lowQualScore : 11111111
lowQualScore : 1111111 1111111 22222222222222 111 11 55555555 666 00000000 111111
lowQualScore : 3 444 3 3 33 3 3 7777 3 5555555 666 4 9999999 3 3 3 555 555 555 3 66666666666666 3 3 6 555 4 9 2 3 666 3 66 0 4 1 99999 2 0 3 22222222 7777 7 666 4 7 66666666 5 5 5 444444 1 7
lowQualScore : . ... . . .. . . .... . ....... ... . ....... . . . ... ... ... . .............. . . . ... . . . . ... . .. . . . ..... . . . ........ .... . ... . . ........ . . . ...... . .
lowQualScore : 6 888 6 6 77 6 6 7777 6 0000000 444 0 4444444 3 3 3 888 888 888 3 22222222222222 3 6 8 000 0 4 8 0 444 6 88 7 0 9 55555 4 8 2 99999999 7777 7 222 8 1 22222222 0 0 0 444444 4 1
consensus : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C---G-AGGG---G---CC---C-A-ATTATCG-GCTGTT--AATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTTTC--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TACATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
Reference ( gi|1 ) : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C---G-AGGG---A---CC---A-A-ATTATCG-GCTGCT--CATCTCAA-ATACGACGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTGTTTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTTTCACGT----ACGTCA----TCATTGGACTGACATACATTCTTACGCGATTGATCTACAATATACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATAGGTCAAGAAATAATC
gi|3 : CACAGACAACAAAATATGTGTTACA-CATTCATCA-ATTAAGTTACGACT-GTTGC----AAAGAATAGAA---------GG---AT-ACTATTT------GT-C-TATT-TTATATAG---C---G-AGGG---GGCCCC---A-ATATTATTATGCTGTT--AATCTCAG-A-ACAGT-CTATTTGGA-GCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATT-----TTTC------TA----TATGTGTTTCACGT-----CAT------TCACTGGACTG---TACATTCTTGCGCGATCGATTTAC------CATTAA-TCTTAG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|4 : CGCAGGCGGCAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAAT-AC-TCT-GTTGT----AAA-AAAAAAA-AAGGGGGGGG---GA-CTGTTTC------GT-C-TATT-T---ATTG---C---G-AGGG---GGT-CC-----A-ATTATCG-GCTGTT--AATCTCAA-AT-NG----TATTT----GTG----------------------TCCCATGATATAATTATTTTCTAT----------------ATG---TTC--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TACATTCCTGTGCGATCGATT-------TACATT-A-TCTAGGTT----TTTTTGAGATCATGGGTGAAGAAATAATC
gi|2 : ctaaCGCAGACGACAAAATAGGTGT-AT---GT-CATCA-ATAAAGT-TC-AAT-ATCGT----AAG-A-TAAAT-------TGGA---AA-ATCTTT-------GT-CCTATTAT---ACAGGTGC---G-AGGG---G---CC---A-A--TTATCG-CGTTTT--AATAGCAATATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CGGAATAATTGTGTTCCATCACATAATTATTTTAT-TTTCTTATGATATCTGTATGTG-TTGATAT----ACGT-A----TAA-CGGACTG---TACATTCTAACG---TCGATTT------TACATT-ATTTTAGG-T----T-TTTGAGGTTCTGGG-CAAGAAATAGTC
gi|18 : aCGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CAT-CATCA-ATTAAAT-AC-AAT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---A
gi|22 : gaCGCAGACGACAAAATATGTGT-ATACCGT-CATTT-ATTAGGT-
gi|16 : CGCAGACGACACAATAGGCG--AGG-GGC-C--CA-ATTA------------TT----------AATAGCG-A-----GGGGCCCAA-AT-----------------ATT-A---ATAG---C---G-AGGG---G---CC---C-A-ATTATCG-GCTGTT--
gi|21 : ttaaCGCAGACGAGAAAACA----------CGT-CATCA-ATTAA
