lowQualScore                  :                                     11111                                                                
lowQualScore                  :                       55555   33    99999 4444   22    55    3     1   3  22   3 1  4    5     33        
lowQualScore                  :                       .....   ..    ..... ....   ..    ..    .     .   .  ..   . .  .    .     ..        
lowQualScore                  :                       66666   11    33333 5555   99    66    8     9   8  66   8 9  4    0     44        
consensus                     :               TGACGCCC-----GCC--CGCCA----T----CAT--CAAA-CCAAT-AGCCG-AGT-GC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
Reference ( gi|9 )            :               TGACGCCC-----GCC--CGCCC----T----CAT--CAAA-CCAAT-AGCCG-AGT-GC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|10                         :               TGACGCCC-----TCC--CGGCCACCAT----CAT--CAAA-CCAAT-AGCTG-AGT-GC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACT
gi|4                          :               TGACGCCCCTCCCGGC--CACCA----T----CAT--CAAA-CCAATTAGCTG-AGT-GC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTAAA
gi|21                         :               TGACGCCC-----GCC--CGCCC----T----CAC--CAAA-CCAAT-AGCCG-AGT-GC--AAC-T-C
gi|11                         :                GACGGCC-----GCC---GCCA----T----CAC--CAAAACCAAT-AGCCGAAGT-GC---AC-T-TG-TTGC-AACTC--GCCTAAAA
gi|17                         :                GACGCCC-----TCC--CGCCCGCTAT----CAT--CGAA-CCAAT-AGGCG-AGT-GC--AAC-T-C
gi|5                          :                 ACTCCC-----ACC--CGCCA----T----CAT--CAAA-ACAAA-AGCCG-AGT-TC--AACTT-TGTTTGC-AACTG--GGCTAAAtgc
gi|22                         :              tgcACGTCC-----ACC--GGCA-----T----CAT--CAAA-TCAAT-AGCCG-AGT-GC--AAC-T-CG-ga
gi|7                          :                 ACCCCC-----ACC--CGCCA----T----CAT--CAAA-----------------AC--AAC-TTCG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|3                          : ttgacgccctcccgcccCGCCC-----GCC--CGCCA----T----CAC--CGAA-CCAAT-AGCCG-AGT-AC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|13                         :          cgccctctCACCC-----GCC--TGCCA----T----CAT--CAAA-ACAAT-AGCCG-AGT-GC--AAC-T-TG-TTGT-AACTC--GGCTAA
gi|14                         :                  CGCCC-----GCC--CGCCA----T----CAT--CAAA-CCAAT-AAACG-AGT-AC--AAC-T-CG-TTta
gi|6                          :                  cGCCC-----GCC--CGCCC----CGCCACAC--CAAA-CCAATAAGCCG--GT-GC--AA--T-CGTTTGCAAACTC--GGCAAAAAtaaatcagaata
gi|1                          :                  caCCG-----GCC--GGCCT----T----CAC--CAAAACCAAT-AGCCG-AGT-TCAAAAC-T-CA-TTGCAAACTC--GGCTAAAA
gi|19                         :    ttgaccctcgcccaaaCCC-----GCC--AGCCA----T----CAT--CAAA-ACAAT-AGCCG-AGT-----------------C-CATTC--GGCTAAAAa
gi|8                          :                    cCC-----GCC--CACCA----T----CAT--CAAA-ACAAT-AGCTG-AGT-TC--AACTT-TG-TCGC-AGCTC--AGCTAAAAatg
gi|2                          :              tgcccttCC-----GCCAACGCC-----T----CAT---AAA-CCAAT-AGT-G-ATG-GC--AAC-T-CA-TTGC-AACTCAAGCCTAAA
gi|16                         :     gttgacgtccggtcatgC-----GCC--CGTCA----T----CAT--CAAA-ATAAT-AGCAG-AGT-GC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--TGCTAAA
gi|20                         :                     aC-----ACC--CGCCC----T----CATTTCAAA-C--A--AGCCA-GGT-GC--AAC-T-C
gi|18                         :                                  ttga----T----CAT--CAAA-ACAAT-TGCCG-AGT-GC--AAC-T-CA-TTGC-AACTC--GGCTAAAAaggcta
gi|3                          :                                                         cgcaT-AGCCG-AGTTGC--AAC-G-AG-TTGT-A-CTC--GGCTA
gi|13                         :                            cgccctctcgcccgcccgccatcaccgaaccaaT-AGCCG-AGTTAC--AAC-A-AG-TTGC-A-CTC--GGCTAaaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTCGTTGTATTCCGGAAACAAACAGATTACACTAGCCCAATAAAACTGTTGCAACGCTT
Unaligned ( gi|15 ): GACGCCCTCCCACCCGCCATCATCAAATGCAGTAGCCTTAGTTCACTCTAGTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                          55555   22 2 4444           666    3     2     22   4 2  4    5     33        
lowQualScore                  :                          .....   .. . ....           ...    .     .     ..   . .  .    .     ..        
