lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333 111 11111 44444444444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 22 33333
lowQualScore : 6 0000000000000000000000 2 0 0 3 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666666666666 6 5 000 7 99999 3 3 33333333333 4 66 0 777 4 4 4 3 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 4 111 2 2 55 2 2 33333 33 2
lowQualScore : . ...................... . . . . . .............................................................................. ............. . . ... . ..... . . ........... . .. . ... . . . . . .......................................................................... .. . ... . . .. . . ..... .. .
lowQualScore : 0 8888888888888888888888 0 7 1 6 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6666666666666 5 9 000 3 00000 6 6 22222222222 4 11 1 888 4 4 4 9 5 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 99 0 000 7 7 55 7 7 77777 77 7
consensus : NAGTGCGA-CGNT-CGCCGA------AAA-TATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGA-TG-GT-C-----AGGCC-A---A-GTCAAAGTGCG-ATG---GT----C------CCA--------GCG-CAAAGT--GGCG-ATGGT-TTGTTGAG-C--TTACGGACGCC---A-A--G--TG-CGA-TG---GCCG-CG-C-C--AAAGTG---C-G-A-TGGTCTGC--AC----GTTAC---C-CC--AAAGTGCG-----ATGT----T---G-TAAC--ACG---C----AAAGT-C-CGATGG--TG-T--TGGTAAC-G-TTTGTGGACG-T-CACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
Reference ( gi|3 ) : CAATGTGAACGGT-CACTGA------GAA-TACATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGA-TG-GT-C-----AGGCC-A---AAGTGAAGGTGCG-ATG---GT----C------CTA--------GCGGCAAAGT--GGCGGATGGTATTGTTAAG-C--TTACAGACGCC---A-A--G--TG-CGA-TG---GCCA-CA-C-C--AAAGTG---C-G-A-TGGTCTAC--AC----GTTAT---C-TC--AAAGTGCG-----TTGT----T---G-TAAC--ACG---C----AAAG--C-CGATGG--TG-T--TGGTAAC-G-TTTGTGGACG-T-CA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|13 : AGTGCGA-TGGTGCGCCGA------AAAATACGAATGCACG--TCCCAAGTGCGA-TG-GT-CTGTTGAGGTT-ACGGACGTCAAAATGCG-ATG---GT----
gi|5 : atatgtagaactccaGTGA-CGTT-CAACGA------GAT-CATATGT-TGAGG------GGTG-GG-TG--T-C-----ACGCTTA---AAG-GTAGG-GCG-ATG---GT----CTGGCGTCTATTATATGTGCGGTATGGTTTGGGGCATGG-ATAG--AAG-CGATCACGGAC------A-A--A--TG-CGA--------------------AAGTG---C-G-AGTGGTCTAC--G--------------------AA----------TTGA----C---G-GCAC--TCG---CC---AAAGT-C-CGATGG--TT-T--GGGTACCCG-TTTGTG-ACG-T-CACGT--T--AGTTATGACATCAATCACt
gi|10 : -CACTGACTGCTTAAA-TATATATGTAAGATTCCAAAGTGCGA-TG-TT--------GGCC--------CCAAAGTGCG-ATG---GT----aac
gi|16 : caatattttgaacatacga-TATATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGA-TG-GT-ttgttggcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|8 : cttttactgtgatcagttaaaatttctgctATATGTAAGACT--AAAGTGCGT-TGTGT-C--------CC-A---AGG--------CG-ATG---GT----C------TTA--------GC--CGAAGT--G-CA-ATGGT-TTGTTAA--C--TTACGGACGCA---A-A--G--TG-C---TG-------------C--AGA-TG---C-A-G-TG--CTAC--ACC---GTTAC---T-CC--AAAGTGCG-----ATG---------GCTAAC--ACA---C----AAAGT-C-CGATG---TG-T--TGGTATC-GTTTTGT-GACG-TACA--T--TAAA-TTATGATG-CAATCAC
gi|13 : tATATGTAGAACTCCAA-GTGCGA-TG-GTGC-------GCC-G---A----AAAATACGAATGCACGT----C------CC---------------AAGT---GC-GATGGT-CTGTTGAG-G--TTACGGACGTCA--A-A--A--TG-CGA-TG---Gga
gi|14 : TGTAGGACTCCAAAGTGCGA-TT-GT-C-----ACGCC-A---AATTG--GAT-CG-ATA---GT----C------T----------GCGCCAAA-C--CGC-AATGGT----------C--TGAC--ACGCC---ACAATG--TG-CGA-TG---Gtt
gi|6 : aTGTAAGACTCCAAAGTGCGA-tt
gi|25 : GTAGGACTCCAAAGTGCGA-TC-GT-C-----GCCCC-A---AAGTatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|7 : TTCAAAGTGCGATTG-GT--------GTCC--------CTAAAGTGCG-ATG---GTCGCCC------CCA--------GT----AAGT---GC-GATGGT-TTGTTAAGAC--TTACGGAC-CC---A-A--GATTGCCGA-TG---GCCAGCG-CTC--AAAGTG---CGG-A-TGGTCTAA--ACAATTGTTA----C-TCCGAAAGTGCG-----ATGG----T---C-TAAC--ACGGC-C----AAAGTTC-CGATGGA-TGTT--TGGTAAC-A--TTGT-GACGTT-CACGTTAT--A-TTATG-CGTC
gi|4 : TCCCAAGTGCGA-TG-GT-CTGTTGAGGTT-ACGGACGTCAAAATGCG-ATG---GT----T------C
gi|9 : cgCAAAGT--G-CG-ATGGT-TTGTTGAC-G--ATACATATGCC---ATA--T--TG-CGA-TG---GCAT-CG-C-C--AAAGTG---C-G-A-TATTTTGC--AC----GTTA----C-T---------CG-----TTGTCAAAT---A-TAGT--ACGT--C----AATGTTT-C-ATGG--TG-T--GGGTAAC-G-TTTGT-GACG-T-CATAT--T--A-TGATAATGTCAATCActctcctatatagactcgttacgccaaagtgtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|4 : cAAGT--G-CG-ATGGT-CTGTTGAG-G--TTACGGACGTC---A-A--AA-TG-CGA-TG---Gtaacgtctttcacatttcacacga
