lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 888888888 11 44444444444444444444444444 1111 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 1111 111111 33333333 22222 11 1111111 22222222222222222222222222222222222 1111 1 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 333333 444 22 2 33333333 1 99999999999999999999999999999999999999999 1 1 4
lowQualScore : 4 55 55 55 7 7 55 9 44 7 7777 6 9 0 111111111 1 5 0 66 22 11111111111111111111111111 2222 5 5 222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 2222 1 222222 3 00000000 00000 7 3 22 8888888 3 55555555555555555555555555555555555 6 8888 2 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 6 555555 555 4 2 77 0 55555555 4 3 4 6 6 22222222222222222222222222222222222222222 2 6 7 6 5 0
lowQualScore : . .. .. .. . . .. . .. . .... . . . ......... . . . .. .. .......................... .... . . ...... .................................................................................... ... .... . ...... . ........ ..... . . .. ....... . ................................... . .... . .. .................................................................. . . ...... ... . . .. . ........ . . . . . ......................................... . . . . . .
lowQualScore : 0 00 00 00 3 6 00 7 66 6 7777 5 1 8 000000000 9 0 1 99 00 88888888888888888888888888 1111 7 7 333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 999 1111 4 111111 4 00000000 00000 0 2 55 5555555 0 22222222222222222222222222222222222 0 0000 8 22 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 000000 555 0 5 55 0 55555555 0 0 0 0 0 55555555555555555555555555555555555555555 5 0 0 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A--A-GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAGN-ATGG-----N----TAACAT----------GA----CATA-TAATG-AT-A----TAATAAC-----GGANANACNNNTNANNNNNNGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATAACT-A--CA-AAT-AA-----------NAAT---ATA----TAATATTA---AATAAATAAT----ACAAGAT-----TAGTATTGGAATTTTGGC--ANGTTTTNATGAA-----ATAGT----TGCAT---N--T-GA------AAAATGACATGTTTCGAGTATATNATTTT-GAAACGT-AAGACTAGGAT--AAAAT-GCTAGGTACCAAC------ATTTAATTTTAAAAATATGTATTAACAAAACTGGACATGGCGTCATTAGCGNCTTCACNTGCCTTGCTGGCTAANAGCNACTTTACACGCTGTTTTTAATNAAAACNTNGCTTTGCCGACAGCTGTTATGATATTGCATAAGTTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATGACAGGCAAAGCATTCNAATCTTTGATGGCATTGCAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
Reference ( gi|2 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATCATA--AGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAGT-ATGG-----T----TGACAA----------GA----CATA-TAATG-AT-A----TAATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-A--CA-AAT--------------TAAT---ATA----TAATATCA---AATAAATAAT----GTGAGAT-----TAGTATTGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGT----T-CA----G----GA------AAAATGACATATTTCGAGCATATGATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTTAATAATA-------A-AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTCCATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC--TACA-ACT---TTT--TTAAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTC---------------TAA-AGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT-GTA--AACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAGA-ATGG-----T----TAACAT----------GA----CATA-TAATG-AT-A----CAGTAAC-----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-A--CA-AATAAA-----------TAATCAAATA----TAATAT------ATAAATA
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATCATA--AACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAA-CTA-------GGCGCTATGCAA-TATAATA-A-T--AAAGTAATGGTTAGTT----TAACAT----------GA----CATA-TAATGAAT-C----TTATAACCTATAGGATACACCCATAAGAAGCTGAATCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAA--CA-AATAAATATCAAATAG-TAAT---ATA----TAATATTAAATAATAAATAATAATAGCGAGAC-----TAGCA-TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGT----TGCA----T----AATGCATTGAAATGACATGTTTCAAGCATATAATTTTAAAAACGTCAAGACTAGGATTTAA
gi|5 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCATTTACAATA-ATT--AAAGT-ATGA-----T----TAACAT----------GA----CATA-TAATG-AT-A----TAATAAC-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-A--CA-AATGAATAATCAGTTAGTAAT---ATA----TAATATTA---AATAt
gi|8 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATCA-----GTT-------GATCACAAACTGAAACTTGAGATAATCTAT------AGCACTATGCAATTATAACA-------------TGG-----A----TAACAT----------GA----CATA-TAATG-AT-A----TAATAAT-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-A--CA-AAT--------------AAAT---A----------ATCA---AAT-GATAAT----AT-ATAT-----TA
gi|7 : tTTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCT------ATGGCACTATGCAATTATAATG-ATT--AAAGA-ATGG-----A----TAACAT----------GA----CATA-TAATG-ATAA----TANNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTACACATAAA-T-AATCA-AATTA------------TAAT---ATA----TAATATCA---AATAAtaatc
gi|15 : ttTTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATTATA--AATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|10 : aTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATCATG--AAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATCTGTAACAAT
gi|12 : TCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATCATA--AATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCT---ATAA---CAC-GTGCAGTGATAGTcaaagaatggataacatgacatttatataaatctaaggattacccataaattaaagctgaaattatagcttttttc
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCAAA-AAT--GT-A-GATCATA--A-TTT----AAAATCACAAA-TGAAACT-GAC-TAATCT--CA-----GCACTA-GCAG----AATACATTCTAAAGA-ATGA-----TAACATGACAATCTGTTAAAGAA----AATACTAAGG-AT-AACATCAAAGAG-----TGAAAAATAGCTTATTTCAAGGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATT-A--AATAAT--------------AAAT---ATACATGTAA-ATTA---AATTAATAA-----ACAAAATACATGTAG-ATTGGA----T--------TTTTTATGAA-----ATGGT----TGCATGATGCATTGA------AAAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGT-ATATTGT-AAAAC--GGA-AGAAAAT----AAGTACCAAC--------------------------------AAAACTGGACATGGTGTCATTAGCACCTTC--TTGCCTTGCTGACTAAAAACTAC--TATACACTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAA-AGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCTcacatggatagcatctcgtgacatacaagga
gi|16 : attataccTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATCATA--Atgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ttttATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATCATG--AATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGA--TAT-ATAA---CCCTATGCAATT---ATA-ATT--AAAGA-ATAG-----A----T----A----------GAGTGTCGTA-TAATG-AT-A----TAATAAC-----
gi|14 : tTCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCT------ATGGGACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAGT-ATGG-----G----TAACAataaggataaccc
gi|4 : -A--CG-AAT--------------AAATGC-ATG----TACTATTA---------TAAT----ACAAGAT-----TAGTATCGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCAT-AA----AATT-GG------AAAATGGCATGTTTCGG--ATATGAATT--GAAACG-------TAGG----------GCTAGG-------------ATTTAATTTTAAAAATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCACGTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTTTACA-GCT---TTT--TAAAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTC---------------TGACAGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAtg
gi|13 : aacaattaTAAATAAT----GCAAGAC-----TATTATTGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGT----TACAT---T----GA------AAAATGACATGTTTC--ATATAT-ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGGAT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333 111111 1111111111 33333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333 1111 111 1111 11 22222 666666666 111 11 888888888888888888888888888888888888888888888888 33 11 11 55555 4444 77777777777777777777777777777777777777777 2