lowQualScore                  :                          00000   88 0 2222           888    8     0     88   0 0  7    3     77        
consensus                     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
Reference ( family-2307 )     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|1                          :                       CCG-----GCC--G-G----CCTTCACCAAAAC-CAAT-AGCCG-AGTTCAAAAC-T-CA-TTGCAAACTC--GGCTAAAA
gi|10                         :  ttgaccctcgcccaaaTGACGCCC-----TCC--C-GGCCACCATCATCAAA-C-CAAT-AGCTG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTa
gi|11                         :                   GACGGCC-----GCC----G----CCATCACCAAAAC-CAAT-AGCCGAAGTGC---AC-T-TG-TTGC-AACTC--GCCTAAAA
gi|13                         :                     CACCC-----GCC--T-G----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-TG-TTGT-AACTC--GGCTAA
gi|14                         :                     CGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AAACG-AGTAC--AAC-T-CG-TTta
gi|15                         :                      cCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-TGCAGT-AGCCtaaatcagaata
gi|16                         :                 gacgccctC-----GCC--C-G----TCATCATCAAA-A-TAAT-AGCAG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--TGCTAAAttagttcactctagtgaaa
gi|17                         :                      aCCC-----GCC--C-G----CTATCATCGAA-C-CAAT-AGGCG-AGTGC--AAC-T-C
gi|18                         :                                    gacgccctCATCATCAAA-A-CAAT-TGCCG-AGTGC--AAC-T-CA-TTGC-AACTC--GGCTAAAAtgc
gi|19                         :                     cgCCC-----GCC--A-G----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCCG-AGT----------------C-CATTC--GGCTAAAA
gi|2                          :                       cCC-----GCCAAC-G----CC-TCAT-AAA-C-CAAT-AGT-G-ATGGC--AAC-T-CA-TTGC-AACTCAAGCCTAAAatg
gi|20                         : gttgacgtccggtcatgTGACACCC-----GCC--C------TCATT-TCAAA-C---A--AGCCA-GGTGC--AAC-T-C
gi|21                         :                 tTGACGCCC-----GCC--C-G----CCCTCACCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-Caggcta
gi|22                         :                    ACGTCC-----ACC--G-G----C-ATCATCAAA-T-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-
gi|3                          :                     CGCCC-----GCC--C-G----CCATCACCGAA-C-CAAT-AGCCG-AGTAC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|4                          :          cgccctctTGACGCCCCTCCCGGC--C-A----CCATCATCAAA-C-CAATTAGCTG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTAAA
gi|5                          :                    ACTCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-A-CAAA-AGCCG-AGTTC--AACTT-TGTTTGC-AACTG--GGCTAAA
gi|6                          :                  tgcCGCCC-----GCC--CCG----CCA-CACCAAA-C-CAATAAGCCG--GTGC--AA--T-CGTTTGCAAACTC--GGCAAAAAga
gi|7                          :               cagccACCCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-----------------AC--AAC-TTCG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|8                          :       ttgacgccctcccgcccCC-----GCC--C-A----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCTG-AGTTC--AACTT-TG-TCGC-AGCTC--AGCTAAAA
gi|9                          :           tgcccttTGACGCCC-----GCC--C-G----CCCTCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTCGTTGTATTCCGGAAACAAACAGATTACACTAGCCCAATAAAACTGTTGCAACGCTT






Alignments
lowQualScore                  :                          55555   22 2 4444           666    3     2     22   4 2  4    5     33        
lowQualScore                  :                          .....   .. . ....           ...    .     .     ..   . .  .    .     ..        
