lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 222222222 11 1111111111111111111111111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 33333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333 44444444444 11111
lowQualScore : 3 3 99 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 4 4 2222222 444444444 4 4 4 99 4 5555555555555555555555555 5 1 666 6 0 3 3 3 3 3 6 999999 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 333 3 6666 5 3 33 55555555555555555555555 222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222 00000 3 0
lowQualScore : . . .. ........................................................................................... .. . . ....... ......... . . . .. . ......................... . . ... . . . . . . . . ...... ........................................................... . ... . .... . . .. ....................... ............................................. ........... ..... . .
lowQualScore : 6 6 66 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 9 4 9999999 666666666 0 0 0 00 0 2222222222222222222222222 7 7 444 9 3 3 3 3 3 3 0 555555 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 444 1 1111 6 1 99 99999999999999999999999 555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 99999 1 2
consensus : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC-GAAACGCACAN-ATNANANCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTA-TTAA------ATTAT-A-A-A-G-T-CTCTGAT-A-T-CGT-GTAAA------TT-CC--A------CAC--TGTCC-AATTTCCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTAGCAATGNAATATTTACT-GAT-TT-TC-GC-TCGATGA--G-CAA------------GA-------C-AG------G----AGCA-T-------T--AT-----CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA--TTC--------CATGTGNAATT-A-CTGTCC---------AG-ATT-----------TT--------T--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGT----T---AC-TTGGA----TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
Reference ( gi|5 ) : ACCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC-AAAACGCACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCACCCTGGTA-TTAA------ATTAT-G-A-A-G-T-CTCTGAT-A-T-GGT-GTAAA------T------G------GA---TGTCC-AATTTTCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACCAATGTAATATTTACT-GAT-TT-TC-GC-TCAATAA--A-CAA------------GA-------C-TG------G----AGCA-T-------A--AC-----CGTCCA-TGCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTCTAGAAAA--TTT--------CATGTGCAATT-T-CTGTCC---------CG-ATT-----------TT--------T--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGT----T---A--TTGGG----TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
gi|3 : CCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAGATGACTACCAC-GAAATGCGC-ATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--CCCCCCAATAGTCTCTCTGGTA-TTAA------ATTAT-A-ATG-G-T-CTCTACT-A-T-CGT-GTAAA------T------
gi|2 : tcgtacagCCAGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATG---ACCAC-------CACGA----AAAGCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTTCCTTAATCACTCCGGTA-TAAA------ATTAT-A-A-AGG-T-GTCTGAT-A-T-CGT-GTAAATTCCCCT------C------AC---TGTCCTAATTTT-GTCACtccccacgctgttaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatataagaaatgtaatatttactaattttcgctcaatgaacagagcaggagcataatttccatttctaaaaaggtggttgctctttgcaaaattccatgaaattgctgtccagatttttgtaaatactttctagcattagtgttaccttggttcttagttaatgcaccaattgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|11 : gCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ATTTTTAAAATGGCTACATT-GAAACGCATACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTA-TTGA------ATTAT-A-A-A-GGT-CTCTGAC-A-T-CAT-GTAAAATT---T------C------CACACTGTCA-AATTTCCGTCACnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgttattagcaatgtaatacttattgattgccgctcgattaacaaaacaagcacattatcgtccattcatgaaaataaggttgttctttatcaaattacatgaaattactgtccatatttttgtaaattttttctagcattaatgttaccttgggtctccgttaacgaacccttgtcatgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|13 : aatCCGGAATTACTTTATTTG-CC-ACTCTTAAAACGGCCACCACTTGAACGCACA---TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTCAGTCACTGTGATA-GTAA------ATCATAA-A-A-G-G-TTCTGAT-A-T-CGT-GTAAA------T------
gi|1 : aatgCCGGA-CTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACttcctacactgt
gi|28 : gCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACATTTAAAATGGCCACCAC-GAAACGCACttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|29 : aaagCTGGGACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAACGGCCACCAC-GAAACGCAC
gi|30 : cgCCGGAACTACTTTATTCA-CC-AATTTTAAAATGGTTACCAC-GAAACGCA
gi|10 : CCGGA-CTACTT-ATTCC-CCGACTTTTAAA-TGGCCACCACTTCAACGCACATGATTACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCTCCTTTATT----CTGGTATTTAAGTTTATATTAT-----A-G-TCCTCTGATCATT-CGT-GTAAA------t
gi|15 : aacttcgtaaaggCCGGAACTATTTTAT--GACC-ACTTTGATAATGGCTACCAC-GAAACGCAattttcccaactgtc
gi|4 : agGAACTACTTTATTCG-TC-ACTTTTAAAATGGGCATCAC-GAAACACACAtgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataccttctttagcgtcctggtattgataatgtaaattccacacagtccaatttcccgtcac
gi|4 : AT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTTG---------------TAT-G-A---------CTGAT-A-TCCGT-ATAAA------TTTCCCAC------GC---TGCCT-AATTTCCTTCACcgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacctcctttagtcgcccttgtatgactgatatccgtataaatttcccacgctgcctaatttccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaatgtaatatgtacagattttcgctcgatgaacaggacaggagcattatcgtccatttatgaaaatgtggttgttctttggaaaattccatgtaattgctgtccagatttttgtaaatactttcttgcatagttacctaggaattcctcagttaatccacccatgccatgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|8 : gaactactttattcgtcacttttaaaatgggcatcacgaaacacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT--ATCTCCTTTAGTCGCCATGGTA-TTGA------ATTAT-A-A-AGG-T-CTCTA---A-T-CAT-GTAAA------TTCCC--A------CAC--TGTCC-AATTTCCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaatgtaatatgtacagattttcgctcgatgaacaggacaggagcattatcgtccatttatgaaaatgtggttgttctttggaaaattccatgtaattgctgtccagatttttgtaaatactttcttgcatagttacctaggaattcctcagttaatccacccatgccatgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|15 : ttagtcaaatttccattcattctgattAT--ACCTTCTTTAG-CGTCCTGGTA-TTGA------accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatcagtaatgaaatgtttactgattgctcgatgagtaatggatagtccctgagccctatcgtctattcatgaaaatgtggttgttcagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
gi|1 : agccggaactattttatgaccactttgataatggctaccacgaaacgcatgcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatCTCCTTTAACCGCCCTGATA-TGAA--------TAT-A-A-AGG-T-ACCTGAT-A-T-CATAGTAAA------T------ATCCCACGC---CGTCC-AA-TTCCGTCACtaatgtaaattccacacagtccaatttcccgtcac
