lowQualScore : 111 222222222222 555555555555555555555555555 2222222 1111 1111111111 444
lowQualScore : 777 222 55 777777777777 0 3 555 2 66666 222222222222222222222222222 3 66 6666666 44 3333 6666666666 555 3 44 3 111 5 9
lowQualScore : ... ... .. ............ . . ... . ..... ........................... . .. ....... .. .... .......... ... . .. . ... . .
lowQualScore : 000 555 55 777777777777 2 1 000 7 77777 999999999999999999999999999 3 44 3333333 66 8888 1111111111 000 1 22 1 222 6 7
consensus : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTA--AGTCAAAAC-TT---GGAC-T-----TAAGTCTGAG---AATTTT-ANT---A--AAA--TT-T-GACTGC---T-CNAAT--A----AA--------G-AAAA---CTCAAAC-TTAA--G-TTTGAGA--TTTTTTCGAGAAATCCAA
Reference ( gi|4 ) : CCTGGATT---TCTCA---AA--ACAA---T-CTTA--TGTCAAAAC-TT---GGAC-T-----TAAGTCTGAA---AAGTTT-AGT---A--ACA--TT-T-GACTGC---T-GCAAT--A----AA--------G-AAAA---CTCAAAC-TTAA--G-TTTGAGAATTTTTTTCGATAAATCCAA
gi|5 : CCTGGATT---ACTCA---AA--ATAA---A-CTTA--AATCAAAAC-TT---GGAC-T-----TGCATCTGAG---AGGTTT---------------TT-T-TACTAT---TCACAATTAA----AA--------G-AAAA---TTCAATCTTTAA--G-TTTGAGA--TTTTTTCAAGAAATCCA
gi|3 : ggCCTGGATG---TCTCG---AA--ACAA---A-TTTA--AGTCAAAAC-TT---AAAC-A-----TAACTTTGAG---GATTTT-ACT---G--AAA--TT-T-TGCCAG---T-TTAAT--AATAGAA--------G-AAAA---CTCAAAC-TTAA--G-TTTAAGA--TCTTTTC-ACGAATCCcc
gi|2 : gCCTGGATT---TCTCA---AACAACAAAAAT-TCTA--TCT--GAAC-TTAATGGAC-T-----TAATTCTGGG---TAATTTGACT---A--AAA--TT-TAGACTGC---T--CAAA--A----AAAAAACCCCG-AAAA---TTCAAAC-TTAA--G-TTTGTGG--TTCTTTCAATcaagcc
gi|10 : CCTGGATT---TCTCA---AA--TAAA------TTA--AGTCAAAAC-TT---GGGCATACATGTAAGTCTGAA---A--TTT---T---ACCACAATTT-T-GACTGC---T-CAAAT--G----AA--------A-AGAA---Cct
gi|16 : CCTGGATT---TCTCA---AA--ACA-------------GTCAAAAT-TC---GGAC-T-----TAAGTCTGAG---A
gi|9 : tggCCTGGCTT---TCTCGGGGAA--AAAA---T----A--AGTCGAAAC-TT---GGAC-T-----TAAATCTTAACTCAATTTT-Attttactcaaatt
gi|14 : aagCCTGGATT---TCTCGAT-AA--ATAA---T-TAAA--T-TCAAAACTTT---GAAC-T-----TAAATCGGGA---GATTTT-agtttgagatttttctcaagaaatctaagcc
gi|17 : aggCTGGATT---TCTAG---AA--ACAA---T-CTTT--AGTGGAAAC-TT---GGAC-T-----Tcttaagtt
gi|1 : agatTGGATTCTCTCTTG---AA--CCAA---TTCTCAAGTCTCAAAAC-GT---GGAC-C-----TAAGTCTG-----AATTTT-ACTC--A--AAA--TTAT-GACTGT---T-CTAAT--AG---AA--------G-AAAA---CTCAAAG-TTAACGA-TTCGAGA--TTTTTTCAAGAAATCgcatcggaga
gi|6 : gcctggatGGTT---TCTCG---AA--ACAA---T-TGTA--AGTTAA--C-TT---G-AC-T-----CCAATCT---------------C---A--GC----T-T-GATTGT---C-CAAAT--A----AA--------ACAAAA---CTCAAAC-TTAA--A-TGTGAG-ATTTTTTTCAAGGAATCCAAtcc
