lowQualScore : 11111 1111111 222222222 11 1 333333333333 1111 11 111111111 1111111
lowQualScore : 44 33333 333 7777 2 1111111 2 333333333 22 33 2 22 1 2 4 666666666666 33 2 2222 11 88 2 8 5 3 333333333 9999999 1 1
lowQualScore : .. ..... ... .... . ....... . ......... .. .. . .. . . . ............ .. . .... .. .. . . . . ......... ....... . .
lowQualScore : 22 55555 999 0000 2 6666666 0 999999999 99 33 1 99 9 1 4 555555555555 22 4 8888 66 33 9 4 6 1 333333333 1111111 0 2
consensus : TTTC--AGAAATTTCCAA-TGTT---TT--G-TG-A------CGTTA-TATGGAA-------T-ATAT--TTCGT-NT-C--AAATC-GAGA-C----A-N-----TAA--G-A---TACCGTCTAA-NT-GGNCTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCATCCGCCAGCA
Reference ( gi|9 ) : TTTC--AGAAATTTTCCA-TGTT---TT--G-TG-A------TGTTA-TATGGAA-------T-ATAT--TTCGT-TT-C--AGATC-GAGA-C----A-T-----TAA--G-A---AACCCTCTAA-GT-GGCCCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA-GGAATCATCTGCCAGCA
gi|11 : TTTC--AGAAATTTCAAA-TGTT---TT--G-TG-A------CGTAA-TATTAAA-------TTATAT--TTCGT-TT-C--AAATC-AAGA-C----A-G-----TAA--G-A---AACCCTCTAA-GT-GGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGACTGA-GAAATCA
gi|5 : TTTC--AGAAATCTTCAAATGTT---T---G-TG-A------CGT-A-TATTAAT-------T-ATAT--TTCG--TT-C--A-ATCAAAGA-C----A-G-----TAA--G-G---AACCCTCTAA-GTGGGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGGCTGA-GGAATCATCTGCCAG
gi|1 : TTTT--AGAAATGTCCAG-TGTT---TT--G-TG-G------AGTTT-TATAAAAC------T-GTAG--TTCGT-AT-C--AAATT-GAGA-C----A-G-----CAA--G-A---TATCATCTAA-CT-GGGCTTGTGGTATCTTC-G---G---GGACAAA-CGGACCATCCACCAaatgatatct
gi|12 : TTTC--AGAAATTTCCAA-TGTT---TT--A-TG-A------CGTTT-TATGGAAT------T-ATAT--TTCGT-AT-C--A-ATC-GAGA-T----A-TATAG-TAA--G-A---TATGGATTAA-CT-GGGCTTAAGATAATCTC-G---G---Gatactgatatccactc
gi|3 : TTTC--AGAAATTTCCAA-AGTT---TT--A-GA-A------AGTTA-TTTGGAAT------T-TTAT--TTGGT-GT-C--ATATC-GAGG-CCTGTA-G-----TAA--G-A---TACCGATTAA-AT-GGGC---TGATATCCTC-G---G---GGAC-----GGACCACCCACCAACA
gi|23 : TTTC--TGAAATTTCCAA-TGTT---TT--G-TG-A------CGTTA-CATGGAAT------T-ATAT--Tgtgatatcc
gi|20 : cgTTTCCTAGAA-TTTTAT--TGTT---TT--T-TG-G------CTTTA-TATGGAG-------TTATAT--TTTGT-AT-C--AATTC-AAGA-C----A-G-----TAA--G-A---TACC
gi|24 : TTTC--GGAAATTTTCCA-AGTT---TC--G-TG-C------CGTTA-TATGgt
gi|6 : tacgTTC--TGAAATTTCCAA-TGTT---TT----TG-AGTTAACCGTTATTATGG---------T-ATAT--T--GTAAT-A--AAATC-TAGATC----C-TGTGTGTAA--G-A---TACTGTCAAA-CT-GGCCTTATGATAGCCTCGG---A---GGAC-GA-TCCATCACCTG
gi|15 : TTA--AGAAATTT-CAA-TGGT---TT--AACG-A------CGTTA-TATGGAA-------TTATAT--TTCGT-TT-A--AAATC-GAGag
gi|2 : C--AGAAAATT---A-TATTGTATT--G-TG-A------CGTTA-TATGGAAT------T-ATAT--TTCGA-AT-C--AAATC-AAGA-C----A-gtgttttgtacaaacataatcactgacggc
gi|7 : --AGAAATTTTCCA-TGTT---TTTGA-TG-A------TGTTA-TAGTGAA-------T-ATAT--TTCGT-TTTC--AGATC-GAGA-C----AGT-----TAA--G-A---AACCCTCTAA-GT-GGCCCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA-G--ATCATCTGCCAGCAgcgatatagtgttagtatcgtgttagtgtaaatattcatgtcgataccccacaaaaaaagccaagatcagat
gi|8 : a--AAAAAATTACAA-TGTT---TT--G-TG-A------CGTTC-TATGGAATTACATGT-GTAT--TTCGT-AT-C--AAACC-GAGA-C----A-G-----TTA--G-A---TACCGTC-----T-GGGCTTATAATATCCTC-G---A---GGTC-GA-AGGACCATCCACAAACAgttata
gi|4 : GAAATTTCTAA-TGTT---TA--G-TG-A------CGTTG-TATGGAGAT-----T-ATAT--TCCGT-AT-C--AAATC-GATA-C----A-TGTG--TAA--T-A---TATTGACTAA-CT-GG-CTTATGAAATCCTC-G---G---GGACGGACGG--CCATCCACTTGCAgggat
gi|14 : GAAGTTTCTAA-CGTT---TT--A-TG-A------CTTTA-TATAGAA-------TTATAT--TTCGT-AT-C--AAATC-GAGATC----T-T-----TAA--C-A---AAgtgatatcc
