lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                    
lowQualScore                  :                 1                        111111    111111111111111111                                                                                   1                                       1       1     111                                                              111111                   2222222222                                            22                                                         1111                                 2222222222222222222222222222222222222                 111                                   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444     111                            
lowQualScore                  :                 5   4444 1 666      333  000000    222222222222222222 22  444      4444   22  1      55    1  222  22    1   1   555  22 22 1 1 22   1  6     7777777 3333  3333   3333    3333 1 1 1   0   1 222 222 55    1   1  33     1 222  1  1 3333    4 222 1 55    22 666666 1 222     5555    0000000000  22   33    22      88888   1  33333 444 6 00  222 33  3333 222  1   1 6666666 1 4444 1  22 22  888   2222 444   55555 222  33333 66   1   0000000000000000000000000000000000000  22 333  33 1   000  8888        55 55 2 55   777 2   333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     555   5        66  1     5 6   
lowQualScore                  :                 .   .... . ...      ...  ......    .................. ..  ...      ....   ..  .      ..    .  ...  ..    .   .   ...  .. .. . . ..   .  .     ....... ....  ....   ....    .... . . .   .   . ... ... ..    .   .  ..     . ...  .  . ....    . ... . ..    .. ...... . ...     ....    ..........  ..   ..    ..      .....   .  ..... ... . ..  ... ..  .... ...  .   . ....... . .... .  .. ..  ...   .... ...   ..... ...  ..... ..   .   .....................................  .. ...  .. .   ...  ....        .. .. . ..   ... .   ...............................................................................................................     ...   .        ..  .     . .   
lowQualScore                  :                 9   0000 9 333      222  222222    888888888888888888 44  888      1111   44  7      22    7  999  33    6   6   666  33 33 7 7 44   8  9     4444444 7777  7777   7777    7777 6 7 7   4   7 999 999 66    7   6  88     6 888  6  6 4444    6 888 5 66    00 333333 5 666     4444    3333333333  11   77    11      44444   5  88888 222 2 66  777 77  3333 777  5   5 3333333 5 6666 5  00 00  222   0000 111   77777 666  77777 88   5   5555555555555555555555555555555555555  55 555  11 8   222  8888        00 00 1 00   999 4   999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999     666   0        99  2     7 0   
consensus                     :          GGCCACACCAA----T-T--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAC-AAATATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TGG-A-GAT-AAA-A---T---T--ATGA-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TT-----T-T---AATTG----AATT-----A--NNCG--TAA--TTTC--AAAAAGC--G-AGC-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TTA-CCA--CG-TGAAC----------T------TA----A--TAT--T---TT--TCAAT-T-AGTG--TTTTGAAG--T--ATC--ATAT--ATAGA-NANNGAAAGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAA----T----TT---T---TTTGT---GCT-TGTCGTAA--AACGTCGA-AAAAA
Reference ( gi|6 )            :          GGCCACAGCAA----T-T--CGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAC-AACTATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TTG-A-GAT-AAA-A---T---T--ATGA-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TA-----T-T---AATTG----AATT-----A--TACG--TAA--TTTC--AAAAAGC--A-AGC-GC-----T---T-A--AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--TAGA---AA---TCA-----T---TT-----GC-TTA-CCA--AG-TGATC----------T------TG----A--CAT--T---TT--TCAAT-T-AGCA--TTTTGAAG--T--ATC--ATAT--ACAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA----T----TT---G---TTTAT---GCT-TGTTGTAA--AATGTCGA-AGAAAT
gi|4                          :          GGTCACACCAA----T-T--CTTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GAATCT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAC-AAATATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TGG-G-GAC-AAA-AT--T---T--AGGA-GGC-GA--TCGAA-T---AC-AA-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TA-----T-T---AATTG----AATT-----A--TACG--TAA--TTTC--AAAAAGC--G-AGC-AC-----T---T-AC-AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--TAGA---AA---TCA-----T---TT-----GC-TTA-TCA--AA-TGAAT----------T------TA----A--TAT--T---TT--TTAAT-T-AGTA--TTGTGAAG--T--ATCATATAT--ATAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----TT-------TTTAT---GCT-TGTTGTGA--AATGTCGA-AAAA
gi|5                          :         aGGCCACGCCAA----T-C--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GTG-ATATTTTT--T--T-T-T--TAC-AAATAATT-------T----TT----TTT----ATTT----TGG-A-GATAAAA-A---T---T--ATGA-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AAAG-A-A-T-A--ATAT--TT-----T-T---AACTG----AATT-----A--ATCA--TAA--TTTT--ATAAAGC--G-AGC-GC-----T---T-A--CA---AT-TA----A---AG-ATT-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TAA-CCA--CG-TGAAC----------T------TC----A--TAT--T---TT--T-GAT----GTA--T-----AA--T--A-C--ATGT--ACATA-GANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----TTCTCT---TCTAT---GCT-TGTCATAA--AAAGTCAA-AAAAA
gi|2                          :        aaGGCCACACCAA----T-T--TGTAAAA---TACTAGTAGTTC------------------T--TA---GGATTT-----AA--AA-AAAAAAA-ACGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TTC-AAATATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TGG-G-GATAAAA-A---T---T--ATGA-GGC-GA--GCGTA-T---AA-TA-G----AAAT-A-T-A-C--ATAT--CATATTTT-T---AAATG----AATT-----A---GCG--TAA--TTTC--AAACAGC--G-AGT-GC-----T---TAA--AA---A--TA----A---AG-ATA-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----G---TT-----GT-TTA-CCA--CA-TGAACTTATATGTAAT------TA----A--CAT--T---TT--TCAATCC-GGTG--TTTTGAAA--T--ATC--GAATTAATANN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----CT---T---TTTGC---GTT-TGTTGTAA--AACGTTGATAAAAAa
gi|10                         :         aGACCACACCAA----T-T--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAATAAA-AAAAAAA-GTGA-GG-T-GA--GATA-GCG-AAA---TT--A--T-T-C--TAT-AAATATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TGA-A-GAT-AAA--------------GA-GGC-GA--ACGAA-T---AC-AA-G----AAAT-A-T-C-A--ATAT--TT-----T-T---AATCG----AATT-----------G--TTA--TTTC--AAAAAGT--G-GAC-ACTAAAAT---T-AACAA---A--TA----A---AG-GTT-TTTAAAAAA-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----A---TT-----GT-TTA--CA--AA-TGAAC----------T------TA----A--TAT--T---TT--TCAAT-T-ATTA--TT
gi|8                          :       ttaGGCCACACCAA----T-T--TGTAAAA---T---------TC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAATAA--TTGA-AA-C-GA--GAGT-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAT-A--TATTT-------T----TT----TTT----ATTT----TGG-A-GAT-AAA-A---T---TG-ATGA-GGC-GA--GTGAA---------A-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TT-----T-T---AATTG----CATT-----A--AGCG--TAA--TTTC--AACAAGT--G-CGC-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----A---AG-ATA-C-------A-A----A-AT--C--ATAAAAAA---AA---TCA-----T---TA-----GT-TTG-CCC--AA-TGAAC----------T------TA----A--TAT--T---TT--TTAA----AGTA--TTggaa
