lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 111111 111111111111 1111111 222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111 111 2222222222222 1111111111 1111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222 11 11 1111111 1111 55555555 8888888888888888888 11 11111 11 222222 444444444444444444444444444 11 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 444444444 11 1 33333 1111 1 33333333333333333333 22222222 222 2 11 1
lowQualScore : 7 6 2 4 55 3 000000 888888888888 8888888 0 222222222222222222222 888 4 1111111111111111111111111111111111111111111 0000000000000 44 555 6666666666666 55 55 7777777777 55 777 9999999 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 5 1 1 0 8888888888 1 5 6 8 00 00 6 2222222 1111 1 6 55555555 0 0 8888888888888888888 5 11 5 66666 3 11 333333 0 888888888888888888888888888 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 000000000 3 11 0 66666 3333 0 3 55 88888888888888888888 0 9 66666666 7 000 6 6 4 6 88 6 6 3 5
lowQualScore : . . . . .. . ...... ............ ....... . ..................... ... . ........................................... ............. .. ... ............. .. .. .......... .. ... ....... ........................................................................... . . . . . .......... . . . . .. .. . ....... .... . . ........ . . ................... . .. . ..... . .. ...... . ........................... .. ...................................................................................................................................... . ......... . .. . ..... .... . . .. .................... . . ........ . ... . . . . .. . . . .
lowQualScore : 0 5 8 2 00 6 555555 666666666666 1111111 5 666666666666666666666 111 4 9999999999999999999999999999999999999999999 2222222222222 66 333 2222222222222 55 55 5555555555 55 000 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 7 7 7 7 0000000000 9 7 4 0 88 00 7 8888888 2222 7 7 00000000 8 8 0000000000000000000 0 00 0 77777 8 00 000000 8 666666666666666666666666666 00 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 444444444 0 00 0 22222 5555 0 8 22 88888888888888888888 2 5 33333333 0 777 7 0 0 0 55 0 0 0 0
consensus : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGGCATAA--GGAGCATAA-C------AT------------ACAT-C-----AGGAAAGAAA-----ACC-AA-AAG-ACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGAC-ATAGTGACA------TAC-------------ATTG------GG------A------CAAAAT--TGCATTGCACAAGA---GG----G---AA--GGA--GT----------CGT--A---TTGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATGAAGACTAAGT-A-------T-----------------T--------CT----TAA----------GGTAAA-TTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAAG-GAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAAT-TTAAAATCC-AA-AA-AA--T-TT-T--TCTTTA-TCA-TTTGAAAAATCAGTAAATTTG-T---T-CAC-TT------TTGAAT--ACANAA-----GTCTAAATAG--TT------TTTCTT-------------TTTG--TTGACTANAT--TTGTCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC----ATCTTCCA----------C-A-ACTG-ATTTTCTGTGCA-A---------TTTT--------CTTTCGTT-----CC--TGGNAATATTGTN------------AT-ATCCGCCTAATTTTAATGCAAA--AGTCT--GTG-TGAT--GC-ACNCNGAGTCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTCTTATTAAAGTAAGTAAGATATTCTTC-T-CAC-GTGCAAG-TTCGATTTT-AAAAATAAGTATTTTTGTNATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAGAGACAT
Reference ( gi|5 ) : ATAATTTAATTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACACAA--GGAGCATAA-C------AT------------ACAT-C-----AGGAAAGAAA-----ACC-AA-ACG-ACAGAGCT-A-ACATAAGATGAGATAATAATGACA------CAC-------------ATTG------GG------A------CAAAAT--TGCATGGGACAAGA---AT----G---AA--GGA--GT----------CAT--A---TTGCTAAAATTCAA-----A-TAAGTA---A-ATGTAGCCTAAGTGA-----TCT-----------------TT-------CT---ATAA----------GGTAAA-TTATCGTGAAGAAATCAGC-----CCAAG-GAGTTCATAATTTCAATATCTCCACAAT-TTCAAATCC-GA-AA-AA--T-TT-T--TCTTTA-TCAGTTTGAAAAATCAGTAAATTTG-TGCATGCAC-TT------TTGAAT--ACACAA-----GTCTAAATAA--TT------TTTCTT-------------TTTG--TTGACTTAAT--TTGCCACATTGAA------TAAAGAAGTGAA-TTTT----ATCTTCCA----------C-ACACTGTATTTTCTGTGCA-A---------TTTT--------CTTTCATT-----CC--TGGTAATATTGTA------------AT-ATCTACC-AGTTTTAGTATAAA--AATCT--GTG-TGAT--ACTACTCTAAATCT-ACAAATTGATCTTTTATATTTGTAATC--ATTAAGATAAGAAAGATATTATTC-TTCAG-GTGAAGATTTTGATTTT-AAAAATAAATATTCTTGTAACTGTATAGAGTTAAAATCATTCTTTCCGAGAGACAT
gi|13 : TATTTTATTTCTAACTCAGAGCTCATACAGGGCAAAAAAGGAGCATAA-T------AT------------GCAT-C-----AAGAACG-----------------G-ACAGATCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TAATAACA------AAA-------------ATTG------AG------AATGAGACAAATT--TGTATTGCAAAAGA---GG----G---AA--AGA--GT----------TGT--ACATTTGCTCAAATTCAA-----GTTAAG-----A-ATTAAAACTAGGT------------------------------------------TAA----------GGTAAA-TTA--GTGA
gi|4 : aatagattTTACTTCTAATTCAGAACTTAAACAGGAAATAA--GGTGCATAA-C------AT------------ACATACATGTAAGGAGAGATG-----ACC-GA-AAT-TTACATTT-A-ACATAGAATGAGAC-ATTATGACA------TACATGTATACTTAAGATTG------GG------A------CAGAATGGTACATTGGAC
gi|17 : TTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGTGCACAA--AGAGAATTA-C------ATTTAAGAATTTAAATAT-C-----ATGAGGGGGGGGGGTGTC-AA-AAG-ACATAGAC-A-ACATAAATTGAGAC-ACAGTGTCA------TGC-------------AGTG------gtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaacttgaggaaaattaacatgaaggaatttgcccaaggagttcataatttcaatatctccgcaattcaaaatccaaacacgtttaatttttatctgatacatcagtaaatttgttcacttttgaatgcacaagtttaaatagttcctctcttggtgggccatgcttgtcacattgcaccttgtcaaggaagttaactttcatcttcaactaaatttcctgtacaattttatcatttttttttcatttgtagccttgaacgttgtggtacacgtgcttgtatccaccaatttcaatcaaaagtttgtgtgatgcactcagaatctacaaattggccttttatattcgtaattagtgaagtaagataatcttcacatgcaagttttgactttgaaaataagtatgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|24 : aaTTATTTCTAACTCAGGACCCTGGCAGGACGTAA--GGACTATGA-C------AT------------ACA
gi|9 : gTTCTAATTCAGAGTCCAAACAGGGTATAA--GGAGCATAACC------AT------------ACAT-------AGGAAAGAAA-----GCCAAA-ACATATAGAGCT-T-ACATAAAATGAAAC-ATAATGACATGCATGTAC-------------ATTGTGATTAGG------A------CAAAAT--TGCGTTGGACAAG----------------------------------------A---TTGCTAGAATTCAA-----A-TAAACA---A-ATGTAG-----GTGC-----TCT-----------------TTTAAAAAGCTGAAATAAAAACACTTAGGGTAAA-TTATCGTGAAGAAACCTGT-----CCTGG-GAGTTCATAATTTCAATATCTGCACAAT-TTAAAATCC-AA-AATAA--TGTT-T--TCTTCA-
gi|19 : aatatattttttttTTCTAATTCAGAGCCTATTCAGGACACAA--GGAGCCTAA-C------A------------------------AG--AAGAGA-----ACC-AAGAC--ACATAGTA-G-ACATGAAATGAGAC-ATAGTGACA------TAC-------------ATTGAGATTAGG------A------CAAAAT--CACAa
gi|3 : tTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-C------AT------------ACAT-A-----AGGAAAGAAA-----ACC-AA-A-----AG----------TAAAATGAGAC-ATAGTGACT------TAC-------------ATTG------GGATTAGAA------CAAAAC--TACACTAGACAGGAAATAT----GT--CA--GCAATAT----------GAT--A---TTACTAAAAATCAA-----G-TAAACA---ATATAAAGAGGAAATAA-----AAT-----------------AA-------CC----TAA----------GACATA-TTATC---AGGAAA-----------------AGTTCATAATTGTGATAT------AATATTC-AATTC-AA-AA-TG--T-TTGT--TCTTTA-TCAATT--AAAA--CAGTAAATTTG-T-TA---ACTTT------TTCAAT--GTAAAA-----AATTAAATAG--TC------TTTC-T-------------CTTG--TTGACCATGT--TTGTCACATTGAA--------------TGAA-CTGT----------------------C-ACATTG-A------GTG-A-A---------TTT----------------T-----TC--TAGGAATGTTGTA------------AC-ACCCACC-AGTTTCAATAC-AG--AGTCT--GTG-TGAT--AC-ACCCTGAATCT-ACAAATTAA-CTTTTAGGACTG----------AAAAT--GCAAGATATTCTTCATGCAC-ATGCAAAATTTGATTTTAAAAAATAAGTATga
gi|21 : catgAATTCAGAGCCCAAACAGG-----------GTATAA-C------AT------------ACAT-T-----AAGAAAAGAA-----ATC-AA-AAG-A-AGAGCT-T-ACATAAAGCGAGAC-ATAATGACA------gggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgtttgaatgataatatttctttaattgcagagttaaaattcctcttgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|16 : atagatttattactaattcagaccgggAG--GAAGAATAA-C------AT------------GCAC-A-----AAGAAAGAAA-----ATC-AA-AAG-ATAGAGCT-A-ACATAAAATGAG-----------A------CAC-------------ATTGAGAATAGG------A------CAAAAT--TGTATTGCACAAGA---ATTTAGG---GA--GGA--GT----------TAT--A---TTGCAAAAAGTCAA-----A-TAA
gi|20 : tAA--GGAGCATAA-CCGGAACAT------------ACAT-C-----AAGA--------------------G-TCAGAGCTTATACATAAGAC------------ACA------CAA-------------AACT------GT------A------CTAGTT--AGTATTGCACAAGA---AG----G---AA--GGA--GT----------CAT--A---TTGCTAAAACTCAac
gi|2 : --GGGGCATAA-C------AT------------ACAA-C-----AAGAAAGAAA-----ACT-AA-AAG-ACAGAGCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TACTGACA------AAT-------------ATTGAGAATAGG------A------CAAAAT--TGCATCACACAAGA---GG----G---GA--GGA--GT----------CAT--A---TTGCTAGAATTGAA-----A-TAAACATTTA-A-GAAAACTGAATTAAAACAGCT-----------------TA-------AT---TTAA----------GGTAAAATTATTGTGAAAAAATCGGCAAGGTCTTGG-GAATTAAAAATTTCAATATCTTCACAAT-TTAAAATCC-AATAA-AG--T-TT-A--TCTTTA-TCAGTT----AAATAAGTACATTCG-T---T-CAC-TT------CTGAAT--ACACAA-----GTCTAGATAA--TT------TCTCTC-------------TTTAAATTGACTAAAT--TTGTCGCATTGAA------TA--------------------TCTTCCA----------CTATAC---ATTTTCTGTGCA-A---------TTTTTGCAAATTCTTTCATT-----CC--TGACAATATAG------------------TCTG---AGTCTTAATTCAAATTAATCT--
gi|14 : -------------ACTG------GA------A------CAAAAA--TACATTGGACAAAA---AG----G---AAAAGGA--CA----------CGT--G---TT--TAACATTCAA-----A-TAAGCA---A-ACGGAGATTAAATTA-----TATAGAGGAGATAAAACAAGTT-------C-------A----------GGAAAA-TTATCGT-AAAAATTCTAC-----CCAAG-GAGTTCCTAATTTCATTTTCTtctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|22 : catacattgagTG------AG------A------CAAAAT--TGTATTGCATAAGA---GG----GTTCAA--GGA--GT----------CATACA---TTGTTCAAATTCAA-----GTTAAGttgaa
gi|23 : TA------GG------A------CAACAT--TTGATTACACAAGA---AG----G---AG--GGA--GT----------CGT--A---TTACTAAAATTaat
gi|15 : tgtgaaG------A------CAAAAT--TGTATTGCACAAGA---GT----G---AA--GGA--GTGAAGGAGTCATAT--A---TTACTCAATTTCGACCAAGA-TAAGAA---A-TTGAAAC--AGGT------------------------------------------TAA----------GGTAAA-TTATCATGAAGAAAGCTAC-----CCAAG-GCGT
gi|4 : tgtacgttgtcgtaaaaaaTGA----------GGAAAA-TTAACATGAAGGAATTTGC-----CCAAG-GAGTTCATAATTTCAATATCTCCGCAAT-TCAAAATCC-AA-AC-AC--G-TT-TAATTTTTA-TC----TGATACATCAGTAAATTTG-T---T-CAC-TT------TTGAAT--GCACAA-----GTTTAAATAG--TT------CCTCTC-------------TTGG--TGGGCC--ATGCTTGTCACATTGCACCTTGTCAAGGAAGTTAACTTTC----ATCTT-CA--------------ACTAAATTTCCTGTACA-ATTTTATCATTTTT--------TTTTCATTTGTAGCC--TTG-AACGTTGTGGTACACGTGCTTGT-ATCCACC-AATTTCAAT-CAAA--AGTTT--GTG-TGAT--GC-ACTCAGAATCT-ACAAATTGGCCTTTTATATTCGTAATT--AGTGAAGTAAGA-------TAATC-TTCAC-ATGCAAGTTTTGACTTT-GAAAATAAGTAT
gi|1 : ttacttctaattcagaacttaaacaggaaataaggtgcataacatacatacatgtaaggagagatgaccgaaatttacatttaacatagaatgagacattatgacatacatgtatacttaagattgggacagaatggtacattggacgtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaact-----CCAAGAGAGTTTAAAATCTCTACATCTTCACAGT-TTAAAATCCAGA-AT-AA--T-TT-T--GTTTTGGTCA---TGTAAAATTAGTAAAT---------G----TT------TT-AATTGACAGAACTTAGATC-AAATAG--TTCCTTTCTTTCTT-------------TTT--------TAAAT--TTACTACATCGAG------TAAGAAAATG---TTCTTCCAATCTTCAATTTGATTAAGC-AAACAGT-TTTT---TGCATA---------TTCT--------CTCT-GTT-----CCTATGGTATAATTGTT------------ATAATATGCCTAATTCTA-TGAAGA--AGTCTGAGTGCTGATTAAC-ACGTCAGGTCTAACAAATTGGTTTTCTGTAATTCTGGTCTTATTAAgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|18 : taaggaatgttcacttgtaaaaatttaAATCC-AA-AA-AAAGT-TT-T--TCTT-----------GAAAATCAGTAAATTTGTTGACTACAT-TTGCTACATTGAAT--AAGGAA-----GTttaacactcactctctttcgcatagtgttgatagttggttttcaacaaaaatacaaataagtaacatagtttgccatcttttagagtttcatttgagagctgccaatccaattgaattttattatcttgagaatgttttaaaaaaagtaccaaagtccttgctatatatgtcataatgttttgaataccaaaatttttaggcaattttttccatggaggaataccaagttgttttttggggcaaatgaaggtccttgctaacataagatatgcatcttttaataaagggaagcctgttgttaaatgttctaagcctgtagcaatatttaagttaatctgttgacaaataatcataatgtaaaggatatcttcccagttcagaaagtgaagcaggttcacacttttcttattcagacgccaatatggtttttacaaaatttgaggtgtaaagtttcaccaataaaatttttataggcactgtttggcattatatattgtcagaactgttttatttttgattatttacattaaacatcaacccatatttcagagccgtaagtaaataggctgattgttgataaagacaatgtatactttgtgataccttggggtttaggcctaaggaagtctttccgtagtttgaaaataagccttttcagtcctttttgtata
