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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                             TTTAGAATCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTGTGTTTGTGCCTTATAT---TAAATATTCTAATGCAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TC-C-T--ATAAAAATATC-T----AACTCTGAAACAAGAGCGACTGGTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGA-CC--AT---G--ATAA-G-ACTCC-CTTTT------T--AGG------G-AGAC--T---T-G--TG-G-C-CGA------GTG-GTCCTAGCGCGCTGAAGT--TTTGAC-G-TCTTGATAAGGCGGTGGGT--CCGTAGGTCGCACG-T----CGA-C---CC-GGGCTGGGGTGAAAAAAATTT-CAGAACCTAG----TTGTGATT----T-TTTCGT--GCTGT-ATATATACAATATACTATA
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gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                             aacaagagcgactgtgtgagattgctcagtgcagttagaTGC-GTT-GAAGCG-C-T-A-AGGAATCGGATTTCG--ATAATGCACTCCGCTTTTGTTTGTT--AGGAGGGGGG-AGAC--TGTCT-G--TG-G-CGCGATGAGGTGTG-GTTCTAGCGCGCTGACG---TTTGACGG-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTGCTCGTAGGTCGCACG-TTGCCCGA-CCGGCC-GGGCTGGGGTG-AAAGAATTT-CAGAACCTAG-----TGTGATTGGGATGTTTCGCTGGCTGTGATAttatttgacggctgctaggcggtggtccgatggctgcacgttcgacccgggctgggtgaaaattttcag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cttaCGTAGGTCGCACG-TT---CGA-C---CCCGGGATGGTGTGAAAAAT-TTT-CAGTACCTAGTTAATTGTGATT----A-TTTAGT--A-TAT-AT-TTTATAATAggtgttaagttaattcaattatttgcctgcacatcctgtaattcttgcttcttttagatcatgggagtgcgctaggctgattttcttaatttgtgcaaggtttttg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AAATGCCCATGGTATAGGTAATACGTGGGGAAAATTAAAATCCAACGATGACTGAATATTCATTTATCTCACTTAGCACTTTCGCCTTATCGGCTCTTCAAGGCGAAAGTTCTAAGTGTGGTAAATGTAGATAATTATTCAGTCATCGTTGGGTTTTATTTTAT
Unaligned ( gi|15 ): TTACACTCTGACGAGCCGACACGGCGACAGCGCGAAGTGTAATTAAATGTGGATCA






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consensus                     :                                                      NNNNNNACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TACAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCT-TA--AAAATATCTTAAA--CTCTGAAACAAGAGCGACTG-TGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---C---G-TG-GC-CG-A------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-GAGTT--TTGAC-G-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-C-CGTAGGTCGCACGTT---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTAGTGCTGTATATATATAATATGCTATA
Reference ( family-3518 )     :                                                      NNNNNNACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTGTAATTGTATGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TACAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTATA--AAAATATCTTAAA--CTCTGAAACAAGAGCGACTGGTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---C---G-TG-GC-CG-A------GTG-GTCCTAACGCGCTG-GAGTT--TTGAC-G-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-C-CGTAGGTCGCACGTT---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTAGTGCTGTATATATATAATATGTTATA
gi|1                          :                                                            ATCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTGTGTTTGTGCCTTATAT---TAAATATT-CTAATGCAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTATA--AAAATATCT--AA--CTCTGAAACAAGAGCGACTGGTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGACC---AT---GAT--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---T---G-TG-GC-CG-A------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-AAGTT--TTGAC-G-TCTTGATAAGGCGGTGGGT--C-CGTAGGTCGCACG-T---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAAATTT-CAGAACCTAG----TTGTGATTTTTTCGTGCTGTATATATACAATATACTATA