gi|18                         :       tttGGCCACACAAA----T-T--TGTAAA-------------TTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAATAA--TTGA-AA-C-GA--GAGT-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAA-TA-TATT--------T----TT----TTT----ATTT----TGG-A-GAT-AAA-T---T---G--ATGA-GGC-GA--GTGAA---------A-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TT-----T-T---AATTG----CATT-----A--AGCG--TAA--TTTC--AACAAGT--G-CGCGGC-----T---T-C--AA---A--TA----A---AG-ATC---------A-A----A-AT--C--AT--AAAA---AAATCTTAGT---T---TT-----GC-----CCA--A--TGAAC----------T------TA----A--TAT--atacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacaaaattgtgcggtgttgtaaaatgtcggaaaaaaatt
gi|17                         :        ttGGTCACCCCGA----T-T--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GGA-TT---TCAA--AC--ACAAAA-GTGA-GGAA-GA--GAGG-GCA-AAT---TT--A--T-T-T--TATAAAATATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TAG-G-AAT-AAA-AT--T---T--ATGA-GGT-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----A--------------------A-----T-T---AATTG----AAGT-----T--T----------TTTT--TTAATGT--A-A-C-CC-----T---T-AT-AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------G-A----A-AT--C--AT--CAG----AT---TCA-----T---TT-----GT-TTA---A--AA-CAATA----------TTAAACATA----A--TAT--T---TT--TCAAT-T-AG
gi|16                         :         aGGCCGCACCAA----T-T--TGTAAAAAAATAAA----GTTC------------------T--TT---TGATTT---TCAA--AC-AAATACA-GTGT-GG-C-GA--GTGG-TCA-AAG---GC--A--T-T-T--TGC-AAATGTTA-------CGTACTT----TTCGAAAAATT----TGG-A-GAT-AAG-A---T---TT-ATGA-GGT-GA--CCGAA-T---GC-AA-A----ACAC-A-G-A-A--ATAT--TA-----T-A---AAGTG----AATT-----A--AGCT--TAA--TTTC--AAAAGGA--G-AAC-GC-----T---TAA--AA---A--TC----A---AG-ATC-T-------G-C----A-AT--C--AA--CAGA---CA---TCA-----T---TT-----GT-TTA-CCA--
gi|13                         :        taGGCCACACCAAATTGT-TAACATAATA---TA------GTTC------------------T--TT---GGATTT---T-AA--AC-AAAAAAG-ATGAAGG-C-G---GAGG-GCG-ATA---TT--A--T-T-T--TAC-AA--AATA-------T----TT----TTT----ATT-----------------------T---T--ATGA-GGC-AA--GCGAA-T---AC--A-G----AAAG-G-C-A-A--TTAA--TA-----T-TTAAAATTG----AATT-----A--ATCG--TAA--TTTT--ATAAAGT--ACAGC-GC-----T---T-A--CA---ATGTA----AAATAG-GTCTT-------T-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TAA-----T---TT-----G---TA-ACA--CT-TGAAC----------TC-----CC----A--TAT--T---TT--T
gi|11                         :         aGGCCACTCCAA----T-T--TG-AAAA---TA------GTTT------------------T--TC---GAATTT---TCAG--GG-GAAAAAA-A----------A--AAAA-GTG-AAA---------------------AAATATTG-------T----TT----TTC----ACTTAGGGTTG-A------AA-A---T---T--ATGA-G--------CGAA-T---AC-AA-G----ATAT-A-T-A-A--ATAT--TT-----T-T---AACTG----AATG-----A--ACCA--TAA--TT----AAAAAA---A-A----------------A--AA---A--TA----A---AG-ATC-TA------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TTA-CCT--CA-TGAAC----------T------TAATATA--CAT--TGTATT--TTAAT-A-AGTG--TTTTTAAG--T--A-C--ATGT--A
gi|27                         :       ttaGGCCGCACCAA----T-T--TGTGAAA---TA------GTTTGAAGGATTTTCAAACGAAT--TCTAAGGATTT---TCAA--AC-AAAACA--GTGA-GG-C-AA--AAGG-GCG-AAA---TT--C--T-T-T--CA
gi|36                         :         aGGTCACCACGA----T-T--TGTAAGA-----------GTTC------------------T--TC---GTATTT----CAA--GC-ACAAAA--GTGA-GG-A-GA--GAGG-GCA-AAT---TT--A--T-gttttcttgca
gi|42                         :          GGCCACACCAA----T-T--TGTAAAA---TA------G
gi|7                          : gatttctttaGCCACACCAA----T-T--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC--AAAAAT-GTGA-GG-T-GA--GAGG-GTG-AAA---TT--A--T-T-T--TAT-AAATATCA-------T----TT----TTC----ATTT----TGG-A-GAT-AAA-AT--T---T--ATGA-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TA-----T-T---AATTG----AATT-----A--TACA--TAA--TTTC--AATAAGC--G-AGT-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----G---AG-ATA-A-------A-A----A-AT--C--AT--TAGA---AG---TTT-----TTTATT-----GC-TTA-CCA--AA-TTAAC----------T------TA----A--TA----------------------A--TTTTGAAG--T--ATC--ATAT--ATAGA-AATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----NN---NNTTTTTGT---GCT-TGTTGTAA--AATGTGGA-AAAAA
gi|14                         :            CCACACCAA----T-T--TGTAAAA----A------GTTT------------------G--TC---GGATTT---TGAA--AC-AAAAATA-GCAA-GG-T-GA--GAGA-GCA-GAA---TC--A--T-T-T--TAC-AAATGTTA-------T----TT----TTC----A-TT----TTG-------AAA-A---T---T--ATGA-GAT-GA--GCAAATT---AG-AA-G----AAAT-A-T-A-A--ATAT--TT-----T-A---AATTG----AA-------A--TAAGTTTGA--TATC--AAAAAAT--G-AAA-GC-----T---TAA--AA---A--TA----A---AG-ATA-T-------A-A----A-AT--C--AT--TTGA---TA---TCA-----T---TT-----GG-TTA-CCA--CA-TAGTT----------T------TG----A--AAT--
gi|12                         :            CCACA-CA-----T-T--TGTAAAA---TA------GTT-------------------T--TC---GGATTT----CTA--AC-AAGAAAA-GTGA-G--C-G-----GC-GCC-AA-----T--AGTT-T-T--TAT-AAATTTTA-------C----TT----T------ATTT----G-G-A-AAT-AAA-AA--T---T--A-GG-GGCTGAC-ACGAA-T---AC-AACA----AAAT-AAT-A-ATCATTT--T------T-T---AACTG----A-TT-----A--TCC---TAA--TTTC--ATAGTGT--G-AGC-CC-----T---T-A--CT---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AC--T-GATTTAA---CTA-----T---TTTGCTGGT-TTA-ACATTCG-TGAAC----------T------TC----A--TAT--T---Tgtcatgttt
gi|15                         :        taggcCACATCAA----T-T--TGTAAAA---TATA----GTTC------------------T--TC---AGATCC----CAA--AC-AAAAGAG-ATGA-GG-C-GG--GAGG-GTG-AAA---TT--A--T-T-T--TGC-AAAAATTA-------T----TT----TTC----ATTT----TGG-A-GAT-AAA-AATTT---T--ATGA-GGC-GA--GCGAA-G---TC-AA-G----AAATAA-T-A-AT-ATAT--T------T-T---ATCTC----AGGT-----A--AGCA--T-A--TGTCGTGAAAAGC--G-AGC-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--C-GA---TA---TCA-----T---TT-----GTGTTA-CCA--
gi|3                          :           tagaCACCAA----T-T--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---AGATTT---TTAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GCG-GTA---TT--A--T-T-T--TAC-AAATATAAT------T----TT----TTT----ATTT----TGG-A-GATAAAA-A---T---T--ATGA-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AAAG-A-A-T-A--ATAT--TT-----T-T---AATTG----AATT-----A--ATCG--TAA--TTTT--ATCAAGC--A-AGC-GC-----T---T-AT-AA---T--TA----A---AG-GTC-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TAA-CCA--CA-TGAAC----------T------TC----A--TAT--T---TT--TCAAT-T-AGTG--TTTTGATG--TACATC--ATAA--ACAGAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA----TTCTCTT---G---TTAAT---GCT-TGTCATAA--AACGTTCA-AAAAAcattgaact
gi|41                         :                  CAA----T-T--TGTAAAA---TA------GTTC------------------T--TC---AGATTT---TCaat
gi|1                          :         caccaataatAA----TCT--CGTAAA----TA------GTTC------------------TACTCT--GGAGTT---TCAC--AC-AAAAAAAAGTGA-GG-C-GAATGAGG-GCG-AAAAGATTGAA--TAT-T--TAC-AAGTATTA-------T----TT----TT-----ATGT----TTG-AAGCT-AAC-A---TGGTC--ATGA-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AGATGA-T-AGA--ATATCATA-----T-T---AACTG-----GTT-----A--TATG--TAAGGTTTC--ATAAAGCGTA-AGC-GA-----TA--C-A--CATCCA--TA----A---AGCATC-T-------A-A----ATAT--TCGATA-TAGA---AAT--TCA-----T---TT-----GC-TTA-CAA--GG-T--TC----------T------TG----AGGTAT--T---TTTGTCAAT-TAAGCACTTTCTGATGGTT--ATC--A-----ATAGA-CCAAGAAAGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAAGATCT----TT---C---TTGATGCAGCT-TGTTGTAAATAATGTCGA-A
gi|19                         :            ccacacttt----T-T--TGTAAAA---TA------CTTC------------------A--TA---GGAATT------------------A-GTGA-AG-CTGA--GAGG-GCGGAAA---AT--A--T-TAC--TAT-AAATATTA-------T----CTCTATTTC----ATAT----TGG-A-GATGAAA-A---T---C--A--A-AGC-GA--GCAAA-CGAAACGAA-G----AAAT-A-TAA-A--ATAT--T------C-T---AATTGAA--AATA-----A--GGCG--TAA--TATA--AAATAAA--A-AAT--T-----T---C-A--GA---A--TA-----------ATA-T-------A-GC---A-ATTAC--AT--CAGAT--TA---TCA-----T---TT-----GT-GTA-CC
gi|22                         :                             cgGTAAAA---TA------ATTC------------------T--TG---GAGTTT---TGAA--ACGAAAAAAA-GTGA-GG-T-GA--GAAG-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAT--ATTTTTT-------T----TT----TTC----GATT----TGG-A-GAT-AAA-AT--T---T--ATGT-GGC-GA--GCGAA-T---AC-AA-G----AAAT-A-T-A-A--ATGT--TT-----T-T---AATTcacg
