lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111 3333333 11 11111111 1 333333333333333333333333333 11 111 111 3333333333 1111 222222222222 11 111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333 1 2 11 111 1 22222 111 888888888888888888888888888888888888888888 111 1 2222222222 1 33 111 1 1 11 222 22222 111 333 111 11 1 11 11 111 11 111111 22 11111111 1 222222222222 111 1111 3333333333333333 1111 111 11 1111 444 111111 1111111 66666666666666666666666666666666666666666666666 2222 3 22222 1111 1 222 5555555555555555 111 11 11 1 2 333 11
lowQualScore : 6 77 5 1 5 4 66 4 666 88888 88 4 66 3333333 666 4 8 66 0 33 44 33333333 3 55 9 4 4 8888 4 2 999999999999999999999999999 00 6 3 111 77 3 3 3 9 3 44 3 000 6666 0000000000 44 2222 3 000000000000 3 777 0 66 000 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222 4 77 6 5 33 444 1 00000 5 5 0 555 999 999999999999999999999999999999999999999999 000 5 1 77 1 7777777777 77 1 4 3 77 6 1 6 44 1 99 6 6 777 88 0 5 11 0 8 8 44 0 0 777 11111 444 8 2 555 444 8 8 99 8 5 8 8 8 8 88 6 88 6 3 6 666 44 5 5 777777 77 5 5 66666666 0 3 7 6 6 888888888888 777 77 1 3 8 0 5 8888 9999999999999999 0000 5 5 999 3 4 4 66 222 9 777 55 8 99 00 2 2 3333 4 66 777 66 66 333 333333 7777777 4 11111111111111111111111111111111111111111111111 55 0000 777 1 4 5 00000 4 4 3333 66 6 0 000 4 3 4 99 3 3333333333333333 4 4 000 00 00 4 2 55 55 1 4 9999 666 22 4 4 6
lowQualScore : . .. . . . . .. . ... ..... .. . .. ....... ... . . .. . .. .. ........ . .. . . . .... . . ........................... .. . . ... .. . . . . . .. . ... .... .......... .. .... . ............ . ... . .. ... . ........................................................................................................................................ . ............ . .. . . .. ... . ..... . . . ... ... .......................................... ... . . .. . .......... .. . . . .. . . . .. . .. . . ... .. . . .. . . . .. . . ... ..... ... . . ... ... . . .. . . . . . . .. . .. . . . ... .. . . ...... .. . . ........ . . . . . ............ ... .. . . . . . .... ................ .... . . ... . . . .. ... . ... .. . .. .. . . .... . .. ... .. .. ... ...... ....... . ............................................... .. .... ... . . . ..... . . .... .. . . ... . . . .. . ................ . . ... .. .. . . .. .. . . .... ... .. . . .
lowQualScore : 7 99 7 4 7 4 11 4 777 99999 33 4 11 3333333 222 4 9 11 9 00 00 99999999 8 55 8 0 0 5555 0 0 777777777777777777777777777 00 2 3 555 33 1 1 1 2 1 22 1 888 5555 4444444444 22 7777 3 111111111111 6 111 8 99 777 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 222222222222 0 99 7 7 66 000 4 77777 7 7 7 000 888 777777777777777777777777777777777777777777 000 9 4 99 7 7777777777 99 0 0 5 77 7 7 7 88 8 22 7 7 999 88 8 0 44 0 0 0 00 8 8 888 00000 000 0 8 666 888 0 0 00 0 0 0 0 0 0 00 7 55 7 7 0 333 66 7 0 000000 11 7 7 55555555 7 3 3 7 7 666666666666 777 99 7 9 4 4 0 1111 8888888888888888 6666 0 0 666 0 4 4 11 333 7 888 55 0 33 66 2 9 2222 4 11 888 11 11 999 111111 8888888 0 55555555555555555555555555555555555555555555555 55 8888 000 5 4 7 00000 4 4 9999 11 7 0 888 4 0 0 55 2 1111111111111111 0 0 999 66 44 0 0 55 55 9 4 4444 111 66 3 4 0
consensus : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A-ATA-CATGT------------------ACG----N-AA--TGTT-TTAGAAAT---C--CT-ATT-TTT-AGATT-A-A--T-ACA---T----GT----------A--AA-C--TGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTT-NTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTC---------------T-AC------A---G-AA--------------A-------------------A----------------G----------------A---CAG--------AAA-GAC--AA------A-GTACTGTT--AT-A-TTT--CCAAC--TGACGACAA-GT--ACATTTGC--TTTGTCTCTTTTCAAT--A--C-AAAA-TACGCA--TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT-TTCA-T---T--T--TT--AG-AAAG---TNT-AACAATTG--TGAAAATAA---TAAT--ATAA--CAATGAAGTGTNAACATT-GT-AGGTGTACT-ACAAA-TTCAT--CGT-ATCAAGCCG-CAATGC-C-ATGT-TTTATATTTGAATCATTGAATTTAAGACA-GTT-TAT-ATATTACATGTTTTGA-AACCGCCCC--T--AAAA---T-ATTATA-CAATGA--TTCA-ATGCTT-GT--ACATAT-GAAAAATG-ACAT-T-CTC-CAAATCT-AAATAGTTATT-A-NAA-TGGAAAAATATGACGCTAAAAGT--AGAAANTACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-GC-AACATATTTC----AT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGANACGNCCCCCCCTGAAAANT-TTTGG--CCGATGACATGCCACTTTTTCTTT-ATAAT---TTT-----GTAACTTTANTGT----GT-CC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTG-GA--T-AAAANCTCTATTTT---AG--ANTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATCGCACAAN---GGA-GA--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAATT--A---CG--C--G-T-TTTCATA--A-GCCTACT-TTTGAA-A----C-GCTCCCC---GCTGA-----AAATA--AT-N--A---ACGAT-GACCATATG-----T-TT-TTC----C--GTTGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCA-T--ANTTTAACTTA--TAT-ATCAA-A-ATTT--GAA-NAAA-NTC-TC-TA--TT--TTAG-AAACGA-ATT----ATA--TC-CGTCGT-CGTTAAAT
Reference ( gi|1 ) : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A-ATA-CATGT------------------ACG----C-AA--TGCT-TTAGAAAT---C--CT-ATT-TTT-AGATT-A-A--T-ACA---T----GT----------A--AA-T--TGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTT-TTTTTCTTTTTAA--CG-GTTTTT---------------T-AT------A---G-AA--------------A-------------------A----------------G----------------A---CAG--------AAA-GAC--AA------A-GTACTGTT--AT-A-TGT--CCTAC--TGA-GACAA-GT--ACATTTGC--TTTGTCTCTTTTCAAT--G--C-AAAA-TACGCA--TGCTTTTTATTCTACTTAGTA-TTTAAATTT-TTCA-T---T--T--TT--A--AAAG---TAT-AACAATTG--TGAAAATAA---TAA---ATAA--CAATGAAGTGTAACCATT-GT-AGGTGTACT-ACAAAGTTCAT--CGT-ATCAAGCCG-CAATGC-C-ATGT-TTTATATTTGAACCATTGCATTTACGACA-GTT-TAT-ATATTACATATTTTTG-AACCGCCCC--T--GAAA---T-ATTACACCAATGA--TTCA-ATGCTT-GT--ACACAT-GAAACATG-ACAT-T-CTC-CAAATCTAAAATAGTTATT-A-TAA-TGGAAAAATATGACACTAAAAGT--GAAAATTACTTATT-TATT-TTCTTTCGTGTG-GC-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGACCCCCCCCCCTCTGAAAAAA-TTTGG--CTGATAACATGCCACTTTCTTTTT-ATAAT---TTT-----GT-ACTTTAACGT----GT-CC-TTACCATCGCTCTTCAAT-TTG-GA--T-ACAATCTCTATTTT---AG--ATTTTTTTTTAATA--TCAATTTTTATATTGCACAAA---GGA-AA--TTTC---C--TATT--ATTTTTCTTTTGCAATT--A---CG--T--G-T-TTTCATA-CA-GCCTACTCTTTG---A----C-GCTCGCC---GCTG------AAATA--AT-C--A---ATGATGGACCCTATG-----T-TT-TTT----C--ATGGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCA-T--ACTGTAGCTT---TAT-A-CAA-A-ATTT--TAA-GAAA-TTC-TC-TA--TT--TTAGAAAACGA-ATT----AT---TC-TGTTGT-CGTTAAGT
gi|2 : ATTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCG
gi|5 : catgtcACTG-TTCTTT--GTATTTGACGT-CACAATAGCCGCTTTTGTGCGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccattgcatttacgtcagtttaaatattacatattttgaaaccgcccctgaaatatcatacaatgattcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
gi|12 : catgtcACTGTGT-TTT--GTATTTGACGT--ACAATGGCCGA-TTTGTGCGggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgggtccgaataaaacaattttagtacccatttacatgactacctacagtgtacactttgtaatggcacttaaccatttcaatacatgtacgaaatgttttagaaatttccctattgtttagagtaataatgtaaactgtcaaaggaatataaatatctttttgttttaatggttttctacagaaaactgttattaattgaaggacagaaaacaaagtacttgtatattttccaactgacgacaagttaatatttgtgtttgtctcttttcatttaacaaaattcttttcgctttaaatactttattgttagttatttagaaagttttaacaattgtgaaaataataataacaatgaagtgttaacatttttaggtgtactacaaattcatcgttatcaagccgcaatgctgttttatatttgaatcattgaatttaagacagtttaatattacatgttttgaaacgccccttaaaaatattatacatgattcaatgcttgttacatattgaaaaatgacattctccaaatcgatatagttattaaaaatggaaaatatgacgctaaaagttagaataacttatttattcttctcgtgggccaacatatttc
gi|31 : atgtgcACTA-GTCTTT--GTATTTAACGT-CACAAT-GCCGC-TTTGTGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgatactttgttacttcgccattttatattcaatacatgtacgaactatttcagaaatcctatttttagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|13 : atgtcCTT-GTCTTT--GTATTTGACGT-CGCGGT-GCCGA-TTTGTGCG
gi|28 : atgtcc-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtacgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacactctgtacatgcattcacaatccatacatgtgcgcaatattttagaaatcctatttttagattaatacatgca
gi|7 : catctcattggtcgacgtgccTCTTTTCGTATTTGACGTTCACAAT-AGCAA-TTTGTGCG
gi|2 : CGTGTCC-GA--AATAAA---CAA-----GTACC-A-TATA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATT--GGTACA--T-A-C-ATTAATTAC-ATT-C----A-ATA-CATGT------------------ACG----CCAA--TGTT-TTAGAAAT---C--CT-AAT-TTT-AGATT-A-A--T-ACA---T----GT----------A--AAAT--TGTCAAAGG-AAT-A----A--------TTTTTT-TTCTTCTTTT-AA--CG-GTTTCT---------------T-ATT-----A---G-AA--------------A-------------------A----------------ACTGATATTAATGAAGAA---CAG--------AA--GAC--AA------A-GTACTGTT---T-A-TTT--TCAAC--TGACGACAA-CT--ACATTTGC--TTTGTCTCTTTTCAAT--G--C-AAAA-TACGCA--TGC-TTTTATTC----TAGTA-TTTAAATTT-TTCA-T---TTAT--TT--AG-AAAG---TAT-AACAATTG--TGAAAATAA---TAATAGATAA--CAATGAAGTGTAAACATT-GT-AGGTGTACT-ACAAA-TTCAT--CGT-A-CAAGACGCCAATAC-C-ATGT-TTTATATTTGAACCATTGCATTTACGTCA-GTT-TAA-ATATTACATATTTTGA-AACCGCCCC--T--GAAA---T-ATCATA-CAATGA--TTCA-ATGCTT-GTACACACAT-GAAAAATG-ACAT-T-CAC-CAAATCT-AAATAGCTATT-A-TAA-TGG-AAAATATGACGCTAAAAGT--AAAAAATACTTATT-TATT-T--CTCCGT-TG-GC-AACATATTTT----AT--TGCGAATTG-TC-AAAA-TCGCCCTT-TGACACGCCCCC--CTGAAAAAT-TTCGG--CTGATGACATGCCACTTTCTTTTT-ATAA----TTT-----GTAACTTTAA-GT----GTGTC-TTACCA--ACTCTTCAAT-TTG-GA--T-ACAATCTCTATTTT---AG--AATTTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattcgtgttcagaataaaaaccaagtaccaatttactacagatacagttgtacattactgcatttcatatccatatatcatatcctcctcgtgatattccgacatcaagttcctcttagaaattcctgatttttagattaatacaaattgtcattaaaacttcaagggaatatactaattcattgattatttttcttttcatgtgttttctacagaaataactgatattaagttgaagacagaaaagacaattaacgagtactgttatatttttccaactgacgacaagttacaattgcttatctcttttcaatacaaaaatacgcacatgttttcattctctagtatttaaatttattcagtttattttaagaaagtgttacatcaattgtctgaaattaatcactaa
gi|7 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntCGTGTTCAGA--A-TAAAAACCAA-----GTACC-AATTTA--C-------TACAGAT-ACAGTTG--TACATT-----AC---T-G-C-ATT--TCAT-ATC-C----ATATATCATATCCTCCTCGTGATATTCCGACAT---C-AAGTTCCTCTTAGAAATT--C--CTGATT-TTT-AGATT-A-A--T-ACAAATT----GTCATTA-----A--AA-C--T-TCAAGGG-AAT-ATACTA-A--TTCATTGATTATTTTTCTTTTCA---TGTGTTTTC---------------T-AC------A---G-AA--------------ATAACTGATATTAAGTTGA-A----------------G----------------A---CAG--------AAAAGAC--AATTAACGA-GTACTGTT--AT-A-TTTTTCCAAC--TGACGACAA-GTT-ACAATTGC--TT-ATCTCTTTTCAAT--A--C-AAAAATACGCACATG-TTTTCATTCT--CTAGTA-TTTAAATTTATTCAGTTTAT--T--TT--AAGAAAGTGTTAC-ATCAATTGTCTGAAATTAA---TCA---CTAA--
gi|13 : tcttttcgtatttgacgttcacaatagcaatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattGTGTAC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTCTGT-ACA--T-G-C-ATT--C-AC-AAT-C----C-ATA-CATGT------------------GCG----C-AA--TATT-TTAGAAAT---C--CT-ATT-TTT-AGATT-A-A--T-ACA---T----GC----------A--
gi|12 : atgtcccttgtctttgtatttgacgtcgcggtgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttGTGTCC-GA--A-AAAAA--CAT-----GTACG-A-TTTA--C-------TACT--T-ACAGT-G--TACACTTTG-TACA--T-G-C-A-T--TTAG-A-T-C----G-ATT-CATTT------------------A-GATTTT-GA--TACT-TTGTTACT---TCGCC-A-T-TTT-ATATTCA-A--T-ACA---T----GT----------ACGAA-C--TATTTCAGA-AAT--------C--CT-ATTTTT
gi|16 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttTGTCC-GATTA-TAAA---CAAAAA--GTATC-A-TATAGAC-------TA----T-ACAGTTG--TACATATTGATACA--T-GAC-ATT--T-AA-GTT-C----A-ATA-CATGT------------------ACA----A-AA--TGTT-TTAAAAAT---CG-CT-ATT-TTTTAGATTCA-A--T-ACA---T----GC----------T--AA-TAATGTCAAGGT-AAA-A----ATA--TT-ATATATT-TTTTTTATTTTAAT-CG-GTTTTTCAGCAAAGAAACTGAT-ATTTAATAA---GTAA--------------G-------------------A----------------G----------------A---CAG--------AAA-GAC--AA------ATGTACTGTTTGAT-ATTTT--CCAAC--TGagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|10 : TGTC---G--A-TAAA-----A-----GTAC----TTTA--CATG----TATA--T-ACAGT-G--TACATTT-GT-ACA--------ATG--TT-C-ATT-C----A-ATA-CATGT-------------------CG----A-AA--TG---TTAGAC-T---C--CT-ATT-GTT--GATT-A-AATT-CCA---T----GTT---------A--AA-A--TGTCAAAGG-ATA-A----A-A--CT-ATTTTTT-GGGTT----TTAA--TG-GTTTTC---------------T-AC------A---G-AA--------------A-------------------A-----------------------------------------------------------------------TGTT-------TTT--CCAAC--TGA-GACAAAGT--ATATTTGT--TTTGTCTCTTTTC-AT--A--CAAAAA-TACGC---TGCTTT
gi|5 : GTCC-GA--A-TAAAA--CAATTTTAGTACCCA-TTTA--CATGAC--TACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTAATG----G-C-ACT--TAACCATTTC----A-ATA-CATGT------------------ACG----A-AA--TGTT-TTAGAAATTTCC--CT-ATTGTTT-AGAGT-A-A--T-A-A---T----GT----------A--AA-C--TGTCAAAGG-AAT-AT---A-A--AT-ATCTTTT-TGTTT-----TAA--TG-GTTTTC---------------T-AC------A---G-AA--------------A-------------------ACTGTTATTAATTGAAGG----------------A---CAG--------AAA--AC--AA------A-GTACTTGT--AT-A-TTTT-CCAAC--TGACGACAA-GTTAATATTTGTG-TTTGTCTCTTTTCATTTAA--C-AAAA-T-------T-CTTTTCGCTTTA---AATACTTTA--TTG-TTAG-T---TA-T--TT--AG-AAAG---TTTTAACAATTG--TGAAAATAA---TAA----TAA--CAATGAAGTGTTAACATT-TTTAGGTGTACT-ACAAA-TTCAT--CGTTATCAAGCCG-CAATGC----TGT-TTTATATTTGAATCATTGAATTTAAGACA-GTT-TA--ATATTACATGTTTT-G-AAACGCCCC--TTAAAAA---T-ATTATAC--ATGA--TTCA-ATGCTT-GTT-ACATATTGAAAAATG-ACAT-T-CTC-CAAATC-GATATAGTTATT-A-AAAATGGAAAA-TATGACGCTAAAAGT--TAGAATAACTTATT-TATT-CT-TCTCGTGGG-CC-AACATATTTC----attgtgtaggagtcattatagaagtatagggttatgatacactctgatagtataacacatagagatagatatatacatatttagatagattgagccagaggtttcatgtcatcgcagtagggagaaaattgcattatgaattttaagattatgtagaaatattgaatttgaagacgtttattaattttcatcgctcttttcgaaac
gi|4 : catgtcactgttctttgtatttgacgtcacaatagccgcttttgtgcggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtggGTCC-GA--A-TAAA---CAA------TAC--A-TT-A--CAGTGTTACACC--TTACAG--G--TACAGCTTGT-ACA--T-G---ACT--T-AC-ATT-C----A--TATCATG-------------------ACG----A-GAACTGTT-TAAGACAT---C--CT-ATT-GT---AATT-AGA--T-ACA---T----GT----------A--AAAC--TG-CAAAGG-AAT-A----A-AACCT-ACTTTTT-GGTTT-----TAA--TG--TTTTC---------------T-AC------A--------------------------------------------------------------------------------AG--------AAA------------------ACTGTT-------T-T--CCGAA--CGACGACAA-TG--ATATTT----TTTGTCT---TTCAAT--A--C-AAAA-TACGCAG-TGCTT---ATTTGAT---GTA-TTTAGA---------------------------AAG---TTT-AACAATTG--TGAAA-TAA-----A---ATAA--CAAT-AAGT-TAGACATTTAT-AGGCGTACA-GCAA--TACATTACG--ATCAAGCCG-C----C-CGATCTATTTATATTT-AATCATTA-AT--AAGACA-GTGGTATTATAATACATGTCTT-A-AAACGCCCCAGT--AAAAATCT-AGTACA---ATA----TCAGATGCTTTGT--ACATAG-AAAAAAT--ACAT-TGCTCTCAAATCCTATATA-TTATC-AAGAA-TG-AAAAATATGACGCTAAAAGTTAGAAAAT-ACTC----TATTATTCTCTCGTG----C-AACATATTTC----ATGGTGAAAATTG-TCAAAAAATCACCCTTATGAGACAGCCCCCT---GAAAGA-TTTGG--CCGATACC-TAC-ACTTTTTCCTT-ATAAT---TTT------T-A----AGCGTATTTGT-CC-TT-CTATATCTC----GT-TTG-GA--T-TAAAACTCT--TTT---AG--AATTTTTT---ATA--TCAACTTTTATA--GCACAAT---GGA-GA--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAATT--A---CG--C--A-T-TTTCAT-----GCCTA--CTTTGAA-A----C-GTCCCCC---ACTGA-----AAATA--AT-G--A---ACGAT-GACTTAATG-----T-AT-TTC----C--GTTGA---TTA-ATCTAA-TTAA-ACA-TAAAATTTAA-TT---GAT-ATCAA-A-ATTT--GAA-TAAA-ATC-TCATA--TT--TTAG-AAACGA-ATT----ATAA-TC-CGTCGT-CGTTAA
gi|24 : -GA--C-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--A-------CACC--T-ACTGT-GACTACACTTTGTTACAAGT-G-CGA----TTAC-ATT-CCCCAA-GTATCATGT------------------ACGA---C-AA--t
gi|12 : ATACTTTGTTACT--TCG-CCATT--TTAT-ATT-C----A-ATA-CATGT------------------ACG----A-AC--TATT-TCAGAAAT---C--CT-ATT-TTT-AGATA-A-A--T-A----------------------A--AA-T--TGTCAAAGGAAAT-A----A-A--a
gi|21 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgA--TGTT-TTAGAAAT---C--CT-ATA-TTT-AGATT-G-A--T-ACA---T----GTA---------A--AA-C--TGTC-AAGG-AAT-A----------C-ATTTTTT-AATTTTTTTTTTA--TG-GTTTTC---------------T-AC------A---G-AAAACTGATAATAATGA-------------------A----------------G----------------A---CAG--------AAA-GAC--AA------A-GTACa
gi|22 : T-TTAGAAAT---C--AC-ATT-GTT-AGATT-A-A--T-ACA---TCATGGTACAGTCTGTAA--AA-G--TGTCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTTT-GTT---GTTTTAA--TG-GTTTTC---------------T-AC------A---G-
gi|3 : -TTAAAAATT--C--CT-TAT-GTC-AGCTTTA-A--TTACACTGT----AT----------A--AA-T--TGTTCAAGC-AG-------A-A--TT-ATTTTTT-CTT--CCTTTTAAAGTG-GTTTTC---------------TCAT------AAGAG-AA--------------ACTGATTATTAATGATTCGAA----------------G----------------ATACCAG--------AAA--AC--AGC-----G-GTACTGTT--ATTA-TTT--TCCACACTGA-CACAA-GT--ACATTTGCGCTTTGTTT--TTTCAAT--TACC-AAAA-TA-GCA--TGCTTTAT-TTCTA----G-A-TTTAATTTT-TTCA-T---T--TATTT--AG-AAAG---TAT-AATAATTG--TGAAAATAA---TAATA-ATAAAACAATGAAGTGTAAATATT-GT-AGG----------------AT--CGT-ATCAAGCTG-CAATGC-C-ATGT-TTTATATTTGAACCATTGAATTGAAGACA-GTT-TAT-ATATTACATATTTTGA-AACCGCCCC--T--GAAA---T-ATTATA-CAATGA--TTCA-ATGCTT-GT--ACACAT-GAAAATTG-ACAT-T-CTC-CAAATCT-AAATAGTTATT-A-TAA-AGAAAAAATATGACGCTGAAAGT--AGAAAATACTTATT-TATT-ATC--TCGT-TG-GC-AACATATTTC----AT--TGAGAAATG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGACACGCCC----CTAAAAACT-TTTGG--CTTATGACATGCCACTTTCTTTTT-ATAA----TTT-----GTAACTTTAATAT----GT-CC-TTACCATCACTCTTCAAT-TTG-GA--T-ACAGCCTCTATTTT---AG--AATTTTTTT--ATA--TCAATTTTCATATTGTATAAA---GGA-AA--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAATT--A---CG--T--G-T-TTTCAT---A-GCCTACT-TTTGAA-A----C-GCTCCCT---GCTGA-----AAATA--AT-T--A---ATGAT-GACCCTATGCTTTCT-TT-TTT----C--AAGGATTTT---AACTAA-TGGATGCA-T--ACTCTAGCTTA--TAT---TAA-A-ATTT--TAA-GAAA-TTC-TC-TA--TT--TTAG-AAGCGA-ATT----ATA--TC-CGTCGT-CGTTAA
