lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 666666666666666666666 1 2222 1111 11 66666666666666666 1111111111111111 1111 11111 2222222 11 1 222222222222222222222 111111 3333333333333333333333333333333 5555555555555555555555555555555 333333333 33333333333333333 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 1111 11111 3333333333333 1111 11111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11 11111111111 2222222222222 1111111111111111111111111111111 111111 1111 111111 1
lowQualScore : 4 55 4 3 3 000 7 555555555555555555555 3 0 3 5 33 2 0 2 2 2 3333 33 6 2 2222 2 11 2 555 4 6 00000000000000000 3 3333333333333333 77 3 3 6666 88888 3 3 22222 5555555 44 55 55 8 9 111111111111111111111 8 4 4 777 000000 0000000000000000000000000000000 4 4 3333333333333333333333333333333 4 555555555 4 55 88888888888888888 00000 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 66 555 33 3 3 7777 5 44 1 11 1 8888 55 44 88888 3 3 3 44 3 9 1111111111111 44 3333 44 44 3 44 33 2 8888888888 7 2 33 2 77 0 99999999 0 555 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 00 2 2 2 55 2 2 2 33 2 777 444 2 444 5 99 33 2 88888888888 66 33 2 77777777 2 2 6666666666666 2 77 77 2 66 5 777 777777 44 9999999999999999999999999999999 4 8888 666666 66 66 4 66 4 2 2 66 2 111111 444 777 2222 33 2 5 999999 2 5
lowQualScore : . .. . . . ... . ..................... . . . . .. . . . . . .... .. . . .... . .. . ... . . ................. . ................ .. . . .... ..... . . ..... ....... .. .. .. . . ..................... . . . ... ...... ............................... . . ............................... . ......... . .. ................. ..... ....................................................... .. ... .. . . .... . .. . .. . .... .. .. ..... . . . .. . . ............. .. .... .. .. . .. .. . .......... . . .. . .. . ........ . ... ............................................................. .. .. . . . .. . . . .. . ... ... . ... . .. .. . ........... .. .. . ........ . . ............. . .. .. . .. . ... ...... .. ............................... . .... ...... .. .. . .. . . . .. . ...... ... ... .... .. . . ...... . .
lowQualScore : 4 00 5 6 6 666 3 111111111111111111111 1 6 1 4 99 9 7 9 9 9 4444 99 6 9 2222 9 44 9 444 0 2 88888888888888888 1 9999999999999999 33 1 1 5555 11111 6 6 77777 8888888 66 00 55 0 1 000000000000000000000 0 0 8 000 222222 8888888888888888888888888888888 0 0 2222222222222222222222222222222 0 666666666 0 55 66666666666666666 00000 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 888 88 3 3 1111 2 66 4 77 1 6666 55 66 55555 1 1 1 33 1 2 2222222222222 22 1111 22 22 1 22 77 7 5555555555 1 7 77 7 44 1 77777777 3 000 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 88 5 5 5 99 5 5 5 44 5 888 444 5 444 0 11 44 5 33333333333 33 77 7 99999999 7 7 5555555555555 7 33 33 7 33 3 333 777777 99 8888888888888888888888888888888 0 5555 999999 11 11 4 11 4 9 9 33 7 333333 777 333 7777 77 7 3 222222 5 0
consensus : ATTTA-G--AAA-T-ANTTTT--GA-CCCC-T----C-T---G---C---CC-TTAAT-TTGA--AGG-GCTGG-C-C-CCT--AAAA--CTTNAT-ATCG--T-CGAATACGC-CT-TG---TCA-TTA-TCT--ACA----ACTTT-T---GT-TC--T--A-NA--TG-TT-TTTT---CAA--A-NTATT-T-C-----TG--T-ATGAAAA--AT--A--T-TGACGAAAA-TG--------TG---N--C-CAAAA-T-GCA---GTNA----AAAA-AT------TT--GA----------------CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCT-T--TT--GAC-G--TTTTT--N-GCGTG-GA---ACGAAAT-----TTGA----N---NG---C---N--G--TC-GC----ACA-ATTA-TG--AA--TC----TC-GT---CT-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGATATCTTTN--A-TAGTTT--CC-----GAGAA-C-ACTT-CC-G-G-ACAAA---A--TG-A-CACC--C-G--A--A--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACGT--------AAC---GAAAA--NC----GA-----AA--AA--------T---G--T-AT----CGA-NT-----TTAA--G--TG-A-A-TATC-T--AT-C-A-TCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G----AC-----GACGC--AT--AT-T-----C--GA-G-AAATCGC--N---T-G--C-ACAA-AA--T--TT-G--T-AAG---AA------AAAAAAT-A--T---AA----T----A---G-A--GA---A-AAA----A-CTT--AAG--A--AT-AA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-N-AACGG--AAG-A-CCTTAATA------AAAGAAANAAAAAA
Reference ( gi|3 ) : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GA-CCCTAT----G-T---G---C---CC-TTAAT-T-GA--AGG-GCTGG-C-C-C-T--AAAA--CTTCAT-ATTG--T-CGAATACGT-CT-TG---TCA-T-A-TCT--A------A-TTT-T---GT-TC--T--A-TA--TG-TT-TTTT---CAA--A-TTATT-T-C-----TG--G-ATTAAAA--AT--A--T-TGACCAAAA-TA--------TG---A--C-CAAAA-T-GCA---GTCA----AAAA-AT------TT--GA----------------CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-A-GCGA-GC--C--T---GAC-G--TTTTT--G-GCGTG-GA---ACGAAAT-----TTGA----G---GG---C---A--G--TT-CC----GCA-ATTA-TG--A---TA----TC-GT---CT-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGTAGCTTTC--A-TAGTTT--CC-----GAGAA-C-ACTC-CC-G-G-ACAAA---G--TG-A-C-CC--C-G--A--A--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-TTGACGT--------AAC---AAAAA--TC----GA-----AA--AA--------T---G--T-AT----CGG-CT-----TTTT--G--TC-A-A-TATC-T--AT-C-A-TCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G----GC-----AACGC--AT--AT-T-----C--GA-G-AAATCGC--G---T-G--A-ACAA-AA--T--TT-G--T-AAG---AA------AAAAAAT-A--T---AA----T----A---G-A--GA---A-AAA----A-CTT--AAG--A--AT-AA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-A-AACGG--AAG-A-CCTTAATA------AAAAAAACAACAAACAACACACACACAAAAATCCCACAAAAAAACGAACACCAACAAAAAAAAAAAAAAA
gi|4 : ATTTA-G--AAAAT-ACTTTT--GATCCCTAT----C-G---G---C---CC-TTAAT-T-TG--AAG-GCTGG-C-C-CCT--AAAT--CTTCAT-ATTGG-T-CGAATATGT-CT-TG---TCA-TTA-TCT--ACA----ACTTT-T---GT-AC--T--A-AAG-TG-TT-TTTT---CAA--AATTATT-T-C-----TG--T-AT-AAAA--AG--A--TATGACAAAAA-TA--------TG---A--C-CAAAAAT-GCA---GTCA----AAAA--------------------------------------TT--------T--G-----------------A-GC----T--C--T---GAC-G--TTTTTT-G-GCGTG--A---ACGAAAT-----TTGA----GC--GG---C---A--G--TC-GC----ACA-TCTA-TGGTA---TA----TT-GT---CT--C-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGTAGCTTTC--A-TAGTT---CC-----GAGAA-C-ACTC-CC-G-G-ACAAA---G--TG-A-C-CC--C-GTGA--A--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-T-GACGT--------AAC---AAAAA--TC----GA-----AA--AAAAAG----T---G--T-AT----CGG-CT-----TTAT--G--TC-A---TATC-T--AT-C-A-ACCCT--G-AAA----TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G----GC-----AACGC--AT--AT-T-----C--GA-G-AAATCGC--G---T-G----ACAA-AA--T--TTGG--TAAAG---AA------AAAAAAA-A--T---AA----TAATGA---G-A--AA---A-AAA----A-CTT--CAG--A--AT-AA--CAAA-TAATGGT-T-CTT------CCCGTG---TGGA-A-AACGG--AAG-A-CCTTAA
gi|8 : tATTTA-G--AAAAT-AGTTT---GA-CCTT-T----C-A---G---C---C--TTAAT-TTGA--AGG-GCTGG-C-C---T--AAAA--TT--GT-ATGG--T-CGAATACGG-CT-TG---T-A-T-AACCT--ACA----ACTTT-T---AT-TCC-T--A-AA--TG-TT-TTA----CAA-----TATT-T-C-----TG--T-ATGAAAG--ATTAA--T-TGAC-GAAA-TG--------TG---T--TGCAAAA-T-GCA---GTGA----AAAT-GT------TT--GA----------------CG-TT-TTT--------TC-GG----G-T--CA---T-G-GCGA-GCT-T--T---GAC-C--GTTTT--G---GTG-AA-----GAAAT-----TTGA----T---TG---C---CCTG--TG-CA----ACA-ATTACTG--AATCT-----TC-GT---CT--C-AATCCCTG-A-AAT----TGGA--AGTTGATCATCTTA--A-CAGTTT--CC-------GAA-C-ACTT-CT-G-G-ACAAA---AC-TGAA-CACC--A-A--A--A--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT--AT-T-TTGACGT--------TTC---GAAAA--AC----AA-----AA--AA-----------------AT----CCG--TAAAAATTAA--G--TG-A-A-T-TC-T--AT-C-A-TCCCT--A-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-A----AC-----GATGC--AT--ATAT-----C--GA-GAAAATCGC--C---TCG--C-AC-A-AA--T--TT----T-AAG---AA------AAAAA
gi|25 : atATCTA-G--AAA-TTACTTTT--GA-CCC-ATTTCGG-T-------C---CT-TTATT-T-TA--AGG-GCTGG-C-C-CCT--AAAA--CTTGAT-ATGG--T-CGAATAGGC-CT-
gi|19 : ATTTATG--AAA-T-ACGTTT--GG-CCCCTT----T-C---A---CAA-CT-TTATA-T-GA--AGG-AGTGA-C-C-CCT--AAAT--ATTCAT-ATCA--A-CGGATTCGC-CT-TG---CCATT-A-TCTACA------A-TTTCT---GT-TA--T--A-CAATTG-TT-
gi|7 : tTTTA-G--AAAAT-AGTTTG--GA-CCCT-T----C-TCA-G---C---CC-TTAAT-TTGA--AGG-GCTGG-C-C-CCT--GAAA--CTTGAT-ATGG--T-CCA-TACG--CT-TG---TAA-T-T-ACT--ACA----ACTTT-T---AT-TC--T--A-AA--TG-TT-TTTAAAACAA--A-ATATT-T-C-----TG--T-ATGAAAAG-AG--A--T-TGACGAAAA-TG--------TGTTTG--C-AAAAA-TTGCACAGGTGA----CAAATGT------TTCTGA----------------CG-TT-TTT--------TCGGG----T-T--CA---T-G-GCGA-GC--TCTT---GAC-GGTTTTTT--C-GCTTGTGA---ATGAAAT-----T-GA----T---TGTTCC---T--G--CT-GC----ACA-ATTA-TG--AAA-TC----TC-GT---C--AC-AATCCCTGAA-AGT----T-GA--A--TTATATCCT-A--A-CAGTGT--CC-----GAGAAAC-ACTC-T--G-G-ACAAG---ACTTG-A-C-AC--C-C--ATGA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----A-----TATAT-GA--CGT-AA-AT-TTGACGTTATCGAAGAAC---AAAAAATCC----GATATTAAA--AA--------T---------T----CAA-C------------G--TG-A-A-TATC-T--AT-C-A-TCCCT--GAAAAA---TT---G-G---A-CG--AAA--T-G-G----AT-----GATGC--AT--AT-T-----C--GA-A-AAATCGC--C---T-G--C-ACAACAATTT--TT-G--T-AAG---AA------AAAAAAcacaaacgacgtttagttttcatggatgctttgtgaaattgtttgt
gi|6 : TTA-G--AAACT-AGTTTG--GA-CCCC-T----C-T---A---CA--CC-CTAAT-T-GA--AGG-GCTGG-C-C-CCT--AAAA--CTTGATCATGT--T-CGAATAGG--CT-TG---TAA-TTA-CCT--ACAA---A-CTT-T---TA-TA--T--A-AA--TG-TT-TTACA--CAG--A-ATATT-T-CA----TG--TTATGAAAA--AT--AGTT-TGACGAAAAATG--------TG---C--A-AAAAA-T-GCA---GTGA----AAAA-ATGT----TT--GA----------------CG-TT-TTT--------TTCGG----T----CA---A-G-GCGA-GC--T--TT--GACCG--TTTTTTCG-CTGTG--A---ATGAAAT-----TTGA-------------T---T--G--TC-CCTGTGACA-ATTA-TG--AAA-TC----TC-GT---CT-AC-AATCCCTGAACAAT----TGGA--AGTTGATATCTTCT--A-ACGTTTTTCCA----GAGAA-C-ACTT-TT-G-GGACAAA---AC-TG-A-CACC--C-A--A--A--A-TTAGTCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CGT-AATA--TTGACGT--------TTC---GAAAA--AC----AA-----AT--AA--------TCC-G--T-ATA---AAA-AT-----TCAA--G--TG-A-A-TATC-T--AT-C-A-TCCCT--T-AAAA---TT---TGG---A-CGA-AAAATTTG-G----AT-----GACGC--ATTAAT-T-----T--GA---AAATCGC--C---T-G--C-ACAA-AA--T--TT-G--TCAAG---AA------AAAA
gi|2 : attaTTA-GGAAAA-T-AGTTT---GA-CCCC-T----C-TCCAG---C---CC-TTAATCT-GACAAGGCGCTGG-AAC-C-T--AAAA--CTTGAT-ACTGGCT-CGAATACGCGCTCTG---TAA-TTA-CCT--ACA----A-CTT-T---ATATC--TCAA-GA--TG-TT-TTAA---CAA--A-CTATTCT-C-----TGTTA-ATGAAAAGAAT--A--T-TGAGGAAAA--A--------TG--------------T-G-A---GTCA----AAAA-ATGCCACTTT--GAATAATACTTTCGCATCCG-TT-TCT--------C--GGA---G-T--CA---T---GCGAAGC--T--TTAGGAC-G--TTTTT--C-GC-TGTGA---ATGAATG-----TTGA----TT--GG---C---CCTA--TG-CC----ACA-ATTA-TA--A---AT----TCAGT---CTCAC-A--TCCTGAA-AAA----T-GA--ACATTATATCTCT---A-TAGTTT--CCCGTCTGAGAA-CGACTT-CT-G-GGACAAC------TG-A-CACC--C-A--A--A--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AT----TATAT-GAAGCGT-AATAT-TTGACGTTTC-----GAC---AAAA----C----AA-----AA--AAAACCG---T---A--T-AC----TAA-AT-----TCAA--G--TG-A-AGTATC-T--AT-A-T-TCTCT--G-AAAA---TT---T-G---AACGA-AAA--TCG-G----AA-----CACGG--AT--AT-T-----G--AA-T-AAATCGC------T-G--C-ACAA-AA--T--TT-T--T-AAG---AACACAAAAAAGAAT-A--T---AA----T----A---C-ATAGATTAA-AAA----A---T--AAA--A--AT-AA--C-AA-TAA-GGATC-CTT------CC---G---TTGG-A-AACGA--CAG-ACCCTTAACAATAGATAAAAAAAC
gi|1 : aA-A--AAA-T-AATTTTTGGA-CCCCTT----CCT---T---CAAACC-TAAAT-T-TG--AGG-G-TGG-C-C-C-CCAAAAAGTCTTAAT-ATCA--TGCGGATGCGC-CT-TGGTCCCT-T-A-TCT--ATA----A-CTT-TTTAAT-TCCTT--A-TG--TC-TT-TTTT---CGACTA-TTTTT-T-C-----CG--T-ATGAAAA--AG--A--AATAATTAAAA-AAACGGAAAGTG---GGTC-CAAAC-T-G-----GCCATGGAAAAA-AA------TT--GA----------------CG-TT-TTTATTATTCCC--GG----T-TTCCA---T-AAGCGA-GC--T--TTTTAAC-G--TTTTT--TCGCGTA-AA---TCGAAAT-----TTTATTTTGC--GG---CCCCAT-G--CC-CC----ACATCTTA-TG--AACTTA----TC-CCTTCCT-ACCAATC--TGAA-AAAAAAATTGACAAGTTAATATCTTTTTAA-TAGTTT--CCCGAAGGAAAA---ACTTTCC-GCA-ACA---------G-A-C-CCTTC-A--A--C--A-TT---CACAAAAC--CGATC----AAATAATAATT-GA--AGTCAATAAATCCACGT--------ATC---AAAAA---C----GA-----AA--AAAAATTAAAT---G--TTAT----AAA-AG-----TTTTAAG--TG-A-A-T-TC-TTTAT-C-T-TTCCT--G-AAAAAATTT---T-G---A-CGC-CAA--TCG-G----GTTTTGAAGAGC--AC--AT-T-----C--GA-G-AAATCGCTGG---C-A--ACACAA-AT--T--TT-GGTT-AAA---AG------AAAATAT-A--T---AA----T----A---G-G--AAAACA-AAA----A-CTTTAAAG--A--ATAAA--C-AA-TTA--G--T-CTTTTTCCCCC---GCGTTTGA-A-AACGG--GAG-ACCCTTAATA------AAAGAAAGAAAAAAttgaaagatataacaataagtcttccgttgaaacggaaagacctt
gi|12 : A-A--AAA-T-ACTTTC--GATCCCTCT------T---GACAC---CA-TTT-T-T-AA--AGG-GGTGGAC-C-C-----AAA--CTTTAT-ATCA--T-CGAATGGGT-CT-GG---TCA-TTA-TCT--ATGTAAAA-CTT-T-------C--T--G-CA--TG-TCATGCT---GAA--A-ATGTT-TGCAAAGATG--C-ATTAAAA--AT--agaaaactaaatcactaataaaaggtcctccgtggaaaacggaaagacctt
gi|11 : atatcta--AAA-T-ACTTTT--GA-TCCTCTC---A-T---A---C---CTATTAAT-TTGA--CAA-G-TGG-C-C-CAC--AAAA--C--CAT-AT--------AAT-----CT-TG---TCA-TTA-TTT--AC-----ACTTT-T---GT-TC--T--AATA--TG-TC-TTTC---TAG--A-T-ATT-T-C-----TG--T-ATGAAAAG-AT--A--T-TGAC-GTAA-TG--------TG---T--C-CAAAA-T-GTA---G--G----AGAA-AT------TT--GA----------------CG--T-TTT--------G--GG----G-T--CA---TAA-GCGA-GCT-C--T---TAC-G--TTTTA--G-GTAT----------AAATTATTATTGC----G---CC---C---A------T-GC----ACA-TCTA-AG--AAG-TC----TC-CT---CT-AC-TAT-CCTGAA-AAT----TTAA--AG-AGGTATCTTAT--A-TAGTTT--CT-----GAGAA-C-A-TC-CC-G-G-ACAAAACTG--AG-A-C-CC--C-C--G--A--A-TT--TC-CAAAAA---G-TC-----A----TATCT-GA--CGT-TATAT-TTGACGT--------Atgtttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagataggtacatttgtaaagtcccctctacaatcgctgaaaatttgaagctgatatctgctaagtctctaaccccatacaatgtcagaaaacctcaatgttgacgtaat
gi|10 : aga--AAA-T-AATTTT--GA-CTCCTT----T-T---GA--C---CC------------------CTG----T-T-T--AAAA--CTTTAT-ATCG--T-CGAATACGT-CT-TG---TTA-T-A-TCT--ACAC---A-TTT-T---GT-----------A--TG-TC-CTTT---CAA--A-TCCTT-T-T-----TG--C--TTAAGA--AT--A--T---------A-T---------TG---A--C-AAAAA-T-GTG---TTTT----AAAA-AA------TT--GC----------------AG-TTGTTT--------T--AGAAGCT-T-------T-A-CCGA-GCT-C--T---GAC-G--TTTTC--T-ACATT-TATTTAAGAAAT-----ATAA----ATGTGA---CT--A--GA-TTACA----GCA-ATGA--A--A---TC----CC-CT---CT-AC-AGTTCCTGAA--------TTG---AGTTCATATTTTGA--A-TAG--T--CC-----GAAAA-C-GCTT-CT-G-G-ACAAA---C--TG-GCC-CC--C-T--A--A--A-TT--TAGGAAATA--CG-TCTTGAAA----CAACT-TA--CAT-TATAA-TTGACGT--------AA
gi|24 : tcaga---C---CC-TTAAT-TTGA--AAA-GCTGG-C-C-CCT--AACA--CTCGAT-ATCG--T-CGAATAC---CT--------A-C-A------A------C-TTT-T---GT-TC--T--A-AA--TG-TT-TTt
gi|21 : C-CTAAT-TTGA--AGG-GCTGG-C-C-CCT--AAAA--TTACAT-ATTG--T-CGAATATGT-CT-TG---TCATT-A-GCTACA------A-CTT-TA--GT-AC--T--A-TA--TGTTT-TTTT---TAA--A-TTATT-T-C-----TG--T-A-TAAAA--Aatatatttagaaatagttttg
gi|5 : --AGG-GCTGG-C-CAC-T--AAAA--CTTGAT-ATGG--T-CGAATACGC-CG-TG---TTA-TTA-CTT--ACA----ACTTT-T---GT-TC--T--A-AA--TG-CT-TTTTA--CAA--A-ATATT-T-C-----TG--T-ACGAAAAG-AT--A--T-TGACGAAAA-TA--------TG---A--C-CAAAACT-GCA---GTAA----AAAA-TT------TT--GA----------------CG-TT-TTT--------T--CG----CGT--CA---C-G-ACGA-GC--T--TT--GTC-G--TTTTT--C-GCGTG--A---ATGAAAT-----TTTATT--G---CG---C---C--T--AT-GC----ACA-ACTA-TGCAA---TC----TC-GT---CT-GC-AATCCCTTAA-AAA----TGGA--AGTTGATATCTCTA--A-CAATTT--CC-----GAGAA-C-ACTT-CT-G-G-ACAAA---C--TG-A-CACC--C-G--A--A--C-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CAT-AATAT-TTGACGT--------TTC---GAAAA--AC----AA-----AA--AA--------TCC-G--T-AT----AAA-TT-----ACAA--G--TG-A-A-TGTC-T--AT-C-A-TCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-G----TT-----GACGC--AT--AT-T-----T--GA-G-AAATCGC--T---T-G--C-ACAA-CA--T--TT-G--T-AAG---AA------AAAAATT-A--TAACAA----T----A---G-A--TA---T-AAA----A-CTT--AAA--A--AT-AA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TAGG-G-AACGG--AAG-A-CCTTAATA------Aga