gi|38                         :                      aggccgtattttaaaatacaaatggatTTC------------------T--TT---GAAATTACGTCA----C-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GCG-ATA---T
gi|21                         :                                                  TC------------------T--TT---CGATTT---TCTA---C-AACAAA--GTGA-GA---GA--GAGGTGCG-AAA---TT--A--T-T-TTATAT-AGATATTA-------T----TT----TTC----AGTT----CCG-A-GAT-AAA-A---C---TAAATAAGGGC-GCTTACAAA-T---A--AA-GATCTAAAA-A-T-A-ATCATAT--CA-----T-T---TGTTACCCCAATG-----ACTTACG--TAAT-TTTC--AA
gi|20                         :                                                                                  TT---TCAA--AC-AAAAAAA-ATTT-GG-T-AG--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-T--CAC-AAATATCATATTTATT----TT----TTT----ATTT----TGG-T-GATAAAA-A---T---T--ATGA-GGC-GA--GTGAA-T---AA-AG-G----AAAT-------------T--TT-----T-T---AATTG----AATT-----A--ATCG--TAA--TTTC--TTAAAGT--G-AGC-GC-----TTCCT-A--AA---A--T------------ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TTA-----T---TT-----AT-TAA-CCA--CGTTAATA----------T------T-----A--TAT--T---Ttcagtgtttgaagtagtataatagaaatataagaac
gi|9                          :                                                                                               -AAAAAAA-GTGA-AG-A-AG--GAGG-TTT-AGA---TT--A--G-T-T--TAC-AAATATTA-------G----TT----TTC----ATTT----CGG-A-GATAAAA-A---T---T--ATGA-GGC-AA--AGGAA-A---AC-AA-G----AA---A-C-A-A--ATAT--TT-----TAT---AACTG----AATT-----A--AGCG--TAA--TCTC--AAACAGC--G-AGC-GC-----T---GAA--AA---A--TA----A---AG---C-T-------ATA----A-AT--C--AT--CAGA---AA---TAATTTGTT---TT-----GC-TTA-CGA--A------C----------T------TA----ATTTAT--T---TT--TCAAT-T-AGTG--TTTTGAAG--C--ATC--GTAT--ATAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N----NN---NCA-TTTGTGC-GCT-TGTTGTAA--AAAGTC
gi|23                         :                                                                                                                          -GCG-AAA---TT--A--T-T-T--TAC-AAATATTT-------T----TG----TTT----TTTT----TTGGA-GAT-AAATA---T---C--ATGA-GGC-GA--ACGAA-T---AC-AA-G----AAACGA-T-A-A---TAT--TT-----T-T---AATTG----AATT-----A--ATCG--TAA--AATC--ATAAAGC--A-AGC-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----A---AG-ATC-------------------T--C--AT--CATA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TAA-CCA--CG-Tta
gi|28                         :                                                                                                                                                            TTA-------T----TT----TTC----ATTT----TGG-A-GAT-AAA-AA--T---T--ATGG-GGC-GA--GCGAA-T---AG-AA-G----AAAT-A---A-A--ATAT--TT-----T-T---AATTA----AATC-----A--
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                            A-A---T---T--AT-A-GGT-GA--GTGAA-T---AC-AA-G----AAA-------------AC--T--------T---AATTG----GGCT--------------TAA--TTTC------------------------T---T-AC-AG---A--TA----A---AA-ATT-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---CA---TAA-----T---TT-----GT-TTG-CCA--CA-TGAAC----------T------TC----A--TGT--T---TT--agcatactgtggaatcattttaattcgtg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                 tttaaaacagttcgcttggattcaaacacaat-GA--GCAAA-T---AC-AA-A----AAAT-A-T-A-C--ATAT--TT-----T-T---AATTG----GATTC----A--T-CG--TCA--TTTC--AAAAAGC--G-AGC-TT-----T---T-AT-AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                             AT-A-T-A-G--ATAT--TA-----T-T---T-TTC----AGTTCCGAGA--TA-----AA--ACTA--AATAAG-----GGC-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----A---AG-ATC-T-------A-AAAATA-AT--C--AT----------A---TCA-----T---TT-----G--TTACCCC--AA-TGA-C----------T------T-----A--CGTAAT---TT--TCAAT-C-AGTG---TTTGAAG--T--AGT--ATA---ATAGA-
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                     tctttcgattttctacaacaaagtgagagagaggtgcgaaattatttt-A--ATAT--T------T-T---AATTG----ATGT-----A--AGTG--TGA--TTTC--AAAAA-C--G-AGC------------------A---A--TT----A---AG-ATC-T-------T-A----A-AT--A--AT--CCGA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TTA-CCA--CA-CAAAC----------A------TA----A--TAT--T---TT--GCAAaatataagaac
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CA--TAA--TTTC--AATAAGC--G-AGC-GC-----T---T-AC-AA---A--TATTAAA---AG-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--TAGA---AA---TCA-----T---TT-----
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GT-GC-----T---T-AC-AA---A--TA----A----G-ATC-T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----T---TT-----GT-TTA-CCA--TA-TGAAC----------T------TA----A--TAT--T---TG--T--AT-T-AGtaaaaaaatgaact
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -T-------A-A----A-AT--C--AT--CAGA---TA---TCA-----C---TT-----AT-TTA-CCA--CA-TGAAC----------T------TG----A--TAT--T---TT--TTAATCC-AGTG--TTTTTAAG--T--ATC--Atgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T--C--AT--CAAA---TG---TCA-----T---TT-----GC-TAA-CCA--CG-TGAAC----------G------TC----A--TAT--T---TT--TCAAT-T-AGTG--AATTGATG--T--ATC--ATAC--ATA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGT---GCGGTGTTGTAA--AATGTCGG-AAAAA

Unaligned ( gi|24 ): AGTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAACAAAATTGTGGCGGTGTTGTAGAAAATGTCGGAAAAAATT
Unaligned ( gi|26 ): TTTTGATGTATAATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTC
Unaligned ( gi|33 ): GATATCTACAATCAACAGACATCATATGTTTACCACATGAACTTTTAATATTGTTCAATCAGTTTTTGAAG
Unaligned ( gi|37 ): TGTATTTAAAGGTCACGCCAATTTTTAAAAACAAGTTCCTTGATTTTCAA
Unaligned ( gi|39 ): AAACCTCAAGCAAATACTGTGGAATCATTTTGATTCGTGG
Unaligned ( gi|40 ): TAATTCATAGCTTATTATGTGAAAATAAGCCATTGAATT

lowQualScore                  :                                                                               111111111111111111                                                                                                                                        111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          222222                                                                                       1111111111111     11111111                           
lowQualScore                  :                                          22 22    1     444444 555  999999    111111111111111111 22  444      3333   22  1      55    1  222  22    1   1   222  22 22 1 1  222  1 22       5555555 3333 1 3333   5555  1         6   1 444 222 6 22     1 1  33      444  1  1  3333   555 1  333 7777  1  44 1 1 1  3333    22  22   77  222   33    22   3   1 33   1   4444 22   33 1  3333  222  1   1 7777777 1 1   11   33    44444444  4444444     33333 1 1   1   22 777777     9999999999 1 22 44   333 3333   333   66 2  0    44    44 44 1    666     1 000000  00                                                                                   6666666666666     99999999      2    66  4     5     
lowQualScore                  :                                          .. ..    .     ...... ...  ......    .................. ..  ...      ....   ..  .      ..    .  ...  ..    .   .   ...  .. .. . .  ...  . ..       ....... .... . ....   ....  .         .   . ... ... . ..     . .  ..      ...  .  .  ....   ... .  ... ....  .  .. . . .  ....    ..  ..   ..  ...   ..    ..   .   . ..   .   .... ..   .. .  ....  ...  .   . ....... . .   ..   ..    ........  .......     ..... . .   .   .. ......     .......... . .. ..   ... ....   ...   .. .  .    ..    .. .. .    ...     . ......  ..                                                                                   .............     ........      .    ..  .     .     
