lowQualScore                  :                                   11111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                            
lowQualScore                  :                                   22222222222222222222222222222222222222                    1111                                     222222222222222                        33333333333333333               44444444444444444444444                 
lowQualScore                  :             7               0     99999999999999999999999999999999999999    0  5555       2 7777    2           77    2   2          555555555555555    99999999      44  3 44444444444444444 7777   3  666 88888888888888888888888              1  
lowQualScore                  :             .               .     ......................................    .  ....       . ....    .           ..    .   .          ...............    ........      ..  . ................. ....   .  ... .......................              .  
lowQualScore                  :             2               5     88888888888888888888888888888888888888    8  3333       4 8888    4           99    8   4          999999999999999    33333333      22  1 00000000000000000 1111   3  444 55555555555555555555555              2  
consensus                     :         TGGTGAAGTTGCTTTGTACAATGTATA-CACA---------TA-AT------TATACAT-----ACATGTA----TATTAAA-TAATCCAGT-ACAATTTTCTC-ACGTATTTT-TACGCGTATT------T--------ACATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T----GTA-CA---AA--AAA--------GC-AN----ATTAAATCTAGATTTAA
Reference ( gi|4 )            :         TGGTAAAGTTGCTTTGTACAATGTATA-CGCA---------TA-ATAC----TATACAT---GTACATGTA----TATTAAA-TAATTCAGT-ACAATTTTCTC-GCGTATTTT-TACGCGTATT------T--------ACATG----T--ACCAAC--AA-TG-AA------A------T----GTA-CA---AC--GAA--------GT-AG----ATTAAATCTAGATTTAA
gi|2                          :         TGGTGAAGTTGCT--GTACATTGTATA-CACT---------TA-ATAA----TATCAAT------CATGTA----TATCAAA-TAATCCAAT-ACAATGTTCTC-ACGTATTTTTTACGCGTATT------T--------ACATG----T--ACCAAG--AA-TG-AA------A------T----GCA-CATGTACAAAAA--------AA-AA----ATTAAATCTAGAT
gi|12                         :        aTGGTGAAGTTGCTTTGTACATTGTATA-CACA---------TA-AT-----------AT---ATACATGTA----TATTAAA---------T-ACAATTTTCTC-ACGCATTTT-TACACGTATTTAGGCCT--------ACATG----T--ACCGAC--AA-TG-AA------A------T----GCA-CA---gaaactttaa
gi|1                          :         TGGTGATGTTGCTTTGTGCAATGTATG-CACA---------TACATGT----TTTATAT---ATAT-TATACCGGTATTAAA-TAATCCAGT-ACAATTTTCTA-ACGTATTTT-TACGTGTATT------T--------AC-------C--ACCAATTAAA-TACAC------A------T----GTACCA---AC---AA--------AC-AG----ATTAAATCTAGATTAAAtgtaca
gi|17                         :     gtttTGGTGAAGTTGCTTTGTA----GT-----------------------T----TGTACAT--------TGTA----TATTAAA-TA---------CAATTTTTTCCACATATTTT-TACACGTATTTAGCCCT--------ACATG----T--ACCAAC--AA-Tctttaatg
gi|7                          :          GGTGAAGTTGCTTTGTACATTGTATA-CACA---------TA--TAA----T-TACATTGTATACGTGTA----TATTAAA-TA---------CAATTTTCTC-ACGTA--TT-TAGGC----T------T--------ACATG----T--ACCAAC--AA-TG-AAATACACA------T----GTA-CA---AA--AAA--------GT-AA----ATTAAATTTAGATT
gi|9                          :          GGTGAAGTTGCTTTGTACAATGTTTA-CACA---------TA--------------------------CA----TATTAAG-TAACCCAGT-GCAATTTTCTC-ACGTATGTT-TACGTGTATT------T--------ACCT------------AC--AA-T----------C------T----GTA-CA---AA--AAC--------GC-AC----ATTAAATCTAGATTTAA
gi|16                         :          GGTGATGTTGCTTTGTACAATGTATA-CACACA-------TA-AT-T----TATACAT-----------A----TATTAAAATAAGCCAGT-AAAATTTTCTC-ACGTATTTT-TACATGTActtcaa
gi|11                         :      ttacGGTTATGTTGCTTCGTACAGTGTATA-C-----------------------------------ACATGTA----TATTAAA-TAATCCAGT-ATAATATTCTC-ACGTGTTTT----ACATATG------T--------ACATGTATTT--ACCAAC--TA-TT-AG------A------T----ACA-Cca