gi|18 : A-----ATCCAAAAAAAGTT------TTTCTTGAAAATCAGTAAATTTG--TTGACTACAT--TTGCTACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC----ATCTTCCA------------A-----------------G-A---------T------------TTTCATT-----CC--TGAGAATATTGTAT-----------AT-ATgaatttcatcttccaagattttcattcctgagaatattgtatatatt
gi|11 : -A---------TTCT--------CTCT-GTT-----AT--AGGTA-TATTGTT------------AT-ATCTGCCTAATTCTA-TG-AGA--AGTCT--GTG-TGCT--GATACACGTAGTCT-ACAAATCGGTTTTCTGT-TTTCTGGTCTTATTAAAGT---TAAAATATTTTTC-T--AGTGTGAAG---TCGCTTTTCAAAAATAAATAt
gi|2 : agtaagaaaatgttcttcatcttcaatttcagtttttacatATCTTCTATATTTGTAGTC--ATTAATTGAAGTAAGATATTCTTC-agtaacaagtttgccatcttttagagttccatttgagaactgccaatcca
gi|2 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaTAAACATTTTTGTTATTGTA--GAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACATacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|7 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaatcttctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgtAATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAGtttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTTTTAAAGAAGTACCAATTTAAAAGTCCTTCTGTGGTATGTCATAATGCTTTTGAATACCCAGAAATTTTTAGCCAATTTTTTTCGATTATGAGAGGAATACAAGTGTTTTTGGGCAAATGTTTCGTTCATTGCTATCCCTAAAACATAATAGCATGTGCATCGAGCATTTAGTAAGGGTAAGATGTTGTTTAAAAACTCGAATCTAAGCCATATGGTCAACATGACTACAGGTCATTTAAGCGTGACATATATTCTTCAGATTGCTGGACAATATCTATAATGATGTTAAAGTGACTCATGTCATTTGTCGTCTAGTTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGACCCAATTGGTTTTACAAATTGGAGGTTGTTAAAAGTCTTCCACAATAAAGGTTATTAGCACTGCATTAATATATTGTCAACTGTTTTATTTTTGCATTATTGACATTAAACAGTACCCCATTTTCAGAGCCGTTAATTCAGTAATATCACTAAGTATAGTGCTTGATAGTATAGATTCAAAGACATGTTATACTTTGGATATCTTGGGTTTGGCAAGGAAGTCTTTCTGTAGTTTGAAATAAGCTTCCAGTCCCTTTTTGTATA
Unaligned ( gi|8 ): ATGTTTTGAATACCCAGAATTTTTAGCAATGTTTCTATGAAGGAATTATACCAAGTTGTATTTTGGGCAATATGAAGTTCCTTGCTAAAAAAAAATATGCATCTTTTAATAAAGTCTGTTGTTAAATGTTCTAACCTGTAGCAATATTTAAGTAATCTGTTGACAATATCATACTGTAAAGGATATCTTCCCAGTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGTCCCAATATGGTTTTACAAAATTTGAGGTGTAGAGTTTCAATAATAAAGTTTTTATAGCACTGTTGCATTAA
Unaligned ( gi|10 ): CCCTTTATAACTTTATAATTAACGAAAGATATTTTTCACAGGCACAATTTGATTTCAAAAATAAGTATATATGTGACAGGCTTTCCATCTTTCAAATTGTTAATTTTACATTTCCAACCTATTTTAAAATATTTTTAATTGTGGCATTTTTTTAATTGTTGAGTTGCCCAGCAACATAATATTTCCATTAACATAAAAAATATTGCCGACAAAGTTTTACAGTATAACGAATACCACTATATTATTCAATGGCTATGATGTAACTACATAGAAACAGAGGCATCTACAT
Unaligned ( gi|12 ): GCATAGAAAGACATCTTTTACATGTGTAGAAGTGGAAATTCAACCAGATTCTATAACCTAACACTTTACAGTATTTGAATATATATCATATGCAGAGGGTGTCTACCAAACTCGGAGAGATGAGCATGGGTAACAGATTTTTTTTTTAAAATTAATTCCCAATACCGGTATATATTTGCGAAAATGTTATGCAATAATAACATTTTAACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111 11111111 1111111 333333333333333333333 22222222222222222222222 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1 1111 22222222 111 22222 3333333333333 111111 222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11111 33333333333333 1 11 2222222 22 1111 22222 33333333 1 11111 11
lowQualScore : 4 0 44 3 777777777777 11111111 0 99999 55 11 1 3 6 5555555 0 555555555555555555555 888888 888888 44 0 44444444444444444444444 55 4444 55 666 55 6666666 1 000 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 0 2 0 22222 0 2 6 3 6 7777 11111111 5 444 8 8 0 1 00000 0 99 6666666666666 99 1 666666 5 555555555555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 44444 77 6 1 55555555555555 5 0 9 7 33 99 0 9999999 1 22 8 1 3 3 22 00 22 3 9999 2 11111 1 11111111 4 1 5 0 66 22222 1 99 11 44
lowQualScore : . . .. . ............ ........ . ..... .. .. . . . ....... . ..................... ...... ...... .. . ....................... .. .... .. ... .. ....... . ... . . ................................................................. . . . . . ..... . . . . . .... ........ . ... . . . . ..... . .. ............. .. . ...... . ............ .......................................................... .. ..... .. . . .............. . . . . .. .. . ....... . .. . . . . .. .. .. . .... . ..... . ........ . . . . .. ..... . .. .. ..
lowQualScore : 4 5 66 3 111111111111 00000000 5 11111 00 44 6 6 4 6666666 5 888888888888888888888 888888 888888 22 4 77777777777777777777777 00 9999 00 444 00 0000000 4 000 7 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 2 0 2 55555 5 1 7 3 7 8888 00000000 6 000 0 0 8 0 00000 8 22 7777777777777 22 0 444444 0 333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 33333 99 6 7 99999999999999 7 7 5 3 00 22 6 2222222 0 44 0 7 2 0 00 11 99 7 7777 2 00000 0 77777777 8 4 7 9 11 55555 0 22 22 55
consensus : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCTAACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--TGCATTGCACAAGA----A-------G-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCA-NTTGAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGAATACACAA-----GTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCACA-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------TTAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAA--AGTCTGTGTGATGA----C-ACNCNGAATCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTCTTATTAAANT-AA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTNCCCAGAGACAT
Reference ( family-443 ) : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGGCATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCTAACATAAAATGAGACA-TAGTGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--TGCATTGCACAAGA----G-------G-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCA-TTTGAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGAATACANAA-----GTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGTCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCACA-A-CT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGNAATATTG------------TNAT-ATCCGCCTAATTTTAATGCAAA--AGTCTGTGTGATG-----C-ACNCNGAGTCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTCTTATTAAAGT-AA-GTAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTCGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAGAGACAT
gi|1 : TGTAAAAATTTAC-----CAAGAGAGTTTAAAATCTCTACATCTTCACAGTTTAAAATCCAG-AATAAT-TT-TG-TTTTGGTCA-TGT--AAAATTAGTAAATGTTT---T-AA----TTG---ACAGAACTTAGATC-AAATAGTTCCTTTCTT-------------TCT--TTT--TTAAATTTACTACATCGAG------TAAGAAAATGTT-CTTCCAATCTT---CA-ATTT--G-ATTAAGCAAACAGTTTTTTGCATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----CCTATGGTATAATTG------------TTATAATATGCCTAATTCT-ATGAAGA--AGTCTGAGTGCTGATTAAC-ACGTCAGGTCTAACAAATTGGTTTTCTGTAATTCTGGTCTTATTAA
gi|10 : taaggaatgttcactTTTATAACTTTAT--AATT-AACGAAAGATATTTTTC-A-CAGGCAC-AA---TTTGATTTC-AAA-AATAAGTA--T-----ATATGTGA--ttaacactcactctctttcgcatagtgttgatagttggttttcaacaaaaatacaaataagtaacatagtttgccatcttttagagtttcatttgagagctgccaatccaattgaattttattatcttgagaatgttttaaaaaaagtaccaaagtccttgctatatatgtcataatgttttgaataccaaaatttttaggcaattttttccatggaggaataccaagttgttttttggggcaaatgaaggtccttgctaacataagatatgcatcttttaataaagggaagcctgttgttaaatgttctaagcctgtagcaatatttaagttaatctgttgacaaataatcataatgtaaaggatatcttcccagttcagaaagtgaagcaggttcacacttttcttattcagacgccaatatggtttttacaaaatttgaggtgtaaagtttcaccaataaaatttttataggcactgtttggcattatatattgtcagaactgttttatttttgattatttacattaaacatcaacccatatttcagagccgtaagtaaataggctgattgttgataaagacaatgtatactttgtgataccttggggtttaggcctaaggaagtctttccgtagtttgaaaataagccttttcagtcctttttgtata
gi|11 : cccAG------TAAGAAAATGTT-CTTC--ATCTTC---A-A-TTTCA-GTT----------TT---TACATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----AT--AGGTA-TATTG------------TTAT-ATCTGCCTAATTCT-ATG-AGA--AGTCTGTGTGCTGA----T-ACACGTAGTCT-ACAAATCGGTTTTCTGT-TTTCTGGTCTTATTAAAGT-----TAAAATATTTTTC-T-AGTGTG--AAG---TCGCTTTTCAAA-AATAAATAAGTAACAAGTTTGCCA--TCTTTTAGAGTTcaggctttccatctttcaaattgttaattttacatttccaacctattttaaaatatttttaattgtggcatttttttaattgttgagttgcccagcaacataatatttccattaacataaaaaatattgccgacaaagttttacagtataacgaataccactatattattcaatggctatgatgtaactacatagaaacagaggcatctacat
gi|13 : TATTTTATTTCTAACTCAGAGCTCATACAGGGCAAAAAAGGAGCATAA-TAT------------GCAT-CA-----AGAACG-----------------GACAGATCTAACATAAAGTGAGACA-TAATAACA------AAAATTGAGAA-------TG------AG------AC------AAATT--TGTATTGCAAAAGA----G-------G-G---A----A--AGAGT-TG-T--ACATT--TGCTCAAATTCAA-----GTTAAG-----A-ATT----------------AAA----ACT-AGG---------------------------------T-TAAGGT-AAATTA--GTGAccatttgagaactgccaatcca
gi|14 : aatagattCA------TACAT-------------TG------AG------ACTGGAACAAAAA--TACATTGGACAAAA----A-------G-G---A----AAAGGACA-CG-T--G---T--T--TAACATTCAA-----A-TAAGCA---A-ACG----------------GAG----ATT-AAATT---A-------TATAGAGGAGATAAAACAAGT-TCAGGA-AAATTATCGT-AAAAATTCTAC-----CCAAGGAGTTCCTAATTTCATTTTCTT
gi|15 : G------AC------AAAAT--TGTATTGCACAAGA----GTGAAGGAGTG---A----A--GGAGT-CA-T--A---TATTACTCAATTTCGACCAAGA-TAAGAA---A-TTG----------------AA-----AC--AGG-T---------------------------------TAAGGT-AAATTATCATGAAGAAAGCTAC-----CCAAGGCGTtgaa
gi|16 : tgtacgttgtcgtaaaaaaTAG--GAAGAATAA-CAT------------GCAC-AA-----AGAAAGAAA-----ATCAAA--AGATAGAGCTAACATAAAATGAGACA-CATTGAGA-------A----------------TA------GG------AC------AAAAT--TGTATTGCACAAGAATTTA-------G-G---G----A--GGAGT-TA-T--A---T--TGCAAAAAGTCAA-----A-TAAAC
gi|17 : TTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGTGCACAA--AGAGAATTA-CATTTAAGAATTTAAATAT-CA-----TGAGGGGGGGGGGTGTCAAA--AGACATAGACAACATAAATTGAGACA-CAGTGTCA------TGCAG-------------TG------
gi|18 : aaAAAAAGTT--TTTCTTGAAAATCAGTAAATTT--GTTGACTACATTTGCTACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCA-A-------G-AT--------------------------------------------TTTCATT-----CC--TGAGAATATTG------------T-AT-AT
gi|19 : aatccaaTTTCTAATTCAGAGCCTATTCAGGACACAA--GGAGCCTAA-CA-------------------A-----G--AAGAGA-----ACCAAG--ACACATAGTAGACATGAAATGAGACA-TAGTGACA------TACAT-------------TGAGATTAGG------AC------AAAAT--CACAatt
gi|2 : --GGGGCATAA-CAT------------ACAA-CA-----AGAAAGAAA-----ACTAAA--AGACAGAGCTAACATAAAGTGAGACA-TACTGACA------AATAT-------------TGAGAATAGG------AC------AAAAT--TGCATCACACAAGA----G-------G-G---G----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAGAATTGAA-----A-TAAACATTTA-A-G----------------AAA----ACTGAAT-T---AAAACAGCT-TAA-----------T---T-TAAGGTAAAATTATTGTGAAAAAATCGGCAAGGTCTTGGGAATTAAAAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAATAA-AGT-TT-A--TCTTTATCA-GTT---AAATAAGTACATTCGT---T-CAC-TTCTGAATACACAA-----GTCTAGATAATT--TCTCTC-------------TTTAAATTGACTAAATTTGTCGCATTGAA------T------------------ATCTTCCACT-A-TA--C-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TTTTTGCAAATTCTTTCATT-----CC--TGACAATATAG------------------TCTG---AGTCTTAATTCAAATTAATCTga
gi|2 : TCTTCTATATTTGTAGTC--ATTAATTG-AA-GTAAGATATTCT---T-CACATGC----------------AAA-AATAAGTA--tctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|2 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaaTAAACA--T-----TTTTGTTA--TTGTA--GAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACATgatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|20 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaatcttctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgtAA--GGAGCATAA-C-------------------C------GGAACATAC-----ATCAAG--AGTCAGAGCTTATACA---TAAGACA-CA----CA-------AAAC-------------TG------T-------AC------TAGTT--AGTATTGCACAAGA----A-------G-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAACTCAtttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|21 : AATTCAGAGCCCAAACAGG-----------GTATAA-CAT------------ACAT-TA-----AGAAAAGAA-----ATCAAA--AGA-AGAGCTTACATAAAGCGAGACA-TAATGACA------
