lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333 11111 11111 111111 2222 11 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 222222222222222 3333333333 2
lowQualScore : 2 2 6666 8888888888888888888888888888888 11111 888 5 44444 888888 9999 33 11 9 66 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 33 000000000000000 44 3 3 3 1 9999 77 2 33 5555 2 33 2 5555 5 8888 33 33 2 444 5 3 2 2 8888888888 33 4 4
lowQualScore : . . .... ............................... ..... ... . ..... ...... .... .. .. . .. . .................................................................................... . .. ............... .. . . . . .... .. . .. .... . .. . .... . .... .. .. . ... . . . . .......... .. . .
lowQualScore : 9 9 1111 3333333333333333333333333333333 11111 888 0 33333 000000 8888 55 88 8 22 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 33 444444444444444 22 1 1 1 7 6666 33 7 55 7777 7 77 7 7777 3 3333 77 44 5 222 8 1 5 7 6666666666 77 9 6
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCC---------------C----TT--C------TTTTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATNGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAA-CATA-TAT------T-T-AT---AGT--C-T-A-TAGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA-T--TTTAAACAATTTCCAT-AT-AC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGTATTCGGGCGCCATGT
Reference ( gi|7 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCC---------------C----TT--C------TTTTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAA-CATG-TAT------T-T-GT---AGT--C-T-A-TAAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA-T--TTTAAATAATTTCCAT-AT-AC---TAC-AT-ATTTCTC--GATTCGTGTTT-GGCGCCATGT
gi|5 : TAGCTGCAATA-ATGTAT-CCC----TCTCC---------------C----TT--T------GTTT
gi|9 : tTAGCTGCGATA-ATGTAG-CCC----TTTCC---------------------T--C------TTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CGC----TCTCC---------------tctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
gi|13 : tTAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCCCC---------------C----CC--CCTT---TTTTTG-----GGGG---G-GAAG-----Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaacatatattccatagtatatagatgggtttctaacctacaacttacaatttttgagggtttatccgaccatattaaacaatatccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcatgtt
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTG-CCC----TTTCC---------------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattcatagtctatagatacatttctaacctacacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcag
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAG-CCA----TCTCC---------------T----TT--T------TT----------------G-TAGC-----AGAGGGC-T-A-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|21 : tTAGCTGCAATA-ATGTAG-CCTGAGATCTC-------------------------C------TATTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGG
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CTC----TCTCC---------------T----TT--CTCCTAATTTTTG-----G
gi|12 : tccAGCTGCAATATATGTAGCCCC----CCCCC---------------C----CT--T------TTTTTG-----GGGGGAAG-GGGG-----GGGGGGC-TAA-CAACTC-C--TTAGA-CTCCGTAATGG-TGCA
gi|4 : AGGTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCC---------------C----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattcatagtctatagatacatttctaacctacacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcc
gi|11 : GCTTCAATA-ATGTAG-CCC----TCCCC---------------CCCCCTT--T------TTTTTG-----GGGG---GAGGGG-----GGGGGGCAT-A-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAA-TG-TGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAG-CTC----TCTCCTTTTCTTTTTTCTTTT----TT--T------TTTTTG-----GGGG---G-GGGG-----Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttcatagtctatataacattctaacctacaacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgccat
gi|10 : acTGCAATA--TGTAG-CCC----T---C---------------C----TC--C------TTTTCG-----GGAG---G-GGGtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|6 : CAATA-ATGTAA-GCC----CCTAC---------------C----TTTTC------TTTTTATTATAGGGG---G-GGTGTCGACGGGGGGC-T-AACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGAAGCAT---AT------T-T-AT---CGT--C-T-AATAGAT----AAATTTC--TAATCCTA-C-A----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA-TAATTAAAACAATATCC----T-AC---AGT-GT-CTTTCT---AATTCGTATTC-AGTGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|1 : ATTGCAA-CAAGATAT------TCT-TT---AGT--CCT-A-AAAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA-T--TTTAAATAATTTCCATCATAAT---TGC-A--A-TTCTG--AATTCCTATTT-GGTGgc
gi|2 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaTTGCAA-CATA-TATCGCATTT-C-TT---AGT--C-T-A-TAAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA-T--TTTAAACAATATTCAT-AT-AC---TAC-A--ATTTCTC--GATTCGTATTTGGGCGCCATGTtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|9 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCAA-CATA-TAT------T-T-CTT--AAT--C-T-A-TAAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA-T--TTTAAACAATTTCGAT-AT-ACAAGTACTGTAATTTCTC--GATTCATGTTC-GGCGCCAttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|16 : tagctgcgataatgtagccctttcctcttttttctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCAA-CAGA-TAT------T-T-CTT--AGT--C-T-A-TAAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA-T--TTTAAATAATTTCCAT-
gi|3 : TTGCAA-CAGA-TAT------T-T-CT---AGT--C-T-A-CAA-T----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA-T--TTTAAAATATTTCCAT-AT-AA---T-C-A--ATTTCTG--AATTCCTATTT-GGTG
gi|10 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGCCA-CATGATAC------G-T-GTTCCAGTGAC-TGA-TAAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGT--TTTTAAGAAG---CAT-GT-AC---AGC-A--ATTTCTCTCGATTCGTATTTGGGCGCttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|5 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagAA-CATA-TAT------T-TCAT---AGT--C-T-A-TAGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA-T--ATTAAACAATATCCAT-AT-AC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGTATTCAGGCGCCATGT
gi|8 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaAA-CATA-TAT------T-CCAT---AGT--A-T-A-TAGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA-T--ATTAAACAATATCCAT-AC-AC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGTATTCAGGCG-CATGTttg
gi|4 : ttagctgcaataatgtagcgctctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaATC-TAT------T-T-AT---AA-------A-TAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA-T--ATTAAAAAATATCCAT-AC-AC---TGT--T-ATTTCTC--GATTCCTATTCAGGCGCCATGTt
gi|12 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcata-TAT------T-C-AT---AGT--C-T-A-TAGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-CA-----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA-T--ATTAAACAAATACCAT-AC-AC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGTATTCAGGCGCCtt
gi|11 : agctgcaatatatgtagccccccccccctttttttggggggaagggggggggggctaacaactccttagactccgtaatggtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TAT------T-TCAT---AGT--C-T-A-TA--T----AACATTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA-T--ATTAAACAA-TACCAT-AC-AC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGTATTCAGGCGCCAT
gi|13 : gcttcaataatgtagccctcccccccccttttttttggggggaggggggggggcatacaactctcttaggatctccgtaatgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TAT------T-C-AT---AGT--C-T-A-TAGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-CA-----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA-T--ATTAAACAAATACCAT-AC-AC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGTATT
gi|14 : tagctgcaataatgtagccctccccccccctttttttgggggggaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA-T--TTTGAAAAATCCCCAT-AT-CC---CAC-G--ATTTCTC--GATTCATATTTCGACGCCATGTcag
gi|18 : tgg-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA-T--TTTAAACAATTTCGAT--T-AC---AGT-A--ATTTCCC--GAtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|15 : A--CCA-T--TTTAAATAATTTCCAT-AT-AC---TGC-AA-ATTTTTT--TATTCGTAATT-GGCGCCATGT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT
Unaligned ( gi|20 ): CAATATCCATACACTGTCATTTATCGATTCATAATGAGTTGCCATGTTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 1111111 11111 11111 2 1 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11111111 2222
lowQualScore : 2 2 5555 6666 777777777777777 0000000 00000 777 4 22222 8 8 8 0 99 11 6 6 3 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777 888888 2 555555 33 2 5 00000000 4 8888 66 2 22 5555 2 33 2 5555 5 7777 2 33 33 333 1 2 444 7777 33 2 44 2
lowQualScore : . . .... .... ............... ....... ..... ... . ..... . . . . .. .. . . . .. .............................................................................. ... ...... . ...... .. . . ........ . .... .. . .. .... . .. . .... . .... . .. .. ... . . ... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 7 7777 5555 444444444444444 8888888 00000 888 4 55555 0 0 0 4 44 44 0 6 2 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 222222 9 111111 99 9 7 44444444 0 9999 88 5 66 3333 5 44 5 3333 0 8888 5 22 22 444 8 2 111 9999 22 5 99 5
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----TT--------C------TT-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAACA-T-ATAT------T-T-NT---AGT--C-T-AT--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
Reference ( family-460 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----TT--------C------TT-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATNGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAACA-T-ATAT------T-T-AT---AGT--C-T-AT--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTG-CCC----TTTCC
gi|1 : ATTGCAACAAG-ATAT------TCT-TT---AGT--CCT-AA--------AAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCATCATAA---T-T-GC-AATTCTG--AATTCCT-ATTTGG-tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaTGCAATA--TGTAG-CCC----T---CC----TC--------C------TT-------TTCG-----GGAG---G-GGGtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : TTGCCACA-TGATAC------G-T-GTTCCAGTGAC-TGAT--------AAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGTT--TTTAAGAAG----CAT-GTAC---AGC-A--ATTTCTCTCGATTCGT-ATTTGG-GCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|11 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagGCTTCAATA-ATGTAG-CCC----TCCCCCCCCCTT--------T------TT-------TTTG-----GGGG---GAGGGG-----GGGGGGCAT-A-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAAT--GTGCA--
gi|11 : TAT------T-TCAT---AGT--C-T-AT--------A--T----AACATTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAA-TACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttcatagtctatataacattctaacctacaacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgccat
gi|12 : gcttcaataatgtagccctcccccccccttttttttggggggaggggggggggcatacaactctcttaggatctccgtaatgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGCTGCAATATATGTAGCCCC----CCCCCC----CT--------T------TT-------TTTG-----GGGGGAAG-GGGG-----GGGGGGC-TAA-CAACTC-CT-TAGA--CTCCGTAAT-GGTGCA--
gi|12 : TAT------T-C-AT---AGT--C-T-AT--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-CA-----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattcatagtctatagatacatttctaacctacacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcc
gi|13 : agctgcaatatatgtagccccccccccctttttttggggggaagggggggggggctaacaactccttagactccgtaatggtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCCCCC----CC--------CCTT---TT-------TTTG-----GGGG---G-GAAG-----G
gi|13 : TAT------T-C-AT---AGT--C-T-AT--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-CA-----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattcatagtctatagatacatttctaacctacacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcag
gi|14 : tagctgcaataatgtagccctccccccccctttttttgggggggaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTGAAAAATCCCCAT-ATCC---CAC-G--ATTTCTC--GATTCAT-ATTTCG-ACGCCATGT
gi|15 : tggA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TGC-AA-ATTTTTT--TATTCGTAATT--G-GCGCCATGTtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|16 : TTGCAACA-G-ATAT------T-T-CTT--AGT--C-T-AT--------AAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ttgatgcttgatgctgggcttgctgttgtcgtatgcccatataa
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAG-CCA----TCTCCT----TT--------T------TT-----------------------G-TAGC-----AGAGGGC-T-A-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCA--
gi|18 : t-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT--TAC---AGT-A--ATTTCCC--GA
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAG-CTC----TCTCCT----TTTCTTTTTTC------TTTTTTTTTTTTG-----GGGG---G-GGGG-----G
gi|2 : acTTGCAACA-T-ATATCGCATTT-C-TT---AGT--C-T-AT--------AAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA--T--TTTAAACAATATTCAT-ATAC---TAC-A--ATTTCTC--GATTCGT-ATTTGG-GCGCCATGTtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|20 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTATC--GATTCAT-AATGAG-TTGCCATGTttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|21 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCTGAGATCTC----------------C------TA-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGtt
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CTC----TCTCCT----TT--------CTCCTAATT-------TTTG-----G
gi|3 : tccTTGCAACA-G-ATAT------T-T-CT---AGT--C-T-AC--------A-AT----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA--T--TTTAAAATATTTCCAT-ATAA---T-C-A--ATTTCTG--AATTCCT-ATTTGG-
gi|4 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----tgttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|4 : AACA-C-ATAT------T-TCAT---AAT--C-T-ATTTATAAATAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA--T--ATTAAAAAATATCCAT-ACAC---TGT--T-ATTTCTC--GATTCCT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|5 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaTAGCTGCAATA-ATGTAT-CCC----TCTCCC----TT--------T------GT-------TTtt
gi|5 : tAACA-T-ATAT------T-TCAT---AGT--C-T-AT--------AGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|6 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaCAATA-ATGTAA-GCC----CCTACC----TTTT------C------TT-------TTTATTATAGGGG---G-GGTGTCGACGGGGGGC-T-AACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGAA-G-C-ATAT------T-T-AT---CGT--C-TAAT--------AGAT----AAATTTC--TAATCCTA-C-A----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA--TAATTAAAACAATATCC----TAC---AGT-GT-CTTTCT---AATTCGT-ATTCAGTGCGCttg
