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Reference ( gi|2 ) : GGTA-G-GATAAAACTT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GATGTT-CTGA----A--C-TCA------------C----------C--------G-------GGA-T-ACC-TA-AC--ATCC-CCCACCTA-AGAGTAA-------------GTGGGGTATC--ACA-----------T-GCCACC-TGA-----A--TCC-CTATCGAAA-A---ACAAGTA--G-----------------CC--------------------T---------------------AG-TC-GGTAGTGC-TCGA-GTGA-CCAA-A------A-TC----------A-ATG-ATC-AAAAG--CAATG---GTTA-TAA--TGGTT-G-----T--GT-GGAAAATGTAAA--T-GTGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-C-T-GTA-AG-------CA----TT-A-T-------GCA-A---T-GT--T-GAAA--ATT---GTG-AC---A--G---AG--TAAATGC-TT-AAT-CATTT--------CTAAT-----ATCAT-TGATGTTA-AACTGA-CC-----TTTAT-GA----TCA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGCAAAGT-------------G----TATT--T-TTATC--TT-AG---A-TTT----CA-CAA-----TG----T---TAACTTCGCCTTTTTGTA--TTTCAAGGATTTTC-CA---A--TGGCCGCCA-TTGAAT-CTTGATTT-TGTTT-TCG-TCAAAATTGAT-----G-TGTG----------A-TGTGAAA-GTAT-CCATCGGATG-TTATT--A-GAAAT-AC---C--ATTATT-TTC-TTTCTT-AACTGA
gi|1 : GGTATG-AATAAAACCT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GTTGTT-CTGA----AAGC-TCA------------CGCCTTTACTCCA-------G-------GGT-T-ACCCTA-AC--ATTCTCCCACCTA-AGAGTAC-------------GTGGG-TCTA--ACA-----------TCGCCACCATGA-----G--GACACTATCGAAA-C---ACAAGTATGG-----------------CCCTGATCGACCGCAAGTCCCTT---------------------AG-TC-GGTAGTGC-TTG--GTGA-CCAA-A------AATC----------ATATG-ATC-AAAAG--CAATG---------AA--TGGTT-GTGACCT--GT-GGAAAA-ATAAA--TGGTGTT--AAAGCAGCAC-TAATTAGTC-T-GT--AG-------CA----CT-A-T-------GCA-A---T-GT--T-G-AA--ATT---G-G-ACAAGA--G---AG--TAAATGCTTT-AAT-CATTT--------CTAAT-----ATTAT-TGATGTTACAACTGA-CCAAATTTTTAT-GC----TCA------TT-------------A-CAACCTGTTT-ATGATGCAAAG--------------GCAGCTATT--TGTTATC--TT-AG---AGTTT----CG-AAA-----GG-----------------------ATG--TTTC---------C-AA---A--TGGCCGCCA-TTGAAT-TTT--TTT---TTT-TTG-CCAAAATTGAT-----GTTGTG----------ATTGTGAAA-ATAT-CCATGGGATGTTTGTT--A--AAAT-ATAAGC--AGTATT-TTC-ATTCTT-AACT
gi|5 : gaGGTA-GCGATAAAACCT-------CC--AGGGTTACGGCCAT--A--TGCGGTGCTGCTGA----A--CGTCAAATACCTACTCTC----------CA-------G-------GGA-----C-TA-AC--ATCCGCCCAATTA-CATGTAACCAGAACGTGGGTGTGGGGTCTC--ACA-----------T-GCCACC-TGAGAGAGA---CC-CTGTTGACA-C---ACAAGTA--G-----------------AC--------------------TGAATACGGCTGCCATCGCTCCAG-TC-GGTAGTGC-TTTA-GTGA-CCAA-A------T-CC----------A-ATG-TTCGAAAAG--C----------A-TAA--T--------------------AATTGTAAA--T-GTGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAT-C-TGGTA-GG-------CACTCTTT-A-T-------GCA-A---T-GT--G-AGGA--ATT---GTG-AC---A--GAGAAG--TAAATGT-TTGAAT-CATTTTATATGACCTAATG----ATCAT-Ttga
gi|10 : gacGGTA-G-AATAAAACCT--------CTGGGGG-------CAT--G--GG-GGTGTT-CTGA----A--C-TCA------------C----------CCCTACCCCA-------GGG-T-ACC-TA-AC--ACCC-CTGACCAA-AAAGTAC-------------GTGGGTTCTC--ACT-----------T-GCCACC-TGA-----A--ACC-CTGATGAAA-C---ACAAGTA--GACTGGTAACCACCATC-CC--------------------T---------------------GG-TC-AGTAGTGC-TTGA-GTGA-CCAA-A------A-T-----------------------------------------------GATT-G-----TC-GT-GGAAAATGTAAA--T-GTGTT--AAAtac