gi|20 : ---C--CT-ATT-TTT-AGATT-A-A--T-GCA---T----GTA---------A--AA-T--TGCCAAAGG-AATAA----A-A--TT-A--TTTT-TTTTTCCTTTTAA--CG-GTTTTC---------------T-AA------A---G-AA--------------A-------------------ACT--------------G----------------A---TAATATAATTCGAA-GACAGAA------A-G-ACTGTT--AT-A-TTT--TCCA
gi|6 : A-GT--AT-TTTGT--TTTGTCT-TTTTCAAT--A--C-AAA--TACGCA--TGCTTT--ATTGTAGTTATTG-T---AG-----------------------A--AAAG---TTTGAACAATTG--CTGAAATAA---TTA---ATAA--CAATGAAGTGTTAACATT-TT-AGGTGTACTGACAAA-TTCAT--CGT-ATCAAGCCA-CAATGCTT-ATG--TTTATATGTGAATCA-TGAATTTAAGACACGTT-AAT-A-ATTACATG--TTTGAAACCGCCCC--TA-AAAA---TAATTATA-CAATGGATTTCA-ATGCTT-GT--ACATAT-GAAAAATGAACATAT-CTC-CAAATCTATATTAGTTATTGA-AAA-TGGAAAAATATGACGCTAAAAGT--AGAAAATACTTATTGTA-T-CTCTCTCGT-TGAGCAAACATATTTCCAGTGT--AGAAAATTGATC-AAAA-TCACCCTT-TGAGGACAGCCCGCCTGAAAAGATTTTGG--CCGATGAC-TACC-CTTTTTTTCTAATATT---TTT-----AA-GCGTTATTGT----GT-CC-TTA-TATTA--TTTCCGT-TTGAGATTT-AAAA-CTCTATTTTTAGAA--ATTTTTGTTTTATAT-TCAACTTTTATATCGCACAAT---GGA-GATTTTTC---CGTTATTGAATCTTTC-TTTGCAATT--AACCCA--T----T-TTTCAT-----GCCTACGTTTTGCAAA----CGGATCCCC---ACAG------AAAAT--AT-G--A---ACGACTGACTATATG-----T-TT-TTCG---C--GTTGATATTT--AACTAA-TTAATACA-T--AATTTAAATTGGATAT-T-CAATA-ATTT--GAA-TAAA-ATC-TC-TA--TT--T---GAAACGACATTTATAAT---CCTTCCTGT-CGTTAAac
gi|19 : gacgacaaagtTATTCTA----GTA-TTAAAATTT-TTCA-T---T--TATTTGGA--AAAT---TTT-AACAATTG--TGAAAATAACGATAATG-ATAA--CAATAAAATGTTATCATT-GT-AGGTGCATT-ACAAA-TCCAT--CGT-ATCAAGCCG-CAATGC-
gi|9 : AAAACTGATATT-A---A-TGAAAATAAATGACGCTAAAAGTT-GAAAAT-ACTGATT-TATT---CTTTCGT-TG-AC-AACATATTTC----CT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGTCCTT-TGACACGCCCTCTT--GAAAGAT-TTTGA--CCGATGACATACCATTTTTTCCTT-ATAATATGTTT-----GC-GTATT---GT----GT-CC-TTACTATCATTCTTCGTT-TTG-GA--T-TAAAACTCTATTTT---AG--A-ATGTTTTAAATA--TCCACTTTTATATCGCAGAAT---GGA-GA--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAAGT--T---CG--C--ATT-TTTCATA-----CCTACT-TTTG---ATC--C-CCCCACC---CCGA------AAATA--AT-G--A---ACGAT-GACCATATGC----T-TT-TTC----C--GTTGATCTT---AACTAT-TTAATACA-C--AATTCAACTGA--TAT---CAA-A-ATTT--GAA-TAAA-ATC-TC-TA--TT--TTAG-GAACGA-ATT----ATG--TC-CGTCGT-CGTTAAt
gi|29 : tcttcagTATGACGCTAAAAGT--AGAAAATATTTATT-CA---TTCTCTCGT-TG-GC-AACAa
gi|11 : CATATTTC----ATG-TGAAAATTGGTCAAAAA-TCACCCTT-TGAGACAAAGCCCCCTGAAAGAT-TTTGGGGCCGATGACCTTACACTTTTTCCTT-ATAAT---TTTTAAGCGT-ATTGT----T----GT-CCCTTACTATTATTTTTCGTTATTG-GA--TTAAAAACTCTATTT----AGGAATTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATTCCACCAATGTGGA-GA--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAATT--A---CGCAT--T-T-TTTCAT-----GCCTAACTTTTGAA-A----C-G-TCCCC---AC-GAACAAAAAATA--ATGG--A---ACGAT-GACTACATG-----T-TTATTT----CCGGTTGA-TTTTA-AACTAA-TTAATACA-TA-ATTTTAATTT---GAT-ATCAA-A-AATTGATAA-CA----TC-TCGTA--TT--TTAG-AAACGA-ATT----ATA--TC-CGTCGTCCGTTAAA
gi|14 : CCCCCGTGAACATT-TTTAG--CCGATGACATGCCATTTTTACTTT--TAAT---TTC-----TA-AGATTACTGC----GT-TC-TTACCGTCATTCTTCATT-TTG-GA--T--TAAACACTATTTT---TG--ATTTTTTTT--ATA--TCAACTTTCATGTCGCAAAAT---GGA-AG--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAATT--AGG-CA--T----T-TTTCGT---A-GCCTACT-TTAG---AACATC-CCCCACCCCGGCAG------AA--A--AT-T--ATGTACGAT-GATCATAT------T-TG-CTC----C--ATTGATTATAATAACCAA-TTAATGCA-T--ACTTTAACTGA--TAT---CAC-A-ATTT--GAA-TAAA-ATA-TC-TA--TT--TTTGAAg
gi|15 : gTTTCTTTTT-ATAA----TTT-----GTAACTTTAATGT----CT-CC-TTACCATCACTCTTTAAT-TTG-GA--T-ACAATCCCTATTTT---AG--AATTTTTTTTACTAATTC-ATTTTTATATTGCACAAA---GGG-AA--ATTC---C--TATT--ATTT---CTTTGCAATTGAA---CG--T--G-TATTTCTAA-TA-GCCTACT-TTTGAATA----C-G-TCCCC---GCTGA-----AAATA--AT-TTAA---ATGATTGA-CCTATG-----T-TT-TTTTTAGC--ATGG--TTTTG-AA-TAATTTAATGCATT--ACT-CA-CGG---TAT-A-TTA-A-ATTT--TAA-GAAAGTTCATC-TATCTT--TTAGAAAAT----TT----ATA--TC-CGTCGT-CGTTtcgacttggatgtgtcgccctta
gi|25 : AAT-TTG-AA--T-AAAATCTCTATTTT---AG--A
gi|17 : taatacataatttaattgatatcaa--ATTTTTTTTTA-TA--TAAAATTTTATAATGCA--AT---GGAGAA--TTTTGCGC--TATT--ATTTATCTTTTGCA--T--A---AG--C--A-T-TTTGATT-CATG--TACT-TTTG---AGAA-C-G-TCCCC---ACTG------AAATA--AT-G--A---ACGAT-GACTATATG-----TATT-TTC----C--GTTGA-TTTTA-A--TAA-TTAAT--A-T--ATT-T--CTT---GATCATCAA-A-ATTT--GAATAAAA-TGC-TCATA--TTTATTAAAA---GA-ATT----AT---TC--GTCG--CGTTAAaacgaattatatccgtcgtcgttaa
gi|18 : ggattagtaatatatataaaggaTTAATA--TCAATTTTTATATTACACAAA----GA-AA--TTTC---C--TATT--ATTTT--CTTTGCAATT--G---CG--T--G-T-TTTCATAGC---CCTACT-TTTGAA-A----C-GCTCCCC---GCTGAA----AAATA--AT-C--A---ACGAT-GACCCTATGT----T-TT-TTT----C--ATGGATTTT---AACTAA-TTAATGCA-T--ACTCTAACTTA--TAT---TAA-ATATTT--TAA-GAAA-TTC-TC-TA--TT--TTAG-AAACGA-ATT----ATAGATC-CGTCGT-CGTTAAt
gi|2 : ccTTGCATTT--A---CG--TCAG-T-TTAAATA-TT-ACATATT--TTG---A----A-AC-CGCC---CCTG------AAATATCATAC--A---ATGATa
gi|25 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccaTAATACA-T--AATTTAA-TT---GAT-ATCAA-A-ATTT--GAA-TAAA-ATC-TC-TA--TT--TTAG-AAACGA-ATT----ATA--TC-CGTCGT-CGTTAAtcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TATCTCATTTTTGTTTTAACTTGTTTTTCTACTAGCATGAAAACATGTTTTTCAATATATATATGAAGACAGAAGATATCAAAAAGTATCTTGTTATAATACATTTATCACAACCTTGACGATTAATGTATCATTTGCTTTTGCTTTCTTTTTGCAAGAATACTAAGAAAAAACGTCTCTTACAGTAGTCTTTAAATTTGTACGTCGTAAATTTAGAATTCGTTTTATACACTTGTTGAAATATTTTATCATTCATAAAGCTATAGAAGTGTTAACAATAAGTTTCTTTATGGTTGTCTTCTTTTATCAGATTCACTACAGTAATAAAGCCCGTCATGCATATGTTCATGGGTTATTTTGAATTAATTTGCGTTAATTATATATATAGAGAAGATTATATATAATATATAACCATGTTTTTTGAAACTCGGGCTCCTAAAAGATATTATACAATGCATTTACACTGTCTTTTCATTATTGACAATAATGAAATTCTACTCAAATATTCATTTAATAAGTTTAGGTATAAATATGGAA
Unaligned ( gi|23 ): TAGTCTGATATACATATAATGATATTTCCGAATTAATAAGTTCTCTTACTTATAGAAAGAATTATACTCCGTACACGTCGTTAATAGC
Unaligned ( gi|26 ): ATGACCTTAAGCATGTTTAATAGCAAACTGTACATTGTTTACAACGACTATAAGAATGTGTTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGTACACGCAGAACGACTTATACTTTATACTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTT
Unaligned ( gi|30 ): TCAGATTATTGATACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATACGCG
Unaligned ( gi|32 ): ACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111 3333333 11111111 22222222222222222 111 1111111111 111 3333333333 111111111111 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111 11 11111 11 2222 2222222 44444444444444444444444444 111 222 11 11111 1111111111 2222222222 111111111 2222 111111 1111 1111 1111111 111111111 111111 1111 11 1111 11 1111 1111 1111 11 1 222 1 1111 11 1 333333 11111 111111111 11111 222 3333333 1 11
lowQualScore : 5 66 5 0 5 4 55 4 555 77777 66 4 55 0000000 55 4 8 55 8 6 00000000 2 55 8 3 3 999999 7 99999 44 55 11111111111111111 000 2 2 2 2222222222 2 8 2 33 2 000 6666 2 1111111111 33 3 55 3 777777777777 3 4444444 888 3 7777 9999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 111111111111 4 8 4 4 55 1 8 3333 4 66 4 00 4 4 6 11111 00 2222 99999 3 55 2222222 4 44444444444444444444444444 777 4 1 999 4 55 4 777 88888888 111 4 22 4 4 11111 1 9999999999 4 66 4 6666666666 777777777 66 777 4 4 4 4 66 2222 66 5 444444 0000 5 66 0000 6666666 5 5 5 5 55 555555555 66 111111 66 6666 77 77 33 5 5 5 5 3333 77 5 5 33 5 555 5 5 5 5 5 5 88 0 5 5 8888 66 5 1 5 8888 55 5 5 5 0000 33 1 5 5 5 66 999 66 66 3 9999 2 0000 4 1 4 4 1 6 5 4 4 888 5 777 55 1 33 99 2 4 1 55 55 55 777 55 55 4 4 55 4 99 2 4 55 777777 4 4 4 11111 4 7 4 888888888 0 44 55 55 8 4 5 88888 4 55 4 5555 4 0 222 3 3 2 8888 1 5 1111111 3 3 1 1 3 3 0 3 44 44 3 3 0 3 3 11 3 555 44 3
lowQualScore : . .. . . . . .. . ... ..... .. . .. ....... .. . . .. . . ........ . .. . . . ...... . ..... .. .. ................. ... . . . .......... . . . .. . ... .... . .......... .. . .. . ............ . ....... ... . .... .... .......................................................................................... .. ............ . . . . .. . . .... . .. . .. . . . ..... .. .... ..... . .. ....... . .......................... ... . . ... . .. . ... ........ ... . .. . . ..... . .......... . .. . .......... ......... .. ... . . . . .. .... .. . ...... .... . .. .... ....... . . . . .. ......... .. ...... .. .... .. .. .. . . . . .... .. . . .. . ... . . . . . . .. . . . .... .. . . . .... .. . . . .... .. . . . . .. ... .. .. . .... . .... . . . . . . . . . ... . ... .. . .. .. . . . .. .. .. ... .. .. . . .. . .. . . .. ...... . . . ..... . . . ......... . .. .. .. . . . ..... . .. . .... . . ... . . . .... . . ....... . . . . . . . . .. .. . . . . . .. . ... .. .
lowQualScore : 7 99 0 0 0 0 55 0 000 00000 55 0 55 0000000 55 0 0 55 8 7 00000000 6 00 1 6 6 555555 3 11111 66 00 55555555555555555 777 9 9 9 5555555555 9 6 9 99 9 000 1111 9 1111111111 99 1 00 1 555555555555 3 3333333 888 6 7777 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 888888888888 0 0 0 0 55 1 9 9999 4 11 4 66 4 4 7 11111 66 8888 77777 6 88 0000000 0 99999999999999999999999999 000 0 0 000 0 55 0 000 99999999 444 4 22 4 4 11111 0 4444444444 4 33 4 4444444444 000000000 11 888 4 4 4 4 11 8888 99 0 444444 6666 0 99 6666 2222222 0 0 0 0 44 555555555 99 666666 99 6666 99 99 66 7 7 7 7 7777 99 7 7 66 7 999 7 7 7 0 0 0 11 8 0 0 0000 77 0 0 0 4444 11 0 0 0 6666 66 4 0 7 7 77 666 00 99 1 7777 2 0000 4 0 4 4 9 4 3 4 4 777 3 888 55 0 88 55 1 0 0 55 44 55 000 55 55 0 0 55 0 55 0 0 55 777777 0 0 0 11111 0 3 0 999999999 3 88 55 00 0 0 7 00000 0 55 0 9999 0 8 777 4 6 2 4444 6 9 0000000 3 3 0 0 3 3 0 3 66 66 3 3 4 3 3 22 3 888 66 3
consensus : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A-ATA-CATGTAC-----G-AAA--TGTT-----------------TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTACT------A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-TCAAGCC-G-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-------T-A-AGACA-GTT-TAT-ATA--T------TA--CAT-G----TTTT--GAAACC---GCCCC--T--GAAA--TA-T-TA-TAC-AATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAA-T-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAGT-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGA-CACG--CCCCCCTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-T-NAAANCTCTATTTT---AG--ANTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTT-G---TATA-TCAA-AATTTGAATAAAAT-C-TC-T-A--TT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
Reference ( family-433 ) : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A-ATA-CATGTAC-----G-NAA--TGTT-----------------TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTACT------A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-TCAAGCC-G-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAATCA--TTG----AATT-------T-A-AGACA-GTT-TAT-ATA--T------TA--CAT-G----TTTT--GAAACC---GCCCC--T--AAAA--TA-T-TA-TAC-AATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-TA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAA-T-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAGT-AGAAANTACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGA-NACGNCCCCCCCTGAAAA-NTTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTTTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-T-AAAANCTCTATTTT---AG--ANTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AANG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TN-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTT-A---TATA-TCAA-AATTTGAANAAANT-C-TC-T-A--TT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
gi|1 : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGG
gi|1 : CGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A-ATA-CATGTAC-----G-CAA--TGCT-----------------TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTTTTTTCTTTTTAA--CG-GTTTTTT----A-T--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TG-T-C-CT-AC--TGA-GAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTACTTAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTA-AA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAACCA----------T-T-GT-AGGTGTACT------A---CAAAG-T------TCAT--C---GT-A-TCAAGCC-G-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-------T-A-CGACA-GTT-TAT-ATA--T------TA--CAT-A----TTTT--TGAACC---GCCCC--T--GAAA--TA-T-TA-CACCAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-CATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAAAT-AGTTATT-AT-AATGGAAAAATATGACACTAAAAGT-GAAAATTACTTATT-TATT-TTCTTTCGTGTG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGA-CCCCCCCCCCTCTGAAAA-AATTTGG--CTGATAACATGCCACTTTCTTTTTATAAT---TTTGTA--CTTT-AACGT-GTCC-TTACCATCGCTCTTCAAT-TTGGA-T-ACAATCTCTATTTT---AG--ATTTTTTTTTAATA--TCAATTTTTATATTGCAC-AAAG--GAA-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-TTCT-TTTGCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT--AC-AGCCTA-C-TCTTTG-----AC-GCTCGC-C------G--CTG--AAATAA--TC-AATGA-TGGACCCTATG-----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ACTGTAGCTT-----TATA--CAA-AATTTTAAGAAATT-C-TC-T-A--TT--T-TAGAAAACGA-A-TTAT----TCTGT---T--GT-CGTTAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgtccgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacattttgttacatgcattttacattcaatacatgtacgcaatgctttagaaatcctatttttagattaatacatgtaaattgtcaaaggaataaattatttttttttttctttttaacggttttttatagaaaagacagaaagacaaagtactgttatatgtcctactgagacaagtacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgctttttattctacttagtatttaaatttttcatttttaaaagtataacaattgtgaaaataataaataacaatgaagtgtaaccattgtaggtgtactacaaagttcatcgtatcaagccgcaatgccatgttttatatttgaaccattgcatttacgacagtttatatattacatatttttgaaccgcccctgaaatattacaccaatgattcaatgcttgtacacatgaaacatgacattctccaaatctaaaatagttattataatggaaaaatatgacactaaaagtgaaaattacttatttattttctttcgtgtggcaacatatttcattgagaattgtcaaaaatcgccctttgacccccccccctctgaaaaaatttggctgataacatgccactttctttttataattttgtactttaacgtgtccttaccatcgctcttcaatttggatacaatctctattttagatttttttttaatatcaatttttatattgcacaaaggaaatttcctattatttttcttttgcaattacgtgttttcatacagcctactctttgacgctcgccgctgaaataatcaatgatggaccctatgttttttcatggatttttaaactaattaatgcatactgtagctttatacaaaattttaagaaattctctattttagaaaacgaattattctgttgtcgttaagt
gi|10 : actggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTC---G--A-TAAA-----A-----GTAC----TTTA--CATG----TATA--T-ACAGT-G--TACA-TTTGT-ACA--------ATG--TT-C-ATT-C----A-ATA-CATGT-C-----G-AAA--TGTT-------------------AGAC-T---C-CT-A-T----------T-GTT-GATT-A-AATT-CCA---T----G-TT---------A--A-A-ATGTCAAAGG-ATA-A----A-A--CT-ATTTTTTGG----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A-------------------------------------------------------------TGTT------------TT-T-C-CA-AC--TGA-GACAAA----G-T--A-TATTTGT--TTT-G-TCTCTTTTC------AT--ACA---AAAATACG--C--TGC--TTTATTGTG--TAGGA-GTCA-----------------T-----T--ATAG-A---A-GTAT---A-G-GGTTA--TGATACACTCTG----A---TAGT--A-TAA--CACAT-AGAGATAGATATATACA----------TAT-TT-AGATAGATT------GAGCCAGAGGTTTCATGTCAT--C---GC-A-GTAGGGA-G-AAAATTGCATT-ATGAAT-T------TTAAGATTATGTAGAAATA--TTG----AATT-------TGA-AGAC--GTT-TAT--TAATT------TT--CATCGCTCTTTTC--GAAAC
gi|11 : CATATTTC----ATG-TGAAAATTGGTCAAAAA-TCACCCTT-TGA-GACAAAGCCCCCTGAAAG-ATTTTGGGGCCGATGACCTTACACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATTGTTGTCCCTTACTATTATTTTTCGTTATTGGA-TTAAAAACTCTATTT----AGGAATTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATTCCACCAATGTGGAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCA-T-TTTTTCAT------GCCTAAC-T-TTTG-A-A-AC-GTCCCCAC------GAACAA-AAAATAA--TGGAACGA-T-GACTACATG-----T-TTATTTC-C--GGT-TGATTTT-A-AACTAA-TTAATACATA-ATTTTAATTT-G----ATA-TCAA-AAATTG-ATAACAT-C-TCGT-A--TT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GTCCGTTAAAT
gi|12 : ACTGTGT-TTT--GTATTTGACGT--ACAATGGCCGA-TTTGTGCGg
gi|12 : atgtgcGTGTCC-GA--A-AAAAA--CAT-----GTACG-A-TTTA--C-------TACT--T-ACAGT-G--TACACTTTG-TACA--T-G-C-A-T--TTAG-A-T-C----G-ATT-CATTTA------G-A------TT-----------------TT-GATAC---T-TT-G-TTACTTCGCCAT-TTTATATTCA-A--T-ACA---T----G-T----------ACGA-A-CTATTTCAGA-AAT--------C--CT-ATTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgatactttgttacttcgccattttatattcaatacatgtacgaactatttcagaaatcctatttttagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|12 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttATACTTTGTTACT--TCG-CCATT--TTAT-ATT-C----A-ATA-CATGTAC-----G-AAC--TATT-----------------TCAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATA-A-A--T-A-----------------------A--A-A-TTGTCAAAGGAAAT-A----A-A--agataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|13 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgCTT-GTCTTT--GTATTTGACGT-CGCGGT-GCCGA-TTTGTGCGa
gi|13 : atgtccGTGTAC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTCTGT-ACA--T-G-C-ATT--C-AC-AAT-C----C-ATA-CATGTGC-----G-CAA--TATT-----------------TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-C----------A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtacgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacactctgtacatgcattcacaatccatacatgtgcgcaatattttagaaatcctatttttagattaatacatgca
gi|14 : atgtcccttgtctttgtatttgacgtcgcggtgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttCCCCCGTGAACA-TTTTTAG--CCGATGACATGCCATTTTTACTTT-TAAT---TTC-TAA-GATT-ACTGC-GTTC-TTACCGTCATTCTTCATT-TTGGA-T-TAAA-CACTATTTT---TG--ATTTTTTTT--ATA--TCAACTTTCATGTCGCAA-AATG--GAA-G--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--AGGCATT-TTT--CGT-----AGCCTA-C-T-TTAG---A-AC-ATCCCC-CACCCCGG--CAG-AAAATTA--TG-TACGA-T-GATCATAT------T-TG--CTC-C--A-T-TGATTATAATAACCAA-TTAATGCAT--ACTTTAACT------GATA-TCAC-AATTTGAATAAAAT-A-TC-T-A--TT--T-TTG-AATCGA-C-TTGG--A-TGTGT---C--GC-CCTTA