lowQualScore                  :                                          55 55    7     888888 222  444444    888888888888888888 22  444      1111   22  6      66    6  444  22    5   5   777  22 22 6 7  999  7 44       4444444 5555 7 5555   2222  7         7   6 000 888 4 22     6 5  77      222  5  5  3333   666 5  999 0000  4  88 4 4 4  0000    00  00   00  555   55    00   1   0 77   5   6666 00   55 5  1111  666  4   4 2222222 4 4   88   22    55555555  5555555     44444 4 4   4   00 777777     6666666666 7 11 88   000 9999   444   55 4  1    22    22 66 2    444     0 000000  88                                                                                   8888888888888     11111111      0    99  2     7     
consensus                     :                                 GGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---T-A--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATTG--AA--TTAANCG---TAA--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--C-G----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GAAG--T--ATCATAT--ATAGAGA---NANAAGGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAA---TT----T---TTTTG----T---GCTTGTCGTAA--AACGTCGA-AAAAA
Reference ( family-395 )      :                                 GGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---T-A--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATTG--AA--TTANNCG---TAA--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--C-G----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GAAG--T--ATCATAT--ATAGANA---NNGAAAGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAA---TT----T---TTTTG----T---GCTTGTCGTAA--AACGTCGA-AAAAA
gi|1                          :                                   CCACACTTTA--ATCTCGTAAA----------TA------GTTC------------------TACTCT--GGAGTT---TCAC--AC-AAAAAAAAGTGA-GG-C-GAATGAGG-GCG-AAAAGATTGAA--TAT-TT---AC-A--AGTATTA-------T----T-T----TT-----ATGTTTGAAGCT-AAC-A---TGGTC-A--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----GATG--A-TAG--A----AT-ATCAT-A-T-TA----ACTG--G---TTATATG---TAAGGTTTC--ATA-AAGCGTAAGC-GATA---C--ACATCC-AT----AA---AGCATC-T-------A-A-A----TAT--TCGA----T---ATAGAAATTCATTT-----G-C-TTA-CAA--G-G----TT--C----------T-TG-AGGTAT---T----TTTGTCAAT-TAAGCACTTTCTGATGGTT--ATCA-----ATAGACC---AAGAAAGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAAGATCT----T---TCTTGA---TGCAGCTTGTTGTAAATAATGTCGA-
gi|10                         :                                 GACCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAATAAA-AAAAAAA-GTGA-GG-T-GA--GATA-GCG-AAA---TT--A--T-T-CT---AT-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGAAGAT-AAA---------------GAGG-C-GA--ACGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TC---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATCG--AA--TT----G---TTA--TTTC--AAA-AAGTG--GAC-ACTAAAATTAACA--A-AT----AA---AG-GTT-TTTAAAAAA-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CAATT-----G-T-TTA--CA--A-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-TTATT
gi|11                         :                              ttaGGCCACTCC--A--ATTT-G-AAA------A---TA------GTTT------------------T--TC---GAATTT---TCAG--GG-GAAAAAA-A----------A--AAAA-GTG-AAA----------------------A--AATATTG-------T----T-T----TTC----AC-TTAGG-GTTGAAA-A---T---T-A--TGAG---------CGAAT---AC-AA-GA----TAT---A-TA---A----AT-AT--T-T-T-TA----ACTG--AA--TGAACCA---TAA--TTAA--AAA-AA-------------------AAA--A-AT----AA---AG-ATC-TA------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCT--C-A----TGAAC----------T-TA-A--TATACATTGTATTT--TAAT-AA-GTGTTTT--TAAG--T--A-CATGT--Aggaa
gi|12                         :                                ttaCCACAC------ATTT-GTAAA------A---TA------GTT-------------------T--TC---GGATTT----CTA--AC-AAGAAAA-GTGA-G--C-G-----GC-GCC-AA-----T--AGTT-T-TT---AT-A--AATTTTA-------C----T-T----T------AT-TT-GGAAAT-AAA-AA--T---T-A---GGGG-CTGAC-ACGAAT---AC-AACAA----AAT---AATA---ATC--AT--T--T-T-T-TA----ACTG--A---TTATCC----TAA--TTTC--ATA-GTGTG--AGC-CCT----T--ACT--A--T----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CA---CTGA----TTTAAC-------TATTTTGCTGG-T-TTA-ACATTC-G----TGAAC----------T-TC-A--TAT---T----T
gi|13                         :                            taggcGGCCACACC--A--AATT-GTTAACATAATA---TA------GTTC------------------T--TT---GGATTT---T-AA--AC-AAAAAAG-ATGAAGG-C-G---GAGG-GCG-ATA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AA-A-TA-------T----T-T----TTT----AT-T-----------------T---T-A--TGAGG-C-AA--GCGAAT---AC--A-GA----AAGGCAA-TT---A----AT-AT--T-T-A-AA----ATTG--AA--TTAATCG---TAA--TTTT--ATA-AAGTAC-AGC-GCT----T--ACA--ATGT----AAAATAG-GTCTT-------T-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------AATTT-----G----TA-ACA--C-T----TGAAC----------TCCC-A--TAT---T----TTT--
gi|14                         :                                  aCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A----A------GTTT------------------G--TC---GGATTT---TGAA--AC-AAAAATA-GCAA-GG-T-GA--GAGA-GCA-GAA---TC--A--T-T-TT---AC-A--AATGTTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTG------AAA-A---T---T-A--TGAGA-T-GA--GCAAATT--AG-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-T-T-AA----ATTG--AA--ATAAGTT---TGA--TATC--AAA-AAATG--AAA-GCT----T--AAA--A-AT----AA---AG-ATA-T-------A-A-AAT--CAT--TTGA----T---AT-------CATTT-----G-G-TTA-CCA--C-A----T
gi|15                         :                                    CACATC--A--ATTT-GTAAA------A---TATA----GTTC------------------T--TC---AGATCC----CAA--AC-AAAAGAG-ATGA-GG-C-GG--GAGG-GTG-AAA---TT--A--T-T-TT---GC-A--AAAATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-AATTT---T-A--TGAGG-C-GA--GCGAAG---TC-AA-GA----AAT---A-AT---A----AT-ATA-T-T-T-TA----TCTC--AG--GTAAGCA---T-A--TGTCGTGAA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--C-GA----T---AT-------CATTT-----G-TGTTA-CCA--C-AT---TGAAC----------T-agttttgaaatgtcatgttt
gi|16                         :                             tagaGGCCGCACC--A--ATTT-GTAAA------AAAATAAA----GTTC------------------T--TT---TGATTT---TCAA--AC-AAATACA-GTGT-GG-C-GA--GTGG-TCA-AAG---GC--A--T-T-TT---GC-A--AATGTTA-------CGTACT-T----TTCGAAAAA-TTTGGAGAT-AAG-A---T---TTA--TGAGG-T-GA--CCGAAT---GC-AA-AA----CAC---A-GA---A----AT-AT--T-A-T-AA----AGTG--AA--TTAAGCT---TAA--TTTC--AAA-AGGAG--AAC-GCT----T--AAA--A-AT----CA---AG-ATC-T-------G-C-AAT--CAA--CAGA----C---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--
gi|17                         :                               taGGTCACCCC--G--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGA-TT---TCAA--AC--ACAAAA-GTGA-GGAA-GA--GAGG-GCA-AAT---TT--A--T-T-TT---ATAA--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTAGGAAT-AAA-AT--T---T-A--TGAGG-T-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----A----------------------------T-TA----ATTG--AAGTTTTTTTT---TAA--TGT--------------AAC-CCT----T--ATA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------G-A-AAT--CAT--CAGA----T----T-------CATTT-----G-T-TTA-AAA--C-AATATTAAAC----------A-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-G
gi|18                         :                                aGGCCACACA--A--ATTT-GTAAA-------------------TTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAATAA--TTGA-AA-C-GA--GAGT-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---A--A--TATATT--------T----T-T----TTT----AT-TTTGGAGAT-AAA-T---T---G-A--TGAGG-C-GA--GTGAA--------A-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATTG--CA--TTAAGCG---TAA--TTTC--AAC-AAGTG--CGCGGCT----T---CA--A-AT----AA---AG-ATC---------A-A-AAT--CATA-AAAA----A---AT-------C-TTA-----GTT-TTG-CCC--A-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---
gi|19                         :                                              ttTTT-GTAAA------A---TA------CTTC------------------A--TA---GGAATT------------------A-GTGA-AG-CTGA--GAGG-GCGGAAA---AT--A--T-TACT---AT-A--AATATTA-------T----C-TCTATTTC----AT-ATTGGAGATGAAA-A---T---C-A----AAG-C-GA--GCAAACGAAACGAA-GA----AAT---A-TA---A----A--ATA-T-T-C-TA----ATTGAAAA--TAAGGCG---TAA--TATA--AAATAAAAA--A-----T----T--TCAG-A-AT----A-------ATA-T-------A-GCAATTACAT--CAGAT---T---AT-------CATTT-----G-T-GTACCCA--C-G----
