lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 111 1111111111 2222 555555555555555555555555555 11111 5555555555555555555555555555555555555555555 22222 11 222 111 777777777777777777777777 1111 333333333 4444444444444444444 66666666666666666666666666666666 1 333333333333 333 1 6666666666666666 1111111 3333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333 555 555 1 1 1 888888888 2 1 1 444 2 111111 11 2 2 2222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 44444 3333333 3333 88888888 1 4 55555 4 5555555 1 22 111 5555555 11 666666666 1 11 1 222222222 11 2222222 1 11 6666666666666666666 333333333 11111 11 3333333333 222222222 1111111 22222 3333333333333333 333333333 2222 555555555555 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333333333333333 2222 1 111 222222 3333333333 1 88888888888888888888888888888888888888888888 11 111 11 66666666 2222 4444444 1 2222 111 22 99999999999 11
lowQualScore : 6 777 6666666666 1111 5 222222222222222222222222222 5 22222 77 0 0000000000000000000000000000000000000000000 77 5 55555 5 5 66 66 5 33 888 55 5 888 6 111 6 444444444444444444444444 0 2222 5 5 555555555 3333333333333333333 5 5 99999999999999999999999999999999 1 1 111111111111 77 7 333 7 77 5555555555555555 7777777 1 4444444444 5 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 999 9 222 2 0 5 2 0 000000000 4 6 6 111 5 555555 33 0 3 2 5555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444 3 00000 8 7 5555555 9999 77777777 4 3 3 3 5 0 11111 6 6 0 8888888 5 11 666 7777777 44 7 222222222 3 2 6 33 0 999999999 33 1 55 6666666 0 33 5555555555555555555 8 3 444444444 8 55555 8 11 1111111111 8 888 6 6 777777777 6666666 66666 6 0000000000000000 88 777777777 6 3333 4 99 666666666666 6 8 0 88 7777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 8 1111111111111111 2222 8 8 55 6 8 444 444444 8 7777777777 0 88888888888888888888888888888888888888888888 99 2 777 2 33 55555555 2 7777 2 0000000 5 3 3333 6 6 999 77 44444444444 22
lowQualScore : . ... .......... .... . ........................... . ..... .. . ........................................... .. . ..... . . .. .. . .. ... .. . ... . ... . ........................ . .... . . ......... ................... . . ................................ . . ............ .. . ... . .. ................ ....... . .......... . . ..................................................................................................................................................................... ........ ... . ... . . . . . ......... . . . ... . ...... .. . . . .... .................................................................. .... . ..... . . ....... .... ........ . . . . . . ..... . . . ....... . .. ... ....... .. . ......... . . . .. . ......... .. . .. ....... . .. ................... . . ......... . ..... . .. .......... . ... . . ......... ....... ..... . ................ .. ......... . .... . .. ............ . . . .. .... ........................................................................................................................................................................................................................................................ . . ................ .... . . .. . . ... ...... . .......... . ............................................ .. . ... . .. ........ . .... . ....... . . .... . . ... .. ........... ..
lowQualScore : 7 000 8888888888 7777 2 999999999999999999999999999 7 33333 99 7 4444444444444444444444444444444444444444444 99 7 00000 0 7 00 99 0 88 888 99 7 666 7 777 0 555555555555555555555555 1 1111 7 7 666666666 1111111111111111111 7 7 11111111111111111111111111111111 4 7 666666666666 99 3 888 1 99 0000000000000000 8888888 5 3333333333 2 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00000000 555 0 555 2 5 0 5 0 444444444 0 0 0 000 8 444444 88 0 0 5 2222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888 2 00000 3 3 7777777 0000 55555555 0 0 0 0 5 0 00000 0 0 0 0000000 0 00 000 5555555 77 3 777777777 3 5 5 88 0 000000000 88 2 22 0000000 0 88 8888888888888888888 0 2 444444444 0 44444 0 00 4444444444 0 888 7 7 777777777 5555555 77777 7 9999999999999999 88 888888888 7 5555 2 00 000000000000 4 0 8 88 0000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 8888888888888888 8888 0 0 88 0 0 000 000000 0 6666666666 0 55555555555555555555555555555555555555555555 88 2 000 5 88 00000000 5 8888 5 8888888 0 2 7777 7 7 555 55 00000000000 00
consensus : GTAAT-GT-G-AATGGTA----ATGCATTGCA-A--TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAATG----CCGAGT-AATG----TGTAA--TGCACT-------GAAAACTGC-A----T----T--A-AT---G-T-AAT--GG-TA-ATG-TAATG-C-ATT--AC-TTTC--AA---A-ATTTTGGT-GT-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TTT-GAATTAC-----C--TTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA--------C--ACCTTT--------TTTTA-TCT--AA--A-----GT--GTCACTTAATT--ATTTTTATTTCA--TTAATCTA-----ACC-TAACCCCATATAATA---TTGAAAC--TN--AG--AAAGAAAACA-TT-GA--C----T-TATG-A----TT---AAGATA-TATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAG--CA-ATCACCGCTAACAAAATC-TTGNA-CGTAGTCTT--TGT--GANGTACTCGTGAAAAAAAAAA-TTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAA---CAGCAACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAA-TTCAAGCTTT-CATCCAAGCAGAGTGACCCTTTTG--A-TTATTTGT--TTCATGCTTTCNATTCTATAAGAAACCAATATGTGTACAACGCACT-AA---------------CAAATGTCCACTTTTTAAACGACTGTTTC-ACAACGCATTT-CAAAGCTGTGTT--TTATCAATTTTATATACAT---TAT-ATGGG-GAAAGGAACCCAAGCTT---GTGCAAANCTTGTGGCCNATCCNTTTGCAAATNTAATTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGC-CAGTA-ACCCTCACATNCATATTTCCATNTGAAGTATATACTATCAA----TGCC-TTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ANAATCTT--TAATTANCTT-NA-A--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTA-TTT-CTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTA--GTGT--GTGTA-CATT-GTGGG--ATC-ATA-------CATGTA---ATTN-TGTGATAGT---ATAA-ACAGT-GTTCTTGATTGGAGAACTCGGTG----CTCATAACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAACTCTCA-----TTTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTATTGAATG-CAATCA-CCA-G-AATAAATT-------C-TTGTA-ACGTAAG---GTTCAC----GACACTAT--ATG--TGTGT-TTAACTTGTT-GATAAAGACA-------GTTT--CATTNAGATTTGGG-GGTGG-A-AC---GGAGGGGGGG-GGGT-AGAAA---TCCAAAA----GT-AATG-GTAA---NGGTA-------ATGC---ATT-AC-TTNGCCCAAGT-AATG---GT--A---TGTAAT-GCAAN-----T-AC-TTTTAGAA---------NAAGTAGA--AATAGTAATGGTAATG-A-TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGTAA-------TGTAATGC--TTACTTTTCA-ATGTA-ATTCCGCCCCATGT--CTGATACATANNGTAATTCGCAAATCTGTATGT--GTTGAAGTTT
Reference ( gi|1 ) : GTAAT-GT-G-AATGGTA----ATGCATTGCA-A--TGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA-G----CCAAGT-AATG----TGTAA--TGCACT-------GAAAACTGC-A----T----T--A-AT---G-T-AAT--GG-TAGATG-TAATG-C-ATT--AC-TTTC--AA---A-ATTTTGGT-GT-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA--TTT-GAATT-------C--TTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA--------C--ACCCTT--------TTTTA-TCT--AA--A-----GT--GTCACTTAATT--ATTTT-ATTTCA--TTAAT-TA-----A---TA--CCCATATAATA---TTGAAAC--TT--A---AAAGAAAACA-TTGGAG-CA---CATATA-A----TT---AAAATA-TACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGG--CA-ATCACCATT--CAAAATA-TTGTC-CATAGTCTT--TATTAGATG-ACTAGTGAAAAAA-----T-GGACTCCGTAACCA--TAC-TATTGTTAA---CAG--ACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAAATTCAAGC-TT-CAT-CAAGGA-AGTGTTCCTTTTG--A-TAATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAAGAAACCAA-------GCAACG-----AA---------------C---TGT-TAC-----AAAGGA--G-----ACAATGCA-T--CAAAGTTGTGTT--ATATCAATTTTATAAACAT---TAA-ATGGATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTG-AACCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAA-TATGCAAAGTACACACTAGCATGCATATTT---TT--AAGTATATACTATCAA----TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATCTT-CA-A--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAATGT-CTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTG--GTG---GTGTA-CATT-GTGGGA-ATC-ATA-------CAT-TA---ATTA-TGT-ATAGT--TATAA-ACGAG-GTTCTTGATTGGAGAACTCAGTG----CTCACAGCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGAGAGCTTAGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG-CAATCA-CCA-G-ACTAA----------CATGATA-ACATAGG--AGTTCAC----GACCCTA---ATG--TGAGT-TTTACTTG---GATATAGACATGCCA--GTTT--CAG-GAGATTTTGG-GATGG-AGAC---GGAGGGGGGGCGGGT-AGAAA---T-----A----GT-AATG-GTAA---TGTTA-------ATGC---ATT-AC-TTGGCCC-AGT-AATG---GT--A---TGTAAT-GCAAA-----T-AC-TTTTAGAA---------TAAGTAGA--AATAGTAATGGTAATGTA-TAAATGCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGTAA---TT--TGTAATGC--CTACTTTTCATATG-A-ATTCGGCCCCATGT--CTGATACATAGTATAAT--ATAAAATTACAT-TAAGTTGAGATTT
gi|2 : GTAAT-GTTG-TATGGTA----ATGCATTGCAGA--TACATTCTTTTTT-------ATC-AAGTAATG----CTTAGT-A-TG----CGTAA--TGCACT-------GGAA-CTGC-A----T----T--ACAT---T-A-AAT--GGGTA-ATG-T--TG-C-TTC--TC-TTTC--AA---A--TTTTGGT-GT--AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA--TTTTGAATT-------CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA--------C----CCTT--------TTTTC-TCT--AC--GT----GTTGGTCACTTAAT---ATTTT-CTTTCA--TTAAT-TA-----T---T----CCATATAATA---TTGAAAC--TT--A---CAATAAA-CA-TTGGAGGCAGCTTATATG-A----TTT--AGAATA-TAAA-------TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGGACCT-ATCA--ATT--T-------TTGTA-ATTAGTTTTAATATTTAATGTACTCGTGAAAAAAAAAA-T-GGACCTTGTA--CA--TGCATATTGTTAA---CAG--ACTCAAG---TTTTGGTCTTCA---AAGGGGCTAAACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTTAA-TTCAAGC-TTTCAT-CATGGAGAGTGATCCTTTTGGAA-TTATTTGTAATT-ATGCT-TTCATTTT-TA-GAAACCAAT------GCAACG-----AAATAACTAATGTCCCGC---TGT-T-T-----AAACGA---------CAATGCA-TTTCAA-GTAGTGTT--TT-TCAATTTTATAAAC-T---TAT-ATGGATA---GAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTT-ATTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGC-CAGTA-ACCCTCACATGT-TATTT---TTTGAAGTAC-TACTA-CAA----TG-TTTTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAATCTTTATAATTTACTT-AA-AATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--TTT-CTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAGTGTG---GTGTA-TATT-GTGGGT-ATCAATA-------CAG-T----ATTT-TGTGATAGT--AATAA-ACAGT-GTTCATG-TTGG-GGACTAGGT---------TAACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACAC
gi|4 : tatgGTAATTGT-G-TGCGGCA----TTG---TGCA-AGGTGCATTACTTTGTGGTGGTGATCTAAGTAA-GTCGCCCAAGT-AATG----T-TAACGTGCACT-------GAAA-CTGC-A----TACATT--A-GTTGGG-TGAAT--GG-TAAAT--TAATT-C-GGT--AG-GTTT--AT---ATATTATTGT-GT-TT-TGCT-AGTATTATTTGGCCATATT-AAGGTTT-GAGGTGTGTGACC--TTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAG--C--GCGTGTG-------TTCTA-TCT--TA--ATTGTTGT--GTCACTTAATT--ATTTTTATTTCAATTTAAT-TA-----A---TA--ACCATATAATATAGTTGAAAC--TTGCA---AATAAAAACATTTGGAA-CT---TATATGTA----TCTTAAAAATACTACA-------TA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGG--CATATCACCA-T--CAGAATATTTGTCGCATAGTCTT--Ttggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|8 : atgggcgGTAAT-GT-GTAATG-TG----AT-CATTGCA----TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAATG----CT-AGT-AATG----TGTAA--TGCACT-------GAAAACTGCGA----T----T--T-AC---T-T-AAT--TA-T---CG-TAATGCC-ATT--AC-TTTCAAAA---A-ATTTTTGT-G--AAATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA--TT---AATTA------CA-TTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GTAC--ATATTTTAAATC--AACATTAATTTATACTTTA-TTTTAAA--A-----GT--CTCATTT-AT----TTTT-ATTT-A--TTGATCTAACCCCA---TT--CCAATATAACA-----GGAATTGTT--A---ACA-AACATA-TT-GAT-CA---TTTATA-AATTTTT---GAAACT-TA--------------------T-CTTTTTTACTTTtaagtatttaggggagacgtgaacgagaaag
gi|10 : AAC-GT---AATTGTA----ACG----GTA-A--TGCATTACTT------------------GA-C----CCAAGT-AATGGTAATGTAA--TGCATTACATTTTGAAAAAAG--A----T----T--A-AT---GGT-AAT--GG-TA-ATGATAATG-C-CTA--AT-TTTT--GA---A-GTAATGGTAATGTAATGC
gi|14 : cttatgattataaaatgcggtcaccaggaataaattcttgtaaagtatacatgacactatattggtgtgtaacttgtgataaagacagtttcgttgatattgggggtggggggggggtggaaatccaa-GT-A-ATTGGTA----ATGCATTGCAGA--T-CATTACTTTT--------ATC-AAGTAATG----CT-AGT-AATG----TGTAA--TCCA----------AAAACTGC-A----T----TACA-AT---G-T-AAT--GG-TA-ATG-T-ATG-CAATT--AC-TTTCCAAA---A-ATTTTGTT-G--TAAAGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA---TT-GAATTA------CA-TTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA--------C--Aaatgtaattcgccccatgtt
gi|5 : a-GT-A-AATGGTACAAAATGTA----A-A--TTGATTACTTTT-------------AGAAA-A----TAGAGTAAATG-----GTAA--TGAACT---------AAGCTAC-AATTCT----T--G-ATAA-G-T-AATTGGG-TAAATGTTAATG-T-AATCAACTTTTC--AATGTA-ATTttaattaaacataaactttt
gi|13 : aaactcagtggtttttttcaacagactgtgttttatatagaataccttctgcacagaactctcatttaaaagctttaaggacctctctcggtctctcctgctcgccaagactaaattgtgagtgtacaattaattatgacataagtcagttcaccgacaactctattgaatgtgttaaacttgttgaatataggaccaacgttttccattgagatttgggggtgcggagagggggggatagaaaacataaaaagtaatggtatggtaaatgcaaaattactttgcccaaAAGT-AATG----TGTAA--TG----------------------------------G-AT---G-C-AAT--GT-TAG-TA-TAATG-C-ATT--AC-TTTC--AA---A-GTTTTGGT-G--TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA---TT-GAATTAC-----T--TTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A--------CTTACTTTA--------TTCTA-TTTA-AA--A-----GT--TTCATTT-AT----TTTT-ATTTCA--TTAATCTA-----A---TC--CCCATcgcccccatgctgatacatatggtaattcacaaatctgtatgtgttgaagtttg
gi|19 : gtgcattggaattTT--AC-TTTC--AA---A-ATTTTGGT-G--CAATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA---TT-GTATTAC-----T--TTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA--------C--ACCTTT--------TTTTccccatataacaaaga
gi|25 : T-GAATTAC-----T--TTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA--------C--A--------------TTTA-T-T--AA--A-----CA--GACACTTtttttatc
gi|6 : --ACTTTT--------TTTTAATCT--AAGAA-----GT--GTCATTTATTTTCATTTTTATTTCA--TTAATCTA-----ACC-TAACCCCATATAA-A---TAACAAC--TA--AGAAAAAGAAAACA-TT-----------------A----TT---AAGATA-TATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAG--CA---TACCGCTAACAAAATC-TTAAA-TGTA--CTT--TGT--GAAG-A------AAAAAA-----TTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAA---TAACAACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA---------CAAGCTTT-CATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--A-TTATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-AGAAACCAATATGTGTACAACGCACTAAA---------------CAAATGTCCACTTTTTAAACGACTGTTTTCACAACACATT--CAAAGCTGTGTTTGTTATCAATTTTAttttt
gi|3 : taTT--------TTTTAATCT--AAGAA-----GT--GTCATTTATTTTCATTTTTATTTCA--TTAATCTA-----ACC-TAACCCCATATAA-A---TAACAAC--TA--AGAAAAAGAAAACA-TT-----------------A----TT---AAGATA-TATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAG--CA---TACCGCTAACAAAATC-TTAAA-TGTA--CTT--TGT--GAAG-A------AAAAAA-----TTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAA---TAACAACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA---------CAAGCTTT-CATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--A-TTATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-AGAAACCAA-------attgcaatctatatatggggaaaggg
gi|7 : cttTTTT-ATTTCA--TTAATCTA-----ACCCTAACCCCATATAATA---CTAAAAC--TA--AG--AAAGAAAACA-TT-------------AT-------TT---AAGATA-TATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAG--CA-ACCGCTAA---CAAAAT--------------CCT--TA----ATGTACTTGTGAAGAAAAAAATT-GGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAG--ACTCAAA-ACTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA---------CAAGCTTT-CAT-CAAGCAGAGTGACCCTTTTG--ATTGATTTGT--TC-ATGCT-TTCAATTC-TAAGAAACCAATATGTGTACAACGCACT-AA---------------CAAATGTCCACTTTTTAAACGACTGTTTC-ACAACACATT--CAAAGCTGTGTT--GTATCAATTTTAAATGCATCTATAT-ATGG--GAAAGtatgtgtacagactgcaactacaacagaatgtccactttttaaaacgactgtcattcacacacacattcaaagctagagtttgtatcaatttctaatatcgcaatctatttatatatgcgggataagaataac
gi|21 : GTATTCCTTATGTA-CTTAACTTCAAGC-TTACAT-CAAGCAGAGTGGTCTTTTTT--A-TCATTTgg
gi|17 : AAC------AA---------------C---TGT-TTC-----A--------------CAATGCA-TT-CAAAGTTGTGTT-----------TTATATACAT---TTATATGGG--AAAGGAACCCAAGCT----GTGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtaagaaattaatgcaacacactaatttatgtccactgtttaaacgact
gi|9 : agtattttttatacttccaatgtaattgatatacagatgttcacattgactaaacataaacttatgtccactttttaATCCATATTTCCATA--AAGTATA--CTATCAAAATGTAC---TGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTATTTT--TATTTGTTTTACG-A--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TTA-TGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTA--GTGT--GTG-G-TATTAGTGGGT-ATC-ATA-------ACT-TATATATTATTGTGATAATA-TATAC-A-GTG-TTTCTTGATTGGAG-ATT--GTA----CCCATA-TA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACAt
gi|16 : attgaagttcaattggattTATACTATCCG-----GTCATTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA---TAT-A-ACCCTT--TGATTATCTT-TAGA--TCA-TTTAA--TG-TAGTA--ATC-ATT----T-CTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTA--GT----GTGTA--ATT-ATGTGATATC-ATA-------tacccttttatgttagtatag