gi|10                         :                                                      tttagaACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTGTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCCT-TAT-AAAATATCATAAA--CTCTGAACCAA-AGCGACT-GTCTGAGATTGCCT
gi|12                         :                                                                                                                                                                            tttcgAAA--CTATGAA-CAATGGCGGTTG-TGTGGTATTGCCCCAGTGT-ATTGAAAGCA-C-T-TTAGGATT---AT---AAC--AA---ACCTC-CTTT------TT--A------GGG-AAGCGGT---T---A-TA-GC-CT-A------GTG-GT-CTAATGCTCTG-G-GTT--tttgtatacagtgtat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                  AGCGACTC-TGTGAGATTGCTTCAGTGC-ATTGGCGGCG-CTT-T-AGGAA-------------------ACTTC-CTTT------TTTGA------GGG-AAATCAT---C---G-TGAAC-CG-A------GCGAG--CTAATGCGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tt-CGTAGGTCGCACGTT---CGACC---CCGGGATGGTGTG-AAAAATTTT-CAGTACCTAGTTAATTGTGATTATTTAGTA-TATAT-TTTATAATA
gi|16                         :                                                                                                                                                                         AATATCTTAAA--CTCTG-AACAATGACGACTGA-GTGAGATTGTCTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                           TGTGAGATTGCTTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                           TGC-GTT-GAAGCG-C-T-A-AGGAATCGGATTTCGAT--AATGCACTCCGCTTTTGTTTGTT--AGGAGGGGGG-AGAC--TGTCT---G-TG-GCGCG-ATGAGGTGTG-GTTCTAGCGCGCTG-ACG-T--TTGACGG-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-CTCGTAGGTCGCACGTTGCCCGA-CCGGCCGGGCTGGGGTGAAAGAA-TTT-CAGAACCTAG-----TGTGATT
gi|3                          :                                                                                               cttaTGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATTCCTC-TACAA-TGCATCG--AGATCCAATTCATCCT-TAATAAAATATCTTAAA---TTTG-AACAAGGGCGACT-TTGTAGAATTGCCCCAGTGC-ATTATAATCG-CTT-T-AGGAAC---AT---ATCGTAA-A-CCTCC-TTTT------TT--A--------G-AGGT--T---G---GTTG-GC-CG-A-------TG-GT-CTAAC---CTG-G-GTA--TTGAC-GATCTT-CT-AGGCGTTGGGTGCC-CGTA-GTCGCACGTT---CAA-----CCGG--TGGGGGGAAAAAATTTTGCAGTGCCTAT----TTGTGATTATTgggatgtttcgctggctgtgataggtgttaagttaattcaattatttgcctgcacatcctgtaattcttgcttcttttagatcatgggagtgcgctaggctgattttcttaatttgtgcaaggtttttg
gi|4                          :                                                                                              tTATATGTTTGTGCTTTATAT---TGAATATC-CTA-TACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCTT-TAT-AAAATATCTTAAA--CTCTGAAG-AAGAGTGACT-GTATGAGATTGCATC--TGC-ACTGAAAGCGCC-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA---ACTTC-CTTT------AT--A------GGG-AAA---T---CGTGG-TG-GC-TG-A------GCG-G-GTTAATGTGCTG-GA--T--TTGACGG-TCTTGCT-AGGCGATGGGTG-C-TGTAGGTCGCACG--------------------------------TTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTACTTAGTGCTTTATATATTTAAGGTGTTATAatgcatcatctaatctatctattcaatct
gi|5                          :                                                                                                GTATGTT-GTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TGCAATTGCATCGAAAGATC--ATTC-CCTTATA--AAA-TATCTTAAA--CTCTGA--CAAGAGCGACTG-TGTGAGATTGCTCTAGTGC-GTTAGAAGCG-CGC-T-AGGAAC---AT---GAT--AA-G-AT--C-CTTT------TT--A------GGGGAGAC--T---C---G-TG--------------------CCTAGTG-GCTC-GAGC---------------------GCGCTGGGTT-T-GACAG-TC-----TT---CGA-C---CCCGGC-GGGGTGAAAA-ATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTCGTG-TGTATATATAT-ATATattgtttttcatcat