gi|9 : AAAG--AT--A--T-TGACGAAAA-TG--------TG---A--C-CAAAT-T-GTA---GTAA----CAAA-TT------TT--GA----------------CGGTT-TTT--------T--TT----T-T--TACTTT-G-GCGT-GCTTC--T----AC-G--ATTCT--A-GTGTT-GA----CAATAT-----TTGA----T---TG---C---A--ACATT-AC----ACA-TCTA-CG--A----AGCCTTC--T---CT-AC-AATTGCTGAA-AAT----TTGA--AGTT-GAAATGTTT--ACTGGTTC--CT-----GAGAA-T-ACTC-GC-G-G-AAAAA---A--TGGA-C-CC--CTG--A--A--A-TT--TCACAAAAA--CA-TC----AA----TATCT-GA--CGT-AATAT-TCAAAGT--------AAC---GGAAA--AC----AA-----AAC-AA--------T---ACCC-AT----CAA-GT-----TCAA--G--TC-A-A-TATC-T--AA-C-A-TCCGT--G-AAAA---TT---T-C---A-CAA-AGA--TCA-G----AA-----GATGC--AT--AT-CATGTGT--GA-G-AAATCGC--G---T-G--C-ACAA-AC--T--CT-G--T-AGG---AA------AAAA----G--T---AA----T----AC--T-A--GA---A-AAA----A-----------------------AA-TAA-GG--T-CTT------CG---G---TTGGAA-AATGG--AAG-A-CCTTAATA------
gi|17 : T---CT-AT-CATCCCTGAA-AAT----TTGA--
gi|12 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataaaattcaagtaaataT---CT-AC-AATCGCTGAA-AAT----TTGA--AGCTGATATCTGCT--A--AGTCT--CT--------AA-C----C-CC-A-T-ACAA-------TG--------------------------TCA-GAAAA--CC-TC----AA----TG-TT-GA--CGT-AATcgaaaatcggacgacgcatattcgagaaatcgcctgcacaaaatttgtaagaaaaaaaaataatagataaaaaacttaagaataacaataaggtcttccgttggaaacggaagaccttaataat
gi|15 : atatctaaaaaatactttcgatccctcttgacaccatttttaaaggggtggacccaaactttatatcatcgaatgggtctggtcattatctatgtaaaactttctgcatgtcatgctgaaaatgtttgcaaagatgcattaaaaattgtttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagataggtacatttgtaaagtccccTT--CC-----GAGAA-C-ACTT-TCTG-GCACAAA---AC-TG-A-CACC--C-A--A--A--AATT--TCACAAAA---CT-TC----AA----TATATAGA--TGT-AATAT-TC-ACGT--------TTC---GAAAA--CA----AA-----AA--AA--------TTCAG--T-AT----AAA-AA-----TTCAAAG--TG-A-A-TATC-T--AT-C-AATCCCTTGA-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCGCG----ACG----AACGC--AT--AT-T-----C--GA-G-AA-TCGC--TC--T-GC-A-GCAA-AA--G--TT-G--T-AAG---AA------AAAAA
gi|14 : C-----GAGAA-C-CATT-CT-G-G-ACAAA---A--CT-A-CACC--C-T--A--ACAA-TT--TCACAAAAAAACG-TCC---AA----TATAT-GA--TGT-AATAT-TTCACGTTCGAA---AAC---AAAAA---------A-----AATCAG--------T---A--T-AT----AAA-AT-----TCAA--G--T--A-A-TATC-TG-AT-C-A-TTCCT--G-AAAA---TTGGGT-G---A-CG--AAA--TCG-G----AC-----GACGC--AT--AT-T-----C--GAGG-AAATCGC--C---T-G--C-ACAA-AA--TTATT-GT-T-AAG---AA------AAAAAAT-A-----------------------A--GA---ATAAA----A-Ctaagaata
gi|6 : AAA--CG-TC----AA----TATT---A--CGT-CATATATTGACGT--------
gi|22 : attattagaaactagtttggacccctctacaccctaattgaagggctggcccctaaaacttgatcatgttcgaataggcttgtaattacctacaaacttttatataaatgttttacacagaatatttcatgttatgaaaaatagtttgacgaaaaatgtgcaaaaaatgcagtgaaaaaatgtttgacgtttttttcggtcaaggcgagctttgaccgttttttcgctgtgaatgaaatttgattgtccctgtgacaattatgaaatctcgtctacaatccctgaacaattggaagttgatatcttctaacgtttttccagagaacacttttgggacaaaactgacacccaaaattagtcacaaaaAAA--CT-TC----GA----CATCT-TA--CAT-AGTA-----------------AACTCGAGAAA--TCACGTGA-----CA--GA--------C---C--T-AT----CGA--T-----TTTA--G--TA-A-A-TATC-T--AT-C-A-TCCCT--G-AAAA---AT---T-C---T-CAG-AAA--TCG-G----TC-----AAcgaaaaacaaataatccgtataaaaattcaagtgaatatctatcatcccttaaaatttggacgaaaaatttggatgacgcattaatttgaaaatcgcctgcacaaaatttgtcaagaaaaaa
gi|18 : ACGT--------AAC---AAAAA--TC----GAGAA--AA--AA--------T---A--T-AT----CGG-CT-----TTAT--G--TC-A-A-TATC-T--AC-C-A-TCACT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G----GC-----AACGC--AT--AT-T-----C--GA-G-AAATCGC--G---T-G--A-ACAA-AA--T--TT-G--T-AAGA--AA------AAAAAATAA--T---AA----T----A---G-A--GA---A-AAA----A-ATT--AAG--A--AT-AA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGGAA-AACGG--AAG-A-CCTTAATA------
gi|13 : --------AAC---AAAAA--C------------AA--TA--------T---G--T-GT----AGA-GT-----CTTAA-G--TCGA-A-TATCCT--TT-C-A-TTCCT--G-AAAA---CT---T-GTAGATCGC-AAA--TCG-ATCTCGC-----A-CGC--AT--AT-T-----TCAGA-G-AAATCGG--GATCT-G--GCACAG-AAACTAATT-G--T-GAGTGGAA------AAGAAAT-AATT---AGAATGT----A---GGA--GA---A-AAA----AACTT--AAAGCA--AT-AA--C-AACTAA-GG--T-CTT------CC---G----TGG-G-AACGG--AAG-A-C
gi|16 : C---AAACA---C----GA-----AA--AA--------T------T-ATTTTTCGATCT-----TTCT--AGACC-ACA-TATA-C--AT-CCA-TCCCT--G-AAAAAT-TT---C-G---A-TGAGAAA--TCC-G----TCCA---AGTGCTGCT--TT-T-----G--GA-G-AAATCCC--G---A-GGTA-AGAA-AA--T--TA-A----AAT---AA------AAAAAAT-AA-T---AA----T----ATAAG-A--AA---A-AAAGAAAA-CCG--AAG--ATAAT-AAAAC-AT-TAA-GG--TTCTTGT----CC---G---TTGG-A-AACGG--AAG-A-CCTTAggaccttcacataata
gi|17 : --G--TA-A-A-TATC-T--AT-C-A-TCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G----AC-----GACGC--AT--AT-T-----C--GA-G-AAATCGC--C---T-G--C-ACAA-AA--T--TT-G--T-AAG---AA------AAAAAA--A--T---AA----T----A---G-A--TA---A-AAA----A-CTT--AAG--A--AT-AA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-A-AACGG--AAG-A-CCTTAATA------A
gi|23 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataaaattcaa-A-A-TATC-T--ATTC-A-TCCCT--G-AAAA---TT-----G---T-CA--AAA--TCG-G----AC-----GATGCC-AT--AT-T-----C--GA-G-AAATCGC--C---T-G--C-ACAA-AT--T--TA-G--T-AAG---AA------AAAAAt
gi|5 : aaattcaatg-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTCC-C-TACGG--AAG-A-CCTTA
gi|9 : agggctggccactaaaacttgatatggtcgaatacgccgtgttattacttacaacttttgttctaaatgctttttacaaaatatttctgtacgaaaagatattgacgaaaatatgaccaaaactgcagtaaaaaattttgacgttttttcgcgtcacgacgagctttgtcgtttttcgcgtgaatgaaattttattgcgcctatgcacaactatgcaatctcgtctgcaatcccttaaaaatggaagttgatatctctaacaatttccgagaacacttctggacaaactgacacccgaactttcacaaaaacgtcaatatatgacataatatttgacgtttcgaaaaacaaaaaatccgtataaattacaagtgaatgtctatcatccctgaaaatttgacgaaatcggttgacgcatatttgagaaatcgcttgcacaacatttgtaagaaaaaaattataacaatagatataaaacttaaaaataacaa-TAA-GG--T-CTT------CC---AT--TTTC-C-AACCG--AAG-A-CCTTAataa
gi|18 : aaagatattgacgaaaatgtgaccaaattgtagtaacaaattttgacggtttttttttttactttggcgtgcttctacgattctagtgttgacaatatttgattgcaacattacacatctacgaagccttctctacaattgctgaaaatttgaagttgaaatgtttactggttcctgagaatactcgcggaaaaaatggacccctgaaatttcacaaaaacatcaatatctgacgtaatattcaaagtaacggaaaacaaaacaatacccatcaagttcaagtcaatatctaacatccgtgaaaatttcacaaagatcagaagatgcatatcatgtgtgagaaatcgcgtgcacaaactctgtaggaaaaaagtaatactagaaaaaaaa-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTTT-CCAACGG--AAG-A-CCTTAata
gi|17 : acgtaacaaaaatcgagaaaaaatatatcggctttatgtcaatatctaccatcactgaaaatttgacgcaaatcgggcaacgcatattcgagaaatcgcgtgaacaaaatttgtaagaaaaaaaaataataatagagaaaaaaattaagaataacaa-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTTC-C-AACGG--AAG-A-CCTTAata
gi|16 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataaaattcaagtaaatatctatcatccctgaaaatttgacgaaaatcggacgacgcatattcgagaaatcgcctgcacaaaatttgtaagaaaaaaaaataatagataaaaaacttaagaataacaa-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTTC-C-AACGGACAAGAA-CCTTAATataat
gi|13 : caaacacgaaaaattatttttcgatctttctagaccacatatacatccatccctgaaaaatttcgatgagaaatccgtccaagtgctgcttttggagaaatcccgaggtaagaaaattaaaataaaaaaaataataatataagaaaaaaagaaaaccgaagataataaaacG--T-CTT------CC---G---TTCC-C-A-CGG--AAG-A-CCTTAGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATGTTTAGTTTTTTATAGATGCTTCTGACTCCTTTCGGCCTTCAATTTGGAAGGCTCGCCCCTAATCCTTGGATATTGTTAGAATACCTCTCGTCATTGATTCAAGTCTTCACCGTAATTGGCTTTTAACAATTCTT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333 22222222222 2222222222222 11111 1111 11111111 111111111 55555555555555555555555555555555555555555 11111 3333333333333333 5555555555555555555 11111111 11111 11111 1111111 1111 11111 11 444444444444444 1111111 1111111111111111 111111 1111111111111111111111111 11 111111
lowQualScore : 3 44 2 3 1 777 77 3 00000000000000 5555 33 2 5555 444 33 2 8888 2 2 77 2 33 2 2 2 2 33 666666 2 3 66 2 00000000000 3 44 4 3 3 3 3 44 0000000000000 88888 33 6 11111 6666 44 00000000 666666666 44 4444 3 3 11111111111111111111111111111111111111111 3 4 22222 6 44 55 333 3 0000000000000000 3 6666 6666666666666666666 3 55 3 77777777 3 0 3 33 3 3 00000 1 44 3 3 888 1 44 77777 2 2 2 5 5 4444444 5 6 2222 33 33 33 2 00000 5555 3 2 33 2 44 2 11 5 1 55555 444 2 666666666666666 2 5555555 444 2 777 2 44 2 2 2 55 2 4 33 2 777 444 2 666 2 77 33 2 2222222222222222 5 2 33 2 66666666 2 2 5555 888 2 666 2 77777 2 55 5 444444 3 3333333333333333333333333 3 88 3 555 7777 33 00 55 88 88 3 3 3 88 3 555555 666 666 88 3 3 4 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. . .............. .... .. . .... ... .. . .... . . .. . .. . . . . .. ...... . . .. . ........... . .. . . . . . .. ............. ..... .. . ..... .... .. ........ ......... .. .... . . ......................................... . . ..... . .. .. ... . ................ . .... ................... . .. . ........ . . . .. . . ..... . .. . . ... . .. ..... . . . . . ....... . . .... .. .. .. . ..... .... . . .. . .. . .. . . ..... ... . ............... . ....... ... . ... . .. . . . .. . . .. . ... ... . ... . .. .. . ................ . . .. . ........ . . .... ... . ... . ..... . .. . ...... . ......................... . .. . ... .... .. .. .. .. .. . . . .. . ...... ... ... .. . . . .
lowQualScore : 6 22 3 1 0 666 33 1 77777777777777 1111 44 5 3333 444 55 5 0000 5 5 99 5 77 1 2 9 9 99 777777 9 0 88 9 88888888888 1 22 0 1 1 1 1 66 2222222222222 33333 88 7 88888 3333 66 55555555 222222222 66 9999 3 3 77777777777777777777777777777777777777777 3 5 00000 7 66 55 555 3 5555555555555555 3 6666 8888888888888888888 3 00 3 88888888 3 4 3 88 3 3 77777 1 66 8 3 888 0 66 11111 9 9 9 7 7 2222222 7 6 5555 99 99 77 7 11111 7777 6 7 77 7 66 7 88 3 0 99999 777 7 888888888888888 5 8888888 222 4 444 4 55 4 4 4 66 4 7 22 4 444 111 4 555 4 11 22 4 1111111111111111 0 5 44 5 88888888 5 5 3333 444 5 999 5 99999 5 99 0 111111 3 7777777777777777777777777 3 22 3 888 1111 88 00 00 66 66 6 6 6 66 6 555555 444 444 33 6 6 0 0
consensus : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC-AACTTT-T--GT-T-C--T-ANA--TG-TTTT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG-A----T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAA-A--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG-------------T-T--CA---T-G-GCGA-GCTT-T-T-GA-CG--TTTTTC-G-C-G-T--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CNG--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TC-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-ACACCC-G--AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TANCGA-AAANC----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-TC---AA-GT-GA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-C-T-GCA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--ATAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
Reference ( family-210 ) : ATTTA-G--AAA-T-ANTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC-AACTTT-T--GT-T-C--T-ANA--TG-TTTT-----T---T-CA-A--ANT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAA--A----T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAA-A--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG-------------T-T--CA---T-G-GCGA-GCTT-T-T-GA-CG--TTTTTN-G-C-G-T--------G-GAACG-AAATT-TGANN--G---CNG--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TC-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-ACACCC-G--AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TAACGA-AAANC----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAN--T-TT---AA-GT-GA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-N-T-GCA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--ATAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-NAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
gi|1 : A-A--AAA-T-AATTTTTGGACCC--C-TTCC-T----TCAAAC--C-TAAATTTGA--GGG---TGGCCCCC----AAAAAGTCTT-AAT-ATCA--TGC-GGATGCGC-CT-TGGTCCCTTATCTAT-AACTTT-TTAAT-T-CCTT-ATG--TC-TTTT-----T---T-CG-ACTATT-TTT-TC-CG-T--ATGAAAA--AGAAAT--AA-TTAAAAAAACG-GAAAGTGGGT-C--CAAA-C--TGGCCA---T--GGAAAAA-A--A----T--TG-A--CG-TT-TTTATTATTCCC--GG-------------T-TTCCA---T-AAGCGA-GCTT-T-TTAA-CG--TTTTTTCG-C-G-T--------A-AATCG-AAATT-TTATTTTG---CGG--CCCCATGCCCCA-CATCTTA-TG-A-ACTTATC-CCTTCCT-ACCAATC--TGAA-AAAAAAATTGACAAGTTAAT-ATCTTTTTAATAG--TTTCCCGAAGGAA-AA--ACTTTCC-G---CAACA------G-ACCCTT-C--AA--CAT--TCACAAAAC--CGATC----AAATAATAATT-GA--AGTCAATAAATCCACG-TATC-A-AAAAC----GA---AA-AAAAATTAAAT---G--TTAT----A--AAAGTT-TT---AA-GT-GA-A-T-TC-TTTA-TC-TTTCCT--G-AAAAAATTT---T-G---A-CGC-CAA--TCG-GGTTTTGA---A-----G-A-G-CAC--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-T-G-GCAACACAA-AT--T--TT-GGTT-AAA------AGAAAATAT-A--T---A----A----T----A---G-G-AAA-ACAAAA----A-CTTTAAAG--A--ATAAA-C-AA-TTA-G---T-CTTTTTCCCCC---GCGTTTGA-AAACGG-GAGA-CCCTTAATAAAAGAAAGAAAAAA
gi|10 : --AAA-T-AATTTT--GACTC--C-T-----------------------TTTGA-----------CCCCTGTTTAAAA---CTT-TAT-ATCG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TTA-TATCTAC-ACATTT-T--GT----------A--TG-TCCT-----T---T-CA-A--ATC-CTT-TT-TG-C--TTAAGAAT-A----T--A--TTGA-----CA-AAAA-TGTGT-T----------------------TTAAAAA-A-------T--TG-C--AG-TTGTTT--------T--AGAAGC---------T-T--TA---C----CGA-GC-T-C-T-GA-CG--TTTTCT-A-C-A-TTTATTTAAG-AAATATAAATG-TGACT--A----GA--TT----AC---AGCA-ATGA----A-A----TC-CCCTC-T-AC-AGTTCCTGAA--------TTG---AGTTCAT-ATTTTGA--ATAG----TCC-----GAA-AAC-GCTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-GCCCCC-T--AA--ATT--TAGGAAATA--CG-TCTTGAAA----CAACT-TA--CAT-TATAA-TTGACG-TAAagaaaactaaatcactaataaaaggtcctccgtggaaaacggaaagacctt
gi|11 : tcaga--AAA-T-ACTTTT--GATCCT-C-T--CAT----AC---C--TATTAATTTGA--CAA-G-TGGCCCAC----AAAA---C---CAT-AT---------AAT-----CT-TG--TCATTATTTAC-A-CTTT-T--GT-T-C--TAATA--TG-TCTT-----T---C-TA-G--A-T-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG-A----T--A--TTGA-----CG--TAA-TGTGT-C--CAAA-A--TG--TA---G----GAGAA-A--T----T--TG-A--CG--T-TTT--------G--GG-------------G-T--CA---TAA-GCGA-GCTC-T-T--A-CG--TTTTAG-G-T-A-T----------------AAATTATTATT--G---CGC--CCAT--GC---A-CA-TCTA-AG-A-AG---TC-TCCTC-T-AC-TAT-CCTGAA-AAT----TTAA--AG-AGGT-ATCTTAT--ATAG--TTTCT-----GAG-AAC-A-TC-CC-GG-ACAAAA--CTGAG-ACCCCC-G---A--ATT--TC-CAAAAA---G-TC-----A----TATCT-GA--CGT-TATAT-TTGACG-TAt
gi|12 : agaA-A--AAA-T-ACTTTC--GATCC--C-T--C-TTGACAC---C--A-TT--TTTAA--AGG-GGTGGACCC------AAA---CTT-TAT-ATCA--T-C-GAATGGGT-CT-GG--TCATTATCTA---------------------------TG-T---------------A-A--AAC--TT-TC-TG-C--ATGTCA---------------TGC-----TG-AAAA-TGTTT-G--CAAAGA--TG--CA---T--T--AAAA-A--T----T---------G-TT-TTT--------C--CGAGACCTACAGAACT-C--TA---T-G-TTAA--CTTAC-T-GA-TT--TATTTT-G-C-G-T--------T-GCA----------GATA--G--------------GT---A-CA-TTTG-TA-A-AG---TC-CCCTC-T-AC-AATCGCTGAA-AAT----TTGA--AGCTGAT-ATCTGCT--A-AG--TCTCT---------AAC----C-CC-AT-AC--AA--T---G--------------------TCA-GAAAA--CC-TC----AA----TGT-T-GA--CGT-AAT
