lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 7777777777777777777777 1 11 1 444444 1 1 66666666 11 1 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 22 2222222222 111 111 22222 11111 22222222222222 3333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 666666666 33333 11 1 888888888888 4444444444 11 6666666666666 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 555555 1 44444444444 1 1 5555555555 44444444 1
lowQualScore : 3 6666666666666666666666 3 7 7 88 3 7 0 666666 3 3 44444444 77 7 3 3 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 22222 5 2 55 3333333333 222 5 5 111 55555 88 0 55555 8 55555555555555 8 4 22 6666666 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 3 0 6 111111111 33333 88 2 000000000000 8888888888 4 2 55 5555555555555 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 8 88 111111 3 22222222222 3 3 1111111111 1 66666666 5
lowQualScore : . ...................... . . . .. . . . ...... . . ........ .. . . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ..... . . .. .......... ... . . ... ..... .. . ..... . .............. . . .. ....... ............................................................................................................................................... .. . . . ......... ..... .. . ............ .......... . . .. ............. . ........................................................................................................................................................................................................... . . .. ...... . ........... . . .......... . ........ .
lowQualScore : 0 8888888888888888888888 3 3 3 33 3 3 7 000000 3 3 00000000 00 3 3 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 55555 0 2 11 1111111111 555 0 0 777 88888 22 8 22222 0 00000000000000 0 6 22 0000000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 0 0 0 000000000 33333 33 0 777777777777 5555555555 0 5 00 7777777777777 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 3 33 777777 3 33333333333 3 3 0000000000 0 77777777 3
consensus : GACAAACNCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAAACT----ACATTATTTT-TCT-AT---TA--CTTATAATT-NTTTTTAT-AAAA-TGAAAG---------AAGA---NTT--CACAGGTG-CTGAT----GAAGC---T---GGACCAGGA-CTTC-C-G-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCT------TT----C--TT-------A-----------T-ANTC-C-TT---TG-G-----T--ATT-T-----------GG--GGT-GT-AT-TTT-TAAT--A-AA-TA-T--GN-AAACATCAGAG---T-TA--TT--C--AGTT-CAATGCAT--T---GCAC--AA---AT-TTC-G-CATTA--ATAAA----C-G-TTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--T----AT--------------A---AA----AA------TNNNC---CG---GTTC-AT-----AAAG-AGGGGGG-GGGGGGGGGGGTTGTTAC-N-AGAAAT-CCT-GCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----G--A-GT--CAATAG-GTTTTAAAAGTTGAGGG----T-TGGAAAA-----AA-----TG-TGT---ACATT-C-AGTG--TC--TA--TTA-TTT---------A--TTTCTT--CAACA-TTTCTTGGCAGCCACAGGAATTATCAATAGNATTATTCATNATCTTCTCTCTCTTGTAATTTTTGTNCGTATGNCTCTAANACATGCAGGT-------TTGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA------T--ATCGATTTTAATACGCNCATTTTTTTCAACANCTTNTTGGTCTGAGAAAGGGGTT--CGTTTT-AT-ATGCCACAAT-AG---TTGATATGACTACTATTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTCCTAACCTATAAGC-AAGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TATCTT--GAAACAGCA-----CGATCAT-TTTTTTNT----AATCCGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT--AAGCATATGCAC---TG---GGCG-TTTGCAC
Reference ( gi|2 ) : GACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T----ACATTATTTT-TCT-AT---TAAGCTTATAATT-CTTTTTAT-AAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA----------GGATCAGGA-CTTC-C-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCT------TT----C--TT-------A-----------T-AATC-C-TT---TG-G-----T--ATT-T-----------AA--GGT-GT-ATGTTT-TGAT--A-AA-TA-T--GA-AAACATCAGA----T-TA--TT--A--AGGT-CAATGCAT--T---ACAC--AA---AT-TCT-G-CATTA-TATAAA----C-G-TTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--T----AT--------------A---AA----AA------TTTTTTTTCG---GTTC-AT-----AAAG-AGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC-A-AGAAGT-CCT-GCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----G--A-AT--TAATAG-GCTTTAAAAGTTGAGG-----T-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACATT-C-AATG--TCAATA--TT--TTT---------A--TTTCTTGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AA-AGGAT--T-CGTAAT----TCTCTT------TTT----CCGTATGGGTTTAAAAC-TGCGGGT-------T-GGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA------TGGATTGATTTTAGCATACTCA-TTTTTTCAACATCTTGTTGGTCTGAGAATGGGGTTGGCATTTTGATAATGCTACAAT-GG---TT---ATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATA-AAGCATATGTAC---TA---GGCGTTTTGCACAATTTTNNNNNNNN
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT----ACATTATTTTATCT-AT---TA--CTTATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G-----------GGACAGGGA-CTTC-CCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCT------AT----TAATT-------AATTTGACATGTT-ATTC-C-TT---TT-G-----T--ATT-T-----------AA--GGTAGT-AT-TTT-TAATGGA-AA-TA-T--GA-AA-CATCAGA----T-TACATT--C--AGGT-CAATGCAT--T---CAAC--AA---AT-TCCAG-CATT----TAAAATACC-G-TTTTTAAAAATGTC---------A-----------TCA--CCGGGA-T----AT--------------A---AA----AAAAAAAATATC---------GTTC-AT-----AAAG-AGGGGG-------GGGGGGC-GTTAC-C-AGAAAT-CCT-GCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCAC-TGTG--A--AGTCGTG-----GGGA-AT--TAATAG-GCTTAAAAAGTTGAGGG----TGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTG--TTCATAATTTA-TTT---------GATTTTCTT--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-------AGGAT--TTCATTATCTTCTCTCTT------TTTTTGTCCGTATGG-TTTAAAACATGCAGGT-------TTAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCA------T-TATAGATTTTAATACGCATA-TTTTTTCAACATCTTGTTGGGCTGAGAAT-GGGTT--CATTTT-AT-ATGCTACAAT-AGGTTTT---ATG---ACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAA-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT--AAGCATATGTACATGTG---GGCGTTT
gi|5 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAA-TTTATACATTATTTT-TCT-ATATATA----TATAATT-ATTTTTAT-AAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----GT----------GGACTAGG----TT-C-G-GTCAATGCCCCCCCCC------CC----------TT----C--TT-------A-----------T-AATG-T-TTGAATGTG-----T--ATT-TTCTTTATATTCGG--GGT-GT-AT-TTT-T-AT--A-AA-TA-T--AG-CAACATCAGAG---TATA--TT--C--AGTT-CAATGCAT--T---ACAC--AA---AT-TTC-G-CATTA-AATAAA----T--------------------------A-----------TCA--CCGAT--T----AT--------------A---AA----AAAAA---TTATC--------GTTC-AT-----AAAG-AAGGGG--GGAGGTGTGGGT----ACCG-AGAAAT-CCT-GCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCG--A-GT--CAATAG-GTTTTAAAAgc
gi|3 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagAGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT----ACATTATTTT-TTTCAT---TA-TTTTATAATT-TCTTTT-T-AAAA-TGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGT---GGA-CAGGAACTTC-C-GCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCAT------TTGAA-T--GT-------A-----------G-ATTCTC-TT---TG-G-----TTAGTT-T-----------CG--GGA-TT-AT-TTT-T-ATG-A-AA-TA-TCTGCTAAACATCAGAGTAGC-TA--TT--ACAAGGTTCAATGCAT--T---GCACCGAT---AT-CTT-G-CATTA----AAA----C-AATTTTTAGAGATATC---------ACAATTGTCATTTCAATCCGAT--TT---ATTAAAACGAAAAAGAA---GA----AA--------------CG---GTTCCATTTAGAAAGG-AAGGGGAGGCGGGGGGGTGACG--AC-A-AAAAG---CC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----G--ATGTCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----TA-TGT---ACATT-CGAATGTCTCATTA--TTAATTTTAATATATGA--TTTCTCATCAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTAT-TATAAT----TCTCTCTTGTAATTT----GCGTATATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGT-GGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCATAATTTTAAATCGATTTTA
gi|8 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatAGA---CTC--CACAGGTG-CTAAT----CAAGCAGCTTGTGGA-CAGGA-TTTC-T-G-GT-AACCCCCCCCCCtgttttgtcatcaatacaggcttgtttttggctgtaggaaggtagttctgtttttaatcatgccacatgta
gi|5 : cagagaatattcagttcaatgcattatacacatttcgcattaaaaccggttttagaaatgccattaccaattataaaaaatgatcgttcataaagaatCAGGA-TTTCTC-G-GT-A--CCCACACCTC------CCCCCT------TC----T--TTATGAACGA-----------T-AATT-T-TT---T------------TTAT-----------AATCGGT-G--ATATTTAT--T--T-AA-TG-C--GA-A---AT--------T-TG--T--------GT--AATGCAT--T---GAACTGAATATAC-TCT-GATGTTGCTATA----------TTTATAAAAATA-C---------A-----------CC---CCGAA--T----AT--------------AAAGAA----AA------TACACATTCAAACATT--AT-----AAGA-AGG-----GGGGGGGGGCATTG--AC---CGAA---CCTAGTCCACAA-GCggagtcaatagggtttaaaagttgaggttagaaaaaaaat
gi|7 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacaggacaaacgcgtgatgcagttgttaaagcagctgtacatgttcctgtaaattaaggtaataaatttatacattatttttctatatatatataattatttttataaaaatgaaaagacttacataagatttattcacaggtCCCCCCCCCCC------CCCCCTGTGTGGTTGGGCC--TT-------------------T---TC-G-TC---TG-GGGTTGT--ATT-T-----------AA--CTT-TTCATATCT-TG---------CA-TTGGA-AAAGAACATA----C-TT--TTGGA--AGTT-CAA--CAT--TTGGCCAC--AA---ATGTGT-T-CATTG-T-TAAA-----------TTAG---TGTA---------A-----------ACT--CTAATCTT----TT--------------A---AACANNNN------NNNNNNNNNN---NNNN-NN-----NNNN-NGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTGTTCC-A-TGAATT-------TCACAA-GTTcccacaagctgcttaaagcacctgtagcgagtctgagatcgagtcaataggttttaaaa
gi|11 : ccc------TT----CA-TT-------A-----------TTAATC-CATT---GG-G-----T--ATC-C-----------G---GGT-GT-AT-TTT-TAAT--A-AAATAAT--GC-CAACCTCAAA----G-TA-----------AT-CAA-GTATAAT---ATGC--GAGCAAT-CTC-G-C-CTA-TATAGAATT-C-G-TTTTTA--AATGTCCGTACATGTA-----------TCA--CAGAT--T----AT--------------A---AA----AA------
gi|4 : aagactttccggtattaaaT-------A-----------T-ATTT-C-TT---TG-G-----T--ATT-T-----------CG--GGT-GT-AT-TTT-TAAT--A-AAATA-T--GC-AA-CATCAGAG---TGTA--TT--C--AGTT-CAATGCAT--T---G-A---AA---AG-TCTCG-CATTA----AAA----C-AATTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--TTAAAAA--------------A---AA----AA------T--------GAACATTT-AT-----AAAGAAGGGGGGTGGAGatgaatg
gi|14 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatg-G-----T--ATT-T-----------GG--GGT-GC-AT-TTT-TAAG--ACGA-TA-A--GC-AAAC-TCAGAG---TGTA--TT--C--ATTT-CAATGGAA--T---AAAC--AA---AT-GTC-G-CAT----AGAAA----CCA-TTTTTA-AAATGTCGT-------A-----------TCA--CTGAT--C----AT--------------A---Aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|8 : AGA----A-TA--TT--C--AGTT-CAATGCAT--T---ATAC--AC---AT-TTC-G-CATTA----AAA----CCG-GTTTTAGAAATGCC---------A-----------TTA--CCAAT--T----AT--------------A---AA----AA------ATGATC-------GTTC-AT-----AAAG-A-----ATGGGGGGGGGG----TTAC-C-AGAAAT-CCT-GTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----G--A-GT--CAATAG-GGTTTAAAAGTTGAGG-----T-TAGAAAA-----AA-----c
gi|9 : cag-TA--TT--C--AGTT-CAATGCAT--T---GCAC--AA---AT-aat
gi|9 : agtg---GTTC-AT-----AAAG-AAAGGG----GGAGCGGGGCTGT-AC-C-AAAAAT-CCT-GCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----G--A-GT--CAATAG-GTTTT-AAAGTTGAGA-----T-TGGAAAA-----AA-----G--TGT----CAT----A----------A--TT--TAG---------A--TTTCTT--CAACA-CTTCTTgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
gi|3 : agtgtattcagttcaatgcattgcacaaatgaacTGTTAC-GCGGAAGTTCCT-GTCCACAA-GCT-----TCGA-----Aagcactgaagga
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatagcctgtacatgctatcctggataaattagtcataaactacattatttttttcattattttataatttctttttaaaatgaaaagacttagccaacttgattGCAGGT-------TTGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-----------TGCTTTTA----ACTCATTTTTTTCAACAACTTTTTGGTCTGAGATAGGGGTTCGC-TTT--AT-ATGCCACAAT-AG---ctgcatcgcacaaaaccgcatttgaatgtagattctctttggttagtttcgggattatttttatgaaatatctgctaaacatcagagtagctattacaaggttcaatgcattgcaccgatatcttgcattaaaacaatttttagagatatcacaattgtcatttcaatccgatttattaaaacgaaaaagaagaaacggttccatttagaaaggaaggggaggcgggggggtgacgacaaaaagccgcacataaggttgcgttttgattatcagcatctgggatagtctggatgtcataacaacgttcaaaaagctgtggaccgattggaagataagtaatatgtacattcgaatgtctcattattaattttaatatatgatttctcatcaatattttcttggtaactacaggaattatcaatagtattattataattctctcttgtaatttgcgtatatctctaacattgcaggtttgtgtgtgggtcctcaattttgttttatcatagcataattttaaatcgattttatgttttgtcatcaatacaggcttgtttttggctgtaggaaggtagttctgtttttaatcatgccacatgta
gi|6 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTCTGAGAAAGGGGTT--CGTTTT-ATA-TGCCAAAATAGG---TTGATATGACTACT-TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT--------GCATGTACAC---GG---GTCG-TGTGCACgt
gi|10 : CAAATG-TATCTT--GAAACAGCA-----CGATCAT-TTTTTTA-----AAT-CGAA-TATTCATAAACCAC-----TATATAAGCATATGCAG---TACACGGCCGATTGCACg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CACAGGTGCCTGTGTCATCACTTCCAATACCTCTCTTTTAAAATTTATTTTATATCAAATTCCTAGGGCATTTCGGGTATATTTTTTCATAAGACATGCAACATTAGAGTGGCAAATGCATACAAATAATCTTGCAGATAAAATGTTTTCAAAACGTCAC
Unaligned ( gi|13 ): CACAGGTGCCTGTGTCATCACTTCCAATACCTCTCTTTTAAAATTTATTTTATATCAAATTCCTAGGGCATTTCGGGTATATTTTTTCATAAGACATGCAACATTAGAGTGGCAAATGCATACAAATAATCTTGCAGATAAAATGTTTTCAAAACGTCAC
Unaligned ( gi|15 ): TCACAGGTGACTTTCGGTTCCCCTACTTCTGATATTTTGCAATGTTCAATTTCTCTGGTATTCGGGTGTATTGATAAAATATGTAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 1 2222 1 1 1 11 1 11 2 4444444444 1111 11 11 8888888888888888 1 1 1 222222 44444444444444444444444 222222222222 11111 11 111 222222 222 11111 111 333333333333333333 222222222222222222222 111111111111 6666666666666666666666 1111 11111111 22222222 111 22222 11111 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000 11 2 222222 22222 11 4444444 333333 1 2222 22222222 11 11 1 33333 2 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333 2222222 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 11 444444 1 222222 11 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 1 11 6 8 3 0 3 0 3 3 33 0 3 4444 0 0 0 33 0 11 3 0 6666666666 8888 33 3 22 9999999999999999 6 3 0 0 0 1 333333 5 11111111111111111111111 1 4 4 777 4 55 222222222222 8 4 88888 4 33 4 8 111 222222 555 3 44 555 66666 44 111 555 3 555555555555555555 9 777777777777777777777 66 555555555555 6666666666666666666666 5 0000 88888888 5 00000000 1 5 1 3 1 5 111 55555 9 99 99 6 66666 6 99 99 6 3333333 8 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88888 0 4 3 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222 1 66 0 1 3 3 888888 55555 33 6 0000000 111111 1 5 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 00000 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000 7777777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 4 33 000000 2 0 555555 11 0 0 2 000000 55555555 2 0
