lowQualScore : 1111 2222222222222222 1111 22222222 99999999999999999999999999 111 2222222222 111 11 11 11111111111 111111 3333333333333333333 11 2222 11 1 555555555555555555555 11 555555555555555555 1 1 222222222
lowQualScore : 4 4 5 8888 55 3 3 99 2 6666666666666666 44 3 77777 0 3 8888 3 77777 3 4444 99 22222222 3 888888 44 3 3 77 44 44 3 3 55 3 44444444444444444444444444 4 777 000 66 0000000000 333 4 55 4 4 4 4 4 44 44444444444 66 66 4 222222 5 0000000000000000000 99 8 1 0 3 1 44 99 1 8 11 8 8 8 3333 22 8 8 8 3 444444444444444444444 88 666666666666666666 3 3 777777777
lowQualScore : . . . .... .. . . .. . ................ .. . ..... . . .... . ..... . .... .. ........ . ...... .. . . .. .. .. . . .. . .......................... . ... ... .. .......... ... . .. . . . . . .. ........... .. .. . ...... . ................... .. . . . . . .. .. . . .. . . . .... .. . . . . ..................... .. .................. . . .........
lowQualScore : 0 0 3 6666 00 6 1 66 9 5555555555555555 22 1 77777 2 3 0000 1 77777 1 4444 77 88888888 1 888888 22 1 1 33 22 66 3 6 00 6 99999999999999999999999999 4 888 000 11 0000000000 000 4 44 4 4 4 4 0 22 99999999999 11 11 4 888888 0 4444444444444444444 22 0 0 8 2 0 22 22 4 0 00 0 0 0 0000 66 0 0 0 3 333333333333333333333 33 000000000000000000 3 3 000000000
consensus : TCTCGGAGC-A-GTC-C--TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGA-NA-TTTA----A-NT--T-----CAA--C-T-----TCGGCC-GGC---T-CT-----AG-CAA--TTAAT-GTG-------CA-CC------TA--GG-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT-TG-ATTTCA-TG--A---T-TT-CAT-TGTT---AAA--CTA--A--C-----TCTCTATC-CACT-ATTAAT-GTT-G-C-AT-TGCTT-ACC-GTCTA-GGTN---TGTAA--A--T-CCCAAAA-----TAA-AANCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TC-AAAAATTGGCTTCACG--TCGCATT-TC--TT-CAC-CT-CTTTCG-TA-TTGAAGAG-TTCCTAT-AGTCT-GTTTT-GTT-------AC-CTT-ACTG---TTATAT--AGTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
Reference ( gi|3 ) : TCTCGGAGC-A-GCC-A--TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGA-TA-TTTA----A-TT--T-----CAA--C-T-----TCGGCC-GGC---T-CT-----AG-CAC--TTAAT-ATG-------AA-CC------TA--GG-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT-TG-ATTTCATTG-GA---T-TT-CAT-TGTT---AAA--CTA--A--C-----TATCTATC-CACT-ATTAAA-GTT-G-C-AT-TGCTT-ACC-TTCTA-GGTT---TGTAA--A--T-CCCAAAA-----TAA-AACCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TC-AAAAATTGGCTTCACG--TCGCATT-TC--TT-CAC-CT-CTTTCG-TA-CTGAAGAG-TTCCTAT-AGTCT-GTTTT-GTT-------AC-CTT-ACTG---TTATAT--AGTA------TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAACTAGA
gi|5 : TCTCGGAGCCA-GCC-A--TTCATAA--TTCA-TGTTCTTGA-TA-TTTA----A-TT--------CAA--T-T-----TCGGCCCGGC---T-CT-----AG-CAC--TTAAT--TG-------AA-CC------TA--GG-TGAAC--A--CT--GCC-G-CT--TGCGTCAAACT--T-TG-AT-------------C-TT-CAT-TGTT---AAAACCTA--AC-C-----TCTCTATCACAAT-ATTAAT-GGT-G-C-TT-TATTT-ACCAGTCTA-GATT---AGAAA--AATC-CCCCAAA-----TAA-AAACG-AT-CAC---------CTTTTCCGT--TC-AAAA
gi|1 : agactatgggactttttcctatttcggatgtaaataattgtgcaatttggttttcgttttcaatggcgtcagaaTCTCGAGAC-ACGTCTA--TTCATAG--TTTA-TGT-CTAGACTA-TTTA----A-TC--T-----C-A--C-TACAGATCCGAC-GGCTCTT-CT-----AG-CACTATTAAT-----------GA-CC------TA--GGATG-ACGTA--CTTGACC-G-CT--CGCTTCATA-TAA-----ATTT------GA---T-CT-AAT-TGTT---AAG----A--A--C-----T-TCTCTT-TCCT-ATTGAT-GTT-T-C-ATATACTTGACA-GTGTA-GATA---TAGAAAGA--T-CCCAAAT-----TAATAA--A-AA-CGCATCAACCTTATTTTCCGT--T
gi|19 : atatttaaatttcaaccttcgacggtctagacatgtaattatgaaacctaggtgtaactgccagctcgcttcaaataatgtgcaatattaatatgtttagaacctaatcttactatcaactataaaatgttgccattggctaccttctaaggttgggtgaaatcccaaaaaaaaataaaaccagaacacaaatgttttccgttcaaaaaagtggcttcaaggctcgcattatctacacgctctttcgtatagaaaagcttcctataagtctgtttgactttaccacaccttaactgagtctatatgaggtagagggcttgccctgtacatacgcggtaaattcttaattcaagaaagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaTCTCAGAGC-A-GTT-C--TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGA-AA-Tt
gi|18 : TTTTGGATC-A-GTC-C--TTCATAA--TTCA-TG---TGAA-TA-TTTAC---A-TT--
gi|14 : aTCTCTGGAC-A-GTC-A--TTCAAAA--TTTA-AGT-CTGGC-AA-TTTA----C-AG--T-----CAA--C-T-----TC
gi|9 : catttaattcatctgttcgggagtgtcacagtttCTCGGAGC-A-GTC-C--TTCATAA--TTTA-TGC-CTGGA-AA-TTTA----C-AT--T-----CAA--C-T-----TCAGTC-AGT---T-CT-----AG-CAA--TAAAT-GTG-------CA-CCTACATGTA--GG-TG-AC--A--TT--GCC-G-CT--CGCTTCAGA-TAAT-TG-AT----TTG------------AT-TGTT---GAA--CTA--A--C-----TTTCTAT--CACT-ATTAAT-GTA-G-C-AT-TGCTT-ACC-GTCTG-G-------GTAA--A--T-CCCAAAA-----TAT-AACCA-Attc
gi|12 : CTCAGAGC-A-GTCTACTTTCATAAGTTTCAGTGT-TTTGA-GAATTTA----C-GT--T-----CAG--C-T-----TCCGCC-GGT---TATT-----TG-GAA--GTAAT-GTG-------CA-CC------CA--GG-TG-AC--A--TT--GCT-GTTT--CGCTTCAAA-TAg
gi|6 : TCGGAGC-A-GTC-C--TTAATAA--TTCA-TGT-CTGGG-AA-TTTA----C-AT--T-----CAA--C-T-----TCGGCC-ACT---C-CT-----AG-CAA--TAAAA-ATGTGCACCTAG-CT------TA--GG-TG-AC--A--TT--GTC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAG-TT-ATTT------GA--------CA---ATT---AAA--CTA--A--C-----TCTTTATC--ACT-ATTAAT-GTT-G-C-AT-TACTT-ACC-GTCTA-GGTA---TGAAA--A--T-CCCAAAC-----TAA-AAACG-AT-CATT--AC----ATTTTCCGT--TC-AAATACCGACTCC-CG--TTGCAt
gi|7 : aatttcggaaggtaaaatattgTCGGAGT-A-GAC-C--TTTATAA--TTCA-TGT-CTGGA-AA-TTCA----------------CAA-----------------AAT---T-CT-----AG-CAA--ATGAT-ATC-------CA-CT------TA--GG-TG-AT--A--CG--GCC-A-TT--TGCTTCAAA------------TCAGTG---------T-GAC-TGTT---ACA--GTATTA--C-----TATCAATC-C-------------T-G-C-AT-TACTT-ACA--TCTT-GGTA---TG-------------AACA-----TAA-AA----------A--AG----ATTTCC------------ATTG-----------TGTAAT-TA--TT-TAT-CT-CCT--GATA-TTGAAGAG-TTCCTAT-AGTCT-
gi|13 : GAGC-A-GTC-T--TTCAAAT--TTTA-AGT-CTGGC-AA-TTTAGTGAA-TT--TACAGTCAA--C-T-----TCAGAC-AGT---T-AT-----AG-CAA--TGAAT-GTG-------CA-CT------TA-----TG-AC--A--
gi|10 : a--TTCATAA--TCCT-TGT-CTGGG-AA-T--A----A-GCACT-----CAG--C-T-----TCGACC-GGC---T-GT-----AT-CAA--GTAAT-GTG-------CA-TT------TA--GG-TG-AC--A--CT--GCC-A-CT--CGCTTCAAA-TAAG-TG-ATTTC----------------AT-TGTT---AAA--CTA--A--C-----TCTCTAT--CACT-ATTAAT-TTT-G-C-AT-TACTT-A
gi|4 : ctgctccgagatgtaGT-CTGGA-TA-TTTA----A-TT--T-----CAAAAC-T-----TCG-CC-GGC---T-CT-----AG-CAC--TTAAT-ATG-------AA-CC------TAAAGG-TG-AC--ATACT--GCC-G-CT--CGCTCAAAA-TAAT-TG-ATTTCATTG-GA---T-TTTCAT-TGTT---AAA--CTA--AACC-----TATCTATC-CACT-ATTAAA-GTTTG-C-AT-TGCTT-ACC-TTCTAAGGTT---TGTAA--A--T-CCCAAAA-----TAA-AAACA-AAACACA--AA----ATTTTCCGTGTTC-AAAAATTGGCTTCACG--ACGCATT-TCGTTC-CAC-CT-CTTTCG-TA-ACGAAGAG-TTCCTAT-AGTCT-GTTTT-GTT-------ACGCTT--CTGT--TTATAT--AGTAT-----TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TACCCATTCAAAAgga
gi|11 : GT-CTGGA-CA-TTTA----C-AT--T-----CTG--C-T-----TTGATC-GGT---T-CT-----AG-CAT--TTAAT-GTG-------CA-CC------TA--AA-TG-AC--A--TT--GCC-
gi|1 : atttcggatgagcagtccA-TA-TTTA----AATT--T-----CAA--CCT-----TCGAC--GG----T-CT-----AGACAT--GTAATTATG-------AAACC------TA--GG-TG-TA--A--CT--GCCAG-CT--CGCTTCAAA-TAATGTG-----CA-----A---TATT-AATATGTTTAGAAC--CTA--AT-C-----TTACTATC-AACT-ATAAAATGTT-G-CCAT-TGGCT-ACC-TTCTAAGGTTGGGTG-AA--A--T-CCCAAAAAAAAATAA-AACCAGAA-CACA--AAT---GTTTTCCGT--TCAAAAAAGTGGCTTCAAGGCTCGCATTATC--TA-CACGCT-CTTTCG-TA-TAGAAAAGCTTCCTATAAGTCT-GTTTG-ACTTTACCACAC-CTTAACTGAGTCTATATGAGGTAGAGGGCTTGCCC------TGTACATACGCGGTAA-ATT--CTTA---ATTCAAGAaataaaaattgtaactacatgtaaatttgtcatt
