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lowQualScore : 5 7 1 3 666 3 88888 666 666666666666666 555 555 444 2 7 777777777777777 000 2 777777777777777777 33 5555 9999999999999 2 2 1111111111111111111111111 2 888 444 2 77777 444 2 8888 33 66666 999 33 888888888888888 555 0 0000 4444 55
lowQualScore : . . . . ... . ..... ... ............... ... ... ... . . ............... ... . .................. .. .... ............. . . ......................... . ... ... . ..... ... . .... .. ..... ... .. ............... ... . .... .... ..
lowQualScore : 0 3 4 6 444 6 33333 444 444444444444444 444 000 444 5 5 444444444444444 333 5 111111111111111111 44 3333 4444444444444 5 4 9999999999999999999999999 5 888 444 5 44444 444 5 8888 44 77777 111 99 888888888888888 888 5 3333 0000 55
consensus : TGTGCAGTATCGGGGGCGGATCCAGGA-AT---T-TTT----GAAA---GGG--G--GGGTG-----T---TC---TAC---CATTA-A-TTT--G-G--T-------TTTC---A-AA------G-----------GG--G----G-------T-----TCC-ACCCTCA-AAATGC----GT------T----T--T----T-TGT---T---TTT-AC--C--T---TTT-T----A--GCAAAATTTTCTG-----ACGAAAG--GG--GGGG----------A-G--TCC---GACCCCC-GA-ACC----CCCCTC--TGGATCCGCCACTG
Reference ( family-221 ) : TGTGCAGTATCGGGGGCGGATCCAGGA-AT---T-TTT----GAAA---GGG--G--GGGTG-----T---TC---TAC---CATTA-A-TTT--G-G--T-------TTTC---A-AA------G-----------GG--G----G-------T-----TCC-ACCCTCA-AAATGC----GT------T----T--T----T-TGT---T---TTT-AC--C--T---TTT-T----A--GCAAAATTTTCTG-----ACGAAAG--GG--GGGG----------A-G--TCC---GACCCCC-GA-ACC----CCCCTC--TGGATCCGCCACTG
gi|1 : CAGAGGCGGTTTCAGGA-AC---T-TTT----GAAA---GGG--------TG-----T---TC---TAC---CATTA-ACTTT--G-G----------TTTC---A-AAAAGGGGA-----------GG--G----G-------T-----TCC--CCCTCA-AAATGC--------------------T----T-TAC---T---TTT-AC--C--CCTACTT-T----A--GCATCATTTTCTG-----ACGAAAG--GGAAGGGGGGGGGTGGACA-G--TCC---GAATCCA-GA-GTC----TCCCTC--TAAATCCGCCACT
gi|10 : aataAC---CATTA-A-TTT--G-G--C-------TTTG---A-AA------A-----------GG--G----G-------T-------A-ACTATGA-AAATAC----A--------------------T-TGC---A---TTA-AC--A--T---TTT-T----ATGGCAAACTTTTCTGGCCAAACAGAAG--AG--GGAG----------G-G--TAC---GAAAC----A-ACCCA--CCCTTC--CGGATCCACCAATGttaatacgcatacgt
gi|11 : AGT-TCAGGGGCGGATCCAGTC--T---T-TTT----AAAAAGAGGG--C--GGGCG-----TGGGTA---TAC---CATTG-A-TTTTTG-T--T-------TTTC---A-AA------G-----------AG--T----G-------C-----TCC-ACCCTC--AAATGCA---ATA-----T----C--T----T-CGT---C---TT---------T---TTT-A----A--GGAATTTTTTCTG-----ACGAAAtaattgaacagatata
gi|12 : CAGGGAAGGATCCAGGT-AT---T-TTT----GAAA---GGA--G------A-----T---TT---TAC---TATTA-A-TTT--A-GGTT-------TTTC---A-AA------G-----------GG--G----GAGGGGTAT-----TCC-ATCCGCAGAAATGT----G--------------------T-TAT---T---TTT-AC--C--T---TTCAT----A--GAAATATTTTTTG-----ACGGAAG--TG--GGtgag
gi|13 : tgCGGAGACGGATCCAGGA-TT---T-TTT----------------------TT-----T---TCAAATAC---CAATA-A-TTTT-G-G--T-------CTTC---A-AA------G-----------GG--G----G-------TGGGGGTCC-ATCCTAA-AAATGC----GT------A---------------AT---T---TTT-AC--C--T---TTT-T----G--TCAAAA-TTTCCG-----ACGAA-----T--GGGG----------A-G--TTC---TACTCCC-
gi|14 : TG-----T---TC---TA------TTA-A-TTT--G-G--GGCG----TTTT---G-AG------G-----------GG--GAGAAG-------TAG---TCC-ACCCTTA-AAATGC----A--------------------T-TAT---T---TTT-AC--CGAT---TTT-T----A--TCAAAATTTTA-A-----ACAAGAG--GT--GG--------------G--TCC---AGCCC----A-ACT----CACTTCTATGGATCTGCCTCT
