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gi|4                          :           AGT-CCCTTA-CCG---A-CG-A-AGA--TC--GAA--AGGTGACCTTTT-AGG-TTTGCActctgtcc
gi|5                          :          TAGT-CCCCTA-CCG---GCCG-ATGG---TC--GA----GG-GAC--TTT-AGG-TTTGCAct
gi|6                          :         atAGT-TCCCTA-CCG---A-CGGA-AG---TC--GAA--AGA-GAA--TTT-AGG-TTct
gi|7                          :          TAGT-CCCCTA-C-G---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCAgtcgcaca
gi|8                          :             t-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---CT--GAA--AGA-GAC--TTT-AAG-TTTGCActc
gi|9                          :       gtcTAGT-CTTCTA-CCG---A-CA-A-AG---AC--GAA--GGA-GAC--TTA-AGG-TTTGCActcc


blockSeqs                     :              A      T   GCC C  G T  AGA  CT   GC   T   CT   G   T
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  A    .    T    .   .    .   T
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :              .      .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :                     .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :                     .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :                     .   .   .  . .  .    .    .    .   .    .   .
blockSeqs                     :                     .   .   .  . .  .    .    .    .             
blockSeqs                     :                         .   .  . .  .    .    .                  
blockSeqs                     :                                     .    .                       


blockSeqCons                  :                                                        **
originalCons                  :          TAGT-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCA
finalCons                     :          TAGT-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGTCCCTACGAGATGTAGTCTTGAAGGAGACTTAAGGTTT






Alignments
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lowQualScore                  :              .      .   ... .  . .  ...  ..   ..   .   ..   .   .      
lowQualScore                  :              4      2   111 2  2 2  222  66   99   2   55   3   6      
consensus                     :          TAGT-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCA
Reference ( family-2564 )     :          TAGT-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCA
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gi|10                         :             T-CCCCTATCCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGGTTTTGCActccgt
gi|11                         :          TAGT-CCCCTA-C-----G-CG-A-AG---TC--GAAGCGGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCActc
gi|12                         :         atAGT-CCCCAA-CTG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGA-GAG--TAT-AGG-TTTACA
gi|13                         :          TAGTACCCCTA-CCG---A-CG---AG---TC--GAG--AGG-GAC--TT---AG-TTTGCAttc
gi|14                         :          TAGT-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AT---TC--GAA--GGG-GAA--TTT-AGG-TTTGCActcg
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gi|18                         :         atAGT-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--AGG-GAC---TT-AGG-TTTGCA
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gi|20                         :           tGT-CCCCTA-CC----A-CG-A-AG---TC--TAA--GGG--AC--TTTGAGG-TTTGCActcg
gi|21                         :        ttTAGT-TTCCTA-CCA---A------AG---TC--AAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGTAc
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gi|24                         :                tCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TCCTGAA--GGG-GAC--TTT-AGG-tact
gi|25                         :   tcccctaTAGT-TCCCTA-CCA---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAT--TTT-AGG-TTTGCc
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gi|27                         :                agttA-CCG---A-CG-A-AAAGATC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGGTTTTGCAcactcc
gi|29                         :                        G---A-CG-A-AG---TC--GACT-GGG-GAC--TTG-AGG-TTTGCAtca
gi|3                          :         tTAGT-TCCCTA-CAGGCCA-CC-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--CCT-AGG-TTTctccgtt
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gi|31                         :             T-CCCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAg
gi|32                         :                CCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-GAC--TTT-AGG-TTTGCAtaaaatggggccccggttt
gi|33                         :          TAGT-CTCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GGG-
gi|34                         : ggtcattatTAGT-CTCCTA-CCG---A-CG-A-AG---TC--GAA--GG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AGTCCCTACGAGATGTAGTCTTGAAGGAGACTTAAGGTTT