lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 22 222 22 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 222 1 1 55 111 11 1 1 1 99999999999 222222222 1 1 44444 11 4444444444444 1 7777777777777777777777777777777777777777777 11 11 33333 222 1 3333 1 1 22222222222 222 11 1 1 333333 2222 1 22 4444 1 1 11 6666 11 1 1 22 4 4 4 1 44444 22 1 11 11 1 4 444 4 1 444 1 2222222222222 1 1 22 1 1 1 1 22 2 1 11 1 66666666666666666666 77777777777777 333333333333 1 1 3333 1 1111 33333333 1 11 11 22222222 444444444 1 1 1 333 888888888888 1 2222222 1 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1
lowQualScore : 0 33 6 6 6 333 6 11 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 6 333 7 7 3 7 55 777 88 3 7 9 3 0 33333333333 2 666666666 0 4 8 5 9 11111 2 11 8 8 6 8 6666666666666 6 5 77 7 7777777777777777777777777777777777777777777 77 88 00000 7 666 3 7777 6 3 11 2 7 11 99999999999 333 88 5 3 111111 2 6 2 3 9999 7 6 2 77 3333 2 6 5 6 6 7 6 6 6 22 6 1111 6 6 22 6 5 6 6 6 5 33 0 6 0 6 6 6 0 2 6 6 5 22222 6 6 33 7 22 6 22 6 7 0 999 6 0 6 5 666 5 5555555555555 7 5 11 5 6 5 5 6 7 33 0 6 6 1 5 1 4 22 6 1 88 6 99999999999999999999 55555555555555 1 555555555555 1 6 3 0 2 55 4 5 0 1 6 3 3 7777 6 6 4 6 4 7 6 3 6 3333 3 66666666 6 6 2 6 6 6 1 3 2 44 4 6 33 6 6 3 8 3 99999999 1 666666666 5 4 6 6 5 5 333 2 999999999999 3 6 6 3 6666666 6 88 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0
lowQualScore : . .. . . . ... . .. . ............................................................................................................................................. .. . ... . . . . .. ... .. . . . . . ........... . ......... . . . . . ..... . .. . . . . ............. . . .. . ........................................... .. .. ..... . ... . .... . . .. . . .. ........... ... .. . . ...... . . . . .... . . . .. .... . . . . . . . . . .. . .... . . .. . . . . . . .. . . . . . . . . . . . ..... . . .. . .. . .. . . . ... . . . . ... . ............. . . .. . . . . . . .. . . . . . . . .. . . .. . .................... .............. . ............ . . . . . .. . . . . . . . .... . . . . . . . . . .... . ........ . . . . . . . . . .. . . .. . . . . . ........ . ......... . . . . . . ... . ............ . . . . ....... . .. ............................................................ .
lowQualScore : 0 00 0 0 0 000 0 00 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 7 333 3 0 3 3 00 777 33 3 3 0 3 0 22222222222 0 222222222 0 5 8 0 0 22222 8 00 0 0 0 6 0000000000000 0 0 77 3 7777777777777777777777777777777777777777777 00 33 33333 3 333 3 7777 0 3 33 0 3 77 00000000000 333 33 0 3 333333 5 0 5 0 0000 0 0 5 55 5555 5 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0000 0 0 00 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 00000 0 0 00 0 00 0 00 0 0 0 000 0 0 0 0 000 0 0000000000000 0 0 00 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 7 4 8 66 2 0 44 4 22222222222222222222 00000000000000 0 444444444444 4 0 0 8 5 55 2 0 0 2 0 0 0 5555 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0000 0 00000000 0 0 5 0 0 0 5 0 5 55 0 0 77 0 0 2 8 2 00000000 2 888888888 0 5 0 0 0 5 000 5 888888888888 2 0 7 3 3333333 3 00 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5
consensus : AATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATCACAAACTGTCTTGAACGNCTATCANNACATGATAGTTGTATACAATATGATCCCT-TATT---CGTTTTGTCAGTGAAA-CGGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTCC-GTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGGG--GACCTC-ACAACAGGTGGCAA-TGCGG-AGAGATGTGGTGA----TAGACAT-----TAAGGA-GATGGTGAGGAATAAAGCAAGAACAAG-TAAC--CA-GAA-CATGGCGATGG--TG--AG-TGGAAGTCACAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATTTGGA------T-TGC---ATGTTTT-GGTTTNACGACC---G-CCG-GTGATN-TGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAA--TCCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGATTACTGACACCAAGAGCAAGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CNTTATATATCTAGCTNTAAATACAGAGANATCACGTGTTCTGNTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGNAGTGGAGCATTACGGGGGNAGTAGAGTATGACANTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATNTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTCAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTGTATCCGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGNAAANAA---TNC------GCTAANCGCACCAGACCTC----TACCTCAAT-ATGAAGTACCTANACACAGT--AGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTNTNNTGTTACAGGTACTTACGGCCTCCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCANCACCGANAAAAANAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCNGACAGGTTGTACNTTGCAATGTATTACTACAGGACACTCNGATACACAGNAGCTCTGTCTGNGATAATGAGGTGACAAAGGTCAACTTAGCACGGCCATATGTGACGCGCAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCANATTNAANAACGGNNTNATTTACATCAATGAGTTAANGACAGAGCAGATGGTTTCCTTACAGAATCA--GCGTC-CAACGTTGTN-------CATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAGGCAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGGTCAGGGGGTGTATNTACCTCTAATATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNAATAAAATACGAAGTGCTACACTAATGAGAATACACGAACTTGGATNAGCATAGTA-CAATACGTTGTAAGACATTTNAATAGTTCATGCATTCACTTNAACTAATGAATNACTGNCAATGA
Reference ( gi|1 ) : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----CACT-ATCGGTATAT--TACCCCTATAC---------CCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTCC-GTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGGG--GACCTC-ACAACAGGTGACAA-TGCGG-AGAGATTTTGTT-----TGGACAT-----TCAAGA-GATAGTCAGAAATAAAGTAATAACT-G-TGAC--CA-GAA-CGTGGTGA--G--TG--GA-TGGAAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTGGA------T-TGC---ATGTTTTTGGCTTGACCATC---A-CCGTGTGATC-TGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAG--ACTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGGGGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA---TTC------GTTACCTTCATCAGACCTC---CTATTTTCAT-ATGAAGTACCTAACCAGAAC--AAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGCCTTACAGAATCA--GCGCC-CAATGTTGTA-------CATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGGGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTATATTG---AACATTAAAATAGTCGATGTA-GAATTT--ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|4 : AATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAATATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAAA-GGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTACA-CAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTAAGACTGGACGTAATGGTGAGGATGAT-GACAGGCATCCAATAAGAA------AACATCATGAAGCATGG--A--G--TG--GA----AAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTTGTTG---TGAC-ATCCAGG-CCA-GTGATCGTGGA-CTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|2 : ATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT--T-------TAT---------CCT--ATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTAC-ATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGGG--GACCTC-ACAACATGTGGCAA-TGCGG-AGAAAT---GTGA----TAGACAT-----TCAGGA-GATGGTGAGAAAAAAAGTAATAACA-AATAAT--CA-GGC-CATGACTA--GGTTA--AG-CGGAAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGGGA------TATG----ATGTATT-GGTTTTACAACC---A-CAGAGTGATT-TGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAA--TCCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGGGGAC--TAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCTCAAAGAAC---TTC------GCTTCCCTCACCGGACCTC----TGTACCAAT-CTGAAGTTCTTAA--AGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAA---AAAACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAAG--ACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGG-TGTC---CAAGCTTA--GCA----GACGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGAG---ATATCT---TCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAA-CATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCAGCATAGTA-----ATGT-----GAC-TTTCAATAGT--ATACA-TTACTTTAACTAATGAATCATTGGCAATGAatc
gi|6 : tacagatatacagttttattacact-TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTCC-GTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGGG--GACCTC-ACAACAGGTGGCAA-TGCGG-AGAGATGTGGT-------AGACAT-----TACAGA-GATGGTGAGTAGTAAAGCAAGGACAAG-TGAC--CA-GGA-CATGAGGATGA--TG--AG-TGGAAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTGGA------T-GGC---ATGTTTT-GGTTTAACGACC---AGCCA-GTGATA-TGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAA--TCCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGGAGTAGAATATGACAGTGcact
gi|11 : G-AGAGAT---GTGA----TAGACAT-----TAACGA-GATGGTGGAGAATAAAGCAAGAGCAAG-TAAC--AA-GAA-CATGGTGA-----TGACGAGTGGAAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|15 : -G-TAAC--CA-GAA-CATGGTGATGA--TG--AG-TGGAAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAAT
gi|16 : acaaAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|3 : -GTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA---AGT------GCTAAATGCGTCAGACCTC----TACCTCAGT-ATGAGGTACCTACACACAGT--AGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTA
gi|14 : gTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAAAGATCC---------AAGTGCATCAGACCTC----TACCT-CATTATGAGGTCCCTACACACAGT--AGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTCCTTACAGAATCATGGGGTTACATTGTTA----------ATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGgcagtg
gi|8 : TTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA---TACAGCAAAGTTA---TTACCAAACCTCTACCTAATT-----ATGAAGTACCTATACACAGT--ATTACAGTTGACAGTCTCACCCC
gi|9 : agAAGTACCTAAACACAAT--ACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
gi|3 : ACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGtaa
gi|13 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|10 : aTGACAGAGCAGATGGTTTCCTTACAGAATCA--GTGCC-CAATGTTGCT-------CATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|3 : CAGATGGTTTCCTTACAGAACCA--TTGTC-CAGCATTATA-------CATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGGTGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACT
gi|17 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|7 : AAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATAAATA------CAATACATTGTAAAATAT--GAATAGTTCATGTATTCATTTA-ATTAATGAATAACTGCCAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): AATACATGAACTTGGATAAGGACAGTATTGCACATTTGAATAGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAACAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 1 999999999999999999999999999999999999999999999 22222 1 111 1 11 1 1 44444 11 22222 1 222222 1 11 1 2222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 33 22 2222 1 2 2 1 111 2 2 222 1 11 1 11111 222222 11111 33 11 1111 1111 11 222 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5 4 4 3 2 2 4 5 77 2 66 88 4 2 44444444 4 4 3 6 11111 88 5 0 0 555555555555555555555555555555555555555555555 66666 0 2 2 777 3 0 3 2 2 33 0 3 0 0 8 66666 0 3 6 1 11 0 00000 4 99 44 3 0 6 2 3 888888 0 22 3 0 1 4 6666666 1 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 1 1 0 1 0 1 00 0 00 3 0 1 2 4 1111 2 2 4 5 0 0 1 0 0 2 333 2 4 4 4 5 111 0 2 0 3 3 000 5 88 4 4 3 3 2 2 3 4 4 5 2 1 0 44 1 00000 000000 8 4 1 1 1 22 1 6 1 0 1 33333 0 1 1 0 0 1 1 0 1 00 88 2 0 222 0 1 1 1 3333 1 0 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 11 0 88 33 1 999 000 0 2 0 0 44 9 2 4 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 0 3 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... .. . . . ............................................. ..... . . . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . .. . ..... . .. .. . . . . . ...... . .. . . . . ....... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . . . . . . .. . .. . . . . . .... . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . . .. . ..... ...... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . . . . . . .. .. . . ... . . . . .... . . . .... . . .... .. . . . .. . .. .. . ... ... . . . . .. . . . .. ................................................................... .. . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 5 0 5 00 5 55 55 0 5 55555555 0 0 3 7 33333 00 0 7 7 777777777777777777777777777777777777777777777 00000 0 0 5 555 2 0 2 5 5 88 0 2 2 0 0 66666 8 6 4 4 00 8 00000 2 22 77 2 5 7 5 2 888888 0 55 5 0 0 2 0000000 0 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 0 0 0 7 0 7 0 77 7 77 7 7 0 5 0 0000 5 5 0 5 0 0 0 7 7 5 555 5 0 0 0 5 000 0 5 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 5 5 0 0 0 5 0 8 3 77 0 88888 444444 0 4 0 0 0 00 8 4 0 7 0 77777 7 0 0 7 7 0 0 7 0 77 00 0 7 000 7 0 0 0 3333 0 7 0 0000 0 8 4444 00 4 0 4 33 7 00 33 0 333 333 8 5 0 8 00 2 0 6 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 8 8 0
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATTC-----GNCTATCGGTACAT--TA-TT-TATAC------ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAG-----AACAAGTAACCAGAACATG--GCGATGATGAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGGG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAAG-ATAGTA-CA-TATATTGC-AGA-CATTCGAAT--AGTTAATG----------CATT-AC-T-----TTAACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATCACAAACTGTCTTGAACGNCTATCANNACATGATAGTTGTATACAATATGATCCCT-TATT---CGTTTTGTCAGTGAAA-CGGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTGATAGACATTAAGGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAG-----AACAAGTAACCAGAACATG--GCGATGGTGAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTT-GGTTTNACGACC--GCCG-GTGATNTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGATTACTGACACCAAGAGCAAGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CNTTATATATCTAGCTNTAAATACAGAGANATCACGTGTTCTGNTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGNAGTGGAGCATTACGGGGGNAGTAGAGTATGACANTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATNTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTCAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTGTATCCGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGNAAANAA-TNC-GCTAANCG--CACCAGACCTC-TACCTCAATATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTNTNNTGTTACAGGTACTTACGGCCTCCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCANCACCGANAAAAANAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCNGACAGGTTGTACNTTGCAATGTATTACTACAGGACACTCNGATACACAGNAGCTCTGTCTGNGATAATGAGGTGACAAAGGTCAACTTAGCACGGCCATATGTGACGCGCAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCANATTNAANAACGGNNTNATTTACATCAATGAGTTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTNCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAGGCAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGGTCAGGGGGTGTATNTACCTCTAATATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNAATAAAATACGAAGTGCTACACTAATGAGAATACACGAACTTGGATNAGCATAGTA-CAATACGTTGTAAGA-CATTTNAAT--AGTTCATG----------CATTCAC-T-----TNAACTAATGAATNACTGNCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATTC------ACTATCGGTATAT--TACCCCTATAC---------CCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAGATTTTGTT-TGGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAAT-----AACT-GTGACCAGAACGTG--GTGA--GTGGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATC--ACCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGGGGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGGGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTATATTG---AA-CATTAAAAT--AGTCGATG----------TA--GAA-T-----TT-ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAGATGTG---ATAGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAG-----AGCAAGTAACAAGAACATG--GTGATGACGAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAAGGACAGTA--------TTGC---A-CATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : ACAAGTAACCAGAACATG--GTGATGATGAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT-----TT------------ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAAATGTG---ATAGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAAT-----AACAAATAATCAGGCCATG--ACTAGGTTAAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACC--ACAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGGGG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAAA---CTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGAG-----ATAT-CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCAGCATAGTA-----ATGT-----GA-C-TTTCAAT--AGT--ATA----------CATT-AC-T-----TTAACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGGTGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAAG----G-A-C-------TGCTAGATTACTCAAATGCAGTTAA-------------ATT----T-----TAAACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATCT-----GCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAATATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTA-AGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAAGAAAACAT--CATGAAGC-ATG--GAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGT---AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAG-----GACAAGTGACCAGGACATG--AGGATGATGAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGGAGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATA-----AATA-CAATACATTGTAAAA-TA--TGAAT--AGTTCATG----------TATTCA--T-----TTAATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 444444444444444 9999999999999999999 111 2222 1 111 1 11 1 1 33333 11 222222 1 11 1 222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 11 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 11 1 11111 111 1111 11 1111 1111 1 1 111 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 5 1 1 1 2 1 1 5 22 1 22 88 1 1 44444444 1 1 3 6 11111 7 555555555555555 0 9999999999999999999 7 555 4444 0 2 777 3 0 3 2 1 33 0 3 0 0 8 77777 0 1 1 1 11 0 6 1 4 888 6 6 2 3 888888 0 22 1 0 0 4 999999 0 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 0 88 0 88 88 1 1 1 5 5 1 1 1 5 5 5 0 1 1 1 1 1 1 1 5 333 5 1 5 1 1 000 5 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 0 44 1 00000 11 111 8 1 1 1 0 1 1 0 2222 0 0 88 7 0 1 0 1 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 7 3 3 7 1 999 0 2 0 0 22 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... . ............... . ................... . ... .... . . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . . . ... . . . . ...... . .. . . . . ...... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . .. . .. .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . . . . . .... . . .... .. . . . . . . . . ... . . . . .. . . ................................................................... . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 0 0 5 00 0 00 55 0 0 55555555 0 0 3 7 33333 3 000000000000000 7 3333333333333333333 3 777 0000 0 5 555 2 0 2 5 0 88 0 2 2 0 0 00000 8 0 0 4 00 8 7 0 8 333 7 7 5 2 888888 0 55 0 0 2 2 222222 2 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 2 7 33 7 33 33 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 7 0 0 0 0 0 0 0 5 000 0 0 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 77 0 88888 66 666 0 0 0 0 6 4 0 7 0000 7 7 33 3 7 0 7 0 0 0000 0 8 4444 00 4 4 4 3 3 3 3 0 333 8 5 0 8 00 2 8 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 6 2
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT--TA-CC-C-TAT------ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAAG-GTANTAC--ATATATTGC-AACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT--TA-TT-TATAC------ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGCGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAAG-ATAGTAC--ATATATTGCAGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----C-ACTATCGGTATAT--TA-CC-CCTAT------A-CCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAGATTTTGTT-TGGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAATAA-CT-GTGACCAGAACGTGGTGA---GT-GGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATCA--CCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGG--GGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTATATTG--AACATTAAAAT--AGTCGATGT------A-----GAATTT--------ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAGATGTG---ATAGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAGAG-CAAGTAACAAGAACATGGTGATG-AC-GAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAAG-G----AC--A-GTATTGC--ACATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : A-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT--T---------T------ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAAATGTG---ATAGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAATAA-CAAATAATCAGGCCATGACTAGG-TT-AAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACCA--CAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGG--GG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAA---ACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGA-GA-TAT-----CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCAGCATAGTA---ATGT------GACTTTC-AAT--AGT--ATAC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGG-TGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAAG-G-ACTGC---TAGATTAC------TCAAATGCAGTTAA---------A-----TT--TTA------AACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAATATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTA-AGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAA-GAAAACATCATGAAGCATGGAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGT---AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAGGA-CAAGTGACCAGGACATGAGGATG-AT-GAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGG--AGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATA-----AATACA-ATACATTGTAAA-ATATGAAT--AGTTCATGT------A-----TTCATTT------AATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 444444444444444 88888888888888888888 111 2222 1 111 1 11 1 1 33333 11 222222 1 11 1 222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 11 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 11 1 11111 111 1111 11 1111 1111 1 1 111 1 66666666666666 22 11 55555555555555555555555555
lowQualScore : 5 1 1 1 2 1 1 5 22 1 22 88 1 1 44444444 1 1 3 6 11111 7 555555555555555 0 44444444444444444444 7 555 4444 0 2 777 3 0 3 2 1 33 0 3 0 0 8 77777 0 1 1 1 11 0 6 1 888 6 6 2 3 888888 0 22 1 0 0 4 999999 0 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 0 88 0 88 88 1 1 1 5 5 1 1 1 5 5 5 0 1 1 1 1 1 1 1 5 333 5 1 5 1 1 000 5 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 0 44 1 00000 11 111 8 1 1 1 0 1 1 0 2222 0 0 88 7 0 1 0 1 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 7 3 3 7 1 999 0 2 0 0 22 9 0 11111111111111 00 1 77 11 77 0 22222222222222222222222222 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... . ............... . .................... . ... .... . . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . . ... . . . . ...... . .. . . . . ...... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . .. . .. .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . . . . . .... . . .... .. . . . . . . . . ... . . . . .. . . .............. .. . .. .. .. . .......................... . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 0 0 5 00 0 00 55 0 0 55555555 0 0 3 7 33333 3 000000000000000 7 00000000000000000000 3 777 0000 0 5 555 2 0 2 5 0 88 0 2 2 0 0 00000 8 0 0 4 00 8 7 0 333 7 7 5 2 888888 0 55 0 0 2 2 222222 2 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 2 7 33 7 33 33 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 7 0 0 0 0 0 0 0 5 000 0 0 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 77 0 88888 66 666 0 0 0 0 6 4 0 7 0000 7 7 33 3 7 0 7 0 0 0000 0 8 4444 00 4 4 4 3 3 3 3 0 333 8 5 0 8 00 2 8 88888888888888 00 0 88 00 44 8 44444444444444444444444444 8 6 2
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAAG-G-ACTAC--GTA-TATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TACCC-TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAAG-GTANTAC--ATA-TATTGCAACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----C-ACTATCGGTATAT----------TACCCCTAT-A-CCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAGATTTTGTT-TGGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAATAA-CT-GTGACCAGAACGTGGTGA---GT-GGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATCA--CCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGG--GGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTA-TATTG-AACATTAAAAT--AGTCGATGT------A-----GAATTT--------ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAGATGTG---ATAGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAGAG-CAAGTAACAAGAACATGGTGATG-AC-GAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAAG-G----AC--A-G-TATTGC-ACATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : A-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT----------T-------T-ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAAATGTG---ATAGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAATAA-CAAATAATCAGGCCATGACTAGG-TT-AAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACCA--CAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGG--GG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAA---ACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGA-GA-TAT-----CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCAG-------C--ATAGTAATGTGACTTTC-AAT--AGT--ATAC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGG-TGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAAG-G-ACTGC---TA-GATTAC-----TCAAATGCAGTTAA---------A-----TT--TTA------AACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAA-TATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTA-AGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAA-GAAAACATCATGAAGCATGGAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGT---AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAGGA-CAAGTGACCAGGACATGAGGATG-AT-GAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGG--AGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATA-----AATACA-ATA-CATTGTAAAATATGAAT--AGTTCATGT------A-----TTCATTT------AATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 444444444444444 99999999999999999999 111 2222 1 111 1 11 1 1 33333 11 222222 1 11 1 222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 11 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 11 1 11111 111 1111 11 1111 1111 1 1 111 1 555555555555 22 11 55555555555555555555555555
lowQualScore : 5 1 1 1 2 1 1 5 22 1 22 88 1 1 44444444 1 1 3 6 11111 7 555555555555555 0 99999999999999999999 7 555 4444 0 2 777 3 0 3 2 1 33 0 3 0 0 8 77777 0 1 1 1 11 0 6 1 888 6 6 2 3 888888 0 22 1 0 0 4 999999 0 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 0 88 0 88 88 1 1 1 5 5 1 1 1 5 5 5 0 1 1 1 1 1 1 1 5 333 5 1 5 1 1 000 5 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 0 44 1 00000 11 111 8 1 1 1 0 1 1 0 2222 0 0 88 7 0 1 0 1 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 7 3 3 7 1 999 0 2 0 0 22 9 555555555555 8 22 1 77 11 77 0 22222222222222222222222222 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... . ............... . .................... . ... .... . . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . . ... . . . . ...... . .. . . . . ...... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . .. . .. .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . . . . . .... . . .... .. . . . . . . . . ... . . . . .. . ............ . .. . .. .. .. . .......................... . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 0 0 5 00 0 00 55 0 0 55555555 0 0 3 7 33333 3 000000000000000 7 00000000000000000000 3 777 0000 0 5 555 2 0 2 5 0 88 0 2 2 0 0 00000 8 0 0 4 00 8 7 0 333 7 7 5 2 888888 0 55 0 0 2 2 222222 2 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 2 7 33 7 33 33 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 7 0 0 0 0 0 0 0 5 000 0 0 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 77 0 88888 66 666 0 0 0 0 6 4 0 7 0000 7 7 33 3 7 0 7 0 0 0000 0 8 4444 00 4 4 4 3 3 3 3 0 333 8 5 0 8 00 2 222222222222 0 88 0 88 00 44 8 44444444444444444444444444 8 6 2
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTAC---TA-TATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GGACTAC--GTA-TATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----C-ACTATCGGTATAT----------TACCCCTAT-A-CCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAGATTTTGTT-TGGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAATAA-CT-GTGACCAGAACGTGGTGA---GT-GGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATCA--CCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGG--GGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTA-TATTG-AACATTAAAAT--AGTCGATGT------A-----GAATTT--------ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAGATGTG---ATAGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAGAG-CAAGTAACAAGAACATGGTGATG-AC-GAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAA--GGAC-A-----G-TATTGC-ACATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : A-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT----------T-------T-ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAAATGTG---ATAGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAATAA-CAAATAATCAGGCCATGACTAGG-TT-AAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACCA--CAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGG--GG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAA---ACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGA-GA-TAT-----CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCA--G-----C--ATAGTAATGTGACTTTC-AAT--AGT--ATAC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGG-TGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAA--GGACTGC---TA-GATTAC-----TCAAATGCAGTTAA---------A-----TT--TTA------AACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAA-TATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTA-AGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAA-GAAAACATCATGAAGCATGGAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGT---AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAGGA-CAAGTGACCAGGACATGAGGATG-AT-GAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGG--AGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATAA--ATACAA----TA-CATTGTAAAATATGAAT--AGTTCATGT------A-----TTCATTT------AATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 444444444444444 99999999999999999999 111 2222 1 111 1 11 1 1 33333 11 222222 1 11 1 222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 11 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 11 1 11111 111 1111 11 1111 1111 1 1 111 1 11 3333333 22 11 55555555555555555555555555
lowQualScore : 5 1 1 1 2 1 1 5 22 1 22 88 1 1 44444444 1 1 3 6 11111 7 555555555555555 0 99999999999999999999 7 555 4444 0 2 777 3 0 3 2 1 33 0 3 0 0 8 77777 0 1 1 1 11 0 6 1 888 6 6 2 3 888888 0 22 1 0 0 4 999999 0 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 0 88 0 88 88 1 1 1 5 5 1 1 1 5 5 5 0 1 1 1 1 1 1 1 5 333 5 1 5 1 1 000 5 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 0 44 1 00000 11 111 8 1 1 1 0 1 1 0 2222 0 0 88 7 0 1 0 1 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 7 3 3 7 1 999 0 2 0 0 22 9 11 1 7777777 22 1 77 11 77 0 22222222222222222222222222 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... . ............... . .................... . ... .... . . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . . ... . . . . ...... . .. . . . . ...... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . .. . .. .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . . . . . .... . . .... .. . . . . . . . . ... . . . . .. . .. . ....... .. . .. .. .. . .......................... . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 0 0 5 00 0 00 55 0 0 55555555 0 0 3 7 33333 3 000000000000000 7 00000000000000000000 3 777 0000 0 5 555 2 0 2 5 0 88 0 2 2 0 0 00000 8 0 0 4 00 8 7 0 333 7 7 5 2 888888 0 55 0 0 2 2 222222 2 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 2 7 33 7 33 33 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 7 0 0 0 0 0 0 0 5 000 0 0 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 77 0 88888 66 666 0 0 0 0 6 4 0 7 0000 7 7 33 3 7 0 7 0 0 0000 0 8 4444 00 4 4 4 3 3 3 3 0 333 8 5 0 8 00 2 00 0 4444444 88 0 88 00 44 8 44444444444444444444444444 8 6 2
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTA----TATATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTAC---TATATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----C-ACTATCGGTATAT----------TACCCCTAT-A-CCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAGATTTTGTT-TGGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAATAA-CT-GTGACCAGAACGTGGTGA---GT-GGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATCA--CCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGG--GGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTATATTG-AACATTAAAAT--AGTCGATGT------A-----GAATTT--------ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAGATGTG---ATAGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAGAG-CAAGTAACAAGAACATGGTGATG-AC-GAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAA--GGAC-A-----GTATTGC-ACATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : A-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT----------T-------T-ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAAATGTG---ATAGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAATAA-CAAATAATCAGGCCATGACTAGG-TT-AAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACCA--CAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGG--GG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAA---ACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGA-GA-TAT-----CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCA--GCA-TA-----GTAATGTGACTTTC-AAT--AGT--ATAC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGG-TGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAA--GGACTGC---TAGATTAC-----TCAAATGCAGTTAA---------A-----TT--TTA------AACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAA-TATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTA-AGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAA-GAAAACATCATGAAGCATGGAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGT---AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAGGA-CAAGTGACCAGGACATGAGGATG-AT-GAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGG--AGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATAA--ATAC-AA---TACATTGTAAAATATGAAT--AGTTCATGT------A-----TTCATTT------AATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 444444444444444 99999999999999999999 111 2222 1 111 1 11 1 1 33333 11 222222 1 11 1 222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 11 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 11 1 11111 111 1111 11 1111 1111 1 1 111 1 11 33333 22 11 55555555555555555555555555
lowQualScore : 5 1 1 1 2 1 1 5 22 1 22 88 1 1 44444444 1 1 3 6 11111 7 555555555555555 0 99999999999999999999 7 555 4444 0 2 777 3 0 3 2 1 33 0 3 0 0 8 77777 0 1 1 1 11 0 6 1 888 6 6 2 3 888888 0 22 1 0 0 4 999999 0 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 0 88 0 88 88 1 1 1 5 5 1 1 1 5 5 5 0 1 1 1 1 1 1 1 5 333 5 1 5 1 1 000 5 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 0 44 1 00000 11 111 8 1 1 1 0 1 1 0 2222 0 0 88 7 0 1 0 1 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 7 3 3 7 1 999 0 2 0 0 22 9 11 1 6 55555 22 1 77 11 77 0 22222222222222222222222222 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... . ............... . .................... . ... .... . . ... . . . . . .. . . . . . ..... . . . . .. . . . ... . . . . ...... . .. . . . . ...... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . .. . .. .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . . . . . .... . . .... .. . . . . . . . . ... . . . . .. . .. . . ..... .. . .. .. .. . .......................... . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 0 0 5 00 0 00 55 0 0 55555555 0 0 3 7 33333 3 000000000000000 7 00000000000000000000 3 777 0000 0 5 555 2 0 2 5 0 88 0 2 2 0 0 00000 8 0 0 4 00 8 7 0 333 7 7 5 2 888888 0 55 0 0 2 2 222222 2 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 2 7 33 7 33 33 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 7 0 0 0 0 0 0 0 5 000 0 0 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 77 0 88888 66 666 0 0 0 0 6 4 0 7 0000 7 7 33 3 7 0 7 0 0 0000 0 8 4444 00 4 4 4 3 3 3 3 0 333 8 5 0 8 00 2 00 0 0 66666 88 0 88 00 44 8 44444444444444444444444444 8 6 2
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTA----TATATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTA----TATATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----C-ACTATCGGTATAT----------TACCCCTAT-A-CCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAGATTTTGTT-TGGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAATAA-CT-GTGACCAGAACGTGGTGA---GT-GGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATCA--CCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGG--GGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGTATATTG-AACATTAAAAT--AGTCGATGT------A-----GAATTT--------ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAGATGTG---ATAGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAGAG-CAAGTAACAAGAACATGGTGATG-AC-GAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAA--GGAC-A-----GTATTGC-ACATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACCATTTACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : A-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT----------T-------T-ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAAATGTG---ATAGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAATAA-CAAATAATCAGGCCATGACTAGG-TT-AAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACCA--CAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGG--GG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAA---ACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGA-GA-TAT-----CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCA--GCA-TA-----GTAATGTGACTTTC-AAT--AGT--ATAC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGG-TGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAA--GGACTGC---TAGATTAC-----TCAAATGCAGTTAA---------A-----TT--TTA------AACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAA-TATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTATGGGTA-AGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAA-GAAAACATCATGAAGCATGGAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGT---AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAGGA-CAAGTGACCAGGACATGAGGATG-AT-GAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGG--AGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATAA--ATACAA----TACATTGTAAAATATGAAT--AGTTCATGT------A-----TTCATTT------AATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT
blockSeqs : G T T T C G A A TT C TC TT A G AGCGTAGA A A . C CAT A TGTTTTGAACAGC GATAGTTGTATACAATATG T CTG TCCC . G GTT T T T G G GT T A A T GGTA A C G TG T C AGC G A G T GAATGT A CG A . A GGCCA GC A ATA C AG G A A A T CA T GAT TA G G CACT T AT GA . C C T . . C G T A . . G G G C A A T A AAA . G . T A GGT A AG A A T A G C T A A T T GC G CTTC CC TAT . A A G T A AAAC AT A A T G CAAG G TGGG CA T T G T A . A T AAT C C CA A . G T CT TG A TG GC TA CTCCTTTAACCATTTACATTATGATC A
blockSeqs : . C . . CTATCTGCTT TT T . T . G . T . T G G . . A . . AT C G A . . C TG . . G T . . C G . A CAGA . A T . . . G A T . . . . . A . . C . . . G A AC G TACA AA T . G C G C G AAA . . C A A . . GT GT G T C . . . . C . C . GC A . C T T TA T CA . TA CATTACTTT C
blockSeqs : . . . . . . . G C . . . . . AT G C G . . T TG . . . . . . . T . G GCCA . . A . . . . . A . . . . . A . . A G GA T TGC AG G . T C G G A . . TT CA C A A . . AA . . G A . C A TG . TC TATTCATTT G
blockSeqs : . GT A A T . . C GG . . T GG A AGT AG G . T T T T T . . C . C T G . T . . C . C . . ATTTTA A
blockSeqs : . . TG . . T C T AGA A C
blockSeqCons : AT*** TG* ** C**** C* CATTTTT*******************
originalCons : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGGTTATAGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTA----TATATTGCGACATTCGAAT--AGTTAATGC------A-----TTACTTT------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
finalCons : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAGATGTGAT---AGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTAC----ATATTGC-ACATTCGAAT--AGTTAATGCATTTTT-------------------AACTAATGAATAACTGCCAATGA
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 33333333 1 33333 444444444444444 99999999999999999999 111 2222 1 111 1 11 1 1 11 111 11 222222 1 11 1 222222 11 111 1 11 1 1 11 1 111 11 1 2222 11 11 11 1 1 1 1 1 1 1 1 222 1 11 1 11111 111 1111 11 1111 1111 1 1 111 1 11 444444 11111 11 7777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 1 1 1 2 1 1 5 22 1 22 88 1 1 44444444 1 1 3 6 11111 7 555555555555555 0 99999999999999999999 7 555 4444 0 2 777 3 0 3 2 1 33 0 3 0 0 8 11 444 0 6 8 0 1 1 1 11 0 6 1 888 6 6 2 3 888888 0 22 1 0 0 4 999999 0 33 3 777 0 33 0 6 3 1 0 33 0 777 33 4 0 1111 1 0 88 0 88 88 1 1 1 5 5 1 1 1 5 5 5 0 1 1 1 1 1 1 1 5 333 5 1 5 1 1 000 5 88 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 0 44 1 00000 11 111 8 1 1 1 0 1 1 0 2222 0 0 88 7 0 1 0 1 1 7777 8 0 2222 66 1 1 1 7 3 3 7 1 999 0 2 0 0 22 9 11 1 6 111111 99999 77 11 77 0 3333333333333333333333333333333 0 3 0
lowQualScore : . . . . . . . . .. . .. .. . . ........ . . . . ..... . ............... . .................... . ... .... . . ... . . . . . .. . . . . . .. ... . . . . . . . .. . . . ... . . . . ...... . .. . . . . ...... . .. . ... . .. . . . . . .. . ... .. . . .... . . .. . .. .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . ... . .. . . . . . . . . . . . . .. . ..... .. ... . . . . . . . . .... . . .. . . . . . . .... . . .... .. . . . . . . . . ... . . . . .. . .. . . ...... ..... .. .. .. . ............................... . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 5 0 0 5 00 0 00 55 0 0 55555555 0 0 3 7 33333 3 000000000000000 7 00000000000000000000 3 777 0000 0 5 555 2 0 2 5 0 88 0 2 2 0 0 00 000 8 8 0 8 0 0 4 00 8 7 0 333 7 7 5 2 888888 0 55 0 0 2 2 222222 2 88 2 555 0 88 0 5 2 2 0 88 0 555 88 2 0 2222 2 7 33 7 33 33 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 5 7 0 0 0 0 0 0 0 5 000 0 0 0 0 0 555 5 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 3 77 0 88888 66 666 0 0 0 0 6 4 0 7 0000 7 7 33 3 7 0 7 0 0 0000 0 8 4444 00 4 4 4 3 3 3 3 0 333 8 5 0 8 00 2 00 0 0 444444 22222 88 00 44 8 2222222222222222222222222222222 8 6 2
consensus : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAG--AT---GTGGT-AGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTA----C-GTATTGC-ACATTCGAAT--AGTTAATG----------C---ATT--T---------TTAACTAATGAATAACTGCCAATGA
Reference ( family-318 ) : AATAGATGGNCTCCCCCAGTNTNACGCCCGAAANGTAAGTAGNCAAATNNTATNAAACNNAACTTATGGACCTANTNGAACTCATTTAGCGTAGATNANGAT-TACATCA-T-TTATCATAAA-TATT-----CGNCTATCGGTACAT----------TAC---TAT-ATCCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATANTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAG--AT---GTGAT-AGACATTNANGAGATGGTGAGGA--ATAAAGCAAGAA-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTNTT-GGTTTGACGACCA-GCCG-GTGATCTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGGCAACA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCGCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGATGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGG--GG--ANTAGAATATGACACTGCCCNGTGTTTTGCTTGCGACTTTTGGCCTCCNTCTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAGTAGGACGCAAACTNGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAANGGCNTAGGTGATAATGAGAAATTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCCTNAAATGGGTGTATGAGGNGNTNTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTCCNCAGTAANATCCACGGTGGAGCNCAAAACAAATTATTCGNNNGACTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTNTAGCATCTCTGCTACATCANTCCCTCCNTCAGGTTGTACCAGTNTATTGNAAANGTCNCTTATAANCCCANACNCAGTATTTGTACNGATGAACAGNCTCTTGTATCTGAGATCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGNGAGATATATGNAAAGAA-TGC-GCTAANTT--CATCAGACCTC-TACCTCANTATGAAGTACCTANACACAGTAGAACAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCACTTACGGCCTCCNTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCGATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGACGTATAACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATCANATTAAACAACGANATTATTTACATCAATGAATTAANGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GCGTCCAACGTTGTTCATCCCACCCCTAGTTGTGTTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GG-TGTATGTACNTCTGGCATTAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTNNATAAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACATGAACTTGGATAA--GNACTA----C-ATATTGC-ACATTCGAAT--AGTTAATG----------C---ATT--T---------TTAACTAATGAATAACTGCCAATGA
gi|1 : AATA-ATGGACTCCCCTAATATGACGCCTGAAATGTAAGTAGTTAA-TGATATAAAACAAAAC--ATGGATTTATTTGAACTCATTT--------TTATGATCTA-ATCAATGTCATCATAAAATATT-----C-ACTATCGGTATAT----------TACCCCTAT-A-CCCT-TATT---CATTTTGTCAGTGAAAACAGGTATACAGCA---TATGTCTGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGT--CGTACATTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGAC-AATGCGG-AGAG--ATTTTGTT-T-GGACATTCAAGAGATAGTCAGAA--ATAAAGTAATAA-CT-GTGACCAGAACGTGGTGA---GT-GGATGG-AAATCACAGAGAAGGGTTAAGAATGAAGGGATCTGATTTG------GAT-TGC-ATGTTTTTGGCTTGACCATCA--CCGTGTGATCTGGAGCTTG--TATCAGACCCAGTT-T-TACAATGT-ACACAGACAGA--CTCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCGGTTACTGACACCAAGAGCAGACCGCA-GA--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCCCAAT-GAATGGTGGA----CTTTATATATCTAGCTCTAAATATAGAGAGATCACATGTTCTGATGTAATGTCTAAATCTACAATACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TATGG--GGCCAATAGAATATGACACTGCTCAGTGTTTTGCTTGTGACTTTTGGCCTCCATTTGCCTCCTCATGGATAGACAGATGTCACACATGGCCCCAACCACAAGTTGCTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTCCACGTTTGTAGCAATAGGACACAAACTAGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTCTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCATTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGCTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAATGGCATAGGTGATAATGAGAA-TTGCTGTGTTCCTATCACATGAAGAACAGCAGTTTTCTGGATGATTCAACGAAACACAATACCTAACTTGGTGTCCACAGAATCTCCTAAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCATCCTCAAATGGGTGTATGAGGTGTTATGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAACATGTTTCTCAGTAATATCCACGGTGAAGCACAAAACAA-TTATTCGTTCGATTGTTTGGTTTTTCATGAGAAAGGTTTAGCATCTCTGCTACATCAGTCCCTCCCTCA---TGT-CC--TTTATTGTAAAGGTCCTTTATAACCCTAGACGCAGTATTTGTACTGATGAACAATCTCT-GTGTCTGAAATTGATTTTGATAAAGAAATGTTTAACGAGATTTATAAAAAGAA-TTC-GTTACCTT--CATCAGACCTCCTATTTTCATATGAAGTACCTAACCAGAACAAAACAGTTGACAATCTCATCCCTGACACAGTATCAAGTTGTCATGTTACAGGCAGTTACAGCCTCCTTCCTTCACAGTGCTGCTTTTATATTACAAGACATGTACAGCAGCAACACTGATAA---CAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGCCACATGTTAAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGATAGGTTGTACATTGCAATGTATTTTTACAAAACACTCAGATGCATGGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAAATTACAAAGGCCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGTATGACGGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTATAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGCTAAGACATGCTGTAGCATGGGATATTATATTAAACAACAAGATTATTTACATTAATGAATTAGTGATAGAACAGATGGTTGC----CTTA-CAGAATCA--GCGCCCAATGTTGTACATACCACCCCTAGTTATGTTACACATACTGGAGTTCCTGTGTTACAGACACATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTAATGATATACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGG-GGCTGTATGTAAATGTGGCATCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTAGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCACTCCATCAAATACAAAGTGCTACACTAATGAGAATACAAGAACTTGGAGAAATATACTATTAGT-ATATTGA-ACATTAAAAT--AGTCGATG----------TAGAATT--T------------ACTAATG----ACTGTCAATGA
gi|10 : GACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCA--GTGCCCAATGTTGCTCATCCCATCCCTAGTTGTGTTACACATGCTAGAGTTCCTGTGTTACAGACATATTGACACAA
gi|11 : tG-AGAG--AT---GTGAT-AGACATTAACGAGATGGTGGAGA--ATAAAGCAAGAG-CAAGTAACAAGAACATGGTGATG-AC-GAGTGG-AAGTTACAGAGAAGGATTCAGAAT
gi|12 : AATACATGAACTTGGATAA--GGAC-A------GTATTGC-ACATTTGAAT--AGTTAATGCTCCTTTAACC---ATT--TACATTATGATCAATCAATGAATAATTGCCAA
gi|13 : GATAGTAGACACAGAGAGGTATACCAAGGCTGTAGGAGGGCAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAcaat
gi|14 : aTATCCGAGACCGAGTTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATGTATGCAAAGCA-TGC-
gi|15 : A-CAAGTAACCAGAACATGGTGATG-AT-GAGTGG-AAGTCAAAGAGAAGGACTCAGAATagtg
gi|16 : AGAATCTCCTGAAATGTTTCTGGTACTGTTTCAAACTCATC
gi|17 : TCAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGT
gi|2 : AT-TACAC------TATCACAAA-TGTTTTGAACAGC-ATTAGTACAT----------T-------T-ATCC---TATT---TGTTTTGTCAATGAAA-CAGGTATGCAGCA---TATGTCAGAGTA-CATGTTTGTGGGACTGTGTCGTATAGTGG--GGACCTC-ACAACATGTGGC-AATGCGG-AGAA--AT---GTGAT-AGACATTCAGGAGATGGTGAGAA--AAAAAGTAATAA-CAAATAATCAGGCCATGACTAGG-TT-AAGCGG-AAGTCACAGAGAAGGGTTCAGAATGGATGGATCTGATTGG------GATATG--ATGTATT-GGTTTTACAACCA--CAGAGTGATTTGGGACTTA--TCTCAGACCCAGTT-T-TACAATGC-ACAGATACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCGCCAGAAAGTCCACCCGGATTTACTCTACTTCAGTTACTAATACCAAGAACAAGCAACATGACAG-TTA---TCTCTGCATT--AGTTGAAAT-GAATGGAGGA----CTTTATATATCTAGTTCTAAATACAGAGATATCACATGTTCTGATATATTCCCTAATTCTACAGTACATGGCCCTTGTGGAAGTGGAGCATTATGG--GG--ACTAGAGTATGACACTGCCCCGTGTTTTGTTTGCGACTTTTGGCCTCCTTCTGCCTCCTCATGGATAAACAGATGTCACACATGGCCCCAGCCACAGATTGTTAGGGACATAGTCAGAAGTGGATGTC-AC-TTTGTAGTAGTAGGATGCAAATTCGGAAATCATGAAAGCAATGAATGGAGAATTTCATTTTCTTTGGCAGAACAAAAACTTGTGTACTCAATGAACCACTGTCAATTCTTAACTTATGGTTTGTTGAAATTGTTCTTAAAAGAAGTCATTAACAAGGGTTTAGGTGATAATGAGAAATTACTGTGTTCCTATCACATGAAGA-CAGCAATTTTCTGGATGATTCAACAAAACACAATATCTAACT-GGTGTCCACAGAATATCCTGAAATGTTTCTGGTACTGCTTTAAACTCGTCTTGAAATGGGTGTATGAGGGAGTCTGTCCTAACTTTTTCATTCCAGAAAACAATATGTTCCATAGTAAAATTTATGGTAGAACTCAAAACAAATTATTCGAAAGACTGTTTGGTTTTT-ATGAAAAAGGTGTAGCATCTCTGCTACAT-ATTCCCTCCATCAGGTTGTACCAGTATATTGAAAATGTCACTTATAAGCCCACACTCAATATTTGTACAGATGAACAGACTCTTATATATGAGATTGAATTTGATAAACAAGTGTTGAAAGAGATATCT-CAAAGAACTTC-GCTTCCCT--CACCGGACCTC-TGTACCAATCTGAAGTTCTTAAAGGCCGTAGAGCCGTTGCTAGCCTCATCCCTGACACAGCATCAAGTTGTCATGTTGCAGGTACTTACGGTTTCCATCCTTCATAGTACTGCTTTTACATTACAAAACATGTACAGCAACACCACTGAGAAAAA---ACTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCTTGTCACATGTTGAAACTCACAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCAGACAGGTTGTACTTTGCAATGTATTACTACAGGACACTTCGATACACAACAGCTCTGTCTGGGATAATGAA--GACAAAGGTCAACTTATTACGGTCATATGTGACGTGCAATGAGACAGTAAACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGGCATGCTGTAGCATGGGATATCAAATTCAACAACGATTTTATTTATATCAATGAGTTAAGGACAGAGCAGCTGGTGTCCAAGCTTAGCAGA-------CGTTGTGGGTTGGTCATCCCATCCCTAGTTCTGCTACACATGCTGGAGTTCCTGTGTTACCGACATGTTGACAAAATAAGAGCACAGGCAGCTCTTAATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGG-CAGA-GA-TAT-----CTTCT----TTATG-GAGATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTTAACAGATCTCAGGGAACATCCAGGATGCTCTATACTCCTACCAAAAATCACT-AGCACAAATTTCAGTCAAC-ATATACGACTTGCTACACAAATGAGAATACACCAACTTAGATCA--GCA-TA------GTAATGTGACTTTC-AAT--AGT--ATA----------C---ATTACT---------TTAACTAATGAATCATTGGCAATGA
gi|3 : tacagatatacagttttGTATCTGAGATCGAGTTTGATATAGAAATGTTTGGGGAGATATATACAAATAA-AGT-GCTAAATG--CGTCAGACCTC-TACCTCAGTATGAGGTACCTACACACAGTAGAACAGTTGATAGTCTCACCCCTGACAGAGTGTCAAGTTGTCCTGTTACAGGCACGTACGGCCTTCGTCCTTCACAGTGCTGCTTTTAAATTACAAAACAGGTAcact
gi|3 : gACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|3 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAACCA--TTGTCCAGCATTATACATCCCACCCTTAGTTATGTTACACATGCTGGAGTTCTTGTGTTACAGACATATTGACACAATGAGAGCACAAACAGCTCTTGATGATCTACAGGTCCTAGTTCACCATGATCAGGAGG-TGTATGTACCTCTAATAATAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATGGCATAAAATACAAAGTGCTACACTTATGAGAATACATGAACTCCAATAA--GGACTG----CTAGATTAC-----TCAAATGCAGTTAA----------------ATT--T---------TAAACTATTGAATGACgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagatggtttccttacagaaccattgtccagcattatacatcccacccttagttatgttacacatgctggagttcttgtgttacagacatattgacacaatgagagcacaaacagctcttgatgatctacaggtcctagttcaccatgatcaggaggtgtatgtacctctaataataagagacatatcatggcagatcctgggtatctgtcaacagatctcagggaacctccaggctgctctatactcctaccaacaatcactcagacaatatccatggcataaaatacaaagtgctacacttatgagaatacatgaactccaataaggactgctagattactcaaatgcagttaaattttaaactattgaatgac
gi|4 : ggtatctgagatcgagtttgatatagaaatgtttggggagatatatacaaataaagtgctaaatgcgtcagacctctacctcagtatgaggtacctacacacagtagaacagttgatagtctcacccctgacagagtgtcaagttgtcctgttacaggcacgtacggccttcgtccttcacagtgctgcttttaaattacaaaacaggtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaaaggtcaacttagcacagccatatgtggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATAGATGGTTTCTCCCAGTTTTACACCCCAAAGGTAAGTAAACAAATTTTATCAAACTCAATTTATGAACCTAATGAAATTCATTTAGCGTAGATAAAGAT-TACATCA-T-TTATC-TAAACTATC-----TGCTTATCATAACATGATAGTTGTATACAA-TATGATCTCTGTATT----ACTTTGTCAGTGAAA-AGGATATACA-CAGTTTATG-CAGAGTCTTGTGTTTG-GGAGCTGTGTCGTATAGTGGGTGAACCTCTAC-ACAGGTGCCAAATGCGGTAGAGCTAT---G-GGTAAGAC-TGGACGTAATGGTGAGGATGATGA--CAGGCATCCAATAA-GAAAACATCATGAAGCATGGAGTGGAAAGTCACAGA-AAGGGTTCAGAAT-AAGGGA---GGTTTGGAATGTGAT-TGCGATATGTT-GTTGTGACATCCAGGCCA-GTGATCGTGGACTTAGCTCTCAGACCC-GTTATATACAATGTCACACAGACAATAGCCCTGATTCTCTCTGTGCTCTTCTGAAAGTCCACCCGAATTTACTTTACTTCGAATACT-AC-CCAAGAGCAGACATCA-GA--GTTTAGATTCTTAGCATTTAAGTCACTATGGAATGGTGGACACTCCTTATATA
gi|5 : TTTGATAAAGAAATGTTCAGTGAGATATATGAAAAAAA-AGA-TCCAAGTG--CATCAGACCTC-TACCTCATTATGAGGTCCCTACACACAGTAGATCAGTTGACAGTCTCACCCCTGACACAGTATCAAGTTCTACTGTTACAGGGACTTACAGCCTCCATCCTTCACAGAGCTGCTTTTATATTACAAAACATGTACAGCAGCAACACCAATAAAAACAAGCTGGTGTATATTGCTGACAGAATGTCCTGTCACATGTTGAAACTCGCAGCCAAGTTTGGGTGTATTTCTGACAGGTTGTACATTGCAATGTATTATTACAAGACACTCAGATACACAGAAGCTTTGTCTGTGATA--GAGATGACAAAGGTCAACTTAGCACAGCCATATGTGATGCATAACTGGACAGTAGACACAGAGAGGTATACCGAGGCTGTAGGGGGACAGTCCTGGTCTACAAAGTTAAGACATGCTGTAGCATGGAATATCACATTAAAGAACAGAATAATTTACATCAATGAATTAAAGACAGAGCAGATGGTTTC----CTTA-CAGAATCATGGGGTT--ACATTGTTAATCCCACCCTTAGTTGTGTTACACATGCTGatc
gi|6 : -TATTTCCCATTTTGTCAGTGAAA-CAGGTATACAGCA---TATGTCAGAGTC-CGTGTTTGTGGGACTGTGTCGTATTCTGG--GGACCTC-ACAACAGGTGGC-AATGCGG-AGAG--AT---GTGGT-AGACATTACAGAGATGGTGAGTA--GTAAAGCAAGGA-CAAGTGACCAGGACATGAGGATG-AT-GAGTGG-AAGTCGCAGAGAAGGATTCAGAATGGAGGGATCTGATGTG------GAT-GGC-ATGTTTT-GGTTTAACGACCA-GCCA-GTGATATGGGACTTA--TCTCAAACTCAGTT-A-TACAATGT-ACACAGACAAT--CCCTGATTCTCTCTGT-CTCTTCTGAAAGTCCACCCGGATTTACTTTACTTCAATTACTGACACCAAGAGCAAGAAACA-GC--G-TTA---TCTCAGCATT--AGTCACAAT-GAATGGTGGA----GATTATATATCTAGCTATAAATACAGAGAGATCACGTGTTCTGCTGTATTCCCTAATTCTACAGTACATGGTCCTTGTGGCAGTGGAGC--TACGGGAGG--AGTAGAATATGACAGTG
gi|7 : TAAGAGACATATCATGGCAGATCCTGGGTATCTGTCAACAGATCTCAGGGAACCTCCAGGCTGCTCTATACTCCTACCAACAATCACTCAG-ACAATATCCATTAAATAAAATACACAGTGCTACACTAAGGCGAATACATGGACTTGGATAA--ATACAA----T-ACATTGTAAAATATGAAT--AGTTCATG----------T---ATTCAT---------TTAATTAATGAATAACTGCCAA
gi|8 : AGTTTGATATAGAAATGTTCAGTGAGATGTTTGGAAATAA-TACAGCAAAGTTATTACCAAACCTC-TACCTAATTATGAAGTACCTATACACAGTATTACAGTTGACAGTCTCACCCCca
gi|9 : AAGTACCTAAACACAATACAACAGTTAAAAGCCTCACCCCTGACACAGTCTCAAGTTCTGATGTTACAGGTACTTACAGCTTCCTTGCTTCACTGTGCTGTTTTTGTATT