gi|19                         : tacgcgaacGGTGATGTTGGTTTGTACAATATATA-C-----------------------------------ACATATT----TATTAAA-CAATCCAGT-ACAATTTTGTC-CCGTA-TTT-TACGTGTATT------T--------Agtgtactaaaaa
gi|8                          :          ttacAAGATGCTTTGTACAATGTATA------------------------------A------ACATATA----TATTGAA-TAAT-CAGTTATAACTTAGTC-ACATACATT-TACGTGTATT----------------CAT----------CAAC--AA-TC-AG------A------T----ATT-CA---A----AATGGTACATGT-AT----ATTAAATCTAGATTCAA
gi|6                          :           tacAAGTTGCTTTGTACAAT-TAT---------------TT-ATACACCATATACAT---GTATATTTA----TA-TAAA-TG---CA-T-ACAATT------ACGTGT----------TATT------------------------T--ATCAAC--AA-TT-AG------A------T----ATA-CA---ttt
gi|5                          :             ttAGTTGCTTCGTACAATATATA-CA------------A-A--------ATAAAT-----ACATCTA----TATTAAA-TAACCCAGT-GCCATTTCCTC-ACGTATTCT-TACGCGTATT------T--------ACATG----T--ACCAAC--AA-TG-AGATGCACA------T----GTA-CA---AA--AAA--------GT-AGATTAATTAAATCTAGATTTtgcgcaaaaaaagcacatttcaattaagagataaacttcaataaatttt
gi|22                         :                GTTGCTTTGTACAATGTAT-----------------------------ACAT-------AGGTA----TATCAAA-T---------------TTCTC-ACGTATGTT-TACGTGTATT------T--------AC
gi|3                          :                 TTGCTTTA-ACAATTTTTAACGCACTGTAACGGTG-ATGC----TATGTAT---GCACA---------A--AAA-T--CTCAGT-ACAATTTACTC-ACGTGCTTT-TACGTGTATA------T--------TTATG----TTAAACAAC--AATTG-GA------A------TGTCAGTA-CA---AT---AT--------GTCAT----ATTGAATCTA-ATTct
gi|10                         :                  TGCTCTGTTCATTGTAT-------------------TAC-----ATACAC---ATACATGT-----T---------ATCCAGT-ACAA-TTCCTA-ACATA-TGT-TACGTGTATT------TAGTTTTTAACATG----T--ACCAAC--AA-CC-AGATTGT-A------T----GTA-CA---AA--AAG--------GC-AT----ATTGAAgacttc
gi|18                         :                                                                    gtgagACATGTA----TATTAAG-TAATCCAGT-ACACTGTCCTC-ACGTAGTTT-TACGCGTTTTTACA--T--------ACATG----C--ACTAAC--AA-TG-AG------ATACTCGT----GTA-CA---A
gi|15                         :                                                                                       TATA-TAACACAGT-ACAATTTCCGT-GC-TGTTTT-TAAGTGTGTT------T--------ACaag
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGATGCTCGCTTTATACACTGTAACATATGCAATACGCATGGATTTATTCTTAGCGAGTATTACCAACAATTAGATATAGCATAATATGTACGTTAGATGTAAAATTAATTTC
Unaligned ( gi|14 ): ATGATGCTCCTTTATACACTGTACAATGCATACGCATGGATTTATTCTTACGAGTATTACCAACAATTAGATATACATAATATGTACGTTAGATGTAAAATTAATTTC
Unaligned ( gi|20 ): TTTTACACATGTCACGGGTGATGTTCCGTCATACAATAAATAACCCCAGTACAACTTACGTGCTGATTTTTAAGAGTATTTACCA
Unaligned ( gi|21 ): TTTTACCACTGTCACCGTGTCAGATGTTCCCGTCATACAATAAATAAACCCAGTACAACTTACGTGCTGTTTTTTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                             55555555555555555555555555555555                                                                  222222222222222222222222222                2222222222222222222    1111111111111                                    
lowQualScore                  :                                             444       444   99999999999999999999999999999999 1  4444  2 2     2  0 2 2   2       1   2    4444 2        0     333333333333333333333333333      33  2 77  6666666666666666666    2222222222222   888888     88888                 
lowQualScore                  :                                             ...       ...   ................................ .  ....  . .     .  . . .   .       .   .    .... .        .     ...........................      ..  . ..  ...................    .............   ......     .....                 