gi|7 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttaTAA------TTTAT-A-A-G-GGT-CTCTGAT-A-T-CAT-GTAAA------TTCCCC-A------CAC--TGTCC-AATTTTCGTCACacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|6 : ataAA------GTTAT-ATA-A-G-T-CTCTGAT-A-T-CAT-GTAAA------TTTCCC-A------CAT--TGTCC-AATTTCCGTCACaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagtaatgaaatgttttctgatttttgctcgatgagtaatggacagtccctgcgcactatcgtctattcatgaaaatgtggttcttctttggaaaattccatgaaatcactgtccataattgtgtacacactttctagtaataatgtcacattgggtctcagttaatgcaccataccatgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|4 : TTATTAGCAATGTAATATGTACA-GAT-TT-TC-GC-TCGATGA--A-CAG------------GA-------C-AG------G----AGCA-T-------T--AT-----CGTCCA-TTTATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA--TTC--------CATGT--AATT-G-CTGTCC---------AG-ATT-----------TT--------T--------GTAAATACTTTCTTGCA-TA--GT----T---AC-CTAGGAATTCCTCAGTT-AATCCACCCATGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacccanattttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|2 : gaactactttattcgtcacttttaaaatgggcatcacgaaacacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacctcctttagtcgcccttgtatgactgatatccgtataaatttcccacgctgcctaatttccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATTAGCAATGTAATACTTATT-GAT-TG-CC-GC-TCGATTA--A-CAA------------AA-------C-AA------G----CACA-T-------T--AT-----CGTCCA-TTCATGAAAATAAG-GTTGT----TCTTTATCAAA--TTA--------CA--TGAAATT-A-CTGTCC---------AT-ATT-----------TT--------T--------GTAAATTTTTTCTAGCATTAATGT----T---ACCTTGGG----TCTCCGTT-AACGAACCCTTGTCATgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|7 : gccagaactactttattcgccacttttaaaatgaccaccacgaaaagcacatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataccttccttaatcactccggtataaaattataaaggtgtctgatatcgtgtaaattcccctcactgtcctaattttgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgTTATTAGTAATGAAATGTTTTCT-GAT-TT-TT-GC-TCGATGA--G-TAATG----------GA-------C-AGTCCCT-G----CGCA-C-------T--AT-----CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTCT----TCTTTGGAAAA--TTC--------CA--TGAAATC-A-CTGTCC---------AT-AAT-----------TG--------T--------GTACACACTTTCTAGTAATAATGTCA--C---A--TTGGG----TCTCAGTT-AATGCA-CCATACCATgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|6 : atataatttataagggtctctgatatcatgtaaattccccacactgtccaattttcgtcacaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATTAGCAACG-AATATTTAGT-TAT-TT-TT-GT-TCGATCATCATCAA------------GA-------CATGCAA---G----AGCA-TTATATTTATCAT-----CGTCCA-TTTATGAAAAACT-----------TCTATAGAAAA--TTC--------TATA--CA------CTGTCT---------AA-ATT-----------TT--------T--------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTGACCTTAAA--TTGGA----TCTCAGTT-AGTGCACCCANAgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATCAGTAATGAAATGTTTACT-GAT-T-----GC-TCGATGA--G-TAATG----------GATAGTCC-C-TG-----------AGCC-C-------T--AT-----CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TC-----AGAA--TTT--------Cttttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|21 : ttagtcaaatttccattcattctgattatatctcctttagtcgccatggtattgaattataaaggtctctaatcatgtaaattcccacactgtccaatttccgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATTAGCAATGTA-TCTTTAAT-AAT-TT-TTTGC-TTAATGA--A-CGG------------GA-------------------------A-T-------T--AT-----CATCCA-TG----AAATTGTT-GTTGT----TCTGTAGGAAA--TGC----------TATGCAATT-A-CTGGCC---------AG-ATctaaccacagatagttaccatattct
gi|3 : TATAAGAAATGTAATATTTACT-AAT-TT-TC-GC-TCAATGA--A-CAG------------AG-------C-AG------G----AGCA-T-------A--AT-----T-TCCA-TTTCTAAAAAGGTG-GTTGC----TCTTTGCAAAA--TTC--------CA--TGAAATT-G-CTGTCC---------AG-ATT-----------TT--------T--------GTAAATACTTTCTAGCATTAGTGT----T---ACCTTGGT----TCTTAGTT-AATGCACCAAT
gi|12 : tcgtacagccggaactactttattcgccacttttaagatgactaccacgaaatgcgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccccccaatagtctctctggtattaaattataatggtctctactatcgtgtaaattccccacgctgttaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaATTACTAATAAAATGTTTACT-GGT-TT-TC-GC-TCAATGA--G-TAA------------TAGTCAATCC-TT------T----AGCA-C-------A--ATAGTATCGTCTA-TTCGTGAAAATGTA-GTTGT----TCTTTGGAAAA--TTC--------CATG--AAATTATACTGTCC---------AG-ATT-----------TT--------T--------GTAAACACTCTCCAGCATTAATGT----TAC-A--TTGGA----CCTCAGCT-AATGCATCCATACCATtgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|14 : AATCTTTAAT-AAG-TT-TC-GC-TCTGCTA--A-CAA------------GA-----------------------GCA-T-------T--AT-----CGTCCA-TG----AAAATGTG-GTTGT----TCTCTGGGAAA--TGC--------CATCTT--ATT-A-CTACCCA--------TGCATTGTCATTAAATATT--------A--------TTAAATACTTTTGAACATTAATGT----T---CT-TTTGA----TCTCAGTT-AATGTAACCggaaaaaacaaatcaagcacagcacatc
gi|17 : AGTATTTACT-AATGTT-TT-GC-TT---------CGG------------AA-------C-AG------G----AGCA-T-------TT-AT-----GGTCCAATTCACGAAGATGTG-GCTGTAGTGCGTCTAGAAAAAGTTTG-------CA-ATGCAATC-A-CTGTCC---------AG-AGT-----------TT--------T--------GTAAATccccccccccaacaactcgtcatttcgtcgcggaacaggacacacga
gi|1 : TTTACTTGAT-TT-TC-GCCTCGATGA--G-TAAAG----------GA-------C-AGTCCCCTG----AGCA-C-------T--AT-----TGTT-A-TTCATGATTCTGTGCGCTGT----TCTTTTGGAAA--TTTTTTTTTTTCACATGAAATC-A-CTGTCC---------AG-ATT-----------TT--------TT-------GTAAACACTTTGTAGCATTAATATA---C---A--TTGGA----TCTCA-TT-AATGCACCcaagttttgatcgttacatttagctaa
gi|19 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacatttTACT-GAT-TTATC-GC-TCGGTGA--G-TAATGGGCAGTCGTTGA-------T-TG------GCTTGAGCAGT-------ACTAT-----CGTCTA-TTCCTGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA--TTT--------Catttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|18 : gttattagtaaTGAACATTTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA--TTC--------TATG---AA-----------------------ATT-----------T------------------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGT----TAA-A--TTTGT----TTTCAGTTGGGTG---TCATGCCATtccccacccccctttggt
gi|20 : T----TCTTTGGGAAA--TGC----------TGTGCAATT-A-CTGGCCAGATATCATCA-ATT-----------TTCTATAATTT--------GTAAATTCTTTTTAGCATTAATGC----T---ACCTTGGA----TATCAGTT-AATGTACCCATACCATgaaacaaaacaaaacaaaagcacagcacatcgacacacgagt
gi|16 : TGAGCACTT-T---GTCC---------AG-ATT-----------TT--------TCAGATTTTGTAAACACTTTCTACCATCAAT---------------------------GTT-AATGCACACATGCCATgaaaacatg
gi|22 : agtatttgttactgatttttgctcgatgagtaaaggacagtcccTTAATGT----T---ACCTTGAA----TCTCAGTA-AATGCATCCATACCATggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|26 : ---A--TTGGA----TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgagaaaaaaacccaccccaaaaccaaaacaaaagcacaccacatcgtcgcga
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TAAGTTTATATTATAGTCCTCTGATCATTCGTGTAAAATTTTCCCAACTGTCAATTTCCGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATAAGCATTATAAATATTTAGTTATTTGTTCGAGAATCATCATCGGGGCATTGCAATCCTGGCATTA
Unaligned ( gi|23 ): ACAACATAGGATCTCCGTAATGGTGCAGTAAACGTGAACGTCAGAATATAAAAGAAAAAATCGGAGAGGGCTACATTATTGCAGCTAA
Unaligned ( gi|24 ): CTCCAGTTAATGGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATACTATGGAAAAAACAAAACAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TAAACGTCAGAATGAATTTTAAAAAAAAACAAAAACGGAGAGGCTACAGTATTGCAGCT
Unaligned ( gi|27 ): ACCCACACCATGAAACAAACAAAACAAAAGCACACCACATCGTCACGGAACAGGAC
Unaligned ( gi|31 ): CGTCAGATTAAAAACAATCGGGAGGGCTTACATTATTGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): ACCCCGACATCAAAAAACACAAGAAGGGGATAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATATCGGAGAGGGCAACATTATTGCAGCTAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222 2222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555 111111111 222222222222222 222222222222222222222222222 11111111 33333333
lowQualScore : 3 3 88 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 66 555 3 333333 3 555 6 3 3 3 3 44 6666666 44 4 4 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 2 2 2 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333333333333 77777 999999999 2 111111111 2 0 2 5555 444 333333333333333 33 0 2 2 666666666666666666666666666 66666666 2 22222222 2 444 2
lowQualScore : . . .. .............................................................................................. .. ... . ...... . ... . . . . . .. ....... .. . . .............................................................................................................................. . . . . . . . . . .................................. ..... ......... . ......... . . . .... ... ............... .. . . . ........................... ........ . ........ . ... .