gi|12 : tAA---T-CTTA--GGTTTGACC-TT---GGAC-T-----CAGATCTGAA---A--TTT-AACTC-A--AAA--TT-T-GACTGC---T-CAAAT--A----AA--------A-GAAA---CGCAAG---TAA--G-gc
gi|7 : GTTAAAAC-AT---GGAC-T-----TAAGTCTGAG---A--TTT-TGCTCAA--ATT--TT-T-AACTGCATAT-TAAGT--A----AAA-------G-AAAA---CTCAAAC-TTAA--G-TTTCATA--TTTTCTTGACAAATCCAgaaca
gi|8 : AAAC-TT---GGAT-T-----TAAGTCT-AA---GATTTT-AAT---C--AGA--TT------------------T--A----AG--------A-AAAA---CTCAAAC-TAAA--GTTTTAAGA--TGTTTTCAAGAAATCCAAgc
gi|13 : atttctataaaatcT---GGAC-T-----TCAGTCTGAG---AC-TAT-AAT---A--AAA--TG-T---CCGT---T-GTAG--------AA--------G-AAAA---CTCAAAC----------TTGAGA---TGTTCCGAGAAATCCAAgc
gi|11 : GAT-T-----CAAGTCT--A---AAGTTTTACTC--A--AAA--TT-T-GACTGC---T-CAAAT--A----AC-----------AAA---GTTAAAT-ATAA--G-TTTGAGA--TTTTTTCAAGAAATCCgtctg
gi|15 : tt-T-AACTGC---T-CAAAT--AG---AA--------G-AAAA---CACAAAC-TTAA--G--TTGAG-ATTTTTTTTGAAAAATCCAA
gi|3 : --------G-AAAAGATCTTAAAC-TTAA--G-TTTGAG--TTTTCTTCTATg
gi|9 : gcctggatgtctcgaaacaaatttaagtcaaaacttaaacataactttgaggattttactgaaattttgccagtttaataAA---CTCAATT-TTAA--G-TTTGAG-ATTTTTCTCAAGAAATCTAAacgaatcccaagcc
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 111111 11111 111 1111 111111111 11
lowQualScore : 666 1111 55 777777 33 2 444 66666 2 222222 11111 2 000 555 55 44 2222 444444444 3 44 3 11 3 0
lowQualScore : ... .... .. ...... .. . ... ..... . ...... ..... . ... ... .. .. .... ......... . .. . .. . .
lowQualScore : 444 7777 00 111111 99 9 777 22222 5 444444 99999 7 999 444 22 22 7777 999999999 1 22 1 22 3 7
consensus : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTACT-AAAATT-T--GACTGC---TC-AAAT--A----AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--G-TTTGAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
Reference ( family-1931 ) : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTANT-AAAATT-T--GACTGC---TC-NAAT--A----AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--G-TTTGAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
gi|1 : TGGATTCTCTCTTG---AA--CCAA---TTCTCAAGTCTCAAAAC-GT---GGAC-----C-TAAGTCT--G---AATTTTACTCAAAATTAT--GACTGT---TC-TAAT--AG---AA-------G-AAAACTCAAAG-TTAACGA-TTCGAGA--TTTTT-TCAAGAAATC
gi|10 : gcctggatCCTGGATT---TCTC----AA--ATAA-----ATTAAGTC--AAAAC-TT---GGGCATACATGTAAGTCTGA----AATTTTACC-ACAATT-TT-GACTGC---TC-AAAT--G----AA-------A-AGAACtcc
gi|11 : GAT-----T-CAAGTCTAA----AGTTTTACTCAAAATT-T--GACTGC---TC-AAAT--A----AC----------AAAGTTAAAT-ATAA--G-TTTGAGA--TTTTT-TCAAGAAATCC
gi|12 : ttAA---T-CTTAGGTT--TGACC-TT---GGAC-----T-CAGATCTGA----AATTTAACTCAAAATT-T--GACTGC---TC-AAAT--A----AA-------A-GAAACGCAAG---TAA--G-