gi|7 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----TT--------C------TT-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAACA-T-GTAT------T-T-GT---AGT--C-T-AT--------AAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TAC-AT-ATTTCTC--GATTCGT-GTTTGG--CGCCATGT
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CGC----TCTCC
gi|8 : tAACA-T-ATAT------T-CCAT---AGT--A-T-AT--------AGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCG-CATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaacatatattccatagtatatagatgggtttctaacctacaacttacaatttttgagggtttatccgaccatattaaacaatatccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcatgtt
gi|9 : ttagctgcaataatgtagcgctctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaTAGCTGCGATA-ATGTAG-CCC----TTTCC------T--------C------TT-------TTTt
gi|9 : TTGCAACA-T-ATAT------T-T-CTT--AAT--C-T-AT--------AAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT-ATACAAGTACTGTAATTTCTC--GATTCAT-GTTC-G-GCGCCAtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 1111111 11111 11111 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 1111111111 2222
lowQualScore : 2 2 5555 6666 777777777777777 0000000 00000 777 4 22222 8 8 8 0 99 11 6 66 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 33333333333 5 33 2 2 2 0000000000 8888 66 2 22 5555 2 33 2 5555 5 7777 2 33 33 333 1 2 444 7777 33 2 44 2
lowQualScore : . . .... .... ............... ....... ..... ... . ..... . . . . .. .. . .. . .................................................................................... ... ........... . .. . . . .......... .... .. . .. .... . .. . .... . .... . .. .. ... . . ... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 7 7777 5555 444444444444444 8888888 00000 888 4 55555 0 0 0 4 44 44 0 44 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 77777777777 7 99 9 9 9 6666666666 9999 88 5 66 3333 5 44 5 3333 0 8888 5 22 22 444 8 2 111 9999 22 5 99 5
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----TT--------C------TT-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCATAGTCTATNATTGCAACA-T-ATAT------T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
Reference ( family-460 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----TT--------C------TT-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAACA-T-ATAT------T-TN-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTG-CCC----TTTCC
gi|1 : ATTGCAACAAG-ATAT------TCTT-T-AGT--CCT-A-A--------AAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCATCATAA---T-T-GC-AATTCTG--AATTCCT-ATTTGG-tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaTGCAATA--TGTAG-CCC----T---CC----TC--------C------TT-------TTCG-----GGAG---G-GGGtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : TTGCCACA-TGATACGTG---T-TC-C-AGTGAC-TGA-T--------AAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGTT--TTTAAGAAG----CAT-GTAC---AGC-A--ATTTCTCTCGATTCGT-ATTTGG-GCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|11 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagGCTTCAATA-ATGTAG-CCC----TCCCCCCCCCTT--------T------TT-------TTTG-----GGGG---GAGGGG-----GGGGGGCAT-A-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAAT--GTGCA--
gi|11 : TAT------T-TCAT-AGT--C-T-A-T--------A--T----AACATTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAA-TACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatttcatagtctatataacattctaacctacaacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgccat
gi|12 : gcttcaataatgtagccctcccccccccttttttttggggggaggggggggggcatacaactctcttaggatctccgtaatgtgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGCTGCAATATATGTAGCCCC----CCCCCC----CT--------T------TT-------TTTG-----GGGGGAAG-GGGG-----GGGGGGC-TAA-CAACTC-CT-TAGA--CTCCGTAA-TGGTGCA--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTCATAGTCTAT-------AGA-T-ACAT------T-TC-T-AAC--C-T-A-C---------------------------A-CTTA-CAA----TTT----------TTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCC
gi|13 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCCCCC----CC--------CCTT---TT-------TTTG-----GGGG---G-GAAG-----G
gi|13 : TAT------T-CA-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-CA-----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntattcatagtctatagatacatttctaacctacacttacaatttttgaggctttatccgaccatattaaacaaataccatacactgtcatttctcgattcgtattcag
gi|14 : tagctgcaataatgtagccctccccccccctttttttgggggggaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTGAAAAATCCCCAT-ATCC---CAC-G--ATTTCTC--GATTCAT-ATTTCG-ACGCCATGT
gi|15 : tggA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TGC-AA-ATTTTTT--TATTCGTAATT--G-GCGCCATGTtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|16 : TTGCAACA-G-ATAT------T-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ttgatgcttgatgctgggcttgctgttgtcgtatgcccatataa
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAG-CCA----TCTCCT----TT--------T------TT-----------------------G-TAGC-----AGAGGGC-T-A-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCA--
gi|18 : t-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT--TAC---AGT-A--ATTTCCC--GA
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAG-CTC----TCTCCT----TTTCTTTTTTC------TTTTTTTTTTTTG-----GGGG---G-GGGG-----G
gi|2 : acTTGCAACA-T-ATATCGCATTT-CT-T-AGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA--T--TTTAAACAATATTCAT-ATAC---TAC-A--ATTTCTC--GATTCGT-ATTTGG-GCGCCATGTtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|20 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTATC--GATTCAT-AATGAG-TTGCCATGTttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|21 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCTGAGATCTC----------------C------TA-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGtt
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CTC----TCTCCT----TT--------CTCCTAATT-------TTTG-----G
gi|3 : tccTTGCAACA-G-ATAT------T-TC-T-AGT--C-T-A-C--------A-AT----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA--T--TTTAAAATATTTCCAT-ATAA---T-C-A--ATTTCTG--AATTCCT-ATTTGG-
gi|4 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----tgttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|4 : AACA-C-ATAT------T-TCAT-AAT--C-T-A-TTTATAAATAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA--T--ATTAAAAAATATCCAT-ACAC---TGT--T-ATTTCTC--GATTCCT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|5 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaTAGCTGCAATA-ATGTAT-CCC----TCTCCC----TT--------T------GT-------TTtt
gi|5 : tAACA-T-ATAT------T-TCAT-AGT--C-T-A-T--------AGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|6 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaCAATA-ATGTAA-GCC----CCTACC----TTTT------C------TT-------TTTATTATAGGGG---G-GGTGTCGACGGGGGGC-T-AACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCA--GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGGAA-G-C-ATAT------T-TA-T-CGT--C-T-AAT--------AGAT----AAATTTC--TAATCCTA-CA-----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA--TAATTAAAACAATATCC----TAC---AGT-GT-CTTTCT---AATTCGT-ATTCAGTGCGCttg