gi|15 : gTTTCTTTTTATAAT---TT-GTAA-CTTT-AATGT-CTCC-TTACCATCACTCTTTAAT-TTGGA-T-ACAATCCCTATTTT---AG--AATTTTTTTTACTAATTC-ATTTTTATATTGCAC-AAAG--GGA-A--ATTC---C--TATT--A--TT-T--C-TTTGCAATTGAACGTG-TATTT--C-T--AATAGCCTA-C-T-TTTG-A-ATAC-G-TCCC-C------G--CTG-AAAATAATTTA-AATGATT-GACC-TATG-----T-TT--TTT-TTAG-CATGGTTTTGA-A--TAATTTAATGCAT----T---ACTC-ACGGTATA-TTAA-ATTTTAAGAAAGTT-CATC-T-ATCTT--T-TAG-AAA--A-T-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTT
gi|16 : TGTCC-GATTA-TAAA---CAAAAA--GTATC-A-TATAGAC-------TA----T-ACAGTTG--TACATATTGATACA--T-GAC-ATT--T-AA-GTT-C----A-ATA-CATGTAC-----A-AAA--TGTT-----------------TTAAAAAT---CGCT-ATT----------T-TTTAGATTCA-A--T-ACA---T----GCT----------A--ATA-ATGTCAAGGT-AAA-A----ATA--TT-ATATATTTTTTTTATTTTAAT-CG-GTTTTTC----AGCAAAGAA--------------ACTGATATTTAATAAGTAAGA----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------ATGTAC--TGTTTGAT-AT-----TT-T-C-CA-AC--TG
gi|17 : --ATTTTTTTTT-ATA--TAAAATTTTATAATG--C-AATG--GAGAA--TTTTGCGC--TATT--AT-TTAT--CTTTTGCA--T--AAGCA-T-TTT--GATTCA--TG--TA-C-T-TTTG-AGA-AC-G-TCCC-C------A--CTG--AAATAA--TG-AACGA-T-GACTATATG-----TATT--TTC-C--G-T-TGA-TTTTA-A--TAA-TTAAT--AT--ATTT---CTTGA---T-CA-TCAA-AATTTGAATAAAATGC-TCAT-A--TTTAT-TAA-AA--GA-A-T--T--A-TTCGT---C--G--CGTTAA
gi|18 : ggattagtaatatatataaaggaTTAATA--TCAATTTTTATATTACAC-AAAG--AA--A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--GCGTG-T-TTT--CAT--A--GCCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTGAAAAATAA--TC-AACGA-T-GACCCTATGT----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTT---AACTAA-TTAATGCAT--ACTCTAACTT-A---TAT--TAAA-TATTTTAAGAAATT-C-TC-T-A--TT--T-TAG-AAACGA-A-TTATAGA-TCCGT---C--GT-CGTTAAAt
gi|19 : ccTATTCTA----GTA-TTAAAATTT------TT-CATT-----TATTTGGAA---A-ATTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----ACGATAATG-A-TAA--CA-AT-AAAA-----TGTTATCA----------T-T-GT-AGGTGCATT------A---CAAA--T------CCAT--C---GT-A-TCAAGCC-G-CAA--TGC--
gi|2 : ATTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGt
gi|2 : catgtcCGTGTCC-GA--AATAAA---CAA-----GTACC-A-TATA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACA--TTGGTACA--T-A-C-ATTAATTAC-ATT-C----A-ATA-CATGTAC-----GCCAA--TGTT-----------------TTAGAAAT---C-CT-A-A----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A------------ATTTTTTTTCTTC-TTTTAA--CG-GTTTCTT----ATT--AGAA--------------A-------------------AACTGATATTAATGAAGAA---CAG---------AAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT---T-A------TT-T-T-CA-AC--TGACGAC-AA----C-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGC-TTTTATTC----TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATTTA---T--TTAGAA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAATAGA-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAAACA----------T-T-GT-AGGTGTACT------A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A--CAAGAC-GCCAA--TAC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-------T-A-CGTCA-GTT-TAA-ATA--T------TA--CAT-A----TTTT--GAAACC---GCCCC--T--GAAA--TA-T-CA-TAC-AATG-A--TT--CA-ATGCTT-GTACACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CAC-CAAATC-TAAA-T-AGCTATT-AT-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAGT-AAAAAATACTTATT-TA-T-TTCTC-CGT-TG-G-C-AACATATTTT----AT--TGCGAATTG-TC-AAAA-TCGCCCTT-TGA-CACG--CCCCCCTGAAAA-ATTTCGG--CTGATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTTAAGTGT-GT-C-TTACCA--ACTCTTCAAT-TTGGA-T-ACAATCTCTATTTT---AG--AATTTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccattgcatttacgtcagtttaaatattacatattttgaaaccgcccctgaaatatcatacaatgattcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
gi|20 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-GCA---T----G-TA---------A--A-A-TTGCCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTT--TTTTCCTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-A--AGAA--------------A-------------------ACT--------------GA---TAATATAATTCGAAGACAGA-----A------A-G-AC--TGTT--AT-AT-----TT-T-C-CA-AC--
gi|21 : A--TGTT-----------------TTAGAAAT---C-CT-A-T----------A-TTTAGATT-G-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-CTGTC-AAGG-AAT-A----------C-ATTTTTTAATTTTTTTTTTA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAAAACTGATAATAATGA-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--
gi|22 : T-----------------TTAGAAAT---C-AC-A-T----------T-GTTAGATT-A-A--T-ACA---TCATGG-TACAGTCTGTAA--A-A-GTGTCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTTTGTT---GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AG
gi|23 : CTGA-T--ATACAT--A---TAA-TG-A---TATT-TCCG-AATT--AATAAGTT-C-TC-TTA--CT--TATAG-AAA-GA-A-TTAT--ACTCCGTACAC--GT-CGTTAA
gi|24 : tagt-GA--C-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--A-------CACC--T-ACTGT-GACTACACTTTGTTACAAGT-G-CGA----TTAC-ATT-CCCCAA-GTATCATGTAC-----G-tagc
gi|25 : TAATACAT--AATTTAA-TT-G----ATA-TCAA-AATTTGAATAAAAT-C-TC-T-A--TT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAacaaa
gi|28 : -GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-
gi|29 : catctcattggtcgacgtgccTATGACGCTAAAAGT-AGAAAATATTTATT-CA---TTCTCTCGT-TG-G-C-AACA
gi|3 : -----------------TTAAAAATT--C-CT-T-A----------T-GTCAGCTTTA-A--TTACACTGT----A-T----------A--A-A-TTGTTCAAGC-AG-------A-A--TT-ATTTTTTCTT--CCTTTTAAAGTG-GTTTTCTCATAA-G--AGAA--------------ACTGATTATTAATGATTCGAA----------------GATACCAG--------AAA-AC--A-----GC-----G-GTAC--TGTT--ATTA------TT-TTC-CACAC--TGAC-AC-AA----G-T--A-CATTTGCGCTTT-G-TTT--TTTC-----AATT-ACC---AAAATA-G--CA-TGCTTT--ATT-TC--TAG-A-TTTAATTTT------TT-CATT-----TATTTAGAA---A-GTAT---A-ATAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--AATAAAACA-AT-GAAG-----TGTAAATA----------T-T-GT-AGG-------------------------------AT--C---GT-A-TCAAGCT-G-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-------G-A-AGACA-GTT-TAT-ATA--T------TA--CAT-A----TTTT--GAAACC---GCCCC--T--GAAA--TA-T-TA-TAC-AATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-ATTGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAA-T-AGTTATT-AT-AAAGAAAAAATATGACGCTGAAAGT-AGAAAATACTTATT-TA---TTATCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAAATG-TCAAAAA-TCGCCCTT-TGA-CACG----CCCCTAAAAA-CTTTTGG--CTTATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTT-AATAT-GTCC-TTACCATCACTCTTCAAT-TTGGA-T-ACAGCCTCTATTTT---AG--AATTTTTTT--ATA--TCAATTTTCATATTGTAT-AAAG--GAA-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT-----AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-T------G--CTG-AAAATAA--TT-AATGA-T-GACCCTATGCTTTCT-TT--TTT-C--A-A-GGATTTT---AACTAA-TGGATGCAT--ACTCTAGCT------TATA-TTAA-AATTTTAAGAAATT-C-TC-T-A--TT--T-TAG-AAGCGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|31 : ACTA-GTCTTT--GTATTTAACGT-CACAAT-GCCGC-TTTGTGC
gi|4 : atgtcGTCC-GA--A-TAAA---CAA------TAC--A-TT-A--CAGTGTTACACC--TTACAG--G--TACAGCTTGT-ACA--T-G---ACT--T-AC-ATT-C----ATAT--CATG-AC-----G-AGAACTGTT-----------------TAAGACAT---C-CT-A-T----------T-GT--AATT-AGA--T-ACA---T----G-T----------A--A-AACTG-CAAAGG-AAT-A----A-AACCT-ACTTTTTG-----GTTTTAA--TG--TTTTCT----A-C--A------------------------------------------------------------AG--------AAA----------------------AC--TGTT-------------T-T-C-CG-AA--CGACGAC-AA----T-G--A-TATTT----TTT-G-TCT---TTC-----AAT--AC----AAAATACG--CAGTGCTT---ATTTGA--T-GTA-TTTA-----------------------------GAA---A-GTTT---A-ACAATTG--TGA-AA--------------TAAA--A-TAA--CA-AT--AAG-----T-TAGACA----------T-TTAT-AGGCGTACA------G---CAA---T------ACATTAC---G--A-TCAAGCC-G-C------C--CGATC--TAT------TTA----TATTT--AATCA--TTA----A----------T-A-AGACA-GTGGTATTATA--A------TA--CAT-G----TCTT--AAAAC----GCCCCAGT--AAAA---A-TCTAGTAC-AATA-----T--CAGATGCTTTGT--ACA-TA-G-AA-AA-AAT-A-CAT-TGCTCTCAAATCCTATA-T-A-TTATC-AAGAATG-AAAAATATGACGCTAAAAGTTAGAAAATACTC----TATTATTCTCTCGT----G-C-AACATATTTC----ATGGTGAAAATTG-TCAAAAAATCACCCTTATGA-GACAGCCCCC--TGAAAG-ATTT-GG--CCGAT-ACCTAC-ACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATT-T-GTCC-TT-CTAT-A-TCT-CG-T-TTGGA-T-TAAAACTCT--TTT---AG--AATTTTTT---ATA--TCAACTTTTATA--GCAC-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCA-T-TTT--CAT------GCCTA-C---TTTG-A-A-AC-GTCCCC-C------A--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACTTAATG-----T-AT--TTC-C--G-T-TGA---TTA-ATCTAA-TTAA-ACATAAAATTTAA-TT-G----ATA-TCAA-AATTTGAATAAAAT-C-TCAT-A--TT--T-TAG-AAACGA-A-TTATA-A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|5 : ACTG-TTCTTT--GTATTTGACGT-CACAATAGCCGCTTTTGTGCGGt
gi|5 : catgtcGTCC-GA--A-TAAAA--CAATTTTAGTACCCA-TTTA--CATGAC--TACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTAATG----G-C-ACT--TAACCATTTC----A-ATA-CATGTAC-----G-AAA--TGTT-----------------TTAGAAATTTCC-CT-A-T----------TGTTTAGAGT-A-A--T-A-A---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-AT---A-A--AT-ATCTTTTT-----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------ACTGTTATTAATTGAAGGA---CAG--------AAA-AC--A-----A------A-GTAC--TTGT--AT-A------TT-TTC-CA-AC--TGACGAC-AA----G-TTAA-TATTTGTG-TTT-G-TCTCTTTTC-----ATTTAAC----AAAAT--------T-CTTTTCGCTTTA---AATACTTTA--TTG------TT-AGTTA----T--TTAGAA---A-GTTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A---A--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TTTAGGTGTACT------A---CAAA--T------TCAT--C---GTTA-TCAAGCC-G-CAA--TGC-----TG--T-T------TTA----TATTT-GAATCA--TTG----AATT-------T-A-AGACA-GTT-TA--ATA--T------TA--CAT-G----TTTT--GAAAC----GCCCC--TTAAAAA--TA-T-TA-TAC-A-TG-A--TT--CA-ATGCTT-GTT-ACA-TA-TTGA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-GATA-T-AGTTATTAAA-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAGT-TAGAATAACTTATT-TATT-CT-TCTCGT-GG-GCC-AACATATTTC----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgggtccgaataaaacaattttagtacccatttacatgactacctacagtgtacactttgtaatggcacttaaccatttcaatacatgtacgaaatgttttagaaatttccctattgtttagagtaataatgtaaactgtcaaaggaatataaatatctttttgttttaatggttttctacagaaaactgttattaattgaaggacagaaaacaaagtacttgtatattttccaactgacgacaagttaatatttgtgtttgtctcttttcatttaacaaaattcttttcgctttaaatactttattgttagttatttagaaagttttaacaattgtgaaaataataataacaatgaagtgttaacatttttaggtgtactacaaattcatcgttatcaagccgcaatgctgttttatatttgaatcattgaatttaagacagtttaatattacatgttttgaaacgccccttaaaaatattatacatgattcaatgcttgttacatattgaaaaatgacattctccaaatcgatatagttattaaaaatggaaaatatgacgctaaaagttagaataacttatttattcttctcgtgggccaacatatttc
gi|6 : catgtcactgttctttgtatttgacgtcacaatagccgcttttgtgcggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtggGACGAC-AAAGTAG-T--A-T-TTTGT--TTT-G-TCT-TTTTC-----AAT--AC----AAA-TACG--CA-TGCTTT--ATT-------GTA-GTTA-----------------T-----T--GTAGAA---AAGTTTG--A-ACAATTG--CTG-AAA---TA----A---TTA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TT-AGGTGTACTG-----A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-TCAAGCC-A-CAA--TGC--TTATG--T-T------T-A----TATGT-GAATCA--T-G----AATT-------T-A-AGACACGTT-AAT-A-A--T------TA--CAT-G----TTT---GAAACC---GCCCC--T--AAAAA-TAAT-TA-TAC-AATG-GATTT--CA-ATGCTT-GT--ACA-TA-T-GA-AA-AATGAACATAT-CTC-CAAATC-TATA-TTAGTTATTGAA-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAGT-AGAAAATACTTATTGTA-T-CTCTCTCGT-TGAG-CAAACATATTTCCAGTGT--AGAAAATTGATC-AAAA-TCACCCTT-TGAGGACAG-CCCGCCTGAAAAGATTTTGG--CCGATGAC-TACC-CTTTTTTTCTAATAT---TTT-TAAGCGTT-ATTGT-GTCC-TTA-TATTA-TTTCCGTT-TGAGATT-TAAAACTCTATTTTTAGAA--ATTTTTGTTTTATAT-TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAG-ATTTTTC---CGTTATTGAATCTT-T--C-TTTGCAATTA-ACCCATT-TTT--CAT------GCCTA-CGT-TTTGCA-A-ACGGATCCC-C------A--CAG-AAAAT-A--TG-AACGACT-GACTATATG-----T-TT--TTCGC--G-T-TGATATTT--AACTAA-TTAATACAT--AATTTAAATT-G---GATATTCAATAATTTGAATAAAAT-C-TC-T-A--TT--T---G-AAACGACATTTATA-A-TCCTT---CCTGT-CGTTAA
gi|7 : TCTTTTCGTATTTGACGTTCACAAT-AGCAA-TTTGTGCG
gi|7 : CGTGTTCAGA--A-TAAAAACCAA-----GTACC-AATTTA--C-------TACAGAT-ACAGTTG--TACA-----TTAC---T-G-C-ATT--TCAT-ATC-C----ATATATCATATCCTCCTCG-TGA--TATTCCGACATCAAGTTCCTCTTAGAAATT--C-CTGA-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACAAATT----G-TCATTA-----A--A-A-CT-TCAAGGG-AAT-ATACTA-A--TTCATTGATTATTTTTCTTTTCA--TGTGTTTTCT----A-C--AGAA--------------ATAACTGATATTAAGTTGA-A----------------GA---CAGA-------AAAGAC--A-----ATTAACGA-GTAC--TGTT--AT-ATT----TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----GTT--A-CAATTGC---TT-A-TCTCTTTTC-----AAT--ACA---AAAATACGCACA-TG-TTTTCATTCTC--TAGTA-TTTAAATTTATTCAGTT-TATT-----T--TAAGAA---A-GTGTTACA-TCAATTGTCTGA-AAT---TA----A---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattcgtgttcagaataaaaaccaagtaccaatttactacagatacagttgtacattactgcatttcatatccatatatcatatcctcctcgtgatattccgacatcaagttcctcttagaaattcctgatttttagattaatacaaattgtcattaaaacttcaagggaatatactaattcattgattatttttcttttcatgtgttttctacagaaataactgatattaagttgaagacagaaaagacaattaacgagtactgttatatttttccaactgacgacaagttacaattgcttatctcttttcaatacaaaaatacgcacatgttttcattctctagtatttaaatttattcagtttattttaagaaagtgttacatcaattgtctgaaattaatcactaa
gi|8 : tcttttcgtatttgacgttcacaatagcaatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattatt--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AA-GAT--ATCAAAA------A-GTATCTTGTT--AT-AATACATTTAT-CACA-ACCTTGACGATTAAT---G-T--ATCATTTGC--TTTTGCTTTCTTTTTGCAAGAAT--ACTAAGAAAAAACG--T-----CTCTTA--CAG--TAGTC-TTTAAATTT------GTACGTCGTAAAT--TTAGAATTCG-TTTT---ATACACTTG--TTG-AAA---TATTTTA---TCATTCA-TAAAGCT-ATAGAAG-----TGTTAACAATAAGTTTCTT-T-AT-GGTTGT-CTTCTTTTAT--CAGA--T------TCAC--TACAGT-AATAAAGCCCG-TCA--TGCA-T-ATG--T-TCATGGGTTA----T-TTT-GAATTAATTTGCGTTAATTATATATAT-AGAGA-A-GAT-TAT-ATA--TAATATATAACCAT-G----TTTTTTGAAACTCGGGCTCC--T--AAAAGATA-T-TA-TAC-AATGCA--TTTACA-CTGTCT-TT--TCATTATT-GACAATAATGA-AAT-T-CTA-C---TC--AAA-T-ATTCATT--T-AATcactaa
gi|9 : tatctcatttttgttttaacttgtttttctactagcatgaaaacatgtttttcaatatatatatg-T-CTT-CAGA----AAA-C-TGATATT-A---ATGAAAATAAATGACGCTAAAAGT-TGAAAATACTGATT-TATT---CTTTCGT-TG-A-C-AACATATTTC----CT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGTCCTT-TGA-CACG--CCCTCTTGAAAG-ATTTTGA--CCGATGACATACCATTTTTTCCTTATAATATGTTTGCG-----T-ATTGT-GTCC-TTACTATCATTCTTCGTT-TTGGA-T-TAAAACTCTATTTT---AG--AATGTTTTA-AATA--TCCACTTTTATATCGCAG-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAAGT--TCGCATT-TTT--CAT--A----CCTA-C-T-TTTG-A------TCCCCC-C------ACCCCG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATGC----T-TT--TTC-C--G-T-TGATCTT---AACTAT-TTAATACAC--AATTCAACT------GATA-TCAA-AATTTGAATAAAAT-C-TC-T-A--TT--T-TAG-GAACGA-A-TTAT--G-TCCGT---C--GT-CGTTAAAaagtttaggtataaatatggaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATGACCTTAAGCATGTTTAATAGCAAACTGTACATTGTTTACAACGACTATAAGAATGTGTTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGTACACGCAGAACGACTTATACTTTATACTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTT
Unaligned ( gi|30 ): TCAGATTATTGATACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATACGCG
Unaligned ( gi|32 ): ACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111 3333333 11111111 11111111111 1111111 111 1111111111 111 3333333333 111111111111 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111 11 11111 11 2222 2222222 44444444444444444444444444 111 222 11 11111 1111111111 222222222222 111111111 2222 111111 1111 1111 1111111 111111 111111 1111 111111 1111 11 111 1111 1111 1111 11 1 111 1 1 333333 11111 111111111 11111 222 333333 1 11
lowQualScore : 5 66 5 0 5 4 55 4 555 77777 66 4 55 0000000 55 4 8 55 8 6 00000000 2 55 8 3 3 66666666666 5555555 3 666 3 55 666 6666 000 2 2 2 2222222222 2 8 2 33 2 000 6666 2 1111111111 33 3 55 3 777777777777 3 4444444 888 3 7777 9999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 111111111111 4 8 4 4 55 1 8 3333 4 66 4 00 4 4 6 11111 00 2222 99999 3 55 2222222 4 44444444444444444444444444 777 4 1 999 4 55 4 777 88888888 111 4 22 4 4 11111 1 9999999999 4 66 4 333333333333 777777777 66 777 8 4 4 66 2222 66 5 444444 0000 5 1 66 0000 5 5 6666666 5 5 55 88888 444444 888888 6666 444444 77 5 5 5 3333 77 5 5 33 5 555 5 5 5 5 5 5 333 0 5 8888 66 5 5 5 8888 55 5 5 5 0000 33 1 5 5 5 000 888 888 5 66 3 9999 2 888 4 1 4 4 1 6 5 4 4 22 99 777 55 1 99 99 2 55 3 55 99 777 55 55 4 4 55 4 99 2 4 55 777777 4 4 4 11111 4 7 4 888888888 0 4 55 4 8 4 5 88888 4 55 4 5555 4 0 222 3 3 2 77 4 000000 3 3 3 3 0 7777 3 0 3 44 3 3 0 3 3 11 3 555 44 3
lowQualScore : . .. . . . . .. . ... ..... .. . .. ....... .. . . .. . . ........ . .. . . . ........... ....... . ... . .. ... .... ... . . . .......... . . . .. . ... .... . .......... .. . .. . ............ . ....... ... . .... .... .......................................................................................... .. ............ . . . . .. . . .... . .. . .. . . . ..... .. .... ..... . .. ....... . .......................... ... . . ... . .. . ... ........ ... . .. . . ..... . .......... . .. . ............ ......... .. ... . . . .. .... .. . ...... .... . . .. .... . . ....... . . .. ..... ...... ...... .... ...... .. . . . .... .. . . .. . ... . . . . . . ... . . .... .. . . . .... .. . . . .... .. . . . . ... ... ... . .. . .... . ... . . . . . . . . . .. .. ... .. . .. .. . .. . .. .. ... .. .. . . .. . .. . . .. ...... . . . ..... . . . ......... . . .. . . . . ..... . .. . .... . . ... . . . .. . ...... . . . . . .... . . . .. . . . . . .. . ... .. .
