lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222222222 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333333 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111
lowQualScore : 0 3 222222222 2 2 55555555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 11 2 7777777777777777 2 22 2 7777 4444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 33 2 66 8888888888888888888888888888 2 2 33 33 3 000 3 3 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 5 777 1
lowQualScore : . . ......... . . ........ .................................................................................................................................. . .. . ................ . .. . .... .... ............................................................................... . .. . .. ............................ . . .. .. . ... . . . .............................................................. ... . ... .
lowQualScore : 6 1 666666666 9 2 44444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 44 1 6666666666666666 1 99 1 4444 5555 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 11 6 88 0000000000000000000000000000 6 7 77 99 1 555 6 6 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 0 111 0
consensus : AAGTCTCTCA-TACGCTGTTTCATC-------ACCC-GAANTTGATTGA--------TACA-C-------AA-ACTA--ANTT-AGNG--AGTAA--TA--AGCATTT-AGAGAG-TAATA--NAT-A--CATATA--NCACAT-TATTT-----CGTTGCTCGTAGGTACTAT-CTCAGCGTATCAT---ATCCAGGATATTACTTGCAAATATGA-CATTGTT--T-TT-AT----GTTTTCA-CT--T-TC----GTT----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------T-----------A---T------GTA-TTTT-CTGCATT--TACATA------------------T----TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAA--T-A-C-AT-T-TAA-TCGTCTT--CANCCGNNNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCCT--AC-ACAGAAGAGCTCGT--ATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Reference ( gi|2 ) : AAGTTTCTCA-TACGCTGTTTCATC-------GTCC-GAAATTGATTGA--------TACA-G-------AA-ACGA--ATTT-AGAG--AGTAA--CA--AACACTT-GGA-AGCCCATA--CAT-A--CATGTA--GCATAT-TATTA-----CGTTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGTATCCT---ATCCAGGATATTACTTGCAAATATGA-CATTGCT--T-GT-AT----ATTTTCA-CT--T-TC----GTT----A--------------T-----------A-CAT--------------T----------T-----------A---T------GTA-TTTT-CTACATT--TATACA------------------C----TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAA--T-A-T-AT-T-TAA-TCATCTT--CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCC--AC-ACAGAAGAGCTCGA--ATCTCGAAACTGGCGTATTAT
gi|1 : AAGTCTCCCA-TATGCTGTTTCATA-------ACCC-AATGTTGATTGA--------CACG-C-------AA-ACTATAAGTT-AAAGTAAGTAG--TA--TGAAGTT-ATAGAGTAAATAAACNN-N--NNNNNN--NNNNNN-NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNATTACATGCAAATATGA-CATTTTT--T-TTTAT----GTTTTTA-CT--T-TC----ATT----A--------------------------A-CAT--------------T----------TCTTTCACTAATA---TTTT---GTA-TTTC-CTGCATT--TACATA------------------T----TTAGATAAAA--CCG--CTTTTAG--T-A-C-AT-A-TCA-TCATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCT--AC-ACAGAAAGGTTCGT--ATCTCGAAACCGAC
gi|7 : tgcataagtgaatgtactcagtAAGTCTCTCA-TACACTGTTTCATTTATAATAACAC-GATATTGATTGA--------TACA-C-------AA-AC-------T-A-----AGTAA--TA--CGTATTT-AAAGAG----TA--AAT-AATCNNNNN--NNNNNN-NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNGCAAATATGG-TATTGTT--T-TA-AT----ATTTTCA-CT--T-TC----AAT----A--------------A-----------A-CATCTCTTTTGCCACTAT----------T-----------T---T------GTA-TTTC-CTGCATA--TATATA------------------T----TAAAAGAGAG-GCCA--CTTTTAA--T-
gi|9 : atgtggatgtactcagcAAGTCTTTCA-TACGCTGTTTCAGC-------ACCC-AAGATTGATTGA--------TACA-C-------AA----A--ACTA-AGCA--AGTGA--TACCAACCTTT-AGAGAGTAATTA--AAT-N--NNNNNN--NNNNNN-NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNGCAAATATGA-CATTGTT--T-TT-AT----GTTTTCT-CT--T-TCAT--GTT----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------T-----------
gi|16 : catatgtgaatgttctttgcAAGTTTATCA-TATGCTGTTTCATC---------CCAAAAATTGATTGA--------TACA-T-------AA-ctttcgctcagtattaaatattttgtgtttcctacattttac
gi|13 : tttaAAGTATCTCA-TACGCTGTTTTATA-------ACCC-AAAATTCATTGA--------ATCG-T-------AATATGA--ATTT-AGAG--AGTAttgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcattcatatccaggatattattgcaaatagacattgtttctatgtttccactttcataaaacatc
gi|22 : gcataagtaaatgtactcagtAAGCCTCTTA-CACGCTGTTTCATC-------ACCT-G-AATTGATTGA--------TACA-C-------AA-AAGA--Ataaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatttatgttttctcttccgtgaaacatttctttca
gi|11 : tgcatcagtgaatgttcttagtAAGTGCTTCA-TTCGCTGTTTCA---------GACC-GATTATGATTGAATCAAAGCTAAA-GTTAAATTAATACGA--ATTTGAGGG--AGTAAATCA--ATCACGT-G--------ATT--CGT-T--AATATG--AC---T-TATTT-----TGCTTGTCGTAG-TAT----CTCAGCG-ATCAT---ATCCCAGCTGTT-----CA--TATGG-CATTG-----------------TTTCT-CTAAT-TC----GTC----AC-------------T-----------A-TAT--------------T----------T----------------------GTAGTTTC-CTGCATC--TACATA------------------A----TCTAAAAGAA-GCTG--CTTTTAgtaatac
gi|21 : tAAGTCTCTCAATA-GCTGTTTCATA-------ATCC-GACATTGATTGA--------TGCA-T-------AA-ACTA--Atcatctt
gi|10 : ataagtgaatgtactcagtAAGTTTCTAG-TACGCAGTCTCATC-------ACCC-GAATTTGATTGATT------TACATGTAC----AA-ACTAC-ATGT-A-AGTAAGTGA--TA--AGTATTTAGGG-AG-TCAT-----T-A--------------AT-TATNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNTGTT--T-TT-TTTA--GTTTCCA-CG--T-TC----GTA----A--------------T-----------T-TTT--------------T----------T-----------T---A------GTA-TAGT-----ATT--TGT-CA------------------T----TTAAAGAGAA-GCCG--TTTTTAA----A-TCAT-T-TAgtaagtaatacgaat
gi|25 : gtAAGTTTCTTA-TATGCTGTTTCATC-------ACCC-AA
gi|5 : ctgcataaaggaatgtactcAGTTTCTCA-TACGCTCTTTCATC-------AACT-GAATTAGACTGG--------TAC
gi|8 : agtgaatatactcgtttgaacTTCTCA-TGCAATGTTTCATC-------ACCT-GAAATTGAGTGA--------TACA-C-------AA-ACTA--AGTA-AGTG--A-TA---CG--AAT--TT-AAA-AAGTAAT---TAA-A--CNNNNN--NNNNNN-NNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNGCAAATATGA-CATTATT--T-----------TTTTTA-CT--T-TC----GTT----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------T-----------C---TTCACTAATA-TCTTATTGCATTA-CATAAA------------------CATATTTAAAAAGAA-GCCG--CTTTTAA--cataactacgtaagtaatacgcgtgtaggggataatcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacacatatgacattgttttgtatttcagtttgtacattcgtaaaacgtttccttcgctagcattttgtattttctacatttacgtatttataaagacgtcacttgtaatacatttaatcatttt
gi|3 : ataagagaatgtactcagaaaaaTTTTCG-TATGCAGGTTTATC-------ATT--GAATTCGATTGA--------TACA-A-------AG-AC-------T-AGTA--AGTGA--GA--AGCATT----A-AGGTAGTA--AATTA--TTTGTAAGGAATACCTACTATATCTCGTTGCTCGTA----CTAT-----AT-TGTCAT---ATCTAGGATTATACTCACATTTATGG-TTTTATT--T-A--------ATTTTT--CT--T-TC------T----A--------------T-----------A-TGT--------------T----------T-----------A---T-------------T-TTATATT--T----------------------------TTAAATAGAA-GCCG--CTTTTCA--T-ACT-CT-TGTAG-TCTTTCT--CA-CTGACATTTGATGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCCT--AC-ATTGAAGAGCT
gi|23 : ttatgaaGTCTCATC-------ACTC-AAATTTGATTGA--------TACA-C-------AA-ATTA--ACTA-AGTG--AGTAtttatagctgctgcgttatt
gi|19 : ca--CATATA--CCACGT-TATTT-----CGTTGCTCGTAAGT------------GTA--CT---AT-------ATTACTTGCAGATATGG-CATCGATAAA-AT-AT----GTTTCCA-CT--T-TA----GTA----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------T-----------A----------GAA-CTTT-Cgtatttaaaagggagtcatttatta
gi|12 : TATCAT---ATCCAATATATTACTAGCAAATATGACCA--GTT--T-TT-AT----G-TTTCACCT--T-TC----GTT----A--------------------------A-CAT--------------T----------T---------------T------TTA--TTT-CTACATT--TACATAT-----------------C----TTAAATGTAA-GCTGTTTTTTTTA--T-A-C-ATCT-TAATTCATC------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTC--ATAACAGAATA-CTCGT--CACTC-AAACCGGCGTATAAT
gi|16 : TCAT---ATCCAGGATATTA-TTGCAAATA-GA-CATTGTT--T-CT-AT----GTTTCCA-CT--T-TC----ATA----A--------------A-----------A-CAT--------------
gi|24 : tttaaagtttatcatatgctgtttcatcccaaaaattgattgatacataattgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcatTCCTTTCATCCAGGGAATTACTTGCAAA-ATGA-CATTGTT--T-CT-AT----GTTTCCA-CT--T-TC----ATA----A--------------A-----------A-CAT--------------c
gi|20 : TACTTACAAATATGA-CATTG----------------TTTTCA-TT--T-TA----GTT----A--------------A-----------T-CAT--------------TCTTTCAACAGT-----------ACTTT------GCA-TTTC-CTACATT--TACAT-------------------C----TTAAAc
