lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111 222222222222 11 4444444444444444444444444444 1111 333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 111 1 11 2222222222222 1111 11 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 5 333 222222 4 4 5 000000000000 0 777 99 4 22 0 3 0000000000000000000000000000 555 3 11 7777 111111111111111111111111 3 44 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 3 666 8 3 8 22 6666666666666 3 3 0000 44 555 11 55 55 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4
lowQualScore : . ... ...... . . . ............ . ... .. . .. . . ............................ ... . .. .... ........................ . .. . . ........................................................................................................................ ......... . ... . . . .. ............. . . .... .. ... .. .. .. ................................................................... .
lowQualScore : 7 999 888888 8 4 2 111111111111 7 111 66 0 77 5 6 6666666666666666666666666666 444 1 55 3333 777777777777777777777777 3 66 3 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555 6 333 6 3 4 99 0000000000000 3 3 4444 66 888 88 00 00 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0
consensus : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTTTATTT--CAT-NTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC-----AAAA--GATTT--N-T---ATG---AA-AATATAA----TTTC-T-----TT--NAAAA-TA-A--T-TG--ATAAA-A-CAT--G------CTCT-T-----C-C---ANTAGA--CT--T---C-AA----T--GT----AA-A------A--T-----C--T--G-AG-----T-AA--A--A-A-ATC-A-AGC---AGTA--A------T-CAAAA--TTTTTGAA-AATTCCT-ATGGTGG-AN--T-AT----T-T-TT----ATT--TGA---TGAAC-CC--T--T-C----A--AA--T-GA-----TA----CCA--TGATATTAC--GAAA----T----C--C-ACC--ATC-CATTTTA
Reference ( gi|7 ) : TCTAAAAATATATGC---GGTA------AAT-GATTAATTTCATTT--CAC-TTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTATAC-----AAGA--GATTT--T-T---ATG---AA-AATATAA----TTTC-T-----TT--GAAAA-TA-A--T-TG--ATAAA-A-CAT--A------CTAT-T-----C-C---AA-AGA--CT--T---C-AA----T--GT----AA-A------A--T-----G--T--G-GG-----T-AA--A--A-ATTTC-A-AGC---A-TA--A------T-CAAAA--TTTTTGAA-ACTTCCT-GTGGTGG-AA--T-AC----T-T-TT----ATT--TGA---TGAAC-CC--T--T-C----A--AA--T-GA-----TA----CCG--TGATATTAC--AAAA----T----C--C-A-C--ATC-CATTTTA
gi|4 : TCTAAAATTCTATGT---G--A------AAT-G--TGATATCAT-----AC-TT--CCATAAAT-GGGAA-ATG-TATGCAA-CTCT-TAC-----TGAA--AATTT--G-TCCGATG---AA-AATACTACC--TTTG-T-----TT--CAAAA-TA-AT-T-TC--ATAAA-A-CAT--G------CTGT-TGC---C-C---AT-AGA--CT--T---C-GAAC--T--GTTAG-AA-A------A--T-----T--C--G-AG-----T-GA--AATA-AAATC-ACAGC---AGTAC-A------T-CAAAA---TTTTGAA-A-TTCCT-AT-GTGGAAA--T-A-----T-T-TT----ATT--TGA---TGAA--CC--T--T-CAA--A--AA--G-AA-----TA----CCA--TGATG--ACA-AAAA----T----C--C-G-CCAATC-CATT
gi|6 : cTCTAAAAATGTGTAT---GGTA------AAT-G---GGTTT-----------TTTTTCACAAAG-AGAAA-GTA-CATGTTA-CTTT-----------------TCT--T-T----TA---AA-AATA---------TC-----------------------T-TA--ATAGA-A-CAT--G------CTCT-T-----C-C---CATAAA--TT--T---C-AA----A--GT----AA-A------A--TTCCAGG--T--GAAA-----T-AA--A--A----TC-A-A-----A-TAGTA------T-AAAAA--ATTCTGAA-AATTCCT-ATGATGG-AT--T-AT----T-T-CT----ATT--TGA---TGaactaatacgaaatatgttggtta
gi|17 : tCTAAAAATATGCAT---GGTA------AAT-GATCAAGTTTATTT--CAT-ATTTTCATAAAG-AAGA---------------------------AAAA--GATTT--G-T---ATG---AA-AACATAA----TTcagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatatgaccgtaataaatacatagaatacctta
gi|5 : AAAAA-ATGTGT---GGTA------ATT-GATGCATTTTATT----------------------AAA-GCG-TATGCAA-CTTTTTAC-----GAA------------------G---AA-AATGTAA----TTTC-T-----TTTACAAAG-TATT--T-TG--ATAGA-A-AAT--G------ATCT-T-----C-C---AATAGA--CT--T---CAAA----T--TC----AA-A------T--T-----C--T--A-AG-----T-GA--A--ATAAATC-A-AGC---AGTA--T------T-TAAACTTTTTTTAAT-AATTTTT-ATGATGA-AA--T-AT----T-C-TT----ATT--TGA---TGAA---C--T--T-T----A--AA--T-GT-----TA----CCA--T--TATTAA--GAAAAT--T----C--C-ACC--ATC-AATTTTA
gi|12 : AAAAGTGTAC-C---GGTAGTTTAAAATTGATTAATTTTATTT--CAT-ATTTTCATAAAG-GGAAA-GTT-TATGTAA-GTCTTTACT----AAGA--GATTT--G-T---AAG---AA-AATTTAA----TTTCTT-----TT--TAAAA-T--A--T-TGTAATAAA-A-CAT--G------CTCT-T-----T-C---ctagatataaaatatggtcattgtacaataaatatattat
gi|1 : ttaaaAGAAT-TATGCTT-GGTA------AAT-GATTAATTTTCTTT--CAT-GTTTCCATAAAGTATAAA-GTATTATGTAA-CTTTTTACTTT--ACAA--AATTTGGC-A---AT----AA-ACTAT-A----TTTA-T-----TTA-AAAAA-TA-AT-T-TG--ATAAA-G-CATTGG------CTCTGT-----C-C---AT-AGA--TT--T---T--A----T--GT----CA-A------------------T--A-AT-----C-AA--A--A-A-----A-ATA---A-TA--A------TATAAAA--TAAATAAACATGTCCT-ATGTTTG-AATTT-AT----TCT-CT----GTT--TGA----AAAA-CC--T--T-C----AAGAA--T--A-----TA----CAA--TG--ATTAC---AAA----T----CCTC-ACC--ATCGCATTTTAtttttcaaacattgtaataaa
gi|14 : ttctccAAATA-ATGCATAGGTA------AAT-CAGTGATTTTATTT--CATATTTTGC--AAAG-AGAAG-GTT-TATATAACCTTTTCGC-----AATA--GTTTT--G-T---ATG---CA-AACACTA----TTTCAT-----TG--GAAAA-T--G--T-T---ATAAA-A-tctgaagatatgcagatatacggctaaatagtcattatacattggcgcctttaaaaa
gi|3 : ttTGT---GGTA------A-T-GGTTAATT-AATAT--TAT-GTTTCAAAAAAG-AGAAA-GTGGTATGCAA-CTTTTTACC----AAGA--CATTT--T-T---ATGAAAAA-AATA-AA----TATT-T-----TT--AAAAA-TA-ATTT-TA--AT-AA-A-CAT--G-------TCT-T-----CTC---AT-AGA--CC--T---T-CA----T--GT----AATA------AT-T-----C--T--A-GGTC---T-AAT-A--A-A--TC-A-AGA---AGTA--A------T-CAAAA--ATTCGGAA-A--TTCT-ATGGTGG-------------T-T-TT-----TT--T------------C--T--T-------------T-GA-----TA----CCGAATGAAATTACA-AAAA----T----C--T-ACC--ATC-CATat
gi|9 : GC---AATA------A---GGTTAATTCTATTT--CAT-GTGTTAATAAAATAGAAATGTGGTGTGTAA-CTTTTTAC-----CAAT--GATTT--TCT---ATG---AA-AAAATAAAAAGTTTC-TCTTTTTT--TAAAA-CA----T-TG--ATG-------T--T------CCTT-T-----C-C---AA-A--------T---T-AA----TTGGC----AA-A------AATT-----C--T--A-GG-----TCAA--AT-A-AT--C-A-AGA---AGTA--A------T-CGAAA--GTTT-AAA-AATTACT-AAGGTAG-AT--T-AT----T-T-TT----ATT--TGA---TGAAC-CC--T--TGA----A--AA--T-GA-----TA----CCA--Tagtacctgcagataacatatatggtcgttatgattattgaatatacttaaatacatgtaaat
