAGATCGTCATAGCCT-GA---G-TATCGAATAGAATGCC---TAAAAAGACA---AG--AGTTGTG-GTAGGTT-CGACCGGTT------TTTTCT------ACTGCTATGAACA-CCCCTAA-ATCCTCACACAGGGACCTAATTA----C---ATGCAAA-TTGTGACCGCATTGC----G-GT--G--AGCTAGCAGGGCCA-CA---AAAA-AGAAAATC-ATC-AAGA-TAATGC-ATGATGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG-------TTAA--AC--AGTG--T-----AAAAATGAAGC-AAATCTT-TCCCATAGT-GAACAACTAA-TATATGA-CCCAA-AGGACAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATAATTG---T---C--TTGAAA-T-TTGAATCCA-AGCAAGTCGAAG----TC---A-GCTGGG--A-A--A--ATGGG-TAGT--AACCT-------AAATGCAGATTTGATATCTGACTTGA-C-----TA-A-TAGTG-AATACT-TTC-CCGAA---AGGG-AA--------A----T-CA-T---ACTAGCAGCTTGGTC-AATACTGGAATAGGTAACTGAACAG--------GTCCTA-------GGGTC--GATAAAA-------GTGT--T-GG---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGAAAGA----TGG--TGTA-TA--A--GGCACAT-ATCGCCATC--T--TTTTTTTTAGGAACAAGGCCCAAG--GGGGACA--CTTGT-AG-ATTA-ACGA-GG-GGTGGAATTTTAAATG---G-TCCAGCAACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC-AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGT-TTTATGC----TTTTGAGATT-GTGGGATTCCCGAG-TCCCCCGTGGTCCTAAA-TATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--ata
gi|1 : AGTGAGGCTTTT-TGACG---CCCATGTGTAGCATTTGATCAGC-GTC--TGCAGA-AGGCGCGCCT--G-TGTCAACTCGAC------ATCGAAATTTTAATA---CGCCAAGTTAAG--ATTGCAT-TTGTTGCA-ATG--TGGCTTTT---TAGC-ATGAAGGC---GGC--TTG-----A------TG---CGTTCTCG-CAATTTTTGGAAAGT-------------TT-TTCAGTGGG-AG-AGACATG-TCATA--GT-AATA-G-TATTAGAA-CGGTACG---CAAGAAA-TATTTAGATGGT-G---GTCGGCTACA----GTT-----TTTTTTTC----GTCCGCAATAGGGA-CCCCTAA-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAAAAATC---T-TTAAG-G-GTG---TTGGTGC-ATTGTGCT-G--AA-TGG-GTGGGCC-AA--ACAAATAGGAAATCAATC-TA-A-T-ATGA-AGAATG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC-------AACTTT-TCCCAC-AATGCACAACTTATTTGAAGC-TCAAATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGC---C--TTGAAA-T-TGAAAACC----CATGT----G----TC---T-GATATATCG-CCGG--ATGAATTGGAATAGGC--------GAAAGCCGACTTGATGTCa
gi|4 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtattttgatgacgagaacaccattgtaggtagaagaaaagatgtcaaaccaaaagatcggacttcatgtcgaactgacacctattttataCCATG-GTGGCATC-GATTAGCCGTC--T--AGATAAGCCCTCCCAGG-TG-CA-T--GACCCTGCAAGCGAAATTG-AGCAATTTTCCGA--TAAGG-ACTAAAAATGACTAGA-GTGGTTGGCTTTT--ATACT-GTCGAGAA---AAAAATTG-----A-----ATG---TGCTGTCTTGA-----TGGAATGT-ATT---T--T--TT-TTTTGTAGGTAG--CGCATGACCATA--TTTGACC-GGTGTCAAACTCGATACC---CAGGAAGGTA---AG--GGTTGCT-GTAGGCT-CG----GTT-----GTTTTCTT----GAGCGCGATAGGCA-CGCCGATTATCGGCACA----GATT-GTTTAAAGTC---A-GCGAG-G--TG---GCGTTACA-TTG-GTTCGGCAGTTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGG-TGCGC-ACCTGTC-TTAATGA-CCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCAT-GTAGC-CAACTTA-TGGATGC-TCCGA-AATGTAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTA---TTTCT--TTGAAATT-TTGAAGCCG-AGCAGATCGAAA----TC---A-GA-ATG--GCC--A--ATGGG-TAGA--AGGCA-------AAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCC-----TA-G-TAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA---A--A-ACTTT-----AT---T-CATT--GGC--GCAGCGTCATC--ATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACTGG-CTGGGTCTGTATGAAAT----G-ATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGAGAAA----TGA--TGGA-TA--A--G---CCTAAAAGTC-CC--CGGTCCTTTTTAGGTACAAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAAT--TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTC-TTTTGGA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATTTTTGGATATGC----TATGAAGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCT-TTGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--gatagcaagcagcatccctccctaagtagtcttatgaaatttgtgactgtcgacacctgaaatttgaacagtgcaggttaggcgtcaaaaaatcgttgataaatttccaatggtaggattaagtggtgaatgaggcgcatatctcccccttttagaactaagctattgggcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|10 : TT-GATCAGTCGCC--TGCAGA-AGGATCTGCCAGG-AG-CCAC--TACTTTGCAAGCAAAGTTA-AGAA---GACCTA--TAAGGGATTGCAG-CTCCTGGA-GAT--CGAGTTAT--CTTCT-TTGAACAC---AAA--GTGACCCAA-----ATG----GCT---T-GC-----TGTAATTT-GAT---TAGT--TT-TTCAGCAGGTAA-TGACATAGTCATAGCCT-GA---G-TATCGAATAGAATGCC---CAAAAAGACA---AG--AGTTGTG-GTAGGTT-CG----ACC-----GTTTTTTC----TACTGCTATGGGCA-CCCC
gi|19 : g--AGAAATGTTCTACTAGG-TG-GTAC--AACCGAGCAGGCAAAATTG-AACA---GTCCAA--TAAGGGACTtaatttttatcctcacacagggacctaaaaatatg
gi|11 : acgatagtgatacggtttttgaatgcccttagtaaggtcaataattcaaagaAGGCCCTCCCAGG-CG-CAAT--GACCCTGCGTGCGAAATTG-AGCA---TTCCAA--TGAGTGACTGAAG-TGACTTGAGGTG--TGGCTTTTTGTTACTGGTGGAGAA---AAT--TTG-----A-----ATG---TGCTGTCT-GA-----GGGGAC----TT---T--TAATTATTCTGTAGGTAGTTCGCATGAACATA--TTGGACCGG-TGTAAAGCTCGATACCGATTAGGAAGGTA---GA--GTTTGTTAGTA-GCT-GG----TTT-----GTTTTTTTTCGGGAACG-GAT-GGCAGCGCTGAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATC---gtaacccatgcagagt
gi|14 : gaTT-----TTTTTCGG----GAACG-GAT-GGCAGCGCTGAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATC---A-GCTAG-G-GTG---GCTTTATA-TTG-GTTTG--AATGAG-ATGGCCC-CA--TGAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGG-TAATGT-AGAATG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGT-AATCTTA-TCCCAT-GTAGCGCAACTTA-TGGATGC-ACCAA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|8 : TGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGC-AAAATTTGTCCCACAGT-GAACAACTGA-TGGAGGAATCCAA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-C---C--TTGGAA-T-TTAAAACCG-ATTAT-TTGAAAGTTTTC---AAGGTTTA--G-T--AGGATGGG--------GACA-------GAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTG-C-----AA-GGTAA-ACACAACCGTGG-CCCAG---G--GCAGCAT-----AAATTT-C--T--GGC--TT-GCATAGTC-AATG------TCAATAC-TGAACAG--------AACAAAAC-G-AGGGGTC--AATAAAAT----C-ATCAAAT-AGATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGACAAA----TAA--TGAA-TA--AT-G---CAC-ATA-TC-TC--A--TTCTTTTTAGG
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggtCTTA-TCCCAT-GTAGCGCAACTTA-TGGATGC-ACCAA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATATTT----------------------GAAGCCG-AGCAGATCAAAA----TC---A-GAAATG--G-C--A--ATATT-AATA--AGGCG-------AAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTC-C-----TA-A-TAG-G-GTTGCC-GGA-CCTAATTAAT-G-AAGTT-----A----T-CA-T--GGCA-GCAGCGTCATC-GATA----GATGCATA--CAAAAAGGCGAAGTTAAAATTGT-G-ATGG---------AAAT----G-A-ATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA----TGA--TGGA-TA--A--G---CCT-AAAGTC-CC--CG-TCCTTTTTAGGTACAAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATTTTTGGATATGC----TATGAAGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCT-TGGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--ggctaagcctgtagcagacacttgggagattgacaaaggcaaatattttgaaagg
gi|6 : atCCAA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTG---G---TCGTT---A-TGTTAATACCGGAGTAAGTCGAAG----TCCCCG-GGTA----A-C--A---TGGG-TAGT--GAGCG-------GAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTG-C-----TA-A-CAA-T-GCCCCT-TGA-CCT----------AGCTTTTGACA----T-CA-TGAGAT--ACAGCTTCGTCTAACATT--ACTCTATAA-TGAACCG--------AGCAGATA-T-CTGGGTC-------AAT----A-AAGTAAT-TG-ACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGACAGA----TGA--TGAA-TC--A--G---GCG-ATGGTCACC--A--TCTTTTTTGGGAAC-GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAG-GGAAAG--AATGAACC-TCAAAAGGACC-TGCC---ATTCTACCCAGCAAAACTTCCATT---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG-TTCTA-AACATGTCGGATTTTAAATTG-TTGGCTTCTCTGTA-TC-TCT-TGGCCCTGCG-TAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGT
gi|13 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagcttggaa-T-TTAAAGCCA-AGCAAACTAAAA----TC---C-----TG--A---------GGG-TTTAC-AGGCACGATCCTAAATGTAGATTTAATATCAG-TTTTA-CACATATATG-TA-----TTTTC-CG---CTAA---T--G-TTTTG-----A----TTCG-T--TGA--ATTGCGTGTTC-AATA----CCTGCAAAA-TGAAC--------------TGCT-G-CAGATTCA-TCTGACATCCCTGCAT-TAAC-AGAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGATAAA----TGA--TGAATTA--AACG---CC---AGGTT-CCAGG--TGCTTTTTAGGTACCAGCCCCActaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|16 : ACAG--------AACA-AAT-GTCTGGGTC--AATGTAAT----A-ATCT-AC-GGAGTCA-A----A-----G------TCT---G---ATAAGACAGAGTTGAGCTTGA-TATTA--G---TCG-AAATTC-CC--C--TCTTTCTT-GGCACAAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG--AGGTTGTGGTGAA---
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AAACTCGTAGTTTGCAAGGAGAAATCTTGACAAACAAGGAAGTCGGTGCTCATGTCTTTTTAAAACCTCACCGGTGGTGGATTTGTTGATAACCGAGTGGGAGCGTTGATGCGGGCACCCGCCTACAGAAGTTCTGCAAGAGCCACAGCCTGCAAGCAAAGTAAGAAGAACTCTGAGGATTTGGTCTAGCCCTGAGCGTTCCGTCTTGACCTCACTAGTGCACGAATTCGCTTCCTGTAATTGATTCCACTTTTATCCTGAAAGTATTGAATGGCTCATAGGCCCGGGTAGATCGAAAGATTCTAAGAGGACAGAGTTGTAGTAGGTCGACCGTTTTTTCAACCAGCTATGGGCAGGTCCCTAATCGTGACTAAAAATACGCGTAAAATACACGGAGTTATGTGCGCATATGAACATCGGCCTGCACATAAAGAGCTACATGTATAATTATGAGTCTGGTATATGTAAACATTAATGGGGTAAGGGGGGACAGATTAGCCAGTGAAAAACGAAGCAAATGTTCCAAGGAACAACTCTAGAGAATCCGAGGCAACATGTGTCAAAGTAAATGTCTAGAATCTGTAAACAGCAAAGCGAATTCAGTTGTGAAATCGGTAATCAGGTCCAAAATATAATTCTTCCGAAAGGGAAATCATATCGCGTTGTCAATCTGGAACATCGTAACAGAAAAAGCTAGGTCATAAAGGCTGTTGACCGAGATTTTCAGGCGAGAGAAAGTGGTATAGTGCATATTGCTATTATTTGGTGAAACAAGCAAAGGGAAACTTGTAAAATTAACAAGGAGGTGGACTTTAAATGGTAATATGAGCATGACTTCATTGCTGTTTTCCACTATCTCTTGAAATGTTGTTTTTTAGATGCTTTTTAGGATTATATCGCATTCCCGGAAGCTCCCTGACCTAAATTTT
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|17 ): GAGACCCTAATGTTTAAAAACTCTGCTTCTGATCACCTACCGTAGCATCTACGGATGAAGGCTCGACCGGAGGCCACAACTTGACAGGCGAAGTTAAACGACCCGGTTAAAGCGATTGTAATTTCGCGAAGTGTGATTTTCT
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|20 ): AACGGTAATTCAATTTCCAAGGAAGAAAACTAAATTTGTGGTGGGGCCTAAGTTTTTTCATGCGCAGGGGGACACCTAATTCCTGCACAAGGATCTCAAA
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA
Alignments
lowQualScore : 22 5555555555555555555555555555 1111 7777777777777777777777777 111 1111 111 11111 11111111 111111111 11 222222222222222222222 2222222222222 222222 555555555555 11 11111 1111111 3333 11111 1111 444444444444 1111 33333333333 1111 111111111 111 11 3333333 11111111 1111111111 1111111 111 44444444444444444444444 11 2222 2222222222222222222 11111111111 3333333333333333333 11111111 1 1111 1111 222 222 22 111 222 11 1 1111 4444 11 2 222222
lowQualScore : 3 88 2 8888888888888888888888888888 0000 1 8 1 3 2222222222222222222222222 222 1 1 5555 3 3 0 888 1 5 5 0 5 22222 5 1 6 8 8888 11 1 3 55 33 4 0 44444444 3 55 55 9999 66666 4 1 4 4 66 777 333333333 3 11 555555555555555555555 9999 2222222222222 66 888888 2 1 0 9999 1 5 444444444444 66 5 22 0 888 888 88 6 5 77777 2 4444444 1 4 33 0 8 1 66 1 2222 1 44444 3333 6 2 1 111111111111 6 6 6 1 6 5555 6 6 6 1 6 1 6 11111111111 55 888 2222 1 999999999 1 5 66 99 777 5 3 66 5 5 0 5 44 3 0 66 7777777 1 0 5 5 0 5 11 0 44444444 1 1 9999999999 0000000 7 6 6 000 0 1 6 6 88888888888888888888888 6 99 55 11 55 0000 77 0 3333333333333333333 66 999 66 88888888888 5 6666666666666666666 888 1 1 66 66 5 66 5 00000000 33 0 9999 1 55 8 3333 111 0 5 55 5 3 777 5 8 5 11 0 444 22 222 88 3 11 3 7777 1 1 6 0 8 5 8 1111 8 0 99 1 11 0 222222
lowQualScore : . .. . ............................ .... . . . . ......................... ... . . .... . . . ... . . . . . ..... . . . . .... .. . . .. .. . . ........ . .. .. .... ..... . . . . .. ... ......... . .. ..................... .... ............. .. ...... . . . .... . . ............ .. . .. . ... ... .. . . ..... . ....... . . .. . . . .. . .... . ..... .... . . . ............ . . . . . .... . . . . . . . ........... .. ... .... . ......... . . .. .. ... . . .. . . . . .. . . .. ....... . . . . . . .. . ........ . . .......... ....... . . . ... . . . . ....................... . .. .. .. .. .... .. . ................... .. ... .. ........... . ................... ... . . .. .. . .. . ........ .. . .... . .. . .... ... . . .. . . ... . . . .. . ... .. ... .. . .. . .... . . . . . . . .... . . .. . .. . ......
