lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888 111 33333333333333333 111 111 1 33333333 1 333333333333333 77777777777777777777777 1 222 1 666 1 1 11 11 111 2222222 111 1111 111 11 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 1 222 2 2 66666666666666666 1 33333333333 1 22 111 1 22 1 1 333 1
lowQualScore : 5 9999 0 88 4444444444444 55 4 4 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 2222222222222222222222 0 66 0 5 0000000000000000000000000000000000 555 77 4 77777777777777777 1 000 0 0 8 777 0 66666666 2 0 33 2 999999999999999 55555555555555555555555 5 333 3 222 0 0 11 11 444 0 6666666 8 444 11 4444 2 6 6 444 33 11 6 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 666 0 111 0 0 4 6 00000000000000000 3 77777777777 3 9 6 00 4 66 555 0 77 0 3 0 555 3
lowQualScore : . .... . .. ............. .. . . . .................................................................................................... . ...................... . .. . . .................................. ... .. . ................. . ... . . . ... . ........ . . .. . ............... ....................... . ... . ... . . .. .. ... . ....... . ... .. .... . . . ... .. .. . . ................................................................................................................................................................................. ... ... . ... . . . . ................. . ........... . . . .. . .. ... . .. . . . ... .
lowQualScore : 7 4444 7 44 4444444444444 22 3 4 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 1111111111111111111111 1 44 2 0 7777777777777777777777777777777777 000 99 0 99999999999999999 0 000 3 8 0 555 0 22222222 5 0 22 5 000000000000000 77777777777777777777777 0 333 3 555 0 0 00 00 000 8 0000000 0 000 11 2222 2 7 7 333 55 88 7 7 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 888 0 555 0 0 0 0 88888888888888888 3 77777777777 2 8 5 55 0 88 000 0 00 0 2 0 888 3
consensus : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGT-------------CAATAA-ATTACA-CAACATATCCACC-TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGG-NC----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGA---GA-GAAAAAATG--T----TCC-AGCTACA-AT-ATA-----T---AATAGAATAAACTATCATAA-TTA-A-CA--CA-NCG------------CTTAT---TTTATGAATGAAATT--TNAAN-A--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GG-GGGCA-----GTGANAAAT-CGATGGTCTGGGATTT-AC--------TA-ACAAGCGAA----A--C-AAA---CA----N-AC-AAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGGTTTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TG-AA---TATAAAT----AAAGTTTAG-CGG-AAACA-C-GCACGTTTTTA-NTTGAA-AG-CGNTTNCCCCCGGGAAANAGGNTNNTTTACGNCTNAANAACGTGNNNNCACCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAATGCGT----A-CACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTTT-GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGNAA-TATA-GTACTTC-GG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAATAANACGCAGAGAGNGATGTACGCNCGCCATTTGCNG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-ACCTGANAAGGGTTACATGTATAGG-CATGAAG-AACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
Reference ( gi|2 ) : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGT-------------CAATAA-ATTATA-CAACATATCCACC-TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGG-GC----A-C-----AAT----TA-TAATTTAGTGGA---GG-GAACAAAT---T----TCC-AGCTGCA-AT-ATA-----T---AATAGAATAAACTATCATAA-TTA-AACA--CA-TCG------------CTTAT---TTTATGAATGAAATT--TTAAG-A--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GG-GG-CA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGATTC-AC--------TA-ACAAGCAAA----A--C-AAA---CA----TTACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGG---TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TG-AA---TATAAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACA-T-GCACGTTTTTA-CTTGAA-AG-CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCACCAAGGTACA--GTAAAGC--ATGT--A-CTTC-TTTCT-GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TATAA-TATA-GTACTTC-G---A--ATATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ACACGC-GAG-GAGATATAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAAT-AATACATCATGTTATGTATATACCTT-GCCTGATAAGGGCTACATGTATAGG-CAT-AAG-AACGAAA-GAGGGGAAAATAGTCAG-GCCC
gi|1 : ATTTGATT-AA---G-AGGCT-GAA-GGTATAAAGGAATAACCAATAATACCATA-CTACA-A-CCATTATG-------A-------A-------AT-TATGATTTTTTCTGGCGC----AAC-----AAT----TACTTATATAG-GGACTGGG-AAAAAAATG--T----TCC-AGCTGCA-ATTATA-----T---AA-AGA-CAAACTATCATAA-TTA-A-CA--CCCTCG------------CTTAT---TTTATGA-TGAAATT--TTAAG-A--------------GTCTTGACTAAG---CAAGCCTCTGCAGTGGCG-ATGCCAGGGATGTCAGAAGGAG---GGTGA-CA-----GTGAAAATT-CGATG-TCTGGGATTTTAC--------TCCACAAGCAAACAATATCC-AAAATGCA----AAACAAAAAAAGGCTCTCAAAAAACGGGGGTGGGGGTTTCGCCAGTTGC-TGGATTTCC--TCCTT---TGC-C-------TG-AA---TATTAATAATAAAAGTTCAGCCGGTAAACACT-GCACGTTTAAA-CTTGAATAG-CACATTGTCCTCGAAATAATGGTTCTTTTTGGCTGAATAAAAAGTCTCCATAATTCATCCATCATACCCACCTGGAGACGT--------CCAAG--------CAAAGCAAATGCCAA-CTTCTTTTCTGGGT-CTTATAGGTACTAATCAAGTGTAATTATATGTACATC-GA--A--ATATAAAATAC--TGTGAATTAATAAAACGCAGAGAGTGATGTATGCCCCCCATTTGCAGGACCAACCCAATAAAGACATCATG-TA-GTATATCCCTT--CCTGATTAAGGTTACATGTATAGGCCAG-AAG-AACG-AA-GAGGAG---ATAGGCAG-GCCC
gi|7 : agcccctatccgaaggttcagatccgaagcccacaagtccgaATTTTATT-AAA--ACAGGCT-AAATGGT-------------CAATAA-ATTACA-C-ACATATGCACT-TC-------AAATATG-A-------AA-TACGA-TTTT-CTGG-CC----A-T-----AA-----TA-TAATTTAGTGGA---GATGAGAAAATG--T----TCC-AGCCATA-AT--TA-----T---AAAAGAA-AAACTATCATAA-TTACAGCAGCCC-CCGGGGGGGCCCCCCCTTAT---TTTATG-ATGAGATT--AAAAT-A--------------GTTTAGATAAAG---cttt
gi|4 : ATTTGATT-AAA--G-AGG---------T-------------CAATCA-ATTACA-CAACATATCCACT-TC-------A-------A-------A--------TTTT-TTGG-TC----A-TA----AAC----TA-TAACTT--TATA---AA-AAAAAAATATGT----TCC-AGCT----AT---------------TAGAATTAACCATCATAA-T-----CA--C----------------------------------GAAATT--TAAAT-A--------------GCCTTAATAAAGTCTTATACCGCTGCAGTGGCATAT-TCAGGAATTTCAGAAGGAtcagcg
gi|11 : aggttattgtttgaaagtccacaactctgaaagctcaaaagtcagaaggttcattcattagttcaaagcccacgagtccaaaggttcactattccaaaATTTGATT-GAA--G-GGGAT-AAATAGT-------------CAATAA-GTTACA-CAACATGTTCACC-TCTAAATAGG-------A-------AA-TATGATTTTT-CT----T----C-C-----AATAAACAA-TAATTTAGTAGA---TA-GAAAACAG---T----TCC-AGCT
gi|12 : aagcccacgagtccaaaggcacattagctcatgagtccaaaATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGT-------------CAATAA-ATTACA-CAAAATATCCTCT-TC-------A-------A-------AA-TTTGAa
gi|8 : tagggtgtctgcccacactccttttgagtcactagtccgaaagcccacgagtccgaagttcacgagtccgaaTTTGATTTAAA--C-AGGCTTAAATGGT-------------CATTAA-ATTACACCAAC-TATGCACT-TCCAAAT--A-------A-------AATTATGATTTTT-CTGG-GCCTTAA-CTCATTAAT----TA--GATGGAGAAGA---GG-GAA-AAAT---TGTTATCCAAGCCATATAT-ATA-----TAAAAATAG-ATAAACTATCATAATTTT-ACCA--CA-GCG------------C-TATCTGTTTATG-ATGATATT--TAAAT-A--------------GTTTaaaatgattta
gi|9 : TT-AAAAGG-AGGCT-AGGTGGT-------------CAATG----TACA-CATTATATCCACC-TC-------AGATTATGA-------AA-TGTGGTTTTT-CTAG-CC----A-------ATT----TAGTAATTAAACCCA---AA-AAAAATAT---CACGGTCC-AGTT--A-TT-ATA-----T---AA-ACAATTTCCTGT----A-TT---ACA--GAGCCG------------TT--T---TCCACAAAT-AGGTTTATTAAATA--------------GTCTT-ACTAAG---CAGCCCTCTcagata
gi|6 : ttggcATGAT-------------CAATAA--TTACA-CAACATATCCACC-TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTT--------GC-------------------TA-TAATTAAGTAGA---T---AATAAATATGT----TCC-AGCTATA-AT-ATT-----T---AGTAGAATGAATTATTATAT-TTA----A--CA-TGA------------GTGA-----TTATGGATATAATT--