gi|13 : T---GGAC-----T-TCAGTCTGAG---A-CTATAAT-AAAATG-T----CCGT---TG-TAG--------AA-------G-AAAACTCAAAC----------TTGAGA---TGTT-CCGAGAAATCCAAgaaca
gi|14 : CCTGGATT---TCTCGAT-AA--ATAA---T--TAAATTC--AAAACTTT---GAAC-----T-TAAATCGGGA---GATTTTCTT-AAgtctg
gi|15 : agg-T--AACTGC---TC-AAAT--AG---AA-------G-AAAACACAAAC-TTAA--G--TTGAGAT-TTTTT-TTGAAAAATCCAAgtt
gi|16 : CCTGGATT---TCTCA---AA--ACA-----------GTC--AAAAT-TC---GGAC-----T-TAAGTCTGAG----ATTTTACT-CAAATT-g
gi|17 : tggCTGGATT---TCTAG---AA--ACAA---T-CTTTAGTG--GAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATCGGAG---A
gi|2 : agatCCTGGATT---TCTCA---AACAACAAAAAT-TCTA--TC--TGAAC-TTAATGGAC-----T-TAATTCTGGGT--AATTTGACT-AAAATT-TA-GACTGC---TC-AAAA--A----AAAAACCCCG-AAAATTCAAAC-TTAA--G-TTTGTGG--TTCTT-TCAA
gi|3 : CCTGGATG---TCTCG---AA--ACAA---A-TTTAAGTC--AAAAC-TT---AAAC-----A-TAACTTTGAG---GATTTTACT-GAAATT-T--TGCCAG---TT-TAAT--AATAGAA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--G-TTTAAGA--TCTTT-TCACGAATCCCAAtct
gi|4 : gCCTGGATT---TCTCA---AA--ACAA---T-CTTATGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAA---AAGTTTAGT-AACATT-T--GACTGC---TG-CAAT--A----AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--G-TTTGAGAATTTTTT-TCGATAAATCCAAgcc
gi|5 : CCTGGATT---ACTCA---AA--ATAA---A-CTTAAATC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATCTGAG---AGGTTT--------TT-T--TACTAT---TCACAATTAA----AA-------G-AAAATTCAATCTTTAA--G-TTTGAGA--TTTTT-TCAAGAAATCCA
gi|6 : ggGGTT---TCTCG---AA--ACAA---T-TGTAAGTT--AA--C-TT---G-AC-----T-CCAATCTCAG-----------------CT-T--GATTGT---CC-AAAT--A----AA-------ACAAAACTCAAAC-TTAA--A-TGTGAGAT-TTTTT-TCAAGGAATCCAAcc
gi|7 : tGTT--AAAAC-AT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---A-TTTTGCT-CAAATT-TTTAACTGCATATT-AAGT--A----AAA------G-AAAACTCAAAC-TTAA--G-TTTCATA--TTTTC-TTGACAAATCCAgc
gi|8 : AAATC--AAA-C-TT---GGAT-----T-TAAGTCTAAG----ATTTTAAT-CAGATT-------------------T--A----AG-------A-AAAACTCAAAC-TAAA--GTTTTAAGA--TGTTT-TCAAGAAATCCAAgc
gi|9 : atttctataCCTGGCTT---TCTCGGGGAA--AAAA---T----AAGTC--GAAAC-TT---GGAC-----T-TAAATCTTAACTCAATTTT-----AAGTT-T--GAgc
gi|9 : aagAACTCAATT-TTAA--G-TTTGAGA--TTTTTCTCAAGAAATCTAAgatttttctcaagaaatctaagcc
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 111111 11111 111 1 111111111 11
lowQualScore : 666 1111 55 777777 33 2 444 66666 2 222222 11111 2 2 000 555 0 77 44 2 444444444 3 44 3 11 3 0
lowQualScore : ... .... .. ...... .. . ... ..... . ...... ..... . . ... ... . .. .. . ......... . .. . .. . .
