lowQualScore : 222 9999999999999999999999 333333 444444 1 333333333333 1 111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222 1111111111111111 11111111 1111 888888888888888888888888888888888888888888888 4
lowQualScore : 555 4444444444444444444444 444444 333333 3 000000000000 8 3 3 777777 33 2 7 55555 2 0 2 2 555555555 2 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 22 2 888888888 8888888888888888 4444 222 11111111 4444 555555555555555555555555555555555555555555555 0
lowQualScore : ... ...................... ...... ...... . ............ . . . ...... .. . . ..... . . . . ......... . . ................................................................... ................... .. . ......... ................ .... ... ........ .... ............................................. .
lowQualScore : 000 0000000000000000000000 555555 000000 3 333333333333 0 8 3 111111 22 2 6 33333 1 5 1 1 111111111 2 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444 99 1 444444444 7777777777777777 2222 666 77777777 5555 555555555555555555555555555555555555555555555 0
consensus : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGNGCATTCATTTNCGCTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAAACC-AATCTGATTAAAAC-T---A--GA-CCTTCNA-----T-C-CGC-T-CC-----CCNNTTTT-GAT--AC--------GTC------G-------C--------GA------GCG-G-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGA-G---------C----------GA----GA----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCAGACTGG--TGTTA-AT-------ACATGCACANAAT---T---ATGCCTTT------AAATGTAGTCAGA
Reference ( gi|2 ) : ATGATATAAAAATGTTGATCCG-TCTCCATAAATGAAAAATGTGCA--CATTTTCGCTTTAGCT-AATCCTAC---T---A-TGTTAAACC-AATCTAATTAAAAT-T---A--GA-TCTTCCA-----T-C-CGC-T-CC-----CCGATTTT-GAT--AC--------GTC------G-------C--------GA------GCG-G-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGA-G---------C----------GA----GA----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCAGACTGA--TGTTA-A--------ACAAACACAGAAT---T---ATGCTTTT------AAATGT-GTCAGAACTGTTACAA
gi|1 : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGT-TATTCATTTT-----TAGCTTAGT--TGT---TG--A-TGATGAGCCCAATCTAATTAAAAT-T---A--GA-CCTTCCA-----T-C-CGC-T-CC-----CCGGTTTT-GAT--AC--------GTC------GTGTTCAAC--------GA------GCG-G-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGA-G---------C----------GA----GA----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCAGACTGA--TG
gi|22 : gttcatcctgcaatatTGGGCA--CATTTACGCTATAGCT-AATCCTAC---TTTAA-TGTTAAACatgagccttgcaaagattttacaatgtgtattgaatt
gi|3 : GCT-AATTTTATGCAT---AATGTCAAACT-AATTAAA--AAAGTAT---A--GT-TCTTCCA-----T-C-CGT-T-CC-----CCGGTTTT-GAT--AC--------GTT------G-------CGTG-----GAAGTCACGTG-G-A-A-G-CGACTTATCAAAAC----------------C-GG--GGA-G---------C----------G-----GA----T-G-GAAGAACG---A----GTTTTAATTAGATTGG--T-TTA-ATGTATTCTACAGTCACTCAA----T---ATGCCTTT------Aaa
gi|3 : ttcagaagcat---T---A-CATTAAACC-AATCTAATTAAAAC-T---C--GT-TCTTCCA-----T-C-CGC-T-CC-----CCGGTTTT-GAT--AA--------GTC------G-------CTTCCACGTGACTTCC-ACGCA-ACG-T-ATC------AAAAC----------------C-GG--GGA-A---------C----------G-----GA----T-G-GAAGAACT---ATACTTTTTTAATTAGTTTGA--CATT-------------ATGCATAAAAT---TAGCATGCTTCT------GAAtgcaccatatttacaat
gi|4 : ---T---A-TGT-AAACC-AGTCTGATTAAAACAT---A---A-CCTTCAA-----TAT-TGC-T-TCATCCACCTTTTTT-TATGTACCTTCTAAAGTTCTTCA-A-------C--------AA------GTG-T-GCA-T-AGA------AAAAGAG--------------G-GG--GGA-G---------C----------GA----GA----C-T-GAAGGTCC---A----GTTATAATCAttctacagtcactcaatatgcctttatgcaccatatttacaat
gi|1 : ATC-AGTCTGATTAAAAC-C---A--GA-CCTTCAA-----T-CTCGC-T-CC-----CCCCTTTT-TCT--CT--------GTCC-----G-------CTCGTT---GA------ACACG-ACG-T-ATC------AAAAC----------------C-GG--GGA-G---------C----------G-----GA----T-G-GAAGGTCT---A----ATTTTAATTAGATTGcatgtacataatgtgtatattaaagagaaatgtagtcaga
gi|20 : gttcatcctgcaatatatgttttaaaaataagatttggtcttcctagaaaaaatgttattcatttttagcttagttgttgatgatgagccATC-AGTCTGATTAAAAC-C---A--GA-CCTTCAA-----T-CTCGC-T-CC-----CGCCTTTT-GAT--gatgagccttgcaaagattttacaatgtgtattgaatt
gi|8 : acagCC-AGTCTGATTAAAAC-A---A--GA-TCTTCAA-----T-CTCGC-T-CC-----CCCTTTTTTGA---AG--------TTC------------------------A------AC----ATA-G-AAA------AAAAG----------------G-GG--AAA-----------C----------GA----GA----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCCGAC
gi|5 : CC-AATCTGATTAATAC-C---A--GA-TCTTTGA-----T-C-CAC-T-CC-----GATATTCT-GAT------------GTC------A-------C--------
gi|9 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgtcgttgttcgtctatatcattcttagatatatttaagagcC-AATCTTAATAAAAT-T---A--GA-CCTTCTA-----T-C-CGC-T-CC-----CCGGTTTC-GAT--AC--------GTC------G-------C--------GA-------CG-T-ATT-G-----------AAAC----------------C-AT--GGA-G---------C----------G-----GA----TGT-AAAAGCCT---A----ATTTCAATTAAATTcttgtagtgacatcagaatatcggatcggatcaaagattcggt
gi|18 : C-ATTCTAATCAAAAT-T---A--GA-TTTTTCA-----T-C-TGC-T-CC-----CTGGGTTT-GAT--AC--------ATC------G-------C--------G
gi|23 : ttctC-AACCTAATTAAAAT-T---A--GA-CCTTCCA-----T-C-CGC-T-CA-----CCGGTTTc
gi|9 : -AATTTAATTGAAAT-T---A--GGCTTTTACA-----T-C-CGC-T-CC-----ATGGTTTC-AAT--AC--------GTC------G-------C--------GA-------CG-T-ATC-G-----------AAAC----------------C-GG--GGA-G---------C----------G-----GA----T-A-GAAGGTCT---A----ATTTTATTAAGATTG
gi|6 : CTGATTAAAAC-TGCGA--GA-CCTTCCAACCCGT-CTCGCGT-CC-----CCCCTTTT-TCT--CT--------GTCCGAACTG-------A--------GA------GCG-GTACAAG-AAA------AGAAGGTGTGCCGTGCGCAACG-AG--AGA-G---------CATCCCGGATCGAAGTCGG----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCAGACTG
gi|8 : ATTAAAAC-C---A--GA-CCTTCAA-----T-CTCGT-TTCC-----CCTTTTTT-TCT--AT--------GTT------G-----------------A------ACT-T--CA------------AAAAA----------------G-GG--GGA-G---------C----------GA----GA----T-T-GAAGATCT---T----GTTTTAATCAGACTG
gi|7 : cATTAAAAC-C---A--GA-TCTTT------------GC-T-CC-----GATATTCT-GAT------------GTC------G-------C--------TA------AAG-A-TCG-G-ATC------AAACA----------------T-TT--GTA-G---------C----------GA----CA----T-C-AAAGATCT---G----GTTTTAATCccgac
gi|12 : catttttacttctaaatgcccaatagATTAAAAA-T---ACAGA-TCTTT-A-----T-C-CGC-T-CC-----GATATTTT-GTT------------GTC------G-------C--------c
gi|15 : tttgatccgctccgatattttgttactttgtaAAAT-C---A--GA-TCTTTGA-----T-C-CCC-T-CC-----TATATTCT-G-----------------------G-------T--------GA------GC--G-ACATC-AG--------AAAT----------------G-TC--GGA-G---------C----------G-----GA----T-T-AAAG
gi|5 : A-TCTTTGA-----T-C-CGA-T-CC-----GATATTCT-GAT------------GTC------A-------CTAC-----AA------GGT-G-ACA-TCAGA------ATA--------------------TC--GGA-G---------T----------G-----GA----T-C-AAAGATCT---G----GTATTAATCAGATTGGGCTCTTA-A--------ATAc
gi|12 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgtcgttgttcgtctatatcattcttagataA-----T-C-CGC-T-CC-----GATATTTT-GTT--AC--------TTT------G-------T---------A------GC--G-AC----AAC------AAAAT----------------A-TC--GGA-G---------C----------G-----GA------T-AAAGATCT---GTA--TTTTTAATtcggt
gi|6 : tttgCG-G-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGACG---------C----------GA----GACGGGT-TGGAAGGTCTCGCA----GTTTTAATCAG
gi|20 : -ACA-G-ATC------AAAAG----------------G-CG--GGA-G---------C----------GA----GA----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCAGACTGA--Taactgagagcggtacaagaaaagaaggtgtgccgtgcgcaacgagagagcatcccggatcgaagtcggttgaaggtctggttttaatcagactg
gi|4 : -ACA-T-AAA------AAAAG----------------GTGGATGAA-G---------C----------AA----TA----T-T-GAAGGTTA---T----GTTTTAATCAGACTGG--T-TTACAT-------ACATGTACATAATGTGT---ATA---TTAAAGAGAAATGTAGTCAGA
gi|16 : tgattataactggaccttcagtctcgctcccccctctttttctatgcacacttgttgaagaactttagaaggtA-A-AAA------AAAAG----------------G-GG--GGG-GGGGGGAGAAC----------GA----GA----T-T-GAAGGTTT---T----GTTTTAATCAGACTG
gi|23 : -GG--TGA-G---------C----------G-----GA----T-G-GAAGGTCT---A----ATTTTAATTAGGTTGcaggctcaac
gi|10 : ----T-T-GAAGGTCT---G----GTTTTAATCAGACTGG--TGTCA-A--------ggttt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AATCAAAAGTAGATCTTTGATCTGCTCCAATATTCTGCTATTCAATTGAATCAATATGGATCAAAGATCTGGTTTTAATC
Unaligned ( gi|13 ): TTAGAACCAGATCTTTGATCTGATATTCTGTCGAGATCTTTGAATAGCAACATCAGAATATTGGAGCTGATC
Unaligned ( gi|14 ): CCAGATCTTTGATCCGCTCCGGTATTCTGATGTTCTGAAGACATCCCGTATTGGGTGACGTCAGCATG
Unaligned ( gi|17 ): TCTCCTAGAAGAACATGCAAATTTCGTTGATTTAGCCATAACACATAAGGCTCTTAACAATCTGG
Unaligned ( gi|19 ): CAATCGTATTAGGACCAGCTCTTTGGTCCGCTGCGATATTCTGATGTCGCTGT
Unaligned ( gi|21 ): ACTGCACGTTTTCAATGCTTGTACCTGGAAACTTGGAACTCTGTGATACACT
Alignments
lowQualScore : 22 1 22 22 111111 2222222 111111 1111111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 22222222 11 1 1 333333 1