gi|13 : atatctaAACAA-AAAC----------AA-TA--------T---G--T-GT----A--GAG--TCTT---AA-GTCGA-A-TATCCT--T-TC-ATTCCT--G-AAAA---CT---T-GTAGATCGC-AAA--TCG--------ATCTC-----GCACG-CAT--AT-T-----TCAGA-G-AAATCGGGATC-T-G-GCA---CAG-AAACTAATT-G--T-GAGTGG---AAAAGAAAT-AATT---A----GAATGT----A---GGA-GAA-A---AA----AACTT--AAAGCA--ATAA--C-AACTAA-GG--T-CTT------CC---G---T-GG-GAACGG-AAGA-C
gi|14 : C-----GAG-AAC-CATT-CT-GG-ACAAAA--C---T-ACACCC-T--AACAATT--TCACAAAAAAACG-TCC---AA----TATAT-GA--TGT-AATAT-TTCACG-TT-CGA-AAACA----AA---AA-AAATCAG---T---A--T-AT----A--AAA--T-TC---AA-GT--A-A-TATC-TG-A-TC-ATTCCT--G-AAAA---TTGGGT-G---A-CGA-AA---TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GAGG-AAATCG----C-C-T-GCA---CAA-AA--TTATT-GT-T-AAG------AAAAAAAAT-A---------------------------A-GAATA---AA----A-Cggaccttcacataata
gi|15 : TTCC-----GAG-AAC-ACTT-TCTGGCACAAAAC-T---G-ACACCCAA--AA--ATT--TCAC-AAAA--CT-TC----AA----TATATAGA--TGT-AATAT-TC-ACG-TTTCGA-AAACA----AA---AA-AA--------TTCAG--T-AT----A--AAA--A-TTCA-AA-GT-GA-A-TATC-T--A-TCAATCCCTTGA-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCGCG------A---C-----GAACG-CAT--AT-T-----C--GA-G--AATCG----CTC-T-GCAG--CAA-AA--G--TT-G--T-AAG------AAAAAAA
gi|16 : A-AACAC----GA---AA-AA--------T------T-ATTTTTC--GAT--C-TTTCTAG-AC-CACA-TATA-C--A-TCCATCCCT--G-AAAAAT-TT---C-G---A-TGAGAAA--TCC-G------T---CCAAGTG-CTG-CTT---T-T-----G--GA-G-AAATCC----C-GAG-GTA---AGA-AA--A--TT-A--A-AAT------AAAAAAAAT-AA-T---A----A----T----ATAAG-A-AAA-A---AAGAAAA-CCG--AAG--ATAATAAAAC-AT-TAA-GG--TTCTTGT----CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAtaagaata
gi|17 : c--T-AT----A--AAA--T-TC---AA-GT-AA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-C-T-GCA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA--A--T---A----A----T----A---G-A-TAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--ATAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|18 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACG-TAACAA-AAATC----GAGAAAA-AA--------T---A--T-AT----C--GGC--T-TT---AT-GT-CA-A-TATC-T--A-CC-ATCACT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-G-T-GAA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAGA-----AAAAAAAATAA--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-ATT--AAG--A--ATAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGGAAAACGG-AAGA-CC-TTAATAt
gi|19 : ATTTATG--AAA-T-ACGTTT--GGCCC--C-T--T-T----CA---CAAC-TTTATATGA--AGG-AGTGACCCCT----AAAT---ATT-CAT-ATCA--A-C-GGATTCGC-CT-TG--CCATTATCTAC-AATTTC-T--GT-T-A--T-ACAATTG-TT
gi|2 : tTTA-GGAAAA-T-AGTTT---GACCC--C-T--C-TCCA-GC---C--C-TTAATCTGACAAGGCGCTGGAACCT----AAAA---CTT-GAT-ACTGGCT-C-GAATACGCGCTCTG--TAATTACCTAC-AACTTTAT--ATCT-C--A-AGA--TG-TTTT-----A---A-CA-A--ACT-ATTCTC-TG-TTAATGAAAAGAA----T--A--TTGA-----GG-AAAAATGTGAGT--CAAA-AAATG--CC---ACTTTGAATA-A--TACTTT--CGCATCCG-TT-TCT--------C--GGA------------G-T--CA---T-G--CGAAGCTT-TAG-GA-CG--TTTTTC-G-CTG-T--------G--AATG-AATGT-TGATT--GGCCCTA--TG----CC---A-CA-ATTA-TA-A-A----TT-CAGTC-TCAC-A--TCCTGAA-AAA----T-GA--ACATTAT-ATCTCT---ATAG--TTTCCCGTCTGAG-AACGACTT-CT-GGGACAAC---T---G-ACACCC-A--AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AT----TATAT-GAAGCGT-AATAT-TTGACG-TTTCGACAAAAC----AA---AA-AAAACCG---T---A--T-AC----T--AAA--T-TC---AA-GT-GA-AGTATC-T--A-TA-TTCTCT--G-AAAA---TT---T-GA--A-CGA-AAA--TCG-G------A---A-----C-ACG-GAT--AT-T-----G--AA-T-AAATCG----C---T-GCA---CAA-AA--T--TT-T--T-AAGAACACAAAAAAGAAT-A--T---AATACA----T----A---G-ATTAA-A---AA----A---T--AAA--A--ATAA--C-AA-TAA-GGATC-CTT------CC---G---TTGG-AAACGA-CAGACCC-TTAACAATAGATAAAAAAAcacaaacgacgtttagttttcatggatgctttgtgaaattgtttgt
gi|2 : a-A--C---A----A----T----A---G-ATAAA-A---AA----A-CTTGAAAG--AT-ATAA--C-AA-TAA-G---T-CTT------CC---G---TT-G-AAACGGAAAGA-CC-TTcttgaaagatataacaataagtcttccgttgaaacggaaagacctt
gi|20 : attaggaaaatagtttgacccctctccagcccttaatctgacaaggcgctggaacctaaaacttgatactggctcgaatacgcgctctgtaattacctacaactttatatctcaagatgttttaacaaactattctctgttaatgaaaagaatattgaggaaaaatgtgagtcaaaaaatgccactttgaataatactttcgcatccgtttctcggagtcatgcgaagctttaggacgtttttcgctgtgaatgaatgttgattggccctatgccacaattataaattcagtctcacatcctgaaaaatgaacattatatctctatagtttcccgtctgagaacgacttctgggacaactgacacccaaaatttcacaaaaacgtcattatatgaagcgtaatatttgacgtttcgacaaaacaaaaaaaaccgtatactaaattcaagtgaagtatctatattctctgaaaatttgaacgaaaatcggaacacggatattgaataaatcgctgcacaaaatttttaagaacacaaaaaagaatataatacatagattaaaaaataaaaataacaataaggatccttccgttggaaacgacagacccttaTTTA-T--AGA-T-GCTTCT--GACTC--C-T--T-TCG--GC---C--T-TCAATTTGG--AAG-GCTCGCCCCT----AATC---CTTGGAT-ATTG--T-TAGAATACCT-CT-CG--TCATT
gi|21 : gatgtttagttt--C-CTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---TTA-CAT-ATTG--T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTAGCTAC-AACTTT-A--GT-A-C--T-ATA--TGTTTTT-----T---T-TA-A--ATT-ATT-TC-TG-T--ATAAAAA--gattcaagtcttcaccgtaattggcttttaacaattctt
gi|22 : AAA--CT-TC----GA----CATCT-TA--CAT-AGTA----AAC--T--CGAGAAATCACGTGA---CA-GA--------C---C--T-AT----C--GAT--T-TT---A--GT-AA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---AT---T-C---T-CAG-AAA--TCG-G------ga
gi|23 : AA--T-TC---AA--T-GA-A-TATC-T--ATTC-ATCCCT--G-AAAA----T---T-G---T-C-A-AAA--TCG-G------A---C-----G-ATGCCAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-C-T-GCA---CAA-AT--T--TA-G--T-AAG------AAAAAAAtcaa
gi|24 : aC---C--C-TTAATTTGA--AAA-GCTGGCCCCT----AACA---CTC-GAT-ATCG--T-C-GAATAC-----------------CTAC-AACTTT-T--GT-T-C--T-AAA--TG-TTTTATATAT---T-TAGA--AAT-AGT-TT-TG-
gi|25 : ATCTA-G--AAA-TTACTTTT--GACCCATT-T--C-G----GT---C--C-TTTATTTTA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATAGGC-CT-
gi|3 : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--TAT--G-T----GC---C--C-TTAATT-GA--AGG-GCTGGCCC-T----AAAA---CTT-CAT-ATTG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TCAT-ATCTA---A-TTT-T--GT-T-C--T-ATA--TG-TTTT-----T---T-CA-A--ATT-ATT-TC-TG-G--ATTAAAA--A----T--A--TTGA-----CC-AAAA-TATGA-C--CAAA-A--TG--CA---G--TCAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG-------------T-T--CA---T-A-GCGA-GCCT-----GA-CG--TTTTTG-G-C-G-T--------G-GAACG-AAATT-TGAGG--G---CAG--TT----CC---G-CA-ATTA-TG-A------TA-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-AC-CCC-G--AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TAACAA-AAATC----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GGC--T-TT---TT-GT-CA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-G-T-GAA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--ATAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAAAAACAACAAA
gi|4 : ATTTA-G--AAAAT-ACTTTT--GATCC--C-TATC-G----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG--CTGGCCCCT----AAAT---CTT-CAT-ATTGG-T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTATCTAC-AACTTT-T--GT-A-C--T-AAAG-TG-TTTT-----T---T-CA-A--AATTATT-TC-TG-T--ATAAAAAG-A----T--A--T-GA-----CA-AAAA-TATGA-C--CAAA-AA-TG--CA---G--TCAAAAA-------------------------TT--------T--G-------------------------------A-GCTC-T---GA-CG--TTTTTT-GGC-G-T--------G--AACG-AAATT-TGAGC--GG--CAG--TC----GC---A-CA-TCTA-TG-GTA----TA-TTGTC-T--C-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG--TT-CC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-AC-CCC-GTGAA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-T-GACG-TAACAA-AAATC----GA---AA-AAAAAG----T---G--T-AT----C--GGC--T-TT---AT-GT-CA---TATC-T--A-TC-AACCCT--G-AAA----TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG----C-G-T-G-A---CAA-AA--T--TTGG--TAAAG------AAAAAAAAA-A--T---A----A----TAATGA---G-A-AAA-A---AA----A-CTT--CAG--A--ATAA--CAAA-TAATGGT-T-CTT------CCCGTG---TGGA-AAACGG-AAGA-CC-TTAAcaacacacacacaaaaatcccacaaaaaaacgaacaccaacaaaaaaaaaaaaaaa
gi|5 : t--AGG-GCTGGCCACT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATACGC-CG-TG--TTATTACTTAC-AACTTT-T--GT-T-C--T-AAA--TG-CTTT-----T---TACA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ACGAAAAG-A----T--A--TTGA-----CG-AAAA-TATGA-C--CAAA-AC-TG--CA---G--TAAAAAA-T--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--CG-------------CGT--CA---C-G-ACGA-GCTT-T---GT-CG--TTTTTC-G-C-G-T--------G--AATG-AAATT-TTATT--G---C-G--CCTAT-GC---A-CA-ACTA-TGCA-A----TC-TCGTC-T-GC-AATCCCTTAA-AAA----TGGA--AGTTGAT-ATCTCTA--ACAA--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-ACACCC-G--AA--CTT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CAT-AATAT-TTGACG-TTTCGA-AAAAC----AA---AA-AA--------TCC-G--T-AT----A--AAT--T-AC---AA-GT-GA-A-TGTC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-G------T---T-----G-ACG-CAT--AT-T-----T--GA-G-AAATCG----C-T-T-GCA---CAA-CA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAATT-A--TAACA----A----T----A---G-A-TAT-A---AA----A-CTT--AAA--A--ATAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TAGG-GAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|6 : TTA-G--AAACT-AGTTTG--GACCC--C-T--C-T----ACA--C--C-CTAATT-GA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GATCATGT--T-C-GAATA-GG-CT-TG--TAATTACCTACAAACTTT-T--A--T-A--T-AAA--TG-TTTTA----C---A-CA-G--AAT-ATT-TCATGTT--ATGAAAA--A----T--AGTTTGA-----CGAAAAA-TGTGC-A--AAAA-A--TG--CA---G--TGAAAAA-ATGT----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TTCGG---------------T--CA---A-G-GCGA-GC-T-T-T-GACCG--TTTTTT---C-GCT--------GTGAATG-AAATT-TGATT--GTCCCTG--T-----G----A-CA-ATTA-TGAA-A----TC-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAACAAT----TGGA--AGTTGAT-ATCTTCT--AACGTTTTTCCA----GAG-AAC-ACTT-TTGGG-ACAAAAC-T---G-ACACCC-A--AA--ATTAGTCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TTTCGA-AAAAC----AA---AT-AA--------TCC-G--T-ATA---A--AAA--T-TC---AA-GT-GA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--T-AAAA---TT---TGG---A-CGA-AAAATTTG-G------A---T-----G-ACG-CATTAAT-T-----T--GA---AAATCG----C-C-T-GCA---CAA-AA--T--TT-G--TCAAG------AAAAAA
gi|7 : attaTTTA-G--AAAAT-AGTTTG--GACCC--T-T--C-TCA--GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----GAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C--CATACG--CT-TG--TAATTA-CTAC-AACTTT-T--AT-T-C--T-AAA--TG-TTTT-----TAAAA-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG-A----G--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGT-TTGCAAA-AATTG--CACAGG--TGACAAATG--T----TTCTG-A--CG-TT-TTT--------TCGGG-------------T-T--CA---T-G-GCGA-GCTC-T-T-GA-CGGTTTTTTC-G-C-T-T--------GTGAATG-AAA-T-TGATT--GTTCCTG--CT----GC---A-CA-ATTA-TGAA-A----TC-TCGTC---AC-AATCCCTGAA-AG-----TTGA--A-TT-AT-ATC-CTA--ACAG--TGTCC-----GAGAAAC-AC-T-CT-GG-ACAAGACTT---G-ACACCC-AT-GA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT-AA-AT-TTGACGTTATCGA-AGAAC----AA---AA-AA--------TCCGA--T-AT----TAAAAA--T-TC---AACGT-GA-A-TATC-T--A-TC-ATCCCT--GAAAAA---TT---G-G---A-CGA-AA----TG-G------A---T-----G-ATG-CAT--AT-T-----C--GA-A-AAATCG----C-C-T-GCA---CAACAATTT--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA
gi|8 : ATTTA-G--AAAAT-AGTTT---GACCT--T-T--C-A----GC---C----TTAATTTGA--AGG-GCTGGCC--T----AAAA-----T-TGT-ATGG--T-C-GAATACGG-CT-TG--T-ATAACCTAC-AACTTT-T--AT-TCC--T-AAA--TG-TTTT------------A-C--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAG--A----TTAA--TTGA-----CG--AAA-TGTGT-TG-CAAA-A--TG--CA---G--TGAAAAT-G--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TC-GG-------------G-T--CA---T-G-GCGA-GC-T-T-T-GACCG--TTTT---G---G-T--------G-AA--G-AAATT-TGATT--GCC-CTG--T-----GCA--A-CA-ATTACTG-A-A----TCTTCGTC-T--C-AATCCCTG-A-AAT----TGGA--AGTTGATCATC-TTA--ACAG--TTTCC-------G-AAC-ACTT-CT-GG-ACAAAAC-T---GAACACCA-A--AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT--AT-T-TTGACG-TTTCGA-AAAAC----AA---AA-AAATC-----C---G--T-A--------AAA--A-TT---AA-GT-GA-A-T-TC-T--A-TC-ATCCCT--A-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-A------A---C-----G-ATG-CAT--ATAT-----C--GA-GAAAATCG----C-C-TCGCA---C-A-AA--T--TT----T-AAG------AAAAAAA
gi|9 : atAAAG--A----T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGA-C--CAAA-T--TG--TA---G--TAACAAA-T--T----T--TG-A--CGGTT-TTT--------T--TT-------------T-T--TACTTT-G-GCGT-GCTT-C-T--A-CG--ATTCTA-G-T-G-T--------T-GA-CA-ATATT-TGATT--G---CAACATT----AC---A-CA-TCTA-CG-A-AG---CC-TTCTC-T-AC-AATTGCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAA-ATGTTTA--CTGG--TTCCT-----GAG-AAT-ACTC-GC-GG-AAAAAA--T---GGACCCCT-G--AA--ATT--TCACAAAAA--CA-TC----AA----TATCT-GA--CGT-AATAT-TCAAAG-TAACGG-AAAAC----AA---AACAA--------T---ACCC-AT----C--AAG--T-TC---AA-GT-CA-A-TATC-T--A-AC-ATCCGT--G-AAAA---TT---T-C---A-CAA-AGA--TCA-G------A---A-----G-ATG-CAT--AT-CATGTGT--GA-G-AAATCG----C-G-T-GCA---CAA-AC--T--CT-G--T-AGG------AAAAAA----G--T---A----A----T----AC--T-A-GAA-A---AA----A----------------------AA-TAA-GG--T-CTT------CG---G---TTGGAAAATGG-AAGA-CC-TTAATA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333 11111111111 11111 11 111111111 33333333333333333333333333333333 111111 22222222222 5555555555555555555 11111111 11111 11111 1111111 1111 11111 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 111111 1111111111111111111111111 111111
lowQualScore : 3 44 2 3 1 777 77 3 00000000000000 5555 33 2 5555 444 33 2 8888 2 2 77 2 33 2 2 8888 2 33 2 66 2 2 66 2 2 77777777777 3 44 0 3 3 3 3 44 6666 3 99 77 88888 3 6 11111 77 55 777777 2 999999999 55 3 55 3 3 66666666666666666666666666666666 3 5 222222 88 55 444 99999999999 66 3 3 55 1111111111111111111 3 55 3 77777777 3 0 3 33 3 3 00000 1 44 3 3 888 1 44 77777 2 2 2 5 5 4444444 5 6 2222 33 33 33 2 00000 5555 3 2 33 2 88 2 55 5 1 77777 444 2 8888888888888888888888888888888 2 2 2 2 33 55 2 2 55 2 4 33 2 777 444 2 666 2 77 33 2 2222222222222222 5 2 33 2 66666666 2 2 444 2 55 2 666 2 77777 2 55 4 333333 44 6666666666666666666666666 3 88 3 555 6666 3 99 44 77 3 77 3 3 3 77 3 444444 555 555 6 6 3 3 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. . .............. .... .. . .... ... .. . .... . . .. . .. . . .... . .. . .. . . .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . .. .. ..... . . ..... .. .. ...... . ......... .. . .. . . ................................ . . ...... .. .. ... ........... .. . . .. ................... . .. . ........ . . . .. . . ..... . .. . . ... . .. ..... . . . . . ....... . . .... .. .. .. . ..... .... . . .. . .. . .. . . ..... ... . ............................... . . . . .. .. . . .. . . .. . ... ... . ... . .. .. . ................ . . .. . ........ . . ... . .. . ... . ..... . .. . ...... .. ......................... . .. . ... .... . .. .. .. . .. . . . .. . ...... ... ... . . . . .