gi|5 : nntgtttagttaaCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----GAA-AATAAAA-A-----GGGT---AA-ATCTTTT------AT-C-TATT-T---ATAG---C---G-ATGG---A---CC---C-A-ACTATCG-GCAGTT--AATCACAA-ATACAGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGACGTCG-AATAATTGTGTCCCATGACAAAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----TATATTTTTC--------ACGTCA----TCACTGGGCTG---TACATTCTTGCGCGATCGATTT
gi|6 : aACAATGTATGTGT-ACA-CGT-CATCA-AT-AAAT-AC-ACT-GTGTT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTT-------GT-C-TATT-T---ATAG---C---G-AGGG---C---CC-------ATTATTG-ACTGTTACCATCTCAA-ATACTGCGC--TTTGGAATCGGGGTGG---CG-AATAATTG--------------ATTACTTTCTA-TTCTTA-GAGA----CATGTG-TTCAC---------TCA----TCACTGGACTG---TGCA-TCTTGCGCGA
gi|9 : agtcaacgcagcacacaaatCAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-GTTAAGT-GC-ACA-TTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTGAA------GT-C-TAAT-T---ATAG---C---GTGGGG---C---CC---C-A-ATTATCG-GCTGTT--AATCTCAA-TTAATGCGCTTTTTGGAAGCGAGGTAG---TG-AA
gi|13 : TATGTGT-ATA-CGT-AGTCATATAGAAT-TC-ACCAGTTGTGATAAAA-AATAAAATT-----GGGG---AACATCTTTCG-----GTAC-TATT-T---TAAG---CAGAG-AGGGTGTA---CC---A-A-ATT
gi|11 : TAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGA---CA-ATCTTTC------AT-C-TATT-T---ATAG---C---G-AGGG---G---CC---C-A-GTTACCG-GCTCTT--CATCTCAA-ATACGGTGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTG
gi|15 : -ATT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTACATGTAAGT-C-TAAT-T---AGTG---T---G-AGGG---GC--CC---C-A-ATTATCG-TCTGAT--AATCT
gi|7 : TCTTCC------GT-C-TATT-T---ATAG---T---G-TGGG---G---TCCTGATA-ATTATCG-ACTGTT--AATTGCAA-ATATGGCACTATCTGCAAGCGGAGTAG---CA-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTTTTA-AATG----CA-G-GTTTC--------ACATCA----TCACTGGACTG---CACAATCTTGTGTGACCGATT-------TACGTT-A-TCTAAG-TTTAGTATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAACAATCgttaaaatcgaggc
gi|8 : TTTT------GT-C-TTTT-A---ATAG---C---G-AGGG---G---CC---C-A-ATAATCG-GCTGTT--AATCTTAA-ATACAGTGCTATTTGGAAGCGGAGTAG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GAGA----C--GTGTT-----C----ACGTCA----TCACTGGACTG---TACATTCTTGCGCGATCGA-CT------TACATT-A-TCTAGG-T----TACTTGAGGTAATGGGT
gi|12 : TGTT--AATCTCAA-ATAAGGCGCTTTTTGATAGCGGGGTGG---CG-AAT----------------------ATTTT-----TCTTA-GAGA----GATGTGTTC---------ACGTCA----TCACTGGACTG---TATATTCTTGCGCG
gi|19 : t---CG-AATAATTGTGTCCCACGACATAATTATTTCCTATTTCCTA-GAGA----Ctat
gi|10 : ATGACATAATTACTTTCTATTTCTTA-GATG----TAAGTGTTTC--------ACATCA----TCGCTGGACTG---TACATTCTTGCGCGATAGATT-------TACATT-A-TCTAGG-T----TTCGTGAGGTCATGGGTCAAGAATTAATC
gi|14 : ATA----TGCGTGTTTCGTATCATGACGACAGCCCTTACTGGACTGTGTTGTATTCCTGCGCGACCGATT-------TACATT-A-TCTGGA-T------------GT-----GTCAAGAAATAATC
gi|20 : ----ACGTCA----TCATTGGACT--C-TACATTCTTGCGCGATCGAT
gi|17 : gtgttcGACTG---CACATTCTTGCGCGACCGATTTATA-------TT-A-GCTGGG-T----TATTTTAGATCATGGATCAAGAAACAATCt
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 11 11111111 1111 1111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 7777 3 3333333 555 3 7777777 3 3 3 555 555 3 3 00 7777 44 3 44 3 555 3 3 1 77777 3 7777 99999999 0000 555 555 8 6666666 4 4 4 9999 4
lowQualScore : . . . . . . . .... . ....... ... . ....... . . . ... ... . . .. .... .. . .. . ... . . . ..... . .... ........ .... ... ... . ....... . . . .... .