gi|7 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CCC----TCTCCC----TT--------C------TT-------TTTG-----GGGG---G-GGGG-----GGGGGGC-T-A-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTGCAACA-T-GTAT------T-TG-T-AGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TAC-AT-ATTTCTC--GATTCGT-GTTTGG--CGCCATGT
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAG-CGC----TCTCC
gi|8 : tAACA-T-ATAT------T-CCAT-AGT--A-T-A-T--------AGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCG-CATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaacatatattccatagtatatagatgggtttctaacctacaacttacaatttttgagggtttatccgaccatattaaacaatatccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcatgtt
gi|9 : ttagctgcaataatgtagcgctctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaTAGCTGCGATA-ATGTAG-CCC----TTTCC------T--------C------TT-------TTTt
gi|9 : TTGCAACA-T-ATAT------T-TC-TTAAT--C-T-A-T--------AAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT-ATACAAGTACTGTAATTTCTC--GATTCAT-GTTC-G-GCGCCAtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 1111111 11111 111 11111 1 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222222 111 222222222222 11111111 2222
lowQualScore : 2 5555 0000000000000000000000 0000000 00000 222 22222 6 3 7 88 111 5 3 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8 555555 000 222222222222 33 2 2 2 00000000 2 8888 66 2 22 5555 2 33 2 5555 5 7777 2 33 33 333 1 2 444 7777 33 2 44 2
lowQualScore : . .... ...................... ....... ..... ... ..... . . . .. ... . . . ...................................................................... . ...... ... ............ .. . . . ........ . .... .. . .. .... . .. . .... . .... . .. .. ... . . ... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 7777 3333333333333333333333 8888888 00000 222 55555 7 3 2 00 777 2 0 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 000000 999 888888888888 99 9 9 9 44444444 2 9999 88 5 66 3333 5 44 5 3333 0 8888 5 22 22 444 8 2 111 9999 22 5 99 5
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA--GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTAT-ATTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
Reference ( family-460 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA--GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTATNATTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTGCCC----TTTCC
gi|1 : ATTGCAACAAG-ATAT-----TCTT-T-AGT--CCT-A-A--------AAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCATCATAA---T-T-GC-AATTCTG--AATTCCT-ATTTGG-tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaTGCAATA--TGTAGCCC----T---CC----T-C--------C------TT-------TTCG-----GGAGG---GGGtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : ATAGTTGCCACA-TGATACGTG--T-TC-C-AGTGAC-TGA-T--------AAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGTT--TTTAAGAAG----CAT-GTAC---AGC-A--ATTTCTCTCGATTCGT-ATTTGG-GCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|11 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaGCTTCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCCCCCCT-T--------T------TT-------TTTG-----GGGGGA--GGGG-----GGGGGGCATA-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAAT--GTGCA---NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTCATAGTCTAT-AT---AACA---------------------------------------------------TTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAA-TACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCAT
gi|12 : AGCTGCAATATATGTAGCCC----CCCCCC----CCT--------T------TT-------TTTG-----GGGGGAAGGGGG-----GGGGGGC-TAACAACTC-CT-TAGA--CTCCGTAAT-GGTGCA--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAG------------------------------------T--C-T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCC
gi|13 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCC----C-C--------CCTT---TT-------TTTG-----GGGGG---GAAG-----GNNNNNN-NN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCT----------------------------------------A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-
gi|14 : -CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTGAAAAATCCCCAT-ATCC---CAC-G--ATTTCTC--GATTCAT-ATTTCG-ACGCCATGT
gi|15 : tggA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TGC-AA-ATTTTTT--TATTCGTAATT--G-GCGCCATGTtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|16 : TTGCAACA-G-ATAT-----T-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ttgatgcttgatgctgggcttgctgttgtcgtatgcccatataa
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAGCCA----TCTCCT----T-T--------T------TT--------------------G---TAGC-----AGAGGGC-TA-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCA--
gi|18 : t-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT--TAC---AGT-A--ATTTCCC--GA
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-TTCTTTTTTC------TTTTTTTTTTTTG-----GGGGG---GGGG-----G
gi|2 : acTTGCAACA-T-ATATCGCATT-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA--T--TTTAAACAATATTCAT-ATAC---TAC-A--ATTTCTC--GATTCGT-ATTTGG-GCGCCATGTtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|20 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTATC--GATTCAT-AATGAG-TTGCCATGTttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|21 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCTGAGATCTC-----------------C------TA-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGtt
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-T--------CTCCTAATT-------TTTG-----G
gi|3 : tccTTGCAACA-G-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-C--------A-AT----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA--T--TTTAAAATATTTCCAT-ATAA---T-C-A--ATTTCTG--AATTCCT-ATTTGG-
gi|4 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----tgttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|4 : AACA-C-ATAT-----T-TCAT-AAT--C-T-A-TTTATAAATAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA--T--ATTAAAAAATATCCAT-ACAC---TGT--T-ATTTCTC--GATTCCT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|5 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaTAGCTGCAATA-ATGTATCCC----TCTCCC----T-T--------T------GT-------TTtt
gi|5 : tAACA-T-ATAT-----T-TCAT-AGT--C-T-A-T--------AGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|6 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaCAATA-ATGTAAGCC----CCTACC----T-TTT------C------TT-------TTTATTATAGGGGG---GGTGTCGACGGGGGGC-TAACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCA--GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNATTGGAA-G-C-ATAT-----T-TA-T-CGT--C-T-AAT--------AGAT----AAATTTC--TAATCCTA-CA-----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA--TAATTAAAACAATATCC----TAC---AGT-GT-CTTTCT---AATTCGT-ATTCAGTGCGCttg
gi|7 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNATTGCAACA-T-GTAT-----T-TG-T-AGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TAC-AT-ATTTCTC--GATTCGT-GTTTGG--CGCCATGT