gi|10 : gtcagcccacgagtccgaaggttcaacgagtccgaaagcccacgagtccgaaggttcacgaagtcctaaatatATGAT-------------CAATAA-ATTACA-CAACATATCCACC-TC-------AATGTATGA-------AA-TATGA-TTTG-CT-------------------T----TA-T-CTTAAGT--A---GA-TAATAAAA---G----TCC-AGTTCCA-GT-ATAATATTT---AGTAGAATGAATTATTATAA-
gi|3 : tcagcccacgagtccgaaggttcacgagtcgaaagcccaccgagtccgcaaggtttcacgaagtcctaaatatAAATG--T----TCC-AGCTACA-A--------------------A-AAACTATCAAAA-TTT-AACA--CAAGCG------------CTTAT---TTTAT-AATGAAATT--TTAAA-AACAATCTTGAAAAAGTTTTGACTAAG---CAACCGTCTGCAATGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GG-GGGCA-----GTAACAAAT-CGATGGTCTGGGATTT-ACAAATGTACTA-ACAAGCAAA----A--T-AAA---CA----T-ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGTA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TG-AA---TATAAAT----AAAGTTCAA-CGG-AAACA-T-GCAGGTTTTTA-CTTGAA-AG-CCATTGCCCTCGAGGAATAGGCTGAATAAATCCTCATATCCGTGCAATCACTGTATGCACTTCTTTCTGGGGCTAGT--------ACTATCAATGTACAT-GTA---C--ATGT--A-------------AT-AT----TGTACT--TCAG--AAAA-TATA-ATAATGT-G---A--ATA-------------------AT-ATACGC-GAG-GAGATGTAC--ATGTCA----CTG--CCAA-CCAATAAAGACATAA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGG-CATGGAG-AACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GTCC
gi|15 : taaAA-A--------------ATCTTGACTAGC---CAACCGTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGAGATTTGACAAGGATAAGGG-GG-GAAGGGGGTGAGAAATCCGGTGGTCTGAGATTT-AC--------TA-Accagttgg
gi|13 : tagtctagatTAAT---CAGCCCTCTGTAGTGGCGTGT-CTAGAAACGTCAGATGGGT---GG-GGATA-----GTAGCAGAT-C--TGGTCTGGGAATT-AT--------CA-AGAAGCGAA----A--CAAAA---CAAAACGTAC--AAAAAGACTATC---AAGC-G
gi|14 : GCCAG-TGC-TAGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAAA---TA-AAAT----GAAATTTAG-CGG-AAACA-C-GCAT-TTTTTA-ATTGAA-AG-
gi|5 : CAG-CGCCTGGA--ACCCGGCCTTACTTGCTCCTGTTTCTG-AACTCTATGAAT----AAAGTAGCG-CGG-AAACA-C-GCACTTGTTTAATTTGAA-AGTCGTTGCCCTCAGGGATAGTGGTTCTTTTACGTTGACAGAATCTCATCATCCCCCTCATTTGCTCCGTGCATATAAATGTATCATTAACACCAAGATACA--GTGAAAC--ATGC--A-CTTCGTTTTT-GG---G----AAAACT-A--------------G-GTACTTT-AGACA--ATATATAATAACTTGTGAA-TAgtgttgcccttggggaatatggattggatttatatcttcatatccccc
gi|16 : tGGA--CTC--GCCTG---TGCTC-------TG-AA---TATGAAT----AAAGTTTAA-CGG-AAACA-CGGCACG-TTTTA-ATTGAA-AG-
gi|21 : AAA-----AAAGTTTAA-CAG-AAACA-C-GCAAGTTTTAA-ATTGAA-AG-tccgttgccctagaggatatggtttctttactgta
gi|18 : CACCAAGGTGCATTGTGAAGC--ATGC--AACTTT-GTTTT-GGGACT----AGTA-T-A--AA-TGCAA-TATC-GTACTTCAG---AATATATATAATAAT-TGTGAA-gtcattgt
gi|20 : --CCAA-CCAAA-AAAGC--C---TTAAATATATTCCTT-ACCTGAAAAGGGCTAC------AGG-CATAAAG-AATGAAA-AAGGGGAat
gi|17 : ccGTCATGTATATTCTTTTACCTGAAAAGG------T-TATAGG-CAT---GCAACGAAAAGAGGGG-AGATATTCAGAGCCCg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTTTCTCGGGTGTCTGGCCACGAGTCTGAAGGTAAGTCTGAAAGCTCAGGAGTCCGAAGGTTCCAATTAGTCTGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CCACCGAGTCCCGGAGGTCACTGTCTTCCGAAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 444444444444444444444444 11111 111 1111111111111111 111 333333333333333333333 11 111 22222222222222 11 22222 3333333333 1 66666666666666666666666666666 111 1 222 111 2222222 111 1111 1 22222 11111 1111 1111 11111111111111111111 11111 6666666666666666666 22 11 222 11 66666666666666666666666666666666 1111111 22 2 2 2 5555555555555 11 1 22222 1
lowQualScore : 5 7777 4 0 8888 55 4 777 55 8888 77777777777777777777777 4 4 4 888888888888888888888888 666 1 1 55555 1 444 55 4 4444444444444444 33 66 777 999999999999999999999 0 0 888 88 000 1 1 99999999999999 888 6 11 00000 1 8 8 1111111111 0 99999999999999999999999999999 777 0 000 8 8 99 99 111 1111111 111 5 2222 0 5 5 1 0 5 1 5 11111 1 22222 0 8888 1 1111 33333333333333333333 66666 0 1 3 1 1 1 222 1 1111111111111111111 3 88 8 11 222 88 11 22222222222222222222222222222222 1 7777777 0 11 8 3 1 3 3 1 4444444444444 1 33 0 0 00000 6 8 6 1 3 0 66 77 8 0 8 0
lowQualScore : . .... . . .... .. . ... .. .... ....................... . . . ........................ ... . . ..... . ... .. . ................ .. .. ... ..................... . . ... .. ... . . .............. ... . .. ..... . . . .......... . ............................. ... . ... . . .. .. ... ....... ... . .... . . . . . . . . ..... . ..... . .... . .... .................... ..... . . . . . . ... . ................... . .. . .. ... .. .. ................................ . ....... . .. . . . . . . ............. . .. . . ..... . . . . . . .. .. . . . .
lowQualScore : 0 0000 0 1 5555 55 0 000 55 5555 00000000000000000000000 0 6 4 222222222222222222222222 111 0 9 66666 2 000 55 0 7777777777777777 77 11 000 999999999999999999999 1 1 888 44 000 0 0 44444444444444 888 7 00 00000 0 0 0 0000000000 5 22222222222222222222222222222 555 0 333 0 0 22 22 777 7777777 777 7 1111 9 7 7 4 7 7 0 7 44444 0 00000 2 2222 0 2222 00000000000000000000 55555 8 0 0 0 0 0 888 0 2222222222222222222 2 44 2 00 222 66 00 66666666666666666666666666666666 0 6666666 8 22 0 7 0 7 7 0 3333333333333 0 88 0 8 00000 0 0 8 0 2 8 22 00 0 8 0 0
consensus : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------AA----------AC-A-TACC-AAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTT-ANTTGAA-AG-CC-GTTGCCCTC-GGGGAATA--GGTT--NNTTTACGNCTCGANANAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACA-TGTGAAGC--ATGC--ACTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCGG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT-CCC-CCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTC-CTTGCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACG-AAAGAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
Reference ( family-39 ) : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTACA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGANAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------AA----------AC-A-NA-C-AAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGGTTTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTTAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTT-ANTTGAA-AG-CG-NTTNCCCCC-GGGAAANA--GGNT--NNTTTACGNCTNAANAACGTGNNNNCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAATGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACA-TGTGAAGC--ATGC--ACTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGNAA-TATA-GTACTTCGG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAATAANACGCAGAGAGNGATGTACGCNCGCCATTTGCNG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTC-CTTACCTGANAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACG-AAAGAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
gi|1 : ATTTGATT-AA---G-AGGCT-GAA-GGT--ATAAAGGAATAACCAA-TAATACCATACTACAACCATTATG-------A-------A-------AT-TATGATTTTTTCTGGCGC----AAC-----AAT----TA-C--TTATATAGGGACTGGGAAAAAAAT---GT--TCC-AGCTGCA-ATTATAT---AA-AGA-CAAACTATCATAA--TT--AACAC-C-CT-CG------------CTTAT---TTTATG-ATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAAGCCTCTGCAGTGGCG-ATGCCAGGGATGTCAGAAGGAG--GGTGACA-----GTGAAAATT-CGAT-GTCTGGGATTTTAC--------TCCACAAGC-AAAC------AATATCCAAAATGCAA-AA-CAAAAAAAGGCTCTCAAAAAACGGGGGTGGGGGTTTCGCCAGTTGC-TGGATTTCC--TCCTT---TGC-C-------TGAA---TAT-TAATAATAAAAGTTCAGCCGGTAAACACTGCACGTTTAA-ACTTGAATAG-CACATTGTCCTC---GAAATAATGGTT--CTTTT-TGGCTGAATAAAAAGTCTCCA--TAATTCATCCATCATACCCACCTGGAGACGT--------------CCAAG---CA-----AAGCAAATGCCAACTTC-TTTTCTGGGT-CTTATAGGTACTAATCAAGTGTAATTATATGTACATCGA--A--ATATAAAAT-AC-TGTGAATTAATAAAACGCAGAGAGTGATGTATGCCCCCCATTTGCAGGACCAACCCAATAAAGACATCA-TGTA-GTATATCC-CTT-CCTGATTAAGGTTACATGTATAGGCCAGAAGAACG-A---AGAGG-AGATAGGCAG-GCCC
