lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 22 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333 4 1 77777 2222 22 11 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444 2 2 2 000000000000000000000000 2 44 4 33 55555555555555555 11 2 7777777777777777777777777777 3333333 2 666666666666666666666666 2 333 7777777777 222 44444 1 333333333 1 4444444 11 1 666666666666666 11 7777777777 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 222 1111 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 22222222222 5555555555555555555555555 1111111111111 222222 777
lowQualScore : 888 77 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 222222 0 7 0 4 3 66666 7 8888 22 88 7 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 3 3 3 0 3 3 0 777777777777777777777777 6 0 77 3 0 00 00000000000000000 88 6 3 0000000000000000000000000000 7 4444444 4 0 6 6 888888888888888888888888 0 888 1111111111 444 44444 0 000000000 0 5555555 3 33 7 7 2 555555555555555 55 3 2222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2222 555 5 0000 44444 5 3 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 5 4444444 66 777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 9999 66 8 33333333333 666 8888 777 3 7777777777777777777777777 0 4 7777777777777 111111 5 6 000
lowQualScore : ... .. . .................................................................................................................................................. . ...... . . . . . ..... . .... .. .. . . ............................................................................................................................................................. ....... . . . . . . . ........................ . . .. . . .. ................. .. . . ............................ . ....... . . . . ........................ . ... .......... ... ..... . ......... . ....... . .. . . . ............... .. . .......... .................................................... . .... ... . .... ..... . . . ................................................................ . . . ....... .. ... ................................................................................................................................................................................................................................................................................. . .... .. . ........... ... .... ... . ......................... . . ............. ...... . . ...
lowQualScore : 000 55 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777777 0 3 7 0 3 00000 3 3333 00 33 3 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 0 0 0 0 0 0 0 000000000000000000000000 0 0 55 0 0 00 55555555555555555 33 7 3 3333333333333333333333333333 0 3333333 0 0 0 0 555555555555555555555555 0 555 0000000000 444 55555 0 555555555 0 0000000 2 88 0 0 5 000000000000000 99 2 0000000000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 2222 888 0 6666 88888 0 1 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 0 0 4444444 99 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4444 11 9 22222222222 222 5555 000 6 4444444444444444444444444 7 0 8888888888888 000000 0 0 000
consensus : NTGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTNTTGTTTCCATGCACATGTATACATTCAACCACAAGGCCTNCC-GTTNCCGTANTCACACGTTGCGGTAATNCACACTTTCTAGCAATATACATNTACGCACTGATNTA------GC--GTANCA--GTTATCAAAGAATCGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGACTTGANCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGA----TACGGACATGTAAA-AATT--AACTAGATTACCCTGTCAA----------------TTATACAGTTA-------GCT---GATCAAA-----AC-CTNCCGAATAGCTAATACCATTAGCTTCACCGAATAATAAATG-TAATGTATGTAATNGATAANTTANATCTTGANAANATAAAAATTTNAATGATAATGAACAATTTANCCCTAGTANATGGGTANCACGGTTCAGNTTTCAAAGCCTGTNGATCATA-AACANNGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTNGAT-TTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATA-CACAN----ATCA-TTGTATTATNC--AAAAACCCNACGCGGGAATTTCTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAT--GTCGGATGTAAATAAATACTTTAGATATCTCTTATGTACATG-AACA-TGCAAATTGGCCGCATTGCGT-AATC-ACTG-TGATATA-TTAAAT-AGTGA---AA--TTAAGAATA--TTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGCTATAA-N--AAAAATCTGCGCAAAACCACAG-GTTTCTTCATAAACA-AT--AT-TATATAGTG-TT-G----GTATC-GTTGGNATTGT-CTCAATA-TGCT-G--AAANCCAATA-TG----CATATCA-G-AAA-AAAA-AATT----------G---A-AAA-------------------------AA----------------A-AATTG-TTT-TN-A----AAA--AACGGCCTTA-TCTTGATTTATTTACCTGTGAG-ACACATT-TTGCA--CACGG--CCCGCAA--GTC-GATCGCANGGNGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNTANANATAAT-TATCAA-T--A--TATCA-G-ACC-NCA-AGT----TA--AAAAC-C-ACAGTA----------------AATATCAGCA------A-TTAATC---------A---GTACC----CA-AGT-AN---TTTCACA-GCA-TATTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAGT----A------T--TATCA-----AGCA-ATTATCAG---------TA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( gi|1 ) : CTGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTTATTAT---CATGCACAT----AC-------------GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTATGTACT-ATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACA-TGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGA----TACGGACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAA----------------TT----------------GCT---GATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGACGCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATAT-TTAATAAAA----AAGTTAAA----------CAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTTATACCACAGA---ATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGC-GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGCATTCGTCGG-T--AAATAAATACCTGAGATATT-CTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACCGCATTGCGC-AATC-ACTG-TGATATT-TTAAAT-AGTGA---TA--TTAAGAATA--TTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGCTCT---T--AAAAATCTGCGCAAAACTATAG-GT--CTTCATAAACA-AT--AT-TATATAGTG-TT-G----GTAT--GTTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-G--AAATTTAATA-TG----CATATCA-GCAAA-AAGA-AATT----------G---ATAAA-------------------------AA----------------G-AATTG-TTT-TG-A----AAA--AACGGCCTTGTTCTTGATTTGTTTTCCTGTGAGCACACATTGTTGCA--CACGG--CCGGCAA--GTC-GATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCAA-T--A--TATCA-GTACC-TCA-AGT----TA--AAAACGC-ACAGTA----------------AATATCAGCA------A-TTAATC---------A---GTACC----CA-AGT-AC---TTTCACATGTATTGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAGT----A------T--TATCA-----AGCA-ATTATCAG---------TA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|3 : TGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTCTTATTTCCATGCACATGTATAC-------------GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGC---ATATATT----------TATA----------GTACTA-------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT--TG-ATAAGGAA-AA----TACGGACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCA----------------TTATACAGTTAG------GCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCCTAA------ATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAATG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATAT-TTAAAAAAATAAAAATTTAAATGATAATGAACAATTTATCTCTAGTAAATGG-TATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATACG-CGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCATGGAAA---------------ACAG----ATCA--TTTATTATCC----AAACCCAACGC-G
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGT---TC---------TTATTG----CATGCACAT----ACATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGAT-ATGCACACTT-CTAGCAATATACATGTACGCACTGATCTA------GC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT-T--GATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATTTTAGGTTT----------------GCT---GATCAAA-----AC-TTTCCGAATAACTAAT-T--------------AATAAT------T--TGTATA-AA-AAATAAA-TAAATCTTGACAATA----AA--TCAA----------CAATTTAATC----TACATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG---------------T-CCCGC-GACTC--CGTGGAT-TTCAAATAC-GCGGATTT------------ATAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATAATATACACTTGTCA-TTGTATTA-TCCAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|8 : tATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT--TG-ATAAGGAATGA----TACAGATATGTAAAAAATT--A-CTAGATTACTATGTCAA----------------TTATACAGTTATATTTCTGCT---GATCAAA-----AC--TACCGAATAGCtcaccgatcattgtattatccagaaaccctacgtgggcgggggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctatgtcggataaataatactagatatttcttatgtacatgaactgaaatgggcattagctaatcgactggtgatatattaaatattgaagtttaagaatatgttcatggaagaataagaaaggctataaaaaaatctggccaaaccaggttgcttcataactaatagattaatgtttgatatgcatgttgagattgtcccaatagtgctggaaaatatatgtcaatatattacgtaaagaagagaattgaataaagacatgttttataaaaataacggcttttcttgattttttactcttggacagcaatgtgacaatcaaggcgcgaacgtgatcgctgggcgagggtatagctcagcctagcttcagcaattagatataagtactggcagcagtacttttgtgcagatactttatcaagtaaatatcaggtatcatcagtacaacacagtaaatacaggaatttattcagtcgtgccagtctttccagtctggtttagtaataatgacagcaaacagcaaatatcagtcaactatcagcagttatcagtaaaatgacactctaagttacattttgcgtcca
gi|17 : aatacgtacatCCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAAATTATA-CACAT----ATCA-TTGTATTATAC--AAAAACCCTATATGGGAATTTCTATCat
gi|3 : AGTAT--GTCGG-TGTAAA-AAATA--TTAGATATC-CTT---TACATG-AACA-TGCAAATTGGC-GCATT-CG--ACTC-GTTG-TGAT-TA-TTAAATGAGTGAAAGTA--TAAGGAATA--TTTT-ATGGAAGAATAA---GAAGCTAT---TAAAAAAATCTGCCCAA----ACAGTTT--CGTCATAAACA-
gi|2 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGTCGGAT--AAATAA-TACT--AGATATTTCTTATGTACATG-AAC--TG-AAATGG---GCATTA-GCTAATCGACTGGTGATATA-TTAAAT-ATTGA----AGTTTAAGAATA--TGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGCTATA--A--AAAAATCTG-GCCAAAC--CAG-GTTGCTTCATAACTA-ATAGAT-TA-AT-GT--TT-GATATGCAT--GTTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAAAT---ATA-TGTCAATATATTACGTAAAGAAGAGAATT----------G---A-ATA-------------------------AA----------------G-ACATG-TTT-TATA----AAAATAACGGCTT--TTCTTGATTT-TTTACTCTTGGACA-GCAATGTGACAATCAAGG--C--GCGAACGT--GATCGCTGGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAA--TATCAGGTATCATCA-G------TA--CAA---C-ACAGTA----------------AATA-CAGGA------ATTTATTC---------AGTCGTGCC-------AGT--C---TTTC-CA-GTCTGGT--TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCA---------AACAG------CAAA---TA-TCAGTCA--A------C--TATC------AGCA-GTTATCAG---------T----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCCta
gi|6 : ttggctgcaatatgaaacatacaagttcttattgcatgcacatacattcaaccacaaggcctgccgttaccatattccttgcgatatgcacacttctagcaatatacatgtacgcactgatctagctaacgttatgatacgtacatatcttaaataacaatgtccggattggactggagcgttgcagatcttgataacgaatgatacgtacggacatgtaaaaaataactagattaccctgtcaattatacaattttaggtttgctgatcaaaactttccgaataactaattaataatttgtataaaaaataaataaatcttgacaataaatcaacaatttaatctacatgggtagcatggtcaactttcaaagcctgtggatataaacacgtcccgcgactccgtggatttcaaatacgcggatttataaagaccctcgatcagaatttccatggaatatacaggttataatatacacttgtcattgtattatccaatcaccgatcattgtattatccagaaaccctacgtgggcgggggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagctatTGGCCGCATTGC-T-AATC-ACCT-TGAT-TA-TTATAC-AGTGA---AT--TTAAGAA-ACTTTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTAAAT--AAAAATCTGT-CAAAACCA--G-GTTTCTTCATAAACATAC--ATGTATATAGTG-TTTG----GTATC-GTTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-G--AAACC-AATA-TG----CATAT-----AAA-AAAA-AATT----------C---CCAAA-------------------------AA----------------A----TG-TTT-TT-A----AAA--AACGGCCTTA-TCTTGATTT-----------------CAT--TTGCA--CACGG--CCCGCAA--GTC-GATCGCa
gi|14 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaaCGCATTGC-T-AATC-ACTG-----ATTATTAAAT-AGTGA---AA--TTAAGAATA--TTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGCTATAA-A--AAAAATCTGCaaggcgtcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|5 : ttatatatgaacaaatagAATTCTGCAAAAAACCG--G-GTTTCTGCATAAACA--T---T-TAC-TAGC--TT-G-----TATCGGTTA--ATTGT-CTCAATA-TCCTTG--AAAATCAATA-TG----CATAT-------A-AAAA-AATC----------C---GGAAA-------------------------AA----------------A-AGTGG-TTT-TT-A----CAA--AACAGCCTTA-TCTT-ATTT-CTTTC---TAAG-----------ACA--CACGG--CCCG-AA--GAG-GAGCG-ATAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACTTTATCAATAA--TATCAG--------ATC-----CC-ACA-G------TA--AAAAC-C-ATA-TA----------------AATATAAGCA------A--TAATC---------A---GCACC----CA-TAT-AA---TTT-A-ATGCAGTACCAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGC----ACAAC---AA-ACAAT----A------T--C---------AGTA-ATTATTAG---------TA--AAAAATGACAC--TC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAc
gi|10 : TAAACA--------TGTATAGTGTTT-G----GTAT-------CATTGGA----------CT-G--AAAATCAATA-TA----CATATCA-GAAAC-AAGC-ATTT----------T---A-AAA-------------------------AA----------------A-AGTTATTTT-TA-A----AAA--AACGGCCTTA-TCTTGATTC-TTTACCTGCG---ACAAAT--TTGCA--CACGG--CCg
gi|4 : T-A--AAATCCA-TAGTG----CATATCA-G-AAA-TAAA-AATT----------G---ACAAATTTCGAACAAAAAAATGTTTTTTTAAA----------------A-AATTG-TTT-TT-ATATAAAA--AACGGCCTTAT--TTGATTTAATTATCTGAGA-CAAACAT--TTGCA--AACTGAACC-GCAA--GTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNACT--AG-TA-CA-TTA---TCA-AGTAAAATATCAAAACCCAACAGTAAAATCCGCACAGGTATAATATCAGCACCACACA-GTAATTTATATGAGAA---GTACCGCAACA-AGTAAA---TCTCA---GTACTGTTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC-----------AACAGC----AC-AA---TAGTCAGTA---A------T--TATCA-----AGTA-A----------------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAcgt
gi|7 : tatcaagatagacatggcagtattgttaaaagataAATG-TA----CATATCG-G-AAA-AATA-AA------------G---A--AA-------------------------AA----------------GTAATT--TTT-T---------A--AACAGCCATGATCTTAATT-ATCTACCTG--AG-ACACATT--TACA--CTCGG--ACCGCAA--GTC-GATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATCAT-TAGTAA----A--TATCA-GAACC--CA-CGG----TA--AAAAC-C-TCAGTA----------------AATATg
gi|11 : taATA-TG----CATATCA-GAAAA-AAAA-AATTCGAAAATTTCG---AAAAA-------------------------AATAATGTTTTTTTTTTAA-AATTG-TTTATA-A----AAA--AACGGCCTTAT-CTTGATTTATTATC---TGAG-ACACAT--TTGCA--AACGA--CCGac
gi|15 : aatccA-TG----CATATCA-GAATA-CAAA-AATT----------GTAAAAAAA-------------------------AA----------------T-AATTG-TTT-TT-A----AAA--AACGGCCTTA-TCTTGGTTT-TTTACC--TGAG-ACACATT
gi|6 : ctgcaaatcata--TATCAG-T--AAACATCA-GAACC-AAC-AGT-----A--AAAAT-C-ACAGTA----------------AATATCAGCt
gi|13 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgtcagcacaatatcagtaatcacaggacatCAA----A--TATCA-G-ATT-CCACAGT-----A--AAAGC-C-ACAGTA----------------AATATCAGC-------A-TTTATC---------A---GTACT----AACAGT-ACAAATCTCA---GCA-CACTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACA
gi|13 : gGCA----------------AATATCAG--------A-TTCCAC---------A---GTAA------A-AGC---------CACA-GTA--AATATCAGC-AT--TTA--TCAGT-ACTA---------A-CAGT----ACAAA---TC-TCAGC----A------CACTAACA------GCA-ATTATCAG---------CA--CCAAATG-CAC
gi|12 : ---TTTCACATAC----TTCTCAGT-AA--T-A--TCAGG-ACAAT--------AAAAGCTACAATAAA---TA-TCAGCAATGA------T--TATCATCAACAGCA-ATTATGAGAATCAACTTTA--AAGAA------TATC-AG-CATATTa