lowQualScore : 3 44 44 44 6 44 1 44 7777 4 888888888 2 3 2 55 44 000000 99999 777 55 4 4 4444444444 00000000000000000000000000000000000000000 1 22 1 55555555 2 2 1 4444444444444444444444444444444444444444 5 0000 5 000 0 7777 0 88 66 11 1 1 00000 4 3 000000000 444 7777 8 88 8 3 11 888888888888888888888888888888888888888888888888 00 555 33 1 1 0 1 55 66666 0000 1 1 3 0 33333333333333333333333333333333333333333 0 1 0 0 4 3 0
lowQualScore : . .. .. .. . .. . .. .... . ......... . . . .. .. ...... ..... ... .. . . .......... ......................................... . .. . ........ . . . ........................................ . .... . ... . .... . .. .. .. . . ..... . . ......... ... .... . .. . . .. ................................................ .. ... .. . . . . .. ..... .... . . . . ......................................... . . . . . . .
lowQualScore : 6 66 66 66 7 66 0 22 1111 2 777777777 1 6 1 00 66 111111 11111 000 55 0 4 3333333333 88888888888888888888888888888888888888888 0 00 0 77777777 1 5 4 9999999999999999999999999999999999999999 0 6666 0 000 8 0000 8 88 44 00 0 0 00000 4 2 444444444 000 0000 8 88 0 8 00 000000000000000000000000000000000000000000000000 77 333 77 0 0 7 0 00 00000 0000 0 0 7 7 33333333333333333333333333333333333333333 7 0 7 7 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATC--ATAAACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCT---ATA--GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATA------A---TAAC-----G---------GATANACCCATAANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCAT-AA-----TGAA---AAATGACATGTTTCGAGCATATGATTTT-AAAACGT-AAGACTAGG--ATAAAA-----AAGTA-C-----------TTAATTTTAA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-CTTGCCTTGCTGGCTAAAAACGACT-TACA-GCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTAA------------TGA-AGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
Reference ( family-3175 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATC--ATAAACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCT---ATAA-GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATA------A---TAAC-----G---------GANANACNNNTNANNNNNNGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATAACTA------------CAAA------------T-AANAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CAAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTNATGAA-----ATAGTTGCAT-N------TGAA---AAATGACATGTTTCGAGTATATNATTTT-GAAACGT-AAGACTAGG--ATAAAAT-GCTAGGTACCAAC------ATTTAATTTTAAAAATATGTATTAACAAAACTGGACATGGCGTCATTAGCGNCTTCACNTGCCTTGCTGGCTAANAGCNACTTTACACGCTGTTTTTAATNAAAACNTNGCTTTGCCGACAGCTGTTATGATATTGCATAAGTTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATGACAGGCAAAGCATTCNAATCTTTGATGGCATTGCAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCA-AAAAT--GT-A-GATC--ATAA-TTT----AAAATCACAAA-TGAAACT-GAC-TAATCT----CA---GCACTA-GCAG----AATACATTCTAAAG-AATG------ATAACA-----TGACAATCTGTTAAAGA-AA-ATACTAAGGA---TAAC-----ATCAAAGAGTGAAAAATAGCTTATTTCAAGGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATTA--------------AA------------T-AATAAAT---AT-ACATGTAA-AT-TA---AATTAATAA-A----CAAAAT--ACATGTAGA---TTGG---AT-TTTTTATGAA-----ATGGTTGCAT-GATGCATTGAA---AAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGT-ATATTGT-AAAAC-GGA--AGAAAA----TAAGTACC--------------------------------AACAAAACTGGACATGGTGTCATTAGCACCTT--CTTGCCTTGCTGACTAAAAACTACTATACA--CTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAA-AGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|10 : attataccTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATC--ATGAAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATC----------------------TGTAACA-ATC--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---T------TT-AT-ATA------AATCTAA------G---------GAT-TACCCATAAATTAAAGtgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATC--ATGAATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGATAT---ATAA---CCCTATGCAATT---ATA-ATT--AAAG-AATAG-----ATAGAG-----TGTCG---TAT--AATG-AT-ATA------A---TAAC-----ctgaaattatagcttttttc
gi|12 : tTCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATC--ATAAATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCT---ATAA---CAC-GTGCAGTGATAGTC-A---------CATGG-----ATAGCATCTCGTGACA---TAC--AAGG-Aataaggataaccc
gi|13 : TAAATAATG----CAAGACTATTAT-TGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGTTACAT--------TGAA---AAATGACATGTTTC--ATATAT-ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGG--AT
gi|14 : gTC--ATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCT---AT---GGGACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----GTAACA-----TGttgtttttgcgattgtatttcaaac
gi|15 : TTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATT--ATAAATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|16 : aTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATC--ATAA
gi|2 : ttttCATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATC--ATAAGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----TTGACA-----AGACA---TAT--AATG-AT-ATA------A---TAAC-----N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------T---TAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAAATAATG----TGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGTT-CA---------GGAA---AAATGACATATTTCGAGCATATGATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTTAATAATA---A-----AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTCCATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC--TACA-ACT-TTTTT----AAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTCTAA----------------AGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATC--ATAAACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAA-CT------A-GGCGCTATGCAA-TATAATA-A-T--AAAGTAATGGTTAGTTTAACA-----TGACA---TAT--AATGAAT-CTT------A---TAACCTATAG---------GATACACCCATAAGAAGCTGAATCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAACAAATAAATATCAAA------------T-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TAAATAATAAATAATAATAGCGAGACTAGCA--TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGTTGCATAA------TGCATTGAAATGACATGTTTCAAGCATATAATTTTAAAAACGTCAAGACTAGG--AT
gi|4 : ACAATTA--A------------CGAA------------T-AAATG-C---AT-G----TACTAT-TA---------TAATA----CAAGATTAGTAT-CGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCAT-AAAAT--TGGA---AAATGGCATGTTTCGG--ATATGAATT--GAAACGT-AGGGCTAGG--AT---------------------------TTAATTTTAAAAATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCACGTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTTTACA-GC--TTTTTA---AAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTC---------------TGACAGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAttaat
gi|5 : aATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCT---AT---GGCACTATGCATTTACAATA-ATT--AAAG-TATGA-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATA------A---TAAC-----N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAATGAATAATCAGTT-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATA
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT---GTAAACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCT---AT---GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-AATGG-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ACA------G---TAAC-----G---------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAAT-A----TAATATATA---AATA
gi|7 : TTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATC--ATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCT---AT---GGCACTATGCAATTATAATG-ATT--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATAATA------N---NNNN-----N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTACAC-ATAAATAAT----------CAAA------------T-TATAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAA
gi|8 : ttATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATC--AG----TT----GA--TCACAAACTGAAACTTGAGATAATCT---ATA---GCACTATGCAATTATAA-------------CATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATA------A---TAAT-----N---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAATGA----TAATAT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222222222222222222 1111 111 1111 11 22222 3333333 111 33333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 111 333 2222 3333 000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 3 44 44 44 6 44 1 44 7777 4 2 5555555 2 3 777 44 000000 99999 777 55 4 4 777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88888888888888888888888 5 5 0000 5 000 0 7777 0 88 66 11 1 0 00000 1 3 0 8888888 444 6666 44444444 0 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444 666 444 2222 0000 3 999999999999999999999999999999999999999 1 1 5
lowQualScore : . .. .. .. . .. . .. .... . . ....... . . ... .. ...... ..... ... .. . . ... ............................................................................................ ....................... . . .... . ... . .... . .. .. .. . . ..... . . . ....... ... .... ........ . . . .................................................... ..... ... ... .... .... . ....................................... . . .
lowQualScore : 6 66 66 66 7 66 0 22 1111 2 2 2222222 1 6 111 66 111111 11111 000 55 0 4 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444444 0 0 6666 0 000 8 0000 8 88 44 00 0 6 00000 0 2 8 4444444 000 6666 22222222 8 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000 777 000 7777 7777 7 777777777777777777777777777777777777777 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-AT--TAAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGAT-ACACC-----------CAT---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAAT---AT-ATA-AT----AT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA-----TGAA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCT------------AAC-AAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
Reference ( family-3175 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-AT--TAAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGAT-ANACC-----------CAT---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAAT---AT-ATA-AT----AT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA-----TGAA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AAA------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCT------------AATGAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCA-AAAAT--GT-A-GATCATA--A-TTT----AAAATCACAAA-TGAAAC-TGAC-TAATCT-C-A-----GCACTA-GCAG----AATACATTCTAAAG-AAT-G-----ATAACA-----TGACAATCTGTTAAAGA-AA-ATAC---TAA------GGATAACATCAAAGAGTGAAAAAT---AGCTTATTTCAAGGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATT--------------AAA------------T-AATAA----AT-ATACATGTAAAT-TA---AATTAATAA-A----CAAAAT--ACATGTAGA---TTGG---AT-TTTTTATGAA-----ATGGTTGCATGATGCATTGAA---AAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGTATATTGT-AAAACGG-AAGA-------A-AAT------AAGT------------ACC---------------------AACAAAACTGGACATGGTGTCATTAGC-ACCTT-C-TTGCCTTGCTGACTAAAAACTAC-TATACA-CTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAAAGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|10 : attataccTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATCATG--AAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATC----------------------TGTAACA-AT--CAAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---T------TT-AT-ATAAATCTAA------GGAT--TACC-----------CAT---A----AATTAAAGtgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATCATG--AATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGATATAT-A-----ACCCTATGCAATT---ATA-AT--TAAAG-AATAG-----ATAGAG-----TGTCG---TAT--AATG-AT-ATAA---TAACATAA-GGAT-A-ACC-----------Cctgaaattatagcttttttc
gi|12 : tTCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATCATA--AATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCTAT-A-----ACAC-GTGCAGTGATAGTC-A---------CATGG-----ATAGCATCTCGTGACA---TAC--AAGG-A
gi|13 : TAAATAATG----CAAGACTATTAT-TGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGTTACAT-------TGAA---AAATGACATGTTTC--ATATAT--------ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGGAT
gi|14 : gTCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT-G----GG-ACTATGCAATTATAATA-AT--TAAAG-TATGG-----GTAACA-----TGttgtttttgcgattgtatttcaaac
gi|15 : TTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATTATA--AATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|16 : aTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATCATA--A
gi|2 : ttttCATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATCATA--AGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-AT--TAAAG-TATGG-----TTGACA-----AGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNN-NNNNN-----------NNN---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------T---TAAT---AT-ATA-AT----AT-CA---AATAAATAATG----TGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGTT-C---A-----GGAA---AAATGACATATTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTT-AATAATA---A-----AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTC-CATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC---TACAACT-TTTTT----AAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTCT------------A---AAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATCATA--AACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAAC---T-A----GGCGCTATGCAA-TATAATA-A---TAAAGTAATGGTTAGTTTAACA-----TGACA---TAT--AATGAAT-CTTA---TAACCTATAGGAT-ACACC-----------CATAAGA----AGCTGAA---TCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAACAAATAAATATCAAA------------T-AGTAAT---AT-ATA-AT----AT-TAAATAATAAATAATAATAGCGAGACTAGCA--TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGTTGCATAA-----TGCATTGAAATGACATGTTTCAAGCATAT----A---ATTTTAAAAACGTCAAGACTAGGAT
gi|4 : ACAATTA--A------------CGAA------------T-AA--ATGC-AT-GTA-CT----AT-TA---------TAATA----CAAGATTAGTAT-CGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCATAAAAT--TGGA---AAATGGCATGTTTCGG--ATAT----G---A-ATT-GAAACGT-AGGGCTAGGAT-----------------------------TTAATTTTAAA-AATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCAC-GTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTT-TACAGC--TTTTTA---AAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTCT------------GAC--AGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAttaat
gi|5 : aATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCATTTACAATA-AT--TAAAG-TATGA-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNN-NNNNN-----------NNN---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAATGAATAATCAGTT-AGTAAT---AT-ATA-AT----AT-TA---AATA
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT-GTA--AACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATA-AT--TAAAG-AATGG-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ACAG---TAAC-----GTNN-NNNNN-----------NNN---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAATCAAAT-ATA-AT----ATATA---AATA
gi|7 : TTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATG-AT--TAAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATAATAN---NNNN-----NNNN-NNNNN-----------NNN---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTACAC-ATAAATAAT----------CAAA------------T-TATAAT---AT-ATA-AT----AT-CA---AATAA