gi|10 : agcccctatccgaaggttcagatccgaagcccacaagtccgaT-ATATGATCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------AATGTATGA-------AA-TATGA-TTTG-CT-------------------T----TA-T-CTTAAGTAGATA-----ATAAAAGTCCAGT--TCC-AG-TATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAA--cttt
gi|11 : tcagcccacgagtccgaaggttcacgagtcgaaagcccaccgagtccgcaaggtttcacgaagtcctaaaATTTGATT-GAA--G-GGGAT-AAATAGTCAATAAG----TTAC--A-CAA---CATGT--TCACC----TCTAAATAGG-------A-------AA-TATGATTTTT-CT--T-C------C-----AATAAACAA-TAATTTAGTAGATA-----GAAAACA----GT--TCC-AGCTA
gi|12 : aagcccacgagtccaaaggcacattagctcatgagtccaaaATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---AATAT--CCTCT----TC-------A-------A-------AA-TTTGA
gi|13 : tagggtgtctgcccacactccttttgagtcactagtccgaaagcccacgagtccgaagttcacgagtccgaaTAAT---CAGCCCTCTGTAGTGGCGTGT-CTAGAAACGTCAGATGGGT--GGGGATA-----GTAGCAGAT-C--TGGTCTGGGA-ATTAT--------C-AAGAAGCGAAACAAAACAAA----------AC-G-TA-C--AAAAAGACTATC---AAGC-Gaaaatgattta
gi|14 : GCCAG-TGC-TAGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA----ATAAAAT----GAAATTTAG-CGG-AAACAC-GCAT-TTTTT-AATTGAA-AG-GT-GTTGCCCTT-GGGGAATAT-GGATTGGATTTATATCTTCATA
gi|15 : AAA--------------ATCTTGACTAGC---CAACCGTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGAGATTTGACAAGGATAAGGGGGGAAGGGGGTGAGAAATCCGGTGGTCTGAGA-TTTAC--------T-AAtccccc
gi|16 : tagtctagatGGA--CTC--GCCTG---TGCTC-------TGAA---TAT-GAAT----AAAGTTTAA-CGG-AAACACGGCACG-TTTT-AATTGAA-AGTCC-GTTGCCCTA-GAGGATAT--GGTT--TCTTTAC
gi|17 : AATAAAAACA----GTCATGTATATTCTTTTACCTGAAAA-GGT------TATAGGCATG--CAACGAAAAGAGGGG-AGATATTCAGAGCCCtgta
gi|18 : -----C-ACCAAGGTGCATTGTGAAGC--ATGCA-ACTTT-GTTTT--GGGACT----AGTA-T-A--AA-TGCAA-TATC-GTACTTCAG--AATATATATAATAAT-TGTGAA-aagcttggtctcctagga
gi|2 : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAT--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGG-C----A-C-----AAT----TA-TAATTTAGTGGAGG-----GAACAAAT----T--TCC-AGCTGCA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TTA-AACA--C-AT-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTCAC--------T-AACAAGCAAAAC------AA----------AC-ATTACC-AAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGG---TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAT-GCACGTTTTT-ACTTGAA-AG-CN-NNNNNNNNN-NNNNNNNN--NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNCATC-ACCAAGGTACA--GTAAAGC--ATGT--ACTTC-TTTCT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TATAA-TATA-GTACTTC-G--A--ATATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ACACGC-GAG-GAGATATAT-CCC-CCA----CCG--CCAA-CCAAT-AATACATCATGTTATGTATATAC-CTTGCCTGATAAGGGCTACATGTATAGGCAT-AAGAACG-AAAGAGGGGAAAATAGTCAG-GCCCat
gi|20 : --CCAA-CCAAAAAAGCC------TTAAATATATTC-CTTACCTGAAAAGGGCTAC------AGGCATAAAGAATG-AAAAAGGGG-AG
gi|21 : cc-AAA-----AAAGTTTAA-CAG-AAACAC-GCAAGTTTTA-AATTGAA-AG-
gi|3 : AAAAAT---GT--TCC-AGCTACA-A---------------A-AAACTATCAAAA--TTT-AACA--C-AAGCG------------CTTAT---TTTAT-AATGAAAT---TTTAAAAACAATCTTGAAAAAGTTTTGACTAAG---CAACCGTCTGCAATGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTAACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTACAAATGTACT-AACAAGCAAAAT------AA----------AC-A-TACC-AAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGTA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAA-CGG-AAACAT-GCAGGTTTTT-ACTTGAA-AG-CC-ATTGCCCTC-GAGGAATA--GGCT--GAATAAATCCTCATATCCGTGCAATCA--CTGTATGCACTTCTTTCTGGGGCTA----GT-----A-----CTATCAATGTACA-TGT---AC--ATG-------------T--AAT-AT----TGTACT--TCA---------------------G--A--AAATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ATACGC-GAG-GAGATGTA--CATGTCA----CTG--CCAA-CCAATAAAGACATAA-GTTATGTATATTC-CTTGCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGGAGAACG-AAAGAGGGG-AGATAGTCAG-GTCCgtcattgt
gi|4 : tATTTGATT-AAA--G-AGG---------TCAATCAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACT----TC-------A-------A-------A--------TTTT-TTGGT-C----A-TA----AAC----TA-TAACTTTATAAAAA-----AAAAATAT---GT--TCC-AGCTAT--------------TAGAATTAACCATCATAA--T-----CA--C-----------------------------------GAAAT---TTAAATA--------------GCCTTAATAAAGTCTTATACCGCTGCAGTGGCATAT-TCAGGAATTTCAGAAGGAccagttgg
gi|5 : aggttattgtttgaaagtccacaactctgaaagctcaaaagtcagaaggttcattcattagttcaaagcccacgagtccaaaggttcactattccaaaCAG-CGCCTGGA--ACCCGGCCTTACTTGCTCCTGTTTCTGAACTCTAT-GAAT----AAAGTAGCG-CGG-AAACAC-GCACTTGTTTAATTTGAA-AG-TC-GTTGCCCTCAGGGATAGT--GGTT--CTTTTACG--TTGACAGAATCTCATCATCCCCCTCATTTGCTCCGTGCATATAAATGTATCATTAA-----C-ACCAAGATACA--GTGAAAC--ATGC--ACTTCGTTTTT--GG----------------------GAAA-ACTAGGTACTTTAGACA--ATATATAATAACTTGTGAA-TA
gi|6 : tT-ATATGATCAATAA-----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTT-------G-C-------------------TA-TAATTAAGTAGATA-----ATAAATAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAT--TT--AACA--TGAG-TG------------ATTAT---
gi|7 : gtcagcccacgagtccgaaggttcaacgagtccgaaagcccacgagtccgaaggttcacgaagtcctaaaATTTTATT-AAA--ACAGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-C-A---CATAT--GCACT----TC-------AAATATG-A-------AA-TACGA-TTTT-CTGGC-C----A-T-----AA-----TA-TAATTTAGTGGAGAT----GAGAAAAT---GT--TCC-AGCCATA-AT--TAT---AAAAGAA-AAACTATCATAA--TTACAGCAGCC-CC-CGGGGGGGCCCCCCCTTAT---TTTATG-ATGAGAT---TAAAATA--------------GTTTAGATAAAG---ggatataatt
gi|8 : TTTGATTTAAA--C-AGGCTTAAATGGTCATTAAA----TTAC--ACCAA---C-TAT--GCACT----TCCAAAT--A-------A-------AATTATGATTTTT-CTGGG-CCTTAA-CTCATTAAT----TA--GATGGAGAAGAGG-----GAAAAATT---GTTATCCAAGCCATATAT-ATATAAAAATAG-ATAAACTATCATAATTTT--ACCA--C-AG-CG------------C-TATCTGTTTATG-ATGATAT---TTAAATA--------------GTTTtcagcg
gi|9 : TT-AAAAGG-AGGCT-AGGTGGTCAATG-------TAC--A-CAT---TATAT--CCACC----TC-------AGATTATGA-------AA-TGTGGTTTTT-CTAGC-C----A-------ATT----TAGTAATTAAACCCAAA-----AAAAATATCACGG--TCC-AGTTAT---T-ATAT---AA-ACAATTTCCTGT----A--TT---ACA--G-AG-CC------------GTT-T---TCCACAAAT-AGGTTTATTAAATA--------------GTCTT-ACTAAG---CAGCCCTCTcagata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTTTCTCGGGTGTCTGGCCACGAGTCTGAAGGTAAGTCTGAAAGCTCAGGAGTCCGAAGGTTCCAATTAGTCTGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CCACCGAGTCCCGGAGGTCACTGTCTTCCGAAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 444444444444444444444444 11111 111 111111111111111 111 333333333333333333333 11 111 22222222222222 11 22222 3333333333 1 4444444444444 2222222 111 1 1 111 2222222 111 1111 1 22222 11111111 11 11111 6666666666666666666 22 11 11 666666666666666666666666666666666666 1111111 22 1 1 1 11 2222 11 1 22222 11 1
lowQualScore : 5 7777 4 0 8888 55 4 777 55 8888 77777777777777777777777 4 4 888888888888888888888888 4 0 1 1 55555 1 444 55 4 444444444444444 33 66 777 999999999999999999999 0 0 888 88 000 1 1 99999999999999 888 6 11 00000 8 8 1111111111 0 8888888888888 6666666 8 777 0 6 3 8 8 99 99 111 1111111 111 5 2222 0 5 5 1 0 1 5 5 5 999 44 11 66666 888 33333333 1 11 66666 0 1 3 1 1 1 222 1 0000000000000000000 3 88 8 11 99 88 111111111111111111111111111111111111 5555555 0 11 8 3 1 3 3 88 8888 3 33 0 0 00000 6 44 6 77777 3 0 8 8 0
lowQualScore : . .... . . .... .. . ... .. .... ....................... . . ........................ . . . . ..... . ... .. . ............... .. .. ... ..................... . . ... .. ... . . .............. ... . .. ..... . . .......... . ............. ....... . ... . . . . . .. .. ... ....... ... . .... . . . . . . . . . ... .. .. ..... ... ........ . .. ..... . . . . . . ... . ................... . .. . .. .. .. .................................... ....... . .. . . . . . .. .... . .. . . ..... . .. . ..... . . . . .