gi|2 : TTAATTTTTTTTGTTAT-TTTT---TAAA----AAA-TTG-TGTGCG----TTAGATGAATGAAGAAAGATTT--G-T---ATG---AATAATATAT----ATTC-T-----TT---AAAA-TA-A--T-TG--GCAAA-AGCAT--GTCTTCTTTAT-TTTTTCC-C---AA-GAA--CT--TTGAT-AA----T--GT----AAGA------A--T--------TCAG-GA-----T-AAATA--A-ATCACTA-AGCACTA-CA--A------T-CAAAA----TTTGAA-AAATCCT--TAGTGG-AT--G-AC----T-TAGT----ATT--TGAAATTGAAC-CC--T--TAT----A--AATGT-GA-----TA----CC----GGTGTTAC--AAAA----A----C--C-C-C--ACC-tactagagttagactcca
gi|8 : A-CTTAAT-C-----AAAA--GTTTC--T-TCT-ATG---AA-AAAATAA----TTT--------------------------TG--ATAAA-A-CAT--G------CTGT-T-----C-C---ACTAGAATCTTGT---T-AA----T--GTAATAAA-A------A--T-----GGCT--G-GGAGAAAT-AA--A--A-AGAAC-C-AGT---A-AA--A------T-C-ACA--TTTTGGAC-AATTCCTAATGGTGG-AC--C-GCAGGAT-T-TTAATAATTTATGA---TGAAC-CC--TTGT-CAACAA--AA--TGGA-----TA----CCA--TGGTGTTAC--GAAA----TATACC--C-A------C-CATTTtccatatgaaatatggtcgtttacaactgaataaccttaaatatat
gi|11 : -T---ATG---AA-AATATAA----TTTT-T-----GT--GAAAAATA-A--A-TG--ATAAA-A-CAT--G------CTAT-T-----C-C---CATAGA--CT--T---C--A----T--GT----AC-A------GT-T-----C--T--A-AG-----T-AA--A--ATATATC-G-AGC---AGTA--A------T-CAAAA---TTTGGAA-AATTCCT-ATGGTG---A--C-A-----T-T-TT----ATT--TGA---C-AAC-CCGGT--C-C----A--AA----GA-----TAT---CCA--TGA-ATTATAAAAAA----T----C--C-A----ACC-CATCTatgatcatccaaattaactgaatatgaaataaattg
gi|10 : ---AA-AAAATAACTTTTTTC-T-----GT--CTAAA-TA-A--TATG---TAAAGA-CATTGC------CTCT-T-----T-CCGCAT-ATA--CT--T---C-AAGTGTT--AT----AA-ATTTTCTG--T-----G--T--G-AAC----T-AA--A-------TC-C-AGT---G-TA--AGAAAACT-CAAAA--TATTGGA-----------TGGTGG-AA--A-AT----T-T-TTT---ATT--TGA---TGAACGCC--T--T-CA---A--AA--T-GA-----TGATCCCCGCTTG--ATTAC--GAAAAAATT----C--CTACC--GTC-CATTactagtataaaa
gi|13 : ttgtgaaaTC-A-AGC---AATA--A------T-AAAAA--TTTT-GAA-AATTTCT-ATGGTGG-AT--T-AT----T-T-CC----ATT--TGA---TGAAC-C-----------------A--T-G---------------------ATTAC--AAAAAAT-T----A--C-ACC--ATT-CATTTactaaagatctgttcatgc
gi|15 : aA-AATTCCT-ATGGTGG-GG--TTAA----T-T-TT----ATT--CGA---TGAA--CC--T--T-CAAG-A--AA--T-GAATACGTA----CCA--TGA-A-TAC--AAAA----T----T--C-A-C--AAC-C--TTTAcctatgaaatatggtcagcatacattgtgttttatat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTGGGAATATTTTAATAAGACATGTTCTTCCCAAAGAATTCACTGTAATTTCTGGATAATGAAATCAGGGAGTAGATTTAACAGACTCTTCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 2222222222222 11111 1111 111111 111 1111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 111111111 222222222 1111 111 222222222
lowQualScore : 0 111 111111 3 4 0 3 777 3 77 77 44 0 6666 6666666666666 3 44 11111 2 5555 6666 555555 222 3 4444 3 66666 333 77 33 3 6 44 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 555 3 99 3 44 555 6 6 3 888888888 3 3 3 77 3 44 555 77 44 777777777 44 7777 999999999 0 6666 777 444444444 55 3 55 4 4
lowQualScore : . ... ...... . . . . ... . .. .. .. . .... ............. . .. ..... . .... .... ...... ... . .... . ..... ... .. .. . . .. ................................................................................ . ... . .. . .. ... . . . ......... . . . .. . .. ... .. .. ......... .. .... ......... . .... ... ......... .. . .. . .
lowQualScore : 4 000 555555 4 0 4 6 111 5 77 88 22 9 8888 3333333333333 3 66 66666 9 4444 1111 222222 444 1 3333 1 77777 999 99 88 3 7 66 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 888 3 22 3 33 333 4 2 1 000000000 1 1 1 33 1 22 444 99 66 222222222 66 0000 666666666 3 4444 000 222222222 00 6 00 0 0
consensus : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTT--CATGTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGA-TT--TGT---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-----TTT--NAAAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC-TCT-T-C--CNA-T--------AG-A--CT--T---C-AA----T--GT----A-A-AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATC---A-AGCAGT--A-AT-CAAAA--TTTTTGAAAAT-TCCT-ATGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--T-ATT--TGA---TGAAC-CC--T--T-C----A--AA--T-GA-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
Reference ( family-2152 ) : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTT--CATNTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGA-TT--TNT---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-----TTT--NAAAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC-TCT-T-C--CAN-T--------AG-A--CT--T---C-AA----T--GT----A-A-AA--T---CTGAG-----T--AA---A--A---A-ATC---A-AGCAGT--A-AT-CAAAA--TTTTTGAAAAT-TCCT-ATGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--T-ATT--TGA---TGAAC-CC--T--T-C----A--AA--T-GA-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
gi|1 : TCCAGAATTATGCTT---GGTA------AAT-GATTAATTT-TCTTT--CATGTTTCCATAAAGTATAAA-GTATTATGTAA-CTTTTTACTTTA---------CAAAA-TT--TGGCA-AT-AA-AC---TAT-A----TTTA-----TTTA-AAAAA-TA-ATT-T--G--ATAAA-G-CATTGGC-TCTGT-C--CA--T--------AG-A--TT--T---T--A----T--GTC---A-ATAA--T---C--A---------AA---A--A---A-AT---------AAT--A-ATATAAAA--TAAATAAACATGTCCT-ATGTTTGAATTT-----AT-TCT-C--T-GTT--TGA----AAAA-CC--T--T-C----AAGAA--T--A-----TA--CAATG----ATTAC---AAA----T----CCTC-A--CC-ATCGCATTTTA
gi|10 : ttcAA-AA---AATAACTTTTTTC-----TGT--CTAAA-TA-A-TAT--G---TAAAGA-CATT-GCCTCT-TTC--CGCAT--------AT-A--CT--T---C-AAG---T--GTT---ATA-AA--TTTTCTGTG-----T--GA---ACTA---A-ATC---C-AGT-GT--A-AG--AAAA--CTC---AAAATATTGG-ATGGTGGA--AA-----AT-T-T-TT-T-ATT--TGA---TGAACGCC--T--T-CA---A--AA--T-GA-----TGATCCCCGCTTGATTAC--GAAAAAATT----C--CTA--CC-GTC-CATTtctgaagatatgcagatatacggctaaatagtcattatacattggcgcctttaaaaa
gi|11 : ttgtgaaaT---ATGAA-AA---TATAA----TTTT-----TGT--GAAAAATA-A-A-T--G--ATAAA-A-CAT--GC-TAT-T-C--CCA-T--------AG-A--CT--T---C--A----T--GT----A-C-AGT-T---CTAAG-----T--AA---A--AT--ATATC---G-AGCAGT--A-AT-CAAAA---TTTGGAAAAT-TCCT-ATGGTG----AC-----A--T-T-T--T-ATT--TGA---C-AAC-CCGGT--C-C----A--AA----GA-----TAT-CCATGA---ATTATAAAAAA----T----C--C-AACCC-ATC-TACTactaaagatctgttcatgc