gi|9 : gaGTA-G-GATTAAACCTCCTGGGTAC--AGGA-------CAT--G--TG-G-TGTT-TTAG----A--C-TCTTT----------C----------C--------GTATTCAAGGG-T-ACC-TATAC--ACCC-CCCATCTA-AGAGAAC-------------ATGAGGTATC--ACT-----------T-GTCATT-TGA-----G--ACC-CTTTCGAAA-C---ACAAAAA--GACTGATAACTGCCATT-CC--------------------T---------------------AA-TC-GATAGTGA-TTGA-GTGA-TTGA-A------A-TC----------A-ATT-ATC-AAAAG--CA---------A-TAA--TTGTTGG-----T--GT-GGAAATTATAAA--T-GTGTT--TAAGCAGCAC-TA---AG-C-T-GTA-AG-------TA----CT-A-T-------GCA-A---T-a
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gi|21 : -G-GATAAAATCT--------C--AAGG-------TAC--A--GG-G-TGTT-CTGA-------C-TTA------------CTC--------C--------A-------GAG-T-ACC-TA-AC--ATCT-CCCACCTA-Acttactcaagagtgcctaata
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gi|4 : -----------------CC--------------------T---------------------AG-TC-GGTAGTGC-TTGA--TGA-CCAT-ACACCATA-TA----------A-ATG-ATC-AAAAG--CAA--------A-TAA--TAGTT-G-----TCCAT-AGAAAATGTAAA--T-GTGTT--AAAGCGACAC-TA---AG-C-T-ATACAG-------CAC---TT-A-TATGTATGGCG-G---T-G-----GAAA--ATT---GTGAAC---A--G---AGATTAAATG--TA-AAT-CATTT--------TTAATAAAAAAAAATATG--GTCA-AACTGATTC-----TTTAT-TG----TCATTTCT-TT-------------A-C-ATCTGTTTAATGATGCAAAATAATCAAACTTGAAG----CATT--T-TTTTT--TT--------TTT----T----------TG----TC--TAA-TAAGTTTTTTT-TA--TTTCAAGGATTTTC----------G-----CA-T--AATATTTGATTT-TG------------------T-----G-TG-------------------AA-GTA--CAATCGAATA-TTATTTAA-AAAAT-AC---C--AGTATT-TACTTTTCTT-AAt
gi|24 : agaagagatcgcccaatcC----------A-ATG-ATC-AAAAG--CA---------A-TAA--TGGTT-G-----TC-GT-GGGAAATGCAAA--T-GTGTT--a
gi|18 : agC-AAAAG--CAAT----------AA--TTGCT-G-----T--G---GAAAATATAAAAAT-GTGTT--AAAGCAACAC-----TAA-C-T-GTACAG-------CA----TT-C-T-------GCATT---T-GG--T-GAAAATATT---GTC-AG---A--G---AG--TAAATTT-GT-GAT---TTC--------CTAAT-----AT
gi|8 : -TAA--TGGTT-G-----T--CTTGGAAAATGTAA---T-GTGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-T-T-GTA-AG-------CA----CT-AGC-------GCA-A---T-GT--T-GAAA--ATT---GTG-ACAG-A--G---AG--TAAATGT-TT-AAT-CATTT--------CTAAC-----A-----------------TGA-CC-----TAAAT-GA----TCA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGCAAA-T-------------A----TAAG--T-TGAGC---A-AG---A-TTT--------AGTC---TA----T---TAATATTATTATCTTGGA--TTTCAAGGATTTTC-CA---AG-TGGCCGCCA-TTG--T-ATTGA--T-TGTTT-TCG-TCAAAATTTAT-----G-TTTG----------A-TGTGAAA-ATAT-CAATCGGATG-TTATT--A-CAAA--AC---C--AGTATT-TTC-TTT-TT-AACTGA
gi|6 : T--AAAACAGCAC-TAATAAG-A-T-GTATAA-------CG----CT-A-T-------GCA-A---TTGTGGT-GGAA--ATT---GTG-AC---ATAG---AG--TAAATGT-GT-GAT-CATTT--------CTAAT-----ATTAT-TGATGTCA-AACTTA-CA-----TTTTT-GA----TCATTTCTTTT-------------A-C-ACCTTTTT-ATGATGCTAA-----------------------------TATC-----AA---A---T----CAGCAATTCTTTG----T---CTATTAAGTTTTTTCTTAGCTTTTAAGGA-TTTC-CAAAGA--TGGCCACTA-TTGAAT-ATTGATTTATTTCT-CCT-TCAAAGTTGATATATAG-TGTGGAGCTTTCGTA-TGTGGAG-GTAT-CCATTGGATA-TTGTT--A-AAACT-AC---C--AGTATC-TAC-TTTCTT-AACTG