lowQualScore                  :                          00000   88 0 2222           888    8     0     88   0 0  7    3     77        
consensus                     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
Reference ( family-2307 )     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|1                          :                       CCG-----GCC--G-G----CCTTCACCAAAAC-CAAT-AGCCG-AGTTCAAAAC-T-CA-TTGCAAACTC--GGCTAAAA
gi|10                         :  ttgaccctcgcccaaaTGACGCCC-----TCC--C-GGCCACCATCATCAAA-C-CAAT-AGCTG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTa
gi|11                         :                   GACGGCC-----GCC----G----CCATCACCAAAAC-CAAT-AGCCGAAGTGC---AC-T-TG-TTGC-AACTC--GCCTAAAA
gi|13                         :                     CACCC-----GCC--T-G----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-TG-TTGT-AACTC--GGCTAA
gi|14                         :                     CGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AAACG-AGTAC--AAC-T-CG-TTta
gi|15                         :                      cCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-TGCAGT-AGCCtaaatcagaata
gi|16                         :                 gacgccctC-----GCC--C-G----TCATCATCAAA-A-TAAT-AGCAG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--TGCTAAAttagttcactctagtgaaa
gi|17                         :                      aCCC-----GCC--C-G----CTATCATCGAA-C-CAAT-AGGCG-AGTGC--AAC-T-C
gi|18                         :                                    gacgccctCATCATCAAA-A-CAAT-TGCCG-AGTGC--AAC-T-CA-TTGC-AACTC--GGCTAAAAtgc
gi|19                         :                     cgCCC-----GCC--A-G----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCCG-AGT----------------C-CATTC--GGCTAAAA
gi|2                          :                       cCC-----GCCAAC-G----CC-TCAT-AAA-C-CAAT-AGT-G-ATGGC--AAC-T-CA-TTGC-AACTCAAGCCTAAAatg
gi|20                         : gttgacgtccggtcatgTGACACCC-----GCC--C------TCATT-TCAAA-C---A--AGCCA-GGTGC--AAC-T-C
gi|21                         :                 tTGACGCCC-----GCC--C-G----CCCTCACCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-Caggcta
gi|22                         :                    ACGTCC-----ACC--G-G----C-ATCATCAAA-T-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-
gi|3                          :                     CGCCC-----GCC--C-G----CCATCACCGAA-C-CAAT-AGCCG-AGTAC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|4                          :          cgccctctTGACGCCCCTCCCGGC--C-A----CCATCATCAAA-C-CAATTAGCTG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTAAA
gi|5                          :                    ACTCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-A-CAAA-AGCCG-AGTTC--AACTT-TGTTTGC-AACTG--GGCTAAA
gi|6                          :                  tgcCGCCC-----GCC--CCG----CCA-CACCAAA-C-CAATAAGCCG--GTGC--AA--T-CGTTTGCAAACTC--GGCAAAAAga
gi|7                          :               cagccACCCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-----------------AC--AAC-TTCG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|8                          :       ttgacgccctcccgcccCC-----GCC--C-A----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCTG-AGTTC--AACTT-TG-TCGC-AGCTC--AGCTAAAA
gi|9                          :           tgcccttTGACGCCC-----GCC--C-G----CCCTCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA


blockSeqs                     :                          CTCCC   AA C GCCA           AC     T     A     .    T T  T    A     AA
blockSeqs                     :                          .       .  . .              TG     A     .     .    T .  T    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              A      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              A      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              A      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              A      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              T      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .    .     . 
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .  .            
blockSeqs                     :                          .       .  . .              A      .     .     .    . .  .            
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .               
blockSeqs                     :                          .       .  . .              A      .     .     .    . .               
blockSeqs                     :                          .       .  . .              C      .     .     .    . .               
blockSeqs                     :                                                      .      .                                  