lowQualScore : . .. . . . . . . . . .. . . .... . . . .. . .. . . .......... .... .. . .. ................ . . . . . . ...... . ....................... . . . ... . .. ............ . . ..... . .. . . ... ...... ... . .. ... ..... .. ... ... . .................. . ..................... .. ............ ...................... . .... ........ . ........ . . . . . . ... ..... . .. .. . ..... . .. .. . ....... . .............................................................. ..... . . . . .................................................. . .. . . . . ...... ..... .. . ....... ...... . . .... ........ . . . . . .. . .. . ..... . ............................................................... .... ....... ................................................................................... . . .. ...... . . ...... .. . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 0 33 7 8 2 0 2 0 2 2 88 0 2 0000 0 0 0 88 0 00 2 0 5555555555 5555 88 2 55 0000000000000000 5 2 0 0 0 0 000000 0 77777777777777777777777 0 4 4 888 0 55 222222222222 0 0 00000 6 55 0 0 000 000000 888 3 66 000 77777 66 777 888 6 000000000000000000 6 888888888888888888888 11 777777777777 9999999999999999999999 0 6666 11111111 0 11111111 4 7 0 0 4 7 777 88888 3 22 22 7 77777 7 22 22 7 4444444 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 7 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777 0 00 7 0 7 2 888888 00000 88 5 0000000 222222 0 5 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 77777 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777 7777777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 88 555555 0 0 555555 22 0 0 5 555555 88888888 5 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA---T---GGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T--ANTC-C-TT---TG-GT--ATTT-----------NGGGT-GTAT-TT-----TTAAT--A-A-AT---AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C--A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AAT---CTC-GCATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--T----AT---AAAAA------TGANC-----------GTTC-AT----AAAGA--------AGGGGG-GGGGGGGGGGGTCGTTA-CCAGAAATCCTGCCCACAAG-CTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--GA--GTC-TG-----GA-G--TCA--ATAG-GTTTTAAAAGTTGAGGG----T-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AGTGTC--T----ATNA--TTT--A-T--AT--TTTCT--T--CAACATTT-CTTAGCANCTAC-----TTAT-AATAGGAT-ATTCATAAT----TCTCTTTT----TT----TCCGTATGG-TTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T--AT-GATTTTAANACG--CTCATTTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTCCT-ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCNGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACNCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAAAC---TACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTN-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---NTT--CACAGGTG-CTGAT----GAAGCT---GGACCAGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T--ANTC-C-TT---TG-GT--ATTT-----------GGGGT-GTAT-TT-----TTAAT--A-A-AT---AT--GN-AAACATCAGAGT---TATT-C--A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AAT---TTC-GCATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--T----AT---AAAAA------TNNNC---------CGGTTC-AT----AAAGA--------GGGGGG-GGGGGGGGGGGTTGTTA-CNAGAAATCCTGCCCACAAG-CTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--GA--GTC-TG-----GA-G--TCA--ATAG-GTTTTAAAAGTTGAGGG----T-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AGTGTC--T----ATTA--TTT--A--------TTTCT--T--CAACATTT-CTTGGCAGCCACAGGAATTATCAATAGNATTATTCATNATCTTCTCTCTCTTGTAATTTTTGTNCGTATGNCTCTAANACATGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T--ATCGATTTTAATACG--CNCATTTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAG-TTGATATGACTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTCCTAACCTATAAGC-AAGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTNT----AATCCGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGGCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAATTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGACAGGGACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTAT---TAATTAATTTGACATGTT--ATTC-C-TT---TT-GT--ATTT-----------AAGGTAGTAT-TT-----TTAATGGA-A-AT---AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C--A--GGTCAATGCATT--CA-AC--A---AAT---TCCAGCATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAAAAATGTC---------A-----------TCA--CCGGGA-T----AT---AAAAAAAAAAATATC------------GTTC-AT----AAAGA--------GGGGGG-GGGGG-------CGTTA-CCAGAAATCCTGCCCACGAA-CTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--AA--GTCGTG-----GG-GAATTA--ATAG-GCTTAAAAAGTTGAGGG----TGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT--C----ATAA--TTT--ATTTGAT--TTTCT--T--CAACATTT-CTTAGCAGCCAC------------TAGGAT--TTCATTATCTTCTCTCTT------TTTTTGTCCGTATGG-TTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATT--ATAGATTTTAATACG--CATA-TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAG-GTTTTATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AAT-CGAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---CA-TTA-----------TT-AATC-CATT---GG-GT--ATCC-----------GGG-T-GTAT-TT-----TTAATA-A-A-ATA--AT--GC-CAACCTCAAAGT---AATC-A--A--GTATAATA---T--GCGAG--C---AAT---CTC-GC-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT--AAATGTCCGTACATGTA-----------TCA--CAGAT--T----AT---AAAAA------gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaa--ATTC-C-TA---GG-GC--ATTT-----------CGGGT-ATAT-TTT----TTCAT--A-AGAC---AT--GC--AACATTAGAGT---GG---C--A------AATGCAT------AC--AAATAAT---CTT-GCA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA-AAACGTC---------A-----------atgaatg
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa--ATTC-C-TA---GG-GC--ATTT-----------CGGGT-ATAT-TTT----TTCAT--A-AGAC---AT--GC--AACATTAGAGT---GG---C--A------AATGCAT------AC--AAATAAT---CTT-GCA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA-AAACGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa-GT--ATTT-----------GGGGT-GCAT-TT-----TTAAG--ACG-AT---AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C--A--TTTCAATGGAAT--AA-AC--A---AAT---GTC-GCAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA-AAATGTCGT-------A-----------TCA--CTGAT--C----AT---AAc
gi|2 : GACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA----TACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGATCAGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T--AATC-C-TT---TG-GT--ATTT-----------AAGGT-GTATGTT-----TTGAT--A-A-AT---AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A--A--GGTCAATGCATT--AC-AC--A---AAT---TCT-GCATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--T----AT---AAAAATTT---TTTTT---------CGGTTC-AT----AAAGA--------GGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTA-CAAGAAGTCCTGCCCACAAG-CTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--GA--GTC-TG-----GA-A--TTA--ATAG-GCTTTAAAAGTTGA-GG----T-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTCAAT----ATT---TTT--A--------TTTCT--TGGCAACATTT-CTTTACATCTAT-----TTAT-AA-AGG---ATTCGTAAT----TCTCTTTT----------TCCGTATGGGTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATTGATTTTAGCATA--CTCA-TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG-T---TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTT--TTACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAAC---TACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT-T-AAAATGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGACAGGAACTTCC-GCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCATTTGAAT--GTA-----------G--ATTCTC-TT---TG-GTTAGTTT-----------CGGGA-TTAT-TT-----TTATG--A-A-AT---ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC--AAGGTTCAATGCATT--GC-ACCGA---TAT---CTT-GCATTA-A---AA----C-AATTTTTAGAGATATC---------ACAATTGTCATTTCAATCCGAT--TT---AT---TAAAA------CGAAAAAGAAGAAACGGTTCCATTTAGAAAGG--------AAGGGG-AGGCGGGGGGGTGACGA-CAA-AAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTC--TCATTATTAATTTT--AATATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATT-ATAAT----TCTCTCTTGTAATT----TGCGTATATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-T--A---ATTTTAAATCGATTTTATGTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatTA-----------T--ATTT-C-TT---TG-GT--ATTT-----------CGGGT-GTAT-TT-----TTAATA-A-A-AT---AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C--A--GTTCAATGCATT--G--AA--A---AGT---CTC-GCATTA----AAA----CAA-TTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT--TTAAAAA---AAAAA------TGAAC-----------ATTT-AT----AAAGA--------AGGGGG-GTGGAGtgta
gi|4 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T-----GCTTTTAA------CTCATTTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAG-annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAG-CAGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTATAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G----T---GGACTAGG---TTC-G-GTCAATGCCCCCCCCC------CC----TT---C--TTA-----------T--AATG-T-TTGAATGTGT--ATTTTCTTTATATTCGGGGT-GTAT-TT-----TT-AT--A-A-AT---AT--AG-CAACATCAGAGTA--TATT-C--A--GTTCAATGCATT--AC-AC--A---AAT---TTC-GCATTA-A------------------ATAAAT------------A-----------TCA--CCGAT--T----ATAAAAAAAA------TTATC-----------GTTC-AT----AAAGA--------AGGGGG-GAGGTGTGGG-----TACCGAGAAATCCTGCCCACAAG-CTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCGA--GTC-TGAGATCGA-G--TCA--ATAG-GTTTTAAAAgt
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGGTTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCTGT---G--TGG-----------TTGGGCC-T-TT---TC-GT----CT-----------GGGGTTGTAT-TTAACTTTTCAT--A-T-CTTGCATTGGA-AAAGAACATACT---T-TT-GGAA--GTTCAA--CATTTGGCCAC--A---AATGTGTTC---ATTG-TT-AAA-----------TTAG---TGTA---------A-----------ACT--CTAATCTT----TT---AAACA------NNNNN---------NNNNNN-NN----NNNNNNNNNNNNGGGGGGG-GGGGGGGGGGGTTGTT--CCATGAAT----TTCACAAG-TTg
gi|8 : cccCAGAGAA--TATT-C--A--GTTCAATGCATT--AT-AC--A---CAT---TTC-GCATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAGAAATGCC---------A-----------TTA--CCAAT--T----ATA--AAAAA------TGATC-----------GTTC-AT----AAAGA--------ATGGGG-GGGGG--------GTTA-CCAGAAATCCTGTCCACAAG-CTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--GA--GTC-TG-----GA-G--TCA--ATAG-GGTTTAAAAGTTGA-GG----T-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C--A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AAT---aat
gi|9 : AT--T----GC---ACAAA------TGAAC-----------GTTC-AT----AAAGA--------AAGGGG-GAGCGGGG---CTGT-A-CCAAAAATCCTGCCCACAAG-CTGC---TTGA-----ACCA---GTG--GA--GTC-TA-----GA-G--TCA--ATAG-GTTTT-AAAGTTGA-GA----T-TGGAAAA-----A-----------------------AGTGTC-------ATAA--TTTAGA--------TTTCT--T--CAACACTT-CTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCACAGGTGACTTTCGGTTCCCCTACTTCTGATATTTTGCAATGTTCAATTTCTCTGGTATTCGGGTGTATTGATAAAATATGTAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 1 111 1 1 1 11 1 11 1 1 4444444444 111 11 11 7777777777777777 1 1 1 222222 44444444444444444444444 222222222222 11111 2222222222 11 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 11111 1111 33333333333333333333333333 1111 2222222222 111 22222 11111 11111 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 66666666666666666666 2222 11 2222 11 222 1 222222 22222 11 5555555 333333333333 2222 22222222 11 11 1 444444 22 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 2222 3 0 3 3 33 0 3 6 777 0 0 0 33 0 11 3 0 0 6666666666 777 33 3 22 3333333333333333 1 3 0 0 0 333333 5 11111111111111111111111 1 4 4 777 4 55 000000000000 8 4 88888 1111111111 4 99 22 0 1111 3 88888 555 66666 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 11111 66 4 2222 8 88888888888888888888888888 66 0000 5 5555555555 77 5 1 5 111 55555 33 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888 0 1 1 22222222222222222222 6 8888 11 8888 88 222 3 3 888888 55555 33 2 3333333 000000000000 1111 66666666 1 5 8 6 8 11 8 99 6 000000 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 0 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . .... . . . . .. . . . ... . . . .. . .. . . . .......... ... .. . .. ................ . . . . . ...... . ....................... . . . ... . .. ............ . . ..... .......... . .. .. . .... . ..... ... ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ..... .. . .... . .......................... .. .... . .......... .. . . . ... ..... .. ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .... .. .... .. ... . . ...... ..... .. . ....... ............ .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ................................................................. .... ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 0000 2 0 2 2 88 0 2 5 555 0 0 0 88 0 22 2 0 0 5555555555 555 88 2 55 8888888888888888 0 2 0 0 0 000000 0 77777777777777777777777 0 4 4 888 0 55 000000000000 0 0 00000 4444444444 0 55 11 7 2222 3 33333 000 77777 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 11111 11 0 5555 0 00000000000000000000000000 11 6666 0 4444444444 99 7 4 7 777 88888 55 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 0 77777777777777777777 7 3333 33 3333 33 000 3 2 888888 00000 88 5 8888888 222222222222 2222 00000000 0 6 0 0 0 00 0 00 0 444444 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T--ANTC-C-TT---TG-GT--ATTTC-----------GGGT-GTAT-TT-----TTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC-----A--CCGAT-T----AT-AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT----AAAGAAGGGGG-GGGGGGGGGGGT-GTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----TG-TGT---ACATT-C-AGTGTCN-ATAATT--------TAT---AT--TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AA-AGGA-TATTCATAAT----TCTCTCTT----TTT--CCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-A---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTCTT-ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T--ANTC-C-TT---TG-GT--ATTTN-----------GGGT-GTAT-TT-----TTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC-----A--CCGAT-T----AT-AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT----AAAGAAGGGGG-GGGGGGGGGGGTCGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----TG-TGT---ACATT-C-AGTGTCT-ATNATT--------TAT---AT--TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AATAGGA-TATTCATAAT----TCTCTTTT----TTT--CCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-A---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAG--TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTCCT-ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCNGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGACAGGGACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTAT---TAATTAATTTGACATGTT--ATTC-C-TT---TT-GT--ATTTA-----------AGGTAGTAT-TT-----TTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCATT--CA-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC-----A--CCGGGAT----AT-AAAAAAAAAAAT-AT----------C-----G--TTCAT----AAAGAGGGGGG-GGGGG-------CGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCAC-TGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTTC-ATAATT--------TATTTGAT--TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-------AGGA-T-TTCATTATCTTCTCTCTTTT----TTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCATG-CATTA---TAGATTTTAATACG--C--ATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AGAA-TG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---CA-TTA-----------TT-AATC-CATT---GG-GT--ATC-C-----------GGGT-GTAT-TT-----TTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA---T--GCGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC-----A--CAGAT-T----ATAAAAAA------TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaa--ATTC-C-TA---GG-GC--ATTTC-----------GGGT-ATAT-TTT----TTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCAT------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa--ATTC-C-TA---GG-GC--ATTTC-----------GGGT-ATAT-TTT----TTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCAT------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa-GT--ATTTG-----------GGGT-GCAT-TT-----TTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGAAT--AA-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC-----A--CTGAT-C----AT-AAc
gi|2 : GACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T---ACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTAT-AAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGATCAGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T--AATC-C-TT---TG-GT--ATTTA-----------AGGT-GTATGTT-----TTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCATT--AC-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC-----A--CCGAT-T----AT-AAAAA------TTTT----------TTTTCGG--TTCAT----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACATT-C-AATGTCA-AT-ATT--------TTT---A---TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AA-AGG---ATTCGTAAT----TCTC--TT----TTT--CCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-GGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTT-TT-ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT---ACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT-T-AAAA-TGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGACAGGAACTTCC-GCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCATTTGAAT--GTA-----------G--ATTCTC-TT---TG-GTTAGTTTC-----------GGGA-TTAT-TT-----TTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCATT--GC-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC-----AATCCGAT-TT---AT-TAAAA------CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG-AGGCGGGGGGGT-G--ACGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----TA-TGT---ACATT-CGAATGTCTCATTATTAATTTTAATAT---ATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATT-ATAAT----TCTCTCTTGTAATTT--GCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCAT-A------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatTA-----------T--ATTT-C-TT---TG-GT--ATTTC-----------GGGT-GTAT-TT-----TTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--G--AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC-----A--CCGAT-TTAAAAA-AAAAA------TGAA----------C-----A--TTTAT----AAAGAAGGGGG-GTGGAGtgta
gi|4 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAG--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTAT-AAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAGG---TTC-G-GTCAATGCCCCCCCCC------CC----TT---C--TTA-----------T--AATG-T-TTGAATGTGT--ATTTTCTTTATATTCGGGGT-GTAT-TT-----TTA-T--A-----A-AT-ATA-GC-AA-CATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--AC-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC-----A--CCGAT-T----AT-AAAAAAAA---TTAT----------C-----G--TTCAT----AAAGAAGGGGG-GAGGTGTGGG-----TAC--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAgt
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCTGT---G--TGG-----------TTGGGCC-T-TT---TC-GT----CTG-----------GGGTTGTAT-TTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCCAC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAA--ACANN-N----NN-NNNNN------NNNN----------N-----N--NNNNN----NNNNGGGGGGG-GGGGGGGGGGGTTGTT-C--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : cccCAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--AT-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT-----A--CCAAT-T----ATAAAAAA------TGAT----------C-----G--TTCAT----AAAGAATGGGG-GGGGG--------GTTAC--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC-ACAAA------TGAA----------C-----G--TTCAT----AAAGAAAGGGG-GAGCGGGGCTGT----AC--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----A-----------------------AGTGTC--ATAATT--------TAG---A---TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TCACAGGTGACTTTCGGTTCCCCTACTTCTGATATTTTGCAATGTTCAATTTCTCTGGTATTCGGGTGTATTGATAAAATATGTAAC
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 1 2222 1 1 1 11 1 11 2 4444444444 111 11 11 7777777777777777 1 1 1 222222 33333333333333333333 111111111111 11111 1111111111 111 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 111111 111111111 33333333333333333333333333 1111 11 111 22222 11111 11111 33333 66666666666666666666666666666 3333333 5555555555555 11111 1 44444444444444444444 222 22222222222 222 1 222222 22222 11 5555555 333333333333 2222 22222222 11 11 1 2222 22 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 8 3 0 3 0 3 3 33 0 3 4444 0 0 0 33 0 11 3 0 6666666666 777 33 3 22 3333333333333333 1 3 0 0 0 333333 5 55555555555555555555 4 1 8888 4 4 777 3 55 777777777777 3 3 7 22222 3 7777777777 3 88 555 0 1111 3 88888 555 3 33333 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 222222 66 4 777777777 00000000000000000000000000 66 0000 11 66 22 00 66 5 0 5 111 55555 33 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 55555555555555555555555555555 3333333 3 3333333333333 88888 0 1 1 88888888888888888888 555 99999999999 222 3 3 888888 55555 33 2 3333333 000000000000 1111 66666666 1 5 8 6 8 11 8 99 6 2 2222 00 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . . . . . . . . .. . . .... . . . .. . .. . . .......... ... .. . .. ................ . . . . . ...... . .................... . . .... . . ... . .. ............ . . . ..... . .......... . .. ... . .... . ..... ... . ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ...... .. . ......... .......................... .. .... .. .. .. .. .. . . . ... ..... .. ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................. ....... . ............. ..... . . . .................... ... ........... ... . . ...... ..... .. . ....... ............ .... ........ . . . . . .. . .. . . .... .. ................................................................. .... ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 8 2 0 2 0 2 2 88 0 2 0000 0 0 0 88 0 22 2 0 5555555555 555 88 2 55 8888888888888888 0 2 0 0 0 000000 0 88888888888888888888 0 0 5555 0 0 000 6 00 888888888888 6 6 3 77777 4 8888888888 6 66 222 7 2222 3 33333 000 3 33333 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 888888 11 0 111111111 22222222222222222222222222 11 6666 11 99 11 22 99 0 1 0 777 88888 55 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 88888888888888888888888888888 0000000 2 5555555555555 55555 0 2 0 33333333333333333333 777 77777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 8888888 222222222222 2222 00000000 0 6 0 0 0 00 0 00 0 5 7777 00 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T-ATT----C-C-TT---TG-GT--ATTTC-----------GGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT---AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----TG-TGT---ACATT-C-AGTGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AAGGGTAT--TCGTAAT--TCTCTCTT----TTT----CCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-A---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGGTT--T-ATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTT-TT-ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T-ANT----C-C-TT---TG-GT--ATTTC-----------GGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT---AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGGGTGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----TG-TGT---ACATT-C-AGTGTC-NA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTATAAAGGATAT--TCATAAT--TCTCTCTT----TTT----CCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-A---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGGTT--T-ATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTCTT-ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAATTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGACAGGGACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTAT---TAATTAATTTGACATGTT-ATT----C-C-TT---TT-GT--ATTTA-----------AGG-TAGTA-T-----TTTTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCA-TTC--A-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGGGAT----AT---AAAAAAAAAAAT-AT----------C-----G--TTCAT----AAAGA--------GGGGGGGGGGGCGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCAC-TGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCATG-CATTA---TAGATTTTAATACG--C--ATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AGAA-TG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTT--TTATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTT---CA-TTA-----------TTAAT----C-CATT---GG-GT--ATC-C-----------GGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA----TG--CGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC------A--CAGAT-T----ATA--AAAAA------TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaa-ATT----C-C-TA---GG-GC--ATTTC-----------GGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa-ATT----C-C-TA---GG-GC--ATTTC-----------GGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa-GT--ATTTG-----------GGG-T-GCA-T-----TTTTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGA-ATA--A-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC------A--CTGAT-C----AT---AAc
gi|15 : -ATT----T-C-TC---TG-GT--ATT-C-----------GGG-T-GTA-T-----TGATA----A-----A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcacaggtgactttcggttcccctacttctgatattttgcaatgttcaGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA----TACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGATCAGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTTT---C--TTA-----------T-AAT----C-C-TT---TG-GT--ATTTA-----------AGG-T-GTA-TG----TTTTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT---AAAAA------TTTT----------TTTTCGG--TTCAT----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACATT-C-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTATAAAGG--AT--TCGTAAT----TCTCTT----TTT----CCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-GGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG--T--T-ATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTT-TT-ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAAC---TACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT-T-AAAATGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGACAGGAACTTCC-GCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCATTTGAAT--GTA-----------G-ATT----CTC-TT---TG-GTTAGTTTC-----------GGG-A-TTA-T-----TTTTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCA-TTG--C-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC------AATCCGAT-TT---AT---TAAAA------CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGG--GAGGCGGGGGGGTG--ACGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----TA-TGT---ACATT-CGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAAT--TCTCTCTTGTAATTT----GCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCAT-A------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatTGTTAT--C-GAAAGTCTTGTCCACAA-GCtgta