gi|15 : -T-GTA-AG-------CA----CT-G-T-------GCA-A---T-GT--TTGAAA--ATT---GTG-AC---A--G---AGAGTAAATA--TT-AATTCATTT--------CTAAT-----AT-----GA----------GA-CC-----TAAAT-GA----TCAG-----TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGCAAA
gi|13 : ---AG--TAAATGT-GT-GAT-CATTT--------CTAAT-----ATTAT----TATCA-AACTGA-TC------TTATGGA----TCATTTCTTTT-------------A-C-ACCAGTTT-ATGATGCAAA-----------------------------TATCAATTGAGCA-A-TTTTTTGTA-CAG---------------TAAATTTG--TTCTCAGA--TTTCAAGGATTTTC-GAAG-A--TGGCGGCCA-TTGAAT-tataagttgagcaagatttagtcattagtctattatatta
gi|14 : ---AG--TAAATGT-GT-GAT-CATTT--------CTAAT-----ATTAT----TGTCA-AGCTGA-CT-----TTTGT-GATAATTCA------TTGATAATTTCTTTAA-C-ACCTATTT-G-GATGCAAA-----------------------------CATCAATT-GGGCAA-TTT----T----------TG----T---CCATTAAG---TTTTG-----TTC-----TTTTC-CAAG-A--TGGACGCTA-TTGAAT-ATTat
gi|23 : AT-CATTT--------CTAAT-----ATTAT-TGATGGTA-AACTGA-CC-----TTTAT-GA----TCA------TT-------------A-C-ACCTGT
gi|16 : ----TCT------TT-------------AGC-ACCTGTTC--TGATGCAAA--------------------CATCAGT-TTATC------A---A-TTT----T----------TGTCCAT---TAAGTTTG-TTTCTTACA--TTTCAAGGATTTTC-CAAG-A--TGGACGCCA-TTGAAT-ATTGA
gi|11 : aagctgactttattgataatttattgataattTGTTT-ATGATGCAAA--------------------TATCAGT-TGATC--A--AG---A-GTT---------------TG----TGCATTACTTT-TTTTCTTAGA--TTTCAAGGATTTTC-CA---AGATTACCGACA-TTGAAT-ATTGATTT--ATTT-TCT-TCAAAATTGAT-----T-TGTG----------A-TGAAAAG-GTAT-CCATCGGATG-TTGTT--A-AAGAT-AT---C--AGTATT-TAT-TTTCCT-AACTc
gi|20 : TTCTTACA--TTTCAAGGATTTTC-CAAG-A--TGGATGCCA-TTGGAT-
gi|17 : atcaattgagcaattttgtgtacattaaggtttttTTTC-CA---AGATGGCCGACAATTGAAT-ATTGATT---GTTT--CG-TCAAAATTTAT-----G-TTTG----------A-TGTGAAATATAT-CAATCGGATG-CTATT--A-CAAATGAC---C--AGTATT-TT--TGTCTT-AACTGt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus : GGTA-G-GATAAAACCT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GGTGTT-CTGAA--C-TC-------A------------C----------C--------AGGGT-ACC-TA-AC--ATCC-CCCACCTA---------AGA--GT--AC-GTGGGGT----C---TC----ACNT-GCCACC-TGAGA---CCCCTATCGAA---ACA-CAAGTA-GA-C--TG-AT--A-C-----C-CA---C---C--CCT--AGT-CGGTAGTGCTTGA-GTGA-CCAA-A------A-TC----------A-ATG-AT---C-AAAAG--CA-A-----ATAA---------TGGTT-GT--G-----T-GGAAAATGTAAA--TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-C-T-GTA-AG-------CA-C----T-A-T-GC-----A-AT----GT--T-GAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AG--TAAATG-TTT-AATCATTTCTAAT-------ATTATTGATGTCA-AACTGA-CC-----TTTATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATCAG--TTG-AGC--A-GATTT--T---NTGTT--C--------A-TTA-G-----TT-T---T---CTTAGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATGGCCGCCA-TTGAATA-TTGA-TTTGTT--TTC-GTCAAAATTGA-T-----G-TGTG----------A-TGTGAAA-GTAT-CCATCGGATG-TTGTT--A-AAA-AT-ACC-AG-TATT-TTC-TTTCTT-AACTGA