lowQualScore : 2 55 0 0000000000000000000000000000 6666 0 0 0 8 6666666666666666666666666 666 0 0 2222 7 3 7 333 0 7 7 7 0 55555 4 1 5 0 5555 77 0 2 55 66 0 7 88888888 1 55 55 3333 88888 4 9 4 4 11 888 111111111 6 44 111111111111111111111 6666 5555555555555 55 111111 8 0 1 0000 4 0 444444444444 99 0 44 9 888 888 22 5 0 55555 4 7777777 0 4 00 9 9 4 77 0 1111 7 33333 5555 7 5 0 555555555555 7 3 7 0 7 3333 7 7 7 0 7 8 7 77777777777 88 888 8888 0 333333333 0 7 33 33 444 0 4 00 0 0 9 0 44 2 4 99 3333333 7 7 7 7 4 7 44 7 44444444 7 4 9999999999 9999999 6 7 7 222 3 0 7 7 55555555555555555555555 7 22 88 11 99 0000 11 1 0000000000000000000 99 666 99 44444444444 0 4444444444444444444 888 0 0 99 99 0 99 0 99999999 00 0 8888 0 11 1 4444 666 1 7 99 4 2 555 0 0 0 44 8 000 00 000 88 8 00 2 0000 0 0 8 8 0 0 0 4444 0 6 00 0 00 0 000000
consensus : NNNNNNAGGGATGACAGAAACN-CCATTGTAAGGTTG-AGN-AAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GCTTTAT-TATGTCT---TTTGAAAC--ACCCCGAATTCGGTAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA-TG-GTAGCG-TCGAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCNA--CGACCTTGCAAGCGAAG-TTGAGCAG---T---CCGA--T--AAGGGACTG---CAG-TTNC-TGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTG-----TCT-G--ATGGAATTTATTT-G----TTTTTCNGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---GT--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGGTA---AGGGTTGTN-GTAGGCT-CGGCC-----GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCCGAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTA-----AAATC---AGCGAG-GGTGGCGTTAC-ATTG-G-TT--G-AGTTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTTGAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGC----TATGAAGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCT-TGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
Reference ( family-464 ) : NNNNNNAGAGATGACAGAAACNGCCGTTGTGNGGTTGTAGC-AAGAGAGCTTGCT-CCAGACGGCGAGGTCNG-GCNTTATATATGTCT---TTTGGAAC-AACCCCNAATNCGNTAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCNA-TG-GTAGCA-TTGAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCAA--CGACCTTGCAAGCGAAG-TTGAGCAG---T---CCAA--T--AAGGGACTG---CAG-TTNC-TGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTG-----TCT-G--ATGGAATTTGTTT------TTTTTCNGTNGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GAC----GT--ATC-GAATTCGATACC---CAAGAAGGTA---AGGGTTGTT-GTAGGCT-CGGTT-----GTTTTCTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCCGAN-ATCNGCACA----GATTTGTTTA-----AAATC---AGCGAG-GGTGGCGTTACAATTG-G-TT--G-AACTAG-ATGGNCC-CAN--GAAA-AGGAAATC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTA---CCTTGAAAT-TT-GAAGCCG-AGCANGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTNCC-TGA-CCTAA---A--G-ANCTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTACT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGCAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTNNA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGC----TNTNAAGGTTATTGGCTTCCCTGAA-TCGCCT-TGGTCCTGCGTTAATGAAG-GCTGAAACC-NGACTNAAAACC--GTTG-TAATCTGA-AATTTCTGT
gi|1 : GATGACGAGAACA-CCATTGT-AGGTAGAAG--AAAAGA---TGT---CAAACCAAAAGATCGG-ACTTCAT----GTC--------GAACTGACACCTATTTTATAAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA-TGTGTAGCATTTGAT-----CAG-CGTCTGCAGA-AG----GCGC-GCCTGTGTCAACTCGAC------ATCGAAATTTTAATAC---G---CCAAGTT--AA--GATTG---CAT-TTGT-TGCA-A-TG--T---GGCTT---T---T-TAGC-ATGA----AGGCGGC--TTG------ATG---CGTTC-----TC-------GCAATT--TTTGGAAAGTTTTTCAGTGGG-AG-AGACAT-G-TCATA--GT-AATA---GT--ATTAGAA--CGGTACG---CAAGAA-ATATTTA-GATGGTG-GTCGGCTACAGTT-----TTTTTTTC----G--TCC-GCAATAGGGA-CCCCTAA-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAA-----AAATC---TTTAAG-GGTGTTGGTGC-ATTGTG-CT--G-AA-TGG-GTGGGCC-AAA--CAAATAGGAAATCAATC-TA-AT--ATGAAGAA-TG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC------AA-CTTT-TCCCACAATGCA--CAACTTATTTGAAGCT-CA-AATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGCCTTGAAAT-TG-AAAACC----CATGT----GT---C----TGATATATCG-CCGG--ATGAATTGGAATAGGC-GAAAGCCGACTTGATGTC
gi|10 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtatttt-TTGAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GATCTGCCAGGAGCCA--CTACTTTGCAAGCAAAG-TTAAGAAG---A---CCTA--T--AAGGGATTG---CAG-CTCC-TGGA-GATC--G---AGTTA---T---C-TTCT-TTGA----ACACAAA--GTGACCCAAATG----GCT--------T-G--CTGTAATTTGATTAG----TTTTTCAGCAGGTAA-TGACATAG-TCATAGCCT-GA-----GT--ATC-GAATAGAATGCC---CAAAAAGACA---AGAGTTGTG-GTAGGTT-CGACC-----GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGGGCA-CCCCgatagcaagcagcatccctccctaagtagtcttatgaaatttgtgactgtcgacacctgaaatttgaacagtgcaggttaggcgtcaaaaaatcgttgataaatttccaatggtaggattaagtggtgaatgaggcgcatatctcccccttttagaactaagctattgggcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|11 : gGA-AG----GCCCTCCCAGGCGCAA--TGACCCTGCGTGCGAAA-TTGAGCAT---T---CCAA--T--GAGTGACTG---AAG-TGAC-TTGAGG-TG--T---GGCTT---TTTGT-TACTGGTGG----AGAAAAT--TTG-----AATG---TGCTG-----TCT-G--AGGGGACTTTTAA------TTATTCTGTAGGTAGTTCGCATGA-ACATA--TTGGACCG--GT--GTA-AAGCTCGATACCGATTAGGAAGGTA---GAGTTTGTTAGTA-GCT-GGTTT-----GTTTTTTTTCGGG--AAC-G-GAT-GGCAGCGCTGAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTA-----AAATC---taatttttatcctcacacagggacctaaaaatatg
gi|13 : GCGTGTTC-AATA----CCTGCAAAA-TGAAC-----------------T-G-CTGCAGATT--CATCTGACATCCCTGCAT-TAAC-AGAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGATAAA--TGA--TGAATTA--A-A---CGCC-AG-GTT-CCAGG-TGCTTTTTAGGTAC-CAGCCCCA
gi|14 : tttaaagccaagcaaactaaaatcctgagggtttacaggcacgatcctaaatgtagatttaatatcagttttacacatatatgtattttccgctaatgttttgattcgttgaattTTTTTTC----GGGAAC-G-GATGG-CAGCGCTGAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTA-----AAATC---AGCTAG-GGTGGCTTTAT-ATTG-GTTT--G-AATGAG-ATGGCCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGGT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGTAAT-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|16 : tACAG--------AACA-AAT-GTCTG--GGTC--AAT--GTAAT----A-ATCT-AC-GGAGTCA-A----A-----G------TCT----GATAAGACAGAGTTGAGCTTGA-TATTA-G---T-CG-AAATTC-CC--C-TCTTTCTT-GGCAC-AAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG--AGGTTGTGGTGAA---
gi|17 : taccgcttacctcatacttatattGA-AG----GCTCGACCGGAGGCCA--CAACTTGACAGGCGAAG-TTAAACGA---C---CCGG--TTAAAGCGATTG---TAA-TTTCGCGAA-G-TG--T---GATTT---T---C-Ta
gi|19 : gagaccctaatgtttaaaaactctgcttctgatcacctaccgtagcatctacggatCGATAGTGATACGGTTTTTGAATG---CCCT-TA-GTAA-----GGT-----CAATAATTCAAAGA-AGAAATGTTCTACTAGGTGGTA--CAACCGAGCAGGCAAAA-TTGAACAG---T---CCAA--T--AAGGGACTG---TA
gi|2 : aAGGAATGACAGAGACT-CCATTA--AAATT--AGCTAAAA----TTGTTTCCAAATGGTTAGGTCAG-GCCTTA---ATG-CTGAGTTTGA-------TTCGAATTCGGTAGTGT---GG----TTGACGACCCCCA-TG-GTGGCA-TCGAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCAA--TGACCCTGCAAGCGAAA-TTGAGCAT---T---CCGA--T--AAGGGACTA---AAA-TGAC-TAGA-G-TG--T---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTG-----TCT-G--ATGGAATGTATTT------TTTTTTTGTAGGTAG-TCGCATGA-CCATA--TT-GACC---GT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGGTA---AGGGTTGCT-GTAGGCT-CGGTT-----GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCCGAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTA-----AAGTC---AGCGAG-GGTGGCGTTACAATTG-G-TTC-G-AGTTAG-ATGGTCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAAAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTC-TCCCATGTAGCA--CAACTTA-TGGATGCT-CC-GA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTA---TTTTGAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCATC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACT-G-CTG--GGTC--TAT--GAAAT----G-ATATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--C-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTT-GATATGC----TATGAAGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCT-TGGTCCT-TG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGTacccatgcagagt
gi|3 : gcatgaACAGAAACA-CCGTTGTA--GTTG-AGC-AAGAAAGCTTGC---CAGACAAAGAGGTCGA-GCATTATATATGTCT---TTTGAAAC-----CCTAATGCGTTAGTGA---GGCTTTTTGATG---CCAA-TG-GTAGCG-TTGAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GCTCTGCCAGGAGGCA--CTACTTTGCAAGCAAAG-TTAAGAAG---A---CCTA--T--AAGGGATTG---CAG-CTCC-TGGA-G-AG--T------TA---T---C-TTCT-TTGA----ATCCAAA--GTGACCCAAATGACTTGCTG-----T----------AATTTGATTAG----TTTTTTAACCGATAA-TGAGATCG-TCATAGCCT-GA-----GT--ATC-GAATAGAATGCC---TAAAAAGACA---AGAGTTGTG-GTAGGTT-CGACCG----GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGAACA-CCCCTAA-ATCCTCACACAGGGACCTAATTACATGCAAATT----GTGA----CCGCATTGC----G-G--T--G-AGCTAGCAGGGCCA-CAA---AAA-AGAAAATC-ATC-AAGAT-AATGCATGA-TGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG-------TTAA--A--CAGTG--T-----AAAAATGAAGCAAA-TCTT-TCCCA--TAGTGAACAACTAA-TATATGAC-CC-AA-AGGACAA-CA--TTTTATCAAAG--TAATAATTG---TCTTGAAAT-TT-GAATCCA-AGCAAGTCGAAGT---C----AGCTGGG--A-A--A--ATGGG-TAGT--AACCTAAATGCAGATTTGATATCTGACTTGA-CTA-ATAGTG-AATACT-TTC-CCGAA---AGGG-AA--------A----TCA-T---ACTAGCAGCTTGGTC-AATACTGGAATAGGTAACTGAACAG--------GTCCTA-------G--GGTC--GAT--AAAA-------GTGT--T-GG---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGAAAGA--TGG--TGTA-TA--A-GGCAC-AT-ATCGCCATC--T-TTTTTTTTAGGAAC-AAGGCCCAA---GGGGGACA-CTTGT-AG-ATTA-ACGA-GG-GGTGGAATTTTAAATG---G-TCCAGCAACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC-AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGTTT---TATGC----TTTTGAGATTGTGGGATTCCC-GAG-TCCCCCGTGGTCCTAAA-TATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--
gi|4 : CCA-TG-GTGGCA-TCGAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCA---TGACCCTGCAAGCGAAA-TTGAGCAA---TTTTCCGA--T--AAGG-ACTA---AAAATGAC-TAGA-G-TGGTT---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAAAATTG-----AATG---TGCTG-----TCTTG--ATGGAATGTATTT------TTTTTTTGTAGGTAG--CGCATGA-CCATA--TTTGACCG--GT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGGTA---AGGGTTGCT-GTAGGCT-CGGTT-----GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCCGATTATCGGCACA----GATT-GTTTA-----AAGTC---AGCGAG-G-TGGCGTTACA-TTG-G-TTCGGCAGTTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGGT-GCGC-ACCTGTCTT-AATGACC-AGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCATGTAGC---CAACTTA-TGGATGCT-CCGAA-ATG-TAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTATTTCTTTGAAAT-TTTGAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGA-ATG--GCC--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCCTA-GTAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA---A--A-ACTTT-----AT---TCATT--GGC--GCAGCGTCATC--ATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACTGG-CTG--GGTCTGTAT--GAAAT----G-ATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CTAAAAGTC-CCCGG-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAAT--TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTT-GGA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGC----TATGAAGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCT-TTGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--a
gi|5 : TTGCAAG-GAGAAATCTTGA---CAAACAAGGAAGTCGGTGCTC-----ATGTCT---TTTTAAA---ACCTCA---CCGGTGGTG----GATTTGTTGATAA--CCGAGTG-GGAGCG-TTGATGCGGGCACCCGCCTACAGA-AG-----TTCTGC-AAGAGCCA--CAGCCT-GCAAGCAAAG--TAAGAAGAACT---C-----T--GAGGATTTGGTCTAG--CCC-T-GA-G-CG--TTCCGTCTTGACC---T-CACTAGTGC----A---------CG-----AATT---CGCTT-----CCT-GTAATTGATTCCACTT------TTATCCTGAAAGTA--TTGAATGGCTCATA-----GGCCCGGGTAGATC-GAA--AGAT-TC---TAAGAGGAC----AGAGTTGTA-GTAGG-T-CGACC-----GTTTTTTC----A--ACCAGCTATGGGCA-
gi|6 : aaactcgtagt-TGGA---A-CC-AA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTGGT-CGTT---ATGTT-AATACCGGAGTAAGTCGAAGTCCCC----GGGTA----A-C-----ATGGG-TAGT--GAGCGGAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTG-CTA-ACAA-T-GCCCCT-TGA-CCT----------AGCTTTTGACA----TCA-TGAGAT--ACAGCTTCGTCTAACATT--ACTCTATAA-TGAACCG--------AGCAGATA-T-CTG--GGTC--AAT--AAAGT----A-ATT-------GACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGACAGA--TGA--TGAA-TC--A-G---G-CG-ATGGTCACC--A-TCTTTTTTGGGAAC--GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAG-GGAAAG--AATGAACC-TCAAAAGGACC-TGCC---ATTCTACCCAGCAAAACTTCCATT---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG--T--TCTAAACATGTCGGATTTTAA-ATTGTTGGCTTCTCTGTA-TC-TCT-TGGCCCTGCG-TAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGTggtccctaatcgtgactaaaaatacgcgtaaaatacacggagttatgtgcgcatatgaacatcggcctgcacataaagagctacatgtataattatgagtctggtatatgtaaacattaatggggtaaggggggacagattagccagtgaaaaacgaagcaaatgttccaaggaacaactctagagaatccgaggcaacatgtgtcaaagtaaatgtctagaatctgtaaacagcaaagcgaattcagttgtgaaatcggtaatcaggtccaaaatataattcttccgaaagggaaatcatatcgcgttgtcaatctggaacatcgtaacagaaaaagctaggtcataaaggctgttgaccgagattttcaggcgagagaaagtggtatagtgcatattgctattatttggtgaaacaagcaaagggaaacttgtaaaattaacaaggaggtggactttaaatggtaatatgagcatgacttcattgctgttttccactatctcttgaaatgttgttttttagatgctttttaggattatatcgcattcccggaagctccctgacctaaatttt
gi|7 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagctAGAGATGACAGAA-TTGCCATTGTAAGATTGTAGA-AAG-----TTGCT-CCAGACGGCAAGGTCTG-ATTTTATGT-----T---TTTGG--T-AACCCCGA-TTCGGTGATGA---GGCCTAGTGATG---CCGA-TA-GTTGAA-TTGAT-----GAGACGACGGCAAA-AA----GCTCGTCCGTGGGCAA--TGACCTTACAAGCAACG-TTGAGTAG---T---CCAA--T--GAGCGACTG---CAT-TTCC-CGAA-G-TG--T---GACCT---T---T-T-----TGGTGCTACAAAAA--T-------AATG---TAGTGAGGACTTT-A--ATTGGCTTAATTT------TTT----GTTGGGAG-TTGCATGG-TTATA--TT-AATG---GT--ATC-CAATTCAATACC---TAAAAAAGTG---AGAA----T-GTGGG-T-CGGCTCCACAGTTTTTTC----A--TGC-GCAATGGGGA-CACCGAG-ATCAGCACATATGGATTTG---A-----AAACCTGAAGGGAGTAGTGA-GTGACCA--G-A-----G-AACCAG-GTGGGCCACAA--AACA-AAAAAATC-ATC-CAAAT-AGT---GAA-TG-----------ctaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|8 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatTGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGCAAA-ATTTGTCCCAC--AGTGAACAACTGA-TGGAGGAATCC-AA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-CCTTGGAAT-TT-AAAACCG-ATTATTTGAAAGT---TTTCAAGGTTTA--G-T--AGGATGGG--------GACAGAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTG-CAAGGTAA-ACACAACCGTGG-CCCAG---G--GCAGCAT-----AAATTTC--T--GGC--TT-GCATAGTC-AAT------GTCAATAC-TGAACAG--------AACAAAAC-G-AGG--GGTC--AAT--AAAAT----C-ATCAAAT-AGATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGACAAA--TAA--TGAA-TA--ATG---C-AC-ATA-TC-TC--A-TTCTTTTTAGGGGCTAAG-CCTG-T--AGCAGACA-CTTGGGAG-ATTG-ACAAAGGata
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggt-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATA---------------T-TT-GAAGCCG-AGCAGATCAAAAT---C----AGAAATG--G-C--A--ATATT-AATA--AGGCGAAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTC-CTA-ATAG-G-GTTGCC-GGA-CCTAATTAAT-G-AAGTT-----A----TCA-T--GGCA-GCAGCGTCATC-GATA----GATGCATA--CAAAAAGGCGAAGTTAAAATTGT-G-ATG--G-----------AAAT----G-A-ATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--CGTCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGC----TATGAAGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCT-TGGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--caaatattttgaaagg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|20 ): AACGGTAATTCAATTTCCAAGGAAGAAAACTAAATTTGTGGTGGGGCCTAAGTTTTTTCATGCGCAGGGGGACACCTAATTCCTGCACAAGGATCTCAAA
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444 6666666666666666666666666666666 1111 111 111111 1111111 111111111 11 222222222222222222222 2222222222 33333333333 333333333333 111 1111111 3333 11111 1 222222 111 33333333333 1111 111111111 111 11 22222222 11111111 1111111111 1111111 111 44444444444444444444444 11 2222 2222222222222222222 11111111111 3333333333333333333 11111111 1 1111 111 222 22 111 222 11 1 1111 2222 11 1 222 1
lowQualScore : 1 9999999999999999999999999 1 22 8 3 5555555555555555555555555555555 6 5555 3 3 0 111 77 5 5 222222 2 7 8 8888 1 1 4 777 5 0 1111111 55 777 2 55 99999 4 4 4 66 777 333333333 3 11 555555555555555555555 9999 1111111111 44444444444 888 1 0 9999 77 111111111111 5 66 5 111 0 888 2 888 1 5 66 0 5 1 66 4444444 1 4 33 0 8 1 77 3 2222 1 22222 3 33 6 6 999999 6 4 6 1 6 444 6 6 6 1 6 1 6 11111111111 55 888 2222 1 999999999 1 5 66 99 777 5 3 66 5 5 0 5 44 3 0 66 44444444 66 5 5 0 5 22 0 44444444 1 1 9999999999 0000000 7 6 6 000 0 6 6 77777777777777777777777 6 99 55 11 55 0000 77 0 3333333333333333333 66 999 66 88888888888 5 6666666666666666666 888 1 1 66 66 5 66 5 00000000 33 0 9999 1 55 8 2 99 777 6 88 3 3 777 5 8 5 11 0 444 1 222 88 3 11 3 0 7777 6 8 5 1111 8 0 99 11 5 111 5