gi|10 : cgtcccAGATTCC---A-AA-G--TG-CGA-TGTTGGCC-----C-C--AAAGTG---C-G-A-TGGTTTttcctctcctatatagactcgttacgccaaagtgtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|14 : caatattttgaacatacgacactgactgcttaaatatatatgtaGACTCC---A-AA-G--TG-CGA-TT---GTCA-CG-C-C--AAATTGGATC-G-A-TAGTCTGC--GC---------------C--AAACCGCA-----ATGG----T---C-TGAC--ACGCCAC----AATG--TGCGATGG--Tgttggcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|13 : atgtagACTCC---A-A--G--TG-CGA-TG---G-TG-CG-C-CGAAAAATA---C-GAA-TG-----C--AC----G---T---C-CC---AAGTGCGATGGTCTGT----TGAGG-TTACGGACGT--C----AAAA--TGCGATGG--Tt
gi|13 : atatgtagaCGCCGAAA-A--A--TA-CGAATG-----CA-CGTC-C--CAAGTG---C-G-A-TGGTCTGTTGAG----GTTACGGACGTC--AAAATGCG-----ATGt
gi|4 : atatgtagaactccaagtgcgatggtg-C-C--CAAGTG---C-G-A-TGGTCTGTTGAG----GTTACGGACGTC--AAAATGCG-----ATGgtt
gi|10 : cgtAT---T-CC--AAAGTGCG-----ATGT----T---G---GC---CC---C----AAAG--TGCGATGGTTTG-T--TGGgttcctctcctatatagactcgttacgccaaagtgtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|12 : caatattttgaacatacgacactgactgcttaaatatatatgtaagTGT----T---G-TAA---ATG---C----AATT--C-ACATGA--CG-TCGTGGTAAC-G-TTTAT-GACG-T-CATAC--T--T-TTATGACGTCAcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|6 : ttttttttaactctcaagtaaaac-TAAC--ACG---CCACCAAGT--C-CGATGG--TG-T---GG-----G-TT-----ACG-T-CACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAtagtacggcatctta
gi|20 : tgtaagactccaaagtgcgaatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtcG---C----AAAGT-C-CAATGG--TG-T--T-----------TGTG-ACG-T-CA-----C--A-TTATGATGTCAATCAC
gi|19 : ctacacgttact---C----AAAGT-C-CGATGG--TA-T--GGTTAAC-A-TTTGT-GACG-T-CACAA--T--G-TTATGACATCAATTA
gi|1 : ac--C-CAATGG--CG-T--GGGTAAC-G-TTTGT-GACG-T-CACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|2 : cgttataattGTAAC-G-TTTGT-GACG-T-CACGT--T--A-TATTGACGTCAATCACaacgtctttcaaaattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaaagacaccaatccgaaactgcgttgatcatgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaccatcacacttgggcgtgtcagac
gi|22 : aAAC-G-TTTATG-ACG-T-CACAT--T--A-TTATGACGTCAATCACaacgtcttttcatattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaatgacccctccgaaaactgcgcttggtcatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagaaccatcgcacattgtggcgtgtcagacc
gi|18 : C-G-TTTGTGAA-G-T-CACGT--T--A-TTATGACGTCAATCACatct
gi|23 : gC-G-TTTGTG-ACG-T-CGCGT--T--A-TTATAAAGTCAATCACaacgcctttcaaatttcacccga
gi|24 : -G-TTTGTGAACG-T-CA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCACg
gi|21 : -G-TTTGTG-ACG-T-CACGA--T--A-TTATGACGTCAATCACaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATCACAACGTCTTTCAATATTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATGAATGACCCCAATCCGAAACTGCGCTTGGTCATGA
Unaligned ( gi|15 ): TAAAATTCAAAACGAAGGTAAATATCATTCATTGTGATTGTTACATGCTTATGACGTCAATCACAACGTCTATCAAAGTTTATCCGA
Unaligned ( gi|17 ): ATAGTAACATCTATGACATCATACGATTATGATGTCATAGTAAGGCAAACTATTTTATAC
Alignments
lowQualScore : 4 5555555555555555555555 111 222222222222222 1 11111 111111111 3333333333 222222222 222222222 11111 11 111 222
lowQualScore : 6 6 0 1 6 6 4 4 7777777777777777777777 77 5 000 888888888888888 5 5 5 0 1 66666 0 2 444444444 5 2222222222 2 6 6 2 333333333 000000000 2 6 1 99999 00 8 55 4 4 4 4 333 3 000 2 33 33 2
lowQualScore : . . . . . . . . ...................... .. . ... ............... . . . . . ..... . . ......... . .......... . . . . ......... ......... . . . ..... .. . .. . . . . ... . ... . .. .. .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 4 4 4444444444444444444444 99 7 000 999999999999999 0 0 0 1 1 99999 2 5 999999999 0 2222222222 5 7 7 5 000000000 777777777 5 7 8 00000 66 9 55 0 0 0 0 444 3 555 4 22 22 4
consensus : NAATGTGAACGGTCACTGAGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GT-C-GGCCAA-GCCAA----A-GTGCG--A-TG---GT----CCCAGCG-CAAAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-C--TTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG--CC--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTG-CGATG-TG-TAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T--NGGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
Reference ( family-45 ) : NAGTGCGA-CGNTCGCCGAAAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GT-CAGGCCAA-GTCAA----A-GTGCG--A-TG---GT----CCCAGCG-CAAAGTGGCG-ATGGT-TTGTTGAG-C--TTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG--CC-GCGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTGCA-C----GTTACCC-----C-AAAGTG-CGATGTTG-TAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T--TGGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|1 : --AAT-TCCA-ATGG-CG-T--GGGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|10 : cgttatAAATATATATGTAAGATTCCAAAGTGCGAT-G-TT---GGCC----CCAA----A-GTGCG--A-TG---GT----aacgtctttcaaaattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaaagacaccaatccgaaactgcgttgatcatgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaccatcacacttgggcgtgtcagac
gi|12 : caatattttgaacatacgacactgactgcttTGTTG-TAA-ATG--C-A--A---TTCACATGA-CG-TCGTGGTA-ACGTTTATG--ACG-TCATAC--T--T-TTATGACGTCAttgttggcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|13 : ttttttttaactctcaagtaaaacATATGTAGAACTCCAA-GTGCGAT-G-GTGC--GCCGA----AA----A-ATACG--AATGCACGT----CCCA-------AGTG-CG-ATGGT-CTGTTGAG-G--TTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGG--tagtacggcatctta
gi|14 : ATGTAGGACTCCAAAGTGCGAT-T-GT-CACGCCAA-ATTGG----A--T-CG--A-TA---GT----CT--GCG-CCAAACCGCA-ATGGT-CTG-----------AC--ACGCC-ACAATG--TG-CGATGG--tt
gi|15 : TTGTG-ATTG-TTACAT--G--C-TTATGACGTCAATCACtt
gi|16 : taaaattcaaaacgaaggtaaatatcattcaTATATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GT-aacgtctatcaaagtttatccga
gi|18 : cttttactgtgatcagttaaaatttctgctCGTTTGTG-AA-G-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|19 : g--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TA-T--GGTTA-ACATTTGT--GACG-TCACAA--T--G-TTATGACATCAATTAaacgcctttcaaatttcacccga
gi|2 : acGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TATTGACGTCAATCAC
gi|20 : aG--C-A--AAG-TCCA-ATGG-T-------------GTTTGT--GACG-TCAC-------A-TTATGATGTCAATCACaacgtcttttcatattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaatgacccctccgaaaactgcgcttggtcatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagaaccatcgcacattgtggcgtgtcagacc
gi|21 : ctacacgttactGTTTGTG--ACG-TCACGA--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|22 : A-ACGTTTATG--ACG-TCACAT--T--A-TTATGACGTCAATCACaacgtct
gi|23 : CGTTTGTG--ACG-TCGCGT--T--A-TTATAAAGTCAATCACatct
gi|24 : GTTTGTG-AACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCACg
gi|25 : GTAGGACTCCAAAGTGCGAT-C-GT-C--GCC----CCAA----A-GTaa
gi|3 : AATGTGAACGGTCACTGAGAATACATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GT-CAGGCCAAAGTGAA----G-GTGCG--A-TG---GT----CCTAGCGGCAAAGTGGCGGATGGTATTGTTAAG-C--TTACAGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG--CC-ACAC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTATCT-----C-AAAGTG-CGTTGTTG-TAACACG--C-A--AAG--CCG-ATGG-TG-T--TGGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|4 : cAAGTG-CG-ATGGT-CTGTTGAG-G--TTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGGTTCC-TCTC-CTA--T----A-TAGACT----C----GTTACGC-----C-AAAGTG-
gi|5 : cgtcccAGGGCGAT-G-GT-CTGGC----GTCTATTATATGTGCGGTA-TG---GT----TTGGG-G-CA---TGG---ATAG-------AAG-CGATCACGGAC----A-A--A--TG-CGA---------------AAGTGC-GAGTGGTCT--A-C----G--------------AATTGACGGC-------ACTCG--CCA--AAG-TCCG-ATGG-TT-T--GGGTACCCGTTTGT--GACG-TCACGT--T--AGTTATGACATCAATCACtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|6 : gtgacgttcaacgagatcatatgttgaggggtgggtgtcacgcttaaaggtTGTAAGACTCCAAAGTGCGAaac
gi|6 : ATGGTC-TAACACG--CCACCAAG-TCCG-ATGG-TG-T---GG-----GTT------ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|7 : tgtaagactccaaagtgcgaatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaTTCAAAGTGCGATTG-GT---GTCC----CTAA----A-GTGCG--A-TG---GTCGCCCCCAGT----AAGT-GCG-ATGGT-TTGTTAAGAC--TTACGGAC-CC-A-A--GATTGCCGATGG--CCAGCGCTCAAAGTGCGGA-TGGTCTAAA-CAATTGTTACTC-----CGAAAGTG-CGATGGTC-TAACACGGCC-A--AAGTTCCG-ATGGATGTT--TGGTA-ACA-TTGT--GACGTTCACGTTAT--A-TTATG-CGTC
gi|8 : TATATGTAAGACT--AAAGTGCGTT-GTGT-C---CCAA-G------------GCG--A-TG---GT----CTTAGC--CGAAGTG-CA-ATGGT-TTGTTAA--C--TTACGGACGCA-A-A--G--TG-C--TG-----------CAGA-TGC-AG-TG--CTACACC----GTTACTC-----C-AAAGTG-CGATG--GCTAACACA--C-A--AAG-TCCG-AT-G-TG-T--TGGTA-TCGTTT-TGTGACG-T-ACAT--TAAA-TTATGATG-CAATCAC
gi|9 : -CAAAGTG-CG-ATGGT-TTGTTGAC-G--ATACATATGCC-ATA--T--TG-CGATGG--CA-TCGC-CAAAGTGC-GA-TATTTTGCA-C----GTTACTCGTTGTC-AAA----------TA-TAGTACGT-C-A--ATG-TTTC-ATGG-TG-T--GGGTA-ACGTTTGT--GACG-TCATAT--T--A-TGATAATGTCAATCAga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATCACAACGTCTTTCAATATTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATGAATGACCCCAATCCGAAACTGCGCTTGGTCATGA
Unaligned ( gi|17 ): ATAGTAACATCTATGACATCATACGATTATGATGTCATAGTAAGGCAAACTATTTTATAC
Alignments
lowQualScore : 555555 111 555555555555 111 111 22222222222222 11 111 111111111 444444444444 111111 1111111 1111111111 11 222
lowQualScore : 777777 222 000000000000 111 6 111 77777777777777 99 5 5 0 444 0 2 444444444 5 111111111111 2 6 6 55 555555 2222222 0 5555555555 0 00 8 55 4 4 4 4 2 55 3 111 2 33 33 2
lowQualScore : ...... ... ............ ... . ... .............. .. . . . ... . . ......... . ............ . . . .. ...... ....... . .......... . .. . .. . . . . . .. . ... . .. .. .