gi|15 : tgaagTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAATCCT--TTATTAATTT-AA-A--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--TTT-CTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTA--GTATGTGTGTACCATA-ATGGT--ATC-ATACATGTCCCAT-TA---GTTG-TG--ATAGTACTA-AA-ACCAGTGTTCTTGATT-GAAAACTaacagtctttttgtttggacaacttt
gi|12 : TA--AT-AATTA-TTT-CTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TA----G--G-G---GTGT-------GTG---------TA-------CATGTA---ATTA-TGTGATAAT---ATAA-ACAGT-GCTCTTGATTGGAGACCTCTGTG----C----AACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG
gi|26 : a-TAA-TTA--GTGT--ATGTA-CATA-GTGGTA--TC-ATA-------TATGTA---ATTA-TGT-A-------ATAATACAGT-GTTCTTGATTGAAgcccttatacagtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|23 : ---ATTT-TGTGATAGT---ATAA-ACAGT-GTTCATGATTGGAGGACTCAGAG----CTCA--ACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACa
gi|5 : AACTCAGTGGTTTTTTTCAACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAGAACTCTCA-----TTTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTGT-GAGTG-TA------CA---ATTAA------------TTATG-ACATAAGTCAGTTCACCGACAACTCTA---TTGAATGTGT-TAAACTTGTTGAATATAGG---ACCAACGTTTTCCATTGAGATTTGGG-GGTG-----C---GGAGAGGGGG-GGAT-AGAAAACAT-----AAAAAGT-AATG-GTAT---GGTAA-------ATGCAAAATT-AC-TTTGCCCAAGTAAATG---GT--A---CAAAAT-GTAAATTGATT-AC-TTTTAGA-----------AAATAG---AGTA--AATGGTAATGAACTAA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAATGTTAATGTAAT----CAACTTTTCA-ATGTA-ATTCGCCCCCATG---CTGATACATATGGTAATTCACAAATCTGTATGT--GTTGAAGTTTtggctcttctaataaaggcttagg
gi|2 : aATTATTGAATGGCAATCAGCCAAG-AATAAATTGTTGTACTATTGTATACATTAG--TGTTCAT----GACATTGTTGATG--TGGACGTTTACTTGAT-GATAAAGACA-------GTTT--CAT-TGGATTT--------G-AGAA---GG--GAGGGGTGGG---GATC---T-----A----GC-AACC-AAAAGTCTGGTA-------ATGC----TT-AC-TTGGCCC-AGT-AATG---GT--A---TGTAAT-GC-AT-----T-ACTTTTTAGAA---------TGA----------AGTAATGGTAATG-A-TAATGGCTA-AATTCTTG---AGTAAT--GGTA--------TGTAATGC--TTACTTTTCA-ATG-GTATTTTGCCTCATGTTGCT--TACATAATGTAAT--GTg
gi|10 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgATTATAAAATG-CGGTCA-CCA-GGAATAAATT-------CTTG-TA-AAGTA------TACAT----GACACTAT--ATT--GGTGT-GTAACTTGT--GATAAAGACA-------GTTT--C-G-TTGATATTGG-G------------GGTGGGGGGG-GGGT-GGAAA---TCCAAAAC---GT-AATT-GTAA---CGGTA-------ATGC---ATT-AC-TTGACCCAAGT-AATG---GTA-A---TGTAAT-GC-AT-----T-AC-ATTTTGAA---------AAA--AGATTAATGGTAATGGTAATG-A-T-AATGCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGTAA-------TGTAATGC----A------ATGT--A-ATTC-GCCCCATGT--
gi|18 : cttatgATTATTAAATG-CAATCA-ACA-G-t
gi|11 : ccttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGAGAAGGCGGGAGGGTTAGAAA---ACCAAAA----GTTAATG-GTAA---GGGTA--------TGCC--ATTTAC-T--GCCC-CAT-AATG---GCTAA---TGTAATTGCACA-----TTAC-TTTTAGAAAATTTAGTGCAAGTAGA--AAT-----TGGT----------ATGCT--AATTCCTG--AA-TACT--CGTAA-------TGTAATGCATTTACTTTTCA-ATGTA-ATTTCGTCCCA-GT---TGACA-ATAgaataaactgttgtactttgtatattcgtagtagtacttaacactatgttgatgtatataacttgtgataaatacactgtcattgatatctgggt
gi|8 : a----GT-AATGTGTAA---TGTGATCATTGCATGC---ATT-ACTTTTATCA-AGT-AATGCTAGT--AATGTGTAAT-GCAcacatctgtacttgcaacaatctgaat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TATCTAATAATCAACATATACTTTTACTTTATATTTAAAAGTCTCATTTATTTTTTATTTTTATTGATCTAACCCCCATTCCAATATACATTGAAACTAACAAAAAATA
Unaligned ( gi|22 ): ACCCTTATGATTATCAAATGCAATCATTGCATGTATACACAGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGTAACTTATGATAATTTAGGACACTTCTGGGGTTTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TATTTAATAATCAAACATATAATTTATACTTTATATTTAAAAGTCTCATTTATTTTTTATTTTATTGATCTAACCCCCATTCCAATATAACA
Unaligned ( gi|27 ): AGTGGGGGGGGGGGGGGGGTACAGAAATACAAAATGTACACTATAGTAATGCATTCTTGA
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222 4444444444 111 22 1 22222222222222222 11 22 111 11 111111 1111 222222222 3333333333333333333 1111 333333333333333333333333333333333333 2222222222222 11111 222222222 222 00000000000000000000000000000 2222222 3333 11 4444444444444444444444444444444444444 111 111 5555555555 1 1 1111 1 111111111 111111 11 11 222222222222 1111 3 1111 1111 333333333333333 11 33333333 1 1 2 1 4444444444444444444444444444444444 222 2222222 1 11 1111111 11 1111111 11 111111111111 11 22222222 2222222222 11 22222222222222222222222222 111 33333333 1111 11 33333333 1 11 111 1111 8888888888888888888888 111 2222222222 11 22 22222 11 4444444444 11 1111 1 11111 11 3333333 44444444444 111111111 11 11 11 111 333333 222222222 111 1 22
lowQualScore : 8 0000 7777 3 0 4444444444 8 444 99 99 2 1 6 44444444444444444 6 6 7 6 6 55 55 22 5 000 77 5 222222 4 0000 5 5 888888888 3333333333333333333 5 5 5555 333333333333333333333333333333333333 6666 1 6666666666666 66 1 44444 4 66 2 000000000 4 9999 4 6 777 0 1 8 111 88888888888888888888888888888 1 5 4444444 1 4 5 6666 00 3 6 1111111111111111111111111111111111111 0 0 8 1 888 8 0 0 222 6 3333333333 5 4 99 5 7777 0 3 666666666 999999 5 5 33 33 000000000000 5 1 5 1 9999 6 1 6 9999 3 4444 555555555555555 44 77 0 55555555 1 11 1 1 0 1 5 5 0 3 1 7 8888888888888888888888888888888888 111 3 1111111 0 3 11 8 9999999 1 8 11 1 3333333 8 11 888888888888 44 6 1 44444444 6 66 6 6 99 3333333333 6 6 2 5 5 77 00 1 5 77777777777777777777777777 222 5 777 66 5 0 0 88 1 33333333 3 6 6 4444 77 0 2 11111111 5 4 0 99 8 999 0 9999 8 7777777777777777777777 1 8 444 6666666666 11 1 0 11 8 8 88888 11 99 1 666 6666666666 6 55 9999 3 6 6 2 999 6 6 77777 3 66 8 11 8 8 9999999 8 1 55555555555 1 1 777777777 44 11 0 11 8 111 8 000000 8 5 99 0 555555555 222 5 77 4
lowQualScore : . .... .... . . .......... . ... .. .. . . . ................. . . . . . .. .. .. . ... .. . ...... . .... . . ......... ................... . . .... .................................... .... . ............. .. . ..... . .. . ......... . .... . . ... . . . ... ............................. . . ....... . . . .... .. . . ..................................... . . . . ... . . . ... . .......... . . .. . .... . . ......... ...... . . .. .. ............ . . . . .... . . . .... . .... ............... .. .. . ........ . .. . . . . . . . . . . .................................. ... . ....... . . .. . ....... . . .. . ....... . .. ............ .. . . ........ . .. . . .. .......... . . . . . .. .. . . .......................... ... . ... .. . . . .. . ........ . . . .... .. . . ........ . . . .. . ... . .... . ...................... . . ... .......... .. . . .. . . ..... .. .. . ... .......... . .. .... . . . . ... . . ..... . .. . .. . . ....... . . ........... . . ......... .. .. . .. . ... . ...... . . .. . ......... ... . .. .
lowQualScore : 0 6666 8888 2 8 0000000000 0 888 44 22 5 3 7 33333333333333333 7 7 3 7 7 77 99 99 7 000 77 0 666666 2 6666 0 0 888888888 1111111111111111111 0 0 1111 777777777777777777777777777777777777 4444 9 3333333333333 11 9 55555 4 11 9 999999999 4 4444 4 9 888 5 0 8 000 44444444444444444444444444444 7 0 7777777 7 3 7 8888 33 7 7 1111111111111111111111111111111111111 8 8 2 0 666 0 8 8 000 7 0000000000 0 2 22 7 0000 1 0 777777777 666666 7 7 66 66 444444444444 7 3 7 4 0000 7 8 7 2222 2 2222 333333333333333 33 77 7 77777777 0 33 0 0 7 0 5 5 0 3 0 3 1111111111111111111111111111111111 888 2 5555555 0 2 00 0 4444444 0 0 00 0 0000000 0 00 777777777777 00 7 0 88888888 7 22 7 7 22 0000000000 7 7 5 7 7 99 77 4 7 00000000000000000000000000 999 0 111 99 0 4 9 88 0 88888888 7 7 7 2222 88 8 0 55555555 0 0 8 00 0 000 6 8888 0 8888888888888888888888 4 0 000 8888888888 00 0 8 44 0 0 00000 00 22 0 777 3333333333 7 88 5555 3 7 7 5 777 7 7 55555 8 44 0 00 0 0 6666666 0 0 88888888888 8 0 000000000 00 00 8 00 0 888 0 888888 0 6 66 8 333333333 000 0 55 0
consensus : GTAAT-GT-G-AATGGTAATGCATTGCAGA--TGCATTACTTT-------TT-ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----T--A-AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-C-ATTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTA-TT--ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACA---TTGAAACTNANAAA--GAAAACATT---G-----------C-TAT------A--TTAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA---CACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT----TGT--GATGTACT-GTGAAAAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCA-TTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTT----TAT----ATAC-A-TC--TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATGC--AGTA-AC-CT-GCATGCATATTT---T-TGAAGTATATACTATCAA--TGCN-TTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAA-TCTT--TAATTATCTTA-A-A--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTGCTC-T----AACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGCTCTTA-----T-NTAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG--CAATCA-CCA-GGAATAAATTNTTG-TACT-T-----A--CGTAG-GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTTTAACTTGTTG-ATA-AAGAC----CA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-G-TA-ATGGTAATGGT-AATG-C---A-TTACTTGGCCCAAGT-AATGGT--A-TGTAA-TGCA-----ATTACTTTT-AGAAAA---AGTAGA--AGTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCA-TT-ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
Reference ( family-44 ) : GTAAT-GT-G-AATGGTAATGCATTGCA-A--TGCATTACTTT-------T--ATC-AAGTAA--TGCC-GAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----T--A-AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-C-ATTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACCTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTAATT--ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ATA---TTGAAACTNAGAAA--GAAAACATT---G----A------CTTAT--G---A--TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA-ATCACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT----TGT--GANGTACTCGTGAAAAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAACAGCA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTGACCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCNATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTT----TAT----ATAC-A-T---TATATG-GG-GAAAGGAACCCAAGCTT---GTGCAAANCTTGTGGCCNATCCNTTTGCAAATNTAATTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGC-CAGTA-ACCCTCACATNCATATTTCCATNTGAAGTATATACTATCAA--TGCC-TTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ANAA-TCTT--TAATTANCTTN-A-A--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCGGTGCTCAT----AACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAACTCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTATTGAATG--CAATCA-CCA-G-AATAAATTCTTG-TA---------A--CGTAA-G---GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTTTAACTTGTTG-ATA-AAGA-----CA--GTTT--CATTNAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-G-TA-ATGGTAANGGT-AATG-C---A-TTACTTNGCCCAAGT-AATGGT--A-TGTAA-TGCA-----ANTACTTTT-AGAANA---AGTAGA--AATAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGC--TT-ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NNGTAATTCGCA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTT
gi|1 : GTAAT-GT-G-AATGGTAATGCATTGCA-A--TGCATTACTTT-------TT-ATC-AAGTAA---GCC-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----T--A-AT---GT-AATGG-TAGATGTAATG-C-ATTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA-TTT-GAATT-------CTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CCT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTAATT--A-TTTTATTTC-A--TTAAT-TAA-----TA--CCC-AT----ATA-ATA---TTGAAACTTA-AAA--GAAAACATT---GGAGCA------CATAT--A---A--TTAAAATATACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA-ATCACCATT--CAAAAT-ATTG-TCCATAGTCTT----TATTAGATG-ACTAGTGAAAAAA-----TGGACTCCGTAACCA--TA-CTATTGTTAACAG---ACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAAA-TTCAAGC-TTCAT-CAAGGA-AGTGTTCCTTTTG--ATA-ATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAA--GAAACCAA-------GCA-AC-G-------AA---C--------TGT-T-AC------AAAGGA--G-------ACA-ATGCA--TCAAAGTT-GTGTT--A-TATCAATTT----TAT----AAAC-A-T---TAAATG-GATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTG-AACCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAA-TATGCAAAGTACACACTAGCATGCATATTT-----TTAAGTATATACTATCAA--TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAA-TCTT--TAATTATCTTC-A-A--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAAT-GTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTGG--TG--GTGTA-CATT-GTGGGAATC-AT-ACAT-T--A-ATT--ATGT-ATAGTT-A-TAAA--CGAGG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTGCTCAC----AGCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGAGAGCTTAGGANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG--CAATCA-CCA-G-ACTAA---CATGATA---------A--CATAG-GA--GTTCA-CGACC---CTA---AT--G--TG--AGTTTTACTTG--G-ATA-TAGACATGCCA--GTTT--CA-GGAGATTTTGGGA-TGG-AGAC----GGAGGGGGGGCGGGT--AGAAAT-------A-G-TA-ATGGTAATGTT-AATG-C---A-TTACTTGGCCC-AGT-AATGGT--A-TGTAA-TGCA-----AATACTTTT-AGAATA---AGTAGA--AATAGTAATGGTAATGTA--TAAATGCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AATTTG-TAATGC--CT-ACTTTTCATATG-AATTCGGCCCCATGT--CTG---ATACATA-GTATAAT
gi|10 : ATTATAAAATG--CGGTCA-CCA-GGAATAAATTCTTG-TA---------A--AGTA-------TACA-TGACA---CTAT--AT--T--GG--TGTGTAACTTGT-G-ATA-AAGA-----CA--GTTT--CGTTGATATT-GGGGG-TGG--------------GGGGG-GGGT--GGAAATC--CAAAACG-TA-ATTGTAACGGT-AATG-C---A-TTACTTGACCCAAGT-AATGGT--AATGTAA-TGCA------TTACATTT-TGAAAA---A--AGATTAATGGTAATGGTAATG-A--T-AATGCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG------------CA-ATGTAATT-CGCCCCATGT--ataaaattacattaagttgagattt
gi|11 : cttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGAGAAGGCGGGA-GGGTT-AGAAAAC--CAAAA-GTTA-ATGGTAAGGGT--ATGCC---ATTTACT--GCCCCA-T-AATGGCTAA-TGTAATTGCAC----ATTACTTTT-AGAAAATTTAGTGCA--AGTAGAAAT-----TG-G--T--ATGCT--AATTCCTG--AA-TACT--CGT-AA--TG-TAATGCATTT-ACTTTTCA-ATGTAATTTCGTCCCA-GT---TGACAATACACATCTGTACTT-GCAACAATCTGAATt
gi|12 : aTA--AT-AATT-AT-TTCTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TAG-G-GG--TGT-GTGTA-CA-------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAA-T-A-TAAA--CAGTG-CTCTTGATTGGAGACCTCTGTGC--------AACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG-GCCCTTA-----T-
gi|13 : aAGTAATGTGTAA--TG-----------------------G-AT---GC-AATGT-TA-GTATAATG-C-ATTACTTTC--AAA-GTTTTGGTG-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACTTTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A------CTTAC-TTT---------A-T---------TCT--A-TTTA--AA--A-----GT--TTCAT----TT--ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAATCCC-CATCCCC-AT----ATA-ACA---acagtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|14 : gtgcattggaatta-GT-A-ATTGGTAATGCATTGCAGA--T-CATTACTTT-------T--ATC-AAGTAA--TGCT--AGTAATGTGTAA--TCCA---AAAACTGC-AT----TACA-AT---GT-AATGG-TA-ATGT-ATG-CAATTACTTTCCAAAA-ATTTTGTTG-TAAAGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACATTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA------C--Aaaga
gi|15 : aTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAA-TCCT--TTATTAATTTA-A-A--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--T-TTCTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTAGTATGT-GTGTACCATA-ATGGT-ATC-AT-ACATGTCCC-ATTAGTTGTGATAG-T-ACTAAAACCAGTG-TTCTTGATT-GAAAACTttaattaaacataaactttt
gi|16 : TGAAGTATA--CTATCCG--GTCA-TTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA-----T-ATAACCCTT--TGATTATCTTT-AGA--TCA-TTTAA--TG-TAG------TAATC-AT-TTCTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTAG--TG-----------------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAT-C-A-TAAA--CAGTC-TTTTTGTTTGGACAACT
gi|17 : T-ATTT----TTTATACTTCCAAT---GTAATTGATATACAGATGTTCACA-TT-G--ACT--AAACATA-AACTTATGTCC-ACTTTTT-AAACAACTG-T--TTCACA-ATGCA-TTCAAAGTT-GTG------------TTT----TAT----ATAC-ATT---TATAT--GG-GAAAGGAACCCAAGC-T---GTGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtt
gi|18 : agATTATTAAATG--CAATCA-ACA-GGAATAAACTGTTG-TACTTTGTAT-ATTCGTAGTA---GTACT-TAACA---CTAT--GTTGA--TG--TATATAACTTGT-G-ATA-AATA-----CA--CTGT--CATTGATATCTGGGt
gi|19 : ccttatgTTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGC-AATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA--TT-GTATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--t
gi|2 : GTAAT-GTTG-TATGGTAATGCATTGCAGA--TACATT-CTTT-------TTTATC-AAGTAA--TGCT-TAGTA-TGCGTAA--TGCACTGGAA-CTGC-AT----T--ACAT---TA-AATGGGTA-ATGT--TG-C-TTCTCTTTC--AAA--TTTTGGTGT-AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA-TTTTGAATT-----CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C---C-CTT---------T-T---------TTC----TCT---AC--GT----GTTGGTCACTTAAT---ATTTTC-TTTC-A--TTAATT----------ATTCC-AT----ATA-ATA---TTGAAACTTACAAT----AAACATT---G----GAGGCAGCTTATATG---A--TTTAGA-ATATAAA-----TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGG------ACC--TATCAAT-T-TTTG-TAATTAGTTTTAATATTT--AATGTACTCGTGAAAAAAAAAAT-GGACCTTG----TACATGCATATTGTTAACAG---ACTCAAGT-TTTG-GT-CTTCA-A-AGGGGCTA-AACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTT-AA-TTCAAGCTTTCATC-ATGGAGAGTGATCCTTTTGGAATT-ATTTGTAATT-ATGCTTTCATTTTTA-----GAAACCAATG------CA-AC-GA-AAT--AA---CT-AA----TGTCCCGCTGTTT-AAACGAC-----------A-ATGCATTTCAA-GTA-GTGTT--T-T-TCAATTT----TAT----AAAC---T---TATATG-G---ATAGAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTTA-TTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGC-CAGTA-ACCCTCACATGT-TATTT---TTTGAAGTAC-TACTA-CAA--TGTT-TTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAA-TCTTTATAATTTACTTA-A-AATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--T-TTCTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAG--TGTGGTGTA-TATT-GTGGGTATCAAT-ACA-GT----ATT--TTGTGATAG-TAA-TAAA--CAGTG-TTCATG-TTGG-GGACTAGGT-----T----AACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACACtttttatc
gi|2 : tatgATTATTGAATGG-CAATCAGCCAAG-AATAAATTGTTG-TACTATTGTATA--CATTA-GT--GTTCA-TGACA---TTGTTGAT--G--TGGACGTTTA-CTTGATG-ATA-AAGA-----CA--GTTT--CATTG-GATTTGAG-------A-AG----GGAGGGGTGG-GGATCTAGCAA-C--CAAAA-G-TC--------TGGT-AATG-C-----TTACTTGGCCCA-GT-AATGGT--A-TGTAA-TGCA------TTACTTTTTAGAATG---A----------AGTAATGGTAATG-A--TAATGGCTA-AATTCTTG--A-GTAAT--GGT-A---TG-TAATGC--TT-ACTTTTCA-ATGGTATTTTGCCTCATGTTGCT-----TACATA-ATGTAATtggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|20 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgA---ACA------T--ATACTT---------T-TAC-------TTT--A-TATTTAAA--A-----GT--CTCATTTA--T---TTTTTATTTTTA--TTGATCTAA--C-----CCCC-ATTCCAATATACA---TTGAAACTAACAAA--AAAgt
gi|21 : tatctaataatcGTATTCCTTATGTA-CTT-AACTTCAAGCTTACAT-CAAGCAGAGTGGTCTTTTTT--ATC-ATTT----------------------TAA--GAAATTAA------TGCA-AC-AC-ACT--AA---TT-TA----TGTCC-ACTGTTT-AAACGACTta
gi|23 : -ATT--TTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCATGATTGGAGGACTCAGAGCTC------AACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACTG-GCTCTTC-----TAATAAAGGCTT
gi|25 : T-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA------C--A--------------------------TTT--A-T-T---AA--A-----CA--GACACTTagg
gi|26 : -TAA-TTAG--TGT-ATGTA-CATA-GTGGT-ATC-AT-ATATGT--A-ATT--ATGTAATAA-T------A--CAGTG-TTCTTGATTGAAttttt
gi|27 : G-TGG-G-GG----GGGGGGGGGG-GTAC--AGAAATA--CAAAATG-TACACTATA---GT-AATG-C---A-TT-CTTa
gi|3 : a-CTT---------T-T---------TTTTAA-TCT---AAGAA-----GT--GTCATTTATTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-A---TAACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------A--TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----TGT--GAAG-----------AAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACAGACTGCAACTACAA---CAGAA----TGTCC-ACTTTTTAAAACGACTG-TCATTCACACACACA-TTCAAAGCTAGAGTT--TGTATCAATTTCTAATATCGCAATCT-A-TTTATATATGCGG-GATAAGAAga
gi|4 : GTAATTGT-G-TGCGGCATTG---TGCA-AGGTGCATTACTTTGTGGTGGTG-ATCTAAGTAAGTCGCCCAAGTAATGT-TAACGTGCACTGAAA-CTGC-ATACATT--A-GTTGGGTGAATGG-TA-AATTAATT-C-GGTAGGTTT--ATATATTATTGTGTTT-TGCT-AGTATTATTTGGCCATATTAAGGTTT-GAGGTGTGTGACCTTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAGC--GC-GTG---------TGT---------TCT--A-TCT---TA--ATTGTTGT--GTCACTTAATT--ATTTTTATTTC-AATTTAAT-TAA-----TAA--CC-AT----ATA-ATATAGTTGAAACTTGCAAAT-AAAAACATTTGGA----A------CTTAT--ATGTATCTTAAAA---ATAC--TACATA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGGCATATCACC---ATCAGAATATTTGTCGCATAGTCTT----Ttaac
gi|5 : atgggcgAACTCAGTGGTTTTTTTCAACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAGAACTCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTG-TGAGTGTACAAT-----------TAA----TTA-TG---------A--CATAA-GTCAGTTCACCGACAACTCTAT---T--GAATG--TGTTAAACTTGTTGAATATAGGAC----CAACGTTTTCCATTGAGATTTGGGGG-TG-----C----GGAGAGGGGG-GGAT--AGAAAACATAAAAA-G-TA-ATGGT-ATGGTAAATG-CAAAA-TTACTTTGCCCAAGTAAATGGT--A-CAAAA-TGTAAATTGATTACTTTT-AGAAAA-----TAG---AGTA--AATGGTAATG-AACTAA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAA--TGTTAATGTAATCAACTTTTCA-ATGTAATTCGCCCCCATG---CTG---ATACATA-TGGTAATTCACA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTTtaagtatttaggggagacgtgaacgagaaag
gi|6 : a--AC-TTT---------T-T---------TTT--AATCT---AAGAA-----GT--GTCATTTATTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-A---TAACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------A--TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----TGT--GAAG-----------AAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACTA-AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGTT--TTCACA-ACACA-TTCAAAGCT-GTGTTTGT-TATCAATTT----TAA----TTGCAA-TCTATATATG-GG-GAAAGGg
gi|7 : taTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCCTAACCCC-AT----ATA-ATA---CTAAAACTAAGAAA--GAAAACATT------------------AT---------TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA----ACCGCTAACAAAAT-CCT-------------------T--AATGTACTTGTGAAGAAAAAAATTGGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAGACTCAAAA-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA----------CAAGCTTTCAT-CAAGCAGAGTGACCCTTTTG--ATTGATTTG---TTCATGCTTTCAATTC--TAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACACA-TTCAAAGCT-GTGTT--G-TATCAATTT----TAA----ATGC-A-TC--TATATATGG-GAAAGGg
gi|8 : GTAAT-GT-GTAATG-TGAT-CATTGCA----TGCATTACTTT-------T--ATC-AAGTAA--TGCT--AGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGCGAT----T--T-AC---TT-AAT---TA-TCGTAATGCC-ATTACTTTCAAAAA-ATTTTTGTG-AAATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA-TT---AATT-----ACATTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GT----ACA------T--AT-TTTAAATCAACAT-TAATTTATACTTT--A-TTTTA-AA--A-----GT--CTCAT----TT--ATTTTTATTT--A--TTGATCTAA--CC-CCATTCCAAT----ATA-ACA-----GGAATTGTTAAC--AAACATATT---G--------------AT--C---A--TT----TATAAA---TTTTTGAAACTT-A-T-CTTTTTTACTTTg
gi|9 : A-TTGAAGTTCAATTGGATTAT-------------------CCATATTTCCATA--AAGTATA--CTATCAAAATGTA-CTGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTA-TTTT--TATTTGTTTTACG-A--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TT-ATGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTAG--TGT-GTG-G-TATTAGTGGGTATC-ATAACTTAT--ATATTA-TTGTGATAA-T-A-TATA--CAGTGTTTCTTGATTGGAG-ATT--GTACCCAT-----ATA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACCCTTATGATTATCAAATGCAATCATTGCATGTATACACAGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGTAACTTATGATAATTTAGGACACTTCTGGGGTTTTAT
Unaligned ( gi|24 ): TATTTAATAATCAAACATATAATTTATACTTTATATTTAAAAGTCTCATTTATTTTTTATTTTATTGATCTAACCCCCATTCCAATATAACA
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 33333333 111 1 2222222222222222 11 11 111 11 111111 1111 222222222 3333333333333333333 1111 222222222222222222222222222222222222 2222222222222 1111 11111111 222 0000000000000000000000000000 2222222 111 99999999999999999999999999999999 111 111 555555555 11 111 1111 111111111 111111 11 11 222222222222 1111 1111 3333333333 11 33333333 1 1 1 9999999999999999999 1 11 222 11111 1 11 111 1111 11 11 11 111111111111 11 22222222 2222222222 11 22222222222222222222222222 111 444444444 1111 222222 11111111 1 22222 7777777777777777777777777 11 111 2222222222222 22 222222222 4444444444 11 1111 1 1111111111 111 11 2222222 22222 111 111111111 111 11 11 333333 222222222 11 1 11
lowQualScore : 444 2 55555 3 66666666 8 444 999 99 2 1 6 4444444444444444 6 6 3 6 5 55 55 99 5 000 00 88 222222 1 0000 5 5 888888888 3333333333333333333 5 5 5555 999999999999999999999999999999999999 55 4 2 5555555555555 55 0 88 7777 4 55 1 99999999 4 8888 4 6 9999 1 5 111 8888888888888888888888888888 0 0 6666666 1 4 5 999 3 3 6 77777777777777777777777777777777 0 0 8 1 5 888 8 0 0 222 6 333333333 3 33 999 99 5 3333 6 0 666666666 999999 5 5 33 33 000000000000 5 1 5 1 9999 6 6 9999 3 99 6 9999999999 44 77 55555555 7 5 5 3 0 7 3333333333333333333 77777 3 33 6 111 3 77777 1 0 3 11 8 444 2222 11 1 8 8 11 8 11 888888888888 44 6 1 44444444 6 66 6 6 99 3333333333 6 6 2 5 5 77 00 1 5 77777777777777777777777777 222 5 777 66 5 0 0 44 1 000000000 3 6 6 4444 222222 77777777 5 1 6 1 00000 3 999 1111111111111111111111111 33 111 8888888888888 3 33 6 6 999999999 99 666 6666666666 6 55 9999 3 8888888888 6 888 6 66 8 99 8 9999999 6 1 99999 111 8 1 777777777 8 0 111 11 88 11 8 777777 8 5 99 0 555555555 11 5 88 1
lowQualScore : ... . ..... . ........ . ... ... .. . . . ................ . . . . . .. .. .. . ... .. .. ...... . .... . . ......... ................... . . .... .................................... .. . . ............. .. . .. .... . .. . ........ . .... . . .... . . ... ............................ . . ....... . . . ... . . . ................................ . . . . . ... . . . ... . ......... . .. ... .. . .... . . ......... ...... . . .. .. ............ . . . . .... . . .... . .. . .......... .. .. ........ . . . . . . ................... ..... . .. . ... . ..... . . . .. . ... .... .. . . . .. . .. ............ .. . . ........ . .. . . .. .......... . . . . . .. .. . . .......................... ... . ... .. . . . .. . ......... . . . .... ...... ........ . . . . ..... . ... ......................... .. ... ............. . .. . . ......... .. ... .......... . .. .... . .......... . ... . .. . .. . ....... . . ..... ... . . ......... . . ... .. .. .. . ...... . . .. . ......... .. . .. .
lowQualScore : 000 5 00000 2 66666666 0 888 333 22 5 3 7 3333333333333333 7 7 2 7 7 77 99 66 7 000 77 22 666666 2 6666 0 0 888888888 1111111111111111111 0 0 1111 333333333333333333333333333333333333 00 0 3 0000000000000 55 8 77 2222 0 55 6 55555555 0 5555 0 4 2222 0 9 000 3333333333333333333333333333 4 6 0000000 7 3 7 777 7 7 7 11111111111111111111111111111111 8 8 2 0 0 666 0 8 8 000 7 000000000 5 33 555 22 7 4444 6 1 777777777 666666 7 7 66 66 444444444444 7 3 7 4 0000 7 7 2222 2 22 7 5555555555 33 77 77777777 3 5 0 3 7 3 7777777777777777777 33333 3 88 5 888 2 00000 0 0 2 00 0 000 8888 00 4 0 0 00 0 00 777777777777 00 7 0 88888888 7 22 7 7 22 0000000000 7 7 5 7 7 99 77 4 7 00000000000000000000000000 999 0 111 99 0 4 9 33 0 000000000 7 7 7 2222 333333 00000000 0 0 7 7 00000 2 333 2222222222222222222222222 00 777 7777777777777 3 00 7 7 000000000 22 777 3333333333 7 88 5555 3 7777777777 7 333 7 44 0 00 0 6666666 0 0 66666 888 0 0 000000000 0 8 888 00 88 00 0 444444 0 6 66 8 333333333 00 0 00 0
consensus : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTTA-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT----G----------T-ATA-T------TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT----T-T--AATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTTG---TGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCATT-GAAGTTCAATCGAATTATG-CA--GTA-AC-C--C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTGCTC-------AACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGA-GC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA----CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-TG-ATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
Reference ( family-44 ) : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTA-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT----G--------C-T-ATA-T------TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--CACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT----TGT--GATGTAC-T-GTGAAAAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-AC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTTG---TGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCATT-GAAGTTCAATCGAATTATG-CA--GTA-AC-C--T-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTGCTC-T-----AACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGA-GC--TCTTA-----T-NTAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTNT-TGTACT------TA----CGTAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTTTAACTTGTTG-ATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
gi|1 : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---A-ATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA---GCC-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TAGATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA-TTT-GAATT-------CTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CCT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTAATT---ATTTT-ATTTC-A--TTAAT-TAA-----TA--CCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTA-AAA--GAAAACATT----GGAGCA---CAT-ATAAT------TAAAATATACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCAATCACCATT--CAAAAT-ATTG-TCCATAGTCTT----TATTAGATG-AC-TAGTGAAAAAA-----TGGACTCCGTAACCA--TAC-TATTGTTAACAG---ACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAAATTCAAGCTT-CATC-AAGGA-AGTG-TTCCTTTTG--ATA-ATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAA--GAAACCAA-------GCA-AC-G-------AA---C--------TGTT--AC------AAAGGA--G-------ACA-ATGCAT-CAAAGTT-GTGTT--A-TATCAATTTT--ATAA-AC-AT-------TAAATG-GATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAA-CCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAAT-ATG-CAAAGTACACAC--TAGCATGCATA-TTTT--T-AAGTATATACTATCAA--TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTC-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAAT-GTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTGG--TG--GTGTA-CATT-GTGGGAATC-AT-ACAT-T--A-ATT--ATGT-ATAGTT-A-TAAA--CGAGG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTGCTCAC-----AGCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGA-GA--GCTTAGGANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG-CAATCA-CCA-GACTAA--CAT-GATA---------A----CATAG--GA--GTTCA-CGACC---CTA---AT--G--TG--AGTTTTACTTG--G-ATA-TAGACATGCCA--GTTT--CA-GGAGATTTTGGGA-TGG-AGAC----GGAGGGGGGGCGGGT--AGAAAT-------A-GT-AATGGTA--ATGTT-AATGC---ATT-ACTTGGCCC-AGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----AATACTTTTAGAATA---AGTAGA--A-ATAGTAATGGTAATGTA--TAAATGCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AATTTG-TAATGC-CT--ACTTTTCATATG-AATTCGGCCCCATGT--CTG---ATACATA-GTATAAT
gi|10 : ATTATAAAATG-CGGTCA-CCAGGAATAAATTCT-TGTA-----------------AA--GT--ATACA-TGACA---CTAT--AT--T--GG--TGTGTAACTTGT-G-ATA-AAGA----C-A--GTTT--CGTTGATATT-GGGGG-TGG--------------GGGGG-GGGT--GGAAATC--CAAAACGT-AATTGTA--ACGGT-AATGC---ATT-ACTTGACCCAAGT-AATGGTA-ATGTAAT-GC------ATTACATTTTGAAAA---A--AGATTA-ATGGTAATGGTAATG-A--T-AATGCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG------------CA-ATGTAATT-CGCCCCATGT--ataaaattacattaagttgagattt
gi|11 : cttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGAGAAGGCGGGA-GGGTT-AGAAAAC--CAAAA-GTTAATGGTA--AGGGT-A-TGCC--ATTTACT--GCCCCA-T-AATGGCTAATGTAATTGCAC----ATTACTTTTAGAAAATTTAGTGCA--A-GTAGAAAT-----TG-G--TA--TGCTA-A-TTCCTG--AA-TACT--CGT-AA--TG-TAATGCATTT-ACTTTTCA-ATGTAATTTCGTCCCA-GT---TGACAATACACATCTGTACTT-GCAACAATCTGAATt
gi|12 : aTA--AT-AATT-AT-TTCTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TAG-G-GG--TGT-GTGTA-CA-------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAA-T-A-TAAA--CAGTG-CTCTTGATTGGAGACCTCTGTGC---------AACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG--GC--CCTTA-----T-ACA
gi|13 : aT-AAGTAATGTGTAA--TG---------------------G--AT---GC-AATGT-TA-GTATAATG-CA-TTACTTTC--AAA-GTTTTGGTG-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACTTTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A------CTTAC-TTT---------A-T---------TCT--A-TTTA--AA--A-----GT--TTCAT----TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAATCCC-CATCCCC-AT----ATA-ACAgtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|14 : gtgcattggaatGT-A-ATTGGTAATGCATTGC---AGAT-CATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TCCA---AAAACTGC-AT----TACAAT---GT-AATGG-TA-ATGTA-TG-CAATTACTTTCCAAAA-ATTTTGTTGTAAA-GCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACATTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA------C--Aaaga
gi|15 : aTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAATCCT--TTATTAAT-TTA-AA--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--T-TTCTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTAGTATGT-GTGTACCATA-ATGGT-ATC-AT-ACATGTCCC-ATTAGTTGTGATAG-T-ACTAAAACCAGTG-TTCTTGATT-GAAAACTttaattaaacataaactttt
gi|16 : --TGAAGTATA--CTATCCG--GT-CATTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA---TAT-A-ACCCTT--TGATTATCTTTA-GA--TCA-TTTAA--TG-TAG------TAATC-AT-TTCTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTAG--TG-----------------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAT-C-A-TAAA--CAGTC-TTTTTGTTTGGACAACT
gi|17 : T-ATTT----TTTATACTTCCAAT---GTAATTGATATACAGATGTTCACA-TT-G--ACT--AAACATA-AACTTATGTCC-ACTTTTT-AAACAACTG-T--TTCACA-ATGCATTCAAAGTT-GTG------------TTTT--ATAT-AC-ATT------TATAT--GG-GAAAGGAACCCAAGC-TG---TGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtt
gi|18 : agATTATTAAATG-CAATCA-ACAGGAATAAACTGT-TGTACTTTG---TATATTCGTAGTAGT--ACTTA---ACA---CTAT--GTTGA--TG--TATATAACTTG-TG-ATA-AATA-----CA--CTGT--CATTGATATCTGGGt
gi|19 : ccttatg-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGC-AATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA-TT--GTATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--t
