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lowQualScore                  :         .  .      .    .   .....   . ..     .....   ...  .     . ..     .   ..  .        ..        
lowQualScore                  :         0  9      3    0   55555   7 33     66666   333  7     7 22     7   77  3        11        
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Reference ( gi|6 )            :   CTATAAGTA-TCATGT-GCAACATG---TTAAA-T--TCTTC--GTGTGC---TC-CGCCA-TG-CTTGT-TAT-TGCAAGATCTCGTCGGTGGATCT
gi|5                          :   CTATAAAAAATCATAT-ACAACATG---CCAAA-T--ACTTC--TTCTGC---TC-TGCCA-TA-CTTGT-TAT-CGCGAGATATCGGAGGTGGAT
gi|2                          :   CTATAAACA-TGATGT-GCAACACC---CTAA------CTTCCAGTATGT---TC-CGCCATTA-CTTGTATATGCGCGAGATCTCGGAGATGGATat
gi|4                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATG---CAACA-T--TCTTC-----CGCAGATC-CGCCA-TATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|3                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATG---CAACA-T--TCTTC-----CGCAGATC-CGCCA-TATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|13                         : ttCTATAAACA-TGCTGT-GCAACACC---TTAAA-----CTTC-----------------------TTTGT-TAT-TGTGAGATCTCAGAGGTGGAT
gi|7                          : tttTATAAATA-TCAAGT-GCAACATG---CTAAA-CA-TCTTC--GTCAGA---TC-CGCCA-TA-CTTGT-TTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|8                          :     ATAAATA-TCATGT-AAAACTTG---CAAAA-T--TCTTC-----TGC---TC-AGCCA-TA-CTTGT-TAT-CGCAAGATATCGAAGGTGG
gi|14                         :    agTAAACA-TCATGT-GCAACATG---TTAAA-T--TCTTC--GTCTGC---TC-CGCCA-TG-CTTGT-TAT-CGCTAGAg
gi|16                         :      TAGATA-TTATGT-ACAA----------AA-T--TCTTC--GTCTGT---TC-CACCA-TG-CTTGT-TAT-CGCGAGATC
gi|9                          :      tAAATA-TCATGT-GCCA-ATG---CAAAA-T--TCTTC--GTCTGC---TT-CGCCA-TG-ACAAT-TAT-CGCGAGATATTGGTGGTGGA
gi|1                          :       AAATA-GCATGT-GCACAATGCCCTAAAA-T--CCTTA--ATCTGC---TTTCGCCA-TA-TTTTT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|15                         : cttcaaaAATG-TTATGT-ACAACATG---C--AA-TGGTCTTC--GTCTGC---CC-CGCCA-CG-CTAGT-TAA-TGCCAGA
gi|10                         :         gtA-TCATG----AACATG---TTAAAAT--CCTTC--GTATGC---TC-CACCA-TA-CTTAA-TAT-CGCGAGATCTCGAAGGTGGATC
gi|11                         :         aac-TCATGT-GCAACATG---CTAAA-T--TCTTT--GTCTGC---TC-CACCA-CG-CTTGA-TAT-CGCGAGATCTCATTGGTGGA
gi|12                         :                TGT-ACAGCAAG---CAAAA-T--TATTC--CTCTGC---GC-CACCA-TT-CTTGT-TAT-TGTAAGATCTAATTGGTG





Alignments
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lowQualScore                  :            .      .    .    ....   ...     ...       .      ...     .   .                      