gi|4 : CTTGCAAATATGA-CATTGTT--T-----T----GTTTTCA-CT--T-TC----GTT----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------TCTTTCGATAATA---TTTT---GTA-TTTC-CTGCATT--TATATAATATCATTAAATTACATAT----TTAAAAAGAG-GCCG--CTTTTAA--T-A-C-AT-T-TAA-TCATCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAC-ACAGAAGAGTTCGC--ATCTTGAAACacaaaa
gi|26 : gaatttagagagtaaataaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAAATATGA-CATTGTT--T-GT--T----GTTTTCA-CT--C-TC----GTT----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------T-----------agtctcaatatttt
gi|18 : GCAAAAATGA-CATTGGT--T--T--T----GTTTTCA-CT--T-TC----GTT----A--------------A-----------A-GAT--------------TGCTTTCGC--T-----------A----------ATA-TTTT-GT--ATT--T-----------------------C----TTAAAG-------CG--CTTTTAA--T-A-C-AG-T-TActtt
gi|6 : GCAAGAGTGA-CATTGTT--T-TT-AT----ACCTTC--CT--T-TT----GAT----A--------------G-----------AACAT--------------T----------TCTTTGG-----A---TT-----GTA-TTTT-GCA-ATTCTTACATA------------------T----TT-----GAA-GCCG--CGTTCAG--T-A-C-AT-T-TTA-TTGTCTT--cctaaataactcatatgta
gi|5 : atgcataagtaaatgtgctcaagaagttttttgcacgcagtttcactccaattcattcatcattcgactgatcaaaaactaagggccaggtatccagggagtaattaagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACATATGA-CATTGTT--TTGT-ATTTCAGTTTGTA-CA--T-TC----GTA----AAACGTTTCCTTCGCT-----------AGCAT--------------T----------T---------------T------GTA-TTTT-CTACATT--TACGTA------------------T----TTATAAAGAC-GTCA--CTTGTAA--T-A-C-AT-T-TAA-TCATTTT--
gi|15 : agtgaatatactcgtttgaacagtttctcatacgctctttcatcaactgaattagactggtaccataactacgtaagtaatacgcgtgtaggggataatcaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaAATATGA-CATTGTT--T-TT-AT----GTTTTCA-CT--T-TA----GCTGAATA--------------TTTCTTTTGCTAA-TAT--------------T----------T---------------T------ATA-TTTC-CCACATT--TACGTA------------------T----TTAAAGAGAA-ACCG--CTTTTAA--T-
gi|14 : tATATGA-CATTGTT--T--T--T----GTTTCCA-CC--TATTAAAAGTA----A--------------A-----------A-CAT--------------T----------TCTTTCA-----A---TA-----GTA-TTTT-GTGTATT--T-TACA------------------T----TTACATA-----------TTTTAAAAT-A-C-AG-T-TCA-TTGACTT--C---CTCACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCT--AT-ACAGAAGAGCTCTA--ATCTCGAAACTGGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctacgcagaagagctcgtatctcaaaaccggcgaattc
gi|28 : ATA------------------T----TTAAAGAGAA-ACCG--CTTT-AA--TCA-C-AT-T-TAA-TCATCT
gi|17 : cAGAGAAAGCCA--CTTTTAA--C-A-C-AT-T-TAA-CCA--TT--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--AC-ACTGAAGAAGTTAAATATCTTGAAACCAGCGTATT
gi|15 : CCT--AC-GCAGAAGAGCTCGT--ATCTCAAAACCGGCGAATT
gi|27 : taatatgacattgtttttatgttttcactttagctgaatatttcttttgctaatattttatatttcccacatttacgtatttaaagagaaaccgcttttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCT--AC-ACAGACGAGCTCCT--ATCTTGAAACTGGCGTATTc
Alignments
lowQualScore : 5555555555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 22222222222
lowQualScore : 1 2 9999999999999999 2 3 33 5555 2 2 0000000000000 0 999 3 888 66 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 2 2 1 44 7777777 22 22 3 1 6666 1 1 11111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999 2 88 444 444 111111111111111111 2 2 4 2 33 33 2 3 44 4 3 11111111111 1 22 66 666
lowQualScore : . . ................ . . .. .... . . ............. . ... . ... .. .......................................................................... . . . . . .. ....... .. .. . . .... . . .............. ................................................. . .. ... ... .................. . . . . .. .. . . .. . . ........... . .. .. ...
lowQualScore : 2 7 1111111111111111 5 6 77 7777 1 9 5555555555555 5 333 7 555 55 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 1 1 1 9 55 7777777 66 66 8 9 7777 8 9 22222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777 5 22 777 777 999999999999999999 5 5 6 4 44 77 9 3 66 0 7 44444444444 0 00 11 222
consensus : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----ACAAACT-A--A-T--AGTA--AGTAATA--CGNATTT---AGGGAGT-AA--T------AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-TTTC-CTGCA---TT---TA------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAA--T-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Reference ( family-1967 ) : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----ACAAACT-A--ANTT-AGNG--AGTAATA--AGCATTT---AGAGAGT-AA--T------ANA---T-ACAT---------ATANC-ACATTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACTAT-CTCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-TTTT-CTGCA---TT---TA------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAA--T-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CANCCGNNNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
gi|1 : AAGTCTCCC-ATATGCTGTTTCA-------TA-------ACCCA-ATGTTGATTGA--CAC----GCAAACT-ATAAGTT-AAAGTAAGTAGTA--TGAAGTT---ATAGAGT-AAA-T------AAACNNN-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACAT-G-CAAATATGA-CATTTTTTT--TTAT----GTT--T--TTA-CTT-TC----ATTA-ACATTTCTTTCACTAATAT--------------T--------T------------------T------GTA-TTTC-CTGCA---TT---TA------------------CAT-AT-TTAGATA-AA-ACCG--CTTTTAG--T-ACAT-AT--CA-TCATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TACACAGAAAGGTTC--GTATCTCGAAACCGAC
gi|10 : tgcataagtgaatgtactcagtAAGTTTCTA-GTACGCAGTCTCA-------TC-------ACCCG-AATTTGATTGATTTACATGTACAAACT-AC-ATGTAAGTA--AGTGATA--AGTATTT---AGGGAGT-CA--T------TAA---T----T---------AT----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNTG----TTTTTTT--T-A-----GTT--T--CCA-CGT-TC----GT---A--------------ATTT--------------T--------T-----------T------TTA----GTA-T-----AGTA---TT---TG------------------T-C-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--TTTTTAA--A-TCAT-TT--A
gi|11 : gtAAGTGCTTC-ATTCGCTGTTTCA----------------GACCG-ATTATGATTGA--ATC----A-AAGCTAA--AGTT-A--A--ATTAATA--CGAATTTG--AGGGAGTAAA--T------CAA---TCACGTGATTCGTTAATATG-AC-TTATTTTGCTTG-TCGTAG----TAT-CTCAGCG-ATCATATCCCAGCTGTT-C--------ATATGG-CATTGTTTC--T-CT----AAT--TCGTCA-CT----------------------------ATAT--------------T---------------------------T------GTAGTTTC-CTGCA---TC---TA------------------CATAAT-CTAAA-AGAA-GCTG--CTTTTA
gi|12 : tTATCATATCCAATATATTACTA-G-CAAATATGACCA--GTTTT--T-AT----G-T--T--TCACCTT-TC----GTT--A--------------ACAT--------------T--------T------------------T------TTA--TTT-CTACA---TT---TA------------------CAT-ATCTTAAATGTAA-GCTGTTTTTTTTA--T-ACATCTT--AATTCATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCA--TA-ACAGAATA-CTC--GTCACTC-AAACCGGCGTATAATtcatctt
gi|13 : AAGTATCTC-ATACGCTGTTTTA-------TA-------ACCCA-AAATTCATTG------------AATC-----------------GTAATA--TGAATTT---AGAGAGT--A--T------AAA---A-AAA------------AAN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNG-CATT-------T-AT----GTT--T--TCT-CTT-CC----GTGA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|14 : gcataagtaaatgtactcagtATATGA-CATTGTTTT--T-------GTT--T--CCA-CCTATTAAAAGTAA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCA-----A------TA-----GTA-TTTT-GTGTA---TT---T-------------------TAC-AT-TTACATA-----------TTTTAAAAT-ACAG-TT--CA-TTGACTT--CCTC---ACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TATACAGAAGAGCTC--TAATCTCGAAACTGGctttca
gi|15 : AATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TA----GCTG-A--------------ATAT--------------TTCTTTTGCT-----------AATATTTT------ATA-TTTC-CCACA---TT---TA------------------CGT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--CTTTTAA--T-
gi|15 : tCC--TACGCAGAAGAGCTC--GTATCTCAAAACCGGCGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctacgcagaagagctcgtatctcaaaaccggcgaattc
gi|16 : taatatgacattgtttttatgttttcactttagctgaatatttcttttgctaatattttatatttcccacatttacgtatttaaagagaaaccgcttttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAGTTTATC-ATATGCTGTTTCA-------TC--------CCAA-AAATTGATTGA--TAC----ATAAc
gi|16 : tttaTCATATCCAGGATATTA-TT-G-CAAATA-GA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcattcatatccaggatattattgcaaatagacattgtttctatgtttccactttcataaaacatc
gi|17 : tttaaagtttatcatatgctgtttcatcccaaaaattgattgatacataattgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcatAGAGAAAGCCA--CTTTTAA--C-ACAT-TT--AA-CCA--TT--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NACACTGAAGAAGTTAAATATCTTGAAACCAGCGTATTc