lowQualScore : 555555 555 000000000000 777 7 777 88888888888888 33 7 7 4 333 2 5 999999999 0 888888888888 5 7 7 77 000000 6666666 7 8888888888 1 66 9 55 0 0 0 0 4 00 3 999 4 22 22 4
consensus : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCC-AAGCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGC-GCGAAGTGGC-GATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-TGG--GTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
Reference ( family-45 ) : NAATGTGAACGGTCACTGA------GAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCC-AAGCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGC-GCAAAGTGGC-GATGGT-CTGTTGAG-CTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-TNG--GTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|1 : --AAT-TCCA-ATGG-CG-TGG--GTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|10 : cgttatCACTGACTGCTTAAATATATATGTAAGATTCCAAAGTGCGAT---GTT-GGCC----CCAAAGTG---CGA-TG---GT----aacgtctttcaaaattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaaagacaccaatccgaaactgcgttgatcatgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaccatcacacttgggcgtgtcagac
gi|12 : caatattttgaacatacgaACTC-----T-CAAGTAAA-ACT-G-TTGTAA-ATG--C-A--A---TTCACATGA-CG-TCGTGGTA-ACGTTTATG--ACG-TCATAC--T--T-TTATGACGTCAttgttggcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|13 : ttttttttaATATGTAGAACTCCAA-GTGCGAT-G-GTG-CGCC-GA---AAAATA---CGAATGCACGT----CCCA-------AGTG-C-GATGGT-CTGTTGAG-GTTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGG---tagtacggcatctta
gi|14 : ATGTAGGACTCCAAAGTGCGAT-T-GT-----C-ACGCCAAATTGGATCGA-TA---GT----CT--GC-GCCAAACCGC-AATGGT-CTG---------AC--ACGCC-ACAATG--TG-CGATGG---tt
gi|15 : TTGTG-ATTG-TTACAT--G--C-TTATGACGTCAATCACtt
gi|16 : taaaattcaaaacgaaggtaaatatcattcaTATATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTaacgtctatcaaagtttatccga
gi|18 : cttttactgtgatcagttaaaatttctgctCGTTTGTG-AA-G-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|19 : g--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TA-TGG--TTA-ACATTTGT--GACG-TCACAA--T--G-TTATGACATCAATTAaacgcctttcaaatttcacccga
gi|2 : ac--GTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TATTGACGTCAATCAC
gi|20 : aG--C-A--AAG-TCCA-ATGG-T-------------GTTTGT--GACG-TCAC-------A-TTATGATGTCAATCACaacgtcttttcatattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaatgacccctccgaaaactgcgcttggtcatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagaaccatcgcacattgtggcgtgtcagacc
gi|21 : ctacacgttactGTTTGTG--ACG-TCACGA--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|22 : A-ACGTTTATG--ACG-TCACAT--T--A-TTATGACGTCAATCACaacgtct
gi|23 : CGTTTGTG--ACG-TCGCGT--T--A-TTATAAAGTCAATCACatct
gi|24 : GTTTGTG-AACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCACg
gi|25 : GTAGGACTCCAAAGTGCGAT-C-GTC--GCC----CCAAAGTaa
gi|3 : AATGTGAACGGTCACTGA------GAATACATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTCAGGCCAAAGTGAAGGTG---CGA-TG---GT----CCTAGCGGCAAAGTGGCGGATGGTATTGTTAAG-CTTACAGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-CA-CAC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTATCT-----C-AAAGTGCG-T-T-GTT-GTAACACG--C-A--AAG--CCG-ATGG-TG-TTG--GTA-ACGTTTGTG-GACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|4 : cAAGTG-C-GATGGT-CTGTTGAG-GTTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGGTTCC-T--CTC-CTA--T----A-TAG---ACT-C----GTTACGC-----C-AAAGTG
gi|5 : cgtcccTCACGGAC----A-A--A--TG-CGA-----------------AAGTGC-GAGTGGTCTACG-A----ATT------------------G-A-C-G---GCA-CTCG--CCA--AAG-TCCG-ATGG-TT-TGG--GTACCCGTTTGT--GACG-TCACGT--T--AGTTATGACATCAATCACtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|6 : gtgacgttcaacgagatcatatgttgaggggtgggtgtcacgcttaaaggtagggcgatggtctggcgtctattatatgtgcggtatggtttggggcatggatagaagcgaTGTAAGACTCCAAAGTGCGAaac
gi|6 : ACTC-----C-AAAGTGCGAA-T-G-T-GTatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|6 : tgtaag-G-T-CTAACACG--CCACCAAG-TCCG-ATGG-TG-TGG--GT---------T---ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|7 : tgtaagactccaaagtgcgaatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatgTTCAAAGTGCGATTG-GT--GTCC----CTAAAGTG---CGA-TG---GTCGCCCCCAGT----AAGT-GC-GATGGT-TTGTTAAGACTTACGGAC-CC-A-A--GATTGCCGATGG---C-CAGCGCTCAAAGTGCGGA-TGGTCTAAA-CAATTGTTACTC-----CGAAAGTGCG-A-TGG-T-CTAACACGGCC-A--AAGTTCCG-ATGGATGTTTG--GTA-ACA-TTGT--GACGTTCACGTTAT--A-TTATG-CGTC
gi|8 : TATATGTAAGACT--AAAGTGCGTT-GTGTC---CC-AAG-------G---CGA-TG---GT----CTTAGC--CGAAGTG-C-AATGGT-TTGTTAA--CTTACGGACGCA-A-A--G--TG-C--TG-------------CAGA-TGC-AG-TG--CTACACC----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-G-CTAACACA--C-A--AAG-TCCG-AT-G-TG-TTG--GTA-TCGTTT-TGTGACG-T-ACAT--TAAA-TTATGATG-CAATCAC
gi|9 : CAAAGTG-C-GATGGT-TTGTTGAC-GATACATATGCC-ATA--T--TG-CGATGG---CAT--CGC-CAAAGTGC-GA-TATTTTGCA-C----GTTACTCGTTGTC-AAA------------T-ATAGTACGT-C-A--ATG-TTTC-ATGG-TG-TGG--GTA-ACGTTTGT--GACG-TCATAT--T--A-TGATAATGTCAATCAga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATCACAACGTCTTTCAATATTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATGAATGACCCCAATCCGAAACTGCGCTTGGTCATGA
Unaligned ( gi|17 ): ATAGTAACATCTATGACATCATACGATTATGATGTCATAGTAAGGCAAACTATTTTATAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 555555555555 111 111 22222222222222 11 111 111111111 444444444444 111111 1111111 1111111111 11 222
lowQualScore : 2222222 222 000000000000 111 6 111 88888888888888 99 5 5 0 000 0 2 444444444 5 111111111111 2 6 6 55 555555 2222222 0 5555555555 0 00 8 55 4 4 4 4 888 3 111 2 33 33 2
lowQualScore : ....... ... ............ ... . ... .............. .. . . . ... . . ......... . ............ . . . .. ...... ....... . .......... . .. . .. . . . . ... . ... . .. .. .