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 1111 3 0000000 888 6 2222222 1 1 1 444 444 1 1 44 1111 66 3 66 6 888 3 6 0 99999 2 1111 22222222 4444 444 444 8 3333333 4 4 4 4444 9
consensus : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-243 ) : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|1 : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGA--CCA----AAT--TATCG-GCTGCTC--ATCTCAA-ATACGACGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTGTTTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-CACGT----ACGTCA----TCATTGGACTGACATAC---ATTCTTACGCGATTGATCTACAATATACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATAGGTCAAGAAATAATC
gi|10 : ATGACATAATTACTTTCTATTTCTTA-GATG----TAAGTGTT--T-C--------ACATCA----TCGCTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATAGA-TT------TACATT-A-TCTAGG-T----TTCGTGAGGTCATGGGTCAAGAATTAATC
gi|11 : TAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGA---CA-ATCTTTC------AT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AGT--TACCG-GCTCTTC--ATCTCAA-ATACGGTGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTG
gi|12 : TGTTA--ATCTCAA-ATAAGGCGCTTTTTGATAGCGGGGTGG---CG-AAT----------------------ATTTT-----TCTTA-GAGA----GATGTGTT----C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAT---ATTCTTGCGCG
gi|13 : tTATGTGT-ATA-CGT-AGTCATATAGAAT-TC-ACCAGTTGTGATAAAA-AATAAAATT-----GGGG---AACATCTTTCG-----GTAC-TATT-T---TAAG---CAGA-GAGG--tat
gi|14 : ATA----TGCGTGTT--T-CGTATCATGACGACAGCCCTTACTGGACTG---TGTTGTATTCCTGCGCGACCGATTT-------ACATT-A-TCTGG------------------ATGTGTCAAGAAATAATCgtgtaccaaatt
gi|15 : -ATT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTACATGTAAGT-C-TAAT-T---AGTG---T-GA-GGGGC-CCC----AAT--TATCG-TCTGATA--ATCT
gi|16 : CGCAGACGACACAATAGGCG--AGG-GGC-C--CA-ATTA------------TT----------AATAGCG-A-----GGGGCCCAA-AT-----------------ATT-A---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTgttaaaatcgaggc
gi|17 : ttaaGACTG---CAC---ATTCTTGCGCGACCGATTT-------ATATT-A-GCTGGG-T----TATTTTAGATCATGGATCAAGAAACAATC
gi|18 : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CAT-CATCA-ATTAAAT-AC-AAT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---A
gi|19 : ga---CG-AATAATTGTGTCCCACGACATAATTATTTCCTATTTCCTA-GAGA----C
gi|2 : CGCAGACGACAAAATAGGTGT-AT---GT-CATCA-ATAAAGT-TC-AAT-ATCGT----AAG-A-TAAAT-------TGGA---AA-ATCTTT-------GT-CCTATTAT---ACAGGTGC-GA-GGGG--CC-----AAT--TATCG-CGTTTTA--ATAGCAATATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CGGAATAATTGTGTTCCATCACATAATTATTTTAT-TTTCTTATGATATCTGTATGTGTTGATAT--------ACGT-A----TAAC-GGACTG---TAC---ATTCTAACG---TCGATTT------TACATT-ATTTTAGG-T----T-TTTGAGGTTCTGGG-CAAGAAATAGTC
gi|20 : aGTGTT----C--------ACGTCA----TCATTGGACTC---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATT
gi|21 : CGCAGACGAGAAAA---------CA-CGT-CATCA-ATTAA
gi|22 : nntgtttagttaaCGCAGACGACAAAATATGTGT-ATACCGT-CATTT-ATTAGGT-