gi|18 : -G-CAAAAATGA-CATTGGTTT--T-------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------AGAT--------------TGCTTTCGCT-----------A-------------ATA-TTT---TGTA---TT---T------------------------C-TTAAAG-------CG--CTTTTAA--T-ACAG-TT--A
gi|19 : CAT---------ATACC-ACGTTATTTCG-TTGCTCGTAAGT------------GTACTATAT---------TACTT-G-CAGATATGG-CATCGATAAAAT-AT----GTT--T--CCA-CTT-TA----GTAA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A-------------GAA-CTTT-Ccctaaataactcatatgta
gi|2 : AAGTTTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------GTCCG-AAATTGATTGA--TAC----AGAAACG-A--ATTT-AGAG--AGTAACA--AACACTT---GGAAGCC-CA--T------ACA---T-ACAT---------GTAGC-ATATTATTACG-TTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGTATCCTATCCAGGATATTACTT-G-CAAATATGA-CATTGCTTG--T-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-T--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-TTTT-CTACA---TT---TA------------------TAC-AC-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAA--T-ATAT-TT--AA-TCATCTT--CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--CACACAGAAGAGCTC--GAATCTCGAAACTGGCGTATTAT
gi|20 : TACTT-A-CAAATATGA-CATTGTTTT--C-AT----TTTAGT--TAATCAT-TC----TTTC-A--------------ACAG--------------TAC------T-----------T------T------GCA-TTTC-CTACA---TT---TA------------------CAT-CT-TAAAACAAAA-
gi|21 : AAGTCTCTCAATA-GCTGTTTCA-------TA-------ATCCG-ACATTGATTGA--TGC----ATAAACT-A-------AGTA--AGTAATA--
gi|22 : ataagtgaatgtactcagtAAGCCTCTT-ACACGCTGTTTCA-------TC-------ACCTG-AA-TTGATTGA--TAC----ACAAA-----------AGA---AGTAATA--cgaat
gi|23 : tgcatcagtgaatgttcttagtGTCTCA-------TC-------ACTCA-AATTTGATTGA--TAC----ACAAATT-A--ACTA-AGTG--AGT------AGTATTTAAAAGGGAGT-CA--T------c
gi|24 : caATCCAGGGAATTACTT-G-CAAA-ATGA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttatta
gi|25 : tcctttcAAGTTTCTT-ATATGCTGTTTCA-------TC-------ACCCA-Ac
gi|26 : ctgcataaaggaatgtactc-G-CAAATATGA-CATTGTTTG--T--T----GTT--T--TCA-CTC-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|27 : C--TACACAGACGAGCTC--CTATCTTGAAACTGGCGTATTcttt
gi|28 : ------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--C-TTTAA--TCACAT-TT--AA-TCATCTcaaatttt
gi|3 : TTTC-GTATGCAGGTTTA-------TC-------ATT-G-AATTCGATTGA--TAC----AAAGACT-A--------GTA--AGTGAGA--AGCATTA---AGGTAGT-AAATT------ATT---T-GTAAGGA------ATACCTACTATATCTCG-TTGCTCGTA----CTAT-AT-----TGTCATATCTAGGATTATACTC-A-CATTTATGG---TTTTATT--T-AA----TTT--T--TC---TT-TC------TA-T--------------ATGT--------------T--------T-----------A------T-----------------------TT---TA------------------TAT-TT-TTAAATAGAA-GCCG--CTTTTCA--T-ACTC-TTGTAG-TCTTTCT--CA-CTGACATTTGATGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACATTGAAGAGCTT--TTAT
gi|4 : ttatgaatATTT---AGAGAGT-AA-------------------AT---------AAACN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT-G-CAAATATGA-CATTGTTTT----------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCGATAATA------TTTT---GTA-TTTC-CTGCA---TT---TATATAATATCATTAAATTACAT-AT-TTAAAAAGAG-GCCG--CTTTTAA--T-ACAT-TT--AA-TCATCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACACAGAAGAGTTC--GCATCTTGAAACagctgctgcgttatt
gi|5 : gaAGTTTCTC-ATACGCTCTTTCA-------TC-------AACTG-AATTAGACTGG--TAC-----CA---T-A--ACTA-CGTA--AGTAATA--CGCGTGT---AGGGGAT-AA--TCA----AAA---N-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GACACATATGA-CATTGTTTTG-T-ATTTCAGTT--T--GTA-CAT-TC----GTAA-A--------------ACGT--------------T--------TCCTTCGCTAGCA------TTTT---GTA-TTTT-CTACA---TT---TA------------------CGT-AT-TTATAAAGAC-GTCA--CTTGTAA--T-ACAT-TT--AA-TCATTTT--agtctcaatatttt
gi|6 : agtgaatatactcgtttgaacAAGTTTTTT-GCACGCAGTTTCACTCCAATTC-------ATTCATCATTCGACTGA--T-C----AAAAACT-A--AG---GGCC--AG--------GTATCC---AGGGAGT-AA--TTAAGTNNNN---N-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G-CAAGAGTGA-CATTGTTTT--T-AT----ACC--T--TC--CTT-TT----GATAGA--------------ACAT--------------T--------TCTTTGG-----AT-----T------GTA-TTT---TGCAATTCT---TA------------------CAT-AT-TT-----GAA-GCCG--CGTTCAG--T-ACAT-TT--TA-TTGTCTT--
gi|7 : atgcataagtaaatgtgctcaagAAGTCTCTC-ATACACTGTTTCA-------TTTATAATAACACG-ATATTGATTGA--TAC----ACAAACT-A--A-----------GTAATA--CGTATTT---AAAGAGTAAA--T------A-A---T-CNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G-CAAATATGG-TATTGTTTT--A-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----AATA-A--------------ACATCTCTTTTGCCACTAT--------T-----------T------T------GTA-TTTC-CTGCA---TA---TA------------------TAT-AT-TAAAAGAGAG-GCCA--CTTTTAA--T-
gi|8 : atgtggatgtactcagcTCTC-ATGCAATGTTTCA-------TC-------ACCTG-AAATTGAGTGA--TAC----ACAAACT-A--A-----GTA--AGTGATA--CGAATTT---AAAAAGT-AA--T------TAA-----ACNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-CAAATATGA-CATTATTTT--T------------T--TTA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------C------TTCACTAATA-TCTTATTGCA---TTACATAAA----------------CAT-AT-TTAAAAAGAA-GCCG--CTTTTAA--
gi|9 : ataagagaatgtactcagaaaaatAAGTCTTTC-ATACGCTGTTTCA-------GC-------ACCCA-AGATTGATTGA--TAC----ACAA----A--ACTA-AGCA--AGTGATACCAACCTTT---AGAGAGT-AAT-T------AAA---TNNNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-TCAT--GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
Alignments
lowQualScore : 444444444444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 1 2 9999999999999999 2 3 33 7777777 2 777777777777 555 1 1 33 888 33 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 0 77777 2 1 7777777777 22 22 3 1 6666 1 1 11111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 8 444 444 111111111111111111 2 2 4 2 33 33 2 3 44 4 3 66666666666 1 22 66 666
lowQualScore : . . ................ . . .. ....... . ............ ... . . .. ... .. ............................................................................ . . ..... . . .......... .. .. . . .... . . .............. ................................................. . . . ... ... .................. . . . . .. .. . . .. . . ........... . .. .. ...
lowQualScore : 2 7 1111111111111111 5 6 77 3333333 7 888888888888 999 2 0 99 555 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1 44444 1 9 5555555555 66 66 8 9 7777 8 9 22222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 2 777 777 999999999999999999 5 5 6 4 44 44 9 3 66 0 7 44444444444 0 00 11 222
consensus : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA------A----AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---TA------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Reference ( family-1967 ) : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA------AT---AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---TA------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
gi|1 : AAGTCTCCC-ATATGCTGTTTCA-------TA-------ACCCA-ATGTTGATTGA--CAC----GC-A-AACTATAAGTTAA---AGT--AAGTAGTATGAA--GTT---ATAGAGTA-AA-------T--AAACNNN-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACAT-----G-CAAATATGA-CATTTTTTT--TTAT----GTT--T--TTA-CTT-TC----ATTA-ACATTTCTTTCACTAATAT--------------T--------T------------------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---TA------------------CAT-AT-TTAGATA-AA-ACCG--CTTTT--AGT-ACAT-AT--CA-TCATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TACACAGAAAGGTTC--GTATCTCGAAACCGAC
gi|10 : tgcataagtgaatgtactcagtAAGTTTCTA-GTACGCAGTCTCA-------TC-------ACCCG-AATTTGATTGATTTACATGTAC-A-AACTAC-----ATGTAAGT--AAGTGATAAGTA--TTT---AGGGAGTC-A--------T--TAA---T----T---------AT----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNTG----TTTTTTT--T-A-----GTT--T--CCA-CGT-TC----GT---A--------------ATTT--------------T--------T-----------T------TTA----GTA-T-----AGTA---TT---TG------------------T-C-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--TTTTT--AAA-TCAT-TT--A
gi|11 : gtAAGTGCTTC-ATTCGCTGTTTCA----------------GACCG-ATTATGATTGA--ATC----A--A-AGCTA------A----AGTTAAATTAATACGAA--TTTG--AGGGAGTA-AA-------T--CAA---TCACGTGATTCGTTAATATG-AC-TTATTTTGCTTG-TCGTAG----TAT-CTCAGCG-ATCATATCCCAGCTGTT-----------CA--TATGG-CATTGTTTC--T-CT----AAT--TCGTCA-CT----------------------------ATAT--------------T--------T-------------------------GTAGT-TTCCTGCA---TC---TA------------------CATAAT-CTAAA-AGAA-GCTG--CTTTT--A