gi|15 : CCTCA-AAATGC----AT------TATTTT--T----TATAT---T---TTT-ACG-T--T---TTT-T----C--GCAAAATTTACTG-----TCGAAAA--GG--GGGT----------ATGTTTCT---AATCCCC-AG-ACCCCATCCCCTT--TGGATCCACCACT
gi|16 : GCAGTTCCAGGA-ATGTATGTTT----CAAG---GGGTGG--GGGTGGT---T---TC---TAT---CATGG-T-TTT--A-A--T-------CTTC---A-AA------A-----------GG--G----GGAGGGAGT-----GTC-ACCCTCA-AAATGC----AT------
gi|17 : caaaacatgtG-----T---TC---TTC---TATTA-G-TTT--G-G--T-------TTCA---A-AA------G-----------GG--G----G-------A-----TCCTACATTC--ATACGC----G--------------------C-TAT---T---TTT-AC--CCAT---TTT-T----A--GCAAAATTTTTCA-----ACAAAAG--GG--ca
gi|2 : GGGGCGGATCCAGGA-AT---G-TCT----TAAA---GAG--A--GATCG-----T---GC---TAT---C---A-A-TTT--C-G--C-------TTTCT--A-AA------G-----------GGAAG----G-------T-----TCC-ACGCTCA-AAATGC----------------------------GT---T---TTT-AT--CAAT---TTT-T----A--GCAAAATTTTCCG-----ACAAAAAATGG--AAGG----------G-G---CC---AACCCCC----ACC----CCTCTC--TGGATCTGACACTGatg
gi|3 : aTGTGCA-TATCGGGGACGGATCAAGGG-AT---T-TTT----GAAA---GAG--G--GGGTG-----G---TC---TAC---CATAA-A-TTT--G-A--T-------TTTC---A-AA------G-----------GG--G----G-------T-----TCC-ACCCTCA-AAGCGC----GTATAATGT----T--T----T-TGT---T---TTTGAC--C--T---TTT-T----A--GCAAACTTTTCAG-----ACGAAAG--GG--AGGGT---------A-G--TAC---GACCCCC-GG-ACC----CCTCTC--TGGGTCCGTCACTGtacacccctacatatgtacacatgtat
gi|4 : TCAGGGGCGGATCCAGGA-AT---T-TCTATAAGAGA---GGG--G--GCAT------T---TC---TAT---CATTA-A-TTT--ACA--T-------TTCT---ATAA------G-----------GG--G----G-------------TCT-ACCCTAA-AAATGCGTTGGT------T----T--T----T-TTT---T---TTT-AC--TA-T---TTT-TTTAAA--GAAAAAAATT-GG-----ACGAAA--------------------------TCCTGGGACTCCC-AACATC----CCCCT---TAGATCCACCACT
gi|5 : AGGA-AT---A-TTT----GAAA---GGG--T--GG--------T---TC---TAC---TGTTACA-TGT--A-A--TAACACTGTTTCGAGA-AG------G-----------GA--A----G-------T-----TCC-ATC-TCA-CGGCGG----GT------G----TGAC----C-GGTCAGT---TTG-AC--C--C---TTT-TTA--A--GCAAAGGTTTCTG-----ACG--AT--GG--GGGC----------A-GTTTCC---AATTCCC-GG-AGC----CCCCTT--TGAATCCACCATT
gi|6 : caTCCAGGACAT---T--------GAAA---GAG--T--A--TG-----T---TC---TACTACCATTA-A-TTT--G-GA-T-------TGTC---A-AA------T-----------GG--G----G-------TAGAA-TCA-ACCCTCA-AAAT----------------------T----T-TGT---TAGGTTT-ACATC--T---TTT-T----A--GCAAAATTTTCTG-----A-GGAAG--GG--GGGG----------G-G--T-C---GACC
gi|7 : t---TAT---TATTA-A-TTT--G-A--T-------TTCCCG-A-AG------GTGGGGGGGGGCGG--G----G-------T-----GTC-ATCCTCA-A-----------------T----T--G----T-CGTACTT---TTT-ACT-C--A---TTT-T----A--GTAAAATTTTCTG-----AGAAAAGAAGG--GGGG----------A-A--TCT---CAATCTC-AA-ATC----CACCTC--TGGATCCGCCACTGtggtggatccgccgattgtattggtcacgatgca
gi|8 : tC---CATTA-AATTT--A-G--T-------TTTC---A-AAC-----G-----------GG--A----G-------G-----TCC-ACCCTTG-AAATGC----GT------T---------------AT---T---GTT-AC--C--C---TTT-T----A--GCAAACTTTTCTA-----TCGAAAT--GG--GGTG------------C--TCC---GACCCCCAGA-AAC----CCCCTT--TGGACCCGTCACTGtatatagttcatacgtatt
gi|9 : atACCAAGAGTGAATCAAGGA-AT---T-TTT----GAAA---GGG--GGAGGGTGATTGAT---TC---CAT---CATTA-ATTTT--G-G--T-------TTTC---A-AA------A-----------GG--G----G-------T-----TTC-ATTCT-A-AAATGC----GT------TA---T--TATTAT-TAT---T---TTT-TT--T--T---TTT-T----G--G--ACATTTTTTtgtgtgcacacctcatatgtaaaaccatgta