gi|4 : ggtTA-----------T-ATT----T-C-TT---TG-GT--ATTTC-----------GGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG----AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TTAAAAA---AAAAA------TGAA----------C-----A--TTTAT----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|4 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCAT-------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGGTannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAG-CAGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTATAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAGG---TTC-G-GTCAATGCCCCCCCCC------CC----TT---C--TTA-----------T-AAT----G-T-TTGAATGTGT--ATTTTCTTTATATTCGGGG-T-GTA-T-----TTTT-AT--A-----A-AT-ATA-GC--AACATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC------A--CCGAT-T----ATAAAAAAAA------TTAT----------C-----G--TTCAT----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG----TAC--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGGTTGAT-ATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTT-TC-ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCCCC---T--GTG-----------T-GGTTGGGC-C-TT---T--TC--GTCTG-----------GGGTT-GTA-TTTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCC-AC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAAA--CANNN-N----NN---NNNNN------NNNN----------N-----N--NNNNN----NNNGGGGGGG--GGGGGGGGGGGTTGTT-C--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : CAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--T-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT------A--CCAAT-T----ATA--AAAAA------TGAT----------C-----G--TTCAT----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTAC--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC---ACAAA------TGAA----------C-----G--TTCAT----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGGC--TGT-AC--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----A-----------------------AGTGTC--A----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11 1 2222 1 1 1 11 1 11 2 4444444444 111 11 11 7777777777777777 1 1 1 222222 77777777777777777777777777777777777 11111 1111111111 111 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 111111 111111111 33333333333333333333333333 11111 111 111 22222 11111 11111 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 55555555555555555555 11 3333333333 222 1 222222 22222 11 44444444 3333333 11 2222 22222222 11 11 1 111111 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 8 3 0 3 0 3 3 33 0 3 4444 0 0 0 33 0 11 3 0 6666666666 777 33 3 22 3333333333333333 1 3 0 0 0 333333 11111111111111111111111111111111111 777 4 55 22 3 3 7 22222 3 7777777777 3 88 555 0 1111 3 88888 555 3 33333 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 222222 66 4 777777777 00000000000000000000000000 66 22222 0 66 222 00 66 5 0 5 111 55555 9 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 0 1 1 11111111111111111111 0 88 7 8888888888 222 3 3 888888 55555 33 6 44444444 5555555 33 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 888888 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . . . . . . . . .. . . .... . . . .. . .. . . .......... ... .. . .. ................ . . . . . ...... ................................... ... . .. .. . . . ..... . .......... . .. ... . .... . ..... ... . ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ...... .. . ......... .......................... .. ..... . .. ... .. .. . . . ... ..... . ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .. . .......... ... . . ...... ..... .. . ........ ....... .. .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ............................................................... .. ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 8 2 0 2 0 2 2 88 0 2 0000 0 0 0 88 0 22 2 0 5555555555 555 88 2 55 8888888888888888 0 2 0 0 0 000000 55555555555555555555555555555555555 000 0 00 66 6 6 3 77777 4 8888888888 6 66 222 7 2222 3 33333 000 3 33333 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 888888 11 0 111111111 22222222222222222222222222 11 55555 9 99 777 22 99 0 1 0 777 88888 3 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555 0 2 0 33333333333333333333 7 33 3 7777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 88888888 0000000 22 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT------T---T--T-----TA-----------T--ATT---C-CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT---AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT------T---C--T-----TA-----------T--ATT---C-CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT---AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AGTGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AAGGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGAC---TACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAATTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGACAGGGACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTA------T---TAAT-----TAATTTGACATGTT--ATT---C-CTTTTGT--ATTTAAGG-TAGTA-T-----TTTTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCA-TTC--A-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGGGAT----AT---AAAAAAAAAAAT-AT----------C-----G--TTCAT-----AAAGA-------GGGGGGGGGGG-CGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATTA---TAGATTTTAATACG----CATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT------T---CA-T-----TA-----------TTAATC---C-ATTGGGT--ATC-CGGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA----TG--CGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC------A--CAGAT-T----ATA--AAAAA------TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaa--ATT---C-CTAGGGC--ATTTCGGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaa--ATT---C-CTAGGGC--ATTTCGGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttattttatatcaaGT--ATTTGGGG-T-GCA-T-----TTTTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGA-ATA--A-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC------A--CTGAT-C----AT---AAc
gi|15 : --ATT---T-CTCTGGT--ATT-CGGG-T-GTA-T-----TGATA----A-----A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcacaggtgactttcggttcccctacttctgatattttgcaatgttcaGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA----TACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTAT-AAAATGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGATCAGGACTTCC-G-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT------T---C--T-----TA-----------T--AAT---C-CTTTGGT--ATTTAAGG-T-GTA-TG----TTTTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT---AAAAA------TTTT----------TTTTCGG--TTCAT-----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AAAGG-AT--TCGTAA--T--TCTCTT----TT----TCCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAAC---TACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT-T-AAAATGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGACAGGAACTTCC-GCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCATT------TGAAT--G-----TA-----------G--ATT---CTCTTTGGTTAGTTTCGGG-A-TTA-T-----TTTTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCA-TTG--C-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC------AATCCGAT-TT---AT---TAAAA------CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG--AGGCGGGGGGG-TG--ACGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAA--TTCTCTCTTGTAATT----TGCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-TA------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacat-TGTTAT--C-GAAAGTCTTGTCCACAA-GCtgta
gi|4 : ggt-----TA-----------T--ATT---T-CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG----AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TTAAAAA---AAAAA------TGAA----------C-----A--TTTAT-----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|4 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGG-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAG-CAGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTATAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAGG---TTC-G-GTCAATGCCCCCCCCC------CCTTCTTATAATGT---T--TGAATGTG-----------T--ATT---T-TCTTTAT--ATTCGGGG-T-GTA-T-----TTTT-AT--A-----A-AT-ATA-GC--AACATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC------A--CCGAT-T----ATAAAAAAAA------TTAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG----TAC--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCCC------C---T--G-----TG-----------TG-GTTGGGC-CTTT-TC--GTCTGGGGTT-GTA-TTTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCC-AC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAAA--CANNN-N----NN---NNNNN------NNNN----------N-----N--NNNNN-----NNNGGGGGGG--GGGGGGGGGGGTTGTT-C--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : CAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--T-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT------A--CCAAT-T----ATA--AAAAA------TGAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTAC--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC---ACAAA------TGAA----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGGC--TGT-AC--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----AA-------GTGT------------------CA----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 1 111 1 1 1 11 1 11 11 1 4444444444 111 11 11 7777777777777777 11 111111 555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111 111 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 111111 222222222222 22222222222222222 11111 111111111 111 22222 11111 11111 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 44444444444444444444 11 3333333333 222 1 222222 22222 11 44444444 3333333 11 2222 22222222 11 11 1 111111 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 2222 3 0 3 3 33 0 3 6 777 0 0 0 33 0 11 33 0 6666666666 777 33 3 22 3333333333333333 1 8 0 8 8 44 2 999999 111111111111111111111111111111111111111 4 444444444 55 22 7 7 3 99999 2 7777777777 3 88 000 0 1111 3 88888 555 66666 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 222222 66 0 4 111111111111 777 2 66666666666666666 66 22222 0 66 000000000 77 5 1 5 111 55555 9 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 0 1 1 88888888888888888888 0 88 7 8888888888 222 3 3 888888 55555 33 6 44444444 5555555 33 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 888888 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . .... . . . . .. . . . ... . . . .. . .. .. . .......... ... .. . .. ................ . . . . . .. . ...... ....................................... . ......... .. .. . . . ..... . .......... . .. ... . .... . ..... ... ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ...... .. . . ............ ... . ................. .. ..... . .. ......... .. . . . ... ..... . ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .. . .......... ... . . ...... ..... .. . ........ ....... .. .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ............................................................... .. ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 0000 2 0 2 2 88 0 2 5 555 0 0 0 88 0 22 22 0 5555555555 555 88 2 55 8888888888888888 0 0 8 0 0 00 5 222222 000000000000000000000000000000000000000 0 222222222 00 66 3 3 6 11111 3 8888888888 6 66 777 7 2222 3 33333 000 77777 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 888888 11 1 0 666666666666 888 3 33333333333333333 11 55555 9 99 999999999 99 7 4 7 777 88888 3 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 0 77777777777777777777 7 33 3 7777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 88888888 0000000 22 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACAGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT------T---T--N-----T---A-----------T---A-TT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TT-----TTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTA--C--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGACNGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT------T---T--T-----T---A-----------T---A-TT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TT-----TTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTA--C--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGACAGG-GACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTA------T---TAAT-----T---AATTTGACATGTT---A-TT---C-----CTTTTGT--ATTTAAGGTAGTA-T-TT-----TTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCATT--CA-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGGGAT----ATAAAAAAAAAAA---T-AT----------C-----G--TTCAT-----AAAGA-------GGGGGGGGGGG-CGTTA--C--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATTA---TAGATTTTAATACG----CATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--T-----T---A-----------TTA-A-TC---C-----ATTGGGT--ATC-CGGGT-GTA-T-TT-----TTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA---T--GCGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC------A--CAGAT-T----ATA-----AAAAA---TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaattcaTT------T---T--A-----T---A-----------TCAAA-TT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGGT-ATATT-TT-----TTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCAT------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaTT------T---T--A-----T---A-----------TCAAA-TT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGGT-ATATT-TT-----TTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCAT------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaGT--ATTTGGGGT-GCA-T-TT-----TTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGAAT--AA-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC------A--CTGAT-C----AT------AAc