lowQualScore : 0 0000 0 1 5555 55 0 000 55 5555 00000000000000000000000 0 4 222222222222222222222222 4 8 0 9 66666 2 000 55 0 000000000000000 77 11 000 999999999999999999999 1 1 888 44 000 0 0 44444444444444 888 7 00 00000 0 0 0000000000 5 5555555555555 0000000 8 555 0 7 3 0 0 22 22 777 7777777 777 7 1111 4 7 7 4 7 0 7 7 7 666 22 77 00000 777 88888888 0 00 55555 8 0 0 0 0 0 888 0 2222222222222222222 2 44 2 00 00 66 444444444444444444444444444444444444 8888888 8 22 0 3 0 3 3 33 3333 7 88 0 8 00000 0 44 0 44444 2 8 0 0 0
consensus : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACA-TGTGAAGC--ATGC--ACTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
Reference ( family-39 ) : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTANTT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGANA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACA-TGTGAAGC--ATGC--ACTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCGG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
gi|1 : ATTTGATT-AA---G-AGGCT-GAA-GGT--ATAAAGGAATAACCAA-TAATACCATACTACAACCATTATG-------A-------A-------AT-TATGATTTTTTCTGGCGC----AAC-----AAT----TA-C--TTATATAGGGACTGGGAAAAAAAT---GT--TCC-AGCTGCA-ATTATAT---AA-AGA-CAAACTATCATAA--TT--AACAC-C-CT-CG------------CTTAT---TTTATG-ATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAAGCCTCTGCAGTGGCG-ATGCCAGGGATGTCAGAAGGAG--GGTGACA-----GTGAAAATT-CGAT-GTCTGGGATTTTAC--------TCCACAAGC-AAAC------AATATCCAAAA-TGCAAAACAAAAAAAGGCTCTCAAAAAACGGGGGTGGGGGTTTCGCCAGTTGC-TGGATTTCC--TCCTT---TGC-C-------TGAA---TAT-TAATAATAAAAGTTCAGCCGGTAAACACTGCACGTTTAAACTT-GAATA-G-CACATTGTCCTC--GAAATAATG--GTT-CTTTT-TGGCTGAATA-AAAAGTCTCCA--TAATTCATCCATCATACCCACCTGGAGACGT--------------CCAAG---CA-----AAGCAAATGCCAACTTC-TTTTCTGGGT-CTTATAGGTACTAATCAAGTGTAATTATATGTACATCGA--A--ATATAAAAT-AC-TGTGAATTAATAAAACGCAGAGAGTGATGTATGCCCCCCATTTGCAGGACCAACCCAATAAAGACATCA-TGTA-GTATATCCCTT--CCTGATTAAGGTTACATGTATAGGCCAGAAGAACGA----AGAGG-AGATAGGCAG-GCCC
gi|10 : agcccctatccgaaggttcagatccgaagcccacaagtccgaT-ATATGATCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTTG--CT-------------------T----TA-TC-TTAAGTAGATA-----ATAAAAGTCCAGT--TCC-AG-TATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAA--cttt
gi|11 : tcagcccacgagtccgaaggttcacgagtcgaaagcccaccgagtccgcaaggtttcacgaagtcctaaaATTTGATT-GAA--G-GGGAT-AAATAGTCAATAAG----TTAC--A-CAA---CATGT--TCACC----TCTAAATAGG-------A-------AA-TATGATTTTT-CT--T-C------C-----AATAAACAA-TAATTTAGTAGATA-----GAAAACA----GT--TCC-AGCTA
gi|12 : aagcccacgagtccaaaggcacattagctcatgagtccaaaATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---AATAT--CCTCT----TC-------A-------A-------AA-TTTGA
gi|13 : tagggtgtctgcccacactccttttgagtcactagtccgaaagcccacgagtccgaagttcacgagtccgaaTAAT---CAGCCCTCTGTAGTGGCGTGT-CTAGAAACGTCAGATGGGT--GGGGATA-----GTAGCAGAT-C--TGGTCTGGGA-ATTAT--------C-AAGAAGCGAAACAAAACAA------AACG-T-----AC--AAAAAGACTATC---AAGC-Gaaaatgattta
gi|14 : GCCAG-TGC-TAGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA----ATAAAAT----GAAATTTAG-CGG-AAACAC-GCAT-TTTTTAATT-GAA-A-G-G-TGTTGCCCTTGGGGAATATGG--ATTGGATTTATATCT
gi|15 : AAA--------------ATCTTGACTAGC---CAACCGTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGAGATTTGACAAGGATAAGGGGGGAAGGGGGTGAGAAATCCGGTGGTCTGAGA-TTTAC--------T-AAtcatatccccc
gi|16 : tagtctagatGGA--CTC--GCCTG---TGCTC-------TGAA---TAT-GAAT----AAAGTTTAA-CGG-AAACACGGCACG-TTTTAATT-GAA-A-GTC-CGTTGCCCTAGAGG-ATAT-G--GTT-TCTTTAC
gi|17 : AATAAAAACA----GTCATGTATATTCTTTTACCTGA-AAAGGTTA------TAGGCATGCA--ACGAAAAGAGGGG-AGATATTCAGAGCCCtgta
gi|18 : -----C-ACCAAGGTGCATTGTGAAGC--ATGCA-ACTTT-GTTTT--GGGACT----AGTA-T-A--AA-TGCAA-TATC-GTACTTCAG--AATATATATAATAAT-TGTGAA-aagcttggtctcctagga
gi|2 : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAT--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGG-C----A-C-----AAT----TA-TAATTTAGTGGAGG-----GAACAAAT----T--TCC-AGCTGCA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TTA-AACA--C-AT-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTCAC--------T-AACAAGCAAAAC------A------AACATT-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGT--GGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAT-GCACGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNCATC-ACCAAGGTACA--GTAAAGC--ATGT--ACTTC-TTTCT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TATAA-TATA-GTACTTC-G--A--ATATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ACACGC-GAG-GAGATATAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAAT-AATACATCATGTTATGTATATACCTT-GCCTGATAAGGGCTACATGTATAGGCAT-AAGAACGAAA-GAGGGGAAAATAGTCAG-GCCCat
gi|20 : --CCAA-CCAAAAAAGCC------TTAAATATATTCCTT-ACCTGAAAAGGGCTAC------AGGCATAAAGAATGAAA-AAGGGG-AG
gi|21 : cc-AAA-----AAAGTTTAA-CAG-AAACAC-GCAAGTTTTAAATT-GAA-AGG-T-CATTG
gi|3 : AAAAAT---GT--TCC-AGCTACA-A---------------A-AAACTATCAAAA--TTT-AACA--C-AAGCG------------CTTAT---TTTAT-AATGAAAT---TTTAAAAACAATCTTGAAAAAGTTTTGACTAAG---CAACCGTCTGCAATGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTAACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTACAAATGTACT-AACAAGCAAAAT------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGTA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAA-CGG-AAACAT-GCAGGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-CATTGCCCTCGAGGAATA--G--GCT-GAATAAATCCTC-ATATCCGTGCAATCA--CTGTATGCACTTCTTTCTGGGGCTA----GT-----A-----CTATCAATGTACA-TGT---AC--AT----------------------------GTAAT-AT----TGT----------ACTTCAG--A--AAATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ATACGC-GAG-GAGATGTAC--ATGTCA----CTG--CCAA-CCAATAAAGACATAA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGGAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GTCCt
gi|4 : tATTTGATT-AAA--G-AGG---------TCAATCAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACT----TC-------A-------A-------A--------TTTT-TTGGT-C----A-TA----AAC----TA-TAACTTTATAAAAA-----AAAAATAT---GT--TCC-AGCTAT--------------TAGAATTAACCATCATAA--T-----CA--C-----------------------------------GAAAT---TTAAATA--------------GCCTTAATAAAGTCTTATACCGCTGCAGTGGCATAT-TCAGGAATTTCAGAAGGAccagttgg
gi|5 : aggttattgtttgaaagtccacaactctgaaagctcaaaagtcagaaggttcattcattagttcaaagcccacgagtccaaaggttcactattccaaaCAG-CGCCTGGA--ACCCGGCCTTACTTGCTCCTGTTTCTGAACTCTAT-GAAT----AAAGTAGCG-CGG-AAACAC-GCACTTGTTTAATTTGAA-A-G-T-CGTTGCCCTCAGGGA-TA--GTGGTT-CTTTTACG--TTGACA-GAATCTCATCATCCCCCTCATTTGCTCCGTGCATATAAATGTATCATTAA-----C-ACCAAGATACA--GTGAAAC--ATGC--ACTTCGTTTTT--GG---G----AAAACT-A--------------G-GTACTTTAGACA--ATATATAATAACTTGTGAA-TA
gi|6 : tT-ATATGATCAATAA-----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTT-------G-C-------------------TA-TAATTAAGTAGATA-----ATAAATAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAT--TT--AACA--TGAG-TG------------ATTAT---
gi|7 : gtcagcccacgagtccgaaggttcaacgagtccgaaagcccacgagtccgaaggttcacgaagtcctaaaATTTTATT-AAA--ACAGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-C-A---CATAT--GCACT----TC-------AAATATG-A-------AA-TACGA-TTTT-CTGGC-C----A-T-----AA-----TA-TAATTTAGTGGAGAT----GAGAAAAT---GT--TCC-AGCCATA-AT--TAT---AAAAGAA-AAACTATCATAA--TTACAGCAGCC-CC-CGGGGGGGCCCCCCCTTAT---TTTATG-ATGAGAT---TAAAATA--------------GTTTAGATAAAG---ggatataatt
gi|8 : TTTGATTTAAA--C-AGGCTTAAATGGTCATTAAA----TTAC--ACCAA---C-TAT--GCACT----TCCAAAT--A-------A-------AATTATGATTTTT-CTGGG-CCTTAA-CTCATTAAT----TA--GATGGAGAAGAGG-----GAAAAATT---GTTATCCAAGCCATATAT-ATATAAAAATAG-ATAAACTATCATAATTTT--ACCA--C-AG-CG------------C-TATCTGTTTATG-ATGATAT---TTAAATA--------------GTTTtcagcg
gi|9 : TT-AAAAGG-AGGCT-AGGTGGTCAATG-------TAC--A-CAT---TATAT--CCACC----TC-------AGATTATGA-------AA-TGTGGTTTTT-CTAGC-C----A-------ATT----TAGTAATTAAACCCAAA-----AAAAATATCACGG--TCC-AGTTAT---T-ATAT---AA-ACAATTTCCTGT----A--TT---ACA--G-AG-CC------------GTT-T---TCCACAAAT-AGGTTTATTAAATA--------------GTCTT-ACTAAG---CAGCCCTCTcagata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTTTCTCGGGTGTCTGGCCACGAGTCTGAAGGTAAGTCTGAAAGCTCAGGAGTCCGAAGGTTCCAATTAGTCTGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CCACCGAGTCCCGGAGGTCACTGTCTTCCGAAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 444444444444444444444444 11111 111 111111111111111 111 333333333333333333333 11 111 22222222222222 11 22222 3333333333 1 4444444444444 2222222 111 1 1 111 2222222 111 1111 1 22222 11111111 11111 6666666666666666666 22 11 1111 666666666666666666666666666666666666 11111 22 1 1 1 11 2222 11 1 22222 11 1
lowQualScore : 5 7777 4 0 8888 55 4 777 55 8888 77777777777777777777777 4 4 888888888888888888888888 4 0 1 1 55555 1 444 55 4 444444444444444 33 66 777 999999999999999999999 0 0 888 88 000 1 1 99999999999999 888 6 11 00000 8 8 1111111111 0 8888888888888 6666666 8 777 0 6 3 8 8 99 99 111 1111111 111 5 2222 0 5 5 1 0 1 5 5 5 999 44 11 66666 888 55555555 99 66666 0 1 3 1 1 1 222 1 0000000000000000000 3 88 8 11 4444 88 111111111111111111111111111111111111 3 33333 0 11 8 3 1 3 3 88 8888 3 33 0 0 00000 6 44 6 77777 3 0 8 8 0
lowQualScore : . .... . . .... .. . ... .. .... ....................... . . ........................ . . . . ..... . ... .. . ............... .. .. ... ..................... . . ... .. ... . . .............. ... . .. ..... . . .......... . ............. ....... . ... . . . . . .. .. ... ....... ... . .... . . . . . . . . . ... .. .. ..... ... ........ .. ..... . . . . . . ... . ................... . .. . .. .... .. .................................... . ..... . .. . . . . . .. .... . .. . . ..... . .. . ..... . . . . .