gi|2 : --T-----CGG--C-T-----TCGGCC-GGC---T-GTTATAGAG-TA---GTGAT-GTG-------CA--T------TA--GG-GA-ACA-A--CT--GCC-A-CTACTGCTTTCAA-TAAT-CACATGTCATTGTTATTTT-TT-CAT-TGTT---AAA----A--A--CAACAATCTCTAT--CACTAATTAAT-GTT-GCC-AT-TGCTT-ACA-GTCTA-A------TATAT--A--TAGCCAA--------AA-AACCA-AA-Caagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaaacggaaaataaggttgatgcgtttttattaatttgggatctttctatatctacactgtcaagtatatgaaacatcaataggaaagagaagttcttaacaattagatcaaatttatatgaagcgagcggtcaagtacgtcatcctaggtcattaatagtgctagaagagccgtcggatctgtagtgagattaaatagtctagacataaactatgaatagacgtgtctcgagat
gi|15 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaaataaaggactatggaaaccctacttcaatattcgggaggtaaaatattgtgcaagcaatggcgtcgaatttgaagcggaaaatattatgtcaagcaaagtagcagattcttctcaaaa-CT-----AG-CAA--TCAAT-GTGCATTT--AG-CA------TA--GG-TG-AC--A--CT--GCT-G-TT--TGCTTCCAA-CAgtgctgtttctatctcagaccagatttgaaggatgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|21 : CTT-ACC-TTCTA-GGTT---TGTAA--A--T-CCCAAAtcg
gi|8 : TGGCATCACG--TCTCATT-TC--TTGCAC-CTGCTTTTGGTAACTGAAGAG-TTCCTAT-AGTCTTGTTTTTGTT--------C-CTT-ACTG---TTATAT--AGTA------TTTCTACAGATTCACACATACG-GGTAATATTCCC-TA---ATTCAAAA
gi|16 : CATG--TGGAAAT-TG--TT-TAT-CT-CCT-AA-TG-TTGAAGAG-TTCCTAT-AGTTT-GTtaaagactatgggaggctcttcatttcaaggagggtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCAGATGAAGTGCGTAAAGTCACAAATAGTCTAGCCGAGCTGA
Unaligned ( gi|20 ): AGCCGAGTGCTTATTCCCAGACAAGGATTATAAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 11111 77777777777777777777777777 11 11111 111 11111 111111111 11 11111 111 22222222 1 11 222 11 333333 222222 1 1 11 1 111
lowQualScore : 3 3 777 33 2 2 33 2 33333333333333333333 33 2 77777 3 1 2 22222 33 33 33 2 00000 888888 33 77777 2 2 33 66 44 3 3 44 3 22222222222222222222222222 4 777 11 66666 55 444 4 4 4 8 4 3 3 55 7 3 9999 8 99999 11111 5 4 4 999999999 66 6 1 1 555 11 888 5 77 5 5 5 99999 5 000 5 5 5 8 99999999 0 33 777 33 888888 888888 2 0 0 33 0 777
lowQualScore : . . ... .. . . .. . .................... .. . ..... . . . ..... .. .. .. . ..... ...... .. ..... . . .. .. .. . . .. . .......................... . ... .. ..... .. ... . . . . . . . .. . . .... . ..... ..... . . . ......... .. . . . ... .. ... . .. . . . ..... . ... . . . . ........ . .. ... .. ...... ...... . . . .. . ...
lowQualScore : 3 3 999 99 9 7 55 5 55555555555555555555 99 9 11111 1 2 9 11111 99 99 99 9 00000 222222 99 11111 9 9 99 88 22 1 3 66 3 55555555555555555555555555 0 000 00 55555 55 777 0 0 0 0 0 6 6 66 3 6 4444 4 33333 11111 3 4 4 000000000 99 7 7 6 444 99 444 7 99 7 7 7 44444 7 000 7 7 7 0 22222222 0 22 555 88 888888 888888 0 0 0 88 0 555
consensus : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA----A--AT-----T-----CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--ATT-T-AT--GAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAANCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA-TCGGCTTCAC-G--TCGCAT--T-TC--TT-CAC-CT-CCTTCG--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTCT-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
Reference ( family-31 ) : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA----A--NT-----T-----CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--ATT-TCAT--GAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAANCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA-TTGGCTTCAC-G--TCGCAT--T-TC--TT-CAC-CT-CTTTCG--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTCT-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|1 : AT-A-TTTA----A--AT-----TT----CAA--CCT-----TCGAC--GG-T-CT-----AGAC--ATGTAA--TTATGAAA----CC------TA--G-----G-TG-TA--A--CT--GCCAG-CT--CGCTTCAAA-TAATG---TG-------CA----ATATT-AATATGTTTAGAAC--CTAA-----TCTTACTATC-AACTA-TAAAATGTT-GCCAT-TGGCT-AC-C-TTCTAAG-GTTGGGTG-AA--A--TCCCAAAAAAAAATAAAACCAGAA-CACA--AAT---GTTTTCCGT--TCAAAAAAGTGGCTTCAA-GGCTCGCAT--TATC--TA-CACGCT-CTTTCG--TA-TAGA---AAAGCTTCCTATAAGTCT-GTTTG-ACTTTACCACAC-CTTAACTGAGTCTATATGAGGTAGAGGGCTTGCCC------TGTACATACGCGGTAA-ATT--CTTA---ATTCAAGA
gi|1 : TCTCGAGAC-ACGTCTA--TTCATAG--TTTA-TGT-CTAGACTA-TTTA----A--TC-----T-----CA---C-TACAGATCCGAC-GGCT-CTTCT--AGCACTAT-TAA--T-G---A-----CC------TA--G-----GATG-ACGTA--CTTGACC-G-CT--CGCTTCATA-TAA---------ATT----T--GAT-CT-AAT-TGTT---AAG----AA--CT-TCT--CTTTC---CTA-TTGA-TGTT-TC-ATATACTTGAC-A-GTGTA-G-ATA---TAGAAAGA--TCCCAAAT-----TAATAA-A-AA-CGCATCAACCTTATTTTCCGT--Taagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaaacggaaaataaggttgatgcgtttttattaatttgggatctttctatatctacactgtcaagtatatgaaacatcaataggaaagagaagttcttaacaattagatcaaatttatatgaagcgagcggtcaagtacgtcatcctaggtcattaatagtgctagaagagccgtcggatctgtagtgagattaaatagtctagacataaactatgaatagacgtgtctcgagat
gi|10 : atatttaaatttcaaccttcgacggtctagacatgtaattatgaaacctaggtgtaactgccagctcgcttcaaataatgtgcaatattaatatgtttagaacctaatcttactatcaactataaaatgttgccattggctaccttctaaggttgggtgaaatcccaaaaaaaaataaaaccagaacacaaatgttttccgttcaaaaaagtggcttcaaggctcgcattatctacacgctctttcgtatagaaaagcttcctataagtctgtttgactttaccacaccttaactgagtctatatgaggtagagggcttgccctgtacatacgcggtaaattcttaattcaagaaagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaTCC---TTCATAA--TCCT-TGT-CTGGGA-A---TA----AGCAC-----T-----CAG--C-T-----TCGACC-GGCT-GT-----ATCA--AG-TAA--T-GTGCA-----TT------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-A-CT--CGCTTCAAA-TAA---------------GT--GAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTAT--CACTA-TTAA-TTTT-GC-AT-TACTT-ATAC-ATCTC-G-Gt
gi|11 : ctgctGAGC-A-GTCC------------------GT-CTGGAC-A-TTTA----C--AT-----T-----CTG--C-T-----TTGATC-GGTT-CT-----AGCA--TT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--A-----A-TG-AC--A--TT--GCC-
gi|12 : atttcggatCTCAGAGC-A-GTCTACTTTCATAAGTTTCAGTGT-TTTGAG-AATTTA----C--GT-----T-----CAG--C-T-----TCCGCC-GGTTATT-----TGGA--AG-TAA--T-GTGCA-----CC------CA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCT-GTTT--CGCTTCAAA-TAaataaaaattgtaactacatgtaaatttgtcatt
gi|13 : GAGC-A-GTCT---TTCAAAT--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTAGTGAA--TT-----TACAGTCAA--C-T-----TCAGAC-AGTT-AT-----AGCA--AT-GAA--T-GTGCA-----CT------TA----------TG-AC--A--t
gi|14 : aTCTCTGGAC-A-GTCA---TTCAAAA--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTA----C--AG-----T-----CAA--C-T-----TC
gi|15 : catttaattcatctgttcgggagtgtcacagttt-CT-----AGCA--AT-CAA--T-GTGCATTTAGCA------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCT-G-TT--TGCTTCCAA-CAttc
gi|16 : CAT-G--TGGAAA--T-TG--TT-TAT-CT-CCT-AA--TG-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTTT-GTtcg
gi|18 : ccTTTTGGATC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TG---TGAAT-A-TTTA----C--AT-----T-----
gi|19 : aTCTCAGAGC-A-GTTC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-T
gi|2 : A-CATA--AT----ATTTTCCGC--TTCAAAT-TCGACGCCATTGC-TTGCACAAT-AT--TT-TAC-CT-CC--CGAATA-TTGAAGTAGGG-TTTCCATA-GTC---CTTT-ATT-------