gi|22 : atagatttattactaattcagaccggg-------------TG------AG------AC------AAAAT--TGTATTGCATAAGA----G-------G-GTTCA----A--GGAGT-CA-TACA---T--TGTTCAAATTCAA-----GTTAAG
gi|23 : -------------TA------GG------AC------AACAT--TTGATTACACAAGA----A-------G-G---A----G--GGAGT-CG-T--A---T--TACTAAAATTaat
gi|24 : tgtgaaTTATTTCTAACTCAGGACCCTGGCAGGACGTAA--GGACTATGA-CAT------------ACA
gi|3 : gATGTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-AA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AG------------TAAAATGAGACA-TAGTGACT------TACAT-------------TG------GGATTAGAAC------AAAAC--TACACTAGACAGGA----A-------A-T---ATGTCA--GCAATATGAT--A---T--TACTAAAAATCAA-----G-TAAACA---ATATA----------------AAG----AGG-AAA-TAAAA-------TAA-------------C---C-TAAGAC-ATATTATC---AGGAAA----------------AGTTCATAATTGTGATAT------AATATTCAATTCAA-AA-TGT-TTGT--TCTTTATCA-ATTAAAA---CAGTAAATTTGT---T-AACTTTTTCAATGTAAAA-----AATTAAATAGTC--TTTC-T-------------CTT--GTTGACCATGTTTGTCACATTGAA------T---GAA--------------CTGTCAC--A-TT--G-A----------------GTG-A-A---------TT----------------TT-----TC--TAGGAATGTTG------------TAAC-ACCCACC-AGTTTCAATAC-AG--AGTCTGTGTGATA-----C-ACCCTGAATCT-ACAAATTAA-CTTTTA-------GGAC---TGAAAAT----GCAAGATATTCTTCATGCACATGCAAAA--TTTGATTTTAAAA-AATAAGTA--T-----
gi|3 : cTTT-GAATGATAA-TA--T-----TTCTTTAA--TTGCA--GAGTTAAAATTCCTCTTGgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgtttgaatgataatatttctttaattgcagagttaaaattcctcttgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : catgtctaattcagagcccaaacaggacataaggagcataacatacataaggaaagaaaaccaaaagtaaaatgagacatagtgacttacattgggattagaacaaaactacactagacaggaaatatgtcagcaatatgatattactaaaaatcaagtaaacaatataaagaggaaataaaataacctaagacatattatcaggaaaagttcataattgtgatataatattcaattcaaaatgtttgttctttatcaattaaaacagtaaatttgttaactttttcaatgtaaaaaattaaatagtctttctcttgttgaccatgtttgtcacattgaatgaactgtcacattgagtgaatttttctaggaatgttgtaacacccaccagtttcaatacagagtctgtgtgatacaccctgaatctacaaattaacttttaggactgaaaatgcaagatattcttcatgcacatgcaaaatttgattttaaaaaataagtatgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgTTACTTCTAATTCAGAACTTAAACAGGAAATAA--GGTGCATAA-CAT------------ACATACATGTAAGGAGAGATG-----ACCGAA--ATTTACATTTAACATAGAATGAGACA-TTATGACA------TACATGTATACTTAAGATTG------GG------AC------AGAATGGTACATTGGACtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : -------------C---T-TGAGGA-AAATTAACATGAAGGAATTTGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCGCAATTCAAAATCCAA-AC-ACG-TT-TAATTTTTATC----TGATACATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGAATGCACAA-----GTTTAAATAGTT--CCTCTC-------------TTG--GTGGGCCATGCTTGTCACATTGCACCTTGTCAAGGAAGTTAACTTTC--ATCTT---CA-A-CTA-A-ATT----------TCCTGTACA-ATTTTATCATTT--------TTTTTTCATTTGTAGCC--TTG-AACGTTGTGGTACACGTGCTTGT-ATCCACC-AATTTCAAT-CAAA--AGTTTGTGTGATG-----C-ACTCAGAATCT-ACAAATTGGCCTTTTATATTCGTA-----ATT--AGTGAA-GTAAGATAATCT---T-CACATGC-AAGT-TTTGACTTT-GAA-AATAAGTA--T-----gtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaacttgaggaaaattaacatgaaggaatttgcccaaggagttcataatttcaatatctccgcaattcaaaatccaaacacgtttaatttttatctgatacatcagtaaatttgttcacttttgaatgcacaagtttaaatagttcctctcttggtgggccatgcttgtcacattgcaccttgtcaaggaagttaactttcatcttcaactaaatttcctgtacaattttatcatttttttttcatttgtagccttgaacgttgtggtacacgtgcttgtatccaccaatttcaatcaaaagtttgtgtgatgcactcagaatctacaaattggccttttatattcgtaattagtgaagtaagataatcttcacatgcaagttttgactttgaaaataagtatgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|5 : ttacttctaattcagaacttaaacaggaaataaggtgcataacatacatacatgtaaggagagatgaccgaaatttacatttaacatagaatgagacattatgacatacatgtatacttaagattgggacagaatggtacattggacgtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaaTAATTTAATTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACACAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--CGACAGAGCTAACATAAGATGAGATAATAATGACA------CACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--TGCATGGGACAAGA----A-------T-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGTA---A-ATG----------------TAG----CCT-AAG-T---GATCT---T-T-------------C---TATAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCAGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCACAATTTCAAATCCGA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTTTGAAAAATCAGTAAATTTGTGCATGCAC-TTTTGAATACACAA-----GTCTAAATAATT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTTAATTTGCCACATTGAA------TAAAGAAGTGAA-TTTT--ATCTTCCACACA-CT--GTATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------TAAT-ATCTACC-AGTTTTAGTATAAA--AATCTGTGTGATA-----CTACTCTAAATCT-ACAAATTGATCTTTTATATTTGTAATC--ATTAAGAT-AA-GAAAGATATTATTCTT-CAGGTG--AAGATTTTGATTTT-AAA-AATAAATA--T-----TCTTGTAA--CTGTATAGAGTTAAAATCATTCTTTCCGAGAGACATgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|7 : aAGCA--T-----TTTTAAAAAATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAG
gi|9 : aatttgtttctaatcataaaattaaagtaagatacatgtatcgatgttcttcagaacttgcaggatttgattttgtgaataagtatattacaagcttaccgtcttccaagatgtagttcgtacatctccaatctgataaatgtctttatgatTTTTTTTTCTAATTCAGAGTCCAAACAGGGTATAA--GGAGCATAACCAT------------ACAT--A-----GGAAAGAAA-----GCCAAAACATATAGAGCTTACATAAAATGAAACA-TAATGACATGCATGTACAT-------------TGTGATTAGG------AC------AAAAT--TGCGTTGGACAAG---------------------------------------A---T--TGCTAGAATTCAA-----A-TAAACA---A-ATGTAGGTGCTCTTTTAAAAAGCTGAAAT-AAA-A---A-------C-A-------------C---T-TAGGGT-AAATTATCGTGAAGAAACCTGT-----CCTGGGAGTTCATAATTTCAATATCTGCACAATTTAAAATCCAA-AATAATGTT-T--TCTTCAtcacgtatttccatcgatattaaaatataaaaatagaataaagatacacttgaggaataccaggatgttttaaggctacgatgtaactgtttacaaaatagaaactaaggcatacataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTTTTAAAGAAGTACCAATTTAAAAGTCCTTCTGTGGTATGTCATAATGCTTTTGAATACCCAGAAATTTTTAGCCAATTTTTTTCGATTATGAGAGGAATACAAGTGTTTTTGGGCAAATGTTTCGTTCATTGCTATCCCTAAAACATAATAGCATGTGCATCGAGCATTTAGTAAGGGTAAGATGTTGTTTAAAAACTCGAATCTAAGCCATATGGTCAACATGACTACAGGTCATTTAAGCGTGACATATATTCTTCAGATTGCTGGACAATATCTATAATGATGTTAAAGTGACTCATGTCATTTGTCGTCTAGTTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGACCCAATTGGTTTTACAAATTGGAGGTTGTTAAAAGTCTTCCACAATAAAGGTTATTAGCACTGCATTAATATATTGTCAACTGTTTTATTTTTGCATTATTGACATTAAACAGTACCCCATTTTCAGAGCCGTTAATTCAGTAATATCACTAAGTATAGTGCTTGATAGTATAGATTCAAAGACATGTTATACTTTGGATATCTTGGGTTTGGCAAGGAAGTCTTTCTGTAGTTTGAAATAAGCTTCCAGTCCCTTTTTGTATA
Unaligned ( gi|8 ): ATGTTTTGAATACCCAGAATTTTTAGCAATGTTTCTATGAAGGAATTATACCAAGTTGTATTTTGGGCAATATGAAGTTCCTTGCTAAAAAAAAATATGCATCTTTTAATAAAGTCTGTTGTTAAATGTTCTAACCTGTAGCAATATTTAAGTAATCTGTTGACAATATCATACTGTAAAGGATATCTTCCCAGTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGTCCCAATATGGTTTTACAAAATTTGAGGTGTAGAGTTTCAATAATAAAGTTTTTATAGCACTGTTGCATTAA
Unaligned ( gi|12 ): GCATAGAAAGACATCTTTTACATGTGTAGAAGTGGAAATTCAACCAGATTCTATAACCTAACACTTTACAGTATTTGAATATATATCATATGCAGAGGGTGTCTACCAAACTCGGAGAGATGAGCATGGGTAACAGATTTTTTTTTTAAAATTAATTCCCAATACCGGTATATATTTGCGAAAATGTTATGCAATAATAACATTTTAACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111 11111111 1111111 333333333333333333333 2222222222222222222 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1 1111 11111111 111 111 3333333333333 111111 222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222222 1 222 222222 11 11111 22222 33333333 1 11111 11
lowQualScore : 1 0 44 3 777777777777 11111111 0 99999 55 11 666 3 1111111 777777777777777777777 888888 888888 44 3 0 1111111111111111111 55 4444 55 666 55 6666666 1 000 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 0 2 0 22222 11 2 6 3 6 7777 77777777 5 444 8 8 444 0 0 99 6666666666666 99 1 666666 1 555555555555 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 55 999999999999 5 5 99 3 0 44 444 3 666666 3 44 6 1 3 3 22 33 99 00000 1 11111 1 11111111 1 5 0 66 22222 1 99 11 1
lowQualScore : . . .. . ............ ........ . ..... .. .. ... . ....... ..................... ...... ...... .. . . ................... .. .... .. ... .. ....... . ... . . ................................................................. . . . . . ..... .. . . . . .... ........ . ... . . ... . . .. ............. .. . ...... . ............ . ................................................................. . .. ............ . . .. . . .. ... . ...... . .. . . . . .. .. .. ..... . ..... . ........ . . . .. ..... . .. .. .
lowQualScore : 4 5 66 3 111111111111 00000000 5 11111 00 44 555 6 1111111 000000000000000000000 888888 888888 22 1 4 0000000000000000000 00 9999 00 444 00 0000000 4 000 7 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 2 0 2 55555 66 1 7 3 7 8888 22222222 6 000 0 0 000 8 8 22 7777777777777 22 0 444444 4 333333333333 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 66 333333333333 7 7 22 3 7 88 555 0 555555 3 77 7 7 2 0 00 11 99 99999 0 00000 0 77777777 4 7 9 11 55555 0 22 22 0
consensus : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGTAAA-TTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTTG--TTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TTCTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCC--GCC-AATTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTCTTATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
Reference ( family-443 ) : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGTAAA-TTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCANTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTTG--TTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TTTTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCC--GCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNGAATCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTCTTATTAAANTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTNCCCAGAGACAT
gi|1 : TGTAAAAATTTAC-----CAAGAGAGTTTAAAATCTCTACATCTTCACAGTTTAAAATCCAG-AATAAT-TT-TG-TTTTGGTCA--T-GTAAAATTAGTAAATGTTT---T-AA----TTGACAGA-ACTTAGATC-AAATAGTTCCTTTCTT-------------TCTT--TT--TTAAATTTACTACATCGAG------TAAGAAAATGTT-CTTCCAATCTT---C-A-ATTT--G-ATTAAGCAAACAGTTTTTTGCATA---------TTCTCTCT-GTT-----CCTATGGTATAATTG------------T-TATAATAT--GCCTAATTCT-ATGAAGAAGTCTGAGTGCTGATTAACACGTCAGGTCTAACAAATTGGTTTTCTGTAATTCTGGTCTTATT-AATTAA-
gi|10 : taaggaatgttcactTTTATAACTTTAT--AATTAACGAAAGATATTTTTC-A-CAGGCAC-AA---TTTGATTTC-AAA-AATAAGTA--T-----ATATGTGA--cactcactctctttcgcatagtgttgatagttggttttcaacaaaaatacaaataagtaacatagtttgccatcttttagagtttcatttgagagctgccaatccaattgaattttattatcttgagaatgttttaaaaaaagtaccaaagtccttgctatatatgtcataatgttttgaataccaaaatttttaggcaattttttccatggaggaataccaagttgttttttggggcaaatgaaggtccttgctaacataagatatgcatcttttaataaagggaagcctgttgttaaatgttctaagcctgtagcaatatttaagttaatctgttgacaaataatcataatgtaaaggatatcttcccagttcagaaagtgaagcaggttcacacttttcttattcagacgccaatatggtttttacaaaatttgaggtgtaaagtttcaccaataaaatttttataggcactgtttggcattatatattgtcagaactgttttatttttgattatttacattaaacatcaacccatatttcagagccgtaagtaaataggctgattgttgataaagacaatgtatactttgtgataccttggggtttaggcctaaggaagtctttccgtagtttgaaaataagccttttcagtcctttttgtata
gi|11 : cccAG------TAAGAAAATGTT-CTTC--ATCTTC----A-A-TTTCA-GTT----------TT---TACATA---------TTCTCTCT-GTT-----AT--AGGTA-TATTG------------T-TAT-ATCT--GCCTAATTCTA-TG-AGAAGTCTGTGTGCTG----ATACACGTAGTCT-ACAAATCGGTTTTCTGT-TTTCTGGTCTTATTAAAGT----TAAAATATTTTTC-T-AGTGTG--AAG---TCGCTTTTCAAA-AATAAATAAGTAACAAGTTTGCCA--TCTTTTAGAGTTcaggctttccatctttcaaattgttaattttacatttccaacctattttaaaatatttttaattgtggcatttttttaattgttgagttgcccagcaacataatatttccattaacataaaaaatattgccgacaaagttttacagtataacgaataccactatattattcaatggctatgatgtaactacatagaaacagaggcatctacat