lowQualScore : 0 0000 0 1 5555 55 0 000 55 5555 00000000000000000000000 0 4 222222222222222222222222 4 8 0 9 66666 2 000 55 0 000000000000000 77 11 000 999999999999999999999 1 1 888 44 000 0 0 44444444444444 888 7 00 00000 0 0 0000000000 5 5555555555555 0000000 8 555 0 7 3 0 0 22 22 777 7777777 777 7 1111 4 7 7 4 7 3 7 7 7 666 22 77 00000 777 66666666 00 55555 8 0 0 0 0 0 888 0 2222222222222222222 2 44 2 00 8888 66 444444444444444444444444444444444444 8 00000 8 22 0 3 0 3 3 33 3333 7 88 0 8 00000 0 44 0 44444 2 8 0 0 0
consensus : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
Reference ( family-39 ) : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
gi|1 : ATTTGATT-AA---G-AGGCT-GAA-GGT--ATAAAGGAATAACCAA-TAATACCATACTACAACCATTATG-------A-------A-------AT-TATGATTTTTTCTGGCGC----AAC-----AAT----TA-C--TTATATAGGGACTGGGAAAAAAAT---GT--TCC-AGCTGCA-ATTATAT---AA-AGA-CAAACTATCATAA--TT--AACAC-C-CT-CG------------CTTAT---TTTATG-ATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAAGCCTCTGCAGTGGCG-ATGCCAGGGATGTCAGAAGGAG--GGTGACA-----GTGAAAATT-CGAT-GTCTGGGATTTTAC--------TCCACAAGC-AAAC------AATATCCAAAA-TGCAAAACAAAAAAAGGCTCTCAAAAAACGGGGGTGGGGGTTTCGCCAGTTGC-TGGATTTCC--TCCTT---TGC-C-------TGAA---TAT-TAATAATAAAAGTTCAGCCGGTAAACACTGCACGTTTAAACTT-GAATA-G-CACATTGTCCTC--GAAATAATG--GTT-CTTTT-TGGCTGAATA-AAAAGTCTCCA--TAATTCATCCATCATACCCACCTGGAGACGT--------------CCAAG---CA-----AAGCAAATGCCAA-CTTC-TTTTCTGGGT-CTTATAGGTACTAATCAAGTGTAATTATATGTACATCGA--A--ATATAAAAT-AC-TGTGAATTAATAAAACGCAGAGAGTGATGTATGCCCCCCATTTGCAGGACCAACCCAATAAAGACATCA-TGTA-GTATATCCCTT--CCTGATTAAGGTTACATGTATAGGCCAGAAGAACGA----AGAGG-AGATAGGCAG-GCCC
gi|10 : agcccctatccgaaggttcagatccgaagcccacaagtccgaT-ATATGATCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTTG--CT-------------------T----TA-TC-TTAAGTAGATA-----ATAAAAGTCCAGT--TCC-AG-TATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAA--cttt
gi|11 : tcagcccacgagtccgaaggttcacgagtcgaaagcccaccgagtccgcaaggtttcacgaagtcctaaaATTTGATT-GAA--G-GGGAT-AAATAGTCAATAAG----TTAC--A-CAA---CATGT--TCACC----TCTAAATAGG-------A-------AA-TATGATTTTT-CT--T-C------C-----AATAAACAA-TAATTTAGTAGATA-----GAAAACA----GT--TCC-AGCTA
gi|12 : aagcccacgagtccaaaggcacattagctcatgagtccaaaATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---AATAT--CCTCT----TC-------A-------A-------AA-TTTGA
gi|13 : tagggtgtctgcccacactccttttgagtcactagtccgaaagcccacgagtccgaagttcacgagtccgaaTAAT---CAGCCCTCTGTAGTGGCGTGT-CTAGAAACGTCAGATGGGT--GGGGATA-----GTAGCAGAT-C--TGGTCTGGGA-ATTAT--------C-AAGAAGCGAAACAAAACAA------AACG-T-----AC--AAAAAGACTATC---AAGC-Gaaaatgattta
gi|14 : GCCAG-TGC-TAGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA----ATAAAAT----GAAATTTAG-CGG-AAACAC-GCAT-TTTTTAATT-GAA-A-G-G-TGTTGCCCTTGGGGAATATGG--ATTGGATTTATATCTTCATA-
gi|15 : AAA--------------ATCTTGACTAGC---CAACCGTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGAGATTTGACAAGGATAAGGGGGGAAGGGGGTGAGAAATCCGGTGGTCTGAGA-TTTAC--------T-AAtccccc
gi|16 : tagtctagatGGA--CTC--GCCTG---TGCTC-------TGAA---TAT-GAAT----AAAGTTTAA-CGG-AAACACGGCACG-TTTTAATT-GAA-A-GTC-CGTTGCCCTAGAGG-ATAT-G--GTT-TCTTTAC
gi|17 : AATAAAAACA----GTCATGTATATTCTTTTACCTGA-AAAGGTTA------TAGGCATGCA--ACGAAAAGAGGGG-AGATATTCAGAGCCCtgta
gi|18 : -----C-ACCAAGGTGCATTGTGAAGC--ATGC--AACTTT-GTTTT--GGGACT----AGTA-T-A--AA-TGCAA-TATC-GTACTTCAG--AATATATATAATAAT-TGTGAA-aagcttggtctcctagga
gi|2 : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAT--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGG-C----A-C-----AAT----TA-TAATTTAGTGGAGG-----GAACAAAT----T--TCC-AGCTGCA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TTA-AACA--C-AT-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTCAC--------T-AACAAGCAAAAC------A------AACATT-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGT--GGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAT-GCACGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNCATC-ACCAAGGTACA--GTAAAGC--ATGT--A-CTTC-TTTCT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TATAA-TATA-GTACTTC-G--A--ATATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ACACGC-GAG-GAGATATAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAAT-AATACATCATGTTATGTATATACCTT-GCCTGATAAGGGCTACATGTATAGGCAT-AAGAACGAAA-GAGGGGAAAATAGTCAG-GCCCat
gi|20 : --CCAA-CCAAAAAAGCC------TTAAATATATTCCTT-ACCTGAAAAGGGCTAC------AGGCATAAAGAATGAAA-AAGGGG-AG
gi|21 : cc-AAA-----AAAGTTTAA-CAG-AAACAC-GCAAGTTTTAAATT-GAA-AGG-T-CATTG
gi|3 : AAAAAT---GT--TCC-AGCTACA-A---------------A-AAACTATCAAAA--TTT-AACA--C-AAGCG------------CTTAT---TTTAT-AATGAAAT---TTTAAAAACAATCTTGAAAAAGTTTTGACTAAG---CAACCGTCTGCAATGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTAACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTACAAATGTACT-AACAAGCAAAAT------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGTA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAA-CGG-AAACAT-GCAGGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-CATTGCCCTCGAGGAATA--G--GCT-GAATAAATCCTC-ATATCCGTGCAATCA--CTGTATGCACTTCTTTCTGGGGCTA----GT-----A-----CTATCAATGTACAT-GT---AC--AT-----------------------------GTAAT-AT----TGT----------ACTTCAG--A--AAATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ATACGC-GAG-GAGATGTAC--ATGTCA----CTG--CCAA-CCAATAAAGACATAA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGGAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GTCCt
gi|4 : tATTTGATT-AAA--G-AGG---------TCAATCAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACT----TC-------A-------A-------A--------TTTT-TTGGT-C----A-TA----AAC----TA-TAACTTTATAAAAA-----AAAAATAT---GT--TCC-AGCTAT--------------TAGAATTAACCATCATAA--T-----CA--C-----------------------------------GAAAT---TTAAATA--------------GCCTTAATAAAGTCTTATACCGCTGCAGTGGCATAT-TCAGGAATTTCAGAAGGAccagttgg
gi|5 : aggttattgtttgaaagtccacaactctgaaagctcaaaagtcagaaggttcattcattagttcaaagcccacgagtccaaaggttcactattccaaaCAG-CGCCTGGA--ACCCGGCCTTACTTGCTCCTGTTTCTGAACTCTAT-GAAT----AAAGTAGCG-CGG-AAACAC-GCACTTGTTTAATTTGAA-A-G-T-CGTTGCCCTCAGGGA-TA--GTGGTT-CTTTTACG--TTGACA-GAATCTCATCATCCCCCTCATTTGCTCCGTGCATATAAATGTATCATTAA-----C-ACCAAGATACA--GTGAAAC--ATGC--A-CTTCGTTTTT--GG---G----AAAACT-A--------------G-GTACTTTAGACA--ATATATAATAACTTGTGAA-TA
gi|6 : tT-ATATGATCAATAA-----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTT-------G-C-------------------TA-TAATTAAGTAGATA-----ATAAATAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAT--TT--AACA--TGAG-TG------------ATTAT---
gi|7 : gtcagcccacgagtccgaaggttcaacgagtccgaaagcccacgagtccgaaggttcacgaagtcctaaaATTTTATT-AAA--ACAGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-C-A---CATAT--GCACT----TC-------AAATATG-A-------AA-TACGA-TTTT-CTGGC-C----A-T-----AA-----TA-TAATTTAGTGGAGAT----GAGAAAAT---GT--TCC-AGCCATA-AT--TAT---AAAAGAA-AAACTATCATAA--TTACAGCAGCC-CC-CGGGGGGGCCCCCCCTTAT---TTTATG-ATGAGAT---TAAAATA--------------GTTTAGATAAAG---ggatataatt
gi|8 : TTTGATTTAAA--C-AGGCTTAAATGGTCATTAAA----TTAC--ACCAA---C-TAT--GCACT----TCCAAAT--A-------A-------AATTATGATTTTT-CTGGG-CCTTAA-CTCATTAAT----TA--GATGGAGAAGAGG-----GAAAAATT---GTTATCCAAGCCATATAT-ATATAAAAATAG-ATAAACTATCATAATTTT--ACCA--C-AG-CG------------C-TATCTGTTTATG-ATGATAT---TTAAATA--------------GTTTtcagcg
gi|9 : TT-AAAAGG-AGGCT-AGGTGGTCAATG-------TAC--A-CAT---TATAT--CCACC----TC-------AGATTATGA-------AA-TGTGGTTTTT-CTAGC-C----A-------ATT----TAGTAATTAAACCCAAA-----AAAAATATCACGG--TCC-AGTTAT---T-ATAT---AA-ACAATTTCCTGT----A--TT---ACA--G-AG-CC------------GTT-T---TCCACAAAT-AGGTTTATTAAATA--------------GTCTT-ACTAAG---CAGCCCTCTcagata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTTTCTCGGGTGTCTGGCCACGAGTCTGAAGGTAAGTCTGAAAGCTCAGGAGTCCGAAGGTTCCAATTAGTCTGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CCACCGAGTCCCGGAGGTCACTGTCTTCCGAAA
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555 444444444444444444444444 11111 111 111111111111111 111 333333333333333333333 11 111 22222222222222 11 22222 3333333333 1 4444444444444 2222222 111 1 1 111 2222222 111 1111 1 22222 11111111 11111 6666666666666666666 22 11 1111 666666666666666666666666666666666666 11111 22 1 1 1 11 2222 11 1 22222 11 1
lowQualScore : 5 7777 4 0 8888 55 4 777 55 8888 77777777777777777777777 4 4 888888888888888888888888 4 0 1 1 55555 1 444 55 4 444444444444444 33 66 777 999999999999999999999 0 0 888 88 000 1 1 99999999999999 888 6 11 00000 8 8 1111111111 0 8888888888888 6666666 8 777 0 6 3 8 8 99 99 111 1111111 111 5 2222 0 5 5 1 0 1 5 5 5 999 44 11 66666 888 55555555 99 66666 0 1 3 1 1 1 222 1 0000000000000000000 3 88 8 11 4444 88 111111111111111111111111111111111111 3 33333 0 11 8 3 1 3 3 88 8888 3 33 0 0 00000 6 44 6 77777 3 0 8 8 0
lowQualScore : . .... . . .... .. . ... .. .... ....................... . . ........................ . . . . ..... . ... .. . ............... .. .. ... ..................... . . ... .. ... . . .............. ... . .. ..... . . .......... . ............. ....... . ... . . . . . .. .. ... ....... ... . .... . . . . . . . . . ... .. .. ..... ... ........ .. ..... . . . . . . ... . ................... . .. . .. .... .. .................................... . ..... . .. . . . . . .. .... . .. . . ..... . .. . ..... . . . . .
