lowQualScore : 111111111111 11 1111 1111111 333333333333333333333333333 33333 22222222222 2222222222222222222222 11 2222222222 333333 1111
lowQualScore : 0 999999999999 33 2 00 3 6 33 2 5 2 2 1 2 2 5555 2 777 555 44 9999999 000000000000000000000000000 2 2 555 2 22222 0 33 2 33 2 99999999999 2 1111111111111111111111 33 33 33 6666666666 2 666666 7777 2 4 3 2 000000 2 2 0 4444 1 1 1
lowQualScore : . ............ .. . .. . . .. . . . . . . . .... . ... ... .. ....... ........................... . . ... . ..... . .. . .. . ........... . ...................... .. .. .. .......... . ...... .... . . . . ...... . . . .... . . .
lowQualScore : 7 222222222222 11 4 33 6 8 99 7 3 7 2 4 9 9 0000 7 333 999 22 8888888 111111111111111111111111111 9 7 111 7 44444 6 77 7 11 4 55555555555 4 1111111111111111111111 44 55 22 4444444444 4 888888 8888 4 7 4 5 111111 1 4 8 8888 8 8 8
consensus : CTAGCAAAAAGGGCCCTTA-A----CT---AAGTAATT--TAATG-CTN-AAGTNT--GAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCT-C-AGAG----C-AT---TAT--GGCAA--TATTG-TTGT-CATTAAA--A--T--TACAGT-AA--AT------CA-AA-GAT--GA-CNAC--TAACTGG--TGAT-TGG-TAG-TCATGA----C----GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTATG-C--AAA--A--TGACGTC--A-CG---T---TTTTTCA-TT------GTGACG----TT-T-CAAA-AA-T---TGTTGGATAA-GATAAGG--GCCCTTTT-T-GCTAG-GAACGGCTCAAAT
Reference ( gi|5 ) : CTAGCAAAAAGGGCCCTTA-A----CT---TAGTAATT--TAATG-CTG-AAGTTT--GAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCT-C-AGAA----C-AT---TAT--GGCAA--TATTG-TTGA-CATTAAA--A--T--TACAGT-AA--AT------CA-AA-GAT--GA-CGACGATAACTGG--TGAT-TGG-TAG-TCATGA----A----ATCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTATG-C--AAA--A--TGACGTC--A-TA---T---TTTTTCA-TT------GTGACG----TT-T-CAAA-AACT---TGTTGGATAA-GATAAAA--GCCCTTTT-T-GCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|8 : CTAGCAAAACGGGCCCTTA-A----CT---AAGTGATT--TAATG-CTT-AAATTT--GAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCT-C-AGAG----C-AT---TAT--GGCAA--TATTG-TTGT-CATTAAA--A--T--TACATTAAA--AT------CA-AA-GAT--GA-CTACTATAACTGG--TGAT-AGG-TAG-TCATGA----A----CTCTTTCTT-TC--CA-A-----AGTATG-CA-AAA--A--TGATGTC--A-CA---T---TTTTTCA-TT------GTGACG----TT-T-CAAA-AA-T---TGTTGGA
gi|4 : ttcCTAGCAAAAAGGGCCCTTA-A----CT---AAATAATG--TAATG-CTT-AATTTC--GAACTA-TA-G-AGAATA-TCTCT-C-AAAAG---C-AT---TAT---GCAG--TATTA-TTGGTCATTAAA--A--T--GATATT-AA--AT------TA-AA-GAT--GA-TTACTATAACTGG--TGAT-TGG-TAC-TCATAC----A----ATCTTTCTT-TAC-CA-A-----CATATG-CA-AAA--A--TGACGTC--A-CA---T---TTTTTCATTT------GTGACG----TT-T-CAAA-AA-T---TGTTGGAT-A-GATAAGG--GCCCTTTT-T-GCTAG-GAACGGCTCTAA
gi|4 : gttcCTAGCAAAAAGGGCCCTTA-T----CTATCCAACAATT--T
gi|2 : gttcctagcaaaaagggcccttaactaaataatgtaatgcttaatttcgaactatagagaatatctctcaaaagcattatgcagtattattggtcattaaaatgatattaaattaaagatgattactataactggtgattggtactcatacaatctttctttaccaacatatgcaaaaatgacgtcacattttttcatttgtgacgtttcaaCTAGCAAAA-GGGCCTTTA-A----CT---AAGTAAAA--TAATGTCTG-AAGTTT--AAAATG-TATG-AGACCAA-CTCTTC-AGAG----C-ATC--TATTAGAAAA--TATTG-TTGT-TATTAAA-----T--TACTGT-AAC-ATGTAGTGCA-AAAGAT--GA-CGATTATTACTGT--TGAT-CAA-TAG-TCATGA----C----ATCTTTCTT-TA---A-A-----AGTGTG-C--AAA--AT-TAACGTCCAA-TG---T---TTTTTCA-TT------GTGACG----TT-T-C-AA-AATT---TGTTGGATAA-GAT-TAG--GACCTTTT-T-GCTAG-GAACGGCTgaacggctctaa
gi|6 : cCTAGCAAAAAGGGCCCTTA-A----CT---AAGTAATTTATAATG-TTG-AATTTT--GGACTA-T--G-AGAACACTCTCT-C-AGAG----C-AT---TA---GGTAA--TTGTG-TT-A-TATT--A--A--T--TACAGT-AG--AT------CAGAA-GA--------ATTCTGATTGAGCTGAT-TGG--AGTTCATG-----A----ATCTT--CT-TA--CA-T-----AG--------AAA--A--TGACGTC--A-CA-------TTTTTCA-TT------GTGA-G----TT-T-CAAA-A--T---TGTTGGATAA-AAT-AAG--GCCTTTTT-T-GCTAA-GGAAAGCTCATATat
gi|3 : gccgttCTAGCAAAATGGGCCCTTA-A-----------GTAGTT--TAATG-CTA-AACTAT--GAACTC-TG-GGAAAACAATTCCT-C-AAAAACAAC-AGAGACAT--GTTAA--CATTG-TGG----TTAAG--A--TATTAC--T-AACAAT------CA-AA-GAT--GA-CAAC--TTACAGA--TGAT-TGG-CAA-TCATGA----T----TGTTTTATT-TG--GG-A-----A-TATG-C--AAA--AGATCACGTC--A-CA---T---TTTA-CA-TT------GTGGCG----TT-TTCTGA-A--T---TATTGGATAC-AATAAG---GTCCTTTT-TAGCTAG-GAACGGCTC
gi|20 : cggttcCTAGCAAAAAAGGCCCTTA------CT---TA---ATT--CATTG-CTTTAAGTAT--GACCTA-TA-G-AGAGCAGTCACT-T-GGAG----T-AT---TAT--GGCGA--TATTG-TTGttaa
gi|1 : gttgtccCTAGCAAAAAGGTACCTTA-ATTAACT---TAGTAATT--TAATG-CTT-A--TCTAAGAACTC-TA-G-AGAACTGTCCCT-C-ACAG----T-AT---TAT--AACAATGTATTA-TTTT-CATTAAAGTA--T--TACt
gi|25 : gagctgttcCTAACAAAAAGGGCCCTTA-A----CT---AAGCAATT--TAATG-CCG-AAGCTT--GAATAA-TA-G-AGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttcaaagaaagatcggagccactaaagtggtgatatgggtagtctgatgtctctcttctccagtgtatgggaaaaatgacgtcactccgtgtttcatctgacttttgcaaaatattttcgtaatgaaaaggaccgttttttctagagaacggctcaat
gi|13 : cCTAGCATAAAGGTTCCTTA-A----TA---AAGCAATT--TAGTG-CTT-AAGTAG--GAACTG-TA-A-AGAACAGTGCCT-C-ACAG----T-AT---TAA--AGCAA--TATTG-
gi|11 : CTAGTGAAAAGGGTCCTTATA----AT---TAA-AGTT--GAATG-CTT-AAGTAT--GACCTA-TA-G-AGAACAGTTCCT-C-AGAG----T-AT---TAT--actggtgattggtagtcatgatgtcatgatgtctttctttacaagtatg
gi|18 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTA-T----CT---T----GTT--TAGTG-CTA-AACTAT--GAACTCTTG-G-AAAACAATTCCT-CTAAGA----C-AT---TAtggatgacaactaacttgtgattggtagtcatgacttcttcctttaattacacgtatgaaaaaatgatatcaccttttattgttatgacatctcaaaa