gi|3 : CACAGACAACAAAATATGTGTTACA-CATTCATCA-ATTAAGTTACGACT-GTTGC----AAAGAATAGAA---------GG---AT-ACTATTT------GT-C-TATT-TTATATAG---C-GA-GGGGGCCCC----AATATTATTATGCTGTTA--ATCTCAG-A-ACAGT-CTATTTGGA-GCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATT-----TTTC------TA----TATGTGTT--T-C--------ACGTCAT---TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------ACCATTAA-TCTTAG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|4 : CGCAGGCGGCAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAAT-AC-TCT-GTTGT----AAA-AAAAAAA-AAGGGGGGGG---GA-CTGTTTC------GT-C-TATT-T---ATTG---C-GAGGGGG--TCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-AT-NG----TATT--------------------------TGTGTCCCATGATATAATTATTTTCTAT----------------ATG---T--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCCTGTGCGATCGA-TT------TACATT-A-TCTAGGTT----TTTTTGAGATCATGGGTGAAGAAATAATC
gi|5 : ctaaCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----GAA-AATAAAA-A-----GGGT---AA-ATCTTTT------AT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-TGGA--CCC----AAC--TATCG-GCAGTTA--ATCACAA-ATACAGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGACGTCG-AATAATTGTGTCCCATGACAAAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----TATATTTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGGCTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------
gi|6 : aACAATGTATGTGT-ACA-CGT-CATCA-AT-AAAT-AC-ACT-GTGTT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTT-------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA--GGG--CCC-----AT--TATTG-ACTGTTACCATCTCAA-ATACTGCGC--TTTGGAATCGGGGTGG---CG-AATAATTG--------------ATTACTTTCTA-TTCTTA-GAGA----CATGTG-T--T-C--------AC-TCA----TCACTGGACTG---TGC---A-TCTTGCGCGA
gi|7 : agtcaacgcagcacacaaatTCTTCC------GT-C-TATT-T---ATAG---T-GT-GGGG--TCCTGATAAT--TATCG-ACTGTTA--ATTGCAA-ATATGGCACTATCTGCAAGCGGAGTAG---CA-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTTTTA-AATG----CA-G-GTT--T-C--------ACATCA----TCACTGGACTG---CAC---AATCTTGTGTGACCGA-TT------TACGTT-A-TCTAAG-TTTAGTATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAACAATC
gi|8 : TTTT------GT-C-TTTT-A---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--AATCG-GCTGTTA--ATCTTAA-ATACAGTGCTATTTGGAAGCGGAGTAG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GAGA----CGTG---T--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGA-CT------TACATT-A-TCTAGG-T----TACTTGAGGTAATGGGT
gi|9 : CAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-GTTAAGT-GC-ACA-TTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTGAA------GT-C-TAAT-T---ATAG---C-GT-GGGGC-CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-TTAATGCGCTTTTTGGAAGCGAGGTAG---TG-AA
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 11 11111111 1111 1111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 7777 3 3333333 555 3 7777777 3 3 3 555 555 3 3 00 7777 44 3 44 3 555 3 3 1 77777 3 7777 99999999 0000 555 555 8 6666666 4 4 4 9999 4
lowQualScore : . . . . . . . .... . ....... ... . ....... . . . ... ... . . .. .... .. . .. . ... . . . ..... . .... ........ .... ... ... . ....... . . . .... .
