lowQualScore                  :                                           11111111111       11111                111111111                                            1                                                      111    33333333333333    1111                                   11111                           3333333333333333    111111            1           5555555555555555555555555555555                                                       2222222222                 
lowQualScore                  :      3    3   3        3      2     2 2   22222222222 2 33  88888     2 77777    999999999       77777        555     3             1 5                 7      55       66     5             222    55555555555555    9999         9999     2      4         22222            5  777 4       4444444444444444    444444    4   66  0  4  5     2222222222222222222222222222222       5 5     5   4     4     1  5               6 5  8888888888  77             
lowQualScore                  :      .    .   .        .      .     . .   ........... . ..  .....     . .....    .........       .....        ...     .             . .                 .      ..       ..     .             ...    ..............    ....         ....     .      .         .....            .  ... .       ................    ......    .   ..  .  .  .     ...............................       . .     .   .     .     .  .               . .  ..........  ..             
lowQualScore                  :      0    6   6        3      9     7 7   77777777777 7 77  66666     9 66666    999999999       77777        888     3             0 0                 3      00       00     5             777    66666666666666    3333         4444     4      4         55555            0  888 4       0000000000000000    444444    5   99  0  0  0     2222222222222222222222222222222       7 7     7   4     4     5  0               0 7  9999999999  99             
consensus                     :    GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-G--TAT----ATAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATTATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATC---G----------CTACN---ACCGTCTCC----ATGGATACAATC-GTGAGCCGG-----CTGCGCCTACCA-AA---A-TTTTCCGG-----CTCAATC---GGCT------CGCCCGAT--GT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-C-GCAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GTN---G-----GC--AGAATCAAGTATG
Reference ( gi|4 )            :    GCACATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-G--TAA----ATAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATTATGTGTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTTTCAGAATAAGCCA--TTATC---A----------CTACA---ACCGTCTCC----ATGGACACAATC-GTGAGCCGG-----CTGCGCCTACCA-AA---A-TTTTCCGA-----CTTGATT---GGCT------CGCCCGAT--GT-GGCGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-C-ACAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCGGGTGCGCCAG-GTG---G-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|3                          :    GCGCATA-TAG-CAATGAAA-GTGTTG-AATTT-C-TAG-----------C-G--TAT----ATAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAAGCT---AACAT-TTTTACAAATTATATTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTTTGTCTCAGAATAAGCTA--CTATC---G----------CTACA---ACCGTCTCC----ATGGATACAATC-GTGAGCCGG-----CTGCATCTACCA-AA---A-TTTTCCGG-----CTCAACC---GGCT------CCCCCGAT--GT-GGTGT-GTGCG-----------C--ATT--------------TCTGGCT-C-ACAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTTCGCCGG-GTT---G-----GC--AGAATCAAGTACG
gi|16                         :   gGCGCATAGCAG-TAATGAAACATGTTG-AATTTAC-T-C-----------A-A--TAG-----TAAC-A----ATTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-Tct
gi|15                         :  cgGCGCATA-TAGGTAATGAAA-ATGTTA-AAATT-CTTAC-----------CGG--TAT----ATAAC-A-----TTGTT--------GGCACAG-----AAAAAG
gi|22                         :    GCGTATA-TAG-TAATAAAA-A---TG-AATTT-C-TAC-----------C-G--TAgaatacacaga
gi|7                          :  cccgACATA-TAG-TAATGAAA-ATATTG-AATTT-T-TAC-----------C-G--TAT----ATAAC-A----TTTTTTTTTTTTTGGACACAG-----AAAAGGCT---GAAAT-ATTTACAAATTATGTTTATTTCATTAAAGTATC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCTA--CTATC---G----------CTACT---ACCGTCTCC----ATGGATACAATC-GTGAGACGG-----CTGCGCCTACCA-AA---A-TTTTCC-----------------GGCT------CGCCCGAT--GT-GACGT-GTGCG-----------C--ACT--------------T
gi|5                          :  ccgggCATA-TAG-TAATAAAA-ATGTTA-AATTT-C-TAC-----------C-G--TAT----ATAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAGAGGCT---AACTT-TTACACAAATTATGTTTATTTCGTTGTAAAACC-TTAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATGAGCCA--CTCTA---G----------CTACT---ACTGTCTCC----ATGGATACAATT-GTGAGACGG-----CTGCGCCTACTA-AA---A-TTTCCCGA-----CTCAATC---GGCT------TGCCCGAT--GT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAT--------------TGCGGCT-C-GCAAT-CAA-A-GT--------------CCCGGGTGCGCCGG-GTT---G-----CC--AGAATCAAGTAT
gi|8                          :   ggtgCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-A--TAT----GTAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AGCAT-TGTTACAAATTATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TAAAGT--AAATACA-ATTTTTCTCAGAATAAGCCT--CTATT---G----------CTACT---ACCGTCTCC----ATGGATACAATC-GTGAGCCGG-----CTGCGCCTACTA-AA---ATTTTTCCGG-----CTCAATC---GGCT------CGCCCGAT--AT-GGTGT-GTGCG-----------C--AG
gi|20                         :  cggtgCATA-AAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-A--CAT----TTAAC-A----TTTT
gi|2                          :  ccagtgATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-G--TGT----ATAAC-A----TTTTTG--------GGCGCAG-----AAAAGGTT---AACAT-TTTTATAAATTATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATC---gg