Reference ( family-364 ) : GGTA-G-GATAAAACCT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GGTGTT-CTGAA--C-TC-------A------------C----------C--------AGGGT-ACC-TA-AC--ATCC-CCCACCTA---------AGA--GT--AC-GTGGGGT----C---TC----ACNT-GCCACC-TGAGA---CCCCTATCGAA---ACA-CAAGTA-GA-C--TG-AT--A-C-----C-CA---C---C--CCT--AGT-CGGTAGTGCTTGA-GTGA-CCAA-A------A-TC----------A-ATG-AT---C-AAAAG--CA-A-----ATAA---------TGGTT-GT--G-----T-GGAAAATGTAAA--TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-C-T-GTA-AG-------CA-C----T-A-T-GC-----A-AT----GT--T-GAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AG--TAAATG-TTT-AATCATTTCTAAT-------ATTATTGATGTCA-AACTGA-CC-----TTTATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATCAG--TTG-AGC--A-GATTT--T---NTGTT--C--------A-TTA-G-----TT-T---T---CTTAGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATGGCCGCCA-TTGAATA-TTGA-TTTGTT--TTC-GTCAAAATTGA-T-----G-TGTG----------A-TGTGAAA-GTAT-CCATCGGATG-TTGTT--A-AAA-AT-ACC-AG-TATT-TTC-TTTCTT-AACTGA
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gi|11 : gaTGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATCAG--TTG-ATC--AAGAGTT--T---GTG----C--------A-TTA-C-----TT-T---TTTTCTTAGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATTACCGACA-TTGAATA-TTGA-TTTATT--TTC-TTCAAAATTGA-T-----T-TGTG----------A-TGAAAAG-GTAT-CCATCGGATG-TTGTT--A-AAG-AT-ATC-AG-TATT-TAT-TTTCCT-AACTa
gi|12 : -------AT--AGGG-------CATGGA--GT-GGTGTT-CTGAA--C-TC-------ATCCCTACT----C----------C--------TGGTT-ACC-TA-TC--ATCT-CCCTCCTA---------AAA--AC--AC-TTGGGGT----C---TC----ACTT-GTAACC-TGAGA---CCCCGAT-GAA---ACA-GAAGTA-AT-C--TG-AT--A-A-----C-CA---CCATC--CCT--AGT-CGGTTTTGCTCGA-GTAA-C
gi|13 : cgggac---AG--TAAATG-TGT-GATCATTTCTAAT-------ATTATTA---TCA-AACTGA-TC-----TT-ATGGAT----CA------TTTCTTTT-------A-C-ACCAGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATCAA--TTG-AGC--A--ATTT--T---TTGTA--C--------A-GTA-AAT---TTGT---T---CTCAGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-GAAGATGGCGGCCA-TTGAATA-T
gi|14 : ---AG--TAAATG-TGT-GATCATTTCTAAT-------ATTATTG---TCA-AGCTGA-CT-----TTTGTG-ATAATTCA------TTGATAATTTCTTTAA-C-ACCTATTT-G-GATGC-AAA---C-ATCAA--TTG-GGC--A--ATTT--T----TGTC--C--------A-TTAAG-----TT-T---T-------G---TTC-------T-TTTC-CAAGATGGACGCTA-TTGAATA-TT
gi|15 : -T-GTA-AG-------CA-C----T-G-T-GC-----A-AT----GT--TTGAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AGAGTAAATA-TTA-ATTCATTTCTAAT-------AT----GA----------GA-CC-----TAAATG-AT----CAG-----TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATAAG--TTG-AGCA-A-GATTT--A---G---T--C--------A-TTA-G-----TC-T---
gi|16 : TTATTGAT-----AATTTA--------TTGATA-ATTT--CT------TT-------------AGC-ACCTGTTC--TGATGC-AAA---C-ATCAG--TTT-ATC--A--ATTT--T----TGTC--C--------A-TTAAG-----TT-TGTTT---CTTACA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATGGACGCCA-TTGAATA-TTGA-attatatta
gi|17 : aagctgactAGA-TTGC--AATA---TTTC-CAAGATGGCCGACAATTGAATA-TTGA-TT-GTT--T-C-GTCAAAATTTA-T-----G-TTTG----------A-TGTGAAATATAT-CAATCGGATG-CTATT--A-CAA-ATGACC-AG-TATT-TT--TGTCTT-AACTGc