lowQualScore : . ......................... . .. . . ............................... . .... . . . ... .. . . ...... . . . .... . . . ... . . ....... .. ... . .. ..... . . . .. ... ......... . .. ..................... .... .......... ........... ... . . .... .. ............ . .. . ... . ... . ... . . .. . . . .. ....... . . .. . . . .. . .... . ..... . .. . . ...... . . . . . ... . . . . . . . ........... .. ... .... . ......... . . .. .. ... . . .. . . . . .. . . .. ........ .. . . . . .. . ........ . . .......... ....... . . . ... . . . ....................... . .. .. .. .. .... .. . ................... .. ... .. ........... . ................... ... . . .. .. . .. . ........ .. . .... . .. . . .. ... . .. . . ... . . . .. . ... . ... .. . .. . . .... . . . .... . . .. .. . ... .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000 4 44 0 8 6666666666666666666666666666666 7 2222 7 3 7 777 99 7 0 888888 2 6 0 5555 0 0 9 000 8 7 7777777 55 000 3 33 44444 4 4 4 11 888 111111111 6 44 111111111111111111111 6666 4444444444 22222222222 888 0 1 0000 22 222222222222 0 99 0 444 9 888 2 888 4 0 00 2 0 1 11 7777777 0 4 00 9 9 4 66 0 1111 7 00000 3 55 7 7 222222 7 2 7 0 7 333 7 7 7 0 7 8 7 77777777777 88 888 8888 0 333333333 0 7 33 33 444 0 4 00 0 0 9 0 44 2 4 99 44444444 44 7 7 4 7 11 7 44444444 7 4 9999999999 9999999 6 7 7 222 3 7 7 55555555555555555555555 7 22 88 11 99 0000 11 1 0000000000000000000 99 666 99 44444444444 0 4444444444444444444 888 0 0 99 99 0 99 0 99999999 00 0 8888 0 11 1 3 22 555 7 33 5 2 555 0 0 0 44 8 000 4 000 88 8 00 2 8 0000 4 0 0 6666 0 6 00 00 5 000 5
consensus : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GCTTTAT--ATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGGTA---AGAGTTG-T-GGTAGGCT-CGGCC-GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCCGAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAATC---A-GCGAG-GGTGGCGTTA-CA-TTG-GTTC-G-AGTTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
Reference ( family-464 ) : NNNNNNAGGGATGACAGAAACNCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GCTTTAT-TATGTCT---TTTGAA---ACACCCCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCNA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-TGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCNGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGGTA---AGGGTTG-T-NGTAGGCT-CGGCC-GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCCGAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAATC---A-GCGAG-GGTGGCGTTA-CA-TTG-GTT--G-AGTTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
gi|1 : GATGACGAGAACACCATTGTA-GGTAG-AAGAAAAGA---TGT---CAAACCAAAAGATCGG-ACTTCAT----GTC-------GAACTGACACCT---ATTTTATAAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TGTGTAGCATTTGAT-----CAGC-GTCTGCAGA-AG----GCGCGCCT--GTGTCAACTCGACAT------CGAAATTT--TAA---T---ACGCC--AAGTTAAGATTGCAT-TT---GT-TGCA-A-TG--T---GGCTT---T---T-TAGC-ATGA----AGGCGGC--TTG-----A-TG---CGTTCTC-------GCAATTT---TTGGAAAGT---TTTTCAGTGGG-AG-AGACATG--TCATA--GT-AATA---G-T--ATTAGAAC--GGTACG---CAAGAAA-TATTTAGA-TGG-T-GGTCGGCTACAGTT-TTTTTTTC----G--TCC-GCAATAGGGA-CCCCTAA-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAAAAATC---T-TTAAG-GGTGTTGGTG-CA-TTGTGCT--G-AA-TGG-GTGGGCC-AAA--CAAATAGGAAATCAATC-TA-AT--ATGAAGAA-TG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC------AA-CTTT-TCCCACAATGCA--CAACTTATTTGAAGCT-CA-AATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGCCTT-GAAAT-TG-AAAACC----CATGT----GT---C----TGATATATCG-CCGG--ATGAATTGGAATAGGC-GAAAGCCGACTTGATGTC
gi|10 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtattttGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GATCTGCCAGGAGCCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-GATC--G---AGTTA---T---C-TTCT-TTGA----ACACAAA--GTGACCCAAATG----GCT---T-G--CTGTAATTTGATTAG-----T---TTTTCAGCAGGTAA-TGACATAG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---CAAAAAGACA---AGAGTTG-T-GGTAGGTT-CGACC-GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGGGCA-CCCCgatagcaagcagcatccctccctaagtagtcttatgaaatttgtgactgtcgacacctgaaatttgaacagtgcaggttaggcgtcaaaaaatcgttgataaatttccaatggtaggattaagtggtgaatgaggcgcatatctcccccttttagaactaagctattgggcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|11 : GA-AG----GCCCTCCCAGGCGCAA---TGACCCTGCGTGCGAAATTGAGCAT---T---CCAAT--GAG---TGACTGAAG-TG---AC-TTGAGG-TG--T---GGCTT---TTTGT-TACTGGTGG----AGAAAAT--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--AGGGGACTT--TTAA-----T---TATTCTGTAGGTAGTTCGCATGA-ACATA--TTGGACCG--G-T--GTA-AAGCTCGATACCGATTAGGAAGGTA---GAGTTTGTT-AGTA-GCT-GGTTT-GTTTTTTTTCGGG--AAC-G-GAT-GGCAGCGCTGAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATC---taatttttatcctcacacagggacctaaaaatatg
gi|13 : GCGTGTTC-AATA----CCTGCAAAA-TGAAC-----------------T-G-CTGCAGATT--CATCTGACATCCCTGCAT-TAAC-AGAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGATAAA--TGA--TGAATTA--A-A---CGCC-AG-GTT-CCAGG-TGCTTTTTAGGTAC-CAGCCCCA
gi|14 : tttaaagccaagcaaactaaaatcctgagggtttacaggcacgatcctaaatgtagatttaatatcagttttacacatatatgtattttccgctaatgttttgattcgttgaattTTTTTTC----GGGAAC-G-GATGG-CAGCGCTGAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATC---A-GCTAG-GGTGGCTTTA-TA-TTG-GTTT-G-AATGAG-ATGGCCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGGT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGTAAT-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|16 : tACAG--------AACA-AAT-GTCTG--GGTC--AAT--GTAAT----A-ATCT-AC-GGAGTCA-A----A-----G------TCT----GATAAGACAGAGTTGAGCTTGA-TATTA-G---T-CG-AAATTC-CC--C-TCTTTCTT-GGCAC-AAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG--AGGTTGTGGTGAA---
gi|17 : taccgcttacctcatacttatattGA-AG----GCTCGACCGGAGGCCA---CAACTTGACAGGCGAAGTTAAACGA---C---CCGGTTAAAG---CGATTGTAA-TT---TCGCGAA-G-TG--T---GATTT---T---C-Ta
gi|19 : gagaccctaatgtttaaaaactctgcttctgatcacctaccgtagcatctacggatCGATA-GTGATACGGTTTTTGAATG---CCCT--TA-GTAAGGTC-AAT-----AATTCAA----AGA-AGAAATGTTCTACTAGGTGGTA---CAACCGAGCAGGCAAAATTGAACAG---T---CCAAT--AAG---GGACTGTA
gi|2 : aAGGAATGACAGAGACTCCATT--AAAATT--AGCTAAAA---TTGTTTCCAAATGGTTAGGTCAG-GCCTTA---ATG-CTGAGTTTGA--------TTCGAATTCGGTA-GTGT---GG----TTGACGACCCCCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCAA---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAT---T---CCGAT--AAG---GGACTAAAA-TG---AC-TAGA-G-TG--T---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG-TCGCATGA-CCATA--TT-GACC---G-T--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGGTA---AGGGTTG-C-TGTAGGCT-CGGTT-GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCCGAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAGTC---A-GCGAG-GGTGGCGTTA-CAATTG-GTTC-G-AGTTAG-ATGGTCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAAAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTC-TCCCATGTAGCA--CAACTTA-TGGATGCT-CC-GA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTA---TTTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCATC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACT-G-CTG--GGTC--TAT--GAAAT----G-ATATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--C-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTT-GATATGCTATGA----AGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGTacccatgcagagt
gi|3 : gcatgaACAGAAACACCGTTGTA--GTTG-AGCAAGAAAGCTTGC---CAGACAAAGAGGTCGA-GCATTATATATGTCT---TTTGAA---AC---CCTAATGCGTTA-GTGA---GGCTTTTTGATG---CCAA--TG-GTAGCGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GCTCTGCCAGGAGGCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-G-AG--T------TA---T---C-TTCT-TTGA----ATCCAAA--GTGACCCAAATGACTTGCTGT----------AATTTGATTAG-----T---TTTTTAACCGATAA-TGAGATCG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---TAAAAAGACA---AGAGTTG-T-GGTAGGTT-CGACCGGTTTTTTC----T--ACT-GCTATGAACA-CCCCTAA-ATCCTCACACAGGGACCTAATTA----C---ATGCAAATTGTGAC--CG-CA-TTGCGGT--G-AGCTAGCAGGGCCA-CAA---AAA-AGAAAATC-ATC-AAGAT-AATGCATGA-TGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG-------TTAA--A--CAGTG--T-----AAAAATGAAGCAAA-TCTT-TCCCA--TAGTGAACAACTAA-TATATGAC-CC-AA-AGGACAA-CA--TTTTATCAAAG--TAATAATTG---TCTT-GAAAT-TT-GAATCCA-AGCAAGTCGAAGT---C----AGCTGGG--A-A--A--ATGGG-TAGT--AACCTAAATGCAGATTTGATATCTGACTTGA-CTA-ATAGTG-AATACT-TTC-CCGAA---AGGG-AA--------A----TCA-T---ACTAGCAGCTTGGTC-AATACTGGAATAGGTAACTGAACAG--------GTCCTA-------G--GGTC--GAT--AAAA-------GTGT--T-GG---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGAAAGA--TGG--TGTA-TA--A-GGCAC-AT-ATCGCCATC--T-TTTTTTTTAGGAAC-AAGGCCCA-A--GGGGGACA-CTTGT-AG-ATTA-ACGA-GG-GGTGGAATTTTAAATG---G-TCCAGCAACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC-AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGTTT---TATGCTTTTG----AGATTGTGGGATTCCCGAGT-CCCCCGTGGTCCT-AAATATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--
gi|4 : CCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGC-A---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAA---TTTTCCGAT--AAG---G-ACTAAAAATG---AC-TAGA-G-TGGTT---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAAAATTG-----AATG---TGCTGTCTTG--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG--CGCATGA-CCATA--TTTGACC---GGT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGGTA---AGGGTTG-C-TGTAGGCT-CGGTT-GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCCGATTATCGGCACA----GATT-GTTTAAAGTC---A-GCGAG-G-TGGCGTTA-CA-TTG-GTTCGGCAGTTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGGT-GCGC-ACCTGTCTT-AATGACC-AGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCATGTAGC---CAACTTA-TGGATGCT-CCGAA-ATG-TAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTATT-TCTTTGAAAT-TTTGAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGA-ATG--GCC--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCCTA-GTAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA---A--A-ACTTT-----AT---TCATT--GGC--GCAGCGTCATC--ATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACTGG-CTG--GGTCTGTAT--GAAAT----G-ATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CTAAAAGTC-CCCGG-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAAT--TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTT-GGA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCTTTGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--a
gi|5 : TTGCAAGG--------AGAAATCTTGA---CAAACAAGGAAGTCGGTGCTC-----ATGTCT---TTTTAA---A-ACCTCA---CCGGTG-GTG----GATTTGTTGATA---ACCGAGTG-GGAGCGTT-GATGCGGGCACCCGCCTACAGA-AG-----TTCTGC-AAGAGCCA---CAGCCT-GCAAGCAAAG-TAAGAAGAACT---CTGA---------GGATT-TGG-TCTAGCC-CTGA-G-CG--TTCCGTCTTGACC---T-CACTAGTGC----A---------CG-----AATT---CGCTTCCT-GTAATTGATTCC-ACTT------T---TATCCTGAAAGTA--TTGAATGGCTCATA-----GGCCCGGG-TAGATC-GAA--AGAT-TC---TAAGAGGAC----AGAGTTG-T-AGTAGG-T-CGACC-GTTTTTTC----A--ACCAGCTATGGGCA-
gi|6 : aaactcgtagt-TGGA---A-CC-AA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTGGT-CGTT----ATGTT-AATACCGGAGTAAGTCGAAGTCCCC----GGGTA----A-C-----ATGGG-TAGT--GAGCGGAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTG-CTA-ACAA-T-GCCCCT-TGA-CCT----------AGCTTTTGACA----TCA-TGAGAT--ACAGCTTCGTCTAACATT--ACTCTATAA-TGAACCG--------AGCAGATA-T-CTG--GGTC--AAT--AAAGT----A-ATT-------GACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGACAGA--TGA--TGAA-TC--A-G---G-CG-ATGGTCACC--A-TCTTTTTTGGGAAC--GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAG-GGAAAG--AATGAACC-TCAAAAGGACC-TGCC---ATTCTACCCAGCAAAACTTCCATT---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG--T--TCTAAACATGTCG-GATTTTAAATTGTTGGCTTCTCTGTA-TC-TCTTGGCCCTGCG-TAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGTggtccctaatcgtgactaaaaatacgcgtaaaatacacggagttatgtgcgcatatgaacatcggcctgcacataaagagctacatgtataattatgagtctggtatatgtaaacattaatggggtaaggggggacagattagccagtgaaaaacgaagcaaatgttccaaggaacaactctagagaatccgaggcaacatgtgtcaaagtaaatgtctagaatctgtaaacagcaaagcgaattcagttgtgaaatcggtaatcaggtccaaaatataattcttccgaaagggaaatcatatcgcgttgtcaatctggaacatcgtaacagaaaaagctaggtcataaaggctgttgaccgagattttcaggcgagagaaagtggtatagtgcatattgctattatttggtgaaacaagcaaagggaaacttgtaaaattaacaaggaggtggactttaaatggtaatatgagcatgacttcattgctgttttccactatctcttgaaatgttgttttttagatgctttttaggattatatcgcattcccggaagctccctgacctaaatttt
gi|7 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagctAGAGATGACAGAATTGCCATTGTAAGATTGTAGAAAG-----TTGCT-CCAGACGGCAAGGTCTG-ATTTTAT----GT-T---TTTGGT---A-ACCCCGA-TTCGGTG-ATGA---GGCCTAGTGATG---CCGA--TA-GTTGAATT-GAT-----GAGACGACGGCAAA-AA----GCTCGTCCGTGGGCAA---TGACCTTACAAGCAACGTTGAGTAG---T---CCAAT--GAG---CGACTGCAT-TT---CC-CGAA-G-TG--T---GACCT---T---T-T-----TGGTGCTACAAAAA--T-------AATG---TA--G--T-G--A-GGACTTT-AATTGGC---TTAATTTTTTGTTGGGAG-TTGCATGG-TTATA--TT-AATG---G-T--ATC-CAATTCAATACC---TAAAAAAGTG---AGAA-TG-TGGGTCGGCT-CCACA-GTTTTTTC----A--TGC-GCAATGGGGA-CACCGAG-ATCAGCACATATGGATTTG---AAAACCTGAA-GGGAGTAGTGA-GTGACCA---G-A----G-AACCAG-GTGGGCCACAA--AACA-AAAAAATC-ATC-CAAAT-AGT---GAA-TG-----------ctaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|8 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatTGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGCAAA-ATTTGTCCCAC--AGTGAACAACTGA-TGGAGGAATCC-AA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-CCTT-GGAAT-TT-AAAACCG-ATTATTTGAAAGT---TTTCAAGGTTTA--G-T--AGGATGGG--------GACAGAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTG-CAAGGTAA-ACACAACCGTGG-CCCAG---G--GCAGCAT-----AAATTTC--T--GGC--TT-GCATAGTC-AAT------GTCAATAC-TGAACAG--------AACAAAAC-G-AGG--GGTC--AAT--AAAAT----C-ATCAAAT-AGATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGACAAA--TAA--TGAA-TA--ATG---C-AC-ATA-TC-TC--A-TTCTTTTTAGGGGCTAAG-CCTGTata
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggt-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATA----------------T-TT-GAAGCCG-AGCAGATCAAAAT---C----AGAAATG--G-C--A--ATATT-AATA--AGGCGAAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTC-CTA-ATAG-G-GTTGCC-GGA-CCTAATTAAT-G-AAGTT-----A----TCA-T--GGCA-GCAGCGTCATC-GATA----GATGCATA--CAAAAAGGCGAAGTTAAAATTGT-G-ATG--G-----------AAAT----G-A-ATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--CGTCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--agcagacacttgggagattgacaaaggcaaatattttgaaagg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|20 ): AACGGTAATTCAATTTCCAAGGAAGAAAACTAAATTTGTGGTGGGGCCTAAGTTTTTTCATGCGCAGGGGGACACCTAATTCCTGCACAAGGATCTCAAA
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444 1111 111 111111 1111111 111111111 11 222222222222222222222 2222222222 33333333333 333333333333 11111111111 111 1111111 3333 11 111 111 33333333333 1111 111111111 111 11 22222222 11111111 1111111111 1111111 111 44444444444444444444444 11 2222 2222222222222222222 11111111111 3333333333333333333 11111111 1 1111 111 222 22 111 222 11 1 1111 2222 11 1 222 1
lowQualScore : 4 9999999999999999999999999 1 22 8 8 77777777777777777777777777777777 6 5555 3 3 0 111 77 5 5 222222 2 7 8 8888 1 1 4 777 5 0 1111111 55 777 2 55 99999 55 4 4 66 777 333333333 3 11 555555555555555555555 9999 1111111111 44444444444 888 0 0 9999 77 111111111111 5 66 5 888 2 777 99999999999 0 4 66 1 4 222 3333333 1 4 5 8 1 4 55 4 5555 1 777 6 99 6 99 6 11 99 333 6 1 6 444 6 6 6 1 6 1 6 11111111111 55 888 2222 1 999999999 1 5 66 99 777 5 3 66 5 5 0 5 44 3 0 66 44444444 66 5 5 0 5 22 0 44444444 1 1 9999999999 0000000 7 6 6 000 0 6 6 77777777777777777777777 6 99 55 11 55 0000 77 0 3333333333333333333 66 999 66 88888888888 5 6666666666666666666 888 1 1 66 66 5 66 5 00000000 33 0 9999 1 55 8 2 99 777 6 88 3 3 777 5 8 5 11 0 444 1 222 88 3 11 3 0 7777 6 8 5 1111 8 0 99 11 5 111 5
lowQualScore : . ......................... . .. . . ................................ . .... . . . ... .. . . ...... . . . .... . . . ... . . ....... .. ... . .. ..... .. . . .. ... ......... . .. ..................... .... .......... ........... ... . . .... .. ............ . .. . ... . ... ........... . . .. . . ... ....... . . . . . . .. . .... . ... . .. . .. . .. .. ... . . . ... . . . . . . . ........... .. ... .... . ......... . . .. .. ... . . .. . . . . .. . . .. ........ .. . . . . .. . ........ . . .......... ....... . . . ... . . . ....................... . .. .. .. .. .... .. . ................... .. ... .. ........... . ................... ... . . .. .. . .. . ........ .. . .... . .. . . .. ... . .. . . ... . . . .. . ... . ... .. . .. . . .... . . . .... . . .. .. . ... .