lowQualScore : 4 4 44 5 2 77 77 66 000000 3 77 88 7777777 6 0 222222 4 555 44 3 66666 8 2 2 22 3333333 3 3333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 33 66 0 8 8 99999999 00 2 1 5 3 3 888888 5
lowQualScore : . . .. . . .. .. .. ...... . .. .. ....... . . ...... . ... .. . ..... . . . .. ....... . .... .............................................................................................................. . .. .. . . . ........ .. . . . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 00 0 5 55 77 77 888888 5 55 88 7777777 7 3 333333 4 444 22 6 77777 6 9 9 00 1111111 1 0000 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 77 99 8 0 0 22222222 00 5 0 5 7 3 333333 5
consensus : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTGCA-TCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------C----------GA----GAT-CGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
Reference ( family-439 ) : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGNGCATTCATT-TNCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------C----------GA----GAT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACATGCACANAATTATGCCT-TT------AAATGTAGTCAGA
gi|1 : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGT-TATTCATT-TT------TAGCTTAGT--TGT---TG--A-TGATGA-G----CCCAATCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTC------GTGTTCAAC---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------C----------GA----GAT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TG
gi|10 : gttcatcctgcaatatT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTC-A-A-------atgagccttgcaaagattttacaatgtgtattgaatt
gi|10 : -AATC--AT---T---A-CGTTGACA----CC-AGTCTGATTAAAACC---AGA--CCTTCAA-----cgtaatgattttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|11 : ----GAT-CAAAGATCTG--GTTTTAATCttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|12 : aatcaaaagtagatctttgatctgctccaatattctgctattcaattgaatcaatatgTTTGA-----TC-CGC-TCC-GATATTTT-------G-TTAC--TTT------G-------T----A------GC--------G-AC----AAC------AAAAT----------------A-TC--GGAG---------C----------G-----GA--TAAAGATCTGTATTTTTAAT
gi|15 : CTTTAA-----TC-CGC-TCCGACATTTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TC------AC-----------CA-G-A-A------TATAG----------------G-AG--GG----------------------------GAT-CAAAGATCTG--ATTT
gi|16 : A-A-AAA------AAAAG----------------G-GG--GGGGGGGGGAGAAC----------GA----GAT-TGAAGGTTTT--GTTTTAATCAGACTGc
gi|18 : C-ATTCTAATCAAAATT---AGA--TTTTTCA-----TC-TGC-TCC-CTGGGTTT-------G-ATAC--ATC------G-------C---Gcaggctcaac
gi|2 : ttctATGATATAAAAATGTTGATCCG-TCTCCATAAATGAAAAATGTGCA--CATT-TTCG-CTTTAGCT-AATCCTAC---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTAATTAAAATT---AGA--TCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGATTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------C----------GA----GAT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TGTT-A-A--------ACAAACACAGAATTATGCTT-TT------AAATGT-GTCAGAc
gi|20 : -ACA-G-ATC------AAAAG----------------G-CG--GGAG---------C----------GA----GAT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--Tactgttacaa
gi|22 : TGGGCA--CATT-TACG-CTATAGCT-AATCCTAC---TTTAA-TGTTAA-A----C
gi|23 : C-AACCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCA-CCGGTTTaa
gi|3 : GCT-AATTTTATGCAT---AATGTCAA-A----CT-AAT-TAA--AAAAGT---ATAGTTCTTCCA-----TC-CGT-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTT------G-------CGTGGAAGTCACGT-------GG-A-A-G-CGACTTATCAAAAC----------------C-GG--GGAG---------C----------G-----GAT-GGAAGAACGA--GTTTTAATTAGATTGG--T-TT-A-ATGTATTCTACAGTCACTCAA-TATGCCT-TT------A
gi|4 : ttcagaagcatTGATTATAACT---GGA--CCTTCAG-----TCTCGC-TCC-CCCCTCTTTTTCTATGCACACTTGTT------G-------AA--GA------ACTTTAGAAGGTACA-T-AAA------AAAAG----------------GTGGATGAAG---------C----------AA----TAT-TGAAGGTTAT--GTTTTAATCAGACTGG--T-TT-ACA-------TACATGTACATAA-TGTGTATATTAAAGAGAAATGTAGTCAGAtgcaccatatttacaat
gi|5 : TCGTTGTTCGTCTATATC--ATTCTTAGA--T---A-TATTTA-AGAGCCC-AATCTGATTAATACC---AGA--TCTTTGA-----TC-CAC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------C---
gi|5 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgACC---GAA--TCTTTGA-----TC-CGA-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------CTACAA------GG-------TG-ACA-TCAGA------ATA--------------------TC--GGAG---------T----------G-----GAT-CAAAGATCTG--GTATTAATCAGATTGGGCTCTTAA-A-------TATATCTA-AGAATGATcttgtagtgacatcagaatatcggatcggatcaaagattcggt