gi|12 : tTATCATATCCAATATATTACTA-----G-CAAATATGACCA--GTTTT--T-AT----G-T--T--TCACCTT-TC----GTT--A--------------ACAT--------------T--------T------------------T------TTA-T-TT-CTACA---TT---TA------------------CAT-ATCTTAAATGTAA-GCTGTTTTTTT--TAT-ACATCTT--AATTCATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCA--TA-ACAGAATA-CTC--GTCACTC-AAACCGGCGTATAATtcatctt
gi|13 : AAGTATCTC-ATACGCTGTTTTA-------TA-------ACCCA-AAATTCATTG-------------------A------AT---------CGTAATATGAA--TTT---AGAGAGT--A--------T--AAA---A-AAA------------AAN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNNNG-CAT-----T--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-CC----GTGA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|14 : gcataagtaaatgtactcagtATATGA-CATTGTTTT-----T----GTT--T--CCA-CCTATTAAAAGTAA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCA-----A------TA-----GTA-T-TTTGTGTA---TT---T-------------------TAC-AT-TTACATA-----------TTTTAAAAT-ACAG-TT--CA-TTGACTT--CCTC---ACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TATACAGAAGAGCTC--TAATCTCGAAACTGGctttca
gi|15 : AATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TA----GCTG-A--------------ATAT--------------TTCTTTTGCT-----------AATATTTT------ATA-T-TTCCCACA---TT---TA------------------CGT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--CTTTT--AAT-
gi|15 : tCC--TACGCAGAAGAGCTC--GTATCTCAAAACCGGCGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctacgcagaagagctcgtatctcaaaaccggcgaattc
gi|16 : taatatgacattgtttttatgttttcactttagctgaatatttcttttgctaatattttatatttcccacatttacgtatttaaagagaaaccgcttttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAGTTTATC-ATATGCTGTTTCA-------TC--------CCAA-AAATTGATTGA--TAC----AT-A-Ac
gi|16 : tttaTCATATCCAGGATATTA-TT-----G-CAAATA-GA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcattcatatccaggatattattgcaaatagacattgtttctatgtttccactttcataaaacatc
gi|17 : tttaaagtttatcatatgctgtttcatcccaaaaattgattgatacataattgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcatAGAGAAAGCCA--CTTTT--AAC-ACAT-TT--AA-CCA--TT--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NACACTGAAGAAGTTAAATATCTTGAAACCAGCGTATTc
gi|18 : -----G-CAAAAATGA-CATTGGTTT--T-------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------AGAT--------------TGCTTTCGCT-----------A-------------ATA-T-TT--TGTA---TT---T------------------------C-TTAAAG-------CG--CTTTT--AAT-ACAG-TT--A
gi|19 : CAT---------ATACC-ACGTTATTTCG-TTGCTCGTAAGT------------GTACTATAT---------TACTT-----G-CAGATATGG-CATCGATAAAAT-AT----GTT--T--CCA-CTT-TA----GTAA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------cctaaataactcatatgta
gi|2 : AAGTTTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------GTCCG-AAATTGATTGA--TAC----AG-A-AACGA------ATTT-AGA--GAGTAACAAACA--CTT----GGAAGCCCA--------T--ACA---T-ACAT---------GTAGC-ATATTATTACG-TTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGTATCCTATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGCTTG--T-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-T--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTTCTACA---TT---TA------------------TAC-AC-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ATAT-TT--AA-TCATCTT--CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--CACACAGAAGAGCTC--GAATCTCGAAACTGGCGTATTATgaactttc
gi|20 : TACTT-----A-CAAATATGA-CATTGTTTT--C-AT----TTTAGT--TAATCAT-TC----TTTC-A--------------ACAG--------------TAC------T-----------T------T------GCA-T-TTCCTACA---TT---TA------------------CAT-CT-TAAAACAAAA-
gi|21 : AAGTCTCTCAATA-GCTGTTTCA-------TA-------ATCCG-ACATTGATTGA--TGC----AT-A-AACTA-----------AGT--AAGTAATACGAA--T
gi|22 : ataagtgaatgtactcagtAAGCCTCTT-ACACGCTGTTTCA-------TC-------ACCTG-AA-TTGATTGA--TAC----AC-A-AA--------------AG---AAGTAATAC
gi|23 : tgcatcagtgaatgttcttagtGTCTCA-------TC-------ACTCA-AATTTGATTGA--TAC----AC-A-AATTA------ACTA-AGT--GAGTA----GTA--TTTAAAAGGGAGTC-A--------T--
gi|24 : caATCCAGGGAATTACTT-----G-CAAA-ATGA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttatta
gi|25 : tcctttcAAGTTTCTT-ATATGCTGTTTCA-------TC-------ACCCA-Ac
gi|26 : ctgcataaaggaatgtactc-----G-CAAATATGA-CATTGTTTG--T--T----GTT--T--TCA-CTC-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|27 : C--TACACAGACGAGCTC--CTATCTTGAAACTGGCGTATTcttt
gi|28 : ------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--C-TTT--AATCACAT-TT--AA-TCATCTcaaatttt
gi|3 : TTTC-GTATGCAGGTTTA-------TC-------ATT-G-AATTCGATTGA--TAC----AA-A-GACTA------------GT--AAGTGAGAAGCA--TTA---AGGTAGTA-AATTATTTGT--AAG---G-A------------ATACCTACTATATCTCG-TTGCTCGTA----CTAT-AT-----TGTCATATCTAGGATTATACTC-----A-CATTTATGG---TTTTATT--T-AA----TTT--T--TC---TT-TC------TA-T--------------ATGT--------------T--------T-----------A------T-----------------------TT---TA------------------TAT-TT-TTAAATAGAA-GCCG--CTTTT--CAT-ACTC-TTGTAG-TCTTTCT--CA-CTGACATTTGATGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACATTGAAGAGCTT--TTAT
gi|4 : ttatgaatGAA--TTT---AGAGAGTA-A---------------------AT---------AAACN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT----------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCGATAATA------TTTT---GTA-T-TTCCTGCA---TT---TATATAATATCATTAAATTACAT-AT-TTAAAAAGAG-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCATCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACACAGAAGAGTTC--GCATCTTGAAACagctgctgcgttatt
gi|5 : AGTTTCTC-ATACGCTCTTTCA-------TC-------AACTG-AATTAGACTGG--TAC-----C-ATAACTA------C-----GT--AAGTAATACGCG--TGT---AGGGGATA-A--------TCAAAA---N-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACACATATGA-CATTGTTTTG-T-ATTTCAGTT--T--GTA-CAT-TC----GTAA-A--------------ACGT--------------T--------TCCTTCGCTAGCA------TTTT---GTA-T-TTTCTACA---TT---TA------------------CGT-AT-TTATAAAGAC-GTCA--CTTGT--AAT-ACAT-TT--AA-TCATTTT--agtctcaatatttt
gi|6 : agtgaatatactcgtttgaacAAGTTTTTT-GCACGCAGTTTCACTCCAATTC-------ATTCATCATTCGACTGA--T-C----AA-A-AACTA------AG---GGC--CAG------GTA--TCC---AGGGAGTA-A--------TT-AAG---T-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-CAAGAGTGA-CATTGTTTT--T-AT----ACC--T--TC--CTT-TT----GATAGA--------------ACAT--------------T--------TCTTTGG-----AT-----T------GTA-T-TT--TGCAATTCT---TA------------------CAT-AT-TT-----GAA-GCCG--CGTTC--AGT-ACAT-TT--TA-TTGTCTT--
gi|7 : atgcataagtaaatgtgctcaagAAGTCTCTC-ATACACTGTTTCA-------TTTATAATAACACG-ATATTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA------A-----------GTAATACGTA--TTT---AAAGAGTA-A--------A--TAA---T-CNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGG-TATTGTTTT--A-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----AATA-A--------------ACATCTCTTTTGCCACTAT--------T-----------T------T------GTA-T-TTCCTGCA---TA---TA------------------TAT-AT-TAAAAGAGAG-GCCA--CTTTT--AAT-
gi|8 : atgtggatgtactcagcTCTC-ATGCAATGTTTCA-------TC-------ACCTG-AAATTGAGTGA--TAC----AC-A-AACTA------A-----GT--AAGTGATACGAA--TTT---AAAAAGTA-A--------T--TAA-----ACNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----G-CAAATATGA-CATTATTTT--T------------T--TTA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------C------TTCACTAATA-TCTTATTGCA---TTACATAAA----------------CAT-AT-TTAAAAAGAA-GCCG--CTTTT--AA
gi|9 : ataagagaatgtactcagaaaaatAAGTCTTTC-ATACGCTGTTTCA-------GC-------ACCCA-AGATTGATTGA--TAC----ACAA-AACTA-----------AGC--AAGTGATACCAACCTTT---AGAGAGTA-AT-------T--AAA---TNNNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-TCAT--GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 1 2 9999999999999999 2 3 33 7777777 2 11111111111111111 1 1 33 888 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 55555 2 1 7777777777 22 22 3 1 6666 1 1 11111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 8 444 444 000000000000000000000 2 2 4 2 33 33 2 3 44 4 3 66666666666 1 22 66 666
lowQualScore : . . ................ . . .. ....... . ................. . . .. ... .. ............................................................................ . . ..... . . .......... .. .. . . .... . . .............. ................................................. . . . ... ... ..................... . . . . .. .. . . .. . . ........... . .. .. ...