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 1111 3 0000000 888 6 2222222 1 1 1 444 444 1 1 44 1111 66 3 66 6 888 3 6 0 99999 2 1111 22222222 4444 444 444 8 3333333 4 4 4 4444 9
consensus : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-243 ) : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|1 : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGA--CCA----AAT--TATCG-GCTGCTC--ATCTCAA-ATACGACGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTGTTTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-CACGT----ACGTCA----TCATTGGACTGACATAC---ATTCTTACGCGATTGATCTACAATATACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATAGGTCAAGAAATAATC
gi|10 : ATGACATAATTACTTTCTATTTCTTA-GATG----TAAGTGTT--T-C--------ACATCA----TCGCTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATAGA-TT------TACATT-A-TCTAGG-T----TTCGTGAGGTCATGGGTCAAGAATTAATC
gi|11 : TAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGA---CA-ATCTTTC------AT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AGT--TACCG-GCTCTTC--ATCTCAA-ATACGGTGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTG
gi|12 : TGTTA--ATCTCAA-ATAAGGCGCTTTTTGATAGCGGGGTGG---CG-AAT----------------------ATTTT-----TCTTA-GAGA----GATGTGTT----C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAT---ATTCTTGCGCG
gi|13 : tTATGTGT-ATA-CGT-AGTCATATAGAAT-TC-ACCAGTTGTGATAAAA-AATAAAATT-----GGGG---AACATCTTTCG-----GTAC-TATT-T---TAAG---CAGA-GAGG--tat
gi|14 : ATA----TGCGTGTT--T-CGTATCATGACGACAGCCCTTACTGGACTG---TGTTGTATTCCTGCGCGACCGATTT-------ACATT-A-TCTGG------------------ATGTGTCAAGAAATAATCgtgtaccaaatt
gi|15 : -ATT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTACATGTAAGT-C-TAAT-T---AGTG---T-GA-GGGGC-CCC----AAT--TATCG-TCTGATA--ATCT
gi|16 : CGCAGACGACACAATAGGCG--AGG-GGC-C--CA-ATTA------------TT----------AATAGCG-A-----GGGGCCCAA-AT-----------------ATT-A---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTgttaaaatcgaggc
gi|17 : ttaaGACTG---CAC---ATTCTTGCGCGACCGATTT-------ATATT-A-GCTGGG-T----TATTTTAGATCATGGATCAAGAAACAATC
gi|18 : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CAT-CATCA-ATTAAAT-AC-AAT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---A
gi|19 : ga---CG-AATAATTGTGTCCCACGACATAATTATTTCCTATTTCCTA-GAGA----C
gi|2 : CGCAGACGACAAAATAGGTGT-AT---GT-CATCA-ATAAAGT-TC-AAT-ATCGT----AAG-A-TAAAT-------TGGA---AA-ATCTTT-------GT-CCTATTAT---ACAGGTGC-GA-GGGG--CC-----AAT--TATCG-CGTTTTA--ATAGCAATATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CGGAATAATTGTGTTCCATCACATAATTATTTTAT-TTTCTTATGATATCTGTATGTGTTGATAT--------ACGT-A----TAAC-GGACTG---TAC---ATTCTAACG---TCGATTT------TACATT-ATTTTAGG-T----T-TTTGAGGTTCTGGG-CAAGAAATAGTC
gi|20 : aGTGTT----C--------ACGTCA----TCATTGGACTC---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATT
gi|21 : CGCAGACGAGAAAA---------CA-CGT-CATCA-ATTAA
gi|22 : nntgtttagttaaCGCAGACGACAAAATATGTGT-ATACCGT-CATTT-ATTAGGT-
gi|3 : CACAGACAACAAAATATGTGTTACA-CATTCATCA-ATTAAGTTACGACT-GTTGC----AAAGAATAGAA---------GG---AT-ACTATTT------GT-C-TATT-TTATATAG---C-GA-GGGGGCCCC----AATATTATTATGCTGTTA--ATCTCAG-A-ACAGT-CTATTTGGA-GCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATT-----TTTC------TA----TATGTGTT--T-C--------ACGTCAT---TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------ACCATTAA-TCTTAG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|4 : CGCAGGCGGCAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAAT-AC-TCT-GTTGT----AAA-AAAAAAA-AAGGGGGGGG---GA-CTGTTTC------GT-C-TATT-T---ATTG---C-GAGGGGG--TCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-AT-NG----TATT--------------------------TGTGTCCCATGATATAATTATTTTCTAT----------------ATG---T--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCCTGTGCGATCGA-TT------TACATT-A-TCTAGGTT----TTTTTGAGATCATGGGTGAAGAAATAATC