gi|12 : AAAAAAGTGTACC--GGTAGTTTAAAATTGATTAATTT-TATTT--CATATTTTCATAAAG-GGAAA-GTT-TATGTAA-GTCTTTACT--A---------AGAGA-TT--TGT---AAGAA-AA---TTTAA----TTTCT----TTT--TAAAA-T--A-T-T--GTAATAAA-A-CAT--GC-TCT-T-T--CTT-T---------------T--T---C-AAACATT--GT----A-A-agtataaaa
gi|13 : tta-ATC---A-AGCAAT--A-AT-AAAAA--TTTT-GAAAAT-TTCT-ATGGTGGA--TT-----AT-T-T-C--C-ATT--TGA---TGAAC-C-----------------A--T-G-------------------ATTAC--AAAAAAT-T----A--C-A--CC-ATT-CATTTtaaa
gi|14 : AAATA-ATGCATAGGTA------AAT-CAGTGATTT-TATTT--CATATTT-TGCAAAG-AGAAG-GTT-TATATAACCTTTTCGC---A---------ATAGT-TT--TGT---ATGCA-AA---CACTA----TTTCA----TTG--GAAAA-T--G-T-T-----ATAAA-A-cctatgaaatatggtcagcatacattgtgttttatat
gi|15 : ttAAAT-TCCT-ATGGTGGG--GTT----AA-T-T-T--T-ATT--CGA---TGAA--CC--T--T-CAAG-A--AA--T-GAATACGTA--CCATGA---A-TAC--AAAA----T----T--C-A--Cat
gi|17 : CTAAAAATATGCAT---GGTA------AAT-GATCAAGTT-TATTT--CATATTTTCATAAAG-AAGA-------------------------A---------AAAGA-TT--TGT---ATGAA-AA---CATAA----TTaacctttattactatatataaaatatagtcctttataac
gi|2 : TTAATTT-TTTTTGTTATTTTT---TAAA----AAA-TTG-TGTGCG------TTAG---ATGAATGAAGAAAGA-TT--TGT---ATGAATAA---TATAT----ATTC-----TTT---AAAA-TA-A-T-T--G--GCAAA-AGCAT--G--TCT-T-CTTTAT-TTTTTCCCAAGAA--CT--TTGAT-AA----T--GT----A-A-GAATT---CAGGA-----T--AA---AT-A---A-ATCACTA-AGCACTACA-AT-CAAAA----TTTGAAAAA-TCCT--TAGTGGA--TG-----AC-T-TAG--T-ATT--TGAAATTGAAC-CC--T--TAT----A--AATGT-GA-----TA--CC--GGT--GTTAC--AAAAAC--C----C--C-A--CC-CTC-CAT
gi|3 : TGT---GGTA------A-T-GGTTAATTAATATT----ATGTTTCAAAAAAG-AGAAA-GTGGTATGCAA-CTTTTTACC--A---------AGACA-TT--TTT---ATGAA-AAAAATA-AA----TATT-----TTT--AAAAA-TA-A-T-TTTA--ATAAA---CAT--G--TCT-T-C--TCA-T--------AG-A--CC--T---T-CA----T--GT----A-ATAA--TT--CTAGG-----TCTAA---T--A---A-ATC---A-AGAAGT--A-AT-CAAAA---ATTCGGAAAT-T-CT-ATGGTGG----T-----TT-T-T-T--T-CTT--TGA---T--AC-C----------------------GA-----------ATGAA--ATTACA-AAAA----T----C--T-A--CC-ATC-CATatgaaatatggtcgtttacaactgaataaccttaaatatat
gi|4 : TCTAAAATTCTATGT---G--A------AAT-G-------T-GATAT--CATACTTCCATAAAT-GGGAA-ATG-TATGCAA-C-TCTTAC---T---------GAAAA-TT--TGTCCGATGAA-AA---TACTACC--TTTG-----TTT--CAAAA-TA-ATT-T--C--ATAAA-A-CAT--GC-TGT-TGC--CCA-T--------AG-A--CT--T---C-GAAC--T--GTTAG-A-A-AA--T---TCGAG-----T--GAAATA--A---A-ATC---ACAGCAGT--ACAT-CAAAA--TTTT--GAAAT-TCCT-AT-GTGGA--A------ATAT-T-T--T-ATT--TGA---TGAA--CC--T--T-CAA--A--AA--G-AA-----TA--CCATGAT--G--ACA-AAAA----T----C--C-G--CCAATC-CATTagtacctgcagataacatatatggtcgttatgattattgaatatacttaaatacatgtaaat
gi|5 : cAAAAA-ATGTGT---GGTA------ATT-GATGCATTT-TATT---------------------AAA-GCG-TATGCAA-CTTTTTAC---G---------AA----------------GAA-AA---TGTAA----TTTC-----TTTTACAAAG-TATT-T-T--G--ATAGA-A-AAT--GA-TCT-T-C--CAA-T--------AG-A--CT--T---CAAA----T--TC----A-A-AT--T---CTAAG-----T--GA---AATA---A-ATC---A-AGCAGT--A-TT-TAAACTTTTTTTAATAAT-TTTT-ATGATGAA--AT-----AT-T-C-T--T-ATT--TGA---TGAA---C--T--T-T----A--AA--T-GT-----TA--CCAT--T--ATTAA--GAAAAT--T----C--C-A--CC-ATC-AATTTTAaactaatacgaaatatgttggtta
gi|6 : TCTAAAAATGTGTAT---GGTA------AAT-GG---GTTT-T----------TTTTCACAAAG-AGAAA---G-TA--CA----TGTTAC--------------------T--T-------------------------TTCT-----TTT--AAAAA-TATC-T-T--A--ATAGA-A-CAT--GC-TCT-T-C--CCA-T--------AA-A--TT--T---C-AA----A--GT----A-A-AA--TT--CCAGG-----T--GA---A--ATAAA-ATC---A-AATAGT--A--T-AAAAA--ATTCTGAAAAT-TCCT-ATGATGGA--TT-----AT-T-T-C--T-ATT--TGA---TGctagatataaaatatggtcattgtacaataaatatattat
gi|7 : tTCTAAAAATATATGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-CATTT--CACTTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTATAC---A---------AGAGA-TT--TTT---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-----TTT--GAAAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--AC-TAT-T-C--CAA----------AG-A--CT--T---C-AA----T--GT----A-A-AA--T---GTGGG-----T--AA---A--A---ATTTC---A-AGCA-T--A-AT-CAAAA--TTTTTGAAACT-TCCT-GTGGTGGA--AT-----AC-T-T-T--T-ATT--TGA---TGAAC-CC--T--T-C----A--AA--T-GA-----TA--CCGTGAT--ATTAC--AAAA----T----C--C-A---C-ATC-CATTTTAcagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatatgaccgtaataaatacatagaatacctta
gi|8 : C---A---------AAAGT-TTCTTCT---ATGAA-AA---AATAA----TTT------------------------T--G--ATAAA-A-CAT--GC-TGT-T-C--CAC-T--------AG-AATCTTGT---T-AA----T--GTAATAA-A-AA--TGG-CTGGGAGAAAT--AA---A--A---A-G-----A-ACCAGTAAA-AT-C-ACA--TTTTGGACAAT-TCCTAATGGTGGA--CCGCAGGAT-T-T-TAATAATTTATGA---TGAAC-CC--TTGT-CAACAA--AA--TGGA-----TA--CCATGGT--GTTAC--GAAA----TATACC--C-A--CC-ATT-TAT
gi|9 : acttaatGC---AATA------A---GGTTAATTC-TATTT--CATGTGTTAATAAAATAGAAATGTGGTGTGTAA-CTTTTTAC---C---------AATGATTT--TCT---ATGAA-AA---AATAAAAAGTTTCTCTTTTTT--TAAAA-C--A-T-T--G--AT-------GT--TC-CTT-T-C--CA--------------A--AT--T-----AA----TTGGC----A-A-AAATT---CTAGG-----T--CA---A--AT--A-ATC---A-AGAAGT--A-AT-CGAAA---GTTTAAAAAT-TACT-AAGGTAGA--TT-----AT-T-T-T--T-ATT--TGA---TGAAC-CC--T--TGA----A--AA--T-GA-----TA--CCATgatcatccaaattaactgaatatgaaataaattg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTGGGAATATTTTAATAAGACATGTTCTTCCCAAAGAATTCACTGTAATTTCTGGATAATGAAATCAGGGAGTAGATTTAACAGACTCTTCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 2222222222222 111111 1111 1111 1111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 111111111 22222222222222222222222222222222222222 111 222222222
lowQualScore : 0 111 111111 3 4 0 3 2 4 4 77 44 0 6666 6666666666666 44 333333 2 5555 6666 88888888 88 44 3 1111 3 99999 333 77 7777777777 1 3 555 1 44 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 999 99999 44 8 555 6 3 3 444444444 3 3 3 77 44 3 555 77 44 88888888888888888888888888888888888888 777 444444444 55 3 55 4 4
lowQualScore : . ... ...... . . . . . . . .. .. . .... ............. .. ...... . .... .... ........ .. .. . .... . ..... ... .. .......... . . ... . .. ............................................................ . ... ..... .. . ... . . . ......... . . . .. .. . ... .. .. ...................................... ... ......... .. . .. . .