lowQualScore : 2 7 1111111111111111 5 6 77 3333333 7 99999999999999999 2 0 99 555 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1 33333 1 9 5555555555 66 66 8 9 7777 8 9 22222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 2 777 777 666666666666666666666 5 5 6 4 44 44 9 3 66 0 7 44444444444 0 00 11 222
consensus : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A---AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Reference ( family-1967 ) : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A---AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
gi|1 : AAGTCTCCC-ATATGCTGTTTCA-------TA-------ACCCA-ATGTTGATTGA--CAC----GC-A-AACTATAAGTTAA---AGT--AAGTAGTATGAA--GTT---ATAGAGTA-AA-------T--AAACNNN-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACAT-----G-CAAATATGA-CATTTTTTT--TTAT----GTT--T--TTA-CTT-TC----ATTA-ACATTTCTTTCACTAATAT--------------T--------T------------------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAGATA-AA-ACCG--CTTTT--AGT-ACAT-AT--CA-TCATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TACACAGAAAGGTTC--GTATCTCGAAACCGAC
gi|10 : tgcataagtgaatgtactcagtAAGTTTCTA-GTACGCAGTCTCA-------TC-------ACCCG-AATTTGATTGATTTACATGTAC-A-AACTACATGT--A---AGT--AAGTGATAAGTA--TTT---AGGGAGTC-A--------T--TAA---T----T---------AT----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNTG----TTTTTTT--T-A-----GTT--T--CCA-CGT-TC----GT---A--------------ATTT--------------T--------T-----------T------TTA----GTA-T-----AGTA---TT---T--G------------------T-C-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--TTTTT--AAA-TCAT-TT--A
gi|11 : gtAAGTGCTTC-ATTCGCTGTTTCA----------------GACCG-ATTATGATTGA--ATC----A--A-AGCTA-------A---AGTTAAATTAATACGAA--TTTG--AGGGAGTA-AA-------T--CAA---TCACGTGATTCGTTAATATG-AC-TTATTTTGCTTG-TCGTAG----TAT-CTCAGCG-ATCATATCCCAGCTGTT-----------CA--TATGG-CATTGTTTC--T-CT----AAT--TCGTCA-CT----------------------------ATAT--------------T--------T-------------------------GTAGT-TTCCTGCA---TC---T--A------------------CATAAT-CTAAA-AGAA-GCTG--CTTTT--A
gi|12 : tTATCATATCCAATATATTACTA-----G-CAAATATGACCA--GTTTT--T-AT----G-T--T--TCACCTT-TC----GTT--A--------------ACAT--------------T--------T------------------T------TTA-T-TT-CTACA---TT---T--A------------------CAT-ATCTTAAATGTAA-GCTGTTTTTTT--TAT-ACATCTT--AATTCATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCA--TA-ACAGAATA-CTC--GTCACTC-AAACCGGCGTATAATtcatctt
gi|13 : AAGTATCTC-ATACGCTGTTTTA-------TA-------ACCCA-AAATTCATTG-------------A-ATC--------------------GTAATATGAA--TTT---AGAGAGT--A--------T--AAA---A-AAA------------AAN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNNNG-CAT-----T--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-CC----GTGA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|14 : gcataagtaaatgtactcagtATATGA-CATTGTTTT-----T----GTT--T--CCA-CCTATTAAAAGTAA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCA-----A------TA-----GTA-T-TTTGTGTA---TT---T---------------------TAC-AT-TTACATA-----------TTTTAAAAT-ACAG-TT--CA-TTGACTT--CCTC---ACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TATACAGAAGAGCTC--TAATCTCGAAACTGGctttca
gi|15 : AATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TA----GCTG-A--------------ATAT--------------TTCTTTTGCT-----------AATATTTT------ATA-T-TTCCCACA---TT---T--A------------------CGT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--CTTTT--AAT-
gi|15 : tCC--TACGCAGAAGAGCTC--GTATCTCAAAACCGGCGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctacgcagaagagctcgtatctcaaaaccggcgaattc
gi|16 : taatatgacattgtttttatgttttcactttagctgaatatttcttttgctaatattttatatttcccacatttacgtatttaaagagaaaccgcttttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAGTTTATC-ATATGCTGTTTCA-------TC--------CCAA-AAATTGATTGA--TAC----AT-A-Ac
gi|16 : tttaTCATATCCAGGATATTA-TT-----G-CAAATA-GA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcattcatatccaggatattattgcaaatagacattgtttctatgtttccactttcataaaacatc
gi|17 : tttaaagtttatcatatgctgtttcatcccaaaaattgattgatacataattgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcatAGAGAAAGCCA--CTTTT--AAC-ACAT-TT--AA-CCA--TT--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NACACTGAAGAAGTTAAATATCTTGAAACCAGCGTATTc
gi|18 : -----G-CAAAAATGA-CATTGGTTT--T-------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------AGAT--------------TGCTTTCGCT-----------A-------------ATA-T-TT--TGTA---TT---T--------------------------C-TTAAAG-------CG--CTTTT--AAT-ACAG-TT--A
gi|19 : CAT---------ATACC-ACGTTATTTCG-TTGCTCGTAAGT------------GTACTATAT---------TACTT-----G-CAGATATGG-CATCGATAAAAT-AT----GTT--T--CCA-CTT-TA----GTAA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------cctaaataactcatatgta
gi|2 : AAGTTTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------GTCCG-AAATTGATTGA--TAC----AG-A-AACGA-------ATTTAGA--GAGTAACAAACA--CTT----GGAAGCCCA--------T--ACA---T-ACAT---------GTAGC-ATATTATTACG-TTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGTATCCTATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGCTTG--T-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-T--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTTCTACA---TT---T--A------------------TAC-AC-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ATAT-TT--AA-TCATCTT--CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--CACACAGAAGAGCTC--GAATCTCGAAACTGGCGTATTATgaactttc
gi|20 : TACTT-----A-CAAATATGA-CATTGTTTT--C-AT----TTTAGT--TAATCAT-TC----TTTC-A--------------ACAG--------------TAC------T-----------T------T------GCA-T-TTCCTACA---TT---T--A------------------CAT-CT-TAAAACAAAA-
gi|21 : AAGTCTCTCAATA-GCTGTTTCA-------TA-------ATCCG-ACATTGATTGA--TGC----AT-A-AACT--------A---AGT--AAGTAATACGAA--T
gi|22 : ataagtgaatgtactcagtAAGCCTCTT-ACACGCTGTTTCA-------TC-------ACCTG-AA-TTGATTGA--TAC----AC-A-----A-------A---AG---AAGTAATAC
gi|23 : tgcatcagtgaatgttcttagtGTCTCA-------TC-------ACTCA-AATTTGATTGA--TAC----AC-A-AATTAACT----A---AGT--GAGTA----GTA--TTTAAAAGGGAGTC-A--------T--
gi|24 : caATCCAGGGAATTACTT-----G-CAAA-ATGA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttatta
gi|25 : tcctttcAAGTTTCTT-ATATGCTGTTTCA-------TC-------ACCCA-Ac
gi|26 : ctgcataaaggaatgtactc-----G-CAAATATGA-CATTGTTTG--T--T----GTT--T--TCA-CTC-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|27 : C--TACACAGACGAGCTC--CTATCTTGAAACTGGCGTATTcttt
gi|28 : ------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--C-TTT--AATCACAT-TT--AA-TCATCTcaaatttt
gi|3 : TTTC-GTATGCAGGTTTA-------TC-------ATT-G-AATTCGATTGA--TAC----AA-A-GACTA------------GT--AAGTGAGAAGCA--TTA---AGGTAGTA-AATTATTTGT--AAG---G-A------------ATACCTACTATATCTCG-TTGCTCGTA----CTAT-AT-----TGTCATATCTAGGATTATACTC-----A-CATTTATGG---TTTTATT--T-AA----TTT--T--TC---TT-TC------TA-T--------------ATGT--------------T--------T-----------A------T-----------------------TT---T--A------------------TAT-TT-TTAAATAGAA-GCCG--CTTTT--CAT-ACTC-TTGTAG-TCTTTCT--CA-CTGACATTTGATGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACATTGAAGAGCTT--TTAT
gi|4 : ttatgaatGAA--TTT---AGAGAGTA-A---------------------AT---------AAACN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT----------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCGATAATA------TTTT---GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--ATATAATATCATTAAATTACAT-AT-TTAAAAAGAG-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCATCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACACAGAAGAGTTC--GCATCTTGAAACagctgctgcgttatt
gi|5 : AGTTTCTC-ATACGCTCTTTCA-------TC-------AACTG-AATTAGACTGG--TAC-----C-ATAACTA-------C----GT--AAGTAATACGCG--TGT---AGGGGATA-A--------TCAAAA---N-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACACATATGA-CATTGTTTTG-T-ATTTCAGTT--T--GTA-CAT-TC----GTAA-A--------------ACGT--------------T--------TCCTTCGCTAGCA------TTTT---GTA-T-TTTCTACA---TT---T--A------------------CGT-AT-TTATAAAGAC-GTCA--CTTGT--AAT-ACAT-TT--AA-TCATTTT--agtctcaatatttt
gi|6 : agtgaatatactcgtttgaacAAGTTTTTT-GCACGCAGTTTCACTCCAATTC-------ATTCATCATTCGACTGA--T-C----AA-A-AACTA-------A---GG-----GC--CAGGTA--TCC---AGGGAGTA-A--------TT-AAG---T-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-CAAGAGTGA-CATTGTTTT--T-AT----ACC--T--TC--CTT-TT----GATAGA--------------ACAT--------------T--------TCTTTGG-----AT-----T------GTA-T-TT--TGCAATTCT---T--A------------------CAT-AT-TT-----GAA-GCCG--CGTTC--AGT-ACAT-TT--TA-TTGTCTT--
gi|7 : atgcataagtaaatgtgctcaagAAGTCTCTC-ATACACTGTTTCA-------TTTATAATAACACG-ATATTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A----------GTAATACGTA--TTT---AAAGAGTA-A--------A--TAA---T-CNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGG-TATTGTTTT--A-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----AATA-A--------------ACATCTCTTTTGCCACTAT--------T-----------T------T------GTA-T-TTCCTGCA---TA---T--A------------------TAT-AT-TAAAAGAGAG-GCCA--CTTTT--AAT-
gi|8 : atgtggatgtactcagcTCTC-ATGCAATGTTTCA-------TC-------ACCTG-AAATTGAGTGA--TAC----AC-A-AACT--------A---AGT--AAGTGATACGAA--TTT---AAAAAGTA-AT-------T--AAA---C--NNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGA-CATTATTT------------TT--T--TTA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------C------TTCACTAATA-TCTTATTGCA---TTACATAAA------------------CAT-AT-TTAAAAAGAA-GCCG--CTTTT--AA
gi|9 : ataagagaatgtactcagaaaaatAAGTCTTTC-ATACGCTGTTTCA-------GC-------ACCCA-AGATTGATTGA--TAC----ACAA-AACT--------A---AGC--AAGTGATACCAACCTTT---AGAGAGTA-AT-------T--AAA---TNNNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-TCAT--GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222222 11111111111
lowQualScore : 1 2 9999999999999999 2 3 33 7777777 2 11111111111111111 1 1 33 888 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 55555 2 1 7777777777 22 22 3 1 6666 1 1 11111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888 2 2 8 444 444 000000000000000000000 2 2 4 2 33 33 2 3 44 4 3 66666666666 1 22 66 666
lowQualScore : . . ................ . . .. ....... . ................. . . .. ... .. ............................................................................ . . ..... . . .......... .. .. . . .... . . .............. ................................................. . . . ... ... ..................... . . . . .. .. . . .. . . ........... . .. .. ...