lowQualScore                  :                                             444       444   88888888888888888888888888888888 2  7777  2 1     1  5 1 1   1       2   1    2222 0        9     777777777777777777777777777      44  5 11  6666666666666666666    3333333333333   888888     77777                 
consensus                     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--A--TA-AT----T-A---TA-CAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
Reference ( family-3203 )     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--A--TA-AT----T-A---TA-CAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
gi|1                          :                         TGGTGATGTTGCTTTGTGCA---ATGTATG---CAC--A--TACATGTTTT-A---TA-TAT--AT--TATACCGGTA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTA-ACGT----A-TTTTTACGTGTATT------TA--------C-------C--ACCAATTAAA-TACAC------A------T-----GTAC-------C-----AAC------AAACA----GATTAAATCTAGATTAAA
gi|10                         :                       gtttGTGAG--TGCTCTGTTCA---TTGTAT----TAC--A--TA-------------CA-CAT--AC-ATGT--------------T-A-TC-C-AGT-ACAATTC-CTA-ACAT----A-TGTT-ACGTGTATT------TAGTTTTTAACATG----T--ACCAAC--AA-CC-AG------A------TTGTATGTAC-------A-----AAA------AGGCA----TATTGAActttaatg
gi|11                         :                          GGTTATGTTGCTTCGTACA---GTGTATA---CAC--A--T---------------------------GTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ATAATATTCTC-ACGT----G-TTTT---ACATATG------TA--------CATGTATTT--ACCAAC--TA-TT-AG------ATACACGT-----GTAC-------T-----AAA------AA
gi|12                         :                tacgcgaacTGGTGAAGTTGCTTTGTACA---TTGTATA---CAC--A--TA---------A---TA-TAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAA-----------T-ACAATTTTCTC-ACGC----A-TTTTTACACGTATTTAGGCCTA--------CATG----T--ACCGAC--AA-TG-AA------A------T-----GCAC-------A-----
gi|14                         :                                                                                                                                          T----A-TTCTTACGAGTATT---------------------------ACCAAC--AA-TT-AG------A------T-----ATAC-------AT----AAT------ATGTA----CGTTAGATGTAAAATTAAtgtaca
gi|15                         :                                                               atgatgctcctttatacactgtacaatgcatacgcatggatt-TATAT-AACA-C-AGT-ACAATTTCCGT-GC-T----G-TTTTTAAGTGTGTT------------------------T--ACCAAA--TA-TT-AG------A------T-----ACAC-------A-----tttc
gi|16                         : gtgatgttccgtcataccagagacaGGTGATGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--ACATA-AT----TTA---TA-CAT--AT-AT-------TA----AAAT-AAGC-C-AGT-AAAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACATGTAcacaccaaaaa
gi|17                         :                     ttacTGGTGAAGTTGCTTTGTA-------GT------------------T----T-G---TA-CAT------TGTA----TA-T-TAAAT-A-----------CAATTTTTTCCACAT----A-TTTTTACACGTATTTAGCCCTA--------CATG----T--ACCAAC--AA-Tca
gi|18                         :                                                                                       --AC-ATGTA----TA-T-TAAGT-AATC-C-AGT-ACACTGTCCTC-ACGT----A-GTTTTACGCGTTTTTACA--TA--------CATG----C--ACTAAC--AA-TG-AG------ATACTCGT-----GTAC-------A-----AAA------
gi|19                         :                          GGTGATGTTGGTTTGTACA---ATATATA---CAC--A--TA--T----T-------------------------TA-T-TAAAC-AATC-C-AGT-ACAATTTTGTC-CCGT----A--TTTTACGTGTATT------TA--------g
gi|2                          :                     ttacTGGTGAAGTTGCT--GTACA---TTGTATA---CAC--T--TA-AT----A-A---TATCAA--TC-ATGTA----TA-T-CAAAT-AATC-C-AAT-ACAATGTTCTC-ACGT----ATTTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAG--AA-TG-AA------A------T-----GCAC-------ATGTACAAA------AAAAA----AATTAAATCTAGAT
gi|20                         :                                                                                              aTA----CA-A-TAAAT-AACC-CCAGT-ACAA----CTT-ACGTGCTGA-TTTTTAAGAGTATT------TA--------Cgaaactttaa
gi|22                         : ttttacacatgtcacgggtgatgttccgtcaGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CA------TA-G------------------------GTA----TA-T-CAAAT------------------TTCTC-ACGT----A-TGTTTACGTGTATT------TA--------Cca
gi|3                          :                                 TTGCTTTA-ACA---ATTTTTAACGCACT-G--TA-AC----G-G---TG--AT--GCTATGTA----TG-CACAAA--AATCTC-AGT-ACAATTTACTC-ACGT----G-CTTTTACGTGTATA------TT--------TATG----TTAAACAAC--AATTG-GA------A------TGTCA-GTAC-------A-----ATA------TGTCA----TATTGAATCTA-ATTct
gi|4                          :                         TGGTAAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CGC--A--TA-ATAC--T-A---TA-CATGTAC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATT-C-AGT-ACAATTTTCTC-GCGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AA------A------T-----GTAC-------A-----ACG------AAGTA----GATTAAATCTAGATTTAAgacttc
gi|5                          :                               AGTTGCTTCGTACA---ATATATA---CA-------A-A-------A---TA-AAT--AC-ATCTA----TA-T-TAAAT-AACC-C-AGT-GCCATTTCCTC-ACGT----A-TTCTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AGATGCACA------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGTAGATTAATTAAATCTAGATTTA
gi|6                          :                              AAGTTGCTTTGTACAATTATTTATA---CAC--------------------CA-TAT--AC-ATGTA----TATT-TATATAAATG-C-A-T-ACAATT------ACGT----G-T---------TATT------------------------T--ATCAAC--AA-TT-AG------A------T-----ATACATGCGCAA-----AAA------AAGCA----CATT
gi|7                          :                        ttGGTGAAGTTGCTTTGTACA---TTGTATA---CACATA--TA-AT----T-ACATTG-TAT--AC-GTGTA----TA-T-TAAA-----------T-ACAATTTTCTC-ACGT----A---TTTAGGC----T------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AAATACACA------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGTA----AATTAAATTTAGATTtcaattaagagataaacttcaataaatttt
gi|8                          :                              AAGATGCTTTGTACA---ATGTATA---AAC--A--TA---------------------------TA----TA-T-TGAAT-AATC---AGTTATAACTTAGTC-ACAT----A-CATTTACGTGTATT----------------CAT----------CAAC--AA-TC-AG------A------T-----ATTC-------A-----AAATGGTACATGTA----TATTAAATCTAGATTCAA
gi|9                          :                       tacGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGT------------------T----T-A---CA-CAT--AC-AT--------A-T-TAAGT-AACC-C-AGT-GCAATTTTCTC-ACGT----A-TGTTTACGTGTATT------TA--------CCT------------AC--AA-T----------C------T-----GTAC-------A-----AAA------ACGCA----CATTAAATCTAGATTTAAttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGATGCTCGCTTTATACACTGTAACATATGCAATACGCATGGATTTATTCTTAGCGAGTATTACCAACAATTAGATATAGCATAATATGTACGTTAGATGTAAAATTAATTTC
Unaligned ( gi|21 ): TTTTACCACTGTCACCGTGTCAGATGTTCCCGTCATACAATAAATAAACCCAGTACAACTTACGTGCTGTTTTTTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                             55555555555555555555555555555555                                                                  222222222222222222222222222                2222222222222222222    1111111111111                                    
lowQualScore                  :                                             444       444   99999999999999999999999999999999 1  4444  2 2     2  0 2 2   2       1   2    4444 2        0     333333333333333333333333333      33  2 77  6666666666666666666    2222222222222   888888     88888                 
lowQualScore                  :                                             ...       ...   ................................ .  ....  . .     .  . . .   .       .   .    .... .        .     ...........................      ..  . ..  ...................    .............   ......     .....                 
lowQualScore                  :                                             444       444   88888888888888888888888888888888 2  7777  2 1     1  5 1 1   1       2   1    2222 0        9     777777777777777777777777777      44  5 11  6666666666666666666    3333333333333   888888     77777                 
consensus                     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--A--TA-AT----T-A---TA-CAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
Reference ( family-3203 )     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--A--TA-AT----T-A---TA-CAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
gi|1                          :                         TGGTGATGTTGCTTTGTGCA---ATGTATG---CAC--A--TACATGTTTT-A---TA-TAT--AT--TATACCGGTA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTA-ACGT----A-TTTTTACGTGTATT------TA--------C-------C--ACCAATTAAA-TACAC------A------T-----GTAC-------C-----AAC------AAACA----GATTAAATCTAGATTAAA
gi|10                         :                       gtttGTGAG--TGCTCTGTTCA---TTGTAT----TAC--A--TA-------------CA-CAT--AC-ATGT--------------T-A-TC-C-AGT-ACAATTC-CTA-ACAT----A-TGTT-ACGTGTATT------TAGTTTTTAACATG----T--ACCAAC--AA-CC-AG------A------TTGTATGTAC-------A-----AAA------AGGCA----TATTGAActttaatg
gi|11                         :                          GGTTATGTTGCTTCGTACA---GTGTATA---CAC--A--T---------------------------GTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ATAATATTCTC-ACGT----G-TTTT---ACATATG------TA--------CATGTATTT--ACCAAC--TA-TT-AG------ATACACGT-----GTAC-------T-----AAA------AA
gi|12                         :                tacgcgaacTGGTGAAGTTGCTTTGTACA---TTGTATA---CAC--A--TA---------A---TA-TAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAA-----------T-ACAATTTTCTC-ACGC----A-TTTTTACACGTATTTAGGCCTA--------CATG----T--ACCGAC--AA-TG-AA------A------T-----GCAC-------A-----
gi|14                         :                                                                                                                                          T----A-TTCTTACGAGTATT---------------------------ACCAAC--AA-TT-AG------A------T-----ATAC-------AT----AAT------ATGTA----CGTTAGATGTAAAATTAAtgtaca
gi|15                         :                                                               atgatgctcctttatacactgtacaatgcatacgcatggatt-TATAT-AACA-C-AGT-ACAATTTCCGT-GC-T----G-TTTTTAAGTGTGTT------------------------T--ACCAAA--TA-TT-AG------A------T-----ACAC-------A-----tttc
gi|16                         : gtgatgttccgtcataccagagacaGGTGATGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--ACATA-AT----TTA---TA-CAT--AT-AT-------TA----AAAT-AAGC-C-AGT-AAAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACATGTAcacaccaaaaa
gi|17                         :                     ttacTGGTGAAGTTGCTTTGTA-------GT------------------T----T-G---TA-CAT------TGTA----TA-T-TAAAT-A-----------CAATTTTTTCCACAT----A-TTTTTACACGTATTTAGCCCTA--------CATG----T--ACCAAC--AA-Tca
gi|18                         :                                                                                       --AC-ATGTA----TA-T-TAAGT-AATC-C-AGT-ACACTGTCCTC-ACGT----A-GTTTTACGCGTTTTTACA--TA--------CATG----C--ACTAAC--AA-TG-AG------ATACTCGT-----GTAC-------A-----AAA------
gi|19                         :                          GGTGATGTTGGTTTGTACA---ATATATA---CAC--A--TA--T----T-------------------------TA-T-TAAAC-AATC-C-AGT-ACAATTTTGTC-CCGT----A--TTTTACGTGTATT------TA--------g
gi|2                          :                     ttacTGGTGAAGTTGCT--GTACA---TTGTATA---CAC--T--TA-AT----A-A---TATCAA--TC-ATGTA----TA-T-CAAAT-AATC-C-AAT-ACAATGTTCTC-ACGT----ATTTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAG--AA-TG-AA------A------T-----GCAC-------ATGTACAAA------AAAAA----AATTAAATCTAGAT
gi|20                         :                                                                                              aTA----CA-A-TAAAT-AACC-CCAGT-ACAA----CTT-ACGTGCTGA-TTTTTAAGAGTATT------TA--------Cgaaactttaa
gi|22                         : ttttacacatgtcacgggtgatgttccgtcaGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CA------TA-G------------------------GTA----TA-T-CAAAT------------------TTCTC-ACGT----A-TGTTTACGTGTATT------TA--------Cca
gi|3                          :                                 TTGCTTTA-ACA---ATTTTTAACGCACT-G--TA-AC----G-G---TG--AT--GCTATGTA----TG-CACAAA--AATCTC-AGT-ACAATTTACTC-ACGT----G-CTTTTACGTGTATA------TT--------TATG----TTAAACAAC--AATTG-GA------A------TGTCA-GTAC-------A-----ATA------TGTCA----TATTGAATCTA-ATTct
gi|4                          :                         TGGTAAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CGC--A--TA-ATAC--T-A---TA-CATGTAC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATT-C-AGT-ACAATTTTCTC-GCGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AA------A------T-----GTAC-------A-----ACG------AAGTA----GATTAAATCTAGATTTAAgacttc
gi|5                          :                               AGTTGCTTCGTACA---ATATATA---CA-------A-A-------A---TA-AAT--AC-ATCTA----TA-T-TAAAT-AACC-C-AGT-GCCATTTCCTC-ACGT----A-TTCTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AGATGCACA------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGTAGATTAATTAAATCTAGATTTA
gi|6                          :                              AAGTTGCTTTGTACAATTATTTATA---CAC--------------------CA-TAT--AC-ATGTA----TATT-TATATAAATG-C-A-T-ACAATT------ACGT----G-T---------TATT------------------------T--ATCAAC--AA-TT-AG------A------T-----ATACATGCGCAA-----AAA------AAGCA----CATT
gi|7                          :                        ttGGTGAAGTTGCTTTGTACA---TTGTATA---CACATA--TA-AT----T-ACATTG-TAT--AC-GTGTA----TA-T-TAAA-----------T-ACAATTTTCTC-ACGT----A---TTTAGGC----T------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AAATACACA------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGTA----AATTAAATTTAGATTtcaattaagagataaacttcaataaatttt
gi|8                          :                              AAGATGCTTTGTACA---ATGTATA---AAC--A--TA---------------------------TA----TA-T-TGAAT-AATC---AGTTATAACTTAGTC-ACAT----A-CATTTACGTGTATT----------------CAT----------CAAC--AA-TC-AG------A------T-----ATTC-------A-----AAATGGTACATGTA----TATTAAATCTAGATTCAA
gi|9                          :                       tacGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGT------------------T----T-A---CA-CAT--AC-AT--------A-T-TAAGT-AACC-C-AGT-GCAATTTTCTC-ACGT----A-TGTTTACGTGTATT------TA--------CCT------------AC--AA-T----------C------T-----GTAC-------A-----AAA------ACGCA----CATTAAATCTAGATTTAAttt


blockSeqs                     :                                             ATT       ACG   ATATAATTACATTGTATACG             G  .     T A     A    T C   T       T   C    GCTG T              TAGTTTTTAACATGT                  .   T C   ATACACGT               ATGCGCAA        TGGTAC     GATTA
blockSeqs                     :                                             .         .     ATAATACTATACATGTACA              G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TAGGCCTACATGT                    .   . T   ATACTCGT               ATGTAC          .          T    
blockSeqs                     :                                             .         .     ACATAATTTATACATATA               G  .     . .     .    . .   .       C   .    .    .              TAGCCCTACATGT                    .   . G   ATGCACAT               AT              .          C    
blockSeqs                     :                                             .         .     TTAATAATATCAATCA                 G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TACATGTATTT                      .   . T   ATACACAT               A               .          A    
blockSeqs                     :                                             .         .     TGTAACGGTGATGCTA                 G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TACATACATGC                      .   . T   ATTGTAT                T               .          T    
blockSeqs                     :                                             .         .     ATAATATATACA                     G  .     . .     .    . .   .       C   .    .    .              TTTATGTTA                        .   . G   ATGTCA                 A               .          G    
blockSeqs                     :                                             .         .     ATACACATACA                      G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TACATGT                          .   . G   AT                     A               .          C    
blockSeqs                     :                                             .         .     AAATAAATACA                      G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TACATGT                          .   . G   AT                     A               .          A    
blockSeqs                     :                                             .         .     TTACACATACA                      G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TACATGT                          .   . G   AT                     A               .          T    
blockSeqs                     :                                             .         .     TTGTACAT                         C  .     . .     .    . .   .       A   .    .    .              TACATGT                          .   . G   AT                     A               .          C    
blockSeqs                     :                                             .         .     CATATACA                         G  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              TACCT                            .   . T   AT                     A               .               
blockSeqs                     :                                             .         .     ATATT                            G  .     . .     .    . .   .       C   .    .    .              CAT                              .   . G   AT                     A               .               
blockSeqs                     :                                             .         .     TAG                              .  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              T                                .   . C   AT                     A                               
blockSeqs                     :                                             .         .     ATA                              .  .     . .     .    . .   .       A   .    .    .              T                                .   . .   CT                     A                               
blockSeqs                     :                                             .         .     AT                               .  .     . .     .    . .   .       T   .    .    .              .                                .   .                                                            
blockSeqs                     :                                                                                              .  .     . .     .    . .   .       .   .    .    .                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                 .     . .     .    . .   .       .   .    .    .                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                         .     .    . .   .       .   .    .    .                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                           .    .                                                                                                                


blockSeqCons                  :                                                             ATAACATATACA********************    ****                                                          TACATGT********************      **    G*
originalCons                  :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CAC--A--TA-AT----T-A---TA-CAT--AC-ATGTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
finalCons                     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACA---ATGTATA---CACATAACATATACA--------------------TGTA----TA-T-TAAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCTC-ACGT----A-TTTTTACGCGTATTTACATGT--------------------ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGATGCTCGCTTTATACACTGTAACATATGCAATACGCATGGATTTATTCTTAGCGAGTATTACCAACAATTAGATATAGCATAATATGTACGTTAGATGTAAAATTAATTTC
Unaligned ( gi|21 ): TTTTACCACTGTCACCGTGTCAGATGTTCCCGTCATACAATAAATAAACCCAGTACAACTTACGTGCTGTTTTTTA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                  4444444444444444444444444444444                                                                       222222222222222222222222222                2222222222222222222    1111111111111                                    
lowQualScore                  :                                                   555555   666   7777777777777777777777777777777    888888888 2 2 2   5555555 2   2       1  2     4444 2        0     333333333333333333333333333      33  2 77  6666666666666666666    2222222222222   888888     88888                 
lowQualScore                  :                                                   ......   ...   ...............................    ......... . . .   ....... .   .       .  .     .... .        .     ...........................      ..  . ..  ...................    .............   ......     .....                 
lowQualScore                  :                                                   444444   555   0000000000000000000000000000000    444444444 1 1 1   4444444 1   1       2  1     2222 0        9     777777777777777777777777777      44  5 11  6666666666666666666    3333333333333   888888     77777                 
consensus                     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACAATGTAT--A---CAC---ATA-----A-------CA---T--AT---AC-ATGTAT---------A-T-T-AAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCT-CACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
Reference ( family-3203 )     :                         TGGTGAAGTTGCTTTGTACAATGTAT--A---CAC---ATA-----A-------CA---T--AT---AC-ATGTAT---------A-T-T-AAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCT-CACGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AG------A------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGCA----NATTAAATCTAGATTTAA
gi|1                          :                         TGGTGATGTTGCTTTGTGCAATGTAT--G---CAC---ATA-------------CA---T--GTTTTAT-ATATATTATACCGGTA-T-T-AAAT-AATC-C-AGT-ACAATTTTCT-AACGT----A-TTTTTACGTGTATT------TA--------C-------C--ACCAATTAAA-TACAC------A------T-----GTAC-------C-----AAC------AAACA----GATTAAATCTAGATTAAA
gi|10                         :                       gtttGTGAG--TGCTCTGTTCATTGTAT------TAC---ATA-------------CA---C--AT---AC-ATGT--------------------T-A-TC-C-AGT-ACAATTC-CT-AACAT----A-TGTT-ACGTGTATT------TAGTTTTTAACATG----T--ACCAAC--AA-CC-AG------A------TTGTATGTAC-------A-----AAA------AGGCA----TATTGAActttaatg
gi|11                         :                          GGTTATGTTGCTTCGTACAGTGTAT--A---CAC---AT--------------------------------GTAT---------A-T-T-AAAT-AATC-C-AGT-ATAATATTCT-CACGT----G-TTTT---ACATATG------TA--------CATGTATTT--ACCAAC--TA-TT-AG------ATACACGT-----GTAC-------T-----AAA------AA
gi|12                         :                tacgcgaacTGGTGAAGTTGCTTTGTACATTGTAT--A---CAC---ATA-----A-------TA---T--AT---AC-ATGTAT---------A-T-T-AAA-----------T-ACAATTTTCT-CACGC----A-TTTTTACACGTATTTAGGCCTA--------CATG----T--ACCGAC--AA-TG-AA------A------T-----GCAC-------A-----
gi|14                         :                                                                                                                                                   T----A-TTCTTACGAGTATT---------------------------ACCAAC--AA-TT-AG------A------T-----ATAC-------AT----AAT------ATGTA----CGTTAGATGTAAAATTAAtgtaca
gi|15                         :                 atgatgctcctttatacactgtacaatgcatacgcatggattC---ATA-----C-------CA---G--AG---AC-ATATAT---------A-------AC-A----C-AGT-ACAATTTCCG-TGC-T----G-TTTTTAAGTGTGTT------------------------T--ACCAAA--TA-TT-AG------A------T-----ACAC-------A-----tttc
gi|16                         :              gtgatgttccgtGGTGATGTTGCTTTGTACAATGTATACA---CAC---ATA-----A-------TT---T--AT---AC-A--TAT---------A-T-TAAAAT-AAGC-C-AGT-AAAATTTTCT-CACGT----A-TTTTTACATGTAcacaccaaaaa
gi|17                         :                     ttacTGGTGAAGTTGCTTTGTA----GTTT--G---TAC---AT-------------------------------TGTAT---------A-T-T-AAA-----------T-ACAATTTTTTCCACAT----A-TTTTTACACGTATTTAGCCCTA--------CATG----T--ACCAAC--AA-Tca
gi|18                         :                                                                                         ---AC-ATGTAT---------A-T-T-AAGT-AATC-C-AGT-ACACTGTCCT-CACGT----A-GTTTTACGCGTTTTTACA--TA--------CATG----C--ACTAAC--AA-TG-AG------ATACTCGT-----GTAC-------A-----AAA------
gi|19                         :                          GGTGATGTTGGTTTGTACAATATAT--A---CAC---ATA--------------------------------TTT---------A-T-T-AAAC-AATC-C-AGT-ACAATTTTGT-CCCGT----A--TTTTACGTGTATT------TA--------g
gi|2                          :                     ttacTGGTGAAGTTGCT--GTACATTGTAT--A---CACTTAATA-----A-------TA---TCAAT----C-ATGTAT---------A-T-C-AAAT-AATC-C-AAT-ACAATGTTCT-CACGT----ATTTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAG--AA-TG-AA------A------T-----GCAC-------ATGTACAAA------AAAAA----AATTAAATCTAGAT
gi|20                         :                                                                                                 aTAC---------A-A-T-AAAT-AACC-CCAGT-ACAA----CT-TACGTGCTGA-TTTTTAAGAGTATT------TA--------Cgaaactttaa
gi|22                         : ttttacacatgtcacgggtgatgttccgtcaGTTGCTTTGTACAATGTAT--A---CA-----TA-----G-------------------------GTAT---------A-T-C-AAAT------------------TTCT-CACGT----A-TGTTTACGTGTATT------TA--------Cca
gi|3                          :                                 TTGCTTTA-ACAATTTTT--AACGCACT--GTA-----A-------CGG--TG-AT---GCTATGTAT---------G-CAC-AAA--AATCTC-AGT-ACAATTTACT-CACGT----G-CTTTTACGTGTATA------TT--------TATG----TTAAACAAC--AATTG-GA------A------TGTCA-GTAC-------A-----ATA------TGTCA----TATTGAATCTA-ATTct
gi|4                          :                         TGGTAAAGTTGCTTTGTACAATGTAT--A---CGC---ATA-----ATACTATACA---T--GT---AC-ATGTAT---------A-T-T-AAAT-AATT-C-AGT-ACAATTTTCT-CGCGT----A-TTTTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AA------A------T-----GTAC-------A-----ACG------AAGTA----GATTAAATCTAGATTTAAgacttc
gi|5                          :                               AGTTGCTTCGTACAATATAT--A---CA----A-A-----A-------TA---A--AT---AC-ATCTAT---------A-T-T-AAAT-AACC-C-AGT-GCCATTTCCT-CACGT----A-TTCTTACGCGTATT------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AGATGCACA------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGTAGATTAATTAAATCTAGATTTA
gi|6                          :                              AAGTTGCTTTGTACAAT-TAT--T---TAT---ACA-----C-------CA---T--AT---AC-ATGTAT---------ATT-T-ATATAAATG-C-A-T-ACAATT------ACGT----G-T---------TATT------------------------T--ATCAAC--AA-TT-AG------A------T-----ATACATGCGCAA-----AAA------AAGCA----CATT
gi|7                          :                        ttGGTGAAGTTGCTTTGTACATTGTAT--A---CAC---ATATAATTA-------CATTGT--AT---AC-GTGTAT---------A-T-T-AAA-----------T-ACAATTTTCT-CACGT----A---TTTAGGC----T------TA--------CATG----T--ACCAAC--AA-TG-AAATACACA------T-----GTAC-------A-----AAA------AAGTA----AATTAAATTTAGATTtcaattaagagataaacttcaataaatttt
gi|8                          :                              AAGATGCTTTGTACAATGTAT--A-----------A-----A-------CA---T--AT---A-------T---------A-T-T-GAAT-AATC---AGTTATAACTTAGT-CACAT----A-CATTTACGTGTATT----------------CAT----------CAAC--AA-TC-AG------A------T-----ATTC-------A-----AAATGGTACATGTA----TATTAAATCTAGATTCAA
gi|9                          :                       tacGGTGAAGTTGCTTTGTACAATGTTT--A---CAC---ATA--------------------------------CAT---------A-T-T-AAGT-AACC-C-AGT-GCAATTTTCT-CACGT----A-TGTTTACGTGTATT------TA--------CCT------------AC--AA-T----------C------T-----GTAC-------A-----AAA------ACGCA----CATTAAATCTAGATTTAAttt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGATGCTCGCTTTATACACTGTAACATATGCAATACGCATGGATTTATTCTTAGCGAGTATTACCAACAATTAGATATAGCATAATATGTACGTTAGATGTAAAATTAATTTC
Unaligned ( gi|21 ): TTTTACCACTGTCACCGTGTCAGATGTTCCCGTCATACAATAAATAAACCCAGTACAACTTACGTGCTGTTTTTTA