lowQualScore : 3 3 66 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 888 1 111111 1 111 2 1 1 1 1 22 2222222 22 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 0 9 9 9 9 9 9 9 6666666666666666666666666666666666 11111 666666666 9 444444444 9 4 9 7777 777 222222222222222 99 2 7 7 999999999999999999999999999 11111111 9 77777777 7 777 7
consensus : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--GAAACGCACA--A-TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTAT-A--A-A-G-T-C-TCTGAT-A-T-C-GT-GTAA--A---TT-CCCA--CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
Reference ( family-241 ) : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--GAAACGCACA-NA-TNANANCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTAT-A--A-A-G-T-C-TCTGAT-A-T-C-GT-GTAA--A---TT--CCA--CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGNAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
gi|1 : CCGGA-CTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCAC
gi|1 : gCTCCTTTAACCGCCCTGATATGAA----TAT-A--A-AGG-T-A-CCTGAT-A-T-C-ATAGTAAATA---TC--CCA--CGCCGTCC-AA-TT-CCGTCACttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|1 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttaTTAGTAGTAATGACATTTTTTACTTGAT-TT-TC-GCCT-CGATGAGTA---AAGGA--CA----GTCCCCT--------G-----AGCA---C-----T-AT---------TGTT-A-TTCATGATTCTGTGCGCTGT----TCTTTTGGAAA---TTTTTTTTTTTCACATGAAAT--CACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAACACTTTGTAGCATTAATA-T-A-CA-----TT-GGA---TCTCA-TT-AATGCACCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|10 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttCCGGA-CTACTT-ATTCC-CCGACTTTTAAA-TGGCCACCACT-TCAACGCACATGA-TTACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCTCCTTTATT----CTGGTATTTAAGTTTAT-ATTATA-G-TCC-TCTGATCATT-C-GT-GTAA--AATTTT--CCC--AACTGTCatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|11 : aacttcgtaaaggCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ATTTTTAAAATGGCTACATT--GAAACGCATA-CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTGAA--TTAT-A--A-AGG-T-C-TCTGAC-A-T-C-AT-GTAA--AAT-TT--CCA--CACTGTCA-AATTT-CCGTCAC
gi|12 : aatATTACTAATAAAATGTTT-ACT-GGT-TT-TC-GC-T-CAATGAGTA---A--TAGTCA----A--------------TCCTTTAGCA---CAATAGT-AT---------CGTCTA-TTCGTGAAAATGTA-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CA--TGAAATTATACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAACACTCTCCAGCATTAATGTT-A-CA-----TT-GGA---CCTCAGCT-AATGCATCCATACCAT
gi|13 : CCGGAATTACTTTATTTG-CC-ACTCTTAAAACGGCCACCACTTGAA-CGCACA----TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTCAGTCACTGTGATAGTAAA--TCATAA--A-A-G-G-T-TCTGAT-A-T-C-GT-GTAA--A---TTTCCTA--CACTGTggaaaaaacaaatcaagcacagcacatc
gi|14 : aatgAATCTTT-AAT-AAG-TT-TC-GC-T-C--TG--CT---A---A--CA----A--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-T----GAAAATGTG-GTTGT----TCTCTGGGAAA---TGC--------CATCTT--AT--TACTACCCATGCAT---------------TGTCATTAAATATTA--------TTAAATACTTTTGAACATTAATGTT-C-T------TT-TGA---TCTCAGTT-AATGTAACC
gi|15 : CCGGAACTATTTTAT--GACC-ACTTTGATAATGGCTACCAC--GAAACGC-----A-TG------CAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTTCTTTAG-CGTCCTGGTATT--------------------------GAT-A-----AT-GTAA--A---TT--CCA--CACAGTCC-AATTTCCCGTCACccccccccccaacaactcgtcatttcgtcgcggaacaggacacacga
gi|16 : agTT-ACT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTA---AAGGA--CA----GTCCCT---------G-----AGCA---C-----T--T---------TGTCCA-
gi|16 : agtatttgGGACAG---TCC--------C-TGAGCACT--T--TGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTCAGATTTTGTAAACACTTTCTACCATCAAT---------------------------GTT-AATGCACACATGCCATgatttttcagattttgtaaacactttctaccatcaatgttaatgcacacatgccatggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|17 : agtatttgttactgatttttgctcgatgagtaaaAGTATTT-ACT-AATGTT-TT-GC-TTCG--GA----------A--CA----G--------------G-----AGCA---T-----TTAT---------GGTCCAATTCACGAAGATGTG-GCTGTAGTGCGTCTAGAAAAAGTTTG--------CA-ATGCAAT--CACTGTCCA-G-AG---------------T-----------TTT--------GTAAATggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|18 : TGAACATTTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC----------TATGAAA--------------------------------------------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTTAA-A------TT-TGT---TTTCAGTTGGGTG---TCATGCCATcaagttttgatcgttacatttagctaa
gi|19 : TTATTAGTAAT----------ACT-GAT-TTATC-GC-T-CGGTGAGTA---ATGGG--CA----GTCGTTGATTGGCTTG-----AGCAGTAC-----T-AT---------CGTCTA-TTCCTGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTT--------Cgaaacaaaacaaaacaaaagcacagcacatcgacacacgagt
gi|2 : gCCAGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGACCACCAC--GAAA--------------AGCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTTCCTTAATCACTCCGGTATAAAA--TTAT-A--A-AGG-T-G-TCTGAT-A-T-C-GT-GTAA--A---TT--CCCCTCACTGTCCTAATTT--TGTCACtccccacccccctttggt
gi|2 : gTTATTAGCAATGTAATACTT-ATT-GAT-TG-CC-GC-T-CGATTAACA---A--AA--CA----A--------------G-----CACA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATAAG-GTTGT----TCTTTATCAAA---TTA--------CA--TGAAAT--TACTGTCCA-T-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATTTTTTCTAGCATTAATGTT-ACC------TT-GGG---TCTCCGTT-AACGAACCCTTGTCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgttattagcaatgtaatacttattgattgccgctcgattaacaaaacaagcacattatcgtccattcatgaaaataaggttgttctttatcaaattacatgaaattactgtccatatttttgtaaattttttctagcattaatgttaccttgggtctccgttaacgaacccttgtcatgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|20 : gccagaactactttattcgccacttttaaaatgaccaccacgaaaagcacatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataccttccttaatcactccggtataaaattataaaggtgtctgatatcgtgtaaattcccctcactgtcctaattttgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgT----TCTTTGGGAAA---TGC----------TGTGCAAT--TACTGGCCA-G-ATATCATCAATTTTCTATAA---------TTT--------GTAAATTCTTTTTAGCATTAATGCT-A-CC-----TT-GGA---TATCAGTT-AATGTACCCATACCATgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|21 : TTATTAGCAATGTA-TCTTT-AAT-AAT-TT-TTTGC-T-TAATGA----------A--CG----G--------------G-----A--A---T-----T-AT---------CATCCA-T----GAAATTGTT-GTTGT----TCTGTAGGAAA---TGC----------TATGCAAT--TACTGGCCA-G-AT---------------gaaaacatg
gi|22 : TTAATGTT-A-CC-----TT-GAA---TCTCAGTA-AATGCATCCATACCAT
gi|26 : ------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgagaaaaaaacccaccccaaaaccaaaacaaaagcacaccacatcgtcgcga
gi|28 : acaCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACATTTAAAATGGCCACCAC--GAAACGCACgggggaaaaacaaaggcacggaaca
gi|29 : aaagCTGGGACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAACGGCCACCAC--GAAACGCAC
gi|3 : cgCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAGATGACTACCAC--GAAATGCGCA-TG-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--CCCCCCAATAGTCTCTCTGGTATTAAA--TTAT-A--ATG-G-T-C-TCTACT-A-T-C-GT-GTAA--A---TTCCCCA--CGCTGT
gi|3 : tcgtacagTATAAGAAATGTAATATTT-ACT-AAT-TT-TC-GC-T-CAATGAACA---G--AG--CA----G--------------G-----AGCA---T-----A-AT---------T-TCCA-TTTCTAAAAAGGTG-GTTGC----TCTTTGCAAAA---TTC--------CATG--AAAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAGTGTT-ACC------TT-GGT---TCTTAGTT-AATGCACCAATtaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatataagaaatgtaatatttactaattttcgctcaatgaacagagcaggagcataatttccatttctaaaaaggtggttgctctttgcaaaattccatgaaattgctgtccagatttttgtaaatactttctagcattagtgttaccttggttcttagttaatgcaccaattgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|30 : tcgtacagccggaactactttattcgccacttttaagatgactaccacgaaatgcgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccccccaatagtctctctggtattaaattataatggtctctactatcgtgtaaattccccacgctgttaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaCCGGAACTACTTTATTCA-CC-AATTTTAAAATGGTTACCAC--GAAACGCAtgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|4 : GAACTACTTTATTCG-TC-ACTTTTAAAATGGGCATCAC--GAAAC--------------ACACACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTTGTATGA-----------------------CTGAT-A-T-CCGT-ATAA--A---TTTCCCA--CGCTGCCT-AATTT-CCTTCACt
gi|4 : TTATTAGCAATGTAATATGT-ACA-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAACA---G--GA--CA----G--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTTATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGT--AAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTTGCA-TA--GTT-A-C------CTAGGAATTCCTCAGTT-AATCCACCCATGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaatgtaatatgtacagattttcgctcgatgaacaggacaggagcattatcgtccatttatgaaaatgtggttgttctttggaaaattccatgtaattgctgtccagatttttgtaaatactttcttgcatagttacctaggaattcctcagttaatccacccatgccatgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|5 : gaactactttattcgtcacttttaaaatgggcatcacgaaacacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacctcctttagtcgcccttgtatgactgatatccgtataaatttcccacgctgcctaatttccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--AAAACGCACA-AGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCACCCTGGTATTAAA--TTAT-G--A-A-G-T-C-TCTGAT-A-T-G-GT-GTAA--A---T-----G--GA-TGTCC-AATTT-TCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACCAATGTAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CAATAAACA---A--GA--CT----G--------------G-----AGCA---T-----A-AC---------CGTCCA-TGCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTCTAGAAAA---TTT--------CATGTGCAAT--TTCTGTCCC-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A--------TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|6 : aAAG--TTAT-AT-A-A-G-T-C-TCTGAT-A-T-C-AT-GTAA--A---TTTCCCA--CATTGTCC-AATTT-CCGTCAC
gi|6 : TTATTAGCAACG-AATATTT-AGT-TAT-TT-TT-GT-T-CGATCATCATCAA--GA--CATGCAA--------------G-----AGCA---T-----T-ATATTTATCATCGTCCA-TTTATGAAAAACT-----------TCTATAGAAAA---TTC--------TATAC--------ACTGTCTA-A-AT---------------T-----------TTT--------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTG-A-CCTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCANAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacccanattttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|6 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCA-N-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTT-A-CTTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCATGCCATttttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacTAAT--TTAT-A--A-G-GGT-C-TCTGAT-A-T-C-AT-GTAA--A---TTCCCCA--CACTGTCC-AATTT-TCGTCACgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : ataTTATTAGTAATGAAATGTTT-TCT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTA---ATGGA--CA----GTCCCT---------G-----CGCA---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTCT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CA--TGAAAT--CACTGTCCA-T-AA---------------T-----------TGT--------GTACACACTTTCTAGTAATAATGTC-A-CA-----TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCA-CCATACCATaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagtaatgaaatgttttctgatttttgctcgatgagtaatggacagtccctgcgcactatcgtctattcatgaaaatgtggttcttctttggaaaattccatgaaatcactgtccataattgtgtacacactttctagtaataatgtcacattgggtctcagttaatgcaccataccatgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : atataatttataagggtctctgatatcatgtaaattccccacactgtccaattttcgtcacaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAT--ATCTCCTTTAGTCGCCATGGTATTGAA--TTAT-A--A-AGG-T-C-TCTA---A-T-C-AT-GTAA--A---TTC-CCA--CACTGTCC-AATTT-CCGgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : ttagtcaaatttccattcattctgattTTATCAGTAATGAAATGTTT-ACT-GAT-T-----GC-T-CGATGAGTA---ATGGA--TA----GTCCCT---------G-----AGCC---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatcagtaatgaaatgtttactgattgctcgatgagtaatggatagtccctgagccctatcgtctattcatgaaaatgtggttgttcagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
gi|9 : ttagtcaaatttccattcattctgattatatctcctttagtcgccatggtattgaattataaaggtctctaatcatgtaaattcccacactgtccaatttccgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATA--TTAT-A------G-T-CCTCTGATCA-TTC-GT-GTAA--AATTTT--CCC--AACTGTC--AATTT-CCGTagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACAACATAGGATCTCCGTAATGGTGCAGTAAACGTGAACGTCAGAATATAAAAGAAAAAATCGGAGAGGGCTACATTATTGCAGCTAA
Unaligned ( gi|24 ): CTCCAGTTAATGGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATACTATGGAAAAAACAAAACAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TAAACGTCAGAATGAATTTTAAAAAAAAACAAAAACGGAGAGGCTACAGTATTGCAGCT
Unaligned ( gi|27 ): ACCCACACCATGAAACAAACAAAACAAAAGCACACCACATCGTCACGGAACAGGAC
Unaligned ( gi|31 ): CGTCAGATTAAAAACAATCGGGAGGGCTTACATTATTGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): ACCCCGACATCAAAAAACACAAGAAGGGGATAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATATCGGAGAGGGCAACATTATTGCAGCTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555 111111111 111111111 222222222222222 222222222222222222222222222 11111111 33333333
lowQualScore : 3 3 55 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 1 555 6666666666666 6 3 6 3 3 666 3 6 3 3 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 2 2 2 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333333333333 77777 111111111 2 111111111 2 0 2 5555 555 222222222222222 44 2 2 666666666666666666666666666 66666666 2 22222222 2 444 2
lowQualScore : . . .. . ............................................................................................... .. . ... ............. . . . . . ... . . . . . . ............................................................................................................................. . . . . . . . . . .................................. ..... ......... . ......... . . . .... ... ............... .. . . ........................... ........ . ........ . ... .