gi|2 : GTAATGTTG-TATGGTAATGCATTGC---AGATACATTCTTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-TAGTA-TGCGTAA--TGCACTGGAA-CTGC-AT----TAC-AT---TA-AATGGGTA-ATGT--TG-CT-TCTCTTTC--AAA--TTTTGGTGT-AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA-TTTTGAATT-----CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C---C-CTT---------T-T---------TTC----TCT---AC--GT----GTTGGTCACTTA-AT---ATTTTC-TTTC-A--TTAATT----------ATTCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTACAAT----AAACATT----GGAGGCAGCT-T-ATA-TGATT--TAGAATATAAA-------TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGG-----ACC--TATCAAT-T-TTTG-TAATTAGTTTTAATATTT--AATGTAC-TCGTGAAAAAAAAAAT-GGACCTTG----TACATGCATATTGTTAACAG---ACTCAAGT-TTTG-GT-CTTCA-A-AGGGGCTA-AACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTTAA-TTCAAGCTTTCATC-ATGGAGAGTGAT-CCTTTTGGAATT-ATTTGTAATT-ATGCTTTCATTTTTA-----GAAACCAATG------CA-AC-GA-AAT--AA---CT-AA----TGTCCCGCTGTTT-AAACGAC-----------A-ATGCATTTCAAGTA-GTGTT--T-T-TCAATTTT--ATAA-AC---T------TATATG-G---ATAGAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTT-ATTCAAAATTGAAACCCA-GCATT-GAAGTTTAATCAAATTATGCCA--GTA-AC-CCTC-ACATGT-TATTTTT--TGAAGTAC-TACTA-CAA--TG-TTTTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAATCTTTATAATTTAC-TTA-AAATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--T-TTCTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAG--TGTGGTGTA-TATT-GTGGGTATCAAT-ACA-GT----ATT--TTGTGATAG-TAA-TAAA--CAGTG-TTCATG-TTGG-GGACTAGGT-----T-----AACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACACTG--GCTTTCTAA-----T-ATAtttttatc
gi|2 : tatgATTATTGAATGGCAATCAGCCAAGAATAAATTGT-TGTACTATTGTATA----CATTA--GT--GTTCA-TGACA---TTGTTGAT--G--TGGACGTTTA-CTTGATG-ATA-AAGA----C-A--GTTT--CATTG-GATTTGAG-------A-AG----GGAGGGGTGG-GGATCTAGCAA-C--CAAAA-GT-C---------TGGT-AATGC----TT-ACTTGGCCCA-GT-AATGGT--ATGTAAT-GCA------TTACTTTT-----------TAGA--ATGAAGTAATGGTAATG-A--TAATGGCTA-AATTCTTG---AGTAAT--GGT--A--TG-TAATGC-TT--ACTTTTCA-ATGGTATTTTGCCTCATGTTGCT-----TACATA-ATGTAATggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|20 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgA---ACA------T--ATACTT---------T-TAC-------TTT--A-TATTTAAA--A-----GT--CTCATTTA-TT-----TTTTATTTTTA--TTGATCTAA--CC-----CCC-ATTCCAATATACAT---TGAAACTAACAAA--AAAgt
gi|21 : tatctaataatcGTATTCCTTATGTA-CTTAACTTCAAGCTTACAT-CAAGCAGAGTG-G-TCTTTT----TT-A--------TCAT--TT---------TAA--GAAATTAA------TGCA-AC-AC-ACT--AA---TT-TA----TGTCC-ACTGTTT-AAACGACTta
gi|22 : ATTATCAAATG-CAATCA------------TTGCATGTA--------TA----CACAG--TA--GTACA-TAACA---CTAT--GT-----TGA-TGTGTAACTTA-TG-ATA-A
gi|23 : acccttatg-ATT--TTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCATGATTGGAGGACTCAGAGCTC-------AACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACTG--GC--TCTTC-----TAATAAAGGCTTtttaggacacttctggggttttat
gi|24 : ---------T-T---------TAT--A-TTT---AA--AA----GT--CTCATTTA-TT-----TTTTATTTT-A--TTGATCTAACCCC-CATTCCA-AT----ATA-ACAagg
gi|25 : tatttaataatcaaacatataatttatacT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA------C--A--------------------------TTT--A-T-T---AA--A-----CA--GACACTT--------TTTTT
gi|26 : -TAA-TTAG--TGT-ATGTA-CATA-GTGGT-ATC-AT-ATATGT--A-ATT--ATGTAATAA-T------A--CAGTG-TTCTTGATTGAA
gi|27 : G-TGG-G-GG----GGGGGGGGGG-GTAC--AGAAATA--CAAAATGT-A----CACTATAGT-AATGC---ATT--CTTGa
gi|3 : a-CTT---------T-T---------TTTTAA-TCT---AAGAA-----GT--GTCATTTA-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT-------------------A-T------TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT-----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA---------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACAGACTGCAACTACAA---CAGAA----TGTCC-ACTTTTTAAAACGACTG-TCATTCACACACACATTCAAAGCTAGAGTT--TGTATCAATTTCTAATATCGCAATCTATTTATATATGCGG-GATAAGAATa
gi|4 : GCATTGTGCAAGGTGCATTACTTTGTGGTGGTGATCTAAGTAAGTCGCCCAAGTAATGT-TAACGTGCACTGAAA-CTGC-ATACATTA--GTTGGGTGAATGG-TA-AATTAATT-CG-GTAGGTTT--ATATATTATTGTGTTT-TGCT-AGTATTATTTGGCCATATTAAGGTTT-GAGGTGTGTGACCTTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAGC--GC-GTG---------TGT---------TCT--A-TCT---TA--ATTGTTGT--GTCACTTAATT---ATTTTTATTTC-AATTTAAT-TAA-----TAACC---AT----ATA-ATATAGTTGAAACTTGCAAAT-AAAAACATTTGGAA--------C-TTATA-TGTATCTTAAAA---ATAC--TACATA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGGCA--TATCACCATCAGAATATTTGTCGCATAGTCTT----Taac
gi|5 : atgggcggtaattgtgtgcgAACTCAGTGGTT-TTTTTCAACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAGA-AC--TCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTG-TGAGTG-TA--C-------AATTAATTA--TG-----------A----CATAA--GTCAGTTCACCGACAACTCTAT---T--GAATG--TGTTAAACTTGTTGAATATAGGA----CCAACGTTTTCCATTGAGATTTGGGGG-TG-----C----GGAGAGGGGG-GGAT--AGAAAACATAAAAA-GT-AATGGT---ATGGTAAATGCAAAATT-ACTTTGCCCAAGTAAATGGT--ACAAAAT-GTAAATTGATTACTTTTAGAAAA-----TAG---A-GTA--AATGGTAATG-AACTAA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAA--TGTTAATGTAATCAACTTTTCA-ATGTAATTCGCCCCCATG---CTG---ATACATA-TGGTAATTCACA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTTtaagtatttaggggagacgtgaacgagaaag
gi|6 : a--AC-TTT---------T-T---------TTT--AATCT---AAGAA-----GT--GTCATTTA-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT-------------------A-T------TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT-----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA---------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACTA-AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGTT--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTTTGT-TATCAATTTT--AATT-GCAATCTA----TATATG-GG-GAAAGGg
gi|7 : taTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCCTAACCCC-AT----ATA-ATAC---TAAAACTAAGAAA--GAAAACATT-----------------AT--T------TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---ACCGCTAACAAAAT-CCT-------------------T--AATGTACTT-GTGAAGAAAAAAATTGGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAGACTCAAAA-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA---------CAAGCTTTCAT-CAAGCAGAGTGAC-CCTTTTG--ATTGATTTG---TTCATGCTTTCAATTC--TAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTT--G-TATCAATTTT--AAAT-GC-ATC------TATATATGG-GAAAGGg
gi|8 : GTAATGT-GTAATG-TGAT-CATTGC---A--TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGCGAT----TT--AC---TT-AAT---TA-TCGTAATGCCA-TTACTTTCAAAAA-ATTTTTGTG-AAATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA-TT---AATT-----ACATTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GT----ACA------T--AT-TTTAAATCAACAT-TAATTTATACTTT--A-TTTTA-AA--A-----GT--CTCAT----TT---ATTTTTATTT--A--TTGATCTAA--CC-CCATTCCAAT----ATA-ACA-----GGAATTGTTAAC--AAACATATT----G--------A-T--CA-T------T----TATAAA---TTTTTGAAACTT-A-T-CTTTTTTACTTTg
gi|9 : ATT-GAAGTTCAATTGGATTAT-------------------C---CATA-TTTCCATAAAGTATA--CTATCAAAATG-TACTGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTATTTT--TATTTGTT-TTACGA--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TT-ATGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTAG--TGT-GTG-G-TATTAGTGGGTATC-ATAACTTAT--ATATTA-TTGTGATAA-T-A-TATA--CAGTGTTTCTTGATTGGAG-ATT--GTACCC-A-----TATA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACATACCC--TTTTA-----T-GT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 33333333 111 1 2222222222222222 11 11 111 11 111111 1111 222222222 3333333333333333333 1111 222222222222222222222222222222222222 2222222222222 11111 11111111 222 00000000000000000000000000000000 2222222 111 666666666666666666666666666666 1111 111 5555555555 1 2 1111 111111111 111111 11 11 222222222222 1111 1111 33333333333333 11 33333333 1 1 1 8888888888888888888 1 11 222 11111 1 11 111 1111 11 11 11 111111111111 11 22222222 2222222222 11 22222222222222222222222222 111 333333333333 1111 11111 11111 1 22222 11 666666666666 111111 11 111 2222222222222 1111 222222222 4444444444 11 1111 1 1111111111 111 11 2222222 22222 111 111111111 111 11 11 333333 222222222 11 1 11
lowQualScore : 444 2 55555 3 66666666 8 444 999 99 2 1 6 4444444444444444 6 6 3 6 5 55 55 99 5 000 00 88 222222 1 0000 5 5 888888888 3333333333333333333 5 5 5555 999999999999999999999999999999999999 55 4 2 5555555555555 777 1 555 99999 4 55 1 99999999 4 8888 4 6 9999 1 5 111 00000000000000000000000000000000 0 0 6666666 1 4 5 444 3 3 6 888888888888888888888888888888 0 0 8 1 5555 8 0 0 222 6 3333333333 5 0 99 5 3333 6 0 666666666 999999 5 5 33 33 000000000000 5 1 5 1 9999 6 6 9999 3 99 33333333333333 44 77 55555555 7 5 5 3 0 7 5555555555555555555 77777 3 33 6 111 3 77777 1 0 3 11 8 444 2222 11 1 8 8 11 8 11 888888888888 44 6 1 44444444 6 66 6 6 99 3333333333 6 6 2 5 5 77 00 1 5 77777777777777777777777777 222 5 777 66 5 0 0 44 111111111111 6 3 6 6 4444 99999 66666 6 5 1 6 1 00000 66 111111111111 222222 33 111 8888888888888 1 5555 6 999999999 99 666 6666666666 6 55 9999 3 8888888888 6 888 6 66 8 99 8 9999999 6 1 99999 111 8 1 777777777 8 0 111 11 88 11 8 777777 8 5 99 0 555555555 11 5 88 1
lowQualScore : ... . ..... . ........ . ... ... .. . . . ................ . . . . . .. .. .. . ... .. .. ...... . .... . . ......... ................... . . .... .................................... .. . . ............. ... . ... ..... . .. . ........ . .... . . .... . . ... ................................ . . ....... . . . ... . . . .............................. . . . . .... . . . ... . .......... . . .. . .... . . ......... ...... . . .. .. ............ . . . . .... . . .... . .. .............. .. .. ........ . . . . . . ................... ..... . .. . ... . ..... . . . .. . ... .... .. . . . .. . .. ............ .. . . ........ . .. . . .. .......... . . . . . .. .. . . .......................... ... . ... .. . . . .. ............ . . . . .... ..... ..... . . . . . ..... .. ............ ...... .. ... ............. . .... . ......... .. ... .......... . .. .... . .......... . ... . .. . .. . ....... . . ..... ... . . ......... . . ... .. .. .. . ...... . . .. . ......... .. . .. .
lowQualScore : 000 5 00000 2 66666666 0 888 333 22 5 3 7 3333333333333333 7 7 2 7 7 77 99 66 7 000 77 22 666666 2 6666 0 0 888888888 1111111111111111111 0 0 1111 333333333333333333333333333333333333 00 0 3 0000000000000 222 9 222 22222 0 55 6 55555555 0 5555 0 4 2222 0 9 000 77777777777777777777777777777777 4 6 0000000 7 3 7 888 7 7 7 555555555555555555555555555555 8 8 2 0 6666 0 8 8 000 7 0000000000 0 0 22 7 4444 6 1 777777777 666666 7 7 66 66 444444444444 7 3 7 4 0000 7 7 2222 2 22 77777777777777 33 77 77777777 3 5 0 3 7 3 0000000000000000000 33333 3 88 5 888 2 00000 0 0 2 00 0 000 8888 00 4 0 0 00 0 00 777777777777 00 7 0 88888888 7 22 7 7 22 0000000000 7 7 5 7 7 99 77 4 7 00000000000000000000000000 999 0 111 99 0 4 9 33 333333333333 7 7 7 7 2222 88888 77777 7 0 0 7 7 00000 55 333333333333 222222 00 777 7777777777777 0 0000 7 000000000 22 777 3333333333 7 88 5555 3 7777777777 7 333 7 44 0 00 0 6666666 0 0 66666 888 0 0 000000000 0 8 888 00 88 00 0 444444 0 6 66 8 333333333 00 0 00 0
consensus : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---ACC---GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
Reference ( family-44 ) : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---ACC--CGCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
gi|1 : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---A-ATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA---GCC-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TAGATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA-TTT-GAATT-------CTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CCT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTAA-TT---A-TTTTATTTC-A--TTAAT-TAA-----TA--CCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTA-AAA--GAAAACATT------------GGAGCACA--TATAAT----TAAAATATACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCAATCACCATT--CAAAAT-ATTG-TCCATAGTCTTTA---TTAGATG-AC-TAGTGAAAAAA-----TGGACTCCGTAACCA--TA-CTATTGTTAACA--G-ACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAAA-TTCAAGC-TTCAT-CAAGGA-AGTGTTCCTTTTG--ATA-ATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAA--GAAACCAA-------GCA-AC-G-------AA---C--------TGT-T-AC------AAAGGA--G-------ACA-ATGCA-TCAAAGTT-GTGTT--A-TATCAATTTT--ATAA-AC-AT-------TAAATG-GATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTG-AACCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAA-TATG-CAAAGTACACACT--AGCATGCATA-TTTT--T-AAGTATATACTATCAA--TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTC-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAAT-GTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTGG--TG--GTGTA-CATT-GTGGGAATC-AT-ACAT-T--A-ATT--ATGT-ATAGTT-A-TAAA--CGAGG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CTCACA-GCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGAGA--GCTTAGGANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG-CAATCA-CCA-GACTAACATG---ATA---------A--CATAG--GA--GTTCA-CGACC---CTA---AT--G--TG--AGTTTTACTTG----GATA-TAGACATGCCA--GTTT--CA-GGAGATTTTGGGA-TGG-AGAC----GGAGGGGGGGCGGGT--AGAAAT-------A-GT-AATGGTA--ATGTT-AATGC---ATT-ACTTGGCCC-AGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----AATACTTTTAGAATA---AGTAGA--A-ATAGTAATGGTAATGTA--TAAATGCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AATTTG-TAATGC-CT--ACTTTTCATATG-AATTCGGCCCCATGT--CTG---ATACATA-GTATAAT
gi|10 : ATTATAAAATG-CGGTCA-CCAGGAATAAATTCT-TGTA---------------AA--GT--ATACA-TGACA---CTAT--AT--T--GG--TGTGTAACTTG-T--GATA-AAGA----C-A--GTTT--CGTTGATATT-GGGGG-TGG--------------GGGGG-GGGT--GGAAATC--CAAAACGT-AATTGTA--ACGGT-AATGC---ATT-ACTTGACCCAAGT-AATGGTA-ATGTAAT-GC------ATTACATTTTGAAAA---A--AGATTA-ATGGTAATGGTAATG-A--T-AATGCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG------------CA-ATGTAATT-CGCCCCATGT--ataaaattacattaagttgagattt
gi|11 : cttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGAGAAGGCGGGA-GGGTT-AGAAAAC--CAAAA-GTTAATGGTA--AGGGT-A-TGCC--ATTTACT--GCCCCA-T-AATGGCTAATGTAATTGCAC----ATTACTTTTAGAAAATTTAGTGCA--A-GTAGAAAT-----TG-G--TA--TGCTA-A-TTCCTG--AA-TACT--CGT-AA--TG-TAATGCATTT-ACTTTTCA-ATGTAATTTCGTCCCA-GT---TGACAATACACATCTGTACTT-GCAACAATCTGAATt
gi|12 : aTA--AT-AATT-AT-TTCTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TAG-G-GG--TGT-GTGTA-CA-------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAA-T-A-TAAA--CAGTG-CTCTTGATTGGAGACCTCTGTG----------CA-ACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG-GC--CCTTA-----T-ACA
gi|13 : aT-AAGTAATGTGTAA--TG---------------------G--AT---GC-AATGT-TA-GTATAATG-CA-TTACTTTC--AAA-GTTTTGGTG-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACTTTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A------CTTAC-TTT---------A-T---------TCT--A-TTTA--AA--A-----GT--TTCAT-----TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAATCCC-CATCCCC-AT----ATA-ACAgtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|14 : gtgcattggaatGT-A-ATTGGTAATGCATTGC---AGAT-CATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TCCA---AAAACTGC-AT----TACAAT---GT-AATGG-TA-ATGTA-TG-CAATTACTTTCCAAAA-ATTTTGTTGTAAA-GCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACATTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA------C--Aaaga
gi|15 : aTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAATCCT--TTATTAAT-TTA-AA--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--T-TTCTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTAGTATGT-GTGTACCATA-ATGGT-ATC-AT-ACATGTCCC-ATTAGTTGTGATAG-T-ACTAAAACCAGTG-TTCTTGATT-GAAAACTttaattaaacataaactttt
gi|16 : --TGAAGTATA--CTATCCG--GT-CATTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA---TAT-A-ACCCTT--TGATTATCTTTA-GA--TCA-TTTAA--TG-TAG------TAATC-AT-TTCTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTAG--TG-----------------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAT-C-A-TAAA--CAGTC-TTTTTGTTTGGACAACT
gi|17 : T-ATTT----TTTATACTTCCAAT---GTAATTGATATACAGATGTTCACA-TT-G--ACT--AAACATA-AACTTATGTCC-ACTTTTT-AAACAACTG-T--TTCACA-ATGCATTCAAAGTT-GTG------------TTTT--ATAT-AC-ATT------TATAT--GG-GAAAGGAACCCAAGC-T---GTGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtt
gi|18 : agATTATTAAATG-CAATCA-ACAGGAATAAACTGT-TGTACTTTGTA-TATTCGTAGTAGT--ACTTA---ACA---CTAT--GTTGA--TG--TATATAACTTG-T--GATA-AATA-----CA--CTGT--CATTGATATCTGGGt
gi|19 : ccttatg-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGC-AATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA-TT--GTATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--t