lowQualScore : 2 0000000000000000000000000 4 44 0 0 66666666666666666666666666666666 7 2222 7 3 7 777 99 7 0 888888 2 6 0 5555 0 0 1 000 8 7 7777777 55 000 3 33 44444 11 4 4 11 888 111111111 6 44 111111111111111111111 6666 4444444444 22222222222 888 8 1 0000 22 222222222222 0 99 0 777 7 888 33333333333 1 4 11 9 4 222 8888888 0 0 7 0 9 4 55 5 0000 7 555 7 77 7 22 7 00 22 333 7 0 7 333 7 7 7 0 7 8 7 77777777777 88 888 8888 0 333333333 0 7 33 33 444 0 4 00 0 0 9 0 44 2 4 99 44444444 44 7 7 4 7 11 7 44444444 7 4 9999999999 9999999 6 7 7 222 3 7 7 55555555555555555555555 7 22 88 11 99 0000 11 1 0000000000000000000 99 666 99 44444444444 0 4444444444444444444 888 0 0 99 99 0 99 0 99999999 00 0 8888 0 11 1 3 22 555 7 33 5 2 555 0 0 0 44 8 000 4 000 88 8 00 2 8 0000 4 0 0 6666 0 6 00 00 5 000 5
consensus : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GAT-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
Reference ( family-464 ) : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
gi|1 : GATGACGAGAACACCATTGTA-GGTAG-AAGAAAAGA---TGT---CAAACCAAAAGATCGG-AC-TT-CAT--GTC-------GAACTGACACCT---ATTTTATAAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TGTGTAGCATTTGAT-----CAGC-GTCTGCAGA-AG----GCGCGCCT--GTGTCAACTCGACAT------CGAAATTT--TAA---T---ACGCC--AAGTTAAGATTGCAT-TT---GT-TGCA-A-TG--T---GGCTT---T---T-TAGC-ATGA----AGGCGGC--TTG-----A-TG---CGTTCTC-------GCAATTT---TTGGAAAGT---TTTTCAGTGGG-AG-AGACATG--TCATA--GT-AATA---G-T--ATTAGAAC--GGTACG---CAAGAAA------TATTTAGA-TGGT-GGTCG--GCTACAGTT---TTTTTTTC----G--TCC-GCAATAGGGA-CCCC-TAA-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAAAAATCT-T-TAAG-GGTGTTGGTGCA-TT--GTGCT-G--AA---TGG-GTGGGCC-AAA--CAAATAGGAAATCAATC-TA-AT--ATGAAGAA-TG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC------AA-CTTT-TCCCACAATGCA--CAACTTATTTGAAGCT-CA-AATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGCCTT-GAAAT-TG-AAAACC----CATGT----GT---C----TGATATATCG-CCGG--ATGAATTGGAATAGGC-GAAAGCCGACTTGATGTC
gi|10 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtattttGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GATCTGCCAGGAGCCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-GATC--G---AGTTA---T---C-TTCT-TTGA----ACACAAA--GTGACCCAAATG----GCT---T-G--CTGTAATTTGATTAG-----T---TTTTCAGCAGGTAA-TGACATAG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---CAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACC---GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGGGCA-CCCC-gatagcaagcagcatccctccctaagtagtcttatgaaatttgtgactgtcgacacctgaaatttgaacagtgcaggttaggcgtcaaaaaatcgttgataaatttccaatggtaggattaagtggtgaatgaggcgcatatctcccccttttagaactaagctattgggcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|11 : GA-AG----GCCCTCCCAGGCGCAA---TGACCCTGCGTGCGAAATTGAGCAT---T---CCAAT--GAG---TGACTGAAG-TG---AC-TTGAGG-TG--T---GGCTT---TTTGT-TACTGGTGG----AGAAAAT--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--AGGGGACTT--TTAA-----T---TATTCTGTAGGTAGTTCGCATGA-ACATA--TTGGACCG--G-T--GTA-AAGCTCGATACCGATTAGGAAGG-----T----AGAGTT-T-GTTAGTAGCT-GGTTT---GTTTTTTTTCGGG--AAC-G-GAT-GGCAGCGCT-GAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCtaatttttatcctcacacagggacctaaaaatatg
gi|13 : GCGTGTTC-AATA----CCTGCAAAA-TGAAC-----------------T-G-CTGCAGATT--CATCTGACATCCCTGCAT-TAAC-AGAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGATAAA--TGA--TGAATTA--A-A---CGCC-AG-GTT-CCAGG-TGCTTTTTAGGTAC-CAGCCCCA
gi|14 : tttaaagccaagcaaactaaaatcctgagggtttacaggcacgatcctaaatgtagatttaatatcagttttacacatatatgtattttccgctaatgttttgattcgttgaattTTTTTTC----GGGAAC-G-GATGG-CAGCGCT-GAT-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CTAG-GGTGGCTTTATA-TT--G-GTTTG--AA--TGAG-ATGGCCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGGT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGTAAT-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|16 : tACAG--------AACA-AAT-GTCTG--GGTC--AAT--GTAAT----A-ATCT-AC-GGAGTCA-A----A-----G------TCT----GATAAGACAGAGTTGAGCTTGA-TATTA-G---T-CG-AAATTC-CC--C-TCTTTCTT-GGCAC-AAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG--AGGTTGTGGTGAA---
gi|17 : taccgcttacctcatacttatattGA-AG----GCTCGACCGGAGGCCA---CAACTTGACAGGCGAAGTTAAACGA---C---CCGGTTAAAG---CGATTGTAA-TT---TCGCGAA-G-TG--T---GATTT---T---C-Ta
gi|19 : gagaccctaatgtttaaaaactctgcttctgatcacctaccgtagcatctacggatCGATA-GTGATACGGTTTTTGAATG---CCCT--TA-GTAAGGTC-AAT-----AATTCAA----AGA-AGAAATGTTCTACTAGGTGGTA---CAACCGAGCAGGCAAAATTGAACAG---T---CCAAT--AAG---GGACTGTA
gi|2 : aAGGAATGACAGAGACTCCATT--AAAATT--AGCTAAAA---TTGTTTCCAAATGGTTAGGTCAG-GC-CT-TA-ATG-CTGAGTTTGA--------TTCGAATTCGGTA-GTGT---GG----TTGACGACCCCCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCAA---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAT---T---CCGAT--AAG---GGACTAAAA-TG---AC-TAGA-G-TG--T---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG-TCGCATGA-CCATA--TT-GACC---G-T--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GAT-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAGTCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACAATT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGTCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAAAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTC-TCCCATGTAGCA--CAACTTA-TGGATGCT-CC-GA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTA---TTTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCATC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACT-G-CTG--GGTC--TAT--GAAAT----G-ATATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--C-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTT-GATATGCTATGA----AGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGTacccatgcagagt
gi|20 : gcatgaAATTCAATTTC---CAAGGAAGAAAACTA---A-ATTTGT-GGTGG-------GGCCTAAGTTTTTTC----A--TGC-GC-AGGGGGA-CACCTAAT-TCCTGCACAAG--GATCT
gi|3 : aacggtACAGAAACACCGTTGTA--GTTG-AGCAAGAAAGCTTGC---CAGACAAAGAGGTCGA-GCATTATATATGTCT---TTTGAA---AC-CCT--AATGCGTTA-GTGA---GGCTTTTTGATG---CCAA--TG-GTAGCGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GCTCTGCCAGGAGGCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-G-AG--T------TA---T---C-TTCT-TTGA----ATCCAAA--GTGACCCAAATGACTTGCTGT----------AATTTGATTAG-----T---TTTTTAACCGATAA-TGAGATCG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---TAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACCG--GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGAACA-CCCC-TAA-ATCCTCACACAGGGACCTAATTA----CATG-CAAATTGTGAC--CGCA-TTGCG-GT--G--AG--CTAGCAGGGCCA-CAA---AAA-AGAAAATC-ATC-AAGAT-AATGCATGA-TGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG-------TTAA--A--CAGTG--T-----AAAAATGAAGCAAA-TCTT-TCCCA--TAGTGAACAACTAA-TATATGAC-CC-AA-AGGACAA-CA--TTTTATCAAAG--TAATAATTG---TCTT-GAAAT-TT-GAATCCA-AGCAAGTCGAAGT---C----AGCTGGG--A-A--A--ATGGG-TAGT--AACCTAAATGCAGATTTGATATCTGACTTGA-CTA-ATAGTG-AATACT-TTC-CCGAA---AGGG-AA--------A----TCA-T---ACTAGCAGCTTGGTC-AATACTGGAATAGGTAACTGAACAG--------GTCCTA-------G--GGTC--GAT--AAAA-------GTGT--T-GG---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGAAAGA--TGG--TGTA-TA--A-GGCAC-AT-ATCGCCATC--T-TTTTTTTTAGGAAC-AAGGCCCA-A--GGGGGACA-CTTGT-AG-ATTA-ACGA-GG-GGTGGAATTTTAAATG---G-TCCAGCAACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC-AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGTTT---TATGCTTTTG----AGATTGTGGGATTCCCGAGT-CCCCCGTGGTCCT-AAATATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--caaa
gi|4 : CCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGC-A---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAA---TTTTCCGAT--AAG---G-ACTAAAAATG---AC-TAGA-G-TGGTT---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAAAATTG-----AATG---TGCTGTCTTG--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG--CGCATGA-CCATA--TTTGACC---GGT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GATTATCGGCACA----GATT-GTTTAAAGTCA-G-CGAG-G-TGGCGTTACA-TT--G-GTTCGGCAG--TTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGGT-GCGC-ACCTGTCTT-AATGACC-AGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCATGTAGC---CAACTTA-TGGATGCT-CCGAA-ATG-TAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTATT-TCTTTGAAAT-TTTGAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGA-ATG--GCC--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCCTA-GTAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA---A--A-ACTTT-----AT---TCATT--GGC--GCAGCGTCATC--ATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACTGG-CTG--GGTCTGTAT--GAAAT----G-ATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CTAAAAGTC-CCCGG-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAAT--TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTT-GGA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCTTTGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--a
gi|5 : TTGCAAGG--------AGAAATCTTGA---CAAACAAGGAAGTCGGTGC-TC----ATGTCT---TTTTAA---A-ACCTCA---CCGGTG-GTG----GATTTGTTGATA---ACCGAGTG-GGAGCGTT-GATGCGGGCACCCGCCTACAGA-AG-----TTCTGC-AAGAGCCA---CAGCCT-GCAAGCAAAG-TAAGAAGAACT---CTGA---------GGATT-TGG-TCTAGCC-CTGA-G-CG--TTCCGTCTTGACC---T-CACTAGTGC----A---------CG-----AATT---CGCTTCCT-GTAATTGATTCC-ACTT------T---TATCCTGAAAGTA--TTGAATGGCTCATA-----GGCCCGGG-TAGATC-GAA--AGAT-TC---TAAGAGGA-----C----AGAGTTGT-AGTAG--G-T-CGACC---GTTTTTTC----A--ACCAGCTATGGGCA-
gi|6 : aaactcgtagt-TGGA---A-CC-AA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTGGT-CGTT----ATGTT-AATACCGGAGTAAGTCGAAGTCCCC----GGGTA----A-C-----ATGGG-TAGT--GAGCGGAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTG-CTA-ACAA-T-GCCCCT-TGA-CCT----------AGCTTTTGACA----TCA-TGAGAT--ACAGCTTCGTCTAACATT--ACTCTATAA-TGAACCG--------AGCAGATA-T-CTG--GGTC--AAT--AAAGT----A-ATT-------GACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGACAGA--TGA--TGAA-TC--A-G---G-CG-ATGGTCACC--A-TCTTTTTTGGGAAC--GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAG-GGAAAG--AATGAACC-TCAAAAGGACC-TGCC---ATTCTACCCAGCAAAACTTCCATT---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG--T--TCTAAACATGTCG-GATTTTAAATTGTTGGCTTCTCTGTA-TC-TCTTGGCCCTGCG-TAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGTggtccctaatcgtgactaaaaatacgcgtaaaatacacggagttatgtgcgcatatgaacatcggcctgcacataaagagctacatgtataattatgagtctggtatatgtaaacattaatggggtaaggggggacagattagccagtgaaaaacgaagcaaatgttccaaggaacaactctagagaatccgaggcaacatgtgtcaaagtaaatgtctagaatctgtaaacagcaaagcgaattcagttgtgaaatcggtaatcaggtccaaaatataattcttccgaaagggaaatcatatcgcgttgtcaatctggaacatcgtaacagaaaaagctaggtcataaaggctgttgaccgagattttcaggcgagagaaagtggtatagtgcatattgctattatttggtgaaacaagcaaagggaaacttgtaaaattaacaaggaggtggactttaaatggtaatatgagcatgacttcattgctgttttccactatctcttgaaatgttgttttttagatgctttttaggattatatcgcattcccggaagctccctgacctaaatttt
gi|7 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagctAGAGATGACAGAATTGCCATTGTAAGATTGTAGAAAG-----TTGCT-CCAGACGGCAAGGTCTG-AT-TT-TATGT---T---TTTGGT---A-ACCCCGA-TTCGGTG-ATGA---GGCCTAGTGATG---CCGA--TA-GTTGAATT-GAT-----GAGACGACGGCAAA-AA----GCTCGTCCGTGGGCAA---TGACCTTACAAGCAACGTTGAGTAG---T---CCAAT--GAG---CGACTGCAT-TT---CC-CGAA-G-TG--T---GACCT---T---T-T-----TGGTGCTACAAAAA--T-------AATG---TA--G--T-G--A-GGACTTT-AATTGGC---TTAATTTTTTGTTGGGAG-TTGCATGG-TTATA--TT-AATG---G-T--ATC-CAATTCAATACC---TAAAAAAG-----TG---AGAA-TGTGGGTCG--GCT-CCACA---GTTTTTTC----A--TGC-GCAATGGGGA-CACC-GAG-ATCAGCACATATGGATTTG---AAAACCT-GAAGGG-AGTAGTG----A-GT--G-ACCAG--AGAACCAG-GTGGGCCACAA--AACA-AAAAAATC-ATC-CAAAT-AGT---GAA-TG-----------ctaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|8 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatTGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGCAAA-ATTTGTCCCAC--AGTGAACAACTGA-TGGAGGAATCC-AA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-CCTT-GGAAT-TT-AAAACCG-ATTATTTGAAAGT---TTTCAAGGTTTA--G-T--AGGATGGG--------GACAGAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTG-CAAGGTAA-ACACAACCGTGG-CCCAG---G--GCAGCAT-----AAATTTC--T--GGC--TT-GCATAGTC-AAT------GTCAATAC-TGAACAG--------AACAAAAC-G-AGG--GGTC--AAT--AAAAT----C-ATCAAAT-AGATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGACAAA--TAA--TGAA-TA--ATG---C-AC-ATA-TC-TC--A-TTCTTTTTAGGGGCTAAG-CCTGTata
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggt-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATA----------------T-TT-GAAGCCG-AGCAGATCAAAAT---C----AGAAATG--G-C--A--ATATT-AATA--AGGCGAAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTC-CTA-ATAG-G-GTTGCC-GGA-CCTAATTAAT-G-AAGTT-----A----TCA-T--GGCA-GCAGCGTCATC-GATA----GATGCATA--CAAAAAGGCGAAGTTAAAATTGT-G-ATG--G-----------AAAT----G-A-ATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--CGTCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--agcagacacttgggagattgacaaaggcaaatattttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444 1111 111 111111 1111111 111111111 11 222222222222222222222 2222222222 33333333333 333333333333 11111111111 111 1111111 1111111 3333 11 111 111 33333333333 1111 111111111 111 11 22222222 11111111 1111111111 1111111 111 44444444444444444444444 11 2222 2222222222222222222 11111111111 3333333333333333333 11111111 1 1111 111 222 22 111 222 11 1 1111 2222 11 1 222 1
lowQualScore : 4 9999999999999999999999999 1 22 8 8 77777777777777777777777777777777 6 5555 3 3 0 111 77 5 5 222222 2 7 8 8888 1 1 4 777 5 0 1111111 55 777 2 55 99999 55 4 4 66 777 333333333 3 11 555555555555555555555 9999 1111111111 44444444444 888 0 0 9999 77 111111111111 5 66 5 888 2 777 99999999999 0 4 66 1 4 222 3333333 1 4 5 8 1 44 5555555 1 1111 1 777 6 99 6 99 6 11 99 333 6 1 6 444 6 6 6 1 6 1 6 11111111111 55 888 2222 1 999999999 1 5 66 99 777 5 3 66 5 5 0 5 44 3 0 66 44444444 66 5 5 0 5 22 0 44444444 1 1 9999999999 0000000 7 6 6 000 0 6 6 77777777777777777777777 6 99 55 11 55 0000 77 0 3333333333333333333 66 999 66 88888888888 5 6666666666666666666 888 1 1 66 66 5 66 5 00000000 33 0 9999 1 55 8 2 99 777 6 88 3 3 777 5 8 5 11 0 444 1 222 88 3 11 3 0 7777 6 8 5 1111 8 0 99 11 5 111 5
lowQualScore : . ......................... . .. . . ................................ . .... . . . ... .. . . ...... . . . .... . . . ... . . ....... .. ... . .. ..... .. . . .. ... ......... . .. ..................... .... .......... ........... ... . . .... .. ............ . .. . ... . ... ........... . . .. . . ... ....... . . . . . .. ....... . .... . ... . .. . .. . .. .. ... . . . ... . . . . . . . ........... .. ... .... . ......... . . .. .. ... . . .. . . . . .. . . .. ........ .. . . . . .. . ........ . . .......... ....... . . . ... . . . ....................... . .. .. .. .. .... .. . ................... .. ... .. ........... . ................... ... . . .. .. . .. . ........ .. . .... . .. . . .. ... . .. . . ... . . . .. . ... . ... .. . .. . . .... . . . .... . . .. .. . ... .