lowQualScore : 0 0000 0 1 5555 55 0 000 55 5555 00000000000000000000000 0 4 222222222222222222222222 4 8 0 9 66666 2 000 55 0 000000000000000 77 11 000 999999999999999999999 1 1 888 44 000 0 0 44444444444444 888 7 00 00000 0 0 0000000000 5 5555555555555 0000000 8 555 0 7 3 0 0 22 22 777 7777777 777 7 1111 4 7 7 4 7 3 7 7 7 666 22 77 00000 777 66666666 00 55555 8 0 0 0 0 0 888 0 2222222222222222222 2 44 2 00 8888 66 444444444444444444444444444444444444 8 00000 8 22 0 3 0 3 3 33 3333 7 88 0 8 00000 0 44 0 44444 2 8 0 0 0
consensus : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
Reference ( family-39 ) : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
gi|1 : ATTTGATT-AA---G-AGGCT-GAA-GGT--ATAAAGGAATAACCAA-TAATACCATACTACAACCATTATG-------A-------A-------AT-TATGATTTTTTCTGGCGC----AAC-----AAT----TA-C--TTATATAGGGACTGGGAAAAAAAT---GT--TCC-AGCTGCA-ATTATAT---AA-AGA-CAAACTATCATAA--TT--AACAC-C-CT-CG------------CTTAT---TTTATG-ATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAAGCCTCTGCAGTGGCG-ATGCCAGGGATGTCAGAAGGAG--GGTGACA-----GTGAAAATT-CGAT-GTCTGGGATTTTAC--------TCCACAAGC-AAAC------AATATCCAAAA-TGCAAAACAAAAAAAGGCTCTCAAAAAACGGGGGTGGGGGTTTCGCCAGTTGC-TGGATTTCC--TCCTT---TGC-C-------TGAA---TAT-TAATAATAAAAGTTCAGCCGGTAAACACTGCACGTTTAAACTT-GAATA-G-CACATTGTCCTC--GAAATAATG--GTT-CTTTT-TGGCTGAATA-AAAAGTCTCCA--TAATTCATCCATCATACCCACCTGGAGACGT--------------CCAAG---CA-----AAGCAAATGCCAA-CTTC-TTTTCTGGGT-CTTATAGGTACTAATCAAGTGTAATTATATGTACATCGA--A--ATATAAAAT-AC-TGTGAATTAATAAAACGCAGAGAGTGATGTATGCCCCCCATTTGCAGGACCAACCCAATAAAGACATCA-TGTA-GTATATCCCTT--CCTGATTAAGGTTACATGTATAGGCCAGAAGAACGA----AGAGG-AGATAGGCAG-GCCC
gi|10 : agcccctatccgaaggttcagatccgaagcccacaagtccgaT-ATATGATCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTTG--CT-------------------T----TA-TC-TTAAGTAGATA-----ATAAAAGTCCAGT--TCC-AG-TATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAA--cttt
gi|11 : tcagcccacgagtccgaaggttcacgagtcgaaagcccaccgagtccgcaaggtttcacgaagtcctaaaATTTGATT-GAA--G-GGGAT-AAATAGTCAATAAG----TTAC--A-CAA---CATGT--TCACC----TCTAAATAGG-------A-------AA-TATGATTTTT-CT--T-C------C-----AATAAACAA-TAATTTAGTAGATA-----GAAAACA----GT--TCC-AGCTA
gi|12 : aagcccacgagtccaaaggcacattagctcatgagtccaaaATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---AATAT--CCTCT----TC-------A-------A-------AA-TTTGA
gi|13 : tagggtgtctgcccacactccttttgagtcactagtccgaaagcccacgagtccgaagttcacgagtccgaaTAAT---CAGCCCTCTGTAGTGGCGTGT-CTAGAAACGTCAGATGGGT--GGGGATA-----GTAGCAGAT-C--TGGTCTGGGA-ATTAT--------C-AAGAAGCGAAACAAAACAA------AACG-T-----AC--AAAAAGACTATC---AAGC-Gaaaatgattta
gi|14 : GCCAG-TGC-TAGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA----ATAAAAT----GAAATTTAG-CGG-AAACAC-GCAT-TTTTTAATT-GAA-A-G-G-TGTTGCCCTTGGGGAATATGG--ATTGGATTTATATCTTCATA-
gi|15 : AAA--------------ATCTTGACTAGC---CAACCGTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGAGATTTGACAAGGATAAGGGGGGAAGGGGGTGAGAAATCCGGTGGTCTGAGA-TTTAC--------T-AAtccccc
gi|16 : tagtctagatGGA--CTC--GCCTG---TGCTC-------TGAA---TAT-GAAT----AAAGTTTAA-CGG-AAACACGGCACG-TTTTAATT-GAA-A-GTC-CGTTGCCCTAGAGG-ATAT-G--GTT-TCTTTAC
gi|17 : AATAAAAACA----GTCATGTATATTCTTTTACCTGA-AAAGGTTA------TAGGCATGCA--ACGAAAAGAGGGG-AGATATTCAGAGCCCtgta
gi|18 : -----C-ACCAAGGTGCATTGTGAAGC--ATGC--AACTTT-GTTTT--GGGACT----AGTA-T-A--AA-TGCAA-TATC-GTACTTCAG--AATATATATAATAAT-TGTGAA-aagcttggtctcctagga
gi|2 : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTAT--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGG-C----A-C-----AAT----TA-TAATTTAGTGGAGG-----GAACAAAT----T--TCC-AGCTGCA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TTA-AACA--C-AT-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTCAC--------T-AACAAGCAAAAC------A------AACATT-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGT--GGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAT-GCACGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N--NNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNCATC-ACCAAGGTACA--GTAAAGC--ATGT--A-CTTC-TTTCT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TATAA-TATA-GTACTTC-G--A--ATATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ACACGC-GAG-GAGATATAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAAT-AATACATCATGTTATGTATATACCTT-GCCTGATAAGGGCTACATGTATAGGCAT-AAGAACGAAA-GAGGGGAAAATAGTCAG-GCCCat
gi|20 : --CCAA-CCAAAAAAGCC------TTAAATATATTCCTT-ACCTGAAAAGGGCTAC------AGGCATAAAGAATGAAA-AAGGGG-AG
gi|21 : cc-AAA-----AAAGTTTAA-CAG-AAACAC-GCAAGTTTTAAATT-GAA-AGG-T-CATTG
gi|3 : AAAAAT---GT--TCC-AGCTACA-A---------------A-AAACTATCAAAA--TTT-AACA--C-AAGCG------------CTTAT---TTTAT-AATGAAAT---TTTAAAAACAATCTTGAAAAAGTTTTGACTAAG---CAACCGTCTGCAATGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTAACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTACAAATGTACT-AACAAGCAAAAT------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGTA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAA-CGG-AAACAT-GCAGGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-CATTGCCCTCGAGGAATA--G--GCT-GAATAAATCCTC-ATATCCGTGCAATCA--CTGTATGCACTTCTTTCTGGGGCTA----GT-----A-----CTATCAATGTACAT-GT---AC--AT-----------------------------GTAAT-AT----TGT----------ACTTCAG--A--AAATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ATACGC-GAG-GAGATGTAC--ATGTCA----CTG--CCAA-CCAATAAAGACATAA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGGAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GTCCt
gi|4 : tATTTGATT-AAA--G-AGG---------TCAATCAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACT----TC-------A-------A-------A--------TTTT-TTGGT-C----A-TA----AAC----TA-TAACTTTATAAAAA-----AAAAATAT---GT--TCC-AGCTAT--------------TAGAATTAACCATCATAA--T-----CA--C-----------------------------------GAAAT---TTAAATA--------------GCCTTAATAAAGTCTTATACCGCTGCAGTGGCATAT-TCAGGAATTTCAGAAGGAccagttgg
gi|5 : aggttattgtttgaaagtccacaactctgaaagctcaaaagtcagaaggttcattcattagttcaaagcccacgagtccaaaggttcactattccaaaCAG-CGCCTGGA--ACCCGGCCTTACTTGCTCCTGTTTCTGAACTCTAT-GAAT----AAAGTAGCG-CGG-AAACAC-GCACTTGTTTAATTTGAA-A-G-T-CGTTGCCCTCAGGGA-TA--GTGGTT-CTTTTACG--TTGACA-GAATCTCATCATCCCCCTCATTTGCTCCGTGCATATAAATGTATCATTAA-----C-ACCAAGATACA--GTGAAAC--ATGC--A-CTTCGTTTTT--GG---G----AAAACT-A--------------G-GTACTTTAGACA--ATATATAATAACTTGTGAA-TA
gi|6 : tT-ATATGATCAATAA-----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------ATGTATGAAA-TATGATTT-------G-C-------------------TA-TAATTAAGTAGATA-----ATAAATAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAT--TT--AACA--TGAG-TG------------ATTAT---
gi|7 : gtcagcccacgagtccgaaggttcaacgagtccgaaagcccacgagtccgaaggttcacgaagtcctaaaATTTTATT-AAA--ACAGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-C-A---CATAT--GCACT----TC-------AAATATG-A-------AA-TACGA-TTTT-CTGGC-C----A-T-----AA-----TA-TAATTTAGTGGAGAT----GAGAAAAT---GT--TCC-AGCCATA-AT--TAT---AAAAGAA-AAACTATCATAA--TTACAGCAGCC-CC-CGGGGGGGCCCCCCCTTAT---TTTATG-ATGAGAT---TAAAATA--------------GTTTAGATAAAG---ggatataatt
gi|8 : TTTGATTTAAA--C-AGGCTTAAATGGTCATTAAA----TTAC--ACCAA---C-TAT--GCACT----TCCAAAT--A-------A-------AATTATGATTTTT-CTGGG-CCTTAA-CTCATTAAT----TA--GATGGAGAAGAGG-----GAAAAATT---GTTATCCAAGCCATATAT-ATATAAAAATAG-ATAAACTATCATAATTTT--ACCA--C-AG-CG------------C-TATCTGTTTATG-ATGATAT---TTAAATA--------------GTTTtcagcg