lowQualScore                  :            7      0    1    2222   000     999       5      222     5   5                      
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Reference ( family-2291 )     :   CTATAAATA-TCATGT-GCAACATGCN---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTC-CGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|1                          :       AAATA-GCATGT-GCACAATGCCCTAAAA-T-CCTTA--ATCTGCTTTCGCCAT-A-TTTTT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|10                         : cttcaaaAACA-TCATG----AACATGTT---AAAAT-CCTTC--GTATGCTC-CACCAT-A-CTTAA-TAT-CGCGAGATCTCGAAGGTGGATC
gi|11                         :            -TCATGT-GCAACATGCT---AAA-T-TCTTT--GTCTGCTC-CACCAC-G-CTTGA-TAT-CGCGAGATCTCATTGGTGGA
gi|12                         :                TGT-ACAGCAAGCA---AAA-T-TATTC--CTCTGCGC-CACCAT-T-CTTGT-TAT-TGTAAGATCT
gi|13                         :   CTATAAACA-TGCTGT-GCAACACCTT---AAA----CTTC--------------------TTTGT-TAT-TGTGAGATCTCAGAGGTGGATaattggtgtaca
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gi|15                         :        AATG-TTATGT-ACAACATGCA---ATG-G-TCTTC--GTCTGCCC-CGCCAC-G-CTAGT-TAA-TGCCAGA
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gi|3                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATGCA---ACA-T-TCTTC--CGCAGATC-CGCCAT-ATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|4                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATGCA---ACA-T-TCTTC--CGCAGATC-CGCCAT-ATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|5                          : ttCTATAAAAAATCATAT-ACAACATGCC---AAA-T-ACTTC--TTCTGCTC-TGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCGAGATATCGGAGGTGGAT
gi|6                          :   CTATAAGTA-TCATGT-GCAACATGTT---AAA-T-TCTTC--GTGTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-TGCAAGATCTCGTCGGTGGATCat
gi|7                          :    TATAAATA-TCAAGT-GCAACATGCT---AAA-CATCTTC--GTCAGATC-CGCCAT-A-CTTGT-TTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATCt
gi|8                          :     ATAAATA-TCATGT-AAAACTTGCA---AAA-T-TCTTC-----TGCTC-AGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCAAGATATCGAAGGTGG
gi|9                          :     agAAATA-TCATGT-GCCA-ATGCA---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTT-CGCCAT-G-ACAAT-TAT-CGCGAGATATTGGTGGTGGAg





Alignments
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lowQualScore                  :            .      .    .    ....   ...     ...       .      ...     .   .                      
lowQualScore                  :            7      0    1    2222   000     999       5      666     5   5                      
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Reference ( family-2291 )     :   CTATAAATA-TCATGT-GCAACATGCN---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|1                          :       AAATA-GCATGT-GCACAATGCCCTAAAA-T-CCTTA--ATCTGCTTTCGCCAT-A-TTTTT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|10                         : cttcaaaAACA-TCATG----AACATGTT---AAAAT-CCTTC--GTATGCTC-CACCAT-A-CTTAA-TAT-CGCGAGATCTCGAAGGTGGATC
gi|11                         :            -TCATGT-GCAACATGCT---AAA-T-TCTTT--GTCTGCTC-CACCAC-G-CTTGA-TAT-CGCGAGATCTCATTGGTGGA
gi|12                         :                TGT-ACAGCAAGCA---AAA-T-TATTC--CTCTGCGC-CACCAT-T-CTTGT-TAT-TGTAAGATCT
gi|13                         :   CTATAAACA-TGCTGT-GCAACACCTT---AAA----CTTC--------------------TTTGT-TAT-TGTGAGATCTCAGAGGTGGATaattggtgtaca
gi|14                         :   tttTAAACA-TCATGT-GCAACATGTT---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-CGCTAGA