gi|18 : ---C-AAAAG--CA-A------TAA---------TTGCT-GT--G--------GAAAATATAAAAATG-TGTT--AAAGCAACAC-----TAA-C-T-GTACAG-------CA-T----T-C-T-GC-----ATTT----GG--T-GAAAATATTGT-C-AG---A--G---AG--TAAATT-TGT-GAT--TTCCTAAT-------AT
gi|19 : --A--GG-GG-GTT-CTGAA--C-TC-------AGTCCTATT----T----------C--------AACGT-ACT-TG-AC--ATCC-CCCATCTA---------AGA--GC--AC-GTTGGGT----C---TT----GCTT-GCCATT-TGAGA---TCC
gi|2 : aGGTA-G-GATAAAACTT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GATGTT-CTGAA--C-TC-------A------------C----------C--------GGGAT-ACC-TA-AC--ATCC-CCCACCTA---------AGA--GT--AA-GTGGGGT----A---TC----ACAT-GCCACC-TGA-A---TCCCTATCGAA---AAA-CAAGTA-G----------------------------------CCT--AGT-CGGTAGTGCTCGA-GTGA-CCAA-A------A-TC----------A-ATG-AT---C-AAAAG--CA-ATGGTTATAA---------TGGTT-GT--G-----T-GGAAAATGTAAA--TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-C-T-GTA-AG-------CA-T----T-A-T-GC-----A-AT----GT--T-GAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AG--TAAATG-CTT-AATCATTTCTAAT-------ATCATTGATGTTA-AACTGA-CC-----TTTATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAAGTGT-ATT----TTT-ATCTTA-GATTT--CACAATGTT--A--------ACTTC-G-----CC-T---T---TTTGTA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CA--ATGGCCGCCA-TTGAATC-TTGATTTTGTT--TTC-GTCAAAATTGA-T-----G-TGTG----------A-TGTGAAA-GTAT-CCATCGGATG-TTATT--A-GAA-AT-ACC-AT-TATT-TTC-TTTCTT-AACTGAtgac
gi|20 : -ATCAA--TTG-AGC--A--ATTT--T---GTGTA--C--------A-TTA-AGGTTTTT-T---T---CTTACA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATGGATGCCA-TTGGAT
gi|21 : -G-GATAAAATCT--------C--AAGG-------TAC--A--GG-G-TGTT-CTGA---C-TT-------A------------CTC--------C--------AGAGT-ACC-TA-AC--ATCT-CCCACCTA---------At
gi|22 : GTA-G-GATAAAACCT-------CC--AGGG-------AGC--A--GG-GGTATT-CTGAA--C-TC-------A------------C----------CCTTACTCAAGAGT-GCC-TA-AT--Aag
gi|23 : ATCATTTCTAAT-------ATTATTGATGGTA-AACTGA-CC-----TTTATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGT
gi|24 : C----------A-ATG-AT---C-AAAAG--C--A-----ATAA---------TGGTT-GTC-G-----T-GGGAAATGCAAA--TG-TGTT--
gi|26 : agTGAA--C-TC-------A------------C----------CCTTACCCCAGGGT-ACC-TA-AC--ACCC-
gi|3 : T-ACC-TACACCAGTCC-CCCACCTAG--------AGA--G---AG-GTGAGGTT---C---TT----ACAT-GCCACG-TGAA-----CCCTATCGAA---ACAACAAG-A-GC-CC-TG-ATGGA-C-----C-CG---C----------------GGT--CCCTTGAAGTGAGCCAATA------A-T-------------ATGGAT---C-AAGAGAGCA-AC----ATAAATTGTGACTTAGTC-GT--------T-GGAAAATGTACT--CG-TGTTTAGAAGCA-CAC-CATTTAG-A-T-GTA-AGGGCGGCACA-C----TGA-TCGCGCGAAG-AT----GT--T-G-AA--ATTATGG-AC---A--G---AGA-TAAATG--CT-AATCATTTC-AAT--------TT-------TCA---------------TTTATG-AG----CA------TTTGA----------A-C-ATTTTTCT-TTCAT---------T-GCCAG--T----GT--A----TT--T---AAGAT--C--------C-TAA-A-----TT-G---T----TGAGA---------GGAT-CTTCGCAA-ATGGCCGCCA-TTGGGAA-TTCA-CTTG-----TCGGTCAAAA-TGATT-----G-TGTG----------A-TGTCAAA-ATATACCATC-GATG-TTGTA--ACAAA-ATGACCGAGCTATTCTTC-TTTCTTAAACTGA