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCGC----TCTCC
gi|8 : tAACA-T-ATAT-----T-CCAT-AGT--A-T-A-T--------AGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCG-CATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaacatatattccatagtatatagatgggtttctaacctacaacttacaatttttgagggtttatccgaccatattaaacaatatccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcatgtt
gi|9 : ttagctgcaataatgtagcgctctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaTAGCTGCGATA-ATGTAGCCC----TTTCC-------T--------C------TT-------TTTt
gi|9 : TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-TTAAT--C-T-A-T--------AAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT-ATACAAGTACTGTAATTTCTC--GATTCAT-GTTC-G-GCGCCAtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 1111111 11111 111 11111 1 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111 222222222222 11111111 2222
lowQualScore : 2 5555 0000000000000000000000 0000000 00000 222 22222 6 3 7 88 111 5 3 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 55555555 000 222222222222 33 2 2 2 00000000 2 8888 66 2 22 1 5555 2 33 2 5555 5 7777 2 33 33 333 1 2 444 7777 33 2 88 2
lowQualScore : . .... ...................... ....... ..... ... ..... . . . .. ... . . . ....................................................................... . ........ ... ............ .. . . . ........ . .... .. . .. . .... . .. . .... . .... . .. .. ... . . ... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 7777 3333333333333333333333 8888888 00000 222 55555 7 3 2 00 777 2 0 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 77777777 999 888888888888 99 9 9 9 44444444 2 9999 88 5 66 7 3333 5 44 5 3333 0 8888 5 22 22 444 8 2 111 9999 22 5 11 5
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTAT-A-TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
Reference ( family-460 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTAT-A-TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTGCCC----TTTCC
gi|1 : -A-TTGCAACAAG-ATAT-----TCTT-T-AGT--CCT-A-A--------AAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCATCATAA---T-T-GC-AATTCTG--AATTCCT-ATTTGG-tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaTGCAATA--TGTAGCCC----T---CC----T-C--------C------TT-------TTCG-----GGAGG---GGGtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : AT-AGTTGCCACA-TGATACGTG--T-TC-C-AGTGAC-TGA-T--------AAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGTT--TTTAAGAAG----CAT-GTAC---AGC-A--ATTTCTCTCGATTCGT-ATTTGG-GCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|11 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaGCTTCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCCCCCCT-T--------T------TT-------TTTG-----GGGGGA--GGGG-----GGGGGGCATA-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAAT--GTGCA----NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTCATAGTCTAT-A-T---AACA---------------------------------------------------TTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAA-TACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCAT
gi|12 : AGCTGCAATATATGTAGCCC----CCCCCC----CCT--------T------TT-------TTTG-----GGGGGAAGGGGG-----GGGGGGC-TAACAACTC-CT-TAGA--CTCCGTAAT-GGTGCA---NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAG-------------------------------------T--C-T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCC
gi|13 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCC----C-C--------CCTT---TT-------TTTG-----GGGGG---GAAG-----GNNNNNN-NN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTC----------------------------------------T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-
gi|14 : -CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTGAAAAATCCCCAT-ATCC---CAC-G--ATTTCTC--GATTCAT-ATTTCG-ACGCCATGT
gi|15 : tggA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TGC-AA-ATTTTTT--TATTCGTAATT--G-GCGCCATGTtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|16 : -TTGCAACA-G-ATAT-----T-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ttgatgcttgatgctgggcttgctgttgtcgtatgcccatataa
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAGCCA----TCTCCT----T-T--------T------TT--------------------G---TAGC-----AGAGGGC-TA-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCA---
gi|18 : t-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT--TAC---AGT-A--ATTTCCC--GA
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-TTCTTTTTTC------TTTTTTTTTTTTG-----GGGGG---GGGG-----G
gi|2 : ac-TTGCAACA-T-ATATCGCATT-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA--T--TTTAAACAATATTCAT-ATAC---TAC-A--ATTTCTC--GATTCGT-ATTTGG-GCGCCATGTtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|20 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTATC--GATTCAT-AATGAG-TTGCCATGTttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|21 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCTGAGATCTC-----------------C------TA-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGtt
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-T--------CTCCTAATT-------TTTG-----G
gi|3 : tcc-TTGCAACA-G-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-C--------A-AT----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA--T--TTTAAAATATTTCCAT-ATAA---T-C-A--ATTTCTG--AATTCCT-ATTTGG-
gi|4 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----tgttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|4 : AACA-C-ATAT-----T-TCAT-AAT--C-T-A-TTTATAAATAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA--T--ATTAAAAAATATCCAT-ACAC---TGT--T-ATTTCTC--GATTCCT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|5 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaTAGCTGCAATA-ATGTATCCC----TCTCCC----T-T--------T------GT-------TTtt
gi|5 : tAACA-T-ATAT-----T-TCAT-AGT--C-T-A-T--------AGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|6 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaCAATA-ATGTAAGCC----CCTACC----T-TTT------C------TT-------TTTATTATAGGGGG---GGTGTCGACGGGGGGC-TAACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNA-TTGGAA-G-C-ATAT-----T-TA-T-CGT--C-T-AAT--------AGAT----AAATTTC--TAATCCTA-C-A----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA--TAATTAAAACAATATCC----TAC---AGT-GT-CTTTCT---AATTCGT-ATTCAGTGCGCttg
gi|7 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-A-TTGCAACA-T-GTAT-----T-TG-T-AGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TAC-AT-ATTTCTC--GATTCGT-GTTT-G-GCGCCATGT
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCGC----TCTCC
gi|8 : tAACA-T-ATAT-----T-CCAT-AGT--A-T-A-T--------AGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCG-CATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaacatatattccatagtatatagatgggtttctaacctacaacttacaatttttgagggtttatccgaccatattaaacaatatccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcatgtt
gi|9 : ttagctgcaataatgtagcgctctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaTAGCTGCGATA-ATGTAGCCC----TTTCC-------T--------C------TT-------TTTt