blockSeqCons                  :                                                      C**                **
originalCons                  :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
finalCons                     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAAC--CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTCGTTGTATTCCGGAAACAAACAGATTACACTAGCCCAATAAAACTGTTGCAACGCTT






Alignments
lowQualScore                  :                          55555   22 2 4444           666    3     2     22   4 2  4    5     33        
lowQualScore                  :                          .....   .. . ....           ...    .     .     ..   . .  .    .     ..        
lowQualScore                  :                          00000   88 0 2222           888    8     0     88   0 0  7    3     77        
consensus                     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
Reference ( family-2307 )     :                  TGACGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|1                          :                       CCG-----GCC--G-G----CCTTCACCAAAAC-CAAT-AGCCG-AGTTCAAAAC-T-CA-TTGCAAACTC--GGCTAAAA
gi|10                         :  ttgaccctcgcccaaaTGACGCCC-----TCC--C-GGCCACCATCATCAAA-C-CAAT-AGCTG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTa
gi|11                         :                   GACGGCC-----GCC----G----CCATCACCAAAAC-CAAT-AGCCGAAGTGC---AC-T-TG-TTGC-AACTC--GCCTAAAA
gi|13                         :                     CACCC-----GCC--T-G----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-TG-TTGT-AACTC--GGCTAA
gi|14                         :                     CGCCC-----GCC--C-G----CCATCATCAAA-C-CAAT-AAACG-AGTAC--AAC-T-CG-TTta
gi|15                         :                      cCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-TGCAGT-AGCCtaaatcagaata
gi|16                         :                 gacgccctC-----GCC--C-G----TCATCATCAAA-A-TAAT-AGCAG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--TGCTAAAttagttcactctagtgaaa
gi|17                         :                      aCCC-----GCC--C-G----CTATCATCGAA-C-CAAT-AGGCG-AGTGC--AAC-T-C
gi|18                         :                                    gacgccctCATCATCAAA-A-CAAT-TGCCG-AGTGC--AAC-T-CA-TTGC-AACTC--GGCTAAAAtgc
gi|19                         :                     cgCCC-----GCC--A-G----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCCG-AGT----------------C-CATTC--GGCTAAAA
gi|2                          :                       cCC-----GCCAAC-G----CC-TCAT-AAA-C-CAAT-AGT-G-ATGGC--AAC-T-CA-TTGC-AACTCAAGCCTAAAatg
gi|20                         : gttgacgtccggtcatgTGACACCC-----GCC--C------TCATT-TCAAA-C---A--AGCCA-GGTGC--AAC-T-C
gi|21                         :                 tTGACGCCC-----GCC--C-G----CCCTCACCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-Caggcta
gi|22                         :                    ACGTCC-----ACC--G-G----C-ATCATCAAA-T-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-
gi|3                          :                     CGCCC-----GCC--C-G----CCATCACCGAA-C-CAAT-AGCCG-AGTAC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|4                          :          cgccctctTGACGCCCCTCCCGGC--C-A----CCATCATCAAA-C-CAATTAGCTG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--AACTAAA
gi|5                          :                    ACTCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-A-CAAA-AGCCG-AGTTC--AACTT-TGTTTGC-AACTG--GGCTAAA
gi|6                          :                  tgcCGCCC-----GCC--CCG----CCA-CACCAAA-C-CAATAAGCCG--GTGC--AA--T-CGTTTGCAAACTC--GGCAAAAAga
gi|7                          :               cagccACCCCC-----ACC--C-G----CCATCATCAAA-----------------AC--AAC-TTCG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
gi|8                          :       ttgacgccctcccgcccCC-----GCC--C-A----CCATCATCAAA-A-CAAT-AGCTG-AGTTC--AACTT-TG-TCGC-AGCTC--AGCTAAAA
gi|9                          :           tgcccttTGACGCCC-----GCC--C-G----CCCTCATCAAA-C-CAAT-AGCCG-AGTGC--AAC-T-CG-TTGC-AACTC--GGCTAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATTCGTTGTATTCCGGAAACAAACAGATTACACTAGCCCAATAAAACTGTTGCAACGCTT