gi|1                          : ccggtgtATG-TAT-TAAT---A-ATGTTGGAATTT-T-TACTACCAAGTACCC-G--TGATTATATAACGA----TTTTCTTAAG----GACACAAGCTGTAAAAGGATCACGACAA-TTGTAAAAATT-TATGTATTTCAGTAACCTACTGTGAGTTTAAAATACACTTCTCTTCTAGATAAAGCCAGCTTATC--------------CTACT---ACCGTCTCCTGATATGATTATAATCCGTG-GCCGGACTGACTG-GCCT-CCATAAGATA-TTTTCCGATGGTGCTCAGCC---GGCT------CGCC-GATTTGT-GGTGT-GTGCGGCAAAATGATTT--AGTCTTTGAAGAATCTTCGCGGCTAC-ACAATGCAA-GTATCTTCG-CGCA-TTACCCGTTTGCGCCGG-GTG---T-----GTCGAGAATCAGGgagcaagtagtcgnnnnnnctgtctcagaataagccactatcgagcaagtggtcgactaccgtctccaaactccaagccggctgcgtctaccaacatcggttcgcccgatgtggtgtgtgcgcaaatgcggctcacaatcaagtgtctcgccacattaccctggtgcgccggtttggcaaaatcaaatatgc
gi|14                         :        ATA-TAG-TAATGAAA-CTGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-G--GAT----A-AAC-A----TTT-----------------G-----GGGAGAC-----ATATATTTCACAAGTCATGTTTATTTCGTTAGA
gi|11                         :                   TGAAA-ATGTTG-CCTTT-C-GAT-----------T-GAATGA----ACAAC-A------ATTT--------GGCGTAG-----ACAAGGTC---GATAC-TTTT---AATTAT---TATATCAACAGTGTACCAGGAATG--AAA-ATA----TATCTTAAAATGAGTCA----ATC---C----------CCATAGTTACTGTTTCC----GAAGACGC---C-GTGA
gi|10                         :                          TGTTG-AATTT-C-TAC-----------C-A--TAT----ATAAC-A----GTTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTGAGCAATTAT-T-TATTTCATTAGAGTACC-TGAGTC--AAATAC--------------ATAAGCCG--CTCTCGCTA----------CTACACT-ACTGTCTCC----ATGGGTACAATC-GTGAGCCGG-----TTGCGCCTACCA-AA---A-ATTTCCGG-----CTCAATctcacaagtaatcaa
gi|13                         :                               -AATTT-C-TAC-----------T-G--TAT----ATAAC-GGGAGTTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGAT---AACAC-TTTTATAAATCATGTTTATTTCATAAGAGTACC-CGAATT--AAGTACA-TTTTGTCTCAGAAT
gi|9                          :                                   TT-C-TAC-----------C-G--TAT----ACAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATTATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATC---G----------CTACA---ACCGTCTCC----ATGAATACAATC-GTGA--------------GCCTACCA-GA---A-TTTTCCGG-----CTTAA
gi|18                         :                                                                                                                          tgataAATTATGTTTATTTCATTAGAGTGCC-TGAAGT--AAATACA-ATTTGTCTGAGAATAAGCTA--CTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaattgctctagca
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATC---GAGCAAGTGGTCGACT---ACCGTCTCC----A--AACTCCA------AGCCGG-----CTGCGTCTACCA-A-------------------C---ATC---GGTT------CGCCCGAT--GT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAA--------------TGCGGCT-C-ACAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCTGGTGCGCCGG-TTT---G-----GC--AAAATCAAATATG
gi|6                          :                                                                                                              ccggtgtatatagtaatgaaaatgttgaatttctaccgtgtataacatttttgggcgcagaaaaggttaacatttttataaattatgtttatttcattagagtacctgaattaaatacattctgtctcagaataagccactatcgagcaagtagtcgnnnnnnA---A-TTTTCCGG-----CTC-ATTACCGGCTTTCCAACGCT-GAT--GTTGGTGC-GTGCG-----------GTGAGT--------------TGCGGCT-T-GCA---CAA-GTGTC-TCGCCGCATTTACCCGGGTGCGCCGGCGTAC--GTCCTCGC--AGAATCAAGc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             tagcccactatcggtatctattctcgtctctatattT------CGCCTGAT--GTCGGTGTTGTGCG-----------CGTAGT--------------TGCGGCT-CGACAAT-CAATGTGTC-TCGCcgatgctatctgatagcattgctataaaaaattctcaagtcgtatccccatattatcccatgtatggcaagagaatgtgtttcacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GCGGAT-C-ACAAT-TAA-GTGTC-ACGCCGCA-GTACCCGGGTGCGCCGG-GTAAATG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-NTGTC-TCACCACA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GTG---G-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attggacttgctttagAA-NTGTC-TCACCACA-TTACCCctatctgacttagtacaattggacttgctttagagacaagacctgtcctaatggattttgatacacacactggcaaagtgtgtcacaa





Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111                             111111111                                                                                                         222222222222     11111                                    111111         11111                              11111   111111111111       111111                        4444444444444444444444444444444                                                       2222222222                 
lowQualScore                  :                                         3   3        3      2      2   11111111111 2  5555  33 2    2 66666    777777777       77777        555     3           3                      6      44       44                   55   000000000000     00000 777 1         8888       777  55   555555   0 0   11111   4     1   4  777 4   55    00000   666666666666       222222       66   8     4     1111111111111111111111111111111       5  5    5   4     4        5                 5  0000000000  66             
lowQualScore                  :                                         .   .        .      .      .   ........... .  ....  .. .    . .....    .........       .....        ...     .           .                      .      ..       ..                   ..   ............     ..... ... .         ....       ...  ..   ......   . .   .....   .     .   .  ... .   ..    .....   ............       ......       ..   .     .     ...............................       .  .    .   .     .        .                 .  ..........  ..             