gi|4 : ggat-C-----C-AA---T---C--CCT--AGT-CGGTAGTGCTTGA--TGA-CCAT-ACACCATA-TA----------A-ATG-AT---C-AAAAG--CA-A-----ATAA---------TAGTT-GTCCA-----T-AGAAAATGTAAA--TG-TGTT--AAAGCGACAC-TA---AG-C-T-ATACAG-------CA-CTTA-T-A-T-GT-------ATGGCGGT--G-GAAA--ATTGT-GAAC---A--G---AGATTAAATG--TA-AATCATTTTTAATAAAAAAAAATA-TG--GTCA-AACTGATTC-----TTTATT-GT----CATTTCT-TT-------------A-C-ATCTGTTTAATGATGCAAAA---TAATCAAACTTGAAGC--A-TTTTT--T---TTTTT--TTTTGTCTAA-TAA-G-----TT-T---T---TTT-TA-TTTC--AAGGAT-TTTC----G--------CA-T--AATATTTGA-TTT---------------------T-----G-TGTG-----------------AA-GTA--CAATCGAATA-TTATTTAA-AAA-AT-ACC-AG-TATT-TACTTTTCTT-AAt
gi|5 : agaagagatcgcGGTA-GCGATAAAACCT-------CC--AGGGTTACGGCCAT--A--TGCGGTGCTGCTGAA--CGTC-------AAATACCTACTCTC----------C--------AGGG--AC--TA-AC--ATCCGCCCAATTACATGTAACCAGAACGTGGGT-GTGGGGT----C---TC----ACAT-GCCACC-TGAGAGAGACCCTGTTGAC---ACA-CAAGTA-GA-C--TGAAT--A-CGGCTGC-CA---T---C--GCTCCAGT-CGGTAGTGCTTTA-GTGA-CCAA-A------T-CC----------A-ATG-TT---CGAAAAG--CATA-----ATAA---------T-----------------------TGTAAA--TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAT-C-TGGTA-GG-------CA-CTCTTT-A-T-GC-----A-AT----GT--G-AGGA--ATTGT-G-AC---A--GAGAAG--TAAATG-TTTGAATCATTTa
gi|6 : gacT--AAAACAGCAC-TAATAAG-A-T-GTATAA-------CG-C----T-A-T-GC-----A-ATT---GTGGT-GGAA--ATTGT-G-AC---ATAG---AG--TAAATG-TGT-GATCATTTCTAAT-------ATTATTGATGTCA-AACTTA-CA-----TTTTTG-AT----CATTTCTTTT-------------A-C-ACCTTTTT-ATGATGC-TAA---T-ATCAA--ATC-AGC--A--ATTC--T---TTGTC--T--------A-TTA-AGTT--TT-T---T---CTTAGC-TTTT--AAGGAT-TTCC-AAAGATGGCCACTA-TTGAATA-TTGA-TTTATTTCTCC-TTCAAAGTTGA-TATATAG-TGTGGAGCTTTCGTA-TGTGGAG-GTAT-CCATTGGATA-TTGTT--A-AAA-CT-ACC-AG-TATC-TAC-TTTCTT-AACTGtatatgacctaatgatcatttac
gi|7 : GTG-G-TATAGAACCT-------GC--AGG--------TAT--ATTGG-AGTGTT-TTGA---T-TC-------AACCTTAC-----C----------C--------AAAGC-CCC-TA-AC--ATTC-CCCACCTA---------AAA--GA--ATGGTGAGGTAGTACAGGCCAGAAACTT-GTCACC-TGAGA---CTCCCGACAAAAAGACA-CAAGTA-GAGC--TG-AT--A-CA----C-CA---C---CATCTT--AGTCCGGTAATGCTTGA-GTGA-CCAA-A------A-TCTGCGCCACTAA-GTG-ACCTAC-AAGGG--CC-A-----ATAA---------TGAT---T--G-----T-GGAAAATGTAAA--TA-TGTT--AAAGCAGCACAAAACTGG-TAT-GCG-AG-------CAGC----T-C-T-----------T----AC--T-G-AA--ATTGT-G-GT---G--G---A
gi|8 : TAA---------TGGTT-GT--C-----TTGGAAAATGTAA---TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-T-T-GTA-AG-------CA-C----T-AGC-GC-----A-AT----GT--T-GAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AGAGTAAATG-TTT-AATCATTTCTAAC-------AT----------------GA-CC-----TAAATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATAAG--TTG-AGC--AAGATTTAGT---CTATTAAT--------A-TTA-------TT-A---T---CTTGGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAG-TGGCCGCCA-TTG--TA-TTGA-TT-GTT--TTC-GTCAAAATTTA-T-----G-TTTG----------A-TGTGAAA-ATAT-CAATCGGATG-TTATT--A-CAA-A--ACC-AG-TATT-TTC-TTT-TT-AACTGAaatttaggccagagagtacag
gi|9 : GTA-G-GATTAAACCTCCTGGGTAC--AGGA-------CAT-----GT-GGTGTT-TTAGA--C-TCTTTCCGTATT----------C----------A--------AGGGT-ACC-TATAC--ACCC-CCCATCTA---------AGA--GA--AC-ATGAGGT----A---TC----ACTT-GTCATT-TGAGA---CCCTT-TCGAA---ACA-CAAAAA-GA-C--TG-AT--AACTG---C-CA---T---T--CCT--AAT-CGATAGTGATTGA-GTGA-TTGA-A------A-TC----------A-ATT-AT---C-AAAAG--C--A-----ATAA---------TTGTTGGT--G-----T-GGAAATTATAAA--TG-TGTT--TAAGCAGCAC-TA---AG-C-T-GTA-AG-------TA-C----T-A-T-GC-----A-AT----