gi|22 : AAATTTGCAC-TGTT---TC--A-TG-A------CGTTA-TATGAAAT------T-ATAT--TTCGT-AT-A--AAATC-GAGA-C----gtatcgattaacagtgacgcggagctcatga
gi|10 : AAAATTTCCAGTGTT---TTT-G-TGGA------CATTA-TATGGAA-------T-TTATTATTCGC-TA-CATACATG-TAGA-C--------------A--G-A----------TAT-GG-GGTCGT---ATATCCTCGG---G---GGACGGATGGGACCATCCACTGGCAc
gi|19 : ccA-TGCT---TT--G-TG-A------CGTTA-TATGGGA-------T----------------T--AAATC-GAGA-C----C-TG----TAAAAG-A---TATCGACTAA-CT-GGGGTTATGATATCCTC-gtga
gi|21 : cca------TGTTT-TATGGAT-------TTATAT--TTCGTATT-C--A-ATT-GAGA-CCTATA-T-----TAA--G-A---
gi|13 : -TATAAAT-------T-GTAT--TTCGTATT-T--ACA---GAGA-C----C-CG----TAA--GTACATAACCATGTAA-CT-GGTCTCATGATATCGTC-G---G---GGACGGA-CGGACCAtgccaaccaactg
gi|16 : tagT-C--AAATC-GAG--------------------------AACCGACTAACGA-GGGCTTATGATGTCCTC-AGCCG---GGACGAA-CGGACAATCTACCAGCAaagtccacc
gi|18 : gca-----TAA--G-A---TACCGTCTAA-TT-GGATTTCTTATATCCTCTG---GTACGGACGGA-TGGACCATCCACCAGgtgatacccat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TACGTTTTCTGAATTTGCCGATTGTTTTGTGACGTCCCTATGGAGTTAAATTTCGTTAATCACTCGACATCGAGTAGAGAT
Unaligned ( gi|25 ): CGTGTTGTTGAAATATCCATTCTTTTGTGACGTTATTA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 11111111 22222222222222222
lowQualScore : 33 2 1 1 4444 1 555555 1 1 2222222222 22 00000000 555 1 3 1 4444 77777777777777777 333 2 11 2 5 3 0 5 8888888 6 88 555 1
lowQualScore : .. . . . .... . ...... . . .......... .. ........ ... . . . .... ................. ... . .. . . . . . ....... . .. ... .
lowQualScore : 77 0 9 9 6666 9 555555 8 7 7777777777 66 99999999 222 9 8 9 0000 99999999999999999 999 2 88 8 0 6 3 3 6666666 6 88 888 6
consensus : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCGT------A-T---CA-A-ATC-GAG----AC----A---G-T------AAG---ATA-CCGTCTAACT-GGGCTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
Reference ( family-2127 ) : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCGT------N-T---CA-A-ATC-GAG----AC----A---N-T------AAG---ATA-CCGTCTAANT-GGNCTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
gi|1 : TTTT--AGAAAT-GT-CCAGT-GTTTT--G-TG-G------AGT-TTT-ATAAAAC-T-------GTAG--TTCGT------A-T---CA-A-ATT-GAG----AC----A---G-C------AAG---ATA-TCATCTAACT-GGGCTTGTGGTATCTTC-G---G---GGACAAA-CGGACCA---TCCACCA
gi|10 : AAAT-TT-CCAGT-GTTTTT-G-TGGA------CAT-TAT-ATGGAA--T-------TTATTATTCGC------T-A---CATACATG-TAG----AC------------------AG---ATA----------T-GGGGTCGT-ATATCCTCGG---G---GGACGGATGGGACCA---TCCACTGGCAatactgatatccactc
gi|11 : ccaTTTC--AGAAAT-TT-CAAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-AAT-ATTAAA--TT------ATAT--TTCGT------T-T---CA-A-ATC-AAG----AC----A---G-T------AAG---AAA-CCCTCTAAGT-GGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGACTGA-GAAATCA---gtga
gi|12 : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--A-TG-A------CGT-TTT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCGT------A-T---C--A-ATC-GAGATATAT----A---G-T------AAG---ATA-TGGATTAACT-GGGCTTAAGATAATCTC-G---G---G
gi|13 : T-ATAAAT--T-------GTAT--TTCGT------A-TTTACA-------GAG----AC----C---CGT------AAGTACATAACCATGTAACT-GGTCTCATGATATCGTC-G---G---GGACGGA-CGGACCAAAGTCCACC
gi|14 : tagGAAGT-TT-CTAAC-GTTTT--A-TG-A------CTT-TAT-ATAGAA--TT------ATAT--TTCGT------A-T---CA-A-ATC-GAG----A
gi|15 : TTA--AGAAAT-TT-C-AAT-GGTTT--AACG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCGT------T-T---AA-A-ATC-GAG----tctttaacaaagtatcgattaacagtgacgcggagctcatga