gi|2 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaTCC---TTCA-AA--TCTG--GT-CTG-AG-A-TAGA----A--ACAGCACT-----CGG--C-T-----TCGGCC-GGCT-GTTATAGAGTA--GT--GA--T-GTGCA-----T-------TA--G-----G-GA-AC--AA-CT--GCC-A-CTACTGCTTTCAA-TAATCACATGTCATTGTTAT--TTT-TT-CAT-TGTT---AAAAAC-AA--CAATCT--CTATC--ACTAATTAA-TGTT-GCCAT-TGCTT-AC-A-GTCTA-ATATA---TATAG-------CCAA--------AAAACCA-AA-Ccaagcaaagtagcagattcttctcaaaagtttggttttttggctatatatattagactgtaagcaatggcaacattaattagtgatagagattgttgtttttaacaatgaaaaaataacaatgacatgtgattattgaaagcagtagtggcagttgttccctaatgcacatcactactctataacagccggccgaagccgagtgctgtttctatctcagaccagatttgaaggatgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|21 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaaataaaggactatggaaaccctacttcaatattcgggaggtaaaatattgtgcaagcaatggcgtcgaatttgaagcggaaaatattatgtcaagcaaagtagcagattcttctcaaaaCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTAA--A--TCCCAAAtgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|3 : TCTCGGAGC-A-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAT-A-TTTA----A--TT-----T-----CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--ATT-TCATTGGAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TAT--CTATC-CACTA-TTAA-AGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAACCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA-TTGGCTTCAC-G--TCGCAT--T-TC--TT-CAC-CT-CTTTCG--TA-CTGA---AGAG-TTCCTATA-GTCT-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|4 : GT-CTGGAT-A-TTTA----A--TT-----T-----CAAAAC-T-----TCG-CC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TAAAG-----G-TG-AC--ATACT--GCC-G-CT--CGCTCAAAA-TAAT----TG--ATT-TCATTGGAT-TTTCAT-TGTT---AAA--CTAAACC--TAT--CTATC-CACTA-TTAA-AGTTTGC-AT-TGCTT-AC-C-TTCTAAG-GTT---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAAACA-AAACACA--AA----ATTTTCCGTGTTCAAAAA-TTGGCTTCAC-G--ACGCAT--T-TCGTTC-CAC-CT-CTTTCG--TA-ACGA---AGAG-TTCCTATA-GTCT-GTTTT-GTT-------ACGCTT--CTGT--TTATATA--GTAT-----TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TACCCATTCAAAActaga
gi|5 : TCTCGGAGCCA-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGTTCTTGAT-A-TTTA----A---T-----T-----CAA--T-T-----TCGGCCCGGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T--TGAA-----CC------TA--G-----G-TGAAC--A--CT--GCC-G-CT--TGCGTCAAACT--T----TG--AT----------C-TT-CAT-TGTT---AAAACCTAAC-C--TCT--CTATCACAATA-TTAA-TGGT-GC-TT-TATTT-AC-CAGTCTA-G-ATT---AGAAA--AATCCCCCAAA-----TAAAAACG-AT-CAC---------CTTTTCCGT--TCAAAA
gi|6 : agactatgggactttttcctatttcggatgtaaataattgtgcaatttggttttcgttttcaatggcgtcagaaTCGGAGC-A-GTCC---TTAATAA--TTCA-TGT-CTGGGA-A-TTTA----C--AT-----T-----CAA--C-T-----TCGGCC-ACTC-CT-----AGCA--AT-AAAAAT-GTGCA-----CC------TA--GCTTAGG-TG-AC--A--TT--GTC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAG----TT--ATT-T-----GA-----CA---ATT---AAA--CTAA--C--TCT--TTATC--ACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TACTT-AC-C-GTCTA-G-GTA---TGAAA--A--TCCCAAAC-----TAAAAACG-AT-CATT--AC----ATTTTCCGT--TCAAATA-CCGACTCC-C-G--TTGCA
gi|7 : aatttcggaaggtaaaatattgTCGGAGT-A-GACC---TTTATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-TTCA--------------------CAA-----------------AATT-CT-----AGCA--AA-TGA--T-ATCCA-----CT------TA--G-----G-TG-AT--A--CG--GCC-A-TT--TGCTTCAAA-TCAG----TG---------T--G-------AC-TGTT---ACA--GTA---------------T-TACTA-TCAA-TCCT-GC-AT-TACTT-A--C-ATCTT-G-GTA---TG------------AACA-----TAAAA----------A--AG----ATTTCC-----------A-TTG------------TGTAA--T-TA--TT-TAT-CT-CCT--GA-TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTCT-
gi|8 : TGGCATCAC-G--TCTCAT--T-TC--TTGCAC-CTGCTTTTGG-TAACTGA---AGAG-TTCCTATA-GTCTTGTTTTTGTT--------C-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTACAGATTCACACATACG-GGTAATATTCCC-TA---ATTCAAAA
gi|9 : CTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTTA-TGC-CTGGAA-A-TTTA----C--AT-----T-----CAA--C-T-----TCAGTC-AGTT-CT-----AGCA--AT-AAA--T-GTGCA-----CCTACATGTA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCC-G-CT--CGCTTCAGA-TAAT----TG--ATT----T--G-------AT-TGTT---GAA--CTAA--C--TTT--CTAT--CACTA-TTAA-TGTA-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTG-G--------GTAA--A--TCCCAAAA-----TATAACCA-Ataaagactatgggaggctcttcatttcaaggagggtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCAGATGAAGTGCGTAAAGTCACAAATAGTCTAGCCGAGCTGA
Unaligned ( gi|20 ): AGCCGAGTGCTTATTCCCAGACAAGGATTATAAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 11111 777777777777777777777777777 22222222 111 11111 111111111 11111 111111111 2222222 1 22222222 1 11 222 11 333333 222222 1 1 11 1 111
lowQualScore : 3 3 777 33 2 2 33 2 11111111111111111111 33 2 77777 3 1 2 22222 55555 33 2 00000 888888 33 77777 2 2 66 33 44 3 3 44 3 000000000000000000000000000 4 777 888 11111111 55 444 4 4 4 4 4 4 3 3 55 7 3 9999 8 99999 11111 5 4 4 999999999 66 11111 1 8888 77777 000000000 5 4 1111111 66 888 0 5 9999 6 99999999 0 33 777 33 888888 888888 2 0 0 33 0 777
lowQualScore : . . ... .. . . .. . .................... .. . ..... . . . ..... ..... .. . ..... ...... .. ..... . . .. .. .. . . .. . ........................... . ... ... ........ .. ... . . . . . . . . .. . . .... . ..... ..... . . . ......... .. ..... . .... ..... ......... . . ....... .. ... . . .... . ........ . .. ... .. ...... ...... . . . .. . ...
lowQualScore : 3 3 999 99 9 7 55 5 11111111111111111111 99 9 11111 1 2 9 11111 66666 99 9 00000 222222 99 11111 9 9 88 99 22 1 3 66 3 222222222222222222222222222 0 000 000 00000000 55 777 0 0 0 0 0 0 6 6 66 3 6 4444 4 33333 11111 3 4 4 000000000 99 66666 6 9999 55555 111111111 0 4 5555555 22 888 0 0 0000 7 22222222 0 22 555 88 888888 888888 0 0 0 88 0 555
consensus : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--AT--TT-GT--GAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TCT--CTATC-CACT-ATTAA-TGTT-G-C-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAANCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA--TCGGCTTCA---CG--T-CGCAN--T-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
Reference ( family-31 ) : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--AT--TT-AT--GAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TCT--CTATC-CACT-ATTAA-TGTT-G-C-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAANCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA--TCGGCTTCA---CG--T-CGCAT--T-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|1 : AT-A-TTTA---A--AT-----TT-----CAA--CCT-----TCGAC--GG-T-CT-----AGAC--ATGTAA--TTATGAAA----CC------TA--G-----G-TG-TA--A--CT--GCCAG-CT--CGCTTCAAA-TAAT-----G-------T-GC--AATATT-AATATGTTTAGAAC--CTAA--------TCTTACTATC-AACT-ATAAAATGTT-G-CCAT-TGGCT-AC-C-TTCTAAG-GTTGGGTG-AA--A--TCCCAAAAAAAAATAAAACCAGAA-CACA--AAT---GTTTTCCGT--TCAAAAAAGT-GGCTTCA---AGGCT-CGCAT--TATC--TA-CACGCTCTTTC--G--TA-TAGA---AAAGCTTCCTATAAGTC--T-GTTTG-ACTTTACCACAC-CTTAACTGAGTCTATATGAGGTAGAGGGCTTGCCC------TGTACATACGCGGTAA-ATT--CTTA---ATTCAAGA
gi|1 : TCTCGAGAC-ACGTCTA--TTCATAG--TTTA-TGT-CTAGACTA-TTTA---A--TC-----T------CA---C-TACAGATCCGAC-GGCT-CTTCT--AGCACTAT-TAA--T-G---A-----CC------TA--G-----GATG-ACGTA--CTTGACC-G-CT--CGCTTCATA-TAA---------AT--T---T--GAT-CT-AAT-TGTT---AAG----AA--CT----TCT--CTTTC---CT-ATTGA-TGTT-T-C-ATATACTTGAC-A-GTGTA-G-ATA---TAGAAAGA--TCCCAAAT-----TAATAA-A-AA-CGCATCAACCTTATTTTCCGT--Taagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaaacggaaaataaggttgatgcgtttttattaatttgggatctttctatatctacactgtcaagtatatgaaacatcaataggaaagagaagttcttaacaattagatcaaatttatatgaagcgagcggtcaagtacgtcatcctaggtcattaatagtgctagaagagccgtcggatctgtagtgagattaaatagtctagacataaactatgaatagacgtgtctcgagat
gi|10 : atatttaaatttcaaccttcgacggtctagacatgtaattatgaaacctaggtgtaactgccagctcgcttcaaataatgtgcaatattaatatgtttagaacctaatcttactatcaactataaaatgttgccattggctaccttctaaggttgggtgaaatcccaaaaaaaaataaaaccagaacacaaatgttttccgttcaaaaaagtggcttcaaggctcgcattatctacacgctctttcgtatagaaaagcttcctataagtctgtttgactttaccacaccttaactgagtctatatgaggtagagggcttgccctgtacatacgcggtaaattcttaattcaagaaagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaTCC---TTCATAA--TCCT-TGT-CTGGGA-A---TA---AGCAC-----T------CAG--C-T-----TCGACC-GGCT-GT-----ATCA--AG-TAA--T-GTGCA-----TT------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-A-CT--CGCTTCAAA-TAA----------------GT--GAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TCT--CTAT--CACT-ATTAA-TTTT-G-C-AT-TACTT-ATAC-ATCTC-G-Gt