gi|29 : agccgttcCTAGCAAAAAGGGCCCTTA-A----gagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|27 : CTAGCAAAATGGGCCCTTA-A----GT---AAGTAATT--TAATG-CTgaacggctcaaat
gi|28 : gttcCTAGCAAAGAGGGCCCTTA-A----CT---AAGTTATT--TGATG-t
gi|22 : tattcCTAGCAAAAAAGGCACTTA------------AGTAGTT--TAGTG-CTA-AA
gi|10 : tatgagctgctcAGCAAAA-GGGCCCTTA-A-----------GTAATT--TA----------------GGGCTA-CA---AGTACAATCCCT-T--GAA----CTAT---TAA--AGCAA--TATTG-------ATTAAA------------GC-CA--AT------CA-AA-GAT--GA-CATC--TAACTGG--TGAT-TGG---A-TTATG------------------------CA-A-----A---------AAG--A--TGACATC--A-TGGTTT---TTTTCCA-TT------ATGATGC---TT-T-CTAA-AA-----TGTTGGATA------------------T-T-GCTAG-GAACAGTTCActattagtgctaaactatgaactctgggaaaa
gi|9 : gtgAAAACGGCTCTTT-A----TT---AGGTAAAT--CAATG-CTT-AAGTAT--GAGCGA-TA-G-AGAACAGTTCTT-T-AGAG----T-AT---TAT--AGCAA--CATCG-C--------AAA--ACTT--TGCAG-----------------AG-GA-------GAAATTATCTGA--TGAT-TGG-TAG-TCACAG----C----GTCTTCCTT-TG--C--A-----AGTATG-C--AAA--AC-TAACGTC--ACCA---CCCGTTTCTTA-TT------GTAAAG----TT-T-CAAA-ATAT---TGTTta
gi|7 : AGTAGTT--CAGTG-CTA-AACTAT--GAACTC-TGCG-AAAACTATTCCT-C-AGAAACACC-AT---TTT--CGNNN--NNNNN-NNNN-NNNNNNN--N--N--NNNNNN-NN--NN------NN-NN-NNN--NN-NNNNNNNNNNNNN--NNNN-NNN-NNN-NNNNNN----N----NNNNNNNNN-NN--NN-N-----NNTTAG-G--AGT--A--TGACGTC--A-CG---T---TTTAT-A-TC------ATGACG----TT-T-T------CTGCATTTTGGATAC-AATGAGG--GCCTTTTT-T-GCTAG-GAACGACTCAGAT
gi|12 : a-TA-G-TGAACAATGTCT-G-GGAA----T-AT---TAT--AGTAC--TGTTGATTGT-CATCAAA--A--TAGTACGGT-CT--AT------CA-AC-GAG--AA-C-----TAAATAA--TGAG-TGG-TAA-TCATGA----C-----TCTTTCTT-TG--CA-A-----GG-ATG-CGAAAA--A--AGACGTC--G-CG---A---ATTTTCA-TT------GTGACG----TT-T-CAAA-ATAT---TGTTa
gi|16 : -AT---TAT--GGCAA--TATTA-TTGT-CATTAAA--A---------------------------AA-GAT--GA-T--CGCTAACTGG--TGAC-CAG-TAG-TCATGA----C----GTTGTTCTT-TA--CA-AGTACTAGTATT-CA-AAA--A--TGACGTC--A-C----C---TTTTTCA-TT------
gi|13 : t--T--CACAGT-A----T------TA-AA-G-------CAATATTGACTGG--TGAT-TGG-TAG-TCATGATGTCATGATGTCTTTCTT-TA--C--A-----AGTATG-
gi|23 : ctagcataaaggttccttaataaagcaatttagtgcttaagtaggaactgtaaagaacagtgccA--AT------CA-AA-GAT--GA-CCAC--TTACAGA--TGAT-TGG-CAA-TCATTA----T----GTATTTGTT-TA---G-G-----AGTATG-C--AAAAGA--TGACGTC--A-
gi|19 : A--AT------CA-AA-GAT--GA-CAAC--TTACAGA--TGAT-TGG-CTA-TTATG-----------TGTTAATT-CA--GA-G-----GG-ATA-C--AAA--AGATAACATC--A-CG---C---TTTTACA-TT------ATGACG----TT-T-ggg
gi|1 : A-AA-GATCGGAGCCACTA-AAGTGG--TGATATGGGTAG-TC-TGA----T----GTCTCTCTTCTC--CA-G-----TGTATG-GGAAAA--A--TGACGTC--A-C----TCCGTGTTTCA-TC-------TGACT----TT-TGCAAA-ATAT---TTTCG--TAATGAAAAGG--ACCGTTTT-T-TCTAGAGAACGGCTCAAtctgcattattgaata
gi|11 : gagctgttcctagcaaaaaggtaccttaattaacttagtaatttaatgcttatctaagaactctagagaactgtccctcacagtattataacaatgtattattttcattaaagtattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttcaaag-GAT--GA-CAAC--TAACTTG--TGAT-TGG-TAG-TCATGA----C----TTCTTCCTT-TAATTACA-----CGTATGAA--AAA--A--TGATATC--A-CC---T---TTTATTG-TT------ATGACA----TC-T-CAAA-At
gi|15 : ctagtgaaaagggtccttataattaaagttgaatgcttaagtatgacctatagagaacagttcctcagagtattattgG-TAG-TCGTGA----T----GTCTCTCTT-TC--CA-T------GTATG-G--AAA--AA-TGACGTC--A-CC---T---GTTTTCA-TC------GTGACT----TT-T-CAAA-ATAT---TTTCGGATAA-GATAAAG--GATCGTTT-T-TCTAG-GAACGGCTCA
gi|14 : -TTATGA----C----GTCATTCTT-TT--CA-T------GTATG-CG-AAA--A--TGACACC--A--A---C---TTTTTCA-TTTTTATTGTGACG----TT-T-TAAA-A------TATTGGAAAA-GATAAGG--ATAGTTTT-T-GCTAG-AAATGGCTCGA
gi|21 : --TGACGTC--G-CG---T---TTTGACA-TT------GTGACGGTAATTAT-TAAG-AA-----------AAAA-GATAAGG--ATCCTTTT-C-GCTAG-AAACGGCTCAAATtt
gi|24 : aacaaacat---TTTTACA-TT------ATGACG----TT-T-T-------C---TGCATCATAA-GATATAATGGCCTTTTTTT-GCTAG-GAACGGCTg
gi|28 : caca-T-CAAATAACT---T--------A-GTTAAGG--GCCCTCTT-T-GCTAG-GAA
gi|18 : taACAA-GATAAGG--GCCCTTTT-T-GCTAG-GAACGGCTtg
gi|20 : TAA-G-TAAGG--GCCTTTTT-T-GCTAG-GGACttagtgctaaactatgaactcttggaaaacaattcctctaagacattagagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|1 : gttTAA-GGTA-------CCTTTT-T-GCTAG-GAACAGCTCattcattgctttaagtatgacctatagagagcagtcacttggagtattatggcgatattgttgt
gi|4 : A-GTTAAGG--GCCCTTTT-T-GCTAG-GAACattaacttagtaatttaatgcttatctaagaactctagagaactgtccctcacagtattataacaatgtattattttcattaaagtattacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttcaaagaaagatcggagccactaaagtggtgatatgggtagtctgatgtctctcttctccagtgtatgggaaaaatgacgtcactccgtgtttcatctgacttttgcaaaatattttcgtaatgaaaaggaccgttttttctagagaacggctcaat
gi|6 : A-GTTAAGG--GCCCTTTT-T-GCTA--GAACGGCaaataatgtaatgcttaatttcgaactatagagaatatctctcaaaagcattatgcagtattattggtcattaaaatgatattaaattaaagatgattactataactggtgattggtactcatacaatctttctttaccaacatatgcaaaaatgacgtcacattttttcatttgtgacgtttcaaaaattgttggatagataagggccctttttgctaggaacggctctaa
gi|3 : TAAGG--GCCCATTT-T-GCTAG-GAACaagtaatttataatgttgaattttggactatgagaacactctctcagagcattaggtaattgtgttatattaattacagtagatcagaagaattctgattgagctgattggagttcatgaatcttcttacatagaaaatgacgtcacatttttcattgtgagtttcaaaattgttggataaaataaggccttttttgctaaggaaagctcatat
gi|29 : cgTAAGG--GCCCTTTT-T-GCTAG-GAACGGCTCAAATagtagtttaatgctaaactatgaactctgggaaaacaattcctcaaaaacaacagagacatgttaacattgtggttaagatattactaacaatcaaagatgacaacttacagatgattggcaatcatgattgttttatttgggaatatgcaaaagatcacgtcacattttacattgtggcgttttctgaattattggatacaataaggtcctttttagctaggaacggctcttaa