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gi|3                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATGCA---ACA-T-TCTTC--CGCAGATC-CGCCAT-ATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|4                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATGCA---ACA-T-TCTTC--CGCAGATC-CGCCAT-ATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|5                          : ttCTATAAAAAATCATAT-ACAACATGCC---AAA-T-ACTTC--TTCTGCTC-TGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCGAGATATCGGAGGTGGAT
gi|6                          :   CTATAAGTA-TCATGT-GCAACATGTT---AAA-T-TCTTC--GTGTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-TGCAAGATCTCGTCGGTGGATCat
gi|7                          :    TATAAATA-TCAAGT-GCAACATGCT---AAA-CATCTTC--GTCAGATC-CGCCAT-A-CTTGT-TTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATCt
gi|8                          :     ATAAATA-TCATGT-AAAACTTGCA---AAA-T-TCTTC-----TGCTC-AGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCAAGATATCGAAGGTGG
gi|9                          :     agAAATA-TCATGT-GCCA-ATGCA---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTT-CGCCAT-G-ACAAT-TAT-CGCGAGATATTGGTGGTGGAg


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blockSeqCons                  :                             N***
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finalCons                     :   CTATAAATA-TCATGT-GCAACATGCN---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC





Alignments
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Reference ( family-2291 )     :   CTATAAATA-TCATGT-GCAACATGCN---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|1                          :       AAATA-GCATGT-GCACAATGCCCTAAAA-T-CCTTA--ATCTGCTTTCGCCAT-A-TTTTT-TAT-CGCGAGATCTCGGAGGTGGATC
gi|10                         : cttcaaaAACA-TCATG----AACATGTT---AAAAT-CCTTC--GTATGCTC-CACCAT-A-CTTAA-TAT-CGCGAGATCTCGAAGGTGGATC
gi|11                         :            -TCATGT-GCAACATGCT---AAA-T-TCTTT--GTCTGCTC-CACCAC-G-CTTGA-TAT-CGCGAGATCTCATTGGTGGA
gi|12                         :                TGT-ACAGCAAGCA---AAA-T-TATTC--CTCTGCGC-CACCAT-T-CTTGT-TAT-TGTAAGATCT
gi|13                         :   CTATAAACA-TGCTGT-GCAACACCTT---AAA----CTTC--------------------TTTGT-TAT-TGTGAGATCTCAGAGGTGGATaattggtgtaca
gi|14                         :   tttTAAACA-TCATGT-GCAACATGTT---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-CGCTAGA
gi|15                         :        AATG-TTATGT-ACAACATGCA---ATG-G-TCTTC--GTCTGCCC-CGCCAC-G-CTAGT-TAA-TGCCAGA
gi|16                         :    gtTAGATA-TTATGT-ACAA----------AA-T-TCTTC--GTCTGTTC-CACCAT-G-CTTGT-TAT-CGCGAGATC
gi|2                          :  tCTATAAACA-TGATGT-GCAACACCCT---AA-----CTTCCAGTATGTTC-CGCCATTA-CTTGTATATGCGCGAGATCTCGGAGATGGAT
gi|3                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATGCA---ACA-T-TCTTC--CGCAGATC-CGCCAT-ATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|4                          : ttCTATAAATA-TCAAGTTGCAA-ATGCA---ACA-T-TCTTC--CGCAGATC-CGCCAT-ATCTTGT-GTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATC
gi|5                          : ttCTATAAAAAATCATAT-ACAACATGCC---AAA-T-ACTTC--TTCTGCTC-TGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCGAGATATCGGAGGTGGAT
gi|6                          :   CTATAAGTA-TCATGT-GCAACATGTT---AAA-T-TCTTC--GTGTGCTC-CGCCAT-G-CTTGT-TAT-TGCAAGATCTCGTCGGTGGATCat
gi|7                          :    TATAAATA-TCAAGT-GCAACATGCT---AAA-CATCTTC--GTCAGATC-CGCCAT-A-CTTGT-TTT-CGCGAGATCTCGGAGGTTGATCt
gi|8                          :     ATAAATA-TCATGT-AAAACTTGCA---AAA-T-TCTTC-----TGCTC-AGCCAT-A-CTTGT-TAT-CGCAAGATATCGAAGGTGG
gi|9                          :     agAAATA-TCATGT-GCCA-ATGCA---AAA-T-TCTTC--GTCTGCTT-CGCCAT-G-ACAAT-TAT-CGCGAGATATTGGTGGTGGAg