gi|6                          :                                                                                                   TGTTTGTGCTTTATAT---T--------------CAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TTCT-TA--AAAATATCTTAAAAACTCTTAA-CA-GAGCGACTG-TGTGAGACTGCCTCAGTGC-ATTAGAATCG-CAT-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-A-CTTTC-TTTT------TT--A------GAA-AG----T---C---G-T--------A------GTG-G-CCAAACGCGCTGTG---T--TTGCA-G-TCTTGCTA--GTGGTGGGTG-C-CATAGGTCGCACGTT---CGACC---CCGAGTTGGAGTG-AAAAATTTT-CAGTACCTAG----GTGTGATCATTTAGT
gi|7                          :                                                                                        tTGTAATTGTATGTTTGTGCTTTATATATATAAATAT
gi|8                          : gaaattgtagtaaaagtccatggtataggtaatacgtagagaaaaaataaaatctaattcacacttagcgcttcgccttgtcggctattcagagtgtaacatgacattacactttgaagagccgacaaggtgaaagcctaagtgtgataatgtagataattattcagtcatcgttgatttattttttctctctatatACTG-TGTGAGATTGCATCAGTGT-ATTAGCAGTG-T-TCT-AGGAAC---AT---GAC--AA-G--CTTC-CTTT------TT--A------GGGTAGTTG-T---C---G-TG-GC-CG-A------GTG-GGCTTA-TGCGCTG-GA--T--TTGAC-AATTTTGCCAAG-TGGTTGGTA-C-GGTAGGTCGTACGTT---CGATC---CCGGGTTGGGGCGAAAAA-TTTT-TAGTACCTAG----TTtgtataaacctatgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                            AACAAGAGCGACTG-TGTGAGATTGC-TCAGTGCAGTTAGAAGCG-CCT-T-AGGAAC---AT---GAT--AA-G-ACTCC-CTTT------TA--A------GGG-AGAC--TT--C---G-TG-GC-CCCA------GTG-GTC-TAGCGCGCTG--AGTTATTTGAC-G-GCT-GCTA-GGCGGTGG-T--C-CGATGGCTGCACGTT---CGA-C---CCGGGCT-GGGTG--AAAATTTT-CAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3518 )     :                                                      NNNNNNACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TACAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCT-TA--AAAATATCTT--AAACTCTGAAACAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---C---G-TG-G-C-CGA------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-GAGT--TTTGAC-G-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-C-CGTAGGTCGCACGTT---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTAGTGCTGTATATATATAATATGCTATA
gi|1                          :                                                            ATCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTGTGTTTGTGCCTTATAT---TAAATATT-CTAATGCAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTATA--AAAATATCT----AACTCTGAAACAAGAGCGACTGGTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGACC---AT---GAT--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---T---G-TG-G-C-CGA------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-AAGT--TTTGAC-G-TCTTGATAAGGCGGTGGGT--C-CGTAGGTCGCACG-T---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAAATTT-CAGAACCTAG----TTGTGATTTTTTCGTGCTGTATATATACAATATACTATA
gi|10                         :                                                      tttagaACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTGTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCCT-TAT-AAAATATCAT--AAACTCTGAACCAA-AGCGACT-GTCTGAGATTGCCT
gi|12                         :                                                                                                                                                                            tttcg--AAACTATGAA-CAATGGCGGTT-GTGTGGTATTGCCCCAGTGT-ATTGAAAGCA-C-T-TTAGGATT---AT---AAC--AA---ACCTC-CTTT------TT--A------GGG-AAGCGGT---T---A-TA-G-C-CTA------GTG-GT-CTAATGCTCTG-G-GT--Ttttgtatacagtgtat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                  AGCGACT-CTGTGAGATTGCTTCAGTGC-ATTGGCGGCG-CTT-T-AGGAA-------------------ACTTC-CTTT------TTTGA------GGG-AAATCAT---C---G-TGAA-C-CGA------GCGAG--CTAATGCGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tt-CGTAGGTCGCACGTT---CGACC---CCGGGATGGTGTG-AAAAATTTT-CAGTACCTAGTTAATTGTGATTATTTAGTA-TATAT-TTTATAATA