lowQualScore : 2 0000000000000000000000000 4 44 0 0 66666666666666666666666666666666 7 2222 7 3 7 777 99 7 0 888888 2 6 0 5555 0 0 1 000 8 7 7777777 55 000 3 33 44444 11 4 4 11 888 111111111 6 44 111111111111111111111 6666 4444444444 22222222222 888 8 1 0000 22 222222222222 0 99 0 777 7 888 33333333333 1 4 11 9 4 222 8888888 0 0 7 0 9 66 0000000 0 1111 7 555 7 77 7 22 7 00 22 333 7 0 7 333 7 7 7 0 7 8 7 77777777777 88 888 8888 0 333333333 0 7 33 33 444 0 4 00 0 0 9 0 44 2 4 99 44444444 44 7 7 4 7 11 7 44444444 7 4 9999999999 9999999 6 7 7 222 3 7 7 55555555555555555555555 7 22 88 11 99 0000 11 1 0000000000000000000 99 666 99 44444444444 0 4444444444444444444 888 0 0 99 99 0 99 0 99999999 00 0 8888 0 11 1 3 22 555 7 33 5 2 555 0 0 0 44 8 000 4 000 88 8 00 2 8 0000 4 0 0 6666 0 6 00 00 5 000 5
consensus : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
Reference ( family-464 ) : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
gi|1 : GATGACGAGAACACCATTGTA-GGTAG-AAGAAAAGA---TGT---CAAACCAAAAGATCGG-AC-TT-CAT--GTC-------GAACTGACACCT---ATTTTATAAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TGTGTAGCATTTGAT-----CAGC-GTCTGCAGA-AG----GCGCGCCT--GTGTCAACTCGACAT------CGAAATTT--TAA---T---ACGCC--AAGTTAAGATTGCAT-TT---GT-TGCA-A-TG--T---GGCTT---T---T-TAGC-ATGA----AGGCGGC--TTG-----A-TG---CGTTCTC-------GCAATTT---TTGGAAAGT---TTTTCAGTGGG-AG-AGACATG--TCATA--GT-AATA---G-T--ATTAGAAC--GGTACG---CAAGAAA------TATTTAGA-TGGT-GGTCG--GCTACAGTT---TTTTTTTC----G--TCC-GCAATAGGGA-CCCC-TA-----A-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAAAAATCT-T-TAAG-GGTGTTGGTGCA-TT--GTGCT-G--AA---TGG-GTGGGCC-AAA--CAAATAGGAAATCAATC-TA-AT--ATGAAGAA-TG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC------AA-CTTT-TCCCACAATGCA--CAACTTATTTGAAGCT-CA-AATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGCCTT-GAAAT-TG-AAAACC----CATGT----GT---C----TGATATATCG-CCGG--ATGAATTGGAATAGGC-GAAAGCCGACTTGATGTC
gi|10 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtattttGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GATCTGCCAGGAGCCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-GATC--G---AGTTA---T---C-TTCT-TTGA----ACACAAA--GTGACCCAAATG----GCT---T-G--CTGTAATTTGATTAG-----T---TTTTCAGCAGGTAA-TGACATAG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---CAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACC---GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGGGCA-CCCC-TAATTTTT-ATCCTCACA----gatagcaagcagcatccctccctaagtagtcttatgaaatttgtgactgtcgacacctgaaatttgaacagtgcaggttaggcgtcaaaaaatcgttgataaatttccaatggtaggattaagtggtgaatgaggcgcatatctcccccttttagaactaagctattgggcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|11 : GA-AG----GCCCTCCCAGGCGCAA---TGACCCTGCGTGCGAAATTGAGCAT---T---CCAAT--GAG---TGACTGAAG-TG---AC-TTGAGG-TG--T---GGCTT---TTTGT-TACTGGTGG----AGAAAAT--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--AGGGGACTT--TTAA-----T---TATTCTGTAGGTAGTTCGCATGA-ACATA--TTGGACCG--G-T--GTA-AAGCTCGATACCGATTAGGAAGG-----T----AGAGTT-T-GTTAGTAGCT-GGTTT---GTTTTTTTTCGGG--AAC-G-GAT-GGCAGCGCT-GA-----T-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCcagggacctaaaaatatg
gi|13 : GCGTGTTC-AATA----CCTGCAAAA-TGAAC-----------------T-G-CTGCAGATT--CATCTGACATCCCTGCAT-TAAC-AGAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGATAAA--TGA--TGAATTA--A-A---CGCC-AG-GTT-CCAGG-TGCTTTTTAGGTAC-CAGCCCCA
gi|14 : tttaaagccaagcaaactaaaatcctgagggtttacaggcacgatcctaaatgtagatttaatatcagttttacacatatatgtattttccgctaatgttttgattcgttgaattTTTTTTC----GGGAAC-G-GATGG-CAGCGCT-GA-----T-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CTAG-GGTGGCTTTATA-TT--G-GTTTG--AA--TGAG-ATGGCCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGGT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGTAAT-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|16 : tACAG--------AACA-AAT-GTCTG--GGTC--AAT--GTAAT----A-ATCT-AC-GGAGTCA-A----A-----G------TCT----GATAAGACAGAGTTGAGCTTGA-TATTA-G---T-CG-AAATTC-CC--C-TCTTTCTT-GGCAC-AAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG--AGGTTGTGGTGAA---
gi|17 : taccgcttacctcatacttatattGA-AG----GCTCGACCGGAGGCCA---CAACTTGACAGGCGAAGTTAAACGA---C---CCGGTTAAAG---CGATTGTAA-TT---TCGCGAA-G-TG--T---GATTT---T---C-Ta
gi|19 : gagaccctaatgtttaaaaactctgcttctgatcacctaccgtagcatctacggatCGATA-GTGATACGGTTTTTGAATG---CCCT--TA-GTAAGGTC-AAT-----AATTCAA----AGA-AGAAATGTTCTACTAGGTGGTA---CAACCGAGCAGGCAAAATTGAACAG---T---CCAAT--AAG---GGACTGTA
gi|2 : aAGGAATGACAGAGACTCCATT--AAAATT--AGCTAAAA---TTGTTTCCAAATGGTTAGGTCAG-GC-CT-TA-ATG-CTGAGTTTGA--------TTCGAATTCGGTA-GTGT---GG----TTGACGACCCCCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCAA---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAT---T---CCGAT--AAG---GGACTAAAA-TG---AC-TAGA-G-TG--T---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG-TCGCATGA-CCATA--TT-GACC---G-T--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GA-----T-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAGTCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACAATT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGTCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAAAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTC-TCCCATGTAGCA--CAACTTA-TGGATGCT-CC-GA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTA---TTTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCATC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACT-G-CTG--GGTC--TAT--GAAAT----G-ATATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--C-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTT-GATATGCTATGA----AGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGTacccatgcagagt
gi|20 : gcatgaAATTCAATTTC---CAAGGAAGAAAACTA---A-ATTTGT-GGTGG-------GGCCTAAGTTTTTTC----A--TGC-GC-AGGGGGA-CACCTAA-----T-TCCTGCACAAG--GATCT
gi|3 : aacggtACAGAAACACCGTTGTA--GTTG-AGCAAGAAAGCTTGC---CAGACAAAGAGGTCGA-GCATTATATATGTCT---TTTGAA---AC-CCT--AATGCGTTA-GTGA---GGCTTTTTGATG---CCAA--TG-GTAGCGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GCTCTGCCAGGAGGCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-G-AG--T------TA---T---C-TTCT-TTGA----ATCCAAA--GTGACCCAAATGACTTGCTGT----------AATTTGATTAG-----T---TTTTTAACCGATAA-TGAGATCG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---TAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACCG--GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGAACA-CCCC-TA-----A-ATCCTCACACAGGGACCTAATTA----CATG-CAAATTGTGAC--CGCA-TTGCG-GT--G--AG--CTAGCAGGGCCA-CAA---AAA-AGAAAATC-ATC-AAGAT-AATGCATGA-TGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG-------TTAA--A--CAGTG--T-----AAAAATGAAGCAAA-TCTT-TCCCA--TAGTGAACAACTAA-TATATGAC-CC-AA-AGGACAA-CA--TTTTATCAAAG--TAATAATTG---TCTT-GAAAT-TT-GAATCCA-AGCAAGTCGAAGT---C----AGCTGGG--A-A--A--ATGGG-TAGT--AACCTAAATGCAGATTTGATATCTGACTTGA-CTA-ATAGTG-AATACT-TTC-CCGAA---AGGG-AA--------A----TCA-T---ACTAGCAGCTTGGTC-AATACTGGAATAGGTAACTGAACAG--------GTCCTA-------G--GGTC--GAT--AAAA-------GTGT--T-GG---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGAAAGA--TGG--TGTA-TA--A-GGCAC-AT-ATCGCCATC--T-TTTTTTTTAGGAAC-AAGGCCCA-A--GGGGGACA-CTTGT-AG-ATTA-ACGA-GG-GGTGGAATTTTAAATG---G-TCCAGCAACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC-AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGTTT---TATGCTTTTG----AGATTGTGGGATTCCCGAGT-CCCCCGTGGTCCT-AAATATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--caaa
gi|4 : CCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGC-A---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAA---TTTTCCGAT--AAG---G-ACTAAAAATG---AC-TAGA-G-TGGTT---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAAAATTG-----AATG---TGCTGTCTTG--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG--CGCATGA-CCATA--TTTGACC---GGT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GA-----TTATCGGCACA----GATT-GTTTAAAGTCA-G-CGAG-G-TGGCGTTACA-TT--G-GTTCGGCAG--TTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGGT-GCGC-ACCTGTCTT-AATGACC-AGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCATGTAGC---CAACTTA-TGGATGCT-CCGAA-ATG-TAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTATT-TCTTTGAAAT-TTTGAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGA-ATG--GCC--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCCTA-GTAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA---A--A-ACTTT-----AT---TCATT--GGC--GCAGCGTCATC--ATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACTGG-CTG--GGTCTGTAT--GAAAT----G-ATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CTAAAAGTC-CCCGG-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAAT--TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTT-GGA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCTTTGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--a
gi|5 : TTGCAAGG--------AGAAATCTTGA---CAAACAAGGAAGTCGGTGC-TC----ATGTCT---TTTTAA---A-ACCTCA---CCGGTG-GTG----GATTTGTTGATA---ACCGAGTG-GGAGCGTT-GATGCGGGCACCCGCCTACAGA-AG-----TTCTGC-AAGAGCCA---CAGCCT-GCAAGCAAAG-TAAGAAGAACT---CTGA---------GGATT-TGG-TCTAGCC-CTGA-G-CG--TTCCGTCTTGACC---T-CACTAGTGC----A---------CG-----AATT---CGCTTCCT-GTAATTGATTCC-ACTT------T---TATCCTGAAAGTA--TTGAATGGCTCATA-----GGCCCGGG-TAGATC-GAA--AGAT-TC---TAAGAGGA-----C----AGAGTTGT-AGTAG--G-T-CGACC---GTTTTTTC----A--ACCAGCTATGGGCA-
gi|6 : aaactcgtagt-TGGA---A-CC-AA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTGGT-CGTT----ATGTT-AATACCGGAGTAAGTCGAAGTCCCC----GGGTA----A-C-----ATGGG-TAGT--GAGCGGAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTG-CTA-ACAA-T-GCCCCT-TGA-CCT----------AGCTTTTGACA----TCA-TGAGAT--ACAGCTTCGTCTAACATT--ACTCTATAA-TGAACCG--------AGCAGATA-T-CTG--GGTC--AAT--AAAGT----A-ATT-------GACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGACAGA--TGA--TGAA-TC--A-G---G-CG-ATGGTCACC--A-TCTTTTTTGGGAAC--GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAG-GGAAAG--AATGAACC-TCAAAAGGACC-TGCC---ATTCTACCCAGCAAAACTTCCATT---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG--T--TCTAAACATGTCG-GATTTTAAATTGTTGGCTTCTCTGTA-TC-TCTTGGCCCTGCG-TAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGTggtccctaatcgtgactaaaaatacgcgtaaaatacacggagttatgtgcgcatatgaacatcggcctgcacataaagagctacatgtataattatgagtctggtatatgtaaacattaatggggtaaggggggacagattagccagtgaaaaacgaagcaaatgttccaaggaacaactctagagaatccgaggcaacatgtgtcaaagtaaatgtctagaatctgtaaacagcaaagcgaattcagttgtgaaatcggtaatcaggtccaaaatataattcttccgaaagggaaatcatatcgcgttgtcaatctggaacatcgtaacagaaaaagctaggtcataaaggctgttgaccgagattttcaggcgagagaaagtggtatagtgcatattgctattatttggtgaaacaagcaaagggaaacttgtaaaattaacaaggaggtggactttaaatggtaatatgagcatgacttcattgctgttttccactatctcttgaaatgttgttttttagatgctttttaggattatatcgcattcccggaagctccctgacctaaatttt
gi|7 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagctAGAGATGACAGAATTGCCATTGTAAGATTGTAGAAAG-----TTGCT-CCAGACGGCAAGGTCTG-AT-TT-TATGT---T---TTTGGT---A-ACCCCGA-TTCGGTG-ATGA---GGCCTAGTGATG---CCGA--TA-GTTGAATT-GAT-----GAGACGACGGCAAA-AA----GCTCGTCCGTGGGCAA---TGACCTTACAAGCAACGTTGAGTAG---T---CCAAT--GAG---CGACTGCAT-TT---CC-CGAA-G-TG--T---GACCT---T---T-T-----TGGTGCTACAAAAA--T-------AATG---TA--G--T-G--A-GGACTTT-AATTGGC---TTAATTTTTTGTTGGGAG-TTGCATGG-TTATA--TT-AATG---G-T--ATC-CAATTCAATACC---TAAAAAAG-----TG---AGAA-TGTGGGTCG--GCT-CCACA---GTTTTTTC----A--TGC-GCAATGGGGA-CACC-GA-----G-ATCAGCACATATGGATTTG---AAAACCT-GAAGGG-AGTAGTG----A-GT--G-ACCAG--AGAACCAG-GTGGGCCACAA--AACA-AAAAAATC-ATC-CAAAT-AGT---GAA-TG-----------ctaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|8 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatTGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGCAAA-ATTTGTCCCAC--AGTGAACAACTGA-TGGAGGAATCC-AA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-CCTT-GGAAT-TT-AAAACCG-ATTATTTGAAAGT---TTTCAAGGTTTA--G-T--AGGATGGG--------GACAGAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTG-CAAGGTAA-ACACAACCGTGG-CCCAG---G--GCAGCAT-----AAATTTC--T--GGC--TT-GCATAGTC-AAT------GTCAATAC-TGAACAG--------AACAAAAC-G-AGG--GGTC--AAT--AAAAT----C-ATCAAAT-AGATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGACAAA--TAA--TGAA-TA--ATG---C-AC-ATA-TC-TC--A-TTCTTTTTAGGGGCTAAG-CCTGTata
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggt-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATA----------------T-TT-GAAGCCG-AGCAGATCAAAAT---C----AGAAATG--G-C--A--ATATT-AATA--AGGCGAAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTC-CTA-ATAG-G-GTTGCC-GGA-CCTAATTAAT-G-AAGTT-----A----TCA-T--GGCA-GCAGCGTCATC-GATA----GATGCATA--CAAAAAGGCGAAGTTAAAATTGT-G-ATG--G-----------AAAT----G-A-ATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--CGTCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--agcagacacttgggagattgacaaaggcaaatattttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444 44444444444444444444444444444444 1111 111 111111 1111111 111111111 11 222222222222222222222 2222222222 33333333333 333333333333 11111111111 111 1111111 1111111 3333 11 111 111 33333333333 1111 111111111 111 11 22222222 11111111 1111111111 1111111 111 44444444444444444444444 11 2222 2222222222222222222 11111111111 3333333333333333333 11111111 1 1111 111 222 22 111 222 11 1 1111 2222 11 1 222 1
lowQualScore : 4 9999999999999999999999999 1 22 8 8 77777777777777777777777777777777 6 5555 3 3 0 111 77 5 5 222222 2 7 8 8888 1 1 4 777 5 0 1111111 55 777 2 55 99999 55 4 4 66 777 333333333 3 11 555555555555555555555 9999 1111111111 44444444444 888 0 0 9999 77 111111111111 5 66 5 888 2 777 99999999999 0 4 66 1 4 222 3333333 1 4 5 8 1 44 5555555 1 1111 1 777 6 99 6 99 6 11 99 333 6 1 6 444 6 6 6 1 6 1 6 11111111111 55 888 2222 1 999999999 1 5 66 99 777 5 3 66 5 5 0 5 44 3 0 66 44444444 66 5 5 0 5 22 0 44444444 1 1 9999999999 0000000 7 6 6 000 0 6 6 77777777777777777777777 6 99 55 11 55 0000 77 0 3333333333333333333 66 999 66 88888888888 5 6666666666666666666 888 1 1 66 66 5 66 5 00000000 33 0 9999 1 55 8 2 99 777 6 88 3 3 777 5 8 5 11 0 444 1 222 88 3 11 3 0 7777 6 8 5 1111 8 0 99 11 5 111 5
lowQualScore : . ......................... . .. . . ................................ . .... . . . ... .. . . ...... . . . .... . . . ... . . ....... .. ... . .. ..... .. . . .. ... ......... . .. ..................... .... .......... ........... ... . . .... .. ............ . .. . ... . ... ........... . . .. . . ... ....... . . . . . .. ....... . .... . ... . .. . .. . .. .. ... . . . ... . . . . . . . ........... .. ... .... . ......... . . .. .. ... . . .. . . . . .. . . .. ........ .. . . . . .. . ........ . . .......... ....... . . . ... . . . ....................... . .. .. .. .. .... .. . ................... .. ... .. ........... . ................... ... . . .. .. . .. . ........ .. . .... . .. . . .. ... . .. . . ... . . . .. . ... . ... .. . .. . . .... . . . .... . . .. .. . ... .