lowQualScore                  :                                         3   3        1      7      5   99999999999 5  3333  77 7    7 55555    999999999       11111        444     1           1                      7      66       88                   00   555555555555     00000 000 0         5555       000  55   555555   8 1   11111   4     9   4  000 0   55    00000   111111111111       888888       11   9     4     6666666666666666666666666666666       0  0    0   4     4        0                 0  4444444444  99             
consensus                     :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--ATC------GTGAGCCGG-----CTG-CGCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
Reference ( family-300 )      :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CNACCGTCTCC----ATGGATA---CA--ATC------GTGAGCCGG-----CTG-CGCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|1                          :                                      ATG-TAT-TAAT---A-ATGTTGGAATTTT-TACTACCAAGTACCC-GTGATTAT--A-TAACGA----TTTTCTTAAG----GACACAAGCTGTAAAAGGATCACGACAA-TTGTAAAAATTTATGT--ATTTCAGTAACCTACTGTGAGTTTAAAATACACTTCTCTTCTAGATAAAGCCAGCTTA------------TC-CT-----A---CTACCGTCTCCTGATATGATTA---TA--ATCC-----GTG-GCCGGACTGACTG--GCCT-CCATAAGATA-TTT--TCCGATGGTGCT--------CA--GCCGGCT------CG-CCGATTTGT-GGTGT-GTGCGGCAAAATGATTT--AGTCTTTGAAGAATCTTCGCGGCTACA-CAATGCAA-GTATCTTCG-CGCA-TTACCCGTTTGCGCCGG-GT---GT-----GTCGAGAATCAGG
gi|10                         :                                                        TGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--A-TAAC-A----GTTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTGAGCAATT-AT--TTATTTCATTAGAGTACC-TGAGTC--AAATAC--------------ATAAGCCG--CTC------------TCGCTACTACA---CTACTGTCTCC----ATGGGTA---CA--ATC------GTGAGCCGG-----TTG-CGCCTACCA-AA---A-ATT--TCCG-----GCT--------CA--AT
gi|11                         :                                                 TGAAA-ATGTTG-CCTTTC-GAT-----------T-GA----ATGAA-CAAC-A------ATTT--------GGCGTAG-----ACAAGGTC---GATAC-TTTT---AATT-A---TTATATCAACAGTGTACCAGGAATG--AAA-ATA----TATCTTAAAATGAGTCA----A------------TCCCC-----ATAGTTACTGTTTCC----GAAGACG---C-----C------GTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AA-NTGTC-TCACCACA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGctcacaagtaatcaa
gi|13                         :                                             attggacttgctttag-AATTTC-TAC-----------T-GT----AT--A-TAAC-GGGAGTTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGAT---AACAC-TTTTATAAATC-ATGTTTATTTCATAAGAGTACC-CGAATT--AAGTACA-TTTTGTCTCAGAATctatctgacttagtacaattggacttgctttagagacaagacctgtcctaatggattttgatacacacactggcaaagtgtgtcacaa
gi|14                         :                                      ATA-TAG-TAATGAAA-CTGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GG----AT--A--AAC-A----TTT-----------------G-----GGGAGAC-----ATATATTTCACAAGTC-ATGTTTATTTCGTTAGA
gi|15                         :                                  GCGCATA-TAGGTAATGAAA-ATGTTA-AAATTCTTAC-----------CGGT----AT--A-TAAC-A-----TTGTT--------GGCACAG-----AAAAAG
gi|16                         :                                  GCGCATAGCAG-TAATGAAACATGTTG-AATTT---AC-----------T-CA----AT--AGTAAC-A----ATTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-Tgaatacacaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cgGCGGAT-CA-CAAT-TAA-GTGTC-ACGCCGCA-GTACCCGGGTGCGCCGG-GTAAATG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|18                         :                                                                                                                                                             AATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTGCC-TGAAGT--AAATACA-ATTTGTCTGAGAATAAGCTA--CT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T------CGCCTGA--TGTCGGTGTTGTGCG-----------CGTAGT--------------TGCGGCT-CGACAAT-CAATGTGTC-TCGC
gi|2                          :                                  GTGTATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----GT--A-TAAC-A----TTTTTG--------GGCGCAG-----AAAAGGTT---AACAT-TTTTATAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATCGAGCAAGTAGTCGNN-----N---NNNCTGTCT-C----A-GAATAAGCCACTATCGAGCAAGTG-GTCGA-----CTACCGTCT-CCA-AA---C-TCCAAGCCG-----GCTGCGTCTACCAACATCGGTT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAA--------------TGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCTGGTGCGCCGG-TT---TG-----GC--AAAATCAAATATG
gi|20                         :                               ccgGTGCATA-AAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AC----AT--T-TAAC-A----TTTTc
gi|22                         :                               ccaGCGTATA-TAG-TAATAAAA-A---TG-AATTTC-TAC-----------C-GT----Agg
gi|3                          :                              cccgGCGCATA-TAG-CAATGAAA-GTGTTG-AATTTC-TAG-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAAGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATATTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTTTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGATA---CA--ATC------GTGAGCCGG-----CTG-CATCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ACCGGCT------CCCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--ATT--------------TCTGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTTCGCCGG-GT---TG-----GC--AGAATCAAGTACG
gi|4                          :                                 gGCACATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AA--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTGTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTTTCAGAATAAGCCA--TTA------------TCACT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGACA---CA--ATC------GTGAGCCGG-----CTG-CGCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----ACT--------TG--ATTGGCT------CGCCCGA--TGT-GGCGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCGGGTGCGCCAG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGct
gi|5                          :                                  GTGCATA-TAG-TAATAAAA-ATGTTA-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAGAGGCT---AACTT-TTACACAAATT-ATGTTTATTTCGTTGTAAAACC-TTAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATGAGCCA--CTC------------TAGCT-----A---CTACTGTCTCC----ATGGATA---CA--ATT------GTGAGACGG-----CTG-CGCCTACTA-AA---A-TTT--CCCG-----ACT--------CA--ATCGGCT------TGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-A-GT--------------CCCGGGTGCGCCGG-GT---TG-----CC--AGAATCAAGTAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CATTACCGGCTTTCCAACGCT-GA--TGTTGGTGC-GTGCG-----------GTGAGT--------------TGCGGCT-TG-CA---CAA-GTGTC-TCGCCGCATTTACCCGGGTGCGCCGGCGTA--CGTCCTCGC--AGAATCAAG