lowQualScore : 6 22 3 1 5 666 33 1 77777777777777 1111 44 5 3333 444 55 5 0000 5 5 99 5 77 1 2 9999 9 99 9 88 9 0 88 9 9 22222222222 1 22 8 1 1 1 1 66 2222 1 22 99 33333 3 7 44444 33 00 444444 3 333333333 00 6 00 6 6 33333333333333333333333333333333 6 7 777777 66 66 777 00000000000 33 6 6 00 1111111111111111111 3 00 3 88888888 3 4 3 88 3 3 77777 1 66 8 3 888 0 66 11111 9 9 9 7 7 2222222 7 6 5555 99 99 77 7 11111 7777 6 7 77 7 11 7 55 3 0 55555 777 7 1111111111111111111111111111111 4 4 4 4 22 55 4 4 66 4 7 22 4 444 111 4 555 4 11 22 4 1111111111111111 0 5 44 5 88888888 5 5 444 5 99 5 999 5 99999 5 66 7 222222 33 8888888888888888888888888 1 11 1 444 5555 1 22 66 99 3 99 3 3 3 99 3 222222 888 888 7 7 3 6 0
consensus : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-CG--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CNG--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TC-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-ACACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
Reference ( family-210 ) : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-CG--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CNG--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TC-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-ACACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TANCGA-AAANC----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
gi|1 : A-A--AAA-T-AATTTTTGGACCC--C-TTCC-T----TCAAAC--C-TAAATTTGA--GGG---TGGCCCCC----AAAAAGTCTT-AAT-ATCA--TGC-GGATGCGC-CT-TGGTCCCTTATCTAT----AACTTT-TTAAT-TCCTT-ATG--TC-TT-TT-----T---T-CG-ACTATT-TTT-TC-CG-T--ATGAAAAAGAAA-T--AA-TTAAAAAAACG-GAAAGTGGGT-C--CAAAC--TGGCCA---T--GGAAAAA-A--A----T--TG-A--CG-TT-TTTATTATTCCC--GG----T-TTCCA---T-AAGCGA-GCTTT-TTAA-CG--TTTTTTCG-C-GT--------A-AATCG-AAATT-TTATTTTG---CGG--CCCCATGCCCCA-CATCTTA-TG-A-ACTTATC-CCTTCCT-ACCAATC--TGAA-AAAAAAATTGACAAGTTAAT-ATCTTTTTAATAG--TTTCCCGAAGGAA-AA--ACTTTCC-G---CAACA------G-ACCCTT--C-AA--CAT--TCACAAAAC--CGATC----AAATAATAATT-GA--AGTCAATAAATCCACG-TATC-A-AAAAC----GA---AA-AAAAATTAAAT---G--TTAT----A--AAAGTT-T-T-AA-G--T-GAA-T-TC-TTTA-TC-TTTCCT--G-AAAAAATTT---T-G---A-CGC-CAA--TCG-GGTTTTGA---A-----G-A-G-CAC--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-TG--G-CAACACAA-AT--T--TT-GGTT-AAA------AGAAAATAT-A--T---A----A----T----A---G-G-AAA-ACAAAA----A-CTTTAAAG--A--A-TAAA-C-AA-TTA-G---T-CTTTTTCCCCC---GCGTTTGA-AAACGG-GAGA-CCCTTAATAAAAGAAAGAAAAAA
gi|1 : --T-AAT------AAAAGAAAG-A--A---A----A---------------A-AAG-A---AA----A-CTA--AAT--C--ACTAA--T-AA--AA-GG--T-CCT------CC---G---TGGA-AAACGGAAAGA-CC-TTagaaaactaaatcactaataaaaggtcctccgtggaaaacggaaagacctt
gi|10 : aaaaataatttttggaccccttccttcaaacctaaatttgagggtggcccccaaaaagtcttaatatcatgcggatgcgccttggtcccttatctataactttttaattccttatgtcttttttcgactattttttccgtatgaaaaagaaataattaaaaaaacggaaagtgggtccaaactggccatggaaaaaaattgacgtttttattattcccggtttccataagcgagctttttaacgttttttcgcgtaaatcgaaattttattttgcggccccatgccccacatcttatgaacttatcccttcctaccaatctgaaaaaaaaattgacaagttaatatctttttaatagtttcccgaaggaaaaactttccgcaacagacccttcaacattcacaaaaccgatcaaataataattgaagtcaataaatccacgtatcaaaaacgaaaaaaaattaaatgttataaaagttttaagtgaattctttatctttcctgaaaaaattttgacgccaatcgggttttgaagagcacattcgagaaatcgctggcaacacaaattttggttaaaagaaaatatataataggaaaacaaaaactttaaagaataaacaattagtctttttcccccgcgtttgaaaacgggagaccct--AAA-T-AATTTT--GACTC--C-T-----------------------TTTGA-----------CCCCTGTTTAAAA---CTT-TAT-ATCG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TTA-TATCTAC----ACATTT-T--GT---------A--TG-TC-CT-----T---T-CA-A--ATC-CTT-TT-TG-C--TTAAGAAT---A-T--A--TTGA-----CA-AAAA-TGTGT-T---------------------TTAAAAA-A-------T--TG-C--AG-TTGTTT--------T--AGAAGCT-T--TA---C----CGA-GC-TC-T-GA-CG--TTTTC-TA-C-ATTTATTTAAG-AAATATAAATG-TGACT--A----GA--TT----AC---AGCA-ATGA----A-A----TC-CCCTC-T-AC-AGTTCCTGAA--------TTG---AGTTCAT-ATTTTGA--ATAG----TCC-----GAA-AAC-GCTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-GCCCCC--T-AA--ATT--TAGGAAATA--CG-TCTTGAAA----CAACT-TA--CAT-TATAA-TTGACG-TA
gi|11 : tcaga--AAA-T-ACTTTT--GATCCT-C-T--CAT----AC---C--TATTAATTTGA--CAA-G-TGGCCCAC----AAAA---C---CAT-AT---------AAT-----CT-TG--TCATTATTTAC----A-CTTT-T--GT-TC--TAATA--TG--T-CT-----T---T-CT-A--GAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG--TAA-TGTGT-C--CAAAA--TG--TA---G----GAGAA-A--T----T--TG-A--CG--T-TTT--------G--GG----G-T--CA---TAA-GCGA-GCTCT-T--A-CG--TTTTA-GG-T-AT----------------AAATTATTATT--G---CGC--CCAT--GC---A-CA-TCTA-AG-A-AG---TC-TCCTC-T-AC-TAT-CCTGAA-AAT----TTAA--AG-AGGT-ATCTTAT--ATAG--TTTCT-----GAG-AAC-A-TC-CC-GG-ACAAAA--CTGAG-ACCCCC--G--A--ATT--TC-CAAAAA---G-TC-----A----TATCT-GA--CGT-TATAT-TTGACG-TAat
gi|12 : agaA-A--AAA-T-ACTTTC--GATCC--C-T--C-TTGACAC---C--A-TT--TTTAA--AGG-GGTGGACCC------AAA---CTT-TAT-ATCA--T-C-GAATGGGT-CT-GG--TCATTATCTATGTAAAACT-------T-TC--T-GCA--TG-TCATG-----C---T-GA-A--AAT-GTT-----------TGCAAAG---A-TGCA--TTAA--------AAAT-TGT
gi|12 : atatcta----GT---A-CA-TTTG-TA-A-AG---TC-CCCTC-T-AC-AATCGCTGAA-AAT----TTGA--AGCTGAT-ATCTGCT--A-AG--TCTCT---------AAC----C-CC-AT-AC--AA--T---G--------------------TCA-GAAAA--CC-TC----AA----TGT-T-GA--CGT-AATttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagataggtacatttgtaaagtcccctctacaatcgctgaaaatttgaagctgatatctgctaagtctctaaccccatacaatgtcagaaaacctcaatgttgacgtaat
gi|13 : atatctaaaaaatactttcgatccctcttgacaccatttttaaaggggtggacccaaactttatatcatcgaatgggtctggtcattatctatgtaaaactttctgcatgtcatgctgaaaatgtttgcaaagatgcattaaaaattgtttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagatagA-AAAAC---------AA-TA--------T---G--T-GT----A--GAG--TCT-T-AA-G--TCGAA-TATCCT--T-TC-ATTCCT--G-AAAA---CT---T-GTAGATCGC-AAA--TCG--------ATCTC-----GCACG-CAT--AT-T-----TCAGA-G-AAATCGGGAT-CT--GGCA---CAG-AAACTAATT-G--T-GAGTGG---AAAAGAAAT-AATT---A----GAATGT----A---GGA-GAA-A---AA----AACTT--AAAGCA--A-TAA--C-AACTAA-GG--T-CTT------CC---G----TGG-GAACGG-AAGA-C
gi|14 : aacC-----GAG-AAC-CATT-CT-GG-ACAAAA--C---T-ACACCC--T-AACAATT--TCACAAAAAAACG-TCC---AA----TATAT-GA--TGT-AATAT-TTCACG-T-TCGA-AAACA----AA---AA-AAATCAG---T---A--T-AT----A--AAA--T-T-C-AA-G--T--AA-TATC-TG-A-TC-ATTCCT--G-AAAA---TTGGGT-G---A-CGA-AA---TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GAGG-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--TTATT-GT-T-AAG------AAAAAAAAT-A---------------------------A-GAATA---AA----A-Cggaccttcacataata
gi|15 : TTCC-----GAG-AAC-ACTT-TCTGGCACAAAAC-T---G-ACACCCA-A-AA--ATT--TCAC-AAAA--CT-TC----AA----TATATAGA--TGT-AATAT-TC-ACG-TTTCGA-AAACA----AA---AA-AA--------TTCAG--T-ATA---A--AAA--T-T-CAAA-G--T-GAA-TATC-T--A-TCAATCCCTTGA-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCGCG------A---C-----GAACG-CAT--AT-T-----C--GA-G--AATCG---CTCT--G-CAG--CAA-AA--G--TT-G--T-AAG------AAAAAAA
gi|16 : A-AACAC----GA---AA-AA--------T------T-ATTTTTC--GATCTT-T-C-TA-GACC-ACA-TATA-C--A-TCCATCCCT--G-AAAAAT-TT---C-G---A-TGAGAAA--TCC-G------T---CCAAGTG-CTG-CTT---T-T-----G--GA-G-AAATC----C-CGAGG-TA---AGA-AA--A--TT-A--A-AAT------AAAAAAAAT-AA-T---A----A----T----ATAAG-A-AAA-A---AAGAAAA-CCG--AAG--ATAA-TAAAAC-AT-TAA-GG--TTCTTGT----CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAtaagaata
gi|17 : c--T-AT----A--AAA--T-T-C-AA-G--T-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA--A--T---A----A----T----A---G-A-TAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|18 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACG-TAACAA-AAATC----GAGAAAA-AA--------T---A--T-AT----C--GGC--T-T-T-AT-G--T-CAA-TATC-T--A-CC-ATCACT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAGA-----AAAAAAAATAA--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-ATT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGGAAAACGG-AAGA-CC-TTAATAt
gi|19 : ATTTATG--AAA-T-ACGTTT--GGCCC--C-T--T-T----CA---CAAC-TTTATATGA--AGG-AGTGACCCCT----AAAT---ATT-CAT-ATCA--A-C-GGATTCGC-CT-TG--CCATTATCTAC----AATTTC-T--GT-TA--T-ACAATTG-TT-
gi|2 : tTTA-GGAAAA-T-AGTTT---GACCC--C-T--C-TCCA-GC---C--C-TTAATCTGACAAGGCGCTGGAACCT----AAAA---CTT-GAT-ACTGGCT-C-GAATACGCGCTCTG--TAATTACCTAC----AACTTTAT--ATCTC--A-AGA--TG-TT-TT-----A---A-CA-A--ACT-ATTCTC-TG-TTAATGAAAAG---AAT--A--TTGA-----GG-AAAAATGTGAGT--CAAAAAATG--CC---ACTTTGAATA-A--TACTTT--CGCATCCG-TT-TCT--------C--GGA---G-T--CA---T-G--CGAAGCTTTAG-GA-CG--TTTTT-CG-CTGT--------G--AATG-AATGT-TGATT--GGCCCTA--TG----CC---A-CA-ATTA-TA-A-A----TT-CAGTC-TCAC-A--TCCTGAA-AAA----T-GA--ACATTAT-ATCTCT---ATAG--TTTCCCGTCTGAG-AACGACTT-CT-GGGACAAC---T---G-ACACCC--A-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AT----TATAT-GAAGCGT-AATAT-TTGACG-TTTCGACAAAAC----AA---AA-AAAACCG---T---A--T-AC----T--AAA--T-T-C-AA-G--T-GAAGTATC-T--A-TA-TTCTCT--G-AAAA---TT---T-GA--A-CGA-AAA--TCG-G------A---A-----C-ACG-GAT--AT-T-----G--AA-T-AAATCG-----CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-T--T-AAGAACACAAAAAAGAAT-A--T---AATACA----T----A---G-ATTAA-A---AA----A---T--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GGATC-CTT------CC---G---TTGG-AAACGA-CAGACCC-TTAACAATAGATAAAAAAAcacaaacgacgtttagttttcatggatgctttgtgaaattgtttgt
gi|2 : a-A--C---A----A----T----A---G-ATAAA-A---AA----A-CTTGAAAG--AT-A-TAA--C-AA-TAA-G---T-CTT------CC---G---TT-G-AAACGGAAAGA-CC-TTcttgaaagatataacaataagtcttccgttgaaacggaaagacctt
gi|20 : attaggaaaatagtttgacccctctccagcccttaatctgacaaggcgctggaacctaaaacttgatactggctcgaatacgcgctctgtaattacctacaactttatatctcaagatgttttaacaaactattctctgttaatgaaaagaatattgaggaaaaatgtgagtcaaaaaatgccactttgaataatactttcgcatccgtttctcggagtcatgcgaagctttaggacgtttttcgctgtgaatgaatgttgattggccctatgccacaattataaattcagtctcacatcctgaaaaatgaacattatatctctatagtttcccgtctgagaacgacttctgggacaactgacacccaaaatttcacaaaaacgtcattatatgaagcgtaatatttgacgtttcgacaaaacaaaaaaaaccgtatactaaattcaagtgaagtatctatattctctgaaaatttgaacgaaaatcggaacacggatattgaataaatcgctgcacaaaatttttaagaacacaaaaaagaatataatacatagattaaaaaataaaaataacaataaggatccttccgttggaaacgacagacccttaTTTA-T--AGA-T-GCTTCT--GACTC--C-T--T-TCG--GC---C--T-TCAATTTGG--AAG-GCTCGCCCCT----AATC---CTTGGAT-ATTG--T-TAGAATACCT-CT-CG--TCATT
gi|21 : gatgtttagttt--C-CTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---TTA-CAT-ATTG--T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTAGCTAC----AACTTT-A--GT-AC--T-ATA--TGTTT-TT-----T---T-TA-A--ATT-ATT-TC-TG-T--ATAAAAAG---A-gattcaagtcttcaccgtaattggcttttaacaattctt
gi|22 : AAA--CT-TC----GA----CATCT-TA--CAT-AGTA----AAC----TCGAGAAATCACGTGA---CA-GA--------C---C--T-AT----C--GAT--T-T-T-A--G--T-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---AT---T-C---T-CAG-AAA--TCG-G------
gi|23 : AA--T-T-C-AA----T-GAA-TATC-T--ATTC-ATCCCT--G-AAAA----T---T-G---T-C-A-AAA--TCG-G------A---C-----G-ATGCCAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AT--T--TA-G--T-AAG------AAAAAAAtcaa
gi|24 : aC---C--C-TTAATTTGA--AAA-GCTGGCCCCT----AACA---CTC-GAT-ATCG--T-C-GAATAC-----------------CTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-TT-TTATATAT---T-TAGA--AAT-AGT-TT-TG-
gi|25 : ATCTA-G--AAA-TTACTTTT--GACCCATT-T--C-G----GT---C--C-TTTATTTTA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATAGGC-CT-
gi|3 : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--TAT--G-T----GC---C--C-TTAATT-GA--AGG-GCTGGCCC-T----AAAA---CTT-CAT-ATTG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TCAT-ATCTA------A-TTT-T--GT-TC--T-ATA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--ATT-ATT-TC-TG-G--ATTAAAA----A-T--A--TTGA-----CC-AAAA-TATGA-C--CAAAA--TG--CA---G--TCAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-A-GCGA-GCCT----GA-CG--TTTTT-GG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGAGG--G---CAG--TT----CC---G-CA-ATTA-TG-A------TA-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-AC-CCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TAACAA-AAATC----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GGC--T-T-T-TT-G--T-CAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAAAAACAACAAA
gi|4 : ATTTA-G--AAAAT-ACTTTT--GATCC--C-TATC-G----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG--CTGGCCCCT----AAAT---CTT-CAT-ATTGG-T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-AC--T-AAAG-TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AATTATT-TC-TG-T--ATAAAAAG---A-T--A--T-GA-----CA-AAAA-TATGA-C--CAAAAA-TG--CA---G--TCAAAAA-------------------------TT--------T--G----------------------A-GCTCT---GA-CG--TTTTT-TGGC-GT--------G--AACG-AAATT-TGAGC--GG--CAG--TC----GC---A-CA-TCTA-TG-GTA----TA-TTGTC-T--C-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG---TTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-AC-CCCGTG-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TAACAA-AAATC----GA---AA-AAAAAG----T---G--T-AT----C--GGC--T-T-T-AT-G--T--CA-TATC-T--A-TC-AACCCT--G--AAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G--A---CAA-AA--T--TTGG--TAAAG------AAAAAAAAA-A--T---A----A----TAATGA---G-A-AAA-A---AA----A-CTT--CAG--A--A-TAA--CAAA-TAATGGT-T-CTT------CCCGTG---TGGA-AAACGG-AAGA-CC-TTAAcaacacacacacaaaaatcccacaaaaaaacgaacaccaacaaaaaaaaaaaaaaa
gi|5 : t--AGG-GCTGGCCACT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATACGC-CG-TG--TTATTACTTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-CT-TT-----T---TACA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ACGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TATGA-C--CAAAAC-TG--CA---G--TAAAAAA-T--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--CG----CGT--CA---C-G-ACGA-GCTTT---GT-CG--TTTTT-CG-C-GT--------G--AATG-AAATT-TTATT--G---C-G--CCTAT-GC---A-CA-ACTA-TGCA-A----TC-TCGTC-T-GC-AATCCCTTAA-AAA----TGGA--AGTTGAT-ATCTCTA--ACAA--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-ACACCC--G-AA--CTT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CAT-AATAT-TTGACG-TTTCGA-AAAAC----AA---AA-AA--------TCC-G--T-AT-------AAA--T-TAC-AA-G--T-GAA-TGTC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-G------T---T-----G-ACG-CAT--AT-T-----T--GA-G-AAATCG---C-TT--G-CA---CAA-CA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAATT-A--TAACA----A----T----A---G-A-TAT-A---AA----A-CTT--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TAGG-GAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|6 : TTA-G--AAACT-AGTTTG--GACCC--C-T--C-T----ACA--C--C-CTAATT-GA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GATCATGT--T-C-GAATA-GG-CT-TG--TAATTACCTACA---AACTTT-T--A--TA--T-AAA--TG-TT-TTA----C---A-CA-G--AAT-ATT-TCATGTT--ATGAAAA----A-T--AGTTTGA-----CGAAAAA-TGTGC-A--AAAAA--TG--CA---G--TGAAAAA-ATGT----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TTCGG------T--CA---A-G-GCGA-GC-TT-T-GACCGT-TTTTT-CG-C--T--------GTGAATG-AAATT-TGATT--GTCCCTG--T-----G----A-CA-ATTA-TGAA-A----TC-TCGTC-T-AC-AATCCCTGAACAAT----TGGA--AGTTGAT-ATCTTCT--AACGTTTTTCCA----GAG-AAC-ACTT-TTGGG-ACAAAAC-T---G-ACACCC--A-AA--ATTAGTCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TTTCGA-AAAAC----AA---AT-AA--------TCC-G--T-ATA---A--AAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--T-AAAA---TT---TGG---A-CGA-AAAATTTG-G------A---T-----G-ACG-CATTAAT-T-----T--GA---AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--TCAAG------AAAAAA
gi|7 : attaTTTA-G--AAAAT-AGTTTG--GACCC--T-T--C-TCA--GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----GAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C--CATACG--CT-TG--TAATTA-CTAC----AACTTT-T--AT-TC--T-AAA--TG-TT-TT-----TAAAA-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-G--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGT-TTGCAAAAATTG--CACAGG--TGACAAATG--T----TTCTG-A--CG-TT-TTT--------TCGGG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTCT-T-GA-CGGTTTTTT-CG-C-TT--------GTGAATG-AAA-T-TGATT--GTTCCTG--CT----GC---A-CA-ATTA-TGAA-A----TC-TCGTC---AC-AATCCCTGAA-AG-----TTGA--A-TT-AT-ATC-CTA--ACAG--TGTCC-----GAGAAAC-AC-T-CT-GG-ACAAGACTT---G-ACACCC--ATGA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT-AA-AT-TTGACGTTATCGA-AGAAC----AA---AA-AA--------TCCGA--T-AT----TAAAAA--T-T-C-AACG--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--GAAAAA---TT---G-G---A-CGA-AA----TG-G------A---T-----G-ATG-CAT--AT-T-----C--GA-A-AAATCG---C-CT--G-CA---CAACAATTT--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA
gi|8 : ATTTA-G--AAAAT-AGTTT---GACCT--T-T--C-A----GC---C----TTAATTTGA--AGG-GCTGGCC--T----AAAA-----T-TGT-ATGG--T-C-GAATACGG-CT-TG--T-ATAACCTAC----AACTTT-T--AT-TCC-T-AAA--TG-TT-TT------------A-C--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAA-G---A-TTAA--TTGA-----CG-AAA--TGTGT-TG-CAAAA--TG--CA---G--TGAAAAT-G--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TC-GG----G-T--CA---T-G-GCGA-GC-TT-T-GACCG--TTTT---G---GT--------G-AA--G-AAATT-TGATT--GCC-CTG--T-----GCA--A-CA-ATTACTG-A-A----TCTTCGTC-T--C-AATCCCTG-A-AAT----TGGA--AGTTGATCATC-TTA--ACAG--TTTCC-------G-AAC-ACTT-CT-GG-ACAAAAC-T---GAACACCA--A-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT--AT-T-TTGACG-TTTCGA-AAAAC----AA---AA-AAATC-----C---G--T-A--------AAA--A-T-T-AA-G--T-GAA-T-TC-T--A-TC-ATCCCT--A-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-A------A---C-----G-ATG-CAT--ATAT-----C--GA-GAAAATCG---C-CTC-G-CA---C-A-AA--T--TT----T-AAG------AAAAAAA
gi|9 : atAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGA-C--CAAAT--TG--TA---G--TAACAAA-T--T----T--TG-A--CGGTT-TTT--------T--TT----T-T--TACTTT-G-GCGT-GCTTC-T--A-CG--ATTCT-AG-T-GT--------T-GA-CA-ATATT-TGATT--G---CAACATT----AC---A-CA-TCTA-CG-A-AG---CC-TTCTC-T-AC-AATTGCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAA-ATGTTTA--CTGG--TTCCT-----GAG-AAT-ACTC-GC-GG-AAAAAA--T---GGACCCCT--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CA-TC----AA----TATCT-GA--CGT-AATAT-TCAAAG-TAACGG-AAAAC----AA---AACAA--------T---ACCC-AT----C--AAG--T-T-C-AA-G--T-CAA-TATC-T--A-AC-ATCCGT--G-AAAA---TT---T-C---A-CAA-AGA--TCA-G------A---A-----G-ATG-CAT--AT-CATGTGT--GA-G-AAATCG---C-GT--G-CA---CAA-AC--T--CT-G--T-AGG------AAAAAA----G--T---A----A----T----AC--T-A-GAA-A---AA----A-----------------------AA-TAA-GG--T-CTT------CG---G---TTGGAAAATGG-AAGA-CC-TTAATA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333 11111111111 11111 11 111111111 33333333333333333333333333333333 1111 22222222222 4444444444444444 11111111 11111 1111 11111 1111111 1111 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 111111 1111111111111111111111111 111111
lowQualScore : 3 44 2 3 1 777 77 3 00000000000000 5555 33 2 5555 444 33 2 8888 2 2 77 2 33 2 2 8888 2 33 2 66 2 2 66 2 2 77777777777 3 44 0 3 3 3 3 44 6666 3 99 77 88888 3 6 11111 77 55 777777 2 999999999 55 3 55 3 3 66666666666666666666666666666666 3 1 6666 3 3 88 55 444 99999999999 66 3 3 55 9999999999999999 555 6 55 3 77777777 3 0 3 33 3 3 00000 1 44 3 3 0000 1 44 77777 2 2 2 5 5 4444444 2 2 6 2222 33 33 33 2 8888888888 3 2 33 2 88 2 4 2 1 888888 444 2 9999999999999999999999999999999 2 2 2 2 33 55 2 2 55 2 4 33 2 777 444 2 666 2 77 33 2 2222222222222222 5 2 33 2 66666666 2 2 444 2 55 2 666 2 77777 2 55 4 333333 44 6666666666666666666666666 3 88 3 555 6666 3 99 44 77 3 77 3 3 3 77 3 444444 555 555 6 6 3 3 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. . .............. .... .. . .... ... .. . .... . . .. . .. . . .... . .. . .. . . .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . .. .. ..... . . ..... .. .. ...... . ......... .. . .. . . ................................ . . .... . . .. .. ... ........... .. . . .. ................ ... . .. . ........ . . . .. . . ..... . .. . . .... . .. ..... . . . . . ....... . . . .... .. .. .. . .......... . . .. . .. . . . . ...... ... . ............................... . . . . .. .. . . .. . . .. . ... ... . ... . .. .. . ................ . . .. . ........ . . ... . .. . ... . ..... . .. . ...... .. ......................... . .. . ... .... . .. .. .. . .. . . . .. . ...... ... ... . . . . .