lowQualScore : 2 0000000000000000000000000 4 44 0 0 66666666666666666666666666666666 7 2222 7 3 7 777 99 7 0 888888 2 6 0 5555 0 0 1 000 8 7 7777777 55 000 3 33 44444 11 4 4 11 888 111111111 6 44 111111111111111111111 6666 4444444444 22222222222 888 8 1 0000 22 222222222222 0 99 0 777 7 888 33333333333 1 4 11 9 4 222 8888888 0 0 7 0 9 66 0000000 0 1111 7 555 7 77 7 22 7 00 22 333 7 0 7 333 7 7 7 0 7 8 7 77777777777 88 888 8888 0 333333333 0 7 33 33 444 0 4 00 0 0 9 0 44 2 4 99 44444444 44 7 7 4 7 11 7 44444444 7 4 9999999999 9999999 6 7 7 222 3 7 7 55555555555555555555555 7 22 88 11 99 0000 11 1 0000000000000000000 99 666 99 44444444444 0 4444444444444444444 888 0 0 99 99 0 99 0 99999999 00 0 8888 0 11 1 3 22 555 7 33 5 2 555 0 0 0 44 8 000 4 000 88 8 00 2 8 0000 4 0 0 6666 0 6 00 00 5 000 5
consensus : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
Reference ( family-464 ) : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
gi|1 : GATGACGAGAACACCATTGTA-GGTAG-AAGAAAAGA---TGT---CAAACCAAAAGATCGG-AC-TT-CAT--GTC-------GAACTGACACCT---ATTTTATAAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TGTGTAGCATTTGAT-----CAGC-GTCTGCAGA-AG----GCGCGCCT--GTGTCAACTCGACAT------CGAAATTT--TAA---T---ACGCC--AAGTTAAGATTGCAT-TT---GT-TGCA-A-TG--T---GGCTT---T---T-TAGC-ATGA----AGGCGGC--TTG-----A-TG---CGTTCTC-------GCAATTT---TTGGAAAGT---TTTTCAGTGGG-AG-AGACATG--TCATA--GT-AATA---G-T--ATTAGAAC--GGTACG---CAAGAAA------TATTTAGA-TGGT-GGTCG--GCTACAGTT---TTTTTTTC----G--TCC-GCAATAGGGA-CCCC-TA-----A-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAAAAATCT-T-TAAG-GGTGTTGGTGCA-TT--GTGCT-G--AA---TGG-GTGGGCC-AAA--CAAATAGGAAATCAATC-TA-AT--ATGAAGAA-TG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC------AA-CTTT-TCCCACAATGCA--CAACTTATTTGAAGCT-CA-AATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGCCTT-GAAAT-TG-AAAACC----CATGT----GT---C----TGATATATCG-CCGG--ATGAATTGGAATAGGC-GAAAGCCGACTTGATGTC
gi|10 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtattttGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GATCTGCCAGGAGCCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-GATC--G---AGTTA---T---C-TTCT-TTGA----ACACAAA--GTGACCCAAATG----GCT---T-G--CTGTAATTTGATTAG-----T---TTTTCAGCAGGTAA-TGACATAG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---CAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACC---GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGGGCA-CCCC-TAATTTTT-ATCCTCACA----gatagcaagcagcatccctccctaagtagtcttatgaaatttgtgactgtcgacacctgaaatttgaacagtgcaggttaggcgtcaaaaaatcgttgataaatttccaatggtaggattaagtggtgaatgaggcgcatatctcccccttttagaactaagctattgggcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|11 : GA-AG----GCCCTCCCAGGCGCAA---TGACCCTGCGTGCGAAATTGAGCAT---T---CCAAT--GAG---TGACTGAAG-TG---AC-TTGAGG-TG--T---GGCTT---TTTGT-TACTGGTGG----AGAAAAT--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--AGGGGACTT--TTAA-----T---TATTCTGTAGGTAGTTCGCATGA-ACATA--TTGGACCG--G-T--GTA-AAGCTCGATACCGATTAGGAAGG-----T----AGAGTT-T-GTTAGTAGCT-GGTTT---GTTTTTTTTCGGG--AAC-G-GAT-GGCAGCGCT-GA-----T-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCcagggacctaaaaatatg
gi|13 : GCGTGTTC-AATA----CCTGCAAAA-TGAAC-----------------T-G-CTGCAGATT--CATCTGACATCCCTGCAT-TAAC-AGAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGATAAA--TGA--TGAATTA--A-A---CGCC-AG-GTT-CCAGG-TGCTTTTTAGGTAC-CAGCCCCA
gi|14 : tttaaagccaagcaaactaaaatcctgagggtttacaggcacgatcctaaatgtagatttaatatcagttttacacatatatgtattttccgctaatgttttgattcgttgaattTTTTTTC----GGGAAC-G-GATGG-CAGCGCT-GA-----T-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CTAG-GGTGGCTTTATA-TT--G-GTTTG--AA--TGAG-ATGGCCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGGT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGTAAT-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|16 : tACAG--------AACA-AAT-GTCTG--GGTC--AAT--GTAAT----A-ATCT-AC-GGAGTCA-A----A-----G------TCT----GATAAGACAGAGTTGAGCTTGA-TATTA-G---T-CG-AAATTC-CC--C-TCTTTCTT-GGCAC-AAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG--AGGTTGTGGTGAA---
gi|17 : taccgcttacctcatacttatattGA-AG----GCTCGACCGGAGGCCA---CAACTTGACAGGCGAAGTTAAACGA---C---CCGGTTAAAG---CGATTGTAA-TT---TCGCGAA-G-TG--T---GATTT---T---C-Ta
gi|19 : gagaccctaatgtttaaaaactctgcttctgatcacctaccgtagcatctacggatCGATA-GTGATACGGTTTTTGAATG---CCCT--TA-GTAAGGTC-AAT-----AATTCAA----AGA-AGAAATGTTCTACTAGGTGGTA---CAACCGAGCAGGCAAAATTGAACAG---T---CCAAT--AAG---GGACTGTA
gi|2 : aAGGAATGACAGAGACTCCATT--AAAATT--AGCTAAAA---TTGTTTCCAAATGGTTAGGTCAG-GC-CT-TA-ATG-CTGAGTTTGA--------TTCGAATTCGGTA-GTGT---GG----TTGACGACCCCCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCAA---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAT---T---CCGAT--AAG---GGACTAAAA-TG---AC-TAGA-G-TG--T---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG-TCGCATGA-CCATA--TT-GACC---G-T--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GA-----T-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAGTCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACAATT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGTCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAAAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTC-TCCCATGTAGCA--CAACTTA-TGGATGCT-CC-GA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTA---TTTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCATC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACT-G-CTG--GGTC--TAT--GAAAT----G-ATATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--C-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTT-GATATGCTATGA----AGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGTacccatgcagagt
gi|20 : gcatgaAATTCAATTTC---CAAGGAAGAAAACTA---A-ATTTGT-GGTGG-------GGCCTAAGTTTTTTC----A--TGC-GC-AGGGGGA-CACCTAA-----T-TCCTGCACAAG--GATCT
gi|3 : aacggtACAGAAACACCGTTGTA--GTTG-AGCAAGAAAGCTTGC---CAGACAAAGAGGTCGA-GCATTATATATGTCT---TTTGAA---AC-CCT--AATGCGTTA-GTGA---GGCTTTTTGATG---CCAA--TG-GTAGCGTT-GAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GCTCTGCCAGGAGGCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-G-AG--T------TA---T---C-TTCT-TTGA----ATCCAAA--GTGACCCAAATGACTTGCTGT----------AATTTGATTAG-----T---TTTTTAACCGATAA-TGAGATCG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---TAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACCG--GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGAACA-CCCC-TA-----A-ATCCTCACACAGGGACCTAATTA----CATG-CAAATTGTGAC--CGCA-TTGCG-GT--G--AG--CTAGCAGGGCCA-CAA---AAA-AGAAAATC-ATC-AAGAT-AATGCATGA-TGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG-------TTAA--A--CAGTG--T-----AAAAATGAAGCAAA-TCTT-TCCCA--TAGTGAACAACTAA-TATATGAC-CC-AA-AGGACAA-CA--TTTTATCAAAG--TAATAATTG---TCTT-GAAAT-TT-GAATCCA-AGCAAGTCGAAGT---C----AGCTGGG--A-A--A--ATGGG-TAGT--AACCTAAATGCAGATTTGATATCTGACTTGA-CTA-ATAGTG-AATACT-TTC-CCGAA---AGGG-AA--------A----TCA-T---ACTAGCAGCTTGGTC-AATACTGGAATAGGTAACTGAACAG--------GTCCTA-------G--GGTC--GAT--AAAA-------GTGT--T-GG---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGAAAGA--TGG--TGTA-TA--A-GGCAC-AT-ATCGCCATC--T-TTTTTTTTAGGAAC-AAGGCCCA-A--GGGGGACA-CTTGT-AG-ATTA-ACGA-GG-GGTGGAATTTTAAATG---G-TCCAGCAACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC-AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGTTT---TATGCTTTTG----AGATTGTGGGATTCCCGAGT-CCCCCGTGGTCCT-AAATATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--caaa
gi|4 : CCA--TG-GTGGCATC-GAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGC-A---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAA---TTTTCCGAT--AAG---G-ACTAAAAATG---AC-TAGA-G-TGGTT---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAAAATTG-----AATG---TGCTGTCTTG--ATGGAATGT-ATTT------T---TTTTTTGTAGGTAG--CGCATGA-CCATA--TTTGACC---GGT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GA-----TTATCGGCACA----GATT-GTTTAAAGTCA-G-CGAG-G-TGGCGTTACA-TT--G-GTTCGGCAG--TTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGGT-GCGC-ACCTGTCTT-AATGACC-AGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCATGTAGC---CAACTTA-TGGATGCT-CCGAA-ATG-TAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTATT-TCTTTGAAAT-TTTGAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGA-ATG--GCC--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCCTA-GTAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA---A--A-ACTTT-----AT---TCATT--GGC--GCAGCGTCATC--ATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATACTGG-CTG--GGTCTGTAT--GAAAT----G-ATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CTAAAAGTC-CCCGG-TCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAAT--TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTT-GGA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCTTTGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--a
gi|5 : TTGCAAGG--------AGAAATCTTGA---CAAACAAGGAAGTCGGTGC-TC----ATGTCT---TTTTAA---A-ACCTCA---CCGGTG-GTG----GATTTGTTGATA---ACCGAGTG-GGAGCGTT-GATGCGGGCACCCGCCTACAGA-AG-----TTCTGC-AAGAGCCA---CAGCCT-GCAAGCAAAG-TAAGAAGAACT---CTGA---------GGATT-TGG-TCTAGCC-CTGA-G-CG--TTCCGTCTTGACC---T-CACTAGTGC----A---------CG-----AATT---CGCTTCCT-GTAATTGATTCC-ACTT------T---TATCCTGAAAGTA--TTGAATGGCTCATA-----GGCCCGGG-TAGATC-GAA--AGAT-TC---TAAGAGGA-----C----AGAGTTGT-AGTAG--G-T-CGACC---GTTTTTTC----A--ACCAGCTATGGGCA-
gi|6 : aaactcgtagt-TGGA---A-CC-AA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTGGT-CGTT----ATGTT-AATACCGGAGTAAGTCGAAGTCCCC----GGGTA----A-C-----ATGGG-TAGT--GAGCGGAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTG-CTA-ACAA-T-GCCCCT-TGA-CCT----------AGCTTTTGACA----TCA-TGAGAT--ACAGCTTCGTCTAACATT--ACTCTATAA-TGAACCG--------AGCAGATA-T-CTG--GGTC--AAT--AAAGT----A-ATT-------GACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGACAGA--TGA--TGAA-TC--A-G---G-CG-ATGGTCACC--A-TCTTTTTTGGGAAC--GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAG-GGAAAG--AATGAACC-TCAAAAGGACC-TGCC---ATTCTACCCAGCAAAACTTCCATT---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG--T--TCTAAACATGTCG-GATTTTAAATTGTTGGCTTCTCTGTA-TC-TCTTGGCCCTGCG-TAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGTggtccctaatcgtgactaaaaatacgcgtaaaatacacggagttatgtgcgcatatgaacatcggcctgcacataaagagctacatgtataattatgagtctggtatatgtaaacattaatggggtaaggggggacagattagccagtgaaaaacgaagcaaatgttccaaggaacaactctagagaatccgaggcaacatgtgtcaaagtaaatgtctagaatctgtaaacagcaaagcgaattcagttgtgaaatcggtaatcaggtccaaaatataattcttccgaaagggaaatcatatcgcgttgtcaatctggaacatcgtaacagaaaaagctaggtcataaaggctgttgaccgagattttcaggcgagagaaagtggtatagtgcatattgctattatttggtgaaacaagcaaagggaaacttgtaaaattaacaaggaggtggactttaaatggtaatatgagcatgacttcattgctgttttccactatctcttgaaatgttgttttttagatgctttttaggattatatcgcattcccggaagctccctgacctaaatttt
gi|7 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagctAGAGATGACAGAATTGCCATTGTAAGATTGTAGAAAG-----TTGCT-CCAGACGGCAAGGTCTG-AT-TT-TATGT---T---TTTGGT---A-ACCCCGA-TTCGGTG-ATGA---GGCCTAGTGATG---CCGA--TA-GTTGAATT-GAT-----GAGACGACGGCAAA-AA----GCTCGTCCGTGGGCAA---TGACCTTACAAGCAACGTTGAGTAG---T---CCAAT--GAG---CGACTGCAT-TT---CC-CGAA-G-TG--T---GACCT---T---T-T-----TGGTGCTACAAAAA--T-------AATG---TA--G--T-G--A-GGACTTT-AATTGGC---TTAATTTTTTGTTGGGAG-TTGCATGG-TTATA--TT-AATG---G-T--ATC-CAATTCAATACC---TAAAAAAG-----TG---AGAA-TGTGGGTCG--GCT-CCACA---GTTTTTTC----A--TGC-GCAATGGGGA-CACC-GA-----G-ATCAGCACATATGGATTTG---AAAACCT-GAAGGG-AGTAGTG----A-GT--G-ACCAG--AGAACCAG-GTGGGCCACAA--AACA-AAAAAATC-ATC-CAAAT-AGT---GAA-TG-----------ctaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|8 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatTGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGCAAA-ATTTGTCCCAC--AGTGAACAACTGA-TGGAGGAATCC-AA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-CCTT-GGAAT-TT-AAAACCG-ATTATTTGAAAGT---TTTCAAGGTTTA--G-T--AGGATGGG--------GACAGAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTG-CAAGGTAA-ACACAACCGTGG-CCCAG---G--GCAGCAT-----AAATTTC--T--GGC--TT-GCATAGTC-AAT------GTCAATAC-TGAACAG--------AACAAAAC-G-AGG--GGTC--AAT--AAAAT----C-ATCAAAT-AGATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGACAAA--TAA--TGAA-TA--ATG---C-AC-ATA-TC-TC--A-TTCTTTTTAGGGGCTAAG-CCTGTata
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggt-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATA----------------T-TT-GAAGCCG-AGCAGATCAAAAT---C----AGAAATG--G-C--A--ATATT-AATA--AGGCGAAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTC-CTA-ATAG-G-GTTGCC-GGA-CCTAATTAAT-G-AAGTT-----A----TCA-T--GGCA-GCAGCGTCATC-GATA----GATGCATA--CAAAAAGGCGAAGTTAAAATTGT-G-ATG--G-----------AAAT----G-A-ATAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGAGAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-AAAGTC-CC--CGTCCTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCT-TGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--agcagacacttgggagattgacaaaggcaaatattttgaaagg
blockSeqs : T AAATTAGCTAAAATTGTTTC G TT T A ATATATGTCTTTTGAAACCCTAA . ATAC T T ACC AG . . GCGGGC C G T AAAT G A C . T TTTT TA . C AA CTAGC GC G A GT TCC TTTGT T GG ACACAAAGTGACCCA ACTT TCCTGTAAT AATTGGC TAA GTTC GC TTGGACCG G AG . TAG G GAT GAAAACTA G TA T . TAA TCGGG C A T G C TA ATTTTT C CAGG T TG T TT A GC . TT GC AAC C C A TTG . . A G T T A AAGTCGTTGCC TC GAC CTGG C GGGT A A TG TG GAA . T AT G . G TA T GT TTTATTT TG G T G GA TTTCA T T GTAGG TAGA A C G TG G C GGCAGCATAAATT T GA TA CA TA CTGG AC GCGAAGTTAAAATTGTG . TGT . GATATA A GAGTTATGT CAG T C GT GC . TT T GCACAT AA A CGG C TA T T TA TTA T AA T T ATT C C G TG TAC T CTT TC G TG G TTTT G T C AAA A TT AT . TCT .