gi|7                          : tagcccactatcggtatctattctcgtctctatattCATA-TAG-TAATGAAA-ATATTG-AATTTT-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTTTTTTTTTGGACACAG-----AAAAGGCT---GAAAT-ATTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAAAGTATC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--ATC------GTGAGACGG-----CTG-CGCCTACCA-AA---A-TTT--TC------------------------CGGCT------CGCCCGA--TGT-GACGT-GTGCG-----------C--ACT--------------Tcgatgctatctgatagcattgctataaaaaattctcaagtcgtatccccatattatcccatgtatggcaagagaatgtgtttcacaa
gi|8                          :                            ccgggaGTGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--G-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AGCAT-TGTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TAAAGT--AAATACA-ATTTTTCTCAGAATAAGCCT--CTA------------TTGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--ATC------GTGAGCCGG-----CTG-CGCCTACTA-AA---ATTTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TAT-GGTGT-GTGCG-----------C--AG
gi|9                          :                                                               cgTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-CAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGAATA---CA--ATC------GTGA---------------GCCTACCA-GA---A-TTT--TCCG-----GCT--------TA--A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCAGACTTAGTACAATTGGACTTGCTTTAGAANTGTCTCACCACATTACCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111                             111111111                                                                                                         222222222222     11111                                     111111                                          11111   111111111111       111111                        4444444444444444444444444444444                                                       2222222222                 
lowQualScore                  :                                         3   3        3      2      2   11111111111 2  5555  33 2    2 66666    777777777       77777        555     3           3                      6      44       44                   55   000000000000     00000 777           8888       777  55  4 111111   0 0   4   8 66    1   4  777 4   55    00000   666666666666       222222       66   8     4     1111111111111111111111111111111       5  5    5   4     4        5                 5  0000000000  66             
lowQualScore                  :                                         .   .        .      .      .   ........... .  ....  .. .    . .....    .........       .....        ...     .           .                      .      ..       ..                   ..   ............     ..... ...           ....       ...  ..  . ......   . .   .   . ..    .   .  ... .   ..    .....   ............       ......       ..   .     .     ...............................       .  .    .   .     .        .                 .  ..........  ..             
lowQualScore                  :                                         3   3        1      7      5   99999999999 5  3333  77 7    7 55555    999999999       11111        444     1           1                      7      66       88                   00   555555555555     00000 000           5555       000  55  0 555555   8 1   4   9 11    9   4  000 0   55    00000   111111111111       888888       11   9     4     6666666666666666666666666666666       0  0    0   4     4        0                 0  4444444444  99             
consensus                     :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
Reference ( family-300 )      :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|1                          :                                      ATG-TAT-TAAT---A-ATGTTGGAATTTT-TACTACCAAGTACCC-GTGATTAT--A-TAACGA----TTTTCTTAAG----GACACAAGCTGTAAAAGGATCACGACAA-TTGTAAAAATTTATGT--ATTTCAGTAACCTACTGTGAGTTTAAAATACACTTCTCTTCTAGATAAAGCCAGCTTA------------TC-CT-----A---CTACCGTCTCCTGATATGATTA---TA--ATCC------GTG-GCCGGACTGACTGGCCT-CCATAAGATA-TTT--TCCGATGGTGCT--------CA--GCCGGCT------CG-CCGATTTGT-GGTGT-GTGCGGCAAAATGATTT--AGTCTTTGAAGAATCTTCGCGGCTACA-CAATGCAA-GTATCTTCG-CGCA-TTACCCGTTTGCGCCGG-GT---GT-----GTCGAGAATCAGG
gi|10                         :                                                        TGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--A-TAAC-A----GTTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTGAGCAATT-AT--TTATTTCATTAGAGTACC-TGAGTC--AAATAC--------------ATAAGCCG--CTC------------TCGCTACTACA---CTACTGTCTCC----ATGGGTA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-TTG-C--GCCTACCA-AA---A-ATT--TCCG-----GCT--------CA--AT
gi|11                         :                                                 TGAAA-ATGTTG-CCTTTC-GAT-----------T-GA----ATGAA-CAAC-A------ATTT--------GGCGTAG-----ACAAGGTC---GATAC-TTTT---AATT-A---TTATATCAACAGTGTACCAGGAATG--AAA-ATA----TATCTTAAAATGAGTCA----A------------TCCCC-----ATAGTTACTGTTTCC----GAAGACG---C------C------GTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AA-NTGTC-TCACCACA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGctcacaagtaatcaa
gi|13                         :                                             attggacttgctttag-AATTTC-TAC-----------T-GT----AT--A-TAAC-GGGAGTTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGAT---AACAC-TTTTATAAATC-ATGTTTATTTCATAAGAGTACC-CGAATT--AAGTACA-TTTTGTCTCAGAATctatctgacttagtacaattggacttgctttagagacaagacctgtcctaatggattttgatacacacactggcaaagtgtgtcacaa
gi|14                         :                                      ATA-TAG-TAATGAAA-CTGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GG----AT--A--AAC-A----TTT-----------------G-----GGGAGAC-----ATATATTTCACAAGTC-ATGTTTATTTCGTTAGA
gi|15                         :                                  GCGCATA-TAGGTAATGAAA-ATGTTA-AAATTCTTAC-----------CGGT----AT--A-TAAC-A-----TTGTT--------GGCACAG-----AAAAAG