lowQualScore : 4 000 555555 4 0 4 6 1 1 1 88 22 9 8888 3333333333333 66 888888 9 4444 1111 11111111 22 22 1 2222 1 88888 999 99 9999999999 0 3 666 3 66 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 222 88888 33 7 111 2 1 1 999999999 1 1 1 33 22 1 444 99 66 11111111111111111111111111111111111111 000 222222222 00 6 00 0 0
consensus : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TCTT-CCC--ATAGA--CTT--C---AA----T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAAATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGT-GGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
Reference ( family-2152 ) : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATGTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TCTT-CCN--ATAGA--CTT--C---AA----T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAAATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGT-GGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
gi|1 : TCCAGAATTATGCTT---GGTA------AAT-GATTAATTT-TCTTTCATGTTTCCATAAAGTATAAA-GTATTATGTAA-CTTTTTACTTTA---------CAAAATT--TG-GCA-AT-AA-AC---TAT-A----TTTA-T-----TTAAA--AAA-TA-ATT-T--G--ATAAA-G-CATTGGC----------TCTG-TCC--ATAGA--TTT--T----A----T--GTC--A-AT---AA--T---C---------A--AA---A--A---A-AT--------AATA--A--TATAAAATAAAT--AAACATGTCCTA-TGTT-TGAATTT-----AT-TCT-C--TG--TT-TGA----AAAA-CC--TT-----C---AAGAA--T--A-----TA--CAATG----ATTAC---AAA----T----CCTC-A--CC-ATCGCATTTTA
gi|10 : ttcAA-AA---AATAACTTTTTTC-T-----GT-CT--AAA-TA-A-TAT--G---TAAAGA-CATT-GCC---------TCTT-TCCGCATATA--CTT--C---AAG---T--GTT--ATA----AA--TTTTCTGTG-----T--GA---ACTA---A-ATCC---AGT-GTA--A--G--AAAACTC-----AAAATATTGGA-TGGT-GGA--AA-----AT-T-T-TT-TA--TT-TGA---TGAACGCC--TT-----CA--A--AA--TG-A-----TGATCCCCGCTTGATTAC--GAAAAAATT----C--CTA--CC-GTC-CATTtctgaagatatgcagatatacggctaaatagtcattatacattggcgcctttaaaaa
gi|11 : ttgtgaaa-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTT-T-----GT-GA--AAAATA-A-A-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TATT-CCC--ATAGA--CTT--C----A----T--GT---A-C----AGT-T---CTAAG-----T--AA---A--AT--ATATCG---AGCAGTA--A--T-CAAAA-TTTG--GAAAAT-TCCTA-TGGT-G----AC-----A--T-T-T--TA--TT-TGA---C-AAC-CCGGTC-----C---A--AA---G-A-----TAT-CCATGA---ATTATAAAAAA----T----C--C-AACCC-ATC-TACTactaaagatctgttcatgc
gi|12 : AAAAAAGTGTACC--GGTAGTTTAAAATTGATTAATTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-GGAAA-GTT-TATGTAA-GTCTTTACT--A---------AGAGATT--TG-T---AAGAA-AA---TTTAA----TTTCTT-----TT-TA--AAA-T--A-T-T--GTAATAAA-A-CAT--GC----------TCTT-TCT--TT------TT--C---AAACATT--GT---A-A----agtataaaa
gi|13 : tta-ATCA---AGCAATA--A--T-AAAAATTTT---GAAAAT-TTCTA-TGGT-GGA--TT-----AT-T-T-C--CA--TT-TGA---TGAAC-C------------------A--TG--------------------ATTAC--AAAAAAT-T----A--C-A--CC-ATT-CATTTtaaa
gi|14 : AAATA-ATGCATAGGTA------AAT-CAGTGATTT-TATTTCATATTT-TGCAAAG-AGAAG-GTT-TATATAACCTTTTCGC---A---------ATAGTTT--TG-T---ATGCA-AA---CACTA----TTTCAT-----TG-GA--AAA-T--G-T-T-----ATAAA-A-cctatgaaatatggtcagcatacattgtgttttatat
gi|15 : ttAAAT-TCCTA-TGGTGGGG--TT-----AA-T-T-T--TA--TT-CGA---TGAA--CC--TT-----CAAGA--AA--TG-AATACGTA--CCATGA---A-TAC--AAAA----T----T--C-A--Cat
gi|17 : CTAAAAATATGCAT---GGTA------AAT-GATCAAGTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-AAGA-------------------------A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---CATAA----TTaacctttattactatatataaaatatagtcctttataac
gi|2 : TTAATTT-TTTTTGTTATTTTT-TAAA----AAA-TTG-TGTGCG------TTAG---ATGAATGAAGAAAGATT--TG-T---ATGAATAA---TATAT----ATTC-T-----TT--A--AAA-TA-A-T-T--G--GCAAA-AGCAT--GTCTTCTTTATTTTTT-CCC--AAGAA--CTT--TGATAA----T--GT---A-A----GAATT---CAGGA-----T--AA---AT-A---A-ATCACTAAGCACTACAA--T-CAAAA--TTT--GAAAAA-TCCT--TAGT-GGA--TG-----AC-T-TAG--TA--TT-TGAAATTGAAC-CC--TTA----T---A--AATGTG-A-----TA--CC--GGT--GTTAC--AAAAAC--C----C--C-A--CC-CTC-CAT
gi|3 : TGT---GGTA------A-T-GGTTAATTAATATT--ATGTTTCAAAAAAG-AGAAA-GTGGTATGCAA-CTTTTTACC--A---------AGACATT--TT-T---ATGAA-AAAAATA-AA----TATT-T-----TT-AA--AAA-TA-A-T-TTTA--ATAAA---CAT--G-----------TCTT-CTC--ATAGA--CCT--T---CA----T--GT---A-AT---AA--TT--CTAGG-----TCTAA---T--A---A-ATCA---AGAAGTA--A--T-CAAAA-ATTC--GGAAAT-T-CTA-TGGT-GG----T-----TT-T-T-T--TC--TT-TGA---T--AC-C----------------------G-A-----------ATGAA--ATTACA-AAAA----T----C--T-A--CC-ATC-CATatgaaatatggtcgtttacaactgaataaccttaaatatat
gi|4 : TCTAAAATTCTATGT---G--A------AAT-G-------T-GATATCATACTTCCATAAAT-GGGAA-ATG-TATGCAA-C-TCTTAC---T---------GAAAATT--TG-TCCGATGAA-AA---TACTACC--TTTG-T-----TT-CA--AAA-TA-ATT-T--C--ATAAA-A-CAT--GC----------TGTTGCCC--ATAGA--CTT--C---GAAC--T--GTTAGA-A----AA--T---TCGAG-----T--GAAATA--A---A-ATCAC--AGCAGTAC-A--T-CAAAATTTT----GAAAT-TCCTA-T-GT-GGA--A------ATAT-T-T--TA--TT-TGA---TGAA--CC--TT-----CAA-A--AA--GA-A-----TA--CCATGAT--G--ACA-AAAA----T----C--C-G--CCAATC-CATTagtacctgcagataacatatatggtcgttatgattattgaatatacttaaatacatgtaaat
gi|5 : cAAAAA-ATGTGT---GGTA------ATT-GATGCATTT-TATT-------------------AAA-GCG-TATGCAA-CTTTTTAC---G---------AA----------------GAA-AA---TGTAA----TTTC-T-----TT-TACAAAG-TA-T-T-TT-G--ATAGA-A-AAT--GA----------TCTT-CCA--ATAGA--CTT--C---AAA---T--TC---A-A----AT--T---CTAAG-----T--GA---A--ATA-A-ATCA---AGCAGTA--T--T-TAAACTTTTTTTAATAAT-TTTTA-TGAT-GAA--AT-----AT-T-C-T--TA--TT-TGA---TGAA---C--TT-----T---A--AA--TG-T-----TA--CCAT--T--ATTAA--GAAAAT--T----C--C-A--CC-ATC-AATTTTAaactaatacgaaatatgttggtta
gi|6 : TCTAAAAATGTGTAT---GGTA------AAT-GG---GTTT-T--------TTTTCACAAAG-AGAAA---G-TA--CA----TGTTAC-------------------T--T--------------------------TTCT-T-----TT-AA--AAA-TATC-T-T--A--ATAGA-A-CAT--GC----------TCTT-CCC--ATAAA--TTT--C---AA----A--GT---A-A----AA--TT--CCAGG-----T--GA---A--ATAAA-ATCA---AATAGTA-----T-AAAAAATTCT--GAAAAT-TCCTA-TGAT-GGA--TT-----AT-T-T-C--TA--TT-TGA---TGctagatataaaatatggtcattgtacaataaatatattat
gi|7 : tTCTAAAAATATATGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-CATTTCACTTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTATAC---A---------AGAGATT--TT-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-GA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--AC----------TATT-CCA--A-AGA--CTT--C---AA----T--GT---A-A----AA--T---GTGGG-----T--AA---A--A---ATTTCA---AGCA-TA--A--T-CAAAATTTTT--GAAACT-TCCTG-TGGT-GGA--AT-----AC-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCGTGAT--ATTAC--AAAA----T----C--C-A---C-ATC-CATTTTAcagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatatgaccgtaataaatacatagaatacctta
gi|8 : C---A---------AAAGTTTCTTC-T---ATGAA-AA---AATAA----TTT--------------------------T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TGTT-CCA--CTAGAATCTTGTT---AA----T--GT---A-ATAAAAA--TGG-CTGGGAGAAAT--AA---A--A---A-G--A---ACCAGTA--AAAT-CACA-TTTTG--GACAAT-TCCTAATGGT-GGA--CCGCAGGAT-T-T-TAATAATTTATGA---TGAAC-CC--TTGTCAAC---A--AAA-TGGA-----TA--CCATGGT--GTTAC--GAAA----TATACC--C-A--CC-ATT-TAT
gi|9 : acttaatGC---AATA------A---GGTTAATTC-TATTTCATGTGTTAATAAAATAGAAATGTGGTGTGTAA-CTTTTTAC---C---------AATGATT--TTCT---ATGAA-AA---AATAAAAAGTTTC-TCTTTTTT-TA--AAA-CA---T-T--G--ATG-------T--TC----------CTTT-CCA--A---A--TT-------AA----TTGGC---A-A----AAATT---CTAGG-----T--CA---A--AT--A-ATCA---AGAAGTA--A--T-CGAAAGTTT---AAAAAT-TACTA-AGGT-AGA--TT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TTG----A---A--AA--TG-A-----TA--CCATgatcatccaaattaactgaatatgaaataaattg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTCTTGGGAATATTTTAATAAGACATGTTCTTCCCAAAGAATTCACTGTAATTTCTGGATAATGAAATCAGGGAGTAGATTTAACAGACTCTTCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 2222222222222 111111 1111 1111 1111111111 1111111111 111 222222222222 1111111111 11111 11111111111 111111111 22222222222222222222222222222222222222 111 222222222
lowQualScore : 0 111 111111 3 4 0 3 2 1 4 77 44 0 6666 6666666666666 44 333333 2 5555 6666 88888888 88 44 3 0000 2 99999 333 77 6666666666 3 3 44 1 44 3333333333 44 222 3 555555555555 88888 44 9999999999 6 888 0 11111 44 33333333333 5 3 888888888 3 3 3 77 44 3 555 77 44 88888888888888888888888888888888888888 777 444444444 55 3 55 4 4
lowQualScore : . ... ...... . . . . . . . .. .. . .... ............. .. ...... . .... .... ........ .. .. . .... . ..... ... .. .......... . . .. . .. .......... .. ... . ............ ..... .. .......... . ... . ..... .. ........... . . ......... . . . .. .. . ... .. .. ...................................... ... ......... .. . .. . .