gi|11 : ctgctGAGC-A-GTCC------------------GT-CTGGAC-A-TTTA---C--AT-----T------CTG--C-T-----TTGATC-GGTT-CT-----AGCA--TT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--A-----A-TG-AC--A--TT--GCC-
gi|12 : atttcggatCTCAGAGC-A-GTCTACTTTCATAAGTTTCAGTGT-TTTGAG-AATTTA---C--GT-----T------CAG--C-T-----TCCGCC-GGTTATT-----TGGA--AG-TAA--T-GTGCA-----CC------CA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCT-GTTT--CGCTTCAAA-TAaataaaaattgtaactacatgtaaatttgtcatt
gi|13 : GAGC-A-GTCT---TTCAAAT--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTAGTGA--AT-----TTACAGTCAA--C-T-----TCAGAC-AGTT-AT-----AGCA--AT-GAA--T-GTGCA-----CT------TA----------TG-AC--A--t
gi|14 : aTCTCTGGAC-A-GTCA---TTCAAAA--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTA---C--AG-----T------CAA--C-T-----TC
gi|15 : catttaattcatctgttcgggagtgtcacagttt-CT-----AGCA--AT-CAA--T-GTGCATTTAGCA------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCT-G-TT--TGCTTCCAA-CAttc
gi|16 : CA---TG--T-GGAAA--T-TG--TT-TAT-CTCCT-A--A--TG-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTT--T-GTtcg
gi|18 : ccTTTTGGATC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TG---TGAAT-A-TTTA---C--AT-----T------
gi|19 : aTCTCAGAGC-A-GTTC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-T
gi|2 : A-CATA--AT----ATTTTCCGC--TTCAAAT--TCGACGCCATTGCT--TGCACAA--T-AT--TT-TAC-CTCC--C--GAATA-TTGAAGTAGGG-TTTCCATA-GTC-----CTTT-ATT-------
gi|2 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaTCC---TTCA-AA--TCTG--GT-CTG-AG-A-TAGA---A--ACAGCACT------CGG--C-T-----TCGGCC-GGCT-GTTATAGAGTA--G--TGA--T-GTGCA------T------TA--G-----G-GA-ACA-A--CT--GCC-A-CTACTGCTTTCAA-TAATCACATGTCATTGTT-AT--TTT-TT-CAT-TGTT---AAA----AA--CAACAATCT--CTAT--CACTAATTAA-TGTT-GCC-AT-TGCTT-AC-A-GTCTA-ATATA---TATAG-------CCAA--------AAAACCA-AA-Ccaagcaaagtagcagattcttctcaaaagtttggttttttggctatatatattagactgtaagcaatggcaacattaattagtgatagagattgttgtttttaacaatgaaaaaataacaatgacatgtgattattgaaagcagtagtggcagttgttccctaatgcacatcactactctataacagccggccgaagccgagtgctgtttctatctcagaccagatttgaaggatgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|21 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaaataaaggactatggaaaccctacttcaatattcgggaggtaaaatattgtgcaagcaatggcgtcgaatttgaagcggaaaatattatgtcaagcaaagtagcagattcttctcaaaaCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTAA--A--TCCCAAAtgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|3 : TCTCGGAGC-A-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAT-A-TTTA---A--TT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--AT--TTCATTGGAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TAT--CTATC-CACT-ATTAA-AGTT-G-C-AT-TGCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAACCA-AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA--TTGGCTTCA---CG--T-CGCAT--T-TC--TT-CAC-CTCTTTC--G--TA-CTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|4 : GT-CTGGAT-A-TTTA---A--TT-----T------CAAAAC-T-----TCG-CC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TAAAG-----G-TG-AC--ATACT--GCC-G-CT--CGCTCAAAA-TAAT----TG--AT--TTCATTGGAT-TTTCAT-TGTT---AAA--CTAAACC-----TAT--CTATC-CACT-ATTAA-AGTTTG-C-AT-TGCTT-AC-C-TTCTAAG-GTT---TGTAA--A--TCCCAAAA-----TAAAAACA-AAACACA--AA----ATTTTCCGTGTTCAAAAA--TTGGCTTCA---CG--A-CGCAT--T-TCGTTC-CAC-CTCTTTC--G--TA-ACGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------ACGCTT--CTGT--TTATATA--GTAT-----TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TACCCATTCAAAActaga
gi|5 : TCTCGGAGCCA-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGTTCTTGAT-A-TTTA---A---T-----T------CAA--T-T-----TCGGCCCGGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T--TGAA-----CC------TA--G-----G-TGAAC--A--CT--GCC-G-CT--TGCGTCAAACT--T----TG--AT-----------C-TT-CAT-TGTT---AAAACCTAAC-C-----TCT--CTATCACAAT-ATTAA-TGGT-G-C-TT-TATTT-AC-CAGTCTA-G-ATT---AGAAA--AATCCCCCAAA-----TAAAAACG-AT-CAC---------CTTTTCCGT--TCAAAAT--TC
gi|6 : agactatgggactttttcctatttcggatgtaaataattgtgcaatttggttttcgttttcaatggcgtcaTCGGAGC-A-GTCC---TTAATAA--TTCA-TGT-CTGGGA-A-TTTA---C--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-ACTC-CT-----AGCA--AT-AAAAAT-GTGCA-----CC------TA--GCTTAGG-TG-AC--A--TT--GTC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAG----TT--AT--TT-----GA-----CA---ATT---AAA--CTAA--C-----TCT--TTATC--ACT-ATTAA-TGTT-G-C-AT-TACTT-AC-C-GTCTA-G-GTA---TGAAA--A--TCCCAAAC-----TAAAAACG-AT-CATT--AC----ATTTTCCGT--TCAAATA--CCGACTCC----CG--T-TGCACAAT-AT--TT-TAC-CTTC
gi|7 : aatttcgTCGGAGT-A-GACC---TTTATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-TTCA--------------------CAA-----------------AATT-CT-----AGCA--AA-TGA--T-ATCCA-----CT------TA--G-----G-TG-AT--A--CG--GCC-A-TT--TGCTTCAAA-TCAG----TG----------T--G-------AC-TGTT---ACA--GTA------------------T-TACT-ATCAA-TCCT-G-C-AT-TACTT-A--C-ATCTT-G-GTA---TG------------AACA-----TAAAA----------A--AG----A-TTTCCAT--T---------------------G--T--GTAA--T-TA--TT-TAT-CTCCT----GA-TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-
gi|8 : GGCATCA---CG--T-CTCAT--T-TC--TTGCAC-CTGCTTTTGG--TAACTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--TTGTTTTTGTT--------C-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTACAGATTCACACATACG-GGTAATATTCCC-TA---ATTCAAAA
gi|8 : tC-CTCCTT---G--AA-ATGA---AGAGCCTCCCATA-GTCTTT-ATTTT-Gtaaagactatgggaggctcttcatttcaaggagggtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
gi|9 : tggcatcacgtctcatttcttgcacctgcttttggtaactgaagagttcctatagtcttgtttttgttccttactgttatatagtatttctacagattcacacatacgggtaatattccctaattCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTTA-TGC-CTGGAA-A-TTTA---C--AT-----T------CAA--C-T-----TCAGTC-AGTT-CT-----AGCA--AT-AAA--T-GTGCA-----CCTACATGTA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCC-G-CT--CGCTTCAGA-TAAT----TG--AT--TT-G-----------AT-TGTT---GAA--CTAA--C-----TTT--CTAT--CACT-ATTAA-TGTA-G-C-AT-TGCTT-AC-C-GTCTG-G--------GTAA--A--TCCCAAAA-----TATAACCA-Agtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCAGATGAAGTGCGTAAAGTCACAAATAGTCTAGCCGAGCTGA
Unaligned ( gi|20 ): AGCCGAGTGCTTATTCCCAGACAAGGATTATAAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 11111 66666666666666666666666666 11 11111 111 1111111 1111111111111 333333333333333333333333333333 111111 111111111111 22222222 22222222 1 11 222 11 333333 222222 1 1 11 1 111
lowQualScore : 3 3 777 33 2 2 33 2 11111111111111111111 33 2 77777 3 1 2 22222 33 33 33 2 00000 888888 33 77777 2 2 33 66 44 3 3 44 3 88888888888888888888888888 4 777 11 66666 55 444 4 4 4 8 4 3 3 55 7 3 9999 1111111 55 55 6666666666666 666666666666666666666666666666 66 0 444444 44 777777777777 4 1 99999 4 8 66666666 44 777 8 4 7777 5 99999999 0 33 777 33 888888 888888 2 0 0 33 0 777
lowQualScore : . . ... .. . . .. . .................... .. . ..... . . . ..... .. .. .. . ..... ...... .. ..... . . .. .. .. . . .. . .......................... . ... .. ..... .. ... . . . . . . . .. . . .... ....... .. .. ............. .............................. .. . ...... .. ............ . . ..... . . ........ .. ... . . .... . ........ . .. ... .. ...... ...... . . . .. . ...