gi|16                         :                                  GCGCATAGCAG-TAATGAAACATGTTG-AATTT---AC-----------T-CA----AT--AGTAAC-A----ATTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-Tgaatacacaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cgGCGGAT-CA-CAAT-TAA-GTGTC-ACGCCGCA-GTACCCGGGTGCGCCGG-GTAAATG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|18                         :                                                                                                                                                             AATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTGCC-TGAAGT--AAATACA-ATTTGTCTGAGAATAAGCTA--CT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------CGCCTGA--TGTCGGTGTTGTGCG-----------CGTAGT--------------TGCGGCT-CGACAAT-CAATGTGTC-TCGC
gi|2                          :                                  GTGTATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----GT--A-TAAC-A----TTTTTG--------GGCGCAG-----AAAAGGTT---AACAT-TTTTATAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATCGAGCAAGTAGTCGNN-----N---NNNCTGTCT-C----A-GAATAAGCCACTAT-CGAGCAAGTG-GTCGA-CTACC--GTCT-CCA-AA---C-TCCAAGCCG-----GCTGCGTCTACCAACATCGGTT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAA--------------TGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCTGGTGCGCCGG-TT---TG-----GC--AAAATCAAATATG
gi|20                         :                               ccgGTGCATA-AAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AC----AT--T-TAAC-A----TTTTc
gi|22                         :                               ccaGCGTATA-TAG-TAATAAAA-A---TG-AATTTC-TAC-----------C-GT----Agg
gi|3                          :                              cccgGCGCATA-TAG-CAATGAAA-GTGTTG-AATTTC-TAG-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAAGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATATTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTTTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--ATCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ACCGGCT------CCCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--ATT--------------TCTGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTTCGCCGG-GT---TG-----GC--AGAATCAAGTACG
gi|4                          :                                 gGCACATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AA--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTGTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTTTCAGAATAAGCCA--TTA------------TCACT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGACA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----ACT--------TG--ATTGGCT------CGCCCGA--TGT-GGCGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCGGGTGCGCCAG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGct
gi|5                          :                                  GTGCATA-TAG-TAATAAAA-ATGTTA-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAGAGGCT---AACTT-TTACACAAATT-ATGTTTATTTCGTTGTAAAACC-TTAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATGAGCCA--CTC------------TAGCT-----A---CTACTGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-T------GTGAGACGG-CTG-C--GCCTACTA-AA---A-TTT--CCCG-----ACT--------CA--ATCGGCT------TGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-A-GT--------------CCCGGGTGCGCCGG-GT---TG-----CC--AGAATCAAGTAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CATTACCGGCTTTCCAACGCT-GA--TGTTGGTGC-GTGCG-----------GTGAGT--------------TGCGGCT-TG-CA---CAA-GTGTC-TCGCCGCATTTACCCGGGTGCGCCGGCGTA--CGTCCTCGC--AGAATCAAG
gi|7                          : tagcccactatcggtatctattctcgtctctatattCATA-TAG-TAATGAAA-ATATTG-AATTTT-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTTTTTTTTTGGACACAG-----AAAAGGCT---GAAAT-ATTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAAAGTATC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGACGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TC------------------------CGGCT------CGCCCGA--TGT-GACGT-GTGCG-----------C--ACT--------------Tcgatgctatctgatagcattgctataaaaaattctcaagtcgtatccccatattatcccatgtatggcaagagaatgtgtttcacaa
gi|8                          :                            ccgggaGTGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--G-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AGCAT-TGTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TAAAGT--AAATACA-ATTTTTCTCAGAATAAGCCT--CTA------------TTGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACTA-AA---ATTTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TAT-GGTGT-GTGCG-----------C--AG
gi|9                          :                                                               cgTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-CAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGAATA---CA--AT-C------GTGA-------------GCCTACCA-GA---A-TTT--TCCG-----GCT--------TA--A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCAGACTTAGTACAATTGGACTTGCTTTAGAANTGTCTCACCACATTACCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111                             111111111                                                                                                         222222222222     11111                                     111111                                          11111   111111111111       111111                        4444444444444444444444444444444                                                       2222222222                 
lowQualScore                  :                                         3   3        3      2      2   11111111111 2  5555  33 2    2 66666    777777777       77777        555     3           3                      6      44       44                   55   000000000000     00000 777           8888       777  55  4 111111   0 0   4   8 66    1   4  777 4   55    00000   666666666666       222222       66   8     4     1111111111111111111111111111111       5  5    5   4     4        5                 5  0000000000  66             
lowQualScore                  :                                         .   .        .      .      .   ........... .  ....  .. .    . .....    .........       .....        ...     .           .                      .      ..       ..                   ..   ............     ..... ...           ....       ...  ..  . ......   . .   .   . ..    .   .  ... .   ..    .....   ............       ......       ..   .     .     ...............................       .  .    .   .     .        .                 .  ..........  ..             