blockSeqs : . C CCTGGGTA TG TTACGGC GGA C G . G AAATACCTACTCTCC . . C CA G CATGTAACC AC TGG G AGTACAGG AGAA T . . GAGA C AAG A . CCC A ACGGCTGCCATC CC C A G AATCTGCGCCACTAA G CTA G AG AATGGTTA ATTGTGACT G G CCAT AA . TA AA A TA G C GGCGGCA G TCTT GA C GCGAAG GGCG GG T A AT G A . TA AGA AG TG G AAAAAAA TAT ATGTTA TTC T G AATT TTGATAATTTCTTTA G . A A GTGT AAC GA TT TTTTTTTTTTTTTTTGTCTAATAAG TGTT TTTC . . . G A T T TATTTC T G T ATATA . GAGCTTTCGTA T A . TA C . G G C C T A
blockSeqs : . . A . . ATT . . . . TTTCCGTATTCA . . T . . G . T . TC . T . . C C . . . AGC . AACCACCATC . . . . ACACCATATAA . . . . AACA . T . CGT . . . C T C . C . . TTA AG . AT T . . A . . . . . . AT TG . . TAT ATGGTA TC A . TT TTTCTTTT . . . . TA G G A GATTTCACAATGTTAACTTCG GT C . . . . . . . TATT T . . . . A . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . A . . G . . . . ACCCCTACCCC . . . . . . . C . C . T . . C T . . . AC . AACCACCATC . . . . AATCA . . . . ATAA . G . CGT . . . C A C . T . . . G . A . . . A . . . . . . AG TT . . TAT ATGTCA CT G . . TTTCTTTT . . . . T A G . ATTTTGTGTACATTAAGGTTT T C . . . . . . . TGTT T . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . A . . . . ATCCCTACTCC . . . . . . . C . C . A . . T C . . . TC . ACACCACCAT . . . . ATCCA . . . . AAA . G . CTT . . . T A A . . . . . C . A . . . A . . . . . . A TG . . CAT GTCA CC T . . TTTCTTT . . . . T A G . AGATTTAGTCTATTAATATTA T T . . . . . . . GTT C . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . A . . . . AGTCCTATTTC . . . . . . . T . C . A . . T C . . . AC . AACTGCCATT . . . . AATCA . . . . CAA . A . GT . . . C A C . . . . . A . A . . . G . . . . . . . CT . . TAT TCA CC T . . TTTGA . . . . C G G . ATTCTTTGTCTATTAAGTT T C . . . . . . . GTT T . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . A . . . . ACCCTTACTCA . . . . . . . A . A . A . . C . . . . AC . GGACCCGC . . . . TAAT . . . . AA . A . GT . . . T A C . . . . . A . A . . . G . . . . . . . TT . . TAT TCA CC T . . GTT . . . . T G T . ATTTTTTGTACAGTAAAT T T . . . . . . . TG . . . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . ACCCTTACCCC . . . . . . . A . C . T . . C . . . . . . . . . . . . . . . . AA . G . GT . . . C . A . . . . . A . A . . . A . . . . . . . TG . . TA TCA CA T . . TT . . . . C A T . AGAGTTTGTGCATTAC T C . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . AACCTTACCC . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . AA . G . G . . . T . T . . . . . A . A . . . . . . . . . . . TT . . T AT CC T . . TT . . . . T G G . ATTTTTGTCCATTAAG G C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . ACTCC . . . . . . . . . . . T . T . . . . . C . . . . . C . . . . . . . . . . . . . C . . . A . A . . TT . . . . T A C . ATTTTTGTCCATTAAG T . . . . . . .