lowQualScore : 3 3 999 99 9 7 55 5 11111111111111111111 99 9 11111 1 2 9 11111 99 99 99 9 00000 222222 99 11111 9 9 99 88 22 1 3 66 3 88888888888888888888888888 0 000 00 55555 55 777 0 0 0 0 0 6 6 66 3 6 4444 8888888 55 55 6666666666666 666666666666666666666666666666 99 2 333333 22 444444444444 4 0 22222 4 0 66666666 66 888 9 4 0000 7 22222222 0 22 555 88 888888 888888 0 0 0 88 0 555
consensus : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TT-GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAANC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAN--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ANT-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
Reference ( family-31 ) : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TT-GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAANC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ANT-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|1 : AT-A-TTTA---A--AT-----TT-----CAA--CCT-----TCGAC--GG-T-CT-----AGAC--ATGTAA--TTATGAAA----CC------TA--G-----G-TG-TA--A--CT--GCCAG-CT--CGCTTCAAA-TAAT-G--------T-GC--AATATT---AATATGTTTAGAAC--CTAA-----TCTTACTATC-AACTA-TAAAATGTT-GCCAT-TGGCT-AC-C-TTCTAAG-GTTGGGTG-A-----A--A--TCCCAAAAAAAAAT-------AAAACC----AG-------AA-CACA--AAT---GTTTTCCGT--TCAAAAAAGT--GGCTTCA---AGGCT--C-GC-ATTATC--TA-CACGCTCTTTC--G--TA-TAGA---AAAGCTTCCTATAAGTC--T-GTTTG-ACTTTACCACAC-CTTAACTGAGTCTATATGAGGTAGAGGGCTTGCCC------TGTACATACGCGGTAA-ATT--CTTA---ATTCAAGA
gi|1 : TCTCGAGAC-ACGTCTA--TTCATAG--TTTA-TGT-CTAGACTA-TTTA---A--TC-----T------CA---C-TACAGATCCGAC-GGCT-CTTCT--AGCACTAT-TAA--T-G---A-----CC------TA--G-----GATG-ACGTA--CTTGACC-G-CT--CGCTTCATA-TAA----AT----T---T--GAT-CT---AAT-TGTT---AAG----AA--CT-TCT--CTTTC---CTA-TTGA-TGTT-TC-ATATACTTGAC-A-GTGTA-G-ATA---TAGA-----AAGA--TCCCAAAT-----T-------AATAA-----A--------AA-CGCATCAACCTTATTTTCCGT--TTCATAT--TCTGACAGCAT--TG--T--CTGCAAAA-TA--TT-TACGCTCC--C--GAAAA-TTGA---AAGT-TTCCCATA--TC--T-TTCTT-Gaagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaaacggaaaataaggttgatgcgtttttattaatttgggatctttctatatctacactgtcaagtatatgaaacatcaataggaaagagaagttcttaacaattagatcaaatttatatgaagcgagcggtcaagtacgtcatcctaggtcattaatagtgctagaagagccgtcggatctgtagtgagattaaatagtctagacataaactatgaatagacgtgtctcgagat
gi|10 : atatttaaatttcaaccttcgacggtctagacatgtaattatgaaacctaggtgtaactgccagctcgcttcaaataatgtgcaatattaatatgtttagaacctaatcttactatcaactataaaatgttgccattggctaccttctaaggttgggtgaaatcccaaaaaaaaataaaaccagaacacaaatgttttccgttcaaaaaagtggcttcaaggctcgcattatctacacgctctttcgtatagaaaagcttcctataagtctgtttgactttaccacaccttaactgagtctatatgaggtagagggcttgccctgtacatacgcggtaaattcttaattTCC---TTCATAA--TCCT-TGT-CTGGGA-A---TA---AGCAC-----T------CAG--C-T-----TCGACC-GGCT-GT-----ATCA--AG-TAA--T-GTGCA-----TT------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-A-CT--CGCTTCAAA-TAA-------------GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTAT--CACTA-TTAA-TTTT-GC-AT-TACTT-ATAC-ATCTC-G-Gt
gi|11 : ctgctGAGC-A-GTCC------------------GT-CTGGAC-A-TTTA---C--AT-----T------CTG--C-T-----TTGATC-GGTT-CT-----AGCA--TT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--A-----A-TG-AC--A--TT--GCC-
gi|12 : atttcggatCTCAGAGC-A-GTCTACTTTCATAAGTTTCAGTGT-TTTGAG-AATTTA---C--GT-----T------CAG--C-T-----TCCGCC-GGTTATT-----TGGA--AG-TAA--T-GTGCA-----CC------CA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCT-GTTT--CGCTTCAAA-TAaataaaaattgtaactacatgtaaatttgtcatt
gi|13 : GAGC-A-GTCT---TTCAAAT--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTAGTGA--AT-----TTACAGTCAA--C-T-----TCAGAC-AGTT-AT-----AGCA--AT-GAA--T-GTGCA-----CT------TA----------TG-AC--A--t
gi|14 : aTCTCTGGAC-A-GTCA---TTCAAAA--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTA---C--AG-----T------CAA--C-T-----TC
gi|15 : catttaattcatctgttcgggagtgtcacagttt-CT-----AGCA--AT-CAA--T-GTGCATTTAGCA------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCT-G-TT--TGCTTCCAA-CAttc
gi|16 : CA---TG--T--G-GA-AAT-TG--TT-TAT-CTCCT-A--A--TG-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTT--T-GTtcg
gi|18 : ccTTTTGGATC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TG---TGAAT-A-TTTA---C--AT-----T------
gi|19 : aTCTCAGAGC-A-GTTC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-T
gi|2 : TCC---TTCA-AA--TCTG--GT-CTG-AG-A-TAGA---A--ACAGCACT------CGG--C-T-----TCGGCC-GGCT-GTTATAGAGTA--GT--GA--T-GTGCA-----T-------TA--G-----G-GA-AC--AA-CT--GCC-A-CTACTGCTTTCAA-TAATCACATGTCATT-GT--TAT-TTTTTCAT-TGTT---AAAAAC-AA--CAATCT--CTATC--ACTAATTAA-TGTT-GCCAT-TGCTT-AC-A-GTCTA-ATATA---TATAGCCAAA--A--AACCAAAC-----TTTTGAGAAGAATCTGCTACTTTGCTTGA-CATA--AT----ATTTTCCGC--TTCAAAT--TC-GACGCCATTGCT--TG-C-AC-AAT-AT--TT-TAC-CTCC--C--GAATA-TTGAAGTAGGG-TTTCCATA-GTC-----CTTT-ATT-------
gi|21 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTA-----A--A--TCCCAAAtgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|3 : TCTCGGAGC-A-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAT-A-TTTA---A--TT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TTCATTGGAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TAT--CTATC-CACTA-TTAA-AGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAACC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA--TT-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ATT-TC--TT-CAC-CTCTTTC--G--TA-CTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|4 : GT-CTGGAT-A-TTTA---A--TT-----T------CAAAAC-T-----TCG-CC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TAAAG-----G-TG-AC--ATACT--GCC-G-CT--CGCTCAAAA-TAATTG-AT----TTCATTGGAT-TTT--CAT-TGTT---AAA--CTAAACC--TAT--CTATC-CACTA-TTAA-AGTTTGC-AT-TGCTT-AC-C-TTCTAAG-GTT---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAAAC----A--------AAACACA--AA----ATTTTCCGTGTTCAAAAA--TT-GGCTTCA---CG--A--C-GC-ATT-TCGTTC-CAC-CTCTTTC--G--TA-ACGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------ACGCTT--CTGT--TTATATA--GTAT-----TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TACCCATTCAAAActaga
gi|5 : TCTCGGAGCCA-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGTTCTTGAT-A-TTTA---A---T-----T------CAA--T-T-----TCGGCCCGGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T--TGAA-----CC------TA--G-----G-TGAAC--A--CT--GCC-G-CT--TGCGTCAAACT--TTG-AT-------------C-TT---CAT-TGTT---AAAACCTAAC-C--TCT--CTATCACAATA-TTAA-TGGT-GC-TT-TATTT-AC-CAGTCTA-G-ATT---AGAA-----A--AATCCCCCAAA-----T-------AAAAAC----G--------AT-CAC---------CTTTTCCGT--TCAAAAT--TC-
gi|6 : agactatgggactttttcctatttcggatgtaaataattgtgcaatttggttttcgttttcaatggcgtcaTCGGAGC-A-GTCC---TTAATAA--TTCA-TGT-CTGGGA-A-TTTA---C--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-ACTC-CT-----AGCA--AT-AAAAAT-GTGCA-----CC------TA--GCTTAGG-TG-AC--A--TT--GTC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAGTT-AT----TT-G----A-------CA---ATT---AAA--CTAA--C--TCT--TTATC--ACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TACTT-AC-C-GTCTA-G-GTA---TGAA-----A--A--TCCCAAAC-----T-------AAAAAC----G--------AT-CATT--AC----ATTTTCCGT--TCAAATA--CC-GACTCC----CG--TTGC-AC-AAT-AT--TT-TAC-CTTC
gi|7 : aatttcgTCGGAGT-A-GACC---TTTATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-TTCA--------------------CAA-----------------AATT-CT-----AGCA--AA-TGA--T-ATCCA-----CT------TA--G-----G-TG-AT--A--CG--GCC-A-TT--TGCTTCAAA-TCA--G--------T-GT--G---------AC-TGTT---ACA--GTA---------------T-TACTA-TCAA-TCCT-GC-AT-TACTT-A--C-ATCTT-G-GTA---TG-----------------AACA-----T-------AAAA---------------------A--AG----A-TTTCCAT--T----------------------G--T----GT-AAT-TA--TT-TAT-CTCCT----GA-TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-
gi|8 : -GGCATCA---CG--T--C-TC-ATT-TC--TTGCAC-CTGCTTTTGG--TAACTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--TTGTTTTTGTT--------C-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTACAGATTCACACATACG-GGTAATATTCCC-TA---ATTCAAAA
gi|8 : tC-CTCCTT---G--AA-ATGA---AGAGCCTCCCATA-GTCTTT-ATTTT-Gtaaagactatgggaggctcttcatttcaaggagggtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
gi|9 : tggcatcacgtctcatttcttgcacctgcttttggtaactgaagagttcctatagtcttgtttttgttccttactgttatatagtatttctacagattcacacatacgggtaatattccctaattCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTTA-TGC-CTGGAA-A-TTTA---C--AT-----T------CAA--C-T-----TCAGTC-AGTT-CT-----AGCA--AT-AAA--T-GTGCA-----CCTACATGTA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCC-G-CT--CGCTTCAGA-TAATTG-AT----TT-G-------------AT-TGTT---GAA--CTAA--C--TTT--CTAT--CACTA-TTAA-TGTA-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTG-G--------GTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------ATAACC----A--------Agtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCAGATGAAGTGCGTAAAGTCACAAATAGTCTAGCCGAGCTGA
Unaligned ( gi|20 ): AGCCGAGTGCTTATTCCCAGACAAGGATTATAAAG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222 11111 11111 66666666666666666666666666 11 11111 111 1111111 1111111111111 333333333333333333333333333333 111111 111111111111 22222222 22222222 1 11 222 11 333333 222222 1 1 11 1 111
lowQualScore : 3 3 777 33 2 2 33 2 11111111111111111111 33 2 77777 3 1 2 22222 33 33 33 2 00000 888888 33 77777 2 2 33 66 44 3 3 44 3 88888888888888888888888888 4 777 11 66666 55 444 4 4 4 8 4 3 3 55 7 3 9999 1111111 55 55 6666666666666 666666666666666666666666666666 66 0 333333 44 777777777777 4 1 99999 4 8 66666666 44 777 8 4 7777 5 99999999 0 33 777 33 888888 888888 2 0 0 33 0 777
lowQualScore : . . ... .. . . .. . .................... .. . ..... . . . ..... .. .. .. . ..... ...... .. ..... . . .. .. .. . . .. . .......................... . ... .. ..... .. ... . . . . . . . .. . . .... ....... .. .. ............. .............................. .. . ...... .. ............ . . ..... . . ........ .. ... . . .... . ........ . .. ... .. ...... ...... . . . .. . ...