gi|15 : ACAGGTGACTT-TCG-GT-----TCCCCTACT------TCTGATA------T---T--T-----TGCAA-----------T---G-TT---CAATTTCTCTGGT--ATT-CGGGT-GTA-T-TG-----ATA----A-----A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T---ACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGATCAG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT------T---C--T-----T---A-----------T---A-AT---C-----CTTTGGT--ATTTAAGGT-GTA-TGTT-----TTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCATT--AC-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TTTT----------TTTTCGG--TTCAT-----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTA--C--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AAAGG-AT--TCGTAA--T--TCTCTT----TT----TCCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT---ACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT--TAAAA-TGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGACAGG-AACTT-CCGCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCATT------TGAAT--G-----T---A-----------G---A-TT---CT----CTTTGGTTAGTTTCGGGA-TTA-T-TT-----TTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCATT--GC-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC------AATCCGAT-TT---AT------TAAAA---CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG--AGGCGGGGGGG-TG--A--CGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAA--TTCTCTCTTGTAATT----TGCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-TA------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacat-----T---A-----------T---A-TT---T-----CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TT-----TTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--G--AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TTAAAAA------AAAAA---TGAA----------C-----A--TTTAT-----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtgta
gi|4 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGG-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTA-TAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAG-G---T-TCG-GTCAATGCCCCCCCCC------CCTTCTTATAATGT---T--TGAATGT---G-----------T---A-TT---T-----TCTTTAT--ATTCGGGGT-GTA-T-TT-----TTA-T--A-----A-AT-ATA-GC-AA-CATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--AC-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAAAAATTAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG-T---A--C--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCCC------C---T--G-----T---G-----------T---GGTTGGGC-----CTTTT-C--GTCTGGGGTTGTA-T-TTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCCAC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAAA--C--AN-N----NN------NNNNN---NNNN----------N-----N--NNNNN-----NNNNNGGGGG--GGGGGGGGGGG-GGTTGTTC--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : CAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--AT-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT------A--CCAAT-T----ATA-----AAAAA---TGAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTA--C--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC------ACAAA---TGAA----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGGC--TGT-A--C--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----AA-------GTGT------------------CA----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 1 111 1 1 1 11 1 11 11 1 4444444444 111 11 7777777777777777 11 11 5555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111 111 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 111111 222222222222 22222222222222222 11111 111111111 111 22222 11111 11111 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 44444444444444444444 11 3333333333 222 1 222222 22222 11 44444444 3333333 11 2222 22222222 11 11 1 111111 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 2222 3 0 3 3 33 0 3 6 777 0 0 0 33 0 11 33 0 6666666666 777 33 3 8 2222222222222222 6 66 6 6 00 0 4 3333333333333333333333333333333333333333333333 4 444444444 55 22 7 7 3 99999 2 7777777777 3 88 000 0 1111 3 88888 555 66666 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 222222 66 0 4 111111111111 777 2 66666666666666666 66 22222 0 66 000000000 77 5 1 5 111 55555 9 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 0 1 1 88888888888888888888 0 88 7 8888888888 222 3 3 888888 55555 33 6 44444444 5555555 33 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 888888 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . .... . . . . .. . . . ... . . . .. . .. .. . .......... ... .. . . ................ . .. . . .. . . .............................................. . ......... .. .. . . . ..... . .......... . .. ... . .... . ..... ... ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ...... .. . . ............ ... . ................. .. ..... . .. ......... .. . . . ... ..... . ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .. . .......... ... . . ...... ..... .. . ........ ....... .. .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ............................................................... .. ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 0000 2 0 2 2 88 0 2 5 555 0 0 0 88 0 22 22 0 5555555555 555 88 2 0 4444444444444444 7 00 7 7 22 7 3 9999999999999999999999999999999999999999999999 0 222222222 00 66 3 3 6 11111 3 8888888888 6 66 777 7 2222 3 33333 000 77777 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 888888 11 1 0 666666666666 888 3 33333333333333333 11 55555 9 99 999999999 99 7 4 7 777 88888 3 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 0 77777777777777777777 7 33 3 7777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 88888888 0000000 22 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCTT--------T---T--GTA-----------T---A-TT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TT-----TTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTA--C--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT--------T---T--NTA-----------T---A-TT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TT-----TTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTA--C--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGAC-AGG-GACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTA--------T---TAATTAATTTGACATGTT---A-TT---C-----CTTTTGT--ATTTAAGGTAGTA-T-TT-----TTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCATT--CA-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGGGAT----ATAAAAAAAAAAA---T-AT----------C-----G--TTCAT-----AAAGA-------GGGGGGGGGGG-CGTTA--C--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATTA---TAGATTTTAATACG----CATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---A-TC---C-----ATTGGGT--ATC-CGGGT-GTA-T-TT-----TTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA---T--GCGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC------A--CAGAT-T----ATA-----AAAAA---TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaattcattattaTT--------T---T--ATA-----------TCAAA-TT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGGT-ATATT-TT-----TTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCAT------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaTT--------T---T--ATA-----------TCAAA-TT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGGT-ATATT-TT-----TTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCAT------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaGT--ATTTGGGGT-GCA-T-TT-----TTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGAAT--AA-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC------A--CTGAT-C----AT------AAc
gi|15 : AC-AGGTGACTT-TCG-GT---TCCCCTACTTC------TGATATT--------T---T--GCAA----------T---G-TT---CAATTTCTCTGGT--ATT-CGGGT-GTA-T-TG-----ATA----A-----A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T---ACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGAT-CAG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCTT--------T---C--TTA-----------T---A-AT---C-----CTTTGGT--ATTTAAGGT-GTA-TGTT-----TTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCATT--AC-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TTTT----------TTTTCGG--TTCAT-----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTA--C--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AAAGG-AT--TCGTAA--T--TCTCTT----TT----TCCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT---ACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT--TAAAA-TGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGAC-AGG-AACTT-CCGCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCATT--------TGAAT--GTA-----------G---A-TT---CT----CTTTGGTTAGTTTCGGGA-TTA-T-TT-----TTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCATT--GC-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC------AATCCGAT-TT---AT------TAAAA---CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG--AGGCGGGGGGG-TG--A--CGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAA--TTCTCTCTTGTAATT----TGCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-TA------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatGGTG-CT--T----G-------TGGAC-AAG--ACTT-TCG-AT-AACATTTAAT--------------TT--------TGAAT--GTA-----------T---A-TT---T-----CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TT-----TTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--G--AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TTAAAAA------AAAAA---TGAA----------C-----A--TTTAT-----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtgta
gi|4 : GCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGG-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTA-TAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAGG-----T-TCG-GTCAATGCCCCCCCCC------CCTTCTTATAATGTTTGAAT--GTG-----------T---A-TT---T-----TCTTTAT--ATTCGGGGT-GTA-T-TT-----TTA-T--A-----A-AT-ATA-GC-AA-CATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--AC-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAAAAATTAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG-T---A--C--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCCC--------C---T--GTG-----------T---GGTTGGGC-----CTTTT-C--GTCTGGGGTTGTA-T-TTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCCAC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAAA--C--AN-N----NN------NNNNN---NNNN----------N-----N--NNNNN-----NNNNNGGGGG--GGGGGGGGGGG-GGTTGTTC--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : CAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--AT-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT------A--CCAAT-T----ATA-----AAAAA---TGAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTA--C--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCATT--GC-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC------ACAAA---TGAA----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGGC--TGT-A--C--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----AA-------GTGT------------------CA----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 1 111 1 1 1 11 1 11 11 1 4444444444 111 11 7777777777777777 11 11 5555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 1111111111 111 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 111111 222222222222 22222222222222222 11111 11 111 22222 11111 11111 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 44444444444444444444 11 3333333333 222 1 222222 22222 11 44444444 3333333 11 2222 22222222 11 11 1 111111 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 2222 3 0 3 3 33 0 3 6 777 0 0 0 33 0 11 33 0 6666666666 777 33 3 8 2222222222222222 6 66 6 6 00 0 1 4444444444444444444444444444444444444444444444 444444444 55 22 3 3 7 22222 2 7777777777 3 88 000 0 1111 3 88888 555 3 33333 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 222222 66 4 111111111111 777 2 66666666666666666 66 22222 0 66 22 66 77 5 1 5 111 55555 9 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 0 1 1 88888888888888888888 0 88 7 8888888888 222 3 3 888888 55555 33 6 44444444 5555555 33 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 888888 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . .... . . . . .. . . . ... . . . .. . .. .. . .......... ... .. . . ................ . .. . . .. . . .............................................. ......... .. .. . . . ..... . .......... . .. ... . .... . ..... ... . ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ...... .. . ............ ... . ................. .. ..... . .. .. .. .. . . . ... ..... . ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .. . .......... ... . . ...... ..... .. . ........ ....... .. .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ............................................................... .. ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 0000 2 0 2 2 88 0 2 5 555 0 0 0 88 0 22 22 0 5555555555 555 88 2 0 4444444444444444 7 00 7 7 22 7 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 222222222 00 66 6 6 3 77777 3 8888888888 6 66 777 7 2222 3 33333 000 3 33333 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 888888 11 0 666666666666 888 3 33333333333333333 11 55555 9 99 11 33 99 7 4 7 777 88888 3 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 0 77777777777777777777 7 33 3 7777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 88888888 0000000 22 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCT---------T--------T---TG-TA---T---ATT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCT---------T--------T---TG-TA---T---ATT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGAC-AGG-GACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTATTAATTAAT--------T---TGACATGTT---ATT---C-----CTTTTGT--ATTTAAGG-TAGTA-T-----TTTTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCA-TTC--A-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGGGAT----ATAAAAAAAAAAA---T-AT----------C-----G--TTCAT-----AAAGA-------GGGGGGGGGGG-CGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATTA---TAGATTTTAATACG----CATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATC---C-----ATTGGGT--ATC-CGGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA----TG--CGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC------A--CAGAT-T----ATA-----AAAAA---TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaattcattattaT---------T--------T---TA-TA---TCAAATT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaT---------T--------T---TA-TA---TCAAATT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaGT--ATTTGGGG-T-GCA-T-----TTTTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGA-ATA--A-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC------A--CTGAT-C----AT------AAc