gi|9 : tGTAGTTTTATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCA---------A-C-GC----ACAGA---AA-GCAGT----A----------------------A-ATTATCAG---------TGCCAAAATTGACGCTA----G-TACATTTTACGTattagaacgtatcagt
gi|6 : gtgaagctcggcagttatcacaattaccagtaccacataatatatcaatacacagttaaaatagcaTTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC----------AACAGT----AAAAA---TC-ACAGTA---A------A--TATCA-----c
gi|16 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgtcagcacaatatcagtaatcacaggacaAGC-AA--TTA--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACAAAAAAGA-TCAGT----AATTACATG-TATCA------GCA-ATTATCAG---------T---AAAGATTACAC--TC-AG-TACATTTgc
gi|6 : CAGC----ACAA----TA-TCAGT----A----------ATCAC----AGGACATTATCAG---------TA--AAaccatccagtagt
gi|20 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgtAA---TA-TCAGT----AA-----C--TATCA------GCA-ATTATCAG---------CA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCGcatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|18 : c-TCAGT----AA-----T--TATTA------GAA-ATTATTAG---------TA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTgc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA
Unaligned ( gi|21 ): GGCCTTATCTTGATTTCTTATCAGAGACACGGTTGCTTACATAACCCGC
Unaligned ( gi|22 ): ATGAAATATACAAGTTCCTATTTCATGCACATACATTCAACCACAAGG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33 1 7777777777777777777777 666666666666666666666 1 11111 222 1111 22 888888888888888888888888888888888 222222 1 11 1 2222 2 1111 77777777777777777777777777777777 111111 111 2222222222 111 88888888888888888888888888 2222 2 2 1 2222222222222222222 2 111 1 11 1 11 1 99999999999999999999999999999999 11111 1 1111 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 333 2222 11 111 1 33333 11 22 2 222 11 11 1111 3333 333333 1 1 111111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 333333333333 11111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222 333333333333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222222222 333333333333333333333333 111111 111
lowQualScore : 3 00 0 3 2222222222222222222222 666666666666666666666 1 3 1 44444 111 6 0 7 1 2222 22 0 1 999999999999999999999999999999999 2 2 222222 3 3 1 0 33 0 3 1111 0 5555 3 0 00000000000000000000000000000000 666 2 4 999999 888 9999999999 888 7 1 1 7 1 11111111111111111111111111 3 5555 1 6 1 3 11 1 3 3 9999999999999999999 3 777 1 3 33 6 3 33 3 0 3 3 44 88888888888888888888888888888888 55555 8 0 1 7777 1 888888 6 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 88 777 7 7 5555 99 777 0 44444 6 88 8 33 8 88 0 8 222 11 11 8 0 11 1111 99 0 0000 0 555555 0 8 6 3 888888 3 1 6 22 6 1 5 00 99 4 66 5555555 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 2222222 66 4 4 4 111111111111 4 44444444 4 66 66 4 0 99 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333 666666666666666666 66 4 66 2 4 9999 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 4 5555 55 8 0 000000000 88888888 777 3 55 888888888888888888888888 66 6 555555 5 4 111
lowQualScore : . .. . . ...................... ..................... . . . ..... ... . . . . .... .. . . ................................. . . ...... . . . . .. . . .... . .... . . ................................ ... . . ...... ... .......... ... . . . . . .......................... . .... . . . . .. . . . ................... . ... . . .. . . .. . . . . .. ................................ ..... . . . .... . ...... . ................................................................................................ . .. ... . . .... .. ... . ..... . .. . .. . .. . . ... .. .. . . .. .... .. . .... . ...... . . . . ...... . . . .. . . . .. .. . .. ....... . . .................................................................. . . ....... .. . . . ............ . ........ . .. .. . . .. . ............................................................................. ....... .................. .. . .. . . .... .............................................................................. . . .... .. . . ......... ........ ... . .. ........................ .. . ...... . . ...
lowQualScore : 7 33 0 2 8888888888888888888888 555555555555555555555 0 3 0 33333 000 7 7 3 0 0000 77 7 0 666666666666666666666666666666666 5 0 222222 2 2 0 0 88 0 2 2222 0 2222 2 2 88888888888888888888888888888888 888 5 0 777777 333 0000000000 000 3 0 0 3 0 77777777777777777777777777 7 7777 0 7 0 7 77 0 3 3 3333333333333333333 7 777 0 3 33 7 3 88 0 0 2 2 55 22222222222222222222222222222222 88888 8 0 0 8888 0 888888 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 33 777 3 3 0000 33 111 0 00000 0 22 0 88 0 88 4 0 000 00 66 0 8 00 4444 22 8 6666 8 333333 6 0 0 2 444444 2 0 7 88 7 0 7 11 22 4 11 7777777 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 9999999 11 4 0 0 777777777777 0 66666666 4 11 11 4 7 22 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000 000000000000000000 99 4 11 9 4 4444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 0000 55 0 7 000000000 99999999 000 6 00 666666666666666666666666 99 5 999999 0 5 777
consensus : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTATTAT---CATGCACAT--ATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTACGCACT-AT-TA------GC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAGTTA-------GC---TGATCAAA-----AC-CTACCGAATAGCTNATACCATCAGCTTCACCGAATA-CAAAC--G-TAATGCGTGTAATTGATAANTTATATCTTGA-AAAATAAAAA----AGT---AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-ATTCCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCATGG-AATATACAAGTT-----ATAC-A---------------------CAN--A-TCATTGT-ATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T-TAAATAAATACCT-AGATATCTCTTATGTACATG-AACA-TG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT---AAGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTT-T-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-CATT-TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATAA-TTATCAA-T--A--TATCAG--A-TCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CACA-GCA---------------TA-TTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( family-350 ) : NTGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTNTTGTTTCCATGCACATGTATACATTCAACCACAAGGCCTNCC-GTTNCCGTANTCACACGTTGCGGTAATNCACACTTTCTAGCAATATACATNTACGCACTGATNTA------GC--GTANCA--GTTATCAAAGAATCGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGACTTGANCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAA-AATT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAGTTA-------GC---TGATCAAA-----AC-CTNCCGAATAGCTAATACCATTAGCTTCACCGAATAATAAAT--G-TAATGTATGTAATNGATAANTTANATCTTGANAANATAAAAATTTNAATGATAATGAACAATTTANCCCTAGTANATGGGTANCACGGTTCAGNTTTCAAAGCCTGTNGATCATA-AACANNGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTNGAT-TTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCATGG-AATATACAGGTT-----ATAC-A---------------------CAN--A-TCATTGT-ATTATNC--AAAAACCCNACGCG------GGAATTTCTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AG-TAT--GTCGGATGTAAATAAATACTTTAGATATCTCTTATGTACATG-AACA-TGCAAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT---AAGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCACAGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TT-GGTAT---CG-TTGGNATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTT-T-NA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTTATTTACCTGTGAG-ACA-CATT-TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGNGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNTANANATAA-TTATCAA-T--A--TATCAG--A-CCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ANTTT-------------CACA-GCA---------------TA-TTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
gi|1 : TGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTTATTAT---CATGCACAT--------------AC---GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTATGTACT-ATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACA-TGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGATACG----GACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAATT----------------GC---TGATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGAC--GCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATATTT------AATAAAAA----AGT-----TAAACAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTT-----ATACCA---------------------CAG--AATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGCG------G-AACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-CATTCGTCGG---TAAATAAATACCTGAGATAT-TCTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACCGCATT-GCGCAATC-ACTG-TGATATTTTAAAT-AGTGATATT---AAGAA--TATTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGC--TCT--TAAAAATCTGCGCAAAACTATAGG--TCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TT-GGTAT----G-TTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-GAAATTTA-ATA-TGC--ATAT------CAGCAA-AAAGAAA-----------TT-G-----------------ATAA---------AAAG-----------------AATTGTTT-T-GA----AAA--AA-CGGCC-TTGTTCTTGATTTGTTTTCCTGTGAGCACA-CATTGTTG-C--A--CAC-GGCCGGCAAGTC-GATCGCN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCAA-T--A--TATCAGT-A-CCTCA-AGT----TA--AAAACGC--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ACTTT-------------CACATGTAT--------------TG-TTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|10 : cTAAACA------TGTATAGTG-TTTGGTAT---CA-TTGGA----------------CT-GAAAATCA-ATA-TAC--ATAT------CAG-AA-ACAAGCA-----------TT-TT----------------A-AA---------AAAA-----------------AGTTATTT-T-TA----AAA--AAACGGCC-TTA-TCTTGATTC-TTTACCTGC--G-ACA-AA-T-TTG-C--A--CAC-GGCCCG
gi|11 : AATCCA--TA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAAATTCGAAAATTTC-G-----------------A-AA---------AAAATAATGTTTTTTTTTTAAAATTGTTTAT-AA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTTA-TTATC--TGAG-ACA-CA-T-TTG-C--A--AAC-GACCt
gi|12 : TTT-------------CACA-------------------TACTTCTCAGT-AA--T-A--TCAGG-ACAAT--------AAAAGCTACAATAAA---TA-TCAG--CAATGA------T-TATCATCAACAGCAATTATGAGg
gi|12 : tACATAC-TTCTCAG-T--AA-TATCAG--G---ACA-A------TA--AAAGC-T--ACAATAA-ATATCAG----CA-----A-TGATTATCA-------T-CA--------------------------ACA-GCA----------------A-TTATGAG--A-----A--TCAAC-TTTA---------AA----------GAA---TA-TCAGCAT----A------T-TATTAG----AACG--TATCAGTaatcaactttaaagaatatcagcatattattagaacgtatcagt
gi|13 : ttttcCAA----A--TATCAG--A-TTCCACAGT-----A--AAAGC-C--ACAGTAA-ATATCAG----C------A-TTT--ATCA---GTACT-AACAGTACAAATCT---------------CA-GCA---------------CA-CTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACA
gi|14 : gTATATATG-AACA-----AATAG--CGCATT-GC-TAATC-ACTG---AT-TATTAAAT-AGTGAAATT---AAGAA--TATTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGC--TATAAAAAAAATCTGC
gi|15 : tCT-GCAAATCA-TAA-TGC--ATAT------CAG-AATACAAAAA-----------TT-GTAA--------------A-AA---------AAAAT----------------AATTGTTT-T-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGGTTT-TTTACC--TGAG-ACA-CATT-Tc
gi|16 : AGC-AA--TTA--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACAAAAAAGA-TCAG--T----AATTACATGTATCA------GCAATTATCAGTA--AAGA-TTACACTC---AG-TACATTTACCATCC---AGTA
gi|17 : CCCTCGATCAG--AATTTCCATGG-AATATACAAATT-----ATAC-A---------------------CAT--A-TCATTGT-ATTATAC--AAAAACCCTATATG------GGAATTTCTATCgt
gi|18 : -TCAG--T----AA-----T-TATTA------GAAATTATTAGTA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTC-CATCC---AGTA
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGTTC------------TTATTG----CATGCACAT----ACATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGATA-TGCACACTT-CTAGCAATATACATGTACGCACTGATCTA------GC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATT----------------TTA---------------GGTTTGCTGAT-CAA--AACTTT-CCGAATAACTAATTAA-TAATTTGTATAAAAAATAAAT-AAATCTTGACAATA----------------AATCAACAATTTAATC----TACATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG----------------TCCCGC-GAC--TCCGTGGAT-TTCAAATACG-CGGATTTA------------TAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCATGG-AATATACAGGTTATAATATAC-ACTTGTCATTGTATTATCCAATCACCGA-TCATTGT-ATTATCC--AGAAACCCTACGTGGGCGGGGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCTAT--GTCGGAT--AAATAA-TACT--AGATATTTCTTATGTACATG-AAC--TG-AAAT-GG--GCATTAGC-TAATCGACTGGTGATATATTAAAT-ATTGAAGTTT--AAGAA--TATGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAA-AAAAATCTG-GCCAAAC--CAGGTTGCTTCATAACTA-ATA--GAT-TAATGTTT-GATATGCATG-TTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAA--ATATA-TGTCAATATATTACGTAA-AG-AAGAGAA-----------TT-G-----------------A-AT---------AAAG-----------------ACATGTTT-TATA----AAAATAA-CGGCT-TT--TCTTGATTT-TTTACTCTTG-G-ACAGCAAT-GTGAC--AATCAA-GGCGCGAACGT--GATCGCT---GGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAA--TATCAGGTA-TCATC-AG-----TA--CAA---C--ACAGTAA-ATA-CAG----GA-----ATTTA--TTCAGTCGTGCC----AGT----CTTT-------------C-CA-GTC---------------TG-GT-TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCA---------AACAG------CAAA---TA-TCAG--TCA--A------C-TATC------AGCAGTTATCAGT----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCC---gtg
gi|20 : tAA---TA-TCAG--T----AA-----C-TATCA------GCAATTATCAGCA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCG
gi|21 : cGGCC-TTA-TCTTGATTT-CTTATC--AGAG-ACA-CG-G-TTG-CTTA--CAT-AACCCGCgc
gi|22 : AAATATA-CAAGTTCCT--------ATTT--------CATGCAC----ATACATTCAACCACAAGG
gi|3 : atgTGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTCTTATTTCCATGCACATGTATAC-------------GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGCA---TATATTTA----------TA------G----TACTA-------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT--TG-ATAAGGAA-AATACG----GACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCATTATACAGTTAG------GCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCC---TA---AATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAAT--G-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATAT-TTAAAAAAATAAAAATTTAAATGATAATGAACAATTTATCTCTAGTAAAT-GGTATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCATGG-AA-A------------------A---------------------CAG--A-TCATT-T-ATTATCC----AAACCCAACGCG------
gi|3 : --AG-TAT--GTCGG-TGTAAA-AAATA--TTAGATATC-CTT---TACATG-AACA-TGCAAATTGG-CGCATT--CG-ACTC-GTTG-TGAT-TATTAAATGAGTGAAAGTATAAGGAA--TA-TTTTATGGAAGAATAAGA-A--GC--TATTAAAAAAATCTGCCCAAA--CA---GTTTCGTCATAAACA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|4 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGTATTGT-TAAAAGA-TA-T-AAAATCCA--TAGTGC--ATAT------CAG-AA-ATAAAAA-----------TT-GACAAATTTCGAACAAAAA-AATGTTTTTTTAAAA-----------------AATTGTTT-T-TATATAAAA--AA-CGGCC-TTA-T-TTGATTTAATTATCTGAGAC-AAA-CATT-T-G-C--A--AACTGAACCGCAAGTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNACTAG-T--A--CATTA-------TCA-AGTAAAATATCAAAAC-CCAACAGTAA-A-ATCCG----CACAGGTA-TAAT-ATCA---GCACCACACAGT---AATTTATATGAGAAGTACCGCA-ACAAGTAAATCTCAGTACTG-TTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC-----------AACAGC----AC-AA---TAGTCAG--TA---A------T-TATCA-----AGTAA-------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAta
gi|5 : tatcaagatagacatggcaAATTCTGCAAAAAACCG--GGTTTCTGCATAAACA--T-T-TAC-TAGC--TT-G-TAT---CGGTT--AATTGT-CTCAATA-TCCTTGAAAATCA-ATA-TGC--ATAT-------------AAAAAAA-----------TCCG-----------------G-AA---------AAAA-----------------AGTGGTTT-T-TA----CAA--AA-CAGCC-TTA-TCTT-ATTTCTTT-C---TAAG-A------------C--A--CAC-GGCCCG-AAGAG-GAGCG-A---TAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACT-----------TTATCAA-TA-A--TATCAG--A-TCCCACAG-----TA--AAAAC-C--ATA-TAA-ATATAAG----CA-----A--TA--ATCA---GCACC-CA-TAT---AATTT-------------AAT--GCAG--------------TA-CCAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGC----ACAAC---AA-ACAA--T----A------T-C---------AGTAATTATTAGTA--AAAAATGACA--CTC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAg
gi|6 : TGGCCGCATT-GC-TAATC-ACCT-TGAT-TATTATAC-AGTGAATTT---AAGAAACT-TTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTA-AATAAAAATCTGT-CAAAACCA--GGTTTCTTCATAAACATACATGTATATAGTG-TTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-GAAA-CCA-ATA-TGC--ATAT----------AA-AAAAAAA-----------TT-C-----------------C-CA---------AAAA-----------------A--TGTTT-T-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT---------------CA----T-TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---AGGCGg
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaaTCAG----CA--------------CA---ATATC----AGT---AAT---------------CACA-GGA---------------CA-TTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC----------AACAGT----AAAAA---TC-ACAG--TA---A------A-TATCA-----tcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgA-TTATCAG-T--AAACATCAG--AACCAAC-AGT-----A--AAAAT-C--ACAGTAA-ATATCAG----Cgc
gi|7 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgtcagcacaatatcagtaatcacaggacA-ATG-TAC--ATAT------CGG-AA-AAATAAA--------------G-----------------A-AA---------AAGT-----------------AATT-TTT-T---------A--AA-CAGCCATGA-TCTTAATT-ATCTACCTG--AG-ACA-CATT-T-A-C--A--CTC-GGACCGCAAGTC-GATCNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATCA-TTAGTAA----A--TATCAG--A-ACCCA-CGG----TA--AAAAC-C--TCAGTAA-ATAT
gi|8 : taC--GTA-CA----TATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT--TG-ATAAGGAATGATACA----GATATGTAAA-AAAT--TACTAGATTACTATGTCAATTATACAGTTATATTTCTGC---TGATCAAA-----A--CTACCGAATAGCac
gi|9 : aataAC-C--ACA-TAATATATCAATACACA-----G-TTA--A--A---ATAGC----AGT---AGTTT----------------------------------------TATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCA---------A-C-GC----ACAGA---AA-GCAG--T----A---------------------AATTATCAGTGCCAAAATTGACGCT----AG-TACATTTTACGTCat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 5555555555555555555555 6666666666666666 1 11 111 1111 22 11 222222222222222222222222222 222222 1 11 1 2222 1 11 777777777777777777777777777777 111111 111 888888888888888888 4444 999999999999999999999 1 1 1 1 1 3333333333 1 111 1 2 1 11 1 00000000000000000000000000000000000000 1 1111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 22 222 11 111 1 11111 11111 22 2 111 11 11 1111 333 333333 1 111111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 22222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 1111 222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222222222 333333333333333333333333 111111 111
lowQualScore : 11 33 0 3 2222222222222222222222 9999999999999999 3 3 11 999 6 7 2222 00 44 0 666666666666666666666666666 2 222222 3 3 0 0 33 0 3 1111 5 1 33 3 0 777777777777777777777777777777 2 66 5 999999 888 555555555555555555 1 9999 666666666666666666666 1 3 7 2 3 3 3 6 3333333333 3 777 3 3 6 3 33 1 0 3 3 11 44444444444444444444444444444444444444 0 8 0 7777 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 88 99 7 7 777 99 777 0 55555 99999 8 33 8 88 0 8 8 444 11 0 3 8 0 11 1111 99 0 222 0 555555 0 5 3 888888 3 0 8 8 5 00 99 4 66 5555555 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 9999 00 4 4 4 22 0 44444444444444 4 4 66 66 4 0 99 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4444 5 3333 1 888888888888 0 5 66 4 5 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 4 5555 55 8 0 000000000 88888888 777 3 55 888888888888888888888888 66 6 555555 5 4 111
lowQualScore : .. .. . . ...................... ................ . . .. ... . . .... .. .. . ........................... . ...... . . . . .. . . .... . . .. . . .............................. . .. . ...... ... .................. . .... ..................... . . . . . . . . .......... . ... . . . . .. . . . . .. ...................................... . . . .... . ....... ............................................................................................. . .. .. . . ... .. ... . ..... ..... . .. . .. . . . ... .. . . . . .. .... .. . ... . ...... . . . ...... . . . . . .. .. . .. ....... . . .................................................................. . . .... .. . . . .. . .............. . . .. .. . . .. . .............................................................................. .... . .... . ............ . . .. . . .................................................................................... . . .... .. . . ......... ........ ... . .. ........................ .. . ...... . . ...
lowQualScore : 77 88 0 2 2222222222222222222222 2222222222222222 3 7 00 000 7 3 0000 77 00 7 222222222222222222222222222 5 222222 2 2 8 0 88 0 2 2222 5 0 88 2 2 000000000000000000000000000000 5 88 7 333333 333 333333333333333333 0 3333 777777777777777777777 0 3 3 0 3 3 3 7 7777777777 3 777 3 3 7 3 88 0 0 2 2 00 00000000000000000000000000000000000000 0 8 2 8888 0 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33 33 3 3 777 33 111 0 88888 00000 0 88 0 88 4 0 0 000 00 8 8 0 8 00 4444 22 8 222 8 333333 6 6 2 444444 2 8 0 0 7 11 22 4 11 7777777 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4444 66 4 0 0 11 9 55555555555555 0 4 11 11 4 7 22 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 7 0000 0 222222222222 9 0 99 5 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 0000 55 0 7 000000000 99999999 000 6 00 666666666666666666666666 99 5 999999 0 5 777
consensus : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TTATTAT---CATGCACATAC-CATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACT-AT-------TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAGTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGCT-ATACCATNAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTT-AAAAAATAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-A-TCCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATACG-CGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG--TAAATAAATAC-T-AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-CA-T-TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATAN-TTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CACA-GCA---------------TA-TTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( family-350 ) : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTATTAT---CATGCACATATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GCACT-AT-------TAGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAGTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGCTNATACCATCAGCTTCACCGAATAC-AAACG-TAATGCGTGTAATTGATAANTTATATCTTGAAAAATAAAAA-------AGT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-ATTCCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGGT-TAAATAAATACCT-AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-CATT-TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATAA-TTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CACA-GCA---------------TA-TTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
gi|1 : TGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTTATTAT---CATGCACATAC---------------GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTAT-GTACT-ATATAAAATTGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACA-TGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGATACG----GACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAATT----------------G-CT---GATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGACGCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATATTT-----AATAAAAA-------AGT------------TAAACAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-A-TCCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTT-----ATACCA---------------------CAGA--ATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGC-------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-CATTCGTCGG--TAAATAAATACCTGAGATAT-TCTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACCGCATT-GCGCAATC-ACTG-TGATATTTTAAAT-AGTGATATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGC--TCT--TAAAAATCTGCGCAAAACTATAGG--TCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TTGGTAT----G-TTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-GAAATTTA-ATA-TGC--ATAT------CAGCAA-AAAGAAA-----------TT-G-----------------ATAA---------AAAG-----------------AATTGTTTT-GA----AAA--AA-CGGCC-TTGTTCTTGATTTGTTTTCCTGTGAGCACA-CATTGTTG-C--A--CAC-GGCCGGCAAGTC-GATCGCN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA--TATCAA-T--A-TATCAGT-ACCTCA-AGT----TA--AAAACGC--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ACTTT-------------CACATGTAT--------------TG-TTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|10 : cTAAACA------TGTATAGTGTTTGGTAT---CA-TTGGA----------------CT-GAAAATCA-ATA-TAC--ATAT------CAG-AA-ACAAGCA-----------TT-TT----------------A-AA---------AAAA-----------------AGTTATTTT-TA----AAA--AAACGGCC-TTA-TCTTGATTC-TTTACCTGC--G-ACA-AA-T-TTG-C--A--CAC-GGCCCG
gi|11 : AATCCA--TA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAAATTCGAAAATTTC-G-----------------A-AA---------AAAATAATGTTTTTTTTTTAAAATTGTTTA-TA----AAAA-AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-ATTATC--TGAG-ACA-CA-T-TTG-C--A--AAC-GACCt
gi|12 : TTT-------------CACA-------------------TACTTCTCAGT-AA--T-A--TCAGG-ACAAT--------AAAAGCTACAATAAA---TA-TCAG--CAATGA------T-TATCATCAACAGCAATTATGAGg
gi|12 : tACATAC-TTCTCAG-T--AATATCAG--G--ACA-A------TA--AAAGC-T--ACAATAA-ATATCAG----CA-----A-TGATTATCA-------T-CA--------------------------ACA-GCA----------------A-TTATGAG--A-----A--TCAAC-TTTA---------AA----------GAA---TA-TCAGCAT----A------T-TATTAG----AACG--TATCAGTaatcaactttaaagaatatcagcatattattagaacgtatcagt
gi|13 : ttttcCAA----A-TATCAG--ATTCCACAGT-----A--AAAGC-C--ACAGTAA-ATATCAG----C------A-TTT--ATCA---GTACT-AACAGTACAAATCT---------------CA-GCA---------------CA-CTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACA
gi|14 : gTATATA-TGAAC-A----AATAG--CGCATT-GC-TAATC-ACTG---AT-TATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGC--TATAAAAAAAATCTGC
gi|15 : tCT-GCAAATCA-TAA-TGC--ATAT------CAG-AATACAAAAA-----------TT-GTAA--------------A-AA---------AAAAT----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGGTTT-TTTACC--TGAG-ACA-CATT-Tc
gi|16 : AGC-AA--TTA--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACAAAAAAGA-TCAG--T----AATTACATGTATCA------GCAATTATCAGTA--AAGA-TTACACTC---AG-TACATTTACCATCC---AGTA
gi|17 : CCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAAATT-----ATA-CA---------------------CA-T--ATCA-TTGTATTATAC--AAAAACCCTATATG------GGAATTTCTATCgt
gi|18 : -TCAG--T----AA-----T-TATTA------GAAATTATTAGTA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTC-CATCC---AGTA
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGTTC------------TTATTG----CATGCACATA--CATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGATA-TGCACACTT-CTAGCAATATACATGTAC-GCACTGATC------TAGC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATT------------------------------TTA--GGTTTGCTGAT--CA-AAACTTT-CCGAATA----AC-----------TAATTAATAATTTGTAT---AAAAAATAAATA-------AATCTTGACAATAAATCAACAATTTAATC-TAC---ATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG----------------TCCCGC-GAC--TCCGTGGAT-TTCAAATACG-CGGATTTA------------TAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATAATATA-CACTTGTCATTGTATTATCCAATCA-CCGATCA-TTGTATTATCC--AGAAACCCTACGTGGGCGGGGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCTAT--GTCGGA-TAAATAA-TAC-T-AGATATTTCTTATGTACA-TGAAC--TG-AAAT-GG--GCATTAGC-TAATCGACTGGTGATATATTAAAT-ATTGAAGTTTA---AGAA--TATGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAA-AAAAATCTG-GCCAAACC--AGGTTGCTTCATAACTA-ATA--GAT-TAATGTTTGATATGCATG-TTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAA--ATATA-TGTCAATATATTACGTAA-AG-AAGAGAA-----------TT-G-----------------A-AT---------AAAG-----------------ACATGTTTTATA----AAAATAA-CGGCT-TT--TCTTGATTT-TTTACTCTTG-G-ACAGCAAT-GTGAC--AATCAA-GGCGCGAACGT--GATCGCT---GGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAA-TATCAGGTATCATC-AG-----TA--CAA---C--ACAGTAA-ATA-CAG----GA-----ATTTA--TTCAGTCGTGCC----AGT----CTTT-------------C-CA-GTC---------------TG-GT-TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCA---------AACAG------CAAA---TA-TCAG--TCA--A------C-TATC------AGCAGTTATCAGT----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCC---gtg
gi|20 : tAA---TA-TCAG--T----AA-----C-TATCA------GCAATTATCAGCA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCG
gi|21 : cGGCC-TTA-TCTTGATTT-CTTATC--AGAG-ACA-CG-G-TTG-CTTA--CAT-AACCCGCgc
gi|22 : ATG--AAATATA-CAAGTTCCT------------ATT-T---CATGCACATA--CATTCAACCACAAGG
gi|3 : TGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAATTTCTTATTTCCATGCACATGTATAC-----------GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGCA---TATATTTATAGTACT-A---------------------------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT--TG-ATAAGGAA-AATACG----GACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCATTATACAGTTA-------GGCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCCTAA------ATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAATG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAAATAAAAATTTAAATGAT----------AATGAACAATTTATCTCTAGTAAATGG-TATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATACG-CGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCAT-GGAA-A------------------A---------------------CA-G--ATCA-TT-TATTATCC----AAACCCAACGCG------
gi|3 : --AG-TAT--GTCGGTGTAAA-AAATAT-T-AGATATC-CTT---TACA-TGAAC-ATGCAAATTGGC-GCATT--CG-ACTC-GTTG-TGAT-TATTAAATGAGTGAAAGT-ATAAGGAA--TATTTT-ATGGAAGAATAAGA-A--GC--TATTAAAAAAATCTGCCCAAA--CA---GTTTCGTCATAAACA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|4 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngT-AAAATCCA--TAGTGC--ATAT------CAG-AA-ATAAAAA-----------TT-GACAAATTTCGAACAAAAA-AATGTTTTTTTAAAA-----------------AATTGTTTT-TATATAAAA--AA-CGGCC-TTA-T-TTGATTTAATTATCTGAGAC-AAA-CA-T-TTG-C--A--AACTGAACCGCAAGTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNACTAG-T--A-CATTA------TCA-AGTAAAATATCAAAAC-CCAACAGTAA-A-ATCCG----CACAGGTA-TAAT-ATCA---GCACCACACAGT---AATTTATATGAGAAGTACCGCA-ACAAGTAAATCTCAGTACTG-TTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC-----------AACAGC----AC-AA---TAGTCAG--TA---A------T-TATCA-----AGTAA-------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAta
gi|5 : tatcaagatagacatggcagtattgttaaaagataAATTCTGCAAAAAACCG--GGTTTCTGCATAAACA--T-T-TAC-TAGC--TTG-TAT---CGGTT--AATTGT-CTCAATA-TCCTTGAAAATCA-ATA-TGC--ATAT-------------AAAAAAA-----------TCCG-----------------G-AA---------AAAA-----------------AGTGGTTTT-TA----CAA--AA-CAGCC-TTA-TCTT-ATTT-CTT---TCTAAG-A------------C--A--CAC-GGCCCG-AAGAG-GAGCG-A---TAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACT-----------TTATCAA-TA-A-TATCAG--ATCCCACAG-----TA--AAAAC-C--ATA-TAA-ATATAAG----CA-----A--TA--ATCA---GCACC-CA-TAT---AATTT-------------AAT--GCAG--------------TA-CCAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGC----ACAAC---AA-ACAA--T----A------T-C---------AGTAATTATTAGTA--AAAAATGACA--CTC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAg
gi|6 : C-ATA-GAAT-GGCCGCATT-GC-TAATC-ACCT-TGAT-TATTATAC-AGTGAATTT-A---AGAAACT-TTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTA-AATAAAAATCTGT-CAAAACCA--GGTTTCTTCATAAACATACATGTATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-GAAA-CCA-ATA-TGC--ATAT----------AA-AAAAAAA-----------TT-C-----------------C-CA---------AAAA-----------------A--TGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT---------------CA----T-TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---AGGCGg
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCAG----CA--------------CA---ATATC----AGT---AAT---------------CACA-GGA---------------CA-TTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC----------AACAGT----AAAAA---TC-ACAG--TA---A------A-TATCA-----tcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|7 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgA-ATG-TAC--ATAT------CGG-AA-AAATAAA--------------G-----------------A-AA---------AAGT-----------------AATT--TTT-TA----AA------CAGCCATGA-TCTTAATTA-TCTACCTG--AG-ACA-CATT-T-A-C--A--CTC-GGACCGCAAGTC-GATCNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATCA-TTAGTAA----A-TATCAG--AACCCA-CGG----TA--AAAAC-C--TCAGTAA-ATATgc
gi|8 : taC--GTA-CA----TATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT--TG-ATAAGGAATGATACA----GATATGTAAA-AAAT--TACTAGATTACTATGTCAATTATACAGTTATATTTCTG-CT---GATCAAA-----A--CTACCGAATAGCac
gi|9 : aata--ATCACA-A-T----TACCAGTAC-C--ACA-TAATATATCAATACACA-----G-TTA--A--A---ATAGC----AGT---AGTTT----------------------------------------TATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCA---------A-C-GC----ACAGA---AA-GCAG--T----A---------------------AATTATCAGTGCCAAAATTGACGCT----AG-TACATTTTACGTCat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 66666666666666666666666 555555555555555 1 11 111 1111 22 11 222222222222222222222222222 222222 1 1111 2222 1 11 555555555555555555 1 111 888888888888888888888888888888 111 666666666666666666 111 1 999999999999999999999 1 1 1 1 1 22222222222 1 111 1 1 1 11 1 00000000000000000000000000000000000000 1 1111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 2222 11 11 111 1 11111 11111 22 2 111 11 11 1111 333 333333 1 111111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 22222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222 1111 222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 22222222222 333333333333333333 111111 111
lowQualScore : 11 33 0 3 11111111111111111111111 888888888888888 3 3 11 999 6 7 2222 00 44 555555555555555555555555555 2 222222 3 3 0 0 4444 3 1111 5 1 33 3 888888888888888888 0 777 444444444444444444444444444444 888 111111111111111111 333 3 222222222222222222222 1 3 7 2 3 3 3 6 22222222222 3 777 3 3 6 3 33 1 0 3 3 11 44444444444444444444444444444444444444 0 8 0 7777 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 88 2222 7 7 88 99 777 0 55555 99999 8 33 8 88 0 8 8 444 11 0 3 8 0 11 1111 99 0 222 0 555555 0 5 3 888888 3 0 8 8 5 00 99 4 66 5555555 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 9999 00 4 4 4 22 0 11111 4 4 4 55 4 66 66 4 0 99 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 3333 1 888888888888 0 5 66 4 5 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 4 7777 66 8 66666666666 0 777 4 55 111111111111111111 66 6 555555 5 4 111
lowQualScore : .. .. . . ....................... ............... . . .. ... . . .... .. .. ........................... . ...... . . . . .... . .... . . .. . .................. . ... .............................. ... .................. ... . ..................... . . . . . . . . ........... . ... . . . . .. . . . . .. ...................................... . . . .... . ....... ............................................................................................. . .. .... . . .. .. ... . ..... ..... . .. . .. . . . ... .. . . . . .. .... .. . ... . ...... . . . ...... . . . . . .. .. . .. ....... . . .................................................................. . . .... .. . . . .. . ..... . . . .. . .. .. . . .. . .............................................................................. ...... .... . ............ . . .. . . .................................................................................... . . .... .. . ........... . ... . .. .................. .. . ...... . . ...
lowQualScore : 77 88 0 2 22222222222222222222222 888888888888888 3 7 00 000 7 3 0000 77 00 888888888888888888888888888 5 222222 2 2 8 0 8888 2 2222 5 0 88 2 888888888888888888 0 555 666666666666666666666666666666 333 333333333333333333 777 3 000000000000000000000 0 3 3 0 3 3 3 7 77777777777 3 777 3 3 7 3 88 0 0 2 2 00 00000000000000000000000000000000000000 0 8 2 8888 0 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33 7777 3 3 33 33 111 0 88888 00000 0 88 0 88 4 0 0 000 00 8 8 0 8 00 4444 22 8 222 8 333333 6 6 2 444444 2 8 0 0 7 11 22 4 11 7777777 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4444 66 4 0 0 11 9 99999 0 0 0 55 4 11 11 4 7 22 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000000 0000 0 222222222222 9 0 99 5 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 7777 11 9 99999999999 1 888 0 55 777777777777777777 99 5 999999 0 5 777
consensus : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATAC-ATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTG------AT-TGGC--GTAAC--AGTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT-T--GATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CACA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCAAA---------CAGCACAAA---TA-TCAG--T--A------T-TATCA-AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( family-350 ) : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTATCATGCACATACCATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACT-------AT-TGGC--GTAAC--AGTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT-T--GATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGCT-ATACCATNAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CACA-GCA---------------TATTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCAAA---------CAGCACAAA---TA-TCAG--T--A------T-TATCA-AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
gi|1 : TGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTT----ATTATCATGCACATAC--------------GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTAT-GTACTATATAAAAT-TGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAAC-ATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGATACG----GACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAATT-----------------------G-CT---GATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGACGCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATATTT----AA-TAAAAA-------AGT------------TAAACAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTT-----ATACCA---------------------CAGA--ATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGC-------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-CATTCGTCGG-T--AAATAAATACCTGAGATAT-TCTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACCGCATT-GCGCAATC-ACTG-TGATATTTTAAAT-AGTGATATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGC--TCT--TAAAAATCTGCGCAAAACTATAGG--TCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TTGGTAT----G-TTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-GAAATTTA-ATA-TGC--ATAT------CAGCAA-AAAGAAA-----------TT-G-----------------ATAA---------AAAG-----------------AATTGTTTT-GA----AAA--AA-CGGCC-TTGTTCTTGATTTGTTTTCCTGTGAGCACA-C-ATTGTTG-C--A--CAC-GGCCGGCAAGTC-GATCGCN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-A-TATCAA-T--A-TATCAGT-ACCTCA-AGT----TA--AAAACGC--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ACTTT-------------CACATGTAT--------------TGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCAAA---------CAGCACAAA---TA-TCAG--T--A------T-TATCA-AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|10 : cTAAACA------TGTATAGTGTTTGGTAT---CA-TTGGA----------------CT-GAAAATCA-ATA-TAC--ATAT------CAG-AA-ACAAGCA-----------TT-TT----------------A-AA---------AAAA-----------------AGTTATTTT-TA----AAA--AAACGGCC-TTA-TCTTGATTC-TTTACCTGC--G-ACA-A-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCG
gi|11 : AATCCA--TA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAAATTCGAAAATTTC-G-----------------A-AA---------AAAATAATGTTTTTTTTTTAAAATTGTTTA-TA----AAAA-AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-ATTATC--TGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--AAC-GACCt
gi|12 : ACATA-CTTCTCAG-T--AATATCAG--G--ACA-A------TA--AAAGC-T--ACAATAA-ATATCAG----CA-----A-TGATTATCA-------T-CA--------------------------ACA-GCA----------------ATTATGAG--A-----A--TCAAC-TTTAAA---------------GAA---TA-TCAGCAT--A------T-TATTAGAACG--TATCAGTg
gi|13 : ttttcCAA----A-TATCAG--ATTCCACAGT-----A--AAAGC-C--ACAGTAA-ATATCAG----C------A-TTT--ATCA---GTACT-AACAGTACAAATCT---------------CA-GCA---------------CACTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCAAA---------T-GCACA
gi|14 : gTATATA-TGAAC-A----AATAG--CGCATT-GC-TAATC-ACTG---AT-TATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGC--TATAAAAAAAATCTGC
gi|15 : tCT-GCAAATCA-TAA-TGC--ATAT------CAG-AATACAAAAA-----------TT-GTAA--------------A-AA---------AAAAT----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGGTTT-TTTACC--TGAG-ACA-C-AT--TTc
gi|16 : AGC-AA--TTA--TCAGC-ACCAAA---------T-GCACAAAAAAGA-TCAG--T--AATTACATGTATCA--GCAATTATCAGTA--AAGA-TTACACTC---AG-TACATTTACCATCC---AGTA
gi|17 : CCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAAATT-----ATA-CA---------------------CA-T--ATCA-TTGTATTATAC--AAAAACCCTATATG------GGAATTTCTATCgt
gi|18 : -TCAG--T--AA-----T-TATTA--GAAATTATTAGTA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTC-CATCC---AGTA
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGTTC------------TT----ATTG-CATGCACATAC-ATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGATA-TGCACACTT-CTAGCAATATACATGTAC-GCACTG------ATCTAGC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT-T--GATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATTTTAGGTTT-------G-CT---GATCAAA-----A--------------------------CTTT-CCGAATA--A--C-----------TAATTAATAATTTGTAT--AAAAAA-TAAATA-------AATCTTGACAATAAATCAACAATTTAATC-TAC---ATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG---------------T-CCCGC-GAC--TCCGTGGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTA------------TAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATAATATA-CACTTGTCATTGTATTATCCAATCA-CCGATCA-TTGTATTATCC--AGAAACCCTACGTGGGCGGGGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCTAT--GTCGGAT--AAATAA-TACT--AGATATTTCTTATGTACA-TGAAC--TG-AAAT-GG--GCATTAGC-TAATCGACTGGTGATATATTAAAT-ATTGAAGTTTA---AGAA--TATGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAA-AAAAATCTG-GCCAAACC--AGGTTGCTTCATAACTA-ATA--GAT-TAATGTTTGATATGCATG-TTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAA--ATATA-TGTCAATATATTACGTAA-AG-AAGAGAA-----------TT-G-----------------A-AT---------AAAG-----------------ACATGTTTTATA----AAAATAA-CGGCT-TT--TCTTGATTT-TTTACTCTTG-G-ACAGCAAT--GTGAC--AATCAA-GGCGCGAACGT--GATCGCT---GGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAA-TATCAGGTATCATC-AG-----TA--CAA---C--ACAGTAA-ATA-CAG----GA-----ATTTA--TTCAGTCGTGCC----AGT----CTTT-------------C-CA-GTC---------------TGGT-TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCAAA---------CAG--CAAA---TA-TCAG--TCAA------C-TATC--AGCAGTTATCAGT----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCC---gtg
gi|20 : tAA---TA-TCAG--T--AA-----C-TATCA--GCAATTATCAGCA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCG
gi|21 : cGGCC-TTA-TCTTGATTT-CTTATC--AGAG-ACA-C-GG--TTG-CTTA--CAT-AACCCGCgc
gi|22 : ATG--AAATATA-CAAGTTCCT--------A-TT--------TCATGCACATA-CATTCAACCACAAGG
gi|3 : TGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TTTCTTATTTCCATGCACATGT-AT------AC---GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGCA---TATATTTATAGTACT-------A---------------------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT-T--GATAAGGAA-AATACG----GACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCATTATACA-------GTTA-------GGCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCCTAA------ATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAATG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAAATAAAAATTTAAATGAT----------AATGAACAATTTATCTCTAGTAAATGG-TATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCAT-GGAA-A------------------A---------------------CA-G--ATCA-TT-TATTATCC----AAACCCAACGCG------
gi|3 : --AG-TAT--GTCGG-TGTAAA-AAATATT--AGATATC-CTT---TACA-TGAAC-ATGCAAATTGGC-GCATT--CG-ACTC-GTTG-TGAT-TATTAAATGAGTGAAAGT-ATAAGGAA--TATTTT-ATGGAAGAATAAGA-A--GC--TATTAAAAAAATCTGCCCAAA--CA---GTTTCGTCATAAACA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|4 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngT-AAAATCCA--TAGTGC--ATAT------CAG-AA-ATAAAAA-----------TT-GACAAATTTCGAACAAAAA-AATGTTTTTTTAAAA-----------------AATTGTTTT-TATATAAAA--AA-CGGCC-TTA-T-TTGATTTAATTATCTGAGAC-AAA-C-AT--TTG-C--A--AACTGAACCGCAAGTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNACTAG-T--A-CATTA------TCA-AGTAAAATATCAAAAC-CCAACAGTAA-A-ATCCG----CACAGGTA-TAAT-ATCA---GCACCACACAGT---AATTTATATGAGAAGTACCGCA-ACAAGTAAATCTCAGTACTGTTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC--AA---------CAGCAC-AA---TAGTCAG--TA-A------T-TATCA-AGTAA-------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAta
gi|5 : tatcaagatagacatggcagtattgttaaaagataAATTCTGCAAAAAACCG--GGTTTCTGCATAAACA--T-T-TAC-TAGC--TTG-TAT---CGGTT--AATTGT-CTCAATA-TCCTTGAAAATCA-ATA-TGC--ATAT-------------AAAAAAA-----------TCCG-----------------G-AA---------AAAA-----------------AGTGGTTTT-TA----CAA--AA-CAGCC-TTA-TCTT-ATTT-CTT---TCTAAG-ACA-C-A---------------C-GGCCCG-AAGAG-GAGCG-A---TAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACT-----------TTATCAA-T--AATATCAG--ATCCCACAGT-----A--AAAAC-C--ATA-TAA-ATATAAG----CA-----A-T-A--ATCA---GCACC-CA-TAT---AATTT-------------AAT--GCAG--------------TACCAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGCACAAC---AA-ACAA--T--A------T-CA-----GTAATTATTAGTA--AAAAATGACA--CTC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAg
gi|6 : C-ATA-GAAT-GGCCGCATT-GC-TAATC-ACCT-TGAT-TATTATAC-AGTGAATTT-A---AGAAACT-TTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTA-AATAAAAATCTGT-CAAAACCA--GGTTTCTTCATAAACATACATGTATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-GAAA-CCA-ATA-TGC--ATAT----------AA-AAAAAAA-----------TT-C-----------------C-CA---------AAAA-----------------A--TGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT------------------C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---AGGCGg
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCAG----CA--------------CA---ATATC----AGT---AAT---------------CACA-GGA---------------CATTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC-AA---------CAGTAAAAA---TC-ACAG--TA-A------A-TATCA-tcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|7 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgA-ATG-TAC--ATAT------CGG-AA-AAATAAA--------------G-----------------A-AA---------AAGT-----------------AATT--TTT-TA----AA------CAGCCATGA-TCTTAATTA-TCTACCTG--AG-ACA-C-AT--TTA-C--A--CTC-GGACCGCAAGTC-GATCNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATC-ATTAGTAA----A-TATCAG--AACCCA-CGG----TA--AAAAC-C--TCAGTAA-ATATgc
gi|8 : taC--GTA-C--A--TATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT-T--GATAAGGAATGATACA----GATATGTAAA-AAAT--TACTAGATTACTATGTCAATTATACA-------GTTATATTTCTG-CT---GATCAAA-----A--CTACCGAATAGCac
gi|9 : aata--ATCACA-A-T----TACCAGTAC-C--ACA-TAATATATCAATACACA-----G-TTA--A--A---ATAGC----AGT---AGTTT---------------------------------------TATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCAA----------C-GCACAGA---AA-GCAG--T--A-----------------AATTATCAGTGCCAAAATTGACGCT----AG-TACATTTTACGTCat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 666666666666666666 11 3333333333333 1 11 111 1111 22 11 111111111111111111111111111 222222 1 11 1 2222 1 11 555555555555555555 1 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 999999999999999999999 1 1 1 1 1 22222222222 1 111 1 1 1 11 1 00000000000000000000000000000000000000 1 1111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 2222 11 11 111 1 11111 11111 22 2 111 11 11 1111 333 333333 1 111111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 22222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 1111 222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222222222 333333333333333333333333 111111 111
lowQualScore : 11 33 0 3 777777777777777777 77 1111111111111 3 3 11 999 6 7 2222 00 44 666666666666666666666666666 2 222222 3 3 0 0 33 0 3 1111 5 1 33 3 888888888888888888 0 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 77777 222222222222222222222 1 3 7 2 3 3 3 6 22222222222 3 777 3 3 6 3 33 1 0 3 3 11 44444444444444444444444444444444444444 0 8 0 7777 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 88 2222 7 7 88 99 777 0 55555 99999 8 33 8 88 0 8 8 444 11 0 3 8 0 11 1111 99 0 222 0 555555 0 5 3 888888 3 0 8 8 5 00 99 4 66 5555555 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 9999 00 4 4 4 22 0 11111 4 4 4 55 4 66 66 4 0 99 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 5 3333 1 888888888888 0 5 66 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 4 5555 55 8 0 000000000 88888888 777 3 55 888888888888888888888888 66 6 555555 5 4 111
lowQualScore : .. .. . . .................. .. ............. . . .. ... . . .... .. .. ........................... . ...... . . . . .. . . .... . . .. . .................. . ... .............................................................. . ..... ..................... . . . . . . . . ........... . ... . . . . .. . . . . .. ...................................... . . . .... . ....... ............................................................................................. . .. .... . . .. .. ... . ..... ..... . .. . .. . . . ... .. . . . . .. .... .. . ... . ...... . . . ...... . . . . . .. .. . .. ....... . . .................................................................. . . .... .. . . . .. . ..... . . . .. . .. .. . . .. . .............................................................................. .... . .... . ............ . . .. . . ...................................................................................... . . .... .. . . ......... ........ ... . .. ........................ .. . ...... . . ...
lowQualScore : 77 88 0 2 888888888888888888 88 0000000000000 3 7 00 000 7 3 0000 77 00 222222222222222222222222222 5 222222 2 2 8 0 88 0 2 2222 5 0 88 2 888888888888888888 0 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 77777 000000000000000000000 0 3 3 0 3 3 3 7 77777777777 3 777 3 3 7 3 88 0 0 2 2 00 00000000000000000000000000000000000000 0 8 2 8888 0 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33 7777 3 3 33 33 111 0 88888 00000 0 88 0 88 4 0 0 000 00 8 8 0 8 00 4444 22 8 222 8 333333 6 6 2 444444 2 8 0 0 7 11 22 4 11 7777777 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4444 66 4 0 0 11 9 99999 0 0 0 55 4 11 11 4 7 22 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 7 0000 0 222222222222 9 0 99 5 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 0000 55 0 7 000000000 99999999 000 6 00 666666666666666666666666 99 5 999999 0 5 777
consensus : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( family-350 ) : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTG------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
gi|1 : TGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTT----ATTATCATGCACATAC-------------GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTAT-GTACTATATAAAAT-TGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACA-TGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGATACG----GACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAATT-----------------------G-CT---GATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGACGCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATATTTAA-----TAAAAA-------AGT------------TAAACAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTT-----ATACCA---------------------CAGA--ATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGC-------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-CATTCGTCGG-T--AAATAAATACCTGAGATAT-TCTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACCGCATT-GCGCAATC-ACTG-TGATATTTTAAAT-AGTGATATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGC--TCT--TAAAAATCTGCGCAAAACTATAGG--TCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TTGGTAT----G-TTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-GAAATTTA-ATA-TGC--ATAT------CAGCAA-AAAGAAA-----------TT-G-----------------ATAA---------AAAG-----------------AATTGTTTT-GA----AAA--AA-CGGCC-TTGTTCTTGATTTGTTTTCCTGTGAGCACA-C-ATTGTTG-C--A--CAC-GGCCGGCAAGTC-GATCGCN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-A-TATCAA-T--A-TATCAGT-ACCTCA-AGT----TA--AAAACGC--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ACTTT-------------CA--CATGTAT--------------TGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|10 : cTAAACA------TGTATAGTGTTTGGTAT---CA-TTGGA----------------CT-GAAAATCA-ATA-TAC--ATAT------CAG-AA-ACAAGCA-----------TT-TT----------------A-AA---------AAAA-----------------AGTTATTTT-TA----AAA--AAACGGCC-TTA-TCTTGATTC-TTTACCTGC--G-ACA-A-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCG
gi|11 : AATCCA--TA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAAATTCGAAAATTTC-G-----------------A-AA---------AAAATAATGTTTTTTTTTTAAAATTGTTTA-TA----AAAA-AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-ATTATC--TGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--AAC-GACCt
gi|12 : TTT-------------CA--CA--TA---------------C-TTCTCAGT-AA--T-A--TCAGG-ACAAT--------AAAAGCTACAATAAA---TA-TCAG--CAATGA------T-TATCATCAACAGCAATTATGAGg
gi|12 : tACATA-CTTCTCAG-T--AATATCAG--G--ACA-A------TA--AAAGC-T--ACAATAA-ATATCAG----CA-----A-TGATTATCA-------T-CA--------------------------A--CA-GCA----------------ATTATGAG--A-----A--TCAAC-TTTA---------AA----------GAA---TA-TCAGCAT----A------T-TATTAG----AACG--TATCAGTaatcaactttaaagaatatcagcatattattagaacgtatcagt
gi|13 : ttttcCAA----A-TATCAG--ATTCCACAGT-----A--AAAGC-C--ACAGTAA-ATATCAG----C------A-TTT--ATCA---GTACT-AACAGTACAAATCT-----------------CA-GCA---------------CACTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACA
gi|14 : gTATATA-TGAAC-A----AATAG--CGCATT-GC-TAATC-ACTG---AT-TATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGC--TATAAAAAAAATCTGC
gi|15 : tCT-GCAAATCA-TAA-TGC--ATAT------CAG-AATACAAAAA-----------TT-GTAA--------------A-AA---------AAAAT----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGGTTT-TTTACC--TGAG-ACA-C-AT--TTc
gi|16 : AGC-AA--TTA--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACAAAAAAGA-TCAG--T----AATTACATGTATCA------GCAATTATCAGTA--AAGA-TTACACTC---AG-TACATTTACCATCC---AGTA
gi|17 : CCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAAATT-----ATA-CA---------------------CA-T--ATCA-TTGTATTATAC--AAAAACCCTATATG------GGAATTTCTATCgt
gi|18 : -TCAG--T----AA-----T-TATTA------GAAATTATTAGTA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTC-CATCC---AGTA
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGTTC------------TT----ATTG-CATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGATA-TGCACACTT-CTAGCAATATACATGTAC-GCACTG------ATCTAGC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATTTTAGGTTT-------G-CT---GATCAAA-----AC-T------------------------TTC--CGAATA--A--C-----------TAATTAATAATTTGTAT--AAAAAA-TAAATA-------AATCTTGACAATAAATCAACAATTTAATC-TAC---ATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG---------------T-CCCGC-GAC--TCCGTGGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTA------------TAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATAATATA-CACTTGTCATTGTATTATCCAATCA-CCGATCA-TTGTATTATCC--AGAAACCCTACGTGGGCGGGGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCTAT--GTCGGAT--AAATAA-TACT--AGATATTTCTTATGTACA-TGAAC--TG-AAAT-GG--GCATTAGC-TAATCGACTGGTGATATATTAAAT-ATTGAAGTTTA---AGAA--TATGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAA-AAAAATCTG-GCCAAACC--AGGTTGCTTCATAACTA-ATA--GAT-TAATGTTTGATATGCATG-TTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAA--ATATA-TGTCAATATATTACGTAA-AG-AAGAGAA-----------TT-G-----------------A-AT---------AAAG-----------------ACATGTTTTATA----AAAATAA-CGGCT-TT--TCTTGATTT-TTTACTCTTG-G-ACAGCAAT--GTGAC--AATCAA-GGCGCGAACGT--GATCGCT---GGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAA-TATCAGGTATCATC-AG-----TA--CAA---C--ACAGTAA-ATA-CAG----GA-----ATTTA--TTCAGTCGTGCC----AGT----CTTT-------------C---CA-GTC---------------TGGT-TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCA---------AACAG------CAAA---TA-TCAG--TCA--A------C-TATC------AGCAGTTATCAGT----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCC---gtg
gi|20 : tAA---TA-TCAG--T----AA-----C-TATCA------GCAATTATCAGCA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCG
gi|21 : cGGCC-TTA-TCTTGATTT-CTTATC--AGAG-ACA-C-GG--TTG-CTTA--CAT-AACCCGCgc
gi|22 : ATG--AAATATA-CAAGTTCCT----------------ATT-TCATGCACATACATTCAACCACAAGG
gi|3 : TGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TTTCTTATTTCCATGCACATGTAT------AC---GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGCA---TATATTTATAGTACTA----------------------------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT--TG-ATAAGGAA-AATACG----GACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCATTATACA-------GTTA-------GGCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCCTAA------ATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAATG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAAATAAAAATTTAAATGAT----------AATGAACAATTTATCTCTAGTAAATGG-TATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCAT-GGAA-A------------------A---------------------CA-G--ATCA-TT-TATTATCC----AAACCCAACGCG------
gi|3 : --AG-TAT--GTCGG-TGTAAA-AAATATT--AGATATC-CTT---TACA-TGAAC-ATGCAAATTGGC-GCATT--CG-ACTC-GTTG-TGAT-TATTAAATGAGTGAAAGT-ATAAGGAA--TATTTT-ATGGAAGAATAAGA-A--GC--TATTAAAAAAATCTGCCCAAA--CA---GTTTCGTCATAAACA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|4 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngT-AAAATCCA--TAGTGC--ATAT------CAG-AA-ATAAAAA-----------TT-GACAAATTTCGAACAAAAA-AATGTTTTTTTAAAA-----------------AATTGTTTT-TATATAAAA--AA-CGGCC-TTA-T-TTGATTTAATTATCTGAGAC-AAA-C-AT--TTG-C--A--AACTGAACCGCAAGTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNACTAG-T--A-CATTA------TCA-AGTAAAATATCAAAAC-CCAACAGTAA-A-ATCCG----CACAGGTA-TAAT-ATCA---GCACCACACAGT---AATTTATATGAGAAGTACCG--CA-ACAAGTAAATCTCAGTACTGTTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC-----------AACAGC----AC-AA---TAGTCAG--TA---A------T-TATCA-----AGTAA-------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAta
gi|5 : tatcaagatagacatggcagtattgttaaaagataAATTCTGCAAAAAACCG--GGTTTCTGCATAAACA--T-T-TAC-TAGC--TTG-TAT---CGGTT--AATTGT-CTCAATA-TCCTTGAAAATCA-ATA-TGC--ATAT-------------AAAAAAA-----------TCCG-----------------G-AA---------AAAA-----------------AGTGGTTTT-TA----CAA--AA-CAGCC-TTA-TCTT-ATTT-CTT---TCTAAG-A-------------C--A--CAC-GGCCCG-AAGAG-GAGCG-A---TAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACT-----------TTATCAA-TA-A-TATCAG--ATCCCACAG-----TA--AAAAC-C--ATA-TAA-ATATAAG----CA-----A--TA--ATCA---GCACC-CA-TAT---AATTT-------------AATGCA-GTA---------------C--CAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGC----ACAAC---AA-ACAA--T----A------T-C---------AGTAATTATTAGTA--AAAAATGACA--CTC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAg
gi|6 : C-ATA-GAAT-GGCCGCATT-GC-TAATC-ACCT-TGAT-TATTATAC-AGTGAATTT-A---AGAAACT-TTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTA-AATAAAAATCTGT-CAAAACCA--GGTTTCTTCATAAACATACATGTATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-GAAA-CCA-ATA-TGC--ATAT----------AA-AAAAAAA-----------TT-C-----------------C-CA---------AAAA-----------------A--TGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT------------------C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---AGGCGg
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCAG----CA--------------CA---ATATC----AGT---AAT---------------CA--CA-GGA---------------CATTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC----------AACAGT----AAAAA---TC-ACAG--TA---A------A-TATCA-----tcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|7 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgA-ATG-TAC--ATAT------CGG-AA-AAATAAA--------------G-----------------A-AA---------AAGT-----------------AATT--TTT-TA----AA------CAGCCATGA-TCTTAATTA-TCTACCTG--AG-ACA-C-AT--TTA-C--A--CTC-GGACCGCAAGTC-GATCNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATC-ATTAGTAA----A-TATCAG--AACCCA-CGG----TA--AAAAC-C--TCAGTAA-ATATgc