lowQualScore : 4 000 555555 4 0 4 6 1 8 1 88 22 9 8888 3333333333333 66 888888 9 4444 1111 11111111 22 22 1 8888 9 55555 000 33 5555555555 1 1 66 6 66 8888888888 66 555 3 333333333333 33333 66 6666666666 2 555 2 44444 55 88888888888 7 1 000000000 1 1 1 33 22 1 444 99 66 11111111111111111111111111111111111111 000 222222222 00 6 00 0 0
consensus : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
Reference ( family-2152 ) : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
gi|1 : TCCAGAATTATGCTT---GGTA------AAT-GATTAATTT-TCTTTCATGTTTCCATAAAGTATAAA-GTATTATGTAA-CTTTTTACTTTA---------CAAAATT--TG-GCA-AT-AA-AC---TAT-A----TTTA-T-----TTAAA--AAA-TA-ATT-T--G--ATAAA-G-CATTGGC----------TC-TG-TCC--ATAGA--TTT--T----A--T--GTC--A-AT---AA--T---C---------A--AA---A--A---A-AT--------AATA--A--TATAAA---ATAAAT--AAACATGTCCTA-TGTTTGAATTT-----AT-TCT-C--TG--TT-TGA----AAAA-CC--TT-----C---AAGAA--T--A-----TA--CAATG----ATTAC---AAA----T----CCTC-A--CC-ATCGCATTTTA
gi|10 : ttcAA-AA---AATAACTTTTTTC-T-----GT-CT--AAA-TA-A-TAT--G---TAAAGA-CATT-GCC---------TC-TT-TCCGCATATA--CTT--C---AAG-T--GTT--ATA----AA--TTTTCTGTG-----T--GA---ACTA---A-ATCC---AGT-GTA--A--G--AAA---ACTC-----AAAATATTGGA-TGGTGGA--AA-----AT-T-T-TT-TA--TT-TGA---TGAACGCC--TT-----CA--A--AA--TG-A-----TGATCCCCGCTTGATTAC--GAAAAAATT----C--CTA--CC-GTC-CATTtctgaagatatgcagatatacggctaaatagtcattatacattggcgcctttaaaaa
gi|11 : ttgtgaaa-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTT-T-----GT-GA--AAAATA-A-A-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TA-TT-CCC--ATAGA--CTT--C----A--T--GT---A-C----AGT-T---CTAAG-----T--AA---A--AT--ATATCG---AGCAGTA--A--T-CAAA---A-TTTG--GAAAAT-TCCTA-TGGTG----AC-----A--T-T-T--TA--TT-TGA---C-AAC-CCGGTC-----C---A--AA---G-A-----TAT-CCATGA---ATTATAAAAAA----T----C--C-AACCC-ATC-TACTactaaagatctgttcatgc
gi|12 : AAAAAAGTGTACC--GGTAGTTTAAAATTGATTAATTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-GGAAA-GTT-TATGTAA-GTCTTTACT--A---------AGAGATT--TG-T---AAGAA-AA---TTTAA----TTTCTT-----TT-TA--AAA-T--A-T-T--GTAATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-TCagtataaaa
gi|13 : tta-ATCA---AGCAATA--A--T-AAAA---ATTTT---GAAAAT-TTCTA-TGGTGGA--TT-----AT-T-T-C--CA--TT-TGA---TGAAC-C------------------A--TG--------------------ATTAC--AAAAAAT-T----A--C-A--CC-ATT-CATTTtttttcaaacattgtaataaa
gi|14 : AAATA-ATGCATAGGTA------AAT-CAGTGATTT-TATTTCATATTT-TGCAAAG-AGAAG-GTT-TATATAACCTTTTCGC---A---------ATAGTTT--TG-T---ATGCA-AA---CACTA----TTTCAT-----TG-GA--AAA-T--G-T-T-----ATAAA-A-cctatgaaatatggtcagcatacattgtgttttatat
gi|15 : ttAAAT-TCCTA-TGGTGGG--GTT----AA-T-T-T--TA--TT-CGA---TGAA--CC--TT-----CAAGA--AA--TG-AATACGTA--CCATGA---A-TAC--AAAA----T----T--C-A--Cat
gi|16 : -T-T--A--ATAAG-A-CAT--GT----------TC-TT-CCC--AAAGA--ATT--C---AC--T--GT---A-A----TT--T---CTGGA-----T--AAT--G--A---A-ATCA---GGGAGTAG-A--T-TTAACAGACTCTT--CAAAAT-aacctttattactatatataaaatatagtcctttataac
gi|17 : ctcttgggaatattCTAAAAATATGCAT---GGTA------AAT-GATCAAGTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-AAGA-------------------------A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---CATAA----TT
gi|2 : TTAATTT-TTTTTGTTATTTTT-TAAA----AAA-TTG-TGTGCG------TTAG---ATGAATGAAGAAAGATT--TG-T---ATGAATAA---TATAT----ATTC-T-----TT--A--AAA-TA-A-T-T--G--GCAAA-AGCAT--GTCTTCTTTATTTT-TT-CCC--AAGAA--CTT--TGATAA--T--GT---A-A----GAATT---CAGGA-----T--AA---AT-A---A-ATCACTAAGCACTACAA--T-CAAA---A--TTT--GAAAAA-TCCT--TAGTGGA--TG-----AC-T-TAG--TA--TT-TGAAATTGAAC-CC--TTA----T---A--AATGTG-A-----TA--CC--GGT--GTTAC--AAAAAC--C----C--C-A--CC-CTC-CAT
gi|3 : TGT---GGTA------A-T-GGTTAATTAATATT--ATGTTTCAAAAAAG-AGAAA-GTGGTATGCAA-CTTTTTACC--A---------AGACATT--TT-T---ATGAA-AAAAATA-AA----TATT-T-----TT-AA--AAA-TA-A-T-TTTA--ATAAA---CAT--G-----------TC-TT-CTC--ATAGA--CCT--T---CA--T--GT---A-AT---AA--TT--CTAGG-----TCTAA---T--A---A-ATCA---AGAAGTA--A--T-CAAA---A-ATTC--GGAAAT-T-CTA-TGGTGG----T-----TT-T-T-T--TC--TT-TGA---T--AC-C----------------------G-A-----------ATGAA--ATTACA-AAAA----T----C--T-A--CC-ATC-CATatgaaatatggtcgtttacaactgaataaccttaaatatat
gi|4 : TCTAAAATTCTATGT---G--A------AAT-G-------T-GATATCATACTTCCATAAAT-GGGAA-ATG-TATGCAA-C-TCTTAC---T---------GAAAATT--TG-TCCGATGAA-AA---TACTACC--TTTG-T-----TT-CA--AAA-TA-ATT-T--C--ATAAA-A-CAT--GC----------TG-TTGCCC--ATAGA--CTT--C---GAACT--GTTAGA-A----AA--T---TCGAG-----T--GAAATA--A---A-ATCAC--AGCAGTAC-A--T-CAAA---ATTTT----GAAAT-TCCTA-T-GTGGA--A------ATAT-T-T--TA--TT-TGA---TGAA--CC--TT-----CAA-A--AA--GA-A-----TA--CCATGAT--G--ACA-AAAA----T----C--C-G--CCAATC-CATTagtacctgcagataacatatatggtcgttatgattattgaatatacttaaatacatgtaaat
gi|5 : cAAAAA-ATGTGT---GGTA------ATT-GATGCATTT-TATT-------------------AAA-GCG-TATGCAA-CTTTTTAC---G---------AA----------------GAA-AA---TGTAA----TTTC-T-----TT-TACAAAG-TA-T-T-TT-G--ATAGA-A-AAT--GA----------TC-TT-CCA--ATAGA--CTT--C---AAA-T--TC---A-A----AT--T---CTAAG-----T--GA---A--ATA-A-ATCA---AGCAGTA--T--T-TAAA---CTTTTTTTAATAAT-TTTTA-TGATGAA--AT-----AT-T-C-T--TA--TT-TGA---TGAA---C--TT-----T---A--AA--TG-T-----TA--CCAT--T--ATTAA--GAAAAT--T----C--C-A--CC-ATC-AATTTTAaactaatacgaaatatgttggtta
gi|6 : TCTAAAAATGTGTAT---GGTA------AAT-GG---GTTT-T--------TTTTCACAAAG-AGAAA---G-TA--CA----TGTTAC-------------------T--T--------------------------TTCT-T-----TT-AA--AAA-TATC-T-T--A--ATAGA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAAA--TTT--C---AA--A--GT---A-A----AA--TT--CCAGG-----T--GA---A--ATAAA-ATCA---AATAGTA-----T-AAAA---AATTCT--GAAAAT-TCCTA-TGATGGA--TT-----AT-T-T-C--TA--TT-TGA---TGctagatataaaatatggtcattgtacaataaatatattat
gi|7 : tTCTAAAAATATATGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-CATTTCACTTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTATAC---A---------AGAGATT--TT-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-GA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--AC----------TA-TT-CCA--A-AGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---GTGGG-----T--AA---A--A---ATTTCA---AGCA-TA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAACT-TCCTG-TGGTGGA--AT-----AC-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCGTGAT--ATTAC--AAAA----T----C--C-A---C-ATC-CATTTTAcagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatatgaccgtaataaatacatagaatacctta
gi|8 : C---A---------AAAGTTTCTTC-T---ATGAA-AA---AATAA----TTT--------------------------T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TG-TT-CCA--CTAGAATCTTGTT---AA--T--GT---A-ATAAAAA--TGG-CTGGGAGAAAT--AA---A--A---A-G--A---ACCAGTA--AAAT-CACA----TTTTG--GACAAT-TCCTAATGGTGGA--CCGCAGGAT-T-T-TAATAATTTATGA---TGAAC-CC--TTGTCAAC---A--AAA-TGGA-----TA--CCATGGT--GTTAC--GAAA----TATACC--C-A--CC-ATT-TAT
gi|9 : acttaatGC---AATA------A---GGTTAATTC-TATTTCATGTGTTAATAAAATAGAAATGTGGTGTGTAA-CTTTTTAC---C---------AATGATT--TTCT---ATGAA-AA---AATAAAAAGTTTC-TCTTTTTT-TA--AAA-CA---T-T--G--AT-----------GT----------TCCTT-TCC--AAA------T--T---AA--TTGGC---A-A----AAATT---CTAGG-----T--CA---A--AT--A-ATCA---AGAAGTA--A--T-CGAA---AGTTT---AAAAAT-TACTA-AGGTAGA--TT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TTG----A---A--AA--TG-A-----TA--CCATgatcatccaaattaactgaatatgaaataaattg
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 2222222222222 111111 1111 1111 1111111111 1111111111 111 222222222222 1111111111 11111 11111111111 111111111 22222222222222222222222222222222222222 111 222222222
lowQualScore : 0 111 111111 3 4 0 3 2 1 4 77 44 0 6666 6666666666666 44 333333 2 5555 6666 88888888 88 44 3 0000 2 99999 333 77 6666666666 3 3 44 1 44 3333333333 44 222 3 555555555555 88888 44 9999999999 6 888 0 11111 44 33333333333 5 3 888888888 3 3 3 77 44 3 555 77 44 88888888888888888888888888888888888888 777 444444444 55 3 55 4 4
lowQualScore : . ... ...... . . . . . . . .. .. . .... ............. .. ...... . .... .... ........ .. .. . .... . ..... ... .. .......... . . .. . .. .......... .. ... . ............ ..... .. .......... . ... . ..... .. ........... . . ......... . . . .. .. . ... .. .. ...................................... ... ......... .. . .. . .