gi|16                         :                                                                                                                                                                         AATATCTT--AAACTCTG-AACAATGACGACT-GAGTGAGATTGTCTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                           TGTGAGATTGCTTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                           TGC-GTT-GAAGCG-C-T-A-AGGAATCGGATTTCGAT--AATGCACTCCGCTTTTGTTTGTT--AGGAGGGGGG-AGAC--TGTCT---G-TG-G-CGCGATGAGGTGTG-GTTCTAGCGCGCTG-ACG---TTTGACGG-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-CTCGTAGGTCGCACGTTGCCCGA-CCGGCCGGGCTGGGGTGAAAGAA-TTT-CAGAACCTAG-----TGTGATT
gi|3                          :                                                                                               cttaTGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATTCCTC-TACAA-TGCATCG--AGATCCAATTCATCCT-TAATAAAATATCTT--AAA-TTTG-AACAAGGGCGACT-TTGTAGAATTGCCCCAGTGC-ATTATAATCG-CTT-T-AGGAAC---AT---ATCGTAA-A-CCTCC-TTTT------TT--A--------G-AGGT--T---G---GTTG-G-C-CGA-------TG-GT-CTAAC---CTG-G-GT--ATTGAC-GATCTT-CT-AGGCGTTGGGTGCC-CGTA-GTCGCACGTT---CAA-----CCGG--TGGGGGGAAAAAATTTTGCAGTGCCTAT----TTGTGATTATTgggatgtttcgctggctgtgataggtgttaagttaattcaattatttgcctgcacatcctgtaattcttgcttcttttagatcatgggagtgcgctaggctgattttcttaatttgtgcaaggtttttg
gi|4                          :                                                                                              tTATATGTTTGTGCTTTATAT---TGAATATC-CTA-TACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCTT-TAT-AAAATATCTT--AAACTCTGAAG-AAGAGTGACT-GTATGAGATTGCATC--TGC-ACTGAAAGCGCC-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA---ACTTC-CTTT------AT--A------GGG-AAA---T---CGTGG-TG-G-C-TGA------GCG-G-GTTAATGTGCTG-GA----TTTGACGG-TCTTGCT-AGGCGATGGGTG-C-TGTAGGTCGCACG--------------------------------TTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTACTTAGTGCTTTATATATTTAAGGTGTTATAatgcatcatctaatctatctattcaatct
gi|5                          :                                                                                                GTATGTT-GTGCTTTATAT---TAAATATT-CTA-TGCAATTGCATCGAAAGATC--ATTC--CCT-TAT-AAAATATCTT--AAACTCTGA--CAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCTCTAGTGC-GTTAGAAGCG-CGC-T-AGGAAC---AT---GAT--AA-G-AT--C-CTTT------TT--A------GGGGAGAC--T---C---G-TG--------------------CCTAGTG-GCTC-GAGC---------------------GCGCTGGGTT-T-GACAG-TC-----TT---CGA-C---CCCGGC-GGGGTGAAAA-ATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTCGTG-TGTATATATAT-ATATattgtttttcatcat
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gi|8                          : gaaattgtagtaaaagtccatggtataggtaatacgtagagaaaaaataaaatctaattcacacttagcgcttcgccttgtcggctattcagagtgtaacatgacattacactttgaagagccgacaaggtgaaagcctaagtgtgataatgtagataattattcagtcatcgttgatttattttttctctctatatACT-GTGTGAGATTGCATCAGTGT-ATTAGCAGTG-T-TCT-AGGAAC---AT---GAC--AA-G--CTTC-CTTT------TT--A------GGGTAGTTG-T---C---G-TG-G-C-CGA------GTG-GGCTTA-TGCGCTG-GA----TTTGAC-AATTTTGCCAAG-TGGTTGGTA-C-GGTAGGTCGTACGTT---CGATC---CCGGGTTGGGGCGAAAAA-TTTT-TAGTACCTAG----TTtgtataaacctatgt