lowQualScore                  :                                         3   3        1      7      5   99999999999 5  3333  77 7    7 55555    999999999       11111        444     1           1                      7      66       88                   00   555555555555     00000 000           5555       000  55  0 555555   8 1   4   9 11    9   4  000 0   55    00000   111111111111       888888       11   9     4     6666666666666666666666666666666       0  0    0   4     4        0                 0  4444444444  99             
consensus                     :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
Reference ( family-300 )      :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|1                          :                                      ATG-TAT-TAAT---A-ATGTTGGAATTTT-TACTACCAAGTACCC-GTGATTAT--A-TAACGA----TTTTCTTAAG----GACACAAGCTGTAAAAGGATCACGACAA-TTGTAAAAATTTATGT--ATTTCAGTAACCTACTGTGAGTTTAAAATACACTTCTCTTCTAGATAAAGCCAGCTTA------------TC-CT-----A---CTACCGTCTCCTGATATGATTA---TA--ATCC------GTG-GCCGGACTGACTGGCCT-CCATAAGATA-TTT--TCCGATGGTGCT--------CA--GCCGGCT------CG-CCGATTTGT-GGTGT-GTGCGGCAAAATGATTT--AGTCTTTGAAGAATCTTCGCGGCTACA-CAATGCAA-GTATCTTCG-CGCA-TTACCCGTTTGCGCCGG-GT---GT-----GTCGAGAATCAGG
gi|10                         :                                                        TGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--A-TAAC-A----GTTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTGAGCAATT-AT--TTATTTCATTAGAGTACC-TGAGTC--AAATAC--------------ATAAGCCG--CTC------------TCGCTACTACA---CTACTGTCTCC----ATGGGTA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-TTG-C--GCCTACCA-AA---A-ATT--TCCG-----GCT--------CA--AT
gi|11                         :                                                 TGAAA-ATGTTG-CCTTTC-GAT-----------T-GA----ATGAA-CAAC-A------ATTT--------GGCGTAG-----ACAAGGTC---GATAC-TTTT---AATT-A---TTATATCAACAGTGTACCAGGAATG--AAA-ATA----TATCTTAAAATGAGTCA----A------------TCCCC-----ATAGTTACTGTTTCC----GAAGACG---C------C------GTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AA-NTGTC-TCACCACA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGctcacaagtaatcaa
gi|13                         :                                             attggacttgctttag-AATTTC-TAC-----------T-GT----AT--A-TAAC-GGGAGTTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGAT---AACAC-TTTTATAAATC-ATGTTTATTTCATAAGAGTACC-CGAATT--AAGTACA-TTTTGTCTCAGAATctatctgacttagtacaattggacttgctttagagacaagacctgtcctaatggattttgatacacacactggcaaagtgtgtcacaa
gi|14                         :                                      ATA-TAG-TAATGAAA-CTGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GG----AT--A--AAC-A----TTT-----------------G-----GGGAGAC-----ATATATTTCACAAGTC-ATGTTTATTTCGTTAGA
gi|15                         :                                  GCGCATA-TAGGTAATGAAA-ATGTTA-AAATTCTTAC-----------CGGT----AT--A-TAAC-A-----TTGTT--------GGCACAG-----AAAAAG
gi|16                         :                                  GCGCATAGCAG-TAATGAAACATGTTG-AATTT---AC-----------T-CA----AT--AGTAAC-A----ATTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-Tgaatacacaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cgGCGGAT-CA-CAAT-TAA-GTGTC-ACGCCGCA-GTACCCGGGTGCGCCGG-GTAAATG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|18                         :                                                                                                                                                             AATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTGCC-TGAAGT--AAATACA-ATTTGTCTGAGAATAAGCTA--CT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------CGCCTGA--TGTCGGTGTTGTGCG-----------CGTAGT--------------TGCGGCT-CGACAAT-CAATGTGTC-TCGC
gi|2                          :                                  GTGTATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----GT--A-TAAC-A----TTTTTG--------GGCGCAG-----AAAAGGTT---AACAT-TTTTATAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATCGAGCAAGTAGTCGNN-----N---NNNCTGTCT-C----A-GAATAAGCCACTAT-CGAGCAAGTG-GTCGA-CTACC--GTCT-CCA-AA---C-TCCAAGCCG-----GCTGCGTCTACCAACATCGGTT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAA--------------TGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCTGGTGCGCCGG-TT---TG-----GC--AAAATCAAATATG
gi|20                         :                               ccgGTGCATA-AAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AC----AT--T-TAAC-A----TTTTc
gi|22                         :                               ccaGCGTATA-TAG-TAATAAAA-A---TG-AATTTC-TAC-----------C-GT----Agg
gi|3                          :                              cccgGCGCATA-TAG-CAATGAAA-GTGTTG-AATTTC-TAG-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAAGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATATTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTTTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--ATCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ACCGGCT------CCCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--ATT--------------TCTGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTTCGCCGG-GT---TG-----GC--AGAATCAAGTACG
gi|4                          :                                 gGCACATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AA--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTGTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTTTCAGAATAAGCCA--TTA------------TCACT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGACA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----ACT--------TG--ATTGGCT------CGCCCGA--TGT-GGCGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCGGGTGCGCCAG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGct
gi|5                          :                                  GTGCATA-TAG-TAATAAAA-ATGTTA-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAGAGGCT---AACTT-TTACACAAATT-ATGTTTATTTCGTTGTAAAACC-TTAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATGAGCCA--CTC------------TAGCT-----A---CTACTGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-T------GTGAGACGG-CTG-C--GCCTACTA-AA---A-TTT--CCCG-----ACT--------CA--ATCGGCT------TGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AAT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-A-GT--------------CCCGGGTGCGCCGG-GT---TG-----CC--AGAATCAAGTAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CATTACCGGCTTTCCAACGCT-GA--TGTTGGTGC-GTGCG-----------GTGAGT--------------TGCGGCT-TG-CA---CAA-GTGTC-TCGCCGCATTTACCCGGGTGCGCCGGCGTA--CGTCCTCGC--AGAATCAAG
gi|7                          : tagcccactatcggtatctattctcgtctctatattCATA-TAG-TAATGAAA-ATATTG-AATTTT-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTTTTTTTTTGGACACAG-----AAAAGGCT---GAAAT-ATTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAAAGTATC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGACGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TC------------------------CGGCT------CGCCCGA--TGT-GACGT-GTGCG-----------C--ACT--------------Tcgatgctatctgatagcattgctataaaaaattctcaagtcgtatccccatattatcccatgtatggcaagagaatgtgtttcacaa
gi|8                          :                            ccgggaGTGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--G-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AGCAT-TGTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TAAAGT--AAATACA-ATTTTTCTCAGAATAAGCCT--CTA------------TTGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACTA-AA---ATTTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TAT-GGTGT-GTGCG-----------C--AG
gi|9                          :                                                               cgTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-CAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGAATA---CA--AT-C------GTGA-------------GCCTACCA-GA---A-TTT--TCCG-----GCT--------TA--A


blockSeqs                     :                                         G   G        C      .      T   .           G  .     GA G    . GGAGT    TTTTTTTTG       .            .       A           .                      A      .        T                    .    TCGAGCAAGTAG     ACTAC TAG           .          AGC  CT  . GAGCAA         .   C .     A   .  .   T   AA    .       GCGTCTACCAAC       TTCCAA       .    C     T     CGTAGT                                .  A    .   T     .        T                 C  ACGTCCTC    . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . G        T               .            .       .           .                      .      .        A                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     A   .  .   .   .     .       CATT               .            .    T     .     GTGAGT                                .  .    .   .     .        .                 .  AAATG       . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        T               .            .       .           .                      .      .        T                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     A   .  .   .   .     .       CA                 .            .    .     .     CAAA                                  .  .    .   .     .        .                 .  GG          . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . A        T               .            .       .           .                      .      .        T                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     A   .  .   .   .     .       CA                 .            .    .     .     CATT                                  .  .    .   .     .        .                 .  TG          . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        G               .            .       .           .                      .      .        T                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     A   .  .   .   .     .       TG                 .            .    .     .     CAGT                                  .  .    .   .     .        .                 .  TG          . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        T               .            .       .           .                      .      .        T                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     A   .  .   .   .     .       CA                 .            .    .     .     CAAT                                  .  .    .   .     .        .                 .  GG          . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        T               .            .       .           .                      .      .        T                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     A   .  .   .   .     .       CA                 .            .    .     .     CACT                                  .  .    .   .     .        .                 .  TG          . 