lowQualScore : 4 000 555555 4 0 4 6 1 8 1 88 22 9 8888 3333333333333 66 888888 9 4444 1111 11111111 22 22 1 8888 9 55555 000 33 5555555555 1 1 66 6 66 8888888888 66 555 3 333333333333 33333 66 6666666666 2 555 2 44444 55 88888888888 7 1 000000000 1 1 1 33 22 1 444 99 66 11111111111111111111111111111111111111 000 222222222 00 6 00 0 0
consensus : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
Reference ( family-2152 ) : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
gi|1 : TCCAGAATTATGCTT---GGTA------AAT-GATTAATTT-TCTTTCATGTTTCCATAAAGTATAAA-GTATTATGTAA-CTTTTTACTTTA---------CAAAATT--TG-GCA-AT-AA-AC---TAT-A----TTTA-T-----TTAAA--AAA-TA-ATT-T--G--ATAAA-G-CATTGGC----------TC-TG-TCC--ATAGA--TTT--T----A--T--GTC--A-AT---AA--T---C---------A--AA---A--A---A-AT--------AATA--A--TATAAA---ATAAAT--AAACATGTCCTA-TGTTTGAATTT-----AT-TCT-C--TG--TT-TGA----AAAA-CC--TT-----C---AAGAA--T--A-----TA--CAATG----ATTAC---AAA----T----CCTC-A--CC-ATCGCATTTTA
gi|10 : ttcAA-AA---AATAACTTTTTTC-T-----GT-CT--AAA-TA-A-TAT--G---TAAAGA-CATT-GCC---------TC-TT-TCCGCATATA--CTT--C---AAG-T--GTT--ATA----AA--TTTTCTGTG-----T--GA---ACTA---A-ATCC---AGT-GTA--A--G--AAA---ACTC-----AAAATATTGGA-TGGTGGA--AA-----AT-T-T-TT-TA--TT-TGA---TGAACGCC--TT-----CA--A--AA--TG-A-----TGATCCCCGCTTGATTAC--GAAAAAATT----C--CTA--CC-GTC-CATTtctgaagatatgcagatatacggctaaatagtcattatacattggcgcctttaaaaa
gi|11 : ttgtgaaa-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTT-T-----GT-GA--AAAATA-A-A-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TA-TT-CCC--ATAGA--CTT--C----A--T--GT---A-C----AGT-T---CTAAG-----T--AA---A--AT--ATATCG---AGCAGTA--A--T-CAAA---A-TTTG--GAAAAT-TCCTA-TGGTG----AC-----A--T-T-T--TA--TT-TGA---C-AAC-CCGGTC-----C---A--AA---G-A-----TAT-CCATGA---ATTATAAAAAA----T----C--C-AACCC-ATC-TACTactaaagatctgttcatgc
gi|12 : AAAAAAGTGTACC--GGTAGTTTAAAATTGATTAATTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-GGAAA-GTT-TATGTAA-GTCTTTACT--A---------AGAGATT--TG-T---AAGAA-AA---TTTAA----TTTCTT-----TT-TA--AAA-T--A-T-T--GTAATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-TCagtataaaa
gi|13 : tta-ATCA---AGCAATA--A--T-AAAA---ATTTT---GAAAAT-TTCTA-TGGTGGA--TT-----AT-T-T-C--CA--TT-TGA---TGAAC-C------------------A--TG--------------------ATTAC--AAAAAAT-T----A--C-A--CC-ATT-CATTTtttttcaaacattgtaataaa
gi|14 : AAATA-ATGCATAGGTA------AAT-CAGTGATTT-TATTTCATATTT-TGCAAAG-AGAAG-GTT-TATATAACCTTTTCGC---A---------ATAGTTT--TG-T---ATGCA-AA---CACTA----TTTCAT-----TG-GA--AAA-T--G-T-T-----ATAAA-A-cctatgaaatatggtcagcatacattgtgttttatat
gi|15 : ttAAAT-TCCTA-TGGTGGG--GTT----AA-T-T-T--TA--TT-CGA---TGAA--CC--TT-----CAAGA--AA--TG-AATACGTA--CCATGA---A-TAC--AAAA----T----T--C-A--Cat
gi|16 : -T-T--A--ATAAG-A-CAT--GT----------TC-TT-CCC--AAAGA--ATT--C---AC--T--GT---A-A----TT--T---CTGGA-----T--AAT--G--A---A-ATCA---GGGAGTAG-A--T-TTAACAGACTCTT--CAAAAT-aacctttattactatatataaaatatagtcctttataac
gi|17 : ctcttgggaatattCTAAAAATATGCAT---GGTA------AAT-GATCAAGTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-AAGA-------------------------A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---CATAA----TT
gi|2 : TTAATTT-TTTTTGTTATTTTT-TAAA----AAA-TTG-TGTGCG------TTAG---ATGAATGAAGAAAGATT--TG-T---ATGAATAA---TATAT----ATTC-T-----TT--A--AAA-TA-A-T-T--G--GCAAA-AGCAT--GTCTTCTTTATTTT-TT-CCC--AAGAA--CTT--TGATAA--T--GT---A-A----GAATT---CAGGA-----T--AA---AT-A---A-ATCACTAAGCACTACAA--T-CAAA---A--TTT--GAAAAA-TCCT--TAGTGGA--TG-----AC-T-TAG--TA--TT-TGAAATTGAAC-CC--TTA----T---A--AATGTG-A-----TA--CC--GGT--GTTAC--AAAAAC--C----C--C-A--CC-CTC-CAT
gi|3 : TGT---GGTA------A-T-GGTTAATTAATATT--ATGTTTCAAAAAAG-AGAAA-GTGGTATGCAA-CTTTTTACC--A---------AGACATT--TT-T---ATGAA-AAAAATA-AA----TATT-T-----TT-AA--AAA-TA-A-T-TTTA--ATAAA---CAT--G-----------TC-TT-CTC--ATAGA--CCT--T---CA--T--GT---A-AT---AA--TT--CTAGG-----TCTAA---T--A---A-ATCA---AGAAGTA--A--T-CAAA---A-ATTC--GGAAAT-T-CTA-TGGTGG----T-----TT-T-T-T--TC--TT-TGA---T--AC-C----------------------G-A-----------ATGAA--ATTACA-AAAA----T----C--T-A--CC-ATC-CATatgaaatatggtcgtttacaactgaataaccttaaatatat
gi|4 : TCTAAAATTCTATGT---G--A------AAT-G-------T-GATATCATACTTCCATAAAT-GGGAA-ATG-TATGCAA-C-TCTTAC---T---------GAAAATT--TG-TCCGATGAA-AA---TACTACC--TTTG-T-----TT-CA--AAA-TA-ATT-T--C--ATAAA-A-CAT--GC----------TG-TTGCCC--ATAGA--CTT--C---GAACT--GTTAGA-A----AA--T---TCGAG-----T--GAAATA--A---A-ATCAC--AGCAGTAC-A--T-CAAA---ATTTT----GAAAT-TCCTA-T-GTGGA--A------ATAT-T-T--TA--TT-TGA---TGAA--CC--TT-----CAA-A--AA--GA-A-----TA--CCATGAT--G--ACA-AAAA----T----C--C-G--CCAATC-CATTagtacctgcagataacatatatggtcgttatgattattgaatatacttaaatacatgtaaat
gi|5 : cAAAAA-ATGTGT---GGTA------ATT-GATGCATTT-TATT-------------------AAA-GCG-TATGCAA-CTTTTTAC---G---------AA----------------GAA-AA---TGTAA----TTTC-T-----TT-TACAAAG-TA-T-T-TT-G--ATAGA-A-AAT--GA----------TC-TT-CCA--ATAGA--CTT--C---AAA-T--TC---A-A----AT--T---CTAAG-----T--GA---A--ATA-A-ATCA---AGCAGTA--T--T-TAAA---CTTTTTTTAATAAT-TTTTA-TGATGAA--AT-----AT-T-C-T--TA--TT-TGA---TGAA---C--TT-----T---A--AA--TG-T-----TA--CCAT--T--ATTAA--GAAAAT--T----C--C-A--CC-ATC-AATTTTAaactaatacgaaatatgttggtta
gi|6 : TCTAAAAATGTGTAT---GGTA------AAT-GG---GTTT-T--------TTTTCACAAAG-AGAAA---G-TA--CA----TGTTAC-------------------T--T--------------------------TTCT-T-----TT-AA--AAA-TATC-T-T--A--ATAGA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAAA--TTT--C---AA--A--GT---A-A----AA--TT--CCAGG-----T--GA---A--ATAAA-ATCA---AATAGTA-----T-AAAA---AATTCT--GAAAAT-TCCTA-TGATGGA--TT-----AT-T-T-C--TA--TT-TGA---TGctagatataaaatatggtcattgtacaataaatatattat
gi|7 : tTCTAAAAATATATGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-CATTTCACTTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTATAC---A---------AGAGATT--TT-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-GA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--AC----------TA-TT-CCA--A-AGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---GTGGG-----T--AA---A--A---ATTTCA---AGCA-TA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAACT-TCCTG-TGGTGGA--AT-----AC-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCGTGAT--ATTAC--AAAA----T----C--C-A---C-ATC-CATTTTAcagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatatgaccgtaataaatacatagaatacctta
gi|8 : C---A---------AAAGTTTCTTC-T---ATGAA-AA---AATAA----TTT--------------------------T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TG-TT-CCA--CTAGAATCTTGTT---AA--T--GT---A-ATAAAAA--TGG-CTGGGAGAAAT--AA---A--A---A-G--A---ACCAGTA--AAAT-CACA----TTTTG--GACAAT-TCCTAATGGTGGA--CCGCAGGAT-T-T-TAATAATTTATGA---TGAAC-CC--TTGTCAAC---A--AAA-TGGA-----TA--CCATGGT--GTTAC--GAAA----TATACC--C-A--CC-ATT-TAT
gi|9 : acttaatGC---AATA------A---GGTTAATTC-TATTTCATGTGTTAATAAAATAGAAATGTGGTGTGTAA-CTTTTTAC---C---------AATGATT--TTCT---ATGAA-AA---AATAAAAAGTTTC-TCTTTTTT-TA--AAA-CA---T-T--G--AT-----------GT----------TCCTT-TCC--AAA------T--T---AA--TTGGC---A-A----AAATT---CTAGG-----T--CA---A--AT--A-ATCA---AGAAGTA--A--T-CGAA---AGTTT---AAAAAT-TACTA-AGGTAGA--TT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TTG----A---A--AA--TG-A-----TA--CCATgatcatccaaattaactgaatatgaaataaattg
blockSeqs : ATA GTTTAA A T A T A T AT TG G ACCT ATGAATGAAG CT GTCCG T AAAT CTTT CTCTTTT C CA A AAT A GTA GA T CTTCTTTATT C G GC T AT TGATAA TG TAG T TAAAAATGG AGAAA CT AATAA T CTA CAA C CAGACTCTT A A CCGCAGG A . A AA AT A AAT CG GG CAAGAAATGAATACGTACCATGA AAA AAATT . T AC A .