lowQualScore : 2 7 1111111111111111 5 6 77 3333333 7 99999999999999999 2 0 99 555 44 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 1 33333 1 9 5555555555 66 66 8 9 7777 8 9 22222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 7 2 777 777 666666666666666666666 5 5 6 4 44 44 9 3 66 0 7 44444444444 0 00 11 222
consensus : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A---AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Reference ( family-1967 ) : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A---AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
gi|1 : AAGTCTCCC-ATATGCTGTTTCA-------TA-------ACCCA-ATGTTGATTGA--CAC----GC-A-AACTATAAGTTAA---AGT--AAGTAGTATGAA--GTT---ATAGAGTA-AA-------T--AAACNNN-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACAT-----G-CAAATATGA-CATTTTTTT--TTAT----GTT--T--TTA-CTT-TC----ATTA-ACATTTCTTTCACTAATAT--------------T--------T------------------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAGATA-AA-ACCG--CTTTT--AGT-ACAT-AT--CA-TCATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TACACAGAAAGGTTC--GTATCTCGAAACCGAC
gi|10 : tgcataagtgaatgtactcagtAAGTTTCTA-GTACGCAGTCTCA-------TC-------ACCCG-AATTTGATTGATTTACATGTAC-A-AACTACATGT--A---AGT--AAGTGATAAGTA--TTT---AGGGAGTC-A--------T--TAA---T----T---------AT----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNTG----TTTTTTT--T-A-----GTT--T--CCA-CGT-TC----GT---A--------------ATTT--------------T--------T-----------T------TTA----GTA-T-----AGTA---TT---T--G------------------T-C-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--TTTTT--AAA-TCAT-TT--A
gi|11 : gtAAGTGCTTC-ATTCGCTGTTTCA----------------GACCG-ATTATGATTGA--ATC----A--A-AGCTA-------A---AGTTAAATTAATACGAA--TTTG--AGGGAGTA-AA-------T--CAA---TCACGTGATTCGTTAATATG-AC-TTATTTTGCTTG-TCGTAG----TAT-CTCAGCG-ATCATATCCCAGCTGTT-----------CA--TATGG-CATTGTTTC--T-CT----AAT--TCGTCA-CT----------------------------ATAT--------------T--------T-------------------------GTAGT-TTCCTGCA---TC---T--A------------------CATAAT-CTAAA-AGAA-GCTG--CTTTT--A
gi|12 : tTATCATATCCAATATATTACTA-----G-CAAATATGACCA--GTTTT--T-AT----G-T--T--TCACCTT-TC----GTT--A--------------ACAT--------------T--------T------------------T------TTA-T-TT-CTACA---TT---T--A------------------CAT-ATCTTAAATGTAA-GCTGTTTTTTT--TAT-ACATCTT--AATTCATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCA--TA-ACAGAATA-CTC--GTCACTC-AAACCGGCGTATAATtcatctt
gi|13 : AAGTATCTC-ATACGCTGTTTTA-------TA-------ACCCA-AAATTCATTG-------------A-ATC--------------------GTAATATGAA--TTT---AGAGAGT--A--------T--AAA---A-AAA------------AAN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNNNG-CAT-----T--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-CC----GTGA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|14 : gcataagtaaatgtactcagtATATGA-CATTGTTTT-----T----GTT--T--CCA-CCTATTAAAAGTAA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCA-----A------TA-----GTA-T-TTTGTGTA---TT---T---------------------TAC-AT-TTACATA-----------TTTTAAAAT-ACAG-TT--CA-TTGACTT--CCTC---ACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TATACAGAAGAGCTC--TAATCTCGAAACTGGctttca
gi|15 : AATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TA----GCTG-A--------------ATAT--------------TTCTTTTGCT-----------AATATTTT------ATA-T-TTCCCACA---TT---T--A------------------CGT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--CTTTT--AAT-
gi|15 : tCC--TACGCAGAAGAGCTC--GTATCTCAAAACCGGCGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctacgcagaagagctcgtatctcaaaaccggcgaattc
gi|16 : taatatgacattgtttttatgttttcactttagctgaatatttcttttgctaatattttatatttcccacatttacgtatttaaagagaaaccgcttttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAGTTTATC-ATATGCTGTTTCA-------TC--------CCAA-AAATTGATTGA--TAC----AT-A-Ac
gi|16 : tttaTCATATCCAGGATATTA-TT-----G-CAAATA-GA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcattcatatccaggatattattgcaaatagacattgtttctatgtttccactttcataaaacatc
gi|17 : tttaaagtttatcatatgctgtttcatcccaaaaattgattgatacataattgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcatAGAGAAAGCCA--CTTTT--AAC-ACAT-TT--AA-CCA--TT--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NACACTGAAGAAGTTAAATATCTTGAAACCAGCGTATTc
gi|18 : -----G-CAAAAATGA-CATTGGTTT--T-------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------AGAT--------------TGCTTTCGCT-----------A-------------ATA-T-TT--TGTA---TT---T--------------------------C-TTAAAG-------CG--CTTTT--AAT-ACAG-TT--A
gi|19 : CAT---------ATACC-ACGTTATTTCG-TTGCTCGTAAGT------------GTACTATAT---------TACTT-----G-CAGATATGG-CATCGATAAAAT-AT----GTT--T--CCA-CTT-TA----GTAA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------cctaaataactcatatgta
gi|2 : AAGTTTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------GTCCG-AAATTGATTGA--TAC----AG-A-AACGA-------ATTTAGA--GAGTAACAAACA--CTT----GGAAGCCCA--------T--ACA---T-ACAT---------GTAGC-ATATTATTACG-TTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGTATCCTATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGCTTG--T-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-T--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTTCTACA---TT---T--A------------------TAC-AC-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ATAT-TT--AA-TCATCTT--CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--CACACAGAAGAGCTC--GAATCTCGAAACTGGCGTATTATgaactttc
gi|20 : TACTT-----A-CAAATATGA-CATTGTTTT--C-AT----TTTAGT--TAATCAT-TC----TTTC-A--------------ACAG--------------TAC------T-----------T------T------GCA-T-TTCCTACA---TT---T--A------------------CAT-CT-TAAAACAAAA-
gi|21 : AAGTCTCTCAATA-GCTGTTTCA-------TA-------ATCCG-ACATTGATTGA--TGC----AT-A-AACT--------A---AGT--AAGTAATACGAA--T
gi|22 : ataagtgaatgtactcagtAAGCCTCTT-ACACGCTGTTTCA-------TC-------ACCTG-AA-TTGATTGA--TAC----AC-A-----A-------A---AG---AAGTAATAC
gi|23 : tgcatcagtgaatgttcttagtGTCTCA-------TC-------ACTCA-AATTTGATTGA--TAC----AC-A-AATTAACT----A---AGT--GAGTA----GTA--TTTAAAAGGGAGTC-A--------T--
gi|24 : caATCCAGGGAATTACTT-----G-CAAA-ATGA-CATTGTTTC--T-AT----GTT--T--CCA-CTT-TC----ATAA-A--------------ACAT--------------ttatta
gi|25 : tcctttcAAGTTTCTT-ATATGCTGTTTCA-------TC-------ACCCA-Ac
gi|26 : ctgcataaaggaatgtactc-----G-CAAATATGA-CATTGTTTG--T--T----GTT--T--TCA-CTC-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
gi|27 : C--TACACAGACGAGCTC--CTATCTTGAAACTGGCGTATTcttt
gi|28 : ------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--C-TTT--AATCACAT-TT--AA-TCATCTcaaatttt
gi|3 : TTTC-GTATGCAGGTTTA-------TC-------ATT-G-AATTCGATTGA--TAC----AA-A-GACTA------------GT--AAGTGAGAAGCA--TTA---AGGTAGTA-AATTATTTGT--AAG---G-A------------ATACCTACTATATCTCG-TTGCTCGTA----CTAT-AT-----TGTCATATCTAGGATTATACTC-----A-CATTTATGG---TTTTATT--T-AA----TTT--T--TC---TT-TC------TA-T--------------ATGT--------------T--------T-----------A------T-----------------------TT---T--A------------------TAT-TT-TTAAATAGAA-GCCG--CTTTT--CAT-ACTC-TTGTAG-TCTTTCT--CA-CTGACATTTGATGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACATTGAAGAGCTT--TTAT
gi|4 : ttatgaatGAA--TTT---AGAGAGTA-A---------------------AT---------AAACN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT----------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------TCTTTCGATAATA------TTTT---GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--ATATAATATCATTAAATTACAT-AT-TTAAAAAGAG-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCATCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACACAGAAGAGTTC--GCATCTTGAAACagctgctgcgttatt
gi|5 : AGTTTCTC-ATACGCTCTTTCA-------TC-------AACTG-AATTAGACTGG--TAC-----C-ATAACTA-------C----GT--AAGTAATACGCG--TGT---AGGGGATA-A--------TCAAAA---N-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACACATATGA-CATTGTTTTG-T-ATTTCAGTT--T--GTA-CAT-TC----GTAA-A--------------ACGT--------------T--------TCCTTCGCTAGCA------TTTT---GTA-T-TTTCTACA---TT---T--A------------------CGT-AT-TTATAAAGAC-GTCA--CTTGT--AAT-ACAT-TT--AA-TCATTTT--agtctcaatatttt