gi|16 : GC------A-T---CA-A-ATC-GAG----A--------------------------A-CCGACTAACGAGGGCTTATGATGTCCTC-AGCCG---GGACGAA-CGGACAA---TCTACCAGCAgtgttttgtacaaacataatcactgacggc
gi|17 : TTTC--TGAATT-TG-CCGATTGTTTT--G-TG-A------CGTCCCT-ATGGAGT-T-------AAAT--TTCGTTAATCAC-T---CG-ACATC-GAG----gtgatacccat
gi|18 : tacgt-T------AAG---ATA-CCGTCTAATT-GGATTTCTTATATCCTCTG---GTACGGACGGA-TGGACCA---TCCACCAGtagagat
gi|19 : tcg-CCAAT-GCTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGGA--T------------------------------TA-A-ATC-GAG----ACCTGTA---A--------AAG---ATA-TCGACTAACT-GGGGTTATGATATCCTC-aagtgatattcaccct
gi|2 : C--AGAAAA-TT-ATATT-GTATT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCGA------A-T---CA-A-ATC-AAG----AC----A---G-C------GAT---ATA-
gi|20 : TTTCCTAGAATT-TT---ATT-GTTTT--T-TG-G------CTT-TAT-ATGGAG--TT------ATAT--TTTGT------A-T---CA-A-TTC-AAG----AC----A---G-T------AAG---ATA-CCGTgtgttagtatcgtgttagtgtaaatattcatgtcgataccccacaaaaaaagccaagatcagat
gi|21 : GT-TTT-ATGGAT--TT------ATAT--TTCGT------A-T---TC-A-ATT-GAG----ACCTATA---T-T------AAG---ATG-CCAACCAACT-G
gi|22 : tAAAT-TT-GCACT-GTTTC--A-TG-A------CGT-TAT-ATGAAAT-T-------ATAT--TTCGT------A-T---AA-A-ATC-GAG----AC----
gi|23 : TTTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAC-ATGGAAT-T-------ATAT--Tc
gi|24 : cgTTTC--GGAAAT-TTTCCAA--GTTTC--G-TG-C------CGT-TAT-ATG
gi|25 : tacgGAAAT-AT-CCATT-CTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-
gi|3 : cgtgttgttTTTC--AGAAAT-TT-CCAAA-GTTTT--A-GA-A------AGT-TAT-TTGGAAT-T-------TTAT--TTGGT------G-T---CA-T-ATC-GAG----GCCTGTA---G-T------AAG---ATA-CCGATTAAAT-GGGC---TGATATCCTC-G---G---GGAC-----GGACCA---CCCACCAACAta
gi|4 : GAAAT-TT-CTAAT-GTTTA--G-TG-A------CGT-TGT-ATGGAGATT-------ATAT--TCCGT------A-T---CA-A-ATC-GAT----AC----ATGTG-T------AAT---ATA-TTGACTAACT-GG-CTTATGAAATCCTC-G---G---GGACGGA-CGG-CCA---TCCACTTGCAgtgatatcc
gi|5 : TTTC--AGAAATCTT-CAAAT-G-TTT--G-TG-A------CG--TAT-ATTAAT--T-------ATAT--TTCGT--------T---C--A-ATCAAAG----AC----A---G-T------AAG---GAA-CCCTCTAAGTGGGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGGCTGA-GGAATCA---TCTGCCAGgtgatatcc
gi|6 : TTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT----TG-AGTTAACCGT-TATTATGG----T-------ATAT--T--GT------AAT---AA-A-ATC-TAG----AT----C---C-TGTGTGTAAG---ATA-CTGTCAAACT-GGCCTTATGATAGCCTC-G---GA--GGACGaatgatatct
gi|7 : --AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTTTGA-TG-A------TGT-TAT-AGTGAA--T-------ATAT--TTCGT------T-TT--CA-G-ATC-GAG----AC----A---G-TT-----AAG---AAA-CCCTCTAAGT-GGCCCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA---GATCA---TCTGCCAGCAatccatcacctgcag
gi|8 : a--AAAAAA-TT-ACAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TCT-ATGGAA--TTACATGTGTAT--TTCGT------A-T---CA-A-ACC-GAG----AC----A---G-T------TAG---ATA-CCGTC----T-GGGCTTATAATATCCTC-G---A---GGTC-GA-AGGACCA---TCCACAAACAgttata
gi|9 : TTTC--AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTT--G-TG-A------TGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCGT------T-T---CA-G-ATC-GAG----AC----A---T-T------AAG---AAA-CCCTCTAAGT-GGCCCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA-GGAATCA---TCTGCCAGCAgggat
Alignments
lowQualScore : 2222222222 22222222222
lowQualScore : 33 2 1 1 4444 1 555555 1 1 2222222222 22 1 4444 777 1 4444 4444 33333333333 2 2 22 333 2 2 2 55 0 5 8888888 6 88 555 1
lowQualScore : .. . . . .... . ...... . . .......... .. . .... ... . .... .... ........... . . .. ... . . . .. . . ....... . .. ... .