lowQualScore : 7 99 0 0 0 0 55 0 000 00000 55 0 55 0000000 55 0 0 55 8 7 00000000 6 00 1 6 6 44444444444 5555555 6 444 6 00 444 5555 777 9 9 9 5555555555 9 6 9 99 9 000 1111 9 1111111111 99 1 00 1 555555555555 3 3333333 888 6 7777 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 888888888888 0 0 0 0 55 1 9 9999 4 11 4 66 4 4 7 11111 66 8888 77777 6 88 0000000 0 99999999999999999999999999 000 0 0 000 0 55 0 000 99999999 444 4 22 4 4 11111 0 4444444444 4 33 4 000000000000 000000000 11 888 9 4 4 11 8888 99 0 444444 6666 0 1 99 6666 0 0 2222222 0 0 44 00000 444444 555555 6666 777777 99 7 7 7 7777 99 7 7 66 7 999 7 7 7 0 0 0 111 8 0 0000 77 0 0 0 4444 11 0 0 0 6666 66 4 0 7 7 000 888 222 0 99 1 7777 2 111 4 0 4 4 9 4 3 4 4 77 88 888 55 0 22 55 1 66 7 55 55 000 55 55 0 0 55 0 55 0 0 55 777777 0 0 0 11111 0 3 0 999999999 3 0 55 0 0 0 7 00000 0 55 0 9999 0 8 777 4 6 2 99 2 888888 3 3 3 3 4 1111 3 0 3 66 3 3 4 3 3 22 3 888 66 3
consensus : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTATTTT---AG--AATTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
Reference ( family-433 ) : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTATTTT---AG--ANTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
gi|1 : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGG
gi|1 : CGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGC-AA--T---GCT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTTTTTTCTTTTTAA--CG-GTTTTTT----A-T--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TG-T-C-CT-AC--TGA-GAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTACTTAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTA-AA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAACCA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAAG-T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTTGAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTACACCAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-CATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAAAT-AGTTATT-AT-AATGGAAAAATATGACACTAAAAG-T-GAAAATTACTTATT-TATT-TTCTTTCGTGTG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACCC---CCCCCCCTCTGAAAA-AATTTGG--CTGATAACATGCCACTTTCTTTTTATAAT---TTTGT-A-CTTT-AACGT-GTCC-TTACCATCGCTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTATTTT---AG--ATTTTTTTTTAATA--TCAATTTTTATATTGCAC-AAAG--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-TTCTTTT-GCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT--AC-AGCCTA-C-TCTTTG-----AC-GCTCGC-C------G--CTG--AAATAA--TC-AATGA-TGGACCCTATG-----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ACTGTAGCTT--TAT-A--CAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAGAAAACGA-A-TTAT----TCTGT---T--GT-CGTTAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgtccgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacattttgttacatgcattttacattcaatacatgtacgcaatgctttagaaatcctatttttagattaatacatgtaaattgtcaaaggaataaattatttttttttttctttttaacggttttttatagaaaagacagaaagacaaagtactgttatatgtcctactgagacaagtacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgctttttattctacttagtatttaaatttttcatttttaaaagtataacaattgtgaaaataataaataacaatgaagtgtaaccattgtaggtgtactacaaagttcatcgtatcaagccgcaatgccatgttttatatttgaaccattgcatttacgacagtttatatattacatatttttgaaccgcccctgaaatattacaccaatgattcaatgcttgtacacatgaaacatgacattctccaaatctaaaatagttattataatggaaaaatatgacactaaaagtgaaaattacttatttattttctttcgtgtggcaacatatttcattgagaattgtcaaaaatcgccctttgacccccccccctctgaaaaaatttggctgataacatgccactttctttttataattttgtactttaacgtgtccttaccatcgctcttcaatttggatacaatctctattttagatttttttttaatatcaatttttatattgcacaaaggaaatttcctattatttttcttttgcaattacgtgttttcatacagcctactctttgacgctcgccgctgaaataatcaatgatggaccctatgttttttcatggatttttaaactaattaatgcatactgtagctttatacaaaattttaagaaattctctattttagaaaacgaattattctgttgtcgttaagt
gi|10 : actggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTC---G--A-TAAA-----A-----GTAC----TTTA--CATG----TATA--T-ACAGT-G--TACA-TTTGT-ACA--------ATG--TT-C-ATT-C----A------ATA-------CATG-T----CGA-AA--T---GTT------AGAC-T---C-CT-A-T----------T-GTT-GATT-A-AATT-CCA---T----G-TT---------A--A-A-ATGTCAAAGG-ATA-A----A-A--CT-ATTTTTTGG----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A-------------------------------------------------------------TGTT------------TT-T-C-CA-AC--TGA-GACAAA----G-T--A-TATTTGT--TTT-G-TCTCTTTTC------AT--ACA---AAAATACG--C--TGC--TTTATTGTG--TAGGA-GTCA-----------------T-----T--ATAG-A---A-GTAT---A-G-GGTTA--TGATACACTCTG----A---TAGT--A-TAA--CACAT-AGAGATAGATATATACA----------TAT-TT-AGATAGAT------T-GAGCCAGAGGTTTCATGTCAT--C---GC-AGTAGG-GAG-AAAATTGCATT-ATGAAT-T------TTAAGATTATGTAGAAATA--TTG----AATT-TGA-------AGAC--GTT-TAT--TAATT--TT------CATCGCTCTTTTCGAAAC
gi|11 : CATATTTC----ATG-TGAAAATTGGTCAAAAA-TCACCCTT-T---GAGACAAAGCCCCC---TGAAAG-ATTTTGGGGCCGATGACCTTACACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATTGTTGTCCCTTACTATTATTTTTCGTTATTGGA-TTAAAAACTCTATTT----AGGAATTTTTTTTTAATA--TCAACTTTTATATTCCACCAATGTGGAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCA-T-TTTTTCAT------GCCTAAC-T-TTTG-A-A-AC-GTCCCCAC------GAACAA-AAAATAA--TGGAACGA-T-GACTACATG-----T-TTATTTC-C--GGT-TGATTTT-A-AACTAA-TTAATACATA-ATTTTAATTTG--AT-A-TCAA-A-AATTG-ATAAC----AT-CTCGT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GTCCGTTAAAT
gi|12 : ACTGTGT-TTT--GTATTTGACGT--ACAATGGCCGA-TTTGTGCGg
gi|12 : atgtgcGTGTCC-GA--A-AAAAA--CAT-----GTACG-A-TTTA--C-------TACT--T-ACAGT-G--TACACTTTG-TACA--T-G-C-A-T--TTAG-A-T-C----G------ATT-------CATT-TA----GA----------TT----TT-GATAC---T-TT-G-TTACTTCGCCAT-TTTATATTCA-A--T-ACA---T----G-T----------ACGA-A-CTATTTCAGA-AAT--------C--CT-ATTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgatactttgttacttcgccattttatattcaatacatgtacgaactatttcagaaatcctatttttagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|12 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttATACTTTGTTACT--TCG-CCATT--TTAT-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AC--T---ATT----TCAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATA-A-A--T-A-----------------------A--A-A-TTGTCAAAGGAAAT-A----A-A--agataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|13 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgCTT-GTCTTT--GTATTTGACGT-CGCGGT-GCCGA-TTTGTGCGa
gi|13 : atgtccGTGTAC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTCTGT-ACA--T-G-C-ATT--C-AC-AAT-C----C------ATA-------CATG-TG---CGC-AA--T---ATT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-C----------A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtacgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacactctgtacatgcattcacaatccatacatgtgcgcaatattttagaaatcctatttttagattaatacatgca
gi|14 : atgtcccttgtctttgtatttgacgtcgcggtgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt---GCCCCC--GTGAACA-TTTTTAG--CCGATGACATGCCATTTTTACTTT-TAAT---TTC-TAA-GATT-ACTGC-GTTC-TTACCGTCATTCTTCATT-TTGGA-TTAAA--CACTATTTT---TG--ATTTTTTTT--ATA--TCAACTTTCATGTCGCAA-AATG--GAAG--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--AGGCATT-TTT--CGT-----AGCCTA-C-T-TTAG---A-AC-ATCCCC-CACCCCGG--CAG-AAAATTA--TG-TACGA-T-GATCATAT------T-TG--CTC-C--A-T-TGATTATAATAACCAA-TTAATGCAT--ACTTTAAC-TG--AT-A-TCAC-A-ATTTGAATAAA----AT-ATC-T-ATT--T-TTG-AATCGA-C-TTGG--A-TGTGT---C--GC-CCTTA
gi|15 : TTTCTTTTTATAAT---TT-GTAA-CTTT-AATGT-CTCC-TTACCATCACTCTTTAAT-TTGGA-TACAAT-CCCTATTTT---AG--AATTTTTTTTACTAATTC-ATTTTTATATTGCAC-AAAG--GGAA--ATTC---C--TATT--A--TT-T--CTTT-GCAATTGAACGTG-TATTT--C-T--AATAGCCTA-C-T-TTTG-A-ATAC-G-TCCC-C------G--CTG-AAAATAATTTA-AATGATT-GACC-TATG-----T-TT--TTT-TTAG-CATGGTTTTGA-A--TAATTTAATGCAT--TACTCA--CGG-TAT-A-TT-A-A-ATTTTAAGAAAGTTCAT-CTA-T-CTT--T-TAG-AAA--A-T-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTT
gi|16 : TGTCC-GATTA-TAAA---CAAAAA--GTATC-A-TATAGAC-------TA----T-ACAGTTG--TACATATTGATACA--T-GAC-ATT--T-AA-GTT-C----A------ATA-------CATG-TA---CAA-AA--T---GTT----TTAAAAAT---CGCT-ATT----------T-TTTAGATTCA-A--T-ACA---T----GCT----------A--ATA-ATGTCAAGGT-AAA-A----ATA--TT-ATATATTTTTTTTATTTTAAT-CG-GTTTTTC----AGCAAAGAA--------------ACTGATATTTAATAAGTAAGA----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------ATGTAC--TGTTTGAT-AT-----TT-T-C-CA-AC--TG
gi|17 : G--AATTTTTTTTTATA--TAAAATTTTATAATGCA---ATG--GAGAA-TTTTGCGC--TATT--AT-TTAT--CTTTTGCA--T--AAGCA-T-TTT--GATTCA--TG--TA-C-T-TTTG-AGA-AC-G-TCCC-C------A--CTG-AAA-TAA--TG-AACGA-T-GACTATATG-----TATT--TTC-C--G-T-TGA-TTTTA-A--TAA-TTAAT--AT--ATTT---CTTG--ATCA-TCAA-A-ATTTGAATAAA----ATGCTCAT-ATTTAT-TAA-AA--GA-A-T--T--A-TTCGT---C--G--CGTTAA
gi|18 : ggattagtaatatatataaagTTAATA--TCAATTTTTATATTACAC-AA-A--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--GCGTG-T-TTT--CAT--A--GCCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTGAAAAATAA--TC-AACGA-T-GACCCTATGT----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTT---AACTAA-TTAATGCAT--ACTCTAACT---TAT-A-TTAA-ATATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATAGA-TCCGT---C--GT-CGTTAAAt
gi|19 : ccTATTCTA----GTA-TTAAAATTT------TT-CATT-----TATTTGGAA---A-ATTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----ACGATAATG-A-TAA--CA-AT-AAAA-----TGTTATCA----------T-T-GT-AGGTGCAT------T-A---CAAA--T------CCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--
gi|2 : ATTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGt
gi|2 : catgtcCGTGTCC-GA--AATAAA---CAA-----GTACC-A-TATA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACA--TTGGTACA--T-A-C-ATTAATTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGCCAA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-A----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A------------ATTTTTTTTCTTC-TTTTAA--CG-GTTTCTT----ATT--AGAA--------------A-------------------AACTGATATTAATGAAGAA---CAG---------AAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT---T-A------TT-T-T-CA-AC--TGACGAC-AA----C-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGC-TTTTATTC----TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATTTA---T--TTAGAA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAATAGA-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-CAAG-ACGCCAA--TAC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGTCA-GTT-TAA-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TCATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GTACACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CAC-CAAATC-T-AAAT-AGCTATT-AT-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAG-T-AAAAAATACTTATT-TA-T-TTCTC-CGT-TG-G-C-AACATATTTT----AT--TGCGAATTG-TC-AAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTCGG--CTGATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTTAAGTGT-GT-C-TTACCA--ACTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTATTTT---AG--AATTTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccattgcatttacgtcagtttaaatattacatattttgaaaccgcccctgaaatatcatacaatgattcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
gi|20 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-GCA---T----G-TA---------A--A-A-TTGCCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTT--TTTTCCTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-A--AGAA--------------A-------------------ACT--------------GA---TAATATAATTCGAAGACAGA-----A------A-G-AC--TGTT--AT-AT-----TT-T-C-CA-AC--
gi|21 : A--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------A-TTTAGATT-G-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-CTGTC-AAGG-AAT-A----------C-ATTTTTTAATTTTTTTTTTA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAAAACTGATAATAATGA-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--
gi|22 : T----TTAGAAAT---C-AC-A-T----------T-GTTAGATT-A-A--T-ACA---TCATGG-TACAGTCTGTAA--A-A-GTGTCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTTTGTT---GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AG
gi|23 : CTGA-T--ATACAT--A---TAA--TGATAT-T-TCCG-A-ATT--AATAAG----TT-CTC-TTACT--TATAG-AAA-GA-A-TTAT--ACTCCGTACAC--GT-CGTTAA
gi|24 : tagt-GA--C-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--A-------CACC--T-ACTGT-GACTACACTTTGTTACAAGT-G-CGA----TTAC-ATT-CCCCAA------GTAT------CATG-TA---CGA-tagc
gi|25 : TAATACAT--AATTTAA-TTG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAcaaa
gi|28 : -GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-
gi|29 : catctcattggtcgacgtgccTATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATATTTATT-CA---TTCTCTCGT-TG-G-C-AACA
gi|3 : ----TTAAAAATT--C-CT-T-A----------T-GTCAGCTTTA-A--TTACACTGT----A-T----------A--A-A-TTGTTCAAGC-AG-------A-A--TT-ATTTTTTCTT--CCTTTTAAAGTG-GTTTTCTCATAA-G--AGAA--------------ACTGATTATTAATGATTCGAA----------------GATACCAG--------AAA-AC--A-----GC-----G-GTAC--TGTT--ATTA------TT-TTC-CACAC--TGAC-AC-AA----G-T--A-CATTTGCGCTTT-G-TTT--TTTC-----AATT-ACC---AAAATA-G--CA-TGCTTT--ATT-TC--TAG-A-TTTAATTTT------TT-CATT-----TATTTAGAA---A-GTAT---A-ATAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--AATAAAACA-AT-GAAG-----TGTAAATA----------T-T-GT-AGG--------------------------------AT--C---GT-ATCAAG-CTG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-G-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-ATTGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AT-AAAGAAAAAATATGACGCTGAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TA---TTATCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAAATG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---G--CCC--CTAAAAA-CTTTTGG--CTTATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTT-AATAT-GTCC-TTACCATCACTCTTCAAT-TTGGA-TACAGC-CTCTATTTT---AG--AATTTTTTT--ATA--TCAATTTTCATATTGTAT-AAAG--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT-----AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-T------G--CTG-AAAATAA--TT-AATGA-T-GACCCTATGCTTTCT-TT--TTT-C--A-A-GGATTTT---AACTAA-TGGATGCAT--ACTCTAGCT---TAT-A-TTAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAGCGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|31 : ACTA-GTCTTT--GTATTTAACGT-CACAAT-GCCGC-TTTGTGC
gi|4 : atgtcGTCC-GA--A-TAAA---CAA------TAC--A-TT-A--CAGTGTTACACC--TTACAG--G--TACAGCTTGT-ACA--T-G---ACT--T-AC-ATT-C----AT-----AT--------CATG--A---CGA-GAACT---GTT----TAAGACAT---C-CT-A-T----------T-GT--AATT-AGA--T-ACA---T----G-T----------A--A-AACTG-CAAAGG-AAT-A----A-AACCT-ACTTTTTG-----GTTTTAA--TG--TTTTCT----A-C--A------------------------------------------------------------AG--------AAA----------------------AC--TGTT-------------T-T-C-CG-AA--CGACGAC-AA----T-G--A-TATTT----TTT-G-TCT---TTC-----AAT--AC----AAAATACG--CAGTGCTT---ATTTGA--T-GTA-TTTA-----------------------------GAA---A-GTTT---A-ACAATTG--TGA-AA--------------TAAA--A-TAA--CA-AT--AAG-----T-TAGACA----------T-TTAT-AGGCGTAC------A-G---CAA---T------ACATTAC---G--ATCAAG-CCG-C------C--CGATC--TAT------TTA----TATTT--AATCA--TTA----A----T-A-------AGACA-GTGGTATTATA--A--TA------CAT-G----TCTTAAAAC----GCCCCA--GTAAAA--A-TC-TAGTA-CAATA-----T--CAGATGCTTTGT--ACA-TA-G-AA-AA-AAT-A-CAT-TGCTCTCAAATCCT-ATAT-A-TTATC-AAGAATG-AAAAATATGACGCTAAAAG-TTAGAAAATACTC----TATTATTCTCTCGT----G-C-AACATATTTC----ATGGTGAAAATTG-TCAAAAAATCACCCTTAT---GAGAC---AGCCCC--CTGAAAG-ATTT-GG--CCGAT-ACCTAC-ACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATT-T-GTCC-TT-CTAT-A-TCT-CG-T-TTGGA-TTAAAA-CTCT--TTT---AG--AATTTTTT---ATA--TCAACTTTTATA--GCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCA-T-TTT--CAT------GCCTA-C---TTTG-A-A-AC-GTCCCC-C------A--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACTTAATG-----T-AT--TTC-C--G-T-TGA---TTA-ATCTAA-TTAA-ACATAAAATTTAA-TTG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTCAT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATA-A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|5 : ACTG-TTCTTT--GTATTTGACGT-CACAATAGCCGCTTTTGTGCGGt
gi|5 : catgtcGTCC-GA--A-TAAAA--CAATTTTAGTACCCA-TTTA--CATGAC--TACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTAATG----G-C-ACT--TAACCATTTC----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAATTTCC-CT-A-T----------TGTTTAGAGT-A-A--T-A-A---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-AT---A-A--AT-ATCTTTTT-----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------ACTGTTATTAATTGAAGGA---CAG--------AAA-AC--A-----A------A-GTAC--TTGT--AT-A------TT-TTC-CA-AC--TGACGAC-AA----G-TTAA-TATTTGTG-TTT-G-TCTCTTTTC-----ATTTAAC----AAAAT--------T-CTTTTCGCTTTA---AATACTTTA--TTG------TT-AGTTA----T--TTAGAA---A-GTTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A---A--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TTTAGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GTTATCAAG-CCG-CAA--TGC-----TG--T-T------TTA----TATTT-GAATCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TA--ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAAC----GCCCCTTAA---AA--A-TA-TTATA-CA-TG-A--TT--CA-ATGCTT-GTT-ACA-TA-TTGA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-G-ATAT-AGTTATTAAA-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAGTT-AGAATA-ACTTATT-TATT-CT-TCTCGT-GG-GCC-AACATATTTC----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgggtccgaataaaacaattttagtacccatttacatgactacctacagtgtacactttgtaatggcacttaaccatttcaatacatgtacgaaatgttttagaaatttccctattgtttagagtaataatgtaaactgtcaaaggaatataaatatctttttgttttaatggttttctacagaaaactgttattaattgaaggacagaaaacaaagtacttgtatattttccaactgacgacaagttaatatttgtgtttgtctcttttcatttaacaaaattcttttcgctttaaatactttattgttagttatttagaaagttttaacaattgtgaaaataataataacaatgaagtgttaacatttttaggtgtactacaaattcatcgttatcaagccgcaatgctgttttatatttgaatcattgaatttaagacagtttaatattacatgttttgaaacgccccttaaaaatattatacatgattcaatgcttgttacatattgaaaaatgacattctccaaatcgatatagttattaaaaatggaaaatatgacgctaaaagttagaataacttatttattcttctcgtgggccaacatatttc
gi|6 : catgtcactgttctttgtatttgacgtcacaatagccgcttttgtgcggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtggGACGAC-AAAGTAG-T--A-T-TTTGT--TTT-G-TCT-TTTTC-----AAT--AC----AAA-TACG--CA-TGCTTT--ATT-------GTA-GTTA-----------------T-----T--GTAGAA---AAGTTTG--A-ACAATTG--CTG-AAA---TA----A---TTA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TT-AGGTGTAC------TGA---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCA-CAA--TGC--TTATG--T-T------T-A----TATGT-GAATCA--T-G----AATT-T-A-------AGACACGTT-AAT-A-A--T--TA------CAT-G----TTT-GAAACC---GCCCCT--A---AA--AATAATTATA-CAATG-GATTT--CA-ATGCTT-GT--ACA-TA-T-GA-AA-AATGAACATAT-CTC-CAAATC-T-ATATTAGTTATTGAA-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATTGTA-T-CTCTCTCGT-TGAG-CAAACATATTTCCAGTGT--AGAAAATTGATC-AAAA-TCACCCTT-TGAGGACA----GCCCGC--CTGAAAAGATTTTGG--CCGATGAC-TACC-CTTTTTTTCTAATAT---TTT-TAAGCGTT-ATTGT-GTCC-TTA-TATTA-TTTCCGTT-TGAGATTTAAAA-CTCTATTTTTAGAA--ATTTTTGTTTTATAT-TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGATTTTTC---CGTTATTGAATCTT-T--CTTT-GCAATTA-ACCCATT-TTT--CAT------GCCTA-CGT-TTTGCA-A-ACGGATCCC-C------A--CAG-AAAAT-A--TG-AACGACT-GACTATATG-----T-TT--TTCGC--G-T-TGATATTT--AACTAA-TTAATACAT--AATTTAAATTG-GAT-ATTCAATA-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T---G-AAACGACATTTATA-A-TCCTT---CCTGT-CGTTAA
gi|7 : TCTTTTCGTATTTGACGTTCACAAT-AGCAA-TTTGTGCG
gi|7 : CGTGTTCAGA--A-TAAAAACCAA-----GTACC-AATTTA--C-------TACAGAT-ACAGTTG--TACA-----TTAC---T-G-C-ATT--TCAT-ATC-C----ATATATCATATCCTCCTCGTGATATTCCGA-CA--TCAAGTTCCTCTTAGAAATT--C-CTGA-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACAAATT----G-TCATTA-----A--A-A-CT-TCAAGGG-AAT-ATACTA-A--TTCATTGATTATTTTTCTTTTCA--TGTGTTTTCT----A-C--AGAA--------------ATAACTGATATTAAGTTGA-A----------------GA---CAGA-------AAAGAC--A-----ATTAACGA-GTAC--TGTT--AT-ATT----TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----GTT--A-CAATTGC---TT-A-TCTCTTTTC-----AAT--ACA---AAAATACGCACA-TG-TTTTCATTCTC--TAGTA-TTTAAATTTATTCAGTT-TATT-----T--TAAGAA---A-GTGTTACA-TCAATTGTCTGA-AAT---TA----A---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattcgtgttcagaataaaaaccaagtaccaatttactacagatacagttgtacattactgcatttcatatccatatatcatatcctcctcgtgatattccgacatcaagttcctcttagaaattcctgatttttagattaatacaaattgtcattaaaacttcaagggaatatactaattcattgattatttttcttttcatgtgttttctacagaaataactgatattaagttgaagacagaaaagacaattaacgagtactgttatatttttccaactgacgacaagttacaattgcttatctcttttcaatacaaaaatacgcacatgttttcattctctagtatttaaatttattcagtttattttaagaaagtgttacatcaattgtctgaaattaatcactaa
gi|8 : tcttttcgtatttgacgttcacaatagcaatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattatt--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AA-GAT--ATCAAAA------A-GTATCTTGTT--AT-AATACATTTAT-CACA-ACCTTGACGATTAAT---G-T--ATCATTTGC--TTTTGCTTTCTTTTTGCAAGAAT--ACTAAGAAAAAACG--T-----CTCTTA--CAG--TAGTC-TTTAAATTT------GTACGTCGTAAAT--TTAGAATTCG-TTTT---ATACACTTG--TTG-AAA---TATTTTA---TCATTCA-TAAAGCT-ATAGAAG-----TGTTAACAATAAGTTTCTT-T-AT-GGTTGT-CTTCTTTT-AT--CAGA--T------TCAC--TACAGTAATAAAGCCCG-TCA--TGCA-T-ATG--T-TCATGGGTTA----T-TTT-GAATTAATTTGCGTTAATTAT-ATATATAGAGA-A-GAT-TAT-ATA--TAATATATAACCAT-GTT--TTTTGAAACTCGGGCTCCT--A---AAAGA-TA-TTATA-CAATGCA--TTTACA-CTGTCT-TT--TCATTATT-GACAATAATGA-AAT-T-CTA-C---TC---AAAT-ATTCATT--T-AATcactaa
gi|9 : tatctcatttttgttttaacttgtttttctactagcatgaaaacatgtttttcaatatatatatg-T-CTT-CAGA-----AAAC-TGATATT-A---ATGAAAATAAATGACGCTAAAAG-T-TGAAAATACTGATT-TATT---CTTTCGT-TG-A-C-AACATATTTC----CT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGTCCTT-T---GACAC---GCCCTC--TTGAAAG-ATTTTGA--CCGATGACATACCATTTTTTCCTTATAATATGTTTGCG-----T-ATTGT-GTCC-TTACTATCATTCTTCGTT-TTGGA-TTAAAA-CTCTATTTT---AG--AA-TGTTTTAAATA--TCCACTTTTATATCGCAG-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAAGT--TCGCATT-TTT--CAT--A----CCTA-C-T-TTTG-A------TCCCCC-C------ACCCCG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATGC----T-TT--TTC-C--G-T-TGATCTT---AACTAT-TTAATACAC--AATTCAAC-TG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-GAACGA-A-TTAT--G-TCCGT---C--GT-CGTTAAAaagtttaggtataaatatggaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATGACCTTAAGCATGTTTAATAGCAAACTGTACATTGTTTACAACGACTATAAGAATGTGTTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGTACACGCAGAACGACTTATACTTTATACTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTT
Unaligned ( gi|30 ): TCAGATTATTGATACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATACGCG
Unaligned ( gi|32 ): ACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111 3333333 11111111 11111111111 1111111 111 1111111111 111 3333333333 111111111111 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111 11 11111 11 2222 2222222 44444444444444444444444444 111 222 11 11111 1111111111 222222222222 111111111 2222 111111 1111 1111 1111111 111111 111111 1111 111111 1111 11 111 1111 1111 1111 11 1 111 1 1 333333 11111 111111111 11111 222 333333 1 11
lowQualScore : 5 66 5 0 5 4 55 4 555 77777 66 4 55 0000000 55 4 8 55 8 6 00000000 2 55 8 3 3 66666666666 5555555 3 666 3 55 666 6666 000 2 2 2 2222222222 2 8 2 33 2 000 6666 2 1111111111 33 3 55 3 777777777777 3 4444444 888 3 7777 9999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 111111111111 4 8 4 4 55 1 8 3333 4 66 4 00 4 4 6 11111 00 2222 99999 3 55 2222222 4 44444444444444444444444444 777 4 1 999 4 55 4 777 88888888 111 4 22 4 4 11111 1 9999999999 4 66 4 333333333333 777777777 66 777 8 4 4 66 2222 66 5 444444 0000 5 1 66 0000 5 5 6666666 5 5 55 88888 444444 888888 6666 444444 77 5 5 5 3333 77 5 5 33 5 555 5 5 5 5 5 5 333 0 5 8888 66 5 5 5 8888 55 5 5 5 0000 33 1 5 5 5 000 888 888 5 66 3 9999 2 888 4 1 4 4 1 6 5 4 4 22 99 4 4 4 555 99 2 55 3 55 99 777 55 55 4 4 55 4 99 2 4 55 777777 4 4 4 11111 4 7 4 888888888 0 4 55 4 8 4 5 88888 4 55 4 5555 4 0 222 3 3 2 77 4 000000 3 3 3 3 0 7777 3 0 3 44 3 3 0 3 3 11 3 555 44 3
lowQualScore : . .. . . . . .. . ... ..... .. . .. ....... .. . . .. . . ........ . .. . . . ........... ....... . ... . .. ... .... ... . . . .......... . . . .. . ... .... . .......... .. . .. . ............ . ....... ... . .... .... .......................................................................................... .. ............ . . . . .. . . .... . .. . .. . . . ..... .. .... ..... . .. ....... . .......................... ... . . ... . .. . ... ........ ... . .. . . ..... . .......... . .. . ............ ......... .. ... . . . .. .... .. . ...... .... . . .. .... . . ....... . . .. ..... ...... ...... .... ...... .. . . . .... .. . . .. . ... . . . . . . ... . . .... .. . . . .... .. . . . .... .. . . . . ... ... ... . .. . .... . ... . . . . . . . . . .. .. . . . ... .. . .. . .. .. ... .. .. . . .. . .. . . .. ...... . . . ..... . . . ......... . . .. . . . . ..... . .. . .... . . ... . . . .. . ...... . . . . . .... . . . .. . . . . . .. . ... .. .