gi|8 : taC--GTA-CA----TATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT--TG-ATAAGGAATGATACA----GATATGTAAA-AAAT--TACTAGATTACTATGTCAATTATACA-------GTTATATTTCTG-CT---GATCAAA-----A--CTACCGAATAGC--ATac
gi|9 : aata--ATCACA-A-T----TACCAGTAC-C--ACA-TAATATATCAATACACA-----G-TTA--A--A---ATAGC----AGT---AGTTT-----------------------------------------TATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCA---------A-C-GC----ACAGA---AA-GCAG--T----A---------------------AATTATCAGTGCCAAAATTGACGCT----AG-TACATTTTACGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 666666666666666666 11 3333333333333 1 11 111 1111 22 11 11111111111111111111111111 222222 1 11 1 2222 1 11 555555555555555555 1 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 999999999999999999999 1 1 1 1 1 22222222222 1 111 1 1 1 11 1 00000000000000000000000000000000000000 1 1111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 2222 11 11 111 1 11111 11111 22 2 111 11 11 1111 333 333333 1 111111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 22222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 1111 222222222222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 222222222 333333333333333333333333 111111 111
lowQualScore : 11 33 0 3 777777777777777777 77 1111111111111 3 3 11 999 6 7 2222 00 44 55555555555555555555555555 2 222222 3 3 0 0 33 0 3 1111 5 1 33 3 888888888888888888 0 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 77777 222222222222222222222 1 3 7 2 3 3 3 6 22222222222 3 777 3 3 6 3 33 1 0 3 3 11 44444444444444444444444444444444444444 0 8 0 7777 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 88 2222 7 7 88 99 777 0 55555 99999 8 33 8 88 0 8 8 444 11 0 3 8 0 11 1111 99 0 222 0 555555 0 5 3 888888 3 0 8 8 5 00 99 4 66 5555555 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 9999 00 4 4 4 22 0 11111 4 4 4 55 4 66 66 4 0 99 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444 5 3333 1 888888888888 0 5 66 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 4 5555 55 8 0 000000000 88888888 777 3 55 888888888888888888888888 66 6 555555 5 4 111
lowQualScore : .. .. . . .................. .. ............. . . .. ... . . .... .. .. .......................... . ...... . . . . .. . . .... . . .. . .................. . ... .............................................................. . ..... ..................... . . . . . . . . ........... . ... . . . . .. . . . . .. ...................................... . . . .... . ....... ............................................................................................. . .. .... . . .. .. ... . ..... ..... . .. . .. . . . ... .. . . . . .. .... .. . ... . ...... . . . ...... . . . . . .. .. . .. ....... . . .................................................................. . . .... .. . . . .. . ..... . . . .. . .. .. . . .. . .............................................................................. .... . .... . ............ . . .. . . ...................................................................................... . . .... .. . . ......... ........ ... . .. ........................ .. . ...... . . ...
lowQualScore : 77 88 0 2 888888888888888888 88 0000000000000 3 7 00 000 7 3 0000 77 00 55555555555555555555555555 5 222222 2 2 8 0 88 0 2 2222 5 0 88 2 888888888888888888 0 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 77777 000000000000000000000 0 3 3 0 3 3 3 7 77777777777 3 777 3 3 7 3 88 0 0 2 2 00 00000000000000000000000000000000000000 0 8 2 8888 0 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33 7777 3 3 33 33 111 0 88888 00000 0 88 0 88 4 0 0 000 00 8 8 0 8 00 4444 22 8 222 8 333333 6 6 2 444444 2 8 0 0 7 11 22 4 11 7777777 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4444 66 4 0 0 11 9 99999 0 0 0 55 4 11 11 4 7 22 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 7 0000 0 222222222222 9 0 99 5 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 0 0000 55 0 7 000000000 99999999 000 6 00 666666666666666666666666 99 5 999999 0 5 777
consensus : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( family-350 ) : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
gi|1 : TGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTT----ATTATCATGCACATAC-------------GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTAT-GTACTATATAAAAT-TGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACA-TGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGATACG----GACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAATT-----------------------G-CT---GATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGACGCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATATTTAA-----TAAAAA-------AGT------------TAAACAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTT-----ATACCA---------------------CAGA--ATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGC-------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-CATTCGTCGG-T--AAATAAATACCTGAGATAT-TCTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACCGCATT-GCGCAATC-ACTG-TGATATTTTAAAT-AGTGATATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGC--TCT--TAAAAATCTGCGCAAAACTATAGG--TCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTG-TTGGTAT----G-TTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-GAAATTTA-ATA-TGC--ATAT------CAGCAA-AAAGAAA-----------TT-G-----------------ATAA---------AAAG-----------------AATTGTTTT-GA----AAA--AA-CGGCC-TTGTTCTTGATTTGTTTTCCTGTGAGCACA-C-ATTGTTG-C--A--CAC-GGCCGGCAAGTC-GATCGCN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-A-TATCAA-T--A-TATCAGT-ACCTCA-AGT----TA--AAAACGC--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ACTTT-------------CA--CATGTAT--------------TGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|10 : cTAAACA------TGTATAGTGTTTGGTAT---CA-TTGGA----------------CT-GAAAATCA-ATA-TAC--ATAT------CAG-AA-ACAAGCA-----------TT-TT----------------A-AA---------AAAA-----------------AGTTATTTT-TA----AAA--AAACGGCC-TTA-TCTTGATTC-TTTACCTGC--G-ACA-A-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCG
gi|11 : AATCCA--TA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAAATTCGAAAATTTC-G-----------------A-AA---------AAAATAATGTTTTTTTTTTAAAATTGTTTA-TA----AAAA-AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-ATTATC--TGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--AAC-GACCt
gi|12 : TTT-------------CA--CA--TA---------------C-TTCTCAGT-AA--T-A--TCAGG-ACAAT--------AAAAGCTACAATAAA---TA-TCAG--CAATGA------T-TATCATCAACAGCAATTATGAGg
gi|12 : tACATA-CTTCTCAG-T--AATATCAG--G--ACA-A------TA--AAAGC-T--ACAATAA-ATATCAG----CA-----A-TGATTATCA-------T-CA--------------------------A--CA-GCA----------------ATTATGAG--A-----A--TCAAC-TTTA---------AA----------GAA---TA-TCAGCAT----A------T-TATTAG----AACG--TATCAGTaatcaactttaaagaatatcagcatattattagaacgtatcagt
gi|13 : ttttcCAA----A-TATCAG--ATTCCACAGT-----A--AAAGC-C--ACAGTAA-ATATCAG----C------A-TTT--ATCA---GTACT-AACAGTACAAATCT-----------------CA-GCA---------------CACTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACA
gi|14 : gTATATA-TGAAC-A----AATAG--CGCATT-GC-TAATC-ACTG---AT-TATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGC--TATAAAAAAAATCTGC
gi|15 : tCT-GCAAATCA-TAA-TGC--ATAT------CAG-AATACAAAAA-----------TT-GTAA--------------A-AA---------AAAAT----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGGTTT-TTTACC--TGAG-ACA-C-AT--TTc
gi|16 : AGC-AA--TTA--TCAGC-ACCA---------AAT-GC----ACAAAAAAGA-TCAG--T----AATTACATGTATCA------GCAATTATCAGTA--AAGA-TTACACTC---AG-TACATTTACCATCC---AGTA
gi|17 : CCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAAATT-----ATA-CA---------------------CA-T--ATCA-TTGTATTATAC--AAAAACCCTATATG------GGAATTTCTATCgt
gi|18 : -TCAG--T----AA-----T-TATTA------GAAATTATTAGTA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTC-CATCC---AGTA
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGTTC------------TT----ATTG-CATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGATA-TGCACACTT-CTAGCAATATACATGTAC-GCACTG------ATCTAGC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATTTTAGGTTT-------G-CT---GATCAAA-----AC-T------------------------TTC--CGAATA--A--C-----------TAATTAATAATTTGTAT--AAAAAA-TAAATA-------AATCTTGACAATAAATCAACAATTTAATC-TAC---ATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG---------------T-CCCGC-GAC--TCCGTGGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTA------------TAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATAATATA-CACTTGTCATTGTATTATCCAATCA-CCGATCA-TTGTATTATCC--AGAAACCCTACGTGGGCGGGGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCTAT--GTCGGAT--AAATAA-TACT--AGATATTTCTTATGTACA-TGAAC--TG-AAAT-GG--GCATTAGC-TAATCGACTGGTGATATATTAAAT-ATTGAAGTTTA---AGAA--TATGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAA-AAAAATCTG-GCCAAACC--AGGTTGCTTCATAACTA-ATA--GAT-TAATGTTTGATATGCATG-TTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAA--ATATA-TGTCAATATATTACGTAA-AG-AAGAGAA-----------TT-G-----------------A-AT---------AAAG-----------------ACATGTTTTATA----AAAATAA-CGGCT-TT--TCTTGATTT-TTTACTCTTG-G-ACAGCAAT--GTGAC--AATCAA-GGCGCGAACGT--GATCGCT---GGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAA-TATCAGGTATCATC-AG-----TA--CAA---C--ACAGTAA-ATA-CAG----GA-----ATTTA--TTCAGTCGTGCC----AGT----CTTT-------------C---CA-GTC---------------TGGT-TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCA---------AACAG------CAAA---TA-TCAG--TCA--A------C-TATC------AGCAGTTATCAGT----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCC---gtg
gi|20 : tAA---TA-TCAG--T----AA-----C-TATCA------GCAATTATCAGCA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCG
gi|21 : cGGCC-TTA-TCTTGATTT-CTTATC--AGAG-ACA-C-GG--TTG-CTTA--CAT-AACCCGCgc
gi|22 : ATG--AAATATA-CAAGTTCCT----------------ATT-TCATGCACATACATTCAACCACAAGG
gi|3 : TGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TTTCTTATTTCCATGCACATGTAT------AC---GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGCA---TATATTTATAGTACTA----------------------------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT--TG-ATAAGGAA-AATACG----GACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCATTATACA-------GTTA-------GGCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCCTAA------ATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAATG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAAATAAAAATTTAAATGAT----------AATGAACAATTTATCTCTAGTAAATGG-TATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCAT-GGAA-A------------------A---------------------CA-G--ATCA-TT-TATTATCC----AAACCCAACGCG------
gi|3 : --AG-TAT--GTCGG-TGTAAA-AAATATT--AGATATC-CTT---TACA-TGAAC-ATGCAAATTGGC-GCATT--CG-ACTC-GTTG-TGAT-TATTAAATGAGTGAAAGT-ATAAGGAA--TATTTT-ATGGAAGAATAAGA-A--GC--TATTAAAAAAATCTGCCCAAA--CA---GTTTCGTCATAAACA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|4 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngT-AAAATCCA--TAGTGC--ATAT------CAG-AA-ATAAAAA-----------TT-GACAAATTTCGAACAAAAA-AATGTTTTTTTAAAA-----------------AATTGTTTT-TATATAAAA--AA-CGGCC-TTA-T-TTGATTTAATTATCTGAGAC-AAA-C-AT--TTG-C--A--AACTGAACCGCAAGTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNACTAG-T--A-CATTA------TCA-AGTAAAATATCAAAAC-CCAACAGTAA-A-ATCCG----CACAGGTA-TAAT-ATCA---GCACCACACAGT---AATTTATATGAGAAGTACCG--CA-ACAAGTAAATCTCAGTACTGTTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC-----------AACAGC----AC-AA---TAGTCAG--TA---A------T-TATCA-----AGTAA-------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAta
gi|5 : tatcaagatagacatggcagtattgttaaaagataAATTCTGCAAAAAACCG--GGTTTCTGCATAAACA--T-T-TAC-TAGC--TTG-TAT---CGGTT--AATTGT-CTCAATA-TCCTTGAAAATCA-ATA-TGC--ATAT-------------AAAAAAA-----------TCCG-----------------G-AA---------AAAA-----------------AGTGGTTTT-TA----CAA--AA-CAGCC-TTA-TCTT-ATTT-CTT---TCTAAG-A-------------C--A--CAC-GGCCCG-AAGAG-GAGCG-A---TAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACT-----------TTATCAA-TA-A-TATCAG--ATCCCACAG-----TA--AAAAC-C--ATA-TAA-ATATAAG----CA-----A--TA--ATCA---GCACC-CA-TAT---AATTT-------------AATGCA-GTA---------------C--CAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGC----ACAAC---AA-ACAA--T----A------T-C---------AGTAATTATTAGTA--AAAAATGACA--CTC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAg
gi|6 : C-ATA-GAAT-GGCCGCATT-GC-TAATC-ACCT-TGAT-TATTATAC-AGTGAATTT-A---AGAAACT-TTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTA-AATAAAAATCTGT-CAAAACCA--GGTTTCTTCATAAACATACATGTATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-GAAA-CCA-ATA-TGC--ATAT----------AA-AAAAAAA-----------TT-C-----------------C-CA---------AAAA-----------------A--TGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT------------------C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---AGGCGg
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCAG----CA--------------CA---ATATC----AGT---AAT---------------CA--CA-GGA---------------CATTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC----------AACAGT----AAAAA---TC-ACAG--TA---A------A-TATCA-----tcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|7 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgA-ATG-TAC--ATAT------CGG-AA-AAATAAA--------------G-----------------A-AA---------AAGT-----------------AATT--TTT-TA----AA------CAGCCATGA-TCTTAATTA-TCTACCTG--AG-ACA-C-AT--TTA-C--A--CTC-GGACCGCAAGTC-GATCNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATC-ATTAGTAA----A-TATCAG--AACCCA-CGG----TA--AAAAC-C--TCAGTAA-ATATgc
gi|8 : taC--GTA-CA----TATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT--TG-ATAAGGAATGATACA----GATATGTAAA-AAAT--TACTAGATTACTATGTCAATTATACA-------GTTATATTTCTG-CT---GATCAAA-----A--CTACCGAATAGC--ATac
gi|9 : aata--ATCACA-A-T----TACCAGTAC-C--ACA-TAATATATCAATACACA-----G-TTA--A--A---ATAGC----AGT---AGTTT-----------------------------------------TATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCA---------A-C-GC----ACAGA---AA-GCAG--T----A---------------------AATTATCAGTGCCAAAATTGACGCT----AG-TACATTTTACGTC
blockSeqs : AA GA . T CTCGGACAATTTCTT TC ATTCAACCACAAG . C TA ACA G A CTT AT TA ATCTAGCTAACGTT G TATCT A T A . . T TACG T A CA A ATTTTAGGTTT G TGT TAATGACGCTGCCTAAATACCATTAGCTTCACCGAATAAAATGTAAGATGT T AAAAA AATCTTGACAATAA C C T G T C . G ATGAACACATT T CCT . . G . GC T . T T AA ATAATATACACTTGTCATTGTATTATCCAATCACCG . G AA T GGGCGGG NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT C . TGT T A . TT ATG . ATGC TGGC A T G GT A G T TAA AC T . AT TAAA CC A TACATG A T G GCATG G . G T AT TA G CA ATTACGT . T ATTCGAAAATTTCGAAAAAAATAATGTTTTTTTTTTAA G A TATA AT A A . AA TGAGA . G A . A TT AT T CA NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GTAA A GTAT A AGTAAAATATC . CA A T CACAGGTATAATATCAGCACCACACAGTAATTTATATGAGAAGTACCGCAACAAGTAAATCTCAGTACTGT A TTT AT T TATCATATT AAGCTACA AAA G CA AATGATTATCATCAACA CC A CACTCT T C .