lowQualScore : 77 0 9 9 6666 9 555555 8 7 7777777777 66 9 7777 111 9 0000 2222 11111111111 0 0 88 555 1 4 5 44 3 3 6666666 6 88 888 6
consensus : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
Reference ( family-2127 ) : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
gi|1 : TTTT--AGAAAT-GT-CCAGT-GTTTT--G-TG-G------AGT-TTT-ATAAAAC-T-------GTAG--TTCG-T--A-T---CAAATT-GAG----A----C----A------GC-A-A--G---ATA-TCATCTAACT-GGG-CTTGTGGTATCTTC-G---G---GGACAAA-CGGACCA---TCCACCA
gi|10 : AAAT-TT-CCAGT-GTTTTT-G-TGGA------CAT-TAT-ATGGAA--T-------TTATTATTCGCT--A-CA--TACATG-TAG----A----C----------------A--G---ATA----------T-GGG-GTCGT-ATATCCTCGG---G---GGACGGATGGGACCA---TCCACTGGCAatactgatatccactc
gi|11 : ccaTTTC--AGAAAT-TT-CAAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-AAT-ATTAAA--TT------ATAT--TTCG-T--T-T---CAAATC-AAG----A----C----A------GT-A-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-A---A---GGACTGA-GAAATCA---gtga
gi|12 : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--A-TG-A------CGT-TTT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-T--A-T---C-AATC-GAGATATA----T----A------GT-A-A--G---ATA-TGGATTAACT-GGG-CTTAAGATAATCTC-G---G---G
gi|13 : T-ATAAAT--T-------GTAT--TTCG-T--A-TTTACA-----GAG----A----C----CC-----GT-A-A--GTACATAACCATGTAACT-GGT-CTCATGATATCGTC-G---G---GGACGGA-CGGACCAAAGTCCACC
gi|14 : tagGAAGT-TT-CTAAC-GTTTT--A-TG-A------CTT-TAT-ATAGAA--TT------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----ATCTTT----A------AC-A-A--A---GTA-TCGATTAAC
gi|15 : TTA--AGAAAT-TT-C-AAT-GGTTT--AACG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-T--T-T---AAAATC-GAG----agtgacgcggagctcatga
gi|16 : G-C--A-T---CAAATC-GAG----A------------------------------A-CCGACTAACGAGGG-CTTATGATGTCCTC-AGCCG---GGACGAA-CGGACAA---TCTACCAGCAgtgttttgtacaaacataatcactgacggc
gi|17 : TTTC--TGAATT-TG-CCGATTGTTTT--G-TG-A------CGTCCCT-ATGGAGT-T-------AAAT--TTCG-TTAA-T---C-ACTC-GAC----A----TCG--A------GT-AGA--G---ATgtgatacccat
gi|18 : tacgt------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAATT-GGA-TTTCTTATATCCTCTG---GTACGGACGGA-TGGACCA---TCCACCAG
gi|19 : tc-CCAAT-GCTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGGA--T---------------------------TAAATC-GAG----A----C----CT-----GT-A-AAAG---ATA-TCGACTAACT-GGG-GTTATGATATCCTC-aagtgatattcaccct
gi|2 : C--AGAAAA-TT-ATATT-GTATT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-A--A-T---CAAATC-AAG----A----C----A------GC-G-A--T---ATA-
gi|20 : TTTCCTAGAATT-TT---ATT-GTTTT--T-TG-G------CTT-TAT-ATGGAG--TT------ATAT--TTTG-T--A-T---CAATTC-AAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTgtgttagtatcgtgttagtgtaaatattcatgtcgataccccacaaaaaaagccaagatcagat
gi|21 : GT-TTT-ATGGAT--TT------ATAT--TTCG-T--A-T---TCAATT-GAG----A----CCTATA------TT-A-A--G---ATG-CCAACCAACT-G
gi|22 : tAAAT-TT-GCACT-GTTTC--A-TG-A------CGT-TAT-ATGAAAT-T-------ATAT--TTCG-T--A-T---AAAATC-GAG----A----C----
gi|23 : TTTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAC-ATGGAAT-T-------ATAT--Tc
gi|24 : cgTTTC--GGAAAT-TTTCCAA--GTTTC--G-TG-C------CGT-TAT-ATG
gi|25 : tacgGAAAT-AT-CCATT-CTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-
gi|3 : cgtgttgttTTTC--AGAAAT-TT-CCAAA-GTTTT--A-GA-A------AGT-TAT-TTGGAAT-T-------TTAT--TTGG-T--G-T---CATATC-GAG----G----CCTGTA------GT-A-A--G---ATA-CCGATTAAAT-GGG-C---TGATATCCTC-G---G---GGAC-----GGACCA---CCCACCAACAta