gi|9 : TT-AAAAGG-AGGCT-AGGTGGTCAATG-------TAC--A-CAT---TATAT--CCACC----TC-------AGATTATGA-------AA-TGTGGTTTTT-CTAGC-C----A-------ATT----TAGTAATTAAACCCAAA-----AAAAATATCACGG--TCC-AGTTAT---T-ATAT---AA-ACAATTTCCTGT----A--TT---ACA--G-AG-CC------------GTT-T---TCCACAAAT-AGGTTTATTAAATA--------------GTCTT-ACTAAG---CAGCCCTCTcagata
blockSeqs : T AGG T . . C . . . AATGTATGA T . GGGCCTTAACTCATTAAT G A T T A CCA TA A ATATATATAAAAAT TG TT ACA GCCCCCGGGGGGGCCCCCC CTG GA TTA T A ACAATCTTGAAAAA TCT . AA AGGGG C . AAATGTACT G AAAACAA TT C . . G . . C . CG ACT CTGTTTC CTC A . . . G A T . G TC GG AA TGG GGA ATATCTTC TC TCCCC N N N N N NNN N NNNNNNNNNCATC G TT G . AA GT GGTCTAGTACTATCAATATAATATA A AAT CT . . C . . . . C . . ATCAT T TA T ATGTA G A A A
blockSeqs : . AC . . . . . . . TAAATAGGA . . TCCAATAAAC . T T . C CAC . . AATATTTAGT TA . AA CAAGCG . AA . T G . . . . . . . C A A T C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G GA NN GTG TC NNNNNNNN N NNN A T T T T GGG T ATGTATCATTAAC G T A . A G GGGACTAGTATAAATGCAATATC A ACA T . . T . . . . T . . ATAA T G A ATGTA A . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . AATGTATGA . . GGTCATAAAC . T G . A . . . AATATATAAT TT . TA TGAGTG . A . A A . . . . . . . T A A T . . . . . . . . . . . . . . . C . . . C NN AA TG NN AATCCTC G CTG T G C G G ATA A GTACT G . G . A T GGGAAAACTAG A A . . . . A A A T . G . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . AGATTATGA . . GGGCACAAT . T A . A . . . AATATTTAGT TG . A CATCG . G . A T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . T GA A N GA ACGTTG A . . . . . GTAATATTGT . A . . . T G . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . AAATATGA . . GGCCATAA . A T . T . . . AATTATAAA TA . A CAGCG . G . A T . . . . . . . . . . . . . C . . . C AG A G CT
blockSeqs : . G . . . . . . . CAAATAA . . AGCCAATT . T G . T . . . TATATAA TT . . GAGCC . . . A T . . . . . . . A . . . T
blockSeqs : . C . . . . . . . AA . . GC . G G . A . . . AA A . . C . T . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . T . A A . A . . . T A .
blockSeqs : . . . . . . . AA . T . . .
blockSeqCons : **** ** *** ** **** AAATATGA*************** GGCCATAAT*************** ***** A** CAGCG**************** T********* ** **** C** GG TG*** ACGTCCTN ** A*** GGCTAGTATTGT************************ A**** C* A**** G*
originalCons : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TC-------A-------A-------AA-TATGATTTTT-CTGGN-C----A-C-----AAT----TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT--AACA--C-AN-CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAATA--G--GTT-NNTTTACGNCTCGATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTTT--GGT-CT----AGTACT-ATCAA-TGTAA-TATA-GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACATCA-GTTATGTATATTCCTT-GCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
finalCons : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTAC--A-CAA---CATAT--CCACC----TCAAATATGA---------------AA-TATGATTTTT-CTGGCCATAAT---------------TA-TAATTNAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TTA--ACACAGCG----------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTACT---------AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-GC--CGTTGCCCTCGGGGAATATG---GTT-NNTTTACGTCCTNATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A-----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGCA---CTTC-TTTTTGGCTAGTATTGT------------------------GTACTTCAGA----ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGACA----GTTATGTATATTCCTTG-CCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACGAAA-GAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTTTCTCGGGTGTCTGGCCACGAGTCTGAAGGTAAGTCTGAAAGCTCAGGAGTCCGAAGGTTCCAATTAGTCTGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CCACCGAGTCCCGGAGGTCACTGTCTTCCGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 2222222222 111111 11111 111 111111111111111 1111 444444444444444444444444 11 111 22222222222222 11 22222 3333333333 1 4444444444444 2222222 111 1 1 111 2222222 111 1111 1 11111 555555555555555555 22 11 11111 77777777777777777777777777777777777777777777777 11111 22 1 1 1 11 2222 11 1 333333333 111 1
lowQualScore : 5 7777 4 0 8888 4 4 4 8 11111 8 1 4 44 7777777777 8 1 222222 1 55555 1 444 55 4 444444444444444 33 66 3333 222222222222222222222222 0 0 888 88 000 1 1 99999999999999 888 6 11 00000 8 8 1111111111 0 8888888888888 6666666 8 777 0 6 3 8 8 99 99 111 1111111 111 5 2222 0 5 5 1 0 1 5 5 5 999 44 9 6 77 6 9999 22 55 1 99 66666 0 1 3 1 1 1 222 1 777777777777777777 3 88 8 11 88888 88 8 77777777777777777777777777777777777777777777777 3 33333 0 11 8 3 1 3 3 88 8888 3 33 0 0 666666666 444 8 6 6 0 66 77 8 0 8 0
lowQualScore : . .... . . .... . . . . ..... . . . .. .......... . . ...... . ..... . ... .. . ............... .. .. .... ........................ . . ... .. ... . . .............. ... . .. ..... . . .......... . ............. ....... . ... . . . . . .. .. ... ....... ... . .... . . . . . . . . . ... .. . . .. . .... .. .. . .. ..... . . . . . . ... . .................. . .. . .. ..... .. . ............................................... . ..... . .. . . . . . .. .... . .. . . ......... ... . . . . .. .. . . . .
lowQualScore : 0 0000 0 1 5555 0 0 0 0 22222 0 9 4 66 4444444444 9 9 111111 9 66666 2 000 55 0 000000000000000 77 11 2222 222222222222222222222222 1 1 888 44 000 0 0 44444444444444 888 7 00 00000 0 0 0000000000 5 5555555555555 0000000 8 555 0 7 3 0 0 22 22 777 7777777 777 7 1111 4 7 7 4 7 3 7 7 7 666 22 0 7 55 7 5555 22 88 0 00 55555 8 0 0 0 0 0 888 0 222222222222222222 2 44 2 00 00000 66 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 8 00000 8 22 0 3 0 3 3 33 3333 7 88 0 8 888888888 000 0 4 0 8 22 00 0 8 0 0
consensus : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTACAC-AACA-TATC-CACCTC-AA--AT-ATGAAAT-ATGATTTTT-CT-GGC-CA-T-AA-TTA-TAATT-----NAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT-AA-CA-C-A-G----CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAAT-A-TGG-TT-NNTTTACGTCTTNATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTT-TGGGA---CT---------------AGTATAA---TAT-A----------GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGAC---A----GTTAT---GTATATTC-CTTGCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACG-AAAGAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
Reference ( family-39 ) : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTACAC-AACA-TATC-CACCTC-AA--AT-ATGAAAT-ATGATTTTT-CT-GGC-CA-T-AA-TTA-TAATT-----NAGTAGAGA-----GAAAAAAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT-AA-CA-C-A-G----CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTNAANA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTAC--------T-AACAAGCGAAAC------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAC-GCACGTTTTTAATT-GAA-A-G-C-CGTTGCCCTCGGGGAAT-A-TGG-TT-NNTTTACGTCCTNATA-NAATGTCATCA--CCGTTCGTNCGTCNTNCNCGNNTNAANGCGT-----A----C-ACCAAGGTACAT-GTGAAGC--ATGC--A-CTTC-TTTT-TGG-----CT---------------AGTAT-----TGT------------GTACTTCAG--A--ATATATAATAAC-TGTGAA-TAAT-ANACGC-GAG-GAGATGTAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAATAAAGAC---A----GTTAT---GTATATTC-CTTGCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGAAGAACG-AAAGAGGGG-AGATAGTCAG-GCCC