gi|15 : AC-AGGTGACTT-TCG-GT---TCCCCTACTTC------TGATAT---------T--------T---TG-CAA--T---GTT---CAATTTCTCTGGT--ATT-CGGG-T-GTA-T-----TGATA----A-----A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T---ACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGAT-CAG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCT---------T--------T---CT-TA---T---AAT---C-----CTTTGGT--ATTTAAGG-T-GTA-TG----TTTTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TTTT----------TTTTCGG--TTCAT-----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AAAGG-AT--TCGTAA--T--TCTCTT----TT----TCCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT---ACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT--TAAAA-TGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGAC-AGG-AACTT-CCGCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCAT---------T--------TGAATG-TA---G---ATT---CT----CTTTGGTTAGTTTCGGG-A-TTA-T-----TTTTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCA-TTG--C-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC------AATCCGAT-TT---AT------TAAAA---CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG--AGGCGGGGGGG-TG--ACGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAA--TTCTCTCTTGTAATT----TGCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-TA------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatGGTG-CT--T----G-------TGGAC-AAG--ACTT-TCG-AT-AACATTTAAT--------------T---------T--------TGAATG-TA---T---ATT---T-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG----AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TTAAAAA------AAAAA---TGAA----------C-----A--TTTAT-----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtgta
gi|4 : GCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGG-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTA-TAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAGG-----T-TCG-GTCAATGCCCCCCCCC------CCTTCT---------TATAATGTTTGAATG-TG---T---ATT---T-----TCTTTAT--ATTCGGGG-T-GTA-T-----TTTTA-T--A-----A-AT-ATA-GC-AA-CATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAAAAATTAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG-T---AC--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCC---------C--------C---TG-TG---TG--GTTGGGC-----CTTT-TC--GTCTGGGGTT-GTA-TTTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCC-AC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAAA--CANNN-N----NN------NNNNN---NNNN----------N-----N--NNNNN-----NNNGGGGGGG--GGGGGGGGGGGTTGTT-C--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : CAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--T-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT------A--CCAAT-T----ATA-----AAAAA---TGAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTAC--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC------ACAAA---TGAA----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGGC--TGT-AC--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----AA-------GTGT------------------CA----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 1 111 1 1 1 11 1 11 11 1 4444444444 111 11 7777777777777777 11 11 5555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111 1111111111 111 1111 11111 111 333333333333333333 1111 222222222222222222222 111111 222222222222 22222222222222222 11111 11 111 22222 11111 11111 33333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 44444444444444444444 11 3333333333 222 1 222222 22222 11 44444444 3333333 11 2222 22222222 11 11 1 111111 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 2222 3 0 3 3 33 0 3 6 777 0 0 0 33 0 11 33 0 6666666666 777 33 3 8 2222222222222222 6 66 6 6 00 0 1 4444444444444444444444444444444444444444444444 444444444 55 22 3 3 7 22222 2 7777777777 3 88 000 0 1111 3 88888 555 3 33333 44 111 0 44 55 555555555555555555 6666 3 777777777777777777777 222222 66 4 111111111111 777 2 66666666666666666 66 22222 0 66 22 66 77 5 1 5 111 55555 9 11111 6 66666 6 99 99 6 77777 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 0 1 1 88888888888888888888 0 88 7 8888888888 222 3 3 888888 55555 33 6 44444444 5555555 33 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 888888 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . .... . . . . .. . . . ... . . . .. . .. .. . .......... ... .. . . ................ . .. . . .. . . .............................................. ......... .. .. . . . ..... . .......... . .. ... . .... . ..... ... . ..... .. ... . .. .. .................. .... . ..................... ...... .. . ............ ... . ................. .. ..... . .. .. .. .. . . . ... ..... . ..... . ..... . .. .. . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .. . .......... ... . . ...... ..... .. . ........ ....... .. .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ............................................................... .. ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 0000 2 0 2 2 88 0 2 5 555 0 0 0 88 0 22 22 0 5555555555 555 88 2 0 4444444444444444 7 00 7 7 22 7 0 8888888888888888888888888888888888888888888888 222222222 00 66 6 6 3 77777 3 8888888888 6 66 777 7 2222 3 33333 000 3 33333 66 777 4 00 00 000000000000000000 0000 6 888888888888888888888 888888 11 0 666666666666 888 3 33333333333333333 11 55555 9 99 11 33 99 7 4 7 777 88888 3 00000 7 77777 7 22 22 7 00000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 0 77777777777777777777 7 33 3 7777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 88888888 0000000 22 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCT---------T--------T---TG-TA---T---ATT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCT---------T--------T---TG-TA---T---ATT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTGACT--T----G--------GGAC-AGG-GACTTCCCG-GT-TACCCCCCGCCCA------CCCTCTATTAATTAAT--------T---TGACATGTT---ATT---C-----CTTTTGT--ATTTAAGG-TAGTA-T-----TTTTAATGGA-----A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-C-----A--GGTCAATGCA-TTC--A-AC--A---AATTCCAG--CATT---T-AAAATACC-G-TTTTTAA---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGGGAT----ATAAAAAAAAAAA---T-AT----------C-----G--TTCAT-----AAAGA-------GGGGGGGGGGG-CGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAG----GGTGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATTA---TAGATTTTAATACG----CATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATC---C-----ATTGGGT--ATC-CGGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-A-----A--GTATAATA----TG--CGAG--C---AATCTC-G--C-CTATAT-AGAATT-C-G-TTTTT-----AAA-TGTCCGTACATGTA-----------TC------A--CAGAT-T----ATA-----AAAAA---TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaattcattattaT---------T--------T---TA-TA---TCAAATT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------
gi|13 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaT---------T--------T---TA-TA---TCAAATT---C-----CTAGGGC--ATTTCGGG-T-ATATT-----TTTTCAT--A-----AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-C-----A------AATGCA-T------AC--AAATAATCTT-G--CA--G-ATAAAA----T-G-TTTTCA----AAA-CGTC---------A-----------c
gi|14 : cacaggtgcctgtgtcatcacttccaatacctctcttttaaaatttaGT--ATTTGGGG-T-GCA-T-----TTTTAAG--AC----G-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-C-----A--TTTCAATGGA-ATA--A-AC--A---AATGTC-G--CAT---AG-AAAC---C-A-TTTTTA----AAA-TGTCGT-------A-----------TC------A--CTGAT-C----AT------AAc
gi|15 : AC-AGGTGACTT-TCG-GT---TCCCCTACTTC------TGATAT---------T--------T---TG-CAA--T---GTT---CAATTTCTCTGGT--ATT-CGGG-T-GTA-T-----TGATA----A-----A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T---ACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA-------GGAT-CAG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCCCCCC------CCCCCT---------T--------T---CT-TA---T---AAT---C-----CTTTGGT--ATTTAAGG-T-GTA-TG----TTTTGAT--A-----A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-A-----A--GGTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTCT-G--CATTATAT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TTTT----------TTTTCGG--TTCAT-----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AAAGG-AT--TCGTAA--T--TCTCTT----TT----TCCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT---ACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT--TAAAA-TGAAA-----------AGA---CTTAGC-CAACT---TGATTTTCGAAGCTTGTGGAC-AGG-AACTT-CCGCGT-AACACTGCATCGCACAAAACCGCAT---------T--------TGAATG-TA---G---ATT---CT----CTTTGGTTAGTTTCGGG-A-TTA-T-----TTTTATG--A-----A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTAC-----AAGGTTCAATGCA-TTG--C-ACCGA---TATCTT-G--CATTA-A---AA----C-AATTTTTAG---AGA-TATC---------ACAATTGTCATTTC------AATCCGAT-TT---AT------TAAAA---CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG--AGGCGGGGGGG-TG--ACGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGTGGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAA--TTCTCTCTTGTAATT----TGCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-TA------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatGGTG-CT--T----G-------TGGAC-AAG--ACTT-TCG-AT-AACATTTAAT--------------T---------T--------TGAATG-TA---T---ATT---T-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAATA-A-----A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG----AA--A---AGTCTC-G--CATTA----AAA----CAA-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TTAAAAA------AAAAA---TGAA----------C-----A--TTTAT-----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtgta
gi|4 : GCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGG-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTA-TAAAAATGAAAAGACTTACATAAGATTTATT--CACAGGTG-CT--T----G-------TGGACTAGG-----T-TCG-GTCAATGCCCCCCCCC------CCTTCT---------TATAATGTTTGAATG-TG---T---ATT---T-----TCTTTAT--ATTCGGGG-T-GTA-T-----TTTTA-T--A-----A-AT-ATA-GC-AA-CATCAGAGTA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--C-AC--A---AATTTC-G--CATTA-A------------------AT---AAA-T------------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAAAAATTAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG-T---AC--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : CCCCCCCCCCC------CCCCCC---------C--------C---TG-TG---TG--GTTGGGC-----CTTT-TC--GTCTGGGGTT-GTA-TTTAACTTTTCAT--ATCTTGC-AT--T--GG-AAA----AGAACA--TACT-TTTGGAA--GTTCAA--CATTTGGCC-AC--A---AATGT--GTTCATTG-TT-AAA-----------TTAGTGTAAACTCTA---------A-----------TCTTTTAAA--CANNN-N----NN------NNNNN---NNNN----------N-----N--NNNNN-----NNNGGGGGGG--GGGGGGGGGGGTTGTT-C--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : CAGAGAA--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTA--T-AC--A---CATTTC-G--CATTA-A--AAC----C-G-GTTTTAG---AAA-TGCC---------A-----------TT------A--CCAAT-T----ATA-----AAAAA---TGAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTAC--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-----GGT-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC------ACAAA---TGAA----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGGC--TGT-AC--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-----GAT-TGGAAAA-----AA-------GTGT------------------CA----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
blockSeqs : AT G CAG A C A T GA . A C TAT . C A AG T C A A AGACTTACAT TTT AG A . GATTTTCGAAGCTTGT T TG . C CA A CCTTCTTATAATGTTTGAATGTGT CAATTT TA TC T . T TTAAC A ATCTTGC A CT CTA AGCT A TTGGA AGG T GGCC CG AAT C TT CTATATAGAATTCG GTGT C ACAATTGTCATT TTTTAA AT . TAAAAA AAA G AAAAGAAGAAAC GT TTAGA AT GT TT GA G T G GTT TTATC C GAT . AGATC T . AT C GGACC . TAAGTAATATGTACATTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAATATATGA TGG T T T AGGAATTATCAATAGTATTA . T GTAATT GG . T TGTGTG TCAAT TA G TGGATT ATCGATT T GTCA CAGGCTTG G T T A T GG T TA A GTTGA AC ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . ATAGGCT AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . A A GTTTAA G . A G TTATA TACAC C T
blockSeqs : GT G AGC A . A T . . A T . . . . . . T A . G . . A . GATGA . G . . A C ACAAAACCGCATTTGAATGTAG GGGC . TC . . T G A AAA . A CC GT . . G . GCG . AAT T . TTATATAAACG G . CGTACATGTA . . . ATA . T TTTTTCG . . . GT TT . . T . . TT T GCG . . . . . . . . AATTGTACATTCAATGTCAATATTTTTA CAT . G A TTATAAAGGAT . . TT AT . T . . . A TA CATAC T . TC T T . G . . . G C T C TTTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . A TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . . . GT C . . G TAT T G .