gi|8 : ttATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATCAG------TT----GA--TCACAAACTGAAACTTGAGATAATCTAT-A----G-CACTATGCAATTATAA-------------CATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAT-----NNNN-NNNNN-----------NNN---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAATCAAATGATA-AT----AT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 111111 44444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 1111 111 1111 11 22222 22222222222222222 33333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 111 333 2222 3333 0000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 3 44 44 44 6 44 1 44 7777 4 44444444 2 3 2 55 44 000000 99999 777 55 4 4 777 44444444444444444444444444444444444444 1 1 9999999 1 22 1 55555555 2 1 1 3333333333333333333333333333333333333333 5 0000 5 000 0 7777 0 88 66 11 1 0 00000 1 3 0 88888888888888888 6666 44444444 0 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444 666 444 2222 0000 3 4444444444444444444444444444444444444444 1 1 5
lowQualScore : . .. .. .. . .. . .. .... . ........ . . . .. .. ...... ..... ... .. . . ... ...................................... . . ....... . .. . ........ . . . ........................................ . .... . ... . .... . .. .. .. . . ..... . . . ................. .... ........ . . . .................................................... ..... ... ... .... .... . ........................................ . . .
lowQualScore : 6 66 66 66 7 66 0 22 1111 2 99999999 1 6 1 00 66 111111 11111 000 55 0 4 888 55555555555555555555555555555555555555 0 0 1111111 0 00 0 77777777 1 0 4 9999999999999999999999999999999999999999 0 6666 0 000 8 0000 8 88 44 00 0 6 00000 0 2 8 00000000000000000 6666 22222222 8 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 777 000 7777 7777 7 3333333333333333333333333333333333333333 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTAA--------------AAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
Reference ( family-3175 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTAA-------------CAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCA-AAAAT--GT-A-GATCATA--A-TTT----AAAATCACAAA-TGAAACT-GAC-TAATCT-C-A----G-CACTA-GCAG----AATACATTCTAAAG-AATG------ATAACA-----TGACAATCTGTTAAAGA-AA-ATAC---TAA------GGATAACATCAAAGAGTGAAAAAT---AGCTTATTTCAAGGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATTA--------------AA------------T-AATAAAT---AT-ACATGTAA-AT-TA---AATTAATAA-A----CAAAAT--ACATGTAGA---TTGG---AT-TTTTTATGAA-----ATGGTTGCATGA---TGCATTGAA---AAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGTATATTGT-AAAACGG-AAGA-------A-AAT------AAGT------------ACC---------------------AACAAAACTGGACATGGTGTCATTAGC-ACCTT-C-TTGCCTTGCTGACTAAAAACTAC-TATACA-CTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAAAGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|10 : attataccTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATCATG--AAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATC----------------------TGTAACA-ATC--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---T------TT-AT-ATAAATCTAA------GGAT--TACCCA-----------T---A----AATTAAAGtgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATCATG--AATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGATATAT-A-----ACCCTATGCAATT---ATA-ATT--AAAG-AATAG-----ATAGAG-----TGTCG---TAT--AATG-AT-ATAA---TAACATAA-GGATA--ACCCctgaaattatagcttttttc
gi|12 : tTCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATCATA--AATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCTAT-A-----ACAC-GTGCAGTGATAGTC-A---------CATGG-----ATAGCATCTCGTGACA---TAC--AAGG-A
gi|13 : TAAATAATG----CAAGACTATTAT-TGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGTTACAT-----TG-----AA---AAATGACATGTTTC--ATATAT--------ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGGAT
gi|14 : gTCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT-G----GG-ACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----GTAACA-----TGttgtttttgcgattgtatttcaaac
gi|15 : TTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATTATA--AATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|16 : aTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATCATA--A
gi|2 : ttttCATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATCATA--AGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----TTGACA-----AGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------T---TAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAAATAATG----TGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGTT-C---A---GG-----AA---AAATGACATATTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTT-AATAATA---A-----AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTC-CATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC---TACAACT-TTTTT----AAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTCTA---------------AAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATCATA--AACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAAC---T-A----GGCGCTATGCAA-TATAATA-A-T--AAAGTAATGGTTAGTTTAACA-----TGACA---TAT--AATGAAT-CTTA---TAACCTATAGGATA-CACCCA-----------TAAGA----AGCTGAA---TCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAACAAATAAATATCAAA------------T-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TAAATAATAAATAATAATAGCGAGACTAGCA--TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGTTGCATAA---TG-----CATTGAAATGACATGTTTCAAGCATAT----A---ATTTTAAAAACGTCAAGACTAGGAT
gi|4 : ACAATTA--A------------CGAA------------T-AA--A-TGC-AT-G----TACTAT-TA---------TAATA----CAAGATTAGTAT-CGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCATAAAATTG-----GA---AAATGGCATGTTTCGG--ATAT----G---A-ATT-GAAACGT-AGGGCTAGGAT-----------------------------TTAATTTTAAA-AATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCAC-GTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTT-TACAGC--TTTTTA---AAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTCTGA-------------C-AGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAttaat
gi|5 : aATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCATTTACAATA-ATT--AAAG-TATGA-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAATGAATAATCAGTT-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATA
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT-GTA--AACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-AATGG-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ACAG---TAAC-----GTNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAAT-A----TAATATATA---AATA
gi|7 : TTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATG-ATT--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATAATAN---NNNN-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTACAC-ATAAATAAT----------CAAA------------T-TATAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAA
gi|8 : ttATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATCAG------TT----GA--TCACAAACTGAAACTTGAGATAATCTAT-A----G-CACTATGCAATTATAA-------------CATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAT-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAATGA----TAATAT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 111111 44444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 1111 111 1111 11 22222 22222222222222222 33333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 111 333 2222 3333 00000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 3 44 44 44 6 44 1 44 7777 4 44444444 2 3 2 55 44 000000 99999 777 55 4 4 777 44444444444444444444444444444444444444 1 1 9999999 1 22 1 55555555 2 1 1 3333333333333333333333333333333333333333 5 0000 5 000 0 7777 0 88 66 11 1 0 00000 1 3 0 88888888888888888 6666 44444444 0 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444 666 444 2222 0000 3 44444444444444444444444444444444444444 1 1 5
lowQualScore : . .. .. .. . .. . .. .... . ........ . . . .. .. ...... ..... ... .. . . ... ...................................... . . ....... . .. . ........ . . . ........................................ . .... . ... . .... . .. .. .. . . ..... . . . ................. .... ........ . . . .................................................... ..... ... ... .... .... . ...................................... . . .