blockSeqs : AG . . T TT G ATTCAACCACAAG . A . . . . T . C . G CT A T . . . T . . T . A GTTATATTTCT . . ACTTTCCGAATAACT . AAAA TTTAAATGATA G . . . . . . . T . T . . . . . T . T T GG ATACACAT . G AG T G . . AT . . . C . . ATA GGCC . T . T . . . . . C . . TTAA CA A ATA A T A CGG G . . . TC A . . C . . TTGACAAATTTCGAACAAAAAAATGTTTTTTTAAAA A . . A . . . T TCTAA . . . . . . . . G GGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTT TA . AT C ATTACC . . G . CATTTATCAGTACTAACAGTACAAATCTCAGCACAC . TT . C T CAGC . . . AATTACATGTATCA . A GTCTC . G .
blockSeqs : . . T CT T ATAC . T A . . . . . . . A . A GTTA . . . G . . . . ACAG . . . A G . TG AGC . G . T . . . . . T . . TAA G G TT . T G CA G . . . AT T . . C . . TTGTAAAAAAAAAT A . . . . . . A CTTG . . . . . . . . C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATCAT T . AT A CAGTA . . G . GAATTTATTCAGTCGTGCCAGTCTTTCCAGTCTGG . TT . . . CAGC . . . ATTATTAGA . A CTCTA . C .
blockSeqs : A GG . T . . . . . . . . . . AAT T A . . . . CG . . . . TC A . . C . . TTTTAAAAAAA C . . . . . . T TGC . . . . . . . . C TAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACTT T . AA T CAGTA . . G . CAATAATCAGCACCCATATAATTTAATGCAGTAC . TT . . . CAGT . . . CAACTATCA . A CTC . G .
blockSeqs : . AT A . . C . . TCCGGAAAAAA A . . . . . . T TGA . . . . . . . . . . . AT C CGGTA . . G . CACAATATCAGTAATCACAGGACAT . T . . . TGC . . . AATTATCAA . T CTC . G .
blockSeqs : . A A . . C . . TTGAATAAAG G . . . . . . C TGA . . . . . . . . . . G C AGTA . . . . TACACAGTTAAAATAGCAGTAGTTT . T . . . TGC . . . AATTATTA . . CT . A
blockSeqs : C . . . . . . TTCCCAAAAA A . . . . . . C AGA . . . . . . . . . A ATA . . . . CAATGATTATCATCAACAGCAAT . A . . . CAG . . . AACTATCA . . C . .
blockSeqs : . . . . . . GAAAAAGT . . . . . . . T TGA . . . . . . . . . C . . . CGC . . . ATCA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TG*** NGC** T* TAAA A** T***** CG**** T* TGA** ** TA** AT** CAGC**** AATTATCAA*************** ***
originalCons : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC-ATG-AAATTGGCCGCATT-GCGTAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAANAAAAATCTGCGCAAAACCA-AGGTTTCTTCATAAACA-ATAT-TATATAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTACCTGTGAG-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T--A-TATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--T----A------T-TATCA-----AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
finalCons : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAACTG---AAATNGC--GCATT-GCT-AATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGC--TATAAAAAAAATCTGCGCAAAACCA--GGTTTCTTCATAAACAT-----TATATAGTGTTTGGTATCG----TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTTT-TTACCTGA--G-ACA-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCA---NGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAATA--A-TATCAGAT--CNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGC----ACAAA---TA-TCAG--TAATTATCAA---------------GCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 666666666666666666 11 3333333333333 1 11 111 1111 22 11 11111111111111111111111111 222222 1 11 1 2222 1 11 555555555555555555 1 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 999999999999999999999 1 1 1 1 1 22222222222 1 111 1 1 1 11 1 00000000000000000000000000000000000000 1 1111 3333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 2222 11 11 111 1 33333 2222 2 111 11 1 11 111 2222222222 111111 11 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111 222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111111111 1 11111111111 111111 111
lowQualScore : 11 33 0 3 777777777777777777 77 1111111111111 3 3 11 999 6 7 2222 00 44 55555555555555555555555555 2 222222 3 3 0 0 33 0 3 1111 5 1 33 3 888888888888888888 0 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 77777 222222222222222222222 1 3 7 2 3 3 3 6 22222222222 3 777 3 3 6 3 33 1 0 3 3 11 44444444444444444444444444444444444444 0 8 0 7777 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 88 2222 7 7 88 99 777 0 33333 1 7777 8 8 8 88 0 8 8 444 11 0 3 8 0 1 5 8 99 0 11 0 111 4444444444 5 3 888888 3 0 8 8 5 00 99 4 66 5555555 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 4 9999 00 4 4 4 22 0 4 55 4 55 4 4 55 4 66 66 4 0 99 0 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3333 3333 1 888888888888 0 5 66 4 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 7777 66 8 777777777 0 0 3 777 44 4 4 6 77777777777 66 6 555555 5 4 111
lowQualScore : .. .. . . .................. .. ............. . . .. ... . . .... .. .. .......................... . ...... . . . . .. . . .... . . .. . .................. . ... .............................................................. . ..... ..................... . . . . . . . . ........... . ... . . . . .. . . . . .. ...................................... . . . .... . ....... ............................................................................................. . .. .... . . .. .. ... . ..... . .... . . . .. . . . ... .. . . . . . . . .. . .. . ... .......... . . ...... . . . . . .. .. . .. ....... . . .................................................................. . . .... .. . . . .. . . .. . .. . . .. . .. .. . . .. . . ...................................................................... .... .... . ............ . . .. . . ...................................................................................... . . .... .. . ......... . . . ... .. . . . ........... .. . ...... . . ...
lowQualScore : 77 88 0 2 888888888888888888 88 0000000000000 3 7 00 000 7 3 0000 77 00 55555555555555555555555555 5 222222 2 2 8 0 88 0 2 2222 5 0 88 2 888888888888888888 0 555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 77777 000000000000000000000 0 3 3 0 3 3 3 7 77777777777 3 777 3 3 7 3 88 0 0 2 2 00 00000000000000000000000000000000000000 0 8 2 8888 0 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 33 7777 3 3 33 33 111 0 22222 0 0000 0 0 0 88 4 0 0 000 00 8 8 0 8 0 8 0 22 8 00 8 777 1111111111 6 2 444444 2 8 0 0 7 11 22 4 11 7777777 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4444 66 4 0 0 11 9 0 55 0 55 0 0 55 4 11 11 4 7 22 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 1111 0 222222222222 9 0 99 5 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 4 7777 11 9 888888888 0 1 6 888 99 0 0 4 88888888888 99 5 999999 0 5 777
consensus : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAACA-TG-AAATNG--C-GCATT-GC-TAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGCTATAAA-AAAAATCTGCGCAAAAC--CAGGTTTCTTCATAAAC---AT-----TATA-TAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTAC-C--TGAG-AC--A-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCANGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T-AATATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGCACAAA---TA-TCAGT-A-ATTA------TCA-AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
Reference ( family-350 ) : NTGGCTGCGNTATG--AAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TT----ATTNTCATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTTCC-GTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATAATCCACACTTTCTAGCAA-ATATATTTAC-GTACTA------AT-TGGC--GTAACA--GTTATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACAATGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCT--TG-ATAAGGAATGATACG----GACATGTAAATAANT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACA-------GTTA-------G-CT---GATCAAA-----AC-CTACCGAATAGC--ATACC-TCAGCTTCACCGAATA--AGACG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAA-TAAAAA-------AAT----------AATNAACAATTTATTT-TAGTAAATGGGTATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATA-AACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCGC-GGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAG--AATNTCCAT-GGAATATACAAGTT-----ATA-CA---------------------CA-N--ATCA-TTGTATTATCC--AAAAACCCNACGCG------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-TAT--GTCGG-T--AAATAAATACT--AGATATCTCTTATGTACA-TGAAC--TG-AAATNG--C-GCATT-GC-TAATC-ACTG-TGATATATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGAATAAGA-AAGGCTATAAA-AAAAATCTGCGCAAAAC--CAGGTTTCTTCATAAAC---AT-----TATA-TAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATA-TGCT-GAAANCCA-ATA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAA-----------TT-G-----------------A-AA---------AAAA-----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-TTTAC-C--TGAG-AC--A-C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCANGGCGCGNNNGCNNNCCCGNCNCGCTCCGNNANTNANNNGNNNNNNCNGNNNNCCGCANTNCTNNGNACATA-NTTATCAA-T-AATATCAG--ATCNCA-AGT----TA--AAAAC-C--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---AATTT-------------CA--CA-GCA---------------CGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGCACAAA---TA-TCAGT-A-ATTA------TCA-AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTCTC-AG-TACATTTTGCGTCC---AGTA