lowQualScore : 6 22 3 1 5 666 33 1 77777777777777 1111 44 5 3333 444 55 5 0000 5 5 99 5 77 1 2 9999 9 99 9 88 9 0 88 9 9 22222222222 1 22 8 1 1 1 1 66 2222 1 22 99 33333 3 7 44444 33 00 444444 3 333333333 00 6 00 6 6 33333333333333333333333333333333 6 3 5555 6 6 66 66 777 00000000000 33 6 6 00 6666666666666666 888 7 00 3 88888888 3 4 3 88 3 3 77777 1 66 8 3 6666 0 66 11111 9 9 9 7 7 2222222 9 9 6 5555 99 99 77 7 5555555555 6 7 77 7 11 7 5 7 1 555555 777 7 1111111111111111111111111111111 4 4 4 4 22 55 4 4 66 4 7 22 4 444 111 4 555 4 11 22 4 1111111111111111 0 5 44 5 88888888 5 5 444 5 99 5 999 5 99999 5 66 7 222222 33 8888888888888888888888888 1 11 1 444 5555 1 22 66 99 3 99 3 3 3 99 3 222222 888 888 7 7 3 6 0
consensus : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CN--G--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-A-CACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
Reference ( family-210 ) : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CN--G--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-A-CACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
gi|1 : A-A--AAA-T-AATTTTTGGACCC--C-TTCC-T----TCAAAC--C-TAAATTTGA--GGG---TGGCCCCC----AAAAAGTCTT-AAT-ATCA--TGC-GGATGCGC-CT-TGGTCCCTTATCTAT----AACTTT-TTAAT-TCCTT-ATG--TC-TT-TT-----T---T-CG-ACTATT-TTT-TC-CG-T--ATGAAAAAGAAA-T--AA-TTAAAAAAACG-GAAAGTGGGT-C--CAAAC--TGGCCA---T--GGAAAAA-A--A----T--TG-A--CG-TT-TTTATTATTCCC--GG----T-TTCCA---T-AAGCGA-GCTTT-TTAA-C-G--TTTTTTCG-C-GT--------A-AATCG-AAATT-TTATTTTG---CG--G--CCCCATGCCCCA-CATCTTA-TG-A-ACTTATCC-CTTCCT-ACCAATC--TGAA-AAAAAAATTGACAAGTTAAT-ATCTTTTTAATAG--TTTCCCGAAGGAA-AA--ACTTTCC-G---CAACA------G-A-CCCTT--C-AA--CAT--TCACAAAAC--CGATC----AAATAATAATT-GA--AGTCAATAAATCCACG-TATC-A-AAAAC-----GA---AA-AAAAATTAAAT---G--TTAT----A--AAAGTT-T-T-AA-G--T-GAA-T-TC-TTTA-TC-TTTCCT--G-AAAAAATTT---T-G---A-CGC-CAA--TCG-GGTTTTGA---A-----G-A-G-CAC--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-TG--G-CAACACAA-AT--T--TT-GGTT-AAA------AGAAAATAT-A--T---A----A----T----A---G-G-AAA-ACAAAA----A-CTTTAAAG--A--A-TAAA-C-AA-TTA-G---T-CTTTTTCCCCC---GCGTTTGA-AAACGG-GAGA-CCCTTAATAAAAGAAAGAAAAAA
gi|1 : --T-AAT------AAAAGAAAG-A--A---A----A---------------A-AAG-A---AA----A-CTA--AAT--C--ACTAA--T-AA--AA-GG--T-CCT------CC---G---TGGA-AAACGGAAAGA-CC-TTagaaaactaaatcactaataaaaggtcctccgtggaaaacggaaagacctt
gi|10 : aaaaataatttttggaccccttccttcaaacctaaatttgagggtggcccccaaaaagtcttaatatcatgcggatgcgccttggtcccttatctataactttttaattccttatgtcttttttcgactattttttccgtatgaaaaagaaataattaaaaaaacggaaagtgggtccaaactggccatggaaaaaaattgacgtttttattattcccggtttccataagcgagctttttaacgttttttcgcgtaaatcgaaattttattttgcggccccatgccccacatcttatgaacttatcccttcctaccaatctgaaaaaaaaattgacaagttaatatctttttaatagtttcccgaaggaaaaactttccgcaacagacccttcaacattcacaaaaccgatcaaataataattgaagtcaataaatccacgtatcaaaaacgaaaaaaaattaaatgttataaaagttttaagtgaattctttatctttcctgaaaaaattttgacgccaatcgggttttgaagagcacattcgagaaatcgctggcaacacaaattttggttaaaagaaaatatataataggaaaacaaaaactttaaagaataaacaattagtctttttcccccgcgtttgaaaacgggagaccct--AAA-T-AATTTT--GACTC--C-T-----------------------TTTGA-----------CCCCTGTTTAAAA---CTT-TAT-ATCG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TTA-TATCTAC----ACATTT-T--GT---------A--TG-TC-CT-----T---T-CA-A--ATC-CTT-TT-TG-C--TTAAGAAT---A-T--A--TTGA-----CA-AAAA-TGTGT-T---------------------TTAAAAA-A-------T--TG-C--AG-TTGTTT--------T--AGAAGCT-T--TA---C----CGA-GC-TC-T-GA-C-G--TTTTC-TA-C-ATTTATTTAAG-AAATATAAATG-TGACT--A----G--A--TT----AC---AGCA-ATGA----A-A----TCC-CCTC-T-AC-AGTTCCTGAA--------TTG---AGTTCAT-ATTTTGA--ATAG----TCC-----GAA-AAC-GCTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-G-CCCCC--T-AA--ATT--TAGGAAATA--CG-TCTTGAAA----CAACT-TA--CAT-TATAA-TTGACG-TA
gi|11 : tcaga--AAA-T-ACTTTT--GATCCT-C-T--CAT----AC---C--TATTAATTTGA--CAA-G-TGGCCCAC----AAAA---C---CAT-AT---------AAT-----CT-TG--TCATTATTTAC----A-CTTT-T--GT-TC--TAATA--TG--T-CT-----T---T-CT-A--GAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG--TAA-TGTGT-C--CAAAA--TG--TA---G----GAGAA-A--T----T--TG-A--CG--T-TTT--------G--GG----G-T--CA---TAA-GCGA-GCTCT-T--A-C-G--TTTTA-GG-T-AT----------------AAATTATTATT--G---CG--C--CCAT--GC---A-CA-TCTA-AG-A-AG---TCT-CCTC-T-AC-TAT-CCTGAA-AAT----TTAA--AG-AGGT-ATCTTAT--ATAG--TTTCT-----GAG-AAC-A-TC-CC-GG-ACAAAA--CTGAG-A-CCCCC--G--A--ATT--TC-CAAAAA---G-TC-----A----TATCT-GA--CGT-TATAT-TTGACG-TAat
gi|12 : agaA-A--AAA-T-ACTTTC--GATCC--C-T--C-TTGACAC---C--A-TT--TTTAA--AGG-GGTGGACCC------AAA---CTT-TAT-ATCA--T-C-GAATGGGT-CT-GG--TCATTATCTATGTAAAACT-------T-TC--T-GCA--TG-TCATG-----C---T-GA-A--AAT-GTT-----------TGCAAAG---A-TGCA--TTAA--------AAAT-TGT
gi|12 : atatcta----GT---A-CA-TTTG-TA-A-AG---TCC-CCTC-T-AC-AATCGCTGAA-AAT----TTGA--AGCTGAT-ATCTGCT--A-AG--TCTCT---------AAC----C-CC-AT-AC--AA--T---G---------------------TCA-GAAAA--CC-TC----AA----TGT-T-GA--CGT-AATttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagataggtacatttgtaaagtcccctctacaatcgctgaaaatttgaagctgatatctgctaagtctctaaccccatacaatgtcagaaaacctcaatgttgacgtaat
gi|13 : atatctaaaaaatactttcgatccctcttgacaccatttttaaaggggtggacccaaactttatatcatcgaatgggtctggtcattatctatgtaaaactttctgcatgtcatgctgaaaatgtttgcaaagatgcattaaaaattgtttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagatagA-AAAAC----------AA-TA--------T---G--T-GT----A--GAG--TCT-T-AA-G--TCGAA-TATCCT--T-TC-ATTCCT--G-AAAA---CT---T-GTAGATCGC-AAA--TCG--------ATCTC-----GCACG-CAT--AT-T-----TCAGA-G-AAATCGGGAT-CT--GGCA---CAG-AAACTAATT-G--T-GAGTGG---AAAAGAAAT-AATT---A----GAATGT----A---GGA-GAA-A---AA----AACTT--AAAGCA--A-TAA--C-AACTAA-GG--T-CTT------CC---G----TGG-GAACGG-AAGA-C
gi|14 : aacC-----GAG-AAC-CATT-CT-GG-ACAAAA--C---T-A-CACCC--T-AACAATT--TCACAAAAAAACG-TCC---AA----TATAT-GA--TGT-AATAT-TTCACG-T-TCGA-AAA-C-----AA---AA-AAAATCAG--T---A--T-AT----A--AAA--T-T-C-AA-G--T--AA-TATC-TG-A-TC-ATTCCT--G-AAAA---TTGGGT-G---A-CGA-AA---TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GAGG-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--TTATT-GT-T-AAG------AAAAAAAAT-A---------------------------A-GAATA---AA----A-Cggaccttcacataata
gi|15 : TTCC-----GAG-AAC-ACTT-TCTGGCACAAAAC-T---G-A-CACCCA-A-AA--ATT--TCAC-AAAA--CT-TC----AA----TATATAGA--TGT-AATAT-TC-ACG-TTTCGA-AAACA-----AA---AA-AA--------TTCAG--T-ATA---A--AAA--T-T-CAAA-G--T-GAA-TATC-T--A-TCAATCCCTTGA-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCGCG------A---C-----GAACG-CAT--AT-T-----C--GA-G--AATCG---CTCT--G-CAG--CAA-AA--G--TT-G--T-AAG------AAAAAAA
gi|16 : A-AACAC-----GA---AA-AA--------T------T-ATTTTTC--GATCTT-T-C-TA-GACC-ACA-TATA-C--A-TCCATCCCT--G-AAAAAT-TT---C-G---A-TGAGAAA--TCC-G------T---CCAAGTG-CTG-CTT---T-T-----G--GA-G-AAATC----C-CGAGG-TA---AGA-AA--A--TT-A--A-AAT------AAAAAAAAT-AA-T---A----A----T----ATAAG-A-AAA-A---AAGAAAA-CCG--AAG--ATAA-TAAAAC-AT-TAA-GG--TTCTTGT----CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAtaagaata
gi|17 : c--T-AT----A--AAA--T-T-C-AA-G--T-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA--A--T---A----A----T----A---G-A-TAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|18 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACG-TAACAA-AAATC-----GAGAAAA-AA--------T---A--T-AT----C--GGC--T-T-T-AT-G--T-CAA-TATC-T--A-CC-ATCACT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAGA-----AAAAAAAATAA--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-ATT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGGAAAACGG-AAGA-CC-TTAATAt
gi|19 : ATTTATG--AAA-T-ACGTTT--GGCCC--C-T--T-T----CA---CAAC-TTTATATGA--AGG-AGTGACCCCT----AAAT---ATT-CAT-ATCA--A-C-GGATTCGC-CT-TG--CCATTATCTAC----AATTTC-T--GT-TA--T-ACAATTG-TT-
gi|2 : tTTA-GGAAAA-T-AGTTT---GACCC--C-T--C-TCCA-GC---C--C-TTAATCTGACAAGGCGCTGGAACCT----AAAA---CTT-GAT-ACTGGCT-C-GAATACGCGCTCTG--TAATTACCTAC----AACTTTAT--ATCTC--A-AGA--TG-TT-TT-----A---A-CA-A--ACT-ATTCTC-TG-TTAATGAAAAG---AAT--A--TTGA-----GG-AAAAATGTGAGT--CAAAAAATG--CC---ACTTTGAATA-A--TACTTT--CGCATCCG-TT-TCT--------C--GGA---G-T--CA---T-G--CGAAGCTTTAG-GA-C-G--TTTTT-CG-CTGT--------G--AATG-AATGT-TGATT--GGCCCT--A--TG----CC---A-CA-ATTA-TA-A-A----TTC-AGTC-TCAC-A--TCCTGAA-AAA----T-GA--ACATTAT-ATCTCT---ATAG--TTTCCCGTCTGAG-AACGACTT-CT-GGGACAAC---T---G-A-CACCC--A-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AT----TATAT-GAAGCGT-AATAT-TTGACG-TTTCGACAAAAC-----AA---AA-AAAACCG---T---A--T-AC----T--AAA--T-T-C-AA-G--T-GAAGTATC-T--A-TA-TTCTCT--G-AAAA---TT---T-GA--A-CGA-AAA--TCG-G------A---A-----C-ACG-GAT--AT-T-----G--AA-T-AAATCG-----CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-T--T-AAGAACACAAAAAAGAAT-A--T---AATACA----T----A---G-ATTAA-A---AA----A---T--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GGATC-CTT------CC---G---TTGG-AAACGA-CAGACCC-TTAACAATAGATAAAAAAAcacaaacgacgtttagttttcatggatgctttgtgaaattgtttgt
gi|2 : a-A--C---A----A----T----A---G-ATAAA-A---AA----A-CTTGAAAG--AT-A-TAA--C-AA-TAA-G---T-CTT------CC---G---TT-G-AAACGGAAAGA-CC-TTcttgaaagatataacaataagtcttccgttgaaacggaaagacctt
gi|20 : attaggaaaatagtttgacccctctccagcccttaatctgacaaggcgctggaacctaaaacttgatactggctcgaatacgcgctctgtaattacctacaactttatatctcaagatgttttaacaaactattctctgttaatgaaaagaatattgaggaaaaatgtgagtcaaaaaatgccactttgaataatactttcgcatccgtttctcggagtcatgcgaagctttaggacgtttttcgctgtgaatgaatgttgattggccctatgccacaattataaattcagtctcacatcctgaaaaatgaacattatatctctatagtttcccgtctgagaacgacttctgggacaactgacacccaaaatttcacaaaaacgtcattatatgaagcgtaatatttgacgtttcgacaaaacaaaaaaaaccgtatactaaattcaagtgaagtatctatattctctgaaaatttgaacgaaaatcggaacacggatattgaataaatcgctgcacaaaatttttaagaacacaaaaaagaatataatacatagattaaaaaataaaaataacaataaggatccttccgttggaaacgacagacccttaTTTA-T--AGA-T-GCTTCT--GACTC--C-T--T-TCG--GC---C--T-TCAATTTGG--AAG-GCTCGCCCCT----AATC---CTTGGAT-ATTG--T-TAGAATACCT-CT-CG--TCATT
gi|21 : gatgtttagttt--C-CTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---TTA-CAT-ATTG--T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTAGCTAC----AACTTT-A--GT-AC--T-ATA--TGTTT-TT-----T---T-TA-A--ATT-ATT-TC-TG-T--ATAAAAAG---A-gattcaagtcttcaccgtaattggcttttaacaattctt
gi|22 : AAA--CT-TC----GA----CATCT-TA--CAT-AGTA----AAC----TCGA-GAAATCACGTGA---CA-GA--------C---C--T-AT----C--GAT--T-T-T-A--G--T-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---AT---T-C---T-CAG-AAA--TCG-G------
gi|23 : AA--T-T-C-AA----T-GAA-TATC-T--ATTC-ATCCCT--G-AAAA----T---T-G---T-C-A-AAA--TCG-G------A---C-----G-ATGCCAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AT--T--TA-G--T-AAG------AAAAAAAtcaa
gi|24 : aC---C--C-TTAATTTGA--AAA-GCTGGCCCCT----AACA---CTC-GAT-ATCG--T-C-GAATAC-----------------CTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-TT-TTATATAT---T-TAGA--AAT-AGT-TT-TG-
gi|25 : ATCTA-G--AAA-TTACTTTT--GACCCATT-T--C-G----GT---C--C-TTTATTTTA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATAGGC-CT-
gi|3 : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--TAT--G-T----GC---C--C-TTAATT-GA--AGG-GCTGGCCC-T----AAAA---CTT-CAT-ATTG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TCAT-ATCTA------A-TTT-T--GT-TC--T-ATA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--ATT-ATT-TC-TG-G--ATTAAAA----A-T--A--TTGA-----CC-AAAA-TATGA-C--CAAAA--TG--CA---G--TCAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-A-GCGA-GCCT----GA-C-G--TTTTT-GG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGAGG--G---CA--G--TT----CC---G-CA-ATTA-TG-A------TAT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-A-C-CCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TAACAA-AAATC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GGC--T-T-T-TT-G--T-CAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAAAAACAACAAA
gi|4 : ATTTA-G--AAAAT-ACTTTT--GATCC--C-TATC-G----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG--CTGGCCCCT----AAAT---CTT-CAT-ATTGG-T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-AC--T-AAAG-TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AATTATT-TC-TG-T--ATAAAAAG---A-T--A--T-GA-----CA-AAAA-TATGA-C--CAAAAA-TG--CA---G--TCAAAAA-------------------------TT--------T--G----------------------A-GCTCT---GA-C-G--TTTTT-TGGC-GT--------G--AACG-AAATT-TGAGC--GG--CA--G--TC----GC---A-CA-TCTA-TG-GTA----TAT-TGTC-T--C-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG---TTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-A-C-CCCGTG-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TAACAA-AAATC-----GA---AA-AAAAAG----T---G--T-AT----C--GGC--T-T-T-AT-G--T--CA-TATC-T--A-TC-AACCCT--G--AAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G--A---CAA-AA--T--TTGG--TAAAG------AAAAAAAAA-A--T---A----A----TAATGA---G-A-AAA-A---AA----A-CTT--CAG--A--A-TAA--CAAA-TAATGGT-T-CTT------CCCGTG---TGGA-AAACGG-AAGA-CC-TTAAcaacacacacacaaaaatcccacaaaaaaacgaacaccaacaaaaaaaaaaaaaaa
gi|5 : t--AGG-GCTGGCCACT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATACGC-CG-TG--TTATTACTTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-CT-TT-----T---TACA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ACGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TATGA-C--CAAAAC-TG--CA---G--TAAAAAA-T--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--CG----CGT--CA---C-G-ACGA-GCTTT---GT-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G--AATG-AAATT-TTATT--G---C---G--CCTAT-GC---A-CA-ACTA-TGCA-A----TCT-CGTC-T-GC-AATCCCTTAA-AAA----TGGA--AGTTGAT-ATCTCTA--ACAA--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-A-CACCC--G-AA--CTT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CAT-AATAT-TTGACG-TTTCGA-AAAAC-----AA---AA-AA--------TCC-G--T-AT-------AAA--T-TAC-AA-G--T-GAA-TGTC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-G------T---T-----G-ACG-CAT--AT-T-----T--GA-G-AAATCG---C-TT--G-CA---CAA-CA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAATT-A--TAACA----A----T----A---G-A-TAT-A---AA----A-CTT--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TAGG-GAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|6 : TTA-G--AAACT-AGTTTG--GACCC--C-T--C-T----ACA--C--C-CTAATT-GA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GATCATGT--T-C-GAATA-GG-CT-TG--TAATTACCTACA---AACTTT-T--A--TA--T-AAA--TG-TT-TTA----C---A-CA-G--AAT-ATT-TCATGTT--ATGAAAA----A-T--AGTTTGA-----CGAAAAA-TGTGC-A--AAAAA--TG--CA---G--TGAAAAA-ATGT----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TTCGG------T--CA---A-G-GCGA-GC-TT-T-GACC-GT-TTTTT-CG-C--T--------GTGAATG-AAATT-TGATT--GTCCCT--G--T-----G----A-CA-ATTA-TGAA-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAACAAT----TGGA--AGTTGAT-ATCTTCT--AACGTTTTTCCA----GAG-AAC-ACTT-TTGGG-ACAAAAC-T---G-A-CACCC--A-AA--ATTAGTCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TTTCGA-AAAAC-----AA---AT-AA--------TCC-G--T-ATA---A--AAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--T-AAAA---TT---TGG---A-CGA-AAAATTTG-G------A---T-----G-ACG-CATTAAT-T-----T--GA---AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--TCAAG------AAAAAA
gi|7 : attaTTTA-G--AAAAT-AGTTTG--GACCC--T-T--C-TCA--GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----GAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C--CATACG--CT-TG--TAATTA-CTAC----AACTTT-T--AT-TC--T-AAA--TG-TT-TT-----TAAAA-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-G--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGT-TTGCAAAAATTG--CACAGG--TGACAAATG--T----TTCTG-A--CG-TT-TTT--------TCGGG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTCT-T-GA-C-GGTTTTTT-CG-C-TT--------GTGAATG-AAA-T-TGATT--GTTCCT--G--CT----GC---A-CA-ATTA-TGAA-A----TCT-CGTC---AC-AATCCCTGAA-AG-----TTGA--A-TT-AT-ATC-CTA--ACAG--TGTCC-----GAGAAAC-AC-T-CT-GG-ACAAGACTT---G-A-CACCC--ATGA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT-AA-AT-TTGACGTTATCGA-AGAAC-----AA---AA-AA--------TCCGA--T-AT----TAAAAA--T-T-C-AACG--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--GAAAAA---TT---G-G---A-CGA-AA----TG-G------A---T-----G-ATG-CAT--AT-T-----C--GA-A-AAATCG---C-CT--G-CA---CAACAATTT--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA
gi|8 : ATTTA-G--AAAAT-AGTTT---GACCT--T-T--C-A----GC---C----TTAATTTGA--AGG-GCTGGCC--T----AAAA-----T-TGT-ATGG--T-C-GAATACGG-CT-TG--T-ATAACCTAC----AACTTT-T--AT-TCC-T-AAA--TG-TT-TT------------A-C--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAA-G---A-TTAA--TTGA-----CG-AAA--TGTGT-TG-CAAAA--TG--CA---G--TGAAAAT-G--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TC-GG----G-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT---GA-CCG--TTTT---G---GT--------G-AA--G-AAATT-TGATT--G---CCCTG--T-----GC---AACA-ATTACTG-A-A----TCTTCGTC-T--C-AATCCCTGAA-A-T----TGGA--AGTTGATCATCTT-A--ACAG--TTTCC-----GA---AC-ACTT-CT-GG-ACAAAAC-T---G-AACACCA--A-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----A-----TATAT-GA--CGT-A-T-T-TTGACG-TTTCGA-AAAAC-----AA---AA-AAATC-----C---G--T-A--------AAA--A-T-T-AA-G--T-GAA-T-TC-T--A-TC-ATCCCT--A-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-A------A---C-----G-ATG-CAT--ATAT-----C--GA-GAAAATCG---C-CTC-G-CA---C-A-AA--T--TT----T-AAG------AAAAAAA
gi|9 : atAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGA-C--CAAAT--TG--TA---G--TAACAAA-T--T----T--TG-A--CGGTT-TTT--------T--TT----T-T--TACTTT-G-GCGT-GCTTC-T--A-C-G--ATTCT-AG-T-GT--------T-GA-CA-ATATT-TGATT--G---CA--ACATT----AC---A-CA-TCTA-CG-A-AG---CCT-TCTC-T-AC-AATTGCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAA-ATGTTTA--CTGG--TTCCT-----GAG-AAT-ACTC-GC-GG-AAAAAA--T---GGA-CCCCT--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CA-TC----AA----TATCT-GA--CGT-AATAT-TCAAAG-TAACGG-AAAAC-----AA---AACAA--------T---ACCC-AT----C--AAG--T-T-C-AA-G--T-CAA-TATC-T--A-AC-ATCCGT--G-AAAA---TT---T-C---A-CAA-AGA--TCA-G------A---A-----G-ATG-CAT--AT-CATGTGT--GA-G-AAATCG---C-GT--G-CA---CAA-AC--T--CT-G--T-AGG------AAAAAA----G--T---A----A----T----AC--T-A-GAA-A---AA----A-----------------------AA-TAA-GG--T-CTT------CG---G---TTGGAAAATGG-AAGA-CC-TTAATA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333 11111111111 11111 11 111111111 33333333333333333333333333333333 1111 22222222222 4444444444444444 11111111 11111 1111 11111 1111111 1111 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 111111 1111111111111111111111111 111111
lowQualScore : 3 44 2 3 1 777 77 3 00000000000000 5555 33 2 5555 444 33 2 8888 2 2 77 2 33 2 2 8888 2 33 2 66 2 2 66 2 2 77777777777 3 44 0 3 3 3 3 44 6666 3 99 77 88888 3 6 11111 77 55 777777 2 999999999 55 3 55 3 3 66666666666666666666666666666666 3 1 6666 3 3 88 55 444 99999999999 66 3 3 55 9999999999999999 555 6 55 3 77777777 3 0 3 33 3 3 00000 1 44 3 3 0000 1 44 77777 2 2 2 5 5 4444444 2 2 6 2222 33 33 33 2 8888888888 3 2 33 2 88 2 4 2 1 888888 444 2 9999999999999999999999999999999 2 2 2 2 33 55 2 2 55 2 4 33 2 777 444 2 666 2 77 33 2 2222222222222222 5 2 33 2 66666666 2 2 444 2 55 2 666 2 77777 2 55 4 333333 44 6666666666666666666666666 3 88 3 555 6666 3 99 44 77 3 77 3 3 3 77 3 444444 555 555 6 6 3 3 1
lowQualScore : . .. . . . ... .. . .............. .... .. . .... ... .. . .... . . .. . .. . . .... . .. . .. . . .. . . ........... . .. . . . . . .. .... . .. .. ..... . . ..... .. .. ...... . ......... .. . .. . . ................................ . . .... . . .. .. ... ........... .. . . .. ................ ... . .. . ........ . . . .. . . ..... . .. . . .... . .. ..... . . . . . ....... . . . .... .. .. .. . .......... . . .. . .. . . . . ...... ... . ............................... . . . . .. .. . . .. . . .. . ... ... . ... . .. .. . ................ . . .. . ........ . . ... . .. . ... . ..... . .. . ...... .. ......................... . .. . ... .... . .. .. .. . .. . . . .. . ...... ... ... . . . . .