gi|27 : tTAAGG--GCCCATTT-T-GCTAG-GAAC
gi|22 : TAAGT--GCCTTTTT-T-GCTAG-GAGCAGCTCAagtaagtaatttaatgctt
gi|30 : ta--GCCTTTTT-T-GCTAG-GAACAGCTCAagtagtttagtgctaaactattagtgctaaactatgaactctgggaaaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CGTTCCTAGAGAAAAATGTCGCTTAAATTGTTAGTGCTAAACTGTCAACTCTGGAAAAAACACCTTTCAAAAACACCAGAGATGTATTAATTGTAGTTAAAATATTACAG
Unaligned ( gi|26 ): ATTCACAGATGACAGCTTACAGATGATTGTAAATCATTATGTCTTCCTTTTTGAGTAT
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 1 3 0 4444 33 33 2 66 777777 0 55 22 55 2 1 66 1111 666 444 33 2 3 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 2 666 555 99 5555 33 2 2 1 88888888 2 7777 2 555555555555555555555555 99 4 2 33 33333333333 4444 2 2 2 2 9 2 1 444 33 33 2
lowQualScore : . . . .... .. .. . .. ...... . .. .. .. . . .. .... ... ... .. . . . ................................................. .... . ... ... .. .... .. . . . ........ . .... . ........................ .. . . .. ........... .... . . . . . . . ... .. .. .
lowQualScore : 2 1 6 7777 11 11 2 00 222222 4 99 77 55 4 4 33 3333 999 777 99 9 1 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 4 444 000 77 1111 22 4 4 4 11111111 1 8888 1 222222222222222222222222 77 4 2 11 66666666666 7777 2 4 4 5 4 5 2 777 44 22 5
consensus : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
Reference ( family-280 ) : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|1 : CTAGCAAAAAGGTACCTTAATTAACTTAGTAA--TT--TAATG-CTT-A------TCT-AAGAACTC-TA-G-AGAACTGTCCCTC--ACAG----TAT---TAT--AACAATGTATTA-TT-TTCATTAAAGTA--T--TACNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT------CAAAGAAA-GATCGGAGCCAC--TAA--AGTGG--TGATATGGGTA--------G-TC-TGA-T-GTCTCTCTTCTC--CA-G-----TGTATGGG-A--AAA--A-T-GACGTC--ACTC--CG----TGT----TTCA-TC-TGACT-TTTGCAAAATA-TTTTCG-----TAATGAAAAGGACC-GTTTTTTCTAGAGAACGGCTCAA
gi|10 : gagctgttcAGCAAAA-GGGCCCTTAA--------GTAA--TT--TAGGG-CTACA------AGT------------------ACAATCCCTT--GAAC----TAT---TAA--AGCAA--TATTG-------ATTAAA------------GC-CA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CATC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GG----------A-TTATG------------------CA-A-----A-----------AAG--A-T-GACATC--A-----TGGTTTTTT----TCCA-TTATGATGCTTT-CTAAA-A--TGTTGG---ATA-----------------TTGCTAG-GAACAGTTCAt
gi|11 : gtgCTAGTGAAAAGGGTCCTTA--TAA----TTAAAGTT--GAATG-CTT-A------AGT-ATGACCTA-TA-G-AGAACAGTTCCTC--AGAG----TAT---TAT--ta
gi|11 : -GAT--GA-CAAC--T-A--ACTTG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-TTCTTCCTT-TAATTACA-----CGTAT--GAA--AAA--A-T-GATATC--A-----CC---TTTT----ATTG-TTATGACA-TCT-CAAAA-tggatgacaactaacttgtgattggtagtcatgacttcttcctttaattacacgtatgaaaaaatgatatcaccttttattgttatgacatctcaaaa
gi|12 : ctagtgaaaagggtccttataattaaagttgaatgcttaagtatgacctatagagaacagttcctcagagtattattg-TA-G-TGAACAATGTCTG--GGAA----TAT---TAT--AGTAC--TGTTGATT-GTCATCAAA--A--TAGTACGGT-CT--A----------------------T------CA----AC-GA---GA---AC--T-A--AATAA--TGAG-T-GGTA--------A-TCATGA-C--TCTTTCTT-TG--CA-A-----GG-AT--G-CGAAAA--A-A-GACGTC--G-----CG---AATT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAATA-TTGTT
gi|13 : CTAGCATAAAGGTTCCTTAATAAA----GCAA--TT--TAGTG-CTT-A------AGT-AGGAACTG-TA-A-AGAACAGTGCCTC--ACAG----TAT---TAA--AGCAA--TATTG-
gi|13 : --T--CACAGT-A--------------------------T------TA----AA-GC----A-ATAT--T-G--ACTGG--TGAT-T-GGTAGTCATGATG-TCATGA-T-GTCTTTCTT-TA--C--A-----AGTAT--G-actggtgattggtagtcatgatgtcatgatgtctttctttacaagtatg
gi|14 : ctagcataaaggttccttaataaagcaatttagtgcttaagtaggaactgtaaagaacagtgcc-TTATGA-C-GTCATTCTT-TT--CA-T------GTAT--G-CG-AAA--A-T-GACACC--AA----CT---TTTTCATTTTTA-TTGTGACG-TTT-TAAAA----TATTGG---AAAA-GATAAGGATA-GTTTTTGCTAG-AAATGGCTCGA
gi|15 : GTA--------G-TCGTGA-T-GTCTCTCTT-TC--CA-T------GTAT--G-G--AAA--AAT-GACGTC--A-----CC---TGTT----TTCA-TCGTGACT-TTT-CAAAATA-TTTTCGG---ATAA-GATAAAGGAT-CGTTTTTCTAG-GAACGGCTCAtt
gi|16 : AT---TAT--GGCAA--TATTA-TT-GTCATTAAA--A----------------------------------------------------AA-GAT--GA-TCGC--T-A--ACTGG--TGAC-C-AGTA--------G-TCATGA-C-GTTGTTCTT-TA--CA-AGTACTAGTAT--T-CA-AAA--A-T-GACGTC--A-----C----CTTT----TTCA-TT
gi|18 : t---ACAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCT
gi|18 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTATCT-------T-G--TT--TAGTG-CTA-A------ACT-ATGAACTCTTG-G-AAAACAATTCCTCTAAGA-----CAT---TAttagtgctaaactatgaactcttggaaaacaattcctctaagacattagagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|19 : agccgttcA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CAAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-G-----------G-CTATTA-T-GTGTTAATT-CA---G-A-----GGGAT--A-C--AAAAGA-T-AACATC--A-----CG---CTTT----TACA-TTATGACG-TTT-TCTGC-A-TTATTGA---ATAgagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|2 : CTAGCAAAA-GGGCCTTTAACTAA----GTAA--AA--TAATGTCTG-A------AGT-TTAAAATG-TATG-AGACCAACTCTTC--AGAG----CATC--TATTAGAAAA--TATTG-TT-GTTATTAAA-----T--TACTGT-AAC-A----------------------TGTAGTGCA----AAAGAT--GA-CGAT--T-ATTACTGT--TGAT-C-AATA--------G-TCATGA-C-ATCTTTCTT-TA---A-A-----AGTGT--G-C--AAA--A-TTAACGTCCAA-----TG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-T-TTGTTGG---ATAA-GATTAGGA-C-CTTTTTGCTAG-GAACGGCT