blockSeqs : A GTTGAGCAAGAAAGCTTGC A AG . . TAATGCTGAGTTTGATTCGAA . T C T . . . . C A G T . C C A . T AACT . . A G TC T . . . . GACCT A AG ATCCAAAGTGACCCA T GTCTTGAT GATTAG . ATG G TTTGACC . . . CTC A . ACA . . C . G GGG A . G G G T TT T TATG T GA . GT . . . TC . T . T . G . . . G . T . . TG GAC CTTT C TT C . A TG GAA . T A . . . T T . TTTGGTC G . . . AG CCCC T G GCCA TAGT T . . AC . . TTAATGAAGTTA . . A GG A TT A AACATACTGG . A . GATATA . GATTCAA . A G . . . . . CCTA AA A CG T A G T . CA . A T T CC G . C C . A G T A . A . A . G TGT . G .
blockSeqs : G AGATTGTAGAAAGTTGCTC A GG . . TATGTTTTTGGTAACCCCGA . A T G . . . . A T A . . A G C . G A . . T G GA T . . . . TTA A T AGAAAAAAATTG T GTCTGAG GATTAG . GTC A GGCCCGG . . . CTC A . GTA . . C . . T A . G . G G T T AG T G . GT . . . TC . T . C . G . . . G . C . . TG GG TTTC C GT T . C TG G . T T . . . T T . GAAAGCC G . . . GA C T T GCA TAGA A . . G . . AGCTTTTGACA . . . CA A . A AACAAATGT . T . CATCAA . GACAC . T A . . . . . TCG TC . C A A T C . T . A A T T C . C G . T . T A . G . G . G GCG . A .
blockSeqs : AGGAGAAATCTTGA G CA . . ATGTCTTTTTAAAACCTCA . A C A . . . . T C G . . A T T . A T . . T A TT T . . . . TTA T G TGCTACAAAAAT T GTCTGAT TTAA . ATG A GCCTGA . . . TTC T . ACA . . T . . G G . G . G G T G . A G . G . . . CA . C . T . A . . . G . T . . G AC CTT T GT C . T TG A . T C . . . T T . TTTAT G . . . AG C T T AAA TAGT G . . T . . AAACTTTAT . . . CG A . A AACATACTG . G . AATCT . AAG . A G . . . . . CCT AA . C T A T T . T . G T . . . . . . . A . . . . . . A . . TGT . T .
blockSeqs : . . . . . . . . C T . . . C T A . T C . . A A GA T . . . . TC A T AGAAAATTTG C TGCT ATTT . GTT G TTGACC . . . TAG G . GTA . . C . . A G . T . A G T T . T G . . . . . . . T . G . . . . . A . . . . TT . GT A . T C G . G T . . . T T . ATTGT . . . . TT C A T GCA AATA A . . G . . AGGGAAA . . . AG G . C AGCAGATAT . A . GAATA . GAA . A C . . . . . GCG TG . T A A T T . T . A . . .
blockSeqs : . . . T C . . . G A C . T T . . C G TC T . . . . TC A G AGAAAAATTG T GTGA ATTT . GC A GCCTGA . . . CTC A . GTG . . C . . T C . G . C T T C . . . A . . . T A . . . . . . . . . . . GA C . . AC . G CA . . . AACAAAACG . A . GTGT . CCA . T C . . . . . CAC TA . A G A . .
blockSeqs : . G A . . . C T C . T T . . A G GA C . . . . TC . . ACG . GT ACTT . TT G TTAATG . . . TTC A . GT . . . . . G G . T . G G A G . . . A . . . . . . GTCCTA . . . AATT . GAA . A G . . . . . CCT AA . A T . .
blockSeqs : . . G A A . T A . . T T TC C . . . . TT A . . AC . . . . . A C . A . A G G A .
blockSeqs : . . T G . . . T . . C A G . . .
blockSeqCons : AGGTTAGAAANTTGC********** TATGTCTTTTGAAANCCCGA************ *** *** GTCTGAT*** ATTT******* G* CTC GTA******** **** TC T** TG GAC CTTN GT******* T* NTTGGTC* GCA******* TAGA*** AGCGAAACT************** AACAAATNN********** ** ** GATNTA***** GAA**************** CCN***** NA N*** T** A* ** NGN*
originalCons : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG-AGNAAGAAA-CTTGCT-CCAAACGANGAGGTCGG-GC-TT-TATATGTCT---TTTGAA---ACACCTCGAATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATTTG-----T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGC-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--G-C--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAA---A--G-AACTT-----A----TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAG--------AACATANT-G-CTG--GGTC--NAT--GAAAT----G-ATNTAAT-AGAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-G---C-CT-ANAGTC-CC--N-TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCG-AAAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTTCGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCT-CGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
finalCons : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTAGAAANTTGC----------CAAACGANGAGGTCGG-GC-TTTATGTCTTTTGAAANCCCGA------------TTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCCA--TG-GTAGCGTC-GAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCTGAT---GGAATTTATTT-------T---TTTTCTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGGTA--------AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AGT--TAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTNAATGACCCAGTGT-------AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTGGTC-CTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATGGCA-------ATGGGTAGA---AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTG-CTA-GTAG-G-GTTGCC-TGA-CCTAAAGCGAAACT--------------TCA-T--GGC--GCAGCGTCGTC-AATA----AATGCATAA-TGAACAGAACAAATNN----------CTG--GGTC--NAT--GAAATGATNTA-----AT-AGAACCTGAA----------------TCT---GGANATGANAAA--TGA--TGGA-TA--A-GCCN-----ANAGTC-CCN---TCCTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCGA-AAATGGTGGTGAA---TCAAAAGCCCC-CCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTTT--GATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCTNGN-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444 11 2222222222222222 1111 1111 1111 1111 111 111111 1111111 111111111 11 222222222222222222222 2222222222 1 3333333333 333333333333 11 1111111111 111 1111111 1111111 3333 11 111 111 33333333333 111111111 111 11 222222222 11111111 22222 1111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111111 111111 3333333333333333333 11 11111 1 111 11 222 33333333333 222 11 1 1111 11 1 222 1
lowQualScore : 4 0000000000 11 5555555555555555 1 22 8 8 7777 8 0 4444 0 4444 1 77 0 6 5555 3 3 0 111 77 5 5 222222 5 2 7 8 8888 1 1 4 777 5 1 0 1111111 55 777 2 55 99999 55 4 4 66 777 333333333 3 11 555555555555555555555 9999 1111111111 0 1111111111 66 66 0 9999 1 5 111111111111 5 66 5 00 2 777 8888888888 0 4 66 1 4 222 3333333 1 4 5 8 1 44 5555555 1 1111 1 777 6 99 6 99 6 11 99 333 6 1 6 444 6 6 6 1 6 1 6 11111111111 55 888 5 9 999999999 1 5 66 99 777 5 3 66 5 5 0 5 44 3 0 66 777777777 66 5 5 0 5 22 0 44444444 1 1 77 11111 0000000 7 3 5 5 1111111 5 0 5 999999999999999999999999999999999999999999 1 5 0 4444444 33 5 4 55 777777 8 888 4 111111 4 1 2222222222222222222 1 7777 1 55 66 66 4 4 66 8 4 1 1 33 8 77777 777 0 1 8 1 0 77 777 6 1 00 3 000 8 5 5 8 66666666666 1 222 88 3 11 3 0 7777 6 8 5 1 8 8 0 99 11 5 111 5
lowQualScore : . .......... .. ................ . .. . . .... . . .... . .... . .. . . .... . . . ... .. . . ...... . . . . .... . . . ... . . . ....... .. ... . .. ..... .. . . .. ... ......... . .. ..................... .... .......... . .......... .. .. . .... . . ............ . .. . .. . ... .......... . . .. . . ... ....... . . . . . .. ....... . .... . ... . .. . .. . .. .. ... . . . ... . . . . . . . ........... .. ... . . ......... . . .. .. ... . . .. . . . . .. . . .. ......... .. . . . . .. . ........ . . .. ..... ....... . . . . ....... . . . .......................................... . . . ....... .. . . .. ...... . ... . ...... . . ................... . .... . .. .. .. . . .. . . . . .. . ..... ... . . . . . .. ... . . .. . ... . . . . ........... . ... .. . .. . . .... . . . . . . . .. .. . ... .
lowQualScore : 2 8888888888 00 4444444444444444 4 44 0 0 8888 0 8 8888 6 8888 0 88 8 7 2222 7 3 7 777 99 7 0 888888 4 2 6 0 5555 0 0 1 000 2 4 7 7777777 55 000 3 33 44444 11 4 4 11 888 111111111 6 44 111111111111111111111 6666 4444444444 0 1111111111 99 99 1 0000 4 0 222222222222 0 99 0 33 7 888 4444444444 1 4 11 9 4 222 8888888 0 0 7 0 9 66 0000000 0 1111 7 555 7 77 7 22 7 00 22 333 7 0 7 333 7 7 7 0 7 8 7 77777777777 88 888 2 8 333333333 0 7 33 33 444 0 4 00 0 0 9 0 44 2 4 99 333333333 44 7 7 4 7 11 7 44444444 7 4 99 66666 9999999 6 9 7 7 0000000 7 7 7 777777777777777777777777777777777777777777 4 0 1 9999999 99 0 4 00 888888 9 777 4 777777 4 1 0000000000000000000 1 9999 0 44 11 11 4 4 11 9 4 0 0 99 9 77777 888 8 0 9 7 9 99 555 7 7 22 2 888 0 0 0 0 88888888888 4 000 88 8 00 2 8 0000 4 0 0 0 8 0 6 00 00 5 000 5
consensus : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTTG----AG--AA----AGCTTG---C--CAAACGANGAGGTCGG-GC-TT---TA-TGTCT---TTTGAA---ACCCCNATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCC--ATG-GTAGCG-TCGAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCCTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATT---T------T--TTTT--CTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTT-AATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTAGT-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--GC--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTGC-TA-GTAG-G-GTCGCC-TGACC-TAA--AG-----C----G----AAACT-T--CAT-----GGC--GCAGCGTCGTC-AAT--A--ANTGCATAATGAACAGA-ACA-GATNN---CTGG-GTCN--ATG-AAATGATNTAATA-GAACCC-G----A-----A------TCT---GGANATGA-NAAA--TGA--TGGA-T-A--A-GC-CCANA-GTC-CC--C--TC---CTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAA-TGGTGGTGAA---T-CAAAAGCCCCCCCCCC-AACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTT-TTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCTTGNTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
Reference ( family-464 ) : NNNNNNAGGGATGACAGAAACGCCATTGTAAGGTT-----AG--AA----AN-TTG---C--CAAACGANGAGGTCGG-GC-TT---TA-TGTCT---TTTGAA---ANCCCGATTCGGTA-GTGA---GGCTTTTTGACG---CCC--ATG-GTAGCG-TCGAT-----CAGCCGCCTGCAGA-AG----GCTCTNCCAGGNGCCA---CGACCTTGCAAGCGAAGTTGAGCAG---T---CCGAT--AAG---GGACTGCAG-TT---NC-CGGA-G-TG--T---GGCTT---T---T-TACT-GTGG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATTT-ATT---T------T--TTTT--CTGTAGGTAG-TCGCATGG-TCATA--TT-GACC---G-T--ATC-GAACTCGATACC---CAAGAAGG-----TA---AGAGTTGT-GGTAG--GCT-CGGCC---GTTTTTTC----G--ANC-GCGATGGGCA-CGCC-GA-----T-ATCNGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACA-TT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGNCC-CAA--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTNAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTT-TCCCACGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCN-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTTTATCAAAG--TAATANTTGGT-CCTT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGGTCGAAGT---C----AGATATG--GC--A--ATGGG-TAGA--AGGCGGAAAGCAGATTTGATGTCAGACTTTGC-TA-GTAG-G-GTTGCC-TGACC-TAA--AG-----C----G----AAACT-T--CAT-----GGC--GCAGCGTCGTC-AAT--A--AATGCATAATGAACAGA-ACA-AATNN---CTGG-GTCN--ATG-AAATGATNTAATA-GAACCT-G----A-----A------TCT---GGANATGA-NAAA--TGA--TGGA-T-A--A-GC-CNANA-GTC-CC--N--TC---CTTTTTAGGNAC-AAGTCCTATT--GGTGGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAA-TGGTGGTGAA---T-CAAAAGCCCCCCCCCC-AACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTT-T--GATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTGTTGGCTTCCCTAAA-TCGCCTTGGTCCTNGNTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAATCTGATAATTTCTGT
gi|1 : GATGACGAGAACACCATTGTAGG--T-----AG--AAGAAAAG-ATG---T--CAAACCAAAAGATCGG-AC-TT---CA-TGTC-------GAACTGACACCTATTTTATAAGTGA---GGCTTTTTGACG---CCC--ATGTGTAGCATTTGAT-----CAG-CGTCTGCAGA-AG----GCGCGCCT--GTGTCAACTCGAC------ATCGAAATT--TTAA---T---ACGCC--AAGTTAAGATTGCAT-TT---GT-TGCA-A-TG--T---GGCTT---T---T-TAGC-ATGA----AGGCGGC--TTG------ATG---CGTTCTC-------GCAATT---TT---TGGAAAGT--TTTT--CAGTGGG-AG-AGACAT-G-TCATA--GT-AATA---G-T--ATTAGAA--CGGTACG---CAAGAA-A-----TATTTAGA-TGGT-GGTCG--GCTACAGTT---TTTTTTTC----G--TCC-GCAATAGGGA-CCCC-TA-----A-ATCGGCACAAC--GATGTTTTAAAAATCT-T-TAAG-GGTGTTGGTGCA-TT--GTGCT-G--AA---TGG-GTGGGCC-AAA--CAAATAGGAAATCAATC-TA-AT--ATGAAGAA-TG-----------AAGGGGTT-------TTGT-----GTGACCCAGT---TAAAAAAGAGCC------AA-CTTT-TCCCACAATGCA--CAACTTATTTGAAGCT-CA-AATATGGTAG-CA--TTTTATCGA-----AATAGTTAGCGCCTT-GAAAT-TG-AAAACC----CATGT----GT---C----TGATATATCGCCGG--ATGAATTGGAATAGGC-GAAAGCCGACTTGATGTC-GA--TAGC-AA-GCAG-C-ATC-CC-T-CCC-TAAGTAGTCTTAT----G----AAA-T-T--TGT-----GAC------TGTCGAC-ACCTGA--AAT---T--TGAACAGT-GCA-GGTTA-----GGCGTCA--A-A-AAATCGT-TGATA-AATTTC-C----A-----A------T------GGTAGGATTAAG--TGG--TGAA-TGA--G-GC-GCATA--TC-TC--C--CC---CTTTT--AGAACTAAG--CTATT--GG