gi|13 : TATTTTATTTCTAACTCAGAGCTCATACAGGGCAAAAAAGGAGCATAA-TAT------------GCAT-CA-----AGAACG-----------------GACAGATCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TAATAACA------AAAATTGAGAA-------TG------AG------AC------AAATT--T-GTATTGCAAAAGA-------GG-G---A----A--AGAGT-TG-T--ACATT--TGCTCAAATTCAA-----GTTAAG-----A-ATT----------------AAA----ACT-AGG---------------------------------T-TAAGGTAAA-TTA--GTGAccatttgagaactgccaatcca
gi|14 : aatagattCA------TACAT-------------TG------AG------ACTGGAACAAAAA--T-ACATTGGACAAAA-------AG-G---A----AAAGGACA-CG-T--G---T--T--TAACATTCAA-----A-TAAGCA---A-ACG----------------GAG----ATT-AAATT---A-------TATAGAGGAGATAAAACAAGT-TCAGGAAAA-TTATCGT-AAAAATTCTAC-----CCAAGGAGTTCCTAATTTCATTTTCTT
gi|15 : G------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAGTGAAGGAGTG---A----A--GGAGT-CA-T--A---TATTACTCAATTTCGACCAAGA-TAAGAA---A-TTG----------------AA-----AC--AGG-T---------------------------------TAAGGTAAA-TTATCATGAAGAAAGCTAC-----CCAAGGCGTtgaa
gi|16 : tgtacgttgtcgtaaaaaaTAG--GAAGAATAA-CAT------------GCAC-AA-----AGAAAGAAA-----ATCAAA--AGATAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-CATTGAGA-------A----------------TA------GG------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAATTT---AG-G---G----A--GGAGT-TA-T--A---T--TGCAAAAAGTCAA-----A-TAAAC
gi|17 : TTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGTGCACAA--AGAGAATTA-CATTTAAGAATTTAAATAT-CA-----TGAGGGGGGGGGGTGTCAAA--AGACATAGAC-A-ACATAAATTGAGACA-CAGTGTCA------TGCAG-------------TG------
gi|18 : aaAAAAAGTT--TTTCTTGAAAATCAGTAAATTTG--TTGACTACATTTGCTACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAA-G-A-T-------------------------------------------TTTCATT-----CC--TGAGAATATTG------------TATAT-AT
gi|19 : aatccaaTTTCTAATTCAGAGCCTATTCAGGACACAA--GGAGCCTAA-CA-------------------A-----G--AAGAGA-----ACCAAG--ACACATAGTA-G-ACATGAAATGAGACA-TAGTGACA------TACAT-------------TGAGATTAGG------AC------AAAAT--C-ACAt
gi|2 : --GGGGCATAA-CAT------------ACAA-CA-----AGAAAGAAA-----ACTAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TACTGACA------AATAT-------------TGAGAATAGG------AC------AAAAT--T-GCATCACACAAGA-------GG-G---G----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAGAATTGAA-----A-TAAACATTTA-A-G----------------AAA----ACTGAAT-T---AAAACAGCT-TAA-----------T---T-TAAGGTAAAATTATTGTGAAAAAATCGGCAAGGTCTTGGGAATTAAAAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAATAA-AGT-TT-A--TCTTTATCAGTT----AAATAAGTACATTCGT---T-CAC-TTCTGA---ATACACAAGTCTAGATAATT--TCTCTC-------------TTTAAATTGACTAAATTTGTCGCATTGAA------TA------------------TCTTCCAC-T-A-TA--C-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT---TTT---------------GCAA-ATTC------------T-TTC-ATTCCTGAC-AAT----AT-----AGTCTGAGT-------------CTTAATT---CAAATTAATCTTCTATATTTGTAGTC--ATTAATTGAA-GTAAGATATTCT---T-CACATGC----------------AAA-AATAAGTA--ga
gi|2 : TAAACA--T-----TTTTGTTA--TTGTA--GAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACATgatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|20 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaatcttctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgtAA--GGAGCATAA-C-------------------C------GGAACATAC-----ATCAAG--AGTCAGAGCTTATACATAA---GACACA-CAA-AAC-------TGTAC-------------TA------G-------------------T--TAGTATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAACTCAtttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|21 : AATTCAGAGCCCAAACAGG-----------GTATAA-CAT------------ACAT-TA-----AGAAAAGAA-----ATCAAA--AGA-AGAGCT-T-ACATAAAGCGAGACA-TAATGACA------
gi|22 : atagatttattactaattcagaccggg-------------TG------AG------AC------AAAAT--T-GTATTGCATAAGA-------GG-GTTCA----A--GGAGT-CA-TACA---T--TGTTCAAATTCAA-----GTTAAG
gi|23 : -------------TA------GG------AC------AACAT--T-TGATTACACAAGA-------AG-G---A----G--GGAGT-CG-T--A---T--TACTAAAATTaat
gi|24 : tgtgaaTTATTTCTAACTCAGGACCCTGGCAGGACGTAA--GGACTATGA-CAT------------ACA
gi|3 : gATGTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-AA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AG--------------TAAAATGAGACA-TAGTGACT------TACAT-------------TG------GGATTAGAAC------AAAAC--T-ACACTAGACAGGA-------AA-T---ATGTCA--GCAATATGAT--A---T--TACTAAAAATCAA-----G-TAAACA---ATATA----------------AAG----AGG-AAA-TAAAA-------TAA-------------C---C-TAAGACATA-TTATC---AGGAAA----------------AGTTCATAATTGTGATAT------AATATTCAATTCAA-AA-TGT-TTGT--TCTTTATCAATT-AAAA---CAGTAAATTTGT---T-AACTTTTTCA---ATGTAAAAAATTAAATAGTC--TTTC-T-------------CTTG--TTGACCATGTTTGTCACATTGAA------T---GAA--------------CTGTCAC---A-TT--G-A----------------GTG-A-A---------TT--------TT-----TC--TAGGAATGTTG------------T-AAC-ACCC--ACC-AGTTTCAATAC-AGAGTCTGTGTGAT-----ACACCCTGAATCT-ACAAATTAA-CTTTTA-------GGACTGA--AAAT----GCAAGATATTCTTCATGCACATGCAAAA--TTTGATTTTAAAA-AATAAGTA--T-----
gi|3 : cTTT-GAATGATAA-TA--T-----TTCTTTAA--TTGCA--GAGTTAAAATTCCTCTTgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgtttgaatgataatatttctttaattgcagagttaaaattcctcttgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : catgtctaattcagagcccaaacaggacataaggagcataacatacataaggaaagaaaaccaaaagtaaaatgagacatagtgacttacattgggattagaacaaaactacactagacaggaaatatgtcagcaatatgatattactaaaaatcaagtaaacaatataaagaggaaataaaataacctaagacatattatcaggaaaagttcataattgtgatataatattcaattcaaaatgtttgttctttatcaattaaaacagtaaatttgttaactttttcaatgtaaaaaattaaatagtctttctcttgttgaccatgtttgtcacattgaatgaactgtcacattgagtgaatttttctaggaatgttgtaacacccaccagtttcaatacagagtctgtgtgatacaccctgaatctacaaattaacttttaggactgaaaatgcaagatattcttcatgcacatgcaaaatttgattttaaaaaataagtatgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgTTACTTCTAATTCAGAACTTAAACAGGAAATAA--GGTGCATAA-CAT------------ACATACATGTAAGGAGAGATG-----ACCGAA--ATTTACATTT-A-ACATAGAATGAGACA-TTATGACA------TACATGTATACTTAAGATTG------GG------AC------AGAATGGT-ACATTGGACgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : -------------C---T-TGAGGAAAA-TTAACATGAAGGAATTTGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCGCAATTCAAAATCCAA-AC-ACG-TT-TAATTTTTATC---T-GATACATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATGCACAAGTTTAAATAGTT--CCTCTC-------------TTGG--TGGGCCATGCTTGTCACATTGCACCTTGTCAAGGAAGTTAACTTTC--ATCTTCAACTA-A-------ATT----------TCCTGTACA-ATTTTATCATTTTTTTTTCATTTGTAGCC--TTG-AACGTTGTGGTACACGTGCT-TGT-ATCC--ACC-AATTTCAAT-CAAAAGTTTGTGTGATG-----CACTCAGAATCT-ACAAATTGGCCTTTTATATTCGTA-----ATT-AGTGAA-GTAAGATAATCT---T-CACATGC-AAGT-TTTGACTTT-GAA-AATAAGTA--T-----gtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaacttgaggaaaattaacatgaaggaatttgcccaaggagttcataatttcaatatctccgcaattcaaaatccaaacacgtttaatttttatctgatacatcagtaaatttgttcacttttgaatgcacaagtttaaatagttcctctcttggtgggccatgcttgtcacattgcaccttgtcaaggaagttaactttcatcttcaactaaatttcctgtacaattttatcatttttttttcatttgtagccttgaacgttgtggtacacgtgcttgtatccaccaatttcaatcaaaagtttgtgtgatgcactcagaatctacaaattggccttttatattcgtaattagtgaagtaagataatcttcacatgcaagttttgactttgaaaataagtatgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|5 : ttacttctaattcagaacttaaacaggaaataaggtgcataacatacatacatgtaaggagagatgaccgaaatttacatttaacatagaatgagacattatgacatacatgtatacttaagattgggacagaatggtacattggacgtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaaTAATTTAATTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACACAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--CGACAGAGCT-A-ACATAAGATGAGATAATAATGACA------CACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATGGGACAAGA-------AT-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGTA---A-ATG----------------TAG----CCT-AAG-T---GATCT---T-T-------------C---TATAAGGTAAA-TTATCGTGAAGAAATCAGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCACAATTTCAAATCCGA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTTTGAAAAATCAGTAAATTTGTGCATGCAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAATT--TTTCTT-------------TTTG--TTGACTTAATTTGCCACATTGAA------TAAAGAAGTGAA-TTTT--ATCTTCCAC-ACA-CT--GTATT----------TTCTGTGCA-A---------TTTTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------T-AAT-ATCT--ACC-AGTTTTAGTATAAAAATCTGTGTGATA----CTACTCTAAATCT-ACAAATTGATCTTTTATATTTGTAATC--ATTAAGATAA-GAAAGATATTATTCTT-CAGGTG--AAGATTTTGATTTT-AAA-AATAAATA--T-----TCTTGTAA--CTGTATAGAGTTAAAATCATTCTTTCCGAGAGACATgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|7 : aAGCA--T-----TTTTAAAAAATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAG
gi|9 : aatttgtttctaatcataaaattaaagtaagatacatgtatcgatgttcttcagaacttgcaggatttgattttgtgaataagtatattacaagcttaccgtcttccaagatgtagttcgtacatctccaatctgataaatgtctttatgatTTTTTTTTCTAATTCAGAGTCCAAACAGGGTATAA--GGAGCATAACCAT------------ACAT--A-----GGAAAGAAA-----GCCAAAACATATAGAGCT-T-ACATAAAATGAAACA-TAATGACATGCATGTACAT-------------TGTGATTAGG------AC------AAAAT--T-GCGTTGGACAAG-----------------------------------A---T--TGCTAGAATTCAA-----A-TAAACA---A-ATGTAGGTGCTCTTTTAAAAAGCTGAAAT-AAA-A---A-------C-A-------------C---T-TAGGGTAAA-TTATCGTGAAGAAACCTGT-----CCTGGGAGTTCATAATTTCAATATCTGCACAATTTAAAATCCAA-AATAATGTT-T--TCTTCAtcacgtatttccatcgatattaaaatataaaaatagaataaagatacacttgaggaataccaggatgttttaaggctacgatgtaactgtttacaaaatagaaactaaggcatacataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTTTTAAAGAAGTACCAATTTAAAAGTCCTTCTGTGGTATGTCATAATGCTTTTGAATACCCAGAAATTTTTAGCCAATTTTTTTCGATTATGAGAGGAATACAAGTGTTTTTGGGCAAATGTTTCGTTCATTGCTATCCCTAAAACATAATAGCATGTGCATCGAGCATTTAGTAAGGGTAAGATGTTGTTTAAAAACTCGAATCTAAGCCATATGGTCAACATGACTACAGGTCATTTAAGCGTGACATATATTCTTCAGATTGCTGGACAATATCTATAATGATGTTAAAGTGACTCATGTCATTTGTCGTCTAGTTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGACCCAATTGGTTTTACAAATTGGAGGTTGTTAAAAGTCTTCCACAATAAAGGTTATTAGCACTGCATTAATATATTGTCAACTGTTTTATTTTTGCATTATTGACATTAAACAGTACCCCATTTTCAGAGCCGTTAATTCAGTAATATCACTAAGTATAGTGCTTGATAGTATAGATTCAAAGACATGTTATACTTTGGATATCTTGGGTTTGGCAAGGAAGTCTTTCTGTAGTTTGAAATAAGCTTCCAGTCCCTTTTTGTATA
Unaligned ( gi|8 ): ATGTTTTGAATACCCAGAATTTTTAGCAATGTTTCTATGAAGGAATTATACCAAGTTGTATTTTGGGCAATATGAAGTTCCTTGCTAAAAAAAAATATGCATCTTTTAATAAAGTCTGTTGTTAAATGTTCTAACCTGTAGCAATATTTAAGTAATCTGTTGACAATATCATACTGTAAAGGATATCTTCCCAGTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGTCCCAATATGGTTTTACAAAATTTGAGGTGTAGAGTTTCAATAATAAAGTTTTTATAGCACTGTTGCATTAA
Unaligned ( gi|12 ): GCATAGAAAGACATCTTTTACATGTGTAGAAGTGGAAATTCAACCAGATTCTATAACCTAACACTTTACAGTATTTGAATATATATCATATGCAGAGGGTGTCTACCAAACTCGGAGAGATGAGCATGGGTAACAGATTTTTTTTTTAAAATTAATTCCCAATACCGGTATATATTTGCGAAAATGTTATGCAATAATAACATTTTAACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111 11111111 1111111 333333333333333333333 2222222222222222222 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1 1111 11111111 111 111 3333333333333 111111 222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11111 333333333333333 1 11 222222 11 22222 33333333 1 11111 11
lowQualScore : 1 0 44 3 777777777777 11111111 0 99999 55 11 666 3 1111111 777777777777777777777 888888 888888 44 3 0 1111111111111111111 55 4444 55 666 55 6666666 1 000 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 0 2 0 22222 11 2 6 3 6 7777 33333333 5 444 8 8 444 0 0 99 6666666666666 99 1 666666 5 555555555555 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 44444 77 7 1 444444444444444 5 0 3 1 33 3 666666 3 22 6 1 2 3 3 22 33 99 9999 1 11111 1 11111111 1 5 0 66 22222 1 99 11
lowQualScore : . . .. . ............ ........ . ..... .. .. ... . ....... ..................... ...... ...... .. . . ................... .. .... .. ... .. ....... . ... . . ................................................................. . . . . . ..... .. . . . . .... ........ . ... . . ... . . .. ............. .. . ...... . ............ . ....................................................... .. ..... .. . . ............... . . . . .. . ...... . .. . . . . . .. .. .. .... . ..... . ........ . . . .. ..... . .. ..