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Reference ( family-3518 )     :                                                      NNNNNNACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CT-ATACAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGAAACAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---C---G-TG-G-C-CGA------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-GAGT--TTTGAC-G-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-C-CGTAGGTCGCACGTT---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTAGTGCTGTATATATATAATATGCTATA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3518 )     :                                                      NNNNNNACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CT-ATACAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGAAACAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---C---G-TG-G-C-CGA------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-GAGT--TTTGAC-G-TCTTGCTAAGGCGGTGGGTG-C-CGTAGGTCGCACGTT---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTAGTGCTGTATATATATAATATGCTATA
gi|1                          :                                                            ATCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTGTGTTTGTGCCTTATAT---TAAATATT-CTAATGCAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCC-T-ATAAAAATATCT--AA--CTCTGAAACAAGAGCGACTGGTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCG-C-T-T-AGGACC---AT---GAT--AA-G-ACTCC-CTTT------TT--A------GGG-AGAC--T---T---G-TG-G-C-CGA------GTG-GTCCTAGCGCGCTG-AAGT--TTTGAC-G-TCTTGATAAGGCGGTGGGT--C-CGTAGGTCGCACG-T---CGA-C---CCGGGCTGGGGTGAAAAAAATTT-CAGAACCTAG----TTGTGATTTTTTCGTGCTGTATATATACAATATACTATA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                         AATATCTTAAA--CTCTG-AACAATGACGACT-GAGTGAGATTGTCTaaaa
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gi|3                          :                                                                                               cttaTGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATTCCT-CTACAA-TGCATCG--AGATCCAATTCATCCTTAAT-AAAATATCTTAAA---TTTG-AACAAGGGCGACT-TTGTAGAATTGCCCCAGTGC-ATTATAATCG-CTT-T-AGGAAC---AT---ATCGTAA-A-CCTCC-TTTT------TT--A--------G-AGGT--T---G---GTTG-G-C-CGA-------TG-GT-CTAAC---CTG-G-GT--ATTGAC-GATCTT-CT-AGGCGTTGGGTGCC-CGTA-GTCGCACGTT---CAA-----CCGG--TGGGGGGAAAAAATTTTGCAGTGCCTAT----TTGTGATTATTgggatgtttcgctggctgtgataggtgttaagttaattcaattatttgcctgcacatcctgtaattcttgcttcttttagatcatgggagtgcgctaggctgattttcttaatttgtgcaaggtttttg
gi|4                          :                                                                                              tTATATGTTTGTGCTTTATAT---TGAATATC-CT-ATACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCTTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGAAG-AAGAGTGACT-GTATGAGATTGCATC--TGC-ACTGAAAGCGCC-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA---ACTTC-CTTT------AT--A------GGG-AAA---T---CGTGG-TG-G-C-TGA------GCG-G-GTTAATGTGCTG-GA----TTTGACGG-TCTTGCT-AGGCGATGGGTG-C-TGTAGGTCGCACG--------------------------------TTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTACTTAGTGCTTTATATATTTAAGGTGTTATAatgcatcatctaatctatctattcaatct
gi|5                          :                                                                                                GTATGTT-GTGCTTTATAT---TAAATATT-CT-ATGCAATTGCATCGAAAGATC--ATTC--CCTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGA--CAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCTCTAGTGC-GTTAGAAGCG-CGC-T-AGGAAC---AT---GAT--AA-G-AT--C-CTTT------TT--A------GGGGAGAC--T---C---G-TG--------------------CCTAGTG-GCTC-GAGC---------------------GCGCTGGGTT-T-GACAG-TC-----TT---CGA-C---CCCGGC-GGGGTGAAAA-ATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTCGTG-TGTATATATAT-ATATattgtttttcatcat
gi|6                          :                                                                                                   TGTTTGTGCTTTATAT---T--------------CAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TTCTT-A--AAAATATCTTAAAAACTCTTAA-CA-GAGCGACT-GTGTGAGACTGCCTCAGTGC-ATTAGAATCG-CAT-T-AGGAAC---AT---GAC--AA-A-CTTTC-TTTT------TT--A------GAA-AG----T---C---G-T--------A------GTG-G-CCAAACGCGCTGTG-----TTTGCA-G-TCTTGCTA--GTGGTGGGTG-C-CATAGGTCGCACGTT---CGACC---CCGAGTTGGAGTG-AAAAATTTT-CAGTACCTAG----GTGTGATCATTTAGT