gi|4 : GAAAT-TT-CTAAT-GTTTA--G-TG-A------CGT-TGT-ATGGAGATT-------ATAT--TCCG-T--A-T---CAAATC-GAT----A----C----ATGT---GT-A-A--T---ATA-TTGACTAACT-GG--CTTATGAAATCCTC-G---G---GGACGGA-CGG-CCA---TCCACTTGCAgtgatatcc
gi|5 : TTTC--AGAAATCTT-CAAAT-GTTT---G-TG-A------CGT--AT-ATTAAT--T-------ATAT--TTCG-T----T---C-AATCAAAG----A----C----A------GT-A-A--G---GAA-CCCTCTAAGT-GGGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGGCTGA-GGAATCA---TCTGCCAGgtgatatcc
gi|6 : TTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT----TG-AGTTAACCGT-TATTATGG----T-------ATAT--T--G-T--AAT---AAAATC-TAG----A----T----CCTGTGTGT-A-A--G---ATA-CTGTCAAACT-GGC-CTTATGATAGCCTC-G---GA--GGACGaatgatatct
gi|7 : --AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTTTGA-TG-A------TGT-TAT-AGTGAA--T-------ATAT--TTCG-T--T-TT--CAGATC-GAG----A----C----A------GTTA-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA---GATCA---TCTGCCAGCAatccatcacctgcag
gi|8 : a--AAAAAA-TT-ACAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TCT-ATGGAA--TTACATGTGTAT--TTCG-T--A-T---CAAACC-GAG----A----C----A------GT-T-A--G---ATA-CCGT----CT-GGG-CTTATAATATCCTC-G---A---GGTC-GA-AGGACCA---TCCACAAACAgttata
gi|9 : TTTC--AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTT--G-TG-A------TGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--T-T---CAGATC-GAG----A----C----A------TT-A-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA-GGAATCA---TCTGCCAGCAgggat
Alignments
lowQualScore : 2222222222 22222222222
lowQualScore : 33 2 1 1 4444 1 555555 1 1 2222222222 22 1 4444 777 1 4444 4444 33333333333 2 2 22 333 2 2 2 55 0 5 8888888 6 88 555 1
lowQualScore : .. . . . .... . ...... . . .......... .. . .... ... . .... .... ........... . . .. ... . . . .. . . ....... . .. ... .
lowQualScore : 77 0 9 9 6666 9 555555 8 7 7777777777 66 9 7777 111 9 0000 2222 11111111111 0 0 88 555 1 4 5 44 3 3 6666666 6 88 888 6
consensus : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
Reference ( family-2127 ) : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
gi|1 : TTTT--AGAAAT-GT-CCAGT-GTTTT--G-TG-G------AGT-TTT-ATAAAAC-T-------GTAG--TTCG-T--A-T---CAAATT-GAG----A----C----A------GC-A-A--G---ATA-TCATCTAACT-GGG-CTTGTGGTATCTTC-G---G---GGACAAA-CGGACCA---TCCACCA
gi|10 : AAAT-TT-CCAGT-GTTTTT-G-TGGA------CAT-TAT-ATGGAA--T-------TTATTATTCGCT--A-CA--TACATG-TAG----A----C----------------A--G---ATA----------T-GGG-GTCGT-ATATCCTCGG---G---GGACGGATGGGACCA---TCCACTGGCAatactgatatccactc
gi|11 : ccaTTTC--AGAAAT-TT-CAAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-AAT-ATTAAA--TT------ATAT--TTCG-T--T-T---CAAATC-AAG----A----C----A------GT-A-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-A---A---GGACTGA-GAAATCA---gtga
gi|12 : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--A-TG-A------CGT-TTT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-T--A-T---C-AATC-GAGATATA----T----A------GT-A-A--G---ATA-TGGATTAACT-GGG-CTTAAGATAATCTC-G---G---G
gi|13 : T-ATAAAT--T-------GTAT--TTCG-T--A-TTTACA-----GAG----A----C----CC-----GT-A-A--GTACATAACCATGTAACT-GGT-CTCATGATATCGTC-G---G---GGACGGA-CGGACCAAAGTCCACC