lowQualScore : 444 7777 00 111111 99 9 777 22222 5 777777 55555 7 5 999 444 2 33 22 3 999999999 1 22 3 22 3 7
consensus : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTACT-AAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
Reference ( family-1931 ) : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTACT-AAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
gi|1 : TGGATTCTCTCTTG---AA--CCAA---TTCTCAAGTCTCAAAAC-GT---GGAC-----C-TAAGTCT--G---AATTTTACTCAAAA-TTAT--GACTGT---TCT--AAT--AGAA-------G-AAAACTCAAAG-TTAACGATTC-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATC
gi|10 : gcctggatCCTGGATT---TCTC----AA--ATAA-----ATTAAGTC--AAAAC-TT---GGGCATACATGTAAGTCTGA----AATTTTACC-ACAA-TT-TT-GACTGC---TCA--AAT--G-AA-------A-AGAACtcc
gi|11 : GAT-----T-CAAGTCTAA----AGTTTTACTCAAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AC----------AAAGTTAAAT-ATAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATCC
gi|12 : ttAA---T-CTTAGGTT--TGACC-TT---GGAC-----T-CAGATCTGA----AATTTAACTCAAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------A-GAAACGCAAG---TAA--G
gi|13 : T---GGAC-----T-TCAGTCTGAG---A-CTATAAT-AAAA-TG-T----CCGT---T-----GT--AGAA-------G-AAAACTCAAAC---------TT-GAGA---TGTT-CCGAGAAATCCAAgaaca
gi|14 : CCTGGATT---TCTCGAT-AA--ATAA---T--TAAATTC--AAAACTTT---GAAC-----T-TAAATCGGGA---GATTTT-CT-TAAG-TT-gtctg
gi|15 : agg-T--AACTGC---TCA--AAT--AGAA-------G-AAAACACAAAC-TTAA--G-TT-GAGAT-TTTTT-TTGAAAAATCCAA
gi|16 : CCTGGATT---TCTCA---AA--ACA-----------GTC--AAAAT-TC---GGAC-----T-TAAGTCTGAG----ATTTTACT-CAAA-TT-g
gi|17 : tggCTGGATT---TCTAG---AA--ACAA---T-CTTTAGTG--GAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATCGGAG---A
gi|2 : agatCCTGGATT---TCTCA---AACAACAAAAAT-TCTA--TC--TGAAC-TTAATGGAC-----T-TAATTCTGGGT--AATTTGACT-AAAA-TT-TA-GACTGC---TCA--AAA--A-AAAAACCCCG-AAAATTCAAAC-TTAA--GTTT-GTGG--TTCTT-TCAA
gi|3 : CCTGGATG---TCTCG---AA--ACAA---A-TTTAAGTC--AAAAC-TT---AAAC-----A-TAACTTTGAG---GATTTTACT-GAAATTT-T--GCCAGT---TTAATAAT--AGAA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-AAGA--TCTTT-TCACGAATCCCAAtct
gi|4 : gCCTGGATT---TCTCA---AA--ACAA---T-CTTATGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAA---AAGTTTAGT-AACA-TT-T--GACTGC---TGC--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGAATTTTTT-TCGATAAATCCAAgcc
gi|5 : CCTGGATT---ACTCA---AA--ATAA---A-CTTAAATC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATCTGAG---AGGTTT---------TT-T--TACTAT---TCAC-AATTAA-AA-------G-AAAATTCAATCTTTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATCCA
gi|6 : ggGGTT---TCTCG---AA--ACAA---T-TGTAAGTT--AA--C-TT---G-AC-----T-CCAATCTCAG------------------CT-T--GATTGT---CCA--AAT--A-AA-------ACAAAACTCAAAC-TTAA--ATGT-GAGAT-TTTTT-TCAAGGAATCCAAcc
gi|7 : tGTT--AAAAC-AT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---A-TTTTGCT-CAAA-TT-TTTAACTGCATATTA--AGT--A-AAA------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-CATA--TTTTC-TTGACAAATCCAgc
gi|8 : AAATC--AAA-C-TT---GGAT-----T-TAAGTCTAAG---A-TTTTAAT-CAGA-TT-T---------------------A-AG-------A-AAAACTCAAAC-TAAA--GTTTTAAGA--TGTTT-TCAAGAAATCCAAgc
gi|9 : atttctataCCTGGCTT---TCTCGGGGAA--AAAA---T----AAGTC--GAAAC-TT---GGAC-----T-TAAATCTTAACTCAATTTT-----AAG-TT-T--GAgc
gi|9 : aagAACTCAATT-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTTCTCAAGAAATCTAAgatttttctcaagaaatctaagcc
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 111111 11111 111 1 111111111 11
lowQualScore : 666 1111 55 777777 33 2 444 66666 2 222222 11111 2 2 000 555 0 77 44 2 444444444 3 44 3 11 3 0
lowQualScore : ... .... .. ...... .. . ... ..... . ...... ..... . . ... ... . .. .. . ......... . .. . .. . .