blockSeqs : C . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . TGT . A . . A A TGATATTTTGCAAT CT . TG . . . . A AAG . . CA GT . . T . AA . . T . GATAAAATG G . GTA . . . TAT . G AT . . . G TT . . T . . . C G . . . . . . . . AAGTGTCATAATTTAGA T . A . . . . G T C . . AC T T . A . . . . . . A . . . A . . . . T G T .
blockSeqs : . TGT . . . . A A CCCCCCCCTGTGTG C . TA . . . . A AAG . . TA AT . . G . AC . . C . GATAAAATG G . A . . . ATA . G AC . . . G T . . T . . . C G . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . C CCCCCTTTCTTAT C . TC . . . . A ACG . . AA AT . . G . GC . . T . TAGAAACCA T . A . . . AT . T TC . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : C TTTGAATGTAT C . TC . . . . T AAA . . CA AT . . G . AC . . T . TTAAAACAA G . A . . . AT . N NN . . . . . . . . .
blockSeqs : C . CG . . . . A AA . . GA GT . . G . AT . . C . TTAAAACAA . . A . . . AT . G TC . . .
blockSeqs : T . TG . . . . A AA . . C A . . G . GC . . C . TTAAAACCG . . A . . . NN . G AC .
blockSeqs : T . C . . . . . AA . . C G . . G . G . . C . TTGTTAAA . . A . GC
blockSeqs : . C . . . . . AA . . C G . . . . . . . . . TTAA . . A
blockSeqs : T . . . . . . .
blockSeqCons : GATGT*********** CCCATTTGAATGTAT******************************* AA******** CA* C* TNNAAACCG********* AT********** GT ** *****
originalCons : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGAT----GA------TGGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCC------CCCCCT---------T--------T---TG-TA---T---ATT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAAT--A-----A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATTA-AT-AAA----C-G-TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-T----AT------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGAG----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
finalCons : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTA-TAAAA-TGAAAG---------AAGA---ATT--CACAGGTG-CTGATGT-----------GGAC-AGG-GACTT-CCG-GT-AACCCCCCNCCCCCCCATTTGAATGTAT-------------------------------ATT---C-----CTTTGGT--ATTTCGGG-T-GTA-T-----TTTTAATAA--------AT-AT--GCA-AACATCAGAGTG--TATT-C-----A--GTTCAATGCA-TTG--C-AC--A---AATCTC-G--CATNNAAACCG---------TTTTTAG---AAA-TGTC---------A-----------TC------A--CCGAT-TAT----------AAAAA---TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGGTTGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGA-----GGT-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1 11 1 111 1 1 1 11 1 11 1 1 7777777777777777777777777777 33 1111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 11 1111 111 111 11111 1 333333333333333333333 111111111 33333333333333333333333333 11111 111111 111 22222 11111 11111 22222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1 44444444444444444444 11 3333333333 222 1 222222 22222 11 44444444 3333333 11 2222 22222222 11 11 1 111111 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 11 444444 1 222222 1 1 222222 33333333 1
lowQualScore : 11 6 2222 3 0 3 3 33 0 3 6 777 0 0 0 33 0 11 3 0 0 8888888888888888888888888888 5 44 1 5 8888 5 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 55 2 4 8 4 5555 4 8 4 99 22 2222 3 666 111 55 222 4 8888 99999 11111 1 111111111111111111111 66 4 888888888 33333333333333333333333333 66 44444 66 999999 22 77 5 1 5 111 55555 9 11111 6 66666 6 99 99 6 8 00000 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888 0 1 1 88888888888888888888 0 88 7 8888888888 222 3 3 888888 55555 33 6 44444444 5555555 33 1111 66666666 1 5 8 3 8 11 8 99 6 888888 00 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 7777777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 1 33 000000 0 444444 8 0 0 2 000000 55555555 1 0
lowQualScore : .. . .... . . . . .. . . . ... . . . .. . .. . . . ............................ . .. . . .... . . ................................................................... . .. . . . . .... . . . .. .. .... . ... ... .. ... . .... ..... ..... . ..................... .. . ......... .......................... .. ..... .. ...... .. .. . . . ... ..... . ..... . ..... . .. .. . . ..... . ............................................................. ..... . . . .................... . .. . .......... ... . . ...... ..... .. . ........ ....... .. .... ........ . . . . . .. . .. . ...... .. ............................................................... .. ....... ................................................................................... . . .. ...... . ...... . . . . ...... ........ . .
lowQualScore : 33 7 0000 2 0 2 2 88 0 2 5 555 0 0 0 88 0 22 2 0 0 2222222222222222222222222222 7 77 7 0 5555 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 55 3 0 0 0 1111 0 0 0 55 11 5555 6 444 444 00 777 0 5555 00000 88888 6 555555555555555555555 99 4 888888888 44444444444444444444444444 99 33333 99 444444 99 99 7 4 7 777 88888 3 00000 7 77777 7 22 22 7 0 00000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55555 0 2 0 77777777777777777777 7 33 3 7777777777 000 3 2 888888 00000 88 5 88888888 0000000 22 2222 00000000 0 6 0 8 0 00 0 00 0 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 555555 0 888888 8 0 0 5 555555 88888888 0 0
consensus : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAA-TGAAA-G---------A---AG-------A---ATTCACAGGTG-CT--TGTGGAC-AGG-GACTTCC-G-GT-AA--CCCCCCNCCCC------CC-C-----------NT---TTG-A-A--------TGT--AT---ATTC-CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TTTTAAT--A-A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-CA--GTTCAATGCATTGC-AC--A---AATCTC-GC----ATTN---AAA---CCGTTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT-T----AT---AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGG-TGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGA-GG-----T-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
Reference ( family-2978 ) : GACAAACTCGCGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGTACATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTT-TCT-AT-TA--CTT-ATAATTT-TTTTTAT-AAAA-TGAAA-G---------A---AG-------A---ATTCACAGGTG-CTGATGTGGAC-AGG-GACTTCC-G-GT-AA--CCCCCCNCCCC------CC-C-----------AT---TTG-A-A--------TGT--AT---ATTC-CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TTTTAAT--A-A-AT-AT--GC-AAACATCAGAGTG--TATT-CA--GTTCAATGCATTGC-AC--A---AATCTC-GC----ATNN---AAA---CCGTTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT-T----AT---AAAAA------TGAN----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGGGGGGGGGGTTGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAAGTTGA-GG-----T-TGGAAAA-----AA-----T-GTGT---ACA-TTC-AATGTC-CA----TAATTT--AT---AT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCANCTAC-----TTAT-AANGGTAT--TCGTAA--TTCTCTCTT----TT----TCCGTAT-G-GTTTAAAAC-TGCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TA---T-GATTTTAANACG--CTCAT-TTTTT----TCAACA---NC---TTNTTGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCACAATAGG-TT--TATG-CTACTAT-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGC-AAGTAAAAGTGAAAAA-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATG-TNTCTT--GAAACAGC-----ACAATCAT-TTTTTTGT----AATCGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TAT-AAGCATATGCAC---T----GGNCG-TTTGCAC