blockSeqs : C . A . . T A T G G G AGT TA . TCT . A AAAG CTT G . . ATC . TTA AG . C . . . T . CGAAC . T . AATTTT . . AATAA T C AAA A CTTTTTTT . . GTT . . . T . . . C . GTCAACAAAATGGATACCATGGT AA TATAC . . . . .
blockSeqs : . . A . . T A T G G . ACT CA . GT . T CC CAT T . . AA . TG A . . . . . A . GTTAA . . . GAATT . . ACTA . . GA T AATTCT . . AA . . . . . . . C . CAAAATGATGATCCCCGCTTG AA AATT . . . . .
blockSeqs : . . A . . T A C G T . ACT A . GT . T . CT G . . AA . G A . . . . . A . CAAG . . . TAATT . . AATA . . CA C ATTTTT . . AC . . . . . . . C . CAAAAAGAATACCATGAT G ACC . . . . .
blockSeqs : . . T . . T G C G G . ACT A . GT . C . TT A . . AA . G A . . . . . T . CAAA . . . AAATT . . AAT . . A C ATTTG . . TT . . . . . . . C . ATAAATGTGATACCGGT A ATT . . . . .
blockSeqs : . . A . . T A T T A . ACT T . GT . C . CT C . . AA . A A . . . . . T . CAC . . . AGTT . . TGA . . A C ATTTT . . TG . . . . . . . C . CAAATGATACCGTGAT A T . . . . .
blockSeqs : . . A . . T T C G G . AC G . TT . T . TT T . . AT . G A . . . . . T . TCA . . . AATT . . ATA . . A T AATTC . . AT . . . . . . . C . CAAAGATATCCATGA A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G T G G . . A . TT . T . GT A . . AA . C A . . . . . T . CAA . . . TTT . . AAT . . A A ATTTT . . TT . . . . . . . C . TAAATGTTACCATT G T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . CT . T . CT G . . A . A A . . . . . T . CAA . . . AAT . . TA . . T C TTTTG . . AT . . . . . . . . . GAATGAA A T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . T . TT T . . G . G A . . . . . A . TAA . . . ATT . . AA . . A C AGTTT . . TT . . . . . . . . . ATG G T . . .
blockSeqs : . . . . A . CT . . . A . G A . . . . . . . CA . . . AAT . . AA . . A C ACTC . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . G . . . . . . . . . ATTT . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : G* A************ GT**** N* AA** ** CAA******* *** AATT******** AATA****** C* ATTTT****** NT******* CAAATGATACCGTGAT********************** G** **
originalCons : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAA-TA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAGA--CTT--C---AA--T--GT---A-A----AA--T---CTGGG-----T--AA---A--A---A-ATCA---AGCAGTA--A--T-CAAA---ATTTTT--GAAAAT-TCCTA-TGGTGGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA--CCATGAT--ATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
finalCons : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTACA------------AAAGATT--TGT----ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TTN-A--AAA-TAA--T-T--G--ATAAA-A-CAT--GC----------TC-TT-CCC--ATAGA--CTTCAA-------T--GT---A-AAATT--------CTGGG-----T--AAAATA------A-ATCA---AGCAGTA--A--TC-AAAATTTT------GAAAAT-TCCTA-TGGTGGANT-------AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TTCAAATGATACCGTGAT----------------------ATTACG--AAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
Alignments
lowQualScore : 111 111111 1 2222222222222 111111 1111 11111111 1111 111111111111 11111111 1111111111 1 1111111111111 11111 111111111 11 3333333333333333333333333333333333333333 111 222222222
lowQualScore : 0 111 111111 3 4 0 3 2 1 4 77 44 0 6666 6666666666666 44 333333 2 5555 6666 11111111 88 44 0000 2 99999 333 77 666666666666 3 3 44 1 44 00000000 44 8888888888 3 3 77 2 9 0 555 3 5555 44 6666666666666 00000 2 0 3 3 666666666 3 3 3 77 44 3 555 00 44 3333333333333333333333333333333333333333 777 444444444 55 3 55 4 4
lowQualScore : . ... ...... . . . . . . . .. .. . .... ............. .. ...... . .... .... ........ .. .. .... . ..... ... .. ............ . . .. . .. ........ .. .......... . . .. . . . ... . .... .. ............. ..... . . . . ......... . . . .. .. . ... .. .. ........................................ ... ......... .. . .. . .