lowQualScore : 3 3 00 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 2 888 6666666666666 2 1 2 1 1 999 1 2 1 1 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 0 9 9 9 9 9 9 9 6666666666666666666666666666666666 11111 333333333 9 444444444 9 4 9 7777 000 888888888888888 22 7 7 999999999999999999999999999 11111111 9 77777777 7 777 7
consensus : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
Reference ( family-241 ) : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
gi|1 : CCGGA-CTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCAC
gi|1 : gCTCCTTTAACCGCCCTGATATGAA----TATA--A-A--GGT-A-CCTGAT-A-T-CATAGT-AAA---TAT-CCC-A-CGCCGTCC-AATT--CCGTCACttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|1 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttaTTAGTAGTAATGACATTTTTTACTTGAT-TT-TC-GCCT-CGATGAGTA---AAGGA--CA----GTCCCCT--------G-----AGCA---C-----T-AT---------TGTT-A-TTCATGATTCTGTGCGCTGT----TCTTTTGGAAA---TTTTTTTTTTTCACATGAAAT--CACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAACACTTTGTAGCATTAATA-T-A-CA-----TT-GGA---TCTCA-TT-AATGCACCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|10 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttCCGGA-CTACTT-ATTCC-CCGACTTTTAAA-TGGCCACCAC--TTCAACGCA--CATGA--TTACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCTCCTTTATT----CTGGTATTTAAGTTTATATTATA--G-TCC-TCTGATCATT-CGT-GT-AAAATTT-T-CCC-A--ACTGTCatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|11 : aacttcgtaaaggCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ATTTTTAAAATGGCTACATT--G-AAACGCATACA--A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTGAA--TTATA--A-AG-G-T-C-TCTGAC-A-T-CAT-GTAAAA---T-T-TCC-A-CACTGTCA-AATTT-CCGTCAC
gi|12 : aatATTACTAATAAAATGTTT-ACT-GGT-TT-TC-GC-T-CAATGAGTA---A--TAGTCA----A--------------TCCTTTAGCA---CAATAGT-AT---------CGTCTA-TTCGTGAAAATGTA-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CA--TGAAATTATACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAACACTCTCCAGCATTAATGTT-A-CA-----TT-GGA---CCTCAGCT-AATGCATCCATACCAT
gi|13 : CCGGAATTACTTTATTTG-CC-ACTCTTAAAACGGCCACCACTTG-AA-CGCA--CA-----TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTCAGTCACTGTGATAGTAAA--TCATA--A-AAGG-T---TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAAT--T-T-CCT-A-CACTGTggaaaaaacaaatcaagcacagcacatc
gi|14 : aatgAATCTTT-AAT-AAG-TT-TC-GC-T-C--TG--CT---A---A--CA----A--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-T----GAAAATGTG-GTTGT----TCTCTGGGAAA---TGC--------CATCTT--AT--TACTACCCATGCAT---------------TGTCATTAAATATTA--------TTAAATACTTTTGAACATTAATGTT-C-T------TT-TGA---TCTCAGTT-AATGTAACC
gi|15 : CCGGAACTATTTTAT--GACC-ACTTTGATAATGGCTACCAC--G-AAACGC-------A--TG------CAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTTCTTTAG-CGTCCTGGTAT--------------------------TGAT-A----AT-GT-AAA---T-T--CC-A-CACAGTCC-AATTTCCCGTCACccccccccccaacaactcgtcatttcgtcgcggaacaggacacacga
gi|16 : agTT-ACT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTA---AAGGA--CA----GTCCCT---------G-----AGCA---C-----T--T---------TGTCCA-
gi|16 : agtatttgTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTCAGATTTTGTAAACACTTTCTACCATCAAT---------------------------GTT-AATGCACACATGCCATgatttttcagattttgtaaacactttctaccatcaatgttaatgcacacatgccatggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|17 : agtatttgttactgatttttgctcgatgagtaaaggacagtccctgagcacttAGTATTT-ACT-AATGTT-TT-GC-TTCG--GA----------A--CA----G--------------G-----AGCA---T-----TTAT---------GGTCCAATTCACGAAGATGTG-GCTGTAGTGCGTCTAGAAAAAGTTTG--------CA-ATGCAAT--CACTGTCCA-G-AG---------------T-----------TTT--------GTAAATggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|18 : TGAACATTTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------TATG--AAAT--T------------------------------------------T--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTTAA-A------TT-TGT---TTTCAGTTGGGTG---TCATGCCATcaagttttgatcgttacatttagctaa
gi|19 : TTATTAGTAAT----------ACT-GAT-TTATC-GC-T-CGGTGAGTA---ATGGG--CA----GTCGTTGATTGGCTTG-----AGCAGTAC-----T-AT---------CGTCTA-TTCCTGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTT--------Cgaaacaaaacaaaacaaaagcacagcacatcgacacacgagt
gi|2 : gCCAGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGACCACCAC--G-AAA-----------------AGCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTTCCTTAATCACTCCGGTATAAAA--TTATA--A-AG-G-T-G-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-CTCACTGTCCTAATTT--TGTCACtccccacccccctttggt
gi|2 : gTTATTAGCAATGTAATACTT-ATT-GAT-TG-CC-GC-T-CGATTAACA---A--AA--CA----A--------------G-----CACA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATAAG-GTTGT----TCTTTATCAAA---TTA--------CA--TGAAAT--TACTGTCCA-T-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATTTTTTCTAGCATTAATGTT-ACC------TT-GGG---TCTCCGTT-AACGAACCCTTGTCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgttattagcaatgtaatacttattgattgccgctcgattaacaaaacaagcacattatcgtccattcatgaaaataaggttgttctttatcaaattacatgaaattactgtccatatttttgtaaattttttctagcattaatgttaccttgggtctccgttaacgaacccttgtcatgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|20 : gccagaactactttattcgccacttttaaaatgaccaccacgaaaagcacatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataccttccttaatcactccggtataaaattataaaggtgtctgatatcgtgtaaattcccctcactgtcctaattttgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgT----TCTTTGGGAAA---TGC----------TGTGCAAT--TACTGGCCA-G-ATATCATCAATTTTCTATAA---------TTT--------GTAAATTCTTTTTAGCATTAATGCT-A-CC-----TT-GGA---TATCAGTT-AATGTACCCATACCATgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|21 : TTATTAGCAATGTA-TCTTT-AAT-AAT-TT-TTTGC-T-TAATGA----------A--CG----G--------------G-----A--A---T-----T-AT---------CATCCA-T----GAAATTGTT-GTTGT----TCTGTAGGAAA---TGC--------TATGC--AAT--TACTGGCCA-G-AT---------------gaaaacatg
gi|22 : TTAATGTT-A-CC-----TT-GAA---TCTCAGTA-AATGCATCCATACCAT
gi|26 : ------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgagaaaaaaacccaccccaaaaccaaaacaaaagcacaccacatcgtcgcga
gi|28 : acaCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACATTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--Cgggggaaaaacaaaggcacggaaca
gi|29 : aaagCTGGGACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAACGGCCACCAC--G-AAACGCA--C
gi|3 : cgCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAGATGACTACCAC--G-AAATGCG--CAT-G--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--CCCCCCAATAGTCTCTCTGGTATTAAA--TTATA--ATG--G-T-C-TCTACT-A-T-CGT-GT-AAA---T-TCCCC-A-CGCTGT
gi|3 : tcgtacagTATAAGAAATGTAATATTT-ACT-AAT-TT-TC-GC-T-CAATGAACA---G--AG--CA----G--------------G-----AGCA---T-----A-AT---------T-TCCA-TTTCTAAAAAGGTG-GTTGC----TCTTTGCAAAA---TTC--------CATG--AAAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAGTGTT-ACC------TT-GGT---TCTTAGTT-AATGCACCAATtaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatataagaaatgtaatatttactaattttcgctcaatgaacagagcaggagcataatttccatttctaaaaaggtggttgctctttgcaaaattccatgaaattgctgtccagatttttgtaaatactttctagcattagtgttaccttggttcttagttaatgcaccaattgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|30 : tcgtacagccggaactactttattcgccacttttaagatgactaccacgaaatgcgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccccccaatagtctctctggtattaaattataatggtctctactatcgtgtaaattccccacgctgttaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaCCGGAACTACTTTATTCA-CC-AATTTTAAAATGGTTACCAC--G-AAACGCA--tgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|4 : GAACTACTTTATTCG-TC-ACTTTTAAAATGGGCATCAC--G-AAAC-----------------ACACACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTTGTATGA-----------------------CTGAT-A-TCCGT-AT-AAAT--T-T-CCC-A-CGCTGCCT-AATTT-CCTTCACt
gi|4 : TTATTAGCAATGTAATATGT-ACA-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAACA---G--GA--CA----G--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTTATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGT--AAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTTGCA-TA--GTT-A-C------CTAGGAATTCCTCAGTT-AATCCACCCATGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaatgtaatatgtacagattttcgctcgatgaacaggacaggagcattatcgtccatttatgaaaatgtggttgttctttggaaaattccatgtaattgctgtccagatttttgtaaatactttcttgcatagttacctaggaattcctcagttaatccacccatgccatgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|5 : gaactactttattcgtcacttttaaaatgggcatcacgaaacacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacctcctttagtcgcccttgtatgactgatatccgtataaatttcccacgctgcctaatttccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--A-AAACGCA--CA--AGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCACCCTGGTATTAAA--TTATG--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-GGT-GT-AAA---T-------G-GA-TGTCC-AATTT-TCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACCAATGTAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CAATAAACA---A--GA--CT----G--------------G-----AGCA---T-----A-AC---------CGTCCA-TGCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTCTAGAAAA---TTT--------CATGTGCAAT--TTCTGTCCC-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A--------TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|6 : aAAG--TTATAT-A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CAT-GT-AAA---T-TTCCC-A-CATTGTCC-AATTT-CCGTCAC