gi|6 : agtgaatatactcgtttgaacAAGTTTTTT-GCACGCAGTTTCACTCCAATTC-------ATTCATCATTCGACTGA--T-C----AA-A-AACTA-------A---GG-----GC--CAGGTA--TCC---AGGGAGTA-A--------TT-AAG---T-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-CAAGAGTGA-CATTGTTTT--T-AT----ACC--T--TC--CTT-TT----GATAGA--------------ACAT--------------T--------TCTTTGG-----AT-----T------GTA-T-TT--TGCAATTCT---T--A------------------CAT-AT-TT-----GAA-GCCG--CGTTC--AGT-ACAT-TT--TA-TTGTCTT--
gi|7 : atgcataagtaaatgtgctcaagAAGTCTCTC-ATACACTGTTTCA-------TTTATAATAACACG-ATATTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A----------GTAATACGTA--TTT---AAAGAGTA-A--------A--TAA---T-CNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGG-TATTGTTTT--A-AT----ATT--T--TCA-CTT-TC----AATA-A--------------ACATCTCTTTTGCCACTAT--------T-----------T------T------GTA-T-TTCCTGCA---TA---T--A------------------TAT-AT-TAAAAGAGAG-GCCA--CTTTT--AAT-
gi|8 : atgtggatgtactcagcTCTC-ATGCAATGTTTCA-------TC-------ACCTG-AAATTGAGTGA--TAC----AC-A-AACT--------A---AGT--AAGTGATACGAA--TTT---AAAAAGTA-AT-------T--AAA---C--NNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGA-CATTATTT------------TT--T--TTA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------C------TTCACTAATA-TCTTATTGCA---TTACATAAA------------------CAT-AT-TTAAAAAGAA-GCCG--CTTTT--AA
gi|9 : ataagagaatgtactcagaaaaatAAGTCTTTC-ATACGCTGTTTCA-------GC-------ACCCA-AGATTGATTGA--TAC----ACAA-AACT--------A---AGC--AAGTGATACCAACCTTT---AGAGAGTA-AT-------T--AAA---TNNNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCT-CTT-TCAT--GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------
blockSeqs : T A CTCCAATTC T T TT ATGTAC T ACATGTAAGT A T CC AAA CC ATCAATCACGTGATTCGTTAATATGACTTATTTTGCTTGTCGTAGTATCTCAGCG NNNNN A C GTATTTCA AG CG C A AAAA T G . TTCTTTTGCTAATATTTT G C C ATT ACA ATATAATATCATTAAATTA A C G A TT AA C C GT T A NNNNNNNNN N NN CA AAA
blockSeqs : G . TTTATAATA . T . ACA . AATTTAGA C A . G C TCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . AATAT . . T . AT G . . TTCTTTCGATAATATTTT . . T . . AAA . . T . . . . . . . G TNNNNNNNN A TT . G
blockSeqs : A . TC . A . AT . AACTAAGT T A . . A TTAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TCT . . . . . A . . TTCCTTCGCTAGCATTTT . . C . . G . . T . . . . . . . A CANNNNNNN N NN . T
blockSeqs : T . TA . A . AG . AAAGTTA A C . . C TACATACATGTAGCATATTATTACGTTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGT . . . TAT . . . . . T . . CTCTTTTGCCACTATTTT . . T . . A . . G . . . . . . . A NNNNNNNNN N NN . G
blockSeqs : T . TC . A . AT . AAGT C A . . A TTAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TAT . . . . . A . . TTCTTTCAATA . . C . . A . . G . . . . . . . A CACTGACA T GA . G
blockSeqs : C . TC . A . AC . AAAG C T . . A ATAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TAT . . . . . T . . TGCTTTCGCTA . . C . . A . . G . . . . . . . T CCTCAC N NN . C
blockSeqs : C . TA . T . AC . ACGT A C . . A TTAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TAT . . . . . A . . TTCTTTGGATT . . T . . A . . G . . . . . . . A . T
blockSeqs : T . TC . T . AA . AAGG C A . . A TAAAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TAT . . . . . T . . TTCTTCACTA . . C . . A . . C . . . . . . . A . G
blockSeqs : T . TC . T . AA . AAGT G C . . A ATTATTTGTAAGGAATACCTACTATATCTCGTTGCTCGTACTATATT . . . CAT . . . . . T . . TTTTTA . . A . . A . . G . . . . . . . G
blockSeqs : T . TC . T . AC . AAGC C T . . A TTAATTATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TAT . . . . . A . . TACTTT . . . . . A . . T . . . . . .
blockSeqs : C . TC . A . AC . AGT C T . . A ATAAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . TAA . . . . . T . . TTAT . . . . . A . . A . . . . . .
blockSeqs : C . TC . A . A . AA C A . . . . . . TAT . . . . . T . . TTAT . . . . . A . . A . . . .
blockSeqs : . TC . A . C . . . A . . . . AAT . . . . . T . . TTT . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . GC . . . . . . . . TAT . . . . . A . . TT . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TT . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AAGT************* TAT******* ************** TTCTTTGAATTTT************************************ CANNNNNNN**
originalCons : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTA-------A---AGT--AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTT--T-AT----GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACAT--------------T--------T-----------A------T------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTT--CATCTGANNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
finalCons : AAGTCTCTC-ATACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AACTAAGT-------------AAGTAATACGNA--TTT---AGGGAGTA-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTTTTTAT-------GTT--T--TCA-CTT-TC----GTTA-A--------------ACATTTCTTTGAATTTT------------------------------------GTA-T-TTCCTGCA---TT---T--A------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTT--AAT-ACAT-TT--AA-TCGTCTTCANNNNNNN--TNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 666666666666666666666666666 111111111111111111 22222222222
lowQualScore : 1 2 9999999999999999 2 3 33 7777777 2 44444444444444444444444444444 33 5 1 33 777 555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 77777 2 1 22 1 0000000 1 22 1 6666 1 1 666666666666666666666666666 88888 2 2 22 2 444 888888888888888888 2 2 6 2 33 2 3 44 4 3 33333333333 1 22 66 666
lowQualScore : . . ................ . . .. ....... . ............................. .. . . .. ... ... ............................................................................ . . ..... . . .. . ....... . .. . .... . . ........................... ..... . . .. . ... .................. . . . . .. . . .. . . ........... . .. .. ...
lowQualScore : 2 7 1111111111111111 5 6 77 3333333 7 99999999999999999999999999999 55 5 9 77 999 444 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 1 44444 1 9 66 9 0000000 9 66 9 7777 8 9 444444444444444444444444444 88888 5 5 88 7 444 444444444444444444 5 5 1 4 44 9 3 66 0 7 44444444444 0 00 11 222
consensus : AAGTCTCTCA-TACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AAC------T-A--------AGT----A----AGT-AATACGNA--TTT---AGGGAGT-A-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTT--TT-T-AT----GTTTTCA-CT--T-TC----GTTA-AACATTTCT-----------TT-----N--A-----AT-----TTTGTA-T-TTC-CTGCA---TTTA------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAAT-ACAT-T--TAA-TCGTCTT--CANCCNNNNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
Reference ( family-1967 ) : AAGTCTCTCA-TACGCTGTTTCA-------TC-------ACCCG-AANTTGATTGA--TAC----AC-A-AAC------T-A--------AGT----A----AGT-AATACGNA--TTT---AGGGAGT-A-A--------T--AAA---T-ACAT---------ATACC-ACNTTATTTCG-TTGCTCGTAGGTACNAT-CNCAGCGTATCATATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGTT--TT-T-AT----GTTTTCA-CT--T-TC----GTTA-AACATTTCT-----------TT-----G--A-----AT-----TTTGTA-T-TTC-CTGCA---TTTA------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAAT-ACAT-T--TAA-TCGTCTT--CANNNNNNNTNTNNTGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACACAGAAGAGCTC--GTATCTCGAAACCGGCGTATTAT
gi|1 : AAGTCTCCCA-TATGCTGTTTCA-------TA-------ACCCA-ATGTTGATTGA--CAC----GC-A-AAC------T-ATAAGTTAAAGT----A----AGT-AGTATGAA--GTT---ATAGAGT-A-AA-------T--AAACNNN-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTACAT-----G-CAAATATGA-CATTTTT--TT-TTAT----GTTTTTA-CT--T-TC----ATTA-A-CATTTCT-----------TT-----C--ACTAATAT-----TTTGTA-T-TTC-CTGCA---TTTA------------------CAT-AT-TTAGATA-AA-ACCG--CTTTTAGT-ACAT-A--TCA-TCATCTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TACACAGAAAGGTTC--GTATCTCGAAACCGAC