lowQualScore : 6 22 3 1 5 666 33 1 77777777777777 1111 44 5 3333 444 55 5 0000 5 5 99 5 77 1 2 9999 9 99 9 88 9 0 88 9 9 22222222222 1 22 8 1 1 1 1 66 2222 1 22 99 33333 3 7 44444 33 00 444444 3 333333333 00 6 00 6 6 33333333333333333333333333333333 6 3 5555 6 6 66 66 777 00000000000 33 6 6 00 6666666666666666 888 7 00 3 88888888 3 4 3 88 3 3 77777 1 66 8 3 6666 0 66 11111 9 9 9 7 7 2222222 9 9 6 5555 99 99 77 7 5555555555 6 7 77 7 11 7 5 7 1 555555 777 7 1111111111111111111111111111111 4 4 4 4 22 55 4 4 66 4 7 22 4 444 111 4 555 4 11 22 4 1111111111111111 0 5 44 5 88888888 5 5 444 5 99 5 999 5 99999 5 66 7 222222 33 8888888888888888888888888 1 11 1 444 5555 1 22 66 99 3 99 3 3 3 99 3 222222 888 888 7 7 3 6 0
consensus : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CN--G--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-A-CACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
Reference ( family-210 ) : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CN--G--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-A-CACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
gi|1 : A-A--AAA-T-AATTTTTGGACCC--C-TTCC-T----TCAAAC--C-TAAATTTGA--GGG---TGGCCCCC----AAAAAGTCTT-AAT-ATCA--TGC-GGATGCGC-CT-TGGTCCCTTATCTAT----AACTTT-TTAAT-TCCTT-ATG--TC-TT-TT-----T---T-CG-ACTATT-TTT-TC-CG-T--ATGAAAAAGAAA-T--AA-TTAAAAAAACG-GAAAGTGGGT-C--CAAAC--TGGCCA---T--GGAAAAA-A--A----T--TG-A--CG-TT-TTTATTATTCCC--GG----T-TTCCA---T-AAGCGA-GCTTT-TTAA-C-G--TTTTTTCG-C-GT--------A-AATCG-AAATT-TTATTTTG---CG--G--CCCCATGCCCCA-CATCTTA-TG-A-ACTTATCC-CTTCCT-ACCAATC--TGAA-AAAAAAATTGACAAGTTAAT-ATCTTTTTAATAG--TTTCCCGAAGGAA-AA--ACTTTCC-G---CAACA------G-A-CCCTT--C-AA--CAT--TCACAAAAC--CGATC----AAATAATAATT-GA--AGTCAATAAATCCACG-TATC-A-AAAAC-----GA---AA-AAAAATTAAAT---G--TTAT----A--AAAGTT-T-T-AA-G--T-GAA-T-TC-TTTA-TC-TTTCCT--G-AAAAAATTT---T-G---A-CGC-CAA--TCG-GGTTTTGA---A-----G-A-G-CAC--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-TG--G-CAACACAA-AT--T--TT-GGTT-AAA------AGAAAATAT-A--T---A----A----T----A---G-G-AAA-ACAAAA----A-CTTTAAAG--A--A-TAAA-C-AA-TTA-G---T-CTTTTTCCCCC---GCGTTTGA-AAACGG-GAGA-CCCTTAATAAAAGAAAGAAAAAA
gi|1 : --T-AAT------AAAAGAAAG-A--A---A----A---------------A-AAG-A---AA----A-CTA--AAT--C--ACTAA--T-AA--AA-GG--T-CCT------CC---G---TGGA-AAACGGAAAGA-CC-TTagaaaactaaatcactaataaaaggtcctccgtggaaaacggaaagacctt
gi|10 : aaaaataatttttggaccccttccttcaaacctaaatttgagggtggcccccaaaaagtcttaatatcatgcggatgcgccttggtcccttatctataactttttaattccttatgtcttttttcgactattttttccgtatgaaaaagaaataattaaaaaaacggaaagtgggtccaaactggccatggaaaaaaattgacgtttttattattcccggtttccataagcgagctttttaacgttttttcgcgtaaatcgaaattttattttgcggccccatgccccacatcttatgaacttatcccttcctaccaatctgaaaaaaaaattgacaagttaatatctttttaatagtttcccgaaggaaaaactttccgcaacagacccttcaacattcacaaaaccgatcaaataataattgaagtcaataaatccacgtatcaaaaacgaaaaaaaattaaatgttataaaagttttaagtgaattctttatctttcctgaaaaaattttgacgccaatcgggttttgaagagcacattcgagaaatcgctggcaacacaaattttggttaaaagaaaatatataataggaaaacaaaaactttaaagaataaacaattagtctttttcccccgcgtttgaaaacgggagaccct--AAA-T-AATTTT--GACTC--C-T-----------------------TTTGA-----------CCCCTGTTTAAAA---CTT-TAT-ATCG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TTA-TATCTAC----ACATTT-T--GT---------A--TG-TC-CT-----T---T-CA-A--ATC-CTT-TT-TG-C--TTAAGAAT---A-T--A--TTGA-----CA-AAAA-TGTGT-T---------------------TTAAAAA-A-------T--TG-C--AG-TTGTTT--------T--AGAAGCT-T--TA---C----CGA-GC-TC-T-GA-C-G--TTTTC-TA-C-ATTTATTTAAG-AAATATAAATG-TGACT--A----G--A--TT----AC---AGCA-ATGA----A-A----TCC-CCTC-T-AC-AGTTCCTGAA--------TTG---AGTTCAT-ATTTTGA--ATAG----TCC-----GAA-AAC-GCTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-G-CCCCC--T-AA--ATT--TAGGAAATA--CG-TCTTGAAA----CAACT-TA--CAT-TATAA-TTGACG-TA
gi|11 : tcaga--AAA-T-ACTTTT--GATCCT-C-T--CAT----AC---C--TATTAATTTGA--CAA-G-TGGCCCAC----AAAA---C---CAT-AT---------AAT-----CT-TG--TCATTATTTAC----A-CTTT-T--GT-TC--TAATA--TG--T-CT-----T---T-CT-A--GAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG--TAA-TGTGT-C--CAAAA--TG--TA---G----GAGAA-A--T----T--TG-A--CG--T-TTT--------G--GG----G-T--CA---TAA-GCGA-GCTCT-T--A-C-G--TTTTA-GG-T-AT----------------AAATTATTATT--G---CG--C--CCAT--GC---A-CA-TCTA-AG-A-AG---TCT-CCTC-T-AC-TAT-CCTGAA-AAT----TTAA--AG-AGGT-ATCTTAT--ATAG--TTTCT-----GAG-AAC-A-TC-CC-GG-ACAAAA--CTGAG-A-CCCCC--G--A--ATT--TC-CAAAAA---G-TC-----A----TATCT-GA--CGT-TATAT-TTGACG-TAat
gi|12 : agaA-A--AAA-T-ACTTTC--GATCC--C-T--C-TTGACAC---C--A-TT--TTTAA--AGG-GGTGGACCC------AAA---CTT-TAT-ATCA--T-C-GAATGGGT-CT-GG--TCATTATCTATGTAAAACT-------T-TC--T-GCA--TG-TCATG-----C---T-GA-A--AAT-GTT-----------TGCAAAG---A-TGCA--TTAA--------AAAT-TGT
gi|12 : atatcta----GT---A-CA-TTTG-TA-A-AG---TCC-CCTC-T-AC-AATCGCTGAA-AAT----TTGA--AGCTGAT-ATCTGCT--A-AG--TCTCT---------AAC----C-CC-AT-AC--AA--T---G---------------------TCA-GAAAA--CC-TC----AA----TGT-T-GA--CGT-AATttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagataggtacatttgtaaagtcccctctacaatcgctgaaaatttgaagctgatatctgctaagtctctaaccccatacaatgtcagaaaacctcaatgttgacgtaat
gi|13 : atatctaaaaaatactttcgatccctcttgacaccatttttaaaggggtggacccaaactttatatcatcgaatgggtctggtcattatctatgtaaaactttctgcatgtcatgctgaaaatgtttgcaaagatgcattaaaaattgtttttccgagacctacagaactctatgttaacttactgatttattttgcgttgcagatagA-AAAAC----------AA-TA--------T---G--T-GT----A--GAG--TCT-T-AA-G--TCGAA-TATCCT--T-TC-ATTCCT--G-AAAA---CT---T-GTAGATCGC-AAA--TCG--------ATCTC-----GCACG-CAT--AT-T-----TCAGA-G-AAATCGGGAT-CT--GGCA---CAG-AAACTAATT-G--T-GAGTGG---AAAAGAAAT-AATT---A----GAATGT----A---GGA-GAA-A---AA----AACTT--AAAGCA--A-TAA--C-AACTAA-GG--T-CTT------CC---G----TGG-GAACGG-AAGA-C
gi|14 : aacC-----GAG-AAC-CATT-CT-GG-ACAAAA--C---T-A-CACCC--T-AACAATT--TCACAAAAAAACG-TCC---AA----TATAT-GA--TGT-AATAT-TTCACG-T-TCGA-AAA-C-----AA---AA-AAAATCAG--T---A--T-AT----A--AAA--T-T-C-AA-G--T--AA-TATC-TG-A-TC-ATTCCT--G-AAAA---TTGGGT-G---A-CGA-AA---TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GAGG-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--TTATT-GT-T-AAG------AAAAAAAAT-A---------------------------A-GAATA---AA----A-Cggaccttcacataata
gi|15 : TTCC-----GAG-AAC-ACTT-TCTGGCACAAAAC-T---G-A-CACCCA-A-AA--ATT--TCAC-AAAA--CT-TC----AA----TATATAGA--TGT-AATAT-TC-ACG-TTTCGA-AAACA-----AA---AA-AA--------TTCAG--T-ATA---A--AAA--T-T-CAAA-G--T-GAA-TATC-T--A-TCAATCCCTTGA-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCGCG------A---C-----GAACG-CAT--AT-T-----C--GA-G--AATCG---CTCT--G-CAG--CAA-AA--G--TT-G--T-AAG------AAAAAAA
gi|16 : A-AACAC-----GA---AA-AA--------T------T-ATTTTTC--GATCTT-T-C-TA-GACC-ACA-TATA-C--A-TCCATCCCT--G-AAAAAT-TT---C-G---A-TGAGAAA--TCC-G------T---CCAAGTG-CTG-CTT---T-T-----G--GA-G-AAATC----C-CGAGG-TA---AGA-AA--A--TT-A--A-AAT------AAAAAAAAT-AA-T---A----A----T----ATAAG-A-AAA-A---AAGAAAA-CCG--AAG--ATAA-TAAAAC-AT-TAA-GG--TTCTTGT----CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAtaagaata
gi|17 : c--T-AT----A--AAA--T-T-C-AA-G--T-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA--A--T---A----A----T----A---G-A-TAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|18 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACG-TAACAA-AAATC-----GAGAAAA-AA--------T---A--T-AT----C--GGC--T-T-T-AT-G--T-CAA-TATC-T--A-CC-ATCACT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAGA-----AAAAAAAATAA--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-ATT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGGAAAACGG-AAGA-CC-TTAATAt
gi|19 : ATTTATG--AAA-T-ACGTTT--GGCCC--C-T--T-T----CA---CAAC-TTTATATGA--AGG-AGTGACCCCT----AAAT---ATT-CAT-ATCA--A-C-GGATTCGC-CT-TG--CCATTATCTAC----AATTTC-T--GT-TA--T-ACAATTG-TT-
gi|2 : tTTA-GGAAAA-T-AGTTT---GACCC--C-T--C-TCCA-GC---C--C-TTAATCTGACAAGGCGCTGGAACCT----AAAA---CTT-GAT-ACTGGCT-C-GAATACGCGCTCTG--TAATTACCTAC----AACTTTAT--ATCTC--A-AGA--TG-TT-TT-----A---A-CA-A--ACT-ATTCTC-TG-TTAATGAAAAG---AAT--A--TTGA-----GG-AAAAATGTGAGT--CAAAAAATG--CC---ACTTTGAATA-A--TACTTT--CGCATCCG-TT-TCT--------C--GGA---G-T--CA---T-G--CGAAGCTTTAG-GA-C-G--TTTTT-CG-CTGT--------G--AATG-AATGT-TGATT--GGCCCT--A--TG----CC---A-CA-ATTA-TA-A-A----TTC-AGTC-TCAC-A--TCCTGAA-AAA----T-GA--ACATTAT-ATCTCT---ATAG--TTTCCCGTCTGAG-AACGACTT-CT-GGGACAAC---T---G-A-CACCC--A-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AT----TATAT-GAAGCGT-AATAT-TTGACG-TTTCGACAAAAC-----AA---AA-AAAACCG---T---A--T-AC----T--AAA--T-T-C-AA-G--T-GAAGTATC-T--A-TA-TTCTCT--G-AAAA---TT---T-GA--A-CGA-AAA--TCG-G------A---A-----C-ACG-GAT--AT-T-----G--AA-T-AAATCG-----CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-T--T-AAGAACACAAAAAAGAAT-A--T---AATACA----T----A---G-ATTAA-A---AA----A---T--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GGATC-CTT------CC---G---TTGG-AAACGA-CAGACCC-TTAACAATAGATAAAAAAAcacaaacgacgtttagttttcatggatgctttgtgaaattgtttgt
gi|2 : a-A--C---A----A----T----A---G-ATAAA-A---AA----A-CTTGAAAG--AT-A-TAA--C-AA-TAA-G---T-CTT------CC---G---TT-G-AAACGGAAAGA-CC-TTcttgaaagatataacaataagtcttccgttgaaacggaaagacctt
gi|20 : attaggaaaatagtttgacccctctccagcccttaatctgacaaggcgctggaacctaaaacttgatactggctcgaatacgcgctctgtaattacctacaactttatatctcaagatgttttaacaaactattctctgttaatgaaaagaatattgaggaaaaatgtgagtcaaaaaatgccactttgaataatactttcgcatccgtttctcggagtcatgcgaagctttaggacgtttttcgctgtgaatgaatgttgattggccctatgccacaattataaattcagtctcacatcctgaaaaatgaacattatatctctatagtttcccgtctgagaacgacttctgggacaactgacacccaaaatttcacaaaaacgtcattatatgaagcgtaatatttgacgtttcgacaaaacaaaaaaaaccgtatactaaattcaagtgaagtatctatattctctgaaaatttgaacgaaaatcggaacacggatattgaataaatcgctgcacaaaatttttaagaacacaaaaaagaatataatacatagattaaaaaataaaaataacaataaggatccttccgttggaaacgacagacccttaTTTA-T--AGA-T-GCTTCT--GACTC--C-T--T-TCG--GC---C--T-TCAATTTGG--AAG-GCTCGCCCCT----AATC---CTTGGAT-ATTG--T-TAGAATACCT-CT-CG--TCATT
gi|21 : gatgtttagttt--C-CTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---TTA-CAT-ATTG--T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTAGCTAC----AACTTT-A--GT-AC--T-ATA--TGTTT-TT-----T---T-TA-A--ATT-ATT-TC-TG-T--ATAAAAAG---A-gattcaagtcttcaccgtaattggcttttaacaattctt
gi|22 : AAA--CT-TC----GA----CATCT-TA--CAT-AGTA----AAC----TCGA-GAAATCACGTGA---CA-GA--------C---C--T-AT----C--GAT--T-T-T-A--G--T-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---AT---T-C---T-CAG-AAA--TCG-G------
gi|23 : AA--T-T-C-AA----T-GAA-TATC-T--ATTC-ATCCCT--G-AAAA----T---T-G---T-C-A-AAA--TCG-G------A---C-----G-ATGCCAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AT--T--TA-G--T-AAG------AAAAAAAtcaa
gi|24 : aC---C--C-TTAATTTGA--AAA-GCTGGCCCCT----AACA---CTC-GAT-ATCG--T-C-GAATAC-----------------CTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-TT-TTATATAT---T-TAGA--AAT-AGT-TT-TG-
gi|25 : ATCTA-G--AAA-TTACTTTT--GACCCATT-T--C-G----GT---C--C-TTTATTTTA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATAGGC-CT-
gi|3 : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--TAT--G-T----GC---C--C-TTAATT-GA--AGG-GCTGGCCC-T----AAAA---CTT-CAT-ATTG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TCAT-ATCTA------A-TTT-T--GT-TC--T-ATA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--ATT-ATT-TC-TG-G--ATTAAAA----A-T--A--TTGA-----CC-AAAA-TATGA-C--CAAAA--TG--CA---G--TCAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-A-GCGA-GCCT----GA-C-G--TTTTT-GG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGAGG--G---CA--G--TT----CC---G-CA-ATTA-TG-A------TAT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-A-C-CCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TAACAA-AAATC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GGC--T-T-T-TT-G--T-CAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAAAAACAACAAA
gi|4 : ATTTA-G--AAAAT-ACTTTT--GATCC--C-TATC-G----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG--CTGGCCCCT----AAAT---CTT-CAT-ATTGG-T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-AC--T-AAAG-TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AATTATT-TC-TG-T--ATAAAAAG---A-T--A--T-GA-----CA-AAAA-TATGA-C--CAAAAA-TG--CA---G--TCAAAAA-------------------------TT--------T--G----------------------A-GCTCT---GA-C-G--TTTTT-TGGC-GT--------G--AACG-AAATT-TGAGC--GG--CA--G--TC----GC---A-CA-TCTA-TG-GTA----TAT-TGTC-T--C-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAG---TTCC-----GAG-AAC-ACTC-CC-GG-ACAAAG--T---G-A-C-CCCGTG-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TAACAA-AAATC-----GA---AA-AAAAAG----T---G--T-AT----C--GGC--T-T-T-AT-G--T--CA-TATC-T--A-TC-AACCCT--G--AAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G--A---CAA-AA--T--TTGG--TAAAG------AAAAAAAAA-A--T---A----A----TAATGA---G-A-AAA-A---AA----A-CTT--CAG--A--A-TAA--CAAA-TAATGGT-T-CTT------CCCGTG---TGGA-AAACGG-AAGA-CC-TTAAcaacacacacacaaaaatcccacaaaaaaacgaacaccaacaaaaaaaaaaaaaaa