gi|6 : TTATTAGCAACG-AATATTT-AGT-TAT-TT-TT-GT-T-CGATCATCATCAA--GA--CATGCAA--------------G-----AGCA---T-----T-ATATTTATCATCGTCCA-TTTATGAAAAACT-----------TCTATAGAAAA---TTC--------TATAC--------ACTGTCTA-A-AT---------------T-----------TTT--------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTG-A-CCTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCANAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacccanattttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|6 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCA-N-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTT-A-CTTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCATGCCATttttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacTAAT--TTATA--A-G--GGT-C-TCTGAT-A-T-CAT-GT-AAA---T-T-CCCCA-CACTGTCC-AATTT-TCGTCACgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : ataTTATTAGTAATGAAATGTTT-TCT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTA---ATGGA--CA----GTCCCT---------G-----CGCA---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTCT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CA--TGAAAT--CACTGTCCA-T-AA---------------T-----------TGT--------GTACACACTTTCTAGTAATAATGTC-A-CA-----TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCA-CCATACCATaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagtaatgaaatgttttctgatttttgctcgatgagtaatggacagtccctgcgcactatcgtctattcatgaaaatgtggttcttctttggaaaattccatgaaatcactgtccataattgtgtacacactttctagtaataatgtcacattgggtctcagttaatgcaccataccatgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : atataatttataagggtctctgatatcatgtaaattccccacactgtccaattttcgtcacaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTAT--ATCTCCTTTAGTCGCCATGGTATTGAA--TTATA--A-AG-G-T-C-TCTA---A-T-CAT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : ttagtcaaatttccattcattctgatTTATCAGTAATGAAATGTTT-ACT-GAT-T-----GC-T-CGATGAGTA---ATGGA--TA----GTCCCT---------G-----AGCC---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatcagtaatgaaatgtttactgattgctcgatgagtaatggatagtccctgagccctatcgtctattcatgaaaatgtggttgttcagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
gi|9 : ttagtcaaatttccattcattctgattatatctcctttagtcgccatggtattgaattataaaggtctctaatcatgtaaattcccacactgtccaatttccgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATA--TTATA-------G-T-CCTCTGATCA-TTCGT-GT-AAAATTT-T-CCC-A--ACTGTC--AATTT-CCGTagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACAACATAGGATCTCCGTAATGGTGCAGTAAACGTGAACGTCAGAATATAAAAGAAAAAATCGGAGAGGGCTACATTATTGCAGCTAA
Unaligned ( gi|24 ): CTCCAGTTAATGGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATACTATGGAAAAAACAAAACAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TAAACGTCAGAATGAATTTTAAAAAAAAACAAAAACGGAGAGGCTACAGTATTGCAGCT
Unaligned ( gi|27 ): ACCCACACCATGAAACAAACAAAACAAAAGCACACCACATCGTCACGGAACAGGAC
Unaligned ( gi|31 ): CGTCAGATTAAAAACAATCGGGAGGGCTTACATTATTGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): ACCCCGACATCAAAAAACACAAGAAGGGGATAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATATCGGAGAGGGCAACATTATTGCAGCTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555555555555555555555555555 111111111 111111111 222222222222222 222222222222222222222222222 11111111 33333333
lowQualScore : 3 3 55 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 1 555 6666666666666 6 3 6 3 3 666 3 6 3 3 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 2 2 2 2 2 2 2 2 3333333333333333333333333333333333 77777 111111111 2 111111111 2 0 2 5555 555 222222222222222 44 2 2 666666666666666666666666666 66666666 2 22222222 2 444 2
lowQualScore : . . .. . ............................................................................................... .. . ... ............. . . . . . ... . . . . . . ............................................................................................................................. . . . . . . . . . .................................. ..... ......... . ......... . . . .... ... ............... .. . . ........................... ........ . ........ . ... .
lowQualScore : 3 3 00 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 2 888 6666666666666 2 1 2 1 1 999 1 2 1 1 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 0 9 9 9 9 9 9 9 6666666666666666666666666666666666 11111 333333333 9 444444444 9 4 9 7777 000 888888888888888 22 7 7 999999999999999999999999999 11111111 9 77777777 7 777 7
consensus : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
Reference ( family-241 ) : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
gi|1 : CCGGA-CTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCAC
gi|1 : gCTCCTTTAACCGCCCTGATATGAA----TATA--A-A--GGT-A-CCTGAT-A-T-CATAGT-AAA---TAT-CCC-A-CGCCGTCC-AATT--CCGTCACttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|1 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttaTTAGTAGTAATGACATTTTTTACTTGAT-TT-TC-GCCT-CGATGAGTA---AAGGA--CA----GTCCCCT--------G-----AGCA---C-----T-AT---------TGTT-A-TTCATGATTCTGTGCGCTGT----TCTTTTGGAAA---TTTTTTTTTTTCACATGAAAT--CACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAACACTTTGTAGCATTAATA-T-A-CA-----TT-GGA---TCTCA-TT-AATGCACCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|10 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttCCGGA-CTACTT-ATTCC-CCGACTTTTAAA-TGGCCACCAC--TTCAACGCA--CATGA--TTACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCTCCTTTATT----CTGGTATTTAAGTTTATATTATA--G-TCC-TCTGATCATT-CGT-GT-AAAATTT-T-CCC-A--ACTGTCatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|11 : aacttcgtaaaggCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ATTTTTAAAATGGCTACATT--G-AAACGCATACA--A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTGAA--TTATA--A-AG-G-T-C-TCTGAC-A-T-CAT-GTAAAA---T-T-TCC-A-CACTGTCA-AATTT-CCGTCAC
gi|12 : aatATTACTAATAAAATGTTT-ACT-GGT-TT-TC-GC-T-CAATGAGTA---A--TAGTCA----A--------------TCCTTTAGCA---CAATAGT-AT---------CGTCTA-TTCGTGAAAATGTA-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CA--TGAAATTATACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAACACTCTCCAGCATTAATGTT-A-CA-----TT-GGA---CCTCAGCT-AATGCATCCATACCAT
gi|13 : CCGGAATTACTTTATTTG-CC-ACTCTTAAAACGGCCACCACTTG-AA-CGCA--CA-----TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTCAGTCACTGTGATAGTAAA--TCATA--A-AAGG-T---TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAAT--T-T-CCT-A-CACTGTggaaaaaacaaatcaagcacagcacatc
gi|14 : aatgAATCTTT-AAT-AAG-TT-TC-GC-T-C--TG--CT---A---A--CA----A--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-T----GAAAATGTG-GTTGT----TCTCTGGGAAA---TGC--------CATCTT--AT--TACTACCCATGCAT---------------TGTCATTAAATATTA--------TTAAATACTTTTGAACATTAATGTT-C-T------TT-TGA---TCTCAGTT-AATGTAACC
gi|15 : CCGGAACTATTTTAT--GACC-ACTTTGATAATGGCTACCAC--G-AAACGC-------A--TG------CAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTTCTTTAG-CGTCCTGGTAT--------------------------TGAT-A----AT-GT-AAA---T-T--CC-A-CACAGTCC-AATTTCCCGTCACccccccccccaacaactcgtcatttcgtcgcggaacaggacacacga
gi|16 : agTT-ACT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTA---AAGGA--CA----GTCCCT---------G-----AGCA---C-----T--T---------TGTCCA-
gi|16 : agtatttgTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTCAGATTTTGTAAACACTTTCTACCATCAAT---------------------------GTT-AATGCACACATGCCATgatttttcagattttgtaaacactttctaccatcaatgttaatgcacacatgccatggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|17 : agtatttgttactgatttttgctcgatgagtaaaggacagtccctgagcacttAGTATTT-ACT-AATGTT-TT-GC-TTCG--GA----------A--CA----G--------------G-----AGCA---T-----TTAT---------GGTCCAATTCACGAAGATGTG-GCTGTAGTGCGTCTAGAAAAAGTTTG--------CA-ATGCAAT--CACTGTCCA-G-AG---------------T-----------TTT--------GTAAATggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|18 : TGAACATTTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------TATG--AAAT--T------------------------------------------T--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTTAA-A------TT-TGT---TTTCAGTTGGGTG---TCATGCCATcaagttttgatcgttacatttagctaa