lowQualScore : 3 3 999 99 9 7 55 5 11111111111111111111 99 9 11111 1 2 9 11111 99 99 99 9 00000 222222 99 11111 9 9 99 88 22 1 3 66 3 88888888888888888888888888 0 000 00 55555 55 777 0 0 0 0 0 6 6 66 3 6 4444 8888888 55 55 6666666666666 666666666666666666666666666666 99 2 333333 22 444444444444 4 0 22222 4 0 66666666 66 888 9 4 0000 7 22222222 0 22 555 88 888888 888888 0 0 0 88 0 555
consensus : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TT-GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAANC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAN--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ANT-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
Reference ( family-31 ) : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TT-GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAANC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAN--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ANT-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|1 : AT-A-TTTA---A--AT-----TT-----CAA--CCT-----TCGAC--GG-T-CT-----AGAC--ATGTAA--TTATGAAA----CC------TA--G-----G-TG-TA--A--CT--GCCAG-CT--CGCTTCAAA-TAAT-G--------T-GC--AATATT---AATATGTTTAGAAC--CTAA-----TCTTACTATC-AACTA-TAAAATGTT-GCCAT-TGGCT-AC-C-TTCTAAG-GTTGGGTG-A-----A--A--TCCCAAAAAAAAAT-------AAAACC----AG-------AA-CACA--AAT---GTTTTCCGT--TCAAAAAAGT--GGCTTCA---AGGCT--C-GC-ATTATC--TA-CACGCTCTTTC--G--TA-TAGA---AAAGCTTCCTATAAGTC--T-GTTTG-ACTTTACCACAC-CTTAACTGAGTCTATATGAGGTAGAGGGCTTGCCC------TGTACATACGCGGTAA-ATT--CTTA---ATTCAAGA
gi|1 : TCTCGAGAC-ACGTCTA--TTCATAG--TTTA-TGT-CTAGACTA-TTTA---A--TC-----T------CA---C-TACAGATCCGAC-GGCT-CTTCT--AGCACTAT-TAA--T-G---A-----CC------TA--G-----GATG-ACGTA--CTTGACC-G-CT--CGCTTCATA-TAA----AT----T---T--GAT-CT---AAT-TGTT---AAG----AA--CT-TCT--CTTTC---CTA-TTGA-TGTT-TC-ATATACTTGAC-A-GTGTA-G-ATA---TAGA-----AAGA--TCCCAAAT-----T-------AATAA-----A--------AA-CGCATCAACCTTATTTTCCGT--TTCATAT--TCTGACAGCAT--TG--T--CTGCAAAA-TA--TT-TACGCTCC--C--GAAAA-TTGA---AAGT-TTCCCATA--TC--T-TTCTT-Gaagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaaacggaaaataaggttgatgcgtttttattaatttgggatctttctatatctacactgtcaagtatatgaaacatcaataggaaagagaagttcttaacaattagatcaaatttatatgaagcgagcggtcaagtacgtcatcctaggtcattaatagtgctagaagagccgtcggatctgtagtgagattaaatagtctagacataaactatgaatagacgtgtctcgagat
gi|10 : atatttaaatttcaaccttcgacggtctagacatgtaattatgaaacctaggtgtaactgccagctcgcttcaaataatgtgcaatattaatatgtttagaacctaatcttactatcaactataaaatgttgccattggctaccttctaaggttgggtgaaatcccaaaaaaaaataaaaccagaacacaaatgttttccgttcaaaaaagtggcttcaaggctcgcattatctacacgctctttcgtatagaaaagcttcctataagtctgtttgactttaccacaccttaactgagtctatatgaggtagagggcttgccctgtacatacgcggtaaattcttaattTCC---TTCATAA--TCCT-TGT-CTGGGA-A---TA---AGCAC-----T------CAG--C-T-----TCGACC-GGCT-GT-----ATCA--AG-TAA--T-GTGCA-----TT------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-A-CT--CGCTTCAAA-TAA-------------GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTAT--CACTA-TTAA-TTTT-GC-AT-TACTT-ATAC-ATCTC-G-Gt
gi|11 : ctgctGAGC-A-GTCC------------------GT-CTGGAC-A-TTTA---C--AT-----T------CTG--C-T-----TTGATC-GGTT-CT-----AGCA--TT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--A-----A-TG-AC--A--TT--GCC-
gi|12 : atttcggatCTCAGAGC-A-GTCTACTTTCATAAGTTTCAGTGT-TTTGAG-AATTTA---C--GT-----T------CAG--C-T-----TCCGCC-GGTTATT-----TGGA--AG-TAA--T-GTGCA-----CC------CA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCT-GTTT--CGCTTCAAA-TAaataaaaattgtaactacatgtaaatttgtcatt
gi|13 : GAGC-A-GTCT---TTCAAAT--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTAGTGA--AT-----TTACAGTCAA--C-T-----TCAGAC-AGTT-AT-----AGCA--AT-GAA--T-GTGCA-----CT------TA----------TG-AC--A--t
gi|14 : aTCTCTGGAC-A-GTCA---TTCAAAA--TTTA-AGT-CTGGCA-A-TTTA---C--AG-----T------CAA--C-T-----TC
gi|15 : catttaattcatctgttcgggagtgtcacagttt-CT-----AGCA--AT-CAA--T-GTGCATTTAGCA------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCT-G-TT--TGCTTCCAA-CAttc
gi|16 : CA---TG--T--G-GA-AAT-TG--TT-TAT-CTCCT-A--A--TG-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTT--T-GTtcg
gi|18 : ccTTTTGGATC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TG---TGAAT-A-TTTA---C--AT-----T------
gi|19 : aTCTCAGAGC-A-GTTC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-T
gi|2 : TCC---TTCA-AA--TCTG--GT-CTG-AG-A-TAGA---A--ACAGCACT------CGG--C-T-----TCGGCC-GGCT-GTTATAGAGTA--GT--GA--T-GTGCA-----T-------TA--G-----G-GA-AC--AA-CT--GCC-A-CTACTGCTTTCAA-TAATCACATGTCATT-GT--TAT-TTTTTCAT-TGTT---AAAAAC-AA--CAATCT--CTATC--ACTAATTAA-TGTT-GCCAT-TGCTT-AC-A-GTCTA-ATATA---TATAGCCAAA--A--AACCAAAC-----TTTTGAGAAGAATCTGCTACTTTGCTTGA-CATA--AT----ATTTTCCGC--TTCAAAT--TC-GACGCCATTGCT--TG-C-AC-AAT-AT--TT-TAC-CTCC--C--GAATA-TTGAAGTAGGG-TTTCCATA-GTC-----CTTT-ATT-------
gi|21 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTA-----A--A--TCCCAAAtgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|3 : TCTCGGAGC-A-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAT-A-TTTA---A--TT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TTCATTGGAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TAT--CTATC-CACTA-TTAA-AGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-TTCTA-G-GTT---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAACC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAA--TT-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ATT-TC--TT-CAC-CTCTTTC--G--TA-CTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|4 : GT-CTGGAT-A-TTTA---A--TT-----T------CAAAAC-T-----TCG-CC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TAAAG-----G-TG-AC--ATACT--GCC-G-CT--CGCTCAAAA-TAATTG-AT----TTCATTGGAT-TTT--CAT-TGTT---AAA--CTAAACC--TAT--CTATC-CACTA-TTAA-AGTTTGC-AT-TGCTT-AC-C-TTCTAAG-GTT---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAAAC----A--------AAACACA--AA----ATTTTCCGTGTTCAAAAA--TT-GGCTTCA---CG--A--C-GC-ATT-TCGTTC-CAC-CTCTTTC--G--TA-ACGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------ACGCTT--CTGT--TTATATA--GTAT-----TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TACCCATTCAAAActaga
gi|5 : TCTCGGAGCCA-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGTTCTTGAT-A-TTTA---A---T-----T------CAA--T-T-----TCGGCCCGGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T--TGAA-----CC------TA--G-----G-TGAAC--A--CT--GCC-G-CT--TGCGTCAAACT--TTG-AT-------------C-TT---CAT-TGTT---AAAACCTAAC-C--TCT--CTATCACAATA-TTAA-TGGT-GC-TT-TATTT-AC-CAGTCTA-G-ATT---AGAA-----A--AATCCCCCAAA-----T-------AAAAAC----G--------AT-CAC---------CTTTTCCGT--TCAAAAT--TC-
gi|6 : agactatgggactttttcctatttcggatgtaaataattgtgcaatttggttttcgttttcaatggcgtcaTCGGAGC-A-GTCC---TTAATAA--TTCA-TGT-CTGGGA-A-TTTA---C--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-ACTC-CT-----AGCA--AT-AAAAAT-GTGCA-----CC------TA--GCTTAGG-TG-AC--A--TT--GTC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAGTT-AT----TT-G----A-------CA---ATT---AAA--CTAA--C--TCT--TTATC--ACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TACTT-AC-C-GTCTA-G-GTA---TGAA-----A--A--TCCCAAAC-----T-------AAAAAC----G--------AT-CATT--AC----ATTTTCCGT--TCAAATA--CC-GACTCC----CG--TTGC-AC-AAT-AT--TT-TAC-CTTC
gi|7 : aatttcgTCGGAGT-A-GACC---TTTATAA--TTCA-TGT-CTGGAA-A-TTCA--------------------CAA-----------------AATT-CT-----AGCA--AA-TGA--T-ATCCA-----CT------TA--G-----G-TG-AT--A--CG--GCC-A-TT--TGCTTCAAA-TCA--G--------T-GT--G---------AC-TGTT---ACA--GTA---------------T-TACTA-TCAA-TCCT-GC-AT-TACTT-A--C-ATCTT-G-GTA---TG-----------------AACA-----T-------AAAA---------------------A--AG----A-TTTCCAT--T----------------------G--T----GT-AAT-TA--TT-TAT-CTCCT----GA-TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-