gi|5 : ctaaCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----GAA-AATAAAA-A-----GGGT---AA-ATCTTTT------AT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-TGGA--CCC----AAC--TATCG-GCAGTTA--ATCACAA-ATACAGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGACGTCG-AATAATTGTGTCCCATGACAAAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----TATATTTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGGCTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------
gi|6 : aACAATGTATGTGT-ACA-CGT-CATCA-AT-AAAT-AC-ACT-GTGTT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTT-------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA--GGG--CCC-----AT--TATTG-ACTGTTACCATCTCAA-ATACTGCGC--TTTGGAATCGGGGTGG---CG-AATAATTG--------------ATTACTTTCTA-TTCTTA-GAGA----CATGTG-T--T-C--------AC-TCA----TCACTGGACTG---TGC---A-TCTTGCGCGA
gi|7 : agtcaacgcagcacacaaatTCTTCC------GT-C-TATT-T---ATAG---T-GT-GGGG--TCCTGATAAT--TATCG-ACTGTTA--ATTGCAA-ATATGGCACTATCTGCAAGCGGAGTAG---CA-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTTTTA-AATG----CA-G-GTT--T-C--------ACATCA----TCACTGGACTG---CAC---AATCTTGTGTGACCGA-TT------TACGTT-A-TCTAAG-TTTAGTATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAACAATC
gi|8 : TTTT------GT-C-TTTT-A---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--AATCG-GCTGTTA--ATCTTAA-ATACAGTGCTATTTGGAAGCGGAGTAG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GAGA----CGTG---T--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGA-CT------TACATT-A-TCTAGG-T----TACTTGAGGTAATGGGT
gi|9 : CAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-GTTAAGT-GC-ACA-TTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTGAA------GT-C-TAAT-T---ATAG---C-GT-GGGGC-CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-TTAATGCGCTTTTTGGAAGCGAGGTAG---TG-AA
blockSeqs : T C T T T G A GATA G AAGGGG CCC C CATGTAA A C A TAT GTG A G GC TGAT AT T CC T CGT G T T TCTGT T GATA GTATCATG GCCC . TGT T T A T T TTAG T
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . CG . . . . . . . C . . . . . . . . G T T T . T . . T T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . C . . . . . . . . T G T T . . . . T A . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G T T T . . . . T T . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T C T T . . . . T T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T T T T . . . . T T . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . T T T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . . . G C T T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T C . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ******** *** T******
originalCons : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
finalCons : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTTT------ACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
Alignments
lowQualScore : 1111111 1111111 11 11111111 1111 1111111
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 7777 3 3333333 555 3 7777777 3 3 3 555 555 3 3 00 7777 44 3 44 3 555 3 3 1 77777 3 7777 99999999 0000 555 555 8 6666666 4 4 4 9999 4
lowQualScore : . . . . . . . .... . ....... ... . ....... . . . ... ... . . .. .... .. . .. . ... . . . ..... . .... ........ .... ... ... . ....... . . . .... .