gi|14 : tagGAAGT-TT-CTAAC-GTTTT--A-TG-A------CTT-TAT-ATAGAA--TT------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----ATCTTT----A------AC-A-A--A---GTA-TCGATTAAC
gi|15 : TTA--AGAAAT-TT-C-AAT-GGTTT--AACG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-T--T-T---AAAATC-GAG----agtgacgcggagctcatga
gi|16 : G-C--A-T---CAAATC-GAG----A------------------------------A-CCGACTAACGAGGG-CTTATGATGTCCTC-AGCCG---GGACGAA-CGGACAA---TCTACCAGCAgtgttttgtacaaacataatcactgacggc
gi|17 : TTTC--TGAATT-TG-CCGATTGTTTT--G-TG-A------CGTCCCT-ATGGAGT-T-------AAAT--TTCG-TTAA-T---C-ACTC-GAC----A----TCG--A------GT-AGA--G---ATgtgatacccat
gi|18 : tacgt------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAATT-GGA-TTTCTTATATCCTCTG---GTACGGACGGA-TGGACCA---TCCACCAG
gi|19 : tc-CCAAT-GCTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGGA--T---------------------------TAAATC-GAG----A----C----CT-----GT-A-AAAG---ATA-TCGACTAACT-GGG-GTTATGATATCCTC-aagtgatattcaccct
gi|2 : C--AGAAAA-TT-ATATT-GTATT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-A--A-T---CAAATC-AAG----A----C----A------GC-G-A--T---ATA-
gi|20 : TTTCCTAGAATT-TT---ATT-GTTTT--T-TG-G------CTT-TAT-ATGGAG--TT------ATAT--TTTG-T--A-T---CAATTC-AAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTgtgttagtatcgtgttagtgtaaatattcatgtcgataccccacaaaaaaagccaagatcagat
gi|21 : GT-TTT-ATGGAT--TT------ATAT--TTCG-T--A-T---TCAATT-GAG----A----CCTATA------TT-A-A--G---ATG-CCAACCAACT-G
gi|22 : tAAAT-TT-GCACT-GTTTC--A-TG-A------CGT-TAT-ATGAAAT-T-------ATAT--TTCG-T--A-T---AAAATC-GAG----A----C----
gi|23 : TTTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAC-ATGGAAT-T-------ATAT--Tc
gi|24 : cgTTTC--GGAAAT-TTTCCAA--GTTTC--G-TG-C------CGT-TAT-ATG
gi|25 : tacgGAAAT-AT-CCATT-CTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-
gi|3 : cgtgttgttTTTC--AGAAAT-TT-CCAAA-GTTTT--A-GA-A------AGT-TAT-TTGGAAT-T-------TTAT--TTGG-T--G-T---CATATC-GAG----G----CCTGTA------GT-A-A--G---ATA-CCGATTAAAT-GGG-C---TGATATCCTC-G---G---GGAC-----GGACCA---CCCACCAACAta
gi|4 : GAAAT-TT-CTAAT-GTTTA--G-TG-A------CGT-TGT-ATGGAGATT-------ATAT--TCCG-T--A-T---CAAATC-GAT----A----C----ATGT---GT-A-A--T---ATA-TTGACTAACT-GG--CTTATGAAATCCTC-G---G---GGACGGA-CGG-CCA---TCCACTTGCAgtgatatcc
gi|5 : TTTC--AGAAATCTT-CAAAT-GTTT---G-TG-A------CGT--AT-ATTAAT--T-------ATAT--TTCG-T----T---C-AATCAAAG----A----C----A------GT-A-A--G---GAA-CCCTCTAAGT-GGGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGGCTGA-GGAATCA---TCTGCCAGgtgatatcc
gi|6 : TTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT----TG-AGTTAACCGT-TATTATGG----T-------ATAT--T--G-T--AAT---AAAATC-TAG----A----T----CCTGTGTGT-A-A--G---ATA-CTGTCAAACT-GGC-CTTATGATAGCCTC-G---GA--GGACGaatgatatct
gi|7 : --AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTTTGA-TG-A------TGT-TAT-AGTGAA--T-------ATAT--TTCG-T--T-TT--CAGATC-GAG----A----C----A------GTTA-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA---GATCA---TCTGCCAGCAatccatcacctgcag
gi|8 : a--AAAAAA-TT-ACAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TCT-ATGGAA--TTACATGTGTAT--TTCG-T--A-T---CAAACC-GAG----A----C----A------GT-T-A--G---ATA-CCGT----CT-GGG-CTTATAATATCCTC-G---A---GGTC-GA-AGGACCA---TCCACAAACAgttata
gi|9 : TTTC--AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTT--G-TG-A------TGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--T-T---CAGATC-GAG----A----C----A------TT-A-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA-GGAATCA---TCTGCCAGCAgggat