lowQualScore : 444 7777 00 111111 99 9 777 22222 5 777777 55555 7 5 999 444 2 33 22 3 999999999 1 22 3 22 3 7
consensus : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTACT-AAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
Reference ( family-1931 ) : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTACT-AAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
gi|1 : TGGATTCTCTCTTG---AA--CCAA---TTCTCAAGTCTCAAAAC-GT---GGAC-----C-TAAGTCT--G---AATTTTACTCAAAA-TTAT--GACTGT---TCT--AAT--AGAA-------G-AAAACTCAAAG-TTAACGATTC-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATC
gi|10 : gcctggatCCTGGATT---TCTC----AA--ATAA-----ATTAAGTC--AAAAC-TT---GGGCATACATGTAAGTCTGA----AATTTTACC-ACAA-TT-TT-GACTGC---TCA--AAT--G-AA-------A-AGAACtcc
gi|11 : GAT-----T-CAAGTCTAA----AGTTTTACTCAAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AC----------AAAGTTAAAT-ATAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATCC
gi|12 : ttAA---T-CTTAGGTT--TGACC-TT---GGAC-----T-CAGATCTGA----AATTTAACTCAAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------A-GAAACGCAAG---TAA--G
gi|13 : T---GGAC-----T-TCAGTCTGAG---A-CTATAAT-AAAA-TG-T----CCGT---T-----GT--AGAA-------G-AAAACTCAAAC---------TT-GAGA---TGTT-CCGAGAAATCCAAgaaca
gi|14 : CCTGGATT---TCTCGAT-AA--ATAA---T--TAAATTC--AAAACTTT---GAAC-----T-TAAATCGGGA---GATTTT-CT-TAAG-TT-gtctg
gi|15 : agg-T--AACTGC---TCA--AAT--AGAA-------G-AAAACACAAAC-TTAA--G-TT-GAGAT-TTTTT-TTGAAAAATCCAA
gi|16 : CCTGGATT---TCTCA---AA--ACA-----------GTC--AAAAT-TC---GGAC-----T-TAAGTCTGAG----ATTTTACT-CAAA-TT-g
gi|17 : tggCTGGATT---TCTAG---AA--ACAA---T-CTTTAGTG--GAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATCGGAG---A
gi|2 : agatCCTGGATT---TCTCA---AACAACAAAAAT-TCTA--TC--TGAAC-TTAATGGAC-----T-TAATTCTGGGT--AATTTGACT-AAAA-TT-TA-GACTGC---TCA--AAA--A-AAAAACCCCG-AAAATTCAAAC-TTAA--GTTT-GTGG--TTCTT-TCAA
gi|3 : CCTGGATG---TCTCG---AA--ACAA---A-TTTAAGTC--AAAAC-TT---AAAC-----A-TAACTTTGAG---GATTTTACT-GAAATTT-T--GCCAGT---TTAATAAT--AGAA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-AAGA--TCTTT-TCACGAATCCCAAtct
gi|4 : gCCTGGATT---TCTCA---AA--ACAA---T-CTTATGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAA---AAGTTTAGT-AACA-TT-T--GACTGC---TGC--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGAATTTTTT-TCGATAAATCCAAgcc
gi|5 : CCTGGATT---ACTCA---AA--ATAA---A-CTTAAATC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATCTGAG---AGGTTT---------TT-T--TACTAT---TCAC-AATTAA-AA-------G-AAAATTCAATCTTTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATCCA
gi|6 : ggGGTT---TCTCG---AA--ACAA---T-TGTAAGTT--AA--C-TT---G-AC-----T-CCAATCTCAG------------------CT-T--GATTGT---CCA--AAT--A-AA-------ACAAAACTCAAAC-TTAA--ATGT-GAGAT-TTTTT-TCAAGGAATCCAAcc