gi|7                          :                                                                                        tTGTAATTGTATGTTTGTGCTTTATATATATAAATAT
gi|8                          : gaaattgtagtaaaagtccatggtataggtaatacgtagagaaaaaataaaatctaattcacacttagcgcttcgccttgtcggctattcagagtgtaacatgacattacactttgaagagccgacaaggtgaaagcctaagtgtgataatgtagataattattcagtcatcgttgatttattttttctctctatatACT-GTGTGAGATTGCATCAGTGT-ATTAGCAGTG-T-TCT-AGGAAC---AT---GAC--AA-G--CTTC-CTTT------TT--A------GGGTAGTTG-T---C---G-TG-G-C-CGA------GTG-GGCTTA-TGCGCTG-GA----TTTGAC-AATTTTGCCAAG-TGGTTGGTA-C-GGTAGGTCGTACGTT---CGATC---CCGGGTTGGGGCGAAAAA-TTTT-TAGTACCTAG----TTtgtataaacctatgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                            AACAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGC-TCAGTGCAGTTAGAAGCG-CCT-T-AGGAAC---AT---GAT--AA-G-ACTCC-CTTT------TA--A------GGG-AGACT-T---C---G-TG-GCC-CCA------GTG-GT-CTAGCGCGCT--GAGTTATTTGAC-G-GC-TGCT-AGGCGGT-GGT--C-CGATGGCTGCACGTT---CGA-C---CCGGGCT-GGGTG--AAAATTTT-CAG


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3518 )     :                                                      NNNNNNACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CT-ATACAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGAAACAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCGC-T-T-AGGAAC---AT---GAC--AA---A-CTCC-CTTTT------T--AGG------GAGACCGTC-G--TG-GC-CG-A------GTGGT-CTAGCGCGCTG--G-G---T-TTGACGGTCTTGCT-A-GGCGGTGGGTG-C-CGTAGGTCGCACGTT---CGA-CC---CGGGCTGGGGTGAAAAAATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTAGTGCTGTATATATATAATATGCTATA
gi|1                          :                                                            ATCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTGTGTTTGTGCCTTATAT---TAAATATT-CTAATGCAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TCC-T-ATAAAAATATCT--AA--CTCTGAAACAAGAGCGACTGGTGTGAGATTGCCTCAGTGC-GTTAGAAGCGC-T-T-AGGACC---AT---GAT--AAG--A-CTCC-CTTTT------T--AGG------GAGAC--TT-G--TG-GC-CG-A------GTGGTCCTAGCGCGCTGAAG-T---T-TTGAC-GTCTTGATAA-GGCGGTGGGT--C-CGTAGGTCGCACG-T---CGA-CC---CGGGCTGGGGTGAAAAAAATTT-CAGAACCTAG----TTGTGATTTTTTCGTGCTGTATATATACAATATACTATA
gi|10                         :                                                      tttagaACCCTAGGGATTAATTTAAGGTTGAGTGTTATAATTGTATGTGTGTGCTTTATAT---TAAATATT-CT-ATACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCCTT-AT-AAAATATCATAAA--CTCTGAACCAA-AGCGACT-GTCTGAGATTGCCT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                  AGCGACT-CTGTGAGATTGCTTCAGTGC-ATTGGCGGCGCTT-T-AGG----------------AA---A-CTTC-CTTTT------TTGAGG------GAAATCATC-G--TGAAC-CG-A------GCGAG-CTAATGCGC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tt-CGTAGGTCGCACGTT---CGACCC---CGGGATGGTGTG-AAAAATTTT-CAGTACCTAGTTAATTGTGATTATTTAGTA-TATAT-TTTATAATA
gi|16                         :                                                                                                                                                                         AATATCTTAAA--CTCTG-AACAATGACGACT-GAGTGAGATTGTCTaaaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                           TGTGAGATTGCTTCAGTGC-GTTAGAAGCGC-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                           TGC-GTT-GAAGCGC-T-A-AGGAATCGGATTTCGAT--AATGCA-CTCCGCTTTTGTTTGTT--AGGAGGGGGGAGACTGTCTG--TG-GCGCG-ATGAGGTGTGGTTCTAGCGCGCTG--ACG---T-TTGACGGTCTTGCT-AAGGCGGTGGGTG-CTCGTAGGTCGCACGTTGCCCGA-CCGGCCGGGCTGGGGTGAAAGAA-TTT-CAGAACCTAG-----TGTGATT