lowQualScore : 6 66 66 66 7 66 0 22 1111 2 99999999 1 6 1 00 66 111111 11111 000 55 0 4 888 55555555555555555555555555555555555555 0 0 1111111 0 00 0 77777777 1 0 4 9999999999999999999999999999999999999999 0 6666 0 000 8 0000 8 88 44 00 0 6 00000 0 2 8 00000000000000000 6666 22222222 8 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 777 000 7777 7777 7 33333333333333333333333333333333333333 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
Reference ( family-3175 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTA--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCA-AAAAT--GT-A-GATCATA--A-TTT----AAAATCACAAA-TGAAACT-GAC-TAATCT-C-A----G-CACTA-GCAG----AATACATTCTAAAG-AATG------ATAACA-----TGACAATCTGTTAAAGA-AA-ATAC---TAA------GGATAACATCAAAGAGTGAAAAAT---AGCTTATTTCAAGGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATTA--------------AA------------T-AATAAAT---AT-ACATGTAA-AT-TA---AATTAATAA-A----CAAAAT--ACATGTAGA---TTGG---AT-TTTTTATGAA-----ATGGTTGCATGA---TGCATTGAA---AAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGTATATTGT-AAAACGG-AAGA-------A-AAT------AAGT------------ACC---------------------AACAAAACTGGACATGGTGTCATTAGC-ACCTT-C-TTGCCTTGCTGACTAAAAACTAC-TATACA-CTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAAAGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|10 : attataccTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATCATG--AAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATC----------------------TGTAACA-ATC--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---T------TT-AT-ATAAATCTAA------GGAT--TACCCA-----------T---A----AATTAAAGtgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATCATG--AATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGATATAT-A-----ACCCTATGCAATT---ATA-ATT--AAAG-AATAG-----ATAGAG-----TGTCG---TAT--AATG-AT-ATAA---TAACATAA-GGATA--ACCCctgaaattatagcttttttc
gi|12 : tTCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATCATA--AATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCTAT-A-----ACAC-GTGCAGTGATAGTC-A---------CATGG-----ATAGCATCTCGTGACA---TAC--AAGG-A
gi|13 : TAAATAATG----CAAGACTATTAT-TGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGTTACAT-----TG-----AA---AAATGACATGTTTC--ATATAT--------ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGGAT
gi|14 : gTCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT-G----GG-ACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----GTAACA-----TGttgtttttgcgattgtatttcaaac
gi|15 : TTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATTATA--AATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|16 : aTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATCATA--A
gi|2 : ttttCATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATCATA--AGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----TTGACA-----AGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------T---TAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAAATAATG----TGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGTT-C---A---GG-----AA---AAATGACATATTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTT-AATAATA---A-----AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTC-CATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC---TACAACT-TTTTT----AAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTCT---------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATCATA--AACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAAC---T-A----GGCGCTATGCAA-TATAATA-A-T--AAAGTAATGGTTAGTTTAACA-----TGACA---TAT--AATGAAT-CTTA---TAACCTATAGGATA-CACCCA-----------TAAGA----AGCTGAA---TCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAACAAATAAATATCAAA------------T-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TAAATAATAAATAATAATAGCGAGACTAGCA--TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGTTGCATAA---TG-----CATTGAAATGACATGTTTCAAGCATAT----A---ATTTTAAAAACGTCAAGACTAGGAT
gi|4 : ACAATTA--A------------CGAA------------T-AA--A-TGC-AT-G----TACTAT-TA---------TAATA----CAAGATTAGTAT-CGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCATAAAATTG-----GA---AAATGGCATGTTTCGG--ATAT----G---A-ATT-GAAACGT-AGGGCTAGGAT-----------------------------TTAATTTTAAA-AATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCAC-GTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTT-TACAGC--TTTTTA---AAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTCTG--------------ACAGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAttaat
gi|5 : aATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCATTTACAATA-ATT--AAAG-TATGA-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAATGAATAATCAGTT-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATA
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT-GTA--AACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-AATGG-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ACAG---TAAC-----GTNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAAT-A----TAATATATA---AATA
gi|7 : TTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATG-ATT--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATAATAN---NNNN-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTACAC-ATAAATAAT----------CAAA------------T-TATAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAA
gi|8 : ttATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATCAG------TT----GA--TCACAAACTGAAACTTGAGATAATCTAT-A----G-CACTATGCAATTATAA-------------CATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAT-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAATGA----TAATAT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 111111 44444444444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333 1111 111 1111 11 22222 22222222222222222 33333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 111 333 2222 3333 00000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 3 44 44 44 6 44 1 44 7777 4 44444444 2 3 2 55 44 000000 99999 777 55 4 4 777 44444444444444444444444444444444444444 1 1 9999999 1 22 1 55555555 2 1 1 3333333333333333333333333333333333333333 5 0000 5 000 0 7777 0 88 66 11 1 0 00000 1 3 0 88888888888888888 6666 44444444 0 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444 666 444 2222 0000 3 44444444444444444444444444444444444444 1 1 5
lowQualScore : . .. .. .. . .. . .. .... . ........ . . . .. .. ...... ..... ... .. . . ... ...................................... . . ....... . .. . ........ . . . ........................................ . .... . ... . .... . .. .. .. . . ..... . . . ................. .... ........ . . . .................................................... ..... ... ... .... .... . ...................................... . . .