gi|19 : TTATTAGTAAT----------ACT-GAT-TTATC-GC-T-CGGTGAGTA---ATGGG--CA----GTCGTTGATTGGCTTG-----AGCAGTAC-----T-AT---------CGTCTA-TTCCTGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTT--------Cgaaacaaaacaaaacaaaagcacagcacatcgacacacgagt
gi|2 : gCCAGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGACCACCAC--G-AAA-----------------AGCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTTCCTTAATCACTCCGGTATAAAA--TTATA--A-AG-G-T-G-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-CTCACTGTCCTAATTT--TGTCACtccccacccccctttggt
gi|2 : gTTATTAGCAATGTAATACTT-ATT-GAT-TG-CC-GC-T-CGATTAACA---A--AA--CA----A--------------G-----CACA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATAAG-GTTGT----TCTTTATCAAA---TTA--------CA--TGAAAT--TACTGTCCA-T-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATTTTTTCTAGCATTAATGTT-ACC------TT-GGG---TCTCCGTT-AACGAACCCTTGTCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgttattagcaatgtaatacttattgattgccgctcgattaacaaaacaagcacattatcgtccattcatgaaaataaggttgttctttatcaaattacatgaaattactgtccatatttttgtaaattttttctagcattaatgttaccttgggtctccgttaacgaacccttgtcatgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|20 : gccagaactactttattcgccacttttaaaatgaccaccacgaaaagcacatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataccttccttaatcactccggtataaaattataaaggtgtctgatatcgtgtaaattcccctcactgtcctaattttgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgT----TCTTTGGGAAA---TGC----------TGTGCAAT--TACTGGCCA-G-ATATCATCAATTTTCTATAA---------TTT--------GTAAATTCTTTTTAGCATTAATGCT-A-CC-----TT-GGA---TATCAGTT-AATGTACCCATACCATgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|21 : TTATTAGCAATGTA-TCTTT-AAT-AAT-TT-TTTGC-T-TAATGA----------A--CG----G--------------G-----A--A---T-----T-AT---------CATCCA-T----GAAATTGTT-GTTGT----TCTGTAGGAAA---TGC--------TATGC--AAT--TACTGGCCA-G-AT---------------gaaaacatg
gi|22 : TTAATGTT-A-CC-----TT-GAA---TCTCAGTA-AATGCATCCATACCAT
gi|26 : ------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgagaaaaaaacccaccccaaaaccaaaacaaaagcacaccacatcgtcgcga
gi|28 : acaCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACATTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--Cgggggaaaaacaaaggcacggaaca
gi|29 : aaagCTGGGACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAACGGCCACCAC--G-AAACGCA--C
gi|3 : cgCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAGATGACTACCAC--G-AAATGCG--CAT-G--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--CCCCCCAATAGTCTCTCTGGTATTAAA--TTATA--ATG--G-T-C-TCTACT-A-T-CGT-GT-AAA---T-TCCCC-A-CGCTGT
gi|3 : tcgtacagTATAAGAAATGTAATATTT-ACT-AAT-TT-TC-GC-T-CAATGAACA---G--AG--CA----G--------------G-----AGCA---T-----A-AT---------T-TCCA-TTTCTAAAAAGGTG-GTTGC----TCTTTGCAAAA---TTC--------CATG--AAAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAGTGTT-ACC------TT-GGT---TCTTAGTT-AATGCACCAATtaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatataagaaatgtaatatttactaattttcgctcaatgaacagagcaggagcataatttccatttctaaaaaggtggttgctctttgcaaaattccatgaaattgctgtccagatttttgtaaatactttctagcattagtgttaccttggttcttagttaatgcaccaattgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|30 : tcgtacagccggaactactttattcgccacttttaagatgactaccacgaaatgcgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccccccaatagtctctctggtattaaattataatggtctctactatcgtgtaaattccccacgctgttaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaCCGGAACTACTTTATTCA-CC-AATTTTAAAATGGTTACCAC--G-AAACGCA--tgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|4 : GAACTACTTTATTCG-TC-ACTTTTAAAATGGGCATCAC--G-AAAC-----------------ACACACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTTGTATGA-----------------------CTGAT-A-TCCGT-AT-AAAT--T-T-CCC-A-CGCTGCCT-AATTT-CCTTCACt
gi|4 : TTATTAGCAATGTAATATGT-ACA-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAACA---G--GA--CA----G--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTTATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGT--AAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTTGCA-TA--GTT-A-C------CTAGGAATTCCTCAGTT-AATCCACCCATGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaatgtaatatgtacagattttcgctcgatgaacaggacaggagcattatcgtccatttatgaaaatgtggttgttctttggaaaattccatgtaattgctgtccagatttttgtaaatactttcttgcatagttacctaggaattcctcagttaatccacccatgccatgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|5 : gaactactttattcgtcacttttaaaatgggcatcacgaaacacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacctcctttagtcgcccttgtatgactgatatccgtataaatttcccacgctgcctaatttccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--A-AAACGCA--CA--AGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCACCCTGGTATTAAA--TTATG--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-GGT-GT-AAA---T-------G-GA-TGTCC-AATTT-TCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACCAATGTAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CAATAAACA---A--GA--CT----G--------------G-----AGCA---T-----A-AC---------CGTCCA-TGCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTCTAGAAAA---TTT--------CATGTGCAAT--TTCTGTCCC-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A--------TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|6 : aAAG--TTATAT-A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CAT-GT-AAA---T-TTCCC-A-CATTGTCC-AATTT-CCGTCAC
gi|6 : TTATTAGCAACG-AATATTT-AGT-TAT-TT-TT-GT-T-CGATCATCATCAA--GA--CATGCAA--------------G-----AGCA---T-----T-ATATTTATCATCGTCCA-TTTATGAAAAACT-----------TCTATAGAAAA---TTC--------TATAC--------ACTGTCTA-A-AT---------------T-----------TTT--------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTG-A-CCTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCANAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacccanattttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|6 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCA-N-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTT-A-CTTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCATGCCATttttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacTAAT--TTATA--A-G--GGT-C-TCTGAT-A-T-CAT-GT-AAA---T-T-CCCCA-CACTGTCC-AATTT-TCGTCACgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : ataTTATTAGTAATGAAATGTTT-TCT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTA---ATGGA--CA----GTCCCT---------G-----CGCA---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTCT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CA--TGAAAT--CACTGTCCA-T-AA---------------T-----------TGT--------GTACACACTTTCTAGTAATAATGTC-A-CA-----TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCA-CCATACCATaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagtaatgaaatgttttctgatttttgctcgatgagtaatggacagtccctgcgcactatcgtctattcatgaaaatgtggttcttctttggaaaattccatgaaatcactgtccataattgtgtacacactttctagtaataatgtcacattgggtctcagttaatgcaccataccatgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : atataatttataagggtctctgatatcatgtaaattccccacactgtccaattttcgtcacaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTAT--ATCTCCTTTAGTCGCCATGGTATTGAA--TTATA--A-AG-G-T-C-TCTA---A-T-CAT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : ttagtcaaatttccattcattctgatTTATCAGTAATGAAATGTTT-ACT-GAT-T-----GC-T-CGATGAGTA---ATGGA--TA----GTCCCT---------G-----AGCC---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatcagtaatgaaatgtttactgattgctcgatgagtaatggatagtccctgagccctatcgtctattcatgaaaatgtggttgttcagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
gi|9 : ttagtcaaatttccattcattctgattatatctcctttagtcgccatggtattgaattataaaggtctctaatcatgtaaattcccacactgtccaatttccgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATA--TTATA-------G-T-CCTCTGATCA-TTCGT-GT-AAAATTT-T-CCC-A--ACTGTC--AATTT-CCGTagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
blockSeqs : A G TT . ATACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T AGT TTATAGTCC C T C . A ATT . C C T T C A G . . G A T . T GTAATGGGCAGTCGTTGATTGGCTT CCTTT CAATAG T ATTTATCAT A . AGTG AGT CATGTGC TA T C ATCATCAATTTTCTATAA CAGATTTT A CCTTAAA A ATT G
blockSeqs : . . . . ACAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T A AAGGTC C . T . . ATT . T . . . . T C . . . . . . . GTAAAGGACAGTCCCT . GTAC . . . . . . CATCTT . . . TGTCATTAAATA T . CTTTAAA . . .
blockSeqs : . . . . GCATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T A AAAGGT . . . . . T . . . . . . T A . . . . . . . TCATCAAGACATGCAA . T . . . . . . CAATGC . . . T . . CA . . .
blockSeqs : . . . . ACATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A A AAGGTG . . . . . T . . . . . . T A . . . . . . . GTAATGGACAGTCCCT . C . . . . . . CATGA . . . T . . CC . . .