gi|6 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgtcgttgttcgtctatCTGATTAAAACTGCGAGA--CCTTCCAACCCGTCTCGCGTCC-CCCCTTTT-------T-CTCT--GTCCGAACTG-------A---GA------GC-------GGTACAAG-AAA------AGAAGGTGTGCCGTGCGCAACG-AG--AGAG---------CATCCCGGATCGAAGTCGGT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTG
gi|7 : GATTAAAACC---AGA--TCTTT-----------GC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TA------AA-------GA-TCG-G-ATC------AAACA----------------T-TT--GTAG---------C----------GA----CAT-CAAAGATCTG--GTTTTAATCCTATTGG--
gi|8 : catttttacttctaaatgc----CC-AGTCTGATTAAAACA---AGA--TCTTCAA-----TCTCGC-TCC-CCCTTTTTT------G-A-AG--TTC-------------------A------AC----------ATA-G-AAA------AAAAG----------------G-GG--AAA----------C----------GA----GAT-TGAAGGTCTG--GTTTTAATCCGAC
gi|9 : C-AATCTTAATAAAATT---AGA--CCTTCTA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTC-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA-------C-------GT-ATT-G-----------AAAC----------------C-AT--GGAG---------C----------G-----GATGTAAAAGCCTA--ATTTCAATTAAATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTAGAACCAGATCTTTGATCTGATATTCTGTCGAGATCTTTGAATAGCAACATCAGAATATTGGAGCTGATC
Unaligned ( gi|14 ): CCAGATCTTTGATCCGCTCCGGTATTCTGATGTTCTGAAGACATCCCGTATTGGGTGACGTCAGCATG
Unaligned ( gi|17 ): TCTCCTAGAAGAACATGCAAATTTCGTTGATTTAGCCATAACACATAAGGCTCTTAACAATCTGG
Unaligned ( gi|19 ): CAATCGTATTAGGACCAGCTCTTTGGTCCGCTGCGATATTCTGATGTCGCTGT
Unaligned ( gi|21 ): ACTGCACGTTTTCAATGCTTGTACCTGGAAACTTGGAACTCTGTGATACACT
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 1111 1 1 2222222 111111 1111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 1111111111 1 22222222 1 1 333333 1
lowQualScore : 1 1 66 5 1 88 9999 0 2 0 3 77 88 7777777 6 0 222222 4 555 44 3 66666 8 2 2 22 3333333 3 3333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222 55555 66 1111111111 33 66 0 8 8 99999999 22 2 1 5 1 3 888888 5
lowQualScore : . . .. . . .. .... . . . . .. .. ....... . . ...... . ... .. . ..... . . . .. ....... . .... ................................................................................ ......... ..... .. .......... .. .. . . . ........ .. . . . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 5555 0 5 0 5 55 88 7777777 7 3 333333 4 444 22 6 77777 6 9 9 00 1111111 1 0000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 66666 22 7777777777 77 99 8 0 0 22222222 00 5 0 5 0 3 333333 5
consensus : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
Reference ( family-439 ) : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTGCATCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
gi|1 : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGTTATTCATT-TT------TAGCTTAGT--TGT---TG--A-TGATGA-G----CCCAATCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTC------GTGTTCAAC---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TG
gi|10 : gttcatcctgcaatatT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTC-A-A-------atgagccttgcaaagattttacaatgtgtattgaatt
gi|10 : -AATC--AT---T---A-CGTTGACA----CC-AGTCTGATTAAAACC---AGA--CCTTCAA-----cgtaatgattttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|11 : GAT-CAAAG----------ATCTG--GTTTTAATCttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|12 : aatcaaaagtagatctttgatctgctccaatattctgctattcaattgaatcaatatgTTTGA-----TC-CGC-TCC-GATATTTT-------G-TTAC--TTT------G-------T----A------GC--------G-AC----AAC------AAAAT----------------A-TC--GGAG---------CG-----GAT--AAAG----------ATCTGTATTTTTAAT
gi|15 : CTTTAA-----TC-CGC-TCCGACATTTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TC------AC-----------CA-G-A-A------TATAG----------------G-AG--GG------------------GAT-CAAAG----------ATCTG--ATTT
gi|16 : A-A-AAA------AAAAG----------------G-GG--GGGGGGGGGAGAACG----AGAT-TGAAG----------GTTTT--GTTTTAATCAGACTGc
gi|18 : C-ATTCTAATCAAAATT---AGA--TTTTTCA-----TC-TGC-TCC-CTGGGTTT-------G-ATAC--ATC------G-------C---Gcaggctcaac
gi|2 : ttctATGATATAAAAATGTTGATCCG-TCTCCATAAATGAAAAATGTGCA-CATT-TTCG-CTTTAGCT-AATCCTAC---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTAATTAAAATT---AGA--TCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGATTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TGTT-A-A--------ACAAACACAGAATTATGCTT-TT------AAATGT-GTCAGAc