lowQualScore : 4 000 555555 4 0 4 6 1 8 1 88 22 9 8888 3333333333333 66 888888 9 4444 1111 22222222 22 22 8888 9 55555 000 33 000000000000 1 1 66 6 66 44444444 66 3333333333 3 3 99 6 4 0 444 1 5555 22 8888888888888 22222 9 2 1 1 888888888 1 1 1 33 22 1 444 00 66 1111111111111111111111111111111111111111 000 222222222 00 6 00 0 0
consensus : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAATA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--G----------C-TC-TT-CCC--ATAGA--CTT---CAA--T--GT---A-A----A-A-TT--CTGGGTGAAAT-AAATC---A-AG---CAGT--A-A------T----CAAAA---T-TTTGAAAAT-TCCTA-TGGT-GGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA----CCG--TGATATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
Reference ( family-2152 ) : TCTAAAAATATGTGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-TATTTCATATTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTTTAC---A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-NA--AAATA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--G----------C-TC-TT-CCC--ATAGA--CTT---CAA--T--GT---A-A----A-A-TT--CTGGGTAAAAT-AAATC---A-AG---CAGT--A-A------T----CAAAA---T-TTTGAAAAT-TCCTA-TGGT-GGA--NT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA----CCG--TGATATTAC--GAAA----T----C--C-A--CC-ATC-CATTTTA
gi|1 : TCCAGAATTATGCTT---GGTA------AAT-GATTAATTT-TCTTTCATGTTTCCATAAAGTATAAA-GTATTATGTAA-CTTTTTACTTTA---------CAAAATT--TG-GCA-AT-AA-AC---TAT-A----TTTA-T-----TTAAA--AAATA-ATT-T--G--ATAAA-G-CATTGG----------C-TC-TG-TCC--ATAGA--TTT---T-A--T--GT---C-A----ATA-AT--C-----AAAA--AAAT------------AAT--A-A------TA---TAAAA---TAAATAAACATGTCCTA-TGTT-TGAATTT-----AT-TCT-C--TG--TT-TGA----AAAA-CC--TT-----C---AAGAA--T--A-----TA----CAA--TG--ATTAC---AAA----T----CCTC-A--CC-ATCGCATTTTA
gi|10 : ttcAA-AA---AATAACTTTTTTC-T-----GT-CT--AAATA-A-TAT--G---TAAAGA-CATT-G----------CCTC-TT-TCCGCATATA--CTT---CAAG-T--GTT--ATA----A-A-TTTTCTGTGTGAACT-AAATC---C-AG---T-GT--A-AGAAAACT----CAAAA---T-ATTGGA----------TGGT-GGA--AA-----AT-T-T-TT-TA--TT-TGA---TGAACGCC--TT-----CA--A--AA--TG-A-----TGATCCCCGCTTG--ATTAC--GAAAAAATT----C--CTA--CC-GTC-CATTtctgaagatatgcagatatacggctaaatagtcattatacattggcgcctttaaaaa
gi|11 : ttgtgaaa-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTT-TG----TG-AA--AAATA-A-A-T--G--ATAAA-A-CAT--G----------C-TA-TT-CCC--ATAGA--CTT---C-A--T--GT---A-C----A-G-TT--CTAAGTAAAAT-ATATC---G-AG---CAGT--A-A------T----CAAAA---T-TTGGAAAAT-TCCTA-TGGT-G----AC-----A--T-T-T--TA--TT-TGA---C-AAC-CCGGTC-----C---A--AA---G-A-----TAT---CCA--TGA-ATTATAAAAAA----T----C--C-AACCC-ATC-TACTactaaagatctgttcatgc
gi|12 : AAAAAAGTGTACC--GGTAGTTTAAAATTGATTAATTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-GGAAA-GTT-TATGTAA-GTCTTTACT--A---------AGAGATT--TG-T---AAGAA-AA---TTTAA----TTTCTT-----TT-TA--AAAT--A-T-T--GTAATAAA-A-CAT--G----------C-TC-TT-TCagtataaaa
gi|13 : ttaATC---A-AG---CAAT--A-A------T----AAAAA---T-TTTGAAAAT-TTCTA-TGGT-GGA--TT-----AT-T-T-C--CA--TT-TGA---TGAAC-C------------------A--TG----------------------ATTAC--AAAAAAT-T----A--C-A--CC-ATT-CATTTtttttcaaacattgtaataaa
gi|14 : AAATA-ATGCATAGGTA------AAT-CAGTGATTT-TATTTCATATTT-TGCAAAG-AGAAG-GTT-TATATAACCTTTTCGC---A---------ATAGTTT--TG-T---ATGCA-AA---CACTA----TTTCAT-----TG-GA--AAAT--G-T-T-----ATAAA-A-cctatgaaatatggtcagcatacattgtgttttatat
gi|15 : ttAAAT-TCCTA-TGGTGGGG--TT-----AA-T-T-T--TA--TT-CGA---TGAA--CC--TT-----CAAGA--AA--TG-AATACGTA----CCA--TGA-A-TAC--AAAA----T----T--C-A--Cat
gi|16 : -T-T--A--ATAAG-A-CAT--G----------T-TC-TT-CCC--AAAGA--ATT---CAC--T--GT-----A----A-T-TT--CTGGAT--AATGAAATC---A-GG---GAGT--AGA------TTTAACAGAC---T-CTTCAAAAT-aacctttattactatatataaaatatagtcctttataac
gi|17 : ctcttgggaatattCTAAAAATATGCAT---GGTA------AAT-GATCAAGTT-TATTTCATATTTTCATAAAG-AAGA-------------------------A---------AAAGATT--TG-T---ATGAA-AA---CATAA----TT
gi|2 : TTAATTT-TTTTTGTTATTTTT-TAAA----AAA-TTG-TGTGCG------TTAG---ATGAATGAAGAAAGATT--TG-T---ATGAATAA---TATAT----ATTC-T-----TT--A--AAATA-A-T-T--G--GCAAA-AGCAT--GTCTTCTTTATT-TT-TT-CCC--AAGAA--CTTTGATAA--T--GT---A-AG---A-A-TT--CAGGAT-AAAT-AAATCACTA-AG---CACTACA-A------T----CAAAA-----TTTGAAAAA-TCCT--TAGT-GGA--TG-----AC-T-TAG--TA--TT-TGAAATTGAAC-CC--TTA----T---A--AATGTG-A-----TA----CC----GGTGTTAC--AAAAAC--C----C--C-A--CC-CTC-CAT
gi|3 : TGT---GGTA------A-T-GGTTAATTAATATT--ATGTTTCAAAAAAG-AGAAA-GTGGTATGCAA-CTTTTTACC--A---------AGACATT--TT-T---ATGAA-AAAAATA-AA----TATT-T-----TT-AA--AAATA-A-T-TTTA--ATAAA---CAT--G------------TC-TT-CTC--ATAGA--CCT---TCA--T--GT---A-AT---A-A-TT--CTAGGTCTAAT-AAATC---A-AG---AAGT--A-A------T----CAAAA---A-TTCGGAAAT-T-CTA-TGGT-GG-----------T-T-T-T--T---TT--------------C--TT----------------TG-A-----TA----CCGAATGAAATTACA-AAAA----T----C--T-A--CC-ATC-CATatgaaatatggtcgtttacaactgaataaccttaaatatat
gi|4 : TCTAAAATTCTATGT---G--A------AAT-G-------T-GATATCATACTTCCATAAAT-GGGAA-ATG-TATGCAA-C-TCTTAC---T---------GAAAATT--TG-TCCGATGAA-AA---TACTACC--TTTG-T-----TT-CA--AAATA-ATT-T--C--ATAAA-A-CAT--G----------C-TG-TTGCCC--ATAGA--CTT---CGAACT--GTTAGA-A----A-A-TT--C-GAGTGAAATAAAATC---ACAG---CAGT--ACA------T----CAAAA---T-TTTG-AAAT-TCCTA-T-GT-GGA--A------ATAT-T-T--TA--TT-TGA---TGAA--CC--TT-----CAA-A--AA--GA-A-----TA----CCA--TGATG--ACA-AAAA----T----C--C-G--CCAATC-CATTagtacctgcagataacatatatggtcgttatgattattgaatatacttaaatacatgtaaat
gi|5 : cAAAAA-ATGTGT---GGTA------ATT-GATGCATTT-TATT-------------------AAA-GCG-TATGCAA-CTTTTTAC---G---------AA----------------GAA-AA---TGTAA----TTTC-T-----TT-TACAAAGTA-T-T-TT-G--ATAGA-A-AAT--G----------A-TC-TT-CCA--ATAGA--CTT---CAA--A--TT---C-A----A-A-TT--CTAAGTGAAAT-AAATC---A-AG---CAGT--A-T------T----TAAACTTTT-TTTAATAAT-TTTTA-TGAT-GAA--AT-----AT-T-C-T--TA--TT-TGA---TGAA---C--TT-----T---A--AA--TG-T-----TA----CCA--T--TATTAA--GAAAAT--T----C--C-A--CC-ATC-AATTTTAaactaatacgaaatatgttggtta
gi|6 : TCTAAAAATGTGTAT---GGTA------AAT-GG---GTTT-T--------TTTTCACAAAG-AGAAA---G-TA--CA----TGTTAC-------------------T--T--------------------------TTCT-T-----TT-AA--AAATATC-T-T--A--ATAGA-A-CAT--G----------C-TC-TT-CCC--ATAAA--TTT---CAA--A--GT---A-A----A-A-TT--CCAGGTGAAATAAAATC---A-AA---TAGT--A-T------A----AAAAA---T-TCTGAAAAT-TCCTA-TGAT-GGA--TT-----AT-T-T-C--TA--TT-TGA---TGctagatataaaatatggtcattgtacaataaatatattat
gi|7 : tTCTAAAAATATATGC---GGTA------AAT-GATTAATTT-CATTTCACTTTTCCATAAAG-AGAAA-GTG-TATGCAA-CTTTATAC---A---------AGAGATT--TT-T---ATGAA-AA---TATAA----TTTC-T-----TT-GA--AAATA-A-T-T--G--ATAAA-A-CAT--A----------C-TA-TT-CCA--A-AGA--CTT---CAA--T--GT---A-A----A-A--T--GTGGGTAAAA--ATTTC---A-AG---CA-T--A-A------T----CAAAAT--T-TTTGAAACT-TCCTG-TGGT-GGA--AT-----AC-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TT-----C---A--AA--TG-A-----TA----CCG--TGATATTAC--AAAA----T----C--C-A---C-ATC-CATTTTAcagccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaatatgaccgtaataaatacatagaatacctta
gi|8 : C---A---------AAAGTTTCTTC-T---ATGAA-AA---AATAA----TTT-------------------------T--G--ATAAA-A-CAT--G----------C-TG-TT-CCA--CTAGAATCTTGT-TAA--T--GT---A-ATAAAA-A-TGG-CTGGGAGAAAT-AAA-----A-AGAACCAGT--A-AAA----T----CACAT---T-TTGGACAAT-TCCTAATGGT-GGA--CCGCAGGAT-T-T-TAATAATTTATGA---TGAAC-CC--TTGTCAAC---A--AAA-TGGA-----TA----CCA--TGGTGTTAC--GAAA----TATACC--C-A--CC-ATT-TAT
gi|9 : acttaatGC---AATA------A---GGTTAATTC-TATTTCATGTGTTAATAAAATAGAAATGTGGTGTGTAA-CTTTTTAC---C---------AATGATT--TTCT---ATGAA-AA---AATAAAAAGTTTC-TCTTTTTT-TA--AAACA---T-T--G--AT-----------G----------T-TCCTT-TCC--AAA------T---TAA--TTGGC---A-A----A-AATT--CTAGGTCAAAT-AA-TC---A-AG---AAGT--A-A------T----CGAAA---G-TTTAAAAAT-TACTA-AGGT-AGA--TT-----AT-T-T-T--TA--TT-TGA---TGAAC-CC--TTG----A---A--AA--TG-A-----TA----CCA--Tgatcatccaaattaactgaatatgaaataaattg