gi|2 : GTAATGTTG-TATGGTAATGCATTGC---AGATACATTCTTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-TAGTA-TGCGTAA--TGCACTGGAA-CTGC-AT----TAC-AT---TA-AATGGGTA-ATGT--TG-CT-TCTCTTTC--AAA--TTTTGGTGT-AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA-TTTTGAATT-----CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C---C-CTT---------T-T---------TTC----TCT---AC--GT----GTTGGTCACTT-A-AT---ATTTTC-TTTC-A--TTAATT----------ATTCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTACAAT----AAACATT------------GGAGGCAGCTTAT-ATGATTTAGAATATAAA-------TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGG-----ACC--TATCAAT-T-TTTG-TAATTAGTTTTAATATTTA-ATGTAC-TCGTGAAAAAAAAAAT-GGACCTTG----TACATGCATATTGTTAACAG---ACTCAAGT-TTTG-GT-CTTCA-A-AGGGGCTA-AACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTT-AA-TTCAAGCTTTCATC-ATGGAGAGTGATCCTTTTGGAATT-ATTTGTAATT-ATGCTTTCATTTTTA-----GAAACCAATG------CA-AC-GA-AAT--AA---CT-AA----TGTCCCGCTGTTT-AAACGAC-----------A-ATGCATTTCAAGTA-GTGTT--T-T-TCAATTTT--ATA---A-ACT------TATATG-G---ATAGAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTT-ATTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGCC--AGTA---ACCCTCACATGT-TATTTTT--TGAAGTAC-TACTA-CAA--TG-TTTTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAATCTTTATAATTTAC-TTA-AAATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--T-TTCTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAG--TGTGGTGTA-TATT-GTGGGTATCAAT-ACA-GT----ATT--TTGTGATAG-TAA-TAAA--CAGTG-TTCATG-TTGG-GGACTAGG---------T--TA-ACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACACTG-GCTTTCTAA-----T-ATAtttttatc
gi|2 : tatgATTATTGAATGGCAATCAGCCAAGAATAAATTGT-TGTACTATTGTATA--CATTA--GT--GTTCA-TGACA---TTGTTGAT--G--TGGACGTTTA-CTTGAT--GATA-AAGA----C-A--GTTT--CATTG-GATTTGAG-------A-AG----GGAGGGGTGG-GGATCTAGCAA-C--CAAAA-GT-C---------TGGT-AATGC----TT-ACTTGGCCCA-GT-AATGGT--ATGTAAT-GCA------TTACTTTT-----------TAGA--ATGAAGTAATGGTAATG-A--TAATGGCTA-AATTCTTG---AGTAAT--GGT--A--TG-TAATGC-TT--ACTTTTCA-ATGGTATTTTGCCTCATGTTGCT-----TACATA-ATGTAATggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|20 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgA---ACA------T--ATACTT---------T-TAC-------TTT--A-TATTTAAA--A-----GT--CTCATTT-A-TT-----TTTTATTTTTA--TTGATCTAA--CC-----CCC-ATTCCAATATACAT---TGAAACTAACAAA--AAAgt
gi|21 : tatctaataatcGTATTCCTTATGTA-CTT-AACTTCAAGCTTACAT-CAAGCAGAGTG-GTCTTTT----TT-A--------TCAT--TT---------TAA--GAAATTAA------TGCA-AC-AC-ACT--AA---TT-TA----TGTCC-ACTGTTT-AAACGACTta
gi|22 : ATTATCAAATG-CAATCA------------TTGCATGTA--------TA--CACAG--TA--GTACA-TAACA---CTAT--GT-----TGA-TGTGTAACTTA-T--GATA-A
gi|23 : acccttatg-ATT--TTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCATGATTGGAGGACTCAGAG------CT--CA-ACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACTG-GC--TCTTC-----TAATAAAGGCTTtttaggacacttctggggttttat
gi|24 : ---------T-T---------TAT--A-TTT---AA--AA----GT--CTCATTT-A-TT-----TTTTATTTT-A--TTGATCTAACCCC-CATTCCA-AT----ATA-ACAagg
gi|25 : tatttaataatcaaacatataatttatacT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA------C--A--------------------------TTT--A-T-T---AA--A-----
gi|26 : -TAA-TTAG--TGT-ATGTA-CATA-GTGGT-ATC-AT-ATATGT--A-ATT--ATGTAATAA-T------A--CAGTG-TTCTTGATTGAAcagacacttttttt
gi|27 : G-TGG-G-GG----GGGGGGGGGG-GTAC--AGAAATA--CAAAATGT-A----CACTATAGT-AATGC---ATT--CTTGa
gi|3 : a-CTT---------T-T---------TTTTAA-TCT---AAGAA-----GT--GTCATTT-A-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------AT----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACAGACTGCAACTACAA---CAGAA----TGTCC-ACTTTTTAAAACGACTG-TCATTCACACACACATTCAAAGCTAGAGTT--TGTATCAATTTCTAATATCGCAATCTATTTATATATGCGG-GATAAGAATa
gi|4 : GCATTGTGCAAGGTGCATTACTTTGTGGTGGTGATCTAAGTAAGTCGCCCAAGTAATGT-TAACGTGCACTGAAA-CTGC-ATACATTA--GTTGGGTGAATGG-TA-AATTAATT-CG-GTAGGTTT--ATATATTATTGTGTTT-TGCT-AGTATTATTTGGCCATATTAAGGTTT-GAGGTGTGTGACCTTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAGC--GC-GTG---------TGT---------TCT--A-TCT---TA--ATTGTTGT--GTCACTT-AATT---ATTTTTATTTC-AATTTAAT-TAA-----TAACC---AT----ATA-ATATAGTTGAAACTTGCAAAT-AAAAACATTTGGAACTTATATG---------TAT-CT----TAAAA---ATAC--TACATA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGGCA--TATCACCATCAGAATATTTGTCGCATAGTCTT-----TTA-A-GTAT-T-aac
gi|5 : atgggcggtaattgtgtgcgAACTCAGTGGTTTTTTT--CA-ACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAGAAC--TCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTG-TGAGTG-TA--C-------AATTAATTA--TG-----------A--CATAA--GTCAGTTCACCGACAACTCTAT---T--GAATG--TGTTAAACTTG-TTGAATATAGGA----CCAACGTTTTCCATTGAGATTTGGGGG-TG-----C----GGAGAGGGGG-GGAT--AGAAAACATAAAAA-GT-AATGGT---ATGGTAAATGCAAAATT-ACTTTGCCCAAGTAAATGGT--ACAAAAT-GTAAATTGATTACTTTTAGAAAA-----TAG---A-GTA--AATGGTAATG-AACTAA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAA--TGTTAATGTAATCAACTTTTCA-ATGTAATTCGCCCCCATG---CTG---ATACATA-TGGTAATTCACA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTTtaggggagacgtgaacgagaaag
gi|6 : a--AC-TTT---------T-T---------TTT--AATCT---AAGAA-----GT--GTCATTT-A-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------AT----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACTA-AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGTT--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTTTGT-TATCAATTTT--AATT-GCAATCTA----TATATG-GG-GAAAGGg
gi|7 : taTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCCTAACCCC-AT----ATA-ATAC---TAAAACTAAGAAA--GAAAACATT------------A---------T----T----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---ACCGCTAACAAAAT-C--------------C-----TTA-ATGTACTT-GTGAAGAAAAAAATTGGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAGACTCAAAA-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA----------CAAGCTTTCAT-CAAGCAGAGTGACCCTTTTG--ATTGATTTG---TTCATGCTTTCAATTC--TAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTT--G-TATCAATTTT--AAAT-GC-ATC------TATATATGG-GAAAGGg
gi|8 : GTAATGT-GTAATG-TGAT-CATTGC---A--TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGCGAT----TT--AC---TT-AAT---TA-TCGTAATGCCA-TTACTTTCAAAAA-ATTTTTGTG-AAATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA-TT---AATT-----ACATTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GT----ACA------T--AT-TTTAAATCAACAT-TAATTTATACTTT--A-TTTTA-AA--A-----GT--CTCAT-----TT---ATTTTTATTT--A--TTGATCTAA--CC-CCATTCCAAT----ATA-ACA-----GGAATTGTTAAC--AAACATATT------------G----------ATCAT----T----TATAAA---TTTTTGAAACTT-A-T-CTTTTTTACTTTg
gi|9 : A-TTGAAGTTCAATTGGATTAT-------------------C---CATA-TTTCCATAAAGTATA--CTATCAAAATG-TACTGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTATTTT--TATTTGTT-TTACGA--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TT-ATGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTAG--TGT-GTG-G-TATTAGTGGGTATC-ATAACTTAT--ATATTA-TTGTGATAA-T-A-TATA--CAGTGTTTCTTGATTGGAG-ATT--GTA------CC--CATATA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACATA-C--CCTTT-----T-AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 33333333 111 1 2222222222222222 11 11 111 11 111111 1111 222222222 3333333333333333333 1111 222222222222222222222222222222222222 2222222222222 11111 11111111 222 00000000000000000000000000000000 2222222 111 666666666666666666666666666666 1111 111 5555555555 1 2 1111 111111111 111111 11 11 222222222222 1111 1111 33333333333333 11 33333333 1 1 1 99999999999999999999 1 11 222 11111 1 11 111 1111 11 11 11 111111111111 11 22222222 2222222222 11 22222222222222222222222222 111 333333333333 1111 11111 11111 1 22222 11 666666666666 111111 11 111 2222222222222 1111 222222222 4444444444 11 1111 1 1111111111 111 11 2222222 22222 111 111111111 111 11 11 333333 222222222 11 1 11
lowQualScore : 444 2 55555 3 66666666 8 444 999 99 2 1 6 4444444444444444 6 6 3 6 5 55 55 99 5 000 00 88 222222 1 0000 5 5 888888888 3333333333333333333 5 5 5555 999999999999999999999999999999999999 55 4 2 5555555555555 777 1 555 99999 4 55 1 99999999 4 8888 4 6 9999 1 5 111 00000000000000000000000000000000 0 0 6666666 1 4 5 444 3 3 6 888888888888888888888888888888 0 0 8 1 5555 8 0 0 222 6 3333333333 5 0 99 5 3333 6 0 666666666 999999 5 5 33 33 000000000000 5 1 5 1 9999 6 6 9999 3 99 33333333333333 44 77 55555555 7 5 5 3 0 7 66666666666666666666 77777 3 33 6 111 3 77777 1 0 3 11 8 444 2222 11 1 8 8 11 8 11 888888888888 44 6 1 44444444 6 66 6 6 99 3333333333 6 6 2 5 5 77 00 1 5 77777777777777777777777777 222 5 777 66 5 0 0 44 111111111111 6 3 6 6 4444 99999 66666 6 5 1 6 1 00000 66 111111111111 222222 33 111 8888888888888 1 5555 6 999999999 99 666 6666666666 6 55 9999 3 8888888888 6 888 6 66 8 99 8 9999999 6 1 99999 111 8 1 777777777 8 0 111 11 88 11 8 777777 8 5 99 0 555555555 11 5 88 1
lowQualScore : ... . ..... . ........ . ... ... .. . . . ................ . . . . . .. .. .. . ... .. .. ...... . .... . . ......... ................... . . .... .................................... .. . . ............. ... . ... ..... . .. . ........ . .... . . .... . . ... ................................ . . ....... . . . ... . . . .............................. . . . . .... . . . ... . .......... . . .. . .... . . ......... ...... . . .. .. ............ . . . . .... . . .... . .. .............. .. .. ........ . . . . . . .................... ..... . .. . ... . ..... . . . .. . ... .... .. . . . .. . .. ............ .. . . ........ . .. . . .. .......... . . . . . .. .. . . .......................... ... . ... .. . . . .. ............ . . . . .... ..... ..... . . . . . ..... .. ............ ...... .. ... ............. . .... . ......... .. ... .......... . .. .... . .......... . ... . .. . .. . ....... . . ..... ... . . ......... . . ... .. .. .. . ...... . . .. . ......... .. . .. .
lowQualScore : 000 5 00000 2 66666666 0 888 333 22 5 3 7 3333333333333333 7 7 2 7 7 77 99 66 7 000 77 22 666666 2 6666 0 0 888888888 1111111111111111111 0 0 1111 333333333333333333333333333333333333 00 0 3 0000000000000 222 9 222 22222 0 55 6 55555555 0 5555 0 4 2222 0 9 000 77777777777777777777777777777777 4 6 0000000 7 3 7 888 7 7 7 555555555555555555555555555555 8 8 2 0 6666 0 8 8 000 7 0000000000 0 0 22 7 4444 6 1 777777777 666666 7 7 66 66 444444444444 7 3 7 4 0000 7 7 2222 2 22 77777777777777 33 77 77777777 3 5 0 3 7 3 77777777777777777777 33333 3 88 5 888 2 00000 0 0 2 00 0 000 8888 00 4 0 0 00 0 00 777777777777 00 7 0 88888888 7 22 7 7 22 0000000000 7 7 5 7 7 99 77 4 7 00000000000000000000000000 999 0 111 99 0 4 9 33 333333333333 7 7 7 7 2222 88888 77777 7 0 0 7 7 00000 55 333333333333 222222 00 777 7777777777777 0 0000 7 000000000 22 777 3333333333 7 88 5555 3 7777777777 7 333 7 44 0 00 0 6666666 0 0 66666 888 0 0 000000000 0 8 888 00 88 00 0 444444 0 6 66 8 333333333 00 0 00 0
consensus : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
Reference ( family-44 ) : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
gi|1 : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---A-ATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA---GCC-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TAGATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA-TTT-GAATT-------CTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CCT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTAA-TT---A-TTTTATTTC-A--TTAAT-TAA-----TA--CCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTA-AAA--GAAAACATT------------GGAGCACA--TATAAT----TAAAATATACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCAATCACCATT--CAAAAT-ATTG-TCCATAGTCTTTA---TTAGATG-AC-TAGTGAAAAAA-----TGGACTCCGTAACCA--TA-CTATTGTTAACA--G-ACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAAA-TTCAAGC-TTCAT-CAAGGA-AGTGTTCCTTTTG--ATA-ATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAA--GAAACCAA-------GCA-AC-G-------AA---C--------TGT-T-AC------AAAGGA--G-------ACA-ATGCA-TCAAAGTT-GTGTT--A-TATCAATTTT--ATAA-AC-AT-------TAAATG-GATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTG-AACCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAA-TATG-CAAAGTACACAC---TAGCATGCATA-TTTT--T-AAGTATATACTATCAA--TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTC-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAAT-GTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTGG--TG--GTGTA-CATT-GTGGGAATC-AT-ACAT-T--A-ATT--ATGT-ATAGTT-A-TAAA--CGAGG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CTCACA-GCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGAGA--GCTTAGGANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG-CAATCA-CCA-GACTAACATG---ATA---------A--CATAG--GA--GTTCA-CGACC---CTA---AT--G--TG--AGTTTTACTTG----GATA-TAGACATGCCA--GTTT--CA-GGAGATTTTGGGA-TGG-AGAC----GGAGGGGGGGCGGGT--AGAAAT-------A-GT-AATGGTA--ATGTT-AATGC---ATT-ACTTGGCCC-AGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----AATACTTTTAGAATA---AGTAGA--A-ATAGTAATGGTAATGTA--TAAATGCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AATTTG-TAATGC-CT--ACTTTTCATATG-AATTCGGCCCCATGT--CTG---ATACATA-GTATAAT
gi|10 : ATTATAAAATG-CGGTCA-CCAGGAATAAATTCT-TGTA---------------AA--GT--ATACA-TGACA---CTAT--AT--T--GG--TGTGTAACTTG-T--GATA-AAGA----C-A--GTTT--CGTTGATATT-GGGGG-TGG--------------GGGGG-GGGT--GGAAATC--CAAAACGT-AATTGTA--ACGGT-AATGC---ATT-ACTTGACCCAAGT-AATGGTA-ATGTAAT-GC------ATTACATTTTGAAAA---A--AGATTA-ATGGTAATGGTAATG-A--T-AATGCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG------------CA-ATGTAATT-CGCCCCATGT--ataaaattacattaagttgagattt
gi|11 : cttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGAGAAGGCGGGA-GGGTT-AGAAAAC--CAAAA-GTTAATGGTA--AGGGT-A-TGCC--ATTTACT--GCCCCA-T-AATGGCTAATGTAATTGCAC----ATTACTTTTAGAAAATTTAGTGCA--A-GTAGAAAT-----TG-G--TA--TGCTA-A-TTCCTG--AA-TACT--CGT-AA--TG-TAATGCATTT-ACTTTTCA-ATGTAATTTCGTCCCA-GT---TGACAATACACATCTGTACTT-GCAACAATCTGAATt
gi|12 : aTA--AT-AATT-AT-TTCTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TAG-G-GG--TGT-GTGTA-CA-------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAA-T-A-TAAA--CAGTG-CTCTTGATTGGAGACCTCTGTG----------CA-ACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG-GC--CCTTA-----T-ACA
gi|13 : aT-AAGTAATGTGTAA--TG---------------------G--AT---GC-AATGT-TA-GTATAATG-CA-TTACTTTC--AAA-GTTTTGGTG-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACTTTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A------CTTAC-TTT---------A-T---------TCT--A-TTTA--AA--A-----GT--TTCAT-----TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAATCCC-CATCCCC-AT----ATA-ACAgtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|14 : gtgcattggaatGT-A-ATTGGTAATGCATTGC---AGAT-CATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TCCA---AAAACTGC-AT----TACAAT---GT-AATGG-TA-ATGTA-TG-CAATTACTTTCCAAAA-ATTTTGTTGTAAA-GCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACATTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA------C--Aaaga
gi|15 : aTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAATCCT--TTATTAAT-TTA-AA--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--T-TTCTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTAGTATGT-GTGTACCATA-ATGGT-ATC-AT-ACATGTCCC-ATTAGTTGTGATAG-T-ACTAAAACCAGTG-TTCTTGATT-GAAAACTttaattaaacataaactttt
gi|16 : --TGAAGTATA--CTATCCG--GT-CATTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA---TAT-A-ACCCTT--TGATTATCTTTA-GA--TCA-TTTAA--TG-TAG------TAATC-AT-TTCTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTAG--TG-----------------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAT-C-A-TAAA--CAGTC-TTTTTGTTTGGACAACT
gi|17 : T-ATTT----TTTATACTTCCAAT---GTAATTGATATACAGATGTTCACA-TT-G--ACT--AAACATA-AACTTATGTCC-ACTTTTT-AAACAACTG-T--TTCACA-ATGCATTCAAAGTT-GTG------------TTTT--ATAT-AC-ATT------TATAT--GG-GAAAGGAACCCAAGC-T---GTGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtt
gi|18 : agATTATTAAATG-CAATCA-ACAGGAATAAACTGT-TGTACTTTGTA-TATTCGTAGTAGT--ACTTA---ACA---CTAT--GTTGA--TG--TATATAACTTG-T--GATA-AATA-----CA--CTGT--CATTGATATCTGGGt
gi|19 : ccttatg-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGC-AATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA-TT--GTATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--t
gi|2 : GTAATGTTG-TATGGTAATGCATTGC---AGATACATTCTTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-TAGTA-TGCGTAA--TGCACTGGAA-CTGC-AT----TAC-AT---TA-AATGGGTA-ATGT--TG-CT-TCTCTTTC--AAA--TTTTGGTGT-AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA-TTTTGAATT-----CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C---C-CTT---------T-T---------TTC----TCT---AC--GT----GTTGGTCACTT-A-AT---ATTTTC-TTTC-A--TTAATT----------ATTCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTACAAT----AAACATT------------GGAGGCAGCTTAT-ATGATTTAGAATATAAA-------TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGG-----ACC--TATCAAT-T-TTTG-TAATTAGTTTTAATATTTA-ATGTAC-TCGTGAAAAAAAAAAT-GGACCTTG----TACATGCATATTGTTAACAG---ACTCAAGT-TTTG-GT-CTTCA-A-AGGGGCTA-AACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTT-AA-TTCAAGCTTTCATC-ATGGAGAGTGATCCTTTTGGAATT-ATTTGTAATT-ATGCTTTCATTTTTA-----GAAACCAATG------CA-AC-GA-AAT--AA---CT-AA----TGTCCCGCTGTTT-AAACGAC-----------A-ATGCATTTCAAGTA-GTGTT--T-T-TCAATTTT--ATA---A-ACT------TATATG-G---ATAGAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTT-ATTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGCC--AGTA---ACCCTC-ACATGT-TATTTTT--TGAAGTAC-TACTA-CAA--TG-TTTTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAATCTTTATAATTTAC-TTA-AAATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--T-TTCTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAG--TGTGGTGTA-TATT-GTGGGTATCAAT-ACA-GT----ATT--TTGTGATAG-TAA-TAAA--CAGTG-TTCATG-TTGG-GGACTAGG---------T--TA-ACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACACTG-GCTTTCTAA-----T-ATAtttttatc