gi|7 : tGTT--AAAAC-AT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---A-TTTTGCT-CAAA-TT-TTTAACTGCATATTA--AGT--A-AAA------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-CATA--TTTTC-TTGACAAATCCAgc
gi|8 : AAATC--AAA-C-TT---GGAT-----T-TAAGTCTAAG---A-TTTTAAT-CAGA-TT-T---------------------A-AG-------A-AAAACTCAAAC-TAAA--GTTTTAAGA--TGTTT-TCAAGAAATCCAAgc
gi|9 : atttctataCCTGGCTT---TCTCGGGGAA--AAAA---T----AAGTC--GAAAC-TT---GGAC-----T-TAAATCTTAACTCAATTTT-----AAG-TT-T--GAgc
gi|9 : aagAACTCAATT-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTTCTCAAGAAATCTAAgatttttctcaagaaatctaagcc
blockSeqs : . GGGG CA AAATT . T AAT ATACA G ACTCAA ACTCA T . TTA ATA AT TA G AAACCCCG T . T AT C
blockSeqs : . GAT . TC . . . . . GTAA ACTCA . . TG . C . G AC . . . T .
blockSeqs : . A . TC . . . . . AGA ACCA . . AG . . . G AG . . . T .
blockSeqs : . G . AT . . . . . GGA AATA . . G . . . . A . . . . .
blockSeqs : . A . TC . . . . . AAA ACTC . . G . . . . A . . . . .
blockSeqs : . G . AC . . . . . GAG ACTA . . A . . . . G . . . . .
blockSeqs : . A . TT . . . . . AA ACTG . . G . . . . G . . . . .
blockSeqs : . A . A . . . . . AG AGTA . . G . . . . G . . . . .
blockSeqs : . G . T . . . . . AA GCTC . . T . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . GA AATC . . G . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GA CTT . . G . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . GA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GA . . . .
blockSeqs : . . . G . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : *** TC**** ** GA**** ACTN* **
originalCons : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAG---AATTTTACT-AAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
finalCons : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAATC----TTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTCTGAGA----TTTTACTN-AAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 111 1 111111111 11
lowQualScore : 666 1111 55 777777 33 2 444 66666 2 2 2 9999999 33 4444 55 8 2 666 555 66 44 2 444444444 3 44 3 11 3 0
lowQualScore : ... .... .. ...... .. . ... ..... . . . ....... .. .... .. . . ... ... .. .. . ......... . .. . .. . .
lowQualScore : 444 7777 00 111111 99 9 777 22222 5 5 5 4444444 44 8888 55 0 5 222 000 88 22 3 999999999 1 22 3 22 3 7
consensus : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTC-TG-A----G--A--TTTTA---CT-NAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
Reference ( family-1931 ) : CCTGGATT---TCTCG---AA--ACAA---T-CTTAAGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTC-TG-A----G--A--TTTTA---CT-NAAA-TT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCGAGAAATCCAA
gi|1 : TGGATTCTCTCTTG---AA--CCAA---TTCTCAAGTCTCAAAAC-GT---GGAC-----C-TAAGTC-TG-A-------A--TTTTA---CTCAAAA-TTAT--GACTGT---TCT--AAT--AGAA-------G-AAAACTCAAAG-TTAACGATTC-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATC
gi|10 : gcctggatCCTGGATT---TCTC----AA--ATAA-----ATTAAGTC--AAAAC-TT---GGGCATACATGTAAGTC-TG-A----A--A--TTTTA---CC-ACAA-TT-TT-GACTGC---TCA--AAT--G-AA-------A-AGAACtcc
gi|11 : GAT-----T-CAAGTC-TA-A----A--G--TTTTA---CT-CAAAATT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AC----------AAAGTTAAAT-ATAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATCC
gi|12 : ttAA---T-CTTAGGTT--TGACC-TT---GGAC-----T-CAGATC-TG-A----A--A--TTTAA---CT-CAAAATT-T--GACTGC---TCA--AAT--A-AA-------A-GAAACGCAAG---TAA--G
gi|13 : T---GGAC-----T-TCAGTC-TG-A----G--A--CTATA---AT-AAAA-TG-T----CCGT---T-----GT--AGAA-------G-AAAACTCAAAC---------TT-GAGA---TGTT-CCGAGAAATCCAAgaaca
gi|14 : CCTGGATT---TCTCGAT-AA--ATAA---T--TAAATTC--AAAACTTT---GAAC-----T-TAAATCGGG-A----G--A--TTTT----CT-TAAG-TT-gtctg
gi|15 : agg-T--AACTGC---TCA--AAT--AGAA-------G-AAAACACAAAC-TTAA--G-TT-GAGAT-TTTTT-TTGAAAAATCCAA
gi|16 : CCTGGATT---TCTCA---AA--ACA-----------GTC--AAAAT-TC---GGAC-----T-TAAGTC-TG-A----G--A--TTTTA---CT-CAAA-TT-g
gi|17 : tggCTGGATT---TCTAG---AA--ACAA---T-CTTTAGTG--GAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATC-GG-A----G--A--
gi|2 : agatCCTGGATT---TCTCA---AACAACAAAAAT-TCTA--TC--TGAAC-TTAATGGAC-----T-TAATTC-TG-G----GTAA--TTTGA---CT-AAAA-TT-TA-GACTGC---TCA--AAA--A-AAAAACCCCG-AAAATTCAAAC-TTAA--GTTT-GTGG--TTCTT-TCAA
gi|3 : CCTGGATG---TCTCG---AA--ACAA---A-TTTAAGTC--AAAAC-TT---AAAC-----A-TAACTT-TG-AG---G--A--TTTTA---CT-GAAATTT-T--GCCAGT---TTAATAAT--AGAA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-AAGA--TCTTT-TCACGAATCCCAAtct
gi|4 : gCCTGGATT---TCTCA---AA--ACAA---T-CTTATGTC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TAAGTC-TGAA----A--A--GTTTA---GT-AACA-TT-T--GACTGC---TGC--AAT--A-AA-------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-GAGAATTTTTT-TCGATAAATCCAAgcc
gi|5 : CCTGGATT---ACTCA---AA--ATAA---A-CTTAAATC--AAAAC-TT---GGAC-----T-TGCATC-TG-A----G--AGGTTTT------------TT-T---ACTAT---TCAC-AATTAA-AA-------G-AAAATTCAATCTTTAA--GTTT-GAGA--TTTTT-TCAAGAAATCCA
gi|6 : ggGGTT---TCTCG---AA--ACAA---T-TGTAAGTT--AA--C-TT---G-AC-----T-CCAATC-TC-A----G---------------------CT-T--GATTGT---CCA--AAT--A-AA-------ACAAAACTCAAAC-TTAA--ATGT-GAGAT-TTTTT-TCAAGGAATCCAAcc
gi|7 : tGTT--AAAAC-AT---GGAC-----T-TAAGTC-TG-A----G--A--TTTTG---CT-CAAA-TT-TTTAACTGCATATTA--AGT--A-AAA------G-AAAACTCAAAC-TTAA--GTTT-CATA--TTTTC-TTGACAAATCCAgc
gi|8 : AAATC--AAA-C-TT---GGAT-----T-TAAGTC-TA-A----G--A--TTTTA---AT-CAGA-TT-T---------------------A-AG-------A-AAAACTCAAAC-TAAA--GTTTTAAGA--TGTTT-TCAAGAAATCCAAgc
gi|9 : atttctataCCTGGCTT---TCTCGGGGAA--AAAA---T----AAGTC--GAAAC-TT---GGAC-----T-TAAATC-TT-AACTCA--A--TTTTAAGTTT-GAGA-TT-T-----TTC---TCA--Agc
gi|9 : aagAACTCAATT-TTAA--GTTT-GAGA--TTTTTCTCAAGAAATCTAAgaaatctaagcc