gi|2                          :                               cgGGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TACTAGTAGTTC------------------T--TA---GGATTT-----AA--AA-AAAAAAA-ACGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---TC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGGGAT-AAA-AA--T---T-A--TGAGG-C-GA--GCGTAT---AA-TA-GA----AAT---A-TACATATC--AT-AT--T-T-T-TA----AATG--AA--TTAG-CG---TAA--TTTC--AAA-CAGCG--AGT-GCT----T--AAA--A-AT----AA---AG-ATA-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CAGTT-----G-T-TTA-CCA--C-A----TGAACTTATATGTAAT-TA-A--CAT---T----TTT--CAATCCG-GTGTTTT--GAAA--T--ATCGAATTAATANNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NC----T---TTTTG----C---GTTTGTTGTAA--AACGTTGATAAAAA
gi|20                         :                                                                                                            aTT---TCAA--AC-AAAAAAA-ATTT-GG-T-AG--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TC---AC-A--AATATCATATTTATT----T-T----TTT----AT-TTTGGTGATAAAA-A---T---T-A--TGAGG-C-GA--GTGAAT---AA-AG-GA----AAT-------------------T--T-T-T-TA----ATTG--AA--TTAATCG---TAA--TTTC--TTA-AAGTG--AGC-GCT----T--CCT--A-------AA---AT-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------TATTT-----A-T-TAA-CCA--C-G----TTAAT----------A-TT-A--TAT---T----T
gi|21                         :                                                                             TC------------------T--TT---CGATTT---TCTA---C-AACAAA--GTGA-GA---GA--GAGGTGCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT-ATAGATATTA-------T----T-T----TTC----AG-TTCCGAGAT-AAA-A---C---T-AAATAAGGGC-GCTTACAAAT---A--AA-GATCTAAAA---A-TA---ATCATATCAT--T-TGT-TACCCCAATG--AC--TTA--CG---TAAT-TTTC--AA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       AT---A-TA---G----AT-AT--TAT-T-T------TTC--AG--TT--CCGAGATAA--AACT--AAATAAG----GGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-TA------A-A-AAT--AAT--C--A----T---AT-------CATTT-----G---TTA-CCC--CAA----TG-AC----------T-TACG--TAA---T----TTT--CAAT-CA-GTG-TTT--GAAG--T--AGTATA---ATAGAAA---TATAAGAACtcagtgtttgaagtagtataatagaaatataagaac
gi|22                         :  tctttcgattttctacaacaaagtgagagagaggtgcgaaattattttT-GTAAA------A---TA------ATTC------------------T--TG---GAGTTT---TGAA--ACGAAAAAAA-GTGA-GG-T-GA--GAAG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT----ATTTTTT-------T----T-T----TTC----GA-TTTGGAGAT-AAA-AT--T---T-A--TGTGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-GT--T-T-T-TA----ATT
gi|23                         :                                                                                                                           aggccgtattttaaaatacaaatgga-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTT-------T----TGT----TTT----TT-TTTGGAGAT-AAATA---T---C-A--TGAGG-C-GA--ACGAAT---AC-AA-GA----AACG--A-TA---A-----T-AT--T-T-T-TA----ATTG--AA--TTAATCG---TAA--AATC--ATA-AAGCA--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC---------------T--CAT--CATA----T---AT-------CATTT-----G-T-TAA-CCA--C-G----T
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                      A-A---T---T-A--T-AGG-T-GA--GTGAAT---AC-AA-GA----AA-------------------AC--T-T---------------AA--TTGGGCT---TAA--TTTC-------------------T----T--ACA--G-AT----AA---AA-ATT-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----C---AT-------AATTT-----G-T-TTG-CCA--C-A----TGAAC----------T-TC-A--TGT---T----TT
gi|27                         : tttaaaacagttcgcttggattcaaacacaatGGCCGCACC--A--ATTT-GTGAA------A---TA------GTTTGAAGGATTTTCAAACGAAT--TCTAAGGATTT---TCAA--AC-AAAACA--GTGA-GG-C-AA--AAGG-GCG-AAA---TT--C--T-T-TC---A
gi|28                         :                                                                                                                                                                                         aTTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-AA--T---T-A--TGGGG-C-GA--GCGAAT---AG-AA-GA----AAT---A--A---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATTA--AA--TCAAGCA---TAgttttcttgca
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                ---A----AT-AT--T-T-T--A----ATTG--AT--GTAAGTG---TGA--TTTC--AAA-AA-CG--AGC----------------A-AT----TA---AG-ATC-T-------T-A-AAT--AAT--CCGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--C-A----CAAAC----------A-TA-A--TAT---T----TTG--CAActgtggaatcattttaattcgtg
gi|3                          :                                      CACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---AGATTT---TTAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GCG-GTA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATAA-------T----T-T----TTTT---AT-TTTGGAGAT-AAA-AA--T---T-A--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAG---A-AT---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATTG--AA--TTAATCG---TAA--TTTT--ATC-AAGCA--AGC-GCT----T--ATA--A-TT----AA---AG-GTC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TAA-CCA--C-A----TGAAC----------T-TC-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GATG--TACATCATAA--ACAGAGAN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---TT----C---TCTTGTTAAT---GCTTGTCATAA--AACGTTCA-AAAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                            -GA--GCAAAT---AC-AA-AA----AAT---A-TA---C----AT-AT--T-T-T-TA----ATTG--GA--TTCATCG---TCA--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-TTT----T--ATA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----aat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CA---TAA--TTTC--AAT-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-ATATTAAA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--TAGA----A---AT-------CATTT-----
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GT-GCT----T--ACA--A-AT----AA----G-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--T-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TGT----AT-TA-GTGTtaaaaaaatgaact
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -ATC-T-------A-C-AAT--CAA--CAGA----C---AT-------CATAT-----G-T-TTA-CCA--C-A----TGAACTT--------T-TA-A--TAT---T----GTT--CAAT-CA-GT-TTTT--GAAG--
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gat-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CACTT-----A-T-TTA-CCA--C-A----TGAAC----------T-TG-A--TAT---T----TTT--TAATCCA-GTGTTTT--TAAG--T--ATCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T--CAT--CAAA----T---GT-------CATTT-----G-C-TAA-CCA--C-G----TGAAC----------G-TC-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGAATT--GATG--T--ATCATAC--ATA
gi|36                         :                                      CACC--ACGATTT-GTAAG------A-----------GTTC------------------T--TC---GTATTT----CAA--GC-ACAAAA--GTGA-GG-A-GA--GAGG-GCA-AAT---TT--A--T-
gi|37                         :                              ggtGGTCACGCC--A--ATTT-TTAAA------AAC-AA------GTTC------------------C--TT----GATTT---TCAA--
gi|38                         :                                                                  tgtatttaaaTTC------------------T--TT---GAAATTACGTCA----C-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GCG-ATA---T
gi|4                          :                                 GGTCACACC--A--ATTC-TTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GAATCT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGGGAC-AAA-A---T---TTA--GGAGG-C-GA--TCGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-A-T-TA----ATTG--AA--TTATACG---TAA--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-ACT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--TAGA----A---AT-------CATTT-----G-C-TTA-TCA--A-A----TGAAT----------T-TA-A--TAT---T----TTT--TAAT-TA-GTATTGT--GAAG--T--ATCATAT--ATATAGAN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN----T---TTTTA----T---GCTTGTTGTGA--AATGTCGA-AAAA
gi|41                         :                                      aATC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---AGATTT---TC
gi|42                         :                         caccaataGGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------G
gi|5                          :                       gatttctttaGGCCACGCC--A--ATCT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GTG-ATA---TT--T--T-T-TTTTTAC-A--AATAATT-------T----T-T----TTT----AT-TTTGGAGAT-AAA-AA--T---T-A--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAG---A-AT---A----AT-AT--T-T-T-TA----ACTG--AA--TTAATCA---TAA--TTTT--ATA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-TT----AA---AG-ATT-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TAA-CCA--C-G----TGAAC----------T-TC-A--TAT---T----TTT---GAT----GTAT-------AA--T--A-CATGT--ACATAGA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NT----TCTCTTCTA----T---GCTTGTCATAA--AAAGTCAA-AAAAA