gi|20 : cCTAGCAAAAAAGGCCCTTA-CT-------TAA--TT--CATTG-CTTTA------AGT-ATGACCTA-TA-G-AGAGCAGTCACTT--GGAG----TAT---TAT--GGCGA--TATTG-TT-GTat
gi|21 : gttgtcc-T-GACGTC--G-----CG---TTTT----GACA-TTGTGACG-GT------A-A-TTATTAAGAAAAAA-GATAAGGATC-CTTTTCGCTAG-AAACGGCTCAAAT
gi|22 : aacaaacatTAAGTGCC-TTTTTTGCTAG-GAGCAGCTCAg
gi|22 : taCTAGCAAAAAAGGCACT----TAA----GTAG--TT--TAGTG-CTA-AACTATTAGTGCTAAACTA-T-----GAACagtagtttagtgctaaactattagtgctaaactatgaactctgggaaaa
gi|23 : tatgagctgctcA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CCAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GGCA--------A-TCATTA-T-GTATTTGTT-TA---G-G-----AGTAT--G-C--AAAAGA-T-GACGTC--A-----tctgggaaaa
gi|24 : TTT----TACA-TTATGACG-TTT-TCTGC-A-TCATAAG---AT----ATAATGGCCTTTTTTTGCTAG-GAACGGCTggg
gi|25 : cacaCTAACAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GCAA--TT--TAATG-CCG-A------AGC-TTGAATAA-TA-G-AGAA
gi|26 : c----------------------T------CA----CA-GAT--GA-CAGC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GTAA--------A-TCATTA-T-GTCTTCCTT-T
gi|27 : atCTAGCAAAATGGGCCCTTAAGTAA----GTAA--TT--TAATG-CTttgagtat
gi|28 : gttcCTAGCAAAGAGGGCCCTTAACTAA----GTTA--TT--TGATG-t
gi|29 : tattcTAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|3 : tCTAGCAAAATGGGCCCTTAA--------GTAG--TT--TAATG-CTA-A------ACT-ATGAACTC-TG-GGAAAACAATTCCTC--AAAAACAACAGAGACAT--GTTAA--CATTG-TG-GTTA--AGAT-A--T--TAC--T-AACAA----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CAAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GGCA--------A-TCATGATT-GT-TTTATT-TG--GG-A-----A-TAT--G-C--AAAAGA-T-CACGTC--A-----CA----TTT----TACA-TTGTGGCG-TTT-TCTGA-A-TTATTGG---ATAC-AATAAGGTCC-TTTTTAGCTAG-GAACGGCTC
gi|30 : cggttcAGGGCC-TTTTTTGCTAG-GAACAGCTCAttaa
gi|4 : gaaaCTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----ATAA--TG--TAATG-CTT-A------ATT-TCGAACTA-TA-G-AGAATA-TCTCTCA-AAAG----CAT---TAT---GCAG--TATTA-TTGGTCATTAAA--A--T--GATATT-AA--A----------------------T------TA----AA-GAT--GA-TTACTAT-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------C-TCAT-A-CAATCTTTCTT-TAC-CA-A-----CATAT--G-CA-AAA--A-T-GACGTC--A-----CA---TTTT----TTCATTTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---AT-A-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCTAA
gi|5 : gttcCTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTTA----GTAA--TT--TAATG-CTG-A------AGT-TTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCTC--AGAA----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GACATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CGACGAT-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-A-ATCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----TA---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-ACTTGTTGG---ATAA-GATAAAAGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|6 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TTTATAATG-TTG-A------ATT-TTGGACTA-T--G-AGAACACTCTCTC--AGAG----CAT---TA---GGTAA--TTGTG-TT-AT-ATT--A--A--T--TACAGT-AG--A----------------------T------CAG---AA-GA----A-TT-C--T-G--ATTGAGCTGAT-T-GG-A--------GTTCATGA---ATCTT--CT-TA--CA-T-----AG----------AAA--A-T-GACGTC--A-----CA----TTT----TTCA-TTGTGA-G-TTT-C-AAA-A-TTGTTGG---ATAA-AATAA-GGCC-TTTTTTGCTAA-GGAAAGCTCATAT
gi|7 : gccgttAA----GTAG--TT--CAGTG-CTA-A------ACT-ATGAACTC-TGCG-AAAACTATTCCTC--AGAAACACCAT---TTT--CGNNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNN--N--N--NNNNNN-NN--N----------------------N------NN----NN-NNN--NN-NNNN--N-N--NNNNN--NNNN-N-NNNN--------N-NNNNNN-N-NNNNNNNNN-NN--NN-N-----NNNNTTAG-G--AGT--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----AT-A-TCATGACG-TTT-TCTGC-A-TT-TTGG---ATAC-AATGAGGGCC-TTTTTTGCTAG-GAACGACTCAGAT
gi|8 : CTAGCAAAACGGGCCCTTAACTAA----GTGA--TT--TAATG-CTT-A------AAT-TTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACATTAAA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CTACTAT-A--ACTGG--TGAT-A-GGTA--------G-TCATGA-A-CTCTTTCTT-TC--CA-A-----AGTAT--G-CA-AAA--A-T-GATGTC--A-----CA---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---Aa
gi|9 : ttcAAAACGGCTCTTTATTAG----GTAA--AT--CAATG-CTT-A------AGT-ATGAGCGA-TA-G-AGAACAGTTCTTT--AGAG----TAT---TAT--AGCAA--CATCG-C--------AAA--ACTT--TGCAG------------------------------------------AG-GA---GA--AAT--T-A--TCTGA--TGAT-T-GGTA--------G-TCACAG-C-GTCTTCCTT-TG--C--A-----AGTAT--G-C--AAA--ACT-AACGTC--ACCACCCG---TTTC----TT-A-TTGTAAAG-TTT-CAAAATA-TTGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CGTTCCTAGAGAAAAATGTCGCTTAAATTGTTAGTGCTAAACTGTCAACTCTGGAAAAAACACCTTTCAAAAACACCAGAGATGTATTAATTGTAGTTAAAATATTACAG
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 1 3 0 4444 33 33 2 66 777777 0 55 22 55 2 1 66 1111 666 444 33 2 3 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 2 666 555 99 5555 33 2 2 1 88888888 2 7777 2 555555555555555555555555 99 4 2 33 33333333333 4444 2 2 2 2 9 2 1 444 33 33 2
lowQualScore : . . . .... .. .. . .. ...... . .. .. .. . . .. .... ... ... .. . . . ................................................. .... . ... ... .. .... .. . . . ........ . .... . ........................ .. . . .. ........... .... . . . . . . . ... .. .. .