gi|1 : GACAAACTCACGAT--------------CAG-TGTACATG-TATCC-G--TAGAATTAAGGTCATAGACT---ACATTATTTTATCT-AT-TA--CTT-ATAATTTCTTTTTATTAAAA-TTGAA-G---------A---AG-------A---ATTCACAGGTGACT--TG-GGAC-AGG-GACTTCCCG-GT-TA--CCCCCCGCCCA------CC-CTCTATTAATTAAT---TTG-ACA--------TGT---T---ATTC-CTTTTGT--ATTTAAGGTAGTA-T-TTTTAATGGA-A-AT-AT--G--AAACATCAGATTA--CATT-CA--GGTCAATGCATTCA-AC--A---AATTCCAGC----ATTT---AAAATACCGTTTTTAAAAATGTC---------A-----------TCA--CCGGGAT----AT---AAAAAAAAAAAT-AT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAGGGGG--GGGGGG------CGTTAC--C-AGAAATCCTGCCCACGA-ACTGC---TTGA-----AGCA-CTGTG--A--AGTCGTG-----GG-GAATT--AATAG-GCTTAAAAAGTTGAGGG-----TGTGGAGAG-----AAAGGAGTGGTGTGAGACAGTGC-AGTGTT-CA----TAATTT--ATTTGAT----TTTCT--T--CAACA-TTTCTTAGCAGCCAC-----T-----AGGAT-T--TCATTATCTTCTCTCTT----TTTTTGTCCGTAT-G-GTTTAAAACATGCAGGTT------TAGGTCC-----TTTGTTT--TCAT-GCATTA---TAGATTTTAATACG----CATATTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGGCTG-AG-AATG-GGTT--C-ATTTT--AT-ATGCTACAATAGGTTT--TATG---ACTAN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATTG---GCTTTTCTTAACCT-TAAGC-AAGTAAAAGTGAAANN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTACAAATGTTTTCTTAGAAAACAGCAAAAAACAATCAT-TTTTTTTT----AATCGGAACTATTCAT-AACCACGTATATAT-AAGCATATGTACATGT----GGGCG-TTTGC
gi|10 : actgtctgacagaagagatgcatgtaatacagCAAATG-TATCTT--GAAACAGC-----ACGATCAT-TTTTTTA-----AATC-GAA-TATTCATAAACCAC-TA--TAT-AAGCATATGCAG---TACACGGCCG-ATTGCAC
gi|11 : tttcacctaagaaaagtgaaaaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---ATCC-ATTGGGT--ATC-CGGGT-GTA-T-TTTTAATA-A-A-ATAAT--GC-CAACCTCAAAGTA---ATC-AA--GTATAATA---TGCGAG--C---AATCTC-GCCTATATAG---AAT---TCGTTTTT--AAATGTCCGTACATGTA-----------TCA--CAGAT-T----ATA--AAAAA------TGAA----------T-----G--gtgct
gi|12 : aagactttccggtattaaattcattattaCACAGGTG-CCTGTGTCATC-A-----CTTCC-A-AT-A-----------CCT------CT-C-----------TT---TTA-A-AATTTATTTTAT--ATCAAATTC-CTAGGGC--ATTTCGGGT-ATATT-TTTTCAT--A-AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-CA------AATGCAT----AC--AAATAATCTT-GC----AGAT---AAA---ATGTTTTCA-AAACGTC---------A-----------
gi|13 : CACAGGTG-CCTGTGTCATC-A-----CTTCC-A-AT-A-----------CCT------CT-C-----------TT---TTA-A-AATTTATTTTAT--ATCAAATTC-CTAGGGC--ATTTCGGGT-ATATT-TTTTCAT--A-AGAC-AT--GC--AACATTAGAGTG-----G-CA------AATGCAT----AC--AAATAATCTT-GC----AGAT---AAA---ATGTTTTCA-AAACGTC---------A-----------c
gi|14 : GT--ATTTGGGGT-GCA-T-TTTTAAG--ACG-AT-AA--GC-AAAC-TCAGAGTG--TATT-CA--TTTCAATGGAATAA-AC--A---AATGTC-GC----ATAG---AAA---CCATTTTTA-AAATGTCGT-------A-----------TCA--CTGAT-C----AT---AAc
gi|15 : AC-AGGTGACTTTC-G-GT------TCCCCTACTT------CT-G-----------ATATTTTGCA-A--------TGTTCA----ATTT-CTCTGGT--ATT-CGGGT-GTA-T-TGATA----A-A-AT-AT--GT-AAc
gi|2 : tcGACAAACTCATGATGCAGTTGTTAAAGCCAG-TGT-CATG-TATCCTG--TA-AATTAAGGTCATAGA-T---ACATTATTTT-TCT-AT-TAAGCTT-ATAATTC-TTTTTAT-AAAA-TGAAA-G---------A---AG-------A---ATTCACAGGTG-CTGATGAGGAT-CAG-GACTTCC-G-GT-AA--CCCCCCCCCCC------CC-C-----------CC---TTT------------CTT--AT---AATC-CTTTGGT--ATTTAAGGT-GTA-TGTTTTGAT--A-A-AT-AT--GA-AAACATCAGA-T---TATT-AA--GGTCAATGCATTAC-AC--A---AATTCT-GC----ATTATATAAA---C-GTTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT-T----AT---AAAAA------TTTT----------TTTTCGG--TTCAT-----AAAGAGGGGGATGGGGGGGGGGGTTGTTAC--A-AGAAGTCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-A--TT--AATAG-GCTTTAAAAGTTGA-GG-----T-TGGAAAA-----AA-----T--TGT---ACA-TTC-AATGTC-AA----T-ATTT--TT---A-----TTTCT--TGGCAACA-TTTCTTTACATCTAT-----TTAT-AAAGG-AT--TCGTAA--T--TCTCTT----TT----TCCGTATGG-GTTTAAAAC-TGCGGG-T------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-TGGATT-GATTTTAGCATA--CTCA--TTTTT----TCAACA---TC---TTGTTGGTCTG-AGAATGG-GGTTGGC-ATTTTG-ATAATGCTACAATGG---T--TATG-CTACTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-ATGCTTTTTT--ACCTATAGGCTAAGTAAAAGTGAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACAAATG-TTTCTT--GAAACAGC------CAATCAT-TTTTTTGT----AATGGGAA-TATTCAT-AACCACGTAT-TATAAAGCATATGTAC---T----AGGCGTTTTGCACc
gi|3 : AGCC---TGTACATGCTATCCTGGATA-AATTA--GTCATAAACT---ACATTATTTT-TTTCAT-TA--TTTTATAATTT-CTTTT-T-AAAA-TGAAAAG---------ACTTAGCCAACTTG---ATTTTC-GAAG-CT--TGTGGAC-AGG-AACTTCC-GCGT-AA--CACTGCATCGCACAAAACCGC-----------AT---TTG-A-A--------TGT--AG---ATTCTCTTTGGTTAGTTTCGGGA-TTA-T-TTTTATG--A-A-AT-ATCTGCTAAACATCAGAGTAGCTATTACAAGGTTCAATGCATTGC-ACCGA---TATCTT-GC----ATTA---AAA---CAATTTTTAGAGATATC---------ACAATTGTCATTTCAATCCGAT-TT---AT---TAAAA------CGAAAAAGAAGAAAC-----GGTTCCATTTAGAAAGGAAGGGG--AGGCGGGGGGG-TG--ACGAC-AAAAAGCC-GCACATAAGGTTGCGTTTTGATTATCAGCATCTG-G--GATAGTC-TG-----GATG--TCATAACAACGTTCAAAAAGCTGT-GGACCGAT-TGGAAGATAAGTAA-----T-ATGT---ACA-TTCGAATGTCTCATTATTAATTTTAAT---ATATGATTTCTCAT--CAATATTTTCTTGGTAACTACAGGAATTATCAATAGTATTATTATAA--TTCTCTCTTGTAATT----TGCGTAT-ATCTCTAACAT-TGCAGGTTTGTGTGTGGGTCCTCAATTTTGTTTTATCATAGCA-TA------ATTTTAAATCGATTTTAT-GTTTTGTCATCAATACAGGCTTGTTTTTGG-CTGTAGGAAGGTAGTT--CTGTTTTTAATCATGCCACAaattttnnnnnnnn
gi|4 : tttgctgtgctaacagaagcgccatgtaccaaagtagatttttctggcagaagagatacatGGTG-CT--TGTGGAC-AAG--ACTTTC-G-AT-AA--CATTTAAT-------------------------T---TTG-A-A--------TGT--AT---ATTT-CTTTGGT--ATTTCGGGT-GTA-T-TTTTAATA-A-A-AT-AT--GC--AACATCAGAGTG--TATT-CA--GTTCAATGCATTG--AA--A---AGTCTC-GC----ATTA---AAA---CAATTTTTAGAAATGTC---------A-----------TCA--CCGAT-TTAAAAA---AAAAA------TGAA----------C-----A--TTTAT-----AAAGAAGGGG--GGTGGAGtgta
gi|4 : GCAGGTT------TGGGTCC-----TTTGTTT--TCATGGCA-T------GCTTTTAA------CTCAT-TTTTT----TCAACA---AC---TTTTTGGTCTG-AGATAGG-GGTT--C-GCTTT--AT-ATGCCACAATAGG-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcaggtttgggtcctttgttttcatggcatgcttttaactcatttttttcaacaactttttggtctgagataggggttcgctttatatgccacaataggt
gi|5 : ggtgcttgtggacaagactttcgataacatttaattttgaatgtatatttctttggtatttcgggtgtatttttaataaaatatgcaacatcagagtgtattcagttcaatgcattgaaaagtctcgcattaaaacaatttttagaaatgtcatcaccgatttaaaaaaaaaatgaacatttataaagaaggggggtggagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACAAACGCGTGATGCAGTTGTTAAAGC-AGCTGTACATG-T-TCCTG--TA-AATTAAGGTAATAAATTTATACATTATTTT-TCT-ATATA--TAT-ATAATTA-TTTTTAT-AAAAATGAAA-AGACTTACATA---AG-------ATTTATTCACAGGTG-CT--TGTGGACTAGG-----TTC-G-GTCAATGCCCCCCCCCCC------TT-CTTATAAT----GT---TTG-A-A--------TGT--GT---ATTT-TCTTTAT--ATTCGGGGT-GTA-T-TTTTA-T--A-A-AT-ATA-GC-AA-CATCAGAGTA--TATT-CA--GTTCAATGCATTAC-AC--A---AATTTC-GC----ATTA---AA-------T------AAAT------------A-----------TCA--CCGAT-T----ATAAAAAAAA------TTAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAGGGG--GGAGGTGTGGG----TAC--CGAGAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTAA-----AGCACCTGTAGCG--AGTC-TGAGATCGA-G--TC--AATAG-GTTTTAAAA
gi|6 : ctatctgacagaagagaacatgtacatactgttacattacagGGTCTG-AGAAAGG-GGTT--C-GTTTT--AT-ATGCCAAAATAGG-TTGATATGACTACT-T-TTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGCTTTTTC--ACCTA-------AGTAAAAGTGAAA-------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAATG-TATCTT--GAAACAGC------CAATCATATCTTTTGTTTAAAATCCGAC-TATTCAT-AACCACGTAT-------GCATGTACAC---G----GGTCG-TGTGCAC
gi|7 : GGGG--GGGGGGGGGGGTTGTT-C--C-ATGAAT----TTCACAA-GTTg
gi|8 : ccccccccccccccccccctgtgtggttgggccttttcgtctggggttgtatttaacttttcatatcttgcattggaaaagaacatacttttggaagttcaacatttggccacaaatgtgttcattgttaaattagtgtaaactctaatcttttaaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggCAGAGAA--TATT-CA--GTTCAATGCATTAT-AC--A---CATTTC-GC----ATTA---AAA---CCGGTTTTAGAAATGCC---------A-----------TTA--CCAAT-T----ATA--AAAAA------TGAT----------C-----G--TTCAT-----AAAGAATGGG--GGGGGG-------GTTAC--C-AGAAATCCTGTCCACAA-GCTGC---TTGATT---AGCACCTGTG--G--AGTC-TG-----GA-G--TC--AATAG-GGTTTAAAAGTTGA-GG-----T-TAGAAAA-----AA-----
gi|9 : AGTG--TATT-CA--GTTCAATGCATTGC-AC--A---AATaat
gi|9 : AT-T----GC---ACAAA------TGAA----------C-----G--TTCAT-----AAAGAAAGGG--GGAGCGGGG--CTGT-AC--C-AAAAATCCTGCCCACAA-GCTGC---TTGA-----ACCA---GTG--G--AGTC-TA-----GA-G--TC--AATAG-GTTTT-AAAGTTGA-GA-----T-TGGAAAA-----AA-------GTGT------------------CA----TAATTT--AG---A-----TTTCT--T--CAACA-CTTCTTAGCAgaacgttcataaagaaagggggagcggggctgtaccaaaaatcctgcccacaagctgcttgaaccagtggagtctagagtcaataggttttaaagttgagattggaaaaaagtgtcataatttagatttcttcaacacttcttagcactgaagga
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CCATATATATATAATATTTTAAATGCAGTGGAAGATTCTTACTCTCGCGTGCCGTTTTCCGCCTGCCAAATCTATACACCAAG