gi|6                          :                               aaGGCCACAGC--A--ATTC-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--ACTATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTTGAGAT-AAA-A---T---T-A--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-A-T-TA----ATTG--AA--TTATACG---TAA--TTTC--AAA-AAGCA--AGC-GCT----T--A-A--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--TAGA----A---AT-------CATTT-----G-C-TTA-CCA--A-G----TGATC----------T-TG-A--CAT---T----TTT--CAAT-TA-GCATTTT--GAAG--T--ATCATAT--ACAGANN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---TT----T---GTTTA----T---GCTTGTTGTAA--AATGTCGA-AGAAAa
gi|7                          :                                  GCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAT--GTGA-GG-T-GA--GAGG-GTG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT-A--AATATCA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---TTA--TGAGG-C-GA--GCGAAT---AC-AA-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-A-T-TA----ATTG--AA--TTATACA---TAA--TTTC--AAT-AAGCG--AGT-GCT----T--ACA--A-AT----AG---AG-ATA-A-------A-A-AAT--CAT--TAGAAGTTT---TT-------TATT------G-C-TTA-CCA--A-A----TTAAC----------T-TA-A--TA------------------------ATTTT--GAAG--T--ATCATAT--ATAGAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN----T---TTTTG----T---GCTTGTTGTAA--AATGTGGA-AAAAAt
gi|8                          :                                 GGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---T---------TC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAATAA--TTGA-AA-C-GA--GAGT-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT-A----TATTT-------T----T-T----TTT----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---TGA--TGAGG-C-GA--GTGAA--------A-GA----AAT---A-TA---A----AT-AT--T-T-T-TA----ATTG--CA--TTAAGCG---TAA--TTTC--AAC-AAGTG--CGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATA-C-------A-A-AAT--CATAAAAAA----A---AT-------CATTA-----G-T-TTG-CCC--A-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--TAA---A-GTATT
gi|9                          :                                                                                                                       ttt-AAAAAAA-GTGA-AG-A-AG--GAGG-TTT-AGA---TT--A--G-T-TT---AC-A--AATATTA-------G----T-T----TTC----AT-TTCGGAGATAAAA-A---T---T-A--TGAGG-C-AA--AGGAAA---AC-AA-GA----A-----A-CA---A----AT-AT--T-T-TATA----ACTG--AA--TTAAGCG---TAA--TCTC--AAA-CAGCG--AGC-GCT----G--AAA--A-AT----AA---AG---C-T-------ATA-AAT--CAT--CAGA----A---AT-------AATTT-----G-T-TTT-GCT--T-A----CGAAC----------T-TA-ATTTAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GAAG--C--ATCGTAT--ATAGANN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNCAT---TTGTG----C---GCTTGTTGTAA--AAAGTCatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacaaaattgtgcggtgttgtaaaatgtcggaaaaaaatt

Unaligned ( gi|24 ): AGTATTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAACAAAATTGTGGCGGTGTTGTAGAAAATGTCGGAAAAAATT
Unaligned ( gi|26 ): TTTTGATGTATAATACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCTC
Unaligned ( gi|39 ): AAACCTCAAGCAAATACTGTGGAATCATTTTGATTCGTGG
Unaligned ( gi|40 ): TAATTCATAGCTTATTATGTGAAAATAAGCCATTGAATT

lowQualScore                  :                                                                               111111111111111111                                                                                                                                        111                                                                                                                                                                                                                                                                                                              1111                                                                                         1111111111111     11111111                           
lowQualScore                  :                                          22 22    1     444444 555  999999    111111111111111111 22  444      3333   22  1      55    1  222  22    1   1   222  22 22 1 1  222  1 22       5555555 3333 1 3333   5555  1         6   1 444 222 88       1  1      444  1  1     555 4444444 33    44 3333  1     22 22     33    22 22    22   3   1 33   1   4444 22   33 1  3333  222  1   1 7777777 1 1   11   33    44444444  4444444     33333 1 1   1   22 777777     9999999999 1 22 44   333 3333   333   66 2  0    44    44 44 1    666       7777 1  00                                                                                   6666666666666     99999999      2    66  4     5     
lowQualScore                  :                                          .. ..    .     ...... ...  ......    .................. ..  ...      ....   ..  .      ..    .  ...  ..    .   .   ...  .. .. . .  ...  . ..       ....... .... . ....   ....  .         .   . ... ... ..       .  .      ...  .  .     ... ....... ..    .. ....  .     .. ..     ..    .. ..    ..   .   . ..   .   .... ..   .. .  ....  ...  .   . ....... . .   ..   ..    ........  .......     ..... . .   .   .. ......     .......... . .. ..   ... ....   ...   .. .  .    ..    .. .. .    ...       .... .  ..                                                                                   .............     ........      .    ..  .     .     
lowQualScore                  :                                          55 55    7     888888 222  444444    888888888888888888 22  444      1111   22  6      66    6  444  22    5   5   777  22 22 6 7  999  7 44       4444444 5555 7 5555   2222  7         7   6 000 888 66       5  5      222  5  5     666 4444444 99    88 0000  4     00 00     44    00 00    11   1   0 77   5   6666 00   55 5  1111  666  4   4 2222222 4 4   88   22    55555555  5555555     44444 4 4   4   00 777777     6666666666 7 11 88   000 9999   444   55 4  1    22    22 66 2    444       7777 0  77                                                                                   8888888888888     11111111      0    99  2     7     
consensus                     :                                 GGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---T--ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----TT-TAATT--G--AATTAANCGTA--A--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--C-G----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GAAG--T--ATCATAT--ATAGAGA---NANAAGGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAA---TT----T---TTTTG----T---GCTTGTCGTAA--AACGTCGA-AAAAA
Reference ( family-395 )      :                                 GGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---T--ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----TT-TAATT--G--AATTAANCGTA--A--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--C-G----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GAAG--T--ATCATAT--ATAGAGA---NANAAGGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAA---TT----T---TTTTG----T---GCTTGTCGTAA--AACGTCGA-AAAAA
gi|1                          :                                   CCACACTTTA--ATCTCGTAAA----------TA------GTTC------------------TACTCT--GGAGTT---TCAC--AC-AAAAAAAAGTGA-GG-C-GAATGAGG-GCG-AAAAGATTGAA--TAT-TT---AC-A--AGTATTA-------T----T-T----TT-----ATGTTTGAAGCT-AAC-A---TGGTC--ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAGATG--A--TAG--A--ATATCAT----AT-TAACT--G--G-TTATATGTA--AGGTTTC--ATA-AAGCGTAAGC-GATA---C--ACATCC-AT----AA---AGCATC-T-------A-A-A----TAT--TCGA----T---ATAGAAATTCATTT-----G-C-TTA-CAA--G-G----TT--C----------T-TG-AGGTAT---T----TTTGTCAAT-TAAGCACTTTCTGATGGTT--ATCA-----ATAGACC---AAGAAAGACCAAGAAGCTTAAAAATACAAGCGTTGCGTCATGTCTCGGCCGGCGTATCTGTAACATTGTGTCAACCAAGTTGTTAGTTAAGATCT----T---TCTTGA---TGCAGCTTGTTGTAAATAATGTCGA-
gi|10                         :                                 GACCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAATAAA-AAAAAAA-GTGA-GG-T-GA--GATA-GCG-AAA---TT--A--T-T-CT---AT-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGAAGAT-AAA--------------GAGGC-GA-ACGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TC---A--ATAT--T----TT-TAATC--G--AATT----GTT--A--TTTC--AAA-AAGTG--GAC-ACTAAAATTAACA--A-AT----AA---AG-GTT-TTTAAAAAA-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CAATT-----G-T-TTA--CA--A-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-TTATT