lowQualScore : 3333333 555 000000000000 777 7 777 88888888888888 33 7 7 4 222 2 5 999999999 0 888888888888 5 7 7 77 000000 6666666 7 8888888888 1 66 9 55 0 0 0 0 000 3 999 4 22 22 4
consensus : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCCAA-GCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGCG-CGAAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
Reference ( family-45 ) : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCCAA-GCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGCG-CGAAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|1 : --AAT-TCCA-ATGG-CG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|10 : cgttatCACTGACTGCTTAAATATATATGTAAGATTCCAAAGTGCGAT---GTT-GGCC----CCAAAGTG---CGA-TG---GT----aacgtctttcaaaattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaaagacaccaatccgaaactgcgttgatcatgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaccatcacacttgggcgtgtcagac
gi|12 : caatattttgaacatacgaACTC-----T-CAAGTAAA-ACT-G-TTGTAA-ATG--C-A--A---TTCACATGA-CG-TCGTGGTA-ACGTTTATG--ACG-TCATAC--T--T-TTATGACGTCAttgttggcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|13 : ttttttttaATATGTAGAACTCCAA-GTGCGAT-G-GTG-CGCCGA----AAAATA---CGAATGCACGT----CCCA-------AGTG-CG-ATGGT-CTGTTGAG-GTTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGG---tagtacggcatctta
gi|14 : ATGTAGGACTCCAAAGTGCGAT-T-GT-----CAC-GCCAAATTGGATCGA-TA---GT----CT--GCG-CCAAACCGCA-ATGGT-CTG---------AC--ACGCC-ACAATG--TG-CGATGG---tt
gi|15 : TTGTG-ATTG-TTACAT--G--C-TTATGACGTCAATCACtt
gi|16 : taaaattcaaaacgaaggtaaatatcattcaCTGCTT----ATATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTaacgtctatcaaagtttatccga
gi|18 : cttttactgtgatcagttaaaatttCGTTTGTG-AA-G-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|19 : g--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TA-T-G-GTTA-ACATTTGT--GACG-TCACAA--T--G-TTATGACATCAATTAaacgcctttcaaatttcacccga
gi|2 : acGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TATTGACGTCAATCAC
gi|20 : aG--C-A--AAG-TCCA-ATGG-T-------------GTTTGT--GACG-TCAC-------A-TTATGATGTCAATCACaacgtcttttcatattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaatgacccctccgaaaactgcgcttggtcatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagaaccatcgcacattgtggcgtgtcagacc
gi|21 : ctacacgttactGTTTGTG--ACG-TCACGA--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|22 : A-ACGTTTATG--ACG-TCACAT--T--A-TTATGACGTCAATCACaacgtct
gi|23 : CGTTTGTG--ACG-TCGCGT--T--A-TTATAAAGTCAATCACatct
gi|24 : GTTTGTG-AACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCACg
gi|25 : GTAGGACTCCAAAGTGCGAT-C-GTC--GCC----CCAAAGTaa
gi|3 : AATGTGAACGGTCACTGA------GAATACATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTCAGGCCAAAGTGAAGGTG---CGA-TG---GT----CCTAGCGGCAAAGTGGCGGATGGTATTGTTAAG-CTTACAGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-CA-CAC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTATCT-----C-AAAGTGCG-T-T-GTT-GTAACACG--C-A--AAG--CCG-ATGG-TG-T-T-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|4 : cAAGTG-CG-ATGGT-CTGTTGAG-GTTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGGTTCC-T--CTC-CTA--T----A-TAG---ACT-C----GTTACGC-----C-AAAGTG
gi|5 : cgtcccG-ATCACGGAC----A-A--A--TG-CGA-----------------AAGTGC-GAGTGGTCTACG-A----ATT------------------G-A-C-G---GCA-CTCG--CCA--AAG-TCCG-ATGG-TT-T-G-GGTACCCGTTTGT--GACG-TCACGT--T--AGTTATGACATCAATCACtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|6 : gtgacgttcaacgagatcatatgttgaggggtgggtgtcacgcttaaaggtagggcgatggtctggcgtctattatatgtgcggtatggtttggggcatggatagaagcTGTAAGACTCCAAAGTGCGAaac
gi|6 : ACTC-----C-AAAGTGCGAA-T-G-T-GTatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|6 : tgtaag-G-T-CTAACACG--CCACCAAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGT---------T---ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|7 : tgtaagactccaaagtgcgaatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatgTTCAAAGTGCGATTG-GT--GTCC----CTAAAGTG---CGA-TG---GTCGCCCCCAGT----AAGT-GCG-ATGGT-TTGTTAAGACTTACGGAC-CC-A-A--GATTGCCGATGG---C-CAGCGCTCAAAGTGCGGA-TGGTCTAAA-CAATTGTTACTC-----CGAAAGTGCG-A-TGG-T-CTAACACGGCC-A--AAGTTCCG-ATGGATGTT-T-GGTA-ACA-TTGT--GACGTTCACGTTAT--A-TTATG-CGTC
gi|8 : TATATGTAAGACT--AAAGTGCGTT-GTGTC---CCAA-G-------G---CGA-TG---GT----CTTAGC--CGAAGTG-CA-ATGGT-TTGTTAA--CTTACGGACGCA-A-A--G--TG-C--TG-------------CAGA-TGC-AG-TG--CTACACC----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-G-CTAACACA--C-A--AAG-TCCG-AT-G-TG-T-T-GGTA-TCGTTT-TGTGACG-T-ACAT--TAAA-TTATGATG-CAATCAC
gi|9 : -CAAAGTG-CG-ATGGT-TTGTTGAC-GATACATATGCC-ATA--T--TG-CGATGG---CAT--CGC-CAAAGTGC-GA-TATTTTGCA-C----GTTACTCGTTGTC-AAA------------T-ATAGTACGT-C-A--ATG-TTTC-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGT--GACG-TCATAT--T--A-TGATAATGTCAATCAga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATCACAACGTCTTTCAATATTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATGAATGACCCCAATCCGAAACTGCGCTTGGTCATGA
Unaligned ( gi|17 ): ATAGTAACATCTATGACATCATACGATTATGATGTCATAGTAAGGCAAACTATTTTATAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 111 555555555555 111 111 22222222222222 11 111 111111111 444444444444 111111 1111111 1111111111 11 222
lowQualScore : 2222222 222 000000000000 111 6 111 88888888888888 99 5 5 0 000 0 2 444444444 5 111111111111 2 6 6 55 555555 2222222 0 5555555555 0 00 8 55 4 4 4 4 888 3 111 2 33 33 2
lowQualScore : ....... ... ............ ... . ... .............. .. . . . ... . . ......... . ............ . . . .. ...... ....... . .......... . .. . .. . . . . ... . ... . .. .. .