gi|1 : ATTTGATT-AA---G-AGGCT-GAA-GGT--ATAAAGGAATAAC-C-AATAATACCATACTAC-AACCATTATGAAATTATGATTTTTTCT-GGCGCAAC-AA-TTA-C--TT-----ATATAGGGACTGGGAAAAAAAT---GT--TCC-AGCTGCA-ATTATAT---AA-AGA-CAAACTATCATAA--TT-AA-CACC-C-T----CG------------CTTAT---TTTATG-ATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAAGCCTCTGCAGTGGCG-ATGCCAGGGATGTCAGAAGGAG--GGTGACA-----GTGAAAATT-CGAT-GTCTGGGATTTTAC--------TCCACAAGC-AAAC------AATATCCAAAA-TGCAAAACAAAAAAAGGCTCTCAAAAAACGGGGGTGGGGGTTTCGCCAGTTGC-TGGATTTCC--TCCTT---TGC-C-------TGAA---TAT-TAATAATAAAAGTTCAGCCGGTAAACACTGCACGTTTAAACTT-GAATA-G-CACATTGTCCTC--GAAATAA-TGG-TT-CTTTT-TGGCTGAATA-AAAAGTCTCCA--TAATTCATCCATCATACCCACCTGGAGACGT-------------CCAAG---CA-----AAGCAAATGCCAA-CTTC-TTTTCTGGGT---CTTATAGGTACTAATCAAGTGTAATTATAT------------GTACATCGA--A--ATATAAAAT-AC-TGTGAATTAATAAAACGCAGAGAGTGATGTATGCCCCCCATTTGCAGGACCAACCCAATAAAGAC---A-----TCATGTAGTATATCC-CTT-CCTGATTAAGGTTACATGTATAGGCCAGAAGAACG-A---AGAGG-AGATAGGCAG-GCCC
gi|10 : agcccctatccgaaggttcagatccgaagcccacaagtccgaT-ATATGATCAATAAA----TTACAC-AACA-TATC-CACCTC-AAT-GT-ATGAAAT-ATGATTT-------GC-T-------TTA-T-CTT-----AAGTAGATA-----ATAAAAGTCCAGT--TCC-AG-TATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAA--cttt
gi|11 : tcagcccacgagtccgaaggttcacgagtcgaaagcccaccgagtccgcaaggtttcacgaagtcctaaaATTTGATT-GAA--G-GGGAT-AAATAGTCAATAAG----TTACAC-AACA-TGTT-CACCTCTAA--AT-AGGAAAT-ATGATTTTT-CT-TCC-AA-TAAA-CAA-TAATT-----TAGTAGATA-----GAAAACA----GT--TCC-AGCTA
gi|12 : aagcccacgagtccaaaggcacattagctcatgagtccaaaATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTACAC-AAAA-TATC-CTCTTCAAA--AT-TTGAAAA-ATGATTT
gi|13 : tagggtgtctgcccacactccttttgagtcactagtccgaaagcccacgagtccgaagttcacgagtccgaaTAAT---CAGCCCTCTGTAGTGGCGTGT-CTAGAAACGTCAGATGGGT--GGGGATA-----GTAGCAGAT-C--TGGTCTGGGA-ATTAT--------C-AAGAAGCGAAACAAAACAA------AACG-T-----AC--AAAAAGACTATC---AAGC-Ga
gi|14 : GCCAG-TGC-TAGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA----ATAAAAT----GAAATTTAG-CGG-AAACAC-GCAT-TTTTTAATT-GAA-A-G-G-TGTTGCCCTTGGGGAAT-A-TGGATTGGATTTATATCTTCATA-
gi|15 : AAA--------------ATCTTGACTAGC---CAACCGTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGAGATTTGACAAGGATAAGGGGGGAAGGGGGTGAGAAATCCGGTGGTCTGAGA-TTTAC--------T-AAtccccc
gi|16 : tagtctagatGGA--CTC--GCCTG---TGCTC-------TGAA---TAT-GAAT----AAAGTTTAA-CGG-AAACACGGCACG-TTTTAATT-GAA-A-GTC-CGTTGCCCTAGAGG-AT-A-TGG-TT-TCTTTAC
gi|17 : AATAAAAAC---A----GTCAT---GTATATTCTTTTACCTGA-AAAGGT------TATAGGCATG--CAACGAAAAGAGGGG-AGATATTCAGAGCCCtgta
gi|18 : ----C-ACCAAGGTGCATTGTGAAGC--ATGC--AACTTT-GTTT-TGGGA---CT---------------AGTATAAA--TGCAATATC------GTACTTCAG--AATATATATAATAAT-TGTGAA-aagcttggtctcctagga
gi|2 : ATTTGATT-AAA--G-AGGCT-GAATGGTCAATAAA----TTATAC-AACA-TATC-CACCTC-AA--A-------AT-ATGATTTTT-CT-GGG-CA-C-AA-TTA-TAATT-----TAGTGGAGG-----GAACAAAT----T--TCC-AGCTGCA-AT-ATAT---AATAGAATAAACTATCATAA--TT-AAACA-C-A-T----CG------------CTTAT---TTTATGAATGAAAT---TTTAAGA--------------GTCTTGACTAAG---CAACCCTCTGCAGTGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT---GGGGCA-----GTGACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTCAC--------T-AACAAGCAAAAC------A------AACATT-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGT--GGG-TTCGCCAG-TGC-TGGA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAG-CGG-AAACAT-GCACGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-NNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNCATC-ACCAAGGTACA--GTAAAGC--ATGT--A-CTTC-TTTC-TGGT----CT---------------AGTAC-----TATCAATATAATATAGTACTTC-G--A--ATATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ACACGC-GAG-GAGATATAT--CCCCCA----CCG--CCAA-CCAAT-AATAC---ATCATGTTAT---GTATATAC-CTTGCCTGATAAGGGCTACATGTATAGGCAT-AAGAACG-AAAGAGGGGAAAATAGTCAG-GCCCat
gi|20 : --CCAA-CCAAAAAAGCC---------TTAA---ATATATTC-CTTACCTGAAAAGGGCTAC------AGGCATAAAGAATG-AAAAAGGGG-AG
gi|21 : cc-AAA-----AAAGTTTAA-CAG-AAACAC-GCAAGTTTTAAATT-GAA-AGG-T-CATTG
gi|3 : AAAAAT---GT--TCC-AGCTACA-A---------------A-AAACTATCAAAA--TTTAA-CA-C-AAG----CG------------CTTAT---TTTAT-AATGAAAT---TTTAAAAACAATCTTGAAAAAGTTTTGACTAAG---CAACCGTCTGCAATGGCGTAT-CCAGGGATGTCAGAAGGAT--GGGGGCA-----GTAACAAAT-CGATGGTCTGGGA-TTTACAAATGTACT-AACAAGCAAAAT------A------AACA-T-----ACCAAAAAAGGCTCTC---AAAC-GGGGTGGGGG-TTCGCCAG-TGC-TGTA--TCC--GCCTT---TGCTC-------TGAA---TAT-AAAT----AAAGTTCAA-CGG-AAACAT-GCAGGTTTTTACTT-GAA-A-G-C-CATTGCCCTCGAGGAAT-A--GG-CT-GA-ATAAATCCTCATATCCGTGCAATCA--CTGTATGCACTTCTTTCTGGGGCTA----GT-----A----CTATCAATGTACAT-GT---AC--ATG------------------------T---------------AATAT-------T------------GTACTTCAG--A--AAATATAATAA--TGTGAA-TAAT-ATACGC-GAG-GAGATGTAC--ATGTCA----CTG--CCAA-CCAATAAAGACATAA----GTTAT---GTATATTC-CTTGCCTGATAAGGGTTACATGTATAGGCATGGAGAACG-AAAGAGGGG-AGATAGTCAG-GTCCt
gi|4 : tATTTGATT-AAA--G-AGG---------TCAATCAA----TTACAC-AACA-TATC-CACTTC-AA--A---------------TTTT-TT-GGT-CA-TAAA-CTA-TAACT-----TTATAAAAA-----AAAAATAT---GT--TCC-AGCTAT--------------TAGAATTAACCATCATAA--T-----CA-C---------------------------------------GAAAT---TTAAATA--------------GCCTTAATAAAGTCTTATACCGCTGCAGTGGCATAT-TCAGGAATTTCAGAAGGAccagttgg
gi|5 : aggttattgtttgaaagtccacaactctgaaagctcaaaagtcagaaggttcattcattagttcaaagcccacgagtccaaaggttcactattccaaaCAG-CGCCTGGA--ACCCGGCCTTACTTGCTCCTGTTTCTGAACTCTAT-GAAT----AAAGTAGCG-CGG-AAACAC-GCACTTGTTTAATTTGAA-A-G-T-CGTTGCCCTCAGGG-AT-AGTGG-TT-CTTTTACGT--TGACA-GAATCTCATCATCCCCCTCATTTGCTCCGTGCATATAAATGTATCATTAA----C-ACCAAGATACA--GTGAAAC--ATGC--A-CTTCGTTTT-TGGGAAAACT---------------AG-----------------------GTACTTTAGACA--ATATATAATAACTTGTGAA-TA
gi|6 : tT-ATATGATCAATAA-----TTACAC-AACA-TATC-CACCTC-AAT-GT-ATGAAAT-ATGATTT-------GC----------TA-TAATT-----AAGTAGATA-----ATAAATAT---GT--TCC-AGCTATA-AT-ATTT---AGTAGAATGAATTATTATAT--TT-AA-CA-TGA-G----TG------------ATTAT---
gi|7 : gtcagcccacgagtccgaaggttcaacgagtccgaaagcccacgagtccgaaggttcacgaagtcctaaaATTTTATT-AAA--ACAGGCT-AAATGGTCAATAAA----TTACAC--ACA-TATG-CACTTC-AA--AT-ATGAAAT-ACGA-TTTT-CT-GGC-CA-T-AA--TA-TAATT-----TAGTGGAGAT----GAGAAAAT---GT--TCC-AGCCATA-AT--TAT---AAAAGAA-AAACTATCATAA--TT--A-CAGC-A-GCCCCCGGGGGGGCCCCCCCTTAT---TTTATG-ATGAGAT---TAAAATA--------------GTTTAGATAAAG---ggatataatt
gi|8 : TTTGATTTAAA--C-AGGCTTAAATGGTCATTAAA----TTACACCAAC--TATG-CACTTC-CA--A--ATAAAATTATGATTTTT-CTGGGC-CT-T-AACTCATTAATTAGATGGAGAAGAGG-----GAAAAATT---GTTATCCAAGCCATATAT-ATATAAAAATAG-ATAAACTATCATAATTTT-AC-CA-C-A-G----CG------------C-TATCTGTTTATG-ATGATAT---TTAAATA--------------GTTTtcagcg
gi|9 : TT-AAAAGG-AGGCT-AGGTGGTCAATG-------TACAC-ATTA-TATC-CACCTC-AG--ATTATGAAAT-GTGGTTTTT-CT-AGC-CA---AT-TTAGTAATT-----AAACCCAAA-----AAAAATATCACGG--TCC-AGTTAT---T-ATAT---AA-ACAATTTCCTGT----A--TT--A-CA-G-A-G----CC------------GTT-T---TCCACAAAT-AGGTTTATTAAATA--------------GTCTT-ACTAAG---CAGCCCTCTcagata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTGTTTCTCGGGTGTCTGGCCACGAGTCTGAAGGTAAGTCTGAAAGCTCAGGAGTCCGAAGGTTCCAATTAGTCTGGAA
Unaligned ( gi|22 ): CCACCGAGTCCCGGAGGTCACTGTCTTCCGAAA