gi|3                          :                                                                                               cttaTGTTTGTGCTTTATAT---TAAATATTCCT-CTACAA-TGCATCG--AGATCCAATTCATCCTTAAT-AAAATATCTTAAA---TTTG-AACAAGGGCGACT-TTGTAGAATTGCCCCAGTGC-ATTATAATCGCTT-T-AGGAAC---AT---ATCGTAA---ACCTCC-TTTTT------T--AGA------G-----GTT-GGTTG-GC-CG-A-------TGGT-CTAAC---CTG--G-G---TATTGACGATCTT-CT-A-GGCGTTGGGTGCC-CGTA-GTCGCACGTT---CAA--C---CGG--TGGGGGGAAAAAATTTTGCAGTGCCTAT----TTGTGATTATTgggatgtttcgctggctgtgataggtgttaagttaattcaattatttgcctgcacatcctgtaattcttgcttcttttagatcatgggagtgcgctaggctgattttcttaatttgtgcaaggtttttg
gi|4                          :                                                                                              tTATATGTTTGTGCTTTATAT---TGAATATC-CT-ATACAATTACATCGAAAGATCC-ATTC-TCTTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGAAG-AAGAGTGACT-GTATGAGATTGCATC--TGC-ACTGAAAGCGCCT-T-AGGAAC---AT---GAC--AA---A-CTTC-CTTTA------T--AGG------GAAATCGTG-G--TG-GC-TG-A------GCGGG-TTAATGTGCTG--G-A---T-TTGACGGTCTTGCT-A-GGCGATGGGTG-C-TGTAGGTCGCACG--------------------------------TTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTACTTAGTGCTTTATATATTTAAGGTGTTATAatgcatcatctaatctatctattcaatct
gi|5                          :                                                                                                GTATGTT-GTGCTTTATAT---TAAATATT-CT-ATGCAATTGCATCGAAAGATC--ATTC--CCTT-AT-AAAATATCTTAAA--CTCTGA--CAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGCTCTAGTGC-GTTAGAAGCGCGC-T-AGGAAC---AT---GAT--AA---G-ATCC-TTTTT------A--GGG------GAGAC--TC-G--TG--C-CT-A------GT-----------------G-G---C-TCGA-------GC-----GCGCTGGGTT-T-GACAG-TC-----TT---CGA-CC---CCGGC-GGGGTGAAAA-ATTTT-CAGTACCTAG----TTGTGATTATTTCGTG-TGTATATATAT-ATATattgtttttcatcat
gi|6                          :                                                                                                   TGTTTGTGCTTTATAT---T--------------CAATTGCATCGAAAGATCC-ATTC-TTCTT-A--AAAATATCTTAAAAACTCTTAA-CA-GAGCGACT-GTGTGAGACTGCCTCAGTGC-ATTAGAATCGCAT-T-AGGAAC---AT---GAC--AA---A-CTTT-CTTTT------TT-AGA------AAG----TC-G--T--------A------GTGGC-CAAACGCGCTG--T-G---T-TTG-CAGTCTTGCT-A-G-TGGTGGGTG-C-CATAGGTCGCACGTT---CGACCC---CGAGTTGGAGTG-AAAAATTTT-CAGTACCTAG----GTGTGATCATTTAGT
gi|7                          :                                                                                        tTGTAATTGTATGTTTGTGCTTTATATATATAAATAT
gi|8                          : gaaattgtagtaaaagtccatggtataggtaatacgtagagaaaaaataaaatctaattcacacttagcgcttcgccttgtcggctattcagagtgtaacatgacattacactttgaagagccgacaaggtgaaagcctaagtgtgataatgtagataattattcagtcatcgttgatttattttttctctctatatACT-GTGTGAGATTGCATCAGTGT-ATTAGCAGTGT-TCT-AGGAAC---AT---GAC--AA---G-CTTC-CTTTT------T--AGG------GTAGTTGTC-G--TG-GC-CG-A------GTGGG-CTTATGCGCTG--G-A---T-TTGACAATTTTGCC-A-AGTGGTTGGTA-C-GGTAGGTCGTACGTT---CGATCC---CGGGTTGGGGCG-AAAAATTTT-TAGTACCTAG----TTtgtataaacctatgt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                            AACAAGAGCGACT-GTGTGAGATTGC-TCAGTGCAGTTAGAAGCGCCT-T-AGGAAC---AT---GAT--AAG--A-CTCC-CTTTT------A--AGG------GAGACT-TC-G--TG-GC-CCCA------GTGGT-CTAGCGCGCTG--A-GTTAT-TTGACGG--CTGCT-A-GGCGGT-GGT--C-CGATGGCTGCACGTT---CGA-CC---CGGGCT-GGGTG--AAAATTTT-CAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AAATGCCCATGGTATAGGTAATACGTGGGGAAAATTAAAATCCAACGATGACTGAATATTCATTTATCTCACTTAGCACTTTCGCCTTATCGGCTCTTCAAGGCGAAAGTTCTAAGTGTGGTAAATGTAGATAATTATTCAGTCATCGTTGGGTTTTATTTTAT
Unaligned ( gi|15 ): TTACACTCTGACGAGCCGACACGGCGACAGCGCGAAGTGTAATTAAATGTGGATCA