gi|2 : tatgATTATTGAATGGCAATCAGCCAAGAATAAATTGT-TGTACTATTGTATA--CATTA--GT--GTTCA-TGACA---TTGTTGAT--G--TGGACGTTTA-CTTGAT--GATA-AAGA----C-A--GTTT--CATTG-GATTTGAG-------A-AG----GGAGGGGTGG-GGATCTAGCAA-C--CAAAA-GT-C---------TGGT-AATGC----TT-ACTTGGCCCA-GT-AATGGT--ATGTAAT-GCA------TTACTTTT-----------TAGA--ATGAAGTAATGGTAATG-A--TAATGGCTA-AATTCTTG---AGTAAT--GGT--A--TG-TAATGC-TT--ACTTTTCA-ATGGTATTTTGCCTCATGTTGCT-----TACATA-ATGTAATggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|20 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgA---ACA------T--ATACTT---------T-TAC-------TTT--A-TATTTAAA--A-----GT--CTCATTT-A-TT-----TTTTATTTTTA--TTGATCTAA--CC-----CCC-ATTCCAATATACAT---TGAAACTAACAAA--AAAgt
gi|21 : tatctaataatcGTATTCCTTATGTA-CTT-AACTTCAAGCTTACAT-CAAGCAGAGTG-GTCTTTT----TT-A--------TCAT--TT---------TAA--GAAATTAA------TGCA-AC-AC-ACT--AA---TT-TA----TGTCC-ACTGTTT-AAACGACTta
gi|22 : ATTATCAAATG-CAATCA------------TTGCATGTA--------TA--CACAG--TA--GTACA-TAACA---CTAT--GT-----TGA-TGTGTAACTTA-T--GATA-A
gi|23 : acccttatg-ATT--TTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCATGATTGGAGGACTCAGAG------CT--CA-ACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACTG-GC--TCTTC-----TAATAAAGGCTTtttaggacacttctggggttttat
gi|24 : ---------T-T---------TAT--A-TTT---AA--AA----GT--CTCATTT-A-TT-----TTTTATTTT-A--TTGATCTAACCCC-CATTCCA-AT----ATA-ACAagg
gi|25 : tatttaataatcaaacatataatttatacT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA------C--A--------------------------TTT--A-T-T---AA--A-----
gi|26 : -TAA-TTAG--TGT-ATGTA-CATA-GTGGT-ATC-AT-ATATGT--A-ATT--ATGTAATAA-T------A--CAGTG-TTCTTGATTGAAcagacacttttttt
gi|27 : G-TGG-G-GG----GGGGGGGGGG-GTAC--AGAAATA--CAAAATGT-A----CACTATAGT-AATGC---ATT--CTTGa
gi|3 : a-CTT---------T-T---------TTTTAA-TCT---AAGAA-----GT--GTCATTT-A-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------AT----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACAGACTGCAACTACAA---CAGAA----TGTCC-ACTTTTTAAAACGACTG-TCATTCACACACACATTCAAAGCTAGAGTT--TGTATCAATTTCTAATATCGCAATCTATTTATATATGCGG-GATAAGAATa
gi|4 : GCATTGTGCAAGGTGCATTACTTTGTGGTGGTGATCTAAGTAAGTCGCCCAAGTAATGT-TAACGTGCACTGAAA-CTGC-ATACATTA--GTTGGGTGAATGG-TA-AATTAATT-CG-GTAGGTTT--ATATATTATTGTGTTT-TGCT-AGTATTATTTGGCCATATTAAGGTTT-GAGGTGTGTGACCTTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAGC--GC-GTG---------TGT---------TCT--A-TCT---TA--ATTGTTGT--GTCACTT-AATT---ATTTTTATTTC-AATTTAAT-TAA-----TAACC---AT----ATA-ATATAGTTGAAACTTGCAAAT-AAAAACATTTGGAACTTATATG---------TAT-CT----TAAAA---ATAC--TACATA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGGCA--TATCACCATCAGAATATTTGTCGCATAGTCTT-----TTA-A-GTAT-T-aac
gi|5 : atgggcggtaattgtgtgcgAACTCAGTGGTTTTTTT--CA-ACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAGAAC--TCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTG-TGAGTG-TA--C-------AATTAATTA--TG-----------A--CATAA--GTCAGTTCACCGACAACTCTAT---T--GAATG--TGTTAAACTTG-TTGAATATAGGA----CCAACGTTTTCCATTGAGATTTGGGGG-TG-----C----GGAGAGGGGG-GGAT--AGAAAACATAAAAA-GT-AATGGT---ATGGTAAATGCAAAATT-ACTTTGCCCAAGTAAATGGT--ACAAAAT-GTAAATTGATTACTTTTAGAAAA-----TAG---A-GTA--AATGGTAATG-AACTAA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAA--TGTTAATGTAATCAACTTTTCA-ATGTAATTCGCCCCCATG---CTG---ATACATA-TGGTAATTCACA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTTtaggggagacgtgaacgagaaag
gi|6 : a--AC-TTT---------T-T---------TTT--AATCT---AAGAA-----GT--GTCATTT-A-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------AT----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACTA-AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGTT--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTTTGT-TATCAATTTT--AATT-GCAATCTA----TATATG-GG-GAAAGGg
gi|7 : taTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCCTAACCCC-AT----ATA-ATAC---TAAAACTAAGAAA--GAAAACATT------------A---------T----T----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---ACCGCTAACAAAAT-C--------------C-----TTA-ATGTACTT-GTGAAGAAAAAAATTGGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAGACTCAAAA-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA----------CAAGCTTTCAT-CAAGCAGAGTGACCCTTTTG--ATTGATTTG---TTCATGCTTTCAATTC--TAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTT--G-TATCAATTTT--AAAT-GC-ATC------TATATATGG-GAAAGGg
gi|8 : GTAATGT-GTAATG-TGAT-CATTGC---A--TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGCGAT----TT--AC---TT-AAT---TA-TCGTAATGCCA-TTACTTTCAAAAA-ATTTTTGTG-AAATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA-TT---AATT-----ACATTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GT----ACA------T--AT-TTTAAATCAACAT-TAATTTATACTTT--A-TTTTA-AA--A-----GT--CTCAT-----TT---ATTTTTATTT--A--TTGATCTAA--CC-CCATTCCAAT----ATA-ACA-----GGAATTGTTAAC--AAACATATT------------G----------ATCAT----T----TATAAA---TTTTTGAAACTT-A-T-CTTTTTTACTTTg
gi|9 : A-TTGAAGTTCAATTGGATTAT--------------------C---CATA-TTTCCATAAAGTATA--CTATCAAAATG-TACTGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTATTTT--TATTTGTT-TTACGA--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TT-ATGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTAG--TGT-GTG-G-TATTAGTGGGTATC-ATAACTTAT--ATATTA-TTGTGATAA-T-A-TATA--CAGTGTTTCTTGATTGGAG-ATT--GTA------CC--CATATA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACATA-C--CCTTT-----T-AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 33333333 111 1 2222222222222222 11 11 111 11 111111 1111 222222222 3333333333333333333 1111 222222222222222222222222222222222222 2222222222222 11111 11111111 222 00000000000000000000000000000000 2222222 111 666666666666666666666666666666 1111 111 5555555555 1 2 1111 111111111 111111 11 11 222222222222 1111 1111 33333333333333 11 33333333 1 1 1 99999999999999999999 1 11 222 11111 1 11 111 1111 11 11 11 111111111111 11 22222222 2222222222 11 22222222222222222222222222 111 333333333333 1111 11111 11111 1 22222 11 666666666666 111111 11 111 2222222222222 1111 222222222 4444444444 11 1111 1 1111111111 111 11 2222222 22222 111 111111111 111 11 11 333333 222222222 11 1 11
lowQualScore : 444 2 55555 3 66666666 8 444 999 99 2 1 6 4444444444444444 6 6 3 6 5 55 55 99 5 000 00 88 222222 1 0000 5 5 888888888 3333333333333333333 5 5 5555 999999999999999999999999999999999999 55 4 2 5555555555555 777 1 555 99999 4 55 1 99999999 4 8888 4 6 9999 1 5 111 00000000000000000000000000000000 0 0 6666666 1 4 5 444 3 3 6 888888888888888888888888888888 0 0 8 1 5555 8 0 0 222 6 3333333333 5 0 99 5 3333 6 0 666666666 999999 5 5 33 33 000000000000 5 1 5 1 9999 6 6 9999 3 99 33333333333333 44 77 55555555 7 5 5 3 0 7 66666666666666666666 77777 3 33 6 111 3 77777 1 0 3 11 8 444 2222 11 1 8 8 11 8 11 888888888888 44 6 1 44444444 6 66 6 6 99 3333333333 6 6 2 5 5 77 00 1 5 77777777777777777777777777 222 5 777 66 5 0 0 44 111111111111 6 3 6 6 4444 99999 66666 6 5 1 6 1 00000 66 111111111111 222222 33 111 8888888888888 1 5555 6 999999999 99 666 6666666666 6 55 9999 3 8888888888 6 888 6 66 8 99 8 9999999 6 1 99999 111 8 1 777777777 8 0 111 11 88 11 8 777777 8 5 99 0 555555555 11 5 88 1
lowQualScore : ... . ..... . ........ . ... ... .. . . . ................ . . . . . .. .. .. . ... .. .. ...... . .... . . ......... ................... . . .... .................................... .. . . ............. ... . ... ..... . .. . ........ . .... . . .... . . ... ................................ . . ....... . . . ... . . . .............................. . . . . .... . . . ... . .......... . . .. . .... . . ......... ...... . . .. .. ............ . . . . .... . . .... . .. .............. .. .. ........ . . . . . . .................... ..... . .. . ... . ..... . . . .. . ... .... .. . . . .. . .. ............ .. . . ........ . .. . . .. .......... . . . . . .. .. . . .......................... ... . ... .. . . . .. ............ . . . . .... ..... ..... . . . . . ..... .. ............ ...... .. ... ............. . .... . ......... .. ... .......... . .. .... . .......... . ... . .. . .. . ....... . . ..... ... . . ......... . . ... .. .. .. . ...... . . .. . ......... .. . .. .
lowQualScore : 000 5 00000 2 66666666 0 888 333 22 5 3 7 3333333333333333 7 7 2 7 7 77 99 66 7 000 77 22 666666 2 6666 0 0 888888888 1111111111111111111 0 0 1111 333333333333333333333333333333333333 00 0 3 0000000000000 222 9 222 22222 0 55 6 55555555 0 5555 0 4 2222 0 9 000 77777777777777777777777777777777 4 6 0000000 7 3 7 888 7 7 7 555555555555555555555555555555 8 8 2 0 6666 0 8 8 000 7 0000000000 0 0 22 7 4444 6 1 777777777 666666 7 7 66 66 444444444444 7 3 7 4 0000 7 7 2222 2 22 77777777777777 33 77 77777777 3 5 0 3 7 3 77777777777777777777 33333 3 88 5 888 2 00000 0 0 2 00 0 000 8888 00 4 0 0 00 0 00 777777777777 00 7 0 88888888 7 22 7 7 22 0000000000 7 7 5 7 7 99 77 4 7 00000000000000000000000000 999 0 111 99 0 4 9 33 333333333333 7 7 7 7 2222 88888 77777 7 0 0 7 7 00000 55 333333333333 222222 00 777 7777777777777 0 0000 7 000000000 22 777 3333333333 7 88 5555 3 7777777777 7 333 7 44 0 00 0 6666666 0 0 66666 888 0 0 000000000 0 8 888 00 88 00 0 444444 0 6 66 8 333333333 00 0 00 0
consensus : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
Reference ( family-44 ) : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
gi|1 : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---A-ATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA---GCC-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TAGATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA-TTT-GAATT-------CTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CCT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCACTTAA-TT---A-TTTTATTTC-A--TTAAT-TAA-----TA--CCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTA-AAA--GAAAACATT------------GGAGCACA--TATAAT----TAAAATATACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCAATCACCATT--CAAAAT-ATTG-TCCATAGTCTTTA---TTAGATG-AC-TAGTGAAAAAA-----TGGACTCCGTAACCA--TA-CTATTGTTAACA--G-ACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTTAAA-TTCAAGC-TTCAT-CAAGGA-AGTGTTCCTTTTG--ATA-ATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAA--GAAACCAA-------GCA-AC-G-------AA---C--------TGT-T-AC------AAAGGA--G-------ACA-ATGCA-TCAAAGTT-GTGTT--A-TATCAATTTT--ATAA-AC-AT-------TAAATG-GATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTG-AACCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAA-TATG-CAAAGTACACAC---TAGCATGCATA-TTTT--T-AAGTATATACTATCAA--TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTC-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAAT-GTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTGG--TG--GTGTA-CATT-GTGGGAATC-AT-ACAT-T--A-ATT--ATGT-ATAGTT-A-TAAA--CGAGG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CTCACA-GCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGAGA--GCTTAGGANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG-CAATCA-CCA-GACTAACATG---ATA---------A--CATAG--GA--GTTCA-CGACC---CTA---AT--G--TG--AGTTTTACTTG----GATA-TAGACATGCCA--GTTT--CA-GGAGATTTTGGGA-TGG-AGAC----GGAGGGGGGGCGGGT--AGAAAT-------A-GT-AATGGTA--ATGTT-AATGC---ATT-ACTTGGCCC-AGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----AATACTTTTAGAATA---AGTAGA--A-ATAGTAATGGTAATGTA--TAAATGCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AATTTG-TAATGC-CT--ACTTTTCATATG-AATTCGGCCCCATGT--CTG---ATACATA-GTATAAT
gi|10 : ATTATAAAATG-CGGTCA-CCAGGAATAAATTCT-TGTA---------------AA--GT--ATACA-TGACA---CTAT--AT--T--GG--TGTGTAACTTG-T--GATA-AAGA----C-A--GTTT--CGTTGATATT-GGGGG-TGG--------------GGGGG-GGGT--GGAAATC--CAAAACGT-AATTGTA--ACGGT-AATGC---ATT-ACTTGACCCAAGT-AATGGTA-ATGTAAT-GC------ATTACATTTTGAAAA---A--AGATTA-ATGGTAATGGTAATG-A--T-AATGCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG------------CA-ATGTAATT-CGCCCCATGT--ataaaattacattaagttgagattt
gi|11 : cttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGAGAAGGCGGGA-GGGTT-AGAAAAC--CAAAA-GTTAATGGTA--AGGGT-A-TGCC--ATTTACT--GCCCCA-T-AATGGCTAATGTAATTGCAC----ATTACTTTTAGAAAATTTAGTGCA--A-GTAGAAAT-----TG-G--TA--TGCTA-A-TTCCTG--AA-TACT--CGT-AA--TG-TAATGCATTT-ACTTTTCA-ATGTAATTTCGTCCCA-GT---TGACAATACACATCTGTACTT-GCAACAATCTGAATt
gi|12 : aTA--AT-AATT-AT-TTCTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TAG-G-GG--TGT-GTGTA-CA-------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAA-T-A-TAAA--CAGTG-CTCTTGATTGGAGACCTCTGTG----------CA-ACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG-GC--CCTTA-----T-ACA
gi|13 : aT-AAGTAATGTGTAA--TG---------------------G--AT---GC-AATGT-TA-GTATAATG-CA-TTACTTTC--AAA-GTTTTGGTG-TAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACTTTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A------CTTAC-TTT---------A-T---------TCT--A-TTTA--AA--A-----GT--TTCAT-----TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAATCCC-CATCCCC-AT----ATA-ACAgtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|14 : gtgcattggaatGT-A-ATTGGTAATGCATTGC---AGAT-CATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TCCA---AAAACTGC-AT----TACAAT---GT-AATGG-TA-ATGTA-TG-CAATTACTTTCCAAAA-ATTTTGTTGTAAA-GCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACATTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA------C--Aaaga
gi|15 : aTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAATCCT--TTATTAAT-TTA-AA--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--T-TTCTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTAGTATGT-GTGTACCATA-ATGGT-ATC-AT-ACATGTCCC-ATTAGTTGTGATAG-T-ACTAAAACCAGTG-TTCTTGATT-GAAAACTttaattaaacataaactttt
gi|16 : --TGAAGTATA--CTATCCG--GT-CATTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA---TAT-A-ACCCTT--TGATTATCTTTA-GA--TCA-TTTAA--TG-TAG------TAATC-AT-TTCTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTAG--TG-----------------------------TGT--A-ATT--ATGTGATAT-C-A-TAAA--CAGTC-TTTTTGTTTGGACAACT
gi|17 : T-ATTT----TTTATACTTCCAAT---GTAATTGATATACAGATGTTCACA-TT-G--ACT--AAACATA-AACTTATGTCC-ACTTTTT-AAACAACTG-T--TTCACA-ATGCATTCAAAGTT-GTG------------TTTT--ATAT-AC-ATT------TATAT--GG-GAAAGGAACCCAAGC-T---GTGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtt
gi|18 : agATTATTAAATG-CAATCA-ACAGGAATAAACTGT-TGTACTTTGTA-TATTCGTAGTAGT--ACTTA---ACA---CTAT--GTTGA--TG--TATATAACTTG-T--GATA-AATA-----CA--CTGT--CATTGATATCTGGGt
gi|19 : ccttatg-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGC-AATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA-TT--GTATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--t
gi|2 : GTAATGTTG-TATGGTAATGCATTGC---AGATACATTCTTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-TAGTA-TGCGTAA--TGCACTGGAA-CTGC-AT----TAC-AT---TA-AATGGGTA-ATGT--TG-CT-TCTCTTTC--AAA--TTTTGGTGT-AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA-TTTTGAATT-----CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C---C-CTT---------T-T---------TTC----TCT---AC--GT----GTTGGTCACTT-A-AT---ATTTTC-TTTC-A--TTAATT----------ATTCC-AT----ATA-ATAT---TGAAACTTACAAT----AAACATT------------GGAGGCAGCTTAT-ATGATTTAGAATATAAA-------TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGG-----ACC--TATCAAT-T-TTTG-TAATTAGTTTTAATATTTA-ATGTAC-TCGTGAAAAAAAAAAT-GGACCTTG----TACATGCATATTGTTAACAG---ACTCAAGT-TTTG-GT-CTTCA-A-AGGGGCTA-AACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTT-AA-TTCAAGCTTTCATC-ATGGAGAGTGATCCTTTTGGAATT-ATTTGTAATT-ATGCTTTCATTTTTA-----GAAACCAATG------CA-AC-GA-AAT--AA---CT-AA----TGTCCCGCTGTTT-AAACGAC-----------A-ATGCATTTCAAGTA-GTGTT--T-T-TCAATTTT--ATA---A-ACT------TATATG-G---ATAGAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTT-ATTCAAAATTGAAACCCA-GCA-TTGAAGTTTAATCAAATTATGCC--AGTA---ACCCTC-ACATGT-TATTTTT--TGAAGTAC-TACTA-CAA--TG-TTTTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAATCTTTATAATTTAC-TTA-AAATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--T-TTCTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAG--TGTGGTGTA-TATT-GTGGGTATCAAT-ACA-GT----ATT--TTGTGATAG-TAA-TAAA--CAGTG-TTCATG-TTGG-GGACTAGG---------T--TA-ACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACACTG-GCTTTCTAA-----T-ATAtttttatc
gi|2 : tatgATTATTGAATGGCAATCAGCCAAGAATAAATTGT-TGTACTATTGTATA--CATTA--GT--GTTCA-TGACA---TTGTTGAT--G--TGGACGTTTA-CTTGAT--GATA-AAGA----C-A--GTTT--CATTG-GATTTGAG-------A-AG----GGAGGGGTGG-GGATCTAGCAA-C--CAAAA-GT-C---------TGGT-AATGC----TT-ACTTGGCCCA-GT-AATGGT--ATGTAAT-GCA------TTACTTTT-----------TAGA--ATGAAGTAATGGTAATG-A--TAATGGCTA-AATTCTTG---AGTAAT--GGT--A--TG-TAATGC-TT--ACTTTTCA-ATGGTATTTTGCCTCATGTTGCT-----TACATA-ATGTAATggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|20 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgA---ACA------T--ATACTT---------T-TAC-------TTT--A-TATTTAAA--A-----GT--CTCATTT-A-TT-----TTTTATTTTTA--TTGATCTAA--CC-----CCC-ATTCCAATATACAT---TGAAACTAACAAA--AAAgt