lowQualScore : 3333333 555 000000000000 777 7 777 88888888888888 33 7 7 4 222 2 5 999999999 0 888888888888 5 7 7 77 000000 6666666 7 8888888888 1 66 9 55 0 0 0 0 000 3 999 4 22 22 4
consensus : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCCAA-GCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGCG-CGAAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
Reference ( family-45 ) : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCCAA-GCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGCG-CGAAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|1 : --AAT-TCCA-ATGG-CG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|10 : cgttatCACTGACTGCTTAAATATATATGTAAGATTCCAAAGTGCGAT---GTT-GGCC----CCAAAGTG---CGA-TG---GT----aacgtctttcaaaattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaaagacaccaatccgaaactgcgttgatcatgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaccatcacacttgggcgtgtcagac
gi|12 : caatattttgaacatacgaACTC-----T-CAAGTAAA-ACT-G-TTGTAA-ATG--C-A--A---TTCACATGA-CG-TCGTGGTA-ACGTTTATG--ACG-TCATAC--T--T-TTATGACGTCAttgttggcgatatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|13 : ttttttttaATATGTAGAACTCCAA-GTGCGAT-G-GTG-CGCCGA----AAAATA---CGAATGCACGT----CCCA-------AGTG-CG-ATGGT-CTGTTGAG-GTTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGG---tagtacggcatctta
gi|14 : ATGTAGGACTCCAAAGTGCGAT-T-GT-----CAC-GCCAAATTGGATCGA-TA---GT----CT--GCG-CCAAACCGCA-ATGGT-CTG---------AC--ACGCC-ACAATG--TG-CGATGG---tt
gi|15 : TTGTG-ATTG-TTACAT--G--C-TTATGACGTCAATCACtt
gi|16 : taaaattcaaaacgaaggtaaatatcattcaCTGCTT----ATATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTaacgtctatcaaagtttatccga
gi|18 : cttttactgtgatcagttaaaatttCGTTTGTG-AA-G-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|19 : g--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TA-T-G-GTTA-ACATTTGT--GACG-TCACAA--T--G-TTATGACATCAATTAaacgcctttcaaatttcacccga
gi|2 : acGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TATTGACGTCAATCAC
gi|20 : aG--C-A--AAG-TCCA-ATGG-T-------------GTTTGT--GACG-TCAC-------A-TTATGATGTCAATCACaacgtcttttcatattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaatgacccctccgaaaactgcgcttggtcatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagaaccatcgcacattgtggcgtgtcagacc
gi|21 : ctacacgttactGTTTGTG--ACG-TCACGA--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|22 : A-ACGTTTATG--ACG-TCACAT--T--A-TTATGACGTCAATCACaacgtct
gi|23 : CGTTTGTG--ACG-TCGCGT--T--A-TTATAAAGTCAATCACatct
gi|24 : GTTTGTG-AACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCACg
gi|25 : GTAGGACTCCAAAGTGCGAT-C-GTC--GCC----CCAAAGTaa
gi|3 : AATGTGAACGGTCACTGA------GAATACATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTCAGGCCAAAGTGAAGGTG---CGA-TG---GT----CCTAGCGGCAAAGTGGCGGATGGTATTGTTAAG-CTTACAGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-CA-CAC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTATCT-----C-AAAGTGCG-T-T-GTT-GTAACACG--C-A--AAG--CCG-ATGG-TG-T-T-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|4 : cAAGTG-CG-ATGGT-CTGTTGAG-GTTACGGACGTCAA-A--A--TG-CGATGGTTCC-T--CTC-CTA--T----A-TAG---ACT-C----GTTACGC-----C-AAAGTG
gi|5 : cgtcccG-ATCACGGAC----A-A--A--TG-CGA-----------------AAGTGC-GAGTGGTCTACG-A----ATT------------------G-A-C-G---GCA-CTCG--CCA--AAG-TCCG-ATGG-TT-T-G-GGTACCCGTTTGT--GACG-TCACGT--T--AGTTATGACATCAATCACtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|6 : gtgacgttcaacgagatcatatgttgaggggtgggtgtcacgcttaaaggtagggcgatggtctggcgtctattatatgtgcggtatggtttggggcatggatagaagcTGTAAGACTCCAAAGTGCGAaac
gi|6 : ACTC-----C-AAAGTGCGAA-T-G-T-GTatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|6 : tgtaag-G-T-CTAACACG--CCACCAAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGT---------T---ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|7 : tgtaagactccaaagtgcgaatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatgTTCAAAGTGCGATTG-GT--GTCC----CTAAAGTG---CGA-TG---GTCGCCCCCAGT----AAGT-GCG-ATGGT-TTGTTAAGACTTACGGAC-CC-A-A--GATTGCCGATGG---C-CAGCGCTCAAAGTGCGGA-TGGTCTAAA-CAATTGTTACTC-----CGAAAGTGCG-A-TGG-T-CTAACACGGCC-A--AAGTTCCG-ATGGATGTT-T-GGTA-ACA-TTGT--GACGTTCACGTTAT--A-TTATG-CGTC