blockSeqs : . . . . AGCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T A ATGGTC . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . GTAATGGATAGTCCCT . T . . . . . . TATGA . . . T . . CC . . .
blockSeqs : . . . . ATGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G A TAAGTC . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . GTAATAGTCAA . T . . . . . . CATGA . . . T . . CC . . .
blockSeqs : . . . . ACACACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T G AGGGTC . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . ACAAAACAA . T . . . . . . TGTGC . . . T . . CC . . .
blockSeqs : . . . . . T T AAGGTC . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . ACAGAGCAG . T . . . . . . TATGC . . . T . . CA . . .
blockSeqs : . . . . T A AAGTC . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . ACAGGACAG . T . . . . . . CATGA . . . T . . T . . .
blockSeqs : . . . . T A GTCC . . . . . . . . . . . G . . . . . . . ACAAGACTG . T . . . . . . CATGT . . . T . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . CTAACAA . T . . . . . . TATAC . . . T . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACAG . C . . . . . . CATGA . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . ACGG . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** A** GTAAGGACAG************************ CATGA********** ********
originalCons : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGCA---A--GA--CA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC--------CATGTGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
finalCons : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGTAAGGACAG------------------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTCCATGA----------AAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACAACATAGGATCTCCGTAATGGTGCAGTAAACGTGAACGTCAGAATATAAAAGAAAAAATCGGAGAGGGCTACATTATTGCAGCTAA
Unaligned ( gi|24 ): CTCCAGTTAATGGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATACTATGGAAAAAACAAAACAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TAAACGTCAGAATGAATTTTAAAAAAAAACAAAAACGGAGAGGCTACAGTATTGCAGCT
Unaligned ( gi|27 ): ACCCACACCATGAAACAAACAAAACAAAAGCACACCACATCGTCACGGAACAGGAC
Unaligned ( gi|31 ): CGTCAGATTAAAAACAATCGGGAGGGCTTACATTATTGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): ACCCCGACATCAAAAAACACAAGAAGGGGATAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATATCGGAGAGGGCAACATTATTGCAGCTAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555555555555 111111111 111111111 1111111111 222222222222222222222222222 11111111 33333333
lowQualScore : 3 3 55 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66 1 555 6666666666666 6 3 6 3 3 666 3 6 3 3 4 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 2 2 2 2 2 2 2 2 22222222222222222222222222222222 77777 111111111 2 111111111 2 0 2 5555 555 2222222222 77 6 44 2 2 666666666666666666666666666 66666666 2 22222222 2 444 2
lowQualScore : . . .. . ............................................................................................... .. . ... ............. . . . . . ... . . . . . . ............................................................................................................................. . . . . . . . . . ................................ ..... ......... . ......... . . . .... ... .......... .. . .. . . ........................... ........ . ........ . ... .
lowQualScore : 3 3 00 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 2 888 6666666666666 2 1 2 1 1 999 1 2 1 1 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 0 9 9 9 9 9 9 9 66666666666666666666666666666666 11111 333333333 9 444444444 9 4 9 7777 000 5555555555 33 2 22 7 7 999999999999999999999999999 11111111 9 77777777 7 777 7
consensus : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGT-A--A-GGACA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC----------CA--TGNAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
Reference ( family-241 ) : NCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--CA--A--TGACANCACANGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTAAA--TTATA--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTAGCAATGNAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAGT-A--A-GGACA----G--------------G-----AGCA---C-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC----------CA--TGAAAT--TACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A-C------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCAT
gi|1 : CCGGA-CTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCAC
gi|1 : gCTCCTTTAACCGCCCTGATATGAA----TATA--A-A--GGT-A-CCTGAT-A-T-CATAGT-AAA---TAT-CCC-A-CGCCGTCC-AATT--CCGTCACttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|1 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttaTTAGTAGTAATGACATTTTTTACTTGAT-TT-TC-GCCT-CGATGAGT-A--AAGGACA----GTCCCCT--------G-----AGCA---C-----T-AT---------TGTT-A-TTCATGATTCTGTGCGCTGT----TCTTTTGGAAA---TTTTTTTTTTTCACA--TGAAAT--CACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAACACTTTGTAGCATTAATA-T-A-CA-----TT-GGA---TCTCA-TT-AATGCACCacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttttagtagtaatgacattttttacttgattttcgcctcgatgagtaaaggacagtcccctgagcactattgttattcatgattctgtgcgctgttcttttggaaatttttttttttcacatgaaatcactgtccagattttttgtaaacactttgtagcattaatatacattggatctcattaatgcaccatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|10 : gccggactactttattcgccacttttaaaatggccacttatatatacaaaaggaatatgtccagttggtctgaaggtggaaagtctatttgctgcgcgataaatagcttaccttcaatttatttagtcacaaattcccttcattcctgatttgttactcctttaaccgccctgatatgaatataaaggtacctgatatcatagtaaatatcccacgccgtccaattccgtcacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtttCCGGA-CTACTT-ATTCC-CCGACTTTTAAA-TGGCCACCAC--TTCAACGCA--CATGA--TTACATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCTCCTTTATT----CTGGTATTTAAGTTTATATTATA--G-TCC-TCTGATCATT-CGT-GT-AAAATTT-T-CCC-A--ACTGTCatttccatgggggaaaacccccaaaaacaaaaaacaaaatcaagcacatcggacaca
gi|11 : aacttcgtaaaggCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ATTTTTAAAATGGCTACATT--G-AAACGCATACA--A--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTGGTATTGAA--TTATA--A-AG-G-T-C-TCTGAC-A-T-CAT-GTAAAA---T-T-TCC-A-CACTGTCA-AATTT-CCGTCAC
gi|12 : aatATTACTAATAAAATGTTT-ACT-GGT-TT-TC-GC-T-CAATGAGT-A--ATAGTCA----A--------------TCCTTTAGCA---CAATAGT-AT---------CGTCTA-TTCGTGAAAATGTA-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC----------CA--TGAAATTATACTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAACACTCTCCAGCATTAATGTT-A-CA-----TT-GGA---CCTCAGCT-AATGCATCCATACCAT
gi|13 : CCGGAATTACTTTATTTG-CC-ACTCTTAAAACGGCCACCACTTG-AA-CGCA--CA-----TGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTCAGTCACTGTGATAGTAAA--TCATA--A-AAGG-T---TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAAT--T-T-CCT-A-CACTGTggaaaaaacaaatcaagcacagcacatc
gi|14 : aatgAATCTTT-AAT-AAG-TT-TC-GC-T-C--TGC-T-A--A----CA----A--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-T----GAAAATGTG-GTTGT----TCTCTGGGAAA---TGC----------CA--TCTTAT--TACTACCCATGCAT---------------TGTCATTAAATATTA--------TTAAATACTTTTGAACATTAATGTT-C-T------TT-TGA---TCTCAGTT-AATGTAACC
gi|15 : CCGGAACTATTTTAT--GACC-ACTTTGATAATGGCTACCAC--G-AAACGC-------A--TG------CAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAT--ACCTTCTTTAG-CGTCCTGGTAT--------------------------TGAT-A----AT-GT-AAA---T-T--CC-A-CACAGTCC-AATTTCCCGTCACccccccccccaacaactcgtcatttcgtcgcggaacaggacacacga
gi|16 : agTT-ACT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGTAA--A-GGACA----GTCCCT---------G-----AGCA---C-----T--T---------TGTCCA-
gi|16 : agtatttgTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTTCAGATTTTGTAAACACTTTCTACCATCAAT---------------------------GTT-AATGCACACATGCCATgatttttcagattttgtaaacactttctaccatcaatgttaatgcacacatgccatggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|17 : agtatttgttactgatttttgctcgatgagtaaaggacagtccctgagcacttAGTATTT-ACT-AATGTT-TT-GC-TTCG------------GAACA----G--------------G-----AGCA---T-----TTAT---------GGTCCAATTCACGAAGATGTG-GCTGTAGTGCGTCTAGAAAAAGTTTG----------CAA-TGCAAT--CACTGTCCA-G-AG---------------T-----------TTT--------GTAAATggggaaaaaaatccaaacaaacaaaacaaaagcacagcacatcaacaca
gi|18 : TGAACATTTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC----------TA--TGAAA--------------------------------------------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTTAA-A------TT-TGT---TTTCAGTTGGGTG---TCATGCCATcaagttttgatcgttacatttagctaa