gi|10 : tgtcgctggatgtccaatgcagaccatttgggtggccaagaccctgtgcccaattaccccggaaatagacccccccggtcagctcctgcgctatctgttaatagcttggatgtttgtcatcctaaagaggggtattttG-TTGAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GATCTGCCAGGAGCCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-GATC--G---AGTTA---T---C-TTCT-TTGA----ACACAAA--GTGACCCAAATG----GCT---T-G--CTGTAATTT-GAT---TAG----T--TTTT--CAGCAGGTAA-TGACATAG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---CAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACC---GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGGGCA-CCCC-TAATTTTT-ATCCTCACA----gcgaagtttggagattttgaaagtcgggtttgaaatggcgcattttgtgtaaggaaagttctttactaatttttgatgggctatagactgattgcacttagctaggtagattatggctgtctctgggccccctttgacccatatattgaacgaaataccaaagtaa
gi|11 : GA-AG----GCCCTCCCAGGCGCAA---TGACCCTGCGTGCGAAATTGAGCAT---T---CCAAT--GAG---TGACTGAAG-TG---AC-TTGAGG-TG--T---GGCTT---TTTGT-TACTGGTGG----AGAAAAT--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--AGGGGACTT-TTA---A------T--TATT--CTGTAGGTAGTTCGCATGA-ACATA--TTGGACCG--G-T--GTA-AAGCTCGATACCGATTAGGAAGG-----T----AGAGTT-T-GTTAGTAGCT-GGTTT---GTTTTTTTTCGGG--AAC-G-GAT-GGCAGCGCT-GA-----T-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCcagggacctaaaaatatg
gi|13 : GCGTGTTC-AAT--A--CCTGCAAAATGAACTGCTGCA-GATTCAT-CTGACATCC--CTG-CA-----TTAACA-GAATTTAG----ATTTTTA------TCT---AGATATGA-TAAA--TGA--TGAATT-A--A-ACGCCAG--GTT-CCAGG--TG---CTTTTTAGGTAC-CAGCCCCA
gi|14 : tttaaagccaagcaaactaaaatcctgagggtttacaggcacgatcctaaatgtagatttaatatcagttttacacatatatgtattttccgctaatgttttgattcgttgaattTTTTTTC----GGGAAC-G-GATGG-CAGCGCT-GA-----T-ATCTGCACA----GATTTGTTTAAAATCA-G-CTAG-GGTGGCTTTATA-TT--G-GTTTG--AA--TGAG-ATGGCCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TTGGT-AATGTAGAA-TG-----------TGTGGGTTCCGCGACCTGTCTGGAATGACCCAGTT--T-----AGTGCAGTTGTAAT-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CA--TTTTATCAAAG--TAAT
gi|16 : tACAGA-ACA-AATGT---CTGG-GTCA--ATG-TAATAATCT-ACG-GAGTCA-A----A-----G------TCT----GATAAGA-CAGAGTTGAGCTTGA-T-ATTA-GT-CGAAA-TTC-CC--C--TC---TTTCTT-GGCAC-AAG-CCTACT--GGGGGA------GCAA---CCG-AGG-TTGTGGTGAA---
gi|17 : taccgcttacctcatacttatattGA-AG----GCTCGACCGGAGGCCA---CAACTTGACAGGCGAAGTTAAACGA---C---CCGGTTAAAG---CGATTGTAA-TT---TCGCGAA-G-TG--T---GATTT---T---C-Ta
gi|19 : gagaccctaatgtttaaaaactctgcttctgatcacctaccgtagcatctacggatCGATA-GTGATACGGTTTTTGAATG---CCC--TTA-GTAAGG-TCAAT-----AATTCAA----AGA-AGAAATGTTCTACTAGGTGGTA---CAACCGAGCAGGCAAAATTGAACAG---T---CCAAT--AAG---GGACTGTA
gi|2 : aAGGAATGACAGAGACTCCATT--AAAATT-----AGCTAA----AA-TTGTTTC--CAAATGGTTAGGTCAG-GC-CT---TAATG-CTGAGTTTGA-----TTCGAATTCGGTA-GTGT---GG----TTGACGACCCCC--ATG-GTGGCA-TCGAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGCAA---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAT---T---CCGAT--AAG---GGACTAAAA-TG---AC-TAGA-G-TG--T---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAA--TTG-----AATG---TGCTGTCT-G--ATGGAATGT-ATT---T------T--TTTT--TTGTAGGTAG-TCGCATGA-CCATA--TT-GACC---G-T--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GA-----T-ATCGGCACA----GATTTGTTTAAAGTCA-G-CGAG-GGTGGCGTTACAATT--G-GTTCG--AG--TTAG-ATGGTCC-CAT--GAAA-AGGAAGTC-GTC-TAGAT-AATGTAAAA-TG-----------TGTGGGTTGCGCGACCTGTCTTTAATGACCCAGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAA-CTTC-TCCCATGTAGCA--CAACTTA-TGGATGCT-CC-GA-ATGGTAA-CAT-TTTTACCAAAG--TAATATTTATT---TT-GAAAT-TT-GAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGATATG--GC--A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAATGTCAGACTTTGC-TA-GTAG-G-GTTGCC-TGACC-TAA--AG----------------AACT-TATCAT-----GGC--GCAGCGTCATC-AAT--A--AATGCATAATGAACAGA-ACA-TACTG---CTGG-GTCT--ATG-AAATGATATAATA-GAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGA-GAAA--TGA--TGGA-T-A--A-GC-CTAAA-GTC-CC--C--TC---CTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCGAAAA-TGGTGGTGAA---T-CAAAAGCCCCCCCCCC-AACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTT-TTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTT-GATATGCTATGA----AGGTT-TTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCTTG-TAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--GCTGATAA---GATAATTTTTGTacccatgcagagt
gi|20 : gcatgaAATTCAATTTC---CAAGGAAGAAAACTA---A-ATTTGT-GGTGG-------GGCCTAAGTTTTTTC----A--TGC-GC-AGGGGGA-CACCTAA-----T-TCCTGCACAAG--GATCT
gi|3 : aacggtACAGAAACACCGTTGTA--GTTGAGCAAG--AA----AGCTTG---C--CAGACAAAGAGGTCGA-GCATTATATA-TGTCT---TTTGAA---ACCCTAATGCGTTA-GTGA---GGCTTTTTGATG---CCA--ATG-GTAGCG-TTGAT-----CAGTCGCCTGCAGA-AG----GCTCTGCCAGGAGGCA---CTACTTTGCAAGCAAAGTTAAGAAG---A---CCTAT--AAG---GGATTGCAG-CT---CC-TGGA-G-AG--T------TA---T---C-TTCT-TTGA----ATCCAAA--GTGACCCAAATGACTTGCTGT----------AATTTGATTAG-T------T--TTTTAACC---GATAA-TGAGATCG-TCATAGCCT-GA-----G-T--ATC-GAATAGAATGCC---TAAAAAGA-----CA---AGAGTTGT-GGTAG--GTT-CGACCG--GTTTTTTC----T--ACT-GCTATGAACA-CCCC-TA-----A-ATCCTCACACAGGGACCTAATTA----CATG-CAAATTGTGAC--CGCA-TTGCG-GT--G--AG--CTAGCAGGGCCA-CAA---AAA-AGAAAATC-ATC-AAGAT-AATGCATGA-TGAAGTCGTTGCCTGTATGTTGGGCGG------TTAAA-----CAGTG--T-----AAAAATGAAGCAAA-TCTT-TCCCA--TAGTGAACAACTAA-TATATGAC-CC-AA-AGGACAA-CA--TTTTATCAAAG--TAATAATTG---TCTT-GAAAT-TT-GAATCCA-AGCAAGTCGAAGT---C----AGCTGGG--AA--A--ATGGG-TAGT--AACCTAAATGCAGATTTGATATCTGACTTGAC-TA-ATAGTG-AATACT-TTCCC-GAA--AG-----G----G----AAA---T--CAT------ACTAGCAGCTTGGTC-AAT--A--CTGGAATAGGTAACTGA-ACA-GGTCC---TAGG-GTCG--ATA-AAA--GTGT--TG-G---CC-G----A-----GTTATGTTCA---GGGTAGGA-AAGA--TGG--TGTA-T-A--AGGC-ACATA--TCGCC--A--TCTTTTTTTTTAGGAAC-AAGGCCCA-A--GGGGGACA-CTTGT-AG-ATTAACGA--GG-GGTGGAATTT-TAAATG---GTCCAGC-AACCCTGTGAAGCCCGACTTCTTTAC--AATT---TTTTTTTCACTTGCTATTGTCATGGTTTGTTT---TATGCTTTTG----AGATTGTGGGATTCCCGAGT-CCCCCGTGGTCCTAAATATTGAGG-ACGAAAACC-GGAAGTAAAACC--caaa
gi|4 : CC--ATG-GTGGCA-TCGAT-----TAGCCGTCT--AGATAA----GCCCTCCCAGGTGC-A---TGACCCTGCAAGCGAAATTGAGCAA---TTTTCCGAT--AAG---G-ACTAAAAATG---AC-TAGA-G-TGGTT---GGCTT---T---TATACT-GTCG----AGAAAAAAATTG-----AATG---TGCTGTCTTG--ATGGAATGT-ATT---T------T--TTTT--TTGTAGGTAG--CGCATGA-CCATA--TTTGACC---GGT--GTC-AAACTCGATACC---CAGGAAGG-----TA---AGGGTTGC-TGTAG--GCT-CGGTT---GTTTTCTT----G--AGC-GCGATAGGCA-CGCC-GA-----TTATCGGCACA----GATT-GTTTAAAGTCA-G-CGAG-G-TGGCGTTACA-TT--G-GTTCGGCAG--TTAG-ATGGTCC-CAATTGAAA-AGGAAGTC-GTCATAGATTAATGTAAAAATG-----------TGTGGGT-GCGC-ACCTGTCTT-AATGACC-AGTG--T-----AGAGCCGTTGCAAAACCTT-TCCCATGTAGC---CAACTTA-TGGATGCT-CCGAA-ATG-TAA-CAT-TTTTACCAAAAGTTAATATTTATT-TCTTTGAAAT-TTTGAAGCCG-AGCAGATCGAAAT---C----AGA-ATG--GCC-A--ATGGG-TAGA--AGGCAAAAAGCAGATTTAAGGTCAGACTTTGCCTA-GTAG-G-GTTGCC-TGACCCTAA--A-----------------AACT-T--TATTCATTGGC--GCAGCGTCATC-A-T--A--AATGCATAATGAACAGA-ACATACTGG---CTGG-GTCTGTATG-AAATGATATAATAAGAACCT-G----AC----AC-----TCT---GGAAATGA-GAAA--TGA--TGGA-T-A--A-GC-CTAAAAGTC-CC--CGGTC---CTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATTTAGGTTGAT--CCTGCAAG-GTCGAAAAATGGTGGTGAA---TTCAAAAGCCCCCCCCCC-AACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTT-TG-GA-----TTTTGTAGAG--GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAATTTGCCTTTGTCCTTGTTAATGAAG-GCTGAAACCTTGACTGAAAACC--a
gi|5 : TTGCAAGG-------AG--AA----ATCTTG---A--CAAACAAGGAAGTCGGTGC-TC----A-TGTCT---TTTTAA---AACCTCA-CCGGTG-GTG----GATTTGTTGATA---ACCGAGTG-GGAGCG-TTGATGCGGGCACCCGCCTACAGA-A-----GTTCTG-CAAGAGCCA---CAGCC-TGCAAGCAAAG-TAAGAAGAACT---CTGA---------GGATT-TGG-TCTAGCC-CTGA-G-CG--TTCCGTCTTGACC---T-CACTAGTGC----A---------CG-----AATT---CGCTTCCT-GTAATTGATTCC-ACT---T------T--TATC--CTGAAAGTA--TTGAATGGCTCATA-----GGCCCGGG-TAGATC-GAA--AGAT-TC---TAAGAGGA-----C----AGAGTTGT-AGTAG--G-T-CGACC---GTTTTTTC----A--ACCAGCTATGGGCA-
gi|6 : aaactcgtagt-TGGA---A-CC-AA-AAGGCAAGCAT-TTT-GTCGTTA--TAATATTTGGT-CGTT----ATGTT-AATACCGGAGTAAGTCGAAGTCCCC----GGGTA----AC-----ATGGG-TAGT--GAGCGGAAGGCACTCTTGAGGTCGGATTTTGC-TA-ACAA-T-GCCCCT-TGACC-T----AG-----CTTTTG----ACA---T--CATGA---GAT--ACAGCTTCGTCTAAC--ATTACTCTATAATGAACCGA-GCA-GATAT---CTGG-GTCA--ATA-AAGTAATT-------GACCT-GATTCA-----A------ACTCAGGGTAATGA-CAGA--TGA--TGAA-T-C--A-GG-CGATG-GTCACC--A--TC---TTTTTTGGGAAC--GGTCCGACT--GGTAGATTACCT--AAGTGTAGGGAA-AG--AATGAACC-T-CAAAAGGACCTGCC----ATTCTACCCAGCAAAACTTCCAT-T---ATTTACTTTTGCTCA---CCAATTG--AGG--T--TCTAAACATGTCG-GATTTTAAATTGTTGGCTTCTCTGTA-TC-TCTTGGCCCTGCGTAGTGTAGAG--GGAACC-ATACTTAAAACCATGTTG-TAATCTGA-AATTTCTGTggtccctaatcgtgactaaaaatacgcgtaaaatacacggagttatgtgcgcatatgaacatcggcctgcacataaagagctacatgtataattatgagtctggtatatgtaaacattaatggggtaaggggggacagattagccagtgaaaaacgaagcaaatgttccaaggaacaactctagagaatccgaggcaacatgtgtcaaagtaaatgtctagaatctgtaaacagcaaagcgaattcagttgtgaaatcggtaatcaggtccaaaatataattcttccgaaagggaaatcatatcgcgttgtcaatctggaacatcgtaacagaaaaagctaggtcataaaggctgttgaccgagattttcaggcgagagaaagtggtatagtgcatattgctattatttggtgaaacaagcaaagggaaacttgtaaaattaacaaggaggtggactttaaatggtaatatgagcatgacttcattgctgttttccactatctcttgaaatgttgttttttagatgctttttaggattatatcgcattcccggaagctccctgacctaaatttt
gi|7 : ccccaaataaaaaatcatcgagatagtgtataattggtagttacctgatttcttggctagcaggcaaaagcaagaaaaagctaatttgttaaacagaagcagcatgagagctAGAGATGACAGAATTGCCATTGTAAGATTGT---AG--AA----AG-TTG---CTCCAGACGGCAAGGTCTG-AT-TT---TA-TGTTT---TTGGTA---ACCCCGATTCGGTG-ATGA---GGCCTAGTGATG---CCG--ATA-GTTGAA-TTGAT-----GAGACGACGGCAAA-AA----GCTCGTCCGTGGGCAA---TGACCTTACAAGCAACGTTGAGTAG---T---CCAAT--GAG---CGACTGCAT-TT---CC-CGAA-G-TG--T---GACCT---T---T-T-----TGGTGCTACAAAAA--T-------AATG---TA--G--T-G--A-GGACTTTAATTGGCT------TAATTTT--TTGTTGGGAG-TTGCATGG-TTATA--TT-AATG---G-T--ATC-CAATTCAATACC---TAAAAAAG-----TG---AGAA-TGTGGGTCG--GCT-CCACA---GTTTTTTC----A--TGC-GCAATGGGGA-CACC-GA-----G-ATCAGCACATATGGATTTG---AAAACCT-GAAGGG-AGTAGTG----A-GT--G-ACCAG--AGAACCAG-GTGGGCCACAA--AACA-AAAAAATC-ATC-CAAAT-AGT---GAA-TG-----------ctaaaagcaaagggtaagatgaagttcactacataattgtgcatatgttgattaggagtccgaaggccaaaactatacaagtttctactggggcacaattggcttgtggagtgtcctccacagg
gi|8 : gtctctgataatgccttccacagaccagttacttggcaatgacccatgagcccaccttcccgaaaaataaataccaaatccctcgttgcccccccccctgcactgtctgtaatcagctggattgtgttattttgtacccaaggttacatTGTTTTCAGTAATTCAATGGGT-----AAGAAAGTTGCAAA-ATTTGTCCCAC--AGTGAACAACTGA-TGGAGGAATCC-AA-ATTG-AA-AATAGCTTGTTAAAG--TAGAAGAAAGC-CCTT-GGAAT-TT-AAAACCG-ATTATTTGAAAGT---TTTCAAGGTTTA--GT--AGGATGGG--------GACAGAAAGCTGATT-GATATCAGACTTTGC-AAGGTAA-ACACAACCGTGGCC-CAG--GG-----C----AGCATAAATT-T--C-T-----GGC--TT-GCATAGTC-AAT------GTCAATACTGAACAGA-ACA-AAACG---AGGG-GTCA--ATA-AAATCATCAAATA-GATTTT-C----C-----A------T-T---GAATGTGA-CAAA--TAA--TGAA-T-A--ATGC-ACATA--TC-TC--A--TT---CTTTTTAGGGGCTAAG-CCTGTata
gi|9 : atcgatagcgacattgtcagtattgtgtcaattgatttgccgaagaaaaccgatctttagttggtccacagttttgtcttcgtctatggggacctccaggtcacgtgtacaacatttctgaatatttgcaaggtgtttgtccattgttgagaattggaataaaaaccattctaaatactggataagaaattgttttttggaggt-CTTA-TCCCATGTAGCG--CAACTTA-TGGATGCA-CC-AA-ATGGTAA-CAT-TTT-ATCAAAG--TAATA----------------T-TT-GAAGCCG-AGCAGATCAAAAT---C----AGAAATG--GC--A--ATATT-AATA--AGGCGAAAAGCAGATTTAATGTAAGACTTTCC-TA-ATAG-G-GTTGCC-GGACC-TAATTAA-----T----G----AAGTTAT--CAT-----GGCA-GCAGCGTCATC-GAT--A--GATGCATA-CAAAAAGG-CGA-AGTTAAAATTGT-G-----ATGGAAATGA-ATAATA-GAACCT-G----A-----A------TCT---GGAAATGA-GAAA--TGA--TGGA-T-A--A-GC-CTAAA-GTC-CC--CG-TC---CTTTTTAGGTAC-AAGTCCTATT--GGTGAAT--CCTGCAAG-GTCGAAAA-TGGTGGTGAA---T-CAAAAGCCCCCCCCCCCAACCCTGTCAAGTAAAACTTCTTT-TTGGATT---TTTTGTAGA---GCAACTGT-AGGATT--TTTGGATATGCTATGA----AGGTTATTGGCTTCCCTAAA-TTGCCTTGGTCCTTGTTAATGAAG-GCTGAAACC-TGACTGAAAACC--agcagacacttgggagattgacaaaggcaaatattttgaaagg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTAGATAATGCGGTTTTTCAATCCCTATTGTTAAATCAATCAAACGGCGTAAGAAAGCTCTACCTGGAAACATGCAAAATTCAGTACCCCAATTAAAGACTGAAGCTCCCTTAATGTAACTTTCTTCTTCTTACTAAAAAGATGCACTTAAATTTCTACATTTATCCAATTTATCCATTGGAAGGCGACTCACCACATCAATTGAATCTAATTCAATGCCATAAATAGTAATGCGTGTCACTGGCCAAAAGGTTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): TTTTAGGTACCAGCCCCAAAGGAAAAACACGAAAAGTATCAAACGGTTTAATTTAACAGGGCCCCACTACCTTATTGAAATCTTTCTAATATTTTCTTCAACTACGACTGGATGGTCTATTTAGCTGATTTTAAGTTTGCGCAAGAAAATGATTCCCTGTGCCCTTGATATTCAAAAGGGAAACCATATGTAAAACC
Unaligned ( gi|18 ): GAAAATTGAGATATGTGGTTGGTTCCACAGCTTTATCATCCGCAATGGAGACCCCCAAACCAGCACACAATGTTGTAAAGATTTGTAAAATATTTGTGCATTGTGATGAATAAGGTGGTACAGAAATCGTGTTAGATATT
Unaligned ( gi|21 ): ATTGAAGACGAAAACCGGAAGTAAAACCAACAAATAA