lowQualScore : 4 5 66 3 111111111111 00000000 5 11111 00 44 555 6 1111111 000000000000000000000 888888 888888 22 1 4 0000000000000000000 00 9999 00 444 00 0000000 4 000 7 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 2 0 2 55555 66 1 7 3 7 8888 88888888 6 000 0 0 000 8 8 22 7777777777777 22 0 444444 0 333333333333 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 33333 99 0 7 999999999999999 7 7 3 7 00 0 555555 3 00 7 7 2 2 0 00 11 99 9999 0 00000 0 77777777 4 7 9 11 55555 0 22 22
consensus : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTTTATATTTGTGGTCTTATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
Reference ( family-443 ) : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------CTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AATTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTCTTATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
gi|1 : TGTAAAAATTTAC-----CAAGAGAGTTTAAAATCTCTACATCTTCACAGTTTAAAATCCAG-AATAAT-TT-TG-TTTTGGTCA--T-GTAAAATTAGTAAATGTTT---T-AA----TTGACAGA-ACTTAGATC-AAATAGTTCCTTTCTT-------------TCT--TTT--TTAAATTTACTACATCGAG------TAAGAAAATGTT-CTTCCAATCTT---C-A-ATTT--G-ATTAAGCAAACAGTTTTTTGCATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----CCTATGGTATAATTG------------T-TATAATATGCCTAATTCT-ATGAAGAAGTCTGAGTGCTGATTAACACGTCAGGTCTAACAAATTGGTTTTCTGTAATTCTGGTCTTATT-AATTAA-
gi|10 : taaggaatgttcactTTTATAACTTTAT--AATTAACGAAAGATATTTTTC-A-CAGGCAC-AA---TTTGATTTC-AAA-AATAAGTA--T-----ATATGTGA--cactcactctctttcgcatagtgttgatagttggttttcaacaaaaatacaaataagtaacatagtttgccatcttttagagtttcatttgagagctgccaatccaattgaattttattatcttgagaatgttttaaaaaaagtaccaaagtccttgctatatatgtcataatgttttgaataccaaaatttttaggcaattttttccatggaggaataccaagttgttttttggggcaaatgaaggtccttgctaacataagatatgcatcttttaataaagggaagcctgttgttaaatgttctaagcctgtagcaatatttaagttaatctgttgacaaataatcataatgtaaaggatatcttcccagttcagaaagtgaagcaggttcacacttttcttattcagacgccaatatggtttttacaaaatttgaggtgtaaagtttcaccaataaaatttttataggcactgtttggcattatatattgtcagaactgttttatttttgattatttacattaaacatcaacccatatttcagagccgtaagtaaataggctgattgttgataaagacaatgtatactttgtgataccttggggtttaggcctaaggaagtctttccgtagtttgaaaataagccttttcagtcctttttgtata
gi|11 : cccAG------TAAGAAAATGTT-CTTC--ATCTTC----A-A-TTTCA-GTT----------TT---TACATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----AT--AGGTA-TATTG------------T-TAT-ATCTGCCTAATTCTA-TG-AGAAGTCTGTGTGCTG----ATACACGTAGTCT-ACAAATCGGTTTTCTGT-TTTCTGGTCTTATTAAAGT----TAAAATATTTTTC-T-AGTGTG--AAG---TCGCTTTTCAAA-AATAAATAAGTAACAAGTTTGCCA--TCTTTTAGAGTTcaggctttccatctttcaaattgttaattttacatttccaacctattttaaaatatttttaattgtggcatttttttaattgttgagttgcccagcaacataatatttccattaacataaaaaatattgccgacaaagttttacagtataacgaataccactatattattcaatggctatgatgtaactacatagaaacagaggcatctacat
gi|13 : TATTTTATTTCTAACTCAGAGCTCATACAGGGCAAAAAAGGAGCATAA-TAT------------GCAT-CA-----AGAACG-----------------GACAGATCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TAATAACA------AAAATTGAGAA-------TG------AG------AC------AAATT--T-GTATTGCAAAAGA-------GG-G---A----A--AGAGT-TG-T--ACATT--TGCTCAAATTCAA-----GTTAAG-----A-ATT----------------AAA----ACT-AGG---------------------------------T-TAAGGT-AAATTA--GTGAccatttgagaactgccaatcca
gi|14 : aatagattCA------TACAT-------------TG------AG------ACTGGAACAAAAA--T-ACATTGGACAAAA-------AG-G---A----AAAGGACA-CG-T--G---T--T--TAACATTCAA-----A-TAAGCA---A-ACG----------------GAG----ATT-AAATT---A-------TATAGAGGAGATAAAACAAGT-TCAGGA-AAATTATCGT-AAAAATTCTAC-----CCAAGGAGTTCCTAATTTCATTTTCTT
gi|15 : G------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAGTGAAGGAGTG---A----A--GGAGT-CA-T--A---TATTACTCAATTTCGACCAAGA-TAAGAA---A-TTG----------------AA-----AC--AGG-T---------------------------------TAAGGT-AAATTATCATGAAGAAAGCTAC-----CCAAGGCGTtgaa
gi|16 : tgtacgttgtcgtaaaaaaTAG--GAAGAATAA-CAT------------GCAC-AA-----AGAAAGAAA-----ATCAAA--AGATAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-CATTGAGA-------A----------------TA------GG------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAATTT---AG-G---G----A--GGAGT-TA-T--A---T--TGCAAAAAGTCAA-----A-TAAAC
gi|17 : TTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGTGCACAA--AGAGAATTA-CATTTAAGAATTTAAATAT-CA-----TGAGGGGGGGGGGTGTCAAA--AGACATAGAC-A-ACATAAATTGAGACA-CAGTGTCA------TGCAG-------------TG------
gi|18 : aaAAAAAGTT--TTTCTTGAAAATCAGTAAATTT--GTTGACTACATTTGCTACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAA-G-A-T---------------------------------------------------TTTCATT-----CC--TGAGAATATTG------------TATAT-AT
gi|19 : aatccaaTTTCTAATTCAGAGCCTATTCAGGACACAA--GGAGCCTAA-CA-------------------A-----G--AAGAGA-----ACCAAG--ACACATAGTA-G-ACATGAAATGAGACA-TAGTGACA------TACAT-------------TGAGATTAGG------AC------AAAAT--C-ACAt
gi|2 : --GGGGCATAA-CAT------------ACAA-CA-----AGAAAGAAA-----ACTAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TACTGACA------AATAT-------------TGAGAATAGG------AC------AAAAT--T-GCATCACACAAGA-------GG-G---G----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAGAATTGAA-----A-TAAACATTTA-A-G----------------AAA----ACTGAAT-T---AAAACAGCT-TAA-----------T---T-TAAGGTAAAATTATTGTGAAAAAATCGGCAAGGTCTTGGGAATTAAAAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAATAA-AGT-TT-A--TCTTTATCAGTT----AAATAAGTACATTCGT---T-CAC-TTCTGA---ATACACAAGTCTAGATAATT--TCTCTC-------------TTTAAATTGACTAAATTTGTCGCATTGAA------T------------------ATCTTCCAC-T-A-TA--C-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TTTTTGCAAATTCTTTCATT-----CC--TGACAATATAG-------------------TCTG---AGTCTTAATTCAAA-----------------------TTAATCT----------TCT---ATATTTGTAGTC--ATTAATTGAA-GTAAGATATTCT---T-CACATGC----------------AAA-AATAAGTA--ga
gi|2 : TAAACA--T-----TTTTGTTA--TTGTA--GAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACATgatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|20 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaatcttctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgtAA--GGAGCATAA-C-------------------C------GGAACATAC-----ATCAAG--AGTCAGAGCTTATACATAA---GACACA-CAA-AAC-------TGTAC-------------TA------G-------------------T--TAGTATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAACTCAtttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|21 : AATTCAGAGCCCAAACAGG-----------GTATAA-CAT------------ACAT-TA-----AGAAAAGAA-----ATCAAA--AGA-AGAGCT-T-ACATAAAGCGAGACA-TAATGACA------
gi|22 : atagatttattactaattcagaccggg-------------TG------AG------AC------AAAAT--T-GTATTGCATAAGA-------GG-GTTCA----A--GGAGT-CA-TACA---T--TGTTCAAATTCAA-----GTTAAG
gi|23 : -------------TA------GG------AC------AACAT--T-TGATTACACAAGA-------AG-G---A----G--GGAGT-CG-T--A---T--TACTAAAATTaat
gi|24 : tgtgaaTTATTTCTAACTCAGGACCCTGGCAGGACGTAA--GGACTATGA-CAT------------ACA
gi|3 : gATGTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-AA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AG--------------TAAAATGAGACA-TAGTGACT------TACAT-------------TG------GGATTAGAAC------AAAAC--T-ACACTAGACAGGA-------AA-T---ATGTCA--GCAATATGAT--A---T--TACTAAAAATCAA-----G-TAAACA---ATATA----------------AAG----AGG-AAA-TAAAA-------TAA-------------C---C-TAAGAC-ATATTATC---AGGAAA----------------AGTTCATAATTGTGATAT------AATATTCAATTCAA-AA-TGT-TTGT--TCTTTATCAATT-AAAA---CAGTAAATTTGT---T-AACTTTTTCA---ATGTAAAAAATTAAATAGTC--TTTC-T-------------CTT--GTTGACCATGTTTGTCACATTGAA------T---GAA--------------CTGTCAC---A-TT--G-A----------------GTG-A-A---------TT----------------TT-----TC--TAGGAATGTTG------------T-AAC-ACCCACC-AGTTTCAATAC-AGAGTCTGTGTGAT-----ACACCCTGAATCT-ACAAATTAA-CTTTTA-------GGACTGA--AAAT----GCAAGATATTCTTCATGCACATGCAAAA--TTTGATTTTAAAA-AATAAGTA--T-----
gi|3 : cTTT-GAATGATAA-TA--T-----TTCTTTAA--TTGCA--GAGTTAAAATTCCTCTTgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgtttgaatgataatatttctttaattgcagagttaaaattcctcttgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : catgtctaattcagagcccaaacaggacataaggagcataacatacataaggaaagaaaaccaaaagtaaaatgagacatagtgacttacattgggattagaacaaaactacactagacaggaaatatgtcagcaatatgatattactaaaaatcaagtaaacaatataaagaggaaataaaataacctaagacatattatcaggaaaagttcataattgtgatataatattcaattcaaaatgtttgttctttatcaattaaaacagtaaatttgttaactttttcaatgtaaaaaattaaatagtctttctcttgttgaccatgtttgtcacattgaatgaactgtcacattgagtgaatttttctaggaatgttgtaacacccaccagtttcaatacagagtctgtgtgatacaccctgaatctacaaattaacttttaggactgaaaatgcaagatattcttcatgcacatgcaaaatttgattttaaaaaataagtatgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgTTACTTCTAATTCAGAACTTAAACAGGAAATAA--GGTGCATAA-CAT------------ACATACATGTAAGGAGAGATG-----ACCGAA--ATTTACATTT-A-ACATAGAATGAGACA-TTATGACA------TACATGTATACTTAAGATTG------GG------AC------AGAATGGT-ACATTGGACgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : -------------C---T-TGAGGA-AAATTAACATGAAGGAATTTGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCGCAATTCAAAATCCAA-AC-ACG-TT-TAATTTTTATC---T-GATACATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATGCACAAGTTTAAATAGTT--CCTCTC-------------TTG--GTGGGCCATGCTTGTCACATTGCACCTTGTCAAGGAAGTTAACTTTC--ATCTTCAACTA-A-------ATT----------TCCTGTACA-ATTTTATCATTT--------TTTTTTCATTTGTAGCC--TTG-AACGTTGTGGTACACGTGCT-TGT-ATCCACC-AATTTCAAT-CAAAAGTTTGTGTGATG-----CACTCAGAATCT-ACAAATTGGCCTTTTATATTCGTA-----ATT-AGTGAA-GTAAGATAATCT---T-CACATGC-AAGT-TTTGACTTT-GAA-AATAAGTA--T-----gtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaacttgaggaaaattaacatgaaggaatttgcccaaggagttcataatttcaatatctccgcaattcaaaatccaaacacgtttaatttttatctgatacatcagtaaatttgttcacttttgaatgcacaagtttaaatagttcctctcttggtgggccatgcttgtcacattgcaccttgtcaaggaagttaactttcatcttcaactaaatttcctgtacaattttatcatttttttttcatttgtagccttgaacgttgtggtacacgtgcttgtatccaccaatttcaatcaaaagtttgtgtgatgcactcagaatctacaaattggccttttatattcgtaattagtgaagtaagataatcttcacatgcaagttttgactttgaaaataagtatgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|5 : ttacttctaattcagaacttaaacaggaaataaggtgcataacatacatacatgtaaggagagatgaccgaaatttacatttaacatagaatgagacattatgacatacatgtatacttaagattgggacagaatggtacattggacgtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaaTAATTTAATTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACACAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--CGACAGAGCT-A-ACATAAGATGAGATAATAATGACA------CACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATGGGACAAGA-------AT-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGTA---A-ATG----------------TAG----CCT-AAG-T---GATCT---T-T-------------C---TATAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCAGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCACAATTTCAAATCCGA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTTTGAAAAATCAGTAAATTTGTGCATGCAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAATT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTTAATTTGCCACATTGAA------TAAAGAAGTGAA-TTTT--ATCTTCCAC-ACA-CT--GTATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------T-AAT-ATCTACC-AGTTTTAGTATAAAAATCTGTGTGATA----CTACTCTAAATCT-ACAAATTGATCTTTTATATTTGTAATC--ATTAAGATAA-GAAAGATATTATTCTT-CAGGTG--AAGATTTTGATTTT-AAA-AATAAATA--T-----TCTTGTAA--CTGTATAGAGTTAAAATCATTCTTTCCGAGAGACATgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|7 : aAGCA--T-----TTTTAAAAAATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAG
gi|9 : aatttgtttctaatcataaaattaaagtaagatacatgtatcgatgttcttcagaacttgcaggatttgattttgtgaataagtatattacaagcttaccgtcttccaagatgtagttcgtacatctccaatctgataaatgtctttatgatTTTTTTTTCTAATTCAGAGTCCAAACAGGGTATAA--GGAGCATAACCAT------------ACAT--A-----GGAAAGAAA-----GCCAAAACATATAGAGCT-T-ACATAAAATGAAACA-TAATGACATGCATGTACAT-------------TGTGATTAGG------AC------AAAAT--T-GCGTTGGACAAG-----------------------------------A---T--TGCTAGAATTCAA-----A-TAAACA---A-ATGTAGGTGCTCTTTTAAAAAGCTGAAAT-AAA-A---A-------C-A-------------C---T-TAGGGT-AAATTATCGTGAAGAAACCTGT-----CCTGGGAGTTCATAATTTCAATATCTGCACAATTTAAAATCCAA-AATAATGTT-T--TCTTCAtcacgtatttccatcgatattaaaatataaaaatagaataaagatacacttgaggaataccaggatgttttaaggctacgatgtaactgtttacaaaatagaaactaaggcatacataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTTTTAAAGAAGTACCAATTTAAAAGTCCTTCTGTGGTATGTCATAATGCTTTTGAATACCCAGAAATTTTTAGCCAATTTTTTTCGATTATGAGAGGAATACAAGTGTTTTTGGGCAAATGTTTCGTTCATTGCTATCCCTAAAACATAATAGCATGTGCATCGAGCATTTAGTAAGGGTAAGATGTTGTTTAAAAACTCGAATCTAAGCCATATGGTCAACATGACTACAGGTCATTTAAGCGTGACATATATTCTTCAGATTGCTGGACAATATCTATAATGATGTTAAAGTGACTCATGTCATTTGTCGTCTAGTTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGACCCAATTGGTTTTACAAATTGGAGGTTGTTAAAAGTCTTCCACAATAAAGGTTATTAGCACTGCATTAATATATTGTCAACTGTTTTATTTTTGCATTATTGACATTAAACAGTACCCCATTTTCAGAGCCGTTAATTCAGTAATATCACTAAGTATAGTGCTTGATAGTATAGATTCAAAGACATGTTATACTTTGGATATCTTGGGTTTGGCAAGGAAGTCTTTCTGTAGTTTGAAATAAGCTTCCAGTCCCTTTTTGTATA
Unaligned ( gi|8 ): ATGTTTTGAATACCCAGAATTTTTAGCAATGTTTCTATGAAGGAATTATACCAAGTTGTATTTTGGGCAATATGAAGTTCCTTGCTAAAAAAAAATATGCATCTTTTAATAAAGTCTGTTGTTAAATGTTCTAACCTGTAGCAATATTTAAGTAATCTGTTGACAATATCATACTGTAAAGGATATCTTCCCAGTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGTCCCAATATGGTTTTACAAAATTTGAGGTGTAGAGTTTCAATAATAAAGTTTTTATAGCACTGTTGCATTAA
Unaligned ( gi|12 ): GCATAGAAAGACATCTTTTACATGTGTAGAAGTGGAAATTCAACCAGATTCTATAACCTAACACTTTACAGTATTTGAATATATATCATATGCAGAGGGTGTCTACCAAACTCGGAGAGATGAGCATGGGTAACAGATTTTTTTTTTAAAATTAATTCCCAATACCGGTATATATTTGCGAAAATGTTATGCAATAATAACATTTTAACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111 11111111 1111111 333333333333333333333 2222222222222222222 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1 1111 11111111 111 111 3333333333333 111111 222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11111 333333333333333 1 11 222222 11 22222 33333333 1 11111 11
lowQualScore : 1 0 44 3 777777777777 11111111 0 99999 55 11 666 3 1111111 777777777777777777777 888888 888888 44 3 0 1111111111111111111 55 4444 55 666 55 6666666 1 000 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 0 2 0 22222 11 2 6 3 6 7777 33333333 5 444 8 8 444 0 0 99 6666666666666 99 1 666666 5 555555555555 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 44444 77 7 1 444444444444444 5 0 3 1 33 3 666666 3 22 6 1 3 3 22 33 99 9999 1 11111 1 11111111 1 5 0 66 22222 1 99 11
lowQualScore : . . .. . ............ ........ . ..... .. .. ... . ....... ..................... ...... ...... .. . . ................... .. .... .. ... .. ....... . ... . . ................................................................. . . . . . ..... .. . . . . .... ........ . ... . . ... . . .. ............. .. . ...... . ............ . ....................................................... .. ..... .. . . ............... . . . . .. . ...... . .. . . . . .. .. .. .... . ..... . ........ . . . .. ..... . .. ..