lowQualScore : 6 66 66 66 7 66 0 22 1111 2 99999999 1 6 1 00 66 111111 11111 000 55 0 4 888 55555555555555555555555555555555555555 0 0 1111111 0 00 0 77777777 1 0 4 9999999999999999999999999999999999999999 0 6666 0 000 8 0000 8 88 44 00 0 6 00000 0 2 8 00000000000000000 6666 22222222 8 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 777 000 7777 7777 7 00000000000000000000000000000000000000 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
Reference ( family-3175 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCA-AAAAT--GT-A-GATCATA--A-TTT----AAAATCACAAA-TGAAACT-GAC-TAATCT-C-A----G-CACTA-GCAG----AATACATTCTAAAG-AATG------ATAACA-----TGACAATCTGTTAAAGA-AA-ATAC---TAA------GGATAACATCAAAGAGTGAAAAAT---AGCTTATTTCAAGGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATTA--------------AA------------T-AATAAAT---AT-ACATGTAA-AT-TA---AATTAATAA-A----CAAAAT--ACATGTAGA---TTGG---AT-TTTTTATGAA-----ATGGTTGCATGA---TGCATTGAA---AAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGTATATTGT-AAAACGG-AAGA-------A-AAT------AAGT------------ACC---------------------AACAAAACTGGACATGGTGTCATTAGC-ACCTT-C-TTGCCTTGCTGACTAAAAACTAC-TATACA-CTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAAAGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|10 : attataccTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATCATG--AAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATC----------------------TGTAACA-ATC--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---T------TT-AT-ATAAATCTAA------GGAT--TACCCA-----------T---A----AATTAAAGtgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATCATG--AATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGATATAT-A-----ACCCTATGCAATT---ATA-ATT--AAAG-AATAG-----ATAGAG-----TGTCG---TAT--AATG-AT-ATAA---TAACATAA-GGATA--ACCCctgaaattatagcttttttc
gi|12 : tTCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATCATA--AATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCTAT-A-----ACAC-GTGCAGTGATAGTC-A---------CATGG-----ATAGCATCTCGTGACA---TAC--AAGG-A
gi|13 : TAAATAATG----CAAGACTATTAT-TGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGTTACAT-----TG-----AA---AAATGACATGTTTC--ATATAT--------ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGGAT
gi|14 : gTCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT-G----GG-ACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----GTAACA-----TGttgtttttgcgattgtatttcaaac
gi|15 : TTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATTATA--AATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|16 : aTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATCATA--A
gi|2 : ttttCATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATCATA--AGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----TTGACA-----AGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------T---TAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAAATAATG----TGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGTT-C---A---GG-----AA---AAATGACATATTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTT-AATAATA---A-----AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTC-CATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC---TACAACT-TTTTT----AAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTCT---------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATCATA--AACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAAC---T-A----GGCGCTATGCAA-TATAATA-A-T--AAAGTAATGGTTAGTTTAACA-----TGACA---TAT--AATGAAT-CTTA---TAACCTATAGGATA-CACCCA-----------TAAGA----AGCTGAA---TCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAACAAATAAATATCAAA------------T-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TAAATAATAAATAATAATAGCGAGACTAGCA--TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGTTGCATAA---TG-----CATTGAAATGACATGTTTCAAGCATAT----A---ATTTTAAAAACGTCAAGACTAGGAT
gi|4 : ACAATTA--A------------CGAA------------T-AA--A-TGC-AT-G----TACTAT-TA---------TAATA----CAAGATTAGTAT-CGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCATAAAATTG-----GA---AAATGGCATGTTTCGG--ATAT----G---A-ATT-GAAACGT-AGGGCTAGGAT-----------------------------TTAATTTTAAA-AATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCAC-GTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTT-TACAGC--TTTTTA---AAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTCTG--------------ACAGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAttaat
gi|5 : aATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCATTTACAATA-ATT--AAAG-TATGA-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAATGAATAATCAGTT-AGTAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATA
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT-GTA--AACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-AATGG-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ACAG---TAAC-----GTNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAAT-A----TAATATATA---AATA
gi|7 : TTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATG-ATT--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATAATAN---NNNN-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTACAC-ATAAATAAT----------CAAA------------T-TATAA-T---AT-A----TAATAT-CA---AATAA
gi|8 : ttATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATCAG------TT----GA--TCACAAACTGAAACTTGAGATAATCTAT-A----G-CACTATGCAATTATAA-------------CATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAT-----NNNNN-NNNNNN-----------N---N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTA------------CAAA------------TAAATAA-TCAAATGA----TAATAT-
blockSeqs : T . TT . T AG C TA TTAA T CATAATGG T . T . TA TTAGTT TCTCG . . A A ATC CCTATAGGATACACCCATAAGA A A NNNNNNN N NN N NNNNNNNN N N C ACAAATAAATATCAAATAGTAAT G . A AAT ATAG T AT CA T TACGT A A AATGCATTG GAGC G A C ATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTTAATAATAA GAA CA TT ACT A A ATGATATTGCATAAGTTGTTTCTG A G G
blockSeqs : . . . . T . C . . C GGG T . T . A A . . . . . . CNNNNNNNNNNNNN N N NNNNNNN T AT T AATGGGGT A T C CAAATGAATAATCAGTTAGTAAT . . . . . T AT . G . T G AAAATTGGA AAGC A . . TTAATTTTAAAAATATGTATTA GTG AC . GC . C TTGTCTCT
blockSeqs : . . . . . . A . . T AGG T . T . A A . . . . . . CNNNNNNNNNNNNN G G NNNNNNN N NN N NNNNNNNN A T C CAAATAAATAATCAA . . . . . T AT . G . T G AGGAA AT G . .