lowQualScore : 2 1 6 7777 11 11 2 00 222222 4 99 77 55 4 4 33 3333 999 777 99 9 1 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 4 444 000 77 1111 22 4 4 4 11111111 1 8888 1 222222222222222222222222 77 4 2 11 66666666666 7777 2 4 4 5 4 5 2 777 44 22 5
consensus : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
Reference ( family-280 ) : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|1 : CTAGCAAAAAGGTACCTTAATTAACTTAGTAA--TT--TAATG-CTT-A------TCT-AAGAACTC-TA-G-AGAACTGTCCCTC--ACAG----TAT---TAT--AACAATGTATTA-TT-TTCATTAAAGTA--T--TACNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT------CAAAGAAA-GATCGGAGCCAC--TAA--AGTGG--TGATATGGGTA--------G-TC-TGA-T-GTCTCTCTTCTC--CA-G-----TGTATGGG-A--AAA--A-T-GACGTC--ACTC--CG----TGT----TTCA-TC-TGACT-TTTGCAAAATA-TTTTCG-----TAATGAAAAGGACC-GTTTTTTCTAGAGAACGGCTCAA
gi|10 : gagctgttcAGCAAAA-GGGCCCTTAA--------GTAA--TT--TAGGG-CTACA------AGT------------------ACAATCCCTT--GAAC----TAT---TAA--AGCAA--TATTG-------ATTAAA------------GC-CA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CATC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GG----------A-TTATG------------------CA-A-----A-----------AAG--A-T-GACATC--A-----TGGTTTTTT----TCCA-TTATGATGCTTT-CTAAA-A--TGTTGG---ATA-----------------TTGCTAG-GAACAGTTCAt
gi|11 : gtgCTAGTGAAAAGGGTCCTTA--TAA----TTAAAGTT--GAATG-CTT-A------AGT-ATGACCTA-TA-G-AGAACAGTTCCTC--AGAG----TAT---TAT--ta
gi|11 : -GAT--GA-CAAC--T-A--ACTTG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-TTCTTCCTT-TAATTACA-----CGTAT--GAA--AAA--A-T-GATATC--A-----CC---TTTT----ATTG-TTATGACA-TCT-CAAAA-tggatgacaactaacttgtgattggtagtcatgacttcttcctttaattacacgtatgaaaaaatgatatcaccttttattgttatgacatctcaaaa
gi|12 : ctagtgaaaagggtccttataattaaagttgaatgcttaagtatgacctatagagaacagttcctcagagtattattg-TA-G-TGAACAATGTCTG--GGAA----TAT---TAT--AGTAC--TGTTGATT-GTCATCAAA--A--TAGTACGGT-CT--A----------------------T------CA----AC-GA---GA---AC--T-A--AATAA--TGAG-T-GGTA--------A-TCATGA-C--TCTTTCTT-TG--CA-A-----GG-AT--G-CGAAAA--A-A-GACGTC--G-----CG---AATT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAATA-TTGTT
gi|13 : CTAGCATAAAGGTTCCTTAATAAA----GCAA--TT--TAGTG-CTT-A------AGT-AGGAACTG-TA-A-AGAACAGTGCCTC--ACAG----TAT---TAA--AGCAA--TATTG-
gi|13 : --T--CACAGT-A--------------------------T------TA----AA-GC----A-ATAT--T-G--ACTGG--TGAT-T-GGTAGTCATGATG-TCATGA-T-GTCTTTCTT-TA--C--A-----AGTAT--G-actggtgattggtagtcatgatgtcatgatgtctttctttacaagtatg
gi|14 : ctagcataaaggttccttaataaagcaatttagtgcttaagtaggaactgtaaagaacagtgcc-TTATGA-C-GTCATTCTT-TT--CA-T------GTAT--G-CG-AAA--A-T-GACACC--AA----CT---TTTTCATTTTTA-TTGTGACG-TTT-TAAAA----TATTGG---AAAA-GATAAGGATA-GTTTTTGCTAG-AAATGGCTCGA
gi|15 : GTA--------G-TCGTGA-T-GTCTCTCTT-TC--CA-T------GTAT--G-G--AAA--AAT-GACGTC--A-----CC---TGTT----TTCA-TCGTGACT-TTT-CAAAATA-TTTTCGG---ATAA-GATAAAGGAT-CGTTTTTCTAG-GAACGGCTCAtt
gi|16 : AT---TAT--GGCAA--TATTA-TT-GTCATTAAA--A----------------------------------------------------AA-GAT--GA-TCGC--T-A--ACTGG--TGAC-C-AGTA--------G-TCATGA-C-GTTGTTCTT-TA--CA-AGTACTAGTAT--T-CA-AAA--A-T-GACGTC--A-----C----CTTT----TTCA-TT
gi|18 : t---ACAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCT
gi|18 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTATCT-------T-G--TT--TAGTG-CTA-A------ACT-ATGAACTCTTG-G-AAAACAATTCCTCTAAGA-----CAT---TAttagtgctaaactatgaactcttggaaaacaattcctctaagacattagagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|19 : agccgttcA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CAAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-G-----------G-CTATTA-T-GTGTTAATT-CA---G-A-----GGGAT--A-C--AAAAGA-T-AACATC--A-----CG---CTTT----TACA-TTATGACG-TTT-TCTGC-A-TTATTGA---ATAgagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|2 : CTAGCAAAA-GGGCCTTTAACTAA----GTAA--AA--TAATGTCTG-A------AGT-TTAAAATG-TATG-AGACCAACTCTTC--AGAG----CATC--TATTAGAAAA--TATTG-TT-GTTATTAAA-----T--TACTGT-AAC-A----------------------TGTAGTGCA----AAAGAT--GA-CGAT--T-ATTACTGT--TGAT-C-AATA--------G-TCATGA-C-ATCTTTCTT-TA---A-A-----AGTGT--G-C--AAA--A-TTAACGTCCAA-----TG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-T-TTGTTGG---ATAA-GATTAGGA-C-CTTTTTGCTAG-GAACGGCT
gi|20 : cCTAGCAAAAAAGGCCCTTA-CT-------TAA--TT--CATTG-CTTTA------AGT-ATGACCTA-TA-G-AGAGCAGTCACTT--GGAG----TAT---TAT--GGCGA--TATTG-TT-GTat
gi|21 : gttgtcc-T-GACGTC--G-----CG---TTTT----GACA-TTGTGACG-GT------A-A-TTATTAAGAAAAAA-GATAAGGATC-CTTTTCGCTAG-AAACGGCTCAAAT
gi|22 : aacaaacatTAAGTGCC-TTTTTTGCTAG-GAGCAGCTCAg
gi|22 : taCTAGCAAAAAAGGCACT----TAA----GTAG--TT--TAGTG-CTA-AACTATTAGTGCTAAACTA-T-----GAACagtagtttagtgctaaactattagtgctaaactatgaactctgggaaaa
gi|23 : tatgagctgctcA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CCAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GGCA--------A-TCATTA-T-GTATTTGTT-TA---G-G-----AGTAT--G-C--AAAAGA-T-GACGTC--A-----tctgggaaaa
gi|24 : TTT----TACA-TTATGACG-TTT-TCTGC-A-TCATAAG---AT----ATAATGGCCTTTTTTTGCTAG-GAACGGCTggg
gi|25 : cacaCTAACAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GCAA--TT--TAATG-CCG-A------AGC-TTGAATAA-TA-G-AGAA