lowQualScore : 4 5 66 3 111111111111 00000000 5 11111 00 44 555 6 1111111 000000000000000000000 888888 888888 22 1 4 0000000000000000000 00 9999 00 444 00 0000000 4 000 7 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 2 0 2 55555 66 1 7 3 7 8888 88888888 6 000 0 0 000 8 8 22 7777777777777 22 0 444444 0 333333333333 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 33333 99 0 7 999999999999999 7 7 3 7 00 0 555555 3 00 7 7 2 0 00 11 99 9999 0 00000 0 77777777 4 7 9 11 55555 0 22 22
consensus : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTTTATATTTGTGGTCTTATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
Reference ( family-443 ) : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTTTATATTTGTGGTCTTATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
gi|1 : TGTAAAAATTTAC-----CAAGAGAGTTTAAAATCTCTACATCTTCACAGTTTAAAATCCAG-AATAAT-TT-TG-TTTTGGTCA--T-GTAAAATTAGTAAATGTTT---T-AA----TTGACAGA-ACTTAGATC-AAATAGTTCCTTTCTT-------------TCT--TTT--TTAAATTTACTACATCGAG------TAAGAAAATGTT-CTTCCAATCTT---C-A-ATTT--G-ATTAAGCAAACAGTTTTTTGCATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----CCTATGGTATAATTG------------T-TATAATATGCCTAATTCT-ATGAAGAAGTCTGAGTGCTGATTAACACGTCAGGTCTAACAAATTGGTTTTCTGTAATTCTGGTCTTATT-AATTAA-
gi|10 : taaggaatgttcactTTTATAACTTTAT--AATTAACGAAAGATATTTTTC-A-CAGGCAC-AA---TTTGATTTC-AAA-AATAAGTA--T-----ATATGTGA--cactcactctctttcgcatagtgttgatagttggttttcaacaaaaatacaaataagtaacatagtttgccatcttttagagtttcatttgagagctgccaatccaattgaattttattatcttgagaatgttttaaaaaaagtaccaaagtccttgctatatatgtcataatgttttgaataccaaaatttttaggcaattttttccatggaggaataccaagttgttttttggggcaaatgaaggtccttgctaacataagatatgcatcttttaataaagggaagcctgttgttaaatgttctaagcctgtagcaatatttaagttaatctgttgacaaataatcataatgtaaaggatatcttcccagttcagaaagtgaagcaggttcacacttttcttattcagacgccaatatggtttttacaaaatttgaggtgtaaagtttcaccaataaaatttttataggcactgtttggcattatatattgtcagaactgttttatttttgattatttacattaaacatcaacccatatttcagagccgtaagtaaataggctgattgttgataaagacaatgtatactttgtgataccttggggtttaggcctaaggaagtctttccgtagtttgaaaataagccttttcagtcctttttgtata
gi|11 : cccAG------TAAGAAAATGTT-CTTC--ATCTTC----A-A-TTTCA-GTT----------TT---TACATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----AT--AGGTA-TATTG------------T-TAT-ATCTGCCTAATTCTA-TG-AGAAGTCTGTGTGCTG----ATACACGTAGTCT-ACAAATCGGTTTTCTGT-TTTCTGGTCTTATTAAAGT----TAAAATATTTTTC-T-AGTGTG--AAG---TCGCTTTTCAAA-AATAAATAAGTAACAAGTTTGCCA--TCTTTTAGAGTTcaggctttccatctttcaaattgttaattttacatttccaacctattttaaaatatttttaattgtggcatttttttaattgttgagttgcccagcaacataatatttccattaacataaaaaatattgccgacaaagttttacagtataacgaataccactatattattcaatggctatgatgtaactacatagaaacagaggcatctacat
gi|13 : TATTTTATTTCTAACTCAGAGCTCATACAGGGCAAAAAAGGAGCATAA-TAT------------GCAT-CA-----AGAACG-----------------GACAGATCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TAATAACA------AAAATTGAGAA-------TG------AG------AC------AAATT--T-GTATTGCAAAAGA-------GG-G---A----A--AGAGT-TG-T--ACATT--TGCTCAAATTCAA-----GTTAAG-----A-ATT----------------AAA----ACT-AGG---------------------------------T-TAAGGT-AAATTA--GTGAccatttgagaactgccaatcca
gi|14 : aatagattCA------TACAT-------------TG------AG------ACTGGAACAAAAA--T-ACATTGGACAAAA-------AG-G---A----AAAGGACA-CG-T--G---T--T--TAACATTCAA-----A-TAAGCA---A-ACG----------------GAG----ATT-AAATT---A-------TATAGAGGAGATAAAACAAGT-TCAGGA-AAATTATCGT-AAAAATTCTAC-----CCAAGGAGTTCCTAATTTCATTTTCTT
gi|15 : G------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAGTGAAGGAGTG---A----A--GGAGT-CA-T--A---TATTACTCAATTTCGACCAAGA-TAAGAA---A-TTG----------------AA-----AC--AGG-T---------------------------------TAAGGT-AAATTATCATGAAGAAAGCTAC-----CCAAGGCGTtgaa
gi|16 : tgtacgttgtcgtaaaaaaTAG--GAAGAATAA-CAT------------GCAC-AA-----AGAAAGAAA-----ATCAAA--AGATAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-CATTGAGA-------A----------------TA------GG------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAATTT---AG-G---G----A--GGAGT-TA-T--A---T--TGCAAAAAGTCAA-----A-TAAAC
gi|17 : TTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGTGCACAA--AGAGAATTA-CATTTAAGAATTTAAATAT-CA-----TGAGGGGGGGGGGTGTCAAA--AGACATAGAC-A-ACATAAATTGAGACA-CAGTGTCA------TGCAG-------------TG------
gi|18 : aaAAAAAGTT--TTTCTTGAAAATCAGTAAATTT--GTTGACTACATTTGCTACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAA-G-A-T---------------------------------------------------TTTCATT-----CC--TGAGAATATTG------------TATAT-AT
gi|19 : aatccaaTTTCTAATTCAGAGCCTATTCAGGACACAA--GGAGCCTAA-CA-------------------A-----G--AAGAGA-----ACCAAG--ACACATAGTA-G-ACATGAAATGAGACA-TAGTGACA------TACAT-------------TGAGATTAGG------AC------AAAAT--C-ACAt
gi|2 : --GGGGCATAA-CAT------------ACAA-CA-----AGAAAGAAA-----ACTAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAGTGAGACA-TACTGACA------AATAT-------------TGAGAATAGG------AC------AAAAT--T-GCATCACACAAGA-------GG-G---G----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAGAATTGAA-----A-TAAACATTTA-A-G----------------AAA----ACTGAAT-T---AAAACAGCT-TAA-----------T---T-TAAGGTAAAATTATTGTGAAAAAATCGGCAAGGTCTTGGGAATTAAAAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAATAA-AGT-TT-A--TCTTTATCAGTT----AAATAAGTACATTCGT---T-CAC-TTCTGA---ATACACAAGTCTAGATAATT--TCTCTC-------------TTTAAATTGACTAAATTTGTCGCATTGAA------T------------------ATCTTCCAC-T-A-TA--C-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TTTTTGCAAATTCTTTCATT-----CC--TGACAATATAG-------------------TCTG---AGTCTTAATTCAAA-----------------------TTAATCT----------TCT---ATATTTGTAGTC--ATTAATTGAA-GTAAGATATTCT---T-CACATGC----------------AAA-AATAAGTA--ga
gi|2 : TAAACA--T-----TTTTGTTA--TTGTA--GAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACATgatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|20 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaatcttctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgtAA--GGAGCATAA-C-------------------C------GGAACATAC-----ATCAAG--AGTCAGAGCTTATACATAA---GACACA-CAA-AAC-------TGTAC-------------TA------G-------------------T--TAGTATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAACTCAtttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|21 : AATTCAGAGCCCAAACAGG-----------GTATAA-CAT------------ACAT-TA-----AGAAAAGAA-----ATCAAA--AGA-AGAGCT-T-ACATAAAGCGAGACA-TAATGACA------
gi|22 : atagatttattactaattcagaccggg-------------TG------AG------AC------AAAAT--T-GTATTGCATAAGA-------GG-GTTCA----A--GGAGT-CA-TACA---T--TGTTCAAATTCAA-----GTTAAG
gi|23 : -------------TA------GG------AC------AACAT--T-TGATTACACAAGA-------AG-G---A----G--GGAGT-CG-T--A---T--TACTAAAATTaat
gi|24 : tgtgaaTTATTTCTAACTCAGGACCCTGGCAGGACGTAA--GGACTATGA-CAT------------ACA
gi|3 : gATGTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-AA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AG--------------TAAAATGAGACA-TAGTGACT------TACAT-------------TG------GGATTAGAAC------AAAAC--T-ACACTAGACAGGA-------AA-T---ATGTCA--GCAATATGAT--A---T--TACTAAAAATCAA-----G-TAAACA---ATATA----------------AAG----AGG-AAA-TAAAA-------TAA-------------C---C-TAAGAC-ATATTATC---AGGAAA----------------AGTTCATAATTGTGATAT------AATATTCAATTCAA-AA-TGT-TTGT--TCTTTATCAATT-AAAA---CAGTAAATTTGT---T-AACTTTTTCA---ATGTAAAAAATTAAATAGTC--TTTC-T-------------CTT--GTTGACCATGTTTGTCACATTGAA------T---GAA--------------CTGTCAC---A-TT--G-A----------------GTG-A-A---------TT----------------TT-----TC--TAGGAATGTTG------------T-AAC-ACCCACC-AGTTTCAATAC-AGAGTCTGTGTGAT-----ACACCCTGAATCT-ACAAATTAA-CTTTTA-------GGACTGA--AAAT----GCAAGATATTCTTCATGCACATGCAAAA--TTTGATTTTAAAA-AATAAGTA--T-----
gi|3 : cTTT-GAATGATAA-TA--T-----TTCTTTAA--TTGCA--GAGTTAAAATTCCTCTTgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgtttgaatgataatatttctttaattgcagagttaaaattcctcttgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : catgtctaattcagagcccaaacaggacataaggagcataacatacataaggaaagaaaaccaaaagtaaaatgagacatagtgacttacattgggattagaacaaaactacactagacaggaaatatgtcagcaatatgatattactaaaaatcaagtaaacaatataaagaggaaataaaataacctaagacatattatcaggaaaagttcataattgtgatataatattcaattcaaaatgtttgttctttatcaattaaaacagtaaatttgttaactttttcaatgtaaaaaattaaatagtctttctcttgttgaccatgtttgtcacattgaatgaactgtcacattgagtgaatttttctaggaatgttgtaacacccaccagtttcaatacagagtctgtgtgatacaccctgaatctacaaattaacttttaggactgaaaatgcaagatattcttcatgcacatgcaaaatttgattttaaaaaataagtatgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgTTACTTCTAATTCAGAACTTAAACAGGAAATAA--GGTGCATAA-CAT------------ACATACATGTAAGGAGAGATG-----ACCGAA--ATTTACATTT-A-ACATAGAATGAGACA-TTATGACA------TACATGTATACTTAAGATTG------GG------AC------AGAATGGT-ACATTGGACgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : -------------C---T-TGAGGA-AAATTAACATGAAGGAATTTGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCGCAATTCAAAATCCAA-AC-ACG-TT-TAATTTTTATC---T-GATACATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATGCACAAGTTTAAATAGTT--CCTCTC-------------TTG--GTGGGCCATGCTTGTCACATTGCACCTTGTCAAGGAAGTTAACTTTC--ATCTTCAACTA-A-------ATT----------TCCTGTACA-ATTTTATCATTT--------TTTTTTCATTTGTAGCC--TTG-AACGTTGTGGTACACGTGCT-TGT-ATCCACC-AATTTCAAT-CAAAAGTTTGTGTGATG-----CACTCAGAATCT-ACAAATTGGCCTTTTATATTCGTA-----ATT-AGTGAA-GTAAGATAATCT---T-CACATGC-AAGT-TTTGACTTT-GAA-AATAAGTA--T-----gtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaacttgaggaaaattaacatgaaggaatttgcccaaggagttcataatttcaatatctccgcaattcaaaatccaaacacgtttaatttttatctgatacatcagtaaatttgttcacttttgaatgcacaagtttaaatagttcctctcttggtgggccatgcttgtcacattgcaccttgtcaaggaagttaactttcatcttcaactaaatttcctgtacaattttatcatttttttttcatttgtagccttgaacgttgtggtacacgtgcttgtatccaccaatttcaatcaaaagtttgtgtgatgcactcagaatctacaaattggccttttatattcgtaattagtgaagtaagataatcttcacatgcaagttttgactttgaaaataagtatgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|5 : ttacttctaattcagaacttaaacaggaaataaggtgcataacatacatacatgtaaggagagatgaccgaaatttacatttaacatagaatgagacattatgacatacatgtatacttaagattgggacagaatggtacattggacgtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaaTAATTTAATTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACACAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--CGACAGAGCT-A-ACATAAGATGAGATAATAATGACA------CACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATGGGACAAGA-------AT-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGTA---A-ATG----------------TAG----CCT-AAG-T---GATCT---T-T-------------C---TATAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCAGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCACAATTTCAAATCCGA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTTTGAAAAATCAGTAAATTTGTGCATGCAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAATT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTTAATTTGCCACATTGAA------TAAAGAAGTGAA-TTTT--ATCTTCCAC-ACA-CT--GTATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------T-AAT-ATCTACC-AGTTTTAGTATAAAAATCTGTGTGATA----CTACTCTAAATCT-ACAAATTGATCTTTTATATTTGTAATC--ATTAAGATAA-GAAAGATATTATTCTT-CAGGTG--AAGATTTTGATTTT-AAA-AATAAATA--T-----TCTTGTAA--CTGTATAGAGTTAAAATCATTCTTTCCGAGAGACATgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|7 : aAGCA--T-----TTTTAAAAAATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAG
gi|9 : aatttgtttctaatcataaaattaaagtaagatacatgtatcgatgttcttcagaacttgcaggatttgattttgtgaataagtatattacaagcttaccgtcttccaagatgtagttcgtacatctccaatctgataaatgtctttatgatTTTTTTTTCTAATTCAGAGTCCAAACAGGGTATAA--GGAGCATAACCAT------------ACAT--A-----GGAAAGAAA-----GCCAAAACATATAGAGCT-T-ACATAAAATGAAACA-TAATGACATGCATGTACAT-------------TGTGATTAGG------AC------AAAAT--T-GCGTTGGACAAG-----------------------------------A---T--TGCTAGAATTCAA-----A-TAAACA---A-ATGTAGGTGCTCTTTTAAAAAGCTGAAAT-AAA-A---A-------C-A-------------C---T-TAGGGT-AAATTATCGTGAAGAAACCTGT-----CCTGGGAGTTCATAATTTCAATATCTGCACAATTTAAAATCCAA-AATAATGTT-T--TCTTCAtcacgtatttccatcgatattaaaatataaaaatagaataaagatacacttgaggaataccaggatgttttaaggctacgatgtaactgtttacaaaatagaaactaaggcatacataca
blockSeqs : G . C TTAAGAATTTAA ACATGTAA GGGGT AC AT TAT A TGCATGT GTATACTTAAGATTG ATTAGA TGGAAC GG A GTGAAGGAGTGA AA ATGA AC . AT CCAAGA C TTT T TAGGTGCTCTTTTAAAAAGCTGAAATAAAAACACT A T AAGGT AA T T T G TAA AGTTTGAA A GCA G T . . GAAAATCAGTAAA AA C CCTTGT A GTTAACTTTC C TATACATTTTCTGTGCAATTTTTGCAAAT CA TGTAG . T A TGGTACACGTGCTT . T A TC C GA A GT . T A A AC TT TA TAAC T TCATG T CAAAAT C T AG AACAA C AA TA
blockSeqs : A . . . AA . . AC A . T TGAGATTA . . . . ATTTAGGG . CG . . . GT A . . GAGATTAAATTATATAGAGGAGATAAAACAAGT . G . AA T . . . GT AATTAAA C . . . . . . . A . A ATGTTCTTC C TAAATTTCCTGTACAATTTTATCATTTT CA . . G A TAT . . A AC A AC C TT . T A C GT TT TA GAA T TCTT C CAAGTT A . . . T . TA
blockSeqs : A . . . CA . . AC A . T TGAGAATA . . . . AATATGTC . CA . . . A C . . AAAACTGAATTAAAACAGCTTAATT . T . TG C . . . A AGTT A . . . . . . . T . A GTGAATTTC C ACACTGTATTTTCTGTGCAATTT CA . . C A TT . . A AT A A T TG . C A G GT TG TA GAA C TCT C AAGATT . . . . A . .