gi|11                         :                              ttaGGCCACTCC--A--ATTT-G-AAA------A---TA------GTTT------------------T--TC---GAATTT---TCAG--GG-GAAAAAA-A----------A--AAAA-GTG-AAA----------------------A--AATATTG-------T----T-T----TTC----AC-TTAGG-GTTGAAA-A---T---T--ATGAG-------CGAAT---AC-AA-GATAT---A--TA---A--ATAT--T----TT-TAACT--G--AATGAACCATA--A--TTAA--AAA-AA-------------------AAA--A-AT----AA---AG-ATC-TA------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCT--C-A----TGAAC----------T-TA-A--TATACATTGTATTT--TAAT-AA-GTGTTTT--TAAG--T--A-CATGT--Aggaa
gi|12                         :                                ttaCCACAC------ATTT-GTAAA------A---TA------GTT-------------------T--TC---GGATTT----CTA--AC-AAGAAAA-GTGA-G--C-G-----GC-GCC-AA-----T--AGTT-T-TT---AT-A--AATTTTA-------C----T-T----T------AT-TT-GGAAAT-AAA-AA--T---T--A-GGGGCTGACACGAAT---AC-AACAAAAT---AA-TA---ATCAT-T--T----TT-TAACT--G--A-TTA-TCCTA--A--TTTC--ATA-GTGTG--AGC-CCT----T--ACT--A--T----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CA---CTGA----TTTAAC-------TATTTTGCTGG-T-TTA-ACATTC-G----TGAAC----------T-TC-A--TAT---T----T
gi|13                         :                            taggcGGCCACACC--A--AATT-GTTAACATAATA---TA------GTTC------------------T--TT---GGATTT---T-AA--AC-AAAAAAG-ATGAAGG-C-G---GAGG-GCG-ATA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AA-A-TA-------T----T-T----TTT----AT-T-----------------T---T--ATGAGGC-AA-GCGAAT---AC--A-GAAAGGCAA--TT---A--ATAT--T----TA-AAATT--G--AATTAATCGTA--A--TTTT--ATA-AAGTAC-AGC-GCT----T--ACA--ATGT----AAAATAG-GTCTT-------T-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------AATTT-----G----TA-ACA--C-T----TGAAC----------TCCC-A--TAT---T----TTT--
gi|14                         :                                  aCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A----A------GTTT------------------G--TC---GGATTT---TGAA--AC-AAAAATA-GCAA-GG-T-GA--GAGA-GCA-GAA---TC--A--T-T-TT---AC-A--AATGTTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTG------AAA-A---T---T--ATGAGAT-GA-GCAAATT--AG-AA-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----TT-AAATT--G--AAATAAGTTTG--A--TATC--AAA-AAATG--AAA-GCT----T--AAA--A-AT----AA---AG-ATA-T-------A-A-AAT--CAT--TTGA----T---AT-------CATTT-----G-G-TTA-CCA--C-A----T
gi|15                         :                                    CACATC--A--ATTT-GTAAA------A---TATA----GTTC------------------T--TC---AGATCC----CAA--AC-AAAAGAG-ATGA-GG-C-GG--GAGG-GTG-AAA---TT--A--T-T-TT---GC-A--AAAATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-AATTT---T--ATGAGGC-GA-GCGAAG---TC-AA-GAAAT---A--AT---A--ATATA-T----TT-TATCT--C--AGGTAAGCAT---A--TGTCGTGAA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--C-GA----T---AT-------CATTT-----G-TGTTA-CCA--C-AT---TGAAC----------T-agttttgaaatgtcatgttt
gi|16                         :                             tagaGGCCGCACC--A--ATTT-GTAAA------AAAATAAA----GTTC------------------T--TT---TGATTT---TCAA--AC-AAATACA-GTGT-GG-C-GA--GTGG-TCA-AAG---GC--A--T-T-TT---GC-A--AATGTTA-------CGTACT-T----TTCGAAAAA-TTTGGAGAT-AAG-A---T---TT-ATGAGGT-GA-CCGAAT---GC-AA-AACAC---A--GA---A--ATAT--T----AT-AAAGT--G--AATTAAGCTTA--A--TTTC--AAA-AGGAG--AAC-GCT----T--AAA--A-AT----CA---AG-ATC-T-------G-C-AAT--CAA--CAGA----C---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--
gi|17                         :                               taGGTCACCCC--G--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGA-TT---TCAA--AC--ACAAAA-GTGA-GGAA-GA--GAGG-GCA-AAT---TT--A--T-T-TT---ATAA--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTAGGAAT-AAA-AT--T---T--ATGAGGT-GA-GCGAAT---AC-AA-GAATT---AATTG---A--A-GT--T----TT-T--TT-------TTAAT-GTA--A---------------------C-CCT----T--ATA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------G-A-AAT--CAT--CAGA----T----T-------CATTT-----G-T-TTA-AAA--C-AATATTAAAC----------A-TA-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-G
gi|18                         :                                aGGCCACACA--A--ATTT-GTAAA-------------------TTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAATAA--TTGA-AA-C-GA--GAGT-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---A--A--TATATT--------T----T-T----TTT----AT-TTTGGAGAT-AAA-T---T---G--ATGAGGC-GA-GTGAA--------A-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----TT-TAATT--G--CATTAAGCGTA--A--TTTC--AAC-AAGTG--CGCGGCT----T---CA--A-AT----AA---AG-ATC---------A-A-AAT--CATA-AAAA----A---AT-------C-TTA-----GTT-TTG-CCC--A-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---
gi|19                         :                                              ttTTT-GTAAA------A---TA------CTTC------------------A--TA---GGAATT------------------A-GTGA-AG-CTGA--GAGG-GCGGAAA---AT--A--T-TACT---AT-A--AATATTA-------T----C-TCTATTTC----AT-ATTGGAGATGAAA-A---T---C--A--AAGC-GA-GCAAACGAAACGAA-GAAAT---A--TA---A--A-ATA-T----TC-TAATT--GAAAATAAGGCGTA--A--TATA--AAATAAAAA--A-----T----T--TCAG-A-AT----A-------ATA-T-------A-GCAATTACAT--CAGAT---T---AT-------CATTT-----G-T-GTACCCA--C-G----
gi|2                          :                               cgGGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TACTAGTAGTTC------------------T--TA---GGATTT-----AA--AA-AAAAAAA-ACGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---TC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGGGAT-AAA-AA--T---T--ATGAGGC-GA-GCGTAT---AA-TA-GAAAT---A--TACATATCATAT--T----TT-TAAAT--G--AATTA-GCGTA--A--TTTC--AAA-CAGCG--AGT-GCT----T--AAA--A-AT----AA---AG-ATA-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CAGTT-----G-T-TTA-CCA--C-A----TGAACTTATATGTAAT-TA-A--CAT---T----TTT--CAATCCG-GTGTTTT--GAAA--T--ATCGAATTAATANNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NC----T---TTTTG----C---GTTTGTTGTAA--AACGTTGATAAAAA
gi|20                         :                                                                                                            aTT---TCAA--AC-AAAAAAA-ATTT-GG-T-AG--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TC---AC-A--AATATCATATTTATT----T-T----TTT----AT-TTTGGTGATAAAA-A---T---T--ATGAGGC-GA-GTGAAT---AA-AG-GAAAT-----------------T--T----TT-TAATT--G--AATTAATCGTA--A--TTTC--TTA-AAGTG--AGC-GCT----T--CCT--A-------AA---AT-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------TATTT-----A-T-TAA-CCA--C-G----TTAAT----------A-TT-A--TAT---T----T
gi|21                         :                                                                             TC------------------T--TT---CGATTT---TCTA---C-AACAAA--GTGA-GA---GA--GAGGTGCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT-ATAGATATTA-------T----T-T----TTC----AG-TTCCGAGAT-AAA-A---C---TAAATAAGG-----GCGCTT---AC-AA---------A--TA---A--AGA--------TC-TAA-------AAATAATCATATCA--TTT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                AT---A--TA---G--ATAT--TATTTTT-CAGTTCCG--AGATAA----A--A--CT----AAATAAG----GGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-TA------A-A-AAT--AAT--C--A----T---AT-------CATTT-----G---TTA-CCC--CAA----TG-AC----------T-TACG--TAA---T----TTT--CAAT-CA-GTG-TTT--GAAG--T--AGTATA---ATAGAAA---TATAAGAACgttaccccaatgacttacgtaattttcaatcagtgtttgaagtagtataatagaaatataagaac
gi|22                         :  tctttcgattttctacaacaaagtgagagagaggtgcgaaattattttT-GTAAA------A---TA------ATTC------------------T--TG---GAGTTT---TGAA--ACGAAAAAAA-GTGA-GG-T-GA--GAAG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT----ATTTTTT-------T----T-T----TTC----GA-TTTGGAGAT-AAA-AT--T---T--ATGTGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TA---A--ATGT--T----TT-TAATT--
gi|23                         :                                                                                                                           aggccgtattttaaaatacaaatgga-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTT-------T----TGT----TTT----TT-TTTGGAGAT-AAATA---T---C--ATGAGGC-GA-ACGAAT---AC-AA-GAAACG--A--TA---A---TAT--T----TT-TAATT--G--AATTAATCGTA--A--AATC--ATA-AAGCA--AGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC---------------T--CAT--CATA----T---AT-------CATTT-----G-T-TAA-CCA--C-G----T