gi|26 : c----------------------T------CA----CA-GAT--GA-CAGC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GTAA--------A-TCATTA-T-GTCTTCCTT-T
gi|27 : atCTAGCAAAATGGGCCCTTAAGTAA----GTAA--TT--TAATG-CTttgagtat
gi|28 : gttcCTAGCAAAGAGGGCCCTTAACTAA----GTTA--TT--TGATG-t
gi|29 : tattcTAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|3 : tCTAGCAAAATGGGCCCTTAA--------GTAG--TT--TAATG-CTA-A------ACT-ATGAACTC-TG-GGAAAACAATTCCTC--AAAAACAACAGAGACAT--GTTAA--CATTG-TG-GTTA--AGAT-A--T--TAC--T-AACAA----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CAAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GGCA--------A-TCATGATT-GT-TTTATT-TG--GG-A-----A-TAT--G-C--AAAAGA-T-CACGTC--A-----CA----TTT----TACA-TTGTGGCG-TTT-TCTGA-A-TTATTGG---ATAC-AATAAGGTCC-TTTTTAGCTAG-GAACGGCTC
gi|30 : cggttcAGGGCC-TTTTTTGCTAG-GAACAGCTCAttaa
gi|4 : gaaaCTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----ATAA--TG--TAATG-CTT-A------ATT-TCGAACTA-TA-G-AGAATA-TCTCTCA-AAAG----CAT---TAT---GCAG--TATTA-TTGGTCATTAAA--A--T--GATATT-AA--A----------------------T------TA----AA-GAT--GA-TTACTAT-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------C-TCAT-A-CAATCTTTCTT-TAC-CA-A-----CATAT--G-CA-AAA--A-T-GACGTC--A-----CA---TTTT----TTCATTTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---AT-A-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCTAA
gi|5 : gttcCTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTTA----GTAA--TT--TAATG-CTG-A------AGT-TTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCTC--AGAA----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GACATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CGACGAT-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-A-ATCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----TA---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-ACTTGTTGG---ATAA-GATAAAAGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|6 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TTTATAATG-TTG-A------ATT-TTGGACTA-T--G-AGAACACTCTCTC--AGAG----CAT---TA---GGTAA--TTGTG-TT-AT-ATT--A--A--T--TACAGT-AG--A----------------------T------CAG---AA-GA----A-TT-C--T-G--ATTGAGCTGAT-T-GG-A--------GTTCATGA---ATCTT--CT-TA--CA-T-----AG----------AAA--A-T-GACGTC--A-----CA----TTT----TTCA-TTGTGA-G-TTT-C-AAA-A-TTGTTGG---ATAA-AATAA-GGCC-TTTTTTGCTAA-GGAAAGCTCATAT
gi|7 : gccgttAA----GTAG--TT--CAGTG-CTA-A------ACT-ATGAACTC-TGCG-AAAACTATTCCTC--AGAAACACCAT---TTT--CGNNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNN--N--N--NNNNNN-NN--N----------------------N------NN----NN-NNN--NN-NNNN--N-N--NNNNN--NNNN-N-NNNN--------N-NNNNNN-N-NNNNNNNNN-NN--NN-N-----NNNNTTAG-G--AGT--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----AT-A-TCATGACG-TTT-TCTGC-A-TT-TTGG---ATAC-AATGAGGGCC-TTTTTTGCTAG-GAACGACTCAGAT
gi|8 : CTAGCAAAACGGGCCCTTAACTAA----GTGA--TT--TAATG-CTT-A------AAT-TTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACATTAAA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CTACTAT-A--ACTGG--TGAT-A-GGTA--------G-TCATGA-A-CTCTTTCTT-TC--CA-A-----AGTAT--G-CA-AAA--A-T-GATGTC--A-----CA---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---Aa
gi|9 : ttcAAAACGGCTCTTTATTAG----GTAA--AT--CAATG-CTT-A------AGT-ATGAGCGA-TA-G-AGAACAGTTCTTT--AGAG----TAT---TAT--AGCAA--CATCG-C--------AAA--ACTT--TGCAG------------------------------------------AG-GA---GA--AAT--T-A--TCTGA--TGAT-T-GGTA--------G-TCACAG-C-GTCTTCCTT-TG--C--A-----AGTAT--G-C--AAA--ACT-AACGTC--ACCACCCG---TTTC----TT-A-TTGTAAAG-TTT-CAAAATA-TTGTT
blockSeqs : A T . AG TA T AC ACTATT GC CT AT G A TA ACAA AGA TAG . A G C TTACTGTAACATGTAGTG G A T CA TA ATT GC . . T GTCATGAT T TTG . ACAAGTACTAGTATTCA AG A T CA CCACCCGT CATT T C . T T C G GAA A TT .
blockSeqs : A C . . . . TT . A A GC . G A ACAC C A . . . C ATAGTACGGTCTAT . . T CA GA A . . . T . . CAA . AATTACACGTATGAA AG C . . TGGTTT . . . . A T . G . A G .
blockSeqs : A C . . . . T . A G A . A . . . A . . . T TATTACTAACAAT . . T AT TA A . . . T . . CT . ACCAACATATGCA AG . . . ACTT . . . . A T . A . A C .
blockSeqs : A C . . . . T . A G A . G . . . A . . . T ATTACATTAAAAT . . T TC . A . . . T . . TG . NNNNNNNNTTAGG . . . . CCT . . . . A . . T . A C .
blockSeqs : A C . . . . A . T A A . A . . . G . . . C ATGATATTAAAT . . T CA . G . . . T . . CG . GCAAGGATGCGA . . . . CGA . . . . A . . A . A C .
blockSeqs : A G . . . . G . A A G . A . . . G . . . C ATTACAGTAAAT . . T CG . A . . . T . . TG . CCAAAGTATGCA . . . . CCT . . . . C . . G . C C .
blockSeqs : T C . . . . A . T A A . G . . . G . . . N ATTACAGTAGAT . . T CC . T . . . C . . CG . TCATGTATGCG . . . . CGC . . . . A . . A . A T .
blockSeqs : A C . . . . G . A C A . A . . . G . . . C NNNNNNNNNNNN . . T CA . T . . . A . . TG . ACAAAGTATGC . . . . TGT . . . . C . . A . A C .
blockSeqs : T C . . . . A . T A G . G . . . G . . . . ACTTTGCAG . . T CA . T . . . C . . CA . CCATGTATGG . . . . CGT . . . . C . . A . A T .
blockSeqs : A C . . . . T . T A A . C . . . C . . . . GCCAAT . . T TT . T . . . T . . TG . AGAGGGATAC . . . . CAT . . . . A . . G . C T .