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        T               .            .       .           .                      .      .        A                    .    .                .     .             .          .    .   . .              .   . .     .   .  .   .   .     .       TA                 .            .    .     .                                                       .     .                                           
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        T               .            .       .           .                      .      .        T                    .    .                .     .             .          .    .   . .                                 .   .   .     .       .                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        T               .            .       .           .                      .      .        .                    .                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                         .   .        .      .      .   .           .  .     .  .    . T        .               .            .       .           .                      .      .        .                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                      .      .      .   .           .  .     .  .    . T        .               .            .       .           .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                             .      .   .           .  .     .  .    . .        .               .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                             .      .   .           .  .     .  .    . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                    .   .           .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                        ***********    ****                     T********       *****        ***                                               **       T*                   **                                        ****                                       **           ***           *****                                   **               CANT***************************                                                                   **
originalCons                  :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCG-----------C--AGT--------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
finalCons                     :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACAT-TCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGCGCANT---------------------------TGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCAGACTTAGTACAATTGGACTTGCTTTAGAANTGTCTCACCACATTACCC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                        11111111111                             111111111                                                                                                         222222222222     11111                                     111111                                          11111   111111111111       111111                          4444444444444444444444444444                                                        2222222222                 
lowQualScore                  :                                         3   3        3      2      2   11111111111 2  5555  33 2    2 66666    777777777       77777        555     3           3                      6      44       44                   55   000000000000     00000 777           8888       777  55  4 111111   0 0   4   8 66    1   4  777 4   55    00000   666666666666       222222       66   8     4    4  7777777777777777777777777777        5  5    5   4     4        5                 5  0000000000  66             
lowQualScore                  :                                         .   .        .      .      .   ........... .  ....  .. .    . .....    .........       .....        ...     .           .                      .      ..       ..                   ..   ............     ..... ...           ....       ...  ..  . ......   . .   .   . ..    .   .  ... .   ..    .....   ............       ......       ..   .     .    .  ............................        .  .    .   .     .        .                 .  ..........  ..             
lowQualScore                  :                                         3   3        1      7      5   99999999999 5  3333  77 7    7 55555    999999999       11111        444     1           1                      7      66       88                   00   555555555555     00000 000           5555       000  55  0 555555   8 1   4   9 11    9   4  000 0   55    00000   111111111111       888888       11   9     4    4  0000000000000000000000000000        0  0    0   4     4        0                 0  4444444444  99             
consensus                     :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGC-GC--A------------------------NTTGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
Reference ( family-300 )      :                                  GCGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGC-GC--A------------------------NTTGCGGCT-CG-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---NG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|1                          :                                      ATG-TAT-TAAT---A-ATGTTGGAATTTT-TACTACCAAGTACCC-GTGATTAT--A-TAACGA----TTTTCTTAAG----GACACAAGCTGTAAAAGGATCACGACAA-TTGTAAAAATTTATGT--ATTTCAGTAACCTACTGTGAGTTTAAAATACACTTCTCTTCTAGATAAAGCCAGCTTA------------TC-CT-----A---CTACCGTCTCCTGATATGATTA---TA--ATCC------GTG-GCCGGACTGACTGGCCT-CCATAAGATA-TTT--TCCGATGGTGCT--------CA--GCCGGCT------CG-CCGATTTGT-GGTGT-GTGCGGC--AAAATGATTTAGTCTTTGAAGAATCTTCGCGGCTACA-CAATGCAA-GTATCTTCG-CGCA-TTACCCGTTTGCGCCGG-GT---GT-----GTCGAGAATCAGG
gi|10                         :                                                        TGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--A-TAAC-A----GTTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTGAGCAATT-AT--TTATTTCATTAGAGTACC-TGAGTC--AAATAC--------------ATAAGCCG--CTC------------TCGCTACTACA---CTACTGTCTCC----ATGGGTA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-TTG-C--GCCTACCA-AA---A-ATT--TCCG-----GCT--------CA--AT