gi|19 : TTATTAGTAAT----------ACT-GAT-TTATC-GC-T-CGGTGAGT-A--ATGGGCA----GTCGTTGATTGGCTTG-----AGCAGTAC-----T-AT---------CGTCTA-TTCCTGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTT----------Cgaaacaaaacaaaacaaaagcacagcacatcgacacacgagt
gi|2 : gCCAGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGACCACCAC--G-AAA-----------------AGCACATGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTTCCTTAATCACTCCGGTATAAAA--TTATA--A-AG-G-T-G-TCTGAT-A-T-CGT-GT-AAA---T-T-CCC-CTCACTGTCCTAATTT--TGTCACtccccacccccctttggt
gi|2 : gTTATTAGCAATGTAATACTT-ATT-GAT-TG-CC-GC-T-CGATTAAC-A--A-A-ACA----A--------------G-----CACA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTCATGAAAATAAG-GTTGT----TCTTTATCAAA---TTA----------CA--TGAAAT--TACTGTCCA-T-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATTTTTTCTAGCATTAATGTT-ACC------TT-GGG---TCTCCGTT-AACGAACCCTTGTCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgttattagcaatgtaatacttattgattgccgctcgattaacaaaacaagcacattatcgtccattcatgaaaataaggttgttctttatcaaattacatgaaattactgtccatatttttgtaaattttttctagcattaatgttaccttgggtctccgttaacgaacccttgtcatgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|20 : gccagaactactttattcgccacttttaaaatgaccaccacgaaaagcacatggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataccttccttaatcactccggtataaaattataaaggtgtctgatatcgtgtaaattcccctcactgtcctaattttgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtatgT----TCTTTGGGAAA---TGC----------TG--TGCAAT--TACTGGCCA-G-ATATCATCAATTTTCTATAA---------TTT--------GTAAATTCTTTTTAGCATTAATGCT-A-CC-----TT-GGA---TATCAGTT-AATGTACCCATACCATgaaaagacaaaaatcaacagcacagcacatcgacacacga
gi|21 : TTATTAGCAATGTA-TCTTT-AAT-AAT-TT-TTTGC-T-TAATGA----------ACG----G--------------G-----A--A---T-----T-AT---------CATCCA-T----GAAATTGTT-GTTGT----TCTGTAGGAAA---TGC----------TA--TGCAAT--TACTGGCCA-G-AT---------------gaaaacatg
gi|22 : TTAATGTT-A-CC-----TT-GAA---TCTCAGTA-AATGCATCCATACCAT
gi|26 : ------TT-GGA---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgagaaaaaaacccaccccaaaaccaaaacaaaagcacaccacatcgtcgcga
gi|28 : acaCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACATTTAAAATGGCCACCAC--G-AAACGCA--Cgggggaaaaacaaaggcacggaaca
gi|29 : aaagCTGGGACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAACGGCCACCAC--G-AAACGCA--C
gi|3 : cgCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAGATGACTACCAC--G-AAATGCG--CAT-G--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--CCCCCCAATAGTCTCTCTGGTATTAAA--TTATA--ATG--G-T-C-TCTACT-A-T-CGT-GT-AAA---T-TCCCC-A-CGCTGT
gi|3 : tcgtacagTATAAGAAATGTAATATTT-ACT-AAT-TT-TC-GC-T-CAATGAAC-A--G-AG-CA----G--------------G-----AGCA---T-----A-AT---------T-TCCA-TTTCTAAAAAGGTG-GTTGC----TCTTTGCAAAA---TTC----------CA--TGAAAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAGTGTT-ACC------TT-GGT---TCTTAGTT-AATGCACCAATtaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatataagaaatgtaatatttactaattttcgctcaatgaacagagcaggagcataatttccatttctaaaaaggtggttgctctttgcaaaattccatgaaattgctgtccagatttttgtaaatactttctagcattagtgttaccttggttcttagttaatgcaccaattgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|30 : tcgtacagccggaactactttattcgccacttttaagatgactaccacgaaatgcgcatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatccccccaatagtctctctggtattaaattataatggtctctactatcgtgtaaattccccacgctgttaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaCCGGAACTACTTTATTCA-CC-AATTTTAAAATGGTTACCAC--G-AAACGCA--tgtatcgtattatctaaaccaaaccaataacaacacgt
gi|4 : GAACTACTTTATTCG-TC-ACTTTTAAAATGGGCATCAC--G-AAAC-----------------ACACACGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCGCCCTTGTATGA-----------------------CTGAT-A-TCCGT-AT-AAAT--T-T-CCC-A-CGCTGCCT-AATTT-CCTTCACt
gi|4 : TTATTAGCAATGTAATATGT-ACA-GAT-TT-TC-GC-T-CGATGAAC-A----GGACA----G--------------G-----AGCA---T-----T-AT---------CGTCCA-TTTATGAAAATGTG-GTTGT----TCTTTGGAAAA---TTC----------CA--TGTAAT--TGCTGTCCA-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTTGCA-TA--GTT-A-C------CTAGGAATTCCTCAGTT-AATCCACCCATGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaatgtaatatgtacagattttcgctcgatgaacaggacaggagcattatcgtccatttatgaaaatgtggttgttctttggaaaattccatgtaattgctgtccagatttttgtaaatactttcttgcatagttacctaggaattcctcagttaatccacccatgccatgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|5 : gaactactttattcgtcacttttaaaatgggcatcacgaaacacacacgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatacctcctttagtcgcccttgtatgactgatatccgtataaatttcccacgctgcctaatttccttcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCGGAACTACTTTATTCG-CC-ACTTTTAAAATGGCCACCAC--A-AAACGCA--CA--AGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--ACCTCCTTTAGTCACCCTGGTATTAAA--TTATG--A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-GGT-GT-AAA---T-------G-GA-TGTCC-AATTT-TCGTCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATAACCAATGTAATATTT-ACT-GAT-TT-TC-GC-T-CAATAAAC-A--A-G-ACT----G--------------G-----AGCA---T-----A-AC---------CGTCCA-TGCATGAAAATGTG-GTTGT----TCTCTAGAAAA---TTT----------CATGTGCAAT--TTCTGTCCC-G-AT---------------T-----------TTT--------GTAAATACTTTCTAGCATTAATGTT-A--------TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCACCCATACCATgaaaaaaaaagcacagtacatcgacacacaagtcggg
gi|6 : aAAG--TTATAT-A-A--G-T-C-TCTGAT-A-T-CAT-GT-AAA---T-TTCCC-A-CATTGTCC-AATTT-CCGTCAC
gi|6 : TTATTAGCAACG-AATATTT-AGT-TAT-TT-TT-GT-T-CGATCATC-ATCA-AGACATGCAA--------------G-----AGCA---T-----T-ATATTTATCATCGTCCA-TTTATGAAAAACT-----------TCTATAGAAAA---TTC----------TA--TA------CACTGTCTA-A-AT---------------T-----------TTT--------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTG-A-CCTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCANAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacccanattttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|6 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngCCA-N-AT---------------T-----------TTTT-------GTAAAAACATTTTAGCATTAATGTT-A-CTTTAAATT-GGA---TCTCAGTT-AGTGCACCCATGCCATttttttgtaaaaacattttagcattaatgttactttaaattggatctcagttagtgcacccatgccatgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : aagttatataagtctctgatatcatgtaaatttcccacattgtccaatttccgtcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagcaacgaatatttagttatttttgttcgatcatcatcaagacatgcaagagcattatatttatcatcgtccatttatgaaaaacttctatagaaaattctatacactgtctaaatttttgtaaaaacattttagcattaatgtgaccttaaattggatctcagttagtgcacTAAT--TTATA--A-G--GGT-C-TCTGAT-A-T-CAT-GT-AAA---T-T-CCCCA-CACTGTCC-AATTT-TCGTCACgaaaaacaaatcaaaactagagcacagcacatcgacactcgagtt
gi|7 : ataTTATTAGTAATGAAATGTTT-TCT-GAT-TT-TT-GC-T-CGATGAGT-A--ATGGACA----GTCCCT---------G-----CGCA---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTCT----TCTTTGGAAAA---TTC----------CA--TGAAAT--CACTGTCCA-T-AA---------------T-----------TGT--------GTACACACTTTCTAGTAATAATGTC-A-CA-----TT-GGG---TCTCAGTT-AATGCA-CCATACCATaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttattagtaatgaaatgttttctgatttttgctcgatgagtaatggacagtccctgcgcactatcgtctattcatgaaaatgtggttcttctttggaaaattccatgaaatcactgtccataattgtgtacacactttctagtaataatgtcacattgggtctcagttaatgcaccataccatgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : atataatttataagggtctctgatatcatgtaaattccccacactgtccaattttcgtcacaactttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTAT--ATCTCCTTTAGTCGCCATGGTATTGAA--TTATA--A-AG-G-T-C-TCTA---A-T-CAT-GT-AAA---T-T-CCC-A-CACTGTCC-AATTT-CCGgggaaaaaacaaatcaagaccaaagcacagcacatcgacaa
gi|8 : ttagtcaaatttccattcattctgatTTATCAGTAATGAAATGTTT-ACT-GAT-T-----GC-T-CGATGAGT-A--ATGGATA----GTCCCT---------G-----AGCC---C-----T-AT---------CGTCTA-TTCATGAAAATGTG-GTTGT----TCaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttatcagtaatgaaatgtttactgattgctcgatgagtaatggatagtccctgagccctatcgtctattcatgaaaatgtggttgttcagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
gi|9 : ttagtcaaatttccattcattctgattatatctcctttagtcgccatggtattgaattataaaggtctctaatcatgtaaattcccacactgtccaatttccgaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTTATA--TTATA-------G-T-CCTCTGATCA-TTCGT-GT-AAAATTT-T-CCC-A--ACTGTC--AATTT-CCGTagaatttcctaaccacagatagttaccatattct
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACAACATAGGATCTCCGTAATGGTGCAGTAAACGTGAACGTCAGAATATAAAAGAAAAAATCGGAGAGGGCTACATTATTGCAGCTAA
Unaligned ( gi|24 ): CTCCAGTTAATGGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATACTATGGAAAAAACAAAACAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|25 ): TAAACGTCAGAATGAATTTTAAAAAAAAACAAAAACGGAGAGGCTACAGTATTGCAGCT
Unaligned ( gi|27 ): ACCCACACCATGAAACAAACAAAACAAAAGCACACCACATCGTCACGGAACAGGAC
Unaligned ( gi|31 ): CGTCAGATTAAAAACAATCGGGAGGGCTTACATTATTGCAGC
Unaligned ( gi|32 ): ACCCCGACATCAAAAAACACAAGAAGGGGATAGT
Unaligned ( gi|33 ): AATATCGGAGAGGGCAACATTATTGCAGCTAC