gi|8 : TATATGTAAGACT--AAAGTGCGTT-GTGTC---CCAA-G-------G---CGA-TG---GT----CTTAGC--CGAAGTG-CA-ATGGT-TTGTTAA--CTTACGGACGCA-A-A--G--TG-C--TG-------------CAGA-TGC-AG-TG--CTACACC----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-G-CTAACACA--C-A--AAG-TCCG-AT-G-TG-T-T-GGTA-TCGTTT-TGTGACG-T-ACAT--TAAA-TTATGATG-CAATCAC
gi|9 : -CAAAGTG-CG-ATGGT-TTGTTGAC-GATACATATGCC-ATA--T--TG-CGATGG---CAT--CGC-CAAAGTGC-GA-TATTTTGCA-C----GTTACTCGTTGTC-AAA------------T-ATAGTACGT-C-A--ATG-TTTC-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGT--GACG-TCATAT--T--A-TGATAATGTCAATCAga
blockSeqs : CTGCTT TG CAGGCCAAAGTG GAT A CAC CCTAGCGGCA CG G A GAC G ACAATG C TTCCTCTC G G G GT CAATT GTTGTC TTGTTG GC C CC T C A T CGT C GTG T TA AA G
blockSeqs : G GT GCGCCGA . . . CGCCCCCAGT GG . . GC G AAGAT . CCAGCGCT G . . GT CC CG AATGTG T C . . . . . G . GA . . . .
blockSeqs : G CACGCC . . . CTTAGCCG G . . GG G AAAA . CATCGC G . . TT C C ATGGTC . . . . . . . T . GA . . . .
blockSeqs : T CGCCCC . . . CTGCGCC G . . GA G ATAT . . . . . G A C ATGGC . . . . . . . G . GA . . . .
blockSeqs : G GTCCCT . . . G . . CG G AAG . . . . . . C C ACGG . . . . . . . G . GG . . . .
blockSeqs : C CCCAAG G . . C . AAA . C TA . . . . . . . T . G . . . .
blockSeqs : G . . AAG . . . . . . . . . T . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqs : G . . . .
blockSeqs : G . . . .
blockSeqs : G . . . .
blockSeqs : G . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : G** CNCNCC****** CCGCCG******** AAG****** CCC********* ACGGTG****
originalCons : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTC-GGCCAA-GCCAAAGTG---CGA-TG---GT----CCCAGCG-CGAAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCC-A-A--G--TG-CGATGG---C-C--CGC-CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCG-A-T-G-T-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
finalCons : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGATG--GTCNCNCC------AAAGTG---CGA-TG---GTCCGCCG--------AAGTGGCG-ATGGT-CTGTTGAG-NTTACGGACGCCAAG------TG-CGATGGCCC---------CAAAGTGC-GA-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCGACGGTG----TAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATCACAACGTCTTTCAATATTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATGAATGACCCCAATCCGAAACTGCGCTTGGTCATGA
Unaligned ( gi|17 ): ATAGTAACATCTATGACATCATACGATTATGATGTCATAGTAAGGCAAACTATTTTATAC
Alignments
lowQualScore : 1111111 11 2222222222 5555555555555555555555 22 11 11111 2222222222 111111111 555555555555 111111 1111111 11 11 222
lowQualScore : 2222222 555 33 5 33 7777777777 2222222222222222222222 22 00 5 22222 6666666666 0 2 444444444 5 111111111111 3 2 666 66 555555 5555555 0 2 2 99 00 8 55 4 4 4 4 888 3 111 2 33 33 2
lowQualScore : ....... ... .. . .. .......... ...................... .. .. . ..... .......... . . ......... . ............ . . ... .. ...... ....... . . . .. .. . .. . . . . ... . ... . .. .. .
lowQualScore : 3333333 777 55 9 88 5555555555 3333333333333333333333 22 66 0 55555 5555555555 2 5 999999999 0 444444444444 2 5 888 22 000000 9999999 7 5 7 44 66 9 55 0 0 0 0 000 3 999 4 22 22 4
consensus : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTCGCGCC--AAAGT---G------CGATGGTC--C--G-C--C----G------AAGTG-GCG--ATGGT-TTG-----TTGA-------GG-TTACGGACGCC-A-A--G--TGC-GATGG--C--CG----CCAAAGTGCG-A-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCGACGGT-NTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
Reference ( family-45 ) : NAATGTGAACGGTCACTGACTGCTTGAATATATATGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTCNCNCC--AAAGT---G------CGATGGTC--C--G-C--C----G------AAGTG-GCG--ATGGT-CTG-----TTGA-------GN-TTACGGACGCC-A-A--G--TGC-GATGG--C--C-----CCAAAGTGCG-A-TGGTCTACA-C----GTTACTC-----C-AAAGTGCGACGGT-GTAACACG--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|1 : --AAT-TCCA-ATGG-CG-T-G-GGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|10 : cgttatCACTGACTGCTTAAATATATATGTAAGATTCCAAAGTGCGAT-G-TTGGCCCC--AAAGT---G------CGATGGTT--T--G-T-----------------TG-GCG--ATaacgtctttcaaaattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaaagacaccaatccgaaactgcgttgatcatgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgagaaccatcacacttgggcgtgtcagac
gi|12 : caatattttgaacatacgaACTC-----T-CAAGTAAAACTGTTGTAA-ATG--C-A--A---TTCACATGA-CG-TCGTGGTA-ACGTTTATG--ACG-TCATAC--T--T-TTATGACGTCAatagacacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgagt
gi|13 : ttttttttaATATGTAGAACTCCAA-GTGCGAT-G-GT-GCGCCGAAAAAT---A------CGAATGCA--C--GTC--C----C------AAGTG--CG--ATGGT-CTG-----TTGA-------GG-TTACGGACGTCAA-A--A--TGC-GATGG--tagtacggcatctta
gi|14 : ATGTAGGACTCCAAAGTGCGAT-T-GTCACGCC--AAATT---GGAT---CGATAGTCTGC--G-C--C-----------AAACC-GCA--ATGGT-CTG---------------------AC--ACGCC-ACAATG--TGC-GATGG--tt
gi|15 : TTGTG-ATTG-TTACAT--G--C-TTATGACGTCAATCACtt
gi|16 : taaaattcaaaacgaaggtaaatatcattcaCTGCTT----ATATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTaacgtctatcaaagtttatccga
gi|18 : cttttactgtgatcagttaaaatttCGTTTGTG-AA-G-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|19 : g--C-A--AAG-TCCG-ATGG-TA-T-G-GTTA-ACATTTGT--GACG-TCACAA--T--G-TTATGACATCAATTAaacgcctttcaaatttcacccga
gi|2 : acGTA-ACGTTTGTG--ACG-TCACGT--T--A-TATTGACGTCAATCAC
gi|20 : aG--C-A--AAG-TCCA-ATGG-T-------------GTTTGT--GACG-TCAC-------A-TTATGATGTCAATCACaacgtcttttcatattcacccgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagatgaatgacccctccgaaaactgcgcttggtcatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagaaccatcgcacattgtggcgtgtcagacc
gi|21 : ctacacgttactGTTTGTG--ACG-TCACGA--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|22 : A-ACGTTTATG--ACG-TCACAT--T--A-TTATGACGTCAATCACaacgtct
gi|23 : CGTTTGTG--ACG-TCGCGT--T--A-TTATAAAGTCAATCACatct
gi|24 : GTTTGTG-AACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCACg
gi|25 : GTAGGACTCCAAAGTGCGAT-C-GTCGCCCC--AAAGT---aa
gi|3 : AATGTGAACGGTCACTGA------GAATACATGTGTAAGACTCCAAAGTGCGAT-G-GTCAGGCC--AAAGT---GAAGGTGCGATGGTC--CTAG-CGGC----A------AAGTG-GCGG-ATGGTATTG-----TTAA-------GC-TTACAGACGCC-A-A--G--TGC-GATGG--C--CACA--CCAAAGTGCG-A-TGGTCTACA-C----GTTATCT-----C-AAAGTGCGTTGTT-GTAACACG--C-A--AAG--CCG-ATGG-TG-T-T-GGTA-ACGTTTGTG-GACG-TCA-GT--T--A-TTATGACGTCAATCAC
gi|4 : c-C--C----C------AAGTG--CG--ATGGT-CTG-----TTGA-------GG-TTACGGACGTCAA-A--A--TGC-GATGGTTC--C-----TC----TCCT-A-T-ATAGACT-C----GTTACGC-----C-AAAGTG
gi|5 : cgt-GTCACGCTTAAAGGTAGGG------CGATGGTC--T--G-G--C----GTCTATTATATGTGCGGTATGGT-TTGGGGCATGGATAGAAGCGA-TCACGGAC----A-A--A--TGC-GA-----------------AAGTGCG-AGTGGTCTACG-A----ATT------------------GACGGC----ACTCG--CCA--AAG-TCCG-ATGG-TT-T-G-GGTACCCGTTTGT--GACG-TCACGT--T--AGTTATGACATCAATCACtttgcccagtctatcatttgtaggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtggtgtaaaagtaacgtttgtctcgtcatactggtataatcatagtgtcatttgtaacgtctttcatagtctaaccgaa
gi|6 : gtgacgttcaacgagatcatatgttgaggggtgggtTGTAAGACTCCAAAGTGCGAaac
gi|6 : ATGGT-CTAACACG--CCACCAAG-TCCG-ATGG-TG-T-G-GGT---------T---ACG-TCACGT--T--A-TTATGACGTCAATCAatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaatggtctaacacgccaccaagtccgatggtgtgggttacgtcacgttattatgacgtcaatca
gi|7 : tgtaagactccaaagtgcgaatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaTTCAAAGTGCGATTG-GTGTCCCT--AAAGT---G------CGATGGTC-----G-C--CCCCAGT-----AAGTG--CG--ATGGT-TTG-----TTAA-------GACTTACGGAC-CC-A-A--GATTGCCGATGG--C--CAGCGCTCAAAGTGCGGA-TGGTCTAAA-CAATTGTTACTC-----CGAAAGTGCGATGGT-CTAACACGGCC-A--AAGTTCCG-ATGGATGTT-T-GGTA-ACA-TTGT--GACGTTCACGTTAT--A-TTATG-CGTC
gi|8 : TATATGTAAGACT--AAAGTGCGTT-GTGTCCC------AAG----G------CGATGGTC--TTAG-C--C----G------AAGTG--CA--ATGGT-TTG-----TTAA--------C-TTACGGACGCA-A-A--G--TGC---TG-------------CAGA-TGCA-G-TG--CTACACC----GTTACTC-----C-AAAGTGCGATGGC--TAACACA--C-A--AAG-TCCG-AT-G-TG-T-T-GGTA-TCGTTT-TGTGACG-T-ACAT--TAAA-TTATGATG-CAATCAC
gi|9 : -C--C----A------AAGTG--CG--ATGGT-TTG-----TTGA-------CG-ATACATATGCC-ATA--T--TGC-GATGG--CATCG----CCAAAGTGCG-A-TATTTTGCA-C----GTTACTCGTTGTC-AAA---------T-ATAGTACGT-C-A--ATG-TTTC-ATGG-TG-T-G-GGTA-ACGTTTGT--GACG-TCATAT--T--A-TGATAATGTCAATCAga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GATCACAACGTCTTTCAATATTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATGAATGACCCCAATCCGAAACTGCGCTTGGTCATGA
Unaligned ( gi|17 ): ATAGTAACATCTATGACATCATACGATTATGATGTCATAGTAAGGCAAACTATTTTATAC