gi|9 : -TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-TTAAT--C-T-A-T--------AAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT-ATACAAGTACTGTAATTTCTC--GATTCAT-GTTC-G-GCGCCAtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333 1111111 11111 111 11111 1 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 111 222222222222 11111111 2222
lowQualScore : 2 5555 0000000000000000000000 0000000 00000 222 22222 6 3 7 88 111 5 3 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 55555555 000 222222222222 33 2 2 2 00000000 2 8888 66 2 22 1 5555 2 33 2 5555 5 7777 2 33 33 333 1 2 444 7777 33 2 88 2
lowQualScore : . .... ...................... ....... ..... ... ..... . . . .. ... . . . ....................................................................... . ........ ... ............ .. . . . ........ . .... .. . .. . .... . .. . .... . .... . .. .. ... . . ... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 7777 3333333333333333333333 8888888 00000 222 55555 7 3 2 00 777 2 0 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 77777777 999 888888888888 99 9 9 9 44444444 2 9999 88 5 66 7 3333 5 44 5 3333 0 8888 5 22 22 444 8 2 111 9999 22 5 11 5
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTAT-A-TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
Reference ( family-460 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTAT-A-TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTGCCC----TTTCC
gi|1 : -A-TTGCAACAAG-ATAT-----TCTT-T-AGT--CCT-A-A--------AAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCATCATAA---T-T-GC-AATTCTG--AATTCCT-ATTTGG-tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaTGCAATA--TGTAGCCC----T---CC----T-C--------C------TT-------TTCG-----GGAGG---GGGtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : AT-AGTTGCCACA-TGATACGTG--T-TC-C-AGTGAC-TGA-T--------AAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGTT--TTTAAGAAG----CAT-GTAC---AGC-A--ATTTCTCTCGATTCGT-ATTTGG-GCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|11 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaGCTTCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCCCCCCT-T--------T------TT-------TTTG-----GGGGGA--GGGG-----GGGGGGCATA-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAAT--GTGCA----NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTCATAGTCTAT-A-T---AACA---------------------------------------------------TTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAA-TACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCAT
gi|12 : AGCTGCAATATATGTAGCCC----CCCCCC----CCT--------T------TT-------TTTG-----GGGGGAAGGGGG-----GGGGGGC-TAACAACTC-CT-TAGA--CTCCGTAAT-GGTGCA---NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAG-------------------------------------T--C-T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCC
gi|13 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCC----C-C--------CCTT---TT-------TTTG-----GGGGG---GAAG-----GNNNNNN-NN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTC----------------------------------------T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-
gi|14 : -CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTGAAAAATCCCCAT-ATCC---CAC-G--ATTTCTC--GATTCAT-ATTTCG-ACGCCATGT
gi|15 : tggA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TGC-AA-ATTTTTT--TATTCGTAATT--G-GCGCCATGTtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|16 : -TTGCAACA-G-ATAT-----T-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ttgatgcttgatgctgggcttgctgttgtcgtatgcccatataa
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAGCCA----TCTCCT----T-T--------T------TT--------------------G---TAGC-----AGAGGGC-TA-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCA---
gi|18 : t-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT--TAC---AGT-A--ATTTCCC--GA
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-TTCTTTTTTC------TTTTTTTTTTTTG-----GGGGG---GGGG-----G
gi|2 : ac-TTGCAACA-T-ATATCGCATT-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA--T--TTTAAACAATATTCAT-ATAC---TAC-A--ATTTCTC--GATTCGT-ATTTGG-GCGCCATGTtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|20 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTATC--GATTCAT-AATGAG-TTGCCATGTttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|21 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCTGAGATCTC-----------------C------TA-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGtt
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-T--------CTCCTAATT-------TTTG-----G
gi|3 : tcc-TTGCAACA-G-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-C--------A-AT----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA--T--TTTAAAATATTTCCAT-ATAA---T-C-A--ATTTCTG--AATTCCT-ATTTGG-
gi|4 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----tgttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|4 : AACA-C-ATAT-----T-TCAT-AAT--C-T-A-TTTATAAATAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA--T--ATTAAAAAATATCCAT-ACAC---TGT--T-ATTTCTC--GATTCCT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|5 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaTAGCTGCAATA-ATGTATCCC----TCTCCC----T-T--------T------GT-------TTtt
gi|5 : tAACA-T-ATAT-----T-TCAT-AGT--C-T-A-T--------AGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|6 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaCAATA-ATGTAAGCC----CCTACC----T-TTT------C------TT-------TTTATTATAGGGGG---GGTGTCGACGGGGGGC-TAACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNA-TTGGAA-G-C-ATAT-----T-TA-T-CGT--C-T-AAT--------AGAT----AAATTTC--TAATCCTA-C-A----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA--TAATTAAAACAATATCC----TAC---AGT-GT-CTTTCT---AATTCGT-ATTCAGTGCGCttg
gi|7 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNN-A-TTGCAACA-T-GTAT-----T-TG-T-AGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ATAC---TAC-AT-ATTTCTC--GATTCGT-GTTT-G-GCGCCATGT
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCGC----TCTCC
gi|8 : tAACA-T-ATAT-----T-CCAT-AGT--A-T-A-T--------AGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-ACAC---TGT--C-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCG-CATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaaacatatattccatagtatatagatgggtttctaacctacaacttacaatttttgagggtttatccgaccatattaaacaatatccatacactgtcatttctcgattcgtattcaggcgcatgtt
gi|9 : ttagctgcaataatgtagcgctctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggaTAGCTGCGATA-ATGTAGCCC----TTTCC-------T--------C------TT-------TTTt
gi|9 : -TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-TTAAT--C-T-A-T--------AAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT-ATACAAGTACTGTAATTTCTC--GATTCAT-GTTC-G-GCGCCAtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
blockSeqs : T GAGA TTTCTTTTTTC TTTTTTT TTATA AAG TCGAC . A N AG NNN A N G ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NNNNNNA TG CGCATTTCTT GA . G A TTATAAAT A T AT T A A TTAA T CA T CATT C ACAT T GA GT AAT T . AAG TGTA TC A TG T
blockSeqs : . . TTCTCCTAA . . A . . A T T ATC N T N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . NNNNNA G GTGTTCC . . . . . G . . . A A . . . . . . . . . . T T . . AA . . CA .