lowQualScore : 3 3 3 3 3 3 3 1111 3 0000000 888 6 2222222 1 1 1 444 444 1 1 44 1111 66 3 66 6 888 3 6 0 99999 2 1111 22222222 4444 444 444 8 3333333 4 4 4 4444 9
consensus : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
Reference ( family-243 ) : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-ATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------TACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|1 : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTTTC------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGA--CCA----AAT--TATCG-GCTGCTC--ATCTCAA-ATACGACGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTGTTTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----CATGTGTT--T-CACGT----ACGTCA----TCATTGGACTGACATAC---ATTCTTACGCGATTGATCTACAATATACATT-A-TCTAGG-T----TATTTGAGGTCATAGGTCAAGAAATAATC
gi|10 : ATGACATAATTACTTTCTATTTCTTA-GATG----TAAGTGTT--T-C--------ACATCA----TCGCTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATAGA-TT------TACATT-A-TCTAGG-T----TTCGTGAGGTCATGGGTCAAGAATTAATC
gi|11 : TAAGT-AC-ACT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGA---CA-ATCTTTC------AT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AGT--TACCG-GCTCTTC--ATCTCAA-ATACGGTGCTATCTGGAAGTGGAGTGG---CG-AATAATTG
gi|12 : TGTTA--ATCTCAA-ATAAGGCGCTTTTTGATAGCGGGGTGG---CG-AAT----------------------ATTTT-----TCTTA-GAGA----GATGTGTT----C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAT---ATTCTTGCGCG
gi|13 : tTATGTGT-ATA-CGT-AGTCATATAGAAT-TC-ACCAGTTGTGATAAAA-AATAAAATT-----GGGG---AACATCTTTCG-----GTAC-TATT-T---TAAG---CAGA-GAGG--tat
gi|14 : ATA----TGCGTGTT--T-CGTATCATGACGACAGCCCTTACTGGACTG---TGTTGTATTCCTGCGCGACCGATTT-------ACATT-A-TCTGG------------------ATGTGTCAAGAAATAATCgtgtaccaaatt
gi|15 : -ATT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTACATGTAAGT-C-TAAT-T---AGTG---T-GA-GGGGC-CCC----AAT--TATCG-TCTGATA--ATCT
gi|16 : CGCAGACGACACAATAGGCG--AGG-GGC-C--CA-ATTA------------TT----------AATAGCG-A-----GGGGCCCAA-AT-----------------ATT-A---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--TATCG-GCTGTTgttaaaatcgaggc
gi|17 : ttaaGACTG---CAC---ATTCTTGCGCGACCGATTT-------ATATT-A-GCTGGG-T----TATTTTAGATCATGGATCAAGAAACAATC
gi|18 : CGCAGACGACAAAATATGTGT-ACA-CAT-CATCA-ATTAAAT-AC-AAT-GTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---A
gi|19 : ga---CG-AATAATTGTGTCCCACGACATAATTATTTCCTATTTCCTA-GAGA----C
gi|2 : CGCAGACGACAAAATAGGTGT-AT---GT-CATCA-ATAAAGT-TC-AAT-ATCGT----AAG-A-TAAAT-------TGGA---AA-ATCTTT-------GT-CCTATTAT---ACAGGTGC-GA-GGGG--CC-----AAT--TATCG-CGTTTTA--ATAGCAATATACGGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGG---CGGAATAATTGTGTTCCATCACATAATTATTTTAT-TTTCTTATGATATCTGTATGTGTTGATAT--------ACGT-A----TAAC-GGACTG---TAC---ATTCTAACG---TCGATTT------TACATT-ATTTTAGG-T----T-TTTGAGGTTCTGGG-CAAGAAATAGTC