lowQualScore : 7 99 0 0 0 0 55 0 000 00000 55 0 55 0000000 55 0 0 55 8 7 00000000 6 00 1 6 6 44444444444 5555555 6 444 6 00 444 5555 777 9 9 9 5555555555 9 6 9 99 9 000 1111 9 1111111111 99 1 00 1 555555555555 3 3333333 888 6 7777 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 888888888888 0 0 0 0 55 1 9 9999 4 11 4 66 4 4 7 11111 66 8888 77777 6 88 0000000 0 99999999999999999999999999 000 0 0 000 0 55 0 000 99999999 444 4 22 4 4 11111 0 4444444444 4 33 4 000000000000 000000000 11 888 9 4 4 11 8888 99 0 444444 6666 0 1 99 6666 0 0 2222222 0 0 44 00000 444444 555555 6666 777777 99 7 7 7 7777 99 7 7 66 7 999 7 7 7 0 0 0 111 8 0 0000 77 0 0 0 4444 11 0 0 0 6666 66 4 0 7 7 000 888 222 0 99 1 7777 2 111 4 0 4 4 9 4 3 4 4 77 88 4 0 0 999 55 1 66 7 55 55 000 55 55 0 0 55 0 55 0 0 55 777777 0 0 0 11111 0 3 0 999999999 3 0 55 0 0 0 7 00000 0 55 0 9999 0 8 777 4 6 2 99 2 888888 3 3 3 3 4 1111 3 0 3 66 3 3 4 3 3 22 3 888 66 3
consensus : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
Reference ( family-433 ) : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
gi|1 : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGG
gi|1 : CGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGC-AA--T---GCT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTTTTTTCTTTTTAA--CG-GTTTTTT----A-T--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TG-T-C-CT-AC--TGA-GAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTACTTAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTA-AA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAACCA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAAG-T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTTGAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTACACCAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-CATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAAAT-AGTTATT-AT-AATGGAAAAATATGACACTAAAAG-T-GAAAATTACTTATT-TATT-TTCTTTCGTGTG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACCC---CCCCCCCTCTGAAAA-AATTTGG--CTGATAACATGCCACTTTCTTTTTATAAT---TTTGT-A-CTTT-AACGT-GTCC-TTACCATCGCTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTA-TTTTAG-ATTTTTT-TTT-AATA--TCAATTTTTATATTGCAC-AAAG--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-TTCTTTT-GCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT--AC-AGCCTA-C-TCTTTG-----AC-GCTCGC-C------G--CTG--AAATAA--TC-AATGA-TGGACCCTATG-----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ACTGTAGCTT--TAT-A--CAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAGAAAACGA-A-TTAT----TCTGT---T--GT-CGTTAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgtccgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacattttgttacatgcattttacattcaatacatgtacgcaatgctttagaaatcctatttttagattaatacatgtaaattgtcaaaggaataaattatttttttttttctttttaacggttttttatagaaaagacagaaagacaaagtactgttatatgtcctactgagacaagtacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgctttttattctacttagtatttaaatttttcatttttaaaagtataacaattgtgaaaataataaataacaatgaagtgtaaccattgtaggtgtactacaaagttcatcgtatcaagccgcaatgccatgttttatatttgaaccattgcatttacgacagtttatatattacatatttttgaaccgcccctgaaatattacaccaatgattcaatgcttgtacacatgaaacatgacattctccaaatctaaaatagttattataatggaaaaatatgacactaaaagtgaaaattacttatttattttctttcgtgtggcaacatatttcattgagaattgtcaaaaatcgccctttgacccccccccctctgaaaaaatttggctgataacatgccactttctttttataattttgtactttaacgtgtccttaccatcgctcttcaatttggatacaatctctattttagatttttttttaatatcaatttttatattgcacaaaggaaatttcctattatttttcttttgcaattacgtgttttcatacagcctactctttgacgctcgccgctgaaataatcaatgatggaccctatgttttttcatggatttttaaactaattaatgcatactgtagctttatacaaaattttaagaaattctctattttagaaaacgaattattctgttgtcgttaagt
gi|10 : actggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTC---G--A-TAAA-----A-----GTAC----TTTA--CATG----TATA--T-ACAGT-G--TACA-TTTGT-ACA--------ATG--TT-C-ATT-C----A------ATA-------CATG-T----CGA-AA--T---GTT------AGAC-T---C-CT-A-T----------T-GTT-GATT-A-AATT-CCA---T----G-TT---------A--A-A-ATGTCAAAGG-ATA-A----A-A--CT-ATTTTTTGG----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A-------------------------------------------------------------TGTT------------TT-T-C-CA-AC--TGA-GACAAA----G-T--A-TATTTGT--TTT-G-TCTCTTTTC------AT--ACA---AAAATACG--C--TGC--TTTATTGTG--TAGGA-GTCA-----------------T-----T--ATAG-A---A-GTAT---A-G-GGTTA--TGATACACTCTG----A---TAGT--A-TAA--CACAT-AGAGATAGATATATACA----------TAT-TT-AGATAGAT------T-GAGCCAGAGGTTTCATGTCAT--C---GC-AGTAGG-GAG-AAAATTGCATT-ATGAAT-T------TTAAGATTATGTAGAAATA--TTG----AATT-TGA-------AGAC--GTT-TAT--TAATT--TT------CATCGCTCTTTTCGAAAC
gi|11 : CATATTTC----ATG-TGAAAATTGGTCAAAAA-TCACCCTT-T---GAGACAAAGCCCCC---TGAAAG-ATTTTGGGGCCGATGACCTTACACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATTGTTGTCCCTTACTATTATTTTTCGTTATTGGA-TTAAAAACTCTA-TTTAGG-AATTTTT-TTTTAATA--TCAACTTTTATATTCCACCAATGTGGAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCA-T-TTTTTCAT------GCCTAAC-T-TTTG-A-A-AC-GTCCCCAC------GAACAA-AAAATAA--TGGAACGA-T-GACTACATG-----T-TTATTTC-C--GGT-TGATTTT-A-AACTAA-TTAATACATA-ATTTTAATTTG--AT-A-TCAA-A-AATTG-ATAAC----AT-CTCGT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GTCCGTTAAAT
gi|12 : ACTGTGT-TTT--GTATTTGACGT--ACAATGGCCGA-TTTGTGCGg
gi|12 : atgtgcGTGTCC-GA--A-AAAAA--CAT-----GTACG-A-TTTA--C-------TACT--T-ACAGT-G--TACACTTTG-TACA--T-G-C-A-T--TTAG-A-T-C----G------ATT-------CATT-TA----GA----------TT----TT-GATAC---T-TT-G-TTACTTCGCCAT-TTTATATTCA-A--T-ACA---T----G-T----------ACGA-A-CTATTTCAGA-AAT--------C--CT-ATTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgatactttgttacttcgccattttatattcaatacatgtacgaactatttcagaaatcctatttttagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|12 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttATACTTTGTTACT--TCG-CCATT--TTAT-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AC--T---ATT----TCAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATA-A-A--T-A-----------------------A--A-A-TTGTCAAAGGAAAT-A----A-A--agataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|13 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgCTT-GTCTTT--GTATTTGACGT-CGCGGT-GCCGA-TTTGTGCGa
gi|13 : atgtccGTGTAC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTCTGT-ACA--T-G-C-ATT--C-AC-AAT-C----C------ATA-------CATG-TG---CGC-AA--T---ATT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-C----------A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtacgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacactctgtacatgcattcacaatccatacatgtgcgcaatattttagaaatcctatttttagattaatacatgca
gi|14 : atgtcccttgtctttgtatttgacgtcgcggtgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt---GCCCCC--GTGAACA-TTTTTAG--CCGATGACATGCCATTTTTACTTT-TAAT---TTC-TAA-GATT-ACTGC-GTTC-TTACCGTCATTCTTCATT-TTGGA-TTAAA--CACTA-TTTTTG-A-TTTTT-TTT-A-TA--TCAACTTTCATGTCGCAA-AATG--GAAG--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--AGGCATT-TTT--CGT-----AGCCTA-C-T-TTAG---A-AC-ATCCCC-CACCCCGG--CAG-AAAATTA--TG-TACGA-T-GATCATAT------T-TG--CTC-C--A-T-TGATTATAATAACCAA-TTAATGCAT--ACTTTAAC-TG--AT-A-TCAC-A-ATTTGAATAAA----AT-ATC-T-ATT--T-TTG-AATCGA-C-TTGG--A-TGTGT---C--GC-CCTTA
gi|15 : TTTCTTTTTATAAT---TT-GTAA-CTTT-AATGT-CTCC-TTACCATCACTCTTTAAT-TTGGA-TACAAT-CCCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-ACTAATTC-ATTTTTATATTGCAC-AAAG--GGAA--ATTC---C--TATT--A--TT-T--CTTT-GCAATTGAACGTG-TATTT--C-T--AATAGCCTA-C-T-TTTG-A-ATAC-G-TCCC-C------G--CTG-AAAATAATTTA-AATGATT-GACC-TATG-----T-TT--TTT-TTAG-CATGGTTTTGA-A--TAATTTAATGCAT--TACTCA--CGG-TAT-A-TT-A-A-ATTTTAAGAAAGTTCAT-CTA-T-CTT--T-TAG-AAA--A-T-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTT
gi|16 : TGTCC-GATTA-TAAA---CAAAAA--GTATC-A-TATAGAC-------TA----T-ACAGTTG--TACATATTGATACA--T-GAC-ATT--T-AA-GTT-C----A------ATA-------CATG-TA---CAA-AA--T---GTT----TTAAAAAT---CGCT-ATT----------T-TTTAGATTCA-A--T-ACA---T----GCT----------A--ATA-ATGTCAAGGT-AAA-A----ATA--TT-ATATATTTTTTTTATTTTAAT-CG-GTTTTTC----AGCAAAGAA--------------ACTGATATTTAATAAGTAAGA----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------ATGTAC--TGTTTGAT-AT-----TT-T-C-CA-AC--TG
gi|17 : G-AATTTTT-TTT-TATA--TAAAATTTTATAATGCA---ATG--GAGAA-TTTTGCGC--TATT--AT-TTAT--CTTTTGCA--T--AAGCA-T-TTT--GATTCA--TG--TA-C-T-TTTG-AGA-AC-G-TCCC-C------A--CTG-AAA-TAA--TG-AACGA-T-GACTATATG-----TATT--TTC-C--G-T-TGA-TTTTA-A--TAA-TTAAT--AT--ATTT---CTTG--ATCA-TCAA-A-ATTTGAATAAA----ATGCTCAT-ATTTAT-TAA-AA--GA-A-T--T--A-TTCGT---C--G--CGTTAA
gi|18 : ggattagtaatatatataaagTT-AATA--TCAATTTTTATATTACAC-AA-A--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--GCGTG-T-TTT--CAT--A--GCCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTGAAAAATAA--TC-AACGA-T-GACCCTATGT----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTT---AACTAA-TTAATGCAT--ACTCTAACT---TAT-A-TTAA-ATATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATAGA-TCCGT---C--GT-CGTTAAAt
gi|19 : ccTATTCTA----GTA-TTAAAATTT------TT-CATT-----TATTTGGAA---A-ATTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----ACGATAATG-A-TAA--CA-AT-AAAA-----TGTTATCA----------T-T-GT-AGGTGCAT------T-A---CAAA--T------CCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--
gi|2 : ATTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGt
gi|2 : catgtcCGTGTCC-GA--AATAAA---CAA-----GTACC-A-TATA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACA--TTGGTACA--T-A-C-ATTAATTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGCCAA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-A----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A------------ATTTTTTTTCTTC-TTTTAA--CG-GTTTCTT----ATT--AGAA--------------A-------------------AACTGATATTAATGAAGAA---CAG---------AAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT---T-A------TT-T-T-CA-AC--TGACGAC-AA----C-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGC-TTTTATTC----TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATTTA---T--TTAGAA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAATAGA-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-CAAG-ACGCCAA--TAC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGTCA-GTT-TAA-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TCATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GTACACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CAC-CAAATC-T-AAAT-AGCTATT-AT-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAG-T-AAAAAATACTTATT-TA-T-TTCTC-CGT-TG-G-C-AACATATTTT----AT--TGCGAATTG-TC-AAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTCGG--CTGATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTTAAGTGT-GT-C-TTACCA--ACTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccattgcatttacgtcagtttaaatattacatattttgaaaccgcccctgaaatatcatacaatgattcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
gi|20 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-GCA---T----G-TA---------A--A-A-TTGCCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTT--TTTTCCTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-A--AGAA--------------A-------------------ACT--------------GA---TAATATAATTCGAAGACAGA-----A------A-G-AC--TGTT--AT-AT-----TT-T-C-CA-AC--
gi|21 : A--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------A-TTTAGATT-G-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-CTGTC-AAGG-AAT-A----------C-ATTTTTTAATTTTTTTTTTA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAAAACTGATAATAATGA-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--
gi|22 : T----TTAGAAAT---C-AC-A-T----------T-GTTAGATT-A-A--T-ACA---TCATGG-TACAGTCTGTAA--A-A-GTGTCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTTTGTT---GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AG
gi|23 : CTGA-T--ATACAT--A---TAA--TGATAT-T-TCCG-A-ATT--AATAAG----TT-CTC-TTACT--TATAG-AAA-GA-A-TTAT--ACTCCGTACAC--GT-CGTTAA
gi|24 : tagt-GA--C-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--A-------CACC--T-ACTGT-GACTACACTTTGTTACAAGT-G-CGA----TTAC-ATT-CCCCAA------GTAT------CATG-TA---CGA-tagc
gi|25 : TAATACAT--AATTTAA-TTG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAcaaa
gi|28 : -GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-
gi|29 : catctcattggtcgacgtgccTATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATATTTATT-CA---TTCTCTCGT-TG-G-C-AACA
gi|3 : ----TTAAAAATT--C-CT-T-A----------T-GTCAGCTTTA-A--TTACACTGT----A-T----------A--A-A-TTGTTCAAGC-AG-------A-A--TT-ATTTTTTCTT--CCTTTTAAAGTG-GTTTTCTCATAA-G--AGAA--------------ACTGATTATTAATGATTCGAA----------------GATACCAG--------AAA-AC--A-----GC-----G-GTAC--TGTT--ATTA------TT-TTC-CACAC--TGAC-AC-AA----G-T--A-CATTTGCGCTTT-G-TTT--TTTC-----AATT-ACC---AAAATA-G--CA-TGCTTT--ATT-TC--TAG-A-TTTAATTTT------TT-CATT-----TATTTAGAA---A-GTAT---A-ATAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--AATAAAACA-AT-GAAG-----TGTAAATA----------T-T-GT-AGG--------------------------------AT--C---GT-ATCAAG-CTG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-G-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-ATTGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AT-AAAGAAAAAATATGACGCTGAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TA---TTATCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAAATG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---G--CCC--CTAAAAA-CTTTTGG--CTTATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTT-AATAT-GTCC-TTACCATCACTCTTCAAT-TTGGA-TACAGC-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TT---ATA--TCAATTTTCATATTGTAT-AAAG--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT-----AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-T------G--CTG-AAAATAA--TT-AATGA-T-GACCCTATGCTTTCT-TT--TTT-C--A-A-GGATTTT---AACTAA-TGGATGCAT--ACTCTAGCT---TAT-A-TTAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAGCGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|31 : ACTA-GTCTTT--GTATTTAACGT-CACAAT-GCCGC-TTTGTGC
gi|4 : atgtcGTCC-GA--A-TAAA---CAA------TAC--A-TT-A--CAGTGTTACACC--TTACAG--G--TACAGCTTGT-ACA--T-G---ACT--T-AC-ATT-C----AT-----AT--------CATG--A---CGA-GAACT---GTT----TAAGACAT---C-CT-A-T----------T-GT--AATT-AGA--T-ACA---T----G-T----------A--A-AACTG-CAAAGG-AAT-A----A-AACCT-ACTTTTTG-----GTTTTAA--TG--TTTTCT----A-C--A------------------------------------------------------------AG--------AAA----------------------AC--TGTT-------------T-T-C-CG-AA--CGACGAC-AA----T-G--A-TATTT----TTT-G-TCT---TTC-----AAT--AC----AAAATACG--CAGTGCTT---ATTTGA--T-GTA-TTTA-----------------------------GAA---A-GTTT---A-ACAATTG--TGA-AA--------------TAAA--A-TAA--CA-AT--AAG-----T-TAGACA----------T-TTAT-AGGCGTAC------A-G---CAA---T------ACATTAC---G--ATCAAG-CCG-C------C--CGATC--TAT------TTA----TATTT--AATCA--TTA----A----T-A-------AGACA-GTGGTATTATA--A--TA------CAT-G----TCTTAAAAC----GCCCCA--GTAAAA--A-TC-TAGTA-CAATA-----T--CAGATGCTTTGT--ACA-TA-G-AA-AA-AAT-A-CAT-TGCTCTCAAATCCT-ATAT-A-TTATC-AAGAATG-AAAAATATGACGCTAAAAG-TTAGAAAATACTC----TATTATTCTCTCGT----G-C-AACATATTTC----ATGGTGAAAATTG-TCAAAAAATCACCCTTAT---GAGAC---AGCCCC--CTGAAAG-ATTT-GG--CCGAT-ACCTAC-ACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATT-T-GTCC-TT-CTAT-A-TCT-CG-T-TTGGA-TTAAAA-CTCT---TTTAG-AATTTTT-T----ATA--TCAACTTTTATA--GCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCA-T-TTT--CAT------GCCTA-C---TTTG-A-A-AC-GTCCCC-C------A--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACTTAATG-----T-AT--TTC-C--G-T-TGA---TTA-ATCTAA-TTAA-ACATAAAATTTAA-TTG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTCAT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATA-A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|5 : ACTG-TTCTTT--GTATTTGACGT-CACAATAGCCGCTTTTGTGCGGt
gi|5 : catgtcGTCC-GA--A-TAAAA--CAATTTTAGTACCCA-TTTA--CATGAC--TACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTAATG----G-C-ACT--TAACCATTTC----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAATTTCC-CT-A-T----------TGTTTAGAGT-A-A--T-A-A---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-AT---A-A--AT-ATCTTTTT-----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------ACTGTTATTAATTGAAGGA---CAG--------AAA-AC--A-----A------A-GTAC--TTGT--AT-A------TT-TTC-CA-AC--TGACGAC-AA----G-TTAA-TATTTGTG-TTT-G-TCTCTTTTC-----ATTTAAC----AAAAT--------T-CTTTTCGCTTTA---AATACTTTA--TTG------TT-AGTTA----T--TTAGAA---A-GTTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A---A--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TTTAGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GTTATCAAG-CCG-CAA--TGC-----TG--T-T------TTA----TATTT-GAATCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TA--ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAAC----GCCCCTTAA---AA--A-TA-TTATA-CA-TG-A--TT--CA-ATGCTT-GTT-ACA-TA-TTGA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-G-ATAT-AGTTATTAAA-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAGTT-AGAATA-ACTTATT-TATT-CT-TCTCGT-GG-GCC-AACATATTTC----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgggtccgaataaaacaattttagtacccatttacatgactacctacagtgtacactttgtaatggcacttaaccatttcaatacatgtacgaaatgttttagaaatttccctattgtttagagtaataatgtaaactgtcaaaggaatataaatatctttttgttttaatggttttctacagaaaactgttattaattgaaggacagaaaacaaagtacttgtatattttccaactgacgacaagttaatatttgtgtttgtctcttttcatttaacaaaattcttttcgctttaaatactttattgttagttatttagaaagttttaacaattgtgaaaataataataacaatgaagtgttaacatttttaggtgtactacaaattcatcgttatcaagccgcaatgctgttttatatttgaatcattgaatttaagacagtttaatattacatgttttgaaacgccccttaaaaatattatacatgattcaatgcttgttacatattgaaaaatgacattctccaaatcgatatagttattaaaaatggaaaatatgacgctaaaagttagaataacttatttattcttctcgtgggccaacatatttc
gi|6 : catgtcactgttctttgtatttgacgtcacaatagccgcttttgtgcggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtggGACGAC-AAAGTAG-T--A-T-TTTGT--TTT-G-TCT-TTTTC-----AAT--AC----AAA-TACG--CA-TGCTTT--ATT-------GTA-GTTA-----------------T-----T--GTAGAA---AAGTTTG--A-ACAATTG--CTG-AAA---TA----A---TTA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TT-AGGTGTAC------TGA---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCA-CAA--TGC--TTATG--T-T------T-A----TATGT-GAATCA--T-G----AATT-T-A-------AGACACGTT-AAT-A-A--T--TA------CAT-G----TTT-GAAACC---GCCCCT--A---AA--AATAATTATA-CAATG-GATTT--CA-ATGCTT-GT--ACA-TA-T-GA-AA-AATGAACATAT-CTC-CAAATC-T-ATATTAGTTATTGAA-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATTGTA-T-CTCTCTCGT-TGAG-CAAACATATTTCCAGTGT--AGAAAATTGATC-AAAA-TCACCCTT-TGAGGACA----GCCCGC--CTGAAAAGATTTTGG--CCGATGAC-TACC-CTTTTTTTCTAATAT---TTT-TAAGCGTT-ATTGT-GTCC-TTA-TATTA-TTTCCGTT-TGAGATTTAAAA-CTCTATTTTTAGAAATTTTTGTTT-TATAT-TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGATTTTTC---CGTTATTGAATCTT-T--CTTT-GCAATTA-ACCCATT-TTT--CAT------GCCTA-CGT-TTTGCA-A-ACGGATCCC-C------A--CAG-AAAAT-A--TG-AACGACT-GACTATATG-----T-TT--TTCGC--G-T-TGATATTT--AACTAA-TTAATACAT--AATTTAAATTG-GAT-ATTCAATA-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T---G-AAACGACATTTATA-A-TCCTT---CCTGT-CGTTAA
gi|7 : TCTTTTCGTATTTGACGTTCACAAT-AGCAA-TTTGTGCG
gi|7 : CGTGTTCAGA--A-TAAAAACCAA-----GTACC-AATTTA--C-------TACAGAT-ACAGTTG--TACA-----TTAC---T-G-C-ATT--TCAT-ATC-C----ATATATCATATCCTCCTCGTGATATTCCGA-CA--TCAAGTTCCTCTTAGAAATT--C-CTGA-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACAAATT----G-TCATTA-----A--A-A-CT-TCAAGGG-AAT-ATACTA-A--TTCATTGATTATTTTTCTTTTCA--TGTGTTTTCT----A-C--AGAA--------------ATAACTGATATTAAGTTGA-A----------------GA---CAGA-------AAAGAC--A-----ATTAACGA-GTAC--TGTT--AT-ATT----TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----GTT--A-CAATTGC---TT-A-TCTCTTTTC-----AAT--ACA---AAAATACGCACA-TG-TTTTCATTCTC--TAGTA-TTTAAATTTATTCAGTT-TATT-----T--TAAGAA---A-GTGTTACA-TCAATTGTCTGA-AAT---TA----A---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattcgtgttcagaataaaaaccaagtaccaatttactacagatacagttgtacattactgcatttcatatccatatatcatatcctcctcgtgatattccgacatcaagttcctcttagaaattcctgatttttagattaatacaaattgtcattaaaacttcaagggaatatactaattcattgattatttttcttttcatgtgttttctacagaaataactgatattaagttgaagacagaaaagacaattaacgagtactgttatatttttccaactgacgacaagttacaattgcttatctcttttcaatacaaaaatacgcacatgttttcattctctagtatttaaatttattcagtttattttaagaaagtgttacatcaattgtctgaaattaatcactaa
gi|8 : tcttttcgtatttgacgttcacaatagcaatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattatt--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AA-GAT--ATCAAAA------A-GTATCTTGTT--AT-AATACATTTAT-CACA-ACCTTGACGATTAAT---G-T--ATCATTTGC--TTTTGCTTTCTTTTTGCAAGAAT--ACTAAGAAAAAACG--T-----CTCTTA--CAG--TAGTC-TTTAAATTT------GTACGTCGTAAAT--TTAGAATTCG-TTTT---ATACACTTG--TTG-AAA---TATTTTA---TCATTCA-TAAAGCT-ATAGAAG-----TGTTAACAATAAGTTTCTT-T-AT-GGTTGT-CTTCTTTT-AT--CAGA--T------TCAC--TACAGTAATAAAGCCCG-TCA--TGCA-T-ATG--T-TCATGGGTTA----T-TTT-GAATTAATTTGCGTTAATTAT-ATATATAGAGA-A-GAT-TAT-ATA--TAATATATAACCAT-GTT--TTTTGAAACTCGGGCTCCT--A---AAAGA-TA-TTATA-CAATGCA--TTTACA-CTGTCT-TT--TCATTATT-GACAATAATGA-AAT-T-CTA-C---TC---AAAT-ATTCATT--T-AATcactaa
gi|9 : tatctcatttttgttttaacttgtttttctactagcatgaaaacatgtttttcaatatatatatg-T-CTT-CAGA-----AAAC-TGATATT-A---ATGAAAATAAATGACGCTAAAAG-T-TGAAAATACTGATT-TATT---CTTTCGT-TG-A-C-AACATATTTC----CT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGTCCTT-T---GACAC---GCCCTC--TTGAAAG-ATTTTGA--CCGATGACATACCATTTTTTCCTTATAATATGTTTGCG-----T-ATTGT-GTCC-TTACTATCATTCTTCGTT-TTGGA-TTAAAA-CTCTA-TTTTAG-AA-TGTT-TTA-AATA--TCCACTTTTATATCGCAG-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAAGT--TCGCATT-TTT--CAT--A----CCTA-C-T-TTTG-A------TCCCCC-C------ACCCCG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATGC----T-TT--TTC-C--G-T-TGATCTT---AACTAT-TTAATACAC--AATTCAAC-TG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-GAACGA-A-TTAT--G-TCCGT---C--GT-CGTTAAAaagtttaggtataaatatggaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATGACCTTAAGCATGTTTAATAGCAAACTGTACATTGTTTACAACGACTATAAGAATGTGTTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGTACACGCAGAACGACTTATACTTTATACTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTT
Unaligned ( gi|30 ): TCAGATTATTGATACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATACGCG
Unaligned ( gi|32 ): ACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111 3333333 11111111 11111111111 1111111 111 1111111111 111 3333333333 111111111111 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111 11 11111 11 2222 2222222 44444444444444444444444444 111 222 11 11111 1111111111 222222222222 111111111 2222 111111 1111 1111 1111111 111111 111111 1111 111111 1111 11 111 1111 1111 1111 11 1 111 1 1 333333 11111 111111111 11111 222 333333 1 11
lowQualScore : 5 66 5 0 5 4 55 4 555 77777 66 4 55 0000000 55 4 8 55 8 6 00000000 2 55 8 3 3 66666666666 5555555 3 666 3 55 666 6666 000 2 2 2 2222222222 2 8 2 33 2 000 6666 2 1111111111 33 3 55 3 777777777777 3 4444444 888 3 7777 9999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 111111111111 4 8 4 4 55 1 8 3333 4 66 4 00 4 4 6 11111 00 2222 99999 3 55 2222222 4 44444444444444444444444444 777 4 1 999 4 55 4 777 88888888 111 4 22 4 4 11111 1 9999999999 4 66 4 333333333333 777777777 66 777 8 4 4 66 2222 66 5 444444 0000 5 1 66 0000 5 5 6666666 5 5 55 88888 444444 888888 6666 444444 77 5 5 5 3333 77 5 5 33 5 555 5 5 5 5 5 5 333 0 5 8888 66 5 5 5 8888 55 5 5 5 0000 33 1 5 5 5 000 888 888 5 66 3 9999 2 888 4 1 4 4 1 6 5 4 4 22 99 4 4 4 555 99 2 55 3 55 99 777 55 55 4 4 55 4 99 2 4 55 777777 4 4 4 11111 4 7 4 888888888 0 4 55 4 8 4 5 88888 4 55 4 5555 4 0 222 3 3 2 77 4 000000 3 3 3 3 0 7777 3 0 3 44 3 3 0 3 3 11 3 555 44 3
lowQualScore : . .. . . . . .. . ... ..... .. . .. ....... .. . . .. . . ........ . .. . . . ........... ....... . ... . .. ... .... ... . . . .......... . . . .. . ... .... . .......... .. . .. . ............ . ....... ... . .... .... .......................................................................................... .. ............ . . . . .. . . .... . .. . .. . . . ..... .. .... ..... . .. ....... . .......................... ... . . ... . .. . ... ........ ... . .. . . ..... . .......... . .. . ............ ......... .. ... . . . .. .... .. . ...... .... . . .. .... . . ....... . . .. ..... ...... ...... .... ...... .. . . . .... .. . . .. . ... . . . . . . ... . . .... .. . . . .... .. . . . .... .. . . . . ... ... ... . .. . .... . ... . . . . . . . . . .. .. . . . ... .. . .. . .. .. ... .. .. . . .. . .. . . .. ...... . . . ..... . . . ......... . . .. . . . . ..... . .. . .... . . ... . . . .. . ...... . . . . . .... . . . .. . . . . . .. . ... .. .