gi|5 : t--AGG-GCTGGCCACT----AAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATACGC-CG-TG--TTATTACTTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-CT-TT-----T---TACA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ACGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TATGA-C--CAAAAC-TG--CA---G--TAAAAAA-T--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--CG----CGT--CA---C-G-ACGA-GCTTT---GT-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G--AATG-AAATT-TTATT--G---C---G--CCTAT-GC---A-CA-ACTA-TGCA-A----TCT-CGTC-T-GC-AATCCCTTAA-AAA----TGGA--AGTTGAT-ATCTCTA--ACAA--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CT-GG-ACAAAC--T---G-A-CACCC--G-AA--CTT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CAT-AATAT-TTGACG-TTTCGA-AAAAC-----AA---AA-AA--------TCC-G--T-AT-------AAA--T-TAC-AA-G--T-GAA-TGTC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-G------T---T-----G-ACG-CAT--AT-T-----T--GA-G-AAATCG---C-TT--G-CA---CAA-CA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAATT-A--TAACA----A----T----A---G-A-TAT-A---AA----A-CTT--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TAGG-GAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|6 : TTA-G--AAACT-AGTTTG--GACCC--C-T--C-T----ACA--C--C-CTAATT-GA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-GATCATGT--T-C-GAATA-GG-CT-TG--TAATTACCTACA---AACTTT-T--A--TA--T-AAA--TG-TT-TTA----C---A-CA-G--AAT-ATT-TCATGTT--ATGAAAA----A-T--AGTTTGA-----CGAAAAA-TGTGC-A--AAAAA--TG--CA---G--TGAAAAA-ATGT----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TTCGG------T--CA---A-G-GCGA-GC-TT-T-GACC-GT-TTTTT-CG-C--T--------GTGAATG-AAATT-TGATT--GTCCCT--G--T-----G----A-CA-ATTA-TGAA-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAACAAT----TGGA--AGTTGAT-ATCTTCT--AACGTTTTTCCA----GAG-AAC-ACTT-TTGGG-ACAAAAC-T---G-A-CACCC--A-AA--ATTAGTCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CGT-AATA--TTGACG-TTTCGA-AAAAC-----AA---AT-AA--------TCC-G--T-ATA---A--AAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--T-AAAA---TT---TGG---A-CGA-AAAATTTG-G------A---T-----G-ACG-CATTAAT-T-----T--GA---AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--TCAAG------AAAAAA
gi|7 : attaTTTA-G--AAAAT-AGTTTG--GACCC--T-T--C-TCA--GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----GAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C--CATACG--CT-TG--TAATTA-CTAC----AACTTT-T--AT-TC--T-AAA--TG-TT-TT-----TAAAA-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-G--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGT-TTGCAAAAATTG--CACAGG--TGACAAATG--T----TTCTG-A--CG-TT-TTT--------TCGGG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTCT-T-GA-C-GGTTTTTT-CG-C-TT--------GTGAATG-AAA-T-TGATT--GTTCCT--G--CT----GC---A-CA-ATTA-TGAA-A----TCT-CGTC---AC-AATCCCTGAA-AG-----TTGA--A-TT-AT-ATC-CTA--ACAG--TGTCC-----GAGAAAC-AC-T-CT-GG-ACAAGACTT---G-A-CACCC--ATGA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT-AA-AT-TTGACGTTATCGA-AGAAC-----AA---AA-AA--------TCCGA--T-AT----TAAAAA--T-T-C-AACG--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--GAAAAA---TT---G-G---A-CGA-AA----TG-G------A---T-----G-ATG-CAT--AT-T-----C--GA-A-AAATCG---C-CT--G-CA---CAACAATTT--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA
gi|8 : ATTTA-G--AAAAT-AGTTT---GACCT--T-T--C-A----GC---C----TTAATTTGA--AGG-GCTGGCC--T----AAAA-----T-TGT-ATGG--T-C-GAATACGG-CT-TG--T-ATAACCTAC----AACTTT-T--AT-TCC-T-AAA--TG-TT-TT------------A-C--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAA-G---A-TTAA--TTGA-----CG-AAA--TGTGT-TG-CAAAA--TG--CA---G--TGAAAAT-G--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------TC-GG----G-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT---GA-CCG--TTTT---G---GT--------G-AA--G-AAATT-TGATT--G---CCCTG--T-----GC---AACA-ATTACTG-A-A----TCTTCGTC-T--C-AATCCCTGAA-A-T----TGGA--AGTTGATCATCTT-A--ACAG--TTTCC-----GA---AC-ACTT-CT-GG-ACAAAAC-T---G-AACACCA--A-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----A-----TATAT-GA--CGT-A-T-T-TTGACG-TTTCGA-AAAAC-----AA---AA-AAATC-----C---G--T-A--------AAA--A-T-T-AA-G--T-GAA-T-TC-T--A-TC-ATCCCT--A-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-A------A---C-----G-ATG-CAT--ATAT-----C--GA-GAAAATCG---C-CTC-G-CA---C-A-AA--T--TT----T-AAG------AAAAAAA
gi|9 : atAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGA-C--CAAAT--TG--TA---G--TAACAAA-T--T----T--TG-A--CGGTT-TTT--------T--TT----T-T--TACTTT-G-GCGT-GCTTC-T--A-C-G--ATTCT-AG-T-GT--------T-GA-CA-ATATT-TGATT--G---CA--ACATT----AC---A-CA-TCTA-CG-A-AG---CCT-TCTC-T-AC-AATTGCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAA-ATGTTTA--CTGG--TTCCT-----GAG-AAT-ACTC-GC-GG-AAAAAA--T---GGA-CCCCT--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CA-TC----AA----TATCT-GA--CGT-AATAT-TCAAAG-TAACGG-AAAAC-----AA---AACAA--------T---ACCC-AT----C--AAG--T-T-C-AA-G--T-CAA-TATC-T--A-AC-ATCCGT--G-AAAA---TT---T-C---A-CAA-AGA--TCA-G------A---A-----G-ATG-CAT--AT-CATGTGT--GA-G-AAATCG---C-GT--G-CA---CAA-AC--T--CT-G--T-AGG------AAAAAA----G--T---A----A----T----AC--T-A-GAA-A---AA----A-----------------------AA-TAA-GG--T-CTT------CG---G---TTGGAAAATGG-AAGA-CC-TTAATA
blockSeqs : T GA A T A T AT A CTTGACAC AAC CA C GTTT . GG C TGGC . A CG C . T T GTAA A . C C A T AT T A ATATATT G . T C A T TA T A GC GT . A A TTTG AA . CAGG T ATACTT TC C TC G G TTTTTTACTTTGG A T AGG C C GT T CT TTATTTAAGA AT T A . GCCCTATG . G A C AAG T . CA . C T T . C C GA T TT CGTCT A G . T C ACTGA G A C GTG CA AG AA . TTGAAA C A AG . A T A C A CACGTG GAA C AATCAGTATATAAAA C A A C AC CG G C G T A TG A AT GGG G TAG T AG AT C TCCAAGT C C TA A ATGTGT G A GGA T AG G G C ACTAA G T A AACACA TA ATTAGAATGTA G TT T . GAAA A GA GC TA C AA A C T AT T GT CGT . A A C . A
blockSeqs : . . C . C T T . CTCCAGC TA . . . . T . TGG . . T . . C T A . . . . . C G . . TAAAA . . . . . . . G . TA . . . . AGT AT . ACT T ATGT . . . . . TAGAAGCTTTAC . T TG . . T G GC GTG AT . . . TTCCTGCT . A T . AAG . . A . . T T . G . AT T . A . . . G G ACTT . . C AA . . . . CAA C . . . T . A . C A . . TTATTTTTCGATCT . . . . . G . . . . C . . . . . A . C . . ATCTC A . . . TCA . . . . C . . . TTA . . C TGG G ATAATATAA . TA . . . . . . T . . . . . T . . . . A A . . C
blockSeqs : . . A . C C . . TTCGGC A . . . . C . CG . . T . . C T . . . . . . C . . . TTA . . . . . . . G . . . . . . TTG A . G C TGT . . . . . TCGGGTTCATGG . C TG . . . C C GTG AC . . . CGCCCAT . . T . GTA . . A . . A T . G . CT T . . . . . . . ACT . . A AT . . . . AA A . . . T . T . A A . . AACCGTATACTAAA . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . AC . . . . C . . . . . . . . TTT . . . A T TAATACATA . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . C T . . ATCGGC C . . . . T . CA . . C . . C T . . . . . . G . . . ACA . . . . . . . G . . . . . . TT C . G C AT . . . . . GGGGTCATAAG . T TG . . . G T GG AC . . . CGCCTAT . . A . CAA . . A . . T T . T . TC T . . . . . . . ACT . . A T . . . . AA A . . . T . A . T G . . TCCGATATTAAAAA . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . AC . . . . C . . . . . . . . G . . . . T TAATAATGA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G T . . CTCAGC T . . . . C . CA . . T . . A C . . . . . . T . . . TT . . . . . . . G . . . . . . TC . . G A AT . . . . . TCGCGTCACGA . T T . . . T C GA AT . . . TCCCTGT . . A . AAA . . A . . T T . T . TC T . . . . . . . ACT . . A G . . . . AT A . . . T . T . A G . . TTCAGTATAAAAA . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . AC . . . . G . . . . . . . . A . . . . T TAACAATA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C T . . CATAC C . . . . G . TG . . T . . C G . . . . . . A . . . TT . . . . . . . G . . . . . . AC . . G G TT . . . . . TTCGGTCAAGG . T G . . . C C TG AT . . . CAACATT . . T . AAA . . G . . A G . T . TA C . . . . . . . CT . . A T . . . . GA C . . . T . A . A A . . AAAGTGTATCGGC . . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . GC . . . . C . . . . . . . . T . . . . T TAATAC . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C T . . CTACA C . . . . C . TG . . C . . C T . . . . . . T . . . CT . . . . . . . G . . . . . . AC . . G G GT . . . . . TCGGGTCATGG . T G . . . C C G AT . . . GCAGTC . . A . AAG . . A . . T G . G . CT A . . . . . . . AT . . A A . . . . AA T . . . T . A . T G . . TCCGTATAAAAA . . . . . A . . . . . . . . . . . . A . . AA . . . . C . . . . . . . . T . . . . T TAATA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C T . . TTCA C . . . . G . CG . . T . . C T . . . . . . A . . . AA . . . . . . . G . . . . . . AC . . G G TT . . . . . CGGAGTCATG . T G . . . C C G C . . . CCCTGT . . A . AA . . A . . T T . G . TA C . . . . . . . AC . . A G . . . . AA T . . . T . T . T G . . TACCCATCAAG . . . . . G . . . . . . . . . . . . G . . AC . . . . G . . . . . . . . T . . . . A TAATA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C G . . CGGT C . . . . G . GG . . T . . C C . . . . . . A . . . TT . . . . . . . G . . . . . . CA . . G A A . . . . . TGGTTCATAG . . G . . . A T G . . . . CAGTT . . A . AA . . A . . T G . G . TA C . . . . . . . GT . . A G . . . . AA A . . . T . T . A A . . TCCGTATAAA . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . GC . . . . C . . . . . . . . T . . . . T CAATA . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G G . . GTGC C . . . . C . TG . . C . . T C . . . . . . A . . . TT . . . . . . . G . . . . . . AC . . . . . . . . . . TG . . T . . . . . . . . . . GATT . . A . AA . . . . . . T . G . T T . . . . . . . GT . . C A . . . . AA A . . . T . A . A A . . ATCCGTAAAA . . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . GC . . . . C . . . . . . . . T . . . . . TAATA . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . CAGC C . . . . C . GG . . G . . A C . . . . . . A . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . . A . . . . . . . . CT . . . A . . . . AA A . . . . . T . A A . . TGTGTAGAG . . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . TT . . . . C . . . . . . . . T . . . . . AAA . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . C . . . . G . GT . . G . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . G . . . . A A . . . . . A . A A . . TATATCGGC . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . AT . . . . T . . . . . . . . T . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . G . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A C . . . . . . . A A . . CCTATCGAT . . . . . G . . . . . . . . . . . . A . . AT . . . . T . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . G . GG . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . TGTATCGGC . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . AC . . . . C . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . C . . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : T** CTCGGC******** *** ** ** ** ** G*** ** ***** ** TNGGGTCATGG********************* G*** C* GG********* ** CGCCTGT********* *** A* AAG***** T**** ** TN** ***** NT***** AA******** T* TCCGTATAAAAN******************* ** *** AC************** *** ** *** ** ** ****** ***
originalCons : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-T--C-T----GC---C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTT--------T--GG----T-T--CA---T-G-GCGA-GCTTT-T-GA-C-G--TTTTT-CG-C-GT--------G-GAACG-AAATT-TGATT--G---CN--G--TC----GC---A-CA-ATTA-TG-A-A----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAAA--T---G-A-CACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC-----GA---AA-AA--------T---G--T-AT----C--GAA--T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
finalCons : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC--C-TCTCGGC--------C--C-TTAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCT----AAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTAC----AACTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TT-TT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TG-T--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-AAAA-TGTGN-C--CAAAA--TG--CA---G--TNAAAAA-A--T----T--TG-A--CG-TT-TTTTNGGGTCATGG---------------------CGA-GCTTTG---A-C-G--TTTTTC-G-C-GTGG---------AACG-AAATT-TGATT--GCGCCTGT---------GC---A-CAA-TTA-TGAAG-----TCT-CGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAG--TTTCC-----GAG-AAC-ACTT-CC-GG-ACAAANT-----G-A-CACCC--G-AA--ATT--TCACAAAAA--CG-TCAA--------TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAAAC-----GA---AA-AATCCGTATAAAAN-------------------T-T-C-AA-G--T-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-GAC--------------G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 1 11111 11111111111 1 11111 1111 11111111 1111111 2222222222222222222222222 222222222222222222 111 1111 11111 11111 11111 11111 111111 111111111 1111 1111111111111111 111111 1111111111111111111111111 111111
lowQualScore : 3 44 2 3 1 777 2 6666 44 2 2 33 33 2 444 33 2 8888 2 2 66 2 33 2 0 2 2 2 33 22222 2 3 66 2 99999999999 3 44 0 3 3 3 77 8888 3 44 77 88888 0 11111 6666 44 00000000 2222222 777 4444 3 3 0000000000000000000000000 3 3 99 3 3 44 555 888888888888888888 3 3 1 44 777 777 3 222 66 3 0000 0 3 33 3 3 00000 1 44 3 3 888 1 44 77777 2 2 2 2 5 2 555 00000 555 5 6 999 33 2 33 33 2 00000 5555 3 2 33 2 2 2 2 4 3 22 333333 555 2 33 888888888 2 2 2 0000 3 2 5 33 2 2 55 2 4 33 2 777 444 2 666 2 99 33 2 2222222222222222 5 2 33 2 66666666 2 2 444 2 55 2 666 2 77777 2 55 4 333333 44 6666666666666666666666666 3 88 3 555 6666 3 99 44 77 3 77 3 3 3 77 3 444444 555 555 6 6 3 3 1
lowQualScore : . .. . . . ... . .... .. . . .. .. . ... .. . .... . . .. . .. . . . . . .. ..... . . .. . ........... . .. . . . . .. .... . .. .. ..... . ..... .... .. ........ ....... ... .... . . ......................... . . .. . . .. ... .................. . . . .. ... ... . ... .. . .... . . .. . . ..... . .. . . ... . .. ..... . . . . . . ... ..... ... . . ... .. . .. .. . ..... .... . . .. . . . . . . .. ...... ... . .. ......... . . . .... . . . .. . . .. . . .. . ... ... . ... . .. .. . ................ . . .. . ........ . . ... . .. . ... . ..... . .. . ...... .. ......................... . .. . ... .... . .. .. .. . .. . . . .. . ...... ... ... . . . . .