blockSeqs : A . . . CA . . AC G . T TGTGATTA . . . . GGGTTCA . TA . . . A C . . TAGCCTAAGTGATCTTTCTA . T . AA C . . . T TGAT . . . . . . . . T . A GTGAATTTT A AATTTCAGTTTTTACATATTC CA . . G A TA . . G G A G T AG . T . G GA . A TAA T T C AAG . . . . A . .
blockSeqs : A . . . TA . . TC A . A TG . . . . AGGA . CA . . . A C . . AAGAGGAAATAAAATAACC . T . AA G . . . T . . . A . . . C ATTGAGTGAATT G . . T A TA . . . C . . . TA . . . G AT . T T A T G C . . . . A .
blockSeqs : A . . . AA . . TT T . T TA . . . . GGGG . CA . . . G T . . AAACAGGT . C . TG . . . . . GAT . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . CA . . AC A . T TG . . . . AGGA . CA . . . A C . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . AT A . T TA . . . . AGGA . CG . . . A .
blockSeqs : . . . C . . A T . C TG . . . . ATGA . CA . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TG . . . .
blockSeqs : TG . . . .
blockSeqCons : ** TG******************* *** A****** T*** AGTTGA** *** ** GTGAATTTC*** CA ** A***** T* TA TCT** CAAATT**
originalCons : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT-GAAAAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATG----ACACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTTTATATTTGTGGTCTTATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGC-AAG--TTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
finalCons : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGACA-TAATGACA------TACATTG-------------------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAAA------TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TTT---TCTTTATCAGTTGA--AAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAATTTC---ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCTGTGTGATA-----CACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTTTATATTTGTGGTCT-ATTAAATTAA-GNAAGATATTCTTCT--CACGTGCAAATT--TTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTTTTAAAGAAGTACCAATTTAAAAGTCCTTCTGTGGTATGTCATAATGCTTTTGAATACCCAGAAATTTTTAGCCAATTTTTTTCGATTATGAGAGGAATACAAGTGTTTTTGGGCAAATGTTTCGTTCATTGCTATCCCTAAAACATAATAGCATGTGCATCGAGCATTTAGTAAGGGTAAGATGTTGTTTAAAAACTCGAATCTAAGCCATATGGTCAACATGACTACAGGTCATTTAAGCGTGACATATATTCTTCAGATTGCTGGACAATATCTATAATGATGTTAAAGTGACTCATGTCATTTGTCGTCTAGTTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGACCCAATTGGTTTTACAAATTGGAGGTTGTTAAAAGTCTTCCACAATAAAGGTTATTAGCACTGCATTAATATATTGTCAACTGTTTTATTTTTGCATTATTGACATTAAACAGTACCCCATTTTCAGAGCCGTTAATTCAGTAATATCACTAAGTATAGTGCTTGATAGTATAGATTCAAAGACATGTTATACTTTGGATATCTTGGGTTTGGCAAGGAAGTCTTTCTGTAGTTTGAAATAAGCTTCCAGTCCCTTTTTGTATA
Unaligned ( gi|8 ): ATGTTTTGAATACCCAGAATTTTTAGCAATGTTTCTATGAAGGAATTATACCAAGTTGTATTTTGGGCAATATGAAGTTCCTTGCTAAAAAAAAATATGCATCTTTTAATAAAGTCTGTTGTTAAATGTTCTAACCTGTAGCAATATTTAAGTAATCTGTTGACAATATCATACTGTAAAGGATATCTTCCCAGTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGTCCCAATATGGTTTTACAAAATTTGAGGTGTAGAGTTTCAATAATAAAGTTTTTATAGCACTGTTGCATTAA
Unaligned ( gi|12 ): GCATAGAAAGACATCTTTTACATGTGTAGAAGTGGAAATTCAACCAGATTCTATAACCTAACACTTTACAGTATTTGAATATATATCATATGCAGAGGGTGTCTACCAAACTCGGAGAGATGAGCATGGGTAACAGATTTTTTTTTTAAAATTAATTCCCAATACCGGTATATATTTGCGAAAATGTTATGCAATAATAACATTTTAACTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111111 11111111 1111111 333333333333333333333 2222222222222222222 1111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1 1111 2222222222 111 111 3333333333333 111111 222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 333333333333333 1 11 11111 333 11 22222 11 1 11111 11
lowQualScore : 1 0 44 3 777777777777 11111111 0 99999 55 11 666 3 1111111 777777777777777777777 888888 888888 44 3 0 1111111111111111111 55 4444 55 666 55 6666666 1 000 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 0 0 2 0 22222 11 2 6 3 6 7777 9999999999 0 444 8 8 444 0 0 99 6666666666666 99 1 666666 5 555555555555 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 44444 77 7 1 444444444444444 5 0 3 7 33 99 6 66666 3 22 6 5 3 2 1 111 00 9999 1 11111 1 2 55 3 6 2 66 22222 1 99 11
lowQualScore : . . .. . ............ ........ . ..... .. .. ... . ....... ..................... ...... ...... .. . . ................... .. .... .. ... .. ....... . ... . . ................................................................. . . . . . ..... .. . . . . .... .......... . ... . . ... . . .. ............. .. . ...... . ............ . ....................................................... . ..... .. . . ............... . . . . .. .. . ..... . .. . . . . . ... .. .... . ..... . . .. . . . .. ..... . .. ..
lowQualScore : 4 5 66 3 111111111111 00000000 5 11111 00 44 555 6 1111111 000000000000000000000 888888 888888 22 1 4 0000000000000000000 00 9999 00 444 00 0000000 4 000 7 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 2 0 2 55555 66 1 7 3 7 8888 8888888888 8 000 0 0 000 8 8 22 7777777777777 22 0 444444 0 333333333333 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 33333 99 0 7 999999999999999 7 7 3 3 00 22 7 88888 3 00 7 7 2 5 0 333 77 9999 0 00000 0 5 00 3 7 2 99 55555 0 22 22
consensus : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGAC-ATAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT--G-A-AAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCGTT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCT--GTG-TGAT--AC-ACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTCTATATTTGTGGTC-T-ATTA-AATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGCAAATTTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
Reference ( family-443 ) : NTATTTTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAATGAGAC-ATAATGACA------TACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CG-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGCA---A-ATG----------------AAG----ACT-AAG-T---A-------T-T-------------C---T-TAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCTGC-----CCAGGGAGTTCATAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTT--G-A-AAATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAGTT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTANATTTGCCACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAC-A-A-TT--G-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------T-TAT-ATCCGCC-AGTTTTAATGCAAAAGTCT--GTG-TGAT--AC-ACNCNNAATCT-ACAAATTGGTCTTTTATATTTGTGGTC-T-ATTA-AATTAA-GNAAGATATTCTTC-T-CACGTGCAAATTTTGATTTT-AAA-AATAAGTA--T-----TTTTGTNA--TTGTATAGAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACAT
gi|1 : TGTAAAAATTTAC-----CAAGAGAGTTTAAAATCTCTACATCTTCACAGTTTAAAATCCAG-AATAAT-TT-TG-TTTTGGTCA--T--GTA-AAATTAGTAAATGTTT---T-AA----TTGACAGA-ACTTAGATC-AAATAGTTCCTTTCTT-------------TCT--TTT--TTAAATTTACTACATCGAG------TAAGAAAATGTT-CTTCCAATCTT---C-A-ATTT--G-ATTAAGCAAACAGTTTTTTGCATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----CCTATGGTATAATTG------------T-TATAATATGCCTAATTCT-ATGAAGAAGTCTGAGTGCTGATTAAC-ACGTCAGGTCTAACAAATTGGTTTTCTGTAATTCTGGTCTT-ATT--AATTAA-
gi|10 : taaggaatgttcactTTATAATTAACGAAAGATATTTTTC-A-CAGGCACAA--TTTGATTTC-AAA-AATAAGTA--T-----ATATGTGA--cactcactctctttcgcatagtgttgatagttggttttcaacaaaaatacaaataagtaacatagtttgccatcttttagagtttcatttgagagctgccaatccaattgaattttattatcttgagaatgttttaaaaaaagtaccaaagtccttgctatatatgtcataatgttttgaataccaaaatttttaggcaattttttccatggaggaataccaagttgttttttggggcaaatgaaggtccttgctaacataagatatgcatcttttaataaagggaagcctgttgttaaatgttctaagcctgtagcaatatttaagttaatctgttgacaaataatcataatgtaaaggatatcttcccagttcagaaagtgaagcaggttcacacttttcttattcagacgccaatatggtttttacaaaatttgaggtgtaaagtttcaccaataaaatttttataggcactgtttggcattatatattgtcagaactgttttatttttgattatttacattaaacatcaacccatatttcagagccgtaagtaaataggctgattgttgataaagacaatgtatactttgtgataccttggggtttaggcctaaggaagtctttccgtagtttgaaaataagccttttcagtcctttttgtata
gi|11 : ccctttataactAG------TAAGAAAATGTT-CTTC--ATCTTC----A-A-TTTCA-GTT----------TT---TACATA---------TT--------CTCTCT-GTT-----AT--AGGTA-TATTG------------T-TAT-ATCTGCCTAATTCT-ATG-AGAAGTCT--GTG-TGCTG-AT-ACACGTAGTCT-ACAAATCGGTTTTCTGT-TTTCTGGTCTT-ATTA-AAGT----TAAAATATTTTTC-T-AGTGTG-AAG--TCGCTTTTCAAA-AATAAATAAGTAACAAGTTTGCCA--TCTTTTAGAGTTcaggctttccatctttcaaattgttaattttacatttccaacctattttaaaatatttttaattgtggcatttttttaattgttgagttgcccagcaacataatatttccattaacataaaaaatattgccgacaaagttttacagtataacgaataccactatattattcaatggctatgatgtaactacatagaaacagaggcatctacat
gi|13 : TATTTTATTTCTAACTCAGAGCTCATACAGGGCAAAAAAGGAGCATAA-TAT------------GCAT-CA-----AGAACG-----------------GACAGATCT-A-ACATAAAGTGAGAC-ATAATAACA------AAAATTGAGAA-------TG------AG------AC------AAATT--T-GTATTGCAAAAGA-------GG-G---A----A--AGAGT-TG-T--ACATT--TGCTCAAATTCAA-----GTTAAG-----A-ATT----------------AAA----ACT-AGG---------------------------------T-TAAGGT-AAATTA--GTGAccatttgagaactgccaatcca
gi|14 : aatagattCA------TACAT-------------TG------AG------ACTGGAACAAAAA--T-ACATTGGACAAAA-------AG-G---A----AAAGGACA-CG-T--G---T--T--TAACATTCAA-----A-TAAGCA---A-ACG----------------GAG----ATT-AAATT---A-------TATAGAGGAGATAAAACAAGT-TCAGGA-AAATTATCGT-AAAAATTCTAC-----CCAAGGAGTTCCTAATTTCATTTTCTT
gi|15 : G------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAGTGAAGGAGTG---A----A--GGAGT-CA-T--A---TATTACTCAATTTCGACCAAGA-TAAGAA---A-TTG----------------AA-----AC--AGG-T---------------------------------TAAGGT-AAATTATCATGAAGAAAGCTAC-----CCAAGGCGTtgaa
gi|16 : tgtacgttgtcgtaaaaaaTAG--GAAGAATAA-CAT------------GCAC-AA-----AGAAAGAAA-----ATCAAA--AGATAGAGCT-A-ACATAAAATGAGAC-ACATTGAGA-------A----------------TA------GG------AC------AAAAT--T-GTATTGCACAAGAATTT---AG-G---G----A--GGAGT-TA-T--A---T--TGCAAAAAGTCAA-----A-TAAAC
gi|17 : TTATTTCTAATTCAGAGCCCAAACAGTGCACAA--AGAGAATTA-CATTTAAGAATTTAAATAT-CA-----TGAGGGGGGGGGGTGTCAAA--AGACATAGAC-A-ACATAAATTGAGAC-ACAGTGTCA------TGCAG-------------TG------