gi|20 : -ACA-G-ATC------AAAAG----------------G-CG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--Tactgttacaa
gi|22 : TGGGCA-CATT-TACG-CTATAGCT-AATCCTAC---TTTAA-TGTTAA-A----C
gi|23 : C-AACCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCA-CCGGTTTaa
gi|3 : GCT-AATTTTATGCAT---AATGTCAA-A----CT-AAT-TAA--AAAAGT---ATAGTTCTTCCA-----TC-CGT-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTT------G-------CGTGGAAGTCACGT-------GG-A-A-G-CGACTTATCAAAAC----------------C-GG--GGAG---------CG-----GAT-GGAAG----------AACGA--GTTTTAATTAGATTGG--T-TT-A-ATGTATTCTACAGTCACTCAA-TATGCCT-TT------A
gi|4 : ttcagaagcatTGATTATAACT---GGA--CCTTCAG-----TCTCGC-TCC-CCCCTCTTTTTCTATGCACACTTGTT------G-------AA--GA------ACTTTAGAAGGTACA-T-AAA------AAAAG----------------GTGGATGAAG---------CA----ATAT-TGAAG----------GTTAT--GTTTTAATCAGACTGG--T-TT-ACA-------TACATGTACATAA-TGTGTATATTAAAGAGAAATGTAGTCAGAtgcaccatatttacaat
gi|5 : TGTCTGTCGTTGTTCGTCTATATC--ATTCTTAGA--T---A-TATTTA-AGAGCCC-AATCTGATTAATACC---AGA--TCTTTGA-----TC-CAC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------C---
gi|5 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatacttACC---GAA--TCTTTGA-----TC-CGA-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------CTACAA------GG-------TG-ACA-TCAGA------ATA--------------------TC--GGAG---------TG-----GAT-CAAAG----------ATCTG--GTATTAATCAGATTGGGCTCTTAA-A-------TATATCTA-AGAATGATcttgtagtgacatcagaatatcggatcggatcaaagattcggt
gi|6 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgtcgttgttcgtctatCTGATTAAAACTGCGAGA--CCTTCCAACCCGTCTCGCGTCC-CCCCTTTT-------T-CTCT--GTCCGAACTG-------A---GA------GC-------GGTACAAG-AAA------AGAAGGTGTGCCGTGCGCAACG-AG--AGAG---------CATCCCGGAT-CGAAGTCGGTTGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTG
gi|7 : GATTAAAACC---AGA--TCTTT-----------GC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TA------AA-------GA-TCG-G-ATC------AAACA----------------T-TT--GTAG---------CG----ACAT-CAAAG----------ATCTG--GTTTTAATCCTATTGG--
gi|8 : catttttacttctaaatgc----CC-AGTCTGATTAAAACA---AGA--TCTTCAA-----TCTCGC-TCC-CCCTTTTTT------G-A-AG--TTC-------------------A------AC----------ATA-G-AAA------AAAAG----------------G-GG--AAA----------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCCGAC
gi|9 : C-AATCTTAATAAAATT---AGA--CCTTCTA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTC-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA-------C-------GT-ATT-G-----------AAAC----------------C-AT--GGAG---------CG-----GATGTAAAA----------GCCTA--ATTTCAATTAAATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTAGAACCAGATCTTTGATCTGATATTCTGTCGAGATCTTTGAATAGCAACATCAGAATATTGGAGCTGATC
Unaligned ( gi|14 ): CCAGATCTTTGATCCGCTCCGGTATTCTGATGTTCTGAAGACATCCCGTATTGGGTGACGTCAGCATG
Unaligned ( gi|17 ): TCTCCTAGAAGAACATGCAAATTTCGTTGATTTAGCCATAACACATAAGGCTCTTAACAATCTGG
Unaligned ( gi|19 ): CAATCGTATTAGGACCAGCTCTTTGGTCCGCTGCGATATTCTGATGTCGCTGT
Unaligned ( gi|21 ): ACTGCACGTTTTCAATGCTTGTACCTGGAAACTTGGAACTCTGTGATACACT
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 1111 1 1 2222222 111111 1111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 1111111111 1 22222222 1 1 333333 1
lowQualScore : 1 1 66 5 1 88 5555 0 2 0 3 77 88 7777777 6 0 222222 4 555 44 3 66666 8 2 2 22 3333333 3 3333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222 55555 66 1111111111 33 66 0 8 8 99999999 22 2 1 5 1 3 888888 5
lowQualScore : . . .. . . .. .... . . . . .. .. ....... . . ...... . ... .. . ..... . . . .. ....... . .... ................................................................................ ......... ..... .. .......... .. .. . . . ........ .. . . . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 7777 0 5 0 5 55 88 7777777 7 3 333333 4 444 22 6 77777 6 9 9 00 1111111 1 0000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 66666 22 7777777777 77 99 8 0 0 22222222 00 5 0 5 0 3 333333 5
consensus : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
Reference ( family-439 ) : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
gi|1 : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGTTATTCATT-TT------TAGCTTAGT--TGT---TG--A-TGATGA-G----CCCAATCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTC------GTGTTCAAC---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TG