blockSeqs : A C . . . . G . T A A . A . . . G . . . . A . . N CG . A . . . T . . TG . AAAAGTGTGC . . . . TAT . . . . A . . G . . C .
blockSeqs : A T . . . . G . A C A . G . . . A . . . . . T TT . A . . . N . . AA . AGGAGTATGC . . . . CGT . . . . C . . G . . C .
blockSeqs : C . . . . . A . T A A . G . . . . . . . . . NN . G . . . T . . NN . GGGAATATGC . . . . CAT . . . . A . . G . T .
blockSeqs : A . . . . . T . A A . . . . . . . . . CT . N . . . T . . AC . GCAAGTATGC . . . . CC . . . . A . . G . T .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . A . A . . . . . . CG . ACATAG . . . . CA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . CAAA . . . . CA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** ** ATTACAGTAAAT************************************* **** T** CN* A*** ACAAAGTATGC************* CGT******** A*
originalCons : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
finalCons : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAAATTACAGTAAAT-------------------------------------CA----AA-GAT--GACN-AC--TA---ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TACAAAGTATGC-------------AAA--A-T-GACGTC--ACGT--------TTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CGTTCCTAGAGAAAAATGTCGCTTAAATTGTTAGTGCTAAACTGTCAACTCTGGAAAAAACACCTTTCAAAAACACCAGAGATGTATTAATTGTAGTTAAAATATTACAG
Alignments
lowQualScore : 1111 3333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 1 3 0 4444 33 33 2 66 777777 0 55 22 55 2 1 66 1111 666 444 33 2 3 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 2 666 555 99 5555 33 2 2 1 88888888 2 7777 2 555555555555555555555555 99 4 2 33 33333333333 4444 2 2 2 2 9 2 1 444 33 33 2
lowQualScore : . . . .... .. .. . .. ...... . .. .. .. . . .. .... ... ... .. . . . ................................................. .... . ... ... .. .... .. . . . ........ . .... . ........................ .. . . .. ........... .... . . . . . . . ... .. .. .
lowQualScore : 2 1 6 7777 11 11 2 00 222222 4 99 77 55 4 4 33 3333 999 777 99 9 1 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 4 444 000 77 1111 22 4 4 4 11111111 1 8888 1 222222222222222222222222 77 4 2 11 66666666666 7777 2 4 4 5 4 5 2 777 44 22 5
consensus : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
Reference ( family-280 ) : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TT--TAATG-CTN-A------AGT-NTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCCCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CNAC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-GTCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---ATAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|1 : CTAGCAAAAAGGTACCTTAATTAACTTAGTAA--TT--TAATG-CTT-A------TCT-AAGAACTC-TA-G-AGAACTGTCCCTC--ACAG----TAT---TAT--AACAATGTATTA-TT-TTCATTAAAGTA--T--TACNNN-NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTT------CAAAGAAA-GATCGGAGCCAC--TAA--AGTGG--TGATATGGGTA--------G-TC-TGA-T-GTCTCTCTTCTC--CA-G-----TGTATGGG-A--AAA--A-T-GACGTC--ACTC--CG----TGT----TTCA-TC-TGACT-TTTGCAAAATA-TTTTCG-----TAATGAAAAGGACC-GTTTTTTCTAGAGAACGGCTCAA
gi|10 : gagctgttcAGCAAAA-GGGCCCTTAA--------GTAA--TT--TAGGG-CTACA------AGT------------------ACAATCCCTT--GAAC----TAT---TAA--AGCAA--TATTG-------ATTAAA------------GC-CA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CATC--T-A--ACTGG--TGAT-T-GG----------A-TTATG------------------CA-A-----A-----------AAG--A-T-GACATC--A-----TGGTTTTTT----TCCA-TTATGATGCTTT-CTAAA-A--TGTTGG---ATA-----------------TTGCTAG-GAACAGTTCAt
gi|11 : gtgCTAGTGAAAAGGGTCCTTA--TAA----TTAAAGTT--GAATG-CTT-A------AGT-ATGACCTA-TA-G-AGAACAGTTCCTC--AGAG----TAT---TAT--ta
gi|11 : -GAT--GA-CAAC--T-A--ACTTG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-C-TTCTTCCTT-TAATTACA-----CGTAT--GAA--AAA--A-T-GATATC--A-----CC---TTTT----ATTG-TTATGACA-TCT-CAAAA-tggatgacaactaacttgtgattggtagtcatgacttcttcctttaattacacgtatgaaaaaatgatatcaccttttattgttatgacatctcaaaa
gi|12 : ctagtgaaaagggtccttataattaaagttgaatgcttaagtatgacctatagagaacagttcctcagagtattattg-TA-G-TGAACAATGTCTG--GGAA----TAT---TAT--AGTAC--TGTTGATT-GTCATCAAA--A--TAGTACGGT-CT--A----------------------T------CA----AC-GA---GA---AC--T-A--AATAA--TGAG-T-GGTA--------A-TCATGA-C--TCTTTCTT-TG--CA-A-----GG-AT--G-CGAAAA--A-A-GACGTC--G-----CG---AATT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAATA-TTGTT
gi|13 : CTAGCATAAAGGTTCCTTAATAAA----GCAA--TT--TAGTG-CTT-A------AGT-AGGAACTG-TA-A-AGAACAGTGCCTC--ACAG----TAT---TAA--AGCAA--TATTG-
gi|13 : --T--CACAGT-A--------------------------T------TA----AA-GC----A-ATAT--T-G--ACTGG--TGAT-T-GGTAGTCATGATG-TCATGA-T-GTCTTTCTT-TA--C--A-----AGTAT--G-actggtgattggtagtcatgatgtcatgatgtctttctttacaagtatg
gi|14 : ctagcataaaggttccttaataaagcaatttagtgcttaagtaggaactgtaaagaacagtgcc-TTATGA-C-GTCATTCTT-TT--CA-T------GTAT--G-CG-AAA--A-T-GACACC--AA----CT---TTTTCATTTTTA-TTGTGACG-TTT-TAAAA----TATTGG---AAAA-GATAAGGATA-GTTTTTGCTAG-AAATGGCTCGA
gi|15 : GTA--------G-TCGTGA-T-GTCTCTCTT-TC--CA-T------GTAT--G-G--AAA--AAT-GACGTC--A-----CC---TGTT----TTCA-TCGTGACT-TTT-CAAAATA-TTTTCGG---ATAA-GATAAAGGAT-CGTTTTTCTAG-GAACGGCTCAtt
gi|16 : AT---TAT--GGCAA--TATTA-TT-GTCATTAAA--A----------------------------------------------------AA-GAT--GA-TCGC--T-A--ACTGG--TGAC-C-AGTA--------G-TCATGA-C-GTTGTTCTT-TA--CA-AGTACTAGTAT--T-CA-AAA--A-T-GACGTC--A-----C----CTTT----TTCA-TT
gi|18 : t---ACAA-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCT
gi|18 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTATCT-------T-G--TT--TAGTG-CTA-A------ACT-ATGAACTCTTG-G-AAAACAATTCCTCTAAGA-----CAT---TAttagtgctaaactatgaactcttggaaaacaattcctctaagacattagagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|19 : agccgttcA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CAAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-G-----------G-CTATTA-T-GTGTTAATT-CA---G-A-----GGGAT--A-C--AAAAGA-T-AACATC--A-----CG---CTTT----TACA-TTATGACG-TTT-TCTGC-A-TTATTGA---ATAgagatttattaatttttgcgaagatgtta
gi|2 : CTAGCAAAA-GGGCCTTTAACTAA----GTAA--AA--TAATGTCTG-A------AGT-TTAAAATG-TATG-AGACCAACTCTTC--AGAG----CATC--TATTAGAAAA--TATTG-TT-GTTATTAAA-----T--TACTGT-AAC-A----------------------TGTAGTGCA----AAAGAT--GA-CGAT--T-ATTACTGT--TGAT-C-AATA--------G-TCATGA-C-ATCTTTCTT-TA---A-A-----AGTGT--G-C--AAA--A-TTAACGTCCAA-----TG---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-T-TTGTTGG---ATAA-GATTAGGA-C-CTTTTTGCTAG-GAACGGCT
gi|20 : cCTAGCAAAAAAGGCCCTTA-CT-------TAA--TT--CATTG-CTTTA------AGT-ATGACCTA-TA-G-AGAGCAGTCACTT--GGAG----TAT---TAT--GGCGA--TATTG-TT-GTat
gi|21 : gttgtcc-T-GACGTC--G-----CG---TTTT----GACA-TTGTGACG-GT------A-A-TTATTAAGAAAAAA-GATAAGGATC-CTTTTCGCTAG-AAACGGCTCAAAT
gi|22 : aacaaacatTAAGTGCC-TTTTTTGCTAG-GAGCAGCTCAg
gi|22 : taCTAGCAAAAAAGGCACT----TAA----GTAG--TT--TAGTG-CTA-AACTATTAGTGCTAAACTA-T-----GAACagtagtttagtgctaaactattagtgctaaactatgaactctgggaaaa
gi|23 : tatgagctgctcA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CCAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GGCA--------A-TCATTA-T-GTATTTGTT-TA---G-G-----AGTAT--G-C--AAAAGA-T-GACGTC--A-----tctgggaaaa
gi|24 : TTT----TACA-TTATGACG-TTT-TCTGC-A-TCATAAG---AT----ATAATGGCCTTTTTTTGCTAG-GAACGGCTggg
gi|25 : cacaCTAACAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GCAA--TT--TAATG-CCG-A------AGC-TTGAATAA-TA-G-AGAA
gi|26 : c----------------------T------CA----CA-GAT--GA-CAGC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GTAA--------A-TCATTA-T-GTCTTCCTT-T
gi|27 : atCTAGCAAAATGGGCCCTTAAGTAA----GTAA--TT--TAATG-CTttgagtat
gi|28 : gttcCTAGCAAAGAGGGCCCTTAACTAA----GTTA--TT--TGATG-t
gi|29 : tattcTAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|3 : tCTAGCAAAATGGGCCCTTAA--------GTAG--TT--TAATG-CTA-A------ACT-ATGAACTC-TG-GGAAAACAATTCCTC--AAAAACAACAGAGACAT--GTTAA--CATTG-TG-GTTA--AGAT-A--T--TAC--T-AACAA----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CAAC--T-T--ACAGA--TGAT-T-GGCA--------A-TCATGATT-GT-TTTATT-TG--GG-A-----A-TAT--G-C--AAAAGA-T-CACGTC--A-----CA----TTT----TACA-TTGTGGCG-TTT-TCTGA-A-TTATTGG---ATAC-AATAAGGTCC-TTTTTAGCTAG-GAACGGCTC
gi|30 : cggttcAGGGCC-TTTTTTGCTAG-GAACAGCTCAttaa
gi|4 : gaaaCTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----ATAA--TG--TAATG-CTT-A------ATT-TCGAACTA-TA-G-AGAATA-TCTCTCA-AAAG----CAT---TAT---GCAG--TATTA-TTGGTCATTAAA--A--T--GATATT-AA--A----------------------T------TA----AA-GAT--GA-TTACTAT-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------C-TCAT-A-CAATCTTTCTT-TAC-CA-A-----CATAT--G-CA-AAA--A-T-GACGTC--A-----CA---TTTT----TTCATTTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---AT-A-GATAAGGGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCTAA
gi|5 : gttcCTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTTA----GTAA--TT--TAATG-CTG-A------AGT-TTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCTC--AGAA----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GACATTAAA--A--T--TACAGT-AA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CGACGAT-A--ACTGG--TGAT-T-GGTA--------G-TCATGA-A-ATCTTTCTT-TA--CA-A-----AGTAT--G-C--AAA--A-T-GACGTC--A-----TA---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-ACTTGTTGG---ATAA-GATAAAAGCC-CTTTTTGCTAG-GAACGGCTCAAAT
gi|6 : CTAGCAAAAAGGGCCCTTAACTAA----GTAA--TTTATAATG-TTG-A------ATT-TTGGACTA-T--G-AGAACACTCTCTC--AGAG----CAT---TA---GGTAA--TTGTG-TT-AT-ATT--A--A--T--TACAGT-AG--A----------------------T------CAG---AA-GA----A-TT-C--T-G--ATTGAGCTGAT-T-GG-A--------GTTCATGA---ATCTT--CT-TA--CA-T-----AG----------AAA--A-T-GACGTC--A-----CA----TTT----TTCA-TTGTGA-G-TTT-C-AAA-A-TTGTTGG---ATAA-AATAA-GGCC-TTTTTTGCTAA-GGAAAGCTCATAT
gi|7 : gccgttAA----GTAG--TT--CAGTG-CTA-A------ACT-ATGAACTC-TGCG-AAAACTATTCCTC--AGAAACACCAT---TTT--CGNNN--NNNNN-NN-NNNNNNNNN--N--N--NNNNNN-NN--N----------------------N------NN----NN-NNN--NN-NNNN--N-N--NNNNN--NNNN-N-NNNN--------N-NNNNNN-N-NNNNNNNNN-NN--NN-N-----NNNNTTAG-G--AGT--A-T-GACGTC--A-----CG---TTTT----AT-A-TCATGACG-TTT-TCTGC-A-TT-TTGG---ATAC-AATGAGGGCC-TTTTTTGCTAG-GAACGACTCAGAT
gi|8 : CTAGCAAAACGGGCCCTTAACTAA----GTGA--TT--TAATG-CTT-A------AAT-TTGAACTA-TA-G-AGAACAGTCTCTC--AGAG----CAT---TAT--GGCAA--TATTG-TT-GTCATTAAA--A--T--TACATTAAA--A----------------------T------CA----AA-GAT--GA-CTACTAT-A--ACTGG--TGAT-A-GGTA--------G-TCATGA-A-CTCTTTCTT-TC--CA-A-----AGTAT--G-CA-AAA--A-T-GATGTC--A-----CA---TTTT----TTCA-TTGTGACG-TTT-CAAAA-A-TTGTTGG---Aa
gi|9 : ttcAAAACGGCTCTTTATTAG----GTAA--AT--CAATG-CTT-A------AGT-ATGAGCGA-TA-G-AGAACAGTTCTTT--AGAG----TAT---TAT--AGCAA--CATCG-C--------AAA--ACTT--TGCAG------------------------------------------AG-GA---GA--AAT--T-A--TCTGA--TGAT-T-GGTA--------G-TCACAG-C-GTCTTCCTT-TG--C--A-----AGTAT--G-C--AAA--ACT-AACGTC--ACCACCCG---TTTC----TT-A-TTGTAAAG-TTT-CAAAATA-TTGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): CGTTCCTAGAGAAAAATGTCGCTTAAATTGTTAGTGCTAAACTGTCAACTCTGGAAAAAACACCTTTCAAAAACACCAGAGATGTATTAATTGTAGTTAAAATATTACAG