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                      A-A---T---T--AT-AGGT-GA-GTGAAT---AC-AA-GAAA-----------------AC--T----T------------AATTGGGCTTA--A--TTTC-------------------T----T--ACA--G-AT----AA---AA-ATT-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----C---AT-------AATTT-----G-T-TTG-CCA--C-A----TGAAC----------T-TC-A--TGT---T----TT
gi|27                         : tttaaaacagttcgcttggattcaaacacaatGGCCGCACC--A--ATTT-GTGAA------A---TA------GTTTGAAGGATTTTCAAACGAAT--TCTAAGGATTT---TCAA--AC-AAAACA--GTGA-GG-C-AA--AAGG-GCG-AAA---TT--C--T-T-TC---A
gi|28                         :                                                                                                                                                                                         aTTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-AA--T---T--ATGGGGC-GA-GCGAAT---AG-AA-GAAAT---A---A---A--ATAT--T----TT-TAATT--A--AATCAAGCATA--gttttcttgca
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---A--ATAT--T----TT--AATT--G--ATGTAAGTGTG--A--TTTC--AAA-AA-CG--AGC----------------A-AT----TA---AG-ATC-T-------T-A-AAT--AAT--CCGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--C-A----CAAAC----------A-TA-A--TAT---T----TTG--CAActgtggaatcattttaattcgtg
gi|3                          :                                      CACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---AGATTT---TTAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GCG-GTA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATAA-------T----T-T----TTTT---AT-TTTGGAGAT-AAA-AA--T---T--ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAG---A--AT---A--ATAT--T----TT-TAATT--G--AATTAATCGTA--A--TTTT--ATC-AAGCA--AGC-GCT----T--ATA--A-TT----AA---AG-GTC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TAA-CCA--C-A----TGAAC----------T-TC-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GATG--TACATCATAA--ACAGAGAN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA---TT----C---TCTTGTTAAT---GCTTGTCATAA--AACGTTCA-AAAAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                          -GA-GCAAAT---AC-AA-AAAAT---A--TA---C--ATAT--T----TT-TAATT--G--GATTCATCGTC--A--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-TTT----T--ATA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----aat
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CATA--A--TTTC--AAT-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-ATATTAAA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--TAGA----A---AT-------CATTT-----
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GT-GCT----T--ACA--A-AT----AA----G-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TTA-CCA--T-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TGT----AT-TA-GTGTtaaaaaaatgaact
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -ATC-T-------A-C-AAT--CAA--CAGA----C---AT-------CATAT-----G-T-TTA-CCA--C-A----TGAACTT--------T-TA-A--TAT---T----GTT--CAAT-CA-GT-TTTT--GAAG--
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gat-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CACTT-----A-T-TTA-CCA--C-A----TGAAC----------T-TG-A--TAT---T----TTT--TAATCCA-GTGTTTT--TAAG--T--ATCA
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T--CAT--CAAA----T---GT-------CATTT-----G-C-TAA-CCA--C-G----TGAAC----------G-TC-A--TAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGAATT--GATG--T--ATCATAC--ATA
gi|36                         :                                      CACC--ACGATTT-GTAAG------A-----------GTTC------------------T--TC---GTATTT----CAA--GC-ACAAAA--GTGA-GG-A-GA--GAGG-GCA-AAT---TT--A--T-
gi|37                         :                              ggtGGTCACGCC--A--ATTT-TTAAA------AAC-AA------GTTC------------------C--TT----GATTT---TCAA--
gi|38                         :                                                                  tgtatttaaaTTC------------------T--TT---GAAATTACGTCA----C-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GCG-ATA---T
gi|4                          :                                 GGTCACACC--A--ATTC-TTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GAATCT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--AATATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGGGAC-AAA-A---T---TT-AGGAGGC-GA-TCGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----AT-TAATT--G--AATTATACGTA--A--TTTC--AAA-AAGCG--AGC-ACT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--TAGA----A---AT-------CATTT-----G-C-TTA-TCA--A-A----TGAAT----------T-TA-A--TAT---T----TTT--TAAT-TA-GTATTGT--GAAG--T--ATCATAT--ATATAGAN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN----T---TTTTA----T---GCTTGTTGTGA--AATGTCGA-AAAA
gi|41                         :                                      aATC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---AGATTT---TC
gi|42                         :                         caccaataGGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------G
gi|5                          :                       gatttctttaGGCCACGCC--A--ATCT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GG--GAGG-GTG-ATA---TT--T--T-T-TTTTTAC-A--AATAATT-------T----T-T----TTT----AT-TTTGGAGAT-AAA-AA--T---T--ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAG---A--AT---A--ATAT--T----TT-TAACT--G--AATTAATCATA--A--TTTT--ATA-AAGCG--AGC-GCT----T--ACA--A-TT----AA---AG-ATT-T-------A-A-AAT--CAT--CAGA----T---AT-------CATTT-----G-T-TAA-CCA--C-G----TGAAC----------T-TC-A--TAT---T----TTT---GAT----GTAT-------AA--T--A-CATGT--ACATAGA---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NT----TCTCTTCTA----T---GCTTGTCATAA--AAAGTCAA-AAAAA
gi|6                          :                               aaGGCCACAGC--A--ATTC-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAAA-GTGA-GG-C-GA--GAGG-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AC-A--ACTATTA-------T----T-T----TTC----AT-TTTTGAGAT-AAA-A---T---T--ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----AT-TAATT--G--AATTATACGTA--A--TTTC--AAA-AAGCA--AGC-GCT----T--A-A--A-AT----AA---AG-ATC-T-------A-A-AAT--CAT--TAGA----A---AT-------CATTT-----G-C-TTA-CCA--A-G----TGATC----------T-TG-A--CAT---T----TTT--CAAT-TA-GCATTTT--GAAG--T--ATCATAT--ACAGANN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA---TT----T---GTTTA----T---GCTTGTTGTAA--AATGTCGA-AGAAAa
gi|7                          :                                  GCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---TA------GTTC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAAAAT--GTGA-GG-T-GA--GAGG-GTG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT-A--AATATCA-------T----T-T----TTC----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---TT-ATGAGGC-GA-GCGAAT---AC-AA-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----AT-TAATT--G--AATTATACATA--A--TTTC--AAT-AAGCG--AGT-GCT----T--ACA--A-AT----AG---AG-ATA-A-------A-A-AAT--CAT--TAGAAGTTT---TT-------TATT------G-C-TTA-CCA--A-A----TTAAC----------T-TA-A--TA------------------------ATTTT--GAAG--T--ATCATAT--ATAGAAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN----T---TTTTG----T---GCTTGTTGTAA--AATGTGGA-AAAAAt
gi|8                          :                                 GGCCACACC--A--ATTT-GTAAA------A---T---------TC------------------T--TC---GGATTT---TCAA--AC-AAATAA--TTGA-AA-C-GA--GAGT-GCG-AAA---TT--A--T-T-TT---AT-A----TATTT-------T----T-T----TTT----AT-TTTGGAGAT-AAA-A---T---TG-ATGAGGC-GA-GTGAA--------A-GAAAT---A--TA---A--ATAT--T----TT-TAATT--G--CATTAAGCGTA--A--TTTC--AAC-AAGTG--CGC-GCT----T--ACA--A-AT----AA---AG-ATA-C-------A-A-AAT--CATAAAAAA----A---AT-------CATTA-----G-T-TTG-CCC--A-A----TGAAC----------T-TA-A--TAT---T----TTT--TAA---A-GTATT
gi|9                          :                                                                                                                       ttt-AAAAAAA-GTGA-AG-A-AG--GAGG-TTT-AGA---TT--A--G-T-TT---AC-A--AATATTA-------G----T-T----TTC----AT-TTCGGAGATAAAA-A---T---T--ATGAGGC-AA-AGGAAA---AC-AA-GAA-----A--CA---A--ATAT--T----TTATAACT--G--AATTAAGCGTA--A--TCTC--AAA-CAGCG--AGC-GCT----G--AAA--A-AT----AA---AG---C-T-------ATA-AAT--CAT--CAGA----A---AT-------AATTT-----G-T-TTT-GCT--T-A----CGAAC----------T-TA-ATTTAT---T----TTT--CAAT-TA-GTGTTTT--GAAG--C--ATCGTAT--ATAGANN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNCAT---TTGTG----C---GCTTGTTGTAA--AAAGTCatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaaacaaaattgtgcggtgttgtaaaatgtcggaaaaaaatt