gi|18 : aaAAAAAGTT--TTTCTTGAAAATCAGTAAATTT--GTTGACTACATTTGCTACATTGAA------TAAGGAAGTGAA-TTTC--ATCTTCCAA-G-A-T---------------------------------------------------TTTCATT-----CC--TGAGAATATTG------------TATAT-AT
gi|19 : aatccaaTTTCTAATTCAGAGCCTATTCAGGACACAA--GGAGCCTAA-CA-------------------A-----G--AAGAGA-----ACCAAG--ACACATAGTA-G-ACATGAAATGAGAC-ATAGTGACA------TACAT-------------TGAGATTAGG------AC------AAAAT--C-ACAt
gi|2 : --GGGGCATAA-CAT------------ACAA-CA-----AGAAAGAAA-----ACTAAA--AGACAGAGCT-A-ACATAAAGTGAGAC-ATACTGACA------AATAT-------------TGAGAATAGG------AC------AAAAT--T-GCATCACACAAGA-------GG-G---G----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAGAATTGAA-----A-TAAACATTTA-A-G----------------AAA----ACTGAAT-T---AAAACAGCT-TAA-----------T---T-TAAGGTAAAATTATTGTGAAAAAATCGGCAAGGTCTTGGGAATTAAAAATTTCAATATCTTCACAATTTAAAATCCAATAA-AGT-TT-A--TCTTTATCAGTT------AAATAAGTACATTCGT---T-CAC-TTCTGA---ATACACAAGTCTAGATAATT--TCTCTC-------------TTTAAATTGACTAAATTTGTCGCATTGAA------T------------------ATCTTCCAC-T-A-TA--C-ATT----------TTCTGTGCA-A---------TTTTTGCAAATTCTTTCATT-----CC--TGACAATATAG-------------------TCTG---AGTCTTAATTCAAA------------------------TTAATCT-------------TCTATATTTGTAGTC---ATTA-ATTGAA-GTAAGATATTCT---T-CACATGCAAAga
gi|2 : TAAACA--T-----TTTTGTTA--TTGTA--GAGTTAAAATTACTCTTTCCCAGAGACATaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgttaaacatttttgttattgtagagttaaaattactctttcccagagacattttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|20 : ggggcataacatacaacaagaaagaaaactaaaagacagagctaacataaagtgagacatactgacaaatattgagaataggacaaaattgcatcacacaagaggggaggagtcatattgctagaattgaaataaacatttaagaaaactgaattaaaacagcttaatttaaggtaaaattattgtgaaaaaatcggcaaggtcttgggaattaaaaatttcaatatcttcacaatttaaaatccaataaagtttatctttatcagttaaataagtacattcgttcacttctgaatacacaagtctagataatttctctctttaaattgactaaatttgtcgcattgaatatcttccactatacattttctgtgcaatttttgcaaattctttcattcctgacaatatagtctgagtcttaattcaaattaatcttctatatttgtagtcattaattgaagtaagatattcttcacatgcaaaaataagtagatgcatgacaagctttccgtctttcgagttcttgtttgtatatttccaaatctgtAA--GGAGCATAA-C-------------------C------GGAACATAC-----ATCAAG--AGTCAGAGCTTATACATAA---GACAC-ACAA-AAC-------TGTAC-------------TA------G-------------------T--TAGTATTGCACAAGA-------AG-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAACTCAtttaaaatatgtacaaagttttaaaactgaggaataccatgaagttttatggctatggtgcagatgattactacatagaaaggcatccattaaaagtggaaatttataatctatggcagcatttgaatatgcttttgactggatcataatgctgcgggtgtctacccaacgcagagagagaagcatgaatgacagattttttttttattcattcccaatatatatttgcaaaagttttttgtagtaattcacattttcactttt
gi|21 : AATTCAGAGCCCAAACAGG-----------GTATAA-CAT------------ACAT-TA-----AGAAAAGAA-----ATCAAA--AGA-AGAGCT-T-ACATAAAGCGAGAC-ATAATGACA------
gi|22 : atagatttattactaattcagaccggg-------------TG------AG------AC------AAAAT--T-GTATTGCATAAGA-------GG-GTTCA----A--GGAGT-CA-TACA---T--TGTTCAAATTCAA-----GTTAAG
gi|23 : -------------TA------GG------AC------AACAT--T-TGATTACACAAGA-------AG-G---A----G--GGAGT-CG-T--A---T--TACTAAAATTaat
gi|24 : tgtgaaTTATTTCTAACTCAGGACCCTGGCAGGACGTAA--GGACTATGA-CAT------------ACA
gi|3 : gATGTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACATAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-AA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--AG--------------TAAAATGAGAC-ATAGTGACT------TACAT-------------TG------GGATTAGAAC------AAAAC--T-ACACTAGACAGGA-------AA-T---ATGTCA--GCAATATGAT--A---T--TACTAAAAATCAA-----G-TAAACA---ATATA----------------AAG----AGG-AAA-TAAAA-------TAA-------------C---C-TAAGAC-ATATTATC---AGGAAA----------------AGTTCATAATTGTGATAT------AATATTCAATTCAA-AA-TGT-TTGT--TCTTTATCAATT--A-A-AA--CAGTAAATTTGT---T-AACTTTTTCA---ATGTAAAAAATTAAATAGTC--TTTC-T-------------CTT--GTTGACCATGTTTGTCACATTGAA------T---GAA--------------CTGTCAC---A-TT--G-A----------------GTG-A-A---------TT----------------TT-----TC--TAGGAATGTTG------------T-AAC-ACCCACC-AGTTTCAATAC-AGAGTCT--GTG-TGAT--AC-ACCCTGAATCT-ACAAATTAA-CTTTTA-------GGAC-TGA--A-AAT----GCAAGATATTCTTCATGCACATGCAAAATTTGATTTTAAAA-AATAAGTA--T-----
gi|3 : cTTT-GAATGATAA-TA--T-----TTCTTTAA--TTGCA--GAGTTAAAATTCCTCTTgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgtttgaatgataatatttctttaattgcagagttaaaattcctcttgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : catgtctaattcagagcccaaacaggacataaggagcataacatacataaggaaagaaaaccaaaagtaaaatgagacatagtgacttacattgggattagaacaaaactacactagacaggaaatatgtcagcaatatgatattactaaaaatcaagtaaacaatataaagaggaaataaaataacctaagacatattatcaggaaaagttcataattgtgatataatattcaattcaaaatgtttgttctttatcaattaaaacagtaaatttgttaactttttcaatgtaaaaaattaaatagtctttctcttgttgaccatgtttgtcacattgaatgaactgtcacattgagtgaatttttctaggaatgttgtaacacccaccagtttcaatacagagtctgtgtgatacaccctgaatctacaaattaacttttaggactgaaaatgcaagatattcttcatgcacatgcaaaatttgattttaaaaaataagtatgggacaagcttaccatatttttacattttccaatctgttaaatgTTACTTCTAATTCAGAACTTAAACAGGAAATAA--GGTGCATAA-CAT------------ACATACATGTAAGGAGAGATG-----ACCGAA--ATTTACATTT-A-ACATAGAATGAGAC-ATTATGACA------TACATGTATACTTAAGATTG------GG------AC------AGAATGGT-ACATTGGACgtaaaattcctcttgatctcaaagatatatatgcacagtaacattaaaaagttttacaattgaggaataccgatgtgttttatgggtatcaagtatctgttcactgcatagaaaggcagctattataagtaggaattcaaccagattttctaatttcaatatacttttaactgtatcaatgcacagagtgtctaccaactcagagagtgaagaatggttaacagtcttactttcaatcccaaa
gi|4 : -------------C---T-TGAGGA-AAATTAACATGAAGGAATTTGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCGCAATTCAAAATCCAA-AC-ACG-TT-TAATTTTTATC---T--G-ATACATCAGTAAATTTGT---T-CAC-TTTTGA---ATGCACAAGTTTAAATAGTT--CCTCTC-------------TTG--GTGGGCCATGCTTGTCACATTGCACCTTGTCAAGGAAGTTAACTTTC--ATCTTCAACTA-A-------ATT----------TCCTGTACA-ATTTTATCATTT--------TTTTTTCATTTGTAGCC--TTG-AACGTTGTGGTACACGTGCT-TGT-ATCCACC-AATTTCAAT-CAAAAGTTT--GTG-TGAT--GC-ACTCAGAATCT-ACAAATTGGCCTTTTATATTCGTA------ATT--AGTGAA-GTAAGATAATCT---T-CACATGCAAGTTTTGACTTT-GAA-AATAAGTA--T-----gtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaacttgaggaaaattaacatgaaggaatttgcccaaggagttcataatttcaatatctccgcaattcaaaatccaaacacgtttaatttttatctgatacatcagtaaatttgttcacttttgaatgcacaagtttaaatagttcctctcttggtgggccatgcttgtcacattgcaccttgtcaaggaagttaactttcatcttcaactaaatttcctgtacaattttatcatttttttttcatttgtagccttgaacgttgtggtacacgtgcttgtatccaccaatttcaatcaaaagtttgtgtgatgcactcagaatctacaaattggccttttatattcgtaattagtgaagtaagataatcttcacatgcaagttttgactttgaaaataagtatgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|5 : ttacttctaattcagaacttaaacaggaaataaggtgcataacatacatacatgtaaggagagatgaccgaaatttacatttaacatagaatgagacattatgacatacatgtatacttaagattgggacagaatggtacattggacgtaccttttgtgccttacattgcacgtgcatcatatggttatgtacactctttaaaccgaacagagaaggagatgacaaaaacaaactcaaaacaaTAATTTAATTCTAATTCAGAGCCCAAACAGGACACAA--GGAGCATAA-CAT------------ACAT-CA-----GGAAAGAAA-----ACCAAA--CGACAGAGCT-A-ACATAAGATGAGATAATAATGACA------CACAT-------------TG------GG------AC------AAAAT--T-GCATGGGACAAGA-------AT-G---A----A--GGAGT-CA-T--A---T--TGCTAAAATTCAA-----A-TAAGTA---A-ATG----------------TAG----CCT-AAG-T---GATCT---T-T-------------C---TATAAGGT-AAATTATCGTGAAGAAATCAGC-----CCAAGGAGTTCATAATTTCAATATCTCCACAATTTCAAATCCGA-AA-AAT-TT-T--TCTTTATCAGTTTGA-A-AAATCAGTAAATTTGTGCATGCAC-TTTTGA---ATACACAAGTCTAAATAATT--TTTCTT-------------TTT--GTTGACTTAATTTGCCACATTGAA------TAAAGAAGTGAA-TTTT--ATCTTCCAC-ACA-CT--GTATT----------TTCTGTGCA-A---------TT--------TTCTTTCATT-----CC--TGGTAATATTG------------T-AAT-ATCTACC-AGTTTTAGTATAAAAATCT--GTG-TGAT--ACTACTCTAAATCT-ACAAATTGATCTTTTATATTTGTAATC---ATTA-AGATAA-GAAAGATATTATTCTT-CAGGTGAAGATTTTGATTTT-AAA-AATAAATA--T-----TCTTGTAA--CTGTATAGAGTTAAAATCATTCTTTCCGAGAGACATgtgacaagctttccatcagtcgggttgttatttgtacaatgtacagttccaatctgttaaaaatatttgaataatttgtttctaatcataaaattaaagt
gi|7 : aAGCA--T-----TTTTAAAAAATTGTATAGAGTTAAAATTACTCTCGCCCAG
gi|9 : aatttgtttctaatcataaaattaaagtaagatacatgtatcgatgttcttcagaacttgcaggatttgattttgtgaataagtatattacaagcttaccgtcttccaagatgtagttcgtacatctccaatctgataaatgtctttatgatTTTTTTTTCTAATTCAGAGTCCAAACAGGGTATAA--GGAGCATAACCAT------------ACAT--A-----GGAAAGAAA-----GCCAAAACATATAGAGCT-T-ACATAAAATGAAAC-ATAATGACATGCATGTACAT-------------TGTGATTAGG------AC------AAAAT--T-GCGTTGGACAAG-----------------------------------A---T--TGCTAGAATTCAA-----A-TAAACA---A-ATGTAGGTGCTCTTTTAAAAAGCTGAAAT-AAA-A---A-------C-A-------------C---T-TAGGGT-AAATTATCGTGAAGAAACCTGT-----CCTGGGAGTTCATAATTTCAATATCTGCACAATTTAAAATCCAA-AATAATGTT-T--TCTTCAtcacgtatttccatcgatattaaaatataaaaatagaataaagatacacttgaggaataccaggatgttttaaggctacgatgtaactgtttacaaaatagaaactaaggcatacataca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTTTTAAAGAAGTACCAATTTAAAAGTCCTTCTGTGGTATGTCATAATGCTTTTGAATACCCAGAAATTTTTAGCCAATTTTTTTCGATTATGAGAGGAATACAAGTGTTTTTGGGCAAATGTTTCGTTCATTGCTATCCCTAAAACATAATAGCATGTGCATCGAGCATTTAGTAAGGGTAAGATGTTGTTTAAAAACTCGAATCTAAGCCATATGGTCAACATGACTACAGGTCATTTAAGCGTGACATATATTCTTCAGATTGCTGGACAATATCTATAATGATGTTAAAGTGACTCATGTCATTTGTCGTCTAGTTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGACCCAATTGGTTTTACAAATTGGAGGTTGTTAAAAGTCTTCCACAATAAAGGTTATTAGCACTGCATTAATATATTGTCAACTGTTTTATTTTTGCATTATTGACATTAAACAGTACCCCATTTTCAGAGCCGTTAATTCAGTAATATCACTAAGTATAGTGCTTGATAGTATAGATTCAAAGACATGTTATACTTTGGATATCTTGGGTTTGGCAAGGAAGTCTTTCTGTAGTTTGAAATAAGCTTCCAGTCCCTTTTTGTATA
Unaligned ( gi|8 ): ATGTTTTGAATACCCAGAATTTTTAGCAATGTTTCTATGAAGGAATTATACCAAGTTGTATTTTGGGCAATATGAAGTTCCTTGCTAAAAAAAAATATGCATCTTTTAATAAAGTCTGTTGTTAAATGTTCTAACCTGTAGCAATATTTAAGTAATCTGTTGACAATATCATACTGTAAAGGATATCTTCCCAGTTCAGAAAGTGAAGCATGGTTCATACTTTTCTTATTCAGTCCCAATATGGTTTTACAAAATTTGAGGTGTAGAGTTTCAATAATAAAGTTTTTATAGCACTGTTGCATTAA
Unaligned ( gi|12 ): GCATAGAAAGACATCTTTTACATGTGTAGAAGTGGAAATTCAACCAGATTCTATAACCTAACACTTTACAGTATTTGAATATATATCATATGCAGAGGGTGTCTACCAAACTCGGAGAGATGAGCATGGGTAACAGATTTTTTTTTTAAAATTAATTCCCAATACCGGTATATATTTGCGAAAATGTTATGCAATAATAACATTTTAACTTTT