lowQualScore : 7 99 0 0 0 0 55 0 000 00000 55 0 55 0000000 55 0 0 55 8 7 00000000 6 00 1 6 6 44444444444 5555555 6 444 6 00 444 5555 777 9 9 9 5555555555 9 6 9 99 9 000 1111 9 1111111111 99 1 00 1 555555555555 3 3333333 888 6 7777 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 888888888888 0 0 0 0 55 1 9 9999 4 11 4 66 4 4 7 11111 66 8888 77777 6 88 0000000 0 99999999999999999999999999 000 0 0 000 0 55 0 000 99999999 444 4 22 4 4 11111 0 4444444444 4 33 4 000000000000 000000000 11 888 9 4 4 11 8888 99 0 444444 6666 0 1 99 6666 0 0 2222222 0 0 44 00000 444444 555555 6666 777777 99 7 7 7 7777 99 7 7 66 7 999 7 7 7 0 0 0 111 8 0 0000 77 0 0 0 4444 11 0 0 0 6666 66 4 0 7 7 000 888 222 0 99 1 7777 2 111 4 0 4 4 9 4 3 4 4 77 88 4 0 0 999 55 1 66 7 55 55 000 55 55 0 0 55 0 55 0 0 55 777777 0 0 0 11111 0 3 0 999999999 3 0 55 0 0 0 7 00000 0 55 0 9999 0 8 777 4 6 2 99 2 888888 3 3 3 3 4 1111 3 0 3 66 3 3 4 3 3 22 3 888 66 3
consensus : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
Reference ( family-433 ) : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
gi|1 : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGG
gi|1 : CGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGC-AA--T---GCT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTTTTTTCTTTTTAA--CG-GTTTTTT----A-T--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TG-T-C-CT-AC--TGA-GAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTACTTAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTA-AA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAACCA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAAG-T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTTGAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTACACCAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-CATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAAAT-AGTTATT-AT-AATGGAAAAATATGACACTAAAAG-T-GAAAATTACTTATT-TATT-TTCTTTCGTGTG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACCC---CCCCCCCTCTGAAAA-AATTTGG--CTGATAACATGCCACTTTCTTTTTATAAT---TTTGT-A-CTTT-AACGT-GTCC-TTACCATCGCTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTA-TTTTAG-ATTTTTT-TTT-AATA--TCAATTTTTATATTGCAC-AAAG--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-TTCTTTT-GCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT--AC-AGCCTA-C-TCTTTG-----AC-GCTCGC-C------G--CTG--AAATAA--TC-AATGA-TGGACCCTATG-----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ACTGTAGCTT--TAT-A--CAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAGAAAACGA-A-TTAT----TCTGT---T--GT-CGTTAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgtccgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacattttgttacatgcattttacattcaatacatgtacgcaatgctttagaaatcctatttttagattaatacatgtaaattgtcaaaggaataaattatttttttttttctttttaacggttttttatagaaaagacagaaagacaaagtactgttatatgtcctactgagacaagtacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgctttttattctacttagtatttaaatttttcatttttaaaagtataacaattgtgaaaataataaataacaatgaagtgtaaccattgtaggtgtactacaaagttcatcgtatcaagccgcaatgccatgttttatatttgaaccattgcatttacgacagtttatatattacatatttttgaaccgcccctgaaatattacaccaatgattcaatgcttgtacacatgaaacatgacattctccaaatctaaaatagttattataatggaaaaatatgacactaaaagtgaaaattacttatttattttctttcgtgtggcaacatatttcattgagaattgtcaaaaatcgccctttgacccccccccctctgaaaaaatttggctgataacatgccactttctttttataattttgtactttaacgtgtccttaccatcgctcttcaatttggatacaatctctattttagatttttttttaatatcaatttttatattgcacaaaggaaatttcctattatttttcttttgcaattacgtgttttcatacagcctactctttgacgctcgccgctgaaataatcaatgatggaccctatgttttttcatggatttttaaactaattaatgcatactgtagctttatacaaaattttaagaaattctctattttagaaaacgaattattctgttgtcgttaagt
gi|10 : actggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTC---G--A-TAAA-----A-----GTAC----TTTA--CATG----TATA--T-ACAGT-G--TACA-TTTGT-ACA--------ATG--TT-C-ATT-C----A------ATA-------CATG-T----CGA-AA--T---GTT------AGAC-T---C-CT-A-T----------T-GTT-GATT-A-AATT-CCA---T----G-TT---------A--A-A-ATGTCAAAGG-ATA-A----A-A--CT-ATTTTTTGG----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A-------------------------------------------------------------TGTT------------TT-T-C-CA-AC--TGA-GACAAA----G-T--A-TATTTGT--TTT-G-TCTCTTTTC------AT--ACA---AAAATACG--C--TGC--TTTATTGTG--TAGGA-GTCA-----------------T-----T--ATAG-A---A-GTAT---A-G-GGTTA--TGATACACTCTG----A---TAGT--A-TAA--CACAT-AGAGATAGATATATACA----------TAT-TT-AGATAGAT------T-GAGCCAGAGGTTTCATGTCAT--C---GC-AGTAGG-GAG-AAAATTGCATT-ATGAAT-T------TTAAGATTATGTAGAAATA--TTG----AATT-TGA-------AGAC--GTT-TAT--TAATT--TT------CATCGCTCTTTTCGAAAC
gi|11 : CATATTTC----ATG-TGAAAATTGGTCAAAAA-TCACCCTT-T---GAGACAAAGCCCCC---TGAAAG-ATTTTGGGGCCGATGACCTTACACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATTGTTGTCCCTTACTATTATTTTTCGTTATTGGA-TTAAAAACTCTA-TTTAGG-AATTTTT-TTTTAATA--TCAACTTTTATATTCCACCAATGTGGAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCA-T-TTTTTCAT------GCCTAAC-T-TTTG-A-A-AC-GTCCCCAC------GAACAA-AAAATAA--TGGAACGA-T-GACTACATG-----T-TTATTTC-C--GGT-TGATTTT-A-AACTAA-TTAATACATA-ATTTTAATTTG--AT-A-TCAA-A-AATTG-ATAAC----AT-CTCGT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GTCCGTTAAAT
gi|12 : ACTGTGT-TTT--GTATTTGACGT--ACAATGGCCGA-TTTGTGCGg
gi|12 : atgtgcGTGTCC-GA--A-AAAAA--CAT-----GTACG-A-TTTA--C-------TACT--T-ACAGT-G--TACACTTTG-TACA--T-G-C-A-T--TTAG-A-T-C----G------ATT-------CATT-TA----GA----------TT----TT-GATAC---T-TT-G-TTACTTCGCCAT-TTTATATTCA-A--T-ACA---T----G-T----------ACGA-A-CTATTTCAGA-AAT--------C--CT-ATTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgatactttgttacttcgccattttatattcaatacatgtacgaactatttcagaaatcctatttttagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|12 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttATACTTTGTTACT--TCG-CCATT--TTAT-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AC--T---ATT----TCAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATA-A-A--T-A-----------------------A--A-A-TTGTCAAAGGAAAT-A----A-A--agataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|13 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgCTT-GTCTTT--GTATTTGACGT-CGCGGT-GCCGA-TTTGTGCGa
gi|13 : atgtccGTGTAC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTCTGT-ACA--T-G-C-ATT--C-AC-AAT-C----C------ATA-------CATG-TG---CGC-AA--T---ATT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-C----------A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtacgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacactctgtacatgcattcacaatccatacatgtgcgcaatattttagaaatcctatttttagattaatacatgca
gi|14 : atgtcccttgtctttgtatttgacgtcgcggtgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt---GCCCCC--GTGAACA-TTTTTAG--CCGATGACATGCCATTTTTACTTT-TAAT---TTC-TAA-GATT-ACTGC-GTTC-TTACCGTCATTCTTCATT-TTGGA-TTAAA--CACTA-TTTTTG-A-TTTTT-TTT-A-TA--TCAACTTTCATGTCGCAA-AATG--GAAG--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--AGGCATT-TTT--CGT-----AGCCTA-C-T-TTAG---A-AC-ATCCCC-CACCCCGG--CAG-AAAATTA--TG-TACGA-T-GATCATAT------T-TG--CTC-C--A-T-TGATTATAATAACCAA-TTAATGCAT--ACTTTAAC-TG--AT-A-TCAC-A-ATTTGAATAAA----AT-ATC-T-ATT--T-TTG-AATCGA-C-TTGG--A-TGTGT---C--GC-CCTTA
gi|15 : TTTCTTTTTATAAT---TT-GTAA-CTTT-AATGT-CTCC-TTACCATCACTCTTTAAT-TTGGA-TACAAT-CCCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-ACTAATTC-ATTTTTATATTGCAC-AAAG--GGAA--ATTC---C--TATT--A--TT-T--CTTT-GCAATTGAACGTG-TATTT--C-T--AATAGCCTA-C-T-TTTG-A-ATAC-G-TCCC-C------G--CTG-AAAATAATTTA-AATGATT-GACC-TATG-----T-TT--TTT-TTAG-CATGGTTTTGA-A--TAATTTAATGCAT--TACTCA--CGG-TAT-A-TT-A-A-ATTTTAAGAAAGTTCAT-CTA-T-CTT--T-TAG-AAA--A-T-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTT
gi|16 : TGTCC-GATTA-TAAA---CAAAAA--GTATC-A-TATAGAC-------TA----T-ACAGTTG--TACATATTGATACA--T-GAC-ATT--T-AA-GTT-C----A------ATA-------CATG-TA---CAA-AA--T---GTT----TTAAAAAT---CGCT-ATT----------T-TTTAGATTCA-A--T-ACA---T----GCT----------A--ATA-ATGTCAAGGT-AAA-A----ATA--TT-ATATATTTTTTTTATTTTAAT-CG-GTTTTTC----AGCAAAGAA--------------ACTGATATTTAATAAGTAAGA----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------ATGTAC--TGTTTGAT-AT-----TT-T-C-CA-AC--TG
gi|17 : G-AATTTTT-TTT-TATA--TAAAATTTTATAATGCA---ATG--GAGAA-TTTTGCGC--TATT--AT-TTAT--CTTTTGCA--T--AAGCA-T-TTT--GATTCA--TG--TA-C-T-TTTG-AGA-AC-G-TCCC-C------A--CTG-AAA-TAA--TG-AACGA-T-GACTATATG-----TATT--TTC-C--G-T-TGA-TTTTA-A--TAA-TTAAT--AT--ATTT---CTTG--ATCA-TCAA-A-ATTTGAATAAA----ATGCTCAT-ATTTAT-TAA-AA--GA-A-T--T--A-TTCGT---C--G--CGTTAA
gi|18 : ggattagtaatatatataaagTT-AATA--TCAATTTTTATATTACAC-AA-A--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--GCGTG-T-TTT--CAT--A--GCCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTGAAAAATAA--TC-AACGA-T-GACCCTATGT----T-TT--TTT-C--A-T-GGATTTT---AACTAA-TTAATGCAT--ACTCTAACT---TAT-A-TTAA-ATATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATAGA-TCCGT---C--GT-CGTTAAAt
gi|19 : ccTATTCTA----GTA-TTAAAATTT------TT-CATT-----TATTTGGAA---A-ATTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----ACGATAATG-A-TAA--CA-AT-AAAA-----TGTTATCA----------T-T-GT-AGGTGCAT------T-A---CAAA--T------CCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--
gi|2 : ATTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGt
gi|2 : catgtcCGTGTCC-GA--AATAAA---CAA-----GTACC-A-TATA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACA--TTGGTACA--T-A-C-ATTAATTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGCCAA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-A----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-TTGTCAAAGG-AAT-A------------ATTTTTTTTCTTC-TTTTAA--CG-GTTTCTT----ATT--AGAA--------------A-------------------AACTGATATTAATGAAGAA---CAG---------AAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT---T-A------TT-T-T-CA-AC--TGACGAC-AA----C-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGC-TTTTATTC----TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATTTA---T--TTAGAA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAATAGA-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-CAAG-ACGCCAA--TAC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGTCA-GTT-TAA-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TCATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GTACACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CAC-CAAATC-T-AAAT-AGCTATT-AT-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAG-T-AAAAAATACTTATT-TA-T-TTCTC-CGT-TG-G-C-AACATATTTT----AT--TGCGAATTG-TC-AAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTCGG--CTGATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTTAAGTGT-GT-C-TTACCA--ACTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccattgcatttacgtcagtttaaatattacatattttgaaaccgcccctgaaatatcatacaatgattcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
gi|20 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-GCA---T----G-TA---------A--A-A-TTGCCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTT--TTTTCCTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-A--AGAA--------------A-------------------ACT--------------GA---TAATATAATTCGAAGACAGA-----A------A-G-AC--TGTT--AT-AT-----TT-T-C-CA-AC--
gi|21 : A--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------A-TTTAGATT-G-A--T-ACA---T----G-TA---------A--A-A-CTGTC-AAGG-AAT-A----------C-ATTTTTTAATTTTTTTTTTA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAAAACTGATAATAATGA-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--
gi|22 : T----TTAGAAAT---C-AC-A-T----------T-GTTAGATT-A-A--T-ACA---TCATGG-TACAGTCTGTAA--A-A-GTGTCAAAGG-AATAA----A-A--TT-ATTTTTTGTT---GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AG
gi|23 : CTGA-T--ATACAT--A---TAA--TGATAT-T-TCCG-A-ATT--AATAAG----TT-CTC-TTACT--TATAG-AAA-GA-A-TTAT--ACTCCGTACAC--GT-CGTTAA
gi|24 : tagt-GA--C-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--A-------CACC--T-ACTGT-GACTACACTTTGTTACAAGT-G-CGA----TTAC-ATT-CCCCAA------GTAT------CATG-TA---CGA-tagc
gi|25 : TAATACAT--AATTTAA-TTG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAcaaa
gi|28 : -GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-
gi|29 : catctcattggtcgacgtgccTATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATATTTATT-CA---TTCTCTCGT-TG-G-C-AACA
gi|3 : ----TTAAAAATT--C-CT-T-A----------T-GTCAGCTTTA-A--TTACACTGT----A-T----------A--A-A-TTGTTCAAGC-AG-------A-A--TT-ATTTTTTCTT--CCTTTTAAAGTG-GTTTTCTCATAA-G--AGAA--------------ACTGATTATTAATGATTCGAA----------------GATACCAG--------AAA-AC--A-----GC-----G-GTAC--TGTT--ATTA------TT-TTC-CACAC--TGAC-AC-AA----G-T--A-CATTTGCGCTTT-G-TTT--TTTC-----AATT-ACC---AAAATA-G--CA-TGCTTT--ATT-TC--TAG-A-TTTAATTTT------TT-CATT-----TATTTAGAA---A-GTAT---A-ATAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--AATAAAACA-AT-GAAG-----TGTAAATA----------T-T-GT-AGG--------------------------------AT--C---GT-ATCAAG-CTG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-G-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-ATTGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AT-AAAGAAAAAATATGACGCTGAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TA---TTATCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAAATG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---G--CCC--CTAAAAA-CTTTTGG--CTTATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTT-AATAT-GTCC-TTACCATCACTCTTCAAT-TTGGA-TACAGC-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TT---ATA--TCAATTTTCATATTGTAT-AAAG--GAAA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGTG-T-TTT--CAT-----AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-T------G--CTG-AAAATAA--TT-AATGA-T-GACCCTATGCTTTCT-TT--TTT-C--A-A-GGATTTT---AACTAA-TGGATGCAT--ACTCTAGCT---TAT-A-TTAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAGCGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|31 : ACTA-GTCTTT--GTATTTAACGT-CACAAT-GCCGC-TTTGTGC
gi|4 : atgtcGTCC-GA--A-TAAA---CAA------TAC--A-TT-A--CAGTGTTACACC--TTACAG--G--TACAGCTTGT-ACA--T-G---ACT--T-AC-ATT-C----AT-----AT--------CATG--A---CGA-GAACT---GTT----TAAGACAT---C-CT-A-T----------T-GT--AATT-AGA--T-ACA---T----G-T----------A--A-AACTG-CAAAGG-AAT-A----A-AACCT-ACTTTTTG-----GTTTTAA--TG--TTTTCT----A-C--A------------------------------------------------------------AG--------AAA----------------------AC--TGTT-------------T-T-C-CG-AA--CGACGAC-AA----T-G--A-TATTT----TTT-G-TCT---TTC-----AAT--AC----AAAATACG--CAGTGCTT---ATTTGA--T-GTA-TTTA-----------------------------GAA---A-GTTT---A-ACAATTG--TGA-AA--------------TAAA--A-TAA--CA-AT--AAG-----T-TAGACA----------T-TTAT-AGGCGTAC------A-G---CAA---T------ACATTAC---G--ATCAAG-CCG-C------C--CGATC--TAT------TTA----TATTT--AATCA--TTA----A----T-A-------AGACA-GTGGTATTATA--A--TA------CAT-G----TCTTAAAAC----GCCCCA--GTAAAA--A-TC-TAGTA-CAATA-----T--CAGATGCTTTGT--ACA-TA-G-AA-AA-AAT-A-CAT-TGCTCTCAAATCCT-ATAT-A-TTATC-AAGAATG-AAAAATATGACGCTAAAAG-TTAGAAAATACTC----TATTATTCTCTCGT----G-C-AACATATTTC----ATGGTGAAAATTG-TCAAAAAATCACCCTTAT---GAGAC---AGCCCC--CTGAAAG-ATTT-GG--CCGAT-ACCTAC-ACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATT-T-GTCC-TT-CTAT-A-TCT-CG-T-TTGGA-TTAAAA-CTCT---TTTAG-AATTTTT-T----ATA--TCAACTTTTATA--GCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCA-T-TTT--CAT------GCCTA-C---TTTG-A-A-AC-GTCCCC-C------A--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACTTAATG-----T-AT--TTC-C--G-T-TGA---TTA-ATCTAA-TTAA-ACATAAAATTTAA-TTG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTCAT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATA-A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|5 : ACTG-TTCTTT--GTATTTGACGT-CACAATAGCCGCTTTTGTGCGGt
gi|5 : catgtcGTCC-GA--A-TAAAA--CAATTTTAGTACCCA-TTTA--CATGAC--TACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTAATG----G-C-ACT--TAACCATTTC----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAATTTCC-CT-A-T----------TGTTTAGAGT-A-A--T-A-A---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-AT---A-A--AT-ATCTTTTT-----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------ACTGTTATTAATTGAAGGA---CAG--------AAA-AC--A-----A------A-GTAC--TTGT--AT-A------TT-TTC-CA-AC--TGACGAC-AA----G-TTAA-TATTTGTG-TTT-G-TCTCTTTTC-----ATTTAAC----AAAAT--------T-CTTTTCGCTTTA---AATACTTTA--TTG------TT-AGTTA----T--TTAGAA---A-GTTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A---A--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TTTAGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GTTATCAAG-CCG-CAA--TGC-----TG--T-T------TTA----TATTT-GAATCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TA--ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAAC----GCCCCTTAA---AA--A-TA-TTATA-CA-TG-A--TT--CA-ATGCTT-GTT-ACA-TA-TTGA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-G-ATAT-AGTTATTAAA-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAGTT-AGAATA-ACTTATT-TATT-CT-TCTCGT-GG-GCC-AACATATTTC----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgggtccgaataaaacaattttagtacccatttacatgactacctacagtgtacactttgtaatggcacttaaccatttcaatacatgtacgaaatgttttagaaatttccctattgtttagagtaataatgtaaactgtcaaaggaatataaatatctttttgttttaatggttttctacagaaaactgttattaattgaaggacagaaaacaaagtacttgtatattttccaactgacgacaagttaatatttgtgtttgtctcttttcatttaacaaaattcttttcgctttaaatactttattgttagttatttagaaagttttaacaattgtgaaaataataataacaatgaagtgttaacatttttaggtgtactacaaattcatcgttatcaagccgcaatgctgttttatatttgaatcattgaatttaagacagtttaatattacatgttttgaaacgccccttaaaaatattatacatgattcaatgcttgttacatattgaaaaatgacattctccaaatcgatatagttattaaaaatggaaaatatgacgctaaaagttagaataacttatttattcttctcgtgggccaacatatttc
gi|6 : catgtcactgttctttgtatttgacgtcacaatagccgcttttgtgcggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtggGACGAC-AAAGTAG-T--A-T-TTTGT--TTT-G-TCT-TTTTC-----AAT--AC----AAA-TACG--CA-TGCTTT--ATT-------GTA-GTTA-----------------T-----T--GTAGAA---AAGTTTG--A-ACAATTG--CTG-AAA---TA----A---TTA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TT-AGGTGTAC------TGA---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCA-CAA--TGC--TTATG--T-T------T-A----TATGT-GAATCA--T-G----AATT-T-A-------AGACACGTT-AAT-A-A--T--TA------CAT-G----TTT-GAAACC---GCCCCT--A---AA--AATAATTATA-CAATG-GATTT--CA-ATGCTT-GT--ACA-TA-T-GA-AA-AATGAACATAT-CTC-CAAATC-T-ATATTAGTTATTGAA-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATTGTA-T-CTCTCTCGT-TGAG-CAAACATATTTCCAGTGT--AGAAAATTGATC-AAAA-TCACCCTT-TGAGGACA----GCCCGC--CTGAAAAGATTTTGG--CCGATGAC-TACC-CTTTTTTTCTAATAT---TTT-TAAGCGTT-ATTGT-GTCC-TTA-TATTA-TTTCCGTT-TGAGATTTAAAA-CTCTATTTTTAGAAATTTTTGTTT-TATAT-TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGATTTTTC---CGTTATTGAATCTT-T--CTTT-GCAATTA-ACCCATT-TTT--CAT------GCCTA-CGT-TTTGCA-A-ACGGATCCC-C------A--CAG-AAAAT-A--TG-AACGACT-GACTATATG-----T-TT--TTCGC--G-T-TGATATTT--AACTAA-TTAATACAT--AATTTAAATTG-GAT-ATTCAATA-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T---G-AAACGACATTTATA-A-TCCTT---CCTGT-CGTTAA