gi|1 : TGGCTGTGTTATG--AAACATATCAAGT-CTTCAGGGACAAGTT----ATTATCATGCACATAC-------------GCCTTCCCGTTACGGTGGTCAC-CGTTGCGATTATCCACACTTTCTAGCCA-ATATATTTAT-GTACTATATAAAAT-TGGCAAGTAACAAAGTAATCAAAGAATTGGAAA-T----TAAATAACA-TGTCCGGATTGGGCTTGAACGTTGCAGA-TCTATTGGATAAGGAATGATACG----GACATGTAAGTAATT--AACTATATTACCCTGTCAATT-----------------------G-CT---GATCAAA-----AC-TTACCGAATAGCTCATATC-TCAGCT--ACCGAATACTAGACGCTAATGCATG-AATTGATAAGTTATATTTAA-----TAAAAA-------AGT------------TAAACAATTTATTT-TAGTAAATGGATATCACGGT-CAAATTTCAAAGCCTGTTGAT-ATATAACACGGGCCCA-TGAACA-AT-CCCAC-GGCTC-ACGTTGATGTTCAAATACGGCGGATTTAGTTCATTTGAGATAAGAGACCCTCGATCAG--AATGTCCATGGGAATATACAAGTT-----ATACCA---------------------CAGA--ATCATTTTTATTATTCCAAAAAACCCAACGC-------GGAACTTCTATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC--AG-CATTCGTCGG-T--AAATAAATACCTGAGATAT-TCTTAT-TACATTTAACAATG-AAATTGACC-GCATT-GCGCAATC-ACTG-TGATATTTTAAAT-AGTGATATT-A---AGAA--TATTTTTATGGAAGTATAAGATGAGGCTCT--T-AAAAATCTGCGCAAAACTATAGG--TCTTCATAAACAATAT-----TATA-TAGTG-TTGGTAT----G-TTAGAATTGTACTTAATA-TGCT-GAAATTTA-ATA-TGC--ATAT------CAGCAA-AAAGAAA-----------TT-G-----------------ATAA---------AAAG-----------------AATTGTTTT-GA----AAA--AA-CGGCC-TTGTTCTTGATTTGTTTTC-CTGTGAGCAC--A-C-ATTGTTG-C--A--CAC-GGCCGGCAAGTC-GATCGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-A-TATCAA-T--ATATCAGT-ACCTCA-AGT----TA--AAAACGC--ACAGTAA-ATATCAG----CA-----A-TTA--ATCA---GTACC-CA-AGT---ACTTT-------------CA--CATGTAT--------------TGTTATCAGT-AA--T-A--TCAGC-ACCA---------AACAGCACAAA---TA-TCAGT---ATTA------TCA-AGCAATTATCAGTA--AAAAATGACACTATC-AG-TACATTTTGCGTTCCAAAGTA
gi|10 : cTAAAC---AT------GTA-TAGTGTTTGGTAT---CA-TTGGA----------------CT-GAAAATCA-ATA-TAC--ATAT------CAG-AA-ACAAGCA-----------TT-TT----------------A-AA---------AAAA-----------------AGTTATTTT-TA----AAA--AAACGGCC-TTA-TCTTGATTC-TTTAC-C--TGCG-AC--A-A-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCG
gi|11 : AATCCA--TA-TGC--ATAT------CAG-AA-AAAAAAAATTCGAAAATTTC-G-----------------A-AA---------AAAATAATGTTTTTTTTTTAAAATTGTTTA-TA----AAAA-AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT-ATTAT-C--TGAG-AC--A-C-AT--TTG-C--A--AAC-GACCt
gi|12 : ACATA-CTTCTCAG-T-AATATCAG--G--ACA-A------TA--AAAGC-T--ACAATAA-ATATCAG----CA-----A-TGATTATCA-------T-CA--------------------------A--CA-GCA----------------ATTATGAG--A-----A--TCAAC-TTTA---------AA------GAA---TA-TCAGC-ATATTA------TTAGAACG--TATCAGTg
gi|13 : ttttc-AATATCAG--ATTCCACAGT-----A--AAAGC-C--ACAGTAA-ATATCAG----C------A-TTT--ATCA---GTACT-AACAGTACAAATCT-----------------CA-GCA---------------CACTAACAGC-AAT-T-A--TCAGC-ACCA---------AAT-GCACA
gi|14 : gcaTATATA-TGAAC-----AAATAG--C-GCATT-GC-TAATC-ACTG---AT-TATTAAAT-AGTGAAATT-A---AGAA--TATTTTTGTGGAGGAATAAGA-AAGGCTATAAA-AAAAATCTGC
gi|15 : tCT-GCAAATCA-TAA-TGC--ATAT------CAG-AATACAAAAA-----------TT-GTAA--------------A-AA---------AAAAT----------------AATTGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGGTTT-TTTAC-C--TGAG-AC--A-C-AT--TTc
gi|16 : AGC-AA--TTA--TCAGC-ACCA---------AAT-GCACAAAAAAGA-TCAGT-A-ATTACATGTATCA--GCAATTATCAGTA--AAGA-TTACACTC---AG-TACATTTACCATCC---AGTA
gi|17 : CCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAAATT-----ATA-CA---------------------CA-T--ATCA-TTGTATTATAC--AAAAACCCTATATG------GGAATTTCTATCgt
gi|18 : -TCAGT-A-ATTA------TTA--GAAATTATTAGTA--AAAA-TGACAGTCTC-AA-TACATTTC-CATCC---AGTA
gi|2 : TGGCTGCAATATG--AAACATA-CAAGTTC------------TT----ATTG-CATGCACATACATTCAACCACAAGGCCTGCC-GTTACCATATTC---C-TTGCGATA-TGCACACTT-CTAGCAATATACATGTAC-GCACTG------ATCTAGC---TAAC---GTTATGATA----CGTACA-TATCTTAAATAACAATGTCCGGATTGGACTGGAGCGTTGCAGA-TCT--TG-ATAACGAATGATACGTACGGACATGTAAA-AAAT--AACTAGATTACCCTGTCAATTATACAATTTTAGGTTT-------G-CT---GATCAAA-----AC-T------------------------TTC--CGAATA--A--C-----------TAATTAATAATTTGTAT--AAAAAA-TAAATA-------AATCTTGACAATAAATCAACAATTTAATC-TAC---ATGGGTAGCATGGT-CAACTTTCAAAGCCTGTGGAT-ATA-AACACG---------------T-CCCGC-GAC--TCCGTGGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTA------------TAA-AGACCCTCGATCAG--AATTTCCAT-GGAATATACAGGTTATAATATA-CACTTGTCATTGTATTATCCAATCA-CCGATCA-TTGTATTATCC--AGAAACCCTACGTGGGCGGGGGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGCTAT--GTCGGAT--AAATAA-TACT--AGATATTTCTTATGTACA-TGAAC--TG-AAATGG----GCATTAGC-TAATCGACTGGTGATATATTAAAT-ATTGAAGTTTA---AGAA--TATGTTCATGGAAGAATAAGA-AAGGCTAT-AA-AAAAATCTG-GCCAAAC--CAGGTTGCTTCATAACT---AA-----TAGATTAATGTTTGATATGCATG-TTGAGATTGT-CCCAATAGTGCT-GGAAA--ATATA-TGTCAATATATTACGTAA-AG-AAGAGAA-----------TT-G-----------------A-AT---------AAAG-----------------ACATGTTTTATA----AAAATAA-CGGCT-TT--TCTTGATTT-TTTACTC--TTGG-AC--AGCAAT--GTGAC--AATCAA-GGCGCGAACGT--GATCGCTGGGCGAGGGTATAGCTCAGCCTAGCTTCAGCAATTAGATATAAGTACTGGCAGCAGTACTTTTGTGCAGATACTTTATCAAGTAAATATCAGGTATCATC-AG-----TA--CAA---C--ACAGTAA-ATA-CAG----GA-----ATTTA--TTCAGTCGTGCC----AGT----CTTT-------------C---CA-GTC---------------TGGT-TTAGT-AA--T-A--ATGAC-AGCA---------AACAG--CAAA---TA-TCAGTCA-ACTA------TC--AGCAGTTATCAGT----AAAATGACACTCTA-AGTTACATTTTGCGTCC---gtg
gi|20 : tAA---TA-TCAGT-A-ACTA------TCA--GCAATTATCAGCA--AAAAATGATG----C-AG-TACATTTTCCG
gi|21 : cGGCC-TTA-TCTTGATTT-CTTAT-C--AGAG-AC--A-C-GG--TTG-CTTA--CAT-AACCCGCgc
gi|22 : ATG--AAATATA-CAAGTTCCT----------------ATT-TCATGCACATACATTCAACCACAAGG
gi|3 : TGGCTGCAGTATGGAAAACATA-CAAGTTCCTC--GGACAA-TTTCTTATTTCCATGCACATGTAT------AC---GCCTTCC-GTTCTAG--GTCACACGTTGCGGTAATCCACA---TCTAGCA---TATATTTATAGTACTA----------------------------CAAAGAATTGGAAACT----TGAATAACAATGTCCGGAT-GGGCTTGCACGTTGCAGAATCT--TG-ATAAGGAA-AATACG----GACATTTAAATAATACAAACTAGATTACCCTGTCCATTATACA-------GTTA-------GGCTTGTGATCAAATAATGACGCTGCCTAA------ATACCATTAGCTTCACCGAATA--AAATG-TAA-G-ATGTAATTGATAATTTATATTTAAAAAAATAAAAATTTAAATGAT----------AATGAACAATTTATCTCTAGTAAATGG-TATCACGGTTCAGATTTCAAAGCCTGTTGATCATA-AACAACGGCCCAATGAACACATTCCCGCTGGCCCTCCGTTGAT-TTCAAATAC-GCGGATTTAGTTCATTTGAGATAA-AGACCCTCGATCAAGCAATGTCCAT-GGAA-A------------------A---------------------CA-G--ATCA-TT-TATTATCC----AAACCCAACGCG------
gi|3 : --AG-TAT--GTCGG-TGTAAA-AAATATT--AGATATC-CTT---TACA-TGAACA-TGCAAATTGG-C-GCATT--C-GACTC-GTTG-TGAT-TATTAAATGAGTGAAAGT-ATAAGGAA--TATTTT-ATGGAAGAATAAGA-A--GCTATTAA-AAAAATCTGCCCAAA----CA-GTTTCGTCATAAAC---AT-----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtatgtcggtgtaaaaaatattagatatcctttacatgaacatgcaaattggcgcattcgactcgttgtgattattaaatgagtgaaagtataaggaatattttatggaagaataagaagctattaaaaaaatctgcccaaacagtttcgtcataaacata
gi|4 : tggctgcagtatggaaaacatacaagttcctcggacaatttcttatttccatgcacatgtatacgccttccgttctaggtcacacgttgcggtaatccacatctagcatatatttatagtactacaaagaattggaaacttgaataacaatgtccggatgggcttgcacgttgcagaatcttgataaggaaaatacggacatttaaataatacaaactagattaccctgtccattatacagttaggcttgtgatcaaataatgacgctgcctaaataccattagcttcaccgaataaaatgtaagatgtaattgataatttatatttaaaaaaataaaaatttaaatgataatgaacaatttatctctagtaaatggtatcacggttcagatttcaaagcctgttgatcataaacaacggcccaatgaacacattcccgctggccctccgttgatttcaaatacgcggatttagttcatttgagataaagaccctcgatcaagcaatgtccatggaaaacagatcatttattatccaaacccaacgcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngT-AAAATCCA--TAGTGC--ATAT------CAG-AA-ATAAAAA-----------TT-GACAAATTTCGAACAAAAA-AATGTTTTTTTAAAA-----------------AATTGTTTT-TATATAAAA--AA-CGGCC-TTA-T-TTGATTTAATTAT-C--TGAG-ACAAA-C-AT--TTG-C--A--AACTGAACCGCAAGTCAAATCGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNAC-T-AGTA-CAT---TATCA-AGTAAAATATCAAAAC-CCAACAGTAA-A-ATCCG----CACAGGTA-TAAT-ATCA---GCACCACACAGT---AATTTATATGAGAAGTACCG--CA-ACAAGTAAATCTCAGTACTGTTAT-AGT-AATTT-A--TCAGCTAC-----------AACAGCAC-AA---TAGTCAGT-A-ATTA------TCA-AGTAA-------TA--GAAAATGACACACTCTAG-TACATTTTGCGTCC---AGTAa
gi|5 : tatcaagatagacatggcagtattgttaaaagataAATTCTGCAAAAAAC--CGGGTTTCTGCATAAAC---AT-----T-TACTAGC--TTG-TAT---CGGTT--AATTGT-CTCAATA-TCCTTGAAAATCA-ATA-TGC--ATAT-------------AAAAAAA-----------TCCG-----------------G-AA---------AAAA-----------------AGTGGTTTT-TA----CAA--AA-CAGCC-TTA-TCTT-ATTT-CTT-T-C--TAAG-A---------------C--A--CAC-GGCCCG-AAGAG-GAGCG-ATAAAGCATCGGCTTACTCAGCACATTCAGCAATTAATCAGACTCACCAGTATTTCACAGTACT-----------TTATCAA-T-AATATCAG--ATCCCACAG-----TA--AAAAC-C--ATA-TAA-ATATAAG----CA-----A--TA--ATCA---GCACC-CA-TAT---AATTT-------------AATGCA-GTA---------------C--CAACAGT-AA--A-AATTCAGT-ACTATATCATATTATCAGCAC-AA---CA---AAC-A-A-TA------TC--AGTAATTATTAGTA--AAAAATGACA--CTC-AG-TACAATCTGCGTCC---AGTAg
gi|6 : AATGG--CCGCATT-GC-TAATC-ACCT-TGAT-TATTATAC-AGTGAATTT-A---AGAAACT-TTTTTATGGAAGAAAAAGA-AAAGCATTAAATAAAAATCTGT-CAAAAC--CAGGTTTCTTCATAAAC---ATACATGTATA-TAGTGTTTGGTAT---CG-TTGGAATTGT-CTCAATG-TGCT-GAAA-CCA-ATA-TGC--ATAT----------AA-AAAAAAA-----------TT-C-----------------C-CA---------AAAA-----------------A--TGTTTT-TA----AAA--AA-CGGCC-TTA-TCTTGATTT---------------------C-AT--TTG-C--A--CAC-GGCCCGCAAGTC-GATCGCAAGGCGg
gi|6 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagTCAG----CA--------------CA---ATATC----AGT---AAT---------------CA--CA-GGA---------------CATTATCAGTAAA--C-A--TCAGA-ACC----------AACAGTAAAAA---TC-ACAGT-A-AATA------TCA-tcagcacaatatcagtaatcacaggacattatcagtaaacatcagaaccaacagtaaaaatcacagtaaatatcagc
gi|7 : taagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatagaatggccgcattgctaatcaccttgattattatacagtgaatttaagaaacttttttatggaagaaaaagaaaagcattaaataaaaatctgtcaaaaccaggtttcttcataaacatacatgtatatagtgtttggtatcgttggaattgtctcaatgtgctgaaaccaatatgcatataaaaaaaaattcccaaaaaatgtttttaaaaaacggccttatcttgatttcatttgcacacggcccgcaagtcgatcgcaaggcgA-ATG-TAC--ATAT------CGG-AA-AAATAAA--------------G-----------------A-AA---------AAGT-----------------AATT--TTT-TA----AA------CAGCCATGA-TCTTAATTA-TCTAC-C--TGAG-AC--A-C-AT--TTA-C--A--CTC-GGACCGCAAGTC-GATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAACATC-ATTAGTA----AATATCAG--AACCCA-CGG----TA--AAAAC-C--TCAGTAA-ATATgc
gi|8 : taC--GTA-CA----TATCAAAGAATTGGAAA-T----TAGATAATAATCTCCGGATTGGACTTGACCGTTGCAGG-TCT--TG-ATAAGGAATGATACA----GATATGTAAA-AAAT--TACTAGATTACTATGTCAATTATACA-------GTTATATTTCTG-CT---GATCAAA-----A--CTACCGAATAGC--ATac
gi|9 : aata--ATCACA-A-T----TACCAGTAC-C--ACA-TAATATATCAATACACA-----G-TTA--A--A---ATAGC----AGT---AGTTT-----------------------------------------TATCA-T-AA--TTA--TAAGCCACCA---------A-C-GCACAGA---AA-GCAGT-A-A-----------------ATTATCAGTGCCAAAATTGACGCT----AG-TACATTTTACGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TGATCAATGTCAATCATACCAAATCATTATCATAGTAATTAAATACCCAAATCACAAA