gi|10 : gttcatcctgcaatatT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTC-A-A-------atgagccttgcaaagattttacaatgtgtattgaatt
gi|10 : -AATC--AT---T---A-CGTTGACA----CC-AGTCTGATTAAAACC---AGA--CCTTCAA-----cgtaatgattttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|11 : GAT-CAAAG----------ATCTG--GTTTTAATCttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|12 : aatcaaaagtagatctttgatctgctccaatattctgctattcaattgaatcaatatgTTTGA-----TC-CGC-TCC-GATATTTT-------G-TTAC--TTT------G-------T----A------GC--------G-AC----AAC------AAAAT----------------A-TC--GGAG---------CG-----GAT--AAAG----------ATCTGTATTTTTAAT
gi|15 : CTTTAA-----TC-CGC-TCCGACATTTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TC------AC-----------CA-G-A-A------TATAG----------------G-AG--GG------------------GAT-CAAAG----------ATCTG--ATTT
gi|16 : A-A-AAA------AAAAG----------------G-GG--GGGGGGGGGAGAACG----AGAT-TGAAG----------GTTTT--GTTTTAATCAGACTGc
gi|18 : C-ATTCTAATCAAAATT---AGA--TTTTTCA-----TC-TGC-TCC-CTGGGTTT-------G-ATAC--ATC------G-------C---Gcaggctcaac
gi|2 : ttctATGATATAAAAATGTTGATCCG-TCTCCATAAATGAAAAATGTGCA-CATT-TTCG-CTTTAGCT-AATCCTAC---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTAATTAAAATT---AGA--TCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGATTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TGTT-A-A--------ACAAACACAGAATTATGCTT-TT------AAATGT-GTCAGAc
gi|20 : -ACA-G-ATC------AAAAG----------------G-CG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--Tactgttacaa
gi|22 : CATT-TACG-CTATAGCT-AATCCTAC---TTTAA-TGTTAA-A----C
gi|23 : tgggcaC-AACCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCA-CCGGTTTaa
gi|3 : GCT-AATTTTATGCAT---AATGTCAA-A----CT-AAT-TAA--AAAAGT---ATAGTTCTTCCA-----TC-CGT-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTT------G-------CGTGGAAGTCACGT-------GG-A-A-G-CGACTTATCAAAAC----------------C-GG--GGAG---------CG-----GAT-GGAAG----------AACGA--GTTTTAATTAGATTGG--T-TT-A-ATGTATTCTACAGTCACTCAA-TATGCCT-TT------A
gi|4 : ttcagaagcatTGATTATAACT---GGA--CCTTCAG-----TCTCGC-TCC-CCCCTCTTTTTCTATGCACACTTGTT------G-------AA--GA------ACTTTAGAAGGTACA-T-AAA------AAAAG----------------GTGGATGAAG---------CA----ATAT-TGAAG----------GTTAT--GTTTTAATCAGACTGG--T-TT-ACA-------TACATGTACATAA-TGTGTATATTAAAGAGAAATGTAGTCAGAtgcaccatatttacaat
gi|5 : TGTCTGTCGTTGTTCGTCTATATC--ATTCTTAGA--T---A-TATTTA-AGAGCCC-AATCTGATTAATACC---AGA--TCTTTGA-----TC-CAC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------C---
gi|5 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatacttACC---GAA--TCTTTGA-----TC-CGA-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------CTACAA------GG-------TG-ACA-TCAGA------ATA--------------------TC--GGAG---------TG-----GAT-CAAAG----------ATCTG--GTATTAATCAGATTGGGCTCTTAA-A-------TATATCTA-AGAATGATcttgtagtgacatcagaatatcggatcggatcaaagattcggt
gi|6 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgtcgttgttcgtctatCTGATTAAAACTGCGAGA--CCTTCCAACCCGTCTCGCGTCC-CCCCTTTT-------T-CTCT--GTCCGAACTG-------A---GA------GC-------GGTACAAG-AAA------AGAAGGTGTGCCGTGCGCAACG-AG--AGAG---------CATCCCGGAT-CGAAGTCGGTTGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTG
gi|7 : GATTAAAACC---AGA--TCTTT-----------GC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TA------AA-------GA-TCG-G-ATC------AAACA----------------T-TT--GTAG---------CG----ACAT-CAAAG----------ATCTG--GTTTTAATCCTATTGG--
gi|8 : catttttacttctaaatgc----CC-AGTCTGATTAAAACA---AGA--TCTTCAA-----TCTCGC-TCC-CCCTTTTTT------G-A-AG--TTC-------------------A------AC----------ATA-G-AAA------AAAAG----------------G-GG--AAA----------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCCGAC
gi|9 : C-AATCTTAATAAAATT---AGA--CCTTCTA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTC-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA-------C-------GT-ATT-G-----------AAAC----------------C-AT--GGAG---------CG-----GATGTAAAA----------GCCTA--ATTTCAATTAAATT
blockSeqs : A A TT . A TG CTGT G C T T T CC TTTA A AGAGC . GCG GT A ACCCG T G G TA TTTCTAT C ACTT CGAACTGAGAGCGGTACAAGAAAAGAAGGTGTGCCGTGCGCAACGAG GGGGGAGAA TCCCG GT TCGGTTGAAG TA GC G A C TGTATTCT GT C C T C A AAAGAG A
blockSeqs : GCA . C . A T CC GCAT . CA . . . G . T . . AT T . AC GCGTGGAAGTCACGTGGAAGCGACTTATCAAAACCGG . A T . . . G . . T TG C T . A . .