lowQualScore : 6 22 3 1 5 666 8 6666 33 9 7 77 44 5 444 55 5 0000 5 5 33 5 77 1 9 2 9 9 99 00000 9 0 88 9 77777777777 1 22 8 1 1 1 99 2222 1 66 99 33333 0 88888 3333 66 55555555 1111111 000 9999 3 3 2222222222222222222222222 3 3 22 3 3 66 888 333333333333333333 3 3 3 66 777 555 3 555 22 3 1111 4 3 88 3 3 77777 1 66 8 3 888 0 22 11111 9 9 9 9 7 9 000 66666 000 7 6 666 99 9 99 77 7 11111 7777 6 7 77 7 9 9 7 5 1 99 111111 000 9 99 111111111 7 7 7 0000 4 5 0 99 4 4 66 4 7 22 4 444 111 4 555 4 99 22 4 1111111111111111 0 5 44 5 88888888 5 5 444 5 99 5 999 5 99999 5 66 7 222222 33 8888888888888888888888888 1 11 1 444 5555 1 22 66 99 3 99 3 3 3 99 3 222222 888 888 7 7 3 6 0
consensus : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCCCTC---TC-GGC-CC-T--TAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCTAAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTACAA-CTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TTTT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TGT--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CGAAAA-TGTGN-C--CAAA-A--TG--CA---G--TNAAAAA-AT----T--TG-A--CGTT-TTT-TCG-----G-G-T---CA---T-G-GCGA-GCT-TT--GA-C-G--TT---TTT-CG-C-GTG-GA---ACGAAATT-TG-ATT--GCG--CCT-G-T-GC---ACA-NTTA-TGAA---ATCTCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAGTTT--CC-----GAG-AAC-ACTT-CCG-G-AC-A---AA--N-T---G-ACACCCG--AA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TCGACG-TATCGA-AAA-AC-----GA---AA-A--A---TC---CG-T-A-TA-A-AANTTC-AA-GT-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
Reference ( family-210 ) : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCCCTC---TC-GGC-CC-T--TAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCTAAAA---CTT-NAT-ATCG--T-C-GAATACGC-CT-TG--TCATTATCTACAA-CTTT-T--GT-TC--T-ANA--TG-TTTT-----T---T-CA-A--AAT-ATT-TC-TGT--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CGAAAA-TGTGN-C--CAAA-A--TG--CA---G--TNAAAAA-AT----T--TG-A--CGTT-TTT-TNG-----G-G-T---CA---T-G-GCGA-GCT-TT--GA-C-G--TT---TTT-CG-C-GTG-GA---ACGAAATT-TG-ATT--GCG--CCT-G-T-GC---ACA-ATTA-TGAA---GTCTCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAT-ATCTTTN--ATAGTTT--CC-----GAG-AAC-ACTT-CCG-G-AC-A---AA--N-T---G-ACACCCG--AA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATNT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TATCGA-AAA-AC-----GA---AA-A--A---TC---CG-T-A-TA-A-AANTTC-AA-GT-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAGAAANAAAAAA
gi|1 : A-A--AAA-T-AATTTTTGGACCCCTTCCTTC-AAA-CC-T--AAATTTGA--GGG---TGGCCCCCAAAAAGTCTT-AAT-ATCA--TGC-GGATGCGC-CT-TGGTCCCTTATCTATAA-CTTT-TTAAT-TCCTT-ATG--TC-TTTT-----T---T-CG-ACTATT-TTT-TC-CGT--ATGAAAAAGAAA-T--AA-TTAAAAAAACGGAAAGTGGGT-C--CAAA-C--TGGCCA---T--GGAAAAA-AA----T--TG-A--CGTT-TTTATTATTCCCG-G-TTTCCA---T-AAGCGA-GCT-TTTTAA-C-G--TT---TTTTCG-C-GTA-AA---TCGAAATT-TT-ATTTTGCGGCCCC-A-T-GCCCCACATCTTA-TGAACTTATCCCTTCCT-ACCAATC--TGAA-AAAAAAATTGACAAGTTAAT-ATCTTTTTAATAGTTT--CCCGAAGGAA-AA--ACTTTCCGCA-AC-A-------------G-ACCCTTC--AA--C-AT--TCACAAAAC--CGATC----AAATAATAATT-GA--AGTCAATAAATCCACG-TATC-A-AAA-AC-----GA---AA-A--AAAATTAAATG-TTA-TA-A-AAGTTTTAA-GT-GAA-T-TC-TTTA-TC-TTTCCT--G-AAAAAATTT---T-G---A-CGC-CAA--TCG-GGTTTTGA---A-----G-A-G-CAC--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-TG--G-CAACACAA-AT--T--TT-GGTT-AAA------AGAAAATAT-A--T---A----A----T----A---G-G-AAA-ACAAAA----A-CTTTAAAG--A--A-TAAA-C-AA-TTA-G---T-CTTTTTCCCCC---GCGTTTGA-AAACGG-GAGA-CCCTTAATAAAAGAAAGAAAAAA
gi|1 : --T-AAT------AAAAGAAAG-A--A---A----A---------------A-AAG-A---AA----A-CTA--AAT--C--ACTAA--T-AA--AA-GG--T-CCT------CC---G---TGGA-AAACGGAAAGA-CC-TTagaaaactaaatcactaataaaaggtcctccgtggaaaacggaaagacctt
gi|10 : aaaaataatttttggaccccttccttcaaacctaaatttgagggtggcccccaaaaagtcttaatatcatgcggatgcgccttggtcccttatctataactttttaattccttatgtcttttttcgactattttttccgtatgaaaaagaaataattaaaaaaacggaaagtgggtccaaactggccatggaaaaaaattgacgtttttattattcccggtttccataagcgagctttttaacgttttttcgcgtaaatcgaaattttattttgcggccccatgccccacatcttatgaacttatcccttcctaccaatctgaaaaaaaaattgacaagttaatatctttttaatagtttcccgaaggaaaaactttccgcaacagacccttcaacattcacaaaaccgatcaaataataattgaagtcaataaatccacgtatcaaaaacgaaaaaaaattaaatgttataaaagttttaagtgaattctttatctttcctgaaaaaattttgacgccaatcgggttttgaagagcacattcgagaaatcgctggcaacacaaattttggttaaaagaaaatatataataggaaaacaaaaactttaaagaataaacaattagtctttttcccccgcgtttgaaaacgggagaccct--AAA-T-AATTTT--GACTCCTT---TT-GAC-CC-------------------CTG---TTTAAAA---CTT-TAT-ATCG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TTAT-ATCTACAC-ATTT-T--GT---------A--TG-TCCT-----T---T-CA-A--ATC-CTT-TT-TGC--TTAAGAAT---A-T--A--TTGA-----CAAAAA-TGTGT-T----------------------TTAAAAA-AT----T---G-C--AGTTGTTT-TAG-----AAG-C---TT---T-A-CCGA-GCT-CT--GA-C-G--TT---TTC-TA-C-ATT-TATTTAAGAAATA-TA-AAT--GTG--ACTAG-A-TT---ACA-GCAA-TGAA---ATCCCCTC-T-AC-AGTTCCTGAA--------TTGA---GTTCAT-ATTTTGA--ATAGT----CC-----GAA-AAC-GCTT-CTG-G-AC-A---AA--C-T---G-GCCCCCT--AA--A-TT--TAGGAAATA--CG-TCTTGAAA----CAACT-TA--CAT-TATAA-TTGACG-TA
gi|11 : tcaga--AAA-T-ACTTTT--GATCC-TC---TC-ATA-CC-TATTAATTTGA--CAA-G-TGGCCCACAAAA---C---CAT-AT---------AAT-----CT-TG--TCATTATTTACA--CTTT-T--GT-TC--TAATA--TG--TCT-----T---T-CT-A--GAT-ATT-TC-TGT--ATGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CG-TAA-TGTGT-C--CAAA-A--TG--TA---G----GAGAA-AT----T--TG-A--CG---TTT-TGG-----G-G-T---CA---TAA-GCGA-GCT-CT--TA-C-G--TT---TTA-GG-T-AT----------AAATTATT-ATT--GCG--CCC-A-T-GC---ACA-TCTA-AGAA---GTCTCCTC-T-AC-TAT-CCTGAA-AAT----TTAA--AG-AGGT-ATCTTAT--ATAGTTT--CT-----GAG-AAC-A-TC-CCG-G-AC-A---AA--A-CTGAG-ACCCCCG---A--A-TT--TC-CAAAAA---G-TC-----A----TATCT-GA--CGT-TATAT-TTGACG-TAat
gi|12 : agaA-A--AAA-T-ACTTTC--GATCCCTC---TT-GACACCAT--T--TTTAA--AGG-GGTGGACCC--AAA---CTT-TAT-ATCA--T-C-GAATGGGT-CT-GG--TCATTATCTA---------T--GT-------------------------------A-A--AAC--TT-TC-TGC--ATG----------T--C--ATGC-----TGAAAA-TGTTT-G--CAAAGA--TG--CA---T--T--AAAA-AT----T---------GTT-TTT-CCG-----A-G-A---CC---T-A-CAGA-ACT-CT---A-T-G--TTAACTTA-C-----TG------ATTTATTT-TGCGTT--GCA--GAT-A-G-GT---ACA-TTTG-TAAA---GTCCCCTC-T-AC-AATCGCTGAA-AAT----TTGA--AGCTGAT-ATCTGCT--A-AGTCT--CT---------AAC----C-CCA-T-AC-A---A-----T---G--------------------TCA-GAAAA--CC-TC----AA----TGT-T-GA--CGT-AAT
gi|13 : atatctaA-AC-----AA---AA-ACAA---TA---TG-T-G-TA-G-AGTCTT-AA-GTCGAA-TATCCT--T-TC-ATTCCT--G-AAAA---CT---T-GTAGATCGC-AAA--TCG--------ATCTC-----GCACG-CAT--AT-T-----TCAGA-G-AAATCGGGAT-CT--GGCA---CAG-AAACTAATT-G--T-GAGTGG---AAAAGAAAT-AATT---A----GAATGT----A---GGA-GAA-A---AA----AACTT--AAAGCA--A-TAA--C-AACTAA-GG--T-CTT------CC---G----TGG-GAACGG-AAGA-C
gi|14 : C-----GAG-AAC-CATT-CTG-G-AC-A---AA--A-C---T-ACACCCT--AACAA-TT--TCACAAAAAAACG-TCC---AA----TATAT-GA--TGT-AATAT-TTCACG-T-TCGA-AAACAA-----AA---AA-A--A---TC---AG-T-A-TATA-AAATTC-AA-GT--AA-TATC-TG-A-TC-ATTCCT--G-AAAA---TTGGGT-G---A-CG--AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GAGG-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--TTATT-GT-T-AAG------AAAAAAAAT-A---------------------------A-GAATA---AA----A-Cggaccttcacataata
gi|15 : TT--CC-----GAG-AAC-ACTT-TCT-G-GC-ACAAAA--C-T---G-ACACCCA--AA--AATT--TCACAAAA---CT-TC----AA----TATATAGA--TGT-AATAT-TC-ACG-TTTCGA-AAA--C-----AA---AA-A--AAT-TC---AG-T-A-TA-A-AAATTC-AAAGT-GAA-TATC-T--A-TCAATCCCTTGA-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCGCG------A---C-----GAACG-CAT--AT-T-----C--GA-G--AATCG---CTCT--G-CAG--CAA-AA--G--TT-G--T-AAG------AAAAAAA
gi|16 : A-TATA-C--A-TCCATCCCT--G-AAAAAT-TT---C-G---A-TGAGAAA--TCC-G------T---CCAAGTG-CTG-CTT---T-T-----G--GA-G-AAATC----C-CGAGG-TA---AGA-AA--A--TT-A--A-AAT------AAAAAAAAT-AA-T---A----A----T----ATAAG-A-AAA-A---AAGAAAA-CCG--AAG--ATAA-TAAAAC-AT-TAA-GG--TTCTTGT----CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAtaagaata
gi|17 : caaacacgaaaaattatttttcgatctttctagaccac-T-A-TA-A-AA-TTC-AA-GT-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGA-AAA--TCG-G------A---C-----G-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA--A--T---A----A----T----A---G-A-TAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|18 : atatttaaatagtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaACG-TAACAA-AAA-TC-----GAGAAAA-A--A---T-----A-T-A-TC-G-G-CTTT-AT-GT-CAA-TATC-T--A-CC-ATCACT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAGA-----AAAAAAAATAA--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-ATT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGGAAAACGG-AAGA-CC-TTAATAt
gi|19 : ATTTATG--AAA-T-ACGTTT--GGCCCCTT---TC-ACA-AC-T--TTATATGA--AGG-AGTGACCCCTAAAT---ATT-CAT-ATCA--A-C-GGATTCGC-CT-TG--CCATTATCTACAA-TTTC-T--GT-TA--T-ACAATTG-TT
gi|2 : tTTA-GGAAAA-T-AGTTT---GACCCCTC---TCCAGC-CC-T--TAATCTGACAAGGCGCTGGAACCTAAAA---CTT-GAT-ACTGGCT-C-GAATACGCGCTCTG--TAATTACCTACAA-CTTTAT--ATCTC--A-AGA--TG-TTTT-----A---A-CA-A--ACT-ATTCTC-TGTTAATGAAAAG---AAT--A--TTGA-----GGAAAAATGTGAGT--CAAA-AAATG--CC---ACTTTGAATA-ATACTTT--CGCATCCGTT-TCT-CGG-----A-G-T---CA---T-G--CGAAGCT-TTAGGA-C-G--TT---TTT-CG-CTGTG--A---ATGAATGT-TG-ATT--GGC--CCT-A-T-GCC--ACA-ATTA-TAAA---TTC-AGTC-TCAC-A--TCCTGAA-AAA----T-GA--ACATTAT-ATCTCT---ATAGTTT--CCCGTCTGAG-AACGACTT-CTG-GGAC-A---A---C-T---G-ACACCCA--AA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AT----TATAT-GAAGCGT-AATAT-TTGACG-TTTCGACAAA-ACA----AA---AA-A--A---AC---CG-T-A-TA-CTAAATTC-AA-GT-GAAGTATC-T--A-TA-TTCTCT--G-AAAA---TT---T-GA--A-CGA-AAA--TCG-G------A---A-----C-ACG-GAT--AT-T-----G--AA-T-AAATCG-----CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-T--T-AAGAACACAAAAAAGAAT-A--T---AATACA----T----A---G-ATTAA-A---AA----A---T--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GGATC-CTT------CC---G---TTGG-AAACGA-CAGACCC-TTAACAATAGATAAAAAAAcacaaacgacgtttagttttcatggatgctttgtgaaattgtttgt
gi|2 : a-A--C---A----A----T----A---G-ATAAA-A---AA----A-CTTGAAAG--AT-A-TAA--C-AA-TAA-G---T-CTT------CC---G---TT-G-AAACGGAAAGA-CC-TTcttgaaagatataacaataagtcttccgttgaaacggaaagacctt
gi|20 : attaggaaaatagtttgacccctctccagcccttaatctgacaaggcgctggaacctaaaacttgatactggctcgaatacgcgctctgtaattacctacaactttatatctcaagatgttttaacaaactattctctgttaatgaaaagaatattgaggaaaaatgtgagtcaaaaaatgccactttgaataatactttcgcatccgtttctcggagtcatgcgaagctttaggacgtttttcgctgtgaatgaatgttgattggccctatgccacaattataaattcagtctcacatcctgaaaaatgaacattatatctctatagtttcccgtctgagaacgacttctgggacaactgacacccaaaatttcacaaaaacgtcattatatgaagcgtaatatttgacgtttcgacaaaacaaaaaaaaccgtatactaaattcaagtgaagtatctatattctctgaaaatttgaacgaaaatcggaacacggatattgaataaatcgctgcacaaaatttttaagaacacaaaaaagaatataatacatagattaaaaaataaaaataacaataaggatccttccgttggaaacgacagacccttaTTTA-T--AGA-T-GCTTCT--GACTCCTT---TC-GGC-CT-T--CAATTTGG--AAG-GCTCGCCCCTAATC---CTTGGAT-ATTG--T-TAGAATACCT-CT-CG--TCATT
gi|21 : gatgtttagtttC-C--TAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCTAAAA---TTA-CAT-ATTG--T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTAGCTACAA-CTTT-A--GT-AC--T-ATA--TGTTTTT-----T---T-TA-A--ATT-ATT-TC-TGT--ATAAAAAG---A-gattcaagtcttcaccgtaattggcttttaacaattctt
gi|22 : AAA--CT-TC----GA----CATCT-TA--CAT-AGTA----AAC----TCGA-GAA-ATCACGTGA---CA-G--A---CC------T-A-TC-G-ATTTT---A-GT-AAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---AT---T-C---T-CAG-AAA--TCG-G------
gi|23 : -AAATTC-AA--T-GAA-TATC-T--ATTC-ATCCCT--G-AAAA----T---T-G---T-C-A-AAA--TCG-G------A---C-----G-ATGCCAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AT--T--TA-G--T-AAG------AAAAAAAtcaa
gi|24 : C-CC-T--TAATTTGA--AAA-GCTGGCCCCTAACA---CTC-GAT-ATCG--T-C-GAATAC-----------------CTACAA-CTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-TTTTATATAT---T-TAGA--AAT-AGT-TT-TG
gi|25 : ATCTA-G--AAA-TTACTTTT--GACCCATT---TC-GGT-CC-T--TTATTTTA--AGG-GCTGGCCCCTAAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATAGGC-CT-
gi|3 : ATTTA-G--AAA-T-ACTTTT--GACCC-TA---TG-TGC-CC-T--TAATT-GA--AGG-GCTGGCCC-TAAAA---CTT-CAT-ATTG--T-C-GAATACGT-CT-TG--TCAT-ATCTA--A--TTT-T--GT-TC--T-ATA--TG-TTTT-----T---T-CA-A--ATT-ATT-TC-TGG--ATTAAAA----A-T--A--TTGA-----CCAAAA-TATGA-C--CAAA-A--TG--CA---G--TCAAAAA-AT----T--TG-A--CGTT-TTT-T-G-----G-T-T---CA---T-A-GCGA-GCC-T---GA-C-G--TT---TTT-GG-C-GTG-GA---ACGAAATT-TG-A----GGG--CAG-T-T-CC---GCA-ATTA-TGA-----TATCGTC-T-AC-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAGTTT--CC-----GAG-AAC-ACTC-CCG-G-AC-A---AA--G-T---G-AC-CCCG--AA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-TTGACG-TAACAA-AAA-TC-----GA---AA-A--A---T-----G-T-A-TC-G-GCTTTT-T--GT-CAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G-AA---CAA-AA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAAAT-A--T---A----A----T----A---G-A-GAA-A---AA----A-CTT--AAG--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TTGG-AAACGG-AAGA-CC-TTAATAAAAAAAACAACAAA
gi|4 : ATTTA-G--AAAAT-ACTTTT--GATCCCTA---TC-GGC-CC-T--TAATTTGA--AGG--CTGGCCCCTAAAT---CTT-CAT-ATTGG-T-C-GAATATGT-CT-TG--TCATTATCTACAA-CTTT-T--GT-AC--T-AAAG-TG-TTTT-----T---T-CA-A--AATTATT-TC-TGT--ATAAAAAG---A-T--A--T-GA-----CAAAAA-TATGA-C--CAAA-AA-TG--CA---G--TCAAAAA----------------------TT-T--------------------------GA-GCT-CT--GA-C-G--TT---TTT-TGGC-GTG--A---ACGAAATT-TG-A----GCG--GCA-G-TCGC---ACA-TCTA-TGGT---ATATTGTC-T--C-AATCCCTGAA-AAT----TTGA--AGTTTGT-AGCTTTC--ATAGTT---CC-----GAG-AAC-ACTC-CCG-G-AC-A---AA--G-T---G-AC-CCCGTGAA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATTT-GA--CGT-AATAT-T-GACG-TAACAA-AAA-TC-----GA---AA-A--A---AA---AG-T-G-TATC-GGCTTT-AT-GT-CA--TATC-T--A-TC-AACCCT--G-AAA----TT---T-G---A-CGC-AAA--TCG-G------G---C-----A-ACG-CAT--AT-T-----C--GA-G-AAATCG---C-GT--G--A---CAA-AA--T--TTGG--TAAAG------AAAAAAAAA-A--T---A----A----TAATGA---G-A-AAA-A---AA----A-CTT--CAG--A--A-TAA--CAAA-TAATGGT-T-CTT------CCCGTG---TGGA-AAACGG-AAGA-CC-TTAAcaacacacacacaaaaatcccacaaaaaaacgaacaccaacaaaaaaaaaaaaaaa
gi|5 : t--AGG-GCTGGCCACTAAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C-GAATACGC-CG-TG--TTATTACTTACAA-CTTT-T--GT-TC--T-AAA--TG-CTTT-----T---TACA-A--AAT-ATT-TC-TGT--ACGAAAAG---A-T--A--TTGA-----CGAAAA-TATGA-C--CAAA-AC-TG--CA---G--TAAAAAA-TT----T--TG-A--CGTT-TTT-TCG-----C-G-T---CA---C-G-ACGA-GCT-TT--GT-C-G--TT---TTT-CG-C-GT--GA---ATGAAATT-TT-ATT--GCG--CCT-A-T-GC---ACA-ACTA-TGCA---ATCTCGTC-T-GC-AATCCCTTAA-AAA----TGGA--AGTTGAT-ATCTCTA--ACAATTT--CC-----GAG-AAC-ACTT-CTG-G-AC-A---AA--C-T---G-ACACCCG--AA--C-TT--TCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CAT-AATAT-TTGACG-TTTCGA-AAA-AC-----AA---AA-A--A---TC---CG-T-A-T--A-AATTAC-AA-GT-GAA-TGTC-T--A-TC-ATCCCT--G-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-G------T---T-----G-ACG-CAT--AT-T-----T--GA-G-AAATCG---C-TT--G-CA---CAA-CA--T--TT-G--T-AAG------AAAAAAATT-A--TAACA----A----T----A---G-A-TAT-A---AA----A-CTT--AAA--A--A-TAA--C-AA-TAA-GG--T-CTT------CC---G---TAGG-GAACGG-AAGA-CC-TTAATAA
gi|6 : TTA-G--AAACT-AGTTTG--GACCCCTC---TA-CAC-CC-T---AATT-GA--AGG-GCTGGCCCCTAAAA---CTT-GATCATGT--T-C-GAATAGGC--T-TG--TAATTACCTACAAACTTT-T--AT--A--T-AAA--TG-TTTT-----A---CACA-G--AAT-ATT-TCATGTT-ATGAAAA----A-T--AGTTTGA-----CGAAAAATGTGC-A--AAAA-A--TG--CA---G--TGAAAAA-ATGT--T--TG-A--CGTT-TTT-TTC-----G-G-T---CA---A-G-GCGA-GCT-TT--GA-CCG--TT---TTTTCG-CTGTG--A---ATGAAATT-TG-ATT--GTC--CCT-G-T-G----ACA-ATTA-TGAA---ATCTCGTC-T-AC-AATCCCTGAACAAT----TGGA--AGTTGAT-ATCTTCT--AACGTTTTTCCA----GAG-AAC-ACTT-TTG-GGAC-A---AA--ACT---G-ACACCCA--AA--A-TTAGTCACAAAAA--CG-TC----AA----TATAT-GA--CGT-AATAT-T-GACG-TTTCGA-AAA-AC-----AA---AT-A--A---TC---CG-T-A-TA-A-AAATTC-AA-GT-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--T-AAAA---TT---TGG---A-CGA-AAAATTTG-G------A---T-----G-ACG-CATTAAT-T-----T--GA---AAATCG---C-CT--G-CA---CAA-AA--T--TT-G--TCAAG------AAAAAA
gi|7 : attaTTTA-G--AAAAT-AGTTTG--GACCCTTC---TC-AGC-CC-T--TAATTTGA--AGG-GCTGGCCCCTGAAA---CTT-GAT-ATGG--T-C--CATACG--CT-TG--TAATTA-CTACAA-CTTT-T--AT-TC--T-AAA--TG-TTTT-----TAAAA-CA-A--AAT-ATT-TC-TGT--ATGAAAAG---A-G--A--TTGA-----CGAAAA-TGTGT-TTGCAAA-AATTG--CACAGG--TGACAAATGT----TTCTG-A--CGTT-TTT-TCG-----G-GTT---CA---T-G-GCGA-GCTCTT--GA-C-GGTTT---TTT-CG-C-TTGTGA---ATGAAA-T-TG-ATT--GTT--CCT-GCT-GC---ACA-ATTA-TGAA---ATCTCGTC---AC-AATCCCTGAA-AG-----TTGA--A-TT-AT-ATC-CTA--ACAGTGT--CC-----GAGAAAC-AC-T-CTG-G-AC-A---AGACT-T---G-ACACCCAT-GA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT-AA-AT-TTGACGTTATCGA-AGA-AC-----AA---AA-A--A---TC---CGAT-ATTA-A-AAATTC-AACGT-GAA-TATC-T--A-TC-ATCCCT--GAAAAA---TT---G-G---A-CGA-AA----TG-G------A---T-----G-ATG-CAT--AT-T-----C--GA-A-AAATCG---C-CT--G-CA---CAACAATTT--TT-G--T-AAG------AAAAAAAA
gi|8 : ATTTA-G--AAAAT-AGTTT---GACC--TT---TC-AGC-C--T--TAATTTGA--AGG-GCTGGCC--TAAAA-----T-TGT-ATGG--T-C-GAATACGG-CT-TG--T-ATAACCTACAA-CTTT-T--AT-TCC-T-AAA--TG-TTTT------------A-C--AAT-ATT-TC-TGT--ATGAAA-G---A-TTAA--TTGA-----CGAAA--TGTGT-TG-CAAA-A--TG--CA---G--TGAAAAT-GT----T--TG-A--CGTT-TTT-TCG-----G-G-T---CA---T-G-GCGA-GCT-TT--GACC-G--TT---TT---G---GTG-AA-----GAAATT-TG-ATT--GC---CCT-G-T-GCA--ACA-ATTACTGAA---TCTTCGTC-T--C-AATCCCTG-A-AAT----TGGA--AGTTGATCATC-TTA--ACAGTTT--CC-------G-AAC-ACTT-CTG-G-ACAA---AA--C-T---GAACACCAA--AA--A-TT--TCACAAAAA--CG-TC-----A----TATAT-GA--CGT--AT-T-TTGACG-TTTCGA-AAA-ACA----AA---AA-A--A---TC---CG-T-A--A-A-AATT---AA-GT-GAA-T-TC-T--A-TC-ATCCCT--A-AAAA---TT---T-G---A-CG--AAA--TCG-A------A---C-----G-ATG-CAT--ATAT-----C--GA-GAAAATCG---C-CTC-G-CA---C-A-AA--T--TT----T-AAG------AAAAAAA
gi|9 : atAAAG---A-T--A--TTGA-----CGAAAA-TGTGA-C--CAAA-T--TG--TA---G--TAACAAA-TT----T--TG-A--CGGT-TTT-TTT-----T-T-T---TACTTT-G-GCGT-GCT-TC--TA-C-G--AT---TCT-AG-T-GTT-GA----CAATATT-TG-ATT--GCA--ACA-T-T-AC---ACA-TCTA-CGAA---GCCTTCTC-T-AC-AATTGCTGAA-AAT----TTGA--AGTTGAA-ATGTTTA--CTGGTTC--CT-----GAG-AAT-ACTC-GCG-G-AA-A---AA--A-T---GGACCCCTG--AA--A-TT--TCACAAAAA--CA-TC----AA----TATCT-GA--CGT-AATAT-TCAAAG-TAACGG-AAA-AC-----AA---AACA--A---TA---CC-C-A-T--C-AAGTTC-AA-GT-CAA-TATC-T--A-AC-ATCCGT--G-AAAA---TT---T-C---A-CAA-AGA--TCA-G------A---A-----G-ATG-CAT--AT-CATGTGT--GA-G-AAATCG---C-GT--G-CA---CAA-AC--T--CT-G--T-AGG------AAAAAA----G--T---A----A----T----AC--T-A-GAA-A---AA----A-----------------------AA-TAA-GG--T-CTT------CG---G---TTGGAAAATGG-AAGA-CC-TTAATA