gi|20 : aGTGTT----C--------ACGTCA----TCATTGGACTC---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATT
gi|21 : CGCAGACGAGAAAA---------CA-CGT-CATCA-ATTAA
gi|22 : nntgtttagttaaCGCAGACGACAAAATATGTGT-ATACCGT-CATTT-ATTAGGT-
gi|3 : CACAGACAACAAAATATGTGTTACA-CATTCATCA-ATTAAGTTACGACT-GTTGC----AAAGAATAGAA---------GG---AT-ACTATTT------GT-C-TATT-TTATATAG---C-GA-GGGGGCCCC----AATATTATTATGCTGTTA--ATCTCAG-A-ACAGT-CTATTTGGA-GCGGAGTGG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATT-----TTTC------TA----TATGTGTT--T-C--------ACGTCAT---TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------ACCATTAA-TCTTAG-T----TATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAATAATC
gi|4 : CGCAGGCGGCAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-ATTAAAT-AC-TCT-GTTGT----AAA-AAAAAAA-AAGGGGGGGG---GA-CTGTTTC------GT-C-TATT-T---ATTG---C-GAGGGGG--TCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-AT-NG----TATT--------------------------TGTGTCCCATGATATAATTATTTTCTAT----------------ATG---T--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCCTGTGCGATCGA-TT------TACATT-A-TCTAGGTT----TTTTTGAGATCATGGGTGAAGAAATAATC
gi|5 : ctaaCAGACGACAAAATATGTGT-ATA-CGT-CATCA-ATTAAGT-AC-ACT-GTTGT----GAA-AATAAAA-A-----GGGT---AA-ATCTTTT------AT-C-TATT-T---ATAG---C-GA-TGGA--CCC----AAC--TATCG-GCAGTTA--ATCACAA-ATACAGCGCTATTTGGAAGCGGAGTGACGTCG-AATAATTGTGTCCCATGACAAAATTATTTTCTATTTCTTA-GATA----TATATTTT--T-C--------ACGTCA----TCACTGGGCTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGATTT------
gi|6 : aACAATGTATGTGT-ACA-CGT-CATCA-AT-AAAT-AC-ACT-GTGTT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-TTCTTT-------GT-C-TATT-T---ATAG---C-GA--GGG--CCC-----AT--TATTG-ACTGTTACCATCTCAA-ATACTGCGC--TTTGGAATCGGGGTGG---CG-AATAATTG--------------ATTACTTTCTA-TTCTTA-GAGA----CATGTG-T--T-C--------AC-TCA----TCACTGGACTG---TGC---A-TCTTGCGCGA
gi|7 : agtcaacgcagcacacaaatTCTTCC------GT-C-TATT-T---ATAG---T-GT-GGGG--TCCTGATAAT--TATCG-ACTGTTA--ATTGCAA-ATATGGCACTATCTGCAAGCGGAGTAG---CA-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTTTTA-AATG----CA-G-GTT--T-C--------ACATCA----TCACTGGACTG---CAC---AATCTTGTGTGACCGA-TT------TACGTT-A-TCTAAG-TTTAGTATTTGAGGTCATGGGTCAAGAAACAATC
gi|8 : TTTT------GT-C-TTTT-A---ATAG---C-GA-GGGG--CCC----AAT--AATCG-GCTGTTA--ATCTTAA-ATACAGTGCTATTTGGAAGCGGAGTAG---CG-AATAATTGTGTCCCATGACATAATTATTTTCTATTTCTTA-GAGA----CGTG---T--T-C--------ACGTCA----TCACTGGACTG---TAC---ATTCTTGCGCGATCGA-CT------TACATT-A-TCTAGG-T----TACTTGAGGTAATGGGT
gi|9 : CAAAATATGTGT-ACA-CGT-CATCA-GTTAAGT-GC-ACA-TTTGT----AAA-AATAAAA-A-----GGGG---AA-ATCTGAA------GT-C-TAAT-T---ATAG---C-GT-GGGGC-CCC----AAT--TATCG-GCTGTTA--ATCTCAA-TTAATGCGCTTTTTGGAAGCGAGGTAG---TG-AA