blockSeqs : CT C T T TGA G GTTAAC C T TTACATGT TA C TAA TTA A ATAT TCTT CCTGTGT T G AA TAC A T A GC G GCCG G TG AAG A
blockSeqs : . . . . TG . . . . ATT . . AA A . . . CTATA . . . . . A . G T GTAC T G . A
blockSeqs : . . . . AA . . . . TT . . A T . . . CTGTA . . . . . T . C . GA G C . A
blockSeqs : . . . . G . . . . TT . . T . . . . ATGT . . . . . A . G . G G C . A
blockSeqs : . . . . A . . . . TT . . A . . . . CGA . . . . . A . T . A G T . A
blockSeqs : . . . . A . . . . TT . . A . . . . CC . . . . . T . G . G G C . A
blockSeqs : . . . . G . . . . TT . . A . . . . CT . . . . . A . A . G T G . G
blockSeqs : . . . . G . . . . TT . . T . . . . A . . . . . T . G . G G A . G
blockSeqs : . . . . G . . . . TT . . A . . . . A . . . . . A . G . G T G . A
blockSeqs : . . . . T . . . . TT . . A . . . . A . . . . . A . C . A T . . G
blockSeqs : . . . . A . . . . TT . . A . . . . A . . . . . A . C . A . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . TT . . A . . . . A . . . . . T . G . A .
blockSeqs : . . . . G . . . . TT . . A . . . . A . . . . . T . C . A
blockSeqs : . . . . G . . . . T . . G . . . . A . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . A . . . . T . . A . . . . A . . . . . T .
blockSeqs : . . . G . . . . T . . T . . . . A . . . . . T
blockSeqs : . . . G . . . . T . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . T . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
finalCons : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
Alignments
lowQualScore : 2222222222 22222222222
lowQualScore : 33 2 1 1 4444 1 555555 1 1 2222222222 22 1 4444 777 1 4444 4444 33333333333 2 2 22 333 2 2 2 55 0 5 8888888 6 88 555 1
lowQualScore : .. . . . .... . ...... . . .......... .. . .... ... . .... .... ........... . . .. ... . . . .. . . ....... . .. ... .
lowQualScore : 77 0 9 9 6666 9 555555 8 7 7777777777 66 9 7777 111 9 0000 2222 11111111111 0 0 88 555 1 4 5 44 3 3 6666666 6 88 888 6
consensus : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
Reference ( family-2127 ) : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAACT-GGG-CTTATGATATCCTC-G---G---GGACGGA-NGGACCA---TCCGCCAGCA
gi|1 : TTTT--AGAAAT-GT-CCAGT-GTTTT--G-TG-G------AGT-TTT-ATAAAAC-T-------GTAG--TTCG-T--A-T---CAAATT-GAG----A----C----A------GC-A-A--G---ATA-TCATCTAACT-GGG-CTTGTGGTATCTTC-G---G---GGACAAA-CGGACCA---TCCACCA
gi|10 : AAAT-TT-CCAGT-GTTTTT-G-TGGA------CAT-TAT-ATGGAA--T-------TTATTATTCGCT--A-CA--TACATG-TAG----A----C----------------A--G---ATA----------T-GGG-GTCGT-ATATCCTCGG---G---GGACGGATGGGACCA---TCCACTGGCAatactgatatccactc
gi|11 : ccaTTTC--AGAAAT-TT-CAAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-AAT-ATTAAA--TT------ATAT--TTCG-T--T-T---CAAATC-AAG----A----C----A------GT-A-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-A---A---GGACTGA-GAAATCA---gtga
gi|12 : TTTC--AGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--A-TG-A------CGT-TTT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-T--A-T---C-AATC-GAGATATA----T----A------GT-A-A--G---ATA-TGGATTAACT-GGG-CTTAAGATAATCTC-G---G---G
gi|13 : T-ATAAAT--T-------GTAT--TTCG-T--A-TTTACA-----GAG----A----C----CC-----GT-A-A--GTACATAACCATGTAACT-GGT-CTCATGATATCGTC-G---G---GGACGGA-CGGACCAAAGTCCACC