blockSeqs : . . . . . . A . . A AA T . T . C A . . . . . . CGTNNNNNNNNNNN N N NNNNNNN N NN N NNNNNNNN N N C CAAATAAATAATCAA . . . . . . A . A . A . TGAA GG . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . T AA T . T . T G . . . . . . NNNNNNNNNNNNNN N N NNNNNNN N NN N NNNNCCTA N N A ATCAAATTATAAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . A GG T . T . T T . . . . . . TNNNNNNNNNNNNN N N TCAG N NN N NNNNNNNN N A C CGAATAAATGC . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . A GG T . T . T T . . . . . . GGATTACCCATA N N . N . CAAATTAAT . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . A GG T . . . A T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . C AG . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . A . . . . . C A .
blockSeqs : . . . . . C . . C
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** ** ** *** ** CGTNNNNNNNNNNN************************ CAAATAAATAATCAA************************* **** T* AT AGATGA*********** G*******
originalCons : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAAC-----GGATA-CACCCA-----------T---A----ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTA------------CAAA------------T-AATAA-T---AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAA---TG-----AA---AAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
finalCons : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-AT-ATAA---TAACGTNNNNNNNNNNN------------------------ANTTNAAGGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACTACAAATAAATAATCAA-------------------------AT-A----TAATAT-TA---AATAAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCATAGATGA-----------AAATGACATGTTTCGAGCATATG-------ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 111111 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444444 1 11111 1111 11 22222 777777777777777 33333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 111 333 2222 3333 00000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 3 44 44 44 6 44 1 44 7777 4 44444444 2 3 2 55 44 000000 99999 777 55 4 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 5 5 3 111111111 5 5 0 33333 5 0 7777 0 88 66 11 1 0 00000 1 3 333333333333333 6666 44444444 0 8 8 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444 666 444 2222 0000 3 44444444444444444444444444444444444444 1 1 5
lowQualScore : . .. .. .. . .. . .. .... . ........ . . . .. .. ...... ..... ... .. . ...... ............................................................. . . . . ......... . . . ..... . . .... . .. .. .. . . ..... . . ............... .... ........ . . . .................................................... ..... ... ... .... .... . ...................................... . . .
lowQualScore : 6 66 66 66 7 66 0 22 1111 2 99999999 1 6 1 00 66 111111 11111 000 55 0 888888 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 0 0 2 222222222 0 0 0 77777 0 8 0000 8 88 44 00 0 6 00000 0 2 666666666666666 6666 22222222 8 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 00000 777 000 7777 7777 7 00000000000000000000000000000000000000 0 0 0
consensus : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATATA------ATAAC--ATNGGANANNNNNAN---------NNNAA---GGGNNNGCTNANNTNCNNCGNGGNCACAATTACT-ACA-AATAAATAATCAA--------A-T-ATAATAT-TA---A-AT-AAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCAT-AGAT--GCATT--AAAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
Reference ( family-3175 ) : CATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAANTGAAACTTGACATAATCTAT-A----GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-NATGG-----NTAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATATA------ATAAC--GTNNNNNNNNNNNAN---------TTNAA---GGGNNNGCTNANNTNCNNCGNNNACACAATNACT-ACA-AATAAATAATCAA--------A-T-ATAATAT-TA---A-AT-AAATAATA----CGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--ANGTTTTTATGAA-----ATNGTTGCAT-AGAT--G------AAAATGACATGTTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AAGACTAGGATA-AA-------AAGT------------ACTTAATTTT-AA-AATA---A--AACAAAACTGGACATGGCGTCAT--GCGACTTC-C-TTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC-T-TACAGCT-TTTTTA---AAAACTTTGCTTTGCCGACAACTGTT---------------TTGTCTCTG--------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTACAATAAAANCATGANGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|1 : TTA-CATTTTTAATTAAG--GTGTA-AAAATATCA-AAAAT--GT-A-GATCATA--A-TTT----AAAATCACAAA-TGAAACT-GAC-TAATCT-C-A----G-CACTA-GCAG----AATACATTCTAAAG-AATG------ATAACA-----TGACAATCTGTTAAAGA-AAATACTAAGGATAAC--ATCAAAGAGTGAAAAATAGCTTATTTCAA---GGGGATACTAACATACTTCATAAACAGAATAATT-AAATAATAAATA--TAC--------A-T-GTAA-AT-TA---A-AT-TAATAA-A----CAAAAT--ACATGTAGA---TTGG---AT-TTTTTATGAA-----ATGGTTGCAT--GAT--GCATTGAAAAATCACATGTTTCGAGTATATTATAGTATATTGT-AAAACGG-AAGA-------A-AAT------AAGT------------ACC---------------------AACAAAACTGGACATGGTGTCATTAGC-ACCTT-C-TTGCCTTGCTGACTAAAAACTAC-TATACA-CTGTTTTTAATTAAAACGTTGCTTTGTTGACAGCTGTT---------------TTGTCTCTAAAGGTATAAAAAATAAAGGCAAAGTATTCAAATCTTTGATGGCATTACAATAAAATCATAATGATTCTTTGCCTTT-ATCT