gi|10 : tgcataagtgaatgtactcagtAAGTTTCTAG-TACGCAGTCTCA-------TC-------ACCCG-AATTTGATTGATTTACATGTAC-A-AACTACATGT-A--------AGT----A----AGT-GATAAGTA--TTT---AGGGAGT-C-A--------T--TAA---T----T---------AT----NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNTG----TTTTT--TT-T-A-----GTTTCCA-CG--T-TC----G-TA----ATTTTT-----------TT-----T--A-----GT-----ATAGTA-T-T----TGT----------------------------C-AT-TTAAAGAGAA-GCCG--TTTTTAAA-TCAT-T--TA
gi|11 : gtAAGTGCTTCA-TTCGCTGTTTCA----------------GACCG-ATTATGATTGA--ATC----A--A-AGC------TAA--------AGTTA--A----ATT-AATACGAA--TTTG--AGGGAGTAA-A--------T--CAA---TCACGTGATTCGTTAATATG-AC-TTATTTTGCTTG-TCGTAG----TAT-CTCAGCG-ATCATATCCCAGCTGTT-C------------ATATGG-CATTGTT--TC-T---------------CTAAT-TC----GT-----CACT------------------------------ATA----TTTGTAGT-TTC-CTGCA---TCTA------------------CATAAT-CTAAA-AGAA-GCTG--CTTTTA
gi|12 : tTATCATATCCAATATATTACTA-----G-CAAATATGACCA--GTT--TT-T-AT----G-TTTCACCT--T-TC----GTT--AACATTTTT-----------T---------------AT-----TT-----------CTACA---TTTA------------------CAT-ATCTTAAATGTAA-GCTGTTTTTTTTAT-ACATCT--TAATTCATC----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCA--TA-ACAGAATA-CTC--GTCACTC-AAACCGGCGTATAATtcatctt
gi|13 : AAGTATCTCA-TACGCTGTTTTA-------TA-------ACCCA-AAATTCATTG-------------A-ATC------------------------------GT-AATATGAA--TTT---AGAGAGT---A--------T--AAA---A-AAA------------AAN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----N-NNNNNNNNG-CAT-------T-T-AT----GTTTTCT-CT--T-CC----GTGA-AACATTTCT-----------TT-----
gi|14 : gcataagtaaatgtactcagtATATGA-CATTGTT--TT-T-------GTTTCCA-CC--TATTAAAAGTAA-AACATTTCT-----------TT-----C--A-----ATAGTATTTTGTG-T-ATT-TTACA---TTTA------------------CAT-AT-TTTAA-----------------AAT-ACAG-T--TCA-TTGACTT--C---CTCACTATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--TATACAGAAGAGCTC--TAATCTCGAAACTGGca
gi|15 : AATATGA-CATTGTT--TT-T-AT----GTTTTCA-CT--T-TA----GCTG-AATATTTCT-----------TTTGCT-A--AT----AT-----TTTATA-T-TTC-CCACA---TTTA------------------CGT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--CTTTTAAT-
gi|15 : tCC--TACGCAGAAGAGCTC--GTATCTCAAAACCGGCGAATTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctacgcagaagagctcgtatctcaaaaccggcgaattc
gi|16 : taatatgacattgtttttatgttttcactttagctgaatatttcttttgctaatattttatatttcccacatttacgtatttaaagagaaaccgcttttaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcAAGTTTATCA-TATGCTGTTTCA-------TC--------CCAA-AAATTGATTGA--TAC----AT---AAT------T-G--------GGT----ATTTGAAT-GATA-------TT---AAGAAGT-A-G--------T--c
gi|16 : tttaTCATATCCAGGATATTA-TT-----G-CAAATA-GA-CATTGTT--TC-T-AT----GTTTCCA-CT--T-TC----ATAA-AACATtttatggcattcatatccaggatattattgcaaatagacattgtttctatgtttccactttcataaaacatc
gi|17 : tttaaagtttatcatatgctgtttcatcccaaaaattgattgatacataattgggtatttgaatgatattaagaagtagttttatggcatAGAGAAAGCCA--CTTTTAAC-ACAT-T--TAA-CCA--TT--TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NACACTGAAGAAGTTAAATATCTTGAAACCAGCGTATTc
gi|18 : -----G-CAAAAATGA-CATTGGT--TT-T-------GTTTTCA-CT--T-TC----GTTA-AAGATTGCT-----------TTCGCT-A--AT----AT-----TTTGTA-T-TTC--------------------------------------TTAAAG-------CG--CTTTTAAT-ACAG-T--TA
gi|19 : CAT---------ATACC-ACGTTATTTCG-TTGCTCGTAAGT------------GTACTATAT---------TACTT-----G-CAGATATGG-CATCGATAAAA-T-AT----GTTTCCA-CT--T-TA----GTAA-AACATTTcctaaataactcatatgta
gi|2 : AAGTTTCTCA-TACGCTGTTTCA-------TC-------GTCCG-AAATTGATTGA--TAC----AG-A-AAC------G-A--------ATTTAGAG----AGT-AACAAACA--CTT----GGAAGC-CCA--------T--ACA---T-ACAT---------GTAGC-ATATTATTACG-TTGGTCGTAGGTACGATGCACAATGTATCCTATCCAGGATATTACTT-----G-CAAATATGA-CATTGCT--TG-T-AT----ATTTTCA-CT--T-TC----GTTA-TACATTT-----------------------------AT--------GTA-T-TTT-CTACA---TTTA------------------TAC-AC-TTAAAGAGAA-GCCG--CTTTTAAT-ATAT-T--TAA-TCATCTT--CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC--CACACAGAAGAGCTC--GAATCTCGAAACTGGCGTATTATagaactttc
gi|20 : TACTT-----A-CAAATATGA-CAT------------T----GTTTTCA-TT--T-TA----GTTA-ATCATTCTT-----------TC-----A--ACAGT-AC-----TTTGCA-T-TTC-CTACA---TTTA------------------CAT-CT-TAAAACAAAA-
gi|21 : AAGTCTCTCAATA-GCTGTTTCA-------TA-------ATCCG-ACATTGATTGA--TGC----AT-A-AAC------T-A--------AGT----A----AGT-AATACGAA--T
gi|22 : ataagtgaatgtactcagtAAGCCTCTTA-CACGCTGTTTCA-------TC-------ACCTG-AA-TTGATTGA--TAC----AC-A-A----------A--------AG-----A----AGT-AATAC
gi|23 : tgcatcagtgaatgttcttagtGTCTCA-------TC-------ACTCA-AATTTGATTGA--TAC----AC-A-AAT------T-A--------ACT----A----AGTGAGTA-GTA--TTTAAAAGGGAGT-C-A--------T--
gi|24 : caATCCAGGGAATTACTT-----G-CAAA-ATGA-CATTGTT--TC-T-AT----GTTTCCA-CT--T-TC----ATAA-AACATttatta
gi|25 : tcctttcAAGTTTCTTA-TATGCTGTTTCA-------TC-------ACCCA-Ac
gi|26 : ctgcataaaggaatgtactc-----G-CAAATATGA-CATTGTT--TG-T--T----GTTTTCA-CT--C-TC----GTTA-AACATTTCT-----------TT-----
gi|27 : C--TACACAGACGAGCTC--CTATCTTGAAACTGGCGTATT
gi|28 : ------------------CAT-AT-TTAAAGAGAA-ACCG--C-TTTAATCACAT-T--TAA-TCATCTcaaatttt
gi|3 : TTTCG-TATGCAGGTTTA-------TC-------ATT-G-AATTCGATTGA--TAC----AA-A-GAC------T----------AGT----A----AGT-GAGAAGCA--TTA---AGGTAGT-A-AATTATTTGT--AAG---G-A------------ATACCTACTATATCTCG-TTGCTC----GTACTAT-AT-----TGTCATATCTAGGATTATACTC-----A-CA-----------------TT-T-AT----GGTTTTA-TT--T------------AATTTTTCT----------------------------T-----TCTATA-TGTTT-AT------TTTA------------------TAT-TT-TTAAATAGAA-GCCG--CTTTTCAT-ACTC-TTGTAG-TCTTTCT--CA-CTGACATTTGATGTACTCTTAGCACTTGGGCTTTCAGAGTATGTACTTAATGAACCTCC--TACATTGAAGAGCTT--TTAT
gi|4 : ttatgaatGAA--TTT---AGAGAGT-A-A---------------------AT---------AAACN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTT-----G-CAAATATGA-CATTGTT--TT---------GTTTTCA-CT--T-TC----GTTA-AACATTTCT-----------TTC----G--ATAAT-AT-----TTTGTA-T-TTC-CTGCA---TTTATATAATATCATTAAATTACAT-AT-TTAAAAAGAG-GCCG--CTTTTAAT-ACAT-T--TAA-TCATCTT--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACACAGAAGAGTTC--GCATCTTGAAACagctgctgcgttatt
gi|5 : AGTTTCTCA-TACGCTCTTTCA-------TC-------AACTG-AATTAGACTGG--TAC-----C-ATAAC------T-A--------CGT----A----AGT-AATACGCG--TGT---AGGGGAT-A-A--------TCAAAA---N-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACACATATGA-CATTGTT--TTGT-ATTTCAGTTTGTA-CA--T-TC----GTAA-AACGTTTCC-----------TTCGCTAG--C-----AT-----TTTGTA-T-TTT-CTACA---TTTA------------------CGT-AT-TTATAAAGAC-GTCA--CTTGTAAT-ACAT-T--TAA-TCATTTT--agtctcaatatttt
gi|6 : agtgaatatactcgtttgaacAAGTTTTTTG-CACGCAGTTTCACTCCAATTC-------ATTCATCATTCGACTGA--T-C----AA-A-AAC------T-A--------AG----------GGC---CAGGTA--TCC---AGGGAGT-A-A--------TT-AAG---T-NNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-CAAGAGTGA-CATTGTT--TT-T-AT----ACCTTC--CT--T-TT----GATAGAACATTTCT-----------TT-----G--G-----A-------TTGTA-T-TT---TGCAATTCTTA------------------CAT-AT-TT-----GAA-GCCG--CGTTCAGT-ACAT-T--TTA-TTGTCTT--
gi|7 : atgcataagtaaatgtgctcaagAAGTCTCTCA-TACACTGTTTCA-------TTTATAATAACACG-ATATTGATTGA--TAC----AC-A-AAC------T-A--------AGT----A----A-----TACGTA--TTT---AAAGAGT-A-A--------A--TAA---T-CNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGG-TATTGTT--TT-A-AT----ATTTTCA-CT--T-TC----AATA-AACATCTCT-----------TT-----T--GCCACTAT-----TTTGTA-T-TTC-CTGCA---TATA------------------TAT-AT-TAAAAGAGAG-GCCA--CTTTTAAT-
gi|8 : atgtggatgtactcagcTCTCA-TGCAATGTTTCA-------TC-------ACCTG-AAATTGAGTGA--TAC----AC-A-AAC------T-A--------AGT----A----AGT-GATACGAA--TTT---AAAAAGT-A-A--------T--TAA-----ACNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----G-CAAATATGA-CATTATT--TT-T----------TTTA-CT--T-TC----GTTA-AACATTTCT-----------TC-----ACTA-----AT-----ATCTTA-T-TGCATTACA---TAAA------------------CAT-AT-TTAAAAAGAA-GCCG--CTTTTAA
gi|9 : ataagagaatgtactcagaaaaatAAGTCTTTCA-TACGCTGTTTCA-------GC-------ACCCA-AGATTGATTGA--TAC----ACAA-AAC------T-A--------AGC----A----AGT-GATACCAACCTTT---AGAGAGT-A-AT-------T--AAA---TNNNNN---------NNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----G-CAAATATGA-CATTGTT--TT-T-AT----GTTTTCT-CT--T-TCAT--GTTA-AACATTTCTTTCGCTCAGTATT-----A--AAT---AT-----TTTGTG-T-TTC-CTACA---TTT