blockSeqs : . . CCCCTTT . . . . . . . N ATC T G A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . TC T TTCTT . . . . . G . . . A A . . . . . . . . . . A T . . GC . . CA .
blockSeqs : . . CCCCTT . . . . . . . A AG A T G GATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . G TTCAT . . . . . A . . . G A . . . . . . . . . . A C . . GT . . CA .
blockSeqs : . . TTTTC . . . . . . . A C . . . C TTCAT . . . . . A . . . G A . . . . . . . . . . A T . . AT . . TC .
blockSeqs : . . CCTT . . . . T TCCAT . . . . . G . . . G A . . . . . . . . . . T T . . A . . TG .
blockSeqs : . . TTT . . . . C TTCTT . . . . . G . . . G A . . . . . . . . . . T T . . C . . GA .
blockSeqs : . . TTT . . . T TTCT . . . . . G . . . G A . . . . . . . . . . T A . . C . . TG .
blockSeqs : . . TTC . . T TTAT . . . . . A . . . A A . . . . . . . . . . T A . . C . . CA .
blockSeqs : . . TC . T TTGT . . . . . G . . . A A . . . . . . . . . . T T . . G . . CA .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . A . . . A A . . . . . . . . . . T A . . A . . CA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A A . . A . . CA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A A . . C . . T .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . T T . . A . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A A . . T . . . .
blockSeqs : . . T T . . C .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TC****** T** **** ** G* **** N***
originalCons : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTCTAT-A-TTGCAACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGC-GC-ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
finalCons : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCA---GATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTC------TTGCAACAT--ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-ATAC---TGCN---ATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222 1111111 111 11111 1 1111 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222 11111111
lowQualScore : 2 5555 8888888888888888888888 0000000 99999 111 11111 5 1 5555 111 4 1 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 2 777 111111111111 33 2 2 2 00000000 4 8888 66 2 22 1 5555 2 33 2 5555 5 7777 2 33 33 333 1 2 666666 2 88 33 2 88 2
lowQualScore : . .... ...................... ....... ..... ... ..... . . .... ... . . . ....................................................................................... . . ... ............ .. . . . ........ . .... .. . .. . .... . .. . .... . .... . .. .. ... . . ...... . .. .. . .. .
lowQualScore : 7 7777 2222222222222222222222 0000000 11111 000 11111 7 4 0000 999 6 3 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 9 444 111111111111 99 9 9 9 44444444 0 9999 88 5 66 7 3333 5 44 5 3333 0 8888 5 22 22 444 8 2 888888 4 11 22 5 11 5
consensus : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCAGATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTC-------TTGCA-ACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-A------T-ACTGC-NATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
Reference ( family-460 ) : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-CAACTCTCA-TAGGATCTCCGTAATTGGTGCAGATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAGTC-------TTGCA-ACA-T-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCCAT-A------T-ACTGC-NATTTCTC--GATTCGT-ATTCGG-GCGCCATGT
gi|1 : TAGCTGCAAAA-ATGTTGCCC----TTTCC
gi|1 : -------TTGCA-ACAAG-ATAT-----TCTT-T-AGT--CCT-A-A--------AAACTCCCAAATTCCC-TAG-CGTGGCAA----CTTACGA-T--TTT-G-AG----ACTTCTATT---CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCATCA------TAATTGC-AA-TTCTG--AATTCCT-ATTTGG-tcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaattgcaacaagatattctttagtcctaaaaactcccaaattccctagcgtggcaacttacgattttgagacttctattccaaccattttaaataatttccatcataattgcaattctgaattcctatttggtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : tagctgcaaaaatgttgccctttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtgtgatactcactcccttcaacccttaaacattgtgcctgcggtttctttatcagtaccataaaaaTGCAATA--TGTAGCCC----T---CC----T-C--------C------TT-------TTCG-----GGAGG---GGGtgtgcttttggttgacatataagcccatataaagtagtgttc
gi|10 : ATAGT---------TGCC-ACA-TGATACGTG--T-TC-C-AGTGAC-TGA-T--------AAAT----ACATTTCATTAA-AC-----A----CACAAGA-T--CGTTA-ACCATTGCTT-TAT----CC-GAGACCAGTT--TTTAAGAAG----CAT-G------T-ACAGC-AATTTCTCTCGATTCGT-ATTTGG-GCGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaatagttgccacatgatacgtgttccagtgactgataaatacatttcattaaacacacaagatcgttaaccattgctttatccgagaccagtttttaagaagcatgtacagcaatttctctcgattcgtatttgggcgc
gi|11 : tgcaatatgtagccctcctccttttcgggagggggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcttccattattattatcattgttgctgtattttctttggcgtaaataaaaGCTTCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCCCCCCT-T--------T------TT-------TTTG-----GGGGGA--GGGG-----GGGGGGCATA-CAACTCTCT-TAGGATCTCCGTAAT--GTGCA-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTCATAGTC-------T-------A-T-ATA----------------------A-C--------A-----------TTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAA-TACCAT-A------C-ACTGT-CATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCAT
gi|12 : AGCTGCAATATATGTAGCCC----CCCCCC----CCT--------T------TT-------TTTG-----GGGGGAAGGGGG-----GGGGGGC-TAACAACTC-CT-TAGA--CTCCGTAAT-GGTGCANNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCA--------------------------------------T-AGT--C-T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-A------C-ACTGT-CATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCC
gi|13 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCCCCC----C-C--------CCTT---TT-------TTTG-----GGGGG---GAAG-----GNNNNNN-NN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTA-TTCATAG---------------------------------------T--C-T-A-T--------AGAT----ACATTTC--TAA-CCTA-C-A----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAAATACCAT-A------C-ACTGT-CATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-
gi|14 : -CCTG-CAA----CTTACAA-TCATTTTA-AG----GTTT-TAT----CC-GA--CCA--T--TTTGAAAAATCCCCAT-A------T-CCCAC-GATTTCTC--GATTCAT-ATTTCG-ACGCCATGT
gi|15 : tggA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-A------T-ACTGCAAATTTTTT--TATTCGTAATT--G-GCGCCATGTtaaatgtttgtcttctgattgccataatcccatataagtg
gi|16 : -------TTGCA-ACA-G-ATAT-----T-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----GAATTCC--TAG-CCTG-CAA----CATACGA-T--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-ttgatgcttgatgctgggcttgctgttgtcgtatgcccatataa
gi|17 : TACCTGCAATA-ATGTAGCCA----TCTCCT----T-T--------T------TT--------------------G---TAGC-----AGAGGGC-TA-CAATTC-CA-TGGTATCGCCGT-ATTGATGCA
gi|18 : t-CCTG-TAA----CTCACAA-T--TTTTG-AG----GTTT-TAT----TC-GA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT--------T-ACAGT-AATTTCCC--GA
gi|2 : CTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-TTCTTTTTTC------TTTTTTTTTTTTG-----GGGGG---GGGG-----G
gi|2 : ac-------TTGCA-ACA-T-ATATCGCATT-TC-TTAGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATATC--TAT-CCTG-CAATTAACTTACGA-T--TTTTTTAA----GCTT-TATACATCC-AA--TCA--T--TTTAAACAATATTCAT-A------T-ACTAC-AATTTCTC--GATTCGT-ATTTGG-GCGCCATGTtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatcgcatttcttagtctataaataaatatctatcctgcaattaacttacgatttttttaagctttatacatccaatcattttaaacaatattcatatactacaatttctcgattcgtatttgggcgccatgtttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|20 : acctgcaataatgtagctctctccttttcttttttcttttttttttttgggggggggggtgtctccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATCCAT-A------C-ACTGT-CATTTATC--GATTCAT-AATGAG-TTGCCATGTttgatgtttgaagctggactgcccatacatgtataaaggagtgt
gi|21 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCTGAGATCTC-----------------C------TA-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGtt
gi|22 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCTC----TCTCCT----T-T--------CTCCTAATT-------TTTG-----G
gi|3 : tcc-------TTGCA-ACA-G-ATAT-----T-TC-T-AGT--C-T-A-C--------A-AT----GAATTCC--TAG-CGTG-CAA----CTTACGATT--TTTTG-AG----ACTT-TAT----CCTAA--CCA--T--TTTAAAATATTTCCAT-A------T-AAT-C-AATTTCTG--AATTCCT-ATTTGG-
gi|4 : tagctgcaaaaaatgttgcccttcctcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----tgttttgaagctggcttttggtttgacataatagccatataaatg
gi|4 : A-ACA-C-ATAT-----T-TCAT-AAT--C-T-A-TTTATAAATAGAT----AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTGCAC-T--TTTTG-AG----GCTC-TAT----CC-GA--TCA--T--ATTAAAAAATATCCAT-A------C-ACTGT-TATTTCTC--GATTCCT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaaacacatatttcataatctatttataaatagataaatttctaacctacaacttgcactttttgaggctctatccgatcatattaaaaaatatccatacactgttatttctcgattcctattcaggcgccatgttt
gi|5 : aggtgcaataatgtagccctctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatggaTAGCTGCAATA-ATGTATCCC----TCTCCC----T-T--------T------GT-------TTtt
gi|5 : tA-ACA-T-ATAT-----T-TCAT-AGT--C-T-A-T--------AGATT---AAATTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TGTTG-AG----GCTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-A------T-ACTGCGCATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCGCCATGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaaacatatatttcatagtctatagattaaatttctaacctacaacttacaattgttgaggctttatccgaccatattaaacaatatccatatactgcgcatttctcgattcgtattcaggcgccatgtttg
gi|6 : ttagctgcaataatgtatccctctccctttgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaatgtaCAATA-ATGTAAGCC----CCTACC----T-TTT------C------TT-------TTTATTATAGGGGG---GGTGTCGACGGGGGGC-TAACAACTCTCAGTAGGAG-TCCGTTATGGGTGCAGATTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNA--TTGGA-A-G-C-ATAT-----T-TA-T-CGT--C-T-AAT--------AGAT----AAATTTC--TAATCCTA-C-A----CTTA-AA-C--TTTTA-GT----GCTTCTAT----CC-GA--CCA--TAATTAAAACAATATCC-T-A------C-AGTGT-C-TTTCT---AATTCGT-ATTCAGTGCGCttg
gi|7 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCCC----TCTCCC----T-T--------C------TT-------TTTG-----GGGGG---GGGG-----GGGGGGC-TA-TAACTC-CA-TAAGATCTCCGTAATTG-TGCAANNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNATTGCA-ACA-T-GTAT-----T-TG-T-AGT--C-T-A-T--------AAAT----AAATTTC--TAA-CCTG-CAA----CTTACGA-T--TTTTG-AG----GCTT-TAT----CC-AA--CCA--T--TTTAAATAATTTCCAT-A------T-ACTACATATTTCTC--GATTCGT-GTTT-G-GCGCCATGT
gi|8 : TAGCTGCAATA-ATGTAGCGC----TCTCCN----N-N--------N------NN-------NNNN-----NNNNN---NNNN-----NNNNNNN-NN-NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN-------NTGGAAACA-T-ATAT-----T-CCAT-AGT--A-T-A-T--------AGAT----GGGTTTC--TAA-CCTA-CAA----CTTACAA-T--TTTTG-AG----GGTT-TAT----CC-GA--CCA--T--ATTAAACAATATCCAT-A------C-ACTGT-CATTTCTC--GATTCGT-ATTCAG-GCG-CATGT
gi|9 : tTAGCTGCGATA-ATGTAGCCC----TTTCC-------T--------C------TT-------TTTt
gi|9 : -------TTGCA-ACA-T-ATAT-----T-TC-TTAAT--C-T-A-T--------AAAT----GATTTTA--TAG-CCTT-CAT----CTTACGA-T--TCATG-AG----GCTT-TAT----TC-AA--CCA--T--TTTAAACAATTTCGAT-ATACAAGT-ACTGT-AATTTCTC--GATTCAT-GTTC-G-GCGCCAtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgcaacatatatttcttaatctataaatgattttatagccttcatcttacgattcatgaggctttattcaaccattttaaacaatttcgatatacaagtactgtaatttctcgattcatgttcggcgcca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTGTAGCTTAACTTCCGTTTGTCATGTTATTTGCAGCTGCATGCAAGGCAGTT