gi|14 : tagGAAGT-TT-CTAAC-GTTTT--A-TG-A------CTT-TAT-ATAGAA--TT------ATAT--TTCG-T--A-T---CAAATC-GAG----ATCTTT----A------AC-A-A--A---GTA-TCGATTAAC
gi|15 : TTA--AGAAAT-TT-C-AAT-GGTTT--AACG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-T--T-T---AAAATC-GAG----agtgacgcggagctcatga
gi|16 : G-C--A-T---CAAATC-GAG----A------------------------------A-CCGACTAACGAGGG-CTTATGATGTCCTC-AGCCG---GGACGAA-CGGACAA---TCTACCAGCAgtgttttgtacaaacataatcactgacggc
gi|17 : TTTC--TGAATT-TG-CCGATTGTTTT--G-TG-A------CGTCCCT-ATGGAGT-T-------AAAT--TTCG-TTAA-T---C-ACTC-GAC----A----TCG--A------GT-AGA--G---ATgtgatacccat
gi|18 : tacgt------GT-A-A--G---ATA-CCGTCTAATT-GGA-TTTCTTATATCCTCTG---GTACGGACGGA-TGGACCA---TCCACCAG
gi|19 : tc-CCAAT-GCTTT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGGA--T---------------------------TAAATC-GAG----A----C----CT-----GT-A-AAAG---ATA-TCGACTAACT-GGG-GTTATGATATCCTC-aagtgatattcaccct
gi|2 : C--AGAAAA-TT-ATATT-GTATT--G-TG-A------CGT-TAT-ATGGAAT-T-------ATAT--TTCG-A--A-T---CAAATC-AAG----A----C----A------GC-G-A--T---ATA-
gi|20 : TTTCCTAGAATT-TT---ATT-GTTTT--T-TG-G------CTT-TAT-ATGGAG--TT------ATAT--TTTG-T--A-T---CAATTC-AAG----A----C----A------GT-A-A--G---ATA-CCGTgtgttagtatcgtgttagtgtaaatattcatgtcgataccccacaaaaaaagccaagatcagat
gi|21 : GT-TTT-ATGGAT--TT------ATAT--TTCG-T--A-T---TCAATT-GAG----A----CCTATA------TT-A-A--G---ATG-CCAACCAACT-G
gi|22 : tAAAT-TT-GCACT-GTTTC--A-TG-A------CGT-TAT-ATGAAAT-T-------ATAT--TTCG-T--A-T---AAAATC-GAG----A----C----
gi|23 : TTTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TAC-ATGGAAT-T-------ATAT--Tc
gi|24 : cgTTTC--GGAAAT-TTTCCAA--GTTTC--G-TG-C------CGT-TAT-ATG
gi|25 : tacgGAAAT-AT-CCATT-CTTTT--G-TG-A------CGT-TAT-
gi|3 : cgtgttgttTTTC--AGAAAT-TT-CCAAA-GTTTT--A-GA-A------AGT-TAT-TTGGAAT-T-------TTAT--TTGG-T--G-T---CATATC-GAG----G----CCTGTA------GT-A-A--G---ATA-CCGATTAAAT-GGG-C---TGATATCCTC-G---G---GGAC-----GGACCA---CCCACCAACAta
gi|4 : GAAAT-TT-CTAAT-GTTTA--G-TG-A------CGT-TGT-ATGGAGATT-------ATAT--TCCG-T--A-T---CAAATC-GAT----A----C----ATGT---GT-A-A--T---ATA-TTGACTAACT-GG--CTTATGAAATCCTC-G---G---GGACGGA-CGG-CCA---TCCACTTGCAgtgatatcc
gi|5 : TTTC--AGAAATCTT-CAAAT-GTTT---G-TG-A------CGT--AT-ATTAAT--T-------ATAT--TTCG-T----T---C-AATCAAAG----A----C----A------GT-A-A--G---GAA-CCCTCTAAGT-GGGCCCTATAATATCCTC-A---A---GGGCTGA-GGAATCA---TCTGCCAGgtgatatcc
gi|6 : TTC--TGAAAT-TT-CCAAT-GTTTT----TG-AGTTAACCGT-TATTATGG----T-------ATAT--T--G-T--AAT---AAAATC-TAG----A----T----CCTGTGTGT-A-A--G---ATA-CTGTCAAACT-GGC-CTTATGATAGCCTC-G---GA--GGACGaatgatatct
gi|7 : --AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTTTGA-TG-A------TGT-TAT-AGTGAA--T-------ATAT--TTCG-T--T-TT--CAGATC-GAG----A----C----A------GTTA-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA---GATCA---TCTGCCAGCAatccatcacctgcag
gi|8 : a--AAAAAA-TT-ACAAT-GTTTT--G-TG-A------CGT-TCT-ATGGAA--TTACATGTGTAT--TTCG-T--A-T---CAAACC-GAG----A----C----A------GT-T-A--G---ATA-CCGT----CT-GGG-CTTATAATATCCTC-G---A---GGTC-GA-AGGACCA---TCCACAAACAgttata
gi|9 : TTTC--AGAAAT-TT-TCCAT-GTTTT--G-TG-A------TGT-TAT-ATGGAA--T-------ATAT--TTCG-T--T-T---CAGATC-GAG----A----C----A------TT-A-A--G---AAA-CCCTCTAAGT-GGC-CCTATAATATCCTC-G---A---GGACTGA-GGAATCA---TCTGCCAGCAgggat