gi|8 : -GGCATCA---CG--T--C-TC-ATT-TC--TTGCAC-CTGCTTTTGG--TAACTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--TTGTTTTTGTT--------C-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTACAGATTCACACATACG-GGTAATATTCCC-TA---ATTCAAAA
gi|8 : tC-CTCCTT---G--AA-ATGA---AGAGCCTCCCATA-GTCTTT-ATTTT-Gtaaagactatgggaggctcttcatttcaaggagggtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
gi|9 : tggcatcacgtctcatttcttgcacctgcttttggtaactgaagagttcctatagtcttgtttttgttccttactgttatatagtatttctacagattcacacatacgggtaatattccctaattCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTTA-TGC-CTGGAA-A-TTTA---C--AT-----T------CAA--C-T-----TCAGTC-AGTT-CT-----AGCA--AT-AAA--T-GTGCA-----CCTACATGTA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCC-G-CT--CGCTTCAGA-TAATTG-AT----TT-G-------------AT-TGTT---GAA--CTAA--C--TTT--CTAT--CACTA-TTAA-TGTA-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTG-G--------GTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------ATAACC----A--------Agtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
blockSeqs : C . ACT GT G T CT A GTGAATTTACAGT AA . ACAGA C C A TATAG CT T AA . TTTAG TACATG AA CTTAG A A GT TA TG . T AC C TCACATGTCATTGTTATTTTTT . . AA CAA . CAC A . T C A G A AG A T A TAGCCAA AG AT TTTTGAGA TCTGCTACTTTGCTTGACATAAT GT TTCT AG TTGCTTGC A A TCGT G G TTTTGG AC AGT C . TTT T A G A T . T CAGATT A . T CC . CCC
blockSeqs : . . . . . . A . AACAGCACT . . . . C . TCT . T . . . . . . . . . A . . . . . TTGATTTCATTGGATTTT . . AC ACC . CC . . . . . . . G . . A GA . . T AAAACGCATCAACCTT . TTC GC TTGTCT . A TA . . CGAA T . . . TT . A . A . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . AGCACT . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TTGATTTCATTGGATTT . . . CT . CC . . . . . . . A . . T TA . . T ACAAAACACAAA . ATT TT CGTTGC . A TG . . CGAA T . . . T . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . ATCT . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . ATTTGATCT . . . CC . TT . . . . . . . G . . T TA . . T CCAAACACAAA . ATT TT TGTG . T AT . . TTCG T . . . T .
blockSeqs : . . . . . . A . CATT . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . . . . GTTATTTGA . . . C . C . . . . . . . T . . T TA . . T ACGATCATTAC . TTC TC CGTC . T TC . . TTCG C . . . T .
blockSeqs : . . . . . . A . CGTT . . . . C . . . C . . . . . . . . . . . . . . . TTGATCTT . . . C . C . . . . . . . T . . T AA . . T ACGATCAC . ACC AT CGAC . A AT . . TAA A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . T . CAGT . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TTGATTTG . . . C . C . . . . . . . T . . A AA . . T AAG . . . CGTC . A TA . . TGA T . . . T
blockSeqs : . . . . . . A . CATT . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GTGATTT . . . C . C . . . . . . . G . . A TA . . T GT . T TC . . TTG A . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . ATTT . . . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . GTGTG . . . . . C . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . ATTT . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . T . CATT . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . CATT . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . .
blockSeqs : A .
blockSeqCons : *** CATT**************** T* ***** TTGATTTTGGATT************* *** C**** ** C** N*** TA***** T************ ACGANCACAAN******************* ATC*** CGTC******** TN***
originalCons : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTA---A--AT-----T------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTG-AT----TT-GT--GAT-TT---CAT-TGTT---AAA--CTAA--C--TCT--CTATC-CACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTA-----A--A--TCCCAAAA-----T-------AAAANC----A--------AA-CACA--AA----ATTTTCCGT--TCAAAAN--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ANT-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
finalCons : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGGAN-A-TTTACATT----------------CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--ATT-AA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAATTGATTTTGGATT-------------CAT-TGTT---AAA--CTAAC----TCT--CTATC--ACTA-TTAA-TGTT-GC-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-G-GTN---TGTA-----A--A--TCCCAAAAT------------AAAAACGANCACAAN-------------------ATTTTCCGT--TCAAAAATC---GGCTTCACGTC--------GC-ANTTN---TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCAGATGAAGTGCGTAAAGTCACAAATAGTCTAGCCGAGCTGA
Unaligned ( gi|20 ): AGCCGAGTGCTTATTCCCAGACAAGGATTATAAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 11111 8888888888888888888888888888888 111 22222222 3333333333 55555555555555555555555555555 111111 111111111111 22222222 22222222 1 11 222 11 333333 222222 1 1 11 1 111
lowQualScore : 3 3 777 33 2 2 000000000 33 2 888888 2 33 2 77777 3 1 2 22222 55555 33 2 00000 888888 33 77777 2 2 66 33 44 3 3 44 3 0000000000000000000000000000000 4 777 000 11111111 55 8 4 55 4 4 4 4 4 4 3 3 55 7 9999 8 55 55 777 0000000000 5 33333333333333333333333333333 66 0 444444 44 555555555555 4 1 99999 44 8 66666666 44 777 8 4 7777 5 99999999 0 33 777 33 888888 888888 2 0 0 33 0 777
lowQualScore : . . ... .. . . ......... .. . ...... . .. . ..... . . . ..... ..... .. . ..... ...... .. ..... . . .. .. .. . . .. . ............................... . ... ... ........ .. . . .. . . . . . . . . .. . .... . .. .. ... .......... . ............................. .. . ...... .. ............ . . ..... .. . ........ .. ... . . .... . ........ . .. ... .. ...... ...... . . . .. . ...
lowQualScore : 3 3 999 99 9 7 000000000 55 5 333333 7 99 9 11111 1 9 9 11111 66666 99 9 00000 222222 99 11111 9 9 88 99 22 1 3 66 3 9999999999999999999999999999999 0 000 555 00000000 55 0 0 55 0 0 0 0 0 0 6 6 66 3 4444 4 55 55 000 6666666666 0 66666666666666666666666666666 99 2 333333 22 444444444444 0 0 33333 55 0 66666666 66 888 9 4 0000 7 22222222 0 22 555 88 888888 888888 0 0 0 88 0 555
consensus : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGG---------AN-A-TTTA-----CATT-CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--------ATTT---TGGAT-T--CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TCT--CTATC-A-C--T-ATTAA-TGTT-G-C-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-GGTN---TGTAA--A--TCCCAA---AA----------TAAAAAC-GAN-C----------------A-CAA---N-ATTTTCCGT--TCAAAAN--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-AAT-TC--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
Reference ( family-31 ) : TCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGG---------AN-A-TTTA-----CATT-CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--AT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--------ATTT---TGGAT-T--CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TCT--CTATC-A-C--T-ATTAA-TGTT-G-C-AT-TGCTT-AC-C-GTCTA-GGTN---TGTAA--A--TCCCAA---AA----------TAAAAAC-GAN-C----------------A-CAA---N-ATTTTCCGT--TCAAAAA--TC-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ANT-TN--TT-CAC-CTCCTTC--G--TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CGCACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|1 : ---------AT-A-TTTA-----AATTTCAA--CCT-----TCGAC--GG-T-CT-----AGAC--ATGTAA--TTATGAAA----CC------TA--G-----G-TG-TA--A--CT--GCCAG-CT--CGCTTCAAA-TAATG---TGCA------AT--------AT-T--AATATGTTTAGAAC--CTAA--------TCTTACTATC-AAC--T-ATAAAATGTT-G-CCAT-TGGCT-AC-C-TTCTAAGGTTGGGTG-AA--A--TCCCAA---AAAAAAA-----TAAAACCAGAA-C----------------A-CAA---ATGTTTTCCGT--TCAAAAAAGT--GGCTTCA---AGGCT--C-GC-ATTATC--TA-CACGCTCTTTC--G--TA-TAGA---AAAGCTTCCTATAAGTC--T-GTTTG-ACTTTACCACAC-CTTAACTGAGTCTATATGAGGTAGAGGGCTTGCCC------TGTACATACGCGGTAA-ATT--CTTA---ATTCAAGA