gi|21 : tatctaataatcGTATTCCTTATGTA-CTT-AACTTCAAGCTTACAT-CAAGCAGAGTG-GTCTTTT----TT-A--------TCAT--TT---------TAA--GAAATTAA------TGCA-AC-AC-ACT--AA---TT-TA----TGTCC-ACTGTTT-AAACGACTta
gi|22 : ATTATCAAATG-CAATCA------------TTGCATGTA--------TA--CACAG--TA--GTACA-TAACA---CTAT--GT-----TGA-TGTGTAACTTA-T--GATA-A
gi|23 : acccttatg-ATT--TTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCATGATTGGAGGACTCAGAG------CT--CA-ACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACTG-GC--TCTTC-----TAATAAAGGCTTtttaggacacttctggggttttat
gi|24 : ---------T-T---------TAT--A-TTT---AA--AA----GT--CTCATTT-A-TT-----TTTTATTTT-A--TTGATCTAACCCC-CATTCCA-AT----ATA-ACAagg
gi|25 : tatttaataatcaaacatataatttatacT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA------C--A--------------------------TTT--A-T-T---AA--A-----
gi|26 : -TAA-TTAG--TGT-ATGTA-CATA-GTGGT-ATC-AT-ATATGT--A-ATT--ATGTAATAA-T------A--CAGTG-TTCTTGATTGAAcagacacttttttt
gi|27 : G-TGG-G-GG----GGGGGGGGGG-GTAC--AGAAATA--CAAAATGT-A----CACTATAGT-AATGC---ATT--CTTGa
gi|3 : a-CTT---------T-T---------TTTTAA-TCT---AAGAA-----GT--GTCATTT-A-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------AT----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACAGACTGCAACTACAA---CAGAA----TGTCC-ACTTTTTAAAACGACTG-TCATTCACACACACATTCAAAGCTAGAGTT--TGTATCAATTTCTAATATCGCAATCTATTTATATATGCGG-GATAAGAATa
gi|4 : GCATTGTGCAAGGTGCATTACTTTGTGGTGGTGATCTAAGTAAGTCGCCCAAGTAATGT-TAACGTGCACTGAAA-CTGC-ATACATTA--GTTGGGTGAATGG-TA-AATTAATT-CG-GTAGGTTT--ATATATTATTGTGTTT-TGCT-AGTATTATTTGGCCATATTAAGGTTT-GAGGTGTGTGACCTTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAGC--GC-GTG---------TGT---------TCT--A-TCT---TA--ATTGTTGT--GTCACTT-AATT---ATTTTTATTTC-AATTTAAT-TAA-----TAACC---AT----ATA-ATATAGTTGAAACTTGCAAAT-AAAAACATTTGGAACTTATATG---------TAT-CT----TAAAA---ATAC--TACATA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGGCA--TATCACCATCAGAATATTTGTCGCATAGTCTT-----TTA-A-GTAT-T-aac
gi|5 : atgggcggtaattgtgtgcgAACTCAGTGGTTTTTTT--CA-ACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAGAAC--TCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTG-TGAGTG-TA--C-------AATTAATTA--TG-----------A--CATAA--GTCAGTTCACCGACAACTCTAT---T--GAATG--TGTTAAACTTG-TTGAATATAGGA----CCAACGTTTTCCATTGAGATTTGGGGG-TG-----C----GGAGAGGGGG-GGAT--AGAAAACATAAAAA-GT-AATGGT---ATGGTAAATGCAAAATT-ACTTTGCCCAAGTAAATGGT--ACAAAAT-GTAAATTGATTACTTTTAGAAAA-----TAG---A-GTA--AATGGTAATG-AACTAA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAA--TGTTAATGTAATCAACTTTTCA-ATGTAATTCGCCCCCATG---CTG---ATACATA-TGGTAATTCACA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTTtaggggagacgtgaacgagaaag
gi|6 : a--AC-TTT---------T-T---------TTT--AATCT---AAGAA-----GT--GTCATTT-A-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-A-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT--------------------------AT----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-AATGTA--CTT----------------T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTAT-A--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACTA-AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGTT--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTTTGT-TATCAATTTT--AATT-GCAATCTA----TATATG-GG-GAAAGGg
gi|7 : taTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCCTAACCCC-AT----ATA-ATAC---TAAAACTAAGAAA--GAAAACATT------------A---------T----T----TAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---ACCGCTAACAAAAT-C--------------C-----TTA-ATGTACTT-GTGAAGAAAAAAATTGGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAGACTCAAAA-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA----------CAAGCTTTCAT-CAAGCAGAGTGACCCTTTTG--ATTGATTTG---TTCATGCTTTCAATTC--TAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTT--G-TATCAATTTT--AAAT-GC-ATC------TATATATGG-GAAAGGg
gi|8 : GTAATGT-GTAATG-TGAT-CATTGC---A--TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGCGAT----TT--AC---TT-AAT---TA-TCGTAATGCCA-TTACTTTCAAAAA-ATTTTTGTG-AAATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA-TT---AATT-----ACATTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GT----ACA------T--AT-TTTAAATCAACAT-TAATTTATACTTT--A-TTTTA-AA--A-----GT--CTCAT-----TT---ATTTTTATTT--A--TTGATCTAA--CC-CCATTCCAAT----ATA-ACA-----GGAATTGTTAAC--AAACATATT------------G----------ATCAT----T----TATAAA---TTTTTGAAACTT-A-T-CTTTTTTACTTTg
gi|9 : A-TTGAAGTTCAATTGGATTAT--------------------C---CATA-TTTCCATAAAGTATA--CTATCAAAATG-TACTGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTATTTT--TATTTGTT-TTACGA--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TT-ATGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTAG--TGT-GTG-G-TATTAGTGGGTATC-ATAACTTAT--ATATTA-TTGTGATAA-T-A-TATA--CAGTGTTTCTTGATTGGAG-ATT--GTA------CC--CATATA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACATA-C--CCTTT-----T-AT
blockSeqs : TG G GCAAG A TGGTGGTG T GTC CAA CG C A G ACATTAGTTGGGTG G . A C A CA TA TA T CAT GT TT GTGTGA T ACTG T T TATTGAGG GCACTTGCTACT C T ATGT TATTTTAAATCAACATTAATTTATAC TA A T TAATTGTT TGG T AA TTCAT T AT C TCCCCAT A TCCA T C AGTT T C AAG GGAGGCAGCTTATATGATT CGGTATC T C G T G T A TAATTAGTTTTAATATTTAATGTACTC G A ACAG . TAT C ACTTAATT C A GA G GTAA T GTAATT GATGTT G T CA AC ACATAAACTTA C T A T TCA C A TGT A TA TCGCAATCTATTTA GC G GCTG A A . . T GCCAGTAACCCTCA ATGT T CA G TA T AATG A T T CG C AAG TAAA TA A T C AT A AA TACTACCATT A G C CATAATTT A TC T C TC TTAGTG G G C G T TA TG T C TTAGTGGGTATCATAACTTATAT AGT . AC AC T CT TGGTTTTTTT T G T A CTTC GCTT . A G A G G GCCAA CA CTTTGTATATT TAGT CC ACT TGATGTGGA G TTG T CCAAC TC AGA GTATACTTGA . CT ACAT C TAATGGTA A AAA T AA A TA T AAATTGA T A TTTAG ATT T T ATAATG C ATA TG AA . T TAATCA . T TC TTGACA TC C . T
blockSeqs : GT G AG G T . T AA . C A . TACAATGT . . A . . AA G TT . . T T A A . . . GTG TACTTAATATT . . A AGCGAGCGCGTGTGT . . C TTAAAA T T A TTCAT . . T CCCCCAT . . . T T A C AAG TGGAACTTATATGTATCT CGGTATC T C . T A A . TCGCATAGTCTTTTAAGTATT G T ACA . TAT C CTTAACTT C A . . GT C TCTATA TATGTG . . A A CAGAA . G . T TT . . TG A . TGCAATCTA AT G CTT . . T . CA . . G A T GT T . C . . . TAT . T . . . . . TCGTAATAA A . C CT . CT . . . TAGACT . . C . . . T T . TAATGGTATCATACATGTCCC AT . AA . . AG AGCT . A . . . AAC . . . A CCAG T CTATTGTATA GTCA T . GTTGATG A AT . CA . GG GGGG . T TC T AATTGTA . C . CA . A . ACA A A A A . A AACTAA . A . A . . CATTT . T TT TTGCT A
blockSeqs : A . AG G . . T TA . C . . TACATTA . . A . . . A T . . T T A T . . . ATA TACCA . . A TATACTTTTAC . . A AAGAA C T A AT . . C CCCTAA . . . C T A G TA GATCAT CGGTATC T C . T G T . CTTAATGTACTT A T ACA . TAT C . C . . . GT C TCTATA TATGTG . . C . CTAA . G . T T . . T A . TACATT G G . A A . TG A . C . . . TA . A . . . . . TAGTAAAT A . C C . CC . . . TT . . C . . . T T . TTGTGGGTATCAATACAGT A . A . . CA TACC . A . . . GC . . . A ACAG T TA GT T . TGAATG T T . CA . GG AAG . . AC . AATGGT . . . AA . . . A A A . A . T ATAAT . A . A . . CTT . G CG CTG T
blockSeqs : A . . . T A . . . . TTACTT . . . . . . A C . . T T A T . . . AT TGTA . . A CTTACTTTAT . . T AAGAA C T A AT . . C CCTAA . . . C A T C A ATT CTACA T C . . G A . AATGTACTTT . T G . A . . . . . . G C TCTAA TATGTG . . C . TTTA . T . T T . . G . . TGCATC G G . . . . C . T . . . . . TAGTA . . T T . C . . . CT . . . . . . T T . TAGTGGTATCATATATGTA A . A . . CA TG . G . . . GC . . . A . T A GT T . ATTGG G T . CA . . G . . TA . ACACT . . . A . . . A . . . . . . GTAT . . . . . . . . T C
blockSeqs : A . . . . GATGC . . . . . . A T . . . T C T . . . AA TATA . . A CACCTTTT . . C TAAAA G T A AT . . C CCTAA . . . T A A G G AT TTTT A . . . . A . AATGTACTTT . . . . . . . C TTTA TG . . C . CAAA . T . T . . . . . . AACT . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . TGTA T . A . . . T . . . . . AC . . . . . . . TA . . GTTGA T T . . C . . C . C . . .
blockSeqs : . . . A . . . . A C . . . A TA . . . CCCTTTT . . C AAAA G T A AT . . C CCCCA . . . T T A G A AT . . . . . . . TAA . . . . . CAAA . T . . . . . . . . TGTA T . A . .
blockSeqs : . A A . . . A TA . . . CA . . C ACGT G . . . . . C TAA . . . C . G T . A . . . .
blockSeqs : . . . T AAAA C . . . . . C CC . . . .
blockSeqs : . . . AAA . . . A . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AG*** T******* T** TACACTN********* T* A***** TACA*************** AAAA********* A** AT*** CCCAA*** GGCTATCT************************ CGGTATC T** TGCGTCTTTAATGTACTTT*********** ACG* TAT ********** TCTATA*** TATGTG C* CNAA******** T*** TGCAATCT****** G* A* CT****** T* TGCT******** GC*** ***** CAG** T* T*** CA******* GGG******* TC** AACGTA**** AA AA***** ***** ATAAT**** ** CC****
originalCons : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-AT----TA--AT---GT-AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCT---AA--A-----GT--GTCATTT-A-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CC-TAACCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT------------G---------TAT-AT----TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTG-NACGTAGTCTT-----TTA-ATGTAC-T-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACA-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA-CTT-AA-TTCAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATAA--GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AA---CA-AA----TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GC-ATC------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGAGC--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA-CCAGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA-AAGA----CCA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-A-AC----GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GT-AATGGTA--ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGAAAA---AGTAGA--A-GTAGTAATGGTAATG-A--TAAATGCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCATT--ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
finalCons : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGCAG---ATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAAT--GCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-ATTACACTN---------AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGT-AATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATTA-----CTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTATACA---------------CAG-AT-GTA---ACA------C--AC-CTT---------T-T---------TTT--A-TCTAAAA---------GT--GTCATTTA--TTAT---TTTTATTTC-A--TTAATCTAACCCAA---CCCC-AT----ATA-ACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATTGGCTATCT------------------------TAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCAT--ACCGCTAACAAAAT-CTTGTGCGTCTTTAATGTACTTT-----------GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAACG-ACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA----------CAAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-CCCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATA---GAAACCAATATGTGTACA-AC-GC-ACT--AACNAA--------TGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGT---TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATATGCAATCT------TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTT---GTGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCA-TTGAAGTTCAATCGAATTATG-C--AGTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTA-T-TTCTCTGTCCCACT------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-AT-ACATGT--A-ATT--NTGTGATAG-T-A-TAAA--CAGTG-TTCTTGATTGGAGAACTCAGTGCT--------CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAGGC---TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCACAG--GAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTGT---GATA-AAGACA-------GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGGGG-------GGAGGGGGGG-GGGT--AGAAATC--CAAAA-GTAACGTA----ATGGT-AATGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCAA-----TTACTTTTAGAAAA-----TAGA--A-GTAGTAATGGTAATGATAAT----GCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATGCC----ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111 1111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11111 33333333 111 11 1 444444444444444 11 111 11 111111 1111 222222222 3333333333333333333 1111 111111 111111111111 11111111111 1111111 1111 1111111 222 2222222222222222222222222222 2222222 111 1111111111111111111111111 1 111 111 66666666666666666 1 111 1111 1 111111 111 22222222222 111 1111 1111 3333333333333333333 111 1 44444 1 1 1 99999999999999999999 1 11 222 11111 1 11 111 1111 11 11 11 111111111111 11 22222222 2222222222 11 22222222222222222222222222 333333333333 1111 111111 11111 1 333333 11 666666666666 111111 11 111 2222222222222 1111 2222 22222 111 555555555555555 11 1111 1 44444444 11111 111 11 2222222 11 11 222222 1111 111 11 11 5555555555 222222222 11 1 11
lowQualScore : 444 2 55555 3 66666666 8 444 00 99 2 1 6 666666666666666 6 6 3 6 5 55 55 5 5 000 77 5 222222 1 0000 5 5 888888888 3333333333333333333 5 5 7777 222222 55 1 888888888888 55 3 99999999999 1 2222222 777 1 8 7777 4 55 1 9999999 66 6 9999 1 5 111 0000000000000000000000000000 0 3333333 1 4 5 444 3 3 6 7777777777777777777777777 9 0 0 8 1 5 888 8 0 0 222 6 22222222222222222 3 5 999 99 5 3333 0 5 5 999999 555 22222222222 444 5 1 5 1 9999 6 6 5555 8888888888888888888 6 555 2 22222 7 5 5 3 0 7 66666666666666666666 77777 3 33 6 111 3 77777 1 0 3 11 8 444 2222 11 1 8 8 11 8 11 888888888888 44 6 1 44444444 6 66 6 6 99 3333333333 6 6 2 5 5 77 00 1 5 77777777777777777777777777 777 5 5 777 66 5 0 0 6 111111111111 6 3 6 6 4444 222222 66666 6 5 1 6 1 111111 66 111111111111 222222 33 111 8888888888888 1 5555 0000 33333 111 77 11 0 222222222222222 6 6 55 9999 3 00000000 6 66666 888 6 66 8 99 8 9999999 6 11 11 555555 8 1 3333 8 999 8 0 111 11 88 11 8 3333333333 8 5 99 0 555555555 11 5 88 1
lowQualScore : ... . ..... . ........ . ... .. .. . . . ............... . . . . . .. .. . . ... .. . ...... . .... . . ......... ................... . . .... ...... .. . ............ .. . ........... . ....... ... . . .... . .. . ....... .. . .... . . ... ............................ . ....... . . . ... . . . ......................... . . . . . . ... . . . ... . ................. . . ... .. . .... . . . ...... ... ........... ... . . . . .... . . .... ................... . ... . ..... . . . . . . .................... ..... . .. . ... . ..... . . . .. . ... .... .. . . . .. . .. ............ .. . . ........ . .. . . .. .......... . . . . . .. .. . . .......................... ... . . ... .. . . . . ............ . . . . .... ...... ..... . . . . . ...... .. ............ ...... .. ... ............. . .... .... ..... ... .. .. . ............... . . .. .... . ........ . ..... ... . .. . .. . ....... . .. .. ...... . . .... . ... . . ... .. .. .. . .......... . . .. . ......... .. . .. .
lowQualScore : 000 5 00000 2 66666666 0 888 22 22 5 3 7 000000000000000 7 7 2 7 7 77 99 7 7 000 77 0 666666 2 6666 0 0 888888888 1111111111111111111 0 0 2222 888888 55 4 777777777777 00 6 44444444444 4 2222222 222 9 9 4444 0 55 6 4444444 55 4 2222 0 9 000 3333333333333333333333333333 4 4444444 7 3 7 888 7 7 7 0000000000000000000000000 8 8 8 2 0 0 666 0 8 8 000 7 55555555555555555 5 0 555 22 7 4444 1 0 7 666666 777 33333333333 111 7 3 7 4 0000 7 7 2222 3333333333333333333 7 555 0 77777 3 5 0 3 7 3 77777777777777777777 33333 3 88 5 888 2 00000 0 0 2 00 0 000 8888 00 4 0 0 00 0 00 777777777777 00 7 0 88888888 7 22 7 7 22 0000000000 7 7 5 7 7 99 77 4 7 00000000000000000000000000 999 0 0 111 99 0 4 1 0 333333333333 7 7 7 7 2222 000000 77777 7 0 0 7 7 777777 55 333333333333 222222 00 777 7777777777777 0 0000 8888 33333 777 99 66 1 000000000000000 7 7 88 5555 3 33333333 7 77777 333 7 44 0 00 0 6666666 0 00 00 888888 0 0 0000 0 666 0 8 888 00 88 00 0 4444444444 0 6 66 8 333333333 00 0 00 0
consensus : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-ATTACATTN--------AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGT-AATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--ACCTT---------T--T--TT-T--A--------TCTAA-AA----GT--GTCATTTA-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCC--AACCCC-ATATAACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT-GGA--------T-------AT------TTAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTGT----TAGTCTT------TA----ATGTACTT-GTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAAC-GACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA--------C--------AAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATA-GAAACCAATATGTGTACA---AC---GC-ACT--AAC-NAATGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GCAATCTA----TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTTG---TGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCATT-GAAGTTCAATCGAATTATG-CA--GTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-ATA-CATGT--A-ATT--AT-GTGATAG-T-A-TAAA--CAGTGTT-CTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAG-G-C--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA--C-AGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA----AAGA-----CA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-------GG--GGAGGGGGGG-GG-GT--AGAAATC--CAAAA-GTAA-C-GTAATGGT-AA-----TGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGA--AAAT--AG---A--A-GTAGTAATGGTAATG-A--T-AAT-GCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG----C---T-ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