gi|11                         :                                                 TGAAA-ATGTTG-CCTTTC-GAT-----------T-GA----ATGAA-CAAC-A------ATTT--------GGCGTAG-----ACAAGGTC---GATAC-TTTT---AATT-A---TTATATCAACAGTGTACCAGGAATG--AAA-ATA----TATCTTAAAATGAGTCA----A------------TCCCC-----ATAGTTACTGTTTCC----GAAGACG---C------C------GTGA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AA-NTGTC-TCACCACA-TTACCCGGGTGCGCCGG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGctcacaagtaatcaa
gi|13                         :                                             attggacttgctttag-AATTTC-TAC-----------T-GT----AT--A-TAAC-GGGAGTTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGAT---AACAC-TTTTATAAATC-ATGTTTATTTCATAAGAGTACC-CGAATT--AAGTACA-TTTTGTCTCAGAATctatctgacttagtacaattggacttgctttagagacaagacctgtcctaatggattttgatacacacactggcaaagtgtgtcacaa
gi|14                         :                                      ATA-TAG-TAATGAAA-CTGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GG----AT--A--AAC-A----TTT-----------------G-----GGGAGAC-----ATATATTTCACAAGTC-ATGTTTATTTCGTTAGA
gi|15                         :                                  GCGCATA-TAGGTAATGAAA-ATGTTA-AAATTCTTAC-----------CGGT----AT--A-TAAC-A-----TTGTT--------GGCACAG-----AAAAAG
gi|16                         :                                  GCGCATAGCAG-TAATGAAACATGTTG-AATTT---AC-----------T-CA----AT--AGTAAC-A----ATTTT---------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-Tgaatacacaga
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cgGCGGAT-CA-CAAT-TAA-GTGTC-ACGCCGCA-GTACCCGGGTGCGCCGG-GTAAATG-----GC--AGAATCAAGTATG
gi|18                         :                                                                                                                                                             AATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTGCC-TGAAGT--AAATACA-ATTTGTCTGAGAATAAGCTA--CT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T------CGCCTGA--TGTCGGTGTTGTGC-GCGTA------------------------GTTGCGGCT-CGACAAT-CAATGTGTC-TCGC
gi|2                          :                                  GTGTATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----GT--A-TAAC-A----TTTTTG--------GGCGCAG-----AAAAGGTT---AACAT-TTTTATAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTATCGAGCAAGTAGTCGNN-----N---NNNCTGTCT-C----A-GAATAAGCCACTAT-CGAGCAAGTG-GTCGA-CTACC--GTCT-CCA-AA---C-TCCAAGCCG-----GCTGCGTCTACCAACATCGGTT------CGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGC-GC--A------------------------AATGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCTGGTGCGCCGG-TT---TG-----GC--AAAATCAAATATG
gi|20                         :                               ccgGTGCATA-AAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AC----AT--T-TAAC-A----TTTTc
gi|22                         :                               ccaGCGTATA-TAG-TAATAAAA-A---TG-AATTTC-TAC-----------C-GT----Agg
gi|3                          :                              cccgGCGCATA-TAG-CAATGAAA-GTGTTG-AATTTC-TAG-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAAGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATATTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTTTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--ATCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CA--ACCGGCT------CCCCCGA--TGT-GGTGT-GTGC-GC--A------------------------TTTCTGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCGCA-TTACCCGGGTTCGCCGG-GT---TG-----GC--AGAATCAAGTACG
gi|4                          :                                 gGCACATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-GT----AA--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTGTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTTTCAGAATAAGCCA--TTA------------TCACT-----A---CAACCGTCTCC----ATGGACA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TCCG-----ACT--------TG--ATTGGCT------CGCCCGA--TGT-GGCGT-GTGC-GC--A------------------------GTTGCGGCT-CA-CAAT-CAA-GTGTC-TCGCCACA-TTACCCGGGTGCGCCAG-GT---GG-----GC--AGAATCAAGTATGct
gi|5                          :                                  GTGCATA-TAG-TAATAAAA-ATGTTA-AATTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAGAGGCT---AACTT-TTACACAAATT-ATGTTTATTTCGTTGTAAAACC-TTAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATGAGCCA--CTC------------TAGCT-----A---CTACTGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-T------GTGAGACGG-CTG-C--GCCTACTA-AA---A-TTT--CCCG-----ACT--------CA--ATCGGCT------TGCCCGA--TGT-GGTGT-GTGC-GC--A------------------------ATTGCGGCT-CG-CAAT-CAA-A-GT--------------CCCGGGTGCGCCGG-GT---TG-----CC--AGAATCAAGTAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gA---A-TTT--TCCG-----GCT--------CATTACCGGCTTTCCAACGCT-GA--TGTTGGTGC-GTGC-GGTGA------------------------GTTGCGGCT-TG-CA---CAA-GTGTC-TCGCCGCATTTACCCGGGTGCGCCGGCGTA--CGTCCTCGC--AGAATCAAG
gi|7                          : tagcccactatcggtatctattctcgtctctatattCATA-TAG-TAATGAAA-ATATTG-AATTTT-TAC-----------C-GT----AT--A-TAAC-A----TTTTTTTTTTTTTGGACACAG-----AAAAGGCT---GAAAT-ATTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAAAGTATC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCTA--CTA------------TCGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGACGG-CTG-C--GCCTACCA-AA---A-TTT--TC------------------------CGGCT------CGCCCGA--TGT-GACGT-GTGC-GC--A------------------------CTTcgatgctatctgatagcattgctataaaaaattctcaagtcgtatccccatattatcccatgtatggcaagagaatgtgtttcacaa
gi|8                          :                            ccgggaGTGCATA-TAG-TAATGAAA-ATGTTG-AATTTC-TAC-----------C-AT----AT--G-TAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AGCAT-TGTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TAAAGT--AAATACA-ATTTTTCTCAGAATAAGCCT--CTA------------TTGCT-----A---CTACCGTCTCC----ATGGATA---CA--AT-C------GTGAGCCGG-CTG-C--GCCTACTA-AA---ATTTT--TCCG-----GCT--------CA--ATCGGCT------CGCCCGA--TAT-GGTGT-GTGC-GC--A------------------------
gi|9                          :                                                               cgTTC-TAC-----------C-GT----AT--A-CAAC-A----TTTTTT--------GGCACAG-----AAAAGGCT---AACAT-TTTTACAAATT-ATGTTTATTTCATTAGAGTACC-TGAATT--AAATACA-TTCTGTCTCAGAATAAGCCA--CTA------------TCGCT-----A---CAACCGTCTCC----ATGAATA---CA--AT-C------GTGA-------------GCCTACCA-GA---A-TTT--TCCG-----GCT--------TA--Ag
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TCAGACTTAGTACAATTGGACTTGCTTTAGAANTGTCTCACCACATTACCC