gi|1 : TCTCGAGAC-ACGTCTA--TTCATAG--TTTA-TGT-CTAG---------ACTA-TTTA------ATC-TCA--C-TACAGATCCGAC-GGCT-CTTCT--AGCACTAT-TAA--T-G---A-----CC------TA--G-----GATG-ACGTA--CTTGACC-G-CT--CGCTTCATA-TAA---------------ATTT-----GATCT--AAT-TGTT---AAG----AA--CT----TCT--CTTTC---C--T-ATTGA-TGTT-T-C-ATATACTTGAC-A-GTGTA-GATA---TAGAAAGA--TCCCAAATTAA----------TAAAAAC-G---C----------------ATCAACCTT-ATTTTCCGT--TTCATAT--TCTGACAGCAT--TG--T--CTGCAAAA-TA--TT-TACGCTCC--C--GAAAA-TTGA---AAGT-TTCCCATA--TC--T-TTCTT-Gaagatatgggaaactttcaattttcgggagcgtaaatattttgcagacaatgctgtcagaatatgaaacggaaaataaggttgatgcgtttttattaatttgggatctttctatatctacactgtcaagtatatgaaacatcaataggaaagagaagttcttaacaattagatcaaatttatatgaagcgagcggtcaagtacgtcatcctaggtcattaatagtgctagaagagccgtcggatctgtagtgagattaaatagtctagacataaactatgaatagacgtgtctcgagat
gi|10 : atatttaaatttcaaccttcgacggtctagacatgtaattatgaaacctaggtgtaactgccagctcgcttcaaataatgtgcaatattaatatgtttagaacctaatcttactatcaactataaaatgttgccattggctaccttctaaggttgggtgaaatcccaaaaaaaaataaaaccagaacacaaatgttttccgttcaaaaaagtggcttcaaggctcgcattatctacacgctctttcgtatagaaaagcttcctataagtctgtttgactttaccacaccttaactgagtctatatgaggtagagggcttgccctgtacatacgcggtaaattcttaattTCC---TTCATAA--TCCT-TGT-CTGG---------GA-A-TAAG-----CACT-CAG--C-T-----TCGACC-GGCT-GT-----ATCA--AG-TAA--T-GTGCA-----TT------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-A-CT--CGCTTCAAA-TAAG----TG--------AT---------T-T--CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TCT--CTATC-A-C--T-ATTAA-TTTT-G-C-AT-TACTT-ATAC-ATCTC-GGt
gi|11 : ctgctGAGC-A-GTCC------------------GT-CTGG---------AC-A-TTTA-----CATT-CTG--C-T-----TTGATC-GGTT-CT-----AGCA--TT-TAA--T-GTGCA-----CC------TA--A-----A-TG-AC--A--TT--GCC-
gi|12 : atttcggatCTCAGAGC-A-GTCTACTTTCATAAGTTTCAGTGT-TTTG---------AG-AATTTA-----CGTT-CAG--C-T-----TCCGCC-GGTTATT-----TGGA--AG-TAA--T-GTGCA-----CC------CA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCT-GTTT--CGCTTCAAA-TAaataaaaattgtaactacatgtaaatttgtcatt
gi|13 : GAGC-A-GTCT---TTCAAAT--TTTA-AGT-CTGGCAATTTAGTGA-A-TTTA-----CAGT-CAA--C-T-----TCAGAC-AGTT-AT-----AGCA--AT-GAA--T-GTGCA-----CT------TA----------TG-AC--A--t
gi|14 : aTCTCTGGAC-A-GTCA---TTCAAAA--TTTA-AGT-CTGG---------CA-A-TTTA-----CAGT-CAA--C-T-----TC
gi|15 : catttaattcatctgttcgggagtgtcacagttt-CT-----AGCA--AT-CAA--T-GTGCATTTAGCA------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCT-G-TT--TGCTTCCAA-CAttc
gi|16 : CA---TG--T--G-GA-AAT-TG--TT-TAT-CTCCT-A--A--TG-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTT--T-GTtcg
gi|18 : ccTTTTGGATC-A-GTCC---TTCATAA--TTCA-TG---TGA---------AT-A-TTTA-----CATT-
gi|19 : aTCTCAGAGC-A-GTTC---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGG---------AA-A-T
gi|2 : TCC---TTCA-AA--TCTG--GT-CTG----------AG-A-TAGAAACAGCACT-CGG--C-T-----TCGGCC-GGCT-GTTATAGAGTA--G--TGA--T-GTGCA------T------TA--G-----G-GA-ACA-A--CT--GCC-A-CTACTGCTTTCAA-TAATCACATGTCATTGTTATTT---T---T-T--CAT-TGTT---AAA----AA--CAACAATCT--CTATC-A-C--TAATTAA-TGTT-GCC-AT-TGCTT-AC-A-GTCTA--ATA---TATAT--A--GCCAAA---AAACCAAACTTTTGAGAAG-AAT-CTGCTACTTTGCTTGACA-TAA---T-ATTTTCCGC--TTCAAAT--TC-GACGCCATTGCT--TG-C-AC-AAT-AT--TT-TAC-CTCC--C--GAATA-TTGAAGTAGGG-TTTCCATA-GTC-----CTTT-ATT-------
gi|21 : aaatcatttttgtttcaataaatatggcatcagcatcgcacttctgtgtcacctcggtttgataaactcttgaaaaaactatgagaatttcctatatctgtttgtctagacaaccaccagttactgtcaagccaaaggtgttaatattaggtagcaatctcaaacacactccggaaattctaatttcaCTT-AC-C-TTCTA-GGTT---TGTAA--A--TCCCAA---Atgaatctcgagttcagtgagcgtcagtcaaatatctagcgaattga
gi|3 : TCTCGGAGC-A-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGT-CTGG---------AT-A-TTTA-----ATTT-CAA--C-T-----TCGGCC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TA--G-----G-TG-AC--A--CT--GCC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAT----TG--------ATTTCATTGGAT-TT-CAT-TGTT---AAA--CTAA--C-----TAT--CTATCCA-C--T-ATTAA-AGTT-G-C-AT-TGCTT-AC-C-TTCTA-GGTT---TGTAA--A--TCCCAA---AA----------TAAAACC-AAA-C----------------A-CAA---A-ATTTTCCGT--TCAAAAA--TT-GGCTTCA---CG--T--C-GC-ATT-TC--TT-CAC-CTCTTTC--G--TA-CTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------AC-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TA---ATTCAAAA
gi|4 : GT-CTGG---------AT-A-TTTA-----ATTT-CAAAAC-T-----TCG-CC-GGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T-ATGAA-----CC------TAAAG-----G-TG-AC--ATACT--GCC-G-CT--CGCTCAAAA-TAAT----TG--------ATTTCATTGGAT-TTTCAT-TGTT---AAA--CTAAACC-----TAT--CTATCCA-C--T-ATTAA-AGTTTG-C-AT-TGCTT-AC-C-TTCTAAGGTT---TGTAA--A--TCCCAA---AA----------TAAAAAC-AAAAC----------------A-CAA---A-ATTTTCCGTGTTCAAAAA--TT-GGCTTCA---CG--A--C-GC-ATT-TCGTTC-CAC-CTCTTTC--G--TA-ACGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-GTTTT-GTT-------ACGCTT--CTGT--TTATATA--GTAT-----TTTCTA------CACACATACG-GGTAA-ATT--C-TACCCATTCAAAActaga
gi|5 : TCTCGGAGCCA-GCCA---TTCATAA--TTCA-TGTTCTTG---------AT-A-TTTA------ATT-CAA--T-T-----TCGGCCCGGCT-CT-----AGCA--CT-TAA--T--TGAA-----CC------TA--G-----G-TGAAC--A--CT--GCC-G-CT--TGCGTCAAACT--T----TG--------ATC--------T-T--CAT-TGTT---AAAACCTAAC-C-----TCT--CTATC-A-CAAT-ATTAA-TGGT-G-C-TT-TATTT-AC-CAGTCTA-GATT---AGAAA--AATCCCCCA---AA----------TAAAAAC-GAT-C----------------A-C-------CTTTTCCGT--TCAAAAT--TC-
gi|6 : agactatgggactttttcctatttcggatgtaaataattgtgcaatttggttttcgttttcaatggcgtcaTCGGAGC-A-GTCC---TTAATAA--TTCA-TGT-CTGG---------GA-A-TTTA-----CATT-CAA--C-T-----TCGGCC-ACTC-CT-----AGCA--AT-AAAAAT-GTGCA-----CC------TA--GCTTAGG-TG-AC--A--TT--GTC-G-CT--CGCTTCAAA-TAAG----TT--------ATTT-----GA-----CA---ATT---AAA--CTAA--C-----TCT--TTATC-A-C--T-ATTAA-TGTT-G-C-AT-TACTT-AC-C-GTCTA-GGTA---TGAAA--A--TCCCAA---AC----------TAAAAAC-GAT-C----------------A-TTA---C-ATTTTCCGT--TCAAATA--CC-GACTCC----CG--TTGC-AC-AAT-AT--TT-TAC-CTTC
gi|7 : aatttcgTCGGAGT-A-GACC---TTTATAA--TTCA-TGT-CTGG---------AA-A-TTCA-----CA----AA--A-T---------------T-CT-----AGCA--AA-TGA--T-ATCCA-----CT------TA--G-----G-TG-AT--A--CG--GCC-A-TT--TGCTTCAAA-TCAG----TG---------------TG--------AC-TGTT---ACA-------------------GTATT-A-C--T-ATCAA-TCCT-G-C-AT-TACTT-A--C-ATCTT-GGTA---TG------------AA---CA----------TAAAAAA-GA-------------------------------TTTCCAT--T----------------------G--T----GT-AAT-TA--TT-TAT-CTCCT----GA-TA-TTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--T-
gi|8 : -GGCATCA---CG--T--C-TC-ATT-TC--TTGCAC-CTGCTTTTGG--TAACTGA---AGAG-TTCCTATA-GTC--TTGTTTTTGTT--------C-CTTA-CTG---TTATATA--GTA------TTTCTACAGATTCACACATACG-GGTAATATTCCC-TA---ATTCAAAA
gi|8 : tG--C--C-AC-AAT-AT--TT-ACC-CTCCTT---G--AA-ATGA---AGAGCCTCCCATA-GTCTTT-ATTTT-Gtaaagactatgggaggctcttcatttcaaggagggtaaatattgtggcaacatggcttcaaggaatttgaa
gi|9 : tggcatcacgtctcatttcttgcacctgcttttggtaactgaagagttcctatagtcttgtttttgttccttactgttatatagtatttctacagattcacacatacgggtaatattccctaattCTCGGAGC-A-GTCC---TTCATAA--TTTA-TGC-CTGG---------AA-A-TTTA-----CATT-CAA--C-T-----TCAGTC-AGTT-CT-----AGCA--AT-AAA--T-GTGCA-----CCTACATGTA--G-----G-TG-AC--A--TT--GCC-G-CT--CGCTTCAGA-TAAT----TG--------A-TT---TG--------AT-TGTT---GAA--CTAA--C-----TTT--CTATC-A-C--T-ATTAA-TGTA-G-C-AT-TGCTT-AC-C-GTCTG-G-------GTAA--A--TCCCAA---AA----------TATAAaacatggcttcaaggaatttgaa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTCAGATGAAGTGCGTAAAGTCACAAATAGTCTAGCCGAGCTGA
Unaligned ( gi|20 ): AGCCGAGTGCTTATTCCCAGACAAGGATTATAAAG