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blockSeqs : . . . . T . . . A T . . . . . . . . . . . . ATTA A . . . C . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A T . . . . . . . . . . . . ATTA C . . . A . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A A . . . . . . . . . . . . ATTA C . . . C . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . A C . . . . . . . . . . . . ATTA G . . . C . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . . . . . . . TTTT G . . . T . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . . . . . . . AGTA A . . . A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A T . . . . . . . . . . . . ATT A . . . C . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . . . . . . AA A . . . C . . . G . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . CA A . . . C . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . C . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A G . . . A . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ATTA******** C** ***
originalCons : NTCAGTATGGGCACTTTCGGG------GGCAT-TTGTGTTTTAA---GAAC-ACATC-TTGTTTT--A---TACTGCTGC-TGAATA-------TTA----G----A-ATT----T---A--GCT-TAG--AT----------------A---TGCAGAACAGGAAA---A----TTA-TT----ATAGA-TTT-CGTA-GCC--CT-TGG---------G---GC--NAGT-G--ATAC-TTT---TA-AC-TAATACTCGGGTGACCGAT-AAGG-C-CTGT---GGGCCTCTTA
finalCons : NTCAGTATGGGCACTTTCGGG------GGCAT-TTGTGTTTTAA---GAAC-ACATC-TTGTTTT--A---TACTGCTGC-TGAATA-------TTA----G----A-ATT----T---A--GCT-TAG--AT----------------A---TGCAGAACAGGAAAATTA--------TT----ATAGA-TTT-CGTA-GCCC--T-TGG---------G---GC--NAGT-G--ATAC-TTT---TA-AC-TAATACTCGGGTGACCGAT-AAGG-C-CTGT---GGGCCTCTTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGTGATATCATATATAATCTTTCAAAAGTATAAAAACTCTAGGGGGAGGGGGTTACACATTTTCAAAACACGTTTCATTTCACTGTCATTAGCATTATCAAAGTTTAGATTAAATTATTTTTCTAGATTGTTTAGCCCTTGA
Unaligned ( gi|22 ): TGATACTATTTAGAATTACACACGTCATACATGTATTAAGAAAAAGCTGAAAGGAATGTACCATAATTGTGAATTTCGCAACTTCAAGGTTCTTACTCTA
Unaligned ( gi|30 ): TTGTGAATTTTACAACCCTAGAGTATTGACTCCAGGATCAGTCCAAATCAGTCATATGGTGTTGATGTCACA
Alignments
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lowQualScore : . ...... . . ... . ... . . . ...... . . ....... .... .... . .... ... .. . .. ................ ... . ............ ..... . . . ... . ......... ... ... . .. . ... . . . . . . . ...
lowQualScore : 8 888888 8 5 000 8 555 8 8 1 444444 6 7 4444444 2222 5555 7 5555 222 33 7 11 7777777777777777 777 6 666666666666 88888 5 6 6 777 6 444444444 999 999 7 44 0 777 1 1 7 1 4 5 7 777
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Reference ( family-294 ) : NTCAGTATGGGCACTTTCGGG------GGCAT-TTGTGTTTTAA---GAAC-ACATC-TTGTTTT--A---TACTGCTGC-TGAATA-------TTA----G----A-ATT----T---A--GCT-TAG--AT----------------A---TGCAGAACAGGAAA---A----TTA-TT----ATAGA-TTT-CGTA-GCC--CT-TGG---------G---GC--NAGT-G--ATAC-TTT---TA-AC-TAATACTCGGGTGACCGAT-AAGG-C-CTGT---GGGCCTCTTA
gi|1 : TCAGTATAGACA-TTTAGGG------GGCAT-TAAAGTTTGAA---GAAC-ACGTT-TTGTTTT--A---TACTCTTGC-TGAAAA-------TTA----G----ATATT----C------GAT-TAG--AC----------------A---TGTAGAACGGGGAA---ATCTTTTT-TT----CTAGA-TTC-C-TA-TTCTTTT-TGG---------GCTTGT--GAGC-G--ATAC-TTT---
gi|10 : ctgatacattataaacactaaatgcatattgagaaaaaaacagaaaaggggtatactaaaattgtgcatttggcaactccagggttttgaccccaaatctttcaAGTATGAGCACTTT----------------TTG------GA---GAACCACATC-TCA---------------CTGC-TAAATA-------TAA----A----A-ATT----T---A--GCT-TAT--TT----------------G---TGTAGAATAGAAAA---A----TTT-TC----ATTGA-TTT-CTTA-GCC--TA-TGG---------G---GC--TAGT-G--ATAC-CTC---TA-AC-TGATACTAAAGTGACCGAA-AAGG-
gi|11 : aaagttttcatttg-ATATT-TT-TTTG--A---TAATTCTAC-TGAATA-------TTA----G----A-ATT----T---A--GCT-TAG--AT----------------AATATGCAGAACAGGAAA---A----TTA-TT----ATAGA-TTT-GG-A-GCC-----------------A---GT--ATGT-G--ATAC-TTT---GA-AG-TAATACTCAGGTGACTGAC-AAGG-C-CAGT---GGGCTTCTt
gi|12 : agtggacatatttggggGTTTTAA---GAAC-ACATC-TTGTTTT--AA--TACTATCAC-TAAATT-------TCC----A----A-ATT----T---ATAGTT-TAG--AC----------------A---TGCAGGACATGAAT---A----TT--TT----ATA-A-CTT-AGCA-ACC--TT-TGG---------G---GC--TA-T-A--ATGA-TTT---TA-------TACTCAGGTGATCAAT-AGAG-C-CTAT---GGGCCTCTTAcgt
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gi|17 : c-ACATC-TTGTTTC--A---TACTGCTGT-TGAACA-------TTA----A----A-ATT----T---T--GCT-CAG--AA----------------A---TGCAAAA-AAGAAA---A------A-TC----ATAGA-TTT-CATA-GCC--CTATGG---------
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gi|20 : attatataatttattcaaagtatttcaCAGTATGGGCACTTTTGGG------G-CAT-TTGTGTTTTA----------------------------TACTGCTGC-TGAATAATCAGTATTG----G----A-ATT----T---A--ACT-TAG--AT----------------G---TGCAGAACAGGAAG---G----TTACTT----A-AGG-TTttaat
gi|21 : TTGT--A---TACTACTCC-TGATAA-------TCA----G----A-ATT----T---A--ACG-TAG--AA----------------A---TACAAAACAGGAAA---A----TTA-TC----AAAGA-TTT-CGTA-GCC--TT-TGG---------G---GC--TTGT-G--
gi|23 : aataaactttaaG--AT----------------A---TGCAGGATAGGAAA---A----TTA-GT----CTTCA-TTT-CATA-GCC--TT-TAG---------A---GC--AAGT-G--ATAC-TCT---TA-AC-TAATACTCAGGTGACCAGT-TACA-C-CTTT---GGGCTTCTTg
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gi|26 : T-TTGTAATCCAA---GTAC-ATATC-TTGTTTT--A---TACAACTGG-AGAATA-------TTG----A----T-ATT----T---A--GAT-AAG--AT----------------A---TGCTACACAAGGAA----------A-TT----GTAGA-TT
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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