Reference ( family-44 ) : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---AGATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-ATTACACTN--------AATGG-TA-ATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGT-AATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA-TTT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--ACCTT---------T--T--TT-T--A--------TCTAA-AA----GT--GTCATTTA-TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCC--AACCCC-ATATAACAT---TGAAACTNANAAA--GAAAACATT-GG-------C-T-------AT----C-TTAAGATATATACGGTATCTATAGTTTCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTGT-GC---GTCTT------TA----ATGTACTTTGTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAAC-GACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA--------C--------AAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATA-GAAACCAATATGTGTACA---AC---GC-ACT--AAC-NAATGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACGCATTCAAAGCT-GTGTT--T-TATCAATTTT--ATAT-GCAATCT-----TATATG-GG-GAAAGGAATCCAAGCTTG---TGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAAACCCAGGCATT-GAAGTTCAATCGAATTATG-CA--GTA---AC---C-GCATGCATA-TTTT--TGAAGTATATACTATCAA--TG-CNTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTA-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATT-AT-TTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTAG--TGT-GTGTA-CATT-GTGGG-ATC-ATA-CATGT--A-ATT--NT-GTGATAG-T-A-TAAA--CAGTGTT-CTTGATTGGAGAACTCAGTG------CT--CA-ACAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TGCACAG-G-C--TCTTA-----T-ATAAAGGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACCANATTATTAAATG-CAATCA--C-AGGAATAAATTGT-TGTA--------TA--CATAG--GT--GTTCA-CGACA---CTAT--AT--G--TG--TGTNTAACTTG-T--GATA----AAGA-----CA--GTTT--CATTGAGATTTGGGGG-TGG-------GG--GGAGGGGGGG-GG-GT--AGAAATC--CAAAA-GTAA-C-GTAATGGT-AA-----TGC---ATT-ACTTGGCCCAAGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----ATTACTTTTAGA--AAAT--AG---A--A-GTAGTAATGGTAATG-A--T-AAT-GCTA-AATTCTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG----C---C-ACTTTTCA-ATGTAATTCCGCCCCATGT--CTG---ATACATA-NTGTAATTCGCAACAATCTGNATGTGTTGAAGTTT
gi|1 : GTAATGT-G-AATGGTAATGCATTGC---A-ATGCATTACTTTTT-------ATC-AAGTAA---GCC-AAGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGC-ATTA-ATGT--------AATGG-TAGATGTAATG-CA-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGTTAATGCT-AGCATTATTTGGC---ACT-CA-TTT-GAATT-------CTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A-GTTTTTA--------TAC--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C--ACCCT---------T--T--TT-T--A--------TCTAA-A-----GT--GTCACTTAATT---ATTTT-ATTTC-A--TTAAT-TAA--T-----ACCC--ATATAATAT---TGAAACTTA-AAA--GAAAACATT-GGAGCA---CAT-------AT----AATTAAAATATACA-------TATAGTATCACT-CTTCTTTACTTTGTGGCAATCACCATT--CAAAAT-ATTGT-CCATAGTCTT------TATTAGATG-ACTA-GTGAAAAAA-----TGGACTCCGTAACCA--TAC-TATTGTTAACA---GACTCAACCACTTTTGTTCTTCA---AAGGGCATCACCTCTCTTAGTATTCCTTATGTA--------CTTAAATTCAAGCTT-CATC-AAGGA-AGTG-TTCCTTTTG--ATA-ATTTGT--TT-ATGCTCTTCATTTTATAAGAAACCAA-------GCA---AC---G-------AAC----TGTT--AC------AAAGGA--G-------ACA-ATGCAT-CAAAGTT-GTGTT--A-TATCAATTTT--ATA----AACAT-----TAAATG-GATAAAAGAAATCCAAACTTAAAATGCAAAACTTGTGATCAATCCATTTGTAAATTTAATTCAAAATTGAA-CCCAGGCATTTGAAGCTCAATCAAAT-ATG-CAAAGTACACAC---TAGCATGCATA-TTTT--T-AAGTATATACTATCAA--TGCCTTTGTGA-TTATCTTGGTCCCC--AT-AAGA---TTT-ACAATCTT--TAATTATC-TTC-AA--TTA-TTTGA--TGTTAGTA--ATTAATTAAT-GTCTCTGTCCCAC------TTATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CACC----CT----TA-GGG-ACTT-TAA-TTGG--TG--GTGTA-CATT-GTGGGAATC-ATA-CAT-T--A-ATT--AT-GT-ATAGTT-A-TAAA--CGAGGTT-CTTGATTGGAGAACTCAGTG------CTCACA-GCAGACTGTGTTT-ATATAGA-CAC----TACACAGAG-A--GCTTAGGANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAA-ACCATATTATTAAATG-CAATCA--C-CAGACTAACATG---ATA---------A--CATAG--GA--GTTCA-CGACC---CTA---AT--G--TG--AGTTTTACTTG----GATA----TAGACATGCCA--GTTT--CA-GGAGATTTTGGGA-TGG-------AGACGGAGGGGGGGCGG-GT--AGAAAT-------A-GTAA-TGGTAATGTT-AA-----TGC---ATT-ACTTGGCCC-AGT-AATGGT--ATGTAAT-GCA-----AATACTTTTAGAATAAGT--AG---A--A-ATAGTAATGGTAATGTA--TAAAT-GCTA-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AATTTG-TAATG----C---CTACTTTTCATATG-AATTCGGCCCCATGT--CTG---ATACATA-GTATAAT
gi|10 : ATTATAAAATG-CGGTCA--CCAGGAATAAATTCT-TGTA---------------AA--GT--ATACA-TGACA---CTAT--AT--T--GG--TGTGTAACTTG-T--GATA----AAGA-----CA--GTTT--CGTTGATA-TTGGGGG-T----------------GGGGGGG-GG-GT--GGAAATC--CAAAACGTAATT-GTAACGGT-AA-----TGC---ATT-ACTTGACCCAAGT-AATGGTA-ATGTAAT-GC------ATTACATTTTGA--AAAA--AG---ATTA-ATGGTAATGGTAATG-A--T-AAT-GCCT-AATTTTTG--AAGTAAT--GGT-AA--TG-TAATG----------------CA-ATGTAATT-CGCCCCATGT--ataaaattacattaagttgagattt
gi|11 : cttatgTTT--CATTGAGATTTGGGAGATGGTATACTTGA--GAAGGCGGGA-GG-GTT-AGAAAAC--CAAAA-GT------TAATGGT-AAGGGTATGCC--ATTTACT--GCCCCA-T-AATGGCTAATGTAATTGCAC----ATTACTTTTAGA--AAATTTAGTGCA--A-GTAGAAAT-----TG-G--T-A-T-GCTA-A-TTCCTG--AA-TACT--CGT-AA--TG-TAATG----CATTT-ACTTTTCA-ATGTAATTTCGTCCCA-GT---TGACAATACACATCTGTACTT-GCAACAATCTGAATt
gi|12 : aTA--AT-AATT-AT-TTCTTTGTCCCAC------T-ATT-ATAC-TGTCTTAAAA-ACA--CACC-----T----TA-G-----TT-TAG-G-GG--TGT-GTGTA-CA-------------------TGT--A-ATT--AT-GTGATAA-T-A-TAAA--CAGTGCT-CTTGATTGGAGACCTCTGTG----------CA-ACAGACTGTGTTT-ATACAGA-CAC----TGTACAG-G-C--CCTTA-----T-ACA
gi|13 : aT-AAGTAATGTGTAA--TG----GA----TGC-A-----------------ATGT-TA-GTATAATG-CA-TTACTTTC--AAA-GTTTTGGTGT-AATGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACTTTTATC----A-GAT-ATTAGT------GTGTCTTTA--------TACTTAATATTCAG-AT-GTA---A-A------CTTACTTT---------A--T--TC-T--A--------TTTAA-AA----GT--TTCAT----TT---ATTTTTATTTC-A--TTAATCTAATCCCC--ATCCCC-ATATAACAgtcctccagtaattgctttggaccactttgtagtaccaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna
gi|14 : gtgcattggaatGT-A-ATTGGTAATGCATTGC---AGAT-CATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT-A-GTAATGTGTAA--TCCA---AAAACTGC-ATTACAATGT-------AATGG-TA-ATGTA-TG-CAATTACTTTCCAAAA-ATTTTGTTGT-AAAGCT-AGCATTATTTGGC---ATTACA--TT-GAATT-----ACATTTATAACTGA-AAT-ATTAGT------A-TTTTTTA--------TGT--A-----CAG-AT-GCATGTACA------C--Aaaga
gi|15 : aTCTTGGTTCCCCGAT-AAGAAAGTTT-ATAATCCT--TTATTAAT-TTA-AA--TTAATTTGAAATGTC-GTA--ATAAAAT--T-TTCTCTGTCCCAC-------TATCAATATCTG-CTTAAAACCCA--CACC----TT----TG-GGG-ACTTGTAATTTAGTATGT-GTGTACCATA-ATGGT-ATC-ATA-CATGTCCC-ATTAGTT-GTGATAG-T-ACTAAAACCAGTGTT-CTTGATT-GAAAACTttaattaaacataaactttt
gi|16 : --TGAAGTATA--CTATCCG--GT-CATTGTGA-TTATCTTGTTCCCC--AT-AAGA---TAT-A-ACCCTT--TGATTATCTTTA-GA--TCA-TTTAA--TG-TAG------TAATC-AT-TTCTCTTTCCCA-------TTATT-ATACTAG-GTTAAGA-CCA--CACC----TTAGTGTAGGGG-ACTT-TAA-TTAG--TG-----------------------------TGT--A-ATT--AT-GTGATAT-C-A-TAAA--CAGTCTT-TTTGTTTGGACAACT
gi|17 : T-ATTT----TTTATACTTCCAATGTAATT-GATATACAGATGTTCACATTGACTAAAC-ATA--AAC-TTATGTCC-ACTTTTT-AAACAACTG-T--TTCACA-ATGCATTCAAAGTT-GTGTT--T-TAT-----------AT-ACA--TT-----TATATG-GG--AAAGGAACCCAAGCT-G---TGCAAAACTTGTGGCCCATCCCTTTGCAAATGTAtt
gi|18 : agATTATTAAATG-CAATCAA-C-AGGAATAAACTGT-TGTACTTTGTA-TATTCGTAGTAGT--ACTTA---ACA---CTAT--GTTGA--TG--TATATAACTTG-T--GATA----AATA-----CA--CTGT--CATTGATATCTGGGt
gi|19 : ccttatg-TTACTTTC--AAA-ATTTTGGTGC-AATGCT-AACATTACTTGGC---ATTACA--TT-GTATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------A--TTCTTA--------T----A-----TAG-AT-GT----ACA------C--ACCTT---------T--T--TT-T--t
gi|2 : GTAATGTTG-TATGGTAATGCATTGC---AGATACATTCTTTTTT-------ATC-AAGTAA--TGCT-TAGTA-TGCGTAA--TGCACTGGAA-CTGC-ATTACATTA--------AATGGGTA-ATGT--TG-CT-TCTCTTTC--AAA--TTTTGGTGT-AATACTTAGCATTATTTGGC---ATTACA-TTTTGAATT-----CCTTTTATA----A-GATTATTAGT------A--TTTTTA--------TAT--A-----CAG-AT-GTA---ACA------C---CCTT---------T--T--TT-C-----------TCTAC-GT----GTTGGTCACTTA-AT---ATTTTC-TTTC-A--TTAATT-----------ATTCC-ATATAATAT---TGAAACTTACAAT----AAACATT-GGAGGCAGCT-T-------ATATGAT-TTAGAATATAAA-------TATAGTATCA-----TCTTT----TGTGG-----ACC--TATCAAT-T-TTTGT-AATTAGTTTTAATATTTA----ATGTACTC-GTGAAAAAAAAAAT-GGACCTTG----TACATGCATATTGTTAACA---GACTCAAGT-TTTG-GT-CTTCA-A-AGGGGCTA-AACT-TCTTAGTATTCATTATGTAACTTAATTC--------AAGCTTTCATC-ATGGAGAGTGAT-CCTTTTGGAATT-ATTTGTAATT-ATGCTTTCA-TTTT-TA-GAAACCAATG------CA---AC---GA-AAT--AAC-TAATGTCCCGCTGTTT-AAACGAC-----------A-ATGCATTTCAAGTA-GTGTT--T-T-TCAATTTT--ATA----AA-CT-----TATATG-G---ATAGAAATCCAA-CTT----TGCAAATCTTGTAATCAATCCATTTGTAAATTT-ATTCAAAATTGAAACCCA-GCATT-GAAGTTTAATCAAATTATGCCA--GTA---ACCCTC-ACATGT-TATTTTT--TGAAGTAC-TACTA-CAA--TG-TTTTGTGATTTATCTTGGT-ACC--ATCAAGA---TTTAAAAATCTTTATAATTTAC-TTA-AAATCTA-TTAGA--TG-TAGTA--AAT-ATT--T-TTCTCTGTCC----------TATC-ATACCTG-CTTAAAA-CCA--CA-A----CT----TA-GGG-A-TT-TAA-TTAG--TGTGGTGTA-TATT-GTGGGTATCAATA-CA-GT----ATT--TT-GTGATAG-TAA-TAAA--CAGTGTT-CATG-TTGG-GGACTAGG---------T--TA-ACAGACTATGTTT-AT-TAG--CAC----TACACTG-G-CTTTCTAA-----T-ATAtttttatc
gi|2 : tatgATTATTGAATGGCAATCAGCC-AAGAATAAATTGT-TGTACTATTGTATA--CATTA--GT--GTTCA-TGACA---TTGTTGAT--G--TGGACGTTTA-CTTGAT--GATA----AAGA-----CA--GTTT--CATTG-GATTTGAGAA------------G--GGAGGGGTGG-GG-ATCTAGCAA-C--CAAAA-GT---C-----TGGT-AA-----TGC----TT-ACTTGGCCCA-GT-AATGGT--ATGTAAT-GCA------TTACTTTT--------T--AG---A--ATGAAGTAATGGTAATG-A--T-AATGGCTA-AATTCTTG---AGTAAT--GGT--A--TG-TAATG----CT--T-ACTTTTCA-ATGGTATTTTGCCTCATGTTGCT-----TACATA-ATGTAATggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatgattattgaatggcaatcagccaagaataaattgttgtactattgtatacattagtgttcatgacattgttgatgtggacgtttacttgatgataaagacagtttcattggatttgagaagggaggggtggggatctagcaaccaaaagtctggtaatgcttacttggcccagtaatggtatgtaatgcattactttttagaatgaagtaatggtaatgataatggctaaattcttgagtaatggtatgtaatgcttacttttcaatggtattttgcctcatgttgcttacataatgtaatgt
gi|20 : tatggtaatgttgtatggtaatgcattgcagatacattcttttttatcaagtaatgcttagtatgcgtaatgcactggaactgcattacattaaatgggtaatgttgcttctctttcaaattttggtgtaatacttagcattatttggcattacattttgaattccttttataagattattagtatttttatatacagatgtaacacccttttttctctacgtgttggtcacttaatattttctttcattaattattccatataatattgaaacttacaataaacattggaggcagcttatatgatttagaatataaatatagtatcatcttttgtggacctatcaatttttgtaattagttttaatatttaatgtactcgtgaaaaaaaaaatggaccttgtacatgcatattgttaacagactcaagttttggtcttcaaaggggctaaacttcttagtattcattatgtaacttaattcaagctttcatcatggagagtgatccttttggaattatttgtaattatgctttcatttttagaaaccaatgcaacgaaataactaatgtcccgctgtttaaacgacaatgcatttcaagtagtgtttttcaattttataaacttatatggatagaaatccaactttgcaaatcttgtaatcaatccatttgtaaatttattcaaaattgaaacccagcattgaagtttaatcaaattatgccagtaaccctcacatgttattttttgaagtactactacaatgttttgtgatttatcttggtaccatcaagatttaaaaatctttataatttacttaaaatctattagatgtagtaaatatttttctctgtcctatcatacctgcttaaaaccacaacttagggatttaattagtgtggtgtatattgtgggtatcaatacagtattttgtgatagtaataaacagtgttcatgttggggactaggttaacagactatgtttattagcactacactggctttctaatataggttaggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatatg---ATA------T--ACTTT---------TACT--TTAT--A--------TTTAA-AA----GT--CTCATTTA-TT-----TTTTATTTTTA--TTGATCTAA--CCCCCATTCCA-ATATA-CAT---TGAAACTAACAAA--AAAgt
gi|21 : tatctaataatcaacGTATTCCTTATGTACTTAACTTC--------AAGCTTACAT-CAAGCAGAGTG-G-TCTTTT----TT-ATC-----------------ATTTTA-A-GAAATTAA------TGCA---AC---AC-ACT--AAT-TTATGTCC-ACTGTTT-AAACGACTta
gi|22 : ATTATCAAATG-CAATCA-------------TTGCATGTA--------TA--CACAG--TA--GTACA-TAACA---CTAT--GT-----TGA-TGTGTAACTTA-T--GATAATTTAGGA-----CA---CTT--C--TGGGGTTT
gi|23 : acccttatg-ATT--TT-GTGATAG-T-A-TAAA--CAGTGTT-CATGATTGGAGGACTCAGAG------CT--CA-ACAGACTATGTTT-ATATAGA-CAC----TACACTG-G-C--TCTTC-----TAATAAAGGCTTtat
gi|24 : ---------T--T--TA-T--A--------TTTAA-AA----GT--CTCATTTA-TT-----TTTTATTTT-A--TTGATCTAACCCCC--ATTCCA-ATATAACAagg
gi|25 : tatttaataatcaaacatataatttatacT-GAATT-----ACTTTTATA----A-GAT-ATTAGT------ATATTTTTA--------T----A-----CAG-AT-GT----ACA------C--A-------------------TT-T--A--------T-TAA-A
gi|26 : -TAA-TTAG--TGT-ATGTA-CATA-GTGGT-ATC-ATA-TATGT--A-ATT--AT-GTAATAA-T------A--CAGTGTT-CTTGATTGAAcagacacttttttt
gi|27 : G-TGG-------GG--GGGGGGGGGG-GGTAC--AGAAATA--CAAAATGT-A-C-ACTATAGT-AA-----TGC---ATT--CTTGa
gi|3 : aCTT---------T--T--TT-TTAA--------TCTAAGAA----GT--GTCATTTA-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCT--AACCCC-ATATAA-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT-A--------------------------TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-------------------A----ATGTACTTTGTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAAC-AACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA--------C--------AAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATA-GAAACCAATATGTGTACAG--ACT--GCAACTACAACAGAATGTCC-ACTTTTTAAAACGACTG-TCATTCACACACACATTCAAAGCTAGAGTT--TGTATCAATTTCTAATATCGCAATCTATTTATATATGCGG-GATAAGAATa
gi|4 : GCATTGTGCAAGGTGCATTACTTTGTGGTGGTGATCTAAGTAAGTCGCCCAAGTAATGT-TAACGTGCACTGAAA-CTGC-AT-ACATTAGTTGGGTGAATGG-TA-AATTAATT-CG-GTAGGTTT--ATATATTATTGTGT-TTTGCT-AGTATTATTTGGCCATATTAAGGTTT-GAGGTGTGTGACCTTT-TG----A-GGT---TAGTTATTGAG-GTTTTTA--------TACC-A-----CAGCATTGTA---GCGAGCGAGC--GCGTG---------TG-T--TC-T--A--------TCTTA-ATTGTTGT--GTCACTTAATT---ATTTTTATTTC-AATTTAAT-TAA--T----AACC---ATATAATATAGTTGAAACTTGCAAAT-AAAAACATTTGGAA-----C-TTATATGTAT----C-TTAAAA---ATAC--TACATA-AGTTTCACTGCTTCTTTACTTTGTGGCA--TATCACCATCAGAATATTTGTCGCATAGTCTT------TT----AAGTATTTAGGGGAGAaac
gi|5 : atgggcggtaattgtgtgcgAACTCAGTGGTTTTTTT--CA-ACAGACTGTGTTTTATATAGAATACCTTCTGCACAG-AAC--TCTCA-----T-TTAAAAGCTTTAAGGACCTCTCTCGGTCTCTCCTGCTCGCCAAGACTAAATTG-TGAGTG-TA--C--------AATTAATTA--TG-----------A--CATAA--GTCAGTTCACCGACAACTCTAT---T--GAATG--TGTTAAACTTG-TTGAATAT---AGGAC----CAACGTTTTCCATTGAGATTTGGGGG-T---------GC--GGAGAGGGGG-GG-AT--AGAAAACATAAAAA-GTAA-T-GGTATGGTAAA-----TGCAAAATT-ACTTTGCCCAAGTAAATGGT--ACAAAAT-GTAAATTGATTACTTTTAGA--AAAT--AG------A-GTA--AATGGTAATG-AACT-AA--GCTACAATTCTTGATAAGTAATTGGGTAAA--TGTTAATGTAATC---A-ACTTTTCA-ATGTAATTCGCCCCCATG---CTG---ATACATA-TGGTAATTCACA--AATCTGTATGTGTTGAAGTTTcgtgaacgagaaag
gi|6 : a--ACTTT---------T--T--TT-T--AA-------TCTAAGAA----GT--GTCATTTA-TTTTCATTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCT--AACCCC-ATATAA-AT---AACAACTAAGAAAAAGAAAACATT-A--------------------------TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA--TACCGCTAACAAAAT-CTTA-------------------A----ATGTACTTTGTGAAGAAAAAAATTGGACCTTGGAATTACTTGCCTATTGTTAATAAC-AACTCAAAT-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATT-CTTATGTA--------C--------AAGCTTTCATCCAAGCAGAGTG-C-CCTTTTG--ATT-ATTTGT--TTCATGCTTTCAATTCTATA-GAAACCAATATGTGTACA---AC---GC-ACTA-AAC-AAATGTCC-ACTTTTT-AAACGACTGTT--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTTTGT-TATCAATTTT--AATT-GCAATCTA----TATATG-GG-GAAAGGg
gi|7 : taTTTTATTTC-A--TTAATCTAA--CCCT-AACCCC-ATATAATAC---TAAAACTAAGAAA--GAAAACATT--------------------AT------TTAAGATATATACGGTATCTATAATTTCACT-CTTCTTTACTTTGTAGCA---ACCGCTAACAAAAT-CCT-------------------TA----ATGTACTT-GTGAAGAAAAAAATTGGACTTGGAAATTACTTGCCTATTGTTAATAACAGACTCAAAA-CTTGTGTTCTTCATATAGGGGCAACAACTCTCTTAGTATTCCTTATGTA--------C--------AAGCTTTCATC-AAGCAGAGTGAC-CCTTTTG--ATTGATTTG---TTCATGCTTTCAATTCTA-A-GAAACCAATATGTGTACA---AC---GC-ACT--AAC-AAATGTCC-ACTTTTT-AAACGACTG-T--TTCACA-ACACATTCAAAGCT-GTGTT--G-TATCAATTTT--AAAT-GC-ATCTA----TATATG-GG-AAAGGGg
gi|8 : GTAATGT-GTAATG-TGAT-CATTGC---A--TGCATTACTTTT--------ATC-AAGTAA--TGCT--AGTAATGTGTAA--TGCACTGAAAACTGCGATT-TACTT--------AAT---TA-TCGTAATGCCA-TTACTTTCAAAAA-ATTTTTGTGA-AATGCT-AACATTAGTTGGC---ATTACA-TT---AATT-----ACATTTGGA----ATGGT-ATTAAT------A-ATCTGTAGCACTTGCTAC--T-----TAG-AT-GT----ACA------T--ATTTTAAATCAACAT--TAATT-T--ATACTTTATTTTAA-AA----GT--CTCAT----TT---ATTTTTATTT--A--TTGATCTAA--CCC--CATTCCAATATAACA-----GGAATTGTTAAC--AAACATATT-G------------------AT----C------ATTTATA-AATTTTTGAAACTT-A-T-CTTTTTTACTTT
gi|9 : ATT-GAAGTTCAATTGGATTAT--------------------C---CATA-TTTCCATAAAGTATA--CTATCAAAATG-TACTGTGC-TTAT-TTGGTCCCC--AT-AAGA---TT---CTATTTT--TATTTGTT-TTACGA--TTA-TTTGA--TGT-ACTACCATT--TT-ATGTTCTCTAGTATACATAATTTTACC-ATA------TTATTA-CCATCCACTTAGACT----TA-GGGGACTT-TAA-TTAG--TGT-GTG-G-TATTAGTGGGTATC-ATAACTTAT--ATATT--ATTGTGATAA-T-A-TATA--CAGTGTTTCTTGATTGGAGA--TT-GTA------CC--CATATA-ACT-TGTTT-ATAAAGA-CAC----TGCACAT-A-C--CCTTT-----T-AT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AAATTGTTATACATTGTATACACGCAGTTACTGTAGTACATAACACTATGTTGATGTGT