blockSeqs : . C . A T TT AT . A . . . A . T . . GG . . AC GAAGAACTTTAGAAGGTACATAAAAAAAGGTGGAT . A C . . . C . . T TC . G .
blockSeqs : . CT T . A . . . C . . . . GA . . AC ACTACAAGGTGACATCAGAATATC . A C . . . . . .
blockSeqs : C T . A . . . C . . . . GG . . AC GCGAGCGGACAGAGAAAAAGGGG . A T . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . GG . . CT GCTAAAGATCGGATCAAACATTT . A T . . .
blockSeqs : . . . C . . . . CC . . AG GTAGCGACAACAAAATATC . A T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . TA . . AC GCTCACCAGAATATAGGAG . . G . .
blockSeqs : . . G . . . . TA . . . AACATAGAAAAAAAGGGG . . T . .
blockSeqs : . . G . . . . CC . . . GCGACGTATTGAAACCAT . . C . .
blockSeqs : . . C . . . . TA . . . . . C . .
blockSeqs : . . A . . . . CT . . . . . C . .
blockSeqs : T . . . . GG T . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : T* CC GT*****
originalCons : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTAT---T---A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
finalCons : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTATGT-----A-TGTTAA-A----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTAGAACCAGATCTTTGATCTGATATTCTGTCGAGATCTTTGAATAGCAACATCAGAATATTGGAGCTGATC
Unaligned ( gi|14 ): CCAGATCTTTGATCCGCTCCGGTATTCTGATGTTCTGAAGACATCCCGTATTGGGTGACGTCAGCATG
Unaligned ( gi|17 ): TCTCCTAGAAGAACATGCAAATTTCGTTGATTTAGCCATAACACATAAGGCTCTTAACAATCTGG
Unaligned ( gi|19 ): CAATCGTATTAGGACCAGCTCTTTGGTCCGCTGCGATATTCTGATGTCGCTGT
Unaligned ( gi|21 ): ACTGCACGTTTTCAATGCTTGTACCTGGAAACTTGGAACTCTGTGATACACT
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 1111 1 1 22222 111 1111 1111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 1111111111 1 22222222 1 1 333333 1
lowQualScore : 1 1 66 5 1 88 5555 0 2 0 3 88 44 66666 444 4444 5 555 44 3 77777 8 2 2 22 3333333 3 3333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222 55555 66 1111111111 33 66 0 8 8 99999999 22 2 1 5 1 3 888888 5
lowQualScore : . . .. . . .. .... . . . . .. .. ..... ... .... . ... .. . ..... . . . .. ....... . .... ................................................................................ ......... ..... .. .......... .. .. . . . ........ .. . . . . . ...... .
lowQualScore : 0 0 55 0 0 00 7777 0 5 0 5 88 66 00000 000 2222 0 888 66 8 11111 6 9 9 00 1111111 1 0000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333 66666 22 7777777777 77 99 8 0 0 22222222 00 5 0 5 0 3 333333 5
consensus : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTACGTT-AT---GTTAAA----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--TCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
Reference ( family-439 ) : ATGNTNTAAAAATGNTGATCCGGTCTCCNTAGATGAAAAATGTNCGTCATT-TTCG-CTATAGCT-AATCCTATGT--AT---GTTAAA----CC-AATCTGATTAAAACT---AGA--CCTTCNA-----TC-CGC-TCC-CCNNTTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-CGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTT-A-A-------TACANNCACANAATTATGCNT-TT------AAATGTAGTCAGA
gi|1 : ATGTTTTAAAAATAA-GATTTGGTCTTCCTAGA--AAAAATGTTATTCATT-TT------TAGCTTAGT----TGTTGAT---GATGAG----CCCAATCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTC------GTGTTCAAC---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TG
gi|10 : gttcatcctgcaatatT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGG--TGTC-A-A-------atgagccttgcaaagattttacaatgtgtattgaatt
gi|11 : GAT-CAAAG----------ATCTG--GTTTTAATCcgtaatgattttaaaaactgttgaattacaattcaacatttctcggt
gi|12 : aatcaaaagtagatctttgatctgctccaatattctgctattcaattgaatcaatatgTTTGA-----TC-CGC-TCC-GATATTTT-------G-TTAC--TTT------G-------T----A------GC--------G-AC----AAC------AAAAT----------------A-TC--GGAG---------CG-----GAT--AAAG----------ATCTGTATTTTTAAT
gi|15 : CTTTAA-----TC-CGC-TCCGACATTTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TC------AC-----------CA-G-A-A------TATAG----------------G-AG--GG------------------GAT-CAAAG----------ATCTG--ATTT
gi|16 : A-A-AAA------AAAAG----------------G-GG--GGGGGGGGGAGAACG----AGAT-TGAAG----------GTTTT--GTTTTAATCAGACTGc
gi|18 : C-ATTCTAATCAAAATT---AGA--TTTTTCA-----TC-TGC-TCC-CTGGGTTT-------G-ATAC--ATC------G-------C---Gcaggctcaac
gi|2 : ttctATGATATAAAAATGTTGATCCG-TCTCCATAAATGAAAAATGTGCA-CATT-TTCG-CTTTAGCT-AATCCTAC-T--AT---GTTAAA----CC-AATCTAATTAAAATT---AGA--TCTTCCA-----TC-CGC-TCC-CCGATTTT-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA------GC-------GG-ACA-G-AGA------AAAAG----------------G-GG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--TGTT-A-A--------ACAAACACAGAATTATGCTT-TT------AAATGT-GTCAGAc
gi|20 : -ACA-G-ATC------AAAAG----------------G-CG--GGAG---------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCAGACTGA--Tactgttacaa
gi|22 : CATT-TACG-CTATAGCT-AATCCTACTTTAAT---GTTAAA----C
gi|23 : tgggcaC-AACCTAATTAAAATT---AGA--CCTTCCA-----TC-CGC-TCA-CCGGTTTaa
gi|3 : GCT-AATTTTATGC--ATAATGTCAAA----CT-AAT-TAA--AAAAGT---ATAGTTCTTCCA-----TC-CGT-TCC-CCGGTTTT-------G-ATAC--GTT------G-------CGTGGAAGTCACGT-------GG-A-A-G-CGACTTATCAAAAC----------------C-GG--GGAG---------CG-----GAT-GGAAG----------AACGA--GTTTTAATTAGATTGG--T-TT-A-ATGTATTCTACAGTCACTCAA-TATGCCT-TT------A
gi|4 : ttcagaagcatTGATTATAACT---GGA--CCTTCAG-----TCTCGC-TCC-CCCCTCTTTTTCTATGCACACTTGTT------G-------AA--GA------ACTTTAGAAGGTACA-T-AAA------AAAAG----------------GTGGATGAAG---------CA----ATAT-TGAAG----------GTTAT--GTTTTAATCAGACTGG--T-TT-ACA-------TACATGTACATAA-TGTGTATATTAAAGAGAAATGTAGTCAGAtgcaccatatttacaat
gi|5 : TGTCTGTCGTTGTTCGTCTATATC--ATTCTTAGAT--AT---ATTTAAGAGCCC-AATCTGATTAATACC---AGA--TCTTTGA-----TC-CAC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------C---
gi|5 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatacttACC---GAA--TCTTTGA-----TC-CGA-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------A-------CTACAA------GG-------TG-ACA-TCAGA------ATA--------------------TC--GGAG---------TG-----GAT-CAAAG----------ATCTG--GTATTAATCAGATTGGGCTCTTAA-A-------TATATCTA-AGAATGATcttgtagtgacatcagaatatcggatcggatcaaagattcggt
gi|6 : gttcactgcaaaatttgcaaagtacatactttgtctgtcgttgttcgtctatCTGATTAAAACTGCGAGA--CCTTCCAACCCGTCTCGCGTCC-CCCCTTTT-------T-CTCT--GTCCGAACTG-------A---GA------GC-------GGTACAAG-AAA------AGAAGGTGTGCCGTGCGCAACG-AG--AGAG---------CATCCCGGAT-CGAAGTCGGTTGAAGGTCTG--GTTTTAATCAGACTG
gi|7 : GATTAAAACC---AGA--TCTTT-----------GC-TCC-GATATTCT-------G-AT----GTC------G-------C---TA------AA-------GA-TCG-G-ATC------AAACA----------------T-TT--GTAG---------CG----ACAT-CAAAG----------ATCTG--GTTTTAATCCTATTGG--
gi|8 : catttttacttctaaatgc----CC-AGTCTGATTAAAACA---AGA--TCTTCAA-----TCTCGC-TCC-CCCTTTTTT------G-A-AG--TTC-------------------A------AC----------ATA-G-AAA------AAAAG----------------G-GG--AAA----------CG----AGAT-TGAAG----------GTCTG--GTTTTAATCCGAC
gi|9 : C-AATCTTAATAAAATT---AGA--CCTTCTA-----TC-CGC-TCC-CCGGTTTC-------G-ATAC--GTC------G-------C---GA-------C-------GT-ATT-G-----------AAAC----------------C-AT--GGAG---------CG-----GATGTAAAA----------GCCTA--ATTTCAATTAAATT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTAGAACCAGATCTTTGATCTGATATTCTGTCGAGATCTTTGAATAGCAACATCAGAATATTGGAGCTGATC
Unaligned ( gi|14 ): CCAGATCTTTGATCCGCTCCGGTATTCTGATGTTCTGAAGACATCCCGTATTGGGTGACGTCAGCATG
Unaligned ( gi|17 ): TCTCCTAGAAGAACATGCAAATTTCGTTGATTTAGCCATAACACATAAGGCTCTTAACAATCTGG
Unaligned ( gi|19 ): CAATCGTATTAGGACCAGCTCTTTGGTCCGCTGCGATATTCTGATGTCGCTGT
Unaligned ( gi|21 ): ACTGCACGTTTTCAATGCTTGTACCTGGAAACTTGGAACTCTGTGATACACT