gi|7 : TCTTTTCGTATTTGACGTTCACAAT-AGCAA-TTTGTGCG
gi|7 : CGTGTTCAGA--A-TAAAAACCAA-----GTACC-AATTTA--C-------TACAGAT-ACAGTTG--TACA-----TTAC---T-G-C-ATT--TCAT-ATC-C----ATATATCATATCCTCCTCGTGATATTCCGA-CA--TCAAGTTCCTCTTAGAAATT--C-CTGA-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACAAATT----G-TCATTA-----A--A-A-CT-TCAAGGG-AAT-ATACTA-A--TTCATTGATTATTTTTCTTTTCA--TGTGTTTTCT----A-C--AGAA--------------ATAACTGATATTAAGTTGA-A----------------GA---CAGA-------AAAGAC--A-----ATTAACGA-GTAC--TGTT--AT-ATT----TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----GTT--A-CAATTGC---TT-A-TCTCTTTTC-----AAT--ACA---AAAATACGCACA-TG-TTTTCATTCTC--TAGTA-TTTAAATTTATTCAGTT-TATT-----T--TAAGAA---A-GTGTTACA-TCAATTGTCTGA-AAT---TA----A---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattcgtgttcagaataaaaaccaagtaccaatttactacagatacagttgtacattactgcatttcatatccatatatcatatcctcctcgtgatattccgacatcaagttcctcttagaaattcctgatttttagattaatacaaattgtcattaaaacttcaagggaatatactaattcattgattatttttcttttcatgtgttttctacagaaataactgatattaagttgaagacagaaaagacaattaacgagtactgttatatttttccaactgacgacaagttacaattgcttatctcttttcaatacaaaaatacgcacatgttttcattctctagtatttaaatttattcagtttattttaagaaagtgttacatcaattgtctgaaattaatcactaa
gi|8 : tcttttcgtatttgacgttcacaatagcaatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattatt--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AA-GAT--ATCAAAA------A-GTATCTTGTT--AT-AATACATTTAT-CACA-ACCTTGACGATTAAT---G-T--ATCATTTGC--TTTTGCTTTCTTTTTGCAAGAAT--ACTAAGAAAAAACG--T-----CTCTTA--CAG--TAGTC-TTTAAATTT------GTACGTCGTAAAT--TTAGAATTCG-TTTT---ATACACTTG--TTG-AAA---TATTTTA---TCATTCA-TAAAGCT-ATAGAAG-----TGTTAACAATAAGTTTCTT-T-AT-GGTTGT-CTTCTTTT-AT--CAGA--T------TCAC--TACAGTAATAAAGCCCG-TCA--TGCA-T-ATG--T-TCATGGGTTA----T-TTT-GAATTAATTTGCGTTAATTAT-ATATATAGAGA-A-GAT-TAT-ATA--TAATATATAACCAT-GTT--TTTTGAAACTCGGGCTCCT--A---AAAGA-TA-TTATA-CAATGCA--TTTACA-CTGTCT-TT--TCATTATT-GACAATAATGA-AAT-T-CTA-C---TC---AAAT-ATTCATT--T-AATcactaa
gi|9 : tatctcatttttgttttaacttgtttttctactagcatgaaaacatgtttttcaatatatatatg-T-CTT-CAGA-----AAAC-TGATATT-A---ATGAAAATAAATGACGCTAAAAG-T-TGAAAATACTGATT-TATT---CTTTCGT-TG-A-C-AACATATTTC----CT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGTCCTT-T---GACAC---GCCCTC--TTGAAAG-ATTTTGA--CCGATGACATACCATTTTTTCCTTATAATATGTTTGCG-----T-ATTGT-GTCC-TTACTATCATTCTTCGTT-TTGGA-TTAAAA-CTCTA-TTTTAG-AA-TGTT-TTA-AATA--TCCACTTTTATATCGCAG-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAAGT--TCGCATT-TTT--CAT--A----CCTA-C-T-TTTG-A------TCCCCC-C------ACCCCG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATGC----T-TT--TTC-C--G-T-TGATCTT---AACTAT-TTAATACAC--AATTCAAC-TG--AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-GAACGA-A-TTAT--G-TCCGT---C--GT-CGTTAAAaagtttaggtataaatatggaa
blockSeqs : T TC T G T A TT A AAC TTTTA CC A GA AGTGTTA GA T T AC C T AGTGCG T AA T C T ATATATC TCCTCCT A TTC C AC CAA CCTC TTC G G T TACTTCGCCA G C G AT T CTG CATG C ACAGTCTGTA CG T AC A ATACTAAT C TTTTTTA AGT T CATA GCAA ATAACTGATATTAAGTTGAAGACAGAAAAGACAATTAACGA CT ATAATACAT A T A C CT C A AGTA T TA T GC T C C GCAAG TA TAAG CACA T TT GTGTA C AATTTATTCAGTTTATTT TTC A A TAC T TC T CTC TTTTA TAG A AA C A ATAGA A ATAAGTTTCT A TA T TTCTTTTAT GGTTTCATG TA ACA T C C AT ATT AA A CATGGG AGAT A A AT CGTT A G TATATAG C G TT ATT TATAAC CGCTCT TCGG GTAA AG A A . GAT TA G T AC T TT C T A A G T CT T AAG AA T T G TTAT T A C A CAGT GG G A A A GAG AAA G G GG C TATG G GCG A T T C T T T A T TA AA T A G TTA AT T CC T TG TT GCG GT GA C A . T GA T A TT AATA A G . AAT G T A ACCCCGG A TT G T . A CTTTC A AT G TAG A AAT A T A AA T ATTGG C T T T GTTC G G T TA A . C T AG C ACA CT C
blockSeqs : . . . A . . . . A AAA G . . ATGAC . . T . C T TCGCC T . T . . CCCAA T . . . . . . T . . . . . C . . . AAT . . CATTA . . A . AAAACC . AATTTTT TC . . TT ACTGATTATTAATGATTCGAAGATACCAGAAAACAGCG . TGATAT . T . . . C T T . . . G . . C . T A CAG T TT CTCTA . AATTTGTACGTCGTAAAT . . T T . . . . ACGA TTC . AG . . . T . . T . TGAGC T . . A . . . CG . . . . . C . . . . . . . T TAA . GTT C TAA . . . . CA . . . T . TT . . . . . . T . AAA GA . . . TTC T . . . . G A A . . . . C . . A T G GC . C . . C T T . . TA T . . . TA T C A T . A . . . . . . . A T . . TCAT . . . AGA . T . GAA . . . C . A T . . . GG . GA A . G A C TTTG . . . . . . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . C . . ATG . . . . C T TGAC T . T . . AT . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . T . . C . AATAT . ATTTTTC T . . C ACTGATATTTAATAAGTAAGAGACAGAAAGACAAAT . ATATT . . . . . C . . . . . . . . C . . C CA T TC CAGTA . AATTTTTCATTTAT . . A T . . . . A TG . . . . . A . . G . TGA T . . . . . . TT . . . . . C . . . . . . . A T . A C G . . . . A . . . . . T . . . . . . T . GAA AA . . . TT T . . . . . . A . . . . C . . A T G GA . A . . C C A . . AC T . . . TA . T C A . . . . . . . . . . T . . AG . . . CAA . C . ACC . . . . . A C . . . A . TA A . G . A CGGT . . . . . . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . T T TGC T . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . AAAAT . TTCTTC C . . A AAACTGATATTAATGAAGAACAGAAGACAAA . ATAT . . . . . C . . . . . . . . C . . A CA T TC TCTA . AATTTTTCATTTAT . . A G . . . . A T . . . . . A . . G . TA T . . . . . . AT . . . . . T . . . . . . . T T . A C G . . . . A . . . . . T . . . . . . G . AT G . . . TC G . . . . . . A . . . . C . . A T G CT . G . . C C A . . AC C . . . TT . T C T . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . C . G . . . . . C . . . . G . TA A . G . T CTTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . C T TGC T . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . AAAAT . TTTTCC C . . C AACTGTTATTAATTGAAGGACAGAAAACAAA . ATTA . . . . . C . . . . . . . . C . . . CA T TT TGAT . ATTTTTTCATTTAT . . T . . . . . A T . . . . . A . . G . TA T . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . T A . G . A . . . . A . . . . . G . . . . . . T . AT A . . . TT T . . . . . . . . . . . C . . C T . CT . A . . T C A . . AC A . . . TA . T T A . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . T . A . . . . . C . . . . A . A T . A . C TGAT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . G A TAC C . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . ATAAA . CTTCC T . . C AACTGATAATAATGAAGACAGAAAGACAAA . ATA . . . . . C . . . . . . . . . . . . C C . TTAA . TTGTTAGTTAT . . T . . . . . A A . . . . . T . . T . AG T . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . T T . G . A . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T G . . . T T . . . . . . . . . . . T . . A T . CT . T . . C T T . . TA A . . . TT . T C T . . . . . . . . . . . . . A . . . AA . A . G . . . . . T . . . . A . T A . A . A CTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . . . . C T TGC C . C . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . AAAC . GTTG T . . G AACTGATAATATAATTCGAAGACAGAAA . TA . . . . . C . . . . . . . . . . . . T . . CTA . TT . . T . . . . . A T . . . . . T . . T . TA T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . T . G . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . GC . T . . . . T . . TA A . . . AA . C C T . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . C . G . . . . . A . . . . G . . A . G . C CTT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TG T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . AAT . GGG T . . C AAGACAGAAGATATCAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTA . TT . . G . . . . . A . . . . . . T . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . TA . . . . . . C G T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . A . . . . G . . . . A . A TTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . CC . GG T . . C AGAAA . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . G . . . . A . A CTT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . TG T . . C AA . . A . A TTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . A . . . . CTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AAAAC******* ATA********* CTA**** ATTTTTCATTTAT************* T** T******** C*** T** AN** TT** T* C** ** A***** AA*** CTG***
originalCons : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AAT-A----A-A--TT-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA--TAGTA-TTTAAATTT------TT-CATT-----T--TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT-TTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CAT--A--AGCCTA-C-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTTG-TAT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
finalCons : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGA-AA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T----G-T----------A--A-A-CTGTCAAAGG-AATAAAAC-------T-ATTTTTTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTTATA---------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTT-G-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTTTTATTCTA----GTA-TTTAATTTTTCATTTAT-------------TTAGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAAT--------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGCC---ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATCT--AAAT-AGTTATTAN--AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACTTATT-TATT--TCTCTCGTT-G-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCCC--TGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAGA--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--CTTT-GCAATT--ACGCG-T-TTT--CATA-----GCCTA-C-T-TTTGAA---AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--TG-AACGA-T-GACCATATG-----T-TT--TTC-C--G-T-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCAT--ANTTTAACTG---AT-A-TCAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATGACCTTAAGCATGTTTAATAGCAAACTGTACATTGTTTACAACGACTATAAGAATGTGTTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGTACACGCAGAACGACTTATACTTTATACTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTT
Unaligned ( gi|30 ): TCAGATTATTGATACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATACGCG
Unaligned ( gi|32 ): ACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 11111 3333333 11111111 11111111111 1111111 111 1111111111 2222222222222222222222222 11111 2222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333 1111 11 11111 11 2222 1111111 33333333333333333333 111 222 11 11111 1111111111 222222222222 111111111 2222 111111 1111 1111 1111111 111111 111111 1111 111111 1111 11 111 1111 1111 11 1 111 1 11 11111 111111111 11111 111 1 11
lowQualScore : 5 66 5 0 5 4 55 4 555 77777 66 4 55 0000000 55 4 8 55 8 6 00000000 2 55 8 3 3 66666666666 5555555 3 666 3 55 666 6666 000 2 2 2 2222222222 2 8 2 33 2 6666666666666666666666666 33 3 888 3 44444 3 44 44 4444444 888 3 7777 9999 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 111111111111 4 8 4 4 55 1 8 3333 4 66 4 55 4 6 11111 00 2222 77777 3333333 1 8888 44 00000000000000000000 4 55 777 4 1 999 4 55 4 777 88888888 111 4 22 4 4 11111 1 9999999999 4 66 4 333333333333 777777777 66 777 8 4 4 66 2222 66 5 444444 0000 5 1 66 0000 5 5 6666666 5 5 55 88888 444444 888888 6666 444444 77 5 5 5 3333 77 5 5 33 5 555 5 5 5 5 5 5 333 0 5 8888 66 5 5 5 5 88 5 55 5 5 5 0000 33 1 5 5 5 000 888 888 5 66 3 9999 2 888 4 1 4 4 1 6 5 4 4 22 99 4 4 4 555 99 2 4 3 55 4 55 777 55 55 4 4 55 4 99 33 4 8888 4 55 66666 4 4 4 4 666 4 7 4 888888888 0 44 55 4 8 4 5 88888 4 55 4 99 4 5 777 3 3 2 3 77 4 44 44 3 3 3 77 3 3 0 7777 3 0 3 44 3 3 0 3 3 11 3 555 44 3
lowQualScore : . .. . . . . .. . ... ..... .. . .. ....... .. . . .. . . ........ . .. . . . ........... ....... . ... . .. ... .... ... . . . .......... . . . .. . ......................... .. . ... . ..... . .. .. ....... ... . .... .... .......................................................................................... .. ............ . . . . .. . . .... . .. . .. . . ..... .. .... ..... ....... . .... .. .................... . .. ... . . ... . .. . ... ........ ... . .. . . ..... . .......... . .. . ............ ......... .. ... . . . .. .... .. . ...... .... . . .. .... . . ....... . . .. ..... ...... ...... .... ...... .. . . . .... .. . . .. . ... . . . . . . ... . . .... .. . . . . .. . .. . . . .... .. . . . . ... ... ... . .. . .... . ... . . . . . . . . . .. .. . . . ... .. . . . .. . .. ... .. .. . . .. . .. .. . .... . .. ..... . . . . ... . . . ......... . .. .. . . . . ..... . .. . .. . . ... . . . . .. . .. .. . . . .. . . . .... . . . .. . . . . . .. . ... .. .
lowQualScore : 7 99 0 0 0 0 55 0 000 00000 55 0 55 0000000 55 0 0 55 8 7 00000000 6 00 1 6 6 44444444444 5555555 6 444 6 00 444 5555 777 9 9 9 5555555555 9 6 9 99 9 6666666666666666666666666 99 1 111 1 44444 3 66 66 3333333 888 6 7777 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 00 888888888888 0 0 0 0 55 1 9 9999 4 11 4 00 4 7 11111 66 8888 99999 3333333 6 5555 77 33333333333333333333 0 55 000 0 0 000 0 55 0 000 99999999 444 4 22 4 4 11111 0 4444444444 4 33 4 000000000000 000000000 11 888 9 4 4 11 8888 99 0 444444 6666 0 1 99 6666 0 0 2222222 0 0 44 00000 444444 555555 6666 777777 99 7 7 7 7777 99 7 7 66 7 999 7 7 7 0 0 0 111 8 0 0000 77 0 0 0 0 22 1 11 0 0 0 6666 66 4 0 7 7 000 888 222 0 99 1 7777 2 111 4 0 4 4 9 4 3 4 4 77 88 4 0 0 999 55 1 0 7 55 0 55 000 55 55 0 0 55 0 55 55 0 5555 0 55 77777 0 0 0 0 333 0 3 0 999999999 3 88 55 0 0 0 7 00000 0 55 0 55 0 7 888 4 6 2 3 99 2 99 66 3 3 3 99 3 3 4 1111 3 0 3 66 3 3 4 3 3 22 3 888 66 3
consensus : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CG-AAA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T-------------G-T-----A--A-A-C-TGTCAAAGG-AATAAAAC-TA-TT--TT--TTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTTG-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTT-TTAT--TCTA----G-TATTT-AA-TTT-T-----T-CA-TTTATT-T--AGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACT-TATT-TA-TTTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCG--T-T----TT-C--AT--AG-CCT-AC-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--T-GAACGA-T-GACCATATG-----T-T--TTTC-C--GT-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCA-T--ACTTTAA-CT--G-AT-A-T--CAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
Reference ( family-433 ) : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CG-AAA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T-------------G-T-----A--A-A-C-TGTCAAAGG-AATAAAAC-TA-TT--TT--TTNTTTTCNTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTTG-TCTCTTTTC-----AAT--AC----AAAATACG--CA-TGCTTT-TTAT--TCTA----G-TATTT-AA-TTT-T-----T-CA-TTTATT-T--AGAA---A-GTNT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTNAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AN-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACT-TATT-TA-TTTCTCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTTGG--CCGATGACATGCCACTTTCTCTTTATAAT---TTTGTAA-CTTT-ANTGT-GTCC-TTACCATCACTCTTCGNT-TTGGA-TNAAAN-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-AATA--TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCG--T-T----TT-C--AT--AG-CCT-AC-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTG-AAAATAA--T-GAACGA-T-GACCATATG-----T-T--TTTC-C--GT-TGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCA-T--ANTTTAA-CT--G-AT-A-T--CAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAAT
gi|1 : ACTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGG
gi|1 : CGTGTCC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACATTTTGTTACA--T-G-C-ATT--TTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CG-CAA--T---GCT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T-------------G-T-----A--A-A-T-TGTCAAAGG-AATAAA-T-TA-TT--TT--TTTTTTTCTTTTTAA--CG-GTTTTTT----A-T--AGAA--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT--AT-A------TG-T-C-CT-AC--TGA-GAC-AA----G-T--A-CATTTGC--TTTG-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGCTTT-TTAT--TCTACTTAG-TATTT-AAATTT-T-----T-CA-TTT--T-T--A-AA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAACCA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAAG-T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTTGAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTACACCAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-CATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-TAAAAT-AGTTATT-AT-AATGGAAAAATATGACACTAAAAG-T-GAAAATTACT-TATT-TATTTTCTTTCGTGTG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAATTG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACCC---CCCCCCCTCTGAAAA-AATTTGG--CTGATAACATGCCACTTTCTTTTTATAAT---TTTGT-A-CTTT-AACGT-GTCC-TTACCATCGCTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTA-TTTTAG-ATTTTTT-TTT-AATA--TCAATTTTTATATTGCAC-AAAG--GAA-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-TTCT-TTTGCAATT--ACGTG--T-T----TT-C--ATACAG-CCT-AC-TCTTTG-----AC-GCTCGC-C------G--CTG--AAATAA--T-CAATGA-TGGACCCTATG-----T-T--TTTT-C--AT-GGATTTTTA-AACTAA-TTAATGCA-T--ACTGTAG-CT--T--T-A-TA-CAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAGAAAACGA-A-TTAT----TCTGT---T--GT-CGTTAAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgtgtccgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacattttgttacatgcattttacattcaatacatgtacgcaatgctttagaaatcctatttttagattaatacatgtaaattgtcaaaggaataaattatttttttttttctttttaacggttttttatagaaaagacagaaagacaaagtactgttatatgtcctactgagacaagtacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgctttttattctacttagtatttaaatttttcatttttaaaagtataacaattgtgaaaataataaataacaatgaagtgtaaccattgtaggtgtactacaaagttcatcgtatcaagccgcaatgccatgttttatatttgaaccattgcatttacgacagtttatatattacatatttttgaaccgcccctgaaatattacaccaatgattcaatgcttgtacacatgaaacatgacattctccaaatctaaaatagttattataatggaaaaatatgacactaaaagtgaaaattacttatttattttctttcgtgtggcaacatatttcattgagaattgtcaaaaatcgccctttgacccccccccctctgaaaaaatttggctgataacatgccactttctttttataattttgtactttaacgtgtccttaccatcgctcttcaatttggatacaatctctattttagatttttttttaatatcaatttttatattgcacaaaggaaatttcctattatttttcttttgcaattacgtgttttcatacagcctactctttgacgctcgccgctgaaataatcaatgatggaccctatgttttttcatggatttttaaactaattaatgcatactgtagctttatacaaaattttaagaaattctctattttagaaaacgaattattctgttgtcgttaagt