blockSeqs : . . ACC . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . TT . . . . T G G . GATTTAGTCATTAG T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TTTAAGATCCTAAA A . . . . .
blockSeqCons : ** ACCCCTACTCC***************************** AC*** AACCGCCATC************** AATCA******************* AA******* GT******** C** *** TN* TCA**** CC****** T**** G** G* ATTTTTGTCCATTAAG************************ ** TGTT** A***********
originalCons : GGTA-G-GATAAAACCT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GGTGTT-CTGAA--C-TC-------A------------C----------C--------AGGGT-ACC-TA-AC--ATCC-CCCACCTA---------AGA--GT--AC-GTGGGGT----C---TC----ACNT-GCCACC-TGAGA---CCCCTATCGAA---ACA-CAAGTA-GA-C--TG-AT--A-C-----C-CA---C---C--CCT--AGT-CGGTAGTGCTTGA-GTGA-CCAA-A------A-TC----------A-ATG-AT---C-AAAAG--CA-A-----ATAA---------TGGTT-GT--G-----T-GGAAAATGTAAA--TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAG-C-T-GTA-AG-------CA-C----T-A-T-GC-----A-AT----GT--T-GAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AG--TAAATG-TTT-AATCATTTCTAAT-------ATTATTGATGTCA-AACTGA-CC-----TTTATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAA---T-ATCAG--TTG-AGC--A-GATTT--T---NTGTT--C--------A-TTA-G-----TT-T---T---CTTAGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATGGCCGCCA-TTGAATA-TTGA-TTTGTT--TTC-GTCAAAATTGA-T-----G-TGTG----------A-TGTGAAA-GTAT-CCATCGGATG-TTGTT--A-AAA-AT-ACC-AG-TATT-TTC-TTTCTT-AACTGA
finalCons : GGTA-G-GATAAAACCT-------AC--AGGG-------CAT--A--GG-GGTGTT-CTGAA--C-TCACCCCTACTCC-----------------------------AGGGT-ACC-TA-AC--ATCC-CCCACCTA---------AGA--GT--AC-GTGGGGT----C---TC----ACNT-GCCACC-TGAGA---CCCCTATCGAA---ACA-CAAGTA-GAC---TG-ATAACCGCCATC--------------CCT--AGT-CGGTAGTGCTTGA-GTGA-CCAAAATCA-------------------ATG-AT---C-AAAAG--CAA-------TAA---------TGGTT-GTGT--------GGAAAATGTAAA--TG-TGTT--AAAGCAGCAC-CAATTAGC--T-GTA-AG-------CA-C----T-A-T-GC-----A-AT----GT--T-GAAA--ATTGT-G-AC---A--G---AG--TAAATGTN-T-AATCATTTCTAAT-------ATTATTGTCA----AACTGACC------TTTATG-AT----CA------TT-------------A-C-ACCTGTTT-ATGATGC-AAAT----ATCAG--TTG-AGC--AATTTTTGTCCATTAAG------------------------TT-T---T---CTTAGA-TTTC--AAGGAT-TTTC-CAAGATGGCCGCCA-TTGAATA-TTGA-TTTGTT--TTC-GTCAAAATTGA-T-----G-TGTGA-----------TGTGAAA-GTAT-CCATCGGATG-TTGTT--A-AAA-AT-ACC-AG-TATT-TTC-TTTCTT-AACTGA
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Unaligned ( gi|25 ): TGATAAGTGATGTAAAGAAGTGTACCAATATTTACATTTTTA
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gi|7 : GTG-G-TATAGAACCT-------GC--AGG--------TAT--ATTGGAGTGTT-TTGA---T-TC--AACCT-T--A--C-CCAAAGC-CCC-TA-AC--ATTC-CCCACCTA---------AAA--GA--ATGGTGAGGTAGTACAGGCCAGAAACTT-GTCACC-TGAGA---CTCCCGACAAAAAGACA-CAAGTA-GAGC--TG-AT--AC-ACCACC--A-TCT-T--AGTCCGGTAATGCTTGAGTGA-CCAA-A------A-TCTGCGCCACTAA-GTG-ACCTACAAGGGCCAA--T------AA---------TGATT-G-T--G--------GAAAATGT--AAATA-TGTT--AAAGCAGCACAAAACTGG-TAT-GCG-AG-------CAGC----T-C-T-----------T----AC--T-G-AA--ATTGTG-GT---G--G---A
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGATAAGTGATGTAAAGAAGTGTACCAATATTTACATTTTTA