gi|10 : attataccTCATTC-TATTTC--ATTCAG--GT--GTAAAATATCACAGAATAGGACATGATCATG--AAGTT----AAAATCACAAATTGAAAAATTACATAATC----------------------TGTAACA-ATC--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---T------TT-ATATA------Atgtgtatgacattaatcattattggtagcacctttggtattatttttgtttagtgtaaatttatcnca
gi|11 : ATTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATCACCGAAT--GTCATGATCATG--AATTT----AAAAGCATTAACTGAAGACTGACATGATATAT-A-----ACCCTATGCAATT---ATA-ATT--AAAG-AATAG-----ATAGAG-----TGTCG---TAT--AATG-ATATA------ATAAC--ATatctaaggattacccataaattaaagctgaaattatagcttttttc
gi|12 : tTCATTT-CATTTT--ATTCAATTGT--A-GAC-TATTGCAGAAT--GTAATGATCATA--AATCT----AAAAGATCAAATCAAAACCTGACGTAATCTAT-A-----ACAC-GTGCAGTGATAGTC-A---------CATGG-----ATAGCATCTCGTGACA---TAC--AAGG-Aaaggataaccc
gi|13 : T-AAATAATG----CAAGACTATTAT-TGGAATTTTGCC--ATGTTTTGATTAATACGTGTAGTTACAT-TGA----------AAAATGACATGTTTC--ATATAT--------ATTTT-GAAATAT-TAGACCAGGAT
gi|14 : gTCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT-G----GG-ACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----GTAACA-----TGttgtttttgcgattgtatttcaaac
gi|15 : TTCATTT-CATTTT--ATTCAA--GT--GTAAAATATCACAGAAA--GTAGTGATTATA--AATTT----AAAGTTGCAAATTGAAACCTG
gi|16 : aTTT-CATTTC--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAAAAT--GGCATGATCATA--A
gi|2 : ttttCATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACATAAT--GTTATGATCATA--AGCTT----AAAATTACAAAATGAAACTTGACATAATCTATCATAATGGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-TATGG-----TTGACA-----AGACA---TAT--AATG-ATATA------ATAAC--NNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-ACA-AAT---TAAT-----------A-T-ATAATAT-CA---A-AT-AAATAATG----TGAGATTAGTAT-TGGAATTTTGGC--AGGTTTTTATGAA-----ATTGTT-CA--GGA----------AAAATGACATATTTCGAGCATAT----G---ATTTT-AAAACGT-AGGACTAGGATATAAAATGGCGAAGTAACAACGTATCAATTTAATTTT-AATAATA---A-----AAAACTCGATATGGCGTCAT--GAAACTTC-CATTGCCTTGCTGGCTAAAAACGAC---TACAACT-TTTTT----AAAACTTTGTTTTGCAGACAACTGTT---------------TTGTCTCT---------------AAAGGCAAAGTATTCCAATCTTTAATGGCATTATAATAAAAACATGAGGATTCTTTGCCTTTGATCT
gi|3 : ATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCGCAGAAT--GTCATGATCATA--AACTTTTAAAAAATGACAAAATGAAAATTGACATAAC---T-A----GGCGCTATGCAA-TATAATA-A-T--AAAGTAATGGTTAGTTTAACA-----TGACA---TAT--AATGAATCTT------ATAACCTATAGGATACACCCAT---------AAGAAGCTGAATCAGCTTAATTTCAATGGGGTCTCAATTACTAACA-AATAAAT-ATCAAATAGTAATA-T-ATAATAT-TAAATA-AT-AAATAATAATAGCGAGACTAGCA--TGGAA-TTTGGCCAAGGTTTTTATGAA-----ATTGTTGCAT-A-AT--GCATT--GAAATGACATGTTTCAAGCATAT----A---ATTTTAAAAACGTCAAGACTAGGAT
gi|4 : ACAATTA---ACG-AATAAATG--CA-----------T-GTACTAT-TA-----------TAATA----CAAGATTAGTAT-CGGAATTTTGGC--AAGTTTTGATGAA-----ATAGTGGCATAAAATTGG------AAAATGGCATGTTTCGG--ATAT----G---A-ATT-GAAACGT-AGGGCTAGGAT-----------------------------TTAATTTTAAA-AATATGTATTAACAAAACTGGACATGACGTCAT--GTGACTTCAC-GTGTCTTGCTGGCTAATAGCGACTT-TACAGC--TTTTTA---AAAACTTAGCTTTGCCGACAACTGTTATGATATTGCATAAGTTGTTTCTG--------------ACAGACAAAGCATTCCAATCTTTAATGGCATTGCAAttaat
gi|5 : aATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG--GT--A-AAAATATCACAGAGT--GTCATGATCATATAAACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCATTTACAATA-ATT--AAAG-TATGA-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATATA------ATAAC--NNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-ACA-AATGAATAATCAGTTAGTAATA-T-ATAATAT-TA---A-AT-A
gi|6 : CATTTCATTTTCATATT--ATTAAG--GA--A-AAAATATCACAGAAT--GTCATGAT-GTA--AACTT----AAAATCACAACCTGAAACCTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATA-ATT--AAAG-AATGG-----TTAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATACA------GTAAC--GTNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-ACA-AATAAATAATCAA--------A-T-ATAATATATA---A-AT-A
gi|7 : TTTCATTT-CTTTTT--ACTCAG--GT--A-AAAATATTACAGGAT--GTTATGATCATA--AACTT----AAAATCACAAAATGAAACTTGACATAATCTAT------GGCACTATGCAATTATAATG-ATT--AAAG-AATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG---ATA------AT-AN--NNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-------CT-ACA-CATAAATAATCAA--------ATT-ATAATATATA---ATATCAAATAA
gi|8 : ttATTTCATTT-CATTTT--ATTCAG---T--A-AAAATAGCACAAAAT--GTCATGATCAG------TT----GA--TCACAAACTGAAACTTGAGATAATCTAT-A----G-CACTATGCAATTATAA-------------CATGG-----ATAACA-----TGACA---TAT--AATG-ATATA------ATAAT--NNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-ACA-AATAAATAATCAA--------A-TGATAATAT-
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGTAGCACCTCTAGTATTATTTTTGTTTAGTATAAAATTTTCACAAAGGTAGTTTGGTGCATTGCCATGAAATATATTAAACTTAATTGAGTGGCTCTGTCATCAACTCTTAACATTCCCAAAGAGTCTAAACTTTCACAAGAAATACTGGTTCTAGGACCTAGGTTTAGAATAAATCTAATCACTTTATTTTATGTAATT
Unaligned ( gi|17 ): GTAATCATTTTATTGGTTAGATACAGTTTGGAAGCGTTTT