gi|10 : actggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTC---G--A-TAAA-----A-----GTAC----TTTA--CATG----TATA--T-ACAGT-G--TACA-TTTGT-ACA--------ATG--TT-C-ATT-C----A------ATA-------CATG-T----CG-AAA--T---GTT------AGAC-T---C-CT-A-T----------T-GTT-GATT-A-AATT-CCA---T-------------G-TT----A--A-A-A-TGTCAAAGG-A-TAAAAC-TA-TT--TT--TTGG----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------A-------------------------------------------------------------TGTT------------TT-T-C-CA-AC--TGA-GACAAA----G-T--A-TATTTGT--TTTG-TCTCTTTTC------AT--ACA---AAAATACG--C--TGCTTTATTG---TGTA----G-GAGTC-A------------------TTA---T--AG-A---A-GTAT---A-G-GGTTA--TGATACACTCTG----A---TAGT--A-TAA--CACAT-AGAGATAGATATATACA----------TAT-TT-AGATAGAT------T-GAGCCAGAGGTTTCATGTCAT--C---GC-AGTAGG-GAG-AAAATTGCATT-ATGAAT-T------TTAAGATTATGTAGAAATA--TTG----AATT-TGA-------AGAC--GTT-TAT--TAATT--TT------CATCGCTCTTTTCGAAAC
gi|11 : CATATTTC----ATG-TGAAAATTGGTCAAAAA-TCACCCTT-T---GAGACAAAGCCCCC---TGAAAG-ATTTTGGGGCCGATGACCTTACACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATTGTTGTCCCTTACTATTATTTTTCGTTATTGGA-TTAAAAACTCTA-TTTAGG-AATTTTT-TTTTAATA--TCAACTTTTATATTCCACCAATGTGGAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCATTT-T----TT-C--AT---G-CCTAAC-T-TTTG-A-A-AC-GTCCCCAC------GAACAA-AAAATAA--TGGAACGA-T-GACTACATG-----T-TTATTTC-CG-GT-TGA-TTTTA-AACTAA-TTAATACA-TA-ATTTTAATTT--G-AT-A-T--CAA-A-AATTG-ATAAC----AT-CTCGT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GTCCGTTAAAT
gi|12 : ACTGTGT-TTT--GTATTTGACGT--ACAATGGCCGA-TTTGTGCGg
gi|12 : atgtgcGTGTCC-GA--A-AAAAA--CAT-----GTACG-A-TTTA--C-------TACT--T-ACAGT-G--TACACTTTG-TACA--T-G-C-A-T--TTAG-A-T-C----G------ATT-------CATT-TA----G-A---------TT----TT-GATAC---T-TT-G-TTACTTCGCCAT-TTTATATTCA-A--T-ACA---T-------------G-T-----ACGA-A-C-TATTTCAGA-AAT---CC-TA-TT--TT--Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgatactttgttacttcgccattttatattcaatacatgtacgaactatttcagaaatcctatttttagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|12 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttATACTTTGTTACT--TCG-CCATT--TTAT-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CG-AAC--T---ATT----TCAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATA-A-A--T-A---------------------------A--A-A-T-TGTCAAAGGAAATAAAAagataaataaaattgtcaaaggaaataaaa
gi|13 : atgtgcactgtgttttgtatttgacgtacaatggccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtccgaaaaaaacatgtacgatttactacttacagtgtacactttgtacatgcatttagatcgattcatttagattttgCTT-GTCTTT--GTATTTGACGT-CGCGGT-GCCGA-TTTGTGCG
gi|13 : atgtccGTGTAC-GA--A-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACACTCTGT-ACA--T-G-C-ATT--C-AC-AAT-C----C------ATA-------CATG-TG---CG-CAA--T---ATT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T-------------G-C-----A--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtgtacgaataaacaagtaccatttaccacctacagtgtacactctgtacatgcattcacaatccatacatgtgcgcaatattttagaaatcctatttttagattaatacatgca
gi|14 : atgtcccttgtctttgtatttgacgtcgcggtgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntt---GCCCCC--GTGAACA-TTTTTAG--CCGATGACATGCCATTTTTACTTT-TAAT---TTC-TAA-GATT-ACTGC-GTTC-TTACCGTCATTCTTCATT-TTGGA-TTAAA--CACTA-TTTTTG-A-TTTTT-TTT-A-TA--TCAACTTTCATGTCGCAA-AATG--GAA-G--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--AGGCA--T-T----TTTC--GT--AG-CCT-AC-T-TTAG-A-A--C-ATCCCC-CACCCCGG--CAG-AAAATTA--T-GTACGA-T-GATCATAT------T-T--GCTC-C--AT-TGATTATAATAACCAA-TTAATGCA-T--ACTTTAA-CT--G-AT-A-T--CAC-A-ATTTGAATAAA----AT-ATC-T-ATT--T-TTG-AATCGA-C-TTGG--A-TGTGT---C--GC-CCTTA
gi|15 : TTTCTTTTTATAAT---TT-GTAA-CTTT-AATGT-CTCC-TTACCATCACTCTTTAAT-TTGGA-TACAAT-CCCTA-TTTTAG-AATTTTT-TTT-ACTAATTC-ATTTTTATATTGCAC-AAAG--GGA-A--ATTC---C--TATT--A--TT-T--C-TTTGCAATTGAACGTG--TAT----TT-CTAAT--AG-CCT-AC-T-TTTG-A-ATAC-G-TCCC-C------G--CTG-AAAATAATTT-AAATGATT-GACC-TATG-----T-T--TTTT-TTAGCATGGTTTTGA-A--TAATTTAATGCATT--ACTC--A-CG--GTAT-A-T--T-A-A-ATTTTAAGAAAGTTCAT-CTA-T-CTT--T-TAG-AAA--A-T-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTT
gi|16 : TGTCC-GATTA-TAAA---CAAAAA--GTATC-A-TATAGAC-------TA----T-ACAGTTG--TACATATTGATACA--T-GAC-ATT--T-AA-GTT-C----A------ATA-------CATG-TA---CA-AAA--T---GTT----TTAAAAAT---CGCT-ATT----------T-TTTAGATTCA-A--T-ACA---T-------------GCT-----A--ATA-A-TGTCAAGGT-AAAAATAT-TA-TA--TA--TTTTTTTTATTTTAAT-CG-GTTTTTC----AGCAAAGAA--------------ACTGATATTTAATAAGTAAGA----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------ATGTAC--TGTTTGAT-AT-----TT-T-C-CA-AC--TG
gi|17 : G-AATTTTT-TTT-TATA--TAAAATTTTATAATG--C-AATG--GAGAA--TTTTGCGC--TATT--AT-TTAT--CTTTTGCA--T--AAGCA--T-TTTGATT-C--AT--G----T-AC-T-TTTG-AGA-AC-G-TCCC-C------A--CTG--AAATAA--T-GAACGA-T-GACTATATG-----TAT--TTTC-C--GT-TGA-TTTTA-A--TAA-TTAAT--A-T--ATTTC---TT--G-ATCA-T--CAA-A-ATTTGAATAAA----ATGCTCAT-ATTTAT-TAA-AA--GA-A-T--T--A-TTCGT---C--G--CGTTAA
gi|18 : ggattagtaatatatataaagTT-AATA--TCAATTTTTATATTACAC-AA-A--GAA-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--GCGTG--T-T----TT-C--AT--AGCCCT-AC-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-C------G--CTGAAAAATAA--T-CAACGA-T-GACCCTATGT----T-T--TTTT-C--AT-GGATTTT---AACTAA-TTAATGCA-T--ACTCTAA-CT--T-AT-A-T--TAA-ATATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATAGA-TCCGT---C--GT-CGTTAAAt
gi|19 : ccTAT--TCTA----G-TATTA-AAATTT-T-----T-CA-TTTATT-T--GGAA---A-ATTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----ACGATAATG-A-TAA--CA-AT-AAAA-----TGTTATCA----------T-T-GT-AGGTGCAT------T-A---CAAA--T------CCAT--C---GT-ATCAAG-CCG-CAA--TGC--
gi|2 : ATTG-GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-TTTGTGCGt
gi|2 : catgtcCGTGTCC-GA--AATAAA---CAA-----GTACC-A-TATA--C-------CACC--T-ACAGT-G--TACA--TTGGTACA--T-A-C-ATTAATTAC-ATT-C----A------ATA-------CATG-TA---CGCCAA--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-A----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACA---T-------------G-TA----A--A-A-T-TGTCAAAGG-AATA------A-TT--TT--TTTTCTTC-TTTTAA--CG-GTTTCTT----ATT--AGAA--------------A-------------------AACTGATATTAATGAAGAA---CAG---------AAGAC--A-----A------A-GTAC--TGTT---T-A------TT-T-T-CA-AC--TGACGAC-AA----C-T--A-CATTTGC--TTTG-TCTCTTTTC-----AAT--GC----AAAATACG--CA-TGC-TT-TTAT--TCTA----G-TATTTAAA-TTT-T-----T-CA-TTTATT-T--AGAA---A-GTAT---A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAATAGA-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTAAACA----------T-T-GT-AGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GT-A-CAAG-ACGCCAA--TAC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----CATT-T-A-------CGTCA-GTT-TAA-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TCATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GTACACA-CA-T-GA-AA-AATGA-CAT-T-CAC-CAAATC-T-AAAT-AGCTATT-AT-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAG-T-AAAAAATACT-TATT-TA-TTTCTC-CGT-TG-G-C-AACATATTTT----AT--TGCGAATTG-TC-AAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---GCCCCC--CTGAAAA-ATTTCGG--CTGATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTTAAGTGT-GT-C-TTACCA--ACTCTTCAAT-TTGGA-TACAAT-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtgtccgaaataaacaagtaccatataccacctacagtgtacattggtacatacattaattacattcaatacatgtacgccaatgttttagaaatcctaattttagattaatacatgtaaaattgtcaaaggaataattttttttcttcttttaacggtttcttattagaaaaactgatattaatgaagaacagaagacaaagtactgtttattttcaactgacgacaactacatttgctttgtctcttttcaatgcaaaatacgcatgcttttattctagtatttaaatttttcatttatttagaaagtataacaattgtgaaaataataatagataacaatgaagtgtaaacattgtaggtgtactacaaattcatcgtacaagacgccaataccatgttttatatttgaaccattgcatttacgtcagtttaaatattacatattttgaaaccgcccctgaaatatcatacaatgattcaatgcttgtacacacatgaaaaatgacattcaccaaatctaaatagctattataatggaaaatatgacgctaaaagtaaaaaatacttatttatttctccgttggcaacatattttattgcgaattgtcaaaatcgccctttgacacgcccccctgaaaaatttcggctgatgacatgccactttctttttataatttgtaactttaagtgtgtcttaccaactcttcaatttggatacaatctctattttagaatttttt
gi|20 : catgtcattggtctttgtatttgacgtcacaatgccgatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnt---C-CT-A-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-GCA---T-------------G-TA----A--A-A-T-TGCCAAAGG-AATAAAAT-TA-TT--TT--T--TTTTCCTTTTAA--CG-GTTTTCT----A-A--AGAA--------------A-------------------ACT--------------GA---TAATATAATTCGAAGACAGA-----A------A-G-AC--TGTT--AT-AT-----TT-T-C-CA-AC--
gi|21 : A--T---GTT----TTAGAAAT---C-CT-A-T----------A-TTTAGATT-G-A--T-ACA---T-------------G-TA----A--A-A-C-TGTC-AAGG-AATA-----CA-TT--TT--TTAATTTTTTTTTTA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAAAACTGATAATAATGA-------------------A----------------GA---CAG--------AAAGAC--A-----A------A-GTAC--
gi|22 : T----TTAGAAAT---C-AC-A-T----------T-GTTAGATT-A-A--T-ACA---TCATGGTACAGTCTG-T-----A--A-A-AGTGTCAAAGG-AATAAAAT-TA-TT--TT--TTGTT---GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AG
gi|23 : CTGA-T--ATACA-T--A---TAA--T--G-AT-A-TTTCCG-A-ATT--AATAAG----TT-CTC-TTACT--TATAG-AAA-GA-A-TTAT--ACTCCGTACAC--GT-CGTTAA
gi|24 : tagt-GA--C-TAAA---CAA-----GTACC-A-TTTA--A-------CACC--T-ACTGT-GACTACACTTTGTTACAAGT-G-CGA----TTAC-ATT-CCCCAA------GTAT------CATG-TA---CG-Atagc
gi|25 : TAATACA-T--AATTTAA-TT--G-AT-A-T--CAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAAcaaa
gi|28 : -GTCTTT--GTATTTGACGT-CACAAT-GCCGA-
gi|29 : catctcattggtcgacgtgccTATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATATT-TATT-CA--TTCTCTCGT-TG-G-C-AACA
gi|3 : ----TTAAAAATT--C-CT-T-A----------T-GTCAGCTTTA-A--TTACACTGT-------------A-T-----A--A-A-T-TGTTCAAG----CAGAAT-TA-TT--TT--TTCTT--CCTTTTAAAGTG-GTTTTCTCATAA-G--AGAA--------------ACTGATTATTAATGATTCGAA----------------GATACCAG--------AAA-AC--A-----GC-----G-GTAC--TGTT--ATTA------TT-TTC-CACAC--TGAC-AC-AA----G-T--A-CATTTGCGCTTTG-TTT--TTTC-----AATT-ACC---AAAATA-G--CA-TGCTTT-AT-T--TCTA----G--ATTT-AA-TTT-T-----TTCA-TTTATT-T--AGAA---A-GTAT---A-ATAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--AATAAAACA-AT-GAAG-----TGTAAATA----------T-T-GT-AGG--------------------------------AT--C---GT-ATCAAG-CTG-CAA--TGC--C-ATG--T-T------TTA----TATTT-GAACCA--TTG----AATT-G-A-------AGACA-GTT-TAT-ATA--T--TA------CAT-A----TTTTGAAACC---GCCCCT--G---AA--A-TA-TTATA-CAATG-A--TT--CA-ATGCTT-GT--ACA-CA-T-GA-AA-ATTGA-CAT-T-CTC-CAAATC-T-AAAT-AGTTATT-AT-AAAGAAAAAATATGACGCTGAAAG-T-AGAAAATACT-TATT-TA--TTATCTCGT-TG-G-C-AACATATTTC----AT--TGAGAAATG-TCAAAAA-TCGCCCTT-T---GACAC---G--CCC--CTAAAAA-CTTTTGG--CTTATGACATGCCACTTTCTTTTTATAA----TTTGTAA-CTTT-AATAT-GTCC-TTACCATCACTCTTCAAT-TTGGA-TACAGC-CTCTA-TTTTAG-AATTTTT-TT---ATA--TCAATTTTCATATTGTAT-AAAG--GAA-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGTG--T-T----TT-C--AT--AG-CCT-AC-T-TTTG-A-A-AC-GCTCCC-T------G--CTG-AAAATAA--T-TAATGA-T-GACCCTATGCTTTCT-T--TTTT-C--AA-GGATTTT---AACTAA-TGGATGCA-T--ACTCTAG-CT--T-AT-A-T--TAA-A-ATTTTAAGAAA----TT-CTC-T-ATT--T-TAG-AAGCGA-A-TTAT--A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|31 : ACTA-GTCTTT--GTATTTAACGT-CACAAT-GCCGC-TTTGTGC
gi|4 : atgtcGTCC-GA--A-TAAA---CAA------TAC--A-TT-A--CAGTGTTACACC--TTACAG--G--TACAGCTTGT-ACA--T-G---ACT--T-AC-ATT-C----AT-----AT--------CATG--A---CG-AGAACT---GTT----TAAGACAT---C-CT-A-T----------T-GT--AATT-AGA--T-ACA---T-------------G-T-----A--A-AAC-TG-CAAAGG-AATAAAACCTA-CT--TT--TTG-----GTTTTAA--TG--TTTTCT----A-C--A------------------------------------------------------------AG--------AAA----------------------AC--TGTT-------------T-T-C-CG-AA--CGACGAC-AA----T-G--A-TATTT----TTTG-TCT---TTC-----AAT--AC----AAAATACG--CAGTGCTT-------------------ATTT-GA-TGT---------------ATT-T--AGAA---A-GTTT---A-ACAATTG--TGA-AA--------------TAAA--A-TAA--CA-AT--AAG-----T-TAGACA----------T-TTAT-AGGCGTAC------A-G---CAA---T------ACATTAC---G--ATCAAG-CCG-C------C--CGATC--TAT------TTA----TATTT--AATCA--TTA----A----T-A-------AGACA-GTGGTATTATA--A--TA------CAT-G----TCTTAAAAC----GCCCCA--GTAAAA--A-TC-TAGTA-CAATA-----T--CAGATGCTTTGT--ACA-TA-G-AA-AA-AAT-A-CAT-TGCTCTCAAATCCT-ATAT-A-TTATC-AAGAATG-AAAAATATGACGCTAAAAG-TTAGAAAATACTCTATT--A-TT-CTCTCGT----G-C-AACATATTTC----ATGGTGAAAATTG-TCAAAAAATCACCCTTAT---GAGAC---AGCCCC--CTGAAAG-ATTT-GG--CCGAT-ACCTAC-ACTTTTTCCTTATAAT---TTT-TAA-GCGT-ATT-T-GTCC-TT-CTAT-A-TCT-CG-T-TTGGA-TTAAAA-CTCT---TTTAG-AATTTTT-T----ATA--TCAACTTTTATA--GCAC-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAATT--ACGCA--T-T----TT-C--AT---G-CCT-AC---TTTG-A-A-AC-GTCCCC-C------A--CTG-AAAATAA--T-GAACGA-T-GACTTAATG-----T-A--TTTC-C--GT-TGA---TTA-ATCTAA-TTAA-ACA-TAAAATTTAA-TT--G-AT-A-T--CAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTCAT-ATT--T-TAG-AAACGA-A-TTATA-A-TCCGT---C--GT-CGTTAA
gi|5 : ACTG-TTCTTT--GTATTTGACGT-CACAATAGCCGCTTTTGTGCGGt
gi|5 : catgtcGTCC-GA--A-TAAAA--CAATTTTAGTACCCA-TTTA--CATGAC--TACC--T-ACAGT-G--TACACTTTGTAATG----G-C-ACT--TAACCATTTC----A------ATA-------CATG-TA---CG-AAA--T---GTT----TTAGAAATTTCC-CT-A-T----------TGTTTAGAGT-A-A--T-A-A---T-------------G-T-----A--A-A-C-TGTCAAAGG-AATATAAA-TA-TC--TT--TTT-----GTTTTAA--TG-GTTTTCT----A-C--AGAA--------------A-------------------ACTGTTATTAATTGAAGGA---CAG--------AAA-AC--A-----A------A-GTAC--TTGT--AT-A------TT-TTC-CA-AC--TGACGAC-AA----G-TTAA-TATTTGTG-TTTG-TCTCTTTTC-----ATTTAAC----AAAAT--------T-CTTT-TCGC--TTTA----AATACTT-TA-TTG-T-----T--A-GTTATT-T--AGAA---A-GTTTT--A-ACAATTG--TGA-AAA---TA----A---TAAT--A---A--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TTTAGGTGTAC------T-A---CAAA--T------TCAT--C---GTTATCAAG-CCG-CAA--TGC-----TG--T-T------TTA----TATTT-GAATCA--TTG----AATT-T-A-------AGACA-GTT-TA--ATA--T--TA------CAT-G----TTTTGAAAC----GCCCCTTAA---AA--A-TA-TTATA-CA-TG-A--TT--CA-ATGCTT-GTT-ACA-TA-TTGA-AA-AATGA-CAT-T-CTC-CAAATC-G-ATAT-AGTTATTAAA-AATGG-AAAATATGACGCTAAAAGTT-AGAATA-ACT-TATT-TA-TTCTTCTCGT-GG-GCC-AACATATTTC----ggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtgggtccgaataaaacaattttagtacccatttacatgactacctacagtgtacactttgtaatggcacttaaccatttcaatacatgtacgaaatgttttagaaatttccctattgtttagagtaataatgtaaactgtcaaaggaatataaatatctttttgttttaatggttttctacagaaaactgttattaattgaaggacagaaaacaaagtacttgtatattttccaactgacgacaagttaatatttgtgtttgtctcttttcatttaacaaaattcttttcgctttaaatactttattgttagttatttagaaagttttaacaattgtgaaaataataataacaatgaagtgttaacatttttaggtgtactacaaattcatcgttatcaagccgcaatgctgttttatatttgaatcattgaatttaagacagtttaatattacatgttttgaaacgccccttaaaaatattatacatgattcaatgcttgttacatattgaaaaatgacattctccaaatcgatatagttattaaaaatggaaaatatgacgctaaaagttagaataacttatttattcttctcgtgggccaacatatttc
gi|6 : catgtcactgttctttgtatttgacgtcacaatagccgcttttgtgcggggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgtggGACGAC-AAAGTAG-T--A-T-TTTGT--TTTG-TCT-TTTTC-----AAT--AC----AAA-TACG--CA-TGCTTT---AT--TGTA----G-T-------------------------TATTGT--AGAA---AAGTTTG--A-ACAATTG--CTG-AAA---TA----A---TTA---A-TAA--CA-AT-GAAG-----TGTTAACA----------T-T-TT-AGGTGTAC------TGA---CAAA--T------TCAT--C---GT-ATCAAG-CCA-CAA--TGC--TTATG--T-T------T-A----TATGT-GAATCA--T-G----AATT-T-A-------AGACACGTT-AAT-A-A--T--TA------CAT-G----TTT-GAAACC---GCCCCT--A---AA--AATAATTATA-CAATG-GATTT--CA-ATGCTT-GT--ACA-TA-T-GA-AA-AATGAACATAT-CTC-CAAATC-T-ATATTAGTTATTGAA-AATGGAAAAATATGACGCTAAAAG-T-AGAAAATACT-TATTGTA-TCTCTCTCGT-TGAG-CAAACATATTTCCAGTGT--AGAAAATTGATC-AAAA-TCACCCTT-TGAGGACA----GCCCGC--CTGAAAAGATTTTGG--CCGATGAC-TACC-CTTTTTTTCTAATAT---TTT-TAAGCGTT-ATTGT-GTCC-TTA-TATTA-TTTCCGTT-TGAGATTTAAAA-CTCTATTTTTAGAAATTTTTGTTT-TATAT-TCAACTTTTATATCGCAC-AATG--GAG-ATTTTTC---CGTTATTGAATCTT-T--C-TTTGCAATTA-ACCCAT-T-T----TT-C--AT---G-CCT-ACGT-TTTGCA-A-ACGGATCCC-C------A--CAG-AAAAT-A--T-GAACGACT-GACTATATG-----T-T--TTTCGC--GT-TGATATTT--AACTAA-TTAATACA-T--AATTTAA-ATTGG-AT-ATT--CAATA-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T---G-AAACGACATTTATA-A-TCCTT---CCTGT-CGTTAA
gi|7 : TCTTTTCGTATTTGACGTTCACAAT-AGCAA-TTTGTGCG
gi|7 : CGTGTTCAGA--A-TAAAAACCAA-----GTACC-AATTTA--C-------TACAGAT-ACAGTTG--TACA-----TTAC---T-G-C-ATT--TCAT-ATC-C----ATATATCATATCCTCCTCGTGATATTCCG-ACA--TCAAGTTCCTCTTAGAAATT--C-CTGA-T----------T-TTTAGATT-A-A--T-ACAAATT-------------G-TCATTAA--A-A-C-T-TCAAGGG-AATATA-C-TAATTCATTGATTATTTTTCTTTTCA--TGTGTTTTCT----A-C--AGAA--------------ATAACTGATATTAAGTTGA-A----------------GA---CAGA-------AAAGAC--A-----ATTAACGA-GTAC--TGTT--AT-ATT----TT-T-C-CA-AC--TGACGAC-AA----GTT--A-CAATTGC---TTA-TCTCTTTTC-----AAT--ACA---AAAATACGCACA-TG-TTT-TCATTCTCTA----G-TATTTAAA-TTTAT-----T-CAGTTTATT-TTAAGAA---A-GTGTTACA-TCAATTGTCTGA-AAT---TA----A---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattcgtgttcagaataaaaaccaagtaccaatttactacagatacagttgtacattactgcatttcatatccatatatcatatcctcctcgtgatattccgacatcaagttcctcttagaaattcctgatttttagattaatacaaattgtcattaaaacttcaagggaatatactaattcattgattatttttcttttcatgtgttttctacagaaataactgatattaagttgaagacagaaaagacaattaacgagtactgttatatttttccaactgacgacaagttacaattgcttatctcttttcaatacaaaaatacgcacatgttttcattctctagtatttaaatttattcagtttattttaagaaagtgttacatcaattgtctgaaattaatcactaa
gi|8 : tcttttcgtatttgacgttcacaatagcaatttgtgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattatt--------------A-------------------A----------------GA---CAG--------AA-GAT--ATCAAAA------A-GTATCTTGTT--AT-AATACATTTAT-CACA-ACCTTGACGATTAAT---G-T--ATCATTTGCT-TTTGCTTTCTTTTTGCAAGAAT--ACTAAGAAAAAAC-------GTCTC-TTAC--AGTA----G-TCTTT-AA-ATT-TGTACGT-CG-TAAATT-T--AGAATTCG-TTTT---ATACACTTG--TTG-AAA---TATTTTA---TCATTCA-TAAAGCT-ATAGAAG-----TGTTAACAATAAGTTTCTT-T-AT-GGTTGT-CTTCTTTT-AT--CAGA--T------TCAC--TACAGTAATAAAGCCCG-TCA--TGCA-T-ATG--T-TCATGGGTTA----T-TTT-GAATTAATTTGCGTTAATTAT-ATATATAGAGA-A-GAT-TAT-ATA--TAATATATAACCAT-GTT--TTTTGAAACTCGGGCTCCT--A---AAAGA-TA-TTATA-CAATGCA--TTTACA-CTGTCT-TT--TCATTATT-GACAATAATGA-AAT-T-CTA-C---TC---AAAT-ATTCATT--T-AATcactaa
gi|9 : tatctcatttttgttttaacttgtttttctactagcatgaaaacatgtttttcaatatatatatg-T-CTT-CAGA-----AAAC-TGATATT-A---ATGAAAATAAATGACGCTAAAAG-T-TGAAAATACT-GATT-TA-TT-CTTTCGT-TG-A-C-AACATATTTC----CT--TGAAAATTG-TCAAAAA-TCGTCCTT-T---GACAC---GCCCTC--TTGAAAG-ATTTTGA--CCGATGACATACCATTTTTTCCTTATAATATGTTTGCG-----T-ATTGT-GTCC-TTACTATCATTCTTCGTT-TTGGA-TTAAAA-CTCTA-TTTTAG-AA-TGTT-TTA-AATA--TCCACTTTTATATCGCAG-AATG--GAG-A--TTTC---C--TATT--AT-TT-T--C-TTTGCAAGT--TCGCAT-T-T----TT-C--AT--A--CCT-AC-T-TTTG-A------TCCCCC-C------ACCCCG-AAAATAA--T-GAACGA-T-GACCATATGC----T-T--TTTC-C--GT-TGATCTT---AACTAT-TTAATACA-C--AATTCAA-CT--G-AT-A-T--CAA-A-ATTTGAATAAA----AT-CTC-T-ATT--T-TAG-GAACGA-A-TTAT--G-TCCGT---C--GT-CGTTAAAaagtttaggtataaatatggaa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ATGACCTTAAGCATGTTTAATAGCAAACTGTACATTGTTTACAACGACTATAAGAATGTGTTTT
Unaligned ( gi|27 ): TGTACACGCAGAACGACTTATACTTTATACTTGATACTTTGTTACTTCGCCATTT
Unaligned ( gi|30 ): TCAGATTATTGATACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATACGCG
Unaligned ( gi|32 